WO2023191072A1

WO2023191072A1 - キサントモナス属細菌溶菌性バクテリオファージ

Info

Publication number: WO2023191072A1
Application number: PCT/JP2023/013611
Authority: WO
Inventors: 慎一吉田; 暢彦道順; 光昭北野; 英知岩野; 仁工藤
Original assignee: 株式会社カネカ; 学校法人酪農学園; 三井物産株式会社
Priority date: 2022-03-31
Filing date: 2023-03-31
Publication date: 2023-10-05
Also published as: WO2023191071A1; WO2023191074A1; WO2023191073A1

Abstract

キサントモナス属細菌を原因とする植物病害を防除するため、同属細菌特異的に溶菌活性を示す新規バクテリオファージを単離し、それを有効成分とする植物病害防除組成物を開発し、提供する。　新規なゲノムDNA配列を有する、キサントモナス属細菌特異的に溶菌活性を示すバクテリオファージからなる溶菌剤、及びそれを有効成分とする植物病害防除組成物を提供する。

Description

キサントモナス属細菌溶菌性バクテリオファージ

　本発明はバクテリオファージからなる溶菌剤、それを含む植物病害防除組成物、及び植物病害防除方法に関する。

　バクテリオファージ（本明細書では、しばしば単に「ファージ」と略記する）は細菌にのみ感染するウイルスの総称である。溶菌ファージとも呼ばれる多くのファージは、宿主である標的細菌に特異的に吸着した後、自身のDNAを注入し、細菌の翻訳機構を利用して自己増幅する。さらに、その細菌を溶菌することによって増幅したファージを拡散させ、新たな標的細菌への感染を繰り返す（非特許文献１）。

　キサントモナス属細菌の多くは、様々な農作物をはじめとする植物病害の原因菌として知られ、一般的な慣行防除として銅剤や抗生物質が使用されてきた。しかし、薬効や薬害、さらに菌叢バランスの破綻の要因となり得る等の問題が多いため、近年では、新たな防除法としてファージを応用した方法が注目されている（非特許文献２）。

　キサントモナス属細菌に溶菌性を示すファージには、例えば、特許文献１～３、及び非特許文献２に記載の報告例がある。しかしファージの宿主範囲は極めて狭いため、新たなファージの探索や、より溶菌活性の高いファージの発掘は依然として重要である。

特開２０１６－３２４３５号公報特開２０２１－１０２６３５号公報国際公開２０１７／１１３０２９号

Sharma S. et al., Folia Microbiol., 2017, 62:17-55 Nakayinga R. et al., BMC Microbiology, 2021, 21:291

　上記課題を解決するために、本発明者らはバクテリオファージに着目した。従来の銅剤や抗生物質と異なり、ウイルスであるファージは、天然物であるため、これまでに薬害の顕在化は報告されていない。また、宿主に対する特異性が非常に高いため、特定の属や種の細菌のみが標的となり、菌叢バランスへの影響が極めて限定的である。また、ヒトをはじめとする動物のみならず、植物に対しても無害であり、安全性が高い。

　そこで、キサントモナス属細菌を原因とする植物病害による農作物への被害を抑えるべく、キサントモナス属細菌に対する溶菌活性を示す新規ファージを単離する。さらに、当該ファージを有効成分とする組成物を提供し、またそれを用いて病害防除や病原細菌検出等に適用することを課題とする。

　本発明者らは、キサントモナス属細菌を培養した軟寒天培地上に形成される溶菌プラークを検出する手法を用いて、天然の汚水・土壌から新規ファージを単離し、種々のキサントモナス属細菌に対するそのファージの溶菌活性を評価し、またそのゲノム配列を解析した。その結果、新規なゲノムDNA配列を有するファージであることが明らかとなった。本発明は、上記研究開発結果に基づき完成に至ったものであり、具体的には、以下を提供する。

（１－１）以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一に示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号１で示すアミノ酸配列；（ｂ）配列番号１で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列；（ｃ）配列番号１で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
（１－２）配列番号１で示すアミノ酸配列が、配列番号２～４のいずれか一で示すアミノ酸配列である、（１－１）に記載の溶菌剤。
（１－３）前記遺伝子が以下の（ｄ）～（ｆ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（１－１）又は（１－２）に記載の溶菌剤：（ｄ）配列番号５～７のいずれか一で示す塩基配列；（ｅ）配列番号５～７のいずれか一で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｆ）配列番号５～７のいずれか一で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（１－４）前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（ｇ）～（ｋ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（１－１）～（１－３）のいずれかに記載の溶菌剤：（ｇ）配列番号８～１０のいずれか一で示す塩基配列；（ｈ）配列番号８～１０のいずれか一で示す塩基配列において前記（１－１）～（１－３）のいずれかに記載の遺伝子塩基配列以外の塩基配列に１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｉ）配列番号８～１０のいずれか一で示す塩基配列において前記（１－１）～（１－３）のいずれかに記載の遺伝子塩基配列以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列；（ｊ）配列番号８～１０のいずれか一で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｋ）配列番号８～１０のいずれか一で示す塩基配列において90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（１－５）キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、（１－１）～（１－４）のいずれかに記載の溶菌剤。
（１－６）前記キサントモナス属細菌が、キサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）、キサントモナス　カンペストリス（Xanthomonas campestris）、キサントモナス　シトリ（Xanthomonas citri）、キサントモナス　オリザエ（Xanthomonas oryzae）、及びキサントモナス　ククルビタエ（Xanthomonas cucurbitae）からなる群から選択される少なくとも1つの細菌である、（１－５）に記載の溶菌剤。

（２－１）以下の（ａ）又は（ｂ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号１１又は４５で示すアミノ酸配列、（ｂ）配列番号１１で示すアミノ酸配列において278位及び350位以外の１個のアミノ酸が置換されたアミノ酸配列。
（２－２）前記遺伝子が配列番号１２又は４６で示す塩基配列からなる、（２－１）に記載の溶菌剤。
（２－３）前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（ａ）～（ｅ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（２－１）又は（２－２）に記載の溶菌剤：（ａ）配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列；（ｂ）配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において前記（２－１）又は（２－２）に記載の遺伝子塩基配列以外の塩基配列に１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｃ）配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において前記（２－１）又は（２－２）に記載の遺伝子塩基配列以外の塩基配列が98.5％以上の配列同一性を有する塩基配列；（ｄ）配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｅ）配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において98.5％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（２－４）キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、（２－１）～（２－３）のいずれかに記載の溶菌剤。
（２－５）前記キサントモナス属細菌が、キサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）、キサントモナス　カンペストリス（Xanthomonas campestris）、キサントモナス　シトリ（Xanthomonas citri）、キサントモナス　オリザエ（Xanthomonas oryzae）及びキサントモナス　ククルビタエ（Xanthomonas cucurbitae）からなる群から選択される少なくとも1つの細菌である、（２－４）に記載の溶菌剤。

（３－１）以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一に示す塩基配列を含むゲノムDNA配列を有するバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号１４で示す塩基配列；（ｂ）配列番号１４で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｃ）配列番号１４で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（３－２）キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、（３－１）に記載の溶菌剤。
（３－３）前記キサントモナス属細菌がキサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）である、（３－２）に記載の溶菌剤。

（４－１）以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一に示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号１５で示すアミノ酸配列；（ｂ）配列番号１５で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列；（ｃ）配列番号１５で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
（４－２）前記遺伝子が以下の（ｄ）～（ｆ）のいずれか一に示す塩基配列からなる（４－１）に記載の溶菌剤：（ｄ）配列番号１６で示す塩基配列；（ｅ）配列番号１６で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｆ）配列番号１６で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（４－３）前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（ｇ）～（ｋ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（４－１）又は（４－２）に記載の溶菌剤：（ｇ）配列番号１７で示す塩基配列；（ｈ）配列番号１７で示す塩基配列において前記（４－１）又は（４－２）に記載の遺伝子塩基配列以外の塩基配列に１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｉ）配列番号１７で示す塩基配列において前記（４－１）又は（４－２）に記載の遺伝子塩基配列以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列；（ｊ）配列番号１７で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｋ）配列番号１７で示す塩基配列において90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（４－４）キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、（４－１）～（４－３）のいずれかに記載の溶菌剤。
（４－５）前記キサントモナス属細菌がキサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）である、（４－４）に記載の溶菌剤。

（５－１）以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一に示す塩基配列を含むゲノムDNA配列を有するバクテリオファージ、を含む溶菌剤：（ａ）配列番号１８又は１９で示す塩基配列；（ｂ）配列番号１８又は１９で示す塩基配列において、１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｃ）配列番号１８又は１９で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（５－２）キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、（５－１）に記載の溶菌剤。
（５－３）前記キサントモナス属細菌がキサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）である、（５－２）に記載の溶菌剤。

（６－１）以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一に示すアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号２１で示すアミノ酸配列；（ｂ）配列番号２１で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列；（ｃ）配列番号２１で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
（６－２）前記遺伝子が以下の（ｄ）～（ｆ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（６－１）に記載の溶菌剤：（ｄ）配列番号２２で示す塩基配列；（ｅ）配列番号２２で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｆ）配列番号２２で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（６－３）前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（ｇ）～（ｋ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（６－１）又は（６－２）に記載の溶菌剤：（ｇ）配列番号２３で示す塩基配列；（ｈ）配列番号２３で示す塩基配列において前記（６－１）又は（６－２）に記載の遺伝子以外の塩基配列に１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｉ）配列番号２３で示す塩基配列において前記（６－１）又は（６－２）に記載の遺伝子以外の塩基配列が95％以上の配列同一性を有する塩基配列：（ｊ）配列番号２３で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｋ）配列番号２３で示す塩基配列において95％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（６－４）キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、（６－１）～（６－３）のいずれかに記載の溶菌剤。
（６－５）前記キサントモナス属細菌が、キサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）である、（６－４）に記載の溶菌剤。

（７－１）以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一に示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子、及び以下の（ｄ）～（ｆ）のいずれか一に示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号２４、４９又は６０で示すアミノ酸配列；（ｂ）配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列；（ｃ）配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列と97％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列；（ｄ）配列番号５７、５０又は６１で示すアミノ酸配列；（ｅ）配列番号５７又は５０で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列；（ｆ）配列番号５７又は５０で示すアミノ酸配列と97％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
（７－２）前記テイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子が以下の（ｇ）～（ｉ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（７－１）に記載の溶菌剤：（ｇ）配列番号２６又は５１で示す塩基配列；（ｈ）配列番号２６又は５１で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｉ）配列番号２６又は５１で示す塩基配列と97％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（７－３）前記テイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子が以下の（ｊ）～（ｌ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（７－１）又は（７－２）に記載の溶菌剤：（ｊ）配列番号２７又は５２で示す塩基配列；（ｋ）配列番号２７又は５２で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｌ）配列番号２７又は５２で示す塩基配列と97％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（７－４）前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（ｍ）～（ｑ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（７－１）～（７－３）のいずれかに記載の溶菌剤：（ｍ）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列；（ｎ）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において前記（７－１）～（７－３）のいずれかに記載の遺伝子塩基配列以外の塩基配列に１個又は数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｏ）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において前記（７－１）～（７－３）のいずれかに記載の遺伝子以外の塩基配列が95％以上の配列同一性を有する塩基配列：（ｐ）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｑ）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において95％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（７－５）キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、（７－１）～（７－４）のいずれかに記載の溶菌剤。
（７－６）前記キサントモナス属細菌が、キサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）又はキサントモナス　カンペストリス（Xanthomonas campestris）である、（７－５）に記載の溶菌剤。

（８－１）以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一に示す塩基配列を含むゲノムDNA配列を有するバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号３２～３６のいずれか一で示す塩基配列；（ｂ）配列番号３２～３６のいずれか一で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｃ）配列番号３２～３６のいずれか一で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（８－２）キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、（８－１）に記載の溶菌剤。
（８－３）前記キサントモナス属細菌がキサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）である、（８－２）に記載の溶菌剤。

（９－１）以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一に示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子、及び以下の（ｄ）～（ｆ）のいずれか一に示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号３７で示すアミノ酸配列；（ｂ）配列番号３７で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列；（ｃ）配列番号３７で示すアミノ酸配列と92％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列；（ｄ）配列番号３８、５４又は５９で示すアミノ酸配列；（ｅ）配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列；（ｆ）配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列と92％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
（９－２）前記テイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子が以下の（ｇ）～（ｉ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（９－１）に記載の溶菌剤：（ｇ）配列番号３９で示す塩基配列；（ｈ）配列番号３９で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｉ）配列番号３９で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（９－３）前記テイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子が以下の（ｊ）～（ｌ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（９－１）又は（９－２）に記載の溶菌剤：（ｊ）配列番号４０又は５５で示す塩基配列；（ｋ）配列番号４０又は５５で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｌ）配列番号４０又は５５で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（９－４）前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（ｍ）～（ｑ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（９－１）～（９－３）のいずれかに記載の溶菌剤：（ｍ）配列番号４１又は５６で示す塩基配列；（ｎ）配列番号４１又は５６で示す塩基配列において前記（９－１）～（９－３）のいずれかに記載の遺伝子塩基配列以外の塩基配列に1個又は数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｏ）配列番号４１又は５６で示す塩基配列において前記（９－１）～（９－３）のいずれかに記載の遺伝子以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列：（ｐ）配列番号４１又は５６で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｑ）配列番号４１又は５６で示す塩基配列において90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（９－５）キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、（９－１）～（９－４）のいずれかに記載の溶菌剤。
（９－６）前記キサントモナス属細菌が、キサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）、キサントモナス　カンペストリス（Xanthomonas campestris）及びキサントモナス　シトリ（Xanthomonas citri）からなる群から選択される少なくとも1つの細菌である、（９－５）に記載の溶菌剤。

（１０－１）以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一に示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号４２で示すアミノ酸配列；（ｂ）配列番号４２で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列；（ｃ）配列番号４２で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
（１０－２）前記遺伝子が以下の（ｄ）～（ｆ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（１０－１）に記載の溶菌剤：（ｄ）配列番号４３で示す塩基配列；（ｅ）配列番号４３で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｆ）配列番号４３で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（１０－３）前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（ｇ）～（ｋ）のいずれか一に示す塩基配列からなる、（１０－１）又は（１０－２）に記載の溶菌剤：（ｇ）配列番号４４で示す塩基配列；（ｈ）配列番号４４で示す塩基配列において前記（１０－１）又は（１０－２）に記載の遺伝子塩基配列以外の塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｉ）配列番号４４で示す塩基配列において前記（１０－１）又は（１０－２）に記載の遺伝子塩基配列以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列；（ｊ）配列番号４４で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列；（ｋ）配列番号４４で示す塩基配列において90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
（１０－４）キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、（１０－１）～（１０－３）のいずれかに記載の溶菌剤。
（１０－５）前記キサントモナス属細菌が、キサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）、キサントモナス　カンペストリス（Xanthomonas campestris）及びキサントモナス　シトリ（Xanthomonas citri）からなる群から選択される少なくとも1つの細菌である、（１０－４）に記載の溶菌剤。

［１－１］以下の（ａ）～（ｄ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号１１、４５、４２及び１からなる群から選択されるいずれか一で示すアミノ酸配列、（ｂ）配列番号４２又は１で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、（ｃ）配列番号４２又は１で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は（ｄ）配列番号１１で示すアミノ酸配列において278位及び350位以外の１個のアミノ酸が置換されたアミノ酸配列。
［１－２］以下の（ｅ）～（ｇ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子、及び以下の（ｈ）～（ｊ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤であって、前記遺伝子はそれぞれ標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子及びテイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子である、前記溶菌剤：（ｅ）配列番号２４、４９又は６０で示すアミノ酸配列、（ｆ）配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、（ｇ）配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列と97％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列、（ｈ）配列番号５７、５０又は６１で示すアミノ酸配列、（ｉ）配列番号５７又は５０で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は（ｊ）配列番号５７又は５０で示すアミノ酸配列と97％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
［１－３］以下の（ｋ）～（ｍ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子、及び以下の（ｎ）～（ｐ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤であって、前記遺伝子はそれぞれ標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子及びテイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子である、前記溶菌剤：（ｋ）配列番号３７で示すアミノ酸配列、（ｌ）配列番号３７で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、（ｍ）配列番号３７で示すアミノ酸配列と92％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列、（ｎ）配列番号３８、５４又は５９で示すアミノ酸配列、（ｏ）配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は（ｐ）配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列と92％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
［１－４］前記配列番号１で示すアミノ酸配列が、配列番号２～４のいずれか一で示すアミノ酸配列である、［１－１］に記載の溶菌剤。
［１－５］前記遺伝子が以下の（１）～（３）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［１－１］に記載の溶菌剤：（１）配列番号１２、４６、４３及び５～７からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列、（２）配列番号４３及び５～７からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（３）配列番号４３及び５～７からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［１－６］前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（１’）～（７’）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［１－５］に記載の溶菌剤：（１’）配列番号１３、４７、４８、４４及び８～１０からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列、（２’）配列番号１３、４７、４８、４４及び８～１０からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列において［１－５］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列に１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、（３’）配列番号４４及び８～１０からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列において［１－５］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列、（４’）配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において［１－５］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列が98.5％以上の配列同一性を有する塩基配列、（５’）配列番号１３、４７、４８、４４及び８～１０からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（６’）配列番号４４及び８～１０からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列において90％以上の配列同一性を有する塩基配列、（７’）配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において98.5％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［１－７］前記テイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子が以下の（４）～（６）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［１－２］に記載の溶菌剤：（４）配列番号２６又は５１で示す塩基配列、（５）配列番号２６又は５１で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（６）配列番号２６又は５１で示す塩基配列と97％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［１－８］前記テイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子が以下の（７）～（９）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［１－２］又は［１－７］に記載の溶菌剤：（７）配列番号２７又は５２で示す塩基配列、（８）配列番号２７又は５２で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（９）配列番号２７又は５２で示す塩基配列と97％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［１－９］前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（８’）～（１２’）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［１－２］に記載の溶菌剤：（８’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列、（９’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において［１－２］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列に１個又は数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、（１０’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において［１－２］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列が95％以上の配列同一性を有する塩基配列、（１１’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（１２’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において95％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［１－１０］前記テイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子が以下の（１０）～（１２）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［１－３］に記載の溶菌剤：（１０）配列番号３９で示す塩基配列、（１１）配列番号３９で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（１２）配列番号３９で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［１－１１］前記テイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子が以下の（１３）～（１５）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［１－３］又は［１－１０］に記載の溶菌剤：（１３）配列番号４０又は５５で示す塩基配列、（１４）配列番号４０又は５５で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（１５）配列番号４０又は５５で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［１－１２］前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（１３’）～（１７’）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［１－３］に記載の溶菌剤：（１３’）配列番号４１又は５６で示す塩基配列、（１４’）配列番号４１又は５６で示す塩基配列において［１－３］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列に1個又は数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、（１５’）配列番号４１又は５６で示す塩基配列において［１－３］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列、（１６’）配列番号４１又は５６で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（１７’）配列番号４１又は５６で示す塩基配列において90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［１－１３］キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、［１－１］～［１－１２］のいずれかに記載の溶菌剤。

［２－１］以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子、及び以下の（ｄ）～（ｆ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤であって、前記遺伝子がそれぞれ標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子及びテイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子である、前記溶菌剤：（ａ）配列番号２４、４９又は６０で示すアミノ酸配列、（ｂ）配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、（ｃ）配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列と97％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列、（ｄ）配列番号５７、５０又は６１で示すアミノ酸配列、（ｅ）配列番号５７又は５０で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は（ｆ）配列番号５７又は５０で示すアミノ酸配列と97％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
［２－２］以下の（ｇ）～（ｊ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ｇ）配列番号１、１１、４５、１５及び４２からなる群から選択されるいずれか一で示すアミノ酸配列、（ｈ）配列番号１、１１、１５及び４２からなる群から選択されるいずれか一で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、（ｉ）配列番号１、１１、１５及び４２からなる群から選択されるいずれか一で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は（ｊ）配列番号１１で示すアミノ酸配列において278位及び350位以外の１個のアミノ酸が置換されたアミノ酸配列。
［２－３］以下の（ｋ）～（ｍ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子、及び以下の（ｎ）～（ｐ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤であって、前記遺伝子がそれぞれ標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子及びテイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子である、前記溶菌剤：（ｋ）配列番号３７で示すアミノ酸配列、（ｌ）配列番号３７で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、（ｍ）配列番号３７で示すアミノ酸配列と92％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列、（ｎ）配列番号３８、５４又は５９で示すアミノ酸配列、（ｏ）配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は（ｐ）配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列と92％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
［２－４］以下の（ｑ）～（ｓ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ｑ）配列番号２１で示すアミノ酸配列、（ｒ）配列番号２１で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は（ｓ）配列番号２１で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
［２－５］以下の（１’）～（３’）のいずれか一で示す塩基配列を含むゲノムDNA配列を有するバクテリオファージからなる溶菌剤：（１’）配列番号１４、１８、１９及び３２～３６からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列、（２’）配列番号１４、１８、１９及び３２～３６からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（３’）配列番号１４、１８、１９及び３２～３６からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［２－６］前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（４’）～（８’）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［２－１］に記載の溶菌剤：（４’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列、（５’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において［２－２］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列に１個又は数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、（６’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において［２－２］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列が95％以上の配列同一性を有する塩基配列、（７’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（８’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において95％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［２－７］キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、［２－１］～［２－６］のいずれかに記載の溶菌剤。

［３－１］以下の（１’）～（３’）のいずれか一で示す塩基配列を含むゲノムDNA配列を有するバクテリオファージからなる溶菌剤：（１’）配列番号３２～３６、１４、１８及び１９からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列、（２’）配列番号３２～３６、１４、１８及び１９からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（３’）配列番号３２～３６、１４、１８及び１９からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［３－２］以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ａ）配列番号１５で示すアミノ酸配列、（ｂ）配列番号１５で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は（ｃ）配列番号１５で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
［３－３］以下の（ｄ）～（ｆ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：（ｄ）配列番号２１で示すアミノ酸配列、（ｅ）配列番号２１で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は（ｆ）配列番号２１で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
［３－４］前記遺伝子が以下の（１）～（３）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［３－２］に記載の溶菌剤：（１）配列番号１６で示す塩基配列、（２）配列番号１６で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（３）配列番号１６で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［３－５］前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（４’）～（８’）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［３－２］に記載の溶菌剤：（４’）配列番号１７で示す塩基配列、（５’）配列番号１７で示す塩基配列において［３－２］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列に１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、（６’）配列番号１７で示す塩基配列において［３－２］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列、（７’）配列番号１７で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（８’）配列番号１７で示す塩基配列において90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［３－６］前記遺伝子が以下の（４）～（６）のいずれかに示す塩基配列からなる、［３－３］に記載の溶菌剤：（４）配列番号２２で示す塩基配列、（５）配列番号２２で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（６）配列番号２２で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［３－７］前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（９’）～（１３’）のいずれか一で示す塩基配列からなる、［３－３］に記載の溶菌剤：（９’）配列番号２３で示す塩基配列、（１０’）配列番号２３で示す塩基配列において［３－３］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列に１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、（１１’）配列番号２３で示す塩基配列において［３－３］に記載の前記遺伝子以外の塩基配列が95％以上の配列同一性を有する塩基配列、（１２’）配列番号２３で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は（１３’）配列番号２３で示す塩基配列において95％以上の配列同一性を有する塩基配列。
［３－８］キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、［３－１］～［３－７］のいずれかに記載の溶菌剤。
［３－９］前記キサントモナス属細菌がキサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）である、［３－８］に記載の溶菌剤。
［３－１０］前記キサントモナス属細菌の病原型がpruniである、［３－９］に記載の溶菌剤。

［４－１］配列番号４２、１１、４５及び１５からなる群から選択されるいずれか一で示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤。
［４－２］前記遺伝子が配列番号４３、１２、４６及び１６からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列からなる、［４－１］に記載の溶菌剤。
［４－３］前記ゲノムDNAの塩基配列が、配列番号４４、１３、４７、４８及び１７からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列からなる、［４－１］に記載の溶菌剤。
［４－４］配列番号１で示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤。
［４－５］配列番号１で示すアミノ酸配列が、配列番号２～４のいずれか一で示すアミノ酸配列である、［４－４］に記載の溶菌剤。
［４－６］前記遺伝子が配列番号５～７のいずれか一で示す塩基配列からなる、［４－４］に記載の溶菌剤。
［４－７］前記ゲノムDNAの塩基配列が、配列番号８～１０のいずれか一で示す塩基配列からなる、［４－４］に記載の溶菌剤。
［４－８］配列番号１４、１８、１９及び３２～３６からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列を含むゲノムDNA配列を有するバクテリオファージからなる溶菌剤。
［４－９］配列番号２１で示すアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤。
［４－１０］前記遺伝子が配列番号２２で示す塩基配列からなる、［４－９］に記載の溶菌剤。
［４－１１］前記ゲノムDNAの塩基配列が、配列番号２３で示す塩基配列からなる、［４－９］に記載の溶菌剤。
［４－１２］配列番号２４、４９又は３７で示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子、及び配列番号５７、５０、３８、５４及び５９からなる群から選択されるいずれか一で示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤。
［４－１３］前記テイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子が配列番号２６、５１又は３９で示す塩基配列からなる、［４－１２］に記載の溶菌剤。
［４－１４］前記テイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子が配列番号２７、５２、４０及び５５からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列からなる、［４－１２］に記載の溶菌剤。
［４－１５］前記ゲノムDNAの塩基配列が、配列番号２８、２９、５３又は４１からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列からなる、［４－１２］に記載の溶菌剤。
［４－１６］キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、［４－１］～［４－１５］のいずれかに記載の溶菌剤。

＜１＞（１－１）～（１０－５）、［１－１］～［４－１６］のいずれかに記載の溶菌剤を有効成分として一以上含む組成物。
＜２＞（１－１）～（１０－５）、［１－１］～［４－１６］のいずれかに記載の溶菌剤を有効成分として二以上含む組成物。
＜３＞＜１＞又は＜２＞に記載の組成物を含む植物病害防除組成物。
＜４＞キサントモナス属細菌を原因とする植物病害である、＜３＞に記載の植物病害防除組成物。
＜５＞キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す他のバクテリオファージを含む、＜３＞又は＜４＞に記載の植物病害防除組成物。
＜６＞対象植物に＜３＞～＜５＞のいずれかに記載の植物病害防除組成物を接触させる接触工程を含む植物病害防除方法。
＜７＞キサントモナス属細菌の同定方法であって、植物病害に侵された植物組織から単離された被験細菌を培養し、培養物を得る培養工程、前記培養物と（１－１）～（１０－５）、［１－１］～［４－１６］のいずれかに記載の溶菌剤を混合して混合物を得る混合工程、前記混合物を所定の条件下で培養する混合物培養工程、及び前記混合物培養工程後に被験細菌が溶菌していたときに前記被験細菌がキサントモナス属細菌であると判定する判定工程を含む前記方法。
＜８＞前記混合物培養工程において、前記混合物が軟寒天含有液体培地をさらに含み、その混合物を固体培地上で培養する、＜７＞に記載の方法。
＜９＞前記培養工程において、前記培養物が軟寒天含有液体培地を含み、その培養物を固体培地上で培養する、＜７＞に記載の方法。
＜１０＞前記培養工程前に植物病害に侵された植物組織から被験細菌を単離する単離工程をさらに含む、＜７＞～＜９＞のいずれかに記載の方法。
　本明細書は本願の優先権の基礎となる日本国特許出願番号2022-059936号、2022-060143号、2022-060249号、2022-060441号、2022-060819号、2022-060822号、2022-060887号、2022-060909号、2022-061075号、2022-156882号、2022-156972号、2022-157086号、2023-041699号、2023-041776号、2023-041784号、2023-041827号の開示内容を包含する。

　本発明の溶菌剤及びそれを有効成分として含む組成物によれば、特定の標的細菌を溶菌することができる。

　本発明の植物病害防除組成物によれば、特定の標的細菌を原因とする病害を予防、及び抑止することができる。

実施例１で得られた第１のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表２に示すキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、第１のファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。図１Ａ及びＢ中、１はIDがMAFF No. 211191の細菌を展開したプレート、２はIDがMAFF No. 311351の細菌を展開したプレート、３はIDがMAFF No. 301256の細菌を展開したプレート、４はIDがMAFF No. 106765の細菌を展開したプレート、５はIDがMAFF No. 301078の細菌を展開したプレート、６はIDがNCIMB-ID 10460の対照用のPseudomonas fluorescensを展開したプレートを示す。図１Ｂ中、ａは配列番号8のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、ｂは配列番号9のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、ｃは配列番号10のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を示している。実施例２で得られた第２のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開したキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、第２のファージ精製液をプレート中央部に滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに展開した表４に示す細菌を示している。実施例３で得られた第３のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表５に示すキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、第３のファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。図３Ａ及びＢ中、１はIDがMAFF No. 311282の細菌を展開したプレート、２はIDがMAFF No. 301426の細菌を展開したプレート、３はIDがMAFF No. 311351の細菌を展開したプレート、４はIDがMAFF No. 311586の細菌を展開したプレート、５はIDがMAFF No. 311618の細菌を展開したプレート、６はIDがNCIMB-ID 10460の対照用のPseudomonas fluorescensを展開したプレートを示す。実施例４で得られた第４のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開したキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、第４のファージ精製液をプレート中央部に滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに展開した表６に示す細菌を示している。実施例５で得られた第５のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。図５の上段（１～３）は配列番号１８のバクテリオファージの溶菌活性を、下段（４～６）は配列番号１９のバクテリオファージの溶菌活性を示す。Ａはアガープレート上に展開した表７に示すキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、第５のファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。図５Ａ及びＢ中、１と４はIDがMAFF No. 211971の細菌を展開したプレート、２と５はIDがMAFF No. 311351の細菌を展開したプレート、３と６はIDがNCIMB-ID 10460の対照用のPseudomonas fluorescensを展開したプレートを示す。実施例６で得られた第６のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開したキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、第６のファージ精製液をプレート中央部に滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに展開した表９に示す細菌を示している。実施例７で得られた第７のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表１０に示すキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、第７のファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。図７Ａ及びＢ中、１はIDがMAFF No. 311351の細菌を展開したプレート、２はIDがMAFF No. 311622の細菌を展開したプレート、３はIDがMAFF No. 106642の細菌を展開したプレート、４はIDがNCIMB-ID 10460の対照用のPseudomonas fluorescensを展開したプレートを示す。図Ｂ中、ａは配列番号２８のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、ｂは配列番号２９のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を示している。実施例８で得られた第８のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表１１に示すキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、第８のファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。図８Ａ及びＢ中、１はIDがMAFF No. 211971の細菌を展開したプレート、２はIDがMAFF No. 311282の細菌を展開したプレート、３はIDがMAFF No. 301420の細菌を展開したプレート、４はIDがMAFF No. 301426の細菌を展開したプレート、５はIDがMAFF No. 311351の細菌を展開したプレート、６はIDがMAFF No. 311414の細菌を展開したプレート、７はIDがMAFF No. 311417の細菌を展開したプレート、８はIDがMAFF No. 311562の細菌を展開したプレート、９はIDがMAFF No. 311571の細菌を展開したプレート、１０はIDがMAFF No. 311618の細菌を展開したプレート、１１はIDがMAFF No. 311622の細菌を展開したプレート、１２はIDがNCIMB-ID 10460の対照用のPseudomonas fluorescensを展開したプレートを示す。図８Ｂ中、ａは配列番号３２のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を示している。実施例８で得られた第８のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表１１に示すキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、第８のファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。図９Ａ及びＢ中、１はIDがMAFF No. 211971の細菌を展開したプレート、２はIDがMAFF No. 311282の細菌を展開したプレート、３はIDがMAFF No. 301420の細菌を展開したプレート、４はIDがMAFF No. 301426の細菌を展開したプレート、５はIDがMAFF No. 311351の細菌を展開したプレート、６はIDがNCIMB-ID 10460の対照用のPseudomonas fluorescensを展開したプレートを示す。図９Ｂ中、bは配列番号３３のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、cは配列番号３４のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、dは配列番号３５のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、eは配列番号３６のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を示している。実施例９で得られたバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表１３に示すキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、ファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。実施例１０で得られたバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表１３に示すキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、ファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。実施例１で得られた第１のバクテリオファージのプラークアッセイのプレートの一例を示す図である。実施例２で得られた第２のバクテリオファージのプラークアッセイのプレートの一例を示す図である。実施例１１で得られた第２のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表４に示すキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、第２のファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。図１４Ａ及びＢ中、１はIDがMAFF No. 673005の細菌を展開したプレート、２はIDがMAFF No. 301256の細菌を展開したプレート、３はIDがMAFF No. 301352の細菌を展開したプレート、４はIDがMAFF No. 212146の細菌を展開したプレート、５はIDがMAFF No. 311351の細菌を展開したプレート、６はIDがNCIMB-ID 10460の対照用のPseudomonas fluorescensを展開したプレートを示す。図Ｂ中、ａは配列番号４７のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、ｂは配列番号４８のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を示している。実施例２で得られた第７のファージ、及び実施例１１で得られた2種の第２のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表１４に示すキサントモナス属細菌を培養後、第２のファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。図Ｂ中、ａは配列番号１２のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、ｂは配列番号４７のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、ｃは配列番号４８のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を示している。実施例１２で得られた第７のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表１０に示すキサントモナス属細菌、及び対照用のPseudomonas fluorescensを培養後、ファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに培養した細菌のIDを示している。実施例７で得られた2種の第７のファージ、及び実施例１２で得られたファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開したIDがMAFF No. 301260に示すキサントモナス属細菌を培養後、ファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液の位置を示している。図Ｂ中、ａは配列番号２８のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、ｂは配列番号２９のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を、ｃは実施例１２で得られた配列番号５３のゲノムDNA配列を有するファージの精製液の位置を示している。実施例１３で得られた第９のバクテリオファージの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開した表１３に示すキサントモナス属細菌、ファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに培養した細菌のIDを示している。実施例１４で試験したバクテリオファージの組合せの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開したIDがMAFF No. 311351に示すキサントモナス属細菌を培養後、ファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液に含まれるファージの種類を示している。図Ｂ中、ａは配列番号８のゲノムDNA配列を有する第１のファージを、ｂは配列番号１３のゲノムDNA配列を有する第２のファージを、ｃは配列番号２８のゲノムDNA配列を有する第７のファージを、ｄは配列番号４１のゲノムDNA配列を有する第９のファージを、ｅは配列番号４４のゲノムDNA配列を有する第１０のファージを、ｆは配列番号１４のゲノムDNA配列を有する第３のファージを、ｇは配列番号１７のゲノムDNA配列を有する第４のファージを、ｈは配列番号１８のゲノムDNA配列を有する第５のファージを、ｉは配列番号２３のゲノムDNA配列を有する第６のファージを、ｊは配列番号３２のゲノムDNA配列を有する第８のファージをそれぞれ示している。図中、「／」は、この前後のファージを組合せて使用していることを示している。例えば、「ａ／ｂ」は、第１のファージと第２のファージを組合せて使用していることを示している。実施例１４で試験したバクテリオファージの組合せの溶菌活性を示す図である。Ａはアガープレート上に展開したIDがMAFF No. 311351に示すキサントモナス属細菌を培養後、ファージ精製液をプレートに滴下し、静置培養した図である。ＢはＡに対応するプレート図であり、各プレートに滴下したファージ精製液に含まれるファージの種類を示している。図Ｂ中、ａは配列番号８のゲノムDNA配列を有する第１のファージを、ｂは配列番号１３のゲノムDNA配列を有する第２のファージを、ｃは配列番号２８のゲノムDNA配列を有する第７のファージを、ｄは配列番号４１のゲノムDNA配列を有する第９のファージを、ｅは配列番号４４のゲノムDNA配列を有する第１０のファージを、ｆは配列番号１４のゲノムDNA配列を有する第３のファージを、ｇは配列番号１７のゲノムDNA配列を有する第４のファージを、ｈは配列番号１８のゲノムDNA配列を有する第５のファージを、ｉは配列番号２３のゲノムDNA配列を有する第６のファージを、ｊは配列番号３２のゲノムDNA配列を有する第８のファージをそれぞれ示している。図中、「／」は、この前後のファージを組合せて使用していることを示している。例えば、「ｆ／ｇ」は、第３のファージと第４のファージを組合せて使用していることを示している。実施例１５で試験したモモせん孔細菌病の病害防除効果試験の結果を示すグラフである。平均発病率は無処理の群に対する相対値で示している。各棒グラフの下に示す数値は使用されたファージの種類を示している。各実験群において、第１のファージ～第８のファージがそれぞれ単独で使用された。実施例１５で試験したモモせん孔細菌病の病害防除効果試験の結果を示すグラフである。平均発病率は無処理の群に対する相対値で示している。各棒グラフの下に示す数値は組み合わせて使用されたファージの種類を示している。各実験群において、第１のファージ、第３のファージ、第５のファージ及び第７のファージからなる４種類のファージの組合せ；第２のファージ、第４のファージ、第６のファージ及び第８のファージからなる４種類のファージの組合せ；及び第１のファージ～第８のファージからなる８種類のファージの組合せがそれぞれ使用された。実施例１６で試験したブロッコリー黒腐病の病害防除効果試験の結果を示すグラフである。平均発病率は無処理の群に対する相対値で示している。各棒グラフに示す数値は使用されたファージの種類を示している。図中、丸はそのファージが使用されたことを示し、「－」はそのファージが使用されていないことを示す。Φ１は配列番号１０のゲノムDNA配列を有する第１のファージを、Φ２－１は配列番号１３のゲノムDNA配列を有する第２のファージを、Φ２－２は配列番号４７のゲノムDNA配列を有する第２のファージを、Φ７－１は配列番号２８のゲノムDNA配列を有する第７のファージを、Φ７－２は配列番号５３のゲノムDNA配列を有する第７のファージを、Φ９は配列番号４１のゲノムDNA配列を有する第９のファージを、Φ１０は配列番号４４のゲノムDNA配列を有する第１０のファージをそれぞれ示している。実施例１７で試験したトマト斑点細菌病の病害防除効果試験の結果を示すグラフである。平均発病率は無処理の群に対する相対値で示している。各棒グラフに示す数値は使用されたファージの種類を示している。図中、丸はそのファージが使用されたことを示し、「－」はそのファージが使用されていないことを示す。Φ１は配列番号１０のゲノムDNA配列を有する第１のファージを、Φ２－１は配列番号１３のゲノムDNA配列を有する第２のファージを、Φ２－２は配列番号４７のゲノムDNA配列を有する第２のファージを、Φ２－３は配列番号４８のゲノムDNA配列を有する第２のファージを、Φ７は配列番号２８のゲノムDNA配列を有する第７のファージを、Φ１０は配列番号４４のゲノムDNA配列を有する第１０のファージをそれぞれ示している。

１．溶菌剤
１－１．概要
　本発明の第１の態様は溶菌剤である。本発明の溶菌剤は、特定の塩基配列を含むゲノム配列を有するバクテリオファージからなる。

　本発明の溶菌剤によれば、植物病害の病原細菌となり得る標的細菌に対して溶菌活性を示す。

１－２．定義
　本明細書で使用する用語について、以下で定義する。

　本明細書において「溶菌剤」とは、標的細菌に対して溶菌活性を有するバクテリオファージからなる薬剤をいう。

　「細菌」とは、古細菌、真核生物と共に全生物界を三分する生物の主要な系統の一つである。細菌は、細胞核が無い細胞からなり、栄養源があれば自己複製が可能である。細菌の名称は、国際細菌命名規約に基づき、科（Family）以下の属（genus）と種（species）で示される。

　本明細書において「標的細菌」とは、本発明の溶菌剤を構成するファージ、又は本発明の組成物及び植物病害防除組成物に含まれるファージの標的となり得る宿主細菌をいう。具体的には、例えば、上記ファージによって認識される細胞外膜上の膜表面レセプターを有する細菌である。あるいは、例えば、特定のアミノ酸配列からなるテイルファイバータンパク質によって認識される細胞外膜上の膜表面レセプターを有する細菌である。またあるいは、特定のアミノ酸配列からなるテイルチューブタンパク質によって認識される細胞外膜上の膜表面レセプターを有する細菌である。「膜表面レセプター」は、ファージの例えば、尾部及び尾部繊維等が結合する場であって、細菌外膜の外層に存在するタンパク質、リポ多糖又は線毛等で構成される。本明細書における標的細菌の具体例としてキサントモナス属細菌が挙げられる。

　「キサントモナス属細菌」とは、キサントモナス属（genus Xanthomonas）に属する細菌である。キサントモナス属細菌は、一般的にキサントモナジンという黄色の色素を産生し、その多くが植物病原細菌として知られている。なお、種より下位の分類として、亜種（subtype）又は病原型（pathovar）もあり、細菌名の後にそれぞれsubsp.又はpv.をつけて示される。また、分類の最小単位は株（strain）であり、遺伝学的に均一と考えられる細胞の集団を指す。以下の表１に代表的なキサントモナス属細菌、並びにその宿主植物とそれを原因とする植物病害を示す。

　限定はしないが、キサントモナス属細菌のうち、キサントモナス　アルボリコーラ（Xanthomonas arboricola）、キサントモナス　カンペストリス（Xanthomonas campestris）、キサントモナス　シトリ（Xanthomonas citri）、キサントモナス　オリザエ（Xanthomonas oryzae）、及びキサントモナス　ククルビタエ（Xanthomonas cucurbitae）は、本発明の標的細菌として好ましい。キサントモナス　アルボリコーラの具体的な例として、病原型がpruniであるXanthomonas arboricola pv. pruni及び病原型がjuglandisであるXanthomonas arboricola pv. juglandisを挙げることができる。キサントモナス　カンペストリスの具体的な例として、病原型がvesicatoriaであるXanthomonas campestris pv. vesicatoriaや、病原型がcampestrisであるXanthomonas campestris pv. campestrisや、病原型がvitiansであるXanthomonas campestris pv. vitians及び病原型がraphaniであるXanthomonas campestris pv. raphaniを挙げることができる。キサントモナス　シトリの具体的な例として、Xanthomonas citri subsp. citriを挙げることができる。キサントモナス　オリザエの具体的な例として、病原型がoryzaeであるXanthomonas oryzae pv. oryzaeを挙げることができる。

　「バクテリオファージ」（前述のように、本明細書では、しばしば単に「ファージ」と略記する）とは、細菌に感染するウイルスの総称である。一般的なファージは、頭部（ヘッド部：head）、尾部（テイル部:tail）、及び尾部繊維（テイルファイバー部：tail fiber）の3部で構成される。頭部は、外被タンパク質であるカプソメアで構成され、二十面体構造を有するカプシド（ウイルス殻）からなり、その内部空間にファージのゲノムDNAを内包する。尾部は、テイルチューブタンパク質とそれを被覆するシースタンパク質からなる管状構造を有する。尾部の一端は頭部と、また他端は尾部繊維と連結する。尾部は、頭部のゲノムDNAを宿主細菌の細胞内に注入する導入管としての機能を担う。尾部繊維は、テイルファイバータンパク質からなる数本の繊維構造で構成される。尾部及び尾部繊維は、宿主細菌の外膜表面上に存在するレセプターを認識し、その細胞表面に吸着する宿主認識機能及び吸着機能を担う。ファージは、宿主特異性が極めて高く、その特徴は尾部及び尾部繊維の機能に基づく。

　ファージは、真核生物には感染しないため、ファージを用いた薬剤はヒト、動物、植物に対して無害である。なお、ファージは、感染様式に基づいて「溶菌サイクル」、「溶原サイクル」、及び「溶菌／溶原サイクル」に大別される。溶原サイクルは、標的細菌を溶菌せずに細菌の染色体内に自身のDNAを組み込み、細菌の増殖と共に増殖する。一方、溶菌サイクルは、宿主細菌の細胞内で自己増殖した後、宿主細菌を溶菌して、大量の子ファージを放出する。本発明のファージは、溶菌サイクルを経るビルレントファージ（virulent phage）が対象となる。

　「テイルファイバータンパク質」とは、前述のように、ファージの尾部繊維を構成するタンパク質である。テイルファイバータンパク質は、尾部及び尾部繊維の宿主認識及び吸着能の特異性に重要な役割を果たすことが知られている（Nobrega F.L. et al., Nat. Rev. Microbiol., 2018, 16:760-773）。したがって、テイルファイバータンパク質に特徴を有する新規ファージは、宿主細菌が既知ファージと同一であっても、宿主認識部位が異なるため、既知ファージに対する感染耐性等を有する細菌であっても溶菌活性を示し得る等、その利用価値は非常に高い。

　「テイルファイバー遺伝子」とは、ファージのゲノムDNA中に含まれ、前記テイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をいう。

　「テイルチューブタンパク質」とは、前述のように、ファージの尾部の管状構造を構成するタンパク質である。テイルチューブタンパク質は、尾部繊維と相互作用し、尾部繊維と共に宿主認識及び吸着能の特異性に重要な役割を果たすことが知られている（Maozhi Hu, et ai., 2020, 9:1, 855-867）。テイルチューブタンパク質としては、テイルチューブファイバータンパク質A及びテイルチューブタンパク質Bが知られている。「テイルチューブタンパク質A」とは、尾部の管状構造の下部においてリングを形成し、尾部繊維と相互作用するタンパク質である。「テイルチューブタンパク質B」とは、尾部の管状構造の下部末端を形成し、宿主細菌の外膜表面上に存在するレセプターに結合するタンパク質である。

　「テイルチューブ遺伝子」とは、ファージのゲノムDNA中に含まれ、前記テイルチューブタンパク質をコードする遺伝子をいう。「テイルチューブタンパク質A遺伝子」は、テイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子を、「テイルチューブタンパク質B遺伝子」は、テイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子をそれぞれ指す。

　「溶菌」とは、細菌の細胞膜を破壊する現象をいう。前述のように、主としてビルレントファージの感染様式で見られる現象である。溶菌によって、細菌は死滅する。溶菌は、ファージが標的細菌に特異的に吸着し、テイル部を介して自身のDNAを標的細菌の細胞内に注入することを出発点とする。その後、細菌の翻訳機構を利用して自己を複製して大量の子ファージを生産した後、その細菌を溶菌して、子ファージを外界に放出する。

　本明細書において「植物病害」とは、植物に発生する病気の総称をいう。植物病害には、ウイルス、細菌、糸状菌、放線菌、ウイロイド、ファイトプラズマ、線虫、ダニ、又は昆虫等の伝染性病原を原因とする病害の他、養分若しくは水分の欠如又は過多、薬害等の非伝染性病原を原因とする病害が知られている。本明細書における植物病害は、特段の断りのない限り、細菌、すなわち植物病原細菌を病原とする病害を指す。本明細書において植物病原細菌は、特段の断りのない限り、前述の標的細菌、例えば、キサントモナス属細菌が該当する。

　本明細書において「防除」とは、予防又は治療（駆除）をいう（日本農薬工業会HPより）。したがって、本明細書において「植物病害防除」とは、植物病害、特に標的細菌に対する予防、又は標的細菌を原因とする植物病害の治療をいう。

　本明細書において「対象植物」とは、後述する本発明の植物病害防除組成物を施用する植物をいう。この植物は、前記標的細菌の感染により特定の植物病害を発症している植物、又は標的細菌による感染の恐れのある植物が該当する。

１－３．構成
　本発明の溶菌剤は、バクテリオファージからなる。

＜第１のファージ＞
　当該第１のファージは、特定のアミノ酸配列からなるテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むことを特徴とし、標的細菌に対して特異的な溶菌活性を示す。

（１－１）テイルファイバータンパク質
　前記テイルファイバータンパク質は、1371個のアミノ酸残基で構成される配列番号１で示すアミノ酸配列、配列番号１で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は配列番号１で示すアミノ酸配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上のアミノ酸の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。いずれのテイルファイバータンパク質も標的細菌特異的な認識活性を有することを特徴とする。

　なお、本明細書において「複数個」とは、2～10個、例えば、2～7個、2～5個、2～4個、2～3個をいう。また「（アミノ酸の）置換」とは、天然のタンパク質を構成する20種類のアミノ酸間において、電荷、側鎖、極性、芳香族性等の性質の類似する保存的アミノ酸群内での置換をいう。例えば、低極性側鎖を有する無電荷極性アミノ酸群（Gly, Asn, Gln, Ser, Thr, Cys, Tyr）、分枝鎖アミノ酸群（Leu, Val, Ile）、中性アミノ酸群（Gly, Ile, Val, Leu, Ala, Met, Pro）、親水性側鎖を有する中性アミノ酸群（Asn, Gln, Thr, Ser, Tyr, Cys）、酸性アミノ酸群（Asp, Glu）、塩基性アミノ酸群（Arg, Lys, His）、芳香族アミノ酸群（Phe, Tyr, Trp）内での置換が挙げられる。これらの群内でのアミノ酸置換であれば、ポリペプチドの性質に変化を生じにくいことが知られているため好ましい。

　さらに、本明細書において「アミノ酸（の）配列同一性」とは、二つのアミノ酸配列の比較範囲内におけるアミノ酸残基の種類が同一な部位の割合を示す数値である。アミノ酸配列同一性は、二つのアミノ酸配列の長さが異なる場合であっても、比較範囲内のアミノ酸一致度が最も高くなるように整列（アラインメント）することで算出可能である。限定はしないが、このような解析を行う代表的なアルゴリズムがBLASTである。BLASTは、様々なソフトやWebサービスで利用可能である。例えば、遺伝情報処理ソフトウエアGENETYX（https://www.genetyx.co.jp/）、NCBI提供BLASTサーバー（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）等を利用して、アミノ酸配列同一性を容易に算出することができる。また、BLAST以外にもFASTAと呼ばれるアルゴリズム等もあり、妥当な同一性が算出できれば利用可能である。

　本発明者らは、キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を有する3種のファージを発見し、これらのファージのゲノムDNA配列（それぞれ配列番号８～１０）各々からテイルファイバー遺伝子を特定した。これらのテイルファイバー遺伝子によりコードされるアミノ酸配列（配列番号２～４）は、遺伝情報処理ソフトウエアGENETYXで解析した結果、互いに98％以上の高い配列同一性を有していた。配列番号１は、上記配列番号２～４のアミノ酸配列に共通するアミノ酸配列である。

　したがって、配列番号１で示すアミノ酸配列は、配列番号２～４のいずれかで示すアミノ酸配列であり得る。

（１－２）テイルファイバー遺伝子
　当該第１のバクテリオファージは、前記テイルファイバータンパク質をコードする塩基配列からなるテイルファイバー遺伝子をファージのゲノムDNA中に含む。

　テイルファイバー遺伝子の具体的な塩基配列として、例えば、配列番号５～７のいずれかで示す塩基配列、又は配列番号５～７のいずれかで示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号５～７のいずれかで示す塩基配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の配列同一性を有する塩基配列、あるいは、配列番号５～７のいずれかに示す塩基配列に相補的な塩基配列に対して高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列が挙げられる。

　本明細書において「塩基（の）配列同一性」とは、前記アミノ酸配列同一性と同様に、二つの塩基配列の比較範囲内における塩基の種類が同一な部位の割合を示す数値である。塩基配列同一性は、二つの塩基配列の長さが異なる場合であっても、比較範囲内の塩基一致度が最も高くなるように整列（アラインメント）することで算出可能である。限定はしないが、前述のBLASTやFASTAの他、MUMmer等の解析アルゴリズムを塩基配列同一性の解析を行うことも可能である。

　本明細書において、前記「高ストリンジェントな条件」とは、非特異的なハイブリダイゼーションを生じ難い環境条件をいう。高ストリンジェントな条件下では、標的塩基配列を有する核酸とはハイブリッドを形成可能であるが、非特異的な塩基配列を有する核酸はハイブリッドを実質的に形成することができない。一般に高ストリンジェントな条件とは、低塩濃度で、かつ高温な条件をいう。低塩濃度とは、例えば、15～750mM、好ましくは15～500mM、15～300mM又は15～200mMをいう。また、高温とは、例えば、50～68℃、又は55～70℃をいう。高ストリンジェントな条件の具体例として、ハイブリダイゼーション後の洗浄において、65℃、0.1×SSC及び0.1％ SDSで洗浄する条件が挙げられる。

　前記テイルファイバー遺伝子がコードするタンパク質は、いずれも標的細菌に対する溶菌活性を有する。

（１－３）ゲノムDNA
　当該第１のバクテリオファージは、前記テイルファイバー遺伝子を含む。テイルファイバー遺伝子以外の遺伝子や塩基配列については、限定はしない。ファージゲノムDNAは、例えば、配列番号８～１０のいずれかで示す塩基配列（それぞれ、201015bp、200185bp、200277bp）、配列番号８～１０のいずれかで示す塩基配列において前記テイルファイバー遺伝子以外の領域における塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号８～１０で示す塩基配列において前記テイルファイバー遺伝子以外の領域における塩基配列が配列番号８～１０のいずれかで示す塩基配列と80％以上、81％以上、82％以上、83％以上、84％以上、85％以上、86％以上、87％以上、88％以上、89％以上、90％以上、91％以上、92％以上、93％以上、94％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号８～１０のいずれかで示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号８～１０のいずれかで示す塩基配列と整列配置したときに90.0％以上、90.5％以上、91.0％以上、91.5％以上、92.0％以上、92.5％以上、93.0％以上、93.5％以上、94.0％以上、94.5％以上、95.0％以上、95.5％以上、96.0％以上、96.5％以上、97.0％以上、97.5％以上、98.0％以上、98.5％以上、99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

　なお、本明細書において使用されるソフトや解析サーバーによっては、配列同一性を示す指標としてAverage Nucleotide Identity（ANI）等で示されることがあるが、これらを用いても良い。なお、長大なファージゲノムDNAでは、整列配置して比較対象とする範囲を全範囲とすることは容易ではない。したがって、前記のソフトやWebサービスで自動的に整列配置した範囲において、上記配列同一性を有していてもよい。例えばNCBI提供BLASTサーバーを用いた解析では、整列可能な最大の範囲にて自動的に整列配置した後に、比較対象とする範囲がファージゲノムDNA全範囲に占める比率を、Query Coverと呼ばれる値として算出する。このように一部の範囲を整列配置して配列同一性を算出した場合、その結果に基づいて、ファージゲノムDNA全範囲における塩基配列の配列同一性（全範囲の配列同一性）を推定することもできる。例えば、Query Cover値に、整列して比較した範囲における配列同一性の値（整列範囲の配列同一性）を乗算した値を全範囲の配列同一性の推定値とすることができる。この際、推定値の精度を上げるために、例えば、整列範囲以外の範囲において期待される配列同一性を算入する等のさらなる修正を加えてもよい。

　例えば、GENETYXに実装されているGENETYX-NGSでBLAST解析した際には、配列番号８の配列番号９に対する配列同一性（Average Nucleotide Identity：ANI）は、全長の96％以上の範囲に渡って98％以上であり、配列番号10に対する配列同一性は、全長の95％以上の範囲に渡って98％以上であった。したがって、配列番号９のゲノムDNA配列全長に対する配列番号８のゲノムDNA配列の配列同一性は、94％以上であると推定できる。また、配列番号１０のゲノムDNA配列全長に対する配列番号８のゲノムDNA配列の配列同一性は、93％以上であると推定できる。

　なお、本明細書におけるファージのゲノムDNAがパッケージングされる際には、線状（linear）の場合と環状（circular）の場合がある。また、次世代ゲノムシーケンサー解析においては、ゲノムDNAを断片化した後に個々の断片の塩基配列を読み、それらを繋げる解析を経て配列を決定する。ファージの場合には、参照とするゲノムDNA配列を置かずに繋げる（de novo assembly）ことが多い。ゆえに、解析ゲノムの開始点・末端を一義的に決めることは困難である（Merrill, B.D., et al. BMC Genomics, 2016 17, 679）。比較するゲノム配列の開始点・末端は異なっていても良く、ソフトや解析サーバーを用いた解析では自動的に考慮される。

（１－４）効果
　第１のファージを含む本発明の溶菌剤は、キサントモナス属の様々な菌種に幅広く溶菌活性を示すことができ、様々な植物病害に適用し得る。

　一般に、ファージの特異性が高すぎると標的細菌の多様性をカバーできず、効果が限定的となる。また、産業的な観点からは、複数の植物病害に適用できる方が好ましい。したがって、本発明の溶菌剤のように様々な菌種に幅広く溶菌活性を示すファージの有用性は極めて高い。

＜第２のファージ＞
　当該第２のファージは、特定のアミノ酸配列からなるテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むことを特徴とし、標的細菌に対して特異的な溶菌活性を示す。

（２－１）テイルファイバータンパク質
　前記テイルファイバータンパク質は、487個のアミノ酸残基で構成される配列番号１１で示すアミノ酸配列、又は配列番号１１で示すアミノ酸配列において278位及び350位以外の1個のアミノ酸が置換されたアミノ酸配列からなる。配列番号１１で示すアミノ酸配列からなるテイルファイバータンパク質又はその変異体により、特定属の細菌に特異的であり、かつ、その特定属の中では様々な菌種に幅広く溶菌活性を示すという、有用性が極めて高い宿主特異性が実現され得る。

　上述の通り配列番号１１で示すアミノ酸配列において1個のアミノ酸が置換される場合、その位置は278位及び350位以外の位置であれば特に限定しない。例えば、配列番号１１で示すアミノ酸配列における第1位～第250位の範囲の任意のアミノ酸が1個置換されていることができる。具体的には、例えば、配列番号１１で示すアミノ酸配列における第50位以降、第55位以降、第60位以降、第65位以降、第66位以降、第67位以降、第68位以降、第70位以降、第80位以降、第90位以降、第100位以降、第110位以降、第120位以降、第130位以降、第140位以降、第145位以降、第150位以降、第151位以降、第152位以降、第153位以降、第154位以降のアミノ酸が1個置換されていることができる。また、例えば、配列番号１１で示すアミノ酸配列における第200位以前、第190位以前、第180位以前、第170位以前、第160位以前、第159位以前、第158位以前、第157位以前、第156位以前、第155位以前、第154位以前のアミノ酸が1個置換されていることができる。例えば、第50位～第200位、第67位～第156位、第80位～第156位、第100位～第156位、第110位～第156位、第120位～第156位、第130位～第156位、第140位～第156位、第150位～第156位、第153位～第156位、第154位～第156位又は第154位のアミノ酸が1個置換されていることができる。配列番号１１で示されるアミノ酸配列における第67位～第156位のアミノ酸領域は1つのドメインを形成すると考えられることから、アミノ酸が1個置換される場合、このアミノ酸領域内のアミノ酸であればその位置によらずに第２のファージの特性を有する可能性がある。

　アミノ酸置換の種類は特に限定しない。例えば、保存的置換であってよく、また、例えば、低極性側鎖を有するアミノ酸群（Gly, Asn, Gln, Ser, Thr, Cys, Tyr, Leu, Val, Ile, Val, Ala, Met, Pro）内での置換であってもよい。例えば、無電荷極性アミノ酸群（Gly, Asn, Gln, Ser, Thr, Cys, Tyr）又は親水性側鎖を有する中性アミノ酸群（Asn, Gln, Thr, Ser, Tyr, Cys）と中性アミノ酸群（Gly, Ile, Val, Leu, Ala, Met, Pro）との置換であってもよい。より具体的には、例えば、スレオニン（Thr）とアラニン（Ala）の置換であってもよい。このように置換されたアミノ酸配列の一例として、配列番号４５で示されるアミノ酸配列が挙げられる。この配列では、配列番号１１で示すアミノ酸配列において第154位のアミノ酸がスレオニン（Thr）からアラニン（Ala）に置換されている。

（２－２）テイルファイバー遺伝子
　当該第２のバクテリオファージは、前記テイルファイバータンパク質をコードする塩基配列からなるテイルファイバー遺伝子をファージのゲノムDNA中に含む。

　テイルファイバー遺伝子の具体的な塩基配列は、前記配列番号１１で示すアミノ酸配列、又は配列番号１１で示すアミノ酸配列において278位及び350位以外の1個のアミノ酸が置換されたアミノ酸配列をコードする塩基配列であれば特に限定しない。例えば、前記配列番号１１で示すアミノ酸配列をコードする配列番号１２で示す塩基配列からなる遺伝子をいう。また例えば、前記配列番号４５で示すアミノ酸配列をコードする配列番号４６で示す塩基配列からなる遺伝子をいう。

　前記テイルファイバー遺伝子がコードするタンパク質により、特定属の細菌に特異的であり、かつ、その特定属の中では様々な菌種に幅広く溶菌活性を示すという、有用性が極めて高い宿主特異性が実現され得る。

（２－３）ゲノムDNA
　当該第２のバクテリオファージは、前記テイルファイバー遺伝子を含む。テイルファイバー遺伝子以外の遺伝子や塩基配列については、限定はしない。例えば、ファージゲノムDNAは、配列番号１３で示す63753bpの塩基配列、配列番号４７又は４８で示す63743bpの塩基配列、配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において前記テイルファイバー遺伝子以外の領域における塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において前記テイルファイバー遺伝子以外の領域における塩基配列が配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列と98.5％以上、98.6％以上、98.7％以上、98.8％以上、又は98.9％以上、99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列と整列配置したときに99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性を有する塩基配列、あるいは、配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において前記テイルファイバー遺伝子以外の領域における塩基配列に対して高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

（２－４）効果
　第２のファージを含む本発明の溶菌剤は、キサントモナス属の様々な菌種に幅広く溶菌活性を示すことができ、様々な植物病害に適用し得る。

　一般に、ファージの特異性が高すぎると標的細菌の多様性をカバーできず、効果が限定的となる。また、産業的な観点からは、複数の植物病害に適用できる方が好ましい。したがって、第２のファージを含む本発明の溶菌剤のように様々な菌種に幅広く溶菌活性を示すファージの有用性は極めて高い。

＜第３のファージ＞
　当該第３のファージは、特定の塩基配列を含むゲノムDNA配列を有することを特徴とし、標的細菌に対して特異的な溶菌活性を示す。

（３－１）ゲノムDNA
　前記ゲノムDNA配列は、配列番号１４で示す61291bpの塩基配列、配列番号１４で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は配列番号１４で示す塩基配列と80％以上、83％以上、85％以上、88％以上、90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、若しくは99％以上の配列同一性を有する塩基配列を含む、又はからなる。いずれのゲノムDNA配列を有するバクテリオファージも標的細菌に特異的に吸着し、そのゲノムDNAを標的細菌の細胞内に注入できることを特徴とする。

（３－２）効果
　第３のファージを含む本発明の溶菌剤は、キサントモナス属細菌に溶菌活性を示すことができ、植物病害に適用し得る。

＜第４のファージ＞
　当該第４のファージは、特定のアミノ酸配列からなるテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むことを特徴とし、標的細菌に対して特異的な溶菌活性を示す。

（４－１）テイルファイバータンパク質
　前記テイルファイバータンパク質は、604個のアミノ酸残基で構成される配列番号１５で示すアミノ酸配列、配列番号１５で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は配列番号１５で示すアミノ酸配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上のアミノ酸の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。いずれのテイルファイバータンパク質も標的細菌特異的な認識活性を有することを特徴とする。

（４－２）テイルファイバー遺伝子
　当該第４のバクテリオファージは、前記テイルファイバータンパク質をコードする塩基配列からなるテイルファイバー遺伝子をファージのゲノムDNA中に含む。

　テイルファイバー遺伝子の具体的な塩基配列として、例えば、前記配列番号１５で示すアミノ酸配列をコードする配列番号１６で示す塩基配列、又は配列番号１６で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号１６で示す塩基配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の塩基の配列同一性を有する塩基配列、あるいは、配列番号１６に示す塩基配列に相補的な塩基配列に対して高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列からなる遺伝子をいう。

（４－３）ゲノムDNA
　当該第４のバクテリオファージは、前記テイルファイバー遺伝子を含む。テイルファイバー遺伝子以外の遺伝子や塩基配列については、限定はしない。例えば、ファージゲノムDNAは、配列番号１７で示す46393bpの塩基配列、配列番号３で示す塩基配列において前記テイルファイバー遺伝子以外の領域における塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号１７で示す塩基配列において前記テイルファイバー遺伝子以外の領域における塩基配列が配列番号１７で示す塩基配列と80％以上、81％以上、82％以上、83％以上、84％以上、85％以上、86％以上、87％以上、88％以上、89％以上、90％以上、91％以上、92％以上、93％以上、94％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号１７で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号１７で示す塩基配列と整列配置したときに90.0％以上、90.5％以上、91.0％以上、91.5％以上、92.0％以上、92.5％以上、93.0％以上、93.5％以上、94.0％以上、94.5％以上、95.0％以上、95.5％以上、96.0％以上、96.5％以上、97.0％以上、97.5％以上、98.0％以上、98.5％以上、99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

（４－４）効果
　第４のファージを含む本発明の溶菌剤は、キサントモナス属細菌に溶菌活性を示すことができ、植物病害に適用し得る。

＜第５のファージ＞
　当該第５のファージは、特定の塩基配列を含むゲノムDNA配列を有することを特徴とし、本発明の溶菌剤は標的細菌に対して特異的な溶菌活性を示す。

（５－１）ゲノムDNA
　当該第５のバクテリオファージは、該ファージのゲノムのDNA配列が、配列番号１８で示す43177bpの塩基配列又は配列番号１９で示す43741bpの塩基配列、又は配列番号１８若しくは１９で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は配列番号１８若しくは１９で示す塩基配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号１８若しくは１９に示す塩基配列と整列配置したときに95.0％以上、95.5％以上、96.0％以上、96.5％以上、97.0％以上、97.5％以上、98.0％以上、98.5％以上、99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性を有する塩基配列、さらに、配列番号１８又は１９に示す塩基配列に相補的な塩基配列に対して高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有する。

（５－２）効果
　第５のファージを含む本発明の溶菌剤は、キサントモナス属細菌に溶菌活性を示すことができ、植物病害に適用し得る。

＜第６のファージ＞
　当該第６のファージは、本発明において新たに見出されたタンパク質（本明細書では、しばしば単に「本発明のタンパク質」と称する）をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むことを特徴とし、標的細菌に対して特異的な溶菌活性を示す。

（６－１）本発明のタンパク質
　前記本発明のタンパク質は、84個のアミノ酸残基で構成される配列番号２１で示すアミノ酸配列、配列番号２１で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は配列番号２１で示すアミノ酸配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上のアミノ酸の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。いずれの本発明のタンパク質も標的細菌特異的な認識活性を有することを特徴とする。

　本発明のタンパク質は、宿主域の決定に重要な役割を示す新規なタンパク質である。

（６－２）本発明のタンパク質をコードする遺伝子
　当該第６のバクテリオファージは、前記本発明のタンパク質をコードする遺伝子（本明細書では、しばしば単に「本発明の遺伝子」と称する）をファージのゲノムDNA中に含む。

　本発明の遺伝子は、前記配列番号２１で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列であれば特に限定しない。の具体的な塩基配列として、例えば、前記配列番号２１で示すアミノ酸配列をコードする配列番号２２で示す塩基配列、又は配列番号２２で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号２２で示す塩基配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の塩基の配列同一性を有する塩基配列、あるいは、配列番号２２に示す塩基配列に相補的な塩基配列に対して高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列からなる遺伝子をいう。

　前記本発明の遺伝子がコードするタンパク質は、いずれも標的細菌に対する溶菌活性を有する。

（６－３）ゲノムDNA
　当該第６のバクテリオファージは、前記本発明の遺伝子を含む。本発明の遺伝子以外の遺伝子や塩基配列については、限定はしない。例えば、ファージゲノムDNAは、配列番号２３で示す42708bpの塩基配列、配列番号２３で示す塩基配列において前記本発明の遺伝子以外の領域における塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号２３で示す塩基配列において前記本発明の遺伝子以外の領域における塩基配列が配列番号２３で示す塩基配列と95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号２３で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号２３で示す塩基配列と整列配置したときに95.0％以上、95.5％以上、96.0％以上、96.5％以上、97.0％以上、97.5％以上、98.0％以上、98.5％以上、99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

（６－４）効果
　第６のファージを含む本発明の溶菌剤は、キサントモナス属細菌に溶菌活性を示すことができ、植物病害に適用し得る。

＜第７のファージ＞
　当該第７のファージは、特定のアミノ酸配列からなるテイルチューブタンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むことを特徴とし、標的細菌に対して特異的な溶菌活性を示す。

（７－１）テイルチューブタンパク質
　前記テイルチューブタンパク質にはテイルチューブタンパク質A及びテイルチューブタンパク質Bが含まれる。前記テイルチューブタンパク質Aは、205個のアミノ酸残基で構成される配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列、配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列と97％以上、97.5％以上、98％以上、98.5％以上、99％以上又は99.5％以上のアミノ酸の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。

　ここでのアミノ酸の置換は、配列番号２４又は４９に示すアミノ酸配列において、第28位、第108位、第110位、第153位、第157位、第189位及び第201位からなる群から選択される一以上の位置におけるアミノ酸置換を含むことができる。例えば、これらの位置のうち、二以上、三以上、四以上、五以上、六以上又は全ての位置における置換を含むことができる。

　具体的なアミノ酸置換の種類は特に限定しない。例えば、保存的置換であってよく、1個又は数個の非保存的置換を含んでもよい。具体的には、例えば、第７のファージのテイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列は配列番号６０に示すアミノ酸配列であってもよい。このアミノ酸配列は以下に挙げる位置のアミノ酸以外について配列番号２４又は４９に示すアミノ酸配列と同一である：第28位がグルタミン酸（Glu）又はアスパラギン酸（Asp）、第108位がセリン（Ser）又はアスパラギン（Asn）であり、第110位がグルタミン（Gln）又はヒスチジン（His）であり、第153位がグルタミン（Gln）又はリシン（Lys）であり、第157位がアスパラギン酸（Asp）又はアスパラギン（Asn）であり、第189位がチロシン（Tyr）又はフェニルアラニン（Phe）であり、第201位がバリン（Val）又はチロシン（Tyr）である。

　前記テイルチューブタンパク質Bは、834個のアミノ酸残基で構成される配列番号２５（正しくは配列番号５７）又は５０で示すアミノ酸配列、配列番号２５（正しくは配列番号５７）又は５０で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は配列番号２５（正しくは配列番号５７）又は５０で示すアミノ酸配列と97％以上、97.5％以上、97.6％以上、98％以上、98.5％以上、99％以上、又は99.5％以上のアミノ酸の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。

　ここでのアミノ酸の置換は、配列番号５７又は５０に示すアミノ酸配列において、第25位、第53位、第216位、第221位、第272位、第389位、第395位、第410位、第425位、第472位、第607位、第623位、第662位、第670位、第699位、第707位、第757位、第763位、第764位及び第765位からなる群から選択される一以上の位置におけるアミノ酸置換を含むことができる。例えば、これらの位置のうち、二以上、三以上、四以上、五以上、十以上、十五以上又は全ての位置における置換を含むことができる。

　具体的なアミノ酸置換の種類は特に限定しない。例えば、保存的置換であってよく、1個又は数個の非保存的置換を含んでもよい。具体的には、例えば、第７のファージのテイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列は配列番号６１に示すアミノ酸配列であってもよい。このアミノ酸配列は以下に挙げる位置のアミノ酸以外について配列番号５７又は５０に示すアミノ酸配列と同一である：第25位がアラニン（Ala）又はプロリン（Pro）であり、第53位がアラニン（Ala）又はセリン（Ser）であり、第216位がアラニン（Ala）又はプロリン（Pro）であり、第221位がヒスチジン（His）又はチロシン（Tyr）であり、第272位がバリン（Val）又は（Ile）であり、第389位がアラニン（Ala）又はグルタミン酸（Glu）であり、第395位がセリン（Ser）又はアラニン（Ala）であり、第410位がバリン（Val）又はイソロイシン（Ile）であり、第425位がイソロイシン（Ile）又はバリン（Val）であり、第472位がグリシン（Gly）又はアラニン（Ala）であり、第607位がアラニン（Ala）又はセリン（Ser）であり、第623位がイソロイシン（Ile）又はバリン（Val）であり、第662位がアルギニン（Arg）又はセリン（Ser）であり、第670位がロイシン（Leu）又はグルタミン（Gln）であり、第699位がスレオニン（Thr）又はアスパラギン（Asn）であり、第707位がアスパラギン酸（Asp）又はグリシン（Gly）であり、第757位がセリン（Ser）又はアラニン（Ala）であり、第763位がグリシン（Gly）又はセリン（Ser）であり、第764位がセリン（Ser）又はアスパラギン（Asn）であり、第765位がメチオニン（Met）又はバリン（Val）である。

　いずれのテイルチューブタンパク質も標的細菌特異的な認識活性に関与することを特徴とする。

（７－２）テイルチューブ遺伝子
　当該第７のバクテリオファージは、前記テイルチューブタンパク質をコードする塩基配列からなるテイルチューブ遺伝子をファージのゲノムDNA中に含む。

　前記テイルチューブ遺伝子は、テイルチューブタンパク質をコードする遺伝子である限り特に限定しない。テイルチューブタンパク質A遺伝子及びテイルチューブタンパク質B遺伝子が含まれる。

　テイルチューブタンパク質A遺伝子の具体的な塩基配列として、例えば、前記配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列をコードする配列番号２６又は５１で示す塩基配列、又は配列番号２６又は５１で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号２６又は５１で示す塩基配列と97％以上、97.5％以上、98％以上、98.5％以上、99％以上、又は99.5％以上の塩基の配列同一性を有する塩基配列、あるいは、配列番号２６又は５１に示す塩基配列に相補的な塩基配列に対して高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列からなる遺伝子をいう。テイルチューブタンパク質A遺伝子の塩基配列は、配列番号６０で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列であってもよい。

　テイルチューブタンパク質B遺伝子の具体的な塩基配列として、例えば、前記配列番号２５（正しくは配列番号５７）又は５０で示すアミノ酸配列をコードする配列番号２７（正しくは配列番号５８）又は５２で示す塩基配列、又は配列番号２７（正しくは配列番号５８）又は５２で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号２７（正しくは配列番号５８）又は５２で示す塩基配列と97％以上、97.5％以上、98％以上、98.5％以上、99％以上、又は99.5％以上の塩基の配列同一性を有する塩基配列、あるいは、配列番号２７（正しくは配列番号５８）又は５２に示す塩基配列に相補的な塩基配列に対して高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列からなる遺伝子をいう。テイルチューブタンパク質B遺伝子の塩基配列は、配列番号６１で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列であってもよい。

　前記テイルチューブ遺伝子がコードするタンパク質は、いずれも標的細菌に対する溶菌活性を有する。

（７－３）ゲノムDNA
　当該第７のバクテリオファージは、前記テイルチューブ遺伝子を含む。テイルチューブ遺伝子以外の遺伝子や塩基配列については、限定はしない。例えば、ファージゲノムDNAは、配列番号２８で示す44716bpの塩基配列、配列番号２９で示す44829bpの塩基配列又は配列番号５３で示す44585bpの塩基配列、又は配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において前記テイルチューブ遺伝子以外の領域における塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において前記テイルチューブ遺伝子以外の領域における塩基配列が配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列と95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列と整列配置したときに95.0％以上、95.5％以上、96.0％以上、96.5％以上、97.0％以上、97.5％以上、98.0％以上、98.5％以上、99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

（７－４）効果
　第７のファージを含む本発明の溶菌剤は、キサントモナス属の様々な菌種に幅広く溶菌活性を示すことができ、様々な植物病害に適用し得る。

　一般に、ファージの特異性が高すぎると標的細菌の多様性をカバーできず、効果が限定的となる。また、産業的な観点からは、複数の植物病害に適用できる方が好ましい。したがって、第７のファージを含む本発明の溶菌剤のように2種以上の菌種に溶菌活性を示すファージの有用性は極めて高い。

＜第８のファージ＞
　当該第８のファージは、特定の塩基配列を含むゲノムDNA配列を有することを特徴とし、標的細菌に対して特異的な溶菌活性を示す。

（８－１）ゲノムDNA
　前記ゲノムDNA配列としては、配列番号３２～３６のいずれかで示す塩基配列（それぞれ、44388bp、44377bp、45279bp、44378bp、44408bp）、配列番号３２～３６のいずれかで示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、配列番号３２～３６のいずれかで示す塩基配列と整列配置したときに80％以上、81％以上、82％以上、83％以上、84％以上、85％以上、86％以上、87％以上、88％以上、89％以上、90％以上、90.5％以上、91.0％以上、91.5％以上、92.0％以上、92.5％以上、93.0％以上、93.5％以上、94.0％以上、94.5％以上、95.0％以上、95.5％以上、96.0％以上、96.5％以上、97.0％以上、97.5％以上、98.0％以上、98.5％以上、99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性を有する塩基配列を含むか、又はそれからなるゲノムDNA配列が挙げられる。

（８－２）効果
　第８のファージを含む本発明の溶菌剤は、キサントモナス属細菌に溶菌活性を示すことができ、植物病害に適用し得る。

＜第９のファージ＞
　当該第９のファージは、特定のアミノ酸配列からなるテイルチューブタンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むことを特徴とし、標的細菌に対して特異的な溶菌活性を示す。

（９－１）テイルチューブタンパク質
　前記テイルチューブタンパク質にはテイルチューブタンパク質A及びテイルチューブタンパク質Bが含まれる。前記テイルチューブタンパク質Aは、206個のアミノ酸残基で構成される配列番号３７で示すアミノ酸配列、配列番号３７で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は配列番号３７で示すアミノ酸配列と92％以上、93％以上、94％以上、95％以上、96％以上、97％以上、97.5％以上、98％以上、98.5％以上、99％以上又は99.5％以上のアミノ酸の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。

　前記テイルチューブタンパク質Bは、847個のアミノ酸残基で構成される配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列、配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列と92％以上、93％以上、94％以上、95％以上、96％以上、97％以上、97.5％以上、98％以上、98.5％以上、99％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上又は99.5％以上のアミノ酸の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。

　ここでのアミノ酸の置換は、配列番号３８又は５４に示すアミノ酸配列において、第61位、第108位、第404位、第679位、第682位及び第727位からなる群から選択される一以上の位置におけるアミノ酸置換を含むことができる。例えば、これらの位置のうち、二以上、三以上、四以上、五以上又は全ての位置における置換を含むことができる。

　具体的なアミノ酸置換の種類は特に限定しない。例えば、保存的置換であってよく、1個又は数個の非保存的置換を含んでもよい。例えば、低極性側鎖を有するアミノ酸群（Gly, Asn, Gln, Ser, Thr, Cys, Tyr, Leu, Val, Ile, Val, Ala, Met, Pro）内での置換であってもよい。例えば、無電荷極性アミノ酸群（Gly, Asn, Gln, Ser, Thr, Cys, Tyr）又は親水性側鎖を有する中性アミノ酸群（Asn, Gln, Thr, Ser, Tyr, Cys）と中性アミノ酸群（Gly, Ile, Val, Leu, Ala, Met, Pro）との置換であってもよい。より具体的には、例えば、スレオニン（Thr）とアラニン（Ala）の置換であってもよい。

　具体的なアミノ酸配列としては、配列番号５９で示すアミノ酸配列が挙げられる。このアミノ酸配列は以下に挙げる位置のアミノ酸以外について配列番号３８に示すアミノ酸配列と同一である：第61位のアミノ酸がスレオニン（Thr）又はアラニン（Ala）であり、第108位のアミノ酸がグルタミン（Gln）又はリシン（Lys）であり、第404位のアミノ酸がプロリン（Pro）又はグルタミン（Gln）であり、第679位のアミノ酸がプロリン（Pro）又はセリン（Ser）であり、第682位のアミノ酸がスレオニン（Thr）又はアラニン（Ala）であり、かつ第727位のアミノ酸がイソロイシン（Ile）又はバリン（Val）である。

　テイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列が、配列番号５９で示すアミノ酸配列で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は配列番号５９で示すアミノ酸配列と92％以上、93％以上、94％以上、95％以上、96％以上、97％以上、97.5％以上、98％以上、98.5％以上、99％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上又は99.5％以上のアミノ酸の配列同一性を有するアミノ酸配列からなるファージも本発明の第９のファージに包含される。

（９－２）テイルチューブ遺伝子
　当該第９のバクテリオファージは、前記テイルチューブタンパク質をコードする塩基配列からなるテイルチューブ遺伝子をファージのゲノムDNA中に含む。

　テイルチューブタンパク質A遺伝子の具体的な塩基配列として、例えば、前記配列番号３７で示すアミノ酸配列をコードする配列番号３９で示す塩基配列、又は配列番号３９で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号３９で示す塩基配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、97.5％以上、98％以上、98.5％以上、99％以上、又は99.5％以上の塩基の配列同一性を有する塩基配列、あるいは、配列番号３９に示す塩基配列に相補的な塩基配列に対して高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列からなる遺伝子をいう。テイルチューブタンパク質A遺伝子の塩基配列は、配列番号５９で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列であってもよい。

　テイルチューブタンパク質B遺伝子の具体的な塩基配列として、例えば、前記配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列をコードする配列番号４０又は５５で示す塩基配列、又は配列番号４０又は５５で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号４０又は５５で示す塩基配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、97.5％以上、98％以上、98.5％以上、99％以上、又は99.5％以上の塩基の配列同一性を有する塩基配列、あるいは、配列番号４０又は５５に示す塩基配列に相補的な塩基配列に対して高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列からなる遺伝子をいう。テイルチューブタンパク質B遺伝子の具体的な塩基配列として、例えば、配列番号５９で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列が挙げられる。

（９－３）ゲノムDNA
　当該第９のバクテリオファージは、前記テイルチューブ遺伝子を含む。テイルチューブ遺伝子以外の遺伝子や塩基配列については、限定はしない。例えば、ファージゲノムDNAは、配列番号４１で示す43667bpの塩基配列又は配列番号５６で示す43336bpの塩基配列、又は配列番号４１又は５６で示す塩基配列において前記テイルチューブ遺伝子以外の領域における塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号４１又は５６で示す塩基配列において前記テイルチューブ遺伝子以外の領域における塩基配列が配列番号４１又は５６で示す塩基配列と80％以上、81％以上、82％以上、83％以上、84％以上、85％以上、86％以上、87％以上、88％以上、89％以上、90％以上、91％以上、92％以上、93％以上、94％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号４１又は５６で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号４１又は５６で示す塩基配列と整列配置したときに90％以上、91％以上、92％以上、93％以上、94％以上、95.0％以上、95.5％以上、96.0％以上、96.5％以上、97.0％以上、97.5％以上、98.0％以上、98.5％以上、99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

（９－４）効果
　本発明の溶菌剤は、キサントモナス属の様々な菌種に幅広く溶菌活性を示すことができ、様々な植物病害に適用し得る。

　一般に、ファージの特異性が高すぎると標的細菌の多様性をカバーできず、効果が限定的となる。また、産業的な観点からは、複数の植物病害に適用できる方が好ましい。したがって、本発明の溶菌剤のように2種以上の菌種に溶菌活性を示すファージの有用性は極めて高い。

＜第１０のファージ＞
　当該第１０のファージは、特定のアミノ酸配列からなるテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むことを特徴とし、標的細菌に対して特異的な溶菌活性を示す。

（１０－１）テイルファイバータンパク質
　前記テイルファイバータンパク質は、568個のアミノ酸残基で構成される配列番号４２で示すアミノ酸配列、配列番号４２で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は配列番号４２で示すアミノ酸配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上のアミノ酸の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる。いずれのテイルファイバータンパク質も標的細菌特異的な認識活性を有することを特徴とする。

（１０－２）テイルファイバー遺伝子
　当該第１０のバクテリオファージは、前記テイルファイバータンパク質をコードする塩基配列からなるテイルファイバー遺伝子をファージのゲノムDNA中に含む。

　テイルファイバー遺伝子の具体的な塩基配列として、例えば、前記配列番号４２で示すアミノ酸配列をコードする配列番号４３で示す塩基配列、又は配列番号４３で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号４３で示す塩基配列と90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の塩基の配列同一性を有する塩基配列、あるいは、配列番号４３に示す塩基配列に相補的な塩基配列に対して高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列からなる遺伝子をいう。

（１０－３）ゲノムDNA
　当該第１０のバクテリオファージは、前記テイルファイバー遺伝子を含む。テイルファイバー遺伝子以外の遺伝子や塩基配列については、限定はしない。例えば、ファージゲノムDNAは、配列番号４４で示す76340bpの塩基配列、配列番号４４で示す塩基配列において前記テイルファイバー遺伝子以外の領域における塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号４４で示す塩基配列において前記テイルファイバー遺伝子以外の領域における塩基配列が配列番号４４で示す塩基配列と80％以上、81％以上、82％以上、83％以上、84％以上、85％以上、86％以上、87％以上、88％以上、89％以上、90％以上、91％以上、92％以上、93％以上、94％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、又は99％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号４４で示す塩基配列において1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、さらに配列番号４４で示す塩基配列と整列配置したときに90.0％以上、90.5％以上、91.0％以上、91.5％以上、92.0％以上、92.5％以上、93.0％以上、93.5％以上、94.0％以上、94.5％以上、95.0％以上、95.5％以上、96.0％以上、96.5％以上、97.0％以上、97.5％以上、98.0％以上、98.5％以上、99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

（１０－４）効果
　本発明の溶菌剤は、キサントモナス属の様々な菌種に幅広く溶菌活性を示すことができ、様々な植物病害に適用し得る。

２．植物病害防除組成物
２－１．概要
　本発明の第２の態様は組成物、特に植物病害防除用として利用可能な組成物である。本発明の組成物は、第１態様に記載の溶菌剤を有効成分として含むことを特徴とする。

　本発明の組成物によれば、植物病害防除用として用いることで、人体に安全で、かつ環境に対する薬害がなく、目的の植物病害を特異的に予防又は治療することが可能な、細菌性の植物病害に対するサステナブルな農薬を提供することができる。

　なお、本明細書において「植物病害防除組成物」と表記する場合は、本発明の組成物を植物病害防除用途として用いる場合をいう。

２－２．構成
２－２－１．構成成分
　本発明の組成物は、有効成分としての第１態様に記載の溶菌剤であるバクテリオファージを必須の構成成分として含む。また、前記ファージの標的細菌に対する溶菌活性を阻害又は抑制しない範囲において農学上許容可能な担体及び／又は媒体を含むことができる。さらに必要に応じて、他の有効成分を含んでいてもよい。以下、それぞれの構成成分について、具体的に説明をする。

（１）有効成分（溶菌剤）
　本発明の組成物は、第１態様に記載の溶菌剤を必須の有効成分として包含する。植物病害防除組成物では、この有効成分によって本発明の標的細菌が溶菌されるため、当該標的細菌を原因とする植物病害を予防又は治療することができる。

　溶菌剤の具体的な構成は、第１態様で詳述していることからここでの説明は省略する。

　組成物中の単位量あたりに含まれる有効成分の量は、植物病害防除用として用いる場合、剤形、植物病原細菌の種類、対象植物の種類、施用場所、及び施用方法等の諸条件によって左右される。有効成分であるファージが対象植物に感染した植物病原細菌に接触、感染する上で十分な量を含んでいることが好ましい。したがって、当該分野の技術常識の範囲において、本発明の植物病害防除組成物に含まれる溶菌剤が施用後に標的細菌に対して有効量となるように各条件を勘案し、決定すればよい。

　本発明の植物病害防除組成物は、以下に具体的に例示したキサントモナス属細菌を特異的に認識し、溶菌活性を有する一以上の他のファージを有効成分として組み合わせて含むことができる。例えば、標的細菌が同一であっても、異なる細胞表面レセプターを認識するファージであれば、その組合せによって溶菌活性の相乗的効果や補完効果を期待することができる。

　本発明の組成物が複数種類のファージを含む場合、ファージの具体的な種類は特に限定しない。例えば、本明細書に記載のファージのみを有効成分として含んでもよく、他の任意のファージを追加で有効成分として含んでもよい。また、互いに宿主域が類似しているファージ及び／又は互いに宿主域が類似していないファージを含むことができる。宿主域が類似しているファージの組合せとしては、例えば、共通して同じ属（例えば、キサントモナス属）の細菌に対して溶菌活性を示す組合せ、同じ属の一以上の種（例えば、Xanthomonas arboricola）の細菌に共通して溶菌活性を示すファージの組合せ、同じ属の一以上の病原型（例えば、Xanthomonas arboricola pv. pruni）の細菌に共通して溶菌活性を示すファージの組合せ等が挙げられる。また、宿主域が類似していないファージの組合せとしては、特定の属（例えば、キサントモナス属）に属する細菌に対して溶菌活性を示すファージと示さないファージの組合せ、特定の属の特定の病原型（例えば、Xanthomonas arboricola pv. pruni）の細菌に対して溶菌活性を示すファージと示さないファージの組合せ、特定の属の特定の種（例えば、Xanthomonas arboricola）の細菌に対して溶菌活性を示すファージと示さないファージの組合せ、特定の属（例えば、キサントモナス属）、種（例えば、Xanthomonas arboricola）、病原型（例えば、Xanthomonas arboricola pv. pruni）の細菌に対して特異的に溶菌活性を示すファージと非特異的に溶菌活性を示すファージの組合せ等が挙げられる。

　例えば、本発明の組成物は、本明細書に記載の第１のファージ～第１０のファージのうち2種類以上のファージを組合せて含むことができる。具体的には、例えば、第１のファージ、第２のファージ、第７のファージ、第９のファージ及び第１０のファージからなる群から選択される二以上のファージを組合せて含むことができる。また、例えば、第３のファージ、第４のファージ、第５のファージ、第６のファージ及び第８のファージからなる群から選択される二以上のファージを組合せて含むことができる。さらに、例えば、第１のファージ、第２のファージ、第７のファージ、第９のファージ及び第１０のファージからなる群から選択される一以上のファージと、第３のファージ、第４のファージ、第５のファージ、第６のファージ及び第８のファージからなる群から選択される一以上のファージを組合せて含むことができる。

　本発明の組成物に含まれる、本明細書に記載の第１のファージ～第１０のファージの数は1種類以上であれば特に限定しない。例えば、2種類以上、3種類以上、4種類以上、5種類以上、6種類以上、7種類以上、8種類以上、9種類以上、又は10種類以上のファージを含むことができる。また、本発明の組成物には、各ファージ（例えば、第２のファージ等）の範囲に含まれるもののゲノムDNA配列が互いに異なるファージを複数種類含むことができる。具体的には、第２のファージを2種類以上及び／又は第７のファージを2種類以上含むことができる。

　例えば、テイルファイバータンパク質共通のアミノ酸配列として配列番号１で示すアミノ酸配列をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むファージ、具体的には配列番号２～４のいずれかで示すアミノ酸配列をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むファージ、及び配列番号１～４のいずれかで示すアミノ酸配列において、1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むファージが挙げられる。このようなアミノ酸配列をコードする遺伝子の具体的な例として、配列番号５～７のいずれかで示す塩基配列からなる遺伝子、及び配列番号５～７のいずれかで示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は90％以上の配列同一性を有する塩基配列が挙げられる。このような遺伝子を含むファージのゲノムDNAとして、例えば、配列番号８～１０のいずれかで示す塩基配列からなるゲノムDNA、及び配列番号８～１０のいずれかで示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、90％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号２～４のいずれかで示すアミノ酸配列をコードする塩基配列以外の塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は配列番号２～４のいずれかで示すアミノ酸配列をコードする塩基配列以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

　また、例えば、テイルファイバータンパク質のアミノ酸配列として配列番号１１又は４５で示すアミノ酸配列をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むファージ、及び配列番号１１で示すアミノ酸配列において、278位及び350位以外の1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むファージが挙げられる。このようなアミノ酸配列をコードする遺伝子の具体的な例として、配列番号１２又は４６で示す塩基配列からなる遺伝子、及び配列番号１２又は４６で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は90％以上の配列同一性を有する塩基配列が挙げられる。さらに、このような遺伝子を含むファージの具体的なゲノムDNAとして、例えば、配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列からなるゲノムDNA、及び配列番号１３、４７又は４８で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、90％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号１１又は４５で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列以外の塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は配列番号１１又は４５で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

　さらに、ファージのゲノムDNAが、例えば、配列番号１４、１８、１９、及び３２～３６のいずれかで示す塩基配列を含むゲノムDNA、及び配列番号１４、１８、１９、及び３２～３６のいずれかで示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、90％以上の配列同一性を有する塩基配列を含むゲノムDNAが挙げられる。

　また、例えば、テイルファイバータンパク質のアミノ酸配列として配列番号１５又は４２で示すアミノ酸配列をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むファージ、及び配列番号１５又は４２で示すアミノ酸配列において、1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むファージが挙げられる。このようなアミノ酸配列をコードする遺伝子の具体的な例として、配列番号１６又は４３で示す塩基配列からなる遺伝子、及び配列番号１６又は４３で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は90％以上の配列同一性を有する塩基配列が挙げられる。さらに、このような遺伝子を含むファージの具体的なゲノムDNAとして、例えば、配列番号１７又は４４で示す塩基配列からなるゲノムDNA、及び配列番号１７又は４４で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、90％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号１５又は４２で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列以外の塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は配列番号１５又は４２で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

　また、例えば、配列番号２１で示すアミノ酸配列をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むファージ、及び配列番号２１で示すアミノ酸配列において、1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むファージが挙げられる。このようなアミノ酸配列をコードする遺伝子の具体的な例として、配列番号２２で示す塩基配列からなる遺伝子、及び配列番号２２で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は90％以上の配列同一性を有する塩基配列が挙げられる。さらに、このような遺伝子を含むファージの具体的なゲノムDNAとして、例えば、配列番号２３で示す塩基配列からなるゲノムDNA、及び配列番号２３で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、90％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号２１で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列以外の塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は配列番号２１で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

　さらに、例えば、配列番号２４、４９、６０又は３７で示すアミノ酸配列からなるTTPA（Tail-Tubular protein A）遺伝子及び配列番号２５（正しくは配列番号５７）、５０、６１、又は３８、５４若しくは５９で示すアミノ酸配列からなるTTPB（Tail-Tubular protein B）遺伝子をゲノムDNA中に含むファージ、及び配列番号２４、４９又は３７、又は２５（正しくは配列番号５７）、５０、又は３８、５４若しくは５９で示すアミノ酸配列において、1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするTTPA遺伝子をゲノムDNA中に含むファージが挙げられる。このようなアミノ酸配列をコードする遺伝子の具体的な例として、配列番号２６又は３９、又は２７（正しくは配列番号５８）、４０又は５５で示す塩基配列からなる遺伝子、及び配列番号２６又は３９、又は２７（正しくは配列番号５８）、４０又は５５で示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は90％以上の配列同一性を有する塩基配列が挙げられる。さらに、このような遺伝子を含むファージの具体的なゲノムDNAとして、例えば、配列番号２８、２９、４１又は５６のいずれかで示す塩基配列からなるゲノムDNA、及び配列番号２８、２９、４１又は５６のいずれかで示す塩基配列において、1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、90％以上の配列同一性を有する塩基配列、配列番号２４又は３７、又は２５（正しくは配列番号５７）、５０又は３８、５４若しくは５９で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列以外の塩基配列に1個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は配列番号２４又は３７、又は２５（正しくは配列番号５７）、５０又は３８、５４若しくは５９で示すアミノ酸配列をコードする塩基配列以外の塩基配列が80％以上の配列同一性を有する塩基配列からなるゲノムDNAが挙げられる。

　本明細書における配列同一性は、特に限定しない。具体的には、例えば、基準となる配列に対して、80％以上、81％以上、82％以上、83％以上、84％以上、85％以上、86％以上、87％以上、88％以上、89％以上、90.0％以上、90.5％以上、91.0％以上、91.5％以上、92.0％以上、92.5％以上、93.0％以上、93.5％以上、94.0％以上、94.5％以上、95.0％以上、95.5％以上、96.0％以上、96.5％以上、97.0％以上、97.5％以上、98.0％以上、98.5％以上、99.0％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の配列同一性であり得る。

（２）農学上許容可能な担体及び媒体
　「農学上許容可能な担体及び／又は媒体」とは、組成物の施用を容易にし、有効成分であるファージの生存性及び感染性を維持可能、及び／又は作用速度を制御可能な物質であって、野外施用による土壌及び水質等の環境に対する有害な影響がないか又は極めて小さく、さらに動物、特にヒトに対する有害性がないか又は極めて低い物質をいう。

　（２－１）担体
　農学上許容可能な担体の具体例として、界面活性剤、保護剤及び賦形剤等が挙げられる。また、所望であれば、少量の湿潤剤、乳化剤及びpH緩衝剤等を利用しても良い。当該担体は、予め配合しても良いし、施用の直前に配合しても良い。

　界面活性剤は、組成物の植物体に対する湿展（ぬれ）性、乳化性、分散性、浸透性、付着性、消泡性、及び拡展性等の物理化学的性質を向上させる効果を有する。界面活性剤は、展着剤と呼ばれる農薬補助剤の主成分として利用することができる。展着剤には、非イオン性界面活性剤、非イオン性界面活性剤と陰イオン性界面活性剤の組合せ、パラフィン系、及びパリオキシエチレン樹脂酸エステル等が例示される。より具体的には、例えば、ポリオキシエチレンアルキルエーテル系化合物、ポリオキシエチレン脂肪酸エステル系化合物、リグニンスルホン酸塩系化合物、ナフチルメタンスルホン酸塩系化合物、アルキルスルホコハク酸塩系化合物、テトラアルキルアンモニウム塩系化合物が挙げられる。

　保護剤は、ファージの場合には紫外線によるダメージ軽減等の効果が期待される。例えば、スキムミルク類、カゼイン類、ゼラチン類等が挙げられる。

　賦形剤としては、例えば、グルコース、ラクトース、ショ糖、ゼラチン、デンプン、麦芽、小麦粉等が挙げられる。

　（２－２）溶媒
　農学上許容可能な溶媒の具体例として、水（水溶液を含む）、バッファー、又は液体培地が挙げられる。本溶媒は、無菌液体であることが好ましい。

（３）他の有効成分
　本発明の組成物は、第１態様に記載の溶菌剤に加えて、当該溶菌剤を構成するファージの溶菌活性に影響しない範囲において、同一の、及び／又は異なる薬理作用を有する他の有効成分を一以上含むことができる。

　他の有効成分の種類は問わない。例えば、同一の、及び／又は異なる細菌に対して溶菌活性を有するファージであってもよい。同一細菌に対する溶菌活性を有するファージとしては、例えば、第１態様に記載の溶菌剤を構成するファージと同様に、キサントモナス属細菌を特異的に認識し、結合する他のファージが挙げられる。

　その他にも、殺虫剤、除草剤、肥料（例えば、尿素、硝酸アンモニウム、過リン酸塩）や、必要に応じて、公知の化学農薬、抗生物質及び生物農薬を他の有効成分として包含することができる。

２－２－２．剤形
　本発明の組成物の剤形は、植物病害防除組成物として用いる場合、対象植物上の標的細菌の感染部位、対象植物への定着性、及び／又は有効成分であるファージの標的細菌への感染容易性が保持され得る剤形であれば、いかなる剤形であってもよい。例えば、植物病害防除組成物を、適当な溶液に懸濁した液体状態の液剤又は水和剤としてもよいし、又は担体と混合し、固化した固体状態の粉剤、粒剤、ゲル剤としてもよい。例えば、対象植物における標的細菌の感染部位が地上部の葉、花、実、茎、枝、又は幹の場合、限定はしないが、それらの感染部位に広く行き渡り、定着性も高い、液剤、水和剤、又はゲル剤が好適である。一方、標的細菌の感染部位が地下部の根、又は地下茎の場合、限定はしないが、土中で徐放され、感染部位に持続的に効果を発揮し得る粉剤、又は粒剤が好適である。

２－３．施用方法
　本発明の組成物の施用方法は、植物病害防除組成物として用いる場合、対象植物に植物病害防除組成物を施用することができる方法であれば、当該分野で公知の方法を用いればよく、特に限定はされない。植物病害防除組成物の有効成分であるファージは、対象植物の茎葉部、及び根部等、植物体表面全体から侵入し得ることから、目的に合わせて適切な方法で施用することができる。例えば、施用部位が茎葉部等の地上部であれば、施用部位に植物病害防除組成物が直接接触するように施用すればよい。直接接触には、例えば、植物病害防除組成物の施用部位への塗布、噴霧、散布又は浸漬等が挙げられる。施用は、対象植物の標的細菌による感染部位、又は感染の恐れのある部位に対して行うことが特に好ましい。また施用部位が根部等の地下部であれば、土壌中に、また培地であれば培地中に添加して、間接的にすればよい。ここでいう「土壌」は、対象植物の生育が可能な土壌であれば特に制限はしない。通常は、適当な栄養素を含み、適切なpH値を有する栽植用土壌が利用される。土壌の場所は、問わない。また、「培地」は、人工的に調製した対象植物の栽植用培地をいう。寒天培地のような固体培地であってもよいし、液体培地であってもよい。培地の例として、例えば、隔離ベッド、根域制限ポット又は苗床が挙げられる。培地の組成は、当該分野で公知の培地組成でよい。植物の種類等によって適宜選択することができる。

２－４．対象植物
　本発明の植物病害防除組成物の対象植物は、本発明の標的細菌を原因とする植物病害を発症し得る植物であれば、その種類は特に限定はしない。被子植物又は裸子植物のいずれであってもよい。さらに、草本植物であるか、木本植物であるかも問わない。対象植物の好適な具体例としては、農業上重要な植物、例えば、穀類、野菜、果物等の作物植物や花卉植物が挙げられる。具体的には、単子葉植物では、イネ科（Poaceae）植物（例えば、イネ、コムギ、オオムギ、トウモロコシ、サトウキビ、ソルガム、コウリャン、芝草）、バショウ科（Musaceae）植物（例えば、バナナ）、ヒガンバナ科（Amaryllidaceae）植物（例えば、ネギ、タマネギ、ニンニク、ニラ）、ユリ科（Liliaceae）植物（例えば、ユリ、チューリップ）が挙げられる。また、双子葉植物では、アブラナ科（Brassicaceae）植物（例えば、キャベツ、ダイコン、ハクサイ、アブラナ）、キク科（Asteraceae）植物（例えば、レタス、ゴボウ、キク）、マメ科（Fabaceae）植物（例えば、ダイズ、落花生、エンドウ、インゲンマメ、レンズマメ、ヒヨコマメ、ソラマメ、甘草）、ナス科（Solanaceae）植物（例えば、トマト、ナス、ジャガイモ、タバコ、ピーマン、トウガラシ、ペチュニア）、バラ科（Rosaceae）植物（例えば、イチゴ、リンゴ、ナシ、モモ、ビワ、アーモンド、スモモ、バラ、ウメ、サクラ）、ウリ科（Cucurbitaceae）植物（例えば、キュウリ、ウリ、カボチャ、メロン、スイカ）、ウルシ科（Anacardiaceae）植物（例えば、マンゴー、ピスタチオ、カシューナッツ）、クスノキ科（Lauraceae）植物（例えば、アボカド）ミカン科（Rutaceae）植物（例えば、ミカン、グレープフルーツ、レモン、ユズ）、ヒルガオ科（Convolvulaceae）植物（例えば、サツマイモ）、ツバキ科（Theaceae）植物（例えばチャノキ）、及びブドウ科（Vitaceae）植物（例えば、ブドウ）が該当する。

２－５．対象植物病害
　本発明の植物病害防除組成物を施用する対象植物病害は、本発明の標的細菌を原因として発症するあらゆる植物病害が該当する。好ましくは、キサントモナス属細菌を原因とする植物病害である。例えば、モモ等に見られるせん孔細菌病（Bacterial spot）、クルミ等に見られる黒斑細菌病（Bacterial blight）、ダイズ等に見られる葉焼病（Bacterial pustule）、イチゴ等に見られる角斑病（Angular leaf spot）、トマト、ピーマンやレタス等に見られる斑点細菌病（Bacterial blight）、キャベツ、ハクサイやブロッコリー等に見られる黒腐病（Black rot）、オレンジやグレープフルーツ等に見られる潰瘍病（Bacterial canker）、ワタ等に見られる角点病（Angular leaf spot）、イネ等に見られる白葉枯病（Leaf blight）等が挙げられる。

３．植物病害防除方法
３－１．概要
　本発明の第３の態様は、植物病害防除方法である。本発明の植物病害防除方法は、第２態様に記載の植物病害防除組成物を対象植物に施用することで、対象植物の植物病害を防除することを特徴とする。

　本発明の植物病害防除方法によれば、対象植物における細菌性、特にキサントモナス属細菌を原因とする植物病害を防除することができる。

３－２．方法
　本発明の植物病害防除方法は、接触工程を必須の工程として含む。

　「接触工程」とは、第２態様に記載の植物病害防除組成物を対象植物に接触させる工程である。本工程は、基本的に第２態様の植物病害防除組成物における「２－３．施用方法」に準ずる。

　本態様において「接触」とは、植物病害防除組成物と対象植物が接することをいう。より具体的には、植物病害防除組成物の有効成分である第１態様に記載の溶菌剤、すなわちファージが対象植物の植物体、好ましくは標的細菌による感染部位又は感染の恐れのある部位に接することをいう。この工程は、有効成分であるファージを標的細菌に感染させることを目的とするもので、それによって標的細菌は溶菌される。その結果、標的細菌を原因とする植物病害の防除効果が発揮され得る。

　接触は、直接的接触、又は間接的接触のいずれであってもよい。本態様で直接的接触とは、植物病害防除組成物が対象植物の所定の部位に直接接することである。具体的には、例えば、液状又はゲル状の植物病害防除組成物を対象植物の植物体に塗布、噴霧、散布又は浸漬することをいう。この場合、接触対象となる植物体は、主に葉、花、実、茎、枝、及び／又は幹等の部位となる。一方、本態様で間接的接触とは、植物病害防除組成物が仲介物を介して対象植物の所定の部位に接することをいう。例えば、粒状の植物病害防除組成物を対象植物の根部周辺の土中に施用することをいう。土中の水等を介して有効成分であるファージが運搬され、やがて根部から吸収される。

３－３．効果
　本発明によって得られた組成物の有効成分であるファージは、標的細菌を効率よく殺菌することができるので、標的細菌が原因となる病害の予防・抑止に役立つ。また、その特異的な溶菌活性に基づく標的細菌の検出・同定によって、病害の診断も可能となる。キサントモナス属細菌に慣行的に用いられてきた薬剤として銅剤や抗生物質が挙げられるが、これらの薬剤は薬害や菌叢バランス破綻の要因となり得る。例えば、Pseudomonas fluorescensのいくつかの株は、植物生長促進効果を持つことが実証されており（Haas D., Defago G., Nature Reviews in Microbiology, 2005, 3(4), 307-19）、銅剤や抗生物質はこのような植物と共生関係にある細菌をも殺菌してしまう可能性が高い。一方、ファージは生物由来物質であるため薬害の顕在化は報告されておらず、特異性が高いため菌叢バランスへの影響が極めて限定的である。

４．キサントモナス属細菌同定方法
４－１．概要
　本発明の第４の態様は、キサントモナス属細菌の同定方法である。本発明の同定方法は、第１態様に記載の溶菌剤を構成するファージの宿主特異性を利用して、キサントモナス属細菌を同定することを特徴とする。

　本発明によれば、植物病害の原因となった未同定の植物病原細菌がキサントモナス属細菌であるか否かを判定し、同定することができる。

４－２．方法
　本発明の同定方法は、培養工程、混合工程、混合物培養工程、及び判定工程を必須の工程として、また、単離工程を選択工程として含む。以下、それぞれの工程について、説明をする。

（１）単離工程
　「単離工程」は、植物病害に侵された植物組織から被験細菌を単離する工程である。本工程は、選択工程であり、必要に応じて行えばよい。

　「被験細菌」とは、本発明の第４の態様のキサントモナス属細菌同定方法、又は後述する第５の態様のキサントモナス属細菌検出方法に供される植物病原細菌であって、その菌種が明らかにされていない細菌をいう。

　植物組織は、植物病害を発症した植物のいずれの部位であってもよいが、植物病害の症状が顕著に認められる部位が好ましい。例えば、モモせん孔細菌病を発症したモモであれば、病害の見られる葉を用いればよい。

　採取した植物組織から被験細菌を単離するには、病害の見られる検体を水等の溶媒に浸漬し抽出すればよく、抽出の際に検体を断片化・破砕してもよい。続いて、抽出液を寒天培地上にストリークし、単一コロニーをピックすればよい。

（２）培養工程
　「培養工程」は、単離された被験細菌を培養し培養物を得る工程である。被験細菌の培養方法は、当該分野で公知の方法で行えばよい。

　「培養物」とは、被験細菌を培養して得られるもので、液体、又は固体のいずれであってもよい。

　本工程では、被験細菌は未同定の状態であるため、本工程で使用する培地は、植物病原細菌を広く培養可能な培地を用いることが望ましい。少なくとも本発明の同定対象細菌であるキサントモナス属細菌を培養可能な培地を用いる。そのような培地として、例えば、ペプトン、トリプトン等のタンパク酵素分解物、ポテトデキストロース、イーストエキス等の生物由来抽出物、グルタミン酸等のアミノ酸又はその塩、グルコース、スクロース等の糖類、塩化ナトリウム、塩化マグネシウム、リン酸二水素カリウム等の無機塩から選ばれる一以上の成分を含む培地であればよい。具体的な培地及び組成としては、LB培地（トリプトン、イーストエキス、塩化ナトリウム）、YPG培地（イーストエキス、ペプトン、グルコース）、PD培地（ポテトデキストロース）、ペプトン加用諏訪培地（スクロース、グルタミン酸、ペプトン）等が挙げられる。

　単離された被験細菌を前記培地に播種し、適切な培養条件下で培養する。培養条件は、例えば20～40℃、20～30℃、22～28℃、又は24～26℃で、撹拌しながら培養することで培養物を得ることができる。培養時間は、限定はしないが、例えば600 nmでの濁度が1.0程度に達するまで培養すればよい。本工程によって、被験細菌の培養液が得られる。また、培養は、二以上の多段階培養であってもよい。例えば、液体培地で培養後に得られた培養液に軟寒天含有液体培地を加え、寒天培地のような固体培地上に注いで固化した後、さらに培養することができる。

（３）混合工程
　「混合工程」は、前記培養工程で得られた培養物と第１態様に記載の溶菌剤を混合し混合物を得る工程である。

　「混合物」とは、培養物と溶菌剤とを混合したもので、液体、又は固体のいずれであってもよい。

　前記培養物と溶菌剤を混合することができれば、混合方法は特に限定はしない。第１態様に記載の溶菌剤は固体状態でもよいが、水や液体培地で懸濁した液体状態で投与してもよい。

　培養物と溶菌剤が共に液体であれば、培養物と溶菌剤の容量比を、1：9、2：8、3：7、4：6、5：5、6：4、7：3、8：2、又は9：1にすればよい。投与後は、培養物と溶菌剤を撹拌等によって十分に混合すればよい。一方、前述のように軟寒天含有液体培地を積層した場合、培養物は固体である。この場合、ゲル表面のような固体培養物上に溶菌剤を滴下することによって、固体培地上で両者を混合し、混合物を得てもよい。

（４）混合物培養工程
　「混合物培養工程」は、前記混合物を所定の条件下で培養する工程である。

　なお、混合物の培養にあたり、混合物に軟寒天含有液体培地を加え、寒天培地のような固体培地上に注いで固化した後、さらに培養することもできる。

　本工程の基本的手順は前記培養工程に準ずる。本工程では、限定はしないが、次述の判定工程において溶菌剤を構成するファージによる被験細菌の溶菌の有無を確認しやすいように、いわゆるプラークアッセイ法に基づいた培養を行うことが好ましい。例えば、混合液の一部を同組成の軟寒天培地と混合した後、その軟寒天培地が固化する前に、同じく同組成の寒天培地上に注ぎ、培地全体に展開すればよい。その後、前記培養工程と同様の条件で培養すればよい。

（５）判定工程
　「判定工程」は、前記培養工程後の被験細菌が溶菌していたときに前記被験細菌がキサントモナス属細菌であると判定する工程である。

　溶菌の有無の判断は限定しないが、例えば、プラークアッセイ法に基づく場合であれば、プラーク形成の有無によって判定すればよい。前述の混合物培養工程後に、寒天培地上に展開され、固化した軟寒天培地にプラークが存在する場合、被験細菌は本発明の溶菌剤を構成するファージの感染により溶菌されたことを示す。したがって、このときの被験細菌は、キサントモナス属細菌であると判定することができる。一方、被験細菌が寒天培地上全体で増殖し、プラークが全く存在しない場合であれば、被験細菌はキサントモナス属細菌ではないと判定することができる。

　より正確な判定を行うために、混合物培養工程において溶菌剤を含まない培地と混合する陰性対照、及び／又は被験細菌に代えて、同定済みのキサントモナス属細菌を培養工程から用いる陽性対照を同時調製し、陰性対照ではプラークを生じないこと、及び陽性対照ではプラークが観察されることを確認してもよい。

４－３．効果
　本発明のキサントモナス属細菌同定方法によれば、植物病害の原因がキサントモナス属細菌であるか否かを同定することができる。

　また本発明のキサントモナス属細菌同定方法によれば、キサントモナス属細菌が原因と予想される植物病害を発症した植物の病変部にキサントモナス属細菌が存在するか否かを検出することができる。

　本願における実施例は、特願2022-156882における実施例に以下の通り対応する：実施例１は実施例１に、実施例２は実施例２に、実施例３は実施例３に、実施例４は実施例４に、実施例５は実施例５に、実施例６は実施例６に、実施例７は実施例７に、実施例８は実施例８に、実施例９は実施例９に、実施例１０は実施例１０にそれぞれ対応する。また、本願における表１～１３は、特願2022-156882における表１～１３と完全に同一である。また、本願における図１～１１は、特願2022-156882における図１～１１と完全に同一である。また、本願における配列番号１～４４は、特願2022-156882における配列番号１～４４と完全に同一である。

＜実施例１：新規バクテリオファージの単離とその溶菌活性（１）＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本実施例では、対象とする植物病原細菌は、全て農研機構（NARO）より入手した。本実施例で用いた各菌を農研機構の寄託ナンバリングと併せて表２に記載する。

　対照用として、植物成長促進作用等が報告される環境に有益なPseudomonas fluorescensの菌株を英国微生物株保存機関UKNCC内の研究所NCIMBより入手した（NCIMB-ID:10460）。

　Xanthomonas oryzae pv. oryzaeの培養には、Lグルタミン酸Na 0.5g、MgCl₂・6H₂O 1.0g、KH₂PO₄0.1g、スクロース 5g、及びペプトン5gをH₂O 1Lに溶解してオートクレーブした液体培地（SW+P Broth）を用いた。その他のキサントモナス属細菌、及びPseudomonas fluorescensの菌種の培養には、ペプトン1g、イーストエキス 1g及びグルコース2gをH₂O 1Lに溶解してオートクレーブした液体培地（YPG Broth）を用いた。また、寒天培地として、上記Broth（SW+P Broth又はYPG Broth）に1Lあたり15gの寒天を加えてオートクレーブした寒天培地（SW+P Brothを用いた際には「SW+P Agar」、YPG Brothを用いた際には「YPG Agar」と表記する）を用いた。さらに、寒天培地上層に積層する軟寒天培地（Top Agar）は、上記Brothに1Lあたり5gのアガロースを加えて、オートクレーブしたTop Agarを約50℃で保管し、必要に応じて利用した。

　乾燥粉末状態で送付された上記各菌株をBroth 0.1mLにて懸濁した後、Agar（SW+P Agar又はYPG Agar）にて25℃で画線培養を行い、シングルコロニーを単離した。単離コロニーをBrothに接種して25℃で振盪培養し、これを前培養液とした。本培養は、前培養液をBrothに接種し、濁度（Optical Density 600nm）が1.0程度に達するまで、25℃にて10～30時間培養した。培養後の培養液をそのまま菌液として使用した。

（２）第１のファージの単離及び純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、又は土壌から単離した。ファージの単離方法は、常法のプラークアッセイ法に基づいて行った。まず、池や湖等の汚水、又は土壌を水で懸濁した汚水を、0.45μmフィルターでろ過し、ファージ含有液を調製した。続いて、菌液とファージ含有液を等量混合し、室温10分程度放置した。次に、菌／ファージ混合液0.2mLをTop Agar 3mLに添加し、素早くボルテックスミキサーにかけて混合した後、Agar上に注いだ。Top Agarが固化した後に25℃にて12時間程度静置培養した。培養によって形成された菌のローン（Lawn）上に溶菌プラーク（Plaque）を形成させた。その後、先端切断チップを用いてプラーク部分のゲルを吸引し、キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を有するファージを単離した。その後、単離したファージを高濃度に含むファージ含有液を汚水の代わりに用い、この手順を繰り返すことによって、ファージを純化した。

　上記いずれかの菌株を増幅した軟寒天培地上に形成される溶菌プラークを検出する手法にて、天然の汚水・土壌から新たなファージを計3種類単離した。実施例１で単離された新規ファージ3種を「第１のファージ」とする。

　単離したファージは、SM Bufferに懸濁し、0.2μmフィルターを通したファージ含有液として回収した。このファージ含有液を上記条件で前記菌液と混合し、再度ファージを単離した。この手順を数回繰り返すことによって、さらにファージを純化した。SM Bufferの組成は表３に示す。

（３）第１のファージの増幅及び精製
　単離及び純化した第１のファージを増幅し、精製するためにプラークアッセイ法を用いた増幅法であるプレートライセート（PL）法を実施した。Agar上に多くのプラークが形成されるように、菌／ファージ混合液を調製し、Top Agarと混合した後、YPG Agar上に展開させて培養した。その後、プラークが形成されたTop Agar上に3mL SM Bufferを添加して、25℃で30分程度振盪し、上清を0.2μmフィルターに通してファージの含有する回収液を回収した。

　第１のファージの精製は、前記回収液10mLに、PEG 6000 1g（最終濃度10％）、NaCl 0.4g（最終濃度4％）を加え溶解し、ローテーターを用いて4℃で一晩、回転処理を行った。その後、×15,000g／4℃／60分にて遠心し、上清を除いた。回収したペレットをSM Buffer 0.5mLで再懸濁した。続いて、クロロホルム0.5mLを加え、激しく攪拌し、氷上で6時間放置した。×8,000g／4℃／10分で遠心した後で、上層を慎重に回収し、ファージ精製液を得た。ファージ精製液の濃度は、プラークアッセイ法でのプラーク数（Plaque Forming Unit、PFU）をベースとした力価 [PFU/mL]で表すのが一般的であり、溶菌活性を示す一つの指標となる。調製した第１のファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）第１のファージの宿主域評価
　第１のファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。菌液のみ0.1mLをTop Agar 3mLに添加して混合後、Agarに注いで、プレート全体に展開し固化させた。菌液は、上記（１）で調製した表１に示す各キサントモナス属細菌の菌液の他、対照用のPseudomonas fluorescensの菌液も調製した。その後、ファージ精製液を5μL程度滴下し、25℃にて12時間前後静置培養した。菌のローンが形成されたプレート上で、滴下した場所で円（直径約1cm）状に透明（Clear）になれば、滴下したファージがその菌株に対して溶菌活性があると判定した。

　結果の一例を図１に示した。第１のファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られた3種類の第１のファージは、表２に示したXanthomonas arboricola、Xanthomonas campestris、Xanthomonas citri、Xanthomonas oryzae及びXanthomonas cucurbitaeの5種の菌種に属する菌株の全てに対して溶菌活性を示した。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては、溶菌活性を示さないことも確認された。キサントモナス属の2種以上の菌種に活性を示すファージの報告例はあるが、上述のようなパターンは報告されていない（Nakayinga R. et al., BMC Microbiology, 2021, 21:291）。

　配列番号８に示す塩基配列を有する第１のファージについて、菌種として、IDがMAFF No.311019のXanthomonas oryzae pv. oryzaeを使用して行ったプラークアッセイのプレートの一例を図１２に示す。溶菌の結果形成されるプラークが数多く形成されていることから、イネから単離されたこの細菌に対しても第１のファージが溶菌活性を示すことがわかる。これらの結果は第１のファージが様々な植物病害に適用できる可能性を示している。例えば、キサントモナス属細菌が原因となる、モモせん孔細菌病、イネ白葉枯病、ミカン潰瘍病、及びブロッコリー黒腐病等の防除に有用であることが示唆され、産業利用上の価値も高いことが期待される。

（５）第１のファージのゲノム解析
　第１のファージについてゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて第１のファージのゲノムを抽出した。キットに付属マニュアルに従った処理により、夾雑物となる宿主細菌由来ゲノムDNAを除去した。その後、NucleoSpin（登録商標） Virus（Machery-Nagel社）を用い、付属マニュアルに従い、Proteinase K処理によってファージ外殻分子を分解した。シリカスピンカラムを用いたゲノムDNA精製を経て、第１のファージのゲノムDNA溶液を調製した。その後、Qubit dsDNA HS Assay kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いてゲノムDNAの濃度を測定し、終濃度0.2ng/μLとなるようゲノムDNA溶液を50μL調製した。続いて、Nextera XT DNA Library Prep（Illumina社）を用い、付属マニュアルに従った処理により、第１のファージのゲノムの断片化及びPCRによるアダプター配列の付加を行った。次に、Agilent High Sensitivity DNA Kit（Agilent Technologies社）を用いて、Bioanalyzer（Agilent Technologies社）による電気泳動を行い、サンプルの平均bpサイズを測定し、DNA断片の濃度を求めた。最後にMiseq Reagent kit （Illumina社）を用い、付属マニュアルに従った処理により測定用サンプルを調製し、次世代シークエンサーMiseq（Illumina社）を用いた測定を行った。CLC genomics workbench（Qiagen社）を利用し、得られたデータの前処理（トリミング等）を行った後、de novoアッセンブリーを行い、ファージのゲノム配列に相当するcontig配列を取得した。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　第１のファージのゲノム塩基配列（配列番号８～１０）を、GENETYXに実装されているGENETYX-NGSでBLAST解析した結果、配列番号８～１０の塩基配列は互いに高い配列同一性を有していた。例えば、配列番号８の塩基配列の配列番号９の塩基配列に対する配列同一性（平均ヌクレオチド同一性（Average Nucleotide Identity：ANI））は、全長の96％以上の範囲で98％以上であり、配列番号８の塩基配列の配列番号１０の塩基配列に対する配列同一性は、全長の95％以上の範囲に渡って98％以上であった。

　さらに、上記ファージ3種のゲノム配列情報からテイルファイバー遺伝子を検索した。RASTサーバー（https://rast.nmpdr.org/）及びPHASTER（https://phaster.ca/）を利用してテイルファイバー遺伝子の探索を行った結果、各ファージのゲノム配列中からテイルファイバー遺伝子と推定される配列番号５～７で示す塩基配列が特定された。配列番号５～７の塩基配列をGENETYXで解析した結果、配列番号５～７の塩基配列は互いに高い配列同一性を有しており、例えば、配列番号５の塩基配列の配列番号６及び７の塩基配列各々に対する配列同一性は96％以上であり、配列番号６及び７の塩基配列の配列同一性は98％以上であった。また、配列番号５～７の塩基配列によりコードされるアミノ酸配列（配列番号２～４）をGENETYXで解析した結果、配列番号２～４のアミノ酸配列も互いに高い配列同一性を有しており、配列番号２～４のアミノ酸配列間の配列同一性は98％以上であった。

　上記ファージのゲノム塩基配列（配列番号８～１０）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバー（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）を用いて、類似DNA配列の検索と配列同一性の確認を実施した。検索の結果、米国特許出願公開第2016/0309723号に記載のファージMijaのゲノム配列（上記公報の配列番号２９）が最も類縁スコアが高く、例えば配列番号８のゲノム塩基配列に対して、全長の93％の範囲に渡って、86.5％の配列同一性を有していた。

　ファージMijaの溶菌活性が確認されているのは、Xylella fastidiosa等であり、ファージMijaの宿主域は本発明のファージとは異なる。一般に、ファージの宿主特異性や宿主範囲に係る特徴は、テイルファイバータンパク質の役割が大きいと考えられる（Nobrega F.L. et al., Nat. Rev. Microbiol., 2018, 16:760-773）ことから、本発明者らは、上記宿主域の相違はテイルファイバー遺伝子の相違に起因するのではないかと考えた。

　そこで、特定したテイルファイバー遺伝子の塩基配列（配列番号５～７）をクエリとして用い、ファージMijaのゲノム配列において類似DNA配列を探索した。その結果、ファージMijaのゲノム配列には、配列番号５で示す塩基配列に対して全長の僅か16％の範囲に渡って83％の配列同一性がある領域しか見つからず、配列番号５～７で示す塩基配列に対して全長にわたって相同なDNA配列は見つからなかった。この結果から、ファージMijaと本願実施例で得られたファージ3種の宿主域の相違はテイルファイバー遺伝子の相違に起因することが示された。

　本発明のファージが有するテイルファイバー遺伝子が新規なものであるかを調べるために、配列番号２～４のアミノ酸配列をクエリとして、NCBI提供BLASTサーバーにて類似アミノ酸配列の検索を行った。その結果、Stenotrophomonas phage vB_SmaS-DLP_6のテイルファイバータンパク質（GenBankアクセッション番号：AMQ65898.1）が最も類縁スコアが高かった。しかし、そのアミノ酸配列は、配列番号２～４のいずれのアミノ酸配列に対しても配列同一性が低く、例えば、配列番号２の配列に対しては、全長の僅か35％の範囲に渡って、58.47％の配列同一性しか有さなかった。なお、Stenotrophomonas phage vB_SmaS-DLP_6は、Stenotrophomonas属を標的としており、本発明のファージとは異なる属の細菌を標的とする。

　以上の結果から、本発明のファージは、従来報告されていないキサントモナス属の新規宿主域を有し、その特徴は、特に新規テイルファイバー遺伝子が担っていることが示された。

＜実施例２：新規バクテリオファージの単離とその溶菌活性（２）＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本実施例では標的細菌となる植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。実施例２で用いた各菌を、それぞれの農研機構の寄託ナンバリング（MAFF No.）と併せて表４に記載する。

　また、対照用として、シュードモナス属細菌であるPseudomonas fluorescensの菌株を英国微生物株保存機関UKNCC内の研究所NCIMBより入手した（NCIMB-ID:10460）。

　Xanthomonas属細菌及びPseudomonas fluorescensの培養は、実施例１の「（１）植物病原細菌の入手と培養」に記載の方法に準じた。

（２）第２のファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、又は土壌から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌から新たなファージを1種類単離した。実施例２で単離されたこの新規ファージを「第２のファージ」とする。

　単離したファージは、SM Bufferに懸濁し、0.2μmフィルターを通したファージ含有液として回収した。このファージ含有液を上記条件で前記菌液と混合し、再度ファージを単離した。この手順を数回繰り返すことによってファージを純化した。

（３）第２のファージの増幅及び精製
　単離及び純化した第２のファージを増幅し、精製するためにプレートライセート（PL）法を実施した。具体的な方法は、実施例１の「（３）第１のファージの増幅及び精製」に記載の方法に準じた。調製した第２のファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）第２のファージの宿主域評価
　第２のファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。

　結果の一例を図２に示す。第２のファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られた第２のファージは、表４に示したキサントモナス属細菌の全てに対して溶菌活性を示した。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては溶菌活性を示さなかった。実施例１と同様に、表４に示すような多様な菌種全てに対して溶菌活性を示すファージは今まで知られていなかった。

　この第２のファージについて、菌種として、IDがMAFF No.311019のXanthomonas oryzae pv. oryzaeを使用して行ったプラークアッセイのプレートの一例を図１３に示す。溶菌の結果形成されるプラークが数多く形成されていることから、イネから単離されたこの細菌に対しても第２のファージが溶菌活性を示すことがわかる。これらの結果は、単離された第２のファージがキサントモナス属細菌に対して広く溶菌活性を示すことを示唆している。

　また、この結果から第２のファージは、キサントモナス属細菌が原因となる、モモせん孔細菌病、イネ白葉枯病、ミカン潰瘍病、及びブロッコリー黒腐病等の防除に有用であることが示唆された。

（５）第２のファージのゲノム解析
　第２のファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）第２のファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて第２のファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られたファージのゲノム塩基配列（配列番号１３）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバー（同上）を用いて、類似DNA配列の検索と配列同一性の確認を実施した。検索の結果、Xp12と呼ばれるXanthomonas属細菌を標的とするファージ（アクセスコード：MT664984.1）のゲノム配列が最も類縁スコアが高く、配列同一性は98.42％であった。しかし、ファージXp12が溶菌活性を示す菌種はXanthomonas oryzaeのみが知られている（Nakayinga R. et al., BMC Microbiology, 2021, 21:291）。

　Xp12と本実施例で単離された第２のファージの宿主特異性の相違の原因を明らかにするため、両者のテイルファイバータンパク質の配列を比較した。
　まず、本実施例の第２のファージのゲノム配列からテイルファイバー遺伝子を同定した。遺伝子の同定には、RASTサーバー（https://rast.nmpdr.org/）及びPHASTERサーバー（https://phaster.ca/）を利用した。その結果、テイルファイバー遺伝子として配列番号１２で示す塩基配列が特定された。

　さらに、配列番号１２で示す塩基配列からなる遺伝子がコードするアミノ酸配列（配列番号１１）は、Xp12の類縁タンパク質アミノ酸配列（アクセスコード：QNN97189.1）と比較したところ、第278位と第350位のアミノ酸の種類が異なっていた。具体的には、Xp12における第278位のバリンがアラニンに変わり、第350位のセリンがトリプトファンに変わっていた。これらは保存的置換ではなく、特にセリンはタンパク質間相互作用に寄与している場合が多いため、これらの置換により機能にも差異が生じている可能性が高い。

　以上の結果から、第２のファージは、従来報告されていなかったキサントモナス属の新規宿主域を有し、その特徴は、テイルファイバー遺伝子が担っていると推定された。

＜実施例３：新規バクテリオファージの単離とその溶菌活性（３）＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本実施例では植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。本実施例で用いた各菌を、それぞれの農研機構の寄託ナンバリング（MAFF NO.）と併せて表５に記載する。

　対照用として、シュードモナス属細菌であるPseudomonas fluorescensの菌株を英国微生物株保存機関UKNCC内の研究所NCIMBより入手した（NCIMB-ID:10460）。

（２）第３のファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、又は土壌から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌から新たなファージを1種類単離した。実施例３で単離されたこの新規ファージを「第３のファージ」とする。

（３）第３のファージの増幅及び精製
　単離及び純化した第３のファージを増幅し、精製するためにプレートライセート（PL）法を実施した。具体的な方法は、実施例１の「（３）第１のファージの増幅及び精製」に記載の方法に準じた。調製した第３のファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）第３のファージの宿主域評価
　第３のファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。

　結果の一例を図３に示した。第３のファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られた第３のファージは、表５に示したキサントモナス属細菌の全てに対して溶菌活性を示した。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては溶菌活性を示さなかった。一般に、ファージの宿主域は、ローカルな特定菌種の特定株に限定されることが知られている（Sharma S. et al., Folia Microbiol., 2017, 62:17-55；Nakayinga R. et al., BMC Microbiology, 2021, 21:291）。しかし、本実施例で単離されたファージは、表５の採取地に示すように、異なる地域で分離されたキサントモナス属細菌のいずれに対しても溶菌活性を示した。これは、単離された第３のファージがキサントモナス属細菌に対して広く溶菌活性を示すことを示唆している。

　また、この結果から第３のファージは、キサントモナス属細菌が原因となるモモせん孔細菌病の防除に有用であることが示唆された。

（５）第３のファージのゲノム解析
　第３のファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）第３のファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて第３のファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られた第３のファージのゲノム塩基配列（配列番号１４）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバー（同上）を用いて、類似DNA配列の検索と配列同一性の確認を実施した。検索の結果、数種のPseudomonas phage complete genomeが、最も類縁スコアが高かった。（アクセスコード：KX129925.1、MN504636.1、KX898399.1、NC_041953.1、MW835180.1）。しかし、いずれの配列も、ゲノム全長の6％～7％である極一部の範囲において約75％の配列同一性がみられるのみであった。しかも、これらのファージは宿主となる細菌がキサントモナス属細菌とは異なる。この結果は、第３のファージが、類縁ゲノム配列が全く知られていない新規ゲノム配列を有するファージであることを示唆している。

＜実施例４：新規バクテリオファージの単離とその溶菌活性（４）＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（材料と方法）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本実施例では標的細菌となる植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。本実施例で用いた各菌を、それぞれの農研機構の寄託ナンバリング（MAFF No.）と併せて表６に記載する。

（２）第４のファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、又は土壌から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌から新たなファージを1種類単離した。実施例４で単離されたこの新規ファージを「第４のファージ」とする。

（３）第４のファージの増幅及び精製
　単離及び純化した第４のファージを増幅し、精製するためにプラークアッセイ法を用いた増幅法であるプレートライセート（PL）法を実施した。具体的な方法は、実施例１の「（３）第１のファージの増幅及び精製」に記載の方法に準じた。調製した第４のファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）第４のファージの宿主域評価
　第４のファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。結果の一例を図４に示した。第４のファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られた第４のファージは、表６に示したキサントモナス属細菌の全ての菌株に対して溶菌活性を示した。実施例３と同様に、異なる地域で分離されたキサントモナス属細菌のいずれに対しても溶菌活性を示した。これは、単離されたファージがキサントモナス属細菌に対して広く溶菌活性を示すことを示唆している。

　また、この結果から第４のファージは、キサントモナス属細菌が原因となるモモせん孔細菌病の防除に有用であることが示唆された。

（５）第４のファージのゲノム解析
　第４のファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析をした。

　（ｉ）第４のファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いてファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られたファージのゲノム塩基配列（配列番号１７）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバー（同上）を用いて、類似DNA配列の検索と配列同一性の確認を実施した。検索の結果、Nakayingaら（Nakayinga R. et al., BMC Microbiology, 2021, 21:291）に記載のベルギーで分離されたFoXと命名されたいくつかのファージ（アクセスコード：NC_055835.1、NC_055836.1、NC_055837.1、NC_055838.1）が最も類縁スコアが高かった。しかし、いずれの配列に対しても、全長の約10％の範囲にわたって僅か約77％の配列同一性があるのみであった。この結果は、実施例１で単離されたファージが基本的には類縁配列の報告例がない新規ゲノム配列を有するファージであることを示唆している。

　一般に、ファージの宿主特異性や宿主範囲に係る特徴は、テイルファイバータンパク質の役割が大きいと考えられる（Nobrega F.L. et al., Nat. Rev. Microbiol., 2018, 16:760-773）。そこで、前記第４のファージのゲノム配列情報からテイルファイバー遺伝子を検索した。RASTサーバー（https://rast.nmpdr.org/）及びPHASTER（https://phaster.ca/）を利用して、第４のファージのゲノム配列中からテイルファイバー遺伝子と推定される配列番号１６で示す塩基配列を特定した。本遺伝子配列は、既知ファージFoxのテイルファイバー遺伝子との塩基配列の同一性は58％であった。報告されているファージFoxの宿主菌種はXanthomonas campestrisである（Nakayinga R. et al., BMC Microbiology, 2021, 21:291）。したがって、第４のファージとは、宿主域が異なる。

　また、この結果は、公知のテイルファイバー遺伝子情報とその遺伝子を有するファージの宿主菌種情報の関連性に基づいて、異なる塩基配列のテイルファイバー遺伝子を有するファージの宿主域を予測することが困難であることを示唆している。

　以上の結果から、第４のファージは、従来報告されていないキサントモナス属の新規宿主域を有し、その特徴は特に新規テイルファイバー遺伝子が担っていると推定された。

＜実施例５：新規バクテリオファージの単離とその溶菌活性（５）＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本実施例では標的細菌となる植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。本実施例で用いた各菌を、それぞれの農研機構の寄託ナンバリング（MAFF No.）と併せて表７に記載する。

（２）第５のファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、又は土壌から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌から新たなファージを2種類単離した。実施例５で単離されたこの新規ファージを「第５のファージ」とする。

（３）第５のファージの増幅及び精製
　単離及び純化した第５のファージを増幅し、精製するためにプレートライセート（PL）法を実施した。具体的な方法は、実施例１の「（３）第１のファージの増幅及び精製」に記載の方法に準じた。調製した第５のファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）第５のファージの宿主域評価
　第５のファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。

　結果の一例を図５に示した。第５のファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られた第５のファージは、表７に示したキサントモナス属細菌の全てに対して溶菌活性を示した。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては溶菌活性を示さなかった。実施例３と同様に、異なる地域で分離されたキサントモナス属細菌のいずれに対しても溶菌活性を示した。これは、単離された第５のファージがキサントモナス属細菌に対して広く溶菌活性を示すことを示唆している。

　また、この結果から第５のファージは、キサントモナス属細菌が原因となるモモせん孔細菌病の防除に有用であることが示唆された。

（５）第５のファージのゲノム解析
　第５のファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）第５のファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて第５のファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られた第５のファージのゲノム塩基配列（配列番号１８及び１９）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバー（同上）を用いて、類似DNA配列の検索と配列同一性の確認を実施した。検索の結果、近縁配列が多数ヒットした。全長の90％以上の範囲にわたって、配列同一性が最も高い数値となった配列は、配列番号１８についてはPseudomonas phage vB_PaeS（アクセスコード：LC552830.1）であり、配列番号１９については、米国特許出願公開第2017‐0319637号公報に記載のP1940（アクセスコード：MX298177.1）であった。各々の配列は、下記の表８に示すように、配列番号１８及び１９の両方に同程度の配列同一性を示した。

　表中、配列同一性（identity）は、配列番号１８又は１９のゲノム全長に対して解析サーバーが自動的に整列した範囲に対しての数値である。その範囲の数値をQuery Coverとして表示しており、例えば、vB_PaeSの配列同一性98.28％は、配列番号１８の全長の90％の領域に限定して算出された数値である。したがって、全長に対する配列同一性の算出は難しいが、少なくとも98.28％より低い数値となり、90％より低い数値に相当すると推定される。P1940の場合には、95％より低い数値に相当すると推定される。

　この解析の結果、上記公知配列のゲノムを有するファージの標的細菌は、Pseudomonas属細菌であることが明らかとなった。したがって、本実施例の第５のファージは、公知のファージのゲノム配列との配列同一性は極めて高いものの、その標的細菌であると特定することは困難であった。同時に、第５のファージに対して、vB_PaeSやP1940よりも、より広い範囲にわたって、より高い配列同一性を示すファージは、本実施例の第５のファージと同様の宿主域、すなわちXanthomonas属細菌である可能性が高いと考えられる。

　以上の結果から、第５のファージは、従来報告されていなかったキサントモナス属の新規宿主域を有すると推定された。

＜実施例６：新規バクテリオファージの単離とその溶菌活性（６）＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本発明では標的細菌となる植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。本実施例で用いた各菌を、それぞれの農研機構の寄託ナンバリング（MAFF No.）と併せて表９に記載する。

（２）第６のファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、又は土壌から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌から新たなファージを1種類単離した。実施例６で単離されたこの新規ファージを「第６のファージ」とする。

（３）第６のファージの増幅及び精製
　単離及び純化した第６のファージを増幅し、精製するためにプレートライセート（PL）法を実施した。具体的な方法は、実施例１の「（３）第１のファージの増幅及び精製」に記載の方法に準じた。調製した第６のファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）第６のファージの宿主域評価
　第６のファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。

　結果の一例を図６に示した。第６のファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られた第６のファージは、表９に示したキサントモナス属細菌の全てに対して溶菌活性を示した。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては溶菌活性を示さなかった。実施例３と同様に、異なる地域で分離されたキサントモナス属細菌のいずれに対しても溶菌活性を示した。これは、単離された第６のファージがキサントモナス属細菌に対して広く溶菌活性を示すことを示唆している。

　また、この結果から第６のファージは、キサントモナス属細菌が原因となるモモせん孔細菌病の防除に有用であることが示唆された。

（５）第６のファージのゲノム解析
　第６のファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）第６のファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて第６のファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られた第６のファージのゲノム塩基配列（配列番号２３）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバー（同上）を用いて、類似DNA配列の検索と配列同一性の確認を実施した。検索の結果、4件のファージ（アクセスコード：NC_017864.1、NC_007806.1、NC_029019.1、NC_024381.1）が、ゲノムの全長の約90％の範囲にわたって、96.5～98.5％の配列同一性を示した。全長に対する配列同一性は、85％程度の数値に相当すると推定される。しかし、このように高い配列同一性にもかかわらず、これら公知のファージの標的細菌は、Xanthomonas属ではなく、Pseudomonas属又はStenotrophomonas属であった。したがって、第６のファージはXanthomonas属細菌を標的細菌とするファージとしては全く新規なファージであることが示唆された。

　そこで、標的細菌の際に関係する遺伝子を同定するため、第６のファージと上記4件の公知のファージのゲノム配列とを比較した。さらに、上記比較により見出された公知のファージに対して配列同一性が低い領域においてORFを同定した。ORFの同定には、RASTサーバー（https://rast.nmpdr.org/）及びPHASTER（https://phaster.ca/）を利用した。

　上記比較によって、配列番号２３で示されるゲノム塩基配列における第8062位～第9473位及び第31995位～第34230位の範囲が、公知のファージに対して配列同一性が低い領域として見出された。この領域では、計5個のORFが検出された。具体的なORFは、配列番号２３のゲノム塩基配列において、それぞれ第8082位～第8573位、第8645位～第8842位、第9223位～第9477位、第31881位～第32789位及び第32792位～第33694位の塩基配列で示されるDNA領域であった。

　いずれの遺伝子が宿主域の決定に重要であるのかを明らかにするため、それぞれのORFを精査した。その結果、キサントモナス属細菌を標的とする公知のバクテリオファージについて、配列同一性が30％以上の塩基配列が最も多くヒットしたことから、実施例６において単離された第６のファージにおいて、配列番号２３で示されるゲノム塩基配列における第9223位～第9477位の塩基配列（配列番号２２）が高い配列同一性を示し、重要な遺伝子領域であると推定された。

　この遺伝子が公知の遺伝子か否かを明らかにするために翻訳産物のアミノ酸配列（配列番号２１）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバーを用いて、キサントモナス属細菌を標的とするバクテリオファージに限らず、広く類似アミノ酸配列の検索を行った。その結果、最も類縁スコアが高かったものでも、その配列同一性は僅か約50％であり、高い配列同一性を示す配列は検出されなかった。

＜実施例７：新規バクテリオファージの単離とその溶菌活性（７）＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本発明では標的細菌となる植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。本実施例で用いた各菌を、それぞれの農研機構の寄託ナンバリング（MAFF No.）と併せて表１０に記載する。

（２）第７のファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、又は土壌から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌から新たなファージを2種類単離した。実施例７で単離されたこの新規ファージを「第７のファージ」とする。

（３）第７のファージの増幅及び精製
　単離及び純化した第７のファージを増幅し、精製するためにプレートライセート（PL）法を実施した。具体的な方法は、実施例１の「（３）第１のファージの増幅及び精製」に記載の方法に準じた。調製した第７のファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）第７のファージの宿主域評価
　第７のファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。

　結果の一例を図７に示した。第７のファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られた第７のファージは、表１０に示したキサントモナス属細菌の全てに対して溶菌活性を示した。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては溶菌活性を示さなかった。実施例１と同様に多様な菌種全てに対して溶菌活性を示し、異なる地域で分離された菌株のいずれに対しても溶菌活性を示した。これは、単離された第７のファージがキサントモナス属細菌に対して広く溶菌活性を示すことを示唆している。

　また、この結果から第７のファージは、キサントモナス属細菌が原因となるモモせん孔細菌病、及びブロッコリー黒腐病の防除に有用であることが示唆された。

（５）第７のファージのゲノム解析
　第７のファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）第７のファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて第７のファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られた第７のファージのゲノム塩基配列（配列番号２８及び２９）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバー（同上）を用いて、類似DNA配列の検索と配列同一性の確認を実施した。検索の結果、特開2021-102635号公報に記載のファージのゲノム配列（当該文献中の配列番号１９及び２０（それぞれ本願明細書における配列番号３０及び３１））が最も類縁スコアが高かった。いずれの配列も、全長の約90％の範囲にわたって、約92％の配列同一性を有していた。この結果から、全長に対する配列同一性は85％程度の数値に相当すると推定される。また、ΦXc10のゲノム塩基配列（Nakayinga R. et al., BMC Microbiology, 2021, 21:291）が次に類縁スコアが高かった。前記ΦXc10（アクセスコード：NC_047840.1）のゲノム塩基配列は、全長の87％の範囲にわたって約92％の配列同一性を有していた。この結果から、全長に対する配列同一性は80％程度の数値に相当すると推定される。さらに、f30-Xaj及びf20-Xajのゲノム塩基配列（Nakayinga R. et al., 2021、上掲）も同様に類縁スコアが高かった。前記f30-Xaj及びf20-Xaj（アクセスコード：NC_030937.1及びNC_030928.1）のゲノム塩基配列は、全長の74％の範囲にわたって約91％の配列同一性を有していた。この結果から、全長に対する配列同一性は70％程度の数値に相当すると推定される。しかし、いずれのファージも、Xanthomonas arboricola pv. pruniを標的細菌とするファージではなかった。

　標的細菌の相違の原因を探るため、第７のファージのゲノム塩基配列情報（配列番号２８）において、新規な遺伝子の探索を行った。遺伝子領域の推定にはRASTサーバー（https://rast.nmpdr.org/）及びPHASTER（https://phaster.ca/）を利用した。探索の結果、第７のファージの宿主域に関与する遺伝子として、新規なテイルチューブタンパク質（tail tubular protein）をコードする遺伝子群が特定された。これらの遺伝子領域は、前記（ｉ）で得られた2種類の第７のファージのゲノム塩基配列において互いに塩基配列が同一の領域に存在した。

　配列番号２６は、本実施例で見出した第７のファージのゲノム塩基配列（配列番号２８）に含まれる、テイルチューブタンパク質A遺伝子の塩基配列を示し、配列番号２４はテイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列を示す。一方、配列番号２７（正しくは配列番号５８）はテイルチューブタンパク質B遺伝子の塩基配列を示し、配列番号２５（正しくは配列番号５７）はテイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列を示す。

　テイルチューブタンパク質Aとテイルチューブタンパク質Bはファージの細菌への特異的な吸着に関与することが報告されているため（Maozhi Hu, et ai., 2020, 9:1, 855-867）、第７のファージにおいてもファージの宿主域に関与している可能性が高い。しかしながら、テイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列（配列番号２４）及びテイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列（配列番号２５（正しくは配列番号５７））に基づいてNCBI提供BLASTサーバーにて検索を実施したところ、いずれについても97％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列は存在しなかった。配列同一性が約96％と最も高かったものは、前述のΦXc10及びf20-Xajのテイルチューブタンパク質のアミノ酸配列であった。

　以上のことから、これらのタンパク質が、Xanthomonas属細菌に対する溶菌作用を媒介する新規なテイルチューブタンパク質であることが示唆された。

＜実施例８：新規バクテリオファージの単離とその溶菌活性（８）＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本発明では標的細菌となる植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。本実施例で用いた各菌を、それぞれの農研機構の寄託ナンバリング（MAFF No.）と併せて表１１に記載する。

（２）第８のファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、土壌又は植物体（葉）から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌、又は植物体を浸漬した水から新たなファージを5種類単離した。実施例８で単離されたこの新規ファージを「第８のファージ」とする。

（３）第８のファージの増幅及び精製
　単離及び純化した第８のファージを増幅し、精製するためにプレートライセート（PL）法を実施した。具体的な方法は、実施例１の「（３）第１のファージの増幅及び精製」に記載の方法に準じた。調製した第８のファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）第８のファージの宿主域評価
　第８のファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。

　結果の一例を図８及び図９に示した。第８のファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られた第８のファージは、表１１に示したキサントモナス属細菌の全てに対して溶菌活性を示した。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては溶菌活性を示さなかった。実施例３と同様に、異なる地域で分離されたキサントモナス属細菌のいずれに対しても溶菌活性を示した。これは、単離された第８のファージがキサントモナス属細菌に対して広く溶菌活性を示すことを示唆している。

　また、この結果から第８のファージは、キサントモナス属細菌が原因となるモモせん孔細菌病の防除に有用であることが示唆された。

（５）第８のファージのゲノム解析
　第８のファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）第８のファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて第８のファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られた第８のファージのゲノム塩基配列（配列番号１８及び１９）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバー（同上）を用いて、類似DNA配列の検索と配列同一性の確認を実施した。検索の結果、配列番号３２～３６のいずれかの塩基配列と全長の50％以上の範囲にわたって80％以上の配列同一性を有する配列はヒットしなかった。さらに、配列番号３２～３６のいずれかの塩基配列と全長の20％以上の範囲にわたって90％以上の配列同一性を有する配列もヒットしなかった。この結果は、実施例８で単離された第８のファージが、いずれも基本的には類縁配列の報告例がない新規ゲノム配列を有するファージであることを示唆している。

　また、配列番号３２～３６の各ファージのゲノムDNA配列間の配列同一性を、遺伝情報処理ソフトウエアGENETYX（https://www.genetyx.co.jp/）に実装されているGENETYX-NGSを用いてBLAST解析した。平均ヌクレオチド同一性（Average Nucleotide Identity；ANI）を指標とした配列同一性は、以下の表１２に示す通りであった。

　表１２では、各行のゲノムDNA配列の各列のゲノムDNA配列に対するANI値及び比較範囲を「ANI値（％）／比較範囲（％）」の形式で示す。なお、表１２中の比較範囲（％）は、対応する行のゲノムDNA配列に対してアラインメントされた、対応する列のゲノムDNA配列中の領域の割合である。例えば、ANI値（％）／比較範囲（％）が「90/90」である場合、対応する行のゲノムDNA配列が、対応する列のゲノムDNA配列に対して全長の90％の範囲に渡って90％の配列同一性を有することとなる。

　配列番号３２～３６の各ファージのゲノムDNA配列の長さは異なるため、表１２中の各行のゲノムDNA配列の各列のゲノムDNA配列に対するANI値及び比較範囲は、その行と列を入れ替えた場合のANI値及び比較範囲と微妙に異なることがある。例えば、配列番号３２の行と配列番号３５の列のANI値及び比較範囲と、配列番号３５の行と配列番号３２の列のANI値及び比較範囲とを比較すると、両者ともANI値は100％であるが、配列番号３２及び３５のゲノムの長さは異なるので、比較範囲の数値は異なる。

　表１２に示されるように、配列番号３２～３６の塩基配列は、互いに90％～100％の範囲で98～100％の配列同一性を有しており、互いに非常に類似していることが判明した。表１２中のANI値及び比較範囲を乗算し、全範囲の配列同一性を推定したところ、配列番号３５の配列番号３６に対する全範囲の配列同一性が最も低く、90％であった。

　上記ファージのゲノムDNA配列の比較の結果から、配列番号３２～３６のいずれかの塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列を含むゲノムDNA配列を有するファージ、すなわち配列番号３２～３６のいずれかの塩基配列において10％程度の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列を含むゲノムDNA配列を有するファージも、配列番号３２～３６のいずれかのゲノムDNA配列を有するファージと本質的に同様の宿主域・溶菌活性を有することが示された。

＜実施例９：新規バクテリオファージの単離とその溶菌活性（９）＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本発明では標的細菌となる植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。本実施例で用いた各菌を、それぞれの農研機構の寄託ナンバリング（MAFF No.）と併せて表１３に記載する。

　各種Xanthomonas属細菌及びPseudomonas fluorescensの培養は、実施例１の「（１）植物病原細菌の入手と培養」に記載の方法に準じた。

（２）第９のファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、土壌又は植物体（葉）から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌、又は植物体を浸漬した水から新たなファージを5種類単離した。実施例９で単離されたこの新規ファージを「第９のファージ」とする。

（３）第９のファージの増幅及び精製
　単離及び純化した第９のファージを増幅し、精製するためにプレートライセート（PL）法を実施した。具体的な方法は、実施例１の「（３）第１のファージの増幅及び精製」に記載の方法に準じた。調製した第９のファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）第９のファージの宿主域評価
　第９のファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。

　結果の一例を図１０に示した。ファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られたファージは、表１３に示したXanthomonas arboricola、Xanthomonas citri及びXanthomonas campestrisの3種の菌種に属する菌株全てに対して溶菌活性を示した。また、Xanthomonas arboricola及びXanthomonas campestrisに関しては、異なる病原型の菌株に対しても溶菌活性を示した。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては、溶菌活性を示さないことも確認された。キサントモナス属の2種以上の菌種に活性を示すファージの報告例はあるが、病原型を含めて上述のようなパターンは報告されていない（Nakayinga R. et al., BMC Microbiology, 2021, 21:291）。これは本発明のファージが様々な植物病害に適用できる可能性を示した結果である。例えば、キサントモナス属細菌が原因となる、モモせん孔細菌病、ミカン潰瘍病及びブロッコリー黒腐病等の防除に有用であることが示唆され、産業利用上の価値も高いことが期待される。

（５）第９のファージのゲノム解析
　第９のファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）第９のファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて第９のファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られた第９のファージのゲノム塩基配列（配列番号４１）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバー（同上）を用いて、類似DNA配列の検索と配列同一性の確認を実施した。検索の結果、NCBIデータベースに収載された「Xanthomonas phage Xaa_vB_phi31」というファージのゲノム配列（NCBIアクセスコード：MT951568.1）が最も類縁スコアが高かった。全長の約80％の範囲にわたって、約85％の配列同一性を有していた。この結果から、全長に対する配列同一性は68％程度の数値に相当すると推定される。Xaa_vB_phi31の宿主としては、Xanthomonas euvesicatoria pv. allii XaaBL11のみが記載されていた。類縁スコアが高かったその他のファージについても、第９のファージのように様々な種のXanthomonas属細菌に対して幅広く溶菌活性を示すことについて示唆する情報はなかった。

　標的細菌の相違の原因を探るため、第９のファージのゲノム塩基配列情報（配列番号４１）において、新規な遺伝子の探索を行った。遺伝子領域の推定にはRASTサーバー（https://rast.nmpdr.org/）及びPHASTER（https://phaster.ca/）を利用した。探索の結果、ファージの宿主域に関与する遺伝子として、新規なテイルチューブタンパク質（tail tubular protein）をコードする遺伝子群が特定された。

　配列番号３９は、本実施例で見出した第９のファージのゲノム塩基配列（配列番号４１）に含まれる、テイルチューブタンパク質A遺伝子の塩基配列を示し、配列番号３７はテイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列を示す。一方、配列番号４０はテイルチューブタンパク質B遺伝子の塩基配列を示し、配列番号３８はテイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列を示す。

　テイルチューブタンパク質Aとテイルチューブタンパク質Bはファージの細菌への特異的な吸着に関与することが報告されているため（Maozhi Hu, et ai., 2020, 9:1, 855-867）、第９のファージにおいてもファージの宿主域に関与している可能性が高い。しかしながら、テイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列（配列番号３７）及びテイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列（配列番号３８）に基づいてNCBI提供BLASTサーバーにて検索を実施したところ、いずれについても97％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列は存在しなかった。テイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列については、前述のXanthomonas phage Xaa_vB_phi31のテイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列が、約95％と最も高い配列同一性を示した。配列番号３９の塩基配列とXaa_vB_phi31のテイルチューブタンパク質Aをコードする塩基配列の配列同一性は、約89％であった。テイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列についても、Xaa_vB_phi31のテイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列が約91％と最も高い配列同一性を示した。また、その遺伝子の塩基配列の、配列番号４０の塩基配列との配列同一性は約86％であった。

＜実施例１０：新規バクテリオファージの単離とその溶菌活性（１０）＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本実施例では植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。本実施例で用いた各菌は、実施例９の表１３に記載された菌と同様である。

（２）第１０のファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、又は土壌から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌から新たなファージを1種類単離した。実施例１０で単離されたこの新規ファージを「第１０のファージ」とする。

（３）第１０のファージの増幅及び精製
　単離及び純化したファージを増幅し、精製するためにプレートライセート（PL）法を実施した。具体的な方法は、実施例１の「（３）第１のファージの増幅及び精製」に記載の方法に準じた。第１０のファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）第１０のファージの宿主域評価
　第１０のファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。

　結果の一例を図１１に示した。ファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。第１０のファージは、表１３に示したXanthomonas arboricola、Xanthomonas citri及びXanthomonas campestrisの3種の菌種に属する菌株全てに対して溶菌活性を示した。また、Xanthomonas arboricola及びXanthomonas campestrisに関しては、異なる病原型の菌株に対しても溶菌活性を示した。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては、溶菌活性を示さないことも確認された。キサントモナス属の2種以上の菌種に活性を示すファージの報告例はあるが、病原型を含めて上述のようなパターンは報告されていない（Nakayinga R. et al., BMC Microbiology, 2021, 21:291）。これは第１０のファージが様々な植物病害に適用できる可能性を示した結果である。例えば、キサントモナス属細菌が原因となる、モモせん孔細菌病、ミカン潰瘍病及びブロッコリー黒腐病等の防除に有用であることが示唆され、産業利用上の価値も高いことが期待される。

（５）第１０のファージのゲノム解析
　第１０のファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）第１０のファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて第１０のファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られた第１０のファージのゲノム塩基配列（配列番号４４）に基づいて、NCBI提供BLASTサーバー（同上）を用いて、類似DNA配列の検索と配列同一性の確認を実施した。検索の結果、Millerらの文献（Miller M. et al., Archives of Virology, 2020, 165:1481-1484）に記載の米国で分離されたファージ（名称：RiverRider；NCBIアクセスコード：NC_048703.1）が最も類縁スコアが高かった。配列番号４４に対して全長の約80％の範囲にわたって約91％の配列同一性であり、ゲノム配列全長での配列同一性は80％以下（約73％相当）であった。この結果から、本実施例で単離された第１０のファージが新規ゲノム配列を有するファージであることがわかった。

　一般に、ファージの宿主特異性や宿主範囲に係る特徴は、テイルファイバータンパク質の役割が大きいと考えられる（Nobrega F.L. et al., Nat. Rev. Microbiol., 2018, 16:760-773）。そこで、前記ファージのゲノム配列情報からテイルファイバー遺伝子を検索した。RASTサーバー（https://rast.nmpdr.org/）及びPHASTER（https://phaster.ca/）を利用して、第１０のファージのゲノム配列中からテイルファイバー遺伝子と推定される配列番号４３で示す塩基配列を特定した。本遺伝子配列について類似DNA配列の探索を行った結果、前述のファージRiverRiderのテイルファイバー遺伝子の配列が最も類縁スコアが高かった。この塩基配列の配列同一性は、配列番号４３の塩基配列の前半（1～890番目：全長の約52％に相当）にわたって約77％であった。配列番号４２のアミノ酸配列に関しても、最も類縁スコアが高かったのは、RiverRiderのテイルファイバータンパク質であった。アミノ酸配列の配列同一性は、全長の約52％にわたって約82％であった。このことから、第１０のファージのテイルファイバータンパク質は、類縁度の高いタンパク質が存在しない新規なものであり、公知のファージと比較して本発明のファージで特に特徴的なタンパク質であることがわかった。

　ファージRiverRiderの宿主細菌について、上記文献では、Xanthomonas fragariaeに溶菌活性を示し、Xanthomonas arboricola及びXanthomonas campestrisには溶菌活性を示さなかったと記載されている。したがって、第１０のファージとは宿主域が明確に異なり、このファージRiverRiderと本実施例で得られたファージの宿主域の大きな相違はテイルファイバー遺伝子の相違に起因することが示唆された。

　以上の結果から、第１０のファージは、従来報告されていないキサントモナス属の新規宿主域を有し、その特徴は特に新規テイルファイバー遺伝子が担っていると推定された。

＜実施例１１：新規な第２のバクテリオファージの単離とその溶菌活性＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本実施例では標的細菌となる植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。本実施例では表４に記載した細菌に加えて、表１４に記載した細菌を用いた。

（２）ファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、又は土壌から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌から新たなファージを2種類単離した。

（３）ファージの増幅及び精製
　単離及び純化したファージを増幅し、精製するためにプレートライセート（PL）法を実施した。具体的な方法は、実施例１の「（３）第１のファージの増幅及び精製」に記載の方法に準じた。調製したファージ精製液の力価は、適宜希釈した溶液を用いたプラークアッセイ法によって求め、10⁸ PFU/mL以上であることを確認した。

（４）ファージの宿主域評価
　ファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。

　結果の一例を図１４及び１５に示す。ファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られた2種のファージは、第２のファージと同様に表４に示したキサントモナス属細菌の全てに対して溶菌活性を示した（図１４）。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては溶菌活性を示さなかった。これは、単離された2種のファージが第２のファージと類縁度が高い可能性を示唆している。さらに、実施例２で得られた第２のファージと本実施例で得られた2種のファージについて、Xanthomonas campestris pv. campestrisに対する溶菌活性を確認した。その結果、この菌株に対しても、3種のファージ全てが溶菌活性を示した（図１５）。

　また、この結果から本実施例で得られたファージは、キサントモナス属細菌が原因となる、モモせん孔細菌病、イネ白葉枯病、ミカン潰瘍病、及びブロッコリー黒腐病等の防除に有用であることが示唆された。

（５）ファージのゲノム解析
　本実施例で得られたファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）ファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて2種のファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られたファージのゲノム塩基配列（配列番号４７及び４８）に基づいて、GENETYX-NGSを用いて、第２のファージのゲノム塩基配列（配列番号１３）に対する平均ヌクレオチド同一性（ANI）を解析した。解析の結果、配列番号１３に対する平均ヌクレオチド同一性（ANI）は、配列番号４７が98.90％、配列番号４８が98.92％であった。このことから、本実施例で得られた2種のファージも実施例２で得られたファージとあわせて「第２のファージ」と称することとした。

　本実施例で単離されたファージと実施例２で単離されたファージの宿主特異性の同一性の原因を明らかにするため、両者のテイルファイバータンパク質の配列を比較した。

　まず、本実施例の2種のファージそれぞれのゲノム配列からテイルファイバー遺伝子を同定した。遺伝子の同定には、RASTサーバー（https://rast.nmpdr.org/）及びPHASTERサーバー（https://phaster.ca/）を利用した。その結果、テイルファイバー遺伝子の塩基配列として配列番号４６で示す塩基配列が特定された。本実施例で単離された2種類のファージのテイルファイバー遺伝子の塩基配列は同一であった。

　さらに、配列番号４６で示す塩基配列からなる遺伝子がコードするそのアミノ酸配列（配列番号４５）と、実施例２で単離されたファージのテイルファイバー遺伝子がコードするアミノ酸配列（配列番号１１）を比較した。その結果、第154位のアミノ酸の種類のみ異なっていた。具体的には、配列番号１１における第154位のスレオニン（Thr）がアラニン（Ala）に変わっていた。

　実施例２で単離されたファージに対する最も類縁スコアが高かったファージXp12との関係では、その類縁タンパク質アミノ酸配列に対して、実施例２で単離されたファージと同様に第278位と第350位のアミノ酸の種類が異なることに加え、本実施例で得られたファージでは、上述の第154位のアミノ酸の種類も異なっていた。

　実施例２において上述した通り、ファージXp12が溶菌活性を示す菌種はXanthomonas oryzaeのみが知られていることから、第２のファージの有する広い宿主に対する溶菌活性は、テイルファイバータンパク質のアミノ酸配列における第278位と第350位のアミノ酸に違いに起因していることが示唆された。また、本実施例で得られた第２のファージのように追加で別の位置に異なるアミノ酸を有しているファージであっても、広い宿主域を有することが示唆された。

＜実施例１２：新規な第７のバクテリオファージの単離とその溶菌活性＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本発明では標的細菌となる植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。実施例７で用いた表１０に示すキサントモナス属細菌の他に、本実施例で用いた細菌を、農研機構の寄託ナンバリング（MAFF No.）と併せて表１５に記載する。

　キサントモナス属細菌及びPseudomonas fluorescensの培養は、実施例１の「（１）植物病原細菌の入手と培養」に記載の方法に準じた。

（２）ファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、又は土壌から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌から新たなファージを1種類単離した。

（４）ファージの宿主域評価
　得られたファージの宿主域をスポットテスト法にて評価した。基本操作は、実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じた。

　結果の一例を図１６及び１７に示した。ファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本発明によって得られたファージは、表１０に示したキサントモナス属細菌の全てに対して溶菌活性を示した（図１６）。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては溶菌活性を示さなかった。これは、単離されたファージが、第７のファージと類縁度が高い可能性を示唆している。さらに、実施例７で得られた第７のファージ2種と本実施例で得られたファージについて、Xanthomonas campestris pv. vesicatoriaに対する溶菌活性を確認した。その結果、この菌株に対しても、3種のファージ全てが溶菌活性を示した（図１７）。

　また、この結果から本実施例で得られたファージは、キサントモナス属細菌が原因となるモモせん孔細菌病、及びブロッコリー黒腐病の防除に有用であることが示唆された。

（５）第７のファージのゲノム解析
　本実施例で得られたファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉ）ファージのゲノムDNAの調製と配列決定
　TURBO DNA-free^TM kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いてファージのゲノムを抽出した。基本操作は、実施例１の「（５）第１のファージのゲノム解析　（ｉ）第１のファージのゲノムDNAの調製と配列決定」に記載の方法に準じた。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られたファージのゲノム塩基配列（配列番号５３）に基づいて、GENETYX-NGSを用いて、第７のファージのゲノム塩基配列（配列番号２８及び２９）に対する平均ヌクレオチド同一性（ANI）を解析した。その結果、配列番号５３に示す塩基配列は配列番号２８に示す塩基配列に対しては、75.06％の範囲にわたって、92.61％の配列同一性を有していた。一方、配列番号２９に示す塩基配列に対しては、77.05％の範囲にわたって、92.19％の配列同一性を有していた。ゲノム配列の同一性が極めて高くはなかったことは予想外であった。

　本実施例で単離されたファージと実施例７で単離されたファージの宿主特異性の同一性の原因を明らかにするため、両者のテイルチューブタンパク質の配列を比較した。

　まず、本実施例のファージのゲノム配列からテイルチューブタンパク質をコードする遺伝子群を同定した。遺伝子の同定には、BRASTサーバー（https://rast.nmpdr.org/）及びPHASTERサーバー（https://phaster.ca/）を利用した。

　配列番号５１は、本実施例で見出したファージのゲノム塩基配列（配列番号５３）に含まれる、テイルチューブタンパク質A遺伝子の塩基配列を示し、配列番号４９はテイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列を示す。一方、配列番号５２はテイルチューブタンパク質B遺伝子の塩基配列を示し、配列番号５０はテイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列を示す。

　さらに、これらテイルチューブタンパク質のアミノ酸配列（配列番号４９及び５０）と、実施例７で単離されたファージのテイルチューブタンパク質のアミノ酸配列（配列番号２４及び５８）を比較した。その結果、テイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列の配列同一性は96.58％であり、テイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列の配列同一性は97.60％であった。このことから、本実施例で得られたファージも実施例７で得られたファージとあわせて「第７のファージ」と称することとした。

　具体的には、テイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列に関し、配列番号４９のアミノ酸配列では、配列番号２４に示すアミノ酸配列から以下の7個のアミノ酸置換が見られた：第28位のグルタミン酸（Glu）のアスパラギン酸（Asp）への置換、第108位のセリン（Ser）のアスパラギン（Asn）への置換、第110位のグルタミン（Gln）のヒスチジン（His）への置換、第153位のグルタミン（Gln）のリシン（Lys）への置換、第157位のアスパラギン酸（Asp）のアスパラギン（Asn）への置換、第189位のチロシン（Tyr）のフェニルアラニン（Phe）への置換、第201位のバリン（Val）のチロシン（Tyr）への置換。

　一方、テイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列に関し、配列番号５０のアミノ酸配列では、配列番号５８に示すアミノ酸配列から以下の20個のアミノ酸置換が見られた：第25位のアラニン（Ala）のプロリン（Pro）への置換、第53位のアラニン（Ala）のセリン（Ser）への置換、第216位のアラニン（Ala）のプロリン（Pro）への置換、第221位のヒスチジン（His）のチロシン（Tyr）への置換、第272位のバリン（Val）の（Ile）への置換、第389位のアラニン（Ala）のグルタミン酸（Glu）への置換、第395位のセリン（Ser）のアラニン（Ala）への置換、第410位のバリン（Val）のイソロイシン（Ile）への置換、第425位のイソロイシン（Ile）のバリン（Val）への置換、第472位のグリシン（Gly）のアラニン（Ala）への置換、第607位のアラニン（Ala）のセリン（Ser）への置換、第623位のイソロイシン（Ile）のバリン（Val）への置換、第662位のアルギニン（Arg）のセリン（Ser）への置換、第670位のロイシン（Leu）のグルタミン（Gln）への置換、第699位のスレオニン（Thr）のアスパラギン（Asn）への置換、第707位のアスパラギン酸（Asp）のグリシン（Gly）への置換、第757位のセリン（Ser）のアラニン（Ala）への置換、第763位のグリシン（Gly）のセリン（Ser）への置換、第764位のセリン（Ser）のアスパラギン（Asn）への置換、第765位のメチオニン（Met）のバリン（Val）への置換。

　実施例７で単離されたファージのテイルチューブタンパク質のアミノ酸配列に対して最も類縁スコアが高かったファージΦXc10及びf20-Xajとの関係を調べた。その結果、テイルチューブタンパク質Aについては、配列番号２４及び４９は配列番号６０に示すアミノ酸配列に属するのに対し、ΦXc10及びf20-Xajをはじめ、配列番号６０に示すアミノ酸配列に属する公知のファージは存在しなかった。また、テイルチューブタンパク質Bについては、配列番号５８及び５０は配列番号６１に示すアミノ酸配列に属するのに対し、ΦXc10及びf20-Xajをはじめ、配列番号６１に示すアミノ酸配列に属する公知のファージは存在しなかった。

　実施例７において上述した通り、ファージΦXc10及びf20-Xaj等はXanthomonas arboricola pv. pruniなどに対して溶菌活性を示すファージではなかったことから、第７のファージに特有の溶菌活性は、テイルチューブタンパク質のアミノ酸配列における違いに起因していることが示唆された。また、本実施例で得られた第７のファージのように、テイルチューブタンパク質のアミノ酸配列に多少の違いがある場合であっても、その位置により同様の宿主域を有することが示唆された。

＜実施例１３：新規な第９のバクテリオファージの単離とその溶菌活性＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する新規バクテリオファージを単離し、植物病原細菌に対するその溶菌活性について検証する。

（方法と結果）
（１）植物病原細菌の入手と培養
　本発明では標的細菌となる植物病原細菌をキサントモナス属細菌とし、全ての菌株を農研機構（NARO）より入手した。本実施例では表１３に記載したキサントモナス属細菌を用いた。

　各種キサントモナス属細菌及びPseudomonas fluorescensの培養は、実施例１の「（１）植物病原細菌の入手と培養」に記載の方法に準じた。

（２）ファージの単離及びその純化
　新規ファージは、日本国内で得た天然の汚水、土壌又は植物体（葉）から単離した。単離方法、及び純化方法は、実施例１の「（２）第１のファージの単離及びその純化」に記載の方法に準じた。その結果、天然の汚水・土壌、又は植物体を浸漬した水から新たなファージを1種単離した。

　結果の一例を図１８に示した。ファージが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。本実施例で得られたファージは、実施例９で得られたファージと同様にXanthomonas arboricola、Xanthomonas citri及びXanthomonas campestrisの3種の菌種に属する菌株全てに対して溶菌活性を示した（図１８）。また、異なる病原型の菌株に対しても溶菌活性を示すことが確認された。一方で、Pseudomonas fluorescensに対しては、溶菌活性を示さないことも確認された。これは、単離されたファージが、第９のファージと類縁度が高い可能性を示唆している。

　また、この結果から本実施例で得られたファージは、例えば、キサントモナス属細菌が原因となる、モモせん孔細菌病、ミカン潰瘍病及びブロッコリー黒腐病等の防除に有用であることが示唆された。

（５）ファージのゲノム解析
　得られたファージについて、ゲノムDNA配列を決定し、解析した。

　（ｉｉ）ゲノム配列情報に基づくバイオインフォマティクス解析
　前記（ｉ）で得られたファージのゲノム塩基配列（配列番号５６）に基づいて、GENETYX-NGSを用いて、第９のファージのゲノム塩基配列（配列番号４１）に対する平均ヌクレオチド同一性（ANI）を解析した。その結果、配列番号５６に示す塩基配列は配列番号４１に示す塩基配列に対して、75.06％の範囲にわたって、92.61％の配列同一性を有していた。ゲノム配列の同一性が極めて高くはなかったことは予想外であった。

　本実施例で単離されたファージと実施例９で単離されたファージの宿主特異性の同一性の原因を明らかにするため、両者のテイルチューブタンパク質の配列を比較した。

　本実施例で見出したファージのゲノム塩基配列（配列番号５６）に含まれる、テイルチューブタンパク質A遺伝子の塩基配列は実施例９で単離されたファージのテイルチューブタンパク質A遺伝子の塩基配列（配列番号３９）は完全に同一であった。そのため、それを翻訳したテイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列は、実施例９で単離されたファージのテイルチューブタンパク質Aのアミノ酸配列（配列番号３７）と同一であった。このことから、本実施例で得られたファージも実施例９で得られたファージとあわせて「第９のファージ」と称することとした。

　一方、配列番号５５はテイルチューブタンパク質B遺伝子の塩基配列を示し、配列番号５４はテイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列を示す。

　さらに、テイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列（配列番号５４）と、実施例９で単離されたファージのテイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列（配列番号３８）を比較した。テイルチューブタンパク質Bのアミノ酸配列の配列同一性は99.3％であった。具体的には、配列番号５４に示すアミノ酸配列では、配列番号３８に示すアミノ酸配列から以下の6個のアミノ酸置換が見られた：第61位のスレオニン（Thr）のアラニン（Ala）への置換、第108位のグルタミン（Gln）のリシン（Lys）への置換、第404位のプロリン（Pro）のグルタミン（Gln）への置換、第679位のプロリン（Pro）のセリン（Ser）への置換、第682位のスレオニン（Thr）のアラニン（Ala）への置換、及び第727位のイソロイシン（Ile）のバリン（Val）への置換。

　実施例９において上述した通り、実施例９で得られた第９のファージのテイルチューブタンパク質A及びBのアミノ酸配列に対して97％以上の配列同一性を有するファージは知られていなかった。また、第９のファージと類縁スコアが高かったファージXanthomonas phage Xaa_vB_phi31等は第９のファージの様な様々な種のXanthomonas属細菌に対して幅広く溶菌活性を示すことが知られていなかった。このことから、第９のファージの幅広い溶菌活性は、テイルチューブタンパク質のアミノ酸配列における違いに起因していることが示唆された。また、本実施例で得られた第９のファージのように、テイルチューブタンパク質のアミノ酸配列に多少の違いがある場合であっても、同様の宿主域を有することが示唆された。

＜実施例１４：得られたバクテリオファージの組合せの溶菌活性＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して、単独で使用した場合に溶菌活性を有することが示された新規バクテリオファージについて、それらを組合せて使用した際の植物病害に対する効果について検証する。

（方法）
（１）スポットテスト法
　実施例１の「（４）第１のファージの宿主域評価」に記載の方法に準じてスポットテストを実施した。本実施例では、試験した全てのファージについて溶菌活性か確認されている菌株であるXanthomonas arboricola pv. pruni（MAFF No. 311351）を使用した。

　滴下するファージ精製液としては、各実施例において調製されたファージ精製液を等量ずつ混合した混合溶液を使用した。混合溶液は、合計の力価が単独使用の場合と同等になるように適宜希釈を行って調製した。本実施例において使用したファージは以下の通りである。

　本実施例では、第１のファージとして配列番号８のゲノムDNA配列を有するファージを、第２のファージとして配列番号１３のゲノムDNA配列を有するファージを、第３のファージとして配列番号１４のゲノムDNA配列を有するファージを、第４のファージとして配列番号１７のゲノムDNA配列を有するファージを、第５のファージとして配列番号１８のゲノムDNA配列を有するファージを、第６のファージとして配列番号２３のゲノムDNA配列を有するファージを、第７のファージとして配列番号２８のゲノムDNA配列を有するファージを、第８のファージとして配列番号３２のゲノムDNA配列を有するファージを、第９のファージとして配列番号４１のゲノムDNA配列を有するファージを、第１０のファージとして配列番号４４のゲノムDNA配列を有するファージをそれぞれ使用した。

（結果）
　結果の一例を図１９及び２０に示した。ファージの組合せが溶菌活性を示す場合、プレート上に形成された細菌のローンの中で、ファージ精製液を滴下したところのみ透明になる。試験した2種類、5種類及び8種類のいずれの組合せを用いた場合であっても、各ファージを単独で使用した場合と少なくとも同様に溶菌活性を示す事がわかった（図１９及び２０）。

　以上の結果から、本発明のファージは単独で使用しても、組合せて使用しても有用であることが確認された。

＜実施例１５：モモせん孔細菌病の病害防除効果試験＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する単離された新規バクテリオファージについて、植物に施用した際の植物病害に対する効果について検証する。

（方法）
（１）ファージ散布液の調製
　この試験で用いるファージ散布液は以下の手順で準備した。
　まずファージ増幅のための宿主細菌の菌体培養液を以下の手順で調製した。宿主としては試験した全てのファージにおいて溶菌活性が確認されている菌株であるXanthomonas arboricola pv. pruni（MAFF No. 311351）を使用した。この細菌の菌体をYPG Brothに接種し、25℃に設定したシェーカーで一晩インキュベートした。インキュベートの後にOD₆₀₀（600nmの波長における濁度）を測定し、1.0程度となったものを菌体培養液として以下で使用した。

　調製された菌体培養液と、実施例１～１３にて調製した、1種類のファージを含むファージ精製液（力価が10⁸PFU/mL程度）とを等量混合した混合液を100倍量のYPG培養液に接種し、25℃に設定したシェーカーで8～12時間程度インキュベートして得られた培養液をファージ粗製液として回収した。回収された粗製液に対し、1/10量のクロロホルムを添加し、激しく撹拌した後で、×8,000g／20℃／5分の遠心処理を行い、上清を回収した。回収した上清を0.2μmのフィルターに通して、そのろ液をファージ精製液とした。

　1種類のファージを含むファージ散布液としては、ファージ精製液を、力価が約10⁹PFU/mL程度となるよう滅菌水道水で希釈したものを使用した。

　複数種類のファージを含むファージ散布液としては、力価が同じオーダーになるよう調整した各々のファージ精製液を等量混合した液を、力価が約10⁹PFU/mL程度となるよう滅菌水道水で希釈したものを使用した。第１のファージとして配列番号８のゲノムDNA配列を有するファージを、第２のファージとして配列番号１３のゲノムDNA配列を有するファージを、第３のファージとして配列番号１４のゲノムDNA配列を有するファージを、第４のファージとして配列番号１７のゲノムDNA配列を有するファージを、第５のファージとして配列番号１８のゲノムDNA配列を有するファージを、第６のファージとして配列番号２３のゲノムDNA配列を有するファージを、第７のファージとして配列番号２８のゲノムDNA配列を有するファージを、第８のファージとして配列番号３２のゲノムDNA配列を有するファージをそれぞれ使用した。

（２）細菌散布液の調製
　この試験で植物の感染処置に用いる細菌散布液の調製には、（１）にて調製した菌体培養液を用いた。滅菌水道水で10,000倍程度に希釈した菌体培養液をYPG Agarプレートに塗布し、25℃に設定したインキュベータで1～3日程度インキュベートした。YPG Agarプレート上のコロニーを滅菌水道水で懸濁しつつ回収した菌体懸濁液を、最終的なOD₆₀₀が0.5程度となるよう滅菌水道水で希釈して細菌散布液とした。

（３）植物検体
　市販のモモ苗木（品種：川中島、１年生）を温室にて生育し、100枚程度の葉が生えた状態に生育した苗木を評価用検体として使用した。

（４）ファージの施用と感染処置
　ファージ施用群では、各々の検体に対し、細菌感染処置の前後に2回ずつ2～3日の間隔を空けて2回、ファージ散布液を葉面散布した後、2～3日後に細菌散布液を葉面散布することで検体を細菌に感染させた。細菌に感染した検体は、感染処置の後約2日間にわたって、湿度を高く保ったビニールハウス内で静置した。その後、2～3日の間隔を空けて2回、再びファージ散布液を葉面散布した。無処理群では、ファージ精製液の代わりに滅菌水道水を用いるのみは上述と同様の手順で処理を行った。

（５）発病率の測定
　感染処置から1週間以上経過後、無処理群で一定の発病が確認された時点で、無処理群及び各ファージ散布群において発病率を調査した。

　モモせん孔細菌病の特徴である褐色斑点が葉面に発現した葉を発病した葉と判断し、全葉数に対する発病した葉の数の比率を発病率として算出した。ファージ施用群の相対発病率は、無処理群の発病率を100％とした場合の相対値として算出した。

（結果）
　結果を図２１及び２２に示す。無処理群の発病率は約36％であった。一方、無処理群の発病率を100％とした相対発病率は、1種類のファージを含むファージ散布液を施用した場合に平均で約50％となった。ファージを施用した場合は、最も高くても相対発病率は約61％であった（第６のファージを施用した群と第８のファージを施用した群）。一方、第７のファージを施用した群で相対発病率は最も低く、約24％であった。

　さらに、2種類以上のファージを含むファージ散布液を施用した場合には、1種類のファージを含むファージ散布液を施用した場合と比較して発病率はさらに低下した。ここでの無処理群の発病率は約15％であった。ファージを組合せて施用した場合は、最も高くても相対発病率は約41％であった（第２のファージ、第４のファージ、第６のファージ及び第８のファージの組合せ）。一方、第１のファージ～第２のファージを組合せた場合には、相対発病率は最も低く約34％であった。

　以上から、実際の植物に施用した場合であっても、本発明のファージは病害から植物を有効に防除できることがわかった。また、組合せて施用することによって、より高い効果が得られることがわかった。さらに、本発明のファージの病害防除効果は、無処理群において発病率が低い条件においても有効であることがわかった。

　一般的な抗生物質を含む化学農薬では、葉先の黄化等、葉に薬害が現れる例がある。しかしながら、ファージ施用群において、そのような葉に表れる薬害等、ファージに起因すると考えられる植物への目立った悪影響は見られなかった。このことから、本発明のファージの施用は、副作用が少なく、有効な病害防除手段であることがわかった。

＜実施例１６：ブロッコリー黒腐病の病害防除効果試験＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する単離された新規バクテリオファージについて、植物に施用した際の植物病害に対する効果について検証する。

（方法）
（１）ファージ散布液の調製
　菌体として使用した細菌がXanthomonas campestris pv. campestris（MAFF No. 106765）であること、及び以下のファージを使用した以外は実施例１５の記載に順じてファージ散布液を調製した。

　本実施例では、第１のファージとして配列番号７のゲノムDNA配列を有するファージ（図２３中、Φ１）を、第２のファージとして、配列番号１３のゲノムDNA配列を有するファージ（図２３中、Φ２－１）及び配列番号４７のゲノムDNA配列を有するファージ（図２３中、Φ２－２）を、第７のファージとして配列番号２８のゲノムDNA配列を有するファージ（図２３中、Φ７－１）及び配列番号５３のゲノムDNA配列を有するファージ（図２３中、Φ７－２）を、第９のファージとして配列番号４１のゲノムDNA配列を有するファージ（図２３中、Φ９）を、第１０のファージとして配列番号４４のゲノムDNA配列を有するファージ（図２３中、Φ１０）をそれぞれ使用した。

（２）細菌散布液の調製
　菌体が上述の細菌であること以外は実施例１５の記載に順じてファージ散布液を調製した。

（３）植物検体
　市販のブロッコリーの種を播種し、温室にて生育して、葉が5枚以上生えた苗を評価用検体として使用した。

（４）ファージの施用と感染処置
　実施例１５の記載に順じて行った。

（５）発病率の測定
　感染処置から16日後に評価を行った以外は実施例１５の記載に順じて行った。

（結果）
　結果を図２３に示す。無処理群の発病率は約52％であった。一方、無処理群の発病率を100％とした相対発病率は、1種類のファージを含むファージ散布液を施用した場合に平均で約62％となった。ファージを施用した場合は、最も高くても相対発病率は約66％であった（第７のファージとして配列番号２８のゲノムDNA配列を有するファージ（図２３中、Φ７－１）を施用した群）。一方、第２のファージとして配列番号４７のゲノムDNA配列を有するファージ（図２３中、Φ２－２）を施用した群で相対発病率は最も低く、約56％であった。

　この結果から、第９のファージ及び第１０のファージについて、実施例９及び１０のそれぞれにおいて溶菌活性が確認されたXanthomonas campestris pv. campestrisに属する細菌株とは具体的な細菌株が異なっても溶菌活性を示すことが確認された。

　さらに、2種類以上のファージを含むファージ散布液を施用した場合には、相対発病率は平均で約53％とさらに低下した。相対発病率が最も高かったのは第９のファージ（図２３中、Φ９）と第１０のファージ（図２３中、Φ１０）を組合せた場合であり、約58％であった。一方、第１のファージ（図２３中、Φ１）、2種類の第２のファージ（図２３中、Φ２－１及びΦ２－２）及び第１０のファージ（図２３中、Φ１０）の計4種類のファージを組合せた場合に相対発病率は最も低く、約47％であった。

　以上から、実際の植物に施用した場合であっても、植物自体の種類にはかかわらず、本発明のファージは病害から植物を有効に防除できることがわかった。また、本発明のファージを組合せて施用することによってより高い効果が得られることがわかった。

　ファージ施用群において、葉に薬害が見られる等、ファージに起因すると考えられる植物への目立った悪影響は見られなかった。このことから、本発明のファージの施用は、副作用が少なく、有効な病害防除手段であることがわかった。

＜実施例１７：トマト斑点細菌病の病害防除効果試験＞
（目的）
　植物病害の病原細菌に対して溶菌活性を有する単離された新規バクテリオファージについて、植物に施用した際の植物病害に対する効果について検証する。

（方法）
（１）ファージ散布液の調製
　菌体として使用した細菌がXanthomonas campestris pv. vesicatoria（MAFF No. 301256）であること、及び以下のファージを使用した以外は実施例１５の記載に順じてファージ散布液を調製した。

　本実施例では、第１のファージとして配列番号７のゲノムDNA配列を有するファージ（図２４中、Φ１）を、第２のファージとして、配列番号１３のゲノムDNA配列を有するファージ（図２４中、Φ２－１）、配列番号４７のゲノムDNA配列を有するファージ（図２４中、Φ２－２）及び配列番号４８のゲノムDNA配列を有するファージ（図２４中、Φ２－３）を、第７のファージとして配列番号２８のゲノムDNA配列を有するファージ（図２４中、Φ７）を、第１０のファージとして配列番号４４のゲノムDNA配列を有するファージ（図２４中、Φ１０）をそれぞれ使用した。

（３）植物検体
　市販のトマトの種を播種し、温室にて生育して、葉が50枚以上生えた苗を評価用検体として使用した。

（結果）
　結果を図２４に示す。無処理群の発病率は約25％であった。一方、無処理群の発病率を100％とした相対発病率は、1種類のファージを含むファージ散布液を施用した場合に平均で約60％となった。ファージを施用した場合は、最も高くても相対発病率は約66％であった（第２のファージとして配列番号４７のゲノムDNA配列を有するファージ（図２４中、Φ２－２）を施用した群）。一方、第７のファージ（図２４中、Φ７）を施用した群で相対発病率は最も低く、約53％であった。

　この結果から、第７のファージ及び第１０のファージについて、実施例１２及び１０のそれぞれにおいて溶菌活性が確認されたXanthomonas campestris pv. vesicatoriaに属する細菌株とは具体的な細菌株が異なっても溶菌活性を示すことが確認された。

　さらに、2種類以上のファージを含むファージ散布液を施用した場合には、相対発病率は平均で約49％とさらに低下した。相対発病率が最も高かったのは第２のファージとして配列番号４８のゲノムDNA配列を有するファージ（図２４中、Φ２－３）と第７のファージ（図２４中、Φ７）を組合せた場合であり、約55％であった。一方、第１のファージ（図２４中、Φ１）、2種類の第２のファージ（図２４中、Φ２－１及びΦ２－２）及び第１０のファージ（図２４中、Φ１０）の計4種類のファージを組合せた場合に相対発病率は最も低く、約43％であった。

　ファージ施用群において、葉に薬害が見られる等、ファージに起因すると考えられる植物への目立った悪影響は見られなかった。このことから、本発明のファージの施用は、副作用が少なく、有効な病害防除手段であることがわかった。
　本明細書で引用した全ての刊行物、特許及び特許出願はそのまま引用により本明細書に組み入れられるものとする。

Claims

　以下の（ａ）～（ｃ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子、及び以下の（ｄ）～（ｆ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤であって、前記遺伝子がそれぞれ標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子及びテイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子である、前記溶菌剤：
　　（ａ）配列番号２４、４９又は６０で示すアミノ酸配列、
　　（ｂ）配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、
　　（ｃ）配列番号２４又は４９で示すアミノ酸配列と97％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列、
　　（ｄ）配列番号５７、５０又は６１で示すアミノ酸配列、
　　（ｅ）配列番号５７又は５０で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は
　　（ｆ）配列番号５７又は５０で示すアミノ酸配列と97％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
　以下の（ｇ）～（ｊ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなり、標的細菌の認識活性を有するテイルファイバータンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：
　　（ｇ）配列番号１、１１、４５、１５及び４２からなる群から選択されるいずれか一で示すアミノ酸配列、
　　（ｈ）配列番号１、１１、１５及び４２からなる群から選択されるいずれか一で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、
　　（ｉ）配列番号１、１１、１５及び４２からなる群から選択されるいずれか一で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は
　　（ｊ）配列番号１１で示すアミノ酸配列において278位及び350位以外の１個のアミノ酸が置換されたアミノ酸配列。
　以下の（ｋ）～（ｍ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子、及び以下の（ｎ）～（ｐ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなる遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤であって、前記遺伝子がそれぞれ標的細菌の認識活性を有するテイルチューブタンパク質Aをコードする遺伝子及びテイルチューブタンパク質Bをコードする遺伝子である、前記溶菌剤：
　　（ｋ）配列番号３７で示すアミノ酸配列、
　　（ｌ）配列番号３７で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、
　　（ｍ）配列番号３７で示すアミノ酸配列と92％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列、
　　（ｎ）配列番号３８、５４又は５９で示すアミノ酸配列、
　　（ｏ）配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列において1個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は
　　（ｐ）配列番号３８又は５４で示すアミノ酸配列と92％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
　以下の（ｑ）～（ｓ）のいずれか一で示すアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子をゲノムDNA中に含むバクテリオファージからなる溶菌剤：
　　（ｑ）配列番号２１で示すアミノ酸配列、
　　（ｒ）配列番号２１で示すアミノ酸配列において１個又は複数個のアミノ酸が付加、欠失、及び／又は置換されたアミノ酸配列、又は
　　（ｓ）配列番号２１で示すアミノ酸配列と90％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列。
　以下の（１’）～（３’）のいずれか一で示す塩基配列を含むゲノムDNA配列を有するバクテリオファージからなる溶菌剤：
　　（１’）配列番号１４、１８、１９及び３２～３６からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列、
　　（２’）配列番号１４、１８、１９及び３２～３６からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は
　　（３’）配列番号１４、１８、１９及び３２～３６からなる群から選択されるいずれか一で示す塩基配列と90％以上の配列同一性を有する塩基配列。
　前記ゲノムDNAの塩基配列が、以下の（４’）～（８’）のいずれか一で示す塩基配列からなる、請求項１に記載の溶菌剤：
　　（４’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列、
　　（５’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において請求項２に記載の前記遺伝子以外の塩基配列に１個又は数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、
　　（６’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において請求項２に記載の前記遺伝子以外の塩基配列が95％以上の配列同一性を有する塩基配列、
　　（７’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において１個又は複数個の塩基が付加、欠失、及び／又は置換された塩基配列、又は
　　（８’）配列番号２８、２９又は５３で示す塩基配列において95％以上の配列同一性を有する塩基配列。
　キサントモナス属細菌に対して溶菌活性を示す、請求項１～６のいずれか一項に記載の溶菌剤。
　請求項１～７のいずれか一項に記載の溶菌剤を有効成分として一以上含む組成物。
　請求項１～７のいずれか一項に記載の溶菌剤を有効成分として二以上含む組成物。
　請求項８又は９に記載の組成物を含む植物病害防除組成物。
　対象植物に請求項９又は１０に記載の植物病害防除組成物を接触させる接触工程を含む植物病害防除方法。
　キサントモナス属細菌の同定方法であって、
　植物病害に侵された植物組織から単離された被験細菌を培養し、培養物を得る培養工程、
　前記培養物と請求項１～７のいずれか一項に記載の溶菌剤を混合して混合物を得る混合工程、
　前記混合物を所定の条件下で培養する混合物培養工程、及び
　前記混合物培養工程後に被験細菌が溶菌していたときに前記被験細菌がキサントモナス属細菌であると判定する判定工程
を含む前記方法。
　前記混合物培養工程において、前記混合物が軟寒天含有液体培地をさらに含み、その混合物を固体培地上で培養する、請求項１２に記載の方法。
　前記培養工程において、前記培養物が軟寒天含有液体培地を含み、その培養物を固体培地上で培養する、請求項１２に記載の方法。
　前記培養工程前に植物病害に侵された植物組織から被験細菌を単離する単離工程をさらに含む、請求項１２～１４のいずれか一項に記載の方法。