CN104212898A - 一种大批量开发苎麻基因组snp标记的方法及其开发的引物 - Google Patents

一种大批量开发苎麻基因组snp标记的方法及其开发的引物 Download PDF

Info

Publication number
CN104212898A
CN104212898A CN201410450212.XA CN201410450212A CN104212898A CN 104212898 A CN104212898 A CN 104212898A CN 201410450212 A CN201410450212 A CN 201410450212A CN 104212898 A CN104212898 A CN 104212898A
Authority
CN
China
Prior art keywords
ramie
genome snp
genome
snp marker
developing
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201410450212.XA
Other languages
English (en)
Other versions
CN104212898B (zh
Inventor
陈建华
栾明宝
王晓飞
许英
孙志民
刘晨晨
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Institute of Bast Fiber Crops of CAAS
Original Assignee
Institute of Bast Fiber Crops of CAAS
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Institute of Bast Fiber Crops of CAAS filed Critical Institute of Bast Fiber Crops of CAAS
Priority to CN201410450212.XA priority Critical patent/CN104212898B/zh
Publication of CN104212898A publication Critical patent/CN104212898A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN104212898B publication Critical patent/CN104212898B/zh
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种大批量开发苎麻基因组SNP的方法及其开发的引物；具体包括如下步骤：(1)提取2个苎麻品种的DNA；(2)利用RsaI酶对2个苎麻品种基因组进行酶切，获得214-314bp的小片段；(3)对酶切获取的小片段进行测序，获得SLAF标签；(4)针对2个苎麻品种获得的SLAF标签，根据等位基因数和基因序列之间的差异进行多态性分析，搜寻具有SNP多态性的SLAF标签；(5)对搜索到的SLAF标签进行引物设计，经过检测即为基因组SNP标记。相对于传统的开发分子标记方法，方法易行，操作简便，效率高，成本低。大批量苎麻基因组SNP标记的获得，为苎麻分子生物学和遗传学奠定了坚实基础。

Description

一种大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法及其开发的引物
技术领域
本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种从苎麻基因组中高通量开发SNP标记的方法及其开发的引物。
背景技术
在众多分子标记中，SNP标记是当前研究最多，也是最有前景的分子标记。(唐立群等，SNP分子标记的应用及其研究进展.中国农学通报(28)：154-158.)SNP标记与其它分子标记技术相比，具有基因组数量多、分布广且不需要根据DNA片段大小将DNA分带，既可实现大规模化和自动化，因而更适合于数量庞大的遗传检测分析(刘传光等，水稻单核苷酸多态性及其应用.遗传，2006(28)：737-744.)。因此在植物遗传研究的众多方面受到重视(SchlottererC.2004.The evolution of molecular markers-just a matter offashion.Nat Rev Genet.5:63-69)。
随着具有高通量、低成本、测序错误率低、测序读长短特点的新一代测序技术和生物信息学的发展，使得高通量标记开发成为可能。目前，尚未有开发苎麻SNP标记的方法的相关报道。
发明内容
本发明的目的是在于提供一种大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法及其开发的标记；相对于传统的开发分子标记方法，方法易行，操作简便，效率高，成本低。大批量苎麻基因组SNP的获得，为苎麻分子生物学和遗传学奠定了坚实基础。
一种大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法，具体包括如下步骤：
(1)提取2个苎麻品种的DNA；
(2)将苎麻基因组DNA酶切为小片段；
(3)对酶切后获取的小片段进行测序，获得2个品种的SLAF标签；
(4)在步骤(3)获得的2个苎麻品种的SLAF标签中，搜寻具有SNP多态性的SLAF标签；
(5)对搜寻到的SLAF标签序列进行引物设计，经扩增测序检测，得到的引物即为基因组SNP标记。
步骤(2)中采用RsaI酶对苎麻基因组进行酶切。酶切后获取长度为214-314bp的片段。
步骤(4)中根据等位基因数和基因序列之间的差异进行多态性分析，搜寻具有SNP多态性的SLAF标签。
步骤(5)的引物设计参数：扩增产物长度在100-180bp，引物长度在18-25bp。
采用上述方法设计并经扩增测序检测的10对基因组SNP引物序列如下：
采用SLAF-seq技术开发基因组SNP标记，速度快，成本低，效率高。本发明1个月完成了18062个SNP引物的开发，而且成本仅有1万元，平均开发一个标记的成本不足1元。
具体实施方式
以下结合实施例旨在进一步说明本发明，而非限制本发明。
实施例1
(1)确定酶切方案和切胶范围，测序量等以保证其分子标记开发的密度、均匀性从而确保达到预期的实验目的。
提取苎麻品种中苎1号和合江青麻的DNA。
酶切方案选择
根据近缘物种的选取原则，最终选取物种大麻基因组作为参考基因组进行酶切预测。
苎麻物种信息以及近缘物种信息如下所示：
苎麻信息：基因组大小为716Mb，GC含量为49％；
近缘物种大麻信息：基因组大小为757Mb，GC含量为24％，下载地址：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/Eukaryotes/plants/Cannabis_sativa/canSat3/。
候选酶切方案信息
利用酶切预测软件对大麻基因组进行系统分析，主要根据基因组大小、GC含量、重复序列比例和基因结构特点等信息，设计候选酶切方案。
对近缘物种大麻基因组进行酶切预测，候选酶切方案信息如表1所示：
表1不同切胶范围内酶切结果比较
酶 酶切片段 SLAF数目 重复数(％)
RsaI(苎麻) 214-314bp 111,400 8.32％
RsaI(大麻) 224-304bp 93,464 8.27％
最佳酶切方案评估
最佳酶切方案选择原则：
SLAF标签在基因组上分布足够均匀，重复序列适中。
根据以上原则结合表1的信息，选择基因片段范围在214-314bp的方案作为最佳酶切方案，即酶切后获取214-314bp的片段。
酶切体系为基因组DNA 500ng(苎麻)、NEB buffer41μl(New England Biolabs公司缓冲液4)、RsaI 0.12μl、ddH2O(双蒸水)加至50μl体系，试剂配好后混匀，37℃ 15h，用QIAGEN试剂盒纯化。
(2)5’末端修复：将酶切产生的不同类型的末端进行修复，同时对5’末端进行磷酸化修饰。反应体系为步骤(1)中纯化样本DNA 30μl、T4 DNALigase Buffer with 10mMATP(含10mMATP的T4 DNA连接缓冲液)10μl、10mM dNTP Mix(10mM dNTP混合液)4μl、T4 DNAPolymerase(T4 DNA聚合酶)5μl、Klenow Enzyme(Klenow酶)1μl、T4 PNK 5μl、ddH2O(双蒸水)45μl。试剂配好后混匀，20℃ 30分钟，反应结束后用QIAGEN试剂盒纯化，33μlEB回溶。
(3)3’末端加A：与solexa(Illumina公司生产的高通量测序仪)接头5’端的T互补提高连接效率，并阻止solexa接头进行自连。反应体系为步骤(2)中纯化样本DNA32μl、KlenowBuffer 5μl、1mM dATP 10μl、Klenow Exo-3μl。
(4)连接solexa测序接头：便于统一模板进行PCR扩增，同时将连接产物锚定在玻璃表面(flow cell)上，进行桥式扩增。反应体系为步骤(3)中纯化样本DNA 10μl、DNALigaseBuffer2X(2X的DNA连接酶缓冲液)25μl、Adapter(solexa测序接头)10μl、DNA连接酶5μl。
(5)PCR扩增：增大起始模板量，达到上机建库量的要求。反应体系为步骤(4)中纯化样本DNA 8μl、PCR primer PE 1.0(PCR引物1)1.5μl、PCR primer PE 2.0(PCR引物2)1.5μl、Phusion DNA Polymerase(Finnzymes Oy公司生产的DNA聚合酶)20μl、ddH2O(双蒸水)9μl。反应程序为98℃预变性30s，98℃变性40s、65℃退火30s、72℃延伸30s、10-12个循环，72℃延伸5min。
(6)切取目的片段：根据设计预期得到的SLAF标签数目确定切胶范围。切取大小合适的目的片段；制作2％低熔点琼脂糖胶，将步骤(5)中的PCR产物进行电泳，120V 60分钟，切取400-500bp的目的片段，QIAGEN胶回收试剂盒回收目的片段。
(7)定量与测序：优化特异性长度片段cluster的密度，确保测序有效数据量达到预期要求,对所需要的cluster上机测序。
通过对酶切片段进行测序，总共得到7.5M测序reads，总数据量为0.76Gb。对各样品的测序数据进行评估，包括reads长度、数量、总数据量、Q20和GC含量，具体测序数据统计评估结果见表2：
表2各样品测序数据评估统计表
(8)序列信息分析：利用Illumina GAIIx测序得到原始数据，利用软件SLAF_Poly.pl.(北京百迈克公司研发)对测序结果中index序列识别和低质量过滤，得到项目各样品有效原始数据。基因组经酶切处理打断为多个小片段，每个片段相当于一个标记位点，同一位点reads序列通过相似性聚类，形成一个group。一个group中一般存在1-4条高深度片段，其余全为低深度片段。一般高深度片段即为潜在基因型，低深度片段可能由于测序错误导致。为了纠正测序错误，通过纠错策略将每一个group中准确的高深度片段作为参考序列，低深度片段比对到参考序列上，对低深度片段上的错配碱基进行纠正，消除错误碱基；得到各样品有效特异序列标签。
获得SLAF标签数为115,369，整体平均深度达到33.26x。各样品SLAF标签以及所有样品群体SLAF标签信息统计见表3：
表3各样品SLAF标签信息统计表
(9)SNP搜索
针对2个苎麻品种获得的115369个SLAF标签，根据等位基因数和基因序列之间的差异进行多态性分析，共得到4种类型的SLAF标签，其中具有SNP多态性的SLAF标签10116个，SNP多态性标签占所有标签的比例达到8.77％。
(10)根据含有SNP的基因组序列进行设计引物
根据SNP侧翼序列设计引物，得到基因组SNP标记的扩增引物。引物设计参数：扩增产物长度在100-180bp，引物长度在18-25bp。
实施例2
引物多态性检测
1材料与方法
1.1材料
4份苎麻种质资源(中苎1号、合江青麻、中苎2号、红皮红花)。
1.2方法
1.2.1基因组DNA的提取
在国家种质长沙苎麻圃取4份苎麻种质(中苎1号、合江青麻、中苎2号、红皮红花)植株的新发出的嫩芽，利用天根试剂盒提取DNA。提取后的DNA通过电泳检测浓度后，计算样品DNA浓度，并稀释到所需浓度。
1.2.2利用所设计的SNP引物进行PCR
PCR反应体系:20μL反应体系组成见表4
表4 PCR反应体系组成
体系组成 终浓度
Mg2+ 2.0mmol/L
Taq Buffer 1×
dNTP Mix 200μmol/L each
Taq Enzyme 1U
Primers 0.25μmol/L each
DNA 90ng
PCR扩增程序：95℃预变性5min，94℃变性1min，50℃复性50 sec，72℃延伸1min，29次循环后72℃延伸10min。PCR扩增在PTC-200扩增仪上进行(MJ Research.Inc.)。
1.2.3 PCR扩增产物检测
扩增产物进行测序。
用本发明的10对引物对4个品种材料分别进行PCR扩增，通过对PCR产物测序，进行多态性检测，实验设3次重复，均得到相同的结果，能够很好的呈现多态性，说明本发明标记可以用于构建苎麻SNP多态性图谱。
以下是本发明获得的引物Marker24380的检测结果。
品种1：中苎1号：
ACTGAGATCCAAGGAATTTGTTTGAAGATGAGTTTATGACGATGGTTACGTCCTCCGCACCATCACCACCGCCCAAAATTAAGAATATCCTTATTCTAAAATCTGGAGAAGTAACAGAGTTGAATCGAGATTTTTAATGTCCTCCTTGTTGGGGTTGGT
品种2：合江青麻：
ACTGAGATCCAAGGAATTTGTTTGAAGATGAGTTTATGACGATGGTTACGTCCTCCGCACCATCACCACCGCCCAAAATTAAGAATATCCTTATTCTAAAATCTGGAGAAGTAACAGAGTTGAATCGAGATTTTTAATGTCCTCCTTGTTGGGGTTGGT
品种3：中苎2号：
ACTGAGATCCAAGGAATTTGTTTGAAGATGAGTTTATGACGATGGTTACGTCCTCCGCACCATCACCACCGCCCAAAATTAAGAATATCCTTATTCTAAAATCTGGAGAAGTAACAGAGTTGAATCGAGATTTTTAATGTCCTCCTTGTTGGGGTTGGT
品种4：红皮红花：
ACTGAGATCCAAGGAATTTGTTTGAAGATGAGTTTATGACGATGGTTACGTCCTCCGCACCATCACCACCGCCCAAAATTAAGAATATCCTTATTCTAAAATCTGGAGAAGTAACAGAGTTGAATCGAGATTTTTAATGTCCTCCTTGTTGGGGTTGGT
以下是本发明获得的引物Marker22984的检测结果。
品种1：中苎1号：
ACTTTTTACTCTCGTATAAATAGATCTCATTCTCATTTATGAACATGGTGTTTTTAATATATACATCTATTCTTGTAGTATAACCTTCTTTGAAGATGTGATAAATACAAAGCACTATTTAAATGATCACTTTTAAGTATACATGATAGATAGGGTTGT
品种2：合江青麻：
ACTTTTTACTCTCGTATAAATAGATCTCATTCTCATTTATGAACATGGTGTTTTTAATATATACATCTATTCTTGTATATAACCTTCTTTGAAGATGTGATAAATACAAAGCACTATTTAAATGATCACTTTTAAGTATACATGATAGATAGGGTTGT
品种3：中苎2号：
ACTTTTTACTCTCGTATAAATAGATCTCATTCTCATTTATGAACATGGTGTTTTTAATATATACATCTATTCTTGTAGTATAACCTTCTTTGAAGATGTGATAAATACAAAGCACTATTTAAATGATCACTTTTAAGTATACATGATAGATAGGGTTGT
品种4:红皮红花：
ACTTTTTACTCTCGTATAAATAGATCTCATTCTCATTTATGAACATGGTGTTTTTAATATATACATCTATTCTTGTAGTATAACCTTCTTTGAAGATGTGATAAATACAAAGCACTATTTAAATGATCACTTTTAAGTATACATGATAGATAGGGTTGT
另外，利用本发明方法开发的SNP标记，还可以用于品种辨别、遗传多样性分析。

