BR112014008284A2 - adenovirus (gorilla) simian ou vetores adenovirais e métodos de uso - Google Patents

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    • C12N2840/00Vectors comprising a special translation-regulating system
    • C12N2840/60Vectors comprising a special translation-regulating system from viruses

Abstract

adenovirus (gorilla) simian ou vetores adenovirais e métodos de uso. a presente invenção fornece um vetor de adenovírus ou adenoviral caracterizado por compreender uma ou mais sequências de ácidos nucleicos particulares ou uma ou mais sequências de aminoácidos particulares ou porções das mesmas, pertencendo, por exemplo, a uma proteína pix adenoviral, proteína dna polimerase, proteína pentoína, proteína hexona e/ou proteína de fibra.

Description

“ADENOVIRUS (GORILLA) SIMIAN OU VETORES ADENOVIRAIS E MÉTODOS DE USO” REFERÊNCIA CRUZADA A PEDIDOS RELACIONADOS
[0001] Este pedido de patente reivindica o benefício do pedido de patente provisório US nº 61/543.661 depositado em 5 de outubro de 2011, que está incorporado a título de referência.
INCORPORAÇÃO POR REFERÊNCIA DE MATERIAL SUBMETIDO ELETRONICAMENTE
[0002] Uma listagem de sequências de nucleotídeos/aminoácidos legível por computador está aqui incorporada na íntegra, a título de referência, a qual foi submetida juntamente com o presente documento e identificada como: Um arquivo de 415.748 Byte ASCII (Text) designado "711250SequenceListing ST25.TXT," criado em 5 de outubro de 2012.
ANTECEDENTES DA INVENÇÃO
[0003] A liberação in vivo de proteínas em formas e quantidades biologicamente relevantes tem sido um obstáculo para o desenvolvimento de medicamentos e vacinas durante décadas. Uma solução que se mostrou uma alternativa bem sucedida às abordagens de liberação de proteína tradicionais é a liberação de sequências de ácidos nucleicos exógenas para a produção de proteínas in vivo. Vetores de transferência de gene idealmente entram em uma ampla variedade de tipos celulares, têm a capacidade de aceitar grandes sequências de ácidos nucleicos, são seguras, e podem ser produzidas nas quantidades necessárias para tratar os pacientes. Vetores virais são vetores de transferência de gene com estas propriedades vantajosas
(consulte, por exemplo, Thomas et al., Nature Review Genetics, 4: 346-358 (2003)). Além disso, embora muitos vetores virais sejam manipulados para infectar uma ampla gama de tipos celulares, vetores virais podem também ser modificados para direcionar tipos celulares específicos, o que pode melhorar a eficácia terapêutica do vetor (consulte, por exemplo, Kay et al., Nature Medicine, 7(1): 33-40 (2001)).
[0004] Vetores virais que têm sido usados com algum para fornecer proteínas exógenas a células de mamífero para propósitos terapêuticos incluem, por exemplo, retrovírus (consulte, por exemplo, Cavazzana-Calvo et al., Science, 288 (5466): 669-672 (2000)), Lentivirus (consulte, por exemplo, Cartier et al., Science, 326: 818-823 (2009)), vírus adeno-associado (AAV) (consulte, por exemplo, Mease et al, Journal of Rheumatology, 27(4): 6692-703 (2010)), vírus herpes simplex (HSV) (consulte, por exemplo, Goins et al., Gene Ther., 16(4): 558-569 (2009)), vírus vaccínia (consulte, por exemplo, Mayrhofer et al, JT. Virol, 53(10) : 5192-5203 (2009)), e adenovírus (consulte, por exemplo, Lasaro and Ertl, Molecular Therapy, 77(8): 1333- 1339 (2009)).
[0005] Apesar de suas propriedades vantajosas, O uso amplamente difundido de vetores de transferência de genes virais é impedido por vários fatores. Nesse aspecto, determinadas células não são facilmente suscetíveis à liberação de genes pelos vetores virais atualmente disponíveis. Por exemplo, linfócitos são defeituosos na absorção de adenovírus (Silver et al., Virology, 165: 377- 387 (1988), e Horvath et al., J. Virology, 62(1): 341-345
(1988)) . Além disso, os vetores virais que se integram no genoma da célula hospedeira (por exemplo, vetores retrovirais) têm o potencial de causar mutações por inserção em oncogenes (consulte, por exemplo, Cavazzana- Calvo et al., supra, e Hacein-Bey-Abina et al., TV. Engl. J. Med., 348: 255-256 (2003)).
[0006] O uso de vetores virais para transferência de gene também é impedido pela imunogenicidade dos vetores virais. A maioria da população dos EUA foi exposta a formas selvagens de muitos dos vírus atualmente sob desenvolvimento como vetores de transferência de gene (por exemplo, adenovírus). Como um resultado, muitas pessoas da população americana desenvolveram imunidade pré-existente a determinados vetores de transferência de gene à base de vírus. Tais vetores são rapidamente removidos da corrente sanguínea, reduzindo assim a eficácia do vetor em liberar quantidades biologicamente relevantes de um produto gênico. Além disso, a imunogenicidade de determinados vetores virais evita repetição de administração eficaz, O que pode ser vantajoso para "reforçar" o sistema imune contra patógenos quando vetores virais são usados em aplicações de vacina, resultando assim em apenas uma pequena fração de uma dose do vetor viral liberando sua carga útil às células hospedeiras.
[0007] Desta forma, existe uma necessidade por vetores virais aprimorados que podem ser usados para liberar de forma eficaz genes a células de mamífero in vivo. A invenção fornece tais vetores virais.
BREVE SUMÁRIO DA INVENÇÃO
[0008] A invenção apresenta um adenovírus ou vetor adenoviral. O adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em (a) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97% idêntica à SEQ ID NO: 1, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,5% idêntica à SEQ ID NO: 2, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 3, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96% idêntica à SEQ ID NO: 4, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96% idêntica à SEQ ID NO: 5.
[0009] A invenção apresenta um adenovírus ou vetor adenoviral que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em (a) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 98,4% idêntica à SEQ ID NO: 6, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 99,01 % idêntica à SEQ ID NO: 7, (Cc) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,08% idêntica à SEQ ID NO: 8, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96,52% idêntica à SEQ ID NO: 9, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 98,49% idêntica à SEQ ID NO: 10.
[0010] A invenção apresenta um adenovírus ou vetor adenoviral que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em (a) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 121 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 6, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 462 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 7, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 234 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 8, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 606 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 9, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 188 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 10.
[0011] A invenção apresenta um adenovírus ou vetor adenoviral que compreende uma ou mais das sequências de aminoácidos selecionadas do grupo que consiste em (a) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 93% idêntica à SEQ ID NO: 11, (b) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 13, (c) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 92% idêntica à SEQ ID NO: 14, e (d) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 88% idêntica à SEQ ID NO: 15.
[0012] A invenção apresenta um adenovírus ou vetor adenoviral que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em (a) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 93% idêntica à SEQ ID NO: 11, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 95% idêntica à SEQ ID NO: 12, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 13, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 92% idêntica à SEQ ID NO: 14, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 88% idêntica à SEQ ID NO: 15.
[0013] A invenção apresenta um adenovírus ou vetor adenoviral que compreende uma ou mais das sequências de aminoácidos selecionadas do grupo que consiste em (a) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99% idêntica à SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 97,8% idêntica à SEQ ID NO: 18, (c) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,1% idêntica à SEQ ID NO: 19, e (d) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,2% idêntica à SEQ ID NO: 20.
[0014] A invenção apresenta um adenovírus ou vetor adenoviral que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em (a) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99% idêntica à SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,5% idêntica à SEQ ID NO: 17, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 97,8% idêntica à SEQ ID NO: 18, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,1% idêntica à SEQ ID NO: 19, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,2% idêntica à SEQ ID NO: 20.
[0015] A invenção apresenta um adenovírus ou vetor adenoviral que compreende uma ou mais das sequências de aminoácidos selecionadas do grupo que consiste em (a) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 247 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18, (c) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 230 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 19, e (d) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 231 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 20.
[0016] A invenção apresenta um adenovírus ou vetor adenoviral que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em (a) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 286 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 17, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 247 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 230 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 19, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 231 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 20.
DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃO
[0017] Os adenovírus estão geralmente associados com patologias benignas em seres humanos, e os genomas dos adenovírus isolados de uma variedade de espécies, inclusive seres humanos, foram intensamente estudados. O adenovírus é um vírus de tamanho médio (90 a 100 nm), não envelopado e icosaédrico contendo aproximadamente 36 kb de DNA dupla fita. O capsídeo do adenovírus medeia as interações chave dos estágios iniciais da infecção de uma célula pelo vírus,
e é necessário para empacotar os genomas do adenovírus no final do ciclo de vida do adenovírus. O capsídeo compreende 252 capsômeros, que inclui 240 hexons, 12 proteínas de base pentona, e 12 fibras (Ginsberg et al., Virology, 28: 782-83 (1966)). O hexon compreende três proteínas idênticas, especificamente o polipeptídeo II (Roberts et al., Science, 232: 1148-51 (1986)). A base pentona compreende cinco proteínas idênticas e a fibra compreende três proteínas idênticas. As proteínas Ilia, VI, e IX estão presentes no revestimento adenoviral e acredita-se que estabilizem o capsídeo viral (Stewart et al., Cell, 67: 145-54 (1991), e Stewart et al., EMBO J., 12(1): 2589-99 (1993)). A expressão das proteínas de capsídeo, com a exceção de pIX, depende da proteína polimerase do adenovírus. Portanto, os componentes principais de uma partícula de adenovírus são expressos a partir do genoma apenas quando o gene da proteína polimerase está presente e expresso.
[0018] Várias características dos adenovírus os tornam veículos ideais para transferir material genético para células para aplicações terapêuticas (isto é, "terapia gênica"), ou para uso como sistemas de liberação de antígeno para aplicações de vacina. Por exemplo, os adenovírus podem ser produzidos em altos títulos (por exemplo, cerca de 10º”? unidades de partícula (pu)) e podem transferir material genético para células não replicantes e replicantes. O genoma adenoviral pode ser manipulado para transportar uma grande quantidade de DNA exógeno (até cerca de 8 kb), e o capsídeo adenoviral pode potencializar a transferência de sequências ainda mais longas (Curiel et al., Hum. Gene Ther., 3: 147-154 (1992)). Adicionalmente,
os adenovírus geralmente não se integram no cromossomo da célula hospedeira, mas em vez disso, são mantidos como um epissoma linear, reduzindo assim a probabilidade de que um adenovírus recombinante irá interferir com a função da célula normal.
[0019] A invenção é predicada, pelo menos em parte, na descoberta e isolamento de um adenovírus que não foi anteriormente identificado ou isolado. O adenovírus aqui descrito foi isolado a partir de um gorila. Há quatro subespécies de gorila amplamente reconhecidas dentro das duas espécies de Eastern Gorila (Gorilla beringei) e Western Gorila (Gorilla gorilla). A espécie de Western Gorila inclui as sub-espécies Western Lowland Gorila (Gorilla gorilla gorilla) e Cross River Gorila (Gorilla gorilla diehli). A espécie Eastern Gorila inclui as sub- espécies Mountain Gorila (Gorilla beringei beringei) e Eastern Lowland Gorila (Gorilla beringei graueri) (consulte, por exemplo, Wilson e Reeder, eds., Mammalian Species of the World, 3º ed., Johns Hopkins University Press, Baltimore, Maryland (2005)). O adenovírus da invenção foi isolado de Eastern Lowland Gorila f(Gorilla beringei graueri).
[0020] Os genomas de vários destes adenovírus foram analisados e determinou-se que os adenovírus podem ter a sequência de ácidos nucleicos de, por exemplo, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, ou SEQ ID NO: 28, cada um dos quais inclui várias subsequências que servem para definir de modo inequívoco o adenovírus, especificamente as sequências de ácidos nucleicos SEQ ID NOs: 1-10, e as sequências de aminoácidos SEQ ID NOs: 11-20. As SEQ ID NOs: 6-10 codificam as sequências de aminoácidos das SEQ ID NOs: 16-20, respectivamente. As SEQ ID NOs: 1-5 são um subconjunto das sequências de ácidos nucleicos das SEQ ID NOs: 6-10, respectivamente. As SEQ ID NOs: 11-15 são um subconjunto das sequências de aminoácidos das SEQ ID NOs: 16-20, respectivamente.
[0021] O adenovírus pode ser modificado da mesma forma que adenovírus anteriormente conhecidos para serem usados como um vetor adenoviral, por exemplo, um veículo de liberação de genes.
[0022] O termo "adenovírus," como usado aqui, se refere a um adenovírus que retém a capacidade de participar no ciclo de vida do adenovírus e não foi fisicamente inativado, por exemplo, por ruptura (por exemplo, sonicação), desnaturação (por exemplo, usando calor ou solventes), ou ligação cruzada (por exemplo, através de reticulação com formalina). O "ciclo de vida do adenovírus" inclui (1) ligação do vírus e entrada nas células, (2) transcrição do genoma adenoviral e tradução das proteínas do adenovírus, (3) replicação do genoma adenoviral, e (4) montagem da partícula viral (consulte, por exemplo, Fields Virology, 5º ed., Knipe et al. (eds.), Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, PA (2006)).
[0023] O termo "vetor adenoviral," como usado aqui, se refere a um adenovírus no qual o genoma adenoviral foi manipulado para acomodar uma sequência de ácidos nucleicos que é não nativa com relação ao genoma adenoviral. Tipicamente, um vetor adenoviral é gerado pela introdução de uma ou mais mutações (por exemplo, uma deleção,
inserção, ou substituição) no genoma adenoviral do adenovírus de modo a acomodar a inserção de uma sequência de ácidos nucleicos não nativa, por exemplo, para transferência de genes, no adenovírus.
[0024] O adenovírus e o vetor adenoviral podem ser competentes para replicação, condicionalmente competentes para replicação, ou deficientes em replicação.
[0025] Um adenovírus ou vetor adenoviral competente para replicação pode replicar em células hospedeiras típicas, isto é, células tipicamente capazes de serem infectadas por um adenovírus. Um adenovírus ou vetor adenoviral competente para replicação pode ter uma ou mais mutações em comparação com os adenovírus selvagens (por exemplo, uma ou mais deleções, inserções, e/ou substituições) no genoma adenoviral que não inibem a replicação viral nas células hospedeiras. Por exemplo, o adenovírus ou vetor adenoviral pode ter uma deleção parcial ou total da região adenoviral precoce conhecida como a região E3, que não é essencial para a propagação do adenovírus ou genoma adenoviral.
[0026] Um adenovírus ou vetor adenoviral condicionalmente replicante é um adenovírus ou vetor adenoviral que foi manipulado para replicar sob condições predeterminadas. Por exemplo, funções de gene de replicação essencial, por exemplo, funções de gene codificadas pelas regiões precoces adenovirais, podem ser ligadas operacionalmente a uma sequência de controle de transcrição induzível, repressível ou tecido-específica, por exemplo, um promotor. Em tal modalidade, a replicação exige a presença ou ausência de fatores específicos que interagem com a sequência de controle de transcrição. Vetores adenovirais condicionalmente replicantes são ainda descritos na patente US 5.998.205.
[0027] Um adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação é um adenovírus ou vetor adenoviral que exige complementação de uma ou mais funções ou regiões de gene do genoma adenoviral que são necessárias para replicação, como um resultado, por exemplo, de uma deficiência em uma ou mais funções ou regiões do gene essenciais para a replicação, de modo que o adenovírus ou vetor adenoviral não se replica em células hospedeiras típicas, especialmente aquelas em um ser humano a ser infectado pelo adenovírus ou vetor adenoviral.
[0028] Uma deficiência em uma função de gene ou região genômica, como usado aqui, é definida como uma ruptura (por exemplo, deleção) de material genético suficiente do genoma adenoviral para destruir ou prejudicar a função do gene (por exemplo, de modo que a função do produto gênico seja reduzida em ao menos cerca de 2 vezes, vezes, 10 vezes, 20 vezes, 30 vezes, ou 50 vezes) cuja sequência de ácidos nucleicos foi interrompida (por exemplo, deletada) em todo ou em parte. A deleção de uma região inteira do gene com frequência não é necessária para a ruptura de uma função do gene essencial para a replicação. Entretanto, com o propósito de fornecer espaço suficiente no genoma adenoviral para um ou mais transgenes, a remoção da maioria de uma ou mais regiões gênicas pode ser desejável. Embora a deleção de material genético seja preferencial, a mutação do material genético por adição ou substituição também é adequada para interromper a função do gene. Funções gênicas essenciais para replicação são funções gênicas que são necessárias para a replicação do adenovírus (por exemplo, propagação) e são codificadas, por exemplo, pelas regiões precoces adenovirais (por exemplo, as regiões El, E2, e E4), regiões tardias (por exemplo, as regiões Ll, L2, L3, L4 e L5), genes envolvidos no empacotamento viral (por exemplo, o gene IVa2) e RNAs associados a vírus (por exemplo, VA-RNA-1 e/ou VA-RNA-2).
[0029] Quer o adenovírus ou vetor adenoviral seja competente para replicação ou deficiente em replicação, oO adenovírus ou vetor adenoviral retém pelo menos uma porção do genoma adenoviral. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender qualquer porção do genoma adenoviral, inclusive regiões codificantes de proteína e não-codificantes de proteína. Desejavelmente, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende pelo menos uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma proteína de adenovírus. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que codifica qualquer proteína de adenovírus adequada, como, por exemplo, uma proteína codificada por qualquer um dos genes da região precoce (isto é, regiões ElA, E1B, E2A, E2B, E3, e/ou F4), ou uma proteína codificada por qualquer um dos genes da região tardia, que codificam as proteínas estruturais do vírus (isto é, regiões Ll1, L2, L3, L4, e L5).
[0030] O adenovírus ou vetor adenoviral compreende desejavelmente uma ou mais sequências de ácidos nucleicos que codificam a proteína pIX, a proteína DNA polimerase, a proteína pentona, proteína hexon, e/ou a proteína da fibra. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos de extensão completa que codifica uma sequência de aminoácidos de extensão completa de uma proteína de adenovírus. Alternativamente, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma porção de uma sequência de ácidos nucleicos de extensão completa que codifica uma porção de uma sequência de aminoácidos de extensão completa de uma proteína de adenovírus.
[0031] Uma "porção" de uma sequência de ácidos nucleicos compreende pelo menos dez nucleotídeos (por exemplo, cerca de 10 a cerca de 5.000 nucleotídeos). De preferência, uma "porção" de uma sequência de ácidos nucleicos compreende 10 ou mais (por exemplo, 15 ou mais ou mais, 25 ou mais, 30 ou mais, 35 ou mais, 40 ou mais, 45 ou mais, 50 ou mais, ou 100 ou mais) nucleotídeos, mas menos de 5.000 (por exemplo, 4.900 ou menos, 4.000 ou menos, 3.000 ou menos, 2.000 ou menos, 1.000 ou menos, 800 ou menos, 500 ou menos, 300 ou menos, ou 100 ou menos) nucleotídeos. De preferência, uma porção de uma sequência de ácidos nucleicos tem cerca de 10 a cerca de 3.500 nucleotídeos (por exemplo, cerca de 10, 20, 30, 50, 100, 300, 500, 700, 1000, 1500, 2000, 2500, ou 3000 nucleotídeos), cerca de 10 a cerca de 1.000 nucleotídeos (por exemplo, cerca de 25, 55, 125, 325, 525, 725, ou 925 nucleotídeos), ou cerca de 10 a cerca de 500 nucleotídeos (por exemplo, cerca de 15, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 150, 175, 250, 275, 350, 375, 450, 475, 480, 490, 495, ou 499 nucleotídeos), ou um intervalo definido por qualquer um dos dois valores supracitados. Com mais preferência, uma "porção" de uma sequência de ácidos nucleicos compreende no máximo cerca de 3200 nucleotídeos (por exemplo, cerca de 10 a cerca de 3.200 nucleotídeos, cerca de 10 a cerca de 3.000 nucleotídeos, ou cerca de 30 a cerca de 500 nucleotídeos, ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores supracitados).
[0032] Uma "porção" de uma sequência de aminoácidos compreende pelo menos três aminoácidos (por exemplo, cerca de 3 a cerca de 1.200 aminoácidos). De preferência, uma "porção" de uma sequência de aminoácidos compreende 3 ou mais (por exemplo, 5 ou mais, 10 ou mais, 15 ou mais, 20 ou mais, 25 ou mais, 30 ou mais, 40 ou mais, ou 50 ou mais) aminoácidos, mas menos de 1.200 (por exemplo, 1.000 ou menos, 800 ou menos, 700 ou menos, 600 ou menos, 500 ou menos, 400 ou menos, 300 ou menos, 200 ou menos, ou 100 ou menos) aminoácidos. De preferência, uma porção de uma sequência de aminoácidos tem cerca de 3 a cerca de 500 aminoácidos (por exemplo, cerca de 10, 100, 200, 300, 400, ou 500 aminoácidos), cerca de 3 a cerca de 300 aminoácidos (por exemplo, cerca de 20, 50, 75, 95, 150, 175, ou 200 aminoácidos), ou cerca de 3 a cerca de 100 aminoácidos (por exemplo, cerca de 15, 25, 35, 40, 45, 60, 65, 70, 80, 85, 90, 95, ou 99 aminoácidos), ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores supracitados. Com mais preferência, uma "porção" de uma sequência de aminoácidos compreende no máximo cerca de 500 aminoácidos (por exemplo, cerca de 3 a cerca de 400 aminoácidos, cerca de 10 a cerca de 250 aminoácidos, Ou cerca de 50 a cerca de 100 aminoácidos, ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores supracitados).
[0033] A proteína pIX de adenovírus está presente no capsídeo do adenovírus, foi mostrada fortalecer as interações do nonâmero do hexon e é essencial para o empacotamento dos genomas de extensão completa (consulte, por exemplo, Boulanger et al, J. Gen. Virol, 44: 783-800 (1979); Horwitz M.S., "Adenoviridae and their replication" em Virology, 2º ed., B.N. Fields et al. (eds.), Raven Press, Ltd., New York, PP. 1679-1721 (1990), Ghosh- Choudhury et al., EMBOl, 6: 1733-1739 (1987), e van Oostrum et al, J. Virol, 56: 439-448 (1985)). Além de sua contribuição para a estrutura do adenovírus, também foi mostrado que pIX mostra propriedades traducionais, como estimulação da atividade do promotor tardio principal de adenovírus (MLP) (consulte, por exemplo, Lutz et al., JU. Virol, 71(7): 5102-5109 (1997)). As sequências de ácidos nucleicos que codificam o todo ou uma porção de uma proteína pIX de adenovírus incluem, por exemplo, SEQ ID NO: 6 e SEQ ID NO: l. As sequências de aminoácidos que compreendem uma proteína pIX de extensão completa, ou uma porção da mesma, incluem, por exemplo, SEQ ID NO: 16 e SEQ ID NO: 11.
[0034] A proteína DNA polimerase de adenovírus é essencial para a replicação do DNA viral tanto in vitro quanto in vivo. A polimerase co-purifica em um complexo com o precursor (pTP) da proteína terminal (TP) que é ligada covalentemente às extremidades 5' do DNA de adenovírus (Field et al., J. Biol. Chem., 259: 9487-9495 (1984)). Tanto a DNA polimerase de adenovírus quanto a pTP são codificadas pela região E2. A proteína polimerase é necessária para a expressão de todas as proteínas estruturais, exceto pIX. Sem a sequência de genes para a proteína polimerase, a proteína polimerase não é produzida.
Como um resultado, o genoma viral não é replicado, oO promotor tardio principal não é ativado e as proteínas do capsídeo não são expressas. As sequências de ácidos nucleicos que codificam o todo ou uma porção de uma proteína pIX de adenovírus incluem, por exemplo, SEQ ID NO:
7. A SEQ ID NO: 2 é um subconjunto da SEQ ID NO: 7. As sequências de aminoácidos que compreendem uma DNA polimerase de adenovírus de extensão completa ou uma porção da mesma incluem, por exemplo, SEQ ID NO: 17 e SEQ ID NO:
12.
[0035] A proteína hexon de adenovírus é a maior e mais abundante proteína no capsídeo do adenovírus. A proteína hexon é essencial para a montagem do capsídeo do vírus, para a determinação da simetria icosaédrica do capsídeo (que, por sua vez, define os limites no volume do capsídeo e tamanho do empacotamento do DNA) e integridade do capsídeo. Além disso, o hexon é um alvo primário para modificação de modo a reduzir a neutralização de vetores adenovirais (consulte, por exemplo, Gall et al., J. Virol., 72: 10260-264 (1998), e Rux et al., J. Virol., 717(17): 9553-9566 (2003)). As principais características estruturais da proteína hexon são compartilhadas pelos adenovírus entre os sorotipos, mas a proteína hexon difere em termos de tamanho e propriedades imunológicas entre os sorotipos (Jornvall et al., J. Biol. Chem., 256(12): 6181- 6186 (1981)). Uma comparação entre 15 proteínas hexon de adenovírus mostrou que as regiões antigênicas e sorotipo- específicas predominantes do hexon parecem estar nas alças 1 e2 (isto é, LI ou ll, e LIT ou 12, respectivamente), no interior das quais estão sete regiões hipervariáveis distintas (HVR1I a HVRT7) que variam em comprimento e sequência entre os sorotipos adenovirais (Crawford-Miksza et al., JJ. Virol., 70(3): 1836-1844(1996)). As sequências de ácidos nucleicos que codificam o todo ou uma porção de uma proteína hexon de adenovírus incluem, por exemplo, SEQ ID NO: 9 e SEQ ID NO: 4. As sequências de aminoácidos que compreendem uma proteína hexon de adenovírus de extensão completa, ou uma porção da mesma, incluem, por exemplo, SEQ ID NO: 19 e SEQ ID NO: 14.
[0036] A proteína de fibra do adenovírus é um homotrímero do polipeptídeo IV adenoviral que tem três domínios: a cauda, a haste, e a projeção. (Devaux et al., J. Molec. Biol., 215: 567-88 (1990), Yeh et al., Virus Res., 33: 179-98 (1991)). A proteína da fibra medeia a ligação viral primária aos receptores sobre a superfície celular através da projeção e dos domínios de haste (Henry et al., J. Virol., 68(S): 5239-46 (1994)). As sequências de aminoácidos para trimerização estão localizadas na projeção, que parece ser necessária para a terminação amino da fibra (a cauda) para se associar adequadamente com a base de pentona (Novelli et al., Virology, 185: 365-76 (1991)). Além de reconhecer receptores celulares e ligar a base pentona, a fibra contribui para a identidade do sorotipo. As proteínas de fibra de diferentes sorotipos adenovirais diferem consideravelmente (consulte, por exemplo, Green et al., EMBO J., 2: 1357-65 (1983), Chroboczek et al., Virology, 186: 280-85 (1992), e Signas et al., J. Virol, 53: 672-78 (1985)). Desta forma, a proteína de fibra tem múltiplas funções chave para o ciclo de vida do adenovírus. As sequências de ácidos nucleicos que codificam o todo ou uma porção de uma proteína da fibra de adenovírus incluem, por exemplo, SEQ ID NO: 10. A SEQ ID NO: 5 é um subconjunto da SEQ ID NO: 10. As sequências de aminoácidos que compreendem uma proteína de fibra de adenovírus de extensão completa, ou uma porção da mesma, incluem, por exemplo, SEQ ID NO: 20 e SEQ ID NO: 15.
[0037] A proteína da base pentona do adenovírus está localizada nos vértices do capsídeo icosaédrico e compreende cinco monômeros idênticos. A proteína da base pentona fornece uma estrutura para ligar as proteínas do hexon em múltiplas facetas do capsídeo icosaédrico e a interfacear essencial para a proteína da fibra ser incorporada no capsídeo. Cada monômero da base pentona contém um motivo de tripeptídeo RGD (Neumann et al., Gene, 69: 153-157 (1988)). O tripeptídeo RGD medeia a ligação a integrinas av e adenovírus que têm mutações pontuais na sequência RGD da base pentona são restritos em sua capacidade de infectar células (Bai et al., J. Virol, 67: 5198-5205 (1993)). Desta forma, a proteína da base pentona é essencial para a arquitetura do capsídeo e para a eficiência máxima da interação entre o vírus e a célula. As sequências de ácidos nucleicos que codificar o todo ou uma porção de uma proteína de base pentona adenovírus de incluem, por exemplo, SEQ ID NO: 8 e SEQ ID NO: 3. As sequências de aminoácidos que compreendem uma proteína de base pentona de adenovírus de extensão completa, ou uma porção da mesma, incluem, por exemplo, SEQ ID NO: 18 e SEQ ID NO: 13.
[0038] A "identidade" de sequência de ácidos nucleicos ou aminoácidos, conforme descrito aqui, pode ser determinada pela comparação de uma sequência de ácidos nucleicos ou aminoácidos de interesse a uma sequência de ácidos nucleicos ou aminoácidos de referência.
O número de nucleotídeos ou resíduos de aminoácidos que foram alterados e/ou modificados (como, por exemplo, por mutações pontuais, inserções, ou deleções) na sequência de referência de modo a resultar na sequência de interesse são contados.
O número total de tais alterações é subtraído do comprimento total da sequência de interesse, e a diferença é dividida pelo comprimento da sequência de interesse e expresso como uma porcentagem.
Vários algoritmos matemáticos para se obter o alinhamento ótimo e calcular a identidade entre duas ou mais sequências são conhecidos e incorporados em vários programas de software disponíveis.
Exemplos de tais programas “incluem CLUSTAL-W, T-Coffee, e ALIGN (para alinhamento das sequências de ácidos nucleicos e aminoácidos), programas BLAST (por exemplo, BLAST 2.1, BL2SEQ, e versões posteriores do mesmo) e programas FASTA (por exemplo, FASTA3x, FASTM, e SSEARCH) (para pesquisas de alinhamento de sequências e similaridade de sequência). Os algoritmos de alinhamento de sequências também são apresentados, por exemplo, em Altschul et al., J.
Molecular Biol, 215(3): 403-410 (1990), Beigert et al., Proc.
Natl Acad.
Sci.
USA, 106(10): 3770-3775 (2009), Durbin et al, eds., Biological Sequence Analysis: Probalistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, Cambridge, UK (2009), Soding, Bioinformatics, 21(1): 951- 960 (2005), Altschul et al., Nucleic Acids Res., 25(11): 3389-3402 (1997), e Gusfield, Algorithms on Strings, Trees and Sequences, Cambridge University Press, Cambridge UK
(1997)).
[0039] Em uma modalidade, oO adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma ou mais das seguintes sequências de ácidos nucleicos: (a) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97% idêntica (por exemplo, pelo menos 98,20%, pelo menos 99,41%, ou 100% idêntico) à SEQ ID NO: 1, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,5% idêntica (por exemplo, pelo menos 98,5%, pelo menos 99,5%, ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 2, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 80% idêntica (por exemplo, pelo menos 82,22%, pelo menos 84,44%, pelo menos 86,67%, pelo menos 88,89%, pelo menos 91,11%, pelo menos 93,33%, pelo menos 95,56%, pelo menos 97,78%, ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 3, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96% idêntica (por exemplo, pelo menos 96,9%, pelo menos 97,8%, pelo menos 98,7%, pelo menos 99,6%, ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 4, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96% idêntica (por exemplo, pelo menos 96,83% ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 5.
[0040] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma, duas, três, quatro, ou todas as cinco sequências supracitadas sozinhas ou em qualquer combinação. Nesse aspecto, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender qualquer combinação de quaisquer duas das sequências supracitadas, qualquer combinação de quaisquer três das sequências supracitadas, qualquer combinação de qualquer quatro das sequências supracitadas, ou todas as cinco sequências supracitadas. Por exemplo, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97% idêntica à SEQ ID NO: 1. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,5% idêntica à SEQ ID NO: 2 e uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 3. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97% idêntica à SEQ ID NO: 1,' uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 3, e uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96% idêntica à SEQ ID NO: 5. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 1, (b) a sequência de ácidos nucleicos SEQ ID NO: 2, (c) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 3, (d) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 4, ou (e) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 5. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97% idêntica à SEQ ID NO: 1, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,5% idêntica à SEQ ID NO: 2, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 3, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 296% idêntica à SEQ ID NO: 4, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96% idêntica à SEQ ID NO: 5. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 1, (b) a sequência de ácidos nucleicos SEQ ID NO: 2, (c) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 3, (d) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 4, e (e) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 5.
[0041] Em uma outra modalidade, oO adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma ou mais das seguintes sequências de ácidos nucleicos: (a) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 98,4% idêntica (por exemplo, pelo menos 98,65%, pelo menos 98,9%, pelo menos 99,15%, pelo menos 99,4%, pelo menos 99,65%, pelo menos 99,9%, ou 100% idêntica) a SEQ ID NO: 6, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 99,01% idêntica (por exemplo, pelo menos 99,04%, pelo menos 99,07%, pelo menos 99,10%, pelo menos 99,14%, pelo menos 99,17%, pelo menos 99,20%, pelo menos 99,23%, pelo menos 99,26%, pelo menos 99,29%, pelo menos 99,33%, pelo menos 99,36%, pelo menos 99,39%, pelo menos 99,42%, pelo menos 99,45%, pelo menos 99,48%, pelo menos 99,52%, pelo menos 99,55%, pelo menos 99,58%, pelo menos 99,61%, pelo menos 99,64%, pelo menos 99,67%, pelo menos 99,70%, pelo menos 99,74%, pelo menos 99,77%, pelo menos 99,80%, pelo menos 99,83%, pelo menos 99,86%, pelo menos 99,89%, pelo menos 99,93%, pelo menos 99,96%, pelo menos 99,99%, ou 100% idêntica) a SEQ ID NO: 7, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,08% idêntica (por exemplo, pelo menos 97,13%, pelo menos 97,18%, pelo menos 97,23%, pelo menos 97,28%, pelo menos 97,33%, pelo menos 97,38%, pelo menos 97,43%, pelo menos 97,49%, pelo menos 97,54%, pelo menos 97,59%, pelo menos 97,64%, pelo menos 97,69%, pelo menos 97,74%, pelo menos 97,79%, pelo menos 97,84%, pelo menos 97,89%, pelo menos 97,94%, pelo menos 97,99%, pelo menos 98,04%, pelo menos 98,09%, pelo menos 98,14%, pelo menos 98,19%, pelo menos 98,25%, pelo menos 98,30%, pelo menos 98,35%, pelo menos 98,40%, pelo menos 98,45%, pelo menos 98,50%, pelo menos
98,55%, pelo menos 98,60%, pelo menos 98,65%, pelo menos 98,70%, pelo menos 98,75%, pelo menos 98,80%, pelo menos 98,85%, pelo menos 98,90%, pelo menos 98,95%, pelo menos 99,01%, pelo menos 99,06%, pelo menos 99,11%, pelo menos 99,16%, pelo menos 99,21%, pelo menos 99,26%, pelo menos 99,31%, pelo menos 99,36%, pelo menos 99,41%, pelo menos 99,46%, pelo menos 99,51%, pelo menos 99,56%, pelo menos 99,61%, pelo menos 99,66%, pelo menos 99,71%, pelo menos 99,76%, pelo menos 99,82%, pelo menos 99,87%, pelo menos 99,92%, pelo menos 99,97%, ou 100% idêntica) a SEQ ID NO: 8, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96,52% idêntica (por exemplo, pelo menos 96,55%, pelo menos 96,59%, pelo menos 96,62%, pelo menos 96,66%, pelo menos 96,69%, pelo menos 96,73%, pelo menos 96,76%, pelo menos 96,80%, pelo menos 96,83%, pelo menos 96,87%, pelo menos 96,90%, pelo menos 96,94%, pelo menos 96,97%, pelo menos 97,01%, pelo menos 97,04%, pelo menos 97,08%, pelo menos 97,11%, pelo menos 97,15%, pelo menos 97,18%, pelo menos 97,22%, pelo menos 97,25%, pelo menos 97,29%, pelo menos 97,32%, pelo menos 97,36%, pelo menos 97,39%, pelo menos 97,43%, pelo menos 97,46%, pelo menos 97,50%, pelo menos 97,53%, pelo menos 97,57%, pelo menos 97,60%, pelo menos 97,64%, pelo menos 97,67%, pelo menos 97,71%, pelo menos 97,74%, pelo menos 97,78%, pelo menos 97,81%, pelo menos 97,85%, pelo menos 97,88%, pelo menos 97,92%, pelo menos 97,95%, pelo menos 97,99%, pelo menos 98,02%, pelo menos 98,06%, pelo menos 98,09%, pelo menos 98,13%, pelo menos 98,16%, pelo menos pelo menos 98,20%, pelo menos 98,23%, pelo menos 98,27%, pelo menos 98,30%, pelo menos 98,34%, pelo menos 98,37%, pelo menos pelo menos 98,40%, pelo menos
98,44%, pelo menos 98,47%, pelo menos 98,51%, pelo menos 98,54%, pelo menos 98,58%, pelo menos 98,61%, pelo menos 98,65%, pelo menos 98,68%, pelo menos 98,72%, pelo menos 98,75%, pelo menos 98,79%, pelo menos 98,82%, pelo menos 98,86%, pelo menos 98,89%, pelo menos 98,93%, pelo menos 98,96%, pelo menos 99,00%, pelo menos 99,03%, pelo menos 99,07%, pelo menos 99,10%, pelo menos 99,14%, pelo menos 99,17%, pelo menos 99,21%, pelo menos 99,24%, pelo menos 99,28%, pelo menos 99,31%, pelo menos 99,35%, pelo menos 99,38%, pelo menos 99,42%, pelo menos 99,45%, pelo menos 99,49%, pelo menos 99,52%, pelo menos 99,56%, pelo menos 99,59%, pelo menos 99,63%, pelo menos 99,66%, pelo menos 99,70%, pelo menos 99,73%, pelo menos 99,77%, pelo menos 99,80%, pelo menos 99,84%, pelo menos 99,87%, pelo menos 99,91%, pelo menos 99,94%, pelo menos 99,98%, ou 100% idêntica) a SEQ ID NO: 9, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 98,49% idêntica (por exemplo, pelo menos 98,55%, pelo menos 98,60%, pelo menos 98,66%, pelo menos 98,72%, pelo menos 98,78%, pelo menos 98,83%, pelo menos 98,89%, pelo menos 98,95%, pelo menos 99,01%, pelo menos 99,06%, pelo menos 99,12%, pelo menos 99,18%, pelo menos 99,24%, pelo menos 99,29%, pelo menos 99,35%, pelo menos 99,41%, pelo menos 99,47%, pelo menos 99,52%, pelo menos 99,58%, pelo menos 99,64%, pelo menos 99,70%, pelo menos 99,75%, pelo menos 99,81%, pelo menos 99,87%, pelo menos 99,93%, pelo menos 99,98%, ou 100% idêntica) a SEQ ID NO: 10.
[0042] O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma, duas, três, quatro, ou todas as cinco sequências supracitadas sozinhas ou em qualquer combinação.
Nesse aspecto, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender qualquer combinação de quaisquer duas das sequências supracitadas, qualquer combinação de quaisquer três das sequências supracitadas, qualquer combinação de qualquer quatro das sequências supracitadas, ou todas as cinco sequências supracitadas.
Por exemplo, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 98,4% idêntica à SEQ ID NO: 6. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 99,01% idêntica à SEQ ID NO: 7 e uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,08% idêntica à SEQ ID NO: 8. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,08% idêntica à SEQ ID NO: 8, uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96,52% idêntica à SEQ ID NO: 9, e uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 98,49% idêntica à SEQ ID NO: 10. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 6, (b) a sequência de ácidos nucleicos SEQ ID NO: 7, (c) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 8, (d) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 9, ou (e) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 10. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 98,4>% idêntica à SEQ ID NO: 6, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 99,01% idêntica à SEQ ID NO: 7, (Cc) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,08% idêntica à SEQ ID NO: 8, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96,52% idêntica à SEQ ID NO: 9,
e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 98,49% idêntica à SEQ ID NO: 10. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 6, (b) a sequência de ácidos nucleicos SEQ ID NO: 7, (c) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 8, (d) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 9, e (e) a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 10.
[0043] Em uma outra modalidade, oO adenovírus Ou vetor adenoviral compreende uma ou mais das seguintes sequências de ácidos nucleicos: (a) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 121 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 6, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 462 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 7, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 234 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 8, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 606 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 9, ou (e) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 188 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 10.
[0044] O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 121 (por exemplo, 125 ou mais, 130 ou mais, 150 ou mais, 200 ou mais, 250 ou mais, ou 300 ou mais) nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 6, mas no máximo 399 (por exemplo, 398 ou menos, 350 ou menos, ou 275 ou menos) nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 6. De preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma sequência de ácidos nucleicos que compreende 121 a 300 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 125, 150, 175, 200, 250, ou 275 nucleotídeos contíguos), 121 a 200 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 130, 140, 145, 160, 165, 170, 180, 185, 190, 195, ou 199 nucleotídeos contíguos), ou 121 a 150 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, ou 149 nucleotídeos contíguos) da SEQ ID NO: 6, Ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores supracitados.
[0045] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 462 (por exemplo, 470 ou mais, 500 ou mais, 600 ou mais, 700 ou mais, 800 ou mais, 900 ou mais ou 1.000 ou more) nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 7, mas no máximo 3168 (por exemplo, 3.100 ou menos, 3.000 ou menos, 2.500 ou menos, 2.000 ou menos, ou 1.500 ou menos nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 7. De preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma sequência de ácidos nucleicos que compreende 462 a 2.000 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 475, 500, 700, 1.000, 1.200, 1.500, ou 1.700 nucleotídeos contíguos), 462 a 1.000 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 490, 525, 575, 600, 650, 675, 725 750, 800, 850, 900, ou 950 nucleotídeos contíguos), ou 462 a 800 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 480, 485, 490 495, 499, 510, 515, 530, 540, 550, 560, 565, 570, 580, 585, 590, 595, 615, 625, 630, 640, 660, 665, 670, 680, 685, 690, 695, 705, 715, 730, 740, 755, 760, 765, 770, 775, 780, 785, 790, 795, ou 799 nucleotídeos contíguos) da SEQ ID NO: 7, ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores supracitados.
[0046] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 234 (por exemplo, 235 ou mais, 250 ou mais, 300 ou mais, 350 ou mais, 400 ou mais, 450 ou mais ou 500 ou mais) nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 8, mas no máximo 1.974 (por exemplo, 1.900 ou menos, 1.800 ou menos, 1.500 ou menos, 1.200 ou menos, 1.000 ou menos, 850 ou menos, 800 ou menos, 750 ou menos, ou 700 ou menos) nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 8. De preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma sequência de ácidos nucleicos que compreende 234 a 1.500 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 290, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1.000, ou 1.200 nucleotídeos contíguos), 234 a 1.000 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 295, 350, 450, 550, 650, 750, 850, ou 950 nucleotídeos contíguos), ou 234 a 500 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 290, 305, 310, 315, 325, 340, 345, 360, 365, 370, 375, 380, 385, 390, 395, 405, 425, 430, 440, 455, 460, 465, 470, 475, 480, 485, 490, 495, ou 499 nucleotídeos contíguos) da SEQ ID NO: 8, ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores supracitados.
[0047] O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 606 (por exemplo, 610 ou mais, 650 ou mais, 700 ou mais, 800 ou mais, ou 1.000 ou mais nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 9, mas no máximo 2865 (2.800 ou menos, 2.500 ou menos, 2.000 ou menos, 1.800 ou menos, ou 1.500 ou menos) nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 9. De preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma sequência de ácidos nucleicos que compreende 606 a 2.000 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 615, 650 700, 800, 900, 1.000, 1.200, 1.500, 1.700, ou 1.900 nucleotídeos contíguos), 606 a 1.000 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 630, 645, 665, 675, 725, 750, 775, 825, 850, 875, 925, 950, ou 975 nucleotídeos contíguos), ou 606 a 800 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 620, 635, 640, 655, 660, 670, 680, 685, 690, 695, 699, 705, 715, 730, 735, 740, 745, 755, 760, 765, 770, 785, 790, 795, ou 799 nucleotídeos contíguos) da SEQ ID NO: 9, ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores supracitados.
[0048] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 188 (por exemplo, 189 ou mais, 200 ou mais, 300 ou mais, 500 ou mais, 700 ou mais, ou 900 ou mais) nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 10, mas no máximo 1.740 (1.700 ou menos, 1.500 ou menos, 1.200 ou menos, ou 1.000 ou menos) nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 10. De preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma sequência de ácidos nucleicos que compreende 188 a 1.500 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 200, 400, 600, 800, 1.000, 1.200, ou 1.400 nucleotídeos contíguos), 188 a 1.000 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 195, 250, 350, 450, 550, 650, 750, 850, ou 950 nucleotídeos contíguos), ou 188 a 500 nucleotídeos contíguos (por exemplo, 190, 225, 230, 240, 255, 260, 265, 270, 275, 315, 325, 330, 340, 355, 360, 365, 370, 375, 380, 385, 390, 395, 415, 425, 430, 440, 455, 460, 465, 470, 475, 480, 485, 490, 495, ou 499 nucleotídeos contíguos) da SEQ ID NO: 10, ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores supracitados.
[0049] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma, duas, três, quatro, ou todas as cinco sequências supracitadas sozinhas ou em qualquer combinação. Nesse aspecto, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender qualquer combinação de quaisquer duas das sequências supracitadas, qualquer combinação de quaisquer três das sequências supracitadas, qualquer combinação de qualquer quatro das sequências supracitadas, ou todas as cinco sequências supracitadas. Por exemplo, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 121 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 6. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 234 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 8, e uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 188 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 10. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 462 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 7, uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 606 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 9, e uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 188 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 10. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 121 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 6, uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 462 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 7, uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 234 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 8, e uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 606 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 9. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 121 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 6, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 462 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 7, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 234 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 8, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 606 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 9, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 188 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 10.
[0050] Em uma outra modalidade, oO adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma ou mais das seguintes sequências de aminoácidos: (a) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 93% idêntica (por exemplo, pelo menos 96,57% ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 11, (b) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80% idêntica (por exemplo, pelo menos 86,67%, pelo menos 93,33%, ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 13, (c) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 92% idêntica (por exemplo, pelo menos 97,56% ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 14, e (d) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 88% idêntica (por exemplo, pelo menos 94,67% ou 100% idênticas) à SEQ ID NO: 15.
[0051] O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma, duas, três, ou todas as quatro sequências de aminoácidos supracitadas sozinhas ou em qualquer combinação. Nesse aspecto, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender qualquer combinação de quaisquer duas das sequências supracitadas, qualquer combinação de quaisquer três das sequências supracitadas, ou todas as quatro das sequências supracitadas. Por exemplo, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 93% idêntica à SEQ ID NO: 11. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 93% idêntica à SEQ ID NO: 11, e uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 13. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 93% idêntica à SEQ ID NO: 11, uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 13, e uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 88% idêntica à SEQ ID NO: 15. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 11, (b) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 13, (c) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 14, ou (d) à sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 15. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 93% idêntica à SEQ ID NO: 11, (b) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 13, (c) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 92% idêntica à SEQ ID NO: 14, e (d) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 88% idêntica à SEQ ID NO: 15. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 11, (b) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 13, (c) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 14, e (d) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 15.
[0052] Em uma outra modalidade, oO adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma ou mais das seguintes sequências de aminoácidos: (a) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99% idêntica (por exemplo, pelo menos 99,75% ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 97,8% idêntica (por exemplo, pelo menos 97,95%, pelo menos 98,10%, pelo menos 98,26%, pelo menos 98,41%, pelo menos 98,56%, pelo menos 98,71%, pelo menos 98,86%, pelo menos 99,02%, pelo menos 99,17%, pelo menos 99,32%, pelo menos 99,47%, pelo menos 99,62%, pelo menos 99,78%, pelo menos 99,93%, ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 18, (c) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,1% idêntica (por exemplo, pelo menos 99,20%, pelo menos 99,31%, pelo menos 99,41%, pelo menos 99,52%, pelo menos 99,62%, pelo menos 99,73%, pelo menos 99,83%, pelo menos 99,94%, ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 19, e (d) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,2% idêntica (por exemplo, pelo menos 99,37%, pelo menos 99,54%, pelo menos 99,72%, pelo menos 99,89%, ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 20.
[0053] O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma, duas, três, ou todas as quatro sequências de aminoácidos supracitadas sozinhas ou em qualquer combinação. Nesse aspecto, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender qualquer combinação de quaisquer duas das sequências supracitadas, qualquer combinação de quaisquer três das sequências supracitadas, ou todas as quatro das sequências supracitadas. Por exemplo, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99% idêntica à SEQ ID NO: l16. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99% idêntica à SEQ ID NO: 16, e uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,1% idêntica à SEQ ID NO: 19. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99% idêntica à SEQ ID NO: 16, uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,1% idêntica à SEQ ID NO: 19, e uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,2% idêntica à SEQ ID NO: 20. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 16, (b) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 18, (c) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 19, ou (d) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 20. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99% idêntica à SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 97,8% idêntica à SEQ ID NO: 18, (c) um aminoácido que é pelo menos 99,1% idêntica à SEQ ID NO: 19, e (d) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,2% idêntica à SEQ ID NO:
20. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 16, (b) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 18, (Cc) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 19, e (d) a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 20.
[0054] Em uma outra modalidade, oO adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma ou mais das seguintes sequências de aminoácidos: (a) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 247 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18, (c) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 230 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 19, e (d) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 231 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 20.
[0055] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 (por exemplo, 90 ou mais, 100 ou mais, ou 110 ou mais) resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16, mas no máximo 133 (por exemplo, 130 ou menos, 125 ou menos, 120 ou menos, ou 115 ou menos) resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16. De preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma sequência de aminoácidos que compreende 89 a 130 resíduos de aminoácido contíguos (por exemplo, 90, 100, 110, 115, 120, ou 125 resíduos de aminoácido contíguos) da SEQ ID NO: l6, 89 a 115 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16 (por exemplo, 95 110, ou 112 resíduos de aminoácido contíguos), ou 89 a 100 resíduos de aminoácido contíguos (por exemplo, 89, 90, 91 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, ou 99 resíduos de aminoácido contíguos) da SEQ ID NO: l6, ou uma intervalo definido por qualquer um dos valores anteriormente mencionados.
[0056] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 247 (por exemplo, 250 ou mais, 275 ou mais, 300 ou mais, ou 400 ou mais) resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18, mas no máximo 658 (por exemplo, 650 ou menos, 550 ou menos, ou 450 ou menos) resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18. De preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma sequência de aminoácidos que compreende 247 a 600 resíduos de aminoácido contíguos (por exemplo, 255, 275, 300, 400, ou 500 resíduos de aminoácido contíguos) da SEQ ID NO: 18, 247 a 500 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18 (por exemplo, 325, 350, 375, 425, 450, ou 475 resíduos de aminoácido contíguos), ou 247 a 400 resíduos de aminoácido contíguos (por exemplo, 265, 280, 285, 290, 295, 360, 365, 380, 385, 390, 395, ou 399 resíduos de aminoácido contíguos) da SEQ ID NO: 18, ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores anteriormente mencionados.
[0057] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 230 (por exemplo, 250 ou mais, 300 ou mais, 350 ou mais, 400 ou mais, ou 500 ou mais) resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 19, mas no máximo 955 (por exemplo, 950 ou menos, 900 ou menos, 800 ou menos, 700 ou menos, ou 600 ou menos) resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 19. De preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma sequência de aminoácidos que compreende 230 a 800 resíduos de aminoácido contíguos (por exemplo, 240, 260, 270, 280, 290, 300, 350, 390, 400, 500, 600, ou 750 resíduos de aminoácido contíguos) da SEQ ID NO: 19, 230 a 600 resíduos de aminoácido contíguos (por exemplo, 255, 265, 275, 285, 295, 305, 325, 335, 345, 355, 365, 375, 385, 395, 425, 445, 450, 465, 475, 525, 545, 550, 565 ou 575 resíduos de aminoácido contíguos) da SEQ ID NO: 19, ou 230 a 500 resíduos de aminoácido contíguos (por exemplo, 235, 245, 299, 320, 330, 340, 360, 370, 385, 389, 395, 399, 415, 435, 440, 460, 470, 480, ou 499 resíduos de aminoácido contíguos) da SEQ ID NO: 19, ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores anteriormente mencionados.
[0058] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 231 (por exemplo, 250 ou mais, 300 ou mais, ou 350 ou mais) resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 20, mas no máximo 580 (por exemplo, 575 ou menos, 550 ou menos, 500 ou menos, 450 ou menos, ou 400 ou menos) resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 20. De preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma sequência de aminoácidos que compreende 231 a 500 resíduos de aminoácido contíguos (por exemplo, 245, 255, 275, 300, 350, 375, ou 400 resíduos de aminoácido contíguos) da SEQ ID NO: 20, 231 a 400 resíduos de aminoácido contíguos (por exemplo, 235, 265, 280, 285, 295, 305, 315, 325, 335, 345, 355, 365, 375, 385, 395, ou 399 resíduos de aminoácido contíguos) da SEQ ID NO: 20, ou 231 a 300 resíduos de aminoácido contíguos (por exemplo, 240, 250, 260, 270, ou 299 resíduos de aminoácido contíguos) da SEQ ID NO: 20, ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores anteriormente mencionados.
[0059] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma, duas, três, ou todas as quatro sequências de aminoácidos supracitadas sozinhas ou em qualquer combinação. Nesse aspecto, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender qualquer combinação de quaisquer duas das sequências supracitadas, qualquer combinação de quaisquer três das sequências supracitadas, ou todas as quatro das sequências supracitadas. Por exemplo, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16, e uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 230 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 19. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: l6, uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 247 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18, e uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 230 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 19. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: l6, uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 247 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18, e uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 231 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 20. O adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender (a) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 247 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18, (c) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 230 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 19, e (d) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 231 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 20.
[0060] Em outras modalidades, o adenovírus ou vetor adenoviral compreende uma ou mais sequências de ácidos nucleicos que codificam uma ou mais de qualquer uma das sequências de aminoácidos supracitadas, por exemplo, as sequências de aminoácidos de qualquer uma das SFEQ ID NOs: 11-20 ou qualquer uma das variantes e/ou porções das mesmas, conforme descrito aqui. Por exemplo, o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,5% idêntica (por exemplo, pelo menos 99,59%, pelo menos 99,69%, pelo menos 99,78%, pelo menos 99,88%, pelo menos 99,97%, ou 100% idêntica) à SEQ ID NO: 17, ou uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 95% idêntica (por exemplo, pelo menos 97,94% ou 100% idêntica) à SEQ ID NO:
12.
[0061] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender a sequência de ácidos nucleicos de, por exemplo, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, ou SEQ ID NO: 28.
[0062] Conforme discutido neste documento, o adenovírus ou vetor adenoviral pode ser competente para replicação, condicionalmente replicante, ou deficiente em replicação. De preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral é deficiente em replicação, de modo que o adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação exige complementação de ao menos uma função gênica essencial para a replicação de uma ou mais regiões do genoma adenoviral para propagação (por exemplo, para formar partículas do vetor adenoviral).
[0063] O adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação pode ser modificado de qualquer forma adequada para causar deficiências na uma ou mais funções de gene essencial para a replicação em uma ou mais regiões do genoma adenoviral para propagação. A complementação das deficiências na uma ou mais funções do gene essencial para replicação gene de uma ou mais regiões do genoma adenoviral se refere ao uso de meios exógenos para fornecer as funções do gene essencial deficiente em replicação. Tal complementação pode ser feita de qualquer forma adequada, por exemplo, pelo uso de células complementares e/ou DNA exógeno (por exemplo, adenovírus auxiliar) que codificam as funções de gene essencial para replicação interrompidas.
[0064] O adenovírus ou vetor adenoviral pode ser deficiente em uma ou mais funções de gene essencial para replicação apenas das regiões precoces (isto é, regiões El- E4) do genoma adenoviral, apenas das regiões tardias (isto é, regiões L1I-L5) do genoma adenoviral, tanto das regiões precoces quanto tardia do genoma adenoviral, ou todos os genes adenovirais (isto é, um adenovetor de alta capacidade (HC-Ad). Consulte Morsy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95: 9965-976 (1998); Chen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94: 1645-1650 (1997); e Kochanek et al., Hum. Gene Then, 10: 2451-2459 (1999). Exemplos de vetores adenovirais deficientes em replicação são revelados nas patentes US
5.837.511; 5.851.806; 5.994.106; 6.127.175; 6.482.616; Ee
7.195.896, e nas publicação de pedido de patente internacional WO 1994/028152, WO 1995/002697, WO 1995/016772, no 1995/034671, no 1996/022378, no 1997/012986, WO 1997/021826, e WO 2003/022311.
[0065] As regiões precoces do genoma adenoviral incluem as regiões El, E2, E3 e E4. A região El compreende as sub-regiões ElA e EIB, e uma ou mais deficiências em funções de gene essencial para replicação na região El podem incluir uma ou mais deficiências em funções de gene essencial para replicação na sub-região E1lA e/ou E1B, exigindo assim a complementação da sub-região ElA e/ou da sub-região ElB do genoma adenoviral para o adenovírus ou vetor adenoviral se propagarem (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral). A região E2 compreende as sub-regiões E2A e E2B, e uma ou mais deficiências em funções de gene essencial para replicação na região E2 podem incluir uma ou mais deficiências em funções de gene essencial para replicação na sub-região E2A e/ou E2B, exigindo assim a complementação da sub-região E2A e/ou da sub-região E2B do genoma adenoviral para o adenovírus ou vetor adenoviral se propagarem (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral).
[0066] A região E3 não inclui nenhuma função de gene essencial para replicação, de modo que uma deleção parcial ou total da região E3 não exige complementação de nenhuma função gênica na região E3 para o adenovírus ou vetor adenoviral se propagar (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral). No contexto da invenção, a região E3 é definida como a região que inicia com o quadro de leitura aberto que codifica uma proteína com alta homologia à proteína de 12,5K da região E3 do adenovírus humano 5 (sequência de referência NCBI APOOO0218) e termina com o quadro de leitura aberto que codifica uma proteína com alta homologia à proteína de 14,7K da região E3 do adenovírus 5 humano (sequência de referência NCBI AP 000224.1). A região E3 pode ser deletada total ou parcialmente, ou pode ser retida total ou parcialmente. O tamanho da deleção pode ser ajustado de modo a reter um adenovírus ou vetor adenoviral cujo genoma se assemelha muito com o tamanho de empacotamento ótimo do genoma. Uma deleção maior irá acomodar a inserção de sequências de ácido nucleico heterólogas maiores no adenovírus ou genoma adenoviral. Em uma modalidade da invenção, a sequências de sinal de poliadenilação L4, que residem na região E3, são retidas.
[0067] A região E4 compreende múltiplos quadros abertos de leitura (ORFs). Um adenovírus ou vetor adenoviral com uma deleção de todos os quadros abertos de leitura da região E4 exceto ORF6, e em alguns casos, ORF3, não exigem complementação de nenhuma função na região E4 para o adenovírus ou vetor adenoviral se propagar (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral). De modo contrário, um adenovírus ou vetor adenoviral com uma interrupção ou deleção do ORF6, e em alguns casos, ORF3, da região E4 (por exemplo, com uma deficiência em uma função de gene essencial para replicação com base no ORF6 e/ou ORF3 da região E4), com ou sem uma interrupção ou deleção de quaisquer outros quadros abertos de leitura da região E4 ou do promotor E4 nativo, sequência de poliadenilação, e/ou a repetição terminal invertida do lado direito (ITR), exige complementação da região E4 (especificamente, de ORF6 e/ou ORF3 da região E4) para o adenovírus ou vetor adenoviral se propagar (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral). As regiões tardias do genoma adenoviral incluem as regiões Ll, L2, L3, L4 e L5 regiões. O adenovírus ou vetor adenoviral também pode ter uma mutação no promotor tardio principal (MLP), conforme discutido na publicação do pedido de patente internacional WO 2000/000628, o que pode tornar o adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação, se for desejado.
[0068] A uma ou mais regiões do genoma adenoviral que contêm uma ou mais deficiências em funções de gene essencial para replicação são desejavelmente uma ou mais regiões precoce do genoma adenoviral, isto é, as regiões El, E2, e/ou E4, opcionalmente com a deleção em parte ou no todo da região E3.
[0069] O adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação também pode ter uma ou mais mutações em comparação com os adenovírus selvagens (por exemplo, uma ou mais deleções, inserções, e/ou substituições) no genoma adenoviral que não inibem a replicação viral nas células hospedeiras.
[0070] Desta forma, em adição a uma ou mais deficiências em funções de gene essencial para replicação, o adenovírus ou vetor adenoviral pode ser deficiente em outros aspectos que não são essenciais para a replicação. Por exemplo, o adenovírus ou vetor adenoviral pode ter uma deleção parcial ou total da região adenoviral precoce conhecida como a região E3, que não é essencial para a propagação do adenovírus ou genoma adenoviral.
[0071] Em uma modalidade, oO adenovírus ou vetor adenoviral é deficiente em replicação e exige, no máximo, complementação da região El ou da região E4 do genoma adenoviral, para propagação (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral). Desta forma, o adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação exige complementação de ao menos uma função de gene essencial para replicação da sub-região E1lA e/ou da região E1B do genoma adenoviral (designado um vetor adenoviral deficiente em El) ou da região E4 do genoma adenoviral (designado um vetor adenoviral deficiente em E4) para propagação (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral). O adenovírus ou vetor adenoviral pode ser deficiente em pelo menos um função de gene essencial para replicação (desejavelmente todas as funções de gene essencial para replicação) da região El do genoma adenoviral e pelo menos uma função de gene da região E3 não essencial do genoma adenoviral (designado um vetor adenoviral deficiente em E1/E3). O adenovírus ou vetor adenoviral pode ser deficiente em pelo menos um função de gene essencial para replicação (desejavelmente todas as funções de gene essencial para replicação) da região E4 do genoma adenoviral e pelo menos uma função de gene da região E3 não essencial do genoma adenoviral (designado um vetor adenoviral deficiente em E3/E4).
[0072] Em uma modalidade, oO adenovírus ou vetor adenoviral é deficiente em replicação e exige, no máximo, complementação da região E2, de preferência, da sub-região E2A, do genoma adenoviral, para propagação (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral). Desta forma, o adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação exige complementação de ao menos uma função de gene essencial para replicação da sub-região E2A do genoma adenoviral (designado um vetor adenoviral deficiente em
E2A) para propagação (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral). O adenovírus ou vetor adenoviral pode ser deficiente em pelo menos uma função de gene essencial para replicação (desejavelmente todas as funções de gene essencial para replicação) da região E2A do genoma adenoviral e pelo menos uma função de gene da região E3 não essencial do genoma adenoviral (designado um vetor adenoviral deficiente em E2A/E3).
[0073] Em uma modalidade, oO adenovírus ou vetor adenoviral é deficiente em replicação e exige, no máximo, complementação das regiões El ou E4 do genoma adenoviral para propagação (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral). Desta forma, o adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação exige complementação de ao menos uma função de gene essencial para replicação de ambas as regiões El e E4 do genoma adenoviral (designado um vetor adenoviral deficiente em E1l/E4) para propagação (por exemplo, para formar partículas de vetor adenoviral). O adenovírus ou vetor adenoviral pode ser deficiente em pelo menos uma função de gene essencial para replicação (desejavelmente todas as funções de gene essencial para replicação) da região El do genoma adenoviral, pelo menos uma função de gene essencial para replicação da região E4 do genoma adenoviral (designado um vetor adenoviral deficiente em E1l/E3/E4). O adenovírus ou vetor adenoviral exige, de preferência, no máximo complementação da região El do genoma adenoviral para propagação e não exige complementação de nenhuma outra deficiência do genoma adenoviral para propagação. Com mais preferência, o adenovírus ou vetor adenoviral exige, no máximo,
complementação das regiões El e E4 do genoma adenoviral para propagação, e não exigem complementação de nenhuma outra deficiência do genoma adenoviral para propagação.
[0074] O adenovírus ou vetor adenoviral, quando deficiente em múltiplas funções de gene essencial para replicação do genoma adenoviral (por exemplo, um vetor adenoviral deficiente em El/E4) pode incluir uma sequência espaçadora para fornecer crescimento viral em uma linhagem celular complementar similar àquela alcançada pelos adenovírus ou vetores adenovirais deficientes em uma única função de gene essencial para replicação (por exemplo, um vetor adenoviral deficiente em El). A sequência espaçadora pode conter qualquer sequência ou sequências de nucleotídeos que têm um comprimento desejado, como sequências de ao menos cerca de 15 pares de base (por exemplo, entre cerca de 15 nucleotídeos e cerca de 12.000 nucleotídeos), de preferência, cerca de 100 nucleotídeos a cerca de 10.000 nucleotídeos, com mais preferência, cerca de 500 nucleotídeos a cerca de 8.000 nucleotídeos, com mais preferência ainda cerca de 1.500 nucleotídeos a cerca de
6.000 nucleotídeos e, com a máxima preferência, cerca de
2.000 a cerca de 3.000 nucleotídeos de comprimento, ou um intervalo definido por quaisquer dois dos valores anteriormente mencionados. A sequência espaçadora pode ser codificante ou não-codificante e nativa ou não-nativa com relação ao genoma adenoviral, mas não restaura a função essencial de replicação à região deficiente. O espaçador pode também conter um cassete de expressão. Com mais preferência, o espaçador compreende uma sequência de poliadenilação e/ou um gene que é não-nativa com relação ao adenovírus ou vetor adenoviral. O uso de um espaçador em um vetor adenoviral é adicionalmente descrito, por exemplo, na patente US 5.851.806 e na publicação de pedido de patente internacional WO 1997/021826.
[0075] Pela remoção da totalidade ou parte do genoma adenoviral, por exemplo, as regiões El, E3, e E4 do genoma adenoviral, o adenovírus ou vetor adenoviral resultante é capaz de aceitar insertos de sequências de ácidos nucleicos exógenas enquanto retém a capacidade de ser empacotado em capsídeos adenovirais. Uma sequência de ácidos nucleicos exógena pode ser inserida em qualquer posição no genoma adenoviral contanto que uma inserção na posição permita a formação do adenovírus ou da partícula do vetor adenoviral. A sequência de ácidos nucleicos exógena é, de preferência, posicionada na região El, na região E3 ou na região E4 do genoma adenoviral.
[0076] O adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação da invenção pode ser produzido em linhagens celulares complementares que fornecem funções gênicas não presentes no adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação, mas necessárias para propagação viral, em teores adequados de modo a gerar altos títulos de estoque de vetor viral. Tais linhagens celulares complementares são conhecidas e incluem, mas não se limitam a, 293 células (descritas, por exemplo, em Graham et al., J. Gen. Virol, 36: 59-72 (1977)), células PER.C6 (descritas, por exemplo, na publicação do pedido de patente internacional WO 1997/000326, e nas patentes US 5.994.128 e 6.033.908), e células 293-ORF6 (descritas, por exemplo, na publicação de pedido de patente internacional WO 95/34671l e Brough et al., J.
Virol, 71: 9206-9213 (1997)). Outras linhagens celulares complementares adequadas para produzir o adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação da invenção incluem células complementares que foram geradas para propagar vetores adenovirais que codificam transgenes cuja expressão inibe o crescimento viral nas células hospedeiras (consulte, por exemplo, a publicação de pedido de patente US nº 2008/0233650). Células complementares adequadas adicionais são descritas, por exemplo, nas patentes US 6.677.156 e 6.682.929, e na publicação do pedido de patente internacional WO 2003/020879. Em alguns casos, o genoma celular não precisa compreender sequências de ácidos nucleicos, os produtos gênicos dos quais complementam todas as deficiências de um vetor adenoviral deficiente em replicação.
Uma ou mais funções de gene essencial para replicação ausentes em um vetor adenoviral deficiente em replicação podem ser fornecidas por um vírus auxiliar, por exemplo, um vetor adenoviral que fornece em trans uma ou mais funções gênicas essenciais necessárias para replicação do adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação.
Alternativamente, o adenovírus ou vetor adenoviral da invenção pode compreender um gene não- nativo essencial para replicação que complementa a uma ou mais funções de gene essencial para replicação que estão ausentes no adenovírus ou vetor adenoviral deficiente em replicação da invenção.
Por exemplo, um vetor adenoviral deficiente em El/E4 pode ser manipulado para conter uma sequência de ácidos nucleicos que codifica um ORF 6 de FE4 que é obtido ou derivado de um adenovírus diferente (por exemplo, um adenovírus de um sorotipo diferente do que o adenovírus ou vetor adenoviral, da invenção ou um adenovírus de uma espécie diferente do que o adenovírus ou vetor adenoviral da invenção).
[0077] o adenovírus ou vetor adenoviral pode compreender adicionalmente um transgene. o termo "transgene" é definido na presente invenção como uma sequência de ácidos nucleicos não-nativa que é ligada operacionalmente a elementos reguladores adequados (por exemplo, um promotor), de modo que a sequência de ácidos nucleicos não-nativa possa ser expressa para produzir uma proteína (por exemplo, peptídeo ou Ppolipeptídeo). Os elementos reguladores (por exemplo, promotor) podem ser nativos ou não-nativos ao adenovírus ou vetor adenoviral.
[0078] Uma sequência de ácidos nucleicos '"não- nativa" é qualquer sequência de ácidos nucleicos (por exemplo, sequência de DNA, RNA, ou cDNA) que não é uma sequência de ácidos nucleicos de ocorrência natural de um adenovírus em uma posição de ocorrência natural. Desta forma, a sequência de ácidos nucleicos não-nativa pode ser naturalmente encontrada em um adenovírus, mas está localizada em uma posição não-nativa dentro do genoma adenoviral e/ou é ligada operacionalmente a um promotor não-nativo. Os termos "sequência de ácidos nucleicos não- nativa," "sequência de ácidos nucleicos heteróloga," e "sequência de ácidos nucleicos exógena" são sinônimos e podem ser usados de forma intercambiável no contexto da invenção. A sequência de ácidos nucleicos não-nativa é, de preferência, DNA e de preferência, codifica uma proteína (isto é, uma ou mais sequências de ácidos nucleicos que codificam uma ou mais proteínas).
[0079] A sequência de ácidos nucleicos não-nativa pode codificar uma proteína terapêutica que pode ser usada para tratar profilaticamente ou terapeuticamente um mamífero para uma doença. Exemplos de proteínas terapêuticas adequadas incluem citocinas, toxinas, proteínas supressoras tumorais, fatores de crescimento, hormônios, receptores, mitogênios, imunoglobulinas, neuropeptídeos, neurotransmissores, e enzimas. Alternativamente, a sequência de ácidos nucleicos não- nativa pode codificar um antígeno de um patógeno (por exemplo, uma bactéria ou um vírus), e o adenovírus ou vetor adenoviral pode ser usado como uma vacina.
[0080] A invenção apresenta uma composição que compreende o adenovírus ou vetor adenoviral aqui descrito e um transportador para ele (por exemplo, um veículo farmaceuticamente aceitável). A composição é desejavelmente, uma composição fisiologicamente aceitável (por exemplo, farmaceuticamente aceitável), que compreende um veículo, de preferência, um veículo fisiologicamente (por exemplo, farmaceuticamente) aceitável e o adenovírus ou vetor adenoviral. Qualquer veículo adequado pode ser usado dentro do contexto da invenção, e tais veículos são bem conhecidos na técnica. A escolha do veículo será determinado, em parte, pelo uso específico da composição (por exemplo, administração a um animal) e o método específico usado para administrar a composição. Idealmente, no contexto de vetores adenovirais deficientes em replicação, a composição farmacêutica é, de preferência, isenta de adenovírus competentes em replicação. A composição farmacêutica pode ser, opcionalmente, estéril.
[0081] As composições adequadas incluem soluções estéreis isotônicas aquosas e não aquosas, que podem conter antioxidantes, tampões, e bacteriostáticos, e suspensões estéreis aquosas e não aquosas que podem incluir agentes de suspensão, solubilizantes, agentes espessantes, estabilizantes, e conservantes.
A composição pode ser apresentada em recipientes selados de dose unitária Ou múltiplas doses, como ampolas e frascos, e pode ser armazenada sob uma condição seca por congelamento (liofilizada) que exige apenas a adição do veículo líquido estéril, por exemplo, água, imediatamente antes do uso.
Soluções e suspensões extemporâneas podem ser preparadas a partir de pós estéreis, grânulos, e comprimidos.
De preferência, o veículo é uma solução salina tamponada.
Com mais preferência, oO adenovírus ou vetor adenoviral faz parte de uma composição formulada para proteger O adenovírus ou vetor adenoviral de lesão antes da administração.
Por exemplo, a composição pode ser formulada para reduzir a perda do adenovírus ou vetor adenoviral em dispositivos usados para preparar, armazenar, ou administrar o adenovírus ou vetor adenoviral, como copos seringas, ou agulhas.
A composição pode ser formulada para reduzir sensibilidade à luz e/ou a sensibilidade à temperatura do adenovírus ou vetor adenoviral.
Para esta finalidade, a composição compreende, de preferência, um veículo líquido farmaceuticamente aceitável, como, por exemplo, aqueles descritos acima, e um agente estabilizante selecionado do grupo que consiste em polissorbato 80, L- arginina, polivinilpirrolidona, trealose, e combinações dos mesmos.
O uso de tal composição estenderá a vida útil do adenovírus ou vetor adenoviral, e facilitará sua administração. As formulações para composições contendo adenovírus ou vetor adenoviral são adicionalmente descritas em, por exemplo, patente US 6.225.289, patente US
6.514.943, e na publicação do pedido de patente internacional WO 2000/034444.
[0082] A composição pode, também, ser formulada para melhorar a eficiência da transdução. Além disso, um versado na técnica apreciará que oO adenovírus ou vetor adenoviral pode estar presente em uma composição com outros agentes terapêuticos ou biologicamente ativos. Por exemplo, fatores que controlam a inflamação, como ibuprofeno ou esteroides, podem fazer parte da composição para reduzir inchamento e inflamação associados com a administração in vivo do adenovírus ou vetor adenoviral. Se o adenovírus ou vetor adenoviral for usado para fornecer uma sequência de ácidos nucleicos que codifica antígeno a um hospedeiro, estimulantes ou adjuvantes do sistema imune, por exemplo interleucinas, lipopolissacarídeo, ou RNA dupla fita, podem ser administrados para melhorar ou modificar qualquer resposta imune ao antígeno. Antibióticos, isto é, microbicidas e fungicidas, podem estar presentes para tratar infecção existente e/ou reduzir o risco de futura infecção, como infecção associada com procedimentos de transferência de genes.
[0083] Os exemplos a seguir ilustram adicionalmente a invenção e, logicamente, não devem ser considerados como limitadores do seu escopo.
Exemplo 1
[0084] Este exemplo demonstra a imunogenicidade de um vetor adenoviral que codifica uma proteína F de vírus sincicial respiratório (RSV) em ratos algodão.
[0085] Um adenovírus de gorila que tem a sequência de ácidos nucleicos da SEQ ID NO: 22 foi modificado por engenharia genética para (1) ser tornado deficiente em replicação mediante a deleção da região El e (2) expressar a glicoproteína de fusão (EF) do vírus sincicial respiratório humano (RSV). Pelo fato de o RSV replicar no citoplasma das células, o gene que codifica a proteína F foi modificado para expressão em um núcleo celular pela remoção de sinais de processamento de RNA (por exemplo, sítios de splicing de RNA) e foi códon-otimizado para expressão em uma célula de mamífero. A expressão da proteína F a partir do vetor adenoviral foi verificada por infecção de células HEK-293 in vitro, e por um ensaio de Western blot usando extratos de proteína das células infectadas e um anticorpo policlonal anti-RSV disponível para comercialização (Pab7133P, Maine Biotechnology, Portland, Maine).
[0086] Ratos algodão (Sigmodon “hispidus) foram injetados no músculo tibial com uma única administração de 10' unidades de partícula (pu) do vetor adenoviral com El deletado, expressando a glicoproteína F de RSV. Os animais foram então estimulados 28 dias mais tarde com RSV humano vivo (10º unidades formadoras de partícula (pfu) administradas intranasalmente). 5 dias após o estímulo, a carga viral do RSV nos pulmões dos animais foi medida. Os animais que foram imunizados com o vetor adenoviral expressando a proteína F não têm RSV detectável nos pulmões (limite de detecção 70 pfu/grama de tecido pulmonar).
[0087] Os resulta deste exemplo demonstram que o vetor adenoviral da invenção que codifica uma proteína F de RSV é imunogênica in vivo e pode conferir proteção completa contra infecção por RSV em ratos algodão.
[0088] Todas as referências, incluindo publicações, pedidos de patente, e patentes citadas no presente pedido estão aqui incorporadas por referência da mesma forma que estariam se cada referência fosse individualmente e especificamente indicada como estando incorporada por referência e fosse descrita aqui na sua íntegra.
[0089] O uso dos termos "um" e "uma" e "o" e "a" e referências similares no contexto da descrição da invenção (especialmente no contexto das reivindicações a seguir) devem ser considerados para abranger tanto o singular como o plural, exceto onde indicado em contrário aqui Ou claramente dito de outra forma pelo contexto. Os termos "compreendendo", "tendo", "incluindo" e "contendo" devem ser compreendidos como termos não limitados (isto é, significando "incluindo, mas não se limitando a,") exceto onde especificado em contrário. A menção a intervalos de valores é meramente destinada a servir como um método abreviado para se referir individualmente a cada valor separado que se enquadra no intervalo, exceto onde indicado em contrário no presente documento, e cada valor separado está incorporado no relatório descritivo como se fosse individualmente referido aqui. Todos os métodos aqui descritos podem ser feitos em qualquer ordem adequada exceto onde indicado em contrário ou claramente dito em contrário pelo contexto. O uso de todo e qualquer exemplo ou linguagem exemplificadora (por exemplo, "tal como") na presente invenção, se destina meramente a melhor esclarecer a invenção e não impõe uma limitação ao escopo da invenção, a menos que seja reivindicado de outro modo. Nenhuma linguagem no relatório descritivo deve ser considerada como indicadora de qualquer elemento não-pleiteado como essencial à prática da invenção.
[0090] As modalidades preferenciais desta invenção são descritas aqui, incluindo o melhor modo conhecido aos inventores para executar a invenção. Variações destas modalidades preferenciais podem se tornar aparentes para os versados na técnica pela leitura da descrição anteriormente mencionada. Os inventores esperam que os versados na técnica empreguem estas variações conforme for adequado, e os inventores esperam que à invenção seja praticada de modo diferente ao especificamente descrito aqui. Consequentemente, esta invenção inclui todas as modificações e equivalentes da matéria referida nas reivindicações em anexo, conforme permitido pela lei aplicável. Além disso, qualquer combinação dos elementos descritos acima em todas as suas possíveis variações está abrangida pela invenção exceto onde indicado em contrário ou claramente dito em contrário pelo contexto.

Claims (17)

REIVINDICAÇÕES
1. Adenovírus ou vetor adenoviral caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em: (a) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97% idêntica à SEQ ID NO: 1, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 1, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,5% idêntica à SEQ ID NO: 2, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 2, (Cc) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 3, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 3, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96% idêntica à SEQ ID NO: 4, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 4, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96% idêntica à SEQ ID NO: 5, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 5.
2. Adenovírus ou vetor adenoviral caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em: (a) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 98,4% idêntica à SEQ ID NO: 6, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 6, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 99,01% idêntica à SEQ ID NO: 7, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 7, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 97,08% idêntica à SEQ ID NO: 8, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 8, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 96,52% idêntica à SEQ ID NO: 9, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 9, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que é pelo menos 98,49% idêntica à SEQ ID NO: 10, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 10.
3. Adenovírus ou vetor adenoviral caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em: (a) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 121 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 6, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 6, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 462 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 7, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 7, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 234 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 8, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 8, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 606 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 9, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 9, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que compreende pelo menos 188 nucleotídeos contíguos da SEQ ID NO: 10, preferencialmente a sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 10.
4 Adenovírus ou vetor adenoviral caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais das sequências de aminoácidos selecionadas do grupo que consiste em: (a) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 93% idêntica à SEQ ID NO: 11, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 11, (b) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 13, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 13, (c) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 92% idêntica à SEQ ID NO: 14, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 14, e (d) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 88% idêntica à SEQ ID NO: 15, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 15.
5. Adenovírus ou vetor adenoviral caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em: (a) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 93% idêntica à SEQ ID NO: 11, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 11, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 95% idêntica à SEQ ID NO: 12, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 12, (Cc) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 80% idêntica à SEQ ID NO: 13, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 13,
(d) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 92% idêntica à SEQ ID NO: 14, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 14, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 88% idêntica à SEQ ID NO: 15, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 15.
6. Adenovírus ou vetor adenoviral caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais das sequências de aminoácidos selecionadas do grupo que consiste em: (a) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99% idêntica à SEQ ID NO: 16, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 97,8% idêntica à SEQ ID NO: 18, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 18, (Cc) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,1% idêntica à SEQ ID NO: 19, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 19, e (d) uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,2% idêntica à SEQ ID NO: 20, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 20.
7. Adenovírus ou vetor adenoviral caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em: (a) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99% idêntica à SEQ ID NO: 16, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 16,
(b) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,5% idêntica à SEQ ID NO: 17, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 17, (Cc) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 97,8% idêntica à SEQ ID NO: 18, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos de SEQ ID NO: 18, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,1% idêntica à SEQ ID NO: 19, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 19, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que é pelo menos 99,2% idêntica à SEQ ID NO: 20, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 20.
8. Adenovírus ou vetor adenoviral caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais das sequências de aminoácidos selecionadas do grupo que consiste em: (a) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 247 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 18, (c) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 230 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 19, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID
NO: 19, e (d) uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 231 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 20, preferencialmente a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 20.
9. Adenovírus ou vetor adenoviral caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais das sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em: (a) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 89 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 16, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 16, (b) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 286 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 17, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 17, (c) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 247 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 18, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 18, (d) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 230 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 19, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 19, e (e) uma sequência de ácidos nucleicos que codifica uma sequência de aminoácidos que compreende pelo menos 231 resíduos de aminoácido contíguos da SEQ ID NO: 20, preferencialmente que codifica a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 20.
10. Adenovírus ou vetor adenoviral, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9, caracterizado pelo fato de que o adenovírus ou vetor adenoviral exige complementação de uma deficiência em uma ou mais regiões precoces do genoma adenoviral para propagação e não exige complementação de nenhuma outra deficiência do genoma adenoviral para propagação.
11. Adenovírus ou vetor adenoviral, de acordo com a reivindicação 10, caracterizado pelo fato de que à uma ou mais regiões precoces são selecionadas do grupo que consiste na região El, região E2, e região E4 do genoma do adenovírus.
12. Adenovírus ou vetor adenoviral, de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que o adenovírus ou vetor adenoviral exige complementação de uma deficiência na região El do genoma adenoviral para propagação e não exige complementação de nenhuma outra deficiência do genoma adenoviral para propagação.
13. Adenovírus ou vetor adenoviral, de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que o adenovírus ou vetor adenoviral exige complementação de uma deficiência na região EIA ou na região ElB do genoma adenoviral para propagação e não exige complementação de nenhuma outra deficiência do genoma adenoviral para propagação.
14. Adenovírus ou vetor adenoviral, de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que o adenovírus ou vetor adenoviral exige no máximo complementação de uma deficiência na região E4 do genoma adenoviral para propagação e não exige complementação de nenhuma outra deficiência do genoma adenoviral para propagação.
15. Adenovírus ou vetor adenoviral, de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que o adenovírus ou vetor adenoviral exige complementação de uma deficiência na região El do genoma adenoviral e uma deficiência na região E4 do genoma adenoviral para propagação e não exige complementação de nenhuma outra deficiência do genoma adenoviral para propagação.
16. Adenovírus ou vetor adenoviral, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 15, caracterizado pelo fato de que compreendende ainda um transgene.
17. Composição, caracterizada pelo fato de que compreende o adenovírus ou vetor adenoviral como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 16 e um veículo farmaceuticamente aceitável.
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