BRPI0608482A2

BRPI0608482A2 - compostos e métodos para sìntese de peptìdeo

Info

Publication number: BRPI0608482A2
Application number: BRPI0608482-6A
Authority: BR
Inventors: Julio Herman Cuervo; Milka Yanachkova; Russell C Petter; Thomas F Durand-Reville; Jose Carlos Jimenez-Garcia
Original assignee: Biogen Idec Inc
Priority date: 2005-03-25
Filing date: 2006-03-24
Publication date: 2010-01-05
Also published as: US20090036650A1; WO2006104922A3; CN101184779A; WO2006104922A2; EP1869088A2

Abstract

COMPOSTOS E MéTODOS PARA SìNTESE DE PEPTìDEO. A presente invenção refere-se a um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal que pode impedir a agregação de peptídeos durante a síntese de peptídeo. O grupo modificador pode promover solubilidade aquosa dos peptídeos, e ser compatível com a síntese de peptídeo de fase sólida. Métodos para produção de peptídeos são também descritos.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para "COMPOSTOS E MÉTODOS PARA SÍNTESE DE PEPTÍDEO".

Reivindicação de Prioridade

Este pedido reivindica prioridade sob 35 USC §119(e) para o Pedido de Patente U.S. N9 de Série 60/664.945 depositado em 28 de março de 2005 o qual está incorporado por referência em sua totalidade.

Campo Técnico

A presente invenção refere-se a compostos e métodos para a síntese de peptídeo.

Antecedentes

A síntese de peptídeo de fase sólida (SPPS) pode ser empregada para preparar uma ampla variedade de seqüências de peptídeo. Algumas seqüências, entretanto, podem ser difíceis de preparar através de métodos padrões de SPPS. Estas seqüências difíceis são caracterizadas freqüentemente por um alto conteúdo de aminoácidos hidrofóbicos e uma tendência para adotar uma estrutura secundária de folha p. Peptídeos que têm uma seqüência difícil podem se agregar durante a síntese. A agregação pode ter um impacto negativo sobre a produção, pureza, e solubilidade em água do produto de peptídeo final.

Sumário

A proteção do nitrogênio de cadeia principal de um peptídeo pode impedir agregação durante a síntese. O nitrogênio de cadeia principal pode ser modificado por um grupo que interfere com a formação de ligações de hidrogênio envolvendo o nitrogênio de cadeia principal, que por sua vez pode interferir com a formação de uma estrutura de folha p. As estruturas de folha p às vezes podem conduzir à agregação de peptídeos durante a síntese. Em particular, a inclusão de um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal pode impedir ou reduzir a agregação de peptídeo de ocorrência durante a síntese de peptídeo de fase sólida com base em Fmoc ou Bóc. O grupo modificador pode interromper a formação de ligações de hidrogênio envolvendo o nitrogênio de cadeia principal. O grupo modificador pode realçar a solubilidade aquosa de um peptídeo, e facilitar a purificação e caracte-rização do peptídeo. O grupo modificador pode ser compatível com condições de reação empregadas em síntese de Fmoc e Boc, e não interfere com a ligação de peptídeo química. Desejavelmente, o grupo modificador pode ser facilmente removido do produto de peptídeo final.

Em um aspecto, um método de produção de um peptídeo inclui a formação de um peptídeo incluindo um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal que inclui um grupo arila substituído. O grupo arila substituído inclui uma porção de controle e uma porção hidrofílica.

O peptídeo pode ser ligado a um suporte sólido. O peptídeo pode incluir pelo menos um resíduo de aminoácido natural de ocorrência comum que opcionalmente inclui um grupo de proteção. O peptídeo pode incluir pelo menos um resíduo de aminoácido de ocorrência não natural.

O método pode incluir adição de um resíduo de aminoácido ao peptídeo, desse modo estendendo o peptídeo. O método pode incluir clivagem do peptídeo do suporte sólido sem remover substancialmente o grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal do peptídeo. O método pode incluir remoção do grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal do peptídeo.

O grupo arila substituído pode ser um grupo fenila substituído. O grupo fenila substituído pode ser orto-não substituído (isto é, não substituído nas posições 2 e 6). A porção hidrofílica pode incluir um amina terciária. O peptídeo pode ser substancialmente solúvel em água.

O peptídeo pode ter a fórmula:

<formula>formula see original document page 3</formula>

X é O, S, NH, ou uma ligação. Cada L1, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralqui-leno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou -NRd-. Cada Rc, independentemente é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)zNRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (heterocicloal-quil)alquila.

Cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo. R2 pode ser opcionalmente substituído com L1-Rc. Cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (hetero-cicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila. Cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila.

Cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila. Cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila.

Cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, alquila substituída, arila substituída, ou halo; e cada R10, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, alquila substituída, arila substituída, ou halo.

Cada A, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno. A opcionalmente inclui 1 a 3 heteroátomos selecionados de N, O e S.

Cada R3, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila. R3 é opcionalmente substituído com -ORf, -SRf,-C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02) -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9.

Cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (heterocicloalquil)alquila ou arila. R3a é opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -COaR*, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9. R3 e R3a juntos com os átomos aos quais eles são ligados podem formar uma porção cíclica, bicíclica ou tricíclica de 3 a 14 membros, que opcionalmente inclui 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S.

Cada R4, independentemente, é hidrogênio ou alquila. R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica ou tricíclica de 3 a 14 membros, que opcionalmente inclui 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S.

Cada R5, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila. R5 é opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9.

Cada Rf e cada R9, independentemente, são hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção.

R7 é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um suporte sólido. R8 é hidrogênio, alquila, um grupo de proteção amino, ou tem a fórmula -C(=0)CH(R5)R6, em que R6 é um grupo de saída.

Cada i, e cada j, independentemente, é zero ou um número inteiro positivo, k é um número inteiro positivo, m é 1 ou 2, n é 0, 1, 2, 3 ou 4. Cada x, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5, cada y, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5, e z é 1, 2, 3, 4, 5 ou 6.

Em certas circunstâncias, o peptídeo inclui pelo menos um -L1 -Rc. O peptídeo pode ter a fórmula:<formula>formula see original document page 6</formula>

X pode ser O. L1 pode ser CrC4 alquileno. Rc pode ser heteroci-cloalquila. Em particular, -X-L1-Rc pode ser 2-(morfolin-4-il)etóxi. Cada R5, independentemente, pode ser hidrogênio ou alquila. Quando R7 é um suporte sólido, R8 pode ser um grupo de proteção de amino. Cada A pode ser Ci 5 alquileno e cada R3a pode ser hidrogênio. O total de todos os i e todos os j pode ser menor que 300. O peptídeo pode ter um peso molecular não maior que 40 kDa. R8 pode ter a fórmula -C(=0)CH(R5)R6, onde R6 é um grupo de partida. R6 pode ser halo. Quando empregado no método, cada j pode ser zero.

O método pode incluir o contato do peptídeo com um composto tendo a fórmula:

em que X, L1, Rc, R2 e n são definidos acima. No composto, R4a pode ser hidrogênio, alquila, ou um grupo de proteção de amino. O composto pode ser 4-(2-(morfolin-4-il)etóxi)benzilamina. O método pode incluir adição de um resíduo de aminoácido ao peptídeo, desse modo formando um peptídeo mais longo.

O método pode incluir o contato do peptídeo com um composto tendo a fórmula:

<formula>formula see original document page 6</formula>ou

<formula>formula see original document page 7</formula>em que X, L1, Rc, R2, R3, R3a, R4, R5, x, y, e n são definidos acima. No composto, R43 é hidrogênio, alquila, ou um grupo de proteção de amino. R5 é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (heterocicloalquil)alquila ou arila. R5 é opcionalmente substituído corri -ORf, -SR^-COaR', halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfRg, -C(=0)NRfRg, ou -NHC(=NH)NRfR9. R11 é hidróxi, alcóxi, arilóxi, aralquilóxi, ou um grupo de saída, w é 0, 1, ou 2.

Em outro aspecto, uma composição inclui um peptídeo incluindo um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal incluindo um grupo arila substituída, que inclui uma porção de controle e uma porção hidrofílica. O peptídeo pode incluir uma pluralidade de grupos modificadores de nitrogênio de cadeia principal.

O peptídeo pode ter a fórmula:<formula>formula see original document page 7</formula>como descrita acima.

Em outro aspecto, um composto tendo a fórmula:<formula>formula see original document page 8</formula> em que X, L1, Rc, R2 e n são definidos acima. No composto, R43 pode ser hidrogênio, alquila, ou um grupo de proteção de amino.

Em outro aspecto, um composto tendo a fórmula:

<formula>formula see original document page 8</formula>em que X, L1, R°, R2, R4, e n são definidos acima. No composto, R4a é hidrogênio, alquila, ou um grupo de proteção de amino. R5 é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloal-quil)alquila, (heterocicloalquil)alquila ou arila. R5 é opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9. R11 é hidróxi, alcóxi, arilóxi, aralquilóxi, ou um grupo de saída, w é 0, 1, ou 2.

Ainda em outro aspecto, um método de produção de um peptí-deo tendo uma seqüência de aminoácidos predeterminada inclui a determinação de uma propensão à formação de folha beta para pelo menos uma porção da seqüência de aminoácidos, e seleção de um resíduo de aminoá-cido da seqüência para modificação com um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal com base na propensão à formação de folha beta determinada. O grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal pode incluirum grupo arila substituído que inclui uma porção de controle e uma porção hidrofílica.

Os detalhes de uma ou mais modalidades são apresentados na descrição abaixo. Outras características, objetivos, e vantagens serão evidentes a partir da descrição, e das reivindicações.

Descrição Detalhada

A formação de estrutura de folha p e concomitante agregação de peptídeos permanece um dos desafios mais difíceis para superar durante a síntese de peptídeo de fase sólida de peptídeos que contêm regiões capazes de formar a estrutura de folha p ou agregarem-se. A maioria dos métodos disponíveis comuns ajuda a impedir a agregação nas etapas iniciais da SPPS, porém estes métodos não têm eficácia nas etapas finais na síntese do peptídeo (por exemplo, durante a purificação e a caracterização). Nas etapas finais, o peptídeo é removido do suporte sólido e desprotegido, e em vez de um produto puro, solúvel, um peptídeo cru insolúvel que pode ser difícil purificar e caracterizar é obtido. Métodos correntes para impedir a a-gregação também podem ser incompatíveis com protocolos de SPPS padrões.

Uma folha p é feita de vários filamentos p dispostos lado a lado. As ligações de peptídeo em um filamento p adotam uma conformação quase totalmente estendida. As cadeias laterais de aminoácidos adjacentes em um filamento p apontam em direções opostas. Uma folha p é formada por ligação de dois ou mais filamentos p através de ligações de hidrogênio. Cadeias adjacentes em uma folha p podem seguir em direções opostas (uma folha p antiparalela) ou na mesma direção (uma folha p paralela). Na disposição antiparalela, o grupo NH e o grupo CO de cada aminoácido são respectivamente hidrogênio ligado ao grupo CO e ao grupo NH de um parceiro na cadeia adjacente. Na disposição paralela, o esquema de ligação de hidrogênio é ligeiramente mais complicado. Para cada aminoácido, o grupo NH é hidrogênio ligado ao grupo CO de um aminoácido no filamento adjacente, enquanto o grupo CO é hidrogênio ligado ao grupo NH nos dois resíduos de aminoácidos mais distantes ao longo da cadeia. Muitos filamentos, tipica-mente 4 ou 5 porém quase 10 ou mais, podem reunir-se em folhas p. Tais folhas p podem ser puramente antiparalelas, puramente paralelas, ou mistas.

Uma região de um peptídeo é propensa à formação de estrutura de folha p quando se sabe ou se acredita que ela forma uma estrutura de folha p. Por exemplo, resíduos hidrofóbicos são freqüentemente encontrados em estruturas de folha beta. A propensão de uma particular região para formar estrutura de folha p pode ser predita ou estimada (vide, por exemplo, Smith, C.K., e outros, Biochemistry 1994, 33(18): 5510-7; e Creigton, T.E. Proteins, 2a ed., W.H. Freeman and Co., Nova Iorque, 1993, cada um dos quais está incorporado por referência em sua totalidade).

Quando um peptídeo sintético forma uma estrutura de folha p durante a síntese, ele pode causar a agregação dos peptídeos, conduzindo à resultados indesejáveis tais como má produção ou produtos insolúveis. Porque as folhas p dependem da ligação de hidrogênio entre átomos de nitrogênio de cadeia principal e de oxigênio de carbonila, a formação de folhas P pode ser evitada por bloqueio da ligação de hidrogênio nestas posições. Um grupo de proteção de nitrogênio de cadeia principal pode bloquear a ligação de hidrogênio. De preferência, o grupo de proteção é compatível com condições de SPPS comuns, contribui para a solubilidade aquosa do peptídeo, e é seletivamente removível quando a síntese está concluída. A seleção de resíduos a serem protegidos pode ser orientada através de uma estrutura secundária conhecida (por exemplo, conforme revelado por determinação estrutural através de raios X ou RMN), uma estrutura secundária inferida (por exemplo, com base em homologia de seqüência), ou uma estrutura secundária predita. Uma predição ou estimação da propensão à formação de folha p pode orientar a seleção de resíduos para incluir um grupo de proteção de nitrogênio de cadeia principal. Em particular, o nitrogênio de cadeia principal de um ou mais resíduos em regiões propensas à formação de estruturas de folha p pode ser protegido.

A síntese de peptídeo de fase sólida é descrita em, por exemplo, Weng C. Chan, e Peter D. White: Fmoc Solid Phase Peptide Synthesis: APractical Approach, 2000, Oxford University Press; e John Jones, Amino A-cid and Peptide Synthesis, 2002, Oxford University Press, cada um dos quais está incorporado por referência em sua totalidade. Os suportes sólidos empregados em síntese de peptídeo de fase sólida podem incluir, por exempio, uma resina de Merrifield, uma resina de Wang, ou uma resina de Rink.

Em geral, um peptídeo é um composto incluindo uma ligação de peptídeo:<formula>formula see original document page 11</formula>

Tipicamente, o peptídeo é formado por condensação de uma amina com um ácido carboxílico. O peptídeo pode ser um polipeptídeo, em 10 outras palavras, incluindo duas ou mais ligações de peptídeo. O peptídeo pode ter uma cadeia principal (que inclui as ligações de peptídeo) e uma ou mais cadeias laterais. Em geral a cadeia lateral é um substituinte que se ramifica da cadeia principal.

Um peptídeo pode ser formado pela condensação de aminoácidos. Um aminoacido é um composto incluindo um grupo amino e um grupo ácido carboxílico. O aminoacido também pode incluir uma cadeia lateral. Por exemplo, um aminoacido pode ter a fórmula:

<formula>formula see original document page 11</formula>em que R representa a cadeia lateral. Em geral a cadeia lateral de um aminoacido é um substituinte que se ramifica de uma cadeia principal conectando o grupo amino ao grupo ácido carboxílico. O aminoacido pode ser um aminoacido alfa (como mostrado acima, onde o grupo amino é ligado à posição alfa ao grupo ácido carboxílico), um aminoacido beta, um aminoacido gama, etc. Quando um peptídeo é formado pela condensação de aminoáci-dos, o peptídeo pode ser descrito como incluindo um resíduo de aminoacido.

Um resíduo de aminoacido refere-se à porção do peptídeo derivado de um particular aminoacido. Por exemplo, o resíduo que resulta quando o aminoá-cido alanina,<formula>formula see original document page 12</formula> é incorporado em um peptídeo é:Um polipeptídeo pode ser formado por condensação seqüencial de vários aminoácidos.

Um peptídeo pode incluir qualquer dos resíduos de aminoácidos de ocorrência natural comum (Ala, Cys, Asp, Glu, Phe, Gly, His, He, Lys, Leu, Met, Asn, Pro, Gln, Arg, Ser, Thr, Vai, Trp, e Tyr) em qualquer forma estereoquímica (isto é, em forma D ou L). Um peptídeo pode incluir outros resíduos de aminoácidos, tais como uma forma modificada de um aminoáci-do de ocorrência natural comum, ou um aminoácido não natural. Uma ampla variedade de aminoácidos de ocorrência não natural está comercialmente disponibilizada para emprego em SPPS, por exemplo pela Novabiochem, Sigma-AIdrich e outros fornecedores.

Pode ser desejável empregar grupos de proteção durante a SPPS. Os grupos de proteção são ligados à sítios potencialmente reativos e impedem reações indesejadas de ocorrerem. De preferência, um grupo de proteção pode ser removido seletivamente e completamente. Em SPPS, grupos de proteção podem ser empregados para cadeias laterais de aminoácidos potencialmente reativas, tais como as cadeias laterais de Ser, Thr, Trp, Arg, Lys, Cys, His, Asp, Glu, Tyr, etc, e no terminal de N ou C do peptídeo. Os grupos de proteção podem incluir, por exemplo, tBoc, Fmoc, Cbz, Bz, etc. Vide, por exemplo, Theodora W. Greene, Peter G. M. Wuts: Protec-tive grupos em Organic síntese, 3a edição Wiley Interscience, 1999, que está incorporado por referência em sua totalidade. Por exemplo, um grupo hidro-xila (como nas cadeias laterais de Ser e Thr) pode ser protegido com, por exemplo, um grupo t-butila ou um grupo benzila. Grupos amino podem ser protegidos com, por exemplo, grupos de proteção de Boc ou Fmoc. Outros grupos de proteção para cadeias laterais reativas são conhecidos.

O emprego de um grupo de proteção de nitrogênio de cadeia principal pode facilitar a síntese de seqüências difíceis. Vide, por exemplo, Johnson, T., e outros, J. Chem. Soe. Chem. Commun. 1993, 369-372; White, P., e outros, J. Peptídeo Sei. 2004, 10, 18-26; e Johnson, T. e Quibell, M.,Tetrahedron Lett. 1994, 35, 463-466, cada qual está incorporado por referência em sua totalidade.

Grupos de proteção de nitrogênio de cadeia principal tais como metila, benzila, e p-metilbenzila podem bloquear a formação de folha (3 durante a síntese de peptídeo de fase sólida de rotina. Esta, por sua vez pode bloquear a agregação induzida por formação de ligações de hidrogênio, tais como entre estruturas de filamento p. Entretanto, estes grupos de proteção de nitrogênio de cadeia principal podem ser difíceis de remover por hidroge-nação ou HF, e não promovem solubilidade dos peptídeos resultantes em tampões aquosos.

Quando empregado como um grupo de proteção de nitrogênio de cadeia principal, um grupo benzila substituído por 4-metóxi pode ter labi-lidade ao ácido mais elevada do que pode o correspondente grupo benzila substituído por 4-metila (vide, por exemplo, Johnson, T. e Quibell, M., Tetrahedron Lett. 1994, 35, 463-466). Um grupo benzila substituído por 4-metóxi pode ser removido por HF ou hidrogenação. Entretanto, ele não promove eficazmente a solubilidade dos fragmentos de peptídeo protegidos em tampões aquosos.

Um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal pode impedir a formação de ligações de hidrogênio envolvendo o nitrogênio de cadeia principal de um peptídeo. Este por sua vez impede ou reduz o nível de formação de folha (3 durante a SPPS. O grupo modificador de preferência promove a solubilidade de peptídeos em tampões aquosos e é compatível com protocolos de SPPS padrões. O peptídeo incluindo o grupo modificador pode ser substancialmente solúvel em água, em outras palavras, solúvel em água, um tampão aquoso, ou uma mistura de água-solvente. O peptídeo pode ser solúvel em concentrações menores que 10 mg/mL, menores 1 mg/mL, ou menores que 0,1 mg/mL.

Em geral, um grupo modificador da cadeia principal pode incluir um grupo arila substituído, tal como, por exemplo, um grupo fenila substituído. O grupo arila substituído pode incluir uma porção de controle e uma porção hidrofílica. Uma porção de controle é um substituinte em um anel aroma-tico que afeta a reatividade do anel, tal como por aumento ou diminuição da reatividade em um ou mais posições no anel. Por exemplo, um substituinte de hidróxi (-OH) pode ser uma porção de para-controle (isto é, influenciando a reatividade na posição para ao substituinte de hidróxi), e um substituinte de nitro (-N02) pode ser uma porção de mete-controle (isto é, influenciando a reatividade na posição meta ao substituinte de hidróxi). A porção hidrofílica pode realçar a solubilidade em água de um peptídeo incluindo o grupo modi-ficador. Em particular, a porção hidrofílica pode realçar a solubilidade em água de um peptídeo comparado a um peptídeo sem a porção hidrofílica em um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal. Em certas modalidades, a porção de controle e a porção hidrofílica podem ambas pertencer a um único substituinte no anel aromático. O grupo arila pode opcionalmente ser orto-não substituído. Por exemplo, se o grupo modificador é um grupo benzila substituído, as posições orto (isto é, as posições 2 e 6) do anel de fenila podem ser não substituídas. O grupo arila pode ser meía-substituído, para-substituído, ou tanto meta- quanto para-substituído. O grupo modificador pode ter a fórmula:

<formula>formula see original document page 14</formula> em que Ar é um grupo arila, R1 inclui uma porção de controle e R2 inclui uma porção hidrofílica; ou R1 inclui tanto uma porção de controle quanto uma porção hidrofílica. O grupo de controle pode ser, por exemplo, um grupo de liberação de elétron tal como hidróxi, alcóxi, amino, alquilamino, ou dialqui-lamino. O grupo de controle pode estar em um para posição. A porção hidrofílica pode incluir um heteroátomo tal como N, O, ou S. A porção hidrofílica pode incluir um grupo hidrofílico tal como hidróxi ou uma amina terciária. A porção hidrofílica pode incluir um grupo heterocíclico. n pode ser 0,1, 2, 3 ou 4.

Um grupo arila é um grupo aromático cíclico tal como, por e-xemplo, fenila, naftila, indenila, indanila, azulenila, fluorenila, ou antracenila; ou um grupo aromático heterocíclico tal como, por exemplo, furila, piridila, pirrolila, oxazolila, tíazolila, imidazolila, pirazolila, indolila, benzo[b]furanila,2,3-diidrobenzofuranila, benzimidazolila, purinila, quinolinila, isoquinolinila, cinolinila, ftalazinila, ou quinazolinila.

Um grupo heterociclila é um grupo cíclico incluindo um ou mais heteroátomos no anel, tipicamente N, O, ou S. O grupo heterociclila pode ser monocíclico, bicíclico, tricíclico, ou tem quatro ou mais anéis. Quando mais do que um anel está presente, os anéis podem opcionalmente ser fundidos. O grupo heterociclila pode ser um grupo arila, um grupo não substituído (isto é, incluindo uma ou mais ligações duplas), ou um grupo saturado (isto é, incluindo apenas ligações simples). Um grupo heterocicloalquila pode ser um grupo de heterociclila saturado. Alguns exemplos de grupos heterociclila incluem tetraidrofurila, diidrofurila, furila, oxazolila, piridila, tioxazolila, imidazo-lila, benzimidazolila, indolila, pirrolila, pirrolidinila, morfolinila, tiomorfolinila, e dioxanila.

Um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal pode ter a fórmula:

<formula>formula see original document page 15</formula> em que:

R1 é -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, halo, ou -X-L1-Rc. Cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo. R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc.

Cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituído cicloalquenila, ou biarila. Cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila.

X é O, S, NH, ou uma ligação. L1 é C1-C10 alquileno, alquenileno,alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno. L é opcionalmente inter-rompido por uma ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou -NRd-. Rc é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)zNRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloal-quila, ou (heterocicloalquil)alquila. Cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalqueni-la, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila. Cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloal-quil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila. n é 0, 1, 2, 3 ou 4, m é 1 ou 2, e z é 1, 2, 3, 4, 5 ou 6.

Em algumas circunstâncias, o grupo modificador pode ter a fórmula:<formula>formula see original document page 16</formula> em que Rc e n são definidos acima. O grupo modificador pode ser não substituído nas posições orto.

