CN105316393A - 用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的快速检测方法及其检测试剂盒 - Google Patents
用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的快速检测方法及其检测试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN105316393A CN105316393A CN201410339797.8A CN201410339797A CN105316393A CN 105316393 A CN105316393 A CN 105316393A CN 201410339797 A CN201410339797 A CN 201410339797A CN 105316393 A CN105316393 A CN 105316393A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- bim
- exon
- intron
- gene
- primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明属于分子生物学和医学领域,涉及一种检测细胞凋亡调解子基因(BIM)缺失突变的方法及其检测试剂盒。本发明提供了一种细胞凋亡调解子基因BIM的检测方法,该方法包括步骤:(a)抽提样品的基因组DNA,用BIM缺失检测特异性引物扩增样品的基因组DNA,得到扩增产物;(b)检测扩增产物中BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域。本发明还公开了相应的检测试剂盒,该试剂盒含有扩增BIM上2903bp缺失区域的引物和探针。利用本发明检测BIM缺失情况,方法简单易行,快速高效,成本低廉。
Description
技术领域
本发明属于医药和生物技术领域。具体地说,本发明涉及一种序列检测试剂盒。更具体地说,本发明涉及一种用于检测BIM基因缺失突变的检测方法及其检测试剂盒。
背景技术
BIM基因是编码细胞凋亡基因BCL2蛋白家族中的一个成员,在细胞凋亡中发挥重要的调节作用。研究表明BIM基因外显子3和外显子4之间存在的2903bp的缺失会造成BIM亚型BH3结构缺乏表达。而这种缺乏表达会导致肺癌病人对部分治疗药物有更强的耐药性。在癌症病人体内,这种删除与药物反应的持续时间相关联,并且能够被用来预测病人在没有疾病恶化时的存活时间。携带这种删除突变的那些病人的平均无疾病恶化存活期限为大约6个半月时间,而没有这种突变的那些病人则为将近12个月。因此BIM缺失的检测对于肺癌病人有相当重要的意义。
目前对BIM基因突变检测的方法主要包括:电泳、测序、变性高效液相色谱(DHPLC)、荧光定量PCR法、基因芯片、液相芯片等方法。测序法因为可以读到DNA每个碱基的变化,目前被认为是检测基因突变的金标准方法,但因为灵敏度低,检测异质性较高的临床肿瘤组织样本时假阴性率高,同时,测序步骤繁琐、耗时长,对设备和操作人员要求较高,不易形成标准化操作的临床诊断产品。DHPLC、基因芯片、液相芯片等方法也因为操作复杂,对设备要求高。目前仅在科研单位实验室应用。
综上所述,为了最终实现治疗肺癌,本领域迫切需要寻求肺癌易感基因,并开发检测易感基因的方法、试剂盒,以及相关治疗药物。
发明内容
本发明的目的是提供一种检测(包括早期诊断)BIM基因缺失情况的方法及其检测试剂盒。
本发明的目的是提供一种检测BIM基因缺失情况的方法,即检测BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失突变情况,缺失型个体相对普通人群对某些药物的耐药性更高。
本发明提供了一种细胞凋亡调解子基因BIM的检测方法,该方法包括步骤:
(a)抽提样品的基因组DNA,用BIM缺失检测特异性引物扩增样品的基因组DNA,得到扩增产物;
(b)检测扩增产物中BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域。
其中,检测扩增产物中BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域使用荧光PCR检测。
所述的BIM缺失检测特异性引物的序列可以为SEQIDNO2和SEQIDNO3。
扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域的引物序列为SEQIDNO2、SEQIDNO3或者SEQIDNO4。
检测BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失区域的探针序列为SEQIDNO5或者SEQIDNO6。
另一方面,本发明还提供了一种检测细胞凋亡调解子基因BIM的试剂盒,它含有与BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失片断结合的探针。
在本发明的一个实施例中,与BIM基因结合的探针的序列为SEQIDNO:5或者SEQIDNO:6。
该试剂盒还包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域的引物。
特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域的引物序列为SEQIDNO2、SEQIDNO3或者SEQIDNO4。
BIM基因的详细序列可参见登见美国国立生物技术信息中心(NCBI)(可参见网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。
所述的2903bp缺失,位于BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上(脱氧核糖核酸(DNA)序列编号:2903bp缺失位置基于SEQIDNO:1/8,上游引物基于SEQIDNO:2/8;下游引物1基于SEQID:3/8;下游引物2基于SEQID:4/8;扩增产物基于SEQID:5/8、6/8;探针1基于SEQIDNO:7/8;探针1基于SEQIDNO:8/8。
检测所述的2903bp缺失的方法可以是测序、荧光PCR等。
本发明的方法,具体而言,包括以下步骤:
