CN108070659A - Snp标志物在预测tam辅助内分泌治疗乳腺癌患者疗效中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了SNP标志物在预测TAM辅助内分泌治疗乳腺癌患者疗效中的应用。该SNP标志物是CYP2D6基因上的rs1080989位点。临床研究结果显示，rs1080989位点基因型是A/A的乳腺癌患者比rs1080989位点基因型是G/A或G/G的乳腺癌患者接受TAM辅助内分泌治疗后的DFS更短，表明rs1080989位点基因型可以用于预测TAM辅助内分泌治疗乳腺癌患者的疗效，从而为临床医生及时采取更具个性化的防治方案提供支持。
Description
技术领域
本发明属于医学诊断领域，涉及一种用于评价TAM辅助内分泌治疗乳腺癌患者疗效的SNP标志物及其应用。
背景技术
TAM(Tamxifen，他莫替芬)是一种选择性的雌激素受体调节因子(SERM)，用于绝经前和绝经后乳腺癌妇女的辅助性内分泌治疗。一旦TAM和它的代谢物结合到雌激素受体(ER)上时，它们能诱导ER三维结构的构象改变，导致：该ER不能结合到DNA与雌激素相关的反应元件上进而干扰转录过程，抑制雌激素活性，抑制乳腺癌细胞的荷尔蒙依赖性生长进而抑制乳腺癌治疗。
TAM是一种前体药物，与ER的结合能力弱。它被人类肝脏中的酶代谢成几个代谢产物。主要代谢产物是N-去甲他莫昔芬，通过细胞色素P450 3A4(CYP3A4)产生，与ER的结合能力也很弱。TAM的另外两个代谢产物，4-羟基他莫昔芬(4OHtam)和4-羟基-N-去甲基他莫昔芬(endoxifen)主要通过细胞色素P450 2D6(CYP2D6)催化代谢而成。相比于TAM和N-去甲基他莫昔芬，4-羟基他莫昔芬(4OHtam)和4-羟基-N-去甲基他莫昔芬与ER的结合能力更强。
CYP2D6是细胞色素P450的一个重要成员，它负责药物代谢。研究表明，TAM活性代谢物的浓度与CYP2D6基因型相关。包含了两个无效等位基因的CYP2D6慢代谢型产生最低浓度的血浆活性代谢产物，而包含同样等位基因的重复或多重重复的基因拷贝的CYP2D6超速代谢型具有加强的酶活性能够产生最高浓度的血浆活性代谢产物。一项研究检测了80例乳腺癌患者的他莫昔芬的血浆浓度，TAM处理4个月后，携带两个无效等位基因的纯合子和携带一个无效等位基因的杂合子的乳腺癌患者比携带两个功能性等位基因的纯合子的乳腺癌患者血浆中的他莫昔芬浓度明显更低。
CYP2D6基因是极其多态的。在西方人群中，具有20％-25％等位基因频率的CYP2D6*4发生是最频繁的，它负责70-90％的经前期综合征。不同于高加索人，亚洲人群中rs1065852，也被称为CYP2D6*10(c.100C>T)，是最普遍的突变，中国人的突变频率是30-50％。CYP2D6突变与TAM疗效的相关性是“Goetz MP,Rae JM,Suman VJ,et al:Pharmacogenetics of tamoxifen biotransformation is associated with clinicaloutcomes of efficacy and hot flashes.J Clin Oncol 23:9312-8,2005”在三期临床试验中首次报道的，他们发现具有CYP2D6*4基因型的患者预后差。在中国进行的回顾性研究显示，携带CYP2D6*10等位基因的乳腺癌女性患者具有更低的4-羟基-他莫昔芬的血浆浓度，其抑制了TAM的治疗。另一个72例TAM治疗的早期乳腺癌患者的研究显示，具有T/T基因型的纯合子突变体对于使用TAM的年轻乳腺癌患者来说是一个消极的预后因子。
几个研究已经检测了使用TAM或者芳香化酶抑制剂(Als)的初始辅助性内分泌治疗，这些试验表明，对于荷尔蒙受体阳性乳腺癌的绝经后妇女的辅助性内分泌治疗来说，Als比TAM是更具有优势的。因此Als已经被推荐用于绝经后妇女的辅助性内分泌治疗中。它们不能被CYP2D6酶代谢因此不受CYP2D6的多态性影响。
基于以上研究成果，为了更好的将TAM应用于乳腺癌患者的辅助性内分泌治疗中，鉴别出与TAM疗效相关的CYP2D6的多态性是非常必要的。
发明内容
本发明的目的之一在于提供一种预测TAM辅助治疗乳腺癌疗效的SNP标志物。
本发明的目的之二在于提供上述SNP标志物基因型的检测试剂。
本发明的目的之三在于提供上述SNP标志物及其检测试剂的的用途。
为了实现上述目的，本发明采用了如下技术方案：
本发明提供了一种预测TAM辅助治疗乳腺癌疗效的SNP标志物。所述SNP标志物是CYP2D6基因上的rs1080989位点。rs1080989位点基因型是A/A的乳腺癌患者比rs1080989位点基因型是G/A或G/G的的乳腺癌患者接受TAM辅助内分泌治疗后的DFS更短，表明TAM对rs1080989位点基因型是A/A的乳腺癌患者的治疗效果差。
