CN102099474A - 用于治疗炎症和赘生性细胞增殖的寡核苷酸 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了针对CCR3受体以及IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位的寡核苷酸。所述寡核苷酸可用于抑制一般炎症,包括与哮喘、COPD、变态反应、囊性纤维化(CF)、嗜伊红细胞增多症和赘生性细胞增殖如癌症相关的炎症。
Description
技术领域
本发明涉及针对特异性细胞受体的反义寡核苷酸单独或组合以便抑制一般炎症,包括与哮喘、COPD、变态反应、囊性纤维化(CF)、和嗜伊红细胞增多症(hypereosinophilia)相关的炎症的应用。本发明还涉及反义寡核苷酸用于抑制赘生性细胞增殖,如癌症的应用。
背景技术
反义寡核苷酸(AON)互补于靶基因的区域,并且能够与靶基因序列杂交并且抑制基因表达。通过根据Watson-Crick碱基配对(其中腺苷和胸腺嘧啶(mRNA中的尿嘧啶)或鸟苷和胞苷(胞嘧啶核苷)通过氢键相互作用)AON杂交于特异性信使RNA(mRNA)正义靶,来抑制基因表达。一般认为两种机制说明这些效果,第一种机制是与靶向mRNA的受损翻译杂交,第二种机制是诱导RNaseH或类似的与靶mRNA降解相关的酶。这种策略的主要优势是作用的特异性,并具有降低的副作用和较低毒性的可能性,尤其是当直接施加于作用位点(局部治疗)时。这种治疗策略可能可应用于其中一个或几个基因的过量表达被认为是造成疾病存在或持续的原因的任何疾病。结果,已存在许多探索作为治疗剂的AON在癌症和病毒疾病中的应用的研究。
肺泡和呼吸道上皮被公认为是动态屏障,该动态屏障在调解对氧化应激、败血症、内毒素血症和肺的其它危险疾病的炎症性和代谢反应中起重要作用。尤其是,呼吸上皮是上皮-血液界面处的炎性病症/感染的主要目标,并且其自身能够通过募集炎症细胞和产生炎症介质来扩大炎症信号。
哮喘是一种在过去的25年里流行率加倍的影响5%至10%人口的疾病。尤其是在呼吸道病毒感染(细支呼吸道炎)以后的婴儿,儿童和职业引起的哮喘中,这种增加已引起注意。与哮喘相关的反复发作的呼吸问题经常是由过敏原引发的,但是哮喘的确切起因仍有待阐述。然而,认为如病毒的介质(agent)涉及在患有哮喘的患者的呼吸道中发现的异常炎症的永久化以及由此疾病的持续。
由于该原因,目前对于哮喘的第一线治疗的建议是有效的抗炎症药物,如含有皮质类固醇和抗白三烯的那些。虽然这种方法在许多患者中是有效的,但利用目前的抗炎症药物还不能控制一些患者。皮质类固醇也是有效的免疫抑制剂,其具有长期副作用,并且还未显示对预防变态反应或哮喘有效。抗白三烯在变态反应和哮喘中具有一些效果,但不如皮质类固醇有效。
几种炎症介质在患有哮喘的患者的呼吸道中的炎症的发生和永久化中起作用。一些介质通过嗜曙红细胞的趋化性(趋化因子:通过被称为CCR3的受体通常在哮喘炎症中起作用的RANTES,噬酸性粒细胞趋化因子(嗜酸细胞活化趋化因子,eotaxin)1、2、3,MCP-3、4)或通过内皮细胞激活(IL-4、IL-13)将炎症细胞吸引到呼吸道中。其它的介质造成呼吸道中的炎症细胞的引发以及提高的生存(IL-3、IL-4、IL-5、GM-CSF)。因此,这些介质由嗜曙红细胞的特异性趋化因子或2型表型辅助性T淋巴细胞的细胞因子(Th2:IL-3、-4、-5、-6、-9、-10、-13和GM-CSF)构成,(JohnAE.and Lukacs NW.,2003Sarcoidosis Vasc Diffuse Lung Dis.,20:180-189;Blease et al.,2003,Expert Opin Emerg Drugs.8:71-81)。已证明当呼吸道中的这些炎症介质降低时,哮喘和一般的呼吸炎症会改善。
变态反应是对引起不期望的免疫反应(免疫应答)的过敏原的超敏反应。变态反应是一种非常普遍的疾病,例如异位性鼻炎、湿疹和过敏性结膜炎影响了大约30%的人口。变态反应的特征在于异常的IgE产生和对过敏原的炎症。在IgE和过敏原存在的情况下,效应细胞,如肥大细胞脱粒并且释放引起在哮喘中发现的相同的炎症细胞募集的炎症介质。在过敏性鼻炎(即,花粉气喘(枯草热))、过敏性结膜炎、鼻息肉、慢性鼻窦炎、湿疹和异位性皮炎中,发现与哮喘中存在的相同的过量的炎症介质。IL-4和IL-13对于IgE的产生和具有表型Th2的细胞的诱导是必需的(Barnes PJ.,2003,Cytokine Growth Factor Rev.14:511-522;Schuh et al.,2003,CytokineGrowth Factor Rev.2003,14:503-510)。异位性疾病是对由于暴露于过敏原而发展的过敏疾病的统称,尤其是在具有容易对过敏原敏感的遗传倾向的个体中。具有这些诱病因素的个体容易对食物抗原和吸入物产生异常的免疫反应。过敏疾病的一些具体实例是支气管哮喘、异位性皮炎、荨麻疹、过敏性鼻炎、过敏性结膜炎和过敏性肠胃炎。
慢性阻塞性肺病(COPD)是炎性呼吸道和肺泡疾病的另一个实例,其中炎症的持续上调被认为起到作用。COPD的炎症的特征在于嗜中性粒细胞、CD8+淋巴细胞和巨噬细胞增强地浸润到呼吸道中。嗜中性粒细胞和巨噬细胞在COPD的呼吸道炎症的发病机理中起重要作用,这是因为它们具有释放多个介质的能力,包括促进组织炎症和损害的弹性蛋白酶、金属蛋白酶和氧自由基。已提出,通过促炎细胞因子和趋化因子的增加的释放来促进患有COPD的患者的呼吸道中的炎症细胞的积累,该促炎细胞因子和趋化因子将炎症细胞吸引至呼吸道中,激活它们并维持它们存在。存在的细胞还释放酶(如金属蛋白酶)和氧自由基,其对组织具有负面影响并且使疾病永久化。已显示COPD患者的肺中大批的促炎细胞因子和趋化因子升高。其中,肿瘤坏死因子α(TNF-α)、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)和白细胞介素8(IL-8)起重要作用,其水平在患有COPD的患者的呼吸道中升高。
囊性纤维化(CF)也是呼吸道炎症疾病的另一个实例。缺乏CF跨膜转运调节物(CFTR)Cl-通道功能导致渐进性肺损伤,并且最终导致死亡。呼吸道上皮细胞中的功能性CFTR的丧失促进呼吸道表面液体的损耗和增强的氧化。呼吸道中存在的激活的嗜中性粒细胞产生大量的蛋白酶和活性氧物质(ROS)。所有这些变化与细菌的降低的粘膜纤毛清除率、通过多个途径的上皮细胞信号传导的激活和随后的CF呼吸道中的高炎症反应相关。呼吸道上皮细胞中的NF-KB通路(途径)和Ca2+稳态被认为都是通过调节如IL-8的介质(其参与嗜中性粒细胞的募集和激活、细胞凋亡的调节和上皮屏障完整的控制)的产生来控制肺炎症的因素。通过细菌感染维持的过度的和持续的炎症和呼吸道嗜中性粒细胞的持续累积是CF患者的肺损伤的主要因素,并且已促进了对抗炎症治疗的研究。
其中炎症似乎起作用的呼吸道疾病的其它实例包括:嗜酸性粒细胞咳嗽、支气管炎、肺同种异体移植的急性或慢性排斥反应、结节病、肺纤维化、鼻炎和鼻窦炎。
嗜酸性粒细胞咳嗽的特征在于慢性咳嗽和在没有呼吸道阻塞或高反应的患者的呼吸道中存在的炎症细胞,主要是嗜曙红细胞。在该疾病中,几种细胞因子和趋化因子升高,尽管它们主要是被导向的嗜曙红细胞。嗜曙红细胞在呼吸道中被募集并被激活,并且可能释放在炎症和咳嗽的永久化中起作用的酶和氧自由基。
急性支气管炎是一种在下呼吸道的感染或刺激事件(例如由于污染、灰尘、气体或化学品)过程中发生的急性病。一年中至少3个月的大多数天数存在咳嗽和痰产生达两年被确定为慢性支气管炎。在急性或慢性支气管炎的情况下的呼吸道中也可以发现炎症细胞(主要是嗜中性粒细胞)以及多种趋化因子和细胞因子。这些介质被认为在这些疾病过程中发生的炎症、症状和黏液产生中起作用。
在患有晚期肺疾病的患者中进行肺移植。当我们身体的炎症细胞(淋巴细胞)没有将捐赠器官识别为“自身的”时,发现急性和更严重的慢性同种异体移植排斥。炎症细胞由趋化因子和细胞因子来募集,并且炎症细胞释放多种导致组织损坏的酶,并且在慢性排斥的情况下,疾病被称为闭塞性细支气管炎。
结节病是一种起因不明的疾病,其中在组织中发生慢性非干酪性肉芽肿。肺是最通常被感染的器官。肺支气管肺泡灌洗显示出主要是淋巴细胞、巨噬细胞,并且有时是嗜中性粒细胞和嗜曙红细胞的增加。这些细胞也由细胞因子和趋化因子募集和激活,并且被认为涉及疾病的发病机理。
肺纤维化是特征为导致慢性呼吸功能不全的渐进性和慢性纤维化(结疤)的肺组织疾病。存在肺纤维化的不同类型和起因,但是所有的都是以炎症细胞的流入和持续性、肺组织中具有胶原沉积的成纤维细胞的活化和增殖为特征。这些事件似乎与肺组织中的细胞因子和趋化因子的释放相关。
急性鼻炎是在鼻子或上呼吸道的感染或刺激事件(例如,由于污染、灰尘、气体或化学品)过程中发生的急性病。通过连续的慢性流鼻涕、鼻塞和打喷嚏和瘙痒(pruritis)的存在来确定慢性鼻炎。在急性或慢性鼻炎过程中也可在上呼吸道中发现具有多种趋化因子和细胞因子的炎症细胞。这些介质被认为在这些疾病过程中发生的炎症、症状和黏液产生中起到作用。
急性鼻窦炎是一种鼻窦的急性疾病,通常是感染性疾病,其特征在于鼻塞、流鼻水、脓性痰、头痛或鼻窦痛,发烧或不发烧。通过急性鼻窦炎的症状持续超过6个月来确定慢性鼻窦炎。在急性或慢性鼻窦炎的过程中,在上呼吸道和鼻窦中也可以发现具有多种趋化因子和细胞因子的炎症细胞。这些介质被认为在这些疾病过程中发生的炎症、症状和黏液产生中起作用。
赘生物是不可控制的和渐进性的异常组织生长。恶性赘生物通常表征为癌症。癌症是人类死亡的第二主要原因,并且是多于100种特征为永生细胞的异常增殖的疾病的总称。参与细胞增殖的持续和升高的机制之一是通过同源受体起作用的生长因子的释放。在这些生长因子中,已显示GM-CSF是几种肿瘤细胞的重要生长因子。最近,趋化因子受体CCR3的特征为从患有慢性淋巴细胞白血病(CLL)和患有毛细胞白血病(HCL)的患者回收的恶性B淋巴细胞(Trentin et al.,2004,Blood,104,502-508)。事实上,发现通过CCR3趋化因子受体的表皮生长因子受体(EGFR)的反式激活是引起支气管上皮细胞中的MAP激酶激活和细胞因子产生的关键途径(Adachi et al.,2004,Biochem.Biophys.Res.Commun.320,292-396)。通过阻断生长因子和/或趋化因子的受体来抑制癌症细胞增殖可能在一些癌症的治疗中是重要的。
嗜曙红细胞是一种类型的白细胞。它们是粒性白细胞,该粒性白细胞具有通常具有两个通过染色质细丝连接的叶(裂片)的细胞核,和含有尺寸均匀且可被曙红染色的流动的(course)圆形颗粒的细胞质。嗜伊红细胞增多症的特征在于嗜曙红细胞的数量增多,通常与变态反应、哮喘和感染相关。
使用针对编码受体的特异性核酸序列的寡核苷酸用于抑制炎症反应是已知的。共有国际专利申请公开号WO 99/66037和WO06/045202描述了用于治疗和/或预防哮喘、变态反应、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症的AON。
对于可能的临床应用,AON应呈现出抗由血清和细胞核酸酶引起的降解的稳定性,显示出与血清和细胞蛋白的低非特异性结合,呈现出对靶mRNA序列的识别增强,证明细胞膜渗透性以及当与互补mRNA复合时引出细胞核酸酶。完全证明了含有天然糖(D-核糖和D-2-脱氧核糖)和磷酸二酯(PO)键的寡核苷酸被血清和细胞内核酸酶迅速降解,这限制了它们作为有效治疗剂的应用。已经描述了寡核苷酸的化学方法修饰,以便改善其作为治疗剂的稳定性和效力。主要的化学改变包括糖基、碱基的修饰和/或核苷酸间磷酸二酯键的修饰或置换。至今,最广泛研究的类似物是硫代磷酸酯(PS)寡脱氧核苷酸,其中用硫取代磷酸二酯骨架中的非桥联氧原子之一(Eckstein F.,1985,Ann.Rev.Biochem.,54:367-402)。已开发了几种AON产生并且用于体外和体内研究(Goodchild J.,2004,Curr.Opin.Mol.Ther.,2004,6:120-128;Urban E.and R.Noe CR.,2003,Farmaco.58:243-258)。
期望具有针对编码促炎受体的核酸序列的改善的AON用于抑制这些受体。这样的AON将用于治疗和/或预防哮喘、变态反应、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症。
发明内容
根据一个方面,提供了一种针对编码选自由CCR3趋化因子受体以及IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位组成的组中的蛋白的核酸序列的寡核苷酸,其中寡核苷酸是(i)具有对应于SEQID NOs.1-698中的任一个的碱基序列的寡核苷酸和(ii)SEQ IDNOs.1-698中的任一个的修饰寡核苷酸中的一种。
优选地,寡核苷酸具有对应于SEQ ID NOs.1-698中的任一个的碱基序列。
优选地,寡核苷酸的至少一个腺苷被修饰的核苷酸,优选2-氨基2′-脱氧腺苷(DAP)取代。
在一些实施方式中,寡核苷酸的至少一个核苷酸是阿拉伯糖修饰的寡核苷酸,优选2′-脱氧-2′-氟阿拉伯糖核苷酸(氟阿糖苷,2′-deoxy-2′-fluoroarabinonucleotide)(FANA)。
在一些实施方式中,寡核苷酸含有至少一个选自由磷酸二酯、磷酸三酯、硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、硼烷磷酸酯(boranophosphate)和它们的任何组合组成的组中的核苷酸间键合。优选地,寡核苷酸是硫代磷酸酯或磷酸二酯寡核苷酸或具有硫代磷酸酯和磷酸二酯键组合的寡核苷酸。
根据另外的方面,提供了一种包括至少一种本文描述的寡核苷酸和药用载体的药物组合物。
根据另外的方面,提供了一种用于在患者内治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的方法,该方法包括给予所述患者本文描述的药物组合物。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的药物组合物在用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种中的应用。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的药物组合物在制备用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的药物中的应用。
根据另外的方面,提供了一种用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的方法,该方法包括给予所述患者本文描述的寡核苷酸,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ IDNOs.1-672中的一个。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的寡核苷酸在用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的寡核苷酸在制备降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的药物中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个。
根据另外的方面,提供了一种用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的本文描述的寡核苷酸,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个。
根据另外的方面,提供了一种用于降低患者体内CCR3趋化因子受体表达的方法,该方法包括给予所述患者本文描述的寡核苷酸,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的寡核苷酸在用于降低CCR3趋化因子受体表达中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的寡核苷酸在制备降低CCR3趋化因子受体表达的药物中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
根据另外的方面,提供了一种用于降低CCR3趋化因子受体表达的本文描述的寡核苷酸,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ IDNOs.673-698中的一个。
根据另外的方面,提供了一种商业包装件,包括本文描述的药物组合物以及其使用说明书,用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种;用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个;或用于降低患者体内CCR3趋化因子受体表达,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