(a)抽提样品的基因组DNA,扩增获得BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包括2903bp缺失在内的产物;(b)检测步骤(a)产物中2903bp缺失情况。
所述的扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失的引物序列如SEQIDNO2和SEQIDNO3所示。
所述的检测BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失的探针序列如SEQIDNO7和SEQIDNO8所示。
上述方法中涉及的扩增、抽提基因组DNA等技术均可采用本领域的常规操作方法。
上述试剂盒还可以包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的引物。
上述试剂盒还可以包括检测BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的探针。
在本发明的一个实施例中,与特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的引物的序列如SEQIDNO2和SEQIDNO3所示。
在本发明的一个实施例中,与BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域结合的探针的序列如SEQIDNO7和SEQIDNO8所示。
本发明的目的是提供一种检测BIM基因缺失情况的方法,即检测BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失突变情况,相关研究表明缺失型个体相对普通人群对某些药物的耐药性更高。
本发明的目的是提供一种检测BIM基因缺失情况的方法,包括步骤:检测该个体的BIM缺失情况,以此判断个体是否有耐药可能性高于普通人群。
在一优选例中,所述的差异是选自2903bp的缺失情况。2903bp的缺失位于BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上。其中脱氧核糖核酸(DNA)序列编号:2903bp缺失位置基于SEQIDNO1/8。
本发明提供了一种检测样品是否存在BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失的方法,包括步骤:
(a)用BIM缺失检测特异性引物扩增样品的基因组DNA,得到扩增产物;
(b)检测扩增产物中缺失情况。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用做参考,就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解,在阅读了本发明的上述讲述内容之后,本领域技术人员可以对本发明做各种改动或修改,这些形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
本发明提供了一种用于细胞凋亡调解子基因(BIM)缺失突变的快速检测试剂盒及检测方法。其优点在于:
1、通量更高:相比传统的PCR而言,我们使用Roche480实时荧光定量系统,通量更高。
2、速度更快:传统的方法需要扩增几千bp的片段,另需要进行电泳鉴定扩增片段,实验时间预计在5个小时以上,而我们的方法只需要扩增100个bp左右的片段,所有实验在2个小时内即可完成。
3、结果更直观:传统的结果需要进行电泳分析,耗时耗力。而本方法只需要在实时PCR结束后进行分析即可获得结果。
4、结果更准确:众所周知,每开盖一次便增加一次污染的可能性,相较传统检测需要开盖后进行电泳而言,本方法无需开盖,将污染可能性降到最小的程度。为BIM基因缺失检测提供了一个简捷的新途径。
附图说明
图1是BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失的检测结果。
图2是测序结果截图。
显示了BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失情况的测序结果。
具体实施方式
下面结合具体实施方式和实验详细说明本发明的特征,但是,可以理解的是,说明书的具体实施方式仅仅用于对本发明进行说明,并不能被解释为对本发明的限制。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件如Sambrook等人,分子克隆;实验室手册(NewYork:ColdSpringHarborLaboratoryPress,1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1荧光PCR检测
一、实验材料
480II荧光定量PCR仪购自瑞士Roche公司,聚合酶链式反应液(TaqManExpressMasterMix)由美国应用生物系统公司(ABI)定制合成。
二、引物设计与合成:
以BIM基因的部分序列为模板,使用PrimerPremier5软件分析设计引物,并由生工生物合成。
检测用引物:
BIM基因缺失检测上游引物序列:5’-ATACCATCCAGCTCTGTCTTCATAG-3’(SEQIDNO2)
BIM基因缺失检测下游引物1序列:5’-CCCAACCTCTGACAAGTGACC’(SEQIDNO3)。
BIM基因缺失检测下游引物2序列:5’-TTGGTGGGAATGTAAAATGGC-3’(SEQIDNO4)。
荧光探针:
BIM基因缺失检测荧光探针1:5'-VIC-CCAACCTCTGACAAGTGA-MGB-3'(SEQIDNO7)
BIM基因缺失检测荧光探针2:5'-FAM-TTGGTGGGAATGTAAAAT-MGB-3'(SEQIDNO8)
三、样本检测:
实验共检测30例肺癌病例和30例正常对照人群,,每例收集血样标本约2mL,用浓盐法抽提基因组DNA,抽提结果用Nanodrop(Thermo公司)检测。
按如下体系进行荧光PCR扩增,后用480II荧光定量系统进行溶解曲线分析:
成分 | 体积 |
TaqMan EXPress Master Mix(2X) | 5μL |
上游引物、下游引物1、下游引物2(1μM) | 2μL |
40X SNP Genotyping Assay | 0.25μL |
步骤1制备的DNA样本或对照样本(5ng/μL左右) | 1μL |
纯水 | 1.75μL |
反应终体积 | 10μL |
四、检测结果
基因组DNA抽提的检测结果:
所有用本的基因组DNA附和检测要求(260/280>1.8,浓度>10ng/ul)。
BIM基因缺失检测结果:
实施例2
用测序方法检测BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失情况,挑选上述病例样本10例,对照样本10例进行测序判断BIM缺失情况。
一、实验方法
PCR测序引物仍采用上述荧光PCR用引物,扩增的产物经纯化后直接测序。测序的仪器是ABI公司的3730xl遗传分析仪,用sequenceanalysis5.2分析软件进行分析,结果用chromas也可以查看。
二、实验结果
测序结果截图如图2所示。
最终,10例测序结果与480II荧光PCR的分析结果完全一致。
三、BIM基因2903bp缺失和肺癌易感的关联分析
BIM基因2903bp缺失在肺癌病人和对照中分布的比较采用RxCχ2检验.用SPSS软件进行统计分析,检测结果的SPSS软件分析结果如下表所示:
本发明涉及序列如下:
SEQIDNO1
长度:4511
DNA
智人(homosapiens)
AACCATGAAAATGGTTTGTTTTCTGCCTAAATTCCTCTTTGTGCTTATTGCTCAGAGGGTTTGGACATAGTACTAATCAGATTAGGTTGTAGGTTTTTATTTCAGGGATTAAAGGCAGTAGTAGGGTTTGAACCAAGAGTGGCTAACATAAATACCACAGAGGCCCACAGCAAAATCATGGAAGGAACTGACCTGGTGGAGACTGGTAAATTGGAGAGTATTTGCCCCTTCTATGTTTGGGCCACACCTAATTGTGGCTGTGAGGGCATGTGGTCTCAGGGTGGGTTTTCCTATATTGCAAGATAACCTAGGAATGCAAAATTGATGCCAGATACCCTGTTTCAACATTGACAGCTGATTCAGATTTTGAAAACATTGTACAAGCTGAAAAGAAACATCTGCAGACTTGATTTGGCCCTTGAACCTACAGCATGTGACTTTGGGTACATACTTTGGGTAACCTTGGTGAGGGGCTGAGTCTGTGTTGATCGACTTGCTGTTCCCCACCAATGGAAAAGGTTCATGTCTTGATCAGTAGTCAATCACATTGACCATTTGTCCAGATTAGCTTGCCATACATGAACAAGATAGAAGTAAGTTGGTAGAGTTATCAATTAGGAAACCCAGTACAGAGTCTATTATAATTTAGATTGTACCTCATGATGAAGGCTAACTCAACAAACCCATCAGAACAGACACTGGAACAAAATGACATTTCTAAATACCATCCAGCTCTGTCTTCATAGGCTTCAGTGAGGTAAATCAGGCAGGCCTTTGCCC ATGTTATAGAATTGGAAAGAACCTCAGAGTGGTGGTCACTTGTCAGAGGTTGGGCACACCTGTGAGGTGGTGGGGAGA AATGACAGACATCCCAGCAGCTACACATGCTGGCTGCACGTCTCTTGCCAAATGCCAGGAGGTAATTTTTTAGGGTCC CTCCTTAGGGAAAGGGGCTGGAAGTTTTATTATTGCTGTTACTACTGCTCGTGAACTCATTTCAGCCTTAGAAGTTCT TGGCTTGTAGTTTTTGTTGTACTCATGAAAATGCTCCCCCATATATATGATCATTCTCGCTTACTATAACATCCTTGC TTACTAAATGAGTTAACAGGGCTTTATGGTGTGTATCGTGAAACACACGTGCATTAAAGACCCTCTGGAAGGTATTAG CTTTTCACACTTTCACAACAAAAGCTTCACACTTGTGGTTATTAAGCTATTTTCTCTAACCAGTTCCCTTTCAAGCAA AATGCATACATTGGTCTCTGTAGGTGATGGGTTAATGCATGGAAATAGTTTCTCCTTCCCTGGAACTGGGAATAGTGG GTGAGATAGTGTATTTTTTAATGTAAAGACAGGCACAAATGCTTTTTTTGTTGATAAATACTATTTTACAAGCTAATT ATAAGTTAAGCACTGTTACTTGAGATGAAATATACAGGGCTTCAAAGATCATAATCTAAATAATTATGCACAGCTAAT GGTTATACCTGTGAAGTAAAGTAGTGGATCCTGAGGTGTAATTTTATAGTATTAGCTGCATTTCAGTAGATGGTGTGA TGAAGAGTTTAATGCATAGGATTAAATGAGAAGTTACGAGGAGTTTGTTTAAAGTTAATGTACCGAGGTAAGTTTTCA GTGTTAAGTTTTTGGGAGATTTGTTTTGGGAGAGGATGAGTTGGGGTTGGGGGAGGAAAGGACTTAGCCAGATGTGAG TTTCTTAAATTGAAGCATAAAATTTACAATTTATGTAGTCCATAATTTTCTCTGGACATTCTACAGTCTTAGTTCATG CCTGAAGACCACTGAAATAATGCTGAGTTGATAAGTGGTTCTCTTGACTTTGTTTAGTATTCTTTACTCAACCCTATC CATGAAGTTCTTCAATGAAGCTTTTGATAATTTATTGCAAAATACATTTTCCACAAAGAAGTCATTATGATTGGTTTG AACTAGTGGAACACAAATGTGAGGTTATAAAGAGGTTCGCCTTAGCCAGGGGCTCCTTTAGCTGCAAAGCAGTTTTTT GCTCAGCAACTTGGGGTAGAGATCAGTGTGTCTTGAAGTTTTGTTTTGCAAAACTTTGTTCTAATGAGAAAGTCAAGT CTTAGGAGGAATGTATAGTAGTTGAGTGTTTGTATTAACACTGTTTTCATATTTTCCTTTTATGTCTCTGATTTTTCT GAAGACAAGTTCAAGGAATATATTTCTCTGTGGGGCAACAGATACAGTTTTTTCACTTTTCCTCAATTTTAGTCTCCT