WO2003100062A1 - Gene ehd1 favorisant la floraison des vegetaux et son application - Google Patents

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WO2003100062A1
WO2003100062A1 PCT/JP2003/006273 JP0306273W WO03100062A1 WO 2003100062 A1 WO2003100062 A1 WO 2003100062A1 JP 0306273 W JP0306273 W JP 0306273W WO 03100062 A1 WO03100062 A1 WO 03100062A1
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plant
dna
ehdl
gene
flowering
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PCT/JP2003/006273
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Masahiro Yano
Takuichi Fuse
Utako Yamanouchi
Atsushi Yoshimura
Kazuyuki Doi
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National Institute Of Agrobiological Sciences
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Publication date
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/82Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
    • C12N15/8241Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology
    • C12N15/8261Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with agronomic (input) traits, e.g. crop yield
    • C12N15/8262Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with agronomic (input) traits, e.g. crop yield involving plant development
    • C12N15/827Flower development or morphology, e.g. flowering promoting factor [FPF]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/415Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from plants

Definitions

  • the present invention relates to an Ehdl gene that promotes the flowering time of a plant and its use.
  • the heading time (flowering time) of rice is mainly determined by photoperiod depending on photoperiod and other factors (basic vegetative growth or thermosensitivity). Genetic analysis of this heading period has been performed for a long time, and so far, the Sel locus (chromosome 6), E1 locus (chromosome 7), E2 locus (unknown), E3 locus (chromosome 3), or Efl locus (chromosome 3) Heading-related genes such as 10 chromosomes) have been found using mutations and mutations inherent in varieties (Kinoshita,
  • the present invention has been made in view of such circumstances, and an object thereof is to provide a novel gene that regulates flowering of a plant. Another object of the present invention is to modify the flowering time of a plant using the gene.
  • the Ehdl locus is one of the heading-related QTLs detected using the progeny of the cross between the main rice cultivar “Taichung 65” and the cultivar in West Africa, 0.glaberrima Steud. (IRGC104038). And it was clear that they would sit on the long arm of chromosome 10. Analysis of the Ehdl region (allele of IRGC104038) with the genetic background of “Taichung 65” using a near-isogenic gun revealed that the Ehdl locus is involved in promoting heading. In addition, previous genetic studies have identified the EM1 locus as a single locus (formerly known as Ef (t)) between RFLP markers C234 and G37, and could co-segregate with C1369.
  • Ehd1 was positioned between RFLP markers C814A and C234, and each marker and eight or two transgenic individuals could be identified.
  • the nucleotide sequence of the RFLP marker flanking the Ehdl gene was found to be included in the published genomic nucleotide sequence information, and the nucleotide sequence of the Ehdl candidate genomic region was obtained from the published nucleotide sequence data.
  • a new CAPS marker was created to narrow down the candidate gene region. As a result, it was revealed that the candidate region for Ehdl was about 16 kb sandwiched between CAPS markers 26-28 and 12-14.
  • gene prediction and similarity search were performed on the nucleotide sequence of this candidate region, the existence of three types of predicted genes was revealed.
  • a BAC clone KBM128G10 containing the Ehdl complement gene was selected from a BAC library created from genomic DNA from the indian variety Kasalath presumed to have a functional Ehdl allele, and used. did. From the BAC clone KBM128G10, a 11.5 kb BamHI fragment containing one of the ARR-like candidate genes and one of the predicted genes showing high similarity to rice EST, and a 7.6 kb Kpnl fragment containing two predicted genes other than the ARR-like candidate gene Each was incorporated into Ti-plasmid vector ⁇ 2 ⁇ -lac, and introduced into Taichung No. 65 via the ug mouth patellium.
  • the regenerated plants were promptly transferred to a growth chamber with short S conditions and bred, and the number of days required for heading was investigated.
  • the number of days required for heading was investigated.
  • most of the individuals into which the 11.5 kb Bajdil fragment was introduced Ears early.
  • the number of days of heading of the individual into which the 7.6 kb Kpnl fragment was introduced was almost the same as that of the individual with only the vector.
  • transcription of the ARR-like complement gene derived from Kasalath was observed. From these results, Ehdl candidates could be narrowed down to ARR-like candidate genes contained in the 11.5 kb BamHI fragment.
  • the newly isolated and identified Ehdl gene can be used to promote flowering of plants, and DNA that reduces the function of Ehdl gene can be used to delay the flowering of plants.
  • DNA that reduces the function of Ehdl gene can be used to delay the flowering of plants.
  • the present invention relates to an Ehdl gene that promotes the flowering time of a plant and its use.
  • a DNA according to any one of the following (a) to (d), which encodes a plant-derived protein having a function of promoting flowering of a plant;
  • a transformed plant cell which carries the DNA of any one of (1) to (5) or the vector of (6), (8) a transformed plant comprising the transformed plant cell according to (7),
  • (1 2) A method for promoting flowering of a plant, comprising expressing the DNA according to (1) or (2) in cells of a plant,
  • (13) a method of delaying flowering of a plant, comprising suppressing the expression of the endogenous DNA according to (1) or (2) in cells of the plant,
  • the present invention provides a DNA encoding a plant-derived Ehdl protein having a function of promoting flowering of a plant.
  • examples of plants from which the DNA encoding the Ehdl protein is derived include, but are not limited to, rice, Arabidopsis, soybean, corn, barley, wheat, and asagao.
  • the plant whose flowering is promoted by the introduction of the DNA is not particularly limited, and examples thereof include useful agricultural crops and ornamental plants.
  • useful agricultural crops include monocotyledonous plants such as rice and dicotyledonous plants such as soybean.
  • ornamental plants include flower plants such as chrysanthemum, morning glory, poinsettia, and cosmos.
  • flowering generally refers to blooming of flowers, but a gramineous plant including rice Etc. means heading.
  • promotion of flowering refers to hastening of flowering time.
  • Delaying flowering refers to delaying flowering time.
  • daylength conditions under which the DNA of the present invention promotes flowering of the plant include natural daylength conditions, long day conditions, short day conditions, and the like, and preferably short day conditions.
  • the long day condition is a condition in which the S daylight hours per day is 14 hours or more.
  • the light period is set to 15 hours and the B period is set to 9 hours, but the present invention is not limited to this condition.
  • the short-day condition is a condition in which the sunshine duration of 1 day is less than 11 hours.
  • the light period is set to 10 hours, and the light period is set to 14 hours.
  • the present invention is not limited to this.
  • the DNA encoding the Ehdl protein includes, for example, a DNA containing the code region of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, 2, 4, 5, 7 or 8; And DNA encoding a protein consisting of the amino acid sequence described in 6 or 9.
  • the present invention also relates to a DNA encoding a protein having a function of promoting plant flowering, which is structurally similar to the Ehd1 protein having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3, 6, or 9. Is included.
  • Whether or not a certain DNA encodes a protein having a function of promoting flowering of a plant may be determined, for example, by determining whether or not the flowering of a plant into which the DNA has been introduced is promoted, or a DNA that suppresses the expression of the DNA This can be verified by observing whether the flowering of the introduced plant is delayed.
  • Such DNA encodes, for example, a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3, 6 or 9 in which one or more amino acids have been substituted, deleted, added and Z- or inserted. Includes mutants, derivatives, aryls, palants and homologs.
  • DNA encoding a protein having an altered amino acid sequence examples include, for example, the site-directed mutagenesis method (Kramer W & Fritz HJ: Methods Enzymol 154: 350, 1987). No. Also, nature In this case, it is possible that the amino acid sequence of the encoded protein is mutated due to the mutation in the third row of base rooster. Thus, DNA encoding a protein having an amino acid sequence in which one or more amino acids have been substituted, deleted, added, and / or inserted in the amino acid sequence of the Ehdl protein is not a natural type of Ehdl. protein
  • the genomic nucleotide sequence of the Ehdl region (SEQ ID NO: 1, 4 or 7), the nucleotide sequence of the Ehdl cDNA (SEQ ID NO: 2, 5 or 8), or a part thereof as a probe, Isolation of DNA having high homology with DNA encoding Ehdl protein from rice and other plants using primers of oligonucleotides that specifically hybridize to the genomic nucleotide sequence of This is something that can usually be done by a trader.
  • a DNA encoding a protein having a function equivalent to that of the Ehdl protein which can be isolated by the hybridization technique or the PCR technique, is also included in the DNA encoding the Ehdl protein of the present invention.
  • a hybridization reaction is preferably performed under stringent conditions.
  • the stringent hybridization conditions are the conditions of 6 M urea, 0.4% SDS, 0.5 X SSC or the same.
  • -9- refers to stringency-specific hybridization conditions. Under conditions of higher stringency, for example, 6M urea, 0.4% SDS, 0.1 XSSC, it is expected that more homologous DNA can be isolated.
  • High homology refers to sequence identity of at least 50% or more, preferably 70% or more, more preferably 90% or more, and most preferably 95% or more over the entire amino acid sequence.
  • the DNA of the present invention includes genomic DNA, cDNA and chemically synthesized DNA. Preparation of genomic DNA and cDNA can be performed by a person skilled in the art by conventional means.
  • genomic DNA for example, genomic DNA is extracted from rice varieties having DNA encoding the Ehdl protein, and genomic library (plasmid, phage, cosmid, BAC, PAC, etc. can be used as a vector) are prepared and developed, and a probe prepared based on DNA encoding the Ehdl protein of the present invention (for example, SEQ ID NO: 1, 2, 4, 5, 7, or 8) is used. It can be prepared by performing hybridization or plaque hybridization.
  • a primer specific to the DNA encoding the Ehdl protein of the present invention (for example, SEQ ID NO: 1, 2, 4, 5, 7, or 8) is prepared, and PCR is performed using the primer.
  • cDNA has, for example, DNA encoding the Ehdl protein CDNA is synthesized based on mRNA extracted from rice varieties, and the cDNA is inserted into a vector such as IZAP to prepare a cDNA library, which is expanded and colony hybridized or plaqued in the same manner as described above. It can be prepared by performing hybridization or by performing PCR.
  • the DNA encoding the Ehdl protein of the present invention can be used, for example, to promote flowering of plants.
  • the above DNA is introduced into an appropriate vector, and this is introduced into a plant cell by the method described later, and the transformant cell obtained thereby is obtained.
  • the present invention provides a method for promoting flowering of such a plant.
  • the present invention also provides a method for delaying flowering of a plant.
  • Transformed plants that have delayed flowering can be obtained, for example, by inserting DNA that suppresses the expression of the DNA encoding the Ehdl protein into an appropriate vector, introducing the DNA into plant cells by the method described below, and obtaining the resultant. Can be produced by regenerating the transformed cells.
  • “Suppression of expression of DNA encoding Ehdl protein” includes suppression of transcription of these DNAs and suppression of translation into proteins. It also includes a decrease in expression as well as a complete cessation of DNA expression. It also includes the fact that the translated protein does not perform its original function in plant cells.
  • the action of the antisense nucleic acid to suppress the expression of the target gene has several factors as follows. Inhibition of transcription initiation by triplex formation, inhibition of transcription by hybrid formation with a site where an open loop structure was locally formed by RNA polymerase, and inhibition of transcription by hybridization with RA, which is undergoing synthesis.
  • antisense nucleic acids suppress target gene expression by inhibiting various processes such as transcription, splicing, and translation.
  • Hirashima and Inoue Shinsei Chemistry Laboratory Lecture 2 Replication and expression of nucleic acid IV gene (Edited by the Society, Tokyo Kagaku Doujin) pp.
  • the antisense sequence used in the present invention may suppress the expression of the target gene by any of the actions described above.
  • designing an antisense sequence that is complementary to the untranslated region near the end of the gene mRNA is considered to be effective in inhibiting gene translation.
  • a sequence complementary to the coding region or the 3 ′ untranslated region can also be used.
  • the antisense DNA used in the present invention includes a DNA containing an antisense sequence not only in the translated region of the gene but also in the untranslated region.
  • the antisense DNA to be used is ligated downstream of an appropriate promoter, and preferably a sequence containing a transcription termination signal is ligated on the 3 side.
  • the DNA thus prepared can be transformed into a desired plant by using a known method.
  • the sequence of the antisense DNA is compatible with the endogenous gene or a part of the transformed plant. It is preferable that the sequence be a complementary sequence, but it may not be completely complementary as long as the expression of the gene can be effectively suppressed.
  • the transcribed RNA has preferably 90% or more, and most preferably 95% or more complementarity to the transcript of the target gene.
  • the length of the antisense DNA is at least 15 bases or more, preferably 100 bases or more, and more preferably 500 bases or more. is there.
  • the length of commonly used antisense DNA is shorter than 5 kb, preferably shorter than 2.5 kb.
  • a lipozyme refers to an RNA molecule having catalytic activity.
  • RNA-cleaving enzymes There are various types of liposomes with various activities, but research focusing on ribozymes as RNA-cleaving enzymes has made it possible to design liposomes that cleave RNA in a site-specific manner.
  • Some ribozymes have a size of 400 nucleotides or more, such as the Ml RNA contained in group I intron type RNase P, but have an active domain of about 40 nucleotides called hammer head type hairpin type. There is also something (Makoto Koizumi, Eiko Otsuka: Protein Nucleic Acid Enzyme, 35: 2191, 1990).
  • the self-cleaving domain of the hammerhead ribozyme cleaves the 3 'side of C15 in the sequence G13U14C15, but its activity requires base pairing between U14 and A9, and A15 or A15 instead of C15. It has been shown that U15 can also be cleaved (Koizumi M, et al: FEBS Lett 228: 228, 1988).
  • Hairpin liposomes are also useful for the purpose of the present invention.
  • This ribozyme is For example, it is found on the minus strand of satellite RNA of tobacco ring spot virus (Buzayan J: Nature 323: 349, 1986). It has been shown that a target-specific RA-cleaved ribozyme can also be produced from a hairpin-type lipozyme (Kikuchi Y & Sasaki N: Nucl Acids Res 19: 6751, 1991, Hiroshi Kikuchi: Chemistry and Biology 30: 112, 1992) .
  • the lipozyme designed to cleave the target is ligated to a promoter such as the cauliflower mosaic virus 35S promoter and a transcription termination sequence so that it is transcribed in plant cells.
  • a promoter such as the cauliflower mosaic virus 35S promoter and a transcription termination sequence so that it is transcribed in plant cells.
  • lipozyme activity may be lost.
  • the transcribed ribozyme may be lost.
  • RNAi RNA interference
  • Suppression of endogenous gene expression can also be achieved by RNA interference (RNAi) using double-stranded RNA having a sequence identical or similar to the target gene sequence.
  • RNAi refers to a phenomenon in which, when a double-stranded RNA having a sequence identical or similar to the target gene sequence is introduced into cells, the expression of both the introduced foreign gene and the target endogenous gene is suppressed.
  • Fragile i is also known to be effective in plants (Chuang CF & Meyerowitz EM: Proc Natl Ac ad Sci USA 97: 4985, 2000).
  • a double-stranded RA having a DNA encoding the Ehdl protein (SEQ ID NO: 2, 5, or 8) or a sequence similar thereto is used. May be introduced into a target plant, and a plant having a delayed flowering compared to a wild-type plant may be selected from the obtained plant.
  • RNAi The gene used for RNAi need not be completely identical to the target gene, but must have at least 70% or more, preferably 80% or more, more preferably 90% or more, and most preferably 95% or more sequence identity. Have.
  • sequence identity can be determined by the method described above.
  • Co-suppression refers to the phenomenon in which when a gene having the same or similar sequence as a target endogenous gene is introduced into a plant by transformation, the expression of both the introduced foreign gene and the target endogenous gene is suppressed. Point. Although the details of the mechanism of co-suppression are not clear, it is believed that at least some of the mechanisms overlap with those of RNAi. Co-suppression is also observed in plants (Smyth DR: Curr Biol 7: R793, 1997; Martienssen R: Curr Biol 6: 810, 1996).
  • a vector DNA prepared to express a DNA encoding the Ehdl protein or a DNA having a sequence similar thereto can be obtained.
  • a plant that has been transformed into a target plant and that has delayed flowering as compared to a wild-type plant may be selected from the obtained plants.
  • the gene used for co-suppression does not need to be completely identical to the target gene, but at least 70% or more, preferably 80% or more, more preferably 90% or more, and most preferably 95% or more sequence identity. Having.
  • the sequence identity can be determined by the method described above.
  • the present invention provides a method for producing a transformant or an object, comprising a step of introducing the DNA of the present invention into a plant cell and regenerating a plant from the plant cell.
  • the plant from which the plant cell is derived is not particularly limited.
  • the vector used for the transformation of a plant cell is not particularly limited as long as it can express the inserted gene in the cell.
  • a vector having a promoter for constitutively expressing a gene in a plant cell for example, 35S promoter of potato reflower mosaic virus
  • a promoter that is inducibly activated by an external stimulus Vectors can also be used.
  • the term “plant cell” includes various forms of plant cells, for example, suspension culture cells, protoplasts, leaf sections, and calli.
  • a polyethylene glycol method an electroporation method (elect-orifice-poration method), a method using an agrobacterium, and a part-Leggan method
  • a polyethylene glycol method an electroporation method (elect-orifice-poration method), a method using an agrobacterium, and a part-Leggan method
  • Agrobacterium for example, EHA101
  • an ultra-rapid monocotyledon transformation method Japanese Patent No. 3141084
  • the particle gun method it is possible to use, for example, those manufactured by Bio-Rad.
  • Plants can be regenerated from transformed S cells by a method known to those skilled in the art depending on the type of plant cells (Toki S, et al: Plant Physiol 100: 1503, 1995).
  • progeny can be obtained from the plant by sexual or asexual reproduction.
  • Propagation materials for example, seeds, fruits, cuttings, tubers, tubers, roots, strains, calli, protoplasts, etc.
  • progeny or clones are obtained from the plant, its progeny or clones, and the plant is mass-produced based on them. Is also possible.
  • FIG. 1 is a diagram showing the location of the Ehdl gene on the chromosome.
  • Figure 2 shows that the homozygous transgenic line [T65 (Ehdl)] of the Ehdl gene of 0. glaberrima and its repetitive parent (Taichung No. 65) arrive under the short- and long-day natural conditions. It is a figure which shows the number of days. Short-day and long-day conditions were cultivated without transplantation in the outdoor photoperiod at Kyushu University. The natural conditions are the results of early cultivation at Kyushu University (Fukuoka I) (May 2 says seeds, transplanted on June 14).
  • FIG. 3 is a diagram showing a high-precision linkage map and physical map of the Ehdl region.
  • A is a linkage map created using 2500 separate populations and RFLP markers. The symbols on the map indicate the R FLP markers, and the numbers below the map indicate the number of recombinants detected between the markers.
  • B is a detailed linkage map using CAPS markers created based on nucleotide sequence information.
  • C shows the predicted gene in the candidate genomic region and the genomic DNA fragment used for transformation.
  • Fig. 4 shows the frequency distribution of the number of days of heading under short-day conditions (10-hour day length) of the transformation day (TO) in which the 11.5 kb BamHI fragment of Kasalath was introduced into Taichu No. 65 with the 7.6 kb Kpnl fragment.
  • FIG. 4 shows the frequency distribution of the number of days of heading under short-day conditions (10-hour day length) of the transformation day (TO) in which the 11.5 kb BamHI fragment of Kasalath was introduced into Taichu No. 65 with the 7.6 kb Kpnl fragment.
  • FIG. 5 is a photograph showing the presence or absence of expression of the Kasalath ARR-like gene in the transgenic individual.
  • Total RNA was extracted from each individual, and after reverse transcription, the PCR amplified product was digested with Ddel. The size of the product corresponding to the mRNA from K asalath, Taichung No. 65 is indicated by K and T.
  • FIG. 6 is a diagram showing the structure and nucleotide sequence polymorphism of the Ehdl gene.
  • FIG. 7 is a view showing a comparison of the amino acid sequences of Ehdl proteins. Taichung 65 only The positions of the found mutant amino acids are indicated by arrows. The amino acid sequences of Taichung No. 65, Nipponbare and Kasalat I RGC104038 are set forth in SEQ ID NOs: 12, 9, 6, and 3, respectively.
  • FIG. 8 is a photograph showing a daily change in the amount of accumulated Ehdl mRNA.
  • the whole thigh was extracted from the leaves of the near-isogenic line T65 (Ehdl) (N) of the Ehdl gene of Taichu No. 65 (T) and 0.glaberrima Steud. (IRGC104038), and RT-PCR analysis was performed. I got it. The PCR reaction was performed for 30 cycles.
