WO2002034905A1 - Procédé d'amplification de gènes - Google Patents

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WO2002034905A1
WO2002034905A1 PCT/JP2001/009490 JP0109490W WO0234905A1 WO 2002034905 A1 WO2002034905 A1 WO 2002034905A1 JP 0109490 W JP0109490 W JP 0109490W WO 0234905 A1 WO0234905 A1 WO 0234905A1
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pressure
fluid
reaction
nucleic acid
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PCT/JP2001/009490
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Inventor
Kenji Mishima
Original Assignee
Supercritical Co., Ltd.
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions

Definitions

  • the present invention relates to a method for amplifying a gene using a nucleic acid synthase. More specifically, the present invention relates to a gene amplification method using at least one high-pressure fluid selected from the group consisting of a supercritical fluid, a subcritical fluid, a high-pressure gas, and a liquid as a reaction medium.
  • a high-pressure fluid selected from the group consisting of a supercritical fluid, a subcritical fluid, a high-pressure gas, and a liquid as a reaction medium.
  • nucleic acid sequences such as deoxyliponucleic acid (DNA) and ribonucleic acid (RNA)
  • DNA deoxyliponucleic acid
  • RNA ribonucleic acid
  • a method of performing amplification using an appropriate thermostable enzyme while controlling the reaction temperature is an effective means.
  • many methods for amplification of DNA and RNA have been reported (Mineo Tanba, "Chemical Synthesis of DNA", Hirokawa Shoten (1992)).
  • the polymerase chain reaction (PGR) method is a method for directly amplifying short RNA or DNA fragments in the genome.
  • Amplification of the gene by PCR is performed by dissociating the target gene in the presence of the target gene, a primer (probe) complementary to the target gene, a nucleic acid and a heat-resistant nucleic acid synthetase, and (ii) dissociating the target gene.
  • Anneal the primer (or probe) with the target gene hybrid (Iii) a process of performing a chain extension reaction (gene synthesis reaction) as one cycle, and repeating this process to amplify the gene.
  • the dissociation and chain elongation reactions of this gene are controlled at appropriate temperatures. However, it takes a long time from gene amplification to detection, and is expensive due to the use of a special enzyme. There is.
  • single-stranded DNA of a polymer usually has a complicated structure. Hybridization of a single-stranded DNA probe of a macromolecule having such a complex structure to a target gene takes time, or the proofreading activity of a heat-resistant enzyme used for amplification is weak. There are problems such as high frequency of errors.
  • acrylic acid having a fluoroalkyl group in supercritical diacid carbon Radical polymerization reaction of estenole (DeSimone et al., Science, 265, 356 (1994)), non-catalytic hydrogenation reaction (Jessop et al., Nature, 368, 231 (1 994)), and enzymatic reactions (O. Aaltonen and M. Rantakyla, CHEMTECH, 4, 240 (1991)).
  • the present inventors have already developed a gene synthesis and cleavage technology using supercritical carbon dioxide (Japanese Patent Application Laid-Open No. 11-206371).
  • thermostable nucleic acid synthase to amplify a gene while controlling the temperature. Disclosure of the invention
  • an object of the present invention is to provide a technique for amplifying a gene by using a supercritical fluid to reduce errors in power gene amplification.
  • the present invention relates to a gene amplification method for amplifying a gene by annealing a primer to a target gene and using a heat-resistant nucleic acid synthase, comprising a supercritical fluid, a subcritical fluid, a high-pressure gas, and a liquid.
  • the present invention relates to a gene amplification method using at least one kind of high-pressure fluid selected from the group consisting of:
  • the fluid is a supercritical fluid, and controls at least one of working pressure or temperature to amplify genes and reduce errors in synthesized genes.
  • the fluid is a supercritical fluid of carbon dioxide.
  • thermostable nucleic acid synthetase is coated with a surfactant or a lipid, and more preferably, the surfactant is isooctylsodium sulfasuccinate, sorbitan monostearate or polio. Xylethylene octyl phenyl ether, and the lipid is lecithin.
  • FIG. 1 is a diagram showing an apparatus for performing gene amplification using supercritical carbon dioxide as a reaction medium.
  • Figure 2 shows the results of D amplification with Taq polymerase using the device shown in Figure 1.
  • FIG. 3 is an agarose gel electrophoresis photograph of a DNA fragment amplified by the apparatus of FIG. 1 using (A) KOD polymerase and (B) Pfu polymerase.
  • Fig. 4 shows the results of using the conventional PCR amplification product (P) and supercritical carbon dioxide.
  • an object of the present invention is to provide a technique for amplifying a gene using a high-pressure fluid and reducing an error in gene amplification.
  • the reaction medium in the present invention is characterized in that it is a high-pressure fluid. Fluids are liquids and gases in a flowing state. High pressure is a pressure above atmospheric pressure, usually above 7.3 MPa. The temperature is lower than the temperature at which the thermostable nucleic acid synthase is not inactivated, and generally lower than 100 ° C. However, in the case of KOD polymerase, it differs depending on the enzyme, for example, it does not inactivate even at temperatures exceeding 100 ° C.
  • Fluids include supercritical fluids, subcritical fluids, high pressure gases, and liquids.
  • the fluid may be composed of a single gas or liquid, may be a mixture of two or more different gases or different liquids, or may be a mixture of gas and liquid.
  • the supercritical fluid, subcritical fluid, high-pressure gas, and liquid used in the present invention Although not particularly limited, for example, compounds (gases) known to have utility as supercritical fluids such as carbon dioxide, methane, ethane, propane, ethylene, and ammonia are preferably used. These fluids have the advantage of not contaminating the environment due to their easy recovery, in addition to the operational advantage of not inactivating the gene after the reaction.
  • Preferred fluids are supercritical fluids.
  • the supercritical fluid of carbon dioxide has a critical temperature of relatively close to room temperature of 304.2 K, is harmless, and can control the reaction only by pressure operation. It is most preferably used because it has excellent advantages such as no problem of residual solvent.
  • the following organic solvent may be added to the fluid.
  • Aliphatic alcohols such as methanol, ethanol and 1-propanol
  • aliphatic ketones such as acetone, methyl ethyl ketone and cyclohexanone
  • aromatic hydrocarbons such as benzene, toluene, xylene, tetrahydrafuran and dimethylformamide; .
  • the target gene used in the present invention refers to a gene that becomes a type II gene amplification reaction. If it is a DNA or RNA, its origin and size are not particularly limited, but are about 10 kb. Larger DNA sizes are preferred.
  • the primer (probe) used in the present invention is not particularly limited, and usually, a pair of a primer near the 5 'end and a primer near the 3' end of the target gene (type II) is used in a pair. Primers may be synthesized according to the target gene, or commercially available primers may be used if available. For example, when pBluescriptSK + is used as a target gene, KS primer, M13 (1 acZ) primer, SK primer, T3 primer, T7 primer and the like can be used.
  • thermostable nucleic acid synthetase used in the present invention is not particularly limited, and is generally used. Heat-resistant nucleic acid synthetase that has been used.
  • Pfu polymerase from Pyrococcus furiosus
  • Taq polymerase from Themus aquaticus
  • Tth polymerase from Themus thermophilius HBB
  • KOD polymerase from Pyrococcus Kodakaraensis K0D1
  • thermostable nucleic acid synthases can be used as they are, but are preferably coated with a surfactant or lipid to maintain the activity even in a high-pressure supercritical fluid and promote the reaction efficiently.
  • surfactants used for coating include, but are not limited to, isooctyl sodium sulfasuccinate, sorbitan monostearate, polyoxyethylene octyl / rephenyl ether, and the like.
  • lipids used for coating include lecithin.
  • thermostable nucleic acid synthase is carried out, for example, by adding an enzyme aqueous solution of 2 ⁇ g / ml and a solvent (preferably isooctane) in which a surfactant (preferably isooctyl sodium sulfasuccinate) is dissolved.
  • a surfactant preferably isooctyl sodium sulfasuccinate
  • the mixing is performed by mixing the surfactant and the solvent in a weight ratio of 10: 1: 25, mixing with a homogenizer for 10 minutes, and drying the mixed solution at room temperature.
  • the reaction cell was coated with a target gene, a primer (probe), a nucleic acid mixture (dNTP: a mixture of dATP, dCTP, dTTP and dGTP), and preferably a surfactant or lipid.
  • a primer probe
  • dNTP nucleic acid mixture
  • the heat-resistant nucleic acid synthase is charged, for example, by introducing carbon dioxide, preferably in a supercritical state.
  • the reaction is controlled by controlling at least one of the working pressure or temperature.
  • the dissociation and annealing reaction of the target gene is performed by adjusting the pressure or temperature so as to be about 90 to 98 ° C, preferably 93 to 95 ° C.
  • the amplification reaction (chain extension reaction) is carried out at about 65-85 ° C, preferably 69-76 ° C. It is performed by adjusting the pressure or temperature so as to be as follows.
  • a high-pressure reactor since the reaction is performed in a high-pressure fluid, a high-pressure reactor is used.
  • a high-pressure reactor is used as the amplification device used in the present invention.
  • a device using a supercritical fluid as shown in FIG. 1 can be used.
  • the amplification device will be described with reference to FIG.
  • the amplifying device is composed of a boosting section from cylinder 1 to stop valve V2, an amplification reaction section from stop pulp V4 to stop pulp V6, and an analysis and recovery section downstream thereof.
  • the pressurizing section has two pressurizing pumps 4A and 4B for carbon dioxide as a supercritical fluid or the like and a solution.
  • the carbon dioxide cylinder 1 is a siphon-type cylinder for sending liquid carbon dioxide to the pressure increasing pump 4A.
  • a drying pipe 2 is arranged between the cylinder 1 and the pump 4A in order to remove moisture in the liquid carbon dioxide sent from the cylinder 1.
  • the specifications of the drying tube 2 are material SUS316, maximum working pressure 20MPa, inner diameter 35.5mm, length 31 Omm.
  • As the desiccant for example, a molecular sieve (1/16 inch Pellet) manufactured by GL Science Co., Ltd. is used.
  • the liquid carbon dioxide from which water has been removed by the drying tube 2 is cooled by ethylene glycol kept at about 15 ° C by a cooling unit 6 (BL-22 made by Yamato Scientific), and the pressure is increased by a pump 4A (gas supply pump). Is sent to
  • the booster pump 4 A is a single plunger pump APS—5 L for high pressure manufactured by GL Science Co., Ltd. (maximum pressure 58.8 MPa, normal pressure 49. OMPa, flow rate 0.5 to 5.2 ml-min " 1
  • the head of the pump for sending carbon dioxide is equipped with a cooling unit to prevent vaporization of liquid carbon dioxide.
  • Additives, deprotecting agents or condensing agents are placed in sample bottle 7. Put The sample bottle 7 is installed upstream of the pressure increasing pump 4B.
  • the eluent pressurized by the pressurizing pump 4B passes through the stop valve V2, is mixed with the pressurized carbon dioxide in front of the stop valve V4, and is supplied to the column separation unit.
  • stop pulp V3 is installed for discharging the eluent.
  • a bonnet-type flow control stop valve SS-0KS2BKB made by Whity is used for the stop valve.
  • FT4-10 type manufactured by GL Science Co., Ltd. is used as the filter 3A.
  • the average pore size of the filter is about 10 jam.
  • the pressure in the system is set to an arbitrary pressure by a pressure control valve VI.
  • TES COM's 26-1-72 2-24 is used as the pressure control valve VI.
  • This valve can control the pressure in the system with ⁇ 0. IMP a, and the maximum working pressure is 41.5 MPa (4 15 bar).
  • the pressure in the system is measured with a Bourdon-type pressure gauge 5 A (LC Science Co., Ltd. LC-350; maximum operating pressure 34.3 MPa).
  • This pressure gauge has an upper limit contact output terminal, and is set to turn off the power of the booster pump 4 A at the specified pressure.
  • the pressure gauge is tested using an economic pressure gauge PE-33-A (strain gauge type, accuracy: ⁇ 0.3%) manufactured by Shisoken Co., Ltd.
  • a stop valve V4 is installed between the booster and the extractor.
  • the stop valve is manufactured by GL Science Co., Ltd.
  • Wa y Valve 0 2— 0 1 20 (maximum operating pressure 98, OMPa) is used.
  • a safety valve 8A is installed between the booster and the column separator to ensure safety.
  • the safety valve is a Nupro spring-operated type and is adjusted and operated so that the pressure in the system operates at 34.3 MPa.
  • Mosquito All other parts are made of 1/8 inch stainless steel tube (material: SUS316, outer diameter: 3.175 cm, inner diameter: 2.17 mm).
  • the liquid carbon dioxide and the eluent supplied from the pressurizing unit are sent to a preheating column (not shown) provided on the heating plate 11.
  • the preheating column is used to heat a solvent (such as carbon dioxide) to the equilibrium temperature and turn it into a supercritical fluid.
  • a solvent such as carbon dioxide
  • 1 / 8-inch stainless steel tube material: SUS316, outer diameter 3.175 thigh, inner diameter 2.17 cm
  • It has a length of about 4m
  • the carbon dioxide which has been converted into a supercritical fluid by the preheating column, passes together with the reaction solution through a check valve 10 (Nuplo SS—CH S4-10: maximum working pressure: 41.2 MPa) that prevents the backflow of the fluid, and enters the reaction column 13. be introduced.
  • the reaction column 13 is provided in the six-way valve 9A, and the pipes can be washed by switching the six-way valve 9A except during the amplification operation using the reaction column 13.
  • the 6-way valve 9B (Leodyne 7125, manufactured by GL Sciences Inc.) has a built-in injector, from which a sample can be introduced.
  • stop valves V5 and V6 are installed to discharge the pressure in the ram.
  • a high-pressure switching valve HPV-6 (maximum operating pressure: 34.3 MPa) manufactured by GL Science Co., Ltd. is used for the 9-way valve 9A.
  • a hood made of white tea and a body-type flow control stop valve SS-OKS 2BKB are used as the stop valves V5 and V6, a hood made of white tea and a body-type flow control stop valve SS-OKS 2BKB are used.
  • the pressure after passing through the column is measured by 5 B and adjusted to the set pressure by the flow control valve V7.
  • the pressure gauge is a pullon type, and LCG-350 (maximum working pressure 34.3 MPa) manufactured by GL Sciences Co., Ltd. is used.
  • the test pressure gauge, Tsukasa Hakaken Co. economy Pressure Gauge PE- 33- A strain gauge type, precision ⁇ 0 3% FS, FS: . Kgf ⁇ cm one 2) is used.
  • a safety valve 8B is installed upstream of the reaction column 13 to prevent explosion due to pressure increase in the column.
  • a Nupro spring type 177-R3AKI-G is used, and the pressure in the system is adjusted and verified so that it operates at 34.3 MPa.
  • the supercritical fluid (carbon dioxide) in which the sample is dissolved is discharged out of the system using the flow control valve V7.
  • the flow control valve V7 is equipped with a Nihon Bunko Co., Ltd. Pak Pletsu Sha Regulator (880-81 type automatic pressure control valve, operating pressure range 0 to 49. OMPa, pressure adjustment accuracy ⁇ 2 %) Is used. The pressure of the supercritical fluid is adjusted by this valve, and the pressure is reduced. Also, a high-pressure filter 3B is installed upstream of the flow control valve in order to prevent blockage in the tube due to condensation of the sample. As the filter 3B, 2TF-7 (produced by Nupro, average pore diameter: 7 m) is used. A heater is installed at the flow control valve V7 to prevent condensation of the sample due to decompression and generation of dry ice due to the supercritical fluid (carbon dioxide).
  • the supercritical fluid carbon dioxide
  • the outlet of the pipe is a vibrating type, it is possible to prevent clogging of the pipe due to precipitates.
  • the deposited sample is collected by the trap 16.
  • the flow rate is measured by the flow meter 17.
  • An integrated wet gas meter W-NK-0.5B (measurement accuracy 0.1 ml) manufactured by Shinagawa Seiki Co., Ltd. is used as the flow meter.
  • the amplified compound can also be confirmed using an ultraviolet detector 15 (UV-970, manufactured by JASCO Corporation).
  • the air thermostat 14 is a closed system including a reaction column 13, and includes a heating (heat-up) device and a heating plate 11 and a cooling (cooling) device as a cooling plate 12, respectively.
  • the air oven 14 is provided with a Peltier element having a temperature control function and a temperature sensor.
  • the temperature of the air oven 14 can be controlled at a measurement temperature of 0.1 K, for example, by a temperature controller DB1000 manufactured by Chinoichi Co., Ltd.
  • a platinum resistance thermometer 1TPF483 made by Chino I was used for the temperature measurement.
  • a Peltier device is used for the cooling device.
  • the refrigerant supplied to the Peltier element is constantly cooled to, for example, 4 ° C. and stored in a cold storage container. This makes it possible to control a plurality of temperatures required for the amplification reaction.
  • the reaction column 13 is subjected to annealing (hybridization) under conditions of generally about 8 to 2 OMPa and about 90 to 98 ° C.
  • the amplification reaction is performed under the conditions of about 8 to 15 MPa and about 65 to 85 ° C.
  • Example 1
  • a gene amplification reaction was performed using the apparatus shown in FIG. 50 ng of the gene pBluescript SK + (manufactured by Toyobo Co., Ltd.) to be amplified in the reaction column cell in the air oven, and the primer Forward Ml 3 (lacZ) Primer 5 with GCCAGGGTT TTCCCAGTCACGA-3, (SEQ ID NO: 1) and Reverse M13 (lacZ) Primer 5'-GAGCGGATAACAATTTCACAGG-3, (SEQ ID NO: 2) 30 pmol each, dNTP (mixture) 0.2 mM, and isooctyl sodium sulfasa as a surfactant 2.5 U of thermostable nucleic acid synthetase Taq polymerase (prepared under the above conditions) coated with succinate was charged into the reaction cell.
  • the stop valve V4 was opened to introduce carbon dioxide into the cell, and the pressure in the cell was set to 10 MPa. At this time, the upper limit pressure was adjusted by the flow control valve V7.
  • the temperature of the carbon dioxide temperature controller was adjusted to 35 ° C, and the flow control valve V7 was adjusted to 80 ° C.
  • the refrigerant supplied to the Peltier device was 4 ° C.
  • the annealing temperature was 94 ° C for 0.5 minutes, and the chain extension reaction was performed at 74 ° C for 0.5 minutes.
  • the heater was turned off and the cooling plate was used.
  • heating from 74 ° C to 94 ° C turn on the heater. And heated on a heating plate.
  • the gene fragment amplified from the flow control valve V7 was recovered.
  • the recovered gene was subjected to agarose gel electrophoresis (Fig. 2: ⁇ ).
  • the results of the electrophoresis are shown in FIG. From Figure 2, it was confirmed that a band was observed in the same line as the 271 bp product ( Figure 2: P) amplified with PCR under normal pressure using pBlues cript SK + as Type I. It was shown that the gene fragment of pBluescript SK + was amplified.
  • M is a molecular weight marker.
  • FIG. 3 shows the electrophoresis diagrams ( Figure 3: I) amplified with (A) KOD d ash polymerase and (B) Pfu polymerase. In each case, it was shown that the gene fragment of pBluescript SK + could be amplified.
  • At least one type of high-pressure fluid selected from the group consisting of supercritical fluid, subcritical fluid, high-pressure gas, and liquid is used as a reaction medium to prime primers for target genes such as viruses, microorganisms, animals, and plants.
  • the gene can be amplified while controlling the temperature using a surfactant-coated enzyme in which a heat-resistant nucleic acid synthetase such as Taq polymerase or Pfu polymerase is coated with a surfactant.
  • organic solvents can be reduced, and gene amplification can be controlled by manipulating the working pressure and temperature.

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Description

明 細 書 遺伝子の増幅方法 技術分野
本発明は、 核酸合成酵素を用いた遺伝子の増幅方法に関する。 さらに詳し くは、 超臨界流体、 亜臨界流体、 高圧ガス、 および液体からなる群から選択 される少なくとも一種の高圧流体を反応媒体とする遺伝子増幅方法に関する。 背景技術
近年、 生物が固有にもつ遺伝子の配列と病気との関連が注目されている。 デォキシリポ核酸 (D NA) 及ぴリボ核酸 (R NA) 等の核酸の配列を解読 することは遺伝子研究の分野での根幹を占めている。 D NAぉょぴR NA等 の遺伝情報を解読するためには、 解析可能濃度まで増幅させる必要がある。 (R. W. Old ana S. B. Primrose, Principle of Gene Manipulation , Black well Scientific Publication ( 1 9 8 9 ) ) 。
この遺伝子増幅の手法としては、 適切な耐熱性の酵素を用いて、 反応温度 を制御しつつ、 増幅をおこなう手法が有効な手段となる。 特に近年の遺伝子 操作技術の発展に伴い、 D NAおよび R NAの増幅に関する多くの方法が報 告されている (丹波峰雄、 「D NAの化学合成」 、 廣川書店 (1 9 9 2 ) ) 。 最も汎用される方法のうち、 ゲノム中の短い R NAあるいは D NAの断片 を直接増幅させる方法として、 ポリメラーゼ連鎖反応 (Polymerase Chain R eaction: P G R) 法がある。 P C R法による遺伝子の増幅は、 ターゲット 遺伝子、 ターゲット遺伝子に相補的なプライマー (プローブ) 、 核酸おょぴ 耐熱性の核酸合成酵素の存在下、 (i)タ ^ゲット遺伝子を解離させ、 (ii)プ ライマー (またはプローブ) をターゲット遺伝子とアニーリング (ハイプリ ダイゼーシヨン) させ、 (iii)鎖延長反応 (遺伝子合成反応) を行うという プロセスを 1サイクルとし、 これを繰り返して、 遺伝子を増幅させる方法で ある。 この遺伝子の解離おょぴ鎖延長反応は、 それぞれに適切な温度に制御 される。 し力 し、 遺伝子の増幅から検出までに時間がかかり、 また特殊な酵 素を用いるために、 高価であり、 ターゲット遺伝子に相補的なプライマーの デザィンによっては増幅効率や特異性が変化するという問題がある。
また、 高分子の一本鎖 D N Aは通常、 複雑な構造を有していることが知ら れている。 このような複雑な構造を有する高分子の一本鎖 D N Aプローブを ターゲット遺伝子にハイブリダィゼーシヨンさせるには、 時間がかかる、 あ るいは、 増幅に使用する耐熱酵素の校正活性が弱いため、 エラーの頻度が高 い等の問題がある。
これらの問題を解決する方法として、 互いに相補的な部分が 3力所以 上の数から構成される一対のプローブの複数対を用いて、 互い違いに交 差するようにハイプリダイゼーシヨンさせることにより、 2本鎖の高分 子を形成させる遺伝子増幅法 (特開 2 0 0 0— 2 0 1 6 8 7号公報) が ある。 しかし、 この方法でも、 従来法に比べると効率よくターゲット遺 伝子を増幅し、 抗原 ·抗体反応を用いて検出することができるが、 実用 化するためには速度が遅く、 手順が煩雑であるという問題がある。 他方、 生体関連物質の合成方法では通常用いられない超臨界流体や高圧ガ スを反応媒体として利用して、 生体関連物質を合成する方法が注目されてい る。 特に、 二酸化炭素は、 一般に無害で、 臨界温度が 3 0 4 . 2 Kと比較的 常温に近いこと、 圧力操作のみで反応を制御できること、 残存溶媒の問題が ない等の優れた利点を有している。 このような理由から、 超臨界二酸化炭素 を用いる酵素反応あるいは無触媒反応に関して、 多くの研究が行われ、 報告 がある。
例えば、 超臨界二酸ィ匕炭素中でのフルォロアルキル基を有するアクリル酸 エステノレのラジカノレ重合反応(DeSimone et al. , Science, 2 6 5 , 3 5 6 ( 1 9 9 4 ) )、 無触媒水素化反応 (Jessop et al. , Nature, 3 6 8 , 2 3 1 ( 1 9 9 4 ) ) 、 酵素反応 (O. Aaltonen and M. Rantakyla, CHEMTECH, 4 , 2 4 0 ( 1 9 9 1 ) ) などの報告がある。 既に、 本発明者らも、 超臨界二酸化炭 素を用いて、 遺伝子の合成および切断技術の開発を行っている (特開平 1 1 - 2 0 6 3 7 1号公報) 。
しかしながら、 二酸化炭素等の超臨界流体、 高圧ガス等を用い、 耐熱性の 核酸合成酵素を用いて、 温度を制御しながら遺伝子を増幅するという報告は 未だなされていない。 発明の開示
本発明は上記に鑑み、 超臨界流体を用いて遺伝子を増幅し、 力つ遺伝子増 幅の際のエラーを減らす技術を提供することを目的とするものである。
本発明は、 ターゲット遺伝子にプライマーをアニーリングさせ、 耐熱性の 核酸合成酵素を用レ、て遺伝子を増幅させる遺伝子増幅方法であって、 超臨界 流体、 亜臨界流体、 高圧ガス、 および液体からなる群から選択される少なく とも一種の高圧流体を反応媒体とする遺伝子増幅方法に関する。
好ましい実施態様においては、 前記流体が超臨界流体であり、 使用圧力ま たは温度の少なくとも 1つを制御することにより、 遺伝子を増幅し、 かつ合 成された遺伝子のエラーを減少させる。
さらに好ましい実施態様においては、 前記流体が、 二酸化炭素の超臨界流 体である。
さらに好ましくは、 前記耐熱性の核酸合成酵素が、 界面活性剤あるいは脂 質で被覆されており、 より好ましくは、 前記界面活性剤が、 イソォクチルソ ディゥムサルフアサクシネート、 ソルビタンモノステアレートまたはポリオ キシエチレンオタチルフェニルエーテルであり、 前記脂質がレシチンである。 図面の簡単な説明
図 1は、 超臨界二酸化炭素を反応媒体として遺伝子増幅を行う装置を示す 図である。
図 2は、 図 1に示される装置を用いて、 T a qポリメラーゼで増幅した D
NA断片のァガロースゲル電気泳動写真である。 比較として、 サイズマーカ 一 Mと通常の方法で増幅させたものを Pとして示す。
図 3は、 (A) KODポリメラーゼ、 (B) P f uポリメラーゼを用いて、 図 1の装置で増幅した DN A断片のァガロースゲル電気泳動写真である。 図 4は、 従来の PC R法による増幅物 (P) と超臨界二酸化炭素を用いる
PCR増幅物 (S) とを比較した電気泳動写真である。 発明を実施するための最良の形態
本発明は上記に鑑み、 高圧流体を用いて遺伝子を増幅し、 かつ遺伝子増幅 の際のエラーを減らす技術を提供することを目的とするものである。
本発明における反応媒体は、 高圧流体である点に特徴がある。 流体とは、 流動状態にある液体および気体をいう。 高圧とは、 大気圧より高い圧力をい レ、、 通常、 7. 3MP a以上をいう。 温度は、 耐熱性の核酸合成酵素が失活 しない温度以下であり、 一般的には 100°C以下である。 ただし、 KODポ リメラーゼの場合は、 100°Cを超えても失活しないなど、 酵素によって異 なる。
流体としては、 超臨界流体、 亜臨界流体、 高圧ガス、 および液体が挙げら れる。 この流体は、 単独の気体または液体から構成されてもよく、 2種以上 の異なる気体あるいは異なる液体の混合物であってもよく、 気体と液体の混 合物であってもよい。
本発明に用いられる超臨界流体、 亜臨界流体、 高圧ガス、 および液体とし ては、 特に限定されないが、 例えば、 二酸化炭素、 メタン、 ェタン、 プロパ ン、 エチレン、 アンモニア等の超臨界流体として実用性を有することが知ら れている化合物 (気体) が好ましく用いられる。 これらの流体は、 反応後の 遺伝子を失活させることないという操作上の利点に加えて、 回収が容易であ ることから、 環境を汚染しないという利点も有している。
好ましい流体は超臨界流体であり、 中でも二酸化炭素の超臨界流体が、 臨 界温度が 3 0 4 . 2 Kと比較的常温に近いこと、 無害であること、 圧力操作 のみで反応を制御できること、 残存溶媒の問題がない等の優れた利点を有し ていることから、 最も好ましく用いられる。
遺伝子増幅反応に際して、 流体には、 例えば、 以下のような有機溶媒を添 加してもよい。 メタノール、 エタノール、 1 -プロパノールなどの脂肪族ァ ルコール;ァセトン、 メチルェチルケトン、 シク口へキサノンなどの脂肪族 ケトン;ベンゼン、 トルエン、 キシレン、 テトラヒ ドラフラン、 ジメチルフ オルムアミドなどの芳香族炭化水素;など。 これらは例示であり、 本発明の 効果を損なわない程度に添加される。
本発明に用いられるターゲット遺伝子は、 遺伝子増幅反応の铸型となる遺 伝子をいい、 D NAあるいは R NAであればその由来、 大きさには、 特に制 限がないが、 約 1 0 k b位まで大きさの D NAが好ましい。
本発明に用いられるプライマー (プローブ) にも特に制限がなく、 通常、 ターゲット遺伝子 (铸型) の 5, 末端付近のプライマーと 3, 末端付近のプ ライマーとが一対で用いられる。 プライマーはターゲット遺伝子に応じて、 合成してもよいし、 使用可能であれは、 市販のプライマーを用いても良い。 例えば、 pBluescriptSK+をターゲット遺伝子とする場合には、 K Sプライ マー、 M l 3 ( 1 a c Z ) プライマー、 S Kプライマー、 T 3プライマー、 T 7プライマーなどを拳げることができる。
本発明に使用される耐熱性の核酸合成酵素は特に限定されず、 一般に使用 されている耐熱性の核酸合成酵素を挙げることができる。 例えば、 P f uポ リメラーゼ (Pyrococcus furiosus起源) 、 T a qポリメラーセ (Themus aqu aticus起源) 、 T t hポリメラーゼ (Themus thermophilius HBB起源) また は KODポリメラーゼ (Pyrococcus Kodakaraensis K0D 1起源) を挙げるこ とができるが、 これらに限定されない。
これらの耐熱性核酸合成酵素は、 そのままでも用いられるが、 高圧の超臨 界流体中でも活性を維持し、 反応を効率的に進行させるために、 界面活性剤 あるいは脂質で被覆されていることが好ましい。 被覆に用いられる界面活性 剤としては、 イソォクチルソディウムサルフアサクシネート、 ソルビタンモ ノステアレ一ト、 ポリオキシエチレンォクチ/レフェニルエーテルなどが挙げ られるが、 これらに限定されない。 被覆に用いられる脂質としては、 レシチ ンが挙げられる。
耐熱性核酸合成酵素の被覆は、 例えば、 2 μ g/mlの酵素水溶液と界面 活性剤 (好ましくはイソォクチルソディウムサルフアサクシネート) を溶解 した溶媒 (好ましくはイソオクタン) とを、 酵素水溶液:界面活性剤:溶媒 が重量比で 10 : 1 : 25となるように混合し、 ホモジナイザーで 10分間 混合し、 常温にて混合溶液を乾燥することにより、 行われる。
遺伝子増幅反応は、 反応セル内にターゲット遺伝子と、 プライマー (プロ ーブ) と、 核酸混合物 (dNTP : dATP、 dCTP、 dTTPおよび d GTPの混合物) と、 好ましくは界面活性剤または脂質で被覆された耐熱性 核酸合成酵素とを仕込み、 例えば、 二酸化炭素を導入して、 好ましくは超臨 界状態にすることにより行われる。 反応の制御は、 使用圧力または温度の少 なくとも 1つを制御することにより行われる。
ターゲット遺伝子の解離おょぴアニーリング反応は、 約 90〜98°C、 好 ましくは 93〜 95°Cとなるように圧力または温度を調整して行われる。 増幅反応 (鎖伸張反応) は、 約 65〜85°C、 好ましくは 69〜76°Cと なるように圧力または温度を調整して行われる。
このように各ステップにおける温度を制御することにより、 効率的に遺伝 子増幅が行われる。 また、 操作圧力の増加に伴い、 増幅エラーは減少する傾 向にある。
本発明は、 高圧の流体中で反応が行われるため、 高圧の反応装置が用いら れる。 本発明で使用される増幅装置としては、 例えば、 図 1に示すような超 臨界流体を用いた装置を使用することができる。 以下、 図 1を参照しつつ、 増幅装置を説明する。 増幅装置は、 ボンべ 1力 らストップバルブ V 2までの 昇圧部、 ストツプパルプ V 4力ゝらストツプパルプ V 6までの増幅反応部およ びその下流の分析、 回収部よりなる。
昇圧部は、 超臨界流体等としての二酸化炭素用と溶液用の 2つの昇圧用ポ ンプ 4A、 4 Bを有する。 二酸化炭素ボンべ 1は、 液体二酸化炭素を昇圧用 ポンプ 4 Aへ送るために、 サイフォン式のボンベである。 ボンべ 1から送ら れる液体二酸化炭素中の水分を除去するために、 ボンべ 1とポンプ 4 Aの間 に乾燥管 2が配置されている。 乾燥管 2の仕様は、 材質 SUS 316、 最高 使用圧力 20MP a、 内径 35. 5mm、 長さ 31 Ommである。 また、 乾燥剤 としては、 例えば、 GLサイエンス(株)製のモレキュラーシーブ (1/16 インチ Pellet)が使用される。 乾燥管 2により水分を除去された液体二酸化 炭素は、 冷却ュニット 6 (ャマト科学製 BL- 22) によって約一 5°Cに保た れたエチレングリコールにより冷却され、 昇圧用ポンプ 4A (ガス供給ポン プ) に送られる。
昇圧用ポンプ 4 Aは、 GLサイエンス (株) 製の高圧用シングルプランジ ヤーポンプ APS— 5 L (最大圧力 58. 8MP a、 常用圧力 49. OMP a、 流量 0. 5〜5. 2ml - m i n"1) が使用される。 二酸化炭素送液用 のポンプのヘッド部分には、 液体二酸化炭素の気化を防ぐために冷却ュニッ トが装着されている。 添加剤、 脱保護剤または縮合剤は試料ビン 7に入れら れ、 試料ビン 7は、 昇圧用ポンプ 4 Bの上流に設置される。 昇圧用ポンプ 4 Bにより昇圧された溶離液はストップバルブ V 2を通り、 ストツプバルブ V 4の前で、 昇圧された二酸化炭素と混合され、 カラム分離部へ供給される。 さらに、 溶離液の排出用として、 ストップパルプ V 3が設置されている。 ス トップバルブには、 ホワイティー製のボンネットー体型流量調節ストップバ ルブ SS - 0KS2BKBが用いられる。 また、 乾燥管 2と冷却ユニット 6の間に、 ゴミなどの不純物が混入することを防ぐためにフィルター 3 Aとして、 GL サイエンス (株) 製 FT 4- 1 0型が使用される。 フィルタの細孔平均径は 約 1 0 ja mである。
系内の圧力は、 圧力調節弁 V Iにより任意の圧力に設定される。 圧力調節 弁 V Iとして、 TE S COM製の 2 6— 1 7 2 2— 24が使用される。 この バルブは ± 0. IMP aで系内の圧力を制御でき、 最大使用圧力は 4 1. 5 MP a (4 1 5 b a r ) である。 系内の圧力は、 ブルドン式圧力計 5 A (G Lサイエンス (株) 製 LCG— 3 50 ;最大使用圧力 34. 3MP a) で測 定される。 この圧力計には、 上限接点出力端子が付いており、 指定圧力で昇 圧用ポンプ 4 Aの電源を切るように設定されている。 また、 この圧力計の検 定には、 司測研 (株) 製エコノミー圧力計 PE— 3 3— A (歪ゲージ式、 精 度 ±0. 3%) が使用されている。
昇圧部の圧力を制御するために、 昇圧部と抽出部の間にストップバルブ V 4が設置されている。 ストップバルブには、 GLサイエンス (株) 製の 2
Wa y V a l v e 0 2— 0 1 20 (最大使用圧力 9 8. OMP a) が用 いられる。 また、 昇圧部とカラム分離部の間には、 安全性を確保するために、 安全弁 8 Aが設置される。 安全弁は、 ヌプロ製のスプリング式のもので、 系 内の圧力が 3 4. 3 MP aで作動するように調整 .検定されている。 なお、 昇圧部のボンべ 1からフィルター 3 Aまでの区間以外の配管には、 1/1 6 インチのステンレス管(材質 SUS 3 1 6、 外径 1. 5 8 8 mm, 内径 0. 8111111)カ 用いられ、 他の部分はすぺて 1/8インチのステンレス管 (材質 SUS 3 16、 外径 3. 175讓、 内径 2. 17脑)を用いられる。
昇圧部から供給される液体二酸ィ匕炭素と溶離液は、 加熱プレート 1 1に設 けられている予熱カラム (図示せず) へ送られる。 予熱カラムは、 溶媒 (二 酸化炭素等) を平衡温度まで加熱し超臨界流体にするためのものであり、 1 /8インチステンレス管(材質 SUS316、 外径 3. 175腿、 内径 2. 17讓、 長さは約 4m)を直径 55譲、 長さ 14 Ommのスパイラル状に変形して、 空気 恒温槽 14内に設置されている。 予熱カラムにより超臨界流体とした二酸化 炭素は反応溶液と共に、 流体の逆流を防止する逆止弁 10 (ヌプロ製 SS— CH S4- 10:最大使用圧力 41.2MP a) を通過し、 反応カラム 13に導入さ れる。 なお、 反応カラム 13は、 六方バルブ 9 Aに設置され、 反応カラム 1 3による増幅操作のとき以外には、 六方バルブ 9Aを切り替えることによつ て配管の洗浄が行えるようにされている。 さらに、 六方バルブ 9 B (GLサ ィエンス (株) 製 レオダイン 7125) にはインジェクタが内蔵されてお り、 このインジェクタより、 試料を導入できるようにされている。 また、 力 ラム内の圧力を排出するために、 ストップバルブ V5、 V6が設置されてい る。 なお、 六方バルブ 9 Aには、 GLサイエンス (株) 製の高耐圧切換パル ブ HPV— 6 (最大使用圧力 34. 3 MP a) が用いられる。
また、 ストップバルブ V 5、 V6としては、 ホワイティー製のボンネット —体型流量調節ストップバルブ SS- OKS 2BKBが使用される。 カラム通過後の 圧力は 5 Bによって測定され、 流量調節弁 V 7によって設定圧力に調節され る。 圧力計はプルドン式のもので、 GLサイエンス (株) 製の LCG- 350 (最 大使用圧力 34. 3 MP a) が用いられる。 圧力計の検定には、 司測研 (株) 製のエコノミー圧力計 PE— 33— A (歪ゲージ式、 精度 ±0. 3% FS、 FS : k g f · cm一2) が用いられる。 また、 カラム内の圧力上昇に よる爆発を防止する目的で、 反応カラム 13の上流側に安全弁 8 Bが設置さ れていする。 安全弁 8 Bには、 ヌプロ製のスプリング式、 177- R3AKI- G が用いられ、 系内の圧力が 34. 3 MP aで作動するように調整、 検定する。 試料が溶解した超臨界流体 (二酸化炭素) は、 流量調節弁 V 7を用いて系外 へ排出される。
分析回収部として、 流量調節弁 V7には、 日本分光 (株) 製のパックプッ レツシャーレギユレータ (880— 81型自動圧力調節弁、 使用圧力範囲 0 〜49. OMP a、 圧力調整精度 ±2%) が用いられる。 このバルブにより 超臨界流体の流量を調節し、 減圧操作が行われる。 また、 試料の凝縮による 管内の閉塞を防止するために、 高圧用フィルタ 3 Bが流量調節弁の上流側に 設置される。 フィルタ 3 Bには、 ヌプロ製の 2 TF— 7 (細孔平均径 7 m) が用いられる。 また、 減圧に伴う試料の凝縮および超臨界流体 (二酸化 炭素) によるドライアイスの発生を防ぐために、 流量調節弁 V7にはヒータ が設置される。 さらに、 管の出口を振動式にすることにより、 析出物による 管の閉塞を防ぐことができる。 流量調節弁 V 7で減圧後、 析出した試料はト ラップ 16で回収される。 また、 流量は流量計 17により測定される。 流量 計としては、 品川精器 (株) 製の積算式湿式ガスメータ W— NK— 0. 5B (測定精度 0. 1m l) が用いられる。 また、 増幅された化合物は紫外線検 出器 15 (日本分光 (株) 製 UV—970) を用いて確認することもできる。 空気恒温槽 14は、 反応カラム 13を含む密閉系であり、 加熱 (昇温) 装 置して加熱プレート 1 1を、 冷却 (降温) 装置として冷却プレート 12を、 それぞれ備えている。 空気恒温槽 14には、 温度制御機能を有するペルチェ 素子、 および温度センサが備えられている。 空気恒温槽 14の温度は、 例え ば、 チノ一 (株) 製の温度制御器 D B 1000により、 測定温度土 0. 1 K で制御できる。 温度測定には、 チノ一製の白金抵抗測温体 1TPF483を 用いる。 冷却装置にはペルチェ素子が用いられる。 ペルチェ素子に供給され る冷媒は、 例えば 4°Cに、 常時冷却されて、 蓄冷容器中に貯蔵されている。 これにより、 増幅反応に必要な複数の温度の制御が可能になる。
この装置で、 空気恒温槽 14において、 反応カラム 13は、 アニーリング (ハイブリダィゼーシヨン) は一般的には約 8〜2 OMP a、 約 90〜9 8 °Cの条件で行われ、 遺伝子の増幅反応は、 約 8〜15MP a、 約 65〜8 5 °Cの条件で行われる。 実施例
以下に本発明の実施例に挙げて更に詳しく説明するが、 本発明はこれら実 施例に限定されるものではなレ、。 実施例 1
図 1の装置を用いて遺伝子増幅反応を行った。 空気恒温槽にある反応カラ ムのセル内に増幅を目的とする遺伝子 pBluescript SK+ (東洋紡 (株) 製) を 50 n g、 プライマー Forward Ml 3 (lacZ) Primer 5に GCCAGGGTT TTCCCAGTCACGA- 3, (配列番号: 1) および Reverse M 13 (lacZ) Primer 5 ' -GAGCGGATAACAATTTCACAGG- 3, (配列番号: 2 ) をそれぞれ 30 pmol、 d NTP (混合物) を 0. 2mM、 および界面活性剤であるイソォクチルソデ ィゥムサルフアサクシネートで被覆した耐熱性の核酸合成酵素 T a qポリメ ラーゼ (前記条件で作成) を 2.5U、 反応セルに仕込んだ。
ストップバルブ V 4を開けてセル内に二酸化炭素を導入し、 セル内圧力を 10 MP aとした。 このとき、 上限圧力は、 流量調整弁 V 7で調整した。 ま た、 二酸化炭素の温度制御器を 35 °Cに、 流量調整弁 V7を 80°Cに温度調 整した。 ペルチェ素子に供給される冷媒は、 4°Cであった。
アニーリング温度は 94 °C、 0. 5分、 鎖伸張反応は 74 °C、 0. 5分行 つた。 94 °Cから 74°Cに冷却する際にはヒータをオフにし、 冷却プレート で冷却させた。 一方、 74°Cから 94°Cに加熱する際にはヒータをオンにし て加熱プレートで加熱した。
加熱と冷却のサイクルを 25回以上繰り返した後、 流量調整弁 V 7より増 幅された遺伝子断片を回収した。 回収された遺伝子をァガロースゲル電気泳 動にかけた (図 2 : 丄) 。 電気泳動の結果を図 2に示す。 図 2より、 pBlues cript SK+を铸型として常圧下の P CRで増幅させた 271 b pの生成物 (図 2 : P) と同等のラインにバンドを確認できたことから、 超臨界二酸化 炭素中で pBluescript SK+の遺伝子断片が増幅されたことが示された。 図 2 中、 Mは分子量マーカーである。 実施例 2
実施例 1と同様に pBluescript SK+を铸型として、 KOD d a s h ポ リメラーゼ、 および P f uポリメラーゼを用いる増幅を行った。 図 3に (A) KOD d a s h ポリメラーゼ、 (B) P f uポリメラーゼで増幅 させた電気泳動図 (図 3 : I) を示す。 いずれも、 pBluescript SK+の遺伝 子断片を増幅できたことが示された。 実施例 3
酵素として KOD d a s h ポリメラーゼを用いた実施例 1と同様にし て、 pBluescript SK+を鍚型として、 遺伝子を増幅させた。 比較として、 従 来の大気圧下における PCR反応を、 KOD d a s h ポリメラーゼを用 いて、 同じ温度条件、 反応時間、 行った。 結果を図 4に示す。 水溶液中での 増幅物 (図 4 : P) に比べ、 本発明の超臨界二酸ィヒ炭素中での増幅物 (図 4 : S) の方が、 分布の狭いパンドを示すことが示された。 この結果は、 超 臨界二酸化炭素中で遺伝子を増幅すると、 増幅エラーが抑制され、 シャープ なバンドとして表れることを示している。 産業上の利用可能性
本研究によれば、 超臨界流体、 亜臨界流体、 高圧ガス、 および液体からな る群から選択される少なくとも一種の高圧流体を反応媒体として、 ウィルス、 微生物、 動物、 植物などのターゲット遺伝子にプライマーをアニーリングさ せ、 T a qポリメラーゼまたは P f uポリメラーゼなどの耐熱性の核酸合成 酵素を界面活性剤で被覆した界面活性剤被覆酵素を用いて、 温度を制御しな がら遺伝子を増幅させることができる。 また、 有機溶媒の削減を行い、 かつ、 遺伝子増幅を使用圧力、 温度を操作することにより制御することができる。 本発明の遺伝子増幅法によって、 遺伝子が効率良く増幅され、 この遺伝子 が抗原性である場合には、 抗原 ·抗体反応により検出することが可能になる など、 遺伝子関連の製造業、 医薬の分野で利用できる。

Claims

請求の範囲
1 . ターゲット遺伝子にプライマーをアニーリングさせ、 耐熱性の核酸合成 酵素を用いて遺伝子を増幅させる遺伝子増幅方法であって、 超臨界流体、 亜 臨界流体、 高圧ガス、 および液体からなる群から選択される少なくとも一種 の高圧流体を反応媒体とする遺伝子増幅方法。
2 . 前記流体が超臨界流体であり、 使用圧力または温度の少なくとも 1つを 制御することにより、 遺伝子を増幅し、 かつ増幅された遺伝子のエラーを減 少させる請求項 1に記載の遺伝子増幅方法。
3 . 前記流体が、 二酸化炭素の超臨界流体である、 請求項 1または 2に記載 の方法。
4. 前記耐熱性の核酸合成酵素が、 界面活性剤あるいは脂質で被覆されてい る、 請求項 1カゝら 3のいずれかの項に記載の方法。
5 . 前記界面活性剤が、 イソォクチルソディウムサルフアサクシネート、 ソ ルビタンモノステアレートまたはポリォキシエチレンオタチルフエニルエー テルであり、 前記脂質がレシチンである、 請求項 4に記載の方法。
1/1
SEQUENCE LISTING
<110> MISHIMA Kenji
<120> Method for gene amplification
く 130> P2-01M08199
く 160> 2
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 1
gccagggttt tcccagtcac ga 22 <210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 2
gagcggataa caatttcaca gg 22
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