Claims (7)

1.一种大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法，其特征在于，具体包括如下步骤：
(1)提取2个苎麻品种的DNA；
(2)将苎麻基因组DNA酶切为小片段；
(3)对酶切后获取的小片段进行测序，获得2个品种的SLAF标签；
(4)在步骤(3)获得的2个苎麻品种的SLAF标签中，搜寻具有SNP多态性的SLAF标签；
(5)对搜寻到的SLAF标签序列进行引物设计，经扩增测序检测，得到的引物即为基因组SNP标记。
2.根据权利要求1所述的大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法，其特征在于，步骤(2)中采用RsaI酶对苎麻基因组进行酶切。
3.根据权利要求2所述的大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法，其特征在于，酶切后获取长度为214-314bp的片段。
4.根据权利要求1所述的大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法，其特征在于，步骤(4)中根据等位基因数和基因序列之间的差异进行多态性分析，搜寻具有SNP多态性的SLAF标签。
5.根据权利要求1所述的大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法，其特征在于，步骤(5)的引物设计参数：扩增产物长度在100-180bp，引物长度在18-25bp。
6.根据权利要求1或2或3或4或5所述的大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法，其特征在于，设计并经扩增测序检测的10对基因组SNP引物序列如下：
7.用于苎麻基因组SNP标记的引物，其特征在于，10对基因组SNP标记引物序列如下：
CN201410450212.XA 2014-09-05 2014-09-05 一种大批量开发苎麻基因组snp标记的方法及其开发的引物 Expired - Fee Related CN104212898B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201410450212.XA CN104212898B (zh) 2014-09-05 2014-09-05 一种大批量开发苎麻基因组snp标记的方法及其开发的引物

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201410450212.XA CN104212898B (zh) 2014-09-05 2014-09-05 一种大批量开发苎麻基因组snp标记的方法及其开发的引物

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN104212898A true CN104212898A (zh) 2014-12-17
CN104212898B CN104212898B (zh) 2016-08-24

Family

ID=52094800

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201410450212.XA Expired - Fee Related CN104212898B (zh) 2014-09-05 2014-09-05 一种大批量开发苎麻基因组snp标记的方法及其开发的引物

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN104212898B (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105550537A (zh) * 2016-01-07 2016-05-04 中国种子集团有限公司 鉴定水稻dna身份的方法及其应用
CN113151566A (zh) * 2021-05-19 2021-07-23 潍坊兴旺生物种业有限公司 工业大麻性别连锁snp分子标记、筛选方法及其应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103088120A (zh) * 2012-11-29 2013-05-08 北京百迈客生物科技有限公司 基于SLAFseq技术的大规模样品基因分型方法
CN103555717A (zh) * 2013-11-18 2014-02-05 新疆农业科学院哈密瓜研究中心 一种甜瓜甜味酸味性状相关基因功能性分子标记及应用

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103088120A (zh) * 2012-11-29 2013-05-08 北京百迈客生物科技有限公司 基于SLAFseq技术的大规模样品基因分型方法
CN103555717A (zh) * 2013-11-18 2014-02-05 新疆农业科学院哈密瓜研究中心 一种甜瓜甜味酸味性状相关基因功能性分子标记及应用

Non-Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CHUAN-I LI等: "Development and validation of molecular markers for characterization of Boehmeria nivea var. nivea and Boehmeria nivea var. tenacissima", 《CHINESE MEDICINE》 *
MING-BAO LUAN等: "Development of a core collection for ramie by heuristic search based on SSR markers", 《BIOTECHNOLOGY & BIOTECHNOLOGICAL EQUIPMENT》 *
SUN, X. 等: "SLAF-seq: an efficient method of large-scale de novo SNP discovery and genotyping using high-throughput sequencing", 《PLOS ONE》 *
TOUMING LIU等: "Development and Characterization of 1,827 Expressed Sequence Tag-Derived Simple Sequence Repeat Markers for Ramie (Boehmeria nivea L. Gaud)", 《PLOS ONE》 *
WEI CHEN等: "The development of specific SNP markers for chromosome 14 in cotton using next-generation sequencing", 《PLANT BREEDING》 *
YANXIN ZHANG等: "Construction of a high-density genetic map for sesame based on large scale marker development by specific length amplified fragment (SLAF) sequencing", 《BMC PLANT BIOLOGY》 *
陈士强等: "基于SLAF-seq 技术开发长穗偃麦草染色体特异分子标记", 《作物学报》 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105550537A (zh) * 2016-01-07 2016-05-04 中国种子集团有限公司 鉴定水稻dna身份的方法及其应用
CN113151566A (zh) * 2021-05-19 2021-07-23 潍坊兴旺生物种业有限公司 工业大麻性别连锁snp分子标记、筛选方法及其应用
CN113151566B (zh) * 2021-05-19 2022-06-14 山东玄康种业科技有限公司 工业大麻性别连锁snp分子标记、筛选方法及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN104212898B (zh) 2016-08-24

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Xu et al. Evaluation of the DNA barcodes in Dendrobium (Orchidaceae) from mainland Asia
CN105316329A (zh) 金针菇ssr分子标记及其对应引物与应用
CN110343767B (zh) 凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用
CN105385778A (zh) 高通量检测花生AhFAD2B基因SNP基因分型的引物及方法
CN103320521A (zh) 一种真核浮游植物多样性的快速高通量检测方法
CN113832243A (zh) 基于kasp技术开发的用于茶树品种鉴定的核心snp标记
CN110951911A (zh) 基于转录组的椴树属est-ssr引物及其筛选方法和应用
CN104212898B (zh) 一种大批量开发苎麻基因组snp标记的方法及其开发的引物
KR101961653B1 (ko) 고구마 품종 판별용 ｓｎｐ 분자 마커 및 이의 용도
CN105463093A (zh) 一种用于鱼类线粒体全基因组扩增的引物、试剂盒及扩增方法
CN111944917B (zh) 一种基于转录组测序开发山茶属植物ssr引物的方法
CN102732514B (zh) 趋化因子受体9基因作为牛优良超数排卵性状分子标记的鉴定方法及其应用
CN104212897B (zh) 一种大批量开发苎麻基因组ssr标记的方法及其开发的引物
CN109706247B (zh) 利用微卫星技术对近交系小鼠进行遗传质量监测的方法
CN106755422B (zh) 一种与黄牛生长性状相关的meg3基因snp的检测方法及其应用
CN103589797A (zh) 一种单核苷酸多态性分型的方法及其应用
CN104561364B (zh) 一种快速检测甘蔗属spsb基因多态性的方法及应用
CN103343122B (zh) 用于鉴定条斑紫菜耐高温品系tm-18的方法、分子标记及其构建方法
CN105631245A (zh) 一种用于鉴定美洲黑杨优良无性系的专用引物及其鉴定方法
CN105112556A (zh) 与京海黄鸡腹脂性状显著相关的特异SNPs分子标记及其应用
CN101892316B (zh) 一种检测鸭群体中屠体性状的方法及试剂盒
CN103205446B (zh) 植酸酶玉米phyA2基因检测用质粒分子pPZ的构建与应用
CN113718049B (zh) 鉴别香榧品种玉山鱼榧、大丁香和磐大榧的多重标记引物
KR102226016B1 (ko) 감탕나무 유래 엽록체 식별용 마커 및 완도호랑가시나무 식별용 프라이머 세트
CN110819721B (zh) 一种鉴定高产伊犁鹅的分子标记及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee

Granted publication date: 20160824

Termination date: 20200905

CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee