JP2015516804A - ペルオキシゲナーゼを用いたエポキシ化 - Google Patents

ペルオキシゲナーゼを用いたエポキシ化 Download PDF

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Abstract

本発明は、非環式脂肪族アルケン、又はテルペンのエポキシ化のための酵素法に関する。

Description

配列表の参照
本出願は、コンピュータで読み取り可能な書式での配列表を含む。このコンピュータで読み取り可能な書式は、参照により本明細書に組み込むものとする。
本発明は、非環式脂肪族アルケン、又はテルペンのエポキシ化のためのペルオキシゲナーゼの使用に関する。
ハラタケ類担子菌(agaric basidiomycete)株アグロキベ・アエゲリタ(Agrocybe aegerita)(TM−A1株)由来のAaPと称するペルオキシゲナーゼは、アリールアルコール及びアルデヒドを酸化することが判明した。AaPペルオキシゲナーゼは、アグロキベ・アエゲリタ(A.aegerita)TM A1から、数ステップのイオンクロマトグラフィーにより精製され、分子量がSDS−PAGEにより決定され、二次元電気泳動の後、N末端の14アミノ酸配列が決定されたが、コード遺伝子は単離されなかった(Ullrich et al.,2004,Appl.Env.Microbiol.70(8):4575−4581)。
国際公開第2006/034702号パンフレットは、アグロキベ・アエゲリタ(Agrocybe aegerita)TM A1のAaPペルオキシゲナーゼ酵素を用いた、ナフタレン、トルオール及びシクロヘキサンなどの不活性化炭化水素の酵素加水分解の方法を開示している。これは、Ullrich及びHofrichter,2005,FEBS Letters 579:6247−6250にも記載されている。
国際公開第2008/119780号パンフレットは、アグロキベ・アエゲリタ(Agrocybe aegerita)、ウシグソヒトヨタケ(Coprinopsis cinerea)、オオキツネタケ(Laccaria bicolor)及びコキララタケ(Coprinus radians)由来の8つの異なるペルオキシゲナーゼを開示している。
独国特許出願公開第103 32 065A1号明細書は、アグロキベ・アエゲリタ(Agrocybe aegerita)TM A1のAaPペルオキシゲナーゼ酵素を用いたアルデヒドの中間形成による、アルコールからの酸の酵素調製の方法を開示している。
AaPペルオキシゲナーゼによる迅速かつ選択的分光光度直接検出の方法が報告されている(Kluge et al.,2007,Appl Microbiol Biotechnol 75:1473−1478)。
有機分子への酸素機能の直接位置選択的導入(酸素処理)が、化学合成において問題となることはよく知られている。生成物は、極めて多様な各種合成に重要な中間体として用いることができる。
細胞内酵素、メタンモノオキシゲナーゼ(MMO、EC14.13.25)は、ある炭化水素の末端炭素を酸化/ヒドロキシル化することが知られている。MMO酵素は、数個のタンパク質成分からなり、唯一メチロトローフ細菌(例えば、メチロコッカス・カプスラタス(Methylococcus capsulatus))により形成され;これは、NADH又はNADPHなどの複合電子供与体、補助タンパク質(フラビンレダクターゼ、調節タンパク質)及び分子状酸素(O2)を必要とする。MMOの天然基質はメタンであり、これは酸化されてメタノールになる。特に非特異的な生体触媒として、MMOは、メタンと同様に、さらに別の一連の基質、例えば、n−アルカン及びその誘導体、シクロアルカン、芳香族化合物、一酸化炭素並びに複素環も酸化/ヒドロキシル化する。ほとんどの細胞内酵素と同様に単離するのが難しく、低安定性で、しかも、必要な補基質が比較的高価であることから、生物工学でのこの酵素の使用は現在不可能である。
第1の態様において、本発明の発明者らは、エポキシドを生成する酵素法を提供し、これは、非環式脂肪族アルケン、又はテルペンを過酸化水素及びペルオキシゲナーゼと接触させることを含み;ここで、ペルオキシゲナーゼは、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20と少なくとも60%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一実施形態では、上記アミノ酸配列は、モチーフ:E−H−D−[G,A]−S−[L,I]−S−Rを含む。
定義
ペルオキシゲナーゼ活性:「ペルオキシゲナーゼ活性」という用語は、EC1.11.2.1に拠る、「非特異的ペルオキシゲナーゼ」活性を意味し、H22から様々な基質(例えば、ニトロベンゾジオキソール)への酸素原子の挿入を触媒する。本発明の目的のために、ペルオキシゲナーゼ活性は、M.Poraj−Kobielska,M.Kinne,R.Ullrich,K.Scheibner,M.Hofrichter,“A spectrophotometric assay for the detection of fungal peroxygenases”,Analytical Biochemistry(2012),vol.421,issue 1,pp.327−329に記載されている手順に従い決定する。
本発明のペルオキシゲナーゼは、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20の成熟ポリペプチドのペルオキシゲナーゼ活性の少なくとも20%、好ましくは少なくとも40%、より好ましくは少なくとも50%、より好ましくは少なくとも60%、より好ましくは少なくとも70%、より好ましくは少なくとも80%、より好ましくは少なくとも90%、より好ましくは少なくとも95%、またさらに好ましくは少なくとも100%を有する。
成熟ポリペプチド:「成熟ポリペプチド」という用語は、本明細書において、翻訳、及びN末端処理、C末端切断、グリコシル化、リン酸化などの任意の翻訳後修飾後のその最終形態である、ペルオキシゲナーゼ活性を有するポリペプチドとして定義される。好ましい態様では、成熟ポリペプチドは、AaPペルオキシゲナーゼ酵素の成熟タンパク質の開始を明らかにする、N末端ペプチドシーケンシングデータ(Ullrich et al.,2004,Appl.Env.Microbiol.70(8):4575−4581)に基づき、配列番号1の1〜328位に示されるアミノ酸配列を有する。
同一性:2つのアミノ酸配列又は2つのヌクレオチド配列同士の関連性をパラメータ「同一性」によって表す。
本発明の目的のために、2つのアミノ酸配列同士の同一性度は、好ましくはバージョン3.0.0以降のEMBOSSパッケージ(EMBOSS:The European Molecular Biology Open Software Suite,Rice et al.,2000,Trends in Genetics 16:276−277;http://emboss.org)のNeedleプログラムに組み込まれた、Needleman−Wunschアルゴリズム(Needleman及びWunsch,1970,J.Mol.Biol.48:443−453)を用いて決定する。使用する任意選択のパラメータは、ギャップ開始ペナルティ:10、ギャップ伸長ペナルティ:0.5、及びEBLOSUM62(BLOSUM62のEMBOSSバージョン)置換行列である。Needle標識「最長同一性」(−nobriefオプションを用いて得られる)のアウトプットを同一性(%)として用い、以下のように計算する。
(同一残基×100)/(アラインメントの長さ−アラインメントにおけるギャップの総数)
本発明の目的のために、2つのデオキシリボヌクレオチド配列同士の同一性度は、好ましくはバージョン3.0.0以降のEMBOSSパッケージ(EMBOSS:The European Molecular Biology Open Software Suite,Rice et al.,2000,前掲;http://emboss.org)のNeedleプログラムに組み込まれた、Needleman−Wunschアルゴリズム(Needleman及びWunsch,1970,前掲)を用いて決定する。使用する任意選択のパラメータは、ギャップ開始ペナルティ:10、ギャップ伸長ペナルティ:0.5、及びEDNAFULL(NCBI NUC4.4のEMBOSSバージョン)置換行列である。Needle標識「最長同一性」(−nobriefオプションを用いて得られる)のアウトプットを同一性(%)として用い、以下のように計算する。
(同一デオキシリボヌクレオチド×100)/(アラインメントの長さ−アラインメントにおけるギャップの総数)
修飾:「修飾」という用語は、本明細書において、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20;又はその相同性配列の成熟ポリペプチドからなるポリペプチドのあらゆる化学的改変;並びにこのようなポリペプチドをコードするDNAの遺伝子操作を意味する。修飾は、1つ若しくは複数(数個)のアミノ酸の置換、欠失及び/又は挿入、並びに1つ又は複数(数個)のアミノ酸側鎖の置換であってよい。
ペルオキシゲナーゼ
本発明は、ペルオキシゲナーゼ活性を有する、好ましくは組換えにより生成されるポリペプチド(「ペルオキシゲナーゼ」と呼ぶ)を用いたエポキシ化の方法に関し、上記ペルオキシゲナーゼは、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20;好ましくは配列番号1のポリペプチドと少なくとも60%の同一性、好ましくは少なくとも65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、若しくは99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれから構成される。
好ましい実施形態では、ペルオキシゲナーゼは、モチーフ:E−H−D−[G,A]−S−[L,I]−S−Rによって表されるアミノ酸配列(配列番号21)を含む。
また別の実施形態において、第1態様のポリペプチドは、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20;好ましくは配列番号1のアミノ酸配列;又はペルオキシゲナーゼ活性を有するその断片を含むか、又はそれから構成され;好ましくは、ポリペプチドは、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20;好ましくは配列番号1の成熟ポリペプチドを含むか、又はそれから構成される。
好ましくは、アミノ酸変化は軽度の性質のもの、すなわち、タンパク質のフォールディング及び/若しくは活性に有意に影響しない保存的アミノ酸置換又は挿入;典型的には1〜約30個のアミノ酸の微小な欠失;アミノ末端メチオニン残基などの微細なアミノ末端若しくはカルボキシル末端延伸;約20〜25残基までの微細なリンカーペプチド;又は、正味電荷若しくは別の機能を変化させることにより精製を容易にする、例えば、ポリヒスチジン配列、抗原エピトープ若しくは結合ドメインなどの微細な延伸である。
