CN109563551A - 用于在fish测定中检测多个基因重排的三色探针 - Google Patents

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Abstract

提供探针系统。在一些实施方案中，所述探针系统可包含：第一标记的探针，其与第一基因座中潜在的易位断裂点的一侧杂交；第二标记的探针，其与所述第一基因座中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；第三标记的探针，其与第二基因座中潜在的断裂点的一侧杂交；第四标记的探针，其与所述第二基因座中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；以及第五标记的探针，其与所述第一基因座及所述第二基因座之任一者(但不是二者)中潜在的易位断裂点的两侧杂交。所述第五探针是与所述第一、第二、第三、第四探针可区分地标记的。还提供使用所述探针系统来检测所述第一和第二基因座中染色体重排的方法。

Description

用于在FISH测定中检测多个基因重排的三色探针
交叉引用
此申请要求2017年8月12日递交的美国专利申请系列号15/236,264的权益，其通过提述并入本文。
背景
荧光原位杂交(FISH)是一种细胞遗传学技术，其使用仅与染色体中具有高度序列互补性的部分结合的荧光探针。FISH长期以来用于检测染色体重排，而且由于染色体重排在人类癌症中是十分常见的，FISH通常被用于诊断或评估恶性肿瘤。
由于染色体重排被认为可引发许多人类癌症，所以检测此类重排可提供以特定方式治疗患者的基本理据。例如，如果非小细胞肺癌与ALK或ROS1中的易位相关，则所述患者可潜在地用相同的疗法治疗，如克唑替尼(crizotinib)，其抑制ALK和ROS1二者(通常，参见Soloman等.Clin.Onc.201533:972-4)。
现有的用于检测特定重排的FISH方法仅能够可靠地逐一检测此类重排(参见如Bergethon等Clin Oncol 2012 30:863–870)，因此是受限的。在样品有限的情况下(这是常有的)这可能成问题。此外，进行两次单独测定可能使诊断的时间加倍，可能延误诊断和治疗。通过FISH多重检测两种或多种不同的染色体重排将极大地帮助癌症预后、诊断和治疗，因此是非常可取的。
概述
除其他方面外，提供探针系统。在一些实施方案中，所述探针系统可包含：第一标记的探针，其与第一基因座中潜在的易位断裂点的一侧杂交；第二标记的探针，其与所述第一基因座中潜在的断裂点的另一侧杂交；第三标记的探针，其与第二基因座中潜在的断裂点的一侧杂交；第四标记的探针，其与所述第二基因座中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；以及第五标记的探针，其与所述第一基因座及所述第二基因座中的任一者(但不是二者)中潜在的易位断裂点的两侧杂交。所述第一和第二探针是可区分地标记的，所述第三和第四探针是可区分地标记的，且所述第五探针是与所述第一、第二、第三和第四探针可区分地标记的。
还提供使用所述探针系统来检测染色体重排的方法。在一些实施方案中，此方法可包括：(a)使所述探针系统与染色体原位杂交以产生标记的样品；(b)读取所述标记的样品以检测所述标记的探针的杂交；且(c)使用获自读取步骤(b)的结果来测定所述样品是否包含所述第一或第二基因座中的重排。
附图简述
图1示意性地说明了本探针系统的某些特征。
图2A和2B是显示组成探针相对于其靶基因ROS1(图2A)和ALK(图2B)的位置的示意图。
图3A和3B显示使用ROS1重排的样品获得的结果，其显示同一细胞中ROS1探针信号特征和ALK探针信号特征。3A)Cy3和Aqua的共定位，但无FITC信号，表明此细胞具有ROS1重排。3B)cy3和FITC信号的共定位，缺少Aqua信号，表明此样品中ALK未重排。
图4显示使用ALK重排的样品获得的结果，其显示单独的红色和绿色信号。未重排的ROS1基因显示红色/绿色/蓝色信号特征。
定义
术语“核酸”和“多核苷酸”在本文中可互换地使用来描述由核苷酸(例如脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)组成的任何长度的聚合物，例如大于约2个碱基、大于约10个碱基、大于约100个碱基、大于约500个碱基、大于约1000个碱基，直至约10,000或更多个碱基，且所述“核酸”和“多核苷酸”可酶促或合成产生(例如美国专利号5,948,902和其中引用的参考文献中所述的PNA)，其可以以类似于两个天然存在的核酸的序列特异性方式与天然存在的核酸杂交，例如可参与沃森-克里克碱基配对相互作用。天然存在的核苷酸包括鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤和胸腺嘧啶(分别为G、C、A和T)。
如本文所用的，术语“寡核苷酸”表示约2至200个或更多个，直至约500个核苷酸或更多个核苷酸的单链多聚体。寡核苷酸可以是合成的或酶促制得的，且在一些实施方案中，其长度少于10至50个核苷酸。寡核苷酸可包含核糖核苷酸单体(即可以是寡核糖核苷酸)或脱氧核糖核苷酸单体。例如，寡核糖核苷酸的长度可以是10至20个、11至30个、31至40个、41至50个、51-60个、61至70个、71至80个、80至100个、100至150个或150至200个核苷酸。
本文所用的术语“序列特异性寡核苷酸”是指仅与单倍体基因组中的单个位点结合的寡核苷酸。在某些实施方案中，“序列特异性”寡核苷酸可与研究中的样品中唯一的互补核苷酸序列杂交。
本文所用术语“互补的”是指通过非共价键与感兴趣的靶核酸碱基配对的核苷酸序列。在规范的沃森-克里克碱基配对中，在DNA中，腺嘌呤(A)与胸腺嘧啶(T)形成碱基对，鸟嘌呤(G)与胞嘧啶(C)形成碱基对。在RNA中，胸腺嘧啶由尿嘧啶(U)取代。因此，A与T互补，G与C互补。在RNA中，A与U互补，反之亦然。通常，“互补的”是指核苷酸序列与感兴趣的靶点完全互补，使得序列中的每个核苷酸与靶核酸中相应位点的每个核苷酸互补。在某些情况下，核苷酸序列可与靶点部分地互补，其中不是所有的核苷酸都与靶核酸中所有的相应位点的每个核苷酸互补。
术语“测定(determining)”、“测量(measuring)”、“评估(evaluating)”、“评价(assessing)”、“分析(analyzing)”和“测定(assaying)”在本文中可互换使用，其是指任何形式的测量，且包括测定某一要素是否存在。这些术语包括定量和/或定性测定。评价可以是相对的或绝对的。“评价存在”包括确定存在的某物的数量，以及确定其是否存在。
术语“杂交”是指经由沃森克里克碱基配对的核酸与互补的核酸特异性结合。因此，术语“原位杂交”是指核酸探针与中期或间期染色体特异性结合。
关于核酸，术语“杂交”和“结合”可互换使用。
术语“多个”、“组”或“群体”可互换使用，其表示至少2个、至少10个、至少100个、至少500个、至少1000个、至少10,000个、至少100,000、至少1000,000、至少10,000,000或更多个。
本文所用的术语“染色体重排”是指染色体的一个或多个部分在单个染色体内或染色体之间重排的事件。在某些情况下，染色体重排可反映染色体结构中的异常。例如，染色体重排可以是倒置、缺失、插入或易位。
术语“潜在的易位断裂点”是指研究中的样品中可能存在或不存在的易位断裂点。在某些情况下，潜在的易位断裂点可从其他研究中已知，且可能与疾病或治疗有关。
在潜在的易位断裂点的上下文中，术语“一侧”和“另一侧”是指潜在的易位断裂点的位置的相对侧的区域。在一些情况下，“一侧”和“另一侧”可能指的是第一侧和第二侧，其中第一和第二侧是潜在的易位断裂点的相对侧。如果探针与潜在的易位断裂点的一侧或另一侧结合，则该探针可与距离该潜在的易位断裂点小于10MB(例如小于5MB、小于1MB、小于500kb或小于100kb)处的序列结合，尽管在某些情况下可使用与距离潜在的易位断裂点大于10MB处的序列结合的探针。
术语“基因座”是指生物体的基因组中一段连续的核苷酸。染色体区域可以是相对于整个染色体的100个碱基的长度范围，例如100kb至10MB。在某些实施方案中，基因座可以是100bp至1MB长度，例如1kb至1Mb。
术语“第一基因座”和“第二基因座”是指这样的序列，它们或者是非连接的(即，位于不同染色体上)，或是位于同一染色体上且相距足够远(例如在不同染色体臂上)，使得它们可可以被FISH分辨。
在“原位杂交”的语境中，术语“原位”是指允许核酸与包含相对完整的染色体的间期或中期细胞中的互补的核酸杂交(在该过程中有一些断裂发生)的条件。合适的原位杂交条件可包括杂交条件和任选的洗涤条件，其包括温度、变性试剂的浓度、盐、孵育时间等。本领域中已知这些条件。“测试细胞”可包含中期或间期染色体，其中此类染色体包含着丝粒、包含端粒的长臂和包含端粒的短臂。测试染色体可包含相对于不具有易位的参考染色体的倒置、易位、缺失插入或其他重排。测试细胞来自研究中的样品。
“结合模式”是指一组标记的探针与细胞染色体原位结合的模式。
术语“ALK”是指编码间变性淋巴瘤激酶的基因(也称为ALK酪氨酸激酶受体或CD246(分化簇246))；参见Morris等Science 1994 263:1281–4和NCBI Entrez Gene ID:238。该基因编码受体酪氨酸激酶，其属于胰岛素受体超家族。该蛋白质包含细胞外域(对应于单次通过跨膜区的疏水性延伸)和细胞内激酶结构域。它在大脑发育中起重要作用，并对神经系统中特定神经元发挥其作用。已发现该基因在一系列肿瘤中重排、突变或扩增，所述肿瘤包括间变性大细胞淋巴瘤、神经母细胞瘤和非小细胞肺癌。染色体重排是该基因中最常见的遗传改变，染色体重排在肿瘤发生中导致产生多个融合基因，包括ALK(2号染色体)/EML4(2号染色体)、ALK/RANBP2(2号染色体)、ALK/ATIC(2号染色体)、ALK/TFG(3号染色体)、ALK/NPM1(5号染色体)、ALK/SQSTM1(5号染色体)、ALK/KIF5B(10号染色体)、ALK/CLTC(17号染色体)、ALK/TPM4(19号染色体)和ALK/MSN(X染色体)。该基因位于人2号染色体的chr 2:29.19–29.92Mb。
术语“ROS1”是指编码原癌基因酪氨酸-蛋白激酶ROS(也称为ROS1、MCF3、ROS和c-ros-1)的基因(参见如Galland等1992Cytogenetics and Cell Genetics 60(2):114–6和NCBI Entrez Gene ID:6098)。首先在胶质母细胞瘤肿瘤和细胞系中检测到涉及ROS1基因的基因重排。2007年，在源自肺腺癌患者的细胞系中发现了ROS1重排。自此发现以来，多项研究表明肺癌发病率约为1％。该基因位于人2号染色体的Chr 6:117.29–117.43Mb。
示例性实施方案的描述
在更详细地描述本发明之前，应理解本发明不限于所描述的特定实施方案，因此当然可以改变。还应理解，本文使用的术语仅用于描述特定实施方案的目的，而不是限制性的，因为本发明的范围仅受所附权利要求的限制。
在提供一系列值的情况下，应理解，此范围的上限和下限之间的每个中间值(除非上下文另有明确的规定，否则为下限单位的十分之一)以及在所述范围内的任何其他所述或中间值都包含在本发明内。
除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。尽管与本文描述的那些类似或等同的任何方法和材料也可用于本发明的实践或测试，但目前描述优选的方法和材料。
本说明书中引用的所有出版物和专利均通过提述并入本文，如同具体且单独地指出每个单独的出版物或专利以通过提述并入本文，并且通过提述并入本文来公开和描述与引用的出版物相关的方法和/或材料。引用的任何出版物均在申请日之前公开的，并且不应被解释为承认本发明无权凭借在先发明而先于这些出版物。此外，提供的出版日期可能与实际出版日期不同，其可能需要各自确认。
必须注意的是，如本文和所附权利要求中所使用的，单数形式“a”、“an”和“所述(the)”包括复数指示物，除非上下文另有明确说明。还应注意，可以撰写权利要求以排除任何可选元素。因此，本声明旨在作为使用与权利要求元素的叙述相关的“单独”、“仅”等专用术语或使用“否定”限制的先前基础。
在阅读本公开内容时，对本领域技术人员将显而易见的是，本文描述和说明的每个单独实施方案具有离散的组成和特征，在不脱离本发明的范围或精神下，其可以容易地与任何其他几个实施方案的特征分离或组合。可以按照所述事件的顺序或以逻辑上可能的任何其他顺序执行任何列举的方法。
探针系统
参考图1，探针系统2可包括：a)第一标记的探针4，其与第一基因座8中潜在的易位断裂点6的一侧杂交；b)第二标记的探针10，其与第一基因座8中潜在的易位断裂点6的另一侧杂交；c)第三标记的探针12，其与第二基因座16中潜在的易位断裂点14的一侧杂交；d)第四标记的探针18，其与第二基因座16中潜在的易位断裂点14的另一侧杂交；和e)第五标记的探针20，其与第一基因座或第二基因座之任一者中潜在的易位断裂点的两侧杂交(但不与二者都杂交，即，与潜在的易位断裂点6的两侧或14的两侧杂交，但不同时与二者的两侧杂交)，其中：i.第一和第二探针4和10是可区分地标记的(例如，分别用可区分的荧光团X和Y标记)；ii.第三和第四探针12和18是可区分地标记的(例如，分别用可区分的荧光团X和Y标记)；iii.第五探针20是与第一、第二、第三和第四探针可区分地标记的(例如，用可区分的荧光团Z标记)。图1中显示，第五标记的探针20正在与第一基因座8中潜在的易位断裂点的两侧杂交。或者，第五标记的探针20可以与第二基因座16中潜在的易位断裂点的两侧杂交。在图1所示的实现方式中，第五探针靶向的序列与杂交到此基因座的其他探针(即第一和第二探针，或第三和第四探针)重叠。在某些情况下，如图2A中所示的实施例中说明的，第五探针靶向的序列不与杂交至此基因座的其他探针(即第一和第二探针，或第三和第四探针)重叠。在这些实施方案中，第五标记的探针与任一基因座(即ALK或ROS1)中潜在的易位断裂点的两侧杂交，但不同时与两个基因座中潜在的易位断裂点的两侧杂交；其中：i.第一和第二探针是可区分地标记的；ii.第三和第四探针是可区分地标记的；且iii.第五探针是与第一、第二、第三和第四探针可区分地标记的，且第五探针所杂交的序列不与第一、第二、第三和第四探针所杂交的序列重叠。
显而易见的是，第一和第二基因座可以是哺乳动物染色体中的区域，特别是人染色体中的区域。在一些实施方案中，第一基因座和第二基因座是基因，例如选自ALK、RET、ROS1、C-MYC、细胞周期蛋白D1、BCL-2、PAX8、ETO、ABL1、PML、TEL、JAK、API-2、FLI1和FUS的基因，所有这些基因都包含与各种癌症相关的潜在易位断裂点。在特定实施方案中，第一基因座可以是ALK，且第二基因座可以是ROS1。在这些实施方案中，所述探针系统可包括：(a)第一标记的探针，其与ALK中潜在的易位断裂点的一侧杂交；(b)第二标记的探针，其与ALK中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；(c)第三标记的探针，其与ROS1中潜在的易位断裂点的一侧杂交；(d)第四标记的探针，其与ROS1中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；和(e)第五标记的探针，其与ALK或ROS1之任一者(但不是二者)中潜在的易位断裂点的两侧杂交；其中：i.所述第一和第二探针是可区分地标记的；ii.所述第三和第四探针是可区分地标记的；且iii.所述第五探针是与第一、第二、第三和第四探针可区分地标记的。
大约60％的间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)与ALK易位相关。这些易位多数产生融合基因，其由来自2号染色体的ALK基因的3'半部分和来自5号染色体的核仁磷酸蛋白(NPM)基因的5'部分组成。NPM-ALK融合基因的这种产物是致癌的。在其他易位中，ALK的3'半部分与TPM3基因(编码原肌球蛋白3)的5'序列融合。在极少数情况下，ALK与其他5'融合配偶体(如TGF、ATTIC、CLTC 1、TPM4、MSN、ALO 17、MYH9)融合。EML4易位是约3-5％的非小细胞肺癌(NSCLC)的原因。绝大多数情况是腺癌。ALK肺癌发现于所有年龄段的患者中，但平均而言这些患者趋向于更年轻。ALK肺癌在轻度吸烟者或不吸烟者中更常见，但是相当多的患有这种疾病的患者是当前或以前的吸烟者。NSCLC中的EML4-ALK重排是独有的，在EGFR或KRAS突变的肿瘤中未发现。ALK易位还与神经母细胞瘤、炎性肌纤维母细胞瘤、成人和小儿肾细胞癌、食道鳞状细胞癌、乳腺癌(特别是炎性亚型)、结肠腺癌、多形性胶质母细胞瘤和间变性甲状腺癌的遗传情况相关。
ROS1的遗传变化(例如基因重排)产生的癌基因也可导致癌症(Stumpfova和Janne,Clin Cancer Res.2012 18:4222-4)。ROS1在NSCLC患者中以融合蛋白(ROS1的6个不同配偶体)的形式被发现，并且在大约2％的NSCLC患者中发现(J Clin Oncol.2012Mar 10；30(8):863-70)。已在多种其他癌症(包括多形性胶质母细胞瘤、胆管癌、卵巢癌、胃腺癌、结肠直肠癌、炎性肌纤维母细胞瘤、血管肉瘤和上皮样血管内皮瘤)中检测到另外两种ROS1基因重排。ROS1基因重排产生具有组成型活性的激酶域的融合蛋白，其激活下游信号传导途径，导致细胞中的致癌特性，包括不受控制的增殖和对细胞死亡的抗性，伴随肿瘤细胞的存活延长。上述途径包括用于细胞增殖的Ras-ERK和调节细胞存活(抗凋亡)和增殖的JAK-STAT和PI3K/AKT途径。ROS1融合蛋白也可激活mTOR途径，mTOR途径对于调控蛋白质翻译至关重要。这些途径激活的癌症倾向于更具攻击性，发生侵袭和转移，导致患者的生存率低。
在一些实施方案中，第一和第三探针用第一荧光团(即相同的荧光团)标记。第二和第四探针可以用第二荧光团(可与前述第一荧光团区分的荧光团)标记。第五探针应与第一、第二、第三和第四探针可区分地标记，例如，使用第三种可区分的荧光团。在一些实施方案中，第一和第三探针用第一荧光团标记，第二和第四探针用第二荧光团标记；且第五探针用第三荧光团标记。如本文所用，术语“可区分地标记”表示各标记可以被分别检出，即使它们位于相同位置。因此，应选择所用的荧光团，使得它们可以彼此区分，即可彼此独立地检测，这意味着各标记独立地被检出和测量，即使当这些标记被混合在一起时也是如此。换句话说，每个标记的存在应是可以分别确定的，即使当所述标记位于同一位置时也是如此。
合适的可区分的标记组包括但不限于：RD1、FITC和EDC；PerCP、藻红蛋白和异硫氰酸荧光素；荧光素、Cy3和Cy5；和若丹明、荧光素和花青素-5，及其等同物。感兴趣的特定荧光染料包括：氧杂蒽染料(例如荧光素和若丹明染料，如异硫氰酸荧光素(FITC)、6-羧基荧光素(通常由缩写FAM和F表示)、6-羧基-2',4',7',4,7-六氯荧光素(HEX)、6-羧基-4',5'-二氯-2',7'二甲氧基荧光素(JOE或J)、N,N,N',N'-四甲基-6-羧基若丹明(TAMRA或T)、6-羧基-X-若丹明(ROX或R)和5-羧基若丹明-6G(R6G5或G5)、6-羧基若丹明-6G(R6G6或G6)和若丹明110；花青染料，如Cy3、Cy5和Cy7染料；香豆素，如伞形酮；苯甲亚胺染料，如Hoechst33258；菲啶染料，如德克萨斯红；乙锭染料；吖啶染料；咔唑染料；吩恶嗪染料；卟啉染料；聚甲炔染料，例如BODIPY染料和喹啉染料。通常用于主题申请的特定感兴趣的荧光团包括：芘、香豆素、二乙氨基香豆素、FAM、荧光素氯三嗪、荧光素、R110、伊红、JOE、R6G、四甲基若丹明、TAMRA、丽丝胺、萘酚荧光素、德克萨斯红、Cy3和Cy5等。适用于主题方法的可区分的荧光标记对包括Cy-3和Cy-5(Amersham Inc.,Piscataway,NJ)、Quasar 570和Quasar 670(Biosearch Technology,Novato CA)、Alexafluor555和Alexafluor647(MolecularProbes,Eugene,OR)、BODIPY V-1002和BODIPY V1005(Molecular Probes,Eugene,OR)、POPO-3和TOTO-3(Molecular Probes,Eugene,OR)以及POPRO3和TOPRO3(MolecularProbes,Eugene,OR)。可在Kricka等(Ann Clin Biochem.39:114-29,2002)、Ried等(Proc.Natl.Acad.Sci.1992:89:1388-1392)和Tanke等(Eur.J.Hum.Genet.1999 7:2-11)等中找到其他合适的可区分的可检测的标记。
每个探针杂交的区域可以是至少5kb的长度，例如在5kb至100kb、100kb至500kb、500kb至1Mb、1Mb至5Mb、5Mb至10Mb或10Mb至50Mb、10kb至1mb或10kb至500kb等长度的范围内。在一些实施方案中，每个探针可包含多个标记的核酸片段，例如至少50个、至少100个、至少500个或至少1,000个核酸片段。在一些实施方案中，所述探针可包含标记的双链核酸。可以使用任何合适的方法制备所述探针，例如通过细菌人工染色体、福斯质粒(fosmids)或其他来源的DNA的随机引发或切口平移。在一些实施方案中，可以使用Yamada等人(Cytogenet Genome Res 2011；132:248–254)和US 8,034,917中描述的方法制备所述探针，该方法涉及合成高复杂度的长寡核苷酸(>150个单体)文库，这些长寡核苷酸仅靶向信息最丰富的元素，从文库中扩增探针，以及在扩增期间或之后标记这些探针。在一些情况下，扩增可在标记的核苷酸存在下进行。各探针分子的结合位点可以平铺(tile)在一整个区域上，使得相邻结合位点之间存在重叠(使得，例如，，当探针分子结合时，各探针分子之间有10％至90％的重叠)，或者可端对端地平铺它们，使得一个结合位点的5'末端紧邻该结合位点的3'末端。在另一个实施方案中，探针分子的多个结合位点可以是分开的，并散布在染色体区域内。可用于标记探针的方法有Ausubel等(Short Protocols in MolecularBiology,3rd ed.,Wiley&Sons,1995)和Sambrook等(Molecular Cloning:A LaboratoryManual,Third Edition,(2001)Cold Spring Harbor,N.Y.)。在一些实施方案中，可以使用基于铂(II)与核酸稳定结合的特性的通用连接系统(ULS.TM.,KREATECH Diagnostics；vanGijlswijk et al Universal Linkage System:versatile nucleic acid labelingtechnique Expert Rev.Mol.Diagn.2001 1:81-91)用生物素标记FISH探针。
样品分析方法
还提供了样品分析方法。此方法涉及(a)使所述探针系统与染色体原位杂交以产生标记的样品；(b)读取所述标记的样品以检测所述标记的探针的杂交，例如使用装有针对每个荧光团的适当滤光片的荧光显微镜或者使用观察多个荧光团的三重带通滤光片组(参见如美国专利号5,776,688)；且(c)使用获自读取步骤(b)的结果来确定所述样品是否包含ALK或ROS1中的重排。显而易见的是，如果第一和第二基因座是ALK和ROS1，则所述方法将包含(c)使用获自读取步骤(b)的结果来测定所述样品是否包含ALK或ROS1中的重排。
通过检查读取步骤中产生的图像来确定重排。具体地，如果第五探针与所述第一基因座中潜在的易位断裂点的两侧杂交，那么：
a)在“正常”细胞(不具有所述第一基因座或所述第二基因座中的重排的细胞)中：i.第一和第二探针与彼此共定位并与第五探针共定位，且ii.第三和第四探针与彼此共定位但不与第五探针共定位；
b)在包含所述第一基因座中的易位的细胞中：i.第一探针和第二探针与第五探针共定位但与彼此不共定位，且ii.第三和第四探针与彼此共定位但不与第五探针共定位；且
c)在包含所述第二基因座中的易位的细胞中：i.第一和第二探针与第五探针共定位且彼此共定位，且ii.第三和第四探针不与彼此共定位亦不与第五探针共定位。
同样，如果第五探针与所述第二基因座中潜在的易位断裂点的两侧杂交，那么：
a)在“正常”细胞(不具有所述第一基因座或所述第二基因座中的重排的细胞)中：i.第一和第二探针与彼此共定位但不与第五探针共定位，且ii.所述第三和第四探针与彼此共定位且与第五探针共定位；
b)在包含所述第一基因座中的易位的细胞中：i.第一和第二探针不与彼此共定位亦不与第五探针共定位，且ii.第三和第四探针与第五探针共定位且与彼此共定位；且
c)在包含所述第二基因座中的易位的细胞中：i.第一和第二探针与彼此共定位但不与第五探针共定位；且ii.第三和第四探针与第五探针共定位但不与彼此共定位。
鉴于该方法的原理，可以设计和实现更高复杂性的探针系统，例如包含四个或甚至五个可区分的荧光团的探针系统。
原位杂交方法是本领域熟知的，其通常涉及将细胞加载到支持物上，固定和透化细胞，使探针与细胞中的染色体原位杂交，洗掉未结合的细胞并使用荧光显微镜成像标记的细胞，因此，在参考本说明书的基础上，可以借鉴已知的规程来适用该方法。参见如Jin,Journal of Clinical Laboratory Analysis 1997 11(1):2–9。确实，在参考本说明书的基础上，可以借鉴临床上应用的用于评定ALK中的重排的方法学(参见如Gao等J.Thorac.Oncol.201510:1648-52；Conde等PLoS One 2014 9:e107200,Kim等Transl.LungCancer Res.2015 4:149-55和Teixidó等Transl.Lung Cancer Res.2014 3:70-4)来适用该方法的一些实施方案。
在一些实施方案中，所述样品可以在三个通道中备好，所述三个通道对应于所使用的各标记，以产生样品的多个图像。该方法产生的多个图像可以并排观察，或者在一些实施方案中，可以叠加或组合这些图像。在某些情况下，图像可以是彩色的，其中图像中所用的颜色可对应于所用的标记。
在一些实施方案中，所述方法可进一步包括分析、比较或重叠所述图像中的至少两个。在一些实施方案中，所述方法可进一步包含重叠所有的图像以产生显示所有探针与所述样品结合的模式。使用的图像分析模块可以转换来自每个荧光团的信号以产生多个伪彩色图像。图像分析模块可以重叠多个伪彩色图像(例如在每个像素处叠加伪彩色)以获得多重化的伪彩色图像。可以将多个图像(例如，未加权的或加权的)转换成单个伪彩色，以便例如表示特定探针的结合所表征的感兴趣的生物学特征。可以基于用户的手动输入将伪彩色指配给特定探针或探针组合。可以进一步配置图像分析模块，以调整(例如，归一化)信号强度或伪彩色的强度和/或对比度，进行卷积操作(诸如强度或伪彩色的模糊或锐化)，或进行任何其他适当的操作来增强所述图像。图像分析模块可进行任何上述操作以对准获自连续图像的多个像素，和/或以使获自连续图像的多个像素的强度或伪彩色模糊或平滑。
图像分析可在计算机上实现。在某些实施方案中，可将通用计算机配置为用于本文公开的方法和程序的功能布局。这种计算机的硬件体系结构是本领域技术人员所熟知的，且可包括：硬件组件，其包括一个或多个处理器(CPU)、随机存取存储器(RAM)、只读存储器(ROM)、内部或外部数据存储介质(如硬盘驱动器)。计算机系统还包含一个或多个用于处理和输出图形信息以显示资料的图形卡。上述组件可以通过计算机内的总线适当地互连。计算机可进一步包括用于与诸如显示器、键盘、鼠标、网络等通用外部组件通信的合适接口。在一些实施方案中，计算机能够进行并行处理，或者可以是配置为并行或分布式计算的网络的一部分，以增加本方法和程序的处理能力。在一些实施方案中，从存储介质读出的程序代码可以写入由插入计算机的扩展卡或连接到计算机的扩展单元所提供的存储器中，并且该扩展卡或扩展单元中提供的CPU等可根据程序代码的指令来实际执行部分或全部操作，以完成如下所述的功能。在其他实施方案中，可以使用云计算系统来实施该方法。在另一个实施方案中，可将数据文件和程序导出到云计算机，所述云计算机运行程序并将输出返回至用户。
可使用此方法分析任何类型的细胞。在某些情况下，所分析的样品可以是获自患者的新鲜或包埋的(例如包埋在FFPE中的)组织活检。感兴趣的组织活检包括皮肤(黑色素瘤、恶性上皮肿瘤等)、软组织、骨、乳房、结肠、肝、肾、肾上腺、胃肠组织、胰腺、胆囊、唾液腺、宫颈、卵巢、子宫、睾丸、前列腺、肺、胸腺、甲状腺、甲状旁腺、垂体(腺瘤等)、脑、脊髓、眼组织、神经和骨骼肌等的肿瘤活检和非肿瘤性活检。
在任何实施方案中，可将数据(如细胞的图像)转发到“远程位置”，其中“远程位置”表示不同于产生数据的位置的位置。例如，远程位置可以是同一城市中的另一个位置(例如办公室、实验室等)，不同城市中的另一个位置，不同州中的另一个位置，不同国家中的另一个位置。因此，当说明一个物品相对于另一个项目为“远程”时，这意味着这两个物品可以在同一个房间中但是是分开的，或者至少在不同的房间或不同的建筑物中，并且可以相隔至少一英里、十英里或至少一百英里远。“通信”信息是指通过合适的通信信道(例如私有或公共网络)传送表示该信息的数据。“转发”物品是指任何使一个项目从一个位置到下一个位置的方式，无论是通过物理运输该项目还是以其他方式(在可能的情况下)，并且包括，至少对于数据而言，物理运输携带数据的介质或传递数据。通信介质的实例包括无线电或红外传输信道以及与另一计算机或网络设备连接的网络，以及互联网，或者包括电子邮件传输和记录在网站上的信息等。在某些实施方案中，可由医学博士(MD)或其他合格的医学专业人员分析由该方法产生的一个或多个图像，并且可以将基于图像分析结果的报告转发给样品所来源的患者。
效用
可将本方法用于各种诊断、药物发现和研究应用，其包括但不限于诊断或监测疾病或病症(其中第一或第二基因座中的重排可以是该疾病或病症的标记物)、药物靶标的发现(其中第一或第二基因座中的重排可以是药物治疗的靶标)、药物筛选(其中通过第一或第二基因座中的重排监测药物的效果)、确定药物敏感性(其中药物敏感性与第一或第二基因座中的重排相关)和基础研究(其中期望鉴定第一或第二基因座中的重排)。因此，在一些实施方案中，该方法可包括：如果所述样品包含重排，则提供诊断、治疗或预后。
在一些情况下，本文描述的方法可用于确定患者的治疗计划。第一或第二基因座中重排的存在或不存在可指示患者对特定疗法是有反应的或不起反应的。例如，一种或多种生物标志物的存在或不存在可指示：疾病对特定疗法是不起反应的，可以施用替代疗法。
在所述第一和第二基因座分别为ALK或ROS1的实施方案中，在任一基因座中的重排可指示应该用克唑替尼或另一种激酶抑制剂治疗患者。在这些实施方案中，如果鉴定出ALK或ROS1中的重排，则医护专业人员(如医学博士等)可提供克唑替尼治疗的建议。克唑替尼是一种抗癌药物，起抑制ALK(间变性淋巴瘤激酶)和ROS1(c-ros致癌基因1)的作用(参见Forde Expert Opin.Pharmacother.2012 13:1195–201；Roberts Biologics 2013 7:91–101；Sahu等South Asian J.Cancer 2:91–7)，美国和其他国家已批准其用于治疗某些非小细胞肺癌(NSCLC)，且正在进行临床试验，测试其在成人和儿童的间变性大细胞淋巴瘤、神经母细胞瘤和其他晚期实体肿瘤中的安全性和有效性。
备选实施方案
在一些备选实施方案中，所述系统不包含第五探针。在这些实施方案中，所述探针系统可包含：(a)第一标记的探针，其与第一基因座(如ALK)中潜在的易位断裂点的一侧杂交；(b)第二标记的探针，其与所述第一基因座(如ALK)中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；(c)第三标记的探针，其与第二基因座(如ROS1)中潜在的易位断裂点的一侧杂交；(d)第四标记的探针，其与所述第二基因座(如ROS1)中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；其中：i.所述第一和第二探针是可区分地标记的；ii.所述第三和第四探针是可区分地标记的。在使用此类探针系统中，如果鉴定出染色体易位，则必须进行后续工作以鉴定哪个基因座具有易位。
本说明书中引用的所有出版物和专利均通过提述并入本文，如同具体且单独地指出每个单独的出版物或专利以通过提述并入本文，引用的任何出版物均在申请日之前公开的，且不应被解释为承认本发明无权凭借在先发明而先于这些出版物。
实施方案
实施方案1.一种探针系统，其包含：a)第一标记的探针，其与第一基因座中潜在的易位断裂点的一侧杂交；b)第二标记的探针，其与所述第一基因座中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；c)第三标记的探针，其与第二基因座中潜在的易位断裂点的一侧杂交；d)第四标记的探针，其与所述第二基因座中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；和e)第五标记的探针，其与所述第一基因座或所述第二基因座之任一者(但不是二者)中潜在的易位断裂点的两侧杂交；其中：i.所述第一和第二探针是可区分地标记的；ii.所述第三和第四探针是可区分地标记的；且iii.所述第五探针是与第一、第二、第三和第四探针可区分地标记的。
实施方案2.实施方案1的方法，其中所述第一和第三探针是用第一荧光团标记的。
实施方案3.任何前述实施方案的方法，其中所述第二和第四探针是用第二荧光团标记的。
实施方案4.任何前述实施方案的方法，其中：所述第一和第三探针是用第一荧光团标记的；所述第二和第四探针是用第二荧光团标记的；且所述第五探针是用第三荧光团标记的。
实施方案5.任何前述实施方案的方法，其中每个探针跨越至少10kb。
实施方案6.任何前述实施方案的方法，其中每个探针包含多个标记的核酸片段。
实施方案7.任何前述实施方案的方法，其中每个探针包含标记的双链的核酸。
实施方案8.任何前述实施方案的方法，其中所述第一基因座和所述第二基因座是基因。
实施方案9.任何前述实施方案的方法，其中所述第一基因座是ALK且所述第二基因座是ROS1。
实施方案10.一种样品分析方法，其包括：(a)使包含染色体的细胞与权利要求1的探针系统原位杂交以产生标记的样品；(b)读取所述标记的样品以检测所述标记的探针的杂交；且(c)使用获自读取步骤(b)的结果来测定所述样品是否包含所述第一基因座或所述第二基因座中的重排。
实施方案11.实施方案10的方法，其中所述读取是通过荧光显微法进行的。
实施方案12.任何前述实施方案的方法，其中所述细胞是哺乳动物细胞。
实施方案13.任何前述实施方案的方法，其中所述第一基因座是ALK，且所述第二基因座是ROS1。
实施方案14.任何前述实施方案的方法，其进一步包括：如果所述样品包含所述重排，则提供诊断、治疗或预后。
为了进一步说明本发明，给出下列具体的实施例，应理解提供它们是为了说明本发明，不应以任何方式解释为限制其范围。
实施例
本研究的目的是为了证明使用单一DNA FISH探针测定可以区分具有ALK或ROS1任一基因重排的样品(即，每个样品将会具有独特的荧光信号特征)。为此，产生了表1和图2A和B中描述的各个组成探针，并将它们组合以制备靶向ALK和ROS1两个基因座的最终探针。对于ROS1重排的样品，将会看到至少一种红色/蓝色和/或绿色/蓝色信号对(图3A和3B)。ALK重排的样品中，将会观察到至少一种红色和/或绿色的信号(图4)。
设计并合成了靶向表1中概述的区域的长寡核苷酸库。使用所述寡核苷酸作为模板，利用聚合酶链式反应(PCR)来掺入红色、绿色或蓝色荧光团，以产生标记的组成探针。组合所述标记的组成探针，并与FISH杂交缓冲液混合以产生最终探针。使此探针与具有ALK或ROS1任一基因重排的细胞系杂交。使用装有Cy3(红色)、FITC(绿色)和Aqua(蓝色)滤光片的落射荧光显微镜可视化所述杂交的样品。捕获反映在重排的样品上观察到的信号特征的图像(图3和4)。
表1：各组成探针靶向的基因组区域。坐标基于人类参考基因组版本19(Hg19)。
组成探针 区域
ROS1 3'红色 chr6:117320499-117609677
ROS1 5'绿色 chr6:117747132-118252359
ROS1 3'蓝色 chr6:116510473-117609523
ROS1 5'蓝色 chr6:117747013-118899513
ALK 3'红色 chr2:29146786-29446528
ALK 5'绿色 chr2:29446949-30045655
尽管出于清楚理解的目的已经通过说明和实施例详细地描述了前述发明，但是根据本发明的教导，对于本领域普通技术人员来说，显而易见的是在不脱离所附权利要求的精神或范围的情况下，可以对其进行某些改变和修改。

Claims (12)

1.一种探针系统，其包含：
(a)第一标记的探针，其与ALK中潜在的易位断裂点的一侧杂交；
(b)第二标记的探针，其与ALK中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；
(c)第三标记的探针，其与ROS1中潜在的易位断裂点的一侧杂交；
(d)第四标记的探针，其与ROS1中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；和
(e)第五标记的探针，其与ALK及ROS1中的任一者，但不是二者，中潜在的易位断裂点的两侧杂交；
其中：i.所述第一和第二探针是可区分地标记的；
ii.所述第三和第四探针是可区分地标记的；且
iii.所述第五探针是与第一、第二、第三和第四探针可区分地标记的。
2.权利要求1的方法，其中所述第一和第三探针是用第一荧光团标记的。
3.任一前述权利要求的方法，其中所述第二和第四探针是用第二荧光团标记的。
4.任一前述权利要求的方法，其中：
所述第一和第三探针是用第一荧光团标记的；
所述第二和第四探针是用第二荧光团标记的；且
所述第五探针是用第三荧光团标记的。
5.任一前述权利要求的方法，其中(a)-(e)中的每个探针跨越至少10kb。
6.任一前述权利要求的方法，其中每个探针包含多个标记的核酸片段。
7.任一前述权利要求的方法，其中每个探针包含标记的双链的核酸。
8.一种样品分析的方法，其包含：
(a)使任一前述权利要求的探针系统与染色体原位杂交以产生标记的样品；
(b)读取所述标记的样品以检测所述标记的探针的杂交；且
(c)使用获自读取步骤(b)的结果来确定所述样品是否包含ALK或ROS1中的重排。
9.权利要求8的方法，其中所述读取是通过荧光显微法进行的。
10.权利要求8-9中任一项的方法，其中所述细胞是哺乳动物细胞。
11.权利要求8-9中任一项的方法，其进一步包括：如果所述样品包含所述重排，则提供诊断、治疗或预后。
12.权利要求8-9中任一项的方法，其进一步包括：如果所述样品包含所述重排，则提供用克唑替尼治疗的建议。
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111455067A (zh) * 2020-04-17 2020-07-28 河南赛诺特生物技术有限公司 一种人10号染色体着丝粒探针及其制备方法、试剂盒
CN116240268A (zh) * 2023-02-27 2023-06-09 北京大学口腔医学院 用于检测多个基因重排探针系统

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6414133B1 (en) * 1998-10-13 2002-07-02 Ventana Medical Systems, Inc. Multiple fusion probes
US20020192692A1 (en) * 2001-05-14 2002-12-19 Cancer Genetics, Inc. Methods of analyzing chromosomal translocations using fluorescence in situ hybridization (FISH)
US20120237930A1 (en) * 2011-03-14 2012-09-20 Hiro Nitta Method of analyzing chromosomal translocations and a system therefore
CN103409507A (zh) * 2013-06-26 2013-11-27 武汉康录生物技术有限公司 一种用于检测ros1基因不含重复序列的fish探针、试剂盒及其检测方法
US20150275277A1 (en) * 2014-03-25 2015-10-01 Quest Diagnostics Investments Incorporated Detection of gene fusions by intragenic differential expression (ide) using average cycle thresholds
CN107418999A (zh) * 2016-05-23 2017-12-01 益善生物技术股份有限公司 ROS1、C-met基因异常检测试剂盒及检测方法

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2117783A1 (en) * 1992-04-09 1993-10-28 Katherine W. Klinger Probes for detecting common liveborn chromosomal aneuploidies
GB9517955D0 (en) * 1995-07-25 1995-11-08 Univ Strathclyde Nucleotide sequence detection and analysis
DE60040395D1 (de) * 1999-02-25 2008-11-13 Univ Columbia Gene, welche für geruchsrezeptoren aus insekten kodieren und deren anwendungen
US6879713B1 (en) * 2000-06-23 2005-04-12 Women & Infants Hospital Of Rhode Island Meiotic spindle imaging in oocytes and uses therefor in in vitro fertilization
US6627748B1 (en) * 2000-09-11 2003-09-30 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Combinatorial fluorescence energy transfer tags and their applications for multiplex genetic analyses
US20060057565A1 (en) * 2000-09-11 2006-03-16 Jingyue Ju Combinatorial fluorescence energy transfer tags and uses thereof
WO2012115604A1 (en) * 2009-12-14 2012-08-30 North Carolina State University Mean dna copy number of chromosomal regions is of prognostic significance in cancer
CA2696545C (en) * 2010-03-15 2019-08-06 Queen's University At Kingston Methods, probe sets, and kits for detection of deletion of tumor suppressor genes by fluorescence in situ hybridization
DE102011100242A1 (de) * 2011-05-02 2012-11-08 Zytovision Gmbh Verfahren zur Detektion von Chromosomenaberration
US20140178869A1 (en) * 2012-04-05 2014-06-26 Advanced Cell Diagnostics, Inc. Detection of immunoglobulin light chain restriction by rna in situ hybridization
EP3399053A1 (en) * 2013-03-14 2018-11-07 Abbott Molecular Inc. Cell preparations and cell supports and their use in theranosis
EP3109324B1 (de) * 2015-06-23 2018-09-19 ZytoVision GmbH Verfahren zur detektion von chromosomenaberrationen

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6414133B1 (en) * 1998-10-13 2002-07-02 Ventana Medical Systems, Inc. Multiple fusion probes
US20020192692A1 (en) * 2001-05-14 2002-12-19 Cancer Genetics, Inc. Methods of analyzing chromosomal translocations using fluorescence in situ hybridization (FISH)
US20120237930A1 (en) * 2011-03-14 2012-09-20 Hiro Nitta Method of analyzing chromosomal translocations and a system therefore
CN103409507A (zh) * 2013-06-26 2013-11-27 武汉康录生物技术有限公司 一种用于检测ros1基因不含重复序列的fish探针、试剂盒及其检测方法
US20150275277A1 (en) * 2014-03-25 2015-10-01 Quest Diagnostics Investments Incorporated Detection of gene fusions by intragenic differential expression (ide) using average cycle thresholds
CN107418999A (zh) * 2016-05-23 2017-12-01 益善生物技术股份有限公司 ROS1、C-met基因异常检测试剂盒及检测方法

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111455067A (zh) * 2020-04-17 2020-07-28 河南赛诺特生物技术有限公司 一种人10号染色体着丝粒探针及其制备方法、试剂盒
CN116240268A (zh) * 2023-02-27 2023-06-09 北京大学口腔医学院 用于检测多个基因重排探针系统
CN116240268B (zh) * 2023-02-27 2024-04-26 北京大学口腔医学院 用于检测多个基因重排探针系统

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