CN110863043A - 一种检测范可尼贫血dna修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒 - Google Patents

一种检测范可尼贫血dna修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN110863043A
CN110863043A CN201911239804.6A CN201911239804A CN110863043A CN 110863043 A CN110863043 A CN 110863043A CN 201911239804 A CN201911239804 A CN 201911239804A CN 110863043 A CN110863043 A CN 110863043A
Authority
CN
China
Prior art keywords
dna
gene
seq
sequence corresponding
probe sequence
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201911239804.6A
Other languages
English (en)
Inventor
刘松柏
王晓晓
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Suzhou Vocational Health College
Original Assignee
Suzhou Vocational Health College
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Suzhou Vocational Health College filed Critical Suzhou Vocational Health College
Priority to CN201911239804.6A priority Critical patent/CN110863043A/zh
Publication of CN110863043A publication Critical patent/CN110863043A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6827Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118Prognosis of disease development
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了一种检测范可尼贫血DNA修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒,所述探针库由SEQ ID NO.1~268所示探针组成,将该探针库制备成检测试剂盒可用于与范可尼贫血DNA修复通路相关的基因的检测。使用该探针库对待分析的目标DNA片段进行富集,然后再对富集后的DNA片段通过测序手段进行测序,从而实现对基因检测的有效性。与范可尼贫血DNA修复通路相关的基因可用于预测肿瘤发生的倾向性、评估肿瘤恶性程度和临床预后、指导新药筛选与研发,因此,本发明对基因功能性的研究方向起到重要的指导意义。

Description

一种检测范可尼贫血DNA修复通路有效性的探针库、检测方法 和试剂盒
技术领域
本发明属于基因检测技术领域,具体涉及一种检测范可尼贫血DNA修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒。
背景技术
范可尼贫血(Fanconi anemia, FA)DNA修复通路主要修复丝裂霉素、顺铂、芥子气等对DNA造成的链间交联损伤,是DNA修复机制中重要的途径之一。
修复过程简单来说,当DNA产生交联损伤后,FA蛋白家族中的其中8个(FANCA,FANCB, FANCC, FANCE, FANCF, FANCG, FANCL和FANCM)组装成一个具有E3泛素化连接酶的FA核心复合体,而FANCD2和FANCI组成一个ID底物复合体。FA核心复合体对ID复合体进行单泛素化修饰,修饰后的ID复合体被招募到损伤位点,之后ID复合体与下游的FA蛋白如FANCN、FANCD1、FANCJ、FANCP、FANCO以及核酸内切酶FAN1,还有其他修复途径中的蛋白如PCNA、REV1等相互结合,共同完成交联损伤的最后修复工作,从而完成DNA的损伤修复过程。
合成致死(Synthetic Lethality)的策略近年来在肿瘤的研究中得到广泛应用。合成致死在肿瘤研究中的概念为:当将两个不在同一修复通路中的重要基因的功能抑制掉其中之一时,细胞不会致死,但是将这两个基因的功能都抑制掉后,细胞死亡。在临床上,如果肿瘤细胞中存在其中之一的突变,而正常细胞中该基因正常,我们可以将另外一个基因作为靶点,并将其功能抑制住,达到特异性杀死肿瘤细胞,个体化治疗的目的。
前期研究发现,范可尼贫血DNA修复通路参与的基因发生胚系遗传突变、特异组织中体细胞突变不仅与范可尼贫血症、急性髓系白血病的发生、治疗效果高度相关,也与肿瘤疾病的发生存在因果关系。具体来讲,范可尼贫血家族基因突变除患贫血症外,25%患者将发展为恶性肿瘤,主要为急性髓系白血病以及头颈癌。另外,FANCD1基因突变与卵巢癌、前列腺癌、胃癌、胰腺癌的发生高度相关;FANCL基因突变与肺癌、胰腺癌、乳腺癌、白血病的发生高度相关;FANCN基因突变与前列腺癌及乳腺癌的发生高度相关;FANCC及FANCG基因突变与胰腺癌及乳腺癌的发生高度相关。这些基因的突变导致范可尼贫血DNA修复通路有效性的改变(减弱或缺失),对肿瘤、白血病的发生、预后、治疗策略的制定都具有重要意义。
发明内容
本发明的目的在于提供一种检测范可尼贫血DNA修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒。
为了实现上述目的,本发明提供以下技术方案:
一种用于检测范可尼贫血DNA修复通路有效性的试剂盒,所述的试剂盒包括针对与范可尼贫血DNA修复通路相关基因的如SEQ ID NO.1~268所示探针组成的探针库。
进一步的,与范可尼贫血DNA修复通路相关的基因包括XRCC2、CENPS、BARD1、BLM、BRCA1、BRCA2、BABAM2、BRIP1、ERCC1、ERCC4、FAAP100、FAAP24、FAAP20、FAN1、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、HELQ、HES1、MAD2L2、PALB2、RAD51、RAD51C、RMI1、RMI2、SLX1A、SLX4、CENPX、TELO2、TOP3A、TOP3B、UBE2T、USP1、WDR48。
进一步的,所述基因XRCC2对应的探针序列如SEQ ID NO.1~3所示,所述基因CENPS对应的探针序列如SEQ ID NO.4~5所示,所述基因BARD1对应的探针序列如SEQ IDNO.6~10所示,所述基因BLM对应的探针序列如SEQ ID NO.11~21所示,所述基因BRCA1对应的探针序列如SEQ ID NO.22~30所示,所述基因BRCA2对应的探针序列如SEQ ID NO.31~46所示,所述基因BABAM2对应的探针序列如SEQ ID NO.47~52所示,所述基因BRIP1对应的探针序列如SEQ ID NO.51~60所示,所述基因ERCC1对应的探针序列如SEQ ID NO.61~63所示,所述基因ERCC4对应的探针序列如SEQ ID NO.64~69所示,所述基因FAAP100对应的探针序列如SEQ ID NO.70~74所示,所述基因FAAP24对应的探针序列如SEQ ID NO.75~78所示,所述基因FAAP20对应的探针序列如SEQ ID NO.79~81所示,所述基因FAN1对应的探针序列如SEQ ID NO.82~88所示,所述基因FANCA对应的探针序列如SEQ ID NO.89~104所示,所述基因FANCB对应的探针序列如SEQ ID NO.104~108所示,所述基因FANCC对应的探针序列如SEQ ID NO.109~114所示,所述基因FANCD2对应的探针序列如SEQ ID NO.115~129所示,所述基因FANCE对应的探针序列如SEQ ID NO.130~132所示,所述基因FANCF对应的探针序列如SEQ ID NO.133~135所示,所述基因FANCG对应的探针序列如SEQ IDNO.136~141所示,所述基因FANCI对应的探针序列如SEQ ID NO.142~156所示,所述基因FANCL对应的探针序列如SEQ ID NO.157~160所示,所述基因FANCM对应的探针序列如SEQID NO.161~173所示,所述基因HELQ对应的探针序列如SEQ ID NO.174~182所示,所述基因HES1对应的探针序列如SEQ ID NO.183~187所示,所述基因MAD2L2对应的探针序列如SEQ ID NO.188~191所示,所述基因PALB2对应的探针序列如SEQ ID NO.192~198所示,所述基因RAD51对应的探针序列如SEQ ID NO.199~202所示,所述基因RAD51C对应的探针序列如SEQ ID NO.203~205所示,所述基因RMI1对应的探针序列如SEQ ID NO.206~209所示,所述基因RMI2对应的探针序列如SEQ ID NO.210~211所示,所述基因SLX1A对应的探针序列如SEQ ID NO.212~216所示,所述基因SLX4对应的探针序列如SEQ ID NO.217~225所示,所述基因CENPX对应的探针序列如SEQ ID NO.226~228所示,所述基因TELO2对应的探针序列如SEQ ID NO.229~236所示,所述基因TOP3A对应的探针序列如SEQ ID NO.237~244所示,所述基因TOP3B对应的探针序列如SEQ ID NO.245~251所示,所述基因UBE2T对应的探针序列如SEQ ID NO.252~256所示,所述基因USP1对应的探针序列如SEQ ID NO.257~260所示,所述基因WDR48对应的探针序列如SEQ ID NO.261~268所示。
一种检测与范可尼贫血DNA修复通路相关的基因的方法,包括以下步骤:
(1)获得受试者的DNA样本库;
(2)将权利要求1所述的试剂盒中SEQ ID NO.1~268所示的全部探针与所述DNA样本库进行杂交;
(3)分离步骤(2)的杂交产物,并释放出与试剂盒中探针杂交的基因片段,采用测序技术对分离出的基因片段进行测序从而检测基因的突变情况。
进一步的,所述步骤(1)中的DNA样本库由双链DNA片段组成;
所述步骤(1)包括以下步骤:提取全基因组DNA,然后将其片段化;或者提取mRNA,将其片段化,然后以该经片段化的mRNA为模板合成双链cDNA。
进一步的,所述步骤(2)中的探针进行选择性标记。
进一步的,所述步骤(2)中的探针进行生物素标记。
有益效果:本发明开发了一种检测范可尼贫血DNA修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒,其对范可尼贫血DNA修复通路参与基因的变异情况进行整体检测分析,其主要具有以下几方面的意义:
1. 通过对范可尼贫血DNA修复通路参与基因的变异情况分析,评估人体组织或细胞中范可尼贫血DNA修复通路的有效性(减弱或缺失),预测肿瘤、白血病发生的倾向性,并指导患者采取相应的预防措施。
2. 通过对范可尼贫血DNA修复通路参与基因的变异情况分析,评估肿瘤、白血病患者细胞中范可尼贫血DNA修复通路的有效性(减弱或缺失),对肿瘤、白血病恶性程度、临床预后的评估具有重要的指导意义。
3. 通过对范可尼贫血DNA修复通路参与基因的变异情况分析,评估肿瘤、白血病患者细胞中范可尼贫血DNA修复通路的有效性(减弱或缺失),对放射、化疗药物选择及治疗策略的制定(如,合成致死方案等)具有重要指导意义。
4. 通过对范可尼贫血DNA修复通路参与基因的变异情况分析,评估肿瘤、白血病患者细胞中范可尼贫血DNA修复通路的有效性(减弱或缺失),对新的治疗靶点选择、靶向药物研发等具有重要指导意义。
附图说明
图1 为本发明所述检测方法的流程图。
具体实施方式
下面结合具体实施例来进一步描述本发明,但实施例仅是范例性的,并不对本发明的范围构成任何限制。本领域技术人员应该理解的是,在不偏离本发明的精神和范围下可以对本发明技术方案的细节和形式进行修改或替换,但这些修改和替换均落入本发明的保护范围内。
本发明提供了一种与DNA碱基切除修复通路相关的基因的方法,主要包括以下步骤:
(1)获得受试者的DNA样本库;提取全基因组DNA,然后将其片段化;或者提取mRNA,将其片段化,然后以该经片段化的mRNA为模板合成双链cDNA;
(2)针对要检测的基因片段设计与该基因杂交的DNA探针,从中筛选出多个探针作为DNA探针库;
(3)将DNA探针库与DNA样本库进行杂交,从DNA样本库中富集得到待检测基因的DNA片段;
(4)分离步骤(3)的杂交产物,并释放出与试剂盒中探针杂交的基因片段,采用测序技术对分离出的基因片段进行测序从而检测基因的突变情况。
在实施过程中,可以先将DNA探针库中的各个探针进行生物素标记,然后在杂交后用标记有链霉亲和素的磁珠吸附杂交产物,从磁珠上释放出富集的待检测基因片段,再对基因片段进行测序分析。
具体实验过程如下:
一、准备cDNA/DNA样本库
1. 制备DNA样本库
1.1 DNA提取
采用商品化DNA提取试剂盒提取人的基因组DNA,对提取的DNA使用分光光度定量仪以及凝胶电泳系统检测DNA模板质量和浓度。DNA模板260nm吸光率大于0.05以上,吸光率A260/A280比值在1 .8到2之间为合格。
1.2 DNA片段化
将10μg合格的基因组DNA用TE缓冲液稀释至100μL。使用组织匀浆机将DNA片段化,片段长度为150~200碱基。
采用商品化纯化试剂盒对DNA进行纯化。
1.3 DNA样本库质量检测
用生物分析仪进行DNA定性定量分析,确认DNA片段长度峰值合理。
2. 制备cDNA样本库
2.1 mRNA提取
采用商品化mRNA提取试剂盒提取人的mRNA,对提取的mRNA使用分光光度定量仪以及凝胶电泳系统检测mRNA质量和浓度。吸光率A260/A280比值在1 .8到2之间为合格。
2.2 mRNA片段化
采用商品化试剂盒对mRNA进行片段化;再用商品化试剂盒对mRNA进行过柱纯化。
2.3 用商品化试剂cDNA合成试剂盒合成mRNA的第一链以及第二链cDNA
再用商品化试剂盒对cDNA过柱纯化。
3. cDNA/DNA末端修复
利用Klenow片段、T4 DNA聚合酶和T4多核苷酸激酶对DNA片段进行末端修复,由于Klenow片段具有5’-3’聚合酶活性和3’-5’聚合酶活性,但缺少5’-3’外切酶活性。由此,能够方便准确地对DNA片段进行末端修复。将修复后的DNA片段进行过柱纯化。
利用T4聚合酶及Klenow大肠杆菌聚合酶片断,对于cDNA/DNA 5 '突出粘末端补平以及3 ‘突出粘末端打平,产生平末端,用于后续的平端连接。反应在PCR扩增仪中进行,20℃,30min。
表1
Figure 699734DEST_PATH_IMAGE002
4. 在cDNA/DNA样本3'末端加上碱基A
采用具有3’-5’外切酶活性的Klenow,在经末端修复的DNA片段的3’末端添加碱基A,以便获得具有粘性末端A的DNA片段,反应在PCR扩增仪中进行,37℃,30min。将处理后的DNA片段进行过柱纯化。
表2
Figure 820137DEST_PATH_IMAGE004
5. 在cDNA/DNA两端加上接头
表3
Figure 678502DEST_PATH_IMAGE006
6. 分离出合适长度的cDNA片段
使用电泳凝胶对DNA片段进行分离,对照DNA分子量,在凝胶上剪切出150-250碱基的cDNA片段。
采用商品化试剂盒将含有cDNA样本库的凝胶样本过柱纯化。
7. cDNA片段样本库质量检测
使用生物分析仪,进行cDNA定性定量分析,并确认分离出的cDNA片断长度峰值合理。
PCR条件:置于PCR扩增仪中,95℃预变性10秒,95℃变性30秒,65℃退火30秒,72℃延伸1min,共循环20次(cDNA样本库)或者5-8次(DNA样本库),最后在72℃延伸5分钟。
采用商品化试剂盒对PCR扩增产物过柱纯化。
8. 扩增DNA模板
采用PCR扩增仪对处理后的DNA样本进行聚合酶链反应增加DNA的含量,以满足与探针进行杂交的需求。
表4
Figure 401608DEST_PATH_IMAGE008
PCR条件:置于PCR扩增仪中,95℃预变性10秒,95℃变性30秒,65℃退火30秒,72℃延伸1min,共循环20次(cDNA样本库)或者5-8次(DNA样本库),最后在72℃延伸5分钟。
采用商品化试剂盒对PCR扩增产物过柱纯化。
9. 扩增后cDNA/DNA样本库质量检测
使用生物分析仪,进行cDNA/DNA定性定量分析,并确认纯化后片段长度峰值合理,约200bp。
二、探针的设计原则
根据人类参考基因组HG19,结合Ensembl、CCDS、Gencode、 VEGA、SNP以及CytoBand数据库,获取本发明所述的与DNA碱基切除修复通路相关的基因及其所有编码序列。
探针的设计主要有以下几个考虑因素:
(1)特异性
严格的特异性参数可以有效的降低非目标区域上的探针结合,但也限制了部分外显子上有较低程度重复性的区域,导致探针设计的覆盖率降低。过于宽松的特异性参数会直接降低目标区域上的数据量,导致捕获效率降低,测序成本上升。因此,一个合理的特异性参数是平衡覆盖率和捕获效率的关键。我们认为一条探针在基因组上的相似性序列不超过3是最佳的特异性参数阈值。
(2)结合稳定性
探针与模板结合能力的指标是最小自由能(ΔG)和解链温度(Tm),由于这两个参数计算起来稍显复杂,一般用更为直接和简便的GC含量来间接表示探针与模板的结合能力。一般来说,GC含量越大,结合稳定性越高。实际上,GC含量越接近50%的探针,其捕获效果越好。GC含量越高,虽然探针与目标DNA片段的结合能力很好,但是与目标DNA片段结合能力最好的是其原始的互补片段(一方面长度一致,另一方面是无突变错配),因此,探针需要更高的浓度来促使其在与DNA互补片段结合的竞争中取得一定优势。
我们会优先设计GC含量接近50% 的探针,对于无法避免的GC极端情况下的探针设计,我们会在探针上增加修饰碱基从而改变GC极端情况。
(3)探针浓度
由上面的结合稳定性可知,不同结合能力的探针,其捕获效果有较大的差异。结合能力太高和太低都不利于捕获,因此,为了达到捕获效率最大程度的均一,需要对于不同GC含量的探针设定不同的浓度。通过对历史捕获数据的归纳总结,我们对不同GC含量的探针设定了不同的探针浓度参数,设定GC含量在40-60%的探针浓度基数为1,那么GC含量在30-40%和60-70%的探针,其浓度基数为1 x 22,GC含量在20-30%和70-80%的探针,其浓度基数为1 x24。
(4)探针位置
1、最佳的探针摆放位置是和目标区域100%重合,但是由于随机打断的文库、序列重复性、GC含量、突变类型等的影响,实际的探针设计策略如下:
2、由于文库一般是通过随机打断的方式产生的,为了最大限度的捕获目标文库,一般会采取tiling的方式来设计探针;