O grupo modificador pode ter a fórmula:<formula>formula see original document page 16</formula>

O grupo modificador pode ser incorporado em um peptídeo. O peptídeo pode ter a fórmula:<formula>formula see original document page 16</formula>ou<formula>formula see original document page 17</formula>em que R2, X, l_\ Rc, R7, R9, e R10 são definidos acima. Cada A, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, ari-leno, ou aralquileno. Um grupo opcionalmente inclui 1 a 3 heteroátomos selecionados de N, O e S. Cada R3, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloal-quil)alquila, (heterocicloalquil)alquila ou arila. R3 é opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9.

Cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila. R3a é opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9. R3 e R3a, juntos com os átomos aos quais eles são ligados podem formar uma porção cíclica, bicíclica ou tricíclica 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;

Cada R4, independentemente, é hidrogênio ou alquila. R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados podem formar uma porção cíclica, bicíclica ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S.

Cada R5, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila. R5 é opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9 ou -NHC(=NH)NRfR9.Cada Rf, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralqui-la, ou um grupo de proteção. Cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção.

R8 é hidrogênio, alquila, um grupo de proteção de amino, ou tem a fórmula -C(=0)CH(R5)R6, em que R6 é um grupo de saída.

Cada i, independentemente, é zero ou um número inteiro positivo. Cada j, independentemente, é zero ou um número inteiro positivo. Pelo menos um j pode ser um número inteiro positivo, k é um número inteiro positivo; n é 0, 1, 2, 3 ou 4; m é 1 ou 2; cada x, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; e cada y, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5.

No peptídeo, X pode ser O, e L1 pode ser CrC4 alquileno. Rc pode ser -NRaRb ou heterocicloalquila. Em particular, -X-L1-Rc pode ser 2-(morfolin-4-il)etóxi. Cada R2 pode ser hidrogênio. Quando A é Ci alquileno, x e y podem cada um ser 1, e R3a pode ser hidrogênio. Em algumas circunstâncias, cada A é Ci alquileno. Quando R7 é um suporte sólido, R8 pode ser hidrogênio ou um grupo de proteção de amino. No peptídeo, cada i pode ser, por exemplo, menor do que 50, menor do que 30, menor do que 20, menor do que 10 ou menor do que 5. A soma de todos os i e j no peptídeo pode ser, por exemplo, menor do que 300, menor do que 200, menor do que 100, menor do que 75, menor do que 50, ou menor do que 40. O peso molecular do peptídeo (excluindo R7, se R7 é um suporte sólido) pode ser, por exemplo, menor do que 40 kDa, menor do que 30 kDa, menor do que 20 kDa, menor do que 15 kDa, menor do que 10 kDa, ou menor do que 5 kDa.

Um método de produção de um peptídeo pode incluir contato de um peptídeo tendo a fórmula:

<formula>formula see original document page 18</formula>em que R2, R3, R3a, R4, R5, X, L1, Rc, R7, i, j, k, e n são definidos acima, e R6 é um grupo de saída;

com um composto de fórmula:<formula>formula see original document page 19</formula>em que R1, R2, R4a e n são definidos acima.

Em algumas circunstâncias o composto pode ter a fórmula:

em que X, L1, Rc, R2, R4a e n são definidos acima.

O grupo modificador pode ser incorporado em um composto de aminoácido ou um composto derivado de aminoácido. O composto pode ter a fórmula:<formula>formula see original document page 19</formula>em que X, L1, Rc, R4, R5 e R2 são definidos acima. Cada R3 e cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, he-terocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (heterocicloalquil)alquila ou ari-la. R3 e R3a são cada qual, independentemente, opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRf,-NHC(=NH)NRfR9; R4 é hidrogênio, alquila, ou um grupo de proteção de a-mino. R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados podem formar uma porção cíclica, bicíclica ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S. R43 é hidrogênio, alquila, ou um grupo de proteção de amino. R11 é hidróxi, alcóxi, ariló-xi, aralquilóxi, um suporte sólido, ou um grupo de saída, w é 0, 1, ou 2. O composto aminoácido ou derivado por aminoácido pode ser empregado em síntese de peptídeo de fase sólida. Quando R11 é um grupo de saída, R11 pode formar um éster ativado com grupo carbonila ao qual ele é ligado. O éster ativado pode ser, por exemplo, um éster de p-nitrofenila, um éster de N-hidroxisucinimidila, um éster de pentafluorofenila (OPfp), um éster de 3-hidróxi-2,3-diidro-4-oxo-benzo-triazona (ODhbt), um éster de 1-hidroxibenzotriazol (HOBt), ou um éster de 1-hidróxi-7-azabenzotriazol (HO-At).

Um grupo para-metoxibenzila pode ser um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal. O substituinte de para-metóxi pode agir como um grupo de controle, aumentando a reatividade do grupo modificador comparado a grupos modificadores de benzila ou para-metilbenzila análogos. Entretanto, para-metoxibenzila pode ser mais lábil ao ácido como um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal do que benzila ou para-metilbenzila. Entretanto, o grupo para-metoxibenzila é uma porção de fraca solubilização em água.

Para aumentar a solubilidade em água sem comprometer a labi-lidade ao ácido de um grupo 4-metoxibenzila, o grupo metóxi pode ser substituído com o grupo 2-(morfolin-4-il)-etóxi mais hidrofílico. O grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal 4-(2-morfolin-4-il-etóxi)benzila (MEB) foi sintetizado e empregados em síntese de peptídeo de fase sólida.

O grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal pode serinstalado em uma cadeia de peptídeo em desenvolvimento durante a síntese de fase sólida. Um aminoácido protegido pode ser adicionado a uma cadeia de peptídeo por introdução de um precursor de aminoácido à cadeia em desenvolvimento. O precursor de aminoácido pode incluir um grupo carbonila, e um alfa carbono. O alfa carbono é ligado a uma cadeia lateral e a um grupo de saída. O grupo de saída pode ser removido por um grupo amino de um composto incluindo o grupo modificador, por exemplo, em uma substituição nucleofílica. Deste modo, um aminoácido protegido por nitrogênio de cadeia principal é adicionado à cadeia de peptídeo em desenvolvimento.

Por exemplo, o grupo modificador de MEB pode ser instalado em um peptídeo durante a síntese de fase sólida. O terminal de amino livre de um peptídeo ligado a suporte sólido é deixado reagir com um precursor de aminoácido, tal como, por exemplo, cloreto de cloroacetila. O peptídeo substituído por cloroacetila resultante pode ser reagido com MEBA, removendo o grupo de saída de cloreto. O nitrogênio de amino de MEBA torna-se um nitrogênio de cadeia principal do peptídeo.

O Esquema 1 ilustra a adição de um aminoácido protegido por MEB a uma cadeia de peptídeo em desenvolvimento. No Esquema 1, uma cadeia de peptídeo ligada a polímero inclui resíduos de aminoácidos 1,2,..., n-1 (com as correspondentes cadeias laterais indicadas por Ri, R2.....Rn-i). O subseqüente resíduo de aminoácido a ser introduzido (resíduo ri), tendo uma cadeia lateral indicada por R„, é derivado de um precursor adequado. Por exemplo, n pode ser menor do que 100, menor do que 75, menor do que 50, menor do que 40, menor do que 30, menor do que 20, ou menor do que 10. O precursor pode incluir um grupo de carbonila ativado, e um a-carbono. O grupo carbonila ativado pode ser, por exemplo, um haleto de ácido tal como um cloreto de ácido ou brometo de ácido, ou um éster ativado, tal como, por exemplo um éster de sucinimidila, éster de para-nitrofenila, um éster de pentafluorofenila, ou um éster de 1-hidroxibenzotriazol. Outro grupo carbonila ativado e outros ésteres ativados são conhecidos. Em geral, o grupo carbonila ativado inclui um grupo de saída (mostrado como LG1) ligado a um grupo carbonila. Rn e um grupo de saída (mostrado como LG2) podem serligados ao a-carbono. O grupo de saída LG2 pode ser, por exemplo, um grupo halo. Por exemplo, se o resíduo n é glicina (Rn é hidrogênio), o precursor pode ser cloreto de cloroacetila ou anidrido bromoacético; se o resíduo n é alanina (R„ é metila), o precursor pode ser cloreto de 2-cloropropionila. Uma vez que o precursor tenha sido adicionado à cadeia de peptídeo em desenvolvimento, o peptídeo resultante pode ser deixado reagir com MEBA, desse modo adicionando o grupo amino protegido por MEB do resíduo n de aminoácido. A síntese da cadeia de peptídeo pode então continuar empregando-se procedimentos padrões. Tal como mostrado no Esquema 1, o resíduo n+1 de aminoácido é adicionado por reação com o grupo amino protegido por MEB do resíduo n de aminoácido.

Esquema 1

<formula>formula see original document page 22</formula>

Rn pode ser, por exemplo, hidrogênio ou alquila. Rn pode ser H, -CH3, -CH(CH3)2, -CH2CH(CH3)2, ou -CH(CH3)CH2CH3, de modo que o resíduo a-minoácido na posição n pode ser Gly, Ala, Vai, Leu ou He.

Alternativamente, o grupo MEB pode ser primeiro incorporado em um aminoácido que é em seguida adicionado a uma cadeia de peptídeo em desenvolvimento durante a SPPS. Tal como mostrado no Esquema 2, o ácido carboxílico de um aminoácido contendo MEB é acoplado ao grupo a-mino livre de um peptídeo ligado a um suporte sólido. O aminoácido contendo MEB pode incluir um grupo de proteção de amino, tal como Fmoc (tal como mostrado no Esquema 2) ou Boc. O aminoácido contendo MEB pode ser desprotegido para remover o grupo de proteção de amino, e um subseqüente aminoácido adicionado ao peptídeo.Esquema 2

<formula>formula see original document page 23</formula>

Em outro método, o grupo MEB pode ser primeiramente incorporado em um dipeptídeo que é em seguida adicionado a uma cadeia de pep-tídeo em desenvolvimento durante a SPPS. Tal como mostrado no Esquema 3, o ácido carboxílico de um dipeptídeo contendo MEB é acoplado ao grupo amino livre de um peptídeo ligado a um suporte sólido. O dipeptídeo contendo MEB pode incluir um grupo de proteção de amino, tal como Fmoc (tal como mostrado no Esquema 3) ou Boc. O dipeptídeo contendo MEB pode ser desprotegido para remover o grupo de proteção de amino, e um subsequente aminoácido adicionado ao peptídeo. Esquema 3<formula>formula see original document page 23</formula>Em algumas circunstâncias, pode ser desejável preparar um peptídeo longo (por exemplo, um peptídeo de mais de 40, mais de 50, mais de 75, mais 100, ou 150 ou mais resíduos) primeiramente por sintetização de dois (ou mais) peptídeos mais curtos. Os peptídeos mais curtos podem ser ligados empregando-se ligação química nativa para fornecer o peptídeo mais longo (vide, por exemplo, Dawson, P.E. e outros, Science (1994) 266, 776, que está incorporado por referência em sua totalidade). Em geral, ligação química nativa permite a formação de um peptídeo mais longo de dois peptídeos mais curtos, um tendo um tioéster de terminal de C (por exemplo, um tioéster de arila), e o outro peptídeo tendo um resíduo de cisteína de terminal de N. A fim de executar a ligação química nativa, ambos os peptídeos devem ser solúveis em água e altamente puros. Se um dos peptídeos mais curtos inclui uma seqüência difícil, ele pode ser preparado com um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal. A ligação química nativa pode ser executada antes da remoção do grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal. O peptídeo ligado pode assumir sua própria duplicação tridimensional após a remoção do grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal.

Exemplos

Síntese de MEBA

4-(2-morfolinoetóxi)benzonitrila: 6,1 g (0,051 mol) de 4-cianofenol (Aldrich) foi combinado com 14,3 g (0,0768 mol) de cloridrato de 4-(2-cloroetil)morfolina (Aldrich), 21,1 g (0,153 mol) de carbonato potássio e 2 g de iodeto de potássio em 250 mL de dimetilformamida anidroso (DMF) e aquecido a 60°C durante 4 horas. A reação foi monitorada através de LC/MS e TLC (EtOAc/hexano 1:1 ou 100% de EtOAc). A placa de TLC foi desativada com trietilamina a 1% (TEA) em hexano. Após a conclusão da reação a mistura de reação foi filtrada e o precipitado lavado três vezes com 10 mLde DMF. O filtrado foi concentrado por evaporador rotatório. O resíduo foi dissolvido em diclorometano e filtrado através de sílica pré-tratada com TEA a 1 % em 10% de EtOAc/hexano, e enxaguado com acetato de etila. Produção: 9,6 g (81%) de composto de 4-(2-morfolinoetóxi)benzonitrila como agulhasbrancas a ligeiramente rosas.

4-(2-morfolinoetóxi)benzilamina (MEBA): 10 mL de uma solução a 1.0 M de LiAIH4 em tetraidrofurano (THF) foram adicionados em gotas a uma solução agitada, resfriada (0 - 4°C) de 1,15 g de 4-(2-morfolinoetóxi)benzonitrila em THF anidroso. Depois que a adição foi concluída, a reação foi deixada aquecer a temperatura ambiente. A reação foi monitorada através de LC/MS quanto ao desaparecimento do material de partida e também quanto ao subproduto de aldeído (M+H = 236). A presença do subproduto de aldeído pode indicar uma redução incompleta, como as formas de aldeído da amina não reagida durante análise. Depois de 6 - 8 horas, A mistura de reação foi adicionada lentamente a uma solução agitada, resfriada de NH4CI saturado (50 mL), agitada durante 30 minutos, e filtrada. O filtrado foi extraído com uma porção de 25 mL de acetato de etila. A fase aquosa foi separada e uma porção de NaOH a 50%, metade do volume da fase aquosa foi adicionado. A mistura foi extraída duas vezes com 50 mL de dioxano. Os extratos de dioxano combinados foram agitados durante 30 minutos com hidróxido de potássio sólido (~1 g) para remover água. A suspensão de hidróxido de potássio foi removida e o solvente removido por evapo-rador rotatório. O óleo incolor resultante cristalizou quando deixado repousar a 4 °C. Produção: 980 mg, 84%.

Introdução de um grupo MEB em um peptídeo

Método 1. O grupo MEB foi adicionado a um sítio pré-selecionado (por exemplo, a um resíduo de glicina) de uma seqüência de peptídeo empregando alquilação com uma carboxamida de alfa-bromo ligada a resina. Anidrido bromoacético foi recentemente prepado de ácido bro-moacético (3,2 mmoles, 444,64 mg). O anidrido bromoacético e diisopropil-carbodiimida (0,16 mmol, 0,025 mL) em diclorometano gelado (12 mL) foram adicionados ao terminal de N de um cadeia de peptídeo em desenvolvimento suportada por resina (0,16 mmol, 400 mg). O peptídeo foi sintetizado empregando protocolos de Fmoc padrões. A mistura foi suavemente agitada a 20 °C durante 1 hora. A mistura foi filtrada empregando um tubo de filtragem de polipropileno de 50 mL. A resina foi lavada com diclorometano (4x10 mL).MEBA (5,25 mmois, 1.24 g) em diclorometano (2 mL) foi adicionada para a resina. A mistura foi suavemente agitada durante 20 horas a 20°C. A resina foi lavada com diclorometano (4x5 mL). Empregando-se o método 1, o carbono de carbonila e carbono alfa do resíduo protegido (glicina) são derivados de anidrido bromoacético, e o nitrogênio de cadeia principal do resíduo protegido é derivado de MEBA. A síntese da cadeia de peptídeo foi em seguida continuada empregando protocolos de Fmoc padrões. Grupos MEB múltiplos podem ser inseridos em uma cadeia de peptídeo empregando o método descrito acima em múltiplos sítios ao longo da cadeia.

Método 2. Neste método os sítios pré-selecionados da seqüência de peptídeo foram modificados com um unidade de dipeptídeo (vide a-baixo) em que a ligação de amida foi protegida com um grupo MEB. A unidade de dipeptídeo protegida foi em seguida acoplada ao terminal de N de um peptídeo em desenvolvimento e a síntese foi continuada empregando protocolos de Fmoc padrões.

Preparação de um dipeptídeo protegido por MEB. A uma resina de HMP pré-carregada de ácido bromoacético (1 mmol, 2,5 g), MEBA (5,2 mmois, 1,23 g) em diclorometano (10 mL) foi adicionado e a mistura foi agitada a 20°C durante 20 horas. A mistura foi filtrada empregando-se um tubo de filtragem de polipropileno de 50 mL. A resina foi lavada com diclorometano (4 x 10 mL). Uma mistura de aminoácido protegido por N-alfa-Fmoc (5 mmois) em N,N-dimetilformamida (20 mL), hexafluorofosfato de bromotripir-rolidinofosfônio (4,8 mmois, 2,24 g) e N,N-diisopropiletilamina (10 mmois, 1,74 mL) foram misturados durante 5 minutos a 20°C antes da adição à resina. A resina foi agitada a 20°C durante 18 horas. A resina foi em seguida lavada com N,N-dimetilformamida (4x10 mL) e diclorometano (2x10 mL). A resina foi secada a vácuo. O dipeptídeo foi clivado da resina com ácido trifluoroacético/água, 9/1 (10,0 mL) a 20°C durante 2 horas. A mistura de ácido trifluoroacético-resina foi filtrada para remover a resina. Ácido trifluoro-acético foi removido sob pressão reduzida para produzir a unidade de dipeptídeo protegida por MEB. O dipeptídeo pode em seguida ser empregado em SPPS de um peptídeo mais longo.Remoção do grupo MEB de um peptídeo sintético

Um tubo de Teflon de 50 mL contendo um mistura de peptídeo modificada por MEBA (0,018 mmol, 25 mg) e p-cresol (400 mg) foi montado em um mecanismo de HF. O tubo foi imergido em um banho de gelo ceco/acetona e fluoreto de hidrogênio anidroso (10 ml_) foi condensado. A seguir, o banho de gelo seco/acetona foi substituído por um banho de água contendo gelo picado, e a reação foi magneticamente agitada durante 1 hora. O fluoreto de hidrogênio foi evaporado do tubo de Teflon e capturado em uma solução a 15% de hidróxido de potássio empregando gás de nitrogênio a 1,4061 kg/cm2 (20 psi) durante 30 minutos. O tubo de Teflon foi removido do mecanismo de HF e o peptídeo foi precipitado com éter de etila gelado. O peptídeo sólido foi em seguida absorvido com uma solução a 50% de acetonitrila-água. A solução foi congelada e liofilizada para produzir o peptídeo desprotegido por MEB. Remoção dos grupos modificadores de nitrogênio de cadeia principal

A Tabela 1 resume os resultados de experimentos testando a remoção de grupos modificadores de nitrogênio de cadeia principal sob varias condições.

Tabela 1<table>table see original document page 27</column></row><table><table>table see original document page 28</column></row><table>

Síntese de polipeptídeo

Para testar a capacidade de MEB para impedir a agregação de peptídeos durante a síntese de peptídeo de fase sólida, um fragmento de peptídeo com alto conteúdo de estrutura secundária de folha beta foi preparado. A seqüência:

CEAKPWYEPIYLGGVFQLEKGDRLSAEINRPDYLLFAESGQVYFGIIAL corresponde ao terminal de C de TNF-alfa humano. O peptídeo de 48 ami-noácido foi preparado por síntese de peptídeo de fase sólida empregando aminoácidos protegidos por Fmoc em um sintetizador de peptídeo Applied Biosystems 433A de acordo com protocolos específicos de fabricação. Uma Resina Fmoc-Leu-Wang comercialmente disponível (0,47 g. 0,42 mmol/g) foi carregada no vaso de reação e a seqüência foi estendida empregando-se excesso de cinco vezes de Fmoc-aminoácidos ativados durante toda a etapa de acoplamento. Fmoc-aminoácidos foram ativados pela adição de quantidades equimolares de HBTU e HOBt e 2 equivalentes de Dl EA em DMF. Três grupos MEB foram introduzidos em G13, G40 e G45 empregando-se o método 1. O peptídeo foi clivado da resina e desprotegido com TFA/EDT/TA/fenol/água/TIPS (68,5:10:10:5:3,5:1 V:V). A mistura de resina de TFA foi filtrada. Éter de dietila gelado foi adicionado ao filtrado para precipitar o peptídeo, que foi em seguida centrifugado a 2500 RPM durante 5 minutos. O pélete foi lavado três vezes mais com éter de dietila gelado. O peptídeo foi subseqüentemente dissolvido em ácido acético a 95% e liofilizado.O peptídeo foi purificado através de HPLC de fase reversa ( > 98% de pureza) em um sistema de HPLC Varian 210 com detecção de UV de 214-nm, empregando-se uma coluna C8 Higgins Analytical (2 x 25 cm), um gradiente linear de 25 - 65% de acetonitrila durante 45 minutos, e um taxa de fluxo de 5 mL/minuto em CF3C02H a 0,1 %. O peptídeo purificado por LC-ESI-MS apresentou a massa correta (M+1 6.239,24).

Tentativas para produzir o mesmo peptídeo de 48 aminoácidos empregando-se síntese de peptídeo de fase sólida tradicional sem introduzir os três grupos MEB em G13, G40 e G45 foram mal-sucedidas.

Outras modalidades estão dentro do escopo das reivindicações seguintes.

Claims

1. Método de produção de um peptídeo compreendendo formação de um peptídeo incluindo um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal, em que o grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal inclui um grupo arila substituído, o grupo arila substituído incluindo uma porção de controle e uma porção hidrofílica.

2. Método de acordo com a reivindicação 1, em que o peptídeo é ligado a um suporte sólido.

3. Método de acordo com a reivindicação 1, em que o peptídeo inclui pelo menos um resíduo de aminoacido natural de ocorrência comum, em que o aminoacido natural de ocorrência comum opcionalmente inclui um grupo de proteção.

4. Método de acordo com a reivindicação 1, em que o peptídeo inclui pelo menos um resíduo de aminoacido de ocorrência não natural.

5. Método de acordo com a reivindicação 1, também compreendendo adição de um resíduo de aminoacido ao peptídeo, desse modo estendendo o peptídeo.

6. Método de acordo com a reivindicação 2, também compreendendo clivagem do peptídeo do suporte sólido, em que a clivagem do peptídeo não remove substancialmente o grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal do peptídeo.

7. Método de acordo com a reivindicação 1, também compreendendo remoção do grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal do peptídeo.

8. Método de acordo com a reivindicação 1, em que o grupo arila substituído é um grupo fenila substituído.

9. Método de acordo com a reivindicação 8, em que o grupo fenila substituído é orfo-não substituído.

10. Método de acordo com a reivindicação 1, em que a porção hidrofílica inclui uma amina terciária.

11. Método de acordo com a reivindicação 1, em que o peptídeo é substancialmente solúvel em água.

12. Método de acordo com a reivindicação 1, em que o peptídeo tem a fórmula:<formula>formula see original document page 0</formula>em que:X é O, S, NH, ou uma ligação;cada L1, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloaíquileno, arileno, ou aralquileno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou -NRd-; -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)zNRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (heterocicloalquil)alquila;cada Rc, independentemente, é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo, em que R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc;cada R2, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída arila, cicloalquila substituídapor cicloalquenila, ou biarila;cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, substituída alquila, arila substituída, ou halo;cada R10, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, alquila substituída, arila substituída, ou halo;cada A, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que A opcionalmente inclui 1 a 3 heteroátomos selecionados de N, O e S;cada R3, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfRg;cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3a sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02> -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9; ou R3 e R3a juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R4, independentemente, é hidrogênio ou alquila; ou R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R5, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R5 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada Rf, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralqui-la, ou um grupo de proteção;cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralqui-la, ou um grupo de proteção;R7 é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um suporte sólido; R8 é hidrogênio, alquila, um grupo de proteção de amino, ou tema fórmula -C(=0)CH(R5)R6, em que R6 é um grupo de saida;cada i, independentemente, é zero ou um número inteiro positivo;cada j; independentemente, é zero ou um número inteiro positivo;k é um número inteiro positivo;mé1ou2;n éO, 1, 2, 3 ou 4;cada x, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; cada y, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; zé 1, 2, 3, 4, 5 ou 6.

13. Método de acordo com a reivindicação 12, em que o peptídeo inclui pelo menos um -L1-Rc.

14. Método de acordo com a reivindicação 12, em que o peptídeo tem a fórmula:<formula>formula see original document page 33</formula>em que:X é O, S, NH, ou uma ligação;cada L1, independentemente, é CrCi0 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou-NRd-;cada Rc, independentemente, é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)zNRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (heterocicloalquil)alquila;cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo, em que R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc;cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada A, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que A opcionalmenteinclui 1 a 3 heteroátomos selecionados de N, O e S;cada R3, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfRg;cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3a sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfRg; ou R3 e R3a juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R4, independentemente, é hidrogênio ou alquila; ou R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R5, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (heterocicloalquil)alquila ou arila; R5 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C^OJN^R9, ou -NHC(=NH)NRfR9g;cada Rf, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção; cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;R7 é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um suporte sólido; R8 é hidrogênio, alquila, um grupo de proteção de amino, ou tem a fórmula -C(=0)CH(R5)R6, em que R6 é um grupo de saída; cada i, independentemente, é zero ou um número inteiro positivo;cada j, independentemente, é zero ou um número inteiro positi-vo;ké um número inteiro positivo; m é 1 ou 2; n é 0, 1, 2, 3 ou 4;cada x, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5;cada y, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; zé 1,2,3, 4, 5 ou 6.

15. Método de acordo com a reivindicação 14, em que X é O.

16. Método de acordo com a reivindicação 15, em que L1 é Cr C4alquileno.

17. Método de acordo com a reivindicação 16, em que Rc é hete-rocicloalquila.

18. Método de acordo com a reivindicação 14, em que -X-L1-Rc é 2-(morfolin-4-il)etóxi.

19. Método de acordo com a reivindicação 12, em que cada R5, independentemente, é hidrogênio ou alquila.

20. Método de acordo com a reivindicação 12, em que R7 é um suporte sólido e R8 é um grupo de proteção de amino.

21. Método de acordo com a reivindicação 12, em que cada A é Ci alquileno e cada R3a é hidrogênio.

22. Método de acordo com a reivindicação 12, em que o total de todos os i e todos os j é menor que 300.

23. Método de acordo com a reivindicação 12, em que o peptí-deo tem um peso molecular não maior que 40 kDa.

24. Método de acordo com a reivindicação 12, em que R8 tem a fórmula -C(=0)CH(R5)R6, em que R6 é um grupo de saída.

25. Método de acordo com a reivindicação 24, em que cada j é zero.

26. Método de acordo com a reivindicação 24, em que R6 é halo.

27. Método de acordo com a reivindicação 24, também compreendendo o contato do peptídeo com um composto tendo a fórmula:<formula>formula see original document page 37</formula>em que:X é O, S, NH, ou uma ligação;L1 é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou -NRd-;Rc é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)2NRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (hete-rocicloalquil)alquila;cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo em que R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc;cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, -(cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;R é hidrogênio, alquila, ou um grupo de proteção de amino;m é 1 ou 2;n é 0, 1, 2, 3, ou 4; ezé 1,2,3,4, 5, ou 6.

28. Método de acordo com a reivindicação 27, em que o composto é 4-(2-(morfolin-4-il)etóxi)benzilamina.

29. Método de acordo com a reivindicação 28, também compreendendo adição de um resíduo de aminoácido ao peptídeo, desse modo formando um peptídeo mais longo.

30. Método de acordo com a reivindicação 12, também compreendendo o contato do peptídeo com um composto tendo a fórmula:em que:<formula>formula see original document page 38</formula>L1 é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou -NRd-;Rc é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)zNRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (hete-rocicloalquil)alquila;cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo em que R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc;cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila,alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arira, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituí-da por cicloalquenila, ou biarila;cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquii)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arira, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada A, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que A opcionalmente inclui 1-3 heteroátomos selecionados de N, O e S;cada R3, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3a sendo opcionalmente substituído com -OR', -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9; ou R3 e R3a juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R4, independentemente, é hidrogênio ou alquila; ou R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;R4a é hidrogênio, alquila, ou um grupo de proteção de amino;R5 é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, hetero-cicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (heterocicloalquil)alquila ou arila; R5 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfRg;cada Rf, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;R11 é hidróxi, alcóxi, arilóxi, aralquilóxi, ou um grupo de saída;m é 1 ou 2;n é 0, 1, 2, 3, ou 4;wé 0,1, ou 2;cada x, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; cada y, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; e zé 1, 2, 3, 4, 5, ou 6.

31. Método de acordo com a reivindicação 12, também compreendendo o contato do peptídeo com um composto tendo a fórmula:<formula>formula see original document page 40</formula>em que:X é O, S, NH, ou uma ligação;L1 é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou -NRd-;Rc é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)2NRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb,-OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (hete-rocicloalquil)alquila;cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo em que R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc;cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arira, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arira, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada A, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que A opcionalmente inclui 1 a 3 heteroátomos selecionados de N, O e S;cada R3, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3a sendo opcionalmente substituído com -ORf,-SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02) -N^R9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9; ou R3 e R3a juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R4, independentemente, é hidrogênio ou alquila; ou R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;R5 é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, hetero-cicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (heterocicloalquil)alquila ou arila; R5 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada Rf, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;R11 é hidróxi, alcóxi, arilóxi, aralquilóxi, ou um grupo de saída;m é 1 ou 2;n é 0, 1, 2, 3, ou 4;w é 0, 1, ou 2;cada x, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; cada y, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; e z é 1, 2, 3, 4, 5, ou 6.

32. Composição compreendendo um peptídeo incluindo um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal, em que o grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal inclui um grupo arila substituído, o grupo arila substituído incluindo uma porção de controle e uma porção hidrofílica.

33. Composição de acordo com a reivindicação 32, em que o peptídeo inclui uma pluralidade de grupos modificadores de nitrogênio de cadeia principal.

34. Composição de acordo com a reivindicação 32, em que o peptídeo é ligado a um suporte sólido.

35. Composição de acordo com a reivindicação 32, em que o peptídeo inclui pelo menos um resíduo de aminoacido natural de ocorrência comum, em que o aminoacido natural de ocorrência comum opcionalmente inclui um grupo de proteção.

36. Composição de acordo com a reivindicação 32, em que o peptídeo inclui pelo menos um resíduo de aminoacido de ocorrência não natural.

37. Composição de acordo com a reivindicação 32, em que o grupo arila substituído é um grupo fenila substituído.

38. Composição de acordo com a reivindicação 32, em que o grupo fenila substituído é orto-não substituído.

39. Composição de acordo com a reivindicação 32, em que a porção hidrofílica inclui uma amina terciária.

40. Composição de acordo com a reivindicação 32, em que o peptídeo é substancialmente solúvel em água.

41. Composição de acordo com a reivindicação 32, em que o peptídeo tem a fórmula:<formula>formula see original document page 43</formula>em que:X é O, S, NH, ou uma ligação;cada L1, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, S02NRd-, ou -NRd-;cada Rc, independentemente, é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa,-S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)2NRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (heterocicloalquil)alquila;cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo em que R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc;cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, -(cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, substituída alquila, arila substituída, ou halo;cada R10, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, substituída alquila, arila substituída, ou halo;cada A, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que A opcionalmente inclui 1 a 3 heteroátomos selecionados de N, O e S;cada R3, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3a sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9; ou R3 e R3a juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R4, independentemente, é hidrogênio ou alquila; ou R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R5, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R5 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada Rf, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;R7 é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um suporte sólido;R8 é hidrogênio, alquila, um grupo de proteção de amino, ou tem a fórmula -C(=0)CH(R5)R6, em que R6 é um grupo de saída;cada i, independentemente, é zero ou um número inteiro positivo;cada j, independentemente, é zero ou um número inteiro positivo, com a condição de que pelo menos um j é um número inteiro positivo; k é um número inteiro positivo; m é 1 ou 2; n é 0, 1, 2, 3 ou 4; ecada x, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; cada y, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; e zé 1,2, 3, 4, 5 ou 6.

42. Composição de acordo com a reivindicação 41, em que o peptídeo inclui pelo menos um -L1-Rc.

43. Composição de acordo com a reivindicação 41, em que o peptídeo tem a fórmula:<formula>formula see original document page 46</formula>em que:X é O, S, NH, ou uma ligação;cada L1, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou-NRd-;cada Rc, independentemente, é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)2NRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (heterocicloalquil)alquila;cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo, em que R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc;cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alque-nila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, -(cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada A, independentemente, é CrC10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que A opcionalmente inclui 1 a 3 heteroátomos selecionados de N, O e S;cada R3, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfRg, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3a sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9; ou R3 e R3a juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R4, independentemente, é hidrogênio ou alquila; ou R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R5, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R5 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfRg, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada Rf, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;R7 é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um suporte sólido;R8 é hidrogênio, alquila, um grupo de proteção de amino, ou tem a fórmula -C(=0)CH(R5)R6, em que R6 é um grupo de saída;cada i, independentemente, é zero ou um número inteiro positivo;cada j, independentemente, é zero ou um número inteiro positivo;k é um número inteiro positivo;m é 1 ou 2;n éO, 1, 2, 3 ou 4;cada x, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; cada y, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; zé 1,2, 3,4, 5 ou 6.

44. Composição de acordo com a reivindicação 43, em que X é O.

45. Composição de acordo com a reivindicação 44, em que L1 é C1-C4 alquileno.

46. Composição de acordo com a reivindicação 44, em que Rc é heterocicloalquila.

47. Composição de acordo com a reivindicação 43, em que -X-L1-Rc é 2-(morfolin-4-il)etóxi.

48. Composição de acordo com a reivindicação 41, em que cada R5, independentemente, é hidrogênio ou alquila.

49. Composição de acordo com a reivindicação 41, em que R7 éum suporte sólido e R8 é um grupo de proteção de amino.

50. Composição de acordo com a reivindicação 41, em que R7 é hidrogênio e R8 é hidrogênio.

51. Composição de acordo com a reivindicação 41, em que cada A é Ci alquileno e cada R3a é hidrogênio.

52. Composição de acordo com a reivindicação 41, em que o total de todos os i e todos os j é menor que 300.

53. Composição de acordo com a reivindicação 41, em que o peptídeo tem um peso molecular não maior que 40 kDa.

54. Composição de acordo com a reivindicação 41, em que R8 tem a fórmula -C(=0)CH(R5)R6, em que R6 é um grupo de saída.

55. Composição de acordo com a reivindicação 54, em que R6 é halo.

56. Composto tendo a fórmula:em que:<formula>formula see original document page 49</formula>X é O, S, NH, ou uma ligação;L1 é CrCio alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou -NRd-;Rc é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)zNRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (hete-rocicloalquil)alquila;cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo em que R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc;cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila,(heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alque-nila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, -(cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;R4a é hidrogênio, alquila, ou um grupo de proteção de amino;m é 1 ou 2;n é 0, 1, 2, 3, ou 4; ezé 1,2, 3, 4, 5, ou 6.

57. Composto tendo a fórmula:<formula>formula see original document page 50</formula>em que:X é O, S, NH, ou uma ligação;L1 é C-1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou -NRd-;Rc é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)zNRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (hete-rocicloalquil)alquila;cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo em que R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc;cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada A, independentemente, é C1-C10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que A opcionalmente inclui 1 a 3 heteroátomos selecionados de N, O e S;cada R3, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02> -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3a sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou-NHC(=NH)NRfR9; ou R3 e R3a juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R4, independentemente, é hidrogênio ou alquila; ou R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;R4a é hidrogênio, alquila, ou um grupo de proteção de amino; R5 é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, hetero-cicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (heterocicloalquil)alquila ou arila; R5 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -NO2, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada Rf, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção; vcada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;R11 é hidróxi, alcóxi, arilóxi, aralquilóxi, um suporte sólido, ou um grupo de saída;m é 1 ou 2;n é 0, 1, 2, 3, ou 4;w é 0, 1, ou 2;cada x, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; cada y, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; e z é 1, 2, 3, 4, 5, ou 6.

58. Composto tendo a fórmula:<formula>formula see original document page 52</formula>em que:X é O, S, NH, ou uma ligação;L1 é CrCio alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que L1 é opcionalmente interrompido por um ou mais dentre -C(O)-, -O-, -C(0)NRd-, -NRd-C(0)-, -NRdC(0)NRd-, -OC(0)NRd-, -NRd-C(0)-0-, -S-, -S(0)m-, -NRdS02-, -S02NRd-, ou -NRd-;Rc é -NRaRb, -ORa, -SRa, -S(0)mRa, -S(0)2NRaRb, -S(0)mORa, -NRdC(0)Re, -0(CRdRe)zNRaRb, -C(0)Ra, -C(0)NRdRe, -NRaC(0)Rb, -OC(0)NRaRb, -NRdC(0)ORa, -NRdC(0)NRaRb, heterocicloalquila, ou (hete-rocicloalquil)alquila;cada R2, independentemente, é hidrogênio, -Ra, -ORa, -SRa, -NRaRb, -NRaC(=0)Rb, ou halo em que R2 é opcionalmente substituído com -L1-Rc;cada Ra, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rb, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, arila, cicloalquila fundida por arila, aralquila, alquenila substituída por arila, alquinila substituída por arila, cicloalquila substituída por cicloalquenila, ou biarila;cada Rd, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada Re, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, (cicloalquil)alquila, cicloalquenila, heterocicloalquila, (heterocicloalquil)alquila, ou arila;cada A, independentemente, é CVC10 alquileno, alquenileno, alquinileno, cicloalquileno, arileno, ou aralquileno, em que A opcionalmente inclui 1 a 3 heteroátomos selecionados de N, O e S;cada R3, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfRg, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada R3a, independentemente, é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (hete-rocicloalquil)alquila ou arila; R3a sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SR', -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02) -NRfR9, -C(=O)NRfRg, ou -NHC(=NH)NRfR9; ou R3 e R3a juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;cada R4, independentemente, é hidrogênio ou alquila; ou R3 e R4 juntos com os átomos aos quais eles são ligados formam uma porção cíclica, bicíclica, ou tricíclica de 3 a 14 membros, opcionalmente incluindo 1 a 6 heteroátomos selecionados de N, O, e S;R5 é hidrogênio, alquila, alquenila, alquinila, cicloalquila, heterocicloalquila, aralquila, (cicloalquil)alquila, (heterocicloalquil)alquila ou arila; R5 sendo opcionalmente substituído com -ORf, -SRf, -C02Rf, halo, haloalquila, -CN, -N02, -NRfR9, -C(=0)NRfR9, ou -NHC(=NH)NRfR9;cada Rf, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;cada R9, independentemente, é hidrogênio, alquila, arila, aralquila, ou um grupo de proteção;R11 é hidróxi, alcóxi, arilóxi, aralquilóxi, um suporte sólido, ou um grupo de saída;m é 1 ou 2;n é 0, 1, 2, 3, ou 4;w é 0, 1, ou 2;cada x, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; cada y, independentemente, é 1, 2, 3, 4, ou 5; e zé 1,2, 3,4, 5, ou 6.

59. Método de produção de um peptídeo tendo uma seqüência de aminoácidos predeterminada compreendendo:determinação de uma propensão à formação de folha beta para pelo menos uma porção da seqüência de aminoácidos; e 5 seleção de um resíduo de aminoácido da seqüência para modificação com um grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal com base na propensão à formação de folha beta determinada.

60. Método de acordo com a reivindicação 59, em que o grupo modificador de nitrogênio de cadeia principal inclui um grupo arila substituída, o grupo arila substituída incluindo uma porção de controle e uma porção hidrofílica.