CN102912027A - 用于鉴定小麦春化基因vrn-1的引物对组及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种用于鉴定或辅助鉴定小麦春化基因VRN-1的引物对组及其应用。本发明所提供的引物对组由引物对组A、引物对组B和引物对组C组成;所述引物对组A中的四条引物由序列1、序列2、序列3和序列4所示DNA单链组成;所述引物对组B的三条引物由序列5、序列6和序列7所示DNA单链组成;所述引物对组C的三条引物由序列8、序列9和序列10所示DNA单链组成。本发明所提供的引物对组中各引物对之间不存在相互抑制作用和错配,检测结果可靠、重复性好,成本低,且特异性强,检测过程耗时短;本发明对检测小麦品种的冬春性,进而提高育种的效率,加强对育种高代的选择具有重要意义;另外,本发明使得在小麦推广和引种过程中,有更强的目标性。
Description
技术领域
本发明涉及一种用于鉴定或辅助鉴定小麦春化基因VRN-1的引物对组及其应用。
背景技术
春化阶段是小麦生长发育的基本阶段之一。小麦的春化反应与其生育期及适应性密切相关,是指导小麦区划和新品种推广的主要依据之一,受春化基因控制。春化基因决定小麦全生育周期长短的70~75%。Iwaki和Van Beem等研究表明,世界不同地区小麦品种的春化基因组成存在差异,反映了不同生态类型对品种春化反应的要求不同。
春化基因VRN-1编码的蛋白为MADS-box转录因子,受低温诱导促进开花,是普通小麦春化作用的一类主要基因,包括3个位点VRN-A1、VRN-B1和VRN-D1,分别位于5A、5B和5D染色体长臂上。3个基因位点不同的等位变异对春化作用的效应不同,显性等位变异Vm-A1的效应最强,表现为对春化作用高度不敏感,同时对Vrn-B1和Vrn-D1位点基因具有上位性效应;显性等位变异Vrn-B1和Vrn-D1对春化作用的敏感性较弱,两者之间未发现彼此间的上位作用。Yan和Fu等发现,VRN-1春化基因变异类型受其启动子区和第一个内含子区决定。在普通小麦中,VRN-A1位点有4种变异类型,分别为Vrn-A1a、Vrn-A1b、Vrn-A1c和vrn-A1,其中Vrn-A1a、Vrn-A1b和Vrn-A1c表现为显性,vrn-A1为隐性;VRN-B1和VRN-D1位点一般通常存在两种等位变异类型,即显性和隐性等位变异。与隐性等位变异类型相比,显性等位变异Vrn-A1a和Vrn-A1b分别在启动子区域插入和缺失了一定数量的碱基序列,而显性Vrn-A1c、Vrn-B1和Vrn-D1在第一个内含子序列出现了大片段碱基的缺失。
在普通小麦中,VRN-A1位点存在4种等位变异,需要用3对引物分别进行3次PCR检测;VRN-B1和VRN-D1位点两种等位变异,需要用两对引物分别进行两次PCR检测。为此,检测1个小麦材料春化基因VRN-1的3个位点等位变异组成,需要连续进行7次PCR检测,检测程序繁琐,实验成本高。
多重PCR这一概念自1988年由Chambercian等提出后,由于其快速、高效、低成本等一系列的优点,使得这项技术在生命科学领域得到了广泛的应用,如植物种质纯度鉴定、植物分子育种、植物病虫害检测等。利用多重PCR技术,在同一个PCR反应体系中加入两对或两对以上特异性引物进行扩增,可以同时检测出多个等位变异类型,降低检测成本,提高效益。
发明内容
本发明的目的是提供用于鉴定或辅助鉴定待测小麦春化基因的多重PCR引物对组、试剂盒,以及利用所述多重PCR引物对组鉴定或辅助鉴定待测小麦春化基因的方法。
本发明所提供的用于鉴定或辅助鉴定待测小麦春化基因的多重PCR引物对组,由引物对组A、引物对组B和引物对组C组成;所述引物对组A由特异于所述VRN-A1基因的两个引物对组成;所述引物对组B由特异于所述VRN-B1基因的两个引物对组成;所述引物对组C由特异于所述VRN-D1基因的两个引物对组成;
所述引物对组A中,所述特异于VRN-A1基因的两个引物对分别为序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA组成的引物对1,以及序列3和序列4所示的两条单链DNA组成的引物对2;
所述引物对组B中,所述特异于VRN-B1基因的两个引物对分别为序列表中序列5和序列6所示的两条单链DNA组成的引物对3,以及序列5和序列7所示的两条单链DNA组成的引物对4;
所述引物对组C中,所述特异于VRN-D1基因的两个引物对分别为序列表中序列8和序列9所示的两条单链DNA组成的引物对5,以及序列8和序列10所示的两条单链DNA组成的引物对6。
其中,序列1由20个核苷酸组成;序列2由20个核苷酸组成;序列3由20个核苷酸组成;序列4由20个核苷酸组成;序列5由20个核苷酸组成;序列6由23个核苷酸组成;序列7由22个核苷酸组成;序列8由21个核苷酸组成;序列9由19个核苷酸组成;序列10由21个核苷酸组成。
本发明中,所述VRN-A1基因有四个等位基因,分别是Vrn-A1a、Vrn-A1b、Vrn-A1c和vrn-A1(前三个表现为显性,最后一个表现为隐性);所述VRN-B1基因有两个等位基因,分别是Vrn-B1和vrn-B1(前一个表现为显性,后一个表现为隐性);所述VRN-D1基因有两个等位基因,分别是Vrn-D1和vrn-D1(前一个表现为显性,后一个表现为隐性)。
所述引物对组A中,所述序列1、所述序列2、所述序列3和所述序列4共四条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为1~1.5:1~1.5:1~1.5:1~1.5;所述引物对组B中,所述序列5、所述序列6和所述序列7共三条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为2~2.5:1~1.5:2~2.5;所述引物对组C中,所述序列8、所述序列9和所述序列10共三条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为1~1.5:1~1.5:1~1.5。
在本发明的一个实施例中,所述引物对组A中,所述序列1、所述序列2、所述序列3和所述序列4共四条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为1:1:1:1;所述引物对组B中,所述序列5、所述序列6和所述序列7共三条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为2:1:2;所述引物对组C中,所述序列8、所述序列9和所述序列10共三条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为1:1:1。
含有所述引物对组的试剂盒也属于本发明的保护范围。
所述引物对组的制备方法也属于本发明的保护范围。
该引物对组的制备方法可包括将所述引物对组中各序列所示单链DNA分别单独包装的步骤。
所述试剂盒的制备方法也属于本发明的保护范围。
该试剂盒的制备方法可包括如下步骤:将所述引物对组中各序列所示单链DNA分别单独包装后,与下述物质中的至少一种包装在同一试剂盒内:PCR反应缓冲液、DNA聚合酶和4种dNTP。
鉴定或辅助鉴定待测小麦含有Vrn-A1a、Vrn-A1b、Vrn-A1c和vrn-A1这四种基因中哪一种、含有Vrn-B1和vrn-B1这两种基因中哪一种,以及含有Vrn-D1和vrn-D1这两种基因中哪一种的方法也属于本发明的保护范围。
该方法具体可包括如下(1)和(2)步骤:
所述(1)为如下b1)、b2)和b3):
b1)以待测小麦的基因组DNA为模板,用所述引物对组中的所述引物对组A进行PCR反应,所述PCR反应的退火温度为60℃;
b2)以待测小麦的基因组DNA为模板,用所述引物对组中所述引物对组B进行PCR反应,所述PCR反应的退火温度为65℃;
b3)以待测小麦的基因组DNA为模板,用所述引物对组中的所述引物对组C进行PCR反应,所述PCR反应的退火温度为65℃;
(2)检测步骤(1)得到的PCR产物的大小,按照如下方法根据PCR产物确定所述待测小麦含有Vrn-A1a、Vrn-A1b、Vrn-A1c和vrn-A1这四种基因中哪一种、含有Vrn-B1和vrn-B1这两种基因中哪一种,以及含有Vrn-D1和vrn-D1这两种基因中哪一种:
以所述引物对组A进行PCR反应,若所述PCR产物中同时含有715bp和624bp的两个DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有Vrn-A1a基因;若所述PCR产物中含有473bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有Vrn-A1b基因;若所述PCR产物中含有493bp的DNA片段、同时不含有1068bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有Vrn-A1c基因;若所述PCR产物中同时含有493bp和1068bp的两个DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有vrn-A1基因;
以所述引物对组B进行PCR反应,若所述PCR产物中含有709bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有Vrn-B1基因;若所述PCR产物中含有1149bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有vrn-B1基因;
