CN107502605A - 一种石蜡包埋组织基因组dna快速提取方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)取包埋组织切片置于离心管中,向离心管中加入裂解液BufferA混匀,并将离心管进行水浴,使包埋组织切片完全溶解;所述裂解液BufferA中NaOH的浓度为0.1~0.5M,SDS的体积比为0.5~2%V/V;(2)向离心管中加入缓冲液Buffer B混匀,进行离心处理后去除沉淀,并回收上清液等步骤。本发明在裂解液BufferA中加入了NaOH和SDS,其能够有效的溶解石蜡,并裂解组织细胞,使本发明的提取方法不需要单独使用二甲苯等有机溶剂进行脱蜡步骤,极大的缩短了组织细胞的裂解时间,整个裂解过程无毒、且只需要20~30min即可。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域,具体是指一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法。
背景技术
在临床和分子生物学研究中,新鲜组织样本往往难以获得,甲醛固定石蜡包埋组织(FFPET)是目前最常用的人类病历档案标本。
石蜡包埋组织被广泛应用于疾病诊断、法医鉴定、科学研究等方面。但是,在福尔马林固定和石蜡包埋时,由于受到多种因素和条件的影响,不可避免的造成DNA降解和交联,为从FFPET中提取高质量基因组DNA带来了困难。
尽管国内外已有很多文献对提取石蜡包埋组织DNA的方法进行了报道,但这些方法或耗时长,或使用有毒有机溶剂,或成本高,因此迫切需要发明一种无毒且操作步骤简单、方便的石蜡包埋组织提取方法。
发明内容
本发明的目的在于克服传统的提取石蜡包埋组织DNA的方法所存在的上述缺陷,提供一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法。
本发明的目的通过下述技术方案实现:一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,包括以下步骤:
(1)取包埋组织切片置于离心管中,向离心管中加入裂解液BufferA混匀,并进行水浴,使包埋组织切片完全溶解;所述裂解液BufferA中NaOH的浓度为0.1~0.5M,SDS的体积比为0.5~2%V/V;
(2)向离心管中加入缓冲液Buffer B混匀,进行离心处理后去除沉淀,并回收上清液;
(3)向上清液中加入异丙醇,并充分混匀,得到混合液;
(4)向吸附柱中加入平衡液LB,并离心处理后倒掉收集管中的滤液;
(5)将步骤(3)中的混合液加入吸附柱中,离心处理后倒掉废液;
(6)向吸附柱中加入漂洗液PW,离心后倒掉废液;重复步骤(6)后执行步骤(7);
(7)将吸附柱进行离心,去除剩余液体,并将吸附柱放置在室温环境下;
(8)将吸附柱放入干净的离心管中,向吸附柱上的吸附膜的中心滴加洗脱缓冲液EB,在室温下放置后进行离心处理,收集DNA样品。
进一步的,所述步骤(2)中缓冲液Buffer B为浓度为3~5M的醋酸钾溶液。
所述步骤(3)中异丙醇的体积为上清液体积的2倍。
所述步骤(4)的平衡液LB中Nacl的浓度为500~800mM、MOPS的浓度为30~80mM,且每1000ml的平衡液LB中含有100-200ml的异丙醇和1-2ml的Triton-100。
所述步骤(6)中使用的漂洗液PW每1000ml含有700~800ml的无水乙醇。
所述步骤(8)中洗脱缓冲液EB为浓度为10-20mM的Tris-HCl溶液。
所述Tris-HCl的PH为7.5-8.5。
所述步骤(1)的水浴温度为100℃,水浴时间为20~30min。
本发明较现有技术相比,具有以下优点及有益效果:
(1)本发明在裂解液BufferA中加入了NaOH和SDS,其能够有效的溶解石蜡,并裂解组织细胞,使本发明的提取方法不需要单独使用二甲苯等有机溶剂进行脱蜡步骤,极大的缩短了组织细胞的裂解时间,整个裂解过程无毒、且只需要20~30min即可。
(2)本发明的BufferB能够有效的去除蛋白质等杂质,吸附柱可专一性吸附DNA,纯化回收DNA时不需要使用酚氯仿等有机溶剂,从而使本发明的提取方法不需要进行乙醇沉淀等步骤,本发明的提取方法相较传统的提取方法可以更快速、简便的提取DNA,其单个样品操作通常在1小时内即可完成,极大的缩短了提取时间。
(3)本发明提取的基因组DNA纯度更高,完整性更好,DNA可直接用于PCR等下游实验。
附图说明
图1为本发明的提取方法所提取的DNA和传统提取方法所提取的DNA的PCR检测结果图。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步地详细说明,但本发明的实施方式并不限于此。
实施例
本实施例以本发明的石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法和传统的天根石蜡包埋组织DNA提取方法做比对:
本发明的石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,包括以下步骤:
(1)取包埋组织切片样品5-8片置于1.5ml无菌的离心管中,向离心管中加入300~500μl的裂解液BufferA进行混匀,并将离心管放置在水浴锅中,离心管在100℃的温度下水浴20~30min,使包埋组织切片完全溶解;此步骤可以溶解石蜡,并裂解组织细胞。
