WO2002100896A2 - Methode de diagnostic d'une susceptibilite au cancer associe a des polymorphismes du gene d'acetyl-coenzyme a-carboxylase - alpha (acc-alpha) - Google Patents

Methode de diagnostic d'une susceptibilite au cancer associe a des polymorphismes du gene d'acetyl-coenzyme a-carboxylase - alpha (acc-alpha) Download PDF

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WO2002100896A2
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cancer
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Nicole Lucienne Dalla Venezia
Clémence Marie MAGNARD
Gilbert M. Lenoir
Olga Sinilnikova-Erard
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Centre National De La Recherche Scientifique (C.N.R.S.)
Universite Claude Bernard Lyon 1
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
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    • G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
    • G01N2500/02—Screening involving studying the effect of compounds C on the interaction between interacting molecules A and B (e.g. A = enzyme and B = substrate for A, or A = receptor and B = ligand for the receptor)

Definitions

  • the present invention relates to the identification of mutations and polymorphisms of the acetyl-Coenzyme A-carboxylase- ⁇ (ACC- ⁇ ) gene, and their diagnostic application for the detection of a susceptibility to cancer, in particular cancer breast and / or ovary.
  • ACC- ⁇ acetyl-Coenzyme A-carboxylase- ⁇
  • the BRCA1 protein and the gene coding for this protein are described in patent applications EP 699 754 and EP 705 902.
  • the function of the BRCA1 protein is still poorly understood and the study of its cellular localization has been the subject of controversy. . Only two remarkable domains of this protein have been identified: a zinc finger domain at the amino-terminal end (Miki Y. et al., 1994), and a BRCT domain (C-terminal BRCA1) at the carboxy-terminus end (Koonin EV et al., 1996; Callebaut I. and Mornon JP, 1997; Bork P. et al., 1997).
  • BRCT domain consists of the duplication of a module of a hundred amino acids comprising very conserved sequences. This BRCT module is found in around forty proteins present in various species (Bork P. et al., 1997). Among the BRCT proteins whose function is characterized, most are involved in the mechanisms of DNA repair and cell cycle control.
  • the human ACC- ⁇ cDNA (SEQ ID No. 129) was cloned in 1995 by Abu-Elheiga et al. Its sequence is very conserved in humans, rats, chicken and yeast, in particular at the sites of binding to biotin, ATP and coenzyme A.
  • the protein sequence of human ACC- ⁇ is indicated by SEQ ID No. 130.
  • ACC- ⁇ is a 265 kDa cytoplasmic enzyme involved in controlling the biogenesis of long chain fatty acids. More specifically, ACC- ⁇ catalyzes the conversion of acetyl CoA to malonyl CoA, a reaction which constitutes the first step in the synthesis of fatty acids.
  • the search for germline mutations of the ACC- ⁇ gene in a series of familial cases of breast and / or ovarian cancer revealed two alterations, 4213 C> G and 6812 C> T, causing an amino acid substitution for another in the protein sequence: Leu1405Val and Ala2271Val. These mutations were not detected on 280 chromosomes in the general population.
  • the identification of many polymorphic variants in the ACC- ⁇ gene made it possible to carry out a case-control study comparing the frequency of these polymorphisms in women with breast cancer and in a control population.
  • the positions of the mutations or polymorphisms of the ACC- ⁇ gene are indicated according to the nomenclature of Dunnen and Antonarakis (2000). Briefly, according to this nomenclature, the substitutions are indicated by the symbol “>”, “G> T” indicating that G is replaced by T. The deletions are designated by “del”, the insertions by "ins”. Intronic mutations are indicated by the intron number preceded by "IVS", or by a position in the cDNA, followed by a positive or negative number. The positive number indicates the position relative to the G of the GT splice donor site. The negative number indicates the position relative to the G of the AG splice acceptor site.
  • mutation or “alteration” means indifferently a polymorphism, a germline mutation or a somatic mutation.
  • the subject of the invention is therefore a method of in vitro diagnosis of cancer or risk of cancer in an individual, in which an alteration of the sequence of the ACC- ⁇ gene or of the expression of ACC- ⁇ is detected, by compared to a control population, said alteration being indicative of cancer or of an increased risk of developing cancer.
  • the subject of the diagnostic method according to the invention is generally a human being, but this method can also be extended to any mammal, if necessary.
  • said cancer is breast or ovarian cancer.
  • an alteration in the expression of ACC- ⁇ includes a positive or negative variation in the level of expression of the ACC- ⁇ gene or of the ACC- ⁇ protein.
  • the level of expression of the ACC- ⁇ gene can be determined by measuring the quantity of transcripts
  • MRNA by any known means, such as Northern Blot or TaqMan.
  • the amount of protein expressed can be evaluated by quantitative or semi-quantitative techniques such as Western Blot, or by measuring the enzymatic activity, by quantifying the carboxylation of acetyl CoA to malonyl CoA.
  • Protocols for measuring the catalytic activity of a given enzyme are described in particular in manuals such as Methods in Enzymology
  • Such analyzes can be performed in the target tissues, for example from a breast or ovary biopsy, from extracts of these tissues, or from other biological materials such as blood samples.
  • the diagnostic method according to the invention searches for a germinal alteration of the sequence of the ACC- ⁇ gene and / or of the promoter sequence of this gene, said alteration being indicative of a predisposition to develop cancer.
  • a germinal alteration of the sequence of the ACC- ⁇ gene and / or of the promoter sequence of this gene said alteration being indicative of a predisposition to develop cancer.
  • an 1866 + 67T> C or 610-16T> C polymorphism in the ACC- ⁇ gene or in a germline alteration producing a Leu1405Val or Ala2271Val substitution in the sequence of the ACC- ⁇ protein can be sought.
  • the diagnostic method searches for a somatic alteration of the sequence of the ACC- ⁇ gene and / or of the promoter of this gene. gene in a biological sample, said alteration being indicative of a pre-neoplastic or neoplastic tumor.
  • Said biological sample can be a tissue sample, a blood sample or any other biological sample making it possible to obtain genomic DNA.
  • the detection of an allele or a somatic or germinal alteration (mutation) of ACC- ⁇ as mentioned above can be done according to different methods well known to those skilled in the art.
  • This demonstration generally comprises two main stages, that is the extraction of a sample of genomic DNA and the detection of the variant allele.
