CN108195899A - 基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明基于气单胞菌溶素纳米通道检测氨基酸的方法,包括以下步骤:⑴设计连有炔基的DNA探针;⑵将巯基化合物连接到DNA探针上;⑶制备气单胞菌溶素生物纳米通道:①活化气单胞菌溶素;②配制磷脂正癸烷溶液;③制备磷脂双分子层;④形成气单胞菌溶素生物纳米通道;⑷用气单胞菌溶素检测生物巯基化合物:①采集DNA探针单分子信号;②采集物巯基化合物单分子信号;③采集DNA探针‑巯基化合物单分子信号;④对采集到的DNA探针‑巯基化合物单分子信号进行统计,得到巯基化合物特征信息,基于此对不同的巯基化合物同时进行检测。本发明的方法能在单分子水平上实现超灵敏分辨,且操作方便实时准确,对生命科学研究具有非常积极的意义。
Description
技术领域
本发明涉及生命化学中分析检测单分子的检测技术,具体的是一种基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法。
技术背景
生物纳米通道是现代兴起的检测核酸、多肽、糖类的一种单分子检测手段。目前应用较多的蛋白孔为葡萄球菌α-溶血素(α-hemolsyin)、耻垢分枝杆菌(MspA)。然而,由于所述蛋白孔自身孔径的限制,上述两种蛋白通道对实现DNA分子的微小分辨还存在不足。而气单胞菌溶素生物纳米通道具有更小的孔径,更高的灵敏度,且其内腔带正电荷,能有效减慢DNA的过孔速率,从而实现高通量、无标记、高灵敏、基于DNA探针的、单分子水平上的检测生物小分子技术。
生物巯基化合物——包括半胱氨酸、同型半胱氨酸和谷胱甘肽等,在很多生理和病理学过程中发挥着极其重要的作用。所述的谷胱甘肽是最丰富的细胞内巯基化合物,在抗氧化应激、维持细胞氧化还原方面发挥着中枢作用。有研究证明:谷胱甘肽含量的变化与很多疾病有密切的关系,例如白细胞减少、牛皮癣、肝损伤、癌症和艾滋病感染等。所述半胱氨酸是参与蛋白合成、解毒和代谢的一种基本氨基酸。半胱氨酸的不足会导致生长缓慢、头发褪色、水肿、嗜睡、肝损伤、皮肤损伤等。所述同型半胱氨酸的失调与心血管疾病、老年痴呆症等密切相关。因此,对生物巯基化合物进行检测是非常重要的,它有助于解析与之相关的疾病生物学的致病机制。目前,检测生物巯基化合物的方法主要还是利用荧光探针进行检测;然而,荧光探针大都只能检测一种生物巯基化合物。要想实现对上述三种生物巯基化合物的同时检测目前还存在困难。
发明内容
本发明的目的在于解决上述问题,提供一种基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,该方法能在单分子水平上超灵敏分辨并同时检测三种生物巯基化合物;将生命化学中的分析检测技术提高到一个新的水平。
为实现上述目的,本发明采取了以下技术方案。
基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)设计连有炔基的DNA探针;
(2)将20μL、50~500μM、pH值为7.0~9.0的DNA探针溶液与10μL、0.5~5mM、pH值为7.0~9.0的巯基化合物溶液混合,用320~400nm紫外光照射1~4小时,利用探针上炔基与巯基化合物上巯基的加成反应,将巯基化合物连接到DNA探针上;
(3)制备气单胞菌溶素生物纳米通道
①活化气单胞菌溶素
将气单胞菌溶素溶于胰蛋白酶-EDTA溶液,在恒温箱内25℃下放置30分钟进行活化;活化后用pH值为8.0的Tris-HCl缓冲液进行稀释并在-20℃冰箱内保存;
②配制磷脂正癸烷溶液
在常温下将1,2-二植烷酰基磷脂溶于正癸烷溶液中,浓度为25mg/mL;
③制备磷脂双分子层
采用聚缩醛树脂检测池,所述聚缩醛树脂检测池含有cis检测池和trans检测池,在trans检测池上刻蚀直径为50nm的小孔,再用毫毛笔在所述小孔内外两侧均匀涂抹步骤(3)②配制的磷脂正癸烷溶液,用氮气吹干或让其自然晾干;
