WO2012153704A1 - 同位体を有するリン酸化合物の製造方法 - Google Patents

同位体を有するリン酸化合物の製造方法 Download PDF

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phosphorus
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智洋 濱崎
忠明 大木
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Definitions

  • the present invention relates to a method for producing a phosphate compound having an isotope.
  • a labeled compound into which an isotope is introduced As a method for confirming the behavior of a compound in a living body, it is common to use a labeled compound into which an isotope is introduced.
  • the compound include nucleic acids such as DNA and RNA, and the use of stable isotopes has attracted attention because the isotopes do not affect living organisms.
  • the synthesis of a nucleic acid into which a stable isotope is introduced is generally carried out by introducing a stable isotope into a monomer in advance and using this as a raw material to synthesize a polynucleotide.
  • a stable isotope In order to detect stable isotopes with high sensitivity, it is desired that a large number of stable isotopes be introduced into the polynucleotide.
  • this method in order to introduce a large number of stable isotopes, it is necessary to label all monomers including A, G, C and T / U bases, which is labor intensive and costly. There is a problem that becomes extremely high.
  • Non-Patent Document 1 As a method of introducing a stable isotope, 2,2' cyclo uridine was opened by acid (PhC 18 O 2 H), at the 2 'position of the sugar, the hydroxyl group with a stable isotope (- 18 OH) Has been disclosed (Non-Patent Document 1).
  • a nucleoside having a specific pyrimidine base can only be labeled, and a nucleoside having another base cannot be obtained.
  • the labor and cost problems of labeling with a stable isotope are not limited to the nucleic acid, and the same applies to, for example, low molecular compounds such as pharmaceuticals and agricultural chemicals.
  • an object of the present invention is to provide a method for easily producing a phosphate compound having an isotope.
  • the production method of the present invention is a production method of a phosphate compound having an isotope, wherein the isotope is oxidized by oxidizing a trivalent phosphorus compound with an oxidizing agent containing an isotope. It includes an oxidation step of synthesizing a pentavalent phosphate compound into which is introduced.
  • a phosphate compound containing an isotope can be easily produced only by using the oxidizing agent containing the isotope.
  • the production method of the present invention is useful, for example, for the synthesis of a nucleic acid having a phosphate group and the synthesis of a low-molecular compound such as an agrochemical, a pharmaceutical or a phospholipid having a phosphate group.
  • FIG. 1 is a mass spectrometry chromatogram of 18 O-labeled poly (U) in Example 1.
  • FIG. FIG. 2 is a mass spectrometry chromatogram of 18 O-labeled poly (U) treated at a predetermined pH in Example 1.
  • FIG. 3 is a photograph of Native-PAGE of siRNA introduced with 18 O in Example 2.
  • 4 is a graph showing a circular dichroism spectrum of siRNA introduced with 18 O in Example 2.
  • FIG. FIG. 5 is a graph showing the relative value of the expression level of human GAPDH gene mRNA in Example 2.
  • FIG. 6 is a graph showing the relationship between the concentration of 18 O-labeled poly (U) and ⁇ 18 O [ ⁇ ] in Example 3.
  • FIG. 7 is a photograph observing the intracellular localization of siRNA introduced with 18 O in Example 4.
  • the production method of the present invention is a method for producing a phosphate compound having an isotope, and the trivalent phosphorus compound is converted into an oxidant containing an isotope (hereinafter referred to as “isotope oxidant”). It includes an oxidation step of synthesizing a pentavalent phosphate compound into which the isotope is introduced by oxidation.
  • trivalent phosphorus of a trivalent phosphorus compound is oxidized to pentavalent phosphorus by the isotope oxidant, and accordingly, the isotope derived from the isotope oxidant is converted to the pentavalent phosphorus.
  • the body joins.
  • a pentavalent phosphate compound into which an isotope is introduced can be obtained only by performing an oxidation reaction with the isotope oxidant.
  • the present invention is characterized in that the trivalent phosphorus compound is oxidized using the isotope oxidant, and other configurations and other conditions are not particularly limited.
  • the production method of the present invention includes, for example, synthesis of agrochemicals having a phosphate group, pharmaceuticals, phospholipids and the like, nucleic acids such as RNA and DNA having a phosphate group, and nucleoside-monophosphate that is a monomer, It is preferably applied to the synthesis of nucleoside-diphosphate, nucleoside-triphosphate, and the like, particularly preferably applied to the synthesis of the nucleic acid.
  • the method for synthesizing the nucleic acid is not limited at all, and examples thereof include a phosphite method, a phosphoramidite method (or also referred to as a phosphoramidite method) (hereinafter, amidite method) and the like.
  • a phosphite method or also referred to as a phosphoramidite method
  • amidite method a phosphoramidite method
  • the amidite method will be described as an example, but the present invention is not limited to this.
  • the amidite method In solid phase synthesis of nucleic acids, the amidite method generally removes the monomer amidite coupling step, the resulting oxidation step of trivalent phosphorus to pentavalent phosphorus (phosphate group) and the sugar protecting group at the 5 ′ end. One cycle of the deprotection step is repeated until the desired length is reached.
  • the isotope can be easily introduced into the phosphate group of the phosphodiester bond only by using the isotope oxidant in the oxidation step. Moreover, the isotope can be introduced only into the desired phosphodiester bond by using the isotope oxidant only in the oxidation step of the desired cycle. Furthermore, the isotopes can be introduced into the phosphate groups of all phosphodiester bonds by using the isotope oxidant in the oxidation steps of all cycles. Conventionally, as described above, since it is necessary to synthesize an amidite into which an isotope is introduced for each base to be labeled, there is a problem that labor and cost are required.
  • the oxidation reaction by the oxidizing agent is, for example, an oxidation reaction in which trivalent phosphorus in the trivalent phosphorus compound is oxidized to pentavalent phosphorus, and atoms derived from the oxidizing agent are bound to the pentavalent phosphorus. is there.
  • the isotope oxidant may be such that the atom bonded to the pentavalent phosphorus is the isotope.
  • the isotope oxidant is not particularly limited, and for example, oxidizes trivalent phosphorus in the trivalent phosphorus compound to pentavalent phosphorus and donates atoms to the pentavalent phosphorus. What is necessary is just to have an isotope as an atom donated to the pentavalent phosphorus.
  • oxidizing agent exhibiting such an oxidation reaction from the common general knowledge at the time of filing, and for the oxidizing agent having an isotope as the donated atom, for example, a commercially available product can be obtained. It can be manufactured from the common general knowledge at the time of filing.
  • the isotope is not particularly limited, and may be, for example, a stable isotope or a radioactive isotope, preferably the former. If it is the said stable isotope, since there is little danger of exposure and a dedicated facility is unnecessary, it is excellent in handling property and can also reduce cost. In addition, the stable isotope is different from, for example, a fluorescent label, has no change in physical properties of the labeled compound, and is excellent in properties as a tracer.
  • the isotope oxidant is not particularly limited, and examples thereof include oxygen donors that donate isotope oxygen to pentavalent phosphorus by oxidation.
  • examples of the isotope include 17 O, 18 O, and the like, and preferably 18 O.
  • Examples of the oxygen donor include water or peroxide (peroxide) having isotope oxygen.
  • the peroxide is represented, for example, by the chemical formula R—O—O—R ′, and R and R ′ are, for example, H or an optional substituent. R and R 'may be the same or different.
  • the substituent is not particularly limited, and examples thereof include an alkyl group having 1 to 10 carbon atoms, and may be linear or branched. Examples of the alkyl group include a butyl group such as a t-butyl group.
  • Examples of the peroxide include a hydroperoxide in which at least one of R and R 'is preferably hydrogen, halogen or a monovalent metal, and more preferably at least one of R and R' is hydrogen. Examples of the hydroperoxide include t-butyl hydroperoxide.
  • Examples of the monovalent metal include alkali metals such as sodium, potassium, lithium, rubidium, cesium, and francium.
  • the oxygen donor is particularly preferably H 2 18 O having 18 O because, for example, a commercially available product with high purity can be obtained.
  • water having the isotope oxygen for example, it is preferable to use iodine (I 2 ), pyridine (Py), and tetrahydrofuran (THF) in combination.
  • the pentavalent phosphoric acid compound obtained for example, a pentavalent phosphorus, hydroxyl groups isotope oxygen - is preferably (18 OH) are attached,
  • the hydrogen in the hydroxyl group may be substituted with a monovalent metal such as an alkali metal, for example. Examples of the alkali metal include sodium, potassium, lithium, rubidium, cesium, francium and the like.
  • isotope oxidizing agent examples include a sulfur donor that donates isotope sulfur to pentavalent phosphorus by oxidation.
  • examples of the isotope include 33 S, 34 S, 36 S and the like, and 34 S is preferable.
  • the sulfur donor is preferably, for example, a disulfide having isotope sulfur (compound having —SS—), more preferably an organic disulfide, and still more preferably a cyclic organic disulfide.
  • the disulfide include, for example, 3H-1,2-benzothiol 3-one 1,1-dioxide, 5-((dimethylamino-methylidene) amino) -3H-1,2,4-dithiazole-3- Thion and the like are preferable, preferably 3H-1,2-benzodithyl 3-one 1,1-dioxide, more preferably 3H-1,2-benzodithyl 3-one 1,1-dioxide having 34 S. is there.
  • the obtained pentavalent phosphate compound has, for example, isotope sulfur bonded to pentavalent phosphorus, specifically, phosphorothioate. Is preferably formed.
  • Examples of the isotope oxidizing agent include boron donors that donate isotope boron to pentavalent phosphorus by oxidation.
  • Examples of the isotope include 10 B.
  • the boron donor is preferably an amine-borane complex having an isotope boron, and more preferably a trialkylamine-borane complex.
  • the trialkylamine / borane complex include diisopropylethylamine (DIPEA) / borane complex represented by C 8 H 19 N ⁇ BH 3 , preferably DIPEA / borane complex C having 10 B.
  • pentavalent phosphoric acid compound obtained, for example, a pentavalent phosphorus, borane group having isotope boron (- 10 BH 3 -) is a bond Specifically, it is preferable to form boranophosphate.
  • hydrogen of the borane group may be substituted with halogen, for example. Examples of the halogen include F, Cl, Br, and I.
  • the borane group may form a salt with a monovalent metal or a divalent metal, for example.
  • Examples of the monovalent metal include alkali metals such as sodium, potassium, lithium, rubidium, cesium, and francium.
  • the divalent metal is, for example, an alkaline earth metal, and examples thereof include calcium, strontium, barium, and radium.
  • the trivalent phosphorus compound is not particularly limited as long as it is a compound having trivalent phosphorus.
  • Examples of the trivalent phosphorus compound include phosphorous acid and phosphite.
  • the phosphorous acid includes, for example, phosphite, phosphorous acid derivatives and the like in addition to phosphorous acid [HP (O) (OH) 2 ].
  • phosphoric acid in which an isotope is bound to phosphorus can be produced by using phosphorous acid as the trivalent phosphorus compound.
  • the obtained phosphoric acid includes, for example, the meanings of phosphates, phosphoric acid derivatives and the like.
  • phosphites examples include phosphite monoester [R 1 O—P (OX 2 ) —OX 3 ], phosphite diester [R 1 O—P (OR 2 ) —OX 3 ], phosphorous Any of acid triester [R 1 O—P (OR 2 ) —OR 3 ] may be used.
  • X 2 and X 3 are, for example, hydrogen or a monovalent metal.
  • the monovalent metal is, for example, an alkali metal, and examples thereof include sodium, potassium, lithium, rubidium, cesium, and francium.
  • the R 1 , R 2 and R 3 are not limited at all, and various organic groups such as a hydrocarbon group described later can be mentioned.
  • the nucleic acid may be, for example, a monomer or a polymer obtained by polymerizing the monomer.
  • Examples of the monomer include nucleotides constituting RNA or DNA.
  • a pentavalent phosphate group is bonded to a nucleoside composed of a sugar and a base.
  • the nucleotide has a sugar, a base, and a pentavalent phosphate group, and the base is bonded to the 1 ′ position of the sugar, and the 5 ′ position, the 3 ′ position, or the 2 ′ position of the sugar.
  • the pentavalent phosphate group is bonded to each other.
  • Specific examples of the nucleotide include ribonucleotides and deoxyribonucleotides.
  • the nucleotide includes, for example, the meaning of a derivative of the nucleotide.
  • the polymer is, for example, a polymer of the nucleotide, specifically, RNA that is a polymer of ribonucleotides, DNA that is a polymer of deoxyribonucleotides, or a polymer of ribonucleotides and deoxyribonucleotides (DNA / RNA Chimera) and the like.
  • the polymerization number of the monomer is not limited, and includes the meaning of an oligomer.
  • a sugar of one nucleotide and a sugar of the other nucleotide are bonded through the phosphate group.
  • the 5′-position, 3′-position or 2′-position of one sugar and the 5′-position, 3′-position or 2′-position of the other sugar are It is preferable that they are bonded via a phosphate group.
  • the combination of the binding sites of the sugar of one nucleotide and the sugar of the other nucleotide is not particularly limited, the combination of the 5 ′ position and the 3 ′ position, the combination of the 5 ′ position and the 5 ′ position, and the 3 ′ position. And the combination of the 3 ′ position and the combination of the 2 ′ position and the 5 ′ position.
  • the sugar may be, for example, ribose having a hydroxy group bonded to the 2′-position carbon atom, or deoxyribose having a hydrogen atom bonded to the 2′-position carbon atom.
  • the hydroxy group may be substituted (modified) with any atom or group.
  • the atom include a hydrogen atom and a halogen atom, and examples of the halogen atom include F, Cl, Br, and I. Among these, F (fluorine atom) is preferable.
  • Examples of the group include an alkoxy group (—O-alkyl group), an acyloxy group (—O-acyl group), an amino group (NH 2 group), or a substituted amino group in which H is substituted with a substituent. It is done.
  • the alkoxy group (—O-alkyl group) is not particularly limited, and examples thereof include a methoxy group (—O-Me group), and the alkyl group is not limited.
  • the acyloxy group (—O-acyl group) is not particularly limited, and examples thereof include —O—CHO group, and the acyl group is not limited.
  • the hydrogen atom may be substituted (modified) with an arbitrary atom. Examples of the atom include the halogen atom and the like.
  • the base is not particularly limited, and examples thereof include adenine, guanine, cytosine, thymine, uracil and the like.
  • examples of these substituted bases include 7-deazaguanine, 7-deaza-8-azaguanine, and 5-propynylcytosine.
  • the base may be, for example, a natural base or a non-natural base.
  • a nucleoside having the trivalent phosphorus is oxidized with the isotope oxidizing agent. According to this method, the trivalent phosphorus bonded to the nucleoside is converted into the pentavalent phosphorus by oxidation, and the isotope derived from the isotope oxidant is bonded to the pentavalent phosphorus. For this reason, the monomer which has an isotope can be obtained.
  • the nucleoside having trivalent phosphorus preferably includes, for example, a sugar and a base, a base is bonded to the 1′-position of the sugar, and the trivalent phosphorus is bonded to the sugar.
  • the trivalent phosphorus is bonded to the 5′-position, 3′-position or 2′-position of the sugar.
  • the nucleoside having trivalent phosphorus is, for example, the phosphite, specifically, phosphite monoester [R 1 O—P (OX 2 ) —OX 3 ], phosphorus It can be represented by either an acid diester [R 1 O—P (OR 2 ) —OX 3 ] or a phosphorous acid triester [R 1 O—P (OR 2 ) —OR 3 ]. Any of R 1 , R 2 and R 3 is preferably the nucleoside.
  • the trivalent phosphorus compound for example, a polymer containing a nucleoside residue having trivalent phosphorus synthesized in advance is used as the trivalent phosphorus compound, and this is oxidized with the isotope oxidant to introduce an isotope.
  • the trivalent phosphorus in the polymer becomes the pentavalent phosphorus by oxidation, and the isotope derived from the isotope oxidant is bonded to the pentavalent phosphorus, so that a polymer having an isotope can be obtained. it can.
  • the polymer having trivalent phosphorus is a polymer containing two or more nucleoside residues.
  • the nucleoside residue contains a sugar and a base, the base is bonded to the 1'-position of the sugar, and each sugar is bonded via phosphorus between the nucleoside residues.
  • the 5′-position, 3′-position or 2′-position of one sugar and the 5′-position, 3′-position or 2′-position of the other sugar are phosphorous. It is preferable that it couple
  • the combination of the binding sites of the sugar of one nucleotide and the sugar of the other nucleotide is not particularly limited, the combination of the 5 ′ position and the 3 ′ position, the combination of the 5 ′ position and the 5 ′ position, and the 3 ′ position. And the combination of the 3 ′ position and the combination of the 2 ′ position and the 5 ′ position.
  • the phosphorus between at least one pair of nucleoside residues is the trivalent phosphorus.
  • at least one of the phosphorus between the nucleoside residues may be trivalent phosphorus or all may be trivalent phosphorus.
  • the trivalent phosphorus compound is, for example, the phosphite as described above.
  • the phosphite is, for example, either a phosphite diester [R 1 O—P (OR 2 ) —OX 3 ] or a phosphite triester [R 1 O—P (OR 2 ) —OR 3 ]. It can be expressed as R 1 and R 2 are preferably the nucleoside residue or a polymer of the nucleoside residue, and both may be the same or different.
  • the polymer may be, for example, a polymer (polynucleotide) in which the nucleotide residue is phosphodiester linked, or the nucleotide residue is trivalent. A polymer bonded via phosphorus may also be used.
  • the number of nucleotide residues constituting the polymer is not limited.
  • the second method is, for example, a method of performing nucleoside coupling and isotope introduction by oxidation using the isotope oxidant.
  • the said isotope is introduce
  • the method for synthesizing the polymer is not particularly limited, and examples thereof include a phosphite method and an amidite method. These synthesis methods may be, for example, solid phase synthesis or liquid phase synthesis, and are not particularly limited.
  • the second method further includes, for example, a coupling step of synthesizing the trivalent phosphorus compound by coupling two molecules of a monomer including a nucleoside, and in the oxidation step, the coupling is performed.
  • the trivalent phosphorus compound obtained in the step is oxidized with the isotope oxidant to synthesize a pentavalent phosphate compound into which the isotope is introduced.
  • the type of the monomer is not particularly limited, and a known monomer can be used.
  • trivalent phosphorus is bonded to a site bonded to the other monomer, and a protecting group for the hydroxyl group is bonded to a site having another hydroxyl group.
  • the site to which the trivalent phosphorus is bonded is not particularly limited, and examples thereof include the 5′-position, the 3′-position, and the 2′-position, and the site to which the protective group is bonded is not particularly limited, and is 5′-position, 3′-position. Position or 2 'position.
  • the combination of the binding site of the trivalent phosphorus and the binding site of the protecting group is not particularly limited.
  • the combination of the 5 ′ position and the 3 ′ position, the combination of the 5 ′ position and the 5 ′ position, and the 3 ′ position and 3 The combination of 'position', the combination of 2'position and 5'position, etc. can be mentioned.
  • the one monomer has, for example, a trivalent phosphorus bonded to the 3 'position of the sugar of the nucleoside and a hydroxyl protecting group bonded to the 5' position of the sugar.
  • the trivalent phosphorus preferably has a reactive group that reacts with a hydroxyl group.
  • the protecting group is not particularly limited, and examples thereof include a dimethoxytrityl (DMTr) group.
  • the site bonded to the one monomer is preferably a hydroxyl group from which the protecting group is removed.
  • the site to be bonded to the one monomer is not particularly limited, and examples thereof include 5 'position, 3' position and 2 'position.
  • the other monomer is preferably a hydroxyl group with the protecting group at the 5'-position of the sugar of the nucleoside removed.
  • trivalent phosphorus is oxidized to pentavalent phosphorus, and a polymer in which the nucleoside is bonded by a phosphodiester bond having an isotope is synthesized.
  • the monomer to which the protecting group is bonded is not particularly limited, and for example, monomers used in the phosphite method, the amidite method and the like as described above can be applied.
  • Examples of the monomer for the amidite method include known phosphoramidites. Specific examples thereof include TBDMS-amidite, TOM-amidite, and ACE-amidite.
  • the nucleoside is not particularly limited, and includes a sugar and a base as described above, and the base is bonded to the 1'-position of the sugar.
  • the latter monomer is immobilized on a solid phase, for example, other than the binding site with the former monomer.
  • the latter monomer is, for example, a monomer in which the 5'-position of the sugar is a hydroxyl group
  • the 3'-position of the sugar is preferably immobilized on a solid phase.
  • the second method may further include, for example, a deprotecting step of removing the protecting group (for example, the 5 'position) of the sugar of the nucleoside.
  • the method of deprotection is not particularly limited, and can be performed by a known method, for example, depending on the type of protecting group.
  • the method further comprises a coupling step of synthesizing the trivalent phosphorus compound by coupling a new monomer containing a nucleoside to the pentavalent phosphate compound, which is obtained by the coupling step.
  • the obtained trivalent phosphorus compound may be oxidized with the isotope oxidant to synthesize a pentavalent phosphate compound into which the isotope is introduced.
  • the isotope can be introduced into the desired phosphodiester bond by repeatedly performing the coupling step and the oxidation step and using the isotope oxidant in the desired oxidation step or all the oxidation steps.
  • a new monomer is coupled to the pentavalent phosphate compound, for example, after deprotecting a sugar protecting group (for example, the 5 ′ position) on the 5′-terminal nucleoside of the pentavalent phosphate compound. It is preferable to couple the monomers. That is, in the second method, it is preferable to repeat the coupling step, the oxidation step, and the deprotection step. The number of repetitions is not limited at all, and can be performed until the desired polymer length is obtained.
  • R at the 2′-position of the sugar is not particularly limited, and examples thereof include the hydrocarbon groups described above.
  • R at the 2′-position of the sugar is not particularly limited, and examples thereof include the hydrocarbon groups described above.
  • R at the 2′-position of the sugar is not particularly limited, and examples thereof include the hydrocarbon groups described above.
  • R at the 2′-position of the sugar is not particularly limited, and examples thereof include the hydrocarbon groups described above.
  • ⁇ 18 OH can be introduced into the phosphate group, and 3H-1,2-benzodithyl 3-one 1 having 34 S can be introduced.
  • the phosphate group - 34 S - can introduce, by oxidation with DIPEA ⁇ borane complex, a phosphate group - 10 BH 3 - can be introduced.
  • agricultural chemicals, pharmaceuticals, phospholipids, and the like in which isotopes are introduced into phosphate groups can be produced.
  • examples of the agrochemical include marathon and sumithion
  • examples of the pharmaceutical include sodium hydrocortisone phosphate (trade name: Kraton).
  • R is not limited at all, and examples thereof include the hydrocarbon groups as described above.
  • R—OH and a trivalent phosphorus donor are reacted to synthesize a trivalent phosphorus compound.
  • the trivalent phosphorus donor is not particularly limited.
  • the following compounds having a cyano group include 2-cyanoethyl chloro (diisopropylamino) phosphinate (N, N-Diisopropylamino cyanoethyl phosphonamidic chloride) or 2-cyanoethyl.
  • N, N, N, N-tetraisopropyl phosphane (2-Cyanoethyl N, N, N, N-tetraisopropyl phosphane).
  • the pentavalent phosphate compound in which the isotope was introduced into X is obtained by performing the reaction 2 using the above-mentioned isotope oxidant.
  • the isotope oxidant introduces, for example, the oxygen donor when introducing isotope oxygen into X, and the isotope boron when introducing isotope sulfur into X, and the sulfur donor when X is introduced. In this case, it is preferable to use the boron donor.
  • the isotope-containing phosphate compound obtained by the production method of the present invention can be used in place of, for example, a conventional phosphate compound, and its use is not limited at all.
  • RNA labeled with 18 O As a synthetic RNA, 18 O-labeled poly (U) having a base length of 20 mer in which one 18 O was introduced into each phosphate group of a phosphodiester bond was synthesized. Using TBDMS-amidite as a monomer raw material and using a nucleic acid synthesizer (trade name: ABI Expedite 8909, ABI) based on the phosphoramidite method, a coupling step, an oxidation step, and a ribose residue 5 ′ The deprotection step for removing the protective group dimethoxytrityl (DMTr) group at the position was repeated 19 cycles.
  • DMTr dimethoxytrityl
  • the composition used was a THF / pyridine / water mixture containing 0.1 mol / L iodine.
  • the mixing ratio (volume ratio) of THF: pyridine: water was 78: 20: 2.
  • the composition containing the H 2 18 O according to the conventional method.
  • FIG. 1 is a chromatogram showing the results of mass spectrometry of synthetic RNA.
  • the measured value of 18 O-labeled poly (U) was 6094.2.
  • 18 O-labeled poly (U) was evaluated for pH stability. Specifically, 18 O-labeled poly (U) is mixed in a 50 mmol / L phosphate buffer solution having a predetermined pH (pH 3, 4, 5.5, 7, 8.5) so as to be 20 ⁇ mol / L. And incubated at 37 ° C. for 28 days. Then, the stability of the 18 O-labeled poly (U) after incubation was confirmed by analyzing the molecular weight using LC-ESI-Q-Tof-MS (trade name: Waters SYNAPT G2 MS). .
  • LC-ESI-Q-Tof-MS trade name: Waters SYNAPT G2 MS.
  • FIG. 2 is a chromatogram showing mass spectrometry results of 18 O-labeled poly (U) after incubation at each pH.
  • FIG. 2 it is a result after processing by pH 3.0, 4.0, 5.5, 7.0, and 8.5 in an order from the upper graph.
  • the molecular weight of 18 O-labeled poly (U) did not change from the molecular weight before incubation (actual measurement value: 6094.2) regardless of the pH.
  • 18 O-labeled poly (U) was stable at pH 3 to 8.5. That is, it was confirmed that 18 O labeling was stable without being exchanged with water molecules (H 2 16 O) in the surrounding environment at pH 3 to 8.5. This indicates that the 18 O label is similarly stable in the biological environment, and the 18 O label has the necessary stability as a tracer.
  • Example 2 (1) Synthesis of 18 O-labeled siRNA RNA having a length of 21 bases shown in the following SEQ ID NOs: 1 to 4 was synthesized by the same RNA synthesis method as in Example 1. In addition, the said coupling process, the said oxidation process, and the said deprotection process repeated 20 cycles by making these into 1 cycle. In each of these RNAs, one 18 O was introduced into each phosphate group of the phosphodiester bond by the RNA synthesis method. That is, 20 18 O was introduced into each RNA. On the other hand, RNAs of SEQ ID NOs: 1 to 4 were synthesized in the same manner except that unlabeled H 2 16 O was used as the oxidizing agent.
  • the single-stranded RNAs into which 18 O was introduced were designated as target 18 O-sense RNA, target 18 O-antisense RNA, control 18 O-RNA sense, and control 18 O-antisense RNA, respectively. Further, 18 O is a single-stranded RNA having 16 O is not installed, respectively, 16 O-sense RNA target, 16 O-antisense RNA target control for 16 O-sense RNA, 16 for a control O -Antisense RNA.
  • each RNA introduced with 18 O had a measured value that was very close to the theoretical value.
  • the results, 18 O and introduced 21-base-long RNA, respectively, 18 O has proved to be introduced into the phosphodiester bond phosphate groups of 20 locations.
  • the target sense RNA and the target antisense RNA are overhang sequences, and the target sense RNA and the target anti RNA
  • the sense RNA is completely complementary with a length of 19 bases excluding the overhang.
  • the following double strands of the target sense RNA and the target antisense RNA are siRNA (target 18 O-siRNA) against human GAPDH.
  • the sense RNA is completely complementary with a length of 19 bases excluding the overhang.
  • the double strands of the control sense RNA and the control antisense RNA are siRNAs (negative control 18 O-siRNA) that do not show RNA interference with human GAPDH.
  • Double-stranded RNA was formed by combining the obtained single-stranded RNAs as shown below.
  • control sense RNA and the control antisense RNA are overhang sequences
  • the control sense RNA and the control antisense RNA are completely complementary in length of 19 bases excluding the overhang.
  • the double strands of the control sense RNA and the control antisense RNA are siRNAs that do not exhibit RNA interference with human GAPDH.
  • C1 a combination of the control for 16 O-sense RNA and the control for 16 O-antisense RNA (16 O / 16 O)
  • C2 Combination of the control 16 O-sense RNA and the control 18 O-antisense RNA
  • C3 Combination of the control 18 O-sense RNA and the control 16 O-antisense RNA
  • C4 a combination of the control for 18 O-sense RNA and the control for 18 O-antisense RNA (18 O / 18 O)
  • 2 bases (AG) at the 3 ′ end of the target sense RNA (SEQ ID NO: 1) and 2 bases (UU) at the 3 ′ end of the target antisense RNA (SEQ ID NO: 2) are overhang sequences.
  • the target sense RNA and the target antisense RNA are completely complementary in length of 19 bases excluding the overhang.
  • the following double strands of the target sense RNA and the target antisense RNA are siRNAs against human GAPDH.
  • T1 combined with 16 O-antisense RNA for the the 16 O-sense RNA for the target target (16 O / 16 O)
  • T2 Combination of the target 16 O-sense RNA and the target 18 O-antisense RNA
  • T3 Combination of the target 18 O-sense RNA and the target 16 O-antisense RNA
  • T4 combined with 18 O-antisense RNA for the the 18 O-sense RNA for the target target (18 O / 18 O)
  • siRNAs (c1) to (c4) and (t1) to (t4) were subjected to electrophoresis by electrophoresis, and their respective molecular weights were confirmed.
  • electrophoresis a 15% acrylamide gel was used for electrophoresis.
  • FIG. 3 shows the results of confirmation of double strand formation of each siRNA.
  • FIG. 3 is a photograph of Native-PAGE confirming the formation of each siRNA, lanes 1 to 4 are the control siRNAs of (c1) to (c4), and lanes 5 to 8 are the (t1) This is a target siRNA of (t4).
  • the control siRNAs in lanes 1 to 4 showed the same molecular weight
  • the target siRNAs in lanes 5 to 8 showed the same molecular weight. From this result, it was shown that RNA into which 18 O was introduced formed a double strand in the same manner as RNA into which 18 O had not been introduced and became siRNA.
  • FIG. 4 shows the results of the CD spectrum.
  • FIG. 4 shows (c4) control siRNA ( 18 O / 18 O) and (t4) target siRNA ( 18 ) among the siRNAs (c1) to (c4) and (t1) to (t4). O / 18 O) results are shown.
  • the vertical axis represents ellipticity (molecular ellipticity) (millimeter: mdeg), and the horizontal axis represents wavelength (nm).
  • FIG. 4 (A) the (c4) is the result of the control for siRNA (18 O / 18 O)
  • FIG. 4 (B) the result of the (t4) siRNA target (18 O / 18 O) is there.
  • control siRNA all show the same CD spectrum as the (c4) control siRNA in FIG. 4 (A), and the (t1) to (t3) target All siRNAs (not shown) showed the same CD spectrum as the (t4) target siRNA in FIG. 4B. From these results, it was confirmed that the four types of control siRNAs had the same structure and the four types of target siRNAs had the same structure. That, siRNA was introduced 18 O, has been shown to have the same structure as siRNA of 18 O is not installed.
  • thermodynamic stability of siRNA The thermodynamic stability of each siRNA in (4) was confirmed.
  • the thermodynamic stability (Tm value) was measured with a spectrophotometer (trade name UV-1800 UV-VIS, Shimadzu Corporation).
  • Table 3 below shows the confirmation results of the thermodynamic stability. As shown in Table 3 below, for the target siRNA, it was confirmed that each siRNA showed the same thermodynamic stability. Moreover, it was confirmed that each siRNA exhibits the same thermodynamic stability for the control siRNA. Thus, 18 O was introduced siRNA is thermodynamic stability, it was found that the siRNA and the same degree of 18 O is not installed.
  • HCT116 cells derived from human colon adenocarcinoma
  • the culture conditions were 37 ° C. and 5% CO 2 .
  • the medium used was McCoy's 5A medium supplemented with 10% inactivated calf serum.
  • the cells were cultured in the above-mentioned medium, and the culture solution was dispensed into a 24-well plate in a volume of 400 ⁇ L at 4 ⁇ 10 4 cells / well.
  • the siRNA was transfected into the cells using a transfection reagent (trade name Lipofectamine 2000, Invitrogen) according to the attached protocol. Specifically, 100 ⁇ L of the complex of siRNA and transfection reagent was added per well, the total amount was 500 ⁇ L, and the final concentration of siRNA was 0.1 nmol / L.
  • the following primer sets were used for amplification of the GAPDH gene and ⁇ -actin gene, respectively.
  • GAPDH gene amplification primer set 5'-GGAGAAGGCTGGGGCTCATTTGC-3 '(SEQ ID NO: 5) 5'-TGGCCAGGGGTGCTAAGCAGTTG-3 '(SEQ ID NO: 6)
  • Primer set for ⁇ -actin gene amplification 5'-GCCACGGCTGCTTCCAGCTCCTC-3 '(SEQ ID NO: 7) 5'-AGGTCTTTGCGGATGTCCACGTCAC-3 '(SEQ ID NO: 8)
  • the gene expression level was also measured for cells to which the siRNA and the transfection reagent were not added ( ⁇ ).
  • the gene expression level was also measured for cells to which the siRNA was not added and only the transfection reagent was added (mock).
  • FIG. 5 is a graph showing the relative expression level of human GAPDH gene mRNA, and the vertical axis represents the relative gene expression level.
  • the siRNAs into which 18 O was introduced exhibited the same expression suppression activity as the target siRNA into which 18 O had not been introduced.
  • the results, for the siRNA was introduced 18 O it was confirmed that can be used in the same manner as siRNA having 18 O 16 O is not installed.
  • Example 3 The serum concentration of the 18 O-labeled poly (U) synthesized in Example 1 was measured.
  • Serum samples were prepared by adding the 18 O-labeled poly (U) to the mouse pool serum to a predetermined concentration.
  • the predetermined concentration is 0, 0.01, 0.02, 0.04, 0.06, 0.08, 0.1, 0.2, 0.4, 0.6, 0.8, 1, 2 ⁇ g. / ML.
  • the serum sample was lyophilized in a silver capsule. Then, the freeze-dried serum sample was subjected to a stable isotope ratio mass spectrometer connected to a gasification pretreatment apparatus.
  • the gasification pretreatment apparatus used was TC / TA manufactured by Thermo Fisher Scientific, and the stable isotope ratio mass spectrometer used was VELTA V Plus manufactured by Thermo Fisher Scientific.
  • ⁇ 18 O percentage: ⁇ .
  • R (s) is a measured value of the 18 O / 16 O ratio of the serum sample
  • R (r) is a measured value of the 18 O / 16 O ratio of the standard substance.
  • ⁇ 18 O ( ⁇ ) [R (s) / R (r) ⁇ 1] ⁇ 1000
  • FIG. 6 shows a graph of the correlation between the ⁇ 18 O value and the 18 O-labeled poly (U) concentration.
  • the vertical axis represents the ⁇ 18 O value ( ⁇ )
  • the horizontal axis represents the concentration of the 18 O-labeled poly (U).
  • radioisotope-labeled RNA has been used as a method for measuring the blood concentration of RNA.
  • radioisotopes are concerned about the danger of exposure.
  • we use a stable isotope 18 O has been introduced RNA, as shown in FIG. 6, by 18 O-labeled RNA, in the blood, and RNA concentration It was confirmed that there was a correlation with the ⁇ 18 O value ( ⁇ ). For this reason, it can be seen that, by using RNA introduced with 18 O as RNA for pharmaceuticals or the like, for example, after administration to a living body, it is possible to maintain safety and measure blood concentration.
  • Example 4 For the siRNA introduced with 18 O synthesized in Example 2, intracellular localization was observed using a stable isotope microscope.
  • siRNA Using the a combination of said 18 O-sense RNA and 18 O-antisense RNA prepared in Example 2 (c4) control for siRNA (18 O / 18 O) .
  • the cultured cells were washed with PBS and treated with a 2.5% glutaraldehyde / PBS solution at 37 ° C. for 1 hour to fix the cells. Thereafter, the fixed cells were dehydrated by immersing them in 20, 40, 60, 70, 80, 90, 100% ethanol in this order for 10 minutes. Then, tert-butanol was added to the dehydrated cells, frozen in a freezer and dried. The freeze-dried product was coated with a gold coating having a thickness of 30 nm. In this way, a sample was produced.
  • FIG. 7 is a photomicrograph of the intracellular localization of the control siRNA ( 18 O / 18 O).
  • the upper left photograph is a secondary ion image of 16 O
  • the lower left photograph is a secondary ion image of 12 C 14 N
  • the upper right photograph is a secondary ion image of 18 O.
  • the lower right photograph is a secondary ion image of 18 O / 16 O.
  • the secondary ion image of 12 C 14 N is an imaging of organic matter
  • the morphology of the cells could be confirmed from the lower left photograph ( 12 C 14 N) in FIG.
  • the strong portion of 16 O appears white and the weak portion appears black.
  • the photograph ( 16 O) in the upper left of FIG. 7 is blackish as a whole, and thus it was confirmed that natural 16 O was present evenly.
  • the 18 O secondary ion image the 18 O strong portion appears white and the weak portion appears black.
  • the administered siRNA for control 18 O / 18 O
  • the portion with a low 18 O ratio is blue and the portion with a high 18 O ratio is red.
  • the portion corresponding to the white point in the upper right photograph ( 18 O) has a high 18 O / 16 O ratio and is imaged in red (white in the figure). Point), and other locations were imaged blue because the 18 O / 16 O ratio was around 0.002 natural. From these results, it can be seen that, when siRNA introduced with 18 O is used, for example, an image image showing the localization of the siRNA can be obtained from the 18 O / 16 O ratio without using a fluorescent label or the like. It was.
  • fluorescently labeled nucleic acids are generally used for imaging.
  • fluorescent substances are usually hydrophobic and have a large molecular weight, adding them to the ends of nucleic acids may cause the physical properties of the nucleic acids to differ from unmodified forms not modified with fluorescent labels. There is sex. Further, the fluorescent material may be cleaved in vivo.
  • labeling with 18 O suppresses changes in the physical properties of the nucleic acid, can be modified to all phosphate groups, and can also prevent the modification from being removed. For this reason, by using a nucleic acid introduced with 18 O, for example, it is possible to observe the intracellular localization more efficiently.
  • a phosphate compound containing an isotope can be easily produced only by using the oxidant containing the isotope.
  • the production method of the present invention is useful, for example, for the synthesis of a nucleic acid having a phosphate group and the synthesis of a low-molecular compound such as an agrochemical, a pharmaceutical or a phospholipid having a phosphate group.

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Abstract

 同位体を有するリン酸化合物を容易に製造する方法を提供する。 本発明の製造方法は、同位体を有するリン酸化合物の製造方法であって、3価リン化合物を、同位体を含む酸化剤で酸化することによって、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する酸化工程を含む。本発明は、例えば、DNAおよびRNA等の核酸の合成に適用することが好ましい。前記同位体は、安定化同位体が好ましい。前記酸化剤は、例えば、H 18O、34Sを有する3H-1,2-ベンゾジチール3-オン1,1-ジオキシド、10Bを有するジイソプロピルエチルアミン・ボラン複合体が好ましい。

Description

同位体を有するリン酸化合物の製造方法
 本発明は、同位体を有するリン酸化合物の製造方法に関する。
 生体内における化合物の挙動を確認する方法として、同位体を導入した標識化合物の使用が一般的となっている。前記化合物は、例えば、DNAおよびRNA等の核酸があり、前記同位体は、生体への影響がないことから安定同位体の利用が注目されている。
 中でも、安定同位体を導入した核酸の合成は、一般に、予めモノマーに安定同位体を導入し、これを原料としてポリヌクレオチドの合成が行われている。そして、安定同位体を高感度で検出するには、前記ポリヌクレオチドにおいて多数の安定同位体が導入されることが望まれる。しかしながら、この方法によると、多数の安定同位体を導入するには、A、G、CおよびT/Uの各塩基を含む全てのモノマーに、標識化を行う必要があり、労力がかかりおよびコストが極めて高くなるという問題がある。
 また、安定同位体の導入方法として、2,2’-シクロウリジンを安息香酸(PhC18H)により開環し、糖の2’位に、安定同位体を有する水酸基(-18OH)を導入する方法が開示されている(非特許文献1)。しかしながら、この方法によると、特定のピリミジン塩基を有するヌクレオシドについて標識化できるのみであって、他の塩基を有するヌクレオシドを得ることができない。
 このように安定同位体による標識化の労力およびコスト面の問題は、前記核酸に限られたものではなく、例えば、医薬、農薬等の低分子化合物についても同様である。
J.Org.Chem.2008 Jan. 4;73(1):309-311
 そこで、本発明は、同位体を有するリン酸化合物を容易に製造する方法を提供することを目的とする。
 前記目的を達成するために、本発明の製造方法は、同位体を有するリン酸化合物の製造方法であって、3価リン化合物を、同位体を含む酸化剤で酸化することによって、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する酸化工程を含むことを特徴とする。
 本発明の製造方法によれば、前記同位体を含む酸化剤を使用するのみで、同位体を含むリン酸化合物を容易に製造できる。本発明の製造方法は、例えば、リン酸基を有する核酸の合成や、リン酸基を有する農薬、医薬、リン脂質等の低分子化合物の合成に有用である。
図1は、実施例1において、18O標識化ポリ(U)の質量分析クロマトグラムである。 図2は、実施例1において、所定のpHで処理した18O標識化ポリ(U)の質量分析クロマトグラムである。 図3は、実施例2において、18Oを導入したsiRNAのNative-PAGEの写真である。 図4は、実施例2において、18Oを導入したsiRNAの円偏光二色性スペクトルを示すグラフである。 図5は、実施例2において、ヒトGAPDH遺伝子のmRNAの発現量の相対値を示すグラフである。 図6は、実施例3において、18O標識化ポリ(U)の濃度と、δ18O[‰]との関係を示すグラフである。 図7は、実施例4において、18Oを導入したsiRNAの細胞内局在を観察した写真である。
 本発明の製造方法は、前述のように、同位体を有するリン酸化合物の製造方法であって、3価リン化合物を、同位体を含む酸化剤(以下、「同位体酸化剤」という)で酸化することによって、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する酸化工程を含むことを特徴とする。
 本発明の製造方法によれば、前記同位体酸化剤によって、3価リン化合物の3価リンが5価リンに酸化され、これにともない、前記5価リンに前記同位体酸化剤由来の前記同位体が結合する。このため、前記同位体酸化剤による酸化反応を行うのみで、同位体が導入された5価のリン酸化合物が得られる。このため、本発明によれば、例えば、同位体が導入されたリン酸化合物の用途を、さらに広げることが可能になるといえる。
 本発明は、前述のように、前記同位体酸化剤を用いて3価リン化合物を酸化することが特徴であり、その他の構成およびその他の条件は、特に制限されない。
 本発明の製造方法は、前述のように、例えば、リン酸基を有する農薬、医薬、リン脂質等の合成、リン酸基を有するRNAおよびDNA等の核酸や、モノマーであるヌクレオシド-モノリン酸、ヌクレオシド-ジリン酸、ヌクレオシド-トリリン酸の合成等に適用することが好ましく、中でも、前記核酸の合成に適用することが特に好ましい。前記核酸の合成方法は、何ら制限されず、例えば、ホスファイト法、ホスホアミダイト法(またはホスホロアミダイト法ともいう)(以下、アミダイト法)等があげられる。以下に、アミダイト法を例にあげて説明するが、本発明はこれには限定されない。核酸の固相合成において、アミダイト法は、一般に、モノマーアミダイトのカップリング工程、それによって生ずる3価リンの5価リン(リン酸基)への酸化工程および5’末端の糖の保護基をはずす脱保護工程を1サイクルとして、所望の長さになるまで前記サイクルを繰り返し行う。本発明によれば、前記酸化工程において、前記同位体酸化剤を使用するのみで、容易に、ホスホジエステル結合のリン酸基に同位体を導入できる。また、所望のサイクルの酸化工程のみにおいて、前記同位体酸化剤を使用することで、所望のホスホジエステル結合のみに前記同位体を導入できる。さらに、全てのサイクルの酸化工程において、前記同位体酸化剤を使用することで、全てのホスホジエステル結合のリン酸基に前記同位体を導入することもできる。また、従来では、前述のように、標識したい塩基ごとに、同位体が導入されたアミダイトを合成する必要があったため、労力およびコストがかかるという問題があった。しかしながら、本発明によれば、塩基にかかわらず、ホスホジエステル結合のリン酸基に同位体を導入するため、前述のような塩基ごとに同位体が導入されたアミダイトを合成する必要もない。したがって、労力およびコストを極めて低減することが可能であり、また、目的の合成核酸の塩基配列にも影響受けることがない。
 本発明において、前記酸化剤による酸化反応は、例えば、前記3価リン化合物における3価リンを5価リンに酸化し、且つ、前記5価リンに前記酸化剤由来の原子を結合させる酸化反応である。このため、本発明において、前記同位体酸化剤は、前記5価リンに結合する前記原子が、前記同位体であればよい。
 本発明において、前記同位体酸化剤は、特に制限されず、例えば、前記3価リン化合物における3価リンを5価リンに酸化し、且つ、前記5価リンに原子を供与するものであり、前記5価リンに供与される原子として同位体を有するものであればよい。このような酸化反応を示す酸化剤は、当業者であれば出願時の技術常識から理解可能であり、前記供与される原子として同位体を有する酸化剤は、例えば、市販品を入手でき、また、出願時の技術常識から製造可能である。
 前記同位体は、特に制限されず、例えば、安定同位体でもよく、放射性同位体でもよく、好ましくは前者である。前記安定同位体であれば、例えば、被ばくの危険性が少なく、専用の施設も不要であることから、取り扱い性に優れ、また、コストも抑えることができる。また、前記安定同位体は、例えば、蛍光標識と異なり、標識された化合物の物性変化がなく、トレーサーとしての性質にも優れている。
 前記同位体酸化剤は、特に制限されず、例えば、酸化によって5価リンに同位体酸素を供与する酸素供与体があげられる。前記同位体は、例えば、17O、18O等があげられ、好ましくは、18Oである。
 前記酸素供与体は、例えば、同位体酸素を有する、水またはペルオキシド(過酸化物)があげられる。前記ペルオキシドは、例えば、化学式R-O-O-R’で表わされ、RおよびR’は、例えば、Hまたは任意の置換基である。RおよびR’は、同じでも異なってもよい。前記置換基は、特に制限されず、例えば、炭素数1~10のアルキル基等があげられ、直鎖でも分岐鎖でもよい。前記アルキル基は、例えば、t-ブチル基等のブチル基等が例示できる。前記ペルオキシドは、例えば、RおよびR’の少なくとも一方が、水素、ハロゲンまたは一価金属であることが好ましく、より好ましくは、RおよびR’の少なくとも一方が水素であるヒドロペルオキシドがあげられる。前記ヒドロペルオキシドは、例えば、t-ブチルヒドロペルオキシド等があげられる。前記一価金属は、例えば、アルカリ金属があげられ、ナトリウム、カリウム、リチウム、ルビジウム、セシウム、フランシウム等が例示できる。
 前記酸素供与体は、中でも、例えば、純度の高い市販品を入手可能であることから、特に好ましくは、18Oを有するH 18Oである。前記同位体酸素を有する水を使用する場合、例えば、ヨウ素(I)とピリジン(Py)とテトラヒドロフラン(THF)を併用することが好ましい。前記同位体酸素を有する水を使用した場合、得られる5価のリン酸化合物は、例えば、5価のリンに、同位体酸素を有する水酸基(-18OH)が結合していることが好ましく、前記水酸基における水素は、例えば、アルカリ金属等の一価金属等で置換されてもよい。前記アルカリ金属は、例えば、ナトリウム、カリウム、リチウム、ルビジウム、セシウム、フランシウム等があげられる。
 前記同位体酸化剤は、この他に、例えば、酸化によって5価リンに同位体硫黄を供与する硫黄供与体があげられる。前記同位体は、例えば、33S、34S、36S等があげられ、好ましくは、34Sである。
 前記硫黄供与体は、例えば、同位体硫黄を有するジスルフィド(-S-S-を有する化合物)が好ましく、より好ましくは、有機ジスルフィドであり、さらに好ましくは、環状有機ジスルフィドである。ジスルフィドの具体例としては、例えば、3H-1,2-ベンゾチオール3-オン1,1-ジオキシド、5-((ジメチルアミノ-メチリデン)アミノ)-3H-1,2,4-ジチアゾール-3-チオン等があげられ、好ましくは3H-1,2-ベンゾジチール3-オン1,1-ジオキシドであり、より好ましくは、34Sを有する3H-1,2-ベンゾジチール3-オン1,1-ジオキシドである。前記同位体硫黄を有する硫黄供与体を使用した場合、得られる5価のリン酸化合物は、例えば、5価のリンに、同位体硫黄が結合していることが好ましく、具体的には、ホスホロチオエートを形成していることが好ましい。
 また、前記同位体酸化剤は、例えば、酸化によって5価リンに同位体ホウ素を供与するホウ素供与体があげられる。前記同位体は、例えば、10B等があげられる。
 前記ホウ素供与体は、例えば、同位体ホウ素を有する、アミン・ボラン複合体が好ましく、より好ましくは、トリアルキルアミン・ボラン複合体である。前記トリアルキルアミン・ボラン複合体は、例えば、C19N・BHで表わされるジイソプロピルエチルアミン(DIPEA)・ボラン複合体等があげられ、好ましくは、10Bを有するDIPEA・ボラン複合体C19N・10BHである。前記同位体ホウ素を有するDIPEA・ボラン複合体を使用した場合、得られる5価のリン酸化合物は、例えば、5価のリンに、同位体ホウ素を有するボラン基(-10BH )が結合していることが好ましく、具体的には、ボラノフォスフェートを形成していることが好ましい。前記アミン・ボラン複合体において、前記ボラン基の水素は、例えば、ハロゲンで置換されてもよい。前記ハロゲンは、例えば、F、Cl、Br、I等があげられる。また、前記ボラン基は、例えば、一価金属または二価金属と塩を形成してもよい。前記一価金属は、例えば、アルカリ金属であり、ナトリウム、カリウム、リチウム、ルビジウム、セシウム、フランシウム等が例示できる。二価金属は、例えば、アルカリ土類金属であり、例えば、カルシウム、ストロンチウム、バリウム、ラジウム等があげられる。
 本発明において、前記3価リン化合物は、特に制限されず、3価のリンを有する化合物であればよい。前記3価リン化合物は、例えば、亜リン酸、亜リン酸エステルがあげられる。
 前記亜リン酸は、例えば、亜リン酸[HP(O)(OH)]の他に、亜リン酸塩、亜リン酸誘導体等を含む。本発明の製造方法によれば、前記3価リン化合物として前記亜リン酸を使用することにより、リンに同位体が結合したリン酸を製造できる。得られるリン酸は、例えば、リン酸塩、リン酸誘導体等の意味も含む。
 前記亜リン酸エステルは、例えば、亜リン酸モノエステル[RO-P(OX)-OX]、亜リン酸ジエステル[RO-P(OR)-OX]、亜リン酸トリエステル[RO-P(OR)-OR]のいずれでもよい。前記XおよびXは、例えば、水素、または一価金属である。前記一価金属は、例えば、アルカリ金属であり、例えば、ナトリウム、カリウム、リチウム、ルビジウム、セシウム、フランシウム等が例示できる。前記R、RおよびRは、何ら限定されず、後述する炭化水素基等の各種有機基があげられる。前記3価リン化合物として前記亜リン酸エステルを使用することにより、リンに同位体が結合したリン酸エステルを製造できる。
 本発明の製造方法により合成される前記5価のリン酸化合物が、前記核酸の場合、前記核酸は、例えば、モノマーでもよいし、前記モノマーが重合したポリマーでもよい。
 前記モノマーは、例えば、RNAまたはDNAを構成するヌクレオチドがあげられる。前記ヌクレオチドは、例えば、糖と塩基からなるヌクレオシドに、5価のリン酸基が結合している。前記ヌクレオチドは、具体的には、糖、塩基および5価のリン酸基を有し、前記糖の1’位に前記塩基が結合し、前記糖の5’位、3’位または2’位に前記5価のリン酸基が結合している。前記ヌクレオチドは、具体的には、リボヌクレオチドおよびデオキシリボヌクレオチドがあげられる。前記ヌクレオチドは、例えば、前記ヌクレオチドの誘導体の意味も含む。前記ポリマーは、例えば、前記ヌクレオチドの重合体であり、具体的には、リボヌクレオチドの重合体であるRNA、デオキシリボヌクレオチドの重合体であるDNA、リボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドとの重合体(DNA/RNAキメラ)等があげられる。前記ポリマーにおいて、例えば、前記モノマーの重合数は限定されず、オリゴマーの意味も含む。前記ポリマーは、例えば、一方のヌクレオチドの糖と、他方のヌクレオチドの糖とが、前記リン酸基を介して結合している。具体的には、例えば、前記ヌクレオチド残基間は、一方の糖の5’位、3’位または2’位と、他方の糖の5’位、3’位または2’位とが、前記リン酸基を介して結合していることが好ましい。前記一方のヌクレオチドの糖と、前記他方のヌクレオチドの糖との結合部位の組合せは、特に制限されず、5’位と3’位の組合せ、5’位と5’位の組合せ、3’位と3’位の組合せ、2’位と5’位の組合せ等があげられる。
 前記ヌクレオチドにおいて、前記糖は、例えば、2’位の炭素原子にヒドロキシ基が結合したリボースでもよいし、前記2’位の炭素原子に水素原子が結合したデオキシリボースでもよい。前記リボースは、例えば、前記ヒドロキシ基が、任意の原子または基で置換(修飾)されてもよい。前記原子は、例えば、水素原子、ハロゲン原子等があげられ、前記ハロゲン原子は、例えば、F、Cl、Br、I等があげられ、中でもF(フッ素原子)が好ましい。前記基は、例えば、アルコキシ基(-O-アルキル基)、アシルオキシ基(-O-アシル基)および、アミノ基(NH基)またはそのHが置換基で置換された置換アミノ基等があげられる。前記アルコキシ基(-O-アルキル基)は、特に制限されず、例えば、メトキシ基(-O-Me基)があげられ、前記アルキル基は、制限されない。前記アシルオキシ基(-O-アシル基)は、特に制限されず、例えば、-O-CHO基等があげられ、前記アシル基は、制限されない。また、前記デオキシリボースは、例えば、前記水素原子が、任意の原子に置換(修飾)されてもよい。前記原子は、例えば、前記ハロゲン原子等があげられる。
 前記塩基は、特に制限されず、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、ウラシル等があげられ、その他に、これらの置換塩基として、例えば、7-デアザグアニン、7-デアザ-8-アザグアニン、5-プロピニルシトシン、5-プロピニルウラシル、7-デアザアデニン、7-デアザ-8-アザアデニン、7-デアザ-6-オキソプリン、6-オキソプリン、3-デアザアデノシン、2-オキソ-5-メチルピリミジン、2-オキソ-4-メチルチオ-5-メチルピリミジン、2-チオカルボニル-4-オキソ-5-メチルピリミジン、4-オキソ-5-メチルピリミジン、2-アミノプリン、5-フロロウラシル、2,6-ジアミノプリン、8-アミノプリン、4-トリアゾロ-5-メチルチミン、4-トリアゾロ-5-メチルウラシルおよびヒポキサンチン等があげられる。前記塩基は、例えば、天然の塩基でもよいし、非天然の塩基でもよい。
 前記同位体が導入された前記モノマーを製造する場合、例えば、前記3価リン化合物として、前記3価リンを有するヌクレオシドを、前記同位体酸化剤により酸化する。この方法によれば、前記ヌクレオシドに結合した前記3価リンが酸化により前記5価リンとなり、前記5価リンに前記同位体酸化剤由来の同位体が結合する。このため、同位体を有するモノマーを得ることができる。
 前記3価リンを有するヌクレオシドは、例えば、糖と塩基を含み、前記糖の1’位に塩基が結合し、前記糖に前記3価リンが結合していることが好ましく、より好ましくは、前記糖の5’位、3’位または2’位に前記3価リンが結合している。
 前記3価リンを有するヌクレオシドは、前述のように、例えば、前記亜リン酸エステルであり、具体的に、亜リン酸モノエステル[RO-P(OX)-OX]、亜リン酸ジエステル[RO-P(OR)-OX]または亜リン酸トリエステル[RO-P(OR)-OR]のいずれで表わすこともできる。前記R、RおよびRのいずれかが、前記ヌクレオシドであることが好ましい。
 前記同位体が導入された前記ポリマーを製造する場合、例えば、以下に示す第1の方法および第2の方法があげられる。
 第1の方法は、例えば、前記3価リン化合物として、予め合成した3価リンを有するヌクレオシド残基を含むポリマーを使用し、これを前記同位体酸化剤により酸化して、同位体を導入する方法である。この方法によれば、前記ポリマーにおける前記3価リンが酸化により前記5価リンとなり、前記5価リンに前記同位体酸化剤由来の同位体が結合するため、同位体を有するポリマーを得ることができる。
 前記3価リンを有する前記ポリマーは、2以上のヌクレオシド残基を含むポリマーである。前記ヌクレオシド残基は、糖と塩基を含み、前記糖の1’位に前記塩基が結合し、前記ヌクレオシド残基間は、それぞれの糖が、リンを介して結合している。具体的には、例えば、前記ヌクレオシド残基間は、一方の糖の5’位、3’位または2’位と、他方の糖の5’位、3’位または2’位とが、リンを介して結合していることが好ましい。前記一方のヌクレオチドの糖と、前記他方のヌクレオチドの糖との結合部位の組合せは、特に制限されず、5’位と3’位の組合せ、5’位と5’位の組合せ、3’位と3’位の組合せ、2’位と5’位の組合せ等があげられる。そして、少なくとも一組のヌクレオシド残基間のリンが、前記3価リンである。前記ポリマーにおいて、前記ヌクレオシド残基間のリンは、例えば、少なくとも一つが3価リンでもよいし、全てが3価リンでもよい。前者の場合、前記ポリマーにおける3価リンのみが5価リンに酸化され、前記5価リンに前記同位体酸化剤由来の同位体が導入され、後者の場合、全てのヌクレオシド残基間の3価リンが5価リンに酸化され、前記5価リンに前記同位体酸化剤由来の同位体が導入される。
 前記3価リン化合物は、例えば、前述のように、前記亜リン酸エステルである。前記亜リン酸エステルは、例えば、亜リン酸ジエステル[RO-P(OR)-OX]、亜リン酸トリエステル[RO-P(OR)-OR]のいずれかで表わすことができる。前記RおよびRが、前記ヌクレオシド残基または前記ヌクレオシド残基のポリマーであることが好ましく、両者は、同じでも異なってもよい。前記Rおよび/またはRが、前記ヌクレオシド残基のポリマーの場合、前記ポリマーは、例えば、前記ヌクレオチド残基がホスホジエステル結合したポリマー(ポリヌクレオチド)でもよいし、前記ヌクレオチド残基が3価リンを介して結合したポリマーでもよい。前記ポリマーを構成するヌクレオチド残基の数は、制限されない。
 第2の方法は、例えば、ヌクレオシドのカップリングと、前記同位体酸化剤を用いた酸化による同位体の導入とを行う方法である。これにより、任意のヌクレオシド残基間の5価リンに前記同位体を導入して、同位体を有するポリマーを合成できる。前記ポリマーの合成方法は、特に制限されず、例えば、ホスファイト法、アミダイト法等があげられる。これらの合成方法は、例えば、固相合成でもよいし、液相合成でもよく、特に制限されない。
 具体的に、第2の方法は、例えば、さらに、ヌクレオシドを含む2分子のモノマーをカップリングして、前記3価リン化合物を合成するカップリング工程を有し、前記酸化工程において、前記カップリング工程により得られた前記3価リン化合物を、前記同位体酸化剤により酸化して、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する方法である。
 前記モノマーの種類は、特に制限されず、公知のモノマーが使用できる。前記一方のモノマーは、例えば、前記ヌクレオシドの糖において、前記他方のモノマーと結合する部位に、3価リンが結合し、その他の水酸基を有する部位に、前記水酸基に対する保護基が結合していることが好ましい。前記3価リンが結合する部位は、特に制限されず、5’位、3’位または2’位があげられ、前記保護基が結合する部位は、特に制限されず、5’位、3’位または2’位があげられる。前記3価リンの結合部位と前記保護基の結合部位の組合せは、特に制限されず、例えば、5’位と3’位の組合せ、5’位と5’位の組合せ、3’位と3’位の組合せ、2’位と5’位の組合せ等があげられる。具体例として、前記一方のモノマーは、例えば、前記ヌクレオシドの糖の3’位に3価リンが結合し、前記糖の5’位に水酸基の保護基が結合していることが好ましい。前記3価リンは、水酸基と反応する反応基を有することが好ましい。前記保護基は、特に制限されず、例えば、ジメトキシトリチル(DMTr)基等があげられる。
 前記他方のモノマーは、前記ヌクレオシドの糖において、前記一方のモノマーと結合する部位が、前記保護基がはずれた水酸基であることが好ましい。前記一方のモノマーと結合する部位は、特に制限されず、5’位、3’位または2’位があげられる。具体例として、前記他方のモノマーは、前記ヌクレオシドの糖の5’位の保護基がはずれ、水酸基であることが好ましい。前記カップリング工程において、前記2分子のモノマーをカップリングすると、前者の前記反応基(例えば、3’位)と、後者の前記糖の水酸基(例えば、5’位)とが反応し、前記モノマー間が3価リンを介して結合する。前記モノマー間の3価リンを前記同位体酸化剤で酸化することにより、3価リンが5価リンに酸化され、同位体を有するホスホジエステル結合で前記ヌクレオシドが結合したポリマーが合成される。
 前記保護基が結合したモノマーは、特に制限されず、例えば、前述のようなホスファイト法、アミダイト法等に使用するモノマーが適用できる。前記アミダイト法のモノマーは、例えば、公知のホスホロアミダイトがあげられ、具体例としては、例えば、TBDMS-アミダイト、TOM-アミダイト、ACE-アミダイト等があげられる。
 前記ヌクレオシドは、特に制限されず、前述と同様に、糖と塩基を含み、前記糖の1’位に前記塩基が結合している。固相合成を行う場合、前記後者のモノマーは、例えば、前記前者のモノマーとの結合部位以外が、固相に固定化されていることが好ましい。具体例として、前記後者のモノマーが、例えば、前記糖の5’位が水酸基であるモノマーの場合、例えば、前記糖の3’位が固相に固定化されていることが好ましい。
 前記第2の方法は、例えば、さらに、前記ヌクレオシドの糖の前記保護基(例えば、5’位)をはずす脱保護工程を含んでもよい。脱保護の方法は、特に制限されず、例えば、保護基の種類に応じて、公知の方法により行うことができる。
 また、前記第2の方法は、ヌクレオシドのカップリングと前記同位体酸化剤を用いた酸化による同位体の導入とを、繰り返し行うこともできる。具体的には、さらに、前記5価のリン酸化合物に、ヌクレオシドを含む新たなモノマーをカップリングして、前記3価のリン化合物を合成するカップリング工程を有し、前記カップリング工程により得られた前記3価リン化合物を、前記同位体酸化剤により酸化して、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する方法でもよい。
 このようにカップリング工程と酸化工程とを繰り返し行い、所望の前記酸化工程または全ての酸化工程において、前記同位体酸化剤を使用することで、所望のホスホジエステル結合に同位体を導入できる。
 前記5価のリン酸化合物に新たなモノマーをカップリングする際、例えば、前記5価のリン酸化合物について、5’末端のヌクレオシドにおける糖の保護基(例えば、5’位)を脱保護した後、前記モノマーをカップリングすることが好ましい。すなわち、前記第2の方法は、前記カップリング工程と前記酸化工程と前記脱保護工程とを繰り返し行うことが好ましい。この繰り返しの回数は、何ら制限されず、所望のポリマーの長さとなるまで行うことができる。
 以下に、前記同位体を有する同位体酸化剤を使用して、核酸へ同位体を導入する反応の一例を示す。本発明は、これらの例に制限されない。下記式において、糖の2’位におけるRは、特に制限されず、例えば、前述した炭化水素基があげられる。下記式に示すように、例えば、I/Py/H 18Oで酸化することによって、リン酸基に-18OHを導入でき、34Sを有する3H-1,2-ベンゾジチール3-オン1,1-ジオキシドで酸化することによって、リン酸基に-34を導入でき、DIPEA・ボラン複合体で酸化することによって、リン酸基に-10BH を導入できる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
 本発明の製造方法によれば、例えば、リン酸基に同位体が導入された農薬、医薬、リン脂質等を製造することもできる。前記農薬は、例えば、マラソン、スミチオン等があげられ、前記医薬は、例えば、ヒドロコルチゾンリン酸エステルナトリウム(商品名:クレイトン)等があげられる。
 以下に、アルコールを出発原料として、リン酸基に同位体が導入された低分子リン酸化合物を合成する反応の一例を示す。本発明は、これには制限されない。下記式(1)において、Rは、何ら制限されず、例えば、前述のような炭化水素基があげられる。まず、反応1において、R-OHと3価リン供与体とを反応させ、3価リン化合物を合成する。前記3価リン供与体は、特に制限されず、例えば、以下に示すシアノ基を有する化合物として、クロロ(ジイソプロピルアミノ)亜ホスフィン酸2-シアノエチル(N,N-Diisopropylamino cyanoethyl phosphonamidic chloride)または2-シアノエチル N,N,N,N-テトライソプロピル ホスファン(2-Cyanoethyl N,N,N,N-tetraisopropyl phosphane)があげられる。そして、前述のような前記同位体酸化剤を用いて、反応2を行うことで、Xに同位体が導入された5価のリン酸化合物が得られる。前記同位体酸化剤は、例えば、Xに同位体酸素を導入する場合は、前記酸素供与体、Xに同位体硫黄を導入する場合は、前記硫黄供与体、Xに、同位体ホウ素を導入する場合は、前記ホウ素供与体を使用することが好ましい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003
 本発明の製造方法により得られる同位体含有リン酸化合物は、例えば、従来のリン酸化合物に代えて使用でき、その用途は何ら制限されない。
 つぎに、本発明の実施例について説明する。なお、本発明は、下記の実施例により限定及び制限されない。
[実施例1]
(1)18Oで標識されたRNAの合成
 合成RNAとして、ホスホジエステル結合の各リン酸基に1つの18Oを導入した、塩基長20merの18O標識化ポリ(U)を合成した。モノマー原料として、TBDMS-アミダイトを使用し、核酸合成機(商品名ABI Expedite 8909、ABI社)を用いて、ホスホロアミダイト法に基づいて、カップリング工程、酸化工程、およびリボース残基の5’位の保護基ジメトキシトリチル(DMTr)基をはずす脱保護工程を1サイクルとして19サイクル繰り返した。全ての酸化工程において、同位体酸化剤として、同位体酸素18Oを有するH 18O(WATER-18O、純度18O atom%=99.2%、大陽日酸株式会社)を含む組成物を使用した。前記組成物は、0.1mol/Lヨウ素を含むTHF/ピリジン/水の混合液を使用した。前記混合液において、THF:ピリジン:水の混合比(体積比)は、78:20:2とした。なお、前記H 18Oを含む前記組成物を使用した以外は、定法に従った。
(2)分子量測定
 得られた18O標識化ポリ(U)について、定法に基づき、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析装置(商品名Bruker AUTOFLEX)を使用して分子量を測定した。
 分析結果を図1に示す。図1は、合成RNAの質量分析結果を示すクロマトグラムである。18O標識化ポリ(U)の実測値は6094.2であった。
 18O標識化ポリ(U)は、前述のようにカップリング工程、酸化工程および脱保護工程を19サイクル行っていることから、理論上、18Oが19個導入されていることとなる。このため、18O標識化ポリ(U)の分子量は、未標識ポリ(U)の分子量6061.4と比較して、38(2×19原子)増加する計算となる。しかしながら、実際には、使用したH 18Oの純度が99.2%であるため、分子量は、2×19原子×(純度0.992)19=32.6増加することとなる。これに基づくと、合成した前記18O標識化ポリ(U)の理論分子量は、6061.4+32.6=6094.0となる。前述のように実測値は6094.2であることから、理論分子量6094.0と極めて近似している。したがって、この結果から、実施例により、20merのポリ(U)において、19箇所のホスホジエステル結合のリン酸基に18Oが導入されたことが証明された。
(3)pH安定性評価
 得られた18O標識化ポリ(U)について、pH安定性を評価した。具体的には、所定pH(pH3、4、5.5、7、8.5)の50mmol/Lリン酸緩衝液に、20μmol/Lとなるように18O標識化ポリ(U)を混合し、37℃で28日間インキュベートした。そして、インキュベート後の前記18O標識化ポリ(U)について、LC-ESI-Q-Tof-MS(商品名:Waters SYNAPT G2 MS)を用いて分子量を分析することにより、その安定性を確認した。
 これらの結果を図2に示す。図2は、前記各pHでインキュベートした後の18O標識化ポリ(U)の質量分析結果を示すクロマトグラムである。図2において、上のグラフから順に、pH3.0、4.0、5.5、7.0および8.5で処理した後の結果である。図2に示すように、いずれのpHで処理しても、18O標識化ポリ(U)の分子量は、インキュベート前の分子量(実測値:6094.2)から変化が無かった。この結果から、18O標識化ポリ(U)は、pH3~8.5において安定であることが確認された。すなわち、18O標識は、pH3~8.5において、周辺環境の水分子(H 16O)と交換されずに安定であることが確認された。このことは、18O標識が、生体環境においても同様に安定であり、18O標識が、トレーサーとして必要な安定性を有していることを示す。
[実施例2]
(1)18O標識化siRNAの合成
 前記実施例1と同様のRNA合成方法により、下記配列番号1~4に示す21塩基長のRNAを合成した。なお、前記カップリング工程、前記酸化工程および前記脱保護工程は、これらを1サイクルとして20サイクル繰り返した。これらのRNAは、いずれも、前記RNA合成方法により、ホスホジエステル結合の各リン酸基に1つの18Oが導入された。つまり、各RNAは、20個の18Oが導入された。他方、酸化剤として、未標識のH 16Oを使用した以外は、同様にして、配列番号1~4のRNAを合成した。
ターゲット用センスRNA
 5’-CCAUGAGAAGUAUGACAACAG-3’ (配列番号1)
ターゲット用アンチセンスRNA
 5’-GUUGUCAUACUUCUCAUGGUU-3’ (配列番号2)
コントロール用センスRNA
 5’-UACUAUUCGACACGCGAAGUU-3’ (配列番号3)
コントロール用アンチセンスRNA
 5’-CUUCGCGUGUCGAAUAGUAUU-3’ (配列番号4)
 18Oが導入された一本鎖RNAを、それぞれ、ターゲット用18O‐センスRNA、ターゲット用18O-アンチセンスRNA、コントロール用18O‐RNAセンス、コントロール用18O‐アンチセンスRNAとした。また、18Oが未導入である16Oを有する一本鎖RNAを、それぞれ、ターゲット用16O‐センスRNA、ターゲット用16O-アンチセンスRNA、コントロール用16O‐センスRNA、コントロール用16O‐アンチセンスRNAとした。
(2)一本鎖RNAの分子量測定
 得られた各一本鎖RNAについて、前記実施例1と同様にして、分子量を測定した。下記表1に、測定した分子量(Observed mass)および理論上の算出値(Calculated mass)を併せて示す。なお、理論上の算出値は、使用したH 18Oの18O純度99.2%を考慮して求めた。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
 前記表1に示すように、18Oを導入した各RNAは、実測値が、理論値と極めて近似していた。この結果から、18Oを導入した21塩基長のRNAは、それぞれ、20箇所のホスホジエステル結合のリン酸基に18Oが導入されたことが証明された。
 前記ターゲット用センスRNAの3’末端の2塩基(AG)および前記ターゲット用アンチセンスRNAの3’末端の2塩基(UU)は、オーバーハング配列であり、前記ターゲット用センスRNAおよび前記ターゲット用アンチセンスRNAは、前記オーバーハングを除く19塩基長が完全に相補である。以下に示す前記ターゲット用センスRNAと前記ターゲット用アンチセンスRNAとの二本鎖は、ヒトGAPDHに対するsiRNA(ターゲット18O‐siRNA)である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005
 前記コントロール用センスRNAの3’末端の2塩基(UU)および前記コントロール用アンチセンスRNAの3’末端の2塩基(UU)は、オーバーハング配列であり、前記コントロール用センスRNAおよび前記コントロール用アンチセンスRNAは、前記オーバーハングを除く19塩基長が完全に相補である。前記コントロール用センスRNAと前記コントロール用アンチセンスRNAとの二本鎖は、ヒトGAPDHに対するRNA干渉能を示さないsiRNA(ネガティブコントロール18O‐siRNA)である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006
(3)各一本鎖RNAの純度評価
 得られた各一本鎖RNAについて、下記条件のHPLCによって純度を分析した。前記純度は、前記HPLCにおける全ピーク面積を100%とし、前記各一本鎖RNAの理論分子量に該当するリテンションタイムにおけるピーク面積の割合で示す。
(HPLC条件)
分析装置:Shimadzu LC-10A system(島津製作所)
カラム:XBridge OST C18, 2.5μm(Waters)
カラムサイズ:4.6×50mm
溶出液:
 A:50mmol/L 酢酸トリエチルアンモニウム(pH7.4) + 5% アセトニトリル
 B:50mmol/L 酢酸トリエチルアンモニウム(pH7.4) + 50% アセトニトリル
 グラジェント:%B 5%→10%/20min
流速:1.0 mL/min
検出器:UV検出器(254nm)
 これらの分析結果を、下記表2に示す。下記表2に示すように、18Oを導入した各RNAは、いずれも高い純度を示し、18O未導入の16O‐RNAと同程度であった。この結果から、18O標識したRNAは18O未導入のRNAと同収率、同純度で合成できることが証明された。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000007
(4)二本鎖RNAの形成
 得られた各一本鎖RNAを組合せて、以下に示すように、二本鎖RNAを形成した。
 前記コントロール用センスRNA(配列番号3)の3’末端の2塩基(UU)および前記コントロール用アンチセンスRNA(配列番号4)の3’末端の2塩基(UU)は、オーバーハング配列であり、前記コントロール用センスRNAおよび前記コントロール用アンチセンスRNAは、前記オーバーハングを除く19塩基長が完全に相補である。前記コントロール用センスRNAと前記コントロール用アンチセンスRNAとの二本鎖は、ヒトGAPDHに対するRNA干渉能を示さないsiRNAである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000008
 そこで、下記組合せのコントロール用siRNAを形成した。
(c1)前記コントロール用16O‐センスRNAと前記コントロール用16O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(16O/16O)
(c2)前記コントロール用16O‐センスRNAと前記コントロール用18O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(16O/18O)
(c3)前記コントロール用18O‐センスRNAと前記コントロール用16O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(18O/16O)
(c4)前記コントロール用18O‐センスRNAと前記コントロール用18O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(18O/18O)
 他方、前記ターゲット用センスRNA(配列番号1)の3’末端の2塩基(AG)および前記ターゲット用アンチセンスRNA(配列番号2)の3’末端の2塩基(UU)は、オーバーハング配列であり、前記ターゲット用センスRNAおよび前記ターゲット用アンチセンスRNAは、前記オーバーハングを除く19塩基長が完全に相補である。以下に示す前記ターゲット用センスRNAと前記ターゲット用アンチセンスRNAとの二本鎖は、ヒトGAPDHに対するsiRNAである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000009
 そこで、下記組合せのターゲット用siRNAを形成した。
(t1)前記ターゲット用16O‐センスRNAと前記ターゲット用16O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(16O/16O)
(t2)前記ターゲット用16O‐センスRNAと前記ターゲット用18O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(16O/18O)
(t3)前記ターゲット用18O‐センスRNAと前記ターゲット用16O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(18O/16O)
(t4)前記ターゲット用18O‐センスRNAと前記ターゲット用18O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(18O/18O)
 そして、電気泳動により前記(c1)~(c4)および(t1)~(t4)のsiRNAを電気泳動に供し、それぞれの分子量を確認した。電気泳動は、15%アクリルアミドゲルを使用した。
 図3に、前記各siRNAの二本鎖形成の確認結果を示す。図3は、各siRNAの形成を確認するNative-PAGEの写真であり、レーン1~4は、前記(c1)~(c4)のコントロール用siRNAであり、レーン5~8は、前記(t1)~(t4)のターゲット用siRNAである。図3に示すように、レーン1~4の前記コントロール用siRNAは、同程度の分子量を示し、レーン5~8の前記ターゲット用siRNAは、同程度の分子量を示した。この結果から、18Oを導入したRNAは、18O未導入のRNAと同様に二本鎖を形成し、siRNAとなることが示された。
(5)siRNAの構造
 前記(4)における各siRNAについて、円偏光二色性スペクトル(CDスペクトル)により、構造を比較した。測定は、分光偏光計(商品名J-720W、ジャスコインターナショナル)を用いて行った。図4に、CDスペクトルの結果を示す。図4には、前記(c1)~(c4)および(t1)~(t4)のsiRNAのうち、前記(c4)コントロール用siRNA(18O/18O)および前記(t4)ターゲット用siRNA(18O/18O)の結果を示した。図4において、縦軸が、ellipticity(分子楕円率)(ミリ度:mdeg)であり、横軸が、波長(nm)である。図4(A)は、前記(c4)コントロール用siRNA(18O/18O)の結果であり、図4(B)は、前記(t4)ターゲット用siRNA(18O/18O)の結果である。
 前記(c1)~(c3)コントロール用siRNA(図示せず)は、全て、図4(A)の前記(c4)コントロール用siRNAと同じCDスペクトルを示し、前記(t1)~(t3)ターゲット用siRNA(図示せず)は、全て、図4(B)の前記(t4)ターゲット用siRNAと同じCDスペクトルを示した。この結果から、4種類のコントロール用siRNAは、同様の構造を有し、4種類のターゲット用siRNAは、同様の構造を有していることが、それぞれ確認された。すなわち、18Oを導入したsiRNAは、18O未導入のsiRNAと同様の構造を有していることが示された。
(6)siRNAの熱力学的安定性
 前記(4)における各siRNAについて、熱力学的安定性を確認した。前記熱力学的安定性(Tm値)は、分光光度計(商品名UV-1800 UV-VIS、島津製作所)により測定した。
 下記表3に、前記熱力学的安定性の確認結果を示す。下記表3に示すように、ターゲット用siRNAについて、各siRNAは、同様の熱力学的安定性を示すことが確認された。また、コントロール用siRNAについて、各siRNAは、同様の熱力学的安定性を示すことが確認された。これにより、18Oを導入したsiRNAは、熱力学的安定性が、18O未導入のsiRNAと同程度であることがわかった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000010
(7)siRNAの生物活性
 前記(4)における各siRNAについて、ヒトGAPDH遺伝子のmRNA発現量を測定し、発現抑制能を確認した。
 細胞は、HCT116細胞(ヒト結腸腺癌由来)を使用した。培養条件は、37℃、5%COとした。培地は、10%の非働化仔牛血清を添加したMcCoy’s 5A培地を使用した。
 まず、細胞を、前記培地中で培養し、その培養液を、24穴プレートに、400μLずつ、4×10細胞/ウェルとなるように分注した。そして、前記細胞に、トランスフェクション試薬(商品名Lipofectamine 2000、Invitrogen)を用いて、添付プロトコールに従って、前記siRNAをトランスフェクションした。具体的には、前記ウェルあたり、前記siRNAとトランスフェクション試薬との複合体100μLを添加し、全量を500μLとし、前記siRNAの最終濃度を、0.1nmol/Lとした。
 トランスフェクション後、前記細胞を24時間培養した。そして、試薬(商品名RNeasy Mini Kit、Qiagen)を用い、添付のプロトコールに従って、RNAを回収した。次に、逆転写酵素(商品名SuperScript III、Invitrogen社製)を用い、添付のプロトコールに従って、前記RNAからcDNAを合成した。そして、得られたcDNAを鋳型としてPCRを行い、ヒトGAPDH遺伝子のmRNAの発現量および内部標準であるβ-アクチン遺伝子の発現量を測定した。前記ヒトGAPDH遺伝子の発現量は、前記β-アクチン遺伝子の発現量により補正した。前記PCRにおいて、前記GAPDH遺伝子およびβ-アクチン遺伝子の増幅には、それぞれ下記のプライマーセットを使用した。発現量は、前記siRNAを添加していない細胞におけるヒトGAPDH遺伝子の発現量を1として、相対的に比較した。
GAPDH遺伝子増幅用プライマーセット
  5’-GGAGAAGGCTGGGGCTCATTTGC-3’ (配列番号5)
  5’-TGGCCAGGGGTGCTAAGCAGTTG-3’ (配列番号6)
β-アクチン遺伝子増幅用プライマーセット
  5’-GCCACGGCTGCTTCCAGCTCCTC-3’  (配列番号7)
  5’-AGGTCTTTGCGGATGTCCACGTCAC-3’ (配列番号8)
 なお、コントロール1として、前記siRNAおよび前記トランスフェクション試薬を添加していない細胞についても、遺伝子発現量を測定した(-)。また、コントロール2として、トランスフェクションにおいて、前記siRNAを未添加とし、前記トランスフェクション試薬のみを添加した細胞についても、遺伝子発現量を測定した(mock)。
 これらの結果を、図5に示す。図5は、ヒトGAPDH遺伝子のmRNAの発現量の相対値を示すグラフであり、縦軸は、相対遺伝子発現量である。図5に示すように、18Oを導入したターゲット用siRNAは、いずれも、18O未導入のターゲット用siRNAと同様の発現抑制活性を示した。この結果から、18Oを導入したsiRNAについても、18O未導入である16Oを有するsiRNAと同様に使用できることが確認できた。
[実施例3]
 前記実施例1で合成した18O標識化ポリ(U)について、血清中濃度の測定を行った。
 マウスのプール血清に、前記18O標識化ポリ(U)を、所定濃度となるように添加して、血清サンプルを調製した。前記所定濃度は、0、0.01、0.02、0.04、0.06、0.08、0.1、0.2、0.4、0.6、0.8、1、2μg/mLとした。前記血清サンプルを銀カプセルに入れて凍結乾燥した。そして、凍結乾燥した前記血清サンプルを、ガス化前処理装置に接続した安定同位体比質量分析計に供した。前記ガス化前処理装置は、Thermo Fisher Scientific社製のTC/TAを使用し、前記安定同位体比質量分析計は、Thermo Fisher Scientific社製のVELTA V Plusを使用した。そして、前記血清サンプルの測定値を下記式に代入して、δ18O(千分率:‰)を求めた。下記式において、R(s)は、前記血清サンプルの18O/16O比率の測定値であり、R(r)は、標準物質の18O/16O比率の測定値である。
  δ18O(‰)=[R(s)/R(r)-1]×1000
 図6に、δ18O値と18O標識化ポリ(U)濃度との相関関係のグラフを示す。図6において、縦軸がδ18O値(‰)であり、横軸が前記18O標識化ポリ(U)の濃度である。図6に示すように、δ18O値と前記18O標識化ポリ(U)の濃度とは、正の相関があり、相関係数(R)0.999という優れた相関性を示した。
 従来、RNAの血中濃度を測定する方法は、放射性同位体標識したRNAが用いられている。しかし、放射性同位体は、被爆の危険性が懸念されている。これに対して、本実施例では、安定同位体である18Oが導入されたRNAを使用しており、図6に示すように、18O標識化RNAによっても、血中において、RNA濃度とδ18O値(‰)とが相関関係を示すことが確認された。このため、医薬品等のRNAとして18Oが導入されたRNAを使用することで、例えば、生体への投与後、安全を維持し且つ血中濃度を測定することが可能であることがわかる。
[実施例4]
 前記実施例2で合成した18Oを導入したsiRNAについて、安定同位体顕微鏡を用いて、細胞内局在を観察した。
(1)siRNA
 前記実施例2で調製した前記18O-センスRNAと18O-アンチセンスRNAとを組合せた前記(c4)コントロール用siRNA(18O/18O)を使用した。
(2)サンプルの調製
 7mm×7mmのシリコンウェハーを、35mmディッシュの中央に置いた。前記ディッシュに、ヒト肺由来A549細胞を5×10cells/ディッシュとなるように播種し、培養した。培養条件は、37℃、5%CO、24時間とした。培地は、10%FCS含有Dulbecco’s modified eagle medium(DMEM)(sigma)を使用した。培養後、2mLの新しい培地に交換し、siRNAを最終濃度300nmol/Lとなるように添加し、トランスフェクション試薬(商品名Lipofectamin2000、Invitrogen社製)を用いて、トランスフェクションした。前記トランスフェクション後、さらに、24時間培養した。前記培養後の細胞をPBSで洗浄し、2.5%グルタルアルデヒド/PBS溶液で、37℃、1時間処理して、前記細胞を固定した。その後、前記固定した細胞を、20、40、60、70、80、90、100%エタノールに、この順序で10分間ずつ浸すことで、脱水した。そして、tert-ブタノールを前記脱水後の細胞に添加し、冷凍庫で凍結後、乾燥した。前記凍結乾燥物に、厚さ30nmの金コーティングを施した。このようにして、サンプルを作製した。
(3)安定同位体顕微鏡による観察
 前記サンプルを、安定同位体顕微鏡システム(北海道大学、Cameca ims-1270+SCAPS)で観察した。前記観察において、一次ビームとしてセシウムを使用し、1214N、16O、18Oの2次イオンイメージを得た。この観察結果を、図7に示す。図7は、前記コントロール用siRNA(18O/18O)の細胞内局在を観察した顕微鏡写真である。図7において、左上の写真は、16Oの2次イオンイメージであり、左下の写真は、1214Nの2次イオンイメージであり、右上の写真は、18Oの2次イオンイメージであり、右下の写真は、18O/16Oの2次イオンイメージである。
 1214Nの2次イオンイメージは、有機物のイメージングであることから、図7の左下の写真(1214N)により、細胞の形態が確認できた。16Oの2次イオンイメージは、16Oの強度が強い部分が白く、弱い部分は黒く見える。図7の左上の写真(16O)は、全体的に黒っぽいことから、天然の16Oが均等に存在していることが確認できた。また、18Oの2次イオンイメージは、18Oの強度が強い部分が白く、弱い部分は黒く見える。図7の右上の写真(18O)では、細胞質に該当する領域に、白い点が多数見られることから、投与した前記コントロール用siRNA(18O/18O)が、細胞質に局在していることが確認できた。つぎに、18O/16Oの2次イオンイメージは、18Oの2次イオンイメージ(18Oの強度)を、16Oの2次イオンイメージ(16Oの強度)で割ったものをイメージしており、18O比率が低い部分は青く、高い部分は赤くなる。図7の右下の写真(18O/16O)において、前記右上の写真(18O)の白い点に対応する箇所は、18O/16O比率が高く、赤色にイメージングされ(図において白い点)、その他の箇所は、18O/16O比率が、天然の0.002前後であるため、青色にイメージングされた。これらの結果から、18Oを導入したsiRNAを使用すれば、例えば、蛍光ラベル等を使用することなく、18O/16O比率から、前記siRNAの局在を示すイメージ像が得られることがわかった。
 従来、イメージングには、一般的に蛍光標識した核酸が用いられている。しかし、蛍光物質は、通常、疎水性であり、分子量が大きいため、核酸の末端等に付加することで、前記核酸の物性が、蛍光標識で修飾していない未修飾体とは異なってしまう可能性がある。また、前記蛍光物質は、生体内で切断される可能性もある。これに対して、18Oでの標識は、例えば、核酸の物性変化が抑制され、全てのリン酸基へ修飾が可能であり、且つ、修飾が外れることも抑制できる。このため、18Oを導入した核酸を用いることで、例えば、より効率よく細胞内局在を観察することが可能である。
 以上、実施形態を参照して本願発明を説明したが、本願発明は上記実施形態に限定されるものではない。本願発明の構成や詳細には、本願発明のスコープ内で当業者が理解し得る様々な変更をすることができる。
 この出願は、2011年5月10日に出願された日本出願特願2011-105722を基礎とする優先権を主張し、その開示のすべてをここに取り込む。
 以上のように、本発明の製造方法によれば、前記同位体を含む酸化剤を使用するのみで、同位体を含むリン酸化合物を容易に製造できる。本発明の製造方法は、例えば、リン酸基を有する核酸の合成や、リン酸基を有する農薬、医薬、リン脂質等の低分子化合物の合成に有用である。

Claims (22)

  1. 3価リン化合物を、同位体を含む酸化剤で酸化することによって、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する酸化工程を含むことを特徴とする、同位体含有リン酸化合物の製造方法。
  2. 前記酸化剤による酸化反応が、前記3価リン化合物における3価リンを5価リンに酸化し、且つ、前記5価リンに前記酸化剤由来の原子を結合させる酸化反応であり、
    前記酸化剤が、前記5価リンに結合する前記原子として、前記同位体を有する、請求項1記載の製造方法。
  3. 前記同位体が、安定同位体である、請求項1または2記載の製造方法。
  4. 前記同位体が、17O、18O、33S、34S、36Sおよび10Bからなる群から選択された少なくとも一つの同位体である、請求項1から3のいずれか一項に記載の製造方法。
  5. 前記酸化剤が、酸素供与体であり、供与される酸素が、前記同位体である、請求項1から4のいずれか一項に記載の製造方法。
  6. 前記酸素供与体が、水またはペルオキシドである、請求項5記載の製造方法。
  7. 前記ペルオキシドが、ヒドロペルオキシドである、請求項6記載の製造方法。
  8. 前記ヒドロペルオキシドが、t-ブチルヒドロペルオキシドである、請求項7記載の製造方法。
  9. 前記酸化剤が、硫黄供与体であり、供与される硫黄が、前記同位体である、請求項1から4のいずれか一項に記載の製造方法。
  10. 前記硫黄供与体が、3H-1,2-ベンゾジチオール3-オン1,1-ジオキシドおよび5-((ジメチルアミノ-メチリデン)アミノ)-3H-1,2,4-ジチアゾール-3-チオンの少なくとも一方である、請求項9記載の製造方法。
  11. 前記酸化剤が、ホウ素供与体であり、供与されるホウ素が、前記同位体である、請求項1から4のいずれか一項に記載の製造方法。
  12. 前記ホウ素供与体が、アミン・ボラン複合体である、請求項11記載の製造方法。
  13. 前記アミン・ボラン複合体が、トリアルキルアミン・ボラン複合体である、請求項12記載の製造方法。
  14. 前記トリアルキルアミン・ボラン複合体が、ジイソプロピルエチルアミン・ボラン複合体である、請求項13記載の製造方法。
  15. 前記3価リン化合物が、亜リン酸エステルである、請求項1から14のいずれか一項に記載の製造方法。
  16. 前記3価リン化合物は、前記3価リンを有するヌクレオシドを含むモノマーであり、
    前記ヌクレオシドは、糖と塩基を含み、前記糖の1’位に前記塩基が結合し、
    前記糖に前記3価リンが結合している、請求項1から15のいずれか一項に記載の製造方法。
  17. 前記糖の5’位、3’位または2’位に前記3価リンが結合している、請求項16記載の製造方法。
  18. 前記3価リン化合物は、2以上のヌクレオシド残基を含むポリマーであり、
    前記ヌクレオシド残基は、糖と塩基を含み、前記糖の1’位に前記塩基が結合し、
    前記ヌクレオシド残基間は、それぞれの糖が、リンを介して結合し、
    少なくとも一組のヌクレオシド残基間のリンが、前記3価リンである、請求項1から15のいずれか一項に記載の製造方法。
  19. 前記ヌクレオシド残基間は、一方の糖の5’位、3’位または2’位と、他方の糖の5’位、3’位または2’位とにおいて、前記リンを介して結合している、請求項18記載の製造方法。
  20. さらに、ヌクレオシドを含む2分子のモノマーをカップリングして、前記3価リン化合物を合成するカップリング工程を有し、
    前記酸化工程において、前記カップリング工程により得られた前記3価リン化合物を、前記酸化剤により酸化して、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する、請求項1から19のいずれか一項に記載の製造方法。
  21. さらに、前記5価のリン酸化合物に、ヌクレオシドを含むモノマーをカップリングして、前記3価のリン化合物を合成するカップリング工程を有し、
    前記酸化工程において、前記カップリング工程により得られた前記3価リン化合物を、前記酸化剤により酸化して、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する、請求項1から20のいずれか一項に記載の製造方法。
  22. 前記5価のリン酸化合物が、農薬、医薬またはリン脂質である、請求項1から21のいずれか一項に記載の製造方法。
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