CN107894411A - 荧光精确定量dna折纸结构完整度的方法 - Google Patents
荧光精确定量dna折纸结构完整度的方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN107894411A CN107894411A CN201711027384.6A CN201711027384A CN107894411A CN 107894411 A CN107894411 A CN 107894411A CN 201711027384 A CN201711027384 A CN 201711027384A CN 107894411 A CN107894411 A CN 107894411A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- dna
- artificial sequence
- fluorescence
- concentration
- origami
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
- G01N2021/6439—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes" with indicators, stains, dyes, tags, labels, marks
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Optics & Photonics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及一种精准定量DNA折纸结构完整程度的方法,包括DNA三角形折纸结构的合成和荧光光谱定量DNA三角折纸随离子浓度变化而产生的结构变化。具体涉及以Eva Green荧光染料为定量试剂,通过荧光强度,精确定量DNA三角折纸结构在环境改变时,结构的完整程度。本发明属于纳米生物材料和生物检测领域。本发明的优点在于:提出了一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法;该定量方法精确、简便、易于评估操作,可以满足未来DNA纳米折纸结构应用的需求。
Description
技术领域
本发明涉及一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法,具体涉及以Eva Green荧光染料为定量试剂,通过荧光强度,精确定量DNA三角折纸结构在环境改变时,结构的完整程度。本发明属于纳米生物材料和生物检测领域。
背景技术
DNA折纸结构由于其结构精确可控,易于修饰,具备良好的生物相容性,而受到了广泛的关注。近年来研究发现DNA双螺旋具有导电性,pH响应性等特殊性质,DNA双螺旋可以通过碱基互补配对原则将结构尺寸精度控制在埃量级(10-10),其3’、5’端易于修饰各种化学基团,同时其良好的生物相容性更是其他材料无可比拟的。这些优良性能为其用作生物芯片以及纳米器件开辟了新的可能。
但是,DNA材料相比无机材料更容易受到环境的影响,尤其是应用于人体时,容易受到温度,离子浓度,以及其他杂质的干扰而发生结构变化,从而造成其本身优良性能的改变。目前,在该领域已有多项研究成果,如DNA折纸结构在血清中只能保持约20小时的稳定结构;温度升高会造成其结构解离;离子浓度升高或降低均会造成结构变化;将其暴露于紫外光照或臭氧环境也会对其结构稳定性造成影响。那么环境变化对于结构稳定性的影响究竟有多大,有诸多定性的研究,但没有一种定量的方法。
发明内容
为克服现有技术的不足,本发明目的在于:提供一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法。
本发明的方法具体为:
一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法,其特征在于,具体为以下步骤:
(1)DNA三角形折纸结构的合成
将208条订书钉链(其序列见序列表1)等量地溶解到MilliQ水中,使每条链的最终浓度为200nM;将M13mp18 单链DNA(100nM)与混好的208条短链(200nM)以摩尔浓度比1:10的比例混合在1×TAE-Mg2+溶液中(三羟甲基氨基甲烷(Tris),40mM;醋酸, 20mM;乙二胺四乙酸(EDTA), 2 mM;醋酸镁, 12.5mM;pH 8.0),其中M13mp18 单链DNA的最终浓度为5 nM,短链最终浓度为50nM;将混好的溶液放入PCR仪中,设定反应程序95℃持续3分钟,然后 缓慢降温至4℃,降温速率为0.2℃/10s;
(2)荧光光谱定量DNA三角折纸随离子浓度变化而产生的结构变化
将上述合成的DNA三角折纸结构置于超滤离心管中纯化,转速3000g,10分钟,离心3次,清除多余的订书钉链;
将纯化好的DNA三角折纸的终浓度定为2nM,取DNA三角折纸溶液,加入20×Eva Green,加入缓冲溶液,测量其荧光强度;
控制Mg2+浓度为原缓冲液中的1/10,静置5分钟至2小时,测量其荧光强度;
恢复溶液中Mg2+浓度,再次测量其荧光强度。
本发明利用离子浓度变化造成DNA三角折纸结构的变化,采用荧光强度值精确定量该结构变化的百分比。
始终保持DNA三角折纸的浓度为0.2nM, 根据荧光强度的大小确定DNA折纸结构的完整程度。
利用离子浓度变化造成DNA三角折纸结构的变化,采用荧光强度精确定量该结构变化的百分比。
本发明的优点在于:本发明提出了一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法;该定量方法精确、简便、易于评估操作,可以满足未来DNA纳米折纸结构应用的需求。
本发明发现了一种新的方法,即采用一种更为灵敏的DNA嵌入染料Eva Green,利用其嵌入DNA双链即发荧光,脱离即不发荧光的原理。Eva Green是一种相对传统染料SubGreen更为精确定量的染料,用来定量DNA三角折纸结构的完整度。相对的,Sub Green只能用作定性或较为粗糙的定量处理,无法达到精确定量的效果。本发明在DNA材料的应用领域具有重要价值。
附图说明
图1为DNA三角折纸结构变化示意图;
图2为DNA三角折纸结构随离子浓度变化的荧光光谱定量图。
具体实施方式
以下通过具体的实施例对本发明的技术方案作进一步描述。以下的实施例是对本发明的进一步说明,而不限制本发明的范围。
DNA三角形折纸结构的合成:
将208条订书钉链(其序列见序列表1-208)等量地溶解到MilliQ水中,使每条短链的最终浓度为200nM;将M13mp18 单链DNA(100nM)与混好的208条短链(200nM)以摩尔浓度比1:10的比例混合在1×TAE-Mg2+溶液中(三羟甲基氨基甲烷(Tris),40mM;醋酸, 20mM;乙二胺四乙酸(EDTA), 2 mM;醋酸镁, 12.5mM;pH 8.0),其中M13mp18 单链DNA的最终浓度为5nM,短链最终浓度为50nM;将混好的溶液放入PCR仪中,设定反应程序95℃持续3分钟,然后缓慢降温至4℃,降温速率为0.2℃/10s。
实施例1
将上述合成的DNA三角折纸结构置于超滤离心管中纯化,转速3000g,10分钟,离心3次,清除多余的订书钉链。
(1) 将纯化好的DNA三角折纸的终浓度定为2nM,取DNA三角折纸溶液10μl,加入20×Eva Green 5μl,加入1×TAE-Mg2+缓冲溶液85μl,测量其荧光强度,结构完整无变化(0%);
(2)控制Mg2+浓度为原缓冲液中的1/10,静置5分钟,测量其荧光强度,结构变化了28.36% ;
(3)恢复溶液中Mg2+浓度为1×TAE-Mg2+,再次测量其荧光强度,结构恢复至0.88%,附图2a。
始终保持DNA三角折纸的浓度为0.2nM。 根据荧光强度的大小确定DNA折纸结构的完整程度。
实施例2
将上述合成的DNA三角折纸结构置于超滤离心管中纯化,转速3000g,10分钟,离心3次,清除多余的订书钉链。
(1) 将纯化好的DNA三角折纸的终浓度定为2nM,取DNA三角折纸溶液10μl,加入20×Eva Green 5μl,加入1×TAE-Mg2+缓冲溶液85μl,测量其荧光强度;
(2)控制Mg2+浓度为原缓冲液中的1/10,静置1小时,测量其荧光强度,结构变化了33.45%;
(3)恢复溶液中Mg2+浓度为1×TAE-Mg2+,再次测量其荧光强度,结构无法恢复,因恢复溶液浓度产生扰动,造成了结构更大的破坏至37.91%,附图2b。
始终保持DNA三角折纸的浓度为0.2nM。 根据荧光强度的大小确定DNA折纸结构的完整程度。
实施例3
将上述合成的DNA三角折纸结构置于超滤离心管中纯化,转速3000g,10分钟,离心3次,清除多余的订书钉链。
(1) 将纯化好的DNA三角折纸的终浓度定为2nM,取DNA三角折纸溶液10μl,加入20×Eva Green 5μl,加入1×TAE-Mg2+缓冲溶液85μl,测量其荧光强度;
(2)控制Mg2+浓度为原缓冲液中的1/10,静置5分钟,测量其荧光强度,结构变化33.03%;
