CN101820908A - 包含改性糖部分的免疫刺激寡核苷酸类似物 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及包括至少一个FANA取代的核苷酸类似物和嘧啶-嘌呤二核苷酸的寡核苷酸。本发明还涉及使用其药物组合物和方法。

Description

包含改性糖部分的免疫刺激寡核苷酸类似物
1、技术领域
本发明主要涉及免疫学领域。更具体地,本发明涉及具有增强免疫刺激能力的治疗性寡核苷酸。
2、背景技术的讨论
细菌DNA对于激活B细胞和天然杀伤细胞具有免疫刺激效果,但是脊椎动物DNA不具有(Tokunaga,T.,et al.,1988.Jpn.J.CancerRes.79:682-686;Tokunaga,T.,et al.,1984,JNCI 72:955-962;Messina,J.P.,et al.,1991,J.Immunol.147:1759-1764;andreviewed in Krieg,1998,In:Applied Oligonucleotide Technology,C.A.Stein and A.M.Krieg,(Eds.),John Wiley and Sons,Inc.,New York,NY,pp.431-448)。现在理解细菌DNA的这些免疫刺激效应为在特定碱基背景中的未甲基化的CpG二核苷酸(CpG基序)的存在的结果,其在细菌DNA中是常见的,但是在脊椎动物DNA中为甲基化的和表现不足的(underrepresented)(Krieg et al,1995Nature374:546-549;Krieg,1999Biochim.Biophys.Acta 93321:1-10)。细菌DNA的免疫刺激效应可以用包含这些CpG基序的合成寡脱氧核苷酸(ODN)模拟。此类CpG ODN对人类和鼠白细胞具有高度的刺激效应,诱导B细胞增殖;细胞因子和免疫球蛋白分泌;天然杀伤(NK)细胞裂解活性和IFN-γ分泌;和树突细胞(DCs)和其它抗原呈递细胞的激活以表达共刺激分子和分泌细胞因子,特别是在促进Th1-样T细胞应答的发展上重要的Th1-样细胞因子。天然磷酸二酯主链CpG ODN的这些免疫刺激效应的高度CpG特异性在于如果将CpG基序甲基化,改变为GpC,或否则消除或改变,该效应显著降低(Krieget al,1995Nature374:546-549;Hartmann et al,1999Proc.Natl.Acad.Sci USA96:9305-10)。
在早期研究中,认为免疫刺激CpG基序符合化学式嘌呤-嘌呤-CpG-嘧啶-嘧啶Krieg et al,1995Nature 374:546-549;Pisetsky,1996J.Immunol.156:421-423;Hacker etal.,1998EMBO J.17:6230-6240;Lipford et al,1998Trends in Microbiol.6:496-500).然而,现在清楚小鼠淋巴细胞对不符合该“化学式的”磷酸二酯CpG基序良好地应答,并且对于人类B细胞和树突细胞而言同样如此(Yi et al.,1998J.Immunol.160:5898-5906)且对于人类B细胞和树突细胞也是同样的(Hartmann et al,1999Proc.Natl.Acad.Sci USA 96:9305-10;Liang,1996J.Clin.Invest.98:1119-1129)。
将DNA和RNA寡核苷酸通过外切核酸酶和内切核酸酶进行消化,其分别降解在核酸分子末端处和内部位点处的核苷酸间的磷酸酯键合。降解率可以依赖于核酸的位置而变化,例如细胞外(快速地)vs细胞内(通常较慢),以及在后一情况下包含核酸的细胞内区室,例如溶酶体(快速地)vs细胞质(较慢)。这样,增加寡核苷酸抗核酸酶的能力具有通过延长其在细胞中的功能寿命增强其功效的潜力。
已经报道许多方法产生RNA和DNA的稳定化形式。参见,例如,Uhlmann E et al.(1990)Chem Rev 90:543-84。不幸的是,许多这些方法尚未产生令人满意的备选方案,这要么因为获得的稳定性是不充分的,要么因为在稳定性上的增益与功能的损失相关。
发明内容
本发明提供化学上改性的寡核苷酸,其特征在于与相应的天然发生的DNA分子相比其对核酸酶和酸的增加的稳定性。本发明主要涉及这样的免疫调节寡核苷酸,其包含包括至少一个FANA改性的嘌呤核苷的免疫调节基序。本发明的免疫调节寡核苷酸用于要求调节免疫应答的组合物或方法的任何设置或应用。本发明的免疫调节寡核苷酸具有在制备药物组合物,包括佐剂、疫苗和其它药剂上的特定用途,以用于治疗各种状况,包括感染、癌症、过敏、自体免疫疾病、炎症疾病和哮喘。
本发明的一个方面为长度上8-200个核苷酸的免疫调节寡核苷酸,包括至少一个免疫调节ZNYZ基序,其中Z为嘌呤核苷或2′-脱氧-2′-氟-β-D-阿拉伯糖(FANA)-改性的嘌呤核苷,N为T,A,或5-取代的U,Y为嘧啶核苷,并且其中至少一个Z包括FANA-改性的嘌呤核苷。在一种实施方式中,所述免疫调节基序为ZNYZ N1N2N3N4。在另一实施方式中,所述免疫调节基序为ZNYG基序,其中YG为内部嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸。在一种实施方式中Z为G。在另一实施方式中至少一个G包括FANA-改性。在一种实施方式中,N为T。在另一实施方式中,N为5-氯-尿嘧啶、5-碘-尿嘧啶、5-乙基-尿嘧啶、5-丙基-尿嘧啶、5-丙炔基-尿嘧啶或(E)-5-(2-溴乙烯基)-尿嘧啶。在一种实施方式中所述寡核苷酸包括在所述免疫调节基序5′的至少4个核苷酸。在另一实施方式中在免疫调节基序外部的至少一个核苷酸具有FANA改性。在一种实施方式中所述寡核苷酸不是反义寡核苷酸。在另一实施方式中所述寡核苷酸包括多个内部YZ二核苷酸。在还另一实施方式中每个内部YZ二核苷酸的Z包括FANA-改性。在某些实施方式中Z为鸟嘌呤核苷、2′-脱氧鸟嘌呤核苷、2′-脱氧-7脱氮鸟嘌呤核苷、2′-脱氧-6-硫代鸟嘌呤核苷、阿拉伯糖基鸟嘌呤核苷(arabinoguanosine)、2′-脱氧肌苷、2′-脱氧2′-取代的阿拉伯糖基鸟嘌呤核苷、2′-O-取代-阿拉伯糖基鸟嘌呤核苷或其它非天然嘌呤核苷。在一种实施方式中Z为G。在一种实施方式中Y为C并且Z为G,并且其中所述CG二核苷酸的C为未甲基化的。在另一实施方式中Y为胞嘧啶、2′-脱氧胞嘧啶、2′-脱氧胸腺嘧啶核苷、阿拉伯糖基胞嘧啶核苷(arabinocytidine)、1-(2′-脱氧-B-D-呋喃核糖基(ribofuranosyl))-2-氧-7-脱氮--8--甲基嘌呤、2′-脱氧-2′-取代的阿拉伯糖基胞嘧啶核苷、2′-O-取代的阿拉伯糖基胞嘧啶核苷、2′-脱氧-5-羟基胞嘧啶核苷、2′-脱氧-N4-烷基胞嘧啶核苷、2′-脱氧-硫代尿苷或其它非天然嘧啶核苷。
在一种实施方式中所述免疫调节寡核苷酸为免疫刺激寡核苷酸。
在另一实施方式中所述免疫调节寡核苷酸为免疫抑制寡核苷酸。在各种实施方式中,所述免疫调节寡核苷酸为A,B,C,P,T,E或S类寡核苷酸。
在一种实施方式中,所述寡核苷酸少于15个核苷酸长。在另一实施方式中,所述寡核苷酸具有至少一个稳定化的核苷酸间键合(internucleotide linkage)。在一种实施方式中所述至少一个稳定化的核苷酸间键合选自:硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、硫代甲基磷酸酯、乙酸磷酸酯、Rp-硫代磷酸酯、Sp-硫代磷酸酯、硼烷磷酸酯(boranophosphate)或3′-硫甲缩醛(thioformacefal)。在一种实施方式中所述寡核苷酸具有第二类型的糖改性。在一种实施方式中,所述第二类型的糖改性选自:2′-O-甲基核糖、2′-O-亚丙基核糖(propanylribose)、2′-O-丁基核糖、2′-O-(2-甲氧基乙基)、2′-O,4′-C-亚烷基-联核糖(亚烷基为亚甲基(LNA)或亚乙基)、2′-脱氧-2′-氟代核糖、3′-O-甲基核糖、1′,2′-二脱氧核糖;阿拉伯糖、1′-甲基阿拉伯糖、3′-羟甲基阿拉伯糖、4′-羟甲基-阿拉伯糖或1,5-脱水己糖醇。
在一种实施方式中所述寡核苷酸具有至少一个3′-3′核苷酸间键合。在另一实施方式中所述寡核苷酸具有至少一个5′-5′核苷酸间键合。在还另一实施方式中所述寡核苷酸具有至少一个2′-5′核苷酸间键合。在一种实施方式中,所述寡核苷酸为支链寡核苷酸。在另一实施方式中,所述寡核苷酸具有至少一个回文序列。在另一实施方式中,所述寡核苷酸具有至少一个(G)n序列(n为4至10)。在另一实施方式中,所述寡核苷酸包括至少一个疏水性T类似物。在另一实施方式中,所述寡核苷酸包括至少一个5-取代的U类似物。在还另一实施方式中所述寡核苷酸具有亲脂性改性。在一种实施方式中所述寡核苷酸包括连接子。在另一实施方式中所述连接子为d-间隔子、1,3-丙二醇连接子、丙三醇或丙三醇同系物。
本发明的另一方面为在受试者中刺激免疫应答的方法,包括以有效量施用至受试者以本发明的任何免疫调节寡核苷酸以刺激免疫应答。在一种实施方式中,所述方法为在受试者中治疗癌症的方法,包括以有效量施用至患有癌症的受试者以本发明的任何免疫调节寡核苷酸以治疗癌症。在另一实施方式中所述方法进一步包括施用至受试者以抗癌治疗。在一种实施方式中,所述抗癌治疗为放疗、化疗、免疫治疗、癌症疫苗、激素治疗或生物应答改性剂。在一种实施方式中,所述方法为在受试者中治疗感染性疾病的方法,包括以有效量施用至患有或具有患有感染性疾病风险的受试者以本发明的任何免疫调节寡核苷酸以治疗所述感染性疾病。在一种实施方式中所述免疫调节寡核苷酸静脉内地施用。在另一实施方式中所述免疫调节寡核苷酸皮下地施用。在一种实施方式中所述感染性疾病为病毒疾病。在另一实施方式中所述病毒疾病为乙肝、丙肝、巨细胞病毒(CMV)、乳头瘤病毒、HIV或单纯疱疹病毒(HSV)。在还另一实施方式中所述感染性疾病为利什曼原虫(Leishmania)、李斯特菌(Listeria)或炭疽。在又一实施方式中所述方法进一步包括施用至受试者以抗病毒剂、抗细菌剂、抗寄生生物剂或抗真菌剂。在一种实施方式中,所述方法为在受试者中治疗过敏的方法,包括以有效量施用至患有过敏的受试者以本发明的任何免疫调节寡核苷酸以治疗过敏。在一种实施方式中所述过敏为过敏性鼻炎。在另一实施方式中所述方法进一步包括施用至受试者以抗过敏药剂。在一种实施方式中所述受试者为患有或有以下风险的受试者:特应性皮炎(湿疹)、过敏性鼻炎或鼻炎、花粉热、结膜炎、支气管哮喘、荨麻疹(荨麻疹(hives))或食物过敏。在另一实施方式中所述抗过敏药剂为抗-IgE抗体、抗组胺剂、皮质类甾醇或前列腺素诱导剂。在一种实施方式中,所述方法为在受试者中治疗哮喘的方法,包括以有效量施用至患有哮喘的受试者以本发明的任何免疫调节寡核苷酸以治疗哮喘。在一种实施方式中所述方法进一步包括施用至受试者以哮喘药剂。在一种实施方式中所述哮喘药剂为PDE-4抑制剂、支气管扩张剂/β-2激动剂、K+通道开放剂、VLA-4拮抗剂、神经激肽拮抗剂、血栓素A2(TXA2)合成抑制剂、黄嘌呤、花生四烯酸拮抗剂、5-脂肪氧合酶抑制剂、TXA2受体拮抗剂、TXA2拮抗剂、5-lipox激活蛋白质的抑制剂、或蛋白酶抑制剂。在另一实施方式中,所述方法为在受试者中抑制免疫应答的方法,包括以有效量施用至受试者以本发明的任何免疫调节寡核苷酸以抑制免疫应答。在另一实施方式中所述受试者具有炎症疾病或自体免疫疾病。在另一实施方式中所述受试者为具有自体免疫疾病的受试者。在另一实施方式中所述受试者为患有炎症或有患炎症疾病风险的受试者。在还另一实施方式中所述炎症疾病为脓毒症。
本发明在其应用方面不限于在以下说明书提出的或在附图中描述的详细结构和组分的排列。本发明能够以各种方式适合其它实施方式和实践或实施。同样地,本文所用的措辞和术语为旨在描述和不应该作为限制。″包括(including)″、″包括(comprising)″或″具有(having),″″包含(containing)″、″包括(involving)″和本文的其变体,旨在包括其后列出的项目和其等效物以及另外的项目。
附图说明
附图不旨在限于比例。在图中,在各种图中描述的各相同的或几乎相同的组分用相似的数字表示。为清楚起见,在每一图中不是每一组分都可以被标记。在附图中:
图1为显示2′-氟-阿拉伯糖基-核酸(FANA)和2′O-甲基(2′OMe)的化学结构的图。该图还描述FANA和2′OMe的不同形式,证明2′-氟-阿拉伯糖基-核酸为优选的B-DNA构象(2′-内(endo))。
图2为显示具有鸟嘌呤核苷残基的FANA改性的核酸为抗酸稳定的。将FANA核酸SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:5的脱嘌呤作用动力学与非FANA亲本SEQ ID NO:8的动力学比较。所述核酸在0.1M HCI中孵育,并且通过RP-HPLC定量游离的嘌呤碱基来测定脱嘌呤作用。x轴为以分钟为单位的时间,y轴为以纳克(ng)为单位的鸟嘌呤浓度。
图3为显示通过B类FANA核酸的TLR9-介导的NF-KB激活。将FANA核酸SEQ ID NO:1-7的活性与非FANA亲本核酸SEQ ID NO:8的活性比较。hTLR9-LUC-293细胞与指示量的核酸孵育,并且16h后通过测定荧光素酶活性确定NF-KB活性。刺激指数参考培养基背景的荧光素酶活性来计算。x轴为以μM为单位的ODN浓度的对数,并且y轴为以pg/ml为单位的IFN-α浓度。
图4为显示在CpG基序中引入FANA-G导致hTLR9-介导的IFN-α产生的增加。C类FANA核酸SEQ ID NO:9-14的活性与非FANA亲本SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:16(在3′末端具有3′-O-甲基鸟嘌呤核苷的亲本)。人类PBMC用增加量的C类核酸孵育24小时,并且通过ELISA确定IFN-α水平。结果显示3个供体的平均±SEM。x轴为以μM为单位的ODN浓度的对数,并且y轴为以pg/ml为单位的IFN-α浓度。
具体实施方式
本发明部分基于具有增加稳定性而在免疫调节能力上没有伴随的降低的免疫调节寡核苷酸。已知具有特定免疫调节基序的寡核苷酸(ODN)例如通过与toll-样受体9(TLR9)的相互作用,刺激免疫系统。然而,寡核苷酸遭受体内内-和外-核酸酶的降解。CpG ODN的特定化学改性,例如核苷酸间的变体键或糖残基的改变,用于调节其抗核酸酶的稳定性,以及其细胞摄取特性和其免疫刺激特征。不幸的是,在某些情形下这些改性能够可能通过干扰这些寡核苷酸被其受体的识别,导致这些寡核苷酸刺激免疫系统的能力的特定损失。
在某些方面本发明涉及这样的发现,通过在免疫调节寡核苷酸中的2′-脱氧-β-D-核糖核苷被2′-脱氧-2′-氟-β-D-阿拉伯糖基(FANA)改性的核苷取代对ODN赋予所期望的稳定性,但是保留完整的生物活性。此外,令人惊奇地发现这些ODN在酸pH下也更稳定,表明FANA-改性的ODN在口服应用中的潜力。即使当FANA位于在刺激基序内的内部核苷时此类增加的活性也观察到。
在本发明的某些方面,所述寡核苷酸具有免疫调节基序序列ZNYZ,其中Z各自独立地为嘌呤核苷或FANA-改性的嘌呤核苷,N为T,A,或5-取代的U。Y为嘧啶核苷。在本发明的免疫调节基序中至少一个Z为FANA-改性的嘌呤核苷。所述寡核苷酸包括一个或多个的此类基序。在某些情况下所述寡核苷酸具有多个内部YZ二核苷酸。一个或多个的这些二核苷酸可以具有FANA-改性的嘌呤。在某些情况下,所有的YZ二核苷酸具有FANA-改性的嘌呤。
在某些情况下,所述免疫调节基序进一步定义为ZNYG基序,其中YG为内部嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸。在一些实施方式中N为T。所述免疫调节基序可以在四个或更多个核苷酸的下游。所述内部嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸典型地未甲基化。
在某些情况下,所述免疫调节基序进一步定义为ZNYZ N1N2N3N4,其中N为T或A。
在某些情况下,Z为鸟嘌呤核苷、2′-脱氧鸟嘌呤核苷、2′-脱氧-7脱氮鸟嘌呤核苷、2′-脱氧-6-硫代鸟嘌呤核苷、阿拉伯糖基鸟嘌呤核苷、2′-脱氧肌苷、2′-脱氧2′-取代的阿拉伯糖基鸟嘌呤核苷、2′-O-取代-阿拉伯糖基鸟嘌呤核苷或其它非天然嘌呤核苷。
在某些情况下,在上述的免疫调节基序中存在超过一个FANA-改性的嘌呤核苷。在某些情况下,在所述基序外部存在1个或多个FANA-改性的嘌呤核苷。
本发明的所述免疫调节寡核苷酸可以为免疫刺激寡核苷酸。上述的免疫调节基序可用于之前所述类的免疫刺激寡核苷酸的背景,包括ODN类例如A类,B类,C类,E类,T类和P类。在本发明的某些实施方式中所述免疫调节寡核苷酸包括为″CpG二核苷酸″的免疫刺激基序。CpG二核苷酸可以为甲基化或未甲基化的。包含至少一个未甲基化的CpG二核苷酸的免疫刺激寡核苷酸为这样的寡核苷酸分子,其包含未甲基化的胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸序列(即,未甲基化的5′胞嘧啶核苷,后面是3′鸟嘌呤核苷并且通过磷酸酯键连接)并且其激活免疫系统;此类免疫刺激寡核苷酸为CpG寡核苷酸。CpG寡核苷酸已经在许多授权专利、公开的专利申请和其它出版物中描述,包括美国专利Nos.6,194,388;6,207,646;6,214,806;6,218,371;6,239,116;和6,339,068。包含至少一个甲基化的CpG二核苷酸的免疫刺激寡核苷酸为这样的寡核苷酸,其包含甲基化的胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸序列(即,甲基化的5′胞嘧啶核苷,后面是3′鸟嘌呤核苷并且通过磷酸酯键连接)并且其激活免疫系统。在其它实施方式中所述免疫刺激寡核苷酸无CpG二核苷酸。这些无CpG二核苷酸的寡核苷酸称为非CpG寡核苷酸,并且它们具有非CpG免疫刺激基序。优选这些为富T ODN,例如具有至少80%T的ODN。
″B类″ODN在激活B细胞上是有力的,但是在诱导IFN-α和NK细胞激活上相对弱。B类CpG寡核苷酸典型地为完全稳定化的,并且在某些优选的碱基背景中包括未甲基化的CpG二核苷酸。参见例如美国专利No s.6,194,388;6,207,646;6,214,806;6,218,371;6,239,116;和6,339,068。另一类对于诱导IFN-α和NK细胞激活是有力的,但是在刺激B细胞时相对弱;此类被称为″A类″。A类CpG寡核苷酸典型地在5′和3′末端处具有稳定化的聚-G序列和包含回文磷酸二酯CpG二核苷酸的至少6个核苷酸的序列)。参见,例如,公开的专利申请PCT/US00/26527(WO 01/22990)。另一类CpG寡核苷酸激活B细胞和NK细胞并且诱导IFN-α;此类称为C类。
″C类″免疫刺激寡核苷酸包含至少两个独特基序,对免疫系统的细胞具有唯一的和期望的刺激效应。这些ODN的一些具有传统的″刺激″CpG序列和″富GC″或″B-细胞中和″基序二者。这些组合基序寡核苷酸具有免疫刺激效应,其落入与传统的″B类″CpG ODN相关的效应(其为B细胞激活和树突细胞(DC)的强诱导剂)和与免疫刺激寡核苷酸的最近描述的类别(″A类″CpG ODN)(其为IFN-α和天然杀伤(NK)细胞激活的强诱导剂,但是B细胞和DC激活的相对弱的诱导剂)相关的那些效应之间的某处。Krieg AM et al.(1995)Nature 374:546-9;Ballas ZK et al.(1996).J Immunol 157:1840-5;Yamamoto S et al.(1992)J Immunol 148:4072-6。尽管优选的B类CpG ODN常常具有硫代磷酸酯主链并且优选的A类CpG ODN具有混合或嵌合的主链,C类组合基序免疫刺激寡核苷酸可以具有稳定化的例如硫代磷酸酯、嵌合、或磷酸二酯主链,并且在某些优选的实施方式中,它们具有半软主链。这类已经描述于2002年8月19日提交的美国专利申请US10/224,523,将其全部内容在此引入以作参考。
″E类″寡核苷酸具有增强的诱导IFN-α分泌的能力。这些ODN具有YGZ基序5′和/或3′的亲脂性取代的核苷酸类似物。E类化学式的化合物可以为,例如,任何以下亲脂性取代的核苷酸类似物:取代的嘧啶、取代的尿嘧啶、疏水性T类似物、取代的甲苯、取代的咪唑或吡唑、取代的三唑、5-氯-尿嘧啶、5-溴-尿嘧啶、5-碘-尿嘧啶、5-乙基-尿嘧啶、5-丙基-尿嘧啶、5-丙基尿嘧啶、(E)-5-(2-溴乙烯基)-尿嘧啶或2.4-二氟-甲苯。E类寡核苷酸至少描述于临时专利申请US60/847,811。
当未按照本发明的ODN和IFN-相关细胞因子和趋化因子改性时,与B类或C类寡核苷酸相比″T类″寡核苷酸诱导较低浓度的IFN-α的分泌,而同时维持与B类寡核苷酸类似的诱导IL-10的水平的能力。T类寡核苷酸描述于至少美国专利申请No.11/099,683,将其全部内容在此引入以作参考。
″P类″免疫刺激寡核苷酸具有几种结构域,包括5′TLR激活结构域、2双链形成区域(duplex forming regions)和任选的间隔子和3′尾。该类寡核苷酸在某些情况下具有诱导比C类高得多浓度的IFN-α分泌的能力。P类寡核苷酸具有体内和/或体外自发的自我组装成多联体的能力。不受这些分子的作用方法的任何特定理论限制,一种可能的假设为该性质赋予P类寡核苷酸以在特定免疫细胞内更高度交联TLR9的能力,与之前所述类别的CpG寡核苷酸相比诱导独特模式的免疫激活。TLR9受体的交联可以通过在浆细胞样树突细胞中的I类IFNR反馈环路诱导更强的IFN-α分泌的激活。P类寡核苷酸至少描述于美国专利系列号11/706,561。
本发明的所述免疫调节寡核苷酸可以为免疫抑制寡核苷酸。上述免疫调节基序可用于之前所述类的免疫抑制寡核苷酸(包括ODN类例如″S类″)的背景。无论何时需要抑制免疫刺激,抑制性,或S类ODN是有用的。抑制性ODN可用于预防和治疗脓毒性休克、炎症、过敏、哮喘、移植排斥、移植物抗宿主病(GvHD)、自体免疫疾病、Th1-或Th2-介导的疾病、细菌感染、寄生性感染、自然流产和肿瘤。抑制性ODN通常可用于抑制表达相关TLR的所有细胞的激活,并且更特异地抑制抗原呈递细胞、B细胞、浆细胞样树突细胞(pDCs)、单核细胞、单核细胞-衍生细胞、嗜酸性粒细胞和嗜中性粒细胞的激活。S类ODN进一步至少描述于美国专利系列号10/977,560。
除了稳定性FANA嘌呤核苷酸之外,所述免疫调节寡核苷酸可以具有稳定化的核苷酸间键合的主链,或具有稳定化的和磷酸二酯核苷酸键合的嵌合主链。″稳定化的核苷酸间键合(核苷酸间键合)″将意味着与磷酸二酯核苷酸间键合相比,对体内降解(例如经由外-或内-核酸酶)相对抗性的核苷酸间键合。优选的稳定化的核苷酸间键合不限制地包括硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、硫代甲基磷酸酯、乙酸磷酸酯、Rp-硫代磷酸酯、Sp-硫代磷酸酯、硼烷磷酸酯或3′-硫甲缩醛,或其组合。其它稳定化的核苷酸包括:非离子性DNA类似物,例如烷基-和芳基-磷酸酯(其中带电荷的膦酸酯氧被烷基或芳基基团取代)、磷酸二酯和烷基磷酸三酯,其中带电荷的氧部分被烷基化。在其任何一个或两个末端包含二元醇、例如四甘醇或六乙二醇的寡核苷酸也已经显示对核酸酶降解为实质上抗性的。
为了本发明的目的,嵌合主链是指部分稳定化的主链,其中至少一个核苷酸间键合为磷酸二酯或磷酸二酯样,并且其中至少一个其它核苷酸间键合为稳定化的核苷酸间键合,其中所述至少一个磷酸二酯或磷酸二酯样键合和所述至少一个稳定化的键合是不同的。由于已经报道硼烷磷酸酯键合相对于磷酸二酯键合是稳定化的,为了主链的嵌合性质,依赖于上下文,硼烷磷酸酯键合可以分类为磷酸二酯样或稳定化的。例如,在一种实施方式中根据本发明的嵌合主链可以包括至少一个磷酸二酯(磷酸二酯或磷酸二酯样)键合和至少一个硼烷磷酸酯(稳定化的)键合。在另一实施方式中根据本发明的嵌合主链可以包括硼烷磷酸酯(磷酸二酯或磷酸二酯样)键合和至少一个硫代磷酸酯(稳定化的)键合。改性的主链例如硫代磷酸酯可以使用自动化技术使用磷酰胺或H-膦酸酯化学法来合成。芳基-和烷基膦酸酯可以例如按照美国专利No.4,469,863所述制造;并且烷基磷酸三酯(其中带电荷的氧部分为烷基化的,如美国专利No.5,023,243和欧洲专利No.092,574所述)可以通过自动化固相合成使用商业上可获得试剂来制备。制造其它DNA主链改性和取代的方法已经描述。Uhlmann E et al.(1990)Chem Rev90:544;Goodchild J(1990)Bioconjugate Chem1∶165。用于制备嵌合寡核苷酸的方法也是已知的。例如Uhlmann等授权的专利已经描述此类技术。
混合主链改性的ODN可以使用商业上获得的DNA合成仪和标准磷酰胺化学法来合成。(F.E.Eckstein,″Oligonucleotides andAnalogues-A Practical Approach″IRL Press.Oxford,UK,1991,and M.D.Matteucci and M.H.Caruthers,Tetrahedron Lett.21,719(1980))。偶联后,PS键合使用Beaucage试剂(R.P.Iyer,W.Egan,J.B.Regan and S.L Beaucage,J.Am.Chem.Soc.112,1253(1990))(0.075M,在乙腈中)或苯乙酰二硫化物(PADS)通过硫化来导入,然后用乙酸酐、在四氢呋喃中的2,6-卢剔啶(1∶1∶8;v∶v∶v)和N甲基咪唑(16%,在四氢呋喃中)加帽。该加帽步骤在硫化反应之后进行以在硫代磷酸酯键合应该位于的位置处最小化不期望的磷酸二酯(PO)键合的形成。在引入磷酸二酯键合的情况下,例如在CpG二核苷酸处,中间的磷-III通过用在水/吡啶中的碘溶液处理来氧化。从固相载体分离后并且通过用浓缩的氨最后去保护(在50℃下15hrs)后,ODN通过使用NaCl-梯度液的Gen-Pak Fax柱(Millipore-Waters)上(例如缓冲液A:在乙腈/水=1∶4/v∶v的pH6.8的10mM NaH2PO4;缓冲液B:在乙腈/水=1∶4/v∶v的1.5M NaCI、10mM NaH2PO4;5至60%B;在30分钟以1ml/min)的HPLC或通过毛细凝胶电泳来分析。所述ODN可以在Source High Performancecolumn(Amersham Pharmacia)上通过HPLC或通过FPLC来纯化。将HPLC-均相级分合并并且经由C18柱或通过超滤来脱盐。所述ODN通过MALDI-TOF质谱来分析以确认计算的质量。
本发明的寡核苷酸还可以包括其它改性。这些包括非离子性DNA类似物,例如烷基-和芳基-磷酸酯(其中带电荷的膦酸酯氧被烷基或芳基基团取代)、磷酸二酯和烷基磷酸三酯,其中带电荷的氧部分被烷基化。在任何一个或两个末端包含二元醇、例如四甘醇或六乙二醇的寡核苷酸也已经显示对核酸酶降解为实质上抗性的。
半软(semi-soft)寡核苷酸为具有部分稳定化主链的免疫刺激寡核苷酸,其中磷酸二酯或磷酸二酯样核苷间键合仅在至少一个内部嘧啶核苷-鸟嘌呤核苷(YG)二核苷酸内出现。半软寡核苷酸比具有全部稳定化主链的免疫刺激寡核苷酸具有许多优点。例如,相对于相应的全部稳定化的免疫刺激寡核苷酸,半软寡核苷酸可以拥有增加的免疫刺激潜力。
在一些实施方式中所述YZ二核苷酸为YG二核苷酸,其中G为鸟嘌呤核苷或改性的鸟嘌呤核苷。在一些实施方式中所述鸟嘌呤核苷为FANA-改性的鸟嘌呤核苷。
除了在优选内部位置的磷酸二酯或磷酸二酯样核苷酸间键合之外,免疫调节寡核苷酸将通常包括对降解为抗性的5′和3′末端。此类抗降解末端可以包括任何合适的改性,其导致与相应地未改性的末端相比对外切核酸酶消化增加的抗性。例如,所述5′和3′末端可以通过其中包括至少一个所述主链的磷酸酯改性来稳定化。在优选的实施方式中,所述在各末端处所述至少一个主链的磷酸酯改性为独立地硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯,甲基膦酸酯或甲基硫代磷酸酯核苷酸间键合。在另一实施方式中,所述抗降解末端在3′末端处包括被肽或酰胺键合连接的一个或多个核苷酸单元。
磷酸二酯核苷酸间键合为特征在于在自然中发现的寡核苷酸的键合类型。所述磷酸二酯核苷酸间键合包括被两个桥氧原子侧接并且还被两个另外的氧原子(一个带电,另一个不带电)结合的磷原子。当降低寡核苷酸的组织半衰期是重要的时,磷酸二酯核苷酸间键合是特别优选的。
磷酸二酯样核苷酸间键合为含磷桥基团,其与磷酸二酯化学地和/或非对映体地(diastereomerically)地类似。与磷酸二酯相似性的测定包括对核酸酶消化的易感性和激活RNA酶H的能力。这样例如磷酸二酯,而不是硫代磷酸酯寡核苷酸对核酸酶消化是易感性的,而磷酸二酯和硫代磷酸酯寡核苷酸都激活RNA酶H。在优选的实施方式中所述磷酸二酯样核苷酸间键合为硼烷磷酸酯(或等效地,硼烷膦酸酯)键合。美国专利No.5,177,198;美国专利No.5,859,231;美国专利No.6,160,109;美国专利No.6,207,819;Sergueev etal.,(1998)J Am Chem Soc 120:9417-27。在另一优选实施方式中,所述磷酸二酯样核苷酸间键合为非对映体地纯Rp硫代磷酸酯。认为非对映体地纯Rp硫代磷酸酯对于核酸酶消化是更易感受性的,并且比混合或非对映体地纯Sp硫代磷酸酯更擅长激活RNA酶H。CpG寡核苷酸的立体异构体为共同未决的(co-pending)的1999年7月27日提交的美国专利申请09/361,575,以及出版的PCT申请PCT/US 99/17100(WO 00/06588)的主题。应该注意为了本发明的目的,术语磷酸二酯样核苷酸间键合特定地排除二硫代磷酸酯和甲基膦酸酯核苷酸间键合。
与天然RNA和DNA相比,本发明的免疫刺激寡核苷酸可以包括各种化学改性和取代,包括磷酸二酯核苷酸间桥,β-D-核糖单元和/或天然核苷酸碱基(腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶、尿嘧啶)。对本领域技术人员而言化学改性的实例是已知的并且描述于例如Uhlmann E et al.(1990)Chem Rev 90:543;″Protocols forOligonucleotides and Analogs″Synthesis and Properties&Synthesis and Analytical Techniques,S.Agrawal,Ed,HumanaPress,Totowa,USA 1993;Crooke ST et al.(1996)Annu RevPharmacol Toxicol 36:107-129;and Hunziker J et al.(1995)ModSynth Methods 7:331-417。根据本发明的寡核苷酸可以具有一种或多种改性,其中与由天然DNA或RNA组成的相同序列的寡核苷酸相比,各改性位于特定的磷酸二酯核苷酸间桥处和/或在特定β-D-核糖单元处和/或在特定的天然核苷酸碱基位置处。
例如,本发明涉及这样的寡核苷酸,其可以包括一种或多种改性,并且其中各改性独立地选自:
a).位于核苷酸3′和/或5′末端的磷酸二酯核苷酸间桥被改性的核苷酸间桥(internucleotide bridge)取代,
b).位于核苷酸3′和/或5′末端的磷酸二酯桥被脱磷桥(dephospho bridge)取代,
c).来自糖磷酸酯主链的糖磷酸酯单元被另一单元取代,
d).β-D-核糖单元被改性的糖单元取代,和
e).天然核苷酸碱基被改性的核苷酸碱基取代。
寡核苷酸的化学改性的更具体的实施例如下。
位于核苷酸3′和/或5′末端的磷酸二酯核苷酸间桥可以被改性的核苷酸间桥取代,其中所述改性的核苷酸间桥例如选自:硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯,NR1R2-磷酰胺,硼烷磷酸酯,α-羟基苯基膦酸酯、磷酸酯-(C1-C21)-O-烷基酯、磷酸酯-[(C6-C12)芳基-(C1--C21)-O-烷基]酯、(C1-C8)烷基膦酸酯和/或(C6-C12)芳基膦酸酯桥、(C7-C12)-α-羟甲基-芳基(例如公开于WO 95/01363),其中(C6-C12)芳基,(C6-C20)芳基和(C6-C14)芳基任选地被卤素、烷基、烷氧基、硝基、氰基取代,并且其中R1和R2相互独立地为氢、(C1-C18)-烷基,(C6-C20)-芳基,(C6-C14)-芳基-(C1-C8)-烷基,优选氢、(C1-C8)-烷基,优选(C1-C4)-烷基和/或甲氧基乙基,或R1和R2与携带它们的氮原子一起形成5-6元杂环,其可以另外的包含来自O、S和N的其它的杂原子。
位于核苷酸3′和/或5′末端的磷酸二酯桥被脱磷桥(脱磷桥描述于例如Uhlmann E and Peyman A in″Methods in Molecular Biology″,Vol.20,″Protocols for Oligonucleotides and Analogs″,S.Agrawal,Ed.,Humana Press,Totowa 1993,Chapter 16,pp.355ff)取代,其中脱磷桥例如选自脱磷桥甲缩醛(formacetal)、3′-硫甲缩醛、甲基羟基胺、肟、亚甲基二甲基-肼撑(hydrazo)、二甲基砜和/或甲硅烷基基团。
来自糖磷酸酯主链(即,糖磷酸酯主链由糖磷酸酯单元组成)的糖磷酸酯单元(即β-D-核糖和磷酸二酯核苷酸间桥一起形成糖磷酸酯单元)可以被另一单元取代,其中另一单元例如适合于构建″吗啉基-衍生物″寡聚体(如例如描述于Stirchak EP et al.(1989) NucleicAcids Res 17:6129-41),即,例如被吗啉基-衍生物单元取代;或构建聚酰胺核酸(″PNA″;如例如描述于Nielsen PE et al.(1994)Bioconjug Chem 5:3-7),即,例如被PNA主链单元,例如被2-氨基乙基甘氨酸取代。
术语″核酸″和″寡核苷酸″还包括具有取代或改性的核酸或寡核苷酸,例如在碱基和/或糖中。例如,它们包括具有主链糖的核酸,其在共价地连接至除了2′位置的羟基基团和除了在5′位置的磷酸酯基团或羟基基团的低分子量有机基团。这样改性的核酸可以包括2′-O-烷基化核糖基团。此外,改性的核酸可以包括糖例如代替核糖的阿拉伯糖或2′-氟代阿拉伯糖。这样,所述寡核苷酸可以在主链组成上是异源的,由此包含任何可能的连接在一起的聚合物单元的组合例如肽-核酸(其具有具有核酸碱基的氨基酸主链)。
寡核苷酸还包括取代的嘌呤和嘧啶例如C-5丙炔嘧啶和7-脱氮-7-取代嘌呤改性碱基。Wagner RW et al.(1996)Nat Biotechnol14:840-4。嘌呤和嘧啶包括但不限于腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、5-甲基胞嘧啶、5-羟基胞嘧啶、5-氟代胞嘧啶、2-氨基嘌呤、2-氨基-6-氯代嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、次黄嘌呤和其它天然或非天然发生的核苷碱基、取代和未取代的芳香部分(aromatic moieties)。其它此类改性对本领域技术人员而言是已知的。
改性碱基为这样的任何碱基,其与在DNA和RNA中典型地发现的天然发生的碱基例如T,C,G,A和U化学上明显不同但其与这些天然发生的碱基共有基本的或碱基化学结构。改性的核苷酸碱基可以为例如选自:次黄嘌呤、尿嘧啶、二氢尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、4-硫尿嘧啶、5-氨基尿嘧啶、5-(C1-C6)-烷基尿嘧啶、5-(C2-C6)-链烯基尿嘧啶、5-(C2-C6)-炔基尿嘧啶、5-(羟甲基)尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-羟基胞嘧啶、5-(C1-C6)-烷基胞嘧啶、5-(C2-C6)-链烯基胞嘧啶、5-(C2-C6)-炔基胞嘧啶、5-氯胞嘧啶、5-氟胞嘧啶、5-溴胞嘧啶、N2-二甲基鸟嘌呤、2,4-二氨基-嘌呤、8-氮杂嘌呤、取代的7-脱氮嘌呤,优选7-脱氮-7-取代的和/或7-脱氮-8-取代的嘌呤、5-羟甲基胞嘧啶、N4-烷基胞嘧啶例如N4-乙基胞嘧啶、5-羟甲基胞嘧啶、6-硫代鸟嘌呤、硝基吡咯、C5-丙炔基嘧啶和二氨基嘌呤例如2,6-二氨基嘌呤、5-甲基胞嘧啶、2-氨基嘌呤、2-氨基-6-氯嘌呤、次黄嘌呤或天然核苷酸碱基的其它改性。该列表旨在列举而不解释为受限。
