CN106222300A - 一种精确定量检测a群轮状病毒的试剂盒及检测方法 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种精确定量检测A群轮状病毒的试剂盒及检测方法。具体涉及一组用于检测A群轮状病毒的引物和探针，其具有序列表SEQ ID No.1至SEQ ID No.3所示的核苷酸序列，及含有这些引物和探针的试剂盒及其检测方法。本发明提供一种利用微滴式数字PCR技术精确定量检测A群轮状病毒的检测方法，该方法具有更高的灵敏度、准确性和重复性，易于标准化。

Description

一种精确定量检测A群轮状病毒的试剂盒及检测方法

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种检测A群轮状病毒的试剂盒和寡核苷酸，更确切的说，是一种检测A群轮状病毒型的反转录—微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital reverse transcriptional polymerase chain reaction,RT-ddPCR))快速定量检测试剂盒。

背景技术

轮状病毒(Rotavirus)属于呼肠孤病毒科、轮状病毒属。呈球形，直径60～80nm，双层衣壳，无包膜，电镜下观察，病毒外形呈车轮状，故名轮状病毒。轮状病毒属于双链RNA病毒，由11个基因片段组成，每个片段含一个开放读码框架，每个基因片段大小在667-3302bg之间，分别编码6个结构蛋白(VP1、VP2、VP3、VP4、VP6、VP7)和5个非结构蛋白(NSP1-NSP5)。根据轮状病毒内衣壳VP6的抗原性，可将其分为7个组(A～G)。A群轮状病毒最为常见，是婴幼儿腹泻的主要原因。据统计，全球每年约有1.14亿儿童腹泻与RV有关，其中A群轮状病毒每年可导致600,000～800,000儿童死亡，在发展中国家约占因急性胃肠炎住院病例的30～60％。

虽然食源性病毒是严格的细胞内寄生物，在食品中不能繁殖，但食品中微量的食源性病毒就会引起疾病。而可能存在食源性病毒污染的食品样品中，其病毒滴度通常处于比较低的水平。因此需要一种针对食源性病毒精确定量检测方法，实现对食源性病毒的有效监控。目前，轮状病毒的定量检测方法主要包括以聚合酶链式反应(Polymerase ChainReaction,PCR)基础的实时荧光定量PCR(Real-time Fluorescent Quantitative PCR,RT-qPCR)和反转录－环介导恒温核酸扩增(Realtime reverse transcription lood-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)法。这两种方法需要经过仔细校准的标准曲线和稳定的轮状病毒标准物质，而且每次检测都需建立标准曲线，因此，结果分析中潜在主观因素的存在，造成了多次检测间结果的差异和不同实验室间结果的多样性，影响轮状病毒定量检测的标准化和规范化。

近年来发展起来的数字PCR(Digital PCR，dPCR)技术是一种全新的核酸定量检测方法。目前，数字PCR包括：微反应室/孔板数字PCR(Chamber Digital PCR,cdPCR)、微流体数字PCR(Microfluidic Digital PCR，mdPCR)(大规模集成微流控芯片)和微滴式数字PCR(Droplet Digital PCR，ddPCR)三种dPCR系统。目前，国内外均未见利用RT-ddPCR进行A群轮状病毒定量检测的相关报道。

发明内容

本发明的目的题是提供一组特异性强、灵敏度高的用于检测A群轮状病毒的RT-ddPCR引物和探针。

本发明的另一个目的是提供一种操作简单、结果准确的A群轮状病毒RT-ddPCR快速定量检测试剂盒。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

本发明通过分析A群轮状病毒的基因组构成，选取其分型基因片段VP6，设计出特异性引物和探针，所述用于检测A群轮状病毒的引物和探针的序列见表1。其中，探针5’标记FAM，3’标记BHQ。

表1 RT-ddPCR引物探针序列

本发明还提供一种精确定量检测A群轮状病毒的试剂盒，该试剂盒包括上述用于检测A群轮状病毒的引物和探针。进一步地，该试剂盒还包括完成RT-ddPCR反应所需材料和试剂，例如A群轮状病毒阳性对照RNA、one-step RT-ddPCR supermix、醋酸酶、微滴生成油、微滴生成卡、96孔板和铝箔热封膜等，上述材料和试剂优选为单独包装。

本发明还提供了一种A群轮状病毒精准定量的检测方法，即RT-ddPCR方法，其包括以下内容：

1.提取待测样品RNA，可以使用传统Trizol法提取方法或商业化试剂盒进行提取；

2.配制RT-ddPCR反应体系，其中，所述反应体系包括序列表中SEQ ID NO.1至SEQID NO.3所示的引物和探针。在本发明的一个具体实施方案中，RT-ddPCR反应体系如表2所示；

表2 A群轮状病毒ddPCR反应体系

3.将步骤2.配制的RT-ddPCR反应体系和微滴生成油加入微滴生成卡中，置于微滴生成仪中生成微滴；

4.进行扩增反应，反应条件见表3；

表3 A群轮状病毒RT-ddPCR反应条件

注：升降温速度应≤2.5℃/s

5.结果判定。

将扩增后的96孔板置于微滴读取仪(QX200,Bio-Rad,Pleasanton,CA)中，利用QuantaSoft软件进行结果读取和分析。含有扩增产物的阳性微滴与不含扩增产物的阴性微滴会呈现出荧光信号强度的差异，以阴性微滴簇荧光幅度的最高点为界来设定阈值线。按照泊松分布原理计算获得RT-ddPCR反应体系内A群轮状病毒目的片段含量，进而通过RNA模板加样量(2μL)和提取的RNA模板体积数，按以下公式计算获得样品中A群轮状病毒的精准定量。

本发明的优点是：1)对核酸分子的绝对定量避免了由PCR扩增效率差异所导致的偏差；2)无需依赖有证标准物质或其他标准品；3)具有更高的精确度、灵敏性和重复性，易于标准化；4)更适合低拷贝数的核酸检测；5)由于RT-ddPCR是终点检测，对抑制剂的耐受度更高，因此可降低由基质类型所导致的检测偏差。

下面结合说明书附图和具体实施方式对本发明作进一步说明，凡依照本发明公开内容所做的任何本领域的等同替换，均属于本发明的保护范围。

附图说明

图1不同退火温度条件下A群轮状病毒目的片段RT-ddPCR检测结果。

图2 RT-ddPCR试剂盒检测A群轮状病毒特异性分析结果。

图3 RT-ddPCR试剂盒检测A群轮状病毒灵敏度分析结果。

图4 RT-ddPCR试剂盒检测A群轮状病毒重复性分析结果。

具体实施方式

实施例1 RT-ddPCR引物、探针设计

为实现对A群轮状病毒的特异性检测和绝对定量分析，我们选取A群轮状病毒分型基因片段VP6，通过NCBI在线工具进行序列分析和比对，利用Prime Express软件V4.0(ABI,Foster City,CA,USA)设计出10余对引物和探针组合，经过筛选最终获得特异性强、适用于RT-ddPCR引物/探针组合各1套，序列见表1。其中探针5’端标记FAM，3’端标记BHQ。引物/探针均由北京六合通经贸有限公司合成。

实施例2检测方法的建立

(1)RNA提取：利用商业化试剂盒进行提取；或者利用传统Trizol法提取RNA，具体操作如下：①在100μL样品中加入1mL Trizol，震荡30s后，室温放置5min；②加入250μL氯仿，剧烈震荡30s，室温放置5min；4℃，12000g，离心5min；③将上清液转入新离心管中，加入500μL的异丙醇剧烈震荡混匀30s，室温放置5min；④4℃，5000g，离心5min；⑤小心移去上清，沉淀用1mL 70％乙醇清洗后12000g，4℃，离心5min(尽可能吸走上清，离心管置于超净台上将沉淀吹干)；⑥加入50μL无RNase水溶解RNA(为了使病毒RNA更好的溶解，置60℃加热10min)。提取的RNA于-80℃保存备用。

(2)按照表2配制20μL的RT-ddPCR反应体系

(3)微滴生成

将20μL的ddPCR反应体系和65μL微滴生成油分别加入到8孔微滴生成卡中，置于微滴生成仪(QX200,Bio-Rad,Pleasanton,CA)中生成微滴。

(4)扩增反应

将生成的油包水的微滴(40μL)缓慢转移至96孔板中，封膜后置于PCR仪(VeritiThermal cycler,Applied BioSystems,Foster City,CA)上进行扩增反应，扩增条件如表3所示。

(5)结果判定

将扩增后的96孔板置于微滴读取仪(QX200,Bio-Rad,Pleasanton,CA)中，利用QuantaSoft软件进行结果读取和分析。含有扩增产物的阳性微滴与不含扩增产物的阴性微滴会呈现出荧光信号强度的差异，可以阴性微滴簇荧光幅度的最高点为界来设定阈值线。按照泊松分布原理计算获得RT-ddPCR反应体系内A群轮状病毒目的片段含量，进而通过RNA模板加样量(2μL)和提取的RNA模板体积数，按以下公式计算获得样品中A群轮状病毒的精准定量。

本发明还对RT-ddPCR检测条件进行了优化，例如退火温度，取提取的A群轮状病毒RNA作为模板，分别在50℃、55℃、60℃、65℃和70℃的退火温度下进行扩增反应，比较不同条件下RT-ddPCR的检测结果。由图1可见，50℃条件下A群轮状病毒目的基因片段的扩增效率偏低，阳性微滴和阴性微滴分界不明显；55℃和60℃条件下目的基因片段扩增效率较高，可出现比较明显的阳性微滴簇，且55℃条件下扩增的荧光信号略高于60℃，因此，将55℃作为最佳退火温度。

实施例3试剂盒组成

1.试剂盒的组成(保存于-20℃)

(1)实施例1设计的用于检测A群轮状病毒的引物和探针SEQ ID No.1-3，由北京六合通经贸有限公司合成；

(2)one-step RT-ddPCR supermix、25mM醋酸镁：购自美国BioRad公司，货号186-3021；

(3)微滴生成油：购自美国BioRad公司，货号186-3030；

(4)微滴生成卡：购自美国BioRad公司，货号186-4007；

(5)铝箔热封膜：购自美国BioRad公司，货号181-4000；

(6)Twin Tec Semi-Skirted 96孔板：购自德国Eppendorf公司，货号0030128605；

(7)阴性对照：DEPC水；购自上海生工，货号：D1005；

(8)阳性对照：A群轮状病毒RNA标准物质；

(9)DEPC水：购自上海生工，货号：D1005。

2.A群轮状病毒RNA标准物质制备

以A群轮状病毒RNA为模板，利用引物SEQ ID No.1-2，扩增出约76bp的特异性片断，称之为RV(包含RT-ddPCR扩增靶基因)；构建重组质粒pcDNAⅡ-RV(pcDNAⅡ载体购自Invitrogen公司)，于上海生工公司进行序列测定，并将测序结果与GenBank中A群轮状病毒的基因序列进行同源性分析，其同源性达100％。提取并纯化质粒DNA，用Promega公司的Ribo MAX^TM Large Scale RNA Production system-T7试剂盒(货号：P1300)进行体外转录(按试剂盒操作说明书进行)，体外转录产物用DNase消化，去除其中的DNA。利用RNeasyMiniElute Cleanup kit(购自QIAGEN公司，货号74204)进一步纯化cRNA。纯化的cRNA于上海生工公司进行序列测定，并将测序结果与GenBank中A群轮状病毒的基因序列进行同源性分析，其同源性达100％。将cRNA分装，保存于-80℃。对制备的A群轮状病毒RNA标准物质进行均匀性、稳定性检验，均符合相关要求；采用多家实验室定值方法对制备的标准物质进行定值研究，最终制备的A群轮状病毒RNA标准物质浓度为：6.60×10⁷copies/μl。-80℃保存，作为试剂盒的阳性对照

实施例4检测方法特异性

1.检测特异性分析

(1)材料：A群轮状病毒、星状病毒、甲肝病毒、诺如病毒Ⅰ型和诺如病毒Ⅱ型RNA均由中国疾病预防控制中心病毒病所提供。

(2)方法：使用本发明所述试剂盒，对常见的腹泻病毒包括A群轮状病毒、星状病毒、甲肝病毒、诺如病毒Ⅰ型和诺如病毒Ⅱ型RNA进行RT-ddPCR扩增检测，观察该试剂盒有无非特异性反应的发生。

(3)结果：A群轮状病毒、星状病毒、甲肝病毒、诺如病毒Ⅰ型和诺如病毒Ⅱ型RNA经PCR仪(Veriti Thermal cycler,Applied BioSystems,Foster City,CA)扩增后，采用微滴读取仪(QX200,Bio-Rad,Pleasanton,CA)检测，利用QuantaSoft软件进行结果读取和分析。结果表明，只有A群轮状病毒出现阳性微滴，其余病毒均为阴性微滴，证明该方法具有良好的特异性。结果见图2。

2.检测灵敏度分析

(1)材料：前面制备的A群轮状病毒RNA标准物质进行10倍梯度稀释至6.60拷贝/μL。

(2)方法：各稀释梯度取2μL，利用实施例3所述的试剂盒进行RT-ddPCR检测，通过分析本发明所述试剂盒所能检测到的最低限，反应体系见表2。

(3)结果：发现利用本发明所述试剂盒，可检测到6.60拷贝/μL的A群轮状病毒RNA标准。结果见图3。可见本试剂盒检测A群轮状病毒可达到6.60拷贝/μL，大大提高了A群轮状病毒相关检测方法的灵敏度，不依赖标准品，可实现绝对定量，结果直观可靠。

实施例5检测方法准确性评价

准确性(truness)是指一组测试结果的平均值与可接受的参考值之间的一致性程度。按照欧盟与Codex的标准，准确度的判定标准是在整个检测动态范围内，测定值应在参考值±25％范围内。

(1)材料：前面制备的A群轮状病毒检测RNA阳性对照(6.60×10⁷copies/μl)分别稀释至6.60×10³copies/μl、6.60×10²copies/μl、6.60×10¹copies/μl和6.60copies/μl，表示为样品U1-U4(表4)。

(2)方法：各样品分别进行RT-ddPCR检测，每个样品设7个重复，同时设置1个空白对照(以去DEPC水代替模板RNA)。

(3)结果：A群轮状病毒RNA的RT-ddPCR测定值均同预计值非常接近，其标准偏差均＜15％(表4)，小于25％的判定标准，说明该方法具有非常好的准确性。

表4A群轮状病毒RT-ddPCR检测的准确性

实施例6重复性

(1)方法：利用前面制备的A群轮状病毒RNA阳性对照(6.60×10⁷copies/μl)稀释至6.60×10³copies/μl，进行RT-ddPCR检测，设6个重复，同时设置1个空白对照(以去DEPC水代替模板RNA)。

(2)结果：由图4可见，对特定浓度的A群轮状病毒RNA阳性对照的测定变异系数CV小于25％，证明该方法用于A群轮状病毒定量检测时具有良好的重复性。

显然，本发明的上述实施例仅仅是为清楚地说明本发明所作的举例，而并非是对本发明的实施方式的限定。对于所属领域的普通技术人员来说，在上述说明的基础上还可以做出其它不同形式的变化或变动。这里无法对所有的实施方式予以穷举。凡是属于本发明的技术方案所引伸出的显而易见的变化或变动仍处于本发明的保护范围之列。

Claims (6)

1.一组用于检测A群轮状病毒的引物和探针，其特征在于，由序列表SEQ ID No.1至序列表SEQ ID No.3所示的核苷酸序列组成；其中SEQ ID No.1至SEQ ID No.2所示的核苷酸序列为扩增A群轮状病毒RNA的引物，SEQ ID No.3所示核苷酸序列为用于扩增A群轮状病毒RNA的探针。

2.根据权利要求1所述的检测A群轮状病毒的引物和探针，其特征在于：探针5’端标记FAM，3’端标记BHQ。

3.一种精确定量检测A群轮状病毒的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1或2所述的一组用于检测A群轮状病毒的引物和探针。

4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括A群轮状病毒阳性对照RNA、one-step RT-ddPCR supermix、醋酸镁、微滴生成油、微滴生成卡、96孔板和铝箔热封膜。

5.一种精确定量检测A群轮状病毒的检测方法，其特征在于，该方法包括：

(1)提取待测样品RNA

(2)配制RT-ddPCR反应体系，其中，所述反应体系包括序列表中SEQ ID NO：1至SEQ IDNO：3所示的用于扩增A群轮状病毒RNA的引物和探针；

(3)将步骤(2)配制的RT-ddPCR反应体系和微滴生成油加入微滴生成卡中，置于微滴生成仪中生成微滴；

(4)进行扩增反应；

(5)结果判定。

6.根据权利要求5所述的检测方法，其特征在于，步骤(5)中，按照泊松分布原理计算获得A群轮状病毒RNA的拷贝数，进而通过如下公式计算获得待测样品中A群轮状病毒的含量：