CN109536614A - 猪蛔虫全基因组微卫星分子标记及其引物与应用 - Google Patents

猪蛔虫全基因组微卫星分子标记及其引物与应用 Download PDF

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Abstract

本申请属于生物技术领域，具体涉及猪蛔虫全基因组微卫星分子标记及其引物与应用。本申请开发了25个猪蛔虫全基因组微卫星分子标记，这25个猪蛔虫全基因组微卫星分子标记的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.25所示。本发明还公开了猪蛔虫全基因组微卫星分子标记的引物，这些引物的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.26‑SEQ ID NO.75所示。本发明公开的猪蛔虫微卫星分子标记相比于其他分子标记多态性都较高，25个分子标记中有20个表现为中高度多态性，具有较高的遗传多样性。

Description

猪蛔虫全基因组微卫星分子标记及其引物与应用
技术领域
本发明属于生物技术领域，具体涉及猪蛔虫全基因组微卫星分子标记及其引物与应用。
背景技术
猪蛔虫隶属于线虫纲(Nematoda)蛔虫目(Ascaridida)，是一种土源性蛔虫，主要寄生于猪小肠中，是生猪感染的最常见寄生虫之一。一方面，猪蛔虫的感染将严重危害养猪业的发展，给国民经济带来了巨大的损失。另一方面，猪蛔虫也可能感染人，在人体内发育为成虫，将导致精神沉郁、消瘦、贫血等，危害人类健康。因此，许多国家已将其纳入公共卫生学研究范畴。
微卫星DNA又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSRs)或短串联重复序列，广泛分布于原核和真核生物基因组中，由1-6bp的重复单元串联而成，以双核苷酸重复最为常见。与其他分子标记相比，微卫星分子标记因其存在范围广、数量多、分布均匀、多态性信息丰富、遗传共显性，并具有较好的稳定性和重复性，易于检测等优点，成为目前遗传多样性和遗传结构研究中的首选标记之一。
随着分子生物学的发展，SSRs分子标记技术在遗传多样性、杂交个体鉴定及亲缘关系等方面得到了广泛的应用。但是，目前可用的微卫星标记资源有限，部分微卫星多态性较低，导致遗传学分析不准确，开发多态性较高的微卫星分子标记显得尤为重要。且现有技术中微卫星分子标记多来源于GenBank、A.suum EST数据库以及其他蛔虫基因组等多个数据库，在全基因组水平上的开发未曾报道。因此，为了提高SSR分子标记技术在实际应用上的精确度，开发全基因组水平的SSR分子技术领域是十分有必要的。
发明内容
本发明的目的开发猪蛔虫全基因组微卫星分子标记及其引物，在人蛔虫和猪蛔虫种群遗传学、流行病学、宿主特异性、遗传结构和交配模式方面等应用中都将具有良好的应用前景。
为了实现上述目的，本发明提供以下技术方案，
本发明提供猪蛔虫全基因组微卫星分子标记，所述猪蛔虫全基因组微卫星分子标记具有以下核苷酸序列中的至少一个；ASM7的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；ASM46的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；ASM69的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；ASM97的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；ASM118的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；ASM119的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；ASM132的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示；ASM168的核苷酸序列如SEQID NO.8所示；ASM176的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示；ASM209的核苷酸序列如SEQ IDNO.10所示；ASM213的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示；ASM252的核苷酸序列如SEQ IDNO.12所示；ASM307的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示；ASM517的核苷酸序列如SEQ IDNO.14所示；ASM535的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示；ASM551的核苷酸序列如SEQ IDNO.16所示；ASM555的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示；ASM573的核苷酸序列如SEQ IDNO.18所示；ASM576的核苷酸序列如SEQ ID NO.19所示；ASM597的核苷酸序列如SEQ IDNO.20所示；ASM598的核苷酸序列如SEQ ID NO.21所示；ASM615的核苷酸序列如SEQ IDNO.22所示；ASM632的核苷酸序列如SEQ ID NO.23所示；ASM650的核苷酸序列如SEQ IDNO.24所示；ASM666的核苷酸序列如SEQ ID NO.25所示。
优选地，所述猪蛔虫全基因组微卫星分子标记具有以下核苷酸序列中的至少一个；其中，ASM46的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；ASM118的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；ASM119的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；ASM209的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示；ASM213的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示；ASM252的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示；ASM307的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示；ASM517的核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示；ASM535的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示；ASM551的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示；ASM555的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示；ASM597的核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示；ASM598的核苷酸序列如SEQ ID NO.21所示；ASM615的核苷酸序列如SEQ ID NO.22所示；ASM632的核苷酸序列如SEQ ID NO.23所示；ASM666的核苷酸序列如SEQ ID NO.25所示。
本发明还提供用于扩增上述猪蛔虫全基因组微卫星分子标记的引物，
ASM7的引物具有SEQ ID NO.26和SEQ ID NO.27所示的核苷酸序列；
ASM46的引物具有SEQ ID NO.28和SEQ ID NO.29所示的核苷酸序列；
ASM69的引物具有SEQ ID NO.30和SEQ ID NO.31所示的核苷酸序列；
ASM97的引物具有SEQ ID NO.32和SEQ ID NO.33所示的核苷酸序列；
ASM118的引物具有SEQ ID NO.34和SEQ ID NO.35所示的核苷酸序列；
ASM119的引物具有SEQ ID NO.36和SEQ ID NO.37所示的核苷酸序列；
ASM132的引物具有SEQ ID NO.38和SEQ ID NO.39所示的核苷酸序列；
ASM168的引物具有SEQ ID NO.40和SEQ ID NO.41所示的核苷酸序列；
ASM176的引物具有SEQ ID NO.42和SEQ ID NO.43所示的核苷酸序列；
ASM209的引物具有SEQ ID NO.44和SEQ ID NO.45所示的核苷酸序列；
ASM213的引物具有SEQ ID NO.46和SEQ ID NO.47所示的核苷酸序列；
ASM252的引物具有SEQ ID NO.48和SEQ ID NO.49所示的核苷酸序列；
ASM307的引物具有SEQ ID NO.50和SEQ ID NO.51所示的核苷酸序列；
ASM517的引物具有SEQ ID NO.52和SEQ ID NO.53所示的核苷酸序列；
ASM535的引物具有SEQ ID NO.54和SEQ ID NO.55所示的核苷酸序列；
ASM551的引物具有SEQ ID NO.56和SEQ ID NO.57所示的核苷酸序列；
ASM555的引物具有SEQ ID NO.58和SEQ ID NO.59所示的核苷酸序列；
ASM573的引物具有SEQ ID NO.60和SEQ ID NO.61所示的核苷酸序列；
ASM576的引物具有SEQ ID NO.62和SEQ ID NO.63所示的核苷酸序列；
ASM597的引物具有SEQ ID NO.64和SEQ ID NO.65所示的核苷酸序列；
ASM598的引物具有SEQ ID NO.66和SEQ ID NO.67所示的核苷酸序列；
ASM615的引物具有SEQ ID NO.68和SEQ ID NO.69所示的核苷酸序列；
ASM632的引物具有SEQ ID NO.70和SEQ ID NO.71所示的核苷酸序列；
ASM650的引物具有SEQ ID NO.72和SEQ ID NO.73所示的核苷酸序列；
ASM666的引物具有SEQ ID NO.74和SEQ ID NO.75所示的核苷酸序列。
本发明还提供用于扩增上述猪蛔虫全基因组微卫星分子标记的PCR扩增方法，包括采用权利要求上述引物。
优选地，该PCR扩增方法的PCR扩增体系为：Premix Taq Version 2.0 10μL，上游引物2μL，下游引物2μL，DNA模板2μL，M-13FAM荧光标记引物1.6μL，加水至20μL。
优选地，其PCR扩增程序如下：
94℃预变性5min；
先进行5个循环的高温PCR：94℃变性45s，退火30s，72℃延伸1min；
再进行30个低温循环：94℃变性45s，退火30s，72℃延伸1min；
最后72℃延伸7min。
本发明还提供所述的猪蛔虫全基因组微卫星分子标记在人蛔虫和猪蛔虫种群遗传学、流行病学、宿主特异性、遗传结构和交配模式方面的应用。
本发明还提供所述猪蛔虫全基因组微卫星分子标记引物在人蛔虫和猪蛔虫种群遗传学、流行病学、宿主特异性、遗传结构和交配模式方面的应用。
与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：
本发明所开发的微卫星分子标记是基于全基因组水平开发的，相比于先前基于GenBank、A.suum EST等数据库开发的微卫星分子标记来说，全基因组SSR在相关物种间具有较高的转移能力，这有助于将他们作为锚定标记用作比较基因图谱的研究。并且转录组微卫星在更高的选择压力下，可能提供不了足够的多态性来区分密切相关的物种，而非编码区域的SSR可能是一个有价值的补充。同时相比于其他分子标记，本发明公开的微卫星分子标记多态性都较高，25个分子标记中有20个表现为中高度多态性，都具有较高的遗传多样性。这为猪蛔虫和人蛔虫遗传多样性的后续研究，如：人蛔虫与猪蛔虫的种质资源鉴定、遗传连锁图谱构建、亲缘关系分析等工作提供有力工具。
附图说明
图1是猪蛔虫样品DNA扩增产物电泳图；
图2是多态性微卫星位点ASM132的STR分型结果示例一；
图3是多态性微卫星位点ASM132的STR分型结果示例二；
图4是全基因组微卫星分子标记的FIS。
具体实施方式
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。
下面结合实施例，对本发明做进一步地详细说明，但本发明的实现方式并不局限于此。
实施例1
获得猪蛔虫全基因组微卫星分子标记及其引物的方法主要包括DNA的提取、PCR扩增、筛选引物及数据统计与分析
1.DNA的提取：取采自江西和新疆的猪蛔虫样本30个，剪成小段(约5mm)，用双蒸水洗去固定液(2-3次)，剪碎，采用SV Genomic DNA Purification System试剂盒提取DNA，提取方法参照DNA提取参考试剂盒说明书进行，雌性蛔虫提取DNA时，去除子宫，避免潜在存在的雄性精子污染组织。
2.PCR扩增：从美国国家生物技术信息中心(NCBI)下载猪蛔虫全基因组序列，然后使用软件MSDB v2.4.1搜索并统计微卫星序列，根据SSR侧翼序列的保守性使用PrimerPremier 5.0设计引物，其中，引物的开发条件为：引物长度18-22bp左右，GC含量在40％-60％，目的片段长度在100-400bp之间。据此，设计了104对猪蛔虫微卫星引物用于后续研究(设计的104对引物由上海生工生物技术公司合成)。
利用上述104对引物对步骤1获得的DNA样本进行PCR扩增，其扩增体系如下：Premix Taq Version 2.0(Takara)10μl，上游引物、下游引物和DNA模板各2μl，M-13FAM荧光标记引物1.6μl，加水至20μl。
扩增程序如下：94℃预变性5min；
先进行5个循环的高温PCR：94℃变性45s，退火30s(退火温度见表2)，72℃延伸1min；
再进行30个低温循环：94℃变性45s，47℃退火30s，72℃延伸1min；
最后72℃延伸7min，4℃保存。
采用1％琼脂糖凝胶电泳分离PCR反应得到的产物，即进行跑胶。
3.引物的筛选：用步骤2设计的104对微卫星引物对6个步骤1中获得的DNA样本进行上述PCR扩增，跑胶后能显示出条带的微卫星引物则被初选，然后用初选的引物对24个步骤1中获得的DNA样本进行上述PCR扩增，将扩增产物用1％琼脂糖凝胶电泳检测产物的长度是否符合预期的范围，选择与目的基因相吻合的且清晰的条带，图1示范性提供了数个样品的电泳图，这些产物的长度大约为400-500bp之间，在预期范围内；然后将这些条带对应的PCR产物送往上海生工生物技术有限公司进行STR扫描，等位基因大小由ABI3730xl DNA分析仪确定，其部分扫描结果如图2-3所示，图中蓝色峰(实心)代表等位基因个数，横坐标是该位点等位基因的大小。
从图2-3可知：在此次研究中开发的25对微卫星引物中，STR扫描结果显示除主峰外，还有一些位点存在影子峰，而影子峰是由于Taq酶的滑动错配造成的，这是Taq酶的特性，基本上难以通过优化扩增条件加以克服。同时结果也显示不同位点的等位基因数不同，等位基因的范围为2-25，平均8.2个，其中含2个等位基因的位点有3个，其余位点的等位基因都多于2，最多的位点有25个等位基因。此外根据该扫描结果得到的等位基因片段大小在170-450bp之间，在预期范围之内。然后再利用扫描结果进行进一步的多态性分析。
4.猪蛔虫全基因组微卫星分子标记的数据统计与分析：利用CERVUS V2.0计算猪蛔虫全基因组微卫星分子标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态信息含量(PIC)；并利用Micro-Checker ver.2.2.3计算相应微卫星分子标记的无效等位基因频率(F)；利用Popgene1.32进行其近交系数(FIS)和Hardy-Weinberg平衡检测。
(1)分析猪蛔虫全基因组SSRs微卫星的频率与分布
利用MSDB软件从272Mb猪蛔虫基因组中共筛选到682条微卫星，其总长度为23572bp，占全基因序列的8.67％，这与Meloidogyne incognita(0.09％)、M.hapla(0.09％)、Subanguina moxae(0.11％)、Caenorhabditis elegan(0.21％)和Pristionchuspacificus(0.23％)等线虫基因组微卫星覆盖率相比差异较大(Castagnone-Sereno,P.,Danchin,E.G.,Deleury,E.,Guillemaud,T.,Malausa,T.,&Abad,P.(2010).Genome-widesurvey and analysis of microsatellites in nematodes,with a focus on theplant-parasitic species Meloidogyne incognita.Bmc Genomics 11,598.；Takeuchi,T.,Yamaguchi,M.,Tanaka,R.,Dayi,M.,Ogura,N.,&Kikuchi,T.(2015).Development andvalidation of SSR markers for the plant-parasitic nematode Subanguina moxaeusing genome assembly of illumina pair-end reads.Nematology 17,515-522.)。通常认为微卫星的丰富度会随着基因组的增大而增加。发明人发现，与其他线虫的基因组相比，猪蛔虫的基因组较大，其微卫星含量也较多，遵循微卫星的丰富度会随着基因组的增大而增加的原则。
猪蛔虫所有微卫星片段中以单核苷酸和二核苷酸重复为主，这与Encephalitozoon cuniculi和C.elegan基因组中占优势为三碱基重复类型有所不同，可见不同物种基因组中微卫星的分布特征存在一定差异。一般而言，重复次数较低的重复单元大量的存在表明其具有较高的进化水平。猪蛔虫单核苷酸和二核苷酸数量占总微卫星位点的83％。这说明，与E.cuniculi和C.elegan相比，猪蛔虫起源较晚且具有较高的变异水平。
表1猪蛔虫全基因组微卫星不同拷贝类型的拷贝数和AT含量分布
注：表格中，拷贝数一栏下方的数字表示不同重复类型的拷贝数，如空格表示无该项数据。
由表1可知，在搜索到的SSRs中总共有34种重复类型，短重复序列中主要以A/T(53.1％)、AT/AT(73.3％)和AAT/ATT(67.2％)重复为主；较大的核苷酸重复类型中，AAAT/ATTT和ATAAAT/ATTTAT重复序列在猪蛔虫中出现较多。这些重复序列与其他线虫基因组中SSRs重复序列相比差异较大(例如，M.incognita的AAACG，S.moxae的AAATG和C.elegnas的AACCGT)。表明每个物种都有自己独特的重复序列。另外这些SSRs重复序列表现出明显的AT偏爱性，这与S.moxae(61.％)和M.hapla(72.6％)等线虫的研究结果一致。有研究表明，DNA序列中的AT含量越高，其微卫星分布越多，而AT含量高的原因可能是由于DNA熔解温度(Tm)值小，导致DNA复制滑动和重组时DNA链易解开，进而产生高概率的AT重复类型。
此外，发明人还发现在猪蛔虫基因组微卫星中SSR的长度以10-20bp为主，这有可能是受到趋同选择的压力，从而使这些微卫星序列富集在较短的序列范围内。长度≤20bp的微卫星分子标记相对稳定，可以为物种间的保守性提供保障，同时也符合长的重复单元的SSR具有较高的可变性的观点。因此，在进行遗传多样性研究时，要适当地选择具有较长重复单元的微卫星位点作为遗传标记。
(2)分析猪蛔虫全基因组SSRs多态性分析
基于猪蛔虫全基因组，根据微卫星侧翼序列的保守性共设计了104对引物，经PCR扩增检测，筛选，初选时获得38对能稳定扩增清晰条带的引物；用初选得到的38对引物对DNA样本进行PCR扩增，最后得到28对本发明需要的引物。这28对引物对应的28个位点也能在人蛔虫中扩增(表2中数据未显示)。筛选得到的28对引物及其对应的28个微卫星分子标记中有25对引物及其对应的25个微卫星分子标记具有多态性，另外3对引物及其对应的3个微卫星分子标记呈单态性、为纯合子，在以后研究中可能不太有用(表2中未列出)，扩增成功率26.9％(引物序列及遗传学参数特征见表2)。一般而言微卫星分子标记的可靠性应与开发它们所需的努力相平衡，而这对于寄生线虫来说比较困难。为什么线虫微卫星很难扩增，可能由于微卫星在重复序列的位置而导致有多个引物位点。25个猪蛔虫的微卫星分子标记的特征分析如表2所示。
表2 25个猪蛔虫的微卫星分子标记的特征分析
注：微卫星引物序列中F表示正向引物，R表示反向引物。
如表2所示，经STR扫描、CERVUS V2.0计算可知，本发明公开的25个猪蛔虫全基因组微卫星分子标记中，每个微卫星分子标记扩增得到的等位基因数(NA)为2-25个，平均8.2个；观测杂合度(HO)范围为0-1，平均值0.442；期望杂合度(HE)范围为0.042-0.945，平均值0.602；多态信息含量(PIC)范围为0.040-0.921，平均值0.558，其中有15个微卫星位点表现出高度多样性(PIC>0.5)，5个位点表现中度多态性(0.5>PIC>0.25)，5个位点表现低度多态性(PIC<0.25)(表2)；发明人发现，这5个表现为低多态性的位点平均只有2.6个等位基因，因此其实用性也可能是有限的，而其余位点都具有较高的遗传多样性。
获得的25个猪蛔虫全基因组微卫星分子标记的核苷酸序列如下：ASM7(SEQ IDNO.1)、ASM46(SEQ ID NO.2)、ASM69(SEQ ID NO.3)、ASM97(SEQ ID NO.4)、ASM118(SEQ IDNO.5)、ASM119(SEQ ID NO.6)、ASM132(SEQ ID NO.7)、ASM168(SEQ ID NO.8)、ASM176(SEQID NO.9)、ASM209(SEQ ID NO.10)、ASM213(SEQ ID NO.11)、ASM252(SEQ ID NO.12)、ASM307(SEQ ID NO.13)、ASM517(SEQ ID NO.14)、ASM535(SEQ ID NO.15)、ASM551(SEQ IDNO.16)、ASM555(SEQ ID NO.17)、ASM573(SEQ ID NO.18)、ASM576(SEQ ID NO.19)、ASM597(SEQ ID NO.20)、ASM598(SEQ ID NO.21)、ASM615(SEQ ID NO.22)、ASM632(SEQ IDNO.23)、ASM650(SEQ ID NO.24)、ASM666(SEQ ID NO.25)。
本实施例获得猪蛔虫全基因组微卫星分子标记的25对引物分别为：ASM7的引物具有SEQ ID NO.26和SEQ ID NO.27所示的核苷酸序列；ASM46的引物具有SEQ ID NO.28和SEQID NO.29所示的核苷酸序列；ASM69的引物具有SEQ ID NO.30和SEQ ID NO.31所示的核苷酸序列；ASM97的引物具有SEQ ID NO.32和SEQ ID NO.33所示的核苷酸序列；ASM118的引物具有SEQ ID NO.34和SEQ ID NO.35所示的核苷酸序列；ASM119的引物具有SEQ ID NO.36和SEQ ID NO.37所示的核苷酸序列；ASM132的引物具有SEQ ID NO.38和SEQ ID NO.39所示的核苷酸序列；ASM168的引物具有SEQ ID NO.40和SEQ ID NO.41所示的核苷酸序列；ASM176的引物具有SEQ ID NO.42和SEQ ID NO.43所示的核苷酸序列；ASM209的引物具有SEQ IDNO.44和SEQ ID NO.45所示的核苷酸序列；ASM213的引物具有SEQ ID NO.46和SEQ IDNO.47所示的核苷酸序列；ASM252的引物具有SEQ ID NO.48和SEQ ID NO.49所示的核苷酸序列；ASM307的引物具有SEQ ID NO.50和SEQ ID NO.51所示的核苷酸序列；ASM517的引物具有SEQ ID NO.52和SEQ ID NO.53所示的核苷酸序列；ASM535的引物具有SEQ ID NO.54和SEQ ID NO.55所示的核苷酸序列；ASM551的引物具有SEQ ID NO.56和SEQ ID NO.57所示的核苷酸序列；ASM555的引物具有SEQ ID NO.58和SEQ ID NO.59所示的核苷酸序列；ASM573的引物具有SEQ ID NO.60和SEQ ID NO.61所示的核苷酸序列；ASM576的引物具有SEQ IDNO.62和SEQ ID NO.63所示的核苷酸序列；ASM597的引物具有SEQ ID NO.64和SEQ IDNO.65所示的核苷酸序列；ASM598的引物具有SEQ ID NO.66和SEQ ID NO.67所示的核苷酸序列；ASM615的引物具有SEQ ID NO.68和SEQ ID NO.69所示的核苷酸序列；ASM632的引物具有SEQ ID NO.70和SEQ ID NO.71所示的核苷酸序列；ASM650的引物具有SEQ ID NO.72和SEQ ID NO.73所示的核苷酸序列；ASM666的引物具有SEQ ID NO.74和SEQ ID NO.75所示的核苷酸序列。
无效等位基因广泛存在于众多物种之中，但无效等位基因的普遍性和复杂性使其难以避免，无效等位基因的存在对群体遗传多样性参数造成影响，可导致群体中杂合子缺失，显著降低观测杂合度和期望杂合度以及群体总体的遗传多样性，显著增加群体自交率(FIS)。本发明中检测无效等位基因频率范围为0-0.2933(表2)，12个位点的微卫星分子标记ASM46、ASM132、ASM213、ASM252、ASM535、ASM551、ASM573、ASM597、ASM598、ASM615、ASM632及ASM650没有出现无效等位基因，其余位点均存在无效等位基因，其频率都属于正常范围，对检测结果及后续遗传学研究无显著影响。
Hardy-Weinberg(HWE)检测表明25个微卫星分子标记有15个符合哈迪温伯格平衡(P>0.05)，有10个微卫星分子标记或多或少偏离哈迪温伯格平衡，结果如图4所示。图4中FIS代表猪蛔虫全基因组微卫星分子标记，其中FIS负值表示杂合子过量，FIS正值表示纯合子过量，*表示该位点偏离哈迪温伯格平衡(*0.05≥P＞0.01，**0.01≥P＞0.001，***0.001≥P)。具有无效等位基因存在的多数位点偏离HWE，其中ASM7、ASM69、ASM118、ASM168这四个微卫星分子标记显著偏离HWE(P≤0.001)，且无效等位基因频率相比于其他位点也较高。由此推断无效等位基因的存在可能是导致偏离HWE的原因之一。
此外，通过Popgene1.32计算FIS的变化区间为-0.1985-1，其中21个位点的FIS＞0(图4)，且多数位点显示观测杂合度小于期望杂合度(表2)。其中，FIS为正值表示杂合子缺失。因此，本发明结果表明多数位点杂合子缺失，这种现象可能是由宿主内个体近交和/或Wahlund效应造成。造成杂合子缺失的这种现象可能是由于Wahlund效应，而非宿主内随机交配。综上所述，本发明认为多数位点偏离哈迪温伯格平衡可能是由无效等位基因和/或杂合子缺失造成的。
总之，本发明基于猪蛔虫基因组微卫星分子标记进行开发和特征分析，发现猪蛔虫全基因组微卫星片段含量丰富，多数微卫星分子标记的多态性较高。本发明所开发的猪蛔虫全基因组微卫星分子标记及其引物可用于猪蛔虫和人蛔虫遗传多样性的后续研究，为两种蛔虫种质资源鉴定、遗传连锁图谱构建、亲缘关系分析等工作提供有力的理论工具。
以上所描述的实施例是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。本发明的实施例的详细描述并非旨在限制要求保护的本发明的范围，而是仅仅表示本发明的选定实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 南昌大学
<120> 猪蛔虫全基因组微卫星分子标记及其引物与应用
<130> 1
<160> 75
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
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<212> DNA
<213> ASM7
<400> 1
tccaatgaaa tagaaatatt ctgccgtttg cgactaatga gtataagatt tcaaaagcaa 60
aaacagcaat gggtgaaaaa gattaaaacc cggacctttg tcacccgaaa gttcccgtac 120
gttaggctct tagctcaggt tttcgcaggt aaagtgaaag actaatgttc aaacattcta 180
atttcgttcc caaatctctg tctctctctc tctctctcaa aaaaatcacc ccggtgctca 240
cttctagcca tccctcgaga cattacatac ttttaattaa cggtacactt gggcctggtc 300
taggccaaaa atacaaccag caacaataaa gaaatgaaat aagcatagtg attacctcag 360
tactgtcgct ataaatttcg aagcaatgtg gccgaccctt ctcctccaca gggcgtac 418
<210> 2
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<212> DNA
<213> ASM46
<400> 2
ggcatgcagc acacgtgcca gctggtttgg ctaatgcggg cgcgacgacg cgcaagcgca 60
accgcgttga gtgtgttttg tgcgaagcta catacagtca ggcagcagtt ttgagactcc 120
tgctgcatcc gatggtttcg ggctgcaggg taaaggaaac tgcgttgaag agtgcggtat 180
ccaatgcaaa cggggttagg cgacgacgac gacgacgcaa acagcatgct ctcgttcacg 240
tgcaaggtgc cgctgtttac gagcacgcga tcggttggcc cgaatcgttc gctttttgct 300
cgcacacccg tctgcactga gcacagccgc acggttggcg cataaacaac accaacccgc 360
tgaccaaatc tatcttcctc ttttcctttg caaaaagtcg gtgatagcga ccttc 415
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<212> DNA
<213> ASM69
<400> 3
tataaattcg acgacgaaca cgacgatgga tgcgacactc aaacgctggt actgatgccg 60
ctgctgcaat acgatgcgtt tcccagctgc cgcaccaata tgtacgcaaa ttttcatagt 120
tcacacgctc aactcgtcgt aatagtaggt ttgggtgcgc cgtttttgcg atcctccaat 180
caattctctc tttctctttc ctctctctct ctctctctat ctgcaaaaaa aagatagcgc 240
gatttttcaa caatctagga aatgagctct attacatttc gaccttcgcc aatatccttt 300
aataatgcga tataaaaagg cgttcgaaac gtctacggga aagaagtttt tttattagca 360
caagcatgac gagaaaaagt gatgcctgag aactatattc cacagctgca cccaaagt 418
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<212> DNA
<213> ASM97
<400> 4
gtcactatgc ctataggtct atctataggt ctataggcct ccatctaaaa cctgatggtc 60
gcccgcggca aggaaaaaag ttgaggcaga acgtgtggga ttttcccact tttatcgatt 120
tgaaacatct ttcatttctc aataaaaaaa agatgcacgc acaattccat ctgctccaaa 180
aaaattccgc tctttttttt gaagaagaag aagaaaagaa aaatagaaga cggcgttacg 240
tgaagaagca attgatgagt tgcaggattt gtggatgcgg atgcgctcac aacaggtggt 300
aaaatttttg caatagcata cgcaatattc ggtattccgt tggcacttct ctacctcggt 360
cagtgctcaa aaattgtcgc cggtcttttg ccaggcgatc gtgttctcgc tgcag 415
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<212> DNA
<213> ASM118
<400> 5
gctgtcctct tctgctctct gaatcttgtt tgtctgttat agctttcaac atccactaca 60
ttgctactgt ttttgtcttt ggagttcctc atcctttgcc aagtgagggt cacacgtttc 120
taaagaaatt tcgtttaaaa aagtgaggag gacacggtag agcaattttc acttttattt 180
gcaccgtcga aagacgaagt gagagagaga gagagagctt ccatacaatg atttacgtac 240
cacaaccgct gtgtactgta atactttata gcgaggcacg ctgtatatta aacgttgcgg 300
agaaagtttt tttctgccta gcaaacttgt tcctttcttg ggagagaata attctctata 360
ttatcgatgc tgccgttccc actggctcta cttttatcta tatgcttggg gtgcag 416
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<212> DNA
<213> ASM119
<400> 6
acagtataat ttcttgcgac aaaatcaagc agagtgcgtt agatacgttt attttcggtt 60
gagtgcatcg cttcacttct aaattttccc atcaggtttg tttcccttcc cttgcagtaa 120
tggacaaaag ttctgctgca gtgatgaaaa aatatatatc taataaatac tgacacttat 180
gttattaaat gaaaacatta gtgtgtgtgt gtgtgtgtga tgtatccatt gttggaatgg 240
cttggaacgt cacacgtata gctgaatgaa tgagcgaatg aattatggtt ttatatggaa 300
agtcaagaaa acggcaaacg cgtttggtca taatatcagc gcaaatggcg aagctacagt 360
agcagcgagg tgaaaaaata ataaaatcat gtaagaaata ctagtggtgg gtacttcg 418
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<211> 424
<212> DNA
<213> ASM132
<400> 7
gaactagcaa ccacaaataa aacgataaat ctatgagcgc ataaaagaaa taataaaaat 60
gttggaaacc aggaagttca acgtttgaga ttcctttatt tgacgcctga agattatcat 120
cgacacaacg cttagcatca actttgatga aatttggcct gctgaatttt gcactttgtg 180
aatttctcaa aaaaaaaaaa taaataaata aataaataaa taaaagaacc tgctctctgc 240
ttctggtggt gtcgagaaaa agctgacatc agctaatcac gccggtatga cgcttttttt 300
tctctctaaa atagggaaac ttttaatctg agttgaacct gagcttagct gccatcgact 360
taagttggga cttcagaagt acccaccccc gaacaatgta ggttttcgtc accgccccgt 420
gcag 424
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<213> ASM168
<400> 8
tatgtcatca atgaaagaaa ttttccaagc tttgaactga tctttcttgc gtaataagct 60
gatatttgca ggtgttcgaa cagctgactc gatgctgcac agcttttctt gataagcata 120
aatgagatac ttactatgaa ccattggctt tgttgcgttc tttcactgtt cgataatcta 180
ccccactgtt gttgttgtta ttgttgttgt tgttgaaaga acgcagatta aggacgttta 240
acgttattga aagaaggttt cgatgctgca tagtaaagtt agttggagag cttccttgag 300
gtgacgtcac tagttctaga ctttcgatga tagtaagctt ccgttcaagt gttcccgaca 360
atgccctagt tctccagtgt tttggatgag tgtcactgga aactgcatca tctcc 415
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<212> DNA
<213> ASM176
<400> 9
caattaggaa acgggaaaga tcggttcagg ttgggatggg aaggtgaggg gagaagtcgt 60
cccgcctata agataattta ggacacggac tataatggct gcatcaaata gaagcagcac 120
gagtgcatac aagaagcgcg cgtcgatcga gaggaggagc cgagattgtg ccatgacgcg 180
agcctattta cgtcatcaat gagagagaga gagagcgccg ctatggaggc agtaaagggg 240
atgtgctgaa gagtagagtg caggccccta gttgcttcgt tccgcttcta gcaagcatta 300
ttctgttggg gtgacactca ccctcgaaat gacgctcttg ccccccaccc aaagagagac 360
atcggctatg aaaccgccga aggggcttgt taaagttgga ttctatgaag tgga 414
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<212> DNA
<213> ASM209
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tctctttgaa aagtattgtc cactcaaaaa gtggtagtaa atagtgctga cttttgccat 60
ggaaacctga gcaccatagt tagcagctgc cagttccttg ccatttccgt gttgatgaat 120
ttgatctacg ttcataacat cctcgttgat aagtgatccc gcatctcttg gctgtcattt 180
caagttttct tttttttttt gcgcgcgcgc gcgcgacgaa gctgattagg aaaatcattt 240
ggtaataatg cgccgcttct cgaaacaata tgacacgcaa tttcttatga aatctgcaag 300
accagttcgt ctggcttgat ggcagatttc cagtaaaaac aaattcagtg aaggttcact 360
ttgaatttgt atggaacctt ctccctcttc ccaatttttt tgccggtgtc ctta 414
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<211> 422
<212> DNA
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<400> 11
aatgaagcaa tcgactctca acaaagataa cgaacattct ttggaatcgt cggacgatgg 60
caggtaagca accgaaccgc atacgcgctt ataaatcgta cgtgagtcat gcagcatgcg 120
tcagcgacat cggacatcga aacgctgttc aaagaacgga cacacacgaa catacataca 180
gacgcacacg tatacaaacg cacacacaca cacacacaca cacgcacaca cacatacctt 240
gcaaacaatc acaccacttc tagggtgcgt tgcaccgttg ccaggagaac ccatgccgga 300
tccacacact tcagtacttc gggatgctct acttgcctta cagagctttc ggaaatgcgt 360
ggcacagctg tatcaagtta gtgcgcaatt agctaacctc gcagtgtgtg ggcatatacg 420
ga 422
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<212> DNA
<213> ASM252
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tcaacatgtg tatcttgagg aaaaatgaga acgtgtcacc gaaagtgtga acaaacgctc 60
caacgtttta gttctattgt tagacatcac ttcccatttg caaaattcct tacgcaaata 120
caaatttgta accaaaatat cgttgatgaa aagtcgtttt tgtatattat gatgacataa 180
cgtctgtacg tctgcatgtg gtgtgtgtgt gtgtgtgttg cgtgtctgtg tgtcgtgtgt 240
gtggtttgtg cctctctatt cgattgttgc ggtttatgta tcacaaaaga aacgccgacg 300
aaactactat cggcaccctc taatctaacg tgaaatctgc acagtcgata ccttttattc 360
caactttatt agcatttact aggctttact gttgtttttg atacacaaat gaatcata 418
<210> 13
<211> 416
<212> DNA
<213> ASM307
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cactgttata ttgattccta atccgttcgt gcaaaaaacc cacaaatttc atgacgtccg 60
ccttgctgtt aagggcttga tgcacgatga ctgttcgaag gcaacagccc gatgttctgc 120
tgctatattc aagaagctgt cagaagacat ttgactagag gttagcgtga agtctgttgc 180
gaaataggga gagagagagg gagagagaga gagagaaaga gagaaagaaa gaaagaaaga 240
agaaagggga gattcagttt agctaagctg gacagattcc caagggacat tgataaaacg 300
cgttttggtg catttgtata ttgtcacatg cgtacgtgta cacatgtacc atactacttc 360
atactgcgta catatggcat taggtcgatg cactgcagcc ctgttttgct caggac 416
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<212> DNA
<213> ASM517
<400> 14
cgcgccgaac aataagtaga tctcagtaaa ttattgcacg tagtgctatg attaattcac 60
accatgaaag taattgtgaa gtggactata ataagcgaag aaaaacaaat aaaaacaatc 120
aaatggaatt cagcttaaac agatgagcac ttgttgggat tgccatcgtc tcgcaattca 180
gatcaaaggt gttttttttt gagagagaga gagagagaga gagagagaga gagagagaga 240
gaaagagaga tattacatgt tgctcatgta tatcgaagac tactatcaaa atatgtttct 300
aaggtattgc ctcttatcta aacagatgcg cgctttgagc agaaatccgc tccttttggc 360
taaacatttc acgaattgtg tgaaattcgg cacttattca cattgagatc tgccatcaag 420
atctatgaaa attatactga tt 442
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<212> DNA
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<400> 15
taaagaatat tgtattttgc atgcgcgtgt ggtagtatgg gcggtgggta tccagctgcg 60
ctcgtcggtg cgtgtgttat cttcggcata gctagagcag gatcacaata tcgaatccct 120
ccccagtgac gacccgtcgc atttgcaaat atctggagtg ccgtttaggt taaagagata 180
aaacggggag cagatgcatg gagagagaga gagaagggga taaggagaga gagaaaaaaa 240
gaagaggaag agcaagttaa agcaacaaaa aagtcgtttg gattttctga agaatttgca 300
gtttgatggc atgtgcaagg aagcacgaag tgagatttat tgtctctgtc tgctcgaaac 360
tcacattacc ttttgctaat ttttctccct ctgtctcttt ctcccgccat cctc 414
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aatcatgtaa tggcatttct caggttgcac tgctatgtga gtaaagagct tttttggtcg 60
ttgaaaagat cttttgaatg agtccagacg gacataaaca tcatccaacc caaagagaac 120
acgactacgt tcataacgaa ttttctgatg catttgcatg catattttta ccctcatcat 180
tgttcctatt ctttaacgac ctctctctct ctctctctct cgagtaattt gaggcatata 240
tgcgaaagaa aatgttttgg atttttttcc ccgctttcta aatgtctctg tgaaagcgca 300
ttattgtgta atgcaacttt taagcttgca cgtatgtttg ctcatatctg tacctatggc 360
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ttggaagtaa ttgtttctat ctgccctcgt gtaggtgtat atgcgtataa gcgctttgca 60
agtttgcagt ggaaaacgca ctatggcgag cttatgcttc tgtatgtgca tgcgtgcgcg 120
cgtctgtgta ggtgcgcatg catgtgtgtt tatatgcgta tgtgtgcgtt catacattca 180
tatgcacgtg tgtttgtgta tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtatgtgtg tgtgtttgta 240
tctgtgtgca tgtgttttct tgtgcgtata tgtgtgcatt tatgcttgcg tctgcatatt 300
cgcgtgttta tgtatatgcg tgcgcgggtc tgcgtgtgtg gacattcatg tgcgggcggt 360
gcgcatctcc agtacgtcag ttgcgcaacc accgaggcta aaataacaaa actgaatctg 420
cg 422
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Aatttttatt tatgcttctt taatgcacga atgttgtgat gaactgcgac aactccctta 60
attaagagat gaattgagca tagctttgag actttgatct caaaagcatt tttgggagga 120
tgaacgaaag agagagaacg attatttttg tatttgaaaa cataccatct cctccttgga 180
gaacaagtgt aatctttttt agagagagag agagtgtttg aatgagtgag tgagtgagtt 240
agtgagtgag tgagtgaatg agagagagag tgagtgagtg agtgagtgag tgagtgattt 300
tgttcttgct ttcgaaaagg ttgccatata tttcatgtca tcgatcgact ctgtttttga 360
tttatttcag caaacacttt tttatcgata ttgcacagtt agagcacaaa ttca 414
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<212> DNA
<213> ASM576
<400> 19
tgaattgagc atagctttga gactttgatc tcaaaagcat ttttgggagg atgaacgaaa 60
gagagagaac gattattttt gtatttgaaa acataccatc tcctccttgg agaacaagtg 120
taatcttttt tagagagaga gagagtgttt gaatgagtga gtgagtgagt tagtgagtga 180
gtgagtgaat gagagagaga gtgagtgagt gagtgagtga gtgagtgatt ttgttcttgc 240
tttcgaaaag gttgccatat atttcatgtc atcgatcgac tctgtttttg atttatttca 300
gcaaacactt ttttatcgat attgcacagt tagagcacaa attcataatt tgttgtgatg 360
aggcttatta gtgctcttgc cactctaccg aggaggccaa ttcaacaaca gctcggcgac 420
agccaata 428
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taaagtggct caatcgaaaa aactcgagac cctcattttg attgccatag ttatcaaagt 60
attaccatgg ccatcatgta tttcagtgaa aaaaaaattt agagtaacgg tcgaattaga 120
ttcaaccatc acacgatgta tggcaacagt gtgcttcact tattactgag caacaatgct 180
gacattttta agtatgttgt gagagagaga gagagagaga gagagagaga gagagagaga 240
gagagagaga gagagagaga gggagagaga gagagggagg gggggggaga gagagagaga 300
gagagacgaa atttgagagt tgagctgttg cataactttt cgggcataga atatgagttg 360
attaatagct gtatttctac gccagcgtct aattgtgcca aacaatatgt ccgattatct 420
tcagcaatta gcaacaaatt tttattttgt ctggaatgat 460
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gaaaaaaaaa tttagagtaa cggtcgaatt agattcaacc atcacacgat gtatggcaac 60
agtgtgcttc acttattact gagcaacaat gctgacattt ttaagtatgt tgtgagagag 120
agagagagag agagagagag agagagagag agagagagag agagagagag agagggagag 180
agagagaggg aggggggggg agagagagag agagagagac gaaatttgag agttgagctg 240
ttgcataact tttcgggcat agaatatgag ttgattaata gctgtatttc tacgccagcg 300
tctaattgtg ccaaacaata tgtccgatta tcttcagcaa ttagcaacaa atttttattt 360
tgtctggaat gataggaata aatgaagaac gccgctgtgt tgcaaaagtg tttcctca 418
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tggcataaag ctacagagac acatctccga ttacaataac acatagaata ctgcgtcagt 60
tagaagaaca acgaagttaa tgggtggaga gagatttaca ctcgaaatcg ctgagttttc 120
atctggagag gtcaacggat aagccataaa gggttcaagc tcacgaaagc aatactaatg 180
caataatgaa tattttttaa atatatatat atatatatat ataacgtacg ccaatgtatg 240
cgtgtatata taatgcatgg tttacataag tattcttttc tttctggatt tgcaacactc 300
gttgtccgcc ttagttgctc atacgcttct tcttataacg ccttgtacga atacaccttt 360
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<400> 24
aactagtaat acaaatgtct tgcatcgaaa gttcgtaaca gcataagcac taaacattct 60
gccacatttc agggcgttgt aataatgatc agtgtataca tatattactt cacaaaacca 120
gcgcttaaat tatgttgatt tgttgcattc ttaacaactc agaaaataaa cacagagcca 180
tgcagaaaaa taatcacttg gagagagaga gagagaggga cgaggagaaa gagagagaga 240
ataaaagcaa acagagtgcg gagctagacc taaaaatcgt tattgtgtag ggggaaaata 300
tgagctgaaa gaataagtga tattgaaaaa aagcgcacaa taagatagat gggaaatgtt 360
ccatttattg aacataacga gcgctgcatg agccgaagcg atgacgtgtc gaaata 416
<210> 25
<211> 414
<212> DNA
<213> ASM666
<400> 25
attctctttt acgatgtcaa tcgacgaata ttcattgctc aaatacaaat gaatggtgct 60
aaatttttct ttatgttata ttaacgacaa aaagtatgca atattctctc aatgcaacca 120
tatttcatat agcgatttgc ttcattatct aaataaaaac atttgcgctt caacgaaatc 180
cctctctctc tctctctctg tctctctctc tctctgaaaa acgattgaga acattggtgt 240
cagctttatg atgaaaactg cggcctagat tctttagtgc tcaattaaac ggcagcggcc 300
aagaacataa aaagaatcat cgcgaaattt gtagaagaag aagcggataa ggaaaaacta 360
tttgtagaag catttgtaga agcaggaagg tgattttgtg gatattaaga acgg 414
<210> 26
<211> 21
<212> DNA
<213> ASM7正向引物序列
<400> 26
aaaagcaaaa acagcaatgg g 21
<210> 27
<211> 21
<212> DNA
<213> ASM7反向引物序列
<400> 27
gatggctaga agtgagcacc g 21
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM46正向引物序列
<400> 28
tgcgttgaag agtgcggtat 20
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM46反向引物序列
<400> 29
gggttggtgt tgtttatgcg 20
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM69正向引物序列
<400> 30
ttcatagttc acacgctcaa 20
<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM69反向引物序列
<400> 31
tctcaggcat cactttttct 20
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM97正向引物序列
<400> 32
caaggaaaaa agttgaggca 20
<210> 33
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM97反向引物序列
<400> 33
agcactgacc gaggtagaga 20
<210> 34
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM118正向引物序列
<400> 34
aggaggacac ggtagagcaa 20
<210> 35
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM118反向引物序列
<400> 35
aagtagagcc agtgggaacg 20
<210> 36
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM119正向引物序列<400> 36
tttcccatca ggtttgtttc 20
<210> 37
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM119反向引物序列
<400> 37
ttgccgtttt cttgactttc 20
<210> 38
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM132正向引物序列
<400> 38
aaaatgttgg aaaccaggaa 20
<210> 39
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM132反向引物序列
<400> 39
accaccagaa gcagagagca 20
<210> 40
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM168正向引物序列
<400> 40
actatgaacc attggcttt 19
<210> 41
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM168反向引物序列
<400> 41
tgtcgggaac acttgaacg 19
<210> 42
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM176正向引物序列
<400> 42
tcggttcagg ttgggatggg 20
<210> 43
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM176反向引物序列
<400> 43
tctctctttg ggtggggggc 20
<210> 44
<211> 25
<212> DNA
<213> ASM209正向引物序列
<400> 44
caaaaagtgg tagtaaatag tgctg 25
<210> 45
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM209反向引物序列
<400> 45
attgggaaga gggagaagg 19
<210> 46
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM213正向引物序列
<400> 46
tggcaggtaa gcaaccgaac 20
<210> 47
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM213反向引物序列
<400> 47
ggcaagtaga gcatcccgaa 20
<210> 48
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM252正向引物序列
<400> 48
cttgaggaaa aatgagaacg 20
<210> 49
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM252反向引物序列
<400> 49
acacacacga cacacagaca 20
<210> 50
<211> 18
<212> DNA
<213> ASM307正向引物序列
<400> 50
cccgatgttc tgctgcta 18
<210> 51
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM307反向引物序列
<400> 51
gctaaactga atctcccct 19
<210> 52
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM517正向引物序列
<400> 52
cgccgaacaa taagtagat 19
<210> 53
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM517反向引物序列<400> 53
aatgtgaata agtgccgaa 19
<210> 54
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM535正向引物序列
<400> 54
gtagtatggg cggtgggtat 20
<210> 55
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM535反向引物序列<400> 55
tctcacttcg tgcttccttg 20
<210> 56
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM551正向引物序列
<400> 56
tccaacccaa agagaacacg 20
<210> 57
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM551反向引物序列
<400> 57
agaaagcggg gaaaaaaatc 20
<210> 58
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM555正向引物序列
<400> 58
ttgtttctat ctgccctcgt 20
<210> 59
<211> 22
<212> DNA
<213> ASM555反向引物序列
<400> 59
gttttgttat tttagcctcg gt 22
<210> 60
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM573正向引物序列
<400> 60
atgttgtgat gaactgcga 19
<210> 61
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM573反向引物序列
<400> 61
cgataaaaaa gtgtttgctg 20
<210> 62
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM576正向引物序列<400> 62
atttttggga ggatgaacg 19
<210> 63
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM576反向引物序列
<400> 63
tcggtagagt ggcaagagc 19
<210> 64
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM597正向引物序列
<400> 64
agattcaacc atcacacga 19
<210> 65
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM597反向引物序列
<400> 65
tattctatgc ccgaaaagt 19
<210> 66
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM598正向引物序列<400> 66
ttagattcaa ccatcacacg 20
<210> 67
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM598反向引物序列<400> 67
ttcctatcat tccagacaaa 20
<210> 68
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM615正向引物序列
<400> 68
tcatctggag aggtcaacgg 20
<210> 69
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM615反向引物序列
<400> 69
caactaaggc ggacaacgag 20
<210> 70
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM632正向引物序列
<400> 70
ctcttttttt gctttacctc 20
<210> 71
<211> 18
<212> DNA
<213> ASM632反向引物序列<400> 71
tagtgccgca tcttgtta 18
<210> 72
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM650正向引物序列
<400> 72
aacattctgc cacatttca 19
<210> 73
<211> 19
<212> DNA
<213> ASM650反向引物序列
<400> 73
ctctctttct cctcgtccc 19
<210> 74
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM666正向引物序列
<400> 74
cgcttcaacg aaatccctct 20
<210> 75
<211> 20
<212> DNA
<213> ASM666反向引物序列
<400> 75
ccacaaaatc accttcctgc 20

Claims (8)

1.猪蛔虫全基因组微卫星分子标记，其特征在于，所述猪蛔虫全基因组微卫星分子标记具有以下核苷酸序列中的至少一个；ASM7的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；ASM46的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；ASM69的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；ASM97的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；ASM118的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；ASM119的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；ASM132的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示；ASM168的核苷酸序列如SEQID NO.8所示；ASM176的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示；ASM209的核苷酸序列如SEQ IDNO.10所示；ASM213的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示；ASM252的核苷酸序列如SEQ IDNO.12所示；ASM307的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示；ASM517的核苷酸序列如SEQ IDNO.14所示；ASM535的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示；ASM551的核苷酸序列如SEQ IDNO.16所示；ASM555的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示；ASM573的核苷酸序列如SEQ IDNO.18所示；ASM576的核苷酸序列如SEQ ID NO.19所示；ASM597的核苷酸序列如SEQ IDNO.20所示；ASM598的核苷酸序列如SEQ ID NO.21所示；ASM615的核苷酸序列如SEQ IDNO.22所示；ASM632的核苷酸序列如SEQ ID NO.23所示；ASM650的核苷酸序列如SEQ IDNO.24所示；ASM666的核苷酸序列如SEQ ID NO.25所示。
2.根据权利要求1所述的猪蛔虫全基因组微卫星分子标记，其特征在于，所述猪蛔虫全基因组微卫星分子标记具有以下核苷酸序列中的至少一个；其中，ASM46的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；ASM118的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；ASM119的核苷酸序列如SEQID NO.6所示；ASM209的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示；ASM213的核苷酸序列如SEQ IDNO.11所示；ASM252的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示；ASM307的核苷酸序列如SEQ IDNO.13所示；ASM517的核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示；ASM535的核苷酸序列如SEQ IDNO.15所示；ASM551的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示；ASM555的核苷酸序列如SEQ IDNO.17所示；ASM597的核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示；ASM598的核苷酸序列如SEQ IDNO.21所示；ASM615的核苷酸序列如SEQ ID NO.22所示；ASM632的核苷酸序列如SEQ IDNO.23所示；ASM666的核苷酸序列如SEQ ID NO.25所示。
3.用于扩增权利要求1所述的猪蛔虫全基因组微卫星分子标记的引物，其特征在于，
ASM7的引物具有SEQ ID NO.26和SEQ ID NO.27所示的核苷酸序列；
ASM46的引物具有SEQ ID NO.28和SEQ ID NO.29所示的核苷酸序列；
ASM69的引物具有SEQ ID NO.30和SEQ ID NO.31所示的核苷酸序列；
ASM97的引物具有SEQ ID NO.32和SEQ ID NO.33所示的核苷酸序列；
ASM118的引物具有SEQ ID NO.34和SEQ ID NO.35所示的核苷酸序列；
ASM119的引物具有SEQ ID NO.36和SEQ ID NO.37所示的核苷酸序列；
ASM132的引物具有SEQ ID NO.38和SEQ ID NO.39所示的核苷酸序列；
ASM168的引物具有SEQ ID NO.40和SEQ ID NO.41所示的核苷酸序列；
ASM176的引物具有SEQ ID NO.42和SEQ ID NO.43所示的核苷酸序列；
ASM209的引物具有SEQ ID NO.44和SEQ ID NO.45所示的核苷酸序列；
ASM213的引物具有SEQ ID NO.46和SEQ ID NO.47所示的核苷酸序列；
ASM252的引物具有SEQ ID NO.48和SEQ ID NO.49所示的核苷酸序列；
ASM307的引物具有SEQ ID NO.50和SEQ ID NO.51所示的核苷酸序列；
ASM517的引物具有SEQ ID NO.52和SEQ ID NO.53所示的核苷酸序列；
ASM535的引物具有SEQ ID NO.54和SEQ ID NO.55所示的核苷酸序列；
ASM551的引物具有SEQ ID NO.56和SEQ ID NO.57所示的核苷酸序列；
ASM555的引物具有SEQ ID NO.58和SEQ ID NO.59所示的核苷酸序列；
ASM573的引物具有SEQ ID NO.60和SEQ ID NO.61所示的核苷酸序列；
ASM576的引物具有SEQ ID NO.62和SEQ ID NO.63所示的核苷酸序列；
ASM597的引物具有SEQ ID NO.64和SEQ ID NO.65所示的核苷酸序列；
ASM598的引物具有SEQ ID NO.66和SEQ ID NO.67所示的核苷酸序列；
ASM615的引物具有SEQ ID NO.68和SEQ ID NO.69所示的核苷酸序列；
ASM632的引物具有SEQ ID NO.70和SEQ ID NO.71所示的核苷酸序列；
ASM650的引物具有SEQ ID NO.72和SEQ ID NO.73所示的核苷酸序列；
ASM666的引物具有SEQ ID NO.74和SEQ ID NO.75所示的核苷酸序列。
4.用于扩增权利要求1所述的猪蛔虫全基因组微卫星分子标记的PCR扩增方法，其特征在于，包括采用权利要求3所述的引物。
5.根据权利要求4所述的PCR扩增方法，其特征在于，其PCR扩增体系为：Premix TaqVersion 2.0 10μL，上游引物2μL，下游引物2μL，DNA模板2μL，M-13FAM荧光标记引物1.6μL，加水至20μL。
6.根据权利要求4所述的PCR扩增方法，其特征在于，其PCR扩增程序如下：
94℃预变性5min；
先进行5个循环的高温PCR：94℃变性45s，退火30s，72℃延伸1min；
再进行30个低温循环：94℃变性45s，退火30s，72℃延伸1min；
最后72℃延伸7min。
7.权利要求1或2所述的猪蛔虫全基因组微卫星分子标记在人蛔虫和猪蛔虫种群遗传学、流行病学、宿主特异性、遗传结构和交配模式方面的应用。
8.权利要求3所述的猪蛔虫全基因组微卫星分子标记引物在人蛔虫和猪蛔虫种群遗传学、流行病学、宿主特异性、遗传结构和交配模式方面的应用。
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