CN104204212A - 使用环化酶进行环氧化 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及用于环氧化一种非环脂肪族烯烃、或一种萜烯的酶法。
Description
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发明背景
发明领域
本发明涉及环化酶用于环氧化非环脂肪族烯烃、或萜烯的用途。
背景
发现来自蘑菇担子菌菌株茶树菇(菌株TM-A1)的表示为AaP的一种环化酶可氧化芳基醇和醛。该AaP环化酶是通过离子层析法的若干步骤从茶树菇TMA1纯化的,分子量是通过SDS-PAGE确定,并且N-端14氨基酸序列是在2-D电泳之后确定的,但是编码基因未被分离(乌尔里克(Ullrich)等人,2004,应用与环境微生物学(Appl.Env.Microbiol.)70(8):4575-4581)。
WO 2006/034702披露了使用茶树菇TM A1的AaP环化酶用于酶法羟基化未活化的碳氢化合物(例如萘、甲苯和环己烷)的方法。这也描述于乌尔里克(Ullrich)和霍夫里克特(Hofrichter),2005,欧洲生化学会联合会快报(FEBSLetters)579:6247-6250中。
WO 2008/119780披露了来自茶树菇、灰盖鬼伞(Coprinopsis cinerea)、双色蜡蘑(Laccaria bicolor)和辐毛鬼伞(Coprinus radians)的八种不同的环化酶。
DE 103 32 065 A1披露了用于通过使用茶树菇TM A1的AaP环化酶通过醛的中间形成从醇中酶法制备酸的方法。
报道了用于通过该AaP环化酶而快速和选择性地以分光光度计直接检测芳香族羟基化的方法(克卢格(Kluge)等人,2007,应用微生物学和生物技术(Appl Microbiol Biotechnol)75:1473-1478)。
众所周知直接地区域选择地将氧官能团(加氧)引入有机分子中构成了化学合成中的一个问题。这些产物在多种多样的不同合成中可用作重要的中间体。
已知一种胞内酶——甲烷单加氧酶(MMO,EC 14.13.25)氧化/羟化一些碳氢化合物的末端碳。该MMO酶由若干蛋白质组分组成,并单独地通过甲基营养菌(例如荚膜甲基球菌(Methylococcus capsulatus))形成;它需要复杂的电子供体(例如NADH或NADPH)、辅助蛋白质(黄素还原酶、调节蛋白质)和分子氧(O2)。MMO的天然底物是甲烷,甲烷被氧化为甲醇。作为一种具体地非特异性生物催化剂,MMO氧化/羟化一系列其他底物(连同甲烷)例如n-烷烃及其衍生物、环烷烃、芳香族化合物、一氧化碳和杂环。在生物技术中利用该酶当前是不可能的,因为它难以分离,像大部分胞内酶一样,它具有低稳定性,并且所需的共底物相对昂贵。
发明概述
在一个第一方面,本发明的诸位发明人已提供了用于产生一种环氧化物的一种酶学方法,包括用过氧化氢和一种环化酶接触一种非环脂肪族烯烃或一种萜烯;其中该环化酶包括一种与SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20具有至少60%一致性的氨基酸序列。在一个实施例中,该氨基酸序列包含以下基序:E-H-D-[G,A]-S-[L,I]-S-R。
定义
环化酶活性:术语“环化酶活性”意指根据EC 1.11.2.1的一种“非特异性环化酶”活性,它催化来自H2O2的一个氧原子插入多种底物(例如硝基苯并二茂)中。出于本发明的目的,环化酶活性是根据以下中描述的程序确定的:M.波拉杰-可比尔斯考(Poraj-Kobielska),M.金尼(Kinne),R.乌尔里克(Ullrich),K.诗切布内尔(Scheibner),M.霍夫里克特(Hofrichter),“用于检测真菌环化酶的分光光度计测定(A spectrophotometric assay for thedetection of fungal peroxygenases)”,分析生物化学(Analytical Biochemistry)(2012),第421卷,第1期,第327-329页。
本发明的环化酶与SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20的成熟多肽具有至少20%、优选至少40%、更优选至少50%、更优选至少60%、更优选至少70%、更优选至少80%、甚至更优选至少90%、最优选至少95%以及甚至最优选至少100%的环化酶活性。
