CN110438244A - 一种快速提高鸭群体青壳率的分子标记及应用 - Google Patents

一种快速提高鸭群体青壳率的分子标记及应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种快速提高鸭群体青壳率的分子标记及应用。本发明提供了用于检测鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是A还是G还是A和G的物质在鉴定待测鸭蛋壳颜色性状中的应用。本发明的发明人通过对大量鸭样本进行全基因组测序挖掘蛋壳颜色相关的SNP，发现了特异SNP。基于该SNP位点的基因型可以实现对蛋鸭青壳/白壳性状的筛选，青壳性状的基因型为AA型和AG型，白壳性状的基因型为GG型。本发明可以实现蛋壳颜色的迅速纯化，能够仅通过一代选育即达到纯化状态，可以实现对蛋壳颜色性状进行早期选择。本发明能够节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于鸭的育种，具有很大的经济应用价值和科研价值。

Description

一种快速提高鸭群体青壳率的分子标记及应用
技术领域
本发明涉及动物遗传育种技术领域的分子标记辅助选择技术，特别涉及一种快速提高鸭群体青壳率的分子标记及应用。
背景技术
我国蛋鸭市场和养殖规模发展迅速，养殖种类、数量和产量均居世界前列。青壳鸭蛋蛋壳强度高，在加工中不易破损，深受消费者喜爱，青壳蛋鸭品系的选育是产业的重大需求。
研究发现，禽类蛋壳颜色性状可以稳定遗传，多个禽类品系青壳性状由一个显性单基因决定。在禽类青壳蛋育种中，通过对雌禽青壳蛋表型的选择，很难剔除隐性基因，而且雄性禽类基因型需要经过测交实验和后裔测定才能判定，常常需要多代选育工作才能使青壳蛋率得到提升和固定。如果在已知青壳蛋性状控制基因情况下，利用分子生物技术，通过一代选择即可达到预期育种目标。
分子标记辅助育种技术是近些年新形成的育种技术，已经广泛应用于动植物的新品种培育。通过全基因组关联分析可获得与目标性状紧密联系的分子标记，利用这些分子标记对目标性状进行早期选择，可极大程度地节省育种成本并加快遗传进展。然而，目前却没有筛选鸭蛋壳颜色的相关分子标记，这极大的减慢了鸭蛋壳颜色的筛选进度。
发明内容
本发明的目的是提供一种快速提高鸭群体青壳率的分子标记及应用。
第一方面，本发明要求保护用于检测鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)是A还是G还是A和G的物质在如下任一中的应用：
(A1)鉴定待测鸭蛋壳颜色性状；
(A2)制备用于鉴定待测鸭蛋壳颜色性状的产品。
进一步地，所述用于检测鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)是A还是G还是A和G的物质可为引物对或含有所述引物对的试剂或试剂盒。
所述引物对由上游引物和下游引物组成；所述上游引物根据所述鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)的上游序列进行设计；所述下游引物根据所述鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)的下游序列进行设计。
更进一步地，所述上游引物可为如下(a1)或(a2)，所述下游引物可为如下(a3)或(a4)：
(a1)SEQ ID No.1所示的DNA分子；
(a2)将SEQ ID No.1经过一个或几个核苷酸的取代且与SEQ ID No.1具有相同功能的DNA分子；
(a3)SEQ ID No.2所示的DNA分子；
(a4)将SEQ ID No.2经过一个或几个核苷酸的取代且与SEQ ID No.2具有相同功能的DNA分子。
所述试剂盒还可包括PCR扩增的常规试剂。所述试剂盒还可包括测序常规试剂。
第二方面，本发明要求保护一种鉴定待测鸭蛋壳颜色性状的方法。
本发明所要求保护的鉴定待测鸭蛋壳颜色性状的方法，可包括如下步骤：
(B1)检测待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)是A还是G还是A和G，然后按照如下确定基因型：
如果所述待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)是A的纯合体，则所述待测鸭的基因型为A:A型；
如果所述待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)是G的纯合体，则所述待测鸭的基因型为G:G型；
如果所述待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)是A和G的杂合体，则所述待测鸭的基因型为A:G型；
(B2)按照如下确定所述待测鸭蛋壳颜色性状：如果所述待测鸭的基因型为G:G型，则所述待测鸭的蛋壳颜色为(或候选为)白色；如果所述待测鸭的基因型为A:A型或A:G型，则所述待测鸭的蛋壳颜色为(或候选为)青色。