  • the Ehdl locus is one of the heading-related QTLs detected using the progeny of the cross between a Japanese rice cultivar “Taichung 65” and a cultivar in West Africa, 0.glaberrima Steud. (IRGC104038). Yes, it was clarified to sit on the long arm of chromosome 10 (Doi et al., Breeding Science 49: 395-399, 1999) ( Figure 1). 0. It was clarified that the Ehdl gene of glaberrima (IRGC104038) has a heading promoting effect and acts dominantly on the allele of Taichung 65.
  • the near isogenic line [T65 (Eh dl)] in which the Ehdl gene of 0.glaberrima was replaced in the genetic background of Taichung No. 65 and Taichung No. 65 were cultivated under different daylength conditions.
  • the days of arrival were investigated.
  • Genotyping of the Ehdl locus was determined by a progeny test of the F3 generation. That is, 48 self-pollinated progeny of the selected individual (F2) were cultivated in the experimental field of Kyushu University, and the genotype of Ehdl was determined from the segregation status of the heading days in each line. As a result of linkage analysis, Ehdl was located between the RFLP markers C814A and C234, and each marker and eight or two transgenic individuals could be identified (Fig. 3).
  • Ehdl is a CAPS marker 26-28 (Primer 5'-ACGCTGCAACAAAG AGCAGA-3 '(SEQ ID NO: 17) and 5'-TTGTTGACGAAAGCCCATTG- 3' (SEQ ID NO: No .: 18), restriction enzyme Mspl) and 12-14 (primer 5, -GGAGATCATGCTCACGGATG-3 '(SEQ ID NO: 19) and 5'-CAAGCAAACACGGAGCGACT-3' (SEQ ID NO: 20), restriction enzyme BamHI) And 2 and 1 recombination respectively were detected, and markers 13-15 (primers 5, -CCTTGCATCCGTCTTGATTG-3 '(SEQ ID NO: 21) and 5'-GGGGCAAAATTCCCTCCAGAGT-3' (SEQ ID NO: 22), Restriction enzymes Mspl), 19-21 (primer 5 , TTTGGATACGTACCCCTGCAT-3, (SEQ ID NO: 23) and 5,1-GCGCAATCGCAT AC
  • genomic DNA fragments from the indian variety Kasalath presumed to have a functional Ehdl allele were used. That is, a BAC library that was created from Kasalath genomic DNA (Baba et al., Bulletin of the NIAR 14: 41-49,
  • primer pairs 10-12 (5, -ATTGG GCCAAACTGCAAGAT -3, (SEQ ID NO: 27) and 5, -ACGAGCCTAATGGGGGAGAT-3,
  • ARR-like candidate gene from BAC clone KBM128G10 7 includes two of the predicted genes other than 11. 5kb BamHI fragment your Yopi ARR like candidate genes, including one of the predicted genes showing a rice EST and the high degree of similarity.
  • Figure 3 To cut out the 6 kb Kpnl fragment ( Figure 3), respectively was incorporated into the Ti-plasmid vector pPZP2H-lac (Fuse et al. Plant Biotechnology 18: 219-222, 2001), and introduced into Taichu No. 65 via agrobacterium.
  • the regenerated plants were immediately transferred to a growth champer under short-day conditions (10 hours light) and bred, and the required number of plants until heading was investigated.
  • TO time of transformation
  • most of the individuals (18 individuals) transfected with the 11.5 kb BamHI fragment emerged earlier than the vector alone (6 individuals) (Fig. 4).
  • the number of days of heading of the individual ( 6 individuals) into which the 7.6 kb Kpnl fragment was introduced was comparable to that of the individual with only one vector (5 individuals) (Fig. 4).
  • the expression of the ARR-like candidate gene derived from Kasalath was determined using gene-specific markers (primers 5'-GAGATCAACGGCCACCGAAG-3 '(SEQ ID NO: 29) and 5'-GTCGAGAGCGGTGGATGACA- When confirmed by RT-PCR using 3 ′ (SEQ ID NO: 30) and restriction enzyme Dde I), transcription of the ARR-like candidate gene derived from Kasalath was observed in most individuals (FIG. 5). From these results, candidates for Ehdl could be narrowed down to ARR-like candidate genes contained in the 11.5 kb BamHI fragment.
  • IRGC104038 For rice cultivar 0. glaberrima (IRGC104038), Kasalath, Nipponbare and Taichu No. 65, the genomic nucleotide sequence of about 7.6 kb in the Ehdl region was analyzed (Taichi 65 has a TA repeat of 200 bp or more, The exact number has not been identified.) Compared with Kasal ath, more than 60 nucleotide substitutions and deletions were found in Nippon Haru Taichu No. 65 and more than 140 in IRGC104038 (Fig. 6).
  • IRGC104038, Kasalath, Nipponbare and Taichu 65 Comparison of the amino acid sequences of the products revealed that 7 amino acids were substituted between IRGC104038 and Taichu 65, 2 amino acids between Kasalath and Taichu 65, and 1 amino acid between Nipponbare and Taichu 65. (Fig. 7). Of these, the substitution of arginine (R: Taichung 65) from 219th amino acid glycine (G: IRGC1 04038, Kasalath, Nipponbare) was the only mutation occurring in Taichung 65 (Fig. 7). This glycine was highly conserved among known ARR gene families. From these facts, it was presumed that this amino acid mutation was involved in the reduction of the function of EM1 derived from Taichung 65.
  • T65 (Ehdl), in which the Ehdl region of Taichung No. 65 was replaced with a chromosome fragment derived from IRGC104038, changes in the daily expression of the Ehdl gene were examined. Seeded in the experimental greenhouse (Tsukuba, Ibaraki) in late December (Sunday at 6:50, sunset at 16:30, short-day conditions), cultivated for 4 weeks, and grown from both lines for 24 hours every 3 hours Leaves were collected.
  • primers sense strand 5, -TGGATCACCGAGAGCTGTG G-3, (SEQ ID NO: 31), antisense strand 5'-ATTTCCTTGCATCCGTCTTG-3, (SEQ ID NO: 32) RT-PCR analysis was performed using
  • transcripts of this gene accumulated a lot at dawn (3 o'clock and 6 o'clock), and tended to decrease to levels that were difficult to detect until midnight after 3 o'clock (18:00 and 21:00).
  • Fig. 8 Such a circadian variation in the gene expression level is a phenomenon often observed in genes involved in photosensitivity, and it is speculated that this Ehdl gene is involved in light signal transmission in some form.
  • the modification of flowering time (heading time) in rice breeding has been performed by (1) selection of early and late strains by crossing, and (2) mutagenesis by radiation or lignological substances. These operations have problems such as that they require a long time and that the degree and direction of mutation cannot be controlled.
  • a new method for modifying the flowering time of a plant by using the isolated Ehdl gene has been established. Therefore, it is possible to promote short-day heading (flowering) of rice by transforming the gene with a sense strand into a plant variety in which the function of the Ehdl gene has been lost, for example, rice Taichu No. 65. it can.
  • flowering is delayed by suppressing the expression of the endogenous Ehdl gene by introducing the Ehdl gene in the antisense direction into plant varieties that retain the function of the Ehdl gene, such as rice Nipponbare or Kasalath. Can be done.
  • This change is expected to occur not only under short-day conditions but also under long-day conditions or natural growth conditions, and is therefore effective in regulating the flowering time under cultivation conditions.
  • the time required for transformation is much shorter than that of transfection by crossing, and it is possible to change the flowering time without changing other traits.

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Description

明細書 植物の開花時期を促進する Ehdl遺伝子およびその利用 技術分野
本発明は、 植物の開花時期を促進する Ehdl遺伝子およびその利用に関する。 背景技術
イネの出穂期 (開花時期) は主に日長に依存する感光性とそれ以外の要因 (基 本栄養成長性あるいは感温性) によって決定されている。 この出穂期に関する遺 伝解析は古くから行われ、 これまで Sel座 (第 6染色体) 、 E1座 (第 7染色体) 、 E2 座 (不明) 、 E3座 (第 3染色体) 、 あるいは Efl座 (第 10染色体) 等の出穂期関連 遺伝子が突然変異や品種に内在する変異を利用して見い出されている (Kinoshita,
Rice Genetics Newsletter 15 : 13 - 74, 1998; Nishida et al. , Ann. Bot. 88 : 52 7-536, 2001) 。 近年、 DNAマーカーがイネの遺伝解析に利用されるようになって、 出穂期のような複雑な遺伝に従う形質の遺伝解析 (量的形質遺伝子座 (QTL) のマ ッビング) が進展した (Yano et al. , Plant Physiol. 127: 1425-1429, 2001) 。 それらの背景のもと、 イネの感光性に関与する遺伝子の単離が進められてきた (Y ano et al. , Plant Cell 12: 2473-2484, 2000; Takahashi et al. , PNAS 98: 792 2-7927, 2001 ; Kojima et al. , Plant Cell Physiol. 43 : 1096-1105, 2002; Yano,
Curr. Opin. Plant Biol. 4: 130-135, 2001) 。 単離'同定されたイネの出穂期 関連遺伝子を用いて、 その遺伝的制御機構の解明にむけた試みも進められている
(Izawa et al. . Gene Dev. 16:2006—2020, 2002; Hayama et al. , Nature 422:7 19-722. 2003) 。 一方、 植物の開花に関与する遺伝子の単離 ·同定については、 シロイヌナズナで多くの事例が報告されている (Simpson and Dean, Science 29 6:285-289; Mouradov et al. , Plant Cell (Suppl): SI 11-130, 2002) 。 さらにそ れらの遺伝子を利用したシロイヌナズナ (植物) での開花時期制御方法が提案さ れている (特 表 2002 - 511270 ;特許公表 2002 - 53206 9 ;特許公表 2002 - 537768 ;特許公表 2000 - 512845 ;特許 公表平 11 - 512289 ;特許公表平 11 - 506001 ;特^表平 10 - 508481) 。 一方、 イネの遺伝子を利用して、 シロイヌナズナ (植物) の開 花時期を変更する方法も提案されている (特許公開 2002 - 335970) 。 しかしながら、 イネにおいては、 依然として多くの出穂期関連遺伝子が単離 '同 定されずに残されている。 発明の開示
本発明は、 このような状況に鑑みてなされたものであり、 その目的は、 植物の 開花を調節する新規な遺伝子を提供することにある。 また、 本発明は、 該遺伝子 を利用して植物の開花時期を改変することを目的とする。
Ehdl遺伝子座は、 ョ本型イネ品種 「台中 65号」 と西アフリカ地域の栽培種であ る 0. glaberrima Steud. (IRGC104038) との交雑後代を利用して検出された出穂 期関連 QTLの一つであり、 第 10染色体長腕に座乗することが明らかとなっていた。 また 「台中 65号」 の遺伝的背景をもつ Ehdl領域 (IRGC104038の対立遺伝子) の準 同質遺伝子系銃を用いた解析から、 Ehdl遺伝子座は出穂促進に関与することが明 らかとなつていた。 また、 これまでの遺伝学的な研究によって、 EM1遺伝子座は、 単一の遺伝子座 (旧名 Ef(t)) として RFLPマーカー C234と G37の間に位置づけら れ、 C1369とは共分離することが判明していた。 しかしながら、 この連鎖解析の精 度では、 マップベースクローユングによる遺伝子の単離'同定は困難であった。 本発明者らは、 マップベースク口一ユングに不可欠な大規模分離集団による Ehd 1領域の詳細な連鎖解析を行った。 連鎖解析用の集団は台中 65号と IRGC104038の戻 し交雑後代世代を用いた。 戻し交雑後代から Ehdl領域がヘテロ型となり、 他のゲ ノム領域の大部分が台中 65号型に置換された個体を選抜した。 選抜個体の自殖後 代 2500個体 (F2集団相当) から、 Ehdlを挟み込む CAPSマーカー C12S6および G37を 利用して、 Ehdl近傍に生じた組み換え染色体をもつ個体を選抜した。 Ehdl遺伝子 座の遺伝子型の決定は、 F3世代の後代検定によって行った。 連鎖解析の結果、 Ehd 1は RFLPマーカ一 C814Aと C234の間に位置づけられ、 それぞれのマーカ一と 8個体お よぴ 2個体の組み換え個体が同定できた。
Ehdl遺伝子を挟み込む RFLPマーカーの塩基配列が公開されたゲノム塩基配列情 報に含まれていることが判明し、 Ehdl侯補ゲノム領域の塩基配列を公開された塩 基配列データから入手した。 候補ゲノム領域の塩基配列情報を利用し、 新たな CAP Sマーカーを作出して候補遺伝子領域の絞り込みを行った。 その結果、 Ehdlの候補 領域は CAPSマーカー 26-28と 12 - 14に挟み込まれる約 16kbであることが明らかとな つた。 この候補領域の塩基配列に対して遺伝子予測ならびに類似性検索を行つた ところ、 3種類の予測遺伝子の存在が明らかとなった。 そのうちの一つはァラビド プシスの two— component response regulator (ARR) 逾伝子ど類似千生を示した。 他 の 2種類の予測遺伝子は、 ィネの ESTと高い類似性を示したものの機能が判明した 既知の遺伝子との類似性は見レヽ出されなかった。 これらの予測遺伝子はレヽずれも E hdlの候補から除外することができなかったため、 3種類の予測遺伝子を Ehdlの候 補として形質転換による機能の証明を行った。
形質転換には、 機能のある Ehdl対立遺伝子を持っていると推定されるィンド型 品種 Kasalath由来のゲノム DNAから作成された BACライブラリ一から Ehdl侯補遺伝 子を含む BACクローン KBM128G10を選抜し、 使用した。 BACクローン KBM128G10より A RR様候補遺伝子およびィネ ESTと高い類似性を示す予測遺伝子のひとつを含む 11. 5kb BamHI 断片および ARR様候補遺伝子以外の二つの予測遺伝子を含む 7. 6kb Kpnl 断片を切り出し、 それぞれを Ti-プラスミドベクター ρΡΖΡ2Η - lacに組み込み、 ァグ 口パクテリゥムを介して台中 65号に導入した。 再分化植物体は速やかに短 S条件 のグロースチャンパ一に移して育成し、 出穂までの所要日数を調査した。 形質転 換当代では、 11. 5kb Bajdil断片を導入した個体のほとんどがベクターのみよりも 早く出穂した。 一方、 7. 6kb Kpnl断片を導入した個体の到穂日数は、 ベクタ一の みの個体と同程度であった。 また 11. 5kb BamHI断片を導入したほとんどの個体に おいて Kasalath由来の ARR様侯補遺伝子の転写が認められた。 これらの結果から、 Ehdlの候補は 11. 5kb BamHI断片に含まれる ARR様候補遺伝子に絞り込むことができ た。
さらに、 導入遺伝子め出穂促進を確認するために、 出穂が早くなつた形質転換 当代のなかからコピー数の少ない個体を選抜し、 その自殖後代を短日条件で栽培 して、 到穂日数を調査した。 3種類の後代集団において、 それぞれ早生個体と晩生 個体とが分離した。 早生個体はすべて導入した Kasalath由来の R様侯補遺伝子を 保持し、 それらの到穂日数は台中 65号の遺伝的背景に 0. glaberrimaの Ehdl遺伝子 を置換した準同質遺伝子系統 T65 (Ehdl)とほぼ同じであった。 一方、 台中 65号の到 穂日数は晩生個体と同様であった。 以上の結果から、 AR様候補遺伝子が Ehdl遺伝 子であることが証明された。
イネ品種 O. glaberrima (IRGC104038)、 Kasalath, 日本晴およぴ台中 65号につ いて、 Ehdl領域約 7. 6kbのゲノム塩基配列を解析し、 それぞれの予測翻訳産物の ァミノ酸配列を比較したところ、 IRGC104038と台中 65号間では 7個、 Kasalathと台 中 65号間では 2個、 日本晴と台中 65号間では 1個のアミノ酸が置換していることが 判明した。 そのうち、 219番目のアミノ酸であるグリシンからアルギニンへの置換 が唯一、 台中 65号のみに起っている変異であった。 このグリシンは既知の ARR遺伝 子ファミリ一間で高度に保存されていた。 これらのことから、 このアミノ酸変異 が台中 65号由来の Ehdlの機能低下に関与していることが推測された。
以上のことから、 新たに単離.同定された Ehdl遺伝子は、 植物の開花の促進に 利用でき、 また、 Ehdl遺伝子の機能の低下を導く DNAは、 植物の開花の遅延に利用 できるものと考えられる。
即ち、 本発明は、 植物の開花時期を促進する Ehdl遺伝子およびその利用に関し、 より具体的には、 〔1〕 植物の開花を促進する機能を有する植物由来のタンパク質をコードする、 下記 (a) から (d) のいずれかに記載の DNA、
(a) 配列番号: 3、 6または 9に記載のアミノ酸配列からなるタンパク質をコ 一ドする DNA、
(b) 配列番号: 1、 2、 4、 5、 7または 8に記載の塩基配列のコード領域を 含む DNA、
(c) 配列番号: 3、 6または 9に記載のアミノ酸配列において 1若しくは複数 のアミノ酸が置換、 欠失、 揷入、 および Zまたは付加したアミノ酸配列を有する タンパク質をコードする DNA、
(d) 配列番号: 1、 2、 4、 5、 7または 8に記載の塩基配列からなる DNAとス トリンジェントな条件下でハイブリダイズする DNA、
〔2〕 イネ由来である、 〔1〕 に記載の DNA、
〔3〕 下記 (a) から (d) のいずれかに記載の DNA、
(a) 〔1〕 または 〔2〕 に記載の DNAの転写産物と相補的なアンチセンス RNAを 3—ドする隐、
(b) 〔1〕 または 〔2〕 に記載の DNAの転写産物を特異的に開裂するリポザィム 活性を有する RNAをコードする DNA、
(c) 植物細胞における発現時に、 RNAi効果により、 〔1〕 または 〔2〕 に記載 の DNAの発現を抑制する R Aをコードする DNA、
(d) 植物細胞における発現時に、 共抑制効果により、 〔1〕 または 〔2〕 に記 載の DNAの発現を抑制する RNAをコードする DNA、
〔4〕 植物の開花を促進するために用いる、 〔1〕 または 〔2〕 に記載の DNA、 〔5〕 植物の開花を遅延するために用いる、 〔3〕 に記載の DNA、
〔6〕 〔1〕 から 〔5〕 のいずれかに記載の DNAを含むベクター、
〔7〕 〔1〕 から 〔5〕 のいずれかに記載の DNAまたは 〔6〕 に記載のベクターを 保持する形質転換植物細胞、 〔8〕 〔7〕 に記載の形質転換植物細胞を含む形質転換植物体、
〔9〕 〔8〕 に記載の形質転換植物体の子孫またはクローンである、 形質転換植 物体、
〔1 0〕 〔 8〕 または 〔 9〕 に記載の形質転換植物体の繁殖材料、
〔1 1〕 〔8〕 に記載の形質転赚物体の製造方法であって、 〔1〕 から 〔5〕 のいずれかに記載の DNAまたは 〔6〕 に記載のベクターを植物細胞に導入し、 該植 物細胞から植物体を再生させる工程を含む方法、
〔1 2〕 〔1〕 または 〔2〕 に記載の DNAを植物体の細胞内で発現させることを特 徴とする、 植物の開花を促進する方法、
〔1 3〕 植物体の細胞内における、 内因性の 〔1〕 または 〔2〕 に記載の DNAの発 現を抑制することを特徴とする、 植物の開花を遅延する方法、
〔1 4〕 〔3〕 に記載の DNAを植物に導入することを特徴とする、 〔1 3〕 に記載 の方法、
〔1 5〕 植物がイネである、 〔1 2〕 から 〔1 4〕 のいずれかに記載の方法、 を提供するものである。
本発明は、 植物の開花を促進する機能を有する植物由来の Ehdlタンパク質をコ ードする DNAを提供する。
本発明において、 Ehdlタンパク質をコードする DNAが由来する植物としては、 例 えばイネ、 シロイヌナズナ、 ダイズ、 トウモロコシ、 才ォムギ、 コムギ、 アサガ ォなどが挙げられるが、 これに限定されるものではない。
また、 上記 DNAが導入されることで開花が促進される植物としては、 特に制限は なく、 例えば、 有用農作物や鑑賞用植物等を挙げることができる。 具体的には、 有用農作物としては、 例えばイネなどの単子葉植物や、 ダイズ等の双子葉植物が 挙げられる。 また、 観賞用植物としては、 例えばキク、 アサガオ、 ポインセチア、 コスモス等の花卉植物が挙げられる。
本発明において開花とは通常、 花が咲くことを指すが、 イネを含むイネ科植物 等においては出穂を意味する。 本発明において開花の促進とは、 開花時期を早め ることを指す。 また、 開花の遅延とは、 開花時期を遅らせることを指す。
また、 本発明の DNAが上記植物の開花を促進する日長条件としては、 自然日長条 件、 長日条件、 短日条件などが例示できるが、 好ましくは短日条件である。 本発 明において、 長日条件とは、 1日の S照時間が 14時間以上になる条件である。 本実 施例では明期を 15時間、 B音期を 9時間に設定したが、 この条件に限定されるもので はない。 また、 短日条件とは、 1ョの日照時間が 11時間以下になる条件である。 本 実施例では明期を 10時間、 喑期を 14時間に設定したが、 これに制限されない。
また、 本発明において、 Ehdlタンパク質をコードする DNAとしては、 例えば配列 番号: 1、 2、 4、 5、 7または 8に記載の塩基配列のコ一ド領域を含む DNAや配 列番号: 3、 6または 9に記載のァミノ酸配列からなるタンパク質をコ一ドする D NAが挙げられる。
また、 本発明は、 配列番号: 3、 6または 9に記載のアミノ酸配列からなる Ehd 1タンパク質と構造的に類似して.おり、 植物の開花を促進する機能を有するタンパ ク質をコードする DNAを包含する。
ある DNAが植物の開花を促進する機能を有するタンパク質をコードする力否かは、 例えば、 該 DNAが導入された植物の開花が促進するか否か、 または、 該 DNAの発現 を抑制する DNAが導入された植物の開花が遅延するか否かを観察することで検証す ることができる。
このような DNAには、 例えば、 配列番号: 3、 6または 9に記載のァミノ酸配列 において 1もしくは複数のアミノ酸が置換、 欠失、 付加および Zまたは挿入され たアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする変異体、 誘導体、 ァリル、 パリ アントおよびホモログが含まれる。
アミノ酸配列が改変されたタンパク質をコードする DNAを調製するための当業者 によく知られた方法としては、 例えば、 site- directed mutagenesis法 (Kramer W & Fritz H-J: Methods Enzymol 154: 350, 1987) が挙げられる。 また、 自然界 においても、 塩基酉 3列の変異によりコードするタンパク質のアミノ酸配列が変異 することは起こり得る。 このように、 Ehdlタンパク質のアミノ酸配列において 1も しくは複数のアミノ酸が置換、 欠失、 付加、 および/または揷入されたアミノ酸 配列を有するタンパク質をコードする DNAであっても、 天然型の Ehdlタンパク質
(配列番号: 3、 6または 9 ) と同等の機能を有するタンパク質をコードする限 りは、 本発明の Ehdlタンパク質をコードする DNAに含まれる。 また、 たとえ塩基配 列が変異していても、 その変異がタンパク質中のアミノ酸の変異を伴わないこと
(縮重変異) があるが、 このような縮重変異体も本発明の Ehdlタンパク質をコー ドする DNAに含まれる。
配列番号: 3、 6または 9に記載のアミノ酸配列からなる Ehdlタンパク質と機 能的に同等なタンパク質をコードする DNAを調製するために、 当業者によく知られ た他の方法としては、 ハイブリダィゼーシヨン技術 (Southern EM: J Mol Biol 9 8: 503, 1975) やポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) 技術 (Saiki RK, et al : Science
230: 1350, 1985、 Saiki RK, et al: Science 239: 487, 1988) を利用する方法 が挙げられる。 すなわち、 Ehdl領域のゲノム塩基配列 (配列番号: 1、 4もしく は 7 ) 、 Ehdl cDNAの塩基配列 (配列番号: 2、 5もしくは 8 ) 、 または、 その一 部をプローブとして、 また、 Ehdl領域のゲノム塩基配列、 Ehdl cDNAの塩基配列に 特異的にハイプリダイズするオリゴヌクレオチドをプライマーとして、 イネや他 の植物から Ehdlタンパク質をコードする DNAと高い相同性を有する DNAを単離する ことは、 当業者にとって通常行い得ることである。 このように、 ハイブリダィゼ ーション技術や PCR技術によつて単離し得る Ehdlタンパク質と同等の機能を有する タンパク質をコードする DNAもまた、 本発明の Ehdlタンパク質をコードする DNAに 含まれる。
このような DNAを単離するためには、 好ましくはストリンジェントな条件下でハ ィブリダイゼーション反応を行う。 本発明においてストリンジェントなハイプリ ダイゼーション条件とは、 6M尿素、 0. 4% SDS、 0. 5 X SSCの条件またはこれと同 6273
- 9 - 等のストリンジェンシ一のハイプリダイゼーション条件を指す。 よりストリンジ エンシーの高い条件、 例えば、 6M尿素、 0. 4% SDS、 0. 1 XSSCの条件下では、 よ り相同性の高い DNAを単離できると期待される。 高い相同性とは、 アミノ酸配列全 体で少なくとも 50%以上、 好ましくは 70%以上、 さらに好ましくは 90%以上、 最 も好ましくは 95%以上の配列の同一性を指す。
ァミノ酸配列や塩基配列の同一性は、 カーリンおよびアルチユールによるァ/レ ゴリズム BLAST (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264-2268, 1990、 Proc Natl A cad Sci USA 90: 5873, 1993) を用いて決定できる。 BLASTのアルゴリズムに基づ いた BLASTNや BLASTXと呼ばれるプログラムが開発されている (Altschul SF, et a 1: J Mol Biol 215: 403, 1990) 。 BLASTNを用いて塩基配列を解析する場合は、 パラメータ一は、 例えば score=100、 wordlength=12とする。 また、 BLASTXを用 いてアミノ酸配列を解析する場合は、 パラメータ一は、 例えば score=50、 wordle ngth=3とする。 BLASTと Gapped BLASTプログラムを用いる場合は、 各プログラム のデフォルトパラメーターを用いる。 これらの解析方法の具体的な手法は公知で める (http://www. ncbi. nlm. nih. gov/) 0
本発明の DNAには、 ゲノム DNA、 cDNAおよび化学合成 DNAが含まれる。 ゲノム DNA および cDNAの調製は、 当業者にとって常套手段により行うことが可能である。 ゲ ノム DNAは、 例えば、 Ehdlタンパク質をコードする DNAを有するイネ品種からゲノ ム DNAを抽出し、 ゲノミックライプラリー (ベクターとしては、 例えば、 プラスミ ド、 ファージ、 コスミド、 BAC、 PACなどが利用できる) を作製し、 これを展開し て、 本発明の Ehdlタンパク質をコードする DNA (例えば、 配列番号: 1、 2、 4、 5、 7または 8 ) を基に調製したプローブを用いてコ口-—ハイプリダイゼーシ ョンあるいはプラークハイプリダイゼーシヨンを行うことで調製できる。 また、 本 明の Ehdlタンパク質をコードする DNA (例えば、 配列番号: 1、 2、 4、 5、 7または 8 ) に特異的なプライマーを作製し、 これを利用した PCRを行って調製す ることも可能である。 cDNAは、 例えば、 Ehdlタンパク質をコードする DNAを有する イネ品種から抽出した mRNAを基に cDNAを合成し、 これを I ZAPなどのベクターに揷 入して cDNAライブラリーを作製し、 これを展開して、 上記と同様にコロニーハイ プリダイゼーションあるいはプラークハイプリダイゼーションを行うことで、 ま た PCRを行うことにより調製できる。
本発明の Ehdlタンパク質をコードする DNAは、 例えば、 植物の開花を促進するた めに用いることができる。 開花が促進された形質転■物体を作製するには、 上 記 DNAを適当なベクターに揷入して、 後述する方法で、 これを植物細胞に導入し、 これにより得られた形質転 物細胞を再生させる。 本発明は、 このような植物 の開花を促進させる方法を する。
本発明は植物の開花を遅延させる方法もまた提供する。 開花が遅延した形質転 換植物体は、 例えば Ehdlタンパク質をコードする DNAの発現を抑制する DNAを適当 なベクターに挿入して、 後述する方法で、 これを植物細胞に導入し、 これにより 得られた形質転■物細胞を再生させることによって作製できる。 「Ehdlタンパ ク質をコードする DNAの発現の抑制」 には、 これら DNAの転写の抑制おょぴタンパ ク質への翻訳の抑制が含まれる。 また、 DNAの発現の完全な停止のみならず発現の 減少も含まれる。 また、 翻訳されたタンパク質が植物細胞内で本来の機能を発揮 しないことも含まれる。
植物における特定の内在性遺伝子の発現を抑制する方法としては、 アンチセン ス技術を利用する方法が当業者に最もよく利用されている。 植物細胞におけるァ ンチセンス効果は、 電気穿孔法で導入したアンチセンス R Aが植物においてアンチ センス効果を発揮することをエッカーらが示したことで初めて実証された (Ecker JR & Davis RW: Proc Natl Acad Sci USA 83: 5372, 1986) 。 その後、 タパコゃ ペチュニアにおいてもァンチセンス RNAの発現により標的遺伝子の発現が低下した 例が報告されており (van der Krol AR, et al : Nature 333: 866, 1988) 、 現在 では、 アンチセンス技術は植物における遺伝子発現を抑制させる手段として確立 している。 アンチセンス核酸が標的遺伝子の発現を抑制する作用としては、 以下のような 複数の要因が存在する。 すなわち、 三重鎖形成による転写開始阻害、 RNAポリメラ ーゼによって局部的に開状ループ構造が作られた部位とのハイプリッド形成によ る転写阻害、 合成の進みつつある R Aとのハイブリッド形成による転写阻害、 イン. トロンとェクソンとの接合点におけるハイプリッド形成によるスプライシング阻 害、 スプライソソーム形成部位とのハイプリッド形成によるスプライシング阻害、 mRNAとのハイプリッド形成による核から細胞質への移行阻害、 キヤッビング部位 やポリ(A)付加部位とのハイプリッド形成によるスプライシング阻害、 翻訳開始因 子結合部位とのハイプリッド形成による翻訳開始阻害、 開始コドン近傍のリボソ ーム結合部位とのハイブリッド形成による翻訳阻害、 mRNAの翻訳領域ゃポリソー ム結合部位とのハイプリッド形成によるペプチド鎖の伸長阻害、 および核酸とタ ンパク質との相互作用部位とのハイプリッド形成による遺伝子発現阻害などであ る。 このようにアンチセンス核酸は、 転写、 スプライシングまたは翻訳など様々 な過程を阻害することで、 標的遺伝子の発現を抑制する (平島および井上: 新生 化学実験講座 2核酸 IV遺伝子の複製と発現 (日本生化学会編, 東京化学同人) pp. 319-347, 1993) 。
本発明で用いられるアンチセンス配列は、 上記のいずれの作用により標的遺伝 子の発現を抑制してもよい。 一つの態様としては、 遺伝子の mRNAの 5,端近傍の非 翻訳領域に相補的なアンチセンス配列を設計すれば、 遺伝子の翻訳阻害に効果的 と考えられる。 また、 コード領域もしくは 3'側の非翻訳領域に相補的な配列も使 用することができる。 このように、 遺伝子の翻訳領域だけでなく非翻訳領域の配 列のアンチセンス配列を含む DNAも、 本発明で利用されるアンチセンス DNAに含ま れる。 使用されるアンチセンス DNAは、 適当なプロモーターの下流に連結され、 好 ましくは 3,側に転写終結シグナルを含む配列が連結される。 このようにして調製 された DNAは、 公知の方法を用いることで、 所望の植物へ形質転換できる。 アンチ センス DNAの配列は、 形質転換される植物が持つ内在性遺伝子またはその一部と相 補的な配列であることが好ましいが、 遺伝子の発現を有効に抑制できる限りにお いて、 完全に相補的でなくてもよい。 転写された RNAは、 標的遺伝子の転写産物に 対して好ましくは 90%以上、 最も好ましくは 95%以上の相補性を有する。 アンチ センス配列を用いて標的遺伝子の発現を効果的に抑制するには、 アンチセンス DNA の長さは少なくとも 15塩基以上であり、 好ましくは 100塩基以上であり、 さらに好 ましくは 500塩基以上である。 通常用いられるアンチセンス DNAの長さは 5kbよりも 短く、 好ましくは 2. 5kbよりも短い。
内在性遺伝子の発現の抑制は、 また、 リポザィムをコードする DNAを利用して行 うことも可能である。 リポザィムとは触媒活性を有する RNA分子のことを指す。 リ ポザィムには種々の活性を有するものが存在するが、 中でも RNAを切断する酵素と してのリボザィムに焦点を当てた研究により、 RNAを部位特異的に切断するリポザ ィムの設計が可能となつた。 リボザィムには、 グループ Iィントロン型ゃ RNase P に含まれる Ml RNAのように 400ヌクレオチド以上の大きさのものもあるが、 ハンマ 一へッド型ゃヘアピン型と呼ばれる 40ヌクレオチド程度の活性ドメィンを有する ものもある (小泉誠おょぴ大塚栄子: 蛋白質核酸酵素, 35: 2191, 1990) 。
例えば、 ハンマーヘッド型リボザィムの自己切断ドメインは、 G13U14C15という 配列の C15の 3'側を切断するが、 その活性には U14と A9との塩基対形成が重要とさ れ、 C15の代わりに A15または U15でも切断され得ることが示されている (Koizumi M, et al : FEBS Lett 228: 228, 1988) 。 基質結合部位が標的部位近傍の匪配列 と相補的なリポザィムを設計すれば、 標的 RNA中の UC、 UUまたは UAという配列を認 識する制限酵素的な R A切断リポザィムを作出することができる (Koizumi M, et al: FEBS Lett 239: 285, 1988、 小泉誠おょぴ大塚栄子: 蛋白質核酸酵素 35: 21 91, 1990、 Koizumi M, et al : Nucl Acids Res 17: 7059, 1989) 。 例えば、 Ehd 1タンパク質をコードする DNA (配列番号: 2、 5または 8 ) 中には、 標的となり 得る部位が複数存在する。
また、 ヘアピン型リポザィムも本発明の目的に有用である。 このリボザィムは、 例えばタバコリングスポットウィルスのサテライト RNAのマイナス鎖に見出される (Buzayan J : Nature 323: 349, 1986) 。 ヘアピン型リポザィムからも、 標的特 異的な R A切断リボザィムを作出できることが示されている (Kikuchi Y & Sasaki N: Nucl Acids Res 19: 6751, 1991、 菊池洋: 化学と生物 30: 112, 1992) 。 標的を切断できるように設計されたリポザィムは、 植物細胞中で転写されるよ うに、 カリフラワーモザイクウィルスの 35Sプロモーターなどのプロモーターおよ ぴ転写終結配列に連結される。 このとき、 転写された RNAの 5'端や 3'端に余分な配 列が付カ卩されていると、 リポザィムの活性が失われることがあるが、 こういった 場合は、 転写されたリボザィムを含む匪からリポザィム部分だけを正確に切り出 すために、 リポザィム部分の 5,側や 3'側にシスに働く別のトリミングリポザィム を配置させることも可能である (Taira K, et al : Protein Eng 3: 733, 1990、 D zianott AM & Bujarski JJ: Proc Natl Acad Sci USA 86: 4823, 1989、 Grosshan s CA & Cech TR: Nucl Acids Res 19: 3875, 1991、 Taira K, et al : Nucl Acids Res 19 : 5125, 1991) 。 また、 このような構成単位をタンデムに並べ、 標的遺伝 子内の複数の部位を切断できるようにすることで、 より効果を高めることもでき る (Yuyama N, et al : Biochem Biophys Res Commun 186: 1271, 1992) 。 このよ うに、 リポザィムを用いて本発明における標的遺伝子の転写産物を特異的に切断 することで、 該遺伝子の発現を抑制することができる。
内在性遺伝子の発現の抑制は、 さらに、 標的遺伝子配列と同一もしくは類似し た配列を有する二本鎖 RNAを用いた RNA interferance (RNAi) によっても行うこと ができる。 RNAiとは、 標的遺伝子配列と同一もしくは類似した配列を有する二重 鎖 RNAを細胞内に導入すると、 導入した外来遺伝子および標的内在性遺伝子の発現 がいずれも抑制される現象のことを指す。 RNAiの機構の詳細は明らかではないが、 最初に導入した二本鎖腿が小片に分解され、 何らかの形で標的遺伝子の指標とな ることにより、 標的遺伝子が分解されると考えられている。 脆 iは植物において も効果を奏することが知られている (Chuang CF & Meyerowitz EM: Proc Natl Ac ad Sci USA 97: 4985, 2000) 。 例えば、 植物体における Ehdlタンパク質をコード する DNAの発現を RNAiにより抑制するためには、 Ehdlタンパク質をコードする DNA (配列番号: 2、 5または 8 ) またはこれと類似した配列を有する二本鎖 R Aを目 的の植物へ導入し、 得られた植物体から野生型植物体と比較して開花が遅延した 植物を選択すればよい。 RNAiに用いる遺伝子は、 標的遺伝子と完全に同一である 必要はないが、 少なくとも 70%以上、 好ましくは 80%以上、 さらに好ましくは 9 0%以上、 最も好ましくは 95%以上の配列の同一性を有する。 また、 配列の同一性 は上述した手法により決定できる。
内在性遺伝子の発現の抑制は、 標的遺伝子配列と同一もしくは類似した配列を 有する DNAの形質転換によって起こる共抑制によっても達成できる。 「共抑制」 と は、 植物に標的内在性遺伝子と同一もしくは類似した配列を有する遺伝子を形質 転換により導入すると、 導入した外来遺伝子および標的内在性遺伝子の発現がい ずれも抑制される現象のことを指す。 共抑制の機構の詳細は明らかではないが、 少なくともその機構の一部は RNAiの機構と重複していると考えられている。 共抑 制は植物においても観察される (Smyth DR: Curr Biol 7: R793, 1997、 Marti ens sen R: Curr Biol 6: 810, 1996) 。 例えば、 Ehdlタンパク質をコードする DNAが 共抑制された植物体を得るためには、 Ehdlタンパク質をコ一ドする DNAまたはこれ と類似した配列を有する DNAを発現できるように作製したべクタ一 DNAを目的の植 物へ形質転換し、 得られた植物体から野生型植物体と比較して開花が遅延した植 物を選択すればよい。 共抑制に用いる遺伝子は、 標的遺伝子と完全に同一である 必要はないが、 少なくとも 70%以上、 好ましくは 80%以上、 さらに好ましくは 9 0%以上、 最も好ましくは 95%以上の配列の同一性を有する。 また、 配列の同一性 は上述した手法により決定できる。
本発明は、 本発明の DNAを植物細胞に導入し、 該植物細胞から植物体を再生させ る工程を含む形質転,物体の製造方法を提供する。
本発明において、 植物細胞が由来する植物としては、 特に制限はない。 また、 植物細胞の形質転換に用いられるベクターは、 該細胞内で挿入遺伝子を発現させ ることが可能なものであれば特に制限はない。 例えば、 植物細胞内で恒常的に遺 伝子を発現させるためのプロモーター (例えば、 力リフラワーモザイクウィルス の 35Sプロモーター) を有するベクターや、 外的な刺激により誘導的に活性化され るプロモーターを有するベクターを用いることもできる。 ここで言う 「植物細 胞」 には、 種々の形態の植物細胞、 例えば、 懸濁培養細胞、 プロトプラスト、 葉 の切片、 カルスなどが含まれる。
植物細胞へのベクターの導入には、 ポリエチレングリコール法、 電気穿孔法 (エレクト口ポレーシヨン法) 、 ァグロパクテリゥムを介する方法、 パーテイク ルガン法など、 当業者に公知の種々の方法を用いることができる。 ァグロバクテ リウム (例えば、 EHA101) を介する方法においては、 例えば、 超迅速単子葉形質 転換法 (特許第 3141084号) を用いることが可能である。 また、 パーティクルガン 法においては、 例えば、 バイオラッド社のものを用いることが可能である。 形質 転^ S物細胞からの植物体の再生は、 植物細胞の種類に応じて当業者に公知の方 法で行うことが可能である (Toki S, et al : Plant Physiol 100: 1503, 1995) c 例えば、 イネにおいて形質転換植物体を作出する手法については、 ポリエチレ ングリコールを用いてプロトプラストへ遺伝子導入し、 植物体 (インド型イネ品 種が適している) を再生させる方法 (Datta SK: In Gene Transfer To Plants
(Potrykus I and Spangenberg, Eds) pp. 66-74, 1995) 、 電気パルスによりプ ロトプラストへ遺伝子導入し、 植物体 (日本型イネ品種が適している) を再生さ せる方法 (Toki S, et al : Plant Physiol 100: 1503, 1992) 、 パーテイクルガ ン法により細胞へ遺伝子を直接導入し、 植物体を再生させる方法 (Christou P, e t al : Biotechnology 9: 957, 1991) 、 およぴァグロパクテリゥムを介して遺伝 子を導入し、 植物体を再生させる方法 (Hiei Y, et al : Plant J 6: 271, 1994) など、 いくつかの技術が既に確立し、 本願発明の技術分野において広く用いられ ている。 本発明においては、 これらの方法を好適に用いることができる。 ゲノム内に本発明の DNAが導入された形質転 物体がいったん得られれば、 該 植物体から有性生殖または無性生殖により子孫を得ることができる。 また、 該植 物体やその子孫あるいはクローンから繁殖材料 (例えば、 種子、 果実、 切穂、 塊 茎、 塊根、 株、 カルス、 プロトプラストなど) を得て、 それらを基に該植物体を 量産することも可能である。 図面の簡単な説明
図 1は、 Ehdl遺伝子の染色体上での位置を示す図である。
図 2は、 0. glaberrimaの Ehdl遺伝子の準同質遣伝子系統 [T65 (Ehdl) ]とその繰 り返し親 (台中 65号) の短日、 長日おょぴ自然条件下での到穂日数を示す図であ る。 短日および長日条件は九州大学の屋外の日長調節装置内で移植を行わずに栽 培した。 自然条件は九州大学 (福岡巿) での早期栽培 (5月 2曰は種、 6月 14日移 植) の結果を示す。
図 3は、 Ehdl領域の高精度連鎖地図おょぴ物理地図を示す図である。 Aは 2500個 体の分離集団と RFLPマーカーを用いて作成した連鎖地図である。 地図上の記号は R FLPマーカー、 地図下の数値は各マーカー間で検出された組み換え数を示す。 Bは 塩基配列情報に基づき作成した CAPSマーカーによる詳細な連鎖地図である。 Cは候 補ゲノム領域内の予測遺伝子と形質転換に用いたゲノム DNA断片を示す。
図 4は、 Kasalathの 11. 5kb BamHI断片おょぴ 7. 6kb Kpnl断片を台中 65号に導入 した形質転換当代 (TO)の短日条件 (10時間日長) での到穂日数の頻度分布を示す 図である。
図 5は、 形質転換当代個体の Kasalath ARR様遺伝子の発現の有無を示す写真で ある。 各個体から全 RNAを抽出し、 逆転写後 PCR增幅した産物を Ddelで消化した。 K asalath, 台中 65号由来の mRNAに対応する産物のサイズを Kおよび Tで示した。
図 6は、 Ehdl遺伝子の構造と塩基配列多型を示す図である。
図 7は、 Ehdlタンパクのアミノ酸配列の比較を示す図である。 台中 65号のみに 見出された変異アミノ酸の位置を矢印で示した。 台中 65号、 日本晴、 Kasalat I RGC104038のアミノ酸配列をそれぞれ、 配列番号: 1 2、 9、 6、 3に記載してい る。
図 8は、 Ehdl mRNAの蓄積量の日変ィ匕を示す写真おょぴ図である。 播種後 4週間 の台中 65号 (T)および 0. glaberrima Steud. (IRGC104038) の Ehdl遺伝子の準同質 遺伝子系統 T65 (Ehdl) (N)の葉より全腿を抽出し、 RT- PCR解析を行つた。 PCR反応 は 30サイクル行った。 発明を実施するための最良の形態
以下、 本発明を実施例により、 さらに具体的に説明するが本発明はこれら実施 例に制限されるものではない。
[実施例 1 ] 短日条件下における Ehdl遺伝子の出穂促進作用
Ehdl遺伝子座は、 日本型イネ品種 「台中 65号」 と西アフリカ地域の栽培種であ る 0. glaberrima Steud. (IRGC104038) との交雑後代を利用して検出された出穂 期関連 QTLの一つであり、 第 10染色体長腕に座乗することが明らかとなつていた (Doi et al. , Breeding Science 49: 395—399, 1999) (図 1 ) 。 0. glaberrima (IRGC104038) の Ehdl遺伝子は出穂促進作用をもち、 台中 65号の対立遺伝子に対 して優性に作用することが明らかとなっていた。 本実施例においては、 台中 65号 の遺伝的背景に 0. glaberrimaの Ehdl遺伝子を置換した準同質遺伝子系統 [T65 (Eh dl) ] と台中 65号を異なる日長条件下で栽培し、 それらの到穂日数を調査した。 T6 5 (Ehdl)は台中 65号と比較して自然条件では 7日、 長日条件下で 14日、 短日条件下 では 33日出穂が早くなつた (図 2 ) 。 これらの結果から、 Ehdl遺伝子は出穂を促 進する機能を有し、 その出穂促進作用は短日条件下でより顕著になることが明ら かとなつた。
[実施例 2 ] 高精度連鎖解析
これまでの遺伝学的な研究によって、 Ehdl遺伝子座は、 単一の遺伝子座 (旧名 Ef (t) ) として RFLPマーカー C234と G37の間に位置づけられ、 C1369とは共分離す ることが判明していた (土井 '田口 '吉村 日本育種学会第 94回講演会講演要旨 p 104、 1998) 。 しかしながら、 この連鎖解析の精度では、 マップベースクローユン グによる遺伝子の単離 '同定は困難であった。 本実施例においては、 マップべ一 スクロー二ングに不可欠な大規模分離集団による Ehdl領域の詳細な連鎖解析を行 つた。 連鎖解析用の集団は台中 65号と IRGC104038の戻し交雑後代世代を用いた。 戻し交雑後代から Ehdl領域がヘテロ型となり、 他のゲノム領域の大部分が台中 65 号型に置換された個体を選抜した。 選抜個体の自殖後代 2500個体 (F2集団相当) 力、ら、 Ehdlを挟み込む CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence)マーカー C1286 (プライマー 5, - CCAATGAAGGGTAAGTATCG -3, (配列番号: 1 3 ) および 5, - TGTGCTTAAGATACACGGTAGTTCA -3' (配列番号: 1 4 ) 、 制限酵素 Nrul)および G37 ( プライマー 5' - CTGCAGCTTCCACCATGGCA -3' (配列番号: 1 5 ) および 5' - CAAGG GTGCATTCATTGCACCTCCTCTAGCCATGGCCTAATGATGCA -3' (配列番号: 1 6 ) 、 制限酵 素 EcoT22I)を利用して、 Ehdl近傍に生じた組み換え染色体をもつ個体を選抜した。 Ehdl遺伝子座の遺伝子型の決定は、 F3世代の後代検定によって行った。 すなわち 選抜個体 (F2) の自殖後代 48個体を九州大学の実験圃場において栽培し、 各系統 内の到穂日数の分離状況から Ehdlの遺伝子型を判定した。 連鎖解析の結果、 Ehdl は RFLPマーカ一C814Aと C234の間に位置づけられ、 それぞれのマーカ一と 8個体お ょぴ 2個体の組み換え個体が同定できた (図 3 ) 。
[実施例 3 ] 候補遺伝子領域の特定
Ehdl遺伝子を挟み込む RFLPマーカーの塩基配列が公開されたゲノム塩基配列情 報に含まれていることが判明し、 Ehdl候補ゲノム領域の塩基配列を公開された塩 基配列データから入手した (GenBank ァクセッション番号 AC027038) 。 候補ゲノ ム領域の塩基配列情報を利用し、 新たな CAPSマーカーを作出して候補遺伝子領域 の絞り込みを行つた。 Ehdlは CAPSマーカ一 26- 28 (プラィマー 5' - ACGCTGCAACAAAG AGCAGA -3' (配列番号: 1 7 ) および 5' - TTGTTGACGAAAGCCCATTG - 3' (配列番 号: 1 8 ) 、 制限酵素 Mspl) および 12 - 14 (プライマー 5, - GGAGATCATGCTCACGGATG -3' (配列番号: 1 9 ) および 5' - CAAGCAAACACGGAGCGACT -3' (配列番号: 2 0 ) 、 制限酵素 BamHI) とそれぞれ 2および 1個の組み換えが検出され、 マーカー 1 3-15 (プライマー 5, - CCTTGCATCCGTCTTGATTG -3' (配列番号: 2 1 ) および 5' - G GGCAAATTCCCTCCAGAGT -3' (配列番号: 2 2 ) 、 制限酵素 Mspl) 、 19 - 21 (プライ マー 5,— TTTGGATACGTACCCCTGCAT—3, (配列番号: 2 3 ) および 5,一 GCGCAATCGCAT ACACAATAA -3' (配列番号: 2 4 ) 、 制限酵素 Mspl) および 23- 25 (プライマー 5' - GAGCCCGAGCCCATGTATAG -3, (配列番号: 2 5 ) および 5,- TGGCTAAGATGGAGGGACGA - 3' (配列番号: 2 6 ) 、 制限酵素 Mbol) とは共分離した。 したがって Ehdlの候 補領域は CAPSマーカー 26-28と 12 - 14に挟み込まれる約 16kbであることが明らかと なつた。'この候補領域の塩基配列に対して GENSCAN (http: //genes, mit. edu/GENSC AN. html) による遺伝子予測ならびに類似性検索を行ったところ、 3種類の予測遺 伝子の存在が明らかとなった。 そのうちの一つはァラビドプシスの two - component response regulator (ARR) 遺伝子と類似性を示した。 他の 2種類の予測遺伝子は、 ィネの ESTと高い類似性を示したものの機能が判明した既知の遺伝子との類似性は 見い出されなかった。 これらの予測遺伝子はいずれも Ehdlの候補から除外するこ とができなかったため、 3種類の予測遺伝子を Ehdlの候補として形質転換による機 能の証明を行った。
[実施例 4 ] Ehdl候補遺伝子の機能証明
形質転換には、 機能のある Ehdl対立遺伝子を持っていると推定されるィンド型 品種 Kasalath由来のゲノム DNA断片を用いた。 すなわち、 Kasalathのゲノム DNAか ら作成された BACライプラリー (Baba et al. , Bulletin of the NIAR 14: 41-49,
2000) に対して、 Ehdl近傍の塩基配列を増幅するプライマー対 10 - 12 (5, - ATTGG GCCAAACTGCAAGAT -3, (配列番号: 2 7 ) および 5, - ACGAGCCTAATGGGGGAGAT - 3,
(配列番号: 2 8 ) ) によるスクリーニングを行い、 Ehdl候補遺伝子を含む BACク ローン KBM128G10を選抜した。 BACクローン KBM128G10より ARR様候補遺伝子おょぴ イネ ESTと高い類似性を示す予測遺伝子のひとつを含む 11. 5kb BamHI断片おょぴ ARR様候補遺伝子以外の二つの予測遺伝子を含む7. 6 kb Kpnl断片 (図 3 ) を切り出 し、 それぞれを Ti-プラスミドベクター pPZP2H - lac (Fuse et al. Plant Biotechn ology 18: 219-222, 2001) に組み込み、 ァグロパクテリゥムを介して台中 65号に 導入した。 再分化植物体は速やかに短日条件 (10時間明) のグロースチャンパ一 に移して育成し、 出穂までの所要ョ数を調査した。 形質転換当代 (TO) では、 11. 5kb BamHI断片を導入した個体 (18個体) のほとんどがベクターのみ (6個体) よ りも早く出穂した (図 4 ) 。 一方、 7. 6kb Kpnl断片を導入した個体 (6個体) の到 穂日数は、 ベクタ一のみの個体 (5個体) と同程度であった (図 4 ) 。 また 11. 5kb BamHI断片を導入した個体については、 Kasalath由来の ARR様候補遺伝子の発現を、 遺伝子特異的マーカー (プライマー 5' - GAGATCAACGGCCACCGAAG -3' (配列番号: 2 9 ) および 5' - GTCGAGAGCGGTGGATGACA -3' (配列番号: 3 0 ) 、 制限酵素 Dde I) を用いて RT- PCRによって確認したところ、 ほとんどの個体において Kasalath由 来の ARR様候補遺伝子の転写が認められた (図 5 ) 。 これらの結果から、 Ehdlの候 補は 11. 5kb BamHI断片に含まれる ARR様候補遺伝子に絞り込むことができた。 さら に、 導入遺伝子の出穂促進を確認するために、 出穂が早くなつた形質転換当代の なかからコピー数の少ない個体を選抜し、 その自殖後代を短日条件で栽培して、 到穂日数を調査した。 3種類の後代集団において、 それぞれ早生個体 (41〜70 S ) と晩生個体 (81日以上) とが分離した。 早生個体はすべて導入した Kasalath由来 の ARR様候補遺伝子を保持し、 それらの到穂日数は準同質遺伝子系統 T65 (Ehdl)と ほぼ同じであった。 一方、 台中 65号の到穂 Θ数は晚生個体と同様に 81日以上とな つた (表 1 ) 。 以上の結果から、 ARR様候補遺伝子が短日条件で出穂を早める機能 を有し、 Ehdlであることが証明された。 到穂日数(日)
後代集団 41-45 46-50 51-55 56-60 61-65 66-70 71-75 76-80 81以上 計 集団 I 4 21 32 集団 2 27
2 17 25 台中 65号
T65(漏)
*は導入遺伝子を保有しないことを意味する。
[実施例 5 ] Ehdl候補遺伝子の塩基配列解析
イネ品種 0. glaberrima (IRGC104038)、 Kasalath, 日本晴およぴ台中 65号につ いて、 Ehdl領域約 7. 6kbのゲノム塩基配列を解析した (台中 65号には 200bp以上の TAリピートが存在し、 その正確な数は同定できていない) 。 この領域には、 Kasal athと比較して日本晴 ·台中 65号では 60箇所以上、 IRGC104038では 140箇所以上の 塩基置換おょぴ揷入'欠失が見い出された (図 6 ) 。 また、 IRGC104038の cDNAの 全長を決定し、 ゲノム塩基配列と比較したところ、 Ehdl は 6個のエタソンからな り、 転写領域の全長は 1316bp、 341アミノ酸からなるタンパク質をコードしている ことが予測された (図 7 ) 。 予測転写領域内の塩基配列の違いを Kasalathと比較 すると、 日本晴では 4つの 1塩基置換おょぴ 2塩基揷入、 台中 65号では 5つの 1塩基置 換および 2塩基挿入、 IRGC104038では 14個の 1塩基置換と 4塩基欠失おょぴ 3塩基欠 失が見い出された。 IRGC104038、 Kasalath、 日本晴およぴ台中 65号の予測翻訳産 物のァミノ酸配列を比較したところ、 IRGC104038と台中 65号間では 7個、 Kasalath と台中 65号間では 2個、 日本晴と台中 65号間では 1個のアミノ酸が置換しているこ とが判明した (図 7 ) 。 そのうち、 219番目のアミノ酸であるグリシン (G : IRGC1 04038、 Kasalath, 日本晴) からアルギニン (R:台中 65号) への置換が唯一、 台 中 65号のみに起っている変異であった (図 7 ) 。 このグリシンは既知の ARR遺伝子 ファミリ一間で高度に保存されていた。 これらのことから、 このアミノ酸変異が 台中 65号由来の EM1の機能低下に関与していることが推測された。
0. glaberrima (IRGC104038)、 Kasalath, 日本晴およぴ台中 65号の Ehdl領域のゲ ノム塩基配列をそれぞれ配列番号: 1、 4、 7および 1 0に、 cDNAの塩基配列を それぞれ配列番号: 2、 5、 8および 1 1に、 これら DNAがコードするタンパク質 のァミノ酸配列をそれぞれ配列番号: 3、 6、 9および 1 2に示す。
[実施例 6 ] Ehdl候補遺伝子の発現解析
台中 65号の Ehdl領域を IRGC104038由来の染色体断片に置換した T65 (Ehdl)につい て、 Ehdl遺伝子の 1日の発現の変化を調べた。 実験温室 (茨城県つくば市) におい て 12月下旬 (日出 6時 50分、 日没 16時 30分、 短日条件) に播種レ、 4週間育成した 両系統から 3時間おきに 24時間にわたって葉を採取した。 これらの材料より全 RNA を抽出し、 Ehdl遺伝子について、 プライマー (センス鎖 5,- TGGATCACCGAGAGCTGTG G -3, (配列番号: 3 1 ) 、 アンチセンス鎖 5' - ATTTCCTTGCATCCGTCTTG -3, (配列 番号: 3 2 ) ) を用いて RT- PCR解析を行なった。 その結果、 この遺伝子の転写産 物が明け方頃 (3時、 6時) に多く蓄積し、 3没後真夜中まで (18時、 21時) は検 出困難なレベルまで減少する傾向があることが判明した (図 8 ) 。 このような遺 伝子発現レベルの概日変動は感光性に関与している遺伝子にしばしば観察される 現象であり、 この Ehdl遺伝子が光シグナルの伝達になんらかの形で関与している ことが推測された。 以上の結果から、 マツプベースク口一ユング法により同定し た候補遺伝子がイネの出穂促進遺伝子 Ehdlであると判断した。 産業上の利用の可能性
従来、 イネの品種改良における開花時期 (出穂期) の改変は (1) 交雑による早 生 ·晩生系統の選抜、 (2) 放射線やィヒ学物質による突然変異誘起などによって行 われてきた。 これらの作業は長期間を要することや変異の程度や方向性を制御で きないことなどの問題があった。 本発明により、 単離した Ehdl遺伝子の利用によ る植物の開花時期の新しい改変法を確立することができた。 したがって、 Ehdl遺 伝子の機能が消失した植物品種、 例えばィネの台中 65号にこの遺伝子をセンス鎖 で形質転換することにより、 イネの短日での出穂 (開花) の促進を図ることがで きる。 一方、 Ehdl遺伝子の機能が保持されている植物品種、 例えばイネの日本晴 あるいは Kasalath、 にアンチセンス方向に Ehdl遺伝子を導入すること等により、 内因性の Ehdl遺伝子の発現を抑制することで開花を遅延させることができる。 こ の変化は、 短日条件だけでなく、 長日条件あるいは自然 Θ長条件においても生じ ると予測されることから、 栽培条件における開花時期の調節に有効である。 形質 転換に要する期間は交配による遺伝子移入に比較して極めて短期間であり、 他の 形質の変化を伴わないで開花時期の改変が可能となる。 単離した開花促進遺伝子 E hdlを利用することにより、 イネなどの植物の開花時期を容易に変化させることが でき、 異なる地域に適応した植物品種育成に貢献できると考えられる。

Claims

請求の範囲
1. 植物の開花を促進する機能を有する植物由来のタンパク質をコードする、 下記 (a) から (d) のいずれかに記載の DNA。
( a ) 配列番号: 3、 6または 9に記载のァミノ酸配列からなるタンパク質をコード する DNA。
(b) 配列番号: 1、 2、 4、 5、 7または 8に記載の塩基配列のコード領域を含む D
(c) 配列番号: 3、 6または 9に記載のアミノ酸配列において 1若しくは複数のァ ミノ酸が置換、 欠失、 揷入、 および/ /または付カ卩したアミノ酸配列を有するタン パク質をコードする DNA。
(d) 配列番号: 1、 2、 4、 5、 7または 8に記載の塩基配列からなる DNAとストリ ンジェントな条件下でハイプリダイズする DNA。
2. イネ由来である、 請求項 1に記載の DNA。
3. 下記 (a) から (d) のいずれかに記載の DNA。
(a) 請求項 1または 2に記載の DNAの転写産物と相補的なアンチセンス RNAをコード する DNA。
(b) 請求項 1または 2に記載の DNAの転写産物を特異的に開裂するリボザィム活性を 有する RNAをコードする DNA。
(c) 植物細胞における発現時に、 RNAi効果により、 請求項 1または 2に記載の DNAの 発現を抑制する RNAをコードする DNA。
(d) 植物細胞における発現時に、 共抑制効果により、 請求項 1または 2に記載の DNA の発現を抑制する RNAをコードする DNA。
4. 植物の開花を促進するために用いる、 請求項 1または 2に記載の DNA。
5. 植物の開花を遅延するために用いる、 請求項 3に記載の DNA。
6 · 請求項 1力 ら 5のいずれかに記載の DNAを含むベクター。 請求項 1力 ら 5のいずれかに記載の DNAまたは請求項 6に記載のベクターを保持 する形質転換植物細胞。
請求項 7に記載の形質転雖物細胞を含む形質転嫌物体。
請求項 8に記載の形質転換植物体の子孫またはクローンである、 形質転換植物 体。
請求項 8または 9に記載の形質転換植物体の繁殖材料。
請求項 8に記載の形質転換植物体の製造方法であって、 請求項 1から 5のいず れかに記載の DNAまたは請求項 6に記載のベタターを植物細胞に導入し、 該植物細 胞から植物体を再生させる工程を含む方法。
請求項 1または 2に記載の DNAを植物体の細胞内で発現させることを特徴とする、 植物の開花を促進する方法。
植物体の細胞内における、 内因性の請求項 1または 2に記載の DNAの発現を抑制 することを特徴とする、 植物の開花を遅延する方法。
請求項 3に記載の DNAを植物に導入することを特徴とする、 請求項 1 3に記載の 方法。
植物がイネである、 請求項 1 2から 1 4のいずれかに記載の方法。
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