成熟多肽:术语“成熟多肽”此处被定义为在翻译和任何翻译后修饰(例如N-末端加工、C-末端截短、糖基化、磷酸化、等)之后处于其最终形式的一种具有环化酶活性的多肽。在一个优选方面,基于N-端肽测序数据,该成熟多肽具有在SEQ ID NO:1的位置1至328处示出的氨基酸序列(乌尔里克(乌尔里克(Ullrich))等人,2004,应用与环境微生物学(Appl.Env.Microbiol.)70(8):4575-4581),阐明AaP环化酶的成熟多肽的开始。
一致性:两个氨基酸序列之间或两个核苷酸序列之间的相关性由参数“一致性”描述。
出于本发明的目的,使用尼德曼-翁施(Needleman-Wunsch)算法(尼德曼和翁施,1970,分子生物学杂志(J.Mol.Biol.)48:443-453)来确定两个氨基酸序列之间的一致性程度,该算法如EMBOSS软件包(EMBOSS:欧洲分子生物学开放软件套件(The European Molecular Biology Open Software Suite),赖斯(Rice)等人,2000,遗传学趋势(Trends in Genetics)16:276-277;http://emboss.org)(优选3.0.0版或更新版本)的Needle程序所实施的。所使用的这些任选参数是空位开放罚分10、空位延伸罚分0.5,及EBLOSUM62(BLOSUM62的EMBOSS版本)取代矩阵。尼德尔标注的“最长的一致性”的输出(使用-非简化选项获得)被用作百分比一致性,并且如下计算:
(一致的残基×100)/(比对长度-比对中的空位总数)
出于本发明的目的,使用如在EMBOSS包(EMBOSS:欧洲分子生物学开放软件套件,赖斯等人,2000,同上;http://emboss.org)(优选3.0.0版或更新版本)的Needle程序中所实施的尼德尔曼-翁施算法(尼德尔曼和翁施,1970,同上)来测定两个脱氧核糖核苷酸序列之间的一致性程度。使用的任选参数是空位开放罚分10,空位延伸罚分0.5及EDNAFULL(NCBI NUC4.4的EMBOSS版本)取代矩阵。尼德尔标注的“最长的一致性”的输出(使用-非简化选项获得)被用作百分比一致性,并且如下计算:
(一致的脱氧核糖核酸核苷酸×100)/(比对长度-比对中的空位总数)。
修饰:术语“修饰”此处意指由SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20的成熟多肽,或其一个同源序列组成的多肽的任意化学修饰连同编码这样一种多肽的DNA的基因操作。该修饰可以是一个或多个(若干个)氨基酸的取代、缺失和/或插入,连同一个或多个(若干个)氨基酸侧链的替换。
发明详细说明
环化酶
本发明涉及用于使用一种多肽进行环氧化的方法,该多肽优选地是重组产生的,具有环化酶活性(称为“环化酶”),包括一个氨基酸序列或由其组成,该氨基酸序列与SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20(优选地SEQ ID NO:1)的多肽具有至少60%一致性,优选至少65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%一致性。
在一个优选实施例中,该环化酶包括由以下基序表示的一个氨基酸序列:E-H-D-[G,A]-S-[L,I]-S-R(SEQ ID NO:21)。
在又另一个实施例中,该第一方面的多肽包括SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20(优选地SEQID NO:1)的氨基酸序列或其具有环化酶活性的一个片段,或者由其组成;优选地该多肽包括SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20(优选地SEQ ID NO:1)的成熟多肽或由其组成。
优选地,氨基酸变化是一种次要性质的变化,即并不显著影响蛋白质的折叠和/或活性的保守氨基酸取代或插入;典型地具有一个到约30个氨基酸的小缺失;小氨基-或羧基-末端延伸,如一种氨基-末端甲硫氨酸残基;具有至多约20-25个残基的一种小连接肽;或通过改变净电荷促进纯化或另一种功能的一种小延伸,如一种聚组氨酸段、一种抗原表位或一种结合域。
保守取代的实例处于以下组内:碱性氨基酸(精氨酸、赖氨酸以及组氨酸)、酸性氨基酸(谷氨酸和天冬氨酸)、极性氨基酸(谷氨酰胺和天冬酰胺)、疏水性氨基酸(亮氨酸、异亮氨酸以及缬氨酸)、芳香族氨基酸(苯丙氨酸、色氨酸以及酪氨酸)、以及小氨基酸(甘氨酸、丙氨酸、丝氨酸、苏氨酸以及甲硫氨酸)。一般不会改变特异性活性的氨基酸取代是本领域已知的并且例如由H.诺伊拉特(Neurath)和R.L.希尔(Hill),1979在《蛋白质》(The Proteins)(学术出版社(Academic Press),纽约)中描述。最常发生的交换是Ala/Ser、Val/Ile、Asp/Glu、Thr/Ser、Ala/Gly、Ala/Thr、Ser/Asn、Ala/Val、Ser/Gly、Tyr/Phe、Ala/Pro、Lys/Arg、Asp/Asn、Leu/Ile、Leu/Val、Ala/Glu、和Asp/Gly。
除20个标准氨基酸之外,非标准氨基酸(例如4-羟脯氨酸、6-N-甲基赖氨酸、2-氨基异丁酸、异缬氨酸、和α-甲基丝氨酸)可以被野生型多肽的氨基酸残基取代。有限数目的非保守的氨基酸、不是由该遗传密码编码的氨基酸、以及非天然氨基酸可以被氨基酸残基取代。“非天然氨基酸”在蛋白质合成以后已被修饰,和/或在其一个或多个侧链中具有与标准氨基酸不同的化学结构。非天然氨基酸可以是化学合成的,并且优选地是可商购的,并且包括哌啶酸、噻唑烷羧酸、脱氢脯氨酸、3-和4-甲基脯氨酸、以及3,3-二甲基脯氨酸。
可替代地,氨基酸改变具有改变多肽的物理化学特性的这种性质。例如,氨基酸改变可以提高多肽的热稳定性、改变底物特异性、改变最适pH,等等。
母体多肽中的必需氨基酸可以根据本领域中已知的程序来识别,如定点诱变或丙氨酸扫描诱变(坎宁安(Cunningham)和韦尔斯(Wells),1989,科学(Science)244:1081-1085)。在后一项技术中,在该分子中的每个残基处引入单个丙氨酸突变,并且对所得突变体分子的生物活性(即环化酶活性)进行测试以鉴别对于该分子的活性至关重要的氨基酸残基。还参见,希尔顿(Hilton)等人,1996,生物化学杂志271:4699-4708。也可结合假定接触位点氨基酸的突变,如通过以下技术例如核磁共振、结晶学、电子衍射、或光亲和标记进行确定的对结构进行物理学分析,从而确定酶的活性位点或其他生物学相互作用。参见,例如,德弗斯(de Vos)等人,1992,科学255:306-312;史密斯(Smith)等人,1992,分子生物学杂志224:899-904;乌乐达维尔(Wlodaver)等人,1992,欧洲生化学会联合会快报309:59-64。也可以从与多肽的一致性的分析推断必需氨基酸的身份,该多肽与根据本发明的一种多肽相关。
可以做出单个或多个氨基酸取代、缺失和/或插入并且使用诱变、重组和/或改组的已知方法进行测试,随后进行相关筛选程序,如由里德哈尔-奥尔森(Reidhaar-Olson)和萨奥尔(Sauer),1988,科学(Science)241:53-57;博维(Bowie)和萨奥尔,1989,美国国家科学院院刊(Proc.Natl.Acad.Sci.USA)86:2152-2156;WO 95/17413;或WO 95/22625披露的那些。其他可以使用的方法包括易错PCR、噬菌体展示(例如洛曼(Lowman)等人,1991,生物化学30:10832-10837;美国专利号5,223,409、WO 92/06204)以及区域定向诱变(德比什尔(Derbyshire)等人,1986,基因46:145;内尔(Ner)等人,1988,DNA7:127)。
可以结合诱变/改组方法与高通量自动化筛选方法来检测由宿主细胞表达的克隆的、诱变的多肽的活性(内斯等人,1999,自然生物技术17:893-896)。编码活性多肽的诱变的DNA分子可以回收自宿主细胞,并且使用本领域的标准方法对其进行迅速测序。这些方法允许迅速确定感兴趣的多肽中单个氨基酸残基的重要性,并且可适用于未知结构的多肽。
SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20(优选地SEQ ID NO:1)的成熟多肽的氨基酸取代、缺失和/或插入的总数量是10,优选9,更优选8,更优选7,更优选最多6,更优选5,更优选4,甚至更优选3,最优选2,并且甚至最优选1。
过氧化氢
该环化酶所需的过氧化氢可被提供为过氧化氢的一种水性溶液或用于原位生产过氧化氢的一种过氧化氢前体。任何在溶解时释放环化酶可用的一种过氧化物的固体实体都可充当过氧化氢的一个来源。在水或一种合适的基于水的介质中溶解时产生过氧化氢的化合物包括但不限于金属过氧化物、过碳酸盐、过硫酸盐、过磷酸盐、过氧酸、烷基过氧化物、酰基过氧化物、过氧酯、过氧化脲、过硼酸盐和过氧羧酸或其盐。
过氧化氢的另一个来源是一种过氧化氢生成酶系统,例如一种氧化酶与用于该氧化酶的一种底物一起。氧化酶和底物的组合的实例包括但不限于氨基酸氧化酶(参见例如US 6,248,575)和一种适合的氨基酸、葡萄糖氧化酶(参见例如WO 95/29996)和葡萄糖、乳酸盐氧化酶和乳酸盐、半乳糖氧化酶(参见例如WO 00/50606)和半乳糖、以及醛糖氧化酶(参见例如WO 99/31990)和一种适合的醛糖。
通过研究EC 1.1.3._、EC 1.2.3._、EC 1.4.3._、以及EC 1.5.3._或类似类别(在国际生物化学协会下),本领域的普通技术人员容易识别氧化酶和底物的这类组合的其他实例。
可适用于环化酶的替代氧化剂可以是氧与一种适合的氢供体像抗坏血酸、脱氢抗坏血酸、二羟延胡索酸或半胱氨酸的组合。这类氧氢供体系统的实例由帕斯塔(Pasta)等人,生物技术与生物工程(Biotechnology&Bioengineering),(1999)第62卷,第4期,第489-493页说明。
过氧化氢或一种过氧化氢源可以在本发明的方法开始时或进行中添加,例如为一次或多次分开添加过氧化氢,或连续地作为补料分批添加。过氧化氢的典型的量对应于从0.001mM到25mM的水平,优选地从0.005mM到5mM的水平,并且特别是从0.01到1mM或0.02到2mM过氧化氢的水平。还可以按对应于以下各项的一个量使用过氧化氢:从0.1mM到25mM的水平,优选从0.5mM到15mM的水平,更优选从1mM到10mM的水平,以及最优选从2mM到8mM过氧化氢的水平。
表面活性剂
本发明的方法可包括应用一种表面活性剂(例如作为洗涤剂配制品的部分或作为湿润剂)。适合应用的表面活性剂可以是非离子的(包括半极性的)、阴离子的、阳离子的和/或两性离子的,优选该表面活性剂是阴离子的(例如直链烷基苯磺酸盐、α-烯烃磺酸盐、烷基硫酸盐(脂肪醇硫酸盐)、醇乙氧基硫酸盐、仲烷基磺酸盐、α-磺基脂肪酸甲酯、烷基-或烯基琥珀酸或肥皂)或非离子的(如醇乙氧化物、壬基苯酚乙氧化物、烷基聚糖苷、烷基二甲基胺氧化物、乙氧化脂肪酸单乙醇酰胺、脂肪酸单乙醇酰胺、多羟基烷基脂肪酸酰胺、或葡糖胺的N-酰基N-烷基衍生物(“葡糖酰胺”))或其混合物。
当包括在本发明的方法中时,该表面活性剂的浓度通常是按重量计的从约0.01%至约10%、优选约0.05%至约5%、并且更优选约0.1%至约1%。
脂肪族烯烃
在本发明的方法中环氧化的脂肪族烯烃(不饱和的脂肪族碳氢化合物)是一种直链的或支链的、以及取代的或未取代的非环脂肪族烯烃。优选地,该脂肪族烯烃是未取代的。支链的烯烃对应于直链烯烃的异构体。
在一个实施例中,该非环脂肪族烯烃具有至少三个碳。在另一个实施例中,该脂肪族烯烃在一端具有一个碳碳双键(一个不饱和的碳)。
优选地,该脂肪族烯烃是丙烯、丁烯、戊烯、己烯、庚烯、辛烯、壬烯、癸烯、十一烯、十二烯、十三烯、十四烯、十五烯、或十六烯,或其异构体。更优选地,该脂肪族烯烃是丙烯、1-丁烯、1-戊烯、1-己烯、2-己烯、3-己烯、1-庚烯、1-辛烯、2-甲基-2-丁烯、2,3-二甲基-2-丁烯、顺式/反式-2-丁烯、异丁烯、1,3-丁二烯,和异戊二烯;或其异构体。
当该脂肪族烯烃是取代的(官能团附接)时,优选的取代基是卤素、羟基、羧基、氨基、硝基、氰基、巯基、磺酰基、甲酰基、乙酰基、甲氧基、乙氧基、氨基甲酰基和氨磺酰基;更优选的取代基是氯、羟基、羧基和磺酰基;并且最优选的取代基是氯和羧基。
该脂肪族烯烃可以被高达10个取代基、高达8个取代基、高达6个取代基、高达4个取代基、高达2个取代基取代,或被高达一个取代基取代。
萜烯
根据本发明被环氧化的萜烯包括异戊二烯和具有多个该异戊二烯结构的化合物。本发明的萜烯还包括类萜。
萜烯可被细分为单萜(两个异戊二烯单位)、倍半萜(三个异戊二烯单位)、二萜(四个异戊二烯单位)、三萜烯(六个异戊二烯单位)、四萜(八个异戊二烯单位)等。萜烯可以是单环的、二环的、三环的等。
单萜的实例包括香叶醇(玫瑰油)和单环单萜,例如(-)-薄荷醇(薄荷油)、R-(+)-香芹酮(葛缕子油)、S-(-)-香芹酮(留兰香油)、R-(+)-柠檬烯(橙油)、以及S-(-)-柠檬烯(松树油味)。
优选地本发明的萜烯是异戊二烯或一种单萜;更优选地该萜烯是一种环萜,例如一种单环单萜,例如柠檬烯。
萜烯和环萜像柠檬烯在自然中被广泛地发现。柠檬烯是最丰富的常见的天然发生的萜烯–由超过300种植物产生并且在柑桔皮油中是一种主要的组分。柠檬烯的环氧化具有具体相关性,因为它形成了用于合成香料和药品的基础。环化酶对柠檬烯的环位置和侧链处进行环氧化–对于环位置具有主导偏好(参见实例1)。
方法和用途
本发明提供了一种用于从一种非环脂肪族烯烃、或一种萜烯产生一种环氧化物的方法(用于环氧化一种非环脂肪族烯烃或一种萜烯的一种方法),包括使该脂肪族烯烃、或萜烯与一种环化酶和过氧化氢接触。因此,本发明提供了一种用于通过在一个碳碳双键处氧化该脂肪族烯烃或萜烯,将一种非环脂肪族烯烃、或萜烯转化为一种环氧化物的方法。
该脂肪族烯烃包括至少三个碳。优选地,该脂肪族烯烃在一端具有一个碳碳双键(一个不饱和的碳)。
因此,在一个第一方面,本发明提供了用于产生一种环氧化物的一种方法,包括使一种非环脂肪族烯烃、或萜烯与过氧化氢和一种环化酶接触;其中该环化酶包括与SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20具有至少60%一致性的氨基酸序列。该脂肪族烯烃可以是取代的或未取代的,直链的或支链的。
在一个实施例中,该氨基酸序列包含以下基序:E-H-D-[G,A]-S-[L,I]-S-R。
在一个实施例中,该环化酶包括与SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20(优选SEQ ID NO:1)的氨基酸序列具有至少65%一致性、优选至少70%一致性、更优选至少75%一致性、更优选至少80%一致性、更优选至少85%一致性、最优选至少90%一致性、以及特别是至少95%一致性的氨基酸序列或由其组成。在一个优选实施例中,该环化酶包括SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20(优选SEQ ID NO:1)的氨基酸序列,或其具有环化酶活性的一个片段,或由其组成。
在一个实施例中,该萜烯是异戊二烯或一种单萜;优选地该萜烯是一种环萜,例如一种单环单萜,例如柠檬烯。
在另一个实施例中,该脂肪族烯烃具有一个或多个选自下组的取代基,该组由以下各项组成:卤素、羟基、羧基、氨基、硝基、氰基、巯基、磺酰基、甲酰基、乙酰基、甲氧基、乙氧基、氨基甲酰基和氨磺酰基。优选地,该一个或多个取代基选自下组,该组由以下各项组成:氯、羟基、羧基和磺酰基;特别是氯和羧基。
在另一个实施例中,该脂肪族烯烃由至少三个碳组成,并在一端具有一个碳碳双键。
在另一个实施例中,该脂肪族烯烃是丙烯、丁烯、戊烯、己烯、庚烯、辛烯、壬烯、癸烯、十一烯、十二烯、十三烯、十四烯、十五烯、或十六烯,或其异构体。在一个更优选实施例中,该脂肪族烯烃是丙烯、1-丁烯、1-戊烯、1-己烯、2-己烯、3-己烯、1-庚烯、1-辛烯、2-甲基-2-丁烯、2,3-二甲基-2-丁烯、顺式/反式-2-丁烯、异丁烯、1,3-丁二烯、和异戊二烯,或其异构体。
在另一个实施例中,该脂肪族烯烃是未取代的。
在另一个实施例中,该脂肪族烯烃是直链的。
可通过本发明的方法产生的优选的环氧化物包括但不限于氧化丙烯(1,2-环氧丙烷)和环氧萜烯(包括环氧类萜),例如柠檬烯氧化物;以及2-甲基环氧乙烷、2-乙基环氧乙烷、2-丙基环氧乙烷、2-丁基环氧乙烷、2-戊基环氧乙烷、2-己基环氧乙烷、2,2,3-三甲基环氧乙烷、2,2,3,3-四甲基环氧乙烷、(2S,3S)-2,3-二甲基环氧乙烷、(2R,3S)-2,3-二甲基环氧乙烷、2,2-二甲基环氧乙烷、2-甲基-2-(4-甲基环己-3-烯-1-基)环氧乙烷、2-甲基-2-(4-甲基环己-3-烯-1-基)环氧乙烷、2-乙烯基环氧乙烷、2-乙烯基-2-甲基环氧乙烷、2-甲基-3-丙基环氧乙烷、以及2,3-二乙基环氧乙烷。
本发明的方法可被用于多种目的,像大部分化学合成(生物催化)。烯烃被环化酶有效地环氧化。氧化丙烯是一种高度反应性的物质并是最重要的化学中间体中的一种。它是用于广谱产物的起始材料,该广谱产物包括聚合物(聚氨基甲酸酯、聚酯)、氧化的溶剂(丙二醇醚)和工业的流体(单丙二醇和聚乙二醇)。每年生产6,500,000MT。其他长链烯烃(包括支链烯烃)是以相似方式被环氧化–包括丁烯和异丁烯。
一种环氧化物的聚合给出了一种聚醚,例如氧化乙烯聚合给出聚乙二醇,也称为聚氧化乙烯。
本发明的方法可用一种固定的环化酶进行。
本发明的方法可在一种水性溶剂(反应介质)、各种醇、醚、其他极性或非极性溶剂、或其混合物中进行。通过研究在本发明的方法中使用的脂肪族碳氢化合物的特征,本领域的普通技术人员容易识别适合的溶剂的实例。通过升高或降低该氧化进行的压力,可在该反应温度下将该溶剂(反应介质)和该脂肪族碳氢化合物维持在液相。
根据本发明的方法可在0和90摄氏度之间、优选5和80摄氏度之间、更优选10和70摄氏度之间、甚至更优选15和60摄氏度之间、最优选20和50摄氏度之间、和特别是20和40摄氏度之间的一个温度下进行。
本发明的方法可采用从10秒到(至少)24小时、优选从1分钟到(至少)12小时、更优选从5分钟到(至少)6小时、最优选从5分钟到(至少)3小时、并且特别是从5分钟到(至少)1小时的处理时间。
通过以下实例进一步描述本发明,这些实例不应当解释为限制本发明的范围。
实例
来自茶树菇的环化酶的氨基酸序列显示为SEQ ID NO:1。
实例1
被一种真菌环化酶催化的烯烃环氧化
试剂
除了购买自阿克罗斯有机物(Acros Organics)的2,3-环氧-2-甲基丁烷之外,可商购的化学药品购买自西格马-奥德里奇(Sigma-Aldrich),TCI欧洲和切莫斯公司(Chemos GmbH)。生产茶树菇(野生型,同种型II,44kDa)的胞外环化酶并如前所述纯化。通过SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳,该酶制品是均一的并表现1.86的A418/A280比率。该环化酶的比活性是63U mg-1,其中1U表示在23℃在1min内1μmol 3,4-二甲氧基苄基醇氧化为3,4-二甲氧基苯甲醛。
反应条件
典型的反应混合物(总体积:0.2 ml;对于气态烯烃1.2 ml)包含溶解于磷酸钾缓冲液(10mM,pH 7.0)、丙酮(60%,pH 5.3)以及该烯烃底物(5%vol/vol;除了使用该底物的5mM的+/-柠檬烯)的纯化的环化酶(1-2U ml-1,0.38-0.76μM)。通过用一个注射泵(4mM h-1,除了使用2-甲基-2-丁烯和2,3-二甲基-2-丁烯2mM h-1)添加H2O2起动该反应,在室温下搅拌30min,并在色谱分析显示产物形成完成的时候停止。在相同条件下但通过用反应瓶连续地鼓入该纯气体(大约1lh-1)来处理气态的丙烯和正丁烯。用己烷(0.1ml)通过有力振荡萃取该反应混合物。
产品鉴定
通过GC使用配备有一个惠普公司5973质谱仪和一个ZB-蜡加(ZB-Waxplus)毛细管柱(250μm直径,30m长,0.25μm膜厚度,菲罗门,托伦斯,加利福尼亚,美国)的一种惠普6890色谱仪分析反应产物。为了分析,将1μl该己烷萃取物注射入该GC-系统。使用依赖于分析物的不同温度特征曲线进行GC。丙烯:30℃保持2min;1-丁烯:35℃保持3.5min,30℃min-1至100℃;1-戊烯:50℃保持3.5min,40℃min-1至115℃;1-己烯,2-己烯和3-己烯:70℃保持3.5min,40℃min-1至135℃;1-庚烯:90℃保持3.5min,40℃min-1145℃;1-辛烯:110℃保持3.5min,20℃min-1至120℃;+/-柠檬烯:70℃,5℃min-1至125℃,30℃min-1至230℃;顺式/反式-2-丁烯,异丁烯和1,3-丁二烯:35℃保持10min;环戊烯和环庚烯:45℃保持3min,20℃min-1至250℃;异戊二烯:45℃保持5min,10℃min-1至100℃。氦气是载气,在所有情况下,按1.5ml min-1的管柱流速。这些产物是通过它们的停留时间和/或通过在70eV的电子轰击MS相对于正式标准品鉴定的。
手性分离
环氧化物的手性分离是通过GC/MS使用以上的设备但配备有一个BetaDEXTM 120毛细管柱(直径250μm,长30m,膜厚度0.25μm,色谱科(Supelco),贝尔丰特(Bellefonte),PA,USA)进行的。GC是使用不同的温度特征曲线进行的。1-己烯:45℃保持20min;1-庚烯:45℃保持37min;1-辛烯:55℃保持46min;1-辛炔:45℃保持2min,10℃/min至155℃。这些产物是通过它们的停留时间并通过在70eV的电子轰击MS相对于正式标准品鉴定的。
产物定量
这些反应产物的定量分析是通过如上所述的GC/MS,使用各自的正式标准品的外标曲线进行的。所有标准曲线具有R2>0.98的线性回归值。
结果
表1 A.“nd”意指进行了该反应并且鉴定了该产物,但未确定该产物产率。
表1 B.
实例2
使用不同的真菌环化酶进行的1-辛烯的环氧化
在实例2中使用表2中示出的环化酶。
表2.
反应是在加盖的2mL HPLC玻璃瓶中在以下条件下进行:10mM磷酸盐缓冲液pH 6.5,20%v/v乙腈,1mM 1-辛烯,0.01mg/mL环化酶(参见表3),1mM过氧化氢,在800μL的总反应体积中。将反应混合物在室温(~25℃)下通过磁铁搅拌30分钟,并通过添加5μL触酶(Terminox Ultra 50L,诺维信)停止该反应。
通过与包含0.01%w/v BHT(2,6-二叔丁基-4-甲基苯酚)的760μL乙酸乙酯混合萃取样品。将该乙酸乙酯萃取物通过GC-MS在来自安捷伦(Agilent)(圣克拉拉CA,USA)的配备有自动进样器(型号7693A)和质量选择检测器(型号5975C)的气相色谱仪(型号7890A)上进行如下分析:以分离模式(10:1)在来自菲罗门(托伦斯CA,USA)的塞夫龙(Zebron)DB-5HT Inferno柱(15m,250μm,0.25μm)上注射样品,并使用以下温度程序用1.1mL/min氦气进行洗脱:45℃(持续1min),45℃-75℃(以10℃/min),75℃-275℃(以40℃/min)和275℃(1分钟)。以扫描模式操作质量检测器,并使用总离子计数(TIC)色谱仪确定该底物的面积和产物峰。通过将该质谱与来自质谱库的光谱进行比较鉴别峰,该质谱库可在GC软件(NIST MS检索版本2.0)上获得。通过使用BHT(2,6-二叔丁基-4-甲基苯酚)作为内标用正式的化合物进行外部校准来确定底物和产物浓度。
1-辛烯(底物)向1,2-环氧辛烷(产物)的酶法转化示于表3中。归因于1-辛烯的挥发性,该底物的大部分通过该反应过程中的蒸发而损失。
表3.当停止反应时余下底物和反应产物的浓度。
实例3
使用一种腐质霉环化酶进行的不同烯烃的环氧化
反应是在加盖的2mL HPLC玻璃瓶中在以下条件下进行:10mM磷酸盐缓冲液pH 6.5,20%v/v乙腈,1mM底物(参见表4),0.01mg/mL环化酶3(参见实例2),1mM过氧化氢,在800μL的总反应体积中。将反应混合物在室温(~25℃)下通过磁铁搅拌30分钟,并通过添加5μL触酶(Terminox Ultra 50L,诺维信)停止该反应。
通过与包含作为内标的0.01%w/v BHT(2,6-二叔丁基-4-甲基苯酚)的760μL乙酸乙酯混合来萃取样品。将乙酸乙酯萃取物是通过GC-MS进行分析,如实例2中所述的。归因于缺乏正式的标准品以及一些底物的高挥发性,产物产率计算为与具有溶解于包含0.01%w/v BHT的乙酸乙酯中的1mM底物的标准样品的Area/Aistd相比,该样品中的产物的Area/Aistd,假设对于底物和产物有相同的响应因子。结果示于表4中。
表4.使用环化酶3进行的不同的烯烃的环氧化的结果。
底物 | 主要产物 | 产物产率 |
1-辛烯 | 1.2-环氧辛烷 | 15% |
反式-2-辛烯 | 2,3-环氧辛烷 | 63% |
反式-3-辛烯 | 3,4-环氧辛烷 | 69% |
反式-4-辛烯 | 4,5-环氧辛烷 | 76% |
1,9-癸二烯 | 1,2-环氧-9-癸烯 | 13% |
实例4
使用一种腐质霉环化酶进行的反式-2-辛烯的环氧化
反应是在加盖的2mL HPLC玻璃瓶中在以下条件下进行:使用1mL气密玻璃注射器(SGE分析科学,令伍特(Ringwood),澳大利亚)在该反应期间(2小时)用多通道注射泵(型号220-CE,世界精密仪器(World precisioninstruments),阿斯顿(Aston),斯蒂夫尼奇(Stevenage),UK)给予的10mM磷酸盐缓冲液pH 6.5,20%v/v乙腈,20g/L反式-2-辛烯,0.1或0.5mg/mL环化酶3(参见实例2),160μL 1 M过氧化氢;在800μL的最终反应体积中。将反应混合物在室温(~25℃)下通过磁铁搅拌2小时,并通过添加5μL触酶(Terminox Ultra 50L,诺维信)停止该反应。
通过与包含作为内标的0.1%w/v BHT(2,6-二叔丁基-4-甲基苯酚)的780μL乙酸乙酯混合来萃取样品。将该乙酸乙酯萃取物用无内标的乙酸乙酯稀释100倍,并通过GC-MS进行分析,如实例2中报道的。环氧化物的形成被测量为与底物和产物的面积总数相比的环氧化物的面积百分比,假设对于底物和产物有相同的响应因子。
表5.来自使用环化酶3进行的反式-3-辛烯的环氧化的结果。
Claims (15)
1.一种用于产生一种环氧化物的方法,包括用过氧化氢和一种环化酶接触一种非环脂肪族烯烃或一种萜烯;其中该环化酶包括一种与SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20具有至少60%一致性的氨基酸序列。
2.如权利要求1所述的方法,其中该氨基酸序列包括以下基序:
E-H-D-[G,A]-S-[L,I]-S-R(SEQ ID NO:21)。
3.如权利要求1-2中任一项所述的方法,其中该环化酶包括以下的一个氨基酸序列或由其组成,该氨基酸序列与SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20的氨基酸序列具有至少65%一致性、优选至少70%一致性、更优选至少75%一致性、更优选至少80%一致性、更优选至少85%一致性、最优选至少90%一致性、并且特别是至少95%一致性。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其中该环化酶包括以下的一个氨基酸序列或由其组成,该氨基酸序列与SEQ ID NO:1的氨基酸序列具有至少65%一致性、更优选至少70%一致性、更优选至少75%一致性、更优选至少80%一致性、更优选至少85%一致性、最优选至少90%一致性、并且特别是至少95%一致性。
5.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其中该环化酶包括SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20的氨基酸序列、或其具有环化酶活性的一个片段,或由其组成。
6.如权利要求1-5中任一项所述的方法,其中该环化酶包括SEQ ID NO:1的氨基酸序列、或其具有环化酶活性的一个片段,或由其组成。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法,其中该脂肪族烯烃具有一个或多个选自下组的取代基,该组由以下各项组成:卤素、羟基、羧基、氨基、硝基、氰基、巯基、磺酰基、甲酰基、乙酰基、甲氧基、乙氧基、氨基甲酰基和氨磺酰基。
8.如权利要求7所述的方法,其中该一个或多个取代基选自下组,该组由以下各项组成:氯、羟基、羧基和磺酰基;特别是氯和羧基。
9.如权利要求1-8中任一项所述的方法,其中该脂肪族烯烃由至少三个碳组成,并在一端具有一个碳碳双键。
10.如权利要求1-8中任一项所述的方法,其中该脂肪族烯烃是丙烯、丁烯、戊烯、己烯、庚烯、辛烯、壬烯、癸烯、十一烯、十二烯、十三烯、十四烯、十五烯、或十六烯,或其异构体。
11.如权利要求1-8中任一项所述的方法,其中该脂肪族烯烃是丙烯、1-丁烯、1-戊烯、1-己烯、2-己烯、3-己烯、1-庚烯、1-辛烯、2-甲基-2-丁烯、2,3-二甲基-2-丁烯、顺式/反式-2-丁烯、异丁烯、1,3-丁二烯,和异戊二烯;或其异构体。
12.如权利要求1-6或9-11中任一项所述的方法,其中该脂肪族烯烃是未被取代的。
13.如权利要求1-12中任一项所述的方法,其中该脂肪族烯烃是直链的。
14.如权利要求1-6中任一项所述的方法,其中该萜烯是异戊二烯或一种单萜;优选地该萜烯是一种环萜,例如一种单环单萜,例如柠檬烯。
15.一种环化酶用于环氧化一种非环脂肪族烯烃、或一种萜烯的用途;其中该环化酶包括与SEQ ID NO:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20具有至少60%一致性的一个氨基酸序列。
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