CN105051742B - 利用云计算环境来共享生物相关数据的方法和系统 - Google Patents

利用云计算环境来共享生物相关数据的方法和系统 Download PDF

Info

Publication number
CN105051742B
CN105051742B CN201480017580.3A CN201480017580A CN105051742B CN 105051742 B CN105051742 B CN 105051742B CN 201480017580 A CN201480017580 A CN 201480017580A CN 105051742 B CN105051742 B CN 105051742B
Authority
CN
China
Prior art keywords
agreement
sample preparation
cloud computing
computing environment
sample
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201480017580.3A
Other languages
English (en)
Other versions
CN105051742A (zh
Inventor
旻睿·理查·沈
查尔斯·林
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
ILLUMINA公司
Illumina Inc
Original Assignee
Illumina Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Illumina Inc filed Critical Illumina Inc
Publication of CN105051742A publication Critical patent/CN105051742A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN105051742B publication Critical patent/CN105051742B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06Q—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES; SYSTEMS OR METHODS SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
    • G06Q30/00—Commerce
    • G06Q30/06—Buying, selling or leasing transactions
    • G06Q30/0601—Electronic shopping [e-shopping]
    • G06Q30/0623—Item investigation
    • G06Q30/0625—Directed, with specific intent or strategy
    • G06Q30/0627—Directed, with specific intent or strategy using item specifications
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06Q—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES; SYSTEMS OR METHODS SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
    • G06Q30/00—Commerce
    • G06Q30/06—Buying, selling or leasing transactions
    • G06Q30/0601—Electronic shopping [e-shopping]
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06Q—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES; SYSTEMS OR METHODS SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
    • G06Q30/00—Commerce
    • G06Q30/06—Buying, selling or leasing transactions
    • G06Q30/0601—Electronic shopping [e-shopping]
    • G06Q30/0609—Buyer or seller confidence or verification
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06Q—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES; SYSTEMS OR METHODS SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
    • G06Q30/00—Commerce
    • G06Q30/06—Buying, selling or leasing transactions
    • G06Q30/0601—Electronic shopping [e-shopping]
    • G06Q30/0621—Item configuration or customization
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G16B50/10—Ontologies; Annotations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H10/00—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data
    • G16H10/40—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data for data related to laboratory analysis, e.g. patient specimen analysis
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H40/00—ICT specially adapted for the management or administration of healthcare resources or facilities; ICT specially adapted for the management or operation of medical equipment or devices
    • G16H40/20—ICT specially adapted for the management or administration of healthcare resources or facilities; ICT specially adapted for the management or operation of medical equipment or devices for the management or administration of healthcare resources or facilities, e.g. managing hospital staff or surgery rooms
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06Q—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES; SYSTEMS OR METHODS SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
    • G06Q30/00—Commerce
    • G06Q30/06—Buying, selling or leasing transactions
    • G06Q30/0601—Electronic shopping [e-shopping]
    • G06Q30/0633—Lists, e.g. purchase orders, compilation or processing
    • G06Q30/0635—Processing of requisition or of purchase orders
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids

Landscapes

  • Business, Economics & Management (AREA)
  • Accounting & Taxation (AREA)
  • Finance (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • General Business, Economics & Management (AREA)
  • Economics (AREA)
  • Strategic Management (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Marketing (AREA)
  • Development Economics (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioethics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Primary Health Care (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medical Treatment And Welfare Office Work (AREA)
  • Automatic Analysis And Handling Materials Therefor (AREA)

Abstract

本公开提供了一种用于将各种信息(例如，协议、分析方法、样品制备数据、测序数据等)转移或分配给基于云的网络的新颖方案。例如，该技术涉及云计算环境(12)，该云计算环境被构造成从一个或多个单独的样品制备装置(38)、测序装置(18)和/或计算系统接收该信息。该云计算环境(12)又可以生成供该云计算环境(12)使用的信息和/或将所生成的信息提供给所述装置以引导基因组分析工作流程。另外，该云计算环境(12)可以用来方便供通用样品制备盒使用的样品制备制备协议的共享和/或监测该样品制备协议的流行性。

