CN106754937A - 一种抑制精子活动力的适体组及其制备方法 - Google Patents
一种抑制精子活动力的适体组及其制备方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN106754937A CN106754937A CN201710078142.3A CN201710078142A CN106754937A CN 106754937 A CN106754937 A CN 106754937A CN 201710078142 A CN201710078142 A CN 201710078142A CN 106754937 A CN106754937 A CN 106754937A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- sequence
- screening
- sperm
- aptamers
- aptamer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 title abstract description 7
- 230000004899 motility Effects 0.000 title abstract description 5
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims abstract description 46
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 claims abstract description 18
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 claims abstract description 18
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 claims description 70
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 66
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 27
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 25
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 claims description 23
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 20
- 230000019100 sperm motility Effects 0.000 claims description 20
- UFJPAQSLHAGEBL-RRKCRQDMSA-N dITP Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C[C@@H]1N1C(N=CNC2=O)=C2N=C1 UFJPAQSLHAGEBL-RRKCRQDMSA-N 0.000 claims description 19
- 238000011534 incubation Methods 0.000 claims description 17
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 17
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 17
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims description 15
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 claims description 12
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 claims description 12
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 11
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 9
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical group C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 claims description 8
- 231100000219 mutagenic Toxicity 0.000 claims description 8
- 230000003505 mutagenic effect Effects 0.000 claims description 8
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 7
- 230000002528 anti-freeze Effects 0.000 claims description 7
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 7
- 239000003599 detergent Substances 0.000 claims description 7
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 claims description 7
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims description 6
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 claims description 6
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 6
- 229910021380 Manganese Chloride Inorganic materials 0.000 claims description 5
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims description 5
- 239000011565 manganese chloride Substances 0.000 claims description 5
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 5
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 claims description 4
- 238000010367 cloning Methods 0.000 claims description 4
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 238000010790 dilution Methods 0.000 claims description 3
- 239000012895 dilution Substances 0.000 claims description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 2