3、如果目标区域上有重复序列区域,那么设计时会在保证目标区域覆盖的情况下,向两侧延伸搜索特异性更好的区域设计探针;
4、如果目标区域上是极端GC区域,那么设计时会在保证目标区域覆盖的情况下,向两侧延伸搜索GC含量更合适的区域设计探针;
对于不同的突变类型,也需要有不同的设计思路:
1、对于超过60bp的插入或者缺失,除了需要覆盖其上的探针之外,还需要在突变断点两侧设计探针,越接近断点越好;
2、对于超过10k bp的CNV区域,最佳的探针设计策略是间隔放置稀疏探针,这样做一方面可检测CNV,另外一方可以降低测序成本;
3、对于融合发生的内含子区域,如果融合位点不确定,那么需要整个内含子全部覆盖;如果融合位点确定,那么需要在融合位点两侧设计探针。
4、对于MSI,STR等短串重复区域,除了覆盖其上的探针之外,还需要在其两侧延伸60bp设计探针。
三、DNA捕获探针杂交
1. 将DNA样本库与生物素化的DNA探针库杂交
将cDNA/DNA样本库与杂交缓冲液混合,反应条件为95℃ 5分钟,之后保持在65℃。反应在PCR扩增仪中进行。
然后将该混合物与探针库混合,反应条件为65℃ 5分钟。将杂交反应置于PCR扩增仪中,65℃孵育24小时。
四、得到经杂交的基因片段
1. 准备链霉亲和素磁珠
使用Dynabeads链霉亲和素磁珠进行杂交产物的分离。将磁珠置于混匀仪上混匀,每个样本需要50μL磁珠。
磁珠洗涤:将混合50μL磁珠和200μL结合缓冲液在混匀仪上混匀,通过外界磁场将磁珠与缓冲液分离纯化,弃掉缓冲液,重复三次。
2. 分离杂交产物
将杂交产物与链霉亲和素磁珠进行充分混合,在室温下振摇30分钟。通过外界磁场将磁珠分离纯化。
向磁珠中加入500μL洗涤缓冲液,在65℃孵育10分钟,通过外界磁场将磁珠分离纯化。以上步骤重复三次。
3. cDNA/DNA富集样本释放
将磁珠与50μL洗脱缓冲液混合,室温孵化10分钟,通过外界磁场将磁珠分离弃掉,收集上清液,上清液即为富集的与DNA碱基切除修复通路相关的基因片段。
五、PCR扩增与纯化
将富集的基因片段进行进一步扩增,为测序仪器上样做准备。
表5
反应材料 体积(μL)
加上接头后cDNA/DNA样本库 20
10×DNA聚合酶缓冲液 5
DNA聚合酶 1
接头正引物 1
接头反引物 1
超纯水 总体积补至50μL
PCR条件:置于PCR扩增仪中,95℃预变性10秒,95℃变性30秒,65℃退火30秒,72℃延伸1min,共循环20次(cDNA样本库)或者5-8次(DNA样本库),最后在72℃延伸5分钟。
采用商品化试剂盒对PCR扩增产物过柱纯化。
六、采用下一代测序技术检测基因的突变
使用下一代商业化的测序仪器进行测序,测序结果用已有的测序软件分析包进行分析。
实施例1 检测BLM、BRIP1、FANCD2、SLX4基因的突变
一、构建样本库
1. DNA的提取
按照常规的组织样本的DNA提取方法采用商品化试剂盒提取样本DNA。
2. DNA片段化
使用DNA破碎仪将DNA样本片段化,使片段长度为150-200bp。
3. DNA样本库质量检测
用生物分析仪进行DNA定性定量分析,确认DNA片段长度峰值合理。
4. DNA末端修补
利用T4聚合酶及Klenow大肠杆菌聚合酶片断,对于DNA 5 '突出粘末端补平以及3 '突出粘末端打平,产生平末端,用于后续的平端连接。反应体系见表1所示,反应在PCR扩增仪中进行,20℃,30min。
5. 在DNA样本3 '末端加上碱基A
反应在PCR扩增仪中进行,37℃,30分钟,反应体系见表2所示。
6. 在DNA两端加上接头
反应体系见表3所示。
7. 扩增获得的DNA片段样本库
聚合酶链反应(PCR),在PCR扩增仪中进行,反应体系见表4所示。
PCR条件:置于PCR扩增仪中,95℃预变性10秒,95℃变性30秒,65℃退火30秒,72℃延伸1min,共循环20次(cDNA样本库)或者5-8次(DNA样本库),最后在72℃延伸5分钟。
8. 扩增后DNA样本库的质量检测
使用生物分析仪,进行DNA定性定量分析,并确认纯化后片段长度峰值合理,约200bp。
若得到的DNA样本库的浓度较低,须将样品经过真空浓缩机低温干燥(低于45℃),再用无核酸酶水溶解至所需浓度。
二、制备BLM、BRIP1、FANCD2、SLX4基因的DNA探针库
根据上述的探针设计方法和思路,设计并合成探针进行试验,在5’端有生物素(Biotin)。
三、将DNA样本库与生物素化的DNA探针库杂交
将DNA样本库与杂交缓冲液(10mM Tris-HCl , 2%牛血清白蛋白, pH8.0)混合(混合后,DNA样本库浓度至多不超过50ng/μL),反应条件为95℃ 5分钟,之后保持在65℃。反应在PCR扩增仪中进行。
然后以DNA样本库:探针库为1:100的摩尔比,将探针库加入上述混合物,反应条件为65℃ 5分钟。将杂交反应置于PCR扩增仪中,65℃孵育24小时。
四、得到经杂交富集的BLM、BRIP1、FANCD2、SLX4基因片段
1. 准备链霉亲和素磁珠
使用Dynabeads链霉亲和素磁珠置于混匀仪上混匀,混合50μL磁珠和200μL结合缓冲液(10mM Tris-HCl,2%牛血清白蛋白,pH8.0),在混匀仪上混匀,使用外界磁场将磁珠与缓冲液分离纯化,弃掉缓冲液,重复三次,每次加入200μL结合缓冲液。
2. 分离杂交产物
将步骤三中的杂交反应混合物与步骤四的处理后的链霉亲和素磁珠进行混合,在室温下振摇30分钟。使用外界磁场将磁珠与缓冲液分离纯化,然后向磁珠中加入500微升洗涤缓冲液(磷酸缓冲液,0.1% Tween-20,0.1% SDS,pH7.4),在65℃孵育10分钟,每隔5分钟混匀一次。使用外界磁场将磁珠与缓冲液分离纯化,以上步骤重复三次。
3. 释放富集的DNA样本
将磁珠与50微升洗脱缓冲液(10mM氢氧化钠溶液)混合,室温孵化10分钟,每隔5分钟混匀一次。使用外界磁场将磁珠与缓冲液分离纯化,保留上清液,弃掉磁珠,上清液中即含有富集过的BLM、BRIP1、FANCD2、SLX4基因片段DNA样本库。
五、PCR扩增与纯化
将富集DNA样本库进一步扩增,为测序仪器上样做准备,反应体系见表5所示。
PCR条件:置于PCR扩增仪中,95℃预变性10秒,95℃变性30秒,65℃退火30秒,72℃延伸1min,共循环20次(cDNA样本库)或者5-8次(DNA样本库),最后在72℃延伸5分钟。
六、检测灵敏度的验证
针对通路中BLM(c.3625T>A)、BRIP1(c.2755T>C)、FANCD2(c.2141C>T)、SLX4(c.3365C>T)突变构建了突变型和野生型的质粒,按照突变型在野生型中拷贝数比例混合而不同丰度的样品,采用上述的探针库进行捕获、测序考察灵敏性,每个样本重复测试3次,结果如下:
表6
待测基因 5%质粒 1%质粒 0.5%质粒
BLM 4.96% 1.22% 0.48%
BRIP1 5.13% 0.96% 0.56%
FANCD2 5.06% 1.07% 0.47%
SLX4 4.90% 1.13% 0.61%
从表中可以看出,本发明提供的检测探针库和检测方法能够对低丰度的样本也具有较好的检测灵敏度,能够达到0.5%左右的检测灵敏度水平。
采用优化后的探针库对10例肺癌患者肿瘤样本进行41个通路相关基因的检测,其中3例患者在至少1个通路相关基因中发生外显子区域错义突变(30%),其中1例患者在大于5个通路相关基因中发生外显子区域错义突变(10%)。
序列表
<110> 苏州卫生职业技术学院
<120> 一种检测范可尼贫血DNA修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒
<141> 2019-12-02
<160> 268
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 1
agtctatgtc cacatcacac agtcgtcgag aggcatgaga aggttcttct gatgagctcg 60
aggctttctg cattatagtt tgtgtcgttg caaaaagaac 100
<210> 2
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 2
gcatttctgt ttttcctgtt ccttctgggc catgaaattc aagaatatca cctgtgtaaa 60
atttaaaaat ctcagtcaaa atgcagtagc tcaagggtag 100
<210> 3
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 3
gcaaacagat ttggttctat ttctttcaag gaacttctac cttcaagtcg ggcaaggagc 60
ttataaaaga agagagaagg aaaactcatt atttaaaaat 100
<210> 4
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 4
aaacagacca ttgcggccat ttcggagctg actttccgac agtgtggtat gaagcttcgg 60
cctccccagc catgtctgta aaccccaaag gttgatttca 100
<210> 5
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 5
ggcagccagc agaggctgga gtggtggaaa gtgagaatta aagtccctcg ccgcttggaa 60
agtgcagcct tctacaggta gagccaccta gaaatgcata 100
<210> 6
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 6
tagacatgct tttacccctg acaaaaacac aagaattaaa gcaaactaag tatcaagtga 60
gcactatatc tctctcatta aaatcaagca atttacctaa 100
<210> 7
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 7
acgctgccca gtgttcatct gttaatataa aaggagatac cagtgttaaa aacattagac 60
gactagacaa agacattaaa cagactgtta cttgatataa 100
<210> 8
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 8
attttgatac ccggtggtgt tcaccaatgc cttatgctgg agcaataatt ccactacctt 60
caggtgccca tgattgcaag cttcatgcta attaaatttt 100
<210> 9
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 9
tgtttttcct ccctgatgta ccaccaactt tacgtttgca tgaaggtggt gaagaacatt 60
caggcaatgg tatattttct gagggcaccg tttgcttaac 100
<210> 10
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 10
atttatcttc aagtcttgta tccaggccgg ggtgtaacac actggacatc cagttccaat 60
gcagtcactt acacaattac tttaaaataa ttaaaaaaaa 100
<210> 11
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 11
cagcaggaca ggaaacacag agaggtggat caaaatcatt attgccagat ttcttgcaga 60
ctccgaagga agttgtatgc actacccaaa acacaccaac 100
<210> 12
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 12
tccagaagaa attatttctg cttcttcttc ctcttcaaaa tgccttaggt aaactagcta 60
aataattagc attattattt gtttctggga tactttaaat 100
<210> 13
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 13
attaattgat actattcctg atgataaact gaaacttttg gattgtggga acgaactgct 60
tcagcagcgg aacataaggt atcttaattt tcccccttct 100
<210> 14
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 14
tgtcatctac tgctcaaaat ataaacttct cagagtcaat tcagaattat actggtaagt 60
ttaaaataaa ttgaatgctt atatgaaaac aaaactgtcc 100
<210> 15
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 15
cttccttgga tgtaagttat aaaaatacta ataaaaacac gccttagaaa caattaaatt 60
tcagtcctct ggataacctt tttattaaat agttcgtgat 100
<210> 16
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 16
ggaagctctt ggcacgtttt gttattgatg aagcacattg tgtcagtcag gtaaatactg 60
ttttttatat ccggaaatac cgataaatac atactaccaa 100
<210> 17
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 17
agcctaaaaa ggtggcattt gattgcctag aatggatcag aaagcaccac ccatgtgagt 60
acagccatgt gattagctgt ctagaagtaa caaatgtctt 100
<210> 18
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 18
gctggaagag atggggaaat atctcactgc ctgcttttct atacctatca tgatgtgacc 60
agactgaaaa gacttataat gagtaagctg ggctccattg 100
<210> 19
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 19
ctggaagatt tactatgaat atgctggtcg acattttctt gggtaagtca tctgttttga 60
atgtttgagt tacttcaatt gaaattgaac atctaaagaa 100
<210> 20
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 20
tccattactt caatattttt aataccgtca ctctcaagaa gcttgcaggt gggtacacat 60
gtatcctttg ttacgtggca cagattaata ggccgaaagt 100
<210> 21
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 21
gaaatgaaag gaagaggaaa aagatgccag cctcccaaag gtctaagagg agaaaaactg 60
cttccagtgg ttccaaggca aaggggtatg ttttgtgaca 100
<210> 22
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 22
ggtttcttcc attgaccaca tctcctctga cttcaaaatc atgctgaaag aaaccaaaca 60
caacccatca ggataagaga aagagaagct tccttcaatg 100
<210> 23
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 23
aatgcagagg ttgaagatgg tatgttgcca acacgagctg actctggggc tctgtcttca 60
gaaggatcag attcagggtc atcagagaag aggctgattc 100
<210> 24
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 24
gtgaagttaa tactgcttta aatggaatga gaaaacaaat ctactttact gctttgttct 60
gatagtgata attcaggtta gaatactgat ttttttcaaa 100
<210> 25
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 25
cttcagagac gcttgtttca ctctcacacc cagatgctgc ttcaccttaa ataacaaaaa 60
cagaggttca gatgtaaaag cagactataa acgctgcaac 100
<210> 26
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 26
atgactactt cccataggct gttctaagtt atctgaaatc agatatggag agaaatctgt 60
attaacagtc tgaactactt cttcatattc ttgctttttt 100
<210> 27
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 27
ggggttttca aatgctgcac actgactcac acatttattt ggttctgttt ttgccttccc 60
tagagtgcta acttccagta acgagatact ttcctgagtg 100
<210> 28
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 28
tagattttca gttacatggc ttaagttggg gaggcttgcc ttcttccgat aggttttccc 60