Description

利用云计算环境来共享生物相关数据的方法和系统
背景技术
本公开总体上涉及与生物样品相关的数据收集和分析的领域。更具体地说，该公开涉及用于与云计算环境交互以共享、储存和分析生物相关信息(例如，生物数据、协议、分析方法等)的技术。
基因测序已经成为基因研究中越来越重要的领域，将来有希望用在诊断应用和其他应用中。一般来说，基因测序涉及确定诸如RNA或DNA片段之类的核酸的核苷酸的顺序。通常分析相对较短的序列，并且可以在各种生物信息学方法中使用所得到的序列信息，以在逻辑上将多个片段配合在一起以可靠地确定基因材料(这些片段来源于该基因材料)的更广泛的长度的序列。已经开发了特征片段的自动化的、基于计算机的检查，并且这些检查最近已经用在基因组作图、基因及其功能的识别等中。然而，现有的技术极为耗费时间，所得到的基因组信息也因而极其昂贵。
许多另选的测序技术目前正在进行调查研究和开发之中。在若干技术中，通常将单个核苷酸或几条核苷酸(寡核苷酸)引入并允许或促进结合至待测序的基因材料的模板。然后可以通过对位点进行成像来收集序列信息。在目前某些技术中，例如，利用荧光标记或染料对核苷酸类型进行标记，所述荧光标记或染料允许通过分析图像数据来确定附接于具体位点的核苷酸的分析。尽管这种技术在显著提高生产量和降低测序成本方面表现了良好的前景，但是需要在数据处理的速度、可靠性和效率方面进行进一步改进。
例如，在使用图像数据来评估各个位点的一些测序方案中，在测序的顺序循环期间可能产生大量图像数据。在依赖合成法测序(SBS)的系统中，例如，可以采用几十个循环来将核苷酸顺序地附接至各个位点。在每个步骤形成的图像导致了巨大数量的数字数据，这些数字数据代表高分辨率图像中的像素。对这些图像进行分析来确定在过程的每个循环向每个位点添加了什么核苷酸。可以采用其他图像来验证操作中的解块或类似步骤。
在许多测序方案中，图像数据对于确定每一个单独位点的正常序列数据来说都比较重要。尽管一旦识别出了序列中的个别核苷酸就可以将图像数据丢弃，但是关于图像的一些信息，例如涉及图像或荧光品质的信息可以被维持以允许研究人员确认基本标识或调用。随着系统变得能够进行更快速、更大规模的测序，与用于构成基因组的各个片段的基本标识组合的图像品质数据将变得笨拙。因此，在测序过程期间以及测序过程之后对这样的数据进行管理时需要改进的技术。
除了在测序期间和测序之后收集的数据以外，从样品提取到数据分析报告的基因组分析工作流程可能涉及生成大量纸基信息，诸如实验室跟踪表格、用户向导以及用于跟踪样品和内容信息的各种清单。所有这些纸基信息都会使用于执行基因组分析的个人和较大实体的基因组分析工作流程复杂化。因而，在基因组分析工作流程之前、期间和之后对这些信息进行管理时都需要一种改进的技术。
另外，基因组分析工作流程中的一些步骤可能由于执行这些步骤的不同个人和实体而发生很大的变化。例如，样品制备就包括高度的多样性(例如，在许多步骤、处理时间、以及具体基因组分析应用所需的具体化学过程中)。此外，样品制备在历史上已经是基因组分析工作流程当中的自动化和集成化最低的部分，同时在不同用户、不同位点之间包含高度变化性。因而，需要一种改进的技术来创造从样品提取到报告的更紧密集成的工作流程，同时使得基因组分析工作流程更容易为个人和较大实体访问，从而促进这些个人和实体之间的共享。
此外，在制备用于基因组分析(例如，以上描述的测序)的样品中使用的一些样品制备盒可能无法满足用户的一些具体需要(例如，具体应用)。另外，生产率需求较低且缺乏资源的个人或实体可能不利用自动化样品制备系统和/或专用应用样品制备盒，而是转而采用自源试验。因而，需要提供一种可定制的样品制备系统供生产率需求较低和/或缺乏资源的那些个人或实体使用自动化样品制备系统。
发明内容
本公开提供了一种用于将各种信息(例如，协议、分析方法、样品制备数据、测序数据等)转移或分配给基于云的网络(例如，本地云或远程云)的新颖方案。例如，该技术涉及云计算环境，该云计算环境被构造成从一个或多个单独的样品制备装置、测序装置和/或计算系统接收该信息。在具体实施方式中，该信息可以利用所述云计算环境来存储和/或分析，这可以降低与仪器本身或相关计算机有关的处理和/或存储负担。诸如样品制备装置和测序装置之类的仪器给研究人员提供了相当数量的资本投资，并且处理负担的减少可以使每次运营的成本降低。另外，因为基因组工作流程分析的各种步骤可以在核心实验室设施处执行，因此信息的拥有者可以不在仪器的位置。如这里提供的在云计算环境中存储信息允许独立于位置进行访问和存储以及备份存储。因而，高产出的设施以及较小的实验室可以减少现场存储客户端数据所需的存储器要求。
所述云计算环境还可以提供协议、分析方法、库、序列数据的共享以及用于测序、分析和报告的分布式处理。通过所述云计算环境获得该信息可以以应用为中心方式促进从样品提取到分析数据报告的紧密集成的工作流程。具体而言，在物理基因组分析过程期间，所述云计算环境和存储在其中的信息可以用作工作流程管理器，该工作流程管理器改变用户如何选择应用(例如样品制备应用)和用户如何与通过所述云计算环境可用或生成的信息交互。
另外，共享和分布式处理还允许将计算资源分配(例如众包)到云计算环境内的具体项目或用户。这种实现方案可以通过以相对较小的成本提供访问(例如以账单到期即付的方式)而允许较小的实验室或较小的客户端访问信息和规模否则专为大型实验室所独有的前进数据处理平台。另选地或附加地，这种实现方案能够为从基因组分析工作流程的组件(例如，样品制备盒)的供应商购买产品提供方便的通道或入口。该云计算环境还可以方便样品制备装置、测序装置和数据分析平台之间的虚拟即插即用的交互。也就是说，样品制备装置和测序装置和云计算环境的通信是相对无缝的，并且可以在没有大量IT支持的情况下实现。研究人员可以放弃维护和更新运行用于分析序列数据的专用程序的装置的责任，因为数据分析软件的维护通过云监测系统进行。这种布置将用户或客户端侧的IT资源腾出来。
所述云计算环境还可以促进供自动样品制备系统使用的可定制化样品制备协议的开发和共享。例如，用户可以从供应商(例如，制造商或提供商)购买通用样品制备盒。所述通用样品制备盒可以例如用来将核酸样品(例如DNA或RNA)转换到库进行测序(例如，大规模平行测序)。例如，在全基因组测序、目标重测序或具有专门目的的任何其他基因组分析中可以利用这些库。基于样品制备的目的，用户开发供通用样品制备盒使用的定制化协议。样品制备协议可以用来驱动样品制备仪器在特定温度执行每个所需步骤(例如，样品和试剂的混合、孵化、分裂等)预定时间量。样品制备协议(例如，优化协议)和/或对应分析方法可以被提交给云计算环境供其他用户使用。另外，云计算环境使得能够使用具体协议(例如由请求者或出版物中的引证)、协议的评级和协议的认证。实际上，专用应用盒可以由通用样品制备盒的供应商部分地基于所提交的协议的接收来开发。为了进一步促进用于通用样品制备盒的协议的开发和共享，协议的提交者可以被贷以贷款以从供应商购买消耗品。因而，云计算环境提供了用于共享和开发样品制备协议和/或供通用样品制备盒使用的分析方法的平台。
本公开提供了一种用于在云计算环境中共享使用通用样品制备盒制备生物样品的协议以及监测该协议的使用的计算机实现的方法。该方法可以包括：在所述云计算环境上在服务器处从提交者接收使用通用样品制备盒进行样品制备的协议。该方法还可以包括监测请求者对所述协议的请求或所述协议的使用。该方法可以进一步包括针对所述协议或所述协议的使用的至少一个请求，从所述通用样品制备盒将购买贷款贷给所述提交者。
本公开还提供了一种用于共享使用通用样品制备盒制备生物样品的协议并监测该协议的使用的系统。该系统可以包括与多个计算机系统通信的云计算环境。所述云计算环境可以包括至少一个服务器和至少一个处理器。所述至少一个服务器可以被构造成与所述计算机系统中的至少一个计算机系统通信以接收和存储利用通用样品制备盒进行样品制备的协议。所述至少一个处理器可以被构造成监测请求者对所述协议的请求并针对该协议的至少一个请求从所述通用样品制备盒的供应商给所述协议的提交者贷以购买贷款。
本公开进一步提供了一种共享使用通用样品制备盒制备生物样品的协议并监测该协议的使用的系统，该系统可以包括与多个计算机系统通信的基于云的服务器。该系统还可以包括存储器组件，该存储器组件通过所述服务器接收使用通用样品制备盒进行样品制备的协议并存储所述协议。该系统可以进一步包括处理器，该处理器被构造成：接收对所述协议中的一个或多个协议的请求；监测所述协议中的每个协议的请求或使用次数；以及针对对相应协议的至少一个请求或相应协议的使用从所述通用样品制备盒的供应商给相应协议的提交者贷以购买贷款。
本公开还进一步提供了一种用于在云计算环境中分析生物样品的计算机实现的方法。该方法可以包括在服务器处接收样品制备相关数据并通过处理器至少基于所述样品制备相关数据和样品提取日志生成样品制备日志。该方法还可以包括在所述服务器接收样品制备相关数据并通过所述处理器生成至少基于所述样品制备相关数据和所述样品提取日志生成样品制备日志。该方法可以进一步包括在所述服务器处接收测序相关数据并通过所述处理器至少基于所述样品提取日志和所述测序相关数据生成运行日志。
本公开又进一步提供了一种分析生物样品的系统。该系统可以包括：云计算环境，该云计算环境与多个样品制备装置、多个测序装置和多个计算装置通信。所述云计算环境可以包括至少一个服务器。所述至少一个服务器可以被构造成与远离所述至少一个服务器的所述样品制备装置中的至少一个样品制备装置、所述测序装置中的至少一个测序装置和所述计算装置中的至少一个计算装置通信，以在样品制备数据和测序数据生成的同时从所述至少一个样品制备装置接收和存储所述样品制备数据并从所述至少一个测序装置接收和存储所述序列数据。
这里通过参照由样品制备装置生成的样品制备数据、由测序装置生成的测序数据和/或关于该类型数据的生成、分析和报告的信息描述了本技术的实施方式。然而，该公开并不限于上述实施方式的优点。本技术可以另选地或附加地应用于能够生成其他类型的高产出生物数据(例如微阵列数据)的装置。微阵列数据可以采取表达数据的形式，而表达数据可以由初级或二级用户与如这里提供的云计算环境结合地进行储存、处理和/或访问。其他能够被使用的装置包括但不限于能够生成关于酶活动(例如酶动能)、受体配体结合(例如，结合至表位的抗体或结合至候选药物的受体)、蛋白结合相互作用(例如，调节成分与核酸酶的结合)或细胞活性(例如，细胞结合或细胞活性化验)的生物数据的那些装置。
附图说明
图1是用于根据本公开的结合有云计算环境的系统的图解概述；
图2是参照图1讨论的类型的云计算环境的单个节点的图解概述；
图3是可以与参照图1讨论的类型的云计算环境结合使用的测序装置的图解概述；
图4是可以与与参照图1讨论的类型的云计算环境结合使用的样品制备装置的图解概述；
图5是使样品制备协议能够共享和流行性监测的基于云的计算环境的示意性概述；
图6是在参照图1和5讨论的类型的基于云的计算环境上相对于样品制备协议的共享和监测提交者、请求者和供应商的相互作用的方法的流程图；
图7是便于进行云导向的基因组分析工作流程的基于云的计算环境的示意性概述；
图8是在参照图1和7讨论的类型的基于云的计算环境下用户和仪器的相互作用的方法的流程图的示意性概述。
具体实施方式
如这里使用的，术语“协议”是指在完成一项任务时诸如制备生物样品时执行的方法、步骤或指令或一组方法、步骤或指令。样品制备协议通常例如包括完成任务的一步一步的一组指令。该协议可以仅包含需要完成任务的一子组步骤。该组指令可以完全以手动方式、完全以自动方式完成，或者可以组合地执行一个或多个手动和自动步骤的混合。例如，样品制备协议可以具有作为初始步骤的将核酸样品或细胞溶解物手动引入样品制备盒的入口端口，之后通过一装置以自动方式执行协议的其余部分。
如这里使用的，术语“样品制备”是指处理样品的方式。在典型的实施方式中，在样品分析之前进行样品制备。然而，样品制备可以在对样品进行一次或多次分析之前、期间或之后进行。在一些实施方式中，样品制备可以包括但不限于隔离、净化、分离或组合样品中的一种或多种。隔离、净化、分离或组合可以是部分或一些百分比直到完全隔离、净化、分离或组合。在一些实施方式中，样品制备可以包括但不限于分裂、降解、退火、混合、改性、扎紧以及以其他方式制备样品，以处理样品。在这里提供的协议、方法和装置中可以使用现有技术中已知的任何合适的样品制备技术，如在Maniatis等人的分子克隆(实验室手册，第二版，1989)以及分子生物学中的短协议(编辑Ausubel等人)中阐述的方法就是一个示例，通过参考将这两个文献结合在本文中。
如这里使用的，术语“样品制备盒”是指能够保持样品和试剂并且提供用于样品制备的一个或多个腔室的装置。术语“通用盒”是指不限于任何一种特别协议的样品制备盒。例如，在一些实施方式中，通用样品制备盒可以不包括任何试剂，而是按照用户需要将试剂添加至盒。在其他实施方式中，通用盒可以包括特定应用(例如，全转录样品制备)所需和专用的特定试剂、隔室和连接。使用通用盒使得用户能够利用他们自己的定制协议来使用盒，以解决用户的特定需要或应用。
如这里使用的，术语“出版物”是指可能是硬拷贝或可以是电子文献(诸如在线文献)的文献。在一些实施方式中，引用、使用或既引用又使用的许多出版物对于确定协议的状态可能是有用的。在一些实施方式中，出版物是印刷出版物。在一些实施方式中，出版物是行业特定的期刊论文、技术说明或其他一些形式的同行评阅的文献。在一些实施方式中，出版物是教科书、协议汇编、网站日志或由作者说明、遵循和/或讨论的特殊协议的其他文献。
如这里使用的，术语“认证状态”是指在已满足一个或多个标准时能够被赋予协议的标志。例如，基于来自其他用户的采取评级系统或其他同行认可过程的形式的输入，协议能够实现认证状态。另选地或附加地，基于其中协议由作者说明、遵循和/或讨论的一个或多个出版物，协议能够实现认证状态。已经实现认证状态的协议还可以鼓励更多的用户使用特殊协议。
如这里使用的，术语“样品制备相关数据”是指与样品制备程序有关的信息，包括用于在装置上执行样品制备程序的可执行指令，和/或与特定样品制备程序有关的数据，诸如样品标识、日期、时间和样品制备程序的其他特殊细节。例如，样品制备相关数据可以包括样品制备配方/协议标识、样品制备盒标识、盒制备标识、样品制备仪器标识和其他参数。在一些实施方式中，样品制备相关数据由用户输入或提供给样品制备装置。在一些实施方式中，样品制备相关数据由用户提供给第三方或提供给云计算环境。在一些实施方式中，样品制备相关数据从云计算环境或第三方提供给样品制备装置。
如这里使用的，术语“测序相关数据”是指与测序有关的信息。例如，测序相关数据可以包括但不限于流动池标识、测序盒标识、测序仪器标识和测序参数。测序相关数据可以例如由用户、第三方或由测序仪器提供。在一些实施方式中，测序相关数据由用户输入或提供给样品制备装置。在一些实施方式中，测序相关数据由用户提供给第三方或提供给云计算环境。在一些实施方式中，测序相关数据从云计算环境或第三方提供给样品制备装置。
如这里使用的，术语“众包”是指分配给云计算环境内的特殊项目或用户的计算资源。这里提供的方法中的众包的一个示例包括测序数据的分析(例如，初步分析、二次分析和/或三次分析)。另一个示例包括测序数据的报告和/或注释。
如这里使用的，术语“样品提取相关数据”是指与样品提取相关的信息。例如，样品提取相关数据可以包括但不限于用于从生物源提取样品的参数和/或可执行指令。样品提取相关数据的其他示例包括样品标识、样品板标识和板位置标识。
如这里使用的，术语“样品清单”是指包括正在样品制备程序中处理的一个或多个样品的列表。样品清单可以包括例如用于一个或多个样品的标识符编码或其他标识信息。在一些实施方式中，样品清单上的样品被并行处理。在一些实施方式中，样品清单上的样品被连续地处理。
如这里使用的，术语“流动池”是指包括实体表面的腔室，一种或多种流体试剂能够横跨该实体表面流动。在一些实施方式中，样品制备的一个或多个步骤在流动池中进行。在一些实施方式中，一个或多个测序步骤在流动池中进行。例如，在Bentley等人的自然456:53-59(2008)、WO04/018497、US7,057,026、WO91/06678、WO07/123744、US7,329,492、US7,211,414、US7,315,019、US7,405,281和US2008/0108082(其中每个都通过参考结合在本文中)中描述了能够容易地在本公开的方法中使用的流动池和相关流体系统及检测平台的示例。
现在转到附图并首先参照图1，以图解方式示出了用于生物数据和/或相关信息的云计算环境10。如这里使用的，术语“云”或“云计算环境”可以指通常将基于因特网的各种演进的布置、架构、网络等。该术语可以指任何类型的云，包括客户云、应用云、平台云、架构云、服务云等等。如本领域技术人员将认识到的，这种布置一般将允许测序装置的拥有者或用户使用，提供作为服务的软件(SaaS)，提供作为服务的计算平台的各个方面(PaaS)、提供作为服务的各种网络架构(IaaS)等等。此外，包含在该术语中的应该是用于这些产品和服务的各种类型和商业布置，包括公共云、社区云、混合云和私有云。这些当中的任一个或全部都可以由第三方实体服务。然而，在一些实施方案中，私有云或混合云可以允许在授权用户当中共享测序数据和服务。
云计算环境12包括多个分布节点14。节点14的计算资源形成池以服务多个消费者，且根据消费者需求动态地分配和再次分配不同的物理和虚拟资源。资源的示例包括储存、处理、内存、网络带宽和虚拟机。节点14可以彼此通信，以分布资源，并且这种通信和资源分布管理可以由驻留在一个或多个节点14上的云管理模块15控制。节点14可以通过任何合适的布置和协议进行通信。而且，节点14可以包括与一个或多个供应商相关的服务器。例如，一些程序或软件可以通过由所述程序的拥有者提供的一组节点14来访问，而其他节点14由数据储存公司提供。一些节点14还可以是在较高载荷时间期间使用的溢出节点。
在一个实施方式中，云管理模块15负责载荷管理和云资源。载荷管理可以通过考虑各种因素而实现，这些因素包括云计算环境12中的总载荷和/或用户访问级别(峰值时间相对于平均载荷时间)。还可以考虑项目类型。在一个实施方式中，公共健康紧急情况可以比其他类型的项目优先。另外，用户可以通过提供一些运营作为低优先级来管理成本，这些运行被保持直到云使用低于一定阈值。
云计算环境12被配置成用来与各种用户进行通信，这些用户包括用于生成生物数据的装置的用户。这些数据可以包括通过装置16(例如，测序装置)生成的序列数据，在具体实施方式中，该装置16可以包括装置18，该装置18包括接收生物样品并生成序列数据的模块和相关的计算机20，该计算机20包括用于分析或发送序列数据至云计算环境12的可执行指令。另选地或附加地，这样的数据可以包括通过装置36(例如，样品制备装置)产生的样品制备数据(例如，库)，在具体实施方式中，该装置36可以包括装置38，该装置38包括接收生物样品并生成样品制备数据(例如，库)的模块和相关的计算机40，该计算机40包括用于分析或传送样品制备数据至云计算环境12的可执行指令。应该理解的是，在一些实施方式中，装置16和36可以结合成单个装置。装置16、36被配置成用来通过合适的通信链路24、42与云计算环境12通信。与云计算环境12进行的通信可以包括通过局域网(LAN)、一般广域网(WAN)、公用网络(例如，因特网)经由通信链路24、42进行的通信。具体而言，通信链路24、42将样品制备和/或测序数据26以及在一些实施方式中还将认证信息28发送至云计算环境12。认证信息可以确认装置16、36是否是云计算环境12的客户。
如所指出的，云计算环境12可以服务具有相关联的装置(例如装置16a、16b、16c、36a、36b和36c)的多个用户或客户。另外，云计算环境12还可以有其他类型的客户(例如二级用户30和第三方软件持有者34)访问。因此，云计算环境12根据具体客户的访问级别可以提供不同类型的服务。测序客户可以访问存储器和数据分析服务，而二级用户30可以仅访问共享或公共序列。第三方软件持有者34可以与测序客户进行协商以确定合适的访问特权。例如，开源软件可以免费提供或基于限制许可方式提供，而其他类型的软件可以根据各种费用或定购基础来提供。在一些实施方式中，供应商可以支持云计算环境，而供应商的消费者可以给基于对云计算环境的访问权。例如，从通用样品制备盒的供应商购买通用样品制备盒可以使得用户能够访问云计算环境上的样品制备协议和/或对应的分析方法。
图2是云计算环境12的各个节点14的实现的示意图。节点14可以被实现为如下所列中的一个或多个：个人计算机系统、服务器计算机系统、瘦客户端、胖客户端、手持或笔记本电脑装置、多处理器系统、基于微处理器的系统、机顶盒、可编程消费性电子产品、网络PC、小型计算机系统、大型计算机系统和包括上述系统或装置中的任一个的分布式云计算环境12，等等。节点14可以包括一个或多个处理器或处理单元50、存储器架构52，该存储器架构52可以包括RAM 54和非易失性存储器56。存储器架构52可以进一步包括可移除/不可移除、易失性/非易失性计算机系统储存介质。另外，存储器架构52可以包括用于对不可移除、非易失性磁性介质进行读写的一个或多个读取器(诸如硬盘驱动器)、用于对可移除、非易失性磁盘(例如“软盘”)进行读写的磁盘驱动器、和/或用于对可移除、非易失性光盘进行读取的光盘驱动器(诸如CD-ROM、DVD-ROM)。节点14还可以包括各种计算机系统可读介质。这样的介质可以是可由云计算环境访问的任何可用介质，诸如易失性和非易失性介质以及可移除和不可移除性介质。
存储器架构52可以包括至少一个程序产品，该至少一个程序产品具有一组(例如至少一个)程序模块，该程序模块被实现为配置成用来执行当前技术的功能的可执行指令。例如，可执行指令58可以包括操作系统、一个或多个应用程序、其他程序模块和程序数据。通常，程序模块可以包括执行具体任务或实现具体抽象数据类型的子例程、程序、对象、组件、逻辑、数据结构等等。程序模块可以执行这里描述的技术的功能和/或方法，包括但不限于库生成、初级序列数据分析、次级序列分析、三级序列分析以及报告。
节点14的组件可以通过内部总线60联接，总线60可以实现为一个或多个若干类型的总线结构中的任一个，包括存储器总线或存储器控制器、外围总线、加速图形接口和使用各种总线架构中的任一个的处理器或局部总线。举例但不是限制地说，这种架构包括工业标准结构(ISA)总线、微通道架构(MCA)总线、增强ISA(EISA)总线、视频电子标准协会(VESA)局部总线和外部组件互连(PCI)总线。
节点14还可以与使得用户能够与云计算环境12交互的一个或多个外部装置(诸如键盘、指示装置、显示器62等)进行通信；和/或与使得节点14能够与一个或多个其他计算装置进行通信的任何装置(例如网卡、调制解调器等)通信。这种通信可以通过I/O接口64进行。还有，云计算环境12的节点14可以通过适当的网络适配器与诸如局域网(LAN)、一般广域网(WAN)和/或公用网络(例如，因特网)之类的一个或多个网络通信。
图3是测序装置16的示意图，该测序装置16可以与云计算环境12结合地使用。测序装置16可以根据任何测序技术来实现，诸如在美国专利公报No.2007/0166705、No.2006/0188901、No.2006/0240439、No.2006/0281109、No.2005/0100900和美国专利No.7,057,026、WO 05/065814、WO 06/064199和WO 07/010,251(通过参考将这些专利公报和专利的公开整体结合在本文中)中描述的结合合成法测序方法的那些技术。另选地，可以在测序装置16中使用连接法测序。这种技术使用DNA连接酶来结合寡核苷酸并且识别这种寡核苷酸的结合，在美国专利No.6,969,488、美国专利No.6,172,218和美国专利No.6,306,597中描述了这种技术，通过参考将这些专利的公开全部结合在本文中。一些实施方式能够利用纳米孔测序，其中目标核酸条或从目标核酸以外切核苷酸方式移除的核苷酸穿过纳米孔。由于目标核酸或核苷酸穿过纳米孔，因而通过测量孔的电导率的波动能够识别各种类型的基体(美国专利No.7,001,792；Soni&Meller,临床化学，53,1996-2001(2007)；Healy，纳米医学，2,459-481(2007))；以及Cockroft等人，J.Am.Chem.Soc,130,818-820(2008)，这些文献的公开通过参考结合在本文中)。另外一些实施方式包括检测核苷酸结合到延伸产品中时释放的质子。例如，基于释放质子的检测的测序可以使用可在商业上从Ion Torrent(Guilford,CT,a Life Technologies subsidiary(生命技术子公司))获得的电检测器和相关的技术或者在US 2009/0026082A1、US 2009/0127589A1、US2010/0137143A1或US2010/0282617A1(每个专利申请都通过参考全部结合在本文中)中描述的测序方法和系统。具体实施方式可以利用涉及DAN聚合酶活动的实时监测的方法。核苷酸结合可以通过承载荧光团的聚合酶和标记有γ-磷酸盐的核苷酸之间的荧光共振能量转移(FRET)来检测，或者利用例如在《科学》(299，682-686(2003)，Levene等人)、《光学快报》(33，1026-1028(2008)，Lundquist等人)、《美国科学院院报》(105,1176-1181(2008)，Korlach等人)中描述的零模式波导，上述这些文献的公开通过参考全部结合在本文中。其他合适的替换技术例如包括荧光原位测序(FISSEQ)和大规模平行签名测序(MPSS)。在具体实施方式中，测序装置16可以是来自Illumina(加利福尼亚，圣迭戈)的HiSeq、MiSeq或HiScan。
在描绘的实施方式中，测序装置16包括单独样品处理装置18和相关的计算机20。然而，如所指出的，这些可以实现为单个装置。另外，相关的计算机20可以是样品处理装置18的局部或与样品处理装置18联网。在其他实施方式中，计算机20可以包括远离测序装置16的云计算环境访问装置。也就是说，计算机20可以能够通过云计算环境12与测序装置16通信。在所描绘的实施方式中，生物样品可以被加载到作为样品载玻片70的样品处理装置18中，样品载玻片70对样品处理装置18进行成像以生成序列数据。例如，在具体波长与生物样品荧光相互作用的试剂响应于由成像模块72产生的激发光束并由此返回用于成像的辐射。例如，荧光成分可以通过荧光标记的核酸(该核酸与该成分的互补分子或与荧光标记的核苷酸杂交)来产生，荧光标记的核苷酸使用聚合酶结合到寡核苷酸内。本领域技术人员将认识到，激发样品染料的波长和它们发出荧光的波长将取决于特定染料的吸收和发射光谱。这种返回的辐射可以通过指导光学器件26向回传播。该返回光束通常可以被引导向成像模块72的检测光学器件。
成像模块检测光学器件可以基于任何合适的技术，并且可以例如是电荷耦合器件(CCD)传感器，这种传感器基于撞击装置中的部位的光子而产生以像素显示的图像数据。然而，将理解的是，还可以使用各种其他检测器中的任一个，这些检测器包括但不限于被构造成用于时间延期积分(TDI)操作的检测器阵列、互补金属氧化物半导体(CMOS)检测器、雪崩光电二极管(APD)检测器、盖革模式光子计数器或任何其他合适的检测器。TDI模式检测可以与如美国专利No.7,329,860(通过参考将该专利结合在本文中)中描述的线扫描结合。其他可用的检测器例如在这里之前在各种核酸测序方法的上下文中提供的参考文献中进行了描述。
成像模块72可以例如通过处理器74而受到处理器控制，并且样品接收装置18也可以包括I/O控制76、内部总线78、非易失性存储器80、RAM 82和任何其他存储器结构从而使得该存储器能够储存可执行指令、以及类似于关于图2描述的那些硬件组件之类的其他合适的硬件组件。另外，相关的计算机20也可以包括处理器84、I/O控制86、通信模块87和存储器架构，该存储器架构包括RM 88和非易失性存储器90，从而该存储器架构能够储存可执行指令92。硬件组件可以通过内部总线94链接，内部总线还可以链接至显示器95。在其中测序装置被实现为多合一装置的实施方式中，可以将一些多余硬件元件消除。
另外，初级用户(或二级用户)也可以通过任何合适的访问装置(例如，通用计算机或包括与关于计算机20描述的那些组件类似的组件的移动装置)与云计算环境12交互。也就是说，一旦序列数据已经被传送到云计算环境12，则与序列数据的进一步交互和对测序数据的访问可以不必联接至测序装置16。这种实施方式对于其中生物样品和/或序列数据的拥有者已经与例如核心实验室设施签订合同进行测序的实施方式是有益的。在这些实施方式中，初级用户可以是拥有者，而与测序装置16相关的核心实验室设施在序列数据已经被传送到云计算环境12之后至多是二级用户。在一些实施方式中，序列数据可以通过安全参数(例如，云计算环境12中的密码保护的客户端账号或具有具体机构或IP地址的协会)来访问。序列数据可以通过从云计算环境12下载一个或多个文件或通过登录基于网页的界面或软件程序(该软件程序提供图形用户界面，在该图形用户界面中以文字、图像和/或超链接形式描绘序列数据)来访问。在这种实施方式中，序列数据可以以通过通信链路或网络传输的数据包的形式提供给初级或二级用户。
云计算环境12可以(例如通过基于网页的接口或应用平台)执行用户交互软件，该用户交互软件向用户提供图形用户界面、并且便于访问序列数据、研究人员团体或组、数据分析程序、可用第三方软件以及用于负载平衡和仪器设定的用户选择。例如，在具体实施方式中，在测序装置16上的测序运行的设置可以通过云计算装置12来设定。因而，云计算环境12和各个测序装置16可以能够进行双向通信。这种实施方式对于控制远程测序运行的参数来说可能特别有用。
图4是可以与云计算环境12结合使用的样品制备装置36的示意图。样品制备装置36可以以自动方式根据定制化用户导出协议来实现。在具体实施方式中，样品制备装置36可以是MiSeq测序装置的cBOT集群生成装置或集群生成组件(可从加利福尼亚的圣迭戈的Illumina获得CBOT和MiSeq)。
在所描述的实施方式中，样品制备装置36包括单独的样品处理装置38和相关的计算机40。然而，这些可以实现为单个装置。另外，相关的计算机20可以是样品处理装置38的局部或与样品处理装置38联网。在其他实施方式中，计算机40可以包括远离样品制备装置36的云计算环境访问装置。也就是说，计算机40可以能够通过云计算环境12与样品制备装置36通信。在所描述的实施方式中，生物样品可以通过样品制备盒96加载到装置38中。样品制备盒96能够用来将核算样品(例如，DNA、RNA)转换到实验室内，以供测序(例如，大规模平行测序)之用。
样品制备盒96可以是特定盒，该特定盒被构造成供具体协议使用，或者另选地，其可以为能够用于各种不同协议的通用盒。例如，特定盒96可以包括特定应用(例如，全转录样品制备)所需和专用的特定舱室和连接。相比而言，通用盒可以包括相比于该盒的任何单一特定应用所需的在数量上更多或在构造上可变性更大的舱室、通道或其他流动特征。通用盒96的使用使得用户能够利用定制化协议供盒96使用以解决用户的特定需要或应用。另外，通用盒96的使用可以促使用户利用自动样品制备，自动样品制备会导致试剂成本节省，同时提供样品(例如，库)制备的更高精度和可重复性来用于测序。
样品制备盒96在构造上无论是特定的还是通用的都无需包括任何试剂。相反，该盒可以空着供应给用户，用户能够随后利用期望的试剂或流体成分加载该盒。在具体实施方式中，通用盒96可以被设计成用于供基于数字微流体的系统使用。用于数字微流体的示例性装置和过程例如在PCT申请序列号No.PCT/US12/63741、美国专利No.6,911,132、No.8,048,628和No.6,773,566、美国专利公报No.2005/0179746A1、No.2010/0236928和No.2011/0311980中进行了阐述，通过参考将上述每个文献全部结合在本文中。数字微流体系统通过使动态垫的亲水性和疏水性交替而使流体液滴沿着动态垫移动。处于亲水状态的垫吸引水性液滴，而处于疏水状态的垫排斥液滴。因而，通过针对与液滴相互作用的一组动态垫来安排疏水性/亲水性交替就能够移动、混合、分裂和以其他方式操纵液滴。数字微流体装置特别适合于通用盒，这是因为可以以不同方式对动态垫的网格进行编程以执行不同样品制备协议。编程可以通过这里阐述的各种通信路径中的任一种进行指定，包括例如来自云计算环境的路径或位于云计算路径内的路径。
另外，相关的计算机40还可以包括处理器98、I/O控制100、通信模块102和包括RAM104和非易失性存储器106的存储器架构，从而使得该存储器架构能够存储可执行指令108。硬件组件可以通过内部总线110链接，该内部总线110还可以链接至显示器112。在其中样品制备装置36被实现为多合一装置的实施方式中，可以将一些多余硬件元件消除。
另外，初级用户(或二级用户)还可以通过任何合适的访问装置(诸如通用计算机或包括类似于关于计算机40描述的那些组件的组件的移动装置)与云计算环境12交互。也就是说，一旦序列数据已经被传送到云计算环境12，则与样品制备数据的进一步交互和对样品制备数据的访问可以不必联接至样品制备装置36。这种实施方式对于其中生物样品和/或序列数据的拥有者已经与例如核心实验室设施签订合同进行样品制备的实施方式是有益的。在这些实施方式中，初级用户可以是拥有者，而与样品制备装置36相关的核心实验室设施在序列数据已经被传送到云计算环境12之后至多是二级用户。在一些实施方式中，样品制备数据可以通过安全参数(例如，云计算环境12中的密码保护的客户端账号或具有具体机构或IP地址的协会)来访问。样品制备数据可以通过从云计算环境12下载一个或多个文件或通过登录基于网页的界面或软件程序(该软件程序提供图形用户界面，在该图形用户界面中以文字、图像和/或超链接形式描绘序列数据)来访问。在这种实施方式中，样品制备数据可以以通过通信链路或网络传输的数据包的形式提供给初级或二级用户。
云计算环境12可以(例如通过基于网页的接口或应用平台)执行用户交互软件，该用户交互软件向用户提供图形用户界面、并且便于访问样品制备数据、研究人员团体或组、数据分析程序、可用第三方软件以及用于负载平衡和仪器设定的用户选择。例如，在具体实施方式中，在样品制备装置36上运行的样品制备的设置(即，协议)可以通过云计算装置12来设定。因而，云计算环境12和各个样品制备装置36可以能够进行双向通信。这种实施方式对于控制远程测序运行的参数来说可能特别有用。
如这里提供的，系统10方便通过云计算环境12共享样品制备协议和监测这些协议的流行性。为此，图5是用于共享和监测样品制备模块的流行性的示例系统的示意图。所描述的云计算环境12如上所述。在一些实施方式中，云计算环境12可以由如上所述的用于供自动样品制备装置或仪器36使用的通用样品制备盒96(例如，应用开发盒)的供应商(例如制造商或提供商)支持。另外，供应商还可以提供样品制备仪器36。开发者(例如，提交者/消费者/用户)如箭头114所示向云计算环境12上载定制化和最优化的样品制备协议以供通用样品制备盒96使用。样品制备协议的上载可以是免费的以便促进共享。该协议用来驱动样品制备仪器36执行用于样品制备的特定步骤。例如，除了别的步骤之外，这些步骤可以包括样品和/或试剂的混合、孵化和分裂。另外，该协议可以为每个步骤制定预定的时间量和/或温度。例如，在数字微流体装置的情况下，该协议能够指定用于致动动态垫的时间表，该动态垫致使液滴运动、分裂和/或混合以制备用于具体分析程序的样品(例如用于核苷酸测序的核酸库的制备)。在一些实施方式中，开发者还可以上载对应的分析方法以供上载的样品制备协议使用。
云计算环境12(例如，存储器)储存多个开发者提交的协议116供用户(例如，请求者/消费者)使用。这些优化协议116可以鼓励用户使用这些协议，这是因为用户不需要浪费时间和资源来开发用于具体应用的所有步骤。用户可以通过向供应商付费或从供应商购买产品(例如，通用样品制备盒96)而被授予访问云计算环境12和协议116的权限。在一些实施方式中，访问协议116的权限可能限于购买了通用样品制备盒96的那些用户。具有协议访问权限的用户如箭头118所示(例如，直接向样品制备仪器36)请求和下载用来供通用样品制备盒96使用的具体协议116。
云计算环境12能够监测(例如，开发者提交的、认证的、供应商支持的)每个协议的使用。例如，云计算环境12监测对每个协议的请求或下载次数120以确定协议的流行性或评估协议使用增加的更具体原因(例如，可使用协议检测到的具体病原体的爆发)。在一些实施方式中，云计算环境12监测每个协议的使用次数。另外，云计算环境12从协议116的用户接收并存储评级122。另外，云计算环境12可以监测用于引证的出版物和/或出版物中的开发者提交的协议116的使用，如附图标记124所示。另外或另选地，云计算环境12可以从开发者、用户和/或供应商接收出版物引证。在任一情况下，都可以使得出版物引证和/或来自出版物的相关信息对访问云的个人或装置来说可用。在具体实施方式中，在云计算环境上的出版物中引用的协议116的可用性使得用户能够直接访问协议116，而无需浏览多个出版物来发现材料和方法，并且无需手动从书面描述创建装置协议。对于某些协议来说，通用制备盒96的供应商可以如附图标记126所示对所提交的协议116和/或对应的分析方法执行独立的验证。
基于评级、出版物124中的引证和/或供应商验证的组合，具体的开发者提交的协议116和/或对应的分析方法可以如箭头128所示被授予认证状态以变成认证的样品制备协议130和/或对应的分析方法。协议130的认证状态可以如箭头132所示鼓励更多用户使用具体协议130。转而，更多用户可以被鼓励例如从供应商获得通用样品制备盒96和/或样品制备仪器36。认证状态可以基于从云计算环境12获得的信息由供应商确定。另选地，云计算环境12(例如，处理器)可以基于提供给云计算环境12的可执行指令或标准来确定是否授予认证状态。
供应商通过云计算环境12监测所有协议的流行性(例如，请求和/或使用120的次数和频率)。供应商可以从认证协议130(例如，样品制备处方和/或对应的分析方法)当中识别具有市场潜力的可获得利润的应用。在识别这种可获得利润的应用之后，供应商通过云计算环境12可以在认证协议130和/或对应的分析方法上授予由箭头134表示的供应商支持状态，以提供供应商支持的协议136。另外，供应商可以基于供应商支持的协议136生成、设计或商业化专用应用的样品制备盒138(例如，预先填充有试剂)。专用应用盒138的用户可以下载或检索供应商支持的协议136以供盒138使用，如箭头140所示。供应商支持的协议136还可以鼓励更多的用户从例如供应商获得专用应用的样品制备盒138、样品制备仪器36和/或相关的消耗品。
为了鼓励协议共享，供应商通过云计算环境可以针对用户提交给云计算环境12的协议116的每个请求给提交给云计算环境12的协议116的提交者或开发者贷款。该贷款可以用于从供应商购买消耗品(例如，例如盒或流体部件)、装置(例如，样品制备或测序装置)或服务(例如，定制数据分析、医疗诊断或替换的样品分析)。
如上所述，系统10方便了协议开发者、请求者、供应商和云计算环境12之间在样品制备协议的共享和流行性监测方面的交互。为此，图6是用于通过云计算环境12共享样品制备协议和监测样品制备协议的流行性的一些示例性交互的方法142的流程图。方法142可以包含所描述的步骤或交互的任何可行的子集、组合或变型。在一个实施方式中，方法142可以以提交者(例如，开发者)优化用于实验的协议开始，该实验与样品制备仪器36一起使用供应商(例如，制造商)的通用样品制备盒96(方框144)。提交者例如不收取任何费用地向供应商支持的云计算环境12上载优化的样品制备协议和/或对应的分析方法(方框146)。云计算环境12在其他协议和分析方法当中接收并存储优化的协议和/或对应的分析方法(方框148)。
方法142可以包括请求者(例如，消费者)从供应商(例如，通过商业购买)获得通用样品制备盒96，供应商进而给予请求者访问云计算环境12的权限(方框150)。在收到访问云计算环境12的权限之后，请求者从可用的协议和/或对应分析方法当中请求具体协议和/或对应分析方法(方框152)。云计算环境12接收到针对具体协议和/或对应分析方法的请求(方框154)。云计算环境12向所请求的协议的提交者提供贷款以从供应商购买消耗品(方框156)，所请求的协议的提交者接收所述消耗品用于每个请求和/或协议的使用(方框158)。云计算环境12还向请求者提供所请求的协议和/或对应的分析方法(方框160)。在接收到所请求的协议和/或对应的分析方法之前(方框160)，请求者使用所请求的协议和/或对应的分析方法利用通用样品制备盒96执行样品制备(方框164)。
方法142可以包括请求者对协议和/或对应分析方法进行评级并且将评级提供给云计算环境12(方框166)。云计算环境12从请求者以及该协议和/或对应分析方法的其他请求者接收用于协议和/或对应分析方法的评级(方框168)。另外，云计算环境从引用和/或使用所提交的协议和/或对应分析方法的出版物接收一个或多个引证(方框170)。方法142还可以包括供应商对所提交的协议和/或对应分析方法进行独立的验证(方框172)。基于评级、出版物引证和/或所提交的协议和/或对应分析方法的供应商验证，云计算环境12将认证状态授予协议和/或对应分析方法(方框174)。如上所述，该认证状态可以由供应商基于从云计算环境12获得的信息来确定。另选地，云计算环境12(例如处理器)可以基于提供给云计算环境12的可执行指令或标准来确定是否授予认证状态。
方法142包括监测所提交的协议(认证之前和认证之后)的请求或下载的次数(方框176)。在一些实施方式中，方法142可以包括监测所请求的或下载的协议的使用次数。基于请求次数和/或使用次数和其他信息(例如，评级、消费者应用需求、市场考虑等)，供应商识别所认证的协议和/或对应的分析方法是否可商业化(例如，是否是具有市场潜力的可获得利润的应用)(方框178)。如果认证协议被认为是可商业化的，则供应商基于该协议开发专用应用样品制备盒并在商业上提供该专用应用样品制备盒(方框180)。另外，方法142包括在云计算环境上向认证协议和/或对应分析方法授予供应商支持状态(方框182)。
如上所述，在一些实施方式中，云计算环境12可以用来从开始到结束引导基因组(例如测序)分析工作流程。云引导的基因组分析工作流程的示例包括但不限于全基因组测序、、用于癌症测序的样品制备、目标重测序、用于全基因组单体型分析的拟长阅读以及低输入样品制备(例如，法医目的、单个细胞、病毒感染组织)。为此，图7是基于云的计算环境12的示意性概述，以方便进行云引导的基因组分析工作流程。在一些实施方式中，云计算环境12可以由在基因组分析工作流程中使用的产品和/或仪器的供应商(例如制造商/提供商)支持。图7描述了在典型基因组(测序)分析工作流程中涉及的主要步骤。在一些实施方式中，可以包括附加步骤或一些没有执行的步骤。一些步骤(例如，分析和报告步骤)可以由计算装置通过访问云计算环境12来执行。通常，在收集每个步骤所需的信息(例如，参数)之后，该信息通过计算装置或仪器提供给云计算环境12。这些参数或信息的一些源可以包括来自条码或RFID跟踪的样品板、样品制备盒、流动池、测序试剂盒和其他源的信息。另外，各种清单和处方(例如协议)驻留在云计算环境12(例如存储器)中。这些清单和处方被提供给仪器(例如，样品制备仪器36、测序仪器18等)以驱动特定步骤(例如，样品制备、测序等)。在开始特定的任务或步骤之前，将数据和仪器反馈提供给云计算环境12以进行进一步的步骤(登录、分析、报告生成、注释等)。各种分析方法、报告格式和注释服务也驻留在云计算环境12中。此外，各种样品制备处方(例如协议)、分析方法、报告格式和注释服务可以由供应商或众包(例如，参见图5和6)开发，如附图标记183所示。云计算环境12中的工作流程的步骤与实验室中的步骤并行。这使得云计算环境能够作为工作流程管理器(例如以应用为中心的方式)以从开始到结束都引导物理过程。
转到图7，在一个实施方式中，工作流程可以从生物源进行样品提取开始。驻留在云计算环境12上的样品清单(例如由用户或另一个源提供)被如箭头184所示提供给用户。在样品提取之后和/或提取期间，用户如箭头184所示例如通过计算装置向云计算环境12提供样品提取相关数据(样品标识、样品板标识、板位置标识、提取量、其他参数等)。基于样品提取相关数据和/或样品清单，云计算环境12(例如处理器)生成样品提取日志。
在样品提取之后，如箭头186/188所示，工作流程切换到样品制备。样品制备装置36或用户(或第三方)通过不同的计算装置如箭头190所示向云计算环境12提供样品制备相关数据(例如，样品制备处方/协议标识、样品制备盒标识、盒制备标识、样品制备仪器标识、其他参数等)。云计算环境12又如箭头190所示向样品制备仪器36提供样品制备处方和样品制备清单以驱动样品制备。在一些实施方式中，由样品制备仪器36进行的样品制备可以从云计算环境12自动开始。在一些实施方式中，由样品制备仪器36通过来自云计算环境12的指令使用的样品制备协议或处方可以基于由用户选择的协议、由第三方指示或选择的协议或基于样品或盒标识自动加载的协议。在样品制备之后和/或期间，样品制备数据如箭头190所示提供给云计算环境12。基于样品提取日志、样品制备相关数据、样品制备数据、样品制备处方和/或样品制备处方，云计算环境12(例如处理器)生成样品制备日志。
在样品制备之后，工作流程切换到测序，如箭头192、194所示。测序仪器18或用户(或第三方)通过不同的计算装置如箭头196所示向云计算环境12提供测序相关数据(例如，流动池标识、测序盒标识、测序仪器标识、其他参数等)。云计算环境12又如箭头196所示提供用于通过测序仪器18执行测序的指令(例如，测序协议)。在一些实施方式中，由测序仪器18进行的测序可以从云计算环境12自动地开始。在一些实施方式中，由测序仪器18通过来自云计算环境12的指令使用的测序协议可以基于由用户选择的协议、由第三方选择或指示的协议或基于测序相关数据自动加载的协议。在测序之后和/或期间，测序仪器18提供测序数据至云计算环境12。基于样品制备日志、测序数据和/或测序相关数据，云计算环境12(例如处理器)生成运行数据和运行日志。
在测序之后，工作流程切换到分析，如箭头198、200所示。测序仪器18或用户通过不同的计算装置提供分析相关数据(例如，后分析数据、分析标识、其他参数等)至云计算环境12，如箭头202所示。云计算环境12又可以如箭头202所示通过不同的计算装置将分析方法提供给测序仪器18或用户。在一些实施方式中，分析方法可以寄宿在来自Illumina(加利福尼亚，圣迭戈)的BaseSpace中。在一些实施方式中，云计算环境12使用分析方法、运行数据和/或运行日志进行分析(例如，初级分析、二次分级和/或三级分析)。在一些实施方式中，测序仪器18执行该分析中的一些分析(例如，初级和/或二级分析)。在其他实施方式中，不同的计算装置可以执行该分析(例如初级分析、二次分级和/或三级分析)。在一些实施方式中，该分析可以是众包183。基于运行数据、运行日志、分析相关数据和/或分析方法，云计算环境12(例如处理器)生成后分析数据和分析日志。
在分析之后，工作流程切换到报告，如箭头204、206所示。用户通过不同的计算装置如箭头208所示向云计算环境12提供报告相关数据(例如，报告标识、共享特权、其他参数等)。云计算环境12又如箭头208所示向计算装置上的用户提供报告格式和/或注释插入或服务。在一些实施方式中，云计算环境12使用后分析数据、分析日志、报告格式、注释插入和/或报告相关数据进行报告和/或注释。在其他实施方式中，用户可以在不同的计算装置上进行报告和/或注释。在一些实施方式中，报告和/或注释可以是众包183。基于后分析数据、分析日志、报告相关数据、报告格式和/或注释插入、云计算环境12(例如处理器)生成存档报告。
如上所述，系统10方便用户(例如，初级和二级用户)、供应商和云计算环境12之间的交互以方便基因组分析工作流程。具体而言，云计算环境12和存储在其中的信息用作工作流程管理器，以在样品物理地移动通过基因组分析工作流程的各个步骤时以应用为中心方式从开始到结束对物理过程进行引导。为此，图8是用于云引导的基因组分析工作流程的一些示例性交互的方法208的流程图。方法208可以涵盖所描述的步骤或交互的任何可行的子集、组合或变型。另外，由用户执行的方法208的一些步骤可以由不同的用户(例如，初级用户和二级用户)执行。另外，方法208的一些步骤可以是众包的。
在一个实施方式中，方法208可以以用户从生物源提取一个或多个生物样品开始(方框210)。用户例如通过计算装置向/从云计算环境12提供和/或接收样品提取相关数据(方框210)。例如，用户可以向云计算环境12提供样品标识、样品板标识、板位置标识或其他参数以进行储存(例如储存器)和/或处理(例如，处理器)。云计算环境12(例如服务器)又向用户提供样品提取相关数据和/或接收样品制备提取相关数据(方框214)。例如，云计算环境12可以向用户提供样品清单或样品提取日志。在一些实施方式中，样品提取相关数据中的至少一些可以在样品提取之前从云计算环境12提供给用户(方框210)。基于从用户接收的样品提取相关数据和/或来自云计算环境12的样品清单，云计算环境12(例如处理器)生成样品提取日志(方框216)。
紧随着样品的提取，方法208包括在样品制备仪器36(例如自动样品制备仪器)上进行样品制备(方框218)。样品制备仪器36提供给云计算环境12和/或从云计算环境12接收样品制备相关数据(方框220)。在一些实施方式中，用户通过另一个计算装置提供和/或接收样品制备相关数据。例如，样品制备仪器36可以向云计算环境12提供样品制备处方标识、样品制备盒标识、样品制备盒位置标识、样品制备仪器标识、所生成的样品制备数据和其他参数，以进行存储(例如，存储器)和/或处理(例如，处理器)。在一些实施方式中，仪器36在数据生成期间和/或之后向云计算环境12提供所生成的样品制备数据。云计算环境12(例如服务器)又向样品制备仪器36和/或用户提供样品制备相关数据和/或接收该样品制备相关数据(方框222)。例如，云计算环境12可以向仪器36和/或用户提供样品提取日志、样品制备处方、样品制备清单和/或样品制备日志。在一些实施方式中，样品制备相关数据中的至少一些可以在样品制备之前提供给仪器36(方框218)。样品制备处方和其他信息可以用来驱动样品制备仪器36。基于从样品制备仪器36和/或云计算环境12接收的样品提取日志，样品制备相关数据和/或所生成的样品制备数据，云计算环境12(例如处理器)生成样品制备日志。
紧随着样品的制备，方法208包括在测序仪器16上生成序列数据(方框226)。测序仪器16向/从云计算环境12提供和/或接收测序相关数据(方框228)。在一些实施方式中，用户通过另一个计算装置提供和/或接收测序相关数据。例如，测序仪器16可以向云计算环境12提供流动池标识、测序盒标识、测序仪器标识、所生成的序列数据和其他参数，以进行存储(例如存储器)和/或处理(例如处理器)。在一些实施方式中，仪器16在数据生成期间和/或之后向云计算环境12提供生成的序列数据。云计算环境12(例如服务器)又从测序仪器16接收测序相关数据和/或将测序相关数据提供给仪器16(方框230)和/或用户。例如，云计算环境12可以向仪器16和/或用户提供样品制备日志、任务指令、运行数据和/或运行日志。在一些实施方式中，测序相关数据中的至少一些(例如任务指令)可以在测序之前提供给仪器16(方框226)。任务指令和其他信息可以用来驱动测序仪器16。基于从测序仪器16和/或云计算环境12接收的样品制备日志、测序相关数据和所生成的测序数据，云计算环境12(例如处理器)生成运行日志和/或运行数据(方框232)。
测序之后，方法208包括在测序仪器16(方框226)上分析测序数据(例如，初级和/或二级分析)。测序仪器16给云计算环境12提供和/或从云计算环境12接收分析相关数据(方框236)。在一些实施方式中，用户通过另一个计算装置提供和/或接收分析相关数据。例如，测序仪器16可以向云计算环境12提供分析标识、后分析数据和/或其他参数以进行存储(例如存储器)和/或处理(例如处理器)。在一些实施方式中，仪器16在数据生成期间和/或之后向云计算环境12提供后分析数据。云计算环境12(例如服务器)又通过至少一个处理器从测序仪器接收后分析和分析相关数据和/或对测序数据执行分析(例如，初级、二级和/或三级分析)(方框238)。例如，云计算环境12可以在分析序列数据之前向仪器16提供分析方法。如上所述，测序数据的分析(例如，初级、二级和/或三级分析)可以是众包的。基于从测序仪器16和/或云计算环境12接收的运行数据、运行日志、分析相关数据和/或分析方法，云计算环境12(例如处理器)生成分析日志和/或后分析数据(方框240)。用户在另一个计算装置上接收分析日志和/或后分析数据(方框242)。
测序数据分析之后，方法208包括用户通过另一个计算装置报告和注释后分析数据(方框244)。在一些实施方式中，后分析数据的报告和注释可以是众包的。用户向/从云计算环境12提供和/或接收报告相关数据(方框246)。例如，用户通过计算装置向云计算环境12提供报告标识、共享特权信息和/或任何报告和/或注释的数据以进行存储(例如存储器)和/或处理(例如处理器)。云计算环境12(例如服务器)又通过至少一个处理器向用户提供报告相关数据和/或对后分析数据执行报告和分析(方框248)。例如，云计算环境12可以向用户提供报告格式、注释插入或服务和/或存档报告。基于来自用户和/或云计算环境12的后分析数据、分析日志、报告格式、注释插入、和/或报告相关数据，云计算环境12(例如处理器)生成存档报告(方框250)。
尽管这里仅图示和描述了本发明的一些特征，但是许多改变和修改对本领域技术人员来说都是显而易见的。因此，将理解，所附权利要求旨在负载落入本发明的真实精神范围内的所有这种修改和改变。

Claims (16)

1.一种用于在云计算环境中共享用于使用可变构造样品制备盒来制备生物样品的协议以及监测该协议的使用的计算机实现的方法，该方法包括：
在所述云计算环境上在服务器处从提交者接收用于使用可变构造样品制备盒进行样品制备的协议，其中，所述可变构造样品制备盒在结构上被构造成与不同的协议一起使用以用于实验，所述不同的协议利用所述可变构造样品制备盒来制备生物样品，所述不同的协议包括所述协议，以及所述协议包括用于自动样品制备的处理器可执行指令，所述自动样品制备由样品制备设备利用所述可变构造样品制备盒进行；
监测请求者对所述协议的请求或对所述协议的使用；以及
传送所述协议至所述请求者，所述请求者基于购买所述可变构造样品制备盒能够访问所述云计算环境，其中所述协议的所述处理器可执行指令被配置成在被执行时使得所述样品制备设备在所述可变构造样品制备盒上操作。
2.根据权利要求1所述的方法，该方法包括在所述服务器处从所述请求者接收针对所述协议的评级。
3.根据权利要求1所述的方法，该方法包括在所述服务器处从所述提交者接收供所述协议使用的分析方法。
4.根据权利要求1所述的方法，该方法包括在所述服务器处从供应商接收所述协议的验证。
5.根据权利要求1所述的方法，该方法包括在所述服务器处接收引用、使用、或既引用又使用所述协议的出版物的引证。
6.根据权利要求1所述的方法，该方法包括基于所述请求者对所述协议的请求次数、所述请求者对所述协议的评级、所述协议的引证次数、所述协议的验证、或它们的组合而授予所述协议认证状态。
7.根据权利要求1所述的方法，该方法包括向所述协议授予供应商支持状态，其中通过由所述供应商根据所述协议设计的专用应用样品制备盒来利用所述协议。
8.一种用于共享用于使用可变构造样品制备盒来制备生物样品的协议以及监测该协议的使用的系统，该系统包括：
与多个计算机系统通信的云计算环境，其中所述云计算环境包括至少一个服务器和至少一个处理器，所述至少一个服务器被配置成与所述多个计算机系统中的至少一个计算机系统通信，以从提交者接收使用所述可变构造样品制备盒来制备生物样品的用于实验的协议，以及在存储器上存储所述协议，所述可变构造样品制备盒在结构上被构造成与不同的协议一起使用以用于实验，所述不同的协议利用所述可变构造样品制备盒来制备生物样品，所述不同的协议包括所述协议，以及所述协议包括用于自动样品制备的处理器可执行指令，所述自动样品制备由样品制备设备利用所述可变构造样品制备盒来进行，并且所述至少一个处理器被配置成监测请求者对所述协议的请求，
其中，所述至少一个处理器被编程为当所述至少一个处理器确定至少请求者对所述协议的请求次数满足特定的标准时，向所述协议授予认证状态，以及
其中，所述至少一个处理器被编程为传送所述协议至所述请求者，所述请求者基于购买所述可变构造样品制备盒能够访问所述云计算环境，其中所述协议的所述处理器可执行指令被配置成在被执行时使得所述样品制备设备在所述可变构造样品制备盒上操作。
9.根据权利要求8所述的系统，其中所述至少一个服务器被配置成从所述请求者接收针对所述协议的评级。
10.根据权利要求8所述的系统，其中所述至少一个服务器被配置成从所述提交者接收供所述协议使用的分析方法。
11.根据权利要求8所述的系统，其中所述至少一个服务器被配置成从供应商接收所述协议的验证。
12.根据权利要求8所述的系统，其中所述至少一个服务器被配置成接收引用、使用、或既引用又使用所述协议的出版物的引证。
13.根据权利要求8所述的系统，其中所述至少一个处理器被配置成基于请求者对所述协议的请求次数、所述请求者对所述协议的评级、所述协议的引证次数、或它们的组合而授予所述协议所述认证状态。
14.根据权利要求13所述的系统，其中所述至少一个处理器被配置成向所述协议授予供应商支持状态，其中通过由所述供应商根据所述协议设计的专用应用样品制备盒来利用所述协议。
15.根据权利要求14所述的系统，其中所述至少一个服务器被配置成从所述供应商接收指令以授予所述协议所述供应商支持状态。
16.一种用于共享用于使用可变构造样品制备盒来制备生物样品的协议以及监测该协议的使用的系统，该系统包括：
与多个计算机系统通信的基于云的服务器；
存储器组件，所述存储器组件通过所述服务器接收用于使用可变构造样品制备盒进行样品制备的协议并存储所述协议，其中，所述可变构造样品制备盒在结构上被构造成与不同的协议一起使用以用于实验，所述不同的协议利用相应的可变构造样品制备盒来制备生物样品，所述不同的协议包括所述协议，以及所述协议包括用于自动样品制备的处理器可执行指令，所述自动样品制备由样品制备设备利用所述可变构造样品制备盒进行；以及
处理器，所述处理器被配置成：
接收对所述协议中的一个或多个协议的请求；
监测对所述协议中的每个协议的请求次数或使用次数；以及
传送所述协议至一个或多个请求者，所述一个或多个请求者基于购买所述可变构造样品制备盒能够访问所述基于云的服务器，其中所述协议的所述处理器可执行指令被配置成在被执行时使得所述样品制备设备在所述可变构造样品制备盒上操作。
CN201480017580.3A 2013-01-25 2014-01-23 利用云计算环境来共享生物相关数据的方法和系统 Active CN105051742B (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361756547P 2013-01-25 2013-01-25
US61/756,547 2013-01-25
US13/791,168 2013-03-08
US13/791,168 US9805407B2 (en) 2013-01-25 2013-03-08 Methods and systems for using a cloud computing environment to configure and sell a biological sample preparation cartridge and share related data
PCT/US2014/012782 WO2014116851A2 (en) 2013-01-25 2014-01-23 Methods and systems for using a cloud computing environment to share biological related data

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN105051742A CN105051742A (zh) 2015-11-11
CN105051742B true CN105051742B (zh) 2019-04-12

Family

ID=51223978

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201480017580.3A Active CN105051742B (zh) 2013-01-25 2014-01-23 利用云计算环境来共享生物相关数据的方法和系统

Country Status (9)

Country Link
US (2) US9805407B2 (zh)
EP (1) EP2948887A2 (zh)
JP (2) JP6144362B2 (zh)
KR (1) KR20150110767A (zh)
CN (1) CN105051742B (zh)
AU (1) AU2014209321B2 (zh)
BR (1) BR112015017686A2 (zh)
CA (1) CA2899026C (zh)
WO (1) WO2014116851A2 (zh)

Families Citing this family (132)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8930331B2 (en) 2007-02-21 2015-01-06 Palantir Technologies Providing unique views of data based on changes or rules
US9348499B2 (en) 2008-09-15 2016-05-24 Palantir Technologies, Inc. Sharing objects that rely on local resources with outside servers
US8799240B2 (en) 2011-06-23 2014-08-05 Palantir Technologies, Inc. System and method for investigating large amounts of data
US9547693B1 (en) 2011-06-23 2017-01-17 Palantir Technologies Inc. Periodic database search manager for multiple data sources
US9092482B2 (en) 2013-03-14 2015-07-28 Palantir Technologies, Inc. Fair scheduling for mixed-query loads
US8732574B2 (en) 2011-08-25 2014-05-20 Palantir Technologies, Inc. System and method for parameterizing documents for automatic workflow generation
US8504542B2 (en) 2011-09-02 2013-08-06 Palantir Technologies, Inc. Multi-row transactions
US8560494B1 (en) 2011-09-30 2013-10-15 Palantir Technologies, Inc. Visual data importer
US9378526B2 (en) 2012-03-02 2016-06-28 Palantir Technologies, Inc. System and method for accessing data objects via remote references
US9471370B2 (en) 2012-10-22 2016-10-18 Palantir Technologies, Inc. System and method for stack-based batch evaluation of program instructions
US9348677B2 (en) 2012-10-22 2016-05-24 Palantir Technologies Inc. System and method for batch evaluation programs
US9805407B2 (en) 2013-01-25 2017-10-31 Illumina, Inc. Methods and systems for using a cloud computing environment to configure and sell a biological sample preparation cartridge and share related data
US9380431B1 (en) 2013-01-31 2016-06-28 Palantir Technologies, Inc. Use of teams in a mobile application
US9367463B2 (en) 2013-03-14 2016-06-14 Palantir Technologies, Inc. System and method utilizing a shared cache to provide zero copy memory mapped database
US10037314B2 (en) 2013-03-14 2018-07-31 Palantir Technologies, Inc. Mobile reports
US8937619B2 (en) 2013-03-15 2015-01-20 Palantir Technologies Inc. Generating an object time series from data objects
US8868486B2 (en) 2013-03-15 2014-10-21 Palantir Technologies Inc. Time-sensitive cube
US9898167B2 (en) 2013-03-15 2018-02-20 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for providing a tagging interface for external content
US8917274B2 (en) 2013-03-15 2014-12-23 Palantir Technologies Inc. Event matrix based on integrated data
US9501202B2 (en) * 2013-03-15 2016-11-22 Palantir Technologies, Inc. Computer graphical user interface with genomic workflow
US8818892B1 (en) 2013-03-15 2014-08-26 Palantir Technologies, Inc. Prioritizing data clusters with customizable scoring strategies
US8909656B2 (en) 2013-03-15 2014-12-09 Palantir Technologies Inc. Filter chains with associated multipath views for exploring large data sets
US9740369B2 (en) 2013-03-15 2017-08-22 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for providing a tagging interface for external content
US9965937B2 (en) 2013-03-15 2018-05-08 Palantir Technologies Inc. External malware data item clustering and analysis
US8799799B1 (en) 2013-05-07 2014-08-05 Palantir Technologies Inc. Interactive geospatial map
US9223773B2 (en) 2013-08-08 2015-12-29 Palatir Technologies Inc. Template system for custom document generation
US9116975B2 (en) 2013-10-18 2015-08-25 Palantir Technologies Inc. Systems and user interfaces for dynamic and interactive simultaneous querying of multiple data stores
US8868537B1 (en) 2013-11-11 2014-10-21 Palantir Technologies, Inc. Simple web search
US9105000B1 (en) 2013-12-10 2015-08-11 Palantir Technologies Inc. Aggregating data from a plurality of data sources
US10356032B2 (en) 2013-12-26 2019-07-16 Palantir Technologies Inc. System and method for detecting confidential information emails
US8832832B1 (en) 2014-01-03 2014-09-09 Palantir Technologies Inc. IP reputation
WO2015123444A2 (en) 2014-02-13 2015-08-20 Illumina, Inc. Integrated consumer genomic services
US9483162B2 (en) 2014-02-20 2016-11-01 Palantir Technologies Inc. Relationship visualizations
US9727376B1 (en) 2014-03-04 2017-08-08 Palantir Technologies, Inc. Mobile tasks
US8935201B1 (en) 2014-03-18 2015-01-13 Palantir Technologies Inc. Determining and extracting changed data from a data source
US9836580B2 (en) 2014-03-21 2017-12-05 Palantir Technologies Inc. Provider portal
US9857958B2 (en) 2014-04-28 2018-01-02 Palantir Technologies Inc. Systems and user interfaces for dynamic and interactive access of, investigation of, and analysis of data objects stored in one or more databases
US9619557B2 (en) 2014-06-30 2017-04-11 Palantir Technologies, Inc. Systems and methods for key phrase characterization of documents
US9535974B1 (en) 2014-06-30 2017-01-03 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for identifying key phrase clusters within documents
US9256664B2 (en) 2014-07-03 2016-02-09 Palantir Technologies Inc. System and method for news events detection and visualization
US9202249B1 (en) 2014-07-03 2015-12-01 Palantir Technologies Inc. Data item clustering and analysis
US20160026923A1 (en) 2014-07-22 2016-01-28 Palantir Technologies Inc. System and method for determining a propensity of entity to take a specified action
US9454281B2 (en) 2014-09-03 2016-09-27 Palantir Technologies Inc. System for providing dynamic linked panels in user interface
US9501851B2 (en) 2014-10-03 2016-11-22 Palantir Technologies Inc. Time-series analysis system
US9767172B2 (en) 2014-10-03 2017-09-19 Palantir Technologies Inc. Data aggregation and analysis system
US9984133B2 (en) 2014-10-16 2018-05-29 Palantir Technologies Inc. Schematic and database linking system
US9043894B1 (en) 2014-11-06 2015-05-26 Palantir Technologies Inc. Malicious software detection in a computing system
US9348920B1 (en) 2014-12-22 2016-05-24 Palantir Technologies Inc. Concept indexing among database of documents using machine learning techniques
US9367872B1 (en) 2014-12-22 2016-06-14 Palantir Technologies Inc. Systems and user interfaces for dynamic and interactive investigation of bad actor behavior based on automatic clustering of related data in various data structures
US10552994B2 (en) 2014-12-22 2020-02-04 Palantir Technologies Inc. Systems and interactive user interfaces for dynamic retrieval, analysis, and triage of data items
US9870205B1 (en) 2014-12-29 2018-01-16 Palantir Technologies Inc. Storing logical units of program code generated using a dynamic programming notebook user interface
US9817563B1 (en) 2014-12-29 2017-11-14 Palantir Technologies Inc. System and method of generating data points from one or more data stores of data items for chart creation and manipulation
US9335911B1 (en) 2014-12-29 2016-05-10 Palantir Technologies Inc. Interactive user interface for dynamic data analysis exploration and query processing
US10372879B2 (en) 2014-12-31 2019-08-06 Palantir Technologies Inc. Medical claims lead summary report generation
US11302426B1 (en) 2015-01-02 2022-04-12 Palantir Technologies Inc. Unified data interface and system
US9727560B2 (en) 2015-02-25 2017-08-08 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for organizing and identifying documents via hierarchies and dimensions of tags
EP3070622A1 (en) 2015-03-16 2016-09-21 Palantir Technologies, Inc. Interactive user interfaces for location-based data analysis
US9886467B2 (en) 2015-03-19 2018-02-06 Plantir Technologies Inc. System and method for comparing and visualizing data entities and data entity series
WO2016178643A1 (en) * 2015-05-06 2016-11-10 Erlab Teknoloji Anonim Sirketi Method for analysis of nucleotide sequence data by joint use of multiple calculation units at different locations
US10628834B1 (en) 2015-06-16 2020-04-21 Palantir Technologies Inc. Fraud lead detection system for efficiently processing database-stored data and automatically generating natural language explanatory information of system results for display in interactive user interfaces
CN105046109B (zh) * 2015-06-26 2018-06-29 四川云合创智科技有限公司 一种用于生物信息序列分析的加速平台
US10156963B2 (en) * 2015-07-06 2018-12-18 Adp, Llc Report management system
US9418337B1 (en) 2015-07-21 2016-08-16 Palantir Technologies Inc. Systems and models for data analytics
US9454785B1 (en) 2015-07-30 2016-09-27 Palantir Technologies Inc. Systems and user interfaces for holistic, data-driven investigation of bad actor behavior based on clustering and scoring of related data
US9456000B1 (en) 2015-08-06 2016-09-27 Palantir Technologies Inc. Systems, methods, user interfaces, and computer-readable media for investigating potential malicious communications
US9600146B2 (en) 2015-08-17 2017-03-21 Palantir Technologies Inc. Interactive geospatial map
US10489391B1 (en) 2015-08-17 2019-11-26 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for grouping and enriching data items accessed from one or more databases for presentation in a user interface
US10853378B1 (en) 2015-08-25 2020-12-01 Palantir Technologies Inc. Electronic note management via a connected entity graph
US11150917B2 (en) 2015-08-26 2021-10-19 Palantir Technologies Inc. System for data aggregation and analysis of data from a plurality of data sources
US10706434B1 (en) 2015-09-01 2020-07-07 Palantir Technologies Inc. Methods and systems for determining location information
US9514205B1 (en) 2015-09-04 2016-12-06 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for importing data from electronic data files
US10558339B1 (en) 2015-09-11 2020-02-11 Palantir Technologies Inc. System and method for analyzing electronic communications and a collaborative electronic communications user interface
US9772934B2 (en) 2015-09-14 2017-09-26 Palantir Technologies Inc. Pluggable fault detection tests for data pipelines
US10296617B1 (en) 2015-10-05 2019-05-21 Palantir Technologies Inc. Searches of highly structured data
US10853130B1 (en) 2015-12-02 2020-12-01 Color Genomics, Inc. Load balancing and conflict processing in workflow with task dependencies
US9811391B1 (en) * 2016-03-04 2017-11-07 Color Genomics, Inc. Load balancing and conflict processing in workflow with task dependencies
EP3390657B1 (en) 2015-12-17 2020-09-16 Illumina, Inc. Distinguishing methylation levels in complex biological samples
US9542446B1 (en) 2015-12-17 2017-01-10 Palantir Technologies, Inc. Automatic generation of composite datasets based on hierarchical fields
US9652510B1 (en) 2015-12-29 2017-05-16 Palantir Technologies Inc. Systems and user interfaces for data analysis including artificial intelligence algorithms for generating optimized packages of data items
US9823818B1 (en) 2015-12-29 2017-11-21 Palantir Technologies Inc. Systems and interactive user interfaces for automatic generation of temporal representation of data objects
US9612723B1 (en) 2015-12-30 2017-04-04 Palantir Technologies Inc. Composite graphical interface with shareable data-objects
US20170272792A1 (en) * 2016-03-16 2017-09-21 Telefonaktiebolaget Lm Ericsson (Publ) Distributed content popularity determination in a streaming environment with interconnected set-top boxes
US10698938B2 (en) 2016-03-18 2020-06-30 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for organizing and identifying documents via hierarchies and dimensions of tags
CN106067084A (zh) * 2016-05-30 2016-11-02 成都云材智慧数据科技有限公司 一种材料信息云服务系统
US10554516B1 (en) 2016-06-09 2020-02-04 Palantir Technologies Inc. System to collect and visualize software usage metrics
US9678850B1 (en) 2016-06-10 2017-06-13 Palantir Technologies Inc. Data pipeline monitoring
CN107577917A (zh) * 2016-07-05 2018-01-12 魏霖静 一种生物信息学高性能信息化管理系统及数据处理方法
US10719188B2 (en) 2016-07-21 2020-07-21 Palantir Technologies Inc. Cached database and synchronization system for providing dynamic linked panels in user interface
US10324609B2 (en) 2016-07-21 2019-06-18 Palantir Technologies Inc. System for providing dynamic linked panels in user interface
US10621314B2 (en) 2016-08-01 2020-04-14 Palantir Technologies Inc. Secure deployment of a software package
US10133782B2 (en) 2016-08-01 2018-11-20 Palantir Technologies Inc. Techniques for data extraction
US11256762B1 (en) 2016-08-04 2022-02-22 Palantir Technologies Inc. System and method for efficiently determining and displaying optimal packages of data items
US10552531B2 (en) 2016-08-11 2020-02-04 Palantir Technologies Inc. Collaborative spreadsheet data validation and integration
US10373078B1 (en) 2016-08-15 2019-08-06 Palantir Technologies Inc. Vector generation for distributed data sets
EP3282374A1 (en) 2016-08-17 2018-02-14 Palantir Technologies Inc. User interface data sample transformer
CN106446783A (zh) * 2016-08-30 2017-02-22 孟玲 一种利用云计算环境来共享生物相关数据的系统
US10650086B1 (en) 2016-09-27 2020-05-12 Palantir Technologies Inc. Systems, methods, and framework for associating supporting data in word processing
US10152306B2 (en) 2016-11-07 2018-12-11 Palantir Technologies Inc. Framework for developing and deploying applications
US10318630B1 (en) 2016-11-21 2019-06-11 Palantir Technologies Inc. Analysis of large bodies of textual data
CN106780168A (zh) * 2016-12-06 2017-05-31 北京荣之联科技股份有限公司 一种基于网络平台的基因测序服务提供方法和服务器
US10261763B2 (en) 2016-12-13 2019-04-16 Palantir Technologies Inc. Extensible data transformation authoring and validation system
US11157951B1 (en) 2016-12-16 2021-10-26 Palantir Technologies Inc. System and method for determining and displaying an optimal assignment of data items
US11373752B2 (en) 2016-12-22 2022-06-28 Palantir Technologies Inc. Detection of misuse of a benefit system
US10509844B1 (en) 2017-01-19 2019-12-17 Palantir Technologies Inc. Network graph parser
US10180934B2 (en) 2017-03-02 2019-01-15 Palantir Technologies Inc. Automatic translation of spreadsheets into scripts
US10572576B1 (en) 2017-04-06 2020-02-25 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for facilitating data object extraction from unstructured documents
US10824604B1 (en) 2017-05-17 2020-11-03 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for data entry
US10534595B1 (en) 2017-06-30 2020-01-14 Palantir Technologies Inc. Techniques for configuring and validating a data pipeline deployment
US10628002B1 (en) 2017-07-10 2020-04-21 Palantir Technologies Inc. Integrated data authentication system with an interactive user interface
US10204119B1 (en) 2017-07-20 2019-02-12 Palantir Technologies, Inc. Inferring a dataset schema from input files
US10754820B2 (en) 2017-08-14 2020-08-25 Palantir Technologies Inc. Customizable pipeline for integrating data
US11016936B1 (en) 2017-09-05 2021-05-25 Palantir Technologies Inc. Validating data for integration
WO2019090156A1 (en) * 2017-11-03 2019-05-09 Guardant Health, Inc. Normalizing tumor mutation burden
US11379525B1 (en) 2017-11-22 2022-07-05 Palantir Technologies Inc. Continuous builds of derived datasets in response to other dataset updates
US10552524B1 (en) 2017-12-07 2020-02-04 Palantir Technolgies Inc. Systems and methods for in-line document tagging and object based data synchronization
US10360252B1 (en) 2017-12-08 2019-07-23 Palantir Technologies Inc. Detection and enrichment of missing data or metadata for large data sets
US11176116B2 (en) 2017-12-13 2021-11-16 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for annotating datasets
US10853352B1 (en) 2017-12-21 2020-12-01 Palantir Technologies Inc. Structured data collection, presentation, validation and workflow management
US11288576B2 (en) 2018-01-05 2022-03-29 Illumina, Inc. Predicting quality of sequencing results using deep neural networks
NZ759644A (en) 2018-01-05 2022-07-01 Illumina Inc Method and system of detecting that a sequencer has a failing flow cell temperature control system
GB201800595D0 (en) 2018-01-15 2018-02-28 Palantir Technologies Inc Management of software bugs in a data processing system
US10599762B1 (en) 2018-01-16 2020-03-24 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for creating a dynamic electronic form
US11599369B1 (en) 2018-03-08 2023-03-07 Palantir Technologies Inc. Graphical user interface configuration system
US10885021B1 (en) 2018-05-02 2021-01-05 Palantir Technologies Inc. Interactive interpreter and graphical user interface
US11263263B2 (en) 2018-05-30 2022-03-01 Palantir Technologies Inc. Data propagation and mapping system
US11061542B1 (en) 2018-06-01 2021-07-13 Palantir Technologies Inc. Systems and methods for determining and displaying optimal associations of data items
US10795909B1 (en) 2018-06-14 2020-10-06 Palantir Technologies Inc. Minimized and collapsed resource dependency path
KR20210038577A (ko) 2018-07-23 2021-04-07 가던트 헬쓰, 인크. 종양 분율 및 커버리지에 의해 종양 돌연변이 부담을 조정하기 위한 방법 및 시스템
US11210349B1 (en) 2018-08-02 2021-12-28 Palantir Technologies Inc. Multi-database document search system architecture
US10762316B2 (en) * 2019-01-14 2020-09-01 The Code Corporation Auxiliary data management system
CN114223035A (zh) * 2019-08-20 2022-03-22 生命科技股份有限公司 用于控制测序装置的方法
KR102517328B1 (ko) * 2021-03-31 2023-04-04 주식회사 크라우드웍스 작업툴을 이용한 이미지 내 세포 분별에 관한 작업 수행 방법 및 프로그램

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1627286A (zh) * 2003-10-31 2005-06-15 国际商业机器公司 用于生命科学发现、设计和开发的系统、方法和制造品
WO2010130762A2 (en) * 2009-05-12 2010-11-18 Life Technologies Corporation Apparatus for and method of automated processing of biological samples

Family Cites Families (56)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2044616A1 (en) 1989-10-26 1991-04-27 Roger Y. Tsien Dna sequencing
US5846719A (en) 1994-10-13 1998-12-08 Lynx Therapeutics, Inc. Oligonucleotide tags for sorting and identification
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
AU6846698A (en) 1997-04-01 1998-10-22 Glaxo Group Limited Method of nucleic acid amplification
US6969488B2 (en) 1998-05-22 2005-11-29 Solexa, Inc. System and apparatus for sequential processing of analytes
US7155344B1 (en) 1998-07-27 2006-12-26 Caliper Life Sciences, Inc. Distributed database for analytical instruments
CA2339805A1 (en) * 1998-09-18 2000-03-30 I2 Technologies, Inc. System and method for managing atp data in a distributed supply chain planning environment
EP1252513A4 (en) * 2000-01-25 2007-07-18 Affymetrix Inc METHOD, SYSTEM AND SOFTWARE FOR OFFERING A GENOMIC WEB PORTAL
US7001792B2 (en) 2000-04-24 2006-02-21 Eagle Research & Development, Llc Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same
CN101525660A (zh) 2000-07-07 2009-09-09 维西根生物技术公司 实时序列测定
US6773566B2 (en) 2000-08-31 2004-08-10 Nanolytics, Inc. Electrostatic actuators for microfluidics and methods for using same
US20020042755A1 (en) * 2000-10-05 2002-04-11 I2 Technologies, Us, Inc. Collaborative fulfillment in a distributed supply chain environment
EP1354064A2 (en) 2000-12-01 2003-10-22 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
US20040220897A1 (en) * 2001-07-19 2004-11-04 Affymetrix, Inc. System, method, and computer software product for instrument control and data acquisition, analysis, management and storage
JP3357039B2 (ja) * 2001-10-16 2002-12-16 三井情報開発株式会社 匿名化臨床研究支援方法およびそのシステム
US7584240B2 (en) 2001-11-07 2009-09-01 Genvault Corporation Automated biological sample archive for storage, retrieval and analysis of large numbers of samples for remote clients
CA2470508A1 (en) * 2001-12-03 2003-06-12 Dyax Corp. Library screening
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
DK3363809T3 (da) 2002-08-23 2020-05-04 Illumina Cambridge Ltd Modificerede nukleotider til polynukleotidsekvensering
US6911132B2 (en) 2002-09-24 2005-06-28 Duke University Apparatus for manipulating droplets by electrowetting-based techniques
GB0321306D0 (en) 2003-09-11 2003-10-15 Solexa Ltd Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues
US20110059865A1 (en) 2004-01-07 2011-03-10 Mark Edward Brennan Smith Modified Molecular Arrays
FR2866493B1 (fr) 2004-02-16 2010-08-20 Commissariat Energie Atomique Dispositif de controle du deplacement d'une goutte entre deux ou plusieurs substrats solides
EP1790202A4 (en) 2004-09-17 2013-02-20 Pacific Biosciences California APPARATUS AND METHOD FOR ANALYZING MOLECULES
EP1828412B2 (en) 2004-12-13 2019-01-09 Illumina Cambridge Limited Improved method of nucleotide detection
JP5897780B2 (ja) 2005-01-28 2016-03-30 デューク ユニバーシティ プリント回路基板上の液滴操作装置及び方法
CA2610294C (en) 2005-05-09 2023-10-03 Theranos, Inc. Point-of-care fluidic systems and uses thereof
JP4990886B2 (ja) 2005-05-10 2012-08-01 ソレックサ リミテッド 改良ポリメラーゼ
GB0514936D0 (en) 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Preparation of templates for nucleic acid sequencing
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
US20070111241A1 (en) 2005-10-14 2007-05-17 Nezih Cereb System and method for accessing, tracking, and editing sequence analysis and software to accomplish the same
US7329860B2 (en) 2005-11-23 2008-02-12 Illumina, Inc. Confocal imaging methods and apparatus
CA2648149A1 (en) 2006-03-31 2007-11-01 Solexa, Inc. Systems and devices for sequence by synthesis analysis
US20070255506A1 (en) * 2006-04-26 2007-11-01 Affymetrix, Inc. System, Method, and Computer Product for Instrument Control and Management of Consumable Resources
EP2089517A4 (en) 2006-10-23 2010-10-20 Pacific Biosciences California POLYMERASEENZYME AND REAGENTS FOR ADVANCED NUCKIC ACID SEQUENCING
EP2653861B1 (en) 2006-12-14 2014-08-13 Life Technologies Corporation Method for sequencing a nucleic acid using large-scale FET arrays
US8349167B2 (en) 2006-12-14 2013-01-08 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays
US8262900B2 (en) 2006-12-14 2012-09-11 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
US8224671B2 (en) * 2006-12-29 2012-07-17 Cerner Innovation, Inc. Documentation of protocol orders
US8133671B2 (en) * 2007-07-13 2012-03-13 Handylab, Inc. Integrated apparatus for performing nucleic acid extraction and diagnostic testing on multiple biological samples
EP3181228B1 (en) * 2007-10-02 2020-07-29 Labrador Diagnostics LLC Modular point-of-care devices and uses thereof
WO2009052123A2 (en) 2007-10-17 2009-04-23 Advanced Liquid Logic, Inc. Multiplexed detection schemes for a droplet actuator
US20090111193A1 (en) * 2007-10-31 2009-04-30 Cooney Christopher G Sample preparation device
US20100009351A1 (en) * 2008-07-11 2010-01-14 Handylab, Inc. Polynucleotide Capture Materials, and Method of Using Same
US20100137143A1 (en) 2008-10-22 2010-06-03 Ion Torrent Systems Incorporated Methods and apparatus for measuring analytes
WO2010077859A2 (en) 2008-12-15 2010-07-08 Advanced Liquid Logic, Inc. Nucleic acid amplification and sequencing on a droplet actuator
WO2011063139A1 (en) 2009-11-18 2011-05-26 Qiagen Laboratory central control unit method and system
US8572507B2 (en) * 2010-05-19 2013-10-29 Pierce Biotechnology, Inc. Systems and methods for interacting with dynamic protocols
WO2012097106A2 (en) * 2011-01-11 2012-07-19 Locus Development, Inc. Systems and methods for obtaining and managing sequencing data
US20140032125A1 (en) 2011-02-12 2014-01-30 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Environment and Method for Rapid Analysis of Genomic Sequence Data
CN108490204A (zh) * 2011-09-25 2018-09-04 赛拉诺斯知识产权有限责任公司 用于多重分析的系统和方法
EP2776165A2 (en) 2011-11-07 2014-09-17 Illumina, Inc. Integrated sequencing apparatuses and methods of use
EP2780881A4 (en) * 2011-11-18 2015-07-01 Transparency Life Science Llc SYSTEMS AND METHODS FOR THE DEVELOPMENT OF CLINICAL PROTOCOLS
US10467594B2 (en) * 2012-08-03 2019-11-05 Label Independent, Inc. Systems and methods for designing, developing, and sharing assays
US9116139B2 (en) * 2012-11-05 2015-08-25 Illumina, Inc. Sequence scheduling and sample distribution techniques
US9805407B2 (en) 2013-01-25 2017-10-31 Illumina, Inc. Methods and systems for using a cloud computing environment to configure and sell a biological sample preparation cartridge and share related data

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1627286A (zh) * 2003-10-31 2005-06-15 国际商业机器公司 用于生命科学发现、设计和开发的系统、方法和制造品
WO2010130762A2 (en) * 2009-05-12 2010-11-18 Life Technologies Corporation Apparatus for and method of automated processing of biological samples

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
基于高通量RNA测序数据分析的弹性云平台;吴一雷，等;《生物技术进展》;20120131;第2卷(第1期);第2章，第3.1节，第3.4节

Also Published As

Publication number Publication date
WO2014116851A2 (en) 2014-07-31
WO2014116851A3 (en) 2014-11-20
CN105051742A (zh) 2015-11-11
KR20150110767A (ko) 2015-10-02
JP6144362B2 (ja) 2017-06-07
US10217156B2 (en) 2019-02-26
CA2899026C (en) 2019-12-03
BR112015017686A2 (pt) 2017-07-11
JP2017199376A (ja) 2017-11-02
US20140214579A1 (en) 2014-07-31
AU2014209321B2 (en) 2017-04-20
US9805407B2 (en) 2017-10-31
JP2016509728A (ja) 2016-03-31
EP2948887A2 (en) 2015-12-02
CA2899026A1 (en) 2014-07-31
JP6359726B2 (ja) 2018-07-18
AU2014209321A1 (en) 2015-08-13
US20180158126A1 (en) 2018-06-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN105051742B (zh) 利用云计算环境来共享生物相关数据的方法和系统
Langmead et al. Cloud computing for genomic data analysis and collaboration
Elemento et al. Artificial intelligence in cancer research, diagnosis and therapy
US11031132B2 (en) Cloud computing environment for biological data
Afgan et al. Harnessing cloud computing with Galaxy Cloud
Ghosh et al. Software for systems biology: from tools to integrated platforms
Meder et al. Institutional core facilities: prerequisite for breakthroughs in the life sciences: core facilities play an increasingly important role in biomedical research by providing scientists access to sophisticated technology and expertise
Silva et al. Academic medical centers as innovation ecosystems to address population–omics challenges in precision medicine
Bajorath et al. Drug discovery and development in the era of big data
Olorunsogo et al. Bioinformatics and personalized medicine in the US: A comprehensive review: Scrutinizing the advancements in genomics and their potential to revolutionize healthcare delivery
Marx Genomics in the clouds
Pérez-Sánchez et al. Developing science gateways for drug discovery in a grid environment
Ngai et al. ProtPOS: a python package for the prediction of protein preferred orientation on a surface
Fidock et al. Bioanalysis of biomarkers for drug development
Sun et al. STENCIL: A web templating engine for visualizing and sharing life science datasets
Wang et al. Physics meets biology: The joining of two forces to further our understanding of cellular function
McDonald et al. Research Spotlight: The University of Kansas High-Throughput Screening Laboratory. Part I: meeting drug-discovery needs in the heartland of America with entrepreneurial flair
Pareek et al. Revolutionizing Drug Design with Artificial Intelligence: A Comprehensive Review of Techniques, Applications, and Case Studies
Arvidsson et al. Institutional profile: the national Swedish academic drug discovery & development platform at SciLifeLab
Summerfield et al. The GSK Bioanalytical Hub model in bioanalysis: maximizing the synergies of co-locating various platforms in support of regulated and nonregulated study end points
Karpiyevich Automation of Liquid Handling for Long-Read Library Preparation: SPT Labtech's technology for automated library construction enabled large-scale whole genome sequencing for the Darwin Tree of Life Project
Lejeune et al. Towards personalized medicine in the EU: what is needed to facilitate the complex international clinical research?
Houser et al. Leveraging Data Sharing To Enable Better Decision Making In Research And Development
Anatskiy et al. Parkour LIMS: facilitating high-quality sample preparation in next generation sequencing
Gribbon Open Innovation‐Based Drug Discovery in Europe: Some Examples of National and Transnational European Initiatives Integrating Chemistry, Biology, and Technology Platforms

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant