CN109874294B - 通过施用微生物聚生体或其纯化菌株来提高禽类的农业生产的方法 - Google Patents

通过施用微生物聚生体或其纯化菌株来提高禽类的农业生产的方法 Download PDF

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Abstract

本公开涉及分离的微生物‑包括所述微生物的新型菌株‑微生物聚生体以及包含所述微生物聚生体的组合物。此外，本公开教导了在调节家禽产量、抗病性和产蛋量的方法中利用所描述的微生物、微生物聚生体和包含所述微生物聚生体的组合物的方法。在特定方面，本公开提供了提高饲料效率的方法，以及防止病原微生物定殖的方法。

Description

通过施用微生物聚生体或其纯化菌株来提高禽类的农业生产 的方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2016年4月15日提交的美国临时申请号62/323,305、2016年5月12日提交的美国临时申请号62/335,559以及2016年11月22日提交的美国临时申请号62/425,480的优先权权益，所述临时申请各自以引用的方式整体并入本文。
技术领域
本公开涉及尤其可应用于禽类养殖的分离的且生物纯的微生物。所公开的微生物可以其分离的且生物纯的状态使用，以及被配制成组合物。此外，本公开提供了微生物聚生体，所述微生物聚生体含有所公开的微生物的至少两种成员；以及利用所述聚生体的方法。此外，本公开提供了调节禽类微生物组的方法。
关于序列表的声明
与本申请相关的序列表以文本格式代替纸质副本提供，并且特此以引用的方式并入本说明书中。包含序列表的文本文件的名称是ASBI_003_03WO_ST25.txt。所述文本文件是165kb，于2017年4月13日创建，并通过EFS-Web以电子方式提交。
背景技术
到2050年，预计全球人口将增加至超过90亿人，同时人均可用的土地、水和其他自然资源的量减少。预测表明，国内平均收入也将增加，中国和印度的GDP预计增长。对富含动物源蛋白质的饮食的需求随着收入增加而上升，因此全球畜牧业将充满使用更少资源生产更多动物产品的挑战。联合国粮食和农业组织(Food and Agriculture Organization ofthe United Nations)预测，将必须生产多70％的粮食，但可供使用的可耕土地面积将减少。显然，为了支持人口增长，每单位资源投入的粮食产量将必须大幅增加。
近几十年来，养殖业见证了肉类行业的快速增长，这得益于对禽肉的需求不断增长，禽肉以过去五十年中每年的人口增长率的约三倍不断增长。
禽肉、蛋及其组分主要用于制备许多不同形式的食品。通过营养调节、激素治疗、动物管理的变化和选择性育种，一直存在许多用于改善家禽和蛋生产的策略；然而，需要更有效地生产每只动物的可食用家禽食品。
鉴定用于可持续增加家禽和蛋生产的组合物和方法、同时平衡动物健康和福祉已成为满足不断增长的人口中日常人类需求的必要条件。通过扩大农场禽类总数来增加全球家禽产量不仅在世界许多地方在经济上不可行，而且将进一步导致负面的环境后果，因为家禽业的增长以及集约化和集中化趋势已经引起了许多环境问题，主要是由于产生的废物远远多于土地处置能够管理的废物。
大型农场中家禽的种群密度通常伴随着微生物病原体的发病率增加，这使得家禽产量处于风险之中，并且进一步使家禽的最终消费者处于人畜共患病原体(如梭菌属(Clostridium)和沙门氏菌属(Salmonella)的那些)的风险。考虑到许多人畜共患病原体的广泛存在，家禽不可能完全免受暴露。研究的重点是增加对暴露于这些病原体的家禽的定殖抗性的研究方法。
因此，通过简单地扩大目前在大多数发达国家使用的高投入农业系统来满足全球家禽产量预期是根本不可行的。
因此，本领域迫切需要增加家禽和蛋生产的改进的方法，同时还减轻微生物病原体的定殖和传播。
发明内容
在一些实施方案中，存在于本公开的组合物或聚生体中的至少两种微生物菌株或至少一种微生物菌株表现出增加的效用，所述效用在所述菌株单独存在或在所述菌株以天然存在的浓度存在时不展现。在一些实施方案中，包含至少两种如本文所教导的微生物菌株的本公开的组合物在赋予动物至少一种改善的性状方面表现出协同效应。在一些实施方案中，本公开的组合物—包含如本文所教导的一种或多种分离的微生物—与其最接近的天然存在的对应物相比表现出显著不同的特征/性质。也就是说，与其最接近的天然存在的对应物相比，本公开的组合物表现出显著不同的功能和/或结构特征/性质。例如，本公开的微生物至少出于以下原因在结构上不同于天然存在于禽类胃肠道中的微生物：所述微生物可以被分离和纯化，以使得它不存在于胃肠道的环境中，所述微生物可以在胃肠道中不存在的浓度存在，所述微生物可与在胃肠道中不存在的可接受的载体相关联，所述微生物可被配制为储存稳定的并且存在于胃肠道外部，并且所述微生物可与在胃肠道中不存在的浓度下的其他微生物组合。此外，本公开的微生物至少出于以下原因在功能上不同于天然存在于胃肠道中的微生物：所述微生物当以分离和纯化的形式应用时可导致胃肠微生物组的调节、增加的重量增加、增加的饲料利用率、减少量的微生物病原体、减少的病原体相关的GI病变，所述微生物可被配制为储存稳定的并且能够存在于胃肠环境外部，以使得所述微生物现在具有能够施用至禽类的补充剂的新的效用，其中所述微生物在胃肠道中可能不具有处于其自然状态的这种效用，因为所述微生物在没有人工干预以将所述微生物配制成储存稳定状态并赋予具有所述微生物在禽类胃肠道中在其天然存在状态下不具有的上述功能特征的这种新的效用的情况下将不能在胃肠道外部存活。
在一些方面，本公开涉及一种降低饲料转化率、增加禽类重量和/或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的方法，所述方法包括：a)向禽类施用有效量的储存稳定的禽类补充剂，所述补充剂包含：i)纯化的乳杆菌属细菌的微生物群体，所述群体包含具有与SEQ ID NO:1至少约97％相同的16S核酸序列的细菌，并且所述细菌具有至少约0.2的MIC评分；和ii)适用于禽类施用的储存稳定的载体，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述有效量的储存稳定的禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率降低、重量增加或胃肠道中病原体相关的病变形成减少。
在一些方面，本公开涉及一种降低饲料转化率、增加禽类重量或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的方法，所述方法包括：a)向禽类施用有效量的储存稳定的禽类补充剂，所述补充剂包含：i)纯化的微生物群体，所述微生物群体包含具有16S核酸序列的细菌，和/或具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由SEQ ID NO:1-385组成的组的核酸序列至少约97％相同，并且所述细菌和/或真菌具有至少约0.2的MIC评分；和ii)适用于禽类施用的储存稳定的载体；其中与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述有效量的储存稳定的禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率降低、重量增加和/或胃肠道中病原体相关的病变形成减少。
在一些方面，本公开涉及一种治疗家禽的坏死性肠炎的方法，所述方法包括：a)向鸟类施用有效量的储存稳定的家禽补充剂，所述家禽补充剂包含：i)纯化的微生物群体，所述微生物群体包含具有16S核酸序列的细菌，和/或具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由SEQ ID NO:1-385组成的组的核酸序列至少约97％相同，并且所述细菌和/或真菌具有至少约0.2的MIC评分；和ii)适用于家禽施用的储存稳定的载体，其中与未施用所述补充剂的鸟类相比，施用所述有效量的储存稳定的家禽补充剂的鸟类表现出胃肠道中引起坏死性肠炎的细菌的数量减少。
在一些方面，本公开涉及一种治疗家禽的坏死性肠炎的方法，所述方法包括：向鸟类施用有效量的储存稳定的家禽补充剂，所述家禽补充剂包含：i)纯化的乳杆菌属细菌的微生物群体，所述群体包含具有与SEQ ID NO:1至少约97％相同的16S核酸序列的细菌，并且所述细菌具有至少约0.2的MIC评分；和ii)适用于家禽施用的储存稳定的载体，其中与未施用所述补充剂的鸟类相比，施用所述有效量的储存稳定的家禽补充剂的家禽表现出胃肠道中引起坏死性肠炎的细菌的数量减少。
在一些方面，本公开涉及一种降低饲料转化率、增加禽类重量和/或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的方法，所述方法包括：a)向禽类施用有效量的储存稳定的禽类补充剂，所述补充剂包含：i)纯化的乳杆菌属细菌的微生物群体，所述群体包含具有与SEQ ID NO:374至少约97％相同的16S核酸序列的细菌，并且所述细菌具有至少约0.2的MIC评分；和ii)适用于禽类施用的储存稳定的载体，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述有效量的储存稳定的禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率降低、重量增加或胃肠道中病原体相关的病变形成减少。
在一些方面，本公开涉及一种降低饲料转化率、增加禽类重量和/或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的方法，所述方法包括：a)向禽类施用有效量的储存稳定的禽类补充剂，所述补充剂包含：i)纯化的乳杆菌属细菌的微生物群体，所述群体包含具有与SEQ ID NO:382至少约97％相同的16S核酸序列的细菌，并且所述细菌具有至少约0.2的MIC评分；和ii)适用于禽类施用的储存稳定的载体，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述有效量的储存稳定的禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率降低、重量增加或胃肠道中病原体相关的病变形成减少。
在方面，前述微生物物种—即，包含具有16S核酸序列的细菌和/或具有ITS核酸序列的真菌的纯化的微生物群体，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ ID NO:1-385—是Markush组的成员，因为本公开说明，所述成员属于一类特征在于各种物理和功能属性的微生物，其可包括以下中的任一种：a)将碳源转化成诸如乙酸酯、丁酸酯、丙酸酯或其组合物的挥发性脂肪酸的能力；b)使可溶性或不溶性碳源降解的能力；c)向施用所述微生物的禽类赋予重量增加增加的能力；d)调节施用所述微生物的禽类的胃肠道的微生物组的能力；e)被配制成储存稳定的组合物的能力；f)在已经施用所述微生物的禽类中表现出饲料转化率降低的能力；g)赋予胃肠道中病原体相关的病变形成减少的能力；h)赋予胃肠道中病原微生物减少的能力；和/或i)在细菌的情况下具有至少约0.2的MIC评分，并且在真菌的情况下具有至少约0.2的MIC评分。因此，Markush组的成员具有至少一种共同的性质，所述性质可负责其在所要求的关系中的功能。
在一些方面，所述禽类是肉鸡。在一些方面，所述禽类补充剂在环境条件下稳定至少一周。在一些方面，所述禽类补充剂被配制为：包囊、片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食物成分、食物添加剂、食物制剂、食物补充剂、水添加剂、水混合的添加剂、热稳定的添加剂，水分稳定的添加剂、消费性溶液、消费性喷雾添加剂、消费性固体、消费性凝胶、注射液、栓剂、浸液或其组合。
在一些方面，施用包括将禽类补充剂喂饲给禽类或将禽类补充剂喷洒到禽类上。在一些方面，所述纯化的微生物群体以至少102个细胞的浓度存在于禽类补充剂中。在一些方面，所述纯化的微生物群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ ID NO:1-50和59-385。在一些方面，所述纯化的微生物群体包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ ID NO:51-58。在一些方面，所述纯化的微生物群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约99％相同：SEQ IDNO:1-50和59-385。在一些方面，所述纯化的微生物群体包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约99％相同：SEQ ID NO:51-58。在一些方面，所述纯化的微生物群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:1-50和59-385。在一些方面，所述纯化的微生物群体包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:51-58。
在一些方面，所述纯化的微生物群体包含具有16S核酸序列的细菌和具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ IDNO:1-385。在一些方面，所述纯化的微生物群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQ ID NO:1至少约97％相同。在一些方面，所述纯化的微生物群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列包含SEQ ID NO:1，并且其中所述细菌是如作为专利201703004所保藏。
在一些方面，所述纯化的微生物群体仅含有为选自以下的组的成员的生物体：乳杆菌属、梭菌属、栖粪杆菌、产氢厌氧杆菌属、顶果孢菌属、芽孢杆菌属、罕见小球菌属、明串珠菌属、毛螺菌科、厌氧细杆菌属、微杆菌属、疣孢菌属、厌氧细杆菌属、布劳特菌属、假单胞菌属、孢杆菌属、棒状杆菌属、链球菌属、副球菌属、解纤维梭菌属、瘤胃球菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、线黑粉菌属、赤霉菌属、Alatospora、毕赤酵母属以及念珠菌属。
在一些方面，施用有效量的禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率降低至少1％、重量增加至少1％和/或胃肠道中病原体相关的病变形成减少至少1％。在一些方面，施用有效量的禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率降低至少10％、重量增加至少10％和/或胃肠道中病原体相关的病变形成减少至少10％。
一种能够降低饲料转化率、增加禽类重量或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的储存稳定的禽类补充剂，所述补充剂包含：a)纯化的群体，所述群体包含具有16S核酸序列的细菌，和/或具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由SEQ ID NO:1-385组成的组的核酸序列至少约97％相同；和b)适用于禽类施用的储存稳定的载体，其中a)的所述纯化的细菌和/或真菌群体以与未施用所述补充剂的禽类相比，可有效降低饲料转化率、增加禽类重量和/或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的量存在于所述补充剂中。在一些方面，与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述补充剂的禽类表现出饲料转化率的降低。在一些方面，与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述补充剂的禽类表现出饲料转化率的降低。
在一些方面，所述纯化的细菌和/或真菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQ ID NO:1至少约97％相同。在一些方面，所述纯化的细菌和/或真菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQ ID NO:1至少约99％相同。在一些方面，所述纯化的细菌和/或真菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列包含SEQ ID NO:1。在一些方面，所述纯化的细菌和/或真菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列包含SEQ ID NO:1，并且其中所述细菌是如作为专利201703004所保藏。
在一些方面，所述储存稳定的禽类补充剂还包含：(i)纯化的细菌群体，所述细菌群体包含与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同的16S核酸序列：SEQ ID NO:1-50和59-385，和/或(ii)纯化的真菌群体，所述真菌群体包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ ID NO:51-58。
在一些方面，所述纯化的细菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约99％相同：SEQ ID NO:1-50和59-385。在一些方面，所述纯化的真菌群体包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约99％相同：SEQ ID NO:51-58。在一些方面，所述纯化的细菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列选自由SEQ ID NO:1-50和59-385组成的组。在一些方面，所述纯化的真菌群体包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:51-58。在一些方面，所述纯化的细菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQ ID NO:3至少约97％相同。在一些方面，所述纯化的细菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQ ID NO:3至少约99％相同。在一些方面，所述纯化的细菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列包含SEQ ID NO:3。在一些方面，所述纯化的细菌群体包含SEQ ID NO:1，并且其中所述细菌是如作为专利201703001所保藏。在一些方面，纯化的细菌群体(i)和纯化的真菌群体(ii)两者均存在于所述补充剂中。
在一些方面，所述禽类补充剂被配制用于施用至肉鸡。在一些方面，所述补充剂在环境条件下稳定至少一周。在一些方面，所述补充剂被配制为：包囊、包囊、片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食物成分、食物添加剂、食物制剂、食物补充剂、水添加剂、水混合的添加剂、热稳定的添加剂，水分稳定的添加剂、消费性溶液、消费性喷雾添加剂、消费性固体、消费性凝胶、注射液、栓剂、浸液或其组合。
在一些方面，所述纯化的细菌群体以至少102个细胞的浓度存在于禽类补充剂中。在一些方面，与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述补充剂的禽类表现出重量的增加。在一些方面，与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述补充剂的禽类表现出胃肠道中病原体相关的病变形成减少。
在一些方面，与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述补充剂的禽类表现出胃肠道中产气荚膜梭菌相关的病变形成的发病率降低。在一些方面，与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述补充剂的禽类表现出胃肠道中产气荚膜梭菌相关的病变形成的发病率降低1％。在一些方面，与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述补充剂的禽类表现出胃肠道中产气荚膜梭菌相关的病变形成的发病率降低10％。在一些方面，与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述补充剂的禽类表现出胃肠道中产气荚膜梭菌相关的病变形成的发病率降低20％。
在一些方面，所述储存稳定的补充剂还包含：(i)纯化的细菌群体，所述细菌群体包含与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同的16S核酸序列：SEQ ID NO:1-50和59-385，和/或(ii)纯化的真菌群体，所述真菌群体包含与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同的ITS核酸序列：SEQ ID NO:51-58。
在一些实施方案中，本公开涉及一种用于降低饲料转化率、增加禽类重量或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的方法，所述方法包括：a)向禽类施用有效量的储存稳定的禽类补充剂，所述补充剂包含：i)纯化的微生物群体，所述微生物群体包含具有与SEQ ID NO:13、346、19或22至少约97％相同的16S核酸序列的细菌，并且所述细菌具有至少约0.2的MIC评分；和ii)适用于禽类施用的储存稳定的载体，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述有效量的储存稳定的禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率降低、重量增加和/或胃肠道中病原体相关的病变形成减少。
一种能够降低饲料转化率、增加禽类重量或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的储存稳定的禽类补充剂，所述补充剂包含：a)纯化的群体，所述群体包含具有与SEQID NO:13、346、19或22至少约97％相同的16S核酸序列的细菌；和b)适用于禽类施用的储存稳定的载体，其中a)的所述纯化的细菌群体以与未施用所述补充剂的禽类相比，可有效降低饲料转化率、增加禽类重量和/或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的量存在于所述补充剂中。
一种用于降低饲料转化率、增加禽类重量和/或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的方法，所述方法包括：a)向禽类施用有效量的储存稳定的禽类补充剂，所述补充剂包含：i)纯化的芽孢杆菌属、乳杆菌属或真杆菌属细菌的微生物群体，所述群体包含具有选自SEQ ID NO:13、346、19或22的16S核酸序列的细菌，并且所述细菌具有至少约0.2的MIC评分；和ii)适用于禽类施用的储存稳定的载体，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，施用所述有效量的储存稳定的禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率降低、重量增加或胃肠道中病原体相关的病变形成减少。
一种能够降低饲料转化率、增加禽类重量或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的储存稳定的禽类补充剂，所述补充剂包含：a)纯化的芽孢杆菌属、乳杆菌属或真杆菌属细菌群体，所述群体包含具有与SEQ ID NO:13、346、19或22至少约97％相同的16S核酸序列的细菌；和b)适用于禽类施用的储存稳定的载体，其中a)的所述纯化的芽孢杆菌属、乳杆菌属或真杆菌属细菌群体以与未施用所述补充剂的禽类相比，可有效降低饲料转化率、增加禽类重量或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成的量存在于所述补充剂中。
一种治疗家禽的坏死性肠炎的方法，所述方法包括：a)向鸟类施用有效量的储存稳定的家禽补充剂，所述家禽补充剂包含：i)纯化的微生物群体，所述微生物群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与选自SEQ ID NO:13、346、19或22的核酸序列至少约97％相同，并且所述细菌具有至少约0.2的MIC评分；和ii)适用于家禽施用的储存稳定的载体，其中与未施用所述补充剂的鸟类相比，施用所述有效量的储存稳定的家禽补充剂的鸟类表现出胃肠道中引起坏死性肠炎的细菌的数量减少。
一种治疗家禽的坏死性肠炎的方法，所述方法包括：a)向鸟类施用有效量的储存稳定的家禽补充剂，所述家禽补充剂包含：i)纯化的芽孢杆菌属、乳杆菌属或真杆菌属细菌的微生物群体，所述微生物群体包含具有选自SEQ ID NO:13、346、19或22的16S核酸序列的细菌，并且所述细菌具有至少约0.2的MIC评分；和ii)适用于家禽施用的储存稳定的载体，其中与未施用所述补充剂的鸟类相比，施用所述有效量的储存稳定的家禽补充剂的家禽表现出胃肠道中引起坏死性肠炎的细菌的数量减少。
在方面，前述微生物物种—即，包含具有16S核酸序列的细菌和/或具有ITS核酸序列的真菌的纯化的微生物群体，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ ID NO:1-385—是Markush组的成员，因为本公开说明，所述成员属于一类特征在于各种物理和功能属性的微生物，其可包括以下中的任一种：a)将碳源转化成诸如乙酸酯、丁酸酯、丙酸酯或其组合物的挥发性脂肪酸的能力；b)使可溶性或不溶性碳源降解的能力；c)向施用所述微生物的禽类赋予重量增加增加的能力；d)调节施用所述微生物的禽类的胃肠道的微生物组的能力；e)被配制成储存稳定的组合物的能力；f)在已经施用所述微生物的禽类中表现出饲料转化率降低的能力；g)赋予胃肠道中病原体相关的病变形成减少的能力；h)赋予胃肠道中病原微生物减少的能力；和/或i)在细菌的情况下具有至少约0.2的MIC评分，并且在真菌的情况下具有至少约0.2的MIC评分。因此，Markush组的成员具有至少一种共同的性质，所述性质可负责其在所要求的关系中的功能。
关于出于专利程序目的的微生物保藏的国际认可的布达佩斯条约
本申请中描述的一些微生物保藏在位于1815 N.University St.,Peoria,IL61604,USA的美国农业部(USDA)农业研究服务(ARS)培养物保藏中心
Figure BDA0001905888290000121
本申请中描述的一些微生物保藏在位于60Bigelow Drive,East Boothbay,Maine 04544,USA的毕格罗国家海洋藻类和微生物中心。本申请中描述的一些微生物保藏在位于10801 UniversityBoulevard,Manassas,Virginia 20108,USA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)。
所述保藏是根据布达佩斯条约关于出于专利程序目的的微生物保藏的国际认可的条款而作出的。上述布达佩斯条约保藏的
Figure BDA0001905888290000122
ATCC和毕格罗国家海洋藻类和微生物中心登录号提供于表3中。本申请中描述的微生物的登录号和相应的保藏日期单独提供于表45中。
至少自从2016年3月1日已经在Ascus Biosciences,Inc.的实验室中保藏了以下表中指定的菌株。
在表1中，第2和5列中列出了微生物分类的最接近的预测命中。第2列是通过BLAST预测的最高分类学命中，并且第5列是通过BLAST预测的属+种的最高分类学命中。至少自从2016年3月1日已经在Ascus Biosciences,Inc.的实验室中保藏了以下表中指定的菌株。
表1列举了本公开的细菌和真菌的菌株名称。如果括号中的字母遵循任何菌株名称，则表明那些菌株中的每种都具有与参考菌株(具有括号内的(A))共有至少97％序列同一性的变体。Ascusbbr_5796(A)具有两种变体，分别与Ascusbbr_5796(A)共有97.8％和98.2％序列同一性的Ascusbbr_5796(B)和Ascusbbr_5796(C)。Ascusbbr_14690(A)具有两种变体，分别与Ascusbbr_14690(A)共有97.8％和98.2％序列同一性的Ascusbbr_14690(B)和Ascusbbr_14690(C)。Ascusbbr_38717(A)与Ascusbbr_38717(B)共有98.6％序列同一性。Ascusbbr_33(A)与Ascusbbr_33(B)共有98.2％序列同一性。Ascusbbr_409(B)、Ascusbbr_409(C)、Ascusbbr_409(D)分别与Ascusbbr_409(B)共有98.2％、97.3％和97.8％序列同一性。Ascus_331885(B)和Ascus_331885(C)分别与Ascus_331885(A)共有97.8％和97.3％序列同一性。Ascusbbr_247(A)与Ascusbbr_247(B)共有97.8％序列同一性。Ascusbbr_10593(A)与Ascusbbr_10593(B)共有99.6％序列同一性。Ascusbbr_32731(A)与Ascusbbr_32731(B)共有97.3％序列同一性。Ascusbbr_1436(A)与Ascusbbr_1436(B)共有97.8％序列同一性。Ascusbbr_265(A)与Ascusbbr_265(B)共有99.6％序列同一性。
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附图说明
图1示出用于确定一种或多种活性微生物菌株的绝对丰度的方法的一个实施方案的一般工作流程。
图2示出用于确定具有一个或多个元数据(环境)参数的样品中一种或多种或两种或更多种活性微生物菌株的共现、然后在确定关系的网络上利用聚类分析和群落检测方法的方法的一个实施方案的一般工作流程。
图3是在使用Cobb 500肉鸡的I期研究的21个研究日内发生的动作/事件的时间线的图形表示。
图4是在使用Ross 708肉鸡的II期研究的21个研究日内发生的动作/事件的时间线的图形表示。
图5是用于实施例I中描述的I期或II期研究的示例性笔和笼设置的图形表示。
图6是用于实施例I中描述的I期或II期研究的示例性笼设置的图形表示。
图7是展现实施例I中描述的I期研究中处理1对处理2的统计学结果的总结数据的图形表示。
图8是展现实施例I中描述的II期研究中处理1对处理2的统计学结果的总结数据的图形表示。
图9是用于实施例II中描述的研究的示例性笔设置的图形表示，其中用产气荚膜梭菌激发鸟类。
图10描绘如在不溶性碳源测定中使用的未降解碳源(第0天)和降解碳源(第7天)。
图11A和图11B描绘表1的细菌(A)和真菌(B)之间的共享百分比相似性(同一性百分比)。数据点代表每种菌株的最大相似性配对百分比。
图12是示例性鸡的解剖结构的草图描绘。
图13是鸡的从喙至泄殖腔的切除胃肠道的图像。
图14描绘在胃肠道中发生的复杂微生物相互作用。良好平衡的共生微生物负载涉及维持多种稳态系统。
图15描绘三种细菌物种的胃肠道细菌和肉鸡重量的MIC评分分布及其MIC评分，其中所述物种已在第3方研究中进行了评价。MIC评分越低，物种/菌株能够积极调节肉鸡重量的可能性越小。
图16描绘三种细菌物种的胃肠道细菌和肉鸡饲料转化率的MIC评分分布及其MIC评分，其中所述物种已在第3方研究中进行了评价。MIC评分越低，物种/菌株能够积极调节肉鸡饲料转化率的可能性越小。
具体实施方式
定义
虽然据信以下术语由本领域普通技术人员良好理解，但是阐述了以下定义以便于解释本发明公开的主题。
术语“一个/种(a/an)”可指所述实体中的一个/种或多个/种，即可指复数指示物。因此，术语“一个/种(a/an)”、“一个/种或多个/种”和“至少一个/种”在本文中可互换使用。另外，通过不定冠词“一个/种(a/an)”提及“要素”时不排除多于一种要素存在的可能性，除非上下文清楚地要求存在一种并仅有一种要素。
在本说明书全文中对“一个实施方案”、“实施方案”、“一个方面”或“方面”的提及意味着结合所述实施方案描述的特定特征、结构或特性可包括在本公开的至少一个实施方案中。因此，贯穿本说明书在各个地方出现短语“在一个实施方案中(in one embodiment)”或“在一个实施方案中(in an embodiment)”不必要全部是指相同的实施方案。此外，具体特征、结构或特性可以任何合适的方式组合在一个或多个实施方案中。
如本文所用，在特定实施方案中，当在数值之前时，术语“约”或“大约”表示所述值加上或减去10％的范围。
如本文所用，术语“微生物(microorganism)”或“微生物(microbe)”应在广义上采用。这些术语可互换使用，并且包括但不限于两个原核结构域、细菌和古细菌、真核真菌和原生生物以及病毒。在一些实施方案中，本公开涉及表1和/或表3的“微生物”，或通过引用并入的“微生物”。这种表征不仅可参考所述表的预测的分类微生物标识符，而且参考所述表中列出的鉴定的微生物菌株。
术语“微生物聚生体(consortia)”或“微生物聚生体(consortium)”是指单独微生物物种或物种的菌株的微生物群落的子集，其可被描述为执行共同功能，或可被描述为参与或导致或与可识别的参数相关，如感目标表型性状(例如，家禽中提高的饲料效率)。所述群落可包含微生物的两种或更多种物种，或物种的菌株。在一些情况下，所述微生物在群落内共生地共存。
术语“微生物群落”是指包含两种或更多种物种或菌株的一组微生物。与微生物聚生体不同，微生物群落不必执行共同功能，或者不必参与、导致或与可识别参数相关联，如目标表型性状(例如家禽中提高的饲料效率)。
如本文所用，“分离物”、“分离的”“分离的微生物”和类似术语意图表示所述一种或多种微生物已经与在特定环境中与其相关的至少一种材料(例如土壤、水、动物组织)分离。
本公开的微生物可包括孢子和/或营养细胞。在一些实施方案中，本公开的微生物包括处于存活但非可培养(VBNC)状态或静止状态的微生物。参见Liao和Zhao(美国公布US2015267163A1)。在一些实施方案中，本公开的微生物包括生物膜中的微生物。参见Merritt等人(美国专利7,427,408)。
因此，“分离的微生物”在其天然存在的环境中不存在；相反，在本文通过各种技术描述，所述微生物已从其自然环境中除去并置于非天然存在的存在状态中。因此，分离的菌株或分离的微生物可作为例如生物学纯的培养物存在，或作为与可接受的载体缔合的孢子(或其他形式的菌株)存在。
如本文所用，“孢子(spore)”或“孢子(spores)”是指由细菌和真菌产生的适于存活和分散的结构。孢子通常被表征为休眠结构；然而，孢子能够通过萌发过程进行分化。萌发是孢子分化成能够代谢活动、生长和繁殖的营养细胞。单个孢子的萌发产生单个真菌或细菌营养细胞。真菌孢子是无性繁殖的单位，并且在一些情况下是真菌生命周期中的必需结构。细菌孢子是存活条件的结构，所述结构通常对营养细胞的存活或生长是不导电的。
如本文所用，“微生物组合物”是指包含本公开的一种或多种微生物的组合物，其中在一些实施方案中，将微生物组合物施用至本公开的动物。
如本文所用，“载体”、“可接受的载体”或“药物载体”是指与化合物一起施用的稀释剂、佐剂、赋形剂或媒介物。此类药物载体可以是无菌液体如水和油，包括石油、动物、植物或合成来源的那些；如花生油、大豆油、矿物油、芝麻油等。水或水溶液盐水溶液和水性右旋糖溶液和甘油溶液优选用作载体，在一些实施方案中用作可注射溶液。或者，所述载体可以是固体剂型载体，包括但不限于粘合剂(用于压制丸剂)、助流剂、囊封剂、调味剂和着色剂中的一种或多种。载体的选择可关于预期施用途径和标准药学实践来选择。参见Hardee和Baggo(1998.Development and Formulation of Veterinary Dosage Forms.第2版CRCPress.504pg.)；E.W.Martin(1970.Remington’s Pharmaceutical Sciences.第17版MackPub.Co.)；以及Blaser等人(美国公布US20110280840A1)。
在一些方面，载体可以是粒状结构，如沙或沙颗粒。在其他方面，所述载体可以是干燥的，与潮湿或湿润载体相反。在一些方面，载体可以是选自低聚果糖、菊糖、异麦芽寡糖、乳糖醇、低聚乳果糖、乳果糖、焦糊精、大豆寡糖、反式半乳寡糖、木寡糖和维生素的营养物质和/或益生元物质。在一些方面，载体可呈固体或液体形式。在一些方面，载体可以是沸石、碳酸钙、碳酸镁、海藻糖、壳聚糖、虫胶、白蛋白、淀粉、脱脂奶粉、甜乳清粉、麦芽糖糊精、乳糖以及菊糖。在一些方面，载体是水或生理盐水。
在本公开的某些方面，分离的微生物作为分离的和生物学纯的培养物存在。本领域技术人员将理解，特定微生物的分离的和生物学纯的培养物表示所述培养物基本上不含(在科学原因中)其他生物体，并且仅含有所讨论的单个微生物。所述培养物可含有不同浓度的所述微生物。本公开指出，分离的和生物学纯的微生物通常“必然不同于较不纯的或不纯的材料”。参见，例如In re Bergstrom,427 F.2d 1394,(CCPA 1970)(讨论纯化的前列腺素)，还参见In re Bergy,596 F.2d 952(CCPA 1979)(讨论纯化的微生物)，还参见Parke-Davis&Co.v.H.K.Mulford&Co.,189 F.95(S.D.N.Y.1911)(Learned Hand讨论纯化的肾上腺素)，在某种程度上，部分修改，196 F.496(2d Cir.1912)，其各自以引用的方式并入本文。此外，在一些方面，本公开提供了必须在分离的和生物学纯的微生物培养物中发现的浓度或纯度限制的某些定量测量。在某些实施方案中，这些纯度值的存在是将目前公开的微生物与存在于天然状态的那些微生物区分开的另一属性。参见，例如,Merck&Co.v.OlinMathieson Chemical Corp.,253 F.2d 156(4th Cir.1958)(讨论由微生物产生的维生素B12的纯度限制)，以引用的方式并入本文。
如本文所用，“单个分离物”应理解为在与一种或多种其他微生物分离后，主要包含微生物的单一属、种或菌株的组合物或培养物。所述短语不应指示微生物被分离或纯化的程度。然而，“单个分离物”可基本上仅包含一种微生物属、种或菌株。
如本文所用，“微生物组”是指栖息在动物的消化道或胃肠道以及微生物的物理环境中的微生物的集合(即，微生物组具有生物和物理组分)。微生物组是流体并且可通过许多天然存在和人工条件进行调节(例如，饮食改变、疾病、抗微生物剂、另外微生物的流入等)。可通过施用本公开的组合物实现的胃肠道微生物组的调节可呈现以下形式：(a)增加或减少微生物的特定科、属、种或功能分组(即，改变胃肠道微生物组的生物成分)和/或(b)提高或降低胃肠道pH、增加或减少胃肠道中的挥发性脂肪酸、增加或减少对胃肠健康重要的任何其他物理参数(即，改变肠道微生物组的非生物组分)。
如本文所用，“益生菌”是指基本上纯的微生物(即，单一分离物)或所需微生物的混合物，并且还可包括可施用至家禽以恢复微生物群的任何另外组分。本发明的益生菌或微生物接种组合物可与药剂一起施用以允许微生物在胃肠道环境中存活，即，抵抗低pH并在胃肠环境中生长。在一些实施方案中，本发明的组合物(例如，微生物组合物)在一些方面中是益生菌。
如本文所用，“益生元”是指增加一种或多种所需微生物的数量和/或活性的药剂。可用于本公开的方法中的益生元的非限制性实例包括果寡糖(例如，低聚果糖、菊糖、菊糖型果聚糖)、半乳寡糖、氨基酸、醇、异麦芽寡糖、乳糖醇、低聚乳果糖、乳果糖、焦糊精、大豆寡糖、反式半乳寡糖、木寡糖、维生素以及其混合物。参见Ramirez-Farias等人(2008.Br.J.Nutr.4:1-10)以及Pool-Zobel和Sauer(2007.J.Nutr.137:2580-2584和补充)。
如本文所用，术语“生长培养基”是适合于支持微生物生长的任何培养基。举例来说，所述培养基可以是天然的或人工的，包括胃泌素补充琼脂、LB培养基、血清和组织培养凝胶。应理解，培养基可单独使用或与一种或多种其他培养基组合使用。它也可在添加或不添加外源营养素的情况下使用。
培养基可用另外的化合物或组分进行修改或富集，例如，可帮助特定微生物群的相互作用和/或选择的组分。例如，可存在抗生素(如青霉素)或消毒剂(例如，季铵盐和氧化剂)和/或可修改物理条件(如盐度、营养素(例如有机和无机矿物质(如含磷、含氮盐、氨、钾和微量营养素如钴和镁)、pH和/或温度)。
如本文所用，术语“禽类”和“家禽”可互换使用来包括属于鸡形目和雁形目的驯养和非驯养鸟类。禽类包括鸡(肉鸡/炸鸡/烤鸡/阉鸡/公鸡/炖鸡)、火鸡、松鸡、新大陆鹌鹑、旧大陆鹌鹑、鹧鸪、雷鸟、原鸡、孔雀、鸭、鹅、天鹅、鸸鹋和鸵鸟。
本公开的肉鸡包括：Cobb 500、Cobb 700、Cobb Avian 48、Cobb Sasso、Ross 308、Ross 708、Ross PM3、Jersey Giant、Cornish Cross、Delaware、Dorking、Buckeye、Campine、Chantecler、Crevecoeur、Holland、Modern Game、Nankin、Redcap、Russian、Orloff、Spanish、Sultan、Sumatra、Yokohama、Andalusian、Buttercup、Cubalaya、Faverolles、Java、Lakenvelder、Langshan、Malay、Phoenix、Ancona、Aseel、Brahma、Catalana、Cochin、Cornish、Dominique、Hamburg、Houdan、La Fleche、Minorca、NewHampshire、Old English Game、Polish、Rhode Island White、Sebright、Shamo、Australorp、Leghorn、Orpington、Plymouth Rock、Rhode Island Red、Sussex、Wyandotte、Araucana、Iowa Blue、Lamona、Manx Rumpy、Naked Neck、Asil、Kadacknath Bursa、Hubbard、Hubbard、Cobb、Hubbard、Lohman、Anak 2000、Avian-34、Starbra、Sam Rat、Bowans、Hyline、BV-300、H&N Nick、Dekalb Lohman、ILI-80、Golden-92、Priya、Sonali、Devendra、B-77、Caribro-91、Varna、Caribro naked necked、Caribro multicolored、Aviagen、Ross、Arbor Acres、Indian River、Peterson、Cobb-Vantress、Avian Sasso、Hybro、Groupe Grimaud、Grimaud Frere、Ameraucana、Silkie、Marans、Rosecomb、Welsummer、Barnevelder、Bantam、Asil、Chantecler、Croad、Houdan、Pekin、Frizzle、Serama、Orloff、Ac、Aseel、Baheij、Bandara以及其杂交种。
本公开的产蛋鸡包括：Ameraucana、Ancona、Andalusian、Appenzeller、Araucana、Australorp、Barnevelder、Brahma、Buckeye、Buttercup、Campine、Catalana、Chantecler、Cochin、Cornish、Crevecoeur、Cubalaya、Deleware、Dominique、Dorking、Faverolles、Fayoumi、Hamburg、Holland、Houdan、Jaerhon、Java、Jersey Giant、La Fleche、Lakenvelder、Lamona、Langsham、Leghorn、Marans、Minorca、Nacked Neck、New Hampshire、Orloff、Orpington、Penedesenca、Phoenix、Plymouth Rock、Polish、Redcap、RhodeIsland、Spanish、Sultan、Sussex、Welsumer、Wyandotte、Yokohama以及其杂交种。
虽然在肉鸡与产蛋鸡之间进行了区分，但本公开的实施方案使用肉鸡、产蛋鸡和/或多用途鸡。
如本文所用，与对照组相比，或与同所讨论特征相关的已知平均量相比，“改进”应在广义上视为涵盖改进目标特征。例如，通过比较通过本文教导的微生物处理的家禽的饲料效率与未处理的家禽的饲料效率，可证明与本公开的有益微生物或聚生体的施加相关的“改进的”饲料效率。在本公开中，“改进的”不一定要求数据具有统计显著性(即p<0.05)；相反，表明一个值(例如平均治疗值)与另一个(例如平均控制值)不同的任何可量化的差异可上升至“改进”的水平。
如本文所用，“抑制和遏制”和类似术语不应被解释为需要完全抑制或遏制，但是在一些实施方案中这可能是期望的。
如本文所用的术语“标记”或“独特标记”是独特微生物类型、微生物菌株或微生物菌株活性的指示。标记可在生物样品中测量，并且包括但不限于基于核酸的标记，如核糖体RNA基因、基于肽或蛋白质的标记和/或代谢物或其他小分子标记。
如本文所用的术语“代谢物”是代谢的中间体或产物。在一个实施方案中，代谢物是小分子。代谢物具有各种功能，包括燃料、结构、信号传导、对酶的刺激和抑制作用、作为酶的辅因子、防御以及与其他有机物(例如色素、气味剂和信息素)相互作用。初级代谢物直接涉及于正常生长、发育和繁殖中。次生代谢物不直接涉及于这些过程中，但通常具有重要生态学功能。代谢物的实例包括但不限于抗生素和色素，如树脂和萜烯等。一些抗生素使用初级代谢物作为前体，所述抗生素如从初级代谢物色氨酸产生的放线菌素。如本文所用，代谢物包括小的亲水性碳水化合物；大的疏水性脂质和复杂的天然化合物。
如本文所用，术语“基因型”是指单独细胞、细胞培养物、组织、生物体或生物体组的遗传组成。
如本文所用，术语“等位基因”是指基因的一种或多种替代形式中的任一种，所述等位基因涉及至少一种性状或特征。在二倍体细胞中，给定基因的两种等位基因占据一对同源染色体上的相应基因座。因为本公开在实施方案中涉及QTL，即可包含一个或多个基因或调控序列的基因组区域，所以在一些情况下更准确地是指“单倍型”(即染色体区段的等位基因)而不是“等位基因”，然而，在那些情况下，术语“等位基因”应理解为包括术语“单倍型”。当它们表达相似的表型时，等位基因被认为是相同的。序列差异是可能的，但不重要，只要它们不影响表型即可。
如本文所用，术语“基因座(locus)”(基因座(loci)的复数)是指染色体上的一个或多个特定位置或位点，其中例如发现基因或遗传标记。
如本文所用，术语“遗传连锁”是指在育种期间以高速率共遗传以使得它们难以通过杂交分离的两种或更多种性状。
如本文所用，“重组”或“重组事件”是指染色体交换或独立分配。术语“重组”是指具有由于重组事件而产生的新基因组成的生物体。
如本文所用，术语“分子标记”或“遗传标记”是指用于可视化核酸序列的特征差异的方法中的指示物。此类指示物的实例是限制性片段长度多态性(RFLP)标记、扩增片段长度多态性(AFLP)标记、单核苷酸多态性(SNP)、插入突变、微卫星标记(SSR)、序列表征的扩增区域(SCAR)、裂解扩增的多态性序列(CAPS)标记或同工酶标记或本文所述标记的组合，其定义特定遗传和染色体位置。标记进一步包括编码16S或18S rRNA的多核苷酸序列，以及内部转录间隔区(ITS)序列，所述序列是在小亚基与大亚基rRNA基因之间发现的序列，所述rRNA基因已被证明在彼此进行比较时阐明之间的关系或区别中特别有用。等位基因附近的分子标记的定位是可由分子生物学技术的普通技术人员进行的程序。
主要rRNA亚基16S的一级结构包含保守区、可变区和高变区的特定组合，所述保守区、可变区和高变区以不同的速率进化并且能够解析非常古老的谱系(如结构域)和更现代的谱系(如属)。16S亚基的二级结构包括大约50个螺旋，所述螺旋产生约67％残基的碱基配对。这些高度保守的二级结构特征具有重要的功能重要性，并且可用于确保多序列比对和系统发生分析中的位置同源性。在过去几十年中，16S rRNA基因已成为测序最多的分类标记，并且是细菌和古细菌的当前系统分类的基石(Yarza等人2014.Nature Rev.Micro.12:635-45)。
两个16S rRNA基因的序列同一性为94.5％或更低是不同属的有力证据，86.5％或更低是不同科的有力证据，82％或更低是不同目的有力证据，78.5％是不同类的有力证据，并且75％或更低是不同门的有力证据。对16S rRNA基因序列的比较分析使得能够建立分类学阈值，所述分类学阈值不仅可用于培养的微生物的分类，而且可用于许多环境序列的分类。Yarza等人2014.Nature Rev.Micro.12:635-45)。
如本文所用，术语“性状”是指特征或表型。例如，在本公开的一些实施方案的背景下；产蛋量、饲料利用效率、产生的粪便量、对肠道病原体的易感性以及死亡率的降低等。理想性状也可包括其他特征，包括但不限于：重量增加；产蛋量增加；肌肉组织增加；蛋中的维生素增加；胃肠道中脂肪酸浓度增加；和蛋体积增加；饲料利用率和消化率提高；多糖和木质素降解增加；脂肪、淀粉和蛋白质消化增加；维生素可用性增加；矿物质可用性增加；氨基酸可用性增加；胃肠道发育改善；绒毛长度和表面积增加；胃肠道中pH平衡；胃肠道中pH增加；胃肠道中pH降低；甲烷和/或一氧化二氮排放减少；粪肥生产减少；氮素利用效率提高；磷利用效率提高；对定殖鸡的病原微生物的定殖的抗性增加；肉类性质改善；死亡率降低；抗微生物剂的生产增加；病原微生物的清除增加；对感染鸡的病原微生物的定殖的抗性增加；对感染人的病原微生物的定殖的抗性增加；肠道健康改善等；其中所述增加、减少或降低是针对尚未施用本公开的组合物的动物进行比较而确定。
性状可以显性或隐性方式遗传，或以部分或不完全显性方式遗传。性状可以是单基因的(即由单个基因座决定)或多基因的(即由多于一个基因座决定)或者也可由一种或多种基因与环境的相互作用产生。
在本公开的背景下，性状还可由一种或多种禽类基因与一种或多种微生物基因的相互作用产生。
如本文所用，术语“纯合的”是指当两个相同的等位基因位于特定基因座、但是它们分别位于二倍体生物体细胞中相应的同源染色体对上时存在的遗传条件。相反，如本文所用，术语“杂合的”是指当两个不同的等位基因位于特定基因座、但是它们分别位于二倍体生物体细胞中相应的同源染色体对上时存在的遗传条件。
如本文所用，术语“表型”是指单独细胞、细胞培养物、生物体(例如，鸟类)或一组生物体的可观察特征，所述特征由所述个体的基因组成(即，基因型)与环境之间的相互作用产生。
如本文所用，术语“嵌合”或“重组”在描述核酸序列或蛋白质序列时是指将至少两个异源多核苷酸或两个异源多肽连接成单个大分子或使至少一个天然核酸或蛋白质序列的一种或多种元件重排的核酸或蛋白质序列。例如，术语“重组”可指两个以另外分开的序列区段的人工组合，例如，通过化学合成或通过遗传工程化技术操纵分离的核酸片段。
如本文所用，“合成核苷酸序列”或“合成多核苷酸序列”是未已知在自然界中存在或不是天然存在的核苷酸序列。通常，当与任何其他天然存在的核苷酸序列相比时，这种合成核苷酸序列将包含至少一个核苷酸差异。
如本文使用，术语“核酸”是指聚合物形式的任何长度的核苷酸，核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸或其类似物。此术语是指分子的一级结构，并且因此包括双链和单链DNA以及双链和单链RNA。它还包括修饰的核酸，如甲基化和/或加帽的核酸、含有修饰的碱基的核酸、主链修饰等。术语“核酸”和“核苷酸序列”可互换使用。
如本文所用，术语“基因”是指与生物学功能相关的任何DNA区段。因此，基因包括但不限于编码序列和/或其表达所需的调控序列。基因还可包括例如形成其他蛋白质的识别序列的非表达的DNA区段。基因可从多种来源获得，包括从目标来源克隆或从已知或预测的序列信息合成，并且可包括被设计成具有所需参数的序列。
如本文所用，术语“同源的”或“同源物”或“直向同源物”是本领域中已知的，并且是指共享共同祖先或家族成员并且基于序列同一性程度确定的相关序列。术语“同源性”、“同源的”、“基本相似的”和“基本上相应的”在本文中可互换使用。它们是指核酸片段，其中一个或多个核苷酸碱基的变化不会影响核酸片段介导基因表达或产生某种表型的能力。这些术语还指本公开的核酸片段的修饰，如一个或多个核苷酸的缺失或插入，所述缺失或插入相对于初始未修饰的片段基本上不会改变所得核酸片段的功能特性。因此了解，如本领域技术人员将理解的，本公开涵盖的不仅仅是具体的示例性序列。这些术语描述了在一种物种、亚种、品种、栽培品种或品系中发现的基因与另一物种、亚种、品种、栽培品种或品系中的相应或等效基因之间的关系。出于本公开的目的，比较了同源序列。“同源序列”或“同源物”或“直向同源物”被认为、据信或已知在功能上是相关的。功能关系可以多种方式中的任何一种来指示，包括但不限于：(a)序列同一性程度和/或(b)相同或相似的生物学功能。优选地，指示(a)和(b)两者。可使用本领域中容易获得的软件程序确定同源性，如CurrentProtocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel等人,编辑,1987)增刊30,章节7.718,表7.71中论述的那些。一些比对程序是MacVector(Oxford Molecular Ltd,Oxford,U.K.)、ALIGN Plus(Scientific and Educational Software,Pennsylvania)和AlignX(VectorNTI,Invitrogen,Carlsbad,CA)。另一种比对程序是Sequencher(Gene Codes,Ann Arbor,Michigan)，使用默认参数。
如本文所用，术语“核苷酸变化”是指例如，核苷酸取代、缺失和/或插入，如本领域中所熟知的。例如，突变包含产生沉默取代、添加或缺失的改变，但不改变所编码蛋白质的性质或活性或如何制备蛋白质。
如本文所用，术语“蛋白质修饰”是指例如，氨基酸取代、氨基酸修饰、缺失和/或插入，如本领域所熟知的。
如本文所用，术语核酸或多肽的“至少一部分”或“片段”是指具有此类序列的最小尺寸特征的部分，或全长分子的任何更大的片段，直至并包括完整长度分子。本公开的多核苷酸的片段可编码遗传调控元件的生物活性部分。遗传调控元件的生物活性部分可通过分离包含遗传调控元件的本公开的多核苷酸中的一种的一部分并评估如本文所述的活性来制备。类似地，多肽的一部分可以是4个氨基酸、5个氨基酸、6个氨基酸、7个氨基酸等，直至全长多肽。待使用的部分的长度将取决于具体的应用。可用作杂交探针的核酸的一部分可短至12个核苷酸；在一些实施方案中，它是20个核苷酸。可用作表位的多肽的一部分可短至4个氨基酸。执行全长多肽的功能的多肽的一部分通常将长于4个氨基酸。
变体多核苷酸还涵盖衍生自诱变和重组程序(如DNA改组)的序列。这种DNA改组的策略在本领域中是已知的。参见，例如Stemmer(1994)PNAS 91:10747-10751；Stemmer(1994)Nature 370:389-391；Crameri等人(1997)Nature Biotech.15:436-438；Moore等人(1997)J.Mol.Biol.272:336-347；Zhang等人(1997)PNAS 94:4504-4509；Crameri等人(1998)Nature 391:288-291；以及美国专利号5,605,793和5,837,458。对于本文公开的多核苷酸的PCR扩增，可设计寡核苷酸引物用于PCR反应，以从从任何目标生物体中提取的cDNA或基因组DNA扩增相应的DNA序列。用于设计PCR引物和PCR克隆的方法通常是本领域中已知的，并公开于Sambrook等人(1989)Molecular Cloning:A Laboratory Manual(第2版,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Plainview,New York)。还参见Innis等人,编辑(1990)PCR Protocols:A Guide to Methods and Applications(Academic Press,NewYork)；Innis和Gelfand,编辑(1995)PCR Strategies(Academic Press,New York)；以及Innis和Gelfand,编辑(1999)PCR Methods Manual(Academic Press,New York)。已知的PCR方法包括但不限于使用配对引物、巢式引物、单一特异性引物、简并引物、基因特异性引物、载体特异性引物、部分错配引物等的方法。
如本文所用的术语“引物”是指以下寡核苷酸，所述寡核苷酸能够与扩增靶标退火，从而允许DNA聚合酶附着、从而当置于诱导引物延伸产物的合成的条件下(即在核苷酸和聚合剂如DNA聚合酶存在下和在合适的温度和pH下)时充当DNA合成的起始点。(扩增)引物优选是单链的，以获得最大扩增效率。优选地，引物是寡脱氧核糖核苷酸。引物必须足够长以在聚合剂存在下引发延伸产物的合成。引物的确切长度将取决于许多因素，包括引物的温度和组成(A/T对G/C含量)。一对双向引物由一种正向引物和一种反向引物组成，如DNA扩增(如PCR扩增)领域中通常使用的。
术语“严格性”或“严格杂交条件”是指影响杂合体的稳定性的杂交条件，例如，温度、盐浓度、pH、甲酰胺浓度等。根据经验优化这些条件以使特异性结合最大化并使引物或探针与其靶核酸序列的非特异性结合最小化。如所使用的术语包括指探针或引物将与其靶序列杂交的程度将比它与其他序列杂交的程度可检测地更高(例如，至少2倍于背景)的条件。严格条件是序列依赖性的并且在不同情况下有所不同。较长的序列在较高温度下特异性杂交。通常，对于在限定离子强度和pH下的特定序列，严格条件被选择为低于热熔点(Tm)约5℃。Tm是50％的互补靶序列与完美匹配的探针或引物杂交时的温度(在限定的离子强度和pH下)。通常，严格条件将是那些：其中盐浓度小于约1.0M Na+离子，通常约0.01至1.0MNa+离子浓度(或其他盐)，pH为7.0至8.3，并且对于短探针或引物(例如，10至50个核苷酸)温度为至少30℃，并且对于长探针或引物(例如，大于50个核苷酸)温度为至少约60℃。严格条件还可通过添加去稳定剂如甲酰胺来实现。示例性低严格条件或“严格性降低的条件”包括在37℃下用30％甲酰胺、1M NaCl、1％SDS的缓冲溶液杂交并在40℃下在2×SSC中洗涤。示例性高严格条件包括在37℃下在50％甲酰胺、1M NaCl、1％SDS中杂交，并且在60℃下在0.1×SSC中洗涤。杂交程序在本领域中是熟知的并且由例如Ausubel等人,1998和Sambrook等人,2001描述。在一些实施方案中，严格条件是在45℃下在含有1mM Na2EDTA、0.5％-20％(如0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％或20％)十二烷基硫酸钠的0.25M Na2HPO4缓冲液(pH 7.2)中杂交，然后在55℃至65℃下在含有0.1％(w/v)十二烷基硫酸钠的5×SSC中洗涤。
如本文所用，“启动子”是指能够控制编码序列或功能RNA的表达的DNA序列。所述启动子序列由近端和更远端的上游元件组成，后者元件通常被称为增强子。因此，“增强子”是能够刺激启动子活性并且可以是启动子的固有元件或被插入以增强启动子的水平或组织特异性的异源元件的DNA序列。启动子可整体来源于天然基因，或者可由来源于自然界中可见的不同启动子的不同元件组成，或甚至包含合成的DNA片段。本领域技术人员应理解不同启动子可在不同组织或细胞类型中、或在不同发育阶段、或响应于不同环境条件来引导基因的表达。进一步认识到由于在大部分情况下调控序列的精确边界未完全限定，具有一些变化的DNA片段可具有相同的启动子活性。
如本文所用，“组成型启动子”是在大多数条件下和/或在大多数发育阶段期间具有活性的启动子。在生物技术中使用的表达载体中使用组成型启动子存在若干优点，如：用于选择转基因细胞或生物体的蛋白质的高水平产生；报告蛋白或可评分标记的高水平表达，从而易于检测和定量；为调控转录系统的一部分的转录因子的高水平产生；在生物体中需要遍在活性的化合物的产生；以及在所有发育阶段所需的化合物的产生。非限制性示例性组成型启动子包括CaMV 35S启动子、冠瘿碱启动子、遍在蛋白启动子、醇脱氢酶启动子等。
如本文所用，“非组成型启动子”是在某些条件下、在某些类型的细胞中和/或在某些发育阶段期间具有活性的启动子。例如，组织特异性、组织优选的、细胞类型特异性、细胞类型优选的诱导型启动子和在发育控制下的启动子是非组成型启动子。在发育控制下的启动子的实例包括优先在某些组织中起始转录的启动子。
如本文所用，“诱导型”或“阻抑型”启动子是在化学或环境因素控制下的启动子。可通过诱导型启动子影响转录的环境条件的实例包括厌氧条件，某些化学品，光、酸性或碱性条件的存在等。
如本文所用，“组织特异性”启动子是仅在某些组织中起始转录的启动子。与基因的组成型表达不同，组织特异性表达是基因调控的若干相互作用水平的结果。因此，在本领域中，有时优选使用来自同源或密切相关物种的启动子以在特定组织中实现转基因的有效和可靠表达。这是从在科学和专利文献两者中发现的特定组织分离的大量组织特异性启动子的主要原因之一。
如本文所用，术语“可操作地连接”是指核酸序列在单一核酸片段上的缔合以使得一者的功能受另一者调控。例如，当启动子能够调控编码序列的表达时(即，所述编码序列处于启动子的转录控制下)，所述启动子与所述编码序列可操作地连接。编码序列可以有义或反义取向可操作地连接至调控序列。在另一个实例中，本公开的互补RNA区域可直接或间接地5'可操作地连接至靶mRNA或3'可操作地连接至靶mRNA，或可操作地连接在靶mRNA内，或者第一互补区域是靶mRNA的5'并且其补体是靶mRNA的3'。
如本文所用，短语“重组构建体”、“表达构建体”、“嵌合构建体”、“构建体”和“重组DNA构建体”在本文中可互换使用。重组构建体包含核酸片段，例如不在自然界中一起存在的调控序列和编码序列的人工组合。例如，嵌合构建体可包含源于不同来源的调控序列和编码序列或者源于相同来源但以不同于自然界中所发现的方式排列的调控序列和编码序列。这种构建体可单独使用或者可与载体结合使用。如果使用载体，则载体的选择取决于将用于转化宿主细胞的方法，这是本领域技术人员熟知的。例如，可使用质粒载体。本领域技术人员完全知道必须存在于载体上以便成功转化、选择以及繁殖包含本公开的任何分离的核酸片段的宿主细胞的遗传元件。本领域技术人员还将认识到，不同的独立转化事件将导致不同的表达水平和模式(Jones等人,(1985)EMBO J.4:2411-2418；De Almeida等人,(1989)Mol.Gen.Genetics 218:78-86)，并且因此必须筛选多个事件以便获得展示所需表达水平和模式的细胞系。这种筛选可通过DNA的DNA印迹分析、mRNA表达的RNA印迹分析、蛋白质表达的免疫印迹分析或表型分析等来完成。载体可以是可自主复制或能够整合到宿主细胞的染色体中的质粒、病毒、噬菌体、原病毒、噬菌粒、转座子、人工染色体等。载体也可以是并非自主复制的裸RNA多核苷酸、裸DNA多核苷酸、由同一链内的DNA和RNA两者组成的多核苷酸、聚赖氨酸缀合的DNA或RNA、肽缀合的DNA或RNA、脂质体缀合的DNA等。如本文所用，术语“表达”是指功能性最终产物，例如mRNA或蛋白质(前体或成熟)的产生。
在一些实施方案中，所述细胞或生物体具有至少一种异源性状。如本文所用，术语“异源性状”是指通过外源DNA区段、异源多核苷酸或异源核酸赋予转化的宿主细胞或转基因生物体的表型。表型的各种变化是本公开所感兴趣的，包括但不限于增加禽类的经济上重要性状的产率(例如，蛋、蛋体积、禽类重量等)等。这些结果可通过使用本公开的方法和组合物提供生物体中异源产物的表达或内源性产物的增加的表达来实现。在一些实施方案中，本公开的分离的微生物菌株进一步涵盖其突变体。在一些实施方案中，本公开进一步涵盖具有本发明公开的微生物菌株的所有鉴定特征的微生物菌株。
如本文所用，术语“MIC”是指最大信息系数。MIC是一种类型的非参数分析，其鉴定本公开的活性微生物菌株与至少一种测量的元数据(例如，重量的增加)之间的评分(MIC评分)。此外，2016年7月22日提交的美国申请号15/217,575(在2017年1月10日作为美国专利号9,540,676发布)特此以引用的方式整体并入。
然后计算菌株与元数据之间以及菌株之间的最大信息系数(MIC)，如图2，2009中所示。合并结果以创建所有关系及其相应MIC评分的列表。如果关系评分低于给定阈值，则所述关系被视为/鉴定为不相关。如果所述关系高于给定阈值，则所述关系被视为/鉴定为相关，并且进一步进行网络分析。根据一个实施方案，以下代码片段示出用于这种分析的示例性方法：
读取关系文件的总列表作为链接
Figure BDA0001905888290000481
在一些实施方案中，本公开的组合物包含一种或多种细菌和/或一种或多种真菌，所述细菌和/或真菌具有至少约0.1、0.15、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9或0.95的MIC评分。
关于MIC评分，并且鉴于图15和图16中，基于此评分的截断值用于定义关于特定性状的改善的有用和无用微生物。图15和图16上曲线上的数据点从对数标度过渡移动至线性标度(关于斜率)的点是拐点。具有低于拐点的MIC评分的生物体通常是无用的，而具有在拐点以上发现的MIC评分的生物体通常是有用的，因为它涉及针对MIC评分评价的特定特征。
基于网络分析的输出，选择活性菌株用于制备含有所选菌株的产物(例如，集合、聚集体和/或其他合成分组)。网络分析的输出也可用于通知用于进一步产物组成测试的菌株的选择，如在图2，2010中所观察到。
上文论述了阈值的使用以用于分析和确定。阈值可取决于实现和应用：(1)根据经验确定(例如，基于分布水平，将截断值设置为删除指定或重要部分的低水平读数的数字)；(2)任何非零值；(3)基于百分比/百分位数；(4)只有标准化的第二标记(即活性)读数大于标准化的第一标记(细胞计数)读数的菌株；(5)活性和数量或细胞计数之间的log2倍数变化；(6)标准化的第二标记(活性)读数大于整个样品(和/或样品集)的平均第二标记(活性)读数；和/或除了统计阈值(即，显著性测试)之外的任何上述幅度阈值。根据一个实施方案，以下实施例提供关于基于DNA的第一标记测量的基于RNA的第二标记测量的分布的阈值细节。
如本文所用，“储存稳定”是指由根据本公开配制的微生物获得的功能属性和新用途，其使所述微生物能够在胃肠道中的其天然环境之外以有用/活跃状态存在(即显著不同的特征)。因此，储存稳定是通过本公开的制剂/组合物产生并且表示配制成储存稳定的组合物的微生物可存在于胃肠道外和环境条件下持续可根据使用的具体制剂确定的一段时间的的功能属性，但通常是指微生物可被配制成在环境条件下稳定至少几天且通常至少一周的组合物中存在的微生物。因此，“储存稳定的禽类补充剂”是包含本公开的一种或多种微生物的组合物，所述微生物在组合物中配制，以使得所述组合物在环境条件下稳定至少一周，从而意味着当施用时包含在所述组合物中的微生物(例如，全细胞、孢子或裂解细胞)能够赋予禽类一种或多种有益的表型特性(例如增加的体重增加、增加的蛋壳密度、改善的胃肠健康和/或胃肠道微生物组的调节)。
分离的微生物
在一些方面，本公开提供了分离的微生物，包括在表1和表3中呈现的新的微生物菌株。
在其他方面，本公开提供了在表1和表3中鉴定的微生物的分离的完整微生物培养物。这些培养物可包含各种浓度的微生物。
在一些方面，本公开提供了利用选自表1和表3的一种或多种微生物来增加家禽中的目标表型性状。
在一些实施方案中，本公开提供属于以下分类科的分离的微生物物种：乳杆菌科、毛螺菌科、瘤胃菌科、消化链球菌科、链孢囊菌科、明串珠菌科、微杆菌科、小单孢菌科、梭菌科、假单胞菌科、链球菌科、芽胞杆菌科、拟杆菌科、丛赤壳科、棒状杆菌科、红杆菌科以及肉座菌科。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自乳杆菌科的属，包括产醋菌属、醋肠菌属、厌氧棒状菌属、丁酸弧菌属、卡托菌属、解纤维梭菌属、粪球菌属、Dorea、赫斯佩尔氏菌属、约翰森氏菌属、毛绒厌氧杆菌属、毛形杆菌属、毛螺菌属、Marvinbryantia、毛利氏菌属、Oribacterium、副生孢杆菌属、假丁酸弧菌属、Robinsoniella、罗斯氏菌属、Shuttleworthia、Sporobacterium、Stomabaculum以及互营球菌属。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自毛螺菌科的属，包括丁酸弧菌属、罗氏菌属、毛螺菌属、醋肠菌属、粪球菌属、约翰森氏菌属、卡托菌属、假丁酸弧菌属、互营球菌属、Sporobacterium、副生孢杆菌属、毛形杆菌属、Shuttleworthia、Dorea、厌氧菌属、赫斯佩尔氏菌属、Marvinbryantia、Oribacterium、毛利氏菌属、布劳特菌属、Robinsoniella、解纤维梭菌属、毛绒厌氧杆菌属、口腔杆菌属、Fusicatenibacter、产醋菌属以及Eisenbergiella。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自瘤胃菌科的属，包括瘤胃球菌属、醋弧菌属、孢杆菌属、Anaerofilium、乳头杆菌属、颤螺菌属、吉米菌属、栖粪杆菌、Fastidiosipila、厌氧棍状菌属、产乙醇杆菌属、厌氧醋菌属、罕见小球菌属、产氢厌氧杆菌属以及Candidadus Soleaferrea。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自消化链球菌科的属，包括Anaerosphaera、产线菌属、消化链球菌属、生孢产醋杆状菌以及温暖杆菌属。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自链孢囊菌科的属，包括顶果孢菌属、草孢菌属、小双孢菌属、小四孢菌属、野野村菌属、游动双孢菌属、游动单孢菌属、游动四孢菌属、球孢囊菌属、链孢子囊菌属、Thermoactinospora、Thermocatellispora以及热多孢菌属。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自明串珠菌科的属，包括嗜果糖乳酸细菌属、明串珠菌属、酒球菌属以及魏斯氏菌属。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自微杆菌科的属，包括阿格雷氏菌属、土壤球菌属、壤霉菌属、Alpinomonas、Amnibacterium、金杆菌属、Chryseoglobus、棒形杆菌属、Compostimonas、喜冷杆菌属、短小杆菌属、二氨基丁酸弧菌属、寒冷杆菌属、叶居菌属、Glacibacter、Gryllotalpicola、喜珍品杆菌属、草药菌属、Homoserinimonas、潮湿杆菌属、克鲁格氏菌属、拉贝达氏菌属、利夫森氏菌属、白色杆菌属、Lysinimonas、Marisediminicola、微杆菌属、微胞菌属、小土居菌属、栖霉菌属、奥卡河杆菌属、海藻菌属、植物杆菌属、Pontimonas、假棒形杆菌属、拉塞氏杆菌属、赤球菌属、盐地杆菌属、Schumanella、栖地下菌属、朴勇河氏菌属以及齐默曼氏菌属。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自小单孢菌科的属，包括放线金孢菌属、放线短链孢菌属、游动放线菌属、异短链球孢菌属、无定形孢囊菌属、瓶孢囊菌属、阿萨诺氏菌属、短链球孢囊菌、短链游动菌属、库奇游动菌属、指孢囊菌属、哈马达菌属、继生菌属、克拉西里尼克科氏菌属、长孢菌属、卢德曼氏菌属、小单孢菌属、植物栖居菌属、Phytomonospora、发仙菌属、游动多孢菌属、游动孢囊菌属、植物生孢放线菌属、多形态孢菌属、假孢囊菌属、皱纹单孢菌属、盐孢菌属、游动螺旋菌属、疣孢菌属、杆状孢囊菌属以及Xiangella。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自梭菌科的属，包括厌氧醋菌属、醋弧菌属、氨基酸杆菌属、嗜碱菌属、厌氧杆菌属、厌氧菌属、厌氧棍状菌属、无氧碱菌属、布莱恩特氏菌属、丁酸菌属、Caldanaerocella、喜热菌属、喜热厌氧菌属、Caminicella、分节丝状菌、梭菌属、粪芽孢菌属、Dorea、产乙醇杆菌、栖粪杆菌、Garciella、科古根海姆艾拉菌属、赫斯佩尔氏菌属、Linmingia、Natronincola、产醋杆菌属、副生孢杆菌属、八叠球菌属、Soehngenia、孢杆菌属、罕见小球菌属、温暖杆菌属、Tepidimicrobium、栖热分枝菌属、热嗜盐杆菌数以及丁达尔氏菌属。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自假单胞菌科的属。
在其他实施方案中，分离的微生物物种可选自丛赤壳科的属。
在一些实施方案中，本公开提供了属于以下的属的分离的微生物物种：肉座菌科
在一些实施方案中，来自本文公开的分类群的一种或多种微生物用于赋予家禽生产一种或多种有益特性或改善的性状。
此外，本公开涉及具有与在表1和/或表3中鉴定的微生物的特征基本上相似的特征的微生物。
在本公开中鉴定的分离的微生物物种和所述物种的新型菌株能够赋予家禽生产有益的特性或性状。
例如，在表1和表3中描述的分离的微生物或所述微生物的聚生体能够提高饲料效率。所述提高可例如通过测量所述微生物应用对饲料效率的调节的影响而定量地测量。在一些实施方案中，饲料效率由饲料转化率表示，其通过测量每磅消耗的饲料所产生的所需动物产量来计算。关于禽类，所希望的产量通常是每磅消耗的饲料所产生的肉磅数。
在一些实施方案中，分离的微生物菌株是已经遗传修饰的本公开的微生物。在一些实施方案中，遗传修饰的或重组的微生物包含在所述微生物中不天然存在的多核苷酸序列。在一些实施方案中，所述微生物可包含异源多核苷酸。在其他实施方案中，所述异源多核苷酸可与所述微生物原生的一种或多种多核苷酸可操作地连接。在一些实施方案中，本公开的分离的微生物菌株进一步涵盖其突变体。在一些实施方案中，本公开进一步涵盖具有本发明公开的微生物菌株的所有鉴定特征的微生物菌株。
在一些实施方案中，所述异源多核苷酸可以是报告基因或选择标记。在一些实施方案中，报告基因可选自荧光蛋白家族中的任一种(例如，GFP、RFP、YFP等)、β-半乳糖苷酶、荧光素酶。在一些实施方案中，选择标记可选自新霉素磷酸转移酶、潮霉素磷酸转移酶、氨基糖苷腺苷酰转移酶、二氢叶酸还原酶、乙酰乳酸合酶、溴苯腈腈水解酶、β-葡萄糖醛酸苷酶、二氢叶酸还原酶以及氯霉素乙酰转移酶。在一些实施方案中，所述异源多核苷酸可与一个或多个启动子可操作地连接。
在一些实施方案中，所述分离的微生物菌株表达选自纤维素酶(内纤维素酶、外纤维素酶、葡糖苷酶)、果胶酶、淀粉酶、支链淀粉酶、木质素酶和植酸酶的转基因或天然酶。
在一些实施方案中，提供于表4中的分类群的物种未知已经用于组合物中用于施用至动物。
表4：未知已用于动物农业中的本公开的分类群(主要是属)。
Figure BDA0001905888290000531
Figure BDA0001905888290000541
微生物聚生体
在一些方面，本公开提供了微生物聚生体，所述微生物聚生体包含选自在表1和表3中鉴定的微生物之中的至少任何两种微生物的组合。
在某些实施方案中，本公开的聚生体包含两种微生物、或三种微生物、或四种微生物、或五种微生物、或六种微生物、或七种微生物、或八种微生物、或九种微生物、或十种或更多种微生物。聚生体的所述微生物是不同的微生物物种，或微生物物种的不同菌株。
在一些实施方案中，本公开提供了聚生体，其包含：属于以下属的至少一种或至少两种分离的微生物物种：乳杆菌属、梭菌属、栖粪杆菌、产氢厌氧杆菌属、顶果孢菌属、芽孢杆菌属、罕见小球菌属、明串珠菌属、毛螺菌科、厌氧细杆菌属、微杆菌属、疣孢菌属、厌氧细杆菌属、布劳特菌属、假单胞菌属、孢杆菌属、棒状杆菌属、链球菌属、副球菌属、解纤维梭菌属、瘤胃球菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、线黑粉菌属、赤霉菌属、Alatospora、毕赤酵母属以及念珠菌属。可在表1和表3中找到这些上述属的物种的特定新型菌株。
在一些实施方案中，本公开提供了聚生体，其包含：属于以下科的至少一种或至少两种分离的微生物物种：乳杆菌科、毛螺菌科、瘤胃菌科、消化链球菌科、链孢囊菌科、明串珠菌科、微杆菌科、小单孢菌科、梭菌科、假单胞菌目、丛赤壳科以及肉座菌科；其中毛螺菌科可进一步对梭菌属XIVa簇和XIVb簇具有特异性；并且其中消化链球菌科可进一步对梭菌属XI簇具有特异性。可在表1和表3中找到这些上述属的物种的特定新型菌株。
在特定方面，本公开提供了微生物聚生体，其包含如在表5-11中分组的物种。关于表5-11，字母A至I表示本公开的微生物的非限制性选择，其被定义为：
A＝在表1中鉴定的菌株名称Ascusbbr_578；
B＝在表1中鉴定的菌株名称Ascusbbr_1436；
C＝在表1中鉴定的菌株名称Ascusbbr_33；
D＝在表1中鉴定的菌株名称Ascusbbr_409；
E＝在表1中鉴定的菌株名称Ascusbbr_185064；
F＝在表1中鉴定的菌株名称Ascusbbr_5796；
G＝在表1中鉴定的菌株名称Ascusbbr_10593；
H＝在表1中鉴定的菌株名称Ascusbbr_4729；和
I＝在表1中鉴定的菌株名称Ascusbbr_7363。
表5：八和九菌株聚生体
Figure BDA0001905888290000551
表6：七菌株聚生体
Figure BDA0001905888290000552
Figure BDA0001905888290000561
表7：六菌株聚生体
Figure BDA0001905888290000562
表8：五菌株聚生体
Figure BDA0001905888290000563
Figure BDA0001905888290000571
表9：四菌株聚生体
Figure BDA0001905888290000572
表10：三菌株聚生体
Figure BDA0001905888290000581
表11：两菌株聚生体
A、B A、C A、D A、E A、F A、G A、H A、I B、C B、D B、E B、F B、G B、H B、I C、D
C、E C、F C、G C、H C、I D、E D、F D、G D、H D、I E、F E、G E、H E、I F、G F、H
F、I G、H G、I H、I
在一些实施方案中，所述微生物聚生体可选自来自表5-11的任何成员组。
分离的微生物-源材料
除了其他地方之外，本公开的微生物在美国的各种场所从家禽的胃肠道获得。
分离的微生物-微生物培养技术
表1和表3的微生物通过利用16s rRNA序列的核糖体数据库项目(RDP)的分类工具和ITS rRNA序列的用户友好的Nordic ITS外生菌根(UNITE)数据库来与它们最近的分类群进行匹配。将微生物与它们最近的分类群匹配的实例可见于Lan等人(2012.PLOS one.7(3):e32491)；Schloss和Westcott(2011.Appl.Environ.Microbiol.77(10):3219-3226)；以及Koljalg等人(2005.New Phytologist.166(3):1063-1068)。
可使用标准微生物技术实现本公开的微生物的分离、鉴定和培养。此类技术的实例可在Gerhardt,P.(编辑)Methods for General and Molecular Microbiology.美国微生物学会,Washington,D.C.(1994)和Lennette,E.H.(编辑)Manual of ClinicalMicrobiology,第三版美国微生物学会,Washington,D.C.(1980)，其各自以引用的方式并入。
分离可通过在固体培养基(例如，营养琼脂平板)上对标本进行划线以获得单个菌落(其通过上文描述的表型性状(例如，革兰氏阳性/阴性，能够在有氧/厌氧条件下形成孢子，细胞形态，碳源代谢，酸/碱产生，酶分泌，代谢分泌等))并降低与已经变得污染的培养物一起使用的可能性来实现。
例如，对于本公开的微生物，可通过生物样品的重复继代培养来获得生物学上纯的分离物，每次继代培养、随后划线到固体培养基上以获得单独菌落或菌落形成单位。制备、解冻和生长冻干细菌的方法是公知的，例如，Gherna,R.L.和C.A.Reddy.2007.CulturePreservation,第1019-1033页.于C.A.Reddy,T.J.Beveridge,J.A.Breznak,G.A.Marzluf,T.M.Schmidt,和L.R.Snyder,编辑.美国微生物学会,Washington,D.C.,第1033页；以引用的并入本文。因此，在-70℃下长期储存在含有甘油的溶液中的冷冻干燥的液体制剂和培养物预期用于提供本公开的制剂。
本公开的微生物可在有氧条件下或者可替代地厌氧条件下在液体培养基中繁殖。用于生长本公开的细菌菌株的培养基包括碳源、氮源和无机盐，以及特别需要的物质如维生素、氨基酸、核酸等。可用于生长微生物的合适碳源的实例包括但不限于淀粉、蛋白胨、酵母提取物、氨基酸、糖类如葡萄糖、阿拉伯糖、甘露糖、葡糖胺、麦芽糖等；有机酸如乙酸、富马酸、己二酸、丙酸、柠檬酸、葡萄糖酸、苹果酸、丙酮酸、丙二酸等的盐；醇类如乙醇和甘油等；油或脂肪如豆油、米糠油、橄榄油、玉米油、芝麻油。添加的碳源的量根据碳源的种类而变化，并且通常在每升培养基1至100克之间。优选地，葡萄糖、淀粉和/或蛋白胨包含于培养基中作为主要碳源，浓度为0.1％-5％(W/V)。可用于生长本公开的细菌菌株的合适氮源的实例包括但不限于氨基酸、酵母提取物、胰蛋白胨、牛肉提取物、蛋白胨、硝酸钾、硝酸铵、氯化铵、硫酸铵、磷酸铵、氨或其组合。氮源的量根据氮源的类型而变化，通常在每升培养基0.1至30克之间。无机盐磷酸二氢钾、磷酸氢二钾、磷酸氢二钠、硫酸镁、氯化镁、硫酸铁、硫酸亚铁、氯化铁、氯化亚铁、硫酸锰、氯化锰、硫酸锌、氯化锌、硫酸铜、氯化钙、氯化钠、碳酸钙、碳酸钠可单独使用或组合使用。无机酸的量根据无机盐的种类而变化，通常在每升培养基0.001至10克之间。特别需要的物质的实例包括但不限于维生素、核酸、酵母提取物、蛋白胨、肉提取物、麦芽提取物、干酵母以及其组合。培养可在允许微生物菌株生长的温度下进行基本上在20℃与46℃之间。在一些方面中，温度范围是30℃-39℃。为了最佳生长，在一些实施方案中，可将培养基调节至pH 6.0-7.4。应理解，可商购的培养基也可用于培养微生物菌株，如来自Difco,Detroit,MI的营养肉汤或营养琼脂。应理解，培养时间可根据所使用的培养基的类型和作为主要碳源的糖的浓度而不同。
在一些方面中，培养持续24-96小时之间。由此获得的微生物细胞使用本领域中熟知的方法来分离。实例包括但不限于膜过滤和离心分离。可使用氢氧化钠等调节pH，并且可使用冷冻干燥器来干燥培养物，直到水含量等于4％或更低。可通过繁殖如上文所述的每种菌株来获得微生物共培养物。在一些方面中，可通过繁殖上文描述的两种或更多种菌株来获得微生物多菌株培养物。应理解，当可采用相容的培养条件时，所述微生物菌株可一起培养。
分离的微生物-微生物菌株
可将微生物区分为基于多相分类的属，其将所有可用的表型和基因型数据合并到共有分类中(Vandamme等人1996.Polyphasic taxonomy,a consensus approach tobacterial systematics.Microbiol Rev 1996,60:407-438)。一种可接受的用于定义物种的基因型方法是基于总体基因组相关性，以使得在标准条件下在5℃或更低ΔTm(同源杂合体与异源杂合体之间的解链温度的差异)情况下使用DNA-DNA杂交共享大约70％或更高相关性的菌株被认为是同一物种的成员。因此，共享大于上述70％阈值的群体可被认为是相同物种的变体。用于定义物种的另一种可接受的基因型方法是分离本公开的标记基因，对这些基因进行测序，并比对来自多种分离物或变体的这些测序的基因。如果一种或多种测序的基因共享至少97％的序列同一性，则所述微生物被解释为属于同一物种。
16S或18S rRNA序列或ITS序列通常用于区分物种和菌株，因为如果上述序列之一与参考序列共享少于指定％序列同一性，则自其获得所述序列的两种生物体据称属于物种或菌株。
因此，如果微生物在16S或18S rRNA序列或ITS1或ITS2序列内共享至少80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性，则可认为所述微生物属于同一物种。
此外，可定义物种的微生物菌株，如在16S或18S rRNA序列或ITS1或ITS2序列内共享至少80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性的那些。
本公开的序列标识符由SEQ ID NO:1-385组成。SEQ ID NO:1-50和59-385是编码16S rRNA的细菌多核苷酸序列。SEQ ID NO:51-58是编码ITS序列的真菌多核苷酸序列。
在一个实施方案中，本公开的微生物菌株包括包含与SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、39、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384以及385中的任一个共享至少70％、75％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的多核苷酸序列的那些。在另一实施方案中，本公开的微生物菌株包括包含与SEQ ID NO:1-385中的任一个共享至少70％、75％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的多核苷酸序列的那些。
还可针对参考序列与23S rRNA序列进行比较。
在不存在表型确定的情况下，不可培养的微生物通常不能被分配至确定的物种，所述微生物可被给予属内的暂定种名称，条件是它们的16S或18S rRNA序列或ITS序列符合已知物种的同一性原则。
一种方法是观察序列空间中大量密切相关物种的菌株的分布，并鉴定从其他簇中良好解析的菌株的簇。这种方法已经通过使用多个核心(管家)基因的级联序列来评估聚类模式而开发，并已被称为多基因座序列分析(MLSA)或多基因座序列系统发生分析。MLSA已经成功地用于通过当前分类学方法探索分配给非常密切相关的物种的大量菌株中的聚类模式，以查看属内、或更广泛的分类群内的少数菌株之间的关系，并解决具体的分类学问题。更一般地说，所述方法可用于询问是否存在细菌物种-即观察大的相似菌株群体是否总是落入良好解析的簇中，或者在一些情况下是否存在未观察到明确分离成簇的遗传连续体。
为了更准确地确定属，确定表型性状如形态学、生物化学和生理学特征以与参考属原型进行比较。菌落形态可包括颜色、形状、色素沉着、粘液的产生等。细胞的特征关于形状、大小、革兰氏反应、细胞外物质、内生孢子的存在、鞭毛存在和位置、运动性和包涵体进行描述。生物化学和生理学特征描述了生物体在不同温度、pH、盐度和大气条件范围内的生长，在不同的唯一碳源和氮源存在下的生长。关于定义本公开的属的表型性状，本领域普通技术人员将合理地了解。
在一个实施方案中，利用16S rRNA基因序列和ITS序列来鉴定本文教导的微生物。本领域中已知16S rRNA含有高变区，所述高变区可提供可用于细菌鉴定的物种/菌株特异性特征序列，并且ITS序列也可提供可用于真菌鉴定的物种/菌株特异性特征序列。
使用rRNA基因和/或ITS序列的系统发生分析用于定义属于共同属的“基本上相似”的物种，并且也用于定义给定分类学物种的“基本上相似”的菌株。此外，可利用分离物的生理学和/或生物化学性质来突出菌株之间的可产生家禽中的有利行为的微小和显著差异。
本公开的组合物可包括真菌孢子和细菌孢子、真菌孢子和细菌营养细胞、真菌营养细胞和细菌孢子、真菌营养细胞和细菌营养细胞的组合。在一些实施方案中，本公开的组合物仅包含呈孢子形式的细菌。在一些实施方案中，本公开的组合物仅包含呈营养细胞形式的细菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包含真菌不存在下的细菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包含细菌不存在下的真菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包含VBNC细菌和/或真菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包括休眠细菌和/或真菌。
细菌孢子可包括内生孢子和厚壁孢子。真菌孢子可包括稳孢子、掷孢子、似亲孢子、不动孢子、游动孢子、有丝分裂孢子、大孢子、小孢子、减数孢子、厚垣孢子、夏孢子、冬孢子、卵孢子、果孢子、四分孢子、孢囊孢子、接合孢子、担子孢子、子囊孢子以及asciospore。
在一些实施方案中，所述组合物的孢子在施用至本公开的动物时萌发。在一些实施方案中，所述组合物的孢子仅在施用至本公开的动物时萌发。
微生物组合物
在一些实施方案中，将本公开的微生物组合成微生物组合物。
在一些实施方案中，所述微生物组合物包含家禽饲料，如谷物(大麦、玉米、燕麦等)；淀粉(木薯等)；油籽饼；以及蔬菜废物。在一些实施方案中，所述微生物组合物包含维生素、矿物质、微量元素、乳化剂、芳香产品、粘合剂、着色剂、增味剂、增稠剂等。在一些实施方案中，所述微生物组合物包含以下中的一种或多种：离子载体；疫苗；抗生素；驱虫药；杀病毒剂；杀线虫剂；氨基酸，如甲硫氨酸、甘氨酸和精氨酸；鱼油；牛至；以及生物活性分子，如酶。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物是固体。在使用固体组合物的情况下，可能需要包含一种或多种载体材料，包括但不限于：矿物土，如二氧化硅、滑石、高岭土、石灰石、白垩、粘土、白云石、硅藻土；硫酸钙；硫酸镁；氧化镁；沸石；碳酸钙；碳酸镁；海藻糖；壳聚糖；虫胶；白蛋白；淀粉；脱脂奶粉；甜乳清粉；麦芽糊精；乳糖；菊糖；葡萄糖；植物来源的产品，如谷粉、树皮粉、木粉和坚果壳粉。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物是液体。在其他实施方案中，液体包含可包括水或醇或盐水或碳水化合物溶液的溶剂，以及其他动物安全的溶剂。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包括粘合剂，如动物安全的聚合物、羧甲基纤维素、淀粉、聚乙烯醇等。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含增稠剂，如二氧化硅、粘土、种子或海草的天然提取物、纤维素的合成衍生物、瓜尔胶、刺槐豆胶、藻酸盐和甲基纤维素。在一些实施方案中，所述微生物组合物包含防沉剂，如改性淀粉、聚乙烯醇、黄原胶等。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含着色剂，包括被分类为以下的有机发色团：亚硝基；硝基；偶氮，包括单偶氮、双偶氮和多偶氮；吖啶、蒽醌、吖嗪、二苯基甲烷、吲达胺、靛酚、次甲基、噁嗪、酞菁、噻嗪、噻唑、三芳基甲烷、呫吨。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含微量营养素，如铁、锰、硼、铜、钴、钼和锌的盐。在一些实施方案中，所述微生物组合物包含天然和人造染料。在一些实施方案中，染料是绿色的。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含动物安全的杀病毒剂、杀菌剂或杀线虫剂。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含糖类(例如，单糖、二糖、三糖、多糖、寡糖等)、聚合糖、脂质、聚合脂质、脂多糖、蛋白质、聚合蛋白质、脂蛋白、核酸、核酸聚合物、二氧化硅、无机盐以及其组合。在另一实施方案中，微生物组合物包含琼脂、琼脂糖、gelrite和结冷胶等的聚合物。在一些实施方案中，微生物组合物包含塑料胶囊、乳液(例如，水和油)、膜和人造膜。在一些实施方案中，乳液或连接的聚合物溶液可包含本公开的微生物组合物。参见Harel和Bennett(美国专利号8,460,726B2)。在一个实施方案中，所述微生物组合物包含葡萄糖。在一个实施方案中，所述微生物组合物的制剂包含葡萄糖。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含一种或多种氧清除剂、脱氯剂、硝化剂、重金属螯合剂和/或脱氯剂；以及其组合。在一个实施方案中，一旦所述微生物组合物与食物和/或水混合以施用至禽类，所述一种或多种氧清除剂、脱氯剂、硝化剂、重金属螯合剂和/或脱氯剂就不具有化学活性。在一个实施方案中，当施用至禽类时，所述一种或多种氧清除剂、脱氯剂、硝化剂、重金属螯合剂和/或脱氯剂不具有化学活性。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物以固体形式(例如，分散的冻干孢子)或液体形式(散布在储存介质中的微生物)出现。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物以干燥形式添加至液体以在施用前立即形成悬浮液。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含一种或多种防腐剂。防腐剂可呈液体或气体制剂。防腐剂可选自以下中的一种或多种：单糖、二糖、三糖、多糖、乙酸、抗坏血酸、抗坏血酸钙、异抗坏血酸(erythorbic acid)、异抗坏血酸(iso-ascorbic acid)、赤藻糖酸、硝酸钾、抗坏血酸钠、异抗坏血酸钠、异抗坏血酸钠、硝酸钠、亚硝酸钠、氮、苯甲酸、山梨酸钙、月桂酰基精氨酸乙酯、对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸甲酯、乙酸钾、苯甲酸钾、亚硫酸氢钾、二乙酸钾、乳酸钾、焦亚硫酸钾、山梨酸钾、对羟基苯甲酸丙酯、对羟基苯甲酸丙酯、乙酸钠、苯甲酸钠、亚硫酸氢钠、亚硝酸钠、二乙酸钠、乳酸钠、焦亚硫酸钠、甲基-对羟基苯甲酸的钠盐、丙基-对羟基苯甲酸的钠盐、硫酸钠、亚硫酸钠、连二亚硫酸钠、亚硫酸、丙酸钙、二碳酸二甲酯、游霉素、山梨酸钾、亚硫酸氢钾、焦亚硫酸钾、丙酸、二乙酸钠、丙酸钠、山梨酸钠、山梨酸、抗坏血酸、抗坏血酸棕榈酸酯、抗坏血酸硬脂酸酯、丁基化羟基苯甲醚、丁基化羟基甲苯(BHT)、丁基羟基茴香醚(BHA)、柠檬酸、甘油单酯和/或甘油二酯的柠檬酸酯、L-半胱氨酸、L-半胱氨酸盐酸盐、愈创木脂、愈创木脂、卵磷脂、柠檬酸卵磷脂、柠檬酸单甘油酯、柠檬酸单异丙酯、没食子酸丙酯、焦亚硫酸钠、酒石酸、叔丁基氢醌、氯化亚锡、硫代二丙酸、硫代二丙酸酯二月桂基、硫代二丙酸二硬脂基酯、乙氧基喹啉、二氧化硫、甲酸或生育酚。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含呈孢子形式、营养细胞形式、休眠细胞形式和/或裂解形式的细菌和/或真菌细胞。在一个实施方案中，裂解细胞形式充当霉菌毒素粘合剂，例如霉菌毒素与死细胞结合。
在一些实施方案中，所述微生物组合物在冰箱(35℉-40℉)中储存稳定持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间段。在一些实施方案中，所述微生物组合物在冰箱(35℉-40℉)中储存稳定持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间段。
在一些实施方案中，所述微生物组合物在室温(68℉-72℉)下或50℉-77℉之间储存稳定持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间段。在一些实施方案中，所述微生物组合物在室温(68℉-72℉)下或50℉-77℉之间储存稳定持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间段。
在一些实施方案中，所述微生物组合物在-23℉-35℉下储存稳定持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间段。在一些实施方案中，所述微生物组合物在-23℉-35℉下储存稳定持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间段。
在一些实施方案中，所述微生物组合物在77℉-100℉下储存稳定持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间段。在一些实施方案中，所述微生物组合物在77℉-100℉下储存稳定持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间段。
在一些实施方案中，所述微生物组合物在101℉-213℉下储存稳定持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间段。在一些实施方案中，所述微生物组合物在101℉-213℉下储存稳定持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间段。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冷藏温度(35℉-40℉)、在室温(68℉-72℉)、在50℉-77℉之间、在-23℉-35℉之间、在70℉-100℉之间或在101℉-213℉之间储存稳定持续约1至100、约1至95、约1至90、约1至85、约1至80、约1至75、约1至70、约1至65、约1至60、约1至55、约1至50、约1至45、约1至40、约1至35、约1至30、约1至25、约1至20、约1至15、约1至10、约1至5、约5至100、约5至95、约5至90、约5至85、约5至80、约5至75、约5至70、约5至65、约5至60、约5至55、约5至50、约5至45、约5至40、约5至35、约5至30、约5至25、约5至20、约5至15、约5至10、约10至100、约10至95、约10至90、约10至85、约10至80、约10至75、约10至70、约10至65、约10至60、约10至55、约10至50、约10至45、约10至40、约10至35、约10至30、约10至25、约10至20、约10至15、约15至100、约15至95、约15至90、约15至85、约15至80、约15至75、约15至70、约15至65、约15至60、约15至55、约15至50、约15至45、约15至40、约15至35、约15至30、约15至25、约15至20、约20至100、约20至95、约20至90、约20至85、约20至80、约20至75、约20至70、约20至65、约20至60、约20至55、约20至50、约20至45、约20至40、约20至35、约20至30、约20至25、约25至100、约25至95、约25至90、约25至85、约25至80、约25至75、约25至70、约25至65、约25至60、约25至55、约25至50、约25至45、约25至40、约25至35、约25至30、约30至100、约30至95、约30至90、约30至85、约30至80、约30至75、约30至70、约30至65、约30至60、约30至55、约30至50、约30至45、约30至40、约30至35、约35至100、约35至95、约35至90、约35至85、约35至80、约35至75、约35至70、约35至65、约35至60、约35至55、约35至50、约35至45、约35至40、约40至100、约40至95、约40至90、约40至85、约40至80、约40至75、约40至70、约40至65、约40至60、约40至55、约40至50、约40至45、约45至100、约45至95、约45至90、约45至85、约45至80、约45至75、约45至70、约45至65、约45至60、约45至55、约45至50、约50至100、约50至95、约50至90、约50至85、约50至80、约50至75、约50至70、约50至65、约50至60、约50至55、约55至100、约55至95、约55至90、约55至85、约55至80、约55至75、约55至70、约55至65、约55至60、约60至100、约60至95、约60至90、约60至85、约60至80、约60至75、约60至70、约60至65、约65至100、约65至95、约65至90、约65至85、约65至80、约65至75、约65至70、约70至100、约70至95、约70至90、约70至85、约70至80、约70至75、约75至100、约75至95、约75至90、约75至85、约75至80、约80至100、约80至95、约80至90、约80至85、约85至100、约85至95、约85至90、约90至100、约90至95或95至100周的时间段。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冷藏温度(35℉-40℉)、在室温(68℉-72℉)、在50℉-77℉之间、在-23℉-35℉之间、在70℉-100℉之间或在101℉-213℉之间储存稳定持续1至100、1至95、1至90、1至85、1至80、1至75、1至70、1至65、1至60、1至55、1至50、1至45、1至40、1至35、1至30、1至25、1至20、1至15、1至10、1至5、5至100、5至95、5至90、5至85、5至80、5至75、5至70、5至65、5至60、5至55、5至50、5至45、5至40、5至35、5至30、5至25、5至20、5至15、5至10、10至100、10至95、10至90、10至85、10至80、10至75、10至70、10至65、10至60、10至55、10至50、10至45、10至40、10至35、10至30、10至25、10至20、10至15、15至100、15至95、15至90、15至85、15至80、15至75、15至70、15至65、15至60、15至55、15至50、15至45、15至40、15至35、15至30、15至25、15至20、20至100、20至95、20至90、20至85、20至80、20至75、20至70、20至65、20至60、20至55、20至50、20至45、20至40、20至35、20至30、20至25、25至100、25至95、25至90、25至85、25至80、25至75、25至70、25至65、25至60、25至55、25至50、25至45、25至40、25至35、25至30、30至100、30至95、30至90、30至85、30至80、30至75、30至70、30至65、30至60、30至55、30至50、30至45、30至40、30至35、35至100、35至95、35至90、35至85、35至80、35至75、35至70、35至65、35至60、35至55、35至50、35至45、35至40、40至100、40至95、40至90、40至85、40至80、40至75、40至70、40至65、40至60、40至55、40至50、40至45、45至100、45至95、45至90、45至85、45至80、45至75、45至70、45至65、45至60、45至55、45至50、50至100、50至95、50至90、50至85、50至80、50至75、50至70、50至65、50至60、50至55、55至100、55至95、55至90、55至85、55至80、55至75、55至70、55至65、55至60、60至100、60至95、60至90、60至85、60至80、60至75、60至70、60至65、65至100、65至95、65至90、65至85、65至80、65至75、65至70、70至100、70至95、70至90、70至85、70至80、70至75、75至100、75至95、75至90、75至85、75至80、80至100、80至95、80至90、80至85、85至100、85至95、85至90、90至100、90至95或95至100周的时间段。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冷藏温度(35℉-40℉)、在室温(68℉-72℉)、在50℉-77℉之间、在-23℉-35℉之间、在70℉-100℉之间或在101℉-213℉之间储存稳定持续约1至36、约1至34、约1至32、约1至30、约1至28、约1至26、约1至24、约1至22、约1至20、约1至18、约1至16、约1至14、约1至12、约1至10、约1至8、约1至6、约1至4、约1至2、约4至36、约4至34、约4至32、约4至30、约4至28、约4至26、约4至24、约4至22、约4至20、约4至18、约4至16、约4至14、约4至12、约4至10、约4至8、约4至6、约6至36、约6至34、约6至32、约6至30、约6至28、约6至26、约6至24、约6至22、约6至20、约6至18、约6至16、约6至14、约6至12、约6至10、约6至8、约8至36、约8至34、约8至32、约8至30、约8至28、约8至26、约8至24、约8至22、约8至20、约8至18、约8至16、约8至14、约8至12、约8至10、约10至36、约10至34、约10至32、约10至30、约10至28、约10至26、约10至24、约10至22、约10至20、约10至18、约10至16、约10至14、约10至12、约12至36、约12至34、约12至32、约12至30、约12至28、约12至26、约12至24、约12至22、约12至20、约12至18、约12至16、约12至14、约14至36、约14至34、约14至32、约14至30、约14至28、约14至26、约14至24、约14至22、约14至20、约14至18、约14至16、约16至36、约16至34、约16至32、约16至30、约16至28、约16至26、约16至24、约16至22、约16至20、约16至18、约18至36、约18至34、约18至32、约18至30、约18至28、约18至26、约18至24、约18至22、约18至20、约20至36、约20至34、约20至32、约20至30、约20至28、约20至26、约20至24、约20至22、约22至36、约22至34、约22至32、约22至30、约22至28、约22至26、约22至24、约24至36、约24至34、约24至32、约24至30、约24至28、约24至26、约26至36、约26至34、约26至32、约26至30、约26至28、约28至36、约28至34、约28至32、约28至30、约30至36、约30至34、约30至32、约32至36、约32至34或约34至36个月的时间段。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冷藏温度(35℉-40℉)、在室温(68℉-72℉)、在50℉-77℉之间、在-23℉-35℉之间、在70℉-100℉之间或在101℉-213℉之间储存稳定持续1至36、1至34、1至32、1至30、1至28、1至26、1至24、1至22、1至20、1至18、1至16、1至14、1至12、1至10、1至8、1至6、1至4、1至2、4至36、4至34、4至32、4至30、4至28、4至26、4至24、4至22、4至20、4至18、4至16、4至14、4至12、4至10、4至8、4至6、6至36、6至34、6至32、6至30、6至28、6至26、6至24、6至22、6至20、6至18、6至16、6至14、6至12、6至10、6至8、8至36、8至34、8至32、8至30、8至28、8至26、8至24、8至22、8至20、8至18、8至16、8至14、8至12、8至10、10至36、10至34、10至32、10至30、10至28、10至26、10至24、10至22、10至20、10至18、10至16、10至14、10至12、12至36、12至34、12至32、12至30、12至28、12至26、12至24、12至22、12至20、12至18、12至16、12至14、14至36、14至34、14至32、14至30、14至28、14至26、14至24、14至22、14至20、14至18、14至16、16至36、16至34、16至32、16至30、16至28、16至26、16至24、16至22、16至20、16至18、18至36、18至34、18至32、18至30、18至28、18至26、18至24、18至22、18至20、20至36、20至34、20至32、20至30、20至28、20至26、20至24、20至22、22至36、22至34、22至32、22至30、22至28、22至26、22至24、24至36、24至34、24至32、24至30、24至28、24至26、26至36、26至34、26至32、26至30、26至28、28至36、28至34、28至32、28至30、30至36、30至34、30至32、32至36、32至34或约34至36的时间段。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％或98％的相对湿度下在任何所公开的温度和/或温度范围和时间跨度是储存稳定的。
包封组合物
在一些实施方案中，将本公开的微生物或微生物组合物包封在包封组合物中。包封组合物在进入家禽的胃肠道之前保护微生物免受外部应激物的影响。在一些实施方案中，外部应激物包括与造粒和挤出相关的热应激物和物理应激物。在一些实施方案中，外部应激物包括存在于组合物中的化学物质，针对所述化学物质包封组合物进一步产生可有益于微生物的环境，如最小化厌氧微生物上的需氧环境的氧化应激，保持其中营养细胞或孢子在造粒/挤压过程期间形成的微生物的存活力等。关于微生物的包封组合物以及包封微生物的方法，参见Kalsta等人(US 5,104,662A)、Ford(US 5,733,568A)以及Mosbach和Nilsson(US 4,647,536A)。
在一个实施方案中，本公开的组合物表现出耐热性(thermal tolerance)，其可与耐热性(heat tolerance)和耐热性(heat resistance)互换使用。在一个实施方案中，本公开的耐热组合物耐受与饲料制造、本公开的饲料和组合物的混合、在高热环境中储存等相关的高温。在一个实施方案中，本公开的耐热组合物对细胞壁组分和细胞内环境的热杀伤和变性具有抗性。
在一个实施方案中，包封物是储库型包封。在一个实施方案中，包封是基质型包封。在一个实施方案中，包封是涂覆的基质型包封。Burgain等人(2011.J.Food Eng.104:467-483)公开了许多包封实施方案和技术，其全部以引用的方式并入。
在一些实施方案中，本公开的组合物包封在以下中的一种或多种中：结冷胶、黄原胶、K-角叉菜胶、乙酸邻苯二甲酸纤维素、壳聚糖、淀粉、乳脂、乳清蛋白、藻酸钙、低聚果糖(raftilose)、raftiline、果胶、糖类、葡萄糖、麦芽糖糊精、阿拉伯树胶、瓜尔胶、种子粉、藻酸盐、糊精、葡聚糖、纤维素酶、明胶、明胶、白蛋白、酪蛋白、麸质、阿拉伯树胶、黄芪胶、蜡、石蜡、硬脂酸、单甘油酯以及甘油二酯。在一些实施方案中，本公开的组合物由聚合物、碳水化合物、糖、塑料、玻璃、多糖、脂质、蜡、油、脂肪酸或甘油酯中的一种或多种包封。在一个实施方案中，所述微生物组合物由葡萄糖包封。在一个实施方案中，所述微生物组合物由含葡萄糖的组合物包封。在一个实施方案中，所述微生物组合物的制剂包含葡萄糖包封剂。在一个实施方案中，所述微生物组合物的制剂包含葡萄糖包封的组合物。
在一些实施方案中，本公开的组合物的包封通过挤出、乳化、包衣、附聚，冻干、真空干燥或喷雾干燥进行。
在一个实施方案中，所述包封组合物包含微胶囊，所述微胶囊具有包封在固体壳材料中的多个液体核心。出于本公开的目的，“多个”核心被定义为两个或更多个。
第一类有用的可熔壳材料是通常为固体脂肪的材料，包括已经具有合适硬度的脂肪和被氢化直到其熔点足够高以达到本发明的目的的动物或植物脂肪和油。根据所需的工艺和储存温度以及所选的特定材料，特定脂肪可以是通常为固体或通常为液体的材料。如本文所用的术语“通常为固体”和“通常为液体”是指在所需温度下用于储存所得微胶囊的材料的状态。由于脂肪和氢化油严格地说不具有熔点，因此本文使用术语“熔点”来描述可熔材料变得充分软化或液体成功乳化并喷雾冷却的最低温度，因此大致对应于壳材料具有足够的完整性以防止胆碱核心释放的最高温度。对于不具有明显熔点的其他材料，“熔点”在本文中类似地定义。
可用于本文的脂肪和油的具体实例(其中一些需要硬化)是如下：动物油和脂肪，如牛脂、山羊脂、羔羊脂、猪油(lard)或猪油(pork fat)、鱼油和鲸油；植物油，如菜籽油、棉籽油、花生油、玉米油、橄榄油、大豆油、向日葵油、红花油、椰子油、棕榈油、亚麻籽油、桐油和蓖麻油；脂肪酸甘油单酯和甘油二酯；游离脂肪酸，如硬脂酸、棕榈酸和油酸；以及其混合物。油和脂的以上列表并不意味着是详尽的，而只是示例性的。
脂肪酸的具体实例包括亚油酸、γ-亚油酸、双高-亚麻酸、花生四烯酸、二十二碳四烯酸、十八碳烯酸、神经酸、二十碳三烯酸、芥酸、巨头鲸鱼酸、反油酸、油酸、棕榈油酸、十八碳四烯酸、二十碳五烯酸、戊酸、己酸、庚酸、辛酸、壬酸、癸酸、十一酸、月桂酸、十三酸、肉豆蔻酸、十五酸、棕榈酸、十七酸、硬脂酸、十九酸、花生酸、二十一酸、山嵛酸、二十三酸、木蜡酸、二十五酸、蜡酸、二十七酸、褐煤酸、二十九酸、蜂花酸、三十一酸、三十二酸、三十三酸、格地酸、三十六酸、三十六烷酸酸、三十七烷酸和三十八烷酸。
可用作包封壳材料的另一类可熔材料是蜡。预期在本文使用的代表性蜡是如下：动物蜡，如蜂蜡、羊毛脂、贝壳蜡和中国昆虫蜡；植物蜡，如巴西棕榈、小烛树、杨梅和甘蔗；矿物蜡，如石蜡、微晶石油、石蜡、地蜡和褐煤蜡；合成蜡，如低分子量聚烯烃(例如，CARBOWAX)和多元醇醚-酯(例如，山梨糖醇)；Fischer-Tropsch加工合成蜡；以及其混合物。如果核心是水性的，则本文不考虑水溶性蜡，如CARBOWAX和山梨糖醇。
可用于本发明的仍然其他可熔化合物是可熔天然树脂，如松香、香脂、虫胶以及其混合物。
根据本公开，考虑将各种辅助材料并入可熔材料中。例如，抗氧化剂、光稳定剂、染料和色淀、调味剂、精油、抗结块剂、填充剂、pH稳定剂、糖(单糖、二糖、三糖和多糖)等可以不会削弱其对于本公开的效用的量并入可熔材料中。
本文考虑的核心材料占微胶囊的约0.1重量％至约50重量％、约1重量％至约35重量％或约5重量％至约30重量％。在一些实施方案中，本文考虑的核心材料占微胶囊的不超过约30重量％。在一些实施方案中，本文考虑的核心材料占微胶囊的约5重量％。在预期的微胶囊储存温度下，核心材料被认为是液体或固体。
核心可包括制药领域中熟知的其他添加剂，包括食用糖，如蔗糖、葡萄糖、麦芽糖、果糖、乳糖、纤维二糖、单糖、二糖、三糖和多糖及其混合物；人工甜味剂、如阿斯巴甜、糖精、甜蜜盐及其混合物；食用酸，如醋酸(醋)、柠檬酸、抗坏血酸、酒石酸及其混合物；食用淀粉，如玉米淀粉；水解植物蛋白；水溶性维生素，如维生素C；水溶性药物；水溶性营养材料，如硫酸亚铁；调味剂；盐；谷氨酸一钠；抗微生物剂，如山梨酸；抗霉菌剂，如山梨酸钾、山梨酸、苯甲酸钠和苯甲酸；食物级颜料和染料；以及其混合物。其他可能有用的补充核心材料对于本领域普通技术人员来说将是显而易见的。
乳化剂可用于帮助形成稳定的乳液。代表性乳化剂包括单硬脂酸甘油酯、聚山梨醇酯、乙氧基化甘油单酯和甘油二酯以及其混合物。
为了便于加工，并且特别是为了能够成功地形成合理稳定的乳液，核心材料和壳材料的粘度在形成乳液的温度下应该相似。特别地，壳的粘度与核心的粘度的比例(以厘泊或相当的单位表示并在乳液的温度下测量)应为约22:1至约1:1，理想地约8:1至约1:1，并且优选约3:1至约1:1。1:1的比例是理想的，但在所述范围内的粘度比是有用的。
包封组合物不限于如上文公开的微胶囊组合物。在一些实施方案中，包封组合物将微生物组合物包封在粘合剂聚合物中，所述聚合物可以是天然的或合成的而没有毒性效应。在一些实施方案中，包封组合物可以是选自糖基质、明胶基质、高分子基质、二氧化硅基质、淀粉基质、泡沫基质等的基质。在一些实施方案中，包封组合物可选自聚乙酸乙烯酯；聚乙酸乙烯共聚物；乙烯醋酸乙烯酯(EVA)共聚物；聚乙烯醇；聚乙烯醇共聚物；纤维素，包括乙基纤维素、甲基纤维素、羟甲基纤维素、羟丙基纤维素和羧甲基纤维素；聚乙烯吡咯烷酮；多糖，包括淀粉、改性淀粉、糊精、麦芽糊精、藻酸盐和壳聚糖；单糖；脂肪；脂肪酸，包括油；蛋白质，包括明胶和玉米醇溶蛋白；阿拉伯树胶；虫胶；偏氯乙烯和偏氯乙烯共聚物；木质素磺酸钙；丙烯酸共聚物；聚丙烯酸乙烯酯；聚氧乙烯；丙烯酰胺聚合物和共聚物；聚丙烯酸羟乙酯、甲基丙烯酰胺单体；以及聚氯丁烯。
在一些实施方案中，本公开的包封壳可达10μm、20μm、30μm、40μm、50μm、60μm、70μm、80μm、90μm、100μm、110μm、120μm、130μm、140μm、150μm、160μm、170μm、180μm、190μm、200μm、210μm、220μm、230μm、240μm、250μm、260μm、270μm、280μm、290μm、300μm、310μm、320μm、330μm、340μm、350μm、360μm、370μm、380μm、390μm、400μm、410μm、420μm、430μm、440μm、450μm、460μm、470μm、480μm、490μm、500μm、510μm、520μm、530μm、540μm、550μm、560μm、570μm、580μm、590μm、600μm、610μm、620μm、630μm、640μm、650μm、660μm、670μm、680μm、690μm、700μm、710μm、720μm、730μm、740μm、750μm、760μm、770μm、780μm、790μm、800μm、810μm、820μm、830μm、840μm、850μm、860μm、870μm、880μm、890μm、900μm、910μm、920μm、930μm、940μm、950μm、960μm、970μm、980μm、990μm、1000μm、1010μm、1020μm、1030μm、1040μm、1050μm、1060μm、1070μm、1080μm、1090μm、1100μm、1110μm、1120μm、1130μm、1140μm、1150μm、1160μm、1170μm、1180μm、1190μm、1200μm、1210μm、1220μm、1230μm、1240μm、1250μm、1260μm、1270μm、1280μm、1290μm、1300μm、1310μm、1320μm、1330μm、1340μm、1350μm、1360μm、1370μm、1380μm、1390μm、1400μm、1410μm、1420μm、1430μm、1440μm、1450μm、1460μm、1470μm、1480μm、1490μm、1500μm、1510μm、1520μm、1530μm、1540μm、1550μm、1560μm、1570μm、1580μm、1590μm、1600μm、1610μm、1620μm、1630μm、1640μm、1650μm、1660μm、1670μm、1680μm、1690μm、1700μm、1710μm、1720μm、1730μm、1740μm、1750μm、1760μm、1770μm、1780μm、1790μm、1800μm、1810μm、1820μm、1830μm、1840μm、1850μm、1860μm、1870μm、1880μm、1890μm、1900μm、1910μm、1920μm、1930μm、1940μm、1950μm、1960μm、1970μm、1980μm、1990μm、2000μm、2010μm、2020μm、2030μm、2040μm、2050μm、2060μm、2070μm、2080μm、2090μm、2100μm、2110μm、2120μm、2130μm、2140μm、2150μm、2160μm、2170μm、2180μm、2190μm、2200μm、2210μm、2220μm、2230μm、2240μm、2250μm、2260μm、2270μm、2280μm、2290μm、2300μm、2310μm、2320μm、2330μm、2340μm、2350μm、2360μm、2370μm、2380μm、2390μm、2400μm、2410μm、2420μm、2430μm、2440μm、2450μm、2460μm、2470μm、2480μm、2490μm、2500μm、2510μm、2520μm、2530μm、2540μm、2550μm、2560μm、2570μm、2580μm、2590μm、2600μm、2610μm、2620μm、2630μm、2640μm、2650μm、2660μm、2670μm、2680μm、2690μm、2700μm、2710μm、2720μm、2730μm、2740μm、2750μm、2760μm、2770μm、2780μm、2790μm、2800μm、2810μm、2820μm、2830μm、2840μm、2850μm、2860μm、2870μm、2880μm、2890μm、2900μm、2910μm、2920μm、2930μm、2940μm、2950μm、2960μm、2970μm、2980μm、2990μm或3000μm厚。
动物饲料
在一些实施方案中，将本公开的组合物与动物饲料混合。在一些实施方案中，动物饲料可以各种形式存在，如丸剂、胶囊、颗粒状、粉末状、糊状、液体或半液体。
在一些实施方案中，将本公开的组合物在饲料研磨机中单独作为独立的预混物，和/或与其他饲料添加剂如MONENSIN、维生素等一起混合到预混物或糊状物中。在一个实施方案中，本公开的组合物在饲料研磨机中混合到饲料中或饲料上。在另一个实施方案中，将本公开的组合物混合到饲料本身中。
在一些实施方案中，本公开的饲料可补充有水、一种或多种预混物、草料、饲料、豆类(例如，整粒、粉碎或磨碎)、谷物(例如，整粒、粉碎或磨碎)、基于豆类或谷物的油、基于豆类或谷物的食物、基于豆类或谷物的半干青贮草或青贮饲料、基于豆类或谷物的糖浆、脂肪酸，糖醇(例如多元醇)、可商购的配方饲料、牡蛎壳和其他双壳类的壳以及其混合物。
在一些实施方案中，草料包括干草、半干青贮草和青贮饲料。在一些实施方案中，干草包括禾本科干草(例如，苏丹草、鸭茅等)、苜蓿干草和三叶草干草。在一些实施方案中，半干青贮草包括禾本科半干青贮草、高粱半干青贮草和苜蓿半干青贮草。在一些实施方案中，青贮饲料包括玉米、燕麦、小麦、苜蓿、三叶草等。
在一些实施方案中，可在饲料中使用一种或多种预混物。预混物可包含微量成分，如维生素、矿物质、氨基酸；化学防腐剂；药物组合物，如抗生素和其他药物；发酵产品和其他成分。在一些实施方案中，将预混物掺混到饲料中。
在一些实施方案中，饲料可包括饲料浓缩物，如大豆皮、大豆油、甜菜浆、糖蜜、高蛋白大豆粉、磨碎的玉米、带壳玉米、小麦籽粒、蒸馏谷物、棉籽壳和油脂。参见Anderson等人(美国专利3,484,243)、Iritani等人(美国专利6,090,416)、Axelrod等人(美国公布US20060127530A1)以及Katsumi等人(美国专利5,741,508)关于能够用于本发明组合物和方法中的动物饲料和动物饲料补充剂。
在一些实施方案中，饲料作为化合物出现，其在能够满足基本饮食需要的混合组合物中包括饲料本身、维生素、矿物质、氨基酸和其他必需组分。复合饲料还可包含预混物。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物可与动物饲料、预混物和/或复合饲料混合。在饲喂家禽之前，可将动物饲料的各个组分与微生物组合物混合。本公开的微生物组合物可施加到预混物中或预混物上，施加到饲料中或饲料上，和/或施加到复合饲料中或复合饲料上。
微生物组合物的施用
在一些实施方案中，通过口服途径将本公开的微生物组合物施用于家禽。在一些实施方案中，通过直接注射途径将微生物组合物施用到胃肠道中。在其他实施方案中，直接注射施用将微生物组合物直接递送至嗉囊、砂囊、盲肠、小肠和大肠中的一种或多种。图12和图13提供鸡的胃肠道的详细解剖图。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物通过泄殖腔施用于动物。在其他实施方案中，泄殖腔施用是呈插入的栓剂的形式。
在一些实施方案中，通过饮用水、喷洒在动物与之接触的垫料上、与药物或疫苗混合以及管饲来施用微生物组合物。在一些实施方案中，将微生物组合物直接喷洒在动物上，其中动物摄取已经喷洒在动物身上的组合物。在一些实施方案中，将微生物组合物喷洒在饲料上和/或喷雾在饲料中，并将饲料施用至动物。在其他实施方案中，动物通过对已经与喷洒的组合物接触的羽毛进行整理来摄取所述组合物。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在孵化后第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或31天施用至家禽。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在孵化前第22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1或0天作为液体、半液体或固体施用至卵的外表面。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在孵化后1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29和/或30周内以多个给药期施用至家禽。在一些实施方案中，在孵化后立即施用所述微生物组合物。在一些实施方案中，所述微生物组合物自身施用于卵(例如，注射)中或与其他产品如疫苗一起施用。
在一些实施方案中，所述微生物组合物以包括总计或至少1ml、2ml、3ml、4ml、5ml、6ml、7ml、8ml、9ml、10ml、11ml、12ml、13ml、14ml、15ml、16ml、17ml、18ml、19ml、20ml、21ml、22ml、23ml、24ml、25ml、26ml、27ml、28ml、29ml、30ml、31ml、32ml、33ml、34ml、35ml、36ml、37ml、38ml、39ml、40ml、41m、42ml、43ml、44ml、45ml、46ml、47ml、48ml、49ml、50ml、60ml、70ml、80ml、90ml、100ml、200ml、300ml、400ml、500ml、600ml、700ml、800ml、900ml或1,000ml的剂量施用。
在一些实施方案中，所述微生物组合物以包含总计或至少1018、1017、1016、1015、1014、1013、1012、1011、1010、109、108、107、106、105、104、103或102个微生物细胞的剂量施用。
在一些实施方案中，将所述微生物组合物与饲料混合，并且施用通过与饲料一起摄入所述微生物组合物发生。在一些实施方案中，施用所述微生物组合物的剂量以使得每克或毫升所述组合物存在102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、102至1011、103至1011、104至1011、105至1011、106至1011、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、102至1010、103至1010、104至1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、102至106、103至106、104至106、105至106、102至105、103至105、104至105、102至104、103至104、102至103、1012、1011、1010、109、108、107、106、105、104、103或102个总微生物细胞。
在一些实施方案中，所述微生物组合物的施用剂量包含102至1018、103至1018、104至1018、105至1018、106至1018、107至1018、108至1018、109至1018、1010至1018、1011至1018、1012至1018、1013至1018、1014至1018、1015至1018、1016至1018、1017至1018、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、102至1011、103至1011、104至1011、105至1011、106至1011、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、102至1010、103至1010、104至1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、102至106、103至106、104至106、105至106、102至105、103至105、104至105、102至104、103至104、102至103、1018、1017、1016、1015、1014、1013、1012、1011、1010、109、108、107、106、105、104、103或102个总微生物细胞。
在一些实施方案中，所述组合物每天施用1次或多次。在一些方面，所述组合物在每次饲喂动物时与食物一起施用。在一些实施方案中，所述组合物每天施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次。
在一些实施方案中，所述微生物组合物每周施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次。
在一些实施方案中，所述微生物组合物每月施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次。
在一些实施方案中，所述微生物组合物每年施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次。
在一些实施方案中，通过使用专门设计并制造以准确、安全且有效地施加涂层的处理施加设备，使用常规混合、喷洒或其组合的方法，可用一层或多层微生物和/或本文公开的微生物组合物均匀地涂布饲料。这种设备使用各种类型的涂布技术，例如旋转涂布机、鼓式涂布机、流化床技术、喷射床、旋转雾或其组合。诸如本公开的那些的液体处理可通过旋转“雾化器”盘或喷嘴施加，所述盘或喷嘴在其移动通过喷雾图案时将微生物组合物均匀地分布在饲料上。在一些方面，然后将饲料混合或翻滚另外一段时间以实现另外的处理分布和干燥。
在一些实施方案中，本公开的饲料包衣可达10μm、20μm、30μm、40μm、50μm、60μm、70μm、80μm、90μm、100μm、110μm、120μm、130μm、140μm、150μm、160μm、170μm、180μm、190μm、200μm、210μm、220μm、230μm、240μm、250μm、260μm、270μm、280μm、290μm、300μm、310μm、320μm、330μm、340μm、350μm、360μm、370μm、380μm、390μm、400μm、410μm、420μm、430μm、440μm、450μm、460μm、470μm、480μm、490μm、500μm、510μm、520μm、530μm、540μm、550μm、560μm、570μm、580μm、590μm、600μm、610μm、620μm、630μm、640μm、650μm、660μm、670μm、680μm、690μm、700μm、710μm、720μm、730μm、740μm、750μm、760μm、770μm、780μm、790μm、800μm、810μm、820μm、830μm、840μm、850μm、860μm、870μm、880μm、890μm、900μm、910μm、920μm、930μm、940μm、950μm、960μm、970μm、980μm、990μm、1000μm、1010μm、1020μm、1030μm、1040μm、1050μm、1060μm、1070μm、1080μm、1090μm、1100μm、1110μm、1120μm、1130μm、1140μm、1150μm、1160μm、1170μm、1180μm、1190μm、1200μm、1210μm、1220μm、1230μm、1240μm、1250μm、1260μm、1270μm、1280μm、1290μm、1300μm、1310μm、1320μm、1330μm、1340μm、1350μm、1360μm、1370μm、1380μm、1390μm、1400μm、1410μm、1420μm、1430μm、1440μm、1450μm、1460μm、1470μm、1480μm、1490μm、1500μm、1510μm、1520μm、1530μm、1540μm、1550μm、1560μm、1570μm、1580μm、1590μm、1600μm、1610μm、1620μm、1630μm、1640μm、1650μm、1660μm、1670μm、1680μm、1690μm、1700μm、1710μm、1720μm、1730μm、1740μm、1750μm、1760μm、1770μm、1780μm、1790μm、1800μm、1810μm、1820μm、1830μm、1840μm、1850μm、1860μm、1870μm、1880μm、1890μm、1900μm、1910μm、1920μm、1930μm、1940μm、1950μm、1960μm、1970μm、1980μm、1990μm、2000μm、2010μm、2020μm、2030μm、2040μm、2050μm、2060μm、2070μm、2080μm、2090μm、2100μm、2110μm、2120μm、2130μm、2140μm、2150μm、2160μm、2170μm、2180μm、2190μm、2200μm、2210μm、2220μm、2230μm、2240μm、2250μm、2260μm、2270μm、2280μm、2290μm、2300μm、2310μm、2320μm、2330μm、2340μm、2350μm、2360μm、2370μm、2380μm、2390μm、2400μm、2410μm、2420μm、2430μm、2440μm、2450μm、2460μm、2470μm、2480μm、2490μm、2500μm、2510μm、2520μm、2530μm、2540μm、2550μm、2560μm、2570μm、2580μm、2590μm、2600μm、2610μm、2620μm、2630μm、2640μm、2650μm、2660μm、2670μm、2680μm、2690μm、2700μm、2710μm、2720μm、2730μm、2740μm、2750μm、2760μm、2770μm、2780μm、2790μm、2800μm、2810μm、2820μm、2830μm、2840μm、2850μm、2860μm、2870μm、2880μm、2890μm、2900μm、2910μm、2920μm、2930μm、2940μm、2950μm、2960μm、2970μm、2980μm、2990μm或3000μm厚。
在一些实施方案中，可将微生物细胞自由涂覆到任何数量的组合物上，或者它们可在涂覆到组合物上之前配制成液体或固体组合物。例如，包含微生物的固体组合物可通过将固体载体与孢子悬浮液混合直到所述固体载体被孢子或细胞悬浮液浸渍来制备。然后可干燥此混合物以获得所需颗粒。
在一些其他实施方案中，预期本公开的固体或液体微生物组合物还含有功能剂，例如，活性炭、矿物质、维生素和其他能够改善产品质量的试剂或其组合。
当通过添加本公开的一个实施方案对其进行修饰时，本领域中已知的涂覆方法和使用所述方法中的组合物可以是特别有用的。此类涂覆方法和用于它们的应用的装置公开于例如：美国专利号8,097,245和7,998,502；以及PCT专利申请公布号WO 2008/076975、WO2010/138522、WO2011/094469、WO 2010/111347以及WO 2010/111565中，其各自以引用的方式并入本文。
在一些实施方案中，在一种或多种微生物或聚生体彼此接触的存在下，本公开的微生物或微生物聚生体对本文所述的一种或多种性状表现出协同效应。通过教导方法获得的协同效应可例如根据Colby的公式(即，(E)＝X+Y-(X*Y/100))进行量化。参见Colby,R.S.,“Calculating Synergistic and Antagonistic Responses of HerbicideCombinations,”1967.Weeds.第15卷,第20-22页，以引用的方式整体并入本文。因此，“协同”旨在反映已增加超过添加量的结果/参数/效果。
在一些实施方案中，本公开的微生物或微生物聚生体可通过浸液施用。在一个实施方案中，浸液是口服浸液。浸液施用包括利用将包含微生物或微生物聚生体的液体注入/释放到动物的口腔和/或食道中的浸液药盒/施加器/注射器。
在一些实施方案中，本公开的微生物或微生物聚生体可以定时释放的方式施用。所述组合物可包覆在化学组合物，或者可包含在机械装置或胶囊中，其在一段时间内而不是一次性释放微生物或微生物聚生体。在一个实施方案中，将微生物或微生物聚生体以定时释放胶囊施用于动物。在一个实施方案中，所述组合物可包覆在化学组合物中，或者可包含在机械装置或胶囊中，其在摄取后一段时间内一次性释放所述微生物或微生物聚生体。
在一些实施方案中，所述微生物或微生物聚生体在1至5、1至10、1至15、1至20、1至24、1至25、1至30、1至35、1至40、1至45、1至50、1至55、1至60、1至65、1至70、1至75、1至80、1至85、1至90、1至95或1至100小时之间以定时释放的方式施用。
在一些实施方案中，所述微生物或微生物聚生体在1至2、1至3、1至4、1至5、1至6、1至7、1至8、1至9、1至10、1至11、1至12、1至13、1至14、1至15、1至16、1至17、1至18、1至19、1至20、1至21、1至22、1至23、1至24、1至25、1至26、1至27、1至28、1至29或1至30天之间以定时释放的方式施用。
微生物
如本文所用，术语“微生物”应在广义上采用。它包括但不限于两个原核结构域，细菌和古细菌，以及真核真菌、原生生物和病毒。
举例来说，所述微生物可包括以下属的物种：乳杆菌属、梭菌属、栖粪杆菌、产氢厌氧杆菌属、顶果孢菌属、芽孢杆菌属、罕见小球菌属、明串珠菌属、毛螺菌属、厌氧细杆菌属、微杆菌属、疣孢菌属、布劳特菌属、假单胞菌属、孢杆菌属、棒状杆菌属、链球菌属、副球菌属、解纤维梭菌属、瘤胃球菌属、拟杆菌属、线黑粉菌属、赤霉菌属、Alatospora、毕赤酵母属以及念珠菌属。在一些实施方案中，所述微生物可包括本文公开的任何属的物种。
在某些实施方案中，所述微生物是不可培养的。这应该被认为是指不知道微生物是否可培养或难以使用本领域技术人员已知的方法培养。
在一个实施方案中，所述微生物获自动物(例如，哺乳动物、爬行动物、鸟类等)、土壤(例如，根际)、空气、水(例如，海洋、淡水、废水污泥)、沉积物、油、植物(例如，根、叶、茎)、农产品和极端环境(例如，酸性矿山排水或热液系统)。在另一个实施方案中，从海洋或淡水环境如海洋、河流或湖泊获得微生物。在另一个实施方案中，微生物可来自水体表面或水体的任何深度(例如，深海样本)。
本发明的微生物可在基本上纯的或混合的培养物中分离。它们可浓缩、稀释或以其在源材料中发现的天然浓度提供。例如，可通过将沉淀物悬浮在淡水中并使沉淀物落到底部来分离来自盐水沉积物的微生物以用于本公开中。含有大部分微生物的水可在合适的沉降时间后通过倾析移除并施用于家禽的胃肠道或者通过过滤或离心浓缩、稀释至适当的浓度并施用于家禽的胃肠道，除去了大部分盐。作为其他实例，可类似地处理来自矿化或毒性来源的微生物以回收微生物用于施加至家禽以最小化对动物的损害的可能性。
在另一个实施方案中，所述微生物以粗形式使用，其中它们不与它们天然存在的源材料分离。例如，所述微生物与它们所在的源材料组合提供；例如，在胃肠道中发现的粪便物质或其他组合物。在此实施方案中，源材料可包括一种或多种微生物物种。
在一些实施方案中，混合的微生物群体用于本公开的方法中。
在本公开的实施方案中，其中所述微生物与源材料(例如，它们所天然存在的材料)中分离，可使用熟练技术人员容易知道的许多标准技术中的任何一种或组合。然而，举例来说，这些通常采用以下方法，通过所述方法可以基本上纯的形式获得单一微生物的固体或液体培养物，通常通过在固体微生物生长培养基的表面上物理分离或通过体积稀释分离到液体微生物生长培养基中。这些方法可包括从干燥材料、液体悬浮液、浆液或匀浆中分离，其中材料在适当固体凝胶生长培养基上以薄层铺展，或将材料的连续稀释液制成无菌培养基并接种到液体或固体培养基中。
虽然不是必需的，但在一个实施方案中，含有微生物的材料可在分离过程之前进行预处理，以便使材料中的所有微生物繁殖。然后可如上所述从富集的材料中分离微生物。
在某些实施方案中，如前所述，所述一种或多种微生物可粗形式使用，并且不需要从动物或培养基中分离。例如，可获得包含被鉴定为有益于提高饲料效率的微生物的粪便或生长培养基，并将其用作下一轮方法的微生物的原始来源或在所述方法结束时用作微生物的原始来源。例如，可获得新鲜粪便并任选地加工。
微生物组改变和微生物的丰度
在一些实施方案中，家禽的微生物组，包括肠道微生物组(嗉囊、砂囊、盲肠、小肠和大肠)包含具有多种代谢能力的多种微生物。所述微生物组受到一系列因素的影响，包括饮食、动物新陈代谢的变化和品种等。大多数家禽饮食是基于植物的并且富含复杂多糖，所述复杂多糖使胃肠微生物群落富集能够分解饮食中的特定聚合物组分(如纤维素、半纤维素、木质素等)的微生物。初级降解的最终产品维持最终产生一系列有机酸以及氢和二氧化碳的一连串微生物。由于微生物组的复杂性和相互关联性，改变用于初级降解的饮食且因此基质可对肠道微生物代谢具有级联效应，伴随所产生的有机酸谱和甲烷水平的变化，从而影响动物生产和或由动物生产的产品的质量和数量。参见Menezes等人(2011.FEMSMicrobiol.Ecol.78(2):256-265。)
在一些方面，本公开涉及施用本文所述的微生物组合物以调节或改变家禽的微生物组。
在一些实施方案中，组通过将一种或多种微生物施用至胃肠道而改变所述微生物。在其他实施方案中，所述一种或多种微生物是选自表1和/或表3的微生物。在一些实施方案中，所述微生物组改变或调节包括在施用本公开的一种或多种微生物之前存在的特定微生物的减少或丧失。在一些实施方案中，所述微生物组改变或调节包括在施用本公开的一种或多种微生物之前存在的特定微生物的增加。在一些实施方案中，所述微生物组改变或调节包括在施用本公开的一种或多种微生物之前不存在的一种或多种微生物的获得。在另一个实施方案中，一种或多种微生物的获得是未具体地地包括在施用的微生物聚生体中的微生物。
在一些实施方案中，本公开的微生物的施用产生微生物组的持续调节，以使得所施用的微生物在所述微生物组中存在至少1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10天的时间段。
在一些实施方案中，本公开的微生物的施用产生微生物组的持续调节，以使得所施用的微生物在所述微生物组中存在至少1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10周的时间段。
在一些实施方案中，本公开的微生物的施用产生微生物组的持续调节，以使得所施用的微生物在所述微生物组中存在至少1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月的时间段。
在一些实施方案中，通过对胃肠道取样并使用引物扩增所施用的微生物的16S或18S rDNA序列或ITS rDNA序列来检测所施用的微生物的存在。在一些实施方案中，所施用的微生物是选自表1和/或表3那些微生物中的一种或多种，并且相应的rDNA序列是选自SEQID NO:1-385的那些。
在一些实施方案中，通过扩增从胃肠样品收集的多核苷酸来测量鸟的微生物组，其中所述多核苷酸可以是微生物rDNA的16S或18S rDNA片段或ITS rDNA片段。在一个实施方案中，通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)的方法对微生物组进行指纹分析，其中扩增的rDNA片段通过它们变性的位置进行分选，并在凝胶中形成独特带型，其可用于比较同一只鸟随着时间推移或的微生物组或多只鸟的微生物组。在另一个实施方案中，通过末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)的方法对微生物组进行指纹分析，其中使用限制酶消化标记的PCR片段，且然后按大小分选。在另一实施方案中，通过非度数多维评级(nMDS)排序评价从T-RFLP方法收集的数据，并且PERMANOVA统计学鉴定微生物组中的差异，从而允许鉴定和测量微生物组中的改变。还参见Shanks等人(2011.Appl.Environ.Microbiol.77(9):2992-3001)；Petri等人(2013.PLOS one.8(12):e83424)；以及Menezes等人(2011.FEMSMicrobiol.Ecol.78(2):256-265。)
在一些实施方案中，本公开的微生物的施用产生微生物组的调节或改变，这进一步产生所需的表型或改善的性状。
MIC评分
根据本文提供的方法，对样品进行加工以检测所述样品中一种或多种微生物类型的存在(图1，1001；图2，2001)。确定所述样品中一种或多种微生物生物体的绝对数量(图1，1002；图2，2002)。确定一种或多种生物体类型的存在和至少一种生物体类型的绝对数量可并行或连续进行。例如，在包含含有细菌(即，一种微生物类型)和真菌(即，第二微生物类型)的微生物群落的样品的情况下，在一个实施方案中，使用者检测所述样品中一种或两种生物体类型的存在(图1，1001；图2，2001)。在另一实施方案中，使用者确定所述样品中的至少一种生物体类型的绝对数量-在此实例的情况下，所述样品中的细菌、真菌或其组合的数量(图1，1002；图2，2002)。
在一个实施方案中，将所述样品或其一部分进行流式细胞术(FC)分析以检测一种或多种微生物类型的存在和/或数量(图1，1001、1002；图2，2001、2002)。在一个流式细胞仪实施方案中，单独微生物细胞以至少约300*s-1或至少约500*s-1或至少约1000*s-1的速率通过照明区。然而，本领域普通技术人员将认识到，此速率可根据所采用的仪器类型而变化。电子门控的探测器测量表示散射光的程度的脉冲的幅值。这些脉冲的幅值被电子地分类成“频段”或“信道”，从而允许展示具有某种定量性质(例如，细胞染色性质、直径、细胞膜)的细胞的数量对信道数量的直方图。这种分析允许确定每个“频段”中的细胞数量，在本文所述的实施方案中，所述“频段”是“微生物类型”频段，例如，细菌、真菌、线虫、原生动物、古细菌、藻类、甲藻、病毒、类病毒等。
在一个实施方案中，用一种或多种荧光染料对样品进行染色，其中荧光染料对特定微生物类型具有特异性，以便能够通过流式细胞仪或利用荧光的一些其他检测和定量方法(如荧光显微术)检测。所述方法可提供样品中给定生物体类型的细胞数量和/或细胞体积的定量。在另一个实施方案中，如本文所述，利用流式细胞术来确定生物体类型的独特第一标记和/或独特第二标记的存在和数量，如酶表达、细胞表面蛋白质表达等。还可产生例如光散射对来自细胞膜染色的荧光(相对于来自蛋白质染色或DNA染色的荧光)的二或三变量直方图或等值线图，并且因此可获得对作为整体的群体中的细胞之中的多种目标性质的分布的印象。这种多参数流式细胞术数据的许多显示是常用的，并且适合与本文所述的方法一起使用。
在加工样品以检测一种或多种微生物类型的存在和数量的一个实施方案中，采用显微镜测定(图1，1001、1002)。在一个实施方案中，显微术是光学显微术，其中可见光和透镜系统用于放大小样品的图像。数字图像可通过电荷耦合器件(CCD)相机捕获。其他显微技术包括但不限于扫描电子显微镜和透射电子显微镜。根据本文提供的方面可视化并量化微生物类型。
在另一个实施方案中，为了检测一种或多种微生物类型的存在和数量，对样品或其一部分进行荧光显微镜检查。不同的荧光染料可用于直接染色样品中的细胞并使用落射荧光显微镜以及上述流式细胞术来定量总细胞计数。用于定量微生物的有用染料包括但不限于吖啶橙(AO)、4,6-二氨基-2-苯基吲哚(DAPI)和氯化5-氰基-2,3-二甲苯基四唑鎓(CTC)。可通过存活力染色方法如含有两种核酸染色的
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细菌存活力试剂盒(Bac-LightTM)来估计活细胞：绿色荧光SYTO 9TM染料渗透所有膜，并且红色荧光碘化丙啶(PI)染料渗透细胞膜受损的细胞。因此，具有受损细胞膜的细胞将染成红色，而具有未受损细胞膜的细胞将染成绿色。荧光原位杂交(FISH)扩展了落射荧光显微镜，从而允许快速检测和计数特定生物体。FISH使用荧光标记的寡核苷酸探针(通常15-25个碱基对)，所述探针特异性地结合至样品中的生物体DNA，从而允许使用落射荧光或共聚焦激光扫描显微镜(CLSM)可视化细胞。催化的报告基因沉积荧光原位杂交(CARD-FISH)通过使用用辣根过氧化物酶(HRP)标记的寡核苷酸探针来扩增从所研究的微生物获得的信号的强度而改进了FISH方法。FISH可与其他技术组合以表征微生物群落。一种组合技术是高亲和力肽核酸(PNA)-FISH，其中探针具有增强的穿透细胞外聚合物质(EPS)基质的能力。另一个实例是LIVE/DEAD-FISH，其将细胞存活力试剂盒与FISH组合并且已用于评估饮用水分配系统中的消毒效率。
在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行拉曼显微光谱分析，以确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的绝对数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。拉曼显微光谱是一种能够检测和测量单细胞拉曼光谱(SCRS)的非破坏性和无标记技术。典型的SCRS提供单个细胞的内在生化“指纹”。SCRS包含其中的生物分子的丰富信息，包括核酸、蛋白质、碳水化合物和脂质，所述信息能够表征不同细胞种类、生理变化和细胞表型。拉曼显微镜通过不同细胞生物标记的化学键检查激光的散射。SCRS是一个单细胞中所有生物分子的光谱的总和，从而指示细胞的表型概况。作为基因表达的结果，细胞表型通常反映基因型。因此，在相同生长条件下，不同的微生物类型给出对应于其基因型的差异的不同SCRS，并且因此可通过它们的拉曼光谱来鉴定。
在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行离心，以确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。此过程通过使用由离心机产生的离心力来沉降不均匀的混合物。混合物中较致密的组分迁移远离离心轴，而混合物中不太致密的组分向离心轴迁移。离心可允许将样品分级成细胞质、细胞膜和细胞外部分。它还可用于确定目标生物分子的定位信息。另外，离心可用于分级分离总微生物群落DNA。不同原核组在其DNA的鸟嘌呤加胞嘧啶(G+C)含量方面不同，因此基于G+C含量的密度-梯度离心是用于区分生物类型和与每种类型相关的细胞的数量的方法。所述技术产生整个群落DNA的分级分离概况，并指示作为G+C含量的函数的DNA丰度。将总群落DNA物理分离成高度纯化的部分，每个部分代表可通过另外的分子技术(如变性梯度凝胶电泳(DGGE)/扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)(参见本文的论述))进行分析的不同G+C含量，以评估总微生物群落多样性和一种或多种微生物类型的存在/数量。
在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行染色，以确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。染色和染料可用于可视化细胞内的生物组织、细胞或细胞器。染色可与显微镜、流式细胞术或凝胶电泳结合使用，以可视化或标记不同微生物类型所特有的细胞或生物分子。体内染色是染色活组织的过程，而体外染色涉及染色已从其生物学背景中除去的细胞或结构。与本文描述的方法一起使用的特定染色技术的实例包括但不限于：用于确定细菌克状态的革兰氏染色，用于鉴定内生孢子存在的内生孢子染色，Ziehl-Neelsen染色，用于检查薄组织切片的苏木精和曙红染色，用于检查来自各种身体分泌物的细胞样品的巴氏(papanicolaou)染色，碳水化合物的高碘酸-希夫染色，采用三色染色方案来区分细胞与周围结缔组织的Masson氏三色染色，用于检查血液或骨髓样品的Romanowsky染色(或包括Wright氏染色、詹纳尔(Jenner)染色、迈格林华(May-Grunwald染色)、利什曼(Leishman)染色和吉姆萨(Giemsa染色)的常见变型)，用于揭示蛋白质和DNA的银染色，用于脂质的苏丹染色以及用于检测真正内生孢子的Conklin染色。常见生物染色剂包括用于细胞周期测定的吖啶橙；用于酸性粘蛋白的俾斯麦棕；用于糖原的胭脂红；用于细胞核的明矾胭脂红；用于蛋白质的考马斯蓝；用于神经元细胞质的酸性组分的甲酚紫；用于细胞壁的结晶紫；用于细胞核的DAPI；用于细胞质材料、细胞膜、一些细胞外结构和红细胞的曙红；用于DNA的溴化乙锭；用于胶原蛋白、平滑肌或线粒体的酸性品红；用于细胞核的苏木精；用于DNA的赫斯特染色剂；用于淀粉的碘；用于吉曼尼兹(Gimenez)染色技术中的细菌和用于孢子的孔雀石绿；用于染色质的甲基绿；用于动物细胞的亚甲蓝；用于尼斯尔(Nissl)物质的中性红；用于细胞核的尼罗蓝；用于亲脂实体的尼罗红；用于脂质的四氧化锇；罗丹明用于荧光显微术中；用于细胞核的番红精。染色剂也用于透射电子显微术中以增强对比度，并且包括磷钨酸、四氧化锇、四氧化钌、钼酸铵、碘化镉、碳酰肼、氯化铁、六胺、三氯化铟、硝酸镧、醋酸铅、柠檬酸铅、硝酸铅(II)、高碘酸、磷钼酸、铁氰化钾、亚铁氰化钾、钌红、硝酸银、蛋白质银、氯金酸钠、硝酸铊、氨基硫脲、乙酸铀酰、硝酸铀酰和硫酸氧钒。
在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行质谱分析(MS)，以确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。如下所述，MS也可用于检测样品中一种或多种独特标记的存在和表达(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。例如，MS用于检测微生物类型所特有的蛋白质和/或肽标记的存在和数量，且因此提供所述样品中各微生物类型的数量的评估。定量可用稳定同位素标记或无标记。肽的从头测序也可直接从MS/MS谱或序列标记中产生(产生可与针对数据库匹配的短标签)。MS还可揭示蛋白质的翻译后修饰并鉴定代谢物。MS可与色谱和其他分离技术(如气相色谱、液相色谱、毛细管电泳、离子迁移)结合使用，以增强质量分辨率和测定。
在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行脂质分析，以确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。脂肪酸以相对恒定的比例存在于细胞生物质中，并且特征脂肪酸存在于微生物细胞中，其可区分群落内的微生物类型。在一个实施方案中，通过皂化提取脂肪酸，然后衍生化以得到对应脂肪酸甲酯(FAME)，其然后通过气相色谱法进行分析。然后将一个实施方案中的FAME谱与参考FAME数据库进行比较，以通过多变量统计分析鉴定脂肪酸及其相应的微生物特征。
在本文提供的方法的方面中，测量所述样品或其部分中的独特第一标记的数量(例如，样品等分试样)，以及每种独特第一标记的丰度(图1，1003；图2，2003)。独特标记是微生物菌株的标记。本领域普通技术人员应理解，取决于所探测并测量的独特标记，不需要分析整个样品。例如，如果独特标记对细菌菌株是独特的，则不需要分析样品的真菌部分。如上所述，在一些实施方案中，测量样品中一种或多种生物类型的绝对丰度包括通过生物体类型分离(例如，通过流式细胞术)样品。
可在本文中使用生物体菌株独特的任何标记。例如，标记可包括但不限于小亚基核糖体RNA基因(16S/18S rDNA)、大亚基核糖体RNA基因(23S/25S/28S rDNA)、插入5.8S基因、细胞色素c氧化酶、β-微管蛋白、延伸因子、RNA聚合酶和内转录间隔区(ITS)。
核糖体RNA基因(rDNA)，尤其是小亚基核糖体RNA基因(即在真核生物的情况下18SrRNA基因(18S rDNA)和在原核生物的情况下的16S rRNA(16S rDNA))已成为评估微生物群落中的生物体类型和菌株的主要目标。然而，还已经靶向大亚基核糖体RNA基因28S rDNA。rDNA适用于分类学鉴定，因为：(i)它们在所有已知生物体中普遍存在；(ii)它们拥有保守区和可变区；(iii)存在可用于比较的其序列的指数式扩展数据库。在样品的群落分析中，保守区充当相应通用PCR和/或测序引物的退火位点，而可变区可用于系统发生分化。此外，所述细胞中高拷贝数的rDNA有助于从环境样品中检测。
还已经靶向位于18S rDNA与28S rDNA之间的内部转录间隔区(ITS)。在核糖体组装之前ITS被转录但被剪接。ITS区由两个高度可变的间隔区ITS1和ITS2以及插入的5.8S基因组成。这种rDNA操纵子在基因组中以多个拷贝出现。因为ITS区域不编码核糖体组分，所以它是高度可变的。
在一个实施方案中，独特的RNA标记可以是mRNA标记、siRNA标记或核糖体RNA标记。
蛋白质编码功能基因在本文中也可用作独特的第一标记。此类标记包括但不限于：重组酶A基因家族(细菌RecA、古细菌RadA和RadB、真核Rad51和Rad57、噬菌体UvsX)；RNA聚合酶β亚基(RpoB)基因，其负责转录起始和延伸；分子伴侣。候选标记基因也已针对细菌加古细菌鉴定:核糖体蛋白S2(rpsB)、核糖体蛋白S10(rpsJ)、核糖体蛋白L1(rplA)、翻译延伸因子EF-2、翻译起始因子IF-2、金属内肽酶、核糖体蛋白L22、ffh信号识别粒子蛋白、核糖体蛋白L4/L1e(rplD)、核糖体蛋白L2(rplB)、核糖体蛋白S9(rpsI)、核糖体蛋白L3(rplC)、苯丙氨酰基-tRNA合成酶β亚基、核糖体蛋白L14b/L23e(rplN)、核糖体蛋白S5、核糖体蛋白S19(rpsS)、核糖体蛋白S7、核糖体蛋白L16/L10E(rplP)、核糖体蛋白S13(rpsM)、苯丙氨酰基-tRNA合成酶α亚基、核糖体蛋白L15、核糖体蛋白L25/L23、核糖体蛋白L6(rplF)、核糖体蛋白L11(rplK)、核糖体蛋白L5(rplE)、核糖体蛋白S12/S23、核糖体蛋白L29、核糖体蛋白S3(rpsC)、核糖体蛋白S11(rpsK)、核糖体蛋白L10、核糖体蛋白S8、tRNA假尿苷合酶B、核糖体蛋白L18P/L5E、核糖体蛋白S15P/S13e、胆色素原脱氨酶、核糖体蛋白S17、核糖体蛋白L13(rplM)、磷酸核糖基甲酰基甘氨脒环连接酶(rpsE)、核糖核酸酶HII和核糖体蛋白L24。细菌的其他候选标记基因包括：转录伸长蛋白NusA(nusA)、rpoB DNA定向RNA聚合酶亚基β(rpoB)、GTP结合蛋白EngA、rpoC DNA定向RNA聚合酶亚基β'、priA引发体组装蛋白、转录修复偶联因子、CTP合酶(pyrG)、secY前蛋白移位酶亚基SecY、GTP结合蛋白Obg/CgtA、DNA聚合酶I、rpsF 30S核糖体蛋白S6、poA DNA定向RNA聚合酶亚基α、肽链释放因子1、rplI 50S核糖体蛋白L9、聚核糖核苷酸核苷酸基转移酶、tsf延伸因子Ts(tsf)、rplQ 50S核糖体蛋白L17、tRNA(鸟嘌呤-N(1)-)-甲基转移酶(rplS)、rplY可能的50S核糖体蛋白L25、DNA修复蛋白RadA、葡萄糖抑制的分裂蛋白A、核糖体结合因子A、DNA错配修复蛋白MutL、smpB SsrA-结合蛋白(smpB)、N-乙酰葡糖氨基转移酶、S-腺苷基-甲基转移酶MraW、UDP-N-乙酰胞壁酰丙氨酸--D-谷氨酸连接酶、rplS 50S核糖体蛋白L19、rplT 50S核糖体蛋白L20(rplT)、ruvA霍利迪连结体DNA解旋酶、ruvB霍利迪连结体DNA解旋酶B、serS丝氨酰基-tRNA合成酶、rplU 50S核糖体蛋白L21、rpsR 30S核糖体蛋白S18、DNA错配修复蛋白MutS、rpsT 30S核糖体蛋白S20、DNA修复蛋白RecN、frr核糖体再生因子(frr)、重组蛋白RecR、未知功能蛋白UPF0054、miaA tRNA异戊烯基转移酶、GTP结合蛋白YchF、染色体复制起始子蛋白DnaA、脱磷-CoA激酶、16S rRNA加工蛋白RimM、ATP锥结构域蛋白、1-脱氧-D-木酮糖5-磷酸还原异构酶、2C-甲基-D-赤藓糖醇2,4-环二磷酸合酶、脂肪酸/磷脂合成蛋白PlsX、tRNA(Ile)-赖西丁合成酶、dnaG DNA引发酶(dnaG)、ruvC霍利迪连结体解离酶、rpsP 30S核糖体蛋白S16、重组酶ArecA、核黄素生物合成蛋白RibF、甘氨酰基-tRNA合成酶β亚基、trmU tRNA(5-甲基氨基甲基-2-硫尿苷酸)-甲基转移酶、rpmI 50S核糖体蛋白L35、hemE尿卟啉原脱羧酶、棒形测定蛋白、rpmA 50S核糖体蛋白L27(rpmA)、肽基-tRNA水解酶、翻译起始因子IF-3(infC)、UDP-N-乙酰基胞壁酰基-三肽合成酶、rpmF 50S核糖体蛋白L32、rpIL 50S核糖体蛋白L7/L12(rpIL)、leuS亮氨酰基-tRNA合成酶、ligA NAD-依赖性DNA连接酶、细胞分裂蛋白FtsA、GTP结合蛋白TypA、ATP依赖性Clp蛋白酶、ATP结合亚基ClpX、DNA复制和修复蛋白RecF和UDP-N-乙酰基烯醇丙酮酰基葡萄糖胺还原酶。
根据本文所述的方法，磷脂脂肪酸(PLFA)也可用作独特的第一标记。由于PLFA在微生物生长过程中快速合成，在细胞死亡过程中未在储存分子中发现并迅速降解，因此它提供了对当前活群落的准确普查。所有细胞都含有脂肪酸(FA)，所述脂肪酸可被提取并酯化以形成脂肪酸甲酯(FAME)。当使用气相色谱-质谱法分析FAME时，所得到的概况构成样品中微生物的“指纹”。用于结构域细菌和真核生物中的生物体的膜的化学组成包括通过酯型键与甘油连接的脂肪酸(磷脂脂肪酸(PLFA))。相反，古细菌的膜脂由长的且支化的烃组成，所述烃通过醚型键(磷脂醚脂质(PLEL))与甘油连接。这是区分三个结构域的最广泛使用的非遗传标准之一。在这种背景下，源自微生物细胞膜的磷脂(其特征在于不同的酰基链)是优异的特征分子，因为这种脂质结构多样性可与特定微生物分类群相关联。
如本文所提供的，为了确定生物体菌株是否有活性，测量一种或多种独特的第二标记(其可与第一标记相同或不同)的表达水平(图1，1004；图2，2004)。独特的第一独特标记是如上所述。独特的第二标记是微生物活性的标记。例如，在一个实施方案中，上述任何第一标记的mRNA或蛋白质表达被认为是用于本发明目的的独特第二标记。
在一个实施方案中，如果第二标记的表达水平高于阈值水平(例如，对照水平)或在阈值水平，所述微生物被认为是有活性的(图1，1005；图2，2005)。如果第二标记的表达水平与阈值水平(其在一些实施方案中是对照水平)相比改变至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％或至少约30％，则在一个实施方案中确定活性。
第二独特标记在一个实施方案中在蛋白质、RNA或代谢物水平测量。独特第二标记与第一独特标记相同或不同。
如上所述，可根据本文描述的方法检测许多独特第一标记和独特第二标记。此外，独特第一标记的检测和定量根据本领域普通技术人员已知的方法进行(图1，1003-1004，图2，2003-2004)。
核酸测序(例如，gDNA、cDNA、rRNA、mRNA)在一个实施方案中用于确定独特第一标记和/或独特第二标记的绝对丰度。测序平台包括但不限于可从Roche/454 LifeSciences、Illumina/Solexa、Pacific Biosciences、Ion Torrent以及Nanopore获得的Sanger测序和高通量测序方法。测序可以是特定DNA或RNA序列的扩增子测序或全宏基因组/转录组鸟枪测序。
传统Sanger测序(Sanger等人(1977)DNA sequencing with chain-terminatinginhibitors.Proc Natl.Acad.Sci.USA,74,第5463–5467页，其以引用的方式整体并入本文)依赖于在体外DNA复制期间通过DNA聚合酶选择性并入链终止双脱氧核苷酸，并且适合与本文所述的方法一起使用。
在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行核酸提取，用合适的引物扩增目标DNA(如rRNA基因)和使用测序载体构建克隆文库。然后通过Sanger测序对选择的克隆进行测序，并检索目标DNA的核苷酸序列，从而允许计算样品中的独特微生物菌株的数量。
来自Roche/454 Life Sciences的454焦磷酸测序产生长读数并且可在本文所述的方法中利用(Margulies等人(2005)Nature,437,第376-380页；美国专利号6,274,320；6,258,568；6,210,891，其各自出于所有目的整体并入本文)。待测序的核酸(例如，扩增子或雾化的基因组/宏基因组DNA)具有通过PCR或通过连接固定在任一端的特异性衔接子。将具有衔接子的DNA固定至悬浮在油包水乳液中的微珠粒上(理想地，一个珠粒将具有一个DNA片段)。然后执行乳液PCR步骤以产生每个DNA片段的多个拷贝，从而产生一组珠粒，其中每个珠粒含有同一DNA片段的许多克隆拷贝。然后将每个珠粒置于光纤芯片的孔中，所述光纤芯片还含有边合成边测序反应所必需的酶。碱基(如A、C、G或T)的添加引发焦磷酸释放，所述焦磷酸释放产生闪光，记录所述闪光以推断每个孔中的DNA片段的序列。可实现每次运行大约100万个读数，读段长度达1,000个碱基。可进行配对末端测序，其产生成对读段，每对读段开始于给定DNA片段的一端。可产生分子条形码并将其置于多重反应中的衔接子序列与目标序列之间，从而允许每个序列生物信息学地分配给样品。
Illumina/Solexa测序产生约25个碱基对(bp)至约300bp的平均读段长度(Bennett等人(2005)Pharmacogenomics,6:373-382；Lange等人(2014).BMC Genomics 15,第63页；Fadrosh等人(2014)Microbiome 2,第6页；Caporaso等人(2012)ISME J,6,第1621-1624页；Bentley等人(2008)Accurate whole human genome sequencing usingreversible terminator chemistry.Nature,456:53-59)。这种测序技术也是边合成边测序，但使用可逆染料终止子和附接有寡核苷酸场的流动池。待测序的DNA片段在任一端上具有特异性衔接子，并且在填充有与所述片段的末端杂交的特定寡核苷酸的流动池上洗涤。然后复制每个片段以产生相同片段的集群。然后在流动池上洗涤可逆的染料-终止子核苷酸，并给予时间附接。洗去过量的核苷酸，对流动池进行成像，并且可除去可逆终止子，以使得所述过程可重复，并且可在随后的循环中继续添加核苷酸。可实现各自长度为300个碱基的配对末端读数。Illumina平台可以配对末端方式生成40亿个片段，对于单次运行中的每个读段可生成125个碱基。条形码也可用于样品多路复用，但使用索引引物。
SOLiD(通过寡核苷酸连接和检测测序，Life Technologies)方法是“连接测序”方法，并且可与本文描述的方法一起用于检测第一标记和/或第二标记的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)(Peckham等人SOLiDTM Sequencing and 2-Base Encoding.SanDiego,CA:American Society of Human Genetics,2007；Mitra等人(2013)Analysis ofthe intestinal microbiota using SOLiD 16S rRNA gene sequencing and SOLiDshotgun sequencing.BMC Genomics,14(增刊5):S16；Mardis(2008)Next-generation DNAsequencing methods.Annu Rev Genomics Hum Genet,9:387-402；各自以引用的方式整体并入本文)。从待测序的样品制备DNA片段文库，并用于制备克隆珠粒群体，其中在每个磁珠的表面上将仅存在一种物种片段。附着至磁珠的片段将具有通用P1衔接子序列，以使得每个片段的起始序列都是已知的且相同的。引物与文库模板内的P1衔接子序列杂交。一组四个荧光标记的二碱基探针竞争连接至测序引物。通过在每个连接反应中询问每个第一和第二碱基来实现二碱基探针的特异性。进行多个连接、检测和裂解循环，其中循环的数量决定最终阅读长度。SOLiD平台每次运行可产生多达30亿个读数，读段长度为75个碱基。配对末端测序是可用的并且可在本文中使用，但是所述对中的第二读数仅为35个碱基长。样品的多路复用通过类似于Illumina所使用的系统的系统是可能的，具有单独的索引运行。
Ion Torrent系统(如454测序)适合与本文所述的方法一起用于检测第一标记和/或第二标记的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。它使用含有DNA片段附接其上的珠粒的微孔的板。然而，它在检测碱基掺入的方式上不同于所有其他系统。当碱基添加至生长DNA链时，质子释放，从而轻微改变周围pH。对于pH敏感的微量检测器与板上的孔相关联，并且当这些变化发生时，所述检测器进行记录。不同的碱基(A、C、G、T)依序冲刷通过所述孔，从而允许推断来自每个孔的序列。Ion Proton平台每次运行可产生高达5000万个读段，其具有200个碱基的读段长度。个人基因组机器平台具有400个碱基的更长读段。可获得双向测序。通过标准的在线分子条形码测序，多路复用是可能的。
Pacific Biosciences(PacBio)SMRT测序使用单分子实时测序方法，并且在一个实施方案中，与本文所述的方法一起用于检测第一标记和/或第二标记的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。PacBio测序系统不涉及扩增步骤，从而使它有别于其他主要下一代测序系统。在一个实施方案中，所述测序在含有许多零模式波导(ZMW)检测器的芯片上执行。DNA聚合酶附接至ZMW检测器并且当合成DNA链时，磷酸连接的染料标记的核苷酸并入得以实时成像。PacBio系统产生非常长的读段长度(平均约4,600个碱基)和每次运行非常高数目的读数(约47,000个)。典型“配对末端”方法不用于PacBio，因为读段通常足够长以致于可经由CCS来覆盖片段多次而无需独立地从每个端测序。使用PacBio的多路复用不涉及独立读段，而是实际上遵循标准“内联”条码模型。
在第一独特标记是ITS基因组区域的一个实施方案中，在一个实施方案中使用自动核糖体基因间隔区分析(ARISA)来确定样品中的微生物菌株的数量和身份(图1，1003，图2，2003)(Ranjard等人(2003).Environmental Microbiology 5,第1111-1120页，其出于所有目的以引用的方式整体并入)。ITS区域在长度和核苷酸序列上具有显著异质性。使用荧光标记的正向引物和自动DNA测序仪允许高分离分辨率和高通量。在每个样品中包含内部标准提供了确定总体片段大小的准确性。
在另一个实施方案中，PCR扩增的rDNA片段的片段长度多态性(RFLP)(也称为扩增的核糖体DNA限制性分析(ARDRA))用于表征样品中的独特第一标记及其丰度(图1，1003，图2，2003)(Massol-Deya等人(1995).Mol.Microb.Ecol.Manual.3.3.2,第1-18页，其出于所有目的以引用的方式整体并入)。使用通用引物通过PCR生成rDNA片段，用限制酶消化，在琼脂糖或丙烯酰胺凝胶中电泳，并用溴化乙锭或硝酸银染色。
用于检测独特第一标记的存在和丰度的一种指纹分析技术是单链构象多态性(SSCP)(Lee等人(1996).Appl Environ Microbiol 62,第3112-3120页；Scheinert等人(1996).J.Microbiol.Methods 26,第103-117页；Schwieger和Tebbe(1998).Appl.Environ.Microbiol.64,第4870-4876页，其各自以引用的方式整体并入本文)。在这种技术中，将使用对16S rRNA基因具有特异性的引物获得的DNA片段(如PCR产物)变性，并在非变性凝胶上直接电泳。分离是基于单链DNA的大小和折叠构象的差异，其影响电泳迁移率。可通过许多策略防止电泳过程中DNA链的再退火，包括在PCR中使用一种磷酸化引物，然后用λ外切核酸酶特异性消化磷酸化链，并使用一种生物素化引物进行变性后的一个单链的磁分离。为了评估给定聚生体中优势群体的身份，在一个实施方案中，切除条带并进行测序，或者SSCP图案可与特异性探针杂交。电泳条件(如凝胶基质、温度和向凝胶中添加甘油)可影响分离。
除了基于测序的方法，其他用于量化第二标记的表达(例如，基因、蛋白质表达)的方法也适合与本文提供的方法一起用于确定一种或多种第二标记的表达水平(图1，1004；图2，2004)。例如，定量RT-PCR、微阵列分析、线性扩增技术如基于核酸序列的扩增(NASBA)都适用于本文所述的方法，并且可根据本领域普通技术人员已知的方法来进行。
在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行定量聚合酶链式反应(PCR)以检测第一标记和/或第二标记的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。通过将转录的核糖体和/或信使RNA(rRNA和mRNA)逆转录到互补DNA(cDNA)中、然后进行PCR(RT-PCR)来测量特异性微生物菌株活性。
在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行基于PCR的指纹分析技术以检测第一标记和/或第二标记的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。可基于核苷酸组成通过电泳分离PCR产物。不同DNA分子之间的序列变异影响解链行为，并且因此具有不同序列的分子将停止在凝胶中的不同位置迁移。因此，电泳概况可由不同条带或峰的位置和相对强度来定义，并且可被转换为数值数据以用于计算多样性指数。也可从凝胶上切下条带，且随后测序以揭示群落成员的系统发生关系。电泳方法包括但不限于：变性梯度凝胶电泳(DGGE)、温度梯度凝胶电泳(TGGE)、单链构象多态性(SSCP)、限制性片段长度多态性分析(RFLP)或扩增的核糖体DNA限制性分析(ARDRA)、末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)、自动核糖体基因间间隔区分析(ARISA)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、DNA扩增指纹分析(DAF)以及Bb-PEG电泳。
在另一个实施方案中，使样品或其一部分经受基于芯片的平台，如微阵列或微流体，以确定独特第一标记的丰度和/或独特第二标记的存在/丰度(图1，1003-1004，图2，2003-2004)。从样品中的总DNA扩增PCR产物，并直接与固定至微阵列的已知分子探针杂交。在荧光标记的PCR扩增子与探针杂交后，通过使用共聚焦激光扫描显微镜对阳性信号进行评分。微阵列技术允许通过复制快速评价样品，其是微生物群落分析中的显著优点。通常，微阵列上的杂交信号强度与靶生物体的丰度成正比。通用高密度16S微阵列(PhyloChip)含有约30,000个16SrRNA基因探针，所述探针靶向若干培养的微生物物种和“候选物分裂”。这些探针靶向所有121种划定的原核目，并允许同时检测8,741个细菌和古菌分类群。用于分析微生物群落的另一种微阵列是功能基因阵列(FGA)。与PhyloChips不同，FGA主要用于检测细菌的特定代谢组。因此，FGA不仅揭示群落结构，而且还阐明原位群落代谢潜力。FGA含有来自具有已知生物功能的基因的探针，因此它们可用于将微生物群落组成与生态系统功能相联系。称为GeoChip的FGA含有>24,000种来自所有已知代谢基因的探针，所述基因参与各种生物地球化学、生态和环境过程，如氨氧化、甲烷氧化和固氮。
在一个实施方案中，蛋白质表达测定与本文所述的方法一起用于确定一种或多种第二标记的表达水平(图1，1004，图2，2004)。例如，在一个实施方案中，利用质谱法或免疫测定法如酶联免疫吸附测定法(ELISA)来定量一种或多种独特第二标记的表达水平，其中所述一种或多种独特第二标记是蛋白质。
在一个实施方案中，使样品或其一部分经受溴脱氧尿苷(BrdU)并入以确定第二独特标记的水平(图1，1004；图2，2004)。BrdU(一种胸苷的合成核苷类似物)可并入新合成的复制细胞的DNA中。然后可使用对BRdU具有特异性的抗体来检测碱基类似物。因此，根据本文所述方法的一个实施方案，BrdU并入鉴定了活跃复制其DNA的细胞(微生物活性的一种量度)。BrdU并入可与FISH组合使用以提供靶向细胞的身份和活性。
在一个实施方案中，将样品或其一部分进行与FISH组合的显微放射自显影术(MAR)以确定第二独特标记的水平(图1，1004；图2，2004)。MAR-FISH是基于将放射性底物并入细胞中、使用放射自显影检测活性细胞和使用FISH鉴定细胞。用显微镜进行单细胞分辨率下的活性细胞的检测和鉴定。MAR-FISH提供关于总细胞、探针靶向的细胞和并入给定放射性标记物质的细胞的百分比的信息。所述方法提供靶向微生物的原位功能的评估并且是用于研究微生物的体内生理学的有效方法。一种被开发用于结合MAR-FISH定量细胞特异性底物摄取的技术被称为定量MAR(QMAR)。
在一个实施方案中，将样品或其一部分进行进行与FISH组合的稳定同位素拉曼光谱(拉曼-FISH)以确定第二独特标记的水平(图1，1004；图2，2004)。这种技术组合稳定同位素探测、拉曼光谱和FISH以将代谢过程与特定生物体联系起来。细胞的稳定同位素并入的比例影响光散射，从而导致标记的细胞组分(包括蛋白质和mRNA组分)的可测量的峰移位。拉曼光谱可用于鉴定细胞是否合成化合物，包括但不限于：油(如烷烃)、脂质(如三酰基甘油(TAG))、特定蛋白质(如血红素蛋白、金属蛋白)、细胞色素(如P450，细胞色素c)、叶绿素、发色团(如用于集光类胡萝卜素和视紫红质的色素)、有机聚合物(如聚羟基链烷酸酯(PHA)、聚羟基丁酸酯(PHB))、藿烷类、类固醇、淀粉、硫化物、硫酸酯和次级代谢产物(如维生素B12)。
在一个实施方案中，对样品或其一部分进行DNA/RNA稳定同位素探测(SIP)以确定第二独特标记的水平(图1，1004；图2，2004)。SIP能够确定与特定代谢途径相关的微生物多样性，并且通常用于研究涉及碳和氮化合物利用的微生物。将目标底物用稳定同位素(如13C或15N)标记并添加到样品中。仅能够代谢底物的微生物将其并入它们的细胞中。随后，13C-DNA和15N-DNA可通过密度梯度离心分离并用于宏基因组分析。基于RNA的SIP可以是用于SIP研究的响应性生物标记，因为RNA本身是细胞活性的反映。
在一个实施方案中，使样品或其一部分经受同位素阵列以确定第二独特标记的水平(图1，1004；图2，2004)。同位素阵列允许以高通量方式对活性微生物群落进行功能和系统发生筛选。所述技术使用SIP的组合来监测底物摄取概况和微阵列技术来确定活性微生物群落的分类身份。将样品与14C标记的底物一起孵育，所述底物在生长过程期间变得并入微生物生物质中。将14C标记的rRNA与未标记的rRNA分离且然后用荧光染料标记。将荧光标记的rRNA与系统发生微阵列杂交，然后扫描放射性和荧光信号。因此，所述技术允许通过复杂微生物群落的代谢活性微生物同时研究微生物群落组成和特定底物消耗。
在一个实施方案中，对样品或其一部分进行代谢组学测定以确定第二独特标记的水平(图1，1004；图2，2004)。代谢组学研究代谢组，其代表生物细胞、组织、器官或生物体中的所有代谢物、细胞过程的最终产物的集合。所述方法可用于监测微生物和/或微生物介导的过程的存在，因为它允许将特定代谢物概况与不同的微生物相关联。可使用诸如气相色谱-质谱(GC-MS)的技术获得与微生物活性相关的细胞内和细胞外代谢物的概况。代谢组学样品的复杂混合物可通过诸如气相色谱、高效液相色谱和毛细管电泳的技术分离。代谢物的检测可通过质谱、核磁共振(NMR)光谱、离子迁移谱、电化学检测(与HPLC结合)和放射性标记(当与薄层色谱组合时)进行。
根据本文描述的实施方案，确定样品中一种或多种活性微生物菌株的存在和相应数量(图1，1006；图2，2006)。例如，对从测定第一标记的数量和存在获得的菌株身份信息进行分析，以确定存在独特第一标记的出现次数，从而代表独特的微生物菌株(例如，通过计数测序测定中的序列读数的数量)。这一值可在一个实施方案中表示为第一标记的总序列读数的百分比，以给出特定微生物类型的独特微生物菌株的百分比。在另一实施方案中，将此百分比乘以微生物类型的数量(在步骤1002或2002获得，参见图1和图2)以给出样品和给定体积中一种或多种微生物菌株的绝对丰度。
如果阈值水平的第二独特标记表达的水平高于阈值，例如，与对照水平相比高至少约5％、至少约10％、至少约20％或至少约30％，则如上所述，所述一种或多种微生物菌株被认为是活性的。
在本发明的另一个方面，在多个样品中测定用于确定一种或多种微生物菌株的绝对丰度的方法(图2，特别是参见，2007)。对于被分类为活性的微生物菌株，其仅需要在样品中的一个中有活性。所述样品可从同一来源在多个时间点内取得，或者可来自不同的环境来源(例如，不同的动物)。
在一个实施方案中，使用样品上的绝对丰度值来将一种或多种活性微生物菌株与环境参数相关联(图2，2008)。在一个实施方案中，环境参数是第二活性微生物菌株的存在。在一个实施方案中，通过相关性或通过网络分析确定菌株和参数的共现来进行将一种或多种活性微生物菌株与环境参数相关联。
在一个实施方案中，确定一种或多种活性微生物菌株与环境参数的共现包括网络和/或聚类分析方法，以测量菌株或菌株与网络内的环境参数的连通性，其中所述网络是共享共同或类似环境参数的两种或更多种样品的集合。在另一个实施方案中，网络和/或聚类分析方法可应用于确定样品中的两种或更多种活性微生物菌株的共现(图2，2008)。在另一个实施方案中，网络分析包括非参数方法，包括用于在变量之间建立连通性的交互信息。在另一个实施方案中，网络分析包括链接分析、模块性分析、稳健性度量、中间性度量、连通性度量、传递性度量、中心性度量或其组合(图2，2009)。在另一个实施方案中，聚类分析方法包括构建连通性模型、子空间模型、分布模型、密度模型或质心模型和/或使用群落检测算法，如Louvain、Bron-Kerbosch、Girvan-Newman、Clauset-Newman-Moore、Pons-Latapy以及Wakita-Tsurumi算法(图2，2010)。
在一个实施方案中，聚类分析方法是基于模块性优化的启发性方法。在另一实施方案中，聚类分析方法是Louvain方法。参见，例如，由Blondel等人(2008).Fast unfoldingof communities in large networks.Journal of Statistical Mechanics:Theory andExperiment,第2008卷,2008年10月所描述的方法，其出于所有目的以引用的方式整体并入本文。
在另一个实施方案中，网络分析包括通过链接挖掘和预测、集体分类、基于链接的聚类、关系相似性或其组合的网络预测建模。在另一个实施方案中，网络分析包括基于微分方程的群体建模。在另一个实施方案中，网络分析包括Lotka-Volterra建模。
在一个实施方案中，将样品中的一种或多种活性微生物菌株与环境参数相关联(例如，确定共现)包括创建填充有表示环境参数和微生物菌株关联的链接的矩阵。
在一个实施方案中，对在步骤2007获得的多个样品数据进行编译(例如，在两种或更多种样品上，所述样品可在两个或更多个时间点收集，其中每个时间点对应于单独样品)。在另一实施方案中，将每个样品中的一种或多种微生物菌株中的每一种的细胞数量存储在关联矩阵中(其在一些实施方案中可以是丰度矩阵)。在一个实施方案中，关联矩阵用于使用通过关联(例如，丰度)数据加权的规则挖掘方法来鉴定特定时间点样品中的活性微生物菌株之间的关联。在一个实施方案中应用过滤器以删除不重要的规则。
在一个实施方案中，将一种或多种或两种或更多种活性微生物菌株的绝对丰度例如通过共现确定与一种或多种环境参数相关联(图2，2008)。用户根据待分析的一种或多种样品选择环境参数，并且不受本文所述方法的限制。环境参数可以是样品本身的参数，例如，pH、温度、样品中蛋白质的量。或者，环境参数是影响微生物群落的身份变化的参数(即，其中微生物群落的“身份”通过微生物菌株的类型和/或群落中特定微生物菌株的数量进行表征)，或受微生物群落的身份变化的影响。例如，在一个实施方案中，环境参数是动物的食物摄入量或家禽的产蛋量。在一个实施方案中，环境参数是存在于同一样品中的微生物群落中的第二微生物菌株的存在、活性和/或丰度。
在本文描述的一些实施方案中，环境参数被称为元数据参数。
元数据参数的其他实例包括但不限于来自获得样品的宿主的遗传信息(例如，DNA突变信息)、样品pH、样品温度、特定蛋白质或mRNA的表达、营养条件(例如，周围环境/生态系统的一种或多种营养素的水平和/或身份)、对疾病的易感性或抗性、疾病的发生或进展、样品对毒素的易感性或抗性、异型生物质化合物(药物)的功效、天然产物的生物合成或其组合。
例如，根据一个实施方案，根据图2(即，2001-2007)的方法计算多个样品上的微生物菌株数量变化。对一种或多种活性菌株随时间推移的菌株数量变化进行编译(例如，根据步骤2006最初被鉴定为活性的一种或多种菌株)，并注意变化的方向性(即，负值表示减少，正值表示增加)。将随时间推移的细胞数量表示为网络，其中微生物菌株代表节点，并且丰度加权规则代表边缘。利用马尔可夫链和随机游走来确定节点之间的连通性并定义集群。使用元数据过滤一个实施方案中的集群，以便鉴定与期望的元数据相关联的集群(图2，2008)。
在另一个实施方案中，通过整合随时间推移的细胞数量变化和靶集群中存在的菌株，根据重要性对微生物菌株进行排序，其中细胞数的最高变化排序最高。
在一个实施方案中，网络和/或聚类分析方法用于测量网络内的一种或多种菌株的连通性，其中网络是共享共同或类似环境参数的两个或更多个样品的集合。在一个实施方案中，网络分析包括链接分析、模块性分析、稳健性度量、中间性度量、连通性度量、传递性度量、中心性度量或其组合。在另一个实施方案中，网络分析包括通过链接挖掘和预测、社会网络理论、集体分类、基于链接的聚类、关系相似性或其组合的网络预测建模。在另一个实施方案中，网络分析包括基于微分方程的群体建模。在另一个实施方案中，网络分析包括Lotka-Volterra建模。
聚类分析方法包括构建连通性模型、子空间模型、分布模型、密度模型或质心模型。
例如，用于执行图2的方法步骤2008的基于网络和集群的分析可通过模块进行。如本文所用，模块可以是例如任何组件、指令和/或一组可操作地耦合的电子组件，并且可包括例如存储器、处理器、电迹线、光学连接器、软件(在硬件中执行)和/或类似物。
网络分析
在一个实施方案中，网络和/或聚类分析方法用于测量网络内的一种或多种菌株的连通性，其中网络是共享共同或类似环境参数的两个或更多个样品的集合。在一个实施方案中，网络分析包括链接分析、模块性分析、稳健性度量、中间性度量、连通性度量、传递性度量、中心性度量或其组合。在另一个实施方案中，网络分析包括通过链接挖掘和预测、社会网络理论、集体分类、基于链接的聚类、关系相似性或其组合的网络预测建模。在另一个实施方案中，网络分析包括交互信息、最大信息系数(MIC)计算或变量之间的其他非参数方法以建立连通性。在另一个实施方案中，网络分析包括基于微分方程的群体建模。在另一个实施方案中，网络分析包括Lotka-Volterra建模。
环境参数可以是样品本身的参数，例如，pH、温度、样品中蛋白质的量。或者，环境参数是影响微生物群落的身份变化的参数(即，其中微生物群落的“身份”通过微生物菌株的类型和/或群落中特定微生物菌株的数量进行表征)，或受微生物群落的身份变化的影响。例如，在一个实施方案中，环境参数是动物的食物摄入量或产蛋量。在一个实施方案中，环境参数是存在于同一样品中的微生物群落中的第二微生物菌株的存在、活性和/或丰度。在一些实施方案中，环境参数被称为元数据参数。
元数据参数的其他实例包括但不限于来自获得样品的宿主的遗传信息(例如，DNA突变信息)、样品pH、样品温度、特定蛋白质或mRNA的表达、营养条件(例如，周围环境/生态系统的一种或多种营养素的水平和/或身份)、对疾病的易感性或抗性、疾病的发生或进展、样品对毒素的易感性或抗性、异型生物质化合物(药物)的功效、天然产物的生物合成或其组合。
家禽病原体抗性和清除率
在一些方面，本公开涉及将本文所述的一种或多种微生物组合物施用至家禽以清除胃肠道的病原微生物。在一些实施方案中，本公开进一步涉及施用本文所述的微生物组合物以防止胃肠道中病原微生物的定殖。在一些实施方案中，本文所述的微生物组合物的施用进一步清除来自家禽的外皮和呼吸道的病原体，和/或防止外皮上和呼吸道中的病原体的定殖。在一些实施方案中，本文所述的微生物组合物的施用降低肠漏症/肠道渗透性、炎症和/或肝脏疾病的发生率。
在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含以小于15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％或0.01％的相对丰度存在于家禽的胃肠道中的一种或多种微生物。
在一些实施方案中，在施用本公开的微生物组合物之后，所述一种或多种微生物以至少0.5％、1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的相对丰度存在于家禽的胃肠道中。
家禽的病原微生物包括以下：鸡毒支原体、火鸡支原体、滑液囊支原体、产气荚膜梭菌、鹑梭菌、肉毒梭菌、伤寒沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、肠道沙门氏菌、鸡白痢沙门氏菌、鸡沙门氏菌、禽嗜血杆菌、猪丹毒杆菌、空肠弯曲杆菌、大肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、单核细胞增多性李斯特氏菌、布氏弓形杆菌、鸟型结核分支杆菌以及大肠埃希氏菌和金黄色葡萄球菌的致病菌株。在一些实施方案中，病原微生物包括病毒病原体。在一些实施方案中，病原微生物对家禽和人都是病原性的。在一些实施方案中，病原微生物对家禽或人都是病原性的。
在一些实施方案中，向家禽施用本公开的组合物调节胃肠微生物组的构成，以使得所施用的微生物胜过胃肠道中存在的微生物病原体。在一些实施方案中，向具有微生物病原体的家禽施用本公开的组合物胜过所述病原体并清除家禽的病原体。在一些实施方案中，本公开的组合物的施用刺激宿主免疫，并有助于清除微生物病原体。在一些实施方案中，本公开的组合物的施用引入产生抑菌和/或杀菌组分的微生物，所述组分减少或清除家禽的微生物病原体。在一些实施方案中，本公开的组合物的施用引入调节胃肠道的pH、营养物可用性、矿物质组成和/或维生素组成的微生物。在一些实施方案中，本公开的组合物的施用引入增加胃肠pH的微生物，从而产生病原体生长的抑制。在一些实施方案中，本公开的组合物的施用引入降低胃肠pH的微生物，从而产生病原体生长的抑制。
在一些实施方案中，在施用本公开的一种或多种组合物后，用微生物定殖者或微生物病原体激发家禽可防止微生物定殖者或微生物病原体生长至大于15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％或0.01％的相对丰度。在其他实施方案中，在施用本公开的一种或多种组合物后，用微生物定殖者或微生物病原体激发家禽可防止微生物定殖者或微生物病原体定殖家禽。
在一些实施方案中，微生物定殖者或微生物病原体的清除在施用本公开的一种或多种组合物后少于25天、少于24天、少于23天、少于22天、少于21天、少于20天、少于19天、少于18天、少于17天、少于16天、少于15天、少于14天、少于13天、少于12天、少于11天、少于10天、少于9天、少于8天、少于7天、少于6天、少于5天、少于4天、少于3天或少于2天内发生。
在一些实施方案中，微生物定殖者或微生物病原体的清除在施用本公开的一种或多种组合物后1-30天、1-25天、1-20天、1-15天、1-10天、1-5天、5-30天、5-25天、5-20天、5-15天、5-10天、10-30天、10-25天、10-20天、10-15天、15-30天、15-25天、15-20天、20-30天、20-25天或25-30天内发生。
改善的形状
在一些方面，本公开涉及向家禽施用本文所述的微生物组合物以通过调节体重、肌肉组织、肉质特性、蛋量、蛋重、蛋体积、蛋品质、蛋壳密度、消化化学、饲料利用和消化效率、粪便排出量、甲烷产量、整体鸟类健康、病原微生物定殖的预防和病原微生物的清除的方面来改善一种或多种性状。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开的组合物的动物，蛋量的增加是至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个蛋的增加。在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开的组合物的动物，蛋量的增加是少于2、3、4、5、6、7、8、9或10个蛋的增加。在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的动物，蛋量的增加是至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、110％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％或200％的增加。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的动物，蛋体积的增加是至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的增加。在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的动物，蛋体积的增加是少于5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的增加。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的动物，粪便排出量被降低至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％。在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的动物，粪便排出量被降低少于1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的禽类，已经施用本公开的组合物的禽类表现出至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的重量增加。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的禽类，已经施用本公开的组合物的禽类表现出至少约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的重量增加。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的禽类，已经施用本公开的组合物的禽类表现出至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的饲料转化率下降。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的禽类，已经施用本公开的组合物的禽类表现出至少约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的饲料转化率下降。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的禽类，已经施用本公开的组合物的禽类表现出至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的胃肠道中引起坏死性肠炎的细菌数量的减少。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的禽类，已经施用本公开的组合物的禽类表现出至少约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的胃肠道中引起坏死性肠炎的细菌数量的减少。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的禽类，已经施用本公开的组合物的禽类表现出至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的胃肠道中病原菌数量的减少。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开组合物的禽类，已经施用本公开的组合物的禽类表现出至少约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的胃肠道中病原菌数量的减少。
在一些实施方案中，需要改善由家禽产生的蛋，其中所述蛋包含甘油三酯、三酰基甘油酯、二酰基甘油酯、单酰基甘油酯、磷脂、胆固醇、糖脂和游离脂肪酸。在其他实施方案中，游离脂肪酸包括短链脂肪酸(即C4:0、C6:0和C8:0)、中链脂肪酸(即，C10:0、C10:1、C12:0、C14:0、C14:1和C15:0)和长链脂肪酸(即，C16:0、C16:1、C17:0、C17:1、C18:0、C18:1、C18:2、C18:3以及C20:0)。
在一些实施方案中，需要提高由家禽产生的蛋中维生素的量。在蛋中发现的维生素包括B1、B2、B3、B5、B6、B12、胆碱、生物素和叶酸。
在一些实施方案中，需要提高由家禽产生的蛋中矿物质的量。在蛋中发现的矿物质包括磷、碘、硒和钙。在蛋中可发现痕量的以下各项：钡、铜、铁、锰、镍、铅、硒、锶、钒、硒、铷以及锌。
在一些实施方案中，希望提高或降低钙、磷、镁、甘油三酯、胆固醇和糖类的鸡血清水平。这些血清组分的调节影响蛋性状，如厚度、孔隙度、密度、营养含量、所希望的味道、脂肪含量、胆固醇含量和着色。
在一些实施方案中，希望提高动物饲料的效率和消化率。在一些实施方案中，希望增加来自动物饲料的木质纤维素组分的降解。木质纤维素组分包括木质素、纤维素和半纤维素。
在一些实施方案中，希望增加胃肠道中脂肪酸的浓度。脂肪酸包括乙酸、丙酸和丁酸。在一些实施方案中，希望维持胃肠道中的pH平衡以防止有益微生物聚生体的破坏。在一些实施方案中，希望增加胃肠道中乳酸的浓度。乳酸降低周围环境的pH，包括可破坏微生物质子动力的细胞内pH。乳酸还可使革兰氏阴性细菌的外膜透化，以使得它们表现出对抗微生物剂的易感性增加。
在一些实施方案中，希望减少由家禽产生的甲烷和粪肥的量。
在一些实施方案中，希望产生的总粪肥量的减少。在其他实施方案中，希望所产生的总粪肥中磷和/或氮的总量减少。
在一些实施方案中，希望改善采食量。在一些实施方案中，希望提高由家禽摄取的饲料和/或干物质的氮利用效率。
在一些实施方案中，本公开的改善的性状是施用当前描述的微生物组合物的结果。据认为，所述微生物组合物调节家禽的微生物组，以使得胃肠道的一种或多种元素的生物化学以与尚未施用本公开的微生物组合物的家禽的胃肠道相比，胃肠液体和固体基质更有效且更完全地降解成子组分和代谢物的这样一种方式改变。
在一些实施方案中，效率的提高和胃肠基质的降解的增加产生本公开的改善的性状的增加。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开的一种或多种微生物组合物的动物，本公开的任何一种或多种性状的增加是约0.1％、约0.2％、约0.3％、约0.4％、约0.5％、约0.6％、约0.7％、约0.8％、约0.9％、约1％、约2％、约3％、约4％、约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％、约20％、约21％、约22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约33％、约34％、约35％、约36％、约37％、约38％、约39％、约40％、约41％、约42％、约43％、约44％、约45％、约46％、约47％、约48％、约49％、约50％、约51％、约52％、约53％、约54％、约55％、约56％、约57％、约58％、约59％、约60％、约61％、约62％、约63％、约64％、约65％、约66％、约67％、约68％、约69％、约70％、约71％、约72％、约73％、约74％、约75％、约76％、约77％、约78％、约79％、约80％、约81％、约82％、约83％、约84％、约85％、约86％、约87％、约88％、约89％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或约100％的增加。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开的一种或多种微生物组合物的动物，本公开的任何一种或多种性状的增加是至少0.1％、至少0.2％、至少0.3％、至少0.4％、至少0.5％、至少0.6％、至少0.7％、至少0.8％、至少0.9％、至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％、至少20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的增加。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开的一种或多种微生物组合物的动物，本公开的任何一种或多种性状的减少是约0.1％、约0.2％、约0.3％、约0.4％、约0.5％、约0.6％、约0.7％、约0.8％、约0.9％、约1％、约2％、约3％、约4％、约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％、约20％、约21％、约22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约33％、约34％、约35％、约36％、约37％、约38％、约39％、约40％、约41％、约42％、约43％、约44％、约45％、约46％、约47％、约48％、约49％、约50％、约51％、约52％、约53％、约54％、约55％、约56％、约57％、约58％、约59％、约60％、约61％、约62％、约63％、约64％、约65％、约66％、约67％、约68％、约69％、约70％、约71％、约72％、约73％、约74％、约75％、约76％、约77％、约78％、约79％、约80％、约81％、约82％、约83％、约84％、约85％、约86％、约87％、约88％、约89％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或约100％的减少。
在一些实施方案中，相对于尚未施用本公开的一种或多种微生物组合物的动物，本公开的任何一种或多种性状的减少是至少0.1％、至少0.2％、至少0.3％、至少0.4％、至少0.5％、至少0.6％、至少0.7％、至少0.8％、至少0.9％、至少1％、至少2％、至少3％、至少4％、至少5％、至少6％、至少7％、至少8％、至少9％、至少10％、至少11％、至少12％、至少13％、至少14％、至少15％、至少16％、至少17％、至少18％、至少19％、至少20％、至少21％、至少22％、至少23％、至少24％、至少25％、至少26％、至少27％、至少28％、至少29％、至少30％、至少31％、至少32％、至少33％、至少34％、至少35％、至少36％、至少37％、至少38％、至少39％、至少40％、至少41％、至少42％、至少43％、至少44％、至少45％、至少46％、至少47％、至少48％、至少49％、至少50％、至少51％、至少52％、至少53％、至少54％、至少55％、至少56％、至少57％、至少58％、至少59％、至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或至少100％的减少。
作用模式：胃肠健康改善和竞争性排除
胃肠道微生物组对肉鸡健康的影响是众所周知的(Roberts,2015；Yeoman,2012；Lee(展示)；Oakley,2014)—健康的肠道系统将改善商业农场环境中鸟类的总体福祉和表现。尽管在这个错综而复杂的系统中单独物种的确切作用和机制仍然很大程度上未知，但已经研究了微生物对宿主健康和表现的总体有益作用。目前的代谢知识和作用机制总结如下。参见图14.(Pourabedin和Zhao.2015.FEMS Microbiol.Lett.362:fnv122)。图14描述了一系列相互作用，所述相互作用均受具有均衡的共生微生物群体并具有足够的益生元组合物供应的胃肠道组成的调节。例如，共生细菌是(1)产生抗菌化合物以与包括病原体在内的其他生物体竞争，(2)产生参与代谢调节和能量使用的简单脂肪酸，(3)与淋巴细胞和抗原呈递细胞一起免疫调节局部免疫应答等。
总体营养和肠道健康
在肉鸡的胃肠道中增加有益分子(包括短链脂肪酸和其他有机酸)的浓度可改善 鸟类表现。
特别是微生物短链脂肪酸产生被鸟类吸收并代谢，并且可提供鸟类维持能量的每日需要的5％至15％(Chichlowski,2007；Annison,1968；Gasaway,1976ab)。先前研究表明，补充丁酸盐可在每天给予鸟类时提高总体重增加和饲料转化，并且补充任何有机酸(包括富马酸和乳酸)可提高鸟类体重增加(Levy,2015；Gilliland,1977；Afil,2010)。Levy,等人(2015)表明随着包封的丁酸水平增加，体重增加和饲料转化的改善呈线性增加。丁酸盐还可增强绒毛发育(Chamba，2014)、激活免疫反应，并且也可具有直接杀菌作用(Gantois，2006)。
改善胃肠道的发育，增强绒毛生长，并且刺激免疫系统。
向鸟类饮食中补充丁酸盐和其他有机酸已被证明增强绒毛发育并刺激免疫系统(Chamba,2014；Adil 2010；Adil 2011)。
改善饮食的表观代谢能
各种微生物的发酵可将碳水化合物转化为各种最终产物。由这些微生物产生的大多数短链脂肪酸被鸟类吸收并利用(Rinttila,2013；Annison,1968；Gasaway,1976ab)。包括维生素B和K在内的维生素的合成也由微生物进行(Cummings，1997)。
竞争性排除
细菌素产生
胃肠道内的微生物通过产生各种抗微生物化学物质而自我调控。例如，细菌素通常由乳酸微生物产生，并且可防止病原体的定殖(Chen,2007；Juven 1990)。短链脂肪酸已被证明可影响并抑制肠道细菌，包括鼠伤寒沙门氏菌，但不抑制有益的天然微生物(Vander Wielen等人，2000)。丙酸、丁酸、乙酸盐也被证明可抑制病原菌(Marounek,1999；Vander Wielen,2000；Immerseei,2003)。
营养素/结合位点的竞争性使用
出生后不久，将鸟类首先接种微生物。随着鸟类不断发育，微生物组定殖并自我建立，最终创建稳定的生态系统，所述生态系统容纳占据所有生态位并利用所有可用营养素的生物体(Callaway，2008)。这种广阔、稳定的群落可防止病原体定殖。
创建不利于病原体生长的环境
驻留在肠道内的微生物降低肠道内的氧化还原电位，从而创建适合于专性厌氧菌繁殖的环境(Cummings,1997；Chicklowki,20017；Juven 1990)。乳酸和其他短链脂肪酸的产生降低胃肠环境的pH，从而使病原体更难以定殖和生长(Pourabedin，2015)。天然微生物也被证明可中和肠毒素(M'Sadeq，2015)。
实施例
实施例I.肉鸡中与提高的饲料效率相关的微生物组合物(ASC-15-1I期和II期)
此研究的目的是利用Ascus Biosciences技术来利用交互信息对驻留在肉鸡胃肠道中的与提高饲料效率相关的微生物菌株的重要性进行排序。对于每个样品，测定并整合每种微生物类型的存在和数量(细胞计数)，以产生所述样品中存在的每种微生物菌株的绝对细胞计数。鉴定活性菌株，并从随后的分析中除去所有无活性菌株。然后确定所有活性微生物的最大信息系数(MIC)以及每只鸡的相关表现元数据。合并结果以创建所有关系及其相应MIC评分的列表。如果关系评分低于给定阈值，则所述关系被鉴定为不相关。如果所述关系高于给定阈值，则将所述关系鉴定为相关，并进一步进行网络分析以鉴定最佳影响所希望的生理和表现特征的菌株。在此实施例中，这种方法用于鉴定提高饲料效率/降低饲料转化率的微生物。
I期包括在21个研究日内使用216只Cobb 500肉鸡，并在第0、14、15、16、17、18、19、20和21天进行动作/事件(图3)。II期包括在21个研究日内使用216只Ross 708肉鸡，并在第0、14、15、16、17、18、19、20和21天进行动作/事件(图4)。Cobb 500和Ross 708商业生产肉鸡都是雄性，并且在收到后为约1日龄(第0天)；Cobb 500鸡来自Siloam Springs North，并且Ross 708鸡来自Siloam Springs North。将鸡分成两个主要组，在第0天使用120只并标记且放入地板栏中，并在第14天使用96只并将其置于单独的笼中。
I期和II期使用测试物品I，球虫抑制剂(Sacox 60)；批号/有效期：JSB443/2017年8月，其由Huvepharma Inc.制造。球虫抑制剂可以60g/lb的浓度商购获得，包含水平为50g/吨，并储存在安全且温度监测的干燥区域中。施用方法是通过21天持续时间内的完全饲料(起始)。在完全饲料中随意施用球虫抑制剂。
I期使用来自Nutra Blend,LLC的饲料添加剂I，植酸酶2500；批号：06115A07。植酸酶2500可以2,500FTU/g的浓度商购获得，包含水平为0.02％，并储存在安全且温度监测的干燥区域中。施用方法是通过21天持续时间内的完全饲料。在完全饲料中随意施用植酸酶2500。
起始基础饮食在Colorado Quality Research,Inc制造。(CQR)饲料厂使用标准CQR配制的肉鸡饮食代表商业肉鸡饮食(工业标准平均值)。使用500磅容量的立式混合器、4,000磅容量的立式混合器或14,000磅水平混合器和California Pellet Mill系统在CQR进行基础和处理饮食混合、造粒和粉碎。每次处理混合大约342磅饲料。将饲料储存在50磅容量的饲料袋和/或标记有处理身份的大容量储存箱中，并进一步用颜色代码鉴定。
将基础饲料和处理饮食一式两份(约300g样品大小)取样。将基础和每种处理饮食的一个样品提交给负责人以进行测定，并且由CQR保留一个样品直到研究结束。所有样品均标记有CQR项目编号、处理编号、样品描述和收集日期。
实验设计
测试组
在放置后，基于品种和饮食处理将小鸡放入围栏中。所述研究分为两个阶段，即上述I期和II期。所述阶段相隔两周。通过0-14D处理将鸡置于地板栏中。对于每个阶段，将测试设施分成1组2个围栏和48组各自2个单独的笼子。使用完整随机化区组设计将处理分配给围栏/笼子；在整个研究期间，围栏/笼子保留它们的处理。通过数字代码鉴定出来。根据CQR标准操作程序B-10随机将鸡分配到笼/围栏中。如表12中所描绘来设计特定处理组
表12：I期和II期的实验设计处理，处理I和II。
Figure BDA0001905888290001261
圈养
使用计算机程序进行对笼子/围栏的处理分配。计算机生成的分配是如下：鸡圈养在由坚固的塑料(4’高)和干净的垫料构成的大型混凝土地板围栏(尺寸4’x8’)中的环境控制设施中(参见图5)。在第14天，将96只鸡移入同一环境控制设施内的笼子中。每个笼子都是24”x18”x24”(参见图6)照明是通过白炽灯并使用商业照明程序。每24小时周期的连续光照时间是如下表13中。
表13：用于白炽灯鸡照明的照明编程
Figure BDA0001905888290001271
鸡的环境条件(即，在围栏中0.53ft2、温度、照明、喂食器和水空间)对于所有处理组相似。为了防止鸡迁移，检查每个围栏以确保在高度约14英寸的围栏之间没有大于1英寸的开口。
疫苗接种
在孵化场为鸡接种Mareks。在研究第0天通过喷雾施加对鸡进行新城疫和传染性支气管炎疫苗接种。在研究期间，除了实验设计中的那些之外，没有其他疫苗接种。用研究记录保持疫苗接种记录(疫苗来源、类型、批号和有效期)。未使用除本文公开的那些之外的疫苗接种或药物。
水
在整个研究期间随意提供水。地板围栏水通过自动钟形饮水器。层架式笼水通过一个乳头饮水器。每天检查饮水器两次并根据需要进行清洁，以确保始终为鸡提供清洁水。
饲料
在整个研究期间随意提供饲料。地板围栏饲料是通过悬挂的约17英寸直径的管式进料器。笼子饲料是通过一个9”x4”的进料槽。将雏鸡喂食器托盘放置在每个地板围栏中持续大约前4天。
每日观察结果
每天针对总体群状况、照明、水、饲料、通风和意外事件至少两次观察测试设施、围栏和鸡。每天记录一次测试设施的最低-最高温度。
死亡率和宰杀率
从研究第0天开始，任何被发现死亡的鸡都被移除。将不能接触饲料或水的鸡处死并进行尸检。在围栏死亡率记录中记录了可能的死亡原因和尸检结果的鉴定。
体重和饲料摄入量
每天单独称重约96只鸡(第14-21天)。将每个笼中剩余的饲料称重并从第14-21天每天记录。每天测定每个笼子的饲料摄入量。
重量增加和饲料转化
从第14-21天确定基于笼子的体重增加和基于处理的平均体重增加。使用笼子的总饲料消耗量除以鸡重量来计算14-21天时间段的每天和总体的饲料转化率。通过将来自处理内的每个笼子的单独饲料转化率平均化来确定14-21天时间段的平均处理饲料转化率。
排泄物和消化物收集
在第15、18和21天，通过笼收集在24小时内产生的排泄物，合并并干燥以用弹式量热法测量总能量值。针对总能量测量第14天饲料的总能量以确定表观代谢能(AME)。在第21天，通过颈椎脱臼对每只鸡实施安乐死，以使用所描述的程序(每只鸡之间更换手套)收集以下：
随机选择25％的鸡：
对于每个位置将2个等分试样分成1.5ml管：盲肠、小肠(任何地方)、砂囊和嗉囊(包括粘膜刮屑)。一个等分试样含有150μl终止溶液(5％苯酚和95％乙醇)以浸没样品。第二等分试样不含终止溶液，并在4℃下储存以便运输。
立即将一个盲肠的内容物置于预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。
将第二盲肠的内容物置于空1.5-ml管中。
立即将小肠的内容物分开并将一半置于预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。将另一半置于空1.5-ml管中。
将砂囊从胃肠道中切除，用镊子取出内容物，将内容物分开，并将一半置于预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。将另一半置于空1.5-ml管中。
将嗉囊从胃肠道中切除，用镊子取出内容物/刮掉粘膜衬里，并将一半置于预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。将另一半置于空1.5ml管中。
对于剩余的鸡：
立即将一个盲肠的内容物放入预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。
立即将小肠的内容物放入预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。
将砂囊从胃肠道中切除，用镊子取出内容物，并置于预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。
将嗉囊从胃肠道中切除，用镊子取出内容物/刮掉粘膜衬里，并置于预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。
将所有样品储存在4℃直到装运。
兽医护理、干预和安乐死
从研究中移除发展显著并发疾病的动物，所述动物受伤和/或其病状可能影响研究结果，并在进行测定时实施安乐死。在激发后6天，移除笼中的所有鸡并对损伤进行评分。
用于称重饲料和饲料添加剂的秤由科罗拉多州许可和/或认证。在每次使用时，根据CQR标准操作程序使用标准砝码检查秤。
处置
饲料
对所有饮食进行了核算。记录混合、使用和丢弃的量。未使用的饲料通过报废和/或放入垃圾箱中进行处置，以便商业运输到当地的垃圾填埋场进行埋葬。处置记录在研究记录中。
测试动物
对于接受研究的鸡进行了核算。在研究期间和研究结束时死亡和处死的鸡的处置在研究结束时被丢弃到垃圾填埋场。处理文件与研究记录一起提供。来自本研究招募的动物的食品没有进入人类食物链。
收集的数据(I期)
平均鸡重量(第14-21天)(表14)
按处理总结的每日鸡表现(第14-21天)(图7)
收集的数据(II期)
平均鸡重量(第14-21天)(表15)
死亡率和去除重量(第14-21天)(表16)
按处理总结的每日鸡表现(第14-21天)(图8)
表14：1期，Cobb 500表现
Figure BDA0001905888290001311
表15：II期，Ross 708表现708
Figure BDA0001905888290001312
表16：II期(第14-21天)的死亡率和去除重量
Figure BDA0001905888290001313
GI样品制备和测序：在收集后，将胃肠(GI)样品在摇摆式吊桶离心机中以4,000rpm在4℃下离心20分钟。倾析上清液，并将每份胃肠内容物样品(1-2mg)的等分试样添加至预填充有0.1mm玻璃珠粒的无菌1.7mL管中。收集第二等分试样并储存在空的无菌1.7mL管中用于细胞计数。
将空管中的GI样品染色并通过流式细胞仪以定量每个样品中每种微生物类型的细胞数量。将具有玻璃珠粒的GI样品用珠粒打浆均质化以裂解微生物。从每个样品中提取并纯化DNA和RNA，并制备用于在Illumina Miseq上测序。使用配对末端化学对样品进行测序，在文库的每一端测序300个碱基对。
测序读段处理和数据分析：对测序读段进行质量调整和处理，以基于标记基因16SrDNA或ITS1和/或ITS2鉴定胃肠道中存在的细菌物种。将计数数据集和活动数据集与测序读段整合以确定胃肠微生物群落内活性微生物物种的绝对细胞数量。将肉鸡随时间推移的生产特征(包括饲料转化率、重量、死亡率和病变评分)与使用交互信息的实验过程中每个样品内活性微生物的分布相关联。
结果
本申请中使用的Ascus Biosciences技术的一个组成部分利用交互信息来对驻留在动物胃肠道中的天然微生物菌株对特定动物性状的重要性进行评级。计算所有微生物和所需动物性状的最大信息系数(MIC)评分。将关系关于0至1的评级评分，其中1表示微生物菌株与动物性状之间的强关系，并且0表示无关系。基于此评分的截断值用于定义关于特定性状的改善的有用和无用微生物。
计算生产特征之间的MIC，包括疾病指标，如病变评分，以及每种活性微生物的绝对丰度。通过MIC评分对微生物进行排序，并选择MIC评分最高的微生物作为最相关的靶物种。本公开的微生物的MIC评分在表1中列出。MIC评分越高，微生物赋予鸡的表现和GI健康改善的能力就越强。
实施例II.患有坏死性肠炎的肉鸡的微生物组成，利用产气荚膜梭菌激发模型
此研究的目的是确定当用不同水平的产气荚膜梭菌激发时，坏死性肠炎期间微生物组成的差异。更具体地，所述研究试图计算用病原体激发的肉鸡的胃肠道中的微生物的MIC评分。在这种情况下，计算生产特征之间的MIC评分，包括疾病指标，如病变评分，以及每种活性微生物的绝对丰度。具有最高MIC评分的微生物具有最大的能力来赋予肉鸡的肠道性能和胃肠健康的改善。
此研究在21个研究日内使用了160只Cobb 500肉鸡。Cobb 500商业生产肉鸡都是雄性，并且在收到后约为1日龄(第0天)；Cobb 500鸡来自Siloam Springs North。将鸡分成四次处理，每个围栏二十只鸡，并且每次处理两个围栏。
所述研究使用来自Nutra Blend，LLC的饲料添加剂植酸酶2500；批号：06115A07。出现的植酸酶2500可以2,500FTU/g的浓度商购获得，包含水平为0.02％，并储存在安全且温度监测的干燥区域中。施用方法通过21天持续时间内的饲料进行。
起始基础饮食在Colorado Quality Research,Inc制造。(CQR)饲料厂使用标准CQR配制的肉鸡饮食代表商业肉鸡饮食(工业标准平均值)无药物。使用500磅容量的立式混合器、4,000磅容量的立式混合器或14,000磅水平混合器和California Pellet Mill系统在CQR进行基础和起始饮食混合、造粒和粉碎。每次处理混合大约540磅饲料。将饲料储存在50磅容量的饲料袋和/或标记有处理身份的大容量储存箱中，并进一步用颜色代码鉴定。
将基础饲料和处理饮食一式两份(约300g样品大小)取样。将基础和每种处理饮食的一个样品提交给负责人以进行测定，并且由CQR保留一个样品直到研究结束。所有样品均标记有CQR项目编号、处理编号、样品描述和收集日期。
实验设计
测试组
将测试设施分成2组4个围栏。使用完全随机化的区组设计来将处理分配给围栏/笼子。根据CQR标准操作程序B-10将鸡随机分配到围栏中。如表18中所描绘来设计特定处理组。
表18：处理1-4的实验设计。
Figure BDA0001905888290001341
圈养
使用计算机程序进行对笼子/围栏的处理分配。计算机生成的分配如下表19中：
表19：对围栏的处理的计算机选择。
区组 处理1 处理2 处理3 处理4
B1 4 1 3 2
B2 7 5 8 6
将鸡圈养在木地板围栏的环境控制设施中(约4’x 4’减去2.25平方英尺用于喂食器空间)，从而提供约0.69英尺2/只鸡的占地面积和鸡密度，并且温度、照明、喂食器和水空间对于所有测试组是相似的(参见图9)。将鸡放入含有适当深度刨花的干净围栏中，以为雏鸡提供舒适的环境。如果它们在研究期间对于测试鸡的舒适条件来说变得太潮湿，则将额外的刨花添加到围栏中。照明是通过白炽灯进行的并且如在下表中所示使用商业照明程序。
表20：用于白炽灯照明的照明编程(从先前实施例的表11中复制)
Figure BDA0001905888290001351
为了防止鸡迁移和细菌从围栏到围栏扩散，每个围栏都有实心(塑料)分隔器，在围栏之间高度约为24英寸。
疫苗接种
在孵化场为鸡接种Mareks。在研究第0天通过喷雾施加在CQR对鸡进行新城疫和传染性支气管炎疫苗接种。在研究期间，除了实验设计中的那些之外，没有其他疫苗接种。用研究记录保持疫苗接种记录(疫苗来源、类型、批号和有效期)。未使用除本文公开的那些之外的疫苗接种或药物。
水
在整个研究期间通过每个围栏一个Plasson饮水器随意提供水。每天检查饮水器两次并根据需要进行清洁，以确保始终为鸡提供清洁水。
饲料
饲料被证实在整个研究期间通过每个围栏一个悬挂的约17英寸直径的管式喂食器随意提供。将雏鸡喂食器托盘放置在每个地板围栏中大约前4天。根据实验设计，在收到(第0天)后使鸡进行它们各自的处理饮食。将从第0天到研究结束时从围栏中添加和移除的饲料称重并记录。
每日观察结果
每天针对总体群状况、照明、水、饲料、通风和意外事件至少两次观察测试设施、围栏和鸡。如果在每日两次观察结果中发现任何异常情况或异常行为，则在研究记录中记录它们。每天记录一次测试设施的最低-最高温度。
围栏卡
每个围栏附有2张卡片。一张卡片鉴定围栏编号，并且第二张卡片将包括处理编号。
动物处理
将动物保持在理想的宜居条件下。以减少损伤和不必要的应力的这样一种方式处理动物。严格执行人道措施。
兽医护理、干预和安乐死
根据现场标准操作程序，由研究者或指定人员自行决定将发展与测试程序无关的临床上显著并发疾病的鸡从研究中移出并实施安乐死。此外，濒死或受伤的鸡也可在现场兽医或合格技术人员的授权下实施安乐死。记录任何退出原因。在死亡或因人道原因被移除并实施安乐死的动物中，将其记录在围栏的死亡率表中并进行尸检，并提交以记录移除的原因。如果认为必需安乐死，则通过颈椎脱臼使动物安乐死。
死亡率和宰杀率
从研究第0天开始，任何被发现死亡的鸡都被移除、称重并尸检。将不能接触饲料或水的鸡处死并进行尸检。在围栏死亡率记录中记录了重量和可能的死亡原因以及尸检结果。
体重和饲料摄入量
逐围栏并在大约在第14天和第21天对鸡进行称重。将每个笼中剩余的饲料称重并在第14和21研究日记录。计算第14-21天期间的饲料摄入量。
重量增加和饲料转化
总结了每个称重日的平均鸡重量(以围栏和个体为基础)。在研究第21天计算平均饲料转化率，使用围栏的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量。使用围栏中的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量和死亡或从所述围栏中移除的鸡的重量来计算调整的饲料转化率。
消化物收集
在第21天，通过颈椎脱臼对每只鸡实施安乐死，以使用所描述的程序收集以下，在每只鸡之间更换手套。
立即将一个盲肠的内容物置于预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。
立即将小肠的内容物放入预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。
将砂囊从胃肠道中切除，用镊子取出内容物，并置于预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。
将嗉囊从胃肠道中切除，用镊子取出内容物/刮掉粘膜衬里，并置于预填充有150μl终止溶液的1.5-ml管中。
将所有样品储存在4℃直到装运。
秤
用于称重饲料和饲料添加剂的秤由科罗拉多州许可和/或认证。在每次使用时，根据CQR标准操作程序使用标准砝码检查秤。
产气荚膜梭菌激发
施用方法
产气荚膜梭菌培养物获自Microbial Research，Inc。在此研究中施用产气荚膜梭菌(CL-15，A型，α和β2毒素)培养物通过饲料进行。来自每个围栏的喂食器的饲料用于与培养物混合。在将培养物置于围栏中之前，将处理饲料从鸡中取出大约4-8小时。对于鸡的每个围栏，基于肉汤的研究设计，将固定量的浓度为大约2.0-9.0X 108的培养物与固定量的饲料(约25g/只鸡)在喂食器托盘中混合，并对所有激发的围栏进行相同的处理。大多数培养物-饲料在1-2小时内消耗。因此，所有处理中的鸡都被相似地处理，未进行激发的组也在与激发组相同的时间段期间除去了饲料。
梭菌激发
产气荚膜梭菌培养物(CL-15)在约37℃下在含有淀粉的流体巯基乙酸盐培养基中生长约5小时。CL-15是来自科罗拉多州的肉鸡爆发的产气荚膜梭菌的野外菌株。每天制备并使用新鲜的肉汤培养物。对于鸡的每个围栏，将固定量的过夜肉汤培养物与喂食器托盘中的固定量的处理饲料混合(参见施用)。在最终报告中记录了培养物接种物的进料量、体积和定量以及给药天数，并且对所有的围栏进行相同处理。鸡接受产气荚膜梭菌培养物一天(第17天)。由Microbial Research,Inc对培养物进行定量，并且结果记录在最终报告中。该研究没有目标死亡率。
病变评分
在最后一次产气荚膜梭菌培养物施用后四天，从每个围栏中随机选择5只鸡(通过首先捕获的鸡)、处死并对肠坏死性肠炎进行评分。病变评分如下：
0＝正常没有NE病变，小肠具有正常弹性(在打开后回滚到正常位置)。
1＝轻度：小肠壁薄而松弛(打开时保持平坦，并且在打开后不会回滚到正常位置)；过量粘液覆盖粘膜。
2＝中等：肠壁明显变红和肿胀；肠粘膜少量溃疡和坏死；过量粘液。
3＝严重：广泛的小肠膜坏死和溃疡区域；显著出血；粘膜上的纤维蛋白和坏死碎片层(土耳其毛巾外观)。
4＝死亡或垂死：鸡可能会在24小时内死亡，并且NE病变评分为2或更大。
处置
过量测试物品
对本研究收到和使用的测试物品进行了核算。过量测试物品被处置或返还给负责人。提供了研究记录的文件。
饲料
对所有饮食进行了核算。记录混合、使用和丢弃的量。未使用的饲料通过报废和/或放入垃圾箱中进行处置，以便商业运输到当地的垃圾填埋场进行埋葬。处置记录在研究记录中。
测试动物
对于接受研究的鸡进行了核算。在研究期间和研究结束时死亡和处死的鸡的处置在研究结束时被丢弃到垃圾填埋场。处理文件与研究记录一起提供。来自本研究参与的动物的食品没有进入人类食物链。
收集的数据
跨越第0天至研究结束的Cobb 500雄性的死亡率和去除重量(表21)。
按处理总结的第14天的平均鸡重量和表现(表22)。
按处理总结的第21天的平均鸡重量和表现(表23)。
按处理总结的在第14-21天Cobb 500雄性的围栏重量和饲料转化(表24)。
按处理总结的Cobb 500雄性的第21天NE病变评分(表25)。
Figure BDA0001905888290001411
Figure BDA0001905888290001421
Figure BDA0001905888290001431
Figure BDA0001905888290001441
Figure BDA0001905888290001451
表25：按处理总结的Cobb 500雄性的第21天NE病变评分
Figure BDA0001905888290001461
Figure BDA0001905888290001471
GI样品制备和测序：在收集后，将胃肠(GI)样品在摇摆式吊桶离心机中以4,000rpm在4℃下离心20分钟。倾析上清液，并将每份胃肠内容物样品(1-2mg)的等分试样添加至预填充有0.1mm玻璃珠粒的无菌1.7mL管中。收集第二等分试样并储存在空的无菌1.7mL管中用于细胞计数。
将空管中的GI样品染色并通过流式细胞仪以定量每个样品中每种微生物类型的细胞数量。将具有玻璃珠粒的GI样品用珠粒打浆均质化以裂解微生物。从每个样品中提取并纯化DNA和RNA，并制备用于在Illumina Miseq上测序。使用配对末端化学对样品进行测序，在文库的每一端测序300个碱基对。
测序读段处理和数据分析：对测序读数进行质量调整和处理，以基于标记基因16SrDNA或ITS1和/或ITS2鉴定胃肠道中存在的细菌物种。将计数数据集和活动数据集与测序读数整合以确定胃肠微生物群落内活性微生物物种的绝对细胞数量。将肉鸡随时间推移的生产特征(包括饲料转化率、重量、死亡率和病变评分)与使用交互信息的实验过程中每个样品内活性微生物的分布相关联。
结果
本申请中使用的Ascus Biosciences技术的一个组成部分利用交互信息来对驻留在动物胃肠道中的天然微生物菌株对特定动物性状的重要性进行评级。计算所有微生物和所需动物性状的最大信息系数(MIC)评分。将关系关于0至1的评级评分，其中1表示微生物菌株与动物性状之间的强关系，并且0表示无关系。基于此评分的截断值用于定义关于特定性状的改善的有用和无用微生物。
计算生产特征之间的MIC，包括疾病指标，如病变评分，以及每种活性微生物的绝对丰度。通过MIC评分对微生物进行排序，并选择MIC评分最高的微生物作为最相关的靶物种。本公开的微生物的MIC评分在表1中列出。MIC评分越高，微生物赋予鸡的表现和GI健康改善的能力就越强。
实施例III.本公开的培养基配方
培养基制备：
称量每种培养基的干试剂(下面的配方)，并在烧瓶中合并。然后将每种培养基的液体试剂(如果适用)加入烧瓶中。将DI水加入烧瓶中以使培养基达到其最终体积(通常为1升)。搅拌培养基，且然后等分到各个血清瓶或Hungate管中。将血清瓶中装入25mL或50mL培养基，并且在Hungate中装入10mL培养基。将血清瓶/hungate管用20:80CO2/N2鼓泡45分钟。然后塞住瓶子，并在121℃下高压灭菌15分钟。在高压灭菌后，向每个瓶中加入半胱氨酸-HCl以达到1mM半胱氨酸-HCl的最终浓度。还添加了任何后高压灭菌试剂。在添加之前，使用0.22μm过滤器对所有后高压灭菌试剂进行无菌过滤。
样品制备：
将来自肉鸡的胃肠道的样品与500mL的1X RAMM混合，并通过在厌氧室中涡旋进行均质化。然后将样品连续稀释并添加至制备的血清瓶/hungate管中。将孵育的瓶在37℃下孵育最少24小时。在高压灭菌后将额外的化合物添加至培养基中，此时注意：(1)添加无菌丁酸以使最终浓度达到10mN，(2)添加甘油以使最终浓度达到10mM，(3)添加乙酸以使最终浓度达到10mM，(4)添加氨基酸D溶液以达到10mM的最终浓度，以及(5)添加阿拉伯糖和木糖溶液以达到10mM的最终浓度。
对于需要稀释培养基的富集，在高压灭菌之前，用DI水将最终培养基制剂1:10稀释。将稀释的培养基等分到血清瓶或hungate管中，然后在10:80CO2/N2下鼓泡45分钟至高压灭菌前1小时。
培养基：
表26：螺旋菌培养基
组分 g/L
细菌蛋白胨 10
琥珀酸酯 1
(NH4)2SO4 1
MgSO4x7H20 1
10mM FeCl3×6H2O 0.72mL
100mM MnSO4·xH2O 0.12mL
表27：CMC培养基
组分 g/L
蛋白胨 30
K2HPO4 5
酵母提取物 5
葡萄糖 4
纤维二糖 1
麦芽糖 1
淀粉 1
L-半胱氨酸 0.5
肉提取物 15
瘤胃液(澄清) 100mL
肉蛋白胨 10
刃天青(1g/L) 1mL
表28：BL培养基
Figure BDA0001905888290001491
Figure BDA0001905888290001501
表29：脑心浸液(BHI)培养基
组分 g/L
脑心浸液 18.5
右旋糖 5
表30：MRS培养基
组分 g/L
酪蛋白消化 10.0
肉提取物 10.0
酵母提取物 5.0
右旋糖 20.0
Tween 80 1.0mL
乙酸钠 5.0
柠檬酸铵 2.0
1M MgSO4 7H2O 0.8mL
1M MnSO4H2O 0.296mL
1M K2HPO4 2.0
表31：M2GSC培养基
组分 g/L
牛肉提取物 10.0
酵母提取物 2.5
NaHCO3 4
纤维二糖 2
淀粉 2
葡萄糖 2
(NH4)2SO4(1M) 5.1mL
MgSO47H2O(0.25M) 0.575mL
K2HPO4(1M) 2mL
KH2PO4(1M) 2.55mL
澄清瘤胃液 100mL
表32：氨基酸D溶液-将组分置于100mL瓶中，并无菌过滤到50mL锥形瓶中
组分 g/50mL
谷氨酸 0.736g
甘氨酸 0.375g
脯氨酸 0.576g
DI H2O 50mL
表33：阿拉伯糖+木糖培养基添加
组分 g/100mL
阿拉伯糖 1.5013
木糖 1.5013
DI H2O 100mL
实施例IV.试验1-Ascus微生物组合物对比对照(w/沙利霉素两者)的体内评价
基础和实验饮食
起始、生长和基础饮食使用饲料厂制造并散装储存。
使用500磅容量的立式混合器、4000磅容量的立式混合器和/或14,000磅水平混合器和California Pellet Mill进行最终实验饮食混合、造粒和粉碎。将饲料储存在50磅容量的饲料袋和/或用处理代码标记的大容量储存箱中。在整个实验过程中，植酸酶和Sacox60被包括在所有饮食中。
进料方案使用两种饲料，即呈碎粒状的起始饲料和颗粒形式的生长饲料。起始饲料从第0天至第17天喂食，并且生长饲料从第17天至第35天喂食。
测试系统
Figure BDA0001905888290001511
Figure BDA0001905888290001521
测试组
使用完全随机化的区组设计来将处理分配给围栏。在研究第0天开始对围栏进行处理。通过数字代码鉴定处理。具体处理组是如下。存在两个处理组1和2。每组由每个围栏20只鸡组成，总计20个围栏。每组处理的鸡的总数是400。处理1由未激发的鸡组成。处理2包括用Ascusbbr_5796、Ascusbbr_38717和Ascusbbr_331885处理。每天通过饮用水向处理组的鸡施用Ascus微生物聚生体。
圈养和管理
通过数据管理器使用Microsoft Excel随机数字生成器将处理随机分配给每个围栏。将鸡随机分配到围栏中。
鸡被圈养在混凝土地板围栏中的环境控制内，提供占地面积和鸡密度[约0.55ft2/鸡(第0天)；约0.69ft2/鸡(病变评分后第21天)]，对于所有测试组温度、湿度、照明、喂养器和水空间相似。将鸡放入含有适当深度干净刨花的干净围栏中，以为雏鸡提供舒适的环境。将额外的刨花添加到围栏中以保持鸡舒适性。照明是通过白炽灯并且如下使用商业照明程序。
表34：圈养描述
Figure BDA0001905888290001531
对于所有处理组，鸡的环境条件(即鸡密度、温度、照明、喂食器和水空间)是相似的。为了防止鸡迁移和细菌从围栏到围栏扩散，每个围栏将具有实心木质或速率分隔器，在围栏之间高度约为24英寸。
疫苗接种和治疗药物
在孵化场为鸡接种Mareks。在收到(研究第0天)后，通过使用喷雾箱喷雾施加将鸡接种新城疫和传染性支气管炎以及Coccivac疫苗。最终报告提供了疫苗生产商、批号和有效期的文件。
水
在整个研究期间通过每个围栏一个自动乳头式饮水器(每个饮水器4个乳头)随意提供水。每天检查饮水器两次并根据需要进行清洁，以确保对鸡的清洁且恒定的水供应。
饲料
饲料被证实在整个研究期间通过每个围栏一个悬挂的约17英寸直径的管式喂食器随意。将雏鸡喂食器托盘放置在每个围栏中大约前4天。根据实验设计，在收到(第0天)时使鸡置于它们各自的处理饮食。将从第0天到研究结束时从围栏中添加和移除的饲料称重并记录。
每日观察结果
每天针对总体群状况、照明、水、饲料、通风和意外事件至少两次观察测试设施、围栏和鸡。如果在每日两次观察结果中发现任何异常情况或异常行为，则将它们记录并包括在研究记录中。每天记录一次测试设施的最低-最高温度。
围栏卡
每个围栏附有2张卡片。一张卡片鉴定围栏编号，并且第二张卡片将包括处理编号。
动物处理
将动物保持在理想的宜居条件下。以减少损伤和不必要的应力的这样一种方式处理动物。严格执行人道措施。
兽医护理，干预和安乐死
根据现场SOP，由研究调查人员或指定人员自行决定将与测试程序无关的发展临床上显著并发疾病的鸡从研究中移出并实施安乐死。此外，濒死或受伤的鸡也可在现场兽医或合格技术人员的授权下实施安乐死。记录退出原因。在死亡或因人道原因被移除并实施安乐死的动物，将其记录在围栏的死亡率表中并进行尸检，并提交以记录移除的原因。如果认为需要安乐死，则通过颈椎脱臼使动物安乐死。
死亡率和宰杀率
从第0天到研究结束，将任何被发现死亡或被处死的鸡称重并进行尸检。在死亡率记录中记录了重量和可能的死亡原因以及尸检结果。如果在研究期间的任何时候注意到性别滑倒，则将其移除、称重、进行尸检以确认性别并记录围栏死亡率记录上。
体重和饲料摄入量
在大约第0、17、28和35天逐围栏对鸡进行称重。将每个笼中剩余的饲料称重并在第17、28和35研究日记录。计算在0-17、17-28和0-35天期间的饲料摄入量。
重量增加和饲料转化
总结了每个称重日的平均鸡重量(以围栏为基础)。计算了第17-28天逐围栏的鸡体重增加。在研究第17和28(即，第0–17、17–35和0–35天)计算平均饲料转化率，使用围栏的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量。使用围栏中的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量和死亡或从所述围栏中移除的鸡的重量来计算调整的饲料转化率。
表35：结果
Figure BDA0001905888290001551
用Ascus微生物组合物处理鸡以确定它们对表现的影响。在整个实验过程中，每天通过它们的饮用水向实验鸡施用三种微生物Ascusbbr_5796、Ascusbbr_38717和Ascusbbr_331885。所有鸡都遵循商业上相关的包括沙利霉素的粒状饲料。
在实验结束时，将鸡处死并称重。基于围栏的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量来计算饲料转化率。与对照组相比，发现处理组的饲料转化率(1％)和个体鸡体重增加(4％)略有改善。
实施例V.试验2-Ascus微生物组合物对比产气荚膜梭菌激发的体内评价
基础和实验饮食
起始、生长和基础饮食使用饲料厂制造并散装储存。
使用500磅容量的立式混合器、4000磅容量的立式混合器和/或14,000磅水平混合器和California Pellet Mill进行最终实验饮食混合、造粒和粉碎。将饲料储存在50磅容量的饲料袋和/或用处理代码标记的大容量储存箱中。在整个实验过程中，植酸酶被包括在所有饮食中。
进料方案使用两种饲料，即呈碎粒状的起始饲料和颗粒形式的生长饲料。起始饲料从第0天至第17天喂食，并且生长饲料从第17天至第35天喂食。每天通过饮用水向处理组的鸡施用Ascus微生物聚生体。
测试系统
Figure BDA0001905888290001561
Figure BDA0001905888290001571
测试组
使用完全随机化的区组设计来将处理分配给围栏。在研究第0天开始对围栏进行处理。通过数字代码鉴定处理。激发的对照处理包括施用病原体作为对照。激发的Ascus组合物包括施用实验微生物。具体处理组是如下：
表36：测试组
Figure BDA0001905888290001572
圈养和管理
圈养
通过数据管理器使用Microsoft Excel随机数字生成器将处理随机分配给每个围栏。将鸡随机分配到围栏中。鸡被圈养在混凝土地板围栏中的环境控制内，提供占地面积和鸡密度[约0.55ft2/鸡(第0天)；约0.69ft2/鸡(病变评分后第21天)]，对于所有测试组温度、湿度、照明、喂养器和水空间相似。将鸡放入含有适当深度干净刨花的干净围栏中，以为雏鸡提供舒适的环境。将额外的刨花添加到围栏中以保持鸡舒适性。照明是通过白炽灯并且如下使用商业照明程序。
表37：照明
Figure BDA0001905888290001581
对于所有处理组，鸡的环境条件(即鸡密度、温度、照明、喂食器和水空间)是相似的。为了防止鸡迁移和细菌从围栏到围栏扩散，每个围栏将具有实心木质或速率分隔器，在围栏之间高度约为24英寸。
疫苗接种和治疗药物
在孵化场为鸡接种Mareks。在收到(研究第0天)后，通过使用喷雾箱喷雾施加将鸡接种新城疫和传染性支气管炎以及Coccivac疫苗。最终报告提供了疫苗生产商、批号和有效期的文件。
水
在整个研究期间通过每个围栏一个自动乳头式饮水器(每个饮水器4个乳头)随意提供水。每天检查饮水器两次并根据需要进行清洁，以确保对鸡的清洁且恒定的水供应。
饲料
饲料被证实在整个研究期间通过每个围栏一个悬挂的约17英寸直径的管式喂食器随意。将雏鸡喂食器托盘放置在每个围栏中大约前4天。根据实验设计，在收到(第0天)时使鸡置于它们各自的处理饮食。将从第0天到研究结束时从围栏中添加和移除的饲料称重并记录。
每日观察结果
每天针对总体群状况、照明、水、饲料、通风和意外事件至少两次观察测试设施、围栏和鸡。如果在每日两次观察结果中发现任何异常情况或异常行为，则将它们记录并包括在研究记录中。每天记录一次测试设施的最低-最高温度。
围栏卡
每个围栏附有2张卡片。一张卡片鉴定围栏编号，并且第二张卡片将包括处理编号。
动物处理
将动物保持在理想的宜居条件下。以减少损伤和不必要的应力的这样一种方式处理动物。严格执行人道措施。
兽医护理，干预和安乐死
根据现场SOP，由研究调查人员或指定人员自行决定将与测试程序无关的发展临床上显著并发疾病的鸡从研究中移出并实施安乐死。此外，濒死或受伤的鸡也可在现场兽医或合格技术人员的授权下实施安乐死。记录退出原因。在死亡或因人道原因被移除并实施安乐死的动物，将其记录在围栏的死亡率表中并进行尸检，并提交以记录移除的原因。如果认为需要安乐死，则通过颈椎脱臼使动物安乐死。
死亡率和宰杀率
从第0天到研究结束，将任何被发现死亡或被处死的鸡称重并进行尸检。在死亡率记录中记录了重量和可能的死亡原因以及尸检结果。如果在研究期间的任何时候注意到性别滑倒，则将其移除、称重、进行尸检以确认性别并记录围栏死亡率记录上。
体重和饲料摄入量
在大约第0、17、28和35天逐围栏对鸡进行称重。将每个笼中剩余的饲料称重并在第17、28和35研究日记录。计算在0-17、17-28和0-35天期间的饲料摄入量。
重量增加和饲料转化
总结了每个称重日的平均鸡重量(以围栏为基础)。计算了第17-28天逐围栏的鸡体重增加。在研究第17和28(即，第0-17、17-35和0-35天)计算平均饲料转化率，使用围栏的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量。使用围栏中的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量和死亡或从所述围栏中移除的鸡的重量来计算调整的饲料转化率。
球虫病激发
所有鸡各自在大约研究第0天通过喷雾箱接受1X剂量的Coccivac。
产气荚膜梭菌激发
梭菌激发
产气荚膜梭菌培养物(CL-15)在约37℃在流体中生长约5小时。
含有淀粉的巯基乙酸盐培养基。CL-15是来自科罗拉多州的肉鸡爆发产气荚膜梭菌的野外菌株。对于鸡的每个围栏，将固定量的肉汤培养物(约2-3ml/只鸡)与喂食器托盘中的固定量的处理饲料(约25g/只)混合。在最终报告中记录了培养物接种物的进料量、体积和定量以及给药天数，并且对所有的围栏进行相同处理。鸡将接受产气荚膜梭菌培养物持续一天(第17研究日)。靶标是10％死亡率，在激发的非药物治疗组中至少为5％。
施用方法
在此研究中施用产气荚膜梭菌(CL-15，A型，α和β2毒素)培养物通过饲料进行。来自每个围栏的喂食器的饲料用于与培养物混合。在将培养物置于围栏中之前，将处理饲料从鸡中取出大约4-8小时。对于鸡的每个围栏，将固定量(约2.5ml/只鸡)的浓度为大约2.0-9.0X108cfu/ml的肉汤培养物与固定量的饲料(约25g/只鸡)在喂食器托盘中混合，并对所有激发的围栏进行相同的处理。大多数培养物-饲料在1-2小时内消耗。因此，所有处理中的鸡都被相似地处理，未进行激发的组也在与激发组相同的时间段期间除去了饲料。
病变评分
在研究第21天，从每个围栏中随机选择5只鸡(首先捕获鸡)，处死并评价针对坏死性肠炎评分的肠病变。病变评分如下：
0＝正常：没有NE病变，小肠具有正常弹性(在打开后回滚到正常位置)
1＝轻度：小肠壁薄而松弛(打开时保持平坦，打开后不会回滚到正常位置)；多余的粘液覆盖粘膜
2＝中等：肠壁明显变红和肿胀；肠粘膜少量溃疡和坏死；过量粘液。
3＝严重：广泛小肠膜坏死和溃疡区域；显著出血；粘膜上的纤维蛋白和坏死碎片层(土耳其毛巾外观)。
4＝死亡或垂死：鸡可能会在24小时内死亡，并且NE病变评分为2或更高；或鸡由于坏死性肠炎而死亡。
表38：结果
Trt组 平均个体鸡Wt增加(kg) 调整的饲料转化 死亡率 NE-病变评分
1 2.020 1.801 54.6％ 3.57
2 2.147 1.505 3.3％ 0.25
3 1.952 1.613 44.6％ 3.88
用Ascus微生物组合物处理鸡以确定它们对表现和预防产气荚膜梭菌感染的影响。在整个实验过程中，每天通过它们的饮用水向实验鸡施用三种微生物Ascusbbr_4729、Ascusbbr_331885和Ascusbbr_170211。所有鸡都遵循商业上相关的粒状饲料。
将鸡在研究的第17天用产气荚膜梭菌激发。在第21天，随机选择5只鸡，处死，并对病变进行评分。在整个实验中测量死亡率和饲料摄入量。在实验结束时，将鸡处死并称重。基于围栏的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量来计算饲料转化率。当与激发的对照相比时，发现接受Ascus微生物的处理组具有改善的饲料转化率(10.4％)和死亡率(18.3％)。然而，与激发的对照相比，Ascus微生物组中的病变评分(8.6％)更高。沙利霉素对照优于所有组。
实施例VI.试验3-Ascus微生物组合物对比产气荚膜梭菌激发的体内评价
基础和实验饮食
起始、生长和基础饮食使用饲料厂制造并散装储存。
使用500磅容量的立式混合器、4000磅容量的立式混合器和/或14,000磅水平混合器和California Pellet Mill进行最终实验饮食混合、造粒和粉碎。将饲料储存在50磅容量的饲料袋和/或用处理代码标记的大容量储存箱中。在整个实验过程中，植酸酶被包括在所有饮食中。
进料方案使用两种饲料，即呈碎粒状的起始饲料和颗粒形式的生长饲料。起始饲料从第0天至第17天喂食，并且生长饲料从第17天至第35天喂食。在经由喷雾施加防止之前向处理组中的鸡施用Ascus微生物聚生体一次。
测试系统
Figure BDA0001905888290001631
测试组
使用完全随机化的区组设计来将处理分配给围栏。在研究第0天开始对围栏进行处理。通过数字代码鉴定处理。激发的对照处理包括施用病原体作为对照。激发的Ascus组合物包括施用实验微生物。具体的处理组是如下。
表39：测试组
Figure BDA0001905888290001641
圈养和管理
圈养
通过数据管理器使用Microsoft Excel随机数字生成器将处理随机分配给每个围栏。将鸡随机分配到围栏中。
鸡被圈养在混凝土地板围栏中的环境控制内，提供占地面积和鸡密度[约0.55ft2/鸡(第0天)；约0.69ft2/鸡(病变评分后第21天)]，对于所有测试组温度、湿度、照明、喂养器和水空间相似。将鸡放入含有适当深度干净刨花的干净围栏中，以为雏鸡提供舒适的环境。将额外的刨花添加到围栏中以保持鸡舒适性。照明是通过白炽灯并且如下使用商业照明程序。
表40：照明
Figure BDA0001905888290001651
对于所有处理组，鸡的环境条件(即鸡密度、温度、照明、喂食器和水空间)是相似的。为了防止鸡迁移和细菌从围栏到围栏扩散，每个围栏将具有实心木质或速率分隔器，在围栏之间高度约为24英寸。
疫苗接种和治疗药物
在孵化场为鸡接种Mareks。在收到(研究第0天)后，通过使用喷雾箱喷雾施加将鸡接种新城疫和传染性支气管炎以及Coccivac疫苗。最终报告提供了疫苗生产商、批号和有效期的文件。
水
在整个研究期间通过每个围栏一个自动乳头式饮水器(每个饮水器4个乳头)随意提供水。每天检查饮水器两次并根据需要进行清洁，以确保对鸡的清洁且恒定的水供应。
饲料
饲料被证实在整个研究期间通过每个围栏一个悬挂的约17英寸直径的管式喂食器随意。将雏鸡喂食器托盘放置在每个围栏中大约前4天。根据实验设计，在收到(第0天)时使鸡置于它们各自的处理饮食。将从第0天到研究结束时从围栏中添加和移除的饲料称重并记录。
每日观察结果
每天针对总体群状况、照明、水、饲料、通风和意外事件至少两次观察测试设施、围栏和鸡。如果在每日两次观察结果中发现任何异常情况或异常行为，则将它们记录并包括在研究记录中。每天记录一次测试设施的最低-最高温度。
围栏卡
每个围栏附有2张卡片。一张卡片鉴定围栏编号，并且第二张卡片将包括处理编号。
动物处理
将动物保持在理想的宜居条件下。以减少损伤和不必要的应力的这样一种方式处理动物。严格执行人道措施。
兽医护理，干预和安乐死
根据现场SOP，由研究调查人员或指定人员自行决定将与测试程序无关的发展临床上显著并发疾病的鸡从研究中移出并实施安乐死。此外，濒死或受伤的鸡也可在现场兽医或合格技术人员的授权下实施安乐死。记录退出原因。在死亡或因人道原因被移除并实施安乐死的动物，将其记录在围栏的死亡率表中并进行尸检，并提交以记录移除的原因。如果认为需要安乐死，则通过颈椎脱臼使动物安乐死。
死亡率和宰杀率
从第0天到研究结束，将任何被发现死亡或被处死的鸡称重并进行尸检。在死亡率记录中记录了重量和可能的死亡原因以及尸检结果。如果在研究期间的任何时候注意到性别滑倒，则将其移除、称重、进行尸检以确认性别并记录围栏死亡率记录上。
体重和饲料摄入量
在大约第0、17、28和35天逐围栏对鸡进行称重。将每个笼中剩余的饲料称重并在第17、28和35研究日记录。计算在0-17、17-28和0-35天期间的饲料摄入量。
重量增加和饲料转化
总结了每个称重日的平均鸡重量(以围栏为基础)。计算了第17-28天逐围栏的鸡体重增加。在研究第17和28(即，第0-17、17-35和0-35天)计算平均饲料转化率，使用围栏的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量。使用围栏中的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量和死亡或从所述围栏中移除的鸡的重量来计算调整的饲料转化率。
球虫病激发
所有鸡将各自在大约研究第0天通过喷雾箱接受1x剂量的Coccivac。
产气荚膜梭菌激发
梭菌激发
产气荚膜梭菌培养物(CL-15)在约37℃在流体中生长约5小时。
含有淀粉的巯基乙酸盐培养基。CL-15是来自科罗拉多州的肉鸡爆发产气荚膜梭菌的野外菌株。对于鸡的每个围栏，将固定量的肉汤培养物(约2-3ml/只鸡)与喂食器托盘中的固定量的处理饲料(约25g/只)混合。在最终报告中记录了培养物接种物的进料量、体积和定量以及给药天数，并且对所有的围栏进行相同处理。鸡将接受产气荚膜梭菌培养物持续一天(第17研究日)。靶标是10％死亡率，在激发的非药物治疗组中至少为5％。
施用方法
在此研究中施用产气荚膜梭菌(CL-15，A型，α和β2毒素)培养物通过饲料进行。来自每个围栏的喂食器的饲料用于与培养物混合。在将培养物置于围栏中之前，将处理饲料从鸡中取出大约4-8小时。对于鸡的每个围栏，将固定量(约2.5ml/只鸡)的浓度为大约2.0-9.0X108cfu/ml的肉汤培养物与固定量的饲料(约25g/只鸡)在喂食器托盘中混合，并对所有激发的围栏进行相同的处理。大多数培养物-饲料在1-2小时内消耗。因此，所有处理中的鸡都被相似地处理，未进行激发的组也在与激发组相同的时间段期间除去了饲料。
病变评分
在研究第21天，从每个围栏中随机选择5只鸡(首先捕获鸡)，处死并评价针对坏死性肠炎评分的肠病变。病变评分如下：
0＝正常：没有NE病变，小肠具有正常弹性(在打开后回滚到正常位置)
1＝轻度：小肠壁薄而松弛(打开时保持平坦，打开后不会回滚到正常位置)；多余的粘液覆盖粘膜
2＝中等：肠壁明显变红和肿胀；肠粘膜少量溃疡和坏死；过量粘液。
3＝严重：广泛小肠膜坏死和溃疡区域；显著出血；粘膜上的纤维蛋白和坏死碎片层(土耳其毛巾外观)。
4＝死亡或垂死：鸡可能会在24小时内死亡，并且NE病变评分为2或更高；或鸡由于坏死性肠炎而死亡。
表41：结果
Trt组 平均个体鸡Wt增加(kg) 调整的饲料转化 死亡率 NE-病变评分
1 1.912 1.735 39.5％ 3.55
2 2.090 1.712 5％ 1.00
3 1.968 1.724 27.5％ 3.4
4 2.006 1.695 24.8％ 2.9
用Ascus微生物组合物处理鸡以确定它们对表现和预防产气荚膜梭菌感染的影响。测试了两种不同的微生物组合物。第一组合物由Ascusbbr_4729、Ascusbbr_331885、Ascusbbr_170211组成，并且第二组合物由Ascusbbr_4729、Ascusbbr_33、Ascusbbr_127组成。在放置围栏之前，通过喷雾施加将微生物一次施用于实验鸡。所有鸡都遵循商业上相关的粒状饲料。
将鸡在研究的第17天用产气荚膜梭菌激发。在第21天，随机选择5只鸡，处死，并对病变进行评分。在整个实验中测量死亡率和饲料摄入量。在实验结束时，将鸡处死并称重。基于围栏的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量来计算饲料转化率。当与激发对照相比时，接受Ascus微生物组合物1(处理3)的处理组发现具有略微改善的饲料转化率(0.63％)，略高的体重(2.93％)，略低的病变评分(4.23％)以及较低的死亡率(30.37％)。当与激发对照相比时，接受Ascus微生物组合物2(处理4)的处理组发现具有改善的饲料转化率(2.31％)，更高的体重(4.91％)，较低的病变评分(18.31％)以及较低的死亡率(37.22％)。沙利霉素对照优于所有组。
实施例VII.试验4-使用多种Ascus微生物组合物相对于产气荚膜梭菌的坏死性肠炎的体内评价
实验设计
实验定量
定量包括根据NRC指南配制的非药物商品型肉鸡起始、生长和育肥饮食，并含有美国常用的饲料。从小鸡到达日开始如下随意饲喂定量：起始-DOT 0直到DOT 21，生长DOT 21至DOT 35，以及育肥DOT 35至DOT 42(研究终止)。饮食以碎屑(起始饲料)或颗粒(生长和育肥饲料)的形式饲喂。
动物信息
获得一千八百(1,800)日孵化的Cobb雄性肉鸡。品系是Cobb x Cobb。在孵化场对鸡进行性别选择。所有鸡均通过喷雾箱接种推荐剂量的商业球虫疫苗。在此研究中仅使用健康出现的小鸡。
圈养
在到达后，将小鸡在具有混凝土地板的坚固面谷仓中的具有大约四(4)英寸的新鲜松树刨花(放置时)的5x 10英尺地板围栏中在环境湿度下饲养(放养密度为1.0英尺2/每只鸡)。在该研究过程期间没有更换或修改垫料。在整个试验期间随意获得饲料和水。每个围栏包括1个(一个)管式喂食器和1个(一个)钟形饮水器(50只鸡与喂食器/饮水器比例)。恒温控制的燃气加热器是谷仓的主要热源(如果需要)。每个围栏一(1)个加热灯在育雏期间提供补充热量。风扇被用来冷却鸡。根据主要育种者建议为鸡提供照明计划。围栏图已记录在案，并包括在包含源数据的最终报告中。
益生菌施用
在球虫疫苗施用后，将处理3中的所有小鸡用0.25ml/只小鸡的Ascus益生菌粗喷，并置于强光下以进行整理。在干燥后，将小鸡放入处理适当的围栏中。
表42：处理
Figure BDA0001905888290001701
Figure BDA0001905888290001711
围栏分配和围栏随机化
将一千八百只鸡分配到三个处理组，每个处理12个重复围栏，并且每个围栏50只鸡。围栏设施被分成12个区组，每个区组包含三个处理组中的每一个。使用随机化完全区组来将处理组分配至围栏。所述研究开始于放置鸡(孵化日期；DOT 0)，此时将鸡分配给实验围栏。仅选择了健康的鸡。在DOT 0，按围栏记录组体重。在研究过程期间未更换鸡。
激发施用和样品采集与分析
坏死性肠炎激发
激发模型由来自DOT 0疫苗的球虫、在DOT 14接种的一种球虫以及产气荚膜梭菌组合组成。
饮用水中的产气荚膜梭菌
在施用产气荚膜梭菌之前取出处理饲料和水几小时。将测量的量的产气荚膜梭菌添加到用于每个围栏的在30分钟内消耗的水中。将产气荚膜梭菌培养物添加到此水中并充分混合并在每个激发围栏中给予鸡。一旦激发水被消耗，处理饲料和水就返回到围栏。将产气荚膜梭菌在DOT 19、20和21添加到除了处理组2中的鸡之外的所有鸡中。
球虫激发
来自DOT 0疫苗接种的循环并且巨型艾美耳球虫(E.maxima)散布在DOT 14的喂食器和饮水器周围(每个围栏20ml)。(处理组2除外)。
坏死性肠炎病变评分
在DOT 21，每个围栏三(3)只鸡被人道安乐死、尸检和病变评分。
病变评分0＝正常
病变评分1＝轻微粘液覆盖小肠
病变评分2＝坏死的小肠粘膜
病变评分3＝脱落和血液小肠粘膜和内容物
肠内容物取样
在DOT 21和42收集每个围栏两(2)只鸡的小肠样品。
饲料变化
鸡从DOT 0至DOT 42接受处理适当的饲料。在DOT 21，除去剩余的起始饲料、称重、并用生长饲料替换。在DOT 35，除去剩余的生长饲料、称重、并用育肥饲料替换。在DOT 42，移除剩余的育肥饲料并称重。将所有未消耗的饲料称重并在SPRG现场处置坑中处理。
体重和饲料重量
在DOT 0、21、35和42逐围栏对所有鸡进行称重。在DOT 0、20和35(分别为起始、生长和育肥)的每个配方期开始时，将添加到每个围栏的喂食器的饲料称重。在每个配方期间，对于每个围栏(根据需要)称量(并记录)任何额外袋的饲料。在每个时期内，根据需要将饲料从预先称重的袋子(分配给每个围栏)分配给喂食器。将剩余在喂食器中的饲料(和饲料袋，如果适用的话)称重并在DOT 21、35和42处置。在研究开始之前记录空的围栏喂食器重量。试验在DOT 42终止。
管理
疾病控制
在研究期间未使用伴随药物治疗。所有要求进入围栏(例如，收集鸡进行研究程序)的研究人员都佩戴一次性塑料靴。当人从围栏中走出时移除一次性塑料靴以避免在整个设施中跟踪粪便材料。一次性塑料靴在使用后妥善处置。
监测
监测所有鸡的一般群状况、温度、照明、水、饲料、垫料状况和意外的房屋条件/事件。在常规工作时间内每天两次记录结果(一次观察记录最终研究日)。在星期六、星期日和观察到的假期，记录了一(1)次观察。
死亡率
每天检查围栏的死亡率。仅宰杀鸡以减轻痛苦。记录所有被宰杀(或发现死亡)的鸡的日期和除去重量(kg)。对所有死亡或被宰杀的鸡进行了大体尸检，以确定鸡性别和可能的死亡原因。注意到坏死性肠炎或非特异性肠炎的体征。
鸡和饲料处置
通过适当的方法处置所有鸡。所有死亡和剩余饲料(包括搅拌机冲洗物)都埋在南方家禽研究小组(Southern Poultry Research Group)的现场处置坑中。
秤
在使用之前遵循秤维护和标准化程序。
源数据控制和处理
数据以不可磨灭的墨水记录。条目清晰易读，并且源数据表签名(或初始化)，并按个体记录条目注明日期。所有源数据错误和/或更改都是初始化，标明日期和直接在表单上编写的简要说明(或错误代码)。
数据管理
进行了重量增加、饲料消耗和饲料转化以及病变评分结果的数据管理和统计分析。
表43：结果
Trt组 平均个体鸡Wt增加(kg) 调整的饲料转化 死亡率 NE-病变评分
1 2.607 1.709 15.8％ 0.5
2 2.516 1.698 5.2％ 0
3 2.518 1.690 10％ 0.15
4 2.559 1.694 12％ 0.4
用Ascus微生物组合物处理鸡以确定它们对产气荚膜梭菌感染的表现和预防的影响。测试了两种不同的微生物组合物。第一组合物由Ascusbbr_409、Ascusbbr_5796、Ascusbbr_1686组成，并且第二组合物由Ascusbbr_409、Ascusbbr_5796和Ascusbbr_185064组成。在放置围栏之前，通过喷雾施加将微生物一次施用于实验鸡。所有鸡都饲喂商业上相关的粒状饲料。
将鸡在研究的第17天用产气荚膜梭菌激发。在第21天，随机选择5只鸡，处死，并对病变进行评分。在整个实验中测量死亡率和饲料摄入量。在实验结束时，将鸡处死并称重。基于围栏的总饲料消耗量除以存活鸡的总重量来计算饲料转化率。当与激发对照相比时，接受Ascus微生物组合物1(处理3)的处理组发现具有稍微改善的饲料转化率(1.11％)，较低的病变评分(70.0％)以及较低的死亡率(36.70％)。当与激发对照相比时，接受Ascus微生物组合物2(处理4)的处理组发现具有稍微改善的饲料转化率(0.88％)，较低的病变评分(20.0％)以及较低的死亡率(24.05％)。出人意料的是，激发的对照表现出最高的体重增加。
实施例VIII.来自其他组的出版工作的MIC评分的比较分析
利用Ascus Biosciences的技术，预测了目前可用的微生物饲料添加剂产品的性能。
声称可增强肉鸡性能的直接饲喂微生物产品可在市场上买到。这些产品中的一些含有微生物菌株，所述菌株是天然鸡胃肠道微生物或在天然胃肠微生物的97％序列相似性内。在此，已经鉴定了这些产品中使用的菌株，并计算了它们在饲料效率和体重方面的平台评分(图15和图16)。从曲线可以看出，许多当前可用的菌株低于用于定义“有用”和“无用”菌株的阈值。在截断值以上的一种菌株，屎肠球菌，当喂给肉鸡时已显示出有益效果。
禽类/家禽直接饲喂微生物产品中使用的其他常见菌株未在任何鸟类的胃肠道中发现，或者与鸟类中发现的菌株相似性低于97％。不能为这些微生物生成评分(表44)。
表44：未出现在图15或图16的曲线上的微生物。
微生物生物体
枯草芽孢杆菌DSM 29870
枯草芽孢杆菌DSM 29871
枯草芽孢杆菌AJ276351
死谷芽孢杆菌AB021198
解淀粉芽孢杆菌DSM 29869
解淀粉芽孢杆菌DSM 29872
动物双歧杆菌
屎肠球菌：0.72083
对总体重量增加的积极影响，未改变FCR：饮食屎肠球菌对肉鸡的生长性能、胴体特征、粪便微生物群和血液分布的影响。doi：10.17221/8680-VETMED
体重增加的积极影响：屎肠球菌补充和地板类型对肉鸡的性能、红细胞形态和肠道微生物群的影响。doi：10.1080/00071668.2010.507241。
对重量增加的积极影响：屎肠球菌和干乳清对肉鸡性能、肠道组织形态学和肠道微生物群的影响。DOI:10.1080/17450390601106655
对重量增加和肠道发育的积极影响：采用补充含有屎肠球菌和寡糖的合生元的饮食的肉鸡的肠道结构和功能。doi:10.3390/ijms9112205。
乳酸片球菌:0.17931
不影响体重：膳食益生菌(乳酸片球菌)补充对蛋鸡的性能、营养素消化率、蛋性状、蛋黄胆固醇和脂肪酸分布的影响。DOI：doi.org/10.3382/ps.2012-02370。
不影响体重：
Figure BDA0001905888290001761
和
Figure BDA0001905888290001762
作为益生菌对土耳其小鸡的生长性能、血液参数和肠道形态测定的功效。
性能没有显著差异：饲喂补充有益生菌和(或)益生元制剂的饮食的肉鸡的生长性能和免疫应答。
单独乳酸片球菌的益生菌并未改善性能：益生菌、益生元和合生元对肉鸡性能的影响。
唾液乳杆菌DSM 16351：016462(重量)、0.31742(饲料转化率)
不改善体重，有时对饲料转化率有轻微影响：通过饲料或水施用益生菌对加药和非加药饮食喂养的肉鸡的生长参数的影响。DOI:doi.org/10.3382/japr.2009-00084
罗伊氏乳杆菌：0.26096
有时对饲料转化率有轻微影响：通过饲料或水施用益生菌对加药和非加药饮食喂养的肉鸡的生长参数的影响。DOI:doi.org/10.3382/japr.2009-00084。
解淀粉芽孢杆菌AB255669：0.18434
对性能没有影响：受保护的丁酸钠(一种受保护的精油混合物)、它们的组合和解淀粉芽孢杆菌孢子悬液针对肉鸡中人工诱导的坏死性肠炎的功效DOI：https://doi.org/10.3382/ps.2011-01853。
实施例IX.挥发性脂肪酸和碳源测定
挥发性脂肪酸测定
为了评估菌株产生挥发性脂肪酸的能力，使用HPLC来测量用过的培养基中的乙酸、丁酸、丙酸和乳酸的浓度。
从每种所需菌株(来自厌氧琼脂平板)中挑取单个菌落，并接种到新鲜培养基中。与此同时，还制备了培养基空白。将培养物和培养基空白在37℃下孵育直到可见显著生长(约5天)。测定每种培养物的OD600，并用Illumina序列确认菌株ID。将培养物的等分试样过滤灭菌到酸洗和高压灭菌的玻璃15mL样品小瓶中，然后通过HPLC进行分析。
HPLC反应在BioRad Aminex HPX-87H上进行，条件如下：60℃、0.5mL/min流动相0.00325N H2S04、500psi、35C RI检测器、45分钟运行时间、注射体积5μL。对培养基空白以及无菌过滤的培养物样品定量乙酸、丁酸、丙酸和乳酸的浓度。如果用过的培养基中检测到的单一脂肪酸的浓度高于培养基空白中，则所述菌株被认为是对挥发性脂肪酸产生呈阳性。参见表45。
表45：来自本公开的微生物的VFA产生。
Figure BDA0001905888290001781
Figure BDA0001905888290001791
Figure BDA0001905888290001801
Figure BDA0001905888290001811
可溶性碳源测定
为了评估菌株降解各种可溶性碳源的能力，OD600用于测量一段时间内特定碳源上菌株的生长。
将来自每种所需菌株(在厌氧琼脂平板上)的单个菌落接种到新鲜培养基中。将菌株厌氧接种到碳源测定中；将测定设置在2mL无菌96孔板中，每个孔含有M2GSC盐、维生素、矿物质、硫化钠和单一碳源。碳源包括全鸡饲料、大豆胨、麦芽糖、棉子糖、淀粉、阿拉伯糖、蔗糖、木糖、琥珀酸酯、纤维二糖、酪蛋白氨基酸、葡萄糖、半乳糖、甘露糖醇、蛋白胨、葡萄糖酸盐、麦芽提取物、酪蛋白消化物、牛肉提取物和壳聚糖。接种细胞以使得每个孔以OD600为0.01开始。用“Synergy H4杂交读板仪”在600nm处读取OD。在所有孔处于静止期后，用Illumina测序确认菌株ID。
通过将100ul碳源与菌株培养物一起添加到200ul平底板中来同时测量XTT降低。向此等分试样中添加50ul XTT混合物(5ml无菌XTT和100ul无菌N-甲基二苯并吡嗪硫酸甲酯)。然后将此培养物在37℃在黑暗中厌氧孵育1小时。通过在475nm处的吸光度减去660nm处的非特异性吸光度以及适当的培养基和菌株空白来确定XTT降低。参见表46。
Figure BDA0001905888290001831
Figure BDA0001905888290001841
不溶性碳源测定
为了评估菌株降解不溶性碳源的能力，利用目视检查定性确定菌株的降解能力。
对于纯培养物，将来自每种所需菌株(来自厌氧琼脂平板)的单个菌落接种到含有Lowe半定义培养基的厌氧Hungate管中，其中纤维素纸、淀粉或草作为唯一碳源。(Lowe等人1985.J.Gen.Microbiol.131:2225-2229)。还制备了培养基空白。目测检查培养物中不溶性碳源的降解。参见图10。
富集
与上述针对VFA测定和可溶性碳源测定描述的相同方案用于富集测定，但是使用新鲜胃肠样品代替用单个菌落接种。对胃肠道样品接种物和富集物进行Illumina测序以确定靶菌株的存在或不存在。将测序数据集与细胞计数数据整合以确定靶标菌株是否体外生长。
实施例X.竞争性排除测定(体外)
为了评估菌株与禽类胃肠道中的病原体竞争的能力，针对产气荚膜梭菌或肠道沙门氏菌竞争性排除通过在代表肉鸡胃肠道的培养基中以及在最小盐培养基中共同培养菌株来测量。在大量细胞生长后，对每种共培养物进行测序。然后使用每个菌株的相对丰度来确定菌株与病原体竞争或抑制病原体的功效。
将菌株和病原体的单菌落厌氧接种到500μL的MRS和TSB中。第二天测量OD读数，并且接种新鲜的MRS和TSB共培养物，以使得每个菌株的起始OD为0.01。收集300μL起始接种物并测序以提供T0的相对丰度，并确认每个菌株的起始丰度。
当与起始接种物相比时，如果病原体经历理论百分比降低(如通过测序*共培养物OD测定的相对丰度)至少50％，则认为菌株成功地与致病菌株竞争。如果共培养物的最终OD低于纯病原体培养物的OD，则认为菌株具有弱竞争排除效应。如果它们被病原体过度生长，则认为菌株是阴性的。关于结果，参见表47。当与产气荚膜梭菌共培养时，24种菌株中的15种(62.5％)表现出针对产气荚膜梭菌的抑制作用。在与肠道沙门氏菌共培养的菌株中，所测试的7种菌株中的4种(57.14％)表现出针对肠道沙门氏菌的抑制效应。共享相似16S序列(97％序列相似性)的菌株倾向于对病原体表现出相似的作用-这包括Ascusbbr_33A和B；Ascusbbr_409A和B；Ascusbbr_5796A、B和C；Ascusbbr_14690A、B和C；以及Ascusbbr_38717A和B。然而，与Ascusbbr_10593相关的菌株确实显示出一些不同的结果。Ascusbbr_10593A和B均抑制肠道沙门氏菌，但Ascusbbr_10593A似乎具有稍强的抑制作用。
表47：产气荚膜梭菌和肠道沙门氏菌的菌株竞争数据。
Figure BDA0001905888290001861
关键字
-＝菌株被病原体击败
+＝菌株微弱抑制病原体
++＝菌株抑制病原体
NT＝未测试的条件
本公开的编号的实施方案
1.一种微生物组合物，其包含至少一种选自表1和/或表2的微生物菌株。
2.一种微生物组合物，其包含至少一种微生物菌株，其中所述至少一种微生物菌株包含选自SEQ ID NO:1-50或SEQ No:338-364的16S rRNA序列；或选自SEQ ID NO:51-58的ITS序列。
3.如权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包括Ascusb_4729。
4.如权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包括Ascusb_170211。
5.如权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包括Ascusb_1686。
6.如权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包括Ascusb_33。
7.如权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包括Ascusb_128。
8.如权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包括Ascusb_4729和Ascusb_170211。
9.如权利要求2所述的微生物组合物，其中所述至少一种微生物菌株包括Ascusb_4729、Ascusb_33和Ascusb_313454。
10.如权利要求1-9中任一项所述的微生物组合物，其中所述微生物组合物是包封的。
11.一种组合物，其包含：
(a)如权利要求1-10中任一项所述的微生物组合物，以及
(b)可接受的载体。
12.如权利要求11所述的组合物，其中所述微生物组合物是包封的。
13.如权利要求11所述的组合物，其中所述包封的微生物组合物包含选自糖聚合物、琼脂聚合物、琼脂糖聚合物、蛋白质聚合物和脂质聚合物的聚合物。
14.如权利要求11所述的组合物，其中所述可接受的载体选自由以下组成的组：食用饲料级材料、矿物质混合物、水、乙二醇、糖蜜和玉米油。
15.如权利要求11所述的组合物，其中形成微生物聚生体的至少两种微生物菌株以每克所述组合物102至1015个细胞存在于所述组合物中。
16.如权利要求11所述的组合物，其中所述组合物与动物饲料混合。
17.一种赋予动物至少一种改善的性状的方法，所述方法包括向所述动物施用如权利要求11所述的组合物。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述动物是禽类。
19.如权利要求18所述的方法，其中所述禽类是肉鸡。
20.如权利要求18所述的方法，其中所述施用包括将所述组合物注射到所述动物的嗉囊、砂囊、盲肠、小肠或大肠中的一个或多个中。
21.如权利要求17所述的方法，其中所述组合物每月施用至少一次。
22.如权利要求21所述的方法，其中所述组合物每周施用至少一次。
23.如权利要求22所述的方法，其中所述组合物每天施用至少一次。
24.如权利要求17所述的方法，其中每次喂食动物时都进行所述施用。
25.如权利要求17所述的方法，其中所述施用是泄殖腔施用。
26.如权利要求25所述的方法，其中所述泄殖腔施用包括将包含所述组合物的栓剂插入所述动物的直肠中。
27.如权利要求17所述的方法，其中所述施用是口服施用。
28.如权利要求27所述的方法，其中所述口服施用包括将所述组合物与所述动物的饲料、水、垫料、药物或疫苗接种组合施用。
29.如权利要求27所述的方法，其中所述口服施用包括将所述组合物以凝胶或粘稠溶液施用于所述动物的身体部位，其中所述动物摄取所述组合物。
30.如权利要求17所述的方法，其中所述施用包括将所述组合物喷雾到所述动物上，并且其中所述动物摄取所述组合物。
31.如权利要求17所述的方法，其中所述至少一种改善的性状选自由以下组成的组：重量增加；产蛋量增加；肌肉组织增加；蛋中的维生素增加；胃肠道中脂肪酸浓度增加；和蛋体积增加；饲料利用率和消化率提高；多糖和木质素降解增加；脂肪、淀粉和/或蛋白质消化增加；维生素可用性增加；矿物质可用性增加；氨基酸可用性增加；胃肠道中pH平衡；甲烷和/或一氧化二氮排放减少；粪肥生产减少；氮素利用效率提高；磷利用效率提高；对定殖鸡的病原微生物的定殖的抗性增加；死亡率降低；抗微生物剂的生产增加；病原微生物的清除增加；对感染鸡的病原微生物的定殖的抗性增加；对感染人的病原微生物的定殖的抗性增加；其中所述增加或减少是针对尚未施用所述组合物的动物进行比较而确定的。
32.如权利要求31所述的方法，其中所述重量增加是增加至少1％。
33.如权利要求31所述的方法，其中所述粪肥生产的减少是减少至少1％。
34.如权利要求31所述的方法，其中所述多糖降解的增加是木质素、纤维素和/或半纤维素降解的增加。
35.如权利要求31所述的方法，其中所述脂肪酸浓度的增加是乙酸、丙酸和/或丁酸的增加。
36.如权利要求11所述的组合物，其中所述至少一种微生物菌株表现出增加的效用，当所述至少一种微生物菌株单独发生时或当所述至少一种微生物菌株以天然存在的浓度存在时不表现出所述效用。
37.如权利要求11所述的组合物，其中所述至少一种微生物菌株在赋予动物至少一种改善的性状方面表现出协同效应。
38.一种能够增加鸟类中的所希望表型性状的家禽饲料补充剂，所述饲料补充剂包含：
(a)如权利要求1-9中任一项所述的微生物聚生体，所述微生物聚生体以不会在所述鸟类中天然存在的浓度存在，以及
(b)可接受的载体。
39.如权利要求38所述的家禽饲料补充剂，其中所述微生物聚生体是包封的。
40.一种分离的微生物菌株，其选自表1和/或表2中的微生物菌株中的任一种。
41.一种分离的微生物菌株，其选自由以下组成的组：
(a)保藏为专利201703004的Ascusb_4729
(b)保藏为专利201703002的Ascusb_170211
(c)保藏为PTA-124016的Ascusb_1686；
(d)保藏为B-67266的Ascusb_33；
(e)保藏为专利201703004的Ascusb_128；
(f)保藏为B-67265的Ascusb_127；
(g)保藏为PTA-124016的Ascusb_14834；
(h)保藏为专利201703003的Ascusb_313454；
(i)保藏为PTA-124039的Ascusb_28；
(j)保藏为PTA-124039的Ascusb_144；
(k)保藏为专利201703002的Ascusb_312；以及
(l)保藏为PTA-124039的Ascusb_2158。
42.一种分离的微生物菌株，其包含与SEQ ID NO:1-58和338-364中的任一个共享至少90％序列同一性的多核苷酸序列。
43.一种根据权利要求40至42中任一项所述的分离的微生物菌株的基本上纯的培养物。
44.一种调节禽类的微生物组的方法，所述方法包括施用如权利要求12所述的组合物。
45.如权利要求44所述的方法，其中所述组合物的施用赋予所述禽类至少一种改善的性状。
46.如权利要求45所述的方法，其中所述至少一种改善的性状选自由以下组成的组：重量增加；产蛋量增加；肌肉组织增加；蛋中的维生素增加；胃肠道中脂肪酸浓度增加；和蛋体积增加；饲料利用率和消化率提高；多糖和木质素降解增加；脂肪、淀粉和/或蛋白质消化增加；维生素可用性增加；矿物质可用性增加；氨基酸可用性增加；胃肠道中pH平衡；甲烷和/或一氧化二氮排放减少；粪肥生产减少；氮素利用效率提高；磷利用效率提高；对定殖鸡的病原微生物的定殖的抗性增加；死亡率降低；抗微生物剂的生产增加；病原微生物的清除增加；对感染鸡的病原微生物的定殖的抗性增加；对感染人的病原微生物的定殖的抗性增加；其中所述增加或减少是针对尚未施用所述组合物的动物进行比较而确定的。
47.如权利要求46所述的方法，其中所述重量增加是增加至少1％。
48.如权利要求46所述的方法，其中所述粪肥生产的减少是减少至少1％。
49.如权利要求46所述的方法，其中所述多糖降解的增加是木质素、纤维素和/或半纤维素降解的增加。
50.如权利要求46所述的方法，其中所述脂肪消化、淀粉消化和/或蛋白质消化的增加是增加至少1％。
51.如权利要求46所述的方法，其中所述脂肪酸浓度的增加是乙酸、丙酸和/或丁酸的增加。
52.如权利要求45所述的方法，其中所述微生物组的调节是所述微生物组的至少一种微生物菌株的比例增加，其中所述增加是相对于未施用所述至少一种微生物菌株的禽类所测量的。
53.如权利要求45所述的方法，其中所述微生物组的调节是在施用所述组合物之前所述微生物组中存在的微生物菌株的比例降低，其中所述降低是相对于在施用所述组合物之前所述禽类的微生物组所测量的。
54.一种增加家禽对病原微生物定殖的抗性的方法，所述方法包括施用如权利要求11所述的组合物，其中所述病原体不能定殖于所述家禽的胃肠道。
55.一种治疗家禽中至少一种病原微生物的存在的方法，所述方法包括施用如权利要求11所述的组合物。
56.如权利要求55所述的方法，其中在施用所述组合物后，所述至少一种病原微生物的相对丰度在胃肠道中降低至小于5％的相对丰度。
57.如权利要求56所述的方法，其中所述至少一种病原微生物的相对丰度在所述胃肠道中降低至小于1％。
58.如权利要求56所述的方法，其中所述至少一种病原微生物在所述胃肠道中不可检测。
59.如权利要求58所述的方法，其中在施用所述组合物之后不到10天，所述至少一种病原微生物在所述胃肠道中不可检测。
60.如权利要求58所述的方法，其中在施用所述组合物之后5-15天内，所述至少一种病原微生物在所述胃肠道中不可检测。
61.如权利要求56所述的方法，其中所述至少一种病原微生物在所述家禽所产的蛋之中或之上也不可检测。
62.如权利要求54-61中任一项所述的方法，其中所述至少一种病原微生物选自：鸡毒支原体、火鸡支原体、滑液囊支原体、多杀巴斯德菌、产气荚膜梭菌、鹑梭菌、肉毒梭菌、伤寒沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、肠道沙门氏菌、鸡白痢沙门氏菌、鸡沙门氏菌、禽嗜血杆菌、猪丹毒杆菌、空肠弯曲杆菌、大肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、单核细胞增多性李斯特氏菌、布氏弓形杆菌、鸟型结核分支杆菌以及大肠埃希氏菌和金黄色葡萄球菌的致病菌株。
63.如权利要求62所述的方法，其中所述至少一种病原微生物选自沙门氏菌属或梭菌属。
64.如权利要求11所述的组合物，其中所述微生物组合物包含呈孢子形式的细菌和/或真菌。
65.如权利要求11所述的组合物，其中所述微生物组合物包含脱氯剂和/或氧清除剂。
在各方面，前述微生物物种—即，包含具有16S核酸序列的细菌和/或具有ITS核酸序列的真菌的纯化的微生物群体，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ ID NO:1-385—是Markush组的成员，因为本公开说明，所述成员属于一类特征在于各种物理和功能属性的微生物，其可包括以下中的任一种:a)将碳源转化成诸如乙酸酯、丁酸酯、丙酸酯或其组合物的挥发性脂肪酸的能力；b)使可溶性或不溶性碳源降解的能力；c)向施用所述一种或多种微生物的禽类赋予重量增加增加的能力；d)调节施用所述微生物的禽类的胃肠道的微生物组的能力；e)被配制成储存稳定的组合物的能力；f)在已经施用所述一种或多种微生物的禽类中表现出饲料转化率降低的能力；g)赋予胃肠道中病原体相关的病变形成减少的能力；h)赋予胃肠道中病原微生物减少的能力；和/或i)在细菌的情况下具有至少约0.2的MIC分数，并且在真菌的情况下具有至少约0.2的MIC评分。因此，Markush组的成员具有至少一种共同的性质，所述性质可负责其在所要求的关系中的功能。
如本文所用，“储存稳定”是指由根据本公开配制的微生物获得的功能属性和新用途，其使所述微生物能够在胃肠道中的其天然环境之外以有用/活跃状态存在(即显著不同的特征)。因此，储存稳定是通过本公开的制剂/组合物产生并且表示配制成储存稳定的组合物的微生物可存在于胃肠道外和环境条件下持续可根据使用的具体制剂确定的一段时间的的功能属性，但通常是指微生物可被配制成在环境条件下稳定至少几天且通常至少一周的组合物中存在的微生物。因此，“储存稳定的禽类补充剂”是包含本公开的一种或多种微生物的组合物，所述微生物在组合物中配制，以使得所述组合物在环境条件下稳定至少一周，从而意味着当施用时包含在所述组合物中的微生物(例如，全细胞、孢子或裂解细胞)能够赋予禽类一种或多种有益的表型特性(例如增加的体重增加、增加的蛋壳密度、改善的胃肠健康和/或胃肠道微生物组的调节)。
在一些实施方案中，本公开的分离的微生物菌株进一步涵盖其突变体。在一些实施方案中，本公开进一步涵盖具有本发明公开的微生物菌株的所有鉴定特征的微生物菌株。
表45：本公开的布达佩斯条约保藏
Figure BDA0001905888290001951
Figure BDA0001905888290001961
以引用的方式并入
本文引用的所有参考文献、文章、出版物、专利、专利公布以及专利申请出于所有目的以引用的方式整体并入。
然而，提及本文引用的任何参考文献、文章、出版物、专利、专利公布和专利申请不是、也不应被视为承认或任何形式的认可，即它们构成有效现有技术或构成世界上任何国家的公知常识的一部分。
序列表
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<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 1
agatttgatc tggctcagca cgaacgctgg cggcgtacct aatacatgca agtcgagcga 60
gcggaactaa cagatttact tcggtaatga cgttaggaaa gcgagcggcg gatgggtgag 120
taacacgtgg ggaacctgcc ccatagtctg ggataccact tggaaacagg tgctaatacc 180
ggataagaaa gcagatcgca tgatcagctt ttaaaaggcc gcgt 224
<210> 2
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自毛螺菌科(梭菌属XIVa簇)的rRNA
<400> 2
agatttgatc ctggctcagg atgaacgctg gcggcgtgct taacacatgc aagtcgagcg 60
aagcgctttt gcggatttct tcggattgaa gcaattgtga ctgagcggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg ggaacctggc ccatacaggg ggataacagt tagaaatgac tgctaatacc 180
gcataagcgc acggaaccgc atggttttgt gtgaaaaact ccgg 224
<210> 3
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 3
agatttgctc ctggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
agcggaacta acagatttac ttcggtaatg acgttaggaa agcgagcggc ggatgggtga 120
gtaacacgtg gggaacctgc cccatagtct gggataccac ttggaaacag gtgctaatac 180
cggataagaa agcagatcgc atgatcagct tttaaaaggc ggcg 224
<210> 4
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 4
agagtttgat catggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcactggccc aactgatatg acgtgcttgc actgaattga cgttggatta ccagtgagcg 120
gcggacgggt gagtaacacg tgggcaacct gccctggagc gggggataac atctggaaac 180
aggtgctaat accgcataac aacgaaaacc acatggtttt cgtt 224
<210> 5
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 5
agatttgatc ctggctcagg atgaacgccg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
cactggccca actgatatga cgtgcttgca ctgaattgac gttggattac cagtgagcgg 120
cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg ccctggagcg ggggataaca tctggaaaca 180
ggtgctaata ccgcataaca acgaaaacca catggttttc gttt 224
<210> 6
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 6
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcttgcct agatgatttt agtgcttgca ctaaatgaaa ctagatacaa gcgagcggcg 120
gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc caagagactg ggataacacc tggaaacaga 180
tgctaatacc agataacaac actagacgca tgtctaaagt atga 224
<210> 7
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自栖粪杆菌的16S rRNA
<400> 7
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgcgcc taacacatgc aagtcgaacg 60
gaatacggag aggatttatc ttttctgtgt ttagtggcga acgggtgagt aacgcgtgag 120
gaacctgcct caaagagggg gacaacagtt ggaaacgact gctaataccg cataagccca 180
cggggccgca tggccctgag ggaaaaggag aaatccgctt tgag 224
<210> 8
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 8
agatttgatc ctggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
agcttgccta gatgatttta gtgcttgcac taaatgaaac tagatacaag cgagcggcgg 120
acgggtgagt aacacgtggg taacctgccc aagagactgg gataacacct ggaaacagat 180
gctaataccg gataccaaca ctagacgcat gtctatagtt tgaa 224
<210> 9
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产氢厌氧杆菌属的16S rRNA
<400> 9
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taacacatgc aagtcgaacg 60
gagataagcg ctgatgattt agcttgctag agattcttgc ttatcttagt ggcggacggg 120
tgagtaacgc gtgagcaacc tgcctttcag agggggataa cgtcttgaaa aggacgctaa 180
taccgcatga tattatggag ccacatggct ctataatcaa agga 224
<210> 10
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自消化链球菌科(梭菌属簇XI)的16S rRNA
<400> 10
agatttgatc ctggctcagg atgaacgctg gcggcgtgcc taacacatgc aagtcgagcg 60
aactcttcgg agtgagcggc ggacgggtga gtaacgcgtg ggtaacctgc cctgtacaca 120
tggataacat accgaaaggt atgctaatat aagataaaat atatttatcg catgatagct 180
atatcaaagc gttagcggta catgatggac ccgcgtctga ttag 224
<210> 11
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自顶果孢菌属的16S rRNA
<400> 11
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgct taacacatgc aagtcgagcg 60
gaaaggccct tcggggtact cgagcggcga acgggtgagt aacacgtgag taacctgccc 120
ctgactctgg gataagcctg ggaaaccggg tctaataccg gatacgacca ccggccgcat 180
ggcctggtgg tggaaagatt catcggttgg ggatgggctc gcgg 224
<210> 12
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 12
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
agcggaacta acagatttac ttcggtaatg acgctgggga cgcgagcggc ggatgggtga 120
gtaacacgtg gggaacctgc cccatagtct gggataccac ttggaaacag gtgctaatac 180
cggataagaa agcagatcgc atgatcagct tataaaaggc ggcg 224
<210> 13
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 13
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
gacagatggg agcttgctcc ctgatgttag cggcggacgg gtgagtaaca cgtgggtaac 120
ctgcctgtaa gactgggata actccgggaa accggggcta ataccggatg gttgtctgaa 180
ccgcatggtt cagacataaa aggtggcttc ggctaccact taca 224
<210> 14
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 14
agatttgatc ctggctcagg atgaacgccg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgaacg 60
cgttggtccg actgattgat gatgcttgca tctgattgac gacggtttac caacgagtgg 120
cggacgggtg agtaacacgt aggcaacctg cccagaagcg ggggacaaca tttggaaaca 180
agtgctaata ccgcataaca acgaaaacca catggttttc gttt 224
<210> 15
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自罕见小球菌属的16S rRNA
<400> 15
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgcgcc taacacatgc aagtcgaacg 60
gagttaattt tgttgaagtt ttcggatgga tacgaaatta acttagtggc gaacgggtga 120
gtaacgcgtg agtaacctgc cccgaagtgg gggacaacag ttggaaacga ctgctaatac 180
cgcataagcc cacggcaccg catggtgctg agggaaaagg gctt 224
<210> 16
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自罕见小球菌属的16S rRNA
<400> 16
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgcgcc taacacatgc aagtcgaacg 60
gaacttgaga gagcttgctt tttcaagttt agtggcgaac gggtgagtaa cgcgtgagta 120
acctgccctg gagtggggga caacagttgg aaacgactgc taataccgca taagcccacg 180
gtaccgcatg gtactgaggg aaaaggattt attcgcttca ggat 224
<210> 17
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自毛螺菌科(梭菌属 XIVa簇)的16S rRNA
<400> 17
agatttgatc atggctcagg atgaacgctg gcggcgtgcc taacacatgc aagtcgaacg 60
aagcgcttta ctttgatttc ttcgggatga agattttgtg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcatacagg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180
cgcataagac cacagcttcg catggagcag tggtaaaaac tccg 224
<210> 18
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 18
agatttgatc atggctcagg atgaacgccg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgaacg 60
cgttggcccg actgattgat gatgcttgca tctgattgac gacggtttac caacgagtgg 120
cggacgggtg agtaacacgt aggcaacctg cccagaagcg ggggacaaca tttggaaaca 180
agtgctaata ccgcataaca acgaaaacca catggttttc gttt 224
<210> 19
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 19
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgtacg 60
cactggccca actgattgat ggtgcttgca cctgattgac gatggattac cagtgagtgg 120
cggacgggtg agtaacacgt aggtaacctg ccccggagcg ggggataaca tttggaaaca 180
gatgctaata ccgcataaca acaaaagcca catggctttt gttt 224
<210> 20
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自明串珠菌属的16S rRNA
<400> 20
agatttgatc atggctcagg atgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgaacg 60
cacagcgaaa ggtgcttgca cctttcaagt gagtggcgaa cgggtgagta acacgtggac 120
aacctgcctc aaggctgggg ataacatttg gaaacagatg ctaataccga ataaaactta 180
gtgtcgcatg acacaaagtt aaaaggcgct tcggcgtcac ctag 224
<210> 21
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 21
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaagcacttt ctttagattc ttcggatgaa gaagactgtg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggcaacctgc cctgtacagg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180
cgcataagcg cacgaggacg catgttcttg tgtgaaaaac tccg 224
<210> 22
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 22
agatttgatc atggctcagg atgaacgccg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgtacg 60
cactggccca actgattgat ggtgcttgca ccggattgac gatggatcac cagtgagtgg 120
cggacgggtg agtaacacgt aggtaacctg ccccggagcg ggggataaca tttggaaaca 180
gatgctaata ccgcataaca acaaaagtcg catggctttt gttt 224
<210> 23
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自厌氧细杆菌属的16S rRNA
<400> 23
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgcgcc taacacatgc aagtcgaacg 60
gagctgcttt gacagattcc ttcgggatga cgttgattta gcttagtggc gaacgggtga 120
gtaacacgtg agcaacctac ctttcagagg gggacaacag ttggaaacga ctgctaatac 180
cgcataagac cacgctatgg catcgtagag gggtcaaagg agaa 224
<210> 24
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 24
agatttgacc tggctcagga tgaacgctgg cggcgtgctt aacacatgca agtcgaacga 60
agcattggag aacggagatt tcggttgaag ttttcctttg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc cctgtacagg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180
cgcataagcg cacagcttcg catggagcgg tgtgaaaaac tgag 224
<210> 25
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自毛螺菌科(梭菌属 XIVa簇)的16S rRNA
<400> 25
agatttgatc atggctcagg atgaacgctg gcggcgtgcc taacacatgc aagtcgaacg 60
aagcgatttg gaagaagttt tcggatggaa tccaaattga ctgagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gtaacctgcc tcacactggg ggacaacagc tggaaacggc tgctaatacc 180
gcataagcgc acagcttcgc atgaagcagt gtgaaaaact ccgg 224
<210> 26
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自微杆菌属的16S rRNA
<400> 26
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgct taacacatgc aagtcgaacg 60
atgaagctgg tgcttgcact ggtggattag tggcgaacgg gtgagtaaca cgtgagtaac 120
ctgcccctga ctctgggata actgctggaa acggtagcta atactggata tgaaccgtac 180
gggcatctgt tgcggttgga aagttttttc ggttggggat gggc 224
<210> 27
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自疣孢菌属的16S rRNA
<400> 27
agatttgatc ctggctcagg acgaacgctg gcggcgtgct taacacatgc aagtcgagcg 60
gaaaggccct tcggggtact cgagcggcga acgggtgagt aacacgtgag caacctgccc 120
taggctttgg gataaccctc ggaaacgggg gctaataccg gatattcact tgctgccgca 180
tggtggtggg tggaaagatt tttcggcttg ggatgggctc gcgg 224
<210> 28
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自厌氧细杆菌属的16S rRNA
<400> 28
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgcgcc taacacatgc aagtcgaacg 60
gagcattgag agcttgcttt taatgcttag tggcgaacgg gtgagtaacg cgtgagtaac 120
ctgcccttga gtgggggaca acagttggaa acgactgcta ataccgcata agaccacaga 180
gccgcatggc tcggaggtaa aaggatttat tcgctcaagg atgg 224
<210> 29
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 29
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taacacatgc aagttgagcg 60
gagatatgag aagcttgctc tttctatttt agcagcgaac gggtgagtaa cacgtagata 120
atttgtccta tactggggga taggccgatg aaaattggat taataccgca tacagctatt 180
taaccgcatg gatagatagt gaaaggggaa acttgatata ggag 224
<210> 30
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 30
agatttgatc ctggctcaga ttgaacgctg gcggcaggcc taacacatgc aagtcgagcg 60
agcagaacta gcagatttac ttcggtaatg acgctgggga cgcgagcggc ggatgggtga 120
gtaacacgtg gggaacctgc cccatagtct gggataccac ttggaaacag gtgctaatac 180
cggataagaa agcagatcgc atgatcagct tataaaaggc ggcg 224
<210> 31
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 31
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgaacg 60
aaactttctt acaccgaatg cttgcattca ccgtaagaag ttgagtggcg gacgggtgag 120
taacacgtgg gtaacctgcc taaaagaagg ggataacact tggaaacagg tgctaatacc 180
gtatatcttt aaggatcgca tgatccttag atgaaagatg gttc 224
<210> 32
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自毛螺菌科(梭菌属 XIVa簇)的16S rRNA
<400> 32
agatttgatc ctggctcagg atgaacgctg gcggcgtgct taacacatgc aagtcgagcg 60
aagcgcttaa acagatttct tcggaatgaa gtttttgcga ctgagcggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gcaacctgcc ccataccggg ggataacagc tggaaacggc tgctaatacc 180
gcataagcgc acagtgccgc atggcacggt gtgaaaaact ccgg 224
<210> 33
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自布劳特菌属的16S rRNA
<400> 33
agatttgatc atggctcagg atgaacgctg gcggcgtgct taacacatgc aagtcgaacg 60
ggaaacattt tattgaagct tcggcagatt tagcttgttt ctagtggcgg acgggtgagt 120
aacgcgtggg taacctgccc cacacggggg gataacaacc agaaatggct gctaataccg 180
cataagcgca cggggccgca tggccatgtg tgaaaaactc cggt 224
<210> 34
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 34
agatttgatc ctggctcagg atgaacgccg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
cactggccca actgatatga cgtgcttgca ctgaattgac gttggattcc cagtgagcgg 120
cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg ccccaaagcg ggggataaca tttggaaaca 180
ggtgctaata ccgcataact tggaaaacca catggttttc caat 224
<210> 35
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 35
agatttgatc ctggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
agcggaacta acagatttac ttcggtaatg acgttaggaa agcgagcggc ggatgggtga 120
gtaacacgtg gggaacctgc cccatagtct gggataccac ttggaaacag gtgctaatac 180
cgcataacaa caaaagccac atggcttttg tttgaaagat ggct 224
<210> 36
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 36
agatttgatc atggctcagg atgaacgccg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgtacg 60
cactggccca actgattgat ggtgcttgca cctgattgac gatggattac cagtgagtgg 120
cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg cctaaaagaa ggggataaca cttggaaaca 180
ggtgctaata ccggataaga aagcagatcg catgatcagc tttt 224
<210> 37
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自假单胞菌属的16S rRNA
<400> 37
agatttgatc ctggctcaga ttgaacgctg gcgacaggcc taacacatgc aagtcgagcg 60
gatgagagga gcttgctcct tgatttagcg gcggacgggt gggtaatgcc taggaatctg 120
cctggtagtg ggggataacg ttccgaaagg aacgctaata ccgcatacgt cctacgggag 180
aaagcagggg accttcgggc cttgcgctat cagatgagcc tagg 224
<210> 38
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自毛螺菌科(梭菌属XIVb簇)的16S rRNA；
潜在人病原体(目前未证实的病原体状态)
<400> 38
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
ggagttttac gagagcttgc ttttgtaaaa cttagcggcg gacgggtgag taacgcgtgg 120
gtaacctgcc ctatacacag ggataacatt gagaaattga tgctaatacc tgataagcta 180
acagctaggc atctagcagt tagaaaaact gaggtggtat agga 224
<210> 39
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自孢杆菌属的16S rRNA
<400> 39
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taacacatgc aagtcgaacg 60
gagccaatcg aatgaatttt tcggaaggat tttgaggaag cttagtggcg gacgggcgag 120
taacgcgtga ataacctgcc cataagaggg ggataatcca tggaaacgtg gactaatacc 180
gcatattgag cattaaccgc atggttgatg gttgaaagat ttat 224
<210> 40
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 40
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
agcggaacta acagatttac ttcggtaatg acgttaggaa agcgagcggc ggatgggtga 120
gtaacacgtg gggaacctgc cccatagtct gggataccac ttggaaacag gtgctaatac 180
cgcataacaa cgaaaaccac atggttttcg tttaaaagat ggtt 224
<210> 41
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 41
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgaacg 60
aaactttctt acaccgaatg cttgcattca ccgtaagaag ttgagtggcg gacgggtgag 120
taacacgtgg gtaacctgcc taaaagaagg ggataacatt tggaaacaga tgctaatacc 180
gcataacaac aaaagccaca tggcttttgt ttgaaagatg gctt 224
<210> 42
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 42
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
agcagaacca gcagatttac ttcggtaatg acgctgggga cgcgagcggc ggatgggtga 120
gtaacacgtg gggaacctgc cccatagtct gggataccac ttggaaacag atactaatac 180
cgcataacaa caaaagccac atggcttttg tttgaaagat ggct 224
<210> 43
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 43
agatttgatc atggctcagg atgaacgctg gcggcgtgct taacacatgc aagtcgaacg 60
aagcactggg gaacggagat ttcggttgaa gttttccttt gactgagtgg cggacgggtg 120
agtaacgcgt gggtaacctg ccctgtacag ggggataaca gttagaaatg actgctaata 180
ccgcataagc gcacagcttc gcatggagcg gtgtgaaaaa ctga 224
<210> 44
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 44
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
agcggaacta acagatttac ttcggtaatg acgttaggaa agcgagcggc ggatgggtga 120
gtaacacgtg gggaacctgc cccatagtct gggataacat ttggaaacag atgctaatac 180
cgcataacaa caaaagccac atggcttttg tttgaaagat ggct 224
<210> 45
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 45
agatttgatc atggctcagg atgaacgccg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
cattggccca actgatatga cgtgcttgca ctgaattgac gttggattac cagtgagcgg 120
cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg ccctgaagcg ggggataaca tctggaaaca 180
gatgctaata ccgcataaca acaaaagcca catggctttt gttt 224
<210> 46
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自消化链球菌科(梭菌属XI簇)的16S rRNA
<400> 46
agatttgatc atggctcagg atgaacgctg gcggcgtgcc taacacatgc aagtcgagcg 60
aactcttcgg agtgagcggc ggacgggtga gtaacgcgtg ggtaacctgc cctgtacaca 120
tggataacat accgaaaggt atgctaatac aagataaaat atatttatcg catgatagat 180
atatcaaagc gttagcggta caggatggac ccgcgtctga ttag 224
<210> 47
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码乳杆菌属的16S rRNA
<400> 47
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
agcggaacta acagatttac ttcggtaatg acgttaggaa agcgagcggc ggacgggtga 120
gtaacacgtg ggtaacctgc ccaagagact gggataacac ctggaaacag gtgctaatac 180
cggataagaa agcagatcgc atgatcagct tttaaaaggc ggcg 224
<210> 48
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码乳杆菌属的16S rRNA
<400> 48
agatttgatc ctggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
agcttgccta gatgatttta gtgcttgcac taaatgaaac tagatacaag cgagcggcgg 120
acgggtgagt aacacgtggg taacctgccc aagagactgg gataacacct ggaaacagat 180
gctaataccg cataacaaca aaagccacat ggcttttgtt tgaa 224
<210> 49
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 49
agatttgatc atggctcagg atgaacgccg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgtacg 60
cactggccca actgattgat ggtgcttgca cctgattgat gatggatcac cagtgagtgg 120
cgaacgggtg agtaacacgt aggtaacctg ccccggagcg ggggataaca tttggaaaca 180
ggtgctaata ccgcataaca acgaaaacca catggttttc gttt 224
<210> 50
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 50
agatttgatc atggctcagg acgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcgagcg 60
agcggaacta acagatttac ttcggtaatg acgttaggaa agcgagcggc ggacgggtga 120
gtaacacgtg ggtaacctgc cctgaagcgg gggataacat ctggaaacag gtgctaatac 180
cgcataacaa caaaagccac atggcttttg tttgaaagat ggct 224
<210> 51
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丛赤壳科的ITS区
<400> 51
tccgtaggtg aacctgcgga gggatcatta ccgagtttac aactcccaaa cccctgtgaa 60
cataccaatt gttgcctcgg cggatcagcc cgctcccggt aaaacgggac ggcccgccag 120
aggaccccta aactctgttt ctatatgtaa cttctgagta aaaccataaa taaatcaaaa 180
ctttcaacaa cggatctctt ggttctggca tcgatgaaga acgca 225
<210> 52
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自花状线黑粉菌的ITS区
<400> 52
tccgtaggtg aacctgcgga aggatcatta atgaatttag attgaaccat aggcgaaagc 60
cagtggttct tctttcatat ccataacacc tgtgcactgt tggatgcttg catccacttt 120
taaactaaac attattgtaa caaatgtagt cttattataa cataataaaa ctttcaacaa 180
cggatctctt ggctctcgca tcgatgaaga acgcagcgaa atgcg 225
<210> 53
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自玉米赤霉的ITS区
<400> 53
tccgtaggtg aacctgcgga gggatcatta ccgagtttac aactcccaaa cccctgtgaa 60
cataccttat gttgcctcgg cggatcagcc cgcgccccgt aaaaagggac ggcccgccgc 120
aggaacccta aactctgttt ttagtggaac ttctgagtat aaaaaacaaa taaatcaaaa 180
ctttcaacaa cggatctctt ggttctggca tcgatgaaga acgca 225
<210> 54
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Alatospora的ITS区
<400> 54
tccgtaggtg aacctgcgga ggagcatatc aataagcgga ggaccttccg taggtgaacc 60
tgcggacgca tatcattaag cggaggacat atcaataagc ggaggacctt ccgtaggtga 120
acctgcggac gcatatcaat aagcggagga tcttccgtag gtgaacctgc ggaaggatca 180
ttatgaataa gcatatcaat aagcggagga tcgtccgtag gtgaa 225
<210> 55
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自肉座菌科的ITS区
<400> 55
tccgtaggtg aacctgcgga aggatcatta tgaattataa atatttgtga atttaccaca 60
gcaaacaaaa atcatacaat caaaacaaaa ataattaaaa cttttaacaa tggatctctt 120
ggttctcgta tcgatgaaga acgcagcgaa acgcgatatt tcttgtgaat tgcagaagtg 180
aatcatcagt ttttgaacgc acattgcact ttggggtatc cccca 225
<210> 56
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自发酵毕赤氏酵母的ITS区
<400> 56
tccgtaggtg aacctgcgga aggatcatta ctgtgattta tatcttatac acatgcgtga 60
gcgcaccaaa cacctaaaat tgtaataata ccagtcagta agttttaaca aaacaaaact 120
ttcaacaacg gatctcttgg ttctcgcatc gatgaagagc gcagcgaaat gcgataccta 180
gtgtgaattg cagccatcgt gaatcatcga gttcttgaac gcaca 225
<210> 57
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自铁杉假丝酵母的ITS区
<400> 57
tccgtaggtg aacctgcgga aggatcatta cagtattctt ttgccagcgc ttaattgcgc 60
ggcgaaaaac cttacacact atgttttttt aatttgaaac tattgctttg gtctggctta 120
gaaataggtt gggccaaagg ttttatcaaa acttcaatat ttattattga attgttattt 180
ttaattttat gtcaatttgt tgattatatc aaaaatcttc aaaac 225
<210> 58
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自肉座菌科的ITS区
<400> 58
tccgtaggtg aacctgcgga aggatcatta agaattataa atatttgtga aatttacaca 60
gcaaacaata attttatagt caaaacaaaa ataatcaaaa cttttaacaa tggatctctt 120
ggttctcgta tcgatgaaga acgcagcgaa acgcgatatt tcttgtgaat tgcagaagtg 180
aatcatcagt ttttgaacgc acattgcact ttggggtatc cccca 225
<210> 59
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVb的16S rRNA
<400> 59
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gcgtctgatt tgatgcttgc attaatgaaa gatgagcggc ggacgggtga gtaacgcgtg 120
ggtaacctgc cctatacaca tggataacat actgaaaagt ttactaatac atgataatat 180
atatttacgg catcgtagat atatcaaagt gttagcggta tagga 225
<210> 60
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自吉米菌属的16S rRNA
<400> 60
agagtttgat catggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
ggtaacagga agcagcttgc tgcttcgctg acgagtggcg gacgggtgag taacgcgtga 120
gtaacctgcc ccgaagtggg ggacaacagt tggaaacgac tgctaatacc gcataagccc 180
acagagccgc atggctcaga gggaaaagga cttcggtttg cttcg 225
<210> 61
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 61
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggcct tgtgcttgca cagggtactc gagtggcgaa cgggtgagta acacgtgggt 120
aacctgccca agagactggg ataacacctg gaaacagatg ctaataccgg ataacaacac 180
tagacgcatg tctagagttt gaaagatggt tctgctatca ctctt 225
<210> 62
<211> 185
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XI的16S rRNA
<400> 62
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctattgcaca atgggcgaaa 60
gcctgatgca gcaacgccgc gtgagcgaag aaggccttcg ggtcgtaaag ctctgtcata 120
taggaagata atgacggtac ttgaggagga agccccggct aactacgtgc cagcagccgc 180
ggaat 185
<210> 63
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自咸海鲜球菌属的16S rRNA
<400> 63
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcgaagatca ggagcttgct cctgagattc gagcggcgga cgggtgagta acacgtaggc 120
aacctaccct tgagattggg ataactaccg gaaacggtag ctaataccgg atacgacatt 180
cctgcataag taagaatgtt aaaaggcgga tttatctgcc gctca 225
<210> 64
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 64
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagttgagc 60
ggagatatga ggagcttgct ttttatatct tagcagcgaa cgggtgagta acacgtgggg 120
aacctgcccc atagtctggg ataccacttg gaaacaggtg ctaataccgg ataagaaagc 180
agatcgcatg atcagctttt aaaaggcggc gtaagctgtc gctat 225
<210> 65
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 65
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcatcggccc aactgattga agatgcttgc atccgattga cgatggttta ccgatgagcg 120
gcggacgggt gagtaacacg taggtaacct gcccagaagc gggggataac acctggaaac 180
agatgctaat accgcatagg tcatttgacc gcatggtcaa atgat 225
<210> 66
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 66
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagttgttt gaggaagttt tcggatggaa tcagatgact tagtggcgga cgggtgagta 120
acgcgtggga aacctgccct gtactggggg ataacacttg gaaacaggtg ctaataccgg 180
ataagaaagc agatcgcatg atcagctttt aaaaggcggc gtaag 225
<210> 67
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自咸海鲜球菌属的16S rRNA
<400> 67
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcgagcgtta gaagcttgct tctaacaatc gagcggcgga cgggtgagta acacgtgggc 120
agcctacctt tgagattggg ataactaccg gaaacggtag ctaataccgg ataggacatg 180
attacataag tagtgatgtt aaaaggcgga tttatctgcc gttca 225
<210> 68
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 68
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaaactttct tacaccgaat gcttgcattc atcgtaagaa gttgagtggc ggacgggtga 120
gtaacacgtg gggaacctgc cccatagtct gggataccac ttggaaacag gtgctaatac 180
cggataagaa agcagatcgc atgatcagct tttaaaaggc ggcgt 225
<210> 69
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自咸海鲜球菌属的16S rRNA
<400> 69
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcgaagatca ggagcttgct cctgagattc gagcggcgga cgggtgagta acacgtaggc 120
aacctaccct tgagattggg ataactaccg gaaacggtag ctaataccgg atacgacatt 180
cctgcataag taagaatgtt aaaaggcgga tttatctgcc gctca 225
<210> 70
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 70
agagtttgat catggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcactggccc aacagaaatg acgtgcttgc actgatttga cgttggattc ccagtgagcg 120
gcggacgggt gagtaacacg tgggcaacct gccccaaagc gggggaagat aatgacggta 180
cccaaggagg aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cggta 225
<210> 71
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 71
agagtttgat catggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcactggccc aacagaaatg acgtgcttgc actgatttga cgttggattc ccagtgagcg 120
gcggacgggt gagtaacacg tgggcaacct gccccaaagc gggggatcgc atgatcctta 180
gatgaaagat ggttctgcta tcgcttttag atggacccgc ggcgt 225
<210> 72
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 72
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gaacagataa ggagcttgct cctttgacgt tagcggcgga cgggtgagta acacgtgggt 120
aacctaccta taagactggg ataacttcgg gaaaccggag ctaataccgg ataagaaagc 180
agatcgcatg atcagcttat aaaaggcggc gtaagctgtc gctat 225
<210> 73
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒状杆菌属的16S rRNA
<400> 73
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaaactttct tacaccgaat gcttgcattc accgtaagaa gttgagtggc ggacgggtga 120
gtaacacgtg ggtgatctgc cctgcactgt gggataagcc tgggaaactg ggtctaatac 180
catataggac cgcatcttgg atggtgtggt ggaaagcttt tgcgg 225
<210> 74
<211> 197
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自微杆菌属的16S rRNA
<400> 74
agagtttgat cctggctcag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg 60
gggaaaccct gatgcagcaa cgccgcgtga gggatgacgg ccttcgggtt gtaaacctct 120
tttggcaggg aagaagcgag agtgacggta cctgcagaaa aagcgccggc taactacgtg 180
ccagcagccg cggtaat 197
<210> 75
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自咸海鲜球菌属的16S rRNA
<400> 75
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcgaagatca ggagcttgct cctgagattc gagcggcgga cgggtgagta acacgtaggc 120
aacctaccct tgagattggg ataactaccg gaaacggtag ctaataccgg atacgacatt 180
cctgcataag taagaatgtt aaaaggcgga tttatctgcc gctca 225
<210> 76
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自咸海鲜球菌属的16S rRNA
<400> 76
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcgaagatca ggagcttgct cctgagattc gagcggcgga cgggtgagta acacgtaggc 120
aacctaccct tgagattggg ataactaccg gaaacggtag ctaataccgg atacgacatt 180
cctgcataag taagaatgtt aaaaggcgga tttatctgcc gctca 225
<210> 77
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自糖霉菌属的16S rRNA
<400> 77
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttcacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggctc cttcgggagt gctcgagtgg cgaacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120
cccccatctc tgggataact gctggaaacg gtggctaata ccggatacta ctgctggtcg 180
catggcctgg tggtggaaag cttttgcggt tggggagggg ctcgc 225
<210> 78
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自链霉菌属的16S rRNA
<400> 78
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgaaccgg ccttcgggtt ggggattagt ggcgaacggg tgagtaacac gtgggtaatc 120
tgccctgcac tctgggataa gcctgggaaa ctgggtctaa tactggatat gaccttctct 180
cgcatggggg ttggtggaaa gcttttgcgg tgcaggatgg gcccg 225
<210> 79
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自糖多孢菌属的16S rRNA
<400> 79
agagtttgat cctggctcag gcggtcagtc cgagccgctc cattcgggtg gtgtgctcgg 60
cgatgagatc ggtgtgcacg gcctcgatct gcgagaccat ccgctgcacc tcgtcgtcac 120
gctcgagcgt cgagtcgcgc agcgcccgca gcaccggctc gtcgagcacc atgagcgccc 180
ggcaccacag caacgcgtcg ccgacgaccc gccgccccca catgg 225
<210> 80
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自短杆菌属的16S rRNA
<400> 80
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggcct catccttttt tgggtggggt gctcgagtgg cgaacgggtg agtaacacgt 120
gagtaacctg cccctgactc tgggataagc ctgggaaact gggtctaata ctggatatga 180
tgcctggccg catggtctgg gtgtggaaag ttttttcggt tggga 225
<210> 81
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自微杆菌属的16S rRNA
<400> 81
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggtgaagcca agcttgcttg gtggatcagt ggcgaacggg tgagtaacac gtgagcaacc 120
tgccctggac tctgggataa gcgctggaaa cggcgtctaa tactggatat gagcctcttc 180
cgcatggtgg gggttggaaa gattttttgg tctgggatgg gctcg 225
<210> 82
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自不动杆菌属的16S rRNA
<400> 82
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggagagaggt agcttgctac cgatcttagc ggcggacggg tgagtaatgc ttaggaatct 120
gcctattagt gggggacaac atttcgaaag gaatgctaat accgcatacg tcctacggga 180
gaaagcaggg gatcttcgga ccttgcgcta atagatgagc ctaag 225
<210> 83
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳球菌属的16S rRNA
<400> 83
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagttgagc 60
gctgaaggtt ggtacttgta ccgactggat gagcagcgaa cgggtgagta acgcgtgggg 120
aatctgcctt tgagcggggg acaacatttg gaaacgaatg ctaataccgc ataaaaactt 180
taaacacaag ttttaagttt gaaagatgca attgcatcac tcaaa 225
<210> 84
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自管道杆菌属的16S rRNA
<400> 84
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agcgggaggc ctaacacatg caagccgagc 60
ggtattgttt cttcggaaat gagagagcgg cgtacgggtg cggaacacgt gtgcaacctg 120
cctttatctg ggggatagcc tttcgaaagg aagattaata ctccataata tattgattgg 180
catcaattaa tattgaaagc tccggcggat agagatgggc acgcg 225
<210> 85
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自分枝杆菌属的16S rRNA
<400> 85
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggccc cttcgggggt gctcgagtgg cgaacgggtg agtaacacgt gggtgatctg 120
ccctgcactc tgggataagc ctgggaaact gggtctaata ccggatagga ccacatgtcg 180
catggtgtgt ggtggaaagc ttttgcggtg tgggatgggc ccgcg 225
<210> 86
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自亮杆菌属的16S rRNA
<400> 86
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gctgaagctc ccagcttgct gggggtggat gagtggcgaa cgggtgagta acacgtgagt 120
aacctgcccc gaactctggg ataagcgctg gaaacggcgt ctaatactgg atatgtccta 180
tcaccgcatg gtgtgtaggt ggaaagaatt ttggttcggg atgga 225
<210> 87
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 87
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcatgc cttacacatg caagtcggac 60
gggaagtggt gtttccagtg gcggacgggt gagtaacacg tgggtaacct gcctaaaaga 120
aggggataac acttggaaac aggtgctaat accgtatatc tctaaggatc gcatgatcct 180
tagatgaaag atggttctgc tatcgctttt agatggaccc gcggc 225
<210> 88
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自罗氏菌属的16S rRNA
<400> 88
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgaagccc agcttgctgg gtggattagt ggcgaacggg tgagtaatac gtgagtaacc 120
tgcctttaac tctgggataa gccttggaaa cggggtctaa taccggatac gaccagttcc 180
cgcatgggat gctggtggaa agggatatgt actggtttta gatgg 225
<210> 89
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 89
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagagagcgg cggacgggtg agtaacacgt ggggaacctg ccccatagtc 120
tgggatacca cttggaaaca ggtgctaata ccggataaga aagcagatcg catgatcagc 180
tttttaaaag gcggcgtaag ctgtcgctat gggatggccc cgcgg 225
<210> 90
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒形杆菌属的16S rRNA
<400> 90
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggtgatgtca gagcttgctc tggcggatca gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgcccccg actctgggat aactgctaga aatggtagct aataccggat atgacgactg 180
gccgcatggt ctggtcgtgg aaagaatttc ggttggggat ggact 225
<210> 91
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产氢厌氧杆菌属的16S rRNA
<400> 91
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggatattt aagagcttgc ttttgaatat tctagtggcg gacgggtgag taacgcgtga 120
gtaacctgcc tttcagaggg ggataacagt tggaaacagc tgctaatacc gcataacata 180
tacaattcgc atgggaagta tatcaaagag atatcgctga aagac 225
<210> 92
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Howardella的16S rRNA
<400> 92
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggacaaagag gggcttgctc ctctttgtta gtggcggacg ggtgagtaac acgtgagcaa 120
cctgcccata tctggggaat aacacagtga aaattgtgct aataccgcat aagaccacga 180
ggaggcatct ccttgcggta aaagatttat cggatatgga tgggc 225
<210> 93
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 93
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggacgaggag gtgcttgcac ctccaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgagcaa 120
cctgcctcaa agagggggat aacgtctgga aacggacgct aataccgcat gatatattga 180
ataggcatct atttaatatc aaaggagcaa tccgctttga gatgg 225
<210> 94
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 94
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60
gaagcggttt tggaagtctt cggacggaag agagcgactg agcggcggac gggtgagtaa 120
cgcgtgggta acctgcctcg tacaggggga taacagttgg aaacgactgc taataccgca 180
taagcccacg gggtcgcatg gctctgaggg aaaaggattt attcg 225
<210> 95
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产氢厌氧杆菌属的16S rRNA
<400> 95
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggatattt aagagcttgc ttttaaatat tctagtggcg gacgggtgag taacgcgtga 120
gtaacctgcc tttcagaggg ggataacagc tggaaacagc tgctaatacc gcataacata 180
tacaattcgc atgggaagta tatcaaagag atatcgctga aagat 225
<210> 96
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Papillibacter的16S rRNA
<400> 96
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagtttgag aagcttgctt cttaaactta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgagtaa 120
cctgcctttc agagggggat aacgtctgga aacggacgct aataccgcat aacgtaccga 180
gtgggcatcc acttgatacc aaaggagcaa tccgctgaaa gatgg 225
<210> 97
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 97
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggatattt aagagcttgc ttttgaatat tctagtggcg gacgggtgag taacgcgtga 120
gtaacctgcc tttcagaggg ggataacagc tggaaacagc tgctaatacc gcataacata 180
tacaattcgc atgggaagta tatcaaagag atatcgctga aagat 225
<210> 98
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自真杆菌属的16S rRNA
<400> 98
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggttattt tggaaagttc tttcggggac tggaatcttt aacctagtgg cggacgggtg 120
agtaacgcgt gagcaatctg cctttaggag ggggataaca gtcggaaacg gctgctaata 180
ccgcataatg catcaatttc gcatgttatt gatgccaaag gagca 225
<210> 99
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自苏黎世杆菌属的16S rRNA
<400> 99
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gaaccacctt ggtggtgagc ggcggacggg tgagtaacac gtaggtaacc tgcccataag 120
atggggacaa ccaccggaaa cggtggctaa taccgcataa gcccacgggg ccgcatggcc 180
ctgagggaaa aggagcacac cgctttgaga tggcctcgcg tccga 225
<210> 100
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 100
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gaaccacctt ggtggtgagc ggcggacggg tgagtaacac gtaggtaacc tgcccataag 120
atggggacaa ccaccggaaa cggtggctaa taccgcataa cgtaccgagt gggcatccac 180
ttgataccaa aggagcaatc cgctgaaaga tgggctcgcg tccga 225
<210> 101
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Asaccharobacter的16S rRNA
<400> 101
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggttaaggcg ccttcgggcg cgaatagagt ggcgaacggg tgagtaacac gtgaccaacc 120
tgcccccctc cccgggataa cgcgaggaaa cccgcgctaa taccggatac tccgcccctc 180
ccgcatggga ggggcgggaa agccccgacg gagggggatg gggtc 225
<210> 102
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自栖粪杆菌的16S rRNA
<400> 102
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gcgagccttc gggctcgagt ggcgaacggg tgagtaacgc gtgaggaacc tgcctcaaag 120
agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcataa gcccacgggg ccgcatggct 180
ctgagggaaa aggagcaatc cgctttgaga tggcctcgcg tccga 225
<210> 103
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 103
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaagcggttt cgatgaagtt ttcggatgga ttcggaattg actgagcggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcacactgg gggacaacag ctggaaacga ctgctaatac 180
cgcataacgc atgaccggtg catcccggac atgccaaaga tttat 225
<210> 104
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属IV的16S rRNA
<400> 104
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60
ggaatgcgga gaggatttat cttttctgtg tttagtggcg aacgggtgag taacgcgtga 120
gcaacctgcc cttcagaggg ggatagcgtc tggaaacgga cggtaatacc gcataacgta 180
cagggaccgc atgatctttg taccaaaact gaggtgctga aggat 225
<210> 105
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 105
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagatttga gagcttgctt tcaaatctta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgagtaa 120
cctgcctcat acagggggat aacagttaga aatgactgct aataccgcat aagcgcacag 180
taccgcatgg tacggtgtga aaaactccgg tggtatggga tgggc 225
<210> 106
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVb的16S rRNA
<400> 106
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggagatattc agaaagcttg ctttttgaat atcttagcgg cggacgggtg agtaacgtgt 120
gggcaacctg cctcatacag agggataatc atgtgaaaac gtgactaata ccgcatgtca 180
ttaccgaagg gcatccttag gtaagaaaag gagcaatccg gtatg 225
<210> 107
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 107
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggacttattt tggaaagttc ttcggaactg gaatctataa gttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaatctgcc tcggagtggg ggataacagc tggaaacggc tgctaatacc 180
gcataatgca ttctggtcgc atggcctaaa tgccaaaggc ttgct 225
<210> 108
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自孢杆菌属的16S rRNA
<400> 108
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagatacag gggcttgccc ctgtatctta gtggcggacg ggcgagtaac gcgtgaggaa 120
cctgcccttc agtggggaat aacggctgga aacggtcgct aataccgcat gacacattgg 180
taccgcatga tactgatgtc aaaggagcaa tccgctgaag gatgg 225
<210> 109
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 109
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgt ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggtaccct gaaacgaggc ttcggccaag cggaaggact acctagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg agcaacctgc ctttcagatg gggataacgg ctggaaacgg ccgctaatac 180
cgcataacgc ataactgggg catcccggca atgccaaaga tttat 225
<210> 110
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产氢厌氧杆菌属的16S rRNA
<400> 110
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggaaatgatt gaagtttact ttggtcattt tagtggcgga cgggtgagta acacgtgagc 120
aacctgcctt tcagaggggg ataacgtttg gaaacgaacg ctaataccgc ataacgtata 180
cggatggcat cgtctgtata ccaaaggagg aatccgctga aagat 225
<210> 111
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自厌氧细杆菌属的16S rRNA
<400> 111
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagcttgct tgtcagatcc tttcggggtg acgacttgta agcttagtgg cgaacgggtg 120
agtaacacgt gagtaacctg ccccagagtg ggggacaaca gttggaaacg actgctaata 180
ccgcataagc ccacggaacc gcctggttca gagggaaaaa gagca 225
<210> 112
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 112
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagtttgtt ggatcgatcc ttcgggtgat tgaaaataaa gtgagtggcg gacgggtgag 120
taacacgtga gcaacctgcc tttcagagcg ggataacagt tggaaacgac tgctaatacc 180
gcataagacc acgctatggc atcgtagagg ggtcaaagga gaaat 225
<210> 113
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 113
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagtgagcgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg cctcacactg 120
ggggataaca gatagaaata tctgctaaaa ccgcataagc gcacgaggtc gcatgaccat 180
gtgtgaaaaa ctccggtggt gtgagatgga cccgcgtctg attag 225
<210> 114
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 114
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagtgagcgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg ccctgtacag 120
ggggataaca gttagaaatg actgctaata ccgcataagc gcacagcttc gcatgaagcg 180
gtgtgaaaaa ctgaggtggt acaggatggg cccgcgttgg attag 225
<210> 115
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 115
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagtgagcgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg cctcatacag 120
ggggataaca gttagaaatg actgctaata ccgcataaga ccacagcacc gcatggtgca 180
ggggtaaaaa ctccggtggt atgagatgga cccgcgtctg attag 225
<210> 116
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 116
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gggcttattt tggaaagttc ttcggaactg gaatctataa gttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaatctgcc tcggagtggg ggataacagc tggaaacggc tgctaatacc 180
gcatgatgca ttctggtcgc atggcctaaa tgccaaaggc ttgct 225
<210> 117
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自片球菌属的16S rRNA
<400> 117
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaagacatg caagtcgaac 60
gaggtggccc actgattaag aaggaaagtt gaaaagcttg cttggatgct ggaattctta 120
tgacgtggat cttccaccta gtggcaaacg ggtgagtaac acgtgggtta cctacctcta 180
agttggggat aacaattgga aacgattgat aataccgaat aagct 225
<210> 118
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自厌氧醋菌属的16S rRNA
<400> 118
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagtgagcgg cggacgggtg agtaacacgt gagtaacctg cctttcagag 120
tggaataacg tttggaaacg aacgctaata ccgcataaca tgagagaacg gcatcgttct 180
ttcatcaaag attttatcgc tgagagatgg gctcgcggcc gatta 225
<210> 119
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产氢厌氧杆菌属的16S rRNA
<400> 119
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcacgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaagttattt tgatcgaagt tttcggatgg acattgattt aacttagtgg cggacgggtg 120
agtaacacgt gagcaatctg cctttcagag tgggataccg tttggaaacg aacgttaata 180
ccgcataacg cagcgaggcc gcatgacctt gctgccaaag attta 225
<210> 120
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 120
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ataacacatt caagtcgaac 60
ggagttatac gagtagcaat acgaatataa cttagtggcg gacgggtgag taacgcgtga 120
gcaacctacc tttcaaagcg ggataacaca tggaaacgtg tgctaatacc gcataacgta 180
tcgatgtcgc atgacaacga taccaaaagg gcaacctgat gaaag 225
<210> 121
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 121
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagtgagcgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg cctcatacag 120
ggggataaca gttagaaatg actgctaata ccgcataaga ccacagcttc gcatggagca 180
gtggtaaaaa ctccggtggt atgagatgga cccgcgtctg attag 225
<210> 122
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定丹毒丝菌科的16S rRNA
<400> 122
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gggaatcttc ggattccagt ggcgaacggg tgaggaatac ataggtaacc tgcccctccg 120
agggggacaa cagacggaaa catctgctaa gaccgcatag ccacagggaa ggcatcttcc 180
ctgtgccaaa tgtcctttcg gggacagcgg ggggatggac ctatg 225
<210> 123
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 123
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagtgagcgg cggacgggtg attaacgcgt gggtaacctg cctcatacag 120
ggggataaca gttagaaatg actgctaata ccgcataaga ccccagcttc gcatgaagcg 180
gtggtaaaaa ctccggtggt atgagatgga ttcgcgtcag attag 225
<210> 124
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 124
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggacattttt tggaaacttc ttcggaagtg gaatctaaat gttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaatctgcc tcggagtggg ggataacagc cggaaacggc tgctaatacc 180
gcataatgta tgagagtcgc atggctttta taccaaaggc ttgct 225
<210> 125
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 125
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggacttattt tggaaagttc ttcggaactg gaatctataa gttagtggcg tacgggtgag 120
taacgcgtga gcaatctgcc tcggagtggg ggataacagc cggaaacggc tgctaatacc 180
gcataatgta tgagagtcgc atggctttta taccaaaggc ttgct 225
<210> 126
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 126
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaacttattt tggaaagttc ttcggaactg gaatctataa gttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaatctgcc tcggagtggg ggataacagc cggaaacggc tgctaatacc 180
gcataatgta tgagagtcgc atggctttta taccaaaggc ttgca 225
<210> 127
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 127
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagttattt tggaaagtct ttcgggactg gaatctataa cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaatctgcc tcggagtggg ggataacagc cggaaacggc tgctaatacc 180
gcataatgca ttttaatcgc atggttgaaa tgccaaaggc ttgct 225
<210> 128
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 128
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagttattt tggaaagtct ttcgggactg gaatctataa cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaatctgcc tcggagtggg ggataacagc cggaaacggc tgctaatacc 180
gcataatgca ttctggtcgc atgacctaaa tgccaaaggc ttgct 225
<210> 129
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 129
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagtgagcgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg cctcacacag 120
ggggataaca gttagaaatg actgctaata ccgcataaga ccacagcacc gcatggtgca 180
gtggtaaaaa ctccggtggt atgagatgga cccgcgtctg attag 225
<210> 130
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Howardella的16S rRNA
<400> 130
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ataacacatt caagtcgaac 60
ggagacttat gcgtagcaat acaagtaagt cttagtggcg gacgggtgag taacgcgtga 120
gcaacctacc tttcaaagcg ggataacaca tggaaacgtg tgctaatacc gcataacgta 180
ccgacaccgc atgatgatgg taccaaaagg gcaacctgat gaaag 225
<210> 131
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 131
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagtgagcgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg cctcatacag 120
ggggataaca gttagaaatg actgctaata ccgcataaga ccccagcttc gcatgaagcg 180
gtggtaaaaa ctccggtggt atgagatgga cccgcgtctg attag 225
<210> 132
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒形杆菌属的16S rRNA
<400> 132
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggtgatgtca gagcttgctc tggcggatca gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgcccccg actctgggat aactgctaga aatggtagct aataccggat atgacgactg 180
gccgcatggt ctggtcgtgg aaagaatttc ggttggggat ggact 225
<210> 133
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 133
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ataacacatt caagtcgaac 60
ggagacttat gcgtagcaat acaagtaagt cttagtggcg gacgggtgag taacgcgtga 120
gcaacctacc tttcaaagcg ggataacgtc tggaaacgga cgctaatacc gcataacgta 180
ccgacaccgc atgatgatgg taccaaaagg gcaacctgat gaaag 225
<210> 134
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产氢厌氧杆菌属的16S rRNA
<400> 134
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggacgagcag gagcttgctt ctgcgagtaa gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgagcaa 120
cctgcctttc agagggggat aacgtctgga aacggacgct aataccgcat aagctccgag 180
gatcgcatgg tctcaggagc aaaggaggaa tccgctgaaa gatgg 225
<210> 135
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自螺原体属的16S rRNA
<400> 135
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaagacatg caagtcgtac 60
gaaggagccc attgatattt attgaagttt gaagtgcttg cacggatgac ggatttattt 120
ggatttggat tctctcctta gtggcaaacg ggtgagtaac acgtgggtta cctgcctcca 180
agatggggat aacaattgga aacgattgat aataccgaat gtgct 225
<210> 136
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 136
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggcttaca ttttgaagtt ttcggatgga cgaatgtaag cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gcaacctacc ttatacaggg ggataacagt tagaaatgac tgctaatacc 180
gcataagacc acagcttcgc atggagcagt ggtaaaaact ccggt 225
<210> 137
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自咸海鲜球菌属的16S rRNA
<400> 137
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gagatggccc aatgaagttt gagtgcttgc acaatttctg atttggattt tccatctagt 120
ggcggacggg tgagtaacac gtgggtgacc tacctttgag tctgggacaa ctactggaaa 180
cggtagctaa taccggatga tatacagttt catttctgta ttaaa 225
<210> 138
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自互营单胞菌属的16S rRNA
<400> 138
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggacgaggcc ccttcgggga ccgagttagt ggcggacggg tgagtaacgc gtgagcaacc 120
tgcctttcag tgggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcataa gcgcacagga 180
ccgcatggtc aagtgcgaaa aactccggtg gtatgagatg gaccc 225
<210> 139
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属IV的16S rRNA
<400> 139
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagcattga gagcttgctt ttaatgctta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgaggaa 120
cctgcctcgg agtggggaat aacagcccga aagggttgct aataccgcat gatgcagttg 180
ggccgcatgg ctctgactgc caaagattta tcgctctgag atggc 225
<210> 140
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 140
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggactgattt gagagcttgc tcttgaagaa agttagtggc ggacgggtga gtaacgcgtg 120
agtaacctgc ctttcagagg gggataacat cctgaaaagg atgctaatac cgcataagcg 180
cacagcttcg catgaagcgg tgtgaaaaac tccggtggta tggga 225
<210> 141
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产氢厌氧杆菌属的16S rRNA
<400> 141
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gggactattt ggccggaagt tttcggatgg aaggcgggat agtttagtgg cggacgggtg 120
agtaacacgt gagcaacctg cctctgagag gggaataacg gctggaaacg gtcgctaata 180
ccgcataacg tatcgggggg acatccccct ggtaccaaag atttt 225
<210> 142
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自颤杆菌属的16S rRNA
<400> 142
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaagcaccct tgactgaggt ttcggccaaa tgataggaat gcttagtggc ggactggtga 120
gtaacgcgtg aggaacctgc cttccagagg gggacaacag ttggaaacga ctgctaatac 180
cgcataagcg cacagggccg catggcccgg tgtgaaaagc tccgg 225
<210> 143
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属IV的16S rRNA
<400> 143
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gagaatctaa ggacggagtt ttcggacaac tgaattagag gaaagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga ggaacctgcc ttggagtggg gaataacagt tggaaacagc tgctaatacc 180
gcataatgca tttggatcgc atggtcctga atgccaaaga tttat 225
<210> 144
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自孢杆菌属的16S rRNA
<400> 144
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggttgaga ggagcttgct tttcttgact tagtggcgga cgggtgagta acgcgtgagc 120
aatctgcctc ggagtggggg ataacagctg gaaacggctg ctaataccgc ataatgcatt 180
ctggtcgcat ggtcggaatg ccaaaggctt gctgctctga gatga 225
<210> 145
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自片球菌属的16S rRNA
<400> 145
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcggac 60
gcaatgcttc ggcattgagt ggcgaacggg tgagtaatac ataagcaacc tgcccctgtg 120
agggggataa ctgctggaaa cggcagctaa gaccgcataa gcgcacggta tcgcatggta 180
cagtgtgaaa aactccggtg gtatgggatg gacccgcgtc tgatt 225
<210> 146
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自孢杆菌属的16S rRNA
<400> 146
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggacttattt tggaaagttc ttcggaactg gaatctataa gttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaatctgcc tcggagtggg ggataacagc tggaaacggc tgctaatacc 180
gcataatgca ttctggtcgc atggcctaaa tgccaaaggc ttgct 225
<210> 147
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 147
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gaaccaataa gaagcttgct ttttgttggt tagcggcgga cgggtgagta acacgtgggt 120
aacctgcctg taagatcggg ataactccgg gaaaccggtg ctaataccgg atagattatc 180
tttccgcttg gagagataag gaaagatggc tattgccatc actta 225
<210> 148
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自纤维单胞菌属的16S rRNA
<400> 148
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggtatgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaggttcttc ggaacctagt ggcgaacggg tgagtaacac gtgagcaacc tgccttacac 120
tttcggatac ctacgggaaa ctgtagtcaa tacggtataa gaccacgctg tcgcatgaca 180
gagggataaa agatttatcg gtgtaagatg ggctcgcgtc gcatt 225
<210> 149
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自互营单胞菌属的16S rRNA
<400> 149
agagtttgat cttggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagattaaa gttaacaccg agagccacga ggctgccggt ggagcgtgtt caaaaaatac 120
aaagtatttt ttgaactagg ctttaaagag gtgactgaca ctgagttgag cggaatggtt 180
ttgggtattg actttaatct tagtggcgga cgggtgagta acgcg 225
<210> 150
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Cryptanaerobacter的16S rRNA
<400> 150
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggactttcca ggacagattc cttcgggatg aagacctggc gagttagtgg cggacgggtg 120
agtaacgcgt ggataatctg cccaacagac cgggacaaca gttggaaacg actgctaata 180
ccggataacg tagttttgcg gcatcgcaag attaccaaag gaggc 225
<210> 151
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自孢杆菌属的16S rRNA
<400> 151
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggctcttt ggatcgagac ttcggtcaag tgaatttgag cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaacctgcc tttcagaggg ggacaacagt tggaaacgac tgctaatacc 180
gcataacgtg tcgaggaggc atctctttga caccaaagat ttatc 225
<210> 152
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产氢厌氧杆菌属的16S rRNA
<400> 152
agagtttgat catggctcag gataaacgct ggcggcgcac ataagacatg caagtcgaac 60
ggaagtcgtt gtaatgaaat tggactggac agagaacttg ttcgaaggaa agaaagatag 120
acttacaaca atggctttag tggcggactg gtgagtaacg cgtgagcaac ctgcctatta 180
gaggggaata acagtgagaa atcattgcta ataccgcata tacca 225
<210> 153
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属IV的16S rRNA
<400> 153
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaagtttgcc ggattgatcc ttcgggtgat tgattgtaaa cttagtggcg gacgggtgag 120
taacacgtga gcaacctgcc ttacagaggg ggataacgtt tggaaacgaa cgctaatacc 180
gcataacacc tttaagggac atcccttggg ggtcaaagga gcaat 225
<210> 154
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产氢厌氧杆菌属的16S rRNA
<400> 154
agagtttgat catggctcag gataaacgct ggcggcgcac ataagacatg caagtcgaac 60
ggacttaact cattctttta gattgagagc ggttagtggc ggactggtga gtaacatgta 120
agcaatctgc ctattagagg ggaataacag tgagaaatca ttgctaatac cgcatatgcc 180
ataaaaacca catggtttta gtgggaaagg agcaatccgc taata 225
<210> 155
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自螺原体属的16S rRNA
<400> 155
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaagacatg caagtcgaac 60
gaggtggccc atagaagatg gagtgcttgc acaaaatcgg acatggattc ccacctagtg 120
gcagacgggt gagtaacacg tgggtgacct acctttaaga tggggataac agttggaaac 180
gattgctaat accgaataag atataactgt cgtggttata tagaa 225
<210> 156
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定丹毒丝菌科的16S rRNA
<400> 156
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaagtttcga ggaagcttgc ttccaaagag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta 120
ggtaacctgc ccatgtgtcc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 180
tacagagcgc atgctcagta tattaaagcg cccatcaagg cgtga 225
<210> 157
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Pseudoflavonifractor的16S rRNA
<400> 157
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggagagctat ggaaagagga ttcgtccaat tgaaatagtt tcttagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg aggaacctgc cttggagtgg ggaataacag ttagaaatga ctgctaatac 180
cgcataatat gtctgtaccg catggtagtg gacatcaaag attta 225
<210> 158
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 158
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagtgagcgg cggacgggtg agtaacgcgt gggcaacctg ccccataccg 120
ggggataaca gagagaaatt tctgctaata ccgcataagc gcacgaggac cgcatggtcc 180
ggtgtgaaaa gccgagacgg tatacgatgg acccgcgtct gatta 225
<210> 159
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自艰难杆菌属的16S rRNA
<400> 159
aagtttgatc ctggctcagg atgaacgctg gcggcgtgcc taacacatgc aagtcgagcg 60
agaaatgtat ttatgaaact tcggtagatt agatacatgg aaagcggcgg acgggtgagt 120
aacgcgtagg caacctgccc cttgcagagg gatagccatt ggaaacgatg attaaaacct 180
cataacgctg cattgtcaca tgatagagca gccaaagatt tatcg 225
<210> 160
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 160
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaactcttcg gagtgagcgg cggacgggtg agtaacacgt gagtaacctg cctttcagag 120
tggaataacg tttggaaacg aacgctaata ccgcataaca tagtttccgg gcatccggag 180
actatcaaag attttatcgc tgagagatgg gctcgcggcc gatta 225
<210> 161
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属IV的16S rRNA
<400> 161
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagcttttc tgaggaagtt ttcggatgga atcagttagg cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaacctgcc tttcagaggg ggataacgtt ctgaaaagaa cgctaatacc 180
gcataacata ttttctccgc atggagggga tatcaaagga gcaat 225
<210> 162
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自枸橼酸杆菌属的16S rRNA
<400> 162
aagttacctg gctcaggatg aacgctggcg gcgtgcctaa tacatgcaag tcggacgcaa 60
tgcttcggca ttgagtggcg aacgggtgag taagacataa gcaacctgcc cctgtgaggg 120
ggataactac tggaaacggt agctaatacc gcataacgtc gcaagaccaa agagggggac 180
cttcgggcct cttgccatcg gatgtgccca gatgggatta gctag 225
<210> 163
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产氢厌氧杆菌属的16S rRNA
<400> 163
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaagttattt tgatcgaagt tttcggatgg acattgattt aacttagtgg cggacgggtg 120
agtaacacgt gagcaatctg cctttcagag tgggataccg tttggaaacg aacgttaata 180
ccgcataacg cagcgaggcc gcatgacctt gctgccaaag attta 225
<210> 164
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 164
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcacata ggcagatttc ttcggattga agtatatgtg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctttcacagg gggacaacag ctggaaacgg ctgctaatac 180
cgcataaccc gctagggccg catggcccag acggaaaagg agcaa 225
<210> 165
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 165
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcacaga gacggatttc ttcggattga agtttctgtg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctttcacagg gggacaacag ctggaaacgg ctgctaatac 180
cgcataaccc gctagggccg catggcccag acggaaaagg agcaa 225
<210> 166
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 166
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggacgaggag gtgcttgcac ctccaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgagcaa 120
cctgcctcaa agagggggat aacgtctaga aacggacgct aataccgcat gatgtattcg 180
gtaggaatct attggatacc aaaggagcaa tccgctttga gatgg 225
<210> 167
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定丹毒丝菌科的16S rRNA
<400> 167
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60
ggacggaaga tgagcttgct cattggaagt cagtggcgaa cgggtgagta acacgtaggg 120
aatctgccca tgtgcccggg acaacagatg gaaatgtctg ctaaaaccgg ataggtggca 180
atgaggcatc ttcttgcgat taaaggggct acggccttga acatg 225
<210> 168
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVb的16S rRNA
<400> 168
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggagatattc ggaaagcttg ctttttggat atcttagcgg cggacgggtg agtaacgtgt 120
gggcaacctg cctcatacag agggatagtc atgtgaaaac gtgactaata ccgcatgtca 180
ttaccaaagg gcatccttcg gtaagaaaag gagcaatccg gtatg 225
<210> 169
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVb的16S rRNA
<400> 169
agagtttgat cttggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggagatattc ggaaagcttg ctttttggat atcttagcgg cggacgggtg agtaacgtgt 120
gggcaacctg cctcatacag agggatactc atgtgaaaac gtgactaata ccgcatgtca 180
ttactgcagg gcatccttcg gtaagaaaag gagaaatccg gtatg 225
<210> 170
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 170
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagcaccct caatcgagtt ttcggacaag agagaggaat gcttagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg agcaatctgc ctttcagagg gggacaacag agggaaactt ctgctaatac 180
cgcataacgt atccggggcg catgctctgg ataccaaaga tttga 225
<210> 171
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自片球菌属的16S rRNA
<400> 171
agagtttatc ctggctcagg atgaacgctg gcggcgtgcc taatacatgc aagtcggacg 60
caatgcttcg gcattgagtg gcgaacgggt gagtaagaca taagcaacct gcccctgtga 120
gggggataac tgctggaaac ggcagctaat accgcataag cgcacagggc cgcatggcct 180
agtgtgaaaa actccggtgg tgtgggatgg gcccgcgttg gatta 225
<210> 172
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自鞘氨醇单胞菌属的16S rRNA
<400> 172
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaagacatg caagtcgaac 60
gaagtggccc aatgaagatg aagtgcttgc actgattcgg acttggattc ccacttagtg 120
gcgaaagggt gagtaacacg tgggttatct gccttcgagt ctggaataac agttagaaat 180
gattgctaat gccggatgat atatgttagg atacgtccta atata 225
<210> 173
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 173
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaagacatg caagtcgaac 60
gaagtggccc aaggaagtag agtgcttgca cgaagcggaa ttggattccc acttagtggc 120
agacgggtga gtaacacgtg ggtaacctac cgaagagact gggataacag ttagaaatga 180
ctgctaatac cggatgattc atctttacat aagtagagat gctaa 225
<210> 174
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属IV的16S rRNA
<400> 174
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagttatca gacggaagtt ttcggatgga agactgataa cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gtaacctgcc tttcagaggg ggataacgtt ttgaaaagaa cgctaatacc 180
gcataacaca gatggaccgc atggtgtgtc tgtcaaagga gcaat 225
<210> 175
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 175
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcggcgc agaggaagtt ttcggatgga atcggcgctg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcgcacagg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180
cgcataaccc gctagggccg catggcctgg acggaaaaga tttat 225
<210> 176
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 176
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcggcgc ggaggaagtt ttcggatgga atcggcgctg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcacacagg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180
cgcataaccc gctagggccg catggcccgg acggaaaaga tttat 225
<210> 177
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自甲基杆菌属的16S rRNA
<400> 177
agagtttgat catggctcag agcgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgaac 60
gctcgtcttc ggacgggagt ggcagacggg tgagtaacac gtgggaacgt accctttggt 120
tcggaataac gcagggaaac ttgcgctaat accggatacg cccttttggg gaaaggttta 180
ctgccgaagg atcggcccgc gtctgattag ctagttggtg gggta 225
<210> 178
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自萨勒河菌属的16S rRNA
<400> 178
agagtttgat cctggctcag cagccgcggt aatacgtagg gcgcgagcgt tgtccggaat 60
cattgggcgt aaagagctcg taggcggttt gtcgcgtctg ctgtgaaagc ctggggctca 120
actccgggat tgcagtgggt acgggcagac tagagtgcgg taggggagac tggaattcct 180
ggtgtagcgg tggaatgcgc agatatcagg aagaacaccg atggc 225
<210> 179
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自油杆菌属的16S rRNA
<400> 179
agagtttgat cctggctcag tttgcgggag cgtggtgact tgcgggttgt agcgctgctt 60
gtcgtcgttg ccgtagaagg tgcccgtcac catcaggttg cgcgtgttcg acagcagtac 120
cggatagctc aatgacaacc cgagccgttg cgtgtcggtc aggtagcgcg attgatagcc 180
cagttgctcc agcggcagat tctcgggcat gccgcgatag tgcga 225
<210> 180
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 180
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
ggactttaaa agcttgcttt taaagttagc ggcggacggg tgagtaacac gtgggcaacc 120
tgcctgtaag actgggataa cttcgggaaa ccggagctaa taccggataa tccttttcct 180
ctcatgagga aaagctgaaa gacggtttac gctgtcactt acaga 225
<210> 181
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自热弧菌属的16S rRNA
<400> 181
agagtttgat cctggctcag cgaaggtagc gtcaggcacg tcgaggtctt ccagatgttc 60
ggtgtgagaa cctccatcat cggaagacct cgacccctac ccagtgcccg acgcgccgac 120
caccatcaca ccccgcctac accccggatt gtgatgagcc cctgaaacca ccgtactgat 180
aagcagtact tctgcacact caacgagacc agcagggcca gcgga 225
<210> 182
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定丹毒丝菌科的16S rRNA
<400> 182
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
ggagcacctt ggtgctcagt ggcgaacggg tgaggagaac ataggtaacc tgcccctccg 120
agggggacaa cagctggaaa cggctgctaa gaccgcatag acgcattcag ggcatcctgg 180
atgcgctaaa tgaccggatg gtcagcgggg ggatggacct atgca 225
<210> 183
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自月形单胞菌属的16S rRNA
<400> 183
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaggctgata tttagcttgc tattttgaag ccgagtggca aacgggtgag taacgcgtag 120
acaacctgcc gcaaagatgg ggacaacagt ccgaaaggac tgctaatacc gaatgttgtc 180
agattcccgc atgggagact gattaaagat ggcctctact tgtaa 225
<210> 184
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自居水菌属的16S rRNA
<400> 184
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaatacatg caagtcgaac 60
ggtaacatgg aagtagcaat acttttgatg acgagtggcg gacgggtgag taatatttgg 120
gaatctacct atcagagggg gatagcaact ggaaacggtt gataagaccg cgtacgctct 180
gaggaggaaa gtaatgggat cgaaagacca ttagctgata gatga 225
<210> 185
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 185
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gagttttgtt ttaaggatca aggtgcttgc accgagagaa ttagaatgaa acgagtggcg 120
gacgggtgag taacacgtgg gtaacctacc ctaaagtggg ggataacatt tggaaacaga 180
tgctaatacc gcataacgaa cgaagccaca tggctttgtt ctgaa 225
<210> 186
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自真杆菌属的16S rRNA
<400> 186
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggttaagt gaaattttcg gatggagctt aacttagtgg cggacgggtg agtaacgcgt 120
ggataacctg cctcacactg ggggatagca gctggaaacg gctggtaata ccgcataaga 180
ccacagcacc gcatggtgca ggggtaaaag atttatcggt gtgag 225
<210> 187
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自热微菌属的16S rRNA
<400> 187
agagtttgat cctggctcag ccacacggtg tgctcggggt cgcgcacggt gacgtcgtcg 60
acctcgtcgg gcgtgctgac gatctgcacc cggtcgggcg cctcgccgct cgtgccgacg 120
acctcctcgt ggccacggtg gccgatgagc acgatgtcgt agtcctgcct cgcataccgg 180
cgcacctccc ggtgcacctt cgtgacgagc gggcaggtcg cgtcg 225
<210> 188
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自酸杆菌门的16S rRNA
<400> 188
agagtttgat cctggctcag tgaaaggccc ttcctagcgg cagggcaacg tcaattgttg 60
agtggaattt gggtttgaca gatttgcctc aatgaaaggc ccttcctagc ggaagggcaa 120
ccagttcccc aacaagtgtg gcgtctccta cagtcgcctc aatgaaaggc ccttcctagc 180
ggaagggcaa catgacacga cgaatcaacg ctctggagag gagca 225
<210> 189
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自绿棒菌属的16S rRNA
<400> 189
agagtttgat cctggctcaa agtaaaagta atcctcctca agtgccttct ggctggaagg 60
ctgtttttga tgatgaatac cagacttggt attatgtaga tttatctacg aacagctctc 120
agtgggaacc accaagggga acaacatggc caagacccaa aggtcctcca ccagatgtta 180
acaatgagaa gagttctcgt caacaggcag accaggctcc tccac 225
<210> 190
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自罗氏菌属的16S rRNA
<400> 190
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgaagcct agcttgctag gtggattagt ggcgaacggg tgagtaatac gtgagtaacc 120
tacctttaac tctgggataa gcctgggaaa ctgggtctaa taccggatac gaccaatctc 180
cgcatggggt gttggtggaa agcgttatgt agtggttata gatgg 225
<210> 191
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自月形单胞菌属的16S rRNA
<400> 191
agagtttgat catagctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaggtgattg aaagcttgct tttgagaacc gggtggcaaa cgggtgagta acgcgtagac 120
aacctgccgc aaagatgggg acaacagtcc gaaaggactg ctaataccga atgttgtgca 180
acttccgcat gggagatgca ttaaagatgg cctctacttg taagc 225
<210> 192
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 192
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggttaagt gaaattttcg gatggatctt aacttagtgg cggacgggtg agtaacgcgt 120
ggataacctg cctcacacag ggggatagca gctggaaacg gctggtaata ccgcataaga 180
ccacggcccc gcatggggct gtagtaaaag atttatcggt gtgag 225
<210> 193
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自枝芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 193
agagtttgat catggctcat ctcgagcagg agggcaagag cgagggcgac gcgcacgccg 60
aggagatccg cggcgatgtc gagcgcggca tccgcaccca gctgctgctc gacaaggtcg 120
tcgaggagct cggcgtgcag ctgagccagg acgagctgtc acagtacctg gtgcagcagt 180
cgatgcagta cggcatcgac ccgaacgagt tcttccgcat catca 225
<210> 194
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自鞘氨醇单胞菌属的16S rRNA
<400> 194
agagttgatc ctggctcaga acgaacgctg gcggcatgcc taacacatgc aagtcgaacg 60
agaccttcgg gtctagtggc gcacgggtgc gtaacgcgtg ggaatctgcc cttgggttcg 120
gaataacttc gggaaactga agctaatacc ggatgatgac gtaagtccaa agatttatcg 180
cccaaggatg agcccgcgta ggattagcta gttggtgagg taaag 225
<210> 195
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自柠檬球菌属的16S rRNA
<400> 195
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gctgaagctc ctagcttgct gggggtggat gagtggcgaa cgggtgagta tcacgtgagt 120
aacctgccct tgactctggg ataagcctgg gaaactgggt ctaataccgg atgatcactt 180
ctctccgcat ggggggtggt gtaaagattg tatcggtctt ggatg 225
<210> 196
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自链型杆菌属的16S rRNA
<400> 196
agagtttgat cctggctcag ccctctaaaa ccacatgccc aacccggcat gggttggccg 60
cttaaactca atgtcattgg cgctcggcgc cgcgtttctc gagggtctta ccgggcgcac 120
tggatagcgc aagaaccggg cccctagaaa agagcgctgc tttataccag aaagccctgg 180
gagcaacaag gaaaaacgca ggataaaacc caaccccgag ccagc 225
<210> 197
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自拟无枝酸菌属的16S rRNA
<400> 197
agagtttgat catggctcag gcggttggga gtgccgttgc cggttaaggt ggagcgattc 60
tggcgggggg ctcctgacag cgttctgtca ggagcgttca ggagggtggc aaagcgtgtt 120
gcagattgcc caggcagtga ataccgggcg gagggaggag cgattcagtg cggaatccaa 180
cccgccagca gccgcggtaa tctgctctta tacacatctc cgagc 225
<210> 198
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自鞘氨醇杆菌属的16S rRNA
<400> 198
agagtttgat cctggctcag aacgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gagatcttcg gatctagtgg cgcacgggtg cgtaacgcgt gggaatctgc ccttgggttc 120
ggaataacgt cgggaaactg acgctaatac cggatgatga cgtaagtcca aagatttatc 180
gcccaaggat gagcccgcgt aggattagct agttggtggg gtaaa 225
<210> 199
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自放线菌属的16S rRNA
<400> 199
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gctgaagccc agcttgctgg gtggatgagt ggcgaacggg tgagtaacac gtgagtaacc 120
tgcccccttc tttgggataa cgcccggaaa cgggtgctaa tactggatat tcactggcct 180
tcgcatgggg gttggtggaa aggttttttc tggtggggga tgggc 225
<210> 200
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自解琥珀酸菌属的16S rRNA
<400> 200
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggattttg tttcggcaga atcctagtgg cgaacgggtg agtaacgcgt aggcaacctg 120
ccccccggat tgggacaaca ccccgaaagg ggtgctaata ccggatacga agataacacc 180
gcatggtgat attttgaaag atggcctcta tttataagct atcgc 225
<210> 201
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自拜叶林克氏菌属的16S rRNA
<400> 201
agagtttgat cctggctcag aacgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgaac 60
gccccgcaag gggagtggca gacgggtgag taacgcgtgg gaacataccc tttcctgcgg 120
aatagctccg ggaaactgga attaataccg catacgccct acgggggaaa gatttatcgg 180
ggaaggattg gcccgcgttg gattagctag ttggtggggt aaagg 225
<210> 202
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自包西氏菌属的16S rRNA
<400> 202
agagtttgat cctggctcag agcgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgaac 60
gggcacttcg gtgctagtgg cagacgggtg agtaacacgt gggaacgtac ctttcggttc 120
ggaataatcc agggaaactt ggactaatac cggatacgcc cttcggggga aagatttatc 180
gccgatagat cggcccgcgt ctgattagct agttggtgag gtaat 225
<210> 203
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自孢杆菌属的16S rRNA
<400> 203
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagattaag tttaacaccg aacacttgat gctgttaaag taagcgcatc aaaaacgcga 120
agcgtttttg attaggctta ttttgagtga caaacacaaa agatatcgag tagtcggtgt 180
tgaacttaat cttagtggcg gacgggtgag taacgcgtga gtaac 225
<210> 204
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自费克蓝姆氏菌属的16S rRNA
<400> 204
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gcactgacgg agaacttgtt ctcttgacgt gagtggcgca cgggtgagta acacgtggga 120
aacctaccct tcagcggggg ataaccatcg gaaacgatga ctaataccgc atagacgaca 180
gaaccgcctg gttcaatcgg gaaagacggc ttcggctgtc actga 225
<210> 205
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自不动杆菌属的16S rRNA
<400> 205
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggggaagggt agcttgctac ctgacctagc ggcggacggg tgagtaatgc ttaggaatct 120
gcctattagt gggggacaac attccgaaag gaatgctaat accgcatacg ccctacgggg 180
gaaagcaggg gatcttcgga ccttgcgcta atagatgagc ctaag 225
<210> 206
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自短波单胞菌属的16S rRNA
<400> 206
agagtttgat catggctcag agcgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggacccttcg gggttagtgg cggacgggtg agtaacacgt gggaacgtgc ctttaggttc 120
ggaatagctc ctggaaacgg gtggtaatgc cgaatgtgcc cttcggggga aagatttatc 180
gcctttagag cggcccgcgt ctgattagct agttggtgag gtaac 225
<210> 207
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自苍白杆菌属的16S rRNA
<400> 207
agagtttgat cctggctcag aacgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
gccccgcaag gggagcggca gacgggtgag taacgcgtgg gaatctacct tttgctacgg 120
aataactcag ggaaacttgt gctaataccg tatgtgccct tcgggggaaa gatttatcgg 180
caaaggatga gcccgcgttg gattagctag ttggtggggt aaagg 225
<210> 208
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自产碱杆菌属的16S rRNA
<400> 208
agagtttgat cctggctcag attgaacgct agcgggatgc tttacacatg caagtcgaac 60
ggcagcgcga gagagcttgc tctcttggcg gcgagtggcg gacgggtgag taatatatcg 120
gaacgtgccc agtagcgggg gataactact cgaaagagtg gctaataccg catacgccct 180
acgggggaaa gggggggatc gcaagacctc tcactattgg agcgg 225
<210> 209
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自假苍白杆菌属的16S rRNA
<400> 209
agagtttgat catggctcag aacgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggtctcttcg gaggcagtgg cagacgggtg agtaatgcat gggaatctac cgttctctac 120
ggaataactc agggaaactt gtgctaatac cgtatacgcc cttttgggga aagatttatc 180
ggagaatgat gagcccatgt tggattagct agttggtagg gtaaa 225
<210> 210
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自咸海鲜球菌属的16S rRNA
<400> 210
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcgagcgtta gaagcttgct tctaacaatc gagcggcgga cgggtgagta acacgtgggc 120
aacctacctt tgagattggg ataactaccg gaaacggtag ctaataccgg ataggacatg 180
attacataag tagtgatgtt aaaaggcgga tttatctgcc gttca 225
<210> 211
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自咸海鲜球菌属的16S rRNA
<400> 211
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcgaatctca ggagcttgct cctgagattc gagcggcgga cgggtgagta acacgtaggc 120
aacctaccct tgagattggg ataactaccg gaaacggtag ctaataccgg atacgacatt 180
cctgcataag taagaatgtt aaaaggcgga tttatctgcc gctca 225
<210> 212
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自不动杆菌属的16S rRNA
<400> 212
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggggcgaagg tagcttgcta ctggaaccta gcggcggacg ggtgagtaat acttaggaat 120
ctgcctatta gtgggggaca acgttccgaa aggagcgcta ataccgcata cgccctacgg 180
gggaaagcag gggatcactt gtgaccttgc gctaatagat gagcc 225
<210> 213
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自鞘氨醇杆菌属的16S rRNA
<400> 213
agagtttgat catggctcag gatgaacgct agcggcaggc ctaatacatg caagtcgaac 60
gggatccagg tgttagcttg ctaacatttg gtgagagtgg cgcacgggtg cgtaacgcgt 120
gagcaaccta cccatatcag ggggatagcc cgaagaaatt cggattaaca ccgcataaga 180
ctacgagatg gcatcatcaa gtagttaaat atttatagga tatgg 225
<210> 214
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自毛螺菌科的16S rRNA
<400> 214
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggagttattt tatggaagcc ttcgggtgga agtaaaataa cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gtaacctgcc ttatacaggg ggataacagc cggaaacggt tgctaatacc 180
gcataagcgc acagtattgc atgatacagt gtgaaaagat ttatc 225
<210> 215
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自固氮螺菌属的16S rRNA
<400> 215
agagtttgat cctggctcag aacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaaggcttcg gccttagtgg cgcacgggtg agtaacacgt gggaacctgc ctttcggttc 120
ggaataacgt ctggaaacgg acgctaacac cggatacgcc cttcggggga aagttcacgc 180
cgagagaggg gcccgcgtcg gattaggtag ttggtgtggt aacgg 225
<210> 216
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 216
agagtttgat cctggctcag gacgaacgtt ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaagtcgccc aattgattct tagtgcttgc actaagatga ttttggatcc gactgagtgg 120
cgaactggtg agtaacacgt gggtaacctg cccagaagaa ggggataaca cctggaaaca 180
gatgctaata ccgtataaca acaagaacca catggttctt gtttg 225
<210> 217
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒形杆菌属的16S rRNA
<400> 217
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggtgatgtca gagcttgctc tggcggatca gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgcccccg actctgggat aactgctaga aatggtagct aataccggat atgacgactg 180
gccgcatggt ctggtcgtgg aaagaatttc ggttggggat ggact 225
<210> 218
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 218
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggagttattt tacggaagcc ttcgggtgga agtaaaataa cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gtaacctgcc ttatacaggg ggataacagc cggaaacggt tgctaatacc 180
gcataagcgc acagtattgc atgatacggt gtgaaaagat ttatc 225
<210> 219
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 219
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggagttattt tatggaagcc ttcgggtgga aataaaataa cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gtaacctgcc ttatacaggg ggataacagc cggaaacggt tgctaatacc 180
gcataagcgc acagtattgc atgatacagt gtgaaaagat ttatc 225
<210> 220
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 220
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgaagctg gtgcttgcac tggtggatta gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgggtaa 120
cctgcccttg aagtagggga taacacttgg aaacaggtgc taataccgta taacaaccaa 180
aaccacctgg ttttggttta aaagacggct tcggctgtca cttta 225
<210> 221
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 221
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagttatgc tgaaacctag tgaggcataa cttagtggcg gacgggtgag taacgcgtgg 120
gcaacctgcc ccacacaggg ggataacact tagaaatagg tgctaatacc gcataagcgc 180
acagcttcgc atgaagcagt gtgaaaagct gcggcggtgt gggat 225
<210> 222
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 222
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gaaccaataa gaagcttgct ttttgttggt tagcggcgga cgggtgagta acacgtgggt 120
aacctgcctg taagaccggg ataactccgg gaaaccggtg ctaataccgg atagattatc 180
tttccgcctg gagagataag gaaagatggc ttttgccatc actta 225
<210> 223
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自甲烷盘菌属的16S rRNA
<400> 223
agagtttgat cctgccagta gtcatatgct tgtctcaaag attaagccat gcatgtgcaa 60
gtatgaacta attcgaactg tgaaactgcg aatggctcat taaatcagtt atagtttgtt 120
tgatggtacg tgctactcgg ataaccgtag taattctaga gctaatacgt gcaacaaacc 180
ccgacttccg ggaggggcgc atttattaga taaaaggctg acgcg 225
<210> 224
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自艰难杆菌属的16S rRNA
<400> 224
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gagaaatgta tttatgaaac ttcggtagat tagatacatg gaaagcggcg gacgggtgag 120
taacgcgtag gcaacctgcc ccttgcagag ggatagccat tggaaacgat gattaaaacc 180
tcataacgct gcattgtcac atgatagagc agccaaagat ttatc 225
<210> 225
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自短状杆菌属的16S rRNA
<400> 225
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgacggtg gtgcttgcac cgcctgatta gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgccctcc acttcgggat aacctcggga aatcgtggct aataccggat atgagcactc 180
atcgcatggt gggtgttgga aagatttatc ggtgggggat ggact 225
<210> 226
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自费克蓝姆氏菌属的16S rRNA
<400> 226
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gcactgacgg agaacttgtt ctcttgacgt gagtggcgca cgggtgagta acacgtggga 120
aacctaccct tcagcggggg ataaccatcg gaaacgatga ctaataccgc atagacgaca 180
gaaccgcctg gttcaatcgg gaaagacggc ttcggctgtc actga 225
<210> 227
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 227
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggagttattt tatggaagcc ttcgggtgga agtaaaataa cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gtaacctgcc ttatacaggg ggataacagc cggaaacggt tgctaatacc 180
gcataagcgc acagtattgc atgataccgt gtgaaaagat ttatc 225
<210> 228
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 228
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggacttattt tatggaagcc ttcgggtgga aataaaataa gttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gtaacctgcc ttatacaggg ggataacagc cggaaacggt tgctaatacc 180
gcataagcgc acagtattgc atgataccgt gtgaaaagat ttatc 225
<210> 229
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自互营单胞菌属的16S rRNA
<400> 229
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggaagtaaga gcttcggttt ttactttagt ggcgaacggg tgagtaacgc gtgaggaacc 120
tgcctttcag tgggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcataa tgtttccggt 180
ctgcatggac tggaaaccaa agctttatgt gctgaaagat ggcct 225
<210> 230
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自拜叶林克氏菌属的16S rRNA
<400> 230
agagtttgat cctggctcag aacgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgaac 60
gccccgcaag gggagtggca gacgggtgag taacgcgtgg gaacataccc tttcctgcgg 120
aatagctccg ggaaactgga attaataccg catacgccct acgggggaaa gatttatcgg 180
ggaaggattg gcccgcgttg gattagctag ttggtggggt aaagg 225
<210> 231
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 231
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gggaagtggt gtttccagtg gcgaacgggt gagtaacacg tggggaacct gccccatagt 120
ctgggatacc acttggaaac aggtgctaat accggataag aaagcagatc gcatgatcag 180
cttttaaaag gcggcgtaag ctgtcgctat gggatggccc cgcgg 225
<210> 232
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 232
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gggaagtggt gtttccagtg gcggacgggt gagtaacacg tggggaacct gccccatagt 120
ctgggatacc acttggaaac aggtgctaat accggataag aaagcagatc gcatgatcag 180
cttataaaag gcggcgtaag ctgtcgctat gggatggccc cgcgg 225
<210> 233
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 233
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gggaagtggt gtttccagtg gcggacgggt gagtaacacg tgggtaacct gcccaagaga 120
ctgggataac acctggaaac agatgctaat accggataac aacactagac gcatgtctag 180
agtttgaaag atggttctgc tatcactctt ggatggacct gcggt 225
<210> 234
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定丹毒丝菌科的16S rRNA
<400> 234
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
ggagcacctt ggtgctcagt ggcgaacggg tgaggagaac ataggtaacc tgcccctccg 120
agggggacaa cagctggaaa cggctgctaa gaccgcatag acgcattcag ggcatcctgg 180
atgcgctaaa tgaccggatg gtcagcgggg ggatggacct atgca 225
<210> 235
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Rummeliibacillus的16S rRNA
<400> 235
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gaatgatgag gagcttgctc ctctgattta gcggcggacg ggtgagtaac acgtgggcaa 120
cctgccctgt agactgggat aacttcggga aaccggagct aataccggat aattctttta 180
gcctcatggc tttaagctaa aaggcgcttc ggcgtcacta cagga 225
<210> 236
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自不动杆菌属的16S rRNA
<400> 236
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggggataggg tgcttgcacc tgattcctag cggcggacgg gtgagtaatg cttaggaatc 120
tgcctattag tgggggacaa cgttccgaaa gggacgctaa taccgcatac gtcctacggg 180
agaaagcagg ggatcttcgg accttgcgct aatagatgag cctaa 225
<210> 237
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳球菌属的16S rRNA
<400> 237
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagttgagc 60
gctgaaggtt ggtacttgta ccgactggat gagcagcgaa cgggtgagta acgcgtgggg 120
aatctgcctt tgagcggggg acaacatttg gaaacgaatg ctaataccgc ataaaaactt 180
taaacacaag ttttaagttt gaaagatgca attgcatcac tcaaa 225
<210> 238
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丙酸菌属的16S rRNA
<400> 238
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgtac 60
ggtaaggccc tttcgggggt acacgagtgg cgaacgggtg agtaacacgt gagtaacctg 120
cccacaactt tgggataacg ctaggaaact ggtgctaata ctggatatgt gctcctgctg 180
catggtgggg gttggaaagc tccggcggtt gtggatggac tcgcg 225
<210> 239
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 239
agagtttgat catggctcag gataaacgct ggcggcgcac ataagacatg caagtcgaac 60
ggacttaatc gaaatattta tattttgaag cggttagtgg cggactggtg agtaacgcgt 120
aaggaacctg cctgttagag gggaataaca gtgagaaatc actgctaata ccgcatatgc 180
catagttacc acatggtaat agtgggaaag gagcaatccg ctgac 225
<210> 240
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 240
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaagcgccca ggacgaagcc tacgggcaga ggaatggggg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg aggaacctgc ctcatacagg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180
cgcataagcg cacgagaccg catgggaacg tgtgaaaaac tgagg 225
<210> 241
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Rummeliibacillus的16S rRNA
<400> 241
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gaatgacgag aagcttgctt ctctgattta gcggcggacg ggtgagtaac acgtgggcaa 120
cctgccctgt agactgggat aacttcggga aaccggagct aataccggat aattctttta 180
gcctcatggc tttaagctaa aaggcgcttc ggcgtcacta cagga 225
<210> 242
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自罗尔斯通菌属的16S rRNA
<400> 242
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcatgc cttacacatg caagtcgaac 60
ggcagcatga tctagcttgc tagattgatg gcgagtggcg aacgggtgag taatacatcg 120
gaacgtgccc tgtagtgggg gataactagt cgaaagatta gctaataccg catacgacct 180
gagggtgaaa gtgggggacc gcaaggcctc atgctatagg agcgg 225
<210> 243
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自短状杆菌属的16S rRNA
<400> 243
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgacgatg gtgcttgcac cgtctgatta gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgccctcc tcttcgggat aaccgccgga aacggtggct aataccggat atgaatgcct 180
gccgcatggt gggtgttgga aagatttatc ggtgggggat ggact 225
<210> 244
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自反刍杆菌属的16S rRNA
<400> 244
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgtac 60
ggtaacagag ggaagcttgc ttctctgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg 120
gaagctgcct gcttgagggg gatagcggag cgaaagttcc gataataccg cgtaagcccg 180
agaggggaaa gtgcgggacc gcaaggccgc acgcgagcag atgcg 225
<210> 245
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自糖霉菌属的16S rRNA
<400> 245
agagtttgat catggctcag gcggttggcc aggtacaccg agcggtggtg accaccggtg 60
cagccaatgg cgatggtcac ataggcgcgg ttgctggcgg cgaagcgtgg cagccatttt 120
tccaggtagg cgaggatgtc ctgatacatc tcctcgacct ccggttgcgc ggccaggtag 180
tcgatcactg gttgatccag cccggagtgg tcgcgcagtt ccggc 225
<210> 246
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自嗜冷杆菌属的16S rRNA
<400> 246
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggtaacattt ctagcttgct agaagatgac gagcggcgga cgggtgagta atacttagga 120
atctacctag tagtggggga tagctcgggg aaactcgaat taataccgca tacgacctac 180
gggagaaagg gggcaacttg ttgctctcgc tattagatga gccta 225
<210> 247
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自阎氏菌属的16S rRNA
<400> 247
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gctgaagctc ccagcttgct gggggtggat gagtggcgaa cgggtgagta tcacgtgagt 120
aacctgccct tgactctggg ataagcccgg gaaactgggt ctaatactgg ataggactgg 180
ccatcgcatg gtggttggtt gaaagctttt gcggttttgg atgga 225
<210> 248
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属IV的16S rRNA
<400> 248
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagttatta gagtgaagtt ttcggatgga atgataataa cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gtaacctgcc catgagaggg ggataacgtt ctgaaaagaa cgctaatacc 180
gcataacata tttagttcgc atggactgaa tatcaaagga gcgat 225
<210> 249
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 249
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gatgatatcc cttcggggat tgattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120
cctcaaagag ggggatagcc ctccgaaagg aggattaata ccgcataaag ttgagagttc 180
gcatgaacat tcaaccaaag gagcaatccg ctttgagatg gaccc 225
<210> 250
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 250
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggacttattt tacggaagcc ttcgggtgga agtaaaataa gttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gtaacctgcc ttatacaggg ggataacagc cggaaacggt tgctaatacc 180
gcataagcgc acagtattgc atgatacagt gtgaaaagat ttatc 225
<210> 251
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 251
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gagggacttc ggtccctagc ggcggacggg tgagtaacac gtgggtaacc tgcctcatag 120
agggggatag cctcccgaaa gggagattaa taccgcataa catcatgctt tcgcatggaa 180
gtatgatcaa aggagcaatc cgctatgaga tggacccgcg gcgca 225
<210> 252
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 252
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggagttattt tacggaagcc ttcgggtgga agtaaaataa cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gtaacctgcc ttatacaggg ggataacagc cggaaacggt tgctaatacc 180
gcataagcgc acagtattgc atgatacggt gtgaaaaaga ttaaa 225
<210> 253
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自柯恩氏菌属的16S rRNA
<400> 253
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
ggatctctga tggagcttgc tcctgatgag gttagcggcg gacgggtgag taacacgtag 120
gcaacctgcc cccaagatcg ggataacatt cggaaacgaa tgctaagacc ggatacacgg 180
tttggtcgca tgatcggatc gggaaacacg gagcaatctg tggct 225
<210> 254
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Chthonomonas/装甲菌门gp3的16S rRNA
<400> 254
agagtttgat cctggctcag cagtttccgt attgaacaaa tggactgccc caccgaacag 60
acgctgattc aagacaaact gagcaagctg gctggcatag acaagctcga tttcaatctg 120
atcaatcgcg ttcttggggt atggcacagc ttgccgtcga ccgctcttat tgaagcggcg 180
atctcatccc taggtatgca agcagaaccg ctctctgctg agggg 225
<210> 255
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自链型植物门的16S rRNA
<400> 255
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc cttacacatg caagtcggac 60
gggaagtggt gtttccagtg gcggacgggt gagtaacgcg taagaaccta cccttgggag 120
gggaacaaca gctggaaacg actgctaata ccgcataagc ccacggggcc gcatggctct 180
gagggaaaag gagcaatccg ctttgagatg gcctcgcgtc cgatt 225
<210> 256
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自不动杆菌属的16S rRNA
<400> 256
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggggaaaggt agcttgctac ctgacctagc ggcggacggg tgagtaatgc ttaggaatct 120
gcctattagt gggggacaac atctcgaaag ggatgctaat accgcatacg tcctacggga 180
gaaagcaggg gaccttcggg ccttgcgcta atagatgagc ctaag 225
<210> 257
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVb的16S rRNA
<400> 257
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggagatattc ggaaagcttg ctttttggat atcttagcgg cggacgggtg agtaacgtgt 120
gggcaacctg cctcatacag agggataatc atgtgaaaac gtgactaata ccgcatgtca 180
ttactgaagg gcatccttcg gtaagaaaag gagaaatccg gtatg 225
<210> 258
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自奈瑟氏菌属的16S rRNA
<400> 258
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcatgc tttacacatg caagtcgaac 60
ggcagcgagg agaagcttgc ttctctgtcg gcgagtggcg aacgggtgag tatagcatcg 120
gaacgtgcca agtagtgggg gataaccaaa cgaaagtttg gctaataccg cgtaagctcc 180
aaggaggaaa gtaggggacc taaataaggc cttacgctat ttgat 225
<210> 259
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丁酸菌属的16S rRNA
<400> 259
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcacgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaagttattt tgatcgaagt tttcggatgg acattgattt aacttagtgg cggacgggtg 120
agtaacacgt gagcaatctg cctttcagag tgggataccg tttggaaacg aacgttaata 180
ccgcataacg cagcgaggcc gcatgacctt gctgccaaag attta 225
<210> 260
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自孢杆菌属的16S rRNA
<400> 260
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagatatat tgaatgaaga tttcggttgg aatttgatat atcttagtgg cggacgggtg 120
agtaacgcgt gagtaacctg ccgatgagag tggaataacg ttctgaaaag aacgctaata 180
ccgcataaca tatgggagcc gcatgactct gatatcaaag atttt 225
<210> 261
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自孢杆菌属的16S rRNA
<400> 261
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggctcttt ggatcgagac ttcggtcaag tgaatctgag cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaacctgcc tttcagaggg ggacaacagt tggaaacgac tgctaatacc 180
gcataatgtg ttttgggggc atccccgaaa caccaaagat ttatc 225
<210> 262
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自互营单胞菌属的16S rRNA
<400> 262
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggctcttt ggatcgagac ttcggtcaag tgaaactgag cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtga gcaacctgcc tttcagaggg ggacaacagt tggaaacgac tgctaatacc 180
gcataacgtg tcgaggaggc atctctttga caccaaagat ttatc 225
<210> 263
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自脱硫肠状菌属的16S rRNA
<400> 263
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggttactg tgaaggagtt cttcggaacg aatttatttt aacctagtgg cggacgggcg 120
agtaacgcgt gagtaacctg cccataagag ggggataaca cagagaaatt tgtgctaata 180
ccgcatattg aagtatttct gcatggagat gctttgaaag attta 225
<210> 264
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自链型植物门的16S rRNA
<400> 264
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gggaagtggt gtttccagtg gcgaacgggt gcgtaatgcg tgggaatctg ccgaacagtt 120
cgggccaaat cctgaagaaa gctaaaaagc gctgtttgat gagcctgcgt agtattaggt 180
agttggtcag gtaaaggctg accaagccaa tgatgcttag ctggt 225
<210> 265
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自醋微球菌属的16S rRNA
<400> 265
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
ggggacacgg ggcttcggcc ctgtgttcta gcggcggacg ggtgagtaac gcgtgaacaa 120
tctgtcccag acagggggat aacaactgga aacagttgct aataccgcat aagaccacgg 180
cctcgcatgg ggctggggta aaagtgggaa cacggtttgg ggtga 225
<210> 266
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自不动杆菌属的16S rRNA
<400> 266
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggggaagggt agcttgctac ctgacctagc ggcggacggg tgagtaatgc ttaggaatct 120
gcctattagt gggggacaac attccgaaag gaatgctaat accgcatacg ccctacgggg 180
gaaagcaggg gatcttcgga ccttgcgcta atagatgagc ctaag 225
<210> 267
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定丹毒丝菌科的16S rRNA
<400> 267
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaagtttcga ggaagcttgc ttccaaagag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta 120
ggtaacctgc ccatgtgtcc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 180
tacagagcgc atgctcagta tattaaagcg cccatcaagg cgtga 225
<210> 268
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自咸海鲜球菌属的16S rRNA
<400> 268
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcgaagatca ggagcttgct cctgagattc gagcggcgga cgggtgagta acacgtaggc 120
aacctaccct tgagattggg ataactaccg gaaacggtag ctaataccgg atacgacatt 180
cctgcataag taagaatgtt aaaaggcgga tttatctgcc gctca 225
<210> 269
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自月形单胞菌属的16S rRNA
<400> 269
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gagacgattt agaagcttgc ttttattgag tcgagtggca aacgggtgag taacgcgtag 120
acaacctgcc gcaaagatgg ggacaacagt ccgaaaggac tgctaatacc gaatgttgta 180
tctcctccgc atggaagaga tattaaagat ggcctctact tgtaa 225
<210> 270
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Howardella的16S rRNA
<400> 270
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaat 60
gtagtttact acatggcgga cgggtgagta acgcgtgagc aatctgccca tatctggggg 120
ataacagttg gaaacgactg ataataccgc ataatattgt ttgaaggcat cttcttacaa 180
tcaaagattt atcggatatg gatgagctcg cgtctgatta gctag 225
<210> 271
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 271
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagttatgc tgaaaccagg cggtgcttgc actgccttgt gatgaataac ttagtggcgg 120
acgggtgagt aacgcgtggg caacctgccc cacacagggg gataacactt agaaataggt 180
gctaataccg cataagcgca cagcttcgca tgaagcagtg tgaaa 225
<210> 272
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 272
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggtgatatat agatgatttc ggtctgaaat atatcatagt ggcggacggg tgagtaacgc 120
gtggataacc tgccccgtac tgggggatag cagctggaaa cggctggtaa taccgcataa 180
gcgcacgagg gggcctcccc ttgtgtgaaa agattcatcg gtacg 225
<210> 273
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 273
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gggactattt agagatgttt tcggactgat ctttttagtt tagtggcgga cgggtgagta 120
acgcgtggac aacctgcctt tcacaggggg atagcagctg gaaacggctg gtaataccgc 180
atacgctcaa tacaccgcat ggtgtgatga ggaaagattt atcgg 225
<210> 274
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 274
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggttaaga gaaattttcg gatggacctt aacttagtgg cggacgggtg agtaacgcgt 120
ggataacctg cctcacacag ggggatagca gctggaaacg gctggtaata ccgcataaga 180
ccacggcccc gcatggagct gtagtaaaag atttatcggt gtgag 225
<210> 275
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 275
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaagcacttc tggtttgaga ttcgtcaaga accggatttg acttagtggc ggacgggtga 120
gtaatgtatg agcaacctgc ctttcagagg gggacaacag ttggaaacga ctgctaatac 180
cgcataatgt attttaaggg catccttgga ataccaaagg agcaa 225
<210> 276
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 276
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
ggatgaagaa gagcttgctc tttggattca gcggcggacg ggtgagtaac acgtgggcaa 120
cctgcctgta agactgggat aacttcggga aaccggagct aataccggat aaaaactttc 180
ttcacatgaa ggaaggataa aagacggttt tgctgtcact tacag 225
<210> 277
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自类芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 277
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
ggagttactt tgaaagcttg ctttcaaagt aacttagcgg cggacgggtg agtaacacgt 120
aggcaacctg cccctcagac tgggataact accggaaacg gtagctaata ccggataatt 180
tcttttttct cctgagagaa gaatgaaaga cggagcaatc tgtca 225
<210> 278
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自真杆菌属的16S rRNA
<400> 278
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggttaagg gaaattttcg gatggaactt aacttagtgg cggacgggtg agtaacgcgt 120
ggataacctg cctcacactg ggggatagca gctggaaacg gctggtaata ccgcataaga 180
ccacagcacc gcatggtgca ggggtaaaag atttatcggt gtgag 225
<210> 279
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自双芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 279
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcgtgaagct taactgatct cttcggagtg acgttaagtg gatcgagcgg cggatgggtg 120
agtaacacgt gggcaacctg cctataagac tgggataact tacggaaacg tgagctaata 180
ccggatgaaa ccttttgtca cctggcaaaa ggatgaaagg tggct 225
<210> 280
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自葡萄球菌属的16S rRNA
<400> 280
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaagacatg caagtcgaac 60
gggatggccc actgatagtt ttggaagttt ggagagcttg ctcaaagaat ggaaaaagct 120
tgacgtggat tttccatcca gtggcagacg ggtgagtaac acgtgggtaa cctaccccag 180
agactgggat aactgttgga aacgacagct aataccggat aaacc 225
<210> 281
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自类芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 281
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
ggagttattt tgaaagcttg ctttcaaaat aacttagcgg cggacgggtg agtaacacgt 120
aggcaacctg cccctcagac tgggataact accggaaacg gtagctaata ccggataatt 180
tcttttttct cctgagagaa gaatgaaaga cggagcaatc tgtca 225
<210> 282
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属IV的16S rRNA
<400> 282
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagttgagg agcttgctcc ttaacttagt ggcggacggg tgagtaacgc gtgagtaacc 120
tgcctctgag aggggaataa cgttctgaaa aggacgctaa taccgcataa cacatatttg 180
ccgcatgaca gatatgtcaa agattttatc gctcggagat ggact 225
<210> 283
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自普氏菌属的16S rRNA
<400> 283
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg 60
ggcagcatga agtttgcttg caaactttga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacgcgt 120
atccaacctt ccctatacta gaggatagcc cggcgaaagt cggattaata ctctatgttc 180
ttcgtagaag acatctgaaa tgaagcaaag gtttaccggt atagg 225
<210> 284
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Barnesiella的16S rRNA
<400> 284
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agcgacaggc ttaacacatg caagtcgagg 60
ggcagcgcgg aggtagcaat acttctggcg gcgaccggcg cactggtgag taacacgtat 120
gcgacctgcc ccggacaggg ggataaaccc gggaaactgg gcctaatacc ccataagtat 180
cgaggatgca tgtccttgat atgaaagatc cgtcggtccg ggatg 225
<210> 285
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 285
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagatgagt tgatattttc ggatggatac ttatcttagt ggcggacggg tgagtaacgc 120
gtggataacc tgcctcgtac tgggggatag cagctggaaa cggctggtaa taccgcataa 180
gcgcacgatg ccgcatggca atgtgtgaaa agatttatcg gtacg 225
<210> 286
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XlVa的16S rRNA
<400> 286
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaggatcatt tggatgagag cttcggcagg attttgaatg attcgagtgg cggacgggtg 120
agtaacgcgt gagcaatctg tcccagacag gggaataaca cttggaaaca ggtgctaata 180
ccgcataaga ccacagtatc gcatggtaca ggggtaaaag gagga 225
<210> 287
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自夏普氏菌属的16S rRNA
<400> 287
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcggac 60
ggagcgcttc ggcgctcagt ggcgaacggg tgagtagcac atgggcaacc tgcccttcag 120
agggggacaa cagctggaaa cggctgctaa gaccgcatag gcgcggacgg gacatcccgt 180
ccacgttaaa cgtcctttcg gggacggctg aaggatgggc ctgtg 225
<210> 288
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 288
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
ggagtcataa gttgattctt cggatgattt ttatgactta gcggcggatg ggtgagtaac 120
acgtgggtaa tctgccctgc acagggggat aacagctgga aacggctgtt aataccgcat 180
atgcacacgt tatcgcatga tagagtgtgg aaagatttat cggtg 225
<210> 289
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自亮杆菌属的16S rRNA
<400> 289
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gctgaagctc ccagcttgct gggggtggat gagtggcgaa cgggtgagta acacgtgagt 120
aacctgcccc gaactctggg ataagcgctg gaaacggcgt ctaatactgg atatgtccta 180
tcaccgcatg gtgtgtaggt ggaaagaatt ttggttcggg atgga 225
<210> 290
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自Lactonifactor的16S rRNA
<400> 290
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaggttaatt gagcggatta tttcggtatg aagcgctttt aactgagtgg cggacgggtg 120
agtaacgcgt gggcaacctg cctcattcag ggggatacca gttggaaacg actgttaata 180
ccgcataagc gcacggttcc gcatggaaca gtgtgaaaag ctccg 225
<210> 291
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 291
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaagcacttc tgaacggaga ttcgtcaaag tttggatttg acttagtggc ggacgggtga 120
gtaatgtatg agcaacctgc ctttcagagg gggacaacag ttggaaacga ctgctaatac 180
cgcataatgt attttggggg catccctgga ataccaaagg agcaa 225
<210> 292
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自解琥珀酸菌属的16S rRNA
<400> 292
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggattttg tttcggcaga atcctagtgg cgaacgggtg agtaacgcgt aggcaacctg 120
ccctccggcc ggggacaaca ctccgaaagg ggtgctaata ccggatacga agtctgtgcc 180
gcatggtacg gatttgaaag atggcctcta tttataagct atcgc 225
<210> 293
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自食酸菌属的16S rRNA
<400> 293
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcatgc cttacacatg caagtcgaac 60
ggtaacagct cttcggaggc tgacgagtgg cgaacgggtg agtaatacat cggaacgtgc 120
ccgatcgtgg gggataacgg agcgaaagct ttgctaatac cgcatacgat ctacggatga 180
aagcagggga ccctcgggcc ttgcgcgaac ggagcggccg atggc 225
<210> 294
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自不动杆菌属的16S rRNA
<400> 294
agagtttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggggaaaggt agcttgctac ctaacctagc ggcggacggg tgagtaatgc ttaggaatct 120
gcctattagt gggggacaac attccgaaag gaatgctaat accgcatacg ccctacgggg 180
gaaagcaggg gatcttcgga ccttgcgcta atagatgagc ctaag 225
<210> 295
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自丛毛单胞菌属的16S rRNA
<400> 295
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc tttacacatg caagtcgaac 60
ggcagcacgg acttcggtct ggtggcgagt ggcgaacggg tgagtaatac atcggaacgt 120
gcccagttgt gggggataac tactcgaaag agtagctaat accgcatgag aactgaggtt 180
gaaagcaggg gatcgtaaga ccttgcgcaa ctggagcggc cgatg 225
<210> 296
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自普氏菌属的16S rRNA
<400> 296
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg 60
ggcagcatga tcgaagcttg ctttgattga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacgcgt 120
atccaacctt ccctgtagta gagaatagcc cggcgaaagt cggattaatg ctctatgttg 180
tatttcgatg acatctgaag aataccaaag gtttaccgct atagg 225
<210> 297
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属IV的16S rRNA
<400> 297
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggagtcaaga agcttgcttt ttgacttagt ggcggacggg tgagtaacgc gtgagtaacc 120
tgcctctgag aggggaataa cgttctgaaa agaacgctaa taccgcataa cgtatcgaag 180
ccgcatgact ttgataccaa agattttatc gctcggagat ggact 225
<210> 298
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 298
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60
gagagaatct ggtgcttgca ccagaggatc tagcggcgga cgggtgagta acacgtgggc 120
aacctgccct aaggagggga ataacaggcc gaaaggtctg ctaataccgc ataatatctt 180
ttcttcgcat ggagaaaaga ttaaagattt atcgccttag gatgg 225
<210> 299
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自解琥珀酸菌属的16S rRNA
<400> 299
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggattttg tttcggcaga atcctagtgg cgaacgggtg agtaacgcgt aggcaacctg 120
ccctccggcc ggggacaaca ctccgaaagg ggtgctaata ccggatacga agtctgtgcc 180
gcatggtacg gatttgaaag atggcctctg tttacaagct atcgc 225
<210> 300
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 300
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggctgttt gaaagatctt ttcggagtga tttcttacag cttagtggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg ataacctgcc tttcacaggg ggatagcagc tggaaacggc tggtaatacc 180
gcatacgctc ttaagaccgc atgatcttaa gaggaaagat ttatc 225
<210> 301
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自土地杆菌属的16S rRNA
<400> 301
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agcggcaggc ctaatacatg caagtcgaac 60
gcgattgcgg tgcttgcacc gcatgaaagt ggcgtacggg tgcgtaacgc gtgagcaacc 120
taccgttgtc tgggggatag cccggagaaa tccggattaa taccgcataa tattagagag 180
cagcattgct ttctgatcaa acatttatgg gacagcgatg ggctc 225
<210> 302
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XI的16S rRNAI
<400> 302
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gagaaagtct ttacggatcc ttcgggtgaa agaatgactg gacagcggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gaaaccttcc ttatacaaag ggatagcctc gggaaaccgg gattaatacc 180
ttatgaaact ctagtaccgc atggtacatg agtcaaaact ccggt 225
<210> 303
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自黄杆菌属的16S rRNA
<400> 303
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agcggcaggc ctaacacatg caagtcgagg 60
ggtagagtta gcttgctaac ttgagaccgg cgcacgggtg cgtaacgcgt atgcaatcta 120
ccttatactg agggatagcc cggagaaatc cggattaata ccttatagta tattaaagtg 180
gcatcatttt gatattaaag atttattggt ataagatgag catgc 225
<210> 304
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 304
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaggagattc ccttcgggga tgaacctagc ggcggacggg tgagtaacac gtgggcaacc 120
tgccttgtag aggggaatag ccttccgaaa ggaagattaa taccgcataa cattgcttta 180
tcgcatgata aagtaatcaa aggagcaatc cgctacaaga tgggc 225
<210> 305
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自嗜碱菌属的16S rRNA
<400> 305
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
ggagatgaag aagtttactt ctgattctta gcggcggacg ggtgagtaac gcgtgggcaa 120
cctaccctgt acagggggat aacaatggga aaccattgct aataccccat aacgcctttg 180
aggggcatcc cttaaaggtc aaagaatttc ggtacaggat gggcc 225
<210> 306
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自节杆菌属的16S rRNA
<400> 306
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgaagcct agcttgctgg gtggattagt ggcgaacggg tgagtaacac gtgagtaacc 120
tgcccctgac ttcgggataa gcctgggaaa ctgggtctaa taccggatat cacttcctgc 180
cgcatggtgg gtggttgaaa gatttatcgg ttggggatgg actcg 225
<210> 307
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自黄杆菌属的16S rRNA
<400> 307
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agcggcaggc ctaacacatg caagtcgagg 60
ggtagagtta gcttgctaac ttgagaccgg cgcacgggtg cgtaacgcgt atgcaatcta 120
ccttatactg agggatagcc cggagaaatc cggattaata ccttatagtt aataaaaaag 180
gcatctttta tattataaag atttattggt ataagatgag catgc 225
<210> 308
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自罗斯氏菌属的16S rRNA
<400> 308
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcactta agcggatccc ttcggggtga agcttaagtg acttagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcatacagg gggataacag ttggaaacga ctgctaagac 180
cgcataacaa gaaggaaccg catgatttct tcttcaaata tttat 225
<210> 309
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自类芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 309
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
ggagttcctt tgaaagcttg ctttcaaagg aacttagcgg cggacgggtg agtaacacgt 120
aggcaacctg cccctcagac tgggataact accggaaacg gtagctaata ccggataatt 180
tcttttttct cctgagagaa gaatgaaaga cggagcaatc tgtca 225
<210> 310
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自橄榄形菌属的16S rRNA
<400> 310
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agcggcaggc ctaatacatg caagtcggac 60
gggattgcag tatagcttgc tatactgcat gagagtggcg cacgggtgcg taacgcgtga 120
gcaacctgcc catgtcaggg ggatagcccg ttgaaagacg gattaatacc gcataacaca 180
tagagaccac ctggtttcta tgtcaaatat ttataggaca tggat 225
<210> 311
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XI的16S rRNAI
<400> 311
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gagaaagtcg ttacggatcc ttcgggtgaa agaatgactg gatagcggcg gacgggtgag 120
taacgcgtgg gaaaccttcc ttatacaaag ggatagcctc gggaaaccgg gattaatacc 180
ttatgaaact ctagtaccgc atggtacatg agtcaaaact ccggt 225
<210> 312
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自鞘氨醇杆菌属的16S rRNA
<400> 312
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agcggcaggc ctaatacatg caagtcggac 60
gggatccggg agtagcttgc tacttccggt gagagtggcg cacgggtgcg taacgcgtga 120
gcaacctgcc catatcaggg ggatagcccg gagaaatccg gattaacacc gcatgacacg 180
ccgggacggc atcgttccgg cgtcaaatat tcataggata tggat 225
<210> 313
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自鞘氨醇杆菌属的16S rRNA
<400> 313
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agcggcaggc ctaatacatg caagtcggac 60
gggatccgtc ggagagcttg ctcgaagacg gtgagagtgg cgcacgggtg cgtaacgcgt 120
gagcaaccta cctctatcag ggggatagcc tctcgaaaga gagattaaca ccgcataaca 180
tatctgaccg gcatcggtta gctattaaat atttatagga tagag 225
<210> 314
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自厌氧孢杆菌属的16S rRNA
<400> 314
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcactta agcggatccc ttcggggtga agcttaagtg acttagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcatacagg gggataacag ttggaaacga ctgctaagac 180
cgcataaaac agtagtgtcg catgacacaa ctgtcaaata tttat 225
<210> 315
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XI的16S rRNAI
<400> 315
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaagttttca aagcagattt cttcggattg aagttttgat tatcttagcg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgagaaacct gcctttcaca aagggatagc ctcgggaaac tgggattaat 180
accttatgat actaattctt cgcatgaaga attagtcaaa gcgta 225
<210> 316
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属XI的16S rRNAI
<400> 316
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaagttttca aagttgattt cttcggaatg aaactttgat tatcttagcg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgagaaacct gcctttcaca aagggatagc ctcgggaaac tgggattaat 180
accttatgat actaaatctt cacatgaagg aatagtcaaa gcgta 225
<210> 317
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 317
agagttatca tggctcagga cgaacgctgg cggcgtgcct aacacatgca agtcgagcga 60
ggggagtttc ttcggaaaca aacctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120
ccttgtagag gggaatagcc ttccgaaagg aagattaata ccgcataaca ttgcactttc 180
gcatgagaga gtaattaaag gagtaatccg ctacaagatg ggccc 225
<210> 318
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自土地杆菌属的16S rRNA
<400> 318
agagtttgat catggctcag gatgaacgct agcggcaggc ctaatacatg caagtcgagg 60
ggtatgggtt gcttgcaacc cagagaccgg cgcacgggtg cgtaacgcgt atgcaatcta 120
ccttaatcag ggggatagcc cggagaaatc cggattaaca ccgcataaca ttaagtaatg 180
gcatcattat ttaatcaaat atttatagga ttaagatgag catgc 225
<210> 319
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 319
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
ggattgtgag agaagcttgc ttctcccaca gttagcggcg gacgggtgag taacacgtgg 120
gcaacctgcc tgtaagatcg ggataacttc gggaaaccgg agctaatacc ggataggcga 180
ttttactgca tggtagaatc gagaaagatg ctaaggcatc actta 225
<210> 320
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自类芽孢杆菌属的16S rRNA
<400> 320
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
ggagttattt tgaaagcttg ctttcgaaat aacttagcgg cggacgggtg agtaacacgt 120
aggcaacctg cccctcagac tgggataact accggaaacg gtagctaata ccggataatt 180
tcttttttct cctgaagaaa gaatgaaaga cggagcaatc tgtca 225
<210> 321
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自普氏菌属的16S rRNA
<400> 321
agagtttgat catggctcag gatgaacgct agctccaggc ttaacacatg caagtcgagg 60
ggcagcaggg agatagcttg ctatctttgc tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacgcgt 120
atccaacctt ccccttacta aggaatagcc cggcgaaagt cggattaatg ccttatgttc 180
tcctttgcag gcatctaacg aggagcaaag attcatcggt aaggg 225
<210> 322
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 322
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gggactattc tgagatgttt tcggactgat ctaaatagtt tagtggcgga cgggtgagta 120
acgcgtggac aacctgcctt tcacaggggg atagcagctg gaaacggctg gtaataccgc 180
atacgctcag tgcaccgcat ggtgtattga ggaaagattt atcgg 225
<210> 323
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 323
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gggactattt agagatgttt tcggactgat ctttttagtt tagtggcgga cgggtgagta 120
acgcgtggac aacctgcctt tcacaggggg atagcagctg gaaacggctg gtaataccgc 180
atacgctcag tgcaccgcat ggtgtgctga ggaaagattt atcgg 225
<210> 324
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自埃希氏菌属/志贺氏菌属的16S rRNA
<400> 324
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gctgaagctc ccagcttgct gggggtggat gagtggcgaa cgggtgagta tcacgtgagt 120
aacctgccct taactctggg ataagcccgg gaaactgggt ctaatactgg ataggactga 180
tcatcgcatg gtggttggtt gaaagttttt gacggttttg gatgg 225
<210> 325
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 325
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcggaact aacagattta cttcggtaat gacgttagga aagcgagcgg cggatgggtg 120
cattagctag ttggtaaggt aaaggcttac caaggcgatg atgcatagcc gagttgagag 180
actgatcggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacg 225
<210> 326
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒状杆菌属的16S rRNA
<400> 326
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
ggggttaaga gaaattttcg gatggatctt aacttagtgg cggacgggtg agtaacgcgt 120
ggataacctg cctcacacag ggggatagca gctggaaacg gctggtaata ccgcataaga 180
ccacggcccc gcatggagct gtagtaaaag atttatcggt gtgag 225
<210> 327
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 327
agagtttgat catggctcag aacgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
gggcatcttc gggtgtcagc ggcggacggg ttagtaacgc gtgggaacgt gccctttgct 120
tcggaatagc cccgggaaac tgggggtaat accggatgtg ccctgagggg gaaagattta 180
tcggcaaggg atcggcccgc gtctgattag gtagttggtg tggta 225
<210> 328
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 328
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcggaaag cgagcggcgg atgggtgagt aacacgtggg gaacctgccc catagtctgg 120
gataccactt ggaaacaggt gctaataccg gataagaaag cagatcgcat gatcagcttt 180
taaaaggcgg cgtaagctgt cgctatggga tggccccgcg gtgca 225
<210> 329
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自埃希氏菌属/志贺氏菌属的16S rRNA
<400> 329
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgacgatg gtgcttgcac cgtctgatta gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgccctcc tcttcgggat aaccgccgga aacggtggct aataccggat atgaatgcct 180
gccgcatggt gggtgttgga aagatttatc ggtgggggat ggact 225
<210> 330
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 330
agagtttgat catggctcag attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggggagaagg tagcttgcta ctggaaccta gcggcggacg ggtgagtaat gcttaggaat 120
ctgcctatta gtgggggaca acgttccgaa aggagcgcta ataccgcata cgccctacgg 180
gggaaagcag gggatcactt gtgaccttgc gctaatagat gagcc 225
<210> 331
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 331
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaagttttta gagaagattt cttcggaatg aaactctaat tatcttagcg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgagaaacct gcctttcaca aagggatagc ctcgggaaac tgggattaat 180
accttatgac acttaaattt cgcatggaaa ataagttaaa gcgta 225
<210> 332
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 332
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gagacgattt taagcttgct tagatgagtc gagtggcaaa cgggtgagta acgcgtagac 120
aacctgccgc aaagatgggg acaacagtcc gaaaggactg ctaataccga atgttgtcag 180
tttctcgcat gagagattga ttaaagatgg cctctacttg taagc 225
<210> 333
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 333
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcggaact aacagattta cttcggtaat gacgttagga aagcgagcgg cggacgggtg 120
agtaacgtgt gggcaacctg cctcacacag ggggataaca gttagaaatg actgctaata 180
ccgcataaga ccacggcacc gcatggtgca ggggtaaaaa ctctg 225
<210> 334
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 334
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gctgaagctc ccagcttgct gggggtggat gagtggcgaa cgggtgagta acacgtgagt 120
aacctgcccc gaactctggg ataagcgctg gaaacggcgt ctaatactgg atatgtccta 180
tcaccgcatg gtgtgtaggt ggaaagaatt ttggttcggg atgga 225
<210> 335
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 335
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgatgccc agcttgctgg gcggattagt ggcgaacggg tgagtaatac gtgagtaacc 120
tgcccttgac tctgggataa gcctgggaaa ctgggtctaa tactggatac taccgtccac 180
cgcatggtgg gtggtggaaa gggttttact ggttttggat gggct 225
<210> 336
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 336
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgatgctg gtgcttgcac tggtggatta gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgcccctg acttcgggat aagcccggga aactgggtct aataccggat atgacttcct 180
gctgcatggc agggggtgga aagatttatc ggttggggat ggact 225
<210> 337
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自肠球菌属的16S rRNA
<400> 337
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gcttctttcc tcccgagtgc ttgcactcaa ttggaaagag gagtggcgga cgggtgagta 120
acacgtgggt aacctaccca tcagaggggg ataacacttg gaaacaggtg ctaataccgc 180
ataacagttt atgccgcatg gcataagagt gaaaggcgct ttcgg 225
<210> 338
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒状杆菌属的16S rRNA
<400> 338
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gctgaaacca gagcttgctt tggtggatga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgggtga 120
tctgccctac actttgggat aagcctggga aactgggtct aataccgaat attcacacca 180
ccgtaggggt ggtgtggaaa gctttatgcg gtgtgggatg agcct 225
<210> 339
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自链球菌属的16S rRNA
<400> 339
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtggaac 60
gcatgattga taccggagct tgctccacca ttaatcatga gtcgcgaacg ggtgagtaac 120
gcgtaggtaa cctacctcat agcgggggat aactattgga aacgatagct aataccgcat 180
aagagtggat aacacatgtt attgatttaa aaggagcaat tgctt 225
<210> 340
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 340
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gagaatttct tacaccgagt gcttgcactc accgtaagaa attcgagtgg cggacgggtg 120
agtaacacgt gggtaacctg cccaaaagaa ggggataaca tttggaaaca aatgctaata 180
ccgtataacc atgatgaccg catggtcatt atgtaaaagg tggtt 225
<210> 341
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒状杆菌属的16S rRNA
<400> 341
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggtaaggccc cagcttgctg gggtacacga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgggtga 120
cctgccccgc acttcgggat aagcctggga aactgggtct aataccggat aggaccgcac 180
cgtgagggtg tggtggaaag tttttcggtg tgggatgggc ccgcg 225
<210> 342
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自消化链球菌科(梭菌属簇XI)的16S rRNA
<400> 342
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gatcttcttc ggaagagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgccctgtac 120
acacggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacgagataa tatgctttta tcgcatggta 180
gaagtatcaa agctccggcg gtacaggatg gacccgcgtc tgatt 225
<210> 343
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒状杆菌属的16S rRNA
<400> 343
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggccc ttgcttgcag gggtactcga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgggtga 120
tctgccttgt acttcgggat aagcctggga aactgggtct aataccggat aggaccatgc 180
tttagtgtgt gtggtggaaa gttttttcgg tacaagatga gcccg 225
<210> 344
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒状杆菌属的16S rRNA
<400> 344
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggcct gtacttgtac aggtgctcga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgggtga 120
tctgccctgc actgtgggat aagcccggga aactgggtct aataccatat aggaccactt 180
cttggatgtt gtggtggaaa gcttttgcgg tgtgggatga gcctg 225
<210> 345
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自毛螺菌科(梭菌属XIVa簇)的16S rRNA
<400> 345
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaagcgattc ggatgaagtt ttcggatgga ttttggattg actgagcggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcatacagg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180
cgcataagcg cacagtaccg catggtacgg tgtgaaaaac tccgg 225
<210> 346
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 346
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60
gaagcactta cttttgattt cttcggaatg acgaggtctg tgacttagcg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgggcaacct gcctcacaca gggggataac agttagaaat gactgctaat 180
accgcataag accccggcac cgcatggtgc aggggtaaaa actcc 225
<210> 347
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自瘤胃菌科 (梭菌属III簇)的16S rRNA
<400> 347
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60
ggagatgttc ggagtgcttg cacactgaac atttcagcgg cggacgggtg agtaacgcgt 120
gaacaatctg tcccatacag ggggataaca gatggaaaca tctgctaata ccgcataaga 180
ccacgacatc acatgatgat ggggtaaaag gagcaatccg gtatg 225
<210> 348
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 348
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaactctggt attgattggt gcttgcatca tgatttacat ttgagtgagt ggcgaactgg 120
tgagtaacac gtgggaaacc tgcccagaag cgggggataa cacctggaaa cagatgctaa 180
taccgcataa caacttggac cgcatggtcc gagtttgaaa gatgg 225
<210> 349
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自链球菌属的16S rRNA
<400> 349
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtagaac 60
gctgaagaaa ggagcttgct tcttttggat gagttgcgaa cgggtgagta acgcgtaggt 120
aacctgcctt gtagcggggg ataactattg gaaacgatag ctaataccgc ataacagctt 180
ttgacacatg ttagaagctt gaaagatgca attgcatcac tacga 225
<210> 350
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自毛螺菌科(梭菌属XIVa簇)的16S rRNA
<400> 350
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcggctg gacggaagtt ttcggatgga agaccggctg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc cgtatacagg gggataacag agagaaattt ctgctaatac 180
cgcataagcg cacgaagacc gcatggtccg gtgtgaaaag ccgag 225
<210> 351
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 351
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcagaacc agcagattta cttcggtaat gacgctgggg acgcgagcgg cggatgggtg 120
agtaacacgt ggggaacctg ccccatagtc tgggatacca cttggaaaca ggtgctaata 180
ccggataaga aagcagatcg catgatcagc ttataaaagg cggcg 225
<210> 352
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自副球菌属的16S rRNA
<400> 352
agagtttgat cctggctcag aacgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgagc 60
ggacccttcg gggttagcgg cggacgggtg agtaacgcgt gggaatatgc ccttctctac 120
ggaatagtct cgggaaactg ggggtaatac cgtatacgcc ctttggggga aagatttatc 180
ggagaaggat tagcccgcgt tggattaggt agttggtggg gtaat 225
<210> 353
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自解纤维梭菌属的16S rRNA
<400> 353
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaagctatgt tgaaagcttg ctggatatat agcttagtgg cggacgggtg agtaacacgt 120
gagtaacctg cctctcagag tggaataacg tttggaaacg gacgctaata ccgcataacg 180
tgagaagagg gcatcctctt tttaccaaag atttatcgct gagag 225
<210> 354
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自布劳特菌属的16S rRNA
<400> 354
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggggaatatt ctgacagaga cttcggttga agtcgttata ttcctagtgg cggacgggtg 120
agtaacgcgt gggtaacctg ccccacacag ggggataaca accagaaatg gctgctaata 180
ccgcataagc gcacgggacc gcatggtttt gtgtgaaaaa ctccg 225
<210> 355
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒状杆菌属的16S rRNA
<400> 355
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggccc ctagcttgct gggggtactc gagtggcgaa cgggtgagta acacgtgggt 120
gatctgccct gcacttcggg ataagcttgg gaaactgggt ctaataccgg atatgaacgg 180
tctttggtgt gattgttgga aagatttttt cggtgtggga tgagc 225
<210> 356
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自地位未定毛螺菌科的16S rRNA
<400> 356
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggacaaagaa gatttcggtt ttctttgtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggcaa 120
cctaccttat acagggggat aacagttaga aatgactgat aataccgcat aagcgcccga 180
ggtcgcatga ccttgagtga aaaactccgg tggtataaga tgggc 225
<210> 357
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒状杆菌属的16S rRNA
<400> 357
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gatgaagctt agcttgctag gtggattagt ggcgaacggg tgagtaacac gtaggtaatc 120
tgccctgcac tttgggataa gcctgggaaa ctgggtctaa taccgaatag gacacactat 180
ctttacggtg gtgtgtggaa agcttttgcg gtgtgggatg agcct 225
<210> 358
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自棒状杆菌属的16S rRNA
<400> 358
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggcct tgtgcttgca caaggtactc gagtggcgaa cgggtgagta acacgtgggt 120
gatctgccct gcactgtggg ataagcctgg gaaactgggt ctaataccat ataggaccgc 180
actttggatg gtgtggtgga aagcttttgc ggtgtgggat gagcc 225
<210> 359
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自瘤胃球菌属的16S rRNA
<400> 359
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcataca gacggaagtt ttcggacaga agactgtatg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc cgtatacagg gggataacag ttagaaatgg ctgctaatac 180
cgcataagcg cacagaaccg catggttcgg tgtgaaaagc cgaga 225
<210> 360
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 360
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcggaacc gacagattca cttcggtgat gacgacggga aagcgagcgg cggatgggtg 120
agtaacacgt gggtaaccta cccttaagtc tgggatacca cttggaaaca ggtgctaata 180
ccggatagga attagagctg catggcttta atttaaaagg cggcg 225
<210> 361
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自罗斯氏菌属的16S rRNA
<400> 361
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcacttc cgcatgagac ttcggtggaa tgagggagtg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggcaacctgc cttacacagg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180
cgcataagcg cacagtaccg catggtacag tgtgaaaaac tccgg 225
<210> 362
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自毛螺菌科(梭菌属XlVa簇)的16S rRNA
<400> 362
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagcgcatg gacagattcc ttcgggttga agaccatgtg acttagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaatctgc cctgcacagg gggataacag ttggaaacga ctgctaatac 180
cgcataagcc aacagggccg catggcctgg ttggaaaaga tttat 225
<210> 363
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自毛螺菌科(梭菌属XlVb簇)的16S rRNA
<400> 363
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
gaagaaggtt agaatgagag cttcggcagg atttctatct atcttagtgg cggacgggtg 120
agtaacgtgt gggcaacctg ccctgtactg gggaataatc attggaaacg atgactaata 180
ccgcatgtgg tcctcggaag gcatcttctg aggaagaaag gatt 224
<210> 364
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自狭义梭菌属的16S rRNA
<400> 364
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gagaagagct ccttcgggag taattctagc ggcggacggg tgagtaacac gtgggcaacc 120
cgccttagtg agggggatag cctcccgaaa gggagattaa taccgcataa cattatttta 180
tcgcatgata gaataatcaa aggagcaatc cgcactaaga tggg 224
<210> 365
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自拟杆菌属的16S rRNA
<400> 365
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg 60
ggcagcatgg tcttagcttg ctaaggctga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt 120
atccaacctg ccgtctactc ttggccagcc ttctgaaagg aagattaatc caggatggga 180
tcatgagttc acatgtccgc atgattaaag gtattttccg gtaga 225
<210> 366
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 366
agagtttgat cctggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgtac 60
gcactggccc aactgattga tggtgcttgc accggattga cgatggatca ccagtgagtg 120
gcggacgggt gagtaacacg taggtaacct gccccggagc gggggataac atttggaaac 180
agatgctaat accgcataac aacactagac gcatgtctag agttt 225
<210> 367
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 367
agagtttgat cctggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcactggccc aactgatatt acgtgcttgc actgaattga cgttggatta ccagtgagcg 120
gcggacgggt gagtaacacg tgggcaacct gccctggagc gggggataac atctggaaac 180
aggtgctaat accgcataac aacaaaagcc acatgacttt tgttt 225
<210> 368
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 368
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcatcggccc aactgattga agatgcttgc atccgattga cgatggttta ccgatgagcg 120
gcggacgggt gagtaacacg taggtaacct gcccagaagc gggggataac acctggaaac 180
agatgctaat accgcatagg tcatttgacc gcatggtcaa atgat 225
<210> 369
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属(Ascusbbr_5796(B))的16S rRNA
<400> 369
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcggaact aacagattta cttcggtaat gacgttagga aagcgagcgg cggatgggtg 120
agtaacacgt ggggaacctg ccccatagtc tgggatacca cttggaaaca ggtgctaata 180
ccggataaga aagcagatcg catgatcagc ttttaaaagg cggc 224
<210> 370
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属(Asbusbbr_5796(C))的16S rRNA
<400> 370
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcggaact aacagattta cttcggtaat gacgttagga aagcgagcgg cggatgggtg 120
agtaacacgt ggggaacctg ccccatagtc tgggatacca cttggaaaca ggtgctaata 180
ccggataaga aagcagatcg catgatcagc ttttaaaagg cggcg 225
<210> 371
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属Ascusbbr_14690(B)的16S rRNA
<400> 371
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gagaatttct tacaccgagt gcttgcactc accgtaagaa attcgagtgg cggacgggtg 120
agtaacacgt gggtaacctg cccaaaagaa ggggataaca tttggaaaca aatgctaata 180
ccgtataacc atgatgaccg catggtcatt atgtaaaagg tggtt 225
<210> 372
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属Ascusbbr_14690(C)的16S rRNA
<400> 372
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gagaatttct tacaccgagt gcttgcactc accgtaagaa attcgagtgg cggacgggtg 120
agtaacacgt gggtaacctg cccaaaagaa ggggataaca tttggaaaca aatgctaata 180
ccgtataacc atgatgaccg catggtcata atgtaaatgg tggtg 225
<210> 373
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属Ascusbbr_38717(B)的16S rRNA
<400> 373
agagtttgat cctggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gcactggccc aactgatatg acgtgcttgc actgaattga cgttggatta ccagtgagcg 120
gcggacgggt gagtaacacg tgggcaacct gccctggagc gggggataac atctggaaac 180
aggtgctaat accgcataac aacgaaaacc acatggtttt cgttt 225
<210> 374
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自芽孢杆菌属Ascusbbr_33(B)的16S rRNA
<400> 374
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
ggacagatgg gagcttgctc cctgatgtta gcggcggacg ggtgagtaac acgtgggtaa 120
cctgcctgta agactgggat aactccggga aaccggggct aataccggat ggttgtctga 180
accgcatggt tcagacataa aaggtggctt cggctaccac ttaca 225
<210> 375
<211> 224
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属Ascusbbr_409(B)的16S rRNA
<400> 375
agagtttgat cctggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgtac 60
gcactggccc aactgattga tggtgcttgc accggattga cgatggatca ccagtgagtg 120
gcggacgggt gagtaacacg taggtaacct gccccggagc gggggataac atttggaaac 180
agatgctaat accgcataac aacaaaagtc gcatggcttt tgtt 224
<210> 376
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属Ascusbbr_409(C)的16S rRNA
<400> 376
agagtttgat cctggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgtac 60
gcactggccc aactgattga tggtgcttgc acctgattga cgatggatta ccagtgagtg 120
gcggacgggt gagtaacacg taggtaacct gccccggagc gggggataac atttggaaac 180
agatgctaat accgcataac aacaaaagcc acatggcttt tgttt 225
<210> 377
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属Ascusbbr_409(D)的16S rRNA
<400> 377
agatttgatc atggctcagg atgaacgccg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgtacg 60
cactggccca actgattgat ggtgcttgca cttgattgac gttggatcac cagtgagtgg 120
cggacgggtg agtaacacgt aggtaacctg ccccggagcg ggggataaca tttggaaaca 180
gatgctaata ccgcataaca acaaaagcca catggctttt gtttg 225
<210> 378
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属Ascusbbr_331885(B)的16S rRNA
<400> 378
agatttgatc ctggctcagg atgaacgccg gcggtgtgcc taatacatgc aagtcgtacg 60
cactggccca actgattgat ggtgcttgca ccggattgac gatggatcac cagtgagtgg 120
cggacgggtg agtaacacgt aggtaacctg ccccggagcg ggggataaca tttggaaata 180
gatgctaata ccgcataata acaaaagcca catggctttt gtttg 225
<210> 379
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属Ascusbbr_331885(C)的16S rRNA
<400> 379
agagtttgat catggctcag gatgaacgcc ggcggtgtgt ctaatacatg caagtcgtac 60
gcactggccc aactgattga tggtgcttgc accggattga cgatggatca ccagtgagtg 120
gcggacgggt gagtaacacg taggtaacct gccccggggc gggggataac atttggaaac 180
agatgctaat accgcatgac aacaaaagtc gcatggcttt tgttt 225
<210> 380
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属Ascusbbr_247(B)的16S rRNA
<400> 380
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60
gaagcgattt gaaagaagtt ttcggatgga atccaaattg actgagtggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcacactgg gggacaacag ctggaaacgg ctgctaatac 180
cgcataagcg cacagcttcg catgaagcag tgtgaaaaac tccgg 225
<210> 381
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属Ascusbbr_10593(B)的16S rRNA
<400> 381
agagtttgat catggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60
gaagcgattc ggatgaagtt ttcggatgga ttttggattg actgagcggc ggacgggtga 120
gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcatacagg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180
cgcataagcg cacagtaccg catggtacgg tgtgaaaaac tccgg 225
<210> 382
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自梭菌属Ascusbbr_32731(B)的16S rRNA
<400> 382
agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60
gaagcactta ctttggattt cttcggaatg acgaggtatt tgactgagcg gcggacgggt 120
gagtaacgcg tgggcaacct gcctcacaca gggggataac agttagaaat gactgctaat 180
accgcataag accacggcac cgcatggtgc aggggtaaaa actcc 225
<210> 383
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属的16S rRNA
<400> 383
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60
gaaactttct tacaccgaat gcttgcattc accgtaagaa gttgagtggc ggacgggtga 120
gtaacacgtg ggtaacctgc ctaaaagaag gggataacac ttggaaacag gtgctaatac 180
cgtatatctc taaggatcgc atgatcctta gatgaaagat ggttc 225
<210> 384
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属Ascusbbr_42760(B)的16S rRNA
<400> 384
agagttgatc tggctcagga tgaacgccgg cggtgtgcct aatacatgca agtcgagcgc 60
actggcccaa cagaaatgac gtgcttgcac tgatttgaag ttggattccc agtgagcggc 120
ggacgggtga gtaacacgtg ggcaacctgc cccaaagcgg gggataacat ttggaaacag 180
gtgctaatac cgcataactt ggaaaaccac atggttttcc aataa 225
<210> 385
<211> 225
<212> DNA
<213> 未知
<220>
<223> 编码来自乳杆菌属Ascusbbr_265(B)的16S rRNA
<400> 385
agagtttgat catggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60
gagcagaacc agcagattta cttcggtaat gacgctgggg acgcgagcgg cggatgggtg 120
agtaacacgt ggggaacctg ccccatagtc tgggatacca cttggaaaca ggtgctaata 180
ccggataaga aagcagatcg catgatcagc ttataaaagg cggcg 225

Claims (68)

1.一种降低饲料转化率或增加禽类重量的方法，所述方法包括：
a)向禽类施用有效量的储存稳定的禽类补充剂，所述禽类补充剂包含：
i)纯化的微生物群体，所述纯化的微生物群体包含以NRRLB-67266保藏的芽孢杆菌属种；以及
ii)适用于禽类施用的储存稳定的载体，
其中，与尚未施用所述补充剂的禽类相比，所述施用有效量的所述储存稳定的禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率的降低和/或重量的增加。
2.储存稳定的禽类补充剂在制备减少禽类胃肠道中的病原体相关病变形成的药物中的用途，其中所述禽类补充剂包含：
i)纯化的微生物群体，所述纯化的微生物群体包含以NRRLB-67266保藏的芽孢杆菌属种；以及
ii)适用于禽类施用的储存稳定的载体，
其中，与尚未施用所述补充剂的禽类相比，所述施用有效量的所述储存稳定的禽类补充剂的禽类表现出胃肠道中病原体相关病变形成的减少。
3.如权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述禽类是肉鸡。
4.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述禽类补充剂在环境条件下稳定至少一周。
5.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述禽类补充剂被配制为：包囊、片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食物成分、食物添加剂、食物制剂、食物补充剂、水添加剂、水混合的添加剂、热稳定的添加剂，水分稳定的添加剂、消费性溶液、消费性喷雾添加剂、消费性固体、消费性凝胶、注射液、栓剂、浸液或其组合。
6.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述禽类补充剂包封在聚合物或碳水化合物中。
7.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中施用包括：将所述禽类补充剂喂饲给禽类。
8.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中施用包括：将所述禽类补充剂喷洒到禽类上。
9.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述纯化的微生物群体以至少102个细胞的浓度存在于所述禽类补充剂中。
10.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ ID NO:1-12；14-50和59-385。
11.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ ID NO:51-58。
12.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约99％相同：SEQ ID NO:1-12；14-50和59-385。
13.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约99％相同：SEQ ID NO:51-58。
14.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:1-12；14-50和59-385。
15.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:51-58。
16.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌和具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ ID NO:1-12；14-385。
17.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQ ID NO:1至少约97％相同。
18.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列包含SEQ ID NO:1，并且其中所述细菌是作为NCMA No:专利201703004所保藏的。
19.根据权利要求10或11所述的方法或用途，其中所述纯化的微生物群体仅含有为选自以下的组的成员的生物体：乳杆菌属、梭菌属、栖粪杆菌属、产氢厌氧杆菌属、顶果孢菌属、芽孢杆菌属、罕见小球菌属、明串珠菌属、毛螺菌科、厌氧细杆菌属、微杆菌属、疣孢菌属、厌氧细杆菌属、布劳特菌属、假单胞菌属、孢杆菌属、棒状杆菌属、链球菌属、副球菌属、解纤维梭菌属、瘤胃球菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、线黑粉菌属、赤霉菌属、Alatospora、毕赤酵母属以及念珠菌属。
20.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述施用有效量的所述禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率降低至少1％、重量增加至少1％和/或胃肠道中病原体相关的病变形成减少至少1％。
21.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述施用有效量的所述禽类补充剂的禽类表现出饲料转化率降低至少10％、重量增加至少10％和/或胃肠道中病原体相关的病变形成减少至少10％。
22.一种储存稳定的禽类补充剂，其能够降低饲料转化率、增加禽类重量或减少禽类胃肠道中病原体相关的病变形成，所述禽类补充剂包含：
a)纯化的群体，所述纯化的群体包含以NRRL B-67266保藏的芽孢杆菌属种；以及
b)适用于禽类施用的储存稳定的载体，
其中芽孢杆菌属种的所述纯化的群体以与尚未施用所述补充剂的禽类相比，有效降低饲料转化率、增加禽类重量和/或减少禽类胃肠道中病原体相关病变形成的量存在于所述补充剂中。
23.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQ ID NO:1至少约97％相同。
24.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQ ID NO:1至少约99％相同。
25.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列包含SEQ ID NO:1。
26.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列包含SEQ ID NO:1，并且其中所述细菌是作为NCMANo:专利201703004所保藏的。
27.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其还包含：
(i)纯化的细菌群体，所述细菌群体包含与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同的16S核酸序列：SEQ ID NO:1-12；14-50和59-385，和/或
(ii)纯化的真菌群体，所述真菌群体包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ ID NO:51-58。
28.根据权利要求27所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约99％相同：SEQ ID NO:1-12；14-50和59-385。
29.根据权利要求27所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的真菌群体包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约99％相同：SEQ ID NO:51-58。
30.根据权利要求27所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列选自由SEQ ID NO:1-12；14-50和59-385组成的组。
31.根据权利要求27所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的真菌群体包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:51-58。
32.根据权利要求27所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQID NO:3至少约97％相同。
33.根据权利要求27所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQID NO:3至少约99％相同。
34.根据权利要求27所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列包含SEQ ID NO:3。
35.根据权利要求27所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含SEQID NO:1，并且其中所述细菌是作为NCMANo:专利201703001所保藏。
36.根据权利要求27所述的储存稳定的禽类补充剂，其中纯化的细菌群体(i)和纯化的真菌群体(ii)两者都存在于所述补充剂中。
37.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其被配制用于施用至肉鸡。
38.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述补充剂在环境条件下稳定至少一周。
39.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其被配制为：包囊、包囊、片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食物成分、食物添加剂、食物制剂、食物补充剂、水添加剂、水混合的添加剂、热稳定的添加剂，水分稳定的添加剂、消费性溶液、消费性喷雾添加剂、消费性固体、消费性凝胶、注射液、栓剂、浸液或其组合。
40.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中芽孢杆菌属种的所述纯化的群体以至少102个细胞的浓度存在于所述禽类补充剂中。
41.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，所述施用所述补充剂的禽类表现出重量的增加。
42.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，所述施用所述补充剂的禽类表现出胃肠道中病原体相关的病变形成减少。
43.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，所述施用所述补充剂的禽类表现出胃肠道中产气荚膜梭菌相关的病变形成的发病率降低。
44.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，所述施用所述补充剂的禽类表现出胃肠道中产气荚膜梭菌相关的病变形成的发病率降低1％。
45.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，所述施用所述补充剂的禽类表现出胃肠道中产气荚膜梭菌相关的病变形成的发病率降低10％。
46.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，所述施用所述补充剂的禽类表现出胃肠道中产气荚膜梭菌相关的病变形成的发病率降低20％。
47.储存稳定的家禽补充剂在制备用于治疗家禽的坏死性肠炎的药物中的用途，所述家禽补充剂包含：
i)纯化的微生物群体，所述纯化的微生物群体包含以NRRLB-67266保藏的芽孢杆菌属种；以及
ii)适用于家禽施用的储存稳定的载体，
其中与未施用所述补充剂的鸟类相比，所述施用有效量的所述储存稳定的家禽补充剂的鸟类表现出胃肠道中引起坏死性肠炎的细菌的数量减少。
48.如权利要求47所述的用途，其中所述鸟类是肉鸡。
49.根据权利要求47所述的用途，其中所述家禽补充剂在环境条件下稳定至少一周。
50.根据权利要求47所述的用途，其中所述家禽补充剂被配制为：包囊、片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食物成分、食物添加剂、食物制剂、食物补充剂、水添加剂、水混合的添加剂、热稳定的添加剂，水分稳定的添加剂、消费性溶液、消费性喷雾添加剂、消费性固体、消费性凝胶、注射液、栓剂、浸液或其组合。
51.根据权利要求47所述的用途，其中所述家禽补充剂包封在聚合物或碳水化合物中。
52.根据权利要求47所述的用途，其中施用包括：将所述家禽补充剂喂饲给鸟类。
53.根据权利要求47所述的用途，其中施用包括：将所述家禽补充剂喷洒到鸟类上。
54.根据权利要求47所述的用途，其中所述纯化的微生物群体以至少102个细胞的浓度存在于所述家禽补充剂中。
55.根据权利要求47所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ IDNO:1-12；14-50和59-385。
56.根据权利要求47所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQ IDNO:51-58。
57.根据权利要求47所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约99％相同：SEQ IDNO:1-12；14-50和59-385。
58.根据权利要求47所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约99％相同：SEQ IDNO:51-58。
59.根据权利要求47所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:1-12；14-50和59-385。
60.根据权利要求47所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO:51-58。
61.根据权利要求47所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌和具有ITS核酸序列的真菌，所述核酸序列与选自由以下组成的组的核酸序列至少约97％相同：SEQID NO:1-12；14-385。
62.根据权利要求47所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列与SEQ ID NO:1至少约97％相同。
63.根据权利要求47所述的用途，其中所述纯化的微生物群体进一步包含具有16S核酸序列的细菌，所述核酸序列包含SEQ ID NO:1，并且其中所述细菌是作为NCMA No:专利201703004所保藏的。
64.根据权利要求60或61所述的用途，其中所述纯化的微生物群体仅含有为选自以下的组的成员的生物体：乳杆菌属、梭菌属、栖粪杆菌、产氢厌氧杆菌属、顶果孢菌属、芽孢杆菌属、罕见小球菌属、明串珠菌属、毛螺菌科、厌氧细杆菌属、微杆菌属、疣孢菌属、厌氧细杆菌属、布劳特菌属、假单胞菌属、孢杆菌属、棒状杆菌属、链球菌属、副球菌属、解纤维梭菌属、瘤胃球菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、线黑粉菌属、赤霉菌属、Alatospora、毕赤酵母属以及念珠菌属。
65.根据权利要求47所述的用途，其中与未施用所述补充剂的鸟类相比，所述施用有效量的所述家禽补充剂的鸟类表现出所述胃肠道中引起坏死性肠炎的细菌的数量减少至少1％。
66.根据权利要求47所述的用途，其中所述引起坏死性肠炎的细菌是产气荚膜梭菌。
67.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中与未施用所述补充剂的禽类相比，所述施用所述补充剂的禽类表现出饲料转化率的降低。
68.根据权利要求22所述的储存稳定的禽类补充剂，其中所述禽类补充剂包封在聚合物或碳水化合物中。
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MIC score,a new tool to compare bacterial susceptibility to antibiotics application to the comparision of susceptibility to different penems of clinical strains of Pseudomonas aeruginosa.;BRETONNIERE等;《The Journal of Antibiotics》;20160303;806-810 *

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