aaatattttg tcttcaatat tactctctac tgatttggag 100
<210> 29
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 29
cttttttgca gaatccaaac tgatttcatc cctggttcct tgaggggtga tttgtaacaa 60
ttcttgatct cccacactat agggaaaaga cagagtccta 100
<210> 30
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 30
ttagatgttc aggagagtta ttttcctttt ttgcaaaatt atagctgttt gcatctgtaa 60
aatacaaggg aaaacattat gtttgcagtt agagaaaaat 100
<210> 31
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 31
aaactaaaat ggatcaagca gatgatgttt cctgtccact tctaaattct tgtcttagtg 60
aaaggtatga tgaagctatt atattaaaat atttaaatga 100
<210> 32
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 32
tgctcatagg taataatagc aaatgtgtat ttacaagaaa gagcagatga ggttgataat 60
tgtcatctct aatacttctg ttaaaaggaa atatgaaaag 100
<210> 33
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 33
aaatctacaa aaagtaagaa ctagcaagac taggaaaaaa attttccatg aagcaaacgc 60
tgatgaatgt gaaaaatcta aaaaccaagt gaaagaaaaa 100
<210> 34
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 34
tttgaagcaa atgcttttga agcaccactt acatttgcaa atgctgattc aggtacctct 60
gtcttttttt ttttgtaaat agtacatata gttttataga 100
<210> 35
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 35
atcaagaaga aactacttca atttcaaaaa taactgtcaa tccagactct gaagaacttt 60
tctcagacaa tgagaataat tttgtcttcc aagtagctaa 100
<210> 36
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 36
tgctggcctg ttgaaaaatg actgtaacaa aagtgcttct ggttatttaa cagatgaaaa 60
tgaagtgggg tttaggggct tttattctgc tcatggcaca 100
<210> 37
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 37
gggttttcat acagctagcg ggaaaaaagt taaaattgca aaggaatctt tggacaaagt 60
gaaaaacctt tttgatgaaa aagagcaagg tactagtgaa 100
<210> 38
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 38
ataattttga ggtagggcca cctgcattta ggatagccag tggtaaaatc gtttgtgttt 60
cacatgaaac aattaaaaaa gtgaaagaca tatttacaga 100
<210> 39
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 39
agacaaacaa cagttggtat taggaaccaa agtgtcactt gttgagaaca ttcatgtttt 60
gggaaaagaa caggcttcac ctaaaaacgt aaaaatggaa 100
<210> 40
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 40
acatccactc tgcctcgaat ctctctgaaa gcagcagtag gaggccaagt tccctctgcg 60
tgttctcata aacaggtatg tgtttgtcta caatactgat 100
<210> 41
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 41
tttgctaata gatgcctaag cccagaaagg gtgcttcttc aactaaaata caggcaagtt 60
taaagcatta cattacgtaa tcatatacgg cagtatggtt 100
<210> 42
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 42
tgttggttgt gttgatgtaa ttattcaaag agcataccct atacaggtat gatgtattct 60
tgaaacttac catatatttc tttcttttga tacaattaat 100
<210> 43
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 43
ctttatgaag cagtgaagaa tgcagcagac ccagcttacc ttgaggtgag agagtaagag 60
gacatataat gaggcttgat gattattcaa ggtgagaagc 100
<210> 44
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 44
agtatcaaca actaccggta caaacctttc attgtaattt ttcagttttg ataagtgctt 60
gttagtttat ggaatctcca tatgttgaat ttttgttttg 100
<210> 45
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 45
ttatttgctg gagatttttc tgtgttttct gctagtccaa aagagggcca ctttcaagag 60
acattcaaca aaatgaaaaa tactgttgag gtaaggttac 100
<210> 46
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 46
ttacctccac ctgttagtcc catttgtaca tttgtttctc cggctgcaca gaaggcattt 60
cagccaccaa ggagttgtgg caccaaatac gaaacaccca 100
<210> 47
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 47
atctttggag aagatgctga attcctgcca gacccctcag ctttgcaggt gagtactgca 60
gacttgcttg aatgatcttt ctttggtgaa aggaaaacaa 100
<210> 48
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 48
tacttgtcac ctcgaattga gcagtaagtg tcattaacat gaggtagcct ggtgctactt 60
cttgctaacc aatatgtctc attctttctt ttgccactct 100
<210> 49
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 49
ctctgctgct gatgtggaaa gatttttgtt ttcttgtaca cagtgagtat acttttgctg 60
tcagcatgtc agcatacatt tttaaatgtc ctaaaccaca 100
<210> 50
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 50
agagggcctc cttggagggc ctcagaggga gagagaactg ctcagtaatt ttgatcactt 60
tggtaagtat ttaaaaatac cctgtgattt agcaggaacc 100
<210> 51
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 51
atgacccgag ctcaggtgtt gccttcggta ttttaccagt aaaatactgt cccaaagaat 60
taaagcttga ccagctaact ctctttgttt gtttgttgaa 100
<210> 52
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 52
actagaataa gagctcccca atcatttctg tgtctaatac atctagaaaa aatagggaaa 60
aagtcaaata attataacat cggaaataaa tccagttttc 100
<210> 53
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 53
tcttaaacaa cagaaaaaag catatccaaa attctcagaa attgcttatt cttgtcattt 60
tgaaaatacc tgatttataa ttatagtaat tacagtagca 100
<210> 54
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 54
cacagagatt ccgacccttg gggcctgacc caatggtacc aacccaaacc tagaatatga 60
atatgtcatt attagagtta tgcctgaaaa aggcatggaa 100
<210> 55
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 55
tttgtccagg agtaagtctg ttgaatcgca attttataat catctgcaaa tctagatgca 60
aagaaagtgc taattaagtg gcaaaacttt taaaacctat 100
<210> 56
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 56
tttcatttcc actccatatt ttacaagctg attcataatc tctttctaca agatattcag 60
cgtttgcttc taaccaactg aaataaaata aaacaattgt 100
<210> 57
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 57
gatcactaat tttatgaact ccatgataaa aatagcagga ttttccctag aaacaaatat 60
gcataactga aatgtgaacc aatattagca tagaaggaat 100
<210> 58
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 58
tccaaattgt gtacttctgt tccaaagcaa tgacgttttc taatctgtaa acacagaacc 60
aaaatgaagt ttaaggtgaa ctagaagttt aactggctag 100
<210> 59
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 59
caacatgaca attgtacttc agctttttca cttacgccct catctgctgg tttccctaaa 60
aatgaaagaa catctattta taatatatct aattaaataa 100
<210> 60
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 60
taaatcttca ccccaccaat tgtatattca gaccacattg aagacatagt gctttcctgt 60
ttatttcaga ttcctaacta caacagaaat gaaaatgtca 100
<210> 61
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 61
cgcccagctt cctcggggct gggataacag gatacagggc agccgggagg tgaggtatca 60
gattatagat ttgcttcatt atggtcagtc ataagaattg 100
<210> 62
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 62
ttcagtacgg gattgcccct ctggggaggg acgaagggca gaagccatca atagggatga 60
cccttgataa ccacagggcc ctcctccacc tcttcttgca 100
<210> 63
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 63
gctggcggcc ctgagggctg gggcaccccc tctttgtcct tcccagggtc catctggagc 60
ctgaaaggga aggtgccagg agcgagtgag ccactggcgt 100
<210> 64
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 64
ttgacttctt gactgataga ataccttcag atttaattac tggtaagaat ttgaaatctt 60
attattagta tgtaaatttg tacttttttt tttttaagta 100
<210> 65
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 65
atgtctaaag gaactaaaat gccataaccc atcgcttgaa gtggaagatt tatctttaga 60
aaatgctatt ggaaaacctt ttgacaaggt actctttttc 100
<210> 66
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 66
gaaaaaatat ctgaaaaaat ggaaattaaa gaaggggaag gtatcttgtg gggttaagtc 60
tttaaatgtg ttttttattt cggtatttgg tatggaaatt 100
<210> 67
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 67
tcacaaaaga cctaaagacc cccaaaacaa agaacgggct tctaccaaag aaagaaccct 60
caaaaagaaa aaacggaagt tgaccttaac tcaaatggta 100
<210> 68
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 68
tctcactgct ttgcggaaag aaaaggaagc ttttgaaaaa ctcataaggt aatacataga 60
aaatcagtat gaaagcccca actacattgg aaacctctgg 100
<210> 69
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 69
ggctctttaa ataacggccg cctctacagc cagtgcatct ccatgtcccg ctactacaag 60
cgtcccgtgc ttctgattga gtttgaccct agcaagcctt 100
<210> 70
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 70
tcaggagcgc tggagccctg ggtggcctgc tctgtcacca tcgtctgggg gacacaggag 60
acatgctgga gagggtgtgc cccagcacct gcccccacac 100
<210> 71
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 71
ggcacagcac aggggcacgc ctggagggga ggcatcagcc gagagctcag cctgatccta 60
ccaggtgggc tcagccgatc ctaccaggtg ggcatctgca 100
<210> 72
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 72
ttgacagcag tgcacagctc acgttcatgg cctcgttgag gcttgtcagt gccttgttcc 60
gctggtcaac cgccttcttt agaaaagaca ctctgcgaag 100
<210> 73
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 73
cggccacccc cgccacaggc agcgcagagc acagggcctg ggaggcagta ctcccgcagc 60
tcgggcacca gcttcccgga ctcatcccag ctggccttga 100
<210> 74
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 74