根据另外的方面,提供了一种双链siRNA,两个链包括SEQ IDNOs.699和700;701和702;703和704;705和706;707和708;709和710;711和712;713和714;715和716;717和718;719和720;721和722;723和724;725和726;727和728;729和730;731和732;733和734;735和736;737和738;739和740;741和742;743和744;745和746;747和748;749和750;752和752;753和754;755和756;757和758;759和760;761和762;763和764;765和766;767和768;769和770;771和772;773和774;775和776;777和778;779和780;781和782;783和784;785和786;787和788;789和790;791和792;793和794;795和796;797和798;799和800;801和802;803和804;805和806;807和808;809和810;811和812;813和814;815和816;817和818;819和820;821和822;823和824;825和826;827和828;829和830;831和832;833和834;835和836;837和838;839和840;841和842;843和844;845和846;847和848;849和850;851和852;853和854;855和856;857和858;859和860;861和862;863和864;865和866;867和868;869和870;871和872;873和874;875和876;877和878;879和880;881和882;883和884;885和886;887和888;889和890;891和892;893和894;895和896;897和898;899和900;901和902;903和904;905和906;907和908;909和910;911和912;913和914;915和916;917和918;919和920;921和922;923和924;925和926;927和928;929和930;931和932;933和934;935和936;937和938;939和940;941和942;943和944;945和946;947和948;949和950;951和952;953和954;955和956;957和958;959和960;961和962;963和964;965和966;967和968;969和970;971和972;973和974;975和976;977和978;979和980;981和982;983和984;985和986;987和988;989和990;991和992;993和994;995和996;997和998;999和1000;1001和1002;1003和1004;1005和1006;1007和1008;1009和1010;1011和1012;1013和1014;1015和1016;1017和1018;1019和1020;1021和1022;1023和1024;1025和1026;1027和1028;1029和1030;1031和1032;1033和1034;1035和1036;1037和1038;1039和1040;1041和1042;1043和1044;1045和1046;1047和1048;1049和1050;1051和1052;1053和1054;1055和1056;1057和1058;1059和1060;1061和1062;1063和1064;1065和1066;1067和1068;1069和1070;1071和1072;1073和1074;1075和1076;1077和1078;1079和1080;1081和1082;1083和1084;1085和1086;1087和1088;1089和1090;1091和1092;1093和1094;1095和1096;1097和1098;1099和1100;1101和1102;1103和1104;1105和1106;1107和1108;1109和1110;1111和1112;1113和1114;1115和1116;1117和1118;1119和1120;1121和1122;1123和1124;1125和1126;1127和1128;1129和1130;1131和1132;1133和1134;1135和1136;1137和1138;1139和1140;1141和1142;1143和1144;1145和1146;1147和1148;1149和1150;1151和1152;1153和1154;1155和1156;1157和1158;1159和1160;1161和1162;1163和1164;1165和1166;1167和1168;1169和1170;1171和1172;1173和1174;1175和1176;1177和1178;1179和1180;1181和1182;1183和1184;1185和1186;1187和1188;1189和1190;1191和1192;1193和1194;1195和1196;1197和1198;1199和1200;1201和1202;1203和1204;1205和1206;1207和1208;1209和1210;1211和1212;1213和1214;1215和1216;1217和1218;1219和1220;1221和1222;1223和1224;1225和1225;1227和1228;1229和1230;1231和1232;1233和1234;1235和1236;1237和1238;1239和1240;1241和1242;1243和1244;1245和1246;1247和1248;1249和1250;1251和1252;1253和1254;1255和1256;1257和1258;1259和1260;1261和1262;1263和1264;1265和1266;1267和1268;1269和1270;1271和1272;1273和1274;1275和1276;1277和1278;1279和1280;1281和1282;1283和1284;1285和1286;1287和1288;1289和1290;1291和1292;1293和1294;1295和1296;1297和1298;1299和1300;1301和1302;1303和1304;1305和1306;1307和1308;1309和1310;1311和1312;1313和1314;1315和1316;1317和1318;1319和1320;1321和1322;1323和1324;1325和1326;1327和1328;1329和1330;1331和1332;1333和1334;1335和1336;1337和1338;1339和1340;1341和1342;1343和1344;1345和1346;1347和1348;1349和1350;1351和1352;1353和1354;1355和1356;1357和1358;1359和1360;1361和1362;1363和1364;1365和1366;1367和1368;1369和1370;1371和1372;1373和1374;1375和1376;1377和1378;1379和1380;1381和1382;1383和1384;1385和1386;1387和1388;1389和1390;1391和1392;1393和1394;1395和1396;1397和1398;1399和1400;1401和1402;1403和1404;1405和1406;1407和1408;1409和1410;1411和1412;1413和1414;1415和1416;1417和1418;1419和1420;1421和1422;1423和1424;1425和1426;1427和1428;1429和1430;1431和1432;1433和1434;1435和1436;1437和1438;1439和1440;1441和1442;1443和1444;1445和1446;1447和1448;1449和1450;1451和1452;1453和1454;1455和1456;1457和1458;1459和1460;1461和1462;1463和1464;1465和1466;1467和1468;1469和1470;1471和1472;1473和1474;1475和1476;1477和1478;1479和1480;1481和1482;1483和1484;1485和1486;1487和1488;1489和1490;1491和1492;1493和1494;1495和1496;1497和1498;1499和1500;1501和1502;1503和1504;1505和1506;1507和1508;1509和1510;1511和1512;1513和1514;1515和1516;1517和1518;1519和1520;1521和1522;1523和1524;1525和1526;1527和1528;1529和1530;1531和1532;1533和1534;1535和1536;1537和1538;1539和1540;1541和1542;1543和1544;1545和1546;1547和1548;1549和1550;1551和1552;1553和1554;1555和1556;1557和1558;1559和1560;1561和1562;1563和1564;1565和1566;1567和1568;1569和1570;以及1571和1572中的一个,优选用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位。
根据另外的方面,提供了一种双链siRNA,两个链包括SEQ IDNOs.1573和1574、1575和1576、和1577和1578中的一个,优选用于降低CCR3趋化因子受体表达。
根据另外的方面,提供了用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的本文描述的siRNA。
根据另外的方面,提供了本文描述的siRNA,其中siRNA的至少一个核苷酸是FANA。
根据另外的方面,提供了本文描述的siRNA,其中siRNA的至少一个腺苷核苷酸被DAP或其类似物取代。
根据另外的方面,提供了一种用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的方法,该方法包括给予本文描述的siRNA。
根据另外的方面,提供了一种用于降低患者体内CCR3趋化因子受体表达的方法,该方法包括给予本文描述的siRNA。
根据另外的方面,提供了一种用于治疗和/或预防患者体内哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的方法,该方法包括给予本文描述的siRNA。
根据另外的方面,提供了本文描述的siRNA在用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位或CCR3趋化因子受体表达或用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种中的应用。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的siRNA在制备用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位;或用于降低CCR3趋化因子受体表达;或用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的药物中的应用。
根据另外的方面,提供了一种包括选自由SEQ ID NOs:1634和1635;1636和1637;1638和1639;1640和1641;1642和1643;1644和1645;1646和1647;1648;1649和1650;1651和1652;1653和1654;1655和1656;1657和1658;1659;1660;1661;1662;1663;1664;1665;1666和1667;1668和1669;1670和1671;1672和1673;1674和1675;1676和1677;1678;1679和1680;1681和1682;1683和1684;1685和1686;1687和1688;1689和1690;1691和1692;1693;1694;1695和1696;1697;1698;1699和1700;1701;1702和1703;1704;1705;1706;1707;1708;1709;1710;1711;1712和1713;1714和1715;1716;1717和1718;1719;1720和1721;1722和1723;1724;1725和1726;1727;1728;1729和1730;1731和1732;1733和1734;1735;1736;1737;1738和1739;1740和1741;1742;1743和1744;1745;1746和1747;1748和1749;1750和1751;1752;1753;1754;1755;1756;1757;1758;1759;1760;1761和1762;1763;1764和1765;1766;1767和1768;1769;1770;1771;1772;1773;1774和1775;1776;1777;以及1778组成的组中的一对寡核苷酸或单一寡核苷酸的双链或单链miRNA,优选用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位。
根据另外的方面,提供了本文描述的miRNA,其中miRNA的至少一个核苷酸是FANA。
根据另外的方面,提供了本文描述的miRNA,其中miRNA的至少一个腺苷核苷酸被DAP或其类似物取代。
根据另外的方面,提供了一种用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的方法,该方法包括给予本文描述的miRNA。
根据另外的方面,提供了一种用于治疗和/或预防患者体内哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的方法,该方法包括给予本文描述的miRNA。
根据另外的方面,提供了本文描述的miRNA在用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位或在用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种中的应用。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的miRNA在制备用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位;或用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的药物中的应用。
根据另外的方面,提供了一种能够在高度严格的条件下与编码选自由CCR3趋化因子受体以及IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位组成的组中的蛋白质的核酸序列杂交的AON,其中寡核苷酸中的至少一个核苷酸是2′-脱氧-2′-氟阿拉伯糖核苷酸(FANA)。
根据另外的方面,提供了一种能够在高度严格的条件下与编码IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位的核酸序列杂交的AON,其中寡核苷酸中的至少一个腺苷核苷酸被2-氨基-2′-脱氧腺苷(DAP)取代。
根据另外的方面,提供了一种改善给予哺乳动物的寡核苷酸的治疗效力与毒性比的方法,包括:(a)识别被用于给予肺的寡核苷酸,其中降低的毒性是期望的;以及(b)用相应的FANA核苷酸取代至少一个非-FANA核苷酸和/或用2-氨基-2′-脱氧腺苷取代一个腺苷。优选地,与给予未修饰的寡核苷酸相比,将所得的寡核苷酸给予哺乳动物会导致增强的效力和/或降低的毒性。
根据另外的方面,提供了一种能够在高度严格的条件下与编码选自由CCR3趋化因子受体和IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位组成的组中的蛋白质的核酸序列杂交的AON,其中所述寡核苷酸的核苷酸间键合包括磷酸二酯键和硫代磷酸酯键两者。
附图说明
图1示出了AON序列在降低β-链mRNA表达方面的效力。图1a示出了AON序列TOP057(SEQ ID No:8)至TOP073(SEQ ID No:24)的效力。TF-1细胞(668nM)或293-βc-GFP细胞(267nM)被转染24小时,并且使用Quantigene定量β链mRNA表达水平。与未转染的对照细胞相比,结果被表示为β链mRNA抑制的平均百分比(归一化至β2M)±SEM(来自TF-1细胞系中的两个实验和293-CCR3-GFP细胞系中的两个实验的汇总)。将AON序列TOP057(SEQ ID No:8)、TOP062(SEQ ID No:13)和TOP063(SEQ ID No:14)的特异性活性与在图1b的293-βc-GFP细胞(267nM)以及图1c的TF-1细胞(500nM)中对应的正义对照序列(TOP057s(SEQ IDNo:1779)、TOP062s(SEQ ID No:1780)和TOP063s(SEQ ID No:1781))进行比较。对细胞转染24小时,并且使用Quantigene定量β链mRNA表达水平。结果表示为β-链/β2M的平均归一化比±SEM。显示了相对于相应的正义对照AON的β链mRNA的抑制百分比。使用ANOVA检验进行统计分析(Dunnett事后检验,n=3,**p<0.01)。
图2示出了AON序列在降低CCR3mRNA表达方面的效力。图2a描述了AON序列TOP020(SEQ ID No:673)至TOP045(SEQID No:698)的效力。利用示出的AON转染TF-1细胞(668nM)或293-CCR3-GFP细胞(267nM)。转染后24小时,使用Quantigene定量CCR3mRNA表达水平。提供了结果作为与未转染的对照细胞相比的CCR3mRNA表达抑制的平均百分比±SEM(来自TF-1细胞中的两个实验和293-CCR3-GFP细胞中的四个实验的汇总)。图2b示出了在293-CCR3-GFP细胞(267nM)中与相应的正义对照序列(TOP030s(SEQ ID No:1782)和TOP031s(SEQ ID No:1783))相比,AON序列TOP030(SEQ ID No:683)和TOP031(SEQ ID No:684)的特异性活性。图2c示出了针对TF-1细胞(668nM)获得的类似结果。细胞被转染,并且转染后24小时使用Quantigene定量CCR3mRNA表达水平。结果表示为平均值±SEM CCR3/β2M的归一化比率±SEM。显示相对于相应的正义对照AON的CCR3mRNA表达的抑制百分比。使用ANOVA检验进行统计分析(Dunnett事后检验,n=3,**p<0.01)。
图3示出了siRNA序列在降低β-链mRNA表达水平方面的效力。图3a示出了siRNA序列在降低以0.04μM、0.12μM和0.24μM的剂量转染后24小时的293-βc-GFP细胞中的β链mRNA表达方面的效力。图3b和图3c比较了β-链AON(TOP062(SEQ ID No:13))与siRNA序列在降低TF-1细胞中的β链mRNA表达水平方面的效力。对于剂量响应实验,利用以0.25μM、0.5μM和1μM剂量的所示的AON或siRNA来转染细胞(图3b)。对于时间-进程研究,用1μM的所示AON或siRNA转染细胞,并在转染后24、48和72小时使用Quantigene检测进行β链mRNA表达定量(图3c)。结果表示为归一化于β2M对照基因RLU的β-链相对发光单位(RLU)的平均比率(±SEM)。使用单因素ANOVA进行统计分析,接着利用TOP062(SEQ ID No:13)作为对照参考进行Dunnett事后检验(*p<0.05、**p<0.01、n=每个条件3次重复)。
图4示出了siRNA序列在降低CCR3mRNA表达水平方面的效力。图4a示出了siRNA序列在降低转染之后的293-CCR3-GFP细胞中的CCR3mRNA表达水平方面的效力。利用以0.04μM至0.24μM范围的剂量的siRNA转染细胞,并且在转染后24小时确定CCR3mRNA表达。图4b比较了所示的AON与siRNA序列在降低293-CCR3-GFP细胞中的CCR3mRNA表达水平方面的效力。利用浓度为300nM的所示的AON或siRNA转染293-CCR3-GFP细胞,并且在转染后24、48或72小时进行CCR3mRNA表达定量。从转染的细胞中提取总RNA,纯化,并使用Quantigene分析进行CCR3mRNA定量。结果表示为归一化于β2M对照基因RLU的CCR3相对发光单位(RLU)的平均比率(±SEM)。使用单因素ANOVA进行统计分析,接着利用TOP030(SEQ ID No:683)作为对照参考进行Dunnett事后检验(*p<0.05、**p<0.01、n=每个条件3次重复)。
图5示出了所选的AON序列在降低β链或CCR3蛋白质表达方面的效力。利用所示的AON或它们的对照正义序列转染细胞(267nm的AON转染到293-βc-GFP和293-CCR3-GFP细胞中;667nm的AON转染到TF-1细胞中),并且在转染后24小时通过流式细胞仪来分析蛋白质水平。在图5a和图5c中,结果分别表示为用于表达βc-GFP和CCR3-GFP蛋白质的293-βc-GFP和293-CCR3-GFP细胞阳性的平均百分比±SEM。在图5b和图5d中,结果分别表示为TF-1细胞中β-链和CCR3蛋白表达的平均数荧光强度(MFI)±SEM。示出了相对于相应的正义对照AON的靶蛋白表达的抑制百分比。使用未配对t检验进行统计分析,其中n=3且**p<0.01、***p<0.001。
图6示出了含有FANA的TOP062(SEQ ID No:13)和TOP030(SEQ ID No:683)AON分别在降低β-链(293-βc-GFP细胞)和CCR3(TF-1细胞)蛋白质水平方面的效力。用200nm的AON转染293-βc-GFP细胞,而用668nM的AON转染TF-1细胞。转染后24小时通过流式细胞仪来测量蛋白质表达水平。结果表示为用于β-链(图6a)和CCR3(图6b)蛋白质表达的细胞阳性的主要百分比±SEM。使用ANOVA检验(Dunnett事后检验)进行统计分析,其中n=3或4,*p<0.05和**p<0.01。
图7示出了含有FANA的TOP062(SEQ ID No:13)(图7a)和TOP030(SEQ ID No:683)(图7b)AON的增加的血清稳定性。将AON在37℃下在含有50%的胎牛血清的DMEM中孵育。在不同的时间点收集样品,并使用阴离子交换HPLC进行分析。通过将相应的峰面积与时间点0小时处设定为100%的峰面积值进行比较来确定剩余的完整AON的百分比。
图8示出了TOP062-F8(SEQ ID No:1588)(β-链AON)在CCR3表达上和TOP030-F2(SEQ ID No:1600)(CCR3AON)在β-链表达上的交叉目标效果。用浓度为167nM或668nM的任一AON单独转染TF-1细胞。分析转染后24小时的细胞的CCR3(图8a和图8b)和β链(图8c和图8d)的mRNA和蛋白质表达水平。提供了mRNA表达水平结果作为归一化比率CCR3或β链/β2M的平均值±SEM,而提供了蛋白质表达结果作为表达CCR3或β链蛋白质的细胞的平均百分比±SEM。
图9示出了TOP62-F8(SEQ ID No:1588)和TOP30-F2(SEQ IDNo:1600)(TPI2200)AON在CCR3(图9a)和β链(Fig.9b)蛋白质表达上的交叉目标效果。用浓度为668nM的所示AON序列转染TF-1细胞。转染后24小时,通过流式细胞仪来测量蛋白质表达水平。结果表示为平均荧光强度(MFI±SEM)。
图10示出了TOP062-F8(SEQ ID No:1588)和TOP030-F2(SEQID No:1600)单独或组合抑制CCR3和β链mRNA和蛋白质表达的效力。用一个AON单独(334nM或668nM)或组合(每一个AON是334nM)转染TF-1细胞。转染后24小时,定量CCR3(图10a和图10b)和β-链(图10c和图10d)的mRNA和蛋白质水平。提供了mRNA表达结果作为CCR3或β链/β2M的归一化比值的平均值±SEM,而提供了蛋白质表达结果作为表达CCR3或β链蛋白质的细胞的平均百分比±SEM。显示了相对于未转染的对照细胞的表达抑制百分比。使用未配对t检验进行统计分析,其中n=3,*p<0.05和**p<0.01。
图11示出了含有FANA的TOP007(SEQ ID No:1628)AON在降低大鼠CCR3mRNA表达水平方面的活性。用0.2μg的含有大鼠CCR3cDNA的表达质粒(pCMVscript大鼠CCR3)和0.2μg的所示AON共转染NIH-3T3细胞。转染后24小时,定量CCR3mRNA表达水平。将转染后的CCR3mRNA表达水平相对于对照质粒(pGL2-荧光素酶)的表达水平归一化。结果表示为相对于表达错配对照AON的细胞中的相应mRNA表达抑制水平的CCR3mRNA表达抑制百分比。
图12示出了靶向大鼠β链(TOP006(SEQ ID No:1626))和CCR3(TOP007(SEQ ID No:1628))的AON的组合与相同AON的FANA修饰类型(分别为TOP006-F2(SEQ ID No:1627)和TOP007-F8(SEQID No:1629))的组合对过敏原引起的嗜曙红细胞大量涌入致敏BN大鼠的肺的影响的比较。在OVA致敏后14天,大鼠未进行激发或在OVA激发前通过气管内单独给予载体或25μg的所示AON的每一组合(每个动物总共50μg)来处理。OVA激发后15小时处死大鼠,并且进行来自BAL流体的差异细胞计数。数据表示了来自3个独立实验的平均总细胞数+/-SEM。单因素ANOVA之后是Dunnett多重比较检验(对用载体处理的和OVA激发的)(*p<0.05;**p<0.01);n=每组14至23只大鼠。
图13示出了FANA修饰的AON(TPI 1100)与非FANA修饰的AON(TPI ASM8)对慢性剂量给药之后的啮齿动物(小鼠和大鼠)和猴子的肺中的泡沫化巨噬细胞的百分比发生率的影响的比较。
图14示出了选择的靶向β-链的AON(TOP062(SEQ ID No:13)、TOP057(SEQ ID No:8)、TOP073(SEQ ID No:24)和TOP077(SEQ ID No:28))与相同的AON的DAP修饰类型(分别为TOP062-DAP(SEQ ID No:1621)、TOP057-DAP(SEQ ID No:1622)、TOP073-DAP(SEQ ID No:1623)和TOP077-DAP(SEQ ID No:1624))在降低β-链mRNA表达水平(使用Quantigene确定)方面的效力的比较。用267nM AON转染293-βc-GFP细胞,并且在转染后24小时提取RNA,并定量β-链mRNA表达水平。提供了mRNA表达水平作为β-链/β2M的归一化比率的平均值±SD。针对阴性对照寡核苷酸TOP4005(SEQ ID No:1784),使用单因素ANOVA(Dunnett)进行统计分析;**p<0.01,n=3。
图15示出了选择的miRNA模拟序列TOP5120(SEQ ID NOs:1636和1637)、TOP5121(SEQ ID NOs:1638和1639)、TOP5122(SEQID NOs:1640和1641)、TOP05123(SEQ ID NOs:1642和1643)以及TOP5124(SEQ ID NOs:1644和1645)在降低β-链mRNA和蛋白质表达水平方面的效力。用0.5μM或1μM miRNA转染TF-1细胞。转染后24小时,确定表达水平。图15a和图15b示出了miRNA模拟序列分别在降低β-链mRNA表达和蛋白质表达水平方面的效力的比较。提供了mRNA表达水平结果作为β-链/β2M的归一化比率的平均值±SD(图15a),而提供了蛋白质表达结果作为表达β-链蛋白质的细胞的平均百分比±SD(图15b)。针对未转染的细胞(对照NT),使用单因素ANOVA(Dunnett)进行统计分析;**p<0.01,n=3-6。
表格的简要说明
表1a确定了根据本发明的具有对IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位(β-链)的特异性的AON序列。
表1b确定了根据本发明的具有抗CCR3趋化因子受体的特异性的AON序列。
表2a确定了根据本发明的针对IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位(β-链)设计的siRNA序列。
表2b确定了根据本发明的针对CCR3趋化因子受体设计的siRNA序列。
表3a确定了根据本发明的具有抗IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位(β-链)的特异性的包含FANA修饰的AON序列。
表3b确定了根据本发明的具有抗CCR3趋化因子受体的特异性的包含FANA修饰的AON序列。
表3c确定了根据本发明的具有抗IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位(β-链)的特异性的包含DAP修饰的AON序列。
表4确定了根据本发明的具有抗大鼠IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位(β-链)以及抗大鼠CCR3趋化因子受体的特异性的AON序列。
表5确定了用2′F-ANA修饰的AON(TPI 1100)或非2′F-ANA修饰的AON(TPI ASM8)处理的猴子的肺中的初始处理相关的组织病理学变化。
表6确定了AON序列TPI 1100和TPI ASM8。
表7确定了根据本发明的具有抗IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位(β-链)的特异性的miRNA模拟序列。
表8确定了正义寡核苷酸序列TOP057s(SEQ ID NO:1779)、TOP062s(SEQ ID NO:1780)、TOP063s(SEQ ID NO:1781)、TOP030s(SEQ ID NO:1782)和TOP031s(SEQ ID NO:1783)、以及非特异性反义寡核苷酸序列TOP4005(SEQ ID NO:1784),其中每一个以实验依赖方式被用作对照。
具体实施方式
几种炎症介质在患有哮喘的患者的呼吸道的炎症的出现和永久化中起作用。一些介质通过嗜曙红细胞的趋化作用将炎症细胞吸引到呼吸道中。这些趋化因子中的多数主要通过CCR3受体在哮喘或过敏炎症中起作用。其它介质造成炎症细胞在呼吸道或皮肤中的引发和存活升高,如IL-3、IL-5和GM-CSF。当呼吸道中的这些炎症介质降低时,表明哮喘的改善。
此外,通过经由受体起作用并导致细胞增殖的炎症介质和/或生长因子的释放可以造成以永生细胞的异常增殖为特征的癌症。其中,已表明GM-CSF是几种肿瘤细胞的重要的生长因子。趋化因子受体CCR3的特征在于从患有慢性淋巴细胞白血病(CLL)和患有毛细胞白血病(HCL)的患者回收的恶性B淋巴细胞(Trentin et al.,2004,Blood,104,502-508)。事实上,发现通过CCR3的EGFR的反式激活是引发支气管上皮细胞中的MAP激酶激活和细胞因子产生的关键途径(Adachi et al.,2004,Biochem.Biophys.Res.Commun.320,292-396)。通过阻断用于生长因子的受体或趋化因子受体CCR3来抑制癌症细胞的增殖和转移可能在一些癌症的治疗中是重要的。
根据一个方面,提供了一种针对编码选自由CCR3趋化因子受体以及IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位组成的组中的蛋白质的核酸序列的寡核苷酸,其中所述寡核苷酸是(i)具有对应于SEQ ID NOs.1-698中的任何一个的碱基序列的寡核苷酸和(ii)SEQ ID NOs.1-698中的任何一个的修饰寡核苷酸中的一种。
优选地,寡核苷酸具有对应于SEQ ID NOs.1-698中的任何一个的碱基序列,并且优选是SEQ ID NOs.1-698中的任何一个的寡核苷酸。
优选地,至少一个腺苷被选自由2-氨基-2′-脱氧腺苷和类似物组成的组中的核苷酸取代物取代。优选的2-氨基-2′-脱氧腺苷类似物包括2,6-二氨基-脱氧腺苷半硫酸、2-氨基-9-(B-D-2′-脱氧呋喃核糖基)腺苷、7-脱氮-2′-脱氧腺苷、N6-甲基-2′-脱氧呋喃核糖基腺苷、2-氨基腺苷/2,6-二氨基嘌呤核苷、它们的盐和功能衍生物。
优选地,寡核苷酸的至少一个核苷酸是阿拉伯糖修饰的核苷酸,优选具有选自由氟、羟基、氨基、叠氮基、烷基、烷氧基、和烷氧基烷基基团组成的组中的2′取代基。优选地,烷基基团选自由甲基、乙基、丙基、丁基、和官能化(功能化)烷基基团组成的组,烷氧基基团选自由甲氧基、乙氧基、丙氧基和官能化烷氧基基团组成的组,而烷氧基烷基基团选自由甲氧基乙基和乙氧基乙基组成的组。
优选地,官能化烷基基团选自由乙氨基、丙氨基和丁氨基基团组成的组,而官能化的烷氧基基团选自由-O(CH2)q-R组成的组,其中q=2-4,而-R是-NH2、-OCH3或-OCH2CH3基团。
优选地,阿拉伯糖修饰的核苷酸是2′-脱氧-2′-氟阿拉伯糖核苷酸(FANA)。
在一些实施方式中,至少一个阿拉伯糖修饰的核苷酸位于寡核苷酸的5′端或3′端;或位于5′端和3′端两者。
在一些实施方式中,寡核苷酸在寡核苷酸的5′端和3′端独立地具有在1-7个之间的阿拉伯糖修饰的核苷酸。优选地,在寡核苷酸的5′端和3′端独立地存在1-6个、1-5个、1-4个或1-3个之间的阿拉伯糖修饰的核苷酸。
在一些实施方式中,寡核苷酸包含至少一个选自由磷酸二酯、磷酸三酯、硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、硼烷磷酸酯以及它们的任何组合组成的组中的核苷酸间键合。优选地,寡核苷酸是硫代磷酸酯或磷酸二酯寡核苷酸、或具有硫代磷酸酯和磷酸二酯键组合的寡核苷酸。
根据另外的方面,提供了一种包括至少一种本文描述的寡核苷酸和药用载体的药物组合物。
根据另外的方面,提供了一种用于治疗和/或预防患者体内哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的方法,该方法包括给予所述患者本文描述的药物组合物。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的药物组合物在用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种中的应用。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的药物组合物在制备用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的药物中的应用。
根据另外的方面,提供了一种用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的方法,该方法包括给予所述患者本文描述的寡核苷酸,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ IDNOs.1-672中的一个。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的寡核苷酸在用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的寡核苷酸在制备降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的药物中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个。
根据另外的方面,提供了一种用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的本文描述的寡核苷酸,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个。
根据另外的方面,提供了一种用于降低患者体内CCR3趋化因子受体表达的方法,该方法包括给予所述患者本文描述的寡核苷酸,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的寡核苷酸在用于降低CCR3趋化因子受体表达中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的寡核苷酸在制备降低CCR3趋化因子受体表达的药物中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
根据另外的方面,提供了一种用于降低CCR3趋化因子受体表达的本文描述的寡核苷酸,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ IDNOs.673-698中的一个。
根据另外的方面,提供了一种商业包装件,包括本文描述的药物组合物以及其使用说明书,用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种;用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个;或用于降低患者体内CCR3趋化因子受体表达,该寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
根据另外的方面,提供了一种双链siRNA,两个链包括SEQ IDNOs.699和700;701和702;703和704;705和706;707和708;709和710;711和712;713和714;715和716;717和718;719和720;721和722;723和724;725和726;727和728;729和730;731和732;733和734;735和736;737和738;739和740;741和742;743和744;745和746;747和748;749和750;752和752;753和754;755和756;757和758;759和760;761和762;763和764;765和766;767和768;769和770;771和772;773和774;775和776;777和778;779和780;781和782;783和784;785和786;787和788;789和790;791和792;793和794;795和796;797和798;799和800;801和802;803和804;805和806;807和808;809和810;811和812;813和814;815和816;817和818;819和820;821和822;823和824;825和826;827和828;829和830;831和832;833和834;835和836;837和838;839和840;841和842;843和844;845和846;847和848;849和850;851和852;853和854;855和856;857和858;859和860;861和862;863和864;865和866;867和868;869和870;871和872;873和874;875和876;877和878;879和880;881和882;883和884;885和886;887和888;889和890;891和892;893和894;895和896;897和898;899和900;901和902;903和904;905和906;907和908;909和910;911和912;913和914;915和916;917和918;919和920;921和922;923和924;925和926;927和928;929和930;931和932;933和934;935和936;937和938;939和940;941和942;943和944;945和946;947和948;949和950;951和952;953和954;955和956;957和958;959和960;961和962;963和964;965和966;967和968;969和970;971和972;973和974;975和976;977和978;979和980;981和982;983和984;985和986;987和988;989和990;991和992;993和994;995和996;997和998;999和1000;1001和1002;1003和1004;1005和1006;1007和1008;1009和1010;1011和1012;1013和1014;1015和1016;1017和1018;1019和1020;1021和1022;1023和1024;1025和1026;1027和1028;1029和1030;1031和1032;1033和1034;1035和1036;1037和1038;1039和1040;1041和1042;1043和1044;1045和1046;1047和1048;1049和1050;1051和1052;1053和1054;1055和1056;1057和1058;1059和1060;1061和1062;1063和1064;1065和1066;1067和1068;1069和1070;1071和1072;1073和1074;1075和1076;1077和1078;1079和1080;1081和1082;1083和1084;1085和1086;1087和1088;1089和1090;1091和1092;1093和1094;1095和1096;1097和1098;1099和1100;1101和1102;1103和1104;1105和1106;1107和1108;1109和1110;1111和1112;1113和1114;1115和1116;1117和1118;1119和1120;1121和1122;1123和1124;1125和1126;1127和1128;1129和1130;1131和1132;1133和1134;1135和1136;1137和1138;1139和1140;1141和1142;1143和1144;1145和1146;1147和1148;1149和1150;1151和1152;1153和1154;1155和1156;1157和1158;1159和1160;1161和1162;1163和1164;1165和1166;1167和1168;1169和1170;1171和1172;1173和1174;1175和1176;1177和1178;1179和1180;1181和1182;1183和1184;1185和1186;1187和1188;1189和1190;1191和1192;1193和1194;1195和1196;1197和1198;1199和1200;1201和1202;1203和1204;1205和1206;1207和1208;1209和1210;1211和1212;1213和1214;1215和1216;1217和1218;1219和1220;1221和1222;1223和1224;1225和1226;1227和1228;1229和1230;1231和1232;1233和1234;1235和1236;1237和1238;1239和1240;1241和1242;1243和1244;1245和1246;1247和1248;1249和1250;1251和1252;1253和1254;1255和1256;1257和1258;1259和1260;1261和1262;1263和1264;1265和1266;1267和1268;1269和1270;1271和1272;1273和1274;1275和1276;1277和1278;1279和1280;1281和1282;1283和1284;1285和1286;1287和1288;1289和1290;1291和1292;1293和1294;1295和1296;1297和1298;1299和1300;1301和1302;1303和1304;1305和1306;1307和1308;1309和1310;1311和1312;1313和1314;1315和1316;1317和1318;1319和1320;1321和1322;1323和1324;1325和1326;1327和1328;1329和1330;1331和1332;1333和1334;1335和1336;1337和1338;1339和1340;1341和1342;1343和1344;1345和1346;1347和1348;1349和1350;1351和1352;1353和1354;1355和1356;1357和1358;1359和1360;1361和1362;1363和1364;1365和1366;1367和1368;1369和1370;1371和1372;1373和1374;1375和1376;1377和1378;1379和1380;1381和1382;1383和1384;1385和1386;1387和1388;1389和1390;1391和1392;1393和1394;1395和1396;1397和1398;1399和1400;1401和1402;1403和1404;1405和1406;1407和1408;1409和1410;1411和1412;1413和1414;1415和1416;1417和1418;1419和1420;1421和1422;1423和1424;1425和1426;1427和1428;1429和1430;1431和1432;1433和1434;1435和1436;1437和1438;1439和1440;1441和1442;1443和1444;1445和1446;1447和1448;1449和1450;1451和1452;1453和1454;1455和1456;1457和1458;1459和1460;1461和1462;1463和1464;1465和1466;1467和1468;1469和1470;1471和1472;1473和1474;1475和1476;1477和1478;1479和1480;1481和1482;1483和1484;1485和1486;1487和1488;1489和1490;1491和1492;1493和1494;1495和1496;1497和1498;1499和1500;1501和1502;1503和1504;1505和1506;1507和1508;1509和1510;1511和1512;1513和1514;1515和1516;1517和1518;1519和1520;1521和1522;1523和1524;1525和1526;1527和1528;1529和1530;1531和1532;1533和1534;1535和1536;1537和1538;1539和1540;1541和1542;1543和1544;1545和1546;1547和1548;1549和1550;1551和1552;1553和1554;1555和1556;1557和1558;1559和1560;1561和1562;1563和1564;1565和1566;1567和1568;1569和1570;以及1571和1572中的一个,优选用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位。
根据另外的方面,提供了一种双链siRNA,两个链包括SEQ IDNOs.1573和1574;1575和1576;以及1577和1578中的一个,优选用于降低CCR3趋化因子受体表达。
根据另外的方面,提供了本文描述的siRNA,其中siRNA的至少一个核苷酸是FANA。
根据另外的方面,提供了本文描述的siRNA,其中siRNA的至少一个腺苷核苷酸被DAP或其类似物取代。
根据另外的方面,提供了用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的本文描述的siRNA.
根据另外的方面,提供了一种用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的方法,该方法包括给予本文描述的siRNA。
根据另外的方面,提供了一种用于降低患者体内CCR3趋化因子受体表达的方法,该方法包括给予本文描述的siRNA。
根据另外的方面,提供了一种用于治疗和/或预防患者体内哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的方法,该方法包括给予本文描述的siRNA。
根据另外的方面,提供了本文描述的siRNA在用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位或CCR3趋化因子受体表达或用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种中的应用。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的siRNA在制备用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位;或用于降低CCR3趋化因子受体表达;或用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的药物中的应用。
根据另外的方面,提供了一种包括选自由SEQ ID NOs:1634和1635;1636和1637;1638和1639;1640和1641;1642和1643;1644和1645;1646和1647;1648;1649和1650;1651和1652;1653和1654;1655和1656;1657和1658;1659;1660;1661;1662;1663;1664;1665;1666和1667;1668和1669;1670和1671;1672和1673;1674和1675;1676和1677;1678;1679和1680;1681和1682;1683和1684;1685和1686;1687和1688;1689和1690;1691和1692;1693;1694;1695和1696;1697;1698;1699和1700;1701;1702和1703;1704;1705;1706;1707;1708;1709;1710;1711;1712和1713;1714和1715;1716;1717和1718;1719;1720和1721;1722和1723;1724;1725和1726;1727;1728;1729和1730;1731和1732;1733和1734;1735;1736;1737;1738和1739;1740和1741;1742;1743和1744;1745;1746和1747;1748和1749;1750和1751;1752;1753;1754;1755;1756;1757;1758;1759;1760;1761和1762;1763;1764和1765;1766;1767和1768;1769;1770;1771;1772;1773;1774和1775;1776;1777;以及1778组成的组中的一对寡核苷酸或单一寡核苷酸的双链或单链miRNA,优选用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位。
根据另外的方面,提供了本文描述的miRNA,其中miRNA的至少一个核苷酸是FANA。
根据另外的方面,提供了本文描述的miRNA,其中miRNA的至少一个腺苷核苷酸被DAP或其类似物取代。
根据另外的方面,提供了一种用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的方法,该方法包括给予本文描述的miRNA。
根据另外的方面,提供了一种用于治疗和/或预防患者体内哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的方法,该方法包括给予本文描述的miRNA。
根据另外的方面,提供了本文描述的miRNA在用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位,或用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种中的应用。
根据另外的方面,提供了一种本文描述的miRNA在制备用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位;或用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的药物中的应用。
根据另外的方面,提供了一种能够在高度严格的条件下与编码选自由CCR3趋化因子受体以及IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位组成的组中的蛋白质的核酸序列杂交的AON,其中寡核苷酸中的至少一个核苷酸是2′-脱氧-2′-氟阿拉伯糖核苷酸(FANA)。
根据另外的方面,提供了一种能够在高度严格的条件下与编码IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位的蛋白质的核酸序列杂交的AON,其中寡核苷酸中的至少一个腺苷核苷酸被2-氨基-2′-脱氧腺苷(DAP)取代。
根据另外的方面,提供了一种用于改善给予哺乳动物的寡核苷酸的治疗效力与毒性比的方法,包括:(a)识别待用于给予肺的寡核苷酸,其中降低的毒性是期望的;以及(b)用相应的FANA核苷酸取代至少一个非FANA核苷酸,和/或用2-氨基-2′-脱氧腺苷(DAP)取代至少一个腺苷核苷酸。优选地,与给予未修饰的寡核苷酸相比,将所得的寡核苷酸给予哺乳动物会导致寡核苷酸的增加的效力和/或降低的毒性。
根据另外的方面,提供了一种能够在高度严格的条件下与编码选自由CCR3趋化因子受体以及IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位组成的组中的蛋白质的核酸序列杂交的AON,其中寡核苷酸的核苷酸间键合包括磷酸二酯键和硫代磷酸酯键两者。
因此,提供了针对IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位以及CCR3受体,和针对编码其的核酸的AON。还提供了包括该寡核苷酸和药用载体的药物组合物。描述了寡核苷酸在用于治疗和/或预防哮喘、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种中的应用以及包括给予寡核苷酸用于治疗和/或预防哮喘、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的方法。
如本文中可互换使用的术语“核酸”和“核酸分子”是指由核苷酸,即核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸或两者构成的分子。该术语包括核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸的单体和聚合物,其中在聚合物的情况下,核糖核苷酸和/或脱氧核糖核苷酸通过5′至3′键连接在一起。然而,键合可以包括在核酸合成领域中已知的任何键合,例如,包括5′至2′键的核酸。用于核酸分子的核苷酸可以是天然存在的或者可以是合成产生的能够与天然存在的碱基对形成碱基对关系的类似物。
“碱基”包括天然发现的嘌呤和嘧啶碱基,腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)和尿嘧啶(U)中的任何一个,而且还包括其任何修饰形式或类似物形式。能够形成碱基对关系的非天然存在的碱基的实例包括,但不限于,氮杂和脱氮(deaza)嘧啶类似物、氮杂和脱氮嘌呤类似物、以及其它杂环碱基类似物,其中嘌呤和嘧啶环的一个或多个环原子和/或官能团已被杂原子例如碳、氟、氮、氧、硫等取代。优选地,这样的碱基包括,但不限于,肌苷、5-甲基胞嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶、4-硫代胸腺嘧啶、7-脱氮腺嘌呤、9-脱氮腺嘌呤、3-脱氮腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、9-脱氮鸟嘌呤、6-硫代鸟嘌呤、异鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、次黄嘌呤,以及6-硫代次黄嘌呤。碱基还可以包括,但不限于,5-氟胞嘧啶、5-溴胞嘧啶、5-碘胞嘧啶、异胞嘧啶、N4-甲基胞嘧啶、5-碘尿嘧啶、5-氟尿嘧啶、4-硫尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、(E)-5-(2-溴乙烯基)尿嘧啶、N6-甲基腺嘌呤、2-氯腺嘌呤、2-氟腺嘌呤、2-氯腺嘌呤、N6-环丙基-2,6-二氨基嘌呤、烟酰胺、2-氨基嘌呤、1,2,4-三唑-3-甲酰胺。
如本文所用的术语“核酸骨架”是指分子中的连接核苷酸的化学基(化学部分,chemical moiety)的结构。其可以包括由任何和所有化学连接核苷酸方式形成的结构。如本文所用的修饰的骨架包括对核苷酸之间的化学键合的修饰、以及其它可用于提高稳定性和亲和力的修饰,如对糖结构的修饰。例如,可以使用脱氧核糖的α-端基异构体,其中碱基相对于天然的β-端基异构体反转。在一个优选的实施方式中,糖基的2′-OH可被转变为2′-O-烷基,R-和S-束缚(约束)的2′-O-甲基(R-cMOE和S-cMOE)或2′-O-烷基-正(O-烷基),其提供对降解的抗性而不包括亲和力。
如本文所用的术语“寡核苷酸”是指包括约1至约100个核苷酸,更优选1至80个核苷酸,并且甚至更优选约4至约35个核苷酸的核酸分子。其可以包括可变长度的核酸分子,该核酸分子对应于靶核酸序列的正义链或非编码链。
根据本发明的寡核苷酸化合物还包括siRNA(小干扰RNA)和由RNAi(RNA干扰)途径产生的含有siRNA的RISC(RNA诱导的沉默复合物)。近年来描述的RNAi方法被认为是用于抑制靶基因表达的新工具。如数年前已经已知的,RNAi基于低等真核生物中的古老的抗病毒防御机制。其通过双链RNA以及其一般加工成21-23nt siRNA来诱导,siRNA在RISC复合物的辅助下以单链形式与靶mRNA杂交之后造成同源的内源性mRNA降解。其中RNAi抑制靶基因表达的方式仍需充分进行解释,但是目前,RNAi用作首选方法以通过广谱的的真核细胞物种(如线虫、苍蝇、植物、真菌和哺乳动物)来产生丧失功能的表型。
根据本发明的寡核苷酸化合物还包括microRNA(miRNA)。microRNA是单链RNA分子,一般长度为约21-23个核苷酸,其以杂交依赖方式调节基因表达。通常,miRNA由从DNA转录的基因编码,但是没有被翻译成蛋白质(非编码RNA);相反,它们由称为pri-miRNA的初级转录物加工成称为pre-miRNA的短茎-环结构,并且最终加工成功能miRNA。成熟的miRNA分子部分互补于一个或多个信使RNA(mRNA)分子,通常是在mRNA的3′端,并且它们的主要功能是下调基因表达。
根据本发明的寡核苷酸化合物还包括核酶和短核苷酸序列,单链或双链的RNA或DNA,其可如上所述来整合化学修饰,能够抑制体外和/或体内的基因转录和/或翻译。
术语“修饰的寡核苷酸”和“修饰的核酸分子”包括已被修饰而对它们的活性没有显著的不利影响的寡核苷酸化合物,例如通过一个或多个碱基的插入、取代或缺失。尤其是,通常可以在呈现出与它们所针对的基因100%互补的寡核苷酸的末端进行碱基的添加或缺失,而不显著丧失抑制活性。可以进行这样的修饰以便增加寡核苷酸的活性或提供增强的稳定性。此外,还可在本发明的寡核苷酸化合物中进行一个或多个碱基的取代,而对活性没有不利影响,例如用另一嘌呤(腺嘌呤、鸟嘌呤)取代嘌呤,而用嘧啶取代嘧啶(胞嘧啶、胸腺嘧啶、尿嘧啶)。如本文中使用的修饰的寡核苷酸和修饰的核酸分子还包括在所有或任何核酸碱基、糖基、核苷酸间磷酸酯键的天然分子结构的分子水平上具有一个或多个化学修饰,以及具有增加的取代基的分子,如二胺、胆固醇基或其它亲脂基,或这些位点处的修饰的组合,包括寡核苷酸,的核酸。修饰的核苷酸可以包括选自由2-氨基-2′-脱氧腺苷和类似物组成的组中的核苷酸取代基。优选的腺苷类似物包括2,6-二氨基腺苷半硫酸酯、2-氨基-9-(B-D-2′-脱氧呋喃核糖基)腺苷、7-脱氮-2′-脱氧腺苷、N6-甲基-2′-脱氧呋喃核糖基腺苷、2-氨基腺苷/2,6-二氨基嘌呤核糖核苷、它们的盐和功能衍生物。核苷酸间磷酸酯键可以是磷酸二酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、硅氧烷、碳酸酯、羧甲基酯、乙酰酰胺酶(acetamidate)、氨基甲酸酯、硫醚、桥接磷酰胺酯(phosphoranidate)、桥接亚甲基膦酸酯、硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、二硫代磷酸酯、桥接硫代磷酸酯和/或砜核苷酸间键合、或3′-3′、2′-5′或5′-5′键合,以及这样的相似键合的组合(以产生混合的骨架修饰的寡核苷酸)。所述修饰可以位于寡核苷酸分子的内部(单一或重复的)或位于寡核苷酸分子的末端,并且可以包括对核苷酸间磷酸酯键的分子的添加,如胆固醇基、其中氨基基团与末端核糖之间的碳残基数目变化的二胺化合物、脱氧核糖和其分裂或横向连接(交联)至相对链或连接酶类(associated enzymes)或其它蛋白质的磷酸酯修饰。如核糖-二醛的亲电子基团可以与这样的蛋白质的赖氨酰残基的ε-氨基基团共价连接。束缚于低聚体的诸如正乙基马来酰亚胺的亲核基团可共价结合于mRNA的5′端或另一亲电子位点。术语修饰的寡核苷酸还包括包括对糖基的修饰(如2′-取代的核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸单体,通过5′至3′键将其任一个连接在一起)的寡核苷酸。修饰的寡核苷酸还可以包括PNA或吗啉基修饰的骨架,其中保持序列的靶特异性。术语修饰的寡核苷酸还包括如本文限定的并不显著不利地影响它们的活性以降低靶蛋白的活性或抑制其表达,但是其可能提高该活性的形式的寡核苷酸化合物。
修饰的寡核苷酸还包括基于阿拉伯糖核苷酸或修饰的阿拉伯糖核苷酸残基或由阿拉伯糖核苷酸或修饰的阿拉伯糖核苷酸残基构成的寡核苷酸,包括但不限于基于β-阿拉伯呋喃糖和其类似物的AON构建物。阿拉伯糖核苷酸是核糖核苷酸的立体异构体,仅在糖环的2′-位置处的构造不同。国际专利申请公开号WO 99/67378公开了通过结合于互补的信使RNA用于改善基因表达的序列特异性抑制的阿拉伯糖核酸(ANA)低聚物和它们的类似物。国际专利申请公开号WO 99/67378进一步教导了糖修饰的寡核苷酸,它与其靶RNA序列形成双链体产生了用于RNaseH的底物。具体地,公开了包括β-D-阿拉伯糖核苷酸和2′-脱氧2′-氟-β-D-阿拉伯糖核苷酸(FANA或2′F-ANA)的低聚物。国际专利申请公开号02/20773公开了用于以序列特异性方式抑制基因转录和表达的寡核苷酸嵌合体。具体地,国际专利申请公开号WO 02/20773教导了由旁侧一系列可变长度的脱氧核糖核苷酸残基的阿拉伯糖核苷酸构造的AON。如此构造的AON被用于杂交和诱导互补RNA的裂解。国际专利申请公开号WO 03/037909公开了具有内部无环连接物残基的寡核苷酸。用无环连接物制备的AON被用于防止或消除感兴趣的靶核酸(如RNA)的功能。国际专利申请公开号WO 03/064441公开了具有糖修饰的核苷酸和2′脱氧核苷酸的交替片段、以及还具有糖修饰的核苷酸和2′脱氧核苷酸的交替片段的寡核苷酸。公开了具有这些交替片段的AON被用于防止或消除感兴趣的靶核酸(如RNA)的功能。
此外,技术人员认识到本发明包括的基本类似的核酸序列还通过它们在适度严格的条件下(例如,0.5×SSC,0.1%SDS,60℃)与本文例举的序列、或与本文公开的核苷酸序列的任何部分杂交的能力来确定,并且其在功能上等价于本文公开的任何核酸序列。可以调整严格性条件,以筛选适度相似的片段(如来自亲缘关系远的生物的同源序列)至高度相似的片段(如来自亲缘关系近的生物的复制功能酶的基因)。杂交后洗涤确定了严格性条件。一套优选的条件包括在室温下以6×SSC、0.5%SDS开始一系列洗涤15分钟,然后在45℃下以2×SSC、0.5%SDS重复30分钟,然后在50℃下以0.2×SSC、0.5%SDS重复两次30分钟。更优选的一套高度严格的条件包括使用更高的温度,其中洗涤与上述的相同,不同之处在于,将最后两次在0.2×SSC、0.5%SDS中的30分钟的洗涤的温度升高至60℃。另外优选的一套极高度严格的条件包括使用在65℃下在0.1×SSC、0.1%SDS中的两次最终洗涤。
术语“基本核酸酶抗性的”是指与天然存在的或未修饰的核酸相比,抗核酸酶降解的核酸。本发明的修饰的核酸具有比它们的未修饰的对应物(counterpart,配对物)高至少1.25倍的对核酸酶降解的抗性,更优选至少2倍的抗性,甚至更优选至少5倍的抗性,并且最优选比它们的未修饰的对应物高至少10倍的抗性。这样的基本核酸酶抗性的核酸包括,但不限于,具有修饰骨架的核酸,如硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、乙基磷酸三酯、2′-O-甲基硫代磷酸酯、2′-O-甲基-对乙氧基核糖核苷酸、2′-O-烷基、2′-O-烷基-正(O-烷基)、3′-O-烷基、3′-O-烷基-正(O-烷基)、2′-氟、2′-脱氧-赤戊呋喃糖基(erythropentofuranosyls)、2′-O-甲基核糖核苷酸、R-和S-束缚的2′-O-甲基核糖核苷酸(R-cMOE和S-cMOE)、氨基甲酸甲酯和碳酸甲酯;具有修饰碱基的核酸,如反向碱基(例如,反向T’s);或上述任何的嵌合形式。
如本文中所用的术语“CCR3和IL-3/IL-5/GM-CSF受体的共同的β-链AON”是指靶向对CCR3趋化因子受体和IL-3/IL-5/GM-CSF受体的共同的β-链特异性的序列,并且抑制CCR3和IL-3/IL-5/GM-CSF受体的共同的β-链的表达和/或活性的寡核苷酸。这些包括但不限于CCR3趋化因子受体和IL-3/IL-5/GM-CSF受体的共同的β-链、DNA编码序列、DNA启动子序列、DNA增强子序列、内含子-外显子连接、5′和3′UTR、mRNA编码序列等。
如上文讨论的,本发明的一个实施方式提供了靶向影响CCR3趋化因子受体和IL-3/IL-5/GM-CSF受体的共同的β-链的表达和/或活性的序列的AON。在一个实施方式中,AON可以包括这些序列的片段或变体,如本领域技术人员会理解的,可以改变寡核苷酸的组成和/或长度,但是保持或增加寡核苷酸下调基因表达的活性。在另外的实施方式中,本发明提供了来自本文描述的序列的至少两个AON的组合。
术语“治疗”、“处理”、“疗法”等在本文中通常用来指获得期望的药理和/或生理效果。在完全或部分防止疾病或其症状方面,该效果可以是预防性的,和/或在部分或完全治愈疾病和/或改善可归因于所述疾病的不利影响方面,所述效果可以是治疗性的。如本文中所用的“治疗”包括如先前定义的受试者(尤其是人)体内的疾病的任何治疗,并且包括:
(a)防止疾病在可能易于患所述疾病但还未诊断为具有该疾病的受试者中发生;
(b)抑制疾病,即,阻止其发展;或
(c)减缓疾病,即,造成疾病的消退。
如本文中关于载体、表面活性剂和组合物所使用的术语“药用(药物可接受的)”是指可接受用于治疗受试患者的无毒的物质,或否则不能接受用于通过本文描述的任何途径给药的物质。
本发明通常涉及通过给予根据本发明的治疗有效量的AON化合物来治疗受试者,包括siRNA;miRNA和miRNA模拟物;核酶;短核苷酸序列,单链或双链,包括可以互补于靶核酸或可以可选地如上所述被修饰的RNA和/或DNA;具有能够与RNA杂交从而形成寡核苷酸-RNA双链体的所述RNA寡核苷酸的至少一部分的RNA寡核苷酸;或会体内下调或抑制内源基因表达的嵌合寡核苷酸。
“治疗有效的”量是指无毒的但足够量的反义寡核苷酸化合物以提供期望的治疗效果。在本发明的情况下,该剂量的AON化合物有效缓解、改善或预防待治疗的病症或疾病的症状,例如,与变态反应、哮喘、炎症疾病(如炎症呼吸道疾病)相关的疾病。
如本文中所用的术语“变态反应”描述了机体对使其变得变态反应的物质的任何不期望的免疫反应。
本发明的剂型(配方)优选直接给予作用位点,因此优选是局部的,包括但不限于,口服、口内(颊内)、肺内、直肠、子宫内、肿瘤内、鼻、鞘内、吸入、经皮、皮内、腔内、离子导入、眼部、阴道、关节内、耳部、透粘膜、直肠、缓释或肠溶衣剂型。不受任何前述限制,本发明的剂型还可以是头颅内、肌肉、皮下、血管内、腮腺内、器官内、淋巴内、腹膜内、静脉内和可植入的。用于制剂的载体可以是,例如固体和/或液体载体。
可以参考“Remington′s Pharmaceutical Sciences”,17th Ed.,Mack Publishing Company,Easton,Pa.,1985的其它的适合于与本发明的寡核苷酸化合物组合的载体,从而使组合物/剂型适合于给予以治疗呼吸道疾病。
可选地,现在描述的寡核苷酸可以与多种生理载体分子一起配制。现在描述的寡核苷酸还可以与增强它们进入靶细胞的能力的分子复合。这样的分子的实例包括但不限于,碳水化合物、多胺、氨基酸、肽、脂质和对细胞生长不可缺少的分子。例如,寡核苷酸可以与脂质组合,所得的寡核苷酸/脂质乳液、或脂质体悬浮液尤其可以有效地增加寡核苷酸的体内半衰期。
本文提供的药物组合物可以包括上面描述的寡核苷酸化合物以及一种或多种药用表面活性剂。在美国申请公开号2003/0087845中已经在先描述了合适的用于提高本发明的寡核苷酸的摄取的表面活性剂或表面活性剂成分,将其关于表面活性剂的内容并入本文中。该申请声明合适的表面活性剂“...包括合成的和天然的以及完整和截短形式的表面活性蛋白A、表面活性蛋白B、表面活性蛋白C、表面活性蛋白D和表面活性蛋白E,双饱和磷脂酰胆碱(除了二棕榈酰)、二棕榈酰磷脂酰胆碱、磷脂酰胆碱、磷脂酰甘油、磷脂酰肌醇、磷脂酰乙醇胺、磷脂酰丝氨酸;磷脂酸、泛醌、溶血磷脂酰乙醇胺、溶血磷脂酰胆碱、棕榈酰-溶血磷脂酰胆碱、脱氢表雄酮、长醇、氨基磺酸(sulfatidic acid)、3-磷酸甘油、二羟丙酮磷酸(磷酸二羟丙酮)、甘油、3-胆碱磷酸甘油、二羟基丙酮、棕榈酸酯、胞苷二磷酸(CDP)甘油二酯、CDP胆碱、胆碱、磷酸胆碱;以及尤其是作为用于表面活性剂成分的天然载体介质的天然和人工的薄层体、Ω-3脂肪酸、聚烯酸(polyenic acid)、多烯酸(polyenoicacid)、卵磷脂、棕榈酸、乙烯或环氧丙烷的非离子嵌段共聚物、聚氧化丙烯(单体或聚合物)、聚氧化乙烯(单体或聚合物),具有葡聚糖和/或烷酰基侧链的聚(乙烯胺)、Brij 35TM、Triton X-100TM和合成表面活性剂ALECTM、ExosurfTM、SurvanTM和AtovaquoneTM。这些表面活性剂可以在剂型中单独使用或作为多成分表面活性剂的部分使用,或作为向AON的5′和/或3′端的共价结合加入”。
本发明的组合物的寡核苷酸成分可以被包含在脂质颗粒或囊泡内的药物剂型中,如脂质体或微晶体。如在美国专利第6,025,339号中所描述的,只要寡核苷酸被包含在其中,则脂质颗粒可以是具有任何合适的结构,如单层或多层的。带正电荷的脂质,如N-[1-(2,3-二油酰氧基)丙基]-N,N,N-三甲基-铵硫酸乙酯、或“DOTAP”特别优选用于这样的颗粒或囊泡。这样的脂质颗粒的制备是熟知的。参见,例如属于Janoff等人的美国专利第4,880,635号;属于Kurono等人的美国专利第4,906,477号;属于Wallach的美国专利第4,911,928号;属于Wallach的美国专利第4,917,951号;属于Allen等人的美国专利第4,920,016号;属于Wheatley等人的美国专利第4,921,757号等。
可以通过将寡核苷酸化合物转送至期望的位点(如,例如肺)的任何方法来给予本发明的组合物。本文公开的寡核苷酸化合物可以通过任何合适的方法给予患者的肺,但是优选通过吸入由包括寡核苷酸化合物的可吸入颗粒构成的气溶胶来进行给予。
寡核苷酸可以被配制成以干粉吸入器、定量剂量吸入器、喷雾器、微雾吸入器和通过任何其它合适的具有通过吸入途径将寡核苷酸递送至肺的能力的装置来进行给予。
本发明的组合物可以作为包括可吸入尺寸的颗粒(例如,尺寸足够小从而当吸入时可经过鼻、口和喉,和通过支气管和肺部肺泡的颗粒)的剂型被给予到呼吸系统中。通常,可吸入颗粒的尺寸在约0.5微米至10微米的范围内。气溶胶中包括的非吸入尺寸的颗粒倾向于沉积在咽喉中并且被吞咽,因此优选使气溶胶中的非吸入颗粒的量最小化。对于鼻部给药,优选在10-500μM范围内的颗粒尺寸从而确保鼻腔内的保留。
包括寡核苷酸化合物的固体颗粒组合物可以可选地包含用于促进气溶胶形成的分散剂以及其它治疗化合物。合适的分散剂是乳糖,其可以以任何合适的比率例如按重量计1∶1的比率与反义化合物混合。
可通过组合寡核苷酸化合物与合适的载体(如无菌无热原的水或磷酸缓冲盐水)来制备用于产生气溶胶的活性化合物(寡核苷酸化合物)的液体药物组合物。
可以以抗支气管缩小(抗支气管狭窄)、抗过敏和/或抗炎有效量给予寡核苷酸组合物,所述量取决于待治疗的疾病的程度、受试患者的状况、特定剂型、给药途径、给予受试者的时间等。通常,0.05μM至50μM,或更特别地0.2μM至5μM的寡核苷酸的细胞内浓度是期望的。对于给予哺乳动物患者如人,通常采用约0.001mg/Kg、0.01mg/Kg、0.1mg/Kg或1mg/Kg可达约50mg/Kg或100mg/Kg或更高的剂量。然而,也可考虑其它剂量。取决于以任何特定剂型的活性化合物的溶解性,每日剂量可以被分成一个或几个单位剂量给药。
可以通过任何合适的方式来生产包括寡核苷酸化合物的液体颗粒的气溶胶,如通过喷雾器。喷雾器是商购的装置,其通过加速压缩气体(通常是空气或氧气)通过狭窄的文丘里管孔或通过超声搅拌的方式,将活性成分的溶液或悬浮液转化成治疗气溶胶喷雾。合适的用于喷雾器的剂型包括以可达剂型的40%w/w优选小于20%w/w的量的液体载体中的活性寡核苷酸成分。载体通常是水或稀释的酒精水溶液,优选通过加入,例如氯化钠被制成与体液等压的。如果剂型未被制备成无菌的,则可选的添加剂包括防腐剂,例如羟基苯甲酸甲酯、抗氧化剂、抗菌剂、调味剂、挥发油、缓冲剂和乳化剂以及其它剂型表面活性剂。
可以同样通过任何固体颗粒药物气溶胶产生器来生产包括活性寡核苷酸化合物和药用表面活性剂的固体颗粒的气溶胶。用于给予受试者的固体颗粒药物的气溶胶产生器产生可吸入的颗粒,如上文所解释的,并且以适合于人给药的速率产生含有预定的定量剂量的药物的气溶胶体积。活性寡核苷酸成分一般包括0.1w/w至100w/w的剂型。第二种类型的示例性气溶胶产生器包括定量剂量吸入器(metered dose inhaler)。定量剂量吸入器是加压气溶胶分散器,通常含有在液化推进剂中的活性成分的悬浮液或溶液剂型。在使用过程中,这些装置通过适于递送计量体积(通常是10μL至150μL)的阀门来排出剂型以产生含有活性成分的细颗粒喷雾。合适的推进剂包括一些含氯氟烃化合物,例如二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷或氢氟链烷以及它们的混合物。剂型可以另外包含一种或多种共溶剂,例如乙醇、乳化剂和其它剂型表面活性剂,如油酸或山梨醇三油酸酯、抗氧化剂和合适的调味剂。
可以以约1升/分钟至150升/分钟的速率,通过气溶胶产生器来产生无论是由固体颗粒还是由液体颗粒形成的气溶胶。
在本发明的另外的方面,提供了一种制品,所述制品包括包含在其中的包装材料,所述包装材料是对于治疗与变态反应、哮喘、鼻炎和炎症疾病相关的病症治疗有效的药用寡核苷酸组合物。在一个实施方式中,该组合物包括有效抑制CCR3趋化因子受体或IL-3/IL-5/GM-CSF受体的共同的β-链的基因表达的寡核苷酸化合物,所述寡核苷酸化合物至少50%互补于该基因。在另一个方面,组合物包括至少两种寡核苷酸化合物,每一种寡核苷酸化合物能够下调CCR3趋化因子受体以及IL-3/IL-5/GM-CSF受体基因的共同的β-链中的每一个的表达,每一种寡核苷酸化合物以这样的浓度存在,在该浓度下,寡核苷酸化合物对于其自身下调其所针对的基因实际是无效的,寡核苷酸化合物的组合对于下调寡核苷酸针对的基因中的至少一个是有效的。
在一个实施方式中,制品的包装材料包括这样的标签,该标签指示该组合物可以用于治疗炎症呼吸道疾病并且可以另外包括该疾病是变态反应、鼻炎、COPD、CF和哮喘中的一种的指征。
在另一个实施方式中,制品的包装材料包括这样的标签,该标签指示组合物可用于治疗炎症呼吸道疾病,并且可以另外包括该疾病是变态反应、哮喘、嗜伊红细胞增多症、支气管炎、COPD、鼻炎或鼻窦炎中的一种的指征。
出于本发明的目的,包装材料可以是任何合适的用于包装根据本发明的含有核苷酸的组合物的材料,包括瓶或其它容器(塑料或玻璃)、纸板盒、管、或其它保护性包装纸。如会理解的,包装可以随着寡核苷酸组合物的性质而变化,例如,液体剂型可以与气溶胶剂型不同地进行包装。
通过参考提供的实施例会更容易地理解本发明,这些实施例是用来说明以下的发明而不是限制其范围。关于这些实施例,以下是使用的方法和材料。
实施例
方法
细胞培养
在含有2mM L-谷氨酰胺、1.5g/l碳酸氢钠、4.5g/l D-葡萄糖、10mM HEPES、1mM丙酮酸钠、10%胎牛血清、2ng/ml rhGM-CSF、100U/ml青霉素和100μg/ml链霉素的RPMI-1640培养基中培养TF-1细胞。在含有2mM L-谷氨酰胺、4.5g/l葡萄糖、10%胎牛血清、15μg/ml灭瘟素、100μg/ml潮霉素B、100U/ml青霉素和100μg/ml链霉素的DMEM中分别培养稳定表达β-链-GFP和CCR3-GFP融合cDNA的293-βc-GFP和293-CCR3-GFP细胞。在含有2mM L-谷氨酰胺、4.5g/l葡萄糖、10%小牛血清、100U/ml青霉素和100μg/ml链霉素的DMEM中培养NIH-3T3细胞。
AON、siRNA和miRNA模拟序列的设计和制备
设计了硫代磷酸酯-DNA AON(Sigma Genosys)、DAP-修饰的硫代磷酸酯-DNA AON(Sigma Genosys)和硫代磷酸酯-2′F-ANAAON(Topigen,Montreal或UCDNA,Calgary)以靶向β-链和CCR3mRNA的编码区。具体地,设计了硫代磷酸酯-DNA AON以靶向沿着β-链mRNA的整个编码区,以及5′UTR、3′UTR中的区域和延伸穿过内含子/外显子接头(汇合处)的区域。用于设计β-链和CCR3AON的在线参考序列(NCBI Genbank入口)是:Genbank登录号BC070085(TOP050(SEQ ID No:1)-TOP076(SEQ ID No:27)、TOP195(SEQ ID No:146)、和TOP254(SEQ ID No:205)-TOP259(SEQ ID No:210));NM_000395.2(TOP077(SEQ ID No:28)-TOP194(SEQ ID No:145)、TOP196(SEQ ID No:147)-253(SEQ ID No:204)、TOP260(SEQ ID No:211)-TOP346(SEQ ID No:297)和TOP517(SEQ ID No:468)-TOP721(SEQ ID No:672));和用于β-链的NG_008040(TOP347(SEQ ID NO:298)-TOP516(SEQ ID No:467));以及用于CCR3的NM_001837(TOP020(SEQ ID NO.673)-TOP045(SEQ ID NO.698))。使用常规的基于Tuschl的设计(Qiagen siRNA设计工具),高性能(HP)OnGuard算法(Genome WidesiRNA,Qiagen),Thermoscientific Dharmacon RNAi TechnologiessiDESIGN Center Custom siRNA设计工具(www.thermo.com/sidesign),Invitrogen’s BLOCK-ITTm RNAiDesigner(https://rnaidesigner.invitrogen.com)或EMBOSS(https: //anabench.bcm.umontreal.ca/html/EMBOSS/runs/file6LGF4f/index.ht ml)来设计siRNA序列。
使用公众可获得的算法来选择miRNA模拟物以识别与β-链基因的3′UTR具有同源性的miRNA。用于识别miRNA的算法是TargetScan(http://www.targetscan.org/)、miRBase(http://microrna.Sanger.ac.uk/cgi-bin/targets/v5/search.pl)、miRANDA(http://www.microrna.org/microrna/getGeneForm.do)、miRGEN(http://www.diana.pcbi.upenn.edu/cgi-bin/miRGen/v3/Targets.cgi)以及DIANA microT(http://diana.cslab.ece.ntua.gr/microT/)。
所有的寡核苷酸重新悬浮在无菌水中,并通过分光光度法来确定它们的浓度。
细胞转染
指数生长期的TF-1细胞(0.6×106细胞/ml至0.8×106细胞/ml)在没有抗生素的完全生长培养基中以1.25×106细胞/ml的密度生长。立即用在Opti-MEM中稀释的并且预先在室温下以1μg寡核苷酸:1μl Lipofectamine 2000的比率孵育20分钟的AON-、siRNA-或miRNA模拟物-Lipofectamine 2000复合物来转染细胞。用在83.5nM至2.67μM之间的范围内的浓度的AON、在0.25μM至1.0μM之间的范围内的浓度的siRNA、以及0.5μM至1μM浓度的miRNA模拟物转染细胞,然后在37℃下孵育18至72小时。
在没有抗生素的完全生长培养基中培养293-βc-GFP和293-CCR3-GFP细胞。如上所述,用在67nM至534nM之间浓度的AON或在40nm至1.0μM之间浓度的siRNA转染细胞。在收获之前,用100ng/ml的强力霉素诱导CCR3-GFP或β-链-GFP表达2小时(mRNA)或18小时(蛋白质)。
如上所述,用0.2μg pCMVscript大鼠CCR3或0.3μg pGL2-荧光素酶和0.2μg的AON转染NIH 3T3细胞。
mRNA表达的定量
使用Quantigene 2.0测定进行CCR3和β-链的mRNA表达水平的定量。简单地说,将细胞重新悬浮在1X Quantigene裂解混合物中,并且在53-55℃下孵育30分钟。对于TF-1细胞中的CCR3mRNA定量的唯一的例外是根据制造商协议首先使用RNAeasy小型试剂盒从细胞沉淀物(团粒,pellet)提取RNA,并且使用Ribogreen测定进行定量。然后将细胞裂解液或纯化的RNA在55℃下使用特殊的探针设备杂交过夜,并且根据Quantigene 2.0测定步骤进行信号检测。将基因表达相对于对照基因(β2M)的表达进行归一化。
通过流式细胞仪定量293细胞中的βc-GFP和CCR3-GFP蛋白质表达
转染后24小时用胰蛋白酶收获细胞,用PBS洗涤两次,重新悬浮在1X破膜溶液(透膜溶液)中,并在室温下孵育10分钟。然后用含有0.5%BSA的PBS洗涤细胞两次,重新悬浮在含有5μg/ml的FITC共轭抗GFP抗体的50μL PBS中,并在4℃下孵育1小时。在使用GUAVA EasyCyte设备通过流式细胞仪(488nM)进行分析之前,用PBS洗涤细胞两次并固定在2%的多聚甲醛中。
通过FACS定量TF-1中的内源性蛋白质表达
转染后在所示的时间点收获TF-1细胞,并用PBS洗涤两次。使用用于CCR3受体定量的Eotaxin Fluorokine试剂盒或用于IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β-链的IL-3Fluorokine试剂盒对50,000个细胞进行染色。在这些测定中,使生物素化的嗜酸性粒细胞趋化蛋白或生物素化的IL-3结合于特异性细胞表面受体,并且使用亲和素-荧光素进行检测。将细胞固定在4%的多聚甲醛溶液中,并使用GUAVA EasyCyte设备通过FACS(488nM)检测绿色荧光。
AON血清稳定性测定
使AON干燥,并且重新悬浮在最终浓度为1μg/μl的补充有50%胎牛血清的DMEM中。在37℃下孵育AON,并在0至96小时之间不同的时间点收集样品(20μl),并且储存在-80℃下直至进行分析。使样品干燥,重新悬浮在100μl dH2O中,并加载到Protein-PakTM DEAE-5PW阴离子交换柱(7.5×75mm)上用于HPLC分析。
在过敏原引起的呼吸道炎症的大鼠模型中的反义效力
在Mispro Biotech Services,Montréal,QC上进行动物研究,并且得到Mispro的动物伦理委员会批准。从Harlan Sprague-DawleyInc获得Brown Norway(BN)大鼠(6至8周龄)。通过皮下注射1ml的含有1mg鸡蛋卵清蛋白(OVA)和3.5mg氢氧化铝凝胶的盐水来进行活性致敏(主动致敏)。致敏后14天,对大鼠气管内(i.t.)注射无菌盐水(50μl)或在50μl无菌盐水中的50μg的TOP006(SEQID No:1626)和TOP007(SEQ ID No:1628)(比率w/w 1∶1)的组合或50μg的TOP006-F2(SEQ ID No:1627)和TOP007-F8(SEQ ID No:1629)(比率w/w 1∶1)的组合。随后通过在封闭室内暴露于OVA气溶胶(5%,在盐水中)15分钟之后10分钟来激发大鼠。24小时后重复激发。为了确定AON治疗对细胞涌入(cellular influx)肺的效果,在第二次OVA激发之后15小时处死大鼠,并进行支气管肺泡灌洗(BAL)。通过离心回收细胞,并使用血球计进行总白细胞计数。在用Hema-3染色试剂盒染色的细胞离心涂片器载片(cytospinslides)上进行差异的细胞计数。在油浸显微镜下计数至少200个细胞。在BAL之后收集肺,并进行处理以用于mRNA(右肺)或免疫组织化学(左肺)
动物吸入研究
猴子研究设计
在符合GLP规章的加拿大的ITR实验室(Baie d′Urfe,QC)进行所有研究。简单来说,雄性和雌性食蟹猴(重量是1.5-2.5kg)接受了14次连续剂量的载体或0.05mg/kg、0.25mg/kg或2.5mg/kg的TPI ASM8(在盐水中)或TPI 1100(在磷酸缓冲盐水中;PBS),其每天使用吸入暴露系统作为气溶胶给予。每天检查动物1-2次临床症状,包括食物消耗的定量评估,并且每周测量体重。记录心电图(ECG)活性并在第14天进行眼科检查用于动物预研究。
在最后一次剂量后的一天(第15天),使24只猴子(3/性别/组)安乐死。在完成恢复期后(对于TPI ASM8研究是最后剂量后的第14天,或对于TPI 1100研究是最后剂量后的第28天),使所有剩余的动物安乐死。最终的步骤包括完整的粗略的尸体检验,收集和保存大约40个组织,并测量所有主要器官的重量。通过光学显微镜检查来自所有动物的呼吸道组织(鼻腔、鼻咽、喉、咽、气管、支气管、包括隆凸和支气管淋巴结的肺),并检查所有高剂量和对照组动物的所有收集的组织。此外,收集部分的气管、肺、肝和肾脏用于AON含量的分析。
啮齿动物研究设计
如对猴子研究所描述的,进行大鼠(TPI ASM8)和小鼠(TPI1100)的研究。雄性和雌性CD-1小鼠接受了14次连续剂量的载体或0.05mg/kg、0.25mg/kg或2.5mg/kg的TPI 1100,其每天使用吸入暴露系统作为气溶胶给予。雄性和雌性Sprague-Dawley大鼠接受了14次连续剂量的载体或0.02mg/kg、0.07mg/kg、0.2mg/kg、0.1mg/kg或5mg/kg的TPI ASM8,其每天使用吸入暴露系统作为气溶胶给予。
实施例1:针对IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位的AON序列的效力
表1a中列出了针对IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位(β链)的AON序列的序列和组成。对所有的AON进行纯化和脱盐。在图1a中说明了一些选择的序列的效力,图1a示出了在用所示的AON体外转染后,在293-βc-GFP和TF-1细胞系中的基因表达的降低。表1a中列出的AON活性被表示为相对于未转染的对照的β-链mRNA的平均百分比抑制。设计293-βc-GFP细胞系从而人工表达β-链/绿色荧光蛋白(GFP)融合mRNA和蛋白,同时使TF-1细胞内源性表达β-链mRNA和蛋白质。
通过将它们降低在293-βc-GFP细胞(图1b)和TF-1细胞(图1c)中的β-链mRNA表达水平的效力与它们各自的对照正义序列进行比较来估计一些选择的AON序列的特异性。在每一细胞系中,与β-链mRNA不互补的各个对照正义序列是无活性的。此外,通过流式细胞仪还观察了分析后以蛋白质水平的靶向β-链的AON的抑制活性。图5a和图5b表明在用特异性AON转染和孵育过夜之后,293-βc-GFP和TF-1细胞具有降低的β-链蛋白表达水平,而对照序列没有效果。
实施例2:针对CCR3趋化因子受体的AON序列的效力
表1b中列出了靶向CCR3的AON序列的列表。如上所述制备和纯化所有的AON。图2a说明了一些选择的序列的效力,图2a示出了用所示的AON体外转染之后在293-CCR3-GFP和TF-1细胞系中基因表达的降低。设计293-CCR3-GFP细胞系从而表达CCR3/绿色荧光蛋白(GFP)融合产物,而使TF-1细胞内源性表达CCR3mRNA和蛋白质。图2b和图2c分别示出了用抗CCR3的AON转染后24小时,在293-CCR3-GFP和TF-1细胞中的CCR3mRNA表达水平的特异性降低,而各自的对照正义序列是无活性的。表1b中提供的AON活性被表示为相对于未转染的对照的CCR3mRNA表达的平均抑制百分比。
通过流式细胞仪还观察了分析后以蛋白质水平的靶向CCR3的AON的抑制活性。图5c和图5d表明用所示的AON转染后24小时,293-CCR3-GFP和TF-1细胞具有降低水平的CCR3蛋白质表达,而对照序列没有效果。
实施例3:在AON和siRNA序列之间在降低β-链mRNA表达方面的比较
除了AON序列外,还设计了siRNA分子(表2a)并测试了它们在降低β-链mRNA表达方面的效力(图3)。图3a示出了与未转染的细胞(Ct1NT)和不相关的siRNA序列(siCtl)相比,一些选择的siRNA序列在降低293-βc-GFP细胞中的β-链mRNA表达水平方面的效力。将AON TOP062(SEQ ID No:13)在降低TF-1细胞中的β-链mRNA表达方面的效力与设计成靶向共同的β-链的不同的siRNA序列进行比较。结果表明与siRNA序列相比,AON TOP062(SEQ ID No:13)(0.5μM和1μM)呈现出优异的在降低β-链mRNA表达方面的效力(图3b)。此外,时间-进程实验表明在用AONTOP062(SEQ ID No:13)转染的细胞中的β-链mRNA表达的抑制保持可达转染后72小时,而所有评价的siRNA序列在该时间点在降低表达方面是无效的(图3c)。
实施例4:在AON和siRNA序列之间在降低CCR3mRNA表达方面的比较
除了AON序列外,还设计了siRNA分子(表2b)并测试了它们在降低CCR3mRNA表达方面的效力(图4)。图4a示出了与未转染的细胞(Ct1NT)和不相关的siRNA序列(siCtl)相比,一些选择的siRNA序列在降低293-CCR3-GFP细胞中的CCR3mRNA表达水平方面的效力。将AON TOP030(SEQ ID No:683)在降低293-CCR3-GFP细胞中的CCR3mRNA表达方面的效力与设计成靶向CCR3的不同的siRNA序列进行比较(图4b)。时间-进程实验表明用AON TOP030(SEQ ID No:683)转染的细胞中的CCR3mRNA表达的抑制保持可达转染后72小时,而仅一个siRNA序列(siCCR31HP)在该时间点上保持抑制活性。
实施例5:用FANA化学修饰的AON证明了提高的效力和延长的血清稳定性
该实施例涉及当ANA修饰被整合到AON化学中时β-链和CCR3特异性AON的提高的效力和延长的血清稳定性。表3a和表3b描述了用FANA残基修饰的AON的组成。在图6a中,提供了针对在转染有β-链特异性AON(未经修饰的具有硫代磷酸酯骨架的DNA或如所示的FANA修饰的DNA)的293-βc-GFP细胞中的β-链表达获得的结果。用FANA修饰TOP062(SEQ ID No:13)序列(TOP062-F2(SEQ ID No:1582)和TOP062-F3(SEQ ID No:1583)),如通过靶蛋白表达的提高的抑制所示,增强了AON的效力,这明确表明这种修饰对于AON活性的优势。类似地,用FANA修饰TOP030(SEQ ID No:683)序列(TOP030-F12)(SEQ ID No:1610)提高了其抑制CCR3蛋白质表达的效力,再次证明了这种修饰对AON活性的优势(图6b)。FANA修饰还能够整合天然的磷酸二酯键而不影响AON在各自的mRNA靶(TOP062-F 14(SEQ ID No:1594)至F18和TOP030-F12(SEQ ID No:1610))表达上的活性(表3a和表3b)。这是令人惊讶的,因为一般认为含有磷酸二酯的AON更易于被核酸酶降解,导致与含有硫代磷酸酯的AON对应物相比反义抑制活性降低。
FANA修饰被期待提高AON的稳定性,致使它更耐核苷酶消化,进一步导致延长的AON活性。图5示出了用含有50%胎牛血清的DMEM稀释并且在37℃下孵育所示时间段的TOP062(SEQID No:13)(β-链)和TOP030(SEQ ID No:683)(CCR3)的不同剂型的比较。在不同的时间点收集等分试样,并使用HPLC分析完整AON的存在。结果表明FANA修饰的核苷酸在TOP062(SEQ ID No:13)(图7a)和TOP030(SEQ ID No:683)(图7b)中的整合赋予对血清介导的降解的显著的抗性。
实施例6:对一种受体特异性的AON对另一种受体表达的交叉-靶效果
该实施例涉及单一受体的抑制对不同受体的mRNA生产的效果。在TF-1细胞中进行实验。虽然AON序列被特别设计成抗它们各自的靶,但图8和图9中的结果表明几种AON被发现不仅抑制它们的特异性靶,而且还能够下调对应于其它受体的mRNA(交叉靶效果)。CCR3特异性AON TOP030-F2(SEQ ID No:1600)不仅提供对其特异性靶的抑制(图8a和图8b),而且还下调共同的β-链的mRNA(图8c)和蛋白质表达(图8d)。
类似地,AON TOP031(SEQ ID No:684)和TOP037(SEQ IDNo:690)下调CCR3的表达(图9a),并且另外表明对共同的β-链蛋白质表达的抑制活性(图9b)。
相反,除了其特异性靶(共同的β-链)的下调表达(图8c和图8d)以外,TOP062-F8(SEQ ID No:1588)还显示出在降低CCR3mRNA(图8a)和蛋白质(图8b)表达水平方面是有效的。交叉-靶抑制效果不限于TOP062-F8(SEQ ID No:1588),并且还在另外的靶向β-链的AON序列(TOP057(SEQ ID No:8)和TOP073(SEQ IDNo:24))的情况下也观察到。
实施例7:组合两种来源于两种不同靶基因的核苷酸序列的AON的多基因击倒作用
该实施例涉及特异性AON的组合对β-链和CCR3基因表达的作用。估计了组合两种单独的AON对内源性表达两种受体的TF-1细胞中的β-链和CCR3mRNA表达的影响(图10)。每一AON被单独或组合转染到细胞中。转染后24小时分析细胞的mRNA或蛋白质表达。证明了TOP030-F2(SEQ ID No:1600)和TOP062-F8(SEQID No:1588)的组合在降低CCR3mRNA(图10a)和蛋白质(图10b)表达水平方面比单独的TOP030-F2(SEQ ID No:1600)显著更有效。类似地,与单独的TOP062-F8(SEQ ID No:1588)相比,相对于TOP030-F2(SEQ ID No:1600)的浓度的较低浓度的TOP062-F8(SEQ ID No:1588)的组合呈现出对β-链mRNA(图10c)和蛋白质(图10d)的表达水平的较强的协同效应。
实施例8:在过敏原引起的呼吸道炎症的大鼠模型中的反义效力
该实施例涉及当FANA修饰被整合到AON化学中时,靶向大鼠β-链和大鼠CCR3的AON在大鼠的过敏性哮喘的体外和体内模型中的增强的效力。表4描述了靶向大鼠β-链和大鼠CCR3并且用FANA残基修饰的AON的组成。在图8中,被设计以瞬时表达大鼠CCR3mRNA的NIH 3T3细胞用大鼠CCR3特异性AON(具有硫代磷酸酯键的未修饰的DNA(TOP007(SEQ ID No:1628))或如所示的整合FANA修饰的核苷酸的DNA(TOP007-F8)(SEQ ID No:1629))转染,并且在转染后24小时进行分析。结果表明用FANA单体修饰TOP007(SEQ ID No:1628)序列(TOP007-F8(SEQ ID No:1629))提高了AON对于抑制靶mRNA表达的效力,清楚地示出了该修饰对于AON活性的优势(图11)。
靶向大鼠β-链和大鼠CCR3的FANA修饰的AON的增强的活性也在Brown Norway(BN)大鼠的过敏性哮喘的体内模型中得到证实。在该哮喘的模型中,在致敏后14天用卵清蛋白(OVA)激发BN大鼠,导致嗜曙红细胞显著地涌入动物的肺(图12)。嗜曙红细胞是哮喘中过敏反应的基础性关键细胞。当在激发前用50μg的一种未修饰的靶向大鼠β-链的AON(TOP006(SEQ ID No:1626))和一种未修饰的靶向大鼠CCR3的AON(TOP007(SEQ ID No:1628))的组合(比率1∶1w/w)治疗BN大鼠时,未观察到过敏原引起的嗜曙红细胞涌入的显著降低(图12)。然而,当致敏的BN大鼠用50μg的含有FANA的AON(TOP006-F2(SEQ ID No:1627)和TOP007-F8(SEQ ID No:1629))的组合(比率1∶1w/w)治疗时,过敏原引起的涌入肺的嗜曙红细胞降低了60%(图12)。
实施例9:慢性递送2′FANA修饰的AON之后的巨噬细胞涌入肺
该实施例涉及在对啮齿动物和猴子慢性剂量给予FANA修饰的AON连续14天后,肺泡巨噬细胞的浸润的相对降低。图13示出了慢性剂量给药FANA修饰的AON(TPI 1100)和非-2′F-ANA修饰的AON(TPI ASM8(TOP004(SEQ ID NO:1630)和TOP005(SEQ ID NO:1631))之后,啮齿动物(小鼠和大鼠)和猴子的肺中的肺泡巨噬细胞的百分比发生率。在最后一次AON暴露之后24h(第15天),估计肺组织学。结果表明,与接受含有非-2′F-ANA的AON(TPI ASM8,IC50-0.1mg/kg)的动物相比,接受FANA修饰的AON(TPI 1100(TOP1572(SEQ ID NO:1632)和TOP1731(SEQID NO:1633),IC50~1mg/kg)的动物具有较低发生率的肺泡巨噬细胞,并且是非种类依赖的(啮齿动物或灵长类动物)。
实施例10:含有2-氨基-2′-脱氧腺苷的AON序列在降低β-链mRNA表达方面的效力
该实施例涉及在AON化学中整合了2-氨基-2′-脱氧腺苷(DAP)修饰的β-链特异性AON的效力。表3c描述了用DAP残基修饰的AON的组成。在图14中说明了一些选择的序列的效力,图14示出了在用所示的AON转染之后,在293-βc-GFP细胞中体外基因表达的降低。通过将它们在降低β-链mRNA表达水平方面的效力与不相关的AON序列(TOP4005(SEQ ID No:1784))进行比较来估计AON序列的特异性。
实施例11:miRNA模拟序列在降低β-链mRNA和蛋白质表达方面的效力
除了AON序列和siRNA外,还设计了miRNA模拟分子(表7)并且测试了它们在降低β-链mRNA和蛋白质表达方面的效力(图15)。图15a示出了与未转染的细胞对照(对照NT)相比,一些选择的miRNA模拟序列在降低TF-1细胞中的β-链mRNA水平方面的效力。与miRNA的作用机制一致,未测量到对β-链mRNA水平的影响。还通过荧光激活细胞分类术(FACS)分析了miRNA在β-链蛋白质表达上的抑制活性。图15b表明在用特异性miRNA转染并且孵育过夜后,与未转染的对照细胞相比,TF-1细胞在β-链蛋白表达水平上具有剂量依赖性降低。
引用的所有参考文献均通过引用并入本文中。虽然本文已经描述了本发明的优选实施方式,但应当理解,在不偏离本发明的精神或所附权利要求的范围的情况下,本领域技术人员可以对其进行改变。
表1a
小写字母=DNA
n.d.=未确定
表1b
小写字母=DNA
表3c
小写字母=DNA;
所有硫代磷酸酯键
d=2-氨基-2′-脱氧腺苷
(=):效力等于相应的PS-DNA;n.d.:未确定
表4
所有硫代磷酸酯键
小写字母=DNA;粗体大写字母=2′F-ANA
表5
数值表示观察到变化的动物的数目/检查动物的数目。
表6:TPI ASM8和TPI 1100
所有硫代磷酸酯键。大写字母=DNA;粗斜体字母=FANA;
I=肌苷;D=2-氨基-2′-脱氧腺苷
表8
Claims (72)
1.一种针对编码选自由CCR3趋化因子受体以及IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位组成的组中的蛋白质的核酸序列的寡核苷酸,其中,所述寡核苷酸是(i)具有对应于SEQ ID NOs.1-698中的任一个的碱基序列的寡核苷酸和(ii)SEQ ID NOs.1-698中的任一个的修饰寡核苷酸中的一种。
2.根据权利要求1所述的寡核苷酸,其中,所述寡核苷酸具有对应于SEQ ID NOs.1-698中的任一个的碱基序列。
3.根据权利要求1-3中任一项所述的寡核苷酸,其中,所述寡核苷酸的至少一个腺苷核苷酸被2-氨基-2′-脱氧腺苷(DAP)或其类似物取代。
4.根据权利要求1-2中任一项所述的寡核苷酸,其中,所述寡核苷酸的至少一个核苷酸是阿拉伯糖修饰的寡核苷酸。
5.根据权利要求4所述的寡核苷酸,其中,所述阿拉伯糖修饰的核苷酸具有选自由氟、羟基、氨基、叠氮基、烷基、烷氧基、以及烷氧基烷基基团组成的组中的2′取代基。
6.根据权利要求5所述的寡核苷酸,其中,所述烷基基团选自由甲基、乙基、丙基、丁基、和官能化烷基基团组成的组,所述烷氧基基团选自由甲氧基、乙氧基、丙氧基和官能化烷氧基基团组成的组,而所述烷氧基烷基基团选自由甲氧基乙基、和乙氧基乙基组成的组。
7.根据权利要求6所述的寡核苷酸,其中,所述官能化烷基基团选自由乙氨基、丙氨基和丁氨基基团组成的组,而所述官能化烷氧基基团选自由-O(CH2)q-R组成的组,其中q=2-4,而-R是-NH2、-OCH3、或-OCH2CH3基团。
8.根据权利要求4所述的寡核苷酸,其中,所述至少一个阿拉伯糖修饰的核苷酸是2′-脱氧-2′-氟阿拉伯糖核苷酸(FANA)。
9.根据权利要求8所述的寡核苷酸,其中,所述至少一个阿拉伯糖修饰的核苷酸位于所述寡核苷酸的5′端。
10.根据权利要求8所述的寡核苷酸,其中,所述至少一个阿拉伯糖修饰的核苷酸位于所述寡核苷酸的3′端。
11.根据权利要求8所述的寡核苷酸,在所述寡核苷酸的5′端和3′端两者均具有至少两个阿拉伯糖修饰的核苷酸。
12.根据权利要求11所述的寡核苷酸,在所述寡核苷酸的5′端和3′端独立地具有在1-7个之间的阿拉伯糖修饰的核苷酸。
13.根据权利要求11所述的寡核苷酸,在所述寡核苷酸的5′端和3′端独立地具有在1-6个之间的阿拉伯糖修饰的核苷酸。
14.根据权利要求11所述的寡核苷酸,在所述寡核苷酸的5′端和3′端独立地具有在1-5个之间的阿拉伯糖修饰的核苷酸。
15.根据权利要求11所述的寡核苷酸,在所述寡核苷酸的5′端和3′端独立地具有在1-4个之间的阿拉伯糖修饰的核苷酸。
16.根据权利要求11所述的寡核苷酸,在所述寡核苷酸的5′端和3′端独立地具有在1-3个之间的阿拉伯糖修饰的核苷酸。
17.根据权利要求1-16中任一项所述的寡核苷酸,包含至少一个选自由磷酸二酯、磷酸三酯、硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、硼烷磷酸酯以及它们的任何组合组成的组中的核苷酸间键合。
18.根据权利要求1所述的寡核苷酸,其中,所述寡核苷酸是SEQ ID NOs.1-698中的一个。
19.根据权利要求18所述的寡核苷酸,其中,所述寡核苷酸是SEQ IDNOs.8、13、15、24、683、684、1582、1583、1587、1588、1599、1600、1605以及1610中的一个。
20.一种药物组合物,包括根据权利要求1-19中任一项所述的寡核苷酸中的至少一种和药用载体。
21.一种药物组合物,包括至少两种根据权利要求1-19中任一项所述的寡核苷酸。
22.根据权利要求21所述的药物组合物,其中,两种寡核苷酸选自由SEQ ID NOs.8、13、15、24、683、684、1582、1583、1587、1588、1599、1600、1605以及1610组成的组。
23.根据权利要求22所述的药物组合物,其中,两种寡核苷酸是SEQ IDNOs:1588和1600。
24.一种用于治疗和/或预防患者体内哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的方法,包括给予所述患者根据权利要求20-23中任一项所述的药物组合物。
25.根据权利要求20-23中任一项所述的药物组合物在用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种中的应用。
26.根据权利要求20-23中任一项所述的药物组合物在制备用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的药物中的应用。
27.根据权利要求20-23中任一项所述的药物组合物,用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种。
28.一种用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的方法,包括给予所述患者根据权利要求1-19中任一项所述的寡核苷酸,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个。
29.根据权利要求1-19中任一项所述的寡核苷酸在用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个。
30.根据权利要求1-19中任一项所述的寡核苷酸在制备降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的药物中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个。
31.根据权利要求1-19中任一项所述的寡核苷酸,用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.1-672中的一个。
32.一种用于降低患者体内CCR3趋化因子受体表达的方法,包括给予所述患者根据权利要求1-19中任一项所述的寡核苷酸,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
33.根据权利要求1-19中任一项所述的寡核苷酸在用于降低CCR3趋化因子受体表达中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
34.根据权利要求1-19中任一项所述的寡核苷酸在制备降低CCR3趋化因子受体表达的药物中的应用,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQID NOs.673-698中的一个。
35.根据权利要求1-19中任一项所述的寡核苷酸,用于降低CCR3趋化因子受体表达,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
36.一种商业包装件,包括根据权利要求20-23中任一项所述的药物组合物以及其用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的使用说明书。
37.一种商业包装件,包括根据权利要求20-23中任一项所述的药物组合物以及其用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的使用说明书,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ IDNOs.1-672中的一个。
38.一种商业包装件,包括根据权利要求20-23中任一项所述的药物组合物以及其用于降低患者体内CCR3趋化因子受体表达的使用说明书,所述寡核苷酸的碱基序列具有SEQ ID NOs.673-698中的一个。
39.一种双链siRNA,两个链包括SEQ ID NOs.699和700;701和702;703和704;705和706;707和708;709和710;711和712;713和714;715和716;717和718;719和720;721和722;723和724;725和726;727和728;729和730;731和732;733和734;735和736;737和738;739和740;741和742;743和744;745和746;747和748;749和750;752和752;753和754;755和756;757和758;759和760;761和762;763和764;765和766;767和768;769和770;771和772;773和774;775和776;777和778;779和780;781和782;783和784;785和786;787和788;789和790;71和792;793和794;795和796;797和798;799和800;801和802;803和804;805和806;807和808;809和810;811和812;813和814;815和816;817和818;819和820;821和822;823和824;825和826;827和828;829和830;831和832;833和834;835和836;837和838;839和840;841和842;843和844;845和846;847和848;849和850;851和852;853和854;855和856;857和858;859和860;861和862;863和864;865和866;867和868;869和870;871和872;873和874;875和876;877和878;879和880;881和882;883和884;885和886;887和888;889和890;891和892;893和894;895和896;897和898;899和900;901和902;903和904;905和906;907和908;909和910;911和912;913和914;915和916;917和918;919和920;921和922;923和924;925和926;927和928;929和930;931和932;933和934;935和936;937和938;939和940;941和942;943和944;945和946;947和948;949和950;951和952;953和954;955和956;957和958;959和960;961和962;963和964;965和966;967和968;969和970;971和972;973和974;975和976;977和978;979和980;981和982;983和984;985和986;987和988;989和990;991和992;993和994;995和996;997和998;999和1000;1001和1002;1003和1004;1005和1006;1007和1008;1009和1010;1011和1012;1013和1014;1015和1016;1017和1018;1019和1020;1021和1022;1023和1024;1025和1026;1027和1028;1029和1030;1031和1032;1033和1034;1035和1036;1037和1038;1039和1040;1041和1042;1043和1044;1045和1046;1047和1048;1049和1050;1051和1052;1053和1054;1055和1056;1057和1058;1059和1060;1061和1062;1063和1064;1065和1066;1067和1068;1069和1070;1071和1072;1073和1074;1075和1076;1077和1078;1079和1080;1081和1082;1083和1084;1085和1086;1087和1088;1089和1090;1091和1092;1093和1094;1095和1096;1097和1098;1099和1100;1101和1102;1103和1104;1105和1106;1107和1108;1109和1110;1111和1112;1113和1114;1115和1116;1117和1118;1119和1120;1121和1122;1123和1124;1125和1126;1127和1128;1129和1130;1131和1132;1133和1134;1135和1136;1137和1138;1139和1140;1141和1142;1143和1144;1145和1146;1147和1148;1149和1150;1151和1152;1153和1154;1155和1156;1157和1158;1159和1160;1161和1162;1163和1164;1165和1166;1167和1168;1169和1170;1171和1172;1173和1174;1175和1176;1177和1178;1179和1180;1181和1182;1183和1184;1185和1186;1187和1188;1189和1190;1191和1192;1193和1194;1195和1196;1197和1198;1199和1200;1201和1202;1203和1204;1205和1206;1207和1208;1209和1210;1211和1212;1213和1214;1215和1216;1217和1218;1219和1220;1221和1222;1223和1224;1225和1226;1227和1228;1229和1230;1231和1232;1233和1234;1235和1236;1237和1238;1239和1240;1241和1242;1243和1244;1245和1246;1247和1248;1249和1250;1251和1252;1253和1254;1255和1256;1257和1258;1259和1260;1261和1262;1263和1264;1265和1266;1267和1268;1269和1270;1271和1272;1273和1274;1275和1276;1277和1278;1279和1280;1281和1282;1283和1284;1285和1286;1287和1288;1289和1290;1291和1292;1293和1294;1295和1296;1297和1298;1299和1300;1301和1302;1303和1304;1305和1306;1307和1308;1309和1310;1311和1312;1313和1314;1315和1316;1317和1318;1319和1320;1321和1322;1323和1324;1325和1326;1327和1328;1329和1330;1331和1332;1333和1334;1335和1336;1337和1338;1339和1340;1341和1342;1343和1344;1345和1346;1347和1348;1349和1350;1351和1352;1353和1354;1355和1356;1357和1358;1359和1360;1361和1362;1363和1364;1365和1366;1367和1368;1369和1370;1371和1372;1373和1374;1375和1376;1377和1378;1379和1380;1381和1382;1383和1384;1385和1386;1387和1388;1389和1390;1391和1392;1393和1394;1395和1396;1397和1398;1399和1400;1401和1402;1403和1404;1405和1406;1407和1408;1409和1410;1411和1412;1413和1414;1415和1416;1417和1418;1419和1420;1421和1422;1423和1424;1425和1426;1427和1428;1429和1430;1431和1432;1433和1434;1435和1436;1437和1438;1439和1440;1441和1442;1443和1444;1445和1446;1447和1448;1449和1450;1451和1452;1453和1454;1455和1456;1457和1458;1459和1460;1461和1462;1463和1464;1465和1466;1467和1468;1469和1470;1471和1472;1473和1474;1475和1476;1477和1478;1479和1480;1481和1482;1483和1484;1485和1486;1487和1488;1489和1490;1491和1492;1493和1494;1495和1496;1497和1498;1499和1500;1501和1502;1503和1504;1505和1506;1507和1508;1509和1510;1511和1512;1513和1514;1515和1516;1517和1518;1519和1520;1521和1522;1523和1524;1525和1526;1527和1528;1529和1530;1531和1532;1533和1534;1535和1536;1537和1538;1539和1540;1541和1542;1543和1544;1545和1546;1547和1548;1549和1550;1551和1552;1553和1554;1555和1556;1557和1558;1559和1560;1561和1562;1563和1564;1565和1566;1567和1568;1569和1570;以及1571和1572中的一个。
40.根据权利要求39所述的siRNA,其中,所述siRNA的至少一个核苷酸是FANA。
41.根据权利要求39和权利要求40中任一项所述的siRNA,其中,所述siRNA的至少一个腺苷核苷酸被DAP或其类似物取代。
42.根据权利要求39-41中任一项所述的siRNA,用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位。
43.一种双链siRNA,两个链包括SEQ ID NOs.1573和1574;1575和1576;以及1577和1578中的一个。
44.根据权利要求43所述的siRNA,其中,至少一个核苷酸是FANA。
45.根据权利要求43和权利要求44中任一项所述的siRNA,其中,所述siRNA的至少一个腺苷核苷酸被DAP或其类似物取代。
46.根据权利要求43-45中任一项所述的siRNA,用于降低CCR3趋化因子受体表达。
47.根据权利要求39-46中任一项所述的siRNA,用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种。
48.一种用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的方法,包括给予根据权利要求39-41中任一项所述的siRNA。
49.一种用于降低患者体内CCR3趋化因子受体表达的方法,包括给予根据权利要求43-45中任一项所述的siRNA。
50.一种用于治疗和/或预防患者体内哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的方法,包括给予根据权利要求39-46中任一项所述的siRNA。
51.根据权利要求39-41中任一项所述的siRNA在用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位中的应用。
52.根据权利要求43-45中任一项所述的siRNA在用于降低CCR3趋化因子受体表达中的应用。
53.根据权利要求39-46中任一项所述的siRNA在用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种中的应用。
54.根据权利要求39-41中任一项所述的siRNA在制备用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的药物中的应用。
55.根据权利要求43-45中任一项所述的siRNA在制备用于降低CCR3趋化因子受体表达的药物中的应用。
56.根据权利要求39-46中任一项所述的siRNA在制备用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的药物中的应用。
57.一种双链或单链miRNA,包括选自由SEQ ID NOs:1634和1635;1636和1637;1638和1639;1640和1641;1642和1643;1644和1645;1646和1647;1648;1649和1650;1651和1652;1653和1654;1655和1656;1657和1658;1659;1660;1661;1662;1663;1664;1665;1666和1667;1668和1669;1670和1671;1672和1673;1674和1675;1676和1677;1678;1679和1680;1681和1682;1683和1684;1685和1686;1687和1688;1689和1690;1691和1692;1693;1694;1695和1696;1697;1698;1699和1700;1701;1702和1703;1704;1705;1706;1707;1708;1709;1710;1711;1712和1713;1714和1715;1716;1717和1718;1719;1720和1721;1722和1723;1724;1725和1726;1727;1728;1729和1730;1731和1732;1733和1734;1735;1736;1737;1738和1739;1740和1741;1742;1743和1744;1745;1746和1747;1748和1749;1750和1751;1752;1753;1754;1755;1756;1757;1758;1759;1760;1761和1762;1763;1764和1765;1766;1767和1768;1769;1770;1771;1772;1773;1774和1775;1776;1777;以及1778组成的组中的一对寡核苷酸或单一寡核苷酸,优选用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位。
58.根据权利要求57所述的miRNA,其中,所述miRNA的至少一个核苷酸是FANA。
59.根据权利要求57和58中任一项所述的miRNA,其中,所述miRNA的至少一个腺苷核苷酸被DAP或其类似物取代。
60.根据权利要求57-59中任一项所述的双链或单链miRNA,用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的表达。
61.根据权利要求57-59中任一项所述的双链或单链miRNA,用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种。
62.一种用于降低患者体内IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的方法,包括给予根据权利要求57-59中任一项所述的双链或单链miRNA。
63.一种用于治疗和/或预防患者体内哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的方法,包括给予根据权利要求57-59中任一项所述的双链或单链miRNA。
64.根据权利要求57-56中任一项所述的双链或单链miRNA在用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位中的应用。
65.根据权利要求57-59中任一项所述的双链或单链miRNA在用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种中的应用。
66.根据权利要求57-59中任一项所述的双链或单链miRNA在制备用于降低IL-3、IL-5和GM-CSF受体表达的共同的β亚单位的药物中的应用。
67.根据权利要求57-59中任一项所述的双链或单链miRNA在制备用于治疗和/或预防哮喘、COPD、变态反应、CF、嗜伊红细胞增多症、一般炎症和癌症中的至少一种的药物中的应用。
68.一种反义寡核苷酸,能够在高度严格的条件下与编码选自由CCR3趋化因子受体以及IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位组成的组中的蛋白质的核酸序列杂交,其中,所述寡核苷酸中的至少一个核苷酸是2′-脱氧-2′-氟阿拉伯糖核苷酸(FANA)。
69.一种反义寡核苷酸,能够在高度严格的条件下与编码选自由CCR3趋化因子受体以及IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位组成的组中的蛋白质的核酸序列杂交,其中,所述寡核苷酸中的至少一个腺苷核苷酸被2-氨基-2′-脱氧腺苷(DAP)取代。
70.一种用于改善包括给予哺乳动物的寡核苷酸的治疗效力与毒性比的方法,包括:(a)识别待用于给予肺的寡核苷酸,其中降低的毒性是期望的;以及(b)用相应的FANA核苷酸取代至少一个非FANA核苷酸,和/或用2-氨基-2′-脱氧腺苷(DAP)取代至少一个腺苷核苷酸。
71.根据权利要求70所述的方法,其中,所述寡核苷酸的给予导致肺中的肺泡巨噬细胞降低。
72.一种反义寡核苷酸,能够在高度严格的条件下与编码选自由CCR3趋化因子受体以及IL-3、IL-5和GM-CSF受体的共同的β亚单位组成的组中的蛋白质的核酸序列杂交,其中,所述寡核苷酸的核苷酸间键合包括磷酸二酯键和硫代磷酸酯键两者。
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