CN108588274A - 对虾偷死野田村病毒(cmnv)的raa恒温荧光检测方法及试剂 - Google Patents

对虾偷死野田村病毒(cmnv)的raa恒温荧光检测方法及试剂 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种对虾偷死野田村病毒(CMNV)RAA恒温荧光检测方法和检测试剂盒。检测试剂盒包括一条正向引物SEQ ID NO.1、一条反向引物SEQ ID NO.2、一条特异性荧光探针SEQ ID NO.3、反应液、逆转录酶、重组聚合酶和对照品。本发明的试剂盒特异性强;检测灵敏度高,可达到100fg/μL;准确度高、可靠;操作简便快捷,适合现场检测,具有广泛的应用场景。

Description

对虾偷死野田村病毒(CMNV)的RAA恒温荧光检测方法及试剂
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域,涉及海洋水产养殖业的检测方法,具体涉 及一种对虾偷死野田村病毒的RAA恒温荧光检测方法及试剂盒。
背景技术
对虾偷死病(Covert mortality disease,CMD)是由“偷死野田村病毒(Covertmortality nodavirus,CMNV)”引起的一种病毒性疾病。CMNV属于野田村病毒 科α野田村病毒属(Nadaviridae,Alphanodavirus),是一种单链RNA病毒,病 毒粒子为球形(二十面体),无囊膜,直径32纳米。CMD是近年来我国养殖对 虾中出险的一种新发病害。2003年或更早的时候,该病在海南、广西等地高密 度养殖的凡纳滨对虾中出现,2008-2009年我国南方各省市的养殖对虾中大规模 爆发,2010年后开始传播到我国山东、河北和天津等地。分子流行病学调查显 示,凡纳滨对虾、中国对虾、日本对虾、斑节对虾、脊尾白虾、罗氏沼虾和梭子蟹中均能检出CMNV阳性,这说明CMNV不仅能够感染目前我国养殖对虾的主 要经济种类,还能感染其他甲壳类动物,由此可见CMNV宿主范围可能非常广 泛。
目前对CMNV引起的对虾病害尚无有效的治疗方法,只能以预防为主;而 这又主要依赖于早期快速的诊断和筛查。近年来基于临床组织病理学、免疫学以 及PCR技术等的各种诊断方法已被用于CMNV的检测。但是现有的这些方法 都存在一定的不足,例如:基于组织病理学的方法不仅操作繁琐、费时,而且灵 敏度较低;基于免疫学的方法虽然具有敏感性高、检测快速等特点,可用于大批 标本的检测,但对新鲜样品进行检测时出现的假阳性问题在一定程度上还限制着 该方法的广泛应用;而PCR方法敏感、准确、快速,可替代病原学检测,但由 于需要昂贵的仪器设备、较高检测费用以及对检测人员较高的技术要求而使其不 适用于现场快速检测及基层普及应用。与一般PCR技术相比,荧光PCR检测 技术简化了操作步骤,而且可消除扩增产物引起的交叉污染,减少假阳性的发生。 但实时荧光PCR耗时长,成本较高,目前在水产养殖动物的常规病原体检测中 的应用还不多。LAMP等温扩增技术同样由于假阳性较高,准确度低,水产病原 检测中的应用还是比较局限。本发明建立了RAA恒温荧光来检测虾桃拉病毒的 方法,快速方便,准确可靠,是适应口岸快速检测和大通关的时代要求,对促进 中国海洋养殖及其产品的贸易有重要作用。
重组酶介导扩增(Recombinase-aid Amplification,RAA)技术也是一种在恒温下可以使核酸快速扩增的方法。与RPA不同的是,RAA扩增法使用的是从细菌 或真菌中获得的重组酶,在37℃恒温下,该重组酶可与引物DNA紧密结合,形 成酶和引物的聚合体,当引物在模板DNA上搜索到与之完全互补的序列时,在 单链DNA结合蛋白(single-strandedDNAbinding,SSB)的帮助下,使模板DNA 解链,并在DNA聚合酶的作用下,形成新的DNA互补链,反应产物也是以指 数级增长,通常在1h内即能得到可以用琼脂糖凝胶电泳检测到的扩增片段。在 RAA反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号的积累实时监控整个RAA扩增过 程,20分钟内,可实现对起始模板的定量及定性分析。整个反应简单快速,因 为不需要高温循环,所以特别适合在有大量样品的非实验室检测场所使用,适用 于食品快速检测领域。
发明内容
有鉴于此,本发明的目的是提供对虾偷死野田村病毒(CMNV)的RAA恒 温荧光核酸检测试剂盒及检测方法。
为实现以上目的,本发明采用以下技术方案:
一种对虾偷死野田村病毒(CMNV)核酸的检测试剂盒,包括:对虾偷死野 田村病毒正向引物、反向引物以及特异性荧光探针,其中所述对虾偷死野田村病 毒正向引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示、所述对虾偷死野田村病毒反向引 物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,所述特异性荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3,其5’端标记有荧光报告基团,3’端标记有荧光淬灭基团。
在一些实施方案中,所述特异性荧光探针的荧光报告基团选自FAM、VIC、 JOE、TET、CY3、CY5、ROX、Texas Red或LC RED460中的一种,荧光淬灭 基因选自BHQ1、BHQ2、BHQ3、Dabcy1或Tamra中的一种。
在一些实施方案中,所述的核酸检测试剂盒,还包括引物混合液、特异性荧 光探针、A Buffer、B Buffer、RAA干粉试剂、对虾偷死野田村病毒标准品和DEPC 处理水中至少一种。
在一些实施方案中,所述的试剂盒,所述的逆转录体系由RTE逆转录酶、 RNA酶抑制剂组成。
在一些实施方案中,所述的试剂盒,其中,所述A Buffer为20%PEG;B Buffer 为280mM MgAc。
在一些实施方案中,所述的试剂盒,其中,所述的RAA干粉试剂的成分如 下:1mmol/L dNTP、90ng/μL SSB蛋白、120ng/μL recA重组酶蛋白 (SC-recA/BS-recA)或30ng/μL Rad51、30ng/μL Bsu DNA聚合酶,30ng/mL RTE 逆转录酶、100mmol/L Tricine、20%PEG、5mmol/L二硫苏糖醇、100ng/μL肌酸 激酶、Exo核酸外切酶。
在一些实施方案中,所述的核酸检测试剂盒,对虾偷死野田村病毒标准品为 含有对虾桃拉病毒保守基因部分序列的阳性质粒。
在一些实施方案中,所述的试剂盒,所述含有对虾偷死野田村病毒保守区域 基因部分序列的阳性质粒的序列如SEQ ID NO.4所示。
本发明还提供了一种对虾偷死野田村病毒的RAA恒温荧光检测方法,提取 待测样品的RNA,以待测样品的RNA为模板,在对虾偷死野田村病毒的正向引 物、反向引物、特异性荧光探针及RAA干粉试剂、A Buffer、B Buffer和DEPC 处理水存在下进行实时荧光RAA反应,根据实时荧光RAA扩增曲线分析待测 样品;其中所述对虾偷死野田村病毒正向引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示、 所述对虾偷死野田村病毒反向引物核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示,所述特异 性荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID No.3,其5’端标记有荧光报告基团,3’端 标记有荧光淬灭基团。
在一些实施方案中,所述的对虾偷死野田村病毒核酸RNA提取采用传统的Trizol-RNA试剂或者采用等效的RNA提取试剂盒。
在一些实施方案中,所述实施荧光RAA反应程序为:37℃,40s;37℃,20min, 共计40个循环;
本发明所述检测方法需要实时荧光RAA反应结束后,利用实时荧光RAA 仪分析软件,根据实时荧光RAA的扩增曲线分析待测样品。优选的,所述分析 待测样品为待测样本FAM通道荧光曲线呈“S”型且CT值≤35,判断为对虾偷 死野田村病毒阳性结果;当待测样本曲线不呈“S”型或CT值>35,判断为对 虾偷死野田村病毒阴性结果。
有益效果
1、快速高效:整个扩增只需20-30min即可完成,扩增产量可以达到109-1010个拷贝;
2、操作简单:不需要特殊试剂,不需要预先解链等繁琐步骤,只需要恒温 的荧光仪,条件比较温和;
3、高特异性:本发明对对虾其他的病症对虾传染性表皮与造血组织坏死症 病毒(IHHNV)、对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)、对虾白斑综合症病毒(WSSV)、 对虾肝肠胞虫(EHP)对虾黄头病毒(YHV)、对虾肌肉坏死性病毒(IMNV) 的质粒DNA均不发生扩增。
4、高灵敏度:本发明的检测极限可以达到100fg/反应
5、鉴定简单:根据实时荧光数据,直接判断扩增结果,无需电泳检测,适 合现场检测。
附图说明
图1为本发明中涉及的4对引物RAA扩增曲线图。
图2为RAA检测方法对CMNV的灵敏度实验图,从左到右依次为100pg/μL、 10pg/μL、1pg/μL、100fg/μL、10fg/μL的阳性标准品的扩增结果。
图3为RAA检测方法对CMNV的特异性实验图。
具体实施方法 以下通过具体实施例对本发明进一步说明,但并不局限于此。
实施例1:
本发明对对虾偷死野田村病毒在Genebank数据库中搜索对虾偷死野田村病 毒株基因序列,使用DNAMAN 6.0软件对多序列进行比对,找出保守的区段。 在保守区域设计了4组引物和探针,并在NCBI数据库中进行BLAST比对,引 物和探针的序列如表1所示。阳性样本扩增曲线如图1所示。
表1引物和探针序列:
由图1结果可见,第四组引物和探针的扩增曲线最为典型,有明显的指数期 和平台期,有较高荧光强度(纵坐标值),且CT值较小(曲线与阈值线的交叉点 所对应的横坐标)结果分析见表2。其它引物探针曲线上升高度较低,CT值较 大,平台期不明显;或者没有出现扩增,出现漏检。说明第四组引物和探针目的 产物的复制速度更快、数量更多,扩增反应效率更高。
表2引物探针筛选结果分析
组别\结果 CT值 荧光强度
第一组 24.63 100,000
第二组 18.31 200,000
第三组 20.56 610,000
第四组 8.72 650,000
实时例2:所述试剂盒对虾偷死野田村病毒
本发明所述的核酸检测试剂盒,还包括引物混合液、特异性荧光探针、A Buffer、BBuffer、RAA干粉试剂、对虾偷死野田村病毒标准品和DEPC处理水。
本发明所述的试剂盒,其中,所述的A Buffer为20%PEG;B Buffer为280mM MgAc。
本发明所述的试剂盒,其中,所述的RAA干粉试剂的成分如下:1mmol/L dNTP、90ng/μL SSB蛋白、120ng/μL recA重组酶蛋白(SC-recA/BS-recA)或 30ng/μL Rad51、30ng/μL Bsu DNA聚合酶,100mmol/L Tricine、20%PEG、5mmol/L 二硫苏糖醇、100ng/μL肌酸激酶、Exo核酸外切酶、30ng/mL RTE逆转录酶。
本发明所述的引物混合液中,所述的正向引物碱基序列如SEQ ID NO.1所示, 所述反向引物的碱基序列SEQ ID NO.2所示,正向引物和反向引物的摩尔配比 为SEQ IDNO.1:SEQ ID NO.2为1:1。
本发明提供的对虾偷死野田村病毒的特异性探针碱基序列如SEQ ID NO.3所 示,探针的5’端标记有FAM荧光报告基团,3’端标记有BHQ1荧光淬灭基团。
本发明提供的对虾偷死野田村病毒标准品包含有对虾偷死野田村病毒保守 区基因序列的阳性质粒,该质粒的碱基序列如SEQ ID NO.4所示。
质粒的碱基序列(SEQ ID NO.4):
GATTCTAAGTACCGATTCGAGATCATTCACTTCATGGACACGACCATCAACTGTCCAGCCCGCGCCAAGAAATTTGGGTTTAGATATGACCCAGGTGTGGGTGTCAAAAGTGGTAGCCCGACTACCACAGATCATAACACGTTGTATAATGCTTTCGTCGAATTCGTCGCTTATGCTATGCTATTTGGTTCGAATTTTAGTGCATCCACTATTATGGATATGATCGGACCAAAATACGGCGATGACGGCTTGAGCCACAACCGAGTCAAACCTTTCATCAACAAAGTAGCGAACGCACTAGGCCTATCGACTAAATATGAGAAATTTAATCCAGAAATAGGAATATCATTTCTTGCTCGCGTATTCGTGGATCCTTTTAACACAAACACTTCCATTACGGATCCCCTTCGCTGTTTACGCAAAATCCATCTCACCGCCCGGAACCCTTCCGTCCCTTTAGCAGACGCATGTTGCGATCGAGTTGAAGGCTATCTCGTGACAGATGCCCTTACACCATTGGTGGGTGATTACTGTCGCTCTATGATTCGATTGTATGGTGGAGCTGCGTCAAGTCAATTGGTAAGACTGAAGCGCAAAACCAGCAATTCCGAGAAGCCCAATTGGTTGACGAATGATGGTTCCTGGCCCCAAAATGCCGCCGATAAAGATGCTATGTTCAACGTCCTTTGTGCCCGCACTCAAATTCATCCCGAGACGGTAAATAGCCTTATCGAACGCCTGGCCAACATAACTACACCTTTTGACCCTATAATTACTGAGTTTAATGATGCCGCAAGTAACAGTAATACCATCGGCGTTGATGGTCCAGTAGGGTCTGTGGGCACTTCGTTTGAAAGACAAGCGATAGAAAATGCCAAGCAAATACGAGCTAATCCAAGCACTTCCCGACAAGGTATCCAAAGCCGTGAGCGCGGTTCGCAACCTAACCGTCGACGACGCCCCGGAGGCCGTCCAAAAGGACCTCCGCAATCTGATTGCATGCGTCAACCTCAGCGTGACCAAGGTCTCCAAGGCCGTGACATCGCTGATGGACAAGCCGACAGTGGTAGCGTACCTAACAGGTCTGCCCCCTCCAACGAAAGTAGACCCCGACGCCAAGCTCAAGGACATGGAGGCCCAGCTCGCCGATCAGCGCAGAATGATCGCGAACATTGCATCTCGAGA
本发明提供的DEPC处理水购买于Solarbio公司。
实例3:本发明所述试剂盒对虾偷死野田村病毒
1、阳性样品核酸的提取
1.1、核酸提取:采用传统的Trizol-RNA试剂或者采用等效的RNA提取试剂盒。
2、RAA反应体系的配置:每个检测样品对应一个RAA反应干粉管,每个RAA 反应干粉管中各反应组分和所加入的体积如表3所示。
表3:
RAA反应体系组分 体积(μL)
A Buffer 12.5μL
B Buffer 2.5μL
引物混合液 4μL
特异性荧光探针 0.6μL
DNA模板 2μL
DEPC处理水 28.4μL
总体积 50μL
A Buffer为20%PEG;B Buffer为280mM MgAc
3、将配置好反应体系的RAA反应管放置于ABI7500扩增仪中,按照下列程序 进行RAA扩增:39℃,40s;39℃,20min,共计40个循环。每个循环收集FAM 通道的荧光。
4、扩增结束后根据荧光曲线判断和CT值判定对虾偷死野田村病阳性或阴性结果。
判定结果:FAM通道荧光曲线呈“S”型且CT值≤35,判断为对虾偷死野田村 病毒阳性结果;当待测样本曲线不呈“S”型或CT值>35,判断为对虾偷死野 田村病毒阴性结果。
实施例4:本发明RAA检测试剂盒在临床实际应用中的评估
采用本发明试剂盒进行临床盲样的实验,检测50份对虾;实验结果表明, 本发明的第四引物对可以区分出对虾偷死野田村病毒,与反转录PCR阳性符合 率很高。在50份中,反转录PCR,有31份为阳性结果,19份为阴性结果,通 过RAA方法检测的结果为31份为阳性,有18份也为阴性结果,存在一份阳性 结果不同,对这个样本核酸进行反转录PCR扩增并测序,测序结果显示该样本 为阳性,说明本发明的RAA检测试剂有更高的准确率。
试验例1:本发明所述试剂盒的灵敏度试验
本发明实施例2所述试剂盒提供的对虾偷死野田村病毒标准品质粒,提取阳 性质粒,并用NanoDrop测量阳性质粒的浓度,并将其分别稀释到100pg/μL、 10pg/μL、1pg/μL、100fg/μL、10fg/μL 5个浓度梯度进行灵敏度试验。
检测结果如图2所示,从左到右依次为100pg/μL、10pg/μL、1pg/μL、100fg/μL、10fg/μL的阳性标准品的扩增结果,从中可以看出本发明的RAA荧光扩增试剂 和检测的灵敏度可达0.1fg/μL,精确性优于普通PCR检测方法,表明本发明的 RAA恒温荧光检测试剂盒和检测方法对IMNV的诊断具有高度的灵敏性。
试验例2:本发明所述试剂盒的特异性试验
为了检测本发明试剂盒的特异性,采用实例3中的检测方法,分别对病毒 WSSV、IHHNV、EHP、AHPND、TSV、YHV、IMNV样本进行检测,分析本 试剂盒对CMNV和对虾其他常见病毒的检测情况。
检测结果表明:仅CMNV样品出现正常扩增,阴性对照(DEPC处理水) 及IHHNV、WSSV、AHPND、EHP、YHV、IMNV样品均未出现扩增(如图3 所示)。上述结果说明,本发明RAA恒温荧光检测试剂盒能特异性扩增出CMNV 中的靶序列,而不与其他病毒核酸发生交叉反应。说明本发明方法及试剂盒特异 性好,未出现假阴性。
同时,采用本发明设计的1-3对引物进行同样的特异性实验,发现这些引物 不能很好的特异区分不同的样本,特异性不是很好(具体实验数据略)。
在缺少本文中所具体公开的任何元件、限制的情况下,可以实现本文所示和 所述的发明。所采用的术语和表达法被用作说明的术语而非限制,并且不希望在 这些术语和表达法的使用中排除所示和所述的特征或其部分的任何等同物,而且 应该认识到各种改型在本发明的范围内都是可行的。因此应该理解,尽管通过各 种实施例和可选的特征具体公开了本发明,但是本文所述的概念的修改和变型可 以被本领域普通技术人员所采用,并且认为这些修改和变型落入所附权利要求书 限定的本发明的范围之内。
本文中所述或记载的文章、专利、专利申请以及所有其他文献和以电子方 式可得的信息的内容在某种程度上全文包括在此以作参考,就如同每个单独的出 版物被具体和单独指出以作参考一样。申请人保留把来自任何这种文章、专利、 专利申请或其他文献的任何及所有材料和信息结合入本申请中的权利。
序列表
<110> 杭州众测生物科技有限公司
<120> 对虾偷死野田村病毒(CMNV)的RAA恒温荧光检测方法及试剂
<130> 17-100070-00002928
<141> 2017-11-10
<160> 13
<170> SIPOSequenceListing 1.0
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<211> 31
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<400> 13
ggaggtcctt ttggacggcc tccggggcgc gcgacggtta ggttg 45

Claims (10)

1.一种对虾偷死野田村病毒(CMNV)核酸的检测试剂盒,包括:对虾偷死野田村病毒正向引物、反向引物以及特异性荧光探针,其中所述对虾偷死野田村病毒正向引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示、所述对虾偷死野田村病毒反向引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,所述特异性荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3,其5’端标记有荧光报告基团,3’端标记有荧光淬灭基团。
2.根据权利要求1所述的核酸检测试剂盒,所述特异性荧光探针的荧光报告基团选自FAM、VIC、JOE、TET、CY3、CY5、ROX、Texas Red或LC RED460中的一种,荧光淬灭基因选自BHQ1、BHQ2、BHQ3、Dabcy1或Tamra中的一种。
3.根据权利要求1和2所述的核酸检测试剂盒,还包括引物混合液、特异性荧光探针、ABuffer、B Buffer、RAA干粉试剂、对虾偷死野田村病毒标准品和DEPC处理水中至少一种。
4.根据权利要求3所述的试剂盒,所述的逆转录体系由RTE逆转录酶、RNA酶抑制剂组成。
5.根据权利要求3所述的试剂盒,其中,所述A Buffer为20% PEG ;B Buffer为280mMMgAc。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其中,所述的RAA干粉试剂的成分如下:1mmol/LdNTP、90ng/μL SSB蛋白、120ng/μL recA重组酶蛋白(SC-recA/BS-recA)或30ng/μL Rad51、30ng/μL Bsu DNA聚合酶, 30ng/mL RTE逆转录酶、 100mmol/L Tricine、20% PEG、5mmol/L二硫苏糖醇、100ng/μL肌酸激酶、Exo核酸外切酶。
7.根据权利要求1-5任意一项所述的核酸检测试剂盒,对虾偷死野田村病毒标准品为含有对虾偷死野田村病毒保守区基因部分序列的阳性质粒。
8.根据权利要求6所述的试剂盒,所述含有对虾偷死野田村病毒保守区基因部分序列的阳性质粒的序列如SEQ ID NO.4所示。
9.对虾偷死野田村病毒的RAA恒温荧光检测方法,提取待测样品的RNA,以待测样品的RNA 为模板,在对虾偷死野田村病毒的正向引物、反向引物、特异性荧光探针及RAA干粉试剂、A Buffer、B Buffer和DEPC处理水存在下进行实时荧光RAA反应,根据实时荧光RAA扩增曲线分析待测样品;其中所述对虾偷死野田村病毒正向引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1 所示、所述对虾偷死野田村病毒反向引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2 所示,所述特异性荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID No.3,其5’端标记有荧光报告基团,3’端标记有荧光淬灭基团。
10.根据权利要求9所述,对虾偷死野田村病毒核酸RNA提取采用传统的Trizol-RNA试剂或者采用等效的RNA提取试剂盒。
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