本发明还提供了rs1080989位点在制备预测TAM辅助治疗乳腺癌患者疗效的产品中的应用。
进一步，所述产品通过检测rs1080989位点基因型来预测TAM辅助治疗乳腺癌患者的疗效。
可以应用于本发明的检测rs1080989位点基因型的方法包括但不限于，Taqman法、质谱法、DNA微阵列法、测序法、微测序、杂交、限制性片段分析、寡核苷酸连接检测、等位基因特异性PCR-HRM。
进一步，所述产品包括前面所述的检测rs1080989位点基因型的方法中使用的试剂。
进一步，所述试剂包括特异性扩增包含rs1080989位点在内的核酸序列的引物；包含rs1080989位点在内的核酸序列是CYP2D6基因的全部或其部分序列。
在本发明的具体实施方案中，所述引物序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。
本发明还提供了一种预测TAM辅助治疗乳腺癌患者疗效的产品，所述产品包括能够检测rs1080989位点基因型的试剂。
所述试剂包括Taqman法、质谱法、DNA微阵列法、测序法、微测序、杂交、限制性片段分析、寡核苷酸连接检测、等位基因特异性PCR-HRM的任一方法检测rs1080989位点基因型时使用的试剂。
本发明使用的鉴别SNP基因型的方法是质谱。质谱利用DNA的四种核苷酸的每一种特有的重量。SNPs可以通过质谱进行明确的基因分型，通过测量具有备用SNP等位基因的核酸质量的差别进行。MALDI-TOF(基质辅助的激光解析电离-飞行时间)质谱技术可用于分子量(诸如SNPs)的极精确的确定。基于质谱已经开放了多种SNP分析的方法。示例性的基于质谱的SNP基因分型方法包括引物延伸测定，其也可以与其他方法组合使用，所述其他方法如传统的基于凝胶的形式和微阵列。
进一步，所述试剂包括特异性扩增包含rs1080989位点在内的核酸序列的引物；包含rs1080989位点在内的核酸序列是CYP2D6基因的全部或其部分序列。
进一步，所述引物序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。
虽然未在说明书中详尽记载哪些具体试剂可用于本发明，但是本领域技术人员应当知道，凡是能够有效检测rs1080989位点基因型的方法中使用到的试剂均能用于本发明以精确的检测出rs1080989位点的基因型。在本发明中使用的上述特异性扩增rs1080989位点的引物仅仅是作为一个示例应用于本发明，这并不应该以此判定只有本发明中使用的上述引物可以检测rs1080989位点的基因型。其他有效检测rs1080989位点的试剂均包括在本发明的保护范围之内。
进一步，本发明的预测TAM辅助治疗乳腺癌疗效的产品包括但不限于，试剂、试剂盒、芯片、试纸、高通量测序平台等。
预测TAM辅助治疗乳腺癌疗效的试剂盒除了可以包括检测rs1080989位点的基因型的试剂以外，还可以包括DNA提取常用试剂，如苯酚、氯仿、异戊醇或乙醇等。
预测TAM辅助治疗乳腺癌疗效的试剂盒除了可以包括检测rs1080989位点的基因型的试剂以外，还可以包括PCR反应体系试剂，如荧光染料、Tap酶、dNTP。
包含rs1080989位点内在的核酸序列的来源选自脑脊液、血液、血清、痰、唾液、黏膜刮除物、组织活检、泪分泌物、汗水中任意一种。
在本发明的具体实施方案中，所述核酸来源是血液。
本发明还提供了一种预测TAM辅助治疗乳腺癌疗效的方法，该方法的步骤包含如下步骤：
(1)提取血液中的基因组序列；
(2)检测rs1080989位点基因型。
术语解释：
本文术语“核酸”，也可称为多核苷酸，是指任意长度的核苷酸的聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基和/或它们的类似物，或是可以通过DNA或RNA聚合酶掺入到聚合物中的任意底物(substrate)。多核苷酸可以包含修饰的核苷酸，诸如甲基化核苷酸及其类似物。如果存在，可以在聚合物的组装之前或之后进行核苷酸结构的修饰。核苷酸序列可以由非核苷酸组分中断。多核苷酸可以在聚合后进行进一步的修饰，诸如通过与标记组分缀合而修饰。其它类型的修饰包括，例如，“帽”，用类似物置换一个或多个天然存在的核苷酸，中间核苷酸修饰，诸如例如具有不带电的键(例如，膦酸甲酯、磷酸三酯、磷酰胺(phosphoamidates)、氨基甲酸酯等)的那些和具有带电荷的键(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的那些，含有悬垂结构部分的那些，所述悬垂结构部分诸如例如蛋白质(例如核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨酸等)，具有嵌入剂(例如吖啶、补骨脂素等)的那些，含有螯合剂(例如金属、放射性金属、硼、氧化的金属等)的那些，含有烷化剂的那些，具有修饰的连接(例如，α异头核酸等)的那些，以及未修饰形式的多核苷酸。此外，在糖中通常存在的任一羟基可以被取代，例如，被磷酸酯基(phosphonate groups)、磷酸盐基(phosphate groups)取代，由标准的保护基团保护，或被活化以制备与另外的核苷酸的另外的键，或可以缀合到固体支持物上。5′和3′末端OH可以被磷酸化或者用具有1至20个碳原子的胺或有机加帽基团结构部分取代。其它羟基也可以被衍生成标准的保护基团。多核苷酸还可以包含本领域通常已知的核糖或脱氧核糖糖类的类似形式，包括，例如，2′-O-甲基-2′-O-烯丙基，2′-氟-或2′-叠氮基-核糖，碳环糖类似物，α-异头糖，差向异构糖，诸如阿拉伯糖、木糖或来苏糖，吡喃糖，呋喃糖，景天庚酮糖，无环类似物及无碱基核苷类似物，诸如甲基核苷。一个或多个磷酸二酯键可以被备选的连接基团所取代。这些备选连接基团包括，但不限于这样的实施方案：其中磷酸酯被P(O)S(“硫代酯”)、P(S)S(“二硫代酯”)、″(O)NR2(“酰胺化物”)、P(O)R、P(O)OR′、CO或CH2(“甲酰化物(formacetal)”)取代，其中每个R或R′独立地为H或取代的或未取代的烷基(1-20个C)，所述烷基任选含有醚(--O--)键、芳基、链烯基、环烷基、环烯基或芳烷基(araldyl)。多核苷酸中的所有键不必都是相同的。
本文术语“引物”是指能够与核酸杂交并且允许互补核酸的聚合(通常通过提供一个游离的3′-OH基团)的单链多核苷酸核酸。
本文术语“基因”是指一种DNA序列，其通过其模板或信使RNA编码特定的肽、多肽或蛋白质特有的氨基酸序列。术语“基因”还指编码RNA产物的DNA序列。如本文中参照基因组DNA所用，基因包括插入区、非编码区以及调控区，并且可以包括5′和3′末端。
本文术语“SNP”，称为单核苷酸多态性，是指DNA中的单个碱基位置，在该单个碱基位置上存在一个群体的不同的等位基因或替代的核苷酸。该SNP位置通常前接和后接所述等位基因的高度保守序列(例如，在种群中小于1/100或1/1000的成员中不同的序列)。对于在每个SNP位置的等位基因，个体可以是纯合的或杂合的。
本文术语“等位基因”是指在染色体的给定基因座存在的一对或一系列形式的基因或非基因区。在正常的二倍体细胞中，存在任一种基因的两个等位基因(每个亲本一个)，其占据同源染色体上相同的相对位置(基因座)。在一个群体中，一种基因可能存在多于两个的等位基因。SNPs也具有等位基因，即，表征所述SNP的两个(或更多个)核苷酸。
本文术语“扩增”是指产生一个或多个拷贝的参比核酸序列或其互补序列的过程。扩增可以是线性的或指数的(例如，聚合酶链式反应(PCR))。“拷贝”不必意味着相对于模板序列的完美的序列互补性或同一性。例如，拷贝可以包括核苷酸类似物，如脱氧肌苷，在扩增过程中发生的故意的序列改变(诸如，通过包含可与模板杂交但是不与模板完全互补的序列的引物而引入的序列改变)和/或序列错误。
本文术语“引物延伸测定”是指这样的测定：其中核苷酸被添加到核酸中，产生直接或间接检测的较长的核酸或延伸产物。可以添加核苷酸以延伸核酸的5′或3′末端。
本文术语“CYP2D6”是CYP酶系中重要的一种氧化代谢酶，参与多种药物的代谢。CYP2D6具有基因多态性，使药物代谢在不同种族之间，甚至在同种族不同人群中产生较大的差异,从而影响药物的疗效。该术语包括“全长的”未加工的CYP2D6，以及由在细胞中加工产生的任何形式的CYP2D6。该术语还包括天然存在的CYP2D6变体，例如剪接变体或等位基因变体。
本文术语“诊断”用在本文中是指分子或病理学状态、疾病或病况的鉴定或分类。“诊断”还可以是指特定亚型的分类，。
本文术语“辅助治疗”用在本文中是辅助治疗也称为附加治疗。通常是手术后给予的治疗，以消灭体内任何任何仍然残余的癌细胞。给予辅助治疗以降低肿瘤复发或向其他部位播散的可能性。辅助治疗可能包括放疗、化疗、激素治疗或进一步手术治疗。
本文术语“预后”用在本文中是指预测发生某种症状的可能性，术语“预测”用在本文中是指患者有利地或不利地应答药物的可能性。在一个实施方案中，预测涉及那些应答的程度。在一个实施方案中，预测涉及患者在治疗后是否存活或改善和/或患者在治疗后存活或改善的可能性，例如，用特定的治疗剂的治疗，以及持续特定的时间期间没有疾病复发。本发明的预测方法可以在临床上用于通过选择对任意特定的患者最合适的治疗形式而作出治疗决定。在预测患者是否可能有利地应答治疗方案(诸如给定的治疗方案，包括，例如，给药给定的治疗剂或组合，手术干预，药物治疗等)或在治疗方案后是否可能有患者的长期存活方面，本发明的预测方法是有价值的工具。
本文术语“治疗”指在尝试改变被治疗的个体或细胞的天然进程中的临床干预，并且可以在临床病理学的进程之前或过程中进行。治疗的理想效果包括防止疾病或病况或其症状的发生或复发，缓和疾病的病况或症状，消除疾病的任何直接或间接病理学后果，降低疾病进展速率，改善或减轻疾病状态，和获得好转或改善的预后。
