CN105624151A - 以水母、水螅体为代表的多糖含量高的生物rna的提取方法 - Google Patents
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Abstract
本发明属于分子生物学领域领域,涉及RNA的提取方法,尤其涉及一种以水母水螅体为代表的多糖含量高的生物RNA的提取方法。与现有技术相比,本发明的优点和积极效果在于,本发明通过使用一种区别于一般的trizol和kit等RNA提取方法,增加了SDS粗提过程,有效地防止了后续过程中RNA的共沉淀问题,此外,加入SDS裂解液匀浆后立即加入酚氯仿慢速混匀,在保证酚氯仿抽提效果的同时,可以有效地防止RNA的降解,因而可以适当增加单次RNA提取的样品量,提高效率。同时,本发明得到的RNA,可进行二代转录组测序,且通用性较好,适用于多种多糖含量高的生物样品RNA提取。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学领域领域,涉及RNA的提取方法,尤其涉及一种以水母水螅体为代表的多糖含量高的生物RNA的提取方法。
背景技术
RNA是基因表达过程中非常重要的生物分子,对其分离纯化是研究基因功能的重要基础之一(TongZGetal.,2012)。高质量的RNA对于后续文库构建、RNA-seq以及其他的分子生物学分析极其重要。
水母是一类肉食性低等动物,它的出现比恐龙还早,可追溯到6.5亿年之前。而水母也是世界上对人类伤害最大的海洋动物。水母在食物链上属于“盲端”,就是说它在水中大量猎杀和摄食浮游动物以及鱼类的卵和幼体,却没有哪种生物是以吃水母为主,有研究说鲳鱼吃水母,但是也不是以水母为主要食物,加上水母繁殖、生长速度快,在海中蔓延十分迅速,如果水母在特定海域内数量激增,则会对人身造成伤害(海泳)、阻碍海洋运输,同时,也会造成生物入侵以及海洋渔业的损坏。
因此,水母大爆发成为当下海洋生态学的热点问题之一,水母水螅体通过横裂生殖产生并释放碟状体,然后在水中发育为水母体,因而水螅体是水母生活史的重要一环,与水母大爆发的产生具有重要联系。想要更为全面地了解水螅体与环境的相互作用关系,需要开展研究水母水螅体的分子方法。水母水螅体具有多糖含量高,且RNA容易降解等特点,能否获得高的RNA含量并且质量高的RNA,是水母水螅体分子生态学和转录组学研究的关键。
对于较容易降解的生物RNA,提取时间越短越好,但对于多糖含量较高的样品,采用传统的Trizol提取方法往往难以得到合格的RNA样品,而增加去除多糖步骤的同时也会增加RNA降解的风险,因而使得多糖含量高的生物样品RNA的提取较为困难。然而,除了水母水螅体以外,很多海洋生物肌肉组织也具有多糖含量高的特点,如贻贝、牡蛎等生物的闭壳肌组织,由于肌肉组织一般与外界环境接触较少,采用肌肉组织可以有效地减少外界的干扰,可以更加准确的研究目标生物的分子特征,因而提取较高质量的RNA也是用分子方法研究这类海洋生物的前提。
发明内容
本发明针对上述的传统的Trizol提取方法针对水母水螅体难以得到合格的RNA样品等技术问题,提出一种方法简单、有效且能够获得浓度高、质量好的RNA的水母水螅体为代表的多糖含量高的生物RNA的提取方法。
为了达到上述目的,本发明采用的技术方案为,一种水母水螅体为代表的多糖含量高的生物RNA的提取方法,包括以下步骤:
a、取足量SDS裂解液,加入β-巯基乙醇,混合均匀备用;
b、向样品中加入SDS裂解液,裂解后,立即加入酚氯仿,置于旋转混匀器上慢速混匀10min,得到混合液;
c、将混合液置于离心机中,在离心机4℃下12000g离心10min~15min,收集上清液;
d、向上清液中加入等体积异丙醇,快速混匀后常温下静置10min~15min;
e、将静置好的液体置于离心机中,在离心机4℃下12000g离心10min~15min,倒去上清液,收集RNA片;
f、用RNase-free水重悬RNA后,加入trizol混匀后,室温静置3min~5min;
g、将f步骤静置好的液体,加入氯仿,快速混匀后室温静置2~3min;
h、将g步骤静置好的液体置于离心机中,在离心机4℃下12000g离心10min~15min,收集上清液;
i、将所得上清液中加入等体积异丙醇,快速混匀后室温静置5~10min;
j、将静置好的液体置于离心机中,在离心机4℃下12000g离心10min~15min,倒掉上清液,收集RNA片;
k、用酒精清洗RNA片后,置于离心机中,在离心机4℃下7500g离心5min,倒掉酒精,收集RNA片;
1、重复k步骤,倒掉酒精后,收集RNA片,置于离心机中,在离心机4℃下7500g空甩1min,用枪头吸取多余酒精;
m、用RNase-free水重悬,即得到多糖含量高样品的RNA。
作为优选,所述a步骤中β-巯基乙醇的浓度为10%(此处浓度为摩尔浓度还是质量浓度)。
作为优选,所述b步骤中,首先向样品中加入400ulSDS裂解液,快速匀浆后,再补加300ulSDS裂解液后,立即加入600ul酚氯仿。
作为优选,所述f步骤中,用100ul的RNase-free水重悬RNA后,加入1mltrizol混匀后,室温放置3~5min。
作为优选,所述g步骤中,氯仿的加入量为200ul。
作为优选,所述k步骤中,用1ml浓度为75%酒精清洗RNA片。
与现有技术相比,本发明的优点和积极效果在于,
1、本发明通过使用一种区别于一般的trizol和kit等RNA提取方法,增加了SDS粗提过程,有效地防止了后续过程中RNA的共沉淀问题,此外,加入SDS裂解液匀浆后立即加入酚氯仿慢速混匀,在保证酚氯仿抽提效果的同时,可以有效地防止RNA的降解,因而可以适当增加单次RNA提取的样品量,提高效率。同时,本发明得到的RNA,可进行二代转录组测序,且通用性较好,适用于多种多糖含量高的生物样品RNA提取。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案,下面将对实施例描述中所需要使用的附图作一简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动性的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为实施例1提供与常规Trizol提取方法提取的水母水螅体RNA凝胶电泳图,其中:1、6泳道为MarkerDL2000;2、3泳道为trizol方法提取的水母水螅体RNA;4、5泳道为本发明提取的水母水螅体RNA。
图2为trizol提取同实施例1物质获得的RNA样品Nanodrop检测结果;
图3为实施例2提取方法获得的RNA样品Nanodrop检测结果;
图4为实施例2提供与常规Trizol提取方法提取的水母水螅体RNA凝胶电泳图,其中:1、6泳道为MarkerDL2000;2、3泳道为trizol方法提取的水母水螅体RNA;4、5泳道为本发明提取的水母水螅体RNA;
图5trizol提取同实施例2物质获得的RNA样品Nanodrop检测结果;
图6为实施例2提取方法获得的RNA样品Nanodrop检测结果;
图7为实施例3提供与常规Trizol提取方法提取的水母水螅体RNA凝胶电泳图,其中:1、6泳道为MarkerDL2000;2、3泳道为trizol方法提取的水母水螅体RNA;4、5泳道为本发明提取的水母水螅体RNA;
图8为trizol提取同实施例3物质获得的RNA样品Nanodrop检测结果;
图9实施例3提取方法获得的RNA样品Nanodrop检测结果.
具体实施方式
为了能够更清楚地理解本发明的上述目的、特征和优点,下面结合实施例对本发明做进一步说明。需要说明的是,在不冲突的情况下,本申请的实施例及实施例中的特征可以相互组合。
在下面的描述中阐述了很多具体细节以便于充分理解本发明,但是,本发明还可以采用不同于在此描述的其他方式来实施,因此,本发明并不限于下面公开说明书的具体实施例的限制。
实施例1,本实施例以海月水母水螅体为提取对象的生物RNA的提取方法
将海月水母水螅体用解剖针从波纹板上挑下,移入RNA保存液中,每个1.5ml离心管中收集50只水螅体,-80℃保存。实验开始前,取足量SDS裂解液,加入10%的β-巯基乙醇,混合均匀备用。
向装有海月水母水螅体样品的离心管中加入400ulSDS裂解液,快速用电动匀浆机匀浆后,再补加300ulSDS裂解液后,立即加入600ul酚氯仿,置于旋转混匀器上慢速混匀10min,4℃、12000g离心10min,收集上清液。加入等体积异丙醇,快速混匀后常温下放置15min,4℃、12000g离心15min,倒去上清液,收集RNA片,用100ulRNase-free水重悬后,加入1mltrizol混匀后,室温放置5min。
然后,加入200ul氯仿快速混匀后,室温放置3min,4℃、12000g离心15min,收集上清液。向上清液中加入等体积异丙醇,快速混匀后室温放置8min,4℃、12000g离心10min,倒掉上清液,收集RNA片。用1ml75%的酒精清洗RNA片后,置于离心机中4℃、7500g离心5min,倒掉酒精,收集RNA片,重复洗一遍后,4℃、7500g空甩1min,用枪头吸取多余酒精。
最后,用80ulRNase-free水重悬,即为海月水母水螅体的RNA。取出10ul用于Nanodrop和琼脂糖凝胶电泳检测。
通过图1至图3我们可以看出,针对以海月水母水螅体样品的样品提取RNA,使用传统的trizol提取方法很难将RNA提取出来,同时,本实施例提供的方法,所提取的RNA浓度较高、质量更好。
实施例2:本实施例提供以海蜇水螅体为提取对象的生物RNA的提取方法
将海蜇水螅体用解剖针从波纹板上挑下,移入RNA保存液中,每个1.5ml离心管中收集40只水螅体,-80℃保存。实验开始前,取足量SDS裂解液,加入10%的β-巯基乙醇,混合均匀备用。
向装有海蜇水螅体样品的离心管中加入400ulSDS裂解液,快速用电动匀浆机匀浆后,再补加300ulSDS裂解液后,立即加入600ul酚氯仿,置于旋转混匀器上慢速混匀10min,4℃、12000g离心15min,收集上清液。加入等体积异丙醇,快速混匀后常温下放置10min,4℃、12000g离心15min,倒去上清液,收集RNA片,用100ulRNase-free水重悬后,加入1mltrizol混匀后,室温放置4min。
然后,加入200ul氯仿快速混匀后,室温放置3min,4℃、12000g离心15min,收集上清液。向上清液中加入等体积异丙醇,快速混匀后室温放置10min,4℃、12000g离心15min,倒掉上清液,收集RNA片。用1ml75%的酒精清洗RNA片后,置于离心机中4℃、7500g离心5min,倒掉酒精,收集RNA片,重复洗一遍后,4℃、7500g空甩1min,用枪头吸取多余酒精。
最后,用50ulRNase-free水重悬,即为海蜇水螅体的RNA。取出10ul用于Nanodrop和琼脂糖凝胶电泳检测。
通过图4至图6我们可以看出,针对以海蜇水螅体样品的样品提取RNA,使用传统的trizol虽然能够将RNA提取出来,但通过电泳图以及Nanodrop检测结果,可以明显看出,本实施例提取出的RNA条带清晰,检测的260/280和260/230指标良好,Nanodrop检测的峰形明显改善。
实施例3:本实施例提供以近海偏顶蛤为提取对象的生物RNA的提取方法
将近海偏顶蛤解剖后取后闭壳肌,每个1.5ml离心管中取约50mg组织样品,液氮速冻后,置于-80℃保存。实验开始前,取足量SDS裂解液,加入10%的β-巯基乙醇,混合均匀备用。
向装有近海偏顶蛤闭壳肌组织样品的离心管中加入400ulSDS裂解液,用组织研磨机最大速匀浆5min后,再补加300ulSDS裂解液,用组织研磨机最小档匀浆2min。向匀浆后组织中加入600ul酚氯仿,置于旋转混匀器上慢速混匀10min,4℃、12000g离心15min,收集上清液。加入等体积异丙醇,快速混匀后常温下放置10min,4℃、12000g离心15min,倒去上清液,收集RNA片,用100ulRNase-free水重悬后,加入1mltrizol混匀后,室温放置5min。
然后,加入200ul氯仿快速混匀后,室温放置3min,4℃、12000g离心15min,收集上清液。向上清液中加入等体积异丙醇,快速混匀后室温放置10min,4℃、12000g离心15min,倒掉上清液,收集RNA片。用1ml75%的酒精清洗RNA片后,置于离心机中4℃、7500g离心5min,倒掉酒精,收集RNA片,重复洗一遍后,4℃、7500g空甩1min,用枪头吸取多余酒精。
最后,用60ulRNase-free水重悬,即为近海偏顶蛤的RNA。取出10ul用于Nanodrop和琼脂糖凝胶电泳检测。
通过图7至图9我们可以看出,针对以近海偏顶蛤样品的样品提取RNA,使用传统的trizol虽然能够将RNA提取出来,但通过电泳图以及Nanodrop检测结果,可以明显看出,本实施例所提供的方法能够明显改善所得RNA的质量。
以上所述,仅是本发明的较佳实施例而已,并非是对本发明作其它形式的限制,任何熟悉本专业的技术人员可能利用上述揭示的技术内容加以变更或改型为等同变化的等效实施例应用于其它领域,但是凡是未脱离本发明技术方案内容,依据本发明的技术实质对以上实施例所作的任何简单修改、等同变化与改型,仍属于本发明技术方案的保护范围。
Claims (6)
1.一种水母水螅体为代表的多糖含量高的生物RNA的提取方法,其特征在于,包括以下步骤:
a、取足量SDS裂解液,加入β-巯基乙醇,混合均匀备用;
b、向样品中加入SDS裂解液,裂解后,立即加入酚氯仿,置于旋转混匀器上慢速混匀10min,得到混合液;
c、将混合液置于离心机中,在离心机4℃下12000g离心10min~15min,收集上清液;
d、向上清液中加入等体积异丙醇,快速混匀后常温下静置10min~15min;
e、将静置好的液体置于离心机中,在离心机4℃下12000g离心10min~15min,倒去上清液,收集RNA片;
f、用RNase-free水重悬RNA后,加入trizol混匀后,室温静置3min~5min;
g、将f步骤静置好的液体,加入氯仿,快速混匀后室温静置2~3min;
h、将g步骤静置好的液体置于离心机中,在离心机4℃下12000g离心10min~15min,收集上清液;
i、将所得上清液中加入等体积异丙醇,快速混匀后室温静置5~10min;
j、将静置好的液体置于离心机中,在离心机4℃下12000g离心10min~15min,倒掉上清液,收集RNA片;
k、用酒精清洗RNA片后,置于离心机中,在离心机4℃下7500g离心5min,倒掉酒精,收集RNA片;
l、重复k步骤,倒掉酒精后,收集RNA片,置于离心机中,在离心机4℃下7500g空甩1min,用枪头吸取多余酒精;
m、用RNase-free水重悬,即得到多糖含量高样品的RNA。
2.根据权利要求1所述的水母水螅体为代表的多糖含量高的生物RNA的提取方法,其特征在于,所述a步骤中β-巯基乙醇的浓度为10%(此处浓度为摩尔浓度还是质量浓度)。
3.根据权利要求1所述的水母水螅体为代表的多糖含量高的生物RNA的提取方法,其特征在于,所述b步骤中,首先向样品中加入400ulSDS裂解液,快速匀浆后,再补加300ulSDS裂解液后,立即加入600ul酚氯仿。
4.根据权利要求1所述的水母水螅体为代表的多糖含量高的生物RNA的提取方法,其特征在于,所述f步骤中,用100ul的RNase-free水重悬RNA后,加入1mltrizol混匀后,室温放置3~5min。
5.根据权利要求1所述的水母水螅体为代表的多糖含量高的生物RNA的提取方法,其特征在于,所述g步骤中,氯仿的加入量为200ul。
6.根据权利要求1所述的水母水螅体为代表的多糖含量高的生物RNA的提取方法,其特征在于,所述k步骤中,用1ml浓度为75%酒精清洗RNA片。
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C10 | Entry into substantive examination | ||
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