KR20230031338A - 정보 제공 디바이스, 정보 제공 시스템, 정보 제공 방법, 및 프로그램 - Google Patents
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Abstract
정보 제공 디바이스는 취득부 및 정보 출력부를 포함한다. 취득부는, 기지의 카피 수의 핵산이 배치된 웰을 갖는 표준 디바이스에 대해 PCR 검사를 수행하는 검사 디바이스에 의해 얻어진 상기 웰의 Cq값을 나타내는 검사 결과 데이터를 취득한다. 정보 출력부는, 평가 대상의 평가 대상 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력한다.
Description
본 발명은 정보 제공 디바이스, 정보 제공 시스템, 정보 제공 방법, 및 프로그램에 관한 것이다. 내용이 참조로서 본원에 포함되는, 2020년 7월 31일에 출원된 일본 특허 출원 번호 2020-130957에 우선권이 주장된다.
qPCR(quantitative polymerase chain reaction)에 따라, 검량선(calibration curve) 및 검체(specimen)의 Cq값으로부터 증폭 전의 검체에서의 핵산(nucleic acid)의 양이 추정된다. 추정될 수 있는 농도 범위는 보통, 검량선이 직선성(linearity)을 갖는 농도 범위이고, 넓은 농도 범위에 걸친 직선성이 요망된다. qPCR 성능은 넓은 농도 범위에 걸친 직선성 뿐만 아니라, 검량선의 기울기(slope)인 증폭 효율, 각 농도에서의 Cq값 편차, 및 반복도(repeatability)도 포함한다. qPCR 성능은 장비, 시약(reagents), 및 프라이머 설계(primer design)에서의 차이에 의해 영향받는다. 검사 디바이스(test device)의 성능을 평가하기 위한 디바이스가 있다(예를 들어, 특허 문헌 1 참조).
동일한 디바이스, 동일한 시약, 및 동일한 프라이머 설계의 조건 하에서 동일한 검체가 측정되는 경우에, 검량선의 직선성, 검량선의 기울기, Cq값 편차, 및 반복도가 동일한 것이 바람직하다. 그러나, 실제로는, 이들이 항상 동일하지 않으며, 종종 상이하다. 특히, 검량선의 직선성, 검량선의 기울기, 및 Cq값 편차가 중요하다는 사실로부터 알 수 있는 바와 같이, Cq값이 절대 비교를 위한 값으로서 사용되지 않고, 상대 비교를 위한 값으로서 취급된다. 이에 대한 이유는, 검량선을 얻기 위한 핵산의 정확한 양이 작성될 수 없거나, 또는 핵산이 적절하게 배치될 수 없다는 점이다. 디바이스에서의 온도 편차, 광 검출측에서의 편차, 시약에서의 제조 편차가 또한 주요 요인이다. 위에서 설명된 바와 같이, 많은 요인으로 인해 Cq값이 변화하기 때문에 Cq값은 상대값으로서 취급된다. 따라서, 동일한 디바이스의 검량 전후에 Cq값이 어긋날지라도, Cq값이 어떤 특정한 문제 없이 허용된다.
위에서 설명된 바와 같이, PCR의 측정 결과로서 얻어지는 Cq값이 변화한다. 따라서, PCR 측정 결과가 동일한 디바이스의 과거 측정 결과 또는 다른 검사 디바이스의 측정 결과와 단순히 비교될 수 없다. 따라서, 단일 측정 결과로부터, 이 측정 결과가 얻어진 검사 디바이스가 정상(normal)인지 여부를 판정하는 것이 어려울 수 있다.
본 발명의 목적은 PCR 검사를 수행하는 검사 디바이스의 정상성(normality)을 판정하기 위한 유용한 정보를 제공할 수 있는 정보 제공 디바이스, 정보 제공 시스템, 정보 제공 방법, 및 프로그램을 제공하는 것이다.
본 발명의 일 양태에 따르면, 기지의 카피 수의 핵산이 배치된 웰(well)을 갖는 표준 디바이스에 대해 PCR(polymerase chain reaction) 검사를 수행하는 검사 디바이스에 의해 얻어진 웰의 Cq값을 나타내는 검사 결과 데이터를 취득하도록 구성된 취득부(acquisition unit); 및 평가 대상의 검사 결과 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분(piece)으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하도록 구성된 정보 출력부를 포함하는 정보 제공 디바이스가 제공된다.
본 실시예에 따르면, PCR 검사를 수행하는 검사 디바이스의 정상성을 판정하기 위한 유용한 정보를 제공하는 것이 가능하다.
도 1은 본 발명의 실시예에 따른 정보 제공 시스템의 전체 구성을 도시하는 도면이다.
도 2는 동일 실시예에 따른 표준 플레이트의 예를 도시하는 도면이다.
도 3은 동일 실시예에 따른 표준 플레이트의 웰에 배치된 주형 핵산(template nucleic acid)의 카피 수의 예를 도시하는 도면이다.
도 4는 동일 실시예에 따른 정보 제공 디바이스의 구성을 도시하는 블록도이다.
도 5는 동일 실시예에 따른 정보 제공 디바이스의 검사 결과 데이터 수신 처리의 동작을 도시하는 흐름도이다.
도 6은 동일 실시예에 따른 정보 제공 디바이스의 분석 처리의 동작을 도시하는 흐름도이다.
도 7은 동일 실시예에 따른 LOD 및 LOQ의 산출 방법(calculation method)을 도시하는 도면이다.
도 8은 동일 실시예에 따른 분석 결과 정보의 표시예(display example)를 도시하는 도면이다.
도 9는 동일 실시예에 따른 분석 결과 정보의 표시예를 도시하는 도면이다.
도 10은 동일 실시예에 따른 검사 결과 데이터 및 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다.
도 11은 동일 실시예에 따른 검사 결과 데이터 및 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다.
도 12는 동일 실시예에 따른 검사 결과 데이터 및 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다.
도 13은 동일 실시예에 따른 검사 결과 데이터 및 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다.
도 14는 동일 실시예에 따른 Cq값 분포의 비교예를 도시하는 도면이다.
도 15는 동일 실시예에 따른 Cq값 분포의 비교예를 도시하는 도면이다.
도 16은 동일 실시예에 따른 정보 제공 디바이스의 하드웨어 구성을 도시하는 도면이다.
도 2는 동일 실시예에 따른 표준 플레이트의 예를 도시하는 도면이다.
도 3은 동일 실시예에 따른 표준 플레이트의 웰에 배치된 주형 핵산(template nucleic acid)의 카피 수의 예를 도시하는 도면이다.
도 4는 동일 실시예에 따른 정보 제공 디바이스의 구성을 도시하는 블록도이다.
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도 10은 동일 실시예에 따른 검사 결과 데이터 및 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다.
도 11은 동일 실시예에 따른 검사 결과 데이터 및 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다.
도 12는 동일 실시예에 따른 검사 결과 데이터 및 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다.
도 13은 동일 실시예에 따른 검사 결과 데이터 및 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다.
도 14는 동일 실시예에 따른 Cq값 분포의 비교예를 도시하는 도면이다.
도 15는 동일 실시예에 따른 Cq값 분포의 비교예를 도시하는 도면이다.
도 16은 동일 실시예에 따른 정보 제공 디바이스의 하드웨어 구성을 도시하는 도면이다.
이하, 일부 경우에서의 도면을 참조하여, 본 발명의 실시예가 상세히 설명될 것이다.
도 1은 본 발명의 실시예에 따른 정보 제공 시스템(1)의 전체 구성을 도시하는 도면이다. 정보 제공 시스템(1)은 정보 제공 디바이스(2), 단말 디바이스(3) 및 검사 디바이스(4)를 갖는다. 정보 제공 디바이스(2)와 단말 디바이스(3)는 네트워크(9)를 통해 접속된다. 네트워크(9)는 인터넷과 같은 공중망이다. 네트워크(9)는 전용선(leased line) 또는 LAN(local area network)과 같은 사설망, 또는 공중망과 사설망의 조합일 수 있다. 검사 디바이스(4)는 단말 디바이스(3)에 접속된다. 단말 디바이스(3)와 검사 디바이스(4)가 네트워크(9)를 통해 접속될 수 있다. 단말 디바이스(3)와 검사 디바이스(4)는 하나의 디바이스로 통합될 수 있다. 검사 디바이스(4)가 단말 디바이스(3)에 접속되어야 하는 것은 아니다. 정보 제공 디바이스(3)가 직접 또는 네트워크(9)를 통해 검사 디바이스(4)에 접속될 수 있다. 정보 제공 디바이스(2)는 독립형일 수 있다. 이 경우, 정보 제공 디바이스(2)가 단말 디바이스(3)와 검사 디바이스(4)에 접속되어야 하는 것은 아니다.
예를 들어, PCR 검사용 표준 물질을 제공하는 기업이 정보 제공 디바이스(2)를 갖고, PCR 검사를 수행하는 시설(A, B, C, ...)이 단말 디바이스(3) 및 검사 디바이스(4)를 갖는다. 각 시설에 포함된 단말 디바이스(3) 및 검사 디바이스(4)의 수는 임의이다. 시설의 예는 기업, 검사 기관(laboratories), 및 의료 기관을 포함하지만, 이에 제한되는 것은 아니다. 시설은 시설의 각 조직 또는 지역에 대해 단말 디바이스(3) 또는 검사 디바이스(4)를 가질 수 있다. PCR 검사를 수행하는 시설은 정보 제공 시스템(1) 또는 정보 제공 디바이스(2)를 가질 수 있다.
정보 제공 디바이스(2)는, 예를 들어 검사 디바이스(4)가 표준 플레이트에 대해 qPCR(실시간 PCR)을 수행한 것에 의해 얻어진 검사 결과 데이터를 단말 디바이스(3)로부터 수신하는 것에 의해 검사 결과 데이터를 취득한다. 표준 플레이트는 기지의 카피 수의 핵산이 배치된 웰을 갖는다. 정보 제공 디바이스(2)는 취득된 검사 결과 데이터를 사용하는 것에 의해 분석을 수행함으로써 얻어진 분석 결과 정보를 출력함으로써 검사 디바이스(4)의 정상성을 판정하기 위한 유용한 정보를 제공한다. 분석 결과 정보는 비교 정보를 포함한다. 평가 대상에 대한 검사 결과 데이터가 평가 대상 데이터로 지칭될 것이다. 비교 정보는, 평가 대상 데이터로부터 얻어진 정보를 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어진 정보와 비교함으로써 얻어진다. 비교 정보는, 평가 대상 데이터로부터 얻어진 정보 및 평가 대상 데이터와 비교된 검사 결과 데이터로부터 얻어진 정보를 포함한다. 비교 정보는, 평가 대상 데이터가 얻어진 검사 디바이스(4)가 정상인지 여부에 관한 정보, 및 평가 대상 데이터가 얻어진 검사 디바이스(4)에서 정상 또는 이상(abnormal) Cq값이 얻어진 웰에 관한 정보를 포함한다. 이하, 평가 대상 데이터와 비교될 검사 결과 데이터가 비교 데이터로 지칭될 것이다.
단말 디바이스(3)는, 예를 들어 개인용 컴퓨터, 태블릿 단말, 스마트폰과 같은 컴퓨터 디바이스이다. 단말 디바이스(3)는 네트워크(9)를 통해 정보 제공 디바이스(2)와 통신한다. 단말 디바이스(3)는, 검사 디바이스(4)가 표준 플레이트에 대해 qPCR 검사를 수행한 것에 의해 얻어진 검사 결과 데이터를 취득하고, 취득된 검사 결과 데이터를 정보 제공 디바이스(2)에 송신한다. 단말 디바이스(3)는 정보 제공 디바이스(2)에 의해 출력된 분석 결과 정보를 수신한다.
검사 디바이스(4)는 실시간 PCR 검사를 수행하는 디바이스이다. 실시간 PCR은 qPCR[정량(quantitative) PCR]의 일 유형이다. 실시간 PCR에서, PCR에 의한 증폭이 시간에 따라(실시간) 측정되고, 측정에 의해 얻어진 증폭률에 기초하여 주형 핵산이 정량된다. 주형 핵산은, 적어도 프라이머 영역에서의 염기 서열(base sequence)이 정해진 핵산이다. 핵산의 예는 DNA(deoxyribonucleic acid), RAN(ribonucleic acid), cDNA(complementary DNA)를 포함하지만, 이에 제한되는 것은 아니다.
표준 플레이트는 특정 카피 수의 주형 핵산이 배치된 복수의 웰을 갖는 디바이스이다. 표준 플레이트는 표준 디바이스의 예이다. 표준 플레이트의 웰은 주형 핵산에 추가하여 프라이머, 증폭 시약, 및 형광 프로브와 같은 시약을 포함할 수 있다. 정보 제공 디바이스(2)에 의해 수신되는 검사 결과 데이터는 표준 플레이트의 각 웰에 대해 측정된 Cq값을 나타낸다. Cq값은 Ct값[문턱 사이클(threshold cycle)]과 동의어이다. Cq값은 일정한 증폭된 산물량이 얻어지는 PCR 사이클 수를 나타낸다. 작은 Cq값은 많은 양의 주형 핵산을 나타내고, 큰 Cq값은 적은 양의 주형 핵산을 나타낸다.
qPCR 검사는 핵산 추출, 추출액(extract) 및 증폭 시약의 첨가, 핵산 증폭, 및 데이터 분석의 단계를 포함한다. 정보 제공 디바이스(2)는, 표준 플레이트를 사용하는 것에 의해 검사 디바이스(4)에 의해 수행된 qPCR 검사의 결과에 기초하여 검사 디바이스(4)의 품질 관리(quality control)에 대한 유용한 정보를 제공한다. 이는 데이터 분석 단계에서의 정확성을 보장한다. 통상적으로, 동일한 조건 하에 검체가 측정되더라도, 검사 디바이스(4)에 따라 Cq값이 변화하고, 따라서 단일 측정 결과로부터 검사 디바이스(4)가 정상인지 여부를 판정하는 것이 어려운 경향이 있다. 본 실시예의 정보 제공 디바이스(2)는, 표준 플레이트를 사용한 qPCR 검사 결과를 비교하는 것에 의해 통계적으로 검사 디바이스(4)가 정상적으로 동작하고 있는지 여부를 판정하는데 유용한 정보를 분석하고, 분석 결과를 시설에 제공한다. 시설은, 검사 디바이스(4)에 의해 표준 플레이트에 대해 수행된 qPCR 검사의 결과를 정보 제공 디바이스(2)에 송신하는 것에 의해 비교 결과를 얻을 수 있다. 결론적으로, 시설이 검사 디바이스(4)의 측정계가 정상임을 빈번히 확인하는 것이 용이하며, 따라서 항상 신뢰가능한 측정계를 사용하는 것에 의해 검사가 수행될 수 있다. qPCR 검사를 수행할 때, 작업자가 표준 플레이트에 프라이머, 증폭 시약, 및 형광 프로브를 첨가하는 경우에, 다른 작업자의 검사 결과 데이터를 비교하는 것에 의해 작업자의 스킬이 측정될 수 있다.
도 2는 표준 플레이트(5)의 예를 도시하는 도면이다. 도 2의 (a)는 표준 플레이트(5)의 예를 도시하는 사시도이다. 도 2의 (b)는 도 2의 (a)에서의 선(b-b')을 따라 취해진 단면도이다. 표준 플레이트(5)는 기재(substrate)(51) 및 기재(51)에 형성된 복수의 웰(52)을 갖는다. 표준 플레이트(5)의 웰(52)은 특정한 동일 카피 수 또는 특정한 복수 종의 카피 수의 주형 핵산(54)으로 충전된다. 주형 핵산(54)은 PCR 검사에서의 표준 물질이다. 모든 웰(52)에 동일한 유형의 주형 핵산(54)이 배치된다. 동일한 유형의 주형 핵산은 프라이머 영역에서 동일한 염기 서열을 갖는다. 주형 핵산(54)은 자연계에 존재하지 않는 서열을 갖는 핵산 또는 자연계에 존재하는 서열을 갖는 핵산일 수 있다.
표준 플레이트(5)의 전체 또는 일부의 웰(52)에 작은 카피 수의 핵산이 배치될 수 있다. 작은 카피 수는 푸아송 영향(Poisson influence)이 시작하는 200 카피 이하, 또는 영향이 더 커지는 50 카피 이하이다. 표준 플레이트(5)의 복수의 웰(52)의 전체 또는 일부에 검사 디바이스(4)에 요구되는 검출 감도(detection sensitivity)에 대응하는 카피 수보다 작은 카피 수의 주형 핵산(54)이 배치될 수 있다. 예를 들어, 표준 플레이트(5)가 96개의 웰(52)을 갖고 검사 디바이스(4)에 요구되는 검출 강도가 20 카피라고 가정한다. 이 경우, 96개의 모든 웰(52)에는 10 카피, 20 카피, 또는 50 카피의 주형 핵산(54)이 제공될 수 있다. 대안적으로, 16개의 웰(52)을 갖는 각 웰 그룹에 0, 5, 10, 20, 40, 또는 80 카피의 주형 핵산(54)이 배치될 수 있다. 각 웰(52)은 특정한 양의 프라이머, 특정한 양의 증폭 시약, 및 특정한 양의 형광 프로브 중 하나 이상으로 추가로 충전될 수 있다. 이하, 전체 웰(52)에 동일한 카피 수의 주형 핵산(54)을 배치하는 것이 전체 표면 동일 카피(entire-surface identical copy)로도 지칭될 것이다. 웰(52)에 배치된 주형 핵산(54)의 카피 수가 웰(52)의 카피 수로도 지칭될 것이다.
웰(52)의 개구부가 밀폐 부재(55)로 커버된다. 밀폐 부재(55)와 기재(51) 사이에 그리고 웰(52)의 개구부 이외의 위치에 식별 수단(56)이 배치된다. 식별 수단(56)은 예를 들어, 메모리, IC(integrated circuit) 칩, 또는 RFID(radio frequency identification)이다. 식별 수단(56)은 매체 또는 기재(51)에 인쇄된 문자, 바코드, 2차원 바코드일 수 있다. 식별 수단(56)은 표준 플레이트(5)의 플레이트 식별 정보, 플레이트 유형 정보 등을 기억한다. 플레이트 식별 정보는 각 표준 플레이트(5)를 식별하기 위한 정보이다. 플레이트 유형 정보는 표준 플레이트(5)의 유형을 나타내는 정보이다. 표준 플레이트(5)의 유형에 따라, 주형 핵산(54)의 유형, 각 웰(52)에 배치된 주형 핵산(54)의 카피 수, 각 웰(52)에 배치된 프라이머의 유형 및 양, 각 웰(52)에 배치된 증폭 시약의 유형 및 양, 및 각 웰(52)에 배치된 형광 프로브의 유형 및 양이 특정될 수 있다. 카피 수는 0의 경우를 포함한다. 프라이머의 유형 및 양은 프라이머가 없는 경우를 포함한다. 증폭 시약의 유형 및 양은 증폭 시약이 없는 경우를 포함한다. 형광 프로브의 유형 및 양은 형광 프로브가 없는 경우를 포함한다. 플레이트 식별 정보로부터 플레이트 유형 정보가 특정될 수 있다. 식별 수단(56)은 플레이트 유형 정보 대신에 또는 플레이트 유형 정보에 추가하여 주형 핵산(54)의 유형, 각 웰(52)에 배치된 주형 핵산(54)의 카피 수, 각 웰(52)에 배치된 프라이머의 유형, 각 웰(52)에 배치된 주형 핵산의 카피수, 각 웰(52)에 배치된 프라이머의 유형 및 양, 각 웰(52)에 배치된 증폭 시약의 유형 및 양, 및 각 웰(52)에 배치된 형광 프로브의 유형 및 양을 기억할 수 있다.
표준 플레이트(5)를 사용하는 것에 의해, Cq값의 면내 분포(in-plane distribution), 전체 표면의 정상성, 및 검출 감도를 확인하는 것이 가능하다. 면은 단일 플레이트에서의 모든 웰의 집합(collection)이다. 웰(52)의 일부에 작은 카피 수의 핵산이 배치된 표준 플레이트(5)를 사용하는 것에 의해 측정을 수행함으로써 검사 디바이스(4)의 정확성이 쉽게 확인될 수 있다. 어느 유형의 표준 플레이트(5)를 사용할지가 목적에 따라 선택된다.
도 3은 표준 플레이트(5)의 각 웰(52)에 배치된 주형 핵산(54)의 카피 수의 예를 도시하는 도면이다. 도 3은 표준 플레이트(5)가 96개의 웰(52)을 갖는 96 웰 플레이트인 경우를 도시한다. 각 웰(52)을 식별하기 위한 웰 식별 정보가 행 기호(row symbol) 및 열 기호(column symbol)의 조합에 의해 표현된다. 가장 좌측 열에 있는 'A' 내지 'H'는 96 웰 플레이트에 대한 행 기호를 나타내고, 가장 위의 행에 있는 '1' 내지 '12'는 96 웰 플레이트에 대한 열 기호를 나타낸다. 행(A)에 있는 어떤 웰(52)도 주형 핵산을 갖지 않는다. 행(B 내지 H)의 1열째 및 7열째에 1 카피의 주형 핵산이 배치되고, 2열째 및 8열째에 5 카피의 주형 핵산이 배치되고, 3열째 및 9열째에 10 카피의 주형 핵산이 배치되고, 4열째 및 10열째에 20 카피의 주형 핵산이 배치되고, 5열째 및 11열째에 40 카피의 주형 핵산이 배치되며, 6열째 및 12열째에 80 카피의 주형 핵산이 배치된다.
표준 플레이트 기술이 각 웰(52)에 정확한 양의 핵산이 배치되는 표준 플레이트(5)의 생산을 가능하게 했다. 동일한 검사 디바이스(4), 동일한 시약, 및 동일한 프라이머를 사용하는 것에 의해 표준 플레이트(5)를 검사함으로써 동일한 Cq값이 얻어지면, 어느 Cq값에 문제가 있는 경우에 이상성(abnormality)을 발견하는 것이 쉽다. 예를 들어, 1 카피가 어떤 Cq값을 나타내고 10 카피가 다른 어떤 Cq값을 나타내면, 검사 디바이스(4) 또는 시약에서의 차이로 인해 성능을 더 정확하고 신뢰적으로 비교하는 것이 가능하다. 환언하면, 검사 디바이스(4) 또는 시약에서의 이상성이 Cq값으로서 나타나기 때문에, 검사 디바이스(4) 또는 시약의 정확성을 신뢰적으로 관리하는 것이 가능하다. 본 실시예에서, 표준 디바이스가 플레이트 형상을 갖는 경우가 설명될 것이지만, 본 발명이 이에 제한되는 것은 아니다. 예를 들어, 표준 디바이스가 플레이트 형상 표준 플레이트(5) 대신에 튜브[예를 들어, 옥텟 튜브(octet tube)]일 수 있다. 표준 디바이스가 갖는 웰의 수가 96개에 제한되는 것은 아니며, 예를 들어 48개 또는 384개일 수 있다.
따라서, 각 시설은 정보 제공 디바이스(2)로부터 제공된 정보를 참조하여, 동일한 검사 디바이스(4), 동일한 모델의 검사 디바이스(4), 또는 모델에 관계없이 상이한 검사 디바이스(4)가 동일한 프라이머를 사용할 때, 미리 결정된 카피 수에 대한 Cq값이 정해진 값이 되도록 검사 디바이스(4)를 교정(calibrate)한다. 대안적으로, 각 시설은 종래의 교정에서와 같이 교정 전후에 Cq값이 어긋나는 경우에 정보 제공 디바이스(2)로부터 제공된 정보를 참조하는 것에 의해 Cq값을 오프셋시킨다. 위에서 설명된 바와 같이, 시설은 검사 디바이스(4)의 성능을 엄격히 관리할 수 있다.
도 4는 정보 제공 디바이스(2)의 구성을 도시하는 블록도이다. 정보 제공 디바이스(2)는 예를 들어 하나 이상의 컴퓨터 디바이스에 의해 구현된다. 정보 제공 디바이스(2)는 클라우드 서버 컴퓨터일 수 있다. 정보 제공 디바이스(2)는 통신부(21), 기억부(22), 입력부(23), 표시부(24), 및 처리부(25)를 갖는다.
통신부(21)는 네트워크(9)를 통해 다른 디바이스에 그리고 디바이스로부터 정보를 송신하고 수신한다. 기억부(22)는 검사 결과 데이터 및 분석 결과 정보를 포함한 다양한 유형의 정보를 기억한다. 기억부(22)는 또한 표준 플레이트 정보를 기억할 수 있다. 표준 플레이트 정보는 플레이트 식별 정보 또는 플레이트 유형 정보에 대응하고, 표준 플레이트(5)가 전체 표면 동일 카피 플레이트인지 여부에 관한 정보, 주형 핵산(54)의 유형, 각 웰(52)에 배치된 주형 핵산의 카피 수, 각 웰(52)에 배치된 프라이머의 유형 및 양, 각 웰(52)에 배치된 증폭 시약의 유형 및 양, 및 각 웰(52)에 배치된 형광 프로브의 유형 및 양을 포함한다. 각 웰(52)에 배치된 주형 핵산(54)의 카피 수에 관한 정보는, 표준 플레이트(5)가 전체 표면 동일 카피 플레이트인지 여부에 관한 정보로서 사용될 수 있다. 입력부(23)는 키보드, 마우스, 버튼, 터치 패널 등이다. 입력부(23)는 사용자 동작에 의한 정보의 입력을 수신한다. 표시부(24)는 정보를 표시하는 디스플레이이다.
처리부(25)는 취득부(26), 분석부(27) 및 정보 출력부(28)를 갖는다. 취득부(26)는 표준 플레이트(5)에 대해 검사 디바이스(4)에 의해 수행된 PCR 검사에 의해 얻어진 검사 결과 데이터를 취득하고, 취득된 검사 결과 데이터를 기억부(22)에 기입한다. 취득부(26)는 네트워크(9)를 통해 접속된 단말 디바이스(3)로부터 송신된 검사 결과 데이터를 취득한다. 정보 제공 디바이스(2)가 네트워크(9)를 통해 접속된 검사 디바이스(4)로부터 송신된 검사 결과 데이터를 취득할 수 있다. 정보 제공 디바이스(2)가 단말 디바이스(3) 및 검사 디바이스(4)에 접속되지 않은 경우에, 취득부(26)가 검사 결과 데이터를 컴퓨터 판독가능 기록 매체 등으로부터 판독할 수 있고, 입력부(23)에 의해 입력된 검사 결과 데이터를 취득할 수 있다.
검사 결과 데이터에 속성 정보가 추가된다. 속성 정보는 검사 일시, PCR 검사를 수행한 검사 디바이스(4)의 검사 디바이스 식별 정보, PCR 검사를 수행한 검사 디바이스(4)의 모델, PCR 검사를 수행한 검사 디바이스(4)의 소유자, PCR 검사를 수행한 검사 디바이스(4)의 설치 장소, PCR 검사를 수행한 작업자, PCR 검사에 사용된 표준 플레이트(5)의 플레이트 식별 정보, PCR 검사에 사용된 표준 플레이트(5)의 플레이트 유형 정보, 및 PCR 검사가 수행될 때의 측정 조건 중의 정보 중 하나 이상의 부분을 포함한다. 속성 정보는 플레이트 유형 정보 대신에 또는 플레이트 유형 정보에 추가하여, 표준 플레이트(5)가 전체 표면 동일 카피 플레이트인지 여부에 관한 정보, 주형 핵산(54)의 유형, 각 웰(52)에 배치된 주형 핵산(54)의 카피 수, 각 웰(52)에 배치된 프라이머의 유형 및 양, 각 웰(52)에 배치된 증폭 시약의 유형 및 양, 및 각 웰(52)에 배치된 형광 프로브의 유형 및 양을 포함한다. 속성 정보는, 단말 디바이스(3) 또는 검사 디바이스(4)에 제공되는 판독 수단(미도시)에 의해 표준 플레이트(5)의 식별 수단(56)으로부터 판독된 정보, 검사 디바이스(4)에서 생성된 정보, 단말 디바이스(3) 또는 검사 디바이스(4)에 미리 기억된 정보, 또는 단말 디바이스(3) 또는 검사 디바이스(4)에 수동으로 입력된 정보에 기초한다. 소유자 정보는 시설, 시설과 조직의 조합 등을 나타낸다.
분석부(27)는 제1 판정부(271), 판독부(272), 분석 정보 취득부(273), 제2 판정부(274) 및 비교부(275)를 갖는다. 제1 판정부(271)는, 취득부(26)에 의해 취득된 검사 결과 데이터 중 각 부분에 대해, 검사 결과 데이터가 얻어진 측정에서 각 웰(52)이 정상인지 또는 이상인지 여부를 판정한다. 제1 판정부(271)는 웰 정상성 정보를 검사 결과 데이터와 연관시켜 기억부(22)에 기입한다. 웰 정상성 정보는 각 웰(52)이 정상인지 이상인지 여부를 나타낸다.
판독부(272)는 평가 대상 데이터로서 사용될 검사 결과 데이터 및 비교 데이터로서 사용될 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분을 기억부(22)로부터 판독한다. 비교 데이터는, PCR 검사가 수행된 타이밍 및 PCR 검사를 수행한 검사 디바이스(4) 중 하나 또는 둘 다에서 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터이다.
분석 정보 취득부(273)는, 평가 대상 데이터 및 비교 데이터 각각에 대해 분석을 위해 사용되는 정보로부터, 정상성 정보에 의해 이상인 것으로 나타내어지는 웰(52)의 Cq값을 제거하는 처리를 수행한다. 분석 정보 취득부(273)는, 이상성을 나타내는 웰(52)의 Cq값을 제외한 평가 대상 데이터를 분석하는 것에 의해 평가 대상 데이터 분석 정보를 취득하고, 이상성을 나타내는 웰(52)의 Cq값을 제외한 비교 데이터를 분석하는 것에 의해 비교 데이터 분석 정보를 취득한다. 평가 대상 데이터 분석 정보 및 비교 데이터 분석 정보는 예를 들어, Cq값의 분포, Cq값의 평균, LOD(limit of detection), LOQ(limit of quantitation), 검량선의 기울기, 검량선의 절편(intercept) 중 하나 이상이다. Cq값의 분포는 예를 들어, Cq값의 표준 편차, 상대 표준 편차, 또는 사분위 범위(interquartile range)에 의해 표현된다. 평가 대상 데이터 분석 정보에서의 Cq값의 분포는, 전체 표면 동일 카피 플레이트인 표준 플레이트(5)를 사용한 경우에서의 Cq값의 표준 편차, 상대 표준 편차, 또는 사분위 범위로서 표현되는 면내 분포이다. LOD는 주형 핵산이 검출될 수 있는 최소 카피 수이고, LOQ는 Cq값이 측정될 수 있는 최소 카피 수이다. 평가 대상 데이터 분석 정보는 평가 대상 데이터의 웰 정상성 정보를 포함한다.
제2 판정부(274)는 평가 대상 데이터 분석 정보에 의해 나타내어지는 정보 중 하나 이상의 부분에 기초하여 단말 디바이스(3)의 정상성을 판정한다. 비교부(275)는 평가 대상 데이터 분석 정보로부터 얻어진 정보 및 비교 데이터 분석 정보로부터 얻어진 정보를 비교하는 것에 의해 비교 정보를 얻는다. 비교 정보는, 비교에 사용된 정보에 추가하여, 평가 대상 데이터가 얻어진 검사 디바이스(4)가 정상인지 여부에 관한 정보, 및 평가 대상 데이터가 얻어진 검사 디바이스(4)에서 정상 또는 이상 Cq값이 얻어진 웰에 관한 정보를 포함할 수 있다. 비교 정보를 얻기 위해 비교에 사용되는 정보는, Cq값의 분포, Cq값의 평균, LOD, LOQ, 검량선의 기울기, 및 검량선의 절편 중 하나 이상이다. 정보의 이 부분을 사용하는 것에 의해 비교를 수행함으로써 다양한 양태로부터 검사 디바이스(4)의 정상성이 확인될 수 있다. 정보의 복수의 부분을 사용하는 것에 의해 비교를 수행함으로써 더 높은 정확성으로 정상성이 확인될 수 있다.
정보 출력부(28)는, 분석 정보 취득부(273)에 의해 취득된 평가 대상 데이터 분석 정보 및 비교 데이터 분석 정보, 제2 판정부(274)로부터의 정상성의 판정 결과, 및 비교부(275)에 의해 취득된 비교 정보가 설정된 분석 결과 정보를 생성한다. 정보 출력부(28)는 생성된 분석 결과 정보를 출력한다. 출력은 단말 디바이스(3)와 같은 다른 디바이스로의 송신, 기억부(22) 또는 다른 기록 매체에의 기록, 표시부(24) 상의 표시, 인쇄 디바이스(미도시)를 사용한 인쇄 등을 포함한다. 정보 출력부(28)는 평가 대상 데이터로서 사용된 검사 결과 데이터와 연관시켜 분석 결과 정보를 기억부(22)에 기입한다.
도 5는 정보 제공 디바이스(2)에 의해 수행된 검사 결과 데이터 수신 처리의 동작을 도시하는 흐름도이다. 단말 디바이스(3)는, 표준 플레이트(5)에 대해 검사 디바이스(4)에 의해 수행된 PCR 검사에 의해 얻어진 검사 결과 데이터를 정보 제공 디바이스(2)에 송신한다. 검사 결과 데이터에 속성 정보가 추가된다. 정보 제공 디바이스(2)는 검사 결과 데이터의 각 부분에 대해 도 5에 도시된 처리를 수행한다.
정보 제공 디바이스(2)의 취득부(26)는 단말 디바이스(3)로부터 통신부(21)에 의해 수신된 검사 결과 데이터를 취득한다[단계(S105)]. 취득부(26)는 수신된 검사 결과 데이터를 수신 시간 정보와 연관시켜 기억부(22)에 기입한다[단계(S110)]. 수신 시간 정보는, 정보 제공 디바이스(2)가 검사 결과 데이터를 수신한 시간을 나타낸다. 제1 판정부(271)는, 검사 결과 데이터에 추가된 속성 정보에 기초하여, 전체 표면 동일 카피 플레이트인 표준 플레이트(5)가 사용되었는지 여부를 판정한다[단계(S115)]. 제1 판정부(271)가 전체 표면 동일 카피 플레이트인 표준 플레이트(5)가 사용되지 않았다고 판정한 경우에[단계(S115): NO], 처리가 종료된다.
한편, 제1 판정부(271)가 전체 표면 동일 카피 플레이트인 표준 플레이트(5)가 사용되었다고 판정한 경우에[단계(S115): YES], 검사 결과 데이터로부터 Cq값의 면내 분포가 얻어진다[단계(S120)]. 제1 판정부(271)는 각 웰(52)의 Cq값과 Cq값의 면내 분포를 비교하여 각 웰(52)의 정상성을 판정한다[단계(S125)]. Cq값의 면내 분포가 전체 웰(52)의 Cq값으로부터 얻어진 표준 편차(σ)인 경우에, 제1 판정부(271)는, 미리 결정된 문턱값보다 큰 표준 편차를 갖는 Cq값이 얻어진 웰(52)이 이상이라고 판정한다. 미리 결정된 문턱값의 예는 σ, 2σ, 3σ 등이지만, 이에 제한되는 것은 아니다. Cq값의 면내 분포가 전체 웰(52)의 Cq값으로부터 얻어진 사분위 범위 내인 경우에, 제1 판정부(271)는, 미리 결정된 양 이상만큼 사분위 범위로부터 어긋난 Cq값이 얻어진 웰(52)이 이상이라고 판정한다. 제1 판정부(271)는 이상인 것으로 판정되지 않은 웰(52)이 정상이라고 판정한다. 제1 판정부(271)는, 단계(S110)에서 기억부(22)에 기입된 검사 결과 데이터와 연관시켜 웰 정상성 정보를 기입한다[단계(S130)]. 웰 정상성 정보는, 정상 웰(52)에 대한 웰 식별 정보 및 이상 웰(52)에 대한 웰 식별 정보 중 하나 또는 둘 다를 나타낸다.
주변 웰(52)의 Cq값이 정상이고 웰(52) 중 일부만의 Cq값이 이상인 경우에, 검사 디바이스(4)는 이상이 아니며, 이상성이 이물(foreign matter) 또는 기포(air bubbles)의 영향에 의해 유발된다는 점이 배제될 수 없다. 따라서, 이상 Cq값을 갖는 웰(52)을 분석을 위해 사용하지 않기 위해, 검사 결과 데이터에 웰 정상성 정보가 추가된다.
전체 표면 동일 카피 플레이트인 표준 플레이트(5)가 사용되지 않은 경우에, 제1 판정부(271)는, 검사 결과 데이터에 추가된 속성 정보에 기초하여 각 웰(52)의 카피 수에 관한 정보를 취득할 수 있고, 동일한 카피 수의 각 웰 그룹에 대해 단계(S120 및 S125)에서의 처리를 수행할 수 있다.
도 6은 정보 제공 디바이스(2)에 의해 수행된 분석 처리의 동작을 도시하는 흐름도이다. 분석 처리는 예를 들어, 도 5에서의 처리 후 입력부(23)에 의해 지시가 입력된 경우에, 또는 미리 결정된 간격으로 수행된다.
판독부(272)는 기억부(22)에 기억된 검사 결과 데이터 중 한 부분을 평가 대상 데이터로서 판독한다[단계(S205)]. 예를 들어, 판독부(272)는 도 5에서의 처리에서 기억부(22)에 기입된 새로운 검사 결과 데이터 또는 입력부(23)에 의해 지정된 검사 결과 데이터를 평가 대상 데이터로서 판독한다. 대안적으로, 판독부(272)는, 미리 설정되거나 입력부(23)에 의해 입력된 평가 대상 데이터 선택 조건과 매칭되는 검사 결과 데이터를 평가 대상 데이터로서 판독할 수 있거나, 또는 아직 평가 대상 데이터가 아닌 검사 결과 데이터를 판독할 수 있다. 복수의 판독된 검사 결과 데이터의 부분이 있는 경우에, 분석부(27)는 검사 결과 데이터의 부분 중으로부터 입력부(23)에 의해 지정된 검사 결과 데이터를 평가 대상 데이터로서 설정할 수 있거나, 또는 복수의 검사 결과 데이터의 부분 각각에 대해 단계(S210)에서의 그리고 단계(S210) 후의 처리를 수행할 수 있다. 판독부(272)는 시설에 의해 선택된 평가 대상 데이터 선택 조건을 단말 디바이스(3)로부터 수신할 수 있다. 이하, 평가 대상 데이터가 얻어진 검사 디바이스(4)가 평가 대상 검사 디바이스로 설명된다.
분석 정보 취득부(273)는, 평가 대상 데이터에 추가된 웰 정상성 정보에 의해 이상인 것으로 나타내어지는 웰(52)을 제외하고, 평가 대상 데이터로부터 각 웰(52)의 Cq값을 판독한다[단계(S210)]. 분석 정보 취득부(273)는, 각 웰(52)의 Cq값 및 카피 수에 관한 정보에 기초하여 평가 대상 데이터 분석 정보를 취득한다[단계(S215)]. 구체적으로, 분석 정보 취득부(273)는, 평가 대상 데이터에 추가된 속성 정보에 기초하여 각 웰(52)의 카피 수에 관한 정보를 판독한다. 단계(S210)에서 판독된 각 웰(52)의 Cq값 및 카피 수에 관한 판독된 정보에 기초하여, 분성 정보 취득부(273)는, Cq값의 면내 분포, 전체 표면에 대한 또는 각 카피 수에 대한 Cq값의 평균, 각 카피 수에 대한 Cq값의 분포, LOD, LOQ, 검량선의 기울기, 및 검량선의 절편 중 하나 이상에 대한 분석 항목의 값을 평가 대상 데이터 분석 정보로서 산출한다. Cq값의 면내 분포 및 전체 표면에 대한 Cq값의 평균은, 전체 표면 동일 카피 플레이트인 표준 플레이트(5)가 사용되었을 경우에 산출된다. 각 카피 수에 대한 Cq값의 평균, 각 카피 수에 대한 Cq값의 분포, LOD, LOQ, 검량선의 기울기, 및 검량선의 절편은, 전체 표면 동일 카피 플레이트가 아닌 표준 플레이트(5)가 사용되었을 경우에 산출된다. 전체 표면 동일 카피 플레이트가 아닌 표준 플레이트(5)는 특정한 복수 종의 카피 수를 갖는 웰(52)을 갖는 표준 플레이트(5)이다. Cq값의 면내 분포 또는 각 카피 수에 대한 Cq값의 분포는 표준 편차, 상대 표준 편차, 및 사분위 범위에 의해 표현된다. 검량선은 카피 수와 Cq값 사이의 관계를 표현하는 직선이다. LOD 및 LOQ의 산출의 예가 도 7을 참조하여 이후에 설명될 것이다.
분석 정보 취득부(273)는 또한, 평가 대상 데이터의 정상성 정보 및 단계(S210)에서 판독된 각 웰(52)의 Cq값을 평가 대상 데이터 분석 정보에 추가한다. 분석 정보 취득부(273)는, 과거의 검사 결과 데이터로부터 얻어진 웰 이상성 정보를 평가 대상 데이터 분석 정보에 추가할 수 있다. 이 경우에, 분석 정보 취득부(273)는, 평가 대상 데이터의 속성 정보와 동일한 검사 디바이스 식별 정보가 설정된 과거의 검사 결과 데이터로부터 정상성 정보를 판독한다. 분석 정보 취득부(273)는, 평가 대상 데이터에 설정된 정상성 정보 및 판독된 과거의 정상성 정보에 기초하여 미리 결정된 빈도 이상으로 이상인 것으로 판정된 웰(52)을 특정한다. 분석 정보 취득부(273)는, 특정된 웰(52)의 웰 식별 정보가 설정된 웰 이상성 정보를 평가 대상 데이터 분석 정보에 추가한다.
제2 판정부(274)는, 평가 대상 데이터 분석 정보에 기초하여 단말 디바이스(3)의 정상성을 판정한다[단계(S220)]. 예를 들어, 제2 판정부(274)는, 평가 대상 데이터 분석 정보에서의 각 분석 항목의 값이 정상 범위 내인지 여부를 판정한다. 각 분석 항목의 정상 범위는 예를 들어, 주형 핵산(54)의 유형 및 카피 수, 시약(프라이머, 증폭 시약, 및 형광 프로브)의 유형 및 양, 및 측정 조건에 따라 기억부(22)에 미리 기억된다. 예를 들어, 제2 판정부(274)는, 0 카피를 갖는 웰(52)이 Cq값이 검출되지 않는 경우에 정상이라고 판정할 수 있다.
기억부(22)에 기억된 검사 결과 데이터에 추가된 속성 정보에 기초하여, 판독부(272)는 비교 데이터 선택 조건과 매칭되는 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분을 비교 데이터로서 판독한다[단계(S225)]. 비교 데이터 선택 조건은 적어도, 평가 대상 데이터의 속성 정보에 의해 나타내어지는 주형 핵산의 유형 및 카피 수가 동일한 조건을 포함한다. 비교 데이터 선택 조건은, 시약(프라이머, 증폭 시약, 및 형광 프로브)의 유형 및 양, 측정 조건, 검사 일시, 검사 디바이스 식별 정보, 소유자, 설치 장소, 모델, 작업자, 및 수신 시간 중의 정보 중 하나 이상의 부분을 포함할 수 있다. 주형 핵산의 유형 및 카피 수 및 시약의 유형 및 양은 플레이트 식별 정보 또는 플레이트 유형 정보에 의해 나타내어질 수 있다. 비교 데이터 선택 조건은 입력부(23)에 의해 입력될 수 있거나, 또는 평가 대상 데이터의 속성 정보에 포함된 일부 정보에 대응하도록 기억부(22)에 미리 등록될 수 있다. 대안적으로, 판독부(272)는 시설에서 선택된 비교 데이터 선택 조건을 단말 디바이스(3)로부터 수신할 수 있다.
평가 대상 데이터 및 비교 데이터로서 평가 대상 검사 디바이스에서의 검사 일시가 상이한 검사 결과 데이터를 사용하는 것에 의해, 시간에 따른 변화로 인해 성능이 열화(deteriorate)되었는지 여부가 판정될 수 있는 비교 정보를 얻는 것이 가능하다. 이 경우에, 비교 데이터 선택 조건은, 주형 핵산의 유형 및 카피 수, 시약의 유형 및 양, 측정 조건, 및 검사 디바이스 식별 정보가 평가 대상 데이터에 대한 것과 동일하고, 검사 일시가 평가 대상 데이터의 검사 일시보다 이른 조건을 포함한다.
평가 대상 데이터 및 비교 데이터로서 평가 대상 검사 디바이스의 이전(relocation) 전후 또는 교정 전후의 검사 결과 데이터를 사용하는 것에 의해, 예를 들어 이전되거나 교정된 후 성능이 열화되었는지 여부가 판정될 수 있는 비교 정보를 얻는 것이 가능하다. 이 경우에, 평가 대상 데이터의 검사 일시는 이전 또는 교정 후의 일시이다. 비교 데이터 선택 조건은, 주형 핵산의 유형 및 카피 수, 시약의 유형 및 양, 측정 조건, 및 검사 디바이스 식별 정보가 평가 대상 데이터에 대한 것과 동일하고, 검사 일시가 이전 또는 교정의 검사 일시보다 이른 조건을 포함한다.
평가 대상 검사 디바이스와 동일한 모델의 다른 검사 디바이스(4)와 비교된 성능을 판정하기 위한 비교 정보를 얻는 경우에, 비교 데이터 선택 조건은, 주형 핵산의 유형 및 카피 수, 시약의 유형 및 양, 측정 조건, 및 검사 디바이스(4)의 모델이 평가 대상 데이터에 대한 것과 동일하고, 검사 디바이스 식별 정보가 평가 대상 데이터와 상이한 조건을 포함한다. 평가 대상 검사 디바이스를 다른 시설의 검사 디바이스(4)와 비교하는 것에 의해 성능을 판정하기 위한 비교 정보를 얻는 경우에, 비교 데이터 선택 조건은, 주형 핵산의 유형 및 카피 수, 시약의 유형 및 양, 측정 조건, 및 검사 디바이스(4)의 모델이 평가 대상 데이터에 대한 것과 동일하고, 시설이 평가 대상 데이터에 대한 시설과 상이한 조건을 포함한다.
작업자의 스킬을 판정하기 위한 비교 정보를 얻는 경우에, 비교 데이터 선택 조건은, 주형 핵산의 유형 및 카피 수, 시약의 유형 및 양, 측정 조건, 및 검사 디바이스(4)의 모델이 평가 대상 데이터에 대한 것과 동일하고, 작업자가 평가 대상 데이터에 대한 작업자와 상이한 조건을 포함한다.
위에서 설명된 바와 같이, 비교 데이터 선택 조건을 적절히 설정하는 것에 의해, 평가 대상 데이터와 검사 디바이스(4), 검사 디바이스(4)의 모델, 시설, 부서(시설 내의 조직), 작업자, 증폭 시약이 동일하거나 상이한 검사 결과 데이터가 비교 데이터로서 사용될 수 있다. 검사 디바이스(4)의 이전 전후의 검사 결과 데이터, 미리 결정된 기간 내에 PCR 검사를 수행하는 것에 의해 얻어진 검사 결과 데이터, 특정한 표준 플레이트 상에서 PCR 검사를 수행하는 것에 의해 얻어진 검사 결과 데이터가 평가 대상 데이터 및 비교 데이터로서 사용될 수 있다. 결론적으로, 교정 후 시간의 경과로 인해 검사 디바이스(4)의 성능이 열화되었는지 여부, 검사 디바이스(4)의 이전 전후에 검사 디바이스(4)의 성능이 변화되었는지 여부, 한 시설에서의 검사 디바이스(4)의 성능이 다른 시설에서의 검사 디바이스(4)의 성능과 어떻게 비교되고 상이한지, 작업자의 스킬과 같은 목적에 따라 평가 대상 데이터 및 비교 데이터를 선택하는 것, 및 비교를 수행하는 것이 가능하다.
이어서, 분석 정보 취득부(273)는, 비교 데이터의 각 부분으로부터 이상 웰(52)의 Cq값을 제외하고 각 웰(52)의 Cq값을 판독한다[단계(S230)]. 분석 정보 취득부(273)는, 단계(S230)에서 판독된 각 비교 데이터의 각 웰(52)의 Cq값 및 각 비교 데이터의 각 웰(52)의 카피 수에 기초하여 비교 데이터 분석 정보를 취득한다[단계(S235)]. 구체적으로, 분석 정보 취득부(273)는, 비교 데이터에 추가된 속성 정보에 기초하여 각 웰(52)의 카피 수에 관한 정보를 판독한다. 분석 정보 취득부(273)는, 단계(S230)에서 판독된 Cq값, 각 카피 수에 대한 비교 데이터의 전체 부분의 Cq값의 분포, 각 카피 수에 대한 비교 데이터의 각 부분 및 비교 데이터의 전체 부분의 Cq값의 평균, 비교 데이터의 각 부분의 LOD, 비교 데이터의 각 부분의 LOQ, 비교 데이터의 각 부분의 검량선의 기울기, 및 각 비교 데이터의 검량선의 절편 중 하나 이상을 비교 데이터 분석 정보로서 산출한다. 분석 정보 취득부(273)는, 비교 데이터에 대응하도록 기억부(22)에 기억된 분석 결과 정보에 기초하여 정보의 이 부분을 취득할 수 있다. 분석 정보 취득부(273)는, 비교 데이터의 각 부분에 대응하는 분석 결과 정보로부터 얻어지는 정보가 비교 데이터 분석 정보에 포함되게 할 수 있다.
비교부(275)는, 평가 대상 데이터 분석 정보를 비교 데이터 분석 정보와 비교하는 것에 의해 비교 정보를 얻는다[단계(S240)]. 비교에 사용되는 비교 항목은 웰의 Cq값, Cq값의 분포, Cq값의 평균, LOD, LOQ, 검량선의 기울기, 검량선의 절편 중의 정보 중 하나 이상의 부분이다. 비교부(275)는, 전체 표면 동일 카피 플레이트인 표준 플레이트(5)가 평가 대상 데이터에 사용되었는지 여부에 따라 비교 항목을 선택할 수 있다.
예를 들어, 비교부(275)는, 평가 대상 데이터 분석 정보로부터 얻어지는 비교 항목의 값과 비교 데이터 분석 정보로부터 얻어지는 비교 항목의 값 또는 비교 항목의 값의 평균 사이의 편차를 산출한다. 대안적으로, 비교부(275)는, 평가 대상 데이터 분석 정보로부터 얻어지는 항목의 값이 비교 데이터 분석 정보로부터 얻어지는 비교 항목의 값의 분포에서 어디에 위치되었는지를 산출한다. 비교 데이터 선택 조건이 시약의 유형 및 양과 측정 조건이 평가 대상 데이터에 대한 것과 동일하다는 조건을 포함하는 경우에, 비교부(275)는 또한 이 산출 결과에 기초하여 평가 대상 검사 디바이스가 정상인지 이상인지 여부를 결정한다.
비교 항목의 값이 카피 수(N)에 대한 Cq값의 평균이라고 가정한다. N은 바람직하게 LOQ 이상인 수이다. 비교부(275)는, 평가 대상 데이터에서의 카피 수(N)에 대한 Cq값의 평균과 비교 데이터의 전체 부분에서의 카피 수(N)에 대한 Cq값의 평균 사이의 편차를 산출한다. 비교부(275)는, 편차가 미리 결정된 문턱값 이하인 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 정상이라고 판정하고, 편차가 문턱값보다 큰 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라고 판정한다. 대안적으로, 비교부(275)는, 평가 대상 데이터에서의 카피 수(N)에 대한 Cq값의 평균이 비교 데이터의 전체 부분에서의 카피 수(N)에 대한 Cq값의 평균 ± 표준 편차(σ)에 포함되는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 정상이라고 판정하고, 평균이 포함되지 않는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라고 판정한다. 비교부(275)는, 평가 대상 데이터에서의 카피 수(N)에 대한 Cq값의 평균이 비교 데이터의 전체 부분에서 카피 수(N)에 대한 Cq값의 사분위 범위에 포함되는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 정상이라고 판정할 수 있고, 평균이 포함되지 않는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라고 판정할 수 있다.
비교 항목의 값이 카피 수(N)에 대한 웰의 Cq값이라고 가정한다. 비교부(275)는, 평가 대상 데이터 분석 정보에서 카피 수(N)를 갖는 각 웰의 모든 Cq값이 비교 데이터의 전체 부분에서의 카피 수(N)에 대한 Cq값의 평균 ± 표준 편차(σ)에 포함되는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 정상이라고 판정하고, Cq값이 포함되지 않는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라고 판정한다. 대안적으로, 비교부(275)는, 평가 대상 데이터에서 카피 수(N)를 갖는 각 웰의 Cq값의 집합과 비교 데이터의 전체 부분에서 카피 수(N)를 갖는 각 웰의 Cq값의 집합 사이의 유의차 검사(significant difference test)를 수행한다. 비교부(275)는, 유의차가 없는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 정상이라고 판정하고, 유의차가 있는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라고 판정한다.
비교 항목의 값이 카피 수(N)를 갖는 웰의 Cq값의 표준 편차(분포)라고 가정한다. 비교부(275)는, 평가 대상 데이터에서 카피 수(N)를 갖는 웰의 Cq값의 표준 편차와 비교 데이터의 전체 부분에서 카피 수(N)를 갖는 웰의 Cq값의 표준 편차 사이의 차이를 산출한다. 비교부(275)는, 차이가 미리 결정된 문턱값 내인 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 정상이라고 판정하고, 차이가 미리 결정된 문턱값보다 큰 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라고 판정한다.
비교 항목의 값이 LOD라고 가정한다. 비교부(275)는, 평가 대상 데이터에서의 LOD와 비교 데이터의 전체 부분에서의 LOD의 평균 사이의 편차를 산출한다. 비교부(275)는, 편차가 미리 결정된 문턱값 이하인 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 정상이라고 판정하고, 편차가 문턱값보다 큰 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라고 판정한다. 대안적으로, 비교부(275)는, 평가 대상 데이터에서의 LOD가 비교 데이터의 전체 부분에서의 LOD의 평균 ± 표준 편차(σ)에 포함되는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 정상이라고 판정하고, LOD가 포함되지 않는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라고 판정한다. 비교부(275)는, 평가 대상 데이터에서의 LOD가 비교 데이터의 전체 부분에서의 LOD의 사분위 범위에 포함되는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 정상이라고 판정할 수 있고, LOD가 포함되지 않는 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라고 판정할 수 있다. 비교부(275)는, 비교 항목이 LOQ, 검량선의 기울기, 또는 검량선의 절편인 경우에 유사하게 판정을 수행한다.
복수의 비교 항목을 사용하는 경우에, 비교부(275)는, 각 비교 항목에 대해 평가 대상 검사 디바이스가 정상인지 이상인지 여부를 판정할 수 있고, 어느 하나의 또는 2개보다 많은 미리 결정된 수의 비교 항목에 대해 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라고 판정된 경우에 평가 대상 검사 디바이스가 이상이라는 최종 판정을 판정할 수 있다. 복수의 비교 항목을 사용하는 것에 의해 다양한 양태로부터 검사 디바이스(4)의 정상성이 확인될 수 있기 때문에, 더 정확하게 검사 디바이스(4)의 정상성이 확인될 수 있다. 비교부(275)는, 비교 정보에 평가 대상 데이터 분석 정보로부터 얻어진 비교 항목의 값, 비교에 사용된 비교 데이터 분석 정보의 비교 항목의 값, 값의 평균, 또는 값의 분포, 및 비교를 통해 판정된 평가 대상 검사 디바이스가 정상인지 여부에 관한 정보가 설정된 비교 정보를 생성한다.
정보 출력부(28)는, 비교부(275)에 의해 생성된 비교 정보, 분석 정보 취득부(273)에 의해 생성된 평가 대상 데이터 분석 정보 및 비교 데이터 분석 정보, 및 비교 데이터 선택 조건을 포함하는 분석 결과 정보를 출력한다[단계(S245)]. 즉, 정보 출력부(28)는 평가 대상 데이터와 연관시켜 기억부(22)에 분석 결과 정보를 기입한다. 이 경우에, 정보 출력부(28)는 비교 데이터로서 사용된 검사 결과 데이터를 특정하는 정보를 분석 결과 정보에 추가할 수 있고 분석 결과 정보를 기억부(22)에 기입할 수 있다. 정보 출력부(28)는 또한, 분석 결과 정보, 평가 대상 데이터, 및 평가 대상 데이터의 속성 정보를 포함하는 분석 결과 통지 정보를 생성한다. 정보 출력부(28)는 또한, 주형 핵산(54)의 유형, 평가 대상 데이터의 측정에 사용된 표준 플레이트(5)의 각 웰(52)에서의 카피 수, 시약의 유형 및 양, 및 비교 데이터의 속성 정보로부터 얻어지는 정보를 결과 통지 정보로 설정할 수 있다. 분석 결과 통지 정보는 분석 결과 정보를 그래프 또는 표로 표시하기 위한 표시 데이터를 포함할 수 있다. 예를 들어, 표시 데이터는, 평가 대상 데이터 분석 정보로부터 얻어진 분석 항목값 및 비교에 사용된 비교 데이터 분석 정보에서의 분석 항목값과 분포를 동일한 그래프 상에 또는 표에 나란히 표시할 수 있다. 정보 출력부(28)는, 평가 대상 데이터의 속성 정보에 의해 특정된 시설의 단말 디바이스(3)에 분석 결과 통지 정보를 송신한다. 단말 디바이스(3)는 수신된 분석 결과 통지 정보를 기억하고 분석 결과 통지 정보를 디스플레이에 표시한다.
시설에서, 단말 디바이스(3)에 의해 수신된 분석 결과 통지 정보를 참조하여, 동일한 검사 디바이스(4), 동일한 시약, 및 동일한 프라이머가 사용될 때, 미리 결정된 카피수에 대한 Cq값이 정해진 값이 되도록 평가 대상 검사 디바이스가 교정된다. 예를 들어, 평가 대상 데이터 분석 정보 및 비교 데이터 분석 정보에 의해 나타내어지는 평가 대상 검사 디바이스와 다른 검사 디바이스(4) 사이의 Cq값의 평균에서의 차이와 같은 정보가 평가 대상 검사 디바이스의 교정에 사용된다. 대안적으로, 종래의 교정에서와 같이 교정 전후에 Cq값이 어긋나는 경우에, 각 시설은 제공된 정보를 참조하여 평가 대상 검사 디바이스의 검사 결과에 의해 나타내어지는 Cq값을 오프셋시킨다. 대안적으로, 정보 제공 디바이스(2)의 정보 출력부(28)는, 분석 결과 정보 또는 분석 결과 통지 정보를 인쇄하는 것 또는 표시부(24)에 정보를 표시하는 것에 의해 출력할 수 있거나, 또는 검사 디바이스(4)의 보수(maintenance)를 수행하는 기업의 단말 디바이스(미도시)에 정보를 출력할 수 있다. 보수 기업의 작업자는 출력된 분석 결과 정보 또는 분석 결과 통지 정보를 확인하고, 시설에서 평가 대상 검사 디바이스의 교정 및 오프셋을 수행한다. 위에서 설명된 바와 같이, 검사 디바이스(4)의 성능을 엄격히 관리하는 것이 가능하다. 시설은 웰 정상성 정보에 의해 이상인 것으로 나타내어지는 웰에 대해 청소와 같은 처리를 수행한다. 비교 정보가 이상성을 나타내는 경우에, 시설은 히트 블록(heat block), 램프(lamp), 검출 시스템을 교정한다.
위에서 설명된 바와 같이, 정보 제공 디바이스(2)에 의해 생성되는 비교 정보를 사용하는 것에 의해, 상이한 시설에서의 검사 결과 및 어떤 측정 시스템에서의 성능 차이, 또는 동일한 시설에서의 검사 결과 및 어떤 측정 시스템에서의 성능 차이를 더 정확히 비교하는 것이 가능하고, 따라서 검사 디바이스(4) 또는 시약에서의 결함을 더 쉽게 발견할 수 있다. 동일한 검사 디바이스(4)에 의해 과거에 취득된 복수의 데이터의 부분을 사용하는 것에 의해, 검사 디바이스(4)의 현재 결함을 파악하는 것이 가능하고, 복수의 시설에서 취득된 복수의 데이터의 부분을 사용하는 것에 의해, 각 시설의 검사 디바이스(4)의 정상 상태를 판정하는 것이 또한 가능하다.
단말 디바이스(3)는 제외된 웰 정보를 검사 결과 데이터에 추가할 수 있고 데이터를 정보 제공 디바이스(2)에 송신할 수 있다. 제외된 웰 정보는 분석에 사용되지 않은 웰(52)에 관한 정보를 나타낸다. 이 경우에, 단계(S210)에서, 분석 정보 취득부(273)는 제외된 웰 정보에 의해 나타내어지는 웰(52)을 더 제외한 후 평가 대상 데이터로부터 각 웰(52)의 Cq값을 판독한다. 평가 대상 데이터로부터 제외된 웰(52)은, 평가 대상 검사 디바이스의 과거 검사 결과 데이터에 추가된 웰 정상성 정보 또는 웰 이상성 정보에 의해 이상성이 나타내어지는 웰일 수 있다. 이 경우에, 검사 디바이스(4)는 제외된 웰 정보로서 과거 검사 결과 데이터를 특정하는 정보를 사용할 수 있다.
정보 제공 디바이스(2)는, 복수의 상이한 비교 데이터 선택 조건 각각으로부터 선택된 각 비교 데이터 그룹에 대해 단계(S225 내지 S240)에서의 처리를 수행할 수 있다. 도 5에서의 단계(S115)에서의 프로세스에서 NO가 판정된 후 또는 단계(S130)에서의 처리 후, 정보 제공 디바이스(2)는, 검사 결과 데이터에 대해 도 5에서의 단계(S210 내지 S220)에서의 처리를 수행할 수 있고, 단계(S215)에서의 처리를 통해 얻어진 평가 대상 데이터 분석 정보 및 단계(S220)에서의 처리를 통해 얻어진 판정 결과를 검사 결과 데이터에 추가할 수 있으며, 데이터를 기억부(22)에 기입할 수 있다.
도 7은 LOD 및 LOQ를 산출하는 방법을 설명하기 위한 도면이다. LOQ를 검출하는 방법은 예를 들어, 참고문헌 "A. Forootan, et al., "Methods to determine limit of detection and limit of quantification in quantitative real-time PCR (qPCR)," Biomolecular Detection and Quantification, Volume 12, June 2017, Pages 1 to 6".에 개시된다. 도 7의 (a)는 카피 수와 CV값 사이의 관계를 도시하는 그래프이다. 도 7의 (b)는 카피 수와 CV값, 검출율(detection ratio), 및 UD 수 사이의 관계를 도시하는 도면이다. 각 카피 수에 대한 웰의 수는 Le1 유전자의 2 측정에 대해 24이다. UD는 Cq값이 검출되지 않았음을 나타낸다. 참고문헌에 따르면, 도 7에 도시된 CV값은 다음 식(1)에 의해 산출된다. SDCq는 Cq값의 표준 편차이고, E는 qPCR 효율이다.
분석 정보 취득부(273)는, 검출되지 않은 웰(52)의 수가 미리 결정된 수 이하인 최소 카피 수를 LOD로 판정한다. 분석 정보 취득부(273)는 또한, 식(1)에 의해 산출된 CV값이 미리 결정된 값 이하인 최소 카피 수를 LOQ로 설정한다. 참고문헌에서, 검출되지 않은 웰(52)의 수가 0, 즉 검출율이 100%인 최소 카피 수가 LOD로 설정되고, CV값이 35% 이하인 최소 카피 수가 LOQ로 설정된다. 도 7의 경우에서, 분석 정보 취득부(273)는, 검출율이 100%인 최소 카피 수 "2"를 LOD로 판정하고, CV가 35% 이하인 최소 카피 수 "8"을 LOQ로 판정한다.
도 8 및 도 9는 분석 결과 정보의 표시예를 도시하는 도면이다. 도 8에서의 그래프는 평가 대상 데이터에 의해 나타내어지는 Cq값의 면내 분포를 도시한다. 도 9에서의 그래프는 평가 대상 검사 디바이스의 Cq값의 분포에서의 시계열 변화(time-series changes)를 도시한다. 10월에서의 Cq값의 분포는 평가 대상 데이터 분석 정보로부터 얻어진다. 1월부터 9월까지의 각 달에 대한 Cq값의 분포는, 평가 대상 검사 디바이스의 각 달에 대한 검사 결과 데이터가 비교 데이터로서 사용되는 비교 데이터 분석 정보로부터 얻어진다.
각 시설은, 기지의 카피 수의 주형 핵산, 프라이머, 증폭 시약, 및 형광 프로브가 각 웰(52)에 설정된 표준 플레이트(5)를 사용하고, 미리 결정된 간격으로 수행한 검사 디바이스(4)의 결과를 정보 제공 디바이스(2)에 송신하며, 따라서 면내 분포를 확인하는 것 및 월별 디바이스 정확성 관리에 유용한 정보의 피드백을 수신하는 것이 가능하다.
다음으로, 정보 제공 시스템(1)의 적용예가 설명될 것이다.
(검출 감도의 확인)
여기서, 검사 디바이스(4)의 성능으로서 검출 감도를 확인하는 예가 설명될 것이다. 검출 감도는, 시설에서의 디바이스 관리자와 같은 사용자에 의해 검사 디바이스(4)의 주기적 품질 관리시에, 검사 디바이스(4)의 도입시에, 검사 디바이스(4)의 이전 전후에 확인된다. 검출 감도를 확인하는 경우에, 먼저 면내 분포를 확인하는 것이 바람직하다. 면내 분포가 미리 확인되고, 모든 웰이 정상인 경우에, 모든 웰이 사용될 것임이 보증되고, 이상 웰이 있을 경우에, 이상 웰을 제외하는 것에 의해 검출 감도가 얻어질 수 있다. 따라서, 더 정확한 검출 감도 정보가 얻어질 수 있다.
면내 분포가 정상임을 확인하기 위해, 자연계에 존재하지 않는 서열을 갖는 특정한 작은 카피 수의 표준 물질이 모든 웰(52)에 배치된 전체 표면 카피 플레이트인 표준 플레이트(5)가 사용된다. 표준 플레이트(5)의 전체 표면에 배치되는 카피 수는, 자연계에 존재하지 않는 서열이 제공될 때 최고 성능인 2 카피, 검출 감도 부근인 10 카피, 및 더 신뢰가능한 반응이 요망될 때의 50 카피와 같이, 목적에 따라 설정된다. 목적에 따른 카피 수를 갖는 표준 플레이트(5)를 사용하는 것에 의해 면내 분포, 전체 표면의 정상성, 또는 검출의 유무가 확인된다.
예를 들어, 20 카피로부터 검출이 요구되는 경우에, 전체 표면에 10 카피가 배치된 표준 플레이트(5)를 사용하는 것에 의해, 검사 디바이스(4)에 의해 수행된 qPCR 검사를 통해 얻어진 검사 결과 데이터를 평가 대상 데이터로서 분석한 정보 제공 디바이스(2)에 의해 얻어진 면내 분포, 전체 표면의 정상성, 및 검출의 유무를 확인하는 것이 바람직하다. 전체 표면의 정상성 및 검출의 유무만을 확인하는 것이 요망되는 경우에, 5 카피 또는 2 카피의 주형 핵산(54)이 배치된 표준 플레이트(5)를 측정하는 것에 의해 얻어진 검사 결과 데이터가 평가 대상 데이터로서 사용될 수 있다.
도 10은, 전체 표면 상의 10 카피로 표준 플레이트(5)를 사용하는 것에 의해 qPCR 검사를 수행한 검사 디바이스(4)에 의해 얻어진 검사 결과 데이터 및 그 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다. 전체 표면 상의 10 카피는, 모든 웰(52)에 10 카피의 주형 핵산(54)이 배치된 것을 나타낸다. 도 10의 (a)는 검사 결과 데이터를 도시하고, 도 10의 (b)는 도 10의 (a)에 도시된 검사 결과 데이터로부터 얻어진 분석 정보를 도시한다. 검사 결과 데이터는 각 웰(52)에 대한 Cq값을 도시한다. 분석 정보는, 주형 핵산(54)의 카피 수, Cq값의 평균(Cq Ave), Cq값의 표준 편차(σ), Cq값의 상대 표준 편차(relative standard deviation; RSD), 최소 Cq값과 최대 Cq값 사이의 차이(ΔCq), 최대 Cq값(Max), 최소 Cq값(Min), UD 수, 및 검출율을 포함한다. UD 수는, Cq값이 검출되지 않은 웰(52)의 수이다. 검출율은, Cq값이 검출된 웰(52)의 비율이다.
도 11은, 도 10에서의 데이터가 얻어진 2개월 후에 도 10과 동일한 조건 하에서 qPCR 검사를 수행한 동일한 검사 디바이스(4)에 의해 얻어진 검사 결과 데이터 및 그 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다. 도 11의 (a)는 검사 결과 데이터를 도시하고, 도 11의 (b)는 도 11의 (a)에 도시된 검사 결과 데이터로부터 얻어진 분석 정보를 도시한다.
도 11의 (a)가 평가 대상 데이터, 도 11의 (b)가 평가 대상 데이터 분석 정보, 도 10의 (a)가 비교 데이터, 도 10의 (b)가 비교 데이터 분석 정보라 한다. 제2 판정부(274)는, 도 11의 (b)에서의 평가 대상 데이터 분석 정보로부터 얻어지는 Cq값의 평균이 미리 결정된 범위 내(예를 들어, 35 ± 0.5)이고, Cq값의 표준 편차가 미리 결정된 범위 내(예를 들어, σ < 0.6)이며, 최소 Cq값과 최대 Cq값 사이의 차이가 미리 결정된 범위 내(예를 들어, ΔCq < 2.0)라고 판정한다. 제2 판정부(274)는, 이상 Cq값을 나타내는 웰(52)이 없고 UD 수가 0이기 때문에 모든 웰(52)이 정상이라고 판정한다. 비교부(275)는, 도 11의 (b)에서의 평가 대상 데이터 분석 정보를 도 10의 (b)에서의 비교 데이터 분석 정보와 비교하고, 평가 대상 데이터 분석 정보가 2개월 전의 비교 데이터로부터 얻어진 비교 데이터 분석 정보와 실질적으로 동일한 정확성을 갖는다고 판정한다.
위에서 설명된 바와 같이, 정보 제공 디바이스(2)는, 표준 플레이트(5)의 전체 표면이 검출되었는지 여부를 확인할 수 있고, Cq값의 분포, 평균, 및 표준 편차를 관리값으로서 사용할 수 있고, 현재의 Cq값의 분포, 평균, 및 표준 편차를 이전의 Cq값의 분포, 평균, 및 표준 편차와 비교할 수 있으며, 현재의 검사 디바이스(4)의 상태의 정상성을 확인할 수 있다. 자연계에 존재하지 않는 서열을 갖는 주형 핵산을 포함하는 표준 플레이트(5)를 사용하는 것에 의해, 오염의 위험을 감소시키는 효과가 기대될 수 있다.
다음으로, 시설은, 자연계에 존재하지 않는 서열(인공 서열)을 갖는 주형 핵산이 배치된 표준 플레이트(5)를 사용하는 것에 의해 검사 디바이스(4)의 검출 감도의 상태를 확인한다. 검사 디바이스(4)는 도 3에 도시된 표준 플레이트(5)를 사용하는 것에 의해 qPCR 검사를 수행한다. 표준 플레이트(5)의 96개의 웰(52)에 카피 수가 0, 1, 5, 10, 20, 40, 및 80인 주형 핵산이 배치된다.
도 12는, 도 10에서의 데이터가 얻어진 후에, 도 3에 도시된 바와 같이 주형 핵산이 배치된 표준 플레이트(5)를 사용하는 것에 의해 qPCR 검사를 수행한 검사 디바이스(4)에 의해 얻어진 검사 결과 데이터 및 그 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다. 도 12의 (a)는 검사 결과 데이터를 도시하고, 도 12의 (b) 및 도 12의 (c)는 도 12의 (a)에 도시된 검사 결과 데이터로부터 얻어진 분석 정보를 도시한다. 도 12의 (b)는 도 10의 (b) 및 도 11의 (b)와 동일한 분석 항목에 관한 정보를 도시한다. 도 12의 (c)는 검량선, 판정 계수(R2), 및 증폭 효율을 도시한다.
도 13은, 도 11에서의 데이터가 얻어진 후에, 도 12에서와 동일한 조건 하에서 qPCR 검사를 수행한 동일한 검사 디바이스(4)에 의해 얻어진 검사 결과 데이터 및 그 분석 정보의 예를 도시하는 도면이다. 도 13의 (a)는 검사 결과 데이터를 도시하고, 도 13의 (b) 및 도 13의 (c)는 도 13의 (a)에 도시된 검사 결과 데이터로부터 얻어진 분석 정보를 도시한다. 도 13의 (b)는 도 12의 (c)에서와 동일한 분석 항목에 관한 정보를 포함하고, 도 13의 (c)는 도 12의 (c)에서와 동일한 분석 항목을 도시한다.
미리 전체 표면에 대한 Cq값 분포에 문제가 없음이 확인되었기 때문에, 모든 웰(52)의 데이터가 평가에 사용될 수 있다. 정보 제공 디바이스(2)의 제2 판정부(274)는, 0 카피가 증폭되지 않았기 때문에 검사가 성립된다고 판정한다. 분석 정보 취득부(273)는, 5 이상의 카피에 대해 검출율이 100%이기 때문에, 검출 감도가 5 카피부터라고 판정한다. 제2 판정부(274)는, 검출 감도에 추가하여, 검량선의 기울기 및 절편(절편은 1 카피에서의 Cq값임)이 미리 결정된 범위 내인지 판정한다. 비교부(275)는, 검량선의 기울기 및 절편을, 이전의 검사 결과 데이터인 비교 데이터에서의 검량선의 기울기 및 절편과 비교하여, 현재의 검사 디바이스(4)의 상태 및 성능이 정상인지 여부를 판정한다. 결론적으로, 시설은, 정상 상태에서 관리된 검사 디바이스(4)를 사용하는 것에 의해 정상 검사 및 점검(inspection)을 수행할 수 있다. 면내 분포 및 검출 감도와 같은 상태를 확인하기 위한 표준 플레이트에, 이전의 데이터와의 비교가 수행될 수 있는 한, 자연계에 존재하는 서열을 갖는 주형 핵산이 사용될 수 있다.
[검사 디바이스(4)의 상태의 확인]
여기서, 검사 디바이스(4)가 qPCR/PCR에서 모든 96개의 웰을 정상적으로 측정할 수 있는지 여부를 확인함으로써 검사 디바이스(4)의 상태가 관리된다. 이 경우에, 예를 들어, 정보 제공 디바이스(2)는, 평가 대상 검사 디바이스에 의해, 미리 결정된 빈도로 전체 표면 상의 10 카피로 표준 플레이트(5)를 사용하는 것에 의해 수행된 qPCR 검사의 결과에 관한 검사 결과 데이터를 수신하고, 수신된 검사 결과 데이터를 기억부(22)에 기억시킨다. 정보 제공 디바이스(2)는, 최신의 검사 결과 데이터(평가 대상 데이터)에서의 Cq값의 분포를 기준과 비교하여 평가 대상 검사 디바이스가 현재 정상인지 여부를 관리한다. 비교를 위한 기준으로서, 평가 대상 검사 디바이스로부터 수신된 과거 검사 결과 데이터(비교 데이터)로부터 얻어진 과거 Cq값의 분포가 사용된다.
도 14 및 도 15는, 과거에 측정된 Cq값과 이번에 측정된 Cq값의 분포의 비교예를 도시하는 도면이다. 도 14는 히스토그램으로의 분포를 도시하고, 도 15의 (a)는 박스플롯(boxplot)으로의 분포를 도시한다. 도 15의 (b)는, 과거 및 현재 Cq값의 평균(Cq Ave) 및 표준 편차(Cq σ)와, 현재 최대 Cq값과 최소 Cq값 사이의 차이를 도시한다.
도 14에 도시된 바와 같이, 비교부(275)는, 평가 대상 검사 디바이스의 과거 검사 결과인 비교 데이터로부터 얻어진 Cq값의 분포를, 평가 대상 검사 디바이스의 현재 검사 결과 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어진 Cq값의 분포와 비교한다. 비교부(275)는, 이 분포가 미리 결정된 값보다 더 유사하면, 상태가 정상이라고 판정하고, 분포가 유사하지 않으면, 상태가 이상이라고 판정한다. 제2 판정부(274)는, 현재 Cq값의 평균이 미리 결정된 범위 내(예를 들어, 35 ± 0.5)이고, Cq값의 표준 편차가 미리 결정된 범위 내(예를 들어, σ < 0.6)이면, 상태가 정상이라고 판정하고, 그렇지 않으면 상태가 이상이라고 판정한다. 대안적으로, 비교부(275)는, 도 15에 도시된 과거 Cq값의 평균과 현재 Cq값의 평균 사이의 차이가 미리 결정됨 범위 내이고, 과거 Cq값의 표준 편차와 현재 Cq값의 표준 편차 사이의 차이가 미리 결정된 범위 내이며, 현재 최대 Cq값과 최소 Cq값 사이의 차이가 미리 결정된 범위 내인 경우에, 상태가 정상이라고 판정한다. 정상성을 판정하기 위한 미리 결정된 범위는 시설의 내부 표준 등에 따라 판정된 값일 수 있다. 위의 설명에서, 비교 데이터는 평가 대상 검사 디바이스의 과거 검사 결과 데이터이지만, 다른 시설의 검사 디바이스(4) 또는 다른 모델의 검사 디바이스(4)의 과거 또는 현재 검사 결과 데이터일 수 있다.
(작업자 스킬의 비교)
작업자 스킬을 비교하는 경우에, 프라이머, 증폭 시약, 또는 형광 프로브를 포함하지 않는 표준 플레이트(5)가 사용된다. 작업자는 프라이머, 증폭 시약, 및 형광 프로브와 같은 시약을 준비하고, 시약을 표준 플레이트(5)의 각 웰(52)에 분배한다. 작업자는 이어서 동일한 PCR 프로토콜에 따라 검사 디바이스(4)로 표준 플레이트(5)에 대한 qPCR 검사를 수행한다. 단말 디바이스(3)는, 검사 디바이스(4)에 의해 수행된 qPCR 검사에 의해 얻어진 검사 결과 데이터를 정보 제공 디바이스(2)에 송신한다. 정보 제공 디바이스(2)는, 상이한 작업자의 검사 결과 데이터를 평가 대상 데이터 및 비교 데이터로서 사용하는 것에 의해 분석을 수행한다.
[차세대 시퀀서(sequencers)에의 응용]
차세대 시퀀서(next-generation sequencers; NGS)는, 검사 디바이스(4)로 특정 서열이 PCR 증폭되고 증폭된 산물의 유무 또는 양이 조사되는 앰플리콘(amplicon) NGS 등을 포함한다. 이 경우에, 검사 디바이스(4)로의 표준 플레이트(5)의 PCR 증폭 후, NGS를 사용한 검사를 위한 시약이 준비되고, 준비된 시약이 표준 플레이트(5)에 추가되며, NGS를 사용한 검사가 수행된다. 정보 제공 디바이스(2)는, 검사 디바이스(4)의 검사 결과 데이터 대신에 NGS를 사용하여 검사 결과를 나타내는 검사 결과 데이터를 사용하는 것에 의해 분석을 수행한다.
(품질 관리의 시스템화)
위에서 설명된 검출 감도를 확인한 결과 및 검사 디바이스(4)의 상태를 확인한 결과와 같은 정보 제공 디바이스(2)에 의해 얻어진 분석 결과 정보는, 기억부(22) 또는 정보 제공 디바이스(2)와는 상이한 서버 컴퓨터 또는 클라우드 상의 서버 컴퓨터에 저장될 수 있고, 입력부(23)에 의해 입력된 요구 또는 단말 디바이스(3) 또는 검사 디바이스(4)로부터 수신된 요구에 응답하여 분석 결과 정보가 출력될 수 있다. 결론적으로, 각 시설에서, 언제든지, 다른 시설과의 차이, 다른 모델과의 차이, 동일한 시설 내의 동일한 모델 간의 차이, 작업자의 역량에서의 차이, 증폭 시약 간의 차이, 검사 디바이스(4)의 이전 전후의 감도 또는 상태를 비교한 결과를 얻는 것이 가능하다. 분석 결과 출력 정보의 출력처(output destination)는, 검사 디바이스(4)를 제조하거나, 판매하거나, 또는 보수하는 기업 등의 컴퓨터 단말(미도시)일 수 있다. 각 시설 또는 검사 디바이스(4)를 제조하거나, 판매하거나, 또는 보수하는 기업은, 비교되기 요망되는 인자를 임의로 선택할 수 있고, 선택된 인자에 의한 분석 결과가 없는 경우에, 정보 제공 디바이스(2)가 분석을 수행할 수 있고 분석 결과를 제공할 수 있다. 정보 제공 디바이스(2)가 과거 검사 결과 데이터를 수집할수록, 정확성이 향상되고 더 많은 인자에 기초한 비교가 수행될 수 있다.
본 실시예의 정보 제공 디바이스(2)에 따르면, 각 시설의 검사 디바이스(4)의 검사 결과 데이터가 일괄적으로 수집될 수 있고, 검사 디바이스(4)의 정확성 또는 상태의 품질이 분석, 판정될 수 있고 각 시설에 피드백될 수 있다. 정보 제공 디바이스(2)는, 상이한 시설에서의 동일한 모델의 검사 디바이스(4)의 검사 결과 데이터를 수집할 수 있고, 검사 디바이스 중 평가 대상 검사 디바이스로부터 얻어진 검사 결과 데이터가 분포된 위치 및 어느 정도의 특성이 얻어지고 있는지에 관한 정보를 제공할 수 있다. 시설은, 검사 디바이스(4)의 현재 상태가 과거 검사 결과 데이터와 비교하여 정상인지 여부 및 검사 디바이스(4)가 정상적으로 동작하고 있는지 여부를 표준 플레이트를 사용한 1회 qPCR 측정을 통해 확인할 수 있다. 시설은, 정보 제공 디바이스(2)에 의해 제공되는 정보에 기초하여 검사 디바이스(4)의 정상서 및 성능을 확인하고, 필요하다면 교정을 수행한다. 따라서, 항상 신뢰가능한 측정 시스템을 사용하는 것에 의해 검사를 수행하는 것이 가능하다. 분석 결과를 클라우드 등에 기억시키고, 분석 결과를 요구에 따라 예를 들어 검사 디바이스(4)를 제조하거나, 판매하거나, 또는 보수하는 기업에 제공하는 것이 가능하다.
위에서 설명된 실시예에서의 정보 제공 디바이스(2) 및 검사 디바이스(4)의 기능은 컴퓨터에 의해 실현될 수 있다. 이 경우에, 정보 제공 디바이스(2) 및 검사 디바이스(4)의 기능을 실현하기 위한 프로그램을 컴퓨터 판독가능 기록 매체에 기록하고, 컴퓨터 시스템이 이 기록 매체에 기록된 프로그램을 판독하고 실행하게 하는 것에 의해, 기능이 실현될 수 있다. 여기서 설명되는 "컴퓨터 시스템"은 CPU(central processing unit), OS(operation system), 및 주변 디바이스와 같은 하드웨러를 포함한다. "컴퓨터 판독가능 기록 매체"는 플렉시블 디스크, 광자기 디스크, ROM(read only memory), 및 CD-ROM과 같은 포터블 매체, 및 컴퓨터 시스템에 내장되는 하드 디스크와 같은 기억 디바이스이다. "컴퓨터 판독가능 기록 매체"는 인터넷과 같은 네트워크 또는 전화 회선과 같은 통신 회선을 통해 프로그램을 송신하는 경우에서의 통신 회선과 같은, 단기간 동안 동적으로 프로그램을 기억하는 매체, 및 그 경우에서의 서버 또는 클라이언트로서 역할하는 컴퓨터 시스템 내부의 휘발성 메모리와 같은, 일정 기간 동안 프로그램을 기억하는 매체를 포함할 수 있다. 프로그램은, 위의 기능 중 일부를 실현하기 위한 것일 수 있거나, 또는 위의 기능을 컴퓨터 시스템에 이미 기록된 프로그램과 조합하여 실현할 수 있다. 정보 제공 디바이스(2) 및 단말 디바이스(3)의 기능의 전체 또는 일부는 ASIC(application specific integrated circuit), PLD(programmable logic device), 또는 FPGA(field programmable gate array)와 같은 하드웨어를 사용하는 것에 의해 실현된다.
도 16은 정보 제공 디바이스(2)의 하드웨어 구성의 예를 도시하는 블록도이다. 도 16에 도시된 바와 같이, 정보 제공 디바이스(2)는 프로세서(71), 주 기억 디바이스(72), 보조 기억 디바이스(73), 출력 디바이스(74), 입력 디바이스(75) 및 통신 인터페이스[통신 I/F(interface)](76)를 갖는다. 이 부는 버스(77)를 통해 서로 연결된다.
프로세서(71)는 다양한 유형의 제어 또는 연산을 수행하는 처리 디바이스이다. 예를 들어, 프로세서(71)는 CPU이다. 프로세서(71)는, 주 기억 디바이스(72) 등에 기억되는 OS 및 프로그램을 실행하는 것에 의해 다양한 기능을 실현한다. 즉, 프로세서(71)는, 실시간 PCR 디바이스용 성능 평가 프로그램을 실행하는 것에 의해 정보 제공 디바이스(2)의 처리부(25)로서 기능한다. 프로세서(71)는 정보 제공 디바이스(2)의 전체 동작을 제어한다. 여기서, 정보 제공 디바이스(2)의 전체 동작을 제어하는 디바이스로서 프로세서(71)가 사용되지만, 이에 제한되는 것은 아니며, 예를 들어 FPGA일 수 있다.
정보 제공 디바이스(2)의 성능 평가 프로그램 또는 다양한 데이터베이스가 반드시 주 기억 디바이스(72), 보조 기억 디바이스(73) 등에 기억되어야 하는 것은 아니다. 인터넷, LAN(local area network) 또는 WAN(wide area network)과 같은 네트워크를 통해 정보 제공 디바이스(2)에 연결되는 다른 정보 처리 디바이스 등에 정보 제공 디바이스(2)의 프로그램 또는 다양한 데이터베이스가 기억될 수 있다. 정보 제공 디바이스(2)는, 다른 정보 처리 디바이스로부터 프로그램 및 다양한 데이터베이스를 취득할 수 있고 프로그램 및 데이터베이스를 실행할 수 있다.
주 기억 디바이스(72)는 다양한 프로그램을 기억하고, 다양한 프로그램을 실행하기 위해 필요한 데이터 등을 기억한다. 주 기억 디바이스(72)는 ROM 및 RAM(random access memory)(미도시)을 갖는다. ROM은 BIOS(basic input/output system)와 같은 다양한 프로그램을 기억한다. RAM은, ROM에 기억된 다양한 프로그램이, 프로그램이 프로세서(71)에 의해 실행될 때 로드되는 작업 영역으로서 기능한다. RAM이 특별히 제한되는 것은 아니며, 목적에 따라 적절히 선택될 수 있다. RAM의 예는 DRAM(dynamic random access memory) 및 SRAM(static random access memory)을 포함한다.
보조 기억 디바이스(73)는 다양한 유형의 정보가 기억될 수 있는 한 특별히 제한되는 것은 아니며, 목적에 따라 적절히 선택될 수 있다. 이의 예는 솔리드 스테이트 드라이브 및 하드 디스크 드라이브를 포함한다. 보조 기억 디바이스(73)는, CD(compact disc) 드라이브, DVD(digital versatile disc) 드라이브, 또는 BD[Blu-ray(등록 상표) disc] 드라이브와 같은 포터블 기억 디바이스일 수 있다.
출력 디바이스(74)로서 디스플레이, 스피커 등이 사용될 수 있다. 디스플레이가 특별히 제한되는 것은 아니며, 액정 디스플레이 및 유기 EL 디스플레이와 같은 임의의 기지의 디스플레이가 적절히 사용될 수 있다. 입력 디바이스(75)는 정보 제공 디바이스(2)에 대한 다양한 요구가 수신될 수 있는 한 특별히 제한되는 것은 아니며, 키보드, 마우스, 및 터치 패널과 같은 기지의 디바이스가 적절히 사용될 수 있다. 통신 인터페이스(76)가 특별히 제한되는 것은 아니며, 무선 또는 유선 통신 디바이스와 같은 기지의 인터페이스가 적절히 사용될 수 있다.
위에서 설명된 바와 같은 하드웨어 구성에 의해 정보 제공 디바이스(2)의 처리 기능이 실현될 수 있다.
정보 제공 디바이스(2)는 네트워크에 연결된 복수의 컴퓨터 디바이스에 의해 구현될 수 있다. 이 경우에, 정보 제공 디바이스(2)의 각 기능부를 복수의 컴퓨터 디바이스 중 어느 컴퓨터 디바이스가 구현하는 것은 선택적이다. 동일한 기능부가 복수의 컴퓨터 디바이스에 의해 실현될 수 있다. 검사 디바이스(4)는 정보 제공 디바이스(2)의 기능을 가질 수 있다.
본 발명은 다음 양태를 포함한다.
[1] 기지의 카피 수의 핵산이 배치된 웰을 갖는 표준 디바이스에 대해 PCR 검사를 수행하는 검사 디바이스에 의해 얻어진 웰의 Cq값을 나타내는 검사 결과 데이터를 취득하도록 구성된 취득부; 및 평가 대상의 검사 결과 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하도록 구성된 정보 출력부를 포함하는, 정보 제공 디바이스.
[2] 표준 디바이스의 복수의 웰에 동일한 카피 수 또는 복수 종의 카피 수의 핵산이 배치되는 것인, [1]에 따른 정보 제공 디바이스.
[3] 표준 디바이스의 복수의 웰 중 적어도 일부의 웰에 작은 카피 수의 핵산이 배치되는 것인, [1] 또는 [2]에 따른 정보 제공 디바이스.
[4] 표준 디바이스의 복수의 웰 중 적어도 일부의 웰에 검사 디바이스에 요구되는 검출 감도에 대응하는 카피 수보다 작은 카피 수의 핵산이 배치되는 것인, [1] 내지 [3] 중 어느 하나에 따른 정보 제공 디바이스.
[5] 비교 정보는, 평가 대상 데이터가 얻어진 검사 디바이스가 정상인지 여부에 관한 정보, 및 평가 대상 데이터가 얻어진 검사 디바이스에서 정상 또는 이상 Cq값이 얻어진 웰에 관한 정보 중 하나 또는 둘 다를 포함하는 것인, [1] 내지 [4] 중 어느 하나에 따른 정보 제공 디바이스.
[6] 정보 출력부는 또한, 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보 및 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보 중 하나 또는 둘 다를 출력하는 것인, [1] 내지 [5] 중 어느 하나에 따른 정보 제공 디바이스.
[7] 정보 출력부에 의해 비교를 위해 사용되는, 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보 및 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보는, Cq값의 분포, Cq값의 평균, 핵산이 검출가능한 카피 수, Cq값이 측정가능한 카피 수, 검량선의 기울기, 및 검량선의 절편 중의 정보 중 하나 이상의 부분인 것인, [1] 내지 [6] 중 어느 하나에 따른 정보 제공 디바이스.
[8] 검사 결과 데이터의 각 부분에 대해 검사 결과 데이터에 기초하여 웰의 이상을 판정하도록 구성된 판정부를 더 포함하고, 정보 출력부는, 이상으로 판정된 웰의 Cq값을 제외한 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 평가 대상 데이터와는 상이하고 이상으로 판정된 웰의 Cq값을 제외한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하는 것인, [1] 내지 [7] 중 어느 하나에 따른 정보 제공 디바이스.
[9] 정보 출력부는, 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 평가 대상 데이터와는 PCR 검사가 수행된 시간 및 PCR 검사를 수행한 검사 디바이스 중 하나 또는 둘 다에서 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 얻어진 비교 정보를 제공하는 것인, [1] 내지 [8] 중 어느 하나에 따른 정보 제공 디바이스.
[10] 평가 대상 데이터에는, 검사 디바이스의 식별, 검사 디바이스의 소유자, 검사 디바이스의 설치 장소, 검사 디바이스의 모델, PCR 검사를 수행한 작업자, PCR 검사에 사용된 시약, PCR 검사가 수행된 일시, 표준 디바이스의 식별, 및 표준 디바이스의 유형 중 하나 이상을 나타내는 속성 정보가 추가되고, 정보 출력부는, 평가 대상 데이터로부터 얻어진 정보를, 미리 결정된 속성 정보가 추가되고 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 제공하는 것인, [1] 내지 [9] 중 어느 하나에 따른 정보 제공 디바이스.
[11] 표준 디바이스의 각 웰에, 미리 결정된 양의 프라이머, 미리 결정된 양의 증폭 시약, 및 미리 결정된 양의 형광 프로브 중 하나 이상이 배치되는 것인, [1] 내지 [10] 중 어느 하나에 따른 정보 제공 디바이스.
[12] 핵산은 자연계에 존재하지 않는 것인, [1] 내지 [11] 중 어느 하나에 따른 정보 제공 디바이스.
[13] 기지의 카피 수의 핵산이 배치된 웰을 갖는 표준 디바이스에 대해 PCR 검사를 수행하는 검사 디바이스에 의해 얻어진 웰의 Cq값을 나타내는 검사 결과 데이터를 수신하도록 구성된 수신부; 수신부에 의해 수신된 검사 결과 데이터를 기억하도록 구성된 기억부; 및 평가 대상의 검사 결과 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하도록 구성된 정보 출력부를 포함하는, 정보 제공 시스템.
[14] 기지의 카피 수의 핵산이 배치된 웰을 갖는 표준 디바이스에 대해 PCR 검사를 수행하는 검사 디바이스에 의해 얻어진 웰의 Cq값을 나타내는 검사 결과 데이터를 취득하는 취득 단계; 및 평가 대상의 검사 결과 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하는 정보 출력 단계를 포함하는, 정보 제공 디바이스에 의해 실행되는 정보 제공 방법.
[15] 기지의 카피 수의 핵산이 배치된 웰을 갖는 표준 디바이스에 대해 PCR 검사를 수행하는 검사 디바이스에 의해 얻어진 웰의 Cq값을 나타내는 검사 결과 데이터를 수신하는 수신 단계; 수신 단계에서 수신된 검사 결과 데이터를 기억부에 기입하는 기입 단계; 및 평가 대상의 검사 결과 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 평가 대상 데이터와는 상이한 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하는 정보 출력 단계를 포함하는, 정보 제공 시스템에 의해 실행되는 정보 제공 방법.
[16] 컴퓨터를 [1] 내지 [12] 중 어느 하나에 따른 정보 제공 디바이스로서 기능하게 하기 위한 프로그램.
1: 정보 제공 시스템
2: 정보 제공 디바이스
3: 단말 디바이스 4: 검사 디바이스
5: 표준 플레이트 9: 네트워크
21: 통신부 22: 기억부
23: 입력부 24: 표시부
25: 처리부 26: 취득부
27: 분석부 28: 정보 출력부
51: 기재 52: 웰
54: 주형 핵산 55: 밀폐 부재
56: 식별 수단 71: 프로세서
72: 주 기억 디바이스 73: 보조 기억 디바이스
74: 출력 디바이스 75: 입력 디바이스
76: 통신 인터페이스 77: 버스
271: 제1 판정부 272: 판독부
273: 분석 정보 취득부 274: 제2 판정부
275: 비교부
3: 단말 디바이스 4: 검사 디바이스
5: 표준 플레이트 9: 네트워크
21: 통신부 22: 기억부
23: 입력부 24: 표시부
25: 처리부 26: 취득부
27: 분석부 28: 정보 출력부
51: 기재 52: 웰
54: 주형 핵산 55: 밀폐 부재
56: 식별 수단 71: 프로세서
72: 주 기억 디바이스 73: 보조 기억 디바이스
74: 출력 디바이스 75: 입력 디바이스
76: 통신 인터페이스 77: 버스
271: 제1 판정부 272: 판독부
273: 분석 정보 취득부 274: 제2 판정부
275: 비교부
Claims (16)
- 정보 제공 디바이스에 있어서,
기지의 카피 수의 핵산(nucleic acid)이 배치된 웰(well)을 갖는 표준 디바이스에 대해 PCR(polymerase chain reaction) 검사(test)를 수행하는 검사 디바이스에 의해 얻어진 상기 웰의 Cq값을 나타내는 검사 결과 데이터를 취득하도록 구성된 취득부(acquisition unit); 및
평가 대상의 상기 검사 결과 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 상기 평가 대상 데이터와는 상이한 상기 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분(piece)으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하도록 구성된 정보 출력부를 포함하는, 정보 제공 디바이스. - 제1항에 있어서,
상기 표준 디바이스의 복수의 상기 웰에 동일한 카피 수 또는 복수 종의 카피 수의 핵산이 배치되는 것인, 정보 제공 디바이스. - 제1항 또는 제2항에 있어서,
상기 표준 디바이스의 복수의 상기 웰 중 적어도 일부의 웰에 작은 카피 수의 핵산이 배치되는 것인, 정보 제공 디바이스. - 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 표준 디바이스의 복수의 상기 웰 중 적어도 일부의 웰에 상기 검사 디바이스에 요구되는 검출 감도(detection sensitivity)에 대응하는 카피 수보다 작은 카피 수의 핵산이 배치되는 것인, 정보 제공 디바이스. - 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 비교 정보는, 상기 평가 대상 데이터가 얻어진 상기 검사 디바이스가 정상(normal)인지 여부에 관한 정보, 및 상기 평가 대상 데이터가 얻어진 상기 검사 디바이스에서 정상 또는 이상(abnormal) Cq값이 얻어진 상기 웰에 관한 정보 중 하나 또는 둘 다를 포함하는 것인, 정보 제공 디바이스. - 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 정보 출력부는 또한, 상기 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보 및 상기 평가 대상 데이터와는 상이한 상기 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보 중 하나 또는 둘 다를 출력하는 것인, 정보 제공 디바이스. - 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 정보 출력부에 의해 비교를 위해 사용되는, 상기 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보 및 상기 평가 대상 데이터와는 상이한 상기 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보는, Cq값의 분포, Cq값의 평균, 상기 핵산이 검출가능한 카피 수, Cq값이 측정가능한 카피 수, 검량선(calibration curve)의 기울기(slope), 및 검량선의 절편(intercept) 중의 정보 중 하나 이상의 부분인 것인, 정보 제공 디바이스. - 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 검사 결과 데이터의 각 부분에 대해 상기 검사 결과 데이터에 기초하여 상기 웰의 이상을 판정하도록 구성된 판정부를 더 포함하고,
상기 정보 출력부는, 이상으로 판정된 상기 웰의 Cq값을 제외한 상기 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 상기 평가 대상 데이터와는 상이하고 이상으로 판정된 상기 웰의 Cq값을 제외한 상기 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하는 것인, 정보 제공 디바이스. - 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 정보 출력부는, 상기 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 상기 평가 대상 데이터와는 상기 PCR 검사가 수행된 시간 및 상기 PCR 검사를 수행한 검사 디바이스 중 하나 또는 둘 다에서 상이한 상기 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 얻어진 비교 정보를 제공하는 것인, 정보 제공 디바이스. - 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 평가 대상 데이터에는, 상기 검사 디바이스의 식별, 상기 검사 디바이스의 소유자, 상기 검사 디바이스의 설치 장소, 상기 검사 디바이스의 모델, 상기 PCR 검사를 수행한 작업자, 상기 PCR 검사에 사용된 시약(reagent), 상기 PCR 검사가 수행된 일시, 상기 표준 디바이스의 식별, 및 상기 표준 디바이스의 유형 중 하나 이상을 나타내는 속성 정보가 추가되고,
상기 정보 출력부는, 상기 평가 대상 데이터로부터 얻어진 정보를, 미리 결정된 속성 정보가 추가되고 상기 평가 대상 데이터와는 상이한 상기 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 제공하는 것인, 정보 제공 디바이스. - 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 표준 디바이스의 각 웰에, 미리 결정된 양의 프라이머(primer), 미리 결정된 양의 증폭 시약, 및 미리 결정된 양의 형광 프로브 중 하나 이상이 배치되는 것인, 정보 제공 디바이스. - 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 핵산은 자연계에 존재하지 않는 것인, 정보 제공 디바이스. - 정보 제공 시스템에 있어서,
기지의 카피 수의 핵산이 배치된 웰을 갖는 표준 디바이스에 대해 PCR 검사를 수행하는 검사 디바이스에 의해 얻어진 상기 웰의 Cq값을 나타내는 검사 결과 데이터를 수신하도록 구성된 수신부;
상기 수신부에 의해 수신된 상기 검사 결과 데이터를 기억하도록 구성된 기억부; 및
평가 대상의 상기 검사 결과 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 상기 평가 대상 데이터와는 상이한 상기 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하도록 구성된 정보 출력부를 포함하는, 정보 제공 시스템. - 정보 제공 디바이스에 의해 실행되는 정보 제공 방법에 있어서,
기지의 카피 수의 핵산이 배치된 웰을 갖는 표준 디바이스에 대해 PCR 검사를 수행하는 검사 디바이스에 의해 얻어진 상기 웰의 Cq값을 나타내는 검사 결과 데이터를 취득하는 취득 단계; 및
평가 대상의 상기 검사 결과 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 상기 평가 대상 데이터와는 상이한 상기 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하는 정보 출력 단계를 포함하는, 정보 제공 디바이스에 의해 실행되는 정보 제공 방법. - 정보 제공 시스템에 의해 실행되는 정보 제공 방법에 있어서,
기지의 카피 수의 핵산이 배치된 웰을 갖는 표준 디바이스에 대해 PCR 검사를 수행하는 검사 디바이스에 의해 얻어진 상기 웰의 Cq값을 나타내는 검사 결과 데이터를 수신하는 수신 단계;
상기 수신 단계에서 수신된 상기 검사 결과 데이터를 기억부에 기입하는 기입 단계; 및
평가 대상의 상기 검사 결과 데이터인 평가 대상 데이터로부터 얻어지는 정보를, 상기 평가 대상 데이터와는 상이한 상기 검사 결과 데이터 중 하나 이상의 부분으로부터 얻어지는 정보와 비교하는 것에 의해 얻어진 비교 정보를 출력하는 정보 출력 단계를 포함하는, 정보 제공 시스템에 의해 실행되는 정보 제공 방법. - 컴퓨터를 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 따른 정보 제공 디바이스로서 기능하게 하기 위한 프로그램.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JPJP-P-2020-130957 | 2020-07-31 | ||
| JP2020130957 | 2020-07-31 | ||
| PCT/JP2021/027866 WO2022025104A1 (ja) | 2020-07-31 | 2021-07-28 | 情報提供装置、情報提供システム、情報提供方法及びプログラム |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
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Family
ID=80036637
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020237003378A KR20230031338A (ko) | 2020-07-31 | 2021-07-28 | 정보 제공 디바이스, 정보 제공 시스템, 정보 제공 방법, 및 프로그램 |
Country Status (6)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20230168263A1 (ko) |
| EP (1) | EP4190886A4 (ko) |
| JP (1) | JPWO2022025104A1 (ko) |
| KR (1) | KR20230031338A (ko) |
| CN (1) | CN116157507A (ko) |
| WO (1) | WO2022025104A1 (ko) |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20200054327A (ko) | 2017-11-17 | 2020-05-19 | 미쓰비시덴키 가부시키가이샤 | 3차원 공간 감시 장치, 3차원 공간 감시 방법, 및 3차원 공간 감시 프로그램 |
Family Cites Families (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| AU2018365934B2 (en) * | 2017-11-13 | 2022-03-10 | Ricoh Company, Ltd. | Device with specific number of cell(s) and nucleic acids in the wells and testing/calibration method using the device |
| JP6454434B1 (ja) * | 2017-11-24 | 2019-01-16 | 株式会社リコー | 検査装置の性能評価用検査デバイス、検査装置の性能評価プログラム、検査装置の性能評価方法、及び検査装置の性能評価装置 |
| JP7259279B2 (ja) | 2017-11-24 | 2023-04-18 | 株式会社リコー | デバイス、検査装置の性能評価プログラム、検査装置の性能評価方法、及び検査装置の性能評価装置 |
| JP7251117B2 (ja) * | 2017-11-24 | 2023-04-04 | 株式会社リコー | デバイス、調製者の技能評価方法、調製者の技能評価プログラム、及び調製者の技能評価装置 |
| JP7115357B2 (ja) | 2019-02-26 | 2022-08-09 | 豊田合成株式会社 | スイング訓練方法 |
-
2021
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- 2021-07-28 JP JP2022539523A patent/JPWO2022025104A1/ja not_active Abandoned
-
2023
- 2023-01-26 US US18/159,987 patent/US20230168263A1/en active Pending
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20200054327A (ko) | 2017-11-17 | 2020-05-19 | 미쓰비시덴키 가부시키가이샤 | 3차원 공간 감시 장치, 3차원 공간 감시 방법, 및 3차원 공간 감시 프로그램 |
Non-Patent Citations (1)
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|---|
| [특허 문헌 1] |
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