(3)加入少量Q水(10μl),观察溶液扰动对荧光强度的影响,再次测量其荧光强度,结构变化32.17%,附图2左图。
始终保持DNA三角折纸的浓度为0.2nM。 根据荧光强度的大小确定DNA折纸结构的完整程度。
<110> 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司
<120> 荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法
<160>208
<210>1
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cggggtttcc tcaagagaag gattttgaat ta
<210>2
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agcgtcatgt ctctgaattt accgactacc tt
<210>3
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttcataatcc ccttattagc gtttttctta cc
<210>4
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
atggtttatg tcacaatcaa tagatattaa ac
<210>5
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tttgatgatt aagaggctga gacttgctca gtaccaggcg
<210>6
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ccgcaaccca gaatggaaag cgcaacatgg ct
<210>7
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aaagacaaca ttttcggtca tagccaaaat ca
<210>8
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gacgggagaa ttaactcgga ataagtttat ttccagcgcc
<210>9
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agtaagtgcc gtcgagctga aacatgaaag tatacaggag
<210>10
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgtactggaa atcctcatta aagcagagcc ac
<210>11
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caccggaaag cgcgttttca tcggaagggc ga
<210>12
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cattcaacaa acgcaaagac accagaacac cctgaacaaa
<210>13
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tttaacggtt cggaacctat tattagggtt gatataagta
<210>14
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cacagagcat attcacaaac aaattaataa gt
<210>15
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ggagggaatt tagcgtcaga ctgtccgcct cc
<210>16
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtcagagggt aattgatggc aacatataaa agcgattgagTTGAG
<210>17
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tagcccggaa taggtgaatg ccccctgcct atggtcagtg
<210>18
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ccttgagtca gacgattggc cttgcgccac cc
<210>19
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcagaaccca gaatcaagtt tgccggtaaa ta
<210>20
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttgacggaaa tacatacata aagggcgcta atatcagaga
<210>21
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cagagccagg aggttgaggc aggtaacagt gcccg
<210>22
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
attaaaggcc gtaatcagta gcgagccacc ct
<210>23
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gataacccac aagaatatta gcaaacgtag aaaattattc
<210>24
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gccgccagca ttgacaccac cctc
<210>25
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agagccgcac catcgatagc agcatgaatt at
<210>26
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caccgtcacc ttattacgca gtattgagtt aagcccaata
<210>27
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agccatttaa acgtcaccaa tgaacaccag aacca
<210>28
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ataagagcaa gaaacatggc atgattaaga ctccgacttg
<210>29
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ccattagcaa ggccggggga atta
<210>30
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gagccagcga atacccaaaa gaacatgaaa tagcaatagc
<210>31
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tatcttaccg aagcccaaac gcaataataa cgaaaatcac cag
<210>32
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cagaaggaaa ccgaggtttt taagaaaagt aagcagatag ccg
<210>33
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ccttttttca tttaacaatt tcataggatt ag
<210>34
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tttaacctat cataggtctg agagttccag ta
<210>35
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agtataaaat atgcgttata caaagccatc tt
<210>36
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caagtacctc attccaagaa cgggaaattc at
<210>37
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agagaataac ataaaaacag ggaagcgcat ta
<210>38
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aaaacaaaat taattaaatg gaaacagtac attagtgaat
<210>39
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttatcaaacc ggcttaggtt gggtaagcct gt
<210>40
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttagtatcgc caacgctcaa cagtcggctg tc
<210>41
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tttccttagc actcatcgag aacaatagca gcctttacag
<210>42
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agagtcaaaa atcaatatat gtgatgaaac aaacatcaag
<210>43
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
actagaaata tataactata tgtacgctga ga
<210>44
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcaataatag ggcttaattg agaatcataa tt
<210>45
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aacgtcaaaa atgaaaagca agccgttttt atgaaaccaa
<210>46
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gagcaaaaga agatgagtga ataaccttgc ttatagctta
<210>47
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
atttaagaaa tgctgatgca aatcagaata aa
<210>48
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caccggaatc gccatattta acaaaattta cg
<210>49
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agcatgtatt tcatcgtagc aatcaaacga ttttttgttt
<210>50
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acatagcgct gtaaatcgtc gctattcatt tcaattacct
<210>51
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gttaaataca atcgcaagac aaagccttga aa
<210>52
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cccatcctcg ccaacatgta atttaataag gc
<210>53
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcccaatcca aataagatta ccgcgcccaa taaataatat
<210>54
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcccttagaa taacgcgaga aaacttttac cgacc
<210>55
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtgtgataag gcagaggcat tttcagtcct ga
<210>56
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acaagaaagc aagcaaatca gataacagcc atattattta
<210>57
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtttgaaatt caaatatatt ttag
<210>58
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aatagataga gccagtaata agagatttaa tg
<210>59
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gccagttaca aaataataga aggcttatcc ggttatcaac
<210>60
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttctgaccta aaatataaag taccgactgc agaac
<210>61
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcgcctgtta ttctaagaac gcgattccag agcctaattt
<210>62
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcagctaaaa aaggtaaagt aatt
<210>63
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acgctaacga gcgtctggcg ttttagcgaa cccaacatgt
<210>64
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acgacaataa atcccgactt gcgggagatc ctgaatctta cca
<210>65
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgctattttg cacccagcta caattttgtt ttgaagcctt aaa
<210>66
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcatatgtgt aatcgtaaaa ctagtcattt tc
<210>67
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtgagaaaat gtgtaggtaa agatacaact tt
<210>68
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ggcatcaaat ttggggcgcg agctagttaa ag
<210>69
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttcgagctaa gacttcaaat atcgggaacg ag
<210>70
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acagtcaaag agaatcgatg aacgaccccg gttgataatc
<210>71
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
atagtagtat gcaatgcctg agtaggccgg ag
<210>72
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aaccagacgt ttagctatat tttcttctac ta
<210>73
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gaataccaca ttcaacttaa gaggaagccc gatcaaagcg
<210>74
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agaaaagccc caaaaagagt ctggagcaaa caatcaccat
<210>75
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caatatgacc ctcatatatt ttaaagcatt aa
<210>76
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
