WO2022045303A1 - Rnaの保存方法 - Google Patents

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WO2022045303A1
WO2022045303A1 PCT/JP2021/031568 JP2021031568W WO2022045303A1 WO 2022045303 A1 WO2022045303 A1 WO 2022045303A1 JP 2021031568 W JP2021031568 W JP 2021031568W WO 2022045303 A1 WO2022045303 A1 WO 2022045303A1
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WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
skin
aqueous solution
rna
collection medium
lipid
Prior art date
Application number
PCT/JP2021/031568
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English (en)
French (fr)
Inventor
夏海 長森
高良 井上
裕也 上原
直樹 大矢
Original Assignee
花王株式会社
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
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Priority to US18/043,254 priority patent/US20230332132A1/en
Priority to EP21861724.9A priority patent/EP4206323A1/en
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay

Definitions

  • the present invention relates to a method for preserving RNA.
  • RNA is contained in skin surface lipids (SSL), and the SSL-derived RNA can be used for analysis of a living body.
  • SSL skin surface lipids
  • RNA is more unstable and more easily degraded than DNA.
  • the RNA-degrading enzyme ribonuclease (RNase) is widely present not only in cells and tissues, but also in body fluids such as sweat and saliva, and in the environment.
  • RNase ribonuclease
  • RNA is immediately extracted from the collected sample, RNA in or extracted from the sample is stored at -80 ° C, or an RNase inhibitor is used. Measures have been taken. For example, by adding a chaotropic salt such as a guanidine salt to a biological sample, a protein containing RNase in the sample can be denatured and RNase can be inactivated.
  • a chaotropic salt such as a guanidine salt
  • a protein denaturing agent such as guanidine thiocyanate, guanidine hydrochloride, potassium thiocyanate, sodium thiocyanate, or urea is added to a biological sample to destroy the cell membrane, cell wall, etc., and the protein is denatured to denature only nucleic acid.
  • a step of liberating the nucleic acid a step of aggregating the released nucleic acid by adding alcohols, a step of passing the obtained nucleic acid-containing extract through a filter to collect the nucleic acid in the filter, and a step of purifying water or low concentration.
  • RNA is extracted from milk using an RNA extraction agent containing phenol and guanidin thiocyanate, and then rapidly frozen at -80 ° C for 3 days or more of an RNA sample from milk. It is stated that long-term storage is possible.
  • a solid matrix in which a composition containing a protein denaturing agent such as guanidinium hydrochloride, guanidinium thiosianate, arginine, SDS, urea, a reducing agent, and a buffering agent is present in a dry state is applied from a sample.
  • a protein denaturing agent such as guanidinium hydrochloride, guanidinium thiosianate, arginine, SDS, urea, a reducing agent, and a buffering agent is present in a dry state
  • Patent Document 1 International Publication No. 2018/008319
  • Patent Document 2 Japanese Patent Application Laid-Open No. 2009-153467
  • Patent Document 3 Japanese Patent Application Laid-Open No. 2000-264898
  • Patent Document 4 Japanese Patent Application Laid-Open No. 2018-68303
  • the present invention is a method for preventing the decomposition of lipid-derived RNA on the surface of the skin, and the collection medium containing the lipid on the surface of the skin is selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate using water or an aqueous alcohol solution as a solvent.
  • the present invention is also a method for preserving lipid-derived RNA on the surface of the skin.
  • the collection medium containing lipids on the surface of the skin is treated with an aqueous solution containing at least one selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate using water or an aqueous alcohol solution as a solvent.
  • Preserving the processed collection medium Provide methods, including.
  • the present invention also provides a collection medium for collecting lipids on the surface of the skin, as well as a collection medium.
  • a kit for collecting lipid-derived RNA on the surface of the skin is provided with aqueous solution containing at least one selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate using water or an aqueous alcohol solution as a solvent for treating the sampling medium.
  • the present invention is a method for recovering lipid-derived RNA on the skin surface of a subject.
  • a collection medium for collecting lipids on the surface of the skin and water or an aqueous alcohol solution for treating the collection medium are used as a solvent.
  • a kit for collecting the lipid-derived RNA on the surface of the skin which comprises an aqueous solution containing at least one selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidin thiocyanate.
  • the collection medium containing the recovered skin surface lipid is treated with the aqueous solution according to the method for preventing decomposition or storage of the skin surface lipid-derived RNA, and the subject's skin surface lipid is used. After collection, it is stored at ambient temperature, Provide a method.
  • FIG. 1 shows an example of the container for storing the collection medium used in the kit for collecting the SSL-derived RNA of this invention.
  • RNA refers to single-stranded RNA and double-stranded RNA, such as mRNA, tRNA, rRNA, small RNA (for example, microRNA (miRNA), small interfering RNA (siRNA), PIWI-interacting RNA (piRNA). ) Etc.), long intergenic non-coding (link) RNA, and the like.
  • miRNA microRNA
  • siRNA small interfering RNA
  • piRNA PIWI-interacting RNA
  • Etc. long intergenic non-coding (link) RNA, and the like.
  • SSL skin surface lipids
  • skin is a general term for regions including the epidermis, dermis, hair follicles, and tissues such as sweat glands, sebaceous glands, and other glands, unless otherwise specified.
  • the "ambient temperature” means a temperature in an environment where SSL can be collected, preferably room temperature or lower.
  • the room temperature means a temperature of 1 to 30 ° C. specified in the Japanese Pharmacopoeia.
  • the present invention relates to a method for preventing the decomposition of RNA contained in a skin surface lipid (SSL) collected from a subject and stably storing the RNA.
  • SSL skin surface lipid
  • the present inventor collects SSL from a subject using a collection medium, and then the collection medium containing the SSL is selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate using water or an aqueous alcohol solution as a solvent. It has been found that by treating with an aqueous solution containing seeds, it is possible to prevent the degradation of RNA contained in the SSL and to stably store the RNA.
  • the present invention provides a method for preventing degradation of SSL-derived RNA and a method for preserving SSL-derived RNA.
  • the collection medium containing SSL collected from a subject is an aqueous solution containing at least one selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate using water or an aqueous alcohol solution as a solvent. Including processing with.
  • RNA that is easily degraded and difficult to handle can be stored under ambient temperature. Further, according to the present invention, it is possible to improve the yield of RNA from SSL and the accuracy of various analyzes using the RNA.
  • the subject from which SSL is collected may be an organism having SSL on the skin.
  • subjects include mammals, including human and non-human mammals, preferably humans.
  • the subject can be a human or non-human mammal that requires or desires analysis of its nucleic acid.
  • the subject may be a human or non-human mammal that requires or desires gene expression analysis in the skin or analysis of the condition of the skin or non-skin sites using nucleic acids.
  • the skin area from which the subject's SSL is collected includes skin on any part of the body such as the head, face, neck, trunk, and limbs, such as healthy skin, atopy, acne, dryness, and inflammation (redness).
  • Skin having a disease such as a tumor, skin having a wound, and the like, but are not particularly limited.
  • an SSL-absorbing material As a collection medium used for collecting SSL from the skin of a subject, an SSL-absorbing material can be mentioned.
  • the SSL-absorbing material a material having a fibrous structure or a porous structure and capable of recovering and retaining the SL in the voids in the structure by capillarity, and a lipophilic material adsorbs the SSL. Materials that can be used, materials that have both of these properties, and so on.
  • the material of the SL absorbent material include plastics such as polypropylene, synthetic fibers such as pulp, cellulose, cotton, and rayon, and the like, preferably polypropylene having a porous structure.
  • the collection medium has a shape having a larger surface area ratio to the volume.
  • the sampling medium is in the form of a sheet.
  • Specific examples of the sampling medium include a porous plastic film, paper, gauze, cotton balls, and the like, or commercially available oil blotting paper or oil blotting film can also be used.
  • the film thickness is in the range of 5 to 200 ⁇ m
  • the pore ratio is in the range of 5 to 50%
  • the pore diameter is in the range of 0.2 to 5 ⁇ m.
  • a plastic film, a cosmetic grease-removing sheet made of a porous stretched film made of a plastic material described in Patent No. 3055778 (for example, an oil clear film using a porous polypropylene film manufactured by 3M (Shiramoto Earth Co., Ltd.)) Can be mentioned.
  • the porous plastic film may be hydrophilized as long as it does not inhibit the absorption of SSL.
  • a collection medium pre-impregnated with a highly lipophilic solvent may be used.
  • the collection medium contains a highly water-soluble solvent or water, the adsorption of SSL is hindered, which is not preferable.
  • the collection medium is preferably used in a dry state.
  • the collection medium containing SSL collected from a subject is an aqueous solution (hereinafter referred to as a treated aqueous solution) containing at least one selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate. It is processed.
  • the treated aqueous solution contains alcohol.
  • the treated aqueous solution contains guanidine hydrochloride.
  • the treated aqueous solution can be prepared by dissolving at least one selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate using water or an aqueous solution containing alcohol as a solvent.
  • Examples of the alcohol that can be contained in the aqueous alcohol solution as the solvent include any one or more selected from ethanol, isopropanol, butanol, and the like, and from the viewpoint of the efficiency of drying the collection medium described later, Ethanol is preferred.
  • the alcohol concentration in the aqueous alcohol solution as the solvent is not particularly limited, but is preferably 20% by volume or more, more preferably 20% by volume or more, from the viewpoint of permeability to the SL absorbent material and the efficiency of drying the collection medium described later. It is 30% by volume or more, more preferably 50% by volume or more, and on the other hand, 70% by volume or less is preferable from the viewpoint of safety in handling the aqueous solution.
  • the alcohol concentration in the alcohol aqueous solution as the solvent is 20% by volume or more and 70% by volume or less, more preferably 30% by volume or more and 70% by volume or less, and further preferably 50% by volume or more and 70% by volume or less. It is more preferably 50% by volume or more and less than 60% by volume.
  • the volume here means a volume at 25 ° C.
  • the content of at least one selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate (total amount of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate) in the treated aqueous solution is 0.50 g from the viewpoint of preventing RNA degradation. It is preferably / mL or more, more preferably 0.55 g / mL or more, and on the other hand, it may be a saturation concentration or less with respect to the solvent of the treated aqueous solution.
  • the SSL contained in the sampling medium is brought into contact with the treated aqueous solution.
  • the treatment aqueous solution is dropped onto the collection medium, the treatment aqueous solution is applied to the collection medium, the treatment solution is sprayed on the collection medium, or the collection medium and the treatment aqueous solution are used.
  • This includes contacting the holding body with the holding body and allowing the treated aqueous solution to permeate the collecting medium through the holding body, or immersing a part of the collecting medium in the treated aqueous solution.
  • the treated aqueous solution is infiltrated into the sampling medium.
  • the treated aqueous solution may be permeated into the entire collection medium, but at least the portion containing SSL in the collection medium may be infiltrated.
  • the amount of the treated aqueous solution used for processing the collection medium is preferably at least an amount that reaches the portion of the collection medium containing SSL.
  • the amount of the treated aqueous solution used is preferably an amount in which the treated aqueous solution is distributed over 80% or more of the sheet area.
  • the amount of the treated aqueous solution is preferably an amount that can be held in or on the collection medium. If the applied amount of the treated aqueous solution is too small, RNA will be decomposed in the portion where the solution does not spread.
  • the applied amount of the treated aqueous solution may flow out from the sampling medium together with the treated aqueous solution. Further, if the applied amount of the treated aqueous solution is too large, it may take a long time to dry the collection medium treated with the treated aqueous solution in the drying described later, or a sufficient dry state may not be obtained. Based on these, the amount of the treated aqueous solution applied to the sampling medium may be appropriately adjusted according to the type and size of the sampling medium.
  • the method of the present invention further comprises drying the collection medium treated with the treated aqueous solution.
  • the means for drying the collection medium is not particularly limited as long as the collection medium can be placed in a dry environment, but from the viewpoint of preventing RNase contamination, the collection medium is placed in a closed space system such as in a container. It is preferable to place it in a dry environment. Specifically, by allowing the collection medium and the desiccant to coexist in a closed space system such as a container that can store the collection medium, the drying of the collection medium is promoted and RNA degradation is prevented more effectively. Can be done.
  • the size and shape of the container are not particularly limited as long as the container is made of a material that does not allow moisture to permeate, can store the collection medium and the desiccant, and can be sealed. Further, in consideration of the case where the treatment aqueous solution contained in the collection medium and the desiccant come into contact with each other to generate heat, it is preferable that the container has a structure or a structure in which the collection medium and the desiccant do not come into direct contact with each other.
  • the desiccant include crystalline zeolite (molecular sieve), activated carbon, silica gel and the like.
  • the amount of the desiccant used so that the closed space containing the sampling medium can be placed in a dry environment (preferably the humidity is reduced to 0%).
  • a molecular sieve having a volume of 0.05 to 0.10 g per 1 cm 3 of the closed space.
  • the sampling medium is a sheet-shaped sampling medium, it is preferable to use a molecular sieve of 0.05 to 0.20 g per 1 cm 2 of the sheet area.
  • the collection medium obtained by the above procedure, treated with the treated aqueous solution and preferably further dried, can be stored as a sample containing SSL-derived RNA. Since the above-mentioned steps of treatment with the treated aqueous solution and drying prevent the decomposition of SSL-derived RNA contained in the collection medium, the obtained collection medium has an ambient temperature or higher (for example, 37 ° C. or lower). , 40 ° C or lower, 60 ° C or lower).
  • the present invention provides a kit for collecting SSL-derived RNA.
  • the kit of the present invention comprises the above-mentioned collection medium for SSL collection, and guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate using the above-mentioned water or alcohol aqueous solution as a solvent as a treatment aqueous solution for treating the collection medium. It comprises an aqueous solution containing at least one selected from the group.
  • the kit further comprises a container for storing the sampling medium containing SSL after treatment with the aqueous treatment solution. The container is hermetically sealed and can be used for drying or storing the collection medium after treatment with the treated aqueous solution.
  • the container of the kit is used in combination with a desiccant. Therefore, preferably, the kit comprises the container and a desiccant.
  • the kit comprises the container and a desiccant.
  • the drying of the collection medium in the container is promoted. Will be done.
  • the dried collection medium can be stored as it is in the container.
  • the container containing the sampling medium can be stored at an ambient temperature or higher (for example, 37 ° C. or lower, 40 ° C. or lower, 60 ° C. or lower).
  • FIG. 1 shows an example of a container for storing a collection medium used in the kit of the present invention.
  • A represents a side view (left) and a sectional view thereof (right)
  • B represents an upward perspective view (left) and a sectional view thereof (right).
  • the container is composed of a container cap 1A and a container body 1B, and at a portion 1-a where the cap 1A and the container body 1B are in contact, threads are provided on the inner surface of the cap 1A and the outer surface of the container body 1B, and the cap is provided. By screwing 1A and the container body 1B, the inside of the container can be made into a closed space.
  • the inside of the container is divided into a storage chamber 2 and a storage chamber 3 by a member 1C having a breathable material or structure, and each storage chamber is a collection medium after SSL collection treated with a treated aqueous solution.
  • the desiccant are stored, respectively, so that they can be stored in the same closed space inside the container without contacting each other.
  • the desiccant is stored in the container in advance.
  • FIG. 2 shows an example of the container of FIG. 1 in a state in which a collection medium containing SSL-derived RNA and a desiccant are stored.
  • the desiccant 4 is stored in the storage chamber 3 in the container, and the collection medium 5 after SSL collection treated with the treated aqueous solution is stored in the storage chamber 2 separated by the breathable member 1C.
  • the breathable member 1C Through the breathable member 1C, the entire enclosed space inside the container becomes a dry environment, the drying of the collection medium is promoted, and the RNA is heated to an ambient temperature or higher (for example, 37 ° C or lower, 40 ° C or lower). Hereinafter, it can be stored at 60 ° C. or lower).
  • the collection medium treated by the method of the present invention can be used as a sample containing SSL-derived RNA.
  • Extraction of RNA from the collection medium can be performed according to the usual procedure for extracting RNA from a sample.
  • the phenol / chloroform method and its variants such as PCI (Phenol / Chloroform / Isoamyl alcohol) method, AGPC (acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction) method, and guanidine thiocyanate mixed with phenol in advance.
  • PCI Phenol / Chloroform / Isoamyl alcohol
  • AGPC acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction
  • guanidine thiocyanate mixed with phenol in advance.
  • RNA can be extracted from the collection medium using a commercially available RNA extraction reagent (for example, TRIzol (registered trademark) Reagent, QIAzol Lysis Reagent, ISOGEN, RNeasy Mini Kit, etc.).
  • a commercially available RNA extraction reagent for example, TRIzol (registered trademark) Reagent, QIAzol Lysis Reagent, ISOGEN, RNeasy Mini Kit, etc.
  • the extracted RNA is the subject's SSL-derived RNA and can be used for various analyzes.
  • mRNA contained in the SSL-derived RNA can be converted into cDNA using an Oligo (dT) primer and then used for gene expression analysis, transcriptome analysis and the like.
  • dT Oligo
  • the present invention provides a method for recovering lipid-derived RNA on the skin surface of a subject.
  • the above-mentioned kit for collecting the skin surface lipid-derived RNA of the present invention is provided to a subject who needs or desires to collect the skin surface lipid-derived RNA, and the kit is provided. It comprises recovering the collection medium containing the superficial lipids collected from the subject using the provided collection medium.
  • the collection medium containing the skin surface lipid recovered from the subject is treated with the aqueous solution according to the above-mentioned method for preventing decomposition or storage of the skin surface lipid-derived RNA of the present invention.
  • the collection medium containing the skin surface lipid recovered from the subject has an ambient temperature or higher temperature (for example, 37 ° C. or lower, 40 ° C. or lower) after the skin surface lipid of the subject is collected. It is stored at 60 ° C or lower).
  • the method for providing the kit for collecting RNA derived from the lipid on the skin surface and the method for recovering the collection medium after collecting the lipid on the skin surface from the subject are not particularly limited, and known transportation means can be used, for example. Examples include mailing services, home delivery services by freight carriers, receipt of the collection kit by the subject or agent at the distribution site, and bringing of the collection medium to the collection site by the subject or agent.
  • a method for preventing decomposition of lipid-derived RNA on the surface of the skin wherein the collection medium containing the lipid on the surface of the skin is selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate using water or an alcohol aqueous solution as a solvent.
  • a method for preserving lipid-derived RNA on the surface of the skin is treated with an aqueous solution containing at least one selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate using water or an aqueous alcohol solution as a solvent.
  • the solvent is an aqueous alcohol solution, and the concentration of alcohol in the aqueous alcohol solution is determined.
  • it is 20% by volume or more. More preferably, it is 20% by volume or more and 70% by volume or less. More preferably, it is 30% by volume or more. More preferably, it is 30% by volume or more and 70% by volume or less. More preferably, it is 50% by volume or more. More preferably, it is 50% by volume or more and 70% by volume or less. More preferably, it is 50% by volume or more and less than 60% by volume.
  • the concentration of at least one selected from the group consisting of the guanidine hydrochloride and the guanidine thiocyanate in the aqueous solution is It is preferably 0.50 g / mL or more, and is preferably 0.50 g / mL or more. More preferably, it is 0.55 g / mL or more.
  • the treatment of the collection medium containing the lipid on the surface of the skin with the aqueous solution is Preferably, the skin surface lipid contained in the collection medium is brought into contact with the aqueous solution.
  • the sampling medium is Preferably, it is a lipid-absorbing material on the surface of the skin. More preferably, it is a porous plastic film.
  • the sampling medium comprises placing it in a dry environment in a closed space system. More preferably, the collection medium and the desiccant are allowed to coexist in the container.
  • the collection medium treated with the aqueous solution is stored at a temperature of preferably 60 ° C. or lower, more preferably 40 ° C. or lower, still more preferably 37 ° C. or lower, still more preferably 1 to 60 ° C., still more preferably.
  • the method according to any one of [2] to [9] which comprises storing at a temperature of 1 to 40 ° C., more preferably 1 to 37 ° C., still more preferably 1 to 30 ° C.
  • a collection medium for collecting lipids on the surface of the skin and An aqueous solution containing at least one selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidine thiocyanate using water or an aqueous alcohol solution as a solvent for treating the sampling medium.
  • a kit for collecting lipid-derived RNA on the surface of the skin [12] The kit according to [11], preferably further comprising a container and a desiccant for storing a collection medium containing a lipid on the surface of the skin after treatment with the aqueous solution. [13] The kit according to [12], wherein the container preferably contains the desiccant inside.
  • the solvent is an aqueous alcohol solution, and the concentration of alcohol in the aqueous alcohol solution is determined.
  • it is 20% by volume or more. More preferably, it is 20% by volume or more and 70% by volume or less. More preferably, it is 30% by volume or more. More preferably, it is 30% by volume or more and 70% by volume or less. More preferably, it is 50% by volume or more. More preferably, it is 50% by volume or more and 70% by volume or less. More preferably, it is 50% by volume or more and less than 60% by volume.
  • the kit according to any one of [11] to [13].
  • the concentration of at least one selected from the group consisting of the guanidine hydrochloride and the guanidine thiocyanate in the aqueous solution is It is preferably 0.50 g / mL or more, and is preferably 0.50 g / mL or more. More preferably, it is 0.55 g / mL or more.
  • the sampling medium is Preferably, it is a lipid-absorbing material on the surface of the skin. More preferably, it is a porous plastic film.
  • the container is Preferably, it is a container that can be sealed. More preferably, it is the container shown in FIG.
  • a method for recovering lipid-derived RNA on the skin surface of a subject For a subject who needs or desires to collect RNA derived from surface lipids, a collection medium for collecting lipids on the surface of the skin and water or an aqueous alcohol solution for treating the collection medium are used as a solvent.
  • the kit for collecting lipid-derived RNA on the surface of the skin according to any one of [11] to [18], which comprises an aqueous solution containing at least one selected from the group consisting of guanidine hydrochloride and guanidin thiocyanate. What to do and To recover the collection medium containing the superficial lipids collected from the subject from the subject.
  • the collection medium containing the recovered skin surface lipid is treated with the aqueous solution according to the method for preventing decomposition or storage of the skin surface lipid-derived RNA according to any one of [1] to [10]. And, after collecting the lipid on the skin surface of the subject, it is stored at the ambient temperature. Method.
  • Example 1 Prevention of RNA decomposition by guanidine salt (1) Preparation of guanidine hydrochloride solution and thiosian acid guanidine salt solution Guanidin hydrochloride (Fujifilm Wako Junyaku Co., Ltd.) was used as a solvent in a 57% (v / v) ethanol aqueous solution, and the concentration was increased. Was dissolved so as to be 6M. Further, guanidine thiocyanate (Fujifilm Wako Pure Chemical Industries, Ltd.) was dissolved in a 57% (v / v) ethanol aqueous solution as a solvent so as to have a concentration of 6 M.
  • the obtained human skin-derived RNA solution was evenly applied to each of the four oil-removing films in an amount of 20 ⁇ L and permeated.
  • RNA-coated oil-removing films 20 ⁇ L each of the guanidine hydrochloride solution prepared in (1) and the thiocyanate guanidine salt solution prepared in (1) on the other. It was applied evenly to the entire film and allowed to permeate. No guanidine salt solution was applied to the remaining two degreasing films.
  • the four degreasing films were placed one by one in a screw tube (capacity 20 mL) and stored at ⁇ 80 ° C. or room temperature (18-25 ° C.) for 4 days (Table 1).
  • RNA degradation-preventing effect RNA is extracted from the oil-removing film after storage prepared in (2), the extracted RNA is converted into cDNA by reverse transcription, and then the cDNA is subjected to PCR to purify the reaction product.
  • RNA was extracted from the oil-removing film using RNeasy Mini Kit (Qiagen), and the obtained RNA was reverse-transcribed into cDNA using SuperScript VILO cDNA Synthesis kit (Thermo Scientific).
  • the cDNA was subjected to PCR using Ion AmpliSeq Transcriptome Human Gene Expression Kit (Life Technologies Japan), and the obtained reaction product was purified using magnetic beads (Ample XP: Beckman Coulter) to purify 10 ⁇ L of cDNA. A solution was obtained.
  • the cDNA concentration in the purified product solution was quantified using an Agilent 4200 TapeStation (Agilent Technologies, Inc.), and the relative cDNA concentration of each sample with respect to the cDNA concentration of the sample stored at ⁇ 80 ° C. was determined. As shown in Table 1, guanidine salt treatment prevented RNA degradation at room temperature. In addition, guanidine hydrochloride was more effective in preventing RNA degradation than guanidine thiocyanate.
  • Example 2 Prevention of RNA degradation by drying (1) Preparation of desiccant Prepare three screw tubes (capacity 20 mL), and use molecular sieves 13X 1/8 (Fujifilm Wako Pure Chemical Industries, Ltd.) in one of them. Addition was made so that the ratio of the volume (mL) to the molecular sieves mass (g) was 20: 1. Specifically, 1.0 g of molecular sieves was added to a screw tube having a capacity of 20 mL.
  • oil-removing film SSL was collected from the entire face of the subject using three oil-removing films (oil clear film, Hakugen Earth Co., Ltd., 25 x 40 mm). 20 ⁇ L of the human skin-derived RNA solution prepared in Example 1 (2) was evenly applied to each of the three oil-removing films and permeated into the entire film. The three degreasing films were placed one by one in the screw tube prepared in (1) and stored at ⁇ 80 ° C. or room temperature (18 to 25 ° C.) for 3 days (Table 2).
  • RNA degradation-preventing effect RNA is extracted from the oil-removing film after storage prepared in (2) by the same procedure as in Example 1 (3), converted into cDNA, and subjected to PCR to obtain a reaction product. Purified and quantified, the relative cDNA concentration of each sample to the cDNA concentration of the sample stored at -80 ° C was determined. As shown in Table 2, drying prevented RNA degradation at room temperature.
  • Example 3 Prevention of RNA degradation by guanidine salt and drying (1)
  • Preparation of guanidine hydrochloride solution A guanidine hydrochloride solution was prepared by the same procedure as in Example 1 (1).
  • RNA degradation-preventing action RNA is extracted from the oil-removing film after storage prepared in (3) by the same procedure as in Example 1 (3), converted into cDNA, and subjected to PCR to obtain a reaction product. Purified and quantified, the relative cDNA concentration of each sample to the cDNA concentration of the sample stored at -80 ° C was determined. As shown in Table 3, RNA degradation at room temperature was significantly prevented by the combined use of guanidine salt treatment and drying.
  • Example 4 Prevention of RNA decomposition by drying with guanidine salt aqueous solution or guanidine salt-alcohol aqueous solution
  • Guanidin hydrochloride (Fujifilm Wako Junyakusha) is 30% (v / v) ethanol aqueous solution or Water (UltraPure DNase / RNase-Free Distilled Water; Thermo Fisher Scientific KK) was used as a solvent and dissolved to a concentration of 6 M.
  • guanidine hydrochloride solution using the 30% (v / v) ethanol aqueous solution prepared in (1) as a solvent, and the other is water. 20 ⁇ L of each guanidine hydrochloride solution as a solvent was evenly applied to the entire film and allowed to permeate. The two films coated with the guanidine hydrochloride solution were placed in a screw tube to which the desiccant prepared in (2) was added. The remaining two degreasing films were placed one by one in a screw tube to which the desiccant prepared in (2) was not added, without applying the guanidine hydrochloride solution. Each sample was stored at ⁇ 80 ° C. or 37 ° C. for 3 days (Table 4).
  • RNA degradation-preventing action RNA is extracted from the oil-removing film after storage prepared in (3) by the same procedure as in Example 1 (3), converted into cDNA, and subjected to PCR to obtain a reaction product. Purified and quantified, the relative cDNA concentration of each sample to the cDNA concentration of the sample stored at -80 ° C was determined. As shown in Table 4, guanidine salt treatment and drying significantly prevented RNA degradation under storage at 37 ° C.
  • Example 5 Prevention of RNA degradation by guanidine salt and drying under storage at 60 ° C. (1) Preparation of guanidine hydrochloride solution A guanidine hydrochloride solution was prepared by the same procedure as in Example 1 (1).
  • RNA degradation-preventing action RNA is extracted from the oil-removing film after storage prepared in (3) by the same procedure as in Example 1 (3), converted into cDNA, and subjected to PCR to obtain a reaction product. Purified and quantified, the relative cDNA concentration of each sample to the cDNA concentration of the sample stored at -80 ° C was determined. As shown in Table 5, guanidine salt treatment and drying significantly prevented RNA degradation under storage at 60 ° C.

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Abstract

皮膚表上脂質を含む採取媒体を、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液で処理することを含む、皮膚表上脂質由来RNAの分解防止方法。

Description

RNAの保存方法
 本発明は、RNAの保存方法に関する。
 DNA、RNAなどの生体由来の核酸の解析により、生体の生理状態を含む様々な情報を獲得することができる。生体由来の核酸は、細胞、組織、体液、分泌物などの生体由来の試料から抽出することができる。特許文献1には、皮膚表上脂質(skin surface lipids;SSL)にRNAが含まれており、該SSL由来RNAを生体の解析に用いることができることが記載されている。しかし、SSLに含まれるRNAの量は微量であるため、生体から採取したSSLからできるだけ高収量でRNAを抽出することが求められる。
 生体由来の核酸の中でも、RNAは、DNAと比較して不安定であり分解されやすい。さらに、RNA分解酵素であるリボヌクレアーゼ(RNase)は、細胞及び組織中だけでなく、汗、唾液などの体液、及び環境中にも広く存在する。従来、生体試料中のRNAの分解を防止するためには、採取した試料からRNAを直ちに抽出する、試料中もしくは抽出したRNAを-80℃で保存する、又はRNase阻害剤を使用する、などの手段がとられている。例えば、グアニジン塩などのカオトロピック塩を生体試料に添加することにより、試料中のRNaseを含む蛋白質を変性させてRNaseを不活性化させることができる。ただしカオトロピック塩を添加した場合でも、周囲温度下ではRNAの分解は完全には防止できないことから、試料中もしくは抽出したRNAは-80℃で保存されるのが通常である。