aacgccgcct gcggaccggg gcgcgggtca ggccgacgcg acgcgcgggc ccgcggtctt 60
cattttcacg cgaaccgccg cccccgcccg gtccctcccg 100
<210> 75
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 75
caatgagaaa tggcgcgggt cacagctggc gcaggagatg caaggtcggt ggcctgccct 60
ctgccagccc tttcctcccc tgacatatta aaaaaaaaaa 100
<210> 76
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 76
gcattcttta tgtcaccgaa gctgatttgg tggcaggaaa tggctacaga aagaggcttg 60
ttcgggttag aaatgtaagt attaggctgg gtgctgtggc 100
<210> 77
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 77
ttactgtgct ggaccttgga atggtgctgc ttccagtggc cagccagatg gaagcatcct 60
gcctcgtcat ccagttggtg agtaccgatt cctacacctt 100
<210> 78
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 78
tccattgggg aactggagca ggtggtcgga caagcagtgg cacagcagat ccatgccttc 60
ttcacgcagc ccaggtgagg gctggcctca gggccacggc 100
<210> 79
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 79
cctcatgcct ctgagtgagg cctggtgcac aggtgtggaa attgccacgc agccctcttg 60
gccaggcgca gagaccccag gcctccatga ctcaggggcc 100
<210> 80
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 80
cgggccccac aggtccggcg gaaagggtgt ccaggaaaag gtcttgggtc cgacagtgaa 60
gacttcagtg ggctccgggc cgcacctggg ctcctgcaac 100
<210> 81
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 81
gaaaacgctc cacttcttcg gagccatctg ctgctgtggt gacggagttt tgctttattg 60
gaaaataatt tctggttggg actgacacgt gcacagtgga 100
<210> 82
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 82
tgaacatatg gtaagaggaa gtaaaataat ggaagccgaa agccaaaagg ctacccggga 60
atgtgagaaa tcagccctca cccctggatt ctcagataat 100
<210> 83
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 83
aatgcaggct ttctacagac aggtatgact agtagaagga gatgtgaaat gaaaatatga 60
tctgaagaac tgagcttctg cagaatgatg gcagtattat 100
<210> 84
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 84
acaccatcaa tcggaaaacc cacatcttcc aagacagaga tgatcttatc aggtaagatg 60
atgttagctc actataatgt ctatatgtgt atttcacaat 100
<210> 85
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 85
tacaaggatt ttgtctcggt ttgtggaaat actgcagaga cttcacatgt atgaggttag 60
agcacaggtc cctgcccccc accattactg atgtgatggc 100
<210> 86
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 86
gcctgcgaga gtctccgagc tgtaaaaagt tcaagcacct cttccagcag ctcccagaaa 60
tggctgtgca agatgtgaaa cacgtgagga aagagcctgt 100
<210> 87
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 87
tcttcagaaa cgcctgtcag gtactccagt gcccctgccc cacgagtagg tccttctgca 60
cacatccgtg gctcacgccc acctgggcac cgtgtgtcca 100
<210> 88
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 88
gagccgtcac tttaaggtca gttgaggcag aatggaaagt cctgttggta accttattag 60
caactgaatc agaggccaca agtaggcatt tcttgagtgg 100
<210> 89
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 89
ctagagagaa aacaggcaaa ctcacaggtt agaagacata cagaaacagg gctggtgtgt 60
cccccatagt ctgcatgctg tgccggaaca ttctttggca 100
<210> 90
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 90
ctttggcagg tctgtggtgc tctgtaaacc gcaggagacc aaccctgaga atggccgacc 60
tggtgctccc atgggtagga gggtacagcc ctcagcacag 100
<210> 91
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 91
ctggcagtgt ctcctccacc ggcagagcag cacaggctcc aggctcggcc accacaccta 60
tggagagagc accagcacac agatgagggt ggctgagatg 100
<210> 92
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 92
ttctgcctgg aagctgctgc cgcagaggac agacgaaggc aggcggagga ggatcctgga 60
aagaaggggc tgtattggtg gcgacagcac agcgtacact 100
<210> 93
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 93
aaagaccaaa tcagaatttt ctgagtggtc ataactcctt gagctgaaat gaaaatacaa 60
taaaatcctc ctcagtatcg cctaatagtg ctgaagttcc 100
<210> 94
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 94
aaagaggctg tcgggcctct gagaacaatc tgaacatgag gaactgaaac tgaaacagag 60
agtgacccgg ccgtttcttc attgcgcaag tttcactgtg 100
<210> 95
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 95
gggagcgcag acctggactc acccaggtgc acggccaggg cagccaaccc cagcacatgt 60
ggggcactca ggctcgggcc ctgcaacgag aatgagggtg 100
<210> 96
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 96
tgccacctgt gccgatataa ctgcgaagga agaaactagt tagggatgac aagaaccccg 60
aaaggaggga tacagctgcg gcctagagag ctccgcctcc 100
<210> 97
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 97
aacgccacac gggagtcagg gactttgggg agctgtggga agagaagaga cctgtgagag 60
actgacaagg aaagtccttg ctttctacac aactggtcac 100
<210> 98
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 98
ggatgttccc cgtatgctca aacaccatga tggccttttc aacatcctga agagcttggc 60
tgtggggctg gttcccatac agggaggaaa ggaaaaagaa 100
<210> 99
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 99
gtctgtgagg agggagcggt acttgccggg aaccaggggt gggtggagaa tgtgcacctg 60
aggatagata gcagagcgca gcaccgttag tctgggaact 100
<210> 100
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 100
tgtccagctg gcagctctcg aatgcctggg ccatcaaacg cgccacccag tctagttaag 60
aaccatgaca tagtcacagc aaggcaaggg cagccagcag 100
<210> 101
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 101
ttcagaggat ctgtggaaat tacactgcca agcgtgtgtc cactgaacac tccgaacctg 60
ccaatgcagc agaaagaggg gtcaggaaag ggagggtgcc 100
<210> 102
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 102
caaaggcagc acagattcct gaagagccac gatcccacag catgcatgtc gggatggctg 60
gagacacaca cagaggcaga cgtaaggctc aactaaatcc 100
<210> 103
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 103
ggcttgatcc tgcaaagcag agccttaaac acaaaacaaa accatagctt tctcttaaca 60
catgagacaa aatctaaaac caaagacttg ctgtttaaaa 100
<210> 104
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 104
tttttccctc ttgacccttc ccgctacgga gagaagtcgg ttcgaaacca tcacagcaca 60
attcacacac ggggtccccg gcccgacgcg caggtggacg 100
<210> 105
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 105
gatgtgattt gaaaacaaga tttatggaat gctgcaagaa gtgcaaaaag atcttccatg 60
tgctctacaa aaaaagtcac aagctctatc attaaactct 100
<210> 106
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 106
tgaatcttga aaattgtctg ataacttttc atctaagata tggacagaat tttcttcttc 60
accacaaaga ggaacaagac attccttcta aaaaaaaaag 100
<210> 107
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 107
tttctagagg tggaaccacc aggtaacgat tctcttgttt gtcttcaaat aagtcatctt 60
cattgcaatc tgatggttca ctctaataaa taaataaata 100
<210> 108
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 108
aagggcaatg agagatattc ttaactggtt tttgatgatc tcagttgcac aaatatgtac 60
ataagtcacc acactgctgt aagcaggagg aataatgtat 100
<210> 109
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 109
cctgctaccg tctgcaggtc ctgggctgag aggctgctgc ttctggacat tgccaggagg 60
tggcccagca cggccttcac ctggacctgg gcaatagtat 100
<210> 110
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 110
agcccatcct ccgaagtgaa tgaacaggaa ccagctctca aagggacctc cgcaggacct 60
ggaacagagg cagaacacat ggcagttgac aacctaaatt 100
<210> 111
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 111
gtttccagga gtgcacacct gaacaatgca aagtcagatc agaacacgtt taacaagtaa 60
tccggcaaac atgaaaacct gcactgtata agggaaaagt 100
<210> 112
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 112
cctccaccag ggggtcaaca tctgtcaggg taataagtgg gacacaaact cgtgacaggg 60
acgccactcg ctcgggagcc attctatgga agaaataaga 100
<210> 113
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 113
tgttaattag acaacataag caccatatta gaattttttg gctttcatct acaaaaagga 60
aaacttaata agttttatca agcagaaaaa atcattaata 100
<210> 114
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 114
aaagtggaag cctgatccca tacagaaagc ttctgcatcc aaaactgata atcacaagaa 60
agatctactg aatcttgagc catcttggaa aaagcgaaaa 100
<210> 115
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 115
tgagcgtctg caggatgagg aagccaggtg tggagaggag gcatggaatc ttgctgaaat 60
tcagtctgtt ttgccaactt catggggctg gggagggaga 100
<210> 116
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 116
ttcctattga aggtagaaaa gactcagctt tccagaaaca gagccagctt tccaacctcc 60
cagaacaagt gtcagtcagt cattgccttg ggagtaatga 100
<210> 117
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 117
atcacggtta caggcttccc aagtaaagtt gaaaagtaaa ggacgagcaa ggtaaagagc 60
tcatcctcac acaggatgtc acaattttct gacatcccac 100
<210> 118
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 118
gatcaggctg cattcaagaa cagctgctcc agagtacatt ctctgttcat tacttagtaa 60
gtgtcagaga ctattgattt ttaatctaaa acagaaagct 100
<210> 119
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 119
tggtagtgtt aaacccatct gctatgatga tgaatgctgt ctttgtaaag gtatcttatt 60
ggcttcttgt actttagata ttgaatacta taattggtgg 100
<210> 120
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 120
gctggcatca tggcggcaga caggtacacg tggagattct gacttctgtg gtttaagatc 60
agttaatctt gctaactaag tgttacatct catagacatc 100
<210> 121
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 121
ctcctgccgc tgctgttttc tcaggacttt gcaaaagatg ggggtccggt gacctcacag 60
gaatcaggcc aaaagtcagt atagtttttc ttttctaaac 100
<210> 122
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 122
atgtgttctc tcatatttct tactctcaac tggttccgag aggtgagcag agttaatagg 60
atgtttcact tattgtgcat agtttttctc aaaactattt 100
<210> 123
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 123
aacacctcat actgttactg ctatttcagc aaaaatcaga aagaaaggaa aaataggtaa 60
gtatgttctt ttcctcttgt cttgtgtctc taaataagct 100
<210> 124
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 124
ttctacattg tggacttgtg acgaagttca tcttagatac tgaaatgcac actgaagtaa 60
gtgacaggct aggatctcag aatttaatct tctttcagaa 100
<210> 125
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 125
acaactattt tcaggtcaga agcctagact tagaagctgc taagcaaata tgaggtttca 60
tttttggctg agaaaaagga aaatgaggac aattactgaa 100
<210> 126
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 126
cttagtagcc gactgaaaca gggagaacac agccagcctt tggaggaact actcaggtga 60
gtcataacta catagccaag attgttgtcc caagaaactc 100
<210> 127
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 127
ccatgctctg ctctggtgag atgtttggtt tcttccaatg agccaaatag cttttttcta 60
ttttgctact gttgtttgtc agagactgga caaatgacct 100
<210> 128
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 128
gcagactcgc agcaggtgag taagataata gtcacttcaa gaagtggact ttggattact 60
tggaagttgc tgattttttt tttttttttt tttttttttt 100
<210> 129
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 129
ttgttctaag ttggtggagc agaactttgc ctacttatgt ttattgtcaa atgcttctat 60
gcccatttcc attccctcca taacagcttc tgtgcttata 100
<210> 130
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 130
gggtggggac ctccatggag ggagcttctc cactgtctga aagatgccag agacagctcc 60
aaagtctatg tagggggctg ggcctggggg gcaggaggtt 100
<210> 131
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 131
ctgatctcag cctcagcaat gctactgtgc tgaccagaag cctctttctt ggacgggtag 60
gtgtattggg aggtactcag agtgccaagg acaatgggga 100
<210> 132
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 132
cctatgccaa gctcatgctg acagtgatga ccaagtatca ggctaacgtg agtattgata 60
gggccttggg gctggtcctg ctggcagggc tgccctgggc 100
<210> 133
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 133
tgacagaggc tttgaaacct attgtgcaac tcctcccagg gcacatcttg ggactcagtt 60
ccaacccaaa tgcctttctg aaggtcatag tgcaaacgtt 100
<210> 134
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 134
tagccattga agcgcagcat gtgcaccgca gaccgccggc gggcaaggcg ggccaggctc 60
tcttggagtg tctcctcatc ggcgtcccgg acgcccgggc 100
<210> 135
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 135
cttgagaccg ccagaagctc ggaaaagcga tccaggtgct gcagaaggga ttccatgagg 60
tgcgcgaagg ccctacttcc gctttcacct tggagacggc 100
<210> 136
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 136
agcctcttca gagtctgaag caggtgaaag taagtgtctc gattacctgt agccccagcc 60
cagagtacag agtcttagaa cttgacatag tcttaggcat 100
<210> 137
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 137
tcctcacata gagtcaaggc atcttgggct ctgcctgcct ggatcagtgc taccgctgcc 60
tccaaaaaca cctcaggcat acagggccct ggaggggagg 100
<210> 138
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 138
tacaacagtg ctctctgtgg atttccctaa agggatagga ggacacgggc ctcagctacc 60
cttacaaagc aaaaagctat acataatgct tgtggtttcc 100
<210> 139
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 139
ctgggggact ccaagttttc agaagtaaca gcagatcctt agaggctcca ctctggggaa 60
agaaggacaa ccagaagctc caagcctaca acctcctcgt 100
<210> 140
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 140
gcaggtgaca gtcagctcca agggaagaac aggaacagct gcagggagcc ctggagcaac 60
aatgttggtc ttacagactg ctcccccatg gaagatcctc 100
<210> 141
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 141
ggcgggacat ggtggccgag gctgggcccg gagaccagaa gcggacttag gaagggtgaa 60
gctggcctgc ccaagctccc aaccccagcg gggaggggcc 100
<210> 142
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 142
gattactgat gctggaggta agatggcaaa caaaaacttt tatttggggg taggtttttg 60
agggtttgta atttgttgag ggaaggaaaa cttaagtgcc 100
<210> 143
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 143
gtggggaaga atgtaagaaa cagttgatta acaccctgtg ttctggcagg tgagtcttgt 60
taatatgtat aactttctta ggaatacaag tggcggaaaa 100
<210> 144
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 144
tggtgacgag tgagtaatat agtgtagaaa taaagatcat ttttacaaat tcatcttctc 60
attgtgtatt ttagctattt cattttcttc tctctcaccg 100
<210> 145
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 145
ttgctcttct tctgtctgta acaagaatac aaagatttca ggaccaggta tttttttaaa 60
atgccatttt gtttctttct gtagttggta aaaaaaaaaa 100
<210> 146
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 146
gcatgtaagc tcggagctaa tatcctgttg gaaactttta aggtgagaca ctattttggc 60
aaccactccc taattttgtt taaataatcc aagtagggct 100
<210> 147
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 147
tgcttaaggc agtgcaggta agtcttcaga ttcccaagta acttgccaaa actgaggttt 60
aactgtctag tggaagtctg atgcattttt gtataaatat 100
<210> 148
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 148
gagatgctta agccagcaag ctgatgttcg actcatgctt tatgaggtaa gtccgtagaa 60
tggaaagaat gtagcaaaac cccaactaat aatttttatt 100
<210> 149
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 149
agtgagctgg aagactttga actggtaatt gctaagtcct cagctgtatt gaatgatgga 60
gttctttagt agcttgttaa tttttatctt gtgtctttta 100
<210> 150
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 150
gccaaaacta aaatggccaa caagacaagt gatagtcttt tgtccatgaa atttgtgtcc 60
agtcttctca ctgctctttt caggtaaggt tctgctagag 100
<210> 151
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 151
tgtgcttgga gggtttacag aaaatattca gtgctgtgca acagttctat cagcccaaga 60
ttcagcagtt tctcagagct ctgggtaagc attgcagtat 100
<210> 152
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 152
ctctcctcag gtactagtac cgctaactta atcccattta gcattcctca gaaggcaagg 60
attattgcat cataaaagtg tatatctaaa tgtcctcttg 100
<210> 153
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 153
caaaccactt tgcaatagtg aatttgagaa cggctgcccc cactgtctgt gtaagtgttg 60
tacctgagcc atggggaata gctttgtcat tctttccatt 100
<210> 154
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 154
ccatcaggca gctgtgtgga caccttgtta aaggacttgt gcaaaatgta caccacactt 60
acagcccttg tcagatatgt gagtatttga gacaagcaga 100
<210> 155
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 155
ctggttctca tctgaccccc ctgtgttatt ctttcatttc ttacgtacag gtaagagatt 60
cagaggcagt acccaatagg tcttcaagaa aggatttctt 100
<210> 156
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 156
atggtgaaga tgaaaatgaa gaggtcagtg ctggcttctg tctggagccc agccactctt 60
cctagctggt tagcagccta tctgggagca gtcacagatt 100
<210> 157
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 157
acatctttca aattttgtaa cacactattt tctggatccc tgaaagcatg gggaaaaaaa 60
ttatgctgtg aactttgtaa aatcaccaaa aagtaaaaat 100
<210> 158
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 158
catccataac atcccagaat gcctttagtg attctattgc tgccaaaaac tgactataaa 60
tgcttattaa ggagctctgt gaaaaaaatg aaagttgaat 100
<210> 159
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 159
ttctgctttt aacttgatgg tactgaagca ggtatccgca tacacaagtc tggtgagcag 60
aggagaataa aaaatgatca caccggggag agctggagag 100
<210> 160
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 160
cttccgtcac cgccatggct cgaagtccgg agaaacacag aaaagctcta gacctgctgg 60
gtcctgcaca tgcgcagtcc gctggcgctc ggacgccgcg 100
<210> 161
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 161
tctagaggag cttgtcccgc tgctgaaata aagtgtttag ttattgatga agctcataaa 60
gctctcggaa actatgctta ttgccaggta ataattttgt 100
<210> 162
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 162
taattctggc aagagatcag tttaggaaaa acccatctcc gaatattgtg gtaggtattt 60
ttaaataaat tttgatgaca gattaaattt tcactgaaag 100
<210> 163
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 163
acgtacacgt agtacttcag caaatggtat ttctgctatc caacaaggtc tggtttttct 60
tttaaaatta tgtattgtgt tgtgtttctt aatcacagtt 100
<210> 164
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 164
gtaatgactt ttgtcggcca tgcctcaggg aaaagcacga agggttttac ccagaaggag 60
caactggagg taattatttt tggaattgat aaaaataaaa 100
<210> 165
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 165
cttgcagcga aagtcatcta tcttttccta tagggatggt aaataaattt tgcatttgac 60
acatgcattt ttcccctgtt cttacttagc aggtcgtatc 100
<210> 166
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 166
ttttataggc cttatgcaaa tgatagaggg aatgagacac gaagaggtgg ggttttattg 60
taactttctc ttgctggtat gatagtaaaa ctagagtact 100
<210> 167
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 167
gcctctcagt ggactctcag acttggaata tgaaattgct aagggtactg cacttgagaa 60
tttgcttttc ttaccctgtg cagagcattt acgaagtgat 100
<210> 168
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 168
tttaccagtg caaaaaaaag ttatgagtac accactctct aaatcaaaca cattgaactc 60
attttctaag ataagaaagg aaatacttaa gacaccagat 100
<210> 169
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 169
agtgaagttg attctccact tcatgctgtc aaaaagcgca gatttcctat aaacagagta 60
agtaaatacc aggtaatgta tagtaatcca aattcctttg 100
<210> 170
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 170
gatgagtcag aaaatgaaca agattcctca ttacttgact ttttaaatga tgaaactcaa 60
ctttcacagg ctataaatgg taaatgttat aatgatcctt 100
<210> 171
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 171
ggaacaaaat tgtgcacatt caaaaaagaa attatccaga attattttac cagatgattc 60
aagtgaggag gagaacaatg taaatgataa aagagaatct 100
<210> 172
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 172
ttgcaagtag aagtttgtcc tcttaatggc tgtgattaca tcgtgagtaa tcgcatggtg 60
gtggaaagga ggtctcaatc tgagatgtta aatagtgtca 100
<210> 173
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 173
agactgaaat ctgatatata atcaagctgc tcaagatggg gttttcaaag acctctcaca 60
atattaaatg cacttcaata atcattgctg ttttatgttt 100
<210> 174
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 174
gacttttgta acctgcactg tataactgtt ttgctcgacc ctgaaaagtg ttacaaaaat 60
cagtaggata atagtttggg attagaaaaa agaaaattaa 100
<210> 175
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 175
aggtataaag aacaaaagac agatatagcc tgttgacaac gttcttgtcc accttctaga 60
aagacacaat caaataaatt cgtttactag acctgctaaa 100
<210> 176
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 176
cttcaagtct ctgtacagaa tgtcacaata agctaaatct atagttccta aaagaaagat 60
acaaatattc aatctttcac aattaccaga ggggcaaaga 100
<210> 177
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 177
tgaacaagat ggctgtaaca gttttccaat ggtttagtta ttaactccaa tacctataaa 60
ggttaaagca aaaccatgcc ttgtgttatt attaaaaata 100
<210> 178
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 178
cttcaagttc ttaatcacct cacatttttc tttctcctta tgtttcagat attccctatg 60
aaaaagatct gttagaaata tgagcccttg atcttttagt 100
<210> 179
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 179
tcaacttcat atattgtatc atttattttc agatattctt ttaactcaac cttgaattaa 60
aaggacattt gcaattaata cgacatataa attcatcttt 100
<210> 180
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 180
agagtgattt cttttccctt cttttagttg gaggaaatct tcctttgctt ccagcatatt 60
cttcaacaaa gaaaccgagt tctataccaa aacttgacaa 100
<210> 181
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 181
agagtgtctt tgagctgttt acttctagaa aatattggtg tctgggcctt cgcatttcca 60
gtcatggcat tttttagatg atctttaata ctttttctcc 100
<210> 182
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 182
ctcatctccg ggcacgagct cggccgcggt gggagcgcca aaaatacacc ccaagcttgg 60
acggttcctt ttggggagag acacccgccg gcggatgcgg 100
<210> 183
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 183
gacagcatct gagcacagaa aggtaagggc ggtacctgta tctctttgca gcccctcaaa 60
attaagtagg ggttgggggg cttctttctg tcttgaaacc 100
<210> 184
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 184
tgctctgaag aaagatgtaa gtggggaaat gctgctcgct cttttaatta aaaaacaaac 60
actttctcag ctactaagag tgaaaccccc cgccctgcgg 100
<210> 185
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 185
cgcagatgac gggtgagggc ggctcgccgc gtccccctgt gcgggcgtcc cgctcgcctc 60
gcggtgattt cttccagact tccgcccgtg gttgtgagag 100
<210> 186
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 186
ttgcaggcgc cgccaccgcc cccaccggga cccggcggcc cccagcacgc gccgttcgcg 60
ccgccgccgc cactcgtgcc catccccggg ggcgcggcgc 100
<210> 187
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 187
gcccctcgct tacggcggac tccatgtgga ggccgtggcg gaactgaggg ggctcaggcc 60
acccctcctc ctaaactccc caacccacct ctcttccctc 100
<210> 188
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 188
tcatgcatgt ggacatcctg ctcatccgcc aggatccagg ggaaatccta gggaggagac 60
aaaggtcagg ggggtgacgg ggctgggccc tggcctgccc 100
<210> 189
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 189
ttcaggatga aggcccggag cagctgctcc acatgagaca acagcgagtc tgagctggga 60
gtgagaggag gtcttcccat cacactggcg ccctcccctc 100
<210> 190
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 190
cactgggcgg tgctctttat ccaaaatcac caccaccact ttctccacat cattctgcaa 60
agagaggaac ccccactgca gagccaggca ccccaccccg 100
<210> 191
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 191
aggaactcgc agagcacatc ggccaccact gcaggggggc acaagccggt ggcgcgctcg 60
aggaagcccg ccggcccaga cgcccccgcc cccgggcccg 100
<210> 192
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 192
gagctgaaac acagggcttc gcaacgactc actctctttg gcacagggat gactcaggac 60
aataaagaga agcccctaat ttcggagaaa aataaatatc 100
<210> 193
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 193
ttctttgcct ctgtaattaa aacagtatga aaagtcagta ctttgcacta aagcagtctc 60
taggtagccc ttctccgcat tgttgaactg cataatataa 100
<210> 194
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 194
cgagattata cacatcaggc actggaacta tctgtaatac tggaacctaa ataaaacaaa 60
gcagccaaaa attatgcttg gttgtttcat ttttgtttaa 100
<210> 195
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 195
actgtcgaat tgtttagtat cactggcaag acagactgag tctttcaaat gagcaagttg 60
gggtgtgcag caagttcgtc cagcaacttc tgtagatgct 100
<210> 196
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 196
gacaagtcat tatcttcagt gggcccagcg ggagagctga ctttagttaa tgagagaagt 60
ttctgagagg ttcttgaact tggttgtcct gtgcatgtgc 100
<210> 197
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 197
tgttccttta gtcttttccc agacaatctg agtgaatcag tgccaaagac acagtctctc 60
tcctgtgaaa taaatgtcct cttctgctgc ttctttcttc 100
<210> 198
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 198
tgaaggcggg ctagtgtctt gctgtattcc cttttcaaga atgctaattt ctcctttaac 60
tggaagaaga aaaacaccaa caatactggg caagtggaaa 100
<210> 199
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 199
aggagctaat aaatattaag ggaattagtg aagccaaagc tgataaaatt ctggtaagta 60
ctgcttactt aacctaggga ggcattagtg ggaatagtac 100
<210> 200
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 200
ctgtcacctg ccaggtgagc tgttggggct atagctaatc aaataagcaa gcattacttc 60
attcctgcta tttgcaagca tctgttagga tggccataaa 100
<210> 201
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 201
cagctccttt atcaagcatc agccatgatg gtagaatcta ggtatgtgtt cagtataaga 60
caccaaatat gttcttaaga gtccttccct gaatcttgta 100
<210> 202
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 202
aaaacctatt ggaggaaata tcatcgccca tgcatcaaca accaggtaag gtgttgatgg 60
gatcagttct tcttttcgga atgtcatatt aactgtgaag 100
<210> 203
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 203
atattcttgg gggtggagtg cccttaatga aaacaacaga aatttgtggt gcaccaggtg 60
ttggaaaaac acaattatgg taaaataaag tgttctcctt 100
<210> 204
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 204
ttactggcac aagtttatct tcttccagat ttcctttcag aacactcaaa ggtatgagtc 60
agactactga aatgtaacta accaagtatt ttttgaggtg 100
<210> 205
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 205
aaggttcctt gagcacccgg aaacggtcac gagacccaga ggaagaatta taacccagaa 60
acaaatctca aagtgtacaa atttattgat gttgtgaaat 100
<210> 206
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 206
atttggagca tcctctttta cccgatggca ttttagaaat tccaaaagga gaattaaatg 60
gattttatgc tctgcagatt aattccttgg ttgatgtaag 100
<210> 207
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 207
acattcccag agttacagat gttctagatc ctgcattagg tccttctgat gaagaactct 60
tggcaagtct tgatgaaaat gatgagctta cagcaaataa 100
<210> 208
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 208
gacaaatcat ttggttgtcc atctgttaga gaccaaaaca ggagtatttt ttcagttcat 60
tgtaatgtac ccttagccca tgattttaca aataaagaaa 100
<210> 209
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 209
atgaaatact tactagcttg atagggttct cagtaccaga aatgaaacag tcaaaaaagg 60
atcctcttca ataccaaaag ttcctggaag ggttgcagaa 100
<210> 210
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 210
gcagggcagg gtagtgatgg cggaccgcgg cgaggctcgg ctgagggacc cgagcgggga 60
cttctcggtc cgcggcctgg agcgggtgcc gcgcgggcgg 100
<210> 211
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 211
gacctttctg ataatcccat ccatgaaagt atgtgggaac tggaggtaga agatttacac 60
aggaatattc cttagagtat gttggaactg tcgttaaaaa 100
<210> 212
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 212
gtaaggaagg agaccgggca gcggcggccg ggtgagggct tgggttccgc ccctcgctcc 60
gagccgccct gatgcccctg tacgccgccc gcagtttgag 100
<210> 213
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 213
agaggggccc ttgtgttgcc cccaccctgg ctgcctgcta agggcccatg tgatctgcct 60
ggcagaggag tttcttcagg aagaaccagg gcagcttctg 100
<210> 214
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 214
cactgctcgt cgggtccagc agcacaatgg gggccgcaaa aaaggcgggg cctggcggac 60
cagcgggcga gggccctggt gagaggggga ggccttctgt 100
<210> 215
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 215
ccgccgcacg tgcctctggc cttcgggcct ccaccgcccc aggccccggc cccaaggcgc 60
cgcgcaggtc cctttgatga cgcggagcct gagccagacc 100
<210> 216
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 216
agaagaggtg agtgggcttt ggtggcgggc tccctacccc actccctgcc ctgggctgcc 60
tgtgaccaca ctgcttgcct ctgcaggcac actggacaga 100
<210> 217
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 217
ggtcccttgg gcctatgggc cccaggtcct gtggtggcct cctgctgggc atggacccct 60
gcccttgaag gcttgtaggt ctgggaggcg agggtctggc 100
<210> 218
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 218
tagtgcagct tcctcggatg ggggtggtgt ccaggagtcc cggggagcga cagtcacggc 60
tgtcggcggc ctcgttcatc ctgcggctgg ggctgctggt 100
<210> 219
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 219
agaggatgac ctcatcttct tcgttcagtt tggatgaaga tttctgagat ctggagctcg 60
aatggtcagg atttgactgg gttaggtcaa tagacggaga 100
<210> 220
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 220
cccacattga cctcaagagt tcctggaaat tctcggccct gctttcgcaa ttctctgctt 60
ccttctcctc ccatggtttg ccctctgagt cagtggcaat 100
<210> 221
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 221
accatggcgc caaagtcagc aaccagcagc ccgagggaga gctgaagcag gaggagagga 60
agagccgtca cctccccacc tctgctctgc taactgggca 100
<210> 222
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 222
gggtgccgtg gagagcgggt gaccttcgct cgctcagctc tgagtgctca ggtggcacca 60
gaggcggcac gggctcctgc ataaggccct gaaagaagcc 100
<210> 223
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 223
cttgctggtg ggtcctctcc gtttcagacc tctactgtga tcactgaagc tagaaaacag 60
ccaaagagaa aagttactgg ggctagagga gtgcacgctt 100
<210> 224
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 224
cctacccgtg caaactcctg ctgcagggtc aaggccaccg cagcgtcgct ctctggggca 60
gggggcccaa gcccatacac tgtggagaag caccaaagat 100
<210> 225
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 225
gggcctggct gccagacgga ggtttcttct ctgcagggcc ttgaagggtt ttggtcttgg 60
tagcagtttg tttggtcctt ttcaatttgc ttcttatctg 100
<210> 226
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 226
atccctagaa gtccaggagc tgtggggaag agaagcactt agggccagcc agccgggcac 60
ccccacttgc gccccgaccc acgctcacgc accagctgcg 100
<210> 227
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 227
ggaagcacct tctccagctg gtccacgtcc acacggagcg cgtcttctgc ctgggcctgc 60
cgcacgccgc ggactgctgc ttctgcggtg agaaacgcga 100
<210> 228
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 228
gaccttcagc aactccacca tgagctgcag cgcgtccccg ctcactgcaa ggcaggggga 60
ggttatgcgg gaccctcacc caccgctctg gctgggtgct 100
<210> 229
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 229
aacttggccg agttcttccc ccagaactac ttccgcctgc tcggcgagga ggtcgtccgg 60
gtgctgcagg cggttgtgga ctctctccaa ggtgaggccc 100
<210> 230
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 230
ggcccagttt gtgatgaccc agaagcttct gttcttacag tcccggctca cggtgaggac 60
gccacggagg gtgcaggctg ctggctgccc catcacagca 100
<210> 231
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 231
cgttagtgcc cggatccacc ccgaggggcc tcccctgaaa ttccaggtga gcgggccgtc 60
ccctccgcgt ccccgtgtgg ctggcccggg tctcccgagc 100
<210> 232
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 232
gtggatggcg gcgtccccca agcacagctg gcgggctctg actcggacct ggacaggtag 60
gggctctgcc accccagtgg gcagcgtgca ggaggccggg 100
<210> 233
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 233
cagccactcg ggaggtgagt ggggggcggg agtgggtggg gaggcccaag atggtagctc 60
cctcaatgcc atctgtgtcc tggccactga gggtgacata 100
<210> 234
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 234
agcctggcag tgccgtggcg tctgactggc gggtggtggt ggaggagcgg atcagaagca 60
agacccagcg gctctccaag gttagtggcg cctggtcagc 100
<210> 235
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 235
ctggctgtta acaccacggt gagccgggag aggtcgccgg gcgccggcct gtgctaacca 60
tggatcagga gcgctcctca gcctcacctg cgcccaggga 100
<210> 236
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 236
ctgctgcttc tgcagagact caagaacagg ctcctcccac ccgcgtctcc ctagtccctg 60
gaggcctccc caggaccacc ctcgccgaca gcaaggcagg 100
<210> 237
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 237
ccaaacccac ctaggtggat ccctgggcct ggtgggcatc ccagggaggc gcccaggggt 60
ctatatgcca aggcaggagg ccctcctgct cccggattgg 100
<210> 238
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 238
gctgaggtag aacctgggga caaagtgcca tgtcagatga taggagtgca ggagatgctc 60
tccgctgttg gccatcagct aaggcagcct ttcctcagct 100
<210> 239
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 239
ggaatcataa cctgcaggga gagagtcgag ctcagtgagg gcccacctga gaccctcagg 60
gacttgggcg acaccaccca ctacccactg caagctctgt 100
<210> 240
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 240
gggctggtct ccccgtccac catctccacg gtgctgggct gaaagtggga tccttgctca 60
tagacaggga ggatctacag ggagcggcag gtgcaacagt 100
<210> 241
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 241
tggatcgggg gtctgctgtt ccaccaacac cgtcaggttt aagtctctgg gaaaaatgtt 60
tgtttctgtt cggggatagc tgatgtacct aaaaccaagg 100
<210> 242
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 242
gatgcctttt ccagttgaat tctacgatac catctttgtg gtcatgagtt actatattaa 60
ggagagacaa acagaaaggc tgtgtctcag agacatgtca 100
<210> 243
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 243
ggcatggggt gtgatctcag agaatcgggc tcgcaacacc tgcagattgg gctttactgc 60
agaacacaag gtgttaccaa ggtcaaagtc aaatcacact 100
<210> 244
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 244
tgaagtcatt accatggtaa cattctgaat gatgacaaaa ttcaaaattc agttagtctt 60
tttgcagtta ttattctgcc aaatcattaa aatgagaggg 100
<210> 245
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 245
gctcgaagtc atccagaggg cagcggagct ccttgtagag cttgatggtg ccgttctggg 60
ggagcgtgta ggtctcatcg cagtgggagc agtgcaggcg 100
<210> 246
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 246
ttctccactg cactgcggat ggtggggagc accagctctg catctgcaag tgggcagggg 60
gcagatattg ccctgagcac tcgcacccag ggccatgcca 100
<210> 247
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 247
caagtgggca ggctctcctc caggggcacg ctctgccagg gcatgacctc cgtgaagcct 60
ggagagatat gcgccgccac tcagggtccc cagcctgggt 100
<210> 248
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 248
ttctgctaac aaccgcttca cctgagggag agaagacaga gcagagtctg tggctgggct 60
cggctgcctg cctgggtttg gctgacgtac cagacctggt 100
<210> 249
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 249
ccaggggcct ctgcttggcc ttttctttcc tgcttgtggc ctccacctgg aagacaggac 60
agtcaatgat ttggggaagg aggaagacac caccatagag 100
<210> 250
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 250
tggagtctga cacggcccaa aggagatgag agagctgtct aaatcaccgt atttcccctg 60
gaaatattta gtctgaaacc tggagggagt ggaaagatat 100
<210> 251
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 251
gagcttggct gaacagttct gcggggtcca ctttgtccca tttgttgtat tttcctacaa 60
accagtcaca gtgacattga gtcacaggag ctcagcctcc 100
<210> 252
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 252
gagtcaccag cctctggtag attatcaagc atctcttcct catcagccta aagaggagac 60
agggtgaaac acagtaaggt tcacacaaat gccaggatgg 100
<210> 253
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 253
attctgagga ctgagatgaa atcaaagaaa agagttaatg gagaaaaaca tgatttgcag 60
tggttagagc tgctgcagct atcctcacac agggagagtt 100
<210> 254
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 254
ttgagggatg gtctccaagc accctatata caaacagatg aacagttgct tttatattag 60
aatgtgatcc tctaattcaa gtttaataga tgaagaaaac 100
<210> 255
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 255
taaattggag tgagaaatcg gatctgagga ggttcaaatg ggtacctatg aaagaataag 60
