CN107460234B - 血清48-lncRNA作为肝脏慢性疾病诊断标记物的应用 - Google Patents

血清48-lncRNA作为肝脏慢性疾病诊断标记物的应用 Download PDF

Info

Publication number
CN107460234B
CN107460234B CN201610397094.XA CN201610397094A CN107460234B CN 107460234 B CN107460234 B CN 107460234B CN 201610397094 A CN201610397094 A CN 201610397094A CN 107460234 B CN107460234 B CN 107460234B
Authority
CN
China
Prior art keywords
xloc
lncrna
liver
gso
liver cancer
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201610397094.XA
Other languages
English (en)
Other versions
CN107460234A (zh
Inventor
王辉云
曾丽斯
张美殷
Original Assignee
王辉云
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 王辉云 filed Critical 王辉云
Priority to CN201610397094.XA priority Critical patent/CN107460234B/zh
Publication of CN107460234A publication Critical patent/CN107460234A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN107460234B publication Critical patent/CN107460234B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

本发明公开了血清48‑lncRNA标记物作为肝脏慢性疾病诊断靶标的应用。发明人抽提了训练组109例血清样本的RNA，进行lncRNA表达谱芯片杂交，通过芯片扫描，数据提取，数据标准化处理后，经过SAM分析，挑选出181个在正常人和病人（包括慢性乙型肝炎、肝硬化和肝癌患者）之间表达变化倍数大于1.5及p<0.001的lncRNA。接着，发明人采用Fisher判别分析对这181个差异表达的lncRNA进行筛选，签定出一组48个lncRNA组成的分子标签，结果显示这个标签可以100%的判别正常、慢性乙型肝炎、肝硬化和肝癌。

