CN107894411A - 荧光精确定量dna折纸结构完整度的方法 - Google Patents

荧光精确定量dna折纸结构完整度的方法 Download PDF

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Abstract

本发明涉及一种精准定量DNA折纸结构完整程度的方法,包括DNA三角形折纸结构的合成和荧光光谱定量DNA三角折纸随离子浓度变化而产生的结构变化。具体涉及以Eva Green荧光染料为定量试剂,通过荧光强度,精确定量DNA三角折纸结构在环境改变时,结构的完整程度。本发明属于纳米生物材料和生物检测领域。本发明的优点在于:提出了一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法;该定量方法精确、简便、易于评估操作,可以满足未来DNA纳米折纸结构应用的需求。

Description

荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法
技术领域
本发明涉及一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法,具体涉及以Eva Green荧光染料为定量试剂,通过荧光强度,精确定量DNA三角折纸结构在环境改变时,结构的完整程度。本发明属于纳米生物材料和生物检测领域。
背景技术
DNA折纸结构由于其结构精确可控,易于修饰,具备良好的生物相容性,而受到了广泛的关注。近年来研究发现DNA双螺旋具有导电性,pH响应性等特殊性质,DNA双螺旋可以通过碱基互补配对原则将结构尺寸精度控制在埃量级(10-10),其3’、5’端易于修饰各种化学基团,同时其良好的生物相容性更是其他材料无可比拟的。这些优良性能为其用作生物芯片以及纳米器件开辟了新的可能。
但是,DNA材料相比无机材料更容易受到环境的影响,尤其是应用于人体时,容易受到温度,离子浓度,以及其他杂质的干扰而发生结构变化,从而造成其本身优良性能的改变。目前,在该领域已有多项研究成果,如DNA折纸结构在血清中只能保持约20小时的稳定结构;温度升高会造成其结构解离;离子浓度升高或降低均会造成结构变化;将其暴露于紫外光照或臭氧环境也会对其结构稳定性造成影响。那么环境变化对于结构稳定性的影响究竟有多大,有诸多定性的研究,但没有一种定量的方法。
发明内容
为克服现有技术的不足,本发明目的在于:提供一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法。
本发明的方法具体为:
一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法,其特征在于,具体为以下步骤:
(1)DNA三角形折纸结构的合成
将208条订书钉链(其序列见序列表1)等量地溶解到MilliQ水中,使每条链的最终浓度为200nM;将M13mp18 单链DNA(100nM)与混好的208条短链(200nM)以摩尔浓度比1:10的比例混合在1×TAE-Mg2+溶液中(三羟甲基氨基甲烷(Tris),40mM;醋酸, 20mM;乙二胺四乙酸(EDTA), 2 mM;醋酸镁, 12.5mM;pH 8.0),其中M13mp18 单链DNA的最终浓度为5 nM,短链最终浓度为50nM;将混好的溶液放入PCR仪中,设定反应程序95℃持续3分钟,然后 缓慢降温至4℃,降温速率为0.2℃/10s;
(2)荧光光谱定量DNA三角折纸随离子浓度变化而产生的结构变化
将上述合成的DNA三角折纸结构置于超滤离心管中纯化,转速3000g,10分钟,离心3次,清除多余的订书钉链;
将纯化好的DNA三角折纸的终浓度定为2nM,取DNA三角折纸溶液,加入20×Eva Green,加入缓冲溶液,测量其荧光强度;
控制Mg2+浓度为原缓冲液中的1/10,静置5分钟至2小时,测量其荧光强度;
恢复溶液中Mg2+浓度,再次测量其荧光强度。
本发明利用离子浓度变化造成DNA三角折纸结构的变化,采用荧光强度值精确定量该结构变化的百分比。
始终保持DNA三角折纸的浓度为0.2nM, 根据荧光强度的大小确定DNA折纸结构的完整程度。
利用离子浓度变化造成DNA三角折纸结构的变化,采用荧光强度精确定量该结构变化的百分比。
本发明的优点在于:本发明提出了一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法;该定量方法精确、简便、易于评估操作,可以满足未来DNA纳米折纸结构应用的需求。
本发明发现了一种新的方法,即采用一种更为灵敏的DNA嵌入染料Eva Green,利用其嵌入DNA双链即发荧光,脱离即不发荧光的原理。Eva Green是一种相对传统染料SubGreen更为精确定量的染料,用来定量DNA三角折纸结构的完整度。相对的,Sub Green只能用作定性或较为粗糙的定量处理,无法达到精确定量的效果。本发明在DNA材料的应用领域具有重要价值。
附图说明
图1为DNA三角折纸结构变化示意图;
图2为DNA三角折纸结构随离子浓度变化的荧光光谱定量图。
具体实施方式
以下通过具体的实施例对本发明的技术方案作进一步描述。以下的实施例是对本发明的进一步说明,而不限制本发明的范围。
DNA三角形折纸结构的合成:
将208条订书钉链(其序列见序列表1-208)等量地溶解到MilliQ水中,使每条短链的最终浓度为200nM;将M13mp18 单链DNA(100nM)与混好的208条短链(200nM)以摩尔浓度比1:10的比例混合在1×TAE-Mg2+溶液中(三羟甲基氨基甲烷(Tris),40mM;醋酸, 20mM;乙二胺四乙酸(EDTA), 2 mM;醋酸镁, 12.5mM;pH 8.0),其中M13mp18 单链DNA的最终浓度为5nM,短链最终浓度为50nM;将混好的溶液放入PCR仪中,设定反应程序95℃持续3分钟,然后缓慢降温至4℃,降温速率为0.2℃/10s。
实施例1
将上述合成的DNA三角折纸结构置于超滤离心管中纯化,转速3000g,10分钟,离心3次,清除多余的订书钉链。
(1) 将纯化好的DNA三角折纸的终浓度定为2nM,取DNA三角折纸溶液10μl,加入20×Eva Green 5μl,加入1×TAE-Mg2+缓冲溶液85μl,测量其荧光强度,结构完整无变化(0%);
(2)控制Mg2+浓度为原缓冲液中的1/10,静置5分钟,测量其荧光强度,结构变化了28.36% ;
(3)恢复溶液中Mg2+浓度为1×TAE-Mg2+,再次测量其荧光强度,结构恢复至0.88%,附图2a。
始终保持DNA三角折纸的浓度为0.2nM。 根据荧光强度的大小确定DNA折纸结构的完整程度。
实施例2
将上述合成的DNA三角折纸结构置于超滤离心管中纯化,转速3000g,10分钟,离心3次,清除多余的订书钉链。
(1) 将纯化好的DNA三角折纸的终浓度定为2nM,取DNA三角折纸溶液10μl,加入20×Eva Green 5μl,加入1×TAE-Mg2+缓冲溶液85μl,测量其荧光强度;
(2)控制Mg2+浓度为原缓冲液中的1/10,静置1小时,测量其荧光强度,结构变化了33.45%;
(3)恢复溶液中Mg2+浓度为1×TAE-Mg2+,再次测量其荧光强度,结构无法恢复,因恢复溶液浓度产生扰动,造成了结构更大的破坏至37.91%,附图2b。
始终保持DNA三角折纸的浓度为0.2nM。 根据荧光强度的大小确定DNA折纸结构的完整程度。
实施例3
将上述合成的DNA三角折纸结构置于超滤离心管中纯化,转速3000g,10分钟,离心3次,清除多余的订书钉链。
(1) 将纯化好的DNA三角折纸的终浓度定为2nM,取DNA三角折纸溶液10μl,加入20×Eva Green 5μl,加入1×TAE-Mg2+缓冲溶液85μl,测量其荧光强度;
(2)控制Mg2+浓度为原缓冲液中的1/10,静置5分钟,测量其荧光强度,结构变化33.03%;
(3)加入少量Q水(10μl),观察溶液扰动对荧光强度的影响,再次测量其荧光强度,结构变化32.17%,附图2左图。
始终保持DNA三角折纸的浓度为0.2nM。 根据荧光强度的大小确定DNA折纸结构的完整程度。
<110> 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司
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<400>
catccaataa atggtcaata acctcggaag ca
<210>77
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aactccaaga ttgcatcaaa aagataatgc agatacataa
<210>78
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgttctagtc aggtcattgc ctgacaggaa gattgtataa
<210>79
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caggcaagat aaaaattttt agaatattca ac
<210>80
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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gattagagat tagatacatt tcgcaaatca ta
<210>81