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 44
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical group N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 18
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 17
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 15
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 15
- 239000000047 product Substances 0.000 description 15
- 230000008569 process Effects 0.000 description 10
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 9
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 9
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 9
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 9
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 8
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 8
- 239000012148 binding buffer Substances 0.000 description 6
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 6
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 5
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 4
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 4
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 4
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 4
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 4
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000009471 action Effects 0.000 description 3
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 3
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 3
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 3
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 3
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 230000000469 anti-sperm effect Effects 0.000 description 2
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 238000001215 fluorescent labelling Methods 0.000 description 2
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 2
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 2
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 2
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L magnesium chloride Substances [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 2
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 229910001428 transition metal ion Inorganic materials 0.000 description 2
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 206010006100 Bradykinesia Diseases 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 208000006083 Hypokinesia Diseases 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 238000006555 catalytic reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 150000002605 large molecules Chemical class 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 229910001437 manganese ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000003471 mutagenic agent Substances 0.000 description 1
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 108091008104 nucleic acid aptamers Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 206010033675 panniculitis Diseases 0.000 description 1
- 238000010827 pathological analysis Methods 0.000 description 1
- 230000002980 postoperative effect Effects 0.000 description 1
- 230000001915 proofreading effect Effects 0.000 description 1
- -1 proteins) Chemical class 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 230000008010 sperm capacitation Effects 0.000 description 1
- 210000004304 subcutaneous tissue Anatomy 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 230000009182 swimming Effects 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 238000009804 total hysterectomy Methods 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000009281 ultraviolet germicidal irradiation Methods 0.000 description 1
- 210000004916 vomit Anatomy 0.000 description 1
- 230000008673 vomiting Effects 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1093—General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/16—Aptamers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2320/00—Applications; Uses
- C12N2320/10—Applications; Uses in screening processes
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种抑制精子活动力的适体组及其制备方法,包括能够抑制精子活动力的若干功能性适体,该若干功能性适体是以第一至第三十五候选适体为模板,以新鲜精子为靶标进行功能性筛选和诱变PCR进化而获得的,上述第一至第三十五候选适体依次包括如SEQ ID NO01至35所示的序列。本发明的适体组对精子的亲和力强、特异性高,且对精子具有制动功能。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,具体涉及一种抑制精子活动力的适体组及其制备方法。
背景技术
适体(aptamer,也译为核酸适体、适配体)是近年来快速发展的一种新型材料,是具有类似抗体特异性结合能力的短链DNA或RNA分子。适体在功能上类似于抗体,但与单克隆抗体相比,没有免疫源性;明确其序列后,可通过化学合成批量生产;化学稳定性好,可在常温下保存和运输。适体的靶标可以是大分子(例如蛋白质),也可以是不具备免疫原性的小分子(例如无机盐),甚至完整的细胞(例如肿瘤细胞)。已有申请专利(WO2008/028081A2)宣称可以制备多克隆适体与精子结合,但该专利所公开的多克隆适体并不能抑制精子的活动力。
适体可以通用体外筛选技术SELEX(Systematic Evolution of Ligands byEXponential enrichment指数富集配体系统进化)而获得。但已有不少报道总结了SELEX技术的弊端,主要原因在于这种技术所用的起始文库所含序列的随机性和局限性。一段长度为40个核苷酸的随机序列,其全部随机序列的总数应可达到440,约等于1024,而目前的技术实际上很难获得候选适体序列数目超过1016的文库。即便文库含有的随机序列数目达到1016,也只是占所指总数的亿分之一(1016∶1024=1∶108)。如果起始文库不含目标序列,则难以从中富集出适体。迄今,虽有许多报道提出了不同的改进方法,包括由SELEX的发明者LarryGold实验室提出的Photo-SELEX,即通过单色紫外线照射,使适体序列与靶蛋白形成稳定的交联复合物,有利于与不结合的游离序列区分开,可惜这些改良都没有从根本上解决SELEX受制于文库局限性这一关键技术瓶颈:起始文库含有目标序列的可能性只是一个小概率(例如:亿分之一)事件。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术缺陷,提供一种抑制精子活动力的适体组。
本发明的另一目的在于提供上述抑制精子活动力的适体组的制备方法。
本发明的技术方案如下:
一种抑制精子活动力的适体组,包括能够抑制精子活动力的若干功能性适体,该若干功能性适体是以第一至第三十五候选适体为模板,以新鲜精子为靶标进行功能性筛选和诱变PCR进化而获得的,上述第一至第三十五候选适体依次包括如SEQ ID NO 01至35所示的序列。
在本发明的一个优选实施方案中,所述第一至第三十五候选适体依次如SEQ IDNO 01至35所示。
进一步优选的,由所述能够抑制精子活动力的若干功能性适体组成。
上述适体组的制备方法具体包括如下步骤:
(1)选择单链寡核苷酸起始文库,其具体序列为正向引物的序列+N40+反向引物结合序列,其中N为长度40个核苷酸的随机序列;
(2)设计和制备正向引物和反向引物;
(3)制备人精子标本,分为不同稀释度精浆的抗冻精液和新鲜精液;
(4)制备人阴道上皮细胞;
(5)进行诱变PCR延伸扩增上述单链寡核苷酸起始文库,引物为步骤(2)的正向引物和反向引物,反应体系中还包括dNTPs、dITP、MnCl2,Taq DNA聚合酶及其缓冲液,同时降低其中一种dNTP的浓度,其余dNTPs的浓度均与dITP相同;
(6)用步骤(5)所得的双链DNA产物制备仅含有正链的单链DNA序列;
(7)对上述单链DNA序列进行选择,以获得选定序列,该选择包括与步骤(3)的抗冻精液共孵育进行正向筛选和与步骤(4)的人阴道上皮细胞共孵育进行反向筛选,反向筛选和正向筛选的孵育温度相同;
(8)将步骤(7)选择得到的选定序列作为模板返回步骤(5)进行诱变PCR,并依次重复若干轮步骤(5)至(7),直至获得选定适体;其中,每一轮步骤(5)的诱变PCR轮流降低dNTPs中其中一种的浓度,其余dNTPs的浓度均与dITP相同;每一轮正向筛选所用的缓冲液中的洗涤剂的浓度从0逐渐升高,且孵育温度也逐渐升高;每一轮的反向筛选所用的缓冲液均不含洗涤剂;
(9)对上述选定适体进行克隆、挑选和测序,获得所述第一至第三十五候选适体;
(10)以步骤(9)获得的第一至第三十五候选适体为模板,以步骤(3)的新鲜精液为靶标,进行功能性筛选和诱变PCR进化,获得所述若干功能性适体,即所述抑制精子活动力的适体组。
在本发明的一个优选实施方案中,所述正向引物的序列如SEQ ID NO 36所示。
在本发明的一个优选实施方案中,所述反向引物的序列如SEQ ID NO 37所示。
在本发明的一个优选实施方案中,第一次诱变PCR中降低浓度的dNTP为dGTP。
上述适体组的制备方法,采用SELEM(Systematic Evolution of Ligands byEnhanced Mutation强化诱变配体系统进化)技术,其关键点如下:
①连续强化的诱变
SELEM在SELEX的基础上,通过连续强化的变异和渐趋苛刻的选择来实现适体分子的定向进化,以此抵消起始文库可能不含所需序列的风险。现有的SELEX技术虽然也包含了微小的变异,但其变异只是基于系统中酶活性(例如DNA聚合酶)的低保真性(lowfidelity)。这种低保真性的频率极低,单凭此不足以构成足够的变异动力。本发明在PCR(Polymerase Chain Reaction)过程中强化诱变,集变异和扩增于同一过程,构成足够的变异动力,从而驱动高效的定向进化。换言之,每一轮的PCR都通过强化了的诱变为下一轮的筛选提供更多新的相关序列。然后,新一轮的文库在更进一步苛刻的条件下接受选择。如此反复,每一轮都驱动文库得到更新。这种吐弱纳强的更新过程使得一系列连续动态文库所含的序列与靶标的亲和力逐步提高。
诱变PCR(mutagenesis PCR)在酶工程等领域是一种常用的策略。其变异动力可以通过以下方式而获得:在反应体系中施加过渡金属离子、选用聚合保真性低的DNA聚合酶、所用的4种自然核苷酸(dNTPs)浓度彼此不相等、或过度增加热循环数等。在本发明的一个优选实施方案中,采用综合变异动力,包括采用低保真(low fidelity)的Taq DNA聚合酶配以过渡金属离子(MnCl2中的锰离子)、不等量的自然核苷酸配以脱氧次黄苷三磷酸(deoxyinosine triphosphate,dITP)。由于Taq DNA聚合酶缺乏3-5’外切酶校对活性,其聚合出错率通常在每次扩增每位点上为2x10-4至2x10-3之间,当反应体系中同时存在MnCl2其出错率加剧。非自然核苷酸dITP不具备严格遵循碱基互补配对原则的特点,当反应体系中原有4种自然核苷酸的某一种核苷酸用量偏低同时又有dITP存在,那么dITP通过Taq DNA聚合酶的催化能够取代浓度过低的核苷酸而被聚合在新合成的DNA链上。待到下一热循环,dITP和其它三种自然核苷酸中的任一种又跟已有的dITP互补而进入新链。这种方式可以有效提高突变率。由上述途径综合促进变异是驱使文库逐轮更新的基本动力,通过这种方式使文库得以动态扩延,因而提高筛选成功率。
②渐趋苛刻的选择
在分子进化过程中变异和选择两者均不可或缺。逐渐提高选择压力有利于对动态文库中的序列进行连续地吐弱纳强。通过渐趋苛刻的条件从连续变异的动态文库中筛选出来的单链DNA序列,其亲和力一轮比一轮提高了。选择条件包括所用缓冲液中洗涤剂浓度、离子强度、pH值,靶标与单链DNA序列孵育温度、时间,对细胞表面非特异性结合点的屏蔽,等等。本发明根据精子这一具体的靶标特点,进行了优化选择条件。特别是洗涤剂的浓度和孵育的温度在进化过程中的提高速度。
SELEM按照上述两个基本原理建立一种体外分子定向进化的新方法。进化沿着增强亲和力的方向发展,文库所含的序列通过吐弱纳强,渐趋高亲和状态。其中亲和力最强的序列可以不是来自于起始文库而是在定向进化过程中通过变异分化而来的。
③制备具有亲和力强、特异性高、抑制精子功能确实的适体(医学科学研究伦理批准编号:2012001)
如上所述,即使起始文库不含亲和力强的序列,通过逐步苛刻的条件也可以从连续变异分化的动态文库里筛选出与精子亲和力强的适体。除了亲和力,本发明所制备的适体同时还要求与精子细胞结合的高特异性。为了到达这个要求,所采用的筛选步骤包括正筛(positive selection)和反筛(Negative selection)。用精子作为靶标来筛选与之结合的核酸序列,称为正筛选。为了排除掉非特异性结合的核酸序列,将与精子结合的核酸序列分离出来后,再与阴道上皮细胞共孵育,除去能与上皮细胞结合的序列,留下只与精子结合的核酸序列,称为反筛选。反筛之后留下的单链DNA序列又进入下一轮的变异和选择。如此反复,筛选出特异性高的适体。
本发明的有益效果:本发明的适体组对精子的亲和力强、特异性高,且对精子具有制动功能。
具体实施方式
以下通过具体实施方式对本发明的技术方案进行进一步的说明和描述。
实施例1
(1)选择单链寡核苷酸起始文库,其具体序列为正向引物的序列+N40+反向引物结合序列,其中N40为长度40个核苷酸的随机序列,具体为:GGCATACGAGCTTGTTCAATA(如SEQ IDNO 36所示)+N40+TGATAGTAAGTGCAATCTCGC(与SEQ ID NO 37所示序列互补);
(2)设计和制备正向引物和反向引物:正向引物:Pf序列为5’GGCATACGAGCTTGTTCAATA(SEQ ID NO 36);Pff在Pf的5’端加上一个荧光基团(fluorescence);反向引物:Pr序列为5’GCGAGATTGCACTTACTATCA(SEQ ID NO 37);Prb在Pr的5’端加上一个生物素基团(biotin);
(3)制备人精子标本,分为不同稀释度精浆的抗冻精液和新鲜精液;经医学伦理委员批准,采用捐赠者精液。加甘油至终浓度为30%。抗冻精液分装(每份20万/10μL)于液态氮中储存以备用于筛选适体分子。从第1至第3轮采用纯化的精子细胞,即用磷酸盐缓冲液(PBS)完全置换精浆。之后,根据筛选过程的监测,逐渐减少PBS比例,直至不含PBS。
(4)制备人阴道上皮细胞:经医学伦理委员批准,取材于行全子宫切除术后的阴道组织,术后病理诊断为良性疾病。采用本行业内技术人员所熟知的方法,将阴道组织经过消毒、剪除皮下组织、接种培养和传代培养。为反筛步骤提供上皮细胞,用以排除非特异性序列。;
(5)进行诱变PCR延伸扩增上述单链寡核苷酸起始文库,引物为步骤(2)的正向引物和反向引物,反应体系中还包括dNTPs、dITP、MnCl2,Taq DNA聚合酶及其缓冲液,同时降低其中一种dNTP的浓度,其余dNTPs的浓度均与dITP相同;具体如下:
a、在1.5ml离心管中加入溶于100μL结合缓冲液(含4.5g/L葡萄糖、5mmol/LMgCl2、0.1mg/mL酵母tRNA、1mg/mL牛血清清蛋白BSA和起始浓度为0%NP40,调节pH为7.5)的起始文库,含1015-16拷贝数的GGCATACGAGCTTGTTCAATAN40TGATAGTAAGTGCAATCTCGC(其中N40为40个碱基长随机序列段)。置摇床上0℃冰浴5min后加入10μL人精子,混匀,继续摇动(150r/min)孵育60min。然后4℃1,000r/min离心5min,弃上清液,加500μL清洗缓冲液(含4.5g/L葡萄糖和5mM MgCl2,调节pH为7.5)重悬精子,重复清洗3次。用100μL结合缓冲液重悬精子细胞沉淀,加热至94℃10min,立即离心(12kr/min)5min,弃沉淀,吸取上清液,获得第一轮筛选产物。
b、以筛选产物为模板进行诱变PCR,在50μL的PCR反应体系中含6μL新一轮筛选产物,1μM Pf,1μM Prb,10mM Tris-HCl,pH 8.6,50mM KCl,5mM MgCl2,新配0.1mM MnCl2,3UTaq DNA聚合酶,200μM dITP和适量dNTPs。加热95℃,3min然后35循环的95℃,20sec,53℃,20sec,72℃,10sec。
(6)用步骤(5)所得的双链DNA产物制备仅含有正链的单链DNA序列:采用本行业内技术人员所熟知的方法,通过琼脂凝胶电泳回收PCR的双链DNA(dsDNA)产物。用链霉抗生物素蛋白包被的磁珠富集dsDNA,弃上清液。置带PCR产物的磁珠于45μL 0.3N NaOH溶液中,分离互补的两条链,其中带有生物素的负链与磁珠结合,在磁力作用下,从溶液中去除掉。留在溶液中的正链即为含单链DNA序列的次级文库,用于下一轮筛选;
(7)对上述单链DNA序列进行选择,以获得选定序列,该选择包括与步骤(3)的抗冻精液共孵育进行正向筛选和与步骤(4)的人阴道上皮细胞共孵育进行反向筛选,反向筛选和正向筛选的孵育温度相同,具体的:加5μL 3N HCl中和单链DNA序列,再加50μL 2倍浓度的结合缓冲液,和10μL人精子进行正筛。
正筛选之后进行反筛,采用10μL洗脱液(含7M尿素和5mM EDTA),将与精子结合的核酸序列分离出来,再与阴道上皮细胞共孵育(医学伦理委员批准),加90μL不含洗涤剂的结合缓冲液中,室温1h。离心后留取上清液,其中含有只与精子结合而不与上皮细胞结合的选定序列。
(8)将步骤(7)选择得到的选定序列作为模板返回步骤(5)进行诱变PCR,并依次重复若干轮步骤(5)的b至(7),通过步骤(5)b的强化诱变;再通过步骤(6)和(7)的渐趋苛刻选择,吐弱纳强,直至获得选定适体;其中,
每一轮步骤(5)的诱变PCR轮流降低dNTPs中其中一种的浓度,其余dNTPs的浓度均与dITP相同,具体的:在筛选过程中需要连续多次的PCR,每一次PCR投料时轮流降低4种自然核苷酸(dNTPs:dGTP,dTTP,dCTP和dATP,第一轮的PCR选dGTP的浓度偏低。)中的1种浓度为20μM,其他3种自然核苷酸浓均为200μM;
每一轮正向筛选所用的缓冲液中的洗涤剂的浓度从0逐渐升高,且孵育温度也逐渐升高;每一轮的反向筛选所用的缓冲液均不含洗涤剂,具体的:每一轮正向筛选的孵育条件在上述步骤(5)的a的孵育条件基础上渐趋苛刻,每2轮的进化步骤提高0.05%NP40浓度,使得NP40的浓度从开始的0%增至0.4%,然后稳定至进化结束,每2轮的进化步骤提高4℃,使得温度从开始的0℃增至24℃,然后稳定至结束,孵育温度与该轮正筛选的温度同步升高。
(9)采用NanoDrop 2000C分光光度计检测每一轮从靶标精子标本洗脱下来的结合核酸序列浓度,借此监测筛选过程。根据结合序列获得量增加的情况,调整筛选条件以及决定是否停止进化而进入克隆和测序阶段。
荧光标记:从第十轮开始进行双份PCR,其中一份如以上第(2)节所述。另一份PCR反应采用荧光标记的正向引物(Pff),其余条件相同。扩增后的正链序列带有荧光,负链带有生物素。用链霉抗生物素蛋白包被的磁珠富集dsDNA,弃上清液。置带PCR产物的磁珠于45μL 0.3N NaOH溶液中,分离互补的两条链,其中带有生物素的负链与磁珠结合而从溶液中去除掉。带荧光的正链序列与精子共孵育,通过荧光显微镜监测抗精子适体的富集情况。
(10)对上述选定适体进行克隆、挑选和测序,获得所述第一至第三十五候选适体:第15轮正筛洗脱液中DNA浓度达25ug/μL,同一轮在镜下可见精子明显荧光信号。便以该洗脱液为模板,通过高保真PCR扩增(采用的引物对:Pf/Pr)。以本行业内技术人员所熟知的方法,采用pGEM t-vector将扩增产物克隆并转染进大肠杆菌DH5a。常规平板培养。
以菌落直接为模板通过PCR扩增,参照以上步骤(9)所述,制备带荧光单克隆序列。在镜下观察,挑选可与精子相结合但不与上皮细胞结合的单克隆适体进行测序,具体如表1所示:
表1抑制精子活动力的第一至第三十五候选适体
(11)以步骤(10)获得的第一至第三十五候选适体为模板,以步骤(3)的新鲜精液为靶标,进行功能性筛选和诱变PCR进化,获得所述若干功能性适体,即所述抑制精子活动力的适体组,具体如实施例2所示。
实施例2
(1)诱变PCR:混合实施例1所获的第一至第三十五候选适体为模板,在50μL的PCR反应体系中含,1μM Pf,1μM Prb,10mM Tris-HCl,pH 8.6,50mM KCl,5mM MgCl2,新配0.1mMMnCl2,3U Taq DNA聚合酶,200μM dITP和适量dNTPs。在筛选过程中需要连续多次的PCR,每一次PCR投料时轮流降低4种自然核苷酸(dNTPs:dGTP,dTTP,dCTP和dATP,第一轮的PCR选dGTP的浓度偏低。)中的1种浓度为20μM,其他3种自然核苷酸浓均为200μM。加热95℃,3min然后35循环的95℃,20sec,53℃,20sec,72℃,10sec。
(2)采用本行业内技术人员所熟知的方法,通过琼脂凝胶电泳回收PCR的双链DNA(dsDNA)产物。用链霉抗生物素蛋白包被的磁珠富集dsDNA,弃上清液。置带PCR产物的磁珠于45μL 0.3N NaOH溶液中,分离互补的两条链,其中带有生物素的负链与磁珠结合,在磁力作用下,从溶液中去除掉。留在溶液中的正链即为含单链DNA序列的次一级文库,用于下一轮筛选。加5μL 3N HCl中和溶液,再加50μL2倍浓度的结合缓冲液(含终末浓度0.05%NP40)。
(3)功能性筛选:将10μL新鲜精液用含10%血清的Earle’s培养液洗涤后与上述(2)所获的核酸片段混匀,静置于含CO2孵育箱内1h,使精子获能游动,而活力受制的精子沉底。弃上层云雾状含活力的精子,取沉底精子包括与其结合的核酸片段,进行PCR扩增。
(4)以上述(3)所获的沉底精子包括与其结合的核酸片段为模板进行诱变PCR,在50μL的PCR反应体系中含1μM Pf,1μM Prb,10mM Tris-HCl,pH 8.6,50mM KCl,5mM MgCl2,新配0.1mM MnCl2,3U Taq DNA聚合酶,200μM dITP和适量dNTPs。在筛选过程中需要连续多次的PCR,每一次PCR投料时轮流降低4种自然核苷酸(dNTPs:dGTP,dTTP,dCTP和dATP,第一轮的PCR选dGTP的浓度偏低。)中的1种浓度为20μM,其他3种自然核苷酸浓均为200μM。加热95℃,3min然后35循环的95℃,20sec,53℃,20sec,72℃,10sec。
(5)重复上述步骤(2)-(4)。
(6)荧光标记:从第六轮开始进行双份PCR,其中一份如以上第(4)节所述,另一份PCR反应采用荧光标记的正向引物(Pff),其余条件相同。扩增后的正链序列带有荧光,负链带有生物素。用链霉抗生物素蛋白包被的磁珠富集dsDNA,弃上清液。置带PCR产物的磁珠于45μL 0.3N NaOH溶液中,分离互补的两条链,其中带有生物素的负链与磁珠结合而从溶液中去除掉。在溶液中加5μL3N HCl中和之,再加50μL2倍浓度的结合缓冲液。带荧光的正链序列与精子共孵育,通过荧光显微镜监测抗精子适体的富集情况。
(7)第10轮的监测在镜下可见精子明显荧光信号。便以同一轮的文库为模板,通过高保真PCR扩增(采用的引物对为Pf和Pr)。采用本行业内技术人员所熟知的方法,通过琼脂凝胶电泳回收PCR的双链DNA(dsDNA)产物。用链霉抗生物素蛋白包被的磁珠富集dsDNA,弃上清液。置带PCR产物的磁珠于45μL 0.3N NaOH溶液中,分离互补的两条链,其中带有生物素的负链与磁珠结合,在磁力作用下,从溶液中去除掉。留在溶液中的正链即为能够抑制精子活动的适体,即本发明的适体组。
(8)采集精子标本:捐精入选者年龄22-30岁,采精前禁欲5-7天,以自慰采集标本,精液量≥2ml。液化后30min之内检查完毕。用来自于同一份精液的两份不同的10μL标本重复计数200个精子细胞,并比较两次独立计数各级精子所占的百分数。镜下将精子活动力分为4级:a级精子活动好,运动迅速,活泼有力,直线向前运动;b级精子活动较好,运动速度尚可,游动方向不定,呈直线或非直线运动,带有回旋;c级精子运动不良,运动迟缓,原地打转或抖动,向前运动能力差;d级精子,精子完全不活动。借助于实验室计数器的帮助,计数各级精子的数目。
统计学处理:试验数据采用SPSS10.0统计软件进行分析,组间计量资料用T检验进行比较。结果如表2所示。
表2所制备的适体对人精子活动力的抑制作用
实验表明本发明所制备的适体组对人精子活动力的抑制作用具有非常明显的统计学意义。
以上所述,仅为本发明的较佳实施例而已,故不能依此限定本发明实施的范围,即依本发明专利范围及说明书内容所作的等效变化与修饰,皆应仍属本发明涵盖的范围内。
<110> 华侨大学
<120> 一种抑制精子活动力的适体组及其制备方法
<160> 37
<210> 1
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
ggcatacgag cttgttcaat agtgctatgc atgatgccta gctagctagc tactagctac 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 2
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
ggcatacgag cttgttcaat agttctatgc aggaagcgta cctagcggta tactacagtc 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 3
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
ggcatacgag cttgttcaat agtaacttgc attgtgccta gctacgtagc tatcagctaa 60
agcgagattg cacttactat ca 82
<210> 4
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
ggcatacgag cttgttcaat aagtctatca aacatgcccc gctggtcagc tcttagctac 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 5
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
ggcatacgag cttgttcaat atgctaatgc atgctgccta cggtgctacg tactattgac 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 6
<211> 81
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
ggcatacgag cttgttcaat agtacttggc atactgccta gttagctgat tactccatac 60
gcgagattgc acttactatc a 81
<210> 7
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
ggcatacgag cttgttcaat agtggtatgc ctgctaccct actactaggc taacgtgtat 60
cgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 8
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
ggcatacgag cttgttcaat agtacgatgc cccctgtaga ctgagctctg acctagttac 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 9
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
ggcatacgag cttgttcaat aatcgtattg ggtatgaata gctagaactg tactaattcc 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 10
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
ggcatacgag cttgttcaat agtgctatgg atgatgccta gctatctagc tactagctac 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 11
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
ggcatacgag cttgttcaat agtgctacct atgaggacta catcgctcct tacctgacac 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 12
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
ggcatacgag cttgttcaat agtgcccggt atgaccgcta aatagctcgg tatgagctac 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 13
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
ggcatacgag cttgttcaat agtgcgtagg ctgaccacta gctaacttgc tacctggaac 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 14
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
ggcatacgag cttgttcaat agtcctattg gcgattccta ctggtctagc aactagaagt 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 15
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
ggcatacgag cttgttcaat agtccgatgc aggttgcctc catagcctgc taacgtctac 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 16
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 16
ggcatacgag cttgttcaat agtgctggtc ataacgtcta cgaagctaac tgttagctgc 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 17
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
ggcatacgag cttgttcaat atagcttgca tcgctagcta tgcctagcta gctatctagt 60
cgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 18
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 18
ggcatacgag cttgttcaat agctaacgct accgcgctat accgagctac catgagactg 60
cgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 19
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 19
ggcatacgag cttgttcaat aatacgaact gatcatacgt agcgctatat cgctcgagaa 60
tgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 20
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 20
ggcatacgag cttgttcaat agttacgcta cgatacgcta gctacgtagc tagctaatcg 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 21
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 21
ggcatacgag cttgttcaat agctacacgt agctacgtag ctagctatag catagatcga 60
tgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 22
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 22
ggcatacgag cttgttcaat aatgctagcg atcgatatag catacgcatc gcgctatatc 60
tgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 23
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 23
ggcatacgag cttgttcaat acgatatacg ctaatatcga tcgacgctac gatatacgat 60
cgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 24
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 24
ggcatacgag cttgttcaat agtcgtcgcg tgctgcctag ctgactcgat gcttcgtagc 60
tgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 25
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 25
ggcatacgag cttgttcaat atgctgcgcg ctatagcgca tgactgcgcg ataatgcgct 60
agcgagattg cacttactat ca 82
<210> 26
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 26
ggcatacgag cttgttcaat aatgctgagc tgactgatcg tcgatatcgc gcgctattag 60
cgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 27
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 27
ggcatacgag cttgttcaat atgctattta tagtcgcgcg ctggatatat gctgcgcttc 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 28
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 28
ggcatacgag cttgttcaat atagctatat ttatgctgct gatgctagtc gtgtatatat 60
agcgagattg cacttactat ca 82
<210> 29
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 29
ggcatacgag cttgttcaat agcgcgctag cgcggatcgt agcaatacgc gtagctatag 60
cgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 30
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 30
ggcatacgag cttgttcaat atagctgcta tagctgctgc gcgcgatgct gactgacgct 60
agcgagattg cacttactat ca 82
<210> 31
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 31
ggcatacgag cttgttcaat agactagcta cgcgtcagat cgtcctatag catgcattgc 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 32
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 32
ggcatacgag cttgttcaat acgctagctg actgatcgat gctatctcgc tgctgatcgt 60
agcgagattg cacttactat ca 82
<210> 33
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 33
ggcatacgag cttgttcaat acggcgcgct agcgcgcgat cgcgcgatgc tgctatatat 60
ggcgagattg cacttactat ca 82
<210> 34
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 34
ggcatacgag cttgttcaat agcgctagcg cgatatattg acgctctgcc gcgatgcata 60
tgcgagattg cacttactat ca 82
<210> 35
<211> 82
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 35
ggcatacgag cttgttcaat accctatata tgcgcttatg ctagcaatcg atgcatcgct 60
agcgagattg cacttactat ca 82
<210> 36
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 36
ggcatacgag cttgttcaat a 21
<210> 37
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 37
gcgagattgc acttactatc a 21
Claims (7)
1.一种抑制精子活动力的适体组,其特征在于:包括能够抑制精子活动力的若干功能性适体,该若干功能性适体是以第一至第三十五候选适体为模板,以新鲜精子为靶标进行进行功能性筛选和诱变PCR进化而获得的,上述第一至第三十五候选适体依次包括如SEQID NO 01至35所示的序列。
2.如权利要求1所述的适体组,其特征在于:所述第一至第三十五候选适体依次如SEQID NO 01至35所示。
3.如权利要求1或2所述的适体组,其特征在于:由所述能够抑制精子活动力的若干功能性适体组成。
4.权利要求1至3中任一权利要求所述的适体组的制备方法,其特征在于:包括如下步骤:
(1)选择单链寡核苷酸起始文库,其具体序列为正向引物的序列+N40+反向引物结合序列,其中N为长度40个核苷酸的随机序列;
(2)设计和制备正向引物和反向引物;
(3)制备人精子标本,分为不同稀释度精浆的抗冻精液和新鲜精液;
(4)制备人阴道上皮细胞;
(5)进行诱变PCR延伸扩增上述单链寡核苷酸起始文库,引物为步骤(2)的正向引物和反向引物,反应体系中还包括dNTPs、dITP、MnCl2和Taq DNA聚合酶,同时降低其中一种dNTP的浓度,其余dNTPs的浓度均与dITP相同;
(6)用步骤(5)所得的双链DNA产物制备仅含有正链的单链DNA序列;
(7)对上述单链DNA序列进行选择,以获得选定序列,该选择包括与步骤(3)的抗冻精液共孵育进行正向筛选和与步骤(4)的人阴道上皮细胞共孵育进行反向筛选,反向筛选和正向筛选的孵育温度相同;
(8)将步骤(7)选择得到的选定序列作为模板返回步骤(5)进行诱变PCR,并依次重复若干轮步骤(5)至(7),直至获得选定适体;其中,每一轮步骤(5)的诱变PCR轮流降低dNTPs中其中一种的浓度,其余dNTPs的浓度均与dITP相同;每一轮正向筛选所用的缓冲液中的洗涤剂的浓度从0逐渐升高,且孵育温度也逐渐升高;每一轮的反向筛选所用的缓冲液均不含洗涤剂;
(9)对上述选定适体进行克隆、挑选和测序,获得所述第一至第三十五候选适体;
(10以步骤(9)获得的第一至第三十五候选适体为模板,以步骤(3)的新鲜精液为靶标,进行功能性筛选和诱变PCR进化,获得所述若干功能性适体,即所述抑制精子活动力的适体组。
5.如权利要求4所述的制备方法,其特征在于:所述正向引物的序列如SEQ ID NO 36所示。
6.如权利要求4所述的制备方法,其特征在于:所述反向引物的序列如SEQ ID NO 37所示。
7.如权利要求4所述的制备方法,其特征在于:所述诱变PCR中的第一次降低浓度的dNTP为dGTP。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201710078142.3A CN106754937B (zh) | 2017-02-14 | 2017-02-14 | 一种抑制精子活动力的适体组及其制备方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201710078142.3A CN106754937B (zh) | 2017-02-14 | 2017-02-14 | 一种抑制精子活动力的适体组及其制备方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN106754937A true CN106754937A (zh) | 2017-05-31 |
CN106754937B CN106754937B (zh) | 2019-12-31 |
Family
ID=58956603
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201710078142.3A Active CN106754937B (zh) | 2017-02-14 | 2017-02-14 | 一种抑制精子活动力的适体组及其制备方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN106754937B (zh) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111876367A (zh) * | 2020-07-10 | 2020-11-03 | 华侨大学 | 一种去除低质精子的方法 |
-
2017
- 2017-02-14 CN CN201710078142.3A patent/CN106754937B/zh active Active
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
JUN SHENG LIN等: "Creation of DNA aptamers against recombinant bone morphogenetic protein 15", 《REPRODUCTION, FERTILITY AND DEVELOPMENT》 * |
文迎果等: "抗精子适体的制备及其在精子富集上的研究", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库(医药卫生科技辑)》 * |
邵碧英等: "河豚毒素DNA适配子的筛选与结构分析", 《中国食品学报》 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111876367A (zh) * | 2020-07-10 | 2020-11-03 | 华侨大学 | 一种去除低质精子的方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN106754937B (zh) | 2019-12-31 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN105400776B (zh) | 寡核苷酸接头及其在构建核酸测序单链环状文库中的应用 | |
EP1922420B1 (en) | METHOD AND SUBSTANCES FOR ISOLATING miRNAs | |
WO2019126313A1 (en) | Multiplex 5mc marker barcode counting for methylation detection in cell-free dna | |
CN108368503A (zh) | 用于受控dna片段化的方法 | |
AU2016102398A4 (en) | Method for enriching target nucleic acid sequence from nucleic acid sample | |
JP2002537817A (ja) | cDNA合成の改良 | |
CN109563543B (zh) | 产生核酸库的方法 | |
US11401543B2 (en) | Methods and compositions for improving removal of ribosomal RNA from biological samples | |
CN102021249B (zh) | 反转录-环介导等温扩增检测猪流行性腹泻的引物组 | |
US20220259649A1 (en) | Method for target specific rna transcription of dna sequences | |
JP2023153732A (ja) | Dna配列の標的特異的rna転写のための方法 | |
CN109971843B (zh) | 一种单细胞转录组的测序方法 | |
CN106754937B (zh) | 一种抑制精子活动力的适体组及其制备方法 | |
CN113667714B (zh) | 一种目标区域捕获方法、试剂盒及测序方法 | |
CN110387400A (zh) | 一种同时捕获基因组目标区域正反义双链的平行液相杂交捕获方法 | |
CN114807084A (zh) | 突变型Tn5转座酶及试剂盒 | |
CN114540344A (zh) | 一种筛选适配体的方法 | |
WO2020135650A1 (zh) | 一种基因测序文库的构建方法 | |
Juzenas et al. | inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidics approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples | |
CN113684194B (zh) | 一种突变的马达蛋白及其应用、试剂盒 | |
US20230279489A1 (en) | Barcoded Solid Supports and Methods of Making and Using Same | |
US20170321288A1 (en) | Predicting Productivity In Early Cell Line Development | |
US20190284549A1 (en) | Methods of depleting or isolating target rna from a nucleic acid sample | |
JP5048915B2 (ja) | 整長cDNA由来両鎖cRNAサブトラクション方法 | |
US20190284550A1 (en) | Methods of depleting or isolating target rna from a nucleic acid sample |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |