CN110257550B - 一种与番茄果实颜色相关的染色体结构变异分子标记、特异引物及其应用 - Google Patents

一种与番茄果实颜色相关的染色体结构变异分子标记、特异引物及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明属于植物基因工程及分子生物学领域，具体涉及杂交后代是否为白色番茄果实的鉴定方法、用到的特异引物及其应用。本发明提供了一个与番茄果实颜色相关的染色体结构变异(SV)分子标记，此标记利用的白果突变体在10号染色体发生的208kb的倒位，倒位的物理位置在10号染色体第62736140碱基到第62527986碱基。同时提供了两对鉴定番茄杂交后代是否具有白色果实及是否为杂合状态的特异引物，以及利用上述分子标记、特异引物鉴定番茄杂交后代是否为白色果实的方法。利用本发明所提供的分子标记、特异引物及方法，可以快速选择出白色果实的番茄材料，缩短育种周期，提高育种效率。

Description

一种与番茄果实颜色相关的染色体结构变异分子标记、特异 引物及其应用
技术领域
本发明属于植物基因工程及分子生物学领域，具体涉及杂交后代是否为白色番茄果实的鉴定方法、特异引物及其应用。
背景技术
番茄是世界范围内一种重要的园艺作物，其果实颜色鲜艳，色彩丰富。不同的颜色不仅赋予番茄果实靓丽的颜值，而且具有极高的营养价值。番茄中的多种色素如类胡萝卜素、花青素等都具有抗氧化及清除自由基、延缓衰老和预防癌症等功能。因此，番茄作为一种重要的蔬菜，一直受到人们的喜爱。随着我们国民生活水平的提高，人们对园艺产品的消费需求大增，不仅是对产量的需求，也是对多样品类的需求。因此，培育不同颜色的番茄，可极大丰富消费者的选择。
番茄属于茄科茄属，起源于南美安第斯山脉，约16世纪作为观赏植物传入欧洲，传入我国是在16世纪末或17世纪初的明万历年间。野生番茄果实成熟后大多为绿色或白色，部分种成熟后为红色或橙黄色。现代栽培番茄是由樱桃番茄驯化而来，大部分在未成熟时果实为绿色，成熟后为红色，一些突变体会出现粉色、黄色、紫色等颜色。
一般红果番茄成熟后果肉为红色，果皮为黄色，果实整体呈红色。粉果番茄是由于果皮变为无色，果肉为红色，因此果实整体呈现粉色。自然界中粉果主要是MYB12基因突变造成的，MYB12突变后无法启动下游基因在果皮中合成柚皮素查尔酮，所以产生无色果皮。黄果大多数是由类胡萝卜代谢途径基因突变造成的，PSY1和CRTISO突变使番茄红素无法积累而产生黄果，CYC-B和LCY-E分别使番茄红素转变为β-胡萝卜素和δ-胡萝卜素而成为黄色。Aft(Anthocyanin fruit)和atv(Atroviolacium)两个突变体可以在番茄果皮中积累花青素，但这种花青素积累是不均匀的。还有一些黑色或棕色的番茄是由于SGR(stay green)基因突变导致果实成熟后叶绿素无法降解，番茄红素与叶绿素颜色叠加而呈现棕色。白果番茄又名白玉堂，是一种果实未成熟时为黄白色，成熟后为红色的番茄突变体。其果实未成熟时有一种晶莹剔透的质感，有一定的观赏价值，可应用于育种。
随着分子生物学的发展，分子标记辅助选择育种越来越成为一种重要的育种技术。分子标记辅助选择育种是利用基因型与性状对应进行选择，在苗期就可以对杂交后代进行筛选，可极大的减少工作量，提高育种效率、缩短育种周期。
发明内容
本发明针对现有技术中存在的技术问题，提供一种与番茄果实颜色相关的染色体结构变异分子标记、引物、鉴定方法及其应用，采用本发明方法可以在苗期对杂交后代进行筛选，极大的减少了工作量，提高育种效率、缩短育种周期。
本发明解决上述技术问题的技术方案如下：一种与番茄果实颜色相关的染色体结构变异分子标记，此标记利用的白果突变体在10号染色体发生的208kb的倒位，倒位的物理位置在10号染色体第62736140碱基到第62527986碱基(SL2.50版本)。该染色体倒位使一个锌指金属蛋白酶，即lutescent2发生突变，其突变体表现为果实未成熟时为黄白色，成熟后为红色，果实晚熟，并且较硬。
本发明还提供了一种鉴定番茄杂交后代是否具有白色果实及是否为杂合状态的特异引物，所述特异引物包括两对正反向引物，其中一对正反向引物扩增出来的序列跨越突变体基因组上的倒位位点，另一对正反向引物扩增出来的序列跨越正常番茄基因组上的倒位位点。
具体地，扩增出来的序列跨越突变体基因组上的倒位位点的正反向引物为SH1,扩增出来的序列跨越正常番茄基因组上的倒位位点的正反向引物为SH2,其中SH1、SH2的核苷酸序列为：
SH1正向引物SH1-FW：5-AGCTCGCTTACCGGCTTTGT-3；
SH1反向引物SH1-RV：5-TGGACAATGATTGGATATGTGAGA-3；
SH2正向引物SH2-FW：5-TTGTGATTGCTGGCTGGTAAA-3；
SH2反向引物SH2-RV：5-TCAAAAGGTGGTTACAAGACCTATA-3。
本发明还进一步地提供了一种鉴定番茄杂交后代是否为白色果实的方法，包括以下步骤：
(1)提取待测植株的基因组DNA，采用CTAB法提取番茄基因组DNA。
(2)PCR扩增。以待检测的番茄基因组DNA为模板，用SV标记的两对引物SH1和SH2分别进行PCR扩增，①PCR体系(20ul)：100-200ng/ul DNA模板1ul，10хtaqbuffer2ul,10mMdNTP 0.4ul，10uM引物各0.4ul，taq DNA聚合酶0.025U/ul，ddH2O 15.7ul。②PCR扩增程序，a)SH1扩增程序：94℃预变性3min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸1min，进行35个循环；72℃延伸5min，12℃5min。b)SH2扩增程序：94℃预变性3min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸1.5min，进行35个循环；72℃延伸5min，12℃5min。
(3)琼脂糖凝胶电泳检测。用1％琼脂糖凝胶检测PCR扩增产物，若样品仅能检测到SH1的986bp条带，该样品为突变体带型；若样品仅能检测到SH2的1548bp条带，该样品为野生型带型；若样品能同时检测到SH1的986bp条带和SH2的1548bp条带，则该样品为杂合带型。突变体带型的植株果实为白色。
本发明还提供了所述的分子标记在番茄育种中的应用。
本发明还提供了所述的鉴定番茄杂交后代是否具有白色果实及是否为杂合状态的特异引物在番茄育种中的应用。
本发明还提供了所述的鉴定番茄杂交后代是否为白色果实的方法在番茄育种中的应用。
本发明同时提供了一下四组基因组序列：
1、野生型10号染色体物理位置第62736140碱基前后3k序列，具体序列参见序列表SEQ ID NO：1。
2、突变体10号染色体物理位置第62736140碱基前后3k序列，具体序列参见序列表SEQ ID NO：2。
3、野生型10号染色体物理位置第62527986碱基前后3k序列，具体序列参见序列表SEQ ID NO：3。
4、突变体10号染色体物理位置第62527986碱基前后3k序列，具体序列参见序列表SEQ ID NO：4。
本发明具有以下有益技术效果：本发明可以在苗期就根据基因型选择出具白色果实的番茄材料，而不需要等到开花结果后再观察性状，可减少很多不必要的种植面积和人力物力的投入，能极大加速育种进程，提高育种效率。
附图说明
图1为白果番茄与Ailsa Craig(AC)果实照片；
图2为wf突变体和AC中lutescent2基因分段扩增的结果；
图3为wf突变体中10号染色体发生结构变异的示意图；
图4为对wf突变体中10号染色体结构变异的验证结果；
图5为引物SH1和SH2分别对wf突变体、Ailsa Craig(AC)、F1代、F2代植株进行分子检测的结果。
具体实施方式
下面通过具体实施方式对本发明进行详细说明。以下实例将有助于本领域技术人员进一步了解本发明，但不用来限制本发明的范围。应当指出的是，对本领域技术人员而言，在不脱离本发明构思的前提下，可对本发明进行适当的改进，这都属于本发明的保护范围。
实施例1
供试材料
本实验所用白果番茄(以下简称为wf突变体)为自然突变体，果实未成熟时为黄白色，成熟后为红色；Ailsa Craig(AC)为正常番茄，未成熟时为绿色，成熟后为红色。F1代为以AC为母本，wf突变体为父本杂交所得，F2为F1自交所得。
wf突变体染色体结构变异的鉴定及标记开发
根据wf突变体与lutescent2突变体表型相似，我们首先对wf突变体中的lutescent2基因进行PCR检测，发现对wf突变体中的lutescent2基因全长进行PCR扩增时，无法扩增到任何条带，于是我们对lutescent2基因进行分段扩增，进而发现在lutescent2基因起始密码子后第5886碱基到第6156碱基可能发生了突变，导致引物一旦跨越在这段区域就不能扩增出任何条带(参见图2)。
基于此，我们在突变位点两端进行了TAIL-PCR扩增，以扩增突变点两端的侧翼序列，两端分别扩增到了503bp和863bp的片段，将这两段序列与番茄参考基因组(heinz1706)进行比对，发现都能比对到此位点的同一条染色体(即10号染色体)208kb外的同一个位置，因此我们推测，可能wf突变体10号染色体在这段区域发生倒位，倒位位置在10号染色体物理位置第62736140碱基到第62527986碱基之间(图3)。为了证实10号染色体是否真实发生了倒位，我们在10号染色体第62736140碱基和第62527986碱基两端分别设计了扩增产物为1k,3k,5k的引物，结果针对10号染色体倒位设计的引物在wf突变体中均能扩增到相应条带(图4)，表明wf突变体确实在10号染色体发生了倒位，wf是lutescent2的另一种等位突变。
基于wf突变体10号染色体结构变异，我们可以在倒位位点两端以突变后的序列(即序列表2和4给出的序列)为模板设计引物，正反向引物扩增出来的序列跨越倒位位点，这样的引物在正常番茄中都不能扩增到条带，而在wf突变体中可以扩增到条带；同样地，以正常基因组序列(即序列表1和3给出的序列)设计引物，正反向引物扩增出来的序列跨越倒位位点，这样的引物在正常番茄中都能扩增到条带，而在wf突变体中不能扩增到条带,这样的任何一组引物组合都可以作为一个共显性标记，用于筛选杂合植株和果实为白色的材料。
实施例2
在实施例1的基础上，我们首先以wf突变体倒位位点62527986碱基两端约1000bp序列为模板设计引物SH1，使其在wf突变体中可以扩增到约1000bp条带(具体序列参见序列表SEQ ID NO：5)，在AC中不能扩增出任何条带；以正常番茄62527986碱基两端约1500bp序列为模板设计引物SH2，使其在AC中可以扩增出约1500bp条带(具体序列参见序列表SEQ IDNO：6)，在wf突变体中则无法扩增出任何条带。
利用引物SH1和SH2对wf突变体、Ailsa Craig(AC)、F1代、F2代植株进行分子检测，结果在AC中，SH1不能扩增到任何条带，SH2可以扩增到一条1548bp的条带；在wf突变体中，SH1可以扩增到一条986bp的条带，SH2不能扩增到任何条带；在F1代材料中，可以同时扩增到986bp和1548bp的条带；在F2代材料中，约1/4的植株只检测到986bp条带，约1/4的植株只能检测到1548bp的条带，大约一半的植株能同时检测到986bp和1548bp的条带(图5)。同时，我们在扩大的F2群体中验证了此标记，168株F2群体中，纯合突变体带型40株，杂合带型79株，野生型带型49株，表型与分子标记结果一致，且大致符合1：2：1分离比。以上结果表明SH1和SH2组合能作为一个共显性标记，同时筛选出杂合植株和果实为白色的材料。
以上所述仅为本发明的较佳实施例，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 华中农业大学
<120> 一种与番茄果实颜色相关的染色体结构变异分子标记、特异引物及其应用
<160> 6
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 6016
<212> DNA
<213> 番茄(Lycopersicon esculentum)
<400> 1
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aatctcaaag aaaatataaa taaataaaaa aaaagaatta aatacaatgg gccataattt 1800
taaaacccca aaaaggacat gaacaccgac aatatccaag ggcaaaatcg tcaatacata 1860
accatgacgt ttttagaaca agacagacaa tcttccattt ggagagctgt ctttgttttt 1920
ccctttaaat tcttgtgaac taaccttaaa gccacgtatt ctggtacggt ggtgaaactg 1980
cttcattctt taataaaaaa ttttgagttt aaattcttaa tattatgtag tgtattggga 2040
gaatcatttt cgcatagacc ttataacgtg tgattccaat ttagcaaaag ctctaacgta 2100
gactacaaat acagacttga aaacgaaaaa gagaagttct cttccattct ttaattagaa 2160
gttttgaatt tgaattctga atatgtagaa aattttgttg gatttatatg gacattaaag 2220
tgtacgattt gaatttagtg aaagttttaa cgtgaattac gaacaccgaa ttgaaaacga 2280
aaagaaaaag tttaaagtca cgcgcttcac gcgcgaagaa agggacgtgg gggcttacgt 2340
agcgtagaaa acagcggcaa agttgtggct ttttactcaa agataggaaa atgacagctc 2400
gcttaccggc tttgttaaga cataagcaaa tttggaaaat aaattttaat gacgaaatcg 2460
taatcgctat tttttttgga ttatacgata taattatatt agaaaagttt catacgacat 2520
gtttgagaaa atcttttaaa aaaatttaaa cttaaaattt atttgagatt ttttctgttc 2580
aactaactct gacgttttta cgagcggttt atttttaaga agaaaagaaa ttaattaaag 2640
taggtggctg tatgaattat aattactcaa aactttatta ttactaatta attaagggat 2700
ttgtctcttt accaaacctt ttaatttgca cgtactcgtc aaatcgtact tgtcctttgt 2760
gtttatggtt ggatcaacat ttaaagcaat gacaactcaa actttaggtt ttatattaat 2820
taataattaa tctttttttt ttgcaaatac atagttataa gttagtagag cttgttataa 2880
atgacaatta taatgagtat atatgtatgg tgatttaatt ataatattat tttaattaga 2940
ggtaatgcat gaatcatgct acaaactcat tcaaggaatt gtatattacg aattcgatat 3000
ttgaaattat gcatagagaa attggtttcg ctaaacattt tgctgacctt tttataaaga 3060
atcatgacct cttggaaaat gaagagcttt ccttggctaa gagataattg gttgtcccag 3120
ataaagtatg acagctctct acttcatgtt ttgtttttga cagggagctt tcggaaaagg 3180
ttcactggtt ggttttgggt tagcaactta ctcgcttctg ggcttgggtg tggtaagcat 3240
tcttttgtca tttgtttttt ggatagagct tactataaac ctttacattg ctctaaagtt 3300
ttccaactaa tatgttttct tagtttgata tgcatatgta gatcaaatgc ctgtgattct 3360
cacatatcca atcattgtcc agtgttgtag acttgtagta atagtattag tattctctct 3420
gtttcaattt gttttacttt cttttttagt ccattaaaaa aacgtctttc tcctttttcg 3480
acaactccaa atttccacat gacatgttta ttagaccaca agattaaaga gcgtttttga 3540
tacatttcac atatctttag ttaaagaaca taagattcaa aagtctttta gctttattaa 3600
actccgtgtc aagtcaaaat caggcaaaca aattgaagcg ggagaagtat taggttgtca 3660
atcctagaaa cgttgtttcc ttattccatg cgcgtatgaa ggacaaattg cttattgcca 3720
tttacatatc aatccttcct ccttttgctt gatgttgcaa attgtagaat caatcactca 3780
gtaactttgt gtttctgttc gatcagcttg gtggacctct atcacttcct tggggattat 3840
atgtgcttat atgtcaggta ataaaaatac aatgctatat ctccgtccta ttacatggta 3900
tgagagttat cgtcatctag aagtttaaat cgtggatcat ttgacgtaca gaggtcacca 3960
gagaaaccat gcttgaacga tgtaacagag gtcggaactt ggaggaaagc agctcttggt 4020
gtggctatat tcctggtatt actgactctc cttcctgtat gggatgaact tgctgaggaa 4080
cttggtatag gtcttgtaac caccttttga tttttagaga gtggaacctt agccaatttt 4140
tcatgttgcc gccgcgatct ctacgtagta tttatattga tctttgatgg acttagtata 4200
tactatttat acatgtatat agatcactat agtgagtttt tttttcattc atttttttgg 4260
ctggaaacaa aatttttaat ctgcaatttt tttcttattt ttaatgaaat ataattccat 4320
tgtcttccta gtttctccag ttatgcataa tgacttaatt atggtttgag taacagacaa 4380
cactaacaga gtattatgta ctacttcgat ttcaagttag tctgatttta atttgacacg 4440
gagttttaaa aaagcaaaga aaggttttcg aatgttgtgg tcataaacca aaatttttgt 4500
agaatgtatc aagatgttta ttaatttttt gagattttaa catgtcaggt gaaagattga 4560
agttaaaaag agttgtcgta aagaaagcta tgagtttcta aaactggcta aagagtgaag 4620
taagacaagt aaattaaaac ggaggggtat tttatctaaa tgtttttttt aaaaaaattc 4680
gatttggttc agatatttat ttaggaaata caattgtcat aatcatataa ttatggggcc 4740
tttttcacgt tcttagttta cacttttttg cctatttgtg aaaacaatgt tacaattatg 4800
caaaaaatat ctattattat ctcgacattt cgtttattga tggagtcttt tttatttttt 4860
attatgtttt aaattatttt tctattattg atggggtcat aaccagtctt atttttgttt 4920
ttttttaaat aatttcaaac actataatta tggtcatatt acatcaatct atatatgtag 4980
tgtaaattga aaatattgaa atcattatac atgatgatga cctagttttg aattgtgtcc 5040
cctgaaaatt tctctctatt tctatttaat cattttgatt aaattagtat aacatgttac 5100
cttatagtct ttccgaaaca gactatttat cttcacaaga taataataag atcttcgtat 5160
attctatcct taaccctcca aacttcactt gtaagttgta gaacaacatt gacttttttt 5220
tttgttgttg ttgtatttat tagtatgccc tctaataggg ggatctatcg aaaatatcct 5280
tcctaaactc catggctcct atatatgtga agtcatatat gaaattatac ggagcatatt 5340
ttcgttttcc ataaatattt ttcctctttt aatcacatca atgttttaaa agatgggggc 5400
gtgagactgg acgttttata cagtataggg cgaggcgtaa gtttcaagac acggggcgta 5460
agttccacgg atctacgggg cgtattctct tgtgtattca attttatagt tttattacta 5520
tataaaataa gcaaaagtaa acatttcaat gatttatgat ttttatttca gataagtatt 5580
aataatcaat aattaagaga aaaaaatatt ataattatta tttgagaaat atcattacat 5640
caatagtaaa attatgattt aaattttaaa aataaattaa aaatgccctg gtacgttttt 5700
acgcccaata cttacgtttt ttatgctcga ggcttacgcc tcaaatttta agatttacgc 5760
cttataaatc tacgtctttc atttacatcc cgaagcattt ttagtacgcc ccgcctcgag 5820
actcgcccaa aaaatatttt ttagaacact gtatcacact gatttgtgaa ataaattagt 5880
tggtgtcaaa tctgagtgtt aagtgttaat tactattaca aaaggtattt cacaaatcag 5940
tagatagttc atgtgtcttt agtttagtac atttttatca tttaattata tgattaatta 6000
atgcattaac ttatgacaaa ttttgcccct tatagttaaa ctatttagat taagacaaat 6060
accaaaaaat gcataaagac acagcaaaaa tgaaattcat catgtgcaac ta 6112
<210> 5
<211> 986
<212> DNA
<213> 番茄(Lycopersicon esculentum)
<400> 5
agctcgctta ccggctttgt taagacataa gcaaatttgg aaaataaatt ttaatgacga 60
aatcgtaatc gctatttttt ttggattata cgatataatt atattagaaa agtttcatac 120
gacatgtttg agaaaatctt ttaaaaaaat ttaaacttaa aatttatttg agattttttc 180
tgttcaacta actctgacgt ttttacgagc ggtttatttt taagaagaaa agaaattaat 240
taaagtaggt ggctgtatga attataatta ctcaaaactt tattattact aattaattaa 300
gggatttgtc tctttaccaa accttttaat ttgcacgtac tcgtcaaatc gtacttgtcc 360
tttgtgttta tggttggatc aacatttaaa gcaatgacaa ctcaaacttt aggttttata 420
ttaattaata attaatcttt tttttttgca aatacatagt tataagttag tagagcttgt 480
tataaatgac aattataatg agtatatatg tatggtgatt taattataat attattttaa 540
ttagaggtaa tgcatgaatc atgctacaaa ctcattcaag gaattgtata ttacgaattc 600
gatatttgaa attatgcata gagaaattgg tttcgctaaa cattttgctg acctttttat 660
aaagaatcat gacctcttgg aaaatgaaga gctttccttg gctaagagat aattggttgt 720
cccagataaa gtatgacagc tctctacttc atgttttgtt tttgacaggg agctttcgga 780
aaaggttcac tggttggttt tgggttagca acttactcgc ttctgggctt gggtgtggta 840
agcattcttt tgtcatttgt tttttggata gagcttacta taaaccttta cattgctcta 900
aagttttcca actaatatgt tttcttagtt tgatatgcat atgtagatca aatgcctgtg 960
attctcacat atccaatcat tgtcca 986
<210> 6
<211> 1548
<212> DNA
<213> 番茄(Lycopersicon esculentum)
<400> 6
ttgtgattgc tggctggtaa atttgagtag ttgcaagtac atttgttggg taattttcag 60
catgcttggt ctaagttcca ttttgcaggt gtggcttgac tacgtcagct tttaatatgc 120
taccagttgg atgtcttgat ggtgggagag ctgtgcaggt gacctttgca ttctttactt 180
tatgaattag tttttaactt tttgtgaact tggggactat caaggtttat ctcaaagtat 240
agtcaacaac atcctacgaa atataaatga atgacaagcc agtagccttg aagtagactg 300
tcgtttacat agtattagat gattgaacag tgtaaagctt gagaagttaa tactggtaga 360
tgtatgggtc ctaagtgatt ctagtatttc aaacaggtgc aggcgtgcag ctcctagcgc 420
tataggaact gttgagacat tttagcatgc atagagaaat tggtttcgct aaacattttg 480
ctgacctttt tataaagaat catgacctct tggaaaatga agagctttcc ttggctaaga 540
gataattggt tgtcccagat aaagtatgac agctctctac ttcatgtttt gtttttgaca 600
gggagctttc ggaaaaggtt cactggttgg ttttgggtta gcaacttact cgcttctggg 660
cttgggtgtg gtaagcattc ttttgtcatt tgttttttgg atagagctta ctataaacct 720
ttacattgct ctaaagtttt ccaactaata tgttttctta gtttgatatg catatgtaga 780
tcaaatgcct gtgattctca catatccaat cattgtccag tgttgtagac ttgtagtaat 840
agtattagta ttctctctgt ttcaatttgt tttactttct tttttagtcc attaaaaaaa 900
cgtctttctc ctttttcgac aactccaaat ttccacatga catgtttatt agaccacaag 960
attaaagagc gtttttgata catttcacat atctttagtt aaagaacata agattcaaaa 1020
gtcttttagc tttattaaac tccgtgtcaa gtcaaaatca ggcaaacaaa ttgaagcggg 1080
agaagtatta ggttgtcaat cctagaaacg ttgtttcctt attccatgcg cgtatgaagg 1140
acaaattgct tattgccatt tacatatcaa tccttcctcc ttttgcttga tgttgcaaat 1200
tgtagaatca atcactcagt aactttgtgt ttctgttcga tcagcttggt ggacctctat 1260
cacttccttg gggattatat gtgcttatat gtcaggtaat aaaaatacaa tgctatatct 1320
ccgtcctatt acatggtatg agagttatcg tcatctagaa gtttaaatcg tggatcattt 1380
gacgtacaga ggtcaccaga gaaaccatgc ttgaacgatg taacagaggt cggaacttgg 1440
aggaaagcag ctcttggtgt ggctatattc ctggtattac tgactctcct tcctgtatgg 1500
gatgaacttg ctgaggaact tggtataggt cttgtaacca ccttttga 1548

Claims (5)

1.鉴定番茄杂交后代是否具有白色果实及是否为杂合状态的特异引物，其特征在于，所述特异引物包括两对正反向引物，其中一对正反向引物扩增出来的序列跨越突变体基因组上的倒位位点，另一对正反向引物扩增出来的序列跨越正常番茄基因组上的倒位位点，所述倒位位点：以SL2.50版本的番茄参考基因组为准，为10号染色体上的第62527986碱基位点，其中白果突变体10号染色体的第62736140碱基到第62527986碱基之间存在208kb的倒位。
2.根据权利要求1所述的鉴定番茄杂交后代是否具有白色果实及是否为杂合状态的特异引物，其特征在于，扩增出来的序列跨越白果突变体基因组上的倒位位点的正反向引物为SH1,扩增出来的序列跨越正常番茄基因组上的倒位位点的正反向引物为SH2,其中SH1、SH2的核苷酸序列为：
SH1正向引物SH1-FW：5-AGCTCGCTTACCGGCTTTGT-3；
SH1反向引物SH1-RV：5-TGGACAATGATTGGATATGTGAGA-3；
SH2正向引物SH2-FW：5-TTGTGATTGCTGGCTGGTAAA-3；
SH2反向引物SH2-RV：5-TCAAAAGGTGGTTACAAGACCTATA-3。
3.一种鉴定番茄杂交后代是否为白色果实的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)提取待测样本的基因组DNA；
(2)PCR扩增，以待检测的番茄基因组DNA为模板，利用权利要求2所述的两对引物SH1和SH2分别进行PCR扩增；
(3)PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳检测，若样品仅能检测到SH1的986bp条带，该样品为白果突变体带型；若样品仅能检测到SH2的1548bp条带，该样品为野生型带型；若样品能同时检测到SH1的986bp条带和SH2的1548bp条带，则该样品为杂合带型，突变体带型的植株果实为白色。
4.权利要求1所述的鉴定番茄杂交后代是否具有白色果实及是否为杂合状态的特异引物在番茄育种中的应用。
5.权利要求3所述的鉴定番茄杂交后代是否为白色果实的方法在番茄育种中的应用。
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