本发明提供的SNP标志物作为预测TAM辅助内分泌治疗乳腺癌患者疗效的标志物的优越性在于：
(1)SNP是一种新型基因生物标志物，区别于传统生物标志物，稳定、微创、易于检测，将大大提高药物疗效的敏感性和特异性。
(2)SNP试剂盒是一种系统、全面的试剂盒，可用于TAM辅助内分泌治疗乳腺癌患者疗效的评价，有助于反映患者的对于特定药物的应答，为临床医生快速准确掌握患者个体性质、及时采取更具个性化的防治方案提供支持；
(3)通过SNP生物标志物和试剂盒的研制和应用，可使得TAM辅助内分泌治疗乳腺癌患者疗效的评价更加方便易行，为临床治疗效果评价奠定基础，并为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供帮助。
附图说明
图1显示rs1080989位点的纯合突变基因型，与纯合野生基因型或杂合突变基因型对TAM辅助内分泌治疗乳腺癌患者DFS的影响；
图2显示rs1080989位点的纯合野生基因型和杂合突变基因型对TAM辅助内分泌治疗乳腺癌患者DFS的影响；
图3显示rs1080989位点基因型对Als辅助内分泌治疗乳腺癌患者DFS的影响。
具体实施方式
以下结合具体实施例，进一步阐述本发明。这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件或按照制造厂商所建议的条件。除非另行定义，文中所使用的所有专业与科学用语与本领域熟练人员所熟悉的意义相同。此外，任何与所记载内容相似或均等的方法及材料皆可应用于本发明方法中。文中所述的较佳实施方法与材料仅作示范之用。
实施例rs1080989位点基因型与TAM辅助治疗疗效的关系
1、研究对象
收集了778例原发性乳腺癌患者，这些患者在中国国家癌症中心完成手术后接受了TAM(共325人)或Als(共453人)的辅助性治疗。
患者的纳入标准：(1)被诊断为浸润性乳腺癌；(2)经免疫组化证明ER和/或PR阳性；(3)手术后开始TAM(每天口服20mg)或Als(每天口服40mg)作为标准辅助性治疗为期5年，期间复发时停止TAM或Als治疗。
患者平均随访时间是75.6个月(范围：1.6-251.1个月)。无病生存期(DFS)被界定为从手术到复发或者转移之间的时间段。收集临床病例数据，包括确诊时的年龄、肿瘤分级、T期、N期、临床分期，辅助性化疗、辅助性放疗、ER、PR、人类表皮生长因子受体-2(HER2)。根据NCCN指南，所有患者经历了标准操作和后续治疗，如化疗、内分泌治疗、放疗。所有病理学和IHC评价由两个病理学家根据标准执行后来确定。
2、基因分型
本研究从在线数据库(www.cypalleles.kl.se)中选择已知的临床药物反应性变体。此外，本研究使用dbSNP数据库(www.ncbi.nlm.nih.gov)在启动子区域发现了三个潜在的功能性SNPs。使用千人基因组数据库(www.internationalgenome.org)，本研究筛选出了中国人群中具有大于5％的等位基因频率的候选SNPs，使用Haploview软件4.2分析候选SNPs的LD，基于千人基因组数据库的CHB数据，剔除r2＝1的SNPs。最终，以下SNPs被选择用于本研究：CYP2D6*10(rs1065852，100C>T)，CYP2D6*2A(rs16947，2850C>T)，rs1135840(4180G>C)，rs1080989(1000G>A)，rs28680494(2057G>T)，CYP2D6*82(rs76187628，1014T>C)，CYP2D6*90(1693A>G)，CYP2D6*91(1984G>A)，CYP2D6*94(3181A>G)。
从患者外周血中提取DNA，使用MassArray system(Agena iPLEXassay,SanDiego,United States)检测CYP2D6基因型。
具体步骤：
首先，从外周血提取将近10-20ng的基因组DNA；
其次，使用PCR扩增样本DNA；
然后，将PCR产物进行基因座特定的单碱基延伸反应；
最后，产物脱盐转移到384-element SpectroCHIP array。
通过质谱法识别等位基因，PCR中使用的所有引物和非延伸引物如下所示：
CYP2D6*10(rs1065852,100C>T)
上游引物：5’-ACGTTGGATGTGGTCGAAGCAGTATGGTGT-3’(SEQ ID NO.4)；
下游引物：5’-ACGTTGGATGTATGGGGCTAGAAGCACTGG-3’(SEQ ID NO.5)；
非延伸引物：5’-GATGGGCTGCACGCTAC-3’(SEQ ID NO.6)，
CYP2D6*2A(rs16947,2850C>T)
上游引物：5’-ACGTTGGATGCTGCACATCCGGATGTAGG-3’(SEQ ID NO.7)；
下游引物：5’-ACGTTGGATGACCCCGTTCTGTCCCGAGTA-3’(SEQ ID NO.8)；
非延伸引物：5’-CTTCAATGATGAGAACCTG-3’(SEQ ID NO.9)，
rs1135840(4180G>C)
上游引物：5’-ACGTTGGATGTTAGAGCCTCTGGCTAGGGA-3’(SEQ ID NO.10)；
下游引物：5’-ACGTTGGATGTCCTCTTCTTCACCTCCCTG-3’(SEQ ID NO.11)；
非延伸引物：5’-GTGTATTTGCTTTCCTGGTGA-3’(SEQ ID NO.12)，
rs1080989(1000G>A)
上游引物：5’-ACGTTGGATGCCTGAACAAAGGATCCTCCA-3’(SEQ ID NO.1)；
下游引物：5’-ACGTTGGATGCTTCTTGTTTGCAACAGGGC-3’(SEQ ID NO.2)；
非延伸引物：5’-TCCAGGGCTGCCTGAGGGT-3’(SEQ ID NO.3)，
rs28680494(2057G>T)
上游引物：5’-ACGTTGGATGGGTGGCAGAAGTGACACAAC-3’(SEQ ID NO.13)；
下游引物：5’-ACGTTGGATGACCTGTCCCTCTCCGTAGTC-3’(SEQ ID NO.14)；
非延伸引物：5’-ATCACTCCACCGGACTGC-3’(SEQ ID NO.15)，
CYP2D6*82(rs76187628,1014T>C)
上游引物：5’-ACGTTGGATGTACGGTCATCACCCACCC-3’(SEQ ID NO.16)；
下游引物：5’-ACGTTGGATGGTGGTCGTGCTCAATGGGC-3’(SEQ ID NO.17)；
非延伸引物：5’-GCTAGGACACCGCCGACCGCCCGCCTG-3’(SEQ ID NO.18)，
CYP2D6*90(1693A>G)
上游引物：5’-ACGTTGGATGGGTGGGAGATGCGGGTAAG-3’(SEQ ID NO.19)；
下游引物：5’-ACGTTGGATGTCCACCTTGCGCAACTTGGG-3’(SEQ ID NO.20)；
非延伸引物：5’-CCTTTCGCAACTTGGGCCTGGGC-3’(SEQ ID NO.21)，
CYP2D6*91(1984G>A)
上游引物：5’-ACGTTGGATGGTCTCCTGGAATGTCCTTTC-3’(SEQ ID NO.22)；
下游引物：5’-ACGTTGGATGAGGCTGCTGGACCTAGCTCA-3’(SEQ ID NO.23)；
非延伸引物：5’-ATAGATCAGGAGGGACTGAAG-3’(SEQ ID NO.24)，
CYP2D6*94(3181A>G)
上游引物：5’-ACGTTGGATGCTCATGAATCACGGCAGTGG-3’(SEQ ID NO.25)；
下游引物：5’-ACGTTGGATGCCAACATAGGAGGCAAGAAG-3’(SEQ ID NO.26)；
非延伸引物：5’-CTTCAGTGTCCAACAGGAGATCGAC-3(SEQ ID NO.27)’，
3、数据分析
基因型变体和临床病理特征之间的关系使用Pearson’sχ2检验来确定。利用Kaplan–Meier法来评估生存曲线。曲线之间使用log-rank检验进行比对。应用Cox回归模型来确定多变量分析中一个因子是否是存活的独立预测因子。所有数据检验采用双尾法，P<0.05代表具有统计学意义的，使用SPSS 17.0软件完成所有的数据分析。
4、结果
CYP2D6等位基因频率在表1中列出，研究显示rs1080989与接受TAM治疗的患者存活是相关的。
表1CYP2D6等位基因频率
| CYP2D6等位基因 | 频率 |
| *10(rs1065852,100C>T) | 45.7 |
| *2A(rs16947,2850C>T) | 21.2 |
| rs1135840(4180G>C) | 47.7 |
| rs1080989(1000G>A) | 48.0 |
| *82(rs76187628,1014T>C) | 48.9 |
| rs28680494(2057G>T) | 30.9 |
| *90(1693A>G) | 0 |
| *91(1984G>A) | 0 |
| *94(3181A>G) | 0 |
具体的：检测所有患者的rs1080989(1000G>A)基因型，232例(29.8％)患者携带纯合野生基因型(G/G)，201例(25.8％)患者携带纯合突变基因型(A/A)，345例(44.3％)患者携带杂合基因型(G/A)。在接受TAM辅助性治疗的325例患者中，并没有发现rs1080989基因型和年龄、分级、T期、N期、临床分期、辅助性化疗、辅助性放疗、ER水平、PR水平和HER2水平之间具有显著相关性(表2)。rs1080989基因型与接受TAM辅助性治疗患者的5年DFS相关。携带纯合突变A/A基因型的患者比携带纯合野生型G/G基因型的患者或者杂合G/A基因型的患者具有更低的5年DFS(58.1％versus 70.7％，P＝0.02)(图1)。同时，携带G/A基因型患者的5年DFS与携带G/G基因型患者相似(69.8％versus 72.0％,P＝0.637)(图2)。在多变量分析中，调整了年龄、分级、T期、N期、临床分期、辅助性化疗、辅助性放疗、ER水平、PR水平和HER2水平后，相比于G/A或者G/G基因型，A/A基因型仍然是DFS的一个独立预后指标(风险比＝1.69，95％置信区间＝1.10-2.61，P＝.0.017)(表3)。在接受Als治疗的患者群中，发现rs1080989与DFS并没有显著相关性(P＝0.49)(图3)。
表2CYP2D6基因型与患者特征的相关性
表3多变量分析
| 基因型 | DFS | P | |
| rs1080989 | G/G plus G/A | ||
| A/A | 1.69(1.10-2.61) | 0.017 |
本发明的范围不受所述具体实施方案的限制，所述实施方案只作为阐明本发明各个方面的单个例子，本发明范围内还包括功能等同的方法和组分。实际上，除了本文所述的内容外，本领域技术人员参照上文的描述可以容易地掌握对本发明的多种改进。所述改进也落入所附权利要求书的范围之内。
序列表
<110> 中国医学科学院肿瘤医院
<120> SNP标志物在预测TAM辅助内分泌治疗乳腺癌患者疗效中的应用
<160> 27
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
acgttggatg cctgaacaaa ggatcctcca 30
<210> 2
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
acgttggatg cttcttgttt gcaacagggc 30
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
tccagggctg cctgagggt 19
<210> 4
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
acgttggatg tggtcgaagc agtatggtgt 30
<210> 5
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
acgttggatg tatggggcta gaagcactgg 30
<210> 6
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
gatgggctgc acgctac 17
<210> 7
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
acgttggatg ctgcacatcc ggatgtagg 29
<210> 8
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
acgttggatg accccgttct gtcccgagta 30
<210> 9
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
cttcaatgat gagaacctg 19
<210> 10
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
acgttggatg ttagagcctc tggctaggga 30
<210> 11
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
acgttggatg tcctcttctt cacctccctg 30
<210> 12
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
gtgtatttgc tttcctggtg a 21
<210> 13
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
acgttggatg ggtggcagaa gtgacacaac 30
<210> 14
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
acgttggatg acctgtccct ctccgtagtc 30
<210> 15
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
atcactccac cggactgc 18
<210> 16
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
acgttggatg tacggtcatc acccaccc 28
<210> 17
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
acgttggatg gtggtcgtgc tcaatgggc 29
<210> 18
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
gctaggacac cgccgaccgc ccgcctg 27
<210> 19
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
gctaggacac cgccgaccgc ccgcctg 27
<210> 20
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
acgttggatg tccaccttgc gcaacttggg 30
<210> 21
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
cctttcgcaa cttgggcctg ggc 23
<210> 22
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
acgttggatg gtctcctgga atgtcctttc 30
<210> 23
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
acgttggatg aggctgctgg acctagctca 30
<210> 24
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
atagatcagg agggactgaa g 21
<210> 25
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
acgttggatg ctcatgaatc acggcagtgg 30
<210> 26
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
acgttggatg ccaacatagg aggcaagaag 30
<210> 27
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
cttcagtgtc caacaggaga tcgac 25
Claims (10)
1.rs1080989位点在制备预测TAM辅助治疗乳腺癌疗效的产品中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品通过检测rs1080989位点基因型来预测TAM辅助治疗乳腺癌的疗效。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，检测rs1080989位点基因型的方法包括：Taqman法、质谱法、DNA微阵列法、测序法、微测序、杂交、限制性片段分析、寡核苷酸连接检测、等位基因特异性PCR-HRM。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述产品包括权利要求3所述的检测rs1080989位点基因型的方法中使用的试剂。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述试剂包括特异性扩增包括rs1080989位点在内的核酸序列的引物；包括rs1080989位点在内的核酸序列是CYP2D6基因的全部或其部分序列。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述引物序列如SEQ ID NO.1和SEQ IDNO.2所示。
7.一种预测TAM辅助治疗乳腺癌疗效的产品，其特征在于，所述产品包括检测rs1080989位点基因型的试剂。
8.根据权利要求7所述的产品，其特征在于，所述试剂包括Taqman法、质谱法、DNA微阵列法、测序法、微测序、杂交、限制性片段分析、寡核苷酸连接检测、等位基因特异性PCR-HRM的任一方法中检测rs1080989位点基因型时使用的试剂。
9.根据权利要求7或8所述的产品，其特征在于，所述试剂包括特异性扩增包括rs1080989位点在内的核酸序列的引物；包括rs1080989位点在内的核酸序列是CYP2D6基因的全部或其部分序列。
10.根据权利要求9所述的应用，其特征在于，所述引物序列如SEQ ID NO.1和SEQ IDNO.2所示。
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