CN102747073B - 与冠心病易感性显著关联的易感区域chr2p24的单核苷酸多态性位点及其应用 - Google Patents
与冠心病易感性显著关联的易感区域chr2p24的单核苷酸多态性位点及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN102747073B CN102747073B CN201210186621.4A CN201210186621A CN102747073B CN 102747073 B CN102747073 B CN 102747073B CN 201210186621 A CN201210186621 A CN 201210186621A CN 102747073 B CN102747073 B CN 102747073B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- heart disease
- coronary heart
- site
- single nucleotide
- risk
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 title claims abstract description 113
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 title claims description 14
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 title claims description 14
- 208000010125 myocardial infarction Diseases 0.000 claims abstract description 19
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 15
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 14
- 206010002383 Angina Pectoris Diseases 0.000 claims description 13
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 13
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 12
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 abstract description 26
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 abstract description 17
- 238000000034 method Methods 0.000 abstract description 16
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 abstract description 4
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 abstract description 4
- 230000036541 health Effects 0.000 abstract description 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 24
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 8
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 8
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 5
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 5
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 5
- 238000012252 genetic analysis Methods 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 3
- 230000034994 death Effects 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 2
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 2
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 2
- 101150084750 1 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010003210 Arteriosclerosis Diseases 0.000 description 1
- 201000001320 Atherosclerosis Diseases 0.000 description 1
- 208000031229 Cardiomyopathies Diseases 0.000 description 1
- 206010008190 Cerebrovascular accident Diseases 0.000 description 1
- 206010008479 Chest Pain Diseases 0.000 description 1
- 208000002330 Congenital Heart Defects Diseases 0.000 description 1
- 241001269238 Data Species 0.000 description 1
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 1
- 206010019280 Heart failures Diseases 0.000 description 1
- 208000000563 Hyperlipoproteinemia Type II Diseases 0.000 description 1
- 108010044467 Isoenzymes Proteins 0.000 description 1
- 102100024640 Low-density lipoprotein receptor Human genes 0.000 description 1
- 108700008625 Reporter Genes Proteins 0.000 description 1
- 201000004239 Secondary hypertension Diseases 0.000 description 1
- 208000006011 Stroke Diseases 0.000 description 1
- 206010045261 Type IIa hyperlipidaemia Diseases 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 230000003143 atherosclerotic effect Effects 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000000747 cardiac effect Effects 0.000 description 1
- 230000002490 cerebral effect Effects 0.000 description 1
- 208000026106 cerebrovascular disease Diseases 0.000 description 1
- 238000007621 cluster analysis Methods 0.000 description 1
- 208000028831 congenital heart disease Diseases 0.000 description 1
- 238000002586 coronary angiography Methods 0.000 description 1
- 210000004351 coronary vessel Anatomy 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 1
- 230000001186 cumulative effect Effects 0.000 description 1
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 208000022602 disease susceptibility Diseases 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 201000001386 familial hypercholesterolemia Diseases 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 1
- 230000007407 health benefit Effects 0.000 description 1
- 208000019622 heart disease Diseases 0.000 description 1
- 208000018578 heart valve disease Diseases 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011337 individualized treatment Methods 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 230000000302 ischemic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 208000017169 kidney disease Diseases 0.000 description 1
- 230000002045 lasting effect Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 1
- 206010025482 malaise Diseases 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 210000004165 myocardium Anatomy 0.000 description 1
- 239000002547 new drug Substances 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 230000004853 protein function Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了与冠心病易感性显著关联的易感区域chr2p24的单核苷酸多态性位点及其应用,属于生物技术领域。所述单核苷酸多态性位点是位于染色体2p24上TTC32-WDR35基因区域下游的一系列单核苷酸多态性位点,为:rs2123536,rs12613704,rs12617744,rs16987049,rs1377400,rs10490753,rs1530944,rs896809,rs1530945,rs16987088,rs6733260。根据本发明染色体2p24由一段邻近TTC32-WDR35基因区域下游的SNP位点以及由一系列SNP位点组成的单体型的变异特性判断冠心病易感人群的方法,可以对未出现冠心病早期临床症状的人群,尤其具有传统危险因素的冠心病高危人群,进行无创快速简便的筛查,早期发现冠心病易感对象,并采取相应的保健措施,降低冠心病与心肌梗死的发病率。
