WO2020054292A1 - スペクトル校正装置及びスペクトル校正方法 - Google Patents

スペクトル校正装置及びスペクトル校正方法 Download PDF

Info

Publication number
WO2020054292A1
WO2020054292A1 PCT/JP2019/031581 JP2019031581W WO2020054292A1 WO 2020054292 A1 WO2020054292 A1 WO 2020054292A1 JP 2019031581 W JP2019031581 W JP 2019031581W WO 2020054292 A1 WO2020054292 A1 WO 2020054292A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
color conversion
signal
calculated
candidate
conversion matrix
Prior art date
Application number
PCT/JP2019/031581
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
洋平 川口
ジョージ チャルキディス
安田 知弘
Original Assignee
株式会社日立ハイテクノロジーズ
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 株式会社日立ハイテクノロジーズ filed Critical 株式会社日立ハイテクノロジーズ
Priority to US17/269,098 priority Critical patent/US11692937B2/en
Priority to DE112019003466.9T priority patent/DE112019003466B4/de
Priority to CN201980050349.7A priority patent/CN112513619B/zh
Priority to GB2102022.7A priority patent/GB2590833B/en
Publication of WO2020054292A1 publication Critical patent/WO2020054292A1/ja

Links

Images

Classifications

    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/17Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
    • G01N21/25Colour; Spectral properties, i.e. comparison of effect of material on the light at two or more different wavelengths or wavelength bands
    • G01N21/27Colour; Spectral properties, i.e. comparison of effect of material on the light at two or more different wavelengths or wavelength bands using photo-electric detection ; circuits for computing concentration
    • G01N21/274Calibration, base line adjustment, drift correction
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64Fluorescence; Phosphorescence
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/6408Fluorescence; Phosphorescence with measurement of decay time, time resolved fluorescence
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/6428Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/6428Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
    • G01N2021/6439Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes" with indicators, stains, dyes, tags, labels, marks
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/6428Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
    • G01N2021/6439Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes" with indicators, stains, dyes, tags, labels, marks
    • G01N2021/6441Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes" with indicators, stains, dyes, tags, labels, marks with two or more labels
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2201/00Features of devices classified in G01N21/00
    • G01N2201/12Circuits of general importance; Signal processing
    • G01N2201/127Calibration; base line adjustment; drift compensation

Definitions

  • the present invention relates to a spectrum calibration device and a spectrum calibration method for a capillary electrophoresis sequencer.
  • a capillary electrophoresis sequencer performs electrophoresis of a nucleic acid sample in a capillary tube, spectroscopically detects fluorescence generated by irradiation with excitation light, detects it over time, and analyzes the nucleic acid using the detected signal.
  • Device Specifically, a sequencing process for determining a base sequence constituting a nucleic acid and a fragment analysis process for comparing the lengths of DNA fragments are performed. Color conversion processing is performed in the course of the sequencing processing and the fragment analysis processing.
  • the color conversion process is a process of converting the time-series data of the spectrally separated signal into the time-series data of the fluorescence of the fluorescent dye that labels the nucleic acid sample, and the conversion of the color conversion matrix corresponding to the spectral response characteristics of each fluorescent dye. This is performed by multiplying the time-series data of the detected signal by the pseudo inverse matrix.
  • Patent Literature 1 discloses a spectrum calibration method using an electrophoretic diagram generated from a plurality of spectrally identifiable molecular species. That is, a region having a spectral response characteristic is identified by performing rank analysis on a portion of a data matrix generated from an electrophoretic diagram, and a pure component spectral response determined from the identified region is divided into clusters. Correlate typical spectral response with molecular species.
  • Patent Literature 1 assumes that peaks representing fluorescent dyes are sufficiently separated in the time domain of the electrophoretogram, and the accuracy of spectrum calibration is reduced when peaks appear simultaneously between fluorescent dyes. I do.
  • the capillary electrophoresis sequencer the capillary becomes shorter as the size of the apparatus is reduced, so that it is difficult to separate bases in the capillary, and the overlap of detected signal peaks is increasing.
  • an object of the present invention is to provide a spectrum calibration apparatus and a spectrum calibration method that can perform spectrum calibration with high accuracy even when peaks appear simultaneously between fluorescent dyes.
  • the present invention is a spectrum calibration device that calculates a color conversion matrix used for color conversion processing, a spectral signal acquisition unit that acquires a spectral signal of fluorescence detected over time, Based on the spectral signal, a candidate calculation unit that calculates a color conversion matrix candidate for each parameter value that depends on the frequency at which the fluorescence peak of the fluorescent dye simultaneously appears, and an evaluation value that is calculated for each candidate. And a selector for selecting a color conversion matrix.
  • the present invention is a spectrum calibration method for calculating a color conversion matrix used for color conversion processing, wherein an obtaining step of obtaining a spectral signal of fluorescence detected over time, and a fluorescent dye based on the spectral signal
  • FIG. 3 is a hardware configuration diagram of the spectrum calibration device.
  • FIG. 3 is a diagram illustrating an example of a detected spectral signal and a relationship between the spectral signal, a color conversion matrix, and a time intensity of fluorescence.
  • FIG. 3 is a functional block diagram according to the first embodiment.
  • FIG. 4 is a diagram illustrating an example of a processing flow according to the first embodiment.
  • FIG. 9 is a diagram illustrating an example of a flow of an initial value calculation process according to the first embodiment.
  • FIG. 7 is a diagram illustrating an example of a flow of a process of calculating a color conversion matrix candidate according to the first embodiment.
  • FIG. 6 is a diagram illustrating an example of a flow of a candidate selection process according to the first embodiment.
  • FIG. 1 is a hardware configuration diagram of the spectrum calibration device.
  • FIG. 3 is a diagram illustrating an example of a detected spectral signal and a relationship between the spectral signal, a color conversion matrix, and
  • FIG. 14 is a diagram illustrating an example of a flow of a candidate selection process according to the second embodiment.
  • FIG. 16 is a diagram illustrating an example of a flow of a candidate selection process according to the third embodiment. It is a figure explaining a mobility correction process.
  • FIG. 11 is a diagram illustrating an example when a mobility correction process is performed on a color conversion signal including pull-up and pull-down.
  • FIG. 1 is a diagram showing a hardware configuration of the spectrum calibrating device 1.
  • the spectrum calibrating device 1 includes a CPU (Central Processing Unit) 2, a main memory 3, a storage device 4, a display memory 5, a display device 6, a controller 7, an input device 8, and a network adapter 10, which are connected by a system bus 11 so that signals can be transmitted and received. It is composed.
  • the spectrum calibration device 1 is connected to a capillary electrophoresis sequencer 13 and a spectral signal database 14 via a network 12 so as to be able to transmit and receive signals.
  • signal transmission / reception is possible refers to a state in which signals can be transmitted / received to each other or from one side to the other, regardless of whether they are electrically or optically wired or wireless.
  • the CPU 2 is a device that controls the operation of each component.
  • the CPU 2 loads a program stored in the storage device 4 and data necessary for executing the program into the main memory 3 and executes the program.
  • the storage device 4 is a device that stores programs executed by the CPU 2 and data necessary for executing the programs, and specifically includes a recording device such as a hard disk and an SSD (Solid State Drive), an IC card, an SD card, and a DVD. This is a device for reading and writing on a recording medium.
  • Various data are transmitted and received via a network 12 such as a LAN (Local Area Network).
  • the main memory 3 stores programs to be executed by the CPU 2 and the progress of arithmetic processing.
  • the display memory 5 temporarily stores display data to be displayed on a display device 6 such as a liquid crystal display.
  • the input device 8 is an operation device for an operator to give an operation instruction to the spectrum calibrating device 1, and is specifically a keyboard, a mouse, or the like.
  • the mouse may be another pointing device such as a trackpad or trackball.
  • the controller 7 detects the state of the keyboard and the mouse, and outputs the detected information and the like to the CPU 2.
  • the display device 6 is a touch panel, the touch panel also functions as the input device 8.
  • the network adapter 10 is for connecting the spectrum calibrating device 1 to a network 12 such as a LAN, a telephone line, and the Internet.
  • the capillary electrophoresis sequencer 13 performs electrophoresis of the nucleic acid sample in the capillary, spectrally detects the fluorescence generated by the irradiation of the excitation light, detects the fluorescence over time, and analyzes the nucleic acid using the spectral signal that is the detected signal. It is a device for analysis. In the nucleic acid analysis, a color conversion process is performed by which the spectral signal is multiplied by a pseudo inverse matrix of a color conversion matrix to convert the fluorescence signal into time-series data of fluorescence of a fluorescent dye that labels the nucleic acid sample.
  • the spectral signal database 14 is a database system that stores spectral signals acquired by the capillary electrophoresis sequencer 13.
  • FIG. 2A shows an example of the detected spectral signal, in which the vertical axis represents the signal intensity and the horizontal axis represents the time, and shows the waveform for each detection channel corresponding to the wavelength that has been separated.
  • FIG. 2B is a diagram showing the relationship between the spectral signal F, the color conversion matrix S, and the time intensity C of the fluorescence.
  • the nucleic acid sample that moves by electrophoresis in the capillary contains four types of bases A (adenine), G (guanine), C (cytosine), and T (thymine).
  • the nucleotide sequence in a nucleic acid sample can be ascertained. Since different fluorescent dyes correspond to each base, the base sequence can be determined by knowing the order of movement of each base from the time intensity C of the fluorescence of each fluorescent dye.
  • the spectral signal F detected by the capillary electrophoresis type sequencer 13 is a result of spectrally analyzing the fluorescence time intensity C that is collectively detected without being divided for each fluorescent dye.
  • F is a matrix of the row of the wavelength channel number n and the column of the time number t
  • S is a matrix of the row of the wavelength channel number n and the column of the fluorescent dye number k
  • C is the matrix of the row of the fluorescent dye number k and the time number t. It is a matrix of columns.
  • the obtained color conversion matrix S has insufficient accuracy.
  • the frequency at which the fluorescent peaks of each fluorescent dye appear simultaneously is low. Therefore, in the present embodiment, a plurality of color conversion matrix S candidates in which the frequency of simultaneous occurrence of the fluorescence peaks of the respective fluorescent dyes at the fluorescence time intensity C are low are calculated, and based on the evaluation value calculated for each candidate.
  • the color conversion matrix S is selected from the plurality of candidates.
  • This embodiment includes a spectral signal acquisition unit 31, an initial value calculation unit 32, a candidate calculation unit 33, and a selection unit. Hereinafter, each unit will be described.
  • the spectral signal acquisition unit 31 acquires the spectral signal 30 used for spectrum calibration.
  • the spectral signal 30 may be a signal stored in the storage device 4 or a signal acquired from the capillary electrophoresis sequencer 13 or the spectral signal database 14 via the network adapter 10.
  • the initial value calculation unit 32 calculates the initial values of the color conversion matrix S and the time intensity C of the fluorescence.
  • the spectral signal 30 is used for calculating the initial value, and some pre-processing may be performed before calculating the initial value. As pre-processing, for example, spike elimination, baseline elimination, normalization between wavelength channels, and the like are performed, so that accuracy in subsequent processing can be improved.
  • a known independent component analysis is used to calculate the initial value of the color conversion matrix S.
  • the initial value of the time intensity C of the fluorescence is calculated using the initial value of the color conversion matrix S and the spectral signal F.
  • the candidate calculation unit 33 calculates a candidate for the color conversion matrix S.
  • a parameter ⁇ that depends on the simultaneous appearance frequency, which is the frequency at which the fluorescence peaks of the fluorescent dyes appear simultaneously at the fluorescence time intensity C.
  • the parameter ⁇ has a negative correlation with the simultaneous appearance frequency. That is, when the parameter ⁇ is small, the simultaneous appearance frequency increases, and when the parameter ⁇ increases, the simultaneous appearance frequency decreases.
  • a candidate for the color conversion matrix S is calculated for each value of the parameter ⁇ .
  • the selection unit 34 selects a color conversion matrix from the candidates calculated for each parameter ⁇ based on the evaluation value calculated for each candidate.
  • the evaluation value calculated for each candidate is calculated based on, for example, the element of the time intensity C of the fluorescence calculated using each candidate of the color conversion matrix. Since it is impossible for the element of the fluorescence time intensity C to take a negative value physically, such a color conversion matrix candidate uses a cost function having a low evaluation value.
  • the spectral signal acquisition unit 31 acquires the spectral signal 30.
  • the spectral signal 30 may be acquired from the storage device 4 or may be acquired from the capillary electrophoresis sequencer 13 or the spectral signal database 14.
  • the spectral signal 30 is a matrix including a row of the wavelength channel number n and a column of the time number t, and each element is x (t, n).
  • the initial value calculation unit 32 calculates the initial values of the color conversion matrix S and the time intensity C of the fluorescence from the spectral signal 30.
  • the time intensity C of the fluorescence is a matrix including a row of the fluorescent dye number k and a column of the time number t.
  • FIG. 5 shows an example of the flow of processing for calculating the initial values of the color conversion matrix S and the fluorescence time intensity C, and each step in FIG. 5 will be described below.
  • the initial value calculation unit 32 removes the spike signal from the spectral signal 30.
  • the spike signal is removed, for example, in the following procedure.
  • ⁇ _max is the maximum value of the time number
  • ⁇ _min is the minimum value of the time number
  • ⁇ _tol is the allowable value of the time number
  • ⁇ 1 is the threshold value of the spectral signal x (t, n)
  • ⁇ 2 is the value of the difference signal v (t, n). This is a threshold.
  • the spectral signal x (t, n) from which the spike signal has been removed is obtained.
  • a spike signal is included in the spectral signal, it is preferable to remove the spike signal in order to reduce the accuracy of subsequent processing.
  • the initial value calculation unit 32 removes the baseline from the calculation result x (t, n) in S501.
  • a known method such as subtracting the minimum value of the neighborhood in each time t from x (t, n) is used.
  • the initial value calculation unit 32 performs normalization processing of the intensity between wavelength channels on the calculation result z (t, n) in S502. [Equation 3] and [Equation 4] are used in the normalization processing, and a normalized signal f (t, n) is obtained.
  • the wavelength channel with the higher intensity is overestimated and the wavelength channel with the lower intensity is underestimated, and the accuracy of the subsequent processing is reduced. Therefore, it is preferable to normalize the intensity between the wavelength channels.
  • Steps S501 to S503 are pre-processes for subsequent processes, and need not necessarily be executed. However, it is preferably executed to improve the calculation accuracy of the subsequent processing.
  • the initial value calculation unit 32 calculates an initial value of the color conversion matrix S by independent component analysis. It is preferable to use the calculation result f (t, n) of S503 for input of the independent component analysis.
  • independent component analysis known methods such as Fast ICA, Auxiliary-function-based ICA, and Natural-gradient-based ICA are used.
  • a temporal difference signal g (t, n) f (t, n) -f (t-1, n) is calculated from the normalized signal f (t, n), and the difference is calculated.
  • the signal g (t, n) may be used for independent component analysis. Independent component analysis assumes that the input signal follows a zero mean distribution. Since the difference signal g (t, n) follows the distribution of the zero mean, the independent component analysis can function effectively. For the same reason, a signal obtained by subtracting the average value of the normalized signal f (t, n) from the normalized signal f (t, n) may be used for the independent component analysis.
  • Each element b (n, k) obtained by performing non-negative processing on each element a (n, k) of the color conversion matrix S obtained by the independent component analysis is used as an initial value of the color conversion matrix S. Is also good. For example, [Equation 5] is used for the non-negative processing.
  • non-negative processes include a process of subtracting the minimum value of a (n, k) from each a (n, k) and a process of replacing a negative value in a (n, k) with zero.
  • the initial value of the color conversion matrix S may be calculated.
  • the calculated initial value of the color conversion matrix S (n, k) is stored in the storage device 4 or the like.
  • the initial value calculation unit 32 calculates an initial value of the time intensity C of the fluorescence using the calculation result of S504. [Equation 6] is used to calculate the initial value of C.
  • S + is a pseudo inverse matrix of S
  • F is a matrix having a normalized signal f (t, n) as an element.
  • the calculated initial value of the time intensity C (k, t) of the fluorescence is stored in the storage device 4 or the like.
  • the candidate calculation unit 33 calculates a color conversion matrix candidate.
  • the candidates for the color conversion matrix are calculated for each value of the parameter ⁇ that depends on the simultaneous appearance frequency, which is the frequency at which the fluorescence peaks of the fluorescent dye simultaneously appear at the fluorescence time intensity C.
  • the parameter ⁇ is set to, for example, 1.01, 1.02,..., 1.10.
  • FIG. 6 shows an example of the flow of processing for calculating a candidate for the color conversion matrix, and each step in FIG. 6 will be described below.
  • the candidate calculation unit 33 reads the initial values of the color conversion matrix S (n, k) and the time intensity C (k, t) of the fluorescence from the storage device 4 or the like.
  • the candidate calculation unit 33 normalizes the color conversion matrix S (n, k) with respect to the wavelength channel number n. For example, [Equation 7] is used for normalization, and P (n
  • the candidate calculation unit 33 normalizes the fluorescence time intensity C (k, t) including the parameter ⁇ with respect to the fluorescent dye number k. For example, [Equation 9] is used for normalization, and P (k
  • the candidate calculation unit 33 updates the color conversion matrix S (n, k) and the time intensity C (k, t) of the fluorescence.
  • [Equation 12] and [Equation 13] are used for updating the color conversion matrix S (n, k)
  • [Equation 12] and [Equation 14] are used for updating the fluorescence time intensity C (k, t). Used.
  • the candidate calculation unit 33 determines whether or not the number of times has reached the specified number. If the number has been reached, the process proceeds to S607; otherwise, the process returns to S603.
  • the parameter ⁇ is set, for example, in the order of 1.01, 1.02,..., 1.10.
  • the candidate calculation unit 33 may calculate a color conversion matrix candidate using Bayesian estimation. That is, the color conversion matrix S (n, k) maximizing the posterior probability defined by [Equation 15] and the time intensity C (k, t) of the fluorescence are converted to a known Markov chain such as Gibbs sampling or Metropolis-Hastings sampling. Determined by using Monte Carlo.
  • ⁇ k and ⁇ k are parameters of the gamma distribution.
  • Bayesian estimation the problem of initial value dependence can be solved, and a highly accurate color conversion matrix can be obtained.
  • the selection unit 34 selects a color conversion matrix from the plurality of color conversion matrix candidates R_ ⁇ (n, k) calculated in S403 based on the evaluation value calculated for each candidate.
  • FIG. 7 shows an example of the flow of processing for selecting a color conversion matrix from the candidates, and each step in FIG. 7 will be described below.
  • the selection unit 34 calculates a color conversion signal y_ ⁇ (t, k) for each parameter ⁇ .
  • the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) is calculated by [Equation 16] using the color conversion matrix candidate R_ ⁇ (n, k) and the signal z (t, n) before normalization processing.
  • Y lambda is a matrix of the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) element
  • R lambda + is a pseudo inverse matrix of a candidate of the color conversion matrix R_ ⁇ (n, k)
  • Z is the normalization pretreatment Is a matrix in which the signal z (t, n) is used as an element.
  • the selection unit 34 extracts a pull-down from the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) calculated in S701.
  • the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) of a certain fluorescent dye has a sufficiently large peak at a certain time
  • the negative value peak of the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) of another fluorescent dye has at the same time This is called “pull-down”.
  • the pull-down cannot physically occur, but is caused by an error included in the color conversion matrix candidate R_ ⁇ (n, k) used for calculating the color conversion signal y_ ⁇ (t, k).
  • the pull-down included in the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) is extracted, and each candidate R_ ⁇ (n, k) of the color conversion matrix is evaluated in the next and subsequent steps based on the extracted pull-down. Note that when an error is included in the color conversion matrix candidate R_ ⁇ (n, k), a pull-up, which is a positive value peak, occurs along with the pull-down, but is not dealt with in this embodiment.
  • the pull-down in the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) is such that the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) of each fluorescent dye is a negative value and the time-direction difference value y_ ⁇ (y_ ⁇ (t, k) It is extracted by searching for a time at which (t, k) -y_ ⁇ (t-1, k) changes from negative to positive.
  • the selecting unit 34 calculates the cost function c_ ⁇ based on the pull-down extracted in S702. For example, [Equation 17] is used to calculate the cost function c_ ⁇ .
  • m is the number of the extracted pull-down
  • dm is the absolute value of the intensity of each pull-down
  • em is the maximum intensity of the other fluorescent dye at the same time as the pull-down
  • D is the predetermined allowable value of the pull-down.
  • the cost function c_ ⁇ based on the pull-down is not limited to [Equation 17], and may be a function that can evaluate the total sum of the pull-down areas.
  • the selection unit 34 selects a color conversion matrix R_ ⁇ (n, k) from the candidates using the cost function c_ ⁇ calculated in S703.
  • the cost function c_ ⁇ is [Equation 17]
  • the color conversion matrix R_ ⁇ (n, k) that minimizes the cost function c_ ⁇ is selected.
  • an appropriate color conversion matrix R_ ⁇ (n, k) can be obtained even when peaks appear simultaneously between fluorescent dyes. That is, even when the time resolution of the spectral signal is low or the frequency of overlapping of fluorescent peaks between different fluorescent dyes is high, spectral calibration can be performed with high accuracy.
  • This embodiment is particularly effective when a small capillary electrophoresis sequencer having a short capillary or a short measurement time is used.
  • the use of a cost function c_ ⁇ based on a deconvolution signal obtained by performing deconvolution processing on a color conversion signal y_ ⁇ (t, k) will be described. Note that the overall configuration of this embodiment is the same as that of the first embodiment, and a description thereof will be omitted.
  • the selection unit 34 calculates the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) for each parameter ⁇ , as in S701.
  • the selection unit 34 performs a deconvolution process on the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) calculated in S801.
  • a known blind deconvolution process or the like is used for the deconvolution process.
  • a deconvolution signal is calculated for each parameter ⁇ .
  • the selection unit 34 calculates a cost function c_ ⁇ based on the deconvolution signal calculated in S802.
  • the selection unit 34 selects a color conversion matrix R_ ⁇ (n, k) from the candidates using the cost function c_ ⁇ calculated in S803.
  • an appropriate color conversion matrix R_ ⁇ (n, k) can be obtained even when peaks appear simultaneously between fluorescent dyes. Note that the deconvolution signal has a higher degree of separation than the color conversion signal, so that pull-down can be detected more easily.
  • the use of a cost function based on a mobility correction signal obtained by performing a mobility correction process on a color conversion signal will be described. Note that the overall configuration of this embodiment is the same as that of the first embodiment, and a description thereof will be omitted.
  • the selection unit 34 calculates the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) for each parameter ⁇ , as in S701.
  • the selecting unit 34 performs a mobility correction process on the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) calculated in S901.
  • the mobility correction process is a process of moving the fluorescence spectrum of each fluorescent dye in the time direction such that the fluorescent peaks of the fluorescent dye are at equal intervals.
  • FIG. 10 shows an example of mobility correction processing for the fluorescence spectra of the four fluorescent dyes A, G, C, and T.
  • FIG. 10A shows an example of the fluorescence spectrum before the mobility correction processing, and the fluorescence peaks are at irregular intervals.
  • 10B is an example of a fluorescence spectrum after the mobility correction processing, in which the fluorescent dye A and the fluorescent dye C are moved in the positive direction of time, the fluorescent dye G is kept as it is, and the fluorescent dye T is moved in the negative direction of time. , The fluorescence peaks become evenly spaced.
  • the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) includes a pull-up 1101 and a pull-down 1102 as shown in FIG.
  • the mobility correction process is performed on the color conversion signal y_ ⁇ (t, k) including the pull-up 1101 and the pull-down 1102
  • the peak interval is disturbed as shown in FIG.
  • mobility correction processing is performed in this step in order to use the disorder of the peak interval.
  • a known method is used for the mobility correction process, and the mobility correction signal h_ ⁇ (t, k) is calculated for each parameter ⁇ by the mobility correction process.
  • the selecting unit 34 calculates a cost function c_ ⁇ based on the mobility correction signal h_ ⁇ (t, k) calculated in S902.
  • a procedure for calculating the cost function c_ ⁇ will be described.
  • (1) h_ ⁇ (t, k) is integrated in the k direction to obtain a time-series signal u_ ⁇ (t). That is, the mobility correction signal h_ ⁇ (t, k) is handled without being distinguished by the fluorescent dye.
  • (2) Perform a discrete Fourier transform on u_ ⁇ (t) to obtain U_ ⁇ ( ⁇ ).
  • is a discretized frequency index.
  • V_ ⁇ ( ⁇ )
  • W_ ⁇ The maximum value W_ ⁇ of V_ ⁇ ( ⁇ ) is obtained for ⁇ within the specified range [ ⁇ begin , ⁇ end ].
  • W_ ⁇ represents the magnitude of the frequency component corresponding to the peak interval when there is no disturbance.
  • E_ ⁇ ⁇ (V_ ⁇ ( ⁇ )) of V_ ⁇ ( ⁇ ) over the ⁇ direction is calculated.
  • E_ ⁇ is power including all frequency components of the peak interval of the mobility correction signal h_ ⁇ (t, k), and becomes larger as the peak interval becomes more disordered.
  • c_ ⁇ E_ ⁇ / W_ ⁇ as a cost function.
  • the selection unit 34 selects a color conversion matrix R_ ⁇ (n, k) from the candidates using the cost function c_ ⁇ calculated in S903. Since the cost function c_ ⁇ of the present embodiment is a value obtained by dividing the power including all the frequency components by the magnitude of the frequency component corresponding to the peak interval when there is no disturbance, the cost function c_ ⁇ increases as the peak interval disturbs. Therefore, the color conversion matrix R_ ⁇ (n, k) that minimizes the cost function c_ ⁇ is selected from the candidates.
  • an appropriate color conversion matrix R_ ⁇ (n, k) can be obtained even when peaks appear simultaneously between fluorescent dyes.
  • the cost function c_ ⁇ of the present embodiment does not require detection of pull-down or pull-up, so that even if the detection of pull-down or pull-up is too noisy, an appropriate color conversion matrix R_ ⁇ (n, k) Can be selected.
  • the embodiments of the present invention have been described above. The present invention is not limited to these embodiments, and includes various modifications. For example, the embodiments described above have been described in detail in order to explain the present invention in an easy-to-understand manner, and are not limited to those having all the configurations described above. Further, a part of the configuration of one embodiment can be replaced with the configuration of another embodiment. Furthermore, it is also possible to add the configuration of another embodiment to the configuration of one embodiment. Also, for a part of the configuration of each embodiment, it is possible to add, delete, or replace another configuration.
  • 1 spectrum calibration device
  • 2 CPU
  • 3 main memory
  • 4 storage device
  • 5 display memory
  • 6 display device
  • 7 controller
  • 8 input device
  • 10 network adapter
  • 11 system bus
  • 12 Network
  • 13 capillary electrophoresis sequencer
  • 14 spectral signal database
  • 30 spectral signal
  • 31 spectral signal acquisition unit
  • 32 initial value calculation unit
  • 33 candidate calculation unit
  • 34 selection unit
  • 35 color Transformation matrix

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Optics & Photonics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Mathematical Physics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

蛍光色素間でピークが同時に出現する場合であってもスペクトル校正を高精度に行えるスペクトル校正装置及びスペクトル校正方法を提供する。 色変換処理に用いられる色変換行列を算出するスペクトル校正装置であって、経時的に検出された蛍光の分光信号を取得する分光信号取得部と、前記分光信号に基づいて、蛍光色素の蛍光のピークが同時に出現する頻度に依存するパラメータの値毎に色変換行列の候補を算出する候補算出部と、各候補に対して算出される評価値に基づいて色変換行列を選択する選択部を備えることを特徴とする。

Description

スペクトル校正装置及びスペクトル校正方法
 本発明はキャピラリ電気泳動型シーケンサのスペクトル校正装置及びスペクトル校正方法に関する。
 キャピラリ電気泳動型シーケンサは、キャピラリと呼ばれる細管の中で核酸試料を電気泳動させながら、励起光の照射により生じる蛍光を分光して経時的に検出し、検出された信号を用いて核酸を分析する装置である。具体的には、核酸を構成する塩基配列を決定するシーケンシング処理やDNA断片の鎖長を比較するフラグメント解析処理が行われる。シーケンシング処理やフラグメント解析処理の過程では色変換処理が実施される。色変換処理とは、分光された信号の時系列データを、核酸試料を標識する蛍光色素の蛍光の時系列データに変換する処理であり、各蛍光色素のスペクトル応答特性に対応する色変換行列の擬似逆行列を検出された信号の時系列データに乗じて行われる。
 色変換行列を取得する処理はスペクトル校正と呼ばれ、特許文献1にはスペクトル識別可能な複数の分子化学種から生成される電気泳動図を用いたスペクトル校正方法が開示されている。すなわち、電気泳動図から生成されるデータマトリクスの部分をランク解析することによりスペクトル応答特性を有する領域を識別し、識別された領域から判定される純成分スペクトル応答をクラスタに分け、各クラスタの代表的なスペクトル応答と分子化学種を相関付ける。
国際公開WO01/055699号公報
 しかしながら特許文献1では、電気泳動図の時間領域において、蛍光色素を表す各ピークが十分に分離されていると仮定しており、蛍光色素間でピークが同時に出現する場合にスペクトル校正の精度が低下する。キャピラリ電気泳動型シーケンサでは装置の小型化にともないキャピラリが短くなるので、キャピラリ内で塩基が分離されにくくなり、検出される信号のピークの重なりが増している。
 そこで本発明は、蛍光色素間でピークが同時に出現する場合であってもスペクトル校正を高精度に行えるスペクトル校正装置及びスペクトル校正方法を提供することを目的とする。
 上記目的を達成するために本発明は、色変換処理に用いられる色変換行列を算出するスペクトル校正装置であって、経時的に検出された蛍光の分光信号を取得する分光信号取得部と、前記分光信号に基づいて、蛍光色素の蛍光のピークが同時に出現する頻度に依存するパラメータの値毎に色変換行列の候補を算出する候補算出部と、各候補に対して算出される評価値に基づいて色変換行列を選択する選択部を備えることを特徴とする。
 また本発明は、色変換処理に用いられる色変換行列を算出するスペクトル校正方法であって、経時的に検出された蛍光の分光信号を取得する取得ステップと、前記分光信号に基づいて、蛍光色素の蛍光のピークが同時に出現する頻度に依存するパラメータの値毎に色変換行列の候補を算出する候補算出ステップと、各候補に対して算出される評価値に基づいて色変換行列を選択する選択ステップを備えることを特徴とする。
 本発明によれば、蛍光色素間でピークが同時に出現する場合であってもスペクトル校正を高精度に行えるスペクトル校正装置及びスペクトル校正方法を提供することが可能になる。
スペクトル校正装置のハードウェア構成図である。 検出された分光信号の例と、分光信号と色変換行列、蛍光の時間強度の関係を説明する図である。 実施例1の機能ブロック図である。 実施例1の処理の流れの一例を示す図である。 実施例1の初期値の算出処理の流れの一例を示す図である。 実施例1の色変換行列の候補の算出処理の流れの一例を示す図である。 実施例1の候補の選択処理の流れの一例を示す図である。 実施例2の候補の選択処理の流れの一例を示す図である。 実施例3の候補の選択処理の流れの一例を示す図である。 移動度補正処理を説明する図である。 プルアップやプルダウンを含む色変換信号に移動度補正処理を施したときの例を説明する図である。
 以下、添付図面に従って本発明に係るスペクトル校正装置及びスペクトル校正方法の好ましい実施例について説明する。なお、以下の説明及び添付図面において、同一の機能構成を有する構成要素については、同一の符号を付することにより重複説明を省略することにする。
 図1はスペクトル校正装置1のハードウェア構成を示す図である。スペクトル校正装置1は、CPU(Central Processing Unit)2、主メモリ3、記憶装置4、表示メモリ5、表示装置6、コントローラ7、入力装置8、ネットワークアダプタ10がシステムバス11によって信号送受可能に接続されて構成される。スペクトル校正装置1は、ネットワーク12を介してキャピラリ電気泳動型シーケンサ13や分光信号データベース14と信号送受可能に接続される。ここで、「信号送受可能に」とは、電気的、光学的に有線、無線を問わずに、相互にあるいは一方から他方へ信号送受可能な状態を示す。
 CPU2は、各構成要素の動作を制御する装置である。CPU2は、記憶装置4に格納されるプログラムやプログラム実行に必要なデータを主メモリ3にロードして実行する。記憶装置4は、CPU2が実行するプログラムやプログラム実行に必要なデータを格納する装置であり、具体的にはハードディスクやSSD(Solid State Drive)等の記録装置や、ICカード、SDカード、DVD等の記録媒体に読み書きする装置である。各種データはLAN(Local Area Network)等のネットワーク12を介して送受信される。主メモリ3は、CPU2が実行するプログラムや演算処理の途中経過を記憶するものである。
 表示メモリ5は、液晶ディスプレイ等の表示装置6に表示するための表示データを一時格納するものである。入力装置8は、操作者がスペクトル校正装置1に対して操作指示を行う操作デバイスであり、具体的にはキーボードやマウス等である。マウスはトラックパッドやトラックボールなどの他のポインティングデバイスであっても良い。コントローラ7は、キーボードやマウスの状態を検出して、検出した情報等をCPU2へ出力するものである。また表示装置6がタッチパネルである場合には、タッチパネルが入力装置8としても機能する。ネットワークアダプタ10は、スペクトル校正装置1をLAN、電話回線、インターネット等のネットワーク12に接続するためのものである。
 キャピラリ電気泳動型シーケンサ13は、キャピラリの中で核酸試料を電気泳動させながら、励起光の照射により生じる蛍光を分光して経時的に検出し、検出された信号である分光信号を用いて核酸を分析する装置である。核酸の分析には、分光信号に色変換行列の擬似逆行列を乗じることにより、核酸試料を標識する蛍光色素の蛍光の時系列データに変換する色変換処理が実施される。分光信号データベース14は、キャピラリ電気泳動型シーケンサ13によって取得された分光信号を保管するデータベースシステムである。
 図2を用いて、分光信号と色変換行列、蛍光の時間強度の関係について説明する。図2(a)は検出された分光信号の一例であり、縦軸が信号強度、横軸が時間であり、分光された波長に対応する検出チャンネル毎の波形が示されている。
 図2(b)は、分光信号Fと色変換行列S、蛍光の時間強度Cの関係を示す図である。キャピラリの中を電気泳動により移動する核酸試料には、四種の塩基A(アデニン)、G(グアニン)、C(シトシン)、T(チミン)が含まれ、各塩基の移動順を知ることにより核酸試料中の塩基配列を把握できる。各塩基には異なる蛍光色素が対応するので、各蛍光色素の蛍光の時間強度Cから各塩基の移動順を知ることにより塩基配列が決定できる。
 キャピラリ電気泳動型シーケンサ13によって検出される分光信号Fは、蛍光の時間強度Cを蛍光色素毎に分けずにまとめて検出したものを分光した結果であるので、色変換行列Sを用いるとF=S×Cとなる。つまり分光信号Fから蛍光の時間強度Cを得るには、Sの擬似逆行列であるSを両辺に乗じてC=S×Fを算出すれば良いので、色変換行列Sを取得する処理であるスペクトル校正が必要である。なお、Fは波長チャンネル番号nの行と時間番号tの列の行列、Sは波長チャンネル番号nの行と蛍光色素番号kの列の行列、Cは蛍光色素番号kの行と時間番号tの列の行列である。
 色変換行列Sを取得するために、分光信号Fに対して公知の独立成分分析を行う方法はあるものの、得られる色変換行列Sでは精度が不十分である。ところで、各塩基には異なる蛍光色素が標識されるため、各蛍光色素の蛍光のピークが同時に出現する頻度は低い。そこで本実施例では、蛍光の時間強度Cにおいて各蛍光色素の蛍光のピークが同時に出現する頻度が低くなる色変換行列Sの候補を複数算出し、各候補に対して算出される評価値に基づいて複数の候補の中から、色変換行列Sを選択する。
 図3を用いて本実施例の要部について説明する。なおこれらの要部は、専用のハードウェアで構成されても良いし、CPU2上で動作するソフトウェアで構成されても良い。以降の説明では本実施例の要部がソフトウェアで構成された場合について説明する。本実施例は、分光信号取得部31と初期値算出部32と候補算出部33と選択部34を備える。
以下、各部について説明する。
 分光信号取得部31はスペクトル校正に用いられる分光信号30を取得する。分光信号30は記憶装置4に記憶される信号であっても良いし、ネットワークアダプタ10を介してキャピラリ電気泳動型シーケンサ13や分光信号データベース14から取得される信号であっても良い。
 初期値算出部32は色変換行列Sと蛍光の時間強度Cの初期値を算出する。初期値の算出には分光信号30が用いられ、初期値の算出に先立ち、いくつかの前処理が行われても良い。前処理として、例えばスパイクの除去やベースラインの除去、波長チャンネル間の正規化等が行われることにより、以降の処理での精度を向上できる。色変換行列Sの初期値の算出には、公知の独立成分分析が用いられる。蛍光の時間強度Cの初期値は、色変換行列Sの初期値と分光信号Fを用いて算出される。
 候補算出部33は色変換行列Sの候補を算出する。色変換行列Sの候補の算出には、蛍光の時間強度Cにおいて、蛍光色素の蛍光のピークが同時に出現する頻度である同時出現頻度に依存するパラメータλが用いられる。パラメータλは、同時出現頻度に対して負の相関関係にある。すなわち、パラメータλが小さいときには同時出現頻度は多くなり、パラメータλが大きくなると同時出現頻度が少なくなる。色変換行列Sの候補はパラメータλの値毎に算出される。
 選択部34はパラメータλの値毎に算出された候補の中から、各候補に対して算出される評価値に基づいて色変換行列を選択する。各候補に対して算出される評価値は、例えば色変換行列の各候補を用いて算出される蛍光の時間強度Cの要素に基づいて算出される。蛍光の時間強度Cの要素が負の値となることは物理的に発生しえないので、そのような色変換行列の候補は低い評価値となるコスト関数が用いられる。
 図4を用いて、以上の各部を備えるスペクトル校正装置1が実行する処理の流れの一例を説明する。以下、各ステップについて説明する。
 (S401)
 分光信号取得部31が分光信号30を取得する。分光信号30は記憶装置4から取得されても良いし、キャピラリ電気泳動型シーケンサ13や分光信号データベース14から取得されても良い。なお、分光信号30は波長チャンネル番号nの行と時間番号tの列からなる行列であり、各要素をx(t,n)とする。また、1≦t≦Tであり、Tは検出時刻の点数を表す整数であって例えばT=1000である。さらに、1≦n≦Nであり、Nは波長チャンネル数を表す整数であって、例えばN=20である。
 (S402)
 初期値算出部32が分光信号30から色変換行列Sと蛍光の時間強度Cの初期値を算出する。なお色変換行列Sは波長チャンネル番号nの行と蛍光色素番号kの列からなる行列であり、各要素をs(n,k)とする。また、1≦k≦Kであり、Kは蛍光色素の個数を表す整数であって例えばK=4である。さらに蛍光の時間強度Cは蛍光色素番号kの行と時間番号tの列からなる行列である。
 色変換行列Sと蛍光の時間強度Cの初期値を算出する処理の流れの例を図5に示し、図5の各ステップについて以降で説明する。
 (S501)
 初期値算出部32が分光信号30からスパイク信号を除去する。スパイク信号の除去は、例えば以下の手順で実行される。
(1)まず[数1]により、x(t,n)の時間方向の差分信号v(t,n)を計算する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000001
(2)Δ=Δ_maxとする。なお、Δ_maxは時間番号の最大値、Δ_minは時間番号の最小値、Δ_tolは時間番号の許容値、θ1は分光信号x(t,n)の閾値、θ2は差分信号v(t,n)の閾値である。
(3)[数2]を満たすpを探索し、そのようなpがあれば、t ∈ [p-Δ_tol,p+Δ+Δ_tol]の範囲のx(t,n)を0に置き換える。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000002
(4)Δから1を減じ、Δ < Δ_minであれば終了し、そうでなければ(3)に戻る。
 以上の手順により、スパイク信号が除去された分光信号x(t,n)が取得される。分光信号にスパイク信号が含まれる場合、以降の処理の精度を低下させるため、スパイク信号は除去されることが好ましい。
 (S502)
 初期値算出部32が、S501の算出結果x(t,n)からベースラインを除去する。ベースラインの除去は、例えば各時刻tの近傍区間の最小値をx(t,n)から差し引くなどの公知の方法が用いられる。ベースラインが除去された信号をz(t,n)とする。
 (S503)
 初期値算出部32が、S502の算出結果z(t,n)に対して、波長チャンネル間強度の正規化処理をする。正規化処理には[数3]と[数4]が用いられ、正規化信号f(t,n)が取得される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000003
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000004
波長チャンネル間の強度に大きく差異がある場合、強度が大きい波長チャンネルを過剰評価し、強度が小さい波長チャンネルを過小評価することになり、以降の処理の精度を低下させる。そこで、波長チャンネル間の強度を正規化しておくことが好ましい。
 なおS501~S503は、以降の処理のための前処理であって、必ずしも実行されなくても良い。ただし、以降の処理の算出精度を向上させるには実行されることが好ましい。
 (S504)
 初期値算出部32が、独立成分分析により色変換行列Sの初期値を算出する。独立成分分析の入力には、S503の算出結果f(t,n)を用いることが好ましい。また独立成分分析には、Fast ICA、Auxiliary-function-based ICA、Natural-gradient-based ICAなど公知の方法が用いられる。
 なお、独立成分分析に先立ち、正規化信号f(t,n)から時間方向の差分信号g(t,n)=f(t,n)-f(t-1,n)を算出し、差分信号g(t,n)を独立成分分析に用いても良い。独立成分分析は入力信号が零平均の分布に従うことを仮定している。差分信号g(t,n)は零平均の分布に従うので、独立成分分析を有効に機能させることができる。同じ理由により、正規化信号f(t,n)から正規化信号f(t,n)の平均値を差し引いて得られる信号を独立成分分析に用いても良い。
 また独立成分分析により得られた色変換行列Sの各要素a(n,k)に対して非負化処理を施して得られた各要素b(n,k)を色変換行列Sの初期値としても良い。非負化処理には例えば[数5]が用いられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000005
また、他の非負化処理として、a(n,k)の最小値を各a(n,k)から差し引く処理や、a(n,k)の中の負の値を零に置換する処理を施して、色変換行列Sの初期値を算出しても良い。算出された色変換行列S(n,k)の初期値は、記憶装置4等に保管される。
 (S505)
 初期値算出部32が、S504の算出結果を用いて蛍光の時間強度Cの初期値を算出する。Cの初期値の算出には[数6]が用いられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000006
なお、SはSの擬似逆行列であり、Fは正規化信号f(t,n)を要素とする行列である。算出された蛍光の時間強度C(k,t)の初期値は、記憶装置4等に保管される。
 図4の説明に戻る。
 (S403)
 候補算出部33が色変換行列の候補を算出する。色変換行列の候補は、蛍光の時間強度Cにおいて蛍光色素の蛍光のピークが同時に出現する頻度である同時出現頻度に依存するパラメータλの値毎に算出される。またパラメータλは例えば1.01、1.02、・・・、1.10に設定される。
 色変換行列の候補を算出する処理の流れの例を図6に示し、図6の各ステップについて以降で説明する。
 (S601)
 候補算出部33が、蛍光色素の蛍光のピークが同時に出現する頻度に依存するパラメータλを設定する。例えばλ=1.01が設定される。
 (S602)
 候補算出部33が、色変換行列S(n,k)と蛍光の時間強度C(k,t)の初期値を記憶装置4等から読み出す。
 (S603)
 候補算出部33が、色変換行列S(n,k)を波長チャネル番号nに関して正規化する。正規化には例えば[数7]が用いられ、正規化の結果としてP(n|k)が算出される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000007
 また、[数7]の代わりに[数8]が用いられてもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000008
[数8]が用いられる場合、色変換行列S(n,k)の各列に相当する各蛍光色素の波長応答特性の互いの類似度をξにより調整することができる。
 (S604)
 候補算出部33が、パラメータλを含む蛍光の時間強度C(k,t)を蛍光色素番号kに関して正規化する。正規化には例えば[数9]が用いられ、正規化の結果としてP(k|t)が算出される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000009
1.0より大きいパラメータλが与えられ、[数9]が用いられることにより、パラメータλの大きさに応じて同時出現頻度が抑制されて、次ステップにおいて色変換行列S(n,k)と蛍光の時間強度C(k,t)が更新される。
 また、[数9]の代わりに[数10]や[数11]が用いられてもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000010
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000011
[数10]や[数11]が用いられる場合、強度が小さいピークが少ない蛍光の時間強度C(k,t)に更新されやすいので、雑音が大きい場合に精度の高い結果が得られる。
 (S605)
 候補算出部33が、色変換行列S(n,k)と蛍光の時間強度C(k,t)を更新する。色変換行列S(n,k)の更新には[数12]と[数13]が用いられ、蛍光の時間強度C(k,t)の更新には[数12]と[数14]が用いられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000012
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000013
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000014
 (S606)
 候補算出部33が、規定回数に達したか否かを判定し、達した場合はS607に処理を進め、達してない場合はS603に処理を戻す。
 (S607)
 候補算出部33が、S601で設定されたパラメータλに対する色変換行列R_λ(n,k)=σ(n)S(n,k)を算出する。波長チャンネル間強度の正規化処理に用いられたσ(n)をS(n,k)に乗じることにより、正規化処理前の信号z(t,n)に対応する色変換行列R_λ(n,k)が得られる。
 (S608)
 候補算出部33が、パラメータλを更新するか否かを判定し、更新する場合はS601に処理を戻してパラメータλを再設定、例えばλ=1.02とし、更新しない場合はS403の処理が終了となる。パラメータλは、例えば1.01、1.02、・・・、1.10の順に設定される。
 なお、S403において、候補算出部33がベイズ推定を用いて色変換行列の候補を算出しても良い。すなわち[数15]で定義される事後確率を最大化する色変換行列S(n,k)と蛍光の時間強度C(k,t)を、GibbsサンプリングやMetropolis-Hastingsサンプリングなどの公知のマルコフ連鎖モンテカルロを用いることにより求める。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000015
ここで、αkとβkはガンマ分布のパラメータである。ベイズ推定を用いた場合、初期値依存性の問題を解決できるため、精度の高い色変換行列を得ることができる。
 図4の説明に戻る。
 (S404)
 選択部34が、S403で算出された色変換行列の複数の候補R_λ(n,k)の中から、各候補に対して算出される評価値に基づいて色変換行列を選択する。候補の中から色変換行列を選択する処理の流れの例を図7に示し、図7の各ステップについて以降で説明する。
 (S701)
 選択部34がパラメータλ毎に色変換信号y_λ(t,k)を算出する。色変換信号y_λ(t,k)は、色変換行列の候補R_λ(n,k)と正規化処理前の信号z(t,n)を用いて、[数16]により算出される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000016
なお、Yλは色変換信号y_λ(t,k)を要素とする行列であり、Rλ は色変換行列の候補R_λ(n,k)の擬似逆行列であり、Zは正規化処理前の信号z(t,n)を要素とする行列である。
 (S702)
 選択部34が、S701で算出された色変換信号y_λ(t,k)の中のプルダウンを抽出する。ある蛍光色素の色変換信号y_λ(t,k)がある時刻に十分に大きいピークを有するときに、他の蛍光色素の色変換信号y_λ(t,k)が同時刻に有する負の値のピークのことを「プルダウン」と呼ぶ。プルダウンは物理的には発生しえず、色変換信号y_λ(t,k)の算出に用いられた色変換行列の候補R_λ(n,k)に含まれる誤差に起因するものである。そこで、本ステップでは色変換信号y_λ(t,k)に含まれるプルダウンを抽出し、抽出されたプルダウンに基づいて次ステップ以降で色変換行列の各候補R_λ(n,k)を評価する。なお、色変換行列の候補R_λ(n,k)に誤差が含まれる場合、プルダウンととともに、正の値のピークであるプルアップも生じるが、本実施例では扱わない。
 色変換信号y_λ(t,k)の中のプルダウンは、各蛍光色素の色変換信号y_λ(t,k)が負の値であって、y_λ(t,k)の時間方向の差分値y_λ(t,k)-y_λ(t-1,k)が負から正に変わる時刻を探索することにより抽出される。
 (S703)
 選択部34が、S702で抽出されたプルダウンに基づきコスト関数c_λを算出する。コスト関数c_λの算出には例えば[数17]が用いられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-M000017
ここで、mは抽出されたプルダウンの番号であり、dmは各プルダウンの強度の絶対値、emはプルダウンと同時刻における他の蛍光色素の最大強度、Dは予め定められたプルダウンの許容値である。[数17]によれば、最大強度の総和による除算演算とすることにより、零除算による演算エラーを回避できる。
 なお、プルダウンに基づくコスト関数c_λは[数17]に限定されず、プルダウンの面積の総和を評価可能な関数であっても良い。
 (S704)
 選択部34が、S703で算出されたコスト関数c_λにより候補の中から色変換行列R_λ(n,k)を選択する。コスト関数c_λが[数17]の場合には、コスト関数c_λが最小となる色変換行列R_λ(n,k)が選択される。
 以上説明した処理の流れにより、蛍光色素間でピークが同時に出現する場合であっても適切な色変換行列R_λ(n,k)が求められる。すなわち、分光信号の時間分解能が低い場合や異なる蛍光色素間で蛍光のピークが重複する頻度が高い場合であってもスペクトル校正を高精度に行える。特にキャピラリが短い小型のキャピラリ電気泳動型シーケンサや測定時間が短い場合に本実施例は有効である。
 実施例1では色変換信号y_λ(t,k)の中のプルダウンに基づくコスト関数c_λを用いて色変換行列R_λ(n,k)を選択することについて説明した。本実施例では色変換信号y_λ(t,k)に逆畳み込み処理を施して得られる逆畳み込み信号に基づくコスト関数c_λを用いることについて説明する。なお、本実施例の全体構成は実施例1と同じであるので、説明を省略する。
 図8を用いて本実施例の候補の選択処理について説明する。なお図8の処理の流れは、図4のS403において実行される。
 (S801)
 選択部34が、S701と同様に、パラメータλ毎に色変換信号y_λ(t,k)を算出する。
 (S802)
 選択部34が、S801で算出された色変換信号y_λ(t,k)に対して逆畳み込み処理をする。逆畳み込み処理には、公知のブラインドデコンボリューション処理等が用いられる。逆畳み込み処理により、パラメータλ毎に逆畳み込み信号が算出される。
 (S803)
 選択部34が、S802で算出された逆畳み込み信号に基づいて、コスト関数c_λを算出する。
 (S804)
 選択部34が、S803で算出されたコスト関数c_λにより、候補の中から色変換行列R_λ(n,k)を選択する。
 以上説明した処理の流れにより、蛍光色素間でピークが同時に出現する場合であっても適切な色変換行列R_λ(n,k)が求められる。なお、逆畳み込み信号では色変換信号に比べて分離度が高くなるため、より容易にプルダウンを検知することができる。
 実施例1では色変換信号の中のプルダウンに基づくコスト関数を用いて色変換行列を選択することについて説明した。本実施例では色変換信号に移動度補正処理を施して得られる移動度補正処理信号に基づくコスト関数を用いることについて説明する。なお、本実施例の全体構成は実施例1と同じであるので、説明を省略する。
 図9を用いて本実施例の候補の選択処理について説明する。なお図9の処理の流れは、図4のS403において実行される。
 (S901)
 選択部34が、S701と同様に、パラメータλ毎に色変換信号y_λ(t,k)を算出する。
 (S902)
 選択部34が、S901で算出された色変換信号y_λ(t,k)に対して移動度補正処理をする。移動度補正処理とは、蛍光色素の蛍光のピークが等間隔となるように、各蛍光色素の蛍光スペクトルを時間方向に移動させる処理である。四つの蛍光色素A、G、C、Tの蛍光スペクトルに対する移動度補正処理の一例を図10に示す。図10(a)は移動度補正処理前の蛍光スペクトルの例であり、蛍光のピークが不等間隔である。図10(b)は移動度補正処理後の蛍光スペクトルの例であり、蛍光色素Aと蛍光色素Cを時間の正方向に移動させ、蛍光色素Gをそのままとし、蛍光色素Tを時間の負方向に移動させることにより、蛍光のピークが等間隔になる。
 ところで色変換行列の候補R_λ(n,k)に誤差が含まれる場合、色変換信号y_λ(t,k)には図11(a)に示すようなプルアップ1101やプルダウン1102が含まれる。プルアップ1101やプルダウン1102が含まれる色変換信号y_λ(t,k)に対して移動度補正処理を施すと、図11(b)に示すようにピーク間隔が乱れる。本実施例ではピーク間隔の乱れを利用するために、本ステップにおいて移動度補正処理をする。移動度補正処理には公知の方法が用いられ、移動度補正処理よりパラメータλ毎に移動度補正信号h_λ(t,k)が算出される。
 (S903)
 選択部34が、S902で算出された移動度補正信号h_λ(t,k)に基づくコスト関数c_λを算出する。コスト関数c_λの算出手順の一例について説明する。
(1)h_λ(t,k)をk方向に積算して時系列信号u_λ(t)を得る。すなわち移動度補正信号h_λ(t,k)を蛍光色素で区別せずに扱う。
(2)u_λ(t)に対し離散フーリエ変換を行い、U_λ(ω)を得る。ただし、ωは離散化された周波数インデックスである。
(3)パワースペクトルV_λ(ω)=|U_λ(ω)|を計算する。
(4)規定の範囲[ωbegin, ωend]内のωに対して、V_λ(ω)の最大値W_λを求める。W_λは、乱れのないときのピーク間隔に相当する周波数成分の大きさを表す。
(5)規定の範囲[ωbegin, ωend]において、V_λ(ω)のω方向にわたる積算値E_λ=Σ(V_λ(ω))を計算する。E_λは移動度補正信号h_λ(t,k)のピーク間隔の全周波数成分を含むパワーであり、ピーク間隔が乱れるほど大きくなる。
(6)コスト関数としてc_λ=E_λ/W_λを計算する。
 (S904)
 選択部34が、S903で算出されたコスト関数c_λにより候補の中から色変換行列R_λ(n,k)を選択する。本実施例のコスト関数c_λは、乱れのない時のピーク間隔に相当する周波数成分の大きさで、全周波数成分を含むパワーを除した値であるので、ピーク間隔が乱れるほど大きくなる。よって、コスト関数c_λが最小となる色変換行列R_λ(n,k)が候補の中から選択される。
 以上説明した処理の流れにより、蛍光色素間でピークが同時に出現する場合であっても適切な色変換行列R_λ(n,k)が求められる。なお、本実施例のコスト関数c_λではプルダウンやプルアップの検出が不要であるので、ノイズが多くプルダウンやプルアップの検出が困難な場合であっても適切な色変換行列R_λ(n,k)を選択することができる。 
 以上、本発明の複数の実施例について説明した。本発明はこれらの実施例に限定されるものではなく、さまざまな変形例が含まれる。例えば、上記した実施例は本発明をわかりやすく説明するために詳細に説明したのであり、説明したすべての構成を備えるものに限定されるものではない。また、ある実施例の構成の一部を他の実施例の構成に置き換えることが可能である。さらに、ある実施例の構成に他の実施例の構成を加えることも可能である。また、各実施例の構成の一部について、他の構成の追加・削除・置換をすることが可能である。
1:スペクトル校正装置、2:CPU、3:主メモリ、4:記憶装置、5:表示メモリ、6:表示装置、7:コントローラ、8:入力装置、10:ネットワークアダプタ、11:システムバス、12:ネットワーク、13:キャピラリ電気泳動型シーケンサ、14:分光信号データベース、30:分光信号、31:分光信号取得部、32:初期値算出部、33:候補算出部、34:選択部、35:色変換行列、1101:プルアップ、1102:プルダウン

Claims (8)

  1.  色変換処理に用いられる色変換行列を算出するスペクトル校正装置であって、
     経時的に検出された蛍光の分光信号を取得する分光信号取得部と、
     前記分光信号に基づいて、蛍光色素の蛍光のピークが同時に出現する頻度に依存するパラメータの値毎に色変換行列の候補を算出する候補算出部と、
     各候補に対して算出される評価値に基づいて色変換行列を選択する選択部を備えることを特徴とするスペクトル校正装置。
  2.  請求項1に記載のスペクトル校正装置であって、
     前記選択部は、前記パラメータの値毎に算出された色変換行列の各候補を用いて算出される色変換信号の中からプルダウンを抽出し、前記プルダウンに基づくコスト関数を用いて前記評価値を算出することを特徴とするスペクトル校正装置。
  3.  請求項1に記載のスペクトル校正装置であって、
     前記選択部は、前記パラメータの値毎に算出された色変換行列の各候補を用いて算出される色変換信号に逆畳み込み処理を実行して逆畳み込み信号を取得し、前記逆畳み込み信号に基づくコスト関数を用いて前記評価値を算出することを特徴とするスペクトル校正装置。
  4.  請求項1に記載のスペクトル校正装置であって、
     前記選択部は、前記パラメータの値毎に算出された色変換行列の各候補を用いて算出される色変換信号に移動度補正処理を実行して移動度補正信号を取得し、前記移動度補正信号に基づくコスト関数を用いて前記評価値を算出することを特徴とするスペクトル校正装置。
  5.  色変換処理に用いられる色変換行列を算出するスペクトル校正方法であって、
     経時的に検出された蛍光の分光信号を取得する取得ステップと、
     前記分光信号に基づいて、蛍光色素の蛍光のピークが同時に出現する頻度に依存するパラメータの値毎に色変換行列の候補を算出する候補算出ステップと、
     各候補に対して算出される評価値に基づいて色変換行列を選択する選択ステップを備えることを特徴とするスペクトル校正方法。
  6.  請求項5に記載のスペクトル校正方法であって、
     前記選択ステップは、前記パラメータの値毎に算出された色変換行列の各候補を用いて算出される色変換信号の中からプルダウンを抽出し、前記プルダウンに基づくコスト関数を用いて前記評価値を算出することを特徴とするスペクトル校正方法。
  7.  請求項5に記載のスペクトル校正方法であって、
     前記選択ステップは、前記パラメータの値毎に算出された色変換行列の各候補を用いて算出される色変換信号に逆畳み込み処理を実行して逆畳み込み信号を取得し、前記逆畳み込み信号に基づくコスト関数を用いて前記評価値を算出することを特徴とするスペクトル校正方法。
  8.  請求項5に記載のスペクトル校正方法であって、
     前記選択ステップは、前記パラメータの値毎に算出された色変換行列の各候補を用いて算出される色変換信号に移動度補正処理を実行して移動度補正信号を取得し、前記移動度補正信号に基づくコスト関数を用いて前記評価値を算出することを特徴とするスペクトル校正方法。
PCT/JP2019/031581 2018-09-10 2019-08-09 スペクトル校正装置及びスペクトル校正方法 WO2020054292A1 (ja)

Priority Applications (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US17/269,098 US11692937B2 (en) 2018-09-10 2019-08-09 Spectral calibration apparatus and spectral calibration method
DE112019003466.9T DE112019003466B4 (de) 2018-09-10 2019-08-09 Spektralkalibriervorrichtung und spektralkalibrierverfahren
CN201980050349.7A CN112513619B (zh) 2018-09-10 2019-08-09 光谱校正装置及光谱校正方法
GB2102022.7A GB2590833B (en) 2018-09-10 2019-08-09 Spectral calibration apparatus and spectral calibration method

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2018168596A JP7022670B2 (ja) 2018-09-10 2018-09-10 スペクトル校正装置及びスペクトル校正方法
JP2018-168596 2018-09-10

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2020054292A1 true WO2020054292A1 (ja) 2020-03-19

Family

ID=69777976

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/JP2019/031581 WO2020054292A1 (ja) 2018-09-10 2019-08-09 スペクトル校正装置及びスペクトル校正方法

Country Status (6)

Country Link
US (1) US11692937B2 (ja)
JP (1) JP7022670B2 (ja)
CN (1) CN112513619B (ja)
DE (1) DE112019003466B4 (ja)
GB (1) GB2590833B (ja)
WO (1) WO2020054292A1 (ja)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP7022670B2 (ja) 2018-09-10 2022-02-18 株式会社日立ハイテク スペクトル校正装置及びスペクトル校正方法
WO2023195077A1 (ja) * 2022-04-05 2023-10-12 株式会社日立ハイテク 塩基配列の解析方法及び遺伝子解析装置
CN115728276B (zh) * 2022-11-14 2024-01-23 中船重工安谱(湖北)仪器有限公司 爆炸物检测方法和检测系统

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20050059046A1 (en) * 2003-06-18 2005-03-17 Applera Corporation Methods and systems for the analysis of biological sequence data
US20090001262A1 (en) * 2003-10-22 2009-01-01 Erik Visser System and Method for Spectral Analysis
WO2017130349A1 (ja) * 2016-01-28 2017-08-03 株式会社日立ハイテクノロジーズ 塩基配列決定装置、キャピラリアレイ電気泳動装置及び方法

Family Cites Families (46)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH0814537B2 (ja) * 1987-06-09 1996-02-14 アプライド バイオシステムズ インコ−ポレイテツド Dna配列決定のための実時間走査電気泳動装置
US5871628A (en) * 1996-08-22 1999-02-16 The University Of Texas System Automatic sequencer/genotyper having extended spectral response
US7079241B2 (en) * 2000-04-06 2006-07-18 Invitrogen Corp. Spatial positioning of spectrally labeled beads
US6738502B1 (en) * 1999-06-04 2004-05-18 Kairos Scientific, Inc. Multispectral taxonomic identification
US6333501B1 (en) * 2000-01-27 2001-12-25 Perkin-Elmer Corporation Methods, apparatus, and articles of manufacture for performing spectral calibration
US6807490B1 (en) * 2000-02-15 2004-10-19 Mark W. Perlin Method for DNA mixture analysis
JP2001255301A (ja) * 2000-03-08 2001-09-21 Shimadzu Corp 電気泳動装置
US6863791B1 (en) * 2000-09-11 2005-03-08 Spectrumedix Llc Method for in-situ calibration of electrophoretic analysis systems
JP3690271B2 (ja) * 2000-11-29 2005-08-31 株式会社島津製作所 核酸の塩基配列決定のためのマトリックス値を得る方法
US6618140B2 (en) * 2001-06-18 2003-09-09 Amnis Corporation Spectral deconvolution of fluorescent markers
DE10250100A1 (de) * 2002-10-28 2004-05-13 Leica Microsystems Heidelberg Gmbh Mikroskopsystem und Verfahren zur Analyse und Auswertung von Mehrfachfärbungen eines mikroskopischen Objekts
DE10339312A1 (de) * 2003-08-27 2005-03-31 Leica Microsystems Heidelberg Gmbh Verfahren zur Trennung von Fluoreszenzspektren von in einer Probe vorhandenen Farbstoffen
US7417726B2 (en) * 2003-09-19 2008-08-26 Applied Biosystems Inc. Normalization of data using controls
US7295316B2 (en) * 2004-01-14 2007-11-13 Applera Corporation Fluorescent detector with automatic changing filters
US7383261B2 (en) * 2004-01-16 2008-06-03 Xerox Corporation Reference database and method for determining spectra using measurements from an LED color sensor, and method of generating a reference database
US7471385B2 (en) * 2005-01-13 2008-12-30 Xerox Corporation Systems and methods for selecting a reference database for determining a spectrum of an object based on fluorescence of the object
US8743137B2 (en) * 2006-04-10 2014-06-03 Edgenet, Inc. Method for electronic color matching
US7839507B2 (en) * 2006-06-28 2010-11-23 Applied Biosystems, Llc Minimizing effects of dye crosstalk
US7519514B2 (en) * 2006-07-14 2009-04-14 Agilent Technologies, Inc. Systems and methods for removing noise from spectral data
JP4649635B2 (ja) * 2006-08-02 2011-03-16 独立行政法人科学技術振興機構 画像特徴抽出方法および画像圧縮方法
WO2008050426A1 (fr) * 2006-10-26 2008-05-02 Shimadzu Corporation Procede destine a determiner la sequence de base d'un acide nucleique
US8634640B2 (en) * 2010-10-21 2014-01-21 Hewlett-Packard Development Company, L.P. Method and apparatus for selecting a color palette
JP5937780B2 (ja) * 2010-11-11 2016-06-22 ソニー株式会社 蛍光スペクトル補正方法及び蛍光スペクトル測定装置
CN202196015U (zh) * 2011-06-15 2012-04-18 公安部第一研究所 一种基于光谱校正的毛细管阵列电泳检测装置
CN102411024B (zh) * 2011-06-15 2014-07-09 公安部第一研究所 一种基于空间校正及光谱校正的毛细管阵列电泳检测方法
JP5834584B2 (ja) * 2011-07-25 2015-12-24 ソニー株式会社 情報処理装置、情報処理方法、プログラム及び蛍光スペクトルの強度補正方法
GB2510777A (en) * 2011-11-03 2014-08-13 Verifood Ltd Low - cost spectrometry system for end - user analysis
JP6087128B2 (ja) * 2012-12-17 2017-03-01 株式会社日立ハイテクノロジーズ 遺伝子型解析装置及び遺伝子型解析方法
CN103529568B (zh) * 2013-10-21 2015-12-23 上海交通大学 基于受激布里渊散射效应的矩形光滤波器系统
CN106455979A (zh) * 2013-12-31 2017-02-22 纪念斯隆-凯特琳癌症中心 用于荧光源实时多通道成像的系统、方法和设备
EP3090239A4 (en) * 2014-01-03 2018-01-10 Verifood Ltd. Spectrometry systems, methods, and applications
US9459201B2 (en) * 2014-09-29 2016-10-04 Zyomed Corp. Systems and methods for noninvasive blood glucose and other analyte detection and measurement using collision computing
WO2016121189A1 (ja) * 2015-01-27 2016-08-04 株式会社日立ハイテクノロジーズ 多色蛍光分析装置
WO2016125165A2 (en) * 2015-02-05 2016-08-11 Verifood, Ltd. Spectrometry system with visible aiming beam
WO2016125164A2 (en) * 2015-02-05 2016-08-11 Verifood, Ltd. Spectrometry system applications
WO2016162865A1 (en) * 2015-04-07 2016-10-13 Verifood, Ltd. Detector for spectrometry system
US10203246B2 (en) * 2015-11-20 2019-02-12 Verifood, Ltd. Systems and methods for calibration of a handheld spectrometer
US10493789B2 (en) * 2015-12-17 2019-12-03 Sicpa Holding Sa Security element, security arrangement, method for its production and authentication method using the same
US10254215B2 (en) * 2016-04-07 2019-04-09 Verifood, Ltd. Spectrometry system applications
US10791933B2 (en) * 2016-07-27 2020-10-06 Verifood, Ltd. Spectrometry systems, methods, and applications
WO2018056976A1 (en) * 2016-09-22 2018-03-29 Halliburton Energy Services, Inc. Methods and systems for obtaining high-resolution spectral data of formation fluids from optical computing device measurements
US20190353613A1 (en) * 2016-12-09 2019-11-21 Integenx Inc. Electropherogram analysis
SG10202107223QA (en) 2017-02-17 2021-08-30 Life Technologies Corp Automated quality control and spectral error correction for sample analysis instruments
CN107976478A (zh) * 2017-11-21 2018-05-01 南京溯远基因科技有限公司 一种基于毛细管电泳的多染料集核酸分析方法及其应用
JP7272349B2 (ja) * 2018-03-22 2023-05-12 凸版印刷株式会社 色対応情報生成システム、プログラム及び色対応情報生成方法
JP7022670B2 (ja) 2018-09-10 2022-02-18 株式会社日立ハイテク スペクトル校正装置及びスペクトル校正方法

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20050059046A1 (en) * 2003-06-18 2005-03-17 Applera Corporation Methods and systems for the analysis of biological sequence data
US20090001262A1 (en) * 2003-10-22 2009-01-01 Erik Visser System and Method for Spectral Analysis
WO2017130349A1 (ja) * 2016-01-28 2017-08-03 株式会社日立ハイテクノロジーズ 塩基配列決定装置、キャピラリアレイ電気泳動装置及び方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN112513619A (zh) 2021-03-16
DE112019003466T5 (de) 2021-04-22
JP2020041876A (ja) 2020-03-19
US20210310951A1 (en) 2021-10-07
US11692937B2 (en) 2023-07-04
GB2590833A (en) 2021-07-07
JP7022670B2 (ja) 2022-02-18
DE112019003466B4 (de) 2023-03-30
CN112513619B (zh) 2024-02-02
GB2590833B (en) 2022-06-22
GB202102022D0 (en) 2021-03-31

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US8392126B2 (en) Method and system for determining the accuracy of DNA base identifications
WO2020054292A1 (ja) スペクトル校正装置及びスペクトル校正方法
JP6729455B2 (ja) 分析データ解析装置及び分析データ解析方法
JP2022525427A (ja) 質量分析法データにおける境界の自動検出
JP2009529723A (ja) スペクトル分析を介したdnaパターンの同定方法及びシステム
Shavit Combining a wavelet change point and the Bayes factor for analysing chromosomal interaction data
Liu et al. Function-on-scalar quantile regression with application to mass spectrometry proteomics data
Surampudi et al. Resting state dynamics meets anatomical structure: Temporal multiple kernel learning (tMKL) model
Ye et al. BlindCall: ultra-fast base-calling of high-throughput sequencing data by blind deconvolution
Duan et al. Common copy number variation detection from multiple sequenced samples
JPWO2008007630A1 (ja) 蛋白質探索方法及び装置
Touati et al. New methodology for repetitive sequences identification in human X and Y chromosomes
Huang et al. Statistical modeling of isoform splicing dynamics from RNA-seq time series data
JP7141038B2 (ja) 発症予測装置、及び発症予測システム
JP6514369B2 (ja) 塩基配列決定装置、キャピラリアレイ電気泳動装置及び方法
Vishwakarma et al. A weight function method for selection of proteins to predict an outcome using protein expression data
CN115691666A (zh) 基于sigma预测突变致病性分析方法、系统及设备
AU2022218581A1 (en) Sequencing data-based itd mutation ratio detecting apparatus and method
Li et al. scPROTEIN: a versatile deep graph contrastive learning framework for single-cell proteomics embedding
CN107077535B (zh) 用于在基因材料样本中检测微小变异体的方法和系统
Zhang et al. Exon prediction based on multiscale products of a genomic-inspired multiscale bilateral filtering
KR102483880B1 (ko) 복수의 데이터베이스 정보를 기반으로 하는 질병 프로파일링 정보 제공 시스템 및 그 방법
JPWO2008068831A1 (ja) 核酸塩基配列信頼度の算定方法
Sellers et al. Feature detection techniques for preprocessing proteomic data
Wu et al. A Bayesian Analysis of Copy Number Variations in Array Comparative Genomic Hybridization Data

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 19860551

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1

ENP Entry into the national phase

Ref document number: 202102022

Country of ref document: GB

Kind code of ref document: A

Free format text: PCT FILING DATE = 20190809

122 Ep: pct application non-entry in european phase

Ref document number: 19860551

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1