CN110568195B - 胶质母细胞瘤相关的尿液蛋白标志物及其应用 - Google Patents

胶质母细胞瘤相关的尿液蛋白标志物及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了胶质母细胞瘤相关的尿液蛋白标志物及其应用。具体地，相对正常健康人对照，胶质母细胞瘤患者的尿液中T‑复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的表达降低。因此，所述胶质母细胞瘤相关的尿液蛋白标志物的鉴定试剂可用于制备用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品，所述鉴定试剂为以下质谱鉴定试剂中的一种或两种：T‑复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的标签肽的鉴定试剂；所述产品优选用于胶质母细胞瘤的早期诊断。

Description

胶质母细胞瘤相关的尿液蛋白标志物及其应用
技术领域
本发明涉及生物医学技术领域，具体涉及胶质母细胞瘤相关的尿液蛋白标志物及其应用。
背景技术
中国卫生部2013年最新年鉴表明，全国每年有超过30万患者死于脑部肿瘤。美国脑肿瘤登记中心2018年的报告(Q.T.Ostrom,et al.,CBTRUS Statistical Report:Primary Brain and Other Central Nervous System Tumors Diagnosed in the UnitedStates in 2011-2015.Neuro Oncol 20(2018)iv1-iv86)指出，胶质母细胞瘤(glioblastoma,缩写GBM)作为脑部最常见的原发性恶性肿瘤，占所有原发性脑恶性肿瘤的47.6％，恶性程度最高(WHO分级为恶性程度最高的IV级)，治疗效果差。经过标准的手术、放疗及化疗之后，患者中位生存期仅为14.6个月(R.Stupp,et al.,Radiotherapy plusconcomitant and adjuvant temozolomide for glioblastoma.N Engl J Med,352(2005),987-996)。这不仅给患者身体造成巨大痛苦，而且给患者及其家属带来心理上的沉重负担。此外，胶质母细胞瘤本身对脑功能造成的损害以及手术治疗所导致的致残率也很高。因此，该疾病给国家医疗资源以及社会保障体系带来很大的负担。
早期发现并及时手术治疗能延长恶性胶质瘤患者生存预后，甚至能治愈部分患者，故胶质瘤早期诊断具有至关重要的作用。然而，胶质瘤起病隐匿，缺乏特异性早期症状，这导致发现时往往已是肿瘤病程后期，此时肿瘤较大，侵袭性强，手术治疗效果往往不佳。利用各种组学方法在体液中筛选并鉴定胶质瘤早期诊断标志物是目前胶质瘤早诊研究常规策略(M.Touat,et al.,Emerging circulating biomarkers in glioblastoma:promises and challenges.Expert Rev Mol Diagn,15(2015),1311-1323)。
蛋白质组学方法是一种大规模、高通量检测和定量各种蛋白在生物样品中表达的研究方法，质谱法为其主要研究技术。因此，利用质谱技术，通过蛋白组学方法来从生物样品中筛选出胶质瘤相关的蛋白标志物将有利于胶质瘤患者的早期诊断和治疗。
发明内容
为了解决上述技术问题，本发明基于质谱技术，通过蛋白质组学方法在尿液中筛选出一组能较好地区分正常健康人对照(指未患有胶质母细胞瘤及其他疾病的健康个体)和胶质瘤患者的蛋白标志物。
本发明一方面提供了胶质母细胞瘤相关的尿液蛋白标志物的鉴定试剂在制备用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品中的应用，其中所述蛋白标志物为以下一种或两种：T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2；相对正常健康人对照，胶质母细胞瘤患者的尿液中T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的表达降低。
在本发明上述应用的一些实施方案中，所述蛋白标志物为T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2。
如本发明所用，术语“诊断”是指相比正常健康人对照，根据受试者尿液中所述蛋白标志物的变化来判断其患胶质母细胞瘤的风险或严重程度；术语“预后”是指相比治疗以前，根据患者尿液中所述蛋白标志物的变化来判断其胶质母细胞瘤治疗的有效性。
在本发明上述应用的一些实施方案中，所述胶质母细胞瘤诊断的过程包括以下步骤：
1)获得受试者的尿液样本；
2)任选地，从尿液样本中分离尿蛋白；
3)确定受试者尿液样本中以下一种或两种蛋白的表达水平：T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2。
在本发明上述应用的一些实施方案中，所述胶质母细胞瘤诊断为早期诊断。
在本发明上述应用的一些实施方案中，所述受试者是人。
在本发明上述应用的一些实施方案中，所述用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品为试剂盒或芯片。
优选地，使用质谱方法确定所述尿液蛋白的表达水平，其中在获得尿液样本之后，还可以包括尿液蛋白的消化步骤。具体地，用胰蛋白酶消化尿液样本中的蛋白。
在本发明上述应用的一些实施方案中，所述鉴定试剂为以下质谱鉴定试剂中的一种或两种：T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的标签肽的鉴定试剂。
标签肽是指能够代表某种蛋白的肽段，其特异性地仅存在于某种蛋白的氨基酸序列中。
进一步地，在本发明上述应用的一些实施方案中，所述质谱鉴定试剂是通过数据非依赖采集方法和平行反应监测来使用的。
进一步地，在本发明上述应用的一些实施方案中，T-复合物蛋白1亚基的标签肽氨基酸序列如SEQ ID NO:1(VIDPATATSVDLR)所示，腺苷酸激酶2的标签肽氨基酸序列如SEQID NO:2(AVLLGPPGAGK)所示。
数据非依赖检测方法是将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口，高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测，从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息。数据非依赖检测就像地毯式轰炸，无遗漏地打击全部目标。
平行反应监测是一种基于二级质谱信号的靶标质谱定量分析技术，其检测目标蛋白的标签肽段，通过采集标签肽段对应母离子的所有子离子，根据子离子的信号强度来进行定量。相较于传统的选择反应监测技术，平行反应监测无需预先设计靶向蛋白的母离子/子离子配对信息，简化了实验设计并节约了操作时间；并且选择性更高，灵敏度更佳；不仅重现性更好，而且在复杂背景中的抗干扰能力更强。其相较于免疫方法，不再受制于商业化抗体，克服了基于免疫方法对抗体特异性和滴度的限制。平行反应监测技术能够同时对多种蛋白进行定性和定量分析。
针对尿液中上述两种蛋白进行定量检测的方法，可以使用其相应的标准品来建立人群中这两种蛋白的基线，从而基于正常对照组的含量范围，对胶质母细胞瘤患者进行早期诊断。
本发明另一个方面还提供了用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品，其包含以下一种或两种尿液蛋白标志物的鉴定试剂：T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2；相对正常健康人对照，胶质母细胞瘤患者的尿液中T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的表达降低。
在本发明上述产品的一些实施方案中，所述产品包含T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的鉴定试剂。
在本发明上述用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品的一些实施方案中，所述胶质母细胞瘤诊断的过程包括以下步骤：
1)获得受试者的尿液样本；
2)任选地，从尿液样本中分离尿蛋白；
3)确定受试者尿液样本中以下一种或两种蛋白的表达水平：T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2。
在本发明上述用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品的一些实施方案中，所述胶质母细胞瘤诊断是早期诊断。
在本发明上述用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品的一些实施方案中，所述产品为试剂盒或芯片。
在本发明上述用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品的一些实施方案中，所述鉴定试剂为以下质谱鉴定试剂中的一种或两种：T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的标签肽的鉴定试剂。
进一步地，在本发明上述用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品的一些实施方案中，所述质谱鉴定试剂是通过数据非依赖采集方法和平行反应监测来使用的。
进一步地，在本发明上述用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品的一些实施方案中，T-复合物蛋白1亚基的标签肽氨基酸序列如SEQ ID NO:1(VIDPATATSVDLR)所示，腺苷酸激酶2的标签肽氨基酸序列如SEQ ID NO:2(AVLLGPPGAGK)所示。
有益效果
本发明人经研究发现，相对正常健康人对照，胶质母细胞瘤患者的尿液中T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的表达降低。因此，所述胶质母细胞瘤相关的尿液蛋白标志物的鉴定试剂可用于制备用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品，所述鉴定试剂为以下质谱鉴定试剂中的一种或两种：T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的标签肽的鉴定试剂，其中T-复合物蛋白1亚基的标签肽氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示，腺苷酸激酶2的标签肽氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示；所述产品优选用于胶质母细胞瘤的早期诊断。本发明基于质谱鉴定技术，采用数据非依赖采集方法和平行反应监测来检测受试者尿液中所述标签肽的含量相对于正常人的变化，具有较高的灵敏度和特异性，从而有助于胶质瘤患者的早期诊断和治疗。
附图说明
图1为在数据非依赖性采集模式下，尿液蛋白组区分胶质母细胞瘤(GBM)和正常对照组(Control)的PCA(图1A)和OPLS-DA(图1B)。
图2为在数据非依赖性采集模式下，检测胶质母细胞瘤(GBM)和正常对照组(Control)的尿液蛋白中，T-复合物蛋白1亚基(图2A)、腺苷酸激酶2(图2B)的蛋白含量变化。
图3为在平行反应监测模式下，检测胶质母细胞瘤(GBM)和正常对照组(Control)的尿液蛋白中，T-复合物蛋白1亚基、腺苷酸激酶2标签肽的含量变化；其中图3A为T-复合物蛋白1亚基标签肽段VIDPATATSVDLR(SEQ ID NO:1)的含量变化；图3B为腺苷酸激酶2标签肽段AVLLGPPGAGK(SEQ ID NO:2)的含量变化。
图4为两种蛋白组合预测胶质母细胞瘤的ROC曲线。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
实施例1：尿液中胶质母细胞瘤相关蛋白检测
我们用数据非依赖性采集方法(Data independent acquisition,DIA)在尿液中筛选胶质母细胞瘤相关蛋白。
材料与试剂
1)仪器：Orbitrap Fusion Lumos Tribrid质谱仪(Thermo Scientific公司)。
2)主要试剂：胰蛋白酶(Promega公司)；C18固相萃取小柱(3CC,60mg,Waters公司)；C18反相色谱柱(4.6mm×250mm,C18,3μm,Waters公司)。
3)样本：26例胶质母细胞瘤患者和69例正常对照组的尿液，来自北京天坛医院。
1.1人尿液样品的收集及尿蛋白的富集
收集空腹晨尿，5000g的转速离心30min，去除沉淀。上清用乙醇沉淀，4℃过夜以析出蛋白。将蛋白沉淀用裂解液复溶。采用Bradford方法测量收集到的人尿蛋白的浓度。蛋白样品用SDS-PAGE分析。
1.2蛋白酶解
用膜上酶切方法进行蛋白酶解。蛋白样品先用20mM DTT还原(95℃5min)，再用50mM IAA烷基化(室温45min)，并上样到30KD滤膜上，离心弃掉下层废液。膜上蛋白样品用UA溶液(含8M尿素)清洗两次，并用25mM碳酸氢铵溶液清洗两次。膜上蛋白样品用1：50胰酶37℃过夜酶解，离心并收集酶解后多肽。酶切后多肽用C18萃取柱萃取，真空抽干。抽干后用BCA法对所得多肽进行定量。
1.3构建文库
为了构建谱图库，将所有尿液样品即胶质母细胞瘤(GBM)疾病组和对照组(control)等量混合。并进行离线高pH高效液相色谱分离，收集的洗脱液置于旋转真空干燥仪中，真空抽干后复溶于1‰甲酸中进行LC-MS/MS分析。