该包埋组织切片可以采用石蜡包埋人肝癌组织切片,其厚度可以在5~10um,1*1cm2;所述裂解液BufferA为NaOH和SDS的混合溶液,其中NaOH的浓度为0.1~0.5M,SDS的体积比为0.5~2%V/V。具体的,在本实施例中,取包埋组织切片样品8片,向离心管中加入500μl的裂解液BufferA,水浴时间设置为25min。所述裂解液BufferA中NaOH的浓度可以为0.1M或0.5M,本实施例设置为最优的0.3M;所述裂解液BufferA中SDS的体积比可以为0.5%V/V或2%V/V,而本实施例中设置为最优的1%V/V。
(2)向离心管中加入100~200ul的缓冲液Buffer B进行混匀,并将混匀后的液体在12,000rpm的条件下离心5min,离心处理后去除沉淀,而上清液则用另外一个离心管进行回收。通过加入缓冲液Buffer B,可以有效的去除蛋白质等杂质。
具体的,加入的缓冲液Buffer B的量可以为100ul或200ul,作为优选,本实施例中加入的缓冲液Buffer B的量为150ul。所述缓冲液Buffer B为浓度为3~5M的醋酸钾溶液;具体的,该醋酸钾的浓度可以为3M或5M,作为优选,本实施例醋酸钾的浓度设置为4M。
(3)向上清液中加入异丙醇,并充分混匀,得到混合液;其中,加入的异丙醇的体积为上清液体积的2倍;通过加入异丙醇来沉淀DNA。
(4)向吸附柱中加入500ul的平衡液LB,并使吸附柱在12,000rpm条件下离心1min,倒掉收集管中的滤液;通过平衡液LB来平衡吸附柱,使吸附柱能够更好的吸附DNA。
该平衡液LB为Nacl、MOPS、异丙醇以及Triton-100的混合溶液,其中,Nacl的浓度为500~800mM、MOPS的浓度为30~80mM,每1000ml平衡液LB中含有100~200ml的异丙醇和1-2ml的Triton-100。具体的,该Nacl的浓度可以为500mM或800mM,本实施例设置为最优的650mM;该MOPS的浓度可以为30mM或80mM,本实施例设置为最优的50mM;每1000ml平衡液LB中异丙醇的体积可以为100ml或200ml,本实施例设置为最优的150ml;每1000ml平衡液LB中Triton-100的体积可以为1ml或2ml,本实施例设置为最优的1.5ml。
(5)将步骤(3)中的混合液加入吸附柱中,并在12,000rpm条件下离心30秒,使DNA吸附在吸附柱的吸附膜上,倒掉废液。
(6)向吸附柱中加入600ul的漂洗液PW,并在12,000rpm条件下离心30秒后倒掉废液;重复步骤(6),再次进行漂洗后执行步骤(7)。其中,每1000ml该漂洗液PW中含有无水乙醇700-800ml。
(7)将吸附柱在12,000rpm条件下离心1min,以确保彻底的去除吸附柱上的剩余液体,并将吸附柱放置在室温环境下5~10min,本实施例中放置10min,以去除吸附柱上残留的乙醇。
(8)将吸附柱放入干净的离心管中,向吸附柱上的吸附膜的中心滴加30-80ul的洗脱缓冲液EB,并在室温下放置2min后,在12,000rpm条件下离心2min,收集DNA样品。
具体的,洗脱缓冲液EB的滴加量可以为30ul或80ul,作为优选,本实施例洗脱缓冲液EB的滴加量为50ul。该洗脱缓冲液EB为浓度为10-20mM的Tris-HCl溶液;具体的,该Tris-HCl的浓度可以为10mM或20mM,本实施例中Tris-HCl的浓度为最优的15mM。另外,该Tris-HCl的PH值为7.5-8.5,具体的该Tris-HCl的PH值可以为7.5或8.5,作为优选,本实施中Tris-HCl的PH值设置为8.0。
传统的天根石蜡包埋组织DNA提取方法步骤如下:
一、取石蜡包埋人肝癌组织切片样品8张置于无菌的离心管中,加入1ml二甲苯,并在12,000rpm条件下离心2min,弃掉上清液。
二、在离心管中加入1ml无水乙醇,涡旋混匀,并在12,000rpm条件下离心2min,弃掉上清液。
三、将离心管在室温下放置10min,充分挥发乙醇。
四、在离心管中加入200μl缓冲液GA和20μl Proteinase K,充分混匀,56℃孵育1h直至样本完全裂解。缓冲液GA为100mM的Tris-HCl、1mM的EDTA、1%Triton X-100以及蛋白酶K的混合液。
五、将离心管置于90℃环境中孵育1h。
六、向离心管中加入220μl缓冲液GA涡旋混匀,再加入250μl无水乙醇,涡旋震荡充分混匀,短暂离心使管壁上的溶液收集到管底。
七、将步骤六中所得的混合液加入一个吸附柱CR2中,并在8,000rpm(~6,000×g)室温下离心2min,倒掉废液。
八、向吸附柱CR2中加入500μl浓度为5M的盐酸胍溶液,8,000rpm(~6,000×g)室温下离心60sec,倒掉收集管中的废液。
九、向吸附柱CR2中加入600μl浓度为80%的无水乙醇,8,000rpm(~6,000×g)室温下离心60sec,倒掉废液;重复步骤九后执行步骤十。
十、将吸附柱CR2放回收集管中,将吸附柱CR2在12,000rpm(~13,400×g)条件下离心2min,倒掉废液,并将吸附柱开盖置于室温放置2-5min,以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
十一、将吸附柱CR2转入一个干净的离心管中,向吸附膜的中间部位悬空滴加65℃预热的30-100μl洗脱缓冲液TE或ddH2O洗脱,室温放置2-5min,12,000rpm(~13,400×g)离心,收集DNA样品。
采用分光光度计法检测上述两种方法所提取的DNA质量:
各取1ulDNA样品,使用超微量分光光度计检测所提DNA浓度及质量如下表:
表1为采用传统的天根石蜡包埋组织DNA提取方法所提取的DNA检测结果:
检测项目 | 第一次检测值 | 第二次检测值 | 平均值 |
A260/A280 | 1.85 | 1.89 | 1.87 |
浓度(ng/ul) | 25.8 | 34.1 | 29.95 |
表2为采用本发明的石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法所提取的DNA检测结果:
检测项目 | 第一次检测值 | 第二次检测值 | 平均值 |
A260/A280 | 1.83 | 1.78 | 1.805 |
浓度(ng/ul) | 57.3 | 69.5 | 63.4 |
根据表1和表2可知,两种方法提取的DNA质量都较高,基本没有RNA和蛋白质污染,两种方法所提取的DNA质量都较好(A260/A280都在1.8左右)。但是,采用本发明的石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法所提取的DNA浓度平均值为63.4ng/ul,其浓度明显高于传统的天根石蜡包埋组织DNA提取方法所提取的DNA浓度平均值(29.95ng/ul)。由此可见,本发明的石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法所提取的DNA质量更好、纯度更高,并且耗时更少。
采用PCR扩增人β-actin基因检测所提取的DNA质量:
采用下表3~5的条件对两种提取方法所获得的DNA进行PCR扩增:
表3为人β-actin引物序列(扩增片段268bp):
表4为PCR反应体系:
反应成分 | 反应用量 |
模板(DNA) | 1ul |
2*PCR Mix | 10ul |
DdH2O | 8ul |
引物(F+R)(10uM) | (0.5+0.5)ul |
表5为PCR反应条件:
程序 | 时间 |
94℃ | 5min |
98℃ | 10S |
60℃ | 30S |
72℃ | 30S |
72℃ | 5min |
4℃ | ∞ |
通过上述条件,PCR扩增结果如图1所示,引物humanβ-actin从上述两种提取方法所提取的DNA都能扩增出条带单一且清晰的条带,由此表明,上述两种方法所提取的DNA质量都符合要求。
如上所述,便可很好的实现本发明。
Claims (8)
1.一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)取包埋组织切片置于离心管中,向离心管中加入裂解液BufferA混匀,并进行水浴,使包埋组织切片完全溶解;所述裂解液BufferA中NaOH的浓度为0.1~0.5M,SDS的体积比为0.5~2%V/V;
(2)向离心管中加入缓冲液Buffer B混匀,进行离心处理后去除沉淀,并回收上清液;
(3)向上清液中加入异丙醇,并充分混匀,得到混合液;
(4)向吸附柱中加入平衡液LB,并离心处理后倒掉收集管中的滤液;
(5)将步骤(3)中的混合液加入吸附柱中,离心处理后倒掉废液;
(6)向吸附柱中加入漂洗液PW,离心后倒掉废液;重复步骤(6)后执行步骤(7);
(7)将吸附柱进行离心,去除剩余液体,并将吸附柱放置在室温环境下;
(8)将吸附柱放入干净的离心管中,向吸附柱上的吸附膜的中心滴加洗脱缓冲液EB,在室温下放置后进行离心处理,收集DNA样品。
2.根据权利要求1所述的一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,其特征在于,所述步骤(2)中缓冲液Buffer B为浓度为3~5M的醋酸钾溶液。
3.根据权利要求1所述的一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,其特征在于,所述步骤(3)中异丙醇的体积为上清液体积的2倍。
4.根据权利要求1所述的一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,其特征在于,所述步骤(4)的平衡液LB中Nacl的浓度为500~800mM、MOPS的浓度为30~80mM,且每1000ml的平衡液LB中含有100-200ml的异丙醇和1-2ml的Triton-100。
5.根据权利要求1所述的一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,其特征在于,所述步骤(6)中使用的漂洗液PW每1000ml含有700~800ml的无水乙醇。
6.根据权利要求1所述的一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,其特征在于,所述步骤(8)中洗脱缓冲液EB为浓度为10-20mM的Tris-HCl溶液。
7.根据权利要求5所述的一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,其特征在于,所述Tris-HCl的PH为7.5-8.5。
8.根据权利要求1所述的一种石蜡包埋组织基因组DNA快速提取方法,其特征在于,所述步骤(1)的水浴温度为100℃,水浴时间为20~30min。
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