以所述引物对组C进行PCR反应,若所述PCR产物中含有1671bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有Vrn-D1基因;若所述PCR产物中含有997bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有vrn-D1基因。
本发明的另一个目的是提供一种培育冬性小麦品种的方法。所述冬性小麦品种对温度要求极为敏感,春化阶段适宜温度在0~5℃,需经历30~50天,其中只有在0~3℃条件下经过30天以上才能通过春化阶段的品种,为强冬性品种。没有经过春化阶段的种子在春季播种不能抽穗。遗传学上认为:秋播的冬性小麦品种所有的春化位点均处于隐性状态。因此,培育冬性小麦品种的方法具体可包括采用满足如下a)-c)的小麦作为亲本进行育种的步骤:
a)含有或候选含有vrn-A1基因;
b)含有或候选含有vrn-B1基因;
c)含有或候选含有vrn-D1基因。
从众多小麦品种中选择满足上述a)-c)的小麦的方法,即为上述鉴定或辅助鉴定待测小麦含有Vrn-A1a、Vrn-A1b、Vrn-A1c和vrn-A1这四种基因中哪一种、含有Vrn-B1和vrn-B1这两种基因中哪一种,以及含有Vrn-D1和vrn-D1这两种基因中哪一种的方法。
本发明的又一个目的是提供一种培育半冬性小麦品种的方法。所述半冬性小麦品种对温度要求介于冬性和春性之间,在0~7℃条件下,经过15~35天,可以通过春化阶段。没有经过春化的种子在春季播种不能抽穗或延迟抽穗,抽穗不整齐,产量很低。遗传学上认为,半冬性小麦品种含有VRN-A1以外的一个或者多个显性等位变异。因此,培育半冬性小麦品种的方法具体可包括采用满足如下d)或e)或f)的小麦作为亲本进行育种的步骤:
d)同时含有或候选含有vrn-A1基因、Vrn-B1基因和vrn-D1基因;
e)同时含有或候选含有vrn-A1基因、vrn-B1基因和Vrn-D1基因;
f)同时含有或候选含有vrn-A1基因、Vrn-B1基因和Vrn-D1基因。
从众多小麦品种中选择满足上述d)或e)或f)的小麦的方法,即为上述鉴定或辅助鉴定待测小麦含有Vrn-A1a、Vrn-A1b、Vrn-A1c和vrn-A1这四种基因中哪一种、含有Vrn-B1和vrn-B1这两种基因中哪一种,以及含有Vrn-D1和vrn-D1这两种基因中哪一种的方法。
本发明的再一个目的是提供一种培育春性小麦品种的方法。所述春性小麦品种通过春化阶段时对温度要求范围较宽,经历时间也较短。一般在秋播地区要求0~12℃,北方春播地区要求在0~20℃,经过15天的时间可以通过春化阶段。培育春性小麦品种的方法具体可包括采用含有Vrn-A1a基因、Vrn-A1b基因和Vrn-A1c基因中至少一种的小麦作为亲本进行育种的步骤。
从众多小麦品种中选择满足上述条件的小麦的方法,即为上述鉴定或辅助鉴定待测小麦含有Vrn-A1a、Vrn-A1b、Vrn-A1c和vrn-A1这四种基因中哪一种、含有Vrn-B1和vrn-B1这两种基因中哪一种,以及含有Vrn-D1和vrn-D1这两种基因中哪一种的方法。
本发明根据春化基因VRN-1的STS标记,基于目标基因组成已知材料的验证结果,分别建立检测3个春化基因位点等位变异的多重PCR体系,以期为春化基因VRN-1的快速检测提供更加简便、准确的方法。本发明所提供的PCR引物对组中各引物对之间不存在相互抑制作用和错配,检测品种的结果可靠、重复性好,成本低。本发明所提供的PCR引物对组中的各引物对均选用同样的退火温度,实现了相同温度一次PCR完成一组基因的鉴别,且特异性强,检测过程耗时短。本发明对检测小麦品种的冬春性,进而提高育种的效率,加强对育种高代的选择具有重要意义;另外,本发明使得在小麦推广和引种过程中,有更强的目标性。
附图说明
图1为12个小麦品种春化基因VRN-1的位点VRN-A1的多重PCR扩增图谱。其中,泳道M为标准分子量DL2000;泳道1为新春16;泳道2为龙辐麦1号;泳道3为中国春;泳道4为北京10号;泳道5为甘麦8号;泳道6为大白皮;泳道7为龙辐麦3号;泳道8为辽春10号;泳道9为龙麦20;泳道10为皖麦33;泳道11为宁春37;泳道12为德麦3号。
图2为12个小麦品种春化基因VRN-1的位点VRN-B1的多重PCR扩增图谱。其中,泳道M为标准分子量DL2000;泳道1为中国春;泳道2为皖麦33;泳道3为宁春37;泳道4为新春16;泳道5为龙辐麦3号;泳道6为大白皮;泳道7为辽春10号;泳道8为农大139;泳道9为豫麦7号;泳道10为德麦3号;泳道11为龙麦20;泳道12为陇春8号。