acaacagata attttcatta cataattttg cttctaaata 100
<210> 256
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 256
gggtggctct gtggctaaca tgtgcagctc tctcttcaga cgtgaagctc tctgcatgat 60
ccccaagtag aaggaaccac acacagttca ctgctccaca 100
<210> 257
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 257
agtatacttc aggtaaattg acaattttgc tatatcataa agctttagta ggcaaagatt 60
gatgtagcat ttaatgtttt tgagttattg gaggacttta 100
<210> 258
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 258
attaacagca tagagatgga cagtatgagg cattctgaag actttaaaga gaaactccca 60
aaaggaaatg ggaaaagaaa aagtgacact gaatttggta 100
<210> 259
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 259
tttaacagaa agaagagaag attttcaaga catcagtgtg ccagtacaag aagatgagct 60
ttccaaagta gaggagagtt ctgaaagtaa gcaaaattgg 100
<210> 260
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 260
ccttaacagt ttagaactag ataaaggaaa ttttgtggtt gaccaaatgt gtgaaatagg 60
taagccagaa ccattgaatg aggaggaagc aaggggtgtg 100
<210> 261
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 261
ccatactgat tgggtaaacg acattgtact ctgttgtaat gggaaaacat gtaagtattt 60
ctttggatta ttattgggct tctgatatat tttttgtttt 100
<210> 262
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 262
tcaaataaca ctgtcacaag taaggtgttt aaaagaaact tctttgaaag tgatccaagt 60
taacataaat aaagaatggt ttataaaaca tttttgatag 100
<210> 263
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 263
aagattccat ttatagcctg gccatgaatc aactgggaac aatcattgta tcagggtcca 60
ctgaaaaggt aaggaggagc ttatttcttt atttaaaaaa 100
<210> 264
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 264
acaggaagat ttattgtaca gacctaagaa accctgacat tcgggtgcta atttgtgaag 60
aaaaagcacc agttctcaag gtatgtcata tgttaatatt 100
<210> 265
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 265
attgggatgt attgaaggtg agtatttttt ttgggctaaa tataggttgt tagattgtat 60
acccccttta ttttttattt tttgtatgtg ataagataat 100
<210> 266
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 266
tctgcaaaag atgctggttt cagcagccct gatgggtcag atccaaaatg tgagtttaag 60
tgtccttcat ttttttcctc ccttctaaag agaagatgaa 100
<210> 267
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 267
tggaggtcgc acactgttca ggtatgggta agaaagacaa gaggttctgc ctgagaaggt 60
atcccatttg ctaagaagtg tcgactcaaa ctcagtattt 100
<210> 268
<211> 100
<212> DNA
<213> 人工序列(化学合成)
<400> 268
tgctgtgttg gcagaggaga aaattgaact tttgtgccag gaccaggtaa gtggacttga 60
ggactacagc cccaattttt ccagtgctgg tgctcataaa 100

Claims (7)

1. 一种用于检测范可尼贫血DNA修复通路有效性的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒包括针对与范可尼贫血DNA修复通路相关基因的如SEQ ID NO.1~268所示探针组成的探针库。
2.根据权利要求1所述的一种用于检测范可尼贫血DNA修复通路有效性的试剂盒,其特征在于,与范可尼贫血DNA修复通路相关的基因包括XRCC2、CENPS、BARD1、BLM、BRCA1、BRCA2、BABAM2、BRIP1、ERCC1、ERCC4、FAAP100、FAAP24、FAAP20、FAN1、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、HELQ、HES1、MAD2L2、PALB2、RAD51、RAD51C、RMI1、RMI2、SLX1A、SLX4、CENPX、TELO2、TOP3A、TOP3B、UBE2T、USP1、WDR48。
3. 根据权利要求1所述的一种用于检测范可尼贫血DNA修复通路有效性的试剂盒,其特征在于,所述基因XRCC2对应的探针序列如SEQ ID NO.1~3所示,所述基因CENPS对应的探针序列如SEQ ID NO.4~5所示,所述基因BARD1对应的探针序列如SEQ ID NO.6~10所示,所述基因BLM对应的探针序列如SEQ ID NO.11~21所示,所述基因BRCA1对应的探针序列如SEQ ID NO.22~30所示,所述基因BRCA2对应的探针序列如SEQ ID NO.31~46所示,所述基因BABAM2对应的探针序列如SEQ ID NO.47~52所示,所述基因BRIP1对应的探针序列如SEQ ID NO.51~60所示,所述基因ERCC1对应的探针序列如SEQ ID NO.61~63所示,所述基因ERCC4对应的探针序列如SEQ ID NO.64~69所示,所述基因FAAP100对应的探针序列如SEQ ID NO.70~74所示,所述基因FAAP24对应的探针序列如SEQ ID NO.75~78所示,所述基因FAAP20对应的探针序列如SEQ ID NO.79~81所示,所述基因FAN1对应的探针序列如SEQ ID NO.82~88所示,所述基因FANCA对应的探针序列如SEQ ID NO.89~104所示,所述基因FANCB对应的探针序列如SEQ ID NO.104~108所示,所述基因FANCC对应的探针序列如SEQ ID NO.109~114所示,所述基因FANCD2对应的探针序列如SEQ ID NO.115~129所示,所述基因FANCE对应的探针序列如SEQ ID NO.130~132所示,所述基因FANCF对应的探针序列如SEQ ID NO.133~135所示,所述基因FANCG对应的探针序列如SEQ ID NO.136~141所示,所述基因FANCI对应的探针序列如SEQ ID NO.142~156所示,所述基因FANCL对应的探针序列如SEQ ID NO.157~160所示,所述基因FANCM对应的探针序列如SEQ ID NO.161~173所示,所述基因HELQ对应的探针序列如SEQ ID NO.174~182所示,所述基因HES1对应的探针序列如SEQ ID NO.183~187所示,所述基因MAD2L2对应的探针序列如SEQ ID NO.188~191所示,所述基因PALB2对应的探针序列如SEQ ID NO.192~198所示,所述基因RAD51对应的探针序列如SEQ ID NO.199~202所示,所述基因RAD51C对应的探针序列如SEQ IDNO.203~205所示,所述基因RMI1对应的探针序列如SEQ ID NO.206~209所示,所述基因RMI2对应的探针序列如SEQ ID NO.210~211所示,所述基因SLX1A对应的探针序列如SEQID NO.212~216所示,所述基因SLX4对应的探针序列如SEQ ID NO.217~225所示,所述基因CENPX对应的探针序列如SEQ ID NO.226~228所示,所述基因TELO2对应的探针序列如SEQ ID NO.229~236所示,所述基因TOP3A对应的探针序列如SEQ ID NO.237~244所示,所述基因TOP3B对应的探针序列如SEQ ID NO.245~251所示,所述基因UBE2T对应的探针序列如SEQ ID NO.252~256所示,所述基因USP1对应的探针序列如SEQ ID NO.257~260所示,所述基因WDR48对应的探针序列如SEQ ID NO.261~268所示。
4.一种检测与范可尼贫血DNA修复通路相关的基因的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)获得受试者的DNA样本库;
(2)将权利要求1所述的试剂盒中SEQ ID NO.1~268所示的全部探针与所述DNA样本库进行杂交;
(3)分离步骤(2)的杂交产物,并释放出与试剂盒中探针杂交的基因片段,采用测序技术对分离出的基因片段进行测序从而检测基因的突变情况。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述步骤(1)中的DNA样本库由双链DNA片段组成;
所述步骤(1)包括以下步骤:提取全基因组DNA,然后将其片段化;或者提取mRNA,将其片段化,然后以该经片段化的mRNA为模板合成双链cDNA。
6.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述步骤(2)中的探针进行选择性标记。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,所述步骤(2)中的探针进行生物素标记。
CN201911239804.6A 2019-12-06 2019-12-06 一种检测范可尼贫血dna修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒 Pending CN110863043A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911239804.6A CN110863043A (zh) 2019-12-06 2019-12-06 一种检测范可尼贫血dna修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911239804.6A CN110863043A (zh) 2019-12-06 2019-12-06 一种检测范可尼贫血dna修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN110863043A true CN110863043A (zh) 2020-03-06

Family

ID=69657777

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201911239804.6A Pending CN110863043A (zh) 2019-12-06 2019-12-06 一种检测范可尼贫血dna修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110863043A (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111534858A (zh) * 2020-04-29 2020-08-14 杭州瑞普基因科技有限公司 用于高通量测序的文库构建方法及高通量测序方法

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103667254A (zh) * 2012-09-18 2014-03-26 邵阳 目标基因片段的富集和检测方法
CN106834515A (zh) * 2017-02-22 2017-06-13 南京世和基因生物技术有限公司 一种检测met基因14外显子突变的探针库、检测方法和试剂盒
CN109652530A (zh) * 2019-01-02 2019-04-19 天津协和华美医学诊断技术有限公司 一组检测范可尼贫血的生物标记及检测试剂盒

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103667254A (zh) * 2012-09-18 2014-03-26 邵阳 目标基因片段的富集和检测方法
CN106834515A (zh) * 2017-02-22 2017-06-13 南京世和基因生物技术有限公司 一种检测met基因14外显子突变的探针库、检测方法和试剂盒
CN109652530A (zh) * 2019-01-02 2019-04-19 天津协和华美医学诊断技术有限公司 一组检测范可尼贫血的生物标记及检测试剂盒

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MARK R. KELLEY等主编: "《DNA Repair in Cancer Therapy Molecular Targets and Clinical Applications》", 7 June 2016, MICA HALEY, pages: 355 - 356 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111534858A (zh) * 2020-04-29 2020-08-14 杭州瑞普基因科技有限公司 用于高通量测序的文库构建方法及高通量测序方法
CN111534858B (zh) * 2020-04-29 2021-07-13 杭州瑞普基因科技有限公司 用于高通量测序的文库构建方法及高通量测序方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP6870015B2 (ja) 遺伝子産物の発現を変更するためのCRISPR−Cas系および方法
JP7083364B2 (ja) 配列操作のための最適化されたCRISPR-Cas二重ニッカーゼ系、方法および組成物
CN110592089B (zh) 用于切割靶dna的组合物及其用途
JP6395765B2 (ja) 配列操作のための改善された系、方法および酵素組成物のエンジニアリングおよび最適化
JP2022023118A (ja) 配列操作のための系、方法および最適化ガイド組成物のエンジニアリング
US20180340176A1 (en) Crispr-cas sgrna library
CN107012250A (zh) 一种适用于CRISPR/Cas9系统的基因组DNA片段编辑精准度的分析方法及应用
CN110804628B (zh) 高特异性无脱靶单碱基基因编辑工具
JPH08503365A (ja) Dna分析への選択的アプローチ
CN110863048A (zh) 一种检测dna同源重组修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒
CN115667283A (zh) Rna指导的千碱基规模基因组重组工程
CN110863043A (zh) 一种检测范可尼贫血dna修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒
CN110863049A (zh) 一种检测dna错配修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒
CN109868271B (zh) 利用芯片合成寡核苷酸文库进行dna洗牌文库从头合成的方法
CN108624686B (zh) 一种检测brca1/2突变的探针库、检测方法和试剂盒
CN111269980B (zh) Brca1/2突变检测组合物、试剂盒及文库构建方法
CN110863035A (zh) 一种检测dna直接修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒
Lin et al. Physical mapping of RFLP markers on four chromosome arms in maize using terminal deficiencies
CN110878357A (zh) 一种检测dna跨损伤合成修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒
CN112359096A (zh) 一种检测dna碱基切除修复通路关键突变基因的试剂盒
CN110846416A (zh) 一种检测dna非同源末端连接修复通路有效性的探针库、检测方法和试剂盒
KR102715523B1 (ko) 연녹색 구피색 양파 판별용 조성물 및 이를 이용한 판별방법
KR20220169190A (ko) 수박의 여교배 세대단축 육종을 위한 단일염기 다형성 마커세트 및 이의 용도
Lee et al. Linkage of phosphoribosylpyrophosphate synthetases 1 and 2, Prps1 and Prps2, on the mouse X chromosome
KR102539173B1 (ko) 표적 DNA에 특이적인 가이드 RNA 및 Cas 단백질을 암호화하는 핵산 또는 Cas 단백질을 포함하는, 표적 DNA를 절단하기 위한 조성물 및 이의 용도

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20200306