Description

血清48-lncRNA作为肝脏慢性疾病诊断标记物的应用
技术领域
本发明涉及一种肝脏慢性疾病的诊断靶标，特别是涉及血清lncRNA标志物作为原发性肝细胞癌、肝硬化、慢性乙型肝炎诊断靶标的应用。
背景技术
据统计2012年全球有782，500例新发肝癌病例并且有745，500肝癌患者死亡，这些新发和死亡的肝癌患者大约50％发生在中国。研究表明乙肝病毒感染是慢性肝炎、肝硬化和肝癌的主要致病因素。全世界超过2.4亿慢性乙型肝炎患者，其中部分将发展成肝癌。在中国，乙肝病毒携带者占总人口数的10％，每年不伴有肝硬化的慢性乙肝患者的肝癌发病率在0.01-1.4％，而伴有肝硬化的慢性乙肝患者的肝癌发病率高达0.9-5.4％，这表明肝硬化是导致肝癌的危险因素。更值得关注的是，肝癌病人发病隐匿毫无症状，当有症状时大多数都已进入晚期，从而失去了手术治愈的机会。由此可见，早期诊断、早期发现和早期治疗是减少肝癌病人死亡、提高生存的最主要的途径。目前，为了早期发现和早期诊断肝癌，推荐的方法是：肝硬化患者最好每半年做一次肝脏B超检查以及验血查甲胎蛋白(AFP)。然而，B超检查有一定的局限性，往往难以确定肿块的性质，而且B超检查结果容易受到检查者经验和分辨率的限制，这些因素都将影响诊断结果的准确性；AFP对肝癌的诊断、鉴别诊断、疗效观察、预后判断等均具有重要价值，但其诊断肝癌的阳性率仅60-70％，其敏感度和特异性均受到限制。所以，找出在肝癌发生发展中起关键作用的生物标记物，根据其在肝癌中的作用和变化开发出新的血清学分子诊断试剂以应用于临床，将提高肝癌早期诊断的灵敏度和特异性，进而将极大地提高肝癌病人的生存时间和生存质量。
最近的研究表明，长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)可以作为人类疾病包括癌症的生物标志物。长链非编码RNA是指长度超过200bp的非编码RNA，一般不编码蛋白质，起初人们认为lncRNA是一种无意义的转录副产物，在人体的生命过程中没有特殊的意义，但是随着深入的研究，人们发现lncRNA在人体的很多功能中都发挥了重要的作用，比如转录激活、转录干扰、X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、核内运输等细胞和分子过程中lncRNA都发挥着重要功能。研究显示，lncRNA在人体体液中稳定存在，因此，它们是癌症诊断和预后判断的理想的候选生物标志物。Xie等发现lncRNA-HULC在肝癌患者血浆中高表达，HULC可以作为肝癌诊断的标志物。2015年，Lu等研究表明血清lncRNA-uc003wbd和lncRNA-AF085935在肝癌患者与乙肝患者血清中的表达，和正常对照组相比，均显著增加，提示两者可能是肝癌和慢性乙型肝炎诊断的潜在生物标志物。同年，Tang等利用lncRNA表达谱芯片检测了3例HCC患者和3例正常对照的血浆样本，鉴定出一个3-lncRNA(RP11–160H22.5，XLOC_014172和LOC149086)组成的分子标签，它可以作为肝癌诊断的潜在生物标记物。
然而，已经报道的单个或少数几个lncRNA构成的标签对肝脏慢性疾病诊断和鉴别诊断的准确性有限，达不到临床应用的要求。因此，目前临床上急需开发出一种检测结果更为准确的血清lncRNA分子标签。
发明内容
本发明的目的在于提供一组具有更高准确性的用于肝脏慢性疾病诊断的lncRNA分子标签，该分子标签由48-lncRNA组成，可以高准确性地区分正常、慢性乙型肝炎、肝硬化和肝癌四个人群。
本发明所采取的技术方案是：
用于肝脏慢性疾病诊断的lncRNA标签组，该标签组由AK055007、ASLNC12707、ASLNC17006、ASLNC18330、ASLNC21223、ASLNC21612、AW605175、AW815311、AW995682、BE061397、BE062667、BF326935、BF336844、BF363576、BF364158、BF368575、BF768642、BF851650、BF896662、BF986336、BG004232、CK327022、GSO_1539211_047、GSO_1539211_123、GSO_1539211_167、GSO_1539211_385、GSO_1539296_151、snaR、XLOC_000214、XLOC_001332、XLOC_001435、XLOC_001771、XLOC_003261、XLOC_004243、XLOC_005105、XLOC_006039、XLOC_006476、XLOC_007051、XLOC_007869、XLOC_009207、XLOC_009614、XLOC_010577、XLOC_010632、XLOC_010898、XLOC_011110、XLOC_011486、XLOC_013095和XLOC_014362共计48个血清lncRNA组成。
肝脏慢性疾病选自原发性肝细胞癌、肝硬化、慢性乙型肝炎。
肝脏慢性疾病的判别公式为通过判别分析构建的Fisher's判别函数公式。
定量血清lncRNA表达量的试剂组在制备肝脏慢性疾病诊断试剂中的应用，其中，定量血清lncRNA表达量的试剂由定量AK055007、ASLNC12707、ASLNC17006、ASLNC18330、ASLNC21223、ASLNC21612、AW605175、AW815311、AW995682、BE061397、BE062667、BF326935、BF336844、BF363576、BF364158、BF368575、BF768642、BF851650、BF896662、BF986336、B、G004232、CK327022、GSO_1539211_047、GSO_1539211_123、GSO_1539211_167、GSO_1539211_385、GSO_1539296_151、snaR、XLOC_000214、XLOC_001332、XLOC_001435、XLOC_001771、XLOC_003261、XLOC_004243、XLOC_005105、XLOC_006039、XLOC_006476、XLOC_007051、XLOC_007869、XLOC_009207、XLOC_009614、XLOC_010577、XLOC_010632、XLOC_010898、XLOC_011110、XLOC_011486、XLOC_013095和XLOC_014362共计48个血清lncRNA的试剂组成。
本发明的有益效果是：
1)48-lncRNA可以很好的区分正常、慢性乙型肝炎、肝硬化和肝癌四种人群；
2)在175例样本中，48-lncRNA分子标签诊断肝癌的灵敏度和特异性分别是97.82％和98.45％，与之相对照的，AFP的灵敏度和特异性分别是65.22％和90.7％；
3)在13例肝癌直径小于3厘米的患者中，48-lncRNA分子标签诊断小肝癌的正确率是100％，与之相对照的，AFP的正确率只有61.5％。
附图说明
图1.48-lncRNA分子标签判别训练组109个样本的二维功能空间聚类图；1：正常；2：慢性乙型肝炎；3：肝硬化；4：肝癌；
图2.48-lncRNA分子标签判别训练组109个样本的原始判别结果；
图3.48-lncRNA分子标签判别训练组109个样本的交叉验证结果；
图4.48-lncRNA分子标签判别验证组66个样本的结果；
图5.训练组48-lncRNA分子标签与AFP诊断肝癌的ROC曲线比较图；
图6.验证组48-lncRNA分子标签与AFP诊断肝癌的ROC曲线比较图；
图7.Real time qRT-PCR验证芯片结果。
具体实施方式
发明人首先抽提了训练组109例血清样本(包括23例正常(HC)人、30例慢性乙型肝炎(CHB)患者、30例肝硬化(LC)患者、26例肝癌(HCC)患者)的RNA，进行lncRNA表达谱芯片杂交，通过芯片扫描，数据提取，数据标准化处理后，经过SAM分析，挑选出181个在正常人和病人(包括慢性乙型肝炎、肝硬化和肝癌患者)之间表达变化倍数大于1.5及p<0.001的lncRNA。接着，发明人采用Fisher判别分析(逐步回归法)对这181个差异表达的lncRNA进行筛选，签定出一组48个lncRNA组成的分子标签，结果显示这个标签可以100％的判别正常、慢性乙型肝炎、肝硬化和肝癌。
为了验证此48-lncRNA标签的诊断作用，发明人在训练组进行了一次交叉验证(cross-validation)，同时收集另外66个血清样本组成验证组(包括15例正常人、15例慢性乙型肝炎、16例肝硬化和20例肝癌患者)进行了验证，结果表明，48-lncRNA分子标签的诊断的准确率与训练组原始诊断正常率类似。此外，为了证实芯片数据可靠，使用实时荧光定量RT-PCR(Real time qRT-PCR)对3个lncRNA的表达水平进行检测，结果显示3个lncRNA的表达趋势与芯片结果一致。
下面结合实验，进一步说明本发明的技术方案。
材料和方法
1.试验材料
本实验所用的正常人和肝癌患者血清来自中山大学附属肿瘤医院，慢性乙型肝炎和肝硬化患者的血清来自广州市第八人民医院。抽提血清RNA的试剂盒购自NorgenBiotek公司。所需的探针、引物由life公司合成。qRT-PCR试剂盒购自Promega公司。所需的Cyanine-5-dUTP购自Enzo Life Sciences。
2.实验方法
2.1血清RNA抽提纯化
血清RNA抽提参照NorgenBiotek说明书。
2.2表达谱芯片探针的设计
从lncRNA数据库找出lncRNA序列，将序列导入Array Designer 2.0软件，连接网络，设置探针设计参数，让软件自动寻找合适的探针，探针设计好后交由life公司合成，引物采用脱盐纯化。
2.3总RNA荧光标记
RNA荧光标记的原理为通过逆转录将带荧光的dUTP碱基渗入到cDNA中，使逆转录合成的cDNA带上荧光，再与芯片上的探针进行杂交。
①在PCR管中加入以下试剂：
Total RNA约500ng
6mer Random primer(5ug/ul) 1ul
Nuclease-Free Water补至 7.5ul
②置PCR仪中70℃、5min，立即放入冰上静置至少2分钟；
③再在上述PCR管中依次加入以下试剂：
Figure BDA0001010530880000041
Figure BDA0001010530880000051
用枪头小心吸打混匀，瞬间离心将管壁上的液体收集于管底；
④置PCR仪中42℃、60min；
⑤置PCR仪中70℃、5min灭活酶活性后。
2.4纯化荧光染料标记的RNA
①取出Micro Bio-Spin 30column柱子，将柱子放入配套的收集管中；
②1000Xg，离心2min，弃收集液体；
③将柱子倒放入一干净的收集管中；
④1000Xg，离心4min收集管中剩余的标记cDNA。
2.5表达谱芯片杂交
①取25μl标记纯化好的cDNA与等体积的2×杂交液混合；
②在杂交盒两侧小孔内各滴加50μl超纯水，将芯片置于杂交盒内；
③盖上杂交用盖玻片，将混合好的杂交液从盖玻片的侧面加入；
④密封杂交盒，水平置于杂交仪中，46℃，过夜(约16h)；
⑤取出杂交盒，芯片置于1×SSC和0.1％SDS中振荡清洗10min；
⑥0.5×SSC及0.2×SSC洗1min(各2次)；
⑦1000rpm离心1min，甩干芯片。
2.6芯片扫描
①打开扫描仪电源，开启电脑进入windows界面；
②双击进入软件界面，此时SCAN指示灯变绿，说明已准备好扫描；
③在软件中点击芯片托架按钮，以使扫描仪上的托架弹出；
④将芯片固定于托架上，操作托架进入扫描仪内；
⑤选择Preview，50μm分辨率预扫全张芯片；
⑥选择合适的扫描强度及分辨率进行正式扫描；
⑦保存获得的扫描图像。
2.7数据提取
①打开genepix 6.0软件；
②打开保存的扫描图像；
③打开相应的gal文件；
④利用程序的自动定位功能进行探针点的定位；
⑤手动调整自动定位没有定位准确的探针点；
⑥提取数据，保存为.gpr文件。
2.8数据去背景和标准化及SAM分析
将所有样本的gpr文件导入GPR分析软件，先去除背景值，然后再对数据进行标准化，将标准化后的数据用SAM软件筛选出差异表达的lncRNA。
2.9判别分析
将筛选出的差异表达的lncRNA导入SPSS 20.0，采用Fisher判别分析方法(逐步回归法)得到Fisher判别函数。
2.10ROC曲线
将48-lncRNA和AFP判别肝癌的结果导入MedCalc软件，选择统计分析中ROC曲线。
2.11实时荧光定量RT-PCR
①RNA反转录
将RT primer(5μM)稀释为浓度500nM。
将试剂放置于冰上融化，分别加入以下试剂：
Total RNA 200ng
RT Primer 1μl
DEPC H2O 补至5μl
瞬时离心，70℃孵育10分钟，立即放进冰浴
瞬时离心，分别加入以下试剂：
Figure BDA0001010530880000061
42℃孵育60分钟
70℃孵育10分钟
4℃放置，终止反应。
②实时定量PCR扩增
配置15μl的qPCR反应体系：
Figure BDA0001010530880000071
瞬时离心。
③PCR扩增反应程序：
95℃/10min，然后95℃/15s，60℃/60s，扩增45个循环。
④已GAPDH作为内参，以Threshold cycle(CT)法进行表达水平的比较分析，以2-△△Ct方法计算相对定量。
实验结果如下：
表1.正常人与病人(慢性乙型肝炎、肝硬化和肝癌患者)之间差异表达的181个lncRNA
Figure BDA0001010530880000072
Figure BDA0001010530880000081
Figure BDA0001010530880000091
Figure BDA0001010530880000101
Figure BDA0001010530880000111
Figure BDA0001010530880000121
*lncRNA差异表达的倍数在正常人与慢性乙型肝炎、肝硬化和肝癌患者之间都是显著的，P<0.001；
#lncRNA在慢性乙型肝炎和/或肝硬化患者中的平均表达值低于正常人；
加粗显示的lncRNA是48-lncRNA分子标签中的lncRNA。
在训练组样本的23例正常人和30例慢性乙型肝炎、30例肝硬化、26例肝细胞癌血清中，根据训练组109例样本表达谱芯片数据，SAM分析发现与正常人相比，慢性乙型肝炎、肝硬化、肝细胞癌患者中有181个差异表达的lncRNA(筛选标准：FDR＝0；Fold change≥1.5)(表1)。为了有效区分正常人、慢性乙型肝炎、肝硬化和肝细胞癌，应用判别分析法对训练组109例样本中的四类人群进行判别分类。采用判别分析，从181个差异表达的lncRNA中筛选出一组由48个lncRNA组成的分子标签构建的四个Fisher's判别函数公式。将训练组109例每个样本中的48个lncRNA的表达值分别代入4个Fisher's判别函数公式，哪一个判别函数值最大，该样本就属于哪一类人群，如表2和图2所示，48-lncRNA可以100％的准确判别四类人群。
表2. 48-lncRNA判别训练组109个样本的原始判别数值
Figure BDA0001010530880000122
Figure BDA0001010530880000131
Figure BDA0001010530880000141
Figure BDA0001010530880000151
表3. 48-lncRNA判别训练组109个样本的交叉验证数值
Figure BDA0001010530880000152
Figure BDA0001010530880000161
Figure BDA0001010530880000171
Figure BDA0001010530880000181
表4. 48-lncRNA判别验证组66个样本的判别数值
Figure BDA0001010530880000182
Figure BDA0001010530880000191
表5. 48-lncRNA分子标签和AFP诊断46例肝癌和129例非肝癌的结果列表
Figure BDA0001010530880000201
表6.比较48-lncRNA分子标签和AFP诊断肝癌的效率
Figure BDA0001010530880000202
结果根据表5的数据计算得到。
表7.比较48-lncRNA分子标签和AFP诊断小肝癌的准确性
Figure BDA0001010530880000203
使用SPSS 20.0软件中Fisher discriminant analysis(Stepwise discriminantmethod)筛选出此组48-lncRNA组成的分子标签。
图1.48-lncRNA分子标签判别训练组109个样本的二维功能空间聚类图：1：正常；2：慢性乙型肝炎；3：肝硬化；4：肝癌；从图中可以看出，四类人群各自分布集中，各自聚成一类，可被清楚识别，提示48-lncRNA的分子标签可很好地判别四类人群。
图2.48-lncRNA分子标签判别训练组109个样本的原始判别结果；结果显示48-lncRNA可以100％的准确判别四类人群。
为了验证此48-lncRNA标签的诊断作用，发明人在训练组109中进行了交叉验证(cross-validation)。验证结果如图3所示。图3为48-lncRNA分子标签判别训练组109个样本的交叉验证结果；结果表明，48-lncRNA分子标签诊断的准确率与训练组原始诊断准确率相近。
为了验证此48-lncRNA标签的诊断作用，同时收集另外66个血清样本组成了验证组。图4是48-lncRNA分子标签判别验证组66个样本的结果；结果表明，48-lncRNA分子标签诊断的准确率与训练组原始诊断准确率相近。
发明人对训练组109例样本进行了ROC曲线分析，训练组48-lncRNA分子标签与AFP诊断肝癌的ROC曲线比较图如图5所示；结果显示48-lncRNA分子标签诊断肝细胞癌的效率显著高于AFP。
发明人对验证组66例样本进行了ROC曲线分析，验证组48-lncRNA分子标签与AFP诊断肝癌的ROC曲线比较图如图6所示；结果显示48-lncRNA分子标签诊断肝细胞癌的效率显著高于AFP。
为了证实芯片数据，使用qRT-PCR进行验证。从筛选出的181个差异表达的lncRNA中随机挑选3个lncRNA进行验证Real time qRT-PCR验证芯片结果如图7所示。qRT-PCR结果显示lncRNA-XLOC-001771，lncRNA-XLOC-002977，lncRNA-XLOC-011938与芯片数据结果相对应。

Claims (3)

1.用于肝脏慢性疾病诊断的lncRNA标签组，该标签组由AK055007、ASLNC12707、ASLNC17006、ASLNC18330、ASLNC21223、ASLNC21612、AW605175、AW815311、AW995682、BE061397、BE062667、BF326935 、BF336844 、BF363576、BF364158、BF368575 、BF768642 、BF851650 、BF896662 、BF986336 、BG004232、CK327022 、GSO_1539211_047 、GSO_1539211_123 、GSO_1539211_167 、GSO_1539211_385 、GSO_1539296_151、snaR、XLOC_000214 、XLOC_001332 、XLOC_001435 、XLOC_001771 、XLOC_003261 、XLOC_004243 、XLOC_005105 、XLOC_006039、XLOC_006476、XLOC_007051 、XLOC_007869 、XLOC_009207 、XLOC_009614、XLOC_010577、XLOC_010632、XLOC_010898、XLOC_011110、XLOC_011486 、XLOC_013095 和XLOC_014362共计48个血清lncRNA组成；
所述肝脏慢性疾病是指原发性肝细胞癌、肝硬化、慢性乙型肝炎。
2.根据权利要求1所述的lncRNA标签组，其特征在于：肝脏慢性疾病的判别公式为通过判别分析构建的Fisher's 判别函数公式。
3.定量血清lncRNA表达量的试剂组在制备肝脏慢性疾病诊断试剂中的应用，其中，定量血清lncRNA表达量的试剂由定量AK055007、ASLNC12707、ASLNC17006、ASLNC18330、ASLNC21223、ASLNC21612、AW605175、AW815311、AW995682、BE061397、BE062667、BF326935 、BF336844 、BF363576、BF364158、BF368575 、BF768642 、BF851650 、BF896662 、BF986336、BG004232、CK327022 、GSO_1539211_047 、GSO_1539211_123 、GSO_1539211_167 、GSO_1539211_385 、GSO_1539296_151、snaR、XLOC_000214 、XLOC_001332 、XLOC_001435 、XLOC_001771 、XLOC_003261 、XLOC_004243 、XLOC_005105 、XLOC_006039、XLOC_006476、XLOC_007051 、XLOC_007869 、XLOC_009207 、XLOC_009614、XLOC_010577、XLOC_010632、XLOC_010898、XLOC_011110、XLOC_011486 、XLOC_013095 和XLOC_014362共计48个血清lncRNA的试剂组成；
所述肝脏慢性疾病是指原发性肝细胞癌、肝硬化、慢性乙型肝炎。
CN201610397094.XA 2016-06-06 2016-06-06 血清48-lncRNA作为肝脏慢性疾病诊断标记物的应用 Active CN107460234B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610397094.XA CN107460234B (zh) 2016-06-06 2016-06-06 血清48-lncRNA作为肝脏慢性疾病诊断标记物的应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610397094.XA CN107460234B (zh) 2016-06-06 2016-06-06 血清48-lncRNA作为肝脏慢性疾病诊断标记物的应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN107460234A CN107460234A (zh) 2017-12-12
CN107460234B true CN107460234B (zh) 2020-06-16

Family

ID=60545784

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201610397094.XA Active CN107460234B (zh) 2016-06-06 2016-06-06 血清48-lncRNA作为肝脏慢性疾病诊断标记物的应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN107460234B (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113564261B (zh) * 2021-09-26 2021-12-07 广州医科大学附属肿瘤医院 与肝细胞癌相关的lncRNA及其应用

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20150329858A1 (en) * 2012-11-16 2015-11-19 The University Of Tokyo Long non-coding rna used for anticancer therapy
DK3083997T3 (da) * 2013-12-20 2020-10-19 Univ Lausanne Diagnostiske, prognostiske og terapeutiske anvendelser af lange ikke-kodende rna¿er til hjertelidelser og regenerativ lægemiddel
CN104726570B (zh) * 2015-03-06 2017-03-08 中国人民解放军第二军医大学 一种检测血清中lncRNA‑NEAT1的试剂盒及其在肝癌血清学诊断中的应用
CN105274202A (zh) * 2015-09-09 2016-01-27 中山大学附属第三医院 一种肝癌诊断剂

Also Published As

Publication number Publication date
CN107460234A (zh) 2017-12-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN104046703B (zh) 人乳头状瘤病毒的快速基因型鉴定分析及其装置
WO2020048518A1 (zh) 一组用于髓母细胞瘤分子分型的基因及其应用
AU2018305609B2 (en) Enhancement of cancer screening using cell-free viral nucleic acids
CN110904225A (zh) 用于肝癌检测的组合标志物及其应用
CN111455103A (zh) 用于呼吸道rna病毒pcr检测的内参基因及其检测产品
CN113604563B (zh) 一种肝癌诊断或辅助诊断的核酸组合、检测试剂盒及其应用
CN108796074B (zh) 检测环状RNA circRNF13的试剂在制备肿瘤辅助诊断制剂上的应用及试剂盒
CN108660215B (zh) 检测circMAN1A2和circRNF13试剂的应用及试剂盒
CN105648075A (zh) 一种肝癌诊断组合及含有该组合的试剂盒
CN107460234B (zh) 血清48-lncRNA作为肝脏慢性疾病诊断标记物的应用
CN105154533B (zh) 诊断早期肝癌的miRNA组合及其试剂盒
CN101838709A (zh) 一种微量hpv快速基因分型方法
CN111793690A (zh) 用于宫颈癌检测的DNA甲基化qPCR试剂盒及其使用方法
CN111321219A (zh) Acta2甲基化作为哮喘诊断标志物的用途
CN108660213B (zh) 检测三种非编码rna试剂的应用及试剂盒
CN113416784A (zh) 一种与乳腺癌诊断相关的血清外泌体tsRNA标志物及其应用
CN108823308B (zh) 检测circMAN1A2和LOC284454试剂的应用及试剂盒
CN102766573A (zh) 基因群检测结构
CN113234817A (zh) 利用CpG位点甲基化水平检测早期肝癌的标志物
CN1410546A (zh) 实时荧光定量rt－pcr检测人甲胎蛋白试剂盒
CN116397024B (zh) 一种用于肺癌患者筛查的多基因联合检测试剂盒
CN115747333B (zh) 一种肿瘤标记物检测试剂盒和检测分析系统及其应用
CN103451301B (zh) 聋病易感基因slc26a4 2168a＞g、ivs7-2a＞g突变检测试剂盒
WO2023056884A1 (en) Sequencing of viral dna for predicting disease relapse
US11807908B2 (en) Genetic markers used for identifying benign and malignant pulmonary micro-nodules and the application thereof

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant