CN108950065A

CN108950065A - 基于数字pcr技术检测猪流行性腹泻病毒的引物和探针及其试剂盒与方法

Info

Publication number: CN108950065A
Application number: CN201810695818.8A
Authority: CN
Inventors: 叶蕾; 曹炜伟; 陈洵; 常彦磊; 李丽丽; 石磊
Original assignee: Jinan University
Current assignee: Jinan University; University of Jinan
Priority date: 2018-06-28
Filing date: 2018-06-28
Publication date: 2018-12-07

Abstract

本发明公开了一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的引物和探针及其试剂盒与方法。引物和探针，包括上游引物FP、下游引物BP、探针Probe；检测试剂盒包括引物组、2×RT‑ddPCR Supermix、无RNA酶的蒸馏水、病毒总RNA提取试剂、阴性对照和阳性对照。其检测方法是通过提取待检样品RNA，利用微滴数字PCR技术对待检样品RNA进行定量检测，通过扩增分析得到的拷贝数判断待检样品是否含有猪流行性腹泻病毒，并测定其含量。本发明具有精准、灵敏、适用性广，无需依赖标准曲线，可实现绝对定量等优点，可实现猪流行性腹泻诊断的早发现、早治疗和早预防，能有效控制疫情爆发。

Description

基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的引物和探针及其试剂盒与方法

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的引物和探针及其试剂盒与方法。

背景技术

猪流行性腹泻(Porcine Epidemic Diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea virus,PEDV)引起的一种急性、高传染性的接触性肠道疾病，其临床症状为呕吐、腹泻和脱水等。各种日龄的猪都易感，哺乳仔猪、断奶仔猪和育肥猪的感染发病率可达100％，在哺乳仔猪中死亡率很高，给养猪业带来了巨大的损失。PEDV属于冠状病毒科冠状病毒属，基因组为单链正股RNA，大小约28kb，包含7个开放阅读框，5`端非编码区和3`端非编码区。

目前检测PEDV的方法主要包括传统的病毒分离和鉴定、免疫荧光和间接血凝试验等，这些方法都存在着技术上要求高、耗时耗力和低灵敏度等缺点，不适用于日常诊断分析。近年来，以分子生物学为基础的检测方法包括反转录聚合酶链式反应(reversetranscriptase polymerase chain reaction，RT-PCR)、实时荧光PCR(real time RT-PCR)和反转录环介导等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermalamplification,RT-LAMP)因其灵敏度高、特异性强和方便快速而广泛应用于临床诊断。但是，RT-PCR操作复杂，需进行跑胶分析，并且灵敏度低；实时荧光PCR需使用昂贵的仪器设备并依赖标准曲线进行定量检测；RT-LAMP由于引物间的非特异性扩增而易产生假阳性结果。

数字PCR(digital PCR，dPCR)是近十年来兴起的第三代PCR技术，其原理是将预混的PCR反应体系进行微滴化处理，形成几万至几十万个油包水的液化微滴中，保证每个微滴中含有一个或不含有核酸模板，经过PCR扩增后，经过荧光检测每个微滴中的阳性微滴数和阴性微滴数，根据泊松分布原理即可计算出核酸模板的初始拷贝数。与实时荧光PCR相比，该方法具有精准、灵敏度超高和不易受PCR抑制物影响等优点。而现有技术并没有利用数字PCR技术针对猪流行性腹泻病毒进行绝对定量检测的相关研究以及是否可行的相关方案及适合产业化的成品试剂盒。因此，开发相关利用数字PCR技术对猪流行性腹泻病毒进行检测的方法和试剂是业界亟待解决的技术问题。

发明内容

有鉴于此，本发明所解决的技术问题在于提供一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的引物和探针。

本发明所解决的技术问题还在于提供一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒。

本发明所解决的技术问题还在于提供一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的方法。

为了解决上述技术问题，本发明所采用的技术方案如下：

一方面，本发明提供了一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的引物和探针，包括上游引物FP、下游引物BP、探针Probe，其核苷酸序列分别如下所示：

FP：5-CCGTGGTGAGCGAATTGAA-3(SEQ ID NO：1)；

BP：5-AGGTCCTGTTCCGAGGTAGTAGAA-3(SEQ ID NO：2)；

Probe：5-FAM-AACCTTCCAATTGGC-BHQ1-3(SEQ ID NO：3)，其中5端标记的荧光基团是FAM，3端标记的淬灭基团是BHQ1。

优选地，扩增反应时，FP引物、BP引物和探针的摩尔比为3：3：2。

另一方面，本发明还公开了一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒，其特征在于，试剂盒包含权利要求1或2中所述的引物和探针。

优选地，基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒还包括以下成分的部分或者全部：(1)2×RT-ddPCR Supermix；(2)无RNA酶的蒸馏水；(3)阳性对照和阴性对照；(4)病毒总RNA提取试剂。

优选地，所述的2×RT-ddPCR Supermix含有：2×One-step RT-ddPCR Supermix和25mM Manganous acetate。

优选地，阳性对照为猪流行性腹泻病毒细胞培养物，阴性对照为去离子水。

优选地，病毒总RNA提取试剂包括裂解液A、洗液B、洗液C、洗脱液D、吸附柱和收集管。

再有，本发明还公开了一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的方法，包括如下步骤：

(1)病毒RNA的提取

1)取待检样品和阳性对照，分别加入600μL裂解液A，涡旋混匀20秒，室温静置10分钟；

2)将混合液移至吸附柱中，12,000×g离心30～60秒；

3)丢弃收集管中液体，加入500μL洗液B至吸附柱中，12,000×g离心30～60秒；

4)丢弃收集管中液体，加入500μL洗液C至吸附柱中，12,000×g离心30～60秒；

5)丢弃收集管中液体，12,000×g离心2分钟以甩干柱子；

6)将吸附柱移入新的1.5ml离心管中，向柱子中央加入洗脱液50μL，室温静置2分钟，12,000×g离心1分钟，离心管中液体即为模板RNA；

(2)RT-ddPCR操作

1)设待检样品、阴性对照和阳性对照总和为N，反应体系配置RT-ddPCR反应体系，将以上配置的反应体系充分混匀后，分装至每个反应管各19μL；

2)分别取1μL模板RNA，加入相应的反应管中，终体积为20μL，所述模板RNA包括待检样品、阴性对照和阳性对照；

3)将20μL样品反应液加入到微滴发生卡内，制备微滴；

4)将微滴转入PCR板中，放入PCR仪中进行扩增；

5)将扩增完成的PCR板放入微滴分析仪中，检测微滴中的荧光信号，分析数据，显示检测结果；

6)结果判定及描述：阳性对照：30±2个拷贝，阴性对照：＜1个拷贝时，实验结果成立；待检测样品结果≥1个拷贝时为阳性；待检测样品结果＜1个拷贝时为阴性。

优选地，RT-ddPCR反应体系为20μL反应体系，其含有10μmol/L FP和BP引物各0.6μL，10μmol/L探针0.4μL，2×RT-ddPCR Supermix 10μL，用去离子水补齐到19μL，加入1μL模板后为20μL。

优选地，扩增程序为：60℃反应30min；95℃反应5min；94℃反应30sec，60℃反应60sec，40个循环；98℃反应10min；每步都设置2.5℃/sec的升降温速度。

本发明以微滴数字PCR(droplet digital PCR，ddPCR)技术为依托，开发基于数字PCR技术绝对定量检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒及检测方法。目前尚未有将微滴数字PCR技术应用于检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒。本试剂盒能够在短时间内实现猪流行性腹泻病毒的快速、精准定量，为猪流行性腹泻病的早期诊断提供有力的技术支持，有着广阔的应用前景和产业化前景。

因此，相比于现有的其他检测技术，本发明技术具有精准、灵敏、适用性广等优点：

(1)结果精准：实现绝对定量，不依赖Ct值，无需标准曲线，更精准的检测病毒含量，为猪病诊断提供准确的诊断依据；

(2)灵敏度高：可检测单拷贝模板；

(3)适用性广：适用复杂样品检测，不易受PCR抑制物影响。

因此，本方法克服了现有实时荧光PCR依赖标准曲线的限制，可实现精准的绝对定量，无需依赖标准曲线；灵敏度超高，检测限低至单拷贝，可实现猪流行性腹泻病诊断的早发现、早治疗，可有效避免大面积爆发猪流行性腹泻而导致经济损失。

附图说明

图1是本发明实施例3中特异性实验的检测结果图。图1中，1：阴性对照；2：阳性对照；3：健康猪的血清样；4：伪狂犬病毒；5：猪呼吸繁殖综合症美洲型病毒；6：猪瘟病毒；7：猪圆环病毒；8：副猪嗜血杆菌；9：猪链球菌；10：猪胸膜肺炎放线杆菌。

具体实施方式

以下结合实施例对本发明作进一步的说明，但并不局限于此。

实施例1基于数字PCR技术绝对定量检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒的建立

基于数字PCR技术绝对定量检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒，包括引物组、2×RT-ddPCR Supermix、无RNA酶的蒸馏水、病毒总RNA提取试剂、阳性对照和阴性对照。

(1)数字PCR扩增引物设计：以猪流行性腹泻病毒特异性保守序列为靶基因进行引物的设计。引物序列见表1。

表1 引物序列表

(2)引物组中FP引物、BP引物和探针的摩尔比为3：3：2。

(3)2×RT-ddPCR Supermix含有：2×One-step RT-ddPCR Supermix和25mMManganous acetate。

(4)阳性对照为猪流行性腹泻病毒细胞培养物，阴性对照为去离子水。

(5)病毒总RNA提取试剂包括裂解液A、洗液B、洗液C、洗脱液D、吸附柱和收集管。

实施例2基于数字PCR技术绝对定量检测猪流行性腹泻病毒的检测方法

利用实施例1的试剂盒检测猪流行性腹泻病毒的方法，包括如下步骤：

(1)病毒RNA的提取：

1)取待检样品和阳性对照，分别加入600ul裂解液A，涡旋混匀20秒，室温静置10分钟；

2)将混合液移至吸附柱中，12,000×g离心30～60秒；

3)丢弃收集管中液体，加入500ul洗液B至吸附柱中，12,000×g离心30～60秒；

4)丢弃收集管中液体，加入500ul洗液C至吸附柱中，12,000×g离心30～60秒；

5)丢弃收集管中液体，12,000×g离心2分钟以甩干柱子；

6)将吸附柱移入新的1.5ml离心管中，向柱子中央加入洗脱液50ul，室温静置2分钟，12,000×g离心1分钟，离心管中液体即为模板RNA。

(2)RT-ddPCR操作

1)设待检样品、阴性对照和阳性对照总和为N，反应体系配置如下：

表2 RT-ddPCR反应体系

名称	体系
		2×RT-ddPCR Supermix	10×(N+1)ul
引物和探针	1.6×(N+1)ul
		无RNA酶的蒸馏水	7.4×(N+1)ul

将以上配置的反应体系充分混匀后，分装至每个反应管各19ul。

其中，引物和探针含有10μmol/L FP和BP引物各0.6μL，10μmol/L探针0.4μL。

2)分别取1ul模板RNA(包括待检样品、阴性对照和阳性对照)，加入相应的反应管中，终体积为20ul。

3)将一个新的微滴发生卡放入卡托中，将20ul样品反应液加入到微滴发生卡中间一排的8个孔中，不足8个样品时用20ul去离子水补足，建议使用8通道排枪，加样时枪头接近孔一侧底部，与侧壁呈现大约15°角，缓慢打出液体，打出一部分后缓慢提升枪头位置再打出余下液滴，不要将枪打至第一档位置以免引入气泡；

4)在微滴发生卡最底下一排8个孔中加入70ul微滴生成油，同样不能有空着的孔；

5)盖上胶垫，注意两边的小孔都要钩牢；

6)将卡托轻轻地平稳放置于微滴生成仪中，开始生成微滴，注意仪器上指示灯状态，一般2分钟之内完成；

7)微滴生成于微滴发生卡最上面一排孔内，建议使用8通道排枪小心缓慢吸取，调整吸取体积为40ul，将卡托放平，枪头以与孔壁呈30～45°角放入，轻触孔底，约5秒吸取40ul，再同样缓慢地打入96孔板相应位置孔内(约5秒)，枪头贴近孔壁接近孔底，注意封上盖以防油挥发，每次弃去已使用过的微滴发生卡和胶垫；

8)转移油滴进入96孔板内完成后，用预热好的PX1热封仪对其进行封膜(红线朝上)，运行程序为：180℃，5s，无需颠倒方向二次封膜；

9)封好膜之后应该在30分钟内进行PCR反应，或者放于4℃冰箱4小时之内进行PCR。扩增程序为：60℃反应30min；95℃反应5min；94℃反应30sec，60℃反应60sec，40个循环；98℃反应10min。每步都设置2.5℃/sec的降温速度。