catccaataa atggtcaata acctcggaag ca
<210>77
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aactccaaga ttgcatcaaa aagataatgc agatacataa
<210>78
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgttctagtc aggtcattgc ctgacaggaa gattgtataa
<210>79
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caggcaagat aaaaattttt agaatattca ac
<210>80
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gattagagat tagatacatt tcgcaaatca ta
<210>81
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgccaaaagg aattacagtc agaagcaaag cgcaggtcag
<210>82
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcaaatattt aaattgagat ctacaaaggc tactgataaa
<210>83
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaatgcctt atttcaacgc aagggcaaag aa
<210>84
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttagcaaata gatttagttt] gaccagtacc tt
<210>85
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taattgcttt accctgacta ttatgaggca tagtaagagc
<210>86
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ataaagcctt tgcgggagaa gcctggagag ggtag
<210>87
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taagaggtca attctgcgaa cgagattaag ca
<210>88
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aacactatca taacccatca aaaatcaggt ctccttttga
<210>89
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
atgaccctgt aatacttcag agca
<210>90
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taaagctata taacagttga ttcccatttt tg
<210>91
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cggatggcac gagaatgacc ataatcgttt accagacgac
<210>92
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taattgcttg gaagtttcat tccaaatcgg ttgta
<210>93
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gataaaaacc aaaatattaa acagttcaga aattagagct
<210>94
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
actaaagtac ggtgtcgaat ataa
<210>95
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgctgtagat ccccctcaaa tgctgcgaga ggcttttgca
<210>96
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aaagaagttt tgccagcata aatattcatt gactcaacat gtt
<210>97
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aatactgcgg aatcgtaggg ggtaatagta aaatgtttag act
<210>98
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agggatagct cagagccacc accccatgtc aa
<210>99
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caacagttta tgggattttg ctaatcaaaa gg
<210>100
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gccgctttgc tgaggcttgc aggggaaaag gt
<210>101
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcgcagactc catgttactt agcccgtttt aa
<210>102
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acaggtagaa agattcatca gttgagattt ag
<210>103
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cctcagaacc gccacccaag cccaatagga acgtaaatga
<210>104
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
attttctgtc agcggagtga gaataccgat at
<210>105
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
attcggtctg cgggatcgtc acccgaaatc cg
<210>106
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgacctgcgg tcaatcataa gggaacggaa caacattatt
<210>107
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agacgttacc atgtaccgta acacccctca gaaccgccac
<210>108
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cacgcataag aaaggaacaa ctaagtcttt cc
<210>109
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
attgtgtctc agcagcgaaa gacaccatcg cc
<210>110
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaataaaac gaactaaccg aactgaccaa ctcctgataa
<210>111
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aggtttagta ccgccatgag tttcgtcacc aggatctaaa
<210>112
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gttttgtcag gaattgcgaa taatccgaca at
<210>113
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gacaacaagc atcggaacga gggtgagatt tg
<210>114
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tatcatcgtt gaaagaggac agatggaaga aaaatctacg
<210>115
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agcgtaacta caaactacaa cgcctatcac cgtactcagg
<210>116
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tagttgcgaa ttttttcacg ttgatcatag tt
<210>117
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtacaacgag caacggctac agaggatacc ga
<210>118
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
accagtcagg acgttggaac ggtgtacaga ccgaaacaaa
<210>119
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acagacagcc caaatctcca aaaaaaaatt tctta
<210>120
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aacagcttgc tttgaggact aaagcgatta ta
<210>121
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ccaagcgcag gcgcataggc tggcagaact ggctcattat
<210>122
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgaggtgagg ctccaaaagg agcc
<210>123
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acccccagac tttttcatga ggaacttgct tt
<210>124
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
accttatgcg attttatgac cttcatcaag agcatctttg
<210>125
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cggtttatca ggtttccatt aaacgggaat acact
<210>126
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aaaacactta atcttgacaa gaacttaatc attgtgaatt
<210>127
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ggcaaaagta aaatacgtaa tgcc
<210>128
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tggtttaatt tcaactcgga tattcattac ccacgaaaga
<210>129
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
accaacctaa aaaatcaacg taacaaataa attgggcttg aga
<210>130
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cctgacgaga aacaccagaa cgagtaggct gctcattcag tga
<210>131
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcgggagata tacagtaaca gtacaaataa tt
<210>132
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cctgattaaa ggagcggaat tatctcggcc tc
<210>133
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcaaatcacc tcaatcaata tctgcaggtc ga
<210>134
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgaccagtac attggcagat tcacctgatt gc
<210>135
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tggcaatttt taacgtcaga tgaaaacaat aacggattcg
<210>136
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aaggaattac aaagaaacca ccagtcagat ga
<210>137
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ggacattcac ctcaaatatc aaacacagtt ga
<210>138
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttgacgagca cgtatactga aatggattat ttaataaaag
<210>139
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cctgattgct ttgaattgcg tagattttca ggcatcaata
<210>140
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taatcctgat tatcattttg cggagaggaa gg
<210>141
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttatctaaag catcaccttg ctgatggcca ac
<210>142
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agagatagtt tgacgctcaa tcgtacgtgc tttcctcgtt
<210>143
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gattatacac agaaataaag aaataccaag ttacaaaatc
<210>144
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taggagcata aaagtttgag taacattgtt tg
<210>145
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgacctgaca aatgaaaaat ctaaaatatc tt
<210>146
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agaatcagag cgggagatgg aaatacctac ataacccttc
<210>147
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcgcagaggc gaattaatta tttgcacgta aattctgaat
<210>148
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aatggaagcg aacgttatta atttctaaca ac
<210>149
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taatagatcg ctgagagcca gcagaagcgt aa
<210>150
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gaatacgtaa caggaaaaac gctcctaaac aggaggccga
<210>151
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcaatagata ttaaatcctt tgccggttag aacct
<210>152
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caatatttgc ctgcaacagt gccatagagc cg
<210>153
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaaagggat tttagatacc gccagccatt gcggcacaga
<210>154