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgccaaaagg aattacagtc agaagcaaag cgcaggtcag
<210>82
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
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gcaaatattt aaattgagat ctacaaaggc tactgataaa
<210>83
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaatgcctt atttcaacgc aagggcaaag aa
<210>84
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttagcaaata gatttagttt] gaccagtacc tt
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<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
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taattgcttt accctgacta ttatgaggca tagtaagagc
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<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ataaagcctt tgcgggagaa gcctggagag ggtag
<210>87
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taagaggtca attctgcgaa cgagattaag ca
<210>88
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aacactatca taacccatca aaaatcaggt ctccttttga
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<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
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atgaccctgt aatacttcag agca
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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taaagctata taacagttga ttcccatttt tg
<210>91
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
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cggatggcac gagaatgacc ataatcgttt accagacgac
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<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taattgcttg gaagtttcat tccaaatcgg ttgta
<210>93
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gataaaaacc aaaatattaa acagttcaga aattagagct
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<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
actaaagtac ggtgtcgaat ataa
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<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
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tgctgtagat ccccctcaaa tgctgcgaga ggcttttgca
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<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
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aaagaagttt tgccagcata aatattcatt gactcaacat gtt
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<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
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aatactgcgg aatcgtaggg ggtaatagta aaatgtttag act
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agggatagct cagagccacc accccatgtc aa
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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caacagttta tgggattttg ctaatcaaaa gg
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gccgctttgc tgaggcttgc aggggaaaag gt
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcgcagactc catgttactt agcccgtttt aa
<210>102
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acaggtagaa agattcatca gttgagattt ag
<210>103
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
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cctcagaacc gccacccaag cccaatagga acgtaaatga
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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attttctgtc agcggagtga gaataccgat at
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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attcggtctg cgggatcgtc acccgaaatc cg
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<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgacctgcgg tcaatcataa gggaacggaa caacattatt
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<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
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agacgttacc atgtaccgta acacccctca gaaccgccac
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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cacgcataag aaaggaacaa ctaagtcttt cc
<210>109
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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attgtgtctc agcagcgaaa gacaccatcg cc
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<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaataaaac gaactaaccg aactgaccaa ctcctgataa
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<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aggtttagta ccgccatgag tttcgtcacc aggatctaaa
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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gttttgtcag gaattgcgaa taatccgaca at
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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gacaacaagc atcggaacga gggtgagatt tg
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<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
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tatcatcgtt gaaagaggac agatggaaga aaaatctacg
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<212>DNA
<213>人工序列
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agcgtaacta caaactacaa cgcctatcac cgtactcagg
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tagttgcgaa ttttttcacg ttgatcatag tt
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<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtacaacgag caacggctac agaggatacc ga
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<212>DNA
<213>人工序列
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accagtcagg acgttggaac ggtgtacaga ccgaaacaaa
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<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
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acagacagcc caaatctcca aaaaaaaatt tctta
<210>120
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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aacagcttgc tttgaggact aaagcgatta ta
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<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ccaagcgcag gcgcataggc tggcagaact ggctcattat
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<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
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cgaggtgagg ctccaaaagg agcc
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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acccccagac tttttcatga ggaacttgct tt
<210>124
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
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accttatgcg attttatgac cttcatcaag agcatctttg
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<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
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cggtttatca ggtttccatt aaacgggaat acact
<210>126
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
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aaaacactta atcttgacaa gaacttaatc attgtgaatt
<210>127
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
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ggcaaaagta aaatacgtaa tgcc
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<213>人工序列
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tggtttaatt tcaactcgga tattcattac ccacgaaaga
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<212>DNA
<213>人工序列
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accaacctaa aaaatcaacg taacaaataa attgggcttg aga
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<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
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cctgacgaga aacaccagaa cgagtaggct gctcattcag tga
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<212>DNA
<213>人工序列
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tcgggagata tacagtaaca gtacaaataa tt
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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cctgattaaa ggagcggaat tatctcggcc tc
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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gcaaatcacc tcaatcaata tctgcaggtc ga
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<211>32
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<213>人工序列
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cgaccagtac attggcagat tcacctgatt gc
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<212>DNA
<213>人工序列
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tggcaatttt taacgtcaga tgaaaacaat aacggattcg
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aaggaattac aaagaaacca ccagtcagat ga
<210>137
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ggacattcac ctcaaatatc aaacacagtt ga
<210>138
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttgacgagca cgtatactga aatggattat ttaataaaag
<210>139
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cctgattgct ttgaattgcg tagattttca ggcatcaata
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taatcctgat tatcattttg cggagaggaa gg
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<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttatctaaag catcaccttg ctgatggcca ac
<210>142
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agagatagtt tgacgctcaa tcgtacgtgc tttcctcgtt
<210>143
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gattatacac agaaataaag aaataccaag ttacaaaatc
<210>144
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taggagcata aaagtttgag taacattgtt tg
<210>145
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgacctgaca aatgaaaaat ctaaaatatc tt
<210>146
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agaatcagag cgggagatgg aaatacctac ataacccttc
<210>147
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcgcagaggc gaattaatta tttgcacgta aattctgaat
<210>148
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aatggaagcg aacgttatta atttctaaca ac
<210>149
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taatagatcg ctgagagcca gcagaagcgt aa
<210>150
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gaatacgtaa caggaaaaac gctcctaaac aggaggccga
<210>151
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
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tcaatagata ttaaatcctt tgccggttag aacct
<210>152
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
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caatatttgc ctgcaacagt gccatagagc cg
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<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaaagggat tttagatacc gccagccatt gcggcacaga
<210>154
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acaattcgac aactcgtaat acat
<210>155
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttgaggatgg tcagtattaa caccttgaat gg
<210>156
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ctattagtat atccagaaca atatcaggaa cggtacgcca
<210>157
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgcgaactaa aacagaggtg aggcttagaa gtatt
<210>158
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gaatcctgag aagtgtatcg gccttgctgg tactttaatgTAATG
<210>159
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
accaccagca gaagatgata gccc
<210>160
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taaaacatta gaagaactca aactttttat aatcagtgag
<210>161
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gccaccgagt aaaagaacat cacttgcctg agcgccatta aaa
<210>162
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tctttgatta gtaatagtct gtccatcacg caaattaacc gtt
<210>163
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgcgtcrgat aggaacgcca tcaactttta ca
<210>164
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aggaagatgg ggacgacgac agtaatcata tt
<210>165
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ctctagagca agcttgcatg cctggtcagt tg
<210>166
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ccttcaccgt gagacgggca acagcagtca ca
<210>167
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgagaaagga agggaagcgt actatggttg ct
<210>168
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gctcattttt taaccagcct tcctgtagcc aggcatctgc
<210>169
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cagtttgacg cactccagcc agctaaacga cg
<210>170
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gccattgcga tccccgggta ccgagttttt ct
<210>171
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tttcaccagc ctggccctga gagaaagccg gcgaacgtgg
<210>172
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtaaccgtct ttcatcaaca ttaaaatttt tgttaaatca
<210>173
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acgttgtatt ccggcaccgc ttctggcgca tc
<210>174
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ccagggtggc tcgaattcgt aatccagtca cg
<210>175
