CN103103188A - 一种区分大白菜eIF4E.c两种新单倍型的分子标记及其应用 - Google Patents

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CN103103188A CN2013100588343A CN201310058834A CN103103188A CN 103103188 A CN103103188 A CN 103103188A CN 2013100588343 A CN2013100588343 A CN 2013100588343A CN 201310058834 A CN201310058834 A CN 201310058834A CN 103103188 A CN103103188 A CN 103103188A
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刘栓桃
赵智中
张志刚
李巧云
王淑芬
卢金东
徐文玲
刘贤娴
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Abstract

本发明涉及一种区分大白菜eIF4E.c两种新单倍型的分子标记及其应用,所述标记为与抗性材料中eIF4E.c单倍型Hapr检测相关的标记命名为ASM-R,片段大小187bp,含有如SEQ ID No.1所示序列;与高感材料中eIF4E.c单倍型Haps检测相关的标记命名为ASM-S,片段大小193bp,含有如SEQ ID No.2所示序列。本发明利用同源克隆技术发现了eIF4E.c位点的两种新的单倍型并开发了鉴定这两者的分子标记。利用该标记可以对回交后代的基因型进行准确选择。同时该标记还可用于对大白菜种质资源进行筛查,以寻找遗传背景更加丰富的突变体材料。

Description

一种区分大白菜eIF4E.c两种新单倍型的分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及一个基因的两种不同单倍型及其相关位点特异性分子标记的开发,尤其涉及一种大白菜真核生物翻译起始因子4E.c的两种单倍型突变及其位点特异性分子标记开发和应用。两种单倍型能够为选育含该位点的抗病毒大白菜种质提供变异源,位点特异分子标记能够直接应用于分子标记辅助育种来选择含有该单倍型位点的大白菜材料,提高选择效率,属于生物技术领域。
背景技术
大白菜(Brassica rapaL.ssp pekinensis)是十字花科重要的蔬菜作物,原产于中国,目前在世界各地均有种植。尤其在我国蔬菜的常年供应和淡季蔬菜调剂中已经成为蔬菜产品供给的重要组成部分,因而对人们生活具有重要影响。我国大白菜生产常见病害有病毒病、霜霉病和软腐病,其中病毒病的危害最为严重,且没有普遍适用的抗病毒病药剂或其它行之有效的控制技术。培育抗病毒大白菜新品种是应对病毒病危害的首选途径[王雪,刘玉梅,李汉霞,张扬勇,方智远.芸薹属作物抗芜菁花叶病毒育种研究进展.园艺学报.2005,32(5):939-946]。苗立强等[苗立强,张耀伟,崔崇士.我国白菜抗病育种研究进展.东北农业大学学报.2008,37(4):529-533]研究发现,我国大白菜病毒病的病原分离物中70%是芜菁花叶病毒(Turnip MosaicVirus,TuMV)、还有少量黄瓜花叶病毒(Cucumber Mosaic Virus,CMV)和其它病毒。因此我国大白菜抗病毒病育种的主攻目标是抗TuMV。
培育抗TuMV大白菜新品种的两个关键要素是拥有丰富的抗TuMV种质资源和高效的育种效率。我国是大白菜原产地,种质资源非常丰富,其中不乏抗TuMV的优良资源,同时也有更多品质优良但不抗病毒的资源。在常规育种实践中,常通过回交转育的手段获得更多遗传背景丰富的抗性材料。随着分子标记技术的兴起及研究的深入,标记辅助选择在常规育种操作中已经成为提高选择效率、缩短育种年限的主要手段。一些跨国的育种集团更是不惜重金把创新资源和开发与重要农艺性状紧密连锁的分子标记作为育种攻关的主要内容。
一般而言,要寻找与某农艺性状紧密连锁的分子标记,往往需要先选择在目标性状方面存在显著差异的亲本,并构建分离群体(F2,RI,BC1,DH等),采用混合分群(BSA)和传统的分子标记(如RAPD,SRAP,AFL P,SSR等)技术进行分析,用相应的软件分析所得标记与性状的连锁距离,最终得到与目标性状连锁的分子标记。目前报道的与大白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV)性状连锁的分子标记正是采用上述方法得到的。由于不同研究者所用材料和所选择的标记类型不同,所得到的与抗病毒特性连锁的标记距离亦不同,介于3.8-15.36cM。由于这些标记与性状的连锁程度不够紧密,因而其用于大白菜抗TuMV辅助育种尚有一定的距离。
另一方面,由于拟南芥与大白菜同属十字花科,其抗病毒相关功能基因已有较深入的研究;同时大白菜的全基因组序列已经公布(Wang et al.,2011,the genome ofthe mesopolyploidcrop species Brassica rapa.Nature Genetics.43(10):1035-1039)。所以可以将拟南芥功能基因研究的结果和大白菜基因组序列信息相结合,直接从抗病毒相关功能基因的角度入手,通过对大白菜自然群体在某一个重要功能基因位点的自然变异入手,寻找抗病毒相关功能基因的突变体;针对突变位点开发位点特异性分子标记(Allele specific marker,ASM),则这种标记本身与性状直接相关,这无疑会使标记辅助选择更加精准。
近年来在抗病毒功能基因研究方面发现,由隐性单基因控制的抗病毒性状多与真核生物翻译起始因子4E及其异构体(iso4E)的突变有关。Wittmann等[Wittmann S,Chatel H,FortinMG,Laliberte JF.Interaction of the viral protein genome linked of Turnip mosaic virus with thetranslational eukaryotic initiation factor(iso)4E of Arabidopsis thaliana using the yeast two-hybridsystem.Virology.1997,234:84-92]和Léonard等[Léonard S,Plante D,Wittmann S,DaigneaultN,Fortin MG,Laliberté JF.Complex formation between potyvirus VPg and translation eukaryoticinitiation factor4E correlates with virus infectivity.J.Virol.2000,74:7730-7737]分别证明:拟南芥eIF4E和eIF(iso)4E可以同TuMV的病毒基因组结合蛋白(VPg)相互作用。这种相互作用的关键氨基酸与真核生物自身mRNA翻译所需的关键氨基酸位点不同,所以eIF4E及eIF(iso)4E的一些氨基酸突变不影响植物自身的生长发育、却导致病毒与寄主不能发生互作,从而使寄主表现出抵抗病毒侵染的特性。Ryder在生菜[Ryder EJ.1970.Inheritance of resistance tocommon lettuce mosaic.Am Soc Horticult Sci.95:378379]、Ruffel在辣椒[Ruffel S,DussaultMH,Palloix A,Moury B,Bendahmane A,Robaglia C,Caranta C.2002.A natural recessiveresistance gene against potato virus Y in peper corresponds to the eukaryotic initiation factor4E(eIF4E).Plant J.2002Dec;32(6):1067-75]、Nieto在甜瓜[Nieto C,Piron F,Dalmais M,Marco C F,Moriones E,Gomez-Guillamon ML,Truniger V,Gomez P,Garcia-Mas J,Aranda MA,Bendahmane A.2007.EcoTILLING for the identification of allelic variants of melon eIF4E,afactor that controls virus susceptibility.BMC Plant Biology.7,34-42]等重要蔬菜作用中已经发现了不少这样的突变体资源,Yeam等[Yeam I,Kang BC,Lindeman W,Frantz JD,Faber N,andJahn MM.2005.Allele-specific CAPS markers based on point mutations in resistance alleles at thepvr1locus encoding eIF4E in Capsicum.Theor.Appl.Genet.NNO,178-186]在辣椒中针对突变位点开发了相应的位点特异性CAPs标记并用于抗病毒材料转育时的辅助选择。
我国大白菜种质资源十分丰富,从其他作物的eIF4E和eIF(iso)4E突变及其在抗病毒中的作用推测,大白菜自然群体中也可能存在eIF4E和eIF(iso)4E的突变体,且这种突变可能与大白菜的抗病毒特性有关。目前,国内外有关大白菜抗病毒特性与eIF4E和eIF(iso)4E关系的研究很少,涉及的材料极为有限。Rusholme等[Rusholme RL,Higgins EE,Walsh JA,Lydiate DJ.Genetic control of broad-spectrum resistance to turnip mosaic virus in Brassica rapa(Chinese cabbage).Journal ofGeneral Virology.2007,88:3177–3186]以高抗TuMV的大白菜自交系RLR22和病毒敏感材料R-O-18为亲本,构建BC1F1群体,进行抗TuMV(CDN1和CZE1株系)遗传研究。结果发现了一个大白菜抗病毒隐性遗传位点retr01和一个显性位点ConTR01,RFLP标记关联分析分别发现了与retr01连锁的标记pN202e1和与ConTR01连锁的标记pO85e1。进一步采用southern杂交的手段发现,在A基因组中分别有3个拷贝的eIF4E(分别位于染色体N1、N3和N8)和3个拷贝的eIF(iso)4E(分别位于染色体N4、N5和N8)。作者根据杂交结果,推测位于第8染色体上的eIF4E和eIF(iso)4E可能与ConTR01有关,而位于第4染色体上的eIF(iso)4E可能与retr01有关。文中没有关于两个基因的序列信息报道。Jenner等[Jenner CE,Nellist CF,Barker GC,Walsh JA.Turnip mosaic virus(TuMV)is able touse alleles ofboth eIF4E and eIF(iso)4E from multiple loci of the diploid Brassica rapa.Mol PlantMicrobe Interact.2010,3(11):1498-1505]从病毒敏感材料R-O-18中克隆得到了eIF4E和eIF(iso)4E各三个拷贝,分别命名为BraA.eIF4E.a、BraA.eIF4E.b、BraA.eIF4E.c和BraA.eIF(iso)4E.a、BraA.eIF(iso)4E.b、BraA.eIF(iso)4E.c。除BraA.eIF4E.b和BraA.eIF(iso)4E.b以外,其余4个基因分别转化拟南芥At.eIF(iso)4E功能缺失突变体[DupratA,Caranta C,ReversF,Menand B,Browning KS,Robaglia C.2002.The Arabidopsis eukaryotic initiation factor(iso)4E is dispensable for plant growth but required for susceptibility to potyviruses.The PlantJournal,32:927–934],然后对所有转基因株系接种TuMV加拿大株系CDN1,进行病毒敏感性互补实验。根据病情指数及ELISA结果,发现所转的四个基因均能使突变体完全或部分恢复对TuMV侵染的敏感性。这表明,在TuMV侵染白菜类蔬菜作物时,eIF4E和eIF(iso)4E都可能参与病毒与寄主的相互作用。同时作者指出,要想在大白菜中获得与eIF4E和eIF(iso)4E有关的抗病毒材料,则这几个基因需同时丧失功能。截止目前,大白菜在上述两个基因位点的突变及相关突变体检测的标记开发国内外未见报道。
鉴于此,有必要对我国丰富的大白菜抗/感TuMV材料中eIF4E和eIF(iso)4E各个位点的多态性进行广泛筛查,以发现各位点可能存在的突变类型;同时针对突变位点与野生型的序列差异,开发与突变体检测有关的位点特异性分子标记。有以下几个方面的潜在益处:①可以将该标记用于筛查大白菜种群,提供高效的大白菜突变体检测手段;②当其他位点发现突变类型时,可以采用同样的方法开发标记;③当多个位点的突变位于不同的材料中时,可以通过标记辅助选择手段将多位点突变聚合在一起,创造广谱抗TuMV大白菜新种质;④在培育广谱抗TuMV大白菜新品种时,可以实现标记辅助选择,提高育种效率。由于这种标记直接位于功能基因内部,因此选择的准确率达100%。
发明内容
针对上述现有技术,针对目前大白菜在eIF4E和eIF(iso)4E基因位点突变体鉴定方面的空白,本发明首先获得了eIF4E.c位点的两种新的单倍型,其次根据两种单倍型的序列特点,设计引物,开发了区分两种单倍型的ASM共显性标记并用于标记辅助选择。
本发明是通过以下技术方案实现的:
一种区分大白菜eIF4E.c两种单倍型的共显性ASM标记:与抗性材料中eIF4E.c单倍型Hapr检测相关的标记命名为ASM-R,片段大小187bp,如SEQ ID No.1所示;与高感材料中eIF4E.c单倍型Haps检测相关的标记命名为ASM-S,片段大小193bp,SEQ ID No.2所示。
一种用于鉴别上述位点特异性共显性分子标记的引物是:
正向引物Fd1:5'-GGAGGCAAGTTTTGACAATGGCGG-3';
正向引物Fd2:5'-TGTTCTTTCTTCGTGGGTTAAG-3'
反向引物Rd1:5'-TCAAGCGGTGTAAGCGCTCTTCGC-3′,
反向引物Rd2:5'-CAAAAAGAACATAACTTTCCT-3';
如SEQ ID NO.3、4、5、6所示。
本发明采用同源克隆技术从2份大白菜自交系材料He102(抗TuMV)和06-247(高感TuMV)中分别克隆到了eIF4E.c基因全序列,将2个序列与GenBank中已经报道的B.rapa自交系R-O-18的eIF4E.c比较后发现,二者均在内含子处有小片段缺失,ORF预测发现二者编码的蛋白质序列也同R-O-18中的不完全相同,存在多个氨基酸替换突变。我们将来自抗病毒材料He102中的eIF4E.c单倍型称为Hapr,将来自病毒敏感材料06-247中的eIF4E.c单倍型称为Haps,为了便于在聚丙烯酰胺凝胶上区分两种单倍型,为以后分子标记辅助选择提供便利,我们采用了巢式PCR技术,首先在基因保守区域设计了外侧引物Fd1和Rd1,在两份材料中进行第一轮PCR扩增,在内侧的小片段插入/缺失两侧相对保守区设计巢式引物Fd2和Rd2,以第一轮PCR产物为模板进行第二次PCR扩增,结果在抗性材料中扩增到187bp的片段,在感性材料中扩增得到193bp的片段。为了验证该标记的可用性,我们用设计的引物扩增了(He102×06-247)×06-247的回交群体,结果表明该标记对纯合Hapr、Haps以及杂合型鉴别的准确率达100%。
所述ASM标记的筛选过程如下:
(1)以大白菜抗TuMV自交系He102与06-247为材料,采用CTAB法,提取两者的基因组DNA。
(2)依据GenBank中已经报道的B.rapa自交系R-O-18的eIF4E.c序列,在编码区上下游设计引物。采用同源克隆技术,从中克隆得到了其eIF4E.c并进行测序,得到了其基因组全序列。
(3)将两者的eIF4E.c与R-O-18的eIF4E.c序列进行比较,发现了多处SNPs和小片段插入/缺失(InDels)。进一步利用NCBI splign工具分析外显子时发现,二者编码产物的氨基酸顺序与R-O-18的编码产物不完全一致,He102的eIF4E.c存在两个氨基酸替换,分别是Arg105-Lys,Lys201-Arg,用Hapr表示;06-247的eIF4E.c存在三个氨基酸替换,分别是Ala35-Val,Gly45-Thr,Arg105-Lys,用Haps表示。在这两种单倍型中,小片段插入/缺失(InDels)在1-5bp之间,为了便于在聚丙烯酰胺凝胶上检测该差异,我们采用了巢式PCR策略,首先根据两种单倍型的序列,在两者InDels处上下游较远区域的基因组保守区设计外侧引物Fd1和Rd1,以基因组DNA为模板进行第一轮PCR扩增;在紧邻InDels处相对保守区设计内侧引物Fd2和Rd2,以第一轮PCR产物为模板进行第二次PCR扩增,使扩增产物小于200bp,便于在聚丙烯酰胺凝胶上分离。两组引物同时在Hapr和Haps中扩出不同的产物,此即为共显性标记。
所述标记可以作为分子标记应用于大白菜种质资源鉴定和育种辅助选育,选择含有He102中Hapr单倍型的种质材料或转育后代。具体应用方式为:利用ASM标记的两个引物对待测个体的基因组DNA进行两次PCR扩增,检测扩增片段的大小,如果扩增产物为187bp,则为单倍型Hapr,如果扩增产物为193bp,即为单倍型Haps;如果扩增出上述两条带,则为杂合型。
本发明的有益效果是:由于大白菜eIF4E位点上受多个基因的控制,在同一份材料中多基因同时突变的频率较低。如果能够分别在各个位点鉴定出各自的抗/感单倍型,开发针对各种单倍型的位点特异性分子标记,则可以通过聚合杂交并结合分子标记辅助选择,将多个突变位点聚合在同一份材料中。本发明利用同源克隆技术发现了eIF4E.c位点的两种新的单倍型并开发了鉴定这两者的分子标记。利用该标记可以对回交后代的基因型进行准确选择。同时该标记还可用于对大白菜种质资源进行筛查,以寻找遗传背景更加丰富的突变体材料。
本发明优点具体如下:
1.本发明获得的与eIF4E.c两种单倍型直接相关的标记,结果稳定、准确、操作简便。适用于不同遗传背景大白菜材料的筛选,是一个普遍性标记。它能够准确鉴定大白菜种质资源在该位点的基因型,极大地提高了对大白菜种质资源在eIF4E.c位点单倍型的筛选效率。
2.在大白菜eIF4E基因序列及单倍型研究方面,仅Jenner等(2010)报道了B.rapa的一个自交系R-O-18的序列,其它单倍型未见报道。针对两种新的单倍型的特异标记,可以为种质资源鉴定、通过回交转育等手段筛选和培育不同遗传背景的抗病毒材料提供辅助选择工具。本发明的应用可大大简化筛选手段、缩短转育年限,避免了常规育种方法中选择的盲目性。
附图说明
图1:基因组特异引物在He102和06-247中的扩增结果,M为DNA分子量标准DL2000。
图2:来自He102和06-247以及GenBank检索到的R-O-18的eIF(iso)4E.a基因组序列比对。
图3:ASM标记的开发及标记所述引物在He102和06-247中的扩增结果。
图4:开发的ASM标记在(He102×06-247)×06-247回叫群体中对部分单株的鉴定结果,根据扩增片段判断,图中11、12、21、22是亲本P1即06-247中的单倍型,2、4、5、6、14、18是亲本P2即He102中的单倍型,其余是杂合性。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步的说明。实施例中的实验方法,如无特别说明,均为常规方法。
实施例1、不同大白菜自交系材料中eIF4E.c的克隆
1.1大白菜基因组DNA提取
(1)将大白菜幼苗叶片放入液氮预冷的研钵中,在液氮中充分研磨成粉末;
(2)待液氮挥发干,立即转移到2ml的离心管中,每100mg材料约加入0.6ml预热至65℃的CTAB提取液,融化后,剧烈振荡混匀样品,65℃水浴放置40-60分钟使细胞裂解;
(3)裂解结束后,取出样品使其完全冷却至室温。加入等体积的氯仿(chloroform),轻轻颠倒使混匀,室温放置10分钟;
(4)室温,12000rpm离心15分钟;
(5)用移液器小心吸出上层水相,加入新的1.5ml的离心管中,加入500μl的异丙醇(按1:1体积比例),充分混匀,室温沉淀10min;
(6)在4℃,12000rpm离心10min,小心弃去上清液;
(7)DNA沉淀用1ml的75%乙醇洗涤。4℃,8000rpm离心10min收集沉淀;
(8)重复用75%乙醇洗涤一次DNA沉淀;
(9)去上清,DNA沉淀于无菌操作台上晾干约10-15分钟,DNA略显透明,加入适当体积(30-50μl)的10mM的Tris.HCl(三羟甲基氨基甲烷盐酸盐),pH8.0使沉淀溶解(可放于4℃冰箱溶解过夜);
(10)紫外分光光度计及1%Agrose(琼脂糖)凝胶电泳检测DNA浓度及质量。
1.2eIF4E.c的克隆及序列分析
(1)检索B.rapa自交系R-O-18的eIF4E.c基因全序列,在编码区上游和下游分别设计正反向引物,
正向引物:5'GGAGGCAAGTTTTGACAATGGCGG3'
反向引物:5'TCAAGCGGTGTAAGCGCTCTTCGC3',委托华大基因有限公司合成。
引物序列如SEQ ID NO.7和8所示。
(2)PCR扩增:在20μl反应体系中,包含1×TransStart FastPfu buffer;20ng的基因组DNA;0.4μM正反向引物;0.25mM dNTPmix;1个标准单位的TransStart FastPfu DNA聚合酶(TransGenAP221)。PCR循环条件:95℃预变性5分钟;接着是95℃变性30秒,57.5℃退火30秒,72℃延伸1分钟,35-38个循环,最后72℃延伸10分钟。
(3)PCR产物的电泳检测:
PCR结束后,取10μlPCR扩增产物加入1μl10×loading buffer,在1%的琼脂糖凝胶上进行电泳,电泳结束后EB染色,自动凝胶成像系统观察拍照。结果见图1。
(4)PCR产物的克隆测序
电泳确认目的条带被扩增后,取1μl PCR扩增产物加1μl pEasy-Blunt(TransGen CB101)载体室温连接10分钟,转化大肠杆菌感受态细胞Trans1-T1(TransGen:CD501),转化菌在含Kan50μg/ml的LB固体平板上37℃倒置培养16小时左右。菌落PCR检测后挑取阳性克隆委托北京华大基因有限公司进行DNA序列的测定。
(5)所克隆的大白菜eIF(iso)4E.a序列分析及命名
将来自TuMV敏感性材料06-247的eIF4E.c称为单倍型s即Haps,其序列如SEQ ID NO.9所示;将来自抗TuMV材料He102的eIF4E.c称为单倍型r即Hapr,其序列如SEQ ID NO.10所示。它们与GenBank中R-O-18的同源关系如图2所示。
实施例2共显性ASM标记的开发
2.1引物设计
仔细比较eIF4E.c的两种单倍型Hapr和Haps的基因组序列,其差异主要在内含子区域的InDels,针对这样的差异,在缺失区域上游保守区域设计两套引物Fd1和Rd1,Fd2和Rd2,委托华大基因有限公司合成。
2.2ASM标记的获得
采用巢式PCR技术扩增该差异区域:
(1)利用外侧引物组合Fd1和Rd1扩增He102及06-247基因组DNA,循环20次;以第一次PCR产物为模板,用内侧引物组合Fd2和Rd2进行第二次PCR扩增,反应液的配制及扩增条件如1.2第(2)条所述。
(2)扩增结果在8%非变形聚丙烯酰胺凝胶上电泳检测。
(3)扩增结果如图3所示,两套引物组合在抗性材料He102中扩增出187bp的条带,其序列如SEQ ID NO.1所示,在感病材料06-247中扩出193bp的条带,其序列如SEQ ID NO.2所示。此即共显性ASM标记。
实施例3ASM标记对回叫群体(He102×06-247)×06-247中的单株鉴定
(1)回叫群体不同单株的基因组DNA提取如1.1所述。
(2)PCR扩增:PCR反应液的配制及扩增条件如1.2第(2)条所述。
(3)PCR产物的检测如1.2第(3)条所述。检测结果如图4所示,P1和P2分别是双亲06-247和He102,1-23是23份大白菜材料。图中单株11、12、21、22是亲本P1即06-247中的单倍型,单株2、4、5、6、14、18是亲本P2即He102中的单倍型,其余单株是杂合性。
Figure IDA00002855868900021
Figure IDA00002855868900031
Figure IDA00002855868900041

Claims (6)

1.一种区分大白菜eIF4E.c两种单倍型的共显性ASM标记,其特征是,所述标记为与抗性材料中eIF4E.c单倍型Hapr检测相关的标记命名为ASM-R,片段大小187bp,含有如SEQID No.1所示序列;与高感材料中eIF4E.c单倍型Haps检测相关的标记命名为ASM-S,片段大小193bp,含有如SEQ ID No.2所示序列。
2.一种扩增区分大白菜eIF4E.c两种单倍型的共显性ASM标记的引物,其特征是,
正向引物Fd1:5'-GGAGGCAAGTTTTGACAATGGCGG-3';
正向引物Fd2:5'-TGTTCTTTCTTCGTGGGTTAAG-3'
反向引物Rd1:5'-TCAAGCGGTGTAAGCGCTCTTCGC-3′,
反向引物Rd2:5'-CAAAAAGAACATAACTTTCCT-3′。
3.一种区分大白菜eIF4E.c两种单倍型的共显性ASM标记,其特征是,它由权利要求2所述的引物对以大白菜基因组DNA为模板经PCR扩增得到。
4.权利要求1或3所述的共显性ASM标记在大白菜eIF4E.c位点基因型鉴定中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用,其特征是,具体为:利用权利要求2所述的ASM标记的引物对待测个体的基因组DNA进行两次PCR扩增,检测扩增片段的大小,如果扩增产物为187bp,则为单倍型Hapr,如果扩增产物为193bp,即为单倍型Haps;如果扩增出上述两条带,则为杂合型。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征是,所述的两次PCR扩增为先利用外侧引物组合Fd1和Rd1扩增He102及06-247基因组DNA,循环20次;再以第一次PCR产物为模板,用内侧引物组合Fd2和Rd2进行第二次PCR扩增;
PCR扩增反应液配制:在20μl反应体系中,包含1×TransStart FastPfu buffer;20ng的基因组DNA;0.4μM正反向引物;0.25mM dNTPmix;1个单位的TransStartFastPfu DNA聚合酶;
PCR循环条件:95℃预变性5分钟;接着是95℃变性30秒,57.5℃退火30秒,72℃延伸1分钟,35-38个循环,最后72℃延伸10分钟。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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李巧云 等: "大白菜抗病分子标记研究进展", 《中国园艺学会十字花科分会第十届学术研讨会论文集》 *
范爱丽 等: "分子标记在大白菜遗传育种中的应用", 《分子植物育种》 *

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