JP5973425B2 - 同位体を有するリン酸化合物の製造方法 - Google Patents

同位体を有するリン酸化合物の製造方法 Download PDF

Info

Publication number
JP5973425B2
JP5973425B2 JP2013514004A JP2013514004A JP5973425B2 JP 5973425 B2 JP5973425 B2 JP 5973425B2 JP 2013514004 A JP2013514004 A JP 2013514004A JP 2013514004 A JP2013514004 A JP 2013514004A JP 5973425 B2 JP5973425 B2 JP 5973425B2
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
isotope
phosphorus
sugar
compound
trivalent phosphorus
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
JP2013514004A
Other languages
English (en)
Other versions
JPWO2012153704A1 (ja
Inventor
智洋 濱崎
智洋 濱崎
忠明 大木
忠明 大木
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Bonac Corp
Original Assignee
Bonac Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Bonac Corp filed Critical Bonac Corp
Publication of JPWO2012153704A1 publication Critical patent/JPWO2012153704A1/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP5973425B2 publication Critical patent/JP5973425B2/ja
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H1/00Processes for the preparation of sugar derivatives
    • C07H1/02Phosphorylation
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07BGENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
    • C07B59/00Introduction of isotopes of elements into organic compounds ; Labelled organic compounds per se
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07BGENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
    • C07B59/00Introduction of isotopes of elements into organic compounds ; Labelled organic compounds per se
    • C07B59/005Sugars; Derivatives thereof; Nucleosides; Nucleotides; Nucleic acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic System
    • C07F9/02Phosphorus compounds
    • C07F9/06Phosphorus compounds without P—C bonds
    • C07F9/08Esters of oxyacids of phosphorus
    • C07F9/09Esters of phosphoric acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H1/00Processes for the preparation of sugar derivatives
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/02Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07BGENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
    • C07B2200/00Indexing scheme relating to specific properties of organic compounds
    • C07B2200/05Isotopically modified compounds, e.g. labelled
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic System
    • C07F9/02Phosphorus compounds
    • C07F9/06Phosphorus compounds without P—C bonds
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic System
    • C07F9/02Phosphorus compounds
    • C07F9/06Phosphorus compounds without P—C bonds
    • C07F9/08Esters of oxyacids of phosphorus

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Description

本発明は、同位体を有するリン酸化合物の製造方法に関する。
生体内における化合物の挙動を確認する方法として、同位体を導入した標識化合物の使用が一般的となっている。前記化合物は、例えば、DNAおよびRNA等の核酸があり、前記同位体は、生体への影響がないことから安定同位体の利用が注目されている。
中でも、安定同位体を導入した核酸の合成は、一般に、予めモノマーに安定同位体を導入し、これを原料としてポリヌクレオチドの合成が行われている。そして、安定同位体を高感度で検出するには、前記ポリヌクレオチドにおいて多数の安定同位体が導入されることが望まれる。しかしながら、この方法によると、多数の安定同位体を導入するには、A、G、CおよびT/Uの各塩基を含む全てのモノマーに、標識化を行う必要があり、労力がかかりおよびコストが極めて高くなるという問題がある。
また、安定同位体の導入方法として、2,2’−シクロウリジンを安息香酸(PhC18H)により開環し、糖の2’位に、安定同位体を有する水酸基(−18OH)を導入する方法が開示されている(非特許文献1)。しかしながら、この方法によると、特定のピリミジン塩基を有するヌクレオシドについて標識化できるのみであって、他の塩基を有するヌクレオシドを得ることができない。
このように安定同位体による標識化の労力およびコスト面の問題は、前記核酸に限られたものではなく、例えば、医薬、農薬等の低分子化合物についても同様である。
J.Org.Chem.2008 Jan. 4;73(1):309−311
そこで、本発明は、同位体を有するリン酸化合物を容易に製造する方法を提供することを目的とする。
前記目的を達成するために、本発明の製造方法は、同位体を有するリン酸化合物の製造方法であって、3価リン化合物を、同位体を含む酸化剤で酸化することによって、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する酸化工程を含むことを特徴とする。
本発明の製造方法によれば、前記同位体を含む酸化剤を使用するのみで、同位体を含むリン酸化合物を容易に製造できる。本発明の製造方法は、例えば、リン酸基を有する核酸の合成や、リン酸基を有する農薬、医薬、リン脂質等の低分子化合物の合成に有用である。
図1は、実施例1において、18O標識化ポリ(U)の質量分析クロマトグラムである。 図2は、実施例1において、所定のpHで処理した18O標識化ポリ(U)の質量分析クロマトグラムである。 図3は、実施例2において、18Oを導入したsiRNAのNative−PAGEの写真である。 図4は、実施例2において、18Oを導入したsiRNAの円偏光二色性スペクトルを示すグラフである。 図5は、実施例2において、ヒトGAPDH遺伝子のmRNAの発現量の相対値を示すグラフである。 図6は、実施例3において、18O標識化ポリ(U)の濃度と、δ18O[‰]との関係を示すグラフである。 図7は、実施例4において、18Oを導入したsiRNAの細胞内局在を観察した写真である。
本発明の製造方法は、前述のように、同位体を有するリン酸化合物の製造方法であって、3価リン化合物を、同位体を含む酸化剤(以下、「同位体酸化剤」という)で酸化することによって、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する酸化工程を含むことを特徴とする。
本発明の製造方法によれば、前記同位体酸化剤によって、3価リン化合物の3価リンが5価リンに酸化され、これにともない、前記5価リンに前記同位体酸化剤由来の前記同位体が結合する。このため、前記同位体酸化剤による酸化反応を行うのみで、同位体が導入された5価のリン酸化合物が得られる。このため、本発明によれば、例えば、同位体が導入されたリン酸化合物の用途を、さらに広げることが可能になるといえる。
本発明は、前述のように、前記同位体酸化剤を用いて3価リン化合物を酸化することが特徴であり、その他の構成およびその他の条件は、特に制限されない。
本発明の製造方法は、前述のように、例えば、リン酸基を有する農薬、医薬、リン脂質等の合成、リン酸基を有するRNAおよびDNA等の核酸や、モノマーであるヌクレオシド−モノリン酸、ヌクレオシド−ジリン酸、ヌクレオシド−トリリン酸の合成等に適用することが好ましく、中でも、前記核酸の合成に適用することが特に好ましい。前記核酸の合成方法は、何ら制限されず、例えば、ホスファイト法、ホスホアミダイト法(またはホスホロアミダイト法ともいう)(以下、アミダイト法)等があげられる。以下に、アミダイト法を例にあげて説明するが、本発明はこれには限定されない。核酸の固相合成において、アミダイト法は、一般に、モノマーアミダイトのカップリング工程、それによって生ずる3価リンの5価リン(リン酸基)への酸化工程および5’末端の糖の保護基をはずす脱保護工程を1サイクルとして、所望の長さになるまで前記サイクルを繰り返し行う。本発明によれば、前記酸化工程において、前記同位体酸化剤を使用するのみで、容易に、ホスホジエステル結合のリン酸基に同位体を導入できる。また、所望のサイクルの酸化工程のみにおいて、前記同位体酸化剤を使用することで、所望のホスホジエステル結合のみに前記同位体を導入できる。さらに、全てのサイクルの酸化工程において、前記同位体酸化剤を使用することで、全てのホスホジエステル結合のリン酸基に前記同位体を導入することもできる。また、従来では、前述のように、標識したい塩基ごとに、同位体が導入されたアミダイトを合成する必要があったため、労力およびコストがかかるという問題があった。しかしながら、本発明によれば、塩基にかかわらず、ホスホジエステル結合のリン酸基に同位体を導入するため、前述のような塩基ごとに同位体が導入されたアミダイトを合成する必要もない。したがって、労力およびコストを極めて低減することが可能であり、また、目的の合成核酸の塩基配列にも影響受けることがない。
本発明において、前記酸化剤による酸化反応は、例えば、前記3価リン化合物における3価リンを5価リンに酸化し、且つ、前記5価リンに前記酸化剤由来の原子を結合させる酸化反応である。このため、本発明において、前記同位体酸化剤は、前記5価リンに結合する前記原子が、前記同位体であればよい。
本発明において、前記同位体酸化剤は、特に制限されず、例えば、前記3価リン化合物における3価リンを5価リンに酸化し、且つ、前記5価リンに原子を供与するものであり、前記5価リンに供与される原子として同位体を有するものであればよい。このような酸化反応を示す酸化剤は、当業者であれば出願時の技術常識から理解可能であり、前記供与される原子として同位体を有する酸化剤は、例えば、市販品を入手でき、また、出願時の技術常識から製造可能である。
前記同位体は、特に制限されず、例えば、安定同位体でもよく、放射性同位体でもよく、好ましくは前者である。前記安定同位体であれば、例えば、被ばくの危険性が少なく、専用の施設も不要であることから、取り扱い性に優れ、また、コストも抑えることができる。また、前記安定同位体は、例えば、蛍光標識と異なり、標識された化合物の物性変化がなく、トレーサーとしての性質にも優れている。
前記同位体酸化剤は、特に制限されず、例えば、酸化によって5価リンに同位体酸素を供与する酸素供与体があげられる。前記同位体は、例えば、17O、18O等があげられ、好ましくは、18Oである。
前記酸素供与体は、例えば、同位体酸素を有する、水またはペルオキシド(過酸化物)があげられる。前記ペルオキシドは、例えば、化学式R−O−O−R’で表わされ、RおよびR’は、例えば、Hまたは任意の置換基である。RおよびR’は、同じでも異なってもよい。前記置換基は、特に制限されず、例えば、炭素数1〜10のアルキル基等があげられ、直鎖でも分岐鎖でもよい。前記アルキル基は、例えば、t-ブチル基等のブチル基等が例示できる。前記ペルオキシドは、例えば、RおよびR’の少なくとも一方が、水素、ハロゲンまたは一価金属であることが好ましく、より好ましくは、RおよびR’の少なくとも一方が水素であるヒドロペルオキシドがあげられる。前記ヒドロペルオキシドは、例えば、t−ブチルヒドロペルオキシド等があげられる。前記一価金属は、例えば、アルカリ金属があげられ、ナトリウム、カリウム、リチウム、ルビジウム、セシウム、フランシウム等が例示できる。
前記酸素供与体は、中でも、例えば、純度の高い市販品を入手可能であることから、特に好ましくは、18Oを有するH 18Oである。前記同位体酸素を有する水を使用する場合、例えば、ヨウ素(I)とピリジン(Py)とテトラヒドロフラン(THF)を併用することが好ましい。前記同位体酸素を有する水を使用した場合、得られる5価のリン酸化合物は、例えば、5価のリンに、同位体酸素を有する水酸基(−18OH)が結合していることが好ましく、前記水酸基における水素は、例えば、アルカリ金属等の一価金属等で置換されてもよい。前記アルカリ金属は、例えば、ナトリウム、カリウム、リチウム、ルビジウム、セシウム、フランシウム等があげられる。
前記同位体酸化剤は、この他に、例えば、酸化によって5価リンに同位体硫黄を供与する硫黄供与体があげられる。前記同位体は、例えば、33S、34S、36S等があげられ、好ましくは、34Sである。
前記硫黄供与体は、例えば、同位体硫黄を有するジスルフィド(−S−S−を有する化合物)が好ましく、より好ましくは、有機ジスルフィドであり、さらに好ましくは、環状有機ジスルフィドである。ジスルフィドの具体例としては、例えば、3H−1,2−ベンゾチオール3−オン1,1−ジオキシド、5−((ジメチルアミノ−メチリデン)アミノ)−3H−1,2,4−ジチアゾール−3−チオン等があげられ、好ましくは3H−1,2−ベンゾジチール3−オン1,1−ジオキシドであり、より好ましくは、34Sを有する3H−1,2−ベンゾジチール3−オン1,1−ジオキシドである。前記同位体硫黄を有する硫黄供与体を使用した場合、得られる5価のリン酸化合物は、例えば、5価のリンに、同位体硫黄が結合していることが好ましく、具体的には、ホスホロチオエートを形成していることが好ましい。
また、前記同位体酸化剤は、例えば、酸化によって5価リンに同位体ホウ素を供与するホウ素供与体があげられる。前記同位体は、例えば、10B等があげられる。
前記ホウ素供与体は、例えば、同位体ホウ素を有する、アミン・ボラン複合体が好ましく、より好ましくは、トリアルキルアミン・ボラン複合体である。前記トリアルキルアミン・ボラン複合体は、例えば、C19N・BHで表わされるジイソプロピルエチルアミン(DIPEA)・ボラン複合体等があげられ、好ましくは、10Bを有するDIPEA・ボラン複合体C19N・10BHである。前記同位体ホウ素を有するDIPEA・ボラン複合体を使用した場合、得られる5価のリン酸化合物は、例えば、5価のリンに、同位体ホウ素を有するボラン基(−10BH )が結合していることが好ましく、具体的には、ボラノフォスフェートを形成していることが好ましい。前記アミン・ボラン複合体において、前記ボラン基の水素は、例えば、ハロゲンで置換されてもよい。前記ハロゲンは、例えば、F、Cl、Br、I等があげられる。また、前記ボラン基は、例えば、一価金属または二価金属と塩を形成してもよい。前記一価金属は、例えば、アルカリ金属であり、ナトリウム、カリウム、リチウム、ルビジウム、セシウム、フランシウム等が例示できる。二価金属は、例えば、アルカリ土類金属であり、例えば、カルシウム、ストロンチウム、バリウム、ラジウム等があげられる。
本発明において、前記3価リン化合物は、特に制限されず、3価のリンを有する化合物であればよい。前記3価リン化合物は、例えば、亜リン酸、亜リン酸エステルがあげられる。
前記亜リン酸は、例えば、亜リン酸[HP(O)(OH)]の他に、亜リン酸塩、亜リン酸誘導体等を含む。本発明の製造方法によれば、前記3価リン化合物として前記亜リン酸を使用することにより、リンに同位体が結合したリン酸を製造できる。得られるリン酸は、例えば、リン酸塩、リン酸誘導体等の意味も含む。
前記亜リン酸エステルは、例えば、亜リン酸モノエステル[RO−P(OX)−OX]、亜リン酸ジエステル[RO−P(OR)−OX]、亜リン酸トリエステル[RO−P(OR)−OR]のいずれでもよい。前記XおよびXは、例えば、水素、または一価金属である。前記一価金属は、例えば、アルカリ金属であり、例えば、ナトリウム、カリウム、リチウム、ルビジウム、セシウム、フランシウム等が例示できる。前記R、RおよびRは、何ら限定されず、後述する炭化水素基等の各種有機基があげられる。前記3価リン化合物として前記亜リン酸エステルを使用することにより、リンに同位体が結合したリン酸エステルを製造できる。
本発明の製造方法により合成される前記5価のリン酸化合物が、前記核酸の場合、前記核酸は、例えば、モノマーでもよいし、前記モノマーが重合したポリマーでもよい。
前記モノマーは、例えば、RNAまたはDNAを構成するヌクレオチドがあげられる。前記ヌクレオチドは、例えば、糖と塩基からなるヌクレオシドに、5価のリン酸基が結合している。前記ヌクレオチドは、具体的には、糖、塩基および5価のリン酸基を有し、前記糖の1’位に前記塩基が結合し、前記糖の5’位、3’位または2’位に前記5価のリン酸基が結合している。前記ヌクレオチドは、具体的には、リボヌクレオチドおよびデオキシリボヌクレオチドがあげられる。前記ヌクレオチドは、例えば、前記ヌクレオチドの誘導体の意味も含む。前記ポリマーは、例えば、前記ヌクレオチドの重合体であり、具体的には、リボヌクレオチドの重合体であるRNA、デオキシリボヌクレオチドの重合体であるDNA、リボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドとの重合体(DNA/RNAキメラ)等があげられる。前記ポリマーにおいて、例えば、前記モノマーの重合数は限定されず、オリゴマーの意味も含む。前記ポリマーは、例えば、一方のヌクレオチドの糖と、他方のヌクレオチドの糖とが、前記リン酸基を介して結合している。具体的には、例えば、前記ヌクレオチド残基間は、一方の糖の5’位、3’位または2’位と、他方の糖の5’位、3’位または2’位とが、前記リン酸基を介して結合していることが好ましい。前記一方のヌクレオチドの糖と、前記他方のヌクレオチドの糖との結合部位の組合せは、特に制限されず、5’位と3’位の組合せ、5’位と5’位の組合せ、3’位と3’位の組合せ、2’位と5’位の組合せ等があげられる。
前記ヌクレオチドにおいて、前記糖は、例えば、2’位の炭素原子にヒドロキシ基が結合したリボースでもよいし、前記2’位の炭素原子に水素原子が結合したデオキシリボースでもよい。前記リボースは、例えば、前記ヒドロキシ基が、任意の原子または基で置換(修飾)されてもよい。前記原子は、例えば、水素原子、ハロゲン原子等があげられ、前記ハロゲン原子は、例えば、F、Cl、Br、I等があげられ、中でもF(フッ素原子)が好ましい。前記基は、例えば、アルコキシ基(−O−アルキル基)、アシルオキシ基(−O−アシル基)および、アミノ基(NH基)またはそのHが置換基で置換された置換アミノ基等があげられる。前記アルコキシ基(−O−アルキル基)は、特に制限されず、例えば、メトキシ基(−O−Me基)があげられ、前記アルキル基は、制限されない。前記アシルオキシ基(−O−アシル基)は、特に制限されず、例えば、−O−CHO基等があげられ、前記アシル基は、制限されない。また、前記デオキシリボースは、例えば、前記水素原子が、任意の原子に置換(修飾)されてもよい。前記原子は、例えば、前記ハロゲン原子等があげられる。
前記塩基は、特に制限されず、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、ウラシル等があげられ、その他に、これらの置換塩基として、例えば、7−デアザグアニン、7−デアザ−8−アザグアニン、5−プロピニルシトシン、5−プロピニルウラシル、7−デアザアデニン、7−デアザ−8−アザアデニン、7−デアザ−6−オキソプリン、6−オキソプリン、3−デアザアデノシン、2−オキソ−5−メチルピリミジン、2−オキソ−4−メチルチオ−5−メチルピリミジン、2−チオカルボニル−4−オキソ−5−メチルピリミジン、4−オキソ−5−メチルピリミジン、2−アミノプリン、5−フロロウラシル、2,6−ジアミノプリン、8−アミノプリン、4−トリアゾロ−5−メチルチミン、4−トリアゾロ−5−メチルウラシルおよびヒポキサンチン等があげられる。前記塩基は、例えば、天然の塩基でもよいし、非天然の塩基でもよい。
前記同位体が導入された前記モノマーを製造する場合、例えば、前記3価リン化合物として、前記3価リンを有するヌクレオシドを、前記同位体酸化剤により酸化する。この方法によれば、前記ヌクレオシドに結合した前記3価リンが酸化により前記5価リンとなり、前記5価リンに前記同位体酸化剤由来の同位体が結合する。このため、同位体を有するモノマーを得ることができる。
前記3価リンを有するヌクレオシドは、例えば、糖と塩基を含み、前記糖の1’位に塩基が結合し、前記糖に前記3価リンが結合していることが好ましく、より好ましくは、前記糖の5’位、3’位または2’位に前記3価リンが結合している。
前記3価リンを有するヌクレオシドは、前述のように、例えば、前記亜リン酸エステルであり、具体的に、亜リン酸モノエステル[RO−P(OX)−OX]、亜リン酸ジエステル[RO−P(OR)−OX]または亜リン酸トリエステル[RO−P(OR)−OR]のいずれで表わすこともできる。前記R、RおよびRのいずれかが、前記ヌクレオシドであることが好ましい。
前記同位体が導入された前記ポリマーを製造する場合、例えば、以下に示す第1の方法および第2の方法があげられる。
第1の方法は、例えば、前記3価リン化合物として、予め合成した3価リンを有するヌクレオシド残基を含むポリマーを使用し、これを前記同位体酸化剤により酸化して、同位体を導入する方法である。この方法によれば、前記ポリマーにおける前記3価リンが酸化により前記5価リンとなり、前記5価リンに前記同位体酸化剤由来の同位体が結合するため、同位体を有するポリマーを得ることができる。
前記3価リンを有する前記ポリマーは、2以上のヌクレオシド残基を含むポリマーである。前記ヌクレオシド残基は、糖と塩基を含み、前記糖の1’位に前記塩基が結合し、前記ヌクレオシド残基間は、それぞれの糖が、リンを介して結合している。具体的には、例えば、前記ヌクレオシド残基間は、一方の糖の5’位、3’位または2’位と、他方の糖の5’位、3’位または2’位とが、リンを介して結合していることが好ましい。前記一方のヌクレオチドの糖と、前記他方のヌクレオチドの糖との結合部位の組合せは、特に制限されず、5’位と3’位の組合せ、5’位と5’位の組合せ、3’位と3’位の組合せ、2’位と5’位の組合せ等があげられる。そして、少なくとも一組のヌクレオシド残基間のリンが、前記3価リンである。前記ポリマーにおいて、前記ヌクレオシド残基間のリンは、例えば、少なくとも一つが3価リンでもよいし、全てが3価リンでもよい。前者の場合、前記ポリマーにおける3価リンのみが5価リンに酸化され、前記5価リンに前記同位体酸化剤由来の同位体が導入され、後者の場合、全てのヌクレオシド残基間の3価リンが5価リンに酸化され、前記5価リンに前記同位体酸化剤由来の同位体が導入される。
前記3価リン化合物は、例えば、前述のように、前記亜リン酸エステルである。前記亜リン酸エステルは、例えば、亜リン酸ジエステル[RO−P(OR)−OX]、亜リン酸トリエステル[RO−P(OR)−OR]のいずれかで表わすことができる。前記RおよびRが、前記ヌクレオシド残基または前記ヌクレオシド残基のポリマーであることが好ましく、両者は、同じでも異なってもよい。前記Rおよび/またはRが、前記ヌクレオシド残基のポリマーの場合、前記ポリマーは、例えば、前記ヌクレオチド残基がホスホジエステル結合したポリマー(ポリヌクレオチド)でもよいし、前記ヌクレオチド残基が3価リンを介して結合したポリマーでもよい。前記ポリマーを構成するヌクレオチド残基の数は、制限されない。
第2の方法は、例えば、ヌクレオシドのカップリングと、前記同位体酸化剤を用いた酸化による同位体の導入とを行う方法である。これにより、任意のヌクレオシド残基間の5価リンに前記同位体を導入して、同位体を有するポリマーを合成できる。前記ポリマーの合成方法は、特に制限されず、例えば、ホスファイト法、アミダイト法等があげられる。これらの合成方法は、例えば、固相合成でもよいし、液相合成でもよく、特に制限されない。
具体的に、第2の方法は、例えば、さらに、ヌクレオシドを含む2分子のモノマーをカップリングして、前記3価リン化合物を合成するカップリング工程を有し、前記酸化工程において、前記カップリング工程により得られた前記3価リン化合物を、前記同位体酸化剤により酸化して、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する方法である。
前記モノマーの種類は、特に制限されず、公知のモノマーが使用できる。前記一方のモノマーは、例えば、前記ヌクレオシドの糖において、前記他方のモノマーと結合する部位に、3価リンが結合し、その他の水酸基を有する部位に、前記水酸基に対する保護基が結合していることが好ましい。前記3価リンが結合する部位は、特に制限されず、5’位、3’位または2’位があげられ、前記保護基が結合する部位は、特に制限されず、5’位、3’位または2’位があげられる。前記3価リンの結合部位と前記保護基の結合部位の組合せは、特に制限されず、例えば、5’位と3’位の組合せ、5’位と5’位の組合せ、3’位と3’位の組合せ、2’位と5’位の組合せ等があげられる。具体例として、前記一方のモノマーは、例えば、前記ヌクレオシドの糖の3’位に3価リンが結合し、前記糖の5’位に水酸基の保護基が結合していることが好ましい。前記3価リンは、水酸基と反応する反応基を有することが好ましい。前記保護基は、特に制限されず、例えば、ジメトキシトリチル(DMTr)基等があげられる。
前記他方のモノマーは、前記ヌクレオシドの糖において、前記一方のモノマーと結合する部位が、前記保護基がはずれた水酸基であることが好ましい。前記一方のモノマーと結合する部位は、特に制限されず、5’位、3’位または2’位があげられる。具体例として、前記他方のモノマーは、前記ヌクレオシドの糖の5’位の保護基がはずれ、水酸基であることが好ましい。前記カップリング工程において、前記2分子のモノマーをカップリングすると、前者の前記反応基(例えば、3’位)と、後者の前記糖の水酸基(例えば、5’位)とが反応し、前記モノマー間が3価リンを介して結合する。前記モノマー間の3価リンを前記同位体酸化剤で酸化することにより、3価リンが5価リンに酸化され、同位体を有するホスホジエステル結合で前記ヌクレオシドが結合したポリマーが合成される。
前記保護基が結合したモノマーは、特に制限されず、例えば、前述のようなホスファイト法、アミダイト法等に使用するモノマーが適用できる。前記アミダイト法のモノマーは、例えば、公知のホスホロアミダイトがあげられ、具体例としては、例えば、TBDMS−アミダイト、TOM-アミダイト、ACE−アミダイト等があげられる。
前記ヌクレオシドは、特に制限されず、前述と同様に、糖と塩基を含み、前記糖の1’位に前記塩基が結合している。固相合成を行う場合、前記後者のモノマーは、例えば、前記前者のモノマーとの結合部位以外が、固相に固定化されていることが好ましい。具体例として、前記後者のモノマーが、例えば、前記糖の5’位が水酸基であるモノマーの場合、例えば、前記糖の3’位が固相に固定化されていることが好ましい。
前記第2の方法は、例えば、さらに、前記ヌクレオシドの糖の前記保護基(例えば、5’位)をはずす脱保護工程を含んでもよい。脱保護の方法は、特に制限されず、例えば、保護基の種類に応じて、公知の方法により行うことができる。
また、前記第2の方法は、ヌクレオシドのカップリングと前記同位体酸化剤を用いた酸化による同位体の導入とを、繰り返し行うこともできる。具体的には、さらに、前記5価のリン酸化合物に、ヌクレオシドを含む新たなモノマーをカップリングして、前記3価のリン化合物を合成するカップリング工程を有し、前記カップリング工程により得られた前記3価リン化合物を、前記同位体酸化剤により酸化して、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する方法でもよい。
このようにカップリング工程と酸化工程とを繰り返し行い、所望の前記酸化工程または全ての酸化工程において、前記同位体酸化剤を使用することで、所望のホスホジエステル結合に同位体を導入できる。
前記5価のリン酸化合物に新たなモノマーをカップリングする際、例えば、前記5価のリン酸化合物について、5’末端のヌクレオシドにおける糖の保護基(例えば、5’位)を脱保護した後、前記モノマーをカップリングすることが好ましい。すなわち、前記第2の方法は、前記カップリング工程と前記酸化工程と前記脱保護工程とを繰り返し行うことが好ましい。この繰り返しの回数は、何ら制限されず、所望のポリマーの長さとなるまで行うことができる。
以下に、前記同位体を有する同位体酸化剤を使用して、核酸へ同位体を導入する反応の一例を示す。本発明は、これらの例に制限されない。下記式において、糖の2’位におけるRは、特に制限されず、例えば、前述した炭化水素基があげられる。下記式に示すように、例えば、I/Py/H 18Oで酸化することによって、リン酸基に−18OHを導入でき、34Sを有する3H−1,2−ベンゾジチール3−オン1,1−ジオキシドで酸化することによって、リン酸基に−34を導入でき、DIPEA・ボラン複合体で酸化することによって、リン酸基に−10BH を導入できる。
本発明の製造方法によれば、例えば、リン酸基に同位体が導入された農薬、医薬、リン脂質等を製造することもできる。前記農薬は、例えば、マラソン、スミチオン等があげられ、前記医薬は、例えば、ヒドロコルチゾンリン酸エステルナトリウム(商品名:クレイトン)等があげられる。
以下に、アルコールを出発原料として、リン酸基に同位体が導入された低分子リン酸化合物を合成する反応の一例を示す。本発明は、これには制限されない。下記式(1)において、Rは、何ら制限されず、例えば、前述のような炭化水素基があげられる。まず、反応1において、R−OHと3価リン供与体とを反応させ、3価リン化合物を合成する。前記3価リン供与体は、特に制限されず、例えば、以下に示すシアノ基を有する化合物として、クロロ(ジイソプロピルアミノ)亜ホスフィン酸2−シアノエチル(N,N-Diisopropylamino cyanoethyl phosphonamidic chloride)または2−シアノエチル N,N,N,N−テトライソプロピル ホスファン(2-Cyanoethyl N,N,N,N-tetraisopropyl phosphane)があげられる。そして、前述のような前記同位体酸化剤を用いて、反応2を行うことで、Xに同位体が導入された5価のリン酸化合物が得られる。前記同位体酸化剤は、例えば、Xに同位体酸素を導入する場合は、前記酸素供与体、Xに同位体硫黄を導入する場合は、前記硫黄供与体、Xに、同位体ホウ素を導入する場合は、前記ホウ素供与体を使用することが好ましい。
本発明の製造方法により得られる同位体含有リン酸化合物は、例えば、従来のリン酸化合物に代えて使用でき、その用途は何ら制限されない。
つぎに、本発明の実施例について説明する。なお、本発明は、下記の実施例により限定及び制限されない。
[実施例1]
(1)18Oで標識されたRNAの合成
合成RNAとして、ホスホジエステル結合の各リン酸基に1つの18Oを導入した、塩基長20merの18O標識化ポリ(U)を合成した。モノマー原料として、TBDMS−アミダイトを使用し、核酸合成機(商品名ABI Expedite 8909、ABI社)を用いて、ホスホロアミダイト法に基づいて、カップリング工程、酸化工程、およびリボース残基の5’位の保護基ジメトキシトリチル(DMTr)基をはずす脱保護工程を1サイクルとして19サイクル繰り返した。全ての酸化工程において、同位体酸化剤として、同位体酸素18Oを有するH 18O(WATER−18O、純度18O atom%=99.2%、大陽日酸株式会社)を含む組成物を使用した。前記組成物は、0.1mol/Lヨウ素を含むTHF/ピリジン/水の混合液を使用した。前記混合液において、THF:ピリジン:水の混合比(体積比)は、78:20:2とした。なお、前記H 18Oを含む前記組成物を使用した以外は、定法に従った。
(2)分子量測定
得られた18O標識化ポリ(U)について、定法に基づき、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析装置(商品名Bruker AUTOFLEX)を使用して分子量を測定した。
分析結果を図1に示す。図1は、合成RNAの質量分析結果を示すクロマトグラムである。18O標識化ポリ(U)の実測値は6094.2であった。
18O標識化ポリ(U)は、前述のようにカップリング工程、酸化工程および脱保護工程を19サイクル行っていることから、理論上、18Oが19個導入されていることとなる。このため、18O標識化ポリ(U)の分子量は、未標識ポリ(U)の分子量6061.4と比較して、38(2×19原子)増加する計算となる。しかしながら、実際には、使用したH 18Oの純度が99.2%であるため、分子量は、2×19原子×(純度0.992)19=32.6増加することとなる。これに基づくと、合成した前記18O標識化ポリ(U)の理論分子量は、6061.4+32.6=6094.0となる。前述のように実測値は6094.2であることから、理論分子量6094.0と極めて近似している。したがって、この結果から、実施例により、20merのポリ(U)において、19箇所のホスホジエステル結合のリン酸基に18Oが導入されたことが証明された。
(3)pH安定性評価
得られた18O標識化ポリ(U)について、pH安定性を評価した。具体的には、所定pH(pH3、4、5.5、7、8.5)の50mmol/Lリン酸緩衝液に、20μmol/Lとなるように18O標識化ポリ(U)を混合し、37℃で28日間インキュベートした。そして、インキュベート後の前記18O標識化ポリ(U)について、LC−ESI−Q−Tof-MS(商品名:Waters SYNAPT G2 MS)を用いて分子量を分析することにより、その安定性を確認した。
これらの結果を図2に示す。図2は、前記各pHでインキュベートした後の18O標識化ポリ(U)の質量分析結果を示すクロマトグラムである。図2において、上のグラフから順に、pH3.0、4.0、5.5、7.0および8.5で処理した後の結果である。図2に示すように、いずれのpHで処理しても、18O標識化ポリ(U)の分子量は、インキュベート前の分子量(実測値:6094.2)から変化が無かった。この結果から、18O標識化ポリ(U)は、pH3〜8.5において安定であることが確認された。すなわち、18O標識は、pH3〜8.5において、周辺環境の水分子(H 16O)と交換されずに安定であることが確認された。このことは、18O標識が、生体環境においても同様に安定であり、18O標識が、トレーサーとして必要な安定性を有していることを示す。
[実施例2]
(1)18O標識化siRNAの合成
前記実施例1と同様のRNA合成方法により、下記配列番号1〜4に示す21塩基長のRNAを合成した。なお、前記カップリング工程、前記酸化工程および前記脱保護工程は、これらを1サイクルとして20サイクル繰り返した。これらのRNAは、いずれも、前記RNA合成方法により、ホスホジエステル結合の各リン酸基に1つの18Oが導入された。つまり、各RNAは、20個の18Oが導入された。他方、酸化剤として、未標識のH 16Oを使用した以外は、同様にして、配列番号1〜4のRNAを合成した。
ターゲット用センスRNA
5’-CCAUGAGAAGUAUGACAACAG-3’ (配列番号1)
ターゲット用アンチセンスRNA
5’-GUUGUCAUACUUCUCAUGGUU-3’ (配列番号2)
コントロール用センスRNA
5’-UACUAUUCGACACGCGAAGUU-3’ (配列番号3)
コントロール用アンチセンスRNA
5’-CUUCGCGUGUCGAAUAGUAUU-3’ (配列番号4)
18Oが導入された一本鎖RNAを、それぞれ、ターゲット用18O‐センスRNA、ターゲット用18O-アンチセンスRNA、コントロール用18O‐RNAセンス、コントロール用18O‐アンチセンスRNAとした。また、18Oが未導入である16Oを有する一本鎖RNAを、それぞれ、ターゲット用16O‐センスRNA、ターゲット用16O-アンチセンスRNA、コントロール用16O‐センスRNA、コントロール用16O‐アンチセンスRNAとした。
(2)一本鎖RNAの分子量測定
得られた各一本鎖RNAについて、前記実施例1と同様にして、分子量を測定した。下記表1に、測定した分子量(Observed mass)および理論上の算出値(Calculated mass)を併せて示す。なお、理論上の算出値は、使用したH 18Oの18O純度99.2%を考慮して求めた。
前記表1に示すように、18Oを導入した各RNAは、実測値が、理論値と極めて近似していた。この結果から、18Oを導入した21塩基長のRNAは、それぞれ、20箇所のホスホジエステル結合のリン酸基に18Oが導入されたことが証明された。
前記ターゲット用センスRNAの3’末端の2塩基(AG)および前記ターゲット用アンチセンスRNAの3’末端の2塩基(UU)は、オーバーハング配列であり、前記ターゲット用センスRNAおよび前記ターゲット用アンチセンスRNAは、前記オーバーハングを除く19塩基長が完全に相補である。以下に示す前記ターゲット用センスRNAと前記ターゲット用アンチセンスRNAとの二本鎖は、ヒトGAPDHに対するsiRNA(ターゲット18O‐siRNA)である。
前記コントロール用センスRNAの3’末端の2塩基(UU)および前記コントロール用アンチセンスRNAの3’末端の2塩基(UU)は、オーバーハング配列であり、前記コントロール用センスRNAおよび前記コントロール用アンチセンスRNAは、前記オーバーハングを除く19塩基長が完全に相補である。前記コントロール用センスRNAと前記コントロール用アンチセンスRNAとの二本鎖は、ヒトGAPDHに対するRNA干渉能を示さないsiRNA(ネガティブコントロール18O‐siRNA)である。
(3)各一本鎖RNAの純度評価
得られた各一本鎖RNAについて、下記条件のHPLCによって純度を分析した。前記純度は、前記HPLCにおける全ピーク面積を100%とし、前記各一本鎖RNAの理論分子量に該当するリテンションタイムにおけるピーク面積の割合で示す。
(HPLC条件)
分析装置:Shimadzu LC-10A system(島津製作所)
カラム:XBridge OST C18, 2.5μm(Waters)
カラムサイズ:4.6×50mm
溶出液:
A:50mmol/L 酢酸トリエチルアンモニウム(pH7.4) + 5% アセトニトリル
B:50mmol/L 酢酸トリエチルアンモニウム(pH7.4) + 50% アセトニトリル
グラジェント:%B 5%→10%/20min
流速:1.0 mL/min
検出器:UV検出器(254nm)
これらの分析結果を、下記表2に示す。下記表2に示すように、18Oを導入した各RNAは、いずれも高い純度を示し、18O未導入の16O‐RNAと同程度であった。この結果から、18O標識したRNAは18O未導入のRNAと同収率、同純度で合成できることが証明された。
(4)二本鎖RNAの形成
得られた各一本鎖RNAを組合せて、以下に示すように、二本鎖RNAを形成した。
前記コントロール用センスRNA(配列番号3)の3’末端の2塩基(UU)および前記コントロール用アンチセンスRNA(配列番号4)の3’末端の2塩基(UU)は、オーバーハング配列であり、前記コントロール用センスRNAおよび前記コントロール用アンチセンスRNAは、前記オーバーハングを除く19塩基長が完全に相補である。前記コントロール用センスRNAと前記コントロール用アンチセンスRNAとの二本鎖は、ヒトGAPDHに対するRNA干渉能を示さないsiRNAである。
そこで、下記組合せのコントロール用siRNAを形成した。
(c1)前記コントロール用16O‐センスRNAと前記コントロール用16O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(16O/16O)
(c2)前記コントロール用16O‐センスRNAと前記コントロール用18O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(16O/18O)
(c3)前記コントロール用18O‐センスRNAと前記コントロール用16O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(18O/16O)
(c4)前記コントロール用18O‐センスRNAと前記コントロール用18O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(18O/18O)
他方、前記ターゲット用センスRNA(配列番号1)の3’末端の2塩基(AG)および前記ターゲット用アンチセンスRNA(配列番号2)の3’末端の2塩基(UU)は、オーバーハング配列であり、前記ターゲット用センスRNAおよび前記ターゲット用アンチセンスRNAは、前記オーバーハングを除く19塩基長が完全に相補である。以下に示す前記ターゲット用センスRNAと前記ターゲット用アンチセンスRNAとの二本鎖は、ヒトGAPDHに対するsiRNAである。
そこで、下記組合せのターゲット用siRNAを形成した。
(t1)前記ターゲット用16O‐センスRNAと前記ターゲット用16O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(16O/16O)
(t2)前記ターゲット用16O‐センスRNAと前記ターゲット用18O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(16O/18O)
(t3)前記ターゲット用18O‐センスRNAと前記ターゲット用16O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(18O/16O)
(t4)前記ターゲット用18O‐センスRNAと前記ターゲット用18O‐アンチセンスRNAとの組み合わせ(18O/18O)
そして、電気泳動により前記(c1)〜(c4)および(t1)〜(t4)のsiRNAを電気泳動に供し、それぞれの分子量を確認した。電気泳動は、15%アクリルアミドゲルを使用した。
図3に、前記各siRNAの二本鎖形成の確認結果を示す。図3は、各siRNAの形成を確認するNative−PAGEの写真であり、レーン1〜4は、前記(c1)〜(c4)のコントロール用siRNAであり、レーン5〜8は、前記(t1)〜(t4)のターゲット用siRNAである。図3に示すように、レーン1〜4の前記コントロール用siRNAは、同程度の分子量を示し、レーン5〜8の前記ターゲット用siRNAは、同程度の分子量を示した。この結果から、18Oを導入したRNAは、18O未導入のRNAと同様に二本鎖を形成し、siRNAとなることが示された。
(5)siRNAの構造
前記(4)における各siRNAについて、円偏光二色性スペクトル(CDスペクトル)により、構造を比較した。測定は、分光偏光計(商品名J−720W、ジャスコインターナショナル)を用いて行った。図4に、CDスペクトルの結果を示す。図4には、前記(c1)〜(c4)および(t1)〜(t4)のsiRNAのうち、前記(c4)コントロール用siRNA(18O/18O)および前記(t4)ターゲット用siRNA(18O/18O)の結果を示した。図4において、縦軸が、ellipticity(分子楕円率)(ミリ度:mdeg)であり、横軸が、波長(nm)である。図4(A)は、前記(c4)コントロール用siRNA(18O/18O)の結果であり、図4(B)は、前記(t4)ターゲット用siRNA(18O/18O)の結果である。
前記(c1)〜(c3)コントロール用siRNA(図示せず)は、全て、図4(A)の前記(c4)コントロール用siRNAと同じCDスペクトルを示し、前記(t1)〜(t3)ターゲット用siRNA(図示せず)は、全て、図4(B)の前記(t4)ターゲット用siRNAと同じCDスペクトルを示した。この結果から、4種類のコントロール用siRNAは、同様の構造を有し、4種類のターゲット用siRNAは、同様の構造を有していることが、それぞれ確認された。すなわち、18Oを導入したsiRNAは、18O未導入のsiRNAと同様の構造を有していることが示された。
(6)siRNAの熱力学的安定性
前記(4)における各siRNAについて、熱力学的安定性を確認した。前記熱力学的安定性(Tm値)は、分光光度計(商品名UV−1800 UV−VIS、島津製作所)により測定した。
下記表3に、前記熱力学的安定性の確認結果を示す。下記表3に示すように、ターゲット用siRNAについて、各siRNAは、同様の熱力学的安定性を示すことが確認された。また、コントロール用siRNAについて、各siRNAは、同様の熱力学的安定性を示すことが確認された。これにより、18Oを導入したsiRNAは、熱力学的安定性が、18O未導入のsiRNAと同程度であることがわかった。
(7)siRNAの生物活性
前記(4)における各siRNAについて、ヒトGAPDH遺伝子のmRNA発現量を測定し、発現抑制能を確認した。
細胞は、HCT116細胞(ヒト結腸腺癌由来)を使用した。培養条件は、37℃、5%COとした。培地は、10%の非働化仔牛血清を添加したMcCoy’s 5A培地を使用した。
まず、細胞を、前記培地中で培養し、その培養液を、24穴プレートに、400μLずつ、4×10細胞/ウェルとなるように分注した。そして、前記細胞に、トランスフェクション試薬(商品名Lipofectamine 2000、Invitrogen)を用いて、添付プロトコールに従って、前記siRNAをトランスフェクションした。具体的には、前記ウェルあたり、前記siRNAとトランスフェクション試薬との複合体100μLを添加し、全量を500μLとし、前記siRNAの最終濃度を、0.1nmol/Lとした。
トランスフェクション後、前記細胞を24時間培養した。そして、試薬(商品名RNeasy Mini Kit、Qiagen)を用い、添付のプロトコールに従って、RNAを回収した。次に、逆転写酵素(商品名SuperScript III、Invitrogen社製)を用い、添付のプロトコールに従って、前記RNAからcDNAを合成した。そして、得られたcDNAを鋳型としてPCRを行い、ヒトGAPDH遺伝子のmRNAの発現量および内部標準であるβ−アクチン遺伝子の発現量を測定した。前記ヒトGAPDH遺伝子の発現量は、前記β−アクチン遺伝子の発現量により補正した。前記PCRにおいて、前記GAPDH遺伝子およびβ−アクチン遺伝子の増幅には、それぞれ下記のプライマーセットを使用した。発現量は、前記siRNAを添加していない細胞におけるヒトGAPDH遺伝子の発現量を1として、相対的に比較した。
GAPDH遺伝子増幅用プライマーセット
5’-GGAGAAGGCTGGGGCTCATTTGC-3’ (配列番号5)
5’-TGGCCAGGGGTGCTAAGCAGTTG-3’ (配列番号6)
β−アクチン遺伝子増幅用プライマーセット
5’-GCCACGGCTGCTTCCAGCTCCTC-3’ (配列番号7)
5’-AGGTCTTTGCGGATGTCCACGTCAC-3’ (配列番号8)
なお、コントロール1として、前記siRNAおよび前記トランスフェクション試薬を添加していない細胞についても、遺伝子発現量を測定した(−)。また、コントロール2として、トランスフェクションにおいて、前記siRNAを未添加とし、前記トランスフェクション試薬のみを添加した細胞についても、遺伝子発現量を測定した(mock)。
これらの結果を、図5に示す。図5は、ヒトGAPDH遺伝子のmRNAの発現量の相対値を示すグラフであり、縦軸は、相対遺伝子発現量である。図5に示すように、18Oを導入したターゲット用siRNAは、いずれも、18O未導入のターゲット用siRNAと同様の発現抑制活性を示した。この結果から、18Oを導入したsiRNAについても、18O未導入である16Oを有するsiRNAと同様に使用できることが確認できた。
[実施例3]
前記実施例1で合成した18O標識化ポリ(U)について、血清中濃度の測定を行った。
マウスのプール血清に、前記18O標識化ポリ(U)を、所定濃度となるように添加して、血清サンプルを調製した。前記所定濃度は、0、0.01、0.02、0.04、0.06、0.08、0.1、0.2、0.4、0.6、0.8、1、2μg/mLとした。前記血清サンプルを銀カプセルに入れて凍結乾燥した。そして、凍結乾燥した前記血清サンプルを、ガス化前処理装置に接続した安定同位体比質量分析計に供した。前記ガス化前処理装置は、Thermo Fisher Scientific社製のTC/TAを使用し、前記安定同位体比質量分析計は、Thermo Fisher Scientific社製のVELTA V Plusを使用した。そして、前記血清サンプルの測定値を下記式に代入して、δ18O(千分率:‰)を求めた。下記式において、R(s)は、前記血清サンプルの18O/16O比率の測定値であり、R(r)は、標準物質の18O/16O比率の測定値である。
δ18O(‰)=[R(s)/R(r)−1]×1000
図6に、δ18O値と18O標識化ポリ(U)濃度との相関関係のグラフを示す。図6において、縦軸がδ18O値(‰)であり、横軸が前記18O標識化ポリ(U)の濃度である。図6に示すように、δ18O値と前記18O標識化ポリ(U)の濃度とは、正の相関があり、相関係数(R)0.999という優れた相関性を示した。
従来、RNAの血中濃度を測定する方法は、放射性同位体標識したRNAが用いられている。しかし、放射性同位体は、被爆の危険性が懸念されている。これに対して、本実施例では、安定同位体である18Oが導入されたRNAを使用しており、図6に示すように、18O標識化RNAによっても、血中において、RNA濃度とδ18O値(‰)とが相関関係を示すことが確認された。このため、医薬品等のRNAとして18Oが導入されたRNAを使用することで、例えば、生体への投与後、安全を維持し且つ血中濃度を測定することが可能であることがわかる。
[実施例4]
前記実施例2で合成した18Oを導入したsiRNAについて、安定同位体顕微鏡を用いて、細胞内局在を観察した。
(1)siRNA
前記実施例2で調製した前記18O−センスRNAと18O−アンチセンスRNAとを組合せた前記(c4)コントロール用siRNA(18O/18O)を使用した。
(2)サンプルの調製
7mm×7mmのシリコンウェハーを、35mmディッシュの中央に置いた。前記ディッシュに、ヒト肺由来A549細胞を5×10cells/ディッシュとなるように播種し、培養した。培養条件は、37℃、5%CO、24時間とした。培地は、10%FCS含有Dulbecco’s modified eagle medium(DMEM)(sigma)を使用した。培養後、2mLの新しい培地に交換し、siRNAを最終濃度300nmol/Lとなるように添加し、トランスフェクション試薬(商品名Lipofectamin2000、Invitrogen社製)を用いて、トランスフェクションした。前記トランスフェクション後、さらに、24時間培養した。前記培養後の細胞をPBSで洗浄し、2.5%グルタルアルデヒド/PBS溶液で、37℃、1時間処理して、前記細胞を固定した。その後、前記固定した細胞を、20、40、60、70、80、90、100%エタノールに、この順序で10分間ずつ浸すことで、脱水した。そして、tert−ブタノールを前記脱水後の細胞に添加し、冷凍庫で凍結後、乾燥した。前記凍結乾燥物に、厚さ30nmの金コーティングを施した。このようにして、サンプルを作製した。
(3)安定同位体顕微鏡による観察
前記サンプルを、安定同位体顕微鏡システム(北海道大学、Cameca ims−1270+SCAPS)で観察した。前記観察において、一次ビームとしてセシウムを使用し、1214N、16O、18Oの2次イオンイメージを得た。この観察結果を、図7に示す。図7は、前記コントロール用siRNA(18O/18O)の細胞内局在を観察した顕微鏡写真である。図7において、左上の写真は、16Oの2次イオンイメージであり、左下の写真は、1214Nの2次イオンイメージであり、右上の写真は、18Oの2次イオンイメージであり、右下の写真は、18O/16Oの2次イオンイメージである。
1214Nの2次イオンイメージは、有機物のイメージングであることから、図7の左下の写真(1214N)により、細胞の形態が確認できた。16Oの2次イオンイメージは、16Oの強度が強い部分が白く、弱い部分は黒く見える。図7の左上の写真(16O)は、全体的に黒っぽいことから、天然の16Oが均等に存在していることが確認できた。また、18Oの2次イオンイメージは、18Oの強度が強い部分が白く、弱い部分は黒く見える。図7の右上の写真(18O)では、細胞質に該当する領域に、白い点が多数見られることから、投与した前記コントロール用siRNA(18O/18O)が、細胞質に局在していることが確認できた。つぎに、18O/16Oの2次イオンイメージは、18Oの2次イオンイメージ(18Oの強度)を、16Oの2次イオンイメージ(16Oの強度)で割ったものをイメージしており、18O比率が低い部分は青く、高い部分は赤くなる。図7の右下の写真(18O/16O)において、前記右上の写真(18O)の白い点に対応する箇所は、18O/16O比率が高く、赤色にイメージングされ(図において白い点)、その他の箇所は、18O/16O比率が、天然の0.002前後であるため、青色にイメージングされた。これらの結果から、18Oを導入したsiRNAを使用すれば、例えば、蛍光ラベル等を使用することなく、18O/16O比率から、前記siRNAの局在を示すイメージ像が得られることがわかった。
従来、イメージングには、一般的に蛍光標識した核酸が用いられている。しかし、蛍光物質は、通常、疎水性であり、分子量が大きいため、核酸の末端等に付加することで、前記核酸の物性が、蛍光標識で修飾していない未修飾体とは異なってしまう可能性がある。また、前記蛍光物質は、生体内で切断される可能性もある。これに対して、18Oでの標識は、例えば、核酸の物性変化が抑制され、全てのリン酸基へ修飾が可能であり、且つ、修飾が外れることも抑制できる。このため、18Oを導入した核酸を用いることで、例えば、より効率よく細胞内局在を観察することが可能である。
以上、実施形態を参照して本願発明を説明したが、本願発明は上記実施形態に限定されるものではない。本願発明の構成や詳細には、本願発明のスコープ内で当業者が理解し得る様々な変更をすることができる。
この出願は、2011年5月10日に出願された日本出願特願2011−105722を基礎とする優先権を主張し、その開示のすべてをここに取り込む。
以上のように、本発明の製造方法によれば、前記同位体を含む酸化剤を使用するのみで、同位体を含むリン酸化合物を容易に製造できる。本発明の製造方法は、例えば、リン酸基を有する核酸の合成や、リン酸基を有する農薬、医薬、リン脂質等の低分子化合物の合成に有用である。

Claims (12)

  1. 3価リン化合物を、同位体を含む酸化剤で酸化することによって、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する酸化工程を含み、
    前記3価リン化合物が

    で表される基を有し、
    前記酸化剤が、酸素供与体であり、供与される酸素が、前記同位体であり、かつ
    前記同位体が、 17 Oおよび 18 Oからなる群から選択された少なくとも一つの同位体であることを特徴とする、同位体含有リン酸化合物の製造方法。
  2. 前記酸化剤による酸化反応が、前記3価リン化合物における3価リンを5価リンに酸化し、且つ、前記5価リンに前記酸化剤由来の原子を結合させる酸化反応であり、
    前記酸化剤が、前記5価リンに結合する前記原子として、前記同位体を有する、請求項1記載の製造方法。
  3. 前記酸素供与体が、水またはペルオキシドである、請求項記載の製造方法。
  4. 前記ペルオキシドが、ヒドロペルオキシドである、請求項記載の製造方法。
  5. 前記ヒドロペルオキシドが、t−ブチルヒドロペルオキシドである、請求項記載の製造方法。
  6. 前記3価リン化合物は、前記3価リンを有するヌクレオシドを含むモノマーであり、
    前記ヌクレオシドは、糖と塩基を含み、前記糖の1’位に前記塩基が結合し、
    前記糖に前記3価リンが結合している、請求項1からのいずれか一項に記載の製造方法。
  7. 前記糖の5’位、3’位または2’位に前記3価リンが結合している、請求項記載の製造方法。
  8. 前記3価リン化合物は、2以上のヌクレオシド残基を含むポリマーであり、
    前記ヌクレオシド残基は、糖と塩基を含み、前記糖の1’位に前記塩基が結合し、
    前記ヌクレオシド残基間は、それぞれの糖が、リンを介して結合し、
    少なくとも一組のヌクレオシド残基間のリンが、前記3価リンである、請求項1からのいずれか一項に記載の製造方法。
  9. 前記ヌクレオシド残基間は、一方の糖の5’位、3’位または2’位と、他方の糖の5’位、3’位または2’位とにおいて、前記リンを介して結合している、請求項記載の製造方法。
  10. さらに、ヌクレオシドを含む2分子のモノマーをカップリングして、前記3価リン化合物を合成するカップリング工程を有し、
    前記酸化工程において、前記カップリング工程により得られた前記3価リン化合物を、前記酸化剤により酸化して、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する、請求項1からのいずれか一項に記載の製造方法。
  11. さらに、前記5価のリン酸化合物に、ヌクレオシドを含むモノマーをカップリングして、前記3価のリン化合物を合成するカップリング工程を有し、
    前記酸化工程において、前記カップリング工程により得られた前記3価リン化合物を、前記酸化剤により酸化して、前記同位体が導入された5価のリン酸化合物を合成する、請求項1から10のいずれか一項に記載の製造方法。
  12. 前記5価のリン酸化合物が、農薬、医薬またはリン脂質である、請求項1から11のいずれか一項に記載の製造方法。
JP2013514004A 2011-05-10 2012-05-07 同位体を有するリン酸化合物の製造方法 Expired - Fee Related JP5973425B2 (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2011105722 2011-05-10
JP2011105722 2011-05-10
PCT/JP2012/061652 WO2012153704A1 (ja) 2011-05-10 2012-05-07 同位体を有するリン酸化合物の製造方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JPWO2012153704A1 JPWO2012153704A1 (ja) 2014-07-31
JP5973425B2 true JP5973425B2 (ja) 2016-08-23

Family

ID=47139183

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2013514004A Expired - Fee Related JP5973425B2 (ja) 2011-05-10 2012-05-07 同位体を有するリン酸化合物の製造方法

Country Status (12)

Country Link
US (1) US9315799B2 (ja)
EP (2) EP3348564A1 (ja)
JP (1) JP5973425B2 (ja)
KR (1) KR102097053B1 (ja)
CN (3) CN103517913A (ja)
AU (1) AU2012254580B2 (ja)
BR (1) BR112013028788A2 (ja)
CA (1) CA2834665C (ja)
HK (1) HK1257846A1 (ja)
IL (1) IL229256A (ja)
MX (1) MX345065B (ja)
WO (1) WO2012153704A1 (ja)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106749402B (zh) * 2016-11-25 2019-03-15 厦门大学 一种稳定同位素标记手性磷试剂及其制备方法与应用
TW201910514A (zh) 2017-07-28 2019-03-16 日商杏林製藥股份有限公司 纖維化治療劑

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5003097A (en) * 1989-10-02 1991-03-26 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Method for the sulfurization of phosphorous groups in compounds

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5177198A (en) * 1989-11-30 1993-01-05 University Of N.C. At Chapel Hill Process for preparing oligoribonucleoside and oligodeoxyribonucleoside boranophosphates
US6017700A (en) * 1995-08-04 2000-01-25 Bayer Corporation Cationic oligonucleotides, and related methods of synthesis and use
CN100483101C (zh) * 2003-09-17 2009-04-29 中国科学院青海盐湖研究所 硼同位素热电离质谱测定中氰酸根干扰的消除方法
CN100398515C (zh) * 2004-12-17 2008-07-02 上海化工研究院 同位素15n标记l-天冬酰胺的合成方法
US20090142849A1 (en) * 2007-10-05 2009-06-04 University Of Connecticut Stable Oxygen Isotope Labeling of Pre-existing Phosphoryl Groups on Phosphomolecules for Modification-Specific Mass Spectrometry

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5003097A (en) * 1989-10-02 1991-03-26 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Method for the sulfurization of phosphorous groups in compounds

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
JPN6012028660; Wojiciech J. Stec, Gerald Zon, William Egan, and Bozena Stec: 'Automated Solid-Phase Synthesis, Separation, and Stereochemistry of Phosphorothionate Analogues of O' Journal of the American Chemical Society Vol.106, No.20, 1984, p.6077-6079 *
JPN6012028661; Adrian P. Higson, Agnieszka Sierzchala, Heather Brummel, Zhengyun Zhao and Marvin H. Caruthers: 'Synthesis of an Oligothymidylate Containing Boranophosphate Linkages' Tetrahedron Letters Vol.39, No.23, 1998, p.3899-3902 *

Also Published As

Publication number Publication date
US9315799B2 (en) 2016-04-19
CN103517913A (zh) 2014-01-15
KR102097053B1 (ko) 2020-04-03
CN107814673A (zh) 2018-03-20
CA2834665A1 (en) 2012-11-15
EP2722335A4 (en) 2014-10-15
BR112013028788A2 (pt) 2016-11-29
WO2012153704A1 (ja) 2012-11-15
AU2012254580A1 (en) 2013-11-14
KR20140019435A (ko) 2014-02-14
US20140100362A1 (en) 2014-04-10
AU2012254580B2 (en) 2016-11-17
MX2013013066A (es) 2014-08-01
EP2722335A1 (en) 2014-04-23
HK1257846A1 (zh) 2019-11-01
IL229256A (en) 2016-10-31
CA2834665C (en) 2019-08-20
CN107759650A (zh) 2018-03-06
IL229256A0 (en) 2014-01-30
JPWO2012153704A1 (ja) 2014-07-31
MX345065B (es) 2017-01-16
EP3348564A1 (en) 2018-07-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Abdur Rahman et al. Design, synthesis, and properties of 2 ‘, 4 ‘-BNANC: a bridged nucleic acid analogue
Li et al. Nucleoside and oligonucleoside boranophosphates: chemistry and properties
ES2349129T3 (es) Polinucleótido que contiene un mimético de fosfato.
Sergueev et al. H-Phosphonate approach for solid-phase synthesis of oligodeoxyribonucleoside boranophosphates and their characterization
Höbartner et al. Chemical synthesis of selenium-modified oligoribonucleotides and their enzymatic ligation leading to an U6 SnRNA stem− loop segment
Jemielity et al. Synthetic mRNA cap analogs with a modified triphosphate bridge–synthesis, applications and prospects
CN102282155A (zh) 磷原子修饰的核酸的合成方法
JP2013520438A (ja) 逆方向合成rnaのためのホスホルアミダイト
JP2015524820A (ja) 重水素化したリボヌクレオシド、n保護ホスホロアミダイト、およびオリゴヌクレオチドの合成
WO2020077227A2 (en) Enzymatic rna synthesis
Mikami et al. Synthesis, chirality-dependent conformational and biological properties of siRNAs containing 5′-(R)-and 5′-(S)-C-methyl-guanosine
JP5973425B2 (ja) 同位体を有するリン酸化合物の製造方法
WO2016152980A1 (ja) オリゴヌクレオチド誘導体及びそれを用いたオリゴヌクレオチド構築物並びにそれらの製造方法
Röthlisberger et al. RNA chemistry for RNA biology
Sarac et al. Solid‐phase synthesis of DNA and RNA 5′‐O‐triphosphates using cycloSal chemistry
Slott et al. MicroRNA Pools Synthesized Using Tandem Solid-Phase Oligonucleotide Synthesis
Engels et al. Chemical synthesis of 2′-O-alkylated siRNAs
JP5424236B2 (ja) オリゴヌクレオチド誘導体、オリゴヌクレオチド誘導体を用いたオリゴヌクレオチド構築物、オリゴヌクレオチド誘導体を合成するための化合物及びオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法
Wu Synthetic Nucleic Acid Capable of Post-Polymerization Functionalization and Evolution
Bunnell Phosphate Ester Bond Chemistry with Zirconium (IV) Catalysts
JP2005046073A (ja) 修飾核酸を用いるrna転写および/または増幅方法
Ravikumar et al. 4-Cyano-2-butenyl group: A new type of protecting group in oligonucleotide synthesis via phosphoramidite approach
Lin Synthesis, structure, function and biomedical studies of nucleic acid derivatized with selenium
CN101735298A (zh) 一种磷酸二酯及其制备方法
CONWAY The Aqueous Phosphorylation and Ligation of Nucleoside Analogues and Aqueous Azide Reduction Methodology

Legal Events

Date Code Title Description
A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20150121

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20160315

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20160420

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20160705

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20160714

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 5973425

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

LAPS Cancellation because of no payment of annual fees