每一个组分的样品用数据依赖性采集方法(DDA,Data dependent acquisition)采集，采集到的原始数据用Proteome Discoverer(Thermo Scientific,Germany)软件检索。检索条件如下，搜索参数：
数据库SwissProt human(下载于Uniprot网站)酶切方式：胰蛋白酶；容许两个误切位点；
固定修饰：半胱氨酸烷基化，TMT标记分子；
可变修饰：天冬氨酸和谷氨酰胺脱氨化，甲硫氨酸氧化；赖氨酸和多肽N端氨甲酰化；
母离子质量误差：20ppm；
子离子质量误差：0.05Da。
蛋白水平FDR<1％，每个蛋白至少含有一个唯一的肽。
将检索结果导入Spectronaut Pulsar(Biognosys,Switzerland)软件，以产生数据库。
1.4 DIA分析实验数据：
95例样品分别用1D-LC-MS/MS分析；每个样品用DIA方式进行数据采集，DIA采集的数据用Spectronaut Pulsar软件处理。检索上述构建的谱图库，搜索参数同上。导出数据结果，采用多元统计分析软件对以上数据进行分析以筛选差异蛋白。主成分分析结果显示，GBM疾病组和对照组(control)有一定的分离趋势(图1A)。进一步采用有监督判别分析，散点图显示GBM疾病组和对照组呈现显著差异(图1B)。根据分类贡献度，结合倍数变化(>1.5倍)和统计学差异(p<0.05)，筛出差异蛋白444个(不详细列出)。其中T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2两种蛋白在GBM疾病组呈现明显下降的趋势(图2A和图2B)。
实施例2：尿液蛋白T-复合物蛋白1亚基、腺苷酸激酶2蛋白的质谱检测。
为更好地将实施例1中的差异蛋白质组学分析结果在更大规模临床样本中进行应用检测，对于鉴定到的差异蛋白我们采用靶向质谱分析方法对其进行监测。
平行反应监测是一种基于二级质谱信号的靶标质谱定量分析技术，相较于传统的选择反应监测技术，不需要预先设计靶向蛋白的母离子/子离子配对信息，节约实验设计和操作时间；且选择性更高，灵敏度更佳，重现性更好，在复杂背景中的抗干扰能力更强。其相较于免疫方法，不再受制于商业化抗体，克服了基于免疫方法对抗体特异性和滴度的限制。平行反应监测技术能够同时进行相对和绝对定量。
材料与试剂
1)仪器：Triple TOF5600质谱仪(AB Sciex公司)。
2)主要试剂：胰蛋白酶(Promega公司)；C18固相萃取小柱(3CC,60mg,Waters公司)。
3)样本：19例胶质母细胞瘤患者的尿液和35例正常对照组的尿液，来自北京天坛医院。
2.1样品制备：
19例胶质母细胞瘤患者的尿液和35例正常对照组的尿液，分别取4ml尿液进行胰蛋白酶酶解。酶解后样本用BCA法进行多肽浓度测定。每个样品取10.5ug(0.5ug/uL)加入1.5uL iRT标准肽。并取等量样本制备混合样。
2.2 PRM多肽筛选：
从实施例1中的差异蛋白选取待验证的蛋白62个，进行PRM验证。用Skyline 3.6软件进行PRM多肽筛选。先用混合多肽进行筛选。每个差异蛋白选用3个左右多肽进行筛选，选择在尿液蛋白质组数据库中有较好谱图的，且在混合样品中能够鉴定到的或具有较高信噪比峰的多肽进行后续验证。
2.3 PRM验证：
对2.2中筛选到的可用于PRM验证的多肽进行PRM分析。对上述54例样本分别验证，每个样本用schedule模式对待验证的多肽进行分析。为保证数据质量，在所有样品上样之前和上样之后，以及每8-10个样品之间，各进行一次混合样品的分析作为质量控制，观察整个分析过程中，仪器信号的稳定性。为保证数据质量，每个样品中加入iRT标准肽分析，观察分析过程中，色谱保留时间的稳定性。每个样品进行两次技术重复分析。不同组样品打乱顺序穿插进行质谱分析，以减少系统误差。
2.4 PRM数据分析：
用Skyline 3.6软件进行PRM数据分析。所有结果导入到Skyline软件中，人工挑选正确的峰，将所有样品的所有多肽结果导出。用Progenesis软件提取每个样品的+2～+5电荷的总离子流强度(TIC)。将每个样品的每个多肽的质谱结果用该样品的总离子流强度均一化，校正上样量和质谱信号强度的误差。
对每个多肽结果进行定量分析，筛选不同组之间的差异蛋白，并与数据非依赖检测结果进行比较。用Metaboanalyst进行ROC曲线分析，筛选出能够具有高灵敏度(sensitivity)和特异性(specificity)的蛋白标志物或蛋白标志物组合。
结果表明，T-复合物蛋白1亚基标签肽段VIDPATATSVDLR(SEQ ID NO:1)和腺苷酸激酶2标签肽段AVLLGPPGAGK(SEQ ID NO:2)的含量在GBM疾病组显著下降(图3A和3B)。该结果与实施例1得到的结果相一致。实施例1和实施例2中特征肽段(标签肽)的检测信息列表如以下表1中所示。