TACACTCTGGGAGGATTAACTTGACAAATGATACCTTAGTGAATAACTGATTATTTTTATCAAAATCACTCACATGTG TTGGTTTACTGAGTGCCTTTTTGGATGAGTGTTTTATGCCATATGTGTTTTTAATGGAAATTAAAGTGTAGTCAGTAC ACTAAAGTGTAGTCAGTACAATTGGAAATAAGAGTTGAGAAAAGTCAGGATATGGAGGAATGCTCCCTAGTGTCATGT TAGTAAATGTCTTAAATTTTATACTTGTTCCCTGGCACATTGGAATTCACAGATGGGAGTTAATGGCTTTCTTTTTTT TTTTTTTTTTTTCCTCAGCGTCTTGTGGGTACTTCTCTTATAGCTGGTACTTGTCTGACCCCTCCTTTAGTTTGTGAG CTCCCTGGGCGGGGAATAATGGCCTGCAGATGCTAGCGAGTGCCTGACAAAGAGGAGAAGCCCAGGAGATGTTGAGAG TCAGTCCAGCTCTGCCTGTTAGCCTTTCAGACAAATAAAGTTGAAGAAGGCAGGTAGCAAGAAAAAGATCCTGACCTC TGCTCTGCCAAAGTGTTTTTAATTACCTGGATCTAGCTGTAAGGTTTGCCACGTAGTGGTGACAGCTGAGGTCTAGCT CAGCACTACTCAGCAGGGAAGCCACACATGCATTAAGCACTTGACATAGGACTAGTCTGAACTGAGTTGTGCTGTCAT TATTGATACACACTGGATTTTGAGGAGACAAAAAAGAATGCAAAATAGTTTAATTGTTTTCATATGGGTTACATGTTG AAATGGTGTTTTAAATATATAGGTTAAATAAAATATAAACTTGTATTGCAGTTAAACACAAAGCGTAAAATTTACCAT CTGAACCATTTATTTCTAAGTGTACTGTTCAGTAGTGTTAAGTGCACTTATTTTGTTGTGCGGCCAATCTCCAGAACT TCTTCACCTTGCAAAACAGAAATTCTGTACTCATTAAACAACTCCCCATTTCCCCCTCCCCCCAGCTTCTGACAACCA CCATTCTATTTTCTGTCTATTAATTTGACAACTTCAGATACCTTATATAAGTGAAATTTATATAGTATTTGCTCTTCC ATGACAGGCTTATTTCACTTAGCGTAATGTCGTCAGGGTTCATTTATCTTGCAACATGTCAGAATTTCCTTCCTTTTT AAGGCTGAAGGTTGTTCCAGTGTGTGTATATCACATACTTCATTTATCCATTCATCCATCAGGAGATACTTGGGTTGC TTCCACTTTTTGGCTATTGTGAGTAGTGCTGCTATGAACATGGGTATGCAAATATCTTTTGGGGGATTCTGCTTTGAA TTTTTTTGGATATATACTTGGAAGTGGAATTGCTGGATCATATGGTAATTCTATTTTTAATTTTTTGGGGAACCATCA TGCTGTTCTCCATAGAGGCTGTGCCATTTTACATTCCCACCAACAGGGCACAAGGGTTCCAGTTTCTCCACATACTTACCAACACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAGTAGTCATCCTAGAGGATATAGGTGATCTTTCACTGTGCTTTGGATTTATATTTACTGGCTTAGATTTGTATGGCCACCACCATAGTCAAGATACAGAACAACTCAACCACAAGGATTTCTCATGATACCTTTTTATAGCCACAGCCACCTCTCTCCCTCTTCCTTGAGCATTTTGTCATATGGTCATTGGTGATTAAATAAAATGTATTTTAATATTGACTTTCTCTGTTTCTTTCTACCTTTTTAAACATGGCTACTAGAAAAATGCACAATTAGATTTGTGGCTGGTGTTCTGTTTCATCTAAACAGGCTGGCCTCACAGAGGAGCTGGAGTGTGCAGTGCTGCTCTAGCAAGCCAGGCTTGACTCTTCCCACTCAGGGCACATCACTTCCATGAAGCTTACTCCTTGGGTTGTTTGGTTGACTTAGGAGAATGGAAGTGATTAGCAGAATCTTGTAAGCATTTTAAACATTAAATGAGCATTGTAAACAGCGGCATTCTTCAGGCAAATACAGTTTTGTTTTACCTCTTTAAATTCCATGGTATATTCGGACTTCAAAAAGTAGATGGTAGAGCACATGCTTTCTCAGCACCTTCAGGCTGCCTGGAGCCTCCCAATAGAGGTGTCTTCGAGGGAGTCCCAGCTCTGTCTCTGAAACCCCAAAGTTACTTGTTTGACACCAAGAGAAATAAGGAAACTTTTTAGGTCCTAAGTGGGGAGAGAAAGTGCTAGAAG
其中下划线部分为2903bp缺失部分。
SEQIDNO2
长度:25
DNA
人工序列
ATACCATCCAGCTCTGTCTTCATAG
引物
SEQIDNO3
长度:21
DNA
人工序列
CCCAACCTCTGACAAGTGACC
引物
SEQIDNO4
长度:21
DNA
人工序列
TTGGTGGGAATGTAAAATGGC
引物
SEQIDNO5
长度:113
DNA
人工序列
ATACCATCCAGCTCTGTCTTCATAGGCTTCAGTGAGGTAAATCAGGCAGGCCTTTGCCCATGTTATAGAATTGGAAAGAACCTCAGAGTGGTGGTCACTTGTCAGAGGTTGGG
扩增片段
SEQIDNO6
长度:85
DNA
人工序列
ATACCATCCAGCTCTGTCTTCATAGGCTTCAGTGAGGTAAATCACTGTTCTCCATAGAGGCTGTGCCATTTTACATTCCCACCAA
扩增片段
SEQIDNO7
长度:18
DNA
人工序列
CCAACCTCTGACAAGTGA
探针
SEQIDNO8
长度:18
DNA
人工序列
TTGGTGGGAATGTAAAAT
探针
本说明书中所描述的以上内容仅仅是对本发明所作的举例说明。本发明所属技术领域的技术人员可以对所描述的具体实施例作各种各样的修改或补充或采用类似的方式替代,只要不偏离本发明说明书的内容或者超越本权利要求书所定义的范围,均应属于本发明的保护范围。
SEQUENCELISTING
<110>上海市胸科医院
<120>用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的快速检测方法及其检测试剂盒
<130>20140701
<160>8
<170>PatentInversion3.1
<210>1
<211>4511
<212>DNA
<213>人工序列
<400>1
aaccatgaaaatggtttgttttctgcctaaattcctctttgtgcttattgctcagagggt60
ttggacatagtactaatcagattaggttgtaggtttttatttcagggattaaaggcagta120
gtagggtttgaaccaagagtggctaacataaataccacagaggcccacagcaaaatcatg180
gaaggaactgacctggtggagactggtaaattggagagtatttgccccttctatgtttgg240
gccacacctaattgtggctgtgagggcatgtggtctcagggtgggttttcctatattgca300
agataacctaggaatgcaaaattgatgccagataccctgtttcaacattgacagctgatt360
cagattttgaaaacattgtacaagctgaaaagaaacatctgcagacttgatttggccctt420
gaacctacagcatgtgactttgggtacatactttgggtaaccttggtgaggggctgagtc480
tgtgttgatcgacttgctgttccccaccaatggaaaaggttcatgtcttgatcagtagtc540
aatcacattgaccatttgtccagattagcttgccatacatgaacaagatagaagtaagtt600
ggtagagttatcaattaggaaacccagtacagagtctattataatttagattgtacctca660
tgatgaaggctaactcaacaaacccatcagaacagacactggaacaaaatgacatttcta720
aataccatccagctctgtcttcataggcttcagtgaggtaaatcaggcaggcctttgccc780
atgttatagaattggaaagaacctcagagtggtggtcacttgtcagaggttgggcacacc840
tgtgaggtggtggggagaaatgacagacatcccagcagctacacatgctggctgcacgtc900
tcttgccaaatgccaggaggtaattttttagggtccctccttagggaaaggggctggaag960
ttttattattgctgttactactgctcgtgaactcatttcagccttagaagttcttggctt1020
gtagtttttgttgtactcatgaaaatgctcccccatatatatgatcattctcgcttacta1080
taacatccttgcttactaaatgagttaacagggctttatggtgtgtatcgtgaaacacac1140
gtgcattaaagaccctctggaaggtattagcttttcacactttcacaacaaaagcttcac1200
acttgtggttattaagctattttctctaaccagttccctttcaagcaaaatgcatacatt1260
ggtctctgtaggtgatgggttaatgcatggaaatagtttctccttccctggaactgggaa1320
tagtgggtgagatagtgtattttttaatgtaaagacaggcacaaatgctttttttgttga1380
taaatactattttacaagctaattataagttaagcactgttacttgagatgaaatataca1440
gggcttcaaagatcataatctaaataattatgcacagctaatggttatacctgtgaagta1500
aagtagtggatcctgaggtgtaattttatagtattagctgcatttcagtagatggtgtga1560
tgaagagtttaatgcataggattaaatgagaagttacgaggagtttgtttaaagttaatg1620
taccgaggtaagttttcagtgttaagtttttgggagatttgttttgggagaggatgagtt1680
ggggttgggggaggaaaggacttagccagatgtgagtttcttaaattgaagcataaaatt1740
tacaatttatgtagtccataattttctctggacattctacagtcttagttcatgcctgaa1800
gaccactgaaataatgctgagttgataagtggttctcttgactttgtttagtattcttta1860
ctcaaccctatccatgaagttcttcaatgaagcttttgataatttattgcaaaatacatt1920
ttccacaaagaagtcattatgattggtttgaactagtggaacacaaatgtgaggttataa1980
agaggttcgccttagccaggggctcctttagctgcaaagcagttttttgctcagcaactt2040
ggggtagagatcagtgtgtcttgaagttttgttttgcaaaactttgttctaatgagaaag2100
tcaagtcttaggaggaatgtatagtagttgagtgtttgtattaacactgttttcatattt2160
tccttttatgtctctgatttttctgaagacaagttcaaggaatatatttctctgtggggc2220
aacagatacagttttttcacttttcctcaattttagtctccttacactctgggaggatta2280
acttgacaaatgataccttagtgaataactgattatttttatcaaaatcactcacatgtg2340
ttggtttactgagtgcctttttggatgagtgttttatgccatatgtgtttttaatggaaa2400
ttaaagtgtagtcagtacactaaagtgtagtcagtacaattggaaataagagttgagaaa2460
agtcaggatatggaggaatgctccctagtgtcatgttagtaaatgtcttaaattttatac2520
ttgttccctggcacattggaattcacagatgggagttaatggctttcttttttttttttt2580
ttttttcctcagcgtcttgtgggtacttctcttatagctggtacttgtctgacccctcct2640
ttagtttgtgagctccctgggcggggaataatggcctgcagatgctagcgagtgcctgac2700
aaagaggagaagcccaggagatgttgagagtcagtccagctctgcctgttagcctttcag2760
acaaataaagttgaagaaggcaggtagcaagaaaaagatcctgacctctgctctgccaaa2820
gtgtttttaattacctggatctagctgtaaggtttgccacgtagtggtgacagctgaggt2880
ctagctcagcactactcagcagggaagccacacatgcattaagcacttgacataggacta2940
gtctgaactgagttgtgctgtcattattgatacacactggattttgaggagacaaaaaag3000
aatgcaaaatagtttaattgttttcatatgggttacatgttgaaatggtgttttaaatat3060
ataggttaaataaaatataaacttgtattgcagttaaacacaaagcgtaaaatttaccat3120
ctgaaccatttatttctaagtgtactgttcagtagtgttaagtgcacttattttgttgtg3180
cggccaatctccagaacttcttcaccttgcaaaacagaaattctgtactcattaaacaac3240
tccccatttccccctccccccagcttctgacaaccaccattctattttctgtctattaat3300
ttgacaacttcagataccttatataagtgaaatttatatagtatttgctcttccatgaca3360
ggcttatttcacttagcgtaatgtcgtcagggttcatttatcttgcaacatgtcagaatt3420
tccttcctttttaaggctgaaggttgttccagtgtgtgtatatcacatacttcatttatc3480
cattcatccatcaggagatacttgggttgcttccactttttggctattgtgagtagtgct3540
gctatgaacatgggtatgcaaatatcttttgggggattctgctttgaatttttttggata3600
tatacttggaagtggaattgctggatcatatggtaattctatttttaattttttggggaa3660
ccatcatgctgttctccatagaggctgtgccattttacattcccaccaacagggcacaag3720
ggttccagtttctccacatacttaccaacacttttttttttttttttttaacagtagtca3780
tcctagaggatataggtgatctttcactgtgctttggatttatatttactggcttagatt3840
tgtatggccaccaccatagtcaagatacagaacaactcaaccacaaggatttctcatgat3900
acctttttatagccacagccacctctctccctcttccttgagcattttgtcatatggtca3960
ttggtgattaaataaaatgtattttaatattgactttctctgtttctttctaccttttta4020
aacatggctactagaaaaatgcacaattagatttgtggctggtgttctgtttcatctaaa4080
caggctggcctcacagaggagctggagtgtgcagtgctgctctagcaagccaggcttgac4140
tcttcccactcagggcacatcacttccatgaagcttactccttgggttgtttggttgact4200
taggagaatggaagtgattagcagaatcttgtaagcattttaaacattaaatgagcattg4260
taaacagcggcattcttcaggcaaatacagttttgttttacctctttaaattccatggta4320
tattcggacttcaaaaagtagatggtagagcacatgctttctcagcaccttcaggctgcc4380
tggagcctcccaatagaggtgtcttcgagggagtcccagctctgtctctgaaaccccaaa4440
gttacttgtttgacaccaagagaaataaggaaactttttaggtcctaagtggggagagaa4500
agtgctagaag4511
<210>2
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>2
ataccatccagctctgtcttcatag25
<210>3
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<400>3
cccaacctctgacaagtgacc21
<210>4
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<400>4
ttggtgggaatgtaaaatggc21
<210>5
<211>113
<212>DNA
<213>人工序列
<400>5
ataccatccagctctgtcttcataggcttcagtgaggtaaatcaggcaggcctttgccca60
tgttatagaattggaaagaacctcagagtggtggtcacttgtcagaggttggg113
<210>6
<211>85
<212>DNA
<213>人工序列
<400>6
ataccatccagctctgtcttcataggcttcagtgaggtaaatcactgttctccatagagg60
ctgtgccattttacattcccaccaa85
<210>7
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<400>7
ccaacctctgacaagtga18
<210>8
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<400>8
ttggtgggaatgtaaaat18
Claims (9)
1.一种细胞凋亡调解子基因BIM的检测方法,其特征在于,该方法包括步骤:
(a)抽提样品的基因组DNA,用BIM缺失检测特异性引物扩增样品的基因组DNA,得到扩增产物;
和
(b)检测扩增产物中BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域。
2.如权利要求1所述的检测方法,其特征在于,检测扩增产物中BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域使用荧光PCR检测。
3.如权利要求1所述的检测方法,其特在于,所述的BIM缺失检测特异性引物的序列为SEQIDNO2和SEQIDNO3。
4.如权利要求1所述的检测方法,其特征在于,扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域的引物序列为SEQIDNO2、SEQIDNO3或者SEQIDNO4。
5.如权利要求1所述的检测方法,其特征在于,检测BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失区域的探针序列为SEQIDNO5或者SEQIDNO6。
6.一种检测细胞凋亡调解子基因BIM的试剂盒,其特征在于,它含有与BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失片断结合的探针。
7.如权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,与BIM基因结合的探针的序列为SEQIDNO:5或者SEQIDNO:6。
8.如权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,它还包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域的引物。
9.如权利要求8所述的试剂盒,其特征在于,特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域的引物序列为SEQIDNO2、SEQIDNO3或者SEQIDNO4。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201410339797.8A CN105316393A (zh) | 2014-07-17 | 2014-07-17 | 用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的快速检测方法及其检测试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201410339797.8A CN105316393A (zh) | 2014-07-17 | 2014-07-17 | 用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的快速检测方法及其检测试剂盒 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN105316393A true CN105316393A (zh) | 2016-02-10 |
Family
ID=55244711
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201410339797.8A Pending CN105316393A (zh) | 2014-07-17 | 2014-07-17 | 用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的快速检测方法及其检测试剂盒 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN105316393A (zh) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108396066A (zh) * | 2018-05-14 | 2018-08-14 | 广州医科大学附属肿瘤医院 | Bim基因多态性检测的引物、探针和试剂盒 |
CN114606318A (zh) * | 2022-03-25 | 2022-06-10 | 杭州瑞普基因科技有限公司 | 探针组在检测bim基因缺失多态性中的应用 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101487044A (zh) * | 2008-01-18 | 2009-07-22 | 中山大学达安基因股份有限公司 | Hla-dqb1基因分型dna微阵列芯片试剂盒 |
WO2012082074A1 (en) * | 2010-12-14 | 2012-06-21 | National University Of Singapore | Method of detecting resistance to cancer therapy |
-
2014
- 2014-07-17 CN CN201410339797.8A patent/CN105316393A/zh active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101487044A (zh) * | 2008-01-18 | 2009-07-22 | 中山大学达安基因股份有限公司 | Hla-dqb1基因分型dna微阵列芯片试剂盒 |
WO2012082074A1 (en) * | 2010-12-14 | 2012-06-21 | National University Of Singapore | Method of detecting resistance to cancer therapy |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
夏金晶等: "高分辨率熔解曲线法在BIM基因2903bp片段插入/缺失检测中的应用", 《中国肺癌杂志》 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108396066A (zh) * | 2018-05-14 | 2018-08-14 | 广州医科大学附属肿瘤医院 | Bim基因多态性检测的引物、探针和试剂盒 |
CN114606318A (zh) * | 2022-03-25 | 2022-06-10 | 杭州瑞普基因科技有限公司 | 探针组在检测bim基因缺失多态性中的应用 |
CN114606318B (zh) * | 2022-03-25 | 2023-12-01 | 杭州瑞普基因科技有限公司 | 探针组在检测bim基因缺失多态性中的应用 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN104805206B (zh) | 检测tert基因启动子突变的试剂盒及其检测方法 | |
AU2016250529A1 (en) | Method to increase sensitivity of next generation sequencing | |
CN101501251A (zh) | 扩增、检测和定量样品中核酸的方法和组合物 | |
CN104745681A (zh) | 多元基因组合物及其用途 | |
EP3436606B1 (en) | Plasma derived cell-free mitochondrial deoxyribonucleic acid | |
Sarker et al. | Molecular analysis of glucose-6-phosphate dehydrogenase gene mutations in Bangladeshi individuals | |
CN107841540B (zh) | 一种cyp2c9和/或vkorc1基因多态性快速检测试剂盒 | |
CN104830852A (zh) | 一种检测hla-b*15:02等位基因的多重实时荧光pcr方法 | |
CN110699446B (zh) | 一种与非综合征型唇腭裂诊断相关的SNP标志物rs3174298及其应用 | |
JP2010535501A (ja) | チオプリン薬抵抗性およびチオプリン薬不耐性のリスクがある個体を同定する方法 | |
CN105462957A (zh) | 一种裂解组合物及其用途、试剂盒、利用该裂解组合物制备核酸的方法、核酸分析的方法 | |
CN106834434B (zh) | 用于检测COX-1、COX-2和GPIIIa基因多态性的核酸、试剂盒及方法 | |
Kiaei et al. | Detection of t (8; 14) c-myc/IgH gene rearrangement by long-distance polymerase chain reaction in patients with diffuse large B-cell lymphoma | |
CN105506156B (zh) | 诊断骨肉瘤的分子标志物 | |
Kassem et al. | Novel mutations of the nucleophosmin (NPM-1) gene in Egyptian patients with acute myeloid leukemia: a pilot study | |
CN105316393A (zh) | 用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的快速检测方法及其检测试剂盒 | |
CN104561251A (zh) | 用于细胞凋亡调解子基因(bim)缺失突变的检测方法及其检测试剂盒 | |
Pichon et al. | Analysis and annotation of DNA methylation in two nonhuman primate species using the Infinium Human Methylation 450K and EPIC BeadChips | |
CN101671736B (zh) | 一种用于检测细胞嵌合状态或个体识别的基因检测试剂盒 | |
Rębała et al. | Simple and rapid screening for HLA‐Cw* 06 in Polish patients with psoriasis | |
CN107267611B (zh) | 一种检测p.Pro189Ala位点基因型的引物组及其检测试剂盒和应用 | |
CN116064842A (zh) | 一种用于降解检材推断的生物地理祖先DIPs和性别鉴定的复合扩增盒 | |
CN110029162B (zh) | 一种用于检测系统性红斑狼疮易感性位于非编码基因区的snp标志物及其应用 | |
de Juan Jiménez et al. | Advantages of the high resolution melting in the detection of BRCA1 or BRCA2 mutation carriers | |
CN113151435A (zh) | 一种定性检测hla-b*1502等位基因的试剂盒及方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20160210 |
|
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |