CN104388590B - 用于检测施马伦贝格病毒的套式rt-pcr引物组及试剂盒 - Google Patents

用于检测施马伦贝格病毒的套式rt-pcr引物组及试剂盒 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种用于检测施马伦贝格病毒的套式RT‑PCR引物组及试剂盒,所述引物组的序列如SEQ ID NO.1~4所示,所述试剂盒中含有该引物组及RNA提取试剂、反转录试剂、施马伦贝格病毒阳性对照和阴性对照。本发明建立的试剂盒具有特异、敏感、重复性好、快速、费用低廉等优点,可用于施马伦贝格病毒的快速初筛。

Description

用于检测施马伦贝格病毒的套式RT-PCR引物组及试剂盒
技术领域
本发明属于分子生物学检测领域,特别涉及一种用于检测施马伦贝格病毒的套式RT-PCR引物组及试剂盒。
背景技术
施马伦贝格病(Schmallenberg,SB)是2011年11月在德国北莱茵-威斯特法伦州施马伦贝格镇牛羊中发现的一种新的病毒性动物传染病,该病的主要临床特征是:受感染母羊流产、死胎,新生羔羊畸形、成活率下降,感染牛表现为腹泻、发热、产奶量下降等,对畜牧业造成了较大危害。
目前SB的实验室诊断方法主要包括细胞培养分离病毒等病原检测方法,以及酶联免疫吸附试验(ELISA)、间接免疫荧光试验(IFA)和中和试验(NT)等血清学方法。病毒分离通常是确诊疫病的金标准,但由于成年患病动物常不表现临床症状,难以掌握病毒血症的具体时期,且费时费力,因此病毒分离的实施受到一定的限制,不适应快速检测的需要。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于检测施马伦贝格病的套式RT-PCR引物组及试剂盒。
本发明的另一个目的在于提供上述RT-PCR引物组及试剂盒在检测施马伦贝格病上的应用。
本发明所采取的技术方案是:
一组用于检测施马伦贝格病的套式RT-PCR引物, 其是根据施马伦贝格病毒核衣壳蛋白基因序列的高度保守区域设计的。其核苷酸序列如下所示:
外引物P1:5’- TACATAAGACGGCACAAC C -3’(SEQ ID NO.1);
外引物P2:5’- GCATCAAGGAACATTTCG -3’(SEQ ID NO.2);
内引物P1:5’-TGGGCCGATGGTTATACAATG -3’(SEQ ID NO.3);
内引物P2:5’- TTGGCGGAGGACTTTTTTCA-3’(SEQ ID NO.4)。
一种用于检测施马伦贝格病的套式RT-PCR试剂盒,其含有如上所述的引物组。
上述试剂盒中还含有RNA提取试剂、反转录试剂、施马伦贝格病毒阳性对照和阴性对照。
所述的RNA提取试剂包括样品裂解液、氯仿、DEPC-乙醇、异丙醇和DEPC-H2O中的一种或多种;所述的反转录试剂包括反转录缓冲液、MgCl2、dNTP、RNA酶抑制剂、随机引物、AMV、反转录酶和DEPC-H2O中的一种或多种;所述的施马伦贝格病毒阳性对照为施马伦贝格病毒阳性样板的cDNA,所述阴性对照为所述阴性对照为无菌采取澳洲进口牛血清,经检测BSV、BTV、EHDV、AKV、BVDV、IBRV为阴性。
以上所述的试剂盒在施马伦贝格病检测中的应用。
本发明的有益效果是:本发明建立的套式RT-PCR试剂盒具有特异、敏感、重复性好、快速、费用低廉等优点,可大范围用于施马伦贝格病的快速初筛。
附图说明
图1为一步式RT-PCR电泳结果图(M:DNA Marker DL-2000;1:pMD-SBV质粒;N:阴性对照;B:空白对照);
图2 为套式PCR检测结果图(M:DNA Marker DL-2000;P:阳性对照;1:被检样品;N:阴性对照;B:空白);
图3为外引物特异性试验电泳图(M:DNA Marker DL-2000;P:阳性对照 N:阴性对照;1:BTV;2:EHDV;3:AKV;4:BVDV;5:IBRV;6:SBV; B:空白对照);
图4为内引物特异性试验电泳图(M:DNA Marker DL-2000;P:阳性对照 N:阴性对照;1:BTV;2:EHDV;3:AKV;4:BVDV;5:IBRV;6:SBV; B:空白对照);
图5为外引物敏感性试验电泳图(M:DNA Marker DL-2000;P:阳性对照;N:阴性对照;B:空白对照;1:10-1稀释;2:10-2稀释;3:10-3稀释;4:10-4稀释;5:10-5稀释;6:10-6稀释7:10-7稀释;8:10-8稀释;9:10-9稀释);
图6为内引物敏感性试验电泳图(M:DNA Marker DL-2000;P:阳性对照;N:阴性对照;B:空白对照;1:10-1稀释;2:10-2稀释;3:10-3稀释;4:10-4稀释;5:10-5稀释;6:10-6稀释7:10-7稀释;8:10-8稀释;9:10-9稀释)。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步的说明,但并不局限于此。
实施例1 引物设计
从Genebank下载多个施马伦贝格病(SBV)的核衣壳蛋白基因序列,用DNASTAR5.07软件进行比对,寻找高度保守的区域,然后选取适当的基因序列,设计特异性检测SBVS基因的套式RT-PCR引物(见表1),送大连宝生物技术有限公司合成,用DEPC处理水溶解,-80℃避光保存。
表1 施马伦贝格病毒套式RT-PCR引物
实施例2 试剂盒组成
1、引物组:如表1所示。
2、酶
反转录酶Reverse Transcriptase XL(以下简称AMV)、TaKaRa Ex TaqTM DNA聚合酶(以下简称Ex TaqTM)、PrimeScript 1step Enzyme Mix、2×1Step Buffer为宝生物工程(大连)有限公司产品。
3、RNA提取试剂
总RNA纯化试剂(Trizol)为美国Invitrogen公司产品。
4、反转录试剂
1×RT-PCR缓冲液、MgCl2、dNTP、DTT、甘油、AMV、Tap酶
5、施马伦贝格病阳性对照和阴性对照。
阳性对照:将外引物扩增的SBV 核衣壳蛋白基因的PCR产物送宝生物工程(大连)有限公司,制备目的片段重组质粒pMD-SBV,在含Amp的LB细菌培养液中进行培养,收获菌液作为阳性对照。
阴性对照:所述阴性对照为无菌采取澳洲进口牛血清,经检测BSV、BTV、EHDV、AKV、BVDV、IBRV为阴性。
实施例3套式RT-PCR 反应体系与反应程序的建立
1、病毒RNA提取
(1) 取n个灭菌的1.5 mL Eppendorf 管,其中n为被检样品、阳性对照与阴性对照的和(阳性对照、阴性对照在试剂盒中已标出),编号。
(2)每管加入600 µL 裂解液,分别加入被检样本、阴性对照、阳性对照各200 µL,再加入200 µL 氯仿,混匀器上振荡混匀5 s(不能过于强烈,以免产生乳化层,也可以用手颠倒混匀)。于4 ℃、12 000 r/min 离心15 min。
(3)取与 (1) 相同数量灭菌的1.5 mL Eppendorf 管,加入400 µL 异丙醇(-20℃ 预冷),做标记。吸取本标准(2) 各管中的上清液转移至相应的管中,上清液应至少吸取500µL,不能吸出中间层,颠倒混匀。
(4)于4 ℃、12 000 r/min 离心15 min(Eppendorf 管开口保持朝离心机转轴方向放置),小心倒去上清,倒置于吸水纸上,沾干液体;加入600 µL 75%乙醇,颠倒洗涤。
(5) 于4℃、12 000 r/min 离心10 min(Eppendorf 管开口保持朝离心机转轴方向放置),小心倒去上清,倒置于吸水纸上,尽量沾干液体。
(6) 4 000 r/min 离心10 s(Eppendorf 管开口保持朝离心机转轴方向放置),将管壁上的残余液体甩到管底部,小心倒去上清,用微量加样器将其吸干,吸头不要碰到有沉淀一面,室温干燥5~10 min。
(7) 加入11 µL DEPC 水,溶解管壁上的RNA,2 000 r/min 离心5 s,冰上保存备用。若需长期保存须放置-70 ℃ 冰箱。
、一步法RT-PCR
按表2和表3的反应体系和参数进行一步法RT-PCR,将外引物及各反应组份于Eppendoff管中充分混匀后加入0.2mL PCR管中,并在管上用记号笔标记每一个管对应的样品名称,放入PCR仪中进行一步法RT-PCR。扩增结束后,制备1%琼脂糖凝胶板,将样品及阴阳性对照的RT-PCR产物按编号加入到对应的凝胶孔中,凝胶板的边孔中加入分子量标准(DNAMarker),于80V衡定电压下电泳1 h后,用紫外凝胶成像管理系统观察结果照像,判定结果。
表2 RT-PCR 反应液体系
表3 RT-PCR反应参数
以SBV 核衣壳蛋白基因质粒为模板,用外引物进行RT-PCR,扩增出约为301bp的目的条带,与预期大小相符(见图1)。
回收纯化RT-PCR产物进行测序,用DNASTAR(5.07)基因分析软件对测序结果进行分析后表明,扩增目的片段的长度为301bp,与引物设计时的预计扩增长度相符,测序结果如SEQ ID NO.5所示。
TACATAAGACGGCACAACCAAGTGTCGATCTTACTTTTGGTGGGGTCAAATTTACAGTGGTTAATAACCATTTTCCCCAATATGTCTCAAATCCTGTGCCAGACAATGCCATTACACTTCACAGGATGTCAGGATATCTAGCACGTTGGATTGCTGATACATGCAAGGCTAGTGTCCTCAAACTAGCTGAAGCTAGTGCTCAGATTGTCATGCCCCTTGCTGAGGTTAAGGGATGCACCTGGGCCGATGGTTATACAATGTATCTTGGATTTGCACCTGGGGCCGAAATGTTCCTTGATGC(SEQ IDNO.5)
3、套式PCR
按表4和表5的反应体系和参数进行套式PCR,以一步法RT-PCR产物为模板,将内引物及各反应组份于Eppendoff管中充分混匀后加入0.2mL PCR管中,并在管上用记号笔标记每一个管对应的样品名称,放入PCR仪中进行套式PCR。扩增结束后,制备1%琼脂糖凝胶板,将样品及阴阳性对照的PCR产物按编号加入到对应的凝胶孔中,凝胶板的边孔中加入分子量标准(DNA Marker),于80V衡定电压下电泳1 h后,用紫外凝胶成像管理系统观察结果照像,判定结果。
表4 套式PCR反应体系
表5 套式PCR反应参数
以SBV 核衣壳蛋白基因质粒RT-PCR反应产物为模板,按套式PCR反应体系配制反应混合物放入PCR仪中,按表5的参数设置套式PCR反应条件,进行套式PCR,反应结束后进行凝胶电泳,判定结果(见图2)。在150bp处出现目的条带的被检样品,判为阳性;在150bp处未出现目的条带的被检样品,判为阴性。
实施例4 特异性实验
分别提取SBV(施马伦贝格病毒)、BTV(蓝舌病病毒)、EHDV(鹿流行性出血热病毒)、AKV(赤羽病病毒)、BVDV(牛病毒性腹泻病毒)、IBRV(牛传染性鼻气管炎病毒)等病毒核酸,按实施例3的方法进行特异性试验,同时设阳性对照(重组质粒pMD-SBV)和阴性对照(H2O)。
其中SBV由德国动物健康研究院(FLI, Germany)惠赠,BTV、EHDV由云南出入境检验检疫局技术中心动物检疫实验室赠送,AKV、BVDV、IBRV由本实验室保存。
外引物和内引物检测BTV、EHDV、AKV、BVDV、IBRV、阴性对照和空白对照均未观察到与阳性对照相同大小的条带,而SBV和阳性对照分别在301bp和150均处出现目的片段,即BTV、EHDV、AKV、BVDV、IBRV、阴性对照和空白对照套式RT-PCR结果为阴性,SBV和阳性对照套式RT-PCR结果为阳性,实验结果表明,外引物和内引物均具有特良好的异性。试验结果见图3、图4。
实施例5 灵敏度实验
提取阳性克隆质粒,经测定浓度为44.70 ng/µL。10倍梯度稀释到10-9,对梯度稀释的样本进行套式RT-PCR检测。试验结果表明,外引物和内引物分别可以检测到阳性质粒的最低稀释倍数为10-7和10-8,经换算为6.65×103copies/µL和6.65×102copies/µL,结果见图5、图6。
以上实验表明:本发明建立的套式RT-PCR方法具有特异、敏感、重复性好、费用低廉等优点,是施马伦贝格病毒快速初筛的良好方法。
本发明的检测方法核酸提取需要60 min左右,一步法实时荧光RT-PCR需要120min左右,而进行套式PCR检测需要80分钟,凝胶电泳30分钟。因此从收到样品到得到检验结果的时间仅为5 h,而传统的病毒分离鉴定需要将近14天,大大节省了检测时间。
以上实施例仅为介绍本发明的优选案例,对于本领域技术人员来说,在不背离本发明精神的范围内所进行的任何显而易见的变化和改进,都应被视为本发明的一部分。
<110> 中华人民共和国珠海出入境检验检疫局
<120> 用于检测施马伦贝格病毒的套式RT-PCR引物组及试剂盒
<130>
<160> 5
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
tacataagac ggcacaacc 19
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
gcatcaagga acatttcg 18
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
tgggccgatg gttatacaat g 21
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
ttggcggagg acttttttca 20
<210> 5
<211> 301
<212> DNA
<213> 施马伦贝格病毒
<400> 5
tacataagac ggcacaacca agtgtcgatc ttacttttgg tggggtcaaa tttacagtgg 60
ttaataacca ttttccccaa tatgtctcaa atcctgtgcc agacaatgcc attacacttc 120
acaggatgtc aggatatcta gcacgttgga ttgctgatac atgcaaggct agtgtcctca 180
aactagctga agctagtgct cagattgtca tgccccttgc tgaggttaag ggatgcacct 240
gggccgatgg ttatacaatg tatcttggat ttgcacctgg ggccgaaatg ttccttgatg 300
c 301

Claims (4)

1.一组用于检测施马伦贝格病毒的套式RT-PCR引物, 其特征在于,所述引物是根据施马伦贝格病毒核衣壳蛋白基因序列的高度保守区域设计的,
其核苷酸序列如下所示:
外引物P1:5’- TACATAAGACGGCACAACC -3’(SEQ ID NO.1);
外引物P2:5’- GCATCAAGGAACATTTCG -3’(SEQ ID NO.2);
内引物P1:5’-TGGGCCGATGGTTATACAATG -3’(SEQ ID NO.3);
内引物P2:5’- TTGGCGGAGGACTTTTTTCA-3’(SEQ ID NO.4)。
2.一种用于检测施马伦贝格病毒的套式RT-PCR试剂盒,其含有权利要求1所述的引物组。
3.根据权利要求2所述的用于检测施马伦贝格病毒的套式RT-PCR试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中还含有RNA提取试剂、反转录试剂、施马伦贝格病毒阳性对照和阴性对照。
4.根据权利要求3所述的用于检测施马伦贝格病毒的套式RT-PCR试剂盒,其特征在于,所述的RNA提取试剂包括样品裂解液、氯仿、DEPC-乙醇、异丙醇和DEPC-H2O中的一种或多种;所述的反转录试剂包括反转录缓冲液、MgCl2、dNTP、RNA酶抑制剂、随机引物、反转录酶和DEPC-H2O中的一种或多种;所述的施马伦贝格病毒阳性对照为施马伦贝格病毒cDNA的质粒,所述阴性对照为无菌采取澳洲进口牛血清,经检测BSV、BTV、EHDV、AKV、BVDV、IBRV为阴性。
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