进一步地，步骤(B1)中，可按照包括如下步骤的方法检测待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)是A还是G还是A和G：以所述待测鸭的基因组DNA为模板，采用前文所述引物对进行PCR扩增，得到扩增产物；然后将所述扩增产物进行测序，根据测序结果确定所述待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)是A还是G还是A和G。
第三方面，本发明要求保护如下任一方法：
方法I：一种选育纯合产青壳蛋的鸭个体的方法，可包括如下步骤：
(C1)按照前文步骤(B1)检测待测鸭的基因型；
(C2)根据检测结果，选择基因型为A:A型的个体，即为(或候选为)纯合产青壳蛋的鸭个体。
方法II：一种选育纯合产白壳蛋的鸭个体的方法，可包括如下步骤：
(D1)按照前文步骤(B1)检测待测鸭的基因型；
(D2)根据检测结果，选择基因型为G:G型的个体，即为(或候选为)纯合产白壳蛋的鸭个体。
方法III：一种提高鸭群体青壳率的方法，可包括如下步骤：
(E1)按照前文步骤(B1)检测鸭群体中每个个体的基因型；
(E2)根据检测结果，从所述鸭群体中选择基因型为A:A型的个体保留，剔除基因型为G:G型和A:G型的个体，可保证通过一代选育即可达到纯化青壳群体的目的。
方法IV：一种提高鸭群体白壳率的方法，可包括如下步骤：
(F1)按照前文步骤(B1)检测鸭群体中每个个体的基因型；
(F2)根据检测结果，从所述鸭群体中选择基因型为G:G型的个体保留，剔除基因型为A:A型和A:G型的个体，可保证通过一代选育即可达到纯化白壳群体的目的。
第四方面，本发明要求保护具有如下(A)-(E)中至少一种功能的物质，为前文任一所述的用于检测鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)是A还是G还是A和G的物质(即前文第一方面中所述的引物对或含有所述引物对的试剂或试剂盒)；
(A)检测待测鸭蛋壳颜色性状；
(B)选育纯合产青壳蛋的鸭个体；
(C)选育纯合产白壳蛋的鸭个体；
(D)提高鸭群体青壳率；
(E)提高鸭群体白壳率。
第五方面，本发明要求保护分子标记。
本发明所要求保护的分子标记为以鸭基因组DNA为模板，采用前文第一方面中所述的引物对进行PCR扩增后所得的扩增产物；
进一步地，所述分子标记为分子标记1和/或分子标记2；
所述分子标记1(对应鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是A的情况)可为如下任一：
(b1)SEQ ID No.3所示DNA分子，且SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸为A；
(b2)来源于鸭的与(b1)所限定的序列相比具有98％以上相似度，且对应于鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸不变的DNA分子；
(b3)来源于鸭的与(b1)所限定的序列相比具有5个以下差异核苷酸的DNA分子；所述5个以下差异核苷酸不包括鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸；
所述分子标记2(对应鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是G的情况)可为如下任一：
(c1)SEQ ID No.3所示DNA分子，且SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸为G；
(c2)来源于鸭的与(c1)所限定的序列相比具有98％以上相似度，且对应于鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸不变的DNA分子；
(c3)来源于鸭的与(c1)所限定的序列相比具有5个以下差异核苷酸的DNA分子；所述5个以下差异核苷酸不包括鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)。
SEQ ID No.3的第507位对应于鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸。
第六方面，本发明要求保护如下任一方法：
方法I’：一种选育纯合产青壳蛋的鸭个体的方法，可包括如下步骤：
(C1’)检测待测鸭的基因组DNA中含有的分子标记；
(C2’)根据检测结果，选择只含有前文所述分子标记1的个体，即为(或候选为)纯合产青壳蛋的鸭个体。
方法II’：一种选育纯合产白壳蛋的鸭个体的方法，可包括如下步骤：
(D1’)检测待测鸭的基因组DNA中含有的文分子标记；
(D2’)根据检测结果，选择只含有所述分子标记2的个体，即为或候选为纯合产白壳蛋的鸭个体。
方法III’：一种提高鸭群体青壳率的方法，可包括如下步骤：
(E1’)检测鸭群体中每个个体含有的分子标记种类；
(E2’)根据检测结果，从所述鸭群体中选择只含有所述分子标记1的个体保留，剔除其它个体，可保证通过一代选育即可达到纯化青壳群体的目的。
方法IV’：一种提高鸭群体白壳率的方法，可包括如下步骤：
(F1’)检测鸭群体中每个个体含有的分子标记种类；
(F2’)根据检测结果，从所述鸭群体中选择只含有所述分子标记2的个体保留，剔除其它个体，可保证通过一代选育即可达到纯化白壳群体的目的。
第七方面，本发明要求保护如下任一应用：
(G1)前文第四方面中所述的物质或第五方面中所述的分子标记在选育纯合产青壳蛋的鸭个体，或制备用于选育纯合产青壳蛋的鸭个体的产品中的应用；
(G2)前文第四方面中所述的物质或第五方面中所述的分子标记在选育纯合产白壳蛋的鸭个体，或制备用于选育纯合产白壳蛋的鸭个体的产品中的应用；
(G3)前文第四方面中所述的物质或第五方面中所述的分子标记在提高鸭群体青壳率，或制备用于提高鸭群体青壳率的产品中的应用；
(G4)前文第四方面中所述的物质或第五方面中所述的分子标记在提高鸭群体白壳率，或制备用于提高鸭群体白壳率的产品中的应用；
(G5)前文第五方面中所述的分子标记在鉴定待测鸭蛋壳颜色性状，或制备用于鉴定待测鸭蛋壳颜色性状的产品中的应用；
(G6)前文第四方面中所述的物质或第五方面中所述的分子标记或第二、第三或第六方面中所述的方法在鸭育种中的应用。
在本发明中，所述鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是以BGI_1.0Duck Genome(http://www.duckbase.org/Download)为参考序列的。
在本发明中，所述鸭可为任意鸭品种。在本发明的具体实施方式中，所述鸭具体为北京鸭。
本发明的发明人通过对大量鸭样本进行全基因组测序挖掘蛋壳颜色相关的SNP，通过全基因组关联(GWAS)分析发现在鸭基因组4号染色体第47418074bp处有一个G>A的单核苷酸碱基突变，该突变影响鸭蛋壳颜色青/白性状。基于该SNP位点的基因型可以实现对鸭青壳/白壳性状的筛选，青壳性状的基因型为AA型和AG型，白壳性状的基因型为GG型。
本发明的有益效果为：
1、可以实现蛋壳颜色的迅速纯化，能够仅通过一代选育即达到纯化状态。
2、可以实现对蛋壳颜色性状进行早期选择。
本发明能够节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于鸭的育种，具有很大的经济应用价值和科研价值。
附图说明
图1为实施例1中全基因关联分析的结果图，其中：横坐标表示鸭的染色体编号；纵坐标表示-logP值。
图2为chr4：47418074位点示例性样本的部分测序结果。A为AG基因型的样本；B为AA基因型的样本；C为GG基因型的样本。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1、SNP分子标记与蛋壳颜色性状相关性的确定
实验材料：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所昌平育种基地培育的北京鸭M1群体母鸭(共400只)。
一、蛋壳颜色性状测定
将M1群体的母鸭饲养至产蛋期，在开产前将每只母鸭转移至个体产蛋笼饲养，产蛋期连续记录5天每个笼内鸭蛋的蛋壳颜色，最终确定每只母鸭的蛋壳颜色性状。
二、基因组测序
1、血液样品采集：用肝素钠抗凝采血管采集待测鸭翅静脉血，-20℃保存备用。
2、全血基因组DNA提取：提取全部血样基因组DNA，操作方法为本领域常规方法。
3、基因分型：取各待测鸭的基因组DNA，采用Illumina公司的Hiseq X-Ten测序平台进行全基因组个体重测序，每个个体的测序深度约为5×，具体方法参照Illumina公司提供的标准操作流程。下机数据经过质量控制后，采用BWA和GATK两个生物信息学软件分布进行序列比对和基因型提取。
三、蛋壳颜色性状的全基因组关联分析
蛋壳颜色性状和基因型的全基因组关联分析采用EMMAX软件的压缩混合线性模型进行统计分析。结果表明，chr4：47418074位点的核苷酸(对应SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)突变(G>A)与蛋壳颜色性状显著相关，如图1所示。图2为chr4：47418074位点(即SEQ ID No.3的第507位)示例性样本的部分测序结果。该位点基因型为G:G时蛋壳颜色表型为白色，当基因型为A:G或A:A时蛋壳颜色表型为青色。
实施例2、用于鉴定chr4：47418074位点的核苷酸多态性的引物设计
根据实施例1的全基因组测序结果，设计用于鉴定鸭基因组上chr4：47418074位点的核苷酸多态性的引物，如下：
上游引物：5’-CGAGGCAGGGGACCTATCTT-3’(SEQ ID No.1)；
下游引物：5’-CTGTGCAGACTAAGAGGCGT-3’(SEQ ID No.2)。
针对鸭基因组上chr4：47418074位点的核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)为A纯合体的情况(记为A:A基因型)，理论扩增产物只有一条，即第507位脱氧核糖核苷酸为A的SEQ ID No.3所示DNA片段。
针对鸭基因组上chr4：47418074位点的核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)为G纯合体的情况(记为G:G基因型)，理论扩增产物只有一条，即第507位脱氧核糖核苷酸为G的SEQ ID No.3所示DNA片段。
针对鸭基因组上chr4：47418074位点的核苷酸(即SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸)为A和G杂合体的情况(记为A:G基因型)，理论扩增产物有两条，即一条为第507位脱氧核糖核苷酸为A的SEQ ID No.3所示DNA片段，另一条为第507位脱氧核糖核苷酸为G的SEQ ID No.3所示DNA片段。
实施例3、根据基因型分离北京鸭M1群体分别建立M1白壳基础群和M1绿壳基础群
实验材料：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所昌平育种基地培育的北京鸭M1群体(共600只鸭)。
一、获得每只个体的基因型
1、血液样品采集：用肝素钠抗凝采血管采集待测M1群体所有鸭翅静脉血，-20℃保存备用。
2、全血基因组DNA提取：提取全部血样基因组DNA，操作方法为本领域常规方法。
3、基因型判定：取各待测鸭的基因组DNA作为模板，使用实施例2所设计的引物进行PCR扩增，得到的产物通过桑格法测序获得分子序列，判定每个个体的基因型。
二、建立M1白壳群体和M1绿壳群体
1、建立M1白壳群体：将基因型判定为G:G的个体保留组成白壳群体(共125只鸭；公母比例1：4)。
2、建立M1绿壳群体：将基因型判定为A:A的个体保留组成绿壳群体(共125只鸭；公母比例1：4)。
3、验证性状的遗传稳定性：为保证本试验建立的两个群体能够稳定遗传，本试验也对这两个群体的子代的基因型及表型进行检测，结果显示该性状能够稳定遗传且不发生分离。
<110> 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
<120> 一种快速提高鸭群体青壳率的分子标记及应用
<130> GNCLN191850
<160> 3
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 1
cgaggcaggg gacctatctt 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial sequence
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ctgtgcagac taagaggcgt 20
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<211> 828
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<220>
<221> misc_feature
<222> (507)..(507)
<223> r is a or g
<400> 3
cgaggcaggg gacctatctt cagttctggc ttatccatcc aaggaaagag ccagacacag 60
gctatagaca caattgtaga gttcctttaa cagatgctca tgctccctat aaggaagacc 120
taacagcagg ctgttctcac cttcattggg cgaaggggtg cagcaggttg ggtgaactgt 180
gagcagggct cattctttgt ccccatgcac acttacatga cacttctttg tgtccagttg 240
atgttagtac aacatggaag cttctgagtc aggcttgggg cagggttagc tttgacagac 300
acgtgtcatg cagtatccct gattcctaca ggcagtttgc caacttcaca cccttcaact 360
atcttaaaca ggctgaaatg caggttgtca agctaggaag gttttgtttg tttgtttggt 420
ttgttttgtt ttgtttttcc atattctcaa atgttggctt ggataagaaa tgaccagatg 480
tgttcttgcc agcaatttta tgtaacrttg ttttcttttt ctagtccacc gttctccggg 540
gctgatcaaa tggtgacata taatttgatt ctcaaaggga ttgaaaaact ggactttcct 600
aaaataataa caaggcggcc tgaggatttg atccgcagac tttgcaggta ggaggggcag 660
tttgtgacgg agactgggtg tagatagttt gagctattta agatccagac taaagtcata 720
aattccttac aactccattt aacattgtta tgcctaacat ggtccattct gattatgttc 780
agtacacatg catgcctctg agcatgtcac gcctcttagt ctgcacag 828

Claims (10)

1.用于检测鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是A还是G还是A和G的物质在如下任一中的应用：
(A1)鉴定待测鸭蛋壳颜色性状；
(A2)制备用于鉴定待测鸭蛋壳颜色性状的产品。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述用于检测鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是A还是G还是A和G的物质为引物对或含有所述引物对的试剂或试剂盒；
所述引物对由上游引物和下游引物组成；所述上游引物根据所述鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸的上游序列进行设计；所述下游引物根据所述鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸的下游序列进行设计。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：
所述上游引物为如下(a1)或(a2)：
(a1)SEQ ID No.1所示的DNA分子；
(a2)将SEQ ID No.1经过一个或几个核苷酸的取代且与SEQ ID No.1具有相同功能的DNA分子；
所述下游引物为如下(a3)或(a4)：
(a3)SEQ ID No.2所示的DNA分子；
(a4)将SEQ ID No.2经过一个或几个核苷酸的取代且与SEQ ID No.2具有相同功能的DNA分子。
4.一种鉴定待测鸭蛋壳颜色性状的方法，包括如下步骤：
(B1)检测待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是A还是G还是A和G，然后按照如下确定基因型：
如果所述待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是A的纯合体，则所述待测鸭的基因型为A:A型；
如果所述待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是G的纯合体，则所述待测鸭的基因型为G:G型；
如果所述待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是A和G的杂合体，则所述待测鸭的基因型为A:G型；
(B2)按照如下确定所述待测鸭蛋壳颜色性状：如果所述待测鸭的基因型为G:G型，则所述待测鸭的蛋壳颜色为或候选为白色；如果所述待测鸭的基因型为A:A型或A:G型，则所述待测鸭的蛋壳颜色为或候选为青色。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：步骤(B1)中，是按照包括如下步骤的方法检测待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是A还是G还是A和G的：以所述待测鸭的基因组DNA为模板，采用权利要求2或3中的所述引物对进行PCR扩增，得到扩增产物；然后将所述扩增产物进行测序，根据测序结果确定所述待测鸭的基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是A还是G还是A和G。
6.如下任一方法：
方法I：一种选育纯合产青壳蛋的鸭个体的方法，包括如下步骤：
(C1)按照权利要求4或5的步骤(B1)检测待测鸭的基因型；
(C2)根据检测结果，选择基因型为A:A型的个体，即为或候选为纯合产青壳蛋的鸭个体；
方法II：一种选育纯合产白壳蛋的鸭个体的方法，包括如下步骤：
(D1)按照权利要求4或5的步骤(B1)检测待测鸭的基因型；
(D2)根据检测结果，选择基因型为G:G型的个体，即为或候选为纯合产白壳蛋的鸭个体；
方法III：一种提高鸭群体青壳率的方法，包括如下步骤：
(E1)按照权利要求4或5的步骤(B1)检测鸭群体中每个个体的基因型；
(E2)根据检测结果，从所述鸭群体中选择基因型为A:A型的个体保留，剔除基因型为G:G型和A:G型的个体；
方法IV：一种提高鸭群体白壳率的方法，包括如下步骤：
(F1)按照权利要求4或5的步骤(B1)检测鸭群体中每个个体的基因型；
(F2)根据检测结果，从所述鸭群体中选择基因型为G:G型的个体保留，剔除基因型为A:A型和A:G型的个体。
7.具有如下(A)-(E)中至少一种功能的物质，为权利要求1-3任一中所述的用于检测鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸是A还是G还是A和G的物质；
(A)检测待测鸭蛋壳颜色性状；
(B)选育纯合产青壳蛋的鸭个体；
(C)选育纯合产白壳蛋的鸭个体；
(D)提高鸭群体青壳率；
(E)提高鸭群体白壳率。
8.分子标记，为以鸭基因组DNA为模板，采用权利要求2或3中所述的引物对进行PCR扩增后所得的扩增产物；
进一步地，所述分子标记为分子标记1和/或分子标记2；
所述分子标记1为如下任一：
(b1)SEQ ID No.3所示DNA分子，且SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸为A；
(b2)来源于鸭的与(b1)所限定的序列相比具有98％以上相似度，且对应于鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸不变的DNA分子；
(b3)来源于鸭的与(b1)所限定的序列相比具有5个以下差异核苷酸的DNA分子；所述5个以下差异核苷酸不包括鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸；
所述分子标记2为如下任一：
(c1)SEQ ID No.3所示DNA分子，且SEQ ID No.3的第507位脱氧核糖核苷酸为G；
(c2)来源于鸭的与(c1)所限定的序列相比具有98％以上相似度，且对应于鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸不变的DNA分子；
(c3)来源于鸭的与(c1)所限定的序列相比具有5个以下差异核苷酸的DNA分子；所述5个以下差异核苷酸不包括鸭基因组中4号染色体上第47418074位脱氧核糖核苷酸。
9.如下任一方法：
方法I’：一种选育纯合产青壳蛋的鸭个体的方法，包括如下步骤：
(C1’)检测待测鸭的基因组DNA中含有权利要求8中的哪种分子标记；
(C2’)根据检测结果，选择只含有权利要求8中所述分子标记1的个体，即为(或候选为)纯合产青壳蛋的鸭个体；
方法II’：一种选育纯合产白壳蛋的鸭个体的方法，包括如下步骤：
(D1’)检测待测鸭的基因组DNA中含有权利要求8中的哪种分子标记；
(D2’)根据检测结果，选择只含有权利要求8中所述分子标记2的个体，即为(或候选为)纯合产白壳蛋的鸭个体；
方法III’：一种提高鸭群体青壳率的方法，包括如下步骤：
(E1’)检测鸭群体中每个个体含有权利要求8中的哪种分子标记；
(E2’)根据检测结果，从所述鸭群体中选择只含有权利要求8中所述分子标记1的个体保留，剔除其它个体；
方法IV’：一种提高鸭群体白壳率的方法，包括如下步骤：
(F1’)检测鸭群体中每个个体含有权利要求8中的哪种分子标记；
(F2’)根据检测结果，从所述鸭群体中选择只含有权利要求8中所述分子标记2的个体保留，剔除其它个体。
10.如下任一应用：
(G1)权利要求7所述的物质或权利要求8所述的分子标记在选育纯合产青壳蛋的鸭个体，或制备用于选育纯合产青壳蛋的鸭个体的产品中的应用；
(G2)权利要求7所述的物质或权利要求8所述的分子标记在选育纯合产白壳蛋的鸭个体，或制备用于选育纯合产白壳蛋的鸭个体的产品中的应用；
(G3)权利要求7所述的物质或权利要求8所述的分子标记在提高鸭群体青壳率，或制备用于提高鸭群体青壳率的产品中的应用；
(G4)权利要求7所述的物质或权利要求8所述的分子标记在提高鸭群体白壳率，或制备用于提高鸭群体白壳率的产品中的应用；
(G5)权利要求8所述的分子标记在鉴定待测鸭蛋壳颜色性状，或制备用于鉴定待测鸭蛋壳颜色性状的产品中的应用；
(G6)权利要求7所述的物质或权利要求8所述的分子标记或权利要求4-6和9中任一所述的方法在鸭育种中的应用。
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114438224A (zh) * 2022-01-27 2022-05-06 江苏省家禽科学研究所 一种鸭蛋壳性状相关基因型的分子标记、引物及其检测方法和应用
CN118147325A (zh) * 2024-05-10 2024-06-07 江西科技师范大学 一种与家鸭蛋壳颜色相关的snp标记及其应用

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111705139B (zh) * 2020-06-11 2022-09-16 广西大学 南丹瑶鸡蛋壳颜色关联snp分子标记的筛选方法及用途

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP5176248B2 (ja) * 2008-05-30 2013-04-03 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 鶏卵の卵殻強度に関わる遺伝子変異の検出方法
CN108165639B (zh) * 2018-03-12 2019-01-01 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 一种与肉鸭饲料转化效率性状相关的分子标记及其应用

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114438224A (zh) * 2022-01-27 2022-05-06 江苏省家禽科学研究所 一种鸭蛋壳性状相关基因型的分子标记、引物及其检测方法和应用
CN118147325A (zh) * 2024-05-10 2024-06-07 江西科技师范大学 一种与家鸭蛋壳颜色相关的snp标记及其应用

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