WO2022039470A1 - 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단용 바이오마커 및 이를 이용한 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태에 대한 정보를 제공하는 방법 - Google Patents

비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단용 바이오마커 및 이를 이용한 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태에 대한 정보를 제공하는 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단용 바이오마커 및 이를 이용한 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태에 대한 정보를 제공하는 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 판단용 PTPN7 마커 및 PTPN7 발현 정도를 측정하여 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태에 대한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에서는 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 유전자를 분석하여 클러스터링 한 결과, 종양 내 면역 상태에 따라 핫(hot), 인터미디어트-ECM-H(intermediate-ECM-H), 인터미디어트-ECM-L(intermediate-ECM-L) 및 콜드(cold) 단계와 같이 4개의 클러스터로 분류되는 것을 확인하였으며, 각 단계에 대한 유전자를 분석한 결과, PTPN7이 비흡연성 비소세포 폐암의 면역환경을 판단하는 바이오마커임을 확인하였다. 따라서, 본 발명의 PTPN7 마커는 비흡연 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단을 위해 활용할 수 있을 뿐만 아니라, 이를 이용하여 면역상태에 따른 치료에 대한 정보를 제공할 수 있다.

Description

비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단용 바이오마커 및 이를 이용한 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태에 대한 정보를 제공하는 방법
본 발명은 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단용 바이오마커 및 이를 이용한 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태에 대한 정보를 제공하는 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 판단용 PTPN7 마커 및 PTPN7 발현 정도를 측정하여 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태에 대한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.
폐암은 그 조직형태에 따라 크게 소세포성 폐암(small cell lung cancer)과 비소세포성 폐암(non-small cell lung cancer)으로 구분된다. 상기 소세포폐암은 발병 조직의 위치에 의해 폐암의 일부로 구분되기는 하나, 다른 폐암과는 임상 경과, 치료법 및 예후 면에서 확연히 구분되는 특징이 있어 상기와 같이 구분하고 있다. 또한, 비소세포성 폐암은 조직형에 따라 선암(adenocarcinoma), 편평상피세포암(squamous cell carcinoma) 및 대세포암(large cell carcinoma)으로 구분된다.
폐암 중에서 흡연성 폐암의 발병비율은 70%, 비흡연성 폐암은 30%이며, 최근에는 상대적으로 흡연율이 낮은 여성의 폐암 발병율이 증가하고 있다. 흡연자에게 주로 발생하는 폐암인 편평상피세포암은 주로 폐 중심부에서 발견되고 기침, 객혈, 쌕쌕거리는 숨소리 등의 증상이 나타나는 반면, 비흡연자에게 주로 나타나는 폐암인 선암은 가장 발생빈도가 높고 크기가 작아도 전이가 잘되며, 최근 발생빈도가 더욱 늘어나고 있는 추세이다.
종양세포는 T 림프구에 의한 면역관문을 회피/억제하기 위해, T-림프구가 공격대상을 파악하기 위해 발현하는 PD-1 수용체에 대해 자신이 공격대상이 아님을 밝히는 리간드인 PD-L1을 다량 발현하는데, 비소세포성 폐암의 치료를 위해서 이러한 종양의 PD-1/PD-L1 면역관문억제 현상을 극복할 수 있는 조절제에 대해 수많은 연구 및 임상시험이 진행중이다 (Patrick H Lizotte et al., JCI Insight, 1(14):e89014). 하지만 종양의 면역 미세환경은 복잡하고 역동적이기 때문에 PD-1/PD-L1 경로 이외에도 수많은 면역관문억제 메커니즘이 있으며, 이로 인해 PD-1/PD-L1 억제제에 대한 내성이 생기기도 한다. 따라서, 폐암의 특정 면역관문억제 조절제에 대한 반응 및 저항 메커니즘을 확인하기 위해 면역 프로파일링을 수행하여 종양의 면역미세환경의 상태를 분석하는 많은 연구가 이루어 지고 있으며, 면역 프로파일링 분석을 통하여 각각의 환자 면역미세환경 상태에 적합한 면역관문억제 조절제를 제공할 수 있는 장점이 있다.
본 발명에서는 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태를 특정할 수 있는 마커를 선별하기 위해 예의 노력한 결과, 비흡연성 비소세포 폐암은 종양 내 면역세포의 표면수용체 단백질 및 폐암조직 전사체의 면역프로파일 분석결과에 따라 핫(hot), 인터미디어트(intermediate)-ECM-H, 인터미디어트(intermediate)-ECM-L 또는 콜드(cold) 단계와 같이 4개의 클러스터로 분류되는 것을 확인하였으며, 각 클러스터에서 특이적으로 발현하는 유전자를 분석한 결과, PTPN7이 비흡연성 비소세포 폐암의 면역미세환경을 판단하는 바이오마커 및 치료 표적으로 활용 가능함을 확인하고, 본 발명을 완성하였다.
따라서, 본 발명의 목적은 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단용 PTPN7 마커 및 이를 이용한 면역상태 판단용 조성물을 제공하는 데 있다.
본 발명의 다른 목적은 PTPN7 발현 정도를 측정하여 비흡연성 비소세포폐암 환자의 면역 상태에 대한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 데 있다.
상술한 목적을 달성하기 위해,
본 발명은 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단용 PTPN7 마커를 제공한다.
또한, 본 발명은 PTPN7 유전자의 mRNA 또는 단백질 수준을 측정하는 제제를 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단용 조성물을 제공한다.
본 발명의 바람직한 일실시예에 있어서, 상기 mRNA 수준을 측정하는 제제는 상기 PTPN7 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머쌍, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오타이드일 수 있다.
본 발명의 바람직한 다른 일실시예에 있어서, 상기 단백질 수준을 측정하는 제제는 상기 PTPN7 단백질 또는 펩타이드 단편에 특이적으로 결합하는 항체, 상호작용 단백질, 리간드, 나노입자(nanoparticles) 또는 압타머(aptamer)를 포함할 수 있다.
본 발명의 바람직한 또 다른 일실시예에 있어서, 상기 비흡연성 폐암 면역 상태는 PTPN7 발현 정도에 따라 핫(hot), 인터미디어트(intermediate) 또는 콜드(cold) 단계로 분류할 수 있다.
본 발명의 바람직한 또 다른 일실시예에 있어서, PTPN7 발현이 정상 대조군에 비해 2.5 ~ 3배 이상 증가하면 hot 단계로, 1.6 ~ 2배 증가하면 intermediate 단계로, 1.5 ~ 1배 증가하면 cold 단계로 분류할 수 있다.
본 발명의 바람직한 또 다른 일실시예에 있어서, PTPN7 유전자 발현 패턴 분석 이외에 PD-L1, PD-1, TIGIT 또는 CTLA4를 포함하는 면역관문 관련 유전자의 발현 수준, COL1A1, COL3A1 및 COL5A1을 포함하는 ECM 관련 유전자의 발현 수준, 또는 mTOR 경로 관련 유전자의 발현 수준을 추가로 분석하여 비흡연성 비소세포 폐암의 면역상태를 판단할 수 있다.
본 발명의 바람직한 또 다른 일실시예에 있어서, 상기 인터미디어트(intermediate) 단계의 경우, COL1A1, COL3A1 및 COL5A1을 포함하는 ECM 관련 유전자의 발현 수준이 다른 단계에 비해 높은 경우, intermediate-ECM-H 단계로, ECM 관련 유전자의 발현 수준이 낮은 경우, intermediate-ECM-L 단계로 나누어 판단할 수 있다.
본 발명의 바람직한 또 다른 일실시예에 있어서, 상기 hot 단계는 PD-L1, PD-1, TIGIT 및 CTLA4 발현 수준이 다른 단계에 비해 높으며, cold 단계는 mTOR 경로 관련 유전자의 발현 수준이 다른 단계에 비해 높을 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태 판단용 조성물을 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태 판단용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 생물학적 시료로부터 PTPN7 유전자의 mRNA 또는 단백질 수준을 측정하는 단계; 및
(b) PTPN7 발현 정도에 따라 hot, intermediate 또는 cold 단계로 판단하는 단계를 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태에 대한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 생물학적 시료로부터 PTPN7 유전자의 mRNA 또는 단백질 수준을 측정하는 단계;
(b) PTPN7 발현 정도에 따라 hot, intermediate 또는 cold 단계로 판단하는 단계; 및
(c) 상기 단계에 따라 치료에 대한 정보를 제공하는 단계를 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 치료에 대한 정보 제공 방법을 제공한다.
본 발명의 바람직한 일실시예에 있어서, 상기 (b) 단계에서 PTPN7 발현이 정상 대조군에 비해 2.5 ~ 3배 이상 증가하면 hot 단계로, 1.6 ~ 2배 증가하면 intermediate 단계로, 1.5 ~ 1배 증가하면 cold 단계로 판단할 수 있다.
본 발명의 바람직한 다른 일실시예에 있어서, hot 단계는 면역세포 침윤(immune cell infiltration)이 높고, 면역관문 유전자의 발현이 높아서 항-PD-1, 항-CTLA4 또는 항-TIGIT 치료제를 투여하는 것으로 정보를 제공할 수 있다.
본 발명의 바람직한 또 다른 일실시예에 있어서, hot 단계는 dysfunction score가 높으므로 면역세포의 기능을 향상시키는 항-TGF-beta와 병행 요법을 수행할 수 있다.
본 발명의 바람직한 또 다른 일실시예에 있어서, hot 단계를 제외한 단계는 면역세포의 침윤을 향상시키는 치료를 진행하는 것으로 정보를 제공할 수 있다.
본 발명에서는 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 유전자를 분석하여 클러스터링 한 결과, 종양 내 면역 상태에 따라 핫(hot), 인터미디어트-ECM-H(intermediate-ECM-H), 인터미디어트-ECM-L(intermediate-ECM-L) 및 콜드(cold) 단계와 같이 4개의 클러스터로 분류되는 것을 확인하였으며, 각 단계에 대한 유전자를 분석한 결과, PTPN7이 비흡연성 비소세포 폐암의 면역환경을 판단하는 바이오마커임을 확인하였다. 따라서, 본 발명의 PTPN7 마커는 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단을 위해 활용할 수 있을 뿐만 아니라, 이를 이용하여 면역상태에 따른 치료에 대한 정보를 제공할 수 있다.
도 1은 비흡연성 비소세포 폐암 환자 유전자 분석 정보와 TCGA(the Cancer Genome Atlas) 데이터 베이스의 폐암 환자 정보를 이용하여 면역상태에 따라 4개의 클러스터로 분류하였을 때, 각 단계에 따른 CTLA4 발현패턴을 확인한 데이터이다.
도 2는 비흡연성 비소세포 폐암 환자 유전자 분석 정보와 TCGA 데이터 베이스의 폐암 환자 정보를 이용하여 면역상태에 따라 4개의 클러스터로 분류하였을 때, 각 단계에 따른 PD-1(PDCD1) 발현패턴을 확인한 데이터이다.
도 3은 비흡연성 비소세포 폐암 환자 유전자 분석 정보와 TCGA 데이터 베이스의 폐암 환자 정보를 이용하여 면역상태에 따라 4개의 클러스터로 분류하였을 때, 각 단계에 따른 TIGIT 발현패턴을 확인한 데이터이다.
도 4는 비흡연성 비소세포 폐암 환자 유전자 분석 정보를 이용하여 면역상태에 따라 4개의 클러스터로 분류하였을 때, T 기억줄기세포(T memory stem cell, Tmsc) 및 Th17(TCF+) 관련 경로의 유전자 발현 패턴을 분석한 것으로, 각 단계에 따른 (A) KLRG1, (B) mTOR 신호 경로(BIOCARTA_MTOR_PATHWAY), (C) NK 세포 내 하향 조절된 유전자(B3GAT1 대 B3GAT1, GSE23695_CD57_POS_VS_NEG_NK_CELL_DN) 및 (D) 베타-카테닌 CTNNBI 축적을 통한 WNT 신호의 활성화에 의해 상향 조절된 유전자(HALLMARK_WNT_BETA_CATENIN_SIGNALING - GSEA) 발현패턴을 확인한 데이터이다.
도 5는 비흡연성 비소세포 폐암 환자 유전자 분석 정보를 이용하여 면역상태에 따라 4개의 클러스터로 분류하였을 때, TIDE(Tumor Immune Dysfunction and Exclusion) 스코어를 확인한 것으로, 각 단계에 따른 (A) Exclusion Score, (B) MDSC(myeloid-derived suppressor cell) 침윤정도, (C) Dysfunction Score 및 (D) Exclusion Score 및 Dysfunction Score의 상관관계를 나타낸 데이터이다.
도 6은 비흡연성 비소세포 폐암 환자 유전자 분석 정보를 이용하여 면역상태에 따라 4개의 클러스터로 분류하였을 때, intermediate-ECM-H 단계에서 콜라겐 관련 유전자 발현 패턴을 분석한 것으로, 각 단계에 따른 (A) COL1A1, (B) COL3A1 및 (C)COL5A1 유전자의 발현 패턴을 확인한 데이터이다.
도 7은 비흡연성 비소세포 폐암 환자 유전자 분석 정보와 TCGA 데이터 베이스의 폐암 환자 정보를 이용하여 면역상태에 따라 4개의 클러스터로 분류하였을 때, 각 단계에 따른 PTPN7 발현패턴을 확인한 데이터이다.
도 8은 비흡연성 비소세포 폐암 환자 유전자 분석 정보와 TCGA 데이터 베이스의 폐암 환자 정보를 이용하여 면역상태에 따라 4개의 클러스터로 분류하였을 때, 각 단계에 따른 PTPN2 발현패턴을 확인한 데이터이다.
도 9는 비흡연성 비소세포 폐암 환자 유전자 분석 정보와 TCGA 데이터 베이스의 폐암 환자 정보를 이용하여 면역상태에 따라 4개의 클러스터로 분류하였을 때, 각 단계에 따른 PTPN22 발현패턴을 확인한 데이터이다.
이하, 본 발명을 상세하게 설명한다.
본 발명은 일관점에서 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 측정용 PTPN7 바이오마커에 관한 것이다.
상기 PTPN7(Protein tyrosine phosphatase non-receptor type 7; GenBank Accession No. NM_002832)은 단백질 티로신 포스파타제(protein tyrosine phosphatase, PTP) 패밀리의 구성원으로 PTP는 세포성장, 분화, 유사 분열주기 및 발암성 형질전환을 포함하는 다양한 세포 과정을 조절하는 신호전달 분자이다. PTPN7를 포함하는 PTP 패밀리는 암과 관련된 연구가 많이 이루어지고 있으나(Tasneem Motiwala and Samson T. Jacob, Prog Nucleic Acid Res Mol Biol., 81:297~329, 2006), 비흡연성 비소세포 폐암에서 PTPN7 발현 정도를 확인하여 면역상태를 측정하는 내용, 특히 핫(hot), 인터미디어트-ECM-H(intermediate-ECM-H), 인터미디어트-ECM-L(intermediate-ECM-L) 및 콜드(cold) 단계로 비흡연성 비소세포 폐암의 면역상태를 측정한 내용은 공지된 바 없다.
일반적으로 "hot" 단계에서는 암 세포가 세포 표면에 "신생 항원"이라는 독특한 새로운 분자를 생성하며, 이들 신생 항원은 종양을 면역계에 의해 인식되기 쉬워지게 하여 강력한 면역 반응을 유발하게 된다. hot 단계에서는 암세포의 면역회피기작 중의 하나인 면역관문분자(immune checkpoint molecule)들에 발현이 증가하므로, 면역관문 억제제를 사용하여 암을 치료하게 된다.
"intermediate-ECM-H" 단계는 종양 내로 침윤된 면역세포가 hot 단계에서 보다 적지만 ECM(extracellular matrix)관련한 유전자 발현이 높은 것을 특징으로 하며, "intermediate-ECM-L" 단계는 종양 내로 침윤된 면역세포 및 ECM(extracellular matrix)관련한 유전자 발현이 낮은 것을 특징으로 한다.
또한, "cold" 단계는 면역계에 의해 인식되지 않거나 강한 반응을 유발하지 않는 암으로, 면역 T 세포는 이러한 종양에 침투할 수 없으며, T 세포는 종양 미세환경의 성분에 의해 제외될 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 비소세포 폐암(non small cell lung cancer)은 선암, 편평상피세포암, 선편평상피세포암, 대세포암 또는 육종양암일 수 있다.
본 발명의 구체적인 일구현예에서, 흡연자를 제외한 비소세포 폐암(non small cell lung cancer; NSCLC)을 대상으로 유전자 데이터를 분석하여 클러스터링 한 결과, 종양 내 면역세포 분석에 따라 하기 표 1과 같이 분류되는 것을 확인하였다.
비흡연성 비소세포 폐암의 면역상태에 따른 분류
면역상태 특징
hot 종양 내로 침윤한 Th1 세포, Macrophage, B 세포, NK 세포, 세포독성 T세포가 다수임.
intermediate-ECM-H 종양 내로 침윤한 Th1 세포, Macrophage, B 세포, NK 세포, 세포독성 T세포가 hot그룹보다 적지만 ECM(extracellular matrix)관련한 유전자 발현이 높음.
intermediate-ECM-L 종양 내로 침윤한 Th1 세포, Macrophage, B 세포, NK 세포, 세포독성 T세포가 hot그룹보다 적고 ECM(extracellular matrix)관련한 유전자 발현도 낮음.
cold 종양 내로 침투한 면역세포의 수가 매우 낮고 Th17 세포 수가 많음.
특히, 금연기록이 있는 비흡연자를 제외한 경우, intermediate-ECM-H 및 intermediate-ECM-L 단계의 ECM 관련 유전자 발현 패턴이 보다 명확하게 구분되는 것을 확인하였다.
본 발명에 있어서, 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태는 PTPN7 발현 정도에 핫(hot), 인터미디어트(intermediate) 및 콜드(cold) 단계로 판단할 수 있으며, 구체적으로, PTPN7 발현이 정상 대조군에 비해 2.5 ~ 3배 이상 증가하면 hot 단계로, 1.6 ~ 2배 증가하면 intermediate 단계로, 1.5 ~ 1배 증가하면 cold 단계로 판단할 수 있다.
본 발명에 있어서, 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태를 보다 분명하게 판단하기 위해서, PTPN7 유전자 발현 패턴 분석 이외에 PD-L1, PD-1, TIGIT 또는 CTLA4 발현 수준, ECM 관련 유전자의 발현 수준 또는 mTOR 경로 관련 유전자의 발현 수준을 추가로 분석할 수 있다.
구체적으로, 상기 인터미디어트(intermediate) 단계의 경우, COL1A1, COL3A1 및 COL5A1을 포함하는 ECM 관련 유전자의 발현 수준이 다른 단계에 비해 높은 경우, intermediate-ECM-H 단계로, ECM 관련 유전자의 발현 수준이 낮은 경우, intermediate-ECM-L 단계로 나누어 판단할 수 있다.
또한, 상기 hot 단계는 PD-L1, PD-1, TIGIT 및 CTLA4 발현 수준이 다른 단계에 비해 높으며, cold 단계는 mTOR 경로 관련 유전자의 발현 수준이 다른 단계에 비해 높은 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명의 구체적인 다른 일구현예에서, 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태를 4개의 클러스터로 분류하였을 때, 각 단계별 면역 특징을 분석하기 위해 면역관문(immune checkpoint)관련 분자들의 발현 패턴을 확인하였다. 또한, 흡연자 및 비흡연자를 모두 포함하는 비소세포 폐암 환자의 경우와의 차이를 비교하기 위해 TCGA 데이터 베이스의 폐암 환자 정보를 분석하여 상기 표 1과 같이 4개의 클러스터로 분류하고 각 단계에 따른 면역관문조절 유전자들의 발현 패턴을 확인하였다.
비흡연성 비소세포 폐암 환자(도면에서 "NCC"로 표기됨)의 경우 1 단계인 hot 단계에서 PD-L1, PD-1, TIGIT 및 CTLA4 등과 같은 면역관문조절 유전자의 발현이 높은 것을 확인하였다. 특히, 비흡연성 비소세포 폐암 환자와 달리 TCGA 데이터베이스에서 PD-L1의 경우 hot 단계를 제외한 다른 단계에서는 큰 차이가 없는 것으로 확인되었다 (도 1 내지 도 3).
본 발명의 구체적인 또 다른 일구현예에서, 각 면역상태에 따른 T 기억줄기세포(T memory stem cell, Tmsc) 및 Th17(TCF+) 관련 경로의 유전자 발현 패턴을 분석하였다. 줄기세포능(Stemness)을 가지는 T 세포의 숫자를 비교하여 분석한 결과, KLRG1와 같은 면역 억제 단백질은 면역관문조절 유전자와 유사하게 hot 단계에서 높게 나타나는 것으로 확인되었으며, T 세포의 노화를 유도하는 mTOR 신호경로는 cold 단계에서 가장 활성화된 것으로 분석되었다 (도 4).
본 발명의 구체적인 또 다른 일구현예에서, 각 면역상태에 따른 TIDE(Tumor Immune Dysfunction and Exclusion) 스코어를 분석한 결과, hot 단계는 면역세포 침윤(immune cell infiltration)이 높고, 면역관문조절 유전자의 발현이 높아서 항-PD-1, 항-CTLA4 또는 항-TIGIT 치료제에 반응이 높을 것으로 예측되었으며, 또한 기능장애 스코어(dysfunction score)가 높으므로 면역세포의 기능을 향상시키는 항-TGFbeta와 같은 병행용법이 적합할 것으로 예측되었다 (도 5).
hot 단계를 제외한 다른 단계는 익스클루젼 스코어(exclusion score)가 높고 MDSC(myeloid-derived suppressor cell) 침윤이 높은 것으로 분석되므로, 면역세포의 침윤을 높이는 치료법이 우선적으로 요구될 것으로 예측되었다. 또한, Intermediater-ECM-H 단계의 경우 ECM이 면역세포 배제에 기여하는 것으로 예측되었다.
본 발명의 구체적인 또 다른 일구현예에서, intermediater-ECM-H 단계에서 콜라겐 관련 유전자 발현 패턴을 분석하였다 (도 6). 면역상태에 따른 COL1A1, COL3A1 및 COL5A1 유전자의 발현 패턴을 확인한 결과, 비흡연성 비소세포 폐암의 intermediater-ECM-H 단계는 전체 종양에서 ECM(extracellular matrix) 관련 유전자의 발현이 매우 높은 것을 확인되었다. 또한, intermediater-ECM-H 단계는 cold 단계 또는 intermediater-ECM-L 단계와 MDSC의 분포는 유사하지만 exclusion score가 높은 것으로 확인되는 바(도 5), 높은 ECM 발현으로 인해 면역세포의 침윤을 저해하는 것으로 판단된다.
비흡연성 비소세포 폐암 환자의 종양 내 면역 상태에 따라 hot, intermediate(ECM-H 및 ECM-L), cold와 같이 4개의 클러스터로 분류하게 되면, 보다 적절한 치료방법에 대한 정보를 제공할 수 있으므로, 본 발명에서는 면역 상태를 구분할 수 있는 바이오마커를 선별하고자 하였다.
본 발명의 구체적인 또 다른 일구현예에서, 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태를 구분할 수 있는 마커를 선별한 결과, PTPN7이 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역환경을 판단하는 바이오마커 및 치료 표적으로 활용 가능함을 확인하였다 (도 7). TCGA 데이터베이스에서는 PTPN7의 발현패턴 분석을 통해서는 면역상태를 4개의 클러스터로 분류할 수 없는 것을 확인하였으므로, PTPN7는 비소세포 폐암 환자의 면역 상태 분석에 적합한 마커임을 확인하였다.
또한, 선별된 PTPN7 마커 외에 PTP 패밀리 구성원인 PTPN2 및 PTPN22 마커의 경우에는 TCGA 데이터베이스에서 유효한 마커로 분석되었으나, 비흡연성 비소세포 폐암의 면역 상태 분석에는 적합하지 않은 것으로 확인되었다 (도 8 및 도 9).
즉, 본 발명의 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 측정용 PTPN7 마커는 종양 내 면역 상태를 hot, intermediate(ECM-H 및 ECM-L) 또는 cold 단계로 분류할 수 있는 것을 확인하였으므로, PTPN7 발현 정도를 측정하여 비흡연 비소세포 폐암 환자의 면역 상태에 대한 정보 및 면역상태에 따른 치료방법에 대한 정보를 효과적으로 제공할 수 있다.
따라서, 본 발명은 다른 관점에서, PTPN7 유전자의 mRNA 또는 단백질 수준을 측정하는 제제를 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 판단용 조성물에 관한 것이다.
본 발명에 있어서, 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역 상태는 PTPN7 발현 정도에 핫(hot), 인터미디어트(intermediate) 및 콜드(cold) 단계로 판단할 수 있으며, 구체적으로, PTPN7 발현이 정상 대조군에 비해 2.5 ~ 3배 이상 증가하면 hot 단계로, 1.6 ~ 2배 증가하면 intermediate 단계로, 1.5 ~ 1배 증가하면 cold 단계로 판단할 수 있다.
인터미디어트(intermediate) 단계의 경우, COL1A1, COL3A1 및 COL5A1을 포함하는 ECM 관련 유전자의 발현 수준이 다른 단계에 비해 높은 경우, intermediate-ECM-H 단계로, ECM 관련 유전자의 발현 수준이 낮은 경우, intermediate-ECM-L 단계로 나누어 판단할 수 있다.
또한, 상기 hot 단계는 PD-L1, PD-1, TIGIT 및 CTLA4 발현 수준이 다른 단계에 비해 높으며, cold 단계는 mTOR 경로 관련 유전자의 발현 수준이 다른 단계에 비해 높은 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에서 사용된 용어 "판단"은 병리 상태의 존재 또는 특징을 확인하는 것으로, 본 발명의 목적상, 판단은 비소세포 폐암 환자의 면역 상태를 확인하는 것이다.
본 발명에 사용된 용어 "mRNA 발현수준 측정"이란 생물학적 시료에서 PTPN7 유전자의 mRNA 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로 mRNA의 양을 측정한다. 이를 위한 분석 방법으로는 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting), DNA 칩 등이 있으나 이로 제한되는 것은 아니다.
상기 PTPN7 유전자의 mRNA 수준을 측정하는 제제는 상기 PTPN7 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머쌍, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오타이드인 것을 특징으로 하며, 상기 유전자들의 핵산 정보가 GeneBank 등에 알려져 있으므로 당업자는 상기 서열을 바탕으로 이들 프라이머쌍, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오타이드를 디자인할 수 있다.
본 발명에서 사용된 용어 "프라이머"는 표적 유전자 서열을 인지하는 단편으로서, 정방향 및 역방향의 프라이머 쌍을 포함하나, 바람직하게는, 특이성 및 민감성을 가지는 분석 결과를 제공하는 프라이머 쌍이다.
본 발명에서 사용된 용어 "프로브"란 시료 내의 검출하고자 하는 표적 물질과 특이적으로 결합할 수 있는 물질을 의미하며, 상기 결합을 통하여 특이적으로 시료 내의 표적 물질의 존재를 확인할 수 있는 물질을 의미한다. 프로브의 종류는 당업계에서 통상적으로 사용되는 물질로서 제한은 없으나, 바람직하게는 PNA(peptide nucleic acid), LNA(locked nucleic acid), 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, RNA 또는 DNA 일 수 있으며, 가장 바람직하게는 PNA이다.
본 발명에서 사용된 용어 "안티센스"는 안티센스 올리고머가 왓슨-크릭 염기쌍 형성에 의해 RNA 내의 표적 서열과 혼성화되어, 표적서열 내에서 전형적으로 mRNA와 RNA:올리고머 헤테로이중체의 형성을 허용하는 뉴클레오티드 염기의 서열 및 서브유닛간 백본을 갖는 올리고머를 의미한다. 올리고머는 표적 서열에 대한 정확한 서열 상보성 또는 근사 상보성을 가질 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 PTPN7의 단백질 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질 또는 펩타이드 단편에 특이적으로 결합하는 항체, 상호작용 단백질, 리간드, 나노입자(nanoparticles) 또는 압타머(aptamer)인 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 사용된 용어 "단백질 발현수준 측정"이란 생물학적 시료에서 간섬유화 판단을 위한 바이오마커로부터 발현본 발명에 있어서, 상기 PTPN7의 단백질 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질 또는 펩타이드 단편에 특이적으로 결합하는 항체, 상호작용 단백질, 리간드, 나노입자(nanoparticles) 또는 압타머(aptamer)인 것을 특징으로 할 수 있다.
상기 단백질 발현 수준 측정 또는 비교 분석 방법으로는 단백질 칩 분석, 면역측정법, 리간드 바인딩 어세이, MALDI-TOF(Matrix Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry)분석, SELDI-TOF(Sulface Enhanced Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry)분석, 방사선 면역분석, 방사 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법, 로케트 면역전기영동, 조직면역 염색, 보체 고정 분석법, 2차원 전기영동 분석, 액상 크로마토그래피-질량분석(liquid chromatography-Mass Spectrometry, LC-MS), LC-MS/MS(liquid chromatography-Mass Spectrometry/ Mass Spectrometry), 웨스턴 블랏 및 ELISA(enzyme linked immunosorbent assay)등이 있으나 이로 제한되는 것은 아니다.
본 발명에 사용된 용어 "항체"는 항원과 특이적으로 결합하여 항원-항체 반응을 일으키는 물질을 가리킨다. 본 발명의 목적상, 항체는 본 발명의 바이오마커에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미한다. 본 발명의 항체는 다클론 항체, 단클론 항체 및 재조합 항체를 모두 포함한다.
본 발명은 또 다른 관점에서, 상기 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 판단용 조성물을 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 판단용 키트에 관한 것이다.
상기 키트는 당업계에 알려져 있는 통상의 제조방법에 의해 제조될 수 있다. 상기 키트는 예를 들면, 동결 건조 형태의 항체와 완충액, 안정화제, 불활성 단백질 등을 포함할 수 있다.
상기 키트는 검출 가능한 표지를 더 포함할 수 있다. 용어 "검출 가능한 표지"는 표지가 없는 동일한 종류의 분자들 중에서 표지를 포함하는 분자를 특이적으로 검출하도록 하는 원자 또는 분자를 의미한다. 상기 검출 가능한 표지는 상기 단백질 또는 그의 단편에 특이적으로 결합하는 항체, 상호작용 단백질, 리간드, 나노입자, 또는 압타머에 부착된 것일 수 있다. 상기 검출 가능한 표지는 방사종(radionuclide), 형광원(fluorophore), 효소(enzyme)를 포함할 수 있다.
상기 키트는 당업계에 알려진 다양한 면역분석법 또는 면역염색법에 따라 이용될 수 있다. 상기 면역분석법 또는 면역염색법은 방사능면역분석, 방사능면역침전, 면역침전, ELISA, 캡처-ELISA, 억제 또는 경쟁 분석, 샌드위치 분석, 유세포 분석, 면역형광염색 및 면역친화성 정제를 포함할 수 있다. 바람직하게, 상기 키트는 RT-PCR(reverse transcription polymerase chain reaction) 키트, DNA 칩 키트, ELISA(enzyme linked immunosorbent assay) 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(multiple reaction monitoring)인 것일 수 있다.
본 발명은 또 다른 관점에서, (a) 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 생물학적 시료로부터 PTPN7 유전자의 mRNA 또는 단백질 수준을 측정하는 단계; 및
(b) PTPN7 발현 정도에 따라 hot, intermediate 또는 cold 단계로 판단하는 단계;를 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암의 면역 상태에 대한 정보 제공방법에 관한 것이다.
본 발명은 또 다른 관점에서, (a) 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 생물학적 시료로부터 PTPN7 유전자의 mRNA 또는 단백질 수준을 측정하는 단계;
(b) PTPN7 발현 정도에 따라 hot, intermediate 또는 cold 단계로 판단하는 단계; 및
(c) 상기 단계에 따라 치료에 대한 정보를 제공하는 단계를 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암의 치료에 대한 정보 제공방법에 관한 것이다.
상기 방법에서 "생물학적 시료(biological sample)"란 조직, 세포, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 뇌척수액 또는 뇨와 같은 시료 등을 의미하며, 바람직하게는 혈액, 혈장, 혈청을 의미한다.
상기 비흡연성 비소세포 폐암의 면역 상태에 대한 정보 제공방법 또는 비흡연성 비소세포 비소세포 폐암의 치료에 대한 정보 제공방법에서 PTPN7 유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 발현 수준 측정 방법은 상술한 바와 같다.
상기 비흡연성 비소세포 폐암의 치료에 대한 정보 제공방법에 있어서, hot 단계는 면역세포 침윤(immune cell infiltration)이 높고, 면역관문 요소의 발현이 높아서 항-PD-1, 항-CTLA4 또는 항-TIGIT 치료제를 투여하는 것으로 정보를 제공할 수 있다. 또한, hot 단계는 기능장애 스코어(dysfunction score)가 높으므로 면역세포의 기능을 향상시키는 항-TGFbeta와 병행 요법을 수행할 수 있다.
상기 비흡연성 비소세포 폐암의 치료에 대한 정보 제공방법에 있어서, hot 단계를 제외한 단계는 면역세포의 침윤을 향상시키는 치료를 진행하는 것으로 정보를 제공할 수 있다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다.
이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지 않는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
실시예 1 : 비흡연성 폐암 환자의 유전자 분석 및 면역상태 분류
비흡연성 폐암 환자의 유전자 분석을 위해 국립암센터 병리과에서 분석 대상 환자 1,597명을 선정하였으며, 이는 국립암센터 종양은행에서 보유하고 있는 폐암 조직 총 6,000건의 시료의 27%에 달하는 광범위한 조사에 해당한다.
선정된 비흡연 폐암환자는 다시 병리과의 면밀한 조직 슬라이드 분석을 통해 병변의 확인 절차를 거친 후, 암 돌연변이 스크리닝(cancer mutation screening)을 위해 DNA를 추출하였다.
확인절차를 통과한 추출한 DNA에 대하여 비흡연성 비소세포 폐암 환자 시료 중 국립암센터 종양은행 심의를 통하여 잔여조직 존재가 확인된 시료는 약 80% 정도이며, 최초에 분석 대상으로 선정된 1,597명의 환자 중 약 10.7%가 최종 선별되었으며, 선별된 환자 종양조직으로 부터 RNA를 추출하여 RNAseq 분석을 수행하였다.
상기에서 분석한 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 mRNA 발현정보를 기반으로 TIME 분석에 사용되는 유전자 집합 중에서 면역 반응을 대표하는 집합(Yasin senbabaoglu, R. et al., Genome Biology., 17:1-25, 2016) 14개를 선별하고 MSigDB에서 제공하는 20개 유전자 집합과 ESTIMATE 알고리즘(Kosuke Yoshihara et al., Nature Communications, 4:1-11, 2013)으로 계산된 이뮤노스코어(immunoscore)와 스트로말 스코어(Stromal score)를 사용하여 ssGSEA 스코어를 계산하였다. 계산된 스토어는 ClustVis(Tauno Metsalu and Jaak Vilo. Nucleic Acid Research. 43, W566-W570, 2015)의 R 패키지를 이용하여 군집화하였다.
거리 기준으로는 맨하탄 거리를 사용했으며, 전체 벡터에서의 거리를 기준으로 묶기보다 벡터 내부에서의 편차의 패턴을 근거로 군집을 형성하는 와드연결법을 이용하여 군집화를 수행하였다.
흡연자를 제외한 비소세포 폐암(non small cell lung cancer; NSCLC)을 대상으로 유전자 데이터를 분석하여 클러스터링 한 결과, 종양 내 면역 세포 분석에 따라 hot, intermediate-ECM-H, intermediate-ECM-L 및 cold 단계로 분류되는 것을 확인하였다.
실시예 2 : 비흡연성 폐암 환자의 면역상태 단계에 따른 특성 분석
본 발명에서는 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태를 4개의 클러스터로 분류하였을 때, 각 단계별 면역 특징을 분석하기 위해 면역관문분자 발현 패턴, T 기억줄기세포(T memory stem cell,Tmsc) 및 Th17(TCF+) 관련 경로의 유전자 발현 패턴, TIDE(Tumor Immune Dysfunction and Exclusion) 스코어 및 ECM 관련 유전자 발현 패턴을 확인하였다.
또한, 흡연자 및 비흡연자를 모두 포함하는 폐암 환자의 경우와의 차이를 비교하기 위해 TCGA 데이터 베이스의 폐암 환자 정보를 같이 비교 분석하였다.
2-1 : 면역관문분자 발현 패턴 분석
면역관문분자인 PD-L1, PD-1, TIGIT 및 CTLA4 유전자에 대한 발현 패턴을 각 면역 단계별로 분석하였다.
구체적으로, 비흡연성 비소세포 폐암 환자 데이터의 대부분이 흡연 이력이 있는 폐암 환자 데이터인 TCGA 데이터는 그 특성이 크게 차이가 나므로 최대한 유사한 특성을 가지도록 흡연과 관련된 특성을 최대한 배제한 데이터를 선별하여 분석을 하고자 하였다. TCGA에서 제공하는 임상정보와 유전자의 mRNAseq 사이의상관관계(correlation)정보(http://gdac.broadinstitute.org/runs/analyses__2016_01_28/reports/cancer/LUAD/Correlate_Clinical_vs_mRNAseq/nozzle.html)를 기반으로 하여, 흡연과 암 사이의 관계를 가장 많이 반영하고 있는 특성으로 NUMBER PACK YEARS SMOKED을 선정하였고, TCGA데이터에서 흡연과 연관성이 없는 환자들 중에서 선별된 57개 샘플을 비흡연성 비소세포 폐암 환자와 비교하였다.
그 결과, 도 1 내지 4에 나타난 바와 같이, 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 경우 1 단계인 hot 단계에서 PD-L1, PD-1, TIGIT 및 CTLA4 등과 같은 면역관문분자들의 발현이 높은 것을 확인하였다. 특히, 비흡연성 비소세포 폐암 환자와 달리 TCGA 데이터베이스에서 PD-L1의 경우 hot 단계를 제외한 다른 단계에서는 큰 차이가 없는 것으로 확인되었다.
2-2 : T 기억줄기세포(T memory stem cell, Tmsc) 및 Th17(TCF+) 관련 경로의 유전자 발현 패턴 분석
면역상태 단계별로 KLRG1, mTOR 신호 경로(BIOCARTA_MTOR_PATHWAY), NK 세포 내 하향 조절된 유전자(B3GAT1 대 B3GAT1, GSE23695_CD57_POS_VS_NEG_NK_CELL_DN) 및 베타-카테닌 CTNNBI 축적을 통한 WNT 신호의 활성화에 의해 상향 조절된 유전자(HALLMARK_WNT_BETA_CATENIN_SIGNALING - GSEA) 발현패턴을 분석하였다.
그 결과, 도 4에 나타난 바와 같이, KLRG1와 같은 면역 억제 단백질은 면역관문분자와 유사하게 hot 단계에서 높게 나타나는 것으로 확인되었으며, T 세포의 노화를 유도하는 mTOR 신호경로는 cold 단계에서 가장 활성화된 것으로 분석되었다.
2-3 : TIDE(Tumor Immune Dysfunction and Exclusion) 스코어 확인
TIDE score(Peng Jiang et al., Nature Medicine, 24:1550-1558, 2018)는 웹 기반 분석 서비스(http://tide.dfci.harvard.edu)를 이용하여 분석하였으며, 면역상태 단계별로 exclusion Score, MDSC(myeloid-derived suppressor cell) 침윤정도, dysfunction Score 및, exclusion Score 및 dysfunction Score의 상관관계를 분석하였다.
그 결과, 도 5에 나타난 바와 같이, hot 단계는 면역세포 침윤(immune cell infiltration)이 높고, 면역관문분자의 발현이 높아서 항-PD-1, 항-CTLA4 또는 항-TIGIT 치료제에 반응이 높을 것으로 예측되었으며, 또한 기능장애 스코어(dysfunction score)가 높으므로 면역세포의 기능을 향상시키는 항-TGFbeta와 같은 병행용법이 적합할 것으로 예측되었다.
hot 단계를 제외한 다른 단계는 익스클루젼 스코어(exclusion score)가 높고 MDSC(myeloid-derived suppressor cell) 침윤이 높은 것으로 분석되므로, 면역세포의 침윤을 높이는 치료법이 우선적으로 요구될 것으로 예측되었다.
또한, intermediate-ECM-H 단계의 경우 ECM이 면역세포 배제에 기여하는 것으로 예측되었다.
2-4 : ECM 관련 유전자 발현 패턴 분석
면역상태 단계별로 ECM 관련 유전자 발현 패턴을 분석하기 위해, COL1A1, COL3A1 및 COL5A1 유전자의 발현 패턴을 확인하였다.
그 결과, 도 6에 나타난 바와 같이, 비흡연성 폐암의 intermediater-ECM-H 단계는 전체 종양에서 ECM(extracellular matrix) 관련 유전자의 발현이 매우 높은 것을 확인되었다.
또한, intermediater-ECM-H 단계는 cold 단계 또는 intermediater-ECM-L 단계와 MDSC의 분포는 유사하지만 exclusion score가 높은 것으로 확인되는 바(도 5), 높은 ECM 발현으로 인해 면역세포의 침윤을 저해하는 것으로 판단된다.
실시예 3 : 비흡연 폐암 환자의 면역상태 측정용 바이오마커 선별
본 발명에서는 비흡연성 폐암 환자의 면역상태를 hot, intermediate-ECM-H, intermediate-ECM-L, cold 단계별로 구분할 수 있는 바이오마커를 선별한 결과, PTPN7를 최종적으로 선별하였다.
실제 PTPN7 마커를 이용하여 비흡연자 폐암의 면역상태를 구분할 수 있는지 확인한 결과, 도 8에 나타난 바와 같이, 각 면역상태 단계별로 PTPN7 발현 패턴이 상이한 것을 확인하였다. 또한, TCGA 데이터베이스에서는 PTPN7의 발현패턴 분석을 통해서는 면역상태를 4개의 클러스터로 분류할 수 없는 것을 확인하였으므로, PTPN7는 비흡연성 폐암의 면역 상태 분석에 적합한 마커임을 확인하였다.
또한, 도 8 및 도 9에 나타난 바와 같이, 선별된 PTPN7 마커 외에 PTP 패밀리 구성원인 PTPN2 및 PTPN22 마커의 경우에는 TCGA 데이터베이스에서 유효한 마커로 분석되었으나, 비흡연성 폐암의 면역 상태 분석에는 적합하지 않은 것으로 확인되었다.
본 발명의 PTPN7 마커는 비흡연 비소세포 폐암 환자의 면역상태 판단을 위해 활용할 수 있을 뿐만 아니라, 이를 이용하여 면역상태에 따른 치료에 대한 정보 제공에 적용할 수 있다.

Claims (10)

  1. 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 면역상태 측정용 PTPN7 바이오마커.
  2. PTPN7 유전자의 mRNA 또는 단백질 수준을 측정하는 제제를 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 판단용 조성물.
  3. 제2항에 있어서, 상기 비흡연성 폐암 면역 상태는 PTPN7 발현 정도에 따라 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태를 핫(hot), 인터미디어트(intermediate) 또는 콜드(cold) 단계로 판단하는 것을 특징으로 하는 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 판단용 조성물.
  4. 제3항에 있어서, PTPN7 발현이 정상 대조군에 비해 2.5 ~ 3배 이상 증가하면 핫(hot) 단계로, 1.6 ~ 2배 증가하면 인터미디어트(intermediate) 단계로, 1.5 ~ 1배 증가하면 콜드(cold) 단계로 판단하는 것을 특징으로 하는 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 판단용 조성물.
  5. 제2항에 있어서, 상기 mRNA 수준을 측정하는 제제는 상기 PTPN7 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머쌍, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오타이드이며,
    상기 단백질 수준을 측정하는 제제는 상기 PTPN7 단백질 또는 펩타이드 단편에 특이적으로 결합하는 항체, 상호작용 단백질, 리간드, 나노입자(nanoparticles) 또는 압타머(aptamer)인 것을 특징으로 하는 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 판단용 조성물.
  6. 제2항 내지 제5항 중 어느 한 항의 비흡연성 폐암 면역 상태 판단용 조성물을 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암 면역 상태 판단용 키트.
  7. (a) 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 생물학적 시료로부터 PTPN7 유전자의 mRNA 또는 단백질 수준을 측정하는 단계; 및
    (b) PTPN7 발현 정도에 따라 핫(hot), 인터미디어트(intermediate) 또는 콜드(cold) 단계로 판단하는 단계;
    를 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암의 면역 상태에 대한 정보 제공방법.
  8. 제7항에 있어서, 상기 (b) 단계는 PTPN7 발현이 정상 대조군에 비해 2.5 ~ 3배 이상 증가하면 핫(hot) 단계로, 1.6 ~ 2배 증가하면 인터미디어트(intermediate) 단계로, 1.5 ~ 1배 증가하면 콜드(cold) 단계인 것으로 판단하는 것을 특징으로 하는 비흡연성 비소세포 폐암의 면역 상태에 대한 정보 제공방법.
  9. (a) 비흡연성 비소세포 폐암 환자의 생물학적 시료로부터 PTPN7 유전자의 mRNA 또는 단백질 수준을 측정하는 단계;
    (b) PTPN7 발현 정도에 따라 핫(hot), 인터미디어트(intermediate) 또는 콜드(cold) 단계로 판단하는 단계; 및
    (c) 상기 단계에 따라 치료에 대한 정보를 제공하는 단계;
    를 포함하는 비흡연성 비소세포 폐암의 치료에 대한 정보 제공 방법.
  10. 제9항에 있어서, 상기 (b) 단계는 PTPN7 발현이 정상 대조군에 비해 2.5 ~ 3배 이상 증가하면 핫(hot) 단계로, 1.6 ~ 2배 증가하면 인터미디어트(intermediate) 단계로, 1.5 ~ 1배 증가하면 콜드(cold) 단계인 것으로 판단하는 것을 특징으로 하는 비흡연성 비소세포 폐암의 치료에 대한 정보 제공 방법.
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