  • the extracted DNA is amplified by any method known per se, such as the PCR (polymerase chain reaction) method, before analysis of the allelic variation.
  • PCR polymerase chain reaction
  • Detection can be performed by an automated method or by a direct visual method. In general, this detection requires a mutation detection technique, possibly an amplification reaction and optionally a signal generation system.
  • this detection of variants can be carried out by implementing one or more methods of different types, such as in particular:
  • ASO specific allele hybridization
  • Taqman TM 5'-exonuclease technique
  • OLA oligonucleotide ligation technique
  • - incorporation techniques such as "mini-sequencing", - physico-chemical techniques, such as high pressure liquid chromatography under denaturing conditions (DHPLC), mass spectrometry,
  • This highlighting of a variant can more particularly comprise the following steps:
  • the present invention also relates to the means used for the detection of a germinal or somatic alteration of the sequence of the ACC- ⁇ gene.
  • the present invention thus relates to an isolated nucleic acid (DNA or RNA) comprising a partial sequence of the gene or cDNA of ACC- ⁇ , in which a mutation associated with cancer or of an increased risk of developing cancer is present .
  • said mutation is a polymorphism selected from the group consisting of 360 + 86 T> C, 361 -22 OT, 610-16 T> C, 692-37 T> G, 898-3 A> C, 1009-29 G > A, 1009-18 insT, 1866 + 67 T> C, 2052 + 59 G> T, 2921 +50 delC, 3364-10 T> C, 3597-45 OA, 4048-92 T> G, 4048-60 T > C, 4090-16 T> C, 4090-29 G> A, 4666-7 OG, 5713- 84 T> C, 5713-75 G> A, 5931-32 A> G, 6164-30 T> A and 1812 A> G, and said mutation is selected from the group consist
  • a nucleic acid according to the invention comprises a partial sequence of the ACC- ⁇ gene containing the nucleotide 1866 + 67 C or 610-16 C, or a partial sequence of the ACC- ⁇ gene or the cDNA of ACC- ⁇ containing nucleotide 4213 G or 6812 T.
  • the partial sequence of the ACC- ⁇ gene or cDNA has at least 13 bases, preferably at least 17 and better still at least 30. Preferably, it has less than 200 nucleotides and preferably still less than 100 bases.
  • the nucleic acid according to the invention can be of natural origin or be synthesized by techniques well known to those skilled in the art.
  • the isolated nucleic acid according to the invention can be amplified using a pair of primers chosen from the group consisting of nucleic acids of sequence SEQ ID No. 1 to 128.
  • the the invention therefore further relates to the use of the gene sequence or cDNA of ACC- ⁇ for the manufacture of a nucleic acid comprising a partial sequence of the gene or cDNA of ACC- ⁇ , in which a mutation associated with cancer or an increased risk of developing cancer, is present.
  • said use also comprises the use of a pair of primers selected from the group consisting of nucleic acids of sequence SEQ ID No. 1 to 128 to amplify said partial sequence of the gene or cDNA of ACC- ⁇ .
  • Such a nucleic acid comprising a partial sequence of the ACC- ⁇ gene or DNA, in which a mutation associated with cancer or with an increased risk of developing cancer is useful, is useful for detecting the presence of mutations in the ACC- ⁇ gene sequence.
  • Example 1 Analysis of the germ alterations of the ACC- ⁇ gene:
  • GenBank databases htgs database, http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/BLAST/
  • Screening of GenBank databases made it possible to identify several clones containing the human genomic sequences of chromosome 17 homologous to the cDNA ACC- ⁇ (AC002346, AC007900, AC068400, AC016482, AC016482, AC027803, AC023315).
  • the exon-intron structure of ACC- ⁇ was established by aligning these clones on the cDNA of ACC- ⁇ : the coding part (7041 nucleotides, SEQ ID No.
  • the ACC- ⁇ gene comprises at least 3 non-coding exons containing the 5'UTR sequences and 54 coding exons, the latter of which contains the 3'UTR region according to the analysis of its sequence.
  • the 3'UTR sequence was determined on the basis of the numerous ESTs corresponding to this region identified among human ESTs from GenBank.
  • the 3'UTR region of ACC- ⁇ contains two polyadenylation signals, the first of which is at 1838 base pairs and the second at 2300 base pairs of the Stop codon.
  • the primers allowing, from genomic DNA, the amplification by PCR of the fragments containing exons of the ACC- ⁇ gene are described in Table 1.
  • Methods for detecting alterations of the ACC- ⁇ gene Knowledge of the exon-intron structure of the ACC- ⁇ gene has made it possible to search for its alterations in genomic DNA. The entire coding sequence and the intronic sequences surrounding each of the exons encoding the ACC- ⁇ gene have been analyzed for the presence of variants by the heteroduplex method (Sinilnikova et al., 1999) on genomic DNA extracted from blood samples.
  • PCR amplification of the fragments containing exons surrounded by 5'- and 3'- intronic sequences of 100 to 200 nucleotides each is carried out using the primers of sequence SEQ ID No. 1 to 128 and Taq Platinium Polymerase (Gibco Life Technologies). Amplification is carried out according to the standard protocol, but in the presence of dATP labeled with the 33 P isotope (Amersham). The PCR products are denatured for four minutes at 98 ° C and then undergo a gradual return to room temperature for 30 minutes in order to promote the renaturation of the single stranded DNA fragments.
  • PCR products When there is an alteration on one of the amplified alleles, three kinds of double-stranded fragments are generated: homoduplexes of wild sequence, homoduplexes of mutated sequence and heteroduplexes.
  • the migration of the PCR products is carried out in the vertical electrophoresis device (Gibco Life Technologies), in the MDE gel (TEBU), the 0.6X TBE buffer, at 11 mA. After migration, the gel is dried at 80 ° C under vacuum (Bio-Rad) and then autoradiographed (Kodak BioMax M film) at room temperature
  • the search for mutations and polymorphisms of the ACC- ⁇ gene was carried out on the genomic DNA of 66 individuals belonging to 43 families with multiple cases of breast and / or ovarian cancer. These families tested negative for germline mutations in the BRCA1 and BRCA2 breast cancer genes.
  • the frequency of polymorphic variants of the ACC- ⁇ gene was analyzed in a case-control study.
  • the case group consists of 372 incident cases of invasive breast cancer diagnosed in women before the age of 46.
  • the control group corresponds to 206 samples from the general population.
  • the chi2 method was used for the statistical analysis of the case-control study data.
  • the nucleotide change of the only polymorphism found in the coding region (1812 A> G Gln604Gln) does not induce a change in the amino acid concerned.
  • the Intronic polymorphisms located in the regulatory elements of splicing can be associated with a different efficiency and tissue specificity of splicing of the transcript (Mendell and Dietz, 2001).

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Abstract

Cette invention concerne l'identification de mutations et de polymorphismes du gene de l'acetyl-Coenzyme A-carboxylase-α (ACC-α), et leur application diagnostique pour la détection d'une susceptibilité au cancer.

Description

Méthode de diagnostic d'une susceptibilité au cancer
La présente invention concerne l'identification de mutations et de polymorphismes du gène de l'acetyl-Coenzyme A-carboxylase-α (ACC-α), et leur application diagnostique pour la détection d'une susceptibilité au cancer, en particulier du cancer du sein et/ou de l'ovaire.
Le cancer du sein est une affection très fréquente, qui touche près de 10 % des femmes du monde occidental. Dans les familles prédisposées, la transmission du risque se fait selon un mode autosomal dominant (Ford D. et al., 1998), et les tumeurs mammaires sont fréquemment associées à d'autres cancers, notamment le cancer de l'ovaire. L'étude de familles prédisposées a permis d'identifier deux gènes majeurs de prédisposition au cancer du sein : BRCA1 , localisé en 17q21 (Miki Y. et al., 1994) et BRCA2, localisé en 13q12-13 (Wooster R. et al., 1995). La majorité des cas familiaux de cancers du sein et/ou de l'ovaire sont liés à des mutations du gène BRCA1 (Ford D. et al., 1998).
La protéine BRCA1 et le gène codant pour cette protéine sont décrits dans les demandes de brevet EP 699 754 et EP 705 902. La fonction de la protéine BRCA1 est encore mal connue et l'étude de sa localisation cellulaire a fait l'objet de controverses. Seuls deux domaines remarquables de cette protéine ont été mis en évidence : un domaine en doigts de zinc à l'extrémité amino-terminale (Miki Y. et al., 1994), et un domaine BRCT (BRCA1 C-terminale) à l'extrémité carboxy-terminaie (Koonin E.V. et al., 1996 ; Callebaut I. et Mornon J.P., 1997; Bork P. et al., 1997).
Une étude plus approfondie (Callebaut I. et Mornon J.P., 1997) a permis de montrer que le domaine BRCT est constitué par la duplication d'un module d'une centaine d'acides aminés comportant des séquences très conservées. Ce module BRCT est retrouvé au sein d'une quarantaine de protéines présentes dans diverses espèces (Bork P. et al., 1997). Parmi les protéines à BRCT dont la fonction est caractérisée, la plupart sont impliquées dans les mécanismes de réparation de l'ADN et de contrôle du cycle cellulaire. Des travaux préalables des inventeurs portant sur le rôle fonctionnel de BRCA1 ont permis de mettre en lumière une nouvelle interaction protéine-protéine impliquant d'une part la protéine BRCA1 , plus particulièrement le domaine BRCT, et, d'autre part, l'acetyl-Coenzyme A- carboxylase- α (ACC-α).
L'ADNc de ACC-α humain (SEQ ID n°129) a été clone en 1995 par Abu-Elheiga et al. Sa séquence est très conservée chez l'homme, le rat, le poulet et la levure, en particulier au niveau des sites de liaison à la biotine, à l'ATP et au coenzyme A. La séquence protéique de ACC-α humaine est indiquée par SEQ ID n°130.
L'ACC-α est une enzyme cytoplasmique de 265 kDa, impliquée dans le contrôle de la biogenèse des acides gras à chaîne longue. Plus spécifiquement, l'ACC-α catalyse la conversion d'acétyl CoA en malonyl CoA, une réaction qui constitue la première étape dans la voie de synthèse des acides gras.
La synthèse d'acides gras par les cellules tumorales, en particulier si elle est indépendante de signaux de régulation, pourrait constituer une source d'énergie significative pour la prolifération de ces cellules. Dans ce sens, des travaux récents se sont attachés à étudier le rôle de la synthase d'acides gras (Fatty Acid Synthase, FAS) dans les processus tumoraux (Kuhajda F. P., 2000). La FAS est en effet l'enzyme principale de cette voie de synthèse puisqu'elle réalise la transformation terminale produisant l'acide gras palmitate. D'autre part, l'activité carboxylase de ACC-α étant partagée par d'autres enzymes, telles que la pyruvate carboxylase ou la propionyl CoA carboxylase, l'ACC-α n'a pas été considérée comme une cible de choix dans les études portant sur le rôle de la voie de synthèse des acides gras dans les processus tumoraux.
L'identification in vivo de l'existence d'un complexe endogène BRCA1/ACC-α, associée au fait que des mutations familiales du gène BRCA1 identifiées comme facteur de prédisposition au cancer bloquent la formation de ce complexe, a conduit les inventeurs à rechercher si le gène ACC-α constitue en tant que tel un facteur de risque de développement d'un cancer, notamment par l'intermédiaire de son interaction avec BRCA1.
Ainsi, la recherche de mutations germinales du gène ACC-α dans une série de cas familiaux de cancer du sein et/ou de l'ovaire a-t-elle mis en évidence deux altérations, 4213 C>G et 6812 C>T, provoquant une substitution d'un acide aminé pour un autre dans la séquence protéique : Leu1405Val et Ala2271Val. Ces mutations n'ont pas été détectées sur 280 chromosomes de la population générale.
Par ailleurs, l'identification de nombreux variants polymorphes dans le gène ACC-α a permis d'effectuer une étude cas-témoins comparant la fréquence de ces polymorphismes chez des femmes atteintes de cancer du sein et dans une population témoin. Cette étude a montré que certains polymorphismes du gène ACC-α sont associés à une augmentation (1866+67T>C OR=1 ,766 (1 ,178-2,648)) ou une diminution (610-16T>C OR= 0,537 (0,31 1-0,927)) du risque de développer un cancer du sein.
Dans le cadre de la présente demande, les positions des mutations ou polymorphismes du gène ACC-α sont indiquées d'après la nomenclature de Dunnen et Antonarakis (2000). Brièvement, selon cette nomenclature, les substitutions sont indiquées par le symbole ">", "G>T" indiquant que G est remplacé par T. Les délétions sont désignées par "del", les insertions par "ins". Les mutations introniques sont indiquées par le numéro d'intron précédé de "IVS", ou par une position dans l'ADNc, suivi d'un nombre positif ou négatif. Le nombre positif indique la position par rapport au G du site donneur d'épissage GT. Le nombre négatif indique la position par rapport au G du site accepteur d'épissage AG.
En l'absence de toute autre précision, le terme "mutation" ou "altération" utilisé ci-dessous désigne indifféremment un polymorphisme, une mutation germinale ou une mutation somatique.
L'invention a donc pour objet une méthode de diagnostic in vitro d'un cancer ou risque de cancer chez un individu, dans laquelle on détecte une altération de la séquence du gène ACC-α ou de l'expression de ACC-α, par rapport à une population contrôle, ladite altération étant indicative d'un cancer ou d'un risque accru de développer un cancer.
Le sujet de la méthode de diagnostic selon l'invention est généralement un être humain, mais cette méthode peut également être étendue à tout mammifère, le cas échéant.
Préférentiellement, ledit cancer est un cancer du sein ou de l'ovaire.
Dans le cadre de la présente invention, "une altération de l'expression de ACC-α" inclut une variation positive ou négative du niveau d'expression du gène ACC-α ou de la protéine ACC-α. Le niveau d'expression du gène ACC-α peut être déterminé par mesure de la quantité de transcrits
(ARNm) par tout moyen connu, tel que Northern Blot ou TaqMan. La quantité de protéine exprimée peut être évaluée par des techniques quantitatives ou semi-quantitatives tel que le Western Blot, ou par mesure de l'activité enzymatique, en quantifiant la carboxylation de l'acétyl CoA en malonyl CoA.
Des protocoles de mesures de l'activité catalytique d'une enzyme donnée sont notamment décrits dans des manuels tels que Methods in Enzymology
(Colowick S. P., Kaplan N.O. et autres, 1955 et suite) bien connus de l'homme du métier. De telles analyses peuvent être effectuées dans les tissus cibles, par exemple à partir d'une biopsie mammaire ou de l'ovaire, à partir d'extraits de ces tissus, ou à partir d'autres matériels biologiques tels que des prélèvements sanguins.
Selon un mode particulier, la méthode de diagnostic selon l'invention recherche une altération germinale de la séquence du gène ACC-α et/ou de la séquence du promoteur de ce gène, ladite altération étant indicative d'une prédisposition à développer un cancer. Préférentiellement un polymorphisme 1866+67T>C ou 610-16T>C dans le gène ACC-α ou en une altération germinale produisant une substitution Leu1405Val ou Ala2271Val dans la séquence de la protéine ACC-α peuvent être recherchés.
Selon un autre aspect, la méthode de diagnostic recherche une altération somatique de la séquence du gène ACC-α et/ou du promoteur de ce gène dans un échantillon biologique, ladite altération étant indicative d'une tumeur pré-néoplasique ou néoplasique.
Ledit échantillon biologique peut être un prélèvement de tissu, un prélèvement sanguin ou tout autre échantillon biologique permettant d'obtenir l'ADN génomique.
La mise en évidence d'un allèle ou d'une altération somatique ou germinale (mutation) de ACC-α tels que mentionnés ci-dessus peut se faire selon différentes méthodes bien connues de l'homme du métier. Cette mise en évidence comprend en général deux étapes principales que sont l'extraction d'un échantillon de l'ADN génomique et la détection de l'allèle variant. Avantageusement, l'ADN extrait est amplifié par toute méthode connue en soi, telle que la méthode PCR (polymerase chain reaction), avant analyse de la variation allélique. II existe un grand nombre de méthodes analytiques qui peuvent être utilisées pour détecter une altération germinale ou somatique de la séquence du gène ACC-α telle que précédemment décrite. La détection peut être effectuée par une méthode automatisée ou par une méthode visuelle directe. En général, cette détection requiert une technique de détection de mutation, éventuellement une réaction d'amplification et optionnellement un système de génération de signal.
Ainsi, cette détection de variants peut être réalisée en mettant en œuvre une ou plusieurs méthodes de différents types, telles que notamment :
- méthodes de sequençage, telles que le sequençage direct d'ADN, le sequençage par hybridation (avec utilisation de sondes d'oligonucléotides),
- méthodes basées sur l'hybridation, telles que l'hybridation spécifique d'allèle (ASO), la technique de 5'-exonucléase (Taqman™), l'hybridation sur « puces à ADN » (microarrays ou oligo-chips), - techniques de ligation, telles que la technique de ligation d'oligonucléotides (OLA),
- techniques d'incorporation, tel que le « miniséquençage », - techniques physico-chimiques, telles que la chromatographie liquide à haute pression en conditions dénaturantes (DHPLC), la spectrométrie de masse,
- les techniques avec enzymes de restriction, telles que la PCR générant des sites de restriction ou la technique RFLP (Restriction Fragment
Length Polymorphism).
Cette mise en évidence d'un variant peut comprendre plus particulièrement les étapes suivantes :
- extraction d'un échantillon de l'ADN génomique d'un sujet ; - amplification de l'ADN ;
- éventuellement transfert de l'ADN amplifié sur un support de détection du variant ;
- détection du variant.
La présente invention concerne également les moyens utilisés pour la détection d'une altération germinale ou somatique de la séquence du gène ACC-α.
La présente invention concerne ainsi un acide nucléique (ADN ou ARN) isolé comprenant une séquence partielle du gène ou de l'ADNc de ACC- α, dans laquelle une mutation associée à un cancer ou d'un risque accru de développer un cancer est présente. Préférentiellement, ladite mutation est un polymorphisme sélectionné parmi le groupe constitué de 360+86 T>C, 361 -22 OT, 610-16 T>C, 692-37 T>G, 898-3 A>C, 1009-29 G>A, 1009-18 insT, 1866+67 T>C, 2052+59 G>T, 2921 +50 delC, 3364-10 T>C, 3597-45 OA, 4048-92 T>G, 4048-60 T>C, 4090-16 T>C, 4090-29 G>A, 4666-7 OG, 5713- 84 T>C, 5713-75 G>A, 5931-32 A>G, 6164-30 T>A et 1812 A>G, et ladite mutation est sélectionnée parmi le groupe constitué de 4213 C>G et 6812 C>T. Préférentiellement encore, ledit polymorphisme est sélectionné parmi le groupe constitué de 1866+67T>C ou 610-16T>C. En particulier, un acide nucléique selon l'invention comprend une séquence partielle du gène ACC-α contenant le nucléotide 1866+67 C ou 610- 16 C, ou une séquence partielle du gène ACC-α ou de l'ADNc de ACC-α contenant le nucléotide 4213 G ou 6812 T. La séquence partielle du gène ou de l'ADNc de ACC-α présente au moins 13 bases, de préférence au moins 17 et encore mieux au moins 30. De préférence, elle présente moins de 200 nucléotides et préférentiellement encore moins de 100 bases. L'acide nucléique selon l'invention peut être d'origine naturelle ou être synthétisé par des techniques bien connues de l'homme du métier.
Selon un mode de réalisation préféré, l'acide nucléique isolé selon l'invention peut être amplifié à l'aide d'un couple d'amorces choisi dans le groupe constitué des acides nucléiques de séquence SEQ ID n°1 à 128. L'invention concerne donc en outre l'utilisation de la séquence du gène ou de l'ADNc de ACC-α pour la fabrication d'un acide nucléique comprenant une séquence partielle du gène ou de l'ADNc de ACC-α, dans laquelle une mutation associée à un cancer ou à un risque accru de développer un cancer, est présente. Préférentiellement, ladite utilisation comprend en outre l'utilisation d'un couple d'amorces sélectionné dans le groupe constitué par les acides nucléiques de séquence SEQ ID n° 1 à 128 pour amplifier ladite séquence partielle du gène ou de l'ADNc de ACC-α.
Un tel acide nucléique comprenant une séquence partielle du gène ou de l'ADN de ACC-α, dans laquelle une mutation associée à un cancer ou à un risque accru de développer un cancer est présente, est utile pour détecter la présence de mutations dans la séquence du gène ACC-α.
Les exemples suivants illustrent l'invention :
Exemple 1 : Analyse des altérations germinales du gène ACC-α:
Identification de la structure exon-intron du gène ACC-α : La structure génomique de ACC-α n'a pas été caractérisée jusqu'à présent. Seules les séquences du transcrit de ACC-α ont été caractérisées et la séquence codante et celle de 5'UTR (untranslated région) ont été décrites dans la littérature (Abu-Elheiga L. et al., 1995; Ha et al., 1994). Le criblage des bases de données GenBank (htgs database, http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/BLAST/ ) a permis d'identifier plusieurs clones contenant les séquences génomiques humaines du chromosome 17 homologues à l'ADNc de ACC-α (AC002346, AC007900, AC068400, AC016482, AC016482, AC027803, AC023315). La structure exon-intron de ACC-α a été établie par alignement de ces clones sur l'ADNc de ACC-α : la partie codante (7041 nucléotides, SEQ ID n° 129) (NM000664, U19822), les séquences 5'UTR décrites par Ha et al (1994), ainsi que celles identifiées dans la base EST (AA972009, AW188201 , AI91 1311 , BF154865, AI566190, AV699661 ).
Cette analyse a indiqué que le gène ACC-α comprend au moins 3 exons non-codants contenant les séquences 5'UTR et 54 exons codants, dont le dernier contient la région 3'UTR d'après l'analyse de sa séquence. La séquence 3'UTR a été déterminée sur la base des nombreuses EST correspondant à cette région identifiées parmi des EST humains de GenBank. La région 3'UTR de ACC-α contient deux signaux de polyadénylation dont le premier se trouve à 1838 paires de bases et le deuxième à 2300 paires de bases du codon Stop. Les amorces permettant, à partir de l'ADN génomique, l'amplification par PCR des fragments contenant des exons du gène ACC-α sont décrites dans le Tableau 1.
Méthodes de détection des altérations du gène ACC-α: La connaissance de la structure exon-intron du gène ACC-α a permis de rechercher ses altérations au niveau de l'ADN génomique. La totalité de la séquence codante et les séquences introniques entourant chacun des exons codant du gène ACC-α ont été analysées pour la présence de variants par la méthode des hétéroduplex (Sinilnikova et al., 1999) sur l'ADN génomique extrait à partir de prélèvements sanguins.
Une amplification par PCR des fragments contenant des exons entourés de séquences 5'- et 3'- introniques de 100 à 200 nucléotides chacune est effectuée à l'aide des amorces de séquence SEQ ID n°1 à 128 et de Taq Platinium Polymerase (Gibco Life Technologies). L'amplification s'effectue selon le protocole standard, mais en présence de dATP marqué à l'isotope 33P (Amersham). Les produits de PCR sont dénaturés pendant quatre minutes à 98°C et subissent ensuite un retour progressif à la température ambiante pendant 30 minutes afin de favoriser la renaturation des fragments simple brin d'ADN. Lorsqu'il existe une altération sur l'un des allèles amplifiés, trois sortes de fragments double brin sont générés : les homoduplex de séquence sauvage, les homoduplex de séquence mutée et les hétéroduplex. La migration des produits de PCR est réalisée dans l'appareil d'electrophorese verticale (Gibco Life Technologies), dans le gel MDE (TEBU), le tampon TBE 0,6X, à 11 mA. Après la migration, le gel est séché à 80°C sous vide (Bio-Rad) et ensuite autoradiographié (film Kodak BioMax M) à température ambiante
Tableau 1. Amorces permettant l'amplification par PCR des fragments contenant des exons du gène ACC-α à partir de 'ADN génomique.
Fragme de PC
Exon Région Amorce sensé SEQ ID n° Amorce anti-sense SEQ ID πc (Pb)
A 5'UTR GGATAACGTTCCCATCTCCA 1 AATTTATCAAAGGCAGACTTCTAAA 2 611
B 5'UTR ATCGGCATCGCCTCACAT 3 CCGATCTGGATAGTGTGGAG 4 500
C 5'UTR ATGCTGAGCAAAACAGGAAT 5 AACACAAAAGCCTACAGTTTGAT 6 213
1 Codant TCCACGTCTCAGCTATGGTT 7 AGGAAAAGGCAAAGCAGTCT 8 463
2 Codant CTTCACAGGATGCAGTTGTG 9 GGAGGCAGAAAGGCTAAAAT 10 381
3 Codant TCTTTTCCTCCATTGTTGCT 11 TTGGAAGTCCTATGTTTGGG 12 316
4 Codant TAATGCTGTTTGTCCTGTGG 13 AGATATCCCCTTGTGCCTAA 14 299
5 Codant TGTACCTCAAGAAACAGGGC 15 GAGCCCAGCACATGTTAAAC 16 283
6 Codant GGGGAGGACAAGACAAATACAT 17 TTCAAAAGAGGTAAGTCCCAAA 18 283
7 Codant CATCCACTCTCAGTTTTGGG 19 GTACATATCACGAGCCAGGC 20 309
8 Codant TTAAAGGGAGAAAAATGCCAGT 21 TTTCTGGGCATCCAAATTATAG 22 282
9 Codant GGACATCTGCTTGTTGAAATCA 23 GAATCGTTGCTTAAAATGCCAT 24 407
10 Codant TCAGTGAGAGGCTGTAGTGGTC 25 TGTGACTCAGATAGGAGGTGCT 26 352
11 Codant GAATGTTTTAGGGAGTGGCTCC 27 GTTTCCCACTCCAGAGGAAGTC 28 386
12 Codant TGGCCTTTATCATTTTTGTGTG 29 ACAGCAGATGATTCCTATTCCC 30 386
13 Codant GCCTCCCAAAGTGTTAGGAT 31 TTTCCAGGTAGATCAAGAACCA 32 363
14 Codant TGGAGATTTTCATTGCTAGCTG 33 AATGGGTCTTTGAGCTTCAGTC 34 295
15 Codant GGAAATGCTACAATCAATAATGTT 35 CAGGACACTGACAAAAATAATGA 36 306
16 Codant TTCATTTGGAGCTGTACCTGG 37 ACAAATGAGTACCAAGAAAAGCCT 38 308
17 Codant TCAGGATTTTTTTTCTTTGAAGGT 39 AGTGGTAGGATTACAGGCACAAG 40 378
18 Codant GTCAAATTAGGTGTGGTCCAAC 41 AGCTAAAGAAAACACTGGCAAA 42 352
19 Codant TTGACTTCCCTCCTGGTAGC 43 AAACAGCTTTCTTTTCCTCCC 44 382
20 Codant GGGTTCCGTAGGGCTCAAGT 45 CTGAGGCAGTTTTGTGAGGAAT 46 496
Fragme de PC
Exon Région Amorce sens SEQ ID nc Amorce anti-sense SEQ ID n° (pb)
21 Codant AGATTCCTACTGGTCGTGCTATA 47 TGCTTTCCAATTTCTTGAAGTC 48 321
22 Codant TGGAATGTCGTGGAGGTAAAT 49 GTTGACAGGAGGGGGCTTAG 50 307
23 Codant TTTCTTCTCACTGCTCGTCTCA 51 CTCTGGCCATAGCCATCAAA 52 334
24 Codant CTTCTTTACCACATTGTTTAGGG 53 CATTTGTTCTGAGGAAAACGTGA 54 419
25 Codant TCTGTTTTATCTGTGATGCCTG 55 GAGGTAAGAGTCCAGATAGGCAG 56 296
26 Codant GGCACAGAGAGATTATGGCATT 57 AAGGCCAGAGAACTAGAACTGAC 58 318
27 Codant TCTCCCCACAGAGCACCTT 59 TGTTCATTTTTTGCCCTACATTT 60 354
28 Codant CAGAGCTGCCAAACTGGAGC 61 GCTCAGGACTCCCTAGCAGATAA 62 269
29 Codant CTCTGCAACCTGACCCTACTTC 63 AAGATGAGACCCCAAAACACAG 64 328
30 Codant TTGAGCCCAGGCTAAGATAGATT 65 GGGTAAAAGGATGAATTCTTTCC 66 318
31 Codant GGCAGTGGTTTCAATTTGCT 67 CAGCCAGTAGAAAGGGGACA 68 323
32 Codant AGGGCCGAATGGGATAAAAT 69 AAGTTGTAGCAGCAGCATAAGAAA 70 186
33 Codant TTGTTACTAATTGCCAACTTCTGC 71 TCCCAAAGTGCTGGGATTAC 72 269
34 Codant GTGATGGTTATGCGGAGGAT 73 AGGCAACAGGAAGCACAAGT 74 345
35 Codant TGTAGCTCATTTTTGTTGCTCA 75 TGTTCTCTCTCAGCAGAAGCATA 76 452
36 Codant CTTCACCAAGTGCCTTATGATTC 77 CCTGTTTCCAAGTCCAAGTGAG 78 358
37 Codant TGCATCTCCACAAACCAACCTC 79 TGGGTCTTCTATAACAAGGACG 80 404
38 Codant TGTGCAAAAAAAGCCCCTCTAG 81 TTCTAGCCAAAACCGCATCTGA 82 320
39 Codant GGAAAAGAAGGCAAAACCAGAT 83 CCAACAAGACTACCATGCTCCA 84 351
40 Codant TTTGTAGTTTCCCACAGGGAGTT 85 GGTGTCTTAAGGAATTTTCACAAA 86 577
41 Codant AAACCTAAGAAGTGATGTGGCA 87 TTCTTCAAGGTTATGAACAGCTG 88 321
42 Codant GCACATAAAGCCCTGGCATTA 89 AATGCTCTCATTTGGGACTGAG 90 351
43 Codant TGTGTGTGTTGTTGTCAATCAA 91 GTCAATGGGCAGCAAAAGAT 92 410
44 Codant TAGTCCCTCAGAACAACCAACC 93 AGAAGGCAAAATATGGCTGTAAG 94 455
45 Codant TAGGATTCTTCCAGCTGAAGATTG 95 AGGGCTGGTTTTCAGGTCTTTCT 96 413
46 Codant CCCCAAAATAATCCCCCAAAC 97 TGGGCATGGCTATAATCCAATA 98 337
47 Codant TCCCCTGCTCTCTGTGTTTGT 99 TCCTGATGTATTCACAGGCAC 100 294
Fragme de PC
Exon Région Amorce sensé SEQ ID n° Amorce antî-sense SEQ ID n° (pb)
48 Codant CCAAACATGATGATCTTGATGAA 101 GTCTCAGAGAGGGCAGAATCC 102 420
49 Codant ATAAGGAGGCTCTTCGTGGC 103 TTTGGAATCACAGGATGTGG 104 394
50 Codant GTCTACAAATTGTAACTGGCCTCA 105 TCAAATGCTTCAGTGCCTCCTC 106 300
51 Codant GATGTTGAGCTTCCCGTGAT 107 GCTTATGAGCCTGTGTGCAA 108 326
52 Codant TTTCCCTCCAGACTGAGCAT 109 GACTCTTTGCTGGCGAGACT 110 320
53 Codant ACGGAGCACACTTTTGGAGT 111 TCCAAAGAAATTAGCCCTCCT 112 295
54-1 Codant GGGCAGTTCTTTAGCTGTCCT 113 GGTCTCCTGTGCCTTCTCAT 114 296
54-2 3'UTR CGGGCAGAAGTCATAAGGAT 115 GTGCAGGGAGTGGAGGACTA 116 306
54-3 3'UTR TCCTCTCGTTTCAGGTTATGC 117 GCTCACAGTTTTGCCCTCAT 118 504
54-4 3'UTR AGGCACTGGAGAGGAATGAT 119 TGAGTGTGGAGGCACCATTA 120 511
54-5 3'UTR TGTGGAGAGCCAGTGAGATAGA 121 GCAGTTAGCTGCACTAAAGGAA 122 516
54-6 3'UTR CAAGAAAAGAACTTACTGATTCCTCTG 123 AAGCAAATAGCCAGCAATGG 124 457
54-7 3'UTR CCTGGTGGAAGGTACAGGTG 125 CATAATTTGGTGGGGAGAGG 126 288
54-8 3'UTR CTGTCCAGGCATGTCTTCAG 127 ACTGAGCCCCTGCTGAAAG 128 498
Tous les échantillons présentant des anomalies dans ce test ont été ensuite séquences afin d'identifier l'altération détectée par analyse des hétéroduplex. La réaction de sequençage est effectuée à l'aide de la trousse
Big Dye Terminator (Applied Biotechnologies). L'analyse électrophorétique est réalisée dans l'appareil ABI Prism 3100 (Applied Biosystems).
- Echantillons testés :
La recherche de mutations et de polymorphismes du gène ACC-α a été effectuée sur l'ADN génomique de 66 individus appartenant aux 43 familles présentant des cas multiples de cancer du sein et/ou de l'ovaire. Ces familles avaient un résultat négatif au test de recherche des mutations germinales des gènes de prédisposition au cancer du sein BRCA1 et BRCA2.
La fréquence des variants polymorphes du gène ACC-α a été analysée dans une étude cas-témoins. Le groupe de cas est constitué de 372 cas incidents de cancer du sein invasif diagnostiqués chez les femmes avant l'âge de 46 ans. Le groupe de témoins correspond à 206 échantillons issus de la population générale. La méthode de chi2 a été utilisée pour l'analyse statistique des données de l'étude cas-témoins.
Exemple 2 : Mutations germinales et variants polymorphes du gène ACC-α associés au cancer du sein
La recherche de mutations et de polymorphismes du gène ACC-α a été effectuée sur l'ADN génomique de 66 individus appartenant aux 43 familles présentant des cas multiples de cancer du sein et/ou de l'ovaire. Cette analyse a démontré une conservation extrêmement forte de la séquence codante du gène, étant donné que 21 sur 22 des polymorphismes identifiés ont été trouvés dans les séquences introniques (360+86 T>C, 361-22 OT, 610-16 T>C, 692-37 T>G, 898-3 A>C, 1009-29 G>A, 1009-18 insT, 1866+67 T>C, 2052+59 G>T, 2921 +50 delC, 3364-10 T>C, 3597-45 OA, 4048-92 T>G, 4048-60 T>C, 4090-16 T>C, 4090-29 G>A, 4666-7 OG, 5713- 84 T>C, 5713-75 G>A, 5931-32 A>G, 6164-30 T>A). Le changement nucléotidique du seul polymorphisme se trouvant dans la région codante (1812 A>G Gln604Gln) n'induit pas de changement de l'acide aminé concerné. Les polymorphismes introniques situés dans les éléments régulateurs de l'épissage peuvent être associés à une efficacité et une spécificité tissulaire différentes de l'épissage du transcrit (Mendell et Dietz, 2001 ).
Deux mutations germinales du gène ACC-α provoquant une substitution d'un acide aminé pour un autre dans la séquence proteique
(Leu1405Val et Ala2271Val) ont été découvertes dans la série de familles de cancer du sein analysée. Ces mutations n'ont pas été détectées sur 280 chromosomes de la population générale.
La fréquence des polymorphismes identifiés a été comparée dans une étude cas-témoins chez des femmes atteintes de cancer du sein et dans une population témoin. Cette étude a montré que le polymorphisme intronique du gène ACC-α 1866+67T>C est plus fréquent chez les femmes atteintes (114 sur 366) que dans la population témoin (42 sur 206) : OR=1 ,766, intervalle de confiance de 95 % (1 ,178-2,648). Un autre polymorphisme intronique 610- 16T>C, a été trouvé moins fréquemment chez les femmes atteintes (44 sur 372) que dans la population témoin (24 sur 120) : OR=0,537, intervalle de confiance de 95 % (0,311-0,927). Ces résultats son statistiquement significatifs et indiquent que les allèles de ACC-α 1866+67C et 610-16C sont associés aux variations du risque de développer un cancer du sein.
BIBLIOGRAPHIE
Ford D. et al. (1998). Genetic heterogeneity and penetrance analysis of the BRCA1 and BRCA2 gènes in breast cancer families. Am. J. Hum. Genêt. 62: 676-689.
Miki Y. et al. (1994). A strong candidate for the breast and ovarian cancer susceptibility gène BRCA1. Science. 266: 66-71.
Wooster R. et al. (1995). Identification of the breast cancer susceptibility gène BRCA2. Nature. 378: 789-792.
Koonin E.V. et al. (1996). BRCA1 protein products: Functionnal motifs. Nat. Genêt. 13: 267-269.
Callebaut I. et Mornon J.P. (1997). >From BRCA1 to RAP1 : a widespread BRCT module closely associated with DNA repair. FEBS. 400: 25-30.
Bork P. et al. (1997). A superfamily of conserved domains in DNA damage-responsive cell cycle checkpoint proteins. The FASEB J. 11 : 68-76.
Abu-Elheiga L. et al. (1995). Human acetyl-CoA carboxylase : characterization, molecular cloning, and évidence for two isoforms. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 92: 4011-4015.
Kuhajda F. P. (2000). Fatty-Acid Synthase and human cancer: new perspectives on its rôle in tumor biology. Nutrition 16: 202-208.
Colowick S. P., Kaplan N.O. et autres (1955 et suite). Methods in Enzymology. Vol. 1 et suivants, Académie Press Inc., New York.
Tuerk et Gold (1990) Systematic évolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase. Science, 3:249(4968):505-10.
Jayasena (1999) Aptamers: an emerging class of molécules that rival antibodies in diagnostics. Clin. Chem. 45(9): 1628-50.
Ha J. et al. (1994) Cloning of human acetyl-CoA carboxylase cDNA. EurJ Biochem. 219(1-2):297-306. Sinilnikova et al. (1999) Germline brca2 séquence variants in patients with ocular melanoma. Int J Cancer. 82(3):325-8.
Dunnen et Antonarakis (2000) Mutation nomenclature extensions and suggestions to describe complex mutations: a discussion. Hum Mutation. 15 :7-12.
Mendell et Dietz (2001 ) When the message goes awry: disease-producing mutations that influence mRNA content and performance. Cell. 107 :411-414.

Claims

REVENDICATIONS
1. Méthode de diagnostic in vitro d'un cancer ou risque de cancer chez un individu, dans laquelle on détecte une altération de la séquence du gène ACC-α ou de l'expression de ACC-α, par rapport à une population contrôle, ladite altération étant indicative d'un cancer ou d'un risque accru de développer un cancer.
2. Méthode selon la revendication 1 , dans laquelle ledit cancer est un cancer du sein ou de l'ovaire.
3. Méthode selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle on recherche une altération germinale de la séquence du gène ACC-α et/ou de la séquence du promoteur de ce gène, ladite altération étant indicative d'une prédisposition à développer un cancer.
4. Méthode selon la revendication 3, dans laquelle ladite altération consiste en un polymorphisme 1866+67T>C ou 610-16T>C dans le gène ACC-α ou en une altération germinale produisant une substitution Leu1405Val ou Ala2271Val dans la séquence de la protéine ACC-α.
5. Méthode selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle on recherche une altération somatique de la séquence du gène ACC-α et/ou du promoteur de ce gène dans un échantillon biologique, ladite altération étant indicative d'une tumeur pré-néoplasique ou néoplasique.
6. Acide nucléique isolé comprenant une séquence partielle du gène ou de l'ADNc de ACC-α, dans laquelle un polymorphisme sélectionné parmi le groupe constitué de 1866+67T>C ou 610-16T>C est présent.
7. Acide nucléique selon la revendication 6, caractérisé en ce que ladite séquence partielle du gène ACC-α contient le nucléotide 1866+67 C ou 610-16 C.
8. Acide nucléique isolé comprenant une séquence partielle du gène ou de l'ADNc de ACC-α, dans laquelle une mutation sélectionnée parmi le groupe constitué de 4213 C>G et 6812 OT est présente.
9. Acide nucléique selon la revendication 8, caractérisé en ce que ladite séquence partielle de l'ADNc de ACC-α contient le nucléotide 4213 G ou 6812 T.
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1759020A2 (fr) * 2004-06-21 2007-03-07 Exelixis, Inc. Acacs utilises comme genes modificateurs de la voie igf et leurs procedes d'utilisation
WO2009009752A2 (fr) * 2007-07-11 2009-01-15 Intergenetics, Inc. Modèles génétiques pour le classement des risques de cancer

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2001066800A2 (fr) * 2000-03-07 2001-09-13 Whitehead Institute For Biomedical Research Polymorphismes humains a nucleotide unique

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2001066800A2 (fr) * 2000-03-07 2001-09-13 Whitehead Institute For Biomedical Research Polymorphismes humains a nucleotide unique

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MONCUR J T ET AL: "THE SPOT 14 GEN RESIDES ON THE TELOMERIC END OF THE 11Q13 AMPLICON AND IS EXPRESSED IN LIPOGENIC BREAST CANCERS: IMPLICATIONSFOR CONTROL OF TUMOR METABOLISM" PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF USA, NATIONAL ACADEMY OF SCIENCE. WASHINGTON, US, vol. 95, no. 12, 9 juin 1998 (1998-06-09), pages 6989-6994, XP001061755 ISSN: 0027-8424 *
SOURDIOUX M ET AL: "DNA polymorphisms of lipogenesis genes and analysis of linkage with fatness in turkeys." POULTRY SCIENCE, vol. 75, no. 8, 1996, pages 1018-1026, XP001150356 ISSN: 0032-5791 *
WITTERS LEE A ET AL: "Identification of human acetyl-CoA carboxylase isozymes in tissue and in breast cancer cells." INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, vol. 26, no. 4, 1994, pages 589-594, XP001150349 ISSN: 0020-711X *

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1759020A2 (fr) * 2004-06-21 2007-03-07 Exelixis, Inc. Acacs utilises comme genes modificateurs de la voie igf et leurs procedes d'utilisation
EP1759020A4 (fr) * 2004-06-21 2008-04-16 Exelixis Inc Acacs utilises comme genes modificateurs de la voie igf et leurs procedes d'utilisation
WO2009009752A2 (fr) * 2007-07-11 2009-01-15 Intergenetics, Inc. Modèles génétiques pour le classement des risques de cancer
WO2009009752A3 (fr) * 2007-07-11 2009-02-26 Intergenetics Inc Modèles génétiques pour le classement des risques de cancer

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