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acaattcgac aactcgtaat acat
<210>155
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttgaggatgg tcagtattaa caccttgaat gg
<210>156
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ctattagtat atccagaaca atatcaggaa cggtacgcca
<210>157
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgcgaactaa aacagaggtg aggcttagaa gtatt
<210>158
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gaatcctgag aagtgtatcg gccttgctgg tactttaatgTAATG
<210>159
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
accaccagca gaagatgata gccc
<210>160
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
taaaacatta gaagaactca aactttttat aatcagtgag
<210>161
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gccaccgagt aaaagaacat cacttgcctg agcgccatta aaa
<210>162
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tctttgatta gtaatagtct gtccatcacg caaattaacc gtt
<210>163
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgcgtcrgat aggaacgcca tcaactttta ca
<210>164
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aggaagatgg ggacgacgac agtaatcata tt
<210>165
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ctctagagca agcttgcatg cctggtcagt tg
<210>166
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ccttcaccgt gagacgggca acagcagtca ca
<210>167
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgagaaagga agggaagcgt actatggttg ct
<210>168
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gctcattttt taaccagcct tcctgtagcc aggcatctgc
<210>169
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cagtttgacg cactccagcc agctaaacga cg
<210>170
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gccattgcga tccccgggta ccgagttttt ct
<210>171
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tttcaccagc ctggccctga gagaaagccg gcgaacgtgg
<210>172
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtaaccgtct ttcatcaaca ttaaaatttt tgttaaatca
<210>173
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acgttgtatt ccggcaccgc ttctggcgca tc
<210>174
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ccagggtggc tcgaattcgt aatccagtca cg
<210>175
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tagagcttga cggggagttg cagcaagcgg tcattgggcg
<210>176
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gttaaaattc gcattaatgt gagcgagtaa cacacgttgg
<210>177
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgtagatggg tgccggaaac caggaacgcc ag
<210>178
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ggttttccat ggtcatagct gtttgagagg cg
<210>179
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtttgcgtca cgctggtttg ccccaaggga gcccccgatt
<210>180
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ggataggtac ccgtcggatt ctcctaaacg ttaatatttt
<210>181
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
agttgggtca aagcgccatt cgccccgtaa tg
<210>182
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgcgcgggcc tgtgtgaaat tgttggcgat ta
<210>183
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ctaaatcgga accctaagca ggcgaaaatc cttcggccaa
<210>184
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cggcggattg aattcaggct gcgcaacggg ggatg
<210>185
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgctgcaaat ccgctcacaa ttcccagctg ca
<210>186
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaatgaagt ttgatggtgg ttccgaggtg ccgtaaagca
<210>187
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tggcgaaatg ttgggaaggg cgat
<210>188
<211>32
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tatcgtgcac acaacatacg agccacgcca gc
<210>189
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
caagtttttt ggggtcgaaa tcggcaaaat ccgggaaacc
<210>190
<211>35
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcttcgctat tggaagcata aagtgtatgc ccgct
<210>191
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttccagtcct tataaatcaa aagagaacca tcacccaaat
<210>192
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcgctcacaa gcctggggtg ccta
<210>193
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cgatggccca catcgtatag cccgagatag ggattgcgtt
<210>194
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
aactcacatt attgagtgtt gttccagaaa ccgtctatca ggg
<210>195
<211>43
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
acgtggactc caacgtcaaa gggcgaattt ggaacaagag tcc
<210>196
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaattaatt ttttaccata tcaaa
<210>197
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ttaatttcat cttagacttt acaa
<210>198
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ctgtccagac gtataccgaa cga
<210>199
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tcaagattag tgtagcaata ct
<210>200
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tgtagcattc cttttataaa cagtt
<210>201
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
tttaattgta tttccaccag agcc
<210>202
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
actacgaagg cttagcacca tta
<210>203
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
ataaggcttg caacaaagtt ac
<210>204
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gtgggaacaa atttctattt ttgag
<210>205
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
cggtgcgggc cttccaaaaa catt
<210>206
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
atgagtgagc ttttaaatat gca
<210>207
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
actattaaag aggatagcgt cc
<210>208
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>
gcgcttaatg cgccgctaca gggc
Claims (3)
1.一种荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法,其特征在于,具体为以下步骤:
(1)DNA三角形折纸结构的合成
将208条订书钉链(Sequence No.1-208)等量地溶解到MilliQ水中,使每条短链的最终浓度为200nM;将M13mp18 单链DNA(100nM)与混好的208条短链(200nM)以摩尔浓度比1:10的比例混合在1×TAE-Mg2+溶液中(三羟甲基氨基甲烷(Tris),40mM;醋酸, 20mM;乙二胺四乙酸(EDTA), 2 mM;醋酸镁, 12.5mM;pH 8.0),其中M13mp18 单链DNA的最终浓度为5 nM,短链最终浓度为50nM;将混好的溶液放入PCR仪中,设定反应程序95℃持续3分钟,然后 缓慢降温至4℃,降温速率为0.2℃/10s;
(2)荧光光谱定量DNA三角折纸随离子浓度变化而产生的结构变化
将上述合成的DNA三角折纸结构置于超滤离心管中纯化,转速3000g,10分钟,离心3次,清除多余的订书钉链;
将纯化好的DNA三角折纸的终浓度定为2nM,取DNA三角折纸溶液,加入20×Eva Green,加入缓冲溶液,测量其荧光强度;
控制Mg2+浓度为原缓冲液中的1/10,静置5分钟至2小时,测量其荧光强度;
恢复溶液中Mg2+浓度,再次测量其荧光强度。
2.根据权利要求1所述荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法,其特征在于,始终保持DNA三角折纸的浓度为0.2nM, 根据荧光强度的大小确定DNA折纸结构的完整程度。
3.根据权利要求1所述荧光精确定量DNA折纸结构完整度的方法,其特征在于,利用离子浓度变化造成DNA三角折纸结构的变化,采用荧光强度精确定量该结构变化的百分比。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201711027384.6A CN107894411B (zh) | 2017-10-27 | 2017-10-27 | 荧光精确定量dna折纸结构完整度的方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201711027384.6A CN107894411B (zh) | 2017-10-27 | 2017-10-27 | 荧光精确定量dna折纸结构完整度的方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN107894411A true CN107894411A (zh) | 2018-04-10 |
CN107894411B CN107894411B (zh) | 2020-06-02 |
Family
ID=61803900
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201711027384.6A Active CN107894411B (zh) | 2017-10-27 | 2017-10-27 | 荧光精确定量dna折纸结构完整度的方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN107894411B (zh) |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN109486911A (zh) * | 2018-11-28 | 2019-03-19 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 基于滚环扩增和DNA折纸术检测microRNAs的方法 |
CN109490579A (zh) * | 2018-12-13 | 2019-03-19 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 研究磁场对dna二维折纸结构稳定性影响的方法 |
CN109652480A (zh) * | 2018-12-28 | 2019-04-19 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 一种构筑集束状dna纳米结构的方法 |
US11513076B2 (en) | 2016-06-15 | 2022-11-29 | Ludwig-Maximilians-Universität München | Single molecule detection or quantification using DNA nanotechnology |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101434984A (zh) * | 2007-11-13 | 2009-05-20 | 中国科学院上海应用物理研究所 | 一种检测DNA的i-motif构象的光学方法 |
CN101974625A (zh) * | 2010-10-12 | 2011-02-16 | 上海交通大学 | 生物素-亲和素系统检测单核苷酸多态性的方法 |
DE102012107718A1 (de) * | 2012-08-22 | 2014-02-27 | Technische Universität Braunschweig Carolo-Wilhelmina | Kalibrierprobe auf den DNA-Origami-Basis |
CN104762400A (zh) * | 2015-04-18 | 2015-07-08 | 山东大学 | 一种人肺细胞中let-7a的单分子检测方法 |
CN105004703A (zh) * | 2015-06-26 | 2015-10-28 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 利用dapi嵌入和释放模拟dna纳米折纸结构作为药物载体的方法 |
CN105531377A (zh) * | 2013-07-30 | 2016-04-27 | 哈佛学院院长及董事 | 基于dna的定量成像和超分辨成像 |
-
2017
- 2017-10-27 CN CN201711027384.6A patent/CN107894411B/zh active Active
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101434984A (zh) * | 2007-11-13 | 2009-05-20 | 中国科学院上海应用物理研究所 | 一种检测DNA的i-motif构象的光学方法 |
CN101974625A (zh) * | 2010-10-12 | 2011-02-16 | 上海交通大学 | 生物素-亲和素系统检测单核苷酸多态性的方法 |
DE102012107718A1 (de) * | 2012-08-22 | 2014-02-27 | Technische Universität Braunschweig Carolo-Wilhelmina | Kalibrierprobe auf den DNA-Origami-Basis |
CN105531377A (zh) * | 2013-07-30 | 2016-04-27 | 哈佛学院院长及董事 | 基于dna的定量成像和超分辨成像 |
CN104762400A (zh) * | 2015-04-18 | 2015-07-08 | 山东大学 | 一种人肺细胞中let-7a的单分子检测方法 |
CN105004703A (zh) * | 2015-06-26 | 2015-10-28 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 利用dapi嵌入和释放模拟dna纳米折纸结构作为药物载体的方法 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
JUAN YAN等: "Growth and Origami Folding of DNA on Nanoparticles for High-Efficiency Molecular Transport in Cellular Imaging and Drug Delivery", 《ANGEW. CHEM. INT. ED.》 * |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US11513076B2 (en) | 2016-06-15 | 2022-11-29 | Ludwig-Maximilians-Universität München | Single molecule detection or quantification using DNA nanotechnology |
CN109486911A (zh) * | 2018-11-28 | 2019-03-19 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 基于滚环扩增和DNA折纸术检测microRNAs的方法 |
CN109490579A (zh) * | 2018-12-13 | 2019-03-19 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 研究磁场对dna二维折纸结构稳定性影响的方法 |
CN109652480A (zh) * | 2018-12-28 | 2019-04-19 | 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 | 一种构筑集束状dna纳米结构的方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN107894411B (zh) | 2020-06-02 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN107894411A (zh) | 荧光精确定量dna折纸结构完整度的方法 | |
CN105209634B (zh) | 酶停滞方法 | |
EP2768977B1 (en) | Method of characterizing a target polynucleotide using a pore and a hel308 helicase | |
CN101248190A (zh) | 检测微生物和抗生素抗性标记物的方法及其中所用的核酸寡核苷酸 | |
CN109540860B (zh) | 一种检测卡那霉素的荧光生物传感器及其制备方法和应用 | |
JP2007520226A (ja) | スペーサー領域を使用するプロテウス種の検出、同定、および区別 | |
JP5156726B2 (ja) | ハイブリダイゼーションアッセイを使用する真正細菌群の検出、同定および区別 | |
CN103451292B (zh) | 应用rpa技术对转基因水稻华恢1号品系特异性鉴定 | |
CN103525936B (zh) | 应用rpa技术对转基因水稻科丰6号品系特异性鉴定 | |
JP5096007B2 (ja) | 核酸プローブセットを用いるリアルタイムpcr方法 | |
EP2392676B1 (en) | Method for detecting polymorphism at nucleotide position -1639 of VKORC1 gene, and nucleic acid probe and kit therefor | |
CN103451291A (zh) | Cry1Ab/Cry1Ac抗虫基因RPA检测方法 | |
CN103509875B (zh) | 应用RPA技术检测CaMV35S启动子和nos终止子 | |
CN110628920A (zh) | 人类y染色体35个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
KR101569127B1 (ko) | 다형 검출용 프로브, 다형 검출 방법, 약효 평가 방법, 질환 예측 방법 및 다형 검출용 시약 키트 | |
KR101498705B1 (ko) | 결핵 진단용 프라이머, 프로브, 이를 포함하는 키트 및 상기 키트를 이용한 결핵 진단 방법 | |
EP1616953B1 (en) | Method of detecting beta 3 adrenaline receptor mutant gene and nucleic acid probe and kit therefor | |
EP3387146B1 (en) | Methods and kits for joining fragmented nucleic acids together | |
CA2461139C (en) | Method for producing a normalized gene library from nucleic acid extracts of soil samples and the use thereof | |
EP1619258A1 (en) | Method of detecting or quantitatively determining mitochondrial dna 3243 variation, and kit therefor | |
Zhou et al. | Determination of genetically modified soybean by multiplex PCR and CGE with LIF detection | |
CN111944880A (zh) | 一种用于copA和czcD基因双重荧光定量PCR检测的引物和探针组及试剂盒 | |
JP2006508670A (ja) | ハイブリダイゼーションアッセイを使用する真正細菌群の検出、同定および識別 | |
KR100464067B1 (ko) | 살리실산 검출용 바이오센서 및 그 제조방법 | |
Gene | 27 27 Quantification of Human Genomic DNA Using Retinoic X Receptor B Gene NATHALIE PIERI-Balandraud, Jean Roudier, Chantal ROUDIER |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |