CN109385666A - 淋巴瘤基因捕获芯片及其应用 - Google Patents
淋巴瘤基因捕获芯片及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN109385666A CN109385666A CN201710652698.9A CN201710652698A CN109385666A CN 109385666 A CN109385666 A CN 109385666A CN 201710652698 A CN201710652698 A CN 201710652698A CN 109385666 A CN109385666 A CN 109385666A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- gene
- lymthoma
- cell
- chip
- lymphoma
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 135
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 69
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 47
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims abstract description 43
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims abstract description 13
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims abstract description 10
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 46
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 33
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 30
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 claims description 27
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 25
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 22
- 230000004927 fusion Effects 0.000 claims description 20
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 19
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 19
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 18
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 16
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 claims description 15
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 claims description 15
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 14
- 208000017604 Hodgkin disease Diseases 0.000 claims description 13
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 claims description 13
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 claims description 13
- 208000021519 Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 claims description 12
- 208000010747 Hodgkins lymphoma Diseases 0.000 claims description 12
- 238000000540 analysis of variance Methods 0.000 claims description 10
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 9
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 claims description 9
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 9
- 208000036170 B-Cell Marginal Zone Lymphoma Diseases 0.000 claims description 8
- 208000016937 Extranodal nasal NK/T cell lymphoma Diseases 0.000 claims description 8
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 claims description 8
- 201000003444 follicular lymphoma Diseases 0.000 claims description 8
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 claims description 8
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 claims description 8
- 230000001926 lymphatic effect Effects 0.000 claims description 8
- 208000019420 lymphoid neoplasm Diseases 0.000 claims description 8
- 206010042971 T-cell lymphoma Diseases 0.000 claims description 7
- 208000027585 T-cell non-Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 claims description 7
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 7
- 230000004075 alteration Effects 0.000 claims description 6
- 210000001102 germinal center b cell Anatomy 0.000 claims description 6
- 201000007924 marginal zone B-cell lymphoma Diseases 0.000 claims description 6
- 208000021937 marginal zone lymphoma Diseases 0.000 claims description 6
- 230000000392 somatic effect Effects 0.000 claims description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 4
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 claims description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 52
- 229940079593 drug Drugs 0.000 abstract description 46
- 238000001514 detection method Methods 0.000 abstract description 37
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 22
- 238000003780 insertion Methods 0.000 abstract description 20
- 230000037431 insertion Effects 0.000 abstract description 20
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 abstract description 17
- 238000012216 screening Methods 0.000 abstract description 17
- 238000012217 deletion Methods 0.000 abstract description 12
- 230000037430 deletion Effects 0.000 abstract description 12
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 abstract description 10
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 abstract description 9
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 31
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 12
- 239000000047 product Substances 0.000 description 12
- 208000031671 Large B-Cell Diffuse Lymphoma Diseases 0.000 description 11
- 206010012818 diffuse large B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 11
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 10
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 10
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 10
- 238000011160 research Methods 0.000 description 10
- 238000013461 design Methods 0.000 description 8
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 8
- 208000003950 B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 7
- 208000011691 Burkitt lymphomas Diseases 0.000 description 7
- JJWKPURADFRFRB-UHFFFAOYSA-N carbonyl sulfide Chemical compound O=C=S JJWKPURADFRFRB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 7
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 7
- 238000002386 leaching Methods 0.000 description 7
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 6
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 6
- 208000015914 Non-Hodgkin lymphomas Diseases 0.000 description 5
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 5
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 5
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 5
- 230000008859 change Effects 0.000 description 5
- 230000009514 concussion Effects 0.000 description 5
- 230000000869 mutational effect Effects 0.000 description 5
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 5
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 5
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 4
- 108700025716 Tumor Suppressor Genes Proteins 0.000 description 4
- 102000044209 Tumor Suppressor Genes Human genes 0.000 description 4
- 238000007418 data mining Methods 0.000 description 4
- 239000012154 double-distilled water Substances 0.000 description 4
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 4
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 4
- 101100310856 Drosophila melanogaster spri gene Proteins 0.000 description 3
- 102100038895 Myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 description 3
- 108700019961 Neoplasm Genes Proteins 0.000 description 3
- 102000048850 Neoplasm Genes Human genes 0.000 description 3
- 206010064390 Tumour invasion Diseases 0.000 description 3
- 238000010241 blood sampling Methods 0.000 description 3
- 230000009400 cancer invasion Effects 0.000 description 3
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 3
- 230000010355 oscillation Effects 0.000 description 3
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 3
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 3
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 3
- 238000001847 surface plasmon resonance imaging Methods 0.000 description 3
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 3
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 3
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 3
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000019838 Blood disease Diseases 0.000 description 2
- AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N Doxorubicin Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 201000003791 MALT lymphoma Diseases 0.000 description 2
- CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N O-Xylene Chemical compound CC1=CC=CC=C1C CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 239000003146 anticoagulant agent Substances 0.000 description 2
- 229940127219 anticoagulant drug Drugs 0.000 description 2
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 230000000973 chemotherapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 2
- 229960000935 dehydrated alcohol Drugs 0.000 description 2
- 238000012938 design process Methods 0.000 description 2
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 2
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 2
- 210000002768 hair cell Anatomy 0.000 description 2
- 208000014951 hematologic disease Diseases 0.000 description 2
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 238000000465 moulding Methods 0.000 description 2
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- JMANVNJQNLATNU-UHFFFAOYSA-N oxalonitrile Chemical compound N#CC#N JMANVNJQNLATNU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 2
- 230000000737 periodic effect Effects 0.000 description 2
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 2
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 2
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 2
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 2
- GUAHPAJOXVYFON-ZETCQYMHSA-N (8S)-8-amino-7-oxononanoic acid zwitterion Chemical compound C[C@H](N)C(=O)CCCCCC(O)=O GUAHPAJOXVYFON-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- 241001614291 Anoplistes Species 0.000 description 1
- 102100021569 Apoptosis regulator Bcl-2 Human genes 0.000 description 1
- 208000010839 B-cell chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000028564 B-cell non-Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 230000003844 B-cell-activation Effects 0.000 description 1
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 description 1
- 102100021247 BCL-6 corepressor Human genes 0.000 description 1
- 108091012583 BCL2 Proteins 0.000 description 1
- 101150017888 Bcl2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 description 1
- CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N Cyclophosphamide Chemical compound ClCCN(CCCl)P1(=O)NCCCO1 CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 229940096395 DNA methylase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 description 1
- 101100165236 Homo sapiens BCOR gene Proteins 0.000 description 1
- 101000599886 Homo sapiens Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000813738 Homo sapiens Transcription factor ETV6 Proteins 0.000 description 1
- 102100037845 Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 206010057180 Liver and spleen enlargement Diseases 0.000 description 1
- 208000008771 Lymphadenopathy Diseases 0.000 description 1
- 208000031422 Lymphocytic Chronic B-Cell Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 101150039798 MYC gene Proteins 0.000 description 1
- 101150053046 MYD88 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100024134 Myeloid differentiation primary response protein MyD88 Human genes 0.000 description 1
- 206010029240 Neuritis Diseases 0.000 description 1
- 102000001759 Notch1 Receptor Human genes 0.000 description 1
- 108010029755 Notch1 Receptor Proteins 0.000 description 1
- 108010011536 PTEN Phosphohydrolase Proteins 0.000 description 1
- 102000014160 PTEN Phosphohydrolase Human genes 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 208000015695 Primary lymphedema Diseases 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 208000003251 Pruritus Diseases 0.000 description 1
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 208000031650 Surgical Wound Infection Diseases 0.000 description 1
- 241000254223 Syntexis Species 0.000 description 1
- 241000218636 Thuja Species 0.000 description 1
- 102100039580 Transcription factor ETV6 Human genes 0.000 description 1
- 108010078814 Tumor Suppressor Protein p53 Proteins 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 239000008186 active pharmaceutical agent Substances 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 229940009456 adriamycin Drugs 0.000 description 1
- 150000001298 alcohols Chemical class 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000001640 apoptogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 238000009412 basement excavation Methods 0.000 description 1
- 108700041737 bcl-2 Genes Proteins 0.000 description 1
- 231100000693 bioaccumulation Toxicity 0.000 description 1
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 210000004204 blood vessel Anatomy 0.000 description 1
- 208000035269 cancer or benign tumor Diseases 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000003399 chemotactic effect Effects 0.000 description 1
- 229940044683 chemotherapy drug Drugs 0.000 description 1
- 208000012191 childhood neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 208000032852 chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000013056 classic Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000002648 combination therapy Methods 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 229960004397 cyclophosphamide Drugs 0.000 description 1
- 230000002559 cytogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 230000017858 demethylation Effects 0.000 description 1
- 238000010520 demethylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 239000003968 dna methyltransferase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 210000003038 endothelium Anatomy 0.000 description 1
- 208000022532 enlargement of lymph nodes Diseases 0.000 description 1
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 description 1
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000003631 expected effect Effects 0.000 description 1
- 239000005357 flat glass Substances 0.000 description 1
- 230000004907 flux Effects 0.000 description 1
- 238000012268 genome sequencing Methods 0.000 description 1
- 239000003292 glue Substances 0.000 description 1
- 150000003278 haem Chemical class 0.000 description 1
- 210000005096 hematological system Anatomy 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 1
- 238000012308 immunohistochemistry method Methods 0.000 description 1
- 238000013394 immunophenotyping Methods 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 210000004324 lymphatic system Anatomy 0.000 description 1
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 description 1
- 206010029410 night sweats Diseases 0.000 description 1
- 230000036565 night sweats Effects 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 230000000505 pernicious effect Effects 0.000 description 1
- OIGNJSKKLXVSLS-VWUMJDOOSA-N prednisolone Chemical compound O=C1C=C[C@]2(C)[C@H]3[C@@H](O)C[C@](C)([C@@](CC4)(O)C(=O)CO)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 OIGNJSKKLXVSLS-VWUMJDOOSA-N 0.000 description 1
- 229960005205 prednisolone Drugs 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 1
- 238000012797 qualification Methods 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 229960004641 rituximab Drugs 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 235000015170 shellfish Nutrition 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002626 targeted therapy Methods 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 230000001256 tonic effect Effects 0.000 description 1
- 230000017105 transposition Effects 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- OGWKCGZFUXNPDA-XQKSVPLYSA-N vincristine Chemical compound C([N@]1C[C@@H](C[C@]2(C(=O)OC)C=3C(=CC4=C([C@]56[C@H]([C@@]([C@H](OC(C)=O)[C@]7(CC)C=CCN([C@H]67)CC5)(O)C(=O)OC)N4C=O)C=3)OC)C[C@@](C1)(O)CC)CC1=C2NC2=CC=CC=C12 OGWKCGZFUXNPDA-XQKSVPLYSA-N 0.000 description 1
- 229960004528 vincristine Drugs 0.000 description 1
- OGWKCGZFUXNPDA-UHFFFAOYSA-N vincristine Natural products C1C(CC)(O)CC(CC2(C(=O)OC)C=3C(=CC4=C(C56C(C(C(OC(C)=O)C7(CC)C=CCN(C67)CC5)(O)C(=O)OC)N4C=O)C=3)OC)CN1CCC1=C2NC2=CC=CC=C12 OGWKCGZFUXNPDA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
- C40B50/06—Biochemical methods, e.g. using enzymes or whole viable microorganisms
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提出了一种淋巴瘤基因捕获芯片。该芯片包括：基体，探针，所述探针设置在所述基体上，所述探针特异性识别表1所示基因的至少之一。该芯片包括了常见高发淋巴肿瘤各亚型的相关Driver Gene、高频突变基因、癌症相关5条信号通路中的重要基因、靶向药物及化疗药物药物敏感和耐药相关基因；可用于对淋巴瘤相关基因的单核苷酸位点变异(SNV)、Indel insertion插入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异(CNV)和染色体结构变异(SV)的检测，可实现对淋巴瘤各亚型的检测；有效用于淋巴瘤的早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。
Description
技术领域
本发明涉及生物检测领域，具体地，本发明涉及淋巴瘤基因捕获芯片及其应用，更具体地，本发明涉及淋巴瘤基因捕获芯片以及检测淋巴瘤基因的基因变异的方法。
背景技术
淋巴瘤是起源于淋巴造血系统的恶性肿瘤，主要表现为无痛性淋巴结肿大，肝脾肿大，全身各组织器官均可受累，伴发热、盗汗、消瘦、瘙痒等全身症状。全球每年约有35万新发患者，我国每年新发病例约有25000例。恶性淋巴瘤在我国是发病率增速最快的恶性肿瘤之一，以每年5％的速度上升，居常见恶性肿瘤第8位。根据不同的淋巴细胞起源，可以分为B细胞、T细胞和NK细胞淋巴瘤。B细胞淋巴瘤是B细胞发生的实体肿瘤。包括非霍奇金淋巴瘤(NHL)和霍奇金淋巴瘤(HL)两类。NHL发病率远高于HL，具有很强异质性。B细胞淋巴瘤分型众多，经典霍奇金淋巴瘤和结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤，现在被认为是起源于B细胞的肿瘤。弥漫性大B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、黏膜相关淋巴组织淋巴瘤(MALT)、小淋巴细胞淋巴瘤/慢性淋巴细胞白血病、套细胞淋巴瘤(MCL) 5种B细胞非霍奇金淋巴瘤最为常见，占非霍奇金淋巴瘤的3/4。B细胞淋巴瘤的预后和治疗取决于淋巴瘤的具体类型以及分期分级。
弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是最常见的非霍奇金淋巴瘤，约占世界新确诊病例的30％-40％，我国的发病率更高一些。它是侵袭性肿瘤的代表，如果没有治疗可致命。当前免疫化学疗法采用利妥昔单抗和环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松龙联合治疗 (R-CHOP)，能治愈大多数DLBCL患者，但是R-CHOP方案治疗失败的患者大多数最终将死于该疾病。
传统的诊断方法一般基于病理学和细胞免疫表型检测。分子学研究已经阐明了DLBCL 的复杂生物异质性。尤其是，细胞起源的确定可为DLBCL提供重要的预测信息，激活B细胞(ABC)分子亚型对R-CHOP治疗效果比生发中心B细胞淋巴瘤(GCB)亚型更差(3 年无进展生存期为40％vs 75％)。然而，目前尚无标准的商业化检测方法可用于精确确定 DLBCL亚型。目前基因表达谱是金标准，但它由于需要新鲜冰冻组织样本因此通常不可用。为了检测石蜡包埋组织样本，开发了几种免疫组织化学为基础的算法，该方法事实上是基因表达谱的一种不完美的替代，也会面临免疫组化方法重现性差的问题。除确定分子细胞起源外，目前通过细胞遗传学和分子基因检测，已经明确BCL-2基因重排，C-MYC基因重排等为可影响DLBCL治疗的生物预测因子。MYC原癌基因重排常见于约10％的DLBCL 患者中。MYC蛋白表达增加与结局特别差相关，多项研究明确MYC基因重排与R-CHOP 治疗的DLBCL患者的预后差相关。此外，最近研究显示，MYC受到BCL2基因严重影响。所谓的双重打击淋巴瘤是指同时具有MYC和BCL2易位的亚组，约占DLBCL病例的5％，通常较难治疗，中位生存期约为8个月。
过去30年对恶性淋巴瘤的研究主要是为了制定精准、可重复的以及世界范围可接受的分类规则，最终确定了约110种不同的变异类型。然而，这种分类方法对临床治疗影响较小，目前临床治疗仍然主要依赖联合化疗的经验治疗。通过全外显子和全基因组测序对淋巴瘤基因组学综合评估，研究发现基因组改变广泛存在于不同的淋巴瘤变异体中。此外，这些研究表明，每个淋巴瘤患者具有独特的基因组变异。因此，未来淋巴瘤研究的主要任务是确定关键驱动突变和可能的致癌突变组合，可作为当前分类的预测生物标记物。
目前国内外已有成型的血液肿瘤基因检测产品推出，其中国外主要有两家FoundationOne和Precipio Diagnostic，前者产品FoundationOne Heme以芯片捕获结合高通量测序为技术手段，以Illumina HiSeq2500为平台，检测405个癌症相关基因变异(SNV、Indel、CNV、Gene Rearrangement)和265个融合基因，检测疾病涉及白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、多种肉瘤及儿科肿瘤。后者产品SmartGenTMAcademic-Based Comprehensive GeneticDiagnostics以多重PCR结合高通量测序为技术手段，以Illumina HiSeq2500和Ion-Torrent 为平台，检测33种(或48种)基因变异。国内主要是陆道培医院，以PCR法检测36种融合和2种内部缺失型突变。
发明内容
本申请是基于发明人对以下事实和问题的发现和认识做出的：
目前国内外已有成型的血液肿瘤检测产品只是针对部分淋巴瘤相关基因的变异情况进行检测，不能为各亚型淋巴瘤患者提供全面的基因变异检测服务，也不能为各亚型淋巴瘤患者提供精准的临床辅助诊断、用药指导、预后判断以及复发监测依据。
本发明旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。为此，本发明提出一种基于目标区域捕获结合高通量测序技术的淋巴瘤基因检测产品，该产品可用于淋巴瘤各亚型(常见高发淋巴瘤包括弥漫性大B细胞淋巴瘤、生发中心B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、边缘区B细胞淋巴瘤、毛细胞淋巴瘤、外周/皮肤T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、慢性淋巴瘤细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤、结节性边缘区淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤等)患者进行基因变异检测，可检测样本类型包含肿瘤患者的新鲜组织、石蜡包埋组织、外周血。该淋巴瘤基因检测产品可为各个亚型的淋巴瘤患者提供全面、快速、精准的基因变异检测服务，不仅可用于临床医生辅助临床诊断与分型，还可为患者提供个体化用药指导，以及预后判断和复发监测依据。
在本发明的第一方面，本发明提出了一种淋巴瘤基因捕获芯片。根据本发明的实施例，所述芯片包括：基体，探针，所述探针设置在所述基体上，所述探针特异性识别表1所示基因的至少之一。根据本发明的实施例，所述芯片包括了常见高发淋巴肿瘤各亚型的相关 Driver Gene、高频突变基因、癌症相关5条信号通路中重要基因、靶向药物及化疗药物药物敏感和耐药相关基因；可用于对淋巴瘤相关基因的单核苷酸位点变异(SNV)、Indelinsertion插入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异(CNV)和染色体结构变异(SV) 的检测，可实现对淋巴瘤各亚型(常见高发淋巴瘤包括弥漫性大B细胞淋巴瘤、生发中心 B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、边缘区B细胞淋巴瘤、毛细胞淋巴瘤、外周/皮肤T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、慢性淋巴瘤细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤、结节性边缘区淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤等)的检测；有效用于淋巴瘤的早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。
在本发明的第二方面，本发明提出了一种建库方法。根据本发明的实施例，所述方法包括：将待建库基因片段进行末端修复、末端加A、加接头以及第一PCR扩增处理；将扩增处理产物与前面所述的芯片进行杂交；以及将杂交处理产物进行第二PCR扩增处理，以便获得测序文库。利用根据本发明实施例的建库方法构建测序文库，相比于现有技术，相同数据量可进行更高深度的数据挖掘，基于所构建的测序文库进行测序并进行数据分析，可获得淋巴瘤相关基因的单核苷酸位点变异(SNV)、Indel insertion插入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异(CNV)和染色体结构变异(SV)的信息，可实现对淋巴瘤各亚型的早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。
在本发明的第三方面，本发明提出了一种试剂盒。根据本发明的实施例，所述试剂盒包含前面所述的芯片。根据本发明的实施例，所述试剂盒可用于对淋巴瘤相关基因的单核苷酸位点变异(SNV)、Indel insertion插入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异(CNV) 和染色体结构变异(SV)的检测，可实现对淋巴瘤各亚型(常见高发淋巴瘤包括弥漫性大B细胞淋巴瘤、生发中心B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、边缘区B细胞淋巴瘤、毛细胞淋巴瘤、外周/皮肤T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、慢性淋巴瘤细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤、结节性边缘区淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤等)的检测；有效用于淋巴瘤的早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。
在本发明的第四方面，本发明提出了一种检测淋巴瘤基因的基因变异的方法。根据本发明的实施例，所述方法包括：利用前面所述的淋巴瘤基因捕获芯片与待测基因组DNA进行杂交，以捕获目标DNA；利用高通量测序对捕获得到的目标DNA进行测序。利用根据本发明实施例的检测淋巴瘤基因的基因变异的方法，相比于现有技术，相同数据量可进行更高深度的数据挖掘，可获得淋巴瘤相关基因的单核苷酸位点变异(SNV)、Indel insertion 插入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异(CNV)和染色体结构变异(SV)的信息，可实现对淋巴瘤各亚型的早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。另外，上述检测淋巴瘤基因的基因变异的方法还可用于非诊断目的，如用于科学研究：1)分析淋巴瘤突变频谱图，比较中国人某个亚型淋巴瘤突变与文献中突变谱的异同；2)探究分子分型与药物疗效的相关性，寻找新的有意义的突变位点。
