CN101407843A - 一种检测导致自然流产的染色体数目异常的试剂盒 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了一种检测导致自然流产的染色体数目异常的试剂盒,该试剂盒包括7~9组多重PCR引物,可对10种(2号、13号、15号、16号、18号、20号、21号、22号、X和Y染色体)染色体进行数目异常的分子检测和来源判断,检测范围覆盖了自然流产以及产前诊断中常见的异常染色体类型,具有灵敏度和准确度高、检测成本低等优点。

Description

一种检测导致自然流产的染色体数目异常的试剂盒
技术领域
本发明涉及生物化学领域,具体涉及包括核酸的检测试剂。
背景技术
自然流产是妇产科的一种常见病,其发生率约占临床妊娠的10~20%,据文献报道,直接针对流产绒毛进行细胞遗传学观察(核型分析),在<15孕周的自然流产中,染色体异常的发生率超过50%(50~70%)。在自然流产胚胎中,非整倍体主要表现为三体型及性染色体的单体型(常染色体单体型因具有高度的致死性而极其罕见),异常染色体核型多为16三体、21三体、18三体、13三体、15三体以及X单体型。
目前国际上已报道的用于自然流产胚胎遗传学检测的方法包括:核型分析(G显带法)、FISH(fluorescence in-situ hybridization,荧光原位杂交)、CGH(comparative genomic hybridization,比较基因组杂交)、MLPA(multiplex ligation-dependent probe amplification,多重酶联依赖性探针扩增)、互补DNA(complementary DNAs,cDNA)微阵列、QF-PCR(quantitative fluorescent-polymerase chain reaction,定量荧光RCR)六种。
核型分析属于传统的细胞遗传学方法,优点是直观、全面,可对每一号染色体的数目异常或大的结构异常(>5Mb)作出判断,是目前国际上通用的实验室检测方法。但该方法若用于检查自然流产胚胎(绒毛),最大的缺陷是无法区分母源性的污染,而且因为需要进行细胞培养而对标本要求高,失败率高(按AmericanCollege of Medical Genetics的标准为10~40%)。同时,由于绒毛细胞培养不仅耗时(需2~3周)而且染色体形态较差,因而其结果的观察和判断比较依赖于技术人员的专业水准和责任心。鉴于上述缺陷,目前国内外最为常规的检查项目并不是直接进行流产胚胎的染色体检查,而是进行夫妇双方外周血染色体的核型分析(G显带法)。根据统计,外周血染色体核型分析只能为2.4%~5.0%的自然流产患者找到病因,其低检出率的原因在于:该检查一般只对染色体结构畸变的自然流产具有临床意义,因为大多数由染色体结构畸变造成的自然流产,其畸变染色体是来源于携带染色体平衡易位的双亲之一;而对于占绝大多数的以非整倍体为主的染色体数目异常的自然流产而言,其诊断意义甚微,因为产生这种流产胚胎的双亲的外周血染色体一般均为正常。
FISH技术出现于20世纪80年代,其原理是利用荧光标记的探针(单链DNA分子)与染色体上互补的靶序列进行杂交,经荧光显微镜在杂交位点观察所要检测的染色体区段。FISH可用于染色体数目异常与结构异常的检测,对染色体异常的检出率约为核型分析的83%,比较快捷(需2~3天),但其同样无法区分母源性的污染,而且价格高昂(单一探针的价格就高达1000元左右),限制了其广泛运用。
CGH始于20世纪90年代,是一种在FISH技术的基础上发展起来的分子细胞遗传学方法。待测样本经过一次染色体原位杂交即可在全部染色体或特定的染色体区域对不同基因组间DNA序列的拷贝数进行检测。CGH所需实验时间约为1周,该检测方法需要特殊的分析软件并且价格尤其昂贵,难以在临床上开展。另外,CGH不仅无法区分母源性的污染,而且无法检出整倍体及低比例的嵌合体,只适于非整倍体及不平衡易位的检测。由于在自然流产中多倍体及嵌合体较为常见,因此CGH只能作为核型分析的辅助实验,即CGH结果正常的样本仍需进行核型分析。
MLPA是一种最近几年新发展起来的基因分子杂交和PCR合为一体的基因剂量测定技术,其优点是不仅能检测缺失,也能检测基因拷贝数,可用于定性和半定量检测。其缺点是费用高昂,要求合成特异的探针,而且不易区分母源性污染。
cDNA微阵列则是通过PCR扩增cDNA文库中的已知基因片断,与不同荧光标记的对照样品mRNA逆转录的cDNA片段同时杂交,对比不同标记杂交信号的变化来检测基因表达水平的变化。其优点是能高分辨地检测染色体区段或基因的缺失或重复并可同时检测许多目标序列,但缺点是需要已知的DNA片段和昂贵的设备,目前尚不适用于临床。
QF-PCR是在PCR反应系统中加入一个可与DNA模板发生特异性杂交的荧光标记探针。当探针保持完整时,3’端的淬灭基团抑制5’端的发射基团的荧光发射。在PCR退火过程中,淬灭基团解除而检测到发射基团发出的荧光,而且释放的荧光基团数和PCR产物量呈一一对应关系。从理论上说,通过QF-PCR比较流产夫妇及胚胎的STR(short tandem repeat,短串联重复)的异同可用于区分母源性的污染,并诊断非整倍体、三倍体、嵌合体及单亲二体。这是由于在人类基因组中,STR总数大约有5~10万个而且分布广泛,在不同个体或不同染色体中串联的重复序列拷贝数相差悬殊,导致其形成高度的遗传多态性。除了部分同卵双生子,个体之间的STR都是互不相同的。由于高度的多态性并且能够稳定地遗传,STR成为一类有用的DNA遗传标志。Dan Diego-Alvarez等选择了13,15,16,18,21,22和X染色体上的2--4个STR进行QF-PCR扩增,然后用ABI3100遗传分析仪对扩增产物进行分析,从而获得诊断结果,该方法的诊断率为94%【Application of quantitative fluorescent PCR with short tandem repeat markers to the study of aneuploidies inspontaneous miscarriages.Hum Reprod.2005 May;20(5):1235-43】。Gang Zou等选择了13、14、15、16、18、21、22和X染色体上共19个STR位点进行QF-PCR扩增,然后用MegaBACE1000对扩增产物进行分析,从而获得诊断结果,该方法的诊断率为98.3%(Quantitative fluorescent polymerase chain reaction to detectchromosomal anomalies in spontaneous abortion.Int J Gynaecol Obstet.2008Sep 22.)。上述QF-PCR方法均能对染色体非整倍体、三倍体、单亲二倍体进行诊断,并鉴别母源性污染,但是该方法受探针限制较大,荧光探针的好坏直接影响结果,比普通PCR受影响因素多,直接影响了该方法的准确率;另外,该方法需要用到的荧光探针比较昂贵,直接限制了该方法在临床上的应用,而且其结果需要特殊分析软件对荧光信号进行处理后才能判读,不适合大范围推广。
发明内容
本发明要解决的技术问题是提供一种成本低、检测范围广并能区分母源性污染的检测自然流产常见染色体数目异常的试剂盒。
本发明解决上述问题的技术方案是:
一种检测导致自然流产的染色体数目异常的试剂盒,该试剂盒是一种多重PCR试剂盒,其特征在于包括以下第1~7组用于检测不同STR位点的多重PCR引物,所述的1~7组引物如下所示:
第1组
Figure A20081021922500061
第2组
Figure A20081021922500062
第3组
Figure A20081021922500063
第4组
Figure A20081021922500064
第5组
Figure A20081021922500065
第6组
第7组
Figure A20081021922500072
本发明试剂盒的7组引物中的每一组引物分别对自然流产胚胎及其父亲和母亲的STR进行多重PCR扩增,然后在非变性温度条件下用变性高效液相色谱(DHPLC)对PCR产物进行分析,所得的DHPLC图谱可反映每个STR位点的扩增情况,由此判断自然流产是否为染色体数目异常造成;其中各组引物的多重PCR扩增分别条件为:
第1组引物的扩增条件:94℃3min,94℃30s,60℃50s,72℃30s,72℃3min,4℃保存,一共25个循环;
第2组引物的扩增条件:94℃3min,94℃30s,60℃50s,72℃30s,72℃3min,4℃保存,一共25个循环;
第3组引物的扩增条件:94℃3min,94℃30s,62℃50s,72℃30s,72℃3min,4℃保存,一共25个循环;
第4组引物的扩增条件:94℃3min,94℃30s,64℃50s,72℃30s,72℃3min,4℃保存,一共25个循环;
第5组引物的扩增条件:94℃3min,94℃30s,64℃50s,72℃30s,72℃3min,4℃保存,一共25个循环;
第6组引物的扩增条件:94℃3min,94℃30s,62℃50s,72℃30s,72℃3min,4℃保存,一共25个循环;
第7组引物的扩增条件:94℃3min,94℃30s,64℃50s,72℃30s,72℃3min,4℃保存,一共25个循环。所得PCR产物的DHPLC图谱的分析方法如下:
首先,根据图谱上峰的迁移时间确定其所属:由于本发明试剂盒中每一对引物对应一个STR位点,所得扩增片段大小都不一样(如表1所示),每对引物的PCR产物在进行DHPLC检测时的迁移速度都不一样,且片段大小和迁移速度成正相关,在DHPLC图谱中表现为小片段的峰出现较快,大片段的峰出现较慢,因此可从PCR产物的迁移时间对其进行定性分析,即确定DHPLC图谱中每一个峰所对应的STR位点。
表1
Figure A20081021922500073
Figure A20081021922500081
接着,通过分析每个位点的扩增产物判断流产是否由染色体异常造成。自然流产胚胎每个STR位点的PCR产物经DHPLC检测后在DHPLC图谱有可能表现为以下几种情况:
(1)若胚胎某一STR位点的扩增产物表现为峰高或面积比为接近1∶1的双峰,说明该STR位点为杂合子,如果双峰的位置分别与父母双方的重合,则所在的染色体为正常;如果双峰的峰型和位置仅与双亲中的一方吻合,但其他染色体STR位点的杂合峰的位置分别与双亲重合,则可判断为单亲二倍体;
(2)若胚胎某一STR位点的扩增产物表现为峰高或面积比为接近1∶1∶1的三峰或2∶1的双峰,说明该STR位点为杂合子,所在的染色体为三体;胚胎的2∶1杂合双峰或1∶1∶1杂合三峰中必然有一部分与父亲的位置重合,另一部分与母亲的重合,若胚胎的2∶1杂合双峰中的二倍峰或杂合三峰中的两个峰的位置与母亲(或父亲)重合,则该异常染色体为母源性(或父源性);
(3)若胚胎所有染色体上STR位点的扩增产物均表现为1∶1∶1或者比例约为2∶1的杂合峰时,则该胚胎标本为三倍体;
(4)若胚胎所有的染色体上的STR位点的峰型以及出锋位置完全和母亲的重合且为女性,则所检测的“绒毛标本”不属于胚胎及其附属物,而为母体组织,即母源性污染;
(5)若胚胎某一STR位点为单峰:说明该STR位点为纯合子,无法判断所在染色体是否正常。
本发明根据STR在不同个体或不同染色体中串联的重复序列拷贝数不同而形成高度的遗传多态性这一特性,设计了一系列针对2号、13号、15号、16号、18号、20号、21号、22号、X和Y染色体中STR位点的引物,通过分析其扩增产物可以判读出非整倍体,三倍体,单亲二倍体以及区分母源性污染(但本发明试剂盒不能检测出四倍体以及平衡易位),并可通过家系分析帮助患者查明染色体异常的来源。但是,当所检测的STR位点为纯合峰时,本发明试剂盒无法判断其所在染色体数目是否正常,为此,本发明试剂盒针对每个染色体都设计了多对引物,用以扩增同一染色体上不同的STR位点,同一染色体上的多个位点都为纯合子的概率很低,这样大大提高了本发明试剂盒的准确率。
尽管同一染色体上的多个位点都为纯合子的概率很低,但仍有这样的可能,为了进一步确保本发明试剂盒的准确率,本发明试剂盒还可以含有以下第8~9组引物中的一组或两组:
第8组
Figure A20081021922500091
第9组
使用本发明试剂盒中第1~7组引物检测自然流产胚胎,如果测出某一染色体上的几个STR位点均为纯合子,可从第8~9组中挑选一组或多组有检测该染色体STR位点的引物再作检测,除各组引物的扩增条件不同外,其检测步骤和判读方法均与第1~7组引物相同;第8~9组引物的扩增条件如下:
第8组引物的扩增条件:94℃3min,94℃30s,62℃50s,72℃30s,72℃3min,4℃保存,一共25个循环;
第9组引物的扩增条件:94℃3min,94℃30s,67℃50s,72℃30s,72℃3min,4℃保存,共25个循环;
第8~9组引物的扩增产物及其大小如表2所示:
表2
Figure A20081021922500093
本发明试剂盒中的引物均可按照常规的寡核苷酸合成方法制备。
本发明试剂盒可以为临床提供10种(2号、13号、15号、16号、18号、20号、21号、22号、X和Y染色体)染色体的数目异常的分子检测和来源判断,检测范围覆盖了自然流产以及产前诊断中常见的异常染色体类型,诊断率可达83-98%。本试剂盒所对应的核心技术--DHPLC技术对检测样本的要求低(仅需100~150mg,且可以是陈旧性的胚胎样本),灵敏度高,并依靠自动化操作的分析仪完成,可进行完备的质控,能极大地避免人工操作所带来的人为出入。通过家系分析还可以有效鉴别母源性污染减少因母源性污染所造成的误诊。同时,本发明试剂盒的检测成本仅为8元/检测位点,远远低于现有的分析技术。另外,该技术还具有高通量的特点,每天可完成80个次的检测。本发明试剂盒可用于查找自然流产的病因,为患者提供有针对性的生育指导;还可用于辅助核型分析,提高产前诊断的准确率。
附图说明
图1为例1的流产绒毛核型分析结果。
图2为例1的第1组引物PCR产物的DHPLC谱图。
图3为例2的流产绒毛核型分析结果。
图4为例2的第1组引物PCR产物的DHPLC谱图。
图5为例2的第2组引物PCR产物的DHPLC谱图。
图6为例2的第3组引物PCR产物的DHPLC谱图。
图7是例2的第4组引物PCR产物的DHPLC谱图。
图8是例2的第5组引物PCR产物的DHPLC谱图。
图9是例2的第6组引物PCR产物的DHPLC谱图。
图10为例2的第7组引物PCR产物的DHPLC谱图。
图11为例2的第8组引物PCR产物的DHPLC谱图。
图12为例2的第9组引物PCR产物的DHPLC谱图。
具体实施方式
为了更好地理解本发明试剂盒的使用方法和技术效果,下面将通过具体的病例分析和临床统计来对本发明做进一步阐述。
例12号染色体数目异常病例
1、实验材料:
(1)此例标本来自于孕妇孕10周时B超提示胚胎停止发育(无心管搏动、不能见到胎芽等)后行清宫术时所收集的绒毛标本,同时采集流产夫妇双方静脉血。
(2)本发明试剂盒,其组成如下:
引物:本发明所述第1-7组引物,由上海英俊生物技术有限公司合成。
酶:选用的是北京鼎国生物技术公司的Taq酶。
试剂:北京鼎国生物技术公司的10×buffer(20mM Tris-HCl,10mM(NH4)2SO4,2mM MgCl2,0.1%
Figure A20081021922500101
和10mM KCl,pH8.8);TAKARA公司dNTP(各2.5mM)。
2、实验方法:
(1)核型分析:
无菌取出绒毛组织15~20mg,经过粗剪,细剪,消化后加入培养基接种到培养瓶内,37℃,5%CO2温箱内培养5-10天。提取细胞中的染色体,并经低渗、预固定、两次固定后制作成玻片,待烤干后进行常规的G显带。
(2)本发明试剂盒分析:
a.采用本发明试剂盒第1-7组引物对父亲、母亲和胎儿DNA样本分别进行多重PCR反应,每组引物相应的反应体系如表3所示。
第1组PCR反应:
第2组引物(10pmol/ul):d2s1242:1ul,d21s11:3ul,d21s1270:1ul,d21s1411:6ul,其余试剂见表3,总反应体积:40ul。
第2组PCR反应:
第2组引物(10pmol/ul):d13s317:3ul,d18s535:0.75ul,d13s258:1ul,d18s382:3ul;其余试剂见表3,总反应体积:35ul。
第3组PCR反应:
第3组引物(10pmol/ul):d22S417:0.75ul,d15s189:0.5ul,d16s746:3ul,d16s675:2ul,d15s523:3ul;其余试剂见表3,总反应体积:40ul。
第4组PCR反应:
第4组引物(10pmol/ul):d20s438:1ul,dxs8377:1ul,d2s1244:6ul;其余试剂见表3,总反应体积:40ul。
第4组PCR反应:
第4组引物(10pmol/ul):d20s438:1ul,dxs8377:1ul,d2s1244:6ul;其余试剂见表3,总反应体积:40ul。
第5组PCR反应:
第5组引物(10pmol/ul):dxs6804:3ul,dxs6809:0.7ul,dys389:4ul;其余试剂见表3,总反应体积:35ul。
第6组PCR反应:
第6组引物(10pmol/ul):d15s195:3ul,d21s1414:1ul,d20s431:0.75ul,d2s1239:2.5ul;其余试剂见表3,总反应体积:35ul。
第7组PCR反应:
第7组引物(10pmol/ul):d22s343:4ul,d22689:0.75ul,d15s184:0.75ul;其余试剂见表3,总反应体积:30ul。
表3
  试剂   用量
  DNA样本   100ng
  dNTP(各2.5mM)   3.2ul
  Taq酶   1.6U
  10×buffer   4ul
b.将所得PCR产物进行DHPLC分析:
用DHPLC分析仪(WAVE DNA fragment analysis system,Transgenomic公司)在非变性条件下对七组STR-PCR扩增产物进行分析。依据NON-DHPLC在柱温50℃以下DNA双链保持完整状态的特性,本试验柱温选择在50℃,进样量为8μl,洗脱液浓度梯度由WAVEMaker软件自动计算出。由于长片段DNA的PO3 -与TEAA分子的NH3+结合紧密,故其洗脱时间延长,因此,根据洗脱峰的位置先后及高度差异通过DNA色谱柱(DNASep,Transgenomic公司)将不同长度和拷贝数的STR区分。洗脱液包括缓冲液A(0.1MTEAA)和缓冲液B(0.1M TEAA,25%乙腈)。
3、结果分析
(1)核型分析:
结果如图1所示,可见2号染色体数目异常,为三体。
(2)本发明试剂盒分析:
第1组引物的PCR产物的DHPLC分析如图2所示,该图显示胚胎位于2号染色体的一个位点(d2s1242)两峰之间的比值是1.75∶1,考虑为2三体(“2三体”表示2号染色体为3条,正常人为两条),核型表达:47,XX,+2。从整个家系分析,胚胎的异常峰与父亲重合,即可判断胎儿多出的2号染色体来自于父亲,即父源性的2三体。与此同时,胚胎21号染色体的三个STR位点D21S11、D21S1270和D21S1411均未见异常,即其21号染色体为数目和来源均正常的一对同源染色体。
例216号染色体数目异常病例
1、实验材料:此例标本来自于孕妇孕7周时B超提示胚胎停止发育(无心管搏动、不能见到胎芽等)后行清宫术时所收集的绒毛标本,同时采集流产夫妇双方静脉血。
2、实验方法:
(1)核型分析:
无菌取出绒毛组织15~20mg,经过粗剪,细剪,消化后加入培养基接种到培养瓶内,37℃,5%CO2温箱内培养5-10天。提取细胞中的染色体,并经低渗、预固定、两次固定后制作成玻片,待烤干后进行常规的G显带。
(2)本发明试剂盒分析:
a.采用本发明试剂盒第1-9组引物对父亲、母亲和胎儿样本分别进行多重PCR反应:
第1组PCR反应:
第2组引物(10pmol/ul):d2s1242:1ul,d21s11:3ul,d21s1270:1ul,d21s1411:6ul,其余试剂见表3,总反应体积:40ul。
第2组PCR反应:
第2组引物(10pmol/ul):d13s317:3ul,d18s535:0.75ul,d13s258:1ul,d18s382:3ul;其余试剂见表3,总反应体积:35ul。
第3组PCR反应:
第3组引物(10pmol/ul):d22S417:0.75ul,d15s189:0.5ul,d16s746:3ul,d16s675:2ul,d15s523:3ul:其余试剂见表3,总反应体积:40ul。
第4组PCR反应:
第4组引物(10pmol/ul):d20s438:1ul,dxs8377:1ul,d2s1244:6ul;其余试剂见表3,总反应体积:40ul。
第4组PCR反应:
第4组引物(10pmol/ul):d20s438:1ul,dxs8377:1ul,d2s1244:6ul;其余试剂见表3,总反应体积:40ul。
第5组PCR反应:
第5组引物(10pmol/ul):dxs6804:3ul,dxs6809:0.7ul,dys389:4ul;其余试剂见表3,总反应体积:35ul。
第6组PCR反应:
第6组引物(10pmol/ul):d15s195:3ul,d21s1414:1ul,d20s431:0.75ul,d2s1239:2.5ul;其余试剂见表3,总反应体积:35ul。
第7组PCR反应:
第7组引物(10pmol/ul):d22s343:4ul,d22689:0.75ul,d15s184:0.75ul;其余试剂见表3,总反应体积:30ul。
第8组引物(10pmol/ul):d18s1002:0.75ul,d13s634:2ul,d16s475:1ul;其余试剂见表3,总反应体积:30ul。
第9组引物(10pmol/ul):d16s526:0.75ul,d13s631:1.5ul,d18s386:4ul;其余试剂见表3,总反应体积:35ul。
b.将所得PCR产物进行DHPLC分析:
条件同例1:柱温选择在50℃,进样量为8μl,洗脱液浓度梯度由WAVEMaker软件自动计算出。即:直接按照仪器所设置的多重条件即可。
3、结果分析
(1)核型分析:
结果如图3所示,可见16号染色体数目异常,为三体。
(2)本发明试剂盒分析:
结果如图4~12所示。图4为第1组引物的PCR结果,图中前3个位点的扩增结果均为1∶1的双峰,说明第2号染色体和第21号染色体数目正常。图5为第2组引物的PCR结果,图中第1、2、4个位点均为1∶1的双峰,说明第13号染色体和第18号染色体数目正常。图6为第3组引物的PCR结果,图中显示第3个位点的扩增结果为1∶1∶1的三峰,说明第16号染色体数目异常,为三体,且多出来的峰与母亲的重合,说明异常来源于母亲;第四个位点两个峰的比值接近于2∶1再次证明了流产胚胎16号染色体为三体。图7是第4组引物的PCR结果,从第一个位点的扩增情况可判读出第20号染色体数目正常,其余两个位点的结果均为单峰,即第2号染色体和X染色体需要结合其他位点进行分析。图8是第5组引物的PCR结果,图中X染色体的扩增结果为1∶1的双峰,说明X染色体数目正常,并可判断该流产胎儿为女性。图9是第6组引物的PCR结果,图中前两个位点的扩增结果为1∶1的双峰,说明第15号染色体和第21号染色体数目正常,后两个位点的扩增结果为单峰,无法判读。图10为第7组引物的PCR结果,图中前两个位点的扩增结果为1∶1的双峰,说明第22号染色体数目正常。图11是第8组引物的PCR结果,第二个位点双峰峰高的比值近似于2∶1,进一步验证第16号染色体数目异常,且为母源性的三体。图12为第9组引物的PCR结果,第1个位点为三个比值接近于1∶1∶1的三峰印证了16三体的结果,第2和第3个位点均为纯合峰,故无法判读。
综合上述1~9组结果,该胚胎为16三体的女性胚胎,多余的16号染色体为母源性。
例3本发明试剂盒的诊断率统计
1、实验材料:
绒毛:孕6-12周,B超发现胚胎停育(无心管搏动、不能见到胎芽等)后行清宫术时所收集的绒毛标本。
外周血:流产夫妇外周血。
2、实验方法:
(1)本发明所选STR位点的理论杂合度的获得:
通过www.gdb.org数据库查找STR位点的理论杂合度。
(2)本发明所选STR的实际杂合比例的统计:
STR实际杂合比例是通过40个流产家系(流产绒毛DNA和流产夫妇外周血DNA)共120个DNA样本经9组PCR后统计每个位点的杂合峰个数计算所的。实际杂合比例=STR位点为杂合峰的个数/总样本个数。
3、结果分析
结果如表4所述,本发明所选引物与STR都有较高的杂合度,说明可以通过STR的杂合峰比值来分析样本待测染色体的数目。
表4
染色体 STR PCR组   杂合度(H)   实际杂合比例   1~7组总杂合比例   1~9组总杂合比例
2   D2S1242D2S1244D2S1239   第3组第6组第8组   0.9380.80.875   0.8500.5940.714 0.901 0.901
13   D13S317D13S258D13S634D13S631   第4组第4组第1组第2组   0.780.8750.7260.828   0.6640.5820.7260.828 0.909 0.960
15   D15S189D15S523D15S195D15S184   第5组第5组第8组第9组   0.8570.9290.750.75   0.5470.7190.758 0.920 0.920
16   D16S675D16S746D16S475D16S526   第5组第5组第1组第2组   0.8770.8070.8570.833   0.6880.7190.6810.788 0.906 0.937
18   D18S535D18S382D18S1002D18S386   第4组第4组第1组第2组   0.9200.80.8120.875   0.7360.7910.6730.697 0.909 0.980
20   D20S431D20S438   第8组第6组   10.86   0.6700.575 0.875 0.875
21   D21S11D21S1270D21S1411D21S1414   第3组第3组第3组第8组   0.90.860.930.875   0.7790.5930.4870.769 0.968 0.968
22   D22S417D22S343D22S689   第5组第9组第9组   0.8570.95未查到   0.5880.70 0.829 0.829
X   DXS8377DXS6804DXS6809   第6组第7组第7组   0.950.765未查到   0.6930.7340.75 0.940 0.940
  Y   DYS389   第7组   0.37   0   0   0
注:表中每个STR位点实际杂合比例是经过40对流产夫妇家系共120个DNA样本进行9组PCR/DHPLC分析后,计算出的杂合峰比例。实际的杂合比例和从GDB数据库中查到的杂合度有差异是因为不同种族与人群所造成。以13号染色体上的STR杂合比例进行说明:单一D13S317位点在120个样本中杂合峰占66.4%,即杂合比例是0.664;同理D13S258在120个样本中杂合峰比例是58.2%;但是在1~7组中,D13S317结合D13S258后,它们总的杂合度提高到了90.9%(注:总杂合度提高的原因在于如果D13S317这个位点上为纯合峰,但是在D13S258这个位点上可能就是一个杂合峰,因此两个位点结合起来后实际杂合比例提高,即诊断率提高到了90.9%);同理将1~9组13号染色体上的四个位点进行联合检测,在120个样本中能诊断的杂合峰比例即可达到96%。同理可得出其他染色体上的STR的实际杂合比例和总的杂合比例。
本发明人还利用该试剂盒对100例正常人群和40个流产家系进行了检测,并将所得结果与同步进行的核型分析结果进行了比对,两者的一致率达到100%。
SEQUENCE LISTING
<110>南方医科大学
<120>一种检测导致自然流产的染色体数目异常的试剂盒
<160>96
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>1
ccagcaggatt tctttctga aca                              23
<210>2
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<213>人工序列
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<211>23
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<213>人工序列
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<213>人工序列
<400>8
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<210>9
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ggactctgac ccatctaacg cctatc                           26
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ccataggcag cccaaaaaga caga                             24
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<213>人工序列
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<210>15
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<213>人工序列
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atccatccat ccttccacag atacat                           26
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<211>20
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<211>24
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cctgggtgac aagaatgaaa ccagaa                           26
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gcgatattgg ctgaggcaca ttct                             24
<210>24
<211>23
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<213>人工序列
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gccttcctgc cttccttcct gac                              23
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<211>24
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<213>人工序列
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tgccagcact tggtgaacac tatg                             24
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<213>人工序列
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ggccagcatc tgggtaacat agg                              23
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tgagacttga tgggagtatc cagagag                          27
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<212>DNA
<213>人工序列
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ggattacagg catgagccac tacag                            25
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<212>DNA
<213>人工序列
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ttccaagagg tggggaaaaa aag                              23
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tttcccagat attttgacca ccata                            25
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gatagat tgatagagggagg gata                             24
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<213>人工序列
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tctacctaat ctgtcaatga ttttctgt                         28
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gggatcacga gagaagcaaa attaa                            25
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tccagcctga gtgacagagt gatacca                          27
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ggggatattt gggactcctt gacag                            25
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accaggtggc ctgcatcatg ct                               22
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ggcgacagag caagactcca tca                         23
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aaggccgagt gggagtattt                             20
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<212>DNA
<213>人工序列
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tctcccccac ttgctgaa                               18
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atctaggaca tctcaggagc tatctaa                     27
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cctgggtgac agagtgagac tgtcaa                                          26
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<212>DNA
<213>人
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ccagcaggat ttctttctga acagaatata gagggtggga actttttctt tttctttctt     60
tctttccttc tttctttctt tctttctttc tttctttctt tctttctttc tttctttcat    120
ttatttattt tttgagacag ggtctcacta tgtcactaaa gctggagggc a             171
<210>54
<211>202
<212>DNA
<213>人
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agtcaattcc ccaagtgaat tgccttctat ctatctatct atctgtctgt ctgtctgtct     60
gtctgtctat ctatctatat ctatctatct atcatctatc tatccatatc tatctatcta    120
tctatctatc tatctatcta tctatctatc tatcgtctat ctatccagtc tatctacctc    180
ctattagtct gtctctggag aa                                             202
<210>55
<211>274
<212>DNA
<213>人
<400>55
gagatggcct gtgtctatcc cactgtatta ttcagggcta catagagaaa cagaaccaat   60
aaaatagata gatagatgat agatgataga tgatagatag atagatagat agatagatag  120
atagatagat agacagacta tatataatat atatttatct cactgtatat atgtgtgtgt  180
atatatatgc atgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt atgaagagag  240
agagagagtg agtgatttat cacgaaggat tggc                              274
<210>56
<211>314
<212>DNA
<213>人
<400>56
cggatagaaa aataggatgg ataaatagaa cataggtaga tacataaata tgatgaatgc   60
atagatggat gggtggatgg atggatggat ggatggatgg atggatggat ggatgaatgg  120
atacatagat gaatggatgg atagatagta tataaatgga tggatggata gatacacagt  180
aggtaggtag gtagtagata gatagataga tagatagata gatagataga tagatagata  240
aacaggatag atagatagat agatagatag atagatagat agatagataa acaggatgaa  300
tatttagaag gctg                                                    314
<210>57
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<212>DNA
<213>人
<400>57
ggactctgac ccatctaacg cctatctgta tttacaaata cattatctat ctatctatct    60
atctatctat ctatctatct atctatcaat caatcatcta tctatctttc tgtctgtctt   120
tttgggctgc ctatgg                                                  136
<210>58
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<212>DNA
<213>人
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tgacaaaagc cacacccata acttttttcc tctagataga cagatagatg atagatagat   60
agatagatag atagatagat agatagatag atagatagat atagattctc tttctctgca  120
ttctcatcta tatttctgtc tttctcttaa ttatgggtaa ctcttagcct gccaggctac  180
cat                                                                183
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<212>DNA
<213>人
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cacggagtca ttcttaaaat agacagatag aagatagatg atagatgatg atagatagat   60
agagagatga tagatgatga tagatagata gagagatgat agatggatgg atagatagat  120
agatagatag atagatagat agatagatag atagatgata gatagagata gatatagaat  180
atcttattgg tttattccct ctctctgtct t                                 211
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atccatccat ccttccacag atacatctat ttaaaataac aggaaaaaaa gaaagaaaga   60
aggaaagaaa gaaagaaaga aaaagaaaga aagaaagaag aaagaaagaa agaaggaaag  120
aaagaaagaa agaaagaaag aaagaaagaa agaaagagaa agaaagaaag aaagaaagaa  180
agaaagaaag aaagaaagaa agaaagaaag aaagaaagaa agaaaagaaa gaaagaagga  240
aaaagcctgg gcatggtg                                                258
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<212>DNA
<213>人
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aggaaggaag gaaggaagga aaagaaatca attagggaag aaataagcgg tagaactaat  120
aaataaggta aaaagctggc ttgttgga                                     148
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<213>人
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gaaagaaaga gagagagaaa gaaagaaaag aaaagagaaa gagaaagaaa gagaaggaag  120
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gatcct                                                             186
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ctttcttttc tttatccttc cttccttcct tccttccttc cttccttcct tccttccttc  120
cttccttcct tctttctttt ctctttcttt ctttctttct ttctttcttt ctttctttct  180
ttcttttctt tctttctggt ttcattcttg tcacccagg                         219
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<212>DNA
<213>人
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aaagaaagaa agaaggaagg aaagaaagaa aaaaggaaga agggaaggaa ggaaggagag  180
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<213>人
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tgccagcact tggtgaacac tatgttaaga ctgaattttt cttttctttt cttttcttct   60
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cccctttctt tctttctttc tttctttctt tctttctttc tttctttctt tctttctttt  180
ctctttcttt ctttcttttt cttccttcct ttctttcttt ctttctttct tttctttctt  240
tctttcatcc ttcctttctt ccttccttcc ttccttcctt cctcttttct tttcttttct  300
tttcttttct ttcatctttc ttgagataga gtctccctat gttacccaga tgctggcc    358
<210>66
<211>193
<212>DNA
<213>人
<400>66
tttcccagat attttgacca ccatatatat tttcttttct ccctagcaat atctatctat   60
ctatctatct atctatctat ctatctatct atctatctat caatgtgtgg tgggactcta  120
gtgttctata aaacacagaa gcacagtgtg taggtagcgt cttggcttgg ttatagcaac  180
cacatgccac ggg                                                     193
<210>67
<211>232
<212>DNA
<213>人
<400>67
ttgctttagg ctgatgtgag gaagagatag aggatagata gatagataga tagatagata   60
gatagataga tagatagata gatagatgat agataataga tagatagata gatagatgat  120
agatagataa tagatgatag atagatagat atagatagat agatagatag atagatagat  180
agatagccca aattcctaca taatctagtc atgccctcag tattcctgag ct          232
<210>68
<211>331
<212>DNA
<213>人
<400>68
gatagattga tagagggagg gatagataga tagatagata gatagataga tagatagaca   60
gacagacaga tacatagata atacagatga gagttggata cagaagtagg tataatgata  120
gatagataga tagatagata gatagataga tagatagata gatagacaga cagacagaca  180
gacagacaca cacatagata atacagatga gagttggata cagaagtagg tataatgata  240
gatagataga tagatagata gatagataga tagatagata gatagataga tagatgatag  300
aagacagaaa atcattgaca gattaggtag a                                 331
<210>69
<211>162
<212>DNA
<213>人
<400>69
gggatcacga gagaagcaaa attaataaga aggatgaata gatgtataga catagataga   60
tagatagata gatagataga tagatagata gatagataga tatagataga tagagagaga  120
gagagagaga gagagattta ttacgggaat tagcccatgt ga                     162
<210>70
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<212>DNA
<213>人
<400>70
tccccaagtg aattgccttc tatctatcta tctatctgtc tgtctgtctg tctgtctgtc   60
tatctatcta tatctatcta tctatcatct atctatccat atctatctat ctatctatct  120
atctatctat ctatctatct atctatcgtc tatctatcca gtctatctac ctcctattag  180
tctgtctctg gaga                                                    194
<210>71
<211>216
<212>DNA
<213>人
<400>71
tccagcctga gtgacagagt gataccatgt gaaagaaaga aaaaaagaaa gagagagaga  60
aagagagaga ggaaggaagg aaggaaggaa ggaaggaagg aaggaaggaa ggggaaggga  120
aagaaggaaa ggaaggaagg gaagggaagg aaggaaagga aggaaaggaa ggaaaggaaa  180
gagaagccat cctgtcaagg agtcccaaat atcccc                            216
<210>72
<211>269
<212>DNA
<213>人
<400>72
accaggtggc ctgcatcatg ctttttgtac agtctatgga accatgagcc aattcaatct   60
cttttctttt actttttctt ttcttttctt ttcttttctt ttcttttctt ttcttttctt  120
ttcttttctt tcttttcttt tctttctttt ctttcttctt tctttttctt ttctttcttt    180
ctttctttct ttctttcttt ctttctttct ttctttcttc tttctttttc tttttttttt    240
tttttctgat ggagtcttgc tctgtcgcc                                      269
<210>73
<211>182
<212>DNA
<213>人
<400>73
tgagacttga tgggagtatc cagagagcta ttaaataatg tggaaattga gctgattcat     60
tttctttctt tctttctttc tttctttctt tctttctttc tttctttctt tctttctttc    120
tctttctttc ttttttcaga cagggtctca cactgtaatt catgctggag tacagtggtg    180
ca                                                                   182
<210>74
<211>239
<212>DNA
<213>人
<400>74
gccccagcct acatctacca cttcatggct taccacagag agaggagaag aaggagaagg     60
aggagaagga gaagaagaag aagaagaaga agaagaagaa gaagaagaag aagaagaaga    120
agaagaagaa gaagaagaag aagaagaaga agaagaagag gaagaggaag aggaagagga    180
agaggaagag gaagaagaag aggaagaaga agaagaagaa gacagggaac gaaggagca     239
<210>75
<211>302
<212>DNA
<213>人
<400>75
ggattacagg catgagccac tacagcttgc ttgctttctt ctttctttct tttctttttc     60
tttctttctt tctttctttc tttctttctt tctttctttc tttctttcct tccttccttc    120
cttccttcct tccttccttc tttctttctt tctttctttc tttctttctt tctttctttc    180
tttctttctt tcttccttcc ttccttcctt ccttccttcc ttccttcctt ccttccttcc    240
ttccttcctt tctctctctt tctttttttt tttctttttc tttttttccc cacctcttgg    300
aa                                                                   302
<210>76
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<212>DNA
<213>人
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aaggccgagt gggagtattt gcttctgtgt taattatgga ctgtaatgga ggcttaaaat     60
attcagcagg gctcagcatc tcccccaacc acacacacac acacacacac acacacacac    120
acacacacac acacacacac agacacactg cttcagcaag tgggggaga                169
<210>77
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<212>DNA
<213>人
<400>77
atctaggaca tctcaggagc tatctaatat gtatatatat atatgtatgt atgtatgtat     60
gtacatacat ataatagatg gatagatgat taatggtaga tagatagata gatagataga    120
tagatagata gatagataga tagatagata gatagacaga cagacagata gataggcagg    180
caggcagatt gagatggggt ctcactttg                                      209
<210>78
<211>244
<212>DNA
<213>人
<400>78
cagccttgtt gctcacgcaa agcctgtttg ctggtctctt cacatggaca catgagactc     60
cttcttttct tttcttttct tttcttttct tttcttttct tttcctttct ttctttcttt  120
ctttctctct ctccttcctt cctctttctt tctttctttc tttctctcct tccttcctct  180
ttctttcttc tttctttctt tcttttttct ttcttttttt gacagtctca ctctgtcacc  240
cagg                                                               244
<210>79
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<400>79
taccccaggg caagacagac                                              20
<210>80
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<212>DNA
<213>人工序列
<400>80
accacaggcc tcctttctct tc                                           22
<210>81
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>81
cactgcagca ggggttgaca gag                                          23
<210>82
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
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ggccagaaact actggcagg aac                                          23
<210>83
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<400>83
ggcagattca ataggataaa tagacaga                                     28
<210>84
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>84
gccaattccc ctatttagtc atct                                         24
<210>85
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>85
ggacctgcct ttatccaccc tacct                                        25
<210>86
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<400>86
gcagcctggg caacaaggag                                              20
<210>87
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>87
gggcaacaag agcaaaactc tg                                           22
<210>88
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>88
gccctcacca tgattggatc ac                                           22
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<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>89
aggaaggaga aagagagagc gagag                                        25
<210>90
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<400>90
ggtagaatct acgcaccctc tgattt                                       26
<210>91
<211>171
<212>DNA
<213>人
<400>91
taccccaggg caagacagac agatagatag atagatagat agatagatag atagatagat   60
agatagcaat atattgatat ctgtttatcc attgagtcaa acaaataaac acacatagat  120
tacaaaggtc cttttctctt cccatgcctg aagagaaagg aggcctgtgg t           171
<210>92
<211>208
<212>DNA
<213>人
<400>92
cactgcagca ggggttgaca gagtgagact ccatcaaaaa aaagaaagaa agaaacacag   60
aaagagagag agacgaaaga aagagagaga gagagagaga gagaaagaaa gaaagaaaga  120
aagaaagaaa gaaagaaaga aagaaagaaa gaaagaaaga aagaaagttc cgtgcagtat  180
tttctgttcc tgccagtagt ttctggcc                                     208
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<212>DNA
<213>人
<400>93
ggcagattca ataggataaa tagacagatg aaagaaagaa agagagagag agaaagagag   60
agagagaaag agagagaaag agagagaaag aaagagaaag aaagagagaa gaaagaaaga  120
aagaaagaaa gaaagaaaga aaggaagaaa ggaagaaaga aaagaaagaa agagaaagga  180
aggaaggaaa gaaggaagga aggaaagaaa gatgacagat gactaaatag gggaattggc  240
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<212>DNA
<213>人
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ggacctgcct ttatccaccc tacctgtatt gagtagtttc agctatttaa ccgtcattcc   60
tctctctcca ttttacttat ctatctatct atctatctat ctatctatct atctatctat  120
ctatctattt atagacagag tctctccttg ttgcccaggc tgc                    163
<210>95
<211>196
<212>DNA
<213>人
<400>95
gggcaacaag agcaaaactc tgtctcaaaa aaaatagata gatagataga tagatagata   60
gatagataga tagatagatg atagatagat agatgcgtgg atcccacccc cagaaattat  120
ttttccaatt ggcctataag gggaacagac atccatattt  ttatggctgt ccaggtgatc    180
caatcatggt gagggc                                                     196
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<212>DNA
<213>人
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aggaaggaga aagagagagc gagagaaaga aagaaaaaag aaagaaagaa aagaaagaaa     60
gaaagagaga gagaaagaaa gaatgaaaaa agaaaaaaga aagaaagaaa gaagaaagaa    120
aagaaagaaa gaaagaaaga aagaaagaaa gaaagaaaga aagaaagaaa gaaagaaaga    180
aagaaagaaa aagaaaaaaa atcagagggt gcgtagattc tacc                     224

Claims (2)

1、一种检测导致自然流产的常见染色体数目异常的试剂盒,试剂盒是一种多重PCR试剂盒,其特征在于包括以下第1~7组检测不同STR位点的多重PCR引物:
第1组:
检测D2S1242位点的引物:CCAGCAGGATTTCTTTCTGAACA和TGCCCTCCAGCTTTAGTGACATA;
检测D21S11位点的引物:AGTCAATTCCCCAAGTGAATTGC和TTCTCCAGAGACAGACTAATAGGAGGTA;
检测D21S1270位点的引物:GAGATGGCCTGTGTCTATCCCAC和GCCAATCCTTCGTGATAAATCACTC;
检测D21S1411位点的引物:CGGATAGAAAAATAGGATGGATAAA和CAGCCTTCTAAATATTCATCCTGTTT;
第2组:
检测D13S317位点的引物:GGACTCTGACCCATCTAACGCCTATC和CCATAGGCAGCCCAAAAAGACAGA;
检测D18S535位点的引物:TGACAAAAGCCACACCCATAACT和ATGGTAGCCTGGCAGGCTAAGAG;
检测D13S258位点的引物:CACGGAGTCATTCTTAAAATAGACAGA和AAGACAGAGAGAGGGAATAAACCA;
检测D18S382位点的引物:ATCCATCCATCCTTCCACAGATACAT和CACCATGCCCAGGCTTTTTC;
第3组:
检测D22S417位点的引物:ACGGCAAGACCCTGTTTTGAGA和TCCAACAAGCCAGCTTTTTACC;
检测D15S189位点的引物:TGCAGCGAGACTCTGCCAAAAAAG和AGGATCCCCATCTTTCCCCTTTC;
检测D16S746位点的引物:CCAAAGCTTATCGGTGAGGGTCT和CCTGGGTGACAAGAATGAAACCAGAA;
检测D16S675位点的引物:GCGATATTGGCTGAGGCACATTCT和GCCTTCCTGCCTTCCTTCCTGAC;
检测D15S523位点的引物:TGCCAGCACTTGGTGAACACTATG和GGCCAGCATCTGGGTAACATAGG;
第4组:
检测D20S438位点的引物:TGAGACTTGATGGGAGTATCCAGAGAG和TGCACCACTGTACTCCAGCATGAATTA;
检测DXS8377位点的引物:GCCCCAGCCTACATCTACCAC和TGCTCCTTCGTTCCCTGTCTTCT;
检测D2S1244位点的引物:GGATTACAGGCATGAGCCACTACAG和TTCCAAGAGGTGGGGAAAAAAAG;
第5组:
检测DXS6804位点的引物:TTTCCCAGATATTTTGACCACCATA和CCCGTGGCATGTGGTTGCTATA;
检测DXS6809位点的引物:TTGCTTTAGGCTGATGTGAGGAAGA和AGCTCAGGAATACTGAGGGCATGAC;
检测DYS389位点的引物:GATAGATTGATAGAGGGAGGGATA和TCTACCTAATCTGTCAATGATTTTCTGT;
第6组:
检测D15S195位点的引物:GGGATCACGAGAGAAGCAAAATTAA和TCACATGGGCTAATTCCCGTA;
检测D21S1414位点的引物:TCCCCAAGTGAATTGCCTTCTATCTAT和TCTCCAGAGACAGACTAATAGGAGGTAG;
检测D20S431位点的引物:TCCAGCCTGAGTGACAGAGTGATACCA和GGGGATATTTGGGACTCCTTGACAG;
检测D2S1239位点的引物:ACCAGGTGGCCTGCATCATGCT和GGCGACAGAGCAAGACTCCATCA;
第7组:
检测D22S343位点的引物:AAGGCCGAGTGGGAGTATTT和TCTCCCCCACTTGCTGAA;
检测D22S689位点的引物:ATCTAGGACATCTCAGGAGCTATCTAA和CAAAGTGAGACCCCATCTCAATC;
检测D15S184位点的引物:CAGCCTTGTTGCTCACGCAAAGC和CCTGGGTGACAGAGTGAGACTGTCAA
2、如权利要求1所述的试剂盒,其特征在于该试剂盒还包括以下第8~9组多重PCR引物中的一组或两组;
第8组:
检测D18S1002位点的引物:TACCCCAGGGCAAGACAGAC和ACCACAGGCCTCCTTTCTCTTC;
检测D16S475位点的引物:CACTGCAGCAGGGGTTGACAGAG和GGCCAGAAACTACTGGCAGGAAC;
检测D13S634位点的引物:GGCAGATTCAATAGGATAAATAGACAGA和GCCAATTCCCCTATTTAGTCATCT;
第9组:
检测D16S526位点的引物:GGACCTGCCTTTATCCACCCTACCT和GCAGCCTGGGCAACAAGGAG;
检测D13S631位点的引物:GGGCAACAAGAGCAAAACTCTG和GCCCTCACCATGATTGGATCAC
检测D18S386位点的引物:AGGAAGGAGAAAGAGAGAGCGAGAG和GGTAGAATCTACGCACCCTCTGATTT。
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