 特許文献2には、生体試料にチオシアン酸グアニジン、塩酸グアニジン、チオシアン酸カリウム、チオシアン酸ナトリウム、尿素などの蛋白質変性剤を添加して、細胞膜や細胞壁等を破壊し、蛋白質を変性させて核酸だけを遊離させる工程と、アルコール類を添加して遊離した核酸を凝集させる工程と、得られた核酸含有抽出物をフィルターに通過させて核酸をフィルターに捕集させる工程と、精製水あるいは低濃度の緩衝液により核酸を可溶化させフィルターから回収する工程とからなる、核酸の簡易抽出法が記載されている。
 特許文献3には、フェノール及びチオシアン酸グアニジンを含有するRNA抽出用薬剤を用いて乳からRNAを抽出した後、速やかに-80℃に冷凍することにより、乳からのRNAサンプルの3日以上の長期保存が可能となることが記載されている。
 特許文献4には、グアニジニウム塩酸塩、チオシアン酸グアニジニウム、アルギニン、SDS、尿素などのタンパク質変性剤、還元剤、及び緩衝剤を含む組成物が乾燥状態で存在する固体マトリクスを適用して、試料から核酸を収集し、該固体マトリクスを乾燥し、周囲条件下において核酸を乾燥状態で該固体マトリクス上に貯蔵する、核酸を試料から抽出し貯蔵する方法が記載されている。
(特許文献1)国際公開公報第2018/008319号
(特許文献2)特開2009-153467号公報
(特許文献3)特開2000-264898号公報
(特許文献4)特開2018-68303号公報
 本発明は、皮膚表上脂質由来RNAの分解防止方法であって、皮膚表上脂質を含む採取媒体を、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液で処理することを含む、方法を提供する。
 また本発明は、皮膚表上脂質由来RNAの保存方法であって、
 皮膚表上脂質を含む採取媒体を、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液で処理すること、及び、
 該処理した採取媒体を保存すること、
を含む、方法を提供する。
 また本発明は、皮膚表上脂質を採取するための採取媒体、ならびに、
 該採取媒体を処理するための、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液、
を備える、皮膚表上脂質由来RNAの採取用キットを提供する。
 また、本発明は、被験体の皮膚表上脂質由来RNAの回収方法であって、
 皮膚表上脂質由来RNAの採取を必要とする又は希望する被験体に、皮膚表上脂質を採取するための採取媒体、ならびに、該採取媒体を処理するための、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液を備える、前記皮膚表上脂質由来RNAの採取用キットを提供すること、及び、
 該被験体から採取した皮膚表上脂質を含む該採取媒体を、該被験体から回収すること、
を含み、
 ここで、回収した皮膚表上脂質を含む該採取媒体は、前記皮膚表上脂質由来RNAの分解防止方法又は保存方法に従って、該水溶液により処理されており、かつ該被験体の皮膚表上脂質を採取後、周囲温度にて保存されている、
方法を提供する。
本発明のSSL由来RNAの採取用キットに用いられる、採取媒体を保存するための容器の一例を示す図である。A:側面図(左)とその断面図(右)、B:上方斜視図(左)とその断面図(右)。 SSL由来RNAを含む採取媒体及び乾燥剤を収納した状態の図1の容器の一例を示す図である。
発明の詳細な説明
 本明細書中で引用された全ての特許文献、非特許文献、及びその他の刊行物は、その全体が本明細書中において参考として援用される。
 本明細書における「RNA」は、1本鎖RNA及び2本鎖RNA、例えば、mRNA、tRNA、rRNA、small RNA(例えば、microRNA(miRNA)、small interfering RNA(siRNA)、PIWI-interacting RNA(piRNA)等)、long intergenic non-coding(linc)RNA、などを包含する。
 本明細書において、「皮膚表上脂質(skin surface lipids;SSL)」とは、皮膚の表上に存在する脂溶性画分をいい、皮脂と呼ばれることもある。一般に、SSLは、皮膚にある皮脂腺等の外分泌腺から分泌された分泌物を主に含み、皮膚表面を覆う薄い層の形で皮膚表上に存在している。
 本明細書において、「皮膚」とは、特に限定しない限り、体表の表皮、真皮、毛包、ならびに汗腺、皮脂腺及びその他の腺などの組織を含む領域の総称である。
 本明細書において、「周囲温度」とは、SSLの採取を行うことが可能な環境における温度をいい、好ましくは室温又はそれ以下の温度をいう。ここで室温とは、日本薬局方に定める1~30℃の温度をいう。
 本発明は、被験体から採取した皮膚表上脂質(SSL)に含まれるRNAの分解を防止し、該RNAを安定に保存するための方法に関する。
 本発明者は、採取媒体により被験体からSSLを採取した後、該SSLを含む採取媒体を、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液で処理することにより、該SSLに含まれるRNAの分解を防止し、該RNAを安定に保存することが可能であることを見出した。
 一態様において、本発明は、SSL由来RNAの分解防止方法、及びSSL由来RNAの保存方法を提供する。これらの本発明の方法は、被験体から採取されたSSLを含む採取媒体を、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液で処理することを含む。
 本発明の方法によれば、被験体から採取したSSLに含まれるRNAの分解を防止し、該RNAを安定に保存することができる。本発明によれば、分解しやすく取り扱いが困難なRNAを周囲温度下で保存することを可能にする。また本発明によれば、SSLからのRNAの収量、及び該RNAを用いた各種解析の精度を向上させることができる。
 本発明の方法において、SSLを採取される被験体は、皮膚上にSSLを有する生物であればよい。被験体の例としては、ヒト及び非ヒト哺乳動物を含む哺乳動物が挙げられ、好ましくはヒトである。例えば、該被験体は、自身の核酸の解析を必要とするか又は希望するヒト又は非ヒト哺乳動物であり得る。あるいは、該被験体は、皮膚における遺伝子発現解析、又は核酸を用いた皮膚もしくは皮膚以外の部位の状態の解析を必要とするか又は希望するヒト又は非ヒト哺乳動物であり得る。
 被験体のSSLが採取される皮膚の部位としては、頭、顔、首、体幹、手足等の身体の任意の部位の皮膚、例えば、健康な皮膚、アトピー、ニキビ、乾燥、炎症(赤み)、腫瘍等の疾患を有する皮膚、創傷を有する皮膚、などが挙げられるが、特に限定されない。
 被験体の皮膚からのSSLの採取に用いられる採取媒体としては、SSL吸収性素材が挙げられる。SSL吸収性素材の例としては、繊維状構造又は多孔質構造を有しており、毛細管現象により該構造中の空隙にSSLを回収及び保持することができる素材、親油性材料によりSSLを吸着することができる素材、それらの両方の性質を兼ね備えた素材、などが挙げられる。該SSL吸収性素材の材料の例としては、ポリプロピレン等のプラスチック、パルプ、セルロース、綿、レーヨン等の合成繊維、などが挙げられ、好ましくは多孔質構造を有するポリプロピレンである。
 SSLの採取効率、及び後述する該採取媒体の乾燥の効率の観点から、該採取媒体は、体積に対する表面積比がより大きい形状を有することがより好ましい。好ましくは、該採取媒体はシート状である。
 該採取媒体の具体的な例としては、多孔質プラスチック製フィルム、紙、ガーゼ、綿球などが挙げられ、あるいは、市販のあぶら取り紙又はあぶら取りフィルムを使用することもできる。該採取媒体の好ましい例としては、フィルム厚さが5~200μmの範囲であり、空孔率が5~50%の範囲であり、空孔の孔径が0.2~5μmの範囲である多孔質プラスチック製フィルム、特許3055778号に記載されるプラスチック材料の多孔質延伸フィルムからなる化粧用脂取りシート(例えば、3M社の多孔質ポリプロピレンフィルムを用いたオイルクリアフィルム(白元アース社))などが挙げられる。なお、該多孔質プラスチック製フィルムは、SSLの吸収を阻害しない限りにおいて、親水化処理が施されていてもよい。
 SSLの採取効率を向上させるため、脂溶性の高い溶媒を予め含ませた採取媒体を用いてもよい。一方、該採取媒体が水溶性の高い溶媒や水分を含んでいると、SSLの吸着が阻害されるため好ましくない。該採取媒体は、乾燥した状態で用いることが好ましい。
 本発明の方法において、被験体から採取されたSSLを含む該採取媒体は、グアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液(以下、処理水溶液と称する)で処理される。好ましくは、該処理水溶液はアルコールを含む。好ましくは、該処理水溶液はグアニジン塩酸塩を含む。該処理水溶液は、水又はアルコールを含む水溶液を溶媒として、グアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を溶解させることにより調製することができる。該溶媒としてのアルコール水溶液に含まれ得るアルコールとしては、エタノール、イソプロパノール、ブタノールなどから選択されるいずれか1種又は2種以上が挙げられ、後述する該採取媒体の乾燥の効率の観点からは、エタノールが好ましい。
 該溶媒としてのアルコール水溶液におけるアルコール濃度は、特に限定されないが、SSL吸収性素材への浸透性、及び後述する該採取媒体の乾燥の効率の観点からは、好ましくは20体積%以上、より好ましくは30体積%以上、さらに好ましくは50体積%以上であり、他方、該水溶液の取り扱いの安全性の観点からは70体積%以下が好ましい。好ましくは、該溶媒としてのアルコール水溶液におけるアルコール濃度は、20体積%以上70体積%以下であり、より好ましくは30体積%以上70体積%以下であり、さらに好ましくは50体積%以上70体積%以下であり、さらに好ましくは50体積%以上60体積%未満である。なお、ここでの体積とは25℃における体積を意味する。
 該処理水溶液におけるグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種の含有量(グアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩の合計量)は、RNA分解防止の観点からは0.50g/mL以上が好ましく、0.55g/mL以上がより好ましく、他方、該処理水溶液の溶媒に対する飽和濃度以下であればよい。
 該処理水溶液による該採取媒体の処理では、該採取媒体に含まれるSSLと該処理水溶液とを接触させる。例えば、該処理は、該採取媒体に該処理水溶液を滴下するか、該採取媒体に該処理水溶液を塗布するか、該採取媒体に該処理水溶液を噴霧するか、該採取媒体と該処理水溶液を保持する保持体とを接触させ、該保持体を介して該採取媒体に該処理水溶液を浸透させるか、又は該採取媒体の一部を該処理水溶液に浸漬することを含む。これらの手段により、該採取媒体に該処理水溶液を浸透させる。該処理水溶液は、該採取媒体の全体に浸透させてもよいが、少なくとも該採取媒体におけるSSLを含む部分に浸透させればよい。
 該採取媒体の処理に用いる該処理水溶液の量は、少なくとも該採取媒体におけるSSLを含む部分に行き渡る程度の量であることが好ましい。例えば、該採取媒体がシート状の採取媒体の場合、用いられる該処理水溶液の量は、シート面積の80%以上に該処理水溶液が行き渡る量であることが好ましい。また、該処理水溶液の量は、該採取媒体中又は上に保持され得る程度の量であることが好ましい。該処理水溶液の適用量が少なすぎると、該溶液が行き渡らない部分でRNAが分解されてしまう。他方、該処理水溶液の適用量が多すぎると、該採取媒体に含まれるSSLが、該処理水溶液とともに該採取媒体から流出するおそれがある。また、該処理水溶液の適用量が多すぎると、後述する乾燥において、該処理水溶液で処理した該採取媒体の乾燥に時間が掛かったり、十分な乾燥状態が得られないおそれがある。これらを踏まえて、該採取媒体への該処理水溶液の適用量を、該採取媒体の種類やサイズに応じて適宜調整すればよい。
 好ましくは、本発明の方法は、さらに、該処理水溶液で処理した該採取媒体を乾燥させることを含む。該採取媒体を乾燥させることで、加水分解酵素であるRNaseによるRNA分解がより効果的に防止される。該採取媒体の乾燥の手段は、該採取媒体を乾燥環境下に置くことができる手段であれば特に限定されないが、RNase汚染防止の観点からは、該採取媒体を、容器内などの閉鎖空間系において乾燥環境下に置くことが好ましい。具体的には、該採取媒体を収納できる容器内などの閉鎖空間系において該採取媒体と乾燥剤を共存させることで、該採取媒体の乾燥を促進してRNA分解をより効果的に防止することができる。容器としては、水分を透過させない素材で、該採取媒体と乾燥剤が収納でき、かつ密閉可能な容器であれば、大きさや形は特に限定されない。また、該採取媒体に含まれる処理水溶液と乾燥剤が接触して発熱する場合を考慮して、該容器は、該採取媒体と乾燥剤が直接接触しない構造又は構成であることが好ましい。乾燥剤としては、結晶性ゼオライト(モレキュラーシーブ)、活性炭、シリカゲルなどが挙げられる。該採取媒体を入れた該閉鎖空間を乾燥環境下にさせる(好ましくは湿度を0%に下げる)ことができるように、乾燥剤の使用量を調整することが好ましい。例えば、閉鎖空間の容積1cm3あたり0.05~0.10gのモレキュラーシーブを使用することが好ましい。又は、該採取媒体がシート状の採取媒体の場合、シート面積1cmあたり0.05~0.20gのモレキュラーシーブを使用することが好ましい。又は、該採取媒体に浸透させた処理水溶液1μLあたり0.02~0.10gのモレキュラーシーブを使用することが好ましい。
 以上の手順で得られる、処理水溶液で処理し、好ましくはさらに乾燥させた採取媒体は、SSL由来RNAを含有する試料として保存することができる。上述した処理水溶液での処理及び乾燥の工程により、該採取媒体に含まれるSSL由来RNAの分解が防止されるので、得られた採取媒体は周囲温度、又はそれ以上の温度(例えば、37℃以下、40℃以下、60℃以下)での保存が可能である。
 別の一態様において、本発明は、SSL由来RNAの採取用キットを提供する。該本発明のキットは、上述したSSL採取用の採取媒体、ならびに、該採取媒体を処理するための処理水溶液として、上述した水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液を備える。一実施形態において、該キットはさらに、該処理水溶液で処理した後のSSLを含む採取媒体を保存する容器を備える。該容器は密閉可能であり、該処理水溶液で処理した後の採取媒体の乾燥又は保存のために用いることができる。好ましくは、該キットの容器は乾燥剤と組み合わせて使用される。したがって、好ましくは、該キットは、該容器及び乾燥剤を備える。例えば、該処理水溶液で処理した後の採取媒体を該容器内に入れて、該容器の内部に収納した乾燥剤と共存させて密閉することにより、該容器内での該採取媒体の乾燥が促進される。乾燥させた該採取媒体は、該容器内でそのまま保存可能である。該採取媒体を入れた容器は、周囲温度、又はそれ以上の温度(例えば、37℃以下、40℃以下、60℃以下)での保存が可能である。
 図1に、本発明のキットに用いられる、採取媒体を保存するための容器の一例を示す。図1において、Aは側面図(左)とその断面図(右)、Bは上方斜視図(左)とその断面図(右)を表す。該容器は、容器のキャップ1Aと容器本体1Bから構成され、キャップ1Aと容器本体1Bが接する部位1-aにおいて、キャップ1Aの内面と容器本体1Bの外面に螺条が設けられており、キャップ1Aと容器本体1Bが螺合することにより該容器内部を密閉空間とすることができる。また、該容器内部は、通気性のある素材又は構造の部材1Cにより、収納室2と収納室3に区分されており、それぞれの収納室には処理水溶液で処理されたSSL採取後の採取媒体と乾燥剤とがそれぞれ収納され、これにより、両者を互いに接触させることなく該容器の内部の同一の密閉空間に収納することができる。該容器において、該乾燥剤は予め該容器内に収納されているのが好ましい。図2に、SSL由来RNAを含む採取媒体及び乾燥剤を収納した状態の図1の容器の一例を示す。容器内の収納室3に乾燥剤4が収納され、通気性を有する部材1Cにより隔てられた収納室2に処理水溶液で処理されたSSL採取後の採取媒体5が収納されている。通気性を有する部材1Cを介して該容器内全体の密閉空間が乾燥環境下となり、該採取媒体の乾燥が促進され、RNAを周囲温度、又はそれ以上の温度(例えば、37℃以下、40℃以下、60℃以下)で保存することができる。
 本発明の方法で処理された採取媒体は、SSL由来RNAを含有する試料として使用することができる。該採取媒体からのRNAの抽出は、試料からのRNA抽出のための通常の手順に従って行うことができる。例えば、フェノール/クロロホルム法、及びその変法、例えばPCI(Phenol/Chloroform/Isoamyl alcohol)法、AGPC(acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction)法、グアニジンチオシアネートとフェノールをあらかじめ混合しておくAGPC変法などにしたがって、該採取媒体からRNAを抽出することができる。あるいは、市販のRNA抽出用試薬(例えば、TRIzol(登録商標)Reagent、QIAzol Lysis Reagent、ISOGEN、RNeasy Mini Kit等)を用いて該採取媒体からRNAを抽出することができる。
 抽出されたRNAは、被験体のSSL由来RNAであり、各種解析に使用することができる。例えば、該SSL由来RNAに含まれるmRNAをOligo(dT)プライマーを用いてcDNAに変換した後、遺伝子発現解析、トランスクリプトーム解析などに用いることができる。あるいは、被験体のSSL由来RNAにおける標的RNAの有無を調べることで、該被験体の機能解析、疾患の診断、該被験体に投与した薬物の効能評価などを行うことができる。
 別の一態様において、本発明は、被験体の皮膚表上脂質由来RNAの回収方法を提供する。該本発明の方法では、皮膚表上脂質由来RNAの採取を必要とする又は希望する被験体に、上述した本発明の皮膚表上脂質由来RNAの採取用キットを提供すること、及び当該キットに備わる採取媒体を用いて該被験体から採取した皮膚表上脂質を含む、該採取媒体を、該被験体から回収することを含む。ここで、該被験体から回収した皮膚表上脂質を含む該採取媒体は、上述した本発明の皮膚表上脂質由来RNAの分解防止方法又は保存方法に従って前記水溶液により処理されている。また、該被験体から回収した皮膚表上脂質を含む該採取媒体は、該被験体の皮膚表上脂質を採取後は周囲温度、又はそれ以上の温度(例えば、37℃以下、40℃以下、60℃以下)で保存されている。ここで、皮膚表上脂質由来RNAの採取用キットの提供方法及び皮膚表上脂質採取後の採取媒体の被験体からの回収方法は特に限定されず、公知の輸送手段を用いることができ、例えば郵送サービス、貨物輸送業者による宅配サービス、被験体又は代理の者による該採取キットの頒布拠点における受け取り、被験体又は代理の者による該採取媒体の回収拠点への持ち込み、などが挙げられる。
 本発明の例示的実施形態として、さらに以下の物質、製造方法、用途、方法等を本明細書に開示する。ただし、本発明はこれらの実施形態に限定されない。
〔1〕皮膚表上脂質由来RNAの分解防止方法であって、皮膚表上脂質を含む採取媒体を、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液で処理することを含む、方法。
〔2〕皮膚表上脂質由来RNAの保存方法であって、
 皮膚表上脂質を含む採取媒体を、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液で処理すること、及び、
 該処理した採取媒体を保存すること、
を含む、方法。
〔3〕好ましくは、さらに、前記水溶液で処理した採取媒体を乾燥させることを含む、〔1〕又は〔2〕記載の方法。
〔4〕好ましくは、前記溶媒がアルコール水溶液であり、該アルコール水溶液におけるアルコールの濃度が、
 好ましくは、20体積%以上であり、
 より好ましくは20体積%以上70体積%以下であり、
 さらに好ましくは、30体積%以上であり、
 さらに好ましくは、30体積%以上70体積%以下であり、
 さらに好ましくは、50体積%以上であり、
 さらに好ましくは、50体積%以上70体積%以下であり、
 さらに好ましくは、50体積%以上60体積%未満である、
〔1〕~〔3〕のいずれか1項記載の方法。
〔5〕前記水溶液中における前記グアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種の濃度が、
 好ましくは、0.50g/mL以上であり、
 より好ましくは、0.55g/mL以上である、
〔1〕~〔4〕のいずれか1項記載の方法。
〔6〕前記皮膚表上脂質を含む採取媒体の前記水溶液での処理が、
 好ましくは、該採取媒体に含まれる皮膚表上脂質と該水溶液を接触させることを含み、
 より好ましくは、該採取媒体に該水溶液を浸透させることを含み、
 さらに好ましくは、少なくとも該採取媒体における皮膚表上脂質を含む部分に該水溶液を浸透させることを含む、
〔1〕~〔5〕のいずれか1項記載の方法。
〔7〕前記採取媒体が、
 好ましくは、皮膚表上脂質吸収性素材であり、
 より好ましくは、多孔質プラスチック製フィルムである、
〔1〕~〔6〕のいずれか1項記載の方法。
〔8〕好ましくは、前記アルコールがエタノール、イソプロパノール、及びブタノールから選なる群より選択される少なくとも1種である、〔1〕~〔7〕のいずれか1項記載の方法。
〔9〕前記水溶液で処理した採取媒体の乾燥が、
 好ましくは、該採取媒体を、閉鎖空間系において乾燥環境下に置くことを含み、
 より好ましくは、容器内で該採取媒体と乾燥剤を共存させることを含む、
〔3〕~〔8〕のいずれか1項記載の方法。
〔10〕前記水溶液で処理した採取媒体の保存が、該採取媒体を、好ましくは60℃以下、より好ましくは40℃以下、さらに好ましくは37℃以下、さらに好ましくは1~60℃、さらに好ましくは1~40℃、さらに好ましくは1~37℃、さらに好ましくは1~30℃の温度で保存することを含む、〔2〕~〔9〕のいずれか1項記載の方法。
〔11〕皮膚表上脂質を採取するための採取媒体、ならびに、
 該採取媒体を処理するための、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液、
を備える、皮膚表上脂質由来RNAの採取用キット。
〔12〕好ましくは、さらに、前記水溶液で処理した後の皮膚表上脂質を含む採取媒体を保存する容器と乾燥剤を備える、〔11〕記載のキット。
〔13〕好ましくは、前記容器が、その内部に前記乾燥剤を収納している、〔12〕記載のキット。
〔14〕好ましくは、前記溶媒がアルコール水溶液であり、該アルコール水溶液におけるアルコールの濃度が、
 好ましくは、20体積%以上であり、
 より好ましくは20体積%以上70体積%以下であり、
 さらに好ましくは、30体積%以上であり、
 さらに好ましくは、30体積%以上70体積%以下であり、
 さらに好ましくは、50体積%以上であり、
 さらに好ましくは、50体積%以上70体積%以下であり、
 さらに好ましくは、50体積%以上60体積%未満である、
〔11〕~〔13〕のいずれか1項記載のキット。
〔15〕前記水溶液中における前記グアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種の濃度が、
 好ましくは、0.50g/mL以上であり、
 より好ましくは、0.55g/mL以上である、
〔11〕~〔14〕のいずれか1項記載のキット。
〔16〕前記採取媒体が、
 好ましくは、皮膚表上脂質吸収性素材であり、
 より好ましくは、多孔質プラスチック製フィルムである、
〔11〕~〔15〕のいずれか1項記載のキット。
〔17〕好ましくは、前記アルコールがエタノール、イソプロパノール、及びブタノールから選なる群より選択される少なくとも1種である、〔11〕~〔16〕のいずれか1項記載のキット。
〔18〕前記容器が、
 好ましくは、密閉可能な容器であり、
 より好ましくは、図1に示される容器である、
〔12〕~〔17〕のいずれか1項記載のキット。
〔19〕被験体の皮膚表上脂質由来RNAの回収方法であって、
 皮膚表上脂質由来RNAの採取を必要とする又は希望する被験体に、皮膚表上脂質を採取するための採取媒体、ならびに、該採取媒体を処理するための、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液を備える、〔11〕~〔18〕のいずれか1項記載の皮膚表上脂質由来RNAの採取用キットを提供すること、及び、
 該被験体から採取した皮膚表上脂質を含む該採取媒体を、該被験体から回収すること、
を含み、
 ここで、回収した皮膚表上脂質を含む該採取媒体は、〔1〕~〔10〕のいずれか1項記載の皮膚表上脂質由来RNAの分解防止方法又は保存方法に従って、該水溶液により処理されており、かつ該被験体の皮膚表上脂質を採取後、周囲温度にて保存されている、
方法。
 以下、実施例に基づき本発明をさらに詳細に説明するが、本発明はこれに限定されるものではない。
実施例1 グアニジン塩によるRNA分解防止
(1)グアニジン塩酸塩溶液及びチオシアン酸グアニジン塩溶液の調製
 グアニジン塩酸塩(富士フイルム和光純薬社)を57%(v/v)エタノール水溶液を溶媒とし、濃度が6Mとなるように溶解させた。また、グアニジンチオシアン酸塩(富士フイルム和光純薬社)を57%(v/v)エタノール水溶液を溶媒とし、濃度が6Mとなるように溶解させた。
(2)あぶら取りフィルムの準備
 4枚のあぶら取りフィルム(オイルクリアフィルム、白元アース社、3M社の多孔質ポリプロピレンフィルムを使用、25×40mm)を用いて、被験者の顔全面よりSSLを採取した。別途、RNeasy Mini Kit(Qiagen)を用いてヒト皮膚切片からRNAを抽出し、RNA濃度が1μg/mLになるように57%(v/v)エタノール水溶液に溶解させた。得られた該ヒト皮膚由来RNA溶液を、該4枚のあぶら取りフィルムのそれぞれに20μLずつ該フィルム全体に満遍なく塗布し、浸透させた。RNAを塗布した4枚のあぶら取りフィルムのうち、1枚には(1)で調製したグアニジン塩酸塩溶液を、もう1枚には(1)で調製したチオシアン酸グアニジン塩の溶液を、それぞれ20μLずつ該フィルム全体に満遍なく塗布し、浸透させた。残りの2枚のあぶら取りフィルムにはグアニジン塩溶液を塗布しなかった。該4枚のあぶら取りフィルムを1枚ずつスクリュー管(容量20mL)に入れ、-80℃又は室温(18~25℃)下で4日間保存した(表1)。
(3)RNA分解防止作用の評価
 (2)で調製した保存後のあぶら取りフィルムからRNAを抽出し、抽出したRNAを逆転写によりcDNAに変換し、次いで該cDNAをPCRにかけ、反応産物を精製した。具体的には、RNeasy Mini Kit(Qiagen)を用いて該あぶら取りフィルムからRNAを抽出し、得られたRNAをSuperScript VILO cDNA Synthesis kit(Thermo Scientific社)を用いて逆転写してcDNAに変換した。該cDNAをIon AmpliSeq Transcriptome Human Gene Expression Kit(ライフテクノロジーズジャパン社)を用いてPCRにかけ、得られた反応産物を磁性ビーズ(Ampure XP:ベックマン・コールター社)を用いて精製し、10μLのcDNA精製物溶液を得た。該精製物溶液中のcDNA濃度をAgilent 4200 TapeStation(アジレント・テクノロジーズ社)を用いて定量し、-80℃保存サンプルのcDNA濃度に対する各サンプルの相対cDNA濃度を求めた。表1に示すように、グアニジン塩処理により室温下でのRNA分解が防止された。また、グアニジンチオシアン酸塩よりもグアニジン塩酸塩のほうがRNA分解防止効果に優れていた。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
実施例2 乾燥によるRNA分解防止
(1)乾燥剤の調製
 スクリュー管(容量20mL)を3本準備し、その内1本にモレキュラーシーブス 13X 1/8(富士フイルム和光純薬社)を、スクリュー管容量(mL)とモレキュラーシーブス質量(g)の比が20:1となるように添加した。具体的には、容量20mLのスクリュー管に1.0gのモレキュラーシーブスを添加した。
(2)あぶら取りフィルムの準備
 3枚のあぶら取りフィルム(オイルクリアフィルム、白元アース社、25×40mm)を用いて、被験者の顔全面よりSSLを採取した。該3枚のあぶら取りフィルムのそれぞれに、実施例1(2)で調製したヒト皮膚由来RNA溶液を20μLずつ該フィルム全体に満遍なく塗布し、浸透させた。該3枚のあぶら取りフィルムを1枚ずつ、(1)で準備したスクリュー管に入れ、-80℃又は室温(18~25℃)下で3日間保存した(表2)。
(3)RNA分解防止作用の評価
 (2)で調製した保存後のあぶら取りフィルムから、実施例1(3)と同様の手順でRNAを抽出し、cDNAに変換してPCRにかけ、反応産物を精製し、定量し、-80℃保存サンプルのcDNA濃度に対する各サンプルの相対cDNA濃度を求めた。表2に示すように、乾燥により室温下でのRNA分解が防止された。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
実施例3 グアニジン塩と乾燥によるRNA分解防止
(1)グアニジン塩酸塩溶液の調製
 実施例1(1)と同様の手順により、グアニジン塩酸塩溶液を調製した。
(2)乾燥剤の調製
 実施例2(1)と同様の手順により3本のスクリュー管を準備し、そのうち1本に乾燥剤を添加した。
(3)あぶら取りフィルムの準備
 3枚のあぶら取りフィルム(オイルクリアフィルム、白元アース社、25×40mm)を用いて、被験者の顔全面よりSSLを採取した。該3枚のあぶら取りフィルムのそれぞれに、実施例1(2)で調製したヒト皮膚由来RNA溶液を20μLずつ該フィルム全体に満遍なく塗布し、浸透させた。該RNAを塗布した3枚のあぶら取りフィルムのうち、1枚には(1)で調製したグアニジン塩酸塩溶液20μLを該フィルム全体に満遍なく塗布し、浸透させた。該グアニジン塩酸塩溶液を塗布したフィルムは、(2)で準備した乾燥剤を添加したスクリュー管に入れた。残り2枚のあぶら取りフィルムは、グアニジン塩酸塩溶液を塗布せずに、1枚ずつ(2)で準備した乾燥剤を添加していないスクリュー管に入れた。各サンプルを-80℃又は室温(18~25℃)下で3日間保存した(表3)。
(4)RNA分解防止作用の評価
 (3)で調製した保存後のあぶら取りフィルムから、実施例1(3)と同様の手順でRNAを抽出し、cDNAに変換してPCRにかけ、反応産物を精製し、定量し、-80℃保存サンプルのcDNA濃度に対する各サンプルの相対cDNA濃度を求めた。表3に示すように、グアニジン塩処理及び乾燥を併用することにより、室温下でのRNA分解が顕著に防止された。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
実施例4 グアニジン塩水溶液又はグアニジン塩-アルコール水溶液と乾燥によるRNA分解防止
(1)グアニジン塩酸塩溶液の調製
 グアニジン塩酸塩(富士フイルム和光純薬社)を30%(v/v)エタノール水溶液、又は水(UltraPure DNase/RNase-Free Distilled Water;Thermo Fisher Scientific K.K.)を溶媒とし、濃度が6Mとなるように溶解させた。
(2)乾燥剤の調製
 スクリュー管(容量20mL)を4本準備し、その内2本にモレキュラーシーブス 13X 1/8(富士フイルム和光純薬社)を、スクリュー管容量(mL)とモレキュラーシーブス質量(g)の比が20:1となるように添加した。具体的には、容量20mLのスクリュー管に1.0gのモレキュラーシーブスを添加した。
(3)あぶら取りフィルムの準備
 4枚のあぶら取りフィルム(汗もとれるオイルクリアフィルム、白元アース社、3M社の多孔質ポリプロピレンフィルムを使用、25×40mm)を用いて、被験者の顔全面よりSSLを採取した。別途、RNeasy Mini Kit(Qiagen)を用いてHuman HeLa Cell Total RNA(タカラバイオ社)を、RNA濃度が1μg/mLになるようにUltraPure DNase/RNase-Free Distilled Water(Thermo Fisher Scientific K.K.)で調製した。得られた該HeLa Cell由来RNA溶液を、該4枚のあぶら取りフィルムのそれぞれに20μLずつ該フィルム全体に満遍なく塗布し、浸透させた。RNAを塗布した4枚のあぶら取りフィルムのうち、1枚には(1)で調製した30%(v/v)エタノール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩溶液を、もう1枚には、水を溶媒とするグアニジン塩酸塩溶液を、それぞれ20μLずつ該フィルム全体に満遍なく塗布し、浸透させた。該グアニジン塩酸塩溶液を塗布した2枚のフィルムは、(2)で準備した乾燥剤を添加したスクリュー管に入れた。残り2枚のあぶら取りフィルムは、グアニジン塩酸塩溶液を塗布せずに、1枚ずつ(2)で準備した乾燥剤を添加していないスクリュー管に入れた。各サンプルを-80℃又は37℃で3日間保存した(表4)。
(4)RNA分解防止作用の評価
 (3)で調製した保存後のあぶら取りフィルムから、実施例1(3)と同様の手順でRNAを抽出し、cDNAに変換してPCRにかけ、反応産物を精製し、定量し、-80℃保存サンプルのcDNA濃度に対する各サンプルの相対cDNA濃度を求めた。表4に示すように、グアニジン塩処理及び乾燥により、37℃保存下でのRNA分解が顕著に防止された。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
実施例5 60℃保存下でのグアニジン塩と乾燥によるRNA分解防止
(1)グアニジン塩酸塩溶液の調製
 実施例1(1)と同様の手順により、グアニジン塩酸塩溶液を調製した。
(2)乾燥剤の調製
 実施例2(1)と同様の手順により3本のスクリュー管を準備し、そのうち1本に乾燥剤を添加した。
(3)あぶら取りフィルムの準備
 3枚のあぶら取りフィルム(オイルクリアフィルム、白元アース社、25×40mm)を用いて、被験者の顔全面よりSSLを採取した。該3枚のあぶら取りフィルムのそれぞれに、実施例4(3)で調製したHeLa Cell由来RNA溶液を20μLずつ該フィルム全体に満遍なく塗布し、浸透させた。RNAを塗布した3枚のあぶら取りフィルムのうち、1枚には(1)で調製したグアニジン塩酸塩溶液20μLを該フィルム全体に満遍なく塗布し、浸透させた。該グアニジン塩酸塩溶液を塗布したフィルムは、(2)で準備した乾燥剤を添加したスクリュー管に入れた。残り2枚のあぶら取りフィルムは、グアニジン塩酸塩溶液を塗布せずに、1枚ずつ(2)で準備した乾燥剤を添加していないスクリュー管に入れた。各サンプルを-80℃又は60℃で3日間保存した(表5)。
(4)RNA分解防止作用の評価
 (3)で調製した保存後のあぶら取りフィルムから、実施例1(3)と同様の手順でRNAを抽出し、cDNAに変換してPCRにかけ、反応産物を精製し、定量し、-80℃保存サンプルのcDNA濃度に対する各サンプルの相対cDNA濃度を求めた。表5に示すように、グアニジン塩処理及び乾燥により、60℃保存下でのRNA分解が顕著に防止された。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000005
 

Claims (12)

  1.  皮膚表上脂質由来RNAの分解防止方法であって、皮膚表上脂質を含む採取媒体を、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液で処理することを含む、方法。
  2.  皮膚表上脂質由来RNAの保存方法であって、
     皮膚表上脂質を含む採取媒体を、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液で処理すること、及び、
     該処理した採取媒体を保存すること、
    を含む、方法。
  3.  さらに、前記水溶液で処理した採取媒体を乾燥させることを含む、請求項1又は2記載の方法。
  4.  前記溶媒が、アルコールの濃度が20体積%以上70体積%以下のアルコール水溶液である、請求項1~3のいずれか1項記載の方法。
  5.  前記水溶液中における前記グアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種の濃度が0.50g/mL以上である、請求項1~4のいずれか1項記載の方法。
  6.  前記処理が、前記皮膚表上脂質を含む採取媒体に前記水溶液を浸透させることを含む、請求項1~5のいずれか1項記載の方法。
  7.  皮膚表上脂質を採取するための採取媒体、ならびに、
     該採取媒体を処理するための、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液、
    を備える、皮膚表上脂質由来RNAの採取用キット。
  8.  さらに、前記水溶液で処理した後の皮膚表上脂質を含む採取媒体を保存する容器と乾燥剤を備える、請求項7記載のキット。
  9.  前記容器が、その内部に前記乾燥剤を収納している、請求項8記載のキット。
  10.  前記溶媒が、アルコールの濃度が20体積%以上70体積%以下のアルコール水溶液である、請求項7~9のいずれか1項記載のキット。
  11.  前記水溶液中における前記グアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種の濃度が0.50g/mL以上である、請求項7~10のいずれか1項記載のキット。
  12.  被験体の皮膚表上脂質由来RNAの回収方法であって、
     皮膚表上脂質由来RNAの採取を必要とする又は希望する被験体に、皮膚表上脂質を採取するための採取媒体、ならびに、該採取媒体を処理するための、水又はアルコール水溶液を溶媒とするグアニジン塩酸塩及びグアニジンチオシアン酸塩からなる群より選択される少なくとも1種を含む水溶液を備える、請求項7~11のいずれか1項記載の皮膚表上脂質由来RNAの採取用キットを提供すること、
     該被験体から採取した皮膚表上脂質を含む該採取媒体を、該被験体から回収すること、
    を含み、
     ここで、回収した皮膚表上脂質を含む該採取媒体は、請求項1~6のいずれか1項記載の皮膚表上脂質由来RNAの分解防止方法又は保存方法に従って、該前記水溶液により処理されており、かつ該被験体の皮膚表上脂質を採取後、周囲温度にて保存されている、
    方法。
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