表1尿液中2种蛋白的特征肽段列表
Figure BDA0002198738530000101
然后，我们对其进行受试者操作特征曲线(receiver operatingcharacteristic，ROC)分析，从而判断这两种蛋白区分胶质母细胞瘤的能力。结果显示，这两种蛋白单独使用的ROC曲线下面积AUC均大于0.7。(表2)
表2两种蛋白的特征多肽ROC曲线分析结果
Figure BDA0002198738530000102
AUC(Area under the curve)：曲线下面积
我们进而将这两种蛋白的两种特征肽段(标签肽)的结果进行整合分析。整合结果显示，AUC分析结果为0.80(图4)。
以上结果表明，T-复合物蛋白1亚基标签肽VIDPATATSVDLR(SEQ ID NO:1)和腺苷酸激酶2标签肽AVLLGPPGAGK(SEQ ID NO:2)的检测可以单独或组合起来用于胶质母细胞瘤的诊断和/或预后分析。
虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
序列表
<110> 中国医学科学院基础医学研究所
<120> 胶质母细胞瘤相关的尿液蛋白标志物及其应用
<130> P190273
<141> 2019-09-11
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<400> 1
Val Ile Asp Pro Ala Thr Ala Thr Ser Val Asp Leu Arg
1 5 10
<210> 2
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<400> 2
Ala Val Leu Leu Gly Pro Pro Gly Ala Gly Lys
1 5 10

Claims (5)

1.胶质母细胞瘤相关的尿液蛋白标志物的鉴定试剂在制备用于胶质母细胞瘤诊断和/或预后的产品中的应用，其特征在于，所述蛋白标志物为以下一种或两种：T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2；其中相对正常健康人对照，胶质母细胞瘤患者的尿液中T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的表达降低。
2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，所述胶质母细胞瘤诊断的过程包括以下步骤：
1)获得受试者的尿液样本，
2)任选地，从尿液样本中分离尿蛋白，
3)确定受试者尿液样本中以下一种或两种蛋白的表达水平：T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2；
所述胶质母细胞瘤诊断为早期诊断。
3.如权利要求1或2所述的的应用，其特征在于，所述鉴定试剂为以下质谱鉴定试剂中的一种或两种：T-复合物蛋白1亚基和腺苷酸激酶2的标签肽的鉴定试剂。
4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，所述质谱鉴定试剂是通过数据非依赖采集方法和平行反应监测来使用的。
5.如权利要求3所述的应用，其特征在于，T-复合物蛋白1亚基的标签肽氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示，腺苷酸激酶2的标签肽氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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Early candidate biomarkers found from urine of glioblastoma multiforme rat before changes in MRI;Yanying Ni et al.;《SCIENCE CHINA Life Sciences》;20180831;第61卷(第8期);第982-987页 *
Human Sperm Tail Proteome Suggests New Endogenous Metabolic Pathways;Alexandra Amaral et al.;《Molecular & Cellular Proteomics》;20121115;第330-342页，附加材料 *

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