CN106048040A - 结直肠癌环状rna分子标记物及检测试剂 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了结直肠癌环状RNA分子标记物及检测试剂，该环状RNA分子标记物为hsa_circ_000541，hsa_circ_000541RNA在结直肠癌中明显低于癌旁组织，可以作为结直肠癌的分子标记物；该分子标记物的检测试剂为一对特异性引物：CCTCCGATTG GTGCTTTA和TGCTCCAGGA TCTTTGTT，该检测试剂可以特异性检测出结直肠癌的hsa_circ_000541RNA明显低于癌旁组织，若hsa_circ_000541基因片段低水平表达，且表达倍数低于0.4994，则认为结直肠癌，该基因检测试剂具有特异、灵敏、快速和检测简单方便、针对性强的优点。

Description

结直肠癌环状RNA分子标记物及检测试剂
技术领域
本发明涉及结直肠癌分子标记物及检测试剂，具体涉及结直肠癌环状RNA分子标记物及检测试剂。
背景技术
结直肠癌近年来的发病率有明显上升趋势，结直肠癌的患者的术后生存情况有了较大的改善，但是结直肠癌患者的五年总体生存率仍旧不高，其中最重要的一个因素就是，在结直肠癌患者在疾病发生的早期没有得到及时的诊断和治疗。现用于诊断消化系统中恶性肿瘤的方法主要包括消化内镜检查，影像学检查，生化和免疫学检查及基因诊断。免疫学检查结直肠癌的标记物主要有CA19-9、CEA、P53、K-ras等，但对早期诊断的价值有限。因此如授权公告号为CN103740854的发明专利，就公开了结直肠癌标记物CystatinSN、CystatinS和CystatinSA蛋白的检测试剂，该半胱氨酸蛋白酶抑制剂的检测试剂可以用于结直肠癌的早期诊断，癌变组织和癌旁组织的表达差异非常明显。但目前结直肠癌标分子记物基本都是蛋白层面的研究和应用，其免疫学检测手段繁琐，费时费力，成本高，效益低，且结果不显著。基因层面的环形RNA（circRNA）是新近确认的一类特殊的非编码RNA，是RNA剪接后所形成的一类极稳定的保守型产物，circRNA可作为miRNA海绵来影响基因的调控与表达，通过与疾病关联的miRNA 相互作用，在疾病中发挥着重要的调控作用。有研究人员发现circRNA 在动脉粥样硬化、神经系统紊乱、糖尿病和肿瘤等疾病发生过程中发挥着非常重要的作用。目前，已有研究证实circRNA在胃癌和非癌组织的表达量存在显著差异，是临床上具有潜在诊断价值的新型生物标志物。但是目前，国内外还没有公开任何关于利用circRNA 分子作为检测结直肠癌预测或诊断的分子标志物来检查结直肠癌的相关研究报道。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供一种结直肠癌环状RNA分子标记物及检测试剂，该环状RNA分子标记物为hsa_circ_000541，其检测试剂具有检测灵活快速，简单方便，针对性强的优点。
本发明解决上述技术问题所采用的技术方案为：结直肠癌环状RNA分子标记物，该环状RNA分子标记物为hsa_circ_000541。
该结直肠癌环状RNA分子标记物的检测试剂为一对特异性引物，该对特异性引物的核苷酸序列如下：
上游引物的核苷酸序列为：5’- CCTCCGATTG GTGCTTTA -3’，
下游引物的核苷酸序列为：5’- TGCTCCAGGA TCTTTGTT -3’。
与现有技术相比，本发明的优点在于结直肠癌环状RNA分子标记物及检测试剂，该环状RNA分子标记物为hsa_circ_000541，hsa_circ_000541RNA在结直肠癌中明显低于癌旁组织，可以作为结直肠癌的分子标记物；该分子标记物的检测试剂为一对特异性引物：CCTCCGATTG GTGCTTTA和TGCTCCAGGA TCTTTGTT，该检测试剂可以特异性检测出结直肠癌的hsa_circ_000541RNA明显低于癌旁组织，若hsa_circ_000541基因片段低水平表达，且表达倍数低于0.4994，则认为结直肠癌，该基因检测试剂具有特异、灵敏、快速和检测简单方便、针对性强的优点。
具体实施方式
以下结合实施例对本发明作进一步详细描述。
实施例1
结直肠癌环状RNA分子标记物，该环状RNA分子标记物为hsa_circ_000541，是在CircBase 数据库（http://circbase.org/cgi-bin/simplesearch.cgi）中获得hsa_circ_000541RNA序列，并且利用生物信息学方法分析和大量病例研究获得其与结直肠癌密切相关，在结直肠癌的表达明显低于正常组织。该结直肠癌环状RNA分子标记物的检测试剂为一对特异性引物：5’-CCTCCGATTG GTGCTTTA-3’和5’-TGCTCCAGGA TCTTTGTT-3’，该对引物是通过对环状RNA hsa_circ_000541的环化位点的研究、分析和设计引物，并通过试验、筛选最终获得该对引物，引物由上海生功生物工程股份有限公司合成。
实施例2
利用实施例1的一对引物进行病例检测，具体检测过程如下：
1、DNA提取：我们从宁波市医疗中心李惠利医院采集5例结直肠癌新鲜组织样本和对应的癌旁组织样本，采用TRIZOL 试剂 (Invitrogen Life Technologies Co, USA)按照说明书提取组织总RNA，通过NanoDrop2000超微量分光光度计(Thermo Fisher Scientific，USA)检测所得RNA的浓度及纯度，然后将总RNA用GoScript Reverse Transcription (RT)System试剂盒 (购于美国Promega公司)按照说明书反转录成cDNA， cDNA用无酶水稀释4倍得到cDNA样本。
2、PCR反应：取4ul cDNA样本溶液加入到10ul Roche lightCycler 480 SYBRGREENⅠMaster混合液（购于美国Roche公司）中，再加入1.6 ul 特异性上、下游引物（上、下游引物浓度都为10pmol/ul），4.4ul 无RNA酶水，组成20 ul反应体系在罗RochelightCycler 480Ⅱ仪器上进行PCR扩增反应；扩增步骤包括初始激活在94℃，10分钟；94℃20 s，55℃ 30 s，72℃ 30 s，共进行45次循环的退火反应；反应完成后是95℃ 1min， 59℃30s， 95℃ 30s进入熔解曲线分析，判断产物的特异性。
3、完毕后PCR产物测序，结果比对后为目的片段，该目的片段包含hsa_circ_000541环化位点，为hsa_circ_000541特异性片段。采用2-△△CT方法对数据进行整理分析结果发现：被检测的患者RNA hsa_circ_000541在结直肠癌中与配对正常组织中表达差异下调，若hsa_circ_000541基因片段低水平表达，且表达倍数低于0.4994（代替特异性上、下游引物的内参基因GAPDH扩增正向引物序列：5’-AGTAGAGGCAGGGATGATG-3’，反向引物序列：5’-TGGTATCGTGGAAGGACTC-3’，购于上海生功，检测方法同上），则认为结直肠癌，如表1结直肠癌癌变组织与癌旁组织的hsa_circ_000541RNA表达存在显著差异。
表1：癌变组织基因与癌旁组织的hsa_circ_000541RNA相对表达比较表
姓名 病症 癌变组织hsa_circ_000541表达 癌旁组织hsa_circ_000541表达
马桂才 结肠癌 0.2152 1.3221
徐煜兴 结肠癌 0.3512 1.3421
李光淮 结肠癌 0.3689 1.8654
方嵩 结肠癌 0.4956 1.2458
李莉萍 结肠癌 0.1258 1.8352
从表1中可以看出，在结直肠癌病症患者中，通过hsa_circ_000541RNA的检测试剂检测，其癌变组织的hsa_circ_000541RNA表达明显低于癌旁组织的hsa_circ_000541RNA表达。
<110>周重昌
<120>结直肠癌环状RNA分子标记物及检测试剂
<160> 2
<170> PatentIn version 3.1
<210>1
<211> 18
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223>扩增结直肠癌环状RNA分子标记物的上游引物序列
<400>1
CCTCCGATTG GTGCTTTA 18
<210>2
<211> 18
<212>RNA
<213>扩增结直肠癌环状RNA分子标记物的下游引物序列
<400>2
TGCTCCAGGA TCTTTGTT 18

Claims (2)

1.结直肠癌环状RNA分子标记物，其特征在于该环状RNA分子标记物为hsa_circ_000541。
2.权利要求1所述的结直肠癌环状RNA分子标记物的检测试剂，该结直肠癌环状RNA分子标记物的检测试剂为一对特异性引物，其特征在于该对特异性引物的核苷酸序列如下：
上游引物的核苷酸序列为： CCTCCGATTG GTGCTTTA，
下游引物的核苷酸序列为： TGCTCCAGGA TCTTTGTT。
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Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106434953A (zh) * 2016-10-27 2017-02-22 宁波大学 一种胃癌新型分子标记物hsa_circ_0074362的检测及应用
CN107674915A (zh) * 2017-09-04 2018-02-09 北京启辰生生物科技有限公司 一种环状rna在结直肠癌生物标志物中的应用
CN107674916A (zh) * 2017-09-04 2018-02-09 北京启辰生生物科技有限公司 一种环状rna在结直肠癌生物标志物中的应用
CN108034724A (zh) * 2017-12-29 2018-05-15 中山大学肿瘤防治中心 用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状rna分子标记物及其应用
CN110592220A (zh) * 2019-10-28 2019-12-20 郑州大学第一附属医院 一种早期结直肠癌诊断标志物circ3823及其应用
CN110592221A (zh) * 2019-10-28 2019-12-20 郑州大学第一附属医院 一种早期结直肠癌诊断标志物circ4953及其应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104388548A (zh) * 2014-10-31 2015-03-04 江汉大学 一种高通量环状rna测序的方法
CN105524924A (zh) * 2015-12-29 2016-04-27 广州永诺生物科技有限公司 环状RNA circ-ZKSCAN1的用途

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104388548A (zh) * 2014-10-31 2015-03-04 江汉大学 一种高通量环状rna测序的方法
CN105524924A (zh) * 2015-12-29 2016-04-27 广州永诺生物科技有限公司 环状RNA circ-ZKSCAN1的用途

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MEMCZAK S.等: "《Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency》", 《NATURE》 *
邵婧娴等: "《结直肠癌特征性环状RNA筛选》", 《南京医科大学学报（自然科学版）》 *

Cited By (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106434953A (zh) * 2016-10-27 2017-02-22 宁波大学 一种胃癌新型分子标记物hsa_circ_0074362的检测及应用
CN106434953B (zh) * 2016-10-27 2019-11-22 宁波大学 一种胃癌新型分子标记物hsa_circ_0074362的检测及应用
CN107674915A (zh) * 2017-09-04 2018-02-09 北京启辰生生物科技有限公司 一种环状rna在结直肠癌生物标志物中的应用
CN107674916A (zh) * 2017-09-04 2018-02-09 北京启辰生生物科技有限公司 一种环状rna在结直肠癌生物标志物中的应用
CN107674915B (zh) * 2017-09-04 2021-11-23 北京启辰生生物科技有限公司 一种环状rna在结直肠癌生物标志物中的应用
CN108034724A (zh) * 2017-12-29 2018-05-15 中山大学肿瘤防治中心 用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状rna分子标记物及其应用
CN108034724B (zh) * 2017-12-29 2019-12-27 中山大学肿瘤防治中心 用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状rna分子标记物及其应用
CN110592220A (zh) * 2019-10-28 2019-12-20 郑州大学第一附属医院 一种早期结直肠癌诊断标志物circ3823及其应用
CN110592221A (zh) * 2019-10-28 2019-12-20 郑州大学第一附属医院 一种早期结直肠癌诊断标志物circ4953及其应用
CN110592220B (zh) * 2019-10-28 2023-04-14 郑州大学第一附属医院 一种早期结直肠癌诊断标志物circ3823及其应用
CN110592221B (zh) * 2019-10-28 2023-04-25 郑州大学第一附属医院 一种早期结直肠癌诊断标志物circ4953及其应用

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