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tagagcttga cggggagttg cagcaagcgg tcattgggcg
<210>176
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gttaaaattc gcattaatgt gagcgagtaa cacacgttgg
<210>177
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgtagatggg tgccggaaac caggaacgcc ag
<210>178
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ggttttccat ggtcatagct gtttgagagg cg
<210>179
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtttgcgtca cgctggtttg ccccaaggga gcccccgatt
<210>180
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ggataggtac ccgtcggatt ctcctaaacg ttaatatttt
<210>181
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agttgggtca aagcgccatt cgccccgtaa tg
<210>182
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgcgcgggcc tgtgtgaaat tgttggcgat ta
<210>183
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ctaaatcgga accctaagca ggcgaaaatc cttcggccaa
<210>184
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cggcggattg aattcaggct gcgcaacggg ggatg
<210>185
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgctgcaaat ccgctcacaa ttcccagctg ca
<210>186
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaatgaagt ttgatggtgg ttccgaggtg ccgtaaagca
<210>187
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tggcgaaatg ttgggaaggg cgat
<210>188
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tatcgtgcac acaacatacg agccacgcca gc
<210>189
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caagtttttt ggggtcgaaa tcggcaaaat ccgggaaacc
<210>190
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcttcgctat tggaagcata aagtgtatgc ccgct
<210>191
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttccagtcct tataaatcaa aagagaacca tcacccaaat
<210>192
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcgctcacaa gcctggggtg ccta
<210>193
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgatggccca catcgtatag cccgagatag ggattgcgtt
<210>194
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aactcacatt attgagtgtt gttccagaaa ccgtctatca ggg
<210>195
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acgtggactc caacgtcaaa gggcgaattt ggaacaagag tcc
<210>196
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaattaatt ttttaccata tcaaa
<210>197
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaatttcat cttagacttt acaa
<210>198
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ctgtccagac gtataccgaa cga
<210>199
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcaagattag tgtagcaata ct
<210>200
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgtagcattc cttttataaa cagtt
<210>201
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tttaattgta tttccaccag agcc
<210>202
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
actacgaagg cttagcacca tta
<210>203
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ataaggcttg caacaaagtt ac
<210>204
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtgggaacaa atttctattt ttgag
<210>205
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cggtgcgggc cttccaaaaa catt
<210>206
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
atgagtgagc ttttaaatat gca
<210>207
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
actattaaag aggatagcgt cc
<210>208
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcgcttaatg cgccgctaca gggc

Claims (3)

1.一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法,其特征在于,具体为以下步骤:
(1)DNA三角形折纸结构的合成
将208条订书钉链(Sequence No.1-208)等量地溶解到MilliQ水中,使每条短链的最终浓度为200nM;将M13mp18 单链DNA(100nM)与混好的208条短链(200nM)以摩尔浓度比1:10的比例混合在1×TAE-Mg2+溶液中(三羟甲基氨基甲烷(Tris),40mM;醋酸, 20mM;乙二胺四乙酸(EDTA), 2 mM;醋酸镁, 12.5mM;pH 8.0),其中M13mp18 单链DNA的最终浓度为5 nM,短链最终浓度为50nM;将混好的溶液放入PCR仪中,设定反应程序95℃持续3分钟,然后 缓慢降温至4℃,降温速率为0.2℃/10s;
(2)荧光光谱定量DNA三角折纸随离子浓度变化而产生的结构变化
将上述合成的DNA三角折纸结构置于超滤离心管中纯化,转速3000g,10分钟,离心3次,清除多余的订书钉链;
将纯化好的DNA三角折纸的终浓度定为2nM,取DNA三角折纸溶液,加入20×Eva Green,加入缓冲溶液,测量其荧光强度;
控制Mg2+浓度为原缓冲液中的1/10,静置5分钟至2小时,测量其荧光强度;
恢复溶液中Mg2+浓度,再次测量其荧光强度。
2.根据权利要求1所述荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法,其特征在于,始终保持DNA三角折纸的浓度为0.2nM, 根据荧光强度的大小确定DNA折纸结构的完整程度。
3.根据权利要求1所述荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法,其特征在于,利用离子浓度变化造成DNA三角折纸结构的变化,采用荧光强度精确定量该结构变化的百分比。
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