CN107312828B - 与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用 - Google Patents

与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN107312828B
CN107312828B CN201710270219.7A CN201710270219A CN107312828B CN 107312828 B CN107312828 B CN 107312828B CN 201710270219 A CN201710270219 A CN 201710270219A CN 107312828 B CN107312828 B CN 107312828B
Authority
CN
China
Prior art keywords
liver cancer
genotype
liver
group
patients
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
CN201710270219.7A
Other languages
English (en)
Other versions
CN107312828A (zh
Inventor
赵艳
张永宏
覃岭
李宁
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Beijing Youan Hospital
Original Assignee
Beijing Youan Hospital
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Beijing Youan Hospital filed Critical Beijing Youan Hospital
Priority to CN201710270219.7A priority Critical patent/CN107312828B/zh
Publication of CN107312828A publication Critical patent/CN107312828A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN107312828B publication Critical patent/CN107312828B/zh
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用。本发明所保护的技术方案是检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备筛查不同肿瘤生长速度肝癌患者产品中的应用。可将检测rs12252的多态性或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备筛查不同肿瘤生长速度肝癌患者的产品。

Description

与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其 应用
技术领域
本发明涉及生物医学领域中与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用。
背景技术
目前原发性肝癌诊断存在如下问题：
(1)临床早期诊断率低
85％患者诊断时已到晚期：目前主要的临床诊断手段包括影像检查、血清甲胎蛋白(AFP)检测、血液酶学检查和肿瘤组织活检。影像检查技术和手段中，超声检查可显示直径为2cm以上的肿瘤，但需重复、动态检查并结合其他指标进行诊断。计算机断层扫描(CT)在原发性肝癌的诊断中最为普遍，可显示2cm的肿瘤，阳性率在90％以上。但是对占位性病变性质难以确定，对于直径小于1厘米的肿瘤难以发现，正电子发射体层显像(PET)可显示肝癌组织的代谢情况，但是诊断的敏感性仅有50％左右。磁共振成像(MRI)具有很高的组织分辨率和多参数、多方位成像等特点，而且无辐射影响，但是其空间分辨率不及CT，且费用昂贵，不能普遍应用于普查。由此可见，影像学方法只能检测前临床诊断期和临床症状期的癌肿，即当癌肿小于0.5cm时因癌肿相关血管尚未形成无法在影像学上发现。血液酶学方面，AFP是目前临床上诊断HCC最常用的血清肿瘤标记物，其诊断HCC的敏感性和特异性分别为41％～65％和80％～94％。但在部分良性肝病、生殖系统和胃肠道的一些恶性肿瘤中AFP也有升高，且在一部分HCC中AFP水平长期保持低水平(<20ng/ml)，其较高的假阳性及假阴性严重影响了AFP诊断HCC的准确性。因此，血清AFP检测因自身的局限性无法在原发性肝癌早期做出正确的诊断，仍需在影像学的配合下，在前临床诊断期和临床症状期协助诊断。综上所述，目前临床上原发性肝癌的主要诊断手段均为针对临床症状期，尚无真正意义的早期诊断方法。
(2)慢性乙型肝炎患者在疾病进展中,缺乏肝癌早期预警指标
由于肝癌早期诊断率较低，临床尚无针对肿瘤早期的诊断方法。在儿童时期感染乙型肝炎病毒的成人中，约25％会因慢性感染死于肝硬化或肝癌，因此在慢性乙型肝炎治疗和随访中，引入肝癌预警体系对高危人群进行重点监测，拟补影像学和酶学诊断指标不灵敏的不足，对于肝癌早期诊断非常的必要。
(3)肝癌治疗后复发的预警
目前肝癌的治疗方法包括手术和非手术治疗。早期肝癌多采用手术切除，肝移植，无水酒精消融(percutaneous ethanol injection，PEI)和射频消融(radio frequencyablation,RFA)等治疗方法；中期肝癌多采用经导管动脉内化疗栓塞术(Transarterialchemoembolization，TACE)，TACE+FRA，经导管放射性栓塞(Transarterialradioembolization，TARE)；晚期肝癌采用常规全身系统性化疗或分子靶向治疗药物索拉非尼治疗。大量临床资料显示，直径≤5cm的小HCC治疗效果明显优于直径>5cm的大HCC，而直径≤2cm的微小HCC疗效更佳。但是，因为通常情况下，70％～80％的原发性肝癌病人发现时已到晚期，失去了根治性手术机会，而且即使手术切除肝癌，5年后肿瘤复发率仍超过70％。可见，肝癌治疗后易于复发，因此，原发性肝癌需要早期诊断，但也需要针对治疗后复发的预警指标。
干扰素诱导的跨膜蛋白3(IFITM3，也被称为1-8U)的基因最初确定于1984年，系从INF治疗神经母细胞瘤筛选cDNA过程中发现，其克隆来源于人淋巴细胞的cDNA文库。IFITM3可在大多数组织中翻译表达，并高度诱导干扰素表达。以往的研究表明IFITM3属于鼠基因家族，其较短，含有2个跨膜结构域的蛋白(5-18kDa)，具有较高的核心序列相似性，但N和C-末端存在进化差异。人类的同源基因(IFITM1，IFITM2，和IFITM3)均聚集在11号染色体上一个18-kb的基因组序列内，并介导细胞的发育过程，包括细胞粘附，免疫细胞调节，生殖细胞归巢和成熟。
干扰素诱导跨膜蛋白3(IFITM3)是一种具有广谱抗囊膜病毒活性的蛋白，IFITM3是由I型或II型干扰素(IFN)诱导产生的，它可以通过抑制流感病毒和其他包膜病毒进入细胞而限制病毒复制，缺失IFITM3基因后，IFN的抗病毒作用会明显变弱。rs12252位于干扰素诱导跨膜蛋白3基因中。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是如何筛查不同肿瘤生长速度肝癌患者。
为解决上述技术问题，本发明首先提供了下述1-6中任一用途：
1、检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备筛查或辅助筛查不同肿瘤生长速度肝癌患者或不同肝癌发展途径患者产品中的应用；
2、检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备检测或辅助检测不同肿瘤生长速度肝癌易感性或不同肝癌发展途径易感性产品中的应用；
3、检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备检测或辅助检测与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性或与不同肝癌发展途径相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；
4、检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性或与不同肝癌发展途径相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；
5、人基因组中rs12252的多态性或基因型在制备筛查或辅助筛查不同肿瘤生长速度肝癌患者或不同肝癌发展途径患者产品中的应用；
6、人基因组中rs12252的多态性或基因型在制备检测或辅助检测不同肿瘤生长速度肝癌易感性或不同肝癌发展途径易感性产品中的应用。
rs12252是人染色体11p5.5上的一个二等位多态性的SNP位点，该变异是转换(T/C，在其互补链上则为A/G)。rs12252基因型是CC、CT或TT。其中，CC是rs12252位点为C的纯合型，TT是rs12252位点为T的纯合型，CT是rs12252位点为T和C的杂合型。所述检测人基因组中rs12252的多态性或基因型具体可通过检测rs12252的核苷酸种类确定。
上述用途中，所述人可为肝癌患者。
为解决上述技术问题，本发明还提供了含有检测或辅助检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质的产品。
本发明所提供的含有检测或辅助检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质的产品，为a)-h)中的任一种产品：
a)检测或辅助检测与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
b)鉴定或辅助鉴定与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
c)筛查或辅助筛查不同肿瘤生长速度肝癌患者产品；
d)检测或辅助检测不同肿瘤生长速度肝癌易感性产品；
e)检测或辅助检测与不同肝癌发展途径相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
f)鉴定或辅助鉴定与不同肝癌发展途径相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
g)筛查或辅助筛查不同肝癌发展途径患者产品；
h)检测或辅助检测不同肝癌发展途径易感性产品。
上述产品中，所述人可为肝癌患者。
本发明中，所述检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质可包括扩增包括rs12252在内的基因组DNA片段的PCR引物对，还可包括限制性内切酶MscI。所述检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质也可仅为扩增包括rs12252在内的基因组DNA片段的PCR引物对，也可为所述引物对与限制性内切酶MscI。
本发明中，所述PCR引物对可为序列表中SEQ ID No.1所示的单链DNA和序列表中SEQ ID No.2所示的单链DNA。
不同肝癌发展途径可为是否经过肝硬化发展为肝癌，具体可为慢性乙型肝炎是否经过肝硬化发展为肝癌。
实验证明，rs12252的C等位在肿瘤生长速度快的肝癌患者群体中的比例高于该等位在肿瘤生长速度慢的肝癌患者群体中的比例，具有统计学差异，说明rs12252的C等位为肿瘤生长速度快的肝癌的风险等位。rs12252的三个基因型中，CC基因型的个体在高生长速度肝癌组中的比例高于对应基因型在低生长速度肝癌组中的比例，TT和CT基因型的个体在高生长速度肝癌组中的比例分别低于对应基因型在低生长速度肝癌组中的比例。与携带TT和CT基因型的个体相比，携带CC基因型的肝癌患者的肿瘤是高生长速度肿瘤的风险增加，OR值为4.067[95％置信区间(95％CI)＝1.833-9.025；P<0.001]。说明rs12252多态性位点与肝癌肿瘤的生长速度显著关联。
肿瘤生长速度具体可体现在慢性乙型肝炎是否经过肝硬化发展为肝癌(即不同肝癌发展途径)上和/或肝癌是否伴有癌栓上和/或在确诊为肝癌时肿瘤的大小上。是否经过肝硬化发展为肝癌具体可为慢性乙型肝炎是否经过肝硬化发展为肝癌。
在实际应用中，可将检测rs12252的多态性或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备筛查或辅助筛查不同肿瘤生长速度肝癌患者的产品。
其中，检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质可为通过下述至少一种方法确定rs12252的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱、SNP芯片、TaqMan探针技术和SequenomMassArray技术。其中，利用Sequenom MassArray技术确定rs12252的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器包括PCR引物对、基于单碱基延伸反应的延伸引物、磷酸酶(如虾碱性磷酸酶(shrimp alkaline phosphatase，SAP))、树脂、芯片、MALDI-TOF(matrix-assistedlaser desorption/ionization–time of fligh，基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱)以及Sequenom MassArray技术所需要的其他试剂和仪器；利用限制性酶切片段长度多态性确定rs12252的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器包括PCR引物对和限制性内切酶；SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片。
本发明的一个实施例中，采用限制性酶切片段长度多态性确定rs12252的多态性和基因型。所述PCR引物对在序列上没有特殊要求，只要能扩增出包括rs12252在内的基因组DNA片段即可，具体可为序列表中SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的单链DNA。所述限制性内切酶具体可为MscI。
本发明在不同肿瘤生长速度肝癌患者群体中发现rs12252是与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性。可将检测rs12252的多态性或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备筛查不同肿瘤生长速度肝癌患者的产品。
附图说明
图1为使用MscI限制性内切酶对PCR扩增产物进行酶切的电泳图谱；其中，M:为DNA分子量标准(50bp Ladder)；样品1-1、1-2和1-3为CT基因型酶切产物；样品2-1、2-2和2-3为CC基因型酶切产物；样品3-1、3-2和3-3为TT基因型酶切产物。
图2为不同恶性程度肝癌患者群体中CC、CT和TT基因型个体的比例。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。
下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1、IFITM3 rs12252是与肝癌恶性程度、复发可能性以及肝癌肿瘤生长速度相关的单核苷酸多态性位点
rs12252是人染色体11p5.5上的一个二等位多态性的SNP位点，该变异是转换(T/C，在其互补链上则为A/G)，该位点位于IFITM3基因中。rs12252基因型是CC、CT或TT。其中，CC是rs12252位点为C的纯合型，TT是rs12252位点为T的纯合型，CT是rs12252位点为T和C的杂合型。
一、肝癌患者的入选标准
156例肝癌患者，其中男性患者为137例，女性患者为19例，所有患者的平均年龄为50.89±9.13，所有患者均来自中国大陆，且无血缘关系。所有患者均符合卫生部组织专家指定的《原发性肝癌诊疗规范(2011年版)》标准，经影像学B超、CT、MRI、肝穿及手术病理检查证实确诊为肝癌患者。
二、rs12252位点的基因分型
(1)扩增含SNP位点的核苷酸片段
根据rs12252的侧翼序列设计引物，正向引物F：5’-GAAAAGGAAACTGTTGAGAACCGAA-3’(SEQ ID NO.1)，反向引物R：5’-GAGCCTCCTCCTAAACCTGCAC-3’(SEQ ID NO.2)，扩增出待测SNP所在的核苷酸片段，PCR产物为序列表中SEQ ID NO.3。rs12252位点位于SEQ ID NO.3的140bp处，该处核苷酸为C或T，当该处核苷酸为T时，可被MscI内切酶(识别序列为TGG^CCA)识别。
其中，PCR反应体系以50μl计为：150-200ng/μl人基因组DNA 1μl，10μM引物F和R各2μl，Premix Taq HS 25μl，余量为ddH2O；其中，Premix Taq HS为TaKaRa公司(货号：DR028A)产品。使用Premix Taq Hot Start Version(TaKaRa公司)。
PCR反应条件为：95℃10分钟；95℃60秒，55℃30秒，72℃30秒，35个循环；72℃5分钟。
(2)针对第142位核苷酸的不同选择适当的内切酶进行PCR-RFLP
该PCR产物用MscI内切酶酶切，反应体系以20μl计为：PCR扩增产物10μl，快速消化MscI酶(Fast Digest MScI，Fermentas公司)1μl，10×FastDigest Green缓冲液2μl，无核酸酶的ddH2O 17μl。反应条件为：37℃水浴，酶切30min。
然后，将得到的酶切产物在2％琼脂糖凝胶中进行电泳，溴化乙锭染色，凝胶成像系统中观察。
制胶：用蒸馏水将与胶接触的器皿洗干净，室温自然晾干，将含有Golden View的2％琼脂糖凝胶倒入模板中，插入13个孔的梳子，待胶自然聚合后，拔出梳子，则制得含有13个孔的2％的琼脂糖凝胶。
电泳：向15μl酶切产物中加入6×上样缓冲液3μl，上样检测，100V恒压，电泳2小时。
根据PCR-RFLP的结果确定该位点在检测群体中的基因型。当PCR产物的140bp处核苷酸均为C时，MscI内切酶不可识别该位点，即PCR产物不能被切开，凝胶中只有一条带，长度为562bp，该基因型记为CC型；当140bp处的核苷酸均为T时，即可将PCR扩增片段切成两个片段，一个为420bp，另一个片段为142bp，该基因型记为TT型；当140bp处既含有C又含有T时，即凝胶电泳中含有三条带，长度分别约为562bp、420bp和142bp，该基因型记为杂合型CT型。(图1)
这156例肝癌患者中，CC基因型的患者为44例，CT基因型的患者为84例，TT基因型的患者为28例。
三、rs12252位点的基因型与肝癌恶性程度的关系
对这156例肝癌患者按照肝癌的不同恶性程度进行分组，分为高分化肝细胞性肝癌组、中分化肝细胞性肝癌组和低分化肝细胞性肝癌组。肝癌患者归为高分化肝细胞性肝癌组的标准为肿瘤直径<2cm，与正常细胞相比核浆比例增大，但异型性不明显。肝癌患者归为中分化肝细胞性肝癌组的标准为肿瘤直径大于3cm，癌细胞胞浆丰富、嗜酸性、核圆形，核仁清楚。肝癌患者归为低分化肝细胞性肝癌组的标准为与正常肝组织相比血窦样腔隙减少，癌细胞核浆比例明显增大，异型性明显。其中，异型性是指肿瘤组织在细胞形态和组织结构上，与其发源的正常组织的不同程度的差异。各组中各基因型的患者数及百分比如表1与图2所示。
表1、各组中各基因型的患者数及百分比
Figure BDA0001277154440000071
结果显示，高分化肝细胞性肝癌组中C等位的频率为41.03％，T等位的频率为58.97％；中分化肝细胞性肝癌组中C等位的频率为56.62％，T等位的频率为43.38％；低分化肝细胞性肝癌组中C等位的频率为64.29％，T等位的频率为35.71％。C等位在中分化肝细胞性肝癌组中的频率比在高分化肝细胞性肝癌组中的频率高，具有统计学差异(P＝0.028)，C等位在低分化肝细胞性肝癌组中的频率比在高分化肝细胞性肝癌组中的频率高，具有统计学差异(P＝0.002)，C等位在低分化肝细胞性肝癌组中的频率比在中分化肝细胞性肝癌组中的频率高(P＝0.238)，表明rs12252位点的C等位为恶性程度高的肝癌的风险等位。
rs12252位点的三个基因型中，不同的组别中CC基因型的肝癌患者具有以下规律：在中分化肝细胞性肝癌组中的百分比高于在高分化肝细胞性肝癌组中的百分比，在低分化肝细胞性肝癌组中的百分比高于在高分化肝细胞性肝癌组中的百分比，在低分化肝细胞性肝癌组中的百分比高于在中分化肝细胞性肝癌组中的百分比。
不同的组别中CT基因型的肝癌患者具有以下规律：在中分化肝细胞性肝癌组中的百分比低于在高分化肝细胞性肝癌组中的百分比，在低分化肝细胞性肝癌组中的百分比低于在高分化肝细胞性肝癌组中的百分比。
不同的组别中TT基因型的肝癌患者具有以下规律：在低分化肝细胞性肝癌组中的百分比低于在高分化肝细胞性肝癌组中的百分比，在低分化肝细胞性肝癌组中的百分比低于在中分化肝细胞性肝癌组中的百分比，在中分化肝细胞性肝癌组中的百分比低于在高分化肝细胞性肝癌组中的百分比。
与携带TT和CT基因型的肝癌患者相比，携带CC基因型的肝癌患者肝癌为中分化肝细胞性肝癌的风险增加，OR值为3.910(95％CI＝1.231-12.413；P＝0.011)。与携带TT和CT基因型的肝癌患者相比，携带CC基因型的肝癌患者肝癌为低分化肝细胞性肝癌的风险增加，OR值为5.542,[(95％CI＝1.697-18.095；P＝0.002]。
结果表明，rs12252多态性位点与肝癌的恶性程度显著关联，可以利用rs12252位点筛查恶性程度高的肝癌患者。
四、rs12252位点的基因型与肝癌肿瘤生长速度的关系
对这156例肝癌患者按照肝癌肿瘤生长速度进行分组，分为高生长速度肝癌组和低生长速度肝癌组，肝癌患者归为高生长速度肝癌组的标准为慢性乙型肝炎不经过肝硬化直接发展为肝癌，在B超和CT确诊为肝癌时肿瘤体积大于10cm3，伴有癌栓，肝癌患者归为低生长速度肝癌组的标准为慢性乙型肝炎经过肝硬化发展为肝癌，在B超和CT确诊为肝癌时肿瘤体积小于10cm3，不伴有癌栓。各组中各基因型的患者数及百分比如表2所示。
表2、各组中各基因型的患者数及百分比
Figure BDA0001277154440000081
结果显示，高生长速度肝癌组中C等位的频率为63.53％，T等位的频率为36.47％；低生长速度肝癌组中C等位的频率为45.07％，T等位的频率为54.93％。C等位在高生长速度肝癌组中的频率比在低生长速度肝癌组中的频率高，具有统计学差异(P<0.001)，表明rs12252位点的C等位为高肝癌肿瘤生长速度的风险等位。
rs12252位点的三个基因型中，CC基因型的个体在高生长速度肝癌组中的比例高于对应基因型在低生长速度肝癌组中的比例，TT和CT基因型的个体在高生长速度肝癌组中的比例分别低于对应基因型在低生长速度肝癌组中的比例。与携带TT和CT基因型的个体相比，携带CC基因型的肝癌患者的肿瘤是高生长速度肿瘤的风险增加，OR值为4.067[95％置信区间(95％CI)＝1.833-9.025；P<0.001]。
结果表明，rs12252多态性位点与肝癌肿瘤的生长速度显著关联，可以利用rs12252位点筛查肿瘤的生长速度快的肝癌患者。
五、rs12252位点的基因型与肝癌复发可能性的关系
在这156例肝癌患者中选出同处于病理低分化期(肿瘤直径<2cm，核浆比例增大，但异型性不大)的肝癌患者，共54例，对选出的这54例肝癌患者均按照如下任一方法进行治疗：介入术、肝癌切除术和肝移植术。按照rs12252位点的基因型这54例肝癌患者进行分组，分为高肝癌复发可能性组和低肝癌复发可能性组，肝癌患者归为高肝癌复发可能性组的标准为治疗12个月以内复发，肝癌患者归为低肝癌复发可能性组的标准为治疗12个月以内无复发。在以上肝癌患者进行治疗后，跟踪其复发情况，复发的判断标准为：CT能观察到新的病灶。各组中各基因型的患者数及百分比如表3所示。
表3、各组中各基因型的患者数及百分比
Figure BDA0001277154440000091
结果显示，高肝癌复发可能性组中C等位的频率为62.5％，T等位的频率为37.5％；低肝癌复发可能性组中C等位的频率为58.33％，T等位的频率为41.67％。C等位在高肝癌复发可能性组中的频率比在低肝癌复发可能性组中的频率高，具有统计学差异(P<0.001)，表明rs12252位点的C等位为高肝癌复发可能性的风险等位。
rs12252的三个基因型中，CC基因型的个体在肝癌复发性高的肝癌患者群体中的比例高于对应的基因型在肝癌复发性低的肝癌患者群体中的比例；TT和CT基因型的个体在肝癌复发性高的肝癌患者群体中的比例分别低于对应的基因型在肝癌复发性低的肝癌患者群体中的比例。
与携带TT和CT基因型的个体相比，携带CC基因型的肝癌患者的肿瘤使高肝癌复发可能性的风险增加，OR值为4.067[95％置信区间(95％CI)＝1.833-9.025；P<0.001]。
结果表明，rs12252多态性位点与肝癌复发可能性显著关联，可以利用rs12252位点筛查肝癌复发可能性高的肝癌患者。
<110> 首都医科大学附属北京佑安医院
<120> 与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用
<160> 3
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 1
gaaaaggaaa ctgttgagaa ccgaa 25
<210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 2
gagcctcctc ctaaacctgc ac 22
<210> 3
<211> 562
<212> DNA
<213> 人（Homo sapiens）
<220>
<221> misc_feature
<222> (140)..(140)
<223> n为c或t
<400> 3
gaaaaggaaa ctgttgagaa ccgaaactac tggggaaagg gagggctcac tgagaaccat 60
cccagtaacc cgaccgccgc tggtcttcgc tggacaccat gaatcacact gtccaaacct 120
tcttctctcc tgtcaacagn ggccagcccc ccaactatga gatgctcaag gaggagcacg 180
aggtggctgt gctgggggcg ccccacaacc ctgctccccc gacgtccacc gtgatccaca 240
tccgcagcga gacctccgtg cccgaccatg tcgtctggtc cctgttcaac accctcttca 300
tgaacccctg ctgcctgggc ttcatagcat tcgcctactc cgtgaaggtg cgtatggccc 360
cagggaatgc tcagagggtg ccgctgagcc tggagctcca cctgcccaca tgctgcctgg 420
ggtggggact tgtgtgtccc tgtgactgtg agtttgtgtg cacctctgtc ccgtgtgtgc 480
ccacgtcagt ggctttgtct gtgtgatctg tgtgtgtgtg tggcttgggg aatctgccca 540
gtgcaggttt aggaggaggc tc 562

Claims (2)

1.检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备辅助筛查具有不同肿瘤生长速度的肝癌患者的产品中的应用；
所述肝癌是由慢性乙型肝炎引起的肝癌；
所述肝癌归为高生长速度肝癌组的标准为慢性乙型肝炎不经过肝硬化直接发展为肝癌，在B超和CT确诊为肝癌时肿瘤体积大于10cm3，伴有癌栓；
或，所述肝癌归为低生长速度肝癌组的标准为慢性乙型肝炎经过肝硬化发展为肝癌，在B超和CT确诊为肝癌时肿瘤体积小于10cm3，不伴有癌栓。
2.检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备辅导筛查具有不同肿瘤生长速度易感性的肝癌患者的产品中的应用；
所述肝癌是由慢性乙型肝炎引起的肝癌；
所述肝癌归为高生长速度肝癌组的标准为慢性乙型肝炎不经过肝硬化直接发展为肝癌，在B超和CT确诊为肝癌时肿瘤体积大于10cm3，伴有癌栓；
或，所述肝癌归为低生长速度肝癌组的标准为慢性乙型肝炎经过肝硬化发展为肝癌，在B超和CT确诊为肝癌时肿瘤体积小于10cm3，不伴有癌栓。
CN201710270219.7A 2017-04-24 2017-04-24 与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用 Expired - Fee Related CN107312828B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201710270219.7A CN107312828B (zh) 2017-04-24 2017-04-24 与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201710270219.7A CN107312828B (zh) 2017-04-24 2017-04-24 与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN107312828A CN107312828A (zh) 2017-11-03
CN107312828B true CN107312828B (zh) 2021-04-13

Family

ID=60185533

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201710270219.7A Expired - Fee Related CN107312828B (zh) 2017-04-24 2017-04-24 与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN107312828B (zh)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108330196B (zh) * 2018-02-06 2021-07-27 首都医科大学附属北京佑安医院 rs12252的多态性在检测流感病毒抗体中的应用
CN111944888B (zh) * 2019-05-15 2022-09-30 中山大学 IFITM3 SNP rs12252的基因型在预测待测者免疫反应强度中的应用

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102178927A (zh) * 2011-03-01 2011-09-14 中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所 干扰素诱导跨膜蛋白3在制备抗乙型肝炎病毒感染药物中的用途
CN103834638A (zh) * 2012-11-27 2014-06-04 复旦大学 与肝癌易感性相关的单核苷酸多态性位点rs7574865及其应用
CN103194446A (zh) * 2013-05-03 2013-07-10 首都医科大学附属北京佑安医院 IFITM3-rs12252基因中与人类重症流感相关的SNP标记及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN107312828A (zh) 2017-11-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Stewart et al. Circulating cell-free DNA for non-invasive cancer management
Chandler et al. Vector design influences hepatic genotoxicity after adeno-associated virus gene therapy
Szafranski et al. Pathogenetics of alveolar capillary dysplasia with misalignment of pulmonary veins
McReynolds et al. MDS-associated mutations in germline GATA2 mutated patients with hematologic manifestations
CN110684838A (zh) 一种肥厚型心肌病基因检测试剂盒
CN107312828B (zh) 与不同肿瘤生长速度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用
Zuo et al. Identification of a novel mutation and a genetic polymorphism of EVER1 gene in two families with epidermodysplasia verruciformis
CN107312830B (zh) 与不同恶性程度肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用
Silva et al. Ewing's sarcoma: analysis of single nucleotide polymorphism in the EWS gene
CN111304311A (zh) 一种用于检测abo血型系统中o基因突变的snp标记
Yeh et al. Allelic loss of chromosome 4q21≈ ︁ 23 associates with hepatitis B Virus—related hepatocarcinogenesis and elevated alpha‐fetoprotein
CN109457031A (zh) BRCA2基因g.32338309A&gt;G突变体及其在乳腺癌辅助诊断中的应用
KR102063486B1 (ko) Rnf213 단일염기다형성과 한국인 모야모야병 발병 위험도의 연관성
Aten et al. Split hand‐foot malformation, tetralogy of Fallot, mental retardation and a 1 Mb 19p deletion—evidence for further heterogeneity?
CN111733242B (zh) lncRNA AK024561作为卵巢癌诊断标志物的应用
Kim et al. TNFR1 promoter− 329G/T polymorphism results in allele-specific repression of TNFR1 expression
Gu et al. A novel homozygous no-stop mutation in G6PC gene from a Chinese patient with glycogen storage disease type Ia
CN108070647B (zh) 与hbv感染相关的基因单体型及其应用
CN110055258A (zh) 一种乳腺癌相关基因ERBB2位点g.39717320G&gt;A突变体及其应用
CN107354223B (zh) 与hcv感染肝硬化相关的单核苷酸多态性位点及其应用
CN109913481A (zh) PIK3CA基因g.1792224821G&gt;A突变及其在乳腺癌辅助诊断中的应用
CN110819713B (zh) Snp标志物在胰腺癌预后中的应用
CN107312829A (zh) 与不同复发可能性肝癌相关的单核苷酸多态性位点及其应用
RU2723090C1 (ru) Способ диагностики предрасположенности к почечно-клеточному раку на основе ПЦР-ПДРФ
CN104762387A (zh) 单核苷酸多态性rs17083838在检测垂体腺瘤中的应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee

Granted publication date: 20210413