WO2022025104A1 - 情報提供装置、情報提供システム、情報提供方法及びプログラム - Google Patents

情報提供装置、情報提供システム、情報提供方法及びプログラム Download PDF

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WO2022025104A1
WO2022025104A1 PCT/JP2021/027866 JP2021027866W WO2022025104A1 WO 2022025104 A1 WO2022025104 A1 WO 2022025104A1 JP 2021027866 W JP2021027866 W JP 2021027866W WO 2022025104 A1 WO2022025104 A1 WO 2022025104A1
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WO
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evaluation target
inspection
result data
target data
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PCT/JP2021/027866
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洋敬 海野
聡 中澤
侑希 米川
雨農 季
優介 大▲崎▼
Original Assignee
株式会社リコー
洋敬 海野
聡 中澤
侑希 米川
雨農 季
優介 大▲崎▼
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Publication date
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    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
    • G16B40/10—Signal processing, e.g. from mass spectrometry [MS] or from PCR
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
    • G01N35/00584—Control arrangements for automatic analysers
    • G01N35/00594—Quality control, including calibration or testing of components of the analyser
    • G01N35/00613—Quality control
    • G01N35/00623—Quality control of instruments
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851—Quantitative amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B45/00—ICT specially adapted for bioinformatics-related data visualisation, e.g. displaying of maps or networks
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
    • G01N35/00584—Control arrangements for automatic analysers
    • G01N35/00594—Quality control, including calibration or testing of components of the analyser
    • G01N35/00613—Quality control
    • G01N35/00623—Quality control of instruments
    • G01N2035/00653—Quality control of instruments statistical methods comparing labs or apparatuses

Definitions

  • the present invention relates to an information providing device, an information providing system, an information providing method and a program.
  • the present application claims priority based on Japanese Patent Application No. 2020-130957 filed in Japan on July 31, 2020, the contents of which are incorporated herein by reference.
  • QPCR Quantitative Polymerase chain reaction
  • the linearity of the calibration curve, the slope of the calibration curve, the variation in Cq value, and the repeatability are the same. However, in reality, they are not always the same, but rather often different. In particular, as can be seen from the fact that the linearity of the calibration curve, the slope of the calibration curve, and the variation in the Cq value are important, the Cq value is not used as an absolute comparison value, but is treated as a relative comparison value. There is. The reason is that the nucleic acid for obtaining the calibration curve cannot be produced in an accurate amount and cannot be arranged properly.
  • the Cq value is treated as a relative value because the Cq value varies due to many factors. Therefore, even if the Cq value deviates before and after the calibration of the same device, there is no particular problem and it is allowed.
  • the Cq value obtained as a result of PCR measurement varies. Therefore, the PCR measurement result cannot be simply compared with the past measurement result of the same device or the measurement result of another inspection device. Therefore, it may be difficult to determine whether or not the inspection device from which the measurement result is obtained is normal from the result of one measurement.
  • An object of the present invention is to provide an information providing device, an information providing system, an information providing method, and a program capable of providing useful information for determining the normality of a testing device that performs a PCR test.
  • the Cq value of the well obtained by performing a PCR (polymerase chain reaction) test on a standard device having a well having a well having a known number of copies of nucleic acid is obtained. Comparison between the acquisition unit that acquires the inspection result data shown, the information obtained from the evaluation target data that is the inspection result data to be evaluated, and the information obtained from one or more of the inspection result data different from the evaluation target data. It is provided with an information output unit for outputting the comparison information obtained by.
  • FIG. 1 It is a figure which shows the whole structure of the information provision system by one Embodiment of this invention. It is a figure which shows the example of the standard plate by the same embodiment. It is a figure which shows the example of the copy number of the template nucleic acid arranged in the well of the standard plate by the same embodiment. It is a block diagram which shows the structure of the information providing apparatus by the same embodiment. It is a flow diagram which shows the operation of the inspection result data reception processing of the information providing apparatus by the same embodiment. It is a flow diagram which shows the operation of the analysis processing of the information providing apparatus by the same embodiment. It is a figure for demonstrating the calculation method of LOD and LOQ by the same embodiment. It is a figure which shows the display example of the analysis result information by the same embodiment.
  • FIG. 1 is a diagram showing an overall configuration of an information providing system 1 according to an embodiment of the present invention.
  • the information providing system 1 includes an information providing device 2, a terminal device 3, and an inspection device 4.
  • the information providing device 2 and the terminal device 3 are connected to each other via the network 9.
  • the network 9 is a public network such as the Internet.
  • the network 9 may be a private network such as a dedicated line or a LAN (Local Area Network), or may be a combination of a public network and a private network.
  • the inspection device 4 is connected to the terminal device 3.
  • the terminal device 3 and the inspection device 4 may be connected via the network 9. Further, the terminal device 3 and the inspection device 4 may be integrated into one device. Further, the inspection device 4 may not be connected to the terminal device 3.
  • the information providing device 2 may be connected to the inspection device 4 directly or via the network 9. Further, the information providing device 2 may be stand-alone. In this case, the information providing device 2 does not have to be connected to the terminal device 3 and the inspection device
  • a company that provides a standard substance in a PCR test has an information providing device 2, and facilities A, B, C, ... That perform a PCR test have a terminal device 3 and a test device 4.
  • the number of terminal devices 3 and inspection devices 4 possessed by each facility is arbitrary. Examples of facilities include, but are not limited to, companies, testing institutions, medical institutions, and the like.
  • the facility may have a terminal device 3 or an inspection device 4 for each organization or area of the facility.
  • the facility that carries out the PCR test may have the information providing system 1 or the information providing device 2.
  • the information providing device 2 acquires the test result data obtained by performing the qPCR (real-time PCR) test on the standard plate by the test device 4 by receiving it from the terminal device 3.
  • the standard plate has wells with a known number of copies of nucleic acid.
  • the information providing device 2 provides useful information for determining the normality of the inspection device 4 by outputting the analysis result information obtained by performing the analysis using the acquired inspection result data.
  • the analysis result information includes comparison information.
  • the inspection result data to be evaluated is described as the evaluation target data.
  • the contrast information is obtained by comparing the information obtained from the evaluation target data with the information obtained from one or more inspection result data different from the evaluation target data.
  • the comparison information includes information obtained from the evaluation target data and information obtained from the inspection result data compared with the evaluation target data.
  • the comparison information includes information on whether or not the inspection device 4 from which the evaluation target data was obtained is normal, and the wells from which the normal or abnormal Cq value was obtained in the inspection device 4 from which the evaluation target data was obtained. Including information.
  • the inspection result data to be compared with the evaluation target data will be described as the comparison data.
  • the terminal device 3 is, for example, a computer device such as a personal computer, a tablet terminal, or a smartphone.
  • the terminal device 3 communicates with the information providing device 2 via the network 9.
  • the terminal device 3 acquires the test result data obtained by performing the qPCR test on the standard plate by the test device 4, and transmits the acquired test result data to the information providing device 2.
  • the terminal device 3 receives the analysis result information output by the information providing device 2.
  • the inspection device 4 is a device that performs a real-time PCR inspection.
  • Real-time PCR is a type of qPCR (quantitative PCR).
  • amplification by PCR is measured over time (real time), and the template nucleic acid is quantified based on the amplification factor obtained by the measurement.
  • the template nucleic acid is a nucleic acid having at least the base sequence of the primer region. Nucleic acid is, for example, DNA (deoxyribonucleic acid), RNA (ribonucleic acid), cDNA (complementary DNA) and the like, but is not limited thereto.
  • a standard plate is a device with multiple wells with a specific number of copies of the template nucleic acid.
  • the standard plate is an example of a standard device.
  • reagents such as primers, amplification reagents, and fluorescent probes may be arranged in the wells of the standard plate.
  • the test result data received by the information providing device 2 indicates the Cq value measured for each well of the standard plate.
  • the Cq value is synonymous with the Ct value (Threshold Cycle).
  • the Cq value means the number of PCR cycles to reach a constant amount of amplification product.
  • a small Cq value indicates a large amount of template nucleic acid, and a large Cq value indicates a small amount of template nucleic acid.
  • the qPCR test has stages of nucleic acid extraction, addition of extract and amplification reagents, nucleic acid amplification, and data analysis.
  • the information providing device 2 provides useful information for quality control of the testing device 4 based on the result of the qPCR test performed by the testing device 4 using the standard plate. This makes it possible to guarantee the accuracy at the stage of data analysis. Normally, even if the sample is measured under the same conditions, the Cq value varies depending on the inspection device 4, so it tends to be difficult to tell from the result of one measurement whether the inspection device 4 is normal or not.
  • the information providing device 2 of the present embodiment analyzes the information useful for statistically determining whether the test device 4 is operating normally by comparing the qPCR test results using the standard plate, and analyzes the analysis results.
  • the facility obtains a comparison result by transmitting the result of the qPCR test performed by the test device 4 on the standard plate to the information providing device 2.
  • the facility can easily confirm that the measurement system of the inspection device 4 is normal at a high frequency, so that the inspection by the reliable measurement system can always be performed.
  • the skill of the worker can be measured by comparing the test result data of different workers.
  • FIG. 2 is a diagram showing an example of the standard plate 5.
  • FIG. 2A is a perspective view showing an example of the standard plate 5.
  • 2 (b) is a cross-sectional view taken along the line b-b'of FIG. 2 (a).
  • the standard plate 5 has a base material 51 and a plurality of wells 52 formed on the base material 51.
  • the well 52 of the standard plate 5 is filled with the template nucleic acid 54 having a specific number of copies of the same or a specific number of copies of a plurality of types.
  • the template nucleic acid 54 is a standard substance in the PCR test.
  • the same type of template nucleic acid 54 is arranged in all wells 52.
  • the same type of template nucleic acid has a base sequence having the same primer region.
  • the template nucleic acid 54 may be a nucleic acid having a sequence that does not exist in nature, or may be a nucleic acid having a sequence that exists in nature.
  • a low copy number of nucleic acid may be placed in all or part of the wells 52 of the standard plate 5.
  • the low copy count is 200 copies or less that begin to be affected by Poisson, or 50 copies or less that are even more affected.
  • the template nucleic acid 54 may be arranged in all or a part of the wells 52 of the plurality of wells 52 of the standard plate 5 with a copy number smaller than the copy number corresponding to the detection sensitivity required for the inspection device 4. For example, assume that the standard plate 5 has 96 wells 52 and the detection sensitivity required for the inspection device 4 is 20 copies. In this case, the template nucleic acid 54 such as 10 copies, 20 copies, or 50 copies may be arranged in all 96 wells 52.
  • each well group consisting of 16 wells 52 may be further filled with one or more of a particular amount of primer, a particular amount of amplification reagent, and a particular amount of fluorescent probe.
  • the fact that the template nucleic acid 54 having the same number of copies is arranged in all the wells 52 is also described as the same copy.
  • the number of copies of the template nucleic acid 54 arranged in the well 52 is also referred to as the number of copies of the well 52.
  • the opening of the well 52 is covered with the sealing member 55. Further, the identification means 56 is arranged between the sealing member 55 and the base material 51 and at a position other than the opening of the well 52.
  • the identification means 56 is, for example, a memory, an IC chip (Integrated Circuit), an RFID (Radio Frequency Identification), or the like.
  • the identification means 56 may be a character, a bar code, or a two-dimensional bar code printed on the medium or the base material 51.
  • the identification means 56 stores plate identification information, plate type information, and the like of the standard plate 5.
  • the plate identification information is information that identifies each standard plate 5.
  • the plate type information is information indicating the type of the standard plate 5.
  • the type of template nucleic acid 54, the number of copies of the template nucleic acid 54 arranged in each well 52, the type and amount of primers arranged in each well 52, and the type and amount of the primer arranged in each well 52 are arranged in each well 52. It is possible to specify the combination of the type and amount of the amplification reagent provided and the type and amount of the fluorescent probe arranged in each well 52.
  • the number of copies includes the case of 0.
  • the type and amount of primer include the case without primer.
  • the type and amount of the amplification reagent include the case without the amplification reagent.
  • the type and amount of the fluorescent probe includes the case without the fluorescent probe.
  • the plate type information can be specified from the plate identification information.
  • the identification means 56 replaces or adds to the plate type information, the type of the template nucleic acid 54, the number of copies of the template nucleic acid 54 arranged in each well 52, the type of the primer arranged in each well 52, and the type of the primer arranged in each well 52. Information on the amount, the type and amount of the amplification reagent arranged in each well 52, and the type and amount of the fluorescent probe arranged in each well 52 may be stored.
  • the standard plate 5 By using the standard plate 5, it is possible to confirm the in-plane distribution of the Cq value, the normality of the entire surface, the detection sensitivity, and the like.
  • a surface is a collection of all wells in one plate. Further, by performing the measurement using the standard plate 5 in which the nucleic acid having a low copy number is arranged in a part of the wells 52, it becomes easy to confirm the accuracy of the inspection device 4. Which type of standard plate 5 to use is selected according to the purpose.
  • FIG. 3 is a diagram showing an example of the number of copies of the template nucleic acid 54 arranged in each well 52 of the standard plate 5.
  • FIG. 3 shows the case where the standard plate 5 is a 96-well plate having 96 wells 52.
  • Well identification information that identifies each well 52 is represented by a combination of row and column symbols. "A" to "H” in the leftmost column indicate the row symbol of the 96-well plate, and "1" to "12" in the top row indicate the column symbol of the 96-well plate.
  • No template nucleic acid is arranged in all the wells 52 in row A.
  • the standard plate technology has made it possible to manufacture a standard plate 5 in which the correct amount of nucleic acid is placed in each well 52. Further, if the same Cq value is obtained by inspecting the standard plate 5 using the same inspection device 4, the same reagent, and the same primer, it is easy to find an abnormality when there is a problem in any of them depending on the Cq value. For example, if one copy shows a Cq value and 10 copies show another Cq value, the performance comparison due to the difference in the inspection device 4 and the reagent can be compared more accurately and surely. In other words, since the abnormality of the inspection device 4 and the reagent appears as the Cq value, the accuracy of the inspection device 4 and the reagent can be reliably controlled.
  • the standard device has a plate shape
  • the present invention is not limited to this.
  • the standard device may be a tube (eg, 8-tube) instead of the plate-shaped standard plate 5.
  • the number of wells possessed by the standard device is not limited to 96, and may be, for example, 48 or 384.
  • each facility when the same inspection device 4, the inspection device 4 of the same model, or different inspection devices 4 regardless of the model use the same primer with reference to the information provided by the information providing device 2. ,
  • the inspection device 4 is calibrated so that the Cq value of a predetermined number of copies becomes a fixed value.
  • each facility offsets the Cq value with reference to the information provided by the information providing device 2. In this way, the facility can strictly control the performance of the inspection device 4.
  • FIG. 4 is a block diagram showing the configuration of the information providing device 2.
  • the information providing device 2 is realized by, for example, one or more computer devices.
  • the information providing device 2 may be a cloud server computer.
  • the information providing device 2 includes a communication unit 21, a storage unit 22, an input unit 23, a display unit 24, and a processing unit 25.
  • the communication unit 21 transmits / receives information to / from other devices via the network 9.
  • the storage unit 22 stores various types of information including inspection result data and analysis result information.
  • the storage unit 22 may further store the standard plate information.
  • the standard plate information corresponds to the plate identification information or the plate type information, and includes information on whether or not the standard plate 5 is an entirely identical copy, the type of the template nucleic acid 54, and the template nucleic acid arranged in each well 52.
  • the number of copies of 54, the type and amount of primer arranged in each well 52, the type and amount of amplification reagent arranged in each well 52, the type and amount of fluorescent probe arranged in each well 52 and Includes information with quantity.
  • the information on the number of copies of the template nucleic acid 54 arranged in each well 52 may be used as information on whether or not the standard plate 5 has the same copy on all sides.
  • the input unit 23 is a keyboard, a mouse, a button, a touch panel, or the like.
  • the input unit 23 receives information input by a user operation.
  • the display unit 24 is a display for displaying information.
  • the processing unit 25 has an acquisition unit 26, an analysis unit 27, and an information output unit 28.
  • the acquisition unit 26 acquires the inspection result data obtained by performing the PCR inspection on the standard plate 5 by the inspection device 4, and writes the acquired inspection result data in the storage unit 22.
  • the acquisition unit 26 acquires the inspection result data transmitted from the terminal device 3 connected via the network 9.
  • the information providing device 2 may acquire the inspection result data transmitted from the inspection device 4 connected via the network 9.
  • the acquisition unit 26 may read the inspection result data from a computer-readable recording medium or the like, and may use the inspection result data input by the input unit 23. You may get it.
  • Attribute information is added to the inspection result data.
  • the attribute information includes the test date and time, the test device identification information of the test device 4 that performed the PCR test, the model of the test device 4 that performed the PCR test, the owner of the test device 4 that performed the PCR test, and the PCR test.
  • the installation location of the inspection device 4 that performed the PCR test, the worker who performed the PCR test, the plate identification information of the standard plate 5 used for the PCR test, and the plate type information of the standard plate 5 used for the PCR test. Includes one or more of the measurement conditions from the PCR test.
  • the attribute information is, in addition to or in addition to the plate type information, information on whether or not the standard plate 5 is an entirely identical copy, the type of the template nucleic acid 54, and the copy of the template nucleic acid 54 arranged in each well 52.
  • Information may be included.
  • the attribute information is stored in advance in the terminal device 3 or the inspection device 4, the information read from the identification means 56 of the standard plate 5 by the reading means (not shown) provided in the terminal device 3 or the inspection device 4, the information generated in the inspection device 4. It is based on the information that has been stored or the information that has been manually input to the terminal device 3 or the inspection device 4.
  • the owner's information indicates the facility, the combination of the facility and the organization, and so on.
  • the analysis unit 27 has a first determination unit 271, a reading unit 272, an analysis information acquisition unit 273, a second determination unit 274, and a comparison unit 275.
  • the first determination unit 271 determines whether each well 52 is normal or abnormal in the measurement for which the inspection result data is obtained for each of the inspection result data acquired by the acquisition unit 26.
  • the first determination unit 271 writes the well normality information in the storage unit 22 in association with the inspection result data.
  • the well normality information indicates whether each well 52 is normal or abnormal.
  • the reading unit 272 reads out the inspection result data used as the evaluation target data and one or more inspection result data used as the comparison data from the storage unit 22.
  • the comparison data is test result data in which one or both of the timing at which the PCR test is performed and the test device 4 where the PCR test is performed are different from the evaluation target data.
  • the analysis information acquisition unit 273 performs processing for each of the evaluation target data and the comparison data to remove the Cq value of the well 52 whose abnormality is indicated by the normality information from the information used for the analysis.
  • the analysis information acquisition unit 273 analyzes the evaluation target data excluding the Cq value of the well 52 showing the abnormality, acquires the evaluation target data analysis information, and obtains the comparison data excluding the Cq value of the well 52 showing the abnormality. Analyze and obtain comparison data analysis information.
  • the evaluation target data analysis information and comparison data analysis information include, for example, distribution of Cq value, average of Cq value, LOD (Limit of Detection, detection limit), LOC (Limit of Quantitation, lower limit of quantification), calibration curve inclination, calibration.
  • the distribution of Cq values is represented, for example, by the standard deviation, relative standard deviation or interquartile range of the Cq values.
  • the distribution of the Cq value in the evaluation target data analysis information is an in-plane distribution shown as a standard deviation, a relative standard deviation, or an interquartile range of the Cq value when the standard plate 5 having the same copy is used.
  • LOD is the minimum number of copies that can detect the template nucleic acid
  • LOQ is the minimum number of copies that can measure the Cq value.
  • the evaluation target data analysis information includes well normality information of the evaluation target data.
  • the second determination unit 274 determines the normality of the terminal device 3 based on one or more pieces of information indicated by the evaluation target data analysis information.
  • the comparison unit 275 compares the information obtained from the evaluation target data analysis information with the information obtained from the comparison data analysis information to obtain the comparison information.
  • the comparison information includes information on whether or not the inspection device 4 from which the evaluation target data was obtained is normal, and normal or abnormal Cq in the inspection device 4 from which the evaluation target data was obtained. It may include information on the well from which the value was obtained.
  • the information used for comparison for acquiring the contrast information is one or more of the distribution of Cq values, the average of Cq values, LOD, LOQ, the slope of the calibration curve, and the intercept of the calibration curve.
  • the information output unit 28 sets the evaluation target data analysis information and the comparison data analysis information acquired by the analysis information acquisition unit 273, the normality determination result by the second determination unit 274, and the comparison information acquired by the comparison unit 275. Generate the analysis result information.
  • the information output unit 28 outputs the generated analysis result information.
  • the output includes transmission to another device such as the terminal device 3, recording to the storage unit 22 or another recording medium, display on the display unit 24, printing by a printing device (not shown), and the like.
  • the information output unit 28 writes the analysis result information in the storage unit 22 in association with the inspection result data used as the evaluation target data.
  • FIG. 5 is a flow chart showing the operation of the inspection result data reception process by the information providing device 2.
  • the terminal device 3 transmits the test result data obtained by performing the PCR test on the standard plate 5 by the test device 4 to the information providing device 2. Attribute information is added to the inspection result data.
  • the information providing device 2 performs the processing shown in FIG. 5 for each inspection result data.
  • the acquisition unit 26 of the information providing device 2 acquires the inspection result data received from the terminal device 3 by the communication unit 21 (step S105).
  • the acquisition unit 26 associates the received inspection result data with the reception time information and writes it in the storage unit 22 (step S110).
  • the reception time information indicates the time when the information providing device 2 receives the inspection result data.
  • the first determination unit 271 determines whether or not the standard plate 5 having the same copy is used based on the attribute information added to the inspection result data (step S115). When the first determination unit 271 determines that the standard plate 5 having the same copy on the entire surface is not used (step S115: NO), the process ends.
  • the first determination unit 271 determines that the standard plate 5 having the same copy on the entire surface is used (step S115: YES)
  • the first determination unit 271 obtains the in-plane distribution of the Cq value from the inspection result data (step S120).
  • the first determination unit 271 determines the normality of each well 52 by comparing the in-plane distribution of the Cq value with the Cq value of each well 52 (step S125).
  • the in-plane distribution of the Cq value is the standard deviation ⁇ obtained from the Cq values of all the wells 52
  • the first determination unit 271 obtains the Cq value of the standard deviation larger than a predetermined threshold value in the well 52. Is determined to be abnormal.
  • predetermined thresholds are, but are not limited to, ⁇ , 2 ⁇ , 3 ⁇ , and the like. Further, when the in-plane distribution of the Cq value is in the interquartile range obtained from the Cq values of all the wells 52, the first determination unit 271 obtained the Cq value deviating from the interquartile range by a predetermined value or more. Well 52 is determined to be abnormal. The first determination unit 271 determines that the well 52 that is not determined to be abnormal is normal. The first determination unit 271 writes the well normality information in association with the inspection result data written in the storage unit 22 in step S110 (step S130). The well normality information indicates one or both of the well identification information of the normal well 52 and the well identification information of the abnormal well 52.
  • the well normality information is added to the test result data.
  • the first determination unit 271 acquires information on the number of copies of each well 52 based on the attribute information added to the inspection result data, and makes the same copy.
  • the processing of step S120 and step S125 may be performed for each number of well groups.
  • FIG. 6 is a flow chart showing the operation of the analysis process by the information providing device 2.
  • the analysis process is performed, for example, when an instruction is input by the input unit 23 or at predetermined intervals after the process of FIG. 5 is performed.
  • the reading unit 272 reads one of the inspection result data stored in the storage unit 22 as evaluation target data (step S205). For example, the reading unit 272 reads out the inspection result data newly written in the storage unit 22 in the process of FIG. 5 or the inspection result data designated by the input unit 23 as the evaluation target data. Alternatively, the reading unit 272 may read out the inspection result data that is predetermined or that matches the evaluation target data selection condition input by the input unit 23 as the evaluation target data, and the inspection that has not yet been selected as the evaluation target data. The result data may be read out. When there are a plurality of read inspection result data, the analysis unit 27 may use the inspection result data designated by the input unit 23 as the evaluation target data, and step S210 or less for each of the plurality of inspection result data. May be processed. Further, the reading unit 272 may receive the evaluation target data selection condition selected by the facility from the terminal device 3. In the following, the inspection device 4 from which the evaluation target data is obtained will be referred to as an evaluation target inspection device.
  • the analysis information acquisition unit 273 reads out the Cq value of each well 52 from the evaluation target data, excluding the well 52 in which an abnormality is indicated by the well normality information added to the evaluation target data (step S210).
  • the analysis information acquisition unit 273 acquires evaluation target data analysis information based on the information of the Cq value and the number of copies of each well 52 (step S215). Specifically, the analysis information acquisition unit 273 reads out information on the number of copies of each well 52 based on the attribute information added to the evaluation target data. Based on the Cq value of each well 52 read in step S210 and the information on the number of copies read, the analysis information acquisition unit 273 distributes the Cq value in the plane, averages the Cq values on the entire surface or for each number of copies, and copies.
  • the value of one or more analysis items among the distribution of Cq values for each number, LOD, LOQ, the slope of the calibration curve, and the section of the calibration curve is calculated as the evaluation target data analysis information.
  • the in-plane distribution of Cq values and the average of the Cq values on the entire surface are calculated when the standard plate 5 having the same copy on the entire surface is used.
  • the average of Cq values for each number of copies, the distribution of Cq values for each number of copies, LOD, LOQ, the slope of the calibration curve, and the intercept of the calibration curve are calculated when a standard plate 5 that is not entirely the same copy is used. ..
  • the standard plate 5 that is not an entirely identical copy is a standard plate 5 having wells 52 with a plurality of copy numbers.
  • the in-plane distribution of Cq values and the distribution for each number of copies are represented by standard deviation, relative standard deviation, and interquartile range.
  • the calibration curve is a straight line showing the relationship between the number of copies and the Cq value.
  • the analysis information acquisition unit 273 adds the normality information of the evaluation target data and the Cq value of each well 52 read out in step S210 to the evaluation target data analysis information. Further, the analysis information acquisition unit 273 may add well abnormality information obtained from past test result data to the evaluation target data analysis information. In this case, the analysis information acquisition unit 273 reads the normality information from the past inspection result data in which the same inspection device identification information as the attribute information of the evaluation target data is set. The analysis information acquisition unit 273 identifies the well 52 determined to be abnormal at a frequency higher than a predetermined frequency based on the normality information set in the evaluation target data and the read past normality information. The analysis information acquisition unit 273 adds the well abnormality information in which the well identification information of the specified well 52 is set to the evaluation target data analysis information.
  • the second determination unit 274 determines the normality of the terminal device 3 based on the evaluation target data analysis information (step S220). For example, the second determination unit 274 determines whether or not the value of each analysis item of the evaluation target data analysis information is included in the normal range.
  • the normal range of each analysis item is stored in the storage unit 22 in advance according to, for example, the type and number of copies of the template nucleic acid 54, the type and amount of reagents (primer, amplification reagent, fluorescent probe), and measurement conditions. To.
  • the second determination unit 274 may determine that the Cq value is normal when the Cq value is not detected in the well 52 of 0 copy.
  • the reading unit 272 reads out one or more inspection result data that match the comparison data selection condition as comparison data based on the attribute information added to the inspection result data stored in the storage unit 22 (step S225).
  • the comparison data selection condition includes at least the condition that the type and the number of copies of the template nucleic acid indicated by the attribute information of the evaluation target data are the same.
  • the comparison data selection conditions include the type and amount of reagents (primer, amplification reagent, fluorescent probe), measurement conditions, inspection date and time, inspection device identification information, owner, installation location, model, and work. It may include one or more information of the person and the reception time.
  • the type and number of copies of the template nucleic acid and the type and amount of the reagent may be indicated by plate identification information or plate type information.
  • the comparison data selection condition may be input by the input unit 23, or may be registered in the storage unit 22 in advance corresponding to a part of the information included in the attribute information of the evaluation target data.
  • the reading unit 272 may receive the comparison data selection condition selected in the facility from the terminal device 3.
  • the comparison data selection conditions are that the type and number of copies of the template nucleic acid, the type and amount of the reagent, the measurement conditions, and the inspection device identification information are the same as the evaluation target data, and the evaluation target data is inspected. Includes the condition that the inspection date and time is earlier than the date and time.
  • the comparison information capable of determining whether the performance has deteriorated after the relocation or calibration.
  • the inspection date and time of the evaluation target data is the date and time after relocation or calibration.
  • the comparison data selection conditions the type and number of copies of the template nucleic acid, the type and amount of the reagent, the measurement conditions, and the inspection device identification information are the same as the evaluation target data, and the date and time when the data was transferred or calibrated. Includes the condition that it is the previous inspection date and time.
  • the comparison data selection conditions are the type and number of copies of the template nucleic acid, and the type and amount of the reagent.
  • the measurement condition and the model of the inspection device 4 are the same as the evaluation target data, and the inspection device identification information is different from the evaluation target data.
  • the comparison data selection conditions include the type and number of copies of the template nucleic acid, and the type and amount of the reagent.
  • the measurement condition and the model of the inspection device 4 are the same as the evaluation target data, and the facility is different from the evaluation target data.
  • the comparison data selection conditions are the type and number of copies of the template nucleic acid, the type and amount of the reagent, the measurement conditions, and the identification of the inspection device of the inspection device 4. It includes the condition that the information or the model is the same as the evaluation target data and the worker is different from the evaluation target data.
  • the inspection result data can be used as comparison data.
  • the test result data before and after the relocation of the test device 4, the test result data obtained by performing the PCR test within a predetermined period, and the test result data obtained by performing the PCR test on a specific standard plate shall be used as the evaluation target data and the comparison data. You can also.
  • the performance of the inspection device 4 has deteriorated due to the passage of time from the calibration, whether the performance has not changed before and after the relocation of the inspection device 4, the performance of the inspection device 4 in one facility is in another facility. It is possible to select and compare the evaluation target data and the comparison data according to the purpose, such as how it is compared with the inspection device 4 of the above and how the skill of the worker is.
  • the analysis information acquisition unit 273 reads out the Cq value of each well 52 from each of the comparison data, excluding the Cq value of the abnormal well 52 (step S230).
  • the analysis information acquisition unit 273 acquires the comparison data analysis information based on the information of the Cq value of each well 52 of each comparison data read in step S230 and the number of copies of each well 52 of each comparison data (step S235). Specifically, the analysis information acquisition unit 273 reads out information on the number of copies of each well 52 based on the attribute information added to the comparison data.
  • the analysis information acquisition unit 273 includes the Cq value read in step S230, the distribution of the Cq value of all the comparison data for each number of copies, the average of the Cq values of each comparison data and all comparison data for each number of copies, and the LOD of each comparison data. , LOQ of each comparison data, inclination of the calibration curve of each comparison data, and one or more of the sections of the calibration curve of each comparison data are calculated as comparison data analysis information.
  • the analysis information acquisition unit 273 may acquire such information based on the analysis result information stored in the storage unit 22 corresponding to the comparison data. Further, the analysis information acquisition unit 273 may include the information obtained from the analysis result information corresponding to each comparison data in the comparison data analysis information.
  • the contrast unit 275 compares the evaluation target data analysis information with the contrast data analysis information to obtain the contrast information (step S240).
  • the contrast items used for the contrast are the Cq value of the well, the distribution of the Cq value, the average of the Cq values, the LOD, the LOQ, the slope of the calibration curve, and the intercept of the calibration curve. be.
  • the comparison unit 275 may select a comparison item depending on whether or not the standard plate 5 having the same copy of the evaluation target data is used.
  • the contrast unit 275 calculates the discrepancy between the value of the contrast item obtained from the evaluation target data analysis information and the value of the contrast item or the average of the values of the contrast items obtained from the contrast data analysis information.
  • the contrast unit 275 calculates where the value of the item obtained from the evaluation target data analysis information is located in the distribution of the value of the contrast item obtained from the contrast data analysis information.
  • the comparison data selection condition includes the condition that the type and amount of the reagent and the measurement condition are the same as the evaluation target data
  • the comparison unit 275 further determines the evaluation target inspection device based on these calculation results. Determines whether is normal or abnormal.
  • the comparison unit 275 calculates the difference between the average of the Cq values of the number of copies N in the evaluation target data and the average of the Cq values of the number of copies N of all the comparison data. The comparison unit 275 determines that the evaluation target inspection device is normal when the deviation is equal to or less than a predetermined threshold value, and determines that the evaluation target inspection device is abnormal when the deviation is larger than the threshold value.
  • the evaluation target inspection device is normal when the average of the Cq values of the number of copies N in the evaluation target data is included in the average ⁇ standard deviation ⁇ of the Cq values of the number of copies N in the total comparison data. If it is not included, it is determined that the inspection device to be evaluated is abnormal. Further, in the comparison unit 275, the evaluation target inspection device is normal when the average of the Cq values of the number of copies N in the evaluation target data is included in the interquartile range of the Cq value of the number of copies N in the total comparison data. If it is determined to be present and it is not included, it may be determined that the inspection device to be evaluated is abnormal.
  • the value of the comparison item is the Cq value of the well with the number of copies N.
  • the comparison unit 275 is evaluated when all the Cq values of each well having the number of copies N of the evaluation target data analysis information are included in the average ⁇ standard deviation ⁇ of the Cq values of all the wells having the number of copies N in the total comparison data.
  • the inspection device is determined to be normal, and if it is not included, the evaluation target inspection device is determined to be abnormal.
  • the contrast unit 275 performs a significant difference test on the set of Cq values of each well having the number of copies N of the evaluation target data and the set of the Cq values of each well having the number of copies N in the total contrast data.
  • the contrast unit 275 determines that the evaluation target inspection device is normal when there is no significant difference, and determines that the evaluation target inspection device is abnormal when there is a significant difference.
  • the value of the contrast item is the standard deviation (distribution) of the Cq value of the well with the number of copies N.
  • the contrast unit 275 calculates the difference between the standard deviation of the Cq value of the well having the number of copies N of the evaluation target data and the standard deviation of the Cq value of the well having the number of copies N in the total contrast data.
  • the comparison unit 275 determines that the evaluation target inspection device is normal when the difference is within a predetermined threshold value, and determines that the evaluation target inspection device is abnormal when the difference is larger than the predetermined threshold value. do.
  • the comparison unit 275 calculates the discrepancy between the LOD in the evaluation target data and the average of the LODs in all the comparison data.
  • the comparison unit 275 determines that the evaluation target inspection device is normal when the deviation is equal to or less than a predetermined threshold value, and determines that the evaluation target inspection device is abnormal when the deviation is larger than the threshold value.
  • the contrast unit 275 determines that the evaluation target inspection device is normal when the LOD in the evaluation target data is included within the average ⁇ standard deviation ⁇ of the LOD in the total comparison data, and when it is not included, the evaluation target is evaluated.
  • the inspection device determines that it is abnormal.
  • the contrast unit 275 determines that the evaluation target inspection device is normal when the LOD in the evaluation target data is included in the interquartile range of the LOD in the total comparison data, and evaluates when it is not included.
  • the target inspection device may be determined to be abnormal.
  • the contrast unit 275 makes the same determination when the contrast items are LOQ, the slope of the calibration curve, and the intercept of the calibration curve.
  • the comparison unit 275 determines whether the evaluation target inspection device is normal or abnormal for each comparison item, and either one or a predetermined number of two or more. When it is determined that the evaluation target inspection device is abnormal for the comparison item, the final determination that the evaluation target inspection device is abnormal may be made. By using a plurality of comparison items, the normality of the inspection device 4 can be confirmed from various angles, so that the normality of the inspection device 4 can be confirmed more accurately.
  • the contrast unit 275 uses the contrast information as the value of the contrast item obtained from the evaluation target data analysis information, the value of the contrast item of the contrast data analysis information used for the contrast, the average of the values, or the distribution of the values. , Generates comparison information in which information on whether or not the evaluation target inspection device determined by comparison is normal is set.
  • the information output unit 28 outputs analysis result information including the comparison information generated by the comparison unit 275, the evaluation target data analysis information and the comparison data analysis information generated by the analysis information acquisition unit 273, and the comparison data selection condition (the comparison data selection condition). Step S245). That is, the information output unit 28 writes the analysis result information in the storage unit 22 in association with the evaluation target data. At this time, the information output unit 28 may add information for specifying the inspection result data used as the comparison data to the analysis result information and write it in the storage unit 22. Further, the information output unit 28 generates analysis result notification information including analysis result information, evaluation target data, and attribute information of the evaluation target data.
  • the information output unit 28 further analyzes the type of the template nucleic acid 54, the number of copies of each well 52 of the standard plate 5 used for the evaluation data, the type and amount of the reagent, and the information obtained from the attribute information of the comparison data. It may be set as the result notification information.
  • the analysis result notification information may include display data for displaying the analysis result information as a graph or a table. For example, in the display data, the values of the analysis items obtained from the evaluation target data analysis information and the values of the analysis items of the comparison data analysis information used for comparison and their distribution are displayed on the same graph or arranged in a table. indicate.
  • the information output unit 28 transmits the analysis result notification information to the terminal device 3 of the facility specified by the attribute information of the evaluation target data.
  • the terminal device 3 stores the received analysis result notification information and displays it on the display.
  • the analysis result notification information received by the terminal device 3 is referred to, and evaluation is made so that the Cq value of a predetermined number of copies becomes a fixed value when the same test device 4, the same reagent, and the same primer are used.
  • Calibrate the target inspection device For example, information such as the difference in the average of the Cq values between the evaluation target inspection device and the other inspection device 4 indicated by the evaluation target data analysis information and the contrast data analysis information is used for calibration of the evaluation target inspection device.
  • each facility offsets the Cq value indicated by the inspection result of the inspection target inspection device with reference to the provided information.
  • the information output unit 28 of the information providing device 2 may output the analysis result information or the analysis result notification information by printing or displaying it on the display unit 24, and is an illustration of a company that maintains the inspection device 4. It may be output to a terminal device that does not. Workers of the maintenance company calibrate and offset the evaluation target inspection device at the facility while checking the output analysis result information and analysis result notification information. In this way, it is possible to strictly control the performance of the inspection device 4.
  • the facility will clean the wells that are shown to be abnormal by the well normality information.
  • the facility will also calibrate the heat block, lamp and detection system if the contrast information indicates anomalies.
  • the comparison information generated by the information providing device 2 makes it possible to more accurately compare the inspection results of different facilities, the performance difference of a certain measurement system, the inspection results in the same facility, and the performance difference of a certain measurement system. , It is easier to find defects in the inspection device 4 and reagents. Further, by using a plurality of data acquired in the past by the same inspection device 4, the defect of the current inspection device 4 can be grasped, and by using a plurality of data acquired by a plurality of facilities, the inspection device 4 of each facility can be used. It is also possible to judge the normal condition.
  • the terminal device 3 may add exclusion well information to the inspection result data and transmit it to the information providing device 2.
  • Excluded well information indicates information on wells 52 that are not used for analysis.
  • the analysis information acquisition unit 273 reads out the Cq value of each well 52 from the evaluation target data, excluding the well 52 indicated by the excluded well information.
  • the well 52 excluded from the evaluation target data may be a well whose abnormality is indicated by the well normality information or the well abnormality information added to the past inspection result data of the evaluation target inspection device.
  • the inspection device 4 can use information for specifying the past inspection result data as the exclusion well information.
  • the information providing device 2 may perform the processes of steps S225 to S240 for each of the comparison data groups selected according to each of the plurality of different comparison data selection conditions. Further, the information providing device 2 performs the processing of steps S210 to S220 of FIG. 5 on the inspection result data after determining NO in step S115 of FIG. 5 or after the processing of step S130, and step S215.
  • the evaluation target data analysis information obtained by the process of the above and the determination result obtained by the process of step S220 may be added to the inspection result data and written to the storage unit 22.
  • FIG. 7 is a diagram for explaining a method of calculating LOD and LOQ.
  • the LOQ detection method is, for example, the reference “A. Forootan, et al.," Methods to determine limit of detection and limit of quantification in quantitative real-time PCR (qPCR), "Biomolecular Detection and Quantification, Volume 12, June. 2017, Pages 1-6 ”.
  • FIG. 7A is a graph showing the relationship between the number of copies and the CV value.
  • FIG. 7B is a diagram showing the relationship between the number of copies and the CV value, the detection rate, and the number of UDs. The number of wells for each copy number is 24 for 2 measurements of the Le1 gene. UD indicates that the Cq value was not detected.
  • the CV value shown in FIG. 7 is calculated by the following equation (1). SD Cq is the standard deviation of the Cq value, and E is the qPCR efficiency.
  • the analysis information acquisition unit 273 determines that the minimum number of copies in which the number of undetected wells 52 is equal to or less than a predetermined value is LOD. Further, the analysis information acquisition unit 273 sets the minimum number of copies whose CV value calculated by the equation (1) is equal to or less than a predetermined value as the LOQ. In the reference, the number of undetected wells 52 is 0, that is, the minimum number of copies with a detection rate of 100% is LOD, and the minimum number of copies with a CV value of 35% or less is LOQ. In the case of FIG. 7, the analysis information acquisition unit 273 determines the minimum number of copies “2” with a detection rate of 100% as LOD, and determines the minimum number of copies “8” with a CV of 35% or less as LOQ.
  • FIG. 8 and 9 are diagrams showing display examples of analysis result information.
  • the graph shown in FIG. 8 shows the in-plane distribution of the Cq value indicated by the evaluation target data.
  • the graph shown in FIG. 9 shows the time-series change in the distribution of the Cq value of the inspection device to be evaluated.
  • the distribution of Cq values in October is obtained from the data analysis information to be evaluated. Further, the distribution of the Cq value for each month from January to September is obtained from the contrast data analysis information using the inspection result data of each month of the evaluation target inspection device as the contrast data.
  • Each facility provides information on the results of inspection by the inspection device 4 at predetermined periods using the standard plate 5 in which the template nucleic acid, primer, amplification reagent, and fluorescent probe with a known copy number are set in each well 52. It is possible to confirm the in-plane distribution and receive feedback of information useful for monthly device quality control simply by transmitting to 2.
  • the detection sensitivity is confirmed by a user such as a facility manager at regular time of quality control of the inspection device 4, when the inspection device 4 is introduced, before and after the inspection device 4 is relocated, and the like.
  • a user such as a facility manager at regular time of quality control of the inspection device 4, when the inspection device 4 is introduced, before and after the inspection device 4 is relocated, and the like.
  • the in-plane distribution is confirmed in advance, and if it is normal, it is guaranteed to use all wells, and if there is an abnormal well, the detection sensitivity can be obtained by excluding the abnormal well. More accurate detection sensitivity information can be obtained.
  • a full-copy standard plate 5 having a specific low-copy number standard substance having a sequence not found in nature is used in all wells 52.
  • the number of copies arranged on the entire surface of the standard plate 5 is 2 copies, which is the highest performance when having an arrangement not found in nature, 10 copies near the detection sensitivity, 50 copies when a more reliable reaction is desired, etc. It shall correspond.
  • the standard plate 5 with the number of copies according to the purpose the in-plane distribution, the normality of the entire surface, or the presence or absence of detection is confirmed.
  • the information providing device 2 analyzes the test result data obtained by the test device 4 using the standard plate 5 having 10 copies arranged on the entire surface as the evaluation target data. It is desirable to confirm the in-plane distribution, the normality of the entire surface, and the presence or absence of detection. When it is desired to confirm only the normality of the entire surface and the presence or absence of detection, the test result data obtained by measuring the standard plate 5 on which 5 copies or 2 copies of the template nucleic acid 54 are arranged may be used as the evaluation target data.
  • FIG. 10 is a diagram showing an example of test result data and its analysis information obtained by the test device 4 performing a qPCR test using a standard plate 5 having 10 copies on the entire surface.
  • 10 copies of the entire surface means that 10 copies of the template nucleic acid 54 are arranged in all the wells 52.
  • 10 (a) shows the test result data
  • FIG. 10 (b) shows the analysis information obtained from the test result data shown in FIG. 10 (a).
  • the test result data shows the Cq value of each well 52.
  • the analysis information includes the number of copies of the template nucleic acid 54, the average Cq value (Cq Ave), the standard deviation of the Cq value ( ⁇ ), the relative standard deviation of the Cq value (RSD), and the difference between the minimum Cq value and the maximum Cq value ( ⁇ Cq), maximum Cq value (Max), minimum Cq value (Min), UD number, and detection rate are shown.
  • the UD number is the number of wells 52 for which the Cq value was not detected.
  • the detection rate is the ratio of the wells 52 in which the Cq value is detected.
  • FIG. 11 is a diagram showing an example of test result data and analysis information thereof obtained by performing a qPCR test by the same test device 4 under the same conditions as in FIG. 10 two months after FIG. 10 was obtained.
  • FIG. 11A shows the inspection result data
  • FIG. 11B shows the analysis information obtained from the inspection result data shown in FIG. 11A.
  • FIG. 11A is the evaluation target data
  • FIG. 11B is the evaluation target data analysis information
  • FIG. 10A is the comparison data
  • FIG. 10B is the comparison data analysis information.
  • the average of the Cq values obtained from the evaluation target data analysis information in FIG. 11B is within a predetermined range (for example, 35 ⁇ 0.5), and the standard deviation of the Cq values is predetermined. It is determined that the range is within the range (for example, ⁇ ⁇ 0.6) and the difference between the minimum Cq value and the maximum Cq value is within the predetermined range (for example, ⁇ Cq ⁇ 2.0).
  • the second determination unit 274 determines that all the wells 52 are normal because there is no well 52 showing an abnormal Cq value and the number of UDs is 0.
  • the comparison unit 275 compares the evaluation target data analysis information in FIG. 11 (b) with the comparison data analysis information in FIG. 10 (b), and the evaluation target data analysis information is obtained from the comparison data two months ago. It is judged that the accuracy is the same as that of the comparison data analysis information.
  • the information providing device 2 confirms whether or not the entire surface of the standard plate 5 is detected, and uses the distribution, average, and standard deviation of the Cq value as control values, and the current distribution, average, and standard deviation of the Cq value. Can be compared with the distribution, average, and standard deviation of the Cq values so far, and the normality of the current state of the inspection device 4 can be confirmed. Further, by using the standard plate 5 of the template nucleic acid having a sequence that does not exist in nature, the effect of reducing the risk of contamination can be expected.
  • the facility confirms the state of the detection sensitivity of the inspection device 4 using the standard plate 5 on which the template nucleic acid having a sequence (artificial sequence) that does not exist in nature is arranged.
  • the inspection device 4 performs a qPCR inspection using the standard plate 5 shown in FIG.
  • the 96 wells 52 of the standard plate 5 are arranged with template nucleic acids having 0, 1, 5, 10, 20, 40, and 80 copies.
  • FIG. 12 is a diagram showing an example of test result data and analysis information thereof, in which the test device 4 performed a qPCR test using the standard plate 5 on which the template nucleic acid was arranged as shown in FIG. 3 after FIG. 10 was obtained.
  • Is. 12 (a) shows the test result data
  • FIGS. 12 (b) and 12 (c) show the analysis information obtained from the test result data shown in FIG. 12 (a).
  • 12 (b) shows the same analysis item information as in FIGS. 10 (b) and 11 (b).
  • FIG. 12 (c) shows a calibration curve, a coefficient of determination R2 , and amplification efficiency.
  • FIG. 13 is a diagram showing an example of test result data and analysis information thereof in which the same test device 4 performed a qPCR test under the same conditions as in FIG. 12 after FIG. 11 was obtained.
  • 13 (a) shows the test result data
  • FIGS. 13 (b) and 13 (c) show the analysis information obtained from the test result data shown in FIG. 13 (a).
  • 13 (b) contains information on the same analysis items as in FIG. 12 (b)
  • FIG. 13 (c) shows the same analysis items as in FIG. 12 (c).
  • the second determination unit 274 of the information providing device 2 determines that the test is established because the 0 copy is not amplified. Further, the analysis information acquisition unit 273 determines that the detection sensitivity is from 5 copies because the detection rate is 100% for 5 copies or more. Further, the second determination unit 274 determines that, in addition to the detection sensitivity, the slope of the calibration curve and the value of the intercept (the intercept is the Cq value at the time of one copy) are within a predetermined range.
  • the comparison unit 275 compares the slope of the calibration curve and the value of the intercept with the slope of the calibration curve and the value of the intercept of the comparison data, which is the inspection result data so far, to obtain the current state of the inspection device 4 and the value of the intercept. Determine if performance is normal. As a result, the facility can carry out normal tests and inspections using the inspection device 4 whose normal condition is controlled. As a standard plate for confirming the in-plane distribution and the state of detection sensitivity and the like, a template nucleic acid having a natural sequence may be used as long as it can be compared with the data so far.
  • the state of the inspection device 4 is managed by confirming whether the inspection device 4 can normally measure all 96 wells by qPCR / PCR.
  • the information providing device 2 receives the test result data as a result of the qPCR test performed by the evaluation target test device using the standard plate 5 having 10 copies on the entire surface at a predetermined frequency, and stores the received test result data. Accumulate in unit 22.
  • the information providing device 2 compares the distribution of the Cq value of the latest inspection result data (evaluation target data) with the standard, and manages whether or not the evaluation target inspection device is currently normal. As a reference for comparison, the distribution of past Cq values obtained from past inspection result data (contrast data) received from the evaluation target inspection device is used.
  • FIG. 14 and 15 are diagrams showing a comparison example of the distribution of the Cq value measured in the past and the Cq value measured this time.
  • FIG. 14 shows the distribution by a histogram
  • FIG. 15 (a) shows the distribution by a boxplot.
  • FIG. 15B shows the difference between the average (Cq Ave) and standard deviation (Cq ⁇ ) of the past and present Cq values and the maximum Cq value and the minimum Cq value of this time.
  • the comparison unit 275 has a distribution of Cq values obtained from the comparison data which is the past inspection result data of the evaluation target inspection device and the evaluation target data which is the current inspection result data of the evaluation target inspection device. Compare with the distribution of Cq values obtained from.
  • the contrast unit 275 determines that the state is normal if these distributions are more similar than the predetermined state, and determines that the state is abnormal if they are not similar. Further, in the second determination unit 274, the average of the Cq values this time is within a predetermined range (for example, 35 ⁇ 0.5), and the standard deviation of the Cq values is within a predetermined range (for example, ⁇ ⁇ 0.6).
  • the comparison unit 275 determines whether it is judged to be a normal state, and if not, it is judged to be an abnormal state.
  • the difference between the average of the past Cq values shown in FIG. 15 and the average of the current Cq values is within a predetermined range, and the standard deviation of the past Cq values and the current Cq values are within a predetermined range.
  • the predetermined range for determining normality may be a value determined by the internal standards of the facility or the like.
  • the comparison data is used as the past inspection result data of the inspection device to be evaluated, but it may be the past or present inspection result data of the inspection device 4 of another facility or the inspection device 4 of another model.
  • Next-generation sequencers include amplicon NGS, which PCR-amplifies a specific sequence by the inspection device 4 and inspects the presence or absence and amount of the amplification product.
  • NGS Next-generation sequencers
  • amplicon NGS which PCR-amplifies a specific sequence by the inspection device 4 and inspects the presence or absence and amount of the amplification product.
  • the reagent for performing the inspection by NGS is adjusted, the prepared reagent is added to the standard plate 5, and the inspection is performed by NGS.
  • the information providing device 2 performs analysis using the inspection result data showing the inspection result by NGS instead of the inspection result data of the inspection apparatus 4.
  • the analysis result information obtained by the information providing device 2, such as the result of checking the detection sensitivity described above and the result of checking the state of the inspection device 4, is stored in the storage unit 22 or on a server computer or cloud different from the information providing device 2.
  • the analysis result information may be stored in the server computer of the above and output the analysis result information in response to the request input by the input unit 23 or the request received from the terminal device 3 or the inspection device 4.
  • the output destination of the analysis result output information may be a computer terminal (not shown) of a company or the like that manufactures, sells, or maintains the inspection device 4.
  • each facility, a company that manufactures, sells, or maintains the inspection device 4 arbitrarily selects a factor to be compared, and if there is no analysis result by the selected factor, the information providing device 2 is the factor. It is also possible to perform an analysis using and provide the results. The more the information providing device 2 collects the past inspection result data, the higher the accuracy and the more factors can be compared.
  • the inspection result data of the inspection device 4 of each facility is collectively collected, the accuracy and the condition of the inspection device 4 are analyzed and judged, and the result is fed back to each facility. Can be done.
  • the information providing device 2 collects the inspection result data of the inspection device 4 of the same model in different facilities, and how much the inspection result data obtained from the evaluation target inspection device in the information providing device 2 is distributed in the whole. It is possible to provide information on whether the characteristics are obtained. At the facility, it is necessary to confirm whether the current state of the inspection device 4 is normal compared with the past inspection result data, and whether it is operating normally, etc. by one qPCR measurement using a standard plate. Can be done.
  • the facility confirms the normality and performance of the inspection device 4 by the information provided from the information providing device 2, and calibrates if necessary. Therefore, the inspection can always be carried out with a reliable measurement system. It is possible to store the analysis results in a cloud or the like and provide them to a company or the like that manufactures, sells, or maintains the inspection device 4 as requested.
  • the functions of the information providing device 2 and the inspection device 4 in the above-described embodiment may be realized by a computer.
  • a program for realizing the functions of the information providing device 2 and the inspection device 4 is recorded on a computer-readable recording medium, and the program recorded on the recording medium is read by the computer system and executed. It may be realized.
  • the term "computer system” as used herein includes hardware such as a CPU (central processing unit), an OS (Operation System), and peripheral devices.
  • the "computer-readable recording medium” refers to a flexible disk, a magneto-optical disk, a portable medium such as ROM (Read Only Memory), a CD-ROM, and a storage device such as a hard disk built in a computer system. Say.
  • a "computer-readable recording medium” is a communication line for transmitting a program via a network such as the Internet or a communication line such as a telephone line, and dynamically holds the program for a short period of time. It may also include a program that holds a program for a certain period of time, such as a volatile memory inside a computer system that is a server or a client in that case. Further, the above-mentioned program may be for realizing a part of the above-mentioned functions, and may be further realized for realizing the above-mentioned functions in combination with a program already recorded in the computer system. All or part of each function of the information providing device 2 and the terminal device 3 is realized by using hardware such as ASIC (Application Specific Integrated Circuit), PLD (Programmable Logic Device), and FPGA (Field Programmable Gate Array). May be done.
  • ASIC Application Specific Integrated Circuit
  • PLD Programmable Logic Device
  • FPGA Field Programmable Gate Array
  • FIG. 16 is a block diagram showing an example of the hardware configuration of the information providing device 2.
  • the information providing device 2 includes a processor 71, a main storage device 72, an auxiliary storage device 73, an output device 74, an input device 75, and a communication interface (communication I / F) 76. Each of these parts is connected via a bus 77.
  • the processor 71 is a processing device that performs various controls and calculations.
  • the processor 71 is a CPU.
  • the processor 71 realizes various functions by executing an OS or a program stored in the main storage device 72 or the like. That is, the processor 71 functions as the processing unit 25 of the information providing device 2 by executing the performance evaluation program of the real-time PCR device. Further, the processor 71 controls the operation of the entire information providing device 2.
  • the device that controls the operation of the entire information providing device 2 is the processor 71, but the device is not limited to this, and may be, for example, an FPGA or the like.
  • the performance evaluation program and various databases of the information providing device 2 do not necessarily have to be stored in the main storage device 72, the auxiliary storage device 73, or the like.
  • the information providing device 2 may acquire a program or various databases from these other information processing devices and execute the program.
  • the main storage device 72 stores various programs and stores data and the like necessary for executing various programs.
  • the main storage device 72 has a ROM and a RAM (RandomAccessMemory) (not shown).
  • the ROM stores various programs such as BIOS (Basic Input / Output System).
  • BIOS Basic Input / Output System
  • the RAM functions as a work range expanded when various programs stored in the ROM are executed by the processor 71.
  • the RAM is not particularly limited and may be appropriately selected according to the purpose. Examples of the RAM include DRAM (Dynamic Random Access Memory) and SRAM (Static Random Access Memory).
  • the auxiliary storage device 73 is not particularly limited as long as it can store various information, and can be appropriately selected according to the purpose. Examples thereof include a solid state drive and a hard disk drive. Further, the auxiliary storage device 73 may be a portable storage device such as a CD (Compact Disc) drive, a DVD (Digital Versatile Disc) drive, or a BD (Blu-ray (registered trademark) Disc) drive.
  • a CD Compact Disc
  • DVD Digital Versatile Disc
  • BD Blu-ray (registered trademark) Disc
  • the output device 74 a display, a speaker, or the like can be used.
  • the display is not particularly limited, and a known display can be used as appropriate, and examples thereof include a liquid crystal display and an organic EL display.
  • the input device 75 is not particularly limited as long as it can accept various requests for the information providing device 2, and a known input device 75 can be used as appropriate, and examples thereof include a keyboard, a mouse, and a touch panel.
  • the communication interface 76 is not particularly limited, and a known one can be used as appropriate, and examples thereof include a wireless or wired communication device.
  • the processing function of the information providing device 2 can be realized.
  • the information providing device 2 may be realized by a plurality of computer devices connected to the network.
  • which of the plurality of computer devices each functional unit of the information providing device 2 is realized can be arbitrary.
  • the same functional unit may be realized by a plurality of computer devices.
  • the inspection device 4 may have the function of the information providing device 2.
  • the present invention includes the following aspects.
  • An information providing device including an information output unit.
  • the information providing device according to any one of [1] to [4], which includes one or both of the information in the wells.
  • the information output unit further outputs one or both of the information obtained from the evaluation target data and the information obtained from one or more of the inspection result data different from the evaluation target data [1].
  • the information providing device according to any one of [5].
  • the information obtained from the evaluation target data used by the information output unit for comparison and the information obtained from the inspection result data different from one or more of the evaluation target data are the distribution of Cq values and Cq.
  • Each of the inspection result data further has a determination unit for determining an abnormality of the well based on the inspection result data, and the information output unit excludes the Cq value of the well determined to be abnormal. It is obtained by comparing the information obtained from the evaluation target data with the information obtained from one or more of the inspection result data different from the evaluation target data and excluding the Cq value of the well determined to be abnormal.
  • the information providing device according to any one of [1] to [7], which outputs the comparison information.
  • the information output unit is one or more in which the information obtained from the evaluation target data differs from the evaluation target data at the time when the PCR test is performed and one or both of the test devices on which the PCR test is performed.
  • the information providing device according to any one of [1] to [8], which provides the comparison information obtained by comparing with the information obtained from the inspection result data.
  • the evaluation target data includes the identification of the inspection device, the owner of the inspection device, the installation location of the inspection device, the model of the inspection device, the worker who performed the PCR inspection, and PCR.
  • Attribute information indicating one or more of the reagent used for the test, the date and time when the PCR was performed, the identification of the standard device, and the type of the standard device is added, and the information output unit is evaluated.
  • the comparison information obtained by comparing the information obtained from the target data with the information obtained from one or more of the inspection result data to which the predetermined attribute information is added and different from the evaluation target data.
  • the information providing device according to any one of [1] to [9]. [11] Any of [1] to [10], wherein one or more of a predetermined amount of a primer, a predetermined amount of an amplification reagent, and a predetermined amount of a fluorescent probe is arranged in each of the wells of the standard device.
  • the information providing device described in item 1. [12] The information providing device according to any one of [1] to [11], wherein the nucleic acid does not exist in nature. [13] Receiving test result data indicating the Cq value of the well obtained by performing a PCR (polymerase chain reaction) test on a standard device having a well having a known number of copies of nucleic acid.
  • An information providing system including an information output unit that outputs comparison information obtained by comparison with information obtained from result data.
  • the information providing method performed by the information providing device which is obtained by performing a PCR (polymerase chain reaction) test on a standard device having a well having a known number of copies of nucleic acid. Obtained from the acquisition step of acquiring the inspection result data indicating the Cq value of the well, the information obtained from the evaluation target data which is the inspection result data of the evaluation target, and one or more of the inspection result data different from the evaluation target data.
  • An information providing method comprising an information output step for outputting comparison information obtained by comparison with information to be obtained.
  • the information providing method performed by the information providing system which is obtained by performing a PCR (polymerase chain reaction) test on a standard device having a well having a known number of copies of nucleic acid.
  • An information providing method including an information output step for outputting comparison information obtained by comparing information with information obtained from one or more of the inspection result data different from the evaluation target data.
  • Information provision system Information provision device 2 Information provision device 3 Terminal device 4 Inspection device 5 Standard plate 9 Network 21 Communication section 22 Storage section 23 Input section 24 Display section 25 Processing section 26 Acquisition section 27 Analysis section 28 Information output section 51 Base material 52 Well 54 Template nucleic acid 55 Sealing member 56 Identification means 71 Processor 72 Main storage device 73 Auxiliary storage device 74 Output device 75 Input device 76 Communication interface 77 Bus 271 First judgment unit 272 Reading unit 273 Analysis information acquisition unit 274 Second judgment unit 275 Comparison unit

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Abstract

情報提供装置は、取得部と、情報出力部とを備える。取得部は、既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する標準デバイスに対して検査装置がＰＣＲ（polymerase chain reaction）検査を行って得られたウェルのＣｑ値を示す検査結果データを取得する。情報出力部は、評価対象の検査結果データである評価対象データから得られる情報と、評価対象データとは異なる１以上の検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する。

Description

情報提供装置、情報提供システム、情報提供方法及びプログラム
　本発明は、情報提供装置、情報提供システム、情報提供方法及びプログラムに関する。本願は、２０２０年７月３１日に、日本に出願された特願２０２０－１３０９５７号に基づき優先権を主張し、その内容をここに援用する。
　ｑＰＣＲ（Quantitative polymerase chain reaction）は、検量線と検体のＣｑ値から、検体の増幅前の核酸量を推定する。推定できる濃度範囲は、検量線の直線性がある濃度範囲とすることが通例であり、広い濃度範囲での直線性が望まれる。ｑＰＣＲ性能としては、広い濃度範囲での直線性のほか、検量線の傾きである増幅効率、各濃度でのＣｑ値ばらつきや繰り返し精度がある。ｑＰＣＲ性能は、装置、試薬、プライマー設計の違いに影響される。また、検査装置の性能を評価するためのデバイスがある（例えば、特許文献１参照）。
　同じ装置、同じ試薬、同じプライマー設計の条件下で同じ検体を測定した場合に、検量線の直線性、検量線の傾き、Ｃｑ値ばらつきや繰り返し精度は同じであることが望ましい。しかしながら、実際は、これらは同じになるとは限らず、むしろ異なることが多い。特に、検量線の直線性、検量線の傾き、Ｃｑ値ばらつきが重要と言われることからわかるように、Ｃｑ値は絶対比較する値としては用いられず、あくまでも相対比較される値として取り扱われている。その要因は、検量線を得るための核酸を正確な量で作成できないことや、適切に配置できないことにある。また、装置の温度ばらつきや光検出側のばらつき、試薬の製造ばらつきも主な要因となる。このように、多くの要因のためにＣｑ値のばらつきが生じることからＣｑ値は相対値として扱われていた。従って、同じ装置の校正前後でＣｑ値がずれても特段問題にならず許容されていた。
　上記のように、ＰＣＲの測定結果として得られるＣｑ値にはばらつきが生じる。そのため、ＰＣＲの測定結果を、同じ装置の過去の測定結果又は他の検査装置の測定結果と単純に比較することができない。よって、１回の測定結果から、その測定結果が得られた検査装置が正常であるかどうかの判断が困難な場合があった。
　本発明は、ＰＣＲ検査を行う検査装置の正常性の判断に有用な情報を提供することができる情報提供装置、情報提供システム、情報提供方法及びプログラムを提供することを目的とする。
　本発明の一態様の情報提供装置は、既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する標準デバイスに対して検査装置がＰＣＲ（polymerase chain reaction）検査を行って得られた前記ウェルのＣｑ値を示す検査結果データを取得する取得部と、評価対象の前記検査結果データである評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する情報出力部と、を備える。
　本実施形態によれば、ＰＣＲ検査を行う検査装置の正常性の判断に有用な情報を提供することが可能となる。
本発明の一実施形態による情報提供システムの全体構成を示す図である。 同実施形態による標準プレートの例を示す図である。 同実施形態による標準プレートのウェルに配された鋳型核酸のコピー数の例を示す図である。 同実施形態による情報提供装置の構成を示すブロック図である。 同実施形態による情報提供装置の検査結果データ受信処理の動作を示すフロー図である。 同実施形態による情報提供装置の分析処理の動作を示すフロー図である。 同実施形態によるＬＯＤ及びＬＯＱの算出方法を説明するための図である。 同実施形態による分析結果情報の表示例を示す図である。 同実施形態による分析結果情報の表示例を示す図である。 同実施形態による検査結果データと分析情報の例を示す図である。 同実施形態による検査結果データと分析情報の例を示す図である。 同実施形態による検査結果データと分析情報の例を示す図である。 同実施形態による検査結果データと分析情報の例を示す図である。 同実施形態によるＣｑ値分布の比較の例を示す図である。 同実施形態によるＣｑ値分布の比較の例を示す図である。 同実施形態による情報提供装置のハードウェア構成を示す図である。
　以下、場合により図面を参照しつつ、本発明の実施形態について詳細に説明する。
　図１は、本発明の一実施形態による情報提供システム１の全体構成を示す図である。情報提供システム１は、情報提供装置２と、端末装置３と、検査装置４とを有する。情報提供装置２と端末装置３とはネットワーク９を介して接続される。ネットワーク９は、例えば、インターネットなどの公衆網である。ネットワーク９は、専用線やＬＡＮ（Local Area Network）などの私設網でもよく、公衆網と私設網の組み合わせでもよい。検査装置４は、端末装置３と接続される。なお、端末装置３と検査装置４とが、ネットワーク９を介して接続されてもよい。また、端末装置３と検査装置４とは統合された一台の装置であってもよい。また、検査装置４は、端末装置３と接続されていなくてもよい。また、情報提供装置２が直接又はネットワーク９を介して検査装置４と接続されてもよい。また、情報提供装置２は、スタンドアローンでもよい。この場合、情報提供装置２は、端末装置３及び検査装置４と接続されなくてもよい。
　例えば、ＰＣＲ検査における標準物質を提供する企業が情報提供装置２を有し、ＰＣＲ検査を実施する施設Ａ、Ｂ、Ｃ、…が端末装置３及び検査装置４を有する。各施設が有する端末装置３及び検査装置４の台数は任意である。施設の例は、企業、検査機関、医療機関などであるが、これらに限定されない。施設は、その施設の組織又は地域ごとに端末装置３又は検査装置４を有してもよい。また、ＰＣＲ検査を実施する施設が、情報提供システム１又は情報提供装置２を有してもよい。
　情報提供装置２は、検査装置４が標準プレートに対してｑＰＣＲ（リアルタイムＰＣＲ）検査を行って得られた検査結果データを端末装置３から受信するなどして取得する。標準プレートは、既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する。情報提供装置２は、取得した検査結果データを用いて分析を行って得られた分析結果情報を出力することにより、検査装置４の正常性の判断に有用な情報を提供する。分析結果情報は、対比情報を含む。評価対象の検査結果データを、評価対象データと記載する。対比情報は、評価対象データから得られる情報と、評価対象データとは異なる１以上の検査結果データから得られる情報との対比により得られる。対比情報は、評価対象データから得られる情報や、評価対象データと対比した検査結果データから得られる情報を含む。また、対比情報は、評価対象データが得られた検査装置４が正常であるか否の情報と、評価対象データが得られた検査装置４において正常な又は異常なＣｑ値が得られたウェルの情報とを含む。以下では、評価対象データと対比する検査結果データを対比データと記載する。
　端末装置３は、例えば、パーソナルコンピュータ、タブレット端末、スマートフォンなどのコンピュータ装置である。端末装置３は、ネットワーク９を介して情報提供装置２と通信する。端末装置３は、検査装置４が標準プレートに対してｑＰＣＲ検査を行って得られた検査結果データを取得し、取得した検査結果データを情報提供装置２に送信する。端末装置３は、情報提供装置２が出力した分析結果情報を受信する。
　検査装置４は、リアルタイムＰＣＲ検査を行う装置である。リアルタイムＰＣＲは、ｑＰＣＲ（定量ＰＣＲ）の一種である。リアルタイムＰＣＲは、ＰＣＲによる増幅を経時的（リアルタイム）に測定し、測定により得られた増幅率に基づいて鋳型核酸を定量する。鋳型核酸は、少なくともプライマー領域の塩基配列が決まっている核酸である。核酸は、例えば、ＤＮＡ（デオキシリボ核酸）、ＲＮＡ（リボ核酸）、ｃＤＮＡ（相補的ＤＮＡ）等であるが、これらに限定されない。
　標準プレートは、特定のコピー数の鋳型核酸を配した複数のウェルを有するデバイスである。標準プレートは、標準デバイスの一例である。標準プレートのウェルには、鋳型核酸に加えて、プライマー、増幅試薬、蛍光プローブなどの試薬が配されてもよい。情報提供装置２が受信する検査結果データは、標準プレートの各ウェルそれぞれについて測定されたＣｑ値を示す。Ｃｑ値は、Ｃｔ値（Threshold Cycle）と同義である。Ｃｑ値は、一定の増幅産物量になるＰＣＲサイクル数を意味する。Ｃｑ値が小さいことは鋳型核酸量が多いことを示し、Ｃｑ値が大きいことは鋳型核酸量が少ないことを示す。
　ｑＰＣＲ検査には、核酸の抽出、抽出液及び増幅試薬の添加、核酸の増幅、データ解析の段階がある。情報提供装置２は、標準プレートを用いて検査装置４がｑＰＣＲ検査を行った結果に基づいて、検査装置４の精度管理に有用な情報を提供する。これにより、データ解析の段階における精度を保障することができる。通常は、同じ条件で検体を測定しても検査装置４によってＣｑ値にばらつきがあるため、１回の測定結果からは検査装置４が正常であるかどうかがわかりにくい傾向がある。本実施形態の情報提供装置２は、標準プレートを用いたｑＰＣＲ検査結果を対比することにより、統計的に検査装置４が正常に動作しているかの判断に有用な情報を分析し、分析結果を施設に提供する。施設は、検査装置４が標準プレートに対してｑＰＣＲ検査を行った結果を情報提供装置２に送信することで対比結果が得られる。これにより、施設は、検査装置４の測定系が正常であることを高頻度で確認することが容易になるため、常に信頼のおける測定系による検査が可能となる。また、ｑＰＣＲ検査を行う際に、作業者が標準プレートにプライマー、増幅試薬、蛍光プローブを加える場合、異なる作業者の検査結果データを対比することにより、作業者のスキルを測ることもできる。
　図２は、標準プレート５の例を示す図である。図２（ａ）は、標準プレート５の一例を示す斜視図である。図２（ｂ）は、図２（ａ）のｂ－ｂ’線における矢視断面図である。標準プレート５は、基材５１、基材５１に形成された複数のウェル５２を有している。標準プレート５のウェル５２には、特定の同一のコピー数又は特定の複数種のコピー数の鋳型核酸５４が充填されている。鋳型核酸５４は、ＰＣＲ検査における標準物質である。全ウェル５２に、同一の種類の鋳型核酸５４が配される。同一の種類の鋳型核酸とは、プライマー領域が同一の塩基配列である。鋳型核酸５４は、自然界に存在しない配列の核酸でもよく、自然界に存在する配列の核酸でもよい。
　標準プレート５の全て又は一部のウェル５２に、低コピー数の核酸を配してもよい。低コピー数とは、ポアソンの影響を受け始める２００コピー以下、あるいは、更に影響が大きくなる５０コピー以下である。また、標準プレート５の複数のウェル５２の全て又は一部のウェル５２に、検査装置４に求められる検出感度に対応したコピー数よりも少ないコピー数の鋳型核酸５４を配してもよい。例えば、標準プレート５が９６個のウェル５２を有し、検査装置４に求められる検出感度が２０コピーであるとする。この場合に、９６個の全ウェル５２に１０コピー、２０コピー、又は、５０コピーなどの鋳型核酸５４を配してもよい。あるいは、１６個のウェル５２からなるウェル群ごとに、０、５、１０、２０、４０、８０コピーの鋳型核酸５４を配してもよい。各ウェル５２に、特定の量のプライマーと、特定の量の増幅試薬と、特定の量の蛍光プローブとのうち一以上がさらに充填されてもよい。以下では、全ウェル５２に同一のコピー数の鋳型核酸５４が配されていることを、全面同一コピーとも記載する。また、ウェル５２に配されている鋳型核酸５４のコピー数を、ウェル５２のコピー数とも記載する。
　ウェル５２の開口部は、密閉部材５５で覆われている。また、密閉部材５５と基材５１との間で且つウェル５２の開口部以外の位置に、識別手段５６が配置される。識別手段５６は、例えば、メモリ、ＩＣチップ（Integrated Circuit）、ＲＦＩＤ（Radio Frequency Identification）等である。識別手段５６は、媒体又は基材５１に印刷された文字、バーコード、二次元バーコードでもよい。識別手段５６は、標準プレート５のプレート識別情報やプレート種別情報などを記憶する。プレート識別情報は、個々の標準プレート５を識別する情報である。プレート種別情報は、標準プレート５の種類を示す情報である。標準プレート５の種類により、鋳型核酸５４の種類と、各ウェル５２に配されている鋳型核酸５４のコピー数と、各ウェル５２に配されているプライマーの種類及び量と、各ウェル５２に配されている増幅試薬の種類及び量と、各ウェル５２に配されている蛍光プローブの種類及び量との組み合わせが特定可能である。コピー数は０の場合を含む。プライマーの種類及び量はプライマーなしの場合を含む。増幅試薬の種類及び量は増幅試薬なしの場合を含む。蛍光プローブの種類及び量は蛍光プローブなしの場合を含む。また、プレート識別情報からプレート種別情報が特定可能である。識別手段５６は、プレート種別情報に代えて又は加えて、鋳型核酸５４の種類と、各ウェル５２に配されている鋳型核酸５４のコピー数と、各ウェル５２に配されているプライマーの種類及び量と、各ウェル５２に配されている増幅試薬の種類及び量と、各ウェル５２に配されている蛍光プローブの種類及び量との情報を記憶してもよい。
　標準プレート５を用いることにより、Ｃｑ値の面内分布や全面の正常性の確認、検出感度の確認などを行うことが可能となる。面とは、一つのプレートにおける全ウェルの集合である。また、一部のウェル５２に低コピー数の核酸が配された標準プレート５を用いて測定を行うことにより、検査装置４の精度を確認しやすくなる。いずれの種類の標準プレート５を用いるかは、目的に応じて選択される。
　図３は、標準プレート５の各ウェル５２に配された鋳型核酸５４のコピー数の例を示す図である。図３では、標準プレート５が９６個のウェル５２を有する９６ウェルプレートである場合を示している。各ウェル５２を識別するウェル識別情報は、行記号と列記号との組み合わせにより表される。一番左の列の「Ａ」～「Ｈ」は９６ウェルプレートの行記号を示し、一番上の行の「１」～「１２」は９６ウェルプレートの列記号を示す。Ａ行の全てのウェル５２には、鋳型核酸が配されていない。Ｂ行～Ｈ行の１列目及び７列目には１コピー、２列目及び８列目には５コピー、３列目及び９列目には１０コピー、４列目及び１０列目には２０コピー、５列目及び１１列目には４０コピー、６列目及び１２列目には８０コピーの鋳型核酸が配されている。
　標準プレート技術により、各ウェル５２に正確な量の核酸を配置した標準プレート５の製造が可能となった。また、同じ検査装置４、同じ試薬、同じプライマーを用いて標準プレート５を検査すると同じＣｑ値が得られるならば、Ｃｑ値によってそのいずれかに問題があった場合に異常を見つけやすい。例えば、１コピーがあるＣｑ値を示し、１０コピーが他のあるＣｑ値を示すならば、検査装置４や試薬の違いによる性能比較をより正確に、確実に比較することができる。換言すると、検査装置４や試薬の異常がＣｑ値として現れるため、検査装置４や試薬の精度管理を確実に行うことができるようになる。なお、本実施形態では、標準デバイスが、プレート形状である場合で説明するがこれに限定されない。例えば、標準デバイスは、プレート形状の標準プレート５に代えてチューブ（例えば、８連チューブ）でもよい。また、標準デバイスが有するウェル数も９６個に限られず、例えば、４８個や３８４個などであってもよい。
　そこで、各施設では、情報提供装置２から提供された情報を参照して、同じ検査装置４、同じ機種の検査装置４、又は、機種にかかわらず異なる検査装置４が同じプライマーを用いた際に、所定のコピー数のＣｑ値が決まった値になるよう検査装置４を校正する。あるいは、各施設は、従来の校正のように校正前後でＣｑ値がずれた場合は、情報提供装置２から提供された情報を参照してＣｑ値をオフセットさせる。このようにして、施設は、検査装置４の性能を厳密に管理することが可能となる。
　図４は、情報提供装置２の構成を示すブロック図である。情報提供装置２は、例えば、１台以上のコンピュータ装置により実現される。情報提供装置２は、クラウドのサーバコンピュータでもよい。情報提供装置２は、通信部２１と、記憶部２２と、入力部２３と、表示部２４と、処理部２５とを有する。
　通信部２１は、ネットワーク９を介して他の装置と情報を送受信する。記憶部２２は、検査結果データ及び分析結果情報を含む各種情報を記憶する。記憶部２２は、標準プレート情報をさらに記憶してもよい。標準プレート情報は、プレート識別情報又はプレート種別情報に対応して、全面同一コピーの標準プレート５であるか否かの情報と、鋳型核酸５４の種類と、各ウェル５２に配されている鋳型核酸５４のコピー数と、各ウェル５２に配されているプライマーの種類及び量と、各ウェル５２に配されている増幅試薬の種類及び量と、各ウェル５２に配されている蛍光プローブの種類及び量との情報を含む。なお、各ウェル５２に配されている鋳型核酸５４のコピー数の情報を、全面同一コピーの標準プレート５であるか否かの情報として用いてもよい。入力部２３は、キーボードやマウス、ボタン、タッチパネルなどである。入力部２３は、ユーザー操作による情報の入力を受ける。表示部２４は、情報を表示するディスプレイである。
　処理部２５は、取得部２６と、分析部２７と、情報出力部２８とを有する。取得部２６は、標準プレート５に対して検査装置４がＰＣＲ検査を行って得られた検査結果データを取得し、取得した検査結果データを記憶部２２に書き込む。取得部２６は、ネットワーク９を介して接続される端末装置３から送信された検査結果データを取得する。なお、情報提供装置２は、ネットワーク９を介して接続される検査装置４から送信された検査結果データを取得してもよい。情報提供装置２が端末装置３及び検査装置４と接続されない場合、取得部２６は、検査結果データをコンピュータ読み取り可能な記録媒体などから読み出してもよく、入力部２３により入力された検査結果データを取得してもよい。
　検査結果データには、属性情報が付加されている。属性情報は、検査日時と、ＰＣＲ検査を行った検査装置４の検査装置識別情報と、ＰＣＲ検査を行った検査装置４の機種と、ＰＣＲ検査を行った検査装置４の所有者と、ＰＣＲ検査を行った検査装置４の設置場所と、ＰＣＲ検査を行った作業者と、ＰＣＲ検査に使用された標準プレート５のプレート識別情報と、ＰＣＲ検査に使用された標準プレート５のプレート種別情報と、ＰＣＲ検査を行ったときの測定条件とのうち一以上の情報を含む。属性情報は、プレート種別情報に代えて又は加えて、全面同一コピーの標準プレート５であるか否かの情報と、鋳型核酸５４の種類と、各ウェル５２に配されている鋳型核酸５４のコピー数と、各ウェル５２に配されているプライマーの種類及び量と、各ウェル５２に配されている増幅試薬の種類及び量と、各ウェル５２に配されている蛍光プローブの種類及び量との情報を含んでもよい。属性情報は、標準プレート５の識別手段５６から端末装置３又は検査装置４が備える図示しない読取手段により読み取った情報、検査装置４において生成された情報、端末装置３又は検査装置４に予め記憶されていた情報、若しくは、人手により端末装置３又は検査装置４に入力された情報に基づく。所有者の情報は、施設、施設と組織との組み合わせなどを示す。
　分析部２７は、第一判定部２７１と、読出部２７２と、分析情報取得部２７３と、第二判定部２７４と、対比部２７５とを有する。第一判定部２７１は、取得部２６が取得した検査結果データそれぞれについて、その検査結果データが得られた測定において各ウェル５２が正常であるか異常であるかを判定する。第一判定部２７１は、ウェル正常性情報を検査結果データに対応付けて記憶部２２に書き込む。ウェル正常性情報は、各ウェル５２が正常であるか異常であるかを示す。
　読出部２７２は、評価対象データとして用いる検査結果データと、対比データとして用いる１以上の検査結果データとを記憶部２２から読み出す。対比データは、評価対象データとはＰＣＲ検査が行われたタイミングと、ＰＣＲ検査が行われた検査装置４との一方又は両方が異なる検査結果データである。
　分析情報取得部２７３は、評価対象データ及び対比データのそれぞれに対して、正常性情報により異常が示されるウェル５２のＣｑ値を分析に用いる情報から除く処理を行う。分析情報取得部２７３は、異常が示されるウェル５２のＣｑ値を除いた評価対象データを分析して評価対象データ分析情報を取得し、異常が示されるウェル５２のＣｑ値を除いた対比データを分析して対比データ分析情報を取得する。評価対象データ分析情報及び対比データ分析情報は、例えば、Ｃｑ値の分布、Ｃｑ値の平均、ＬＯＤ（Limit of Detection、検出限界）、ＬＯＱ（Limit of Quantitation、定量下限）、検量線の傾き、検量線の切片などのうち一以上である。Ｃｑ値の分布は、例えば、Ｃｑ値の標準偏差、相対標準偏差又は四分位範囲で表される。評価対象データ分析情報におけるＣｑ値の分布は、全面同一コピーの標準プレート５を用いた場合のＣｑ値の標準偏差、相対標準偏差又は四分位範囲として示される面内分布である。ＬＯＤは、鋳型核酸を検出可能な最小のコピー数であり、ＬＯＱは、Ｃｑ値を測定可能な最小のコピー数である。また、評価対象データ分析情報は、評価対象データのウェル正常性情報を含む。
　第二判定部２７４は、評価対象データ分析情報が示す一以上の情報に基づいて、端末装置３の正常性を判定する。対比部２７５は、評価対象データ分析情報から得られる情報と、対比データ分析情報から得られる情報とを対比して対比情報を得る。対比情報は、対比に用いられた情報に加え、評価対象データが得られた検査装置４が正常であるか否の情報と、評価対象データが得られた検査装置４において正常な又は異常なＣｑ値が得られたウェルの情報とを含み得る。対比情報の取得のために対比に用いる情報は、Ｃｑ値の分布と、Ｃｑ値の平均と、ＬＯＤと、ＬＯＱと、検量線の傾きと、検量線の切片とのうち一以上である。これらの情報を用いて対比することにより、様々な角度から検査装置４の正常性を確認することができる。また、複数の情報を用いて対比を行うことにより、より精度良く正常性を確認することができる。
　情報出力部２８は、分析情報取得部２７３が取得した評価対象データ分析情報及び対比データ分析情報と、第二判定部２７４による正常性の判定結果と、対比部２７５が取得した対比情報とを設定した分析結果情報を生成する。情報出力部２８は、生成した分析結果情報を出力する。出力は、端末装置３などの他の装置への送信、記憶部２２や他の記録媒体への記録、表示部２４への表示、図示しない印刷装置による印刷などを含む。情報出力部２８は、評価対象データとして用いた検査結果データと対応づけて分析結果情報を記憶部２２に書き込む。
　図５は、情報提供装置２による検査結果データ受信処理の動作を示すフロー図である。端末装置３は、検査装置４が標準プレート５に対してＰＣＲ検査を行って得られた検査結果データを情報提供装置２に送信する。検査結果データには、属性情報が付加されている。情報提供装置２は、各検査結果データについて、図５に示す処理を行う。
　情報提供装置２の取得部２６は、通信部２１が端末装置３から受信した検査結果データを取得する（ステップＳ１０５）。取得部２６は、受信した検査結果データに受信時刻情報を対応付けて記憶部２２に書き込む（ステップＳ１１０）。受信時刻情報は、情報提供装置２が検査結果データを受信した時刻を示す。第一判定部２７１は、検査結果データに付加されている属性情報に基づいて、全面同一コピーの標準プレート５が使用されたか否かを判定する（ステップＳ１１５）。第一判定部２７１は、全面同一コピーの標準プレート５が使用されていないと判定した場合（ステップＳ１１５：ＮＯ）、処理を終了する。
　一方、第一判定部２７１は、全面同一コピーの標準プレート５が使用されたと判定した場合（ステップＳ１１５：ＹＥＳ）、検査結果データからＣｑ値の面内分布を得る（ステップＳ１２０）。第一判定部２７１は、Ｃｑ値の面内分布と、各ウェル５２のＣｑ値とを対比して、各ウェル５２の正常性を判定する（ステップＳ１２５）。Ｃｑ値の面内分布が、全ウェル５２のＣｑ値から得られた標準偏差σである場合、第一判定部２７１は、所定のしきい値より大きな標準偏差のＣｑ値が得られたウェル５２を異常と判定する。所定のしきい値の例は、σ、２σ、３σなどであるが、これらに限定されない。また、Ｃｑ値の面内分布が、全ウェル５２のＣｑ値から得られた四分位範囲である場合、第一判定部２７１は、四分位範囲から所定以上乖離したＣｑ値が得られたウェル５２を異常と判定する。第一判定部２７１は、異常と判定されなかったウェル５２については、正常と判定する。第一判定部２７１は、ステップＳ１１０において記憶部２２に書き込んだ検査結果データに対応付けてウェル正常性情報を書き込む（ステップＳ１３０）。ウェル正常性情報は、正常なウェル５２のウェル識別情報と、異常なウェル５２のウェル識別情報との一方又は両方を示す。
　周辺のウェル５２のＣｑ値が正常であり、一部のウェル５２だけＣｑ値が異常である場合は、検査装置４の異常ではなく、異物や気泡による影響の可能性が否定できない。そこで、異常なＣｑ値のウェル５２を分析に使用しないために、検査結果データにウェル正常性情報を付加しておく。
　なお、第一判定部２７１は、全面同一コピーの標準プレート５が使用されていない場合、検査結果データに付加されている属性情報に基づいて各ウェル５２のコピー数の情報を取得し、同じコピー数のウェル群ごとにステップＳ１２０及びステップＳ１２５の処理を行ってもよい。
　図６は、情報提供装置２による分析処理の動作を示すフロー図である。分析処理は、例えば、図５の処理が行われた後に続けて、入力部２３により指示が入力された場合に、あるいは、所定の期間毎に行われる。
　読出部２７２は、記憶部２２に記憶されている検査結果データの中から一つを評価対象データとして読み出す（ステップＳ２０５）。例えば、読出部２７２は、図５の処理において新たに記憶部２２に書き込まれた検査結果データ、又は、入力部２３により指定された検査結果データを評価対象データとして読み出す。あるいは、読出部２７２は、予め決められた又は入力部２３により入力された評価対象データ選択条件に合致する検査結果データを評価対象データとして読み出してもよく、まだ評価対象データとして選択していない検査結果データを読み出してもよい。読み出された検査結果データが複数ある場合、分析部２７は、それらの中から入力部２３により指定された検査結果データを評価対象データとしてもよく、それら複数の検査結果データそれぞれについてステップＳ２１０以下の処理を行ってもよい。また、読出部２７２は、施設が選択した評価対象データ選択条件を端末装置３から受信してもよい。以下では、評価対象データが得られた検査装置４を、評価対象検査装置と記載する。
　分析情報取得部２７３は、評価対象データに付加されているウェル正常性情報により異常が示されるウェル５２を除いて、その評価対象データから各ウェル５２のＣｑ値を読み出す（ステップＳ２１０）。分析情報取得部２７３は、各ウェル５２のＣｑ値及びコピー数の情報に基づいて評価対象データ分析情報を取得する（ステップＳ２１５）。具体的には、分析情報取得部２７３は、評価対象データに付加されている属性情報に基づいて各ウェル５２のコピー数の情報を読み出す。分析情報取得部２７３は、ステップＳ２１０において読み出した各ウェル５２のＣｑ値と、読み出したコピー数の情報とに基づいて、Ｃｑ値の面内分布、全面又はコピー数ごとのＣｑ値の平均、コピー数ごとのＣｑ値の分布、ＬＯＤ、ＬＯＱ、検量線の傾き及び検量線の切片のうち一以上の分析項目の値を評価対象データ分析情報として算出する。Ｃｑ値の面内分布及び全面のＣｑ値の平均は、全面同一コピーの標準プレート５が用いられた場合に算出される。コピー数ごとのＣｑ値の平均、コピー数ごとのＣｑ値の分布、ＬＯＤ、ＬＯＱ、検量線の傾き及び検量線の切片は、全面同一コピーではない標準プレート５が用いられた場合に算出される。全面同一コピーではない標準プレート５は、複数種のコピー数のウェル５２を有する標準プレート５である。Ｃｑ値の面内分布や、コピー数ごとの分布は、標準偏差や相対標準偏差、四分位範囲で表される。検量線は、コピー数とＣｑ値との関係を表す直線である。なお、ＬＯＤ及びＬＯＱの算出の例は図７を用いて後述する。
　また、分析情報取得部２７３は、評価対象データの正常性情報と、ステップＳ２１０において読み出された各ウェル５２のＣｑ値とを評価対象データ分析情報に加える。さらに、分析情報取得部２７３は、過去の検査結果データから得られるウェル異常情報を評価対象データ分析情報に加えてもよい。この場合、分析情報取得部２７３は、評価対象データの属性情報と同じ検査装置識別情報が設定されている過去の検査結果データから正常性情報を読み出す。分析情報取得部２７３は、評価対象データに設定されている正常性情報と、読み出した過去の正常性情報とに基づいて、所定以上の頻度で異常と判定されたウェル５２を特定する。分析情報取得部２７３は、特定したウェル５２のウェル識別情報を設定したウェル異常情報を評価対象データ分析情報に加える。
　第二判定部２７４は、評価対象データ分析情報に基づいて、端末装置３の正常性を判定する（ステップＳ２２０）。例えば、第二判定部２７４は、評価対象データ分析情報の各分析項目の値が、正常な範囲に含まれるか否かを判定する。各分析項目の正常な範囲は、例えば、鋳型核酸５４の種類及びコピー数と、試薬（プライマー、増幅試薬、蛍光プローブ）の種類及び量と、測定条件とに応じて予め記憶部２２に格納される。例えば、第二判定部２７４は、０コピーのウェル５２ではＣｑ値が検出されない場合に正常と判定してもよい。
　読出部２７２は、記憶部２２に記憶されている検査結果データに付加されている属性情報に基づいて、対比データ選択条件に合致する一以上の検査結果データを対比データとして読み出す（ステップＳ２２５）。対比データ選択条件は、少なくとも、評価対象データの属性情報が示す鋳型核酸の種類及びコピー数が同じことを条件に含む。さらに、対比データ選択条件は、試薬（プライマー、増幅試薬、蛍光プローブ）の種類及び量と、測定条件と、検査日時と、検査装置識別情報と、所有者と、設置場所と、機種と、作業者と、受信時刻とのうち一以上の情報を含んでもよい。鋳型核酸の種類及びコピー数と、試薬の種類及び量とは、プレート識別情報やプレート種別情報により示されてもよい。対比データ選択条件は、入力部２３により入力されてもよく、評価対象データの属性情報に含まれる一部の情報に対応して予め記憶部２２に登録されていてもよい。あるいは、読出部２７２は、施設において選択された対比データ選択条件を端末装置３から受信してもよい。
　評価対象データ及び対比データとして、評価対象検査装置の検査日時が異なる検査結果データを用いることにより、経時的な変化によって性能が劣化していないかを判断可能な対比情報を得ることができる。この場合、対比データ選択条件は、鋳型核酸の種類及びコピー数と、試薬の種類及び量と、測定条件と、検査装置識別情報とが評価対象データと同じであり、かつ、評価対象データの検査日時よりも前の検査日時であるという条件を含む。
　また、評価対象データ及び対比データとして、評価対象検査装置の移設前後又は校正前後の検査結果データを用いることにより、例えば、移設又は校正されてから性能が劣化していないかを判断可能な対比情報を得ることができる。この場合、評価対象データの検査日時は、移設後又は校正後の日時である。対比データ選択条件は、鋳型核酸の種類及びコピー数と、試薬の種類及び量と、測定条件と、検査装置識別情報とが評価対象データと同じであり、かつ、移設された又は校正された日時以前の検査日時であるという条件を含む。
　また、評価対象検査装置と同じ機種の他の検査装置４と比較した性能を判断するための対比情報を得る場合、対比データ選択条件は、鋳型核酸の種類及びコピー数と、試薬の種類及び量と、測定条件と、検査装置４の機種とが評価対象データと同じであり、検査装置識別情報が評価対象データと異なるという条件を含む。また、評価対象検査装置と他の施設の検査装置４と比較した性能を判断するための対比情報を得る場合、対比データ選択条件は、鋳型核酸の種類及びコピー数と、試薬の種類及び量と、測定条件と、検査装置４の機種とが評価対象データと同じであり、施設が評価対象データと異なるという条件を含む。
　また、作業者のスキルを判断するための対比情報を得る場合、対比データ選択条件は、鋳型核酸の種類及びコピー数と、試薬の種類及び量と、測定条件と、検査装置４の検査装置識別情報又は機種とが評価対象データと同じであり、作業者が評価対象データと異なるという条件を含む。
　上記のように、対比データ選択条件を適切に設定することにより、評価対象データと検査装置４、検査装置４の機種、施設、部署（施設内の組織）、作業者、増幅試薬が同じ又は異なる検査結果データを対比データとすることができる。また、検査装置４の移設の前後の検査結果データ、所定期間内にＰＣＲ検査を行った検査結果データ、特定の標準プレートについてＰＣＲ検査を行った検査結果データを評価対象データ及び対比データに用いることもできる。これにより、校正から時間が経過したことにより検査装置４の性能が劣化していないか、検査装置４の移設の前後で性能に変化がないか、ある施設の検査装置４の性能は他の施設の検査装置４と比較してどうであるか、作業者のスキルはどうかなど、目的に応じて評価対象データ及び対比データを選択して、対比を行うことができる。
　続いて、分析情報取得部２７３は、対比データのそれぞれから、異常なウェル５２のＣｑ値を除いて各ウェル５２のＣｑ値を読み出す（ステップＳ２３０）。分析情報取得部２７３は、ステップＳ２３０において読み出した各対比データの各ウェル５２のＣｑ値と、各対比データの各ウェル５２のコピー数との情報に基づいて対比データ分析情報を取得する（ステップＳ２３５）。具体的には、分析情報取得部２７３は、対比データに付加されている属性情報に基づいて各ウェル５２のコピー数の情報を読み出す。分析情報取得部２７３は、ステップＳ２３０において読み出したＣｑ値、コピー数ごとの全対比データのＣｑ値の分布、コピー数ごとの各対比データ及び全対比データのＣｑ値の平均、各対比データのＬＯＤ、各対比データのＬＯＱ、各対比データの検量線の傾き、各対比データの検量線の切片のうち一以上を対比データ分析情報として算出する。なお、分析情報取得部２７３は、これらの情報を、対比データに対応して記憶部２２に記憶されている分析結果情報に基づいて取得してもよい。また、分析情報取得部２７３は、各対比データに対応した分析結果情報から得られる情報を対比データ分析情報に含めてもよい。
　対比部２７５は、評価対象データ分析情報と対比データ分析情報とを対比して対比情報を得る（ステップＳ２４０）。対比に用いられる対比項目は、ウェルのＣｑ値と、Ｃｑ値の分布と、Ｃｑ値の平均と、ＬＯＤと、ＬＯＱと、検量線の傾きと、検量線の切片とのうち一以上の情報である。なお、対比部２７５は、評価対象データが全面同一コピーの標準プレート５を用いたか否かによって、対比項目を選択してもよい。
　例えば、対比部２７５は、評価対象データ分析情報から得られる対比項目の値と、対比データ分析情報から得られる対比項目の値又は対比項目の値の平均との乖離を算出する。あるいは、対比部２７５は、評価対象データ分析情報から得られる項目の値が、対比データ分析情報から得られる対比項目の値の分布においてどこに位置するかを算出する。対比データ選択条件に、試薬の種類及び量と、測定条件とが評価対象データと同じであるという条件が含まれる場合、対比部２７５は、さらに、これらの算出結果に基づいて、評価対象検査装置が正常であるか異常であるかを判定する。
　対比項目の値がコピー数ＮのＣｑ値の平均であるとする。Ｎは、ＬＯＱ以上の数であることが望ましい。対比部２７５は、評価対象データにおけるコピー数ＮのＣｑ値の平均と、全対比データのコピー数ＮのＣｑ値の平均との乖離を算出する。対比部２７５は、乖離が所定のしきい値以下である場合に評価対象検査装置は正常であると判定し、しきい値より大きい場合に評価対象検査装置は異常であると判定する。あるいは、対比部２７５は、評価対象データにおけるコピー数ＮのＣｑ値の平均が、全対比データにおけるコピー数ＮのＣｑ値の平均±標準偏差σ内に含まれる場合に評価対象検査装置は正常であると判定し、含まれない場合に評価対象検査装置は異常であると判定する。また、対比部２７５は、評価対象データにおけるコピー数ＮのＣｑ値の平均が、全対比データにおけるコピー数ＮのＣｑ値の四分位範囲に含まれている場合に評価対象検査装置は正常であると判定し、含まれていない場合に評価対象検査装置は異常であると判定してもよい。
　対比項目の値がコピー数ＮのウェルのＣｑ値であるとする。対比部２７５は、評価対象データ分析情報のコピー数Ｎの各ウェルのＣｑ値全てが、全対比データにおけるコピー数Ｎの全ウェルのＣｑ値の平均±標準偏差σ内に含まれる場合に評価対象検査装置は正常であると判定し、含まれない場合に評価対象検査装置は異常であると判定する。あるいは、対比部２７５は、評価対象データのコピー数Ｎの各ウェルのＣｑ値の集合と、全対比データにおけるコピー数Ｎの各ウェルのＣｑ値の集合とに有意差検定を行う。対比部２７５は、有意差がない場合に評価対象検査装置は正常であると判定し、有意差がある場合に評価対象検査装置は異常であると判定する。
　対比項目の値がコピー数ＮのウェルのＣｑ値の標準偏差（分布）であるとする。対比部２７５は、評価対象データのコピー数ＮのウェルのＣｑ値の標準偏差と、全対比データにおけるコピー数ＮのウェルのＣｑ値の標準偏差との差分を算出する。対比部２７５は、差分が所定のしきい値以内である場合に評価対象検査装置は正常であると判定し、差分が所定のしきい値より大きい場合に評価対象検査装置は異常であると判定する。
　対比項目の値がＬＯＤであるとする。対比部２７５は、評価対象データにおけるＬＯＤと、全対比データのＬＯＤの平均との乖離を算出する。対比部２７５は、乖離が所定のしきい値以下である場合に評価対象検査装置は正常であると判定し、しきい値より大きい場合に評価対象検査装置は異常であると判定する。あるいは、対比部２７５は、評価対象データにおけるＬＯＤが、全対比データにおけるＬＯＤの平均±標準偏差σ内に含まれる場合に評価対象検査装置は正常であると判定し、含まれない場合に評価対象検査装置は異常であると判定する。また、対比部２７５は、評価対象データにおけるＬＯＤが、全対比データにおけるＬＯＤの四分位範囲に含まれている場合に評価対象検査装置は正常であると判定し、含まれていない場合に評価対象検査装置は異常であると判定してもよい。対比部２７５は、対比項目がＬＯＱ、検量線の傾き、検量線の切片である場合も同様に判定を行う。
　なお、複数の対比項目を用いる場合、対比部２７５は、それぞれの対比項目について評価対象検査装置が正常であるか異常であるかの判定を行い、いずれか、又は、２以上の所定数以上の対比項目について評価対象検査装置が異常であると判定された場合に、評価対象検査装置が異常であるとの最終判定を行ってもよい。複数の対比項目を用いることにより、様々な角度から検査装置４の正常性を確認することができるため、より精度良く検査装置４の正常性を確認することができる。対比部２７５は、対比情報に、評価対象データ分析情報から得られた対比項目の値と、対比に用いた対比データ分析情報の対比項目の値、その値の平均、又は、その値の分布と、対比により判定した評価対象検査装置が正常であるか否かの情報を設定した対比情報を生成する。
　情報出力部２８は、対比部２７５が生成した対比情報と、分析情報取得部２７３が生成した評価対象データ分析情報及び対比データ分析情報と、対比データ選択条件とを含む分析結果情報を出力する（ステップＳ２４５）。すなわち、情報出力部２８は、評価対象データに対応付けて分析結果情報を記憶部２２に書き込む。このとき、情報出力部２８は、対比データとして用いた検査結果データを特定する情報を分析結果情報に付加して記憶部２２に書き込んでもよい。また、情報出力部２８は、分析結果情報と、評価対象データと、評価対象データの属性情報とを含む分析結果通知情報を生成する。情報出力部２８は、鋳型核酸５４の種類、評価対象データが測定に用いた標準プレート５の各ウェル５２のコピー数、試薬の種類及び量と、対比データの属性情報から得られる情報をさらに分析結果通知情報に設定してもよい。分析結果通知情報は、分析結果情報をグラフや表により表示する表示データを含んでもよい。例えば、表示データは、評価対象データ分析情報から得られた分析項目の値と、対比に用いた対比データ分析情報の分析項目の値やその分布とを同じグラフ上に表示したり、表に並べて表示する。情報出力部２８は、評価対象データの属性情報により特定される施設の端末装置３に分析結果通知情報を送信する。端末装置３は、受信した分析結果通知情報を記憶し、ディスプレイに表示する。
　施設では、端末装置３が受信した分析結果通知情報を参照して、同じ検査装置４、同じ試薬、同じプライマーを用いた際に所定のコピー数のＣｑ値が決まった値になるように、評価対象検査装置を校正する。例えば、評価対象データ分析情報及び対比データ分析情報が示す評価対象検査装置と他の検査装置４との間のＣｑ値の平均の差分等の情報を、評価対象検査装置の校正に使用する。あるいは、各施設は、従来の校正のように校正前後でＣｑ値がずれた場合は、提供された情報を参照して評価対象検査装置の検査結果が示すＣｑ値をオフセットさせる。あるいは、情報提供装置２の情報出力部２８は、分析結果情報や分析結果通知情報を印刷するか表示部２４に表示するなどして出力してもよく、検査装置４の保守を行う企業の図示しない端末装置に出力してもよい。保守を行う企業の作業員は、出力された分析結果情報や分析結果通知情報を確認しながら、施設において評価対象検査装置の校正やオフセットを行う。このようにして、検査装置４の性能を厳密に管理することが可能となる。施設は、ウェル正常性情報により異常であることが示されるウェルについては清掃等の処理を行う。また、施設は、対比情報が異常を示している場合、ヒートブロック、ランプ、検出系の校正を行う。
　上記のように、情報提供装置２が生成する対比情報により、異なる施設の検査結果やある測定系の性能差、同じ施設内での検査結果やある測定系の性能差をより正確に比較できるため、検査装置４や試薬の不具合をより簡単に発見できる。また、同じ検査装置４により過去に取得した複数のデータを用いて、現在の検査装置４の不具合を把握することや、複数施設で取得した複数のデータを用いて、各施設の検査装置４の正常具合を判断することもできる。
　なお、端末装置３は、検査結果データに除外ウェル情報を付加して情報提供装置２に送信してもよい。除外ウェル情報は、分析に使用しないウェル５２の情報を示す。この場合、分析情報取得部２７３は、ステップＳ２１０において、除外ウェル情報で示されるウェル５２をさらに除いて、評価対象データから各ウェル５２のＣｑ値を読み出す。評価対象データから除くウェル５２は、評価対象検査装置の過去の検査結果データに付加されているウェル正常性情報やウェル異常情報により異常が示されるウェルでもよい。この場合、検査装置４は、除外ウェル情報として、過去の検査結果データを特定する情報を用いることができる。
　なお、情報提供装置２は、複数の異なる対比データ選択条件のそれぞれにより選択した対比データ群ごとに、ステップＳ２２５～ステップＳ２４０の処理を行ってもよい。また、情報提供装置２は、図５のステップＳ１１５においてＮＯと判定した後、又は、ステップＳ１３０の処理の後に、検査結果データに対して図５のステップＳ２１０～ステップＳ２２０の処理を行い、ステップＳ２１５の処理により得られた評価対象データ分析情報と、ステップＳ２２０の処理により得られた判定結果とを、検査結果データに付加して記憶部２２に書き込んでもよい。
　図７は、ＬＯＤ及びＬＯＱの算出方法を説明するための図である。ＬＯＱの検出方法は、例えば、参考文献「A. Forootan, et al., "Methods to determine limit of detection and limit of quantification in quantitative real-time PCR (qPCR)," Biomolecular Detection and Quantification, Volume 12, June 2017, Pages 1-6」に記載されている。図７（ａ）は、コピー数とＣＶ値との関係を示すグラフである。図７（ｂ）は、コピー数と、ＣＶ値、検出率及びＵＤ数との関係を示す図である。各コピー数のウェルの数は、Ｌｅ１遺伝子　２測定分の２４である。ＵＤとは、Ｃｑ値が検出されなかったことを示す。図７に示すＣＶ値は、参考文献によれば、以下の式（１）のように算出される。なお、ＳＤＣｑは、Ｃｑ値の標準偏差であり、ＥはｑＰＣＲ効率である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000001
　分析情報取得部２７３は、非検出となるウェル５２の数が所定以下の最小のコピー数をＬＯＤと判定する。また、分析情報取得部２７３は、式（１）により算出されたＣＶの値が所定以下の最小コピー数をＬＯＱとする。参考文献では、非検出となるウェル５２の数が０、すなわち、検出率が１００％の最小コピー数をＬＯＤとし、ＣＶ値が３５％以下の最小コピー数をＬＯＱとしている。図７の場合、分析情報取得部２７３は、検出率が１００％の最小コピー数「２」をＬＯＤと判定し、ＣＶが３５％以下となる最小コピー数「８」をＬＯＱと判定する。
　図８及び図９は、分析結果情報の表示例を示す図である。図８に示すグラフは、評価対象データが示すＣｑ値の面内分布を示す。図９に示すグラフは、評価対象検査装置のＣｑ値の分布の時系列変化を示す。１０月のＣｑ値の分布は、評価対象データ分析情報により得られる。また、１月から９月の各月のＣｑ値の分布は、評価対象検査装置の各月の検査結果データをそれぞれ対比データとした対比データ分析情報により得られる。
　各施設は、既知のコピー数の鋳型核酸、プライマー、増幅試薬、蛍光プローブが各ウェル５２にセットされた標準プレート５を用いて所定期間毎に検査装置４により検査を行った結果を情報提供装置２に送信するのみで、面内分布の確認や、月ごとの機器精度管理に有用な情報のフィードバックを受けることが可能となる。
　続いて、情報提供システム１の適用例について説明する。
（検出感度の確認）
　ここでは、検査装置４のパフォーマンスとして、検出感度の確認を行う例を説明する。検出感度の確認は、施設の装置管理者などのユーザーが、検査装置４の定期的な精度管理時、検査装置４の導入時、検査装置４の移設前後などに行う。検出感度の確認を行う際には、先に面内分布の確認後を行うことが望ましい。面内分布を事前確認し、正常であった場合は全てのウェルを使用することが保証され、異常なウェルがあった場合は、その異常なウェルを除いて検出感度を求めることができる等、より精確な検出感度の情報を得ることができる。
　面内分布が正常であることを確認するために、自然界にない配列を有する特定の低コピー数の標準物質を全てのウェル５２に配した全面コピーの標準プレート５を用いる。標準プレート５の全面に配置するコピー数は、自然界にない配列を有した際の最高性能である２コピー、検出感度付近である１０コピー、より確実な反応を見たいときには５０コピー等、目的に応じたものとする。目的に応じたコピー数の標準プレート５を用いて、面内分布、全面の正常性、又は、検出有無を確認する。
　例えば、２０コピーから検出が求められる場合、全面１０コピーを配した標準プレート５を用いて検査装置４がｑＰＣＲ検査を行った検査結果データを評価対象データとして情報提供装置２が分析を行って得られた面内分布や全面の正常性、検出有無を確認することが望ましい。全面の正常性、検出有無のみ確認したいときには、５コピーや２コピーの鋳型核酸５４を配した標準プレート５を測定した検査結果データを評価対象データとしてもよい。
　図１０は、全面１０コピーの標準プレート５を用いて検査装置４がｑＰＣＲ検査を行った検査結果データとその分析情報の例を示す図である。全面１０コピーとは、全ウェル５２に１０コピーの鋳型核酸５４を配したことを示す。図１０（ａ）は、検査結果データを示し、図１０（ｂ）は、図１０（ａ）に示す検査結果データから得られた分析情報を示す。検査結果データは、各ウェル５２のＣｑ値を示す。分析情報は、鋳型核酸５４のコピー数、Ｃｑ値の平均（Ｃｑ　Ａｖｅ）、Ｃｑ値の標準偏差（σ）、Ｃｑ値の相対標準偏差（ＲＳＤ）、最小Ｃｑ値と最大Ｃｑ値との差（ΔＣｑ）、最大Ｃｑ値（Ｍａｘ）、最小Ｃｑ値（Ｍｉｎ）、ＵＤ数及び検出率を示す。ＵＤ数とは、Ｃｑ値が検出されなかったウェル５２の数である。検出率とは、Ｃｑ値が検出されたウェル５２の割合である。
　図１１は、図１０が得られた２か月後に、図１０と同条件により同じ検査装置４がｑＰＣＲ検査を行った検査結果データとその分析情報の例を示す図である。図１１（ａ）は検査結果データを示し、図１１（ｂ）は、図１１（ａ）に示す検査結果データ得られた分析情報を示す。
　図１１（ａ）を評価対象データ、図１１（ｂ）を評価対象データ分析情報とし、図１０（ａ）を対比データ、図１０（ｂ）を対比データ分析情報とする。第二判定部２７４は、図１１（ｂ）の評価対象データ分析情報から得られるＣｑ値の平均が所定の範囲内（例えば、３５±０．５）であり、Ｃｑ値の標準偏差が所定の範囲内（例えば、σ＜０．６）であり、最小Ｃｑ値と最大Ｃｑ値との差が所定範囲内（例えば、ΔＣｑ＜２．０）であると判定する。第二判定部２７４は、異常なＣｑ値を示すウェル５２がなく、また、ＵＤ数も０であるため、全ウェル５２は正常と判断する。また、対比部２７５は、図１１（ｂ）の評価対象データ分析情報と図１０（ｂ）の対比データ分析情報を比較し、評価対象データ分析情報は２か月前の対比データから得られた対比データ分析情報と同程度の精度であると判定する。
　上記のように、情報提供装置２は、標準プレート５の全面の検出有無を確認すると共に、Ｃｑ値の分布、平均及び標準偏差を管理値として用い、現在のＣｑ値の分布、平均、標準偏差を、これまでのＣｑ値の分布、平均、標準偏差と比較し、現在の検査装置４の状態の正常性を確認することができる。また、自然界に存在しない配列の鋳型核酸の標準プレート５を使用することで、コンタミネーションのリスクを低減する効果も期待できる。
　次に、施設は、自然界にない配列（人工配列）の鋳型核酸が配された標準プレート５を用いて、検査装置４の検出感度の状態を確認する。検査装置４は、図３に示す標準プレート５を用いてｑＰＣＲ検査を実施する。この標準プレート５の９６個のウェル５２には、コピー数が０、１、５、１０、２０、４０、８０の鋳型核酸が配されている。
　図１２は、図１０が得られた後に、図３のように鋳型核酸が配された標準プレート５を用いて検査装置４がｑＰＣＲ検査を行った検査結果データとその分析情報の例を示す図である。図１２（ａ）は、検査結果データを示し、図１２（ｂ）及び図１２（ｃ）は、図１２（ａ）に示す検査結果データから得られる分析情報を示す。図１２（ｂ）は、図１０（ｂ）及び図１１（ｂ）と同じ分析項目の情報を示す。図１２（ｃ）は、検量線と、決定係数Ｒ２と、増幅効率とを示す。
　図１３は、図１１が得られた後に、図１２と同条件により同じ検査装置４がｑＰＣＲ検査を行った検査結果データとその分析情報の例を示す図である。図１３（ａ）は検査結果データを示し、図１３（ｂ）及び図１３（ｃ）は、図１３（ａ）に示す検査結果データから得られる分析情報を示す。図１３（ｂ）は、図１２（ｂ）と同じ分析項目の情報を含み、図１３（ｃ）は、図１２（ｃ）と同じ分析項目を示す。
　事前に全面のＣｑ値分布に問題ないことが確認されているため、全てのウェル５２のデータを評価に使用することができる。情報提供装置２の第二判定部２７４は、０コピーが増幅しないことで試験が成立していると判定する。また、分析情報取得部２７３は、５コピー以上で検出率が１００％であることから検出感度は５コピーからであると判定する。さらに、第二判定部２７４は、検出感度に加えて、検量線の傾き及び切片（切片は１コピーのときのＣｑ値である）の値が所定の範囲内であることを判定する。そして、対比部２７５は、検量線の傾き及び切片の値を、これまでの検査結果データである対比データの検量線の傾き及び切片の値と対比することで、現在の検査装置４の状態及びパフォーマンスが正常かどうかを判断する。これにより、施設は、正常な状態を管理した検査装置４を用いて、通常の試験、検査を実施することができる。なお、面内分布の確認、検出感度等の状態を確認するための標準プレートには、これまでのデータと比較することができれば、自然界の配列の鋳型核酸を用いてもよい。
（検査装置４の状態確認）
　ここでは、検査装置４がｑＰＣＲ／ＰＣＲにおいて９６ウェル全てを正常に測定できるかを確認することにより、検査装置４の状態を管理する。この場合、例えば、情報提供装置２は、評価対象検査装置が所定頻度で全面１０コピーの標準プレート５を用いてｑＰＣＲ検査を行った結果の検査結果データを受信し、受信した検査結果データを記憶部２２に蓄積する。情報提供装置２は、最新の検査結果データ（評価対象データ）のＣｑ値の分布と基準とを対比して、評価対象検査装置が現在正常であるか否かを管理する。対比する基準として、評価対象検査装置から受信した過去の検査結果データ（対比データ）から得られる過去のＣｑ値の分布を利用する。
　図１４及び図１５は、過去に測定されたＣｑ値と今回測定されたＣｑ値の分布の比較例を示す図である。図１４は、ヒストグラムにより分布を表し、図１５（ａ）は、箱ひげ図により分布を表している。さらに、図１５（ｂ）は、過去及び今回のＣｑ値の平均（Ｃｑ　Ａｖｅ）、標準偏差（Ｃｑ　σ）と、今回の最大のＣｑ値と最小のＣｑ値との差を示す。
　図１４に示すように対比部２７５は、評価対象検査装置の過去の検査結果データである対比データから得られたＣｑ値の分布と、評価対象検査装置の今回の検査結果データである評価対象データから得られたＣｑ値の分布とを比較する。対比部２７５は、これらの分布が所定よりも類似していれば正常な状態と判定し、類似していなければ異常と判定する。また、第二判定部２７４は、今回のＣｑ値の平均が所定の範囲内（例えば、３５±０．５）、かつ、Ｃｑ値の標準偏差が所定の範囲内（例えば、σ＜０．６）であれば正常の状態と判断し、そうでなければ異常な状態と判断する。あるいは、対比部２７５は、図１５に示す過去のＣｑ値の平均と今回のＣｑ値の平均との差が所定の範囲内であり、かつ、過去のＣｑ値の標準偏差と今回のＣｑ値の標準偏差との差が所定の範囲内であり、かつ、今回の最大と最小のＣｑ値の差が所定の範囲内である場合に、正常な状態と判定する。なお、正常と判定するための所定の範囲は、施設の内部基準等により決めた値でもよい。また、上記では、対比データを評価対象検査装置の過去の検査結果データとしたが、他の施設の検査装置４又は他の機種の検査装置４の過去又は現在の検査結果データとしてもよい。
（作業者のスキルの比較）
　作業者のスキルを比較する場合、プライマー、増幅試薬、蛍光プローブが含まれない標準プレート５を使用する。作業者は、プライマー、増幅試薬、蛍光プローブなどの試薬を調整して、標準プレート５の各ウェル５２に分注する。その後、作業者は、同じＰＣＲプロトロルに従い、検査装置４により標準プレート５のｑＰＣＲ検査を実施する。端末装置３は、検査装置４がｑＰＣＲ検査を行った検査結果データを情報提供装置２に送信する。情報提供装置２は、異なる作業者の検査結果データを評価対象データ及び対比データとして用いて分析を行う。
（次世代シーケンサーへの応用）
　次世代シーケンサー（ＮＧＳ）には、検査装置４によりある特定の配列をＰＣＲ増幅し、その増幅産物の有無や量を検査するアンプリコンＮＧＳ等がある。この場合、検査装置４により標準プレート５のＰＣＲ増幅を行った後に、ＮＧＳで検査を行うための試薬を調整し、調整した試薬を標準プレート５に加えて、ＮＧＳにより検査を行う。情報提供装置２は、検査装置４の検査結果データに代えて、ＮＧＳによる検査結果を示す検査結果データを用いて分析を行う。
（精度管理のシステム化）
　上述した検出感度の確認の結果や、検査装置４の状態確認の結果など、情報提供装置２により得られた分析結果情報を記憶部２２、又は、情報提供装置２とは異なるサーバコンピュータやクラウド上のサーバコンピュータに保存しておき、入力部２３により入力された要求や、端末装置３又は検査装置４から受信した要求に応じてそれらの分析結果情報を出力してもよい。これにより、各施設では、いつでも、他施設との差、他機種との差、同施設内の同機種間の差、作業者による力量差、増幅試薬の違い、検査装置４の移設前後などの感度や状態を比較した結果を得ることができる。また、分析結果出力情報の出力先は、検査装置４の製造、販売又は保守を行う企業等のコンピュータ端末（図示せず）でもよい。また、各施設や、検査装置４の製造、販売又は保守を行う企業等は、比較したい因子を任意に選択し、選択された因子による分析結果がない場合には、情報提供装置２がその因子を用いて分析を行い、その結果を提供することも可能である。情報提供装置２が過去の検査結果データを収集するほど、精度が向上し、より多くの因子による比較が可能となる。
　本実施形態の情報提供装置２によれば、各施設の検査装置４の検査結果データを一括で収集し、検査装置４の精度や状態の良し悪しを分析、判断して各施設にフィードバックすることができる。情報提供装置２は、違う施設における同じ機種の検査装置４の検査結果データを収集し、その中の評価対象検査装置から得られた検査結果データが全体のどこに分布しているのか、どの程度の特性が得られているかの情報を提供することができる。施設では、検査装置４の現在の状態が過去の検査結果データと比較して正常であるか、また、正常に動作しているかなどを、標準プレートを用いた１回のｑＰＣＲ測定により確認することができる。施設は、情報提供装置２から提供される情報によって検査装置４の正常性や性能を確認し、必要ならば校正を行う。よって、常に信頼のおける測定系で検査を実施することができる。分析結果をクラウドなどに蓄積し、要求に応じて検査装置４の製造、販売、保守などを行う企業等にも提供することが可能である。
　上述した実施形態における情報提供装置２及び検査装置４の機能をコンピュータで実現するようにしてもよい。その場合、情報提供装置２及び検査装置４の機能を実現するためのプログラムをコンピュータ読み取り可能な記録媒体に記録して、この記録媒体に記録されたプログラムをコンピュータシステムに読み込ませ、実行することによって実現してもよい。なお、ここでいう「コンピュータシステム」とは、ＣＰＵ（central processing unit）や、ＯＳ（Operation System）や、周辺機器等のハードウェアを含むものとする。また、「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ（Read Only Memory）、ＣＤ－ＲＯＭ等の可搬媒体、コンピュータシステムに内蔵されるハードディスク等の記憶装置のことをいう。さらに「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、インターネット等のネットワークや電話回線等の通信回線を介してプログラムを送信する場合の通信線のように、短時間の間、動的にプログラムを保持するもの、その場合のサーバやクライアントとなるコンピュータシステム内部の揮発性メモリのように、一定時間プログラムを保持しているものも含んでもよい。また上記プログラムは、前述した機能の一部を実現するためのものであってもよく、さらに前述した機能をコンピュータシステムにすでに記録されているプログラムとの組み合わせで実現できるものであってもよい。なお、情報提供装置２及び端末装置３の各機能の全て又は一部は、ＡＳＩＣ（Application Specific Integrated Circuit）やＰＬＤ（Programmable Logic Device）やＦＰＧＡ（Field Programmable Gate Array）等のハードウェアを用いて実現されてもよい。
　図１６は、情報提供装置２のハードウェア構成の一例を示すブロック図である。図１６に示すように、情報提供装置２は、プロセッサ７１、主記憶装置７２、補助記憶装置７３、出力装置７４、入力装置７５、通信インターフェイス（通信Ｉ／Ｆ）７６の各部を有する。これらの各部は、バス７７を介してそれぞれ接続されている。
　プロセッサ７１は、種々の制御や演算を行う処理装置である。例えば、プロセッサ７１は、ＣＰＵである。プロセッサ７１は、主記憶装置７２等が記憶するＯＳやプログラムを実行することにより、種々の機能を実現する。すなわち、プロセッサ７１は、リアルタイムＰＣＲ装置の性能評価プログラムを実行することにより、情報提供装置２の処理部２５として機能する。また、プロセッサ７１は、情報提供装置２全体の動作を制御する。なお、ここでは、情報提供装置２全体の動作を制御する装置をプロセッサ７１としたが、これに限ることなく、例えば、ＦＰＧＡ等としてもよい。
　情報提供装置２の性能評価プログラムや各種データベースは、必ずしも主記憶装置７２や、補助記憶装置７３等に記憶されていなくともよい。インターネット、ＬＡＮ（Local Area Network）、ＷＡＮ（Wide Area Network）等のネットワークを介して、情報提供装置２に接続される他の情報処理装置等に情報提供装置２のプログラムや各種データベースを記憶させてもよい。情報提供装置２がこれら他の情報処理装置からプログラムや各種データベースを取得して実行するようにしてもよい。
　主記憶装置７２は、各種プログラムを記憶し、各種プログラムを実行するために必要なデータ等を記憶する。主記憶装置７２は、図示しない、ＲＯＭと、ＲＡＭ（Random Access Memory）と、を有する。ＲＯＭは、ＢＩＯＳ（Basic Input/Output System）等の各種プログラム等を記憶している。ＲＡＭは、ＲＯＭに記憶された各種プログラムがプロセッサ７１により実行される際に展開される作業範囲として機能する。ＲＡＭとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。ＲＡＭとしては、例えば、ＤＲＡＭ（Dynamic Random Access Memory）、ＳＲＡＭ（Static Random Access Memory）等が挙げられる。
　補助記憶装置７３としては、各種情報を記憶できれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ソリッドステートドライブ、ハードディスクドライブ等が挙げられる。また、補助記憶装置７３は、例えば、ＣＤ（Compact Disc）ドライブ、ＤＶＤ（Digital Versatile Disc）ドライブ、ＢＤ（Blu-ray（登録商標） Disc）ドライブ等の可搬記憶装置としてもよい。
　出力装置７４としては、ディスプレイやスピーカー等を用いることができる。ディスプレイは、特に限定されず、適宜公知のものを用いることができ、例えば、液晶ディスプレイ、有機ＥＬディスプレイが挙げられる。入力装置７５は、情報提供装置２に対する各種要求を受け付けることができれば、特に限定されず、適宜公知のものを用いることができ、例えば、キーボード、マウス、タッチパネル等が挙げられる。通信インターフェイス７６は、特に限定されず、適宜公知のものを用いることができ、例えば、無線又は有線を用いた通信デバイス等が挙げられる。
　以上のようなハードウェア構成によって、情報提供装置２の処理機能を実現することができる。
　なお、情報提供装置２を、ネットワークに接続される複数のコンピュータ装置により実現してもよい。この場合、情報提供装置２の各機能部を、複数のコンピュータ装置のいずれにより実現するかは任意とすることができる。また、同一の機能部を複数のコンピュータ装置により実現してもよい。また、検査装置４が、情報提供装置２の機能を備えてもよい。
　本発明は、以下の態様を含む。
［１］既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する標準デバイスに対して検査装置がＰＣＲ（polymerase chain reaction）検査を行って得られた前記ウェルのＣｑ値を示す検査結果データを取得する取得部と、評価対象の前記検査結果データである評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する情報出力部と、を備える情報提供装置。
［２］前記標準デバイスの複数の前記ウェルには、同一のコピー数又は複数種のコピー数の核酸が配される、［１］に記載の情報提供装置。
［３］前記標準デバイスの複数の前記ウェルのうち少なくとも一部のウェルには、低コピー数の核酸が配される、［１］又は［２］に記載の情報提供装置。
［４］前記標準デバイスの複数の前記ウェルのうち少なくとも一部のウェルには、前記検査装置に求められる検出感度に対応したコピー数よりも少ないコピー数の核酸が配される、［１］から［３］のいずれか一項に記載の情報提供装置。
［５］前記対比情報は、前記評価対象データが得られた前記検査装置が正常であるか否の情報と、前記評価対象データが得られた前記検査装置において正常な又は異常なＣｑ値が得られた前記ウェルの情報との一方又は両方を含む、［１］から［４］のいずれか一項に記載の情報提供装置。
［６］前記情報出力部は、前記評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との一方又は両方をさらに出力する、［１］から［５］のいずれか一項に記載の情報提供装置。
［７］前記情報出力部が対比に用いる前記評価対象データから得られる前記情報と１以上の前記評価対象データとは異なる前記検査結果データから得られる前記情報とは、Ｃｑ値の分布と、Ｃｑ値の平均と、前記核酸を検出可能なコピー数と、Ｃｑ値を測定可能なコピー数と、検量線の傾きと、検量線の切片とのうち一以上の情報である、［１］から［６］のいずれか一項に記載の情報提供装置。
［８］前記検査結果データ毎に、当該検査結果データに基づいて前記ウェルの異常を判定する判定部をさらに有し、前記情報出力部は、異常と判定された前記ウェルのＣｑ値を除いた前記評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なり、かつ、異常と判定された前記ウェルのＣｑ値を除いた１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する、［１］から［７］のいずれか一項に記載の情報提供装置。
［９］前記情報出力部は、前記評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとはＰＣＲ検査が行われた時刻とＰＣＲ検査が行われた検査装置との一方又は両方が異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を提供する、［１］から［８］のいずれか一項に記載の情報提供装置。
［１０］前記評価対象データには、前記検査装置の識別と、前記検査装置の所有者と、前記検査装置の設置場所と、前記検査装置の機種と、ＰＣＲ検査を行った作業者と、ＰＣＲ検査に使用した試薬と、ＰＣＲを検査が行われた日時と、前記標準デバイスの識別と、前記標準デバイスの種類とのうち一以上を示す属性情報が付加され、前記情報出力部は、前記評価対象データから得られた情報と、所定の前記属性情報が付加され、かつ、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を提供する、［１］から［９］のいずれか一項に記載の情報提供装置。
［１１］前記標準デバイスの前記ウェルそれぞれには、所定量のプライマーと、所定量の増幅試薬と、所定量の蛍光プローブとのうち一以上が配される、［１］から［１０］のいずれか一項に記載の情報提供装置。
［１２］前記核酸は、自然界に存在しない、［１］から［１１］のいずれか一項に記載の情報提供装置。
［１３］既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する標準デバイスに対して検査装置がＰＣＲ（polymerase chain reaction）検査を行って得られた前記ウェルのＣｑ値を示す検査結果データを受信する受信部と、前記受信部が受信した前記検査結果データを記憶する記憶部と、評価対象の前記検査結果データである評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する情報出力部と、を備える情報提供システム。
［１４］情報提供装置が実行する情報提供方法であって、既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する標準デバイスに対して検査装置がＰＣＲ（polymerase chain reaction）検査を行って得られた前記ウェルのＣｑ値を示す検査結果データを取得する取得ステップと、評価対象の前記検査結果データである評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する情報出力ステップと、を有する情報提供方法。
［１５］情報提供システムが実行する情報提供方法であって、既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する標準デバイスに対して検査装置がＰＣＲ（polymerase chain reaction）検査を行って得られた前記ウェルのＣｑ値を示す検査結果データを受信する受信ステップと、前記受信ステップにおいて受信した前記検査結果データを記憶部に書き込む書き込みステップと、評価対象の前記検査結果データである評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する情報出力ステップと、を有する情報提供方法。
［１６］コンピュータを、［１］から［１２］のいずれか一項に記載の情報提供装置として機能させるためのプログラム。
１　情報提供システム
２　情報提供装置
３　端末装置
４　検査装置
５　標準プレート
９　ネットワーク
２１　通信部
２２　記憶部
２３　入力部
２４　表示部
２５　処理部
２６　取得部
２７　分析部
２８　情報出力部
５１　基材
５２　ウェル
５４　鋳型核酸
５５　密閉部材
５６　識別手段
７１　プロセッサ
７２　主記憶装置
７３　補助記憶装置
７４　出力装置
７５　入力装置
７６　通信インターフェイス
７７　バス
２７１　第一判定部
２７２　読出部
２７３　分析情報取得部
２７４　第二判定部
２７５　対比部
特開２０２０－０５４３２７号公報

Claims (16)

  1. 　既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する標準デバイスに対して検査装置がＰＣＲ（polymerase chain reaction）検査を行って得られた前記ウェルのＣｑ値を示す検査結果データを取得する取得部と、
    　評価対象の前記検査結果データである評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する情報出力部と、
    　を備える情報提供装置。
  2. 　前記標準デバイスの複数の前記ウェルには、同一のコピー数又は複数種のコピー数の核酸が配される、
    　請求項１に記載の情報提供装置。
  3. 　前記標準デバイスの複数の前記ウェルのうち少なくとも一部のウェルには、低コピー数の核酸が配される、
    　請求項１又は請求項２に記載の情報提供装置。
  4. 　前記標準デバイスの複数の前記ウェルのうち少なくとも一部のウェルには、前記検査装置に求められる検出感度に対応したコピー数よりも少ないコピー数の核酸が配される、
    　請求項１から請求項３のいずれか一項に記載の情報提供装置。
  5. 　前記対比情報は、前記評価対象データが得られた前記検査装置が正常であるか否の情報と、前記評価対象データが得られた前記検査装置において正常な又は異常なＣｑ値が得られた前記ウェルの情報との一方又は両方を含む、
    　請求項１から請求項４のいずれか一項に記載の情報提供装置。
  6. 　前記情報出力部は、前記評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との一方又は両方をさらに出力する、
    　請求項１から請求項５のいずれか一項に記載の情報提供装置。
  7. 　前記情報出力部が対比に用いる前記評価対象データから得られる前記情報と１以上の前記評価対象データとは異なる前記検査結果データから得られる前記情報とは、Ｃｑ値の分布と、Ｃｑ値の平均と、前記核酸を検出可能なコピー数と、Ｃｑ値を測定可能なコピー数と、検量線の傾きと、検量線の切片とのうち一以上の情報である、
    　請求項１から請求項６のいずれか一項に記載の情報提供装置。
  8. 　前記検査結果データ毎に、当該検査結果データに基づいて前記ウェルの異常を判定する判定部をさらに有し、
    　前記情報出力部は、異常と判定された前記ウェルのＣｑ値を除いた前記評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なり、かつ、異常と判定された前記ウェルのＣｑ値を除いた１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する、
    　請求項１から請求項７のいずれか一項に記載の情報提供装置。
  9. 　前記情報出力部は、前記評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとはＰＣＲ検査が行われた時刻とＰＣＲ検査が行われた検査装置との一方又は両方が異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を提供する、
    　請求項１から請求項８のいずれか一項に記載の情報提供装置。
  10. 　前記評価対象データには、前記検査装置の識別と、前記検査装置の所有者と、前記検査装置の設置場所と、前記検査装置の機種と、ＰＣＲ検査を行った作業者と、ＰＣＲ検査に使用した試薬と、ＰＣＲを検査が行われた日時と、前記標準デバイスの識別と、前記標準デバイスの種類とのうち一以上を示す属性情報が付加され、
    　前記情報出力部は、前記評価対象データから得られた情報と、所定の前記属性情報が付加され、かつ、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を提供する、
    　請求項１から請求項９のいずれか一項に記載の情報提供装置。
  11. 　前記標準デバイスの前記ウェルそれぞれには、所定量のプライマーと、所定量の増幅試薬と、所定量の蛍光プローブとのうち一以上が配される、
    　請求項１から請求項１０のいずれか一項に記載の情報提供装置。
  12. 　前記核酸は、自然界に存在しない、
    　請求項１から請求項１１のいずれか一項に記載の情報提供装置。
  13. 　既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する標準デバイスに対して検査装置がＰＣＲ（polymerase chain reaction）検査を行って得られた前記ウェルのＣｑ値を示す検査結果データを受信する受信部と、
    　前記受信部が受信した前記検査結果データを記憶する記憶部と、
    　評価対象の前記検査結果データである評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する情報出力部と、
    　を備える情報提供システム。
  14. 　情報提供装置が実行する情報提供方法であって、
    　既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する標準デバイスに対して検査装置がＰＣＲ（polymerase chain reaction）検査を行って得られた前記ウェルのＣｑ値を示す検査結果データを取得する取得ステップと、
    　評価対象の前記検査結果データである評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する情報出力ステップと、
    　を有する情報提供方法。
  15. 　情報提供システムが実行する情報提供方法であって、
    　既知のコピー数の核酸を配したウェルを有する標準デバイスに対して検査装置がＰＣＲ（polymerase chain reaction）検査を行って得られた前記ウェルのＣｑ値を示す検査結果データを受信する受信ステップと、
    　前記受信ステップにおいて受信した前記検査結果データを記憶部に書き込む書き込みステップと、
    　評価対象の前記検査結果データである評価対象データから得られる情報と、前記評価対象データとは異なる１以上の前記検査結果データから得られる情報との対比により得られた対比情報を出力する情報出力ステップと、
    　を有する情報提供方法。
  16. 　コンピュータを、
    　請求項１から請求項１２のいずれか一項に記載の情報提供装置として機能させるためのプログラム。
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