将cis检测池与trans检测池进行组装,在cis检测池与trans检测池内分别加入1mL电解质溶液,将一对Ag/AgCl电极浸入到电解质溶液中,通过电流放大器施加一定+100mV电压,指定cis检测池端为接地端;反复刷破和提拉磷脂膜,直到形成的磷脂膜能被400mV电压击破为止,此时的磷脂膜即为可允许气单胞菌溶素自组装并穿过的磷脂双分子层膜;
④形成气单胞菌溶素生物纳米通道
在形成稳定的磷脂双分子层膜后,在cis检测池中靠近磷脂双分子层膜附近注射3~5uL气单胞菌溶素溶液,施加100mV的跨膜电压,驱动气单胞菌溶素靠近磷脂双分子层膜并自组装嵌入膜上,当形成单个稳定的气单胞菌溶素生物纳米通道时,离子流在所述浓度电解质溶液和pH下发生50±5pA的台阶式上升;
(4)用气单胞菌溶素检测生物巯基化合物
①采集DNA探针单分子信号
在气单胞菌溶素纳米通道的两端施加100mV电压,在cis检测池中加入100μMDNA探针分子,DNA探针在电场力驱动下会从cis检测池穿过气单胞菌溶素纳米通道至trans检测池,进而产生单分子信号;
②采集生物巯基化合物单分子信号
在气单胞菌溶素纳米通道的两端施加100mV电压,在cis检测池中加入100μM巯基化合物,分析其产生的单分子信号,由于其分子体积太小以至于不能引起纳米通道离子流的阻断信号;
③采集DNA探针-巯基化合物单分子信号
在气单胞菌溶素纳米通道的两端施加100mV电压,在cis检测池中加入含有DNA探针-巯基化合物的反应液,在电场力驱动下DNA-巯基化合物会从cis检测池穿过气单胞菌溶素生物纳米通道至trans检测池,进而产生DNA探针-巯基化合物单分子信号——这种信号是能反应巯基化合物特征的单分子信号;
④对采集到的DNA探针-巯基化合物单分子信号进行统计
对统计的阻断时间、阻断电流、阻断信号频率分别进行解析,得到巯基化合物的特征信息,基于此能同时对三种生物巯基化合物进行检测。
进一步,步骤(1)所述的DNA探针连有炔基,碱基长度为4。
进一步,所述炔基是修饰在四个碱基核苷酸的中间位置,其能够与巯基化合物的巯基进行加成反应,最终形成DNA探针-巯基化合物加合物。
进一步,步骤(3)①所述的气单胞菌溶素与胰蛋白酶-EDTA溶液的比例为1︰100。
进一步,步骤(4)④所述的能同时对三种生物巯基化合物进行检测包括以下步骤:
(1)分别混合不同的巯基化合物与DNA探针反应后的得到不同的DNA-巯基化合物加合物单分子;
(2)利用气单胞菌溶素纳米通道分别对不同的DNA-巯基化合物加合物单分子进行分析;
(3)统计各种DNA-巯基化合物加合物单分子的阻断电流和阻断时间,对比不同DNA-巯基化合物加合物单分子的阻断电流与阻断时间的差别,得到不同的DNA-巯基化合物加合物单分子的特征信号;
(4)将未知的巯基化合物混合物样品与DNA探针混合反应后,加入到cis检测池中,根据步骤(3)获得的不同的DNA-巯基化合物加合物单分子的特征信号,能获知样品中含有哪些巯基化合物,进一步基于信号频率能定量所述样品中所含巯基化合物的含量。
本发明基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法的积极效果是:
(1)提供了一种基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,它利用DNA探针、聚缩醛树脂检测池和气单胞菌溶素纳米通道能在单分子水平上同时对三种不同的生物巯基化合物进行检测,实现了超灵敏分辨,这是传统的检测方法无法企及的。
(2)本发明的方法操作方便、实时准确、且价格不贵,对生命科学研究以及某些疾病的临床治疗具有非常积极的意义。
附图说明
图1为本发明基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法的原理图。
具体实施方式
以下结合附图介绍本发明基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法的具体实施方式。但是应该明确的是:本发明的实施不限于以下的实施方式;即本发明的具体实施例不限制本发明的保护范围。
实施例1
一种基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,用于检测半胱氨酸,包括以下步骤:
(1)设计连有炔基的DNA探针;所述DNA探针的碱基长度为4;所述炔基是修饰在四个碱基核苷酸的中间位置,其能够与巯基化合物的巯基进行加成反应,最终形成DNA探针-巯基化合物加合物:
(2)将20μL、200μM、pH值为8.0的DNA探针溶液与10μL、1mM、pH值为8.0的半胱氨酸溶液混合,用320~400nm紫外光照射1~4小时,利用探针上炔基与半胱氨酸上巯基的加成反应,将半胱氨酸连接到DNA探针上。
(3)制备气单胞菌溶素生物纳米通道
①活化气单胞菌溶素
将气单胞菌溶素溶于胰蛋白酶-EDTA溶液,在恒温箱内25℃下放置30分钟进行活化;活化后用pH值为8.0的Tris-HCl缓冲液进行稀释并在-20℃冰箱内保存。
②配制磷脂正癸烷溶液
在常温下将1,2-二植烷酰基磷脂溶于正癸烷溶液中,浓度为25mg/mL。
③制备磷脂双分子层
采用聚缩醛树脂检测池,所述聚缩醛树脂检测池含有cis检测池和trans检测池,在trans检测池上刻蚀直径为50nm的小孔,再用毫毛笔在所述小孔内外两侧均匀涂抹步骤(3)②配制的磷脂正癸烷溶液,用氮气吹干或让其自然晾干。
将cis检测池与trans检测池进行组装,在cis检测池与trans检测池内分别加入1mL电解质溶液,将一对Ag/AgCl电极浸入到电解质溶液中,通过电流放大器施加一定+100mV电压,指定cis检测池端为接地端;反复刷破和提拉磷脂膜,直到形成的磷脂膜能被400mV电压击破为止,此时的磷脂膜即为可允许气单胞菌溶素自组装并穿过的磷脂双分子层膜。
④形成气单胞菌溶素生物纳米通道
在形成稳定的磷脂双分子层膜后,在cis检测池中靠近磷脂双分子层膜附近注射3~5uL气单胞菌溶素溶液,施加100mV的跨膜电压,驱动气单胞菌溶素靠近磷脂双分子层膜并自组装嵌入膜上,当形成单个稳定的气单胞菌溶素生物纳米通道时,离子流在所述浓度电解质溶液和pH下发生50±5pA的台阶式上升。
(4)用气单胞菌溶素检测半胱氨酸
①采集DNA探针单分子信号
在气单胞菌溶素纳米通道的两端施加100mV电压,在cis检测池中加入100μM连有炔基的DNA探针,DNA探针在电场力驱动下会从cis检测池穿过气单胞菌溶素纳米通道至trans检测池,进而产生单分子信号。经统计分析,连有炔基的DNA探针的特征阻断电流为I/I0=0.40-0.45;其中,I0为开孔电流值;I为阻断剩余电流值。
②采集生物巯基化合物单分子信号
在气单胞菌溶素纳米通道的两端施加100mV电压,在cis检测池中加入100μM巯基化合物,分析其产生的单分子信号,由于其分子体积太小以至于不能引起纳米通道离子流的阻断信号。
③采集DNA探针-半胱氨酸单分子信号
在气单胞菌溶素纳米通道的两端施加100mV电压,在cis检测池中加入含有DNA探针-半胱氨酸的反应液,在电场力驱动下DNA-半胱氨酸会从cis检测池穿过气单胞菌溶素生物纳米通道至trans检测池,进而产生DNA探针-半胱氨酸单分子信号——这种信号是能反映半胱氨酸特征的单分子信号。
④对采集到的DNA探针-半胱氨酸单分子信号进行统计
对统计的阻断时间、阻断电流、阻断信号频率分别进行解析,得到半胱氨酸的特征信息。
实施例1对采集到的DNA探针-半胱氨酸单分子信号进行统计;经统计分析,连有炔基的DNA探针的特征阻断电流为I/I0=0.35~0.40;其中,I0为开孔电流值;I为阻断剩余电流值;基于此能实现对半胱氨酸进行检测。
实施例2
一种基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,用于检测同型半胱氨酸,基本步骤同实施例1。
所不同的是:
(1)(同实施例1)。
(2)将20μL、200μM、pH值为8.0的DNA探针溶液与10μL、5mM、pH值为8.0的同型半胱氨酸溶液混合,用365nm紫外光照射2小时,利用探针上炔基与同型半胱氨酸上巯基的加成反应,将同型半胱氨酸连接到DNA探针上。
(3)(同实施例1)。
(4)用气单胞菌溶素检测DNA-同型半胱氨酸
采集DNA探针-同型半胱氨酸单分子特征信号——这种信号是能反应同型半胱氨酸特征的单分子信号。
实施例2得到DNA探针-同型半胱氨酸单分子的特征阻断电流为I/I0=0.30-0.35;其中,I0为开孔电流值;I为阻断剩余电流值;基于此能实现对同型半胱氨酸进行检测。
实施例3
一种基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,用于检测谷胱甘肽,基本步骤同实施例1。
所不同的是:
(1)(同实施例1)。
(2)将20μL、200μM、pH值为8.0的DNA探针溶液与10μL、5mM、pH值为8.0的谷胱甘肽溶液混合,用365nm紫外光照射2小时,利用探针上炔基与谷胱甘肽上巯基的加成反应,将谷胱甘肽连接到DNA探针上。
(3)(同实施例1)。
(4)用气单胞菌溶素检测DNA探针-谷胱甘肽
采集DNA探针-谷胱甘肽单分子特征信号——这种信号是能反应谷胱甘肽特征的单分子信号。
实施例3得到DNA探针-谷胱甘肽单分子的特征阻断电流为I/I0=0.20~0.30;其中,I0为开孔电流值;I为阻断剩余电流值;基于此能实现对谷胱甘肽进行检测。
实施例4
一种基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,用于对半胱氨酸、同型半胱氨酸、谷胱甘肽同时检测,基本步骤同实施例1。
所不同的是:
(1)(同实施例1)。
(2)将20μL、200μM、pH值为8.0的DNA探针溶液与10μL、含5mM半胱氨酸、1mM同型半胱氨酸、1mM谷胱甘肽、pH值为8.0的溶液混合,用365nm紫外光照射2小时,利用探针上炔基与半胱氨酸、同型半胱氨酸、谷胱甘肽上巯基的加成反应,将半胱氨酸、同型半胱氨酸、谷胱甘肽分别连接到DNA探针上。
(3)(同实施例1)。
(4)用气单胞菌溶素检测DNA探针-半胱氨酸、DNA探针-同型半胱氨酸、DNA探针-谷胱甘肽
采集DNA探针-半胱氨酸、DNA探针-同型半胱氨酸、DNA探针-谷胱甘肽单分子特征信号——这种信号是能反映半胱氨酸、同型半胱氨酸和谷胱甘肽特征的单分子信号。
实施例4由检测数据分析测得DNA探针-半胱氨酸、同型半胱氨酸和DNA探针-谷胱甘肽,其中,阻断时间为I/I0=0.35~0.40是由DNA探针-半胱氨酸引起的;阻断时间为I/I0=0.30~0.35是由DNA探针-同型半胱氨酸引起的;而阻断时间为I/I0=0.20~0.30是由DNA探针-谷胱甘肽引起的;基于此;能同时对三种不同的生物巯基化合物进行检测。
本发明的基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法利用DNA探针、聚缩醛树脂检测池和气单胞菌溶素纳米通道能在单分子水平上同时对不同的生物巯基化合物进行检测,实现了超灵敏分辨,且操作方便、实时准确,对生命科学研究以及某些疾病的临床治疗具有积极的意义。
Claims (5)
1.一种基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)设计连有炔基的DNA探针;
(2)将20μL、50~500μM、pH值为7.0~9.0的DNA探针溶液与10μL、0.5~5mM、pH值为7.0~9.0的巯基化合物溶液混合,用320~400nm紫外光照射1~4小时,利用探针上炔基与巯基化合物上巯基的加成反应,将巯基化合物连接到DNA探针上;
(3)制备气单胞菌溶素生物纳米通道
①活化气单胞菌溶素
将气单胞菌溶素溶于胰蛋白酶-EDTA溶液,在恒温箱内25℃下放置30分钟进行活化;活化后用pH值为8.0的Tris-HCl缓冲液进行稀释并在-20℃冰箱内保存;
②配制磷脂正癸烷溶液
在常温下将1,2-二植烷酰基磷脂溶于正癸烷溶液中,浓度为25mg/mL;
③制备磷脂双分子层
采用聚缩醛树脂检测池,所述聚缩醛树脂检测池含有cis检测池和trans检测池,在trans检测池上刻蚀直径为50nm的小孔,再用毫毛笔在所述小孔内外两侧均匀涂抹步骤(3)②配制的磷脂正癸烷溶液,用氮气吹干或让其自然晾干;
将cis检测池与trans检测池进行组装,在cis检测池与trans检测池内分别加入1mL电解质溶液,将一对Ag/AgCl电极浸入到电解质溶液中,通过电流放大器施加一定+100 mV电压,指定cis检测池端为接地端;反复刷破和提拉磷脂膜,直到形成的磷脂膜能被400mV电压击破为止,此时的磷脂膜即为可允许气单胞菌溶素自组装并穿过的磷脂双分子层膜;
④形成气单胞菌溶素生物纳米通道
在形成稳定的磷脂双分子层膜后,在cis检测池中靠近磷脂双分子层膜附近注射3~5uL气单胞菌溶素溶液,施加100mV的跨膜电压,驱动气单胞菌溶素靠近磷脂双分子层膜并自组装嵌入膜上,当形成单个稳定的气单胞菌溶素生物纳米通道时,离子流在所述浓度电解质溶液和pH下发生50±5pA的台阶式上升;
(4)用气单胞菌溶素检测生物巯基化合物
①采集DNA探针单分子信号
在气单胞菌溶素纳米通道的两端施加100mV电压,在cis检测池中加入100μMDNA探针分子,DNA探针在电场力驱动下会从cis检测池穿过气单胞菌溶素纳米通道至trans检测池,进而产生单分子信号;
②采集生物巯基化合物单分子信号
在气单胞菌溶素纳米通道的两端施加100mV电压,在cis检测池中加入100μM巯基化合物,分析其产生的单分子信号,由于其分子体积太小以至于不能引起纳米通道离子流的阻断信号;
③采集DNA探针-巯基化合物单分子信号
在气单胞菌溶素纳米通道的两端施加100mV电压,在cis检测池中加入含有DNA探针-巯基化合物的反应液,在电场力驱动下DNA-巯基化合物会从cis检测池穿过气单胞菌溶素生物纳米通道至trans检测池,进而产生DNA探针-巯基化合物单分子信号——这种信号是能反应巯基化合物特征的单分子信号;
④对采集到的DNA探针-巯基化合物单分子信号进行统计
对统计的阻断时间、阻断电流、阻断信号频率分别进行解析,得到巯基化合物的特征信息,基于此能同时对三种生物巯基化合物进行检测。
2.根据权利要求1所述的基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,其特征在于,步骤(1)所述的DNA探针连有炔基,碱基长度为4。
3.根据权利要求2所述的基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,其特征在于,所述炔基是修饰在四个碱基核苷酸的中间位置,其能够与巯基化合物的巯基进行加成反应,最终形成DNA探针-巯基化合物加合物。
4.根据权利要求1所述的基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,其特征在于,步骤(3)①所述的气单胞菌溶素与胰蛋白酶-EDTA溶液的比例为1︰100。
5.根据权利要求1所述的基于气单胞菌溶素纳米通道检测生物巯基化合物的方法,其特征在于,步骤(4)④所述的能同时对三种生物巯基化合物进行检测包括以下步骤:
(1)分别混合不同的巯基化合物与DNA探针反应后的得到不同的DNA-巯基化合物加合物单分子;
(2)利用气单胞菌溶素纳米通道分别对不同的DNA-巯基化合物加合物单分子进行分析;
(3)统计各种DNA-巯基化合物加合物单分子的阻断电流和阻断时间,对比不同DNA-巯基化合物加合物单分子的阻断电流与阻断时间的差别,得到不同的DNA-巯基化合物加合物单分子的特征信号;
(4)将未知的巯基化合物混合物样品与DNA探针混合反应后,加入到cis检测池中,根据步骤(3)获得的不同的DNA-巯基化合物加合物单分子的特征信号,能获知样品中含有哪些巯基化合物,进一步基于信号频率能定量所述样品中所含巯基化合物的含量。
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