Description
技术领域
本发明涉及与疾病易感性相关联的单核苷酸多态性位点,特别涉及一种与冠心病易感性显著关联的易感区域chr2p24的单核苷酸多态性位点及其在评估冠心病易感性中的应用,属于生物技术领域。
背景技术
动脉粥样硬化性心脑血管病已成为世界范围关注的主要健康问题。2004年的世界卫生组织(WHO)报告显示,全世界每年心血管疾病以冠心病和脑卒中为主导致的死亡人数达高达1720万,占所有死亡人数的三分之一。预计2020年这一数字将进一步增加50%,高达2500万,心血管疾病是全球人类的“头号杀手”。在中国进行的一项大规模前瞻性研究也显示,心脏疾病已经成为中国人群的主要死亡原因,分列男、女性死亡原因的第2位和第1位。我国每年新发心肌梗死50万人,随着生活方式的改变以及动脉粥样硬化相关的危险因素持续增加,冠心病与心肌梗死发病也还将呈持续上升趋势。
大量的研究资料表明,冠心病是一种复杂疾病,是由多个微效基因与环境因素长期相互作用所致。因此鉴定出与冠心病相关的易感基因或致病基因,在人群中进一步筛选增加疾病风险的易感基因确定易感个体,将有助于冠心病的发病风险预测、新药开发、诊断和个体化治疗。从基础到临床,人们对此进行了大量的研究,并在冠心病的危险因素和冠心病发生的病理生理学方面积累了大量的知识,但是关于冠心病与心肌梗死发生的确切遗传分子机制却知之甚少,对于怎样鉴定遗传易感基因以及鉴定受试者的冠心病遗传易感性,一直缺乏全面系统有效的识别方法。
发明内容
本发明实施例的目的是针对上述现有技术的缺陷,提供一系列与冠心病易感性显著相关的单核苷酸多态性位点(SNP,single nucleotide polymorphism),并找出其中与冠心病易感性关联最显著的代表性位点,继而提供将所述单核苷酸多态性位点用于评估冠心病易感性的用途。
为了实现上述目的本发明采取的技术方案是:
第一方面,提供一系列与冠心病易感性显著相关的易感区域chr2p24的单核苷酸多态性位点(SNP)。在中国汉族人群中选取1515例冠心病患者和5019例正常人为研究对象,使用全基因组芯片(AffymetrixAxiomTM Genome-Wide CHB 1 Array Plate)芯片对全基因组范围内SNP进行基因分型。利用芯片得到的数据,评价基因型和表型的关联关系,从而得到可能与冠心病之间存在潜在关联的区域是在染色体2p24上的TTC32-WDR35基因区域的下游,与冠心病易感性显著关联的单核苷酸多态性位点是位于该区域的一系列单核苷酸多态性位点,为:rs2123536,等位基因为T/C;rs12613704,等位基因为C/T;rs12617744,等位基因为T/A;rs16987049,等位基因为C/T;rs1377400,等位基因为C/T;rs10490753,等位基因为G/A;rs1530944,等位基因为G/C;rs896809,等位基因为C/T;rs1530945,等位基因为A/C;rs16987088,等位基因为A/G;rs6733260,等位基因为C/G。
第二方面,使用logistic回归分析评估每个SNP位点与冠心病的关系,计算危险等位基因的相对危险度(Odds ratio,OR)和95%的可信区间,得到这一系列SNP位点的危险等位基因分别是:rs2123536多态性位点为T,rs12613704多态性位点为T,rs12617744多态性位点为A,rs16987049多态性位点为T,rs1377400多态性位点为T,rs10490753多态性位点为G,rs1530944多态性位点为G,rs896809多态性位点为T,rs1530945多态性位点为A,rs16987088多态性位点为A,rs6733260多态性位点为G。
第三方面,选择Chr2p24区域代表位点rs2123536,在数据分析中使用Haploview软件计算染色体区域位点间的连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)情况。该区域rs2123536多态性位点与rs12613704,rs12617744,rs16987049,rs1377400,rs10490753,rs1530944,rs896809,rs1530945,rs16987088,rs6733260具有强的连锁不平衡。同时使用FludigmEP1基因分析系统(FludigmEP1TMGENETIC ANALYSIS system),Taqman MGB探针法进行基因分型,进一步在15460例冠心病患者和11472例对照样本中验证,合并所有16975例病例和16491对照样本分析显示rs2123536与冠心病的关联更加显著,这一结果进一步证实了Chr2p24区域多态位点与冠心病密切相关。
第四方面,根据上述与冠心病易感性显著相关的单核苷酸多态性位点,构建单体型(haplotype)比较其在患者和正常对照之间的频率差异,用以评估冠心病易感性。
本发明实施例提供的技术方案带来的有益效果是:
根据本发明染色体2p24由一段邻近TTC32-WDR35基因区域下游的SNP位点以及由一系列SNP位点组成的单体型的变异特性判断冠心病易感人群的方法,可以对未出现冠心病早期临床症状的人群,尤其具有传统危险因素的冠心病高危人群,进行无创快速简便的筛查,早期发现冠心病易感对象,并采取相应的保健措施,降低冠心病与心肌梗死的发病率。
根据本发明也可以为研发针对性的冠心病基因治疗提供了科学依据。本发明为进一步检测基因表达调控、蛋白功能,深入研究冠心病的致病机制,开发新型治疗药物和基因治疗,实现基于遗传学背景的个体化诊疗奠定了重要基础,并带来重要的医学健康效益和经济效益。
附图说明
图1为实施例1中所确定的chr2p24区域SNP位点与冠心病的关联图。
图2为在实施例2的重复验证阶段的检测中,其中96个样本(94个待测样本及2个阴性对照)的代表位点rs2123536基因分型结果聚类图;
图3为应用SNP Genotyping Analysis software version 3.0软件对图2所述的96个样本(94个待测样本及2个阴性对照)的代表位点rs2123536进行基因分型的截图;
图4为图2所述的96个样本(94个待测样本及2个阴性对照)代表位点rs2123536基因分型结果导出数据的截图。
图1中:横坐标“Position on chr”为染色体上的位置(单位Mb);纵坐标左侧为单核苷酸多态性位点与冠心病的关联显著性P值(-log10(p-value)),右侧Recombination rate为重组率,单位(CM/Mb);代表位点rs2123536以◆表示。
图2中:X轴代表VIC荧光强度,Y轴代表FAM荧光强度;基因型结果:红色1为C/C纯合子,绿色2为T/T纯合子,蓝色3为C/T杂合子,黑色4为阴性对照(NTC);
其中:横坐标X:Allele为等位基因,VIC-MGB代表VIC荧光标记MGB探针;纵坐标Y:Allele为等位基因,FAM-MGB为FAM荧光标记MGB探针;上方表示SNP位点、call rate为这张芯片上该位点检出率、Auto Confidence为软件给出的自动判别基因型的可信度;下方Chip Run Name为实验中采用的EP1芯片名称。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚,下面对本发明实施方式作进一步地详细描述。
实施例1确定与冠心病易感性显著关联的单核苷酸多态性位点、等位基因及其危险等位基因:
一、方法
首先在中国汉族人群中选取1515例冠心病患者和5019例正常人为研究对象。使用Affymetrix公司的全基因组芯片(AffymetrixAxiomTM Genome-Wide CHB 1 ArrayPlate)由上海交通大学BIO-X中心检测。获得1515例冠心病患者和5019例正常人全基因组芯片SNP的基因型数据。通过全基因组关联(GWAS)统计分析计算获得SNP芯片中每个位点与冠心病关联显著性水平(P值),按照显著性水平(P值小于0.001)找出与冠心病之间存在潜在关联的染色体区域,并得到冠心病易感性显著关联的单核苷酸多态性位点及其等位基因。统计分析时采用plink软件进行logistic回归分析评估每个SNP位点与冠心病关联的显著性,计算危险等位基因的相对危险度(Odds ratio,OR)和95%的可信区间,分析中直接获得OR值、可信区间和P值,从而得到所述位点的危险等位基因。
二、病例和对照样本入选标准
冠心病病例包括心肌梗死患者和心绞痛患者,心肌梗死病例的入选诊断标准为急性心肌梗塞诊断标准(根据WHO 1979年的诊断标准):即典型胸痛症状持续30分钟以上;心电图连续2个导联ST段抬高(肢体导联0.1mv,胸导联0.2mv)并有系列动态变化;心肌坏死的血清标记物浓度升高,如肌钙蛋白(TNT/TNI)升高,心肌同工酶(CK-MB)升高大于正常值高限的2倍。心绞痛病例的入选诊断标准为经冠脉造影发现冠状动脉至少一个主要分支狭窄超过70%。经各项检查除外心脏瓣膜疾病、先天性心脏病、心力衰竭、严重的肾脏及肝脏疾病、继发性高血压、心肌病、家族性高胆固醇血症及可疑冠心病患者。对照组入选标准:既往无冠心病或其他动脉粥样硬化病史,无胸痛、胸闷等心脏病症状,心电图无明显缺血性改变。病例组和对照组均为中国汉族人,且无血缘关系。
三、测试人群的基本特征
测试人群为芯片检测样本其基本特征如表1所示:
表1:
四、结果
通过全基因组关联(GWAS)分析,发现位于染色体2p24上在TTC32-WDR35基因区域下游150kb的一段紧密连锁区域内的一系列SNP位点(rs2123536,rs12613704,rs12617744,rs16987049,rs1377400,rs10490753,rs1530944,rs896809,rs1530945,rs16987088,rs6733260)与冠心病易感性显著相关(参见图1),其与冠心病的关联结果如表2所示。
这一系列SNP位点及其等位基因是:rs2123536,等位基因为T/C;rs12613704,等位基因为C/T;rs12617744,等位基因为T/A;rs16987049,等位基因为C/T;rs1377400,等位基因为C/T;rs10490753,等位基因为G/A;rs1530944,等位基因为G/C;rs896809,等位基因为C/T;rs1530945,等位基因为A/C;rs16987088,等位基因为A/G;rs6733260等位基因为C/G。其中危险等位基因分别是:rs2123536多态性位点为T,rs12613704多态性位点为T,rs12617744多态性位点为A,rs16987049多态性位点为T,rs1377400多态性位点为T,rs10490753多态性位点为G,rs1530944多态性位点为G,rs896809多态性位点为T,rs1530945多态性位点为A,rs16987088多态性位点为A,rs6733260多态性位点为G(见表2)。携带这些危险等位基因的个体发生冠心病的相对风险是没有携带者的1.18-1.25倍。其中rs2123536多态性位点T等位基因携带者的冠心病发病风险是C等位基因的携带者的1.25倍(OR=1.25,95%CI:1.12-1.39),风险最高(见表2)。
表2.Chr2p24区域SNP位点与冠心病的关联结果
其中“区域”,表示该多态性位点所在的染色体区带;“Risk allele”,表示风险等位基因;“Other allele”,表示参照等位基因;“基因频率”,为风险等位基因频率。“OR(95%CI)”,表示与携带参照等位基因的个体相比,携带风险等位基因的个体发生冠心病的相对风险。染色体位置为参照Human Genome NCBI bluid36。
实施例2确定与冠心病易感性关联最显著的代表性单核苷酸多态性位点
一、方法
使用Haploview软件计算实施例1所得的染色体区域单核苷酸多态性位点间的连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)情况,用r2表示(0-1)。选择其中有强的连锁不平衡的代表性位点,进一步在15460例冠心病患者和11472例对照样本中验证,验证的方法是使用FludigmEP 1基因分析系统(FludigmEP 1TMGENETIC ANALYSIS system),Taqman MGB探针法对15460个病例和11472个对照样本进行基因分型,合并所有16975例病例和16491对照样本的分型结果,分析其与冠心病的关联,确定与冠心病易感性关联最显著的代表性单核苷酸多态性位点。
二、病例和对照样本入选标准
病例和对照样本入选标准与实施例1所述相同。
三、测试人群的基本特征
测试人群为重复验证样本,其基本特征如表3所示:
表3:
四、结果
所述与冠心病易感性关联的单核苷酸多态性位点中,rs2123536多态性位点与rs12613704,rs12617744,rs16987049,rs1377400,rs10490753,rs1530944,rs896809,rs1530945,rs16987088,rs6733260具有强的连锁不平衡(r2>0.5,见表4)。
表4.Chr2p24区域rs2123536与同区域SNP位点连锁不平衡关系(r2)
SNP多态位点 | 区域 | 染色体位置 | 2r |
rs2123536 | 2p24.1 | 19809058 | 1.00 |
rs12613704 | 2p24.1 | 19820773 | 0.82 |
rs12617744 | 2p24.1 | 19820914 | 0.82 |
rs16987049 | 2p24.1 | 19825296 | 0.79 |
rs1377400 | 2p24.1 | 19834840 | 0.68 |
rs10490753 | 2p24.1 | 19838178 | 0.67 |
rs1530944 | 2p24.1 | 19838939 | 0.53 |
rs896809 | 2p24.1 | 19839987 | 0.60 |
rs1530945 | 2p24.1 | 19840193 | 0.67 |
rs16987088 | 2p24.1 | 19840531 | 0.68 |
rs6733260 | 2p24.1 | 19840916 | 0.68 |
Chr2p24区域代表位点rs2123536进一步在15460例冠心病患者和11472例对照样本中验证,合并所有16975例病例和16491对照样本的分型结果,分析显示rs2123536与冠心病的关联更加显著(P=6.83×10-11),这一结果进一步证实了Chr2p24区域多态位点与冠心病密切相关(见表5)。
表5.Chr2p24区域代表位点rs2123536在16975例病例和16491例对照样本中的关联结果
针对重复验证阶段检测易感位点的方法:
实验平台:FludigmEP1基因分析系统(FludigmEP1 TMGENETIC ANALYSISsystem),该系统为美国芯片Fludigm公司开发的高通量基因分型系统,由集成流体管道(IFC)芯片、集成流体管道控制器(IFC controller)、热循环系统和荧光信号采集系统(EP1 reader)构成;采用Taqman基因分型常规试剂,可同时对96个样本96个SNP位点或48个样本48个SNP位点进行基因分型;是一种高通量的开放式基因分析平台。Taqman MGB探针法进行包括rs2123536在内的96个SNP位点基因分型实验。
一、仪器:FludigmEP1(基因分析系统)
二、材料:
1.试剂、样本:
*该引物和探针由供应商根据用户提供的检测位点而配备。ROX为一种荧光染料。耗材:
96.96基因分型芯片(96.96Dynamic Array(138X)) |
96孔PCR板和一次性封板膜(96 well plates and seal(one-off) |
三、实验方法
(一)操作步骤:
1.测试液(Assay)制备:在96孔PCR板上,参照下表制备测试混合液(Assay mix)
组分 | 每个加样孔体积(μl) |
40×Taqman Genotyping Assay | 1.25 |
2×Assay Loading Reagent | 2.5 |
ROX(50×) | 0.25 |
DNase/RNase-free water | 1.0 |
总体积 | 5.0 |
加完后,盖上一次性封板膜,微孔板振荡器上充分混匀,微孔板离心机上2500~3000rpm(500g离心力左右)离心30秒,放置冰上备用。
2.样本(sample)制备:在96孔板PCR板中,参照下表:
加完后,盖上一次性封板膜,微孔板振荡器上充分混匀,微孔板离心机上2500~3000rpm(500g离心力左右)离心30秒左右,放置冰上备用。
3.加样及扩增过程
芯片于集成流体管道控制器HX中初始化后,加样(Assay的加样量为4.2μl/孔,Sample的加样量为5.2μl/孔)。将加好样的芯片重新放置于集成流体管道控制器HX中,启动“LoadMix(138X)”程序,进行分液和混合。
上述过程完成后,马上(一小时内)将芯片从集成流体管道控制器HX中取出,去掉芯片后面蓝色的贴膜,将芯片置于热循环系统(Stand alone Thermo Cycler)中,启动ThermoCycler PCR仪,选取内置固化程序PROGTM96,进行PCR过程。PCR结束后,关掉PCR仪下方真空泵(VacuumPump),打开PCR仪上面盖子,取下芯片。
(二)荧光信号采集:启动荧光信号采集系统(EP1reader),应用Data CollectionSoftware version 3软件采集荧光信号。
(三)基因分型及结果输出:应用SNP Genotyping Analysis 3.0软件,根据单核苷酸多态位点不同等位基因的荧光信号强度进行聚类分析并报告基因型。基因分型结果以excel表格输出。
参见图2,以X轴代表VIC荧光强度,Y轴代表FAM荧光强度,根据两种荧光信号的相对高度进行聚类,红色1为C/C纯合子,绿色2为T/T纯合子,蓝色3为C/T杂合子,黑色4为阴性对照(NTC);参见图3为应用SNP Genotyping Analysis 3.0软件(Genotyping Analysissoftware version 3.0)对96个样本(94个待测样本及2个阴性对照)代表位点rs2123536进行基因分型的截图。基因分型结果以excel表格输出(参见图4)。
实施例3与冠心病易感性显著关联单核苷酸多态性位点用于评估冠心病易感性的用途
一、方法
由2p24区域的rs2123536,rs12613704,rs12617744,rs16987049,rs1377400,rs10490753,rs1530944,rs896809,rs1530945,rs16987088,rs6733260位点构建7种单体型。根据全基因组芯片获得的1515个病例和5019个对照样本的基因型数据,分析这些SNP位点以及由此一系列SNP位点构成的单体型在患者和正常人之间频率差异,可以得出各位点具体碱基的变异及由其组成的单体型差异和冠心病易感性的关系。同样应用FludigmEP1 TMGENETICANALYSIS system,Taqman MGB探针法对待检人群进行基因分型实验,即可以确定人群中冠心病易感人群。
二、结果
1、Chr2p24区域SNP单体型与冠心病的关联结果
上述7种单体型中,单体型CCTCCACCCGC和TTATTGGTAAG在人群中最为常见,频率分别为0.507和0.35。这两个单体型与冠心病的易感性相关联,其频率在冠心病患者和正常人对照之间存在显著性差异(见表6)。冠心病风险单体型为TTATTGGTAAG,在冠心病病例中的频率为0.39,显著的高于对照组的频率0.344。
表6.Chr2p24区域SNP单体型与冠心病的关联结果
*单体型分别由rs2123536,rs12613704,rs12617744,rs16987049,rs1377400,rs10490753,rs1530944,rs896809,rs1530945,rs16987088,rs6733260组成。其中,P值为单体型在病例对照中频率差异的显著性水平。
2、人群中冠心病易感人群的评估
根据实施例1中表2.Chr2p24区域SNP位点与冠心病的关联结果,以及本实施例中表6.Chr2p24区域SNP单体型与冠心病的关联结果,经用FludigmEP1TMGENETIC ANALYSISsystem,Taqman MGB探针法测得待检人群的易感位点后,如属于以下特征之一的人群均为冠心病的易感人群:染色体2p24区域内TTC32-WDR35基因区域下游的rs2123536多态性位点为T,rs12613704多态性位点为T,rs12617744多态性位点为A,rs16987049多态性位点为T,rs1377400多态性位点为T,rs10490753多态性位点为G,rs1530944多态性位点为G,rs896809多态性位点为T,rs1530945多态性位点为A,rs16987088多态性位点为A,rs6733260多态性位点为G,以及由位于此基因区域下游150kb的SNP位点rs2123536,rs12613704,rs12617744,rs16987049,rs1377400,rs10490753,rs1530944,rs896809,rs1530945,rs16987088,rs6733260组成的单体型TTATTGGTAAG的个体。
Chr2p24区域SNP位点序列:
如序列表中的SEQ ID NO.1所示:
rs2123536 AAAGAGGGACGGGGAATCAGAAAGTG[T/C]GCGTCGTATTTCAGACATCAAACGT
如序列表中的SEQ ID NO.2所示:
rs12613704 TGGAAGGGATCCCACTCATTTGTCCT[C/T]GGAAACCAATGGCCTGCCTGGGCAT
如序列表中的SEQ ID NO.3所示:
rs12617744 TACACAAACCACTTCCCTATTCACCT[T/A]CTGTGACGACCGGTTCTCTGGTCGT
如序列表中的SEQ ID NO.4所示:
rs16987049 TGTTCAAAGAAGATAAAATGGAAGTA[C/T]TTTGTAAACCATAAAGCAGATAGAT
如序列表中的SEQ ID NO.5所示:
rs1377400 acttcaacatctgaattctgggggga[C/T]gcaattcaacccacaacaatgaata
如序列表中的SEQ ID NO.6所示:
rs10490753 GATGTCTTAAGGAACGAGATACACTT[G/A]AGCCTGTCGTCCCCCAATCATAGAC
如序列表中的SEQ ID NO.7所示:
rs1530944 AGATGTACGACACTACCCTGGGTGCA[G/C]AGGAGATCTTCGGTATTTTTCTCGG
如序列表中的SEQ ID NO.8所示:
rs896809 AAAACAAAAGCCCACAGACAGATGTC[C/T]TTCCAGCCACTCCACCAATCTGTCC
如序列表中的SEQ ID NO.9所示:
rs1530945 ATGAAAGTGGATACCAGGCTGCACCC[A/C]ATTCTATGTTCTGACCAAGGTGGTC
如序列表中的SEQ ID NO.10所示:
rs16987088 GCCCGTGGAAGAGCCTTGAGGACACC[A/G]TGCCAGCTGCAGCAGGTGATCCACT如序列表中的SEQ ID NO.11所示:
rs6733260 GCATGTTGTACTTCCAGGTAAGAAAT[C/G]ATAAAGGTAGAACAGAAGATGGCTG
以上所述仅为本发明的较佳实施例,并不用以限制本发明,凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (11)
1.检测汉族人群待测样品基因组的rs2123536单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs2123536DNA序列如序列表中SEQ ID NO.1所示,其中单核苷酸n为T的携带者患冠心病的风险高于等位基因C,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
2.检测汉族人群待测样品基因组的rs12613704单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs12613704DNA序列如序列表中SEQ ID NO.2所示,其中单核苷酸n为T的携带者患冠心病的风险高于等位基因C,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
3.检测汉族人群待测样品基因组的rs12617744单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs12617744DNA序列如序列表中SEQ ID NO.3所示,其中单核苷酸n为A的携带者患冠心病的风险高于等位基因T,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
4.检测汉族人群待测样品基因组的rs16987049单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs16987049DNA序列如序列表中SEQ ID NO.4所示,其中单核苷酸n为T的携带者患冠心病的风险高于等位基因C,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
5.检测汉族人群待测样品基因组的rs1377400单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs1377400DNA序列如序列表中SEQ ID NO.5所示,其中单核苷酸n为T的携带者患冠心病的风险高于等位基因C,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
6.检测汉族人群待测样品基因组的rs10490753单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs10490753DNA序列如序列表中SEQ ID NO.6所示,其中单核苷酸n为G的携带者患冠心病的风险高于等位基因A,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
7.检测汉族人群待测样品基因组的rs1530944单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs1530944DNA序列如序列表中SEQ ID NO.7所示,其中单核苷酸n为G的携带者患冠心病的风险高于等位基因C,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
8.检测汉族人群待测样品基因组的rs896809单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs896809DNA序列如序列表中SEQ ID NO.8所示,其中单核苷酸n为T的携带者患冠心病的风险高于等位基因C,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
9.检测汉族人群待测样品基因组的rs1530945单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs1530945DNA序列如序列表中SEQ ID NO.9所示,其中单核苷酸n为A的携带者患冠心病的风险高于等位基因C,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
10.检测汉族人群待测样品基因组的rs16987088单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs16987088DNA序列如序列表中SEQ ID NO.10所示,其中单核苷酸n为A的携带者患冠心病的风险高于等位基因G,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
11.检测汉族人群待测样品基因组的rs6733260单核苷酸多态性的试剂在制备预测冠心病的产品中的应用,rs6733260DNA序列如序列表中SEQ ID NO.11所示,其中单核苷酸n为G的携带者患冠心病的风险高于等位基因C,所述冠心病为心肌梗死和心绞痛。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201210186621.4A CN102747073B (zh) | 2012-06-07 | 2012-06-07 | 与冠心病易感性显著关联的易感区域chr2p24的单核苷酸多态性位点及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201210186621.4A CN102747073B (zh) | 2012-06-07 | 2012-06-07 | 与冠心病易感性显著关联的易感区域chr2p24的单核苷酸多态性位点及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN102747073A CN102747073A (zh) | 2012-10-24 |
CN102747073B true CN102747073B (zh) | 2015-02-11 |
Family
ID=47027565
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201210186621.4A Active CN102747073B (zh) | 2012-06-07 | 2012-06-07 | 与冠心病易感性显著关联的易感区域chr2p24的单核苷酸多态性位点及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN102747073B (zh) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN113604555B (zh) * | 2021-08-02 | 2023-05-23 | 中山大学 | 与h7n9禽流感易感性相关的标记物及其应用 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101121947A (zh) * | 2007-07-25 | 2008-02-13 | 中国医学科学院阜外心血管病医院 | 一种利用kdr基因多态性预测冠心病易感性的方法及试剂 |
CN102154445A (zh) * | 2010-02-10 | 2011-08-17 | 华中科技大学同济医学院附属同济医院 | 一种预测冠心病易感性的方法及其试剂盒 |
-
2012
- 2012-06-07 CN CN201210186621.4A patent/CN102747073B/zh active Active
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101121947A (zh) * | 2007-07-25 | 2008-02-13 | 中国医学科学院阜外心血管病医院 | 一种利用kdr基因多态性预测冠心病易感性的方法及试剂 |
CN102154445A (zh) * | 2010-02-10 | 2011-08-17 | 华中科技大学同济医学院附属同济医院 | 一种预测冠心病易感性的方法及其试剂盒 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
Large-scale SNP analysis reveals clustered and continuous patterns of human genetic variation;Mark D. Shriver, et al.;《HUMAN GENOMICS》;20050630;第2卷(第2期);81-89 * |
冠心病全基因组关联研究进展;杨英等;《遗传》;20100228;第32卷(第2期);97-104 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN102747073A (zh) | 2012-10-24 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN102757954B (zh) | 与冠心病相关的多个基因单核苷酸多态性位点组合及其应用 | |
McCormick et al. | Molecular genetic testing for mitochondrial disease: from one generation to the next | |
Lo | Non-invasive prenatal testing using massively parallel sequencing of maternal plasma DNA: from molecular karyotyping to fetal whole-genome sequencing | |
CN102758010B (zh) | 与冠心病相关的多个基因单核苷酸多态性位点与环境因素组合及其应用 | |
CN105002286A (zh) | 与高血压和/或心血管疾病发病风险相关的多个单核苷酸多态性位点及相关应用 | |
CN105506115A (zh) | 一种检测诊断遗传性心肌病致病基因的dna文库及其应用 | |
JP2024507978A (ja) | 脳卒中の多遺伝子性遺伝的リスクスコア及び発症リスク評価装置並びにその使用 | |
Hong et al. | Common variants in RYR1 are associated with left ventricular hypertrophy assessed by electrocardiogram | |
CN102747072B (zh) | 与冠心病易感性显著关联的易感区域chr5p15的单核苷酸多态性位点及其应用 | |
US7572576B2 (en) | Method of predicting genetic risk for hypertension | |
CN109295229A (zh) | Abcb1和slco1b1的snp荧光原位杂交测序检测方法 | |
CN102747073B (zh) | 与冠心病易感性显著关联的易感区域chr2p24的单核苷酸多态性位点及其应用 | |
CN102747076B (zh) | 与冠心病易感性关联的易感区域chr4q32的单核苷酸多态性位点及其应用 | |
Fu et al. | Haplotype-based case study of human CYP4A11 gene and cerebral infarction in Japanese subject | |
CN106520987A (zh) | 单核苷酸多态性rs3888722在筛查落叶型天疱疮患者中的应用 | |
CN104195228B (zh) | 一种与非综合征型先天性心脏病辅助诊断相关的snp标志物及其应用 | |
CN101354344A (zh) | 遗传信息及健康评估管理 | |
CN102757955B (zh) | 与冠心病相关的12号染色体易感区域标签单核苷酸多态性位点及其组成的单体型与应用 | |
Mani | Local ancestry association, admixture mapping, and ongoing challenges | |
CN102747075B (zh) | 与冠心病相关的6号染色体易感区域标签单核苷酸多态性位点及其组成的单体型与应用 | |
CN106520985A (zh) | 单核苷酸多态性rs2178077在筛查落叶型天疱疮患者中的应用 | |
JP6788879B2 (ja) | 末梢動脈疾患検査方法及び検査用試薬 | |
CN109439742A (zh) | 用于质子泵抑制药代谢和耐药基因snp检测的核苷酸组合 | |
CN109182508A (zh) | Tcf7l2基因单核苷酸多态性的荧光原位杂交测序方法 | |
CN116144747B (zh) | 一种基于八位点的人类基因分型用数字PCR试剂盒及个体化dd-cfDNA检测方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
C14 | Grant of patent or utility model | ||
GR01 | Patent grant |