CN105385754B - 一种与胆管癌相关的分子标记物 - Google Patents

一种与胆管癌相关的分子标记物 Download PDF

Info

Publication number
CN105385754B
CN105385754B CN201510713576.7A CN201510713576A CN105385754B CN 105385754 B CN105385754 B CN 105385754B CN 201510713576 A CN201510713576 A CN 201510713576A CN 105385754 B CN105385754 B CN 105385754B
Authority
CN
China
Prior art keywords
ly6h
cholangiocarcinoma
genes
protein
product
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201510713576.7A
Other languages
English (en)
Other versions
CN105385754A (zh
Inventor
高倩倩
杨承刚
边洋
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Qingdao Yangshen Biomedical Co Ltd
Original Assignee
Beijing Medintell Bioinformatic Technology Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Beijing Medintell Bioinformatic Technology Co Ltd filed Critical Beijing Medintell Bioinformatic Technology Co Ltd
Priority to CN201510713576.7A priority Critical patent/CN105385754B/zh
Publication of CN105385754A publication Critical patent/CN105385754A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN105385754B publication Critical patent/CN105385754B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

本发明公开了一种与胆管癌相关的分子标记物，更具体地涉及LY6H基因在胆管癌诊断和治疗中的作用，属于基因新用途技术领域。本发明公开了LY6H基因在制备诊断胆管癌的产品中的应用，同时公开了LY6H基因在制备治疗胆管癌的药物中的应用。