除了上述FANA-改性之外,本发明的免疫调节寡核苷酸可以具有其它类型的糖改性。如同FANA改性一样,β-核糖单元或β-D-2′-脱氧核糖单元可以被改性的糖单元代替,其中所述改性的糖单元为例如选自β-D-核糖,α-D-2′-脱氧核糖、L-2′-脱氧核糖、2′-F-2′-脱氧核糖、2′-O-(C1-C6)烷基-核糖,优选2′-O-(C1-C6)烷基-核糖为2′-O-甲基核糖、2′-O-(C2-C6)链烯基-核糖、2′-[O-(C1-C6)烷基-O-(C1-C6)烷基]-核糖、2′-NH2-2′-脱氧核糖、β-D-木糖基(xylo)-呋喃糖、α-阿拉伯呋喃糖、2,4-二脱氧-β-D-erythro-hexo-吡喃糖和碳环的(描述于例如Froehler J(1992)Am Chem Soc 114:8320)和/或开链糖类似物(描述于例如Vandendriessche et al.(1993)Tetrahedron49:7223)和/或双环糖(bicyclosugar)类似物(描述于例如TarkovM et al.(1993)Helv Chim Acta 76:481)。在一些实施方式中,所述改性为2′-O-甲氧基乙基核糖、2′-O-亚丙基核糖、2′-O-丁基核糖、2′-O-(2-甲氧基乙基)、2′-O,4′-C-亚烷基-联核糖(亚烷基为亚甲基(LNA)或亚乙基)、2′-脱氧-2′-氟代核糖、3′-O-甲基核糖、1′,2′-二脱氧核糖;阿拉伯糖、1′-甲基阿拉伯糖、3′-羟甲基阿拉伯糖、4′-羟甲基-阿拉伯糖或1,5-脱水己糖醇。
在本文所述的特定化学式中,定义了一组改性碱基。例如字母Y用于表示嘧啶,并且在一些实施方式中为包含胞嘧啶或改性胞嘧啶的核苷。本文所用的改性胞嘧啶为胞嘧啶的天然发生或非天然发生的嘧啶碱基类似物,其可以取代该碱基而不削弱该寡核苷酸的免疫刺激活性。改性胞嘧啶包括但不限于5-取代的胞嘧啶例如(5-甲基-胞嘧啶、5-氟-胞嘧啶、5-氯-胞嘧啶、5-溴-胞嘧啶、5-碘-胞嘧啶、5-羟基-胞嘧啶、5-羟甲基-胞嘧啶、5-二氟甲基-胞嘧啶、和未取代的或取代的5-炔基-胞嘧啶)、6-取代的胞嘧啶、N4-取代的胞嘧啶(例如N4-乙基-胞嘧啶)、5-氮杂-胞嘧啶、2-巯基-胞嘧啶、异胞嘧啶、假-异胞嘧啶、具有稠环系统的胞嘧啶类似物(例如N,N′-亚丙基胞嘧啶或吩口恶嗪),和尿嘧啶5′-取代的尿嘧啶类似物例如5-氟-尿嘧啶,5-溴-尿嘧啶,5-溴乙烯基-尿嘧啶,4-硫代-尿嘧啶,5-羟基-尿嘧啶,5-丙炔基-尿嘧啶。一些优选的胞嘧啶包括5-甲基-胞嘧啶,5-氟-胞嘧啶,5-羟基-胞嘧啶,5-羟甲基-胞嘧啶,和N4-乙基-胞嘧啶。在本发明的另一实施方式中,所述胞嘧啶碱基被普通碱基(universal base)(例如3-硝基吡咯,P-碱基)、芳香环系统例如氟代苯或二氟代苯)或H原子(dSpacer)取代。
字母Z用于表示嘌呤或无碱基残基,在一些实施方式中为鸟嘌呤或改性鸟嘌呤碱基。本文所用的改性鸟嘌呤为鸟嘌呤的天然发生或非天然发生的嘌呤碱基类似物,其可以取代该碱基而不削弱该寡核苷酸的免疫刺激活性。改性的鸟嘌呤包括但不限于7-脱氮鸟嘌呤,7-脱氮-7-取代的鸟嘌呤(例如7-脱氮-7-(C2-C6)炔基鸟嘌呤),7-脱氮-8-取代的鸟嘌呤,次黄嘌呤,N2-取代的鸟嘌呤(例如N2-甲基-鸟嘌呤),5-氨基-3-甲基-3H,6H-噻唑[4,5-d]嘧啶-2,7-二酮,2,6-二氨基嘌呤,2-氨基嘌呤,嘌呤,吲哚,腺嘌呤,取代的腺嘌呤(例如N6-甲基-腺嘌呤,8-氧-腺嘌呤)8-取代的鸟嘌呤(例如8-羟基鸟嘌呤和8-溴鸟嘌呤),和6-硫代鸟嘌呤。这些改性的鸟嘌呤碱基可以为FANA改性的残基。在本发明的另一实施方式中,在免疫调节基序中的鸟嘌呤碱基的一种被普通碱基(例如4-甲基-吲哚,5-硝基-吲哚和K-碱基)、芳香环系统(例如苯并咪唑或二氯-苯并咪唑,1-甲基-1H-[1,2,4]三唑-3-羧酸酰胺)或氢原子(dSpacer)取代。在该实施方式中其它鸟嘌呤碱基为FANA-改性的残基。
在一些实施方式中所述寡核苷酸包一种或多种回文序列。如本文所用,″回文结构(palindrome)″和等价地,″回文序列″是指反向重复,即序列例如ABCDEE′D′C′B′A′,其中A和A′,B和B′,等为能够形成通常的Watson-Crick碱基对的碱基。在一些情况下所述回文为富GC的。富GC的回文结构为具有至少三分之二的G和C的碱基组成的回文。在一些实施方式中富GC的结构域优选3′于″B细胞刺激结构域″。在10碱基长的富GC的回文结构的情况下,回文结构这样包含至少8个G′和C′。在12碱基长的富GC的回文结构的情况下,回文结构也包含至少8个G′和C′。在14碱基长的富GC的回文结构的情况下,回文结构的至少10个碱基为G′和C′。在一些实施方式中富GC的回文结构排他的由G和C组成。在一些实施方式中寡核苷酸包含超过1个回文序列。
DNA为通过3′-5′磷酸二酯键合连接的脱氧核糖核苷酸的聚合物。本发明的聚合物的单元还可以通过3′-5′磷酸二酯键合连接。然而,本发明还包括具有不常见核苷酸间键合的聚合物,所述不常见核苷酸间键合具体地包括5′-5′,3′-3′,2′-2′,2′-3′,和2′-5′核苷酸间键合。在一种实施方式中此类不常见键合从免疫刺激DNA基序中排除,即使一种或多种此类键合可以在聚合物内的别处出现。对于具有游离端的聚合物,一个3′-3′核苷酸间键合的引入可以产生具有两个游离5′末端的聚合物。相反地,对于具有游离端的聚合物,一个5′-5′核苷酸间键合的引入可以产生具有两个游离3′末端的聚合物。
本发明的免疫刺激组合物可以包含两个或多个能够通过支链单元连接的免疫刺激DNA基序。所述核苷酸间键合可以为3′-5′,5′-5′,3′-3′,2′-2′,2′-3′,或2′-5′键合。由此,根据脱氧核糖的碳原子选择命名2′-5′。然而,如果使用非天然糖部分,例如环扩大(ring-expanded)的糖类似物(例如己糖、环己烯或吡喃糖)或二-或三环糖类似物,然后该命名根据单体的命名改变。该不常见核苷酸间键合可以为磷酸二酯键合,但其可备选地改性为硫代磷酸酯或如本文所述的任何其它改性键合。式I显示支链DNA寡聚体和经由核苷酸支链单元的本发明的改性寡核糖核苷酸类似物的通式结构。由此Nu1,Nu2和Nu3通过3-5、5′-5′、3′-3′,2′-2′,2′-3′,或2′-5′-键合连接。DNA寡聚体的支链化可以包括使用非核苷酸连接子和无碱基间隔子。在一种实施方式中,Nu1,Nu2和Nu3代表相同或不同的免疫刺激DNA基序。
Figure GPA00001091846000201
式I
改性的寡核糖核苷酸类似物可以包含doubler(双重)或trebler(三重)单元(Glen Research,Sterling,VA),特别是具有3′-3′键合的那些改性寡脱氧核糖核苷酸类似物。在一种实施方式中的doubler单元可以基于1,3-双-[5-(4,4′-二甲氧基三苯甲氧基(trityloxy))戊基氨基]丙基-2-[(2-氰乙基)-(N,N-二异丙基)]-亚磷酰胺。在一种实施方式中的trebler单元可以基于三-2,2,2-[3-(4,4′-二甲氧基三苯甲氧基)丙氧基甲基]乙基-[(2-氰乙基)-(N,N-二异丙基)]-亚磷酰胺的引入。通过多个doubler(双重),trebler(三重),或其它倍增单元使改性寡核糖核苷酸类似物支链化产生为本发明进一步实施方式的树枝状大分子(dendrimer)。与非支链形式的类似物相比,特别对于免疫刺激RNA和DNA(例如具有不同免疫效果的TLR3,TLR7,TLR8,和TLR9)的组合,支链化的改性寡核糖核苷酸可以产生受体的交联。此外,支链或另外的多聚体类似物的合成可以抗降解而稳定DNA,并且能够使弱的或部分有效的DNA序列以发挥治疗上有用水平的免疫活性。改性的寡脱氧核糖核苷酸类似物还可以包含由肽改性剂或寡核苷酸改性剂(Glen Research)产生的连接子单元(linker unit)。此外,改性的寡脱氧核糖核苷酸类似物可以包含一个或多个天然或非天然氨基酸残基,其通过肽(酰胺)键合连接至所述聚合物。
免疫调节寡核苷酸可以包含至少一个间接键合。直接键合是指如本文所述的磷酸酯或改性磷酸酯键合,没有插入的连接子部分(intervening linker moiety)。插入的连接子部分(interveninglinker moiety)为不同于本文所述的磷酸酯或改性磷酸酯键合的有机部分,其可以包括例如聚乙二醇、1,2-丙二醇、甘油或甘油类似物、三甘醇、六乙二醇、dSpacer(即,无碱基脱氧核苷酸)、doubler单元,或trebler单元。
该键合优选由C,H,N,O,S,B,P和卤素组成,包含3至300个原子。具有3个原子的实例为乙缩醛键合(ODN1-3′-O-CH2-O-3′-ODN2),将例如一个核苷酸的3′-羟基连接至第二寡核苷酸的3′-羟基。具有约300个原子的实例为PEG-40(四十烷聚乙二醇)。优选的键合为磷酸二酯,硫代磷酸酯,甲基膦酸酯,磷酰胺,硼烷膦酸酯、酰胺、醚、硫醚、缩醛(aceta)、硫缩醛、尿素、硫脲、磺酰胺、席夫碱和二硫化物键合。还可以使用SolulinkBioConjugation System即,(www.trilinkbiotech.com)。
如果寡核苷酸由两个或多个序列部分组成,这些部分可以相同或不同。这样,在具有3′3′-键合的寡核苷酸中,该序列可以为相同的5′-ODN1-3′3′-ODN1-5′或不同的5′-ODN1-3′3′-ODN2-5′。此外,各种寡核苷酸部分的化学改性以及连接它们的连接子可以不同。由于短寡核苷酸的摄入比长寡核苷酸的摄入似乎是较无效的,两个或多个短序列的连接导致改进的免疫刺激。该短寡核苷酸的长度优选2-20个核苷酸,更优选3-16个核苷酸,但最优选5-10个核苷酸。
该寡核苷酸部分序列还可以通过非核苷酸连接子连接。非核苷酸连接子是指不是核苷酸或其聚合物(即,多核苷酸)的任何连接子元件,其中核苷酸包括嘌呤或嘧啶核苷碱基和糖磷酸酯,特别是非碱基连接子(dSpacers)、三甘醇单元或六乙二醇单元。此外优选的连接子为烷基氨基连接子,例如C3,C6,C12氨基连接子和烷基硫醇连接子,例如C3或C6硫醇连接子。寡核苷酸还可以通过芳香残基连接,所述芳香残基可以被烷基或取代烷基进一步取代。
本发明的免疫调节ODN还可以采用同时具有一级和二级结构的共价闭合的、哑铃形分子的形式。在一种实施方式中,此类环状寡核糖核苷酸包括通过插入的双链片段(intervening double-strandedsegment)连接的两个单链环。在一种实施方式中至少一个单链环包括本发明的免疫调节DNA基序。本发明的其它共价闭合的、哑铃形分子包括嵌合DNA:RNA分子,其中,例如,双链片段至少部分为DNA(例如,同源二聚体dsDNA或异源二聚DNA:RNA),并且至少一个单链环包括本发明的免疫调节DNA基序。备选地,嵌合分子的双链片段为DNA。
免疫调节ODN可以分离。分离的分子为基本上纯并且不包含其它物质的分子,且通常发现所述其它物质某种程度上在自然或在体内系统中用于其指定用途和适合其指定用途。具体地,免疫调节ODN为基本上纯的,并且基本上不含细胞的其它生物组分,以用于例如产生药物制剂。由于本发明的分离的免疫调节ODN可以在药物制剂中与药学上可接受的载体混合,该免疫调节ODN可以仅构成少量重量百分比的该制剂。虽然如此该免疫调节ODN为基本上纯的,原因在于其已经从活体系统中可与其相关的物质充分地分离。
为了促进摄入细胞,在一些实施方式中该免疫刺激寡核苷酸在长度上为8至100个碱基的范围。典型地,如果充分的免疫刺激基序存在,比6个核苷酸大(甚至几kb长)的任何大小的寡核苷酸能够诱导根据本发明的免疫应答。在一些实施方式中该寡核苷酸在长度上少于15个核苷酸。
在一种实施方式中本发明的组合物进一步包括共价地连接至聚合物的至少一端的polyG序列,其中各polyG序列独立地包括4-10个连续地鸟苷核苷,所述鸟苷核苷选自鸟苷核糖核苷、鸟苷脱氧核糖核苷,和其任意组合。在一种实施方式中的polyG序列包括稳定化的核苷酸间磷酸酯键合,例如硫代磷酸酯键合。PolyG序列可以赋予许多生物和物理化学性质,包括抗核酸酶的稳定性、增强的细胞摄入,某些细胞因子的抑制、和二级或分子间结构(包括所谓的G-四联体)的形成。在一种实施方式中,该聚合物具有3′末端,并且该polyG序列共价地连接至该3′末端。该polyG序列可以经由任何合适的直接或间接键合,通常经由主链键合共价地连接至该聚合物。
在一方面本发明提供本发明的免疫调节寡核苷酸和亲脂性改性的缀合物。亲脂性基团通常可以为、改性胆甾醇基、胆固醇衍生物、还原的胆固醇(reduced cholesterol)、取代的胆固醇、胆甾烷、C16烷基链、胆汁酸、胆酸、牛磺胆酸、脱氧胆酸酯(盐)、石胆酸油酯(oleyllitocholic acid)、胆烯酸油酯、糖脂、磷脂、鞘脂和类异戊二烯,例如类固醇、维生素,例如维生素E,饱和脂肪酸、不饱和脂肪酸、脂肪酸酯例如三甘油酯、芘、紫菜碱、Texaphyrine、金刚烷、吖啶、生物素、香豆素、荧光素、罗丹明、Texas-Red、地高辛、二甲氧基三苯甲基、叔丁基二甲氧基甲硅烷基、叔丁基二戊基甲硅烷基、花青染料(例如Cy3或Cy5)、Hoechst 33258染料、补骨脂素或布洛芬。在特定实施方式中亲脂性部分选自胆甾基、棕榈基和脂肪酰基。在一种实施方式中该亲脂性部分为胆甾基。认为在本发明的免疫调节寡核苷酸中的一种或多种此类亲脂性部分的引入赋予它们通过核酸酶抗降解的另外的稳定性。当在本发明的单一免疫调节寡核苷酸中存在两个或多个亲脂性部分时,各亲脂性部分可以相互独立地选择。
在一种实施方式中,该亲脂性基团连接至该免疫调节寡核苷酸的核苷酸的2′-位置。亲脂性基团可以备选地或另外连接至免疫调节寡核苷酸的核苷酸的杂环核苷碱基。该亲脂性部分可以经由任何直接或间接的键合共价地连接至该免疫调节寡核苷酸。在一种实施方式中该键合为直接的并且为酯或酰胺。在一种实施方式中,该键合为间接的并且包括间隔子部分,例如一种或多种无碱基核苷酸残基、多甘醇(oligoethyleneglycol)例如三甘醇(间隔子9)或六乙二醇(间隔子18)或烷烃-二醇,例如丁二醇。
本发明包括本发明的免疫调节寡核苷酸用于治疗受试者的用途,所述受试者患有可以通过免疫应答的刺激或抑制而治疗的状况。这样,本发明的免疫刺激寡核苷酸用于治疗感染、癌症、过敏、哮喘、炎症状况或自体免疫疾病。
在本发明的某些方面该免疫调节寡核苷酸还用于治疗有发展过敏或哮喘、具有感染性有机体的感染,或癌症的风险的受试者。本文所用的有风险的受试者为具有任何暴露至引起感染的病原体或具有癌症或过敏的任何风险或发展癌症的风险的受试者。例如,有风险的受试者可以为计划旅行至其中发现特定类型的传染原的地区的受试者,或其可以为通过生活方式或医学途径暴露至可能包含感染性有机体的体液或间接暴露至有机体的受试者,或甚至为生活在其中已经鉴定出感染性有机体或过敏原的任何受试者。有发展感染风险的受试者还包括医疗机构推荐用特定的感染性有机体抗原接种的普通人群。如果抗原为过敏原和受试者发展对该特定抗原的过敏性应答以及受试者可以暴露至抗原,即在花粉季节,那么该受试者有暴露至该抗原的风险。有发展过敏或哮喘风险的受试者包括已经鉴定为在免疫调节寡核苷酸治疗期间具有过敏或哮喘但不具有活动性疾病(active disease)的受试者以及由于遗传或环境因子认为有发展这些疾病的风险的受试者。
有发展癌症风险的受试者为具有发展癌症的高可能性的那些。这些受试者包括,例如,具有遗传异常(其存在已经证明与发展癌症的更高可能性相关)的受试者,和暴露至致癌试剂例如烟草、石棉、或其它化学毒素的受试者,或其之前已经就癌症治疗并且在明显的缓解中的受试者。当有发展癌症(对其受试者有发展的风险)的受试者用对该癌症类型特异的抗原和CpG免疫刺激寡核苷酸治疗时,受试者可以能够杀死它们发展的癌细胞。如果肿瘤开始在受试者中形成,受试者将发展针对肿瘤抗原的特异性免疫应答。
患有过敏的受试者为应答于过敏原患有过敏反应或有风险发展过敏反应的受试者。过敏是指针对物质(过敏原)的获得性超敏性。过敏状况包括但不限于湿疹、过敏性鼻炎(rhinitis)或鼻炎(coryza)、花粉热、结膜炎、支气管哮喘、荨麻疹(urticaria)((荨麻疹(hives))或食物过敏,和其它特应性状况。
过敏通常由针对无害过敏原的IgE抗体产生引起。由全身性或粘膜施用免疫调节寡核苷酸诱导的细胞因子主要是称为Th1的类(实例为IL-12,IP-10,IFN-α和IFN-γ),并且这些诱导体液和细胞免疫应答。与IL-4和IL-5细胞因子相关的其它主要类型的免疫应答,命名为Th2免疫应答。通常,似乎过敏性疾病通过Th2类免疫应答介导。基于免疫调节寡核苷酸在受试者中将免疫应答从主要Th2(其与IgE抗体的产生和过敏相关)改变为平衡的Th2/Th1应答(其针对过敏反应为保护性的)的能力,用于诱导免疫调节寡核苷酸的免疫应答的有效剂量可以施用至受试者以治疗或预防哮喘和过敏。
这样,该免疫调节寡核苷酸在治疗过敏性和非过敏性状况例如哮喘中具有显著的治疗效用。Th2细胞因子,特别是IL-4和IL-5在哮喘受试者的气道中升高。这些细胞因子促进哮喘性炎症应答的重要方面,包括IgE同位素交换(isotope switching)、嗜酸性细胞趋化性(eosinophil chemotaxis)和激活以及肥大细胞生长。Th1细胞因子,特别是IFN-γ和IL-12,能够抑制Th2克隆的形成和Th2细胞因子的产生。哮喘是指特征在于炎症、气道狭窄和气道对吸入剂(inhaledagent)的增加反应性的呼吸系统的障碍。哮喘为经常地,尽管非排他性地与特应性症状相关。
本发明的免疫调节寡核苷酸还可以与抗过敏治疗组合施用。用于治疗或预防过敏的传统方法涉及过敏药剂或脱敏治疗的使用。用于治疗或预防过敏的一些发展的治疗包括中和抗-IgE抗体的使用。阻断过敏反应化学介体的效应的抗组胺和其它药物有助于调节过敏症状的严重性,但不预防过敏反应,并且对继发的过敏应答无效果。通过给予少量剂量的过敏原,通常通过在皮肤下注射进行脱敏治疗,以诱导针对过敏原的IgG-型应答。认为IgG抗体的存在有助于中和由于IgE抗体的诱导引起的介体的产生。最初,受试者用非常低剂量的过敏原治疗以避免诱导的严重反应,并且该剂量缓慢地增加。该类型的治疗是危险的,因为受试者实际上施用引起过敏反应的化合物,并且能够引起严重的过敏反应。
抗过敏药剂包括,但不限于,抗组胺、糖皮质激素和前列腺素诱导剂。抗组胺为对抗由肥大细胞或嗜碱细胞释放的组胺的化合物。这些化合物在本领域是已知的并且通常用于治疗过敏。抗组胺包括,但不限于,阿伐斯汀(acrivastine)、阿司咪唑、阿扎他定、氮卓斯汀、倍他司汀、溴非尼腊明、氯苯丁嗪(buclizine)、西替立嗪、西替立嗪类似物、氯屈米、氯马斯汀、CS 560、赛庚啶、地氯雷他定、右氯苯那敏、依巴斯汀、依匹那丁、非索非那定、HSR 609、羟嗪、左卡巴司汀、氯雷他定、甲基东莨菪碱、咪唑斯汀、诺阿斯米唑、苯茚达明、普鲁米近、吡拉明、特非那定和曲尼司特。
糖皮质激素包括,但不限于,甲基强的松龙,脱氢皮质(甾)醇,泼尼松,氯地米松,布地缩松,地塞米松,氟尼缩松,丙酸氟替卡松和曲安西龙。尽管地塞米松为具有抗炎症作用的糖皮质激素,其不是经常地以吸入形式用于治疗过敏或哮喘,因为其是高度吸收的,并且其以有效剂量具有长期的抑制副作用。然而,根据本发明地塞米松可用于治疗过敏或哮喘,因为当与本发明的组合物组合施用时其能够以低剂量施用以降低副作用。与糖皮质激素使用相关的一些副作用包括咳嗽、发声困难、鹅口疮(念珠菌病),并且以更高剂量时,全身性效应例如肾上腺抑制、葡萄糖耐受不良、骨质疏松症、无菌性骨坏死、白内障形成、生长抑制、高血压、肌无力、皮肤变薄(skin thinning)和易瘀紫(easy bruising)。Barnes&Peterson(1993)Am Rev RespirDis 148:S1-S26;and Kamada AK et al.(1996)Am J Respir CritCare Med 153:1739-48。
本发明的寡核苷酸和方法可以单独使用或与用于治疗哮喘的其它试剂和方法组合使用。在一个方面本发明提供治疗患有哮喘的受试者的方法。根据本发明这方面的方法包括施用至患有哮喘的受试者以有效量的本发明的组合物以治疗受试者的步骤。
在一个方面本发明提供治疗患有哮喘的受试者的方法。根据本发明这方面的方法包括施用至患有哮喘的受试者以有效量的本发明的组合物和抗哮喘治疗以治疗受试者的步骤。
本文所用的″哮喘″是指特征在于炎症、气道狭窄和气道对吸入剂(inhaled agent)的增加反应性的呼吸系统的障碍。哮喘为频繁地,尽管非排他性地与特应性或过敏性状况相关。哮喘的症状包括由气流阻塞引起的哮鸣、气绝、胸闷和咳嗽的复发性的发作(recurrentepisodes)。与哮喘相关的气道炎症可以通过观察许多生理学改变,例如气道上皮细胞的脱落、基膜下的胶原沉积、水肿、肥大细胞激活、炎症细胞渗透,包括中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和淋巴细胞。作为气道炎症的结果,哮喘患者通常经受气道高应答性、气流受限、呼吸症状和疾病慢性。气流受限包括急性支气管收缩、气道水肿、粘液栓形成、和气道重塑、通常导致支气管阻塞的特征。在哮喘的某些情况下,可以出现亚基底膜纤维化(sub-basement membrane fibrosis),导致肺功能中的持续异常。
过去几年的研究已经揭露哮喘可能由炎症细胞、介体(mediator)和在气道中驻留的其它细胞和组织产生。肥大细胞、嗜酸性粒细胞、上皮细胞、巨噬细胞和激活的T细胞都在与哮喘相关的炎症过程中起重要作用。Djukanovic R et al.(1990)Am Rev Respir Dis142:434-457。认为这些细胞可以通过分泌预形成和新合成的介体影响气道功能,所述介体可以直接或间接地作用在局部组织上。还已经意识到T淋巴细胞的亚群(Th2)在调节气道中的过敏炎症上通过释放选择性细胞因子和建立疾病慢性(disease chronicity)起重要作用。Robinson DS et al.(1992)N Engl J Med 326:298-304。
哮喘为在发育的不同阶段产生的复杂疾病,并且可以基于症状的程度分类为急性、亚急性或慢性。急性炎症应答与细胞的早期补充入气道有关。亚急性炎症应答包括细胞的补充以及引起更持久模式炎症的驻留细胞(resident cell)的激活。慢性炎症应答的特征在于细胞损伤的持续水平和正在进行的修复过程,其可以导致在气道中的永久异常。
″患有哮喘的受试者″为患有特征在于炎症和气道狭窄和气道对吸入剂(inhaled agent)的增加反应性的呼吸系统的障碍的受试者。与哮喘的起始相关的因素包括,但不限于,过敏原、低温、锻炼、病毒感染和SO2
如上所述,哮喘可以与Th2-类型的免疫应答有关,其至少部分特征在于Th2细胞因子IL-4和I L-5,以及抗体亚型转变为IgE。Th1和Th2免疫应答相互对立的调节,因此针对Th1-型免疫应答的免疫应答的偏移可以预防或加剧Th2-型免疫应答,包括过敏。本发明的免疫调节寡核苷酸因此单独地用于治疗患有哮喘的受试者,因为所述类似物可以偏移(skewing)针对Th1-型免疫应答。作为选择或另外,本发明的改性寡核糖核苷酸类似物可以与过敏原组合使用以治疗患有哮喘的受试者。
本发明的免疫调节寡核苷酸还可以与哮喘治疗组合施用。用于治疗或预防哮喘的传统方法包括使用抗过敏治疗(如上所述)和许多其它试剂,包括吸入剂(inhaled agent)。
用于治疗哮喘的药物通常分成两类,快速缓解药物和长期控制药物。哮喘患者每日(on a daily basis)服用长期控制药物以实现和保持持续哮喘的控制。长期控制药物包括抗炎症试剂例如糖皮质激素、色甘酸钠(chromolyn sodium)和萘多罗米;长作用支气管扩张剂,例如长作用β2-激动剂和甲基黄嘌呤;和白三烯改性剂。快速缓解药物包括短作用β2-激动剂、抗-胆碱能药物和合成的糖皮质激素。存在与这些药物的每一个相关的许多副作用,没有药物单独或组合能够预防或完全治疗哮喘。
抗哮喘药物包括,但不限于,PDE-4抑制剂、支气管扩张剂/β-2激动剂、K+离子开放剂、VLA-4拮抗剂、神经因子拮抗剂、血栓素A2(TXA2)合成抑制剂、黄嘌呤、花生四烯酸拮抗剂、5脂肪氧合酶抑制剂、TXA2受体拮抗剂、TXA2拮抗剂、5-lipox激活蛋白的抑制剂和蛋白酶抑制剂。
支气管扩张剂/β2激动剂为引起支气管扩张或平滑肌舒张的一类化合物。支气管扩张剂/β2激动剂包括,但不限于,沙美特罗,沙丁胺醇(salbutamol),舒喘灵(albuterol),特布他林,D2522/福莫特罗,非诺特罗,比托特罗,吡布特罗甲基黄嘌呤(pirbuerolmethylxanthines)和间羟异丙肾上腺素(orciprenaline)。长作用β2激动剂和支气管扩张剂为用于长期预防除了抗炎症治疗之外的症状的化合物。长作用β2激动剂包括,但不限于沙美特罗和舒喘灵。这些化合物通常与糖皮质激素组合,并且通常不使用任何炎症治疗的使用。在过度剂量下它们已经与副作用例如心动过速、骨骼肌震颤、血钾过少和QTc间隔的延长相关。
甲基黄嘌呤,包括例如茶碱,已经用于长期控制和预防症状。这些化合物引起由于磷酸二酯酶抑制和可能的腺嘌呤核苷拮抗引起的支气管扩张。剂量相关急性毒性为使用这些类型化合物的特定问题。结果,必须监视例行的血清浓度以解决在代谢清除中由于个体差异导致的毒性和窄的治疗范围。副作用包括心动过速、心律失常(tachyarrhythmias)、恶心和呕吐、中枢神经系统刺激、头痛、癫痫发作(seizures)、吐血、高血糖和血钾过少。短作用β2激动剂包括,但不限于舒喘灵(albuterol),比托特罗、吡布特罗和特布他林。与施用短作用β2激动剂相关的一些副作用包括心动过速、骨骼肌震颤、血钾过少、乳酸增加、头痛和高血糖。
色甘酸钠和萘多罗米用作长期控制药物以用于治疗由于锻炼引起的原发性哮喘(primarily asthma)症状和由于过敏原引起的过敏性症状。认为这些化合物对于过敏原通过干扰氯通道功能阻断早期和晚期反应。它们还稳定肥大细胞膜和抑制介体的激活和介体从inosineophils和上皮细胞释放。通常需要4至6周时间阶段的施用以实现最大益处。
抗胆碱能药物通常用于缓解急性支气管痉挛。认为这些化合物通过竞争性抑制毒蕈碱胆碱能受体(muscarinic cholinergic receptors)起作用。抗胆碱能药物包括,但不限于异丙托溴铵。这些化合物仅逆转胆碱能介导的支气管痉挛,而不改变与抗原的任何反应。副作用包括口腔干燥和呼吸道分泌、在某些个体中增加的喘息、和如果喷射在眼中的视力模糊。
本发明的免疫调节寡核苷酸还可用于治疗气道重塑。气道重塑由在气道中的平滑肌细胞增殖和/或膜下加厚导致,并且最后引起导致限制气流的气道狭窄。本发明的免疫调节寡核苷酸可以进一步预防重塑和可能地甚至降低由重塑过程导致的组织累积(tissue build-up)。
本发明的免疫调节寡核苷酸还可用于治疗癌症。患有癌症的受试者为具有可检测癌细胞的受试者。该癌症可以为恶性或非恶性癌症。癌症或肿瘤包括但不限于胆道癌;脑癌;乳腺癌;子宫颈癌;绒毛膜癌;结肠癌;子宫内膜癌;食管癌;胃癌;上皮内瘤变、淋巴瘤;肝癌;肺癌(例如小细胞和非小细胞);黑色素瘤;成神经细胞瘤;口腔癌、卵巢癌;胰腺癌;前列腺癌;直肠癌;肉瘤;皮肤癌;睾丸癌;甲状腺癌和肾癌,以及其它癌症和肉瘤。在一种实施方式中,所述癌症为多毛细胞白血病、慢性髓细胞性白血病、皮肤T-细胞白血病、多发性骨髓瘤、滤泡性淋巴瘤、恶性黑色素瘤、鳞状细胞癌、肾细胞癌、前列腺癌、膀胱细胞癌或结肠癌。
免疫调节寡核苷酸可以单独或与抗癌治疗一起施用。抗癌治疗包括但不限于放疗、化疗、免疫治疗、癌症疫苗、激素治疗、生物应答改性剂和外科手术方法。癌症药剂是指将其施用至受试者以旨在治疗癌症的试剂。如本发明所用,″治疗癌症″包括预防癌症的发展、降低癌症的症状、和/或抑制已建立癌症的生长。在另一方面,将癌症药剂施用至有发展癌症风险的受试者以旨在降低发展癌症的风险。用于治疗癌症的各种类型药剂此处描述。为了本说明书的目的,癌症药剂分类为化疗剂、免疫治疗剂、癌症疫苗、激素治疗和生物应答改性剂。
此外,本发明的方法旨在包括伴随免疫调节寡核苷酸一起使用的超过一种癌症药剂的使用。作为实例,如果合适,该免疫调节寡核苷酸可以与化疗剂和免疫治疗剂二者一起施用。备选地,癌症药剂可以包括免疫治疗剂和癌症疫苗,或化疗剂和癌症疫苗,或化疗剂、免疫治疗剂和癌症疫苗,所有都施用至一个受试者以旨在治疗患有癌症或有发展癌症风险的受试者。
所述化疗剂可以选自:甲氨蝶呤、长春新碱、亚德里亚霉素、顺铂、不含糖氯乙基亚硝基脲、5-氟代尿嘧啶、丝裂霉素C、博莱霉素、阿霉素、氮烯唑胺、紫杉醇、fragyline、Meglamine GLA、戊柔比星、卡莫司汀和聚苯丙生(poliferposan)、MMI270、BAY 12-9566、RAS法尼基转移酶抑制剂(famesyl transferase inhibitor)、法尼基转移酶抑制剂、MMP、MTA/LY231514、LY264618/洛美曲索(Lometexol)、Glamolec、CI-994、TNP-470、Hycamtin/拓扑替康(Topotecan)、PKC412、Valspodar/PSC833、Novantrone/米托蒽醌(Mitroxantrone)、Metaret/苏拉明、巴马司他(Batimastat)、E7070、BCH-4556、CS-682、9-AC、AG3340、AG3433、Incel/VX-710、VX-853、ZD0101、ISI641、ODN 698、TA 2516/Marmistat、BB2516/Marmistat、CDP 845、D2163、PD183805、DX8951f、Lemonal DP 2202、FK 317、Picibanil/OK-432、AD 32/戊柔比星、美他特龙(Metastron)/锶衍生物、Temodal/替莫唑胺、Evacet/脂质体阿霉素、Yewtaxan/紫杉醇、Taxol/紫杉醇、Xeload/卡培他滨、Furtulon/脱氧氟尿苷、Cyclopax/口服紫杉醇、0ralTaxoid、SPU-077/顺铂、HMR 1275/夫拉平度、CP-358(774)/EGFR、CP-609(754)/RAS致癌基因抑制剂、BMS-182751/口服铂、UFT(Tegafur/Uracil)、Ergamisol/左咪唑(Levamisole)、Eniluracil/776C85/5FU增强剂、Campto/左咪唑(Levamisole)、Camptosar/依立替康(Irinotecan)、Tumodex/雷替曲塞(Ralitrexed)、Leustatin/克拉屈滨(Cladribine)、Paxex/紫杉醇、Doxil/脂质体阿霉素、Caelyx/脂质体阿霉素、Fludara/氟达拉滨、Pharmarubicin/表柔比星、DepoCyt、ZD1839、LU 79553/双-萘酰亚胺(Naphtalimide)、LU 103793/多拉司他汀(Dolastain)、Caetyx/脂质体阿霉素、Gemzar/吉西他滨(Gemcitabine)、ZD 0473/Anormed、YM 116、碘籽(Iodine seeds)、CDK4和CDK2抑制剂、PARP抑制剂、D4809/Dexifosamide、Ifes/Mesnex/拉科酰胺(lfosamide)、Vumon/替尼泊苷、Paraplatin/卡波铂、Plantinol/顺铂、Vepeside/依托泊苷、ZD 9331、Taxotere/多西他奇、鸟嘌呤阿拉伯糖苷的前药、Taxane类似物、亚硝基脲、烷基化剂例如美法仑和环磷酰胺、氨鲁米特、天冬酰胺酶、白消安、卡波铂、苯丁酸氮芥、阿糖胞嘧啶核苷HCl、更生霉素、正定霉素HCI、雌氮芥磷酸钠、依托泊苷(VP16-213)、氟尿苷、氟尿嘧啶(5-FU)、氟他胺、羟基脲(羟基尿素)、异环磷酰胺、干扰素α-2a、α-2b、醋酸亮丙瑞林(LHRH-释放因子类似物)、Lomustine(CCNU)、Mechlorethamine HCI(氮芥)、巯基嘌呤、巯乙磺酸钠(Mesna)、米托坦(o.p′-DDD)、米托蒽醌HCI、奥曲肽(Octreotide)、光神霉素(Plicamycin)、甲基苄肼(Procarbazine)HCl、链佐星(Streptozocin),枸橼酸它莫西芬、硫代鸟嘌呤、噻替派、硫酸长春碱、安吖啶(m-AMSA)、阿扎胞嘧啶核苷、促红细胞生成素(Erthropoietin)、六甲三聚氰胺(HMM)、白介素2、丙米腙(甲基-GAG;甲基乙二醛双-丙脒腙;MGBG)、喷司他丁(2′脱氧柯福霉素)、甲基环己亚硝脲(Semustine)(甲基-CCNU)、替尼泊苷(VM-26)和硫酸长春地辛,但其不限于此。
所述免疫治疗剂可以选自:Ributaxin、赫赛汀(Herceptin)、Quadramet、Panorex、IDEC-Y2B8、BEC2、C225、Oncolym、SMART M195、ATRAGEN、Ovarex、Bexxar、LDP-03、ior t6、MDX-210、MDX-11、MDX-22、OV103、3622W94、anti-VEGF、Zenapax、MDX-220、MDX-447、MELIMMUNE-2、MELIMMUNE-1、CEACIDE、Pretarget、NovoMAb-G2、TNT、Gliomab-H、GNI-250、EMD-72000、LymphoCide、CMA 676、Monopharm-C、4B5、ior egf.r3、ior c5、BABS、anti-FLK-2、MDX-260、ANA Ab、SMART 1D10Ab、SMART ABL 364Ab和ImmuRAIT-CEA,但其不限于此。
癌症疫苗可以选自:EGF、抗-独特型(idiotypic)癌症疫苗、Gp75抗原、GMK黑色素瘤疫苗、MGV神经节苷脂缀合物疫苗、Her2/neu、Ovarex、M-Vax、O-Vax、L-Vax、STn-KHL theratope、BLP25(MUC-1)、脂质体独特型疫苗、黑素瘤疫苗(Melacine)、肽抗原疫苗、毒素/抗原疫苗、MVA-类疫苗、PACIS、BCG疫苗、TA-HPV、TA-CIN、DISC-病毒和ImmuCyst/TheraCys,但其不限于此。
如本文所用,术语″癌症抗原″和″肿瘤抗原″相互替换地使用以表示被癌细胞差异性表达并由此使用以靶向癌细胞的抗原。癌症抗原为潜在地刺激明显地肿瘤特异性免疫应答的抗原。这些抗原的一些被编码,尽管不必需通过正常细胞表达。这些抗原可以表征为在正常细胞中正常地沉默(即,不表达)的那些、仅在分化的特定阶段表达的那些和为暂时表达的抗原例如胚胎和胎儿抗原。其它癌抗原被由于内部缺失或染色体易位导致的突变细胞基因(例如致癌基因(例如激活的ras致癌基因)、抑制子基因(例如突变体p53)、融合蛋白)编码。其它癌抗原还可被病毒基因例如在RNA和DNA肿瘤病毒上携带的那些编码。
在某些方面本发明的免疫调节寡核苷酸还可用于治疗或预防病毒、细菌、真菌或寄生生物感染。患有感染的受试者为已经暴露至感染性病原体并且在体内具有急性或慢性可检测水平的病原体的受试者。该免疫调节寡核苷酸可以与抗原一起或不与抗原一起使用以建立抗原特异性全身性或粘膜免疫应答,其能够降低感染性病原体的水平或根除感染性病原体。本文所用的感染性疾病,为由在体内外源微生物的存在导致的疾病。特别重要的是开发有效的疫苗策略和治疗以保护身体的粘膜表面,其为病原体进入的开始位置。
病毒为小的感染原,其通常包含核酸核心和蛋白质外壳,但不是独立地活有机体。病毒还可以采用缺乏蛋白质的感染性核酸的形式。病毒不能在不存在活细胞下生存,在所述活细胞内其可以复制。病毒通过胞吞作用或直接注射DNA(噬菌体)来进入特定的活细胞,并且增殖,引起疾病。增殖的病毒然后可以被释放并且感染另外的细胞。一些病毒为包含DNA的病毒,其它为包含RNA的病毒。DNA病毒包括痘病毒(Pox)、疱疹(Herpes)、腺病毒(Adeno)、乳多空病毒(Papova)、细小病毒(Parvo)和肝炎DNA病毒(Hepadna)。RNA病毒包括细小核糖核酸病毒(Picorna)、杯状病毒(Calici)、Astro、披膜病毒(Toga)、黄病毒(Flavi)、冠状病毒(Corona)、副粘病毒(Paramyxo)、正粘病毒(Orthomyxo)、布尼亚病毒(Bunya)、沙粒病毒(Arena)、弹状病毒(Rhabdo)、丝状病毒(Filo)、博尔纳病毒(Borna)、呼肠孤病毒(Reo)、和逆转录病毒(Retro)在某些方面,本发明还旨在治疗其中朊病毒涉及疾病进程的疾病,例如牛海绵状脑病(即,疯牛病,BSE)或在动物中的痒病感染,或在人类中的克-雅病(Creutzfeldt-Jakob disease)。
病毒包括,但不限于,肠道病毒(包括,但不限于,小核糖核酸病毒科(picornaviridae)的病毒例如脊髓灰质炎病毒(polio virus)、柯萨奇病毒(Coxsackie virus)、艾柯病毒(echo virus))、轮状病毒、腺病毒和肝炎病毒例如肝炎A,B,C D和E。在人类中已经发现的病毒具体实例包括但不限于:逆转录病毒科(Retroviridae)(例如人类免疫缺陷病毒,例如HIV-1(还称为HTLV-III,LAV或HTLV-III/LAV,或HIV-III;或其它分离株,例如HIV-LP;小核糖核酸病毒科(picornaviridae)(例如脊髓灰质炎病毒(polio virus)、A型肝炎病毒;肠道病毒,人类柯萨奇病毒(Coxsackie virus),鼻病毒(rhinoviruses),艾柯病毒(echoviruses));杯状病毒科(Calciviridae)(例如引起胃肠炎的菌株);披膜病毒科(Togaviridae)(例如马脑炎病毒(equine encephalitis viruses),风疹病毒);黄病毒科(Flaviviridae)(例如登革病毒,脑炎病毒,黄热病毒);冠状病毒科(Coronaviridae)(例如冠状病毒);弹状病毒科(Rhabdoviridae)(例如水疱口炎病毒,狂犬病毒);纤丝病毒科(Filoviridae)(例如伊波拉病毒);副粘病毒科(Paramyxoviridae)(例如副流感病毒,腮腺炎病毒,麻疹病毒,呼吸道合胞病毒);正粘病毒科(Orthomyxoviridae)(例如流感病毒);布尼亚病毒科(Bunyaviridae)(例如汉坦病毒(Hantaan viruses),布尼亚病毒(bunya viruses),白蛉病毒(phleboviruses)和内罗病毒(Nairo viruses));沙粒病毒科(Arenaviridae)(出血热病毒);呼肠孤病毒科(Reoviridae)(例如呼肠孤病毒,环状病毒(orbiviurses)和轮状病毒);双核糖核酸病毒科(Birnaviridae);肝DNA病毒科(Hepadnaviridae)(B型肝炎病毒);细小病毒科(Parvoviridae)(细小病毒);乳多空病毒科(Papovaviridae)(乳头状瘤病毒,多瘤病毒(polyoma viruses));腺病毒科(Adenoviridae)(most adenoviruses);疱疹病毒科(Herpesviridae)(单纯疱疹病毒(HSV)1和2,水痘-带状疱疹病毒,巨细胞病毒(CMV));痘病毒科(Poxviridae)(天花病毒,牛痘病毒,痘病毒);虹彩病毒科(Iridoviridae)(例如非洲猪瘟病毒);和其它病毒急性喉气管支气管炎病毒,α-病毒(Alphavirus),卡波氏肉瘤(Kaposi′s sarcoma)-相关病毒疱疹病毒,鸡新城疫病毒,尼帕病毒(Nipah virus),诺瓦克病毒(Norwalk virus),头状瘤病毒,副流感病毒,禽流感,SARs病毒,西尼罗病毒(West Nile virus)。
病毒性肝炎为肝的炎症,其可以产生膨胀、压痛,并且有时对肝造成永久损伤。如果肝的炎症持续至少6个月或更长,将其称为慢性肝炎。存在至少5种不同的已知引起病毒性肝炎的病毒,包括A,B,C D和E型肝炎。A型肝炎通常通过被人类粪便污染的食物或饮用水传播。B型肝炎通过体液例如血液传播。例如,其可以从母亲至出生的儿童,通过性接触、污染的输血或针传播。C型肝炎是相当常见的并且和B型肝炎一样通常通过输血和污染的针传播。D型肝炎最常见于为B型肝炎病毒的携带者的IV药物使用者,与B型肝炎共相关。E型肝炎与A型病毒性肝炎类似,并且通常与差的卫生条件相关。
革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌都可用作脊椎动物中的抗原。此类革兰氏阳性细菌包括,但不限于巴斯德氏菌属(Pasteurella)物种、葡萄球菌(Staphylococci)物种,和链球菌属(Streptococcus)物种。革兰氏阴性细菌包括,但不限于,大肠杆菌(Escherichia coli)、假单胞菌属(Pseudomonas)物种和沙门氏菌属(Salmonella)物种。感染性细菌的特定实例包括但不限于,幽门螺杆菌(Helicobacterpyloris)、莱姆病螺旋体(Borelia burgdorferi)、军团菌属(Legionella pneumophilia)、(Mycobacteria sps(例如结核分枝杆菌(M.tuberculosis))、(M.avium)、细胞内分枝杆菌(M.intracellulare)、堪萨斯分支杆菌(M.kansaii)、戈登分支杆菌(M.gordonae))、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、淋病奈瑟氏菌(Neisseria gonorrhoeae)、脑膜炎奈瑟菌(Neisseriameningitidis)、单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)、化脓链球菌(Streptococcus pyogenes)(A组链球菌),无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)(B组链球菌),链球菌(Streptococcus)(草绿色组(viridans group))、粪链球菌(Streptococcus faecalis)、牛链球菌(Streptococcus bovis)、链球菌(Streptococcus)(厌氧性物种),肺炎链球菌(Streptococcuspneumoniae),病原性弯曲杆菌属亚种(pathogenic Campylobactersp.)、肠球菌(Enterococcus sp.)、流感嗜血杆菌(Haemophilusinfluenzae)、炭疽杆菌(Bacillus antracis)、白喉棒状杆菌(corynebacterium diphtheriae)、棒杆菌(corynebacterium sp.)、红斑丹毒丝菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringers)、破伤风杆菌(Clostridium tetani)、产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)、肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)、(Pasturella multocida)、拟杆菌(Bacteroides sp.)、核粒梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)、念珠状链杆菌(Streptobacillus moniliformis)、苍白密螺旋体(Treponemapallidium)、细弱密螺旋体(Treponema pertenue)、钩端螺旋体(Leptospira)、立克次体(Rickettsia)和以色列氏放线菌(Actinomyces israelli).
真菌的实例包括新型隐球菌(Cryptococcus neoformans)、荚膜组织胞浆菌(Histoplasma capsulatum)、粗球孢子菌(Coccidioidesimmitis)、皮炎芽生菌(Blastomyces dermatitidis)、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)、白念珠菌(Candida albicans).
其它感染性有机体(即,原生生物)包括疟原虫(Plasmodiumspp.)例如恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)、三日疟原虫(Plasmodium malariae)、卵形疟原虫(Plasmodium ovale)、和间日疟原虫(Plasmodium vivax)和刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)。血液-性的(Blood-borne)和/或组织寄生生包括物疟原虫(Plasmodium spp.)、微小巴贝虫(Babesia microti)、分歧巴贝虫(Babesia divergens)、热带利什曼原虫(Leishmania tropica)、种株利什曼原虫(Leishmania spp.)、巴西利什曼原虫(Leishmaniabraziliensis)、杜氏利什曼原虫(Leishmania donovani)、冈比亚锥虫(Trypanosoma gambiense)和罗德西亚锥虫(Trypanosomarhodesiense)(非洲昏睡病))、克鲁斯锥虫(Trypanosoma cruzi)(恰加斯病)和刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)。
其它医学上相关的微生物已经广泛地描述于文献,例如参见C.G.A Thomas,Medical Microbiology,Bailliere Tindall,GreatBritain 1983,将其全部内容在此引入以作参考。
本发明的寡核苷酸可以与抗微生物剂一起施用至受试者。本文所用的抗微生物剂,是指天然发生的或合成的化合物,其能够杀死或抑制感染性微生物。根据本发明有用的抗微生物剂的类型将依赖于受试者感染或有要感染风险的微生物的类型。抗微生物剂包括但不限于抗细菌剂、抗病毒剂、抗真菌剂和抗寄生生物剂。短语例如″抗感染剂″、″抗细菌剂″、″抗病毒剂″、″抗真菌剂″、″抗寄生生物剂″和″杀寄生生物剂(parasiticide)″对本领域技术人员而言具有已为大家接受的意思,并且在标准医学课本中定义。简单的说,抗细菌剂杀死或抑制细菌,并且包括抗生素以及其它具有类似功能的合成或天然化合物。抗生素为低分子量的分子,其作为次级代谢产物由细胞,例如微生物产生。通常,抗生素干扰一种或多种对微生物而言是特异的和在宿主细胞中是不存在的细菌功能或结构。抗病毒剂可以从天然来源分离或合成,并且用于杀死或抑制病毒。抗真菌剂用于治疗表面真菌感染以及机会主义和原发性全身真菌感染。抗寄生生物剂杀死或抑制寄生生物。
用于人类施用的抗寄生生物剂(也称为杀寄生生物剂)的实例包括但不限于阿苯达唑、两性霉素B、苄硝唑、硫双二氯酚、氯喹HCl、氯喹磷酸盐、氯林可霉素、去氢依米丁、乙胺嗪、呋喃二氯散、依洛尼塞、呋喃唑酮(furazolidaone)、糖皮质激素、氯氟菲醇、双碘喹啉、伊维菌素、甲苯达唑、甲基氟氯喹、甲葡胺锑酸盐、美拉胂醇、美曲膦脂、甲硝哒唑、氯硝柳胺、硝呋噻氧、奥沙尼喹、巴龙霉素、羟乙磺酸戊氧苯脒、哌嗪、吡喹酮、磷酸普奈马奎、氯胍、噻吩嘧啶、乙胺嘧啶-磺酰胺、乙胺嘧啶-磺胺多辛、奎吖因HCl、硫酸奎宁、葡糖酸奎尼定、螺旋霉素、葡萄糖酸锑钠(斯锑黑克(sodium antimonygluconate))、苏拉明、四环素、强力霉素、噻苯咪唑、替硝唑、三甲氧苄胺嘧啶(trimethroprim)-磺胺甲恶唑和锥虫胂胺,其中的一些单独使用或与其它组合使用。
抗细菌剂杀死或抑制细菌的生长或功能。一大类抗细菌剂为抗生素。将对于杀死或抑制宽范围的细菌有效的抗生素称为广谱抗生素。其它类型的抗生素针对革兰氏阳性或革兰氏阴性类别的细菌为显著有效的。将这些种类的抗生素称为窄谱抗生素。针对单一有机体或疾病有效并且不针对其它类型细菌的其它抗生素,称为受限谱抗生素(limited spectrum antibiotics)。抗细菌剂有时基于它们作用的最初模式分类。通常,抗细菌剂为细胞壁抑制剂、细胞膜抑制剂、蛋白合成抑制剂、核酸合成或功能抑制剂,以及竞争性抑制剂。
抗病毒剂为预防细胞被病毒感染或病毒在细胞内复制的化合物。存在比抗细菌药物少得多的抗病毒剂,因为病毒复制的过程在宿主细胞内与DNA复制如此紧密相关,以致于非特异性抗病毒剂常常对宿主是有毒的。在病毒感染的过程内存中几个阶段,其可以被抗病毒剂阻断或抑制。这些阶段包括,病毒至宿主细胞的附着(免疫球蛋白或结合肽)、病毒的脱壳(uncoating)(例如金刚胺)、病毒mRNA的合成或翻译(例如干扰素)、病毒RNA或DNA的复制(例如核苷酸类似物)、新病毒蛋白的突变(例如蛋白酶抑制剂),以及病毒的出芽和释放。
核苷酸类似物为与核苷酸类似,但具有不完全或异常脱氧核糖或核糖基团的合成化合物。一旦核苷酸类似物在细胞中,它们被磷酸化,产生形成的三磷酸酯,其与正常核苷酸就引入病毒DNA或RNA竞争。一旦将核苷酸类似物的三磷酸酯形式引入正在生长的核酸链,其引起不可逆的与病毒聚合酶的连接,从而链终止。核苷酸类似物包括,但不限于,阿昔洛韦(用于治疗单纯疱疹病毒和水痘-带状疱疹病毒)、更昔洛韦(用于治疗巨细胞病毒)、疱疹净(idoxuridine)、利巴韦林(用于治疗呼吸道合胞病毒(respiratory syncitial virus))、地达诺新、双脱氧胞嘧啶核苷、齐多呋定(叠氮胸苷)、咪喹莫特和雷西莫特(resimiquimod)。
干扰素为通过病毒感染的细胞和免疫细胞分泌的细胞因子。干扰素通过与在临近感染细胞的细胞上的特定受体结合起作用,引起在细胞上的改变,其保护细胞免受病毒的感染。α和β干扰素还诱导在感染细胞表面上的I类和II类MHC分子的表达,引起对于宿主免疫细胞识别而言增加的抗原呈递。α和β干扰素可以以重组形式获得并且已经用于治疗慢性B和C型肝炎感染。以对于抗病毒治疗有效的剂量,干扰素具有严重的副作用例如发烧、不适和体重减少。
在本发明中有用的抗病毒剂包括但不限于免疫球蛋白、金刚胺、干扰素、核苷酸类似物和蛋白酶抑制剂。抗病毒剂的特定实例包括但不限于乙酰吗喃;阿昔洛韦;阿昔洛韦钠;阿德福韦;阿洛夫定;阿韦舒托;盐酸金刚烷胺;阿拉诺丁;阿立酮;甲磺酸阿替韦啶(Atevirdine Mesylate);阿夫立定;西多福韦;西潘茶碱;阿糖胞嘧啶核苷盐酸盐;地拉韦定甲磺酸;脱氧无环鸟苷;地达诺新;二噁沙利;依度尿苷;恩韦拉登;恩韦肟;泛西洛维;抑感灵(Famotine Hydrochloride);非西他滨;非阿尿苷;膦酸利脂;膦甲酸钠;磷乙酸钠;更昔洛韦;甘西洛维钠;碘脱氧尿苷(Iine);凯托沙;拉米夫定;洛布卡韦;盐酸美莫汀;甲吲噻腙;奈韦拉平;喷西洛维;吡罗达韦;利巴韦林;盐酸金刚乙胺;甲磺酸噻喹努佛;盐酸索金刚胺;索利夫定;维司托隆;司他夫定;盐酸梯络龙;三氟胸苷;盐酸伐昔洛韦;阿糖腺苷;磷酸阿糖腺苷;阿糖腺苷磷酸钠;韦罗肟;扎西他宾;齐多呋定;和净韦肟。
抗真菌剂用于治疗和预防感染性真菌。抗真菌剂有时通过它们的作用机制分类。一些抗真菌剂通过抑制葡萄糖合酶起细胞壁抑制剂作用。这些包括但不限于,basiungin/ECB。其它抗真菌剂通过使膜完整性去稳定来起作用。这些包括,但不限于,咪唑类,例如克霉唑、舍他康唑(sertaconzole)、氟康唑、伊曲康唑、酮康唑、咪康唑和伏立康唑(voriconacole)、以及FK 463、两性霉素B、BAY 38-9502、MK 991、普拉米星、UK 292、布替那非和特比萘芬。其它抗真菌剂通过分解几丁质(例如几丁质酶)或免疫抑制(501cream)起作用。
免疫调节寡核苷酸还可用于治疗和预防自体免疫疾病。自体免疫疾病为其中受试者自身抗体与宿主组织反应或其中免疫效应子T细胞对内源性自身肽为自体反应性并且引起组织的破坏的一类疾病。这样免疫应答针对受试者自己的抗体(称为自身抗原)建立。自体免疫疾病包括但不限于斑秃、获得性血友病、强直性脊柱炎、抗磷脂综合症、自体免疫相关不孕、自体免疫性脑脊髓炎、自体免疫性肝炎、自体免疫性溶血性贫血、自体免疫性糖尿病、自体免疫性血小板减少性紫癜、白塞氏综合症、大疱性类天疱疮、心肌病、慢性疲劳免疫功能紊乱综合症(CFIDS)、慢性炎性脱髓鞘性多发性神经根神经病(chronicinflammatory demyelinating polyneuropathy)、丘-施综合症(Churg-Strauss syndrome)、疤痕性类天疱疮、CREST综合症、冷凝集素病、皮肌炎、圆盘红斑、特发性混合性冷球蛋白血症、纤维肌痛、纤维肌炎、格林-巴利综合症、桥本氏甲状腺炎、血管球性肾炎(例如新月体性肾小球肾炎、增生性肾小球肾炎)、格雷夫氏病、移植物抗宿主病、古德帕斯丘综合症、天疱疮(例如寻常型天疱疮)、特发性肺纤维化、特发性血小板减少性紫癜、抗胰岛素性、特发性阿狄森病、I gA肾病、炎性肠病(包括克罗恩氏病和溃疡性结肠炎)、幼年型关节炎、扁平苔藓、重症肌无力、多发性硬化、混合性结缔组织病、多肌炎、恶性贫血、结节性多动脉炎、多软骨炎、多腺体综合症、风湿性多肌痛、原发性无丙种球蛋白血症、原发性胆汁性肝硬化、牛皮癣、雷诺现象、莱特尔氏综合症、少年和成人类风湿性关节炎(juvenileand adult rheumatoid arthritis)、史卓根综合征(Sjorgen′ssyndrome)、抗胶原抗体硬皮病(scleroderma with anti-collagenantibodies)、结节病、全身肌强直综合症、系统性红斑狼疮(SLE)、大动脉炎(Takayasu arthritis)、移植器官排斥、颞动脉炎/巨细胞性动脉炎、葡萄膜炎、溃疡性结肠炎、脉管炎和白癫风。
本文所用的″自体抗原″是指正常宿主组织的抗原。正常宿主组织不包括癌细胞。这样在自体免疫疾病的上下文中针对自体抗原建立的免疫应答,为不期望的免疫应答,并且有助于破坏和损害正常组织,而针对癌症抗原建立的免疫应答为期望的免疫应答,并且有助于破坏肿瘤或癌症。这样,在以治疗自体免疫障碍为目的的本发明的某些方面,免疫调节寡核苷酸与自体抗原,特别是为自体免疫障碍的目标的那些一起施用是不推荐的。
在其它情况下,免疫调节寡核苷酸可以与低剂量的自体抗原一齐递送。许多动物研究已经证明:低剂量抗原的粘膜施用能够导致免疫低反应性或″耐受性″的状态。活性机制似乎为细胞因子介导的免疫从Th1向显著的Th2和Th3(即,TGF-β支配的)反应偏移。使用低剂量抗原递送的活性抑制还可以抑制不相关的免疫应答(旁观者抑制),其在自体免疫疾病,例如类风湿性关节炎和SLE的治疗上具有相当意义。旁观者抑制包括在局部环境中Th1-抵抗(counter)-调节性、抑制性细胞因子,其中促炎症性和Th1细胞因子以抗原特异性或抗原非特异性方式释放。本文所用的“耐受性”用于指该现象。实际上,口服耐受性在治疗动物中的许多自体免疫疾病中已经有效,包括:实验性自体免疫性脑脊髓炎(EAE)、实验性自体免疫性重症肌无力、胶原诱导性关节炎(CIA)和胰岛素依赖性糖尿病。在这些模型中,自体免疫疾病的预防和抑制与抗原特异性体液和细胞应答从Th1向Th2/Th3应答的转变有关。
本发明的免疫调节寡核苷酸在某些方面用于治疗炎症疾病。如本文所用,术语″炎症疾病″是指与先天免疫系统的抗原非特异性反应有关的状况,其包括在感染、毒性暴露或细胞伤害的位置处淋巴细胞和血浆蛋白的累积和激活。炎症的特征性细胞因子包括肿瘤坏死因子(TNF-a)、白介素1(IL-1)、IL-6、IL-12、干扰素α(IFN-α)、干扰素β(IFN-β)和趋化因子。这样,特定类型的哮喘、过敏和自体免疫障碍可以具有炎症疾病的特征。炎症疾病还包括例如,心血管病、慢性肺阻塞性疾病(COPD)、支气管扩张症、慢性胆囊炎、结核病、桥本氏甲状腺炎、脓毒症、结节病、硅肺病和其它尘肺病(pneumoconioses)、和在伤口中植入的外来物体,但不限于此。如本文所用,术语″脓毒症″是指与针对微生物入侵的宿主全身性炎症应答有关的良好识别的临床综合症。如本文所用术语″脓毒症″是指这样的状况,其信号通常为发烧或体温过低、心动过速和呼吸急促,并且在严重情况下,可以发展成血压过低、器官障碍和甚至死亡。
″受试者″将指人类或脊椎动物,包括但不限于狗、猫、马、牛、猪、羊、山羊、火鸡、小鸡、灵长类例如猴子,以及鱼(水产物种),例如鲑鱼。这样,本发明还可用于治疗在非人受试者中的癌症和肿瘤、感染、以及过敏/哮喘。例如,癌症为在伴生动物(即,猫和狗)中的主要死因之一。
如本文所用,当关于障碍例如感染性疾病、癌症、过敏或哮喘使用时术语治疗是指增加受试者对疾病发展(例如被病原体感染)的抗性(或换句话说,降低受试者发展该疾病(例如被病原体感染)的可能性)的预防性治疗以及在受试者已经发展该疾病后的治疗以与疾病战斗(例如降低或消除该感染)或防止该疾病变得恶化。
在当该免疫调节寡核苷酸与抗原一起施用的情况下,受试者可以暴露至该抗原。如本文所用,术语“暴露至”是指使受试者与抗原接触的主动步骤或在体内使受试者被动地暴露至抗原。将受试者主动暴露至抗原的方法在本领域是众所周知的。通常,将抗原通过任何手段例如静脉内、肌肉内、口服、透皮、粘膜、鼻内、气管内或皮下的施用直接施用至受试者。该抗原可以全身地或局部地施用。施用该抗原和所述免疫调节寡核苷酸的方法以下更详细地描述。如果在体内抗原对于暴露至免疫细胞变得有效,将受试者被动地暴露至抗原。受试者可以通过例如以下被动地暴露至抗原:使外源病原体进入身体或通过发展在其表面表达外源抗原的肿瘤细胞。在一些实施方式中的抗原或过敏原缀合至寡核苷酸。
其中受试者为被动暴露至抗原的方法可以特定地依赖于施用免疫调节寡核苷酸的时机。例如,在有发展癌症或感染性疾病或过敏性或哮喘性应答的风险的受试者中,当该风险为最大时,即在过敏季节或在暴露至致癌物质后,受试者可以基于常规施用免疫调节寡核苷酸。此外,所述免疫调节寡核苷酸可以在旅行者旅行至其中他们有风险暴露至感染原的外地之前施用给旅行者。同样地,当和如果受试者暴露至抗原时,所述免疫调节寡核苷酸可以施用至有风险暴露至生化战的士兵或平民以诱导针对抗原的全身或粘膜性免疫应答。
本文所用抗原为能够激起免疫应答的分子。抗原包括但不限于细胞、细胞提取物、蛋白质、多肽、肽、多糖、多糖缀合物、多糖的肽和非肽模拟物和其它分子、小分子、脂质、糖脂、碳水化合物、病毒和病毒提取物以及多细胞有机体例如寄生生物和过敏原。术语抗原广泛地包括任何类型的被宿主免疫系统识别为外源的分子。抗原包括但不限于癌症抗原、微生物抗原和过敏原。
本文所用的癌症抗原为与肿瘤或癌细胞表面相关的化合物,例如肽或蛋白质,并且当在MHC分子的背景下在抗原呈递细胞的表面上表达时其能够激起免疫应答。癌症抗原可以从癌细胞通过以下制备:通过制备癌细胞的粗提取物(例如描述于Cohen,et al.,1994,CancerResearch,54:1055)、通过部分纯化抗原、通过重组技术或通过已知抗原的重新合成。癌症抗原包括但不限于为重组表达、免疫原性部分或全肿瘤或癌症的抗原。此类抗原可以重组地或通过任何其它本领域已知的手段分离或制备。
本文所用的微生物抗原为微生物的抗原并且包括但不限于病毒、细菌、寄生生物和真菌。此类抗原包括完整微生物以及天然分离物和其片段或衍生物,以及与天然微生物抗原相同或类似并且诱导对该微生物特异的免疫应答的合成化合物。如果其诱导针对天然微生物抗原的免疫应答(体液和/或细胞),化合物与天然微生物抗原相同或类似。此类抗原在本领域例行地使用并且对本领域技术人员而言是众所周知的。
过敏原是指在易感受试者中能够诱导过敏性或哮喘性应答的物质(抗原)。过敏原的列表是巨大的,并且可以包括花粉、昆虫毒液、动物皮屑(dander dust)、真菌孢子和药物(例如青霉素)。天然、动物和植物过敏原的实例包括但不限于对以下属特异的蛋白质:犬属(Canine)(家犬(Canis familiaris));尘螨属(Derma tophagoides)(例如粉尘螨(Dermatophagoides farinae));猫属(Felis)(家猫(Felis domesticus));豚草属(Ambrosia)(豚草(Ambrosiaartemiisfolia;黑麦草属(Lolium)(例如黑麦草(Lolium perenne)或多花黑麦草(Lolium multiflorum));柳杉属(Cryptomeria)(日本柳杉(Cryptomeria japonica));链格孢属(Alternaria)(链格孢菌(Alternaria alternata));桤木属(Alder),桤木属Alnus(Alnusgultinoasa);桦木属(Betula)(瘤桦(Betula verrucosa));栎属(Quercus)(白栎(Quercus alba));木犀榄属(Olea)(油橄榄(Oleaeuropa));蒿属(Artemisia)(艾(Artemisia vulgaris));车前草属(Plantago)(例如茅尖状车前草(Plantago lanceolata));墙草属(Parietaria)(例如药用墙草(Parietaria officinalis)或欧蓍草(Parietaria judaica));小蠊属(Blattella)(例如德国小蠊(Blattella germanica));蜜蜂属(Apis)(例如(Apis multiflorum));柏木属(Cupressus)(例如地中海柏木(Cupressus sempervirens),亚利桑那柏木(Cupressus arizonica)和大果柏木(Cupressusmacrocarpa);桧属(Juniperus)(例如(Juniperus sabinoides),铅笔柏(Juniperus virginiana),欧洲刺柏(Juniperus communis)和德克萨斯柏木(Juniperus ashei));金钟柏属(Thuya)(例如加拿大侧柏(Thuya orientalis));扁柏属(Chamaecyparis)(例如日本扁柏(Chamaecyparis obtusa);大蠊属(Periplaneta)(例如美洲大蠊(Periplaneta americana));冰草属(Agropyron)(例如伏生冰草(Agropyron repens));黑麦属(Secale)(例如黑麦(Secalecereale));小麦属(Triticum)(例如小麦(Triticum aestivum));鸭茅属(Dactylis)(例如鸭茅(Dactylis glomerata));羊茅属(Festuca)(例如高羊茅(Festuca elatior));早熟禾属(Poa)(例如早熟禾(Poa pratensis)或扁杆早熟禾(Poa compressa));燕麦属(Avena)(例如燕麦(Avena sativa));绒毛草属(Holcus)(例如绒毛草(Holcus lanatus));黄花茅属(Anthoxanthum)(例如如黄花茅(Anthoxanthum odoratum));燕麦草属(Arrhenatherum)(例如花叶燕麦草(Arrhenatherum elatius));剪股颖属(Agrostis)(例如白翦股颖(Agrostis alba));牧梯草属(Phleum)(例如梯牧草(Phleumpratense));虉草属(Phalaris)(例如虉草(Phalaris arundinacea));雀稗属(Paspalum)(例如巴哈雀稗(Paspalum notatum));蜀黍属(Sorghum)(例如假高粱(Sorghum halepensis));和雀麦属(Bromus)(例如无芒雀麦(Bromus inermis))。
本文所用的术语基本上纯或实质上纯是指基本上不含其它蛋白质、脂质、碳水化合物或其它天然相关的材料的多肽。本领域技术人员可以使用标准技术纯化病毒或细菌多肽以用于蛋白质纯化。基本上纯的多肽通常在非还原性聚丙烯酰胺凝胶(non-reducingpolyacrylamide gel)上产生单一的主带。在部分糖基化多肽或具有几个起始密码子的多肽的情况下,可以在非还原性聚丙烯酰胺凝胶上存在几条带,但是对于该多肽这些将形成独特的模式。病毒或细菌多肽的纯化还可以通过氨基-末端氨基酸序列分析来确定。未被核酸载体编码的其它类型的抗原例如多糖、小分子、模拟物等也包括在本发明内。
所述免疫调节寡核苷酸可以与其它治疗剂例如佐剂组合来增强免疫应答。所述免疫调节寡核苷酸和其它治疗剂可以同时或顺序地施用。当其它治疗剂同时地施用时,它们可以在相同或分开的制剂中施用,但是同时施用。当其它治疗剂和免疫调节寡核苷酸的施用时间上分开时,其它治疗剂相互地和与免疫调节寡核苷酸一起顺序使用。在这些化合物施用之间及时地间隔可以大约以分钟计或其可以更长。其它治疗剂包括但不限于佐剂、细胞因子、抗体、抗原等。
本发明的组合物还可以与非核酸佐剂一起施用。非核酸佐剂为本文所述免疫调节寡核苷酸之外的任何分子或化合物,其可以刺激体液和/或细胞免疫应答。非核酸佐剂包括例如,形成沉淀效应的佐剂、免疫刺激佐剂和形成沉淀效应和刺激免疫系统的佐剂。
在一些实施方式中所述调节寡核苷酸还用作粘膜佐剂。之前已经发现全身或粘液免疫性通过CpG寡核苷酸的粘膜递送诱导。这样,所述寡核苷酸可以与其它粘膜佐剂组合施用。
免疫应答还通过细胞因子(Bueler&Mulligan,1996;Chow etal.,1997;Geissler etal.,1997;Iwasaki etal.,1997;Kim etal.,1997)或B-7共刺激分子(Iwasaki etal.,1997;Tsuji etal.,1997)与所述寡核苷酸的共施用或共线性表达来诱导或增强。术语细胞因子用作各种组的可溶蛋白和肽的总名称,其以纳摩尔至皮摩尔浓度起体液调节剂作用并且在正常或病理条件下其调节个体细胞和组织的功能活性。这些蛋白质还直接介导细胞之间的相互作用,并且调节在细胞外环境中发生的过程。细胞因子的实例包括但不限于IL-1,IL-2,IL-4,IL-5,IL-6,IL-7,IL-10,IL-12,IL-15,IL-18、粒细胞-巨噬细胞克隆刺激因子(GM-CSF)、粒细胞克隆刺激因子(G-CSF)、干扰素-γ(γ-IFN),IFN-α,肿瘤坏死因子(TNF),TGF-β,FLT-3配体,和CD40配体。
所述寡核苷酸还用于将免疫应答从Th2免疫应答重定向(redirecting)至Th1免疫应答。这导致相对平衡的Th1/Th2环境的产生。免疫应答从Th2免疫应答重定向至Th1免疫应答可以测定应答于所述寡核苷酸(例如通过诱导单核细胞和其它细胞以产生Th1细胞因子,包括IL-12,IFN-γ和GM-CSF)产生的细胞因子水平来评估。免疫应答从Th2至Th1应答的重定向或再平衡对于治疗或预防哮喘特别有用。例如,对于治疗哮喘的有效量可以为用于将与哮喘有关的Th2类型的免疫应答重定向为Th1型应答或平衡的Th1/Th2环境的量。Th2细胞因子,特别是IL-4和IL-5在哮喘受试者的气道中升高。本发明的免疫调节寡核苷酸在Th1细胞因子上引起增加,其有助于再平衡免疫系统,预防或降低与主要Th2免疫应答相关的副作用。
本发明的寡核苷酸还用于治疗气道重塑。气道重塑由在气道中的平滑肌细胞增殖和/或膜下加厚导致,并且最后引起导致限制气流的气道狭窄。本发明的寡核苷酸可以进一步预防重塑和可能地甚至降低由重塑过程导致的组织累积(tissue build-up)。
所述寡核苷酸还用于提高树突细胞的存活、分化、激活和成熟。所述免疫调节寡核苷酸具有促进树突细胞的细胞存活、分化、激活和成熟的独特能力。
免疫调节寡核苷酸还增加天然杀伤细胞裂解能力和抗体依赖性细胞毒性(ADCC)。ADCC可以使用免疫调节寡核苷酸与对细胞靶特异的抗体,例如癌细胞组合来进行。当免疫调节寡核苷酸与抗体一起施用至受试者时,诱导受试者免疫系统杀死肿瘤细胞。在ADCC过程中有用的抗体包括与体内的细胞相互作用的抗体。对细胞靶特异的许多此类抗体已经在本领域描述,并且许多可以商业上获得。
本发明还包括使用免疫调节寡核苷酸,诱导抗原非特异性先天免疫激活和针对感染挑战的广谱抗性。本文所用的术语抗原非特异性先天免疫激活是指除了B细胞的免疫细胞的激活,并且例如包括NK细胞、T细胞或可以以抗原非依赖性方式应答的其它免疫细胞或这些细胞的某些组合的激活。诱导针对感染挑战的广谱抗性,这是因为免疫细胞为活性形式并且被触发以对任何入侵化合物或微生物应答。这些细胞不必为针对特定抗原特异性的触发。这在生物战中和上述的其它情况例如旅行者特别有用。
本发明的免疫调节ODN可以与阳离子脂质组合。在一种实施方式中,所述阳离子脂质为DOTAP(N-[1-(2,3-二油氧基)丙基-1]-N,N,N-三甲基铵甲基-硫酸盐(酯))。认为DOTAP将聚合物运载入细胞并且特异地运到内体腔(endosomal compartment),其中其可以以pH依赖性方式释放该聚合物。一旦在内体腔,该聚合物可以与特定的细胞内TLR反应,触发产生免疫应答的TLR-介导的信号转导途径。运至内体腔的具有类似性质的其它试剂可以代替DOTAP或除DOTAP之外使用。其它脂质制剂包括,例如
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(具有特定DNA浓缩增强子的非脂质体脂质)和(新的作用树枝大分子技术),
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(当它们穿过细胞膜时变成带正电的电荷可逆颗粒)和使用脂双层的Stable Nucleic Acid Lipid Particles(SNALPs)。脂质体商业上获自Gibco BRL,例如,商标为
Figure GPA00001091846000474
和LIPOFECTACETM,其由阳离子脂质例如N-[1-(2,3二油氧基)-丙基]-N,N,N-三甲基氯化铵(DOTMA)和二甲基双十八烷基溴化铵(DDAB)形成。形成脂质体的方法在本领域是众所周知的,并且已经描述于许多出版物。脂质体还被Gregoriadis G(1985)Trends Biotechnol 3:235-241综述。在其它实施方式中,本发明的免疫刺激聚合物与微米颗粒、环糊精、纳米颗粒、类脂囊泡(niosomes)、树枝状大分子(dendrimers)、多聚阳离子肽、病毒体和病毒样颗粒、或
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组合。
免疫调节寡核苷酸可以直接施用至受试者或可以与寡核苷酸递送复合物一起施用。寡核苷酸递送复合物是指与靶向手段(targetingmeans)(例如导致与靶细胞的更高亲和性结合的分子)有关(例如离子地或共价地结合至;或封装在其内)的寡核苷酸。寡核苷酸递送复合物的实例包括与甾醇(例如胆固醇)、脂质(例如阳离子脂质,病毒体或脂质体),或靶细胞特异性结合剂(例如被靶细胞特异性受体识别的配体)。优选的复合物可以为在体内充分稳定的以防止在被靶细胞内在化之前显著地解偶联(uncoupling)。然而,该复合物可以在合适条件下在细胞内变得可裂解以使该寡核苷酸以功能形式释放。
用于递送抗原和寡核苷酸至表面的递送载体或递送装置已经描述。该免疫调节寡核苷酸和/或抗原和/或其它治疗药物(therapeutics)可以单独施用(例如在生理盐水或缓冲液中)或使用本领域已知的任何递送载体。例如已经描述以下递送载体:蜗形体(cochleates);
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特定的阳离子脂质例如上述那些例如
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活细菌载体(例如沙门氏菌属(Salmonella),大肠杆菌(Escherichiacoli),卡介菌(Bacillus Calmette-Guerin),志贺氏菌属(Shigella),乳杆菌属(Lactobacillus));活病毒载体(例如牛痘(Vaccinia),腺病毒,单纯疱疹(Herpes Simplex));微球;核酸疫苗;聚合物(例如羧甲基纤维素,几丁质);聚合物环;蛋白体;氟化钠;转基因植物。在本发明的某些实施方式中所述递送载体为脂质体、类脂囊泡(niosomes)、阳离子脂质体-DNA复合物(lipoplexe)、阳离子多聚物(polyplexe)、磷脂复合物(lipopolyplexe)、油包水(W/O)乳液、水包油(O/W)乳液、水包油包水(W/O/W)复合乳液、微乳液、纳米乳液、胶束、树枝状大分子(dendrimers)、病毒体、病毒样颗粒、聚合纳米颗粒、作为纳米微球或纳米胶囊、聚合微米颗粒,例如微球或微胶囊。其它递送载体在本领域是已知的。
术语免疫调节寡核苷酸的″有效量″是指实现所期望生物效应必须或充分的量。例如,用于诱导粘膜免疫性的与抗原一起施用的免疫调节寡核苷酸的有效量为,当暴露至抗原时,应答于抗原引起IgA的发生所需的量,而诱导全身免疫性所需的量为当暴露至抗原时,应答于抗原引起IgG的发生所需的量。结合本文提供的教导,通过在各种活性化合物和权衡因子例如潜能、相对生物利用度、患者体重、不利的副作用的严重性和优选的施用模式之间选择,可以安排有效预防性或治疗性的治疗方案,其不引起实质上的毒性,并且对于治疗特定受试者完全有效。对于任何特定施用的有效量可以依赖于此类因子例如以下而变化:要治疗的疾病或状况、要施用的特定免疫调节寡核苷酸、受试者的尺寸、或疾病或状况的严重性。本领域技术人员可以经验地确定特定的免疫调节寡核苷酸和/或抗原和/或其它治疗试剂的有效量而不必需过度的试验。
用于粘膜或局部递送的本文所述的受试者剂量典型地范围从每次施用约0.1μg至10mg而变化,其依赖于施用可以每天、每周或每月以及之间的时间的任何其它量进行。更典型地,粘膜或局部剂量范围从约10μg至5mg/每次施用,并且最典型地从约100μg至1mg,并且数天或数周施用2-4次(with 2-4administrations beingspaced days or weeks apart)。更典型地,免疫刺激剂量范围从每次施用1μg至10mg而变化,并且最典型地10μg至1mg,每天或每周施用。用于胃肠外递送以旨在诱导抗原特异性免疫应答的本文所述的化合物的受试者剂量(其中所述化合物与抗原一起但无另一治疗试剂)比用于疫苗佐剂或免疫刺激使用的有效粘膜剂量典型地高50至10000倍,更典型地高10至1,000,并且最典型地高20至100倍。当所述免疫调节寡核苷酸与其它治疗试剂一起组合或在专门的递送载体中施用时,用于胃肠外递送以旨在诱导先天免疫应答或用于增加ADCC或用于诱导抗原特异性免疫应答的本文所述的化合物的剂量典型地范围从每次施用约0.1μg至10mg而变化,其依赖于施用可以每天、每周或每月,以及其间时间的任何其它时间进行。更典型地用于此目的的胃肠外剂量范围从每次施用约10μg至5mg而变化,并且最典型地从100μg至1mg,并且数天或数周施用2-4次。然而在一些实施方式中,用于此目的的胃肠外剂量可以以比上述典型剂量高5至10,000倍范围的使用。
对于本文所述任何化合物,治疗有效剂量可以最初从动物模型中确定。治疗有效剂量还从用于在人类中已经测试的寡核苷酸(已经开始人类临床试验)和用于已知显示类似药理学活性,例如其它佐剂例如LT和用于接种目的的其它抗原的人类数据确定。对于胃肠外施用可能需要更高剂量。应用的剂量可以基于施用化合物的相对生物利用度和潜能来调整。基于上述方法和本领域已知的其它方法调整剂量以实现最大化功效在本领域技术人员的能力之内。
本发明的制剂以药学上可接受的溶液施用,其可以例行地包含药学上可接受浓度的盐、缓冲剂、防腐剂、相容的载体(compatiblecarrier)、佐剂和任选地其它治疗成分。
为了在治疗中使用,免疫调节寡核苷酸的有效量可以通过递送寡核苷酸至所期望表面的任何模式,例如粘膜地、全身地施用至受试者。施用本发明的药用组合物可以通过本领域技术人员已知的任何手段实现。施用的优选途径包括但不限于口服、胃肠外、肌肉内、静脉内、皮下、鼻内、舌下、气管内(intratracheal)、吸入、眼睛、阴道和直肠。
为了口服施用,所述化合物(即,免疫调节寡核苷酸、抗原和其它治疗试剂)可以通过将活性化合物与本领域已知的药学上可接受的载体一起混合来容易地配制。此类载体使本发明的化合物能够被配制成片剂、丸剂、糖锭剂(dragees)、胶囊、液体、凝胶、糖浆、浆料(slurries)、悬浮液等,以用于要治疗的受试者的口服消化。用于口服用途的药物制剂可以以固体赋形剂的形式获得,且任选地研磨所得混合物,并且在加入合适的助剂(如果需要)之后,加工粒料的混合物,以获得片剂或糖锭剂芯。具体地,合适的赋形剂为填料例如糖,包括乳糖、蔗糖、甘露醇或山梨醇;纤维素制剂例如玉米淀粉、小麦淀粉、米淀粉、马铃薯淀粉、明胶、黄蓍胶、甲基纤维素、羟丙基甲基-纤维素、羧甲基纤维素钠和/或聚乙烯吡咯烷酮(PVP)。如果需要,可以添加崩解剂,例如交联聚乙烯吡咯烷酮、琼脂或藻酸(alginic acid)或其盐例如藻酸钠。任选地所述口服制剂还可以配制在生理盐水或缓冲液中,即用于中和内部酸条件的EDTA,或可以无需任何载体地施用。
还特别涉及地为上述组分的口服剂型。如在以下实施例中证明,FANA-改性的寡核苷酸在酸环境中具有增加的稳定性,使它们用于口服应用。组分可以具有另外的改性以使口服递送更有效。通常,涉及的化学改性为将至少一个部分(moiety)连接至组分分子自身,其中所述部分(moiety)允许(a)蛋白裂解的抑制;并且(b)从胃或肠摄入血流。还需要的是在组分总体稳定性的增加和在体内循环时间上的增加。此类部分的实例包括:聚乙二醇、乙二醇和丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、右旋糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮和聚脯氨酸。Abuchowskiand Davis,1981,″Soluble Polymer-Enzyme Adducts″In:Enzymesas Drugs,Hocenberg and Roberts,eds.,Wiley-Interscience,New York,NY,pp.367-383;Newmark,et al.,1982,J.Appl.Biochem.4:185-189。可以使用的其它聚合物为聚-1,3-二氧戊环(dioxolane)和聚-1,3,6-三氧八环(tioxocane)。对于如上所述的药物使用优选的为聚乙二醇部分。
对于组分(或衍生物),释放位置可以为胃、小肠(十二指肠、空肠或回肠)或大肠。本领域技术人员具有将不在胃中溶解并且将在肠中的十二指肠中释放所述材料的可利用的制剂。优选地,该释放将通过寡核苷酸(或衍生物)的保护或通过越过胃环境后例如在肠中生物活性材料的释放来避免胃环境的不利效应。
为了确保完全的胃抗性,对至少pH5.0而言为不渗透的涂层是需要的。用作肠涂层的更多常见惰性成分的实例为苯三甲酸醋酸纤维素(CAT)、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯(HPMCP)、HPMCP 50、HPMCP 55、聚醋酸乙烯苯二甲酸酯(PVAP)、Eudragit L30D、Aquateric、邻苯二甲酸醋酸纤维素(CAP)、Eudragit L、Eudragit S和Shellac。这些涂层可以用作混合膜(mixed film)。
涂层或涂层的混合物也可以在片剂上使用,其不旨在针对胃保护。这可以包括糖涂层、或使片剂更易于吞咽的涂层。胶囊可以由硬壳(例如明胶)组成以用于递送干治疗物质即粉末;对于液体形式,可以使用软明胶壳。扁囊剂的壳材料可以为厚淀粉或其它可食用纸。对于丸剂、锭剂、模制片剂或模印片,可以使用湿法成块(moist massing)技术。
治疗物质(therapeutic)可以以颗粒大小约1mm的颗粒或小球形式作为细的多颗粒(multi-particulates)包括在制剂中。用于胶囊施用的材料的制剂还可以作为粉末、轻度压缩的块(plug)或甚至作为片剂。该治疗物质可以通过压缩来制备。
着色剂和调味剂可以都被包括。例如,寡核苷酸(或衍生物)可以被配制(例如通过脂质体或微球胶囊),然后进一步包含在可食用产品内,例如包含着色剂和调味剂的冷冻饮料。
可以用惰性材料稀释或增加治疗物质的体积。这些稀释剂可以包括碳水化合物,特别是甘露醇、a-乳糖、无水乳糖、纤维素、蔗糖、改性右旋糖和淀粉。某些无机盐也可用作填料包括三磷酸钙、碳酸镁和氯化钠。一些商业上可获得的稀释剂为Fast-Flo,Emdex,STA-Rx1500,Emcompress和Avicell。
崩解剂可以包括在以固体剂型的治疗物质的制剂中。用作崩解剂的材料包括但不限于淀粉,包括基于淀粉、Explotab的商业的崩解剂。羟基乙酸淀粉钠,安伯来特,羧甲基纤维素钠,超支链淀粉(ultramylopectin),藻酸钠,明胶,橙皮,酸化羧甲基纤维素(acidcarboxymethyl cellulose),天然海绵和膨润土都可以使用。崩解剂的另一形式为不可溶阳离子交换树脂。粉末胶(Powdered gum)可用作崩解剂和作为粘合剂,并且这些可以包括粉末胶例如琼脂、Karaya或黄芪胶。藻酸及其钠盐也用作崩解剂。
粘合剂可以用于将治疗试剂保持在一起以形成硬片剂和包括来自天然产物例如阿拉伯胶、黄芪胶、淀粉和明胶的材料。其它包括甲基纤维素(MC)、乙基纤维素(EC)和羧甲基纤维素(CMC)。聚乙烯吡咯烷酮(PVP)和羟丙基甲基纤维素(HPMC)都可以用于醇溶液以使治疗物质成粒。
减阻剂(anti-frictional agent)也可包括在治疗物质的制剂中以防止配制过程期间的粘冲。润滑剂可以用作在治疗物质和die wall之间的层,并且这些可以包括但不限于:硬脂酸(包括其镁和钙盐)、聚四氟乙烯(PTFE)、液体石蜡、植物油和蜡。也可以使用可溶的润滑剂例如十二烷基硫酸钠、十二烷基硫酸镁、各种分子量的聚乙二醇、Carbowax 4000和6000。
可以添加在配制期间可能改进药物的流动特性和在压缩期间的有助于重排的助流剂。助流剂可以包括淀粉、滑石、气相白炭黑(pyrogenic silica)和含水硅铝酸盐(hydrated silicoaluminate)。
为了辅助治疗物质溶解入水性环境,表面活性剂可以作为湿润剂添加。表面活性剂可以包括非离子洗涤剂,例如十二烷基硫酸钠、二辛基硫化琥珀酸钠和二辛基磺酸钠。可以使用阳离子洗涤剂,并且其可以包括苯扎氯铵(benzalkonium chloride)和苄索氯铵(benzethomium chloride)。可以包括在制剂中作为表面活性剂的潜在的非离子洗涤剂的列表为lauromacrogol 400,polyoxyl 40stearate,聚氧乙烯氢化蓖麻油10,50和60,单硬脂酸甘油酯,聚山梨醇酯40,60,65和80,蔗糖脂肪酸酯,甲基纤维素和羧甲基纤维素。这些表面活性剂可以单独或作为不同比的混合物存在于所述寡核苷酸或衍生物的制剂中。
可以口服使用的药物制剂包括由明胶制成的推动配合(push-fit)胶囊、以及由明胶和增塑剂(例如甘油或山梨醇)制成的软的密封胶囊。推动配合(push-fit)胶囊可以包含与填料混合的活性成分,所述填料例如乳糖、粘合剂例如淀粉,和/或润滑剂例如滑石或硬脂酸镁,和任选地稳定剂。在软胶囊中,活性化合物可以溶解或悬浮于合适的液体,例如脂肪油、液体石蜡或液体聚乙二醇。此外,可以添加稳定剂。为了口服施用配制的微球也可以使用。此类微球在本领域已经良好地定义。用于口服施用的所有制剂应该为适合此类施用的剂量。
为了口腔含化施用,所述组合物可以采用以传统方式配制的片剂或锭剂形式。
对于通过吸入施用,用于根据本发明用途的化合物可以使用合适的推进剂,从加压容器(pressurized packs)或喷雾器以气溶胶喷射表现的形式来传统地递送,使用合适的推进剂例如二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、二氧化碳或其它合适的气体。在加压气溶胶的情况下所述剂量单位可以通过提供阀门以递送计量的量来确定。可以配制为了在吸入器或吹入器中使用的例如明胶的胶囊和药筒(cartridges),其包含所述化合物和合适的粉末基体(powder base)例如乳糖或淀粉的粉末混合物。
本文还涉及的为所述寡核苷酸(或其衍生物)的肺递送。当吸入并跨过肺上皮层至血流时,所述寡核苷酸(或衍生物)递送至哺乳动物的肺。吸入分子的其它报道包括Adjei et al.,1990,PharmaceuticalResearch,7:565-569;Adjei et al.,1990,International Journalof Pharmaceutics,63:135-144(leuprolide acetate);Braquet etal.,1989,Journal of Cardiovascular Pharmacology,13(suppl.5):143-146(endothelin-1);Hubbard et al.,1989,Annals ofInternal Medicine,Vol.III,pp.206-212(al-antitrypsin);Smith et al.,1989,J.Clin.Invest.84:1145-1146(a-1-proteinase);Oswein et al.,1990,″Aerosolization ofProteins ″,Proceedings of Symposium on Respiratory DrugDelivery II,Keystone,Colorado,March,(recombinant human growthhormone);Debs et al.,1988,J.Immunol.140:3482-3488(interferon-g and tumo rnecrosis factor alpha)and Platz et al.,美国专利No.5,284,656(granulocyte colony stimulating factor)。为了全身性效应用于肺递送的方法和组合物描述于美国专利No.5,451,569,1995年9月19日授权给Wong等。
用于本发明实践还涉及的是为肺递送治疗产物设计的各种机械装置,包括但不限于喷雾器、计量的剂量吸入器和粉末吸入器,所有这些对本领域技术人员是熟悉的。
适合本发明实践的商业上可获得的某些特定实例为Ultraventnebulizer,由Mallinckrodt,Inc.,St.Louis,Missouri制造;theAcorn II nebulizer,由Marquest Medical Products,Englewood,Colorado制造;the Ventolin metered dose inhaler,由Glaxo Inc.,Research Triangle Park,North Carolina制造;和the Spinhalerpowder inhaler,由Fisons Corp.,Bedford,Massachusetts制造。
所有此类装置需要使用适合寡核苷酸(或衍生物)分散的制剂。典型地,各制剂对于使用的装置的类型是特异的,并且除了用于治疗的常用的稀释剂、佐剂和/或载体之外,可以包括使用合适的推进剂材料。同样地,还涉及脂质体、微胶囊或微球、包涵体复合物(inclusioncomplexes)或其它类型的载体的使用。化学改性的寡核苷酸还可以依赖于化学改性的类型或使用的装置的类型在不同制剂中制备。
适合与喷雾器(喷射或超声波)一起使用的制剂,将典型地包括以约0.1至25mg生物学活性寡核苷酸每mL溶液的浓度溶解在水中的寡核苷酸(或衍生物)。所述制剂还可以包括缓冲液和简单的糖(例如为了寡核苷酸稳定和调节渗透压)。喷雾器制剂还可以包含表面活性剂,以降低或防止在形成气溶胶中由溶液的雾化引起的寡核苷酸的表面诱导的聚集。
与计量-剂量吸入装置一起使用的制剂将通常包括细分开粉末,其包含在表面活性剂的帮助下在推进剂中中悬浮的寡核苷酸(或衍生物)。所述推进剂可以为为此目的使用的任何传统材料,例如含氯氟烃、氢氯氟烃、氢氟烃,或烃,包括三氯氟甲烷,二氯二氟甲烷、二氯四氟乙醇和1,1,1,2-四氟乙烷,或其组合。合适的表面活性剂包括失水山梨醇三油酸酯和大豆卵磷脂。油酸也可用作表面活性剂。
来自粉末吸入装置用于分散的制剂将包括寡核苷酸(或衍生物)的细分开的干粉末,并且还以促进粉末从所述装置分散的量(例如所述制剂的50至90质量%)包括填充剂例如乳糖、山梨醇、蔗糖或甘露糖。为了最有效地递送至末梢肺,所述寡核苷酸(或衍生物)应该以平均颗粒大小小于10mm(或微米),最优选0.5至5mm的特定形式最有利地制备。
还涉及本发明药物组合物的经鼻递送(Nasal delivery)。经鼻递送允许在将治疗产品施用至鼻后直接将本发明药物组合物传递至血流,而没有在肺中沉积该产品的必要性。用于经鼻递送的制剂包括使用右旋糖或环糊精的那些。
对于经鼻施用,有用的装置为小而硬的瓶,计量剂量的喷射器与其连接。在一种实施方式中,计量剂量通过将本发明的药物组合物溶液抽入定义体积的室来递送,所述室具有当液体在所述室压缩时通过形成喷雾使气凝胶制剂气凝胶化的孔。将所述室压缩以施用本发明的药物组合物。在特定实施方式中,所述室为活塞排列。此类装置商业上可得。
备选地,使用这样的塑料挤瓶,其具有尺寸为当压挤时通过形成喷射使气溶胶气溶胶化的孔或开口。所述开口通常在瓶的顶部发现,并且所述顶部通常逐渐缩减以部分地适合鼻道以有效的施用气凝胶制剂。优选地,所述鼻吸入器将提供计量量的气凝胶制剂,以施用测量剂量的药物。
当期望全身地递送其时,可以配制化合物以通过注射例如通过推注或连续灌输来用于胃肠外施用。用于注射的制剂可以以单位剂型存在于,例如具有添加的防腐剂的安瓿或多剂量容器中。所述组合物可以采用例如在油性或水性载体中的悬浮液、溶液或乳液的形式,并且可以包含配制剂(formulatory agents)例如悬浮、稳定和/或分散剂。
用于对于胃肠外施用的药物制剂包括以水溶性形式的活性化合物的水性溶液。此外,活性化合物的悬浮液可以制备成合适的油性注射悬浮液。合适的亲脂性溶剂或载体包括脂肪油例如芝麻油,或合成的脂肪酯例如油酸乙酯或甘油三酸酯,或脂质体。水性注射悬浮液可以包含增加所述悬浮液粘性的物质,例如羧甲基淀粉钠、山梨醇或右旋糖。任选地,所述悬浮液还可以包含合适的稳定剂或试剂,其增加化合物的溶解度以允许制备高度浓缩的溶液。
备选地,所述活性化合物在使用前可以为粉末形式,以与合适的载体例如无菌无热原的水构造。
该化合物还可以在直肠或阴道组合物例如栓剂或保留灌肠剂(retention enemas)中配制,例如包含传统的栓剂基质例如可可脂或其它甘油脂。
除了上述制剂之外,所述化合物还可以配制成长效制剂(depotpreparation)。此类长作用制剂可以用合适的聚合或疏水性材料(例如作为在可接受油中的乳液)或离子交换树脂、或作为略溶衍生物,例如作为略溶盐配制。
所述药物组合物还可以包括合适的固体或凝胶相载体或赋形剂。此类载体或赋形剂的实例包括但不限于碳酸钙、磷酸钙、各种糖、淀粉、纤维素衍生物、明胶和聚合物例如聚乙二醇。
合适的液体或固体药物制剂形式为例如水性或生理盐水溶液以用于吸入、微胶囊、蜗形体(encochleate)、涂布到显微金颗粒上、包含在在脂质体中,雾化、气凝胶、用于植入皮肤的微丸剂(pellets),干燥至锐器(sharp object)上以刮擦皮肤。所述药物组合物还包括粒剂、粉末、片剂、包衣片剂、(微)胶囊、栓剂、糖浆、乳液、悬浮液、霜剂(creams)、滴剂或具有缓释活性化合物的制剂,在所述制剂中赋形剂和添加剂和/或助剂例如崩解剂、粘合剂、涂布剂、膨胀剂、润滑剂、调味剂、甜味剂或增溶剂通常如上文所述。药物组合物适合在各种药物递送系统中使用。对于药物递送方法的简短综述,参见Langer,Science 249:1527-1533,1990,将其在此引入以作参考。
免疫调节寡核苷酸和任选的其它治疗药物和/或抗原可以自身(neat)或以药学上可接受的盐的形式施用。当在医学中使用时所述盐应该为药学上可接受的,但是非药学上可接受的盐可以方便地用于制备其药学上可接受的盐。此类盐包括,但不限于从以下酸制备的那些:盐酸、溴酸、硫酸、硝酸、磷酸、马来酸、乙酸、水杨酸、对甲苯磺酸、酒石酸、柠檬酸、甲磺酸、甲酸、丙二酸、琥珀酸、2-萘磺酸和苯璜酸。同样地,此类盐可以制备成碱金属或碱土金属盐,例如羧酸基团的钠、钾或钙盐。
合适的缓冲试剂包括:乙酸和盐(1-2%w/v);柠檬酸和盐(1-3%w/v);硼酸和盐(0.5-2.5%w/v);和磷酸和盐(0.8-2%w/v)合适的防腐剂包括苯扎氯铵(0.003-0.03%w/v);氯代丁醇(0.3-0.9%w/v);对羟苯甲酸酯(pa rabens)(0.01-0.25%w/v)和水杨乙汞(thimerosal)(0.004-0.02%w/v)。
本发明的药物组合物包含有效量的免疫调节寡核苷酸和任选的抗原和/或其它治疗剂,其任选地包括在药学上可接受的载体中。术语药学上可接受的载体是指一种或多种相容的固体或液体填料、稀释剂或包封物质,其适合施用至人类或其它脊椎动物。术语载体表示天然或合成的有机或无机成分,所述活性成分与其组合以促进应用。药物组合物的成分还能够以相互以不存在会实质上影响所期望的药物功效的相互作用的方式与本发明的化合物混合。
本发明通过以下实施例进一步描述,其绝不应该解释为进一步的限制。将本申请全文引用的所有参考文献(包括文献参考、授权专利、公开专利申请和共同未决的的专利申请)在此明白地引入以作参考。
实施例
材料和方法
寡脱氧核苷酸(ODN)和试剂
FANA-改性的寡核苷酸(ODN)的固相合成
寡核苷酸使用标准β-氰乙基亚磷酸酰胺(cyanoethylphosphoramidite)化学法以1μ摩尔规模在
Figure GPA00001091846000581
Oligopilot 10DNA/RNA synthesizer(GE-Hea lthcare)上合成。Pr imer support PS200购自GE-Healthcare(加载:40μmol/g)。5′-DMT-保护的β-氰乙基亚磷酸酰胺用于合成寡-2′-脱氧核苷酸。DMT-基团在合成的5′-末端除去。
去保护和纯化
ODNs(表1)通过用浓缩的氨水处理(40℃,4h)从固相载体上去保护和分离(cleaved from)。纯化在SOURCE 15Q阴离子交换树脂(CV:6ml,GE Healthcare)上使用以下梯度系统实现:缓冲液A:10mM氢氧化钠,pH 12;缓冲液B:2.5M氯化钠,10mM氢氧化钠,pH 12。使用的梯度液依赖于使用的寡核苷酸序列。色谱系统为具有Frac950级分收集器的
Figure GPA00001091846000591
Purifier 10(GE Healthcare)。包含产物的级分在Biogel P4柱上脱盐并且冻干。
分析
ODNs在具有以下模块的Agilent 1100HPLC系统上分析:微真空脱气器(G1379A),二元泵(G1312A),孔-板取样器(G1367A),柱式加热炉(column oven)(G1316A)and MWD(G1365B),其耦合至BrukerEsquire 3000+离子阱质谱仪(负离子模式):柱:Waters X-BridgeC18 2.5μm 2.1x50mm;柱温60℃;在260nm下UV-检测;流速:0.2mL/min;溶剂A:385mM HFIP+14.4mM TEA;溶剂B:甲醇;注射体积:10μL;梯度:0min:5%B,15min:17.5%B,50min 24%B,65min:45%B。
Figure GPA00001091846000601
脱嘌呤检验
将ODN溶解于水至终浓度250μM。对于各ODN,三个样品(20μl)通过以下制备:将ODN溶液与水和1N HCl混合,获得在0.1N HCl中的终浓度为1μg/μl ODN溶液。对于各ODN,分离溶液用1μg/μl无盐酸的最终ODN浓度制备,其用作在脱嘌呤试验中的零时间点样品。使包含HCl的样品在RT孵育10,240和1440min。孵育后,添加约5.3μl NH4OH(1%)以溶解沉淀的ODN。样品通过在WatersAtlantis C183μm column 2.1x 150mm上的HPLC使用梯度分离液(溶剂A:100mM TEAAc,溶剂B:ACN;0%B(0min),9%B(9min),40%B(25min),95%B(30min),95%B(35min),0%B(36min),0%B(50min))在30℃柱温下分析。鸟嘌呤在274nm UV下监视。标准曲线通过分析已知鸟嘌呤浓度的标准样品来制备。在ODN样品中的实际鸟嘌呤浓度使用从标准样品获得的校正曲线反算。
TLR检验
HEK293细胞通过电穿孔使用分别表达人TLR和6xNF-κB-萤光素酶报道子质粒的载体来转染。稳定的转染物(3×104细胞/孔)在加湿孵育器中在37℃下孵育指示量的ODN 16h。各数据点一式三份地完成。将细胞裂解并就荧光素酶基因活性检验(使用the BriteLite kit,来自Perkin-Elmer,Zaventem,Belgium)。刺激指数参考不添加ODN的培养基的报道子活性计算。
细胞纯化
来自健康供者的外周血血沉棕黄层制剂(Peripheral blood buffycoat preparations)从Blood Bank of the University of Düsseldorf(德国)获得,并且PBMC通过在Ficoll-Hypaque(Sigma)上离心来纯化。细胞在加湿孵育器中在37℃下在补充有以下的RPMI1640培养基中培养:5%(v/v)热灭活人类AB血清(BioWhittaker)或10%(v/v)热灭活FCS,2mM L-谷氨酰胺,100U/ml青霉素和100μg/ml链霉素(都来自Sigma)
细胞因子检测和细胞计数分析
将PBMC以5×106细胞/ml的浓度再悬浮并且添加至96孔圆底板(250μl/孔)。将PBMC用ODN孵育并且培养上清液(SN)在指示时间点后收集。如果不立即使用,将SN在-20℃贮存直到需要。
在SN中细胞因子的量使用in-house ELISA使用商购得到的抗体(PBL,New Brunswick,NJ,USA)就产生的IFN-α来进行评估。
介绍
包含未甲基化CpG基序的寡核苷酸(ODN)能够通过Toll-样受体9(TLR9)途径刺激免疫应答。具有非天然糖残基的ODNs与天然核苷酸相比通常为核酸酶的较差的底物。已经报道在CpG二核苷酸处的2′-脱氧核糖或CpG基序的5′的某些类型取代导致降低的hTLR9刺激[Zhao et al.(1999)Biorg.Med.Chem.Lett.9,3453];例如在GTCpGTT中5′-G被2′-O-甲基改性导致通过hTLR9途径的强烈降低的活性。令人惊奇地是,FANA-改性的ODN不显示在hTLR9活性上相同的降低。2′-脱氧-2′-氟-β-D-阿拉伯糖基(FANA)核苷对CpG ODN生物活性的影响描述于以下实施例。图1显示FANA-改性的糖的结构有利于优选的2′-内(endo)构象,与有例如2′-外(exo)构象的2′-O-甲基改性的糖不同。
实施例1:具有FANA-改性的G残基的寡核苷酸在低pH下稳定。
脱嘌呤的机制如下所示:
Figure GPA00001091846000621
研究SEQ ID NO:1(一个G被faG取代,参见表2)和SEQ ID NO:5(两个G取代)的稳定性。ODN在0.1M HCl(其模拟胃中的pH)中孵育,并且通过RP-HPLC测定随时间的脱嘌呤。酸稳定性通过G被FANA-改性的G(faG)取代而强烈地提高(图2)。在24小时的调查时间框架中所有G残基被faG取代的SEQ ID NO:5针对在pH1下的酸稳定。即使具有仅一个faG的ODN(SEQ ID NO:1)也比未改性的亲本序列(SEQ IDNO:8)显示增加的稳定性。该结果对于制备富G的ODNs具有意义,因为脱嘌呤副产物的形成在酸去除ODNs的5′-末端的二甲氧基三苯甲基期间是个问题。然而,更重要的是,在pH下稳定的ODNs对于口服施用为更好的候选物。
实施例2:在CpG免疫刺激基序中faG的引入导致在体外人类 TLR9活化的增加。
为了测试FANA-改性的寡核苷酸激活TLR9的能力,许多B类CpGODN用FANA改性合成,并且就激活TLR9的能力测试。将ODNs用hPBMCs孵育并且通过ELISA测定IFN-α分泌。将许多改性引入六聚体基序GTCGTT。如图3所示,在CpG基序(SEQ ID NO:3)处C被faC(FANA胞嘧啶核苷衍生物)的取代导致在hTLR活性上的强烈降低,因为效力和功效都降低。令人惊奇地是,在CpG二核苷酸基序(SEQ ID NO:4)中G被faG的取代相对于faC-改性的寡核苷酸导致显著增强的效力。具有在CG二核苷酸外部的六核苷酸基序中T或G被FANA核苷酸取代的ODN具有与未改性的亲本SEQ ID NO:8)类似的功效和潜力。当在六核苷酸基序中的两个G核苷酸交换为faG(SEQ ID NO:5)时,在hTLR9上的功效比亲本ODN显著地更好。
具有G被faG取代的ODNs的增加的活性为令人惊奇的实例,其中脱氧核糖糖部分的改性导致在hTLR9检验中的增强活性,而不是使用其它类型的改性看到的降低。
表2:FANA-改性的B类ODN
 Seq ID No:   Sequence
 1   TfaGTC-GTTTTTTTTTTTTTTT
 2   TGfaTC-GTTTTTTTTTTTTTTT
 3   TGTfaC-GTTTTTTTTTTTTTTT
 Seq ID No:   Sequence
 4   TGTC-faGTTTTTTTTTTTTTTT
 5   TfaGTC-faGTTTTTTTTTTTTTTT
 6   TGTC-GfaTTTTTTTTTTTTTTT
 7   TGTC-GTfaTTTTTTTTTTTTTT
 8   TGTC-GTTTTTTTTTTTTTTT
faN=FANA改性的核苷酸
实施例3:在CpG基序中faG的引入导致体外在IFN-α分泌的 轻微增加。
为了研究FANA取代对诱导体外IFN-α分泌的能力的影响,C类衍生的ODNs用hPBMCs孵育,并且通过ELISA测定IFN-α分泌(参见表3和图4)。令人惊奇地是,具有在5′-末端第一个G被faG取代的SEQ ID NO:9对于诱导IFN-α比未改性的亲本SEQ ID NO:15更有效。此外,即使所有G残基被交换,在C类ODN中G被faG的取代似乎通常良好地耐受。
表3:FANA-改性的C类ODN
  Seq IDNo:   Sequence
  9   TCfaGTCGTTTTCGGCGCGCGCCG
  10   TCGTCfaGTTTTCGGCGCGCGCCG
  11   TCfaGTCfaGTTTTCGGCGCGCGCCG
  12   TCGTCGTTTTCfaGfaGCfaGCfaGCfaGCCG
  13   TCfaGTCfaGTTTTCfaGfaGCfaGCfaGCfaGCCG
  14   TCfaGTCfaGTTTTCfaGfaGCfaGCfaGCfaGCC3mG
  15   TCGTCGTTTTCGGCGCGCGCCG
  16   TCGTCGTTTTCGGCGCGCGCC3mG
faN=FANA改性的核苷酸
这样已经描述了本发明至少一个实施方式的几个方面,应该意识到各种变化、改进和提高对本领域技术人员将易于发生。此类变化、改进和提高应为本说明书的部分,并且应在本发明的精神和范围之内。因此,前述描述和附图仅作为实例。
序列表
<110>Coley Pharmaceutical GmbH,et al.
 
<120>包含改性糖部分的免疫刺激寡核苷酸类似物
 
<130>C1041.70055US00
 
<140>US 60/998,215
<141>2007-10-09
 
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<170>PatentIn version 3.5
 
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<223>FANA改性的碱基
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Claims (20)

1.长度上为8-200个核苷酸的免疫调节寡核苷酸,包括至少一个免疫调节ZNYZ基序,其中Z为嘌呤核苷或FANA-改性的嘌呤核苷,N为T、A或5-取代的U,Y为嘧啶核苷,并且其中至少一个Z包括FANA-改性的嘌呤核苷。
2.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中所述免疫调节基序为ZNYZ N1N2N3N4
3.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中所述免疫调节基序为ZNYG基序,其中YG为内部的嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸。
4.根据权利要求2所述的免疫调节寡核苷酸,其中N,N1,N2,N3和N4为T。
5.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中所述寡核苷酸包括免疫调节基序的5′的至少4个核苷酸。
6.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中在所述免疫调节基序外部的至少一个核苷酸具有FANA改性。
7.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中所述寡核苷酸不是反义寡核苷酸。
8.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中所述寡核苷酸包括多个内部YZ二核苷酸,并且其中每个内部YZ  核苷酸的Z包括FANA-改性。
9.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中Z为鸟嘌呤核苷(G)、2′-脱氧鸟嘌呤核苷、2′脱氧-7脱氮鸟嘌呤核苷、2′脱氧-6-硫代鸟嘌呤核苷、2′脱氧-8-羟基鸟嘌呤核苷、阿拉伯糖基鸟嘌呤核苷、2′-脱氧肌苷、2′-脱氧2′-取代的-阿拉伯糖基鸟嘌呤核苷、2′-O-取代-阿拉伯糖基鸟嘌呤核苷或其它非天然嘌呤核苷。
10.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中Y为C并且Z为G,并且其中所述CG二核苷酸的C未甲基化。
11.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中Y为胞嘧啶、2′-脱氧胞嘧啶、2′-脱氧胸腺嘧啶核苷、阿拉伯糖基胞嘧啶核苷、1-(2′-脱氧-B-D-呋喃核糖基)-2-氧-7-脱氮-8-甲基嘌呤、2′-脱氧-2′-取代的阿拉伯糖基胞嘧啶核苷、2′-O-取代的阿拉伯糖基胞嘧啶核苷、2′-脱氧-5-羟基胞嘧啶核苷、2′-脱氧-N4-烷基胞嘧啶核苷、2′-脱氧-硫代尿苷或其它非天然嘧啶核苷。
12.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,进一步包括选自以下的至少一个稳定化的核苷酸间键合:硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、甲基硫代磷酸酯、乙酸磷酸酯、Rp-硫代磷酸酯、Sp-硫代磷酸酯、硼烷磷酸酯或3′-硫甲缩醛。
13.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,进一步包括第二类型的糖改性,其中所述第二类型的糖改性选自2′-O-甲基核糖、2′-O-亚丙基核糖、2′-O-丁基核糖、2′-O-(2-甲氧基乙基)、2′-O,4′-C-亚烷基-联核糖(亚烷基为亚甲基(LNA)或亚乙基)、2′-脱氧-2′-氟代核糖、3′-O-甲基核糖、1′,2′-二脱氧核糖;阿拉伯糖、1′-甲基阿拉伯糖、3′-羟甲基阿拉伯糖、4′-羟甲基-阿拉伯糖或1,5-脱水己糖醇。
14.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,进一步包括至少一个3′-3′核苷酸间键合和/或至少一个5′-5′核苷酸间键合和/或至少一个2′-5′核苷酸间键合。
15.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,进一步包括至少一个回文序列。
16.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,进一步包括至少一个(G)n序列,其中n为4至10。
17.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中所述寡核苷酸包括至少一个疏水性T类似物和/或至少一个5-取代的U类似物。
18.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,进一步包括所述寡核苷酸的亲水性改性。
19.根据权利要求1所述的免疫调节寡核苷酸,其中所述寡核苷酸包括连接子。
20.寡核苷酸序列,其选自SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:16。
CN200880111045A 2007-10-09 2008-09-09 包含改性糖部分的免疫刺激寡核苷酸类似物 Pending CN101820908A (zh)

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