图3为12个小麦品种春化基因VRN-1的位点VRN-D1的多重PCR扩增图谱。其中,泳道M为标准分子量DL2000;泳道1为中国春;泳道2为西农1376;泳道3为宁春37;泳道4为北京10号;泳道5为新春16;泳道6为皖麦33;泳道7为龙辐麦3号;泳道8为农大139;泳道9为大白皮;泳道10为豫麦7号;泳道11为陇春8号;泳道12为德麦3号。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
本发明所涉及的小麦品种新春16、龙辐麦1号、中国春、北京10号、甘麦8号、大白皮、龙辐麦3号、辽春10号、龙麦20、皖麦33、宁春37、德麦3号、农大139、豫麦7号、陇春8号和西农1376均为市面常售品种,均可从商业途径获得。
实施例1、小麦春化基因VRN-A1的多重PCR检测
本实施例的多重PCR引物对组由特异于VRN-A1基因的两个引物对组成。所述特异于VRN-A1基因的两个引物对分别为序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA组成的引物对1,以及序列3和序列4所示的两条单链DNA组成的引物对2。
本实施例的多重PCR引物对组可同时检测VRN-A1基因位点的4种基因型,即三个显性等位变异基因Vrn-A1a、Vrn-A1b、Vrn-A1c和一个隐性等位变异基因vrn-A1。含有Vrn-A1a基因的材料,PCR同时扩增出715bp和624bp的两个条带;含有Vrn-A1b基因的材料,PCR扩增出473bp的条带;含有Vrn-A1c基因的材料,PCR扩增出493bp的条带,同时扩增不出1068bp的条带;含有vrn-A1基因的材料,PCR同时扩增出493bp和1068bp的两个条带。
一、小麦春化基因VRN-A1的多重PCR扩增
1、小麦基因组的制备
采用CTAB法对12份已知基因型的小麦品种进行基因组DNA的提取,得到对应于12份已知基因型的小麦品种的基因组DNA,作为春化基因VRN-A1多重PCR扩增的模板。其中,12份已知基因型的小麦品种为新春16、龙辐麦1号、中国春、北京10号、甘麦8号、大白皮、龙辐麦3号、辽春10号、龙麦20、皖麦33、宁春37和德麦3号。Zhang等(Zhang X-K,Xiao Y-G.,Zhang Y,Xia X-C,Dubcovsky J,He Z-H.Allelic Variation at the Vernalization Genes Vrn-A1,Vrn-B1,Vrn-D1,and Vrn-B3 in ChineseWheat Cultivars and Their Association with Growth Habit.Crop Science,2008,48:458-471.)披露了这12个小麦品种的春化基因VRN-1的基因位点VRN-A1的具体基因型,详见表1。
表1已知基因型小麦品种春化基因VRN-1的基因位点VRN-A1的基因型
注:R表示隐性等位变异;Da和Db分别表示VRN-A1位点的显性等位变异类型Vrn-A1a和Vrn-A1b。
2、多重PCR扩增小麦春化基因VRN-A1
分别以上述步骤1制备的12份已知基因型的小麦品种的基因组DNA分别为模板,利用表2中有序列编号的引物对组合物进行多重PCR扩增。
PCR反应总体系为20μL,其中,DNA模板1μL(100-200ng),Taq DNA聚合酶1μL、10×PCR反应缓冲液2μL、4种dNTP每种在反应体系中的终浓度均为150μM,各引物在PCR反应总体系中的终浓度为:序列1、序列2、序列3和序列4所示的四条DNA单链在PCR反应总体系中的终浓度均为2pM。
PCR反应程序为:94℃预变性10min;94℃变性45s,60℃退火45s,72℃延伸1min30s,扩增反应进行38个循环;72℃延伸5min;4℃,保温结束。
PCR扩增用1×TAE在2%的琼脂糖凝胶进行电泳,电泳时的电压为120V,电泳时间为90min,电泳结束经溴化乙锭染色后在凝胶成像系统下观察照相。
表2春化基因VRN-A1扩增引物序列及其预期扩增片段大小
3、步骤2多重PCR扩增结果判断方法
若步骤2多重PCR扩增产物中同时含有715bp和624bp的两个DNA片段,则说明待测小麦含有Vrn-A1a基因,即在VRN-A1位点存在显性等位变异Vrn-A1a;若步骤2多重PCR扩增产物中含有473bp的DNA片段,则说明待测小麦含有Vrn-A1b基因,即在VRN-A1位点存在显性等位变异Vrn-A1b;若步骤2多重PCR扩增产物中含有493bp的DNA片段、同时不含有1068bp的DNA片段,则说明待测小麦含有Vrn-A1c基因,即在VRN-A1位点存在显性等位变异Vrn-A1c;若步骤2多重PCR扩增产物中同时含有493bp和1068bp的两个DNA片段,则说明待测小麦含有vrn-A1基因,即在VRN-A1位点存在隐性等位变异vrn-A1。
4、不同小麦品种春化基因VRN-A1的多重PCR扩增结果
电泳结果如图1所示。新春16、龙辐麦1号、龙辐麦3号、辽春10号、龙麦20和德麦3号共6个品种小麦均同时扩增出了715bp和624bp特异条带,说明这6个品种小麦在VRN-A1位点含显性等位变异Vrn-A1a;大白皮和甘麦8号共2个品种小麦均扩增出了473bp特异条带,说明这2个品种小麦在VRN-A1位点含显性等位变异Vrn-A1b;中国春等全部12个品种小麦经步骤2的多重PCR全部扩增出了1068bp特异条带,说明这12个品种在VRN-A1位点均不携带显性等位变异Vrn-A1c;中国春、北京10号、皖麦33和宁春37共4个品种小麦均同时扩增出了493bp和1068bp特异条带,说明这4个品种小麦在VRN-A1位点含隐性等位变异vrn-A1。
上述结果与表1中列出的(Zhang X-K,Xiao Y-G.,Zhang Y,Xia X-C,Dubcovsky J,He Z-H.Allelic Variation at the Vernalization Genes Vrn-A1,Vrn-B1,Vrn-D1,and Vrn-B3 inChinese Wheat Cultivars and Their Association with Growth Habit.Crop Science,2008,48:458-471.中披露的)完全一致,这说明本实施例的多重PCR引物对组能够同时、快速、准确的检测小麦春化基因VRN-1的VRN-A1位点的4种基因型。
另外,本发明的发明人还用表2中所列出的各引物对步骤1获得的12份基因组样品分别进行了传统的单重PCR检测。结果显示,经传统单重PCR检测后的结果与本实施例的多重PCR检测结果相一致。并且,多重PCR扩增产物经回收、测序,与目标基因进行序列比对,是同源序列。通过基因测序,进一步证实了上述多重PCR结果的准确性。
实施例2、小麦春化基因VRN-B1的多重PCR检测
本实施例的多重PCR引物对组由特异于VRN-B1基因的两个引物对组成。所述特异于VRN-B1基因的两个引物对为序列表中序列5和序列6所示的两条单链DNA组成的引物对3,以及序列5和序列7所示的两条单链DNA组成的引物对4。
本实施例的多重PCR引物对组可检测VRN-B1基因位点的2种基因型,即显性等位变异基因Vrn-B1和隐性等位变异基因vrn-B1。含有Vrn-B1基因的材料,PCR扩增出709bp的条带;含有vrn-B1基因的材料,PCR扩增出1149bp的条带。
一、小麦品种春化基因VRN-B1的多重PCR扩增
1、小麦基因组的制备
采用CTAB法对12份已知基因型的小麦品种进行基因组DNA的提取,得到对应于12份已知基因型的小麦品种的基因组DNA,作为春化基因VRN-B1多重PCR扩增的模板。其中,12份已知基因型的小麦品种为中国春、皖麦33、宁春37、新春16、龙辐麦3号、大白皮、辽春10号、农大139、豫麦7号、德麦3号、龙麦20和陇春8号。Zhang等(Zhang X-K,Xiao Y-G.,Zhang Y,Xia X-C,Dubcovsky J,He Z-H.AllelicVariation at the Vernalization Genes Vrn-A1,Vrn-B1,Vrn-D1,and Vrn-B3 in Chinese WheatCultivars and Their Association with Growth Habit.Crop Science,2008,48:458-471.)披露了这12个小麦品种的春化基因VRN-1的基因位点VRN-B1的具体基因型,详见表3。
表3已知基因型小麦品种春化基因VRN-1的基因位点VRN-B1的基因型
注:D表示显性等位变异,R表示隐性等位变异。
2、多重PCR扩增小麦春化基因VRN-B1
分别以上述步骤1制备的12份已知基因型的小麦品种的基因组DNA分别为模板,利用表4中有序列编号的引物对组合物进行多重PCR扩增。
PCR反应总体系为20μL,其中,DNA模板1μL(100-200ng),Taq DNA聚合酶1μL、10×PCR反应缓冲液2μL、4种dNTP每种在反应体系中的终浓度均为150μM,各引物在PCR反应总体系中的终浓度为:序列5、序列6和序列7所示的三条DNA单链在PCR反应总体系中的终浓度依次为4pM、2pM和4pM。
PCR反应程序为:94℃预变性10min;94℃变性45s,65℃退火45s,72℃延伸1min30s,扩增反应进行35个循环;72℃延伸5min;4℃,保温结束。
PCR扩增用1×TAE在0.8%的琼脂糖凝胶进行电泳,电泳时的电压为160V,电泳时间为40min,电泳结束经溴化乙锭染色后在凝胶成像系统下观察照相。
表4春化基因VRN-B1扩增引物序列及其预期扩增片段大小
3、步骤2多重PCR扩增结果判断方法
若步骤2多重PCR扩增产物中含有709bp的DNA片段,则说明待测小麦含有Vrn-B1基因,即在VRN-B1位点存在显性等位变异Vrn-B1;若步骤2多重PCR扩增产物中含有1149bp的DNA片段,则说明待测小麦含有vrn-B1基因,即在VRN-B1位点存在隐性等位变异vrn-B1。
4、不同小麦品种春化基因VRN-B1的多重PCR扩增结果
电泳结果如图2所示。皖麦33、宁春37、新春16、辽春10号、德麦3号和陇春8号共6个品种小麦经步骤2的多重PCR扩增出了709bp特异条带,说明这6个品种在VRN-B1位点含显性等位变异Vrn-B1;中国春龙辐麦3号、大白皮、农大139、豫麦7号和龙麦20共6个品种小麦经步骤2的多重PCR扩增出了1149bp特异条带,说明这6个品种在VRN-B1位点含隐性等位变异vrn-B1。
上述结果与表3中列出的(Zhang X-K,Xiao Y-G.,Zhang Y,Xia X-C,Dubcovsky J,He Z-H.Allelic Variation at the Vernalization Genes Vrn-A1,Vrn-B1,Vrn-D1,and Vrn-B3 inChinese Wheat Cultivars and Their Association with Growth Habit.Crop Science,2008,48:458-471.中披露的)完全一致,这说明本实施例的多重PCR引物对组能够同时、快速、准确的检测小麦春化基因VRN-1的位点VRN-B1的2种基因型。
另外,本发明的发明人还用表4中所列出的各引物对步骤1获得的12份基因组样品分别进行了传统的单重PCR检测。结果显示,经传统单重PCR检测后的结果与本实施例的多重PCR检测结果相一致。并且,多重PCR扩增产物经回收、测序,与目标基因进行序列比对,是同源序列。通过基因测序,进一步证实了上述多重PCR结果的准确性。
实施例3、小麦春化基因VRN-D1的多重PCR检测
本实施例的多重PCR引物对组由特异于VRN-D1基因的两个引物对组成。所述特异于VRN-D1基因的两个引物对为序列表中序列8和序列9所示的两条单链DNA组成的引物对5,以及序列8和序列10所示的两条单链DNA组成的引物对6。
本实施例的多重PCR引物对组可检测VRN-D1基因位点的2种基因型,即显性等位变异基因Vrn-D1和隐性等位变异基因vrn-D1。含有Vrn-D1基因的材料,PCR扩增出1671bp的条带;含有vrn-D1基因的材料,PCR扩增出997bp的条带。
一、小麦品种春化基因VRN-D1的多重PCR扩增
1、小麦基因组的制备
采用CTAB法对12份已知基因型的小麦品种进行基因组DNA的提取,得到对应于12份已知基因型的小麦品种的基因组DNA,作为春化基因VRN-D1多重PCR扩增的模板。其中,12份已知基因型的小麦品种为中国春、西农1376、宁春37、北京10号、新春16、皖麦33、龙辐麦3号、农大139、大白皮、豫麦7号、陇春8号和德麦3号。Zhang等(Zhang X-K,Xiao Y-G.,Zhang Y,Xia X-C,Dubcovsky J,He Z-H.AllelicVariation at the Vernalization Genes Vrn-A1,Vrn-B1,Vrn-D1,and Vrn-B3 in Chinese WheatCultivars and Their Association with Growth Habit.Crop Science,2008,48:458-471.)披露了这12个小麦品种的春化基因VRN-1的基因位点VRN-D1的具体基因型,详见表5。
表5已知基因型小麦品种春化基因VRN-1的基因位点VRN-D1的基因型
注:D表示显性等位变异,R表示隐性等位变异。
2、多重PCR扩增小麦春化基因VRN-D1
分别以上述步骤1制备的12份已知基因型的小麦品种的基因组DNA分别为模板,利用表6中有序列编号的引物对组合物进行多重PCR扩增。
PCR反应总体系为20μL,其中,DNA模板1μL(100-200ng),Taq DNA聚合酶1μL、10×PCR反应缓冲液2μL、4种dNTP每种在反应体系中的终浓度均为150μM,各引物在PCR反应总体系中的终浓度为:序列8、序列9和序列10所示的三条DNA单链在PCR反应总体系中的终浓度均为2pM。
PCR反应程序为:94℃预变性10min;94℃变性45s,65℃退火45s,72℃延伸1min30s,扩增反应进行35个循环;72℃延伸5min;4℃,保温结束。