Description

一种与胆管癌相关的分子标记物
技术领域
本发明涉及生物技术领域，具体地涉及LY6H基因在胆管癌诊断、治疗中的用途。
背景技术
胆管癌是一种来源于肝内或肝外胆管上皮的恶性肿瘤，发生率较低，约占所有人类恶性肿瘤的2％以下，消化道肿瘤的3％左右，但恶性程度很高，五年生存率大约5％。该病发病没有悬殊的性别差异，男性发病率约为女性的1.5倍。全世界胆管癌病人的平均发病年龄约在50岁，西方人平均发病年龄大于65岁。胆管癌的发病率在世界范围内差异很大，其中东南亚发病率最高，非洲发病率最低。近年来，胆管癌的发病率有所提高，但是其高恶性程度以及发病机制还不确定。早期预防、早期发现、早期治疗是提高人胆管癌手术根治率和5年生存率的关键。
胆管癌预后很差，5年生存率大约在5％。胆管癌对放疗化疗均不敏感，唯一治愈性治疗为外科手术切除或肝移植，但大多数的病例在确诊时都已是晚期，失去了切除的机会，病程多在12个月内，尤其是确诊后的三个月内死亡率极高。胆管癌的姑息性治疗可以有旁路内引流术、置管引流术、支撑管放置术、光动力疗法等，对晚期胆管癌的生活质量有所改善。早期外科手术可以提高胆管癌的生存率，但是目前仍然缺乏一种特异的和敏感的诊断方法。
发明内容
为了弥补现有技术的不足，本发明的目的在于提供一种可用于胆管癌早期诊断的分子标志物。相比传统的胆管癌的诊断方法，使用基因标志物来诊断胆管癌的具有及时性、特异性和灵敏性，从而使患者在癌症早期就能知晓癌症风险，针对风险高低，采取相应的预防和治疗措施。
为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：
本发明提供了一种LY6H基因及其表达产物在制备诊断胆管癌的产品中的应用。
进一步，上面所提到的诊断产品包括：通过RT-PCR、实时定量PCR、免疫检测、原位杂交或芯片检测LY6H基因及其表达产物的表达水平以诊断胆管癌的产品。
进一步，所述用RT-PCR诊断胆管癌的产品至少包括一对特异扩增LY6H基因的引物；所述用实时定量PCR诊断胆管癌的产品至少包括一对特异扩增LY6H基因的引物；所述用免疫检测诊断胆管癌的产品包括：与LY6H蛋白特异性结合的抗体；所述用原位杂交诊断胆管癌的产品包括：与LY6H基因的核酸序列杂交的探针；所述用芯片诊断胆管癌的产品包括：蛋白芯片和基因芯片；其中，蛋白芯片包括与LY6H蛋白特异性结合的抗体，基因芯片包括与LY6H基因的核酸序列杂交的探针。
优选地，所述产品包括芯片、试剂盒。
本发明提供了一种诊断胆管癌的产品，所述的产品能够通过检测胆管组织中LY6H基因的表达水平来诊断胆管癌。
进一步，所述产品包括芯片、或试剂盒。其中，所述芯片包括基因芯片、蛋白质芯片；所述基因芯片包括固相载体以及固定在固相载体的寡核苷酸探针，所述寡核苷酸探针包括用于检测LY6H基因转录水平的针对LY6H基因的寡核苷酸探针；所述蛋白质芯片包括固相载体以及固定在固相载体的LY6H蛋白的特异性抗体；所述试剂盒包括基因检测试剂盒和蛋白免疫检测试剂盒；所述基因检测试剂盒包括用于检测LY6H基因转录水平的试剂；所述蛋白免疫检测试剂盒包括LY6H蛋白的特异性抗体。
进一步，所述试剂包括使用RT-PCR、实时定量PCR、免疫检测、原位杂交或芯片方法检测LY6H基因表达水平过程中所需的试剂。优选地，所述试剂包括针对LY6H基因的引物和/或探针。根据SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列信息设计出可以用于检测LY6H基因表达水平的引物和探针。
与LY6H基因的核酸序列杂交的探针可以是DNA、RNA、DNA-RNA嵌合体、PNA或其它衍生物。所述探针的长度没有限制，只要完成特异性杂交、与目的核苷酸序列特异性结合，任何长度都可以。所述探针的长度可短至25、20、15、13或10个碱基长度。同样，所述探针的长度可长至60、80、100、150、300个碱基对或更长，甚至整个基因。由于不同的探针长度对杂交效率、信号特异性有不同的影响，所述探针的长度通常至少是14个碱基对，最长一般不超过30个碱基对，与目的核苷酸序列互补的长度以15-25个碱基对最佳。所述探针自身互补序列最好少于4个碱基对，以免影响杂交效率。
进一步，所述LY6H蛋白的特异性抗体包括单克隆抗体、多克隆抗体。所述LY6H蛋白的特异性抗体包括完整的抗体分子、抗体的任何片段或修饰，例如，嵌合抗体、scFv、Fab、F(ab’)2、Fv等。只要所述片段能够保留与LY6H蛋白的结合能力即可。用于蛋白质水平的抗体的制备时本领域技术人员公知的，并且本发明可以使用任何方法来制备所述抗体。
本发明还提供了LY6H基因及其表达产物在制备治疗胆管癌的药物中的应用。
一方面，本发明所述的“治疗胆管癌的药物”包括能够括抑制胆管癌细胞生长、促进胆管癌细胞凋亡、抑制胆管癌细胞粘附、抑制胆管癌细胞迁移和侵袭。
另一方面，本发明所述的“治疗胆管癌的药物”包含LY6H基因和/或其表达产物的抑制剂。所述抑制剂包括抑制LY6H基因表达的物质、抑制LY6H基因表达产物稳定性的物质、和/或抑制LY6H基因表达产物活性的物质。
进一步，本发明所述的治疗胆管癌的药物包括：通过干扰RNA抑制LY6H基因表达的双链核糖核酸，或基于LY6H抗原蛋白的肿瘤疫苗，或用于抑制LY6H蛋白活性的蛋白质。
本发明还提供了一种用于治疗胆管癌的药物，所述药物包含LY6H基因和/或其表达产物抑制剂。所述抑制剂包括抑制LY6H基因表达的物质、抑制LY6H基因表达产物稳定性的物质、和/或抑制LY6H基因表达产物活性的物质。
进一步，本发明所述抑制剂包括：通过干扰RNA抑制LY6H基因表达的双链核糖核酸，或基于LY6H抗原蛋白的肿瘤疫苗、或用于抑制LY6H蛋白活性的蛋白质。
本发明还提供了上述LY6H基因和/或其表达产物抑制剂在制备治疗胆管癌药物中的应用。
在本发明中，所述RNA干扰(RNA interference，RNAi)是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA(double-stranded RNA，dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。使用RNAi技术可以特异性剔除或关闭特定基因的表达，该技术已被广泛用于探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的基因治疗领域。以细胞为基础的RNAi筛选在功能基因学研究方面具有许多优势，主要表现在大多数细胞类型都能使用RNAi方法，并且相对较容易下调或沉默任何目的基因的表达。
为了确保LY6H基因能够被高效剔除或沉默，根据LY6H基因的mRNA序列设计了siRNA特异性片段。siRNA的设计根据已发表的通用设计原则(Elbashir et.al2001，Schwarz et.al 2003，Khvorova et.al 2003，Reynolds et.al 2004，Hsieh et.al 2004，Ui-Tei et.al 2004)，通过在线工具完成设计，该在线工具为：siRNASelectionProgram ofWhitehead Institute(BingbingYuan et.al 2004，http://jura.wi.mit.edu/bioc/siRNAext/)和BLOCK-iTTM RNAi Designer ofINVITROGEN(winner of the 2004Frost&Sullivan Excellence in Research Award，https://rnaidesigner.invitrogen.com/sirna/)。为了进一步提高siRNA片断的有效性，综合两个在线设计工具的优点来设计用于筛选的siRNA片断。最后，通过同源性比对(NCBI BLAST)来过滤siRNA序列，以提高siRNA片断的特异性并减少RNAi干扰的脱靶效应。
本发明的药物还可与其他治疗胆管癌的药物联用，多种药物联合使用可以大大提高治疗的成功率。
本发明的药物还包括药学上可接受的载体，这类载体包括(但并不限于)：稀释剂、赋形剂如乳糖、氯化钠、葡萄糖、尿素、淀粉、水等、填充剂如淀粉、蔗糖等；粘合剂如单糖浆、葡萄糖溶液、淀粉溶液、纤维素衍生物、藻酸盐、明胶和聚乙烯吡咯烷酮；湿润剂如甘油；崩解剂如干淀粉、海藻酸钠、海带多糖粉末、琼脂粉末、碳酸钙和碳酸氢钠；吸收促进剂季铵化合物、十二烷基硫酸钠等；表面活性剂如聚氧化乙烯山梨聚糖脂肪酸酯、十二烷基硫酸钠、硬脂酸单甘油酯、十六烷醇等；致湿剂如甘油、淀粉等；吸附载体如淀粉、乳糖、斑脱土、硅胶、高岭土和皂粘土等；润滑剂如滑石粉、硬脂酸钙和镁、聚乙二醇、硼酸粉末等。
本发明的药物可以使用不同的添加剂进行制备，例如稳定剂、杀虫剂、缓冲剂、等渗剂、螯合剂、pH控制剂及表面活性剂。
稳定剂包括人类血清蛋白、L-氨基酸、糖及纤维素衍生物。L-氨基酸还可以包括甘氨酸、半胱氨酸及谷氨酸中的任意一个。糖类包括单糖，例如葡萄糖、甘露糖、半乳糖、果糖等；糖醇，例如甘露醇、纤维醇、木糖醇等；二糖，例如蔗糖、麦芽糖、乳糖等；多聚糖，例如葡聚糖、羟丙基淀粉、硫化软骨素、透明质酸等及它们的衍生物。纤维素衍生物包括甲基纤维素、乙基纤维素、羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、羟丙甲基纤维素及羟甲基纤维素钠。
表面活性剂包括离子或非离子表面活性剂，例如聚氧化乙烯烷基酯、山梨聚糖单酰基酯、脂肪酸甘油酯。
添加剂缓冲剂可以包括硼酸、磷酸、乙酸、柠檬酸、谷氨酸及相应的盐(它们的碱金属或碱性稀土金属盐，例如钠盐、钾盐、钙盐及镁盐)。等渗剂包括氯化钾、氯化钠、糖及甘油。螯合剂包括乙二胺四乙酸钠及柠檬酸。
本发明药物的单位剂型可以使多种形式，代表性的剂型包括固体剂型如片剂、丸剂、粉剂、干粉剂、颗粒、胶囊等；液态剂型如溶液、悬浮液、乳状液、糖浆、酏剂等。
在本发明的上下文中，“LY6H基因”包括LY6H基因以及LY6H基因的任何功能等同物的多核苷酸。LY6H基因包括与目前国际公共核酸序列数据库GeneBank中LY6H基因(NC_000008.11)DNA序列具有70％以上同源性，且编码相同功能蛋白质的DNA序列；
优选地，LY6H基因的编码序列包括以下任一一种DNA分子：
(1)序列表中SEQ ID NO.1所示的DNA序列；
(2)在严格条件下与(1)限定的DNA序列杂交且编码相同功能蛋白质的DNA序列；
(3)与(1)或(2)限定的DNA序列具有70％、优选地，90％以上同源性，且编码相同功能蛋白质的DNA分子。
在本发明的具体实施方案中，所述LY6H基因的编码序列是SEQ ID NO.1所示的DNA序列。
在本发明的上下文中，LY6H基因表达产物包括LY6H蛋白以及LY6H蛋白的部分肽。所述LY6H蛋白的部分肽含有与胆管癌相关的功能域。
“LY6H蛋白”包括LY6H蛋白以及LY6H蛋白的任何功能等同物。所述功能等同物包括LY6H蛋白保守性变异蛋白质、或其活性片段，或其活性衍生物或其突变体。突变体包括等位变异体、天然突变体、诱导突变体、其氨基酸序列通过缺失、替代、增加和/或插入发生变异的突变体、与修饰的氨基酸序列功能相同的突变体及在高或低的严格条件下能与LY6H的DNA杂交的DNA所编码的蛋白质。
优选地，LY6H蛋白是具有下列氨基酸序列的蛋白质：
(1)由序列表中SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列组成的蛋白质；
(2)将SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列具有相同功能的由SEQID NO.2所示的氨基酸序列衍生的蛋白质。取代、缺失或者添加的氨基酸的个数通常为1-50个，较佳地1-30个，更佳地1-20个，最佳地1-10个。
(3)与SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列具有至少80％同源性(又称为序列同一性)，更优选地，与SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列至少约90％至95％的同源性，常为96％、97％、98％、99％同源性的氨基酸序列构成的多肽。
在本发明的具体实施方案中，所述LY6H蛋白是具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的蛋白质。
通常，已知的是，一个蛋白质中一个或多个氨基酸的修饰不会影响蛋白质的功能。本领域技术人员会认可改变单个氨基酸或小百分比的氨基酸或对氨基酸序列的个别添加、缺失、插入、替换是保守修饰，其中蛋白质的改变产生具有相似功能的蛋白质，提供功能相似的氨基酸的保守替换表是本领域公知的。
氨基酸序列的修饰可以源自自发突变或遗传后修饰，也可以人工诱导天然基因产生。
通过添加一个氨基酸或多个氨基酸残基修饰的蛋白质的例子是LY6H蛋白的融合蛋白。对于与LY6H蛋白融合的肽或者蛋白质没有限制，只要所得的融合蛋白保留LY6H蛋白的生物学活性即可。
本发明的LY6H蛋白也包括对SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的非保守修饰，只要经过修饰的蛋白质仍然能够保留LY6H蛋白的生物学活性即可。在此类修饰蛋白质中突变的氨基酸数目通常是10个或者更少，例如6个或者更少，例如3个或者更少。
在本发明的上下文中，“诊断胆管癌”既包括判断受试者是否已经患有胆管癌、也包括判断受试者是否存在患有胆管癌的风险。
在本发明的上下文中，“治疗胆管癌”从疾病的状态变化来分，可以包括疾病的缓解、疾病的完全治愈；从药物发挥的作用不同，可以包括抑制细胞生长、促进细胞凋亡、抑制细胞粘附、抑制细胞迁移和侵袭。
本发明的优点和有益效果：
本发明首次发现了LY6H基因表达水平与胆管癌的发生发展相关，通过检测受试者胆管黏膜中LY6H的表达水平，可以判断受试者是否患有胆管癌、或者判断受试者是否存在患有胆管癌的风险，从而指导临床医师给受试者提供预防方案或者治疗方案。
本发明发现了一种与胆管癌相关的新的分子标记物-LY6H基因，同传统的检测手段相比，基因诊断更及时、更特异、更灵敏，能够实现胆管癌的早期诊断，从而降低胆管癌的死亡率。
附图说明
图1显示利用QPCR检测LY6H基因在胆管癌组织中的表达情况；
图2显示利用QPCR检测siRNA对LY6H基因表达的影响；
图3显示利用MTT检测LY6H基因表达对胆管癌细胞生长的影响。
具体的实施方式
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。以下实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人，分子克隆：实验室手册(New York:Cold Spring HarborLaboratoryPress,1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1筛选与胆管癌相关的基因标志物
1、样品的收集
各收集8例正常胆管组织和胆管癌组织样本，上述所有标本的取得均通过组织伦理委员会的同意。
2、RNA样品的制备(利用QIAGEN的组织RNA提取试剂盒进行操作)
1)组织提取
在较少RNase干扰的清洁区，使用含适量液氮的研钵称取离体肺腺癌组织样本约20mg，用杵棒研磨至粉末状，然后将样本转移到一个不含RNA酶的2ml的离心管中。加入300μl裂解液，置于匀浆器内，充分研磨5min，12000g，4℃，离心10min，转移上清至新的1.5ml的离心管中。加入600μl不含RNA酶的水，用漩涡器混匀后，加入20μl蛋白酶K，在55℃温浴15min，不断涡旋混匀。14000g，室温离心1min，使细胞碎片沉淀于离心管底部，取上清转移到另外一个不含RNA酶的1.5ml离心管中，加入450μl的95％乙醇，涡旋混匀。
2)RNA吸附：
取650μl含乙醇的裂解液加到离心柱中，14000g离心1min，弃下层，将柱子重新置于收集管中；重复操作一次，然后加入400μl清洗液，14000g离心2min，弃下层，将柱子置于一新的收集管上。
3)DNase处理：
加入100μl Enzyme Incubation Buffer和15μl DNase I，14000g离心1min，将收集管中的溶液重新移入柱中，室温放置15min。
4)RNA洗涤：
加入400μl清洗液，14000g离心1min，弃下层，将柱子重置于收集管中，然后加入400μl清洗液，14000g离心2min，弃收集管。
5)RNA洗脱：
把柱子放入1.5ml Elution管中，加入30μl洗脱液，200g离心2min，使溶液充分与柱子结合，然后14000g离心1min。
3、高通量转录组测序
1)RNA-seq读段定位
首先将低质量的读段去除得到清洁读段，然后利用TopHat v1.3.1将清洁片段与UCSC H.sapiens参考基因组(hg19)进行匹配，H.sapiens UCSC hg19版的预先构建的索引从TopHat主页下载，并作为参考基因组，利用TopHat与基因组匹配时，允许每个读段(默认到20)有多个匹配位点，最多2次错配。TopHat根据外显子区域和GT-AG剪切信号建立可能的剪切位点库，根据这些剪切位点库将没有定位到基因组的读段定位到基因组上。我们使用TopHat方法的系统默认参数。
2)转录丰度评估
匹配上的读段文件通过Cufflinks v1.0.3处理，Cufflinks v1.0.3将RNA-seq片段数目进行标准化计算转录本的相对丰度。FPKM值指的是每一百万测序片段中匹配到特定基因1kb长的外显子区域的片段数目。通过贝叶斯推理方法计算FPKM估计值的置信区间。Cufflinks使用的参考的GTF注释文件从Ensembl数据库下载(Homo_sapiens.GRCh37.63.gtf)。
3)差异表达基因的检测
将下载的Ensembl GTF文件和通过TopHat匹配的原始文件传输到Cuffdiff，Cuffdiff使用原始的匹配文件重新估算GTF文件中列出的转录本的表达丰度，检测差异表达。在Cuffidff输出中只有q值＜0.01，测试显示成功的比较才被认为是差异表达。
4、结果
RNA-seq结果显示，LY6H基因在胆管癌组织中的表达量显著高于正常的胆管组织。
实施例2QPCR测序验证LY6H基因的差异表达
1、根据高通量测序的检测结果选择LY6H基因进行大样本QPCR验证。按照实施例1中的样本收集方式选择胆管癌组织和正常胆管组织各60例。
2、RNA提取步骤同实施例1。
3、逆转录：使用TAKARA公司的反转录试剂盒进行操作。具体步骤如下：
(1)取总RNA 1μg进行逆转录，加入Oligo(dT)2μl，充分混匀。70℃水浴5min后立即冰浴2min。
(2)构建25μl反应体系，其中包括5×逆转录缓冲液5μl，dNTP(2.5mM)5μl，RNasin40U/μl，M-MLV 200U/μl，补无核酸酶水至预期体积。
(3)42℃水浴60min后，95℃水浴5min以灭活M-MLV。
(4)-20℃储存备用。
4、QPCR扩增
(1)引物设计
根据Genebank中LY6H基因和GAPDH基因的编码序列设计QPCR扩增引物，由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。具体引物序列如下：
LY6H基因：
正向引物为5’-CCTCCTGTGACTTCGTTA-3’(SEQ ID NO.3)；
反向引物为5’-GACCTTTAAGATCCCAGAGT-3’(SEQ ID NO.4)。
GAPDH基因：
正向引物为5’-TTTAACTCTGGTAAAGTGGATAT-3’(SEQ ID NO.5)；
反向引物为5’-GGTGGAATCATATTGGAACA-3’(SEQ ID NO.6)。
(2)按照表1配制PCR反应体系：
其中，SYBR Green聚合酶链式反应体系购自Invitrogen公司。
表1PCR反应体系
试剂 体积
正向引物 1μl
反向引物 1μl
SYBR Green聚合酶链式反应体系 12.5μl
模板 2μl
去离子水 补足25μl
(3)PCR反应条件：95℃10min，(95℃30s，60℃60s)×40个循环。以SYBR Green作为荧光标记物，在Light Cycler荧光定量PCR仪上进行PCR反应，通过融解曲线分析和电泳确定目的条带，ΔΔCT法进行相对定量。
5、统计学方法
实验都是按照重复3次来完成的，结果数据都是以平均值±标准差的方式来表示，采用SPSS13.0统计软件来进行统计分析的，两者之间的差异采用t检验，认为当P<0.05时具有统计学意义。
6、结果
结果如图1所示，与正常胆管组织相比，LY6H基因在胆管癌组织中的表达上调，差异具有统计学意义(P<0.05)，同RNA-sep结果一致。
实施例3抑制LY6H基因表达
1、细胞培养：人胆管癌细胞株QBC939，以含10％小牛血清的DMEM(高糖)培养基在37℃、5％CO2、相对湿度为90％的培养箱中培养。2-3天换液1次，使用0.25％胰蛋白酶常规消化传代。
2、siRNA设计
针对LY6H的siRNA序列：
siRNA1-LY6H：
正义链为5’-AGAAAAAGUGUCGCUUAACGA-3’(SEQ ID NO.7)；
反义链为5’-GUUAAGCGACACUUUUUCUCA-3’(SEQ ID NO.8)，
siRNA2-LY6H：
正义链为5’-AAUAAACCCCAUCAGAUAGUC-3’(SEQ ID NO.9)；
反义链为5’-CUAUCUGAUGGGGUUUAUUAA-3’(SEQ ID NO.10)，
siRNA3-LY6H：
正义链为5’-UCAAAAGUGACUUUAUUUCUC-3’(SEQ ID NO.11)；
反义链为5’-GAAAUAAAGUCACUUUUGAGU-3’(SEQ ID NO.12)
阴性对照siRNA序列(siRNA-NC)：
正义链为5’-UUCUCCGAACGUGUCACGU-3’(SEQ ID NO.13)；
反义链为5’-ACGUGACACGUUCGGAGAA-3’(SEQ ID NO.14)。
将细胞按1×104/孔接种到24孔细胞培养板中，在37℃、5％CO2培养箱中细胞培养24h，在无双抗、含10％FBS的DMEM培养基中，转染按照脂质体转染试剂2000(购自于Invitrogen公司)的说明书转染，实验分为阴性对照组(siRNA-NC)和实验组(20nM)(siRNA1-LY6H、siRNA2-LY6H、siRNA3-LY6H)，其中阴性对照组siRNA与LY6H基因的序列无同源性，浓度为20nM/孔。同时分别转染。
3、QPCR检测LY6H基因的转录水平
3.1细胞总RNA的提取
采用TRIzol Reagent(Invitrogen Cat.No.15596-018)总RNA提取试剂，按说明书提供方法提取QBC939细胞的总RNA。具体方法为：取细胞，用浓度为0.01M的PBS冲洗3次，加入适量TRIzol试剂，室温放置5min裂解细胞，吹打均匀后以1ml/管分装至1.5ml Eppendorf管中。每管加入0.2ml氯仿，剧烈震荡15s，室温放置2-3min，4℃、12000rpm离心15min，将上层水相移至干净Eppendorf管中，加入0.5ml异丙醇，轻轻混匀，室温放置10min，4℃、7500r/min离心10min。弃上清，75％乙醇洗涤RNA沉淀，7500rpm离心5min，室温干燥RNA沉淀，5-10min后溶于适量DEPC水。质量分数为1.0％的琼脂糖凝胶电泳检测RNA样本的完整性，应用Bio-Photometer对提取的RNA进行定量测定。
3.2逆转录步骤同实施例2。
3.3QPCR扩增步骤同实施例2。
4、统计学方法
实验都是按照重复3次来完成的，结果数据都是以平均值±标准差的方式来表示，采用SPSS13.0统计软件来进行统计分析的，干扰LY6H基因表达组与对照组之间的差异采用t检验，认为当P<0.05时具有统计学意义。
5、结果
结果如图2显示，相比siRNA2-LY6H、siRNA3-LY6H，siRNA1-LY6H能够更有效抑制LY6H基因的表达，差异具有统计学意义(P<0.05)。
实施例4LY6H基因对胆管癌细胞增殖的影响
采用MTT实验检测LY6H基因对胆管癌细胞增殖能力影响。
1、细胞培养与转染步骤同实施例3。
2、步骤：各组细胞转染12h后胰酶消化，制成单细胞悬液，以每孔6000个细胞接种于96孔培养板中，每组分7个时间点，每个时间点设6个复孔。细胞贴壁后，进行第1次检测：每孔加入5g/L的MTT液20μl，继续培养4h后，吸去培养基，加入DMSO 150μl，细心吹打，使紫蓝色沉淀充分溶解，用酶标仪在490nm波长测吸光度值(A值)。然后每12h检测1次，连续测72h，共7次。本实验重复3次。
3、统计学方法
实验都是按照重复3次来完成的，采用SPSS13.0统计软件来进行统计分析，两者之间的差异采用t检验，认为当P<0.05时具有统计学意义。
4、结果
图3所示的结果显示：siRNA1-LY6H组的细胞生长速度明显低于转染siRNA-NC组的细胞生长速度，差异具有统计学意义(P<0.05)。上述结果表明LY6H表达有利于胆管癌细胞的生长，通过抑制LY6H基因的表达可以抑制胆管癌细胞的生长。
实施例5划痕实验检测转染siRNA后胃癌细胞增殖、迁移能力
1、将QBC939细胞平铺于六孔板中，每孔密度为5×105个，加入含10％胎牛血清的DMEM培养，37℃，5％CO2条件下培养24h。
2、转染按照脂质体转染试剂2000(购自于Invitrogen公司)的说明书转染，实验分为阴性对照组(siRNA-NC)和实验组(20nM)(siRNA1-LY6H)以及空白对照组。
3、用10μl移液枪头在单层细胞上画“一”字痕，用PBS溶液缓慢冲洗3次。分别选取培养24、48、72h的细胞置于倒置显微镜下观察拍照。计算划痕愈合率＝(0h划痕宽度-24h(或48h或72h)划痕宽度)/0h划痕宽度×100％。
4、结果
结果如表2所示，随着培养时间的增长，siRNA1-LY6H组的划痕愈合率明显低于siRNA-NC组和空白对照组，差异有统计学意义(P<0.05)。此结果表明，抑制LY6H的表达可以抑制胆管癌细胞的迁移增殖，LY6H促进胆管癌细胞的迁移和增殖。
表2LY6H siRNA对QBC939迁移增殖的影响
实施例6LY6H基因对胆管癌细胞凋亡的影响
使用流式细胞仪检测LY6H基因对细胞凋亡的影响。
1、细胞培养步骤同实施例3。
2、细胞转染步骤同实施例3。
3、步骤
细胞转染72h后，使用预冷PBS洗涤细胞，然后用0.25％胰酶消化细胞，中止消化，将离心收集的细胞使用PBS重悬，将细胞定量为1×106个/ml，取200μl上述细胞悬液放置到Eppendorf管中，加入10μl Annexin-V-FITC混匀，室温暗处孵育染色15min，上机前5min加入10mg/L碘化丙锭(PI)染色5μl。未转染siRNA的细胞分别用Annexin-V-FITC和PI染色用于标准定量。用FACS流式细胞仪进行双色荧光细胞流式计数，观察凋亡细胞百分比。
3、统计学方法
实验都是按照重复3次来完成的，结果数据都是以平均值±标准差的方式来表示，采用SPSS13.0统计软件来进行统计分析的，两者之间的差异采用的t检验，认为当P<0.05时具有统计学意义。
4、结果：
转染siRNA1-LY6H组的细胞凋亡率为(31.32±0.97)％，转染siRNA-NC组的细胞凋亡率为(6.95±0.25)％，上述差异具有统计学意义(P<0.05)，上述结果表明，LY6H表达有利于胆管癌细胞存活，通过抑制LY6H基因的表达可以促进胆管癌细胞的凋亡。
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以对本发明进行若干改进和修饰，这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。

Claims (6)

1.检测LY6H基因及其表达产物的产品在制备诊断胆管癌的工具中的应用，所述LY6H基因的编码序列如SEQ ID NO.1所示。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品包括：通过RT-PCR、实时定量PCR、免疫检测、原位杂交或芯片检测LY6H基因及其表达产物的表达水平以诊断胆管癌的产品。
3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品包括芯片或试剂盒；其中，所述芯片包括基因芯片、蛋白质芯片；所述基因芯片包括固相载体以及固定在固相载体的寡核苷酸探针，所述寡核苷酸探针包括用于检测LY6H基因转录水平的针对LY6H基因的寡核苷酸探针；所述蛋白质芯片包括固相载体以及固定在固相载体的LY6H蛋白的特异性抗体；所述试剂盒包括基因检测试剂盒和蛋白免疫检测试剂盒；所述基因检测试剂盒包括用于检测LY6H基因转录水平的试剂；所述蛋白免疫检测试剂盒包括LY6H蛋白的特异性抗体。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述试剂包括针对LY6H基因的引物和/或探针。
5.LY6H基因及其表达产物的抑制剂在制备治疗胆管癌的药物中的应用，所述LY6H基因的编码序列如SEQ ID NO.1所示。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述抑制剂是针对LY6H基因的siRNA。
CN201510713576.7A 2015-10-28 2015-10-28 一种与胆管癌相关的分子标记物 Active CN105385754B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201510713576.7A CN105385754B (zh) 2015-10-28 2015-10-28 一种与胆管癌相关的分子标记物

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201510713576.7A CN105385754B (zh) 2015-10-28 2015-10-28 一种与胆管癌相关的分子标记物

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN105385754A CN105385754A (zh) 2016-03-09
CN105385754B true CN105385754B (zh) 2018-11-06

Family

ID=55418531

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201510713576.7A Active CN105385754B (zh) 2015-10-28 2015-10-28 一种与胆管癌相关的分子标记物

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN105385754B (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110699453B (zh) * 2019-10-10 2020-09-01 山东大学第二医院 一种胆管癌检测、治疗和预后靶点及应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1240834C (zh) * 1998-09-17 2006-02-08 大塚制药株式会社 Ly6h基因

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1240834C (zh) * 1998-09-17 2006-02-08 大塚制药株式会社 Ly6h基因

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Cancer-Testis Antigen Lymphocyte Antigen 6 Complex Locus K Is a Serologic Biomarker and a Therapeutic Target for Lung and Esophageal Carcinomas;Nobuhisa Ishikawa等;《Cancer Res》;20071215;第67卷(第24期);第11601-11311页 *
High resolution genomic analysis of sporadic breast cancer using array-based comparative genomic hybridization;Tara L Naylor等;《Breast Cancer Research》;20051124;第7卷(第6期);R1187页左栏倒数第二段,说明书R1190页左栏倒数第6行-右栏第13行 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN105385754A (zh) 2016-03-09

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP6026408B2 (ja) 乳ガン患者のトラスツズマブに対する治療感受性予測用組成物及び方法
CN109468382B (zh) lncRNA在肺腺癌诊疗中的应用
US20220093251A1 (en) Novel biomarkers and diagnostic profiles for prostate cancer
CN104962658B (zh) Myoz1基因及其表达产物在帕金森病诊治中的应用
CN105779598B (zh) 一种诊治垂体瘤的分子标志物
CN105861679B (zh) Pcsk9在食管鳞癌诊治中的用途
CN105624324B (zh) 垂体瘤诊治标志物
CN105463094B (zh) 直肠腺癌的诊治标记物
CN107586842A (zh) 一种用于肾透明细胞癌诊治的生物标志物
KR20110015013A (ko) 결장직장암의 평가 방법 및 여기에 사용하기 위한 조성물
CN105624325B (zh) 肺腺癌的诊治标记物
US20110171323A1 (en) Methods and kits to predict prognostic and therapeutic outcome in small cell lung cancer
CN105886625B (zh) Chka基因在制备食管癌诊治产品中的应用
CN105385754B (zh) 一种与胆管癌相关的分子标记物
CN105385779B (zh) 与直肠腺癌相关的基因标记物
CN111534587B (zh) 分子标志物5-tRF-His、乳腺癌检测试剂盒及其应用
CN110042164B (zh) 肺癌诊疗用lncRNA标志物
CN105648061B (zh) Hrnbp3基因及其表达产物在疾病中的新用途
CN104878103B (zh) Fam57b基因及其表达产物作为胆管癌诊治的靶标
CN105755154A (zh) 区分转移性与非转移性肺鳞癌的分子标志物
CN104894259A (zh) Tex19基因在胆管癌诊断和治疗中的应用
CN105803068A (zh) 一种诊治肺腺癌的分子标记物
CN105483276B (zh) Kcnip4基因及其表达产物在直肠腺癌诊疗中的应用
CN108624696A (zh) 分子标记在制备静脉内平滑肌瘤病诊断检测产品中的应用
CN105112554B (zh) Clec1b基因在胆管癌诊断和治疗中的应用

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant
PE01 Entry into force of the registration of the contract for pledge of patent right
PE01 Entry into force of the registration of the contract for pledge of patent right

Denomination of invention: Molecular marker associated with cholangiocarcinoma

Effective date of registration: 20181225

Granted publication date: 20181106

Pledgee: Huaxia Bank Beijing branch Wanliu Limited by Share Ltd

Pledgor: Beijing Yang Shen biology information technology company limited

Registration number: 2018990001252

PC01 Cancellation of the registration of the contract for pledge of patent right
PC01 Cancellation of the registration of the contract for pledge of patent right

Date of cancellation: 20191206

Granted publication date: 20181106

Pledgee: Huaxia Bank Beijing branch Wanliu Limited by Share Ltd

Pledgor: Beijing Yang Shen biology information technology company limited

Registration number: 2018990001252

TR01 Transfer of patent right
TR01 Transfer of patent right

Effective date of registration: 20210402

Address after: 266000 room 2503, Qianshan building, D2, Qingdao International Innovation Park Phase II, No.1 Keyuan Weiyi Road, Laoshan District, Qingdao City, Shandong Province

Patentee after: Qingdao Yangshen biomedical Co.,Ltd.

Address before: 100080 room 3103, cube court building, 1 good luck street, Haidian District, Beijing.

Patentee before: BEIJING MEDINTELL BIOMED INFORMATION TECHNOLOGY Co.,Ltd.