CN102197144A

CN102197144A - Cox-2抑制剂用于治疗不携带与肝脏毒性相关的hla等位基因的患者中cox-2依赖性疾病的用途

Info

Publication number: CN102197144A
Application number: CN2009801418233A
Authority: CN
Inventors: S·莱威特兹凯; J·迈耶; C·波尔丁; J·B·辛格
Original assignee: Novartis AG
Current assignee: Novartis AG
Priority date: 2008-08-22
Filing date: 2009-08-20
Publication date: 2011-09-21
Also published as: TW201020547A; IL211225A0; EP2318545A1; MX2011001968A; AU2009282901A1; KR20110055682A; BRPI0917796A2; US20110144206A1; MA32645B1; CA2735677A1; JP2012500630A; WO2010022211A1; CL2011000363A1

Abstract

本发明涉及确定存在至少一个HLA等位基因，其优选地选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组，以评估患者是否在施用COX-2抑制剂罗美昔布后发生肝脏毒性风险的方法。也公开了用于实施这种方法的试剂盒的用途。本发明也涉及用罗美昔布治疗不是一个或多个HLA等位基因携带者的受试者中环加氧酶-2依赖性疾病的方法，其中所述HLA等位基因优选地选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组。

Description

COX-2抑制剂用于治疗不携带与肝脏毒性相关的HLA等位基因的患者中COX-2依赖性疾病的用途

本公开的背景

本公开尤其涉及通过确定人白细胞抗原(HLA)等位基因的存在而预测患者因施用COX-2抑制剂罗美昔布(lumiracoxib)而发生肝脏毒性风险的方法。

非类固醇抗炎药(NSAIDs)是广泛使用并充分建立起来的用于骨关节炎中慢性疼痛、疼痛和类风湿性关节炎中的炎症的疗法。全部NSAIDs的作用机制归因于它们通过抑制环加氧酶途径阻断前列腺素合成。但是，抑制前列腺素产生造成共同的副作用，如胃刺激、血管缩窄和肾损害。

罗美昔布(2-[(2-氯-6-氟苯基)氨基]-5-甲基-苯乙酸)(C₁₅H₁₃NO₂ClF)是环加氧酶(COX)-2的强力和选择性抑制剂。罗美昔布在减轻骨关节炎、疼痛和类风湿性关节炎的体征和症状方面如非选择性、非类固醇NSAIDs那样有效。它具有良好的口服生物利用率和迅速吸收作用，在给药2小时后达到最大血浆浓度(C.M.Rordorff等人，Clin.Pharmacokinet.，44(12)，1247-1266(2005))。尽管具有短的消除半衰期，为自血浆的4小时消除半衰期，然而罗美昔布有效地分布至发炎组织并且停留直至24小时(A.Buvanendran和R.Barkin，Drugs of Today，43(3)，137-147(2007))。与现有的NSAIDs相比，罗美昔布也具有改善的耐受性特征，尤其对于胃肠系统(Y.Yuan和R.Hunt，Current Pharm.Design，13，2237-2247(2007))。

尽管总体上安全和良好耐受，一些用罗美昔布治疗的患者经历了血液中升高的丙氨酸转氨酶(ALT)和/或天冬氨酸转氨酶(AST)水平。ALT/AST水平的这种升高可以导致罕见但严重的肝脏毒性副作用(Y.Li等人，Drug Metab.Disp.，36，469-473(2008))。

尽管基因组认识取得进展，然而缺乏对遗传变体如何与患者不良药物反应有关的权威性和可再现性深入了解。定义特定遗传等位基因如何与患者对不良药物反应的易感性相关为改善和更安全地治疗疾病提供了机会。本领域需要评估患者应答于罗美昔布时发生肝脏毒性的易感性的有用方法。

本公开概述

本公开提供了预测患者应答于选择性COX-2抑制剂罗美昔布时发生肝脏毒性的风险的方法。发现HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101与罗美昔布诱导的肝脏毒性高度相关。因而，HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101可以用作预测患者用罗美昔布治疗时发生肝脏毒性风险的个体生物标记物。

因此，本申请提供了评估患者应答于施用罗关昔布后发生肝脏毒性的风险的方法。一旦已经确定风险，该患者可以用罗美昔布治疗(或治疗继续或用剂量增加进行治疗)(在低风险或无风险确定的情形下)，或该患者可以不用罗美昔布治疗(或治疗中断或用降低的剂量治疗)(在高风险确定的情形下)。因而，本公开提供了用罗美昔布治疗的方法，其中基于对HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101的分析和肝脏毒性风险确定所述治疗方案。可以通过确定选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602或DRB5＊0101组成的组中的至少一个HLA等位基因存在或不存在而实现评估患者应答于罗美昔布时发生肝脏毒性的风险，其中所述HLA等位基因的存在表示有肝脏毒性风险。优选地，HLA等位基因DQA1＊0102的存在或不存在表示有肝脏毒性的风险。

可以使用从生物样品制备的基因组DNA直接检测等位基因内部的区域/核苷酸来检测遗传等位基因。尽管如实施例中所述从血液鉴定这些生物标记物，然而可以从中检测这些生物标记物的样品不限于血液，可以在其他类型样品如血沉棕黄层(buffy coat)、血清、血浆、淋巴液、尿、泪、唾液、脑脊液、口腔拭子、痰或组织中检测到这些生物标记物。这也可以通过检测等位基因的等同遗传标记物确定，所述等同遗传标记物可以例如是SNP(单核苷酸多态性)、微卫星标记或其他类型的遗传多态性。换而言之，遗传标记物在相同单倍型上作为HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602或DRB5＊0101等位基因存在而不是等位基因本身表示患者发生肝脏毒性反应的风险。HLA单倍型的示例性等同遗传标记物包括由NCBI数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)鉴定为rs3131294、rs3129868、rs9270986、rs3129900和rs3135365的单核苷酸多态性。

用于确定患者是否携带HLA等位基因DQA1＊0102以评估该患者应答于罗美昔布时发生肝脏毒性风险的方法也在本公开的范围内。该方法包括从获自受试者的生物样品中检测HLA等位基因DQA1＊0102的存在。该区域可以通过本领域已知的方法例如与Luminex

技术序列特异性引物(SSP)分型法偶联的序列特异性寡核苷酸(SSO)杂交、基于序列的分型法(SBT)来检测。

在备选的实施方案中，这些方法可以用来确定患者是否携带至少一个HLA等位基因亚型DRB1＊1501、DQB1＊0602或DRB5＊0101。

本公开也涉及鉴定或预测用罗美昔布治疗的受试者中肝脏毒性的素质或肝脏毒性发生风险和/或升高的ALT或AST的方法，包括对获自受试者(例如，人)的生物样品分析至少一个HLA等位基因的存在，其中所述的至少一个HLA等位基因的存在表示所述受试者中存在或增加的预测肝脏毒性和/或升高的ALT或AST或增加的肝脏毒性发生风险，并且其中所述的至少一个HLA等位基因的不存在表示所述受试者中不存在或减少的预测肝脏毒性或减少的肝脏毒性发生风险。

优选地，该HLA等位基因选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组。

本公开的其它目的、特征、优势和方面将因以下描述和所附权利要求书而对本领域技术人员变得显而易见。但是，应当理解尽管以下描述、所附权利要求书和具体实施例表示本公开的优选实施方案，然而仅以说明的方式给出它们。所公开主题物的精神和范围内的多种改变和修改将因阅读以下内容而对本领域技术人员变得轻易显见。

附图描述

图1全部SNP的全基因组关联结果(p值由基因组位置图示)。

图2来自全基因组关联研究的观察分布和期望分布的-log10(p值)。

图3DQA1＊0102携带者和非携带者的病例的平均峰ULN ALT/AST水平。

图4对大于3xULN的DQA1＊0102携带者和非携带者所计算的Kaplan-Meier发生率估值(Kaplan-Meier incidence estimates)。

图5对大于5xULN的DQA1＊0102携带者和非携带者所计算的Kaplan-Meier发生率估值。

本公开详述

下文列出用来描述本公开遗传标记物的多个术语的定义。这些定义应用于说明书中通篇使用的所述术语，除非另外在具体情况下单独地或作为更大群体的部分限制这些定义。

如本文中所用的术语“罗美昔布”指选择性COX-2抑制剂2-[(2-氯-6-氟苯基)氨基]-5-甲基-苯乙酸)(C₁₅H₁₃NO₂ClF)并且根据需要包括其可药用盐及酯。本领域技术人员会认识到罗美昔布可以作为药物组合物、药物或其他合适剂型施用至患者。

“遗传标记物”和“生物标记物”在本公开的上下文中指存在于取自受试者的样品中的HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602或DRB5＊0101及其相关的基因产物(即蛋白质或多肽、mRNA)，其中所述的受试者具有应答于选择性COX-2抑制剂罗美昔布时发生肝脏毒性的风险。

所构思的本公开的“蛋白质或多肽”包括其任意片段，尤其是免疫可检测片段。本领域技术人员会认识到受损的蛋白质可以被降解或切割成片段。此外，某些蛋白质或多肽以无活性形式合成，它们随后可以因蛋白水解激活。特定蛋白质的此类片段可以作为该蛋白质本身的替代物被检测。

如本文中所用的术语“样品”指为鉴定、诊断、预测或监测目的从受试者获得的样品。在本公开的某些方面，可以出于预测患者在施用选择性COX-2抑制剂罗美昔布后发生肝脏毒性风险的目的而获得这种样品。优选的试样包括血液、血液衍生产物(如血沉棕黄层、血清和血浆)、淋巴液、尿、泪、唾液、脑脊液、口腔拭子、痰或组织样品。此外，本领域技术人员会认识到在分级分离或纯化方法(例如从全血分离DNA)后将更轻易地分析一些试样。

如本文中所用短语“发生肝脏毒性的几率”指熟练技术人员可以借以预测受试者应答于选择性COX-2抑制剂罗美昔布时发生肝脏毒性风险的方法。它不指以100％准确度预测肝脏毒性发生的能力。相反，熟练技术人员会理解它指肝脏毒性会发生的增加的几率。

如果患者发生肝脏毒性的几率高于一般群体发生肝脏毒性的几率，则患者在施用COX-2抑制剂罗美昔布后具有发生肝脏毒性的“风险”或“素质”。患者应答于施用罗美昔布后发生肝脏毒性的几率至少约1.5倍、更优选地至少约2倍、仍更优选地至少约3、4、5、6、7、8或9倍并且最优选地至少约10倍高于一般群体应答于罗美昔布时发生肝脏毒性的几率。可以通过本领域已知的任意方法确定该几率。

本公开的遗传标记物的“灵敏度”这一术语是拥有该遗传标记物的受治疗患者具有肝脏毒性和/或ALT和/或AST升高的百分数。风险因素的灵敏度优选地是至少约40％，更优选地是至少约50％、60％、70％、80％、85％或90％。最优选地，该灵敏度是至少95％或更高。患有作为用罗美昔布治疗的直接结果并且测定法检测不到的肝脏毒性的个体是“假阴性”。没有肝脏毒性并且在测定法中测试呈阴性的受试者称作“真阴性”。诊断测定法的“特异性”是1减去假阳性率，其中“假阳性率”定义为测试呈阳性的无治疗相关性肝脏毒性的那些受试者的比例。尽管特定诊断方法可能不提供对某疾病的确切诊断，但是如果该方法提供辅助诊断的阳性指示，则它是足够的。

目的等位基因的“等同遗传标记物”指与目的等位基因相关的遗传标记物，即，它显示与该目的等位基因的连锁不平衡。

本文中使用的术语“探针”指任意物质，其用于特异性检测与HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602或DRB5＊0101相关的另一种物质。探针可以是与HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602或DRB5＊0101内部特定区域特异性杂交的寡核苷酸或缀合的寡核苷酸。缀合的寡核苷酸指与生色团或含有配体(例如，抗原)的分子共价结合的寡核苷酸，所述的配体对受体分子(例如，对该抗原特异的抗体)是高度特异的。该探针也可以是与另一种引物一起用于扩增HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602或DRB5＊0101内部特定区域的PCR引物。此外，所述探针可以是特异性识别HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101至少之一或所述等位基因的蛋白质产物的抗体。

如上文中所述，本公开涉及鉴定或预测用罗美昔布治疗的受试者中肝脏毒性的素质或肝脏毒性发生风险和/或升高的ALT或AST的方法，包括对获自受试者(例如，人)的生物样品分析至少一个HLA等位基因的存在，其中所述的至少一个HLA等位基因的存在表示所述受试者中存在或增加的预测肝脏毒性和/或升高的ALT或AST或增加的肝脏毒性发生风险，并且其中所述的至少一个HLA等位基因的不存在表示所述受试者中不存在或减少的预测肝脏毒性或减少的肝脏毒性发生风险。优选地，该HLA等位基因选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组。

此外，本公开也涉及用于预测施用罗美昔布后海氏规律病例(Hy’s law cases)(＞3x ULN ALT/AST和≥2x ULN血清胆红素)的方法，包括对获自受试者的生物样品分析所述受试者中至少一个HLA等位基因的存在，所述的至少一个HLA等位基因选自DQA1＊0102、DRB1＊1501、DRB5＊0101和DQB1＊06的组。

生物样品选自以下组：血液、血清、血浆、尿、泪、唾液、脑脊液、白细胞样品或组织样品或其组合。用于检测的最优选HLA等位基因是DQA1＊0102。

相关的HLA等位基因包括但不限于：

i)HLA等位基因DQA1＊0102，其包含DQA1＊010201(序列ID No.1)、DQA1＊010202(序列ID No.2)、DQA1＊010203(序列ID No.3)、DQA1＊010204(序列ID No 4)。DQA1＊0102的氨基酸序列作为序列ID No.5公开。

ii)HLA等位基因DRB1＊1501，其包含DRB1＊15010101、DRB1＊15010102(序列ID No.6)、DRB1＊150102(序列ID No.7)、DRB1＊150103(序列ID No.8)、DRB1＊150104(序列ID No.9)、DRB1＊150105(序列ID No.10)和DRB1＊150106(序列ID No.11)。DRB1＊150101(DRB1＊15010101、＊15010102)的氨基酸序列作为序列ID No.12公开。

iii)HLA等位基因DQB1＊0602，其包含DQB1＊060201(序列ID No.13)和DQB1＊060202(序列ID No.14)。DQB1＊060201的氨基酸序列作为序列ID No.15公开。

iv)HLA等位基因DRB5＊0101，其包含DRB5＊010101(序列ID No.16)和DRB5＊010102(序列ID No.17)。DRB5＊010101的氨基酸序列作为序列ID No.18公开。

关于HLA等位基因的核酸序列和氨基酸序列的相关信息是本领域技术人员在熟知数据库如IMGT/HLA数据库网站http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/中可获得的。随着发现新等位基因，本公开也包括额外的DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101。

此外，本公开也描述了用于预测施用罗美昔布后海氏规律病例(＞3xULN ALT/AST和≥2x ULN血清胆红素)的方法，包括对获自受试者的生物样品测试所述受试者中至少一个HLA等位基因的存在，所述的至少一个HLA等位基因选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DRB5＊0101和DQB1＊0602组成的组。

除了特定的HLA等位基因本身之外，与任意的特定HLA等位基因相关的遗传标记物可以用来预测患者应答于施用罗美昔布后发生肝脏毒性的风险。因而，相关即归因于连锁不平衡或遗传连锁的遗传标记物可以用来指示目的HLA的存在。因而，这些标记物(等同遗传标记物)的存在表示存在目的HLA等位基因，这接下来表示肝脏毒性风险。HLA DQA1＊0102和DRB1＊1501单倍型例如通过等同遗传标记物(如被NCBI数据库鉴定为rs3131294、rs3129868、rs9270986、rs3129900和rs3135365的单核苷酸多态性)的存在来指示。

等同遗传标记物可以是任意标记物，包括HLA等位基因、微卫星标记物和SNP标记物。优选地，有用的等同遗传标记物距离目的HLA等位基因约200kb或更少。更优选地，等同遗传标记物距离目的HLA等位基因100kb或更少。

熟练技术人员熟知检测本公开特定遗传标记物存在的众多方法和装置。可以通过直接检测某HLA等位基因遗传标记物或其内部的特定区域确定该标记物的存在。用于等位基因检测的基因组DNA可以通过本领域熟知的方法例如来自Gentra Systems(Qiagen，CA)的PUREGENE

纯化系统从患者生物样品制备。检测目的遗传标记物内部的区域包括检验位于该区域内部有义链或反义链的核苷酸。

本领域已知的方法，例如序列特异性引物PCR(SSP)分型法、序列特异性寡核苷酸(SSO)分型法或基于序列的分型法(SBT)，可以用来检测特定区域。术语“遗传标记物的存在”指特定基因的存在或量，包括但不限于特定基因的mRNA、cDNA或多肽表达产物。类似地，可以通过本领域已知的方法检测等同遗传标记物。

此外，可以使用序列特异性探针(例如，来自Taqman、Beacons、Scorpions的水解探针；或杂交探针)从自PCR获得的基因组DNA中检测选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组中的至少一个HLA等位基因的存在。对于检测，如此设计序列特异性探针，从而它们与目的HLA等位基因的基因组DNA特异性结合。这些探针可以为直接检测进行标记或与特异性结合于探针的第二种可检测分子接触。PCR产物也可以通过DNA结合物检测。

所述的PCR产物随后可以由本领域可用的任意DNA测序方法测序。

备选地，可以通过使用任意测序方法(如，但不限于，基于Sanger的测序法、直接测序法或新的或下一代测序法)的测序检测所述HLA等位基因的存在(Shendure J.和Ji，H.，Nature Biotechnology(1998)，第26卷，第10期，第1135-1145页)。

在一个实施方案中，使用杂交测定法检测选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组中的至少一个HLA等位基因的存在。在杂交测定法中，基于来自样品的核酸与互补性核酸分子(例如寡核苷酸探针)杂交的能力确定该遗传标记物的存在或不存在。多种杂交测定法是可获得的。在一些情况下，通过观察结合的探针检测探针与目的序列的杂交，例如，Northern或Southern测定法。在这些测定法中，分离了DNA(Southern)或RNA(Northern)。随后用一系列在基因组中罕有切割或在正被分析的任意标记物附近不切割的限制酶切割该DNA或RNA。将DNA或RNA随后分离，例如在琼脂糖凝胶上，并转移至膜。使得例如通过掺入放射性核苷酸或结合物(例如，

Green)标记的一个探针或多个探针在低、中或高严格性条件下接触该膜。除去未结合的探针并且通过观察标记的探针来检测结合作用的存在。

测试、检测、测量、鉴定和/或确定等位基因的多种方法是本领域已知的。此类方法包括但不限于例如DNA扩增技术，如PCR及其变体，直接测序法、序列特异性寡核苷酸杂交(SSO)、序列特异性引物分型法(SSP)、或基于序列的分型法(SBT)。

序列特异性寡核苷酸(SSO)分型法使用PCR靶扩增、PCR产物与珠子上一组固定的序列特异性寡核苷酸杂交、通过颜色形成检测结合探针的扩增产物，随后进行数据分析。

本领域技术人员理解可以使用多种市售试剂盒如One Lambda，Inc.(Canoga Park，CA)提供的

SSO DQA1/DQB1分型检验试剂盒或与

技术(Luminex，Corporation，TX)配合的LifecodesHLA-DQA分型试剂盒(Tepnel Life Sciences Corp.)进行所述的序列特异性寡核苷酸(SSO)杂交。

SSO是一种使用序列特异性寡核苷酸(SSO)探针和颜色代码微球来鉴定HLA等位基因的逆向SSO(rSSO)DNA分型方案。靶DNA由聚合酶链反应(PCR)扩增并随后与珠探针阵列杂交。在96孔PCR平板的单孔内进行测试；因而，可以一次处理96份样品。

序列特异性引物(SSP)分型法是一项基于PCR的技术，其使用针对基于DNA的HLA分型的序列特异性引物。SSP方法基于以下原理：仅序列与靶序列完全匹配的引物在受控的PCR条件下产生扩增产物。将等位基因序列特异性引物对设计成选择性地扩增对单个等位基因或成组等位基因特异的靶序列。可以在琼脂糖凝胶上观察到PCR产物。匹配全部样品中存在的非等位基因序列的对照引物对充当PCR内对照以验证PCR扩增的效率。本领域技术人员会理解采用所述序列特异性引物分型法的高分辨率基因分型可以使用多种市售试剂盒如Olerup SSP^TM试剂盒(Qiagen，CA)或(Invitrogen)或Allset和^TMGold DQA1低分辨率SSP(Invitrogen)进行。

基于序列的分型法是基于PCR靶扩增，随后是对PCR产物测序和数据分析。

在另一个实施方案中，通过测量RNA水平确定选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组中的至少一个HLA等位基因的存在。可以使用基于PCR的测定法或逆转录酶PCR(RT-PCR)检测目的HLA等位基因。在RT-PCR中，使用逆转录酶将RNA以酶促方式转换成cDNA。该cDNA随后用作PCR反应的模板。PCR产物可以由任意的适用方法检测，所述的适用方法包括但不限于凝胶电泳并用DNA特异性着色剂染色或与标记的探针杂交。在又一个方面，可以使用带有竞争性模板的标准化混合物的定量RT-PCR。

在另一个实施方案中，通过测量多肽基因表达产物确定DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602或DRB5＊0101中至少一个HLA等位基因的存在。在本公开的优选方面，通过鉴定由所述基因之一编码的一种或多种多肽的量测量基因表达。本发明主题不受检测或测量基因表达的方法限制。

在又一个实施方案中，通过使用本领域已知的任意方法检测由所述基因之一编码的蛋白质或多肽表达产物，确定DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602或DRB5＊0101中至少一个HLA等位基因的存在。就样品中的多肽或蛋白质而言，经常使用免疫测定装置和方法。这些装置和方法可以使用标记的分子在多种夹心、竞争性或非竞争性测试模式下来产生与目的分析物的存在或量相关的信号。此外，某些方法和装置如生物传感器和光学免疫测定法可以用来确定分析物的存在或量，无需标记的分子。

蛋白质或多肽的存在或量一般使用特异性抗体并检测特异性结合作用来确定。可以使用任何合适的免疫测定法，例如，酶联免疫测定(ELISA)、放射免疫测定(RIA)、竞争性结合测定法等。可以直接或间接地检测抗体对蛋白质或多肽的特异性免疫结合作用。直接标记物包括与抗体连接的荧光或发光标签、金属、染料、放射性核素等。间接标记物包括本领域熟知的多种酶，如碱性磷酸酶、过氧化氢酶等。

本公开也构思了使用特异于蛋白质或多肽的固定化抗体。抗体可以固定到多种固体支持物上，如磁性或色谱基质颗粒、测定平板的表面(如微滴定孔)、固体基底材料(如塑料、尼龙、纸)的块等。可以通过将一种抗体或多种抗体以阵列方式涂布于固体支持物上制备测试条。这种条可以随后浸入试样并随后通过洗涤和检测步骤迅速处理以产生可测量的信号，如显色的点。

本领域技术人员将认识到在分析其他遗传序列的同时，可以分别地或同时地实施本发明方法的基因分析。在本公开的另一个方面，提供了阵列，其可以与依次对应于基因产物例如cDNA、mRNA、cRNA、多肽及其片段的探针在已知位置处特异性杂交或结合。

在另一个方面，本公开提供了使用含有至少一种用于检测受试者中HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和/或DRB5＊0101的探针的试剂盒来确定该受试者施用罗美昔布是否易于发生肝脏毒性的方法。这些探针可以是与HLA等位基因遗传标记物(DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602或DRB5＊0101)内部特定区域特异性杂交的寡核苷酸或缀合的寡核苷酸；与另一种引物一起用于扩增所述HLA等位基因遗传标记物内部特定区域的PCR引物；识别HLA等位基因遗传标记物和/或所述HLA等位基因遗传标记物之蛋白质产物的抗体。任选地，该试剂盒可以含有靶向内对照等位基因的探针，所述的内对照等位基因可以是一般群体中存在的任意等位基因。设计对内对照等位基因的检测以确保该试剂盒的性能。

在本公开的另一个方面提供了治疗受试者中环加氧酶-2依赖性疾病的方法，包括步骤：

(i)接收关于获自所述受试者的生物样品中存在至少一种HLA等位基因的数据，所述的HLA等位基因表示存在或预测到肝脏毒性，

(ii)如果所述接收的数据表示该受试者不是所述HLA等位基因的携带者，则施用罗美昔布至该受试者。

在一个备选的实施方案中，本公开也提供了治疗受试者中环加氧酶-2依赖性疾病的方法，包括步骤：

(i)验定在获自所述受试者的生物样品中存在表示存在或预测到肝脏毒性的至少一种HLA等位基因，

(ii)如果该受试者不是一个或多个所述HLA等位基因的携带者，则施用罗美昔布至该受试者。

优选地，该受试者是人，并且该生物样品选自由正常组织、体液及其组合组成的组。

此外，所述HLA等位基因的一个或多个选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组。优选地，该HLA等位基因是DQA1＊0102。

本公开也提供了通过施用罗美昔布至具有应答于罗美昔布时降低的肝脏毒性发生素质或风险的受试者治疗环加氧酶-2依赖性疾病的方法，其中所述降低的素质或风险通过本文以上所述的方法鉴定。

备选地，用于治疗受试者中COX-2依赖性疾病的方法也可以通过以下方式进行：

i)验定或接收关于获自所述受试者的生物样品中存在至少一个等同遗传标记物的数据，所述的等同遗传标记物表示存在指示存在或预测到肝脏毒性的HLA等位基因，和

ii)如果该受试者不是所述等同遗传标记物的携带者，则施用罗美昔布至该受试者。

罗美昔布是令人惊讶地抑制COX-2而不显著抑制COX-1的5-烷基取代的2-芳基氨基苯乙酸类及衍生物的化合物。此类非类固醇抗炎药令人惊讶地没有通常与经典的非类固醇抗炎药相关的不受欢迎的副作用，如胃肠的和肾脏的副作用，并且在1999年3月11日公布的国际专利申请公开号WO99/11605中描述。

COX-2抑制剂如罗美昔布特别地用于治疗哺乳动物中的环加氧酶-2依赖性疾病，如在例如1998年4月23日公布的国际专利申请公开号WO98/16227中所援引。优选地，环加氧酶-2依赖性疾病是炎性疾病、骨关节炎(例如膝、髋、脊柱和肩的骨关节炎)、类风湿性关节炎、顽固性骨关节炎、关节强硬性脊椎炎、痛风、急性痛风、牙痛、术后牙痛、手术后疼痛、整形手术疼痛、腰痛、咽喉痛、疱疹后神经痛、带状疱疹、三叉神经痛、内脏疼痛、肌骨骼疼痛、纤维肌痛、痛经、肾和胆绞痛、偏头痛、头痛、与癌症相关的疼痛、发热、神经变性疾病如多发性硬化、阿尔茨海默病、骨质疏松症、哮喘、狼疮和银屑病、瘤形成，尤其产生前列腺素或表达环加氧酶的瘤形成，包括良性和癌性肿瘤、生长物和息肉，尤其上皮细胞衍生的瘤形成癌、皮肤癌、胃肠癌、基细胞癌、鳞状细胞癌、结肠癌、肝癌、膀胱癌、胰腺癌、卵巢癌、前列腺癌、子宫颈癌、肺癌或乳腺癌或黑素瘤、血管生成介导的眼病，包括年龄相关的黄斑变性、糖尿病性视网膜病、糖尿病性黄班水肿。

最优选地，环加氧酶-2依赖性疾病选自由骨关节炎(例如膝、髋、脊柱和肩的骨关节炎)、类风湿性关节炎、顽固性骨关节炎、关节强硬性脊椎炎、腰痛、牙痛、术后牙痛、内脏疼痛、肌骨骼疼痛、疱疹后神经痛、带状疱疹、三叉神经痛、纤维肌痛、痛经组成的组。

罗美昔布将以约25mg至约1200mg、优选地约100mg至约400mg的剂量施用。

罗美昔布优选地以片剂的形式施用，如2002年3月14日公布的国际专利申请公开号WO 02/20090中所描述。

片剂可以具有任意剂量，优选地从约25mg至约1200mg。更优选地，该片剂含有约100mg至约400mg、最优选地约100mg、约200mg或约400mg的罗美昔布。也可以使用其他剂型，如口服液体剂型，如可饮用溶液剂或肠胃外剂型、局部用剂型或滴眼剂或任何其他眼科制剂。

罗美昔布的剂量方案是优选地，但不限于，每日一次并且也可以是每日两次(b.i.d.)。

在一个优选的实施方案中，当疾病是骨关节炎(例如，膝、髋、脊柱和肩的骨关节炎)或顽固性骨关节炎时，罗美昔布将以每日一次约100mg、每日一次约200mg或每日一次约400mg的剂量施用。

在另一个实施方案中，当疾病是痛经时，罗美昔布将以每日一次约200mg或每日一次约400mg的剂量施用。

在又一个实施方案中，当疾病是急性痛风时，罗美昔布将以每日一次约200mg或每日一次约400mg的剂量施用。

在进一个实施方案中，当该疾病导致急性疼痛时，待施用的剂量是每日一次约400mg。

以下方面也包括于本公开中：

用于治疗患者中环加氧酶-2依赖性疾病的罗美昔布，其中基于该患者中存在的HLA基因内的遗传多态性选择所述患者，并且其中所述遗传多态性表示存在或预测到罗美昔布的肝脏毒性，并且其中罗美昔布将施用至作为所述多态性的非携带者的患者。

罗美昔布在制造用于治疗患者中环加氧酶-2依赖性疾病的药物中的用途，其中基于该患者中存在的HLA基因内的遗传多态性选择所述患者，其中所述遗传多态性表示存在或预测到罗美昔布的肝脏毒性，并且其中罗美昔布将施用至作为所述多态性的非携带者的患者。

所述遗传多态性或HLA等位基因优选地选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101中的一个或多个组成的组。用于治疗具有应答于罗美昔布时降低的肝脏毒性发生素质或风险的受试者中环加氧酶-2依赖性疾病的罗美昔布，其中所述降低的素质或风险通过权利要求1-14任一项中所述的方法鉴定。

罗美昔布用于制造药物以治疗具有应答于罗美昔布时降低的肝脏毒性发生素质或风险的受试者中环加氧酶-2依赖性疾病的用途，其中所述降低的素质或风险通过权利要求1-11任一项中所述的方法鉴定。

用于治疗患者中环加氧酶-2依赖性疾病的罗美昔布，其中该患者不是选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组中的一个或多个HLA等位基因的携带者。

罗美昔布在制造用于治疗患者中环加氧酶-2所介导疾病的药物的用途，其中该患者不是选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组中的一个或多个HLA等位基因的携带者。

优选地，HLA等位基因是DQA1＊0102。

优选地，患者或受试者优选地是人。

仍在又一个实施方案中，优选地在基线处和此后逐月进行肝功能监测。

全部患者应当在开始治疗前接受基线肝功能检验。转氨酶＞1.5x ULN的患者不应当开始罗美昔布疗法。

如果需要超过30日的治疗，应当以逐月间隔重复肝功能检验(见下文将采取的行动)并且在继续处方之前重查患者。如果AST/ALT水平＞5xULN发生，则应当中断罗美昔布疗法。如果检测到AST/ALT水平＞3xULN，则可以继续使用罗美昔布，但是应当在7日内重复肝功能检验。如果AST/ALT水平＞3x ULN持续直至再检验时，则应当撤回使用罗美昔布。

如果与肝疾病发展相符的临床或实验室体征和/或症状(例如黄疸)发生，则应当中断罗美昔布。

备选地，本发明的预测方法以及治疗和使用的方法也适用于作为COX-2抑制剂的萘普生。

本公开的一个或多个实施方案的详述在上文随附的描述中阐述。虽然与本文所述的那些方法和材料相似或等同的任意方法和材料可以用于实施或测试本公开中，然而现在描述优选的方法和材料。本公开的其他特征、目的和优点将从本说明书和权利要求书显而易见。在本说明书和所附带的权利要求书中，单数形式包括复数称谓，除非上下文另外明确地说明。除非另外定义，本文中所用的全部技术术语和科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常所理解的相同意义。在本说明书中援引的全部专利和出版物通过引用的方式并入。

提出以下实施例旨在更充分地说明本公开的优选实施方案。这些实施例无论如何不应当解释为限制如附带的权利要求书所定义的公开主题的范围。

实施例1：探究性全基因组关联分析：

基于临床研究、性别、种族、年龄±2岁(在可能的情况下)和国家(在可能的情况下)，使用与176位对照匹配的41位罗美昔布治疗的ALT/AST＞5xULN的患者实施一项初始病例对照探究性全基因组关联研究。从41位受累患者和176位对照患者获得基因组DNA样品。使用GenomiPhi V2DNA扩增试剂盒(GE Healthcare，Piscataway，NJ)以一般方案出版物2-6600-30WP Rev B 2006进行PCR并且在MyCycler(BioRad，Hercules，CA)上实施PCR。修改定量方案，从而GenomiPhi V2扩增产物的稀释度是1∶5，而非1∶10。在使用SpectraMax M2平板读数仪(Molecular Devices，Sunnyvale，CA)测量荧光后，使用全部基因组(Genome-Wide)SNP阵列6.0试剂盒(Affymetrix，Santa Clara，CA)进行微阵列基因分型。初始响应率(initial call rate)大于84％的芯片用Birdseed算法在apt-探针组-基因型(Affymetrix，Santa Clara，CA)中基因分型。

图1中显示该分析的结果。在6号染色体上观察到相关的SNP的巨大峰，其中rs9270986产生最显著的结果(P＝2.8×10^-10)。在这个峰下的大部分SNP位于延伸的MHC区域内，最明显的研究结果标定在MHC II类区域。在校对多重比较(表1)后，总共7个SNP仍是统计显著的(P＜0.05)，其中rs9270986产生最明显的全部研究的结果(P＝0.0075)。

表1多重检验校对后来自探究性全基因组关联研究的显著观察结果

比较观察的和期望的p值分布(图2)，表明来自全基因组分析的大多数显著观察结果出现在MHC区域内。

实施例2：在肝酶类升高(＞3xULN ALT和/或AST)的独立病例组中的重复研究

对全部基因组的扫描中最显著的SNP进行重复研究。使用先前所述的匹配标准，对包含98个目标病例和以大约4∶1为基础与所述病例匹配的405位对照的独立组进行该项分析。这98位病例包含全部的剩余可用的具有＞3xULN ALT/AST的目标罗美昔布。表2中显示来自全基因组关联研究的前两个SNP的重复研究结果。

表2重复研究结果(＞3xULN ALT和/或AST)

HWE＝哈代温伯格平衡，MAF＝少数等位基因频率

实施例3：相关HLA等位基因的遗传精细作图和检测

开展一项遗传精细作图研究旨在鉴定MHC II类区域内潜在成因的多态性。对HLA-DRB1、HLA-DRB3-5、HLA-DQA1和HLA-DQB1进行HLA等位基因的基因分型。总计139位具有＞3xULN ALT/AST的患者和581位匹配的对照用于病例对照分析。139个具有＞3xULN ALT/AST的病例是在全基因组关联分析和重复分析中描述的先前分析中所用的全部病例的总数。他们构成可用于来自目标研究的药物遗传分析的全部病例。2位病例未进行HLA等位基因的基因分型，余下可用于HLA分析的137位病例。这些病例中的76位具有大于3x但小于等于5x的ULN值，并且61位具有大于5x的ULN值。581位对照也是用于先前分析的全部对照的总数。这些对照中的4位未进行HLA等位基因的基因分型，余下可用于HLA分析的577位对照。

表3中显示最显著的观察结果。4个等位基因产生高度显著的关联性，其中HLA-DRB1＊1501等位基因具有最显著的关联性(P＝6.8×10^-25)。这组基因和等位基因是极充分表征的单倍型(DRB1＊1501-DQB1＊0602-DRB5＊0101-DQA1＊0102)的一部分。

表3与升高的肝酶类相关的最显著HLA基因和等位基因(＞3xULNALT/AST)：(137位病例和577位对照)

3.1-HLA等位基因DQA1＊0102的检测

从137位患者和577位匹配的对照获得基因组DNA样品，其中所述患者在用罗美昔布治疗后具有大于或等于3倍正常上限水平(ULN)的升高的肝酶类。使用Gentra系统PUREGENE D-50K DNA分离试剂盒(Qiagen，CA)从每位患者的血液提取基因组DNA。

使用与Luminex

技术偶联的具有批号#003的

序列特异性寡核苷酸DQA1/DQB1分型检验试剂盒(One Lambda，Inc.，Canoga Park，CA)，根据制造商的说明书进行所提取基因组DNA的低分辨率基因分型。使用具有批号Y46的Olerup序列特异性引物DQA1检验试剂盒(Geno Vision，Inc.，West Chester，PA)，对任何剩余的不可区分的基因组DNA进行额外的基因分型检验。

基于对这些基因组DNA样品的分析，该研究表明对于＞3xULN ALT和/或AST，HLA等位基因DQA1＊0102的灵敏度和特异性分别是73.7％和69.2％。

3.2-HLA等位基因DRB1＊1501的检测

从137位患者和577位匹配的对照获得基因组DNA样品，其中所述患者在用罗美昔布治疗后具有大于或等于3倍正常上限水平的升高的肝酶类。使用Gentra系统PUREGENE D-50K DNA分离试剂盒(Qiagen，CA)从每位患者的血液提取基因组DNA。使用批号#002的序列特异性寡核苷酸DRB1高清晰度分型检验试剂盒(One Lambda，Inc.，Canoga Park，CA)进行所提取基因组DNA的高分辨率基因分型。基于对这些基因组DNA样品的分析，该研究表明对于＞3xULN ALT和/或AST，HLA等位基因DRB1＊1501的灵敏度和特异性分别是64.2％和80.8％。

3.3-HLA等位基因DQB1＊0602的检测

从137位患者和577位匹配的对照获得基因组DNA样品，其中所述患者在用罗美昔布治疗后具有大于或等于3倍正常上限水平的升高的肝酶类。使用Gentra系统PUREGENE D-50K DNA分离试剂盒(Qiagen，CA)从每位患者的血液提取基因组DNA。使用与Luminex

技术偶联的批号#003的LABType SSO DQA1/DQB1分型检验试剂盒(One Lambda，Inc.)，根据制造商的说明书进行HLA-DQB1基因分型。使用来自Genovision的批号V55、K42、X15、V26的Olerup SSP^TM试剂盒DQB1 03、04、05、06解析其他双关性。使用来自Genovision的批号V26的Olerup SSP^TM DQB1＊06(Qiagen)解析DQB1＊06双关性。Genovision Helmberg SCORE软件用来赋予等位基因命名。基于对这些基因组DNA样品的分析，该研究表明对于＞3xULN ALT和/或AST，HLA等位基因DQB1＊0602的灵敏度和特异性分别是62.0％和80.8％。

3.4-HLA等位基因DRB5＊0101的检测

从137位患者和577位匹配的对照获得基因组DNA样品，其中所述患者在用罗美昔布治疗后具有大于或等于3倍正常上限水平的升高的肝酶类。使用Gentra系统PUREGENE D-50K DNA分离试剂盒(Qiagen，CA)从每位患者的血液提取基因组DNA。使用与Luminex技术偶联的批号#007的

SSO DRB3、4、5分型检验试剂盒(One Lambda，Inc)，根据制造商的说明书进行HLA-DRB3、4、5基因分型。使用批号Y16、Y01、X51的Olerup SSP^TM试剂盒DRB3＊、B4＊、B5＊进一步解析双关性。在罕见病例中，使用IMGM自制(in house)的基于序列的分型(SBT)试验解析额外的双关性。使用来自Genovision的批号X51的OlerupSSP^TM DRB5(Qiagen，CA)，根据制造商的说明书进行鉴定等位基因DRB5＊0101的高分辨率基因分型。Genovision Helmberg SCORE软件用来赋予等位基因命名。根据IHWG技术手册(国际组织相容性工作组(International Histocompatibility Working Group))使用解析双关性的测序法。基于对这些基因组DNA样品的分析，该研究表明对于＞3xULN ALT和/或AST，HLA等位基因DRB5＊0101的灵敏度和特异性分别是64.2％和80.1％。

3.5-患者发生肝脏毒性的风险与HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101之间的相关性

从一项52周的国际性、多中心、分层、随机化、双盲、双模拟、平行组大型临床研究鉴定出受累患者和匹配的对照。大部分患者每日施用一个400mg剂量的罗美昔布。基于施用罗美昔布后大于或等于3倍ULN的升高肝酶类的临床量值，将患者鉴定为受累病例。基于施用罗美昔布后小于3倍ULN的升高肝酶类的临床量值，将患者鉴定为对照病例，并且基于临床试验、国家(在可能的情况下)、性别、种族和年龄(在可能的情况下，在2年范围内变化)，将对照患者与受累病例匹配。总计137位病例和577位匹配的对照用于分析。

从137位受累患者和577位对照患者获得的基因组DNA样品用于该HLA分析。如上所述提取基因组DNA并作基因分型。在每份基因组DNA样品内独立地分析HLA等位基因DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101中的每一个。

显示HLA等位基因DQA1＊0102与用罗美昔布治疗的患者中的肝脏毒性具有强烈关联性并且具有P值1.2x10^-18。DQA1＊0102的等位基因频率对于受累患者是42.7％并且对于对照患者是17.4％。与应答于罗美昔布治疗时发生肝脏毒性相关的HLA等位基因DQA1＊0102的灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别是73.7％、69.2％、6.1％和98.98％，该研究的相对风险度是6.0。在这种灵敏度和高阴性预测值情况下，HLA等位基因DQA1＊0102分型可以用于鉴定罗美昔布诱导肝脏毒性的高风险患者中。

显示HLA等位基因DRB1＊1501与用罗美昔布治疗的患者中的肝脏毒性具有强烈关联性并且具有P值6.8x10^-25。DRB1＊1501的等位基因频率对于受累患者是35.4％并且对于对照患者是10.5％。与应答于罗美昔布治疗时发生肝脏毒性相关的HLA等位基因DRB1＊1501的灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别是64.2％、80.8％、8.3％和98.82％，该研究的相对风险度是7.0。在这种灵敏度和高阴性预测值情况下，HLA等位基因DRB1＊1501分型可以用于鉴定罗美昔布诱导肝脏毒性的高风险患者中。

显示HLA等位基因DQB1＊0602与用罗美昔布治疗的患者中的肝脏毒性具有强烈关联性并且具有P值1.1x10^-22。DQB1＊0602的等位基因频率对于受累患者是34.3％并且对于对照患者是10.5％。与应答于罗美昔布治疗时发生肝脏毒性相关的HLA等位基因DQB1＊0602的灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别是62.0％、80.8％、8.0％和98.74％，该研究的相对风险度是6.4。在这种高阴性预测值情况下，HLA等位基因DQB1＊0602分型可以用于鉴定罗美昔布诱导肝脏毒性的高风险患者中。

显示HLA等位基因DRB5＊0101与用罗美昔布治疗的患者中的肝脏毒性具有强烈关联性并且具有P值1.6x10^-20。DRB5＊0101的等位基因频率对于受累患者是32.1％并且对于对照患者是10.0％。与应答于罗美昔布治疗时发生肝脏毒性相关的HLA等位基因DRB5＊0101的灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别是64.2％、80.1％、8.0％和98.81％，该研究的相对风险度是6.7。在这种灵敏度和高阴性预测值情况下，HLA等位基因DRB5＊0101分型可以用于鉴定罗美昔布诱导肝脏毒性的高风险患者中。

3.6-等同于HLA DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101的遗传标记物

为检验HLA等位基因DQA1＊0102和DRB1＊1501的等同遗传标记物，在134位ALT和/或AST＞3xULN的病例和566位匹配的对照中对(NCBI数据库)鉴定为rs9270986的单核苷酸多态性分析其与患者应答于罗美昔布时发生肝脏毒性的关联性。这些人代表使用Affymetrix 6.0阵列被成功基因分型的全部患者。rs9270986是位于6号染色体上第32682038位置(登录号NT_007592上的第23432310位置)处的HLA-DRB1和HLA-DQA1基因之间的单核苷酸多态性。

显示SNP rs9270986与用罗美昔布治疗的患者中的肝脏毒性具有强烈关联性并且具有P值3.6x10^-18。该标记物的少数等位基因频率对于受累患者是37.3％并且对于对照患者是13.8％。与应答于罗美昔布治疗时发生肝脏毒性相关的SNP rs9270986的灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别是66.4％、75.0％、6.7％、98.80％，该研究的相对风险度是5.6。在这种灵敏度和高阴性预测值情况下，SNP rs9270986检测可以用于鉴定罗美昔布诱导肝脏毒性的高风险患者中。

3.7-DQA1＊0102标记物在ULN阈值升高的患者中的性能

表4比较了携带DQA1＊0102等位基因的病例在增加的ULN ALT/AST阈值范围的百分数(即灵敏度)。DQA1＊0102等位基因的灵敏度对于＞3x ULN患者是73.7％并且随ULN的阈值升高而改善，对于＞20x的病例达到100％(8位病例中8个病例携带DQA1＊0102等位基因)。这项数据表明该标记的性能肝酶升高的严重性增加而改善。

表4灵敏度和具有DQA1＊0102等位基因的病例的数目

另外，如果比较ULN ALT/AST的平均峰水平，与携带者相比，DQA1＊0102非携带者具有较低的平均峰ULN ALT/AST值(5.1非携带者对8.6携带者)[平均对数比较(峰ULN ALT/AST)的P＝0.023，对作为协变量的种族调整](图3)。总而言之，这些结果表明最严重的病例更强烈地相关于等位基因携带者状态。

与此相符的是海氏规律病例的观察结果。在DNA可用于分析的目标研究中存在3位海氏规律病例。全部这3位病例为DRB1＊1501、DRB5＊0101和DQA1＊0102等位基因杂合(表5)。

表5海氏规律病例的HLA基因型(n＝3)

这3个病例中的两位对DQB1＊0602等位基因为杂合，而第三位是密切相关的DQB1＊0601等位基因的携带者。

进行进一步的分析以确定DQA1＊0102携带者(纯合子和杂合子)和非携带者之间在肝损伤的类型方面是否存在不同。表6中显示该项数据。＞3xULN ALT/AST患者的数据表明携带者和非携带者之间在肝损伤的类型方面存在不同。总计76.0％的DQA1＊0102携带者具有肝细胞型肝损伤并且21.0％具有混合型肝损伤，同时47.2％的DQA1＊0102非携带者具有肝细胞型肝损伤并且47.2％具有混合型肝损伤(P＝0.0015)。这些数据强烈提示肝损伤的类型在DQA1＊0102携带者和非携带者之间是不同的。

表6通过DQA1＊0102携带者状态和ULN ALT/AST阈值对肝损伤的分型

3.8-目标研究中的肝酶类(ALST/AST)升高率

表7中显示来自目标研究的罗美昔布、布洛芬、萘普生和罗美昔布DQA1＊0102-阴性患者的ULN ALT/AST率。与罗美昔布组相比，罗美昔布DQA1＊0102-阴性患者的比率相当大地降低并且与其它NSAIDs是可比较的。值得注意的是萘普生组和布洛芬组各自具有2个海氏规律病例，而罗美昔布组中的DQA1＊0102-阴性患者没有病例(3个海氏规律病例中3个具有携带DQA1＊0102等位基因的DNA)。罗美昔布目标组中报道了9位海氏规律病例，但仅3位病例用于药学遗传分析中。没有获得剩余病例中5位病例的DNA或告知同意书，同时第6位病例没有被成功地基因分型。

表7目标中的肝酶类(ALT/AST)概略升高率

¹对于这个分析，将具有可用DNA的全部病例(n＝137)进行基因分型，但仅将对照(n＝577)的一部分进行基因分型。通过如下方式估计具有DNA的DQA1＊0102-阴性患者的总数，即假定未经基因分型的对照当中的DQA1＊0102携带者频率等于经过基因分型的对照当中的该频率，并且无DNA/同意群体当中升高的肝酶类(＞3x ULN ALT/AST)的频率等于DNA/同意群体当中的该频率。

对大于3xULN(图4)和大于5xULN(图5)ALT/AST升高的DQA1＊0102携带者和非携带者计算Kaplan-Meier发生率估值。DQA1＊0102携带者显示第13周后该发生率急剧增加，这表明基于肝脏毒性的自体免疫没有临床地表现直至暴露于罗美昔布几周之后。这与非携带者相反，其中所述的非携带者在第13周后不显示急剧增加并且在该研究期间自始至终显示一致和更平缓(gradual)的斜率。非携带者也具有显著相似于布洛芬患者的发生率。Kaplan-Meier发生率估值上的这些差异表明在DQA1＊0102携带者与非携带者之间肝脏毒性机制是不同的。

实施例4：使用具有大于3xULN ALT/AST的全部目标病例的其他探究性的全部基因组分析

使用大于3xULN ALT/AST病例的全部样品重复全部基因组的分析。在初始可用的139位病例和581位对照中，5位病例和15位对照不能进行在Affymetrix微阵列上的基因分型或不能进行HLA基因分型，剩下可用于该分析的134位病例和566位对照。表8中显示前5个最显著SNP的结果。与初始的全部基因组分析相似，全部前面的SNP处于MHC区域内。

表8针对完整数据集合的探究性全部基因组分析大于3xULNALT/AST病例的前5个结果。

这里描述的研究为MHC II类区域内的多态性与罗美昔布诱导的肝脏毒性之间的关联性提供了清晰且有力的证据。始于探究性全基因组关联研究，随后在独立病例组和对照中重复并最终得出鉴定到相关性HLA等位基因的结论，这项研究产生了实现极高统计置信度水平的关联性结果(6.8x10^-25)。

Claims

1.鉴定或预测用罗美昔布治疗的受试者中肝脏毒性素质或肝脏毒性发生风险和/或升高的ALT或AST的方法，包括对获自受试者的生物样品测试至少一个HLA等位基因的存在，其中所述的至少一个HLA等位基因的存在表示所述受试者中存在或增加的预测肝脏毒性和/或升高的ALT或AST或增加的肝脏毒性发生风险，并且其中所述的至少一个HLA等位基因的不存在表示所述受试者中不存在或减少的预测肝脏毒性或减少的肝脏毒性发生风险。

2.根据权利要求1的方法，其中所述至少一个HLA等位基因选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组。

3.根据权利要求1或2的方法，其中至少一个HLA等位基因是DQA1＊0102。

4.根据权利要求1-3的方法，其中受试者是人。

5.根据权利要求1-4任一项的方法，其中所述的生物样品选自血液、血液衍生产物(如血沉棕黄层、血清和血浆)、淋巴液、尿、泪、唾液、脑脊液、口腔拭子、痰、白细胞样品或组织样品或其任意组合由组成的组。

6.用于预测施用罗美昔布后海氏规律病例(＞3x ULN ALT/AST和≥2xULN血清胆红素)的方法，包括对获自受试者的生物样品测试所述受试者中至少一个HLA等位基因的存在，所述的至少一个HLA等位基因选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DRB5＊0101和DQB1＊0602组成的组。

7.根据权利要求1-6任一项的方法，其中所述HLA等位基因的存在通过使用与编码该等位基因的核酸特异性杂交的至少一种寡核苷酸来确定。

8.根据权利要求1-6的方法，其中通过基于Sanger的测序法、直接测序法或新一代测序法或下一代测序法检测所述HLA等位基因的存在。

9.根据权利要求1-7的方法，其中通过序列特异性引物(SSP)分型法、序列特异性寡核苷酸(SSO)分型法、基于序列的分型法(SBT)、DNA扩增如聚合酶链反应(PCR)、微阵列分析、RNA印迹分析或逆转录PCR检测所述HLA等位基因的存在。

10.根据权利要求9的方法，其中在序列特异性寡核苷酸(SSO)分型法、序列特异性引物(SSP)分型法、DNA扩增如聚合酶链反应(PCR)、微阵列分析、RNA印迹分析或逆转录PCR后进行测序。

11.根据权利要求1-6任一项的方法，其中通过使用杂交测定法检测所述HLA等位基因的存在。

12.根据权利要求1-6任一项的方法，其中通过用酶联免疫测定法、放射免疫测定法或竞争性结合测定法测量蛋白质或多肽产物来检测所述的HLA等位基因。

13.根据权利要求1-6任一项的方法，其中所述的HLA等位基因通过测试该等位基因的等同遗传标记物确定，其中该等同等位基因的存在表示所述HLA等位基因的存在。

14.根据权利要求13的方法，其中所述的等同遗传标记物是由NCBI数据库鉴定为rs3131294、rs3129868、rs9270986、rs3129900和rs3135365的单核苷酸多态性。

15.至少一种用于检测HLA等位基因DQA1＊0102的区域的探针的用途，用于确定患者施用罗美昔布后是否易于发生肝脏毒性。

16.至少一种用于检测HLA等位基因DRB1＊1501的区域的探针的用途，用于确定患者施用罗美昔布后是否易于发生肝脏毒性。

17.至少一种用于检测HLA等位基因DQB1＊0602的区域的探针的用途，用于确定患者施用罗美昔布后是否易于发生肝脏毒性。

18.至少一种用于检测HLA等位基因DRB5＊0101的区域的探针的用途，用于确定患者施用罗美昔布后是否易于发生肝脏毒性。

19.根据权利要求14-18任一项的用途，其中检测到所述的HLA等位基因表明患者施用罗美昔布后易于发生肝脏毒性。

20.根据权利要求14-19任一项的用途，其中所述的HLA等位基因通过测试该等位基因的等同遗传标记物检测，其中该等同等位基因的存在表示所述HLA等位基因的存在。

21.根据权利要求20的用途，其中所述的等同遗传标记物是由NCBI数据库鉴定为rs3131294、rs3129868、rs9270986、rs3129900和rs3135365的单核苷酸多态性。

22.根据权利要求7-21任一项的方法或用途，包括用于检测内对照等位基因的第二探针。

23.根据权利要求7-11、13-22任一项的用途，其中每种探针是寡核苷酸。

24.根据权利要求12的用途，其中每种探针是抗体。

25.适用于任一权利要求1-15、19-24的任一方法或用途的试剂盒的用途，其中所述试剂盒包含至少一种用于检测HLA等位基因DQA1＊0102的区域的探针，用于确定患者施用罗美昔布后是否易于发生肝脏毒性。

26.适用于任一权利要求1-14、16、19-24的方法或用途的试剂盒的用途，其中所述试剂盒包含至少一种用于检测HLA等位基因DRB1＊1501的区域的探针，用于确定患者施用罗美昔布后是否易于发生肝脏毒性。

27.适用于任一权利要求1-14、17、19-24的方法或用途的试剂盒的用途，其中所述试剂盒包含至少一种用于检测HLA等位基因DQB1＊0602的区域的探针，用于确定患者施用罗美昔布后是否易于发生肝脏毒性。

28.适用于任一权利要求1-14、18-24的方法或用途的试剂盒的用途，其中所述试剂盒包含至少一种用于检测HLA等位基因DRB5＊0101的区域的探针，用于确定患者施用罗美昔布后是否易于发生肝脏毒性。

29.根据权利要求25-28任一项的用途，其中检测到所述的HLA等位基因表明患者施用罗美昔布后易于发生肝脏毒性。

30.根据权利要求25-29任一项的用途，其中所述的HLA等位基因通过测试该等位基因的等同遗传标记物检测，其中该等同等位基因的存在表示所述HLA等位基因的存在。

31.根据权利要求30的用途，其中所述的等同遗传标记物是由NCBI数据库鉴定为rs3131294、rs3129868、rs9270986、rs3129900和rs3135365的单核苷酸多态性。

32.根据权利要求25-31任一项的用途，其中试剂盒还包含用于检测所述HLA等位基因的或所述等同遗传标记物的第二区域的第二探针。

33.根据权利要求25-32任一项的用途，其中试剂盒还包含用于检测内对照等位基因的探针。

34.根据权利要求25-33任一项的用途，其中每种探针是寡核苷酸。

35.治疗受试者中环加氧酶-2依赖性疾病的方法，包括步骤：

(i)接收关于获自所述受试者的生物样品中存在选自由DQA1＊0102，DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组中至少一种HLA等位基因的数据，所述的HLA等位基因表示存在或预测到肝脏毒性。

36.根据权利要求35的方法，其中受试者是人。

37.根据权利要求35-36任一项的方法，其中生物样品选自血液、血液衍生产物(如血沉棕黄层、血清和血浆)、淋巴液、尿、泪、唾液、脑脊液、口腔拭子、痰、白细胞样品或组织样品或其任意组合由组成的组。

38.根据权利要求35-37任一项的方法，其中任意一个或多个所述的HLA等位基因选自由DQA1＊0102、DRB1＊1501、DQB1＊0602和DRB5＊0101组成的组。

39.根据权利要求35-38任一项的方法，其中所述的HLA等位基因是DQA1＊0102。

40.通过施用罗美昔布至具有应答于罗美昔布时降低的肝脏毒性发生素质或风险的受试者治疗环加氧酶-2依赖性疾病的方法，其中所述降低的素质或风险通过权利要求1-14任一项中所述的方法或通过权利要求15-34任一项的用途鉴定。

41.根据权利要求35-40任一项的方法，其中环加氧酶-2依赖性疾病选自炎性疾病、骨关节炎(例如膝、髋、脊柱和肩的骨关节炎)、类风湿性关节炎、顽固性骨关节炎、关节强硬性脊椎炎、痛风、牙痛、术后牙痛、手术后疼痛、整形手术疼痛、腰痛、咽喉痛、疱疹后神经痛、带状疱疹、三叉神经痛、内脏疼痛、肌骨骼疼痛、纤维肌痛、痛经、肾和胆绞痛、偏头痛、头痛、与癌症相关的疼痛、发热、神经变性疾病如多发性硬化、阿尔茨海默病、骨质疏松症、哮喘、狼疮和银屑病、瘤形成，尤其产生前列腺素或表达环加氧酶的瘤形成，包括良性和癌性肿瘤、生长物和息肉，尤其上皮细胞衍生的瘤形成癌、皮肤癌、胃肠癌、基细胞癌、鳞状细胞癌、结肠癌、肝癌、膀胱癌、胰腺癌、卵巢癌、前列腺癌、子宫颈癌、肺癌或乳腺癌或黑素瘤、血管生成介导的眼病，包括年龄相关的黄斑变性、糖尿病性视网膜病、糖尿病性黄班水肿。

42.根据权利要求35-41任一项的方法，其中疾病选自由骨关节炎(例如膝、髋、脊柱和肩的骨关节炎)、类风湿性关节炎、顽固性骨关节炎、关节强硬性脊椎炎、痛风、腰痛、牙痛、术后牙痛、内脏疼痛、肌骨骼疼痛、疱疹后神经痛、带状疱疹、三叉神经痛、纤维肌痛、痛经组成的组。

43.根据权利要求35-42任一项的方法，其中待施用的罗美昔布剂量是从约25mg至约1200mg。

44.根据权利要求35-43任一项的方法，其中罗美昔布剂量是从约100mg至约400mg。

45.根据权利要求35-44任一项的方法，其中当疾病是骨关节炎(例如，膝、髋、脊柱和肩的骨关节炎)或顽固性骨关节炎时，罗美昔布将以每日一次约100mg、每日一次约200mg或每日一次约400mg的剂量施用。

46.根据权利要求35-44任一项的方法，其中当疾病是痛经时，罗美昔布将以每日一次约200mg或每日一次约400mg的剂量施用。

47.根据权利要求35-44任一项的方法，其中当疾病是急性痛风时，罗美昔布将以每日一次约200mg或每日一次约400mg的剂量施用。

48.根据权利要求35-44任一项的方法，其中当疾病导致急性疼痛时，待施用的剂量是每日一次约400mg。