PCR扩增用1×TAE在0.8%的琼脂糖凝胶进行电泳,电泳时的电压为160V,电泳时间为40min,电泳结束经溴化乙锭染色后在凝胶成像系统下观察照相。
表6春化基因VRN-D1扩增引物序列及其预期扩增片段大小
3、步骤2多重PCR扩增结果判断方法
若步骤2多重PCR扩增产物中含有1671bp的DNA片段,则说明待测小麦含有Vrn-D1基因,即在VRN-D1位点存在显性等位变异Vrn-D1;若步骤2多重PCR扩增产物中含有997bp的DNA片段,则说明待测小麦含有vrn-D1基因,即在VRN-D1位点存在隐性等位变异vrn-D1。
4、不同小麦品种春化基因VRN-D1的多重PCR扩增结果
电泳结果如图3所示。中国春、西农1376、新春16、大白皮和豫麦7号共5个品种小麦经步骤2的多重PCR扩增出了1671bp特异条带,说明这5个品种在VRN-D1位点含显性等位变异Vrn-D1;宁春37、北京10号、皖麦33、龙辐麦3号、农大139、陇春8号和德麦3号共7个品种小麦经步骤2的多重PCR扩增出了997bp特异条带,说明这7个品种在VRN-D1位点含隐性等位变异vrn-D1。
上述结果与表5中列出的(Zhang X-K,Xiao Y-G.,Zhang Y,Xia X-C,Dubcovsky J,He Z-H.Allelic Variation at the Vernalization Genes Vrn-A1,Vrn-B1,Vrn-D1,and Vrn-B3 inChinese Wheat Cultivars and Their Association with Growth Habit.Crop Science,2008,48:458-471.中披露的)完全一致,这说明本实施例的多重PCR引物对组能够同时、快速、准确的检测小麦春化基因VRN-1的位点VRN-D1的2种基因型。
另外,本发明的发明人还用表6中所列出的各引物对步骤1获得的12份基因组样品分别进行了传统的单重PCR检测。结果显示,经传统单重PCR检测后的结果与本实施例的多重PCR检测结果相一致。并且,多重PCR扩增产物经回收、测序,与目标基因进行序列比对,是同源序列。通过基因测序,进一步证实了上述多重PCR结果的准确性。
从PCR所用的时间和所需的实验成本来看,本发明三次多重PCR扩增所检测结果相当于7次传统单重PCR扩增的结果,这样就大大缩短了实验时间,提高了工作效率;多重PCR所需的试剂的用量和普通的单重PCR的用量基本相同,并且引物的用量比单重的还要低,从而大大节约了实验成本。
Claims (10)
1.用于鉴定或辅助鉴定待测小麦春化基因的多重PCR引物对组,所述小麦春化基因为VRN-A1基因、VRN-B1基因和VRN-D1基因,其特征在于:所述多重PCR引物对组由引物对组A、引物对组B和引物对组C组成;所述引物对组A由特异于所述VRN-A1基因的两个引物对组成;所述引物对组B由特异于所述VRN-B1基因的两个引物对组成;所述引物对组C由特异于所述VRN-D1基因的两个引物对组成;
所述引物对组A中,所述特异于VRN-A1基因的两个引物对分别为序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA组成的引物对1,以及序列3和序列4所示的两条单链DNA组成的引物对2;
所述引物对组B中,所述特异于VRN-B1基因的两个引物对分别为序列表中序列5和序列6所示的两条单链DNA组成的引物对3,以及序列5和序列7所示的两条单链DNA组成的引物对4;
所述引物对组C中,所述特异于VRN-D1基因的两个引物对分别为序列表中序列8和序列9所示的两条单链DNA组成的引物对5,以及序列8和序列10所示的两条单链DNA组成的引物对6。
2.根据权利要求1所述的引物对组,其特征在于:所述引物对组A中,所述序列1、所述序列2、所述序列3和所述序列4共四条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为1~1.5:1~1.5:1~1.5:1~1.5;所述引物对组B中,所述序列5、所述序列6和所述序列7共三条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为2~2.5:1~1.5:2~2.5;所述引物对组C中,所述序列8、所述序列9和所述序列10共三条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为1~1.5:1~1.5:1~1.5。
3.根据权利要求2所述的引物对组,其特征在于:所述引物对组A中,所述序列1、所述序列2、所述序列3和所述序列4共四条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为1:1:1:1;所述引物对组B中,所述序列5、所述序列6和所述序列7共三条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为2:1:2;所述引物对组C中,所述序列8、所述序列9和所述序列10共三条单链DNA在PCR反应体系中的摩尔比为1:1:1。
4.含有权利要求1-3中任一所述引物对组的试剂盒。
5.权利要求1-3中任一所述引物对组的制备方法,其特征在于:所述制备方法包括将权利要求1-3中任一所述引物对组中各序列所示单链DNA分别单独包装的步骤。
6.权利要求4所述PCR试剂盒的制备方法,包括如下步骤:将权利要求1-3中任一所述的引物对组中各序列所示单链DNA分别单独包装后,与下述物质中的至少一种包装在同一试剂盒内:PCR反应缓冲液、DNA聚合酶和4种dNTP。
7.鉴定或辅助鉴定待测小麦含有Vrn-A1a、Vrn-A1b、Vrn-A1c和vrn-A1这四种基因中哪一种、含有Vrn-B1和vrn-B1这两种基因中哪一种,以及含有Vrn-D1和vrn-D1这两种基因中哪一种的方法,包括如下(1)和(2)的步骤:
所述(1)为如下b1)、b2)和b3):
b1)以待测小麦的基因组DNA为模板,用权利要求1-3中任一所述引物对组中的所述引物对组A进行PCR反应,所述PCR反应的退火温度为60℃;
b2)以待测小麦的基因组DNA为模板,用权利要求1-3中任一所述引物对组中所述引物对组B进行PCR反应,所述PCR反应的退火温度为65℃;
b3)以待测小麦的基因组DNA为模板,用权利要求1-3中任一所述引物对组中的所述引物对组C进行PCR反应,所述PCR反应的退火温度为65℃;
(2)检测步骤(1)得到的PCR产物的大小,按照如下方法根据PCR产物确定所述待测小麦含有Vrn-A1a、Vrn-A1b、Vrn-A1c和vrn-A1这四种基因中哪一种、含有Vrn-B1和vrn-B1这两种基因中哪一种,以及含有Vrn-D1和vrn-D1这两种基因中哪一种:
以所述引物对组A进行PCR反应,若所述PCR产物中同时含有715bp和624bp的两个DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有Vrn-A1a基因;若所述PCR产物中含有473bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有Vrn-A1b基因;若所述PCR产物中含有493bp的DNA片段、同时不含有1068bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有Vrn-A1c基因;若所述PCR产物中同时含有493bp和1068bp的两个DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有vrn-A1基因;
以所述引物对组B进行PCR反应,若所述PCR产物中含有709bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有Vrn-B1基因;若所述PCR产物中含有1149bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有vrn-B1基因;
以所述引物对组C进行PCR反应,若所述PCR产物中含有1671bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有Vrn-D1基因;若所述PCR产物中含有997bp的DNA片段,则所述待测小麦含有或候选含有vrn-D1基因。
8.一种培育冬性小麦品种的方法,包括采用通过权利要求7的方法鉴定得到的如下a)-c)的小麦作为亲本进行育种的步骤:
a)含有或候选含有vrn-A1基因;
b)含有或候选含有vrn-B1基因;
c)含有或候选含有vrn-D1基因。
9.一种培育半冬性小麦品种的方法,包括采用通过权利要求7的方法鉴定得到的如下d)或e)或f)的小麦作为亲本进行育种的步骤:
d)同时含有或候选含有vrn-A1基因、Vrn-B1基因和vrn-D1基因;
e)同时含有或候选含有vrn-A1基因、vrn-B1基因和Vrn-D1基因;
f)同时含有或候选含有vrn-A1基因、Vrn-B1基因和Vrn-D1基因。
10.一种培育春性小麦品种的方法,包括采用通过权利要求7的方法鉴定得到的含有Vrn-A1a基因、Vrn-A1b基因和Vrn-A1c基因中至少一种的小麦作为亲本进行育种的步骤。
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