10)将PCR扩增完成的96板放入微滴分析仪的plate holder中，注意板斜角方位，组装好之后轻轻地平稳放入微滴读取仪中。

11)打开QuantaSoft软件，建议每次实验之前做一次Flush System，若一周以上未使用建议先做一次Prime再做Flush System。然后对96孔板中样品信息进行设置，完成后即可进行检测，结束后结果会被自动分析，人工核实后保存结果。

12)结果判定及描述：阳性对照：30±2个拷贝，阴性对照：＜1个拷贝时，实验结果成立；待检测样品结果≥1个拷贝时为猪流行性腹泻病毒阳性；待检测样品结果＜1个拷贝时为猪流行性腹泻病毒阴性。

实施例3特异性验证

用本发明试剂盒分别检测健康猪的血清样本，临床得到的伪狂犬病毒、猪呼吸繁殖综合症美洲型病毒、猪瘟病毒、猪圆环病毒、副猪嗜血杆菌、猪链球菌、猪胸膜肺炎放线杆菌样本共8份样品，所有样品均经过测序法验证，检测结果见图1。

实施例4实际样品验证

用本发明试剂盒对实际样本进行检测，检测临床得到的猪腹泻疑似病料50份，同时用测序法验证，其中，本发明试剂盒和测序法检测均为阳性的有43例，检测方法均为阴性的有7例，检测结果表3所示：

表3

上表的实验结果可以说明本试剂盒及方法准确性高，特异性强，与测序法有很高的一致性。

最后所应当说明的是，以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非对本发明保护范围的限制，尽管参照较佳实施例对本发明作了详细说明，本领域的普通技术人员应当理解，可以对本发明的技术方案进行修改或者等同替换，而不脱离本发明技术方案的实质和范围。

SEQUENCE LISTING

<110> 暨南大学

<120> 基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的引物和探针及其试剂盒与方法

<130> 2018

<160> 3

<170> PatentIn version 3.3

<210> 1

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial sequence)

<400> 1

ccgtggtgag cgaattgaa 19

<210> 2

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial sequence)

<400> 2

aggtcctgtt ccgaggtagt agaa 24

<210> 3

<211> 15

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial sequence)

<400> 3

aaccttccaa ttggc 15

Claims

1.一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的引物和探针，包括上游引物FP、下游引物BP、探针Probe，其核苷酸序列分别如下所示：

FP：5-CCGTGGTGAGCGAATTGAA-3；

BP：5-AGGTCCTGTTCCGAGGTAGTAGAA-3；

Probe：5-FAM-AACCTTCCAATTGGC-BHQ1-3，其中5端标记的荧光基团是FAM，3端标记的淬灭基团是BHQ1。

2.如权利要求1所述的基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的引物和探针，其特征在于：扩增反应时，FP引物、BP引物和探针的摩尔比为3：3：2。

3.一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒，其特征在于，试剂盒包含权利要求1或2中所述的引物和探针。

4.如权利要求3所述的基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒，其特征在于，还包括以下成分的部分或者全部：(1)2×RT-ddPCR Supermix；(2)无RNA酶的蒸馏水；(3)阳性对照和阴性对照；(4)病毒总RNA提取试剂。

5.如权利要求4所述的基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒，其特征在于：所述的2×RT-ddPCR Supermix含有：2×One-step RT-ddPCR Supermix和25mMManganous acetate。

6.如权利要求4所述的基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的试剂盒，其特征在于：阳性对照为猪流行性腹泻病毒细胞培养物，阴性对照为去离子水。

7.一种基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)病毒RNA的提取

2)将混合液移至吸附柱中，12,000×g离心30～60秒；

5)丢弃收集管中液体，12,000×g离心2分钟以甩干柱子；

(2)RT-ddPCR操作

3)将20μL样品反应液加入到微滴发生卡内，制备微滴；

4)将微滴转入PCR板中，放入PCR仪中进行扩增；

8.如权利要求7所述的基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的方法，其特征在于：RT-ddPCR反应体系为20μL反应体系，其含有10μmol/L FP和BP引物各0.6μL，10μmol/L探针0.4μL，2×RT-ddPCR Supermix 10μL，用去离子水补齐到19μL，加入1μL模板后为20μL。

9.如权利要求7所述的基于数字PCR技术检测猪流行性腹泻病毒的方法，其特征在于：扩增程序为：60℃反应30min；95℃反应5min；94℃反应30sec，60℃反应60sec，40个循环；98℃反应10min；每步都设置2.5℃/sec的升降温速度。