保存的置換の例は、塩基性アミノ酸(アルギニン、リシン及びヒスチジン)、酸性アミノ酸(グルタミン酸及びアスパラギン酸)、極性アミノ酸(グルタミン及びアスパラギン)、疎水性アミノ酸(ロイシン、イソロイシン及びバリン)、芳香族アミノ酸(フェニルアラニン、トリプトファン及びチロシン)、並びに微小アミノ酸(グリシン、アラニン、セリン、トレオニン及びメチオニン)からなる群に含まれる。一般に比活性を変化させないアミノ酸置換は、当分野において公知であり、例えば、H.Neurath及びR.L.Hillにより、1979年、The Proteins,Academic Press,New Yorkに記載されている。最も一般的に起こる交換は、Ala/Ser、Val/Ile、Asp/Glu、Thr/Ser、Ala/Gly、Ala/Thr、Ser/Asn、Ala/Val、Ser/Gly、Tyr/Phe、Ala/Pro、Lys/Arg、Asp/Asn、Leu/Ile、Leu/Val、Ala/Glu、及びAsp/Glyである。
20の標準的なアミノ酸に加えて、非標準的アミノ酸(例えば、4−ヒドロキシプロリン、6−N−メチルリシン、2−アミノイソ酪酸、イソバリン、及びα−メチルセリン)を野生型ポリペプチドのアミノ酸残基と置換してもよい。遺伝子コードによってコード化されていない限定数の非保守的なアミノ酸、及び非天然アミノ酸をアミノ酸残基と置換してもよい。「非天然アミノ酸」は、タンパク質合成後に修飾されている、及び/又は標準アミノ酸の化学構造と異なる化学構造をそれらの側鎖に有している。非天然アミノ酸は化学的に合成することが可能であり、好ましくは市販されているもので、ピペコリン酸、チアゾリジンカルボン酸、デヒドロプロリン、3−及び4−メチルプロリン、並びに3,3−ジメチルプロリンが挙げられる。
あるいは、アミノ酸変化は、ポリペプチドの物理−化学的特性を改変するような性質のものである。例えば、アミノ酸変化により、ポリペプチドの熱的安定性の改善、基質特異性の改変、最適pHの変更などが可能である。
親ポリペプチド中の必須アミノ酸は、部位特異的突然変異誘発又はアラニンスキャニング突然変異誘発(alanine−scanning mutagenesis)(Cunningham及びWells、1989、Science244:1081−1085)などの当分野において公知の手順に従い同定することができる。後者の技術においては、単一アラニン突然変異が分子のあらゆる残基で導入され、その結果得られた突然変異分子の生物活性(即ち、ペルオキシゲナーゼ活性)を試験して分子の活性に不可欠なアミノ酸残基を同定する。Hilton et al,1996,J.Biol.Chem.271:4699−4708もまた参照のこと。酵素又はその他の生物相互作用の活性部位は、推定接触部位のアミノ酸の突然変異と併せて、核磁気共鳴、結晶学、電子線回折、又は光親和性標識などの技術によって決定されるように、構造の物理分析によっても決定することが可能である。例えば、de Vos et al,1992、Science 255:306−312;Smith et al,1992,J.Mol.Biol.224:899−904;Wlodaver et al,1992,FEBS Lett.309:59−64を参照のこと。本発明によるポリペプチドに関連するポリペプチドとの同一性の分析から、必須アミノ酸の同一性を推定することもまた可能である。
単一若しくは複数のアミノ酸の置換、欠失、及び/又は挿入は、突然変異誘発、組換え、及び/又はシャッフリングなどの既知の方法に続いて、関連するスクリーニング方法、例えば、Reidhaar−Olson及びSauer,1988、Science 241:53−57;Bowie及びSauer,1989,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:2152−2156;国際公開第95/17413号パンフレット;又は国際公開第95/22625号パンフレットに開示されているものを用いて実施し、試験することできる。用いることのできるその他の方法としては、エラープローンPCR、ファージディスプレイ法(例えば、Lowman et al,1991,Biochem 30:10832−10837;米国特許第5,223,409号明細書;国際公開第92/06204号パンフレット)、及び位置指定突然変異誘発(Derbyshire et al,1986,Gene 46:145;Ner et al,1988,DNA7:127)が挙げられる。
突然変異誘発/シャッフリング方法を、ハイスループット、自動化スクリーニング方法と組み合わせて、宿主細胞によって発現される、クローン化し、突然変異したポリペプチドの活性を検出することができる(Ness et al,1999,Nature Biotechnology 17:893−896)。活性ポリペプチドをコード化する活性突然変異したDNA分子を宿主細胞から回収し、当分野で標準的方法を用いて迅速に配列決定することができる。これらの方法により、対象とするポリペプチドにおける個々のアミノ酸残基の重要性を迅速に決定することが可能となり、未知構造のポリペプチドに適用することができる。
配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20;好ましくは配列番号1の成熟ポリペプチドのアミノ酸の置換、欠失、及び/又は挿入の総数は、10、好ましくは9、より好ましくは8、より好ましくは7、より好ましくは最大でも6、より好ましくは5、より好ましくは4、さらにより好ましくは3、非常に好ましくは2、さらに極めて好ましくは1である。
過酸化水素
ペルオキシゲナーゼに必要な過酸化水素は、過酸化水素の水溶液又は過酸化水素のin situ生成のための過酸化水素前駆体として用意してよい。溶解時に、ペルオキシゲナーゼによる使用が可能な過酸化物を遊離する任意の固体の実体を、過酸化水素の供給源として使用することができる。水又は適切な水性媒質中への溶解時に過酸化水素をもたらす化合物としては、限定するものではないが、過酸化金属、過炭酸塩、過硫酸塩、過リン酸塩、過酸、アルキルペルオキシド、アシルペルオキシド、ペルオキシエステル、過酸化尿素、過ホウ酸塩及びペルオキシカルボン酸又はこれらの塩が挙げられる。
別の過酸化水素の供給源としては、オキシダーゼとオキシダーゼの基質の組合せなどの、過酸化水素生成酵素系がある。オキシダーゼと基質の組合せの例としては、限定するものではないが、アミノ酸オキシダーゼ(例えば、米国特許第6,248,5725号明細書など)と好適なアミノ酸、グルコースオキシダーゼ(例えば、国際公開第95/29996号パンフレットを参照)とグルコース、乳酸オキシダーゼと乳酸塩、ガラクトースオキシダーゼ(例えば、国際公開第00/50606号パンフレットを参照)とガラクトース、並びにアルドースオキシダーゼ(例えば、国際公開第99/31990号パンフレットを参照)と好適なアルドースが挙げられる。
当業者であれば、EC1.1.3._、EC1.2.3._、EC1.4.3._、EC1.5.3._又は類似のクラス(国際生化学連合(International Union of Biochemistry)の下で)を調べることによって、このようなオキシダーゼと基質の組合せの他の例を容易に認識されよう。
ペルオキシゲナーゼ取得のために使用することのできる別の酸化体は、アスコルビン酸、デヒドロアスコルビン酸、ジヒドロキシフマル酸又はシステインなどの好適な水素供与体と組み合わせた酸素であってよい。このような酸素水素供与体系の1例が、Pasta et al.,Biotechnology&Bioengineering,(1999)vol.62,issue 4,pp.489−493に記載されている。
過酸化水素又は過酸化水素源は、本発明の方法の開始時、又はその最中に、例えば、過酸化水素の1回又は複数回の個別の添加として;あるいは、フェドバッチ添加として連続的に、添加してよい。過酸化水素の典型的量は、0.001mM〜25mMのレベル、好ましくは0.005mM〜5mMのレベル、特に0.01〜1mM又は0.02〜2mM過酸化水素のレベルに相当する。過酸化水素はまた、0.1mM〜25mMのレベル、好ましくは0.5mM〜15mMのレベル、より好ましくは1mM〜10mMのレベル、最も好ましくは2mM〜8mM過酸化水素のレベルに相当する量で用いてもよい。
界面活性剤
本発明の方法は、界面活性剤(例えば、洗浄剤又は湿潤剤の一部として)の使用を含んでもよい。使用するのに好適な界面活性剤は、ノニオン(半極性を含む)、アニオン、カチオン及び/又は双性イオン性であってよく;好ましくは、界面活性剤は、アニオン性(例えば、直鎖アルキルベンゼンスルホネート、α−オレフィンスルホネート、アルキル硫酸(高級アルコール硫酸エステル塩)、アルコールエトキシ硫酸塩、第2アルカンスルホネート、α−スルホ脂肪酸メチルエステル、アルキル−若しくはアルケニルコハク酸又はセッケン)又はノニオン性(例えば、アルコールエトキシレート、ノニルフェノールエトキシレート、アルキルポリグリコシド、アルキルジメチルアミンオキシド、エトキシル化脂肪酸モノエタノールアミド、脂肪酸モノエタノールアミド、ポリヒドロキシアルキル脂肪酸アミド、又はグルコサミンのN−アシルN−アルキル誘導体(「グルコサミド」)など)、あるいはこれらの混合物である。
本発明の方法に含まれる場合、界面活性剤の濃度は、通常、約0.01重量%〜約10重量%、好ましくは約0.05重量%〜約5重量%、より好ましくは約0.1重量%〜約1重量%である。
脂肪族アルケン
本発明の方法でエポキシ化される脂肪族アルケン(不飽和脂肪族炭化水素)は、非環式脂肪族アルケンで、これは直鎖又は分枝状であり;置換されているか、又は置換されていない。好ましくは、脂肪族アルケンは置換されていない。分枝状アルケンは、直鎖状アルケンの異性体に相当する。
一実施形態において、非環式脂肪族アルケンは、少なくとも3個の炭素を有する。別の実施形態では、脂肪族アルケンは、一方の末端で、炭素−炭素二重結合(不飽和炭素)を有する。
好ましくは、脂肪族アルケンは、プロペン、ブテン、ペンテン、ヘキセン、ヘプテン、オクテン、ノネン、デセン、ウンデセン、ドデセン、トリデセン、テトラデセン、ペンタデセン若しくはヘキサデセン、又はこれらの異性体である。より好ましくは、脂肪族アケン(akene)は、プロペン、1−ブテン、1−ペンテン、1−ヘキセン、2−ヘキセン、3−ヘキセン、1−ヘプテン、1−オクテン、2−メチル−2−ブテン、2,3−ジメチル−2−ブテン、シス/トランス−2−ブテン、イソブテン、1,3−ブタジエン、及びイソプレン;又はこれらの異性体である。
脂肪族アルケンを置換する(官能基を結合する)場合、好ましい置換基は、ハロゲン、ヒドロキシル、カルボキシル、アミノ、ニトロ、シアノ、チオール、スルホニル、ホルミル、アセチル、メトキシ、エトキシ、カルバモイル及びスルファモイルであり;より好ましい置換基は、クロロ、ヒドロキシル、カルボキシル、及びスルホニルであり;最も好ましい置換基は、クロロ及びカルボキシルである。
脂肪族アルケンは、最大10個置換基、最大8つの置換基、最大6つの置換基、最大4つの置換基、最大2つの置換基、又は最大1つの置換基で置換してよい。
テルペン
本発明の方法でエポキシ化されるテルペンとしては、イソプレン、及び多数のイソプレン構造を有する化合物が挙げられる。また、本発明のテルペンには、テルペノイドも含まれる。
テルペンは、モノテルペン(2つのイソプレン単位)、セスキテルペン(3つのイソプレン単位)、ジテルペン(4つのイソプレン単位)、トリテルペン(6つのイソプレン単位)、テトラテルペン(8つのイソプレン単位)等々に細分することができる。テルペンは、単環式、二環式、三環式等々であってよい。
モノテルペンの例としては、ゲラニオール(バラ油)及び単環式モノテルペン、例えば、(−)−メントール(ペパーミント油)、R−(+)−カルボン(キャロウェイ(caroway)油)、S−(−)−カルボン(スペアミント油)、R−(+)−リモネン(オレンジ油)、及びS−(−)−リモネン(パイン油の香り)が挙げられる。
本発明のテルペンは、イソプレン又はモノテルペンであるのが好ましく;より好ましくは、テルペンは、環式テルペンであり、例えば、リモネンなどの単環式モノテルペンである。
テルペン及びリモネンなどの環式テルペンは、広く天然に存在する。リモネンは、最も豊富に天然に存在する一般的テルペンであり、300種を超える植物によって産生され、柑橘類果皮油の主成分である。リモネンのエポキシ化は、それが芳香剤及び薬剤の合成の基礎となることから、特に有意である。ペルオキシゲナーゼは、環位置及び側鎖の両方でリモネンをエポキシ化するが、主として環位置の方が好ましい(実施例1)。
方法及び使用
本発明は、非環式脂肪族アルケン、又はテルペンからエポキシドを生成する方法(非環式脂肪族アルケン又はテルペンのエポキシ化の方法)を提供し、これは、脂肪族アルケン、又はテルペンをペルオキシゲナーゼ及び過酸化水素と接触させることを含む。従って、本発明は、炭素−炭素二重結合での脂肪族アルケン又はテルペンの酸化により、非環式脂肪族アルケン、又はテルペンをエポキシドに変換する方法を提供する。
脂肪族アルケンは、少なくとも3個の炭素を含む。好ましくは、脂肪族アルケンは、一方の末端に炭素−炭素二重結合(不飽和炭素)を有する。
従って、第1の態様では、本発明は、非環式脂肪族アルケン、又はテルペンを過酸化水素及びペルオキシゲナーゼと接触させることを含む、エポキシドの生成方法を提供し、前記ペルオキシゲナーゼは、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20と少なくとも60%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。脂肪族アルケンは、置換されていても、置換されていなくてもよく、直鎖又は分枝状のいずれであってもよい。
一実施形態において、上記アミノ酸配列は、モチーフ:E−H−D−[G,A]−S−[L,I]−S−Rを含む。
一実施形態において、ペルオキシゲナーゼは、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20;好ましくは配列番号1のアミノ酸配列と少なくとも65%の同一性、好ましくは少なくとも70%の同一性、より好ましくは少なくとも75%の同一性、より好ましくは少なくとも80%の同一性、より好ましくは少なくとも85%の同一性、極めて好ましくは少なくとも90%の同一性、特に少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれから構成される。好ましい実施形態において、ペルオキシゲナーゼは、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20;好ましくは配列番号1のアミノ酸配列;又はペルオキシゲナーゼ活性を有するその断片を含むか、又はそれから構成される。
一実施形態において、テルペンは、イソプレン又はモノテルペンであり;好ましくは、テルペンは、環状テルペン、例えば、リモネンなどの単環式モノテルペンである。
別の実施形態において、脂肪族アルケンは、ハロゲン、ヒドロキシル、カルボキシル、アミノ、ニトロ、シアノ、チオール、スルホニル、ホルミル、アセチル、メトキシ、エトキシ、カルバモイル及びスルファモイルからなる群から選択される1つ又は複数の置換基を有する。好ましくは、上記の置換基は、クロロ、ヒドロキシル、カルボキシル、及びスルホニルであり;とりわけ、クロロ及びカルボキシルからなる群から選択される。
別の実施形態において、脂肪族アルケンは、少なくとも3つの炭素からなり、一方の末端に炭素−炭素二重結合を有する。
別の実施形態において、脂肪族アルケンは、プロペン、ブテン、ペンテン、ヘキセン、ヘプテン、オクテン、ノネン、デセン、ウンデセン、ドデセン、トリデセン、テトラデセン、ペンタデセン若しくはヘキサデセン、又はこれらの異性体である。より好ましい実施形態において、脂肪族アルケンは、プロペン、1−ブテン、1−ペンテン、1−ヘキセン、2−ヘキセン、3−ヘキセン、1−ヘプテン、1−オクテン、2−メチル−2−ブテン、2,3−ジメチル−2−ブテン、シス/トランス−2−ブテン、イソブテン、1,3−ブタジエン、及びイソプレン;又はこれらの異性体である。
別の実施形態において、脂肪族アルケンは置換されていない。
別の実施形態において、脂肪族アルケンは直鎖状である。
本発明の方法により生成することができる、好ましいエポキシドとしては、限定しないが、以下のものが挙げられる:プロピレンオキシド(1,2−エポキシプロパン)及びエポキシテルペン(エポキシテルペノイドを含む)、例えばリモネンオキシド;並びに2−メチルオキシラン、2−エチルオキシラン、2−プロピルオキシラン、2−ブチルオキシラン、2−ペンチルオキシラン、2−ヘキシルオキシラン、2,2,3−トリメチルオキシラン、2,2,3,3−テトラメチルオキシラン、(2S,3S)−2,3−ジメチルオキシラン、(2R,3S)−2,3−ジメチルオキシラン、2,2−ジメチルオキシラン、2−メチル−2−(4−メチルシクロヘキス−3−エン−1−イル)オキシラン、2−メチル−2−(4−メチルシクロヘキス−3−エン−1−イル)オキシラン、2−エテニルオキシラン、2−エテニル−2−メチルオキシラン、2−メチル−3−プロピルオキシラン、及び2,3−ジエチルオキシラン。
本発明の方法は、バルク化学合成(生物触媒作用)など、様々な目的のために用いることができる。アルケンは、ペルオキシゲナーゼにより効率的にエポキシ化される。プロピレンオキシドは、高度に反応性の物質であり、最も重要な化学的中間体の1つである。これは、ポリマー(ポリウレタン、ポリエステル)、酸化溶媒(プロピレングリコールエーテル)及び工業用流体(モノプロピレングリコール及びポリグリコール)など、多様な物質のための出発材料である。年間6,500,000MTが生産される。分枝状アルケンなど、他のより長い鎖のアルケン(ブテン及びイソブテンなど)も同様にエポキシ化される。
エポキシドの重合によりポリエーテルが得られ、例えば、エチレンオキシドが重合すると、ポリエチレングリコール(ポリエチレンオキシドとしても知られる)が得られる。
本発明の方法は、固定化ペルオキシゲナーゼを用いて実施してもよい。
本発明の方法は、水性溶媒(反応媒体)、各種アルコール、エーテル、その他の極性若しくは非極性溶媒、又はこれらの混合物中で実施することができる。当業者であれば、本発明の方法に用いる脂肪族炭化水素の特徴を調べることにより、好適な溶媒例を容易に認識する。酸化を実施する圧力を増加又は減少させることにより、溶媒(反応媒体)及び脂肪族炭化水素を反応温度で液相に維持することができる。
本発明の方法は、0〜90℃、好ましくは5〜80℃、より好ましくは10〜70℃、さらに好ましくは15〜60℃、極めて好ましくは20〜50℃、とりわけ20〜40℃の温度で実施してよい。
本発明の方法は、10秒〜(少なくとも)24時間、好ましくは1分〜(少なくとも)12時間、より好ましくは5分〜(少なくとも)6時間、極めて好ましくは5分〜(少なくとも)3時間、とりわけ5分〜(少なくとも)1時間の処理時間を使用してよい。
以下の実施例により、本発明をさらに詳しく説明するが、これらの実施例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈すべきではない。
アグロキベ・アエゲリタ(Agrocybe aegerita)由来のペルオキシゲナーゼのアミノ酸配列を配列番号1に示す。
実施例1
真菌類ペルオキシゲナーゼにより触媒されるアルケンエポキシ化
試薬
市販の化学薬品は、Acros Organicsから購買した2,3−エポキシ−2−メチルブタンを除いて、Sigma−Aldrich,TCl Europe and Chemos GmbHから購入した。アグロキベ・アエゲリタ(Agrocybe aegerita)(野生型、イソ型II、44kDa)の細胞外ペルオキシゲナーゼを生成し、以前記載されているように精製した。酵素調製物は、SDSポリアクリルアミドゲル電気泳動により均質であり、A418/A280比1.86を呈示した。ペルオキシゲナーゼの比活性は、63U/mgであり、ここで、1Uは、23℃で1分にわたる1μモルの3,4−ジメトキシベンジルアルコールの3,4−ジメトキシベンズアルデヒドへの酸化を表す。
反応条件
典型的反応混合物(総量:0.2ml;気体状アルケンの場合は1.2ml)は、以下を含んだ:リン酸カリウムバッファー(10mM、pH7.0)中に溶解させた精製ペルオキシゲナーゼ(1〜2Uml-1、0.38〜0.76μM)、アセトン(60%、pH5.3)、及びアルケン基質(5%vol/vol;但し、+/−リモネンの場合には、5mMの基質を用いた)。シリンジポンプ(4mM/時、但し、2−メチル−2−ブテン及び2,3−ジメチル−2−ブテンの場合には、2mM/時を用いた)を用いたH22の添加により、反応を開始し、室温で30分撹拌した後、クロマトグラフィー分析が、生成物の形成が完了したことを示した時点で停止した。気体状プロペン及びn−ブテンを同じ条件下で処理したが、反応バイアル中に純ガスを連続的にバブリングする(約1l/時)ことにより実施した。激しく振盪することにより、反応混合物をヘキサン(0.1ml)で抽出した。
生成物同定
Hewlett Packard 5973質量分析計とZB−Waxプラスキャピラリーカラム(直径250μm、長さ30m、膜厚0.25μm、Phenomenex,Torrance,California,USA)を取り付けたHewlett Packard 6890クロマトグラフを用いたGCにより、反応生成物を分析した。分析のために、1μlのヘキサン抽出物をGC装置に注入した。分析対象物に応じた様々な温度プロフィールを用いて、GCを実施した。プロペン:30℃を2分保持;1−ブテン:35℃を3.5分保持し、30℃/分で100℃まで;1−ペンテン:50℃を3.5分保持し、40℃/分で115℃まで;1−ヘキセン、2−ヘキセン及び3−ヘキセン:70℃を3.5分保持し、40℃/分で135℃まで;1−ヘプテン:90℃を3.5分保持し、40℃/分で145℃まで;1−オクテン:110℃を3.5分保持し、20℃/分で120℃まで;+/−リモネン:70℃、5℃/分で125℃まで、次に30℃/分で230℃まで;シス/トランス−2−ブテン、イソブテン及び1,3−ブタジエン:35℃を10分保持;シクロペンテン及びシクロヘプテン:45℃を3分保持し、20℃/分で250℃まで;イソプレン:45℃を5分保持し、10℃/分で100℃まで。いずれの場合も、ヘリウムがキャリアガスであり、カラム流量:1.5ml/分とした。生成物は、その保持時間及び/又は70eVでの電子衝撃MSにより、真正標準に対して同定した。
キラル分離
前述と同じであるが、Beta DEX(商標)120キャピラリーカラム(直径250μm、長さ30m、膜厚0.25μm、Supelco,Bellefronte,PA,USA)を取り付けた装置を用いて、GC/MSによりエポキシドのキラル分離を実施した。GCは、様々な温度プロフィールを用いて実施した。1−ヘキセン:45℃を20分保持;1−ヘプテン:45℃を37分保持;1−オクテン:55℃を46分保持;1−オクチン:45℃を2分保持し、10℃/分で155℃まで。生成物は、その保持時間及び70eVでの電子衝撃MSにより、真正標準に対して同定した。
生成物の定量
それぞれの真正標準の外標準曲線を用いて、前述のようなGC/MSにより、反応生成物の定量分析を実施した。全ての標準曲線が、R2>0.98の線形回帰値を有していた。
結果
Figure 2015516804
Figure 2015516804
Figure 2015516804
実施例2
様々な真菌類ペルオキシゲナーゼを用いた1−オクテンのエポキシ化
表2に示すペルオキシゲナーゼを実施例2で用いた。
Figure 2015516804
蓋をした2mLHPLCガラスバイアルにおいて、次の条件で反応を実施した:800μLの総反応容量中、10mMリン酸バッファーpH6.5、20%v/vアセトニトリル、1mM1−オクテン、0.01mg/mLペルオキシゲナーゼ(表3を参照)、1mL過酸化水素。室温(約25℃)で反応混合物をマグネットにより30分撹拌した後、5μLのカタラーゼ(Terminox Ultra 50L,Novozymes)を添加することにより反応を停止した。
0.01%w/vBHT(2,6−ジ−tert−ブチル−4−メチルフェノール)を含有する760μLの酢酸エチルと混合することにより、サンプルを抽出した。Agilent(Santa Clara CA,USA)製のオートサンプラー(モデル7693A)及び質量選択検出器(モデル5975C)を備えたガスクロマトグラフ(モデル7890A)でのGC−MSにより、酢酸エチル抽出物を次のように分析した:Phenomenex(Torrance CA,USA)製のZebron DB−5HT Infernoカラム(15m、250μm、0.25μm)にスプリットモード(10:1)でサンプルを注入し、下記の温度プログラムを用いて、1.1mL/分のヘリウムで溶出した:45℃(1分)、10℃/分で45〜75℃、40℃/分で75〜275℃、及び275℃(1分)。質量検出器を走査モードで操作し、Total Ion Count(TIC)クロマトグラムを用いて、基質及び生成物ピークの面積を決定した。ピークは、マススペクトルを、GCソフトウエア(NIST MS検索バージョン2.0)で入手可能なマススペクトルライブラリーからのスペクトルと比較することにより同定した。内標準としてBHT(2,6−ジ−tert−ブチル−4−メチルフェノール)を用いた真正化合物での外部校正により、基質及び生成物濃度を決定した。
1−オクテン(基質)の1,2−エポキシオクタン(生成物)への酵素変換を表3に示す。1−オクテンの揮発性のために、基質のかなりの部分が、反応工程で蒸発により消失した。
Figure 2015516804
実施例3
フミコラ(Humicola)属ペルオキシゲナーゼを用いた様々なアルケンのエポキシ化
蓋をした2mLHPLCガラスバイアルにおいて、次の条件で反応を実施した:総反応容量800μL中、10mMリン酸バッファーpH6.5、20%v/vアセトニトリル、1mM基質(表4参照)、0.01mg/mLのペルオキシゲナーゼ3(実施例2を参照)、1mL過酸化水素。室温(約25℃)で反応混合物をマグネットにより30分撹拌した後、5μLのカタラーゼ(Terminox Ultra 50L,Novozymes)を添加することにより反応を停止した。
内標準として0.01%w/vBHT(2,6−ジ−tert−ブチル−4−メチルフェノール)を含有する760μLの酢酸エチルと混合することにより、サンプルを抽出した。実施例2に記載したGC−MSにより、酢酸エチル抽出物を分析した。真正標準の不足と一部の基質の高い揮発性のために、生成物収率は、基質及び生成物について同じ応答係数を想定して、0.01%w/vBHT含有の酢酸エチルに溶解した1mM基質を含む標準サンプルのArea/Aistdと比較したサンプル中の生成物のArea/Aistdとして計算した。
Figure 2015516804
実施例4
フミコラ(Humicola)属ペルオキシゲナーゼを用いたトランス−2−オクテンのエポキシ化
蓋をした2mLHPLCガラスバイアルにおいて、次の条件下で反応を実施した:最終反応容量800μL中、10mMリン酸バッファーpH6.5、20%v/vアセトニトリル、20g/Lトランス−2−オクテン、0.1又は0.5mg/mLのペルオキシゲナーゼ3(実施例2を参照)、1mL気密ガラスシリンジ(SGE Analytical Science,Ringwood,Australia)を用いたマルチチャネルシリンジポンプ(モデル220−CE、World precision instuments,Aston,Stevenage,UK)で、反応工程(2時間)中に添加した160μLの1M過酸化水素。室温(約25℃)で反応混合物をマグネットにより2時間撹拌した後、5μLのカタラーゼ(Terminox Ultra 50L,Novozymes)を添加することにより反応を停止した。
内標準として0.1%w/vBHT(2,6−ジ−tert−ブチル−4−メチルフェノール)を含有する780μLの酢酸エチルと混合することにより、サンプルを抽出した。酢酸エチル抽出物を、内標準を含まない酢酸エチルで100倍希釈した後、実施例2に記載したGC−MSにより、この酢酸エチル抽出物を分析した。基質及び生成物について同じ応答係数を想定し、エポキシドの形成を、基質と生成物の面積の和と比較したエポキシドの面積の割合(%)として測定した。
Figure 2015516804

Claims (15)

  1. エポキシドを生成する方法であって、非環式脂肪族アルケン又はテルペンを過酸化水素及びペルオキシゲナーゼと接触させることを含み;前記ペルオキシゲナーゼは、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20と少なくとも60%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、方法。
  2. 前記アミノ酸配列が、モチーフ:E−H−D−[G,A]−S−[L,I]−S−R(配列番号21)を含む、請求項1に記載の方法。
  3. 前記ペルオキシゲナーゼが、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20のアミノ酸配列と少なくとも65%の同一性、好ましくは少なくとも70%の同一性、より好ましくは少なくとも75%の同一性、より好ましくは少なくとも80%の同一性、より好ましくは少なくとも85%の同一性、極めて好ましくは少なくとも90%の同一性、とりわけ少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれから構成される、請求項1又は2に記載の方法。
  4. 前記ペルオキシゲナーゼが、配列番号1のアミノ酸配列と少なくとも65%の同一性、より好ましくは少なくとも70%の同一性、より好ましくは少なくとも75%の同一性、より好ましくは少なくとも80%の同一性、より好ましくは少なくとも85%の同一性、極めて好ましくは少なくとも90%の同一性、とりわけ少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれから構成される、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
  5. 前記ペルオキシゲナーゼが、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、若しくは20のアミノ酸配列;又はペルオキシゲナーゼ活性を有するその断片を含むか、又はそれから構成される、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
  6. 前記ペルオキシゲナーゼが、配列番号1のアミノ酸配列;又はペルオキシゲナーゼ活性を有するその断片を含むか、又はそれから構成される、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
  7. 前記脂肪族アルケンが、ハロゲン、ヒドロキシル、カルボキシル、アミノ、ニトロ、シアノ、チオール、スルホニル、ホルミル、アセチル、メトキシ、エトキシ、カルバモイル及びスルファモイルからなる群から選択される1つ又は複数の置換基を有する、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
  8. 前記置換基が、クロロ、ヒドロキシル、カルボキシル及びスルホニル;特に、クロロ及びカルボキシルからなる群から選択される、請求項7に記載の方法。
  9. 前記脂肪族アルケンが、少なくとも3つの炭素からなり、一方の末端に炭素−炭素二重結合を有する、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
  10. 前記脂肪族アルケンが、プロペン、ブテン、ペンテン、ヘキセン、ヘプテン、オクテン、ノネン、デセン、ウンデセン、ドデセン、トリデセン、テトラデセン、ペンタデセン若しくはヘキサデセン、又はこれらの異性体である、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
  11. 前記脂肪族アルケンが、プロペン、1−ブテン、1−ペンテン、1−ヘキセン、2−ヘキセン、3−ヘキセン、1−ヘプテン、1−オクテン、2−メチル−2−ブテン、2,3−ジメチル−2−ブテン、シス/トランス−2−ブテン、イソブテン、1,3−ブタジエン、及びイソプレン;又はこれらの異性体である、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
  12. 前記脂肪族アルケンが、置換されていない、請求項1〜6又は9〜11のいずれか1項に記載の方法。
  13. 前記脂肪族アルケンが、直鎖状である、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
  14. 前記テルペンが、イソプレン又はモノテルペンであり;好ましくは前記テルペンが、環状テルペン、例えば、リモネンなどの単環式モノテルペンである、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
  15. 非環式脂肪族アルケン、又はテルペンのエポキシ化のためのペルオキシゲナーゼの使用であって、前記ペルオキシゲナーゼが、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20と少なくとも60%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、使用。
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