本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。
具体实施方式
下面详细描述本发明的实施例，所述实施例的示例是示例性的，旨在用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。
淋巴瘤基因捕获芯片
在本发明第一方面，本发明提出了一种淋巴瘤基因捕获芯片。根据本发明的实施例，所述芯片包括：基体，探针，所述探针设置在所述基体上，所述探针特异性识别表1所示基因的至少之一。根据本发明的实施例，所述芯片包括了常见高发淋巴肿瘤各亚型的相关Driver Gene、高频突变基因、癌症相关5条信号通路中重要基因、靶向药物及化疗药物药物敏感和耐药相关基因；可用于对淋巴瘤相关基因的单核苷酸位点变异(SNV)、Indelinsertion插入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异(CNV)和染色体结构变异(SV) 的检测，可实现对淋巴瘤各亚型(常见高发淋巴瘤包括弥漫性大B细胞淋巴瘤、生发中心 B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、边缘区B细胞淋巴瘤、毛细胞淋巴瘤、外周/皮肤T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、慢性淋巴瘤细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤、结节性边缘区淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤等)的检测；有效用于淋巴瘤的早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。
表1：基因列表
根据本发明的实施例，所述探针特异性识别表1所示基因的80％、85％、90％、95％、 98％或99％。
根据本发明的实施例，所述探针进一步特异性识别表2所示融合基因的至少之一，其中，所述融合基因的断点如表3所示。上述基因为SV类型的融合基因，对于SV类型的基因需要确定明确的断点位置或者断点所在的区域。根据本发明的具体实施例，断点的查找及确定是通过如下方式确定的：1)下载TICdb数据库中所有融合的序列，与融合基因序列比对得到断点信息，2)整理Cosmic数据库中记载的断点信息，3)Google或Pubmed查找文献中报道的已知断点信息，对于没有具体断点信息的融合，根据文献描述，得到对应的断点所在区间信息。
表2：融合基因
表3：融合基因断点位置
根据本发明的实施例，所述探针特异性识别SNV和Indel类型的基因如MYD88、MS4A1、BCOR、ETV6、NOTCH1、TP53、IDH2、EGFR的外显子区域。所述探针特异性识别SNV和Indel类型的基因的外显子区域，所述芯片的对于目标区域捕获的灵敏度和特异性进一步提高。
根据本发明的实施例，所述探针特异性识别CNV类型的基因CDS区域，所述CDS区域包括杂合SNP位点，如PTEN chr10 89623716，89630142，89630424，89631401，89631427，89631809，89632262，89633231，89633307，89638616。发明人发现，所述探针特异性识别CNV类型基因的CDS区域，所述芯片的对于目标区域捕获的灵敏度和特异性进一步提高。
根据本发明的实施例，所述芯片是以罗氏的Nimblegen EZ芯片为基体的液相芯片。选用罗氏的Nimblegen EZ芯片，是因为其具有以下优势：1)高特异性和高覆盖率；2)降低成本，节约时间；3)易于定制每一捕获设计。
根据本发明的实施例，所述淋巴瘤为高发淋巴瘤，所述高发淋巴瘤包括弥漫性大B细胞淋巴瘤、生发中心B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、边缘区B细胞淋巴瘤、毛细胞淋巴瘤、外周/皮肤T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、慢性淋巴瘤细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤、结节性边缘区淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤和霍奇金淋巴瘤中的一种或多种。相比于现有技术，根据本发明实施例芯片实现了对上述淋巴瘤亚型的精确诊断。
建库方法
在本发明的第二方面，本发明提出了一种建库方法。根据本发明的实施例，所述方法包括：将待建库基因片段进行末端修复、末端加A、加接头以及第一PCR扩增处理；将扩增处理产物与前面所述的芯片进行杂交；以及将杂交处理产物进行第二PCR扩增处理，以便获得测序文库。利用根据本发明实施例的建库方法构建测序文库，相比于现有技术，相同数据量可进行更高深度的数据挖掘，基于所构建的测序文库进行测序并进行数据分析，可获得淋巴瘤相关基因的单核苷酸位点变异(SNV)、Indel insertion插入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异(CNV)和染色体结构变异(SV)的信息，可实现对淋巴瘤各亚型的早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。
根据本发明的实施例，所述待测基因片段是通过下列方式获得的：1)提取淋巴肿瘤组织基因组DNA(gDNA)，作为第一待测待测基因；2)提取外周血血浆游离肿瘤DNA(ctDNA)或血浆游离DNA(cfDNA)，以便获得第二待测基因片段，所述第二待测基因片段的大小为150～190bp，优选地，所述第二待测基因片段的大小为170bp；3)将所述第一待测基因进行打断处理，以便获得第二待测基因片段，所述第二待测基因片段的大小为200～300bp，其中，所述第一待测基因片段和所述第二待测基因片段来自同一个体。通过上述方式获取待测基因片段，可对受检者进行多次实时采血，进而可实现早期筛查时的定期检测，监控肿瘤发病风险，肿瘤患者可在手术后、化疗用药/靶向用药后随时检测，以分析手术预后情况及用药的灵敏性、耐药性情况等。
试剂盒
在本发明的第三方面，本发明提出了一种试剂盒。根据本发明的实施例，所述试剂盒包含前面所述的芯片。根据本发明的实施例，所述试剂盒可用于对淋巴瘤相关基因的单核苷酸位点变异(SNV)、Indel insertion插入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异(CNV) 和染色体结构变异(SV)的检测，可实现对淋巴瘤各亚型(常见高发淋巴瘤包括弥漫性大B细胞淋巴瘤、生发中心B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、边缘区B细胞淋巴瘤、毛细胞淋巴瘤、外周/皮肤T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、慢性淋巴瘤细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤、结节性边缘区淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤等)的检测；有效用于淋巴瘤的早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。检测淋巴瘤基因的基因变异的方法
在本发明的第四方面，本发明提出了一种检测淋巴瘤基因的基因变异的方法。根据本发明的实施例，所述方法包括：利用前面所述的淋巴瘤基因捕获芯片与待测基因组DNA进行杂交，以捕获目标DNA；利用高通量测序对捕获得到的目标DNA进行测序。利用根据本发明实施例的检测方法，相比于现有技术，相同数据量可进行更高深度的数据挖掘，可获得淋巴瘤相关基因的单核苷酸位点变异(SNV)、Indel insertion插入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异(CNV)和染色体结构变异(SV)的信息，可实现对淋巴瘤各亚型的早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。另外，上述检测淋巴瘤基因的基因变异的方法还可用于非诊断目的，如用于科学研究：1)分析淋巴瘤突变频谱图，比较中国人某个亚型淋巴瘤突变与文献中突变谱的异同；2)探究分子分型与药物疗效的相关性，寻找新的有意义的突变位点。
根据本发明的实施例，所述方法是通过如下方式实现的：(1)将所述待测基因组DNA 进行打断处理，以便获得DNA片段，优选地，所述DNA片段的长度为200-300bp；(2)将所述DNA片段进行纯化、末端修复、末端加A、加接头和第一PCR扩增处理；(3)将步骤 (2)得到的产物与权利要求1～5任一项所述的芯片进行杂交，以捕获目标DNA片段；(4) 利用所述目标DNA片段构建测序文库；(5)利用高通量测序对步骤(4)得到的测序文库进行测序，以便得到测序结果；(6)将步骤(5)得到测序结果进行分析，以便得到所述基因变异信息。
根据本发明的实施例，利用根据本发明实施例的上述检测方法，可获得淋巴瘤相关基因的单核苷酸位点变异(SNV)、Indel insertion插入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异(CNV)和染色体结构变异(SV)的信息，可实现对淋巴瘤各亚型的早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。
根据本发明的再一具体实施例，在步骤(3)之后和步骤(4)之前进一步包括：对捕获到的目标DNA片段进行第二PCR扩增处理。进而进一步提高目标DNA片段的富集效率。
根据本发明的再一具体实施例，步骤(6)进一步包括：(6-1)对所述测序结果进行质控，以便去除n≥10％和碱基质量值≤5的碱基数目＞50％的读长；(6-2)将质控后的测序结果与参考序列比对；(6-3)利用mutect、somVar流程对比对结果进行SNV变异分析；利用gatk、somVar流程对比对结果进行InDel变异分析；利用contra.py流程对比对结果进行CNV变异分析；利用somVar流程对比对结果进行SV变异分析。通过上述分析流程，可对淋巴瘤基因变异类型进行分型处理，所获得基因变异信息全面而可信度高。
根据本发明的实施例，所示变异分析是在深度≥10×，normal变异率≤2％，cancer变异率≥1％，变异reads数≥3，somatic p值≤0.05的参数下进行的。根据本发明的实施例，在上述参数下，对基因变异的分析的数据利用度更高、结果的可信性度更高。
根据本发明的具体实施例，所述的捕获芯片、建库方法、试剂盒以及检测淋巴瘤基因的基因变异的方法适用于所有可以提供淋巴肿瘤组织和外周血样本的淋巴瘤类型，所涉及的内容主要包括4大部分：用于淋巴瘤早期筛查辅助诊断、用药指导、预后判断，及微小残留监控的目标区域捕获芯片设计；组织及微量血浆样本建库及杂交上机测序；下机数据的生物信息分析、变异数据解读；以及基因辅助诊断和预测药物疗效数据库的构建。
(一)淋巴瘤早期筛查辅助诊断、用药指导、预后判断，及微小残留监控的目标区域捕获芯片设计
设计淋巴肿瘤个体化目标区域捕获芯片之前首先应该明确以下检测内容：1)Panel 检测的疾病类型为淋巴瘤各亚型(常见高发淋巴瘤包括弥漫性大B细胞淋巴瘤、生发中心B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、边缘区B细胞淋巴瘤、毛细胞淋巴瘤、外周/皮肤T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、慢性淋巴瘤细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤、结节性边缘区淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤等)；2)Panel检测的目的为早期筛查、辅助诊断、用药指导以及复发监控；3)Panel 的检测内容为SNV、Indel、CNV和SV。
基因的选取[基因的选取是收集过程，该基因芯片包含了靶向药物相关基因、化疗药物相关基因、癌基因/抑癌基因、致病性基因、信号通路相关基因等。]：包括淋巴肿瘤个体化目标区域捕获芯片基因列表的确定以及基因区域的确定。其中基因列表的选取包括了靶向药物相关基因、化疗药物相关基因、癌基因/抑癌基因、致病性基因、信号通路相关基因等等。靶向药物相关基因的确定：首先要确定目前已经获得FDA批准的淋巴瘤靶向药物以及临床II/III期药物(共31个)，主要参考淋巴瘤最新版NCCN 指南、FDA.gov网站、ClinicalTrials.gov网站以及Google检索，确定淋巴瘤包含的靶向药物后再通过Phamgkb、Drugbank、DGIdb数据库以及Google检索各个靶向药物对应的相关基因进行查找并整理。化疗药物相关基因的确定：首先参考淋巴瘤NCCN指南来确定可用于淋巴瘤的化疗药物列表(共25个)，再通过检索Pharmgkb数据库查找确定化疗药物相关基因。癌基因/抑癌基因的确定：主要根据文献报道整理，目前已知癌基因及抑癌基因约137种。致病性基因的确定：主要参考Cosmic和Cancer Genetics 两个数据库，根据两个数据库中不同淋巴瘤亚型(40种亚型)所统计的高频突变基因，确定需要选定的致病性基因列表。信号通路相关基因的确定：与B细胞淋巴瘤相关的信号通路主要有①B细胞发育过程相关信号通路，②B细胞活化相关信号通路、③B细胞增殖、凋亡信号通路，④B细胞迁移相关信号通路，⑤B细胞粘附、趋化相关信号通路，⑥B细胞与血管内皮作用、血管生成信号通路，⑦无氧代谢与B细胞存活相关信号通路，⑧表观遗传学去甲基化、组蛋白去乙酰化等与B细胞淋巴瘤发生相关信号通路，确定上述信号通路后，需要查找KEGG PATHWAY数据库或Google、Pubmed检索文献确定各通路中的主要因子。
通过上述步骤确定芯片的基因列表后，需要依据Panel包含的突变类型(SNV单核苷酸位点变异、Indel insertion插入或deletion缺失、CNV基因拷贝数变异和SV(染色体)结构变异确定基因的区域，对于SNV和Indel类型的基因可将基因的全部外显子区域设计入内，对于CNV类型的基因可设计CDS区域，同时需要添加杂合SNP位点，而对于SV类型的基因则需要确定明确的断点位置或者断点所在的区域[设计原则]。断点的查找及确定：1)下载TICdb数据库中所有融合的序列，与融合基因序列比对得到断点信息，2)整理Cosmic数据库中记载的断点信息，3)Google或Pubmed查找文献中报道的已知断点信息，对于没有具体断点信息的融合，根据文献描述，得到对应的断点所在区间信息。
在淋巴肿瘤个体化目标区域捕获芯片设计过程中，淋巴瘤亚型分类(约40种亚型)众多，与淋巴瘤相关的信号通路(8条重要信号通路)较多，淋巴瘤相关靶向药物(31 个)也非常多，同时，淋巴瘤相关的融合基因形式及融合断点繁多且没有单一的数据库可以查询整理，这些都导致芯片设计过程复杂繁琐，查找步骤复杂，需要查找的数据库及文献报道繁多，最终都导致芯片设计的复杂性和困难度较大。
基于TCGA、ICGC、COSMIC等数据库和相关文献参考，采用迭代算法设计出用于肿瘤个体化检测的目标区域捕获芯片LYMPer(由罗氏公司生产，Nimblegen EZ液相芯片)。LYMPer芯片包括了常见高发淋巴肿瘤各亚型的相关Driver Gene、高频突变基因、癌症相关5条信号通路中重要基因、靶向药物及化疗药物药物敏感和耐药相关基因等，共计476个基因(基因列表详见表1)以及53种融合基因(融合基因列表详见表2，融合基因断点位置列表详见表3)，芯片大小1.88M。
(二)样本制备
1.组织样本制备；外科手术后切取60mg的新鲜组织样本，立即放入液氮完全冷冻后，低温(-80℃)保存，得到肿瘤组织基因组DNA(gDNA)；
2.外周血浆样本制备：取患者外周血5-10mL，存于EDTA抗凝管中，在4-6小时内对外周血进行分离，得到血浆游离肿瘤DNA(ctDNA)或血浆游离DNA(cfDNA)；
3.gDNA及cfDNA/ctDNA定量检测；
(三)文库制备及测序
1.对gDNA超声打断，片段大小200～300bp；
2.对gDNA片段和cfDNA/ctDNA片段进行末端修复；
3.对gDNA片段和cfDNA/ctDNA片段末端加A；
4.连接Adapter文库接头：文库接头(Adapter)是指经过设计的一段碱基序列，作用在于gDNA和cfDNA/ctDNA文库扩增时与引物相结合，使DNA扩增进行，并且在上机测序时与Standard Anchor相结合，利于探针与待测序位点结合辅助DNA测序进行。
5.文库进行第一轮PCR扩增；
6.扩增后文库质控并进行淋巴瘤个体化芯片(独有设计)杂交；
7.杂交文库进行第二轮PCR扩增；
8.文库定量及质控；
9.Illumina HiSeq2500/2000上机测序，组织类样本测序深度达300×以上，血浆类样本测序深度达1000×以上；
(四)目标区域捕获测序下机数据进行生物信息分析
获得下机数据后需进行如下生物信息分析，得到最终的变异结果
1.SOAPnuke filter：去除低质量reads；
2.与reference序列比对，产生bam文件；
3.标记重复序列；
4.比对结果不好的序列重新比对，并校正质量值；
5.去除错配序列；
6.分析下机数据QC；
7.寻找变异；
8.对变异结果进行注释，得到最终数据结果。
(五)变异数据解读
对生物信息分析后的变异数据进行个体化解读，参考构建的血液及淋巴系统肿瘤数据库及相关文献，对患者检出的变异进行分析，判断变异所产生的致病原因、各种化疗药物的预期疗效及毒副作用、最适合的获益靶向药物及耐药性靶向药物，让临床医生对于淋巴肿瘤患者的用药治疗更有针对性，免去无效用药所耽误的宝贵时间以及毒副作用给患者带去的治疗痛苦。
本发明中开发的淋巴瘤基因捕获芯片比现有Oseq-T芯片效果更好，测序质量及数据有效利用率均优于现有芯片，比较结果如表4所示。
表4：
研究结果显示，正常人外周血中的游离血浆DNA(cfDNA)的浓度为1-100ng/mL，而肿瘤患者外周血中的循环肿瘤DNA(ctDNA)含量将明显增加，由于肿瘤细胞分泌、凋亡或坏死所产生基因组片段入血，使肿瘤患者外周血中的ctDNA含量平均浓度可达 180ng/mL，通过对肿瘤患者外周血ctDNA的含量变化及突变情况进行定时监控，可应用于：
1.肿瘤的早期筛查辅助诊断检测；
2.遗传性肿瘤预测及状态评估；
3.肿瘤早期发病进展检测；
4.肿瘤术后效果检测评估；
5.肿瘤靶向治疗、化疗治疗基因变异情况分析；
6.肿瘤致病基因微量残留检测；
7.肿瘤耐药性基因变异情况分析；
相对与临床传统的肿瘤检测方法，该技术优势如下：
1)微创性：正常受检者及肿瘤患者只需要提供5-10mL外周血样本；
2)实时性：可对受检者进行多次实时采血，早期筛查时可定期检测，监控肿瘤发病风险，肿瘤患者可在手术后、化疗用药/靶向用药后随时检测，以分析手术预后情况及用药的灵敏性、耐药性情况等；
3)高灵敏度：不受限与病灶位置及大小，通过高深度的目标区域捕获测序，可以检测出突变频率为1％的低频变异，对于肿瘤发病早期以及肿瘤治疗复发后所出现的变异能够及时准确检出；
4)高特异性：在ctDNA含量较少的情况下，能够保证较低的假阳性率、假阴性率，确保得到的检测结果能够准确的反应受检者实时外周血状况；
5)高通量：基于新一代测序技术的目标区域捕获测序，能够在很短的时间内同时进行多例样本检测，并且在目标区域捕获芯片的使用下，相同数据量可进行更高深度的数据挖掘。
实施例
以下具体实施过程以1例淋巴瘤患者的肿瘤组织(样本1)和1例淋巴瘤患者外周血血浆(样本2)作为研究对象，内容如下：
(一)外周血样本分离
1.采集受检者外周血1-2管(5mL/管)于EDTA抗凝管中，轻柔上下颠倒(防止细胞破裂)6-8次充分混匀，在采血当天4-6小时内进行以下处理；
2.在4℃条件下1600g离心10分钟，离心后将上清(血浆)分装到多个1.5mL/2mL离心管中，在吸取过程中不能吸到中间层白细胞；
3.在4℃条件下16000g离心10分钟，去除残余细胞，将上清(血浆)转移到新的1.5mL/2mL离心管中，不能吸到管底白细胞，即得到分离后所需血浆；
4.血浆样本处理完后，分离得到的血浆及剩余血细胞均保存到-80℃冰箱中，避免反复冻融。
(二)血浆游离DNA提取(采用QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit)
1.加30μL蛋白酶K至1.5mL离心管中；
2.加入300μL血浆；
3.加入240μL Buffer ACL和1.68μL Carrier RNA(0.2μg/μL)，涡旋振荡30s，60℃温浴30min，温浴期间适当取出振荡；
4.加入540μL Buffer ACB，涡旋振荡15-30s，冰上或-20℃冰箱放置5min；
5.取700μL血浆混合物加入过滤柱中，7500rpm离心30s；
6.过滤柱空甩8000rpm，1min；
7.加入600μL Buffer ACW1，8000rpm，1min离心洗涤；
8.加入700μL Buffer ACW2，8000rpm，1min离心洗涤；
9.加入700μL无水乙醇，8000rpm，1min离心洗涤；
10.过滤柱空甩14.000rpm，3min；
11.把过滤柱放入新收集管中，打开盖子，56℃金属浴10min；
12.将柱子放入新离心管汇总，加入60μL Buffer AVE回溶3min；
13.14.000rpm离心1min，Qubit(Invitrogen，the Quant-iTTM dsDNA HS AssayKit)定量质控所提取的cfDNA。
(三)组织DNA提取(采用QIAampR DNA FFPE Tissue Kit)
1.将玻璃片上的石蜡用手术刀刮下置于1.5mL离心管中。
2.加1mL二甲苯(生物安全柜中)，震荡混匀，室温放置10min，14600rpm，10min。
3.去上清，加无水乙醇1mL(生物安全柜中)，震荡混匀14600rpm，5min。
4.弃上清，56℃烘干。
5.加ATL Buffer 180uL，Proteinase K 20uL，震荡混匀。
6.56℃，1h。
7.90℃，1h。
8.加入200uL AL Buffer，200uL无水乙醇，震荡混匀。
9.过柱，8000rpm，1min，换套管。
10.加入500uL AW1，8000rpm，1min换套管。
11.加入500uL AW2，8000rpm，1min换套管。
12.用55uL H2O洗脱，56℃，5min，12000rpm离心2min。Qubit(Invitrogen，theQuant-iTTM dsDNA HS Assay Kit)定量质控所提取的gDNA。
(四)组织DNA打断
1.根据Qubit浓度取100ng DNA，补加适量NF水至总体积40uL。
2.加入2根长度约1cm的打断棒。
3.根据原始DNA的质控图(胶图或2100质控图)判定总的打断时间。
4.每4Cycle，震荡混匀，轻甩离心(每个Cycle为打30s停30s)。
5.打断后2100质控，DNA主带应在250bp-300bp之间，质控合格的样本，磁珠纯化，取50ng建库。
(五)文库构建(采用KAPA LTP Library Preparation Kit)
1.末端修复体系如表5所示
表5:
反应后加入Agencourt AMPure XPreagent 120μL，磁珠纯化后，使用42μL ddH2O回溶，带磁珠进行下一步反应；
2.末端加A体系如表6所示
表6：
反应后加入PEG/NaCl SPRI Solution 90μL，充分混合并进行磁珠纯化，使用(35-Adapter)μL ddH2O回溶，带磁珠进行下一步反应；
3.接头连接体系如表7所示
表7：
反应后，加入PEG/NaCl SPRI Solution 50μL，进行第一次磁珠纯化，使用50μLTris-HCl (1mM，pH8.0)回溶；
再加入PEG/NaCl SPRI Solution 50μL，进行第二次磁珠纯化，使用25μL Tris-HCl (1mM，pH8.0)回溶；
4.第一轮PCR扩增体系如表8所示
表8：
反应后加入Agencourt AMPure XPreagent 90μL，磁珠纯化后，使用31μL ddH2O回溶，取上清后质控并进行芯片杂交。
(六)目标区域捕获芯片杂交
1.本实施例中采用Roche订购合成的淋巴瘤基因芯片LYMPer-1.88M，参照芯片制造商提供的说明书进行杂交捕获及洗脱。最后使用21μL ddH2O回溶杂交洗脱磁珠。
2.第二轮PCR扩增体系如表9所示
表9：
反应后加入Agencourt AMPure XPreagent 108μL，磁珠纯化后，使用31μL EB回溶，取上清后质控并上机测序。
(七)上机测序
本实施例中，采用Illumina HiSeq2500 PE101+8+101程序进行上机测序，测序实验操作按照制造商提供的操作说明书(参见Illumina/Solexa官方公布cBot)进行上机测序操作。
(八)下机数据生物信息分析
以下流程均为常规分析流程。
1.SOAPnuke filter：去除n≥10％和碱基质量值≤5的碱基数目＞50％的reads；
2.Bwa aln->sampe|samtools view|samtools sort：与reference序列比对，产生bam文件；
3.MarkDuplicates.jar：标记潜在的PCR重复reads；
4.GenomeAnalysisTK.jar-T RealignerTargetCreator、IndelRealigner：将比对不好的reads 重新比对；
5.GenomeAnalysisTK.jar-T BaseRecalibrator、PrintReads：校正质量值；
6.Filt_bam：去掉mismatch≥3的reads；
7.QC：统计芯片的捕获效率、有效reads数、平均深度、重复率、覆盖度及未被覆盖的区间等信息；
8.Call SNV/InDel/SV/CNV：
用mutect、somVar流程call somatic SNV变异；
用gatk、somVar流程call somatic InDel变异；
用contra.py流程call CNV；
用somVar流程call SV；
所使用的筛选参数为：深度≥10x，normal变异率≤2％，cancer变异率≥1％，变异reads数≥3，somatic p值≤0.05；
9.注释
注释变异的功能、reads支持数、变异频率、氨基酸变异及Cosmic中的变异等；
注释21个质控点；
注释Signature：根据变异情况判断疾病的来源。
(九)变异解读及药物疗效预测
根据经过严格生物信息分析后的变异结果，结合血液系统肿瘤辅助诊断、化疗药物、靶向药物相关基因数据库，对淋巴瘤患者的变异基因进行详细解读，分析各变异与各亚型淋巴瘤发病的相关性，分析临床化疗药物的用药可获益性、耐药性及毒副作用，分析各变异与预后判断或复发监测的相关性。给出淋巴瘤个体化基因检测报告，供临床检验结果辅助及为医生后续治疗提供基因参考。
样本1，年龄56岁，女，临床诊断为弥漫大B细胞淋巴瘤，既往有乙肝病史，送检样本类型为原发灶石蜡组织样本，送检医院为中南大学湘雅医院。样本2，年龄74岁，男，临床诊断为非霍奇金淋巴瘤IV期，送检类型为外周血样本，送检医院为西安交通大学第一附属医院。两个样本经目标区域捕获高通量测序得到的数据质量情况见表9。将样本1和样本2经生物信息分析得到的变异结果进行进一步的筛选及解读，首先筛选出所有淋巴瘤相关基因的SNV、Indel、CNV和SV突变数据，然后在MyCancerGenome (https:// www.mycancergenome.org/)数据库、PharmGKB(https://www.pharmgkb.org/)数据库、MDAnderson(https://pct.mdanderson.org/#/)数据库、COSMIC (http:// cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cosmic/)数据库、以及相关研究文献中对筛选出来的突变位点进行搜索，明确突变位点是否为致病突变，或者是否为靶向药物用药相关突变。经详细解读，在样本1和样本2中分别发现2个和3个淋巴瘤致病突变，并且这些突变都是靶药相关突变，同时发现这些突变位点与靶向药物的疗效关系在现有研究文献报道过，可推荐靶向药物，检出位点信息及靶药详见表10。
表9:实施例样本目标区域高通量测序质量情况
表10:实施例样本检测变异结果
在本说明书的描述中，参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不必须针对的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。此外，在不相互矛盾的情况下，本领域的技术人员可以将本说明书中描述的不同实施例或示例以及不同实施例或示例的特征进行结合和组合。
尽管上面已经示出和描述了本发明的实施例，可以理解的是，上述实施例是示例性的，不能理解为对本发明的限制，本领域的普通技术人员在本发明的范围内可以对上述实施例进行变化、修改、替换和变型。
Claims (10)
1.一种淋巴瘤基因捕获芯片，其特征在于，包括：
基体，
探针，所述探针设置在所述基体上，所述探针特异性识别表1所示基因的至少之一。
2.根据权利要求1所述的芯片，其特征在于，所述探针特异性识别表1所示基因的80％、85％、90％、95％、98％或99％。
3.根据权利要求1所述的芯片，其特征在于，所述探针进一步特异性识别表2所示融合基因的至少之一，
其中，所述融合基因的断点如表3所示。
4.根据权利要求1所述的芯片，其特征在于，所述芯片是以罗氏的Nimblegen EZ芯片为基体的液相芯片。
5.根据权利要求1所述的芯片，其特征在于，所述淋巴瘤为高发淋巴瘤，所述高发淋巴瘤包括弥漫性大B细胞淋巴瘤、生发中心B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、边缘区B细胞淋巴瘤、毛细胞淋巴瘤、外周/皮肤T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、慢性淋巴瘤细胞白血病、小淋巴细胞淋巴瘤、结节性边缘区淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤和霍奇金淋巴瘤中的一种或多种。
6.一种建库方法，其特征在于，包括：
将待测基因片段进行末端修复、末端加A、加接头以及第一PCR扩增处理；
将扩增处理产物与权利要求1～5任一项所述的芯片进行杂交；以及
将杂交处理产物进行第二PCR扩增处理，以便获得测序文库。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述待测基因片段是通过下列方式获得的：
1)提取淋巴肿瘤组织基因组DNA，作为第一待测基因；
2)提取外周血血浆游离肿瘤DNA或血浆游离DNA，以便获得第二待测基因片段，所述第二待测基因片段的大小为150～190bp；
3)将所述第一待测基因进行打断处理，以便获得第一待测基因片段，所述第一待测基因片段的大小为200～300bp，
其中，所述第一待测基因片段和所述第二待测基因片段来自同一个体。
8.一种试剂盒，其特征在于，包含权利要求1～5任一项所述的芯片。
9.一种检测淋巴瘤基因的基因变异的方法，其特征在于，所述方法用于非诊断目的，包括：
利用权利要求1～5任一项所述的淋巴瘤基因捕获芯片与待测基因组DNA进行杂交，以捕获目标DNA；
利用高通量测序对捕获得到的目标DNA进行测序。
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述方法是通过如下方式实现的：
(1)将所述待测基因组DNA进行打断处理，以便获得DNA片段，
优选地，所述DNA片段的长度为200-300bp；
(2)将所述DNA片段进行纯化、末端修复、末端加A、加接头和第一PCR扩增处理；
(3)将步骤(2)得到的产物与权利要求1～5任一项所述的芯片进行杂交，以捕获目标DNA片段；
(4)利用所述目标DNA片段构建测序文库；
(5)利用高通量测序对步骤(4)得到的测序文库进行测序，以便得到测序结果；
(6)将步骤(5)得到测序结果进行分析，以便得到所述基因变异信息，
任选地，所述基因变异为SNV、InDel、SV或CNV，
任选地，在步骤(3)之后和步骤(4)之前进一步包括：
对捕获到的目标DNA片段进行第二PCR扩增处理，
任选地，步骤(6)进一步包括：
(6-1)对所述测序结果进行质控，以便去除n≥10％的读长和碱基质量值≤5的碱基数目＞50％的读长；
(6-2)将质控后的测序结果与参考序列比对；
(6-3)利用mutect、somVar流程对比对结果进行SNV变异分析；利用gatk、somVar流程对比对结果进行InDel变异分析；利用contra.py流程对比对结果进行CNV变异分析；利用somVar流程对比对结果进行SV变异分析；
优选地，所示变异分析是在深度≥10×，normal变异率≤2％，cancer变异率≥1％，变异reads数≥3，somatic p值≤0.05的参数下进行的。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201710652698.9A CN109385666A (zh) | 2017-08-02 | 2017-08-02 | 淋巴瘤基因捕获芯片及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201710652698.9A CN109385666A (zh) | 2017-08-02 | 2017-08-02 | 淋巴瘤基因捕获芯片及其应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN109385666A true CN109385666A (zh) | 2019-02-26 |
Family
ID=65412104
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201710652698.9A Pending CN109385666A (zh) | 2017-08-02 | 2017-08-02 | 淋巴瘤基因捕获芯片及其应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN109385666A (zh) |
Cited By (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111235148A (zh) * | 2020-03-26 | 2020-06-05 | 迈杰转化医学研究(苏州)有限公司 | 一种dna探针池、包含其的淋巴瘤检测试剂盒及其制备方法和应用 |
| CN111863126A (zh) * | 2020-05-28 | 2020-10-30 | 上海生物信息技术研究中心 | 构建结直肠肿瘤状态评估模型的方法及应用 |
| CN111850116A (zh) * | 2019-06-06 | 2020-10-30 | 上海交通大学医学院附属瑞金医院 | 一组nk/t细胞淋巴瘤的基因突变位点群、靶向测序试剂盒及应用 |
| CN112226512A (zh) * | 2020-10-21 | 2021-01-15 | 东南大学 | 一种用于恶性淋巴瘤液体活检的基因组合与方法 |
| CN112813196A (zh) * | 2020-12-31 | 2021-05-18 | 广州微远基因科技有限公司 | 用于检测病原微生物的捕获探针组、方法、试剂盒及应用 |
| CN113736870A (zh) * | 2021-09-08 | 2021-12-03 | 暨南大学 | 基于循环肿瘤dna的肿瘤突变负荷检测试剂在制备预测t细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用 |
| CN114093421A (zh) * | 2021-11-23 | 2022-02-25 | 深圳基因家科技有限公司 | 一种判别淋巴瘤分子亚型的方法、装置和存储介质 |
| CN114752672A (zh) * | 2022-04-02 | 2022-07-15 | 广州医科大学附属肿瘤医院 | 基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel、试剂盒及应用 |
| CN115074439A (zh) * | 2022-06-13 | 2022-09-20 | 中山大学肿瘤防治中心（中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所） | 一组nk/t细胞淋巴瘤预后相关基因、基因组预后模型及其用途 |
| CN116403644A (zh) * | 2023-03-03 | 2023-07-07 | 深圳吉因加信息科技有限公司 | 一种用于癌症风险预测的方法及装置 |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20120225796A1 (en) * | 2009-12-29 | 2012-09-06 | Cancer Genetics, Inc. | Tool for diagnosis and prognosis of mature b-cell neoplasms |
| CN105779572A (zh) * | 2014-12-22 | 2016-07-20 | 深圳华大基因研究院 | 肿瘤易感基因目标序列捕获芯片、方法及突变检测方法 |
| CN106480205A (zh) * | 2016-11-11 | 2017-03-08 | 北京吉因加科技有限公司 | 用于同时检测多种突变类型的序列组合和探针 |
-
2017
- 2017-08-02 CN CN201710652698.9A patent/CN109385666A/zh active Pending
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20120225796A1 (en) * | 2009-12-29 | 2012-09-06 | Cancer Genetics, Inc. | Tool for diagnosis and prognosis of mature b-cell neoplasms |
| CN105779572A (zh) * | 2014-12-22 | 2016-07-20 | 深圳华大基因研究院 | 肿瘤易感基因目标序列捕获芯片、方法及突变检测方法 |
| CN106480205A (zh) * | 2016-11-11 | 2017-03-08 | 北京吉因加科技有限公司 | 用于同时检测多种突变类型的序列组合和探针 |
Non-Patent Citations (7)
| Title |
|---|
| JIE HE 等: "Integrated genomic DNA/RNA profiling of hematologic malignancies in the clinical setting", 《BLOOD》 * |
| JIE HE 等: "Integrated genomic DNA/RNA profiling of hematologic malignancies in the clinical setting", 《BLOOD》, vol. 127, no. 24, 10 March 2016 (2016-03-10), pages 1 - 2 * |
| 上海市医师协会 等: "《医师考核培训规范教程 血液内科分册》", 30 April 2016, 上海科学技术出版社, pages: 84 * |
| 孙燕 等: "《临床肿瘤学高级教程 下》", 30 November 2011, 人民军医出版社, pages: 785 * |
| 武莉丽 等: "《淋巴瘤诊治重点与典型病例》", 30 June 2017, 科学技术文献出版社, pages: 38 * |
| 石远凯: "《中国肿瘤内科进展 中国肿瘤医师教育 2016版》", 31 July 2016, 中国协和医科大学出版社, pages: 184 * |
| 陶可胜 等: "《世界经典医学名著 西氏内科学 中 原著第23版》", 31 May 2015, 世界图书出版社西安优先公司, pages: 1814 * |
Cited By (15)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111850116A (zh) * | 2019-06-06 | 2020-10-30 | 上海交通大学医学院附属瑞金医院 | 一组nk/t细胞淋巴瘤的基因突变位点群、靶向测序试剂盒及应用 |
| CN111235148A (zh) * | 2020-03-26 | 2020-06-05 | 迈杰转化医学研究(苏州)有限公司 | 一种dna探针池、包含其的淋巴瘤检测试剂盒及其制备方法和应用 |
| CN111863126A (zh) * | 2020-05-28 | 2020-10-30 | 上海生物信息技术研究中心 | 构建结直肠肿瘤状态评估模型的方法及应用 |
| CN111863126B (zh) * | 2020-05-28 | 2024-03-26 | 上海市生物医药技术研究院 | 构建结直肠肿瘤状态评估模型的方法及应用 |
| CN112226512A (zh) * | 2020-10-21 | 2021-01-15 | 东南大学 | 一种用于恶性淋巴瘤液体活检的基因组合与方法 |
| CN112813196B (zh) * | 2020-12-31 | 2023-10-13 | 广州微远基因科技有限公司 | 用于检测病原微生物的捕获探针组、方法、试剂盒及应用 |
| CN112813196A (zh) * | 2020-12-31 | 2021-05-18 | 广州微远基因科技有限公司 | 用于检测病原微生物的捕获探针组、方法、试剂盒及应用 |
| CN113736870A (zh) * | 2021-09-08 | 2021-12-03 | 暨南大学 | 基于循环肿瘤dna的肿瘤突变负荷检测试剂在制备预测t细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用 |
| CN114093421A (zh) * | 2021-11-23 | 2022-02-25 | 深圳基因家科技有限公司 | 一种判别淋巴瘤分子亚型的方法、装置和存储介质 |
| CN114093421B (zh) * | 2021-11-23 | 2022-08-23 | 深圳吉因加信息科技有限公司 | 一种判别淋巴瘤分子亚型的方法、装置和存储介质 |
| CN114752672B (zh) * | 2022-04-02 | 2024-02-20 | 广州医科大学附属肿瘤医院 | 基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel、试剂盒及应用 |
| CN114752672A (zh) * | 2022-04-02 | 2022-07-15 | 广州医科大学附属肿瘤医院 | 基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel、试剂盒及应用 |
| CN115074439A (zh) * | 2022-06-13 | 2022-09-20 | 中山大学肿瘤防治中心（中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所） | 一组nk/t细胞淋巴瘤预后相关基因、基因组预后模型及其用途 |
| CN116403644A (zh) * | 2023-03-03 | 2023-07-07 | 深圳吉因加信息科技有限公司 | 一种用于癌症风险预测的方法及装置 |
| CN116403644B (zh) * | 2023-03-03 | 2023-12-05 | 深圳吉因加信息科技有限公司 | 一种用于癌症风险预测的方法及装置 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN109385666A (zh) | 淋巴瘤基因捕获芯片及其应用 | |
| US11335437B2 (en) | Set membership testers for aligning nucleic acid samples | |
| CN108753967B (zh) | 一种用于肝癌检测的基因集及其panel检测设计方法 | |
| CN106544407B (zh) | 确定受体cfDNA样本中供体来源cfDNA比例的方法 | |
| CN105780129B (zh) | 目标区域测序文库构建方法 | |
| CN107663533A (zh) | 一种肺癌EGFR L858R和19Del的ddPCR检测方法及应用 | |
| CN105506115A (zh) | 一种检测诊断遗传性心肌病致病基因的dna文库及其应用 | |
| CN105779434A (zh) | 试剂盒及其用途 | |
| CN105925665A (zh) | 试剂盒、建库方法以及检测目标区域变异的方法及系统 | |
| CN103571847B (zh) | Foxc1基因突变体及其应用 | |
| EP3625802B1 (en) | Scansoft : a method for the detection of genomic deletions and duplications in massive parallel sequencing data | |
| CN110343748A (zh) | 基于高通量靶向测序分析肿瘤突变负荷的方法 | |
| CN109280702A (zh) | 确定个体染色体结构异常的方法和系统 | |
| CN105779435A (zh) | 试剂盒及其用途 | |
| JP2023082157A (ja) | 遺伝子調節 | |
| CN105779432A (zh) | 试剂盒及其用途 | |
| CN110241215A (zh) | 一种用于检测甲状腺结节良恶性相关基因变异的引物、试剂盒及检测方法 | |
| CN110004229A (zh) | 多基因作为egfr单克隆抗体类药物耐药标志物的应用 | |
| CN105779433A (zh) | 试剂盒及其用途 | |
| CN107760688A (zh) | 一种brca2基因突变体及其应用 | |
| CN104178487A (zh) | Atm基因突变体及其应用 | |
| CN110714066A (zh) | 一种检测诊断角膜营养不良致病基因的dna文库及其应用 | |
| CN109055547A (zh) | 一组评估主动脉夹层风险的生物标志物及其应用 | |
| CN111383713B (zh) | ctDNA检测分析装置及方法 | |
| CN114350812A (zh) | 与奥西替尼耐药性相关的NSCLC-free RNA-3及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20190226 |
|
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |