CN104404169A - 用于检测施马伦贝格病毒的rt-lamp引物组及试剂盒 - Google Patents
用于检测施马伦贝格病毒的rt-lamp引物组及试剂盒 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP引物组及试剂盒。所述引物如SEQIDNO.1~4所示。所述试剂盒中含有该引物组及RNA提取试剂、LAMP扩增试剂、施马伦贝格病毒阳性对照和阴性对照。本发明建立的检测试剂盒及检测方法具有特异、敏感、快速、简便等优点,是在养殖场、基层实验室等场所开展快速检测的良好方法。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学检测领域,特别涉及一种用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP引物组及试剂盒。
背景技术
施马伦贝格病(Schmallenberg,SB)是2011年11月在德国北莱茵-威斯特法伦州施马伦贝格镇牛羊中发现的一种新的病毒性动物传染病,该病的主要临床特征是:受感染母羊流产、死胎,新生羔羊畸形、成活率下降,感染牛表现为腹泻、发热、产奶量下降等,对畜牧业造成了较大危害。
目前SB的实验室诊断方法主要包括细胞培养分离病毒等病原检测方法,以及酶联免疫吸附试验(ELISA)、间接免疫荧光试验(IFA)和中和试验(NT)等血清学方法。病毒分离通常是确诊疫病的金标准,但由于成年患病动物常不表现临床症状,难以掌握病毒血症的具体时期,且费时费力,因此病毒分离的实施受到一定的限制,不适应快速检测的需要。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP引物组及试剂盒。
本发明的另一个目的在于提供上述RT-LAMP引物组及试剂盒在检测施马伦贝格病毒上的应用。
本发明所采取的技术方案是:
一组用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP引物,其是根据施马伦贝格病毒核衣壳蛋白基因序列的高度保守区域设计的,其包括一对外引物F3、B3,和一对内引物FIP、BIP。其核苷酸序列如下所示:
F3:5’-ACTAGCTGAAGCTAGTGC-3’(SEQ ID NO.1);
B3:5’-TTGTTCCATAGCGTTGGC -3’ (SEQ ID NO.2);
FIP:5’- ACATTGTATAACCATCGGCCCA-TCAGATTGTCATGCCCCT -3’ (SEQ ID NO.3);
BIP:5’-GCCGAAATGTTCCTTGATGCTTT-TTTACATCCATATTGTCCTTGAG -3’ (SEQ ID NO.4)。
一种用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP试剂盒,其含有上述的引物组。还含有RNA提取试剂、LAMP扩增试剂、施马伦贝格病毒阳性对照和阴性对照。
所述施马伦贝格病毒阳性对照为施马伦贝格病毒cDNA的质粒;所述阴性对照为无菌采取澳洲进口牛血清,经检测BSV、BTV、EHDV、AKV、BVDV、IBRV为阴性。
以上所述的试剂盒在施马伦贝格病毒检测中的应用。
本发明建立的施马伦贝格病毒LAMP检测试剂盒及检测方法具有特异、敏感、快速、简便等优点,是在养殖场、基层实验室等场所开展快速检测的良好方法。
附图说明
图1为RT-LAMP检测SBV结果;
图2为RT-LAMP检测SBV结果(P:阳性对照;S1:样品;S2:样品;N:阴性对照);
图3为RT-LAMP检测SBV产物电泳图(M: DNA Marker DL2000;P:阳性对照;S1、S2:样品;N:阴性对照);
图4为 RT-LAMP检测SBV特异性试验荧光曲线;
图5为RT-LAMP检测SBV特异性试验显色结果;
图6为RT-LAMP检测SBV特异性试验电泳结果(M: DNA Marker DL2000;1: SBV;2: IBRV;3: BTV;4: EHDV;5:BVDV;6: AKV;B:空白对照;N:阴性对照);
图8为RT-LAMP检测SBV敏感性试验显色情况;
图7为RT-LAMP检测SBV敏感性试验荧光曲线;
图9为RT-LAMP检测SBV敏感性试验电泳结果(M: DNA Marker DL2000;1:10-1稀释;2:10-2稀释;3:10-3稀释;4:10-4稀释;5:10-5稀释;6:10-6稀释7:10-7稀释;8:10-8稀释)。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步的说明,但并不局限于此。
实施例1 引物设计
从Genebank下载施马伦贝格病毒(SBV)毒株核衣壳蛋白基因的全基因序列,用DNASTAR 5.07软件进行比对,寻找高度保守的区域,然后选取适当的序列设计引物。包括一对外引物F3和B3,一对内引物FIP(由F1C、F2构成)和BIP(由B1C、B2构成),送大连宝生物技术有限公司合成,用DEPC处理水溶解,-80℃避光保存。引物序列见表1:
表1 SBV RT-LAMP引物
注:F3、B3为外引物,内引物FIP由F1c、F2组成,内引物BIP由B1c、 B2组成。
SBVS基因 RT-LAMP扩增目的片段序列如下:
ACTAGCTGAAGCTAGTGC TCAGATTGTCATGCCCCTTGCTGAGGTTAAGGGATGCACCTGGGCCGATGGTTATACAATGTATCTTGGATTTGCACCTGGGGCCGAAATGTTCCTTGATGCTTTTGACTTCTATCCACTAGTTATTGAAATGCATAGGGTCCTCAAGGACAATATGGATGTAAATTTTATGAAAAAAGTCCTCCGCCAACGCTATGGAACAA(SEQ ID NO.5)(注:斜体部分为外引物F3、B3;粗体部分为内引物FIP;下划线部分为内引物BIP)
实施例2 试剂盒组成
1、引物:如表1所示。
2、RNA提取试剂:总RNA纯化试剂(Trizol)为美国Invitrogen公司产品。
3、LAMP扩增试剂:DeaouRDNA扩增试剂盒(恒温扩增法)和DeaouRRNA扩增试剂盒(恒温扩增法)为广州迪澳生物科技有限公司产品。
3、施马伦贝格病毒阳性对照和阴性对照
阳性对照:将需扩增的SBV核衣壳蛋白基因的目的序列送宝生物工程(大连)有限公司,进行全基因合成,制备目的片段重组质粒pMD-SBV,在含Amp的LB细菌培养液中进行培养,收获菌液作为阳性对照。
阴性对照:无菌采取澳洲进口牛血清,经检测BSV、BTV、EHDV、AKV、BVDV、IBRV为阴性。
实施例3 RT-LAMP 反应体系与反应程序的建立
1、病毒RNA提取
(1) 取n个灭菌的1.5 mL Eppendorf 管,其中n 为被检样品、阳性对照与阴性对照的和(阳性对照、阴性对照在试剂盒中已标出),编号。
(2)每管加入600 μL 裂解液,分别加入被检样本、阴性对照、阳性对照各200 μL,再加入200 μL 氯仿,混匀器上振荡混匀5 s(不能过于强烈,以免产生乳化层,也可以用手颠倒混匀)。于4 ℃、12 000 r/min 离心15 min。
(3)取与(1)相同数量灭菌的1.5 mL Eppendorf 管,加入400 μL 异丙醇(-20 ℃ 预冷),做标记。吸取本标准(2)各管中的上清液转移至相应的管中,上清液应至少吸取500μL,不能吸出中间层,颠倒混匀。
(4)于4 ℃、12 000 r/min 离心15 min(Eppendorf 管开口保持朝离心机转轴方向放置),小心倒去上清,倒置于吸水纸上,沾干液体;加入600 μL 75%乙醇,颠倒洗涤。
(5) 于4℃、12 000 r/min 离心10 min(Eppendorf 管开口保持朝离心机转轴方向放置),小心倒去上清,倒置于吸水纸上,尽量沾干液体。
(6) 4 000 r/min 离心10 s(Eppendorf 管开口保持朝离心机转轴方向放置),将管壁上的残余液体甩到管底部,小心倒去上清,用微量加样器将其吸干,吸头不要碰到有沉淀一面,室温干燥5~10 min。
(7) 加入11 μL DEPC 水,溶解管壁上的RNA,2 000 r/min 离心5 s,冰上保存备用。若需长期保存须放置-70 ℃冰箱。
、RT-LAMP扩增反应
按LAMP反应体系(见表2)配制反应混合物放入Genie II等温扩增仪,设置扩增温度为61℃、反应时间为60min,进行LAMP检测。反应结束后,仪器自动分析试验结果,显示扩增曲线(见图1)。当阴阳性对照均成立时,无“S”型扩增曲线的样品判定为阴性(样品S2),加入显色液后呈橙色;有“S”型扩增曲线的样品判定为阳性(样品S1),加入显色液后呈绿色。扩增产物加入显色液后的颜色见图2,电泳结果见图3。
表2 RT-LAMP反应液组份
实施例4 特异性实验
分别提取SBV(施马伦贝格病毒)、BTV(蓝舌病病毒)、EHDV(鹿流行性出血热病毒)、AKV(赤羽病病毒)、BVDV(牛病毒性腹泻病毒)、IBRV(牛传染性鼻气管炎病毒)核酸。按表2的体系配制反应液,按照实施例3的方法进行特异性试验,同时设阳性对照和阴性对照。
实验结果显示:SBV样品和SBV阳性对照(重组质粒pMD-SBV)有荧光扩增曲线,而EHDV、FMDV、BVDV、AKV、BTV、IBRV和阴性对照均未观察到S型扩增曲线,试验结果见图4,扩增产物显色情况见图5,电泳结果见图6。以上结果表明:本发明方法具有极高的特异性。
实施例5 灵敏度实验
提取阳性克隆质粒,经测定浓度为44.70 ng/μL,以10倍梯度稀释到10-10,对梯度稀释的样本按照实施例3的方法进行LAMP检测。
试验结果表明,LAMP检测方法可以检测到提取质粒的10-8稀释倍数,换算成拷贝数约为133 copies/μL。结果见图7~图9。
以上实施例表明:本发明建立的检测试剂盒及检测方法具有特异、敏感、快速、简便等优点,是在养殖场、基层实验室等场所开展快速检测的良好方法。
以上实施例仅为介绍本发明的优选案例,对于本领域技术人员来说,在不背离本发明精神的范围内所进行的任何显而易见的变化和改进,都应被视为本发明的一部分。
<110> 中华人民共和国珠海出入境检验检疫局
<120> 用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP引物组及试剂盒
<130>
<160> 5
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
actagctgaa gctagtgc 18
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
ttgttccata gcgttggc 18
<210> 3
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
acattgtata accatcggcc catcagattg tcatgcccct 40
<210> 4
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
gccgaaatgt tccttgatgc ttttttacat ccatattgtc cttgag 46
<210> 5
<211> 221
<212> DNA
<213> 施马伦贝格病毒
<400> 5
actagctgaa gctagtgctc agattgtcat gccccttgct gaggttaagg gatgcacctg 60
ggccgatggt tatacaatgt atcttggatt tgcacctggg gccgaaatgt tccttgatgc 120
ttttgacttc tatccactag ttattgaaat gcatagggtc ctcaaggaca atatggatgt 180
aaattttatg aaaaaagtcc tccgccaacg ctatggaaca a 221
Claims (6)
1.一组用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP引物,其特征在于,所述引物是根据施马伦贝格病毒核衣壳蛋白基因序列的高度保守区域设计的,其包括一对外引物F3、B3,和一对内引物FIP、BIP。
2.根据权利要求1所述的用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP引物,其特征在于,其核苷酸序列如下所示:
F3:5’-ACTAGCTGAAGCTAGTGC-3’(SEQ ID NO.1);
B3:5’-TTGTTCCATAGCGTTGGC -3’ (SEQ ID NO.2);
FIP:5’- ACATTGTATAACCATCGGCCCA-TCAGATTGTCATGCCCCT -3’ (SEQ ID NO.3);
BIP:5’-GCCGAAATGTTCCTTGATGCTTT-TTTACATCCATATTGTCCTTGAG -3’ (SEQ ID NO.4)。
3.一种用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP试剂盒,其含有权利要求1或2所述的引物组。
4.根据权利要求3所述的用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中还含有RNA提取试剂、LAMP扩增试剂、施马伦贝格病毒阳性对照和阴性对照。
5.根据权利要求4所述的用于检测施马伦贝格病毒的RT-LAMP试剂盒,其特征在于,所述施马伦贝格病毒阳性对照为施马伦贝格病毒cDNA的质粒,所述阴性对照为无菌采取澳洲进口牛血清,经检测BSV、BTV、EHDV、AKV、BVDV、IBRV为阴性。
6.权利要求3~5任一项所述的试剂盒在施马伦贝格病毒检测中的应用。
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