CN106062186A - 糖基化黄胭脂酮酸和/或胭脂酮酸的糖基转移酶 - Google Patents

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Abstract

一种分离的糖基转移酶(GT)多肽,其能够:(Ⅰ)缀合葡萄糖到黄胭脂酮酸(FK);和/或(II)缀合葡萄糖到胭脂酮酸(KA)以及使用该GT来例如制备胭脂红酸。

Description

糖基化黄胭脂酮酸和/或胭脂酮酸的糖基转移酶
技术领域
本发明涉及一种分离的糖基转移酶(GT)多肽,其能够:(Ⅰ):缀合葡萄糖到黄胭脂酮酸(flavokermesic acid)(FK);和/或(II):缀合葡萄糖到胭脂酮酸(kermesic acid)(KA)和使用该GT来制备例如胭脂红酸。
背景技术
天然色素胭脂红酸是食品、药品、化妆品和纺织品的最常用的着色剂之一。
胭脂红酸是一种着色剂,其可以从胭脂虫(Dactylopius coccus costa)(别名Coccus cacti L.)的雌性昆虫体提取。这些昆虫生活在例如墨西哥,中美洲和南美洲及加那利群岛的沙漠地区种植的Nopalea coccinellifera,Opuntia fidus indica和仙人掌科的其他植物上。根据pH,该着色剂可以是从橙色跨越红色到紫色的范围中的颜色,且通常被称为胭脂虫红或胭脂色。胭脂红着色剂广泛用于食品和饮料。
如本领域公知的,Porphyrophora polonica也产生胭脂红酸并且在例如波兰用于生产胭脂红酸。
关于目前的工业相关生产,通过用水或醇从昆虫的干体萃取来收获胭脂红酸。
所述昆虫(胭脂虫)在仙人掌上培养,因此,供应可能相对昂贵且受到不期望的变化和价格波动。
为了尝试解决不期望的变化和价格波动的问题-US5424421(European Colour,1995年出版)描述了通过涉及不同的中间体的合成路线化学合成胭脂红酸。
如例如WO2006/056585A1(Chr.Hansen A/S)所讨论的–在从昆虫水基提取胭脂红酸期间,一些的昆虫蛋白也从昆虫释放且将包含在有色提取物中,而且已经报道了胭脂虫蛋白质可能产生一些过敏相关的问题。在WO2006/056585A1中,描述了一种从昆虫提取液减少昆虫蛋白的量的特殊工艺-然而,WO2006/056585A1的最终产生的有色组合物/产物仍然包括一定量的胭脂虫昆虫蛋白质。
胭脂红酸的结构示于图1-可以看出这是一个所谓的C-葡萄糖苷(即,其中葡萄糖通过碳-碳键被接合/缀合到配基(aglucon)。
根据本领域-术语“糖苷配基(aglycon)”表示糖苷配基的相应糖基化形式的非碳水化合物部分。当糖是葡萄糖时,糖苷配基可被称为配基。
根据本领域-术语“糖苷(glycoside)”是指这样的化合物,其通过水解产生糖和非糖(糖苷配基)残基,例如葡萄糖苷可产生葡萄糖,半乳糖苷可产生半乳糖。如图1所示-C-葡萄糖苷胭脂红酸的水解产生葡萄糖和配基胭脂酮酸(KA)。
目前尚未详细描述参与胭脂红产生的体内昆虫(胭脂虫)生物合成途径-因此,根据现有技术,本领域技术人员不知道在胭脂红酸的体内胭脂虫生物合成生产过程中何种化合物是配基。
胭脂虫的分析表明,与胭脂红酸有关的广泛化合物存在于胭脂虫提取物中并且许多这些化合物原则上均可以在胭脂红酸的体内胭脂虫生物合成生产过程中葡糖化(glucosylate)。
例如,Stathopoulou等的文章(Analytica Chimica Acta 804(2013)264-272)描述了在胭脂虫的提取物中存在的六种新的蒽醌并且这六种新的蒽醌中的任一种(参见例如本文的图1)原则上均可以是在胭脂红酸的体内胭脂虫生物合成生产过程中葡糖化的分子。
此外,如本领域所公知的,在葡萄糖苷最终产品的体内生物合成生产过程中形成的主要葡糖化化合物可以是不稳定的中间体化合物,其将不能从胭脂虫分离的提取物中鉴定,如例如Stathopoulou等人的上述讨论的文章所分析的。
根据现有技术,可以推测,胭脂红酸的体内胭脂虫生物合成生产过程中的相关主要葡糖化化合物可以是例如具有与例如黄胭脂酮酸大约相同的碳原子数的不稳定中间体聚酮化合物。
根据本领域-术语“糖基转移酶”(GT)表示能够从活化的核苷酸糖转移糖到糖苷配基以形成糖苷的糖基转移酶酶。
现有技术未明确地描述本文相关的参与胭脂红酸的体内昆虫(胭脂虫)生物合成途径的糖基转移酶的DNA或氨基酸序列。
如本领域中已知的,对于累积低分子量化学物质的昆虫,相关生物合成途径基因有时不存在于昆虫基因组中。
例如,一些昆虫从它们食用的植物摄取糖苷-参见例如Zagrobelny等人的文章(Cyanogenic glucosides and plant-insect interactions;Phytochemistry.2004Feb;65(3):293-306)或者Geuder等人的文章(Journal of Chemical Ecology,Vol.23,No.5,1997)。此外,有时也在昆虫的微生物活体中发现相关生物合成途径基因,参见例如Genta等人的文章(Potential role for gut microbiota in cell wall digestion andglucoside detoxification in Tenebrio molitor larvae,Journal of InsectPhysiology52(2006)593–601)。
胭脂虫昆虫食用仙人掌类植物,可能是胭脂虫昆虫(类似其他昆虫)从它们食用的仙人掌摄取相关糖苷。
因此,基于现有技术,本领域技术人员可能不知道胭脂虫的基因组实际上是否包括这样的基因,所述基因编码参与产生胭脂红酸的体内生物合成途径的糖基转移酶。
WO2004/111254A1(Poalis A/S)描述了通过在微生物细胞内使用葡糖基转移酶体内缀合葡萄糖到香兰素配基而在例如真核细胞酵母细胞和/或原核大肠杆菌细胞中体内产生香兰素的葡糖化形式。从植物香草豆荚获得天然香兰素。因此,在现有技术中,成功的体内生产已在具有植物糖苷化合物(诸如例如香兰素葡萄糖苷)的微生物细胞中被描述。
发明内容
本发明所要解决的问题涉及提供可能导致胭脂红酸的生物合成途径中参与的糖基转移酶(GT)和使用这种糖基转移酶制备例如胭脂红酸。
正如本文的工作实施例所讨论的-本发明测序胭脂虫和微生物共生体的整个基因组和转录组(即包括mRNA的RNA分子组)。
分析从基因组和转录组得到的经鉴定的寡核苷酸序列与公知的C-糖基转移酶序列的相似度,结果为阴性。基因组/转录组的经鉴定的基因序列都未显示与公知的C-糖基转移酶序列的显著的相似度。
如以上所讨论的-基于现有技术,本领域技术人员可能不知道胭脂虫的基因组实际上是否包括这样的基因,所述基因编码参与产生胭脂红酸的体内生物合成途径的糖基转移酶。然而,本发明人继续对此进行研究。
如本文的工作实施例所讨论的-本发明人鉴定具有相关的GT活性的胭脂虫提取物(包括存在于胭脂虫中的内共生体的提取物)并且通过相关纯化和检测步骤的组合,本发明人终于能获得较纯的部分/组分,由此可能获得推定的GT酶候选物的几个部分氨基酸序列。
比较这些酶候选物的部分氨基酸序列与转录组的确定的基因序列,并且在进一步详细的工作之后,确定了编码糖基转移酶酶序列的序列-编码这种分离/克隆的新颖糖基转移酶的多核苷酸序列以SEQ ID NO:1示出且多肽氨基酸序列以SEQ ID NO:2示出。
可以将SEQ ID NO:2的糖基转移酶酶称为“DcUGT2”。
我们相信,所描述的分离/克隆的糖基转移酶是第一个描述的昆虫来源的糖基转移酶。如上所述,分析了胭脂虫转录组的确定的基因序列与相关公众已知的糖基转移酶序列的相似度,结果为阴性。
本发明人发现,该公知的现有技术糖基转移酶序列与显示为SEQ ID NO:2的新颖糖基转移酶多肽序列具有低于45%的同一性。
如在本文的工作实施例所讨论的-本发明人测试了分离/克隆的新颖糖基转移酶的活性,并发现它能够缀合葡萄糖到糖苷配基黄胭脂酮酸(FK)和胭脂酮酸(KA)-见图1。
葡糖化产物的分析表明,在可能形成的许多潜在的O-和C-葡萄糖苷产物当中,两种底物的每一种均仅形成单种糖苷产物。分析结果表明,当使用UDP-葡萄糖作为糖供体底物时,每一种产物都是通过GT在蒽醌结构的7位上GTC-葡糖化,更精确地是7-α-D-吡喃葡糖基-9,10-二氢-3,6,8-三羟基-1-甲基-9,10-二氧杂蒽甲酸(DcII-见图1)和7-α-D-吡喃葡糖基-9,10-二氢-3,5,6,8四羟基-1-甲基-9,10-二氧杂蒽甲酸(胭脂红酸-见图1)。
Gutmann等人的文章(Pure Appl.Chem,2013-07-09)描述了,即使一些C-糖苷已经从天然来源分离,然而仅在极少数情况下已知负责它们的生物合成的酶,并且用于C-糖苷生产的生物催化方法尚未建立。
Baig等人的文章(Angew Chem Int Ed Engl.2006Nov 27;45(46):7842-6)描述了一种称为UrdGT2的糖基转移酶(GT)并解释说它能够缀合糖到本文可以认为较类似黄胭脂酮酸(FK)和胭脂酮酸(KA)的一些糖苷配基。
因此,可以说,初步认为UrdGT2可能是能够缀合糖到黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)的GT的合格猜测。
如本文的工作实施例所讨论的-本发明人克隆了UrdGT2并测试其对黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)的GT活性并发现UrdGT2能够使用UDP-葡萄糖作为糖供体但UrdGT2没有葡糖化任何所测试的假定的糖苷配基-即,关于这些糖苷配基,未识别到GT活性。
该UrdGT2具有与本文公开的SEQ ID NO:2的15-20%的氨基酸同一性。
基于公知的GT序列和未公知的GT序列两者-本发明人进行了不同的详细序列比对研究。
基于这些序列比对研究–我们认为SEQ ID NO:2的氨基酸20至约468包含催化结构域的主要部分。
基于这些序列比对研究–我们认为从SEQ ID NO:2的大约291至约383的氨基酸包括所谓的活化的核苷酸糖结合位点。
基于这些序列比对研究–我们认为从SEQ ID NO:2的约1至约20的氨基酸包括所谓的信号肽,并且我们认为该信号肽可以在不显著影响本文的酶的相关GT活性的情况下去除。
此外,我们认为,所述活化的核苷酸糖结合位点可以由类似的(例如现有技术已知的)GT活化的核苷酸糖结合位点序列替代-诸如例如,由Radominska-Pandya A,BrattonSM,Redinbo MR,Miley MJ.Drug Metab Rev.2010Feb;42(1):133-44)和PlantPhysiology,November 2008,Vol.148,pp.1295–1308描述的活化的核苷酸糖结合位点。
因此,本发明的第一个方面涉及分离的糖基转移酶多肽,其能够:
(I)缀合葡萄糖到黄胭脂酮酸(FK);和/或
(II)缀合葡萄糖到胭脂酮酸(KA);
且其中所述糖基转移酶多肽是选自由以下组成的组中的至少一种多肽:
(a)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515具有至少70%同一性的氨基酸序列的多肽;
(b)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸20至468具有至少70%同一性的氨基酸序列的多肽;
(c)由在至少中等严格条件下与(ⅰ)SEQ ID NO:1的核苷酸1至1548或(ii)(ⅰ)的互补链杂交的多核苷酸编码的多肽;和
(d)为SEQ ID NO:2的氨基酸1至515的片段,其具有在(I)和/或(II)中指定的糖基转移酶活性。
如本领域技术人员在本发明上下文中理解的–第一方面的术语“糖基转移酶多肽,其能够”涉及的是所述糖基转移酶应该能够实现糖基转移酶(I)和/或(II)活性-但它也可能或不能实现其它糖基转移酶活性。
如本领域技术人员在本发明上下文中理解的–本文的公开内容所描述的新颖糖基转移酶序列是识别除了胭脂虫之外的例如其他昆虫中的类似糖基转移酶的一种重要工具并且不限于理论-我们认为,与SEQ ID NO:2具有至少70%同一性的序列将是本文另一相关糖基转移酶的合理的良好侯选物。
本发明的第二方面涉及一种分离的多核苷酸,其包含编码第一方面和/或其本文相关的实施方案的多肽的核苷酸序列。
本发明的第三方面涉及包含第二方面和/或其本文相关的实施方案的分离的多核苷酸的核酸构建体,其可操作地连接到引导多肽在表达宿主中产生的一种或多种控制序列。
本发明的第四方面涉及一种重组表达载体,其包括第三方面和/或其本文相关的实施方案的核酸构建体。
本发明的第五个方面涉及一种重组宿主细胞,其包含第三方面和/或其本文相关的实施方案的核酸构建体。
如以上所讨论的-根据现有技术,本领域技术人员不知道何种化合物是胭脂虫体内生物合成生产胭脂红酸过程中的主要糖基化化合物。
已经显示,胭脂虫包含能够C-糖基化黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)的GT。
显而易见的是,这个重要的知识足以实现例如生产胭脂红酸的目的而不需要从昆虫提取,从而能够制备基本上不含有例如不需要的胭脂虫昆虫蛋白质的胭脂红酸有色组合物/产品。
因为本领域技术人员不知道何种化合物在体内胭脂虫生物合成生产胭脂红酸的过程中被糖基化,实际上本领域技术人员不知道在自然界中是否实际存在能够C-糖基化黄胭脂酮酸糖苷配基和/或胭脂酮酸糖苷配基的糖基转移酶。
我们认为,本文公开的新的糖基转移酶代表首次分离的能够糖基化黄胭脂酮酸糖苷配基和/或胭脂酮酸的糖基转移酶。
因此,基于本文的技术公开内容–我们认为本领域技术人员将能够识别能够糖基化黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)的其他合适的糖基转移酶。
本领域技术人员应当理解,试图确定有机体/植物是否包括相关的糖基转移酶的一种方法可以是使相关的糖苷配基(即FK和/或KA)与有机体/植物(体内和/或体外)接触并测定所述有机体/植物是否产生相关的FK和/或KA糖苷。
如本文所理解的,如果所述有机体/植物产生相关的FK和/或KA糖苷,则所述有机体/植物将包括相关的糖基转移酶-即能够使黄胭脂酮酸糖基化以产生黄胭脂酮酸糖苷;和/或能够使胭脂酮酸糖基化以产生胭脂酮酸糖苷的糖基转移酶。
如下面所讨论的-根据上面的策略,本发明人发现可以在芦荟(Aloe)植物,十二卷(Haworthia)植物,高梁或稻植物中识别相关糖基转移酶。
因此,本发明的第六个方面涉及一种用于产生黄胭脂酮酸(FK)糖苷和/或胭脂酮酸(KA)糖苷的方法,其中所述方法包括以下步骤:
(A):在体外或体内在包含编码糖基转移酶的糖基转移酶基因的重组宿主细胞中使:
(a1):黄胭脂酮酸(FK)与能够糖基化黄胭脂酮酸的糖基转移酶在产生黄胭脂酮酸糖苷的合适条件下接触;和/或
(a2):胭脂酮酸(KA)与能够糖基化胭脂酮酸的糖基转移酶在产生胭脂酮酸糖苷的合适条件下接触。
术语“重组宿主细胞”在本文中应根据本领域来理解。如本领域中公知的,重组多核苷酸(例如DNA)分子是通过基因重组的实验室方法(例如分子克隆)将来自多个源的遗传物质汇集在一起,创建不能以其他方式在生物有机体中发现的序列而形成的多核苷酸(例如DNA)分子。如本领域技术人员可以理解的-重组宿主细胞包含重组多核苷酸(例如DNA)分子,因此,就这一点而论,重组宿主细胞将不会被理解为包括天然野生型细胞-诸如例如天然野生型胭脂虫细胞。
换句话说并如本领域技术人员可以理解的-例如天然野生型胭脂虫细胞同样地不包含编码糖基转移酶的重组糖基转移酶基因。
可优选的是,步骤(A)中的重组宿主细胞是包含编码糖基转移酶的重组糖基转移酶基因的重组宿主细胞。
如本文所讨论的-在工作实施例使黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)与SEQ IDNO:2的糖基转移酶在体外接触。这可以看作是本领域技术人员执行这样的体外接触步骤的常规工作。
SEQ ID NO:2的糖基转移酶在酵母细胞中重组表达(参见工作实施例)-因此,制成了包含编码SEQ ID NO:2的糖基转移酶的重组糖基转移酶基因的重组酵母宿主细胞。
我们认为,如果黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)可以在适当的条件下加入到发酵培养基中,FK和/或KA化合物可以进入例如培养基中发酵的酵母细胞中-因此,如果例如酵母细胞是包含编码糖基转移酶的重组糖基转移酶基因的重组酵母宿主细胞,则可以在FK和/或KA的重组宿主细胞中进行与糖基转移酶的体内接触。
在例如以上所讨论的WO2004/111254A1(Poalis A/S)中,在不同的重组宿主细胞中进行不同的糖苷配基化合物的这种体内接触,而且本领域技术人员将知道如何在相关糖苷配基(这里是黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA))的重组宿主细胞中进行和重组表达的糖基转移酶的体内接触。
如上所讨论的–我们认为本文公开的新的糖基转移酶代表首次公开了分离的能糖基化黄胭脂酮酸糖苷配基和/或胭脂酮酸糖苷配基的糖基转移酶。
据认为,本文所公开的SEQ ID NO:2的新颖糖基转移酶的有关部分序列可以重组引入到另一个糖基转移酶序列中以便构建能够葡糖化黄胭脂酮酸和/或胭脂酮酸的新的混合糖基转移酶序列。具有减少的KM或增加的Vmax的这种GT可以证明确保底物的快速葡糖化的重要性,所述底物当高水平累积时可能显示抑制酵母生长的毒性作用(Esben HalkjaerHansen et al.Phytochemistry 70(4):473-482)。同样地,如果需要的话,可以设想可特异地对前期路径中间体的葡糖化来修饰底物。
因此,本发明的另一个方面涉及用于构建新颖的分离的混合糖基转移酶多肽的方法,所述新颖的分离的混合糖基转移酶多肽能够:
(I):缀合葡萄糖到黄胭脂酮酸(FK);和/或
(II)缀合葡萄糖到胭脂酮酸(KA),
其中所述方法包括以下步骤:
(i):将编码具有与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515至少70%同一性的氨基酸序列片段(优选具有与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515至少90%同一性的氨基酸序列片段,更优选具有与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515至少99%同一性的氨基酸序列片段)的多核苷酸序列插入来自糖基转移酶的另一多核苷酸序列以便由此构建新的重组混合多核苷酸序列,其中所述片段包含至少75个氨基酸(优选至少100个氨基酸,更优选至少150个氨基酸和甚至更优选至少468个氨基酸);
(ii):表达由步骤(ⅰ)的新的重组混合多核苷酸序列编码的新的混合多肽;
(iii):分离步骤(ii)的表达的新的混合多肽;
(iv):测试步骤(iii)的分离的新的混合多肽是否能够:
(I):缀合葡萄糖到黄胭脂酮酸(FK);和/或
(II)缀合葡萄糖到胭脂酮酸(KA);和
(ⅴ)如果步骤(iv)的测试阳性,则已经构建了这样一种新的分离的混合糖基转移酶多肽,其能够:
(I):缀合葡萄糖到黄胭脂酮酸(FK);和/或
(II)缀合葡萄糖到胭脂酮酸(KA)。
定义
相关术语的所有定义按照能由技术人员关于相关的技术背景所能理解的。
术语“糖苷配基”表示糖苷配基的相应糖基化形式的非碳水化合物部分。当糖是葡萄糖时,可以将糖苷配基称为配基。此外,当糖是葡萄糖时,术语葡糖化可以代替糖基化使用。
当糖苷配基在羟基处糖基化时,通常产生所谓的O-糖苷键–即所谓的O-糖苷(或者如果糖是葡萄糖,则为O-葡萄糖苷)。
当糖苷配基通过碳-碳键糖基化时,其也可以被称为C-糖苷键-即所谓的C-糖苷(或如果糖是葡萄糖时,则为C-糖苷)。
术语“糖苷”是指水解时可以得到糖和非糖(糖苷配基)残基的化合物,例如,葡萄糖苷可产生葡萄糖,半乳糖苷可产生半乳糖
术语“糖基转移酶”是指能够缀合核苷酸激活的糖到化合物(例如,糖苷配基化合物)的酶。糖可以例如是半乳糖,葡糖胺,N-乙酰氨基葡萄糖(N-acetylglusamine),木糖,葡萄糖醛酸,鼠李糖,阿拉伯糖,甘露糖或葡萄糖的D和L异构体。或者,所述糖可以是可用作核苷酸二磷酸酯的碳水化合物衍生物,诸如,例如肌醇,橄榄糖(olivose),夹竹桃糖(rhodinose)等。此外,所述糖可以例如是单糖,二糖或三糖。在低聚和多糖的情况下,糖被逐一链接,通过例如涉及使用一个或多个糖基转移酶。如果糖是葡萄糖,可以将糖基转移酶称为葡糖转移酶。
当糖基转移酶通过C-糖苷键缀合核苷酸激活糖到化合物,可以将其称为C-糖基转移酶。
当糖基转移酶通过O-糖苷键缀合糖到糖苷配基,可以将其称为O-糖基转移酶。
术语“杂交”涉及多核苷酸在至少中等严格条件与(ⅰ)SEQ ID NO:1的核苷酸1至1548或(ii)(ⅰ)的互补链杂交,涉及核苷酸序列在中等至非常严格的条件下与对应于SEQID NO:1所示的的核苷酸序列或其互补链的标记核酸探针杂交。使用例如X射线胶片可以检测在这些条件下与核酸探针杂交的分子。
本文有关杂交严格条件是本领域技术人员通常会理解有关的严格条件-即,对于中等严格条件,技术人员会理解的条件是中等严格条件。技术人员知道有关的杂交严格条件-见例如(J.Sambrook,E.F.Fritsch,and T.Maniatus,1989,Molecular Cloning,ALaboratory Manual,2d edition,Cold Spring Harbor,New York)。
根据本领域–对于长度为至少100个核苷酸的长探针,将非常低至非常高的严格条件定义为在42℃下在5X SSPE,0.3%SDS,200μg/ml剪切和变性的鲑精DNA中预杂交和杂交,以及25%甲酰胺对应非常低和低严格性,35%甲酰胺对应中和中-高严格性或50%甲酰胺对应高和非常高严格性,之后进行标准南部(Southern)印迹程序12至24小时最佳。
对于长度为至少100个核苷酸的长探针,所述载体材料最终洗涤三次,每次用2×SSC 0.2%SDS洗涤15分钟,优选至少在45℃(非常低严格性),更优选至少在50℃(低严格性),更优选至少在55℃(中等严格性),更优选至少在60℃(中-高严格性),甚至更优选至少在65℃(高严格性),并且最优选至少在70℃(非常高严格性)。
术语“体外”(拉丁语:在玻璃中)涉及一种使用有机体成分进行的研究,该有机体成分已经从其通常的生物环境分离以便允许进行比使用整个有机体时更详细或更方便的分析。通常将这些实验称为“试管实验”。与此相反,体内研究是用处于正常完整状态的活的有机体进行的研究。
术语“体内”(“在活体内”的拉丁语)涉及一种使用整体,活的有机体的实验,其与部分或死的有机体,或体外(“在玻璃内”,例如,在试管或培养皿中)受控环境截然相反。
术语“分离的多核苷酸”在本文中本质上涉及的是多核苷酸从其天然环境分离-换言之,该多核苷酸制备物基本上不含与其天然相关的其它多核苷酸物质。编码本文描述的分离/克隆的新糖基转移酶的多核苷酸序列示于SEQ ID NO:1并且它从昆虫胭脂虫分离。因此,如技术人员所理解的-术语分离的多核苷酸当在胭脂虫的基因组中天然存在时不包括SEQ ID NO:1的多核苷酸。术语“分离的多核苷酸”本质上涉及的是该分离的多核苷酸是适合于在遗传工程蛋白质生产体系中使用的形式。因此,分离的多核苷酸,以重量计,含有至多10%,优选至多8%,更优选至多6%,更优选至多5%,更优选至多4%,更优选至多3%,甚至更优选至多2%,最优选至多1%,并且甚至最优选至多0.5%的与其天然相关的其它多核苷酸物质。术语“分离的多核苷酸”在本文中可以替代地被称为“克隆的多核苷酸”。
术语“分离的多肽”在本文中本质上涉及的是一种多肽从其天然环境中分离。如SEQ ID NO:2所示的新的糖基转移酶多肽从昆虫胭脂虫分离。因此,如技术人员所理解的-术语“分离的多肽”当其在胭脂虫的基因组中天然存在时不包括SEQ ID NO:2的糖基转移酶多肽。术语“分离的多肽”是指这样的多肽制备物,所述多肽制备物以重量计,含有至多10%,优选至多8%,更优选至多6%,更优选至多5%,更优选至多4%,至多3%,甚至更优选至多2%,最优选至多1%,并且甚至最优选至多0.5%的与其天然相关的其它多肽物质。术语“与其天然相关的其它多肽物质”可以涉及如SEQ ID NO:2所示的新的糖基转移酶多肽可以看成与胭脂虫中与其天然相关的其它多肽物质有关。在某些情况下-可以优选的是,“分离的多肽”指的是至少20%纯,优选至少40%纯,更优选至少60%纯,甚至更优选至少80%纯,最优选至少90%纯,并且甚至最优选至少95%纯的多肽,如通过SDS-PAGE测定的。
本文所用的术语“核酸构建体”是指一种核酸分子,无论是单链或双链,其从天然存在的基因分离或者被修饰以含有在某种程度上不会以其他方式存在于自然界中的核酸片段。当核酸构建体包含本发明的编码序列表达所需的控制序列时,术语核酸构建体与术语“表达盒”同义。如本领域所公知的,控制序列包括对于编码本发明的多肽的多核苷酸的表达必要或有利的所有组分。每个控制序列可以是天然的或对于编码多肽的核苷酸序列是不相关的。这种控制序列包括但不限于,前导序列,聚腺苷酸化序列,前肽序列,启动子,信号肽序列和转录终止子。最低限度,所述控制序列包括启动子,以及转录和翻译终止信号。所述控制序列可提供有接头以便引入特异性限制位点从而促进控制序列与编码多肽的核苷酸序列的编码区的连接。
术语“重组表达载体”涉及包含本发明的多核苷酸,启动子,及转录和翻译终止信号的重组表达载体。上述的各种核酸和控制序列可以结合在一起以产生重组表达载体,其可包括一个或多个方便的限制性位点以允许在这些位点插入或替代编码多肽的核苷酸序列。
术语“重组宿主细胞”在本文中应根据本领域来理解。如本领域中公知的,重组多核苷酸(例如DNA)分子是通过基因重组的实验室方法(例如分子克隆)将来自多个源的遗传物质汇集在一起,创建不能以其他方式在生物有机体中发现的序列而形成的多核苷酸(例如DNA)分子。如本领域技术人员可以理解的-重组宿主细胞包含重组多核苷酸(例如DNA)分子,因此,重组宿主细胞将不会被理解为包括天然野生型细胞-诸如例如天然野生型胭脂虫细胞。
术语“序列同一性”涉及两个氨基酸序列之间或两个核苷酸序列之间的相关性。
对于本发明而言,使用如EMBOSS程序包(EMBOSS:The European MolecularBiology Open Software Suite,Rice et al.,2000,Trends Genet.16:276-277)(优选版本3.0.0或更高版本)的Needle程序所执行的Needleman-Wunsch算法(Needleman andWunsch,1970,J.Mol.Biol.48:443-453)确定两个氨基酸序列之间的序列同一性程度。使用的可选参数是:缺口罚分10,缺口延伸罚分0.5,以及EBLOSUM62(BLOSUM62的EMBOSS版本)替代矩阵。标记为“最长同一性”(使用-nobrief选项获得)的针(Needle)的输出用作百分比同一性,并计算如下:
(相同的残基×100)/(比对的长度-比对中缺口的总数)。
对于本发明而言,使用如EMBOSS程序包(EMBOSS:The European MolecularBiology Open Software Suite,Rice et al.,2000,见上文)(优选版本3.0.0或更高版本)的Needle程序所执行的Needleman-Wunsch算法(Needleman and Wunsch,1970,见上文)确定两个核苷酸序列之间的序列同一性程度。使用的可选参数是:缺口罚分10,缺口延伸罚分0.5,以及EDNAFULL(NCBI NUC4.4的EMBOSS版本)替代矩阵。标记为“最长同一性”(使用-nobrief选项获得)的针(Needle)的输出用作百分比同一性,并计算如下:
(相同的脱氧核糖核苷酸×100)/(比对的长度-比对中缺口的总数)。
本发明的实施方案描述如下,仅通过实施例的方式。
附图说明
图1:本文描述的为SEQ ID NO:2的分离/克隆的新的糖基转移酶的相关糖基转移酶活性的示意图表示-如图中所示,发现能够缀合葡萄糖到糖苷配基黄胭脂酮酸(FK)和胭脂酮酸(KA)。
图2:采用OsCGT和SbUGT85B1产生黄胭脂酮酸和胭脂酮酸的葡萄糖苷。在包含UDP-葡萄糖和黄胭脂酮酸(FK)或胭脂酮酸(KA)的试验中形成的葡糖化产物的LC-MS分析。来自由FK(A)或KA(C)培养的大肠杆菌菌株Xjb(阴性对照)的粗裂解物。来自由FK(B)或KA(D)培养的表达OsCGT的Xjb细胞的粗裂解物。来自由FK(E)或KA(F)培养的表达SbUGT85B1的Xjb细胞的粗裂解物。单独的FK(G)和KA(H)底物。表示了总离子色谱图(TIC)和对于m/z 313[M-H]-,m/z 329[M-H]-,m/z 475[M-H]-,m/z 491[M-H]-的提取离子色谱,对应于FK,KA,FK-单葡萄糖苷,以及KA-单葡萄糖苷。峰保留时间以分钟表示。
具体实施方式
如本文所述的新的分离的糖基转移酶多肽
当本文提及本文所述的分离的糖基转移酶多肽时,是指本发明和/或其本文相关的实施方案的第一方面的分离的糖基转移酶多肽。
术语“分离的多肽”在本文中本质上涉及的是所述多肽从其天然环境中分离。如SEQ ID NO:2所示的新的糖基转移酶多肽从昆虫胭脂虫分离。因此,如技术人员所理解的-术语“分离的多肽”当其在胭脂虫的基因组中天然存在时不包括SEQ ID NO:2的糖基转移酶多肽。
优选地,本文描述的分离的糖基转移酶多肽是指这样的多肽制备物,所述多肽制备物以重量计,含有至多10%,优选至多8%,更优选至多6%,更优选至多5%,更优选至多4%,至多3%,甚至更优选至多2%,最优选至多1%,并且甚至最优选至多0.5%的与其天然相关的其它多肽物质。
如本领域技术人员所理解的,术语“与其天然相关的其它多肽物质”可以涉及如SEQ ID NO:2所示的新的糖基转移酶多肽可以看成与胭脂虫中与其天然相关的其它多肽物质有关。
在某些情况下-可以优选的是,本文描述的分离的糖基转移酶多肽指的是至少20%纯,优选至少40%纯,更优选至少60%纯,甚至更优选至少80%纯,最优选至少90%纯,并且甚至最优选至少95%纯的多肽,如通过SDS-PAGE测定的。
基于例如本文所公开的序列信息-这是本领域技术人员获得如本文所述的分离的糖基转移酶多肽的常规工作。
这可以例如根据本领域已知的程序在合适的重组宿主细胞中通过重组表达来完成。
因此,并不认为有必要在本文中详细地描述这种标准的已知的重组表达程序。
优选地,如本文所描述的分离的糖基转移酶多肽能够:
(I):缀合葡萄糖到黄胭脂酮酸(FK);和
(II):缀合葡萄糖到胭脂酮酸(KA)。
优选的实施方案涉及的是其中第一方面的糖基转移酶多肽是:
(a)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515具有至少80%同一性的氨基酸序列的多肽;更优选
(a)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515具有至少90%同一性的氨基酸序列的多肽;甚至更优选
(a)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515具有至少95%同一性的氨基酸序列的多肽;并且最优选
(a)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515具有至少98%同一性的氨基酸序列的多肽。
可以优选的是,第一方面的糖基转移酶多肽是包含具有SEQ ID NO:2的氨基酸1至515的氨基酸序列的多肽。
优选的实施方案涉及的是其中第一方面的糖基转移酶多肽是:
(b)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸20至468具有至少80%同一性的氨基酸序列的多肽;更优选
(b)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸20至468具有至少90%同一性的氨基酸序列的多肽;甚至更优选
(b)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸20至468具有至少95%同一性的氨基酸序列的多肽;和最优选
(b)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸20至468具有至少98%同一性的氨基酸序列的多肽。
可以优选的是,第一方面的糖基转移酶多肽是包含具有SEQ ID NO:2的氨基酸20至468的氨基酸序列的多肽。
优选的实施方案涉及的是其中第一方面的糖基转移酶多肽是:
(c)由在至少中等严格条件下与(ⅰ)SEQ ID NO:1的核苷酸1至1548或(ii)(ⅰ)的互补链杂交的多核苷酸编码的多肽;更优选
(c)由在至少高严格条件下与(ⅰ)SEQ ID NO:1的核苷酸1至1548或(ii)(ⅰ)的互补链杂交的多核苷酸编码的多肽;甚至更优选
(c)由在至少非常严格条件下与(ⅰ)SEQ ID NO:1的核苷酸1至1548或(ii)(ⅰ)的互补链杂交的多核苷酸编码的多肽。
本领域技术人员制备本文所述的分离的糖基转移酶多肽的变体是常规工作-即例如SEQ ID NO:2的例如一个或多个氨基酸已被修饰/改变的变体。
进一步地–如本领域技术人员所公知的,如果这种变体变化并不过于激烈,这种酶保持其相关的GT活性将是可行的。
优选的实施方案涉及的是其中第一方面的糖基转移酶多肽是:
(a)包含SEQ ID NO:2的氨基酸1至515的氨基酸序列的多肽或其变体,其中所述变体包含在SEQ ID NO:2的一个或多个(几个)位置的改变,并且其中所述变体包含小于50个的改变,更优选小于40个的改变,甚至更优选小于20个的改变和最优选小于10个的改变。
在一个优选的实施方案中,术语“在SEQ ID NO:2的一个或多个(几个)位置的改变”指的是在SEQ ID NO:2中的1至10个改变。
根据现有技术-术语“变体”在本文是指具有相关的GT活性且包括在一个或多个(几个)位置的改变,即,替代、插入和/或缺失的肽。替代是指用不同的氨基酸替换占据位置的氨基酸;缺失是指除去占据位置的氨基酸;以及插入是指邻近占据位置的氨基酸添加1-3个氨基酸。
所述氨基酸可以是天然或非天然氨基酸-例如,用例如D-丙氨酸的例如特别的D-异构体(或D-型)替代理论上是可能的。
在一个优选的实施方案中,第一方面的糖基转移酶多肽是膜结合或不溶于水的GT。
包括编码如本文所述的糖基转移酶多肽的核苷酸序列的分离的多核苷酸
如上所讨论的-本发明的第二个方面涉及包含编码第一方面和/或其本文相关的实施方案的多肽的核苷酸序列的分离的多核苷酸。
术语“分离的多核苷酸”在本文中可以替代地称为“克隆的多核苷酸”。
如上所讨论的-术语“分离的多核苷酸”本质上涉及的是多核苷酸从其天然环境分离-换言之,该多核苷酸制备物基本上不含与其天然相关的其它多核苷酸物质。编码本文描述的分离/克隆的新的糖基转移酶的多核苷酸序列示于SEQ ID NO:1并且它从昆虫胭脂虫分离。因此,如技术人员所理解的-术语分离的多核苷酸当在胭脂虫的基因组中天然存在时不包括SEQ ID NO:1的多核苷酸。
术语“分离的多核苷酸”本质上涉及的是该分离的多核苷酸是适合于在遗传工程蛋白质生产体系中使用的形式。
因此,分离的多核苷酸,以重量计,含有至多10%,优选至多8%,更优选至多6%,更优选至多5%,更优选至多4%,更优选至多3%,甚至更优选至多2%,最优选至多1%,并且甚至最优选至多0.5%的与其天然相关的其它多核苷酸物质。
基于例如本文所公开的序列信息-这是本领域技术人员获得如本文所述的分离的多核苷酸的常规工作。
这可以例如根据本领域已知的程序在合适的重组宿主细胞中通过重组表达来完成。
因此,并不认为有必要在本文中详细地描述这种标准的已知的重组表达程序。
包含如本文所述的分离的多核苷酸的核酸构建体
如上所讨论的-本发明的第三方面涉及包含第二方面和/或其本文相关的实施方案的分离的多核苷酸的核酸构建体,其可操作地连接到引导多肽在表达宿主中产生的一种或多种控制序列。
根据现有技术-本文所用的术语“核酸构建体”是指一种核酸分子,无论是单链或双链,其从天然存在的基因分离或者被修饰以含有在某种程度上不会以其他方式存在于自然界中的核酸片段。
当核酸构建体包含本发明的编码序列表达所需的控制序列时,术语核酸构建体与术语“表达盒”同义。如本领域所公知的,控制序列包括对于编码本发明的多肽的多核苷酸的表达必要或有利的所有组分。
基于例如本文所公开的序列信息-这是本领域技术人员制备相关的核酸构建体的常规工作–例如,基于现有技术,本领域技术人员知道用于编码本发明的多肽的多核苷酸的表达的各种不同的合适的控制序列。
因此,并不认为有必要在本文中详细地描述这种标准的已知的技术原理。
包含如本文所述的核酸构建体的重组表达载体
如上所讨论的-本发明的第四方面涉及一种重组表达载体,其包括第三方面和/或其本文相关的实施方案的核酸构建体。
根据现有技术-术语“重组表达载体”涉及包含本发明的多核苷酸,启动子,及转录和翻译终止信号的重组表达载体。上述的各种核酸和控制序列可以结合在一起以产生重组表达载体,其可包括一个或多个方便的限制性位点以允许在这些位点插入或替代编码多肽的核苷酸序列。
基于例如本文所公开的序列信息-这是本领域技术人员制备相关的重组表达载体的常规工作–例如,基于现有技术,本领域技术人员知道各种不同的启动子,及转录和翻译终止信号。
因此,并不认为有必要在本文中详细地描述这种标准的已知的技术原理。
包含如本文所述的核酸构建体的重组宿主细胞
如上所讨论的-本发明的第五个方面涉及一种重组宿主细胞,其包含第三方面和/或其本文相关的实施方案的核酸构建体。
术语“重组宿主细胞”在本文中应根据现有技术来理解。如本领域中公知的,重组多核苷酸(例如DNA)分子是通过基因重组的实验室方法(例如分子克隆)将来自多个源的遗传物质汇集在一起,创建不能以其他方式在生物有机体中发现的序列而形成的多核苷酸(例如DNA)分子。如本领域技术人员可以理解的-重组宿主细胞包含重组多核苷酸(例如DNA)分子,因此,就这一点而论,重组宿主细胞将不会被理解为包括天然野生型细胞-诸如例如天然野生型胭脂虫细胞。
基于例如本文所公开的序列信息-这是本领域技术人员制备相关的重组宿主细胞的常规工作–例如,基于现有技术,本领域技术人员知道许多不同的合适的重组宿主细胞,其多年来已被用作例如用于不同的目的多肽的表达的重组宿主细胞。
重组宿主细胞可以是任何合适的细胞,例如任何真核细胞[例如哺乳动物细胞(如例如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞)或植物细胞]或任何原核细胞。
特别优选的是,其中重组宿主细胞是产黄胭脂酮酸/胭脂酮酸或其他相关的化合物的植物细胞,例如大黄类植物细胞。
优选地,重组宿主细胞是选自由丝状真菌细胞和微生物细胞组成的组的细胞。
丝状真菌包括细分真菌门和卵菌门的所有丝状形式(如Hawksworth等人所定义的,1995,见上文)。丝状真菌以由几丁质,纤维素,葡聚糖,壳聚糖,甘露聚糖和其它复杂多糖组成的营养菌丝体为特征。营养生长是通过菌丝伸长而碳分解代谢是绝对需氧的。与此相反,酵母例如酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的营养生长是通过单细胞菌体的出芽而碳分解代谢可以是发酵性的。
可以优选地,丝状真菌细胞是物种支顶孢属,曲霉属真菌,镰孢属,腐质霉属,毛霉属,毁丝霉属,脉孢属,青霉属,梭孢壳属,弯颈霉属和木霉属或它们的有性型或异名的细胞,但不限于这些。
优选的曲霉属真菌细胞是黑曲霉或米曲霉。
本文优选的微生物细胞是选自酵母细胞和原核细胞组成的组的微生物细胞。
优选的酵母细胞是选自子囊菌纲,担子菌纲和半知菌纲组成的组的酵母细胞。优选地,酵母细胞选自由子囊菌纲组成的组。
优选的子囊菌纲酵母菌细胞选自由阿舒囊霉属(Ashbya),Botryoascus,德巴利氏酵母属,汉逊酵母属(Hansenula),克鲁维酵母菌属(Kluveromyces),油脂酵母属(Lipomyces),酵母属(Saccharomyces spp)例如,酿酒酵母,毕赤酵母属(Pichia spp.),裂殖酵母(Schizosaccharomyces spp)组成的组。
优选的酵母细胞是选自由酵母属(Saccharomyces spp)例如,酿酒酵母和毕赤酵母属(Pichia spp.)组成的组的酵母细胞。
优选的原核细胞选自由芽孢杆菌属,链霉菌属,棒状杆菌属,假单胞菌属,乳酸菌和大肠杆菌细胞组成的组。
优选的芽孢杆菌属细胞是枯草芽孢杆菌(B.subtilis),解淀粉芽孢杆菌(B.amyloliquefaciens)或地衣芽孢杆菌(B.licheniformis)。
优选的链霉菌属细胞是西唐氏链霉菌(S.setonii)或天蓝色链霉菌(S.coelicolor)。
优选的棒状杆菌细胞是谷氨酸棒杆菌(C.glutamicum)。
优选的假单胞菌细胞是恶臭假单胞菌(P.putida)或荧光假单胞菌(P.putida)。
一种生产黄胭脂酮酸(FK)糖苷和/或胭脂酮酸(KA)糖苷的方法
如上所讨论的-本发明的第六个方面涉及一种用于产生黄胭脂酮酸(FK)糖苷和/或胭脂酮酸(KA)糖苷的方法,其中所述方法包括以下步骤:
(A):在体外或体内在包含编码糖基转移酶的糖基转移酶基因的重组宿主细胞中使:
(a1):黄胭脂酮酸(FK)与能够糖基化黄胭脂酮酸的糖基转移酶在产生黄胭脂酮酸糖苷的合适条件下接触;和/或
(a2):胭脂酮酸(KA)与能够糖基化胭脂酮酸的糖基转移酶在产生胭脂酮酸糖苷的合适条件下接触。
优选地,步骤(A)中的重组宿主细胞是包含编码糖基转移酶的重组糖基转移酶基因的重组宿主细胞。
优选地,步骤(a2)中的糖基转移酶是一种葡糖基转移酶而且由此,在步骤(a2)中产生胭脂酮酸葡萄糖苷,优选其中产生的胭脂酮酸糖苷是胭脂红酸(本文的图1示出胭脂红酸的结构)。
优选地,步骤(a1)中的糖基转移酶是一种葡糖基转移酶而且由此,在步骤(a1)中产生黄胭脂酮酸葡萄糖苷,优选其中产生的黄胭脂酮酸糖苷是化合物DcII(本文的图1示出化合物DcII的结构)。
当步骤(a1)中所产生的化合物是DcII时,可以优选的是使用本DcII作为中间体来制备胭脂红酸。
这可以通过化学合成进行并且本领域技术人员知道如何根据他的普通一般知识做到这一点。
另外,这也可以通过例如使用合适的加氧酶酶促地进行。合适的加氧酶的一个实例是单加氧酶的细胞色素P450超家族(正式缩写为CYP)酶。其它实例是黄素单加氧酶或不同类型的双加氧酶,然而该名单不应被认为是排除其它类的酶的参与。
如本领域中已知的-由细胞色素P450催化的最常见的反应是单加氧酶反应,例如,插入一个氧原子到底物中。
如本领域技术人员在本发明上下文中理解的-如本文所讨论的第六方面的方法的步骤(a)的术语黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)糖苷配基应被理解为如图1所示的FK和/或KA具体化合物以及这些具体的化合物的具有较小的取代基的等效类似物(例如FK甲酯)。
如由本领域技术人员所理解的-如果FK甲酯用作第六方面的方法的步骤(a)中的糖苷配基,那么经过糖基化步骤将生成FK甲酯糖苷,其通过常规除去甲基将产生DcII-相应地,关于本文中所讨论的第六方面的方法,FK甲酯可被视为等同于FK糖苷配基。
在第六方面的方法的步骤(a)中指定,使用了能够糖基化FK和/或KA的糖基转移酶-因此可以理解,GT必须能够这样做。
可以优选地纯化步骤(A)中产生的糖苷–即,在步骤(a1)和/或在步骤(a2)中。
因此,可以优选的是,第六方面的方法包括具有下列步骤的进一步的步骤(B):
(B):纯化步骤(a1)和/或步骤(a2)中产生的糖苷,由此得到一种组合物,其中组合物中至少5%w/w(优选至少10%w/w,更优选至少50%w/w和最优选至少80%w/w)的化合物是所产生的黄胭脂酮酸糖苷和/或胭脂酮酸糖苷。
本领域技术人员知道如何纯化这类糖苷化合物并且其可以根据本领域进行。
纯化步骤(B)可以是特别优选的,当:
-在步骤(a2)中产生的糖苷是胭脂红酸时;
-在步骤(a1)中产生的糖苷是化合物DcII时;和/或
-在步骤(a1)中产生的糖苷是化合物DcII并且它用作中间体以制备胭脂红酸时。
如本文所讨论-在工作实施例中,使黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)与SEQ IDNO:2的糖基转移酶体外接触。这可以被看作是本领域技术人员执行这样的体外接触步骤的常规工作。
SEQ ID NO:2的糖基转移酶在酵母细胞中重组表达(参见本文的工作实施例)-因此,在本文的一个工作实施例中,制成了这样的重组酵母宿主细胞,其包含编码SEQ ID NO:2的糖基转移酶的重组糖基转移酶基因。
我们认为,如果黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)可以在适当的条件下加入到发酵培养基中,FK和/或KA化合物可以进入例如培养基中发酵的酵母细胞中-因此,如果例如酵母细胞是包含编码糖基转移酶的重组糖基转移酶基因的重组酵母宿主细胞,则可以在FK和/或KA的重组宿主细胞中进行与糖基转移酶的体内接触。
在一个优选的实施方案中,步骤(A)中的接触是在体内且重组宿主细胞是酵母细胞,优选其中所述酵母细胞选自由酵母属(例如酿酒酵母)和毕赤酵母属组成的组。
以上描述了优选的重组宿主细胞-这些优选的重组宿主细胞也可以是与本发明的第六方面的方法相关的优选的重组宿主细胞。
在本文中-可以说,确定合适的重组宿主细胞以执行第六方面的方法的体内接触步骤(A)在本领域技术人员的普通知识范围内并且不认为有必要在此详细地描述。
上面讨论了优选的重组宿主细胞可以例如是微生物细胞或丝状真菌细胞-这些细胞可以是与第六方面的方法相关的优选的重组宿主细胞。
可能能够制备这样的重组宿主细胞(例如重组宿主微生物细胞),其包含编码参与生物合成途径导致黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)的产物的基因,并且这样的重组宿主细胞可在本文中优选。
因此,可以优选的是步骤(A)中的接触是在这样的重组宿主细胞中的体内接触,所述重组宿主细胞包含编码糖基转移酶的重组糖基转移酶基因和编码参与生物合成途径导致黄胭脂酮酸(FK)和/或胭脂酮酸(KA)的产物的基因。
如在本文的工作实施例中讨论的-SEQ ID NO:2的GT在体内和在水中是膜结合的或疏水/不溶。当生产细胞或包含膜结合GT的细胞部分从产品(例如,胭脂红酸)分离时,GT可以基本上不存在于更可溶产物/亲水产物所存在的部分中。这对于获得最终产物(例如胭脂红酸产物/组合物)是有利的,所述最终产物基本上完全不含有重组GT。
因为通过GT糖基化的底物可以是疏水的糖苷配基,该糖苷配基将预期在膜中和生产细胞的其它疏水部分部分地累积。通过使用膜结合GT,获得在例如膜中存在的疏水化合物的更有效的糖基化。
因此,在一个优选的实施方案中,在第六方面的方法中使用的糖基转移酶是膜结合或不溶于水的GT。
在一个优选的实施方案中-第六方面的方法的步骤(A)中的糖基转移酶是第一个方面和/或其本文相关的实施方案的糖基转移酶。
如本文所讨论的-工作实施例4的所确定的数据/结果显示,本文有关的GT酶可以在例如高粱和水稻中识别。
在本文中,高粱多肽序列(Genbank登录ID号:AAF17077.1)显示为SEQ ID NO:4。
在本文中,水稻多肽序列(Genbank登录ID号:CAQ77160.1)显示为SEQ ID NO:5。
可能相关的是,第六方面的方法的步骤(A)中的糖基转移酶是这样的糖基转移酶,其包含具有与SEQ ID NO:4的氨基酸1至492至少70%(优选至少80%,更优选至少90%,甚至更优选至少98%)的同一性的氨基酸序列。
可能相关的是,第六方面的方法的步骤(A)中的糖基转移酶是这样的糖基转移酶,其包含具有与SEQ ID NO:5的氨基酸1至471至少70%(优选至少80%,更优选至少90%,甚至更优选至少98%)的同一性的氨基酸序列。
实施例
实施例1-胭脂虫GT的克隆及其FK和KA活性的测试
材料和方法
DNA和mRNA的纯化
鲜冻胭脂虫(从兰萨罗特获得)。鲜冻波斯胭珠蚧(Porphyrophora polonica)从波兰获得。将冷冻昆虫在液氮下磨成粉末并纯化DNA/RNA:根据供应商的试验方案,使用DNeasy Blood&Tissue试剂盒(Qiagen)纯化DNA。根据供应商的试验方案,使用RNeasy小型试剂盒(Qiagen)纯化RNA。
使用逆转录酶反应的多-dT引发,根据供应商的试验方案,使用RT2简易第一链试剂盒(Easy First Strand Kit)(Qiagen)将真核生物mRNA制成cDNA。
DNA和RNA的测序:
使用100bp配对末端Illumina技术,根据Illumina的试验方案,以约60-100X的覆盖范围在测序的BGI(中国深圳)对DNA和cDNA进行了测序,输出结果为fastq数据格式。
DNA和RNA/cDNA序列的分析:
将所获得的DNA和RNA/cDNA的Fastq序列导入到基因组工作台(GenomicWorkbench)版本5.4(CLC-bio,奥尔胡斯,丹麦)并使用从头组装算法组装成重叠群。将输出文件导出为FASTA格式。
然后将RNA/cDNA FASTA文件导入到IOGMA v.10(Genostar,法国格勒诺布尔)并使用“基于隐马尔科夫矩阵的原核生物基因发现者(hidden Markov-Matrix-basedprokaryote gene-finder)”鉴定推定的基因。
相对于GenBank(NCBI)使用BLAST(基础局部比对序列工具)注释推定的基因,GenBank(NCBI)也使用该核苷酸序列作为翻译的蛋白质序列。也通过与蛋白质家族的PFAM数据库进行相似性比较来注释该推定的基因。
从胭脂虫制备蛋白质组分
在含有0.3g的聚乙烯吡咯烷酮的120mL隔离缓冲液[350mM蔗糖,20mM Tricine(pH7.9),10mM NaCl,5mM DTT,1mM PMSF)中均化3克新鲜的胭脂虫昆虫。将匀浆通过尼龙布(22μm筛目)过滤,并离心(4℃下10分钟,10,000xg)。将上清液离心(1小时,105,000xg,4℃),得到可溶性和膜结合蛋白组分。将可溶性蛋白组分浓缩至1mL,并使用Amiconultrafugation-3K设备(Millipore)用20mM Tricine(pH 7.9),5mM DTT缓冲液交换。通过使用貂画笔在60mL的20mM Tricine(pH 7.9),5mM DTT中重悬浮来洗涤膜结合蛋白颗粒三次,然后重新离心。膜结合蛋白沉淀最后再悬浮于1mL的20mM Tricine(pH7.9),5mM DTT中。分析可溶性蛋白组分和膜结合蛋白组分的糖基化活性。
从胭脂虫膜蛋白纯化黄胭脂酮酸/胭脂酮酸特异性GT活性
通过加入1%(v/v)Triton X-100(还原形式),并在冷浴中缓慢搅拌1.5小时来溶解从3g鲜胭脂虫昆虫分离的膜结合蛋白组分。离心Triton X-100处理过的溶液(1小时,105,000xg,4℃),以及分离上清液并施加到用2mL Q-琼脂糖Fast flow(Pharmacia)填充的柱中。用4mL缓冲液A[20mM Tricine(pH为7.9),0.1%(v/v)Triton x-100(还原形式),50mMNaCl]洗涤该柱并使用从100mM-500mM,(以50mM增量)的不连续的NaCl梯度以20mM Tricine(pH 7.9),0.1%(v/v)Triton x-100(还原形式)〕洗脱蛋白质。收集0.5mL级分,脱盐,用SDS-PAGE分析并使用所描述的放射性标记的葡糖化酶测定法监测葡糖化活性。含有富集的黄胭脂酮酸/胭脂酮酸特异性GT活性的级分进行肽质量指纹图谱分析。
酶测定和糖苷产品检测
在含有20mM Tricine(pH 7.9),3.3μm UDP[14C]葡萄糖和20uL蛋白提取物(膜结合的或可溶蛋白质)的60uL的测定混合物中进行黄胭脂酮酸和胭脂酮酸的葡糖化。反应在30℃下温育0.5小时,并通过添加180uL甲醇终止。样品在4℃下以16,000xg离心5分钟并将上清液点在TLC板(硅胶60F254板;Merck)上。测定产物在二氯甲烷:甲醇:甲酸(7:2:2,按体积计)中溶解。使用STORM840PhosphorImager可视化放射性标记的产物(MolecularDynamics,http://www.moleculardynamics.com)。
在酿酒酵母中表达密码子优化的DcUGT2,DcUGT4和DcUGT5
用于酵母表达的DcUGT2和来自胭脂虫转录组的被称为DcUGT4和DcUGT5的两个其他假定的GT序列的合成密码子优化的版本购自GenScript,具有侧翼Gateway重组attL位点。该合成的片段用作具有特异性的引物以产生相应的C-末端StrepII标签的版本的PCR模板。使用LR clonaseII酶混合物将六个基因构建体(标记的和未标记的片段)克隆到Gateway目的质粒pYES2.0-DEST52(Invitrogen)中。该六个pYES-DEST52质粒构建体单独转化成Invsc1酵母菌株(Invitrogen)并通过PCR验证阳性转化体。根据pYES-DEST52Gateway载体(Invitrogen)的说明进行异源蛋白质生产。使用抗链球菌抗体由免疫印迹法验证异源StrepII标签的蛋白的生产。如(D.Pompon,B.Louerat,A.Bronine,P.Urban,Yeastexpression of animal and plant P450s in optimized redox environments,MethodsEnzymol.272(1996)51–64)所描述的从经验证的酵母转化体制备膜结合蛋白组分。272(1996)51-64)并筛选对黄胭脂酮酸/胭脂酮酸的葡糖化活性。在本文中,酵母优化的序列示于SEQ ID NO:3。
LC-MS-MS
用下列HPLC系统在Agilent Q-TOF上进行LC/MS:
柱Kinetix 2.6μXB-C18 100A(100×4.60mm,Phenomenex)。溶剂A(900mL去离子水,100ml甲醇和50ml甲酸)。溶剂B(700mL甲醇,300ml去离子水和50mL甲酸)。
流速0.8ml/分钟。35℃。
梯度洗脱。0-1分钟100%A。线性梯度至83%A 3分钟。线性梯度至63%A6分钟,线性梯度至45%A 9分钟,线性梯度至27%A 12分钟,线性梯度至10%A 15分钟,线性梯度至3%A 17分钟,线性梯度至2%A 19分钟,线性梯度至0%A 20分钟,0%A 22分钟,线性梯度至100%A 25分钟。
保留时间分别为胭脂红酸7.6分钟,DC II 7.8分钟,黄胭脂酮酸13.7分钟和胭脂酮酸13.9分钟。
结果:
在均化的胭脂虫昆虫中,使用C14-UDP-葡萄糖作为底物,检测糖基化黄胭脂酮酸/胭脂酮酸的能力。活性被证明是膜结合的并纯化活性,以及将纯化的蛋白质提交给蛋白质组学分析。结果表明,酶的活性来自于具有对应于我们的候选基因DcUGT2的序列的多肽。
如以上所讨论的–在本文中将为SEQ ID NO:2的本文相关的糖基转移酶酶称为“DcUGT2”。
DcUGT2的氨基酸序列显示与任何已知的糖基转移酶的少于45%的同源性。
认识到克隆野生型序列到酵母并未提供相关酶活性,我们将DcUGT2的核苷酸序列重新设计成编码相同的多核苷酸但使用为酿酒酵母优化的核苷酸密码子的序列,该过程称为密码子优化(在本文中,酿酒酵母优化的序列如SEQ ID No.3所示)。接着克隆DcUGT2的密码子优化的序列并在酵母中表达。异源酵母菌株包含能够葡糖化胭脂酮酸和黄胭脂酮酸的膜结合酶活性。
在从富集有针对黄胭脂酮酸/胭脂酮酸的GT活性的胭脂虫蛋白组分获得肽质量指纹数据后,我们匹配肽质量到转录组数据集并确定了三个假定的UGT(DcUGT2,DcUGT4和DcUGT5)。
三个候选物在酵母中的异源表达显示,只有这些UGT之一,即DcUGT2负责胭脂虫蛋白组分中的所观察到的针对黄胭脂酮酸/胭脂酮酸的葡糖化活性。
生成的C-14放射性标记的葡萄糖苷的复合多糖酶(viscozyme)处理,表明其是耐水解的,进一步暗示DcUGT2是C-GT,负责产生DCII和胭脂红酸。
LC-MS-MS显示产物的信息,其具有与DcII和胭脂红酸分别相同的保留时间、频谱、分子量和分子降解模式。
结论
实施例1的结果表明,分离/克隆为SEQ ID NO:2的可以在本文中称为“DcUGT2”的本文相关的糖基转移酶酶不是一件容易的事。
例如,分析了胭脂虫昆虫的基因组和转录组的经鉴定的基因序列与本文相关公知C-糖基转移酶序列的相似度,在基因组/转录组的经鉴定的基因序列在此都未表现出与公知的本文相关C-糖基转移酶序列的显著相似度的意义上,结果是阴性的。
然而,即使生物信息学的序列相似性分析,可以说指示了胭脂虫的基因组不会包含编码本文相关糖基转移酶的基因–然而本发明人继续对此进行研究,并且本发明人鉴定了具有本文相关的GT活性的胭脂虫提取物(包括在胭脂虫中存在的内共生体的提取物)并且通过本文相关的纯化和检测步骤的组合,本发明人终于能够得到较纯的组分/组合物,由此能够获得可能的GT酶候选物的若干部分氨基酸序列。
本发明人测试了描述SEQ ID NO:2的分离/克隆的新的糖基转移酶的活性并且发现其能够缀合葡萄糖到糖苷配基黄胭脂酮酸(FK)和胭脂酮酸(KA)-参见图1。
实施例2测试现有技术已知的UrdGT2的KA GT活性
如上所讨论的–在Gaig等人的文章中描述了UrdGT2(Angew Chem Int EdEngl.2006Nov 27;45(46):7842-6)。
如上所讨论的-本文描述了UrdGT2能够糖基化不同的糖苷配基分子,这些不同的糖苷配基分子可以被认为结构上类似于本文相关的胭脂酮酸(KA)和黄胭脂酮酸(FK)糖苷配基。
克隆用于大肠杆菌表达的UrdGT2的密码子优化的合成版本并且在大肠杆菌中重组表达。获得了含有重组UrdGT2的粗可溶性蛋白提取物-即包括UrdGT2的提取物。
使用UDP-葡萄糖或TDP-葡萄糖作为糖供体和FA/KA作为糖苷配基底物在体外分析UrdGT2GT活性。未检测到对这些糖苷配基的活性–即,关于这些糖苷配基,未识别到本文相关的GT活性。
然而,可以确认的是,重组UrdGT2是活跃的,如通过大肠杆菌粗提物中的不明化合物的葡糖化衍生而来的C14-放射标记的葡萄糖苷的体外形成所证明的。
实施例3芦荟植物和十二卷属植物中的GT活性
从芦荟分离和测试GT活性
1)洗去植物的土壤颗粒并分离成:A)根,B)绿叶组织和C)来自叶的凝胶物质
2)在液氮中立即冷冻5g组织并且在冷研钵中用杵磨成细粉。
3)将含有无EDTA(Roche)的完全蛋白酶抑制剂,0.1%(w/v)硫酸鱼精蛋白和0.5gPVPP的20mL的冷的提取缓冲液[20mM Tricine-HCl,10mM NaCl,5mM DTT,1mM PMSF,pH7.9]加入到粉末中并涡旋。
4)将匀浆在4℃下缓慢搅拌10分钟,然后以12,000xg在4℃下离心5分钟。
5)将上清液分离并在恒定搅拌下在4℃下将1mL的在20mM Tricine-HCl,pH 7.9中的2%(w/v)硫酸鱼精蛋白滴加2分钟。
6)将上清液通过2片尼龙网过滤。然后将过滤的上清液以12,000xg在4℃下离心5分钟。
7)将上清液分离并以110,000xg在4℃下超高速离心1h。
8)分离可溶性蛋白组分(上清液)并使用Amicon超离心过滤装置-3K(Millipore)用含有5mM DTT的20mM Tricine-HCl pH 7.9缓冲液交换5次
9)在含UDP-葡萄糖(1.25mM终浓度)或FK(50μM终浓度),KA(50μM终浓度)或MeO-FK/ETO-FK(50μm/50μm终浓度)的60uL的总反应体积中在30℃下培养20uL可溶性蛋白提取物2小时,并在650rpm下振摇。
10)用180uL冷的甲醇终止酶反应并通过0.45μm过滤器过滤并进行HPLC-MS分析。
表1.使用来自芦荟的酶提取物在体外葡糖化试验中形成的糖苷。
测试来自三种芦荟组织的粗可溶性酶提取物,绿叶物质(叶),来自叶的凝胶物质(凝胶)和根对黄胭脂酮酸(FK),胭脂酮酸(KA),黄胭脂酮酸的甲酯(MeOFK)和黄胭脂酮酸(EtOFK)的乙酯的葡糖化活性。数值对应于在体外形成的新的葡萄糖苷的HPLC-MS分离之后的保留时间(分钟)(表1)。
m/z值475和491为相同的m/z值,如分别从溶解在相似的溶液中的DcII和CA获得的。两个m/z值均为162(葡萄糖苷中的葡萄糖的m/z值),高于FK和KA的m/z值,表明来自反应缓冲液中的UDP-葡萄糖的葡萄糖部分已通过提取液中的GT转移到糖苷配基。m/z[M-H]值489和503也为162,高于分别用MeOFK和EtOFK获得的m/z值,表明葡萄糖单位已经由存在于提取物中的GT添加到MeOFK和EtOFK。
来自琉璃殿(Haworthia limifolia)的GT活性的分离和测试
程序如同关于芦荟所描述的,但是分析的植物组织如下:A)绿色叶片组织,B)来自叶的凝胶物质,C)基部组织(根和茎之间的粉红色部分)和D)根组织。
测试来自四种琉璃殿组织的粗可溶性酶提取物,绿叶物质(叶),来自叶的凝胶物质(凝胶)以及根和茎之间的粉红色组织(基部)和根对黄胭脂酮酸(FK),胭脂酮酸(KA),黄胭脂酮酸的甲酯(MeOFK)和黄胭脂酮酸(EtOFK)的乙酯的葡糖化活性。数值对应于在体外形成的新的葡萄糖苷的HPLC-MS分离之后的保留时间(分钟)(表2)。
表2.使用来自琉璃殿的酶提取物在体外葡糖化试验中形成的葡萄糖苷
m/z值475和491为相同的m/z值,如分别从溶解在相似的溶液中的DcII和CA获得的。两个m/z值均为162(葡萄糖苷中的葡萄糖的m/z值),高于FK和KA的m/z值,表明来自反应缓冲液中的UDP-葡萄糖的葡萄糖部分已通过提取液中的GT转移到糖苷配基。m/z[M-H]值489和503也为162,高于分别用MeOFK和EtOFK获得的m/z值,表明葡萄糖单位已经由存在于提取物中的GT添加到MeOFK和EtOFK。
结论
本实施例的结果表明,可以在芦荟植物和十二卷植物中识别到本文相关的糖基转移酶(GT)酶。
换言之,芦荟植物和十二卷植物包含能够糖基化黄胭脂酮酸以便产生黄胭脂酮酸糖苷;和/或能够糖基化胭脂酮酸以产生胭脂酮酸糖苷的糖基转移酶。
实施例4高粱和水稻中的GT活性
如本领域已知的-高粱和水稻包括糖基转移酶。
如本领域中已知的–一些高粱和水稻糖基转移酶可以糖基化低分子量的糖苷配基化合物。
在现有技术中描述的来自高粱和水稻的糖基化转移酶与本文所公开的SEQ IDNO:2的氨基酸1至515具有显著小于70%的同一性。
本领域不知道高粱和/或水稻的糖基转移酶是否是本文相关的糖基转移酶–即,能够糖基化黄胭脂酮酸以便产生黄胭脂酮酸糖苷和/或能够糖基化胭脂酮酸以产生胭脂酮酸糖苷的糖基转移酶。
来自高粱(Sorghum bicolor)的具有Genbank ID号AF199453.1(核苷酸序列)/AAF17077.1(多肽序列)的已知的糖基转移酶SbUGT85B1,和来自水稻(Oryza sativa)的具有Genbank ID号FM179712.1(核苷酸序列)/CAQ77160.1(多肽序列)的已知的糖基转移酶OsCGT,在大肠杆菌菌株Xjb中表达并如Kannangara et al.(2011)和Augustin et al.(2012)所描述地制备粗大肠杆菌蛋白提取物并测试其对底物胭脂酮酸和黄胭脂酮酸的葡糖化活性。
图2显示在包含表达SbUGT85B1或OsCGT的大肠杆菌菌株Xjb的粗裂解物,UDP-葡萄糖和黄胭脂酮酸(FK)或胭脂酮酸(KA)的测定中形成的葡糖化产物的LC-MS分析。
对于两种糖基转移酶识别到KA糖苷(491m/z[M-H]–CA的m/z[M-H]值),对于OsCGT识别到FK糖苷(473m/z[M-H],DcII的m/z[M-H]值)。
结论
本实施例的结果表明,可以在高粱和水稻中识别到本文相关的糖基转移酶(GT)酶。
换言之,高粱和水稻包含能够糖基化黄胭脂酮酸以产生黄胭脂酮酸糖苷;和/或能够糖基化胭脂酮酸以产生胭脂酮酸糖苷的糖基转移酶。
实施例5内源性GT基因或GT活性的应用
如本领域所已知的,能够糖基化低分子量的糖基转移酶存在于许多不同的有机体中。使有机体的细胞的糖基转移酶接触低分子量化合物的方法是将引导低分子量化合物的生物合成的一种或多种基因引入,从而使细胞糖基化低分子量化合物。低分子量化合物可以是例如黄胭脂酮酸或胭脂酮酸或这些分子的修饰版本。
将引导黄胭脂酮酸或胭脂酮酸的生物合成的一种或多种基因或这些分子的修饰版本引入包含糖基转移酶的有机体例如烟草植物,本氏烟(Nicotiana benthamiana)中。
当根据D'Aoust等人描述的方法在例如植物组织中瞬时表达所述(多种)基因时,产生了(多种)低分子量化合物。根据Gelvin(2003)中描述的方法制备和选择稳定表达所述(多种)基因的细胞。
在包含稳定表达和/或瞬时表达(多种)基因的细胞中,低分子量化合物与内源糖基转移酶接触,产生黄胭脂酮酸,胭脂酮酸或这些分子的修饰版本的一种或多种糖苷的形成。
糖苷的存在由实施例3中描述的提取和分析方法证实。
通过由Rauwald和Sigler(1994)描述的提取方法制备用于LC/MS的样品。
结论
本实施例的结果表明,当将引导糖苷配基的生物合成的(多种)基因引入有机体时,存在于重组有机体的细胞中的内源糖基转移酶可用于转换黄胭脂酮酸,胭脂酮酸或这些分子的修饰版本成糖苷。
换句话说,将引导黄胭脂酮酸,胭脂酮酸,这些分子的修饰版本,或相关的低分子量化合物的生物合成的一种或多种基因引入是使所述低分子量化合物与糖基转移酶接触的方法,从而是产生黄胭脂酮酸,胭脂酮酸或这些化合物的修饰版本的糖苷的方法。
参考文献:
1:US5424421(European Colour,1995公布)
2:WO2006/056585A1(Chr.Hansen A/S)
3:Stathopoulou等人(Analytica Chimica Acta 804(2013)264–272)
4:Zagrobelny等人(Cyanogenic glucosides and plant-insect interactions;Phytochemistry.2004Feb;65(3):293-306)
5:Geuder等人(Journal of Chemical Ecology,Vol.23,No.5,1997)
6:Genta等人(Potential role for gut microbiota in cell wall digestionand glucoside detoxification in Tenebrio molitor larvae),Journal of InsectPhysiology 52(2006)593–601
7:WO2004/111254A1(Poalis A/S)
8:Gutmann等人(Pure Appl.Chem,2013-07-09)
9:Pompon等人(Methods Enzymol.272(1996):51–64)
10:Baig等人(Angew Chem Int Ed Engl.2006Nov 27;45(46):7842-6)
11:Radominska-Pandya A,Bratton SM,Redinbo MR,Miley MJ.Drug MetabRev.2010Feb;42(1):133-44)
12:Plant Physiology,November 2008,Vol.148,pp.1295–1308
13:Esben Halkjaer Hansen et al.Phytochemistry 70(4):473-482
14:Kannangara等人(Plant Journal.68(2011):287-301)
15:Augustin等人(Plant Physiology.160(2012):1881-1895)
16:D'Aoust等人(Methods Mol Biol 483(2009):41-50)
17:Gelvin(Microbiol Mol Biol Rev 67(1)(2003):16-37)
18:Rauwald and Sigler(Phytochemical Analysis 5(1994):266-270)

Claims (15)

1.一种分离的糖基转移酶多肽,其能够:
(I)缀合核苷酸激活的葡萄糖到黄胭脂酮酸(FK);和/或
(II)缀合核苷酸激活的葡萄糖到胭脂酮酸(KA);
且其中所述糖基转移酶多肽是选自由以下组成的组中的至少一种多肽:
(a)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515具有至少70%同一性的氨基酸序列的多肽;
(b)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸20至468具有至少70%同一性的氨基酸序列的多肽;
(c)由在至少中等严格条件下与(ⅰ)SEQ ID NO:1的核苷酸1至1548或(ii)(ⅰ)的互补链杂交的多核苷酸所编码的多肽;和
(d)SEQ ID NO:2的氨基酸1至515的片段,其具有在(I)和/或(II)中指定的糖基转移酶活性。
2.根据权利要求1所述的分离的糖基转移酶多肽,其中权利要求1所述的分离的糖基转移酶多肽能够:
(I)缀合葡萄糖到黄胭脂酮酸(FK);和/或
(II)缀合葡萄糖到胭脂酮酸(KA)。
3.根据前述权利要求中的任一项所述的分离的糖基转移酶多肽,其中权利要求1所述的分离的糖基转移酶多肽是:
(a)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515具有至少80%同一性的氨基酸序列的多肽。
4.根据前述权利要求中的任一项所述的分离的糖基转移酶多肽,其中权利要求1所述的分离的糖基转移酶多肽是:
(a)包含与SEQ ID NO:2的氨基酸1至515具有至少95%同一性的氨基酸序列的多肽。
5.一种分离的多核苷酸,其包含编码前述权利要求中的任一项所述的多肽的核苷酸序列。
6.一种包含权利要求5所述的分离的多核苷酸的核酸构建体,其可操作地连接到引导所述多肽在表达宿主中产生的一种或多种控制序列。
7.一种重组表达载体,其包括权利要求6所述的核酸构建体。
8.一种重组宿主细胞,其包含权利要求7所述的核酸构建体。
9.根据权利要求8所述的重组宿主细胞,其中,所述重组宿主细胞是选自由丝状真菌细胞和微生物细胞组成的组的细胞,优选地其中所述微生物细胞是酵母细胞,优选地,其中所述酵母细胞选自由由酵母属(Saccharomyces spp)(例如酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae))和毕赤酵母属(Pichia spp)组成的组。
10.一种用于产生黄胭脂酮酸(FK)糖苷和/或胭脂酮酸(KA)糖苷的方法,其中所述方法包括以下步骤:
(A):在体外或体内在包含编码糖基转移酶的糖基转移酶基因的重组宿主细胞中使:
(a1):黄胭脂酮酸(FK)与能够糖基化黄胭脂酮酸的糖基转移酶在产生黄胭脂酮酸糖苷的合适条件下接触;和/或
(a2):胭脂酮酸(KA)与能够糖基化胭脂酮酸的糖基转移酶在产生胭脂酮酸糖苷的合适条件下接触。
11.根据权利要求10所述的方法,其中,
-步骤(a1)中的糖基转移酶是一种葡糖基转移酶而且由此,在步骤(a1)中产生黄胭脂酮酸葡萄糖苷,并且其中所产生的黄胭脂酮酸糖苷是化合物DcII;和/或
-步骤(a2)中的糖基转移酶是一种葡糖基转移酶而且由此,在步骤(a2)中产生胭脂酮酸葡萄糖苷,并且所产生的胭脂酮酸糖苷是胭脂红酸。
12.根据权利要求10至11中的任一项所述的方法,其中,步骤(A)中的重组宿主细胞是包含编码糖基转移酶的重组糖基转移酶基因的重组宿主细胞并且其中所述方法包括进一步的步骤(B),其具有以下步骤:
(B):纯化步骤(a1)和/或步骤(a2)中产生的糖苷,由此得到一种组合物,其中所述组合物中至少50%w/w的化合物是所产生的黄胭脂酮酸糖苷和/或胭脂酮酸糖苷。
13.根据权利要求10至12中的任一项所述的方法,其中,权利要求1的步骤(A)中的接触是体内的,并且所述重组宿主细胞是酵母细胞,优选地,其中所述酵母细胞选自由由酵母属(例如酿酒酵母)和毕赤酵母属组成的组。
14.根据权利要求10至13中的任一项所述的方法,其中,所述糖基化转移酶是膜结合的。
15.根据权利要求10至14中的任一项所述的方法,其中,权利要求10的方法的步骤(A)中的糖基化转移酶是权利要求1至4中的任一项所述的糖基化转移酶。
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111041056A (zh) * 2019-12-13 2020-04-21 中国科学院植物研究所 用莲类黄酮c-糖基转移酶ugt708n2合成类黄酮c-糖苷的方法
CN116056588A (zh) * 2020-07-16 2023-05-02 卡瑞恩莱博股份公司 用于获得胭脂红酸的方法

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3330374B1 (en) 2013-12-18 2022-02-02 Københavns Universitet Glycosyltransferase glycosylating flavokermesic acid and/or kermesic acid
WO2019241322A1 (en) * 2018-06-13 2019-12-19 Manus Bio, Inc. Enzymes, methods, and host cells for producing carminic acid
CN109913480B (zh) * 2019-03-21 2022-05-31 临沂大学 一种蝗虫尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶基因及其应用
JP2024505906A (ja) * 2021-01-27 2024-02-08 コリア アドバンスト インスティテュート オブ サイエンス アンド テクノロジー C-グリコシルトランスフェラーゼ変異体およびその用途
WO2024190140A1 (ja) * 2023-03-16 2024-09-19 富士フイルム株式会社 変異型グリコシルトランスフェラーゼ及びその製造方法、核酸、ベクター、宿主細胞、組成物、並びに、アントラキノンc配糖体の製造方法

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1992001664A1 (en) * 1990-07-17 1992-02-06 European Colour Plc Synthesis of carminic acid and principal intermediates
CN103328630A (zh) * 2011-01-20 2013-09-25 詹尼温生物技术有限责任公司 新型岩藻糖基转移酶及其应用
CN103352031A (zh) * 2013-04-26 2013-10-16 中山大学 一种糖基转移酶基因及应用

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1415017A (zh) * 1999-12-01 2003-04-30 阿德雷德研究创新股份有限公司 尿苷二磷酸葡萄糖:糖苷配基一葡糖基转移酶
WO2004111254A1 (en) * 2003-06-19 2004-12-23 Poalis A/S A method of producing a low molecular weight organic compound in a cell
EP2914733A1 (en) * 2012-11-05 2015-09-09 Evolva SA Vanillin synthase
EP3330374B1 (en) * 2013-12-18 2022-02-02 Københavns Universitet Glycosyltransferase glycosylating flavokermesic acid and/or kermesic acid
PE20180674A1 (es) * 2015-06-10 2018-04-19 Univ Danmarks Tekniske Uso de octacetidos sintasa para producir acido kermesico y acido flavokermesico

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1992001664A1 (en) * 1990-07-17 1992-02-06 European Colour Plc Synthesis of carminic acid and principal intermediates
CN103328630A (zh) * 2011-01-20 2013-09-25 詹尼温生物技术有限责任公司 新型岩藻糖基转移酶及其应用
CN103352031A (zh) * 2013-04-26 2013-10-16 中山大学 一种糖基转移酶基因及应用

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CHAVEZ MORENO C K等: "Metabolic profiling of dactylopius(Hemiptera:dactylopiidae) species pigments by geographica origin and hosts using multivariate data analysis", 《BIOCHEMICAL SYSTEMATICS AND ECOLOGY》 *
IRFAN BAIG等: "On the acceptor substrate of C-glycosyltransfease urdGT2:three prejadomycin C-glycosides from an engineered mutant of streptomyces globisporus 1912 delta-inde(urdGT2)", 《ANGEWANDTE CHEMIE INTERNATIONAL EDITION》 *
ROBYN MEECH等: "The glycosidation of xenobiotics and endogenous compounds: versatility and redundancy in the UDP glycosyltransferase superfamily.", 《PHARMACOLOGY AND THERAPEUTICS》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111041056A (zh) * 2019-12-13 2020-04-21 中国科学院植物研究所 用莲类黄酮c-糖基转移酶ugt708n2合成类黄酮c-糖苷的方法
CN116056588A (zh) * 2020-07-16 2023-05-02 卡瑞恩莱博股份公司 用于获得胭脂红酸的方法

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