WO2002028891A2 - Listeria innocua, genome et applications - Google Patents

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WO2002028891A2
WO2002028891A2 PCT/FR2001/003061 FR0103061W WO0228891A2 WO 2002028891 A2 WO2002028891 A2 WO 2002028891A2 FR 0103061 W FR0103061 W FR 0103061W WO 0228891 A2 WO0228891 A2 WO 0228891A2
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Fréderik KUNST
Philippe Glaser
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Institut Pasteur
Centre National De La Recherche Scientifique (Cnrs)
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    • C07K2319/00—Fusion polypeptide

Definitions

  • the subject of the invention is a method making it possible to demonstrate the specific nucleotide sequences of the genome of a strain of bacteria of the genus Listeria, in particular of a strain of L. innocua or L. monocytogenes.
  • the subject of the present invention is also the genomic sequence and nucleotide sequences coding for Listeria innocua polypeptides, such as cell envelope polypeptides, secreted or specific, or involved in metabolism and in the replication process, as well as vectors including said sequences and cells or animals transformed by these vectors.
  • the invention also relates to the comparison of these nucleotide sequences with those coding for the polypeptides of Listeria monocytogenes, strain EGDe or L.
  • the invention also relates to methods for detecting these nucleic acids or polypeptides and to kits for diagnosing contamination by bacteria of the genus Listeria and kits for typing contaminating strains.
  • the invention also relates to a method of selecting compounds capable of modulating the bacterial infection caused by other Listeria and a method of biosynthesis or biodegradation of molecules of interest using said nucleotide sequences or said polypeptides.
  • the invention finally comprises pharmaceutical compositions, in particular vaccine compositions, for the prevention and / or treatment of bacterial infections, in particular by Listeria, in particular monocytogenes, and compositions containing antibodies directed against specific polypeptides of L.
  • Listeriosis is the most lethal food-borne infection (approximately 30% mortality).
  • Listeria monocytogenes has the unusual property of being able to cross three barriers: the intestinal barrier, the blood-brain barrier and the placental barrier. The clinical manifestations of listeriosis include meningitis, meningoencephalitis, abortion and septicemia.
  • This infection is opportunistic and mainly affects pregnant women, babies, the elderly and people who are immunosuppressed, especially people with AIDS. This disease also affects healthy individuals and is responsible for a significant number of epidemics due to contaminated food products.
  • Listeria monocytogenes is also of veterinary importance with a main risk for sheep (sheep) and cattle. Listeria monocytogenes is particularly resistant to stress or extreme conditions and it is important to look for its presence carefully not only for food safety problems but also for environmental safety issues.
  • listeriosis is very variable depending on the contaminating Listeria strain. In the extreme, some strains could be considered dangerous and others harmless (like Listeria innocua). Thus, while Listeria contaminations are very frequent, the number of cases described is low. In this perspective, the availability of a tool to identify the risk associated with contamination (depending on the genomic type of the strain and the number of bacteria per gram of food) would allow manufacturers to react based on this risk .
  • the subject of the present invention is therefore a method making it possible to demonstrate nucleotide sequences specific for the genome of a strain of bacteria of the genus Listeria, in particular specific for a strain of L. innocua or L. monocytogenes, such as the strain L monocytogenes EGDe or L. monocytogenes 4b.
  • Such a method according to the invention pe ⁇ net in particular the identification of specific sequences of:
  • L. innocua compared to L. monocytogenes, in particular compared to L. monocytogenes EGDe and / or L. monocytogenes 4b;
  • L. monocytogenes in particular L. monocytogenes EGDe or L. monocytogenes 4b, compared to L. innocua;
  • Said method according to the invention is preferably characterized in that it comprises at least the following steps: a) alignment of the nucleotide sequences of L. monocytogenes, in particular those of L. monocytogenes EGDe and / or L. monocytogenes 4b, and those of L. innocua according to the invention; and b) processing the data obtained by this alignment to isolate said specific sequences.
  • the method according to the invention is characterized in that the nucleotide sequences of L. monocytogenes, in particular those of L. monocytogenes EGDe and / or L. monocytogenes 4b are chosen from the genomic nucleotide sequences: - such as described in French patent application N ° 00 04629 filed on
  • the method according to the invention is characterized in that the nucleotide sequences specific for L. inocua or L. monocytogenes, in particular those of L. monocytogenes EGDe and / or L. monocytogenes 4b, hybridize in high stringency conditions with the sequences respectively nucleotides, or their complementary sequence, of L. inocua or L. monocytogenes, in particular those of L. monocytogenes EGDe and / or L. monocytogenes 4b.
  • the present invention relates to the nucleotide and polypeptide sequences of Listeria innocua and the comparison of the corresponding sequences with those of Listeria monocytogenes strain EGDe and / or 4b.
  • the invention relates in particular to:
  • nucleic sequences SEQ ID Nos. 3892 to 4025 specific for Listeria monocytogenes 4b compared to Listeria innocua and Listeria monocytogenes strain EGDe, their fragments of sufficient length to retain their aforesaid specificity, their complementary sequence, primers or specific probes, the peptides encoded by these nucleic acid sequences or antibodies directed against these peptides, as well as in particular their uses, for the identification of a strain of Listeria, or for the distinction between a pathogenic or non-pathogenic strain of Listeria in a biological sample, in particular using diagnostic methods or kit as below presented or known to those skilled in the art.
  • CLIP 1 1262 contained in the genomic bank prepared from the genome of this strain and deposited at the CNCM on October 2, 2000 under the number 1-2565 as well as all the non-coding regulatory genes and sequences contained in said genome.
  • the CLIP 1 1262 strain was isolated from a dairy product. This strain is kept at the National Reference Center of Listeria at the INSTITUT PASTEUR (WHO collaborating center).
  • the Listeria monocytogenes serotype 4b strain is also identified in the present application by Listeria monocytogenes 4b and interchangeably.
  • the invention also relates to new tools for typing Listeria strains. These tools could be of the DNA "chip" type or of another type.
  • the new features of these typing tools will be as follows:
  • the present invention therefore relates to a nucleotide sequence of Listeria innocua characterized in that it corresponds to a sequence chosen from SEQ ID No. 1 to SEQ ID No. 11, SEQ ID No. 2057 and SEQ ID No. 2058, in particular from SEQ ID No. 2057 and SEQ ID No. 2058.
  • the present invention also relates to a nucleotide sequence derived from Listeria innocua, characterized in that it is chosen from: a) a nucleotide sequence comprising at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95% or 98% of identity with a sequence chosen from SEQ ID No. 1 to SEQ ID No. 11, SEQ ID No. 2057 and SEQ ID No. 2058, in particular from SEQ ID No. 2057 and SEQ ID No. 2058; b) a nucleotide sequence hybridizing under conditions of high stringency with a sequence chosen from SEQ ID No. 1 to SEQ ID No. 11, SEQ ID No. 2057 and SEQ ID No.
  • the present invention also relates to the nucleotide sequences characterized in that they come from SEQ ID No. 1 to SEQ ID No. 11, SEQ ID No. 2057 and SEQ ID No. 2058 and in what they code for a polypeptide, chosen from the sequences SEQ ID No. 12 to SEQ ID No. 689, SEQ ID No.
  • the present invention also relates more generally to the nucleotide sequences originating from SEQ ID No. 1 to SEQ ID No. 11, SEQ ID No. 2057 and SEQ ID
  • nucleotide sequences characterized in that they comprise a nucleotide sequence chosen from: a) a nucleotide sequence coding for a polypeptide, chosen from the sequences SEQ ID No. 12 to SEQ ID No. 689, SEQ ID No. 2053 to SEQ ID No. 2056 and SEQ ID No. 2059 to SEQ ID No. 2601, in particular from SEQ ID No. 2059 to SEQ ID No. 2601; b) a nucleotide sequence comprising at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95% or 98% of identity with a nucleotide sequence coding for a polypeptide, chosen from the sequences SEQ ID No.
  • the present invention also relates to a nucleotide sequence of Listeria monocytogenes serotype 4b of sequence SEQ ID No. 1068 to SEQ ID No. 2041 and SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No. 3891, in particular SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No. 3891.
  • the present invention also relates to a nucleotide sequence of Listeria monocytogenes serotype 4b characterized in that it is chosen from: a) a nucleotide sequence comprising at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95% or 98% identity with SEQ ID No. 1068 to SEQ ID No. 2041, SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No 3891, in particular with SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No. 3891; b) a nucleotide sequence hybridizing under conditions of high stringency with SEQ ID No. 1068 to SEQ ID No. 2041, SEQ ID No. 2872 to SEQ ID
  • SEQ ID No. 3891 in particular with SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No. 3891; c) a nucleotide sequence complementary to SEQ ID No. 1068 to SEQ ID No. 2041, SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No. 3891, in particular from SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No. 3891 or complementary to a sequence nucleotide as defined in a) or b), or an RNA nucleotide sequence corresponding to one of the sequences a) or b); d) a nucleotide sequence of a fragment representative of SEQ ID No. 1068 to SEQ ID No. 2041, SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No. 3891, in particular from SEQ ID No.
  • the present invention also relates to the nucleotide sequences characterized in that they come from SEQ ID No. 1068 to SEQ ID No. 2041, SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No. 3891, in particular from SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No.
  • polypeptide 3891 and in that they code for a polypeptide, chosen from the sequences SEQ ID No. 690 to SEQ ID No. 1067, SEQ ID No. 2049 to SEQ ID No. 2052 and SEQ ID No. 2602 to SEQ ID No. 2871, in particular from SEQ ID No. 2602 to SEQ ID No. 2871.
  • the present invention also relates more generally to the nucleotide sequences originating from SEQ ID No. 1068 to 2041, SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No. 3891, in particular from SEQ ID No. 2872 to SEQ ID No. 3891, and coding for a polypeptide of E monocytogenes, as they can be isolated from S ⁇ Q ID No. 690 to 1067, S ⁇ Q ID No. 2049 to S ⁇ Q ID No. 2052 and S ⁇ Q ID No. 2602 to S ⁇ Q ID No. 2871, in particular from S ⁇ Q ID No. 2602 to S ⁇ Q ID No. 2871.
  • nucleotide sequences characterized in that they comprise a nucleotide sequence chosen from: a) a nucleotide sequence coding for a polypeptide, chosen from the sequences SEQ ID No. 690 to SEQ ID No. 1067, SEQ ID No. 2602 to SEQ ID No. 2871, in particular from SEQ ID No. 2602 to SEQ ID No. 2871; b) a nucleotide sequence comprising at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95% or 98% of identity with a nucleotide sequence coding for a polypeptide, chosen from the sequences SEQ ID No. 690 to SEQ ID No 1067, SEQ ID No. 2602 to SEQ ID No.
  • nucleic acid nucleic or nucleic acid sequence, polynucleotide, oligonucleotide, polynucleotide sequence, nucleotide sequence, terms which will be used interchangeably in the present description, is intended to denote a precise sequence of nucleotides, modified or not, making it possible to define a fragment or region of a nucleic acid, which may or may not contain unnatural nucleotides, and which may correspond both to double-stranded DNA, single-stranded DNA and to transcripts of said DNAs.
  • the nucleic acid sequences according to the invention also include PNA (Peptid Nucleic Acid).
  • nucleotide sequences in their natural chromosomal environment that is to say in the natural state.
  • sequences which have been isolated and / or purified that is to say that they have been taken directly or indirectly, for example by copying, their environment having been at least partially modified.
  • This also means the nucleic acids obtained by chemical synthesis.
  • percentage of identity between two nucleic acid or amino acid sequences within the meaning of the present invention is meant a percentage of identical nucleotides or amino acid residues between the two sequences to compare, obtained after the best alignment, this percentage being purely statistical and the differences between the two sequences being distributed randomly and over their entire length.
  • the term “best alignment” or “optimal alignment” is intended to denote the alignment for which the percentage of identity determined as below is the highest. Sequence comparisons between two nucleic acid or amino acid sequences are traditionally carried out by comparing these sequences after having optimally aligned them, said comparison being carried out by segment or by "comparison window” to identify and compare the regions. sequence similarity locale.
  • the optimal alignment of the sequences for the comparison can be carried out, besides manually, by means of the algorithm of local homology of Smith and Waterman (1981, Ad. App. Math. 2: 482), by means of the algorithm of local homology by Neddleman and Wunsch (1970, J. Mol. Biol. 48: 443), using the similarity search method of Pearson and Lipman (1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444 ), using computer software using these algorithms (GAP, BESTFIT, BLAST P, BLAST N, FASTA and TFASTA in the Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI).
  • the BLAST program is preferably used with the BLOSUM 62 matrix.
  • the PAM or PAM250 matrices can also be used.
  • the percentage of identity between two nucleic acid or amino acid sequences is determined by comparing these two optimally aligned sequences, the nucleic acid or amino acid sequence to be compared can include additions or deletions by compared to the reference sequence for optimal alignment between these two sequences.
  • the percentage identity is calculated by determining the number of identical positions for which the nucleotide or the amino acid residue is identical in the two sequences, by dividing this number of identical positions by the total number of positions compared and by multiplying the result obtained by 100 to obtain the percentage of identity between these two sequences.
  • nucleic acid sequences having a percentage identity of at least 75%, preferably 80%, 85% or 90%, more preferably 95% or even 98%, after optimal alignment with a reference sequence is meant the nucleic acid sequences having, with respect to the reference nucleic acid sequence, certain modifications such as in particular a deletion, a truncation, an elongation, a chimeric fusion and / or a substitution, in particular punctual, and whose sequence nucleic acid present at least 75%, preferably 80%, 85%, 90%, 95% or 98%, of identity after optimal alignment with the reference nucleic sequence.
  • They are preferably sequences whose complementary sequences are capable of hybridizing specifically with the reference sequences.
  • the specific hybridization conditions or high stringency will be such that they ensure at least 75%, preferably 80%, 85%, 90%, 95% or 98% identity after optimal alignment between one of the two sequences and its complementary sequence.
  • Hybridization under conditions of high stringency means that the conditions of temperature and ionic strength are chosen in such a way that they allow hybridization to be maintained between two complementary DNA fragments.
  • high stringency conditions of the hybridization step for the purpose of defining the polynucleotide fragments described above are advantageously as follows.
  • DNA-DNA or DNA-RNA hybridization is carried out in two stages: (1) prehybridization at 42 ° C for 3 hours in phosphate buffer (20 mM, pH 7.5) containing 5 x SSC (1 x SSC corresponds to a 0.15 M NaCl + 0.015 M sodium citrate solution), 50% formamide, 7% sodium dodecyl sulfate (SDS), 10 x Denhardt's, 5% dextran sulfate and 1% salmon sperm DNA; (2) actual hybridization for 20 hours at a temperature depending on the size of the probe (ie: 42 ° C, for a probe of size> 100 nucleotides) followed by 2 washes of 20 minutes at 20 ° C in 2 x SSC + 2% SDS, 1 wash for 20 minutes at 20 ° C in 0.1 x SSC + 0.1% SDS.
  • the last washing is carried out in 0.1 x SSC + 0.1% SDS for 30 minutes at 60 ° C. for a probe of size> 100 nucleotides.
  • the high stringency hybridization conditions described above for a polynucleotide of defined size can be adapted by the skilled person for oligonucleotides of larger or smaller size, according to the teaching of Sambrook et al. (1989, Molecular cloning: a laboratory manual, 2 nd Ed. Cold Spring Harbor).
  • fragment representative of sequences according to the invention is intended to denote any nucleotide fragment having at least 15 nucleotides, preferably at least 30, 75, 150, 300 and 450 consecutive nucleotides of the sequence from which it is derived.
  • nucleic sequence coding for a biologically active fragment of a polypeptide, as defined below.
  • fragment is also meant the intergenic sequences, and in particular the nucleotide sequences carrying the regulatory signals (promoters, terminators, or even enhancers, etc.).
  • ORFs sequences ORFs for "Open Reading Frame"
  • ORFs sequences ORFs for "Open Reading Frame"
  • initiation codon and a stop codon or between two stop codons
  • polypeptides preferably at least 100 amino acids, such as for example, without limitation, the ORFs sequences which will be described later.
  • the numbering of the nucleotide sequences ORFs which will be used subsequently in the present description corresponds to the numbering of the amino acid sequences of the proteins encoded by said ORFs.
  • the representative fragments according to the invention can be obtained for example by specific amplification such as PCR or after digestion with appropriate restriction enzymes of nucleotide sequences according to the invention, this method being described in particular in the work by Sambrook et al. .. Said representative fragments can also be obtained by chemical synthesis when their size is not too large, according to methods well known to those skilled in the art.
  • sequences containing sequences of the invention we also mean the sequences which are naturally framed by sequences which have at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95% or 98% d identity with the sequences according to the invention.
  • modified nucleotide sequence any nucleotide sequence obtained by mutagenesis according to techniques well known to those skilled in the art, and comprising modifications with respect to the normal sequences, for example mutations in the regulatory and / or promoter sequences of the expression of the polypeptide, in particular leading to a modification of the level of expression or of the activity of said polypeptide.
  • modified nucleotide sequence is also meant any nucleotide sequence coding for a modified polypeptide as defined below.
  • the representative fragments according to the invention can also be probes or primers, which can be used in methods of detection, identification, assay or amplification of nucleic sequences.
  • a probe or primer is defined, within the meaning of the invention, as being a fragment of single-stranded nucleic acids or a denatured double-stranded fragment comprising for example from 12 bases to a few kb, in particular from 15 to a few hundred bases, preferably from 15 to 50 or 100 bases, and having a specificity of hybridization under determined conditions to form a hybridization complex with a target nucleic acid.
  • the probes and primers according to the invention can be labeled directly or indirectly with a radioactive or non-radioactive compound by methods well known to those skilled in the art, in order to obtain a detectable and / or quantifiable signal (patent FR 78 10975 and bDNA of Chiron EP 225 807 and EP 510 085).
  • the unlabeled polynucleotide sequences according to the invention can be used directly as a probe or primer.
  • sequences are generally marked to obtain sequences which can be used for numerous applications.
  • the labeling of the primers or probes according to the invention is carried out with radioactive elements or with non-radioactive molecules.
  • the non-radioactive entities are selected from ligands such as biotin, avidin, streptavidin, dioxygenin, haptens, dyes, luminescent agents such as radioluminescent, chemoluminescent, bioluminescent, fluorescent, phosphorescent agents.
  • the polynucleotides according to the invention can thus be used as a primer and / or probe in methods using in particular the PCR technique (polymerase chain reaction) (Rolfs et al., 1991, Berlin: Springer-Verlag).
  • This technique requires the choice of pairs of oligonucleotide primers framing the fragment which must be amplified.
  • the amplified fragments can be identified, for example after agarose or polyacrylamide gel electrophoresis, or after a chromatographic technique such as gel filtration or ion exchange chromatography, and then sequenced.
  • the specificity of the amplification can be controlled by using the nucleotide sequences of polynucleotides of the invention as template, plasmids containing these sequences or even the amplification products derived therefrom.
  • the amplified nucleotide fragments can be used as reagents in hybridization reactions in order to demonstrate the presence, in a biological sample, of a target nucleic acid of sequence complementary to that of said amplified nucleotide fragments.
  • the invention also relates to the nucleic acids capable of being obtained by amplification using primers according to the invention.
  • Other techniques for amplifying the target nucleic acid can advantageously be used as an alternative to PCR (PCR-like) using pairs of primers of nucleotide sequences according to the invention.
  • PCR-like is meant to denote all the methods implementing direct or indirect reproductions of the nucleic acid sequences, or in which the labeling systems have been amplified, these techniques are of course known. In general, it is the amplification of DNA by a polymerase; when the original sample is an RNA, a reverse transcription should be carried out beforehand.
  • the target polynucleotide to be detected is an mRNA
  • an enzyme of reverse transcriptase type in order to obtain a cDNA from the mRNA contained in the biological sample.
  • the cDNA obtained will then serve as a target for the primers or probes used in the amplification or detection method according to the invention.
  • the probe hybridization technique can be performed in various ways (Matthews et al., 1988, Anal. Biochem., 169, 1-25).
  • the most general method consists in immobilizing the nucleic acid extracted from cells of different tissues or cells in culture on a support (such as nitrocellulose, nylon, polystyrene) and incubating, under well defined conditions, the target nucleic acid immobilized with the probe. After hybridization, the excess probe is eliminated and the hybrid molecules formed are detected by the appropriate method (measurement of radioactivity, fluorescence or enzymatic activity linked to the probe).
  • a support such as nitrocellulose, nylon, polystyrene
  • the latter can be used as capture probes.
  • a probe called a “capture probe”
  • a probe is immobilized on a support and is used to capture by specific hybridization the target nucleic acid obtained from the biological sample to be tested and the target nucleic acid is then detected.
  • a second probe called a “detection probe”, marked by an easily detectable element.
  • the antisense oligonucleotides that is to say those whose structure ensures, by hybridization with the target sequence, an inhibition of the expression of the corresponding product. Mention should also be made of sense oligonucleotides which, by interaction with proteins involved in the regulation of the expression of the corresponding product, will induce either an inhibition or an activation of this expression.
  • the probes or primers according to the invention are immobilized on a support, covalently or non-covalently.
  • the support can be a DNA chip or a high or medium density filter, also objects of the present invention (patents WO 97/29212, WO 98/27317, WO 97/10365 and WO 92/10588).
  • DNA chip or high density filter is intended to denote a support on which DNA sequences are fixed, each of which can be identified by its geographic location. These chips or filters differ mainly in their size, the material of the support, and possibly the number of DNA sequences attached to them.
  • the probes or primers according to the first invention can be fixed on solid supports, in particular DNA chips, by various manufacturing methods.
  • a synthesis can be carried out in situ by photochemical addressing or by ink jet.
  • Other techniques consist in carrying out an ex situ synthesis and in fixing the probes on the support of the DNA chip by mechanical, electronic or inkjet addressing. These different methods are well known to those skilled in the art.
  • a nucleotide sequence (probe or primer) according to the invention therefore allows the detection and / or amplification of specific nucleic sequences.
  • the detection of these said sequences is facilitated when the probe is fixed to a DNA chip, or to a high density filter.
  • DNA chips or high density filters makes it possible to determine the expression of genes in an organism having a genomic sequence close to L. monocytogenes or innocua and the typing of the strain in question.
  • the genomic sequence of L. innocua and the partial sequences of L. monocytogenes 4b serve as a basis for the construction of these DNA chips or filter.
  • the preparation of these filters or chips consists in synthesizing oligonucleotides, corresponding to the 5 ′ and 3 ′ ends of the genes or to more internal fragments to amplify fragments of a suitable size, for example between approximately 300 and 800 bases.
  • oligonucleotides are chosen using the genomic sequence and its annotations disclosed by the present invention.
  • the pairing temperature of these oligonucleotides at the corresponding places on the DNA should be approximately the same for each oligonucleotide. This makes it possible to prepare DNA fragments corresponding to each gene by the use of appropriate PCR conditions in a highly automated environment.
  • the amplified fragments are then immobilized on filters or supports in glass, silicon or synthetic polymers and these media are used for hybridization.
  • filters and / or chips and of the corresponding annotated genomic sequence makes it possible to study the expression of large sets, or even of all of the genes in the microorganisms associated with Listeria innocua and L. monocytogenes 4b, by preparing the complementary DNAs, and by hybridizing them to the DNA or to the oligonucleotides immobilized on the filters or the chips.
  • the filters and / or the chips make it possible to study the variability of the strains or of the species, by preparing the DNA of these organisms and by hybridizing them to the DNA or to the oligonucleotides immobilized on the filters or the chips.
  • the nucleotide sequences according to the invention can be used in DNA chips to carry out the analysis of mutations. This analysis is based on the constitution of chips capable of analyzing each base of a nucleotide sequence according to the invention. In particular, it will be possible to implement micro-sequencing techniques on a DNA chip.
  • the mutations are detected by extension of immobilized primers hybridizing to the matrix of the sequences analyzed, just in position adjacent to that of the mutated nucleotide sought.
  • a single-stranded matrix, RNA or DNA, of the sequences to be analyzed will advantageously be prepared according to conventional methods, from products amplified according to PCR type techniques.
  • the single-stranded DNA or RNA matrices thus obtained are then deposited on the DNA chip, under conditions allowing their specific hybridization to the immobilized primers.
  • a thermostable polymerase for example Tth or Taq DNA polymerase, specifically extends the 3 'end of the immobilized primer with a labeled nucleotide analog complementary to the nucleotide at the variable site position; for example, thermal cycling is carried out in the presence of fluorescent dideoxyribonucleotides.
  • the experimental conditions will be adapted in particular to the chips used, to the immobilized primers, to the polymerases used, and to the chosen labeling system.
  • microsequencing compared to techniques based on probe hybridization, is that it makes it possible to identify all the variable nucleotides with optimal discrimination under homogeneous reaction conditions; used on DNA chips, it allows optimal resolution and specificity for routine and industrial detection of mutations in multiplex.
  • the use of high density filters and / or chips thus makes it possible to obtain new knowledge on the regulation of genes in organisms of industrial importance, and in particular the listeria propagated under various conditions. It also allows rapid identification of the differences between the genomes of the strains used in multiple industrial applications.
  • a DNA chip or filter can be an extremely useful tool for the determination, detection and / or identification of a microorganism.
  • the DNA chips according to the invention are also preferred, which also contain at least one nucleotide sequence of a microorganism other than Listeria monocytogenes 4b or Listeria innocua, immobilized on the support of said chip.
  • the microorganism chosen is from bacteria of the genus Listeria (hereinafter designated as bacteria associated with L. monocytogenes), or variants of Listeria monocytogenes EGD-e.
  • a DNA chip or a filter according to the invention is a very useful element in certain kits or necessary for the detection and / or identification of microorganisms, in particular bacteria belonging to the species Listeria monocytogenes or the associated microorganisms , also objects of the invention.
  • DNA chips or filters according to the invention containing probes or primers specific for Listeria innocua or monocytogenes, are very advantageous elements of kits or necessary for the detection and / or quantification of the expression of genes Listeria innocua or monocytogenes (or associated microorganisms).
  • the control of gene expression is a critical point for optimizing the growth and yield of a strain, either by allowing the expression of one or more new genes, or by modifying the expression of genes already present in the cell.
  • the present invention provides all the naturally active sequences in L. innocua allowing the expression of genes. It thus allows the determination of all the sequences expressed in L. innocua. It also provides a tool for identifying genes whose expression follows a given pattern. To achieve this, the DNA of all or part of the genes of L. innocua and monocytogenes can be amplified using primers according to the invention, then fixed to a support such as for example glass or nylon or a DNA chip, in order to build a tool to monitor the expression profile of these genes.
  • This tool consisting of this support containing the coding sequences, serves as a hybridization matrix for a mixture of labeled molecules reflecting the messenger RNAs expressed in the cell (in particular the labeled probes according to the invention).
  • each control sequence present upstream of the segments serving as probes and to monitor their activity using an appropriate means such as a reporter gene (luciferase, ⁇ -galactosidase, GFP).
  • a reporter gene luciferase, ⁇ -galactosidase, GFP
  • the invention also relates to the polypeptides encoded by a nucleotide sequence according to the invention, preferably, by a fragment representative of the preceding sequences and corresponding to an ORF sequence.
  • the Listeria innocua polypeptides encoded by the sequences SEQ ID No. 12 to SEQ ID No. 689, SEQ ID Nos. 2042 and 2043, SEQ ID Nos. 2047 and 2048, SEQ ID Nos. 2053 to 2056 and SEQ ID Nos. 2059 to 2601 in particular by SEQ ID Nos. 2059 to 2601, or those of Listeria monocytogenes EGDe, characterized in that they are chosen from the polypeptides coded by the sequences SEQ ID No.
  • SEQ ID No. 1067 SEQ ID No. 2049 to SEQ ID No. 2052 and SEQ ID Nos. 2602 to 2871, notably among SEQ ID Nos. 2602 to 2871, or those of Listeria monocytogenes 4b, characterized in that they are chosen from the polypeptides coded by the sequences SEQ ID No. 3892 to SEQ ID No. 4025, are subject of the invention.
  • the invention also includes the polypeptides characterized in that they comprise a polypeptide chosen from: a) a polypeptide according to the invention; b) a polypeptide having at least 80%, preferably 85%, 90%, 95% and 98% identity with a polypeptide according to the invention; c) a fragment of at least 5 amino acids of a polypeptide according to the invention, or as defined in b); d) a biologically active fragment of a polypeptide according to the invention, or as defined in b) or c); and e) a polypeptide according to the invention, or as defined in b), c) or d) modified.
  • the nucleotide sequences coding for the polypeptides described above are also subject of the invention.
  • polypeptides includes any amino acid sequence used to generate an antibody response.
  • polypeptide includes any amino acid sequence used to generate an antibody response. It should be understood that the invention does not relate to polypeptides in natural form, that is to say that they are not taken in their natural environment. On the other hand, it relates to those which could have been isolated or obtained by purification from natural sources, or else obtained by genetic recombination, or by chemical synthesis, and which they can then comprise non-natural amino acids as will be described more far.
  • polypeptide having a certain percentage of identity with another which will also be designated by homologous polypeptide, is intended to denote the polypeptides having, with respect to the natural polypeptides, certain modifications, in particular a deletion, addition or substitution of at least an amino acid, truncation, elongation, chimeric solution and / or mutation, or polypeptides with post-translational modifications.
  • homologous polypeptides those whose amino acid sequence have at least 80%, preferably 85%, 90%, 95% and 98% of homology with the amino acid sequences of the polypeptides according to the invention are preferred. .
  • equivalent amino acids is intended here to denote any amino acid capable of being substituted for one of the amino acids of the basic structure without, however, essentially modifying the biological activities of the corresponding peptides as defined by after.
  • Leucine can thus be replaced by valine or isoleucine, aspartic acid by glutamine acid, glutamine by asparagine, arginine by lysine, etc., the reverse substitutions being naturally possible in the same conditions.
  • homologous polypeptides also correspond to the polypeptides encoded by the homologous or identical nucleotide sequences, as defined above and thus include, in the present definition, polypeptides which are mutated or correspond to inter or intra species variations, which may exist in Listeria, and which correspond in particular to truncations, substitutions, deletions and / or additions, of at least one amino acid residue.
  • the percentage of identity between two polypeptides is calculated in the same way as between two nucleic acid sequences.
  • the percentage of identity between two polypeptides is calculated after optimal alignment of these two sequences, over a window of maximum homology.
  • the same algorithms can be used as for the nucleic acid sequences.
  • biologically active fragment of a polypeptide according to the invention is intended to denote in particular a fragment of polypeptide, as defined below, having at least one of the biological characteristics of the polypeptides according to the invention, in particular in that it is able to exercise in general even partial activity, such as for example:
  • polypeptide fragment according to the invention is intended to denote a polypeptide comprising at least 5 amino acids, preferably 10, 15, 25, 50, 100 and 150 amino acids.
  • Polypeptide fragments can also be prepared by chemical synthesis, from hosts transformed by an expression vector according to the invention which contain a nucleic acid allowing the expression of said fragment, and placed under the control of regulatory elements and / or appropriate expression.
  • modified polypeptide of a polypeptide according to the invention is intended to denote a polypeptide obtained by genetic recombination or by chemical synthesis as described below, which exhibits at least one modification with respect to the normal sequence. These modifications can be carried in particular on amino acids necessary for the specificity or the efficiency of the activity, or at the origin of the structural conformation, of the charge, or of the hydrophobicity of the polypeptide according to the invention. It is thus possible to create polypeptides of equivalent, increased or decreased activity, or of equivalent specificity, narrower or wider.
  • modified polypeptides mention should be made of the polypeptides in which up to five amino acids can be modified, truncated at the N or C-terminus, or else deleted, or added.
  • Chemical synthesis also has the advantage of being able to use unnatural amino acids or non-peptide bonds. Thus, it may be advantageous to use unnatural amino acids, for example in D form, or analogs of amino acids, in particular suffering forms.
  • the present invention provides the nucleotide sequence of the Listeria innocua genome and the partial sequence of Listeria monocytogenes serotype 4b, as well as certain polypeptide sequences.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the biosynthesis of amino acids.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the biosynthesis of cofactors, prosthetic groups and transporters .
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a cell envelope polypeptide or present on the surface of Listeria innocua or monocytogenes 4b or for one of its fragments.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the cellular machinery.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the central intermediate metabolism.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in energy metabolism.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the metabolism of fatty acids and phospholipids.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the metabolism of nucleotides, purines, pyrimidines or nucleosides.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the regulatory functions.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a Listeria innocua or monocytogenes 4b polypeptide or one of its fragments involved in the replication process.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a Listeria innocua or monocytogenes 4b polypeptide or one of its fragments involved in the transcription process.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a Listeria innocua or monocytogenes 4b polypeptide or one of its fragments involved in the translation process.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the protein transport and binding process .
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a Listeria innocua or monocytogenes 4b polypeptide or one of its fragments involved in the adaptation to atypical conditions.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments in the sensitivity to drugs and the like.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the functions relating to transposons.
  • the invention relates to a nucleotide sequence according to the invention, characterized in that it codes for a specific polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in biosynthesis amino acids.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a Listeria polypeptide innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the biosynthesis of cofactors, prosthetic groups and transporters.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a cell envelope or surface polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or a of its fragments.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the machinery cellular.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in metabolism central intermediary. In another aspect, preferably, the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in metabolism energy.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in metabolism fatty acids and phospholipids.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in metabolism nucleotides, purines, pyrimidines or nucleosides.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the functions of regulation.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the process replication. In another aspect, preferably, the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the process of transcription. In another aspect, preferably, the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the process translation.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the process protein transport and binding.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the adaptation to atypical conditions.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments in sensitivity to drugs and the like.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments involved in the functions relating to transposons.
  • the invention relates to a polypeptide according to the invention, characterized in that it is a specific polypeptide of Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its fragments.
  • the present invention also relates to the nucleotide and / or polypeptide sequences according to the invention, characterized in that said sequences are recorded on a recording medium whose shape and nature facilitate the reading, analysis and / or exploitation of said sequence (s).
  • These supports can also contain other information extracted from the present invention, in particular analogies with already known sequences, and / or information concerning the nucleotide sequences and / or polypeptides of other microorganisms in order to facilitate the comparative analysis and the exploitation of the results obtained.
  • these recording media particular preference is given to media readable by a computer, such as magnetic, optical, electrical or hybrid media, in particular computer floppy disks, CD-ROMs, computer servers. Such recording media are also subject of the invention.
  • the recording media according to the invention are very useful for the choice of primers or nucleotide probes for the determination of genes in Listeria innocua or monocytogenes 4b or strains close to this organism.
  • these supports for the study of the genetic polymorphism of strains close to Listeria irmocua or monocytogenes 4b, in particular by the determination of the regions of collinearity, is very useful insofar as these supports provide not only the sequence nucleotide of the genome of Listeria innocua or monocytogenes 4b, but also the genomic organization in said sequence.
  • the uses of recording media according to the invention are also objects of the invention.
  • sequence comparison software such as the Blast software, or the software of the GCG kit, described above.
  • the invention also relates to the cloning and / or expression vectors, which contain a nucleotide sequence according to the invention.
  • the vectors according to the invention preferably comprise elements which allow the expression and / or the secretion of the nucleotide sequences in a determined host cell.
  • the vector must then include a promoter, translation initiation and termination signals, as well as suitable regions for transcription regulation. It must be able to be maintained stably in the host cell and may possibly have specific signals which specify the secretion of the translated protein. These various elements are chosen and optimized by a person skilled in the art according to the cell host used. To this end, the nucleotide sequences according to the invention can be inserted into vectors with autonomous replication within the chosen host, or be integrative vectors of the chosen host.
  • Such vectors are prepared by methods commonly used by those skilled in the art, and the resulting clones can be introduced into an appropriate host by standard methods, such as lipofection, electroporation, heat shock, or chemical methods .
  • the vectors according to the invention are for example vectors of plasmid or viral origin. They are useful for transforming host cells in order to clone or express the nucleotide sequences according to the invention.
  • the invention also includes host cells transformed with a vector according to the invention.
  • the cell host can be chosen from prokaryotic or eukaryotic systems, for example bacterial cells but also yeast cells or animal cells, in particular mammalian cells. You can also use insect cells or plant cells.
  • the preferred host cells according to the invention are in particular prokaryotic cells, preferably bacteria belonging to the genus Listeria, to the species Listeria innocua or monocytogenes 4b, or the microorganisms associated with the species Listeria innocua or monocytogenes 4b.
  • the invention also relates to plants and animals, except humans, which comprise a transformed cell according to the invention.
  • the cells transformed according to the invention can be used in processes for the preparation of recombinant polypeptides according to the invention.
  • the methods for preparing a polypeptide according to the invention in recombinant form characterized in that they use a vector and / or a cell transformed with a vector according to the invention are themselves included in the present invention.
  • a cell transformed with a vector according to the invention is cultivated under conditions which allow the expression of said polypeptide and said recombinant peptide is recovered.
  • the cell host can be chosen from prokaryotic or eukaryotic systems.
  • a vector according to the invention carrying such a sequence can therefore be advantageously used for the production of recombinant proteins, intended to be secreted. Indeed, the purification of these recombinant proteins of interest will be facilitated by the fact that they are present in the supernatant of the cell culture rather than inside the host cells.
  • the polypeptides according to the invention can also be prepared by chemical synthesis. Such a preparation process is also an object of the invention.
  • a person skilled in the art knows the chemical synthesis processes, for example the techniques implementing solid phases (see in particular Steward et al., 1984, Solid phase peptides synthesis, Pierce Chem. Company, Rockford, 11 1, 2nd ed. , (1984)) or techniques using partial solid phases, by condensation of fragments or by synthesis in conventional solution.
  • the polypeptides obtained by chemical synthesis and which may contain corresponding unnatural amino acids are also included in the invention.
  • the invention further relates to hybrid polypeptides having at least one polypeptide or a fragment thereof according to the invention, and a sequence of a polypeptide capable of inducing an immune response in humans or animals.
  • the antigenic determinant is such that it is capable of inducing a humoral and / or cellular response.
  • Such a determinant may comprise a polypeptide or one of its fragments according to the invention in glycosylated form used with a view to obtaining immunogenic compositions capable of inducing the synthesis of antibodies directed against multiple epitopes.
  • Said polypeptides or their glycosylated fragments also form part of the invention.
  • hybrid molecules can consist in part of a molecule carrying polypeptides or their fragments according to the invention, associated with a possibly immunogenic part, in particular an epitope of diphtheria toxin, tetanus toxin, a surface antigen of the virus.
  • hepatitis B (patent FR 79 2181 1), the VP1 antigen of the poliomyelitis virus or any other toxin or viral or bacterial antigen.
  • the methods of synthesis of the hybrid molecules include the methods used in genetic engineering to construct hybrid nucleotide sequences coding for the polypeptide sequences sought.
  • hybrid nucleotide sequences coding for a hybrid polypeptide as well as the hybrid polypeptides according to the invention characterized in that they are Recombinant polypeptides obtained by the expression of said hybrid nucleotide sequences, also form part of the invention.
  • the invention also includes the vectors characterized in that they contain one of said hybrid nucleotide sequences.
  • Host cells transformed by said vectors, transgenic animals comprising one of said transformed cells as well as methods for preparing recombinant polypeptides using said vectors, said transformed cells and / or said transgenic animals also form part of the invention.
  • the coupling between a polypeptide according to the invention and an immunogenic polypeptide can be carried out chemically, or biologically.
  • one or more binding element (s), in particular amino acids to facilitate the coupling reactions between the polypeptide according to the invention, and the immunostimulatory polypeptide
  • the covalent coupling of the immunostimulatory antigen can be produced at the N or C-terminal end of the polypeptide according to the invention.
  • the bifunctional reagents allowing this coupling are determined as a function of the end chosen to achieve this coupling, and the coupling techniques are well known to those skilled in the art.
  • the conjugates resulting from a coupling of peptides can also be prepared by genetic recombination.
  • the hybrid (conjugated) peptide can in fact be produced by recombinant DNA techniques, by insertion or addition to the DNA sequence coding for the polypeptide according to the invention, of a sequence coding for the peptide (s) ) antigen (s), immunogen (s) or hapten (s). These techniques for preparing hybrid peptides by genetic recombination are well known to those skilled in the art (see for example Makrides, 1996, Microbiological Reviews 60, 512-538).
  • said immune polypeptide is chosen from the group of peptides containing toxoids, in particular the diphtheria toxoid or the tetanus toxoid, proteins derived from Streptococcus (such as the protein for binding to human seralbumin), OMPA membrane proteins and complexes. proteins from external membranes, vesicles from external membranes or thermal shock proteins.
  • hybrid polypeptides according to the invention are very useful for obtaining monoclonal or polyclonal antibodies capable of specifically recognizing the polypeptides according to the invention. Indeed, a hybrid polypeptide according to the invention allows the potentiation of the immune response, against the polypeptide according to the invention coupled to the immunogenic molecule. Such monoclonal or polyclonal antibodies, their fragments, or chimeric antibodies, recognizing the polypeptides according to the invention, are also objects of the invention.
  • the specific monoclonal antibodies can be obtained according to the conventional method of hybridoma culture described by Kohler and Milstein (1975, Nature 256, 495).
  • the antibodies according to the invention are for example chimeric antibodies, humanized antibodies, Fab fragments, or F (ab '). They can also be in the form of immunoconjugates or labeled antibodies in order to obtain a detectable and / or quantifiable signal.
  • the antibodies according to the invention can be used in a method for the detection and / or identification of bacteria belonging to the species Listeria innocua or monocytogenes 4b or to an associated microorganism in a biological sample, characterized in that that it comprises the following stages: a) bringing the biological sample into contact with an antibody according to the invention; b) highlighting of the antigen-antibody complex possibly formed.
  • the antibodies according to the present invention can also be used in order to detect an expression of a gene of Listeria innocua or monocytogenes 4b or of associated microorganisms.
  • the presence of the expression product of a gene recognized by an antibody specific for said expression product can be detected by the presence of an antigen-antibody complex formed after contacting the strain of Listeria innocua or monocytogenes 4b or of the microorganism associated with an antibody according to the invention.
  • the bacterial strain used may have been "prepared", that is to say centrifuged, lysed, placed in a reagent suitable for constituting the medium suitable for the immunological reaction.
  • a method of detecting expression in the gene, corresponding to a Western blot which can be carried out after an electrophoresis on polyacrylamide gel of a lysate of the bacterial strain, is preferred, in the presence or in the absence of reducing conditions (SDS-PAGE).
  • the present invention also comprises the kits or kits necessary for the implementation of a method as described (for detecting the expression of a gene for
  • Listeria innocua or monocytogenes 4b or an associated microorganism or for the detection and / or identification of bacteria belonging to the species Listeria innocua or monocytogenes 4b or an associated microorganism), comprising the following elements: a ) a polyclonal or monoclonal antibody according to the invention; b) optionally, the reagents for constituting the medium suitable for the immunological reaction; c) optionally, the reagents allowing the detection of the antigen-antibody complexes produced by the immunological reaction.
  • polypeptides and antibodies according to the invention can advantageously be immobilized on a support, in particular a protein chip.
  • a protein chip is an object of the invention, and may also contain at least one polypeptide from a microorganism other than Listeria innocua or monocytogenes 4b or an antibody directed against a compound of a microorganism other than Listeria innocua or monocytogenes 4b.
  • the protein chips or high density filters containing proteins according to the invention can be constructed in the same way as the DNA chips according to the invention.
  • the latter method is preferable, when it is desired to attach proteins of large size to the support, these proteins being advantageously prepared by genetic engineering.
  • the protein chips according to the invention can advantageously be used in kits or necessary for the detection and / or identification of bacteria associated with the species Listeria innocua or monocytogenes 4b or with a microorganism, or more generally in kits or kits for the detection and / or identification of microorganisms.
  • the polypeptides according to the invention are fixed on the DNA chips, the presence of antibodies is sought in the samples tested, the fixing of an antibody according to the invention on the support of the protein chip allowing the identification of the protein of which said antibody is specific.
  • an antibody according to the invention is fixed on the support of the protein chip, and the presence of the corresponding antigen, specific for Listeria innocua or monocytogenes 4b or an associated microorganism, is detected.
  • a protein chip described above can be used for the detection of gene products, to establish an expression profile of said genes, in addition to a DNA chip according to the invention.
  • the protein chips according to the invention are also extremely useful for proteomics experiments, which studies the interactions between the different proteins of a given microorganism.
  • proteomics experiments which studies the interactions between the different proteins of a given microorganism.
  • peptides representative of the various proteins of an organism are fixed on a support. Then, said support is brought into contact with labeled proteins, and after an optional rinsing step, interactions between said labeled proteins and the peptides fixed on the protein chip are detected.
  • protein chips comprising a polypeptide sequence according to the invention or an antibody according to the invention are subject of the invention, as well as the kits or kits containing them.
  • the present invention also covers a method for detecting and / or identifying bacteria belonging to the species Listeria innocua or monocytogenes 4b or to an associated microorganism in a biological sample, which implements a nucleotide sequence according to the invention .
  • the te ⁇ ne biological sample relates in the present invention to the samples taken from a living organism (in particular blood, tissues, organs or others taken from a mammal) or a sample containing biological material, that is, DNA or RNA.
  • a biological sample also includes food compositions containing bacteria (for example cheeses, dairy products), but also food compositions containing yeasts (beers, breads) or others.
  • the third biological sample also relates to the bacteria isolated from these samples or food compositions.
  • the detection and / or identification process using the nucleotide sequences according to the invention can be of various nature.
  • a method comprising the following steps: a) optionally, isolation of the DNA from the biological sample to be analyzed, or obtaining a cDNA from the RNA of the biological sample; b) specific amplification of the DNA of bacteria belonging to the species Listeria innocua or monocytogenes 4b or to a microorganism associated with the aid of at least one primer according to the invention; c) highlighting of the amplification products. This process is based on specific amplification of DNA, in particular by an amplification chain reaction.
  • a method is also preferred comprising the following steps: a) bringing a nucleotide probe according to the invention into contact with a biological sample, the nucleic acid contained in the biological sample having, if necessary, previously been made accessible to hybridization, under conditions allowing hybridization of the probe to the nucleic acid of a bacterium belonging to the species Listeria innocua or monocytogenes 4b or to an associated microorganism; b) demonstration of the hybrid possibly formed between the nucleotide probe and the DNA of the biological sample.
  • Such a method should not be limited to the detection of the presence of the DNA contained in the biological sample to be tested, it can also be implemented to detect the RNA contained in said sample. This process includes in particular the Southern and Northern blot.
  • Another preferred method according to the invention comprises the following steps: a) bringing a nucleotide probe immobilized on a support according to the invention into contact with a biological sample, the nucleic acid of the sample, having, where appropriate , been previously made accessible for hybridization, under conditions allowing hybridization of the probe to the nucleic acid of a bacterium belonging to the species Listeria innocua or monocytogenes 4b or to an associated microorganism; b) bringing the hybrid formed into contact between the nucleotide probe immobilized on a support and the nucleic acid contained in the biological sample, where appropriate after elimination of the DNA from the biological sample which has not hybridized with the probe, with a labeled nucleotide probe according to the invention; c) highlighting of the new hybrid formed in step b).
  • This method is advantageously used with a DNA chip according to the invention, the desired nucleic acid hybridizing with a probe present on the surface of said chip, and being detected by the use of a labeled probe.
  • This process is advantageously implemented by combining a prior step of amplification of DNA or complementary DNA optionally obtained by reverse transcription, using primers according to the invention.
  • kits or kits for the detection and / or identification of bacteria belonging to the species Listeria innocua or monocytogenes 4b or to an associated microorganism characterized in that it comprises the following elements : a) a nucleotide probe according to the invention; b) optionally, the reagents necessary for carrying out a hybridization reaction; c) optionally, at least one primer according to the invention as well as the reagents necessary for a DNA amplification reaction.
  • kits or kits for the detection and / or identification of bacteria belonging to the species Listeria innocua or monocytogenes 4b or to an associated microorganism characterized in that it comprises the elements following: a) a nucleotide probe, called capture probe, according to the invention; b) an oligonucleotide probe, called the revelation probe, according to the invention; c) optionally, at least one primer according to the invention as well as the reagents necessary for a DNA amplification reaction.
  • kits or kits for the detection and / or identification of bacteria belonging to the species Listeria innocua or monocytogenes 4b or to an associated microorganism characterized in that it comprises the following elements: a) at least a primer according to the invention; b) optionally, the reagents necessary to carry out a DNA amplification reaction; c) optionally, a component making it possible to verify the sequence of the amplified fragment, more particularly an oligonucleotide probe according to the invention, are also objects of the present invention.
  • said primers and / or probes and / or polypeptides and / or antibodies according to the present invention used in the methods and / or kits or necessary according to the present invention are chosen from primers and / or probes and / or polypeptides and / or antibodies specific for the species Listeria innocua or monocytogenes 4b.
  • these elements are chosen from the nucleotide sequences coding for a secreted protein, among secreted polypeptides, or among antibodies directed against secreted polypeptides of Listeria innocua or monocytogenes 4b.
  • the present invention also relates to strains of Listeria innocua or monocytogenes 4b and / or associated microorganisms containing one or more mutation (s) in a nucleotide sequence according to the invention, in particular an ORF sequence, or their regulatory elements. (in particular promoters).
  • the strains of Listeria innocua or monocytogenes 4b are preferred, having one or more mutation (s) in the nucleotide sequences coding for polypeptides involved in the cellular machinery, in particular secretion, central intermediate metabolism, metabolism. energy, the processes of amino acid synthesis, transcription and translation, synthesis of polypeptides.
  • Said mutations can lead to inactivation of the gene, or in particular when they are located in the regulatory elements of said gene, to overexpression of the latter.
  • the invention further relates to the use of a nucleotide sequence according to the invention, a polypeptide according to the invention, an antibody according to the invention, a cell according to the invention, and / or d '' an animal transformed according to the invention, for the selection of organic or inorganic compound capable of modulating, regulating, inducing or inhibiting the expression of genes, and / or modifying the cellular replication of eukaryotic or prokaryotic cells or capable of inducing, inhibiting or aggravating the pathologies linked to infection with Listeria innocua or monocytogenes 4b or one of its associated microorganisms.
  • the invention also includes a method of selecting compounds capable of binding to a polypeptide or a fragment thereof according to the invention, capable of binding to a nucleotide sequence according to the invention, or capable of recognizing an antibody according to claim , and / or capable of modulating, regulating, inducing or inhibiting gene expression, and / or modifying the growth or cellular replication of eukaryotic or prokaryotic cells, or capable of inducing, inhibiting or aggravate in an animal or human organism the pathologies linked to an infection by Listeria, for example by L.
  • monocytogenes 4b or one of its associated microorganisms, characterized in that it comprises the following stages: a) bringing said compound into contact with said polypeptide, said nucleotide sequence, with a cell transformed according to the invention and / or administering said compound to an animal transformed according to the invention; b) determining the capacity of said compound to bind with said polypeptide or said nucleotide sequence, or to modulate, regulate, induce or inhibit the expression of genes, or to modulate cell growth or replication, or induce, inhibit or aggravate in said transformed animal the pathologies linked to an infection with Listeria, for example L. monocytogenes 4b or one of its associated microorganisms.
  • the cells and / or animals transformed according to the invention can advantageously serve as a model and be used in methods for studying, identifying and / or selecting compounds capable of being responsible for pathologies induced or aggravated by Listeria monocytogenes, or susceptible to prevent and / or treat these pathologies.
  • the transformed host cells in particular bacteria of the Listeria family, the transformation of which by a vector according to the invention can, for example, increase or inhibit its infectious power, or modulate the pathologies usually induced or aggravated by the infection, may be used to infect animals whose pathologies will be monitored.
  • These unprocessed animals, infected for example with transformed Listeria bacteria could serve as a study model.
  • the animals transformed according to the invention may be used in methods of selecting compounds capable of preventing and / or treating diseases due to Listeria. Said methods using said transformed cells and / or transformed animals form part of the invention.
  • the compounds which can be selected can be organic compounds such as polypeptides or carbohydrates or any other organic or inorganic compounds already known, or new organic compounds produced from molecular modeling techniques and obtained by chemical or biochemical synthesis. , these techniques being known to those skilled in the art.
  • Said selected compounds may be used to modulate the growth and / or cell replication of Listeria innocua or monocytogenes 4b or any other associated microorganism and thus to control infection by these microorganisms.
  • Said compounds according to the invention may also be used to modulate the growth and / or cell replication of all eukaryotic or prokaryotic cells, in particular tumor cells and infectious microorganisms, for which said compounds will prove to be active, the methods making it possible to determine said modulations being well known to those skilled in the art.
  • compound capable of modulating the growth of a microorganism is intended to denote any compound which makes it possible to intervene, modify, limit and / or reduce the development, growth, rate of proliferation and / or viability of said microorganism. .
  • This modulation can be carried out for example by an agent capable of binding to a protein and thus of inhibiting or potentiating its biological activity, or capable of binding to a membrane protein of the external surface of a microorganism and of block the penetration of said microorganism into the host cell or promote the action of the immune system of the infected organism directed against said microorganism.
  • This modulation can also be carried out by an agent capable of binding to a nucleotide sequence of a DNA or RNA of a microorganism and of blocking for example the expression of a polypeptide whose biological or structural activity is necessary to the growth or reproduction of said microorganism.
  • associated microorganism is intended to denote any microorganism whose gene expression can be modulated, regulated, induced or inhibited, or whose cell growth or replication can also be modulated by a compound of l 'invention.
  • associated microorganism in the present invention is also intended to denote any microorganism comprising nucleotide sequences or polypeptides according to the invention. These microorganisms may in certain cases contain polypeptides or nucleotide sequences identical or homologous to those of the invention and may also be detected and / or identified by the methods or kit for detection and / or identification according to the invention and also serve as a target for the compounds of the invention.
  • microorganism is also intended to denote any Listeria monocytogenes microorganism of any serotype.
  • the invention relates to compounds capable of being selected by a selection method according to the invention.
  • the invention also relates to a pharmaceutical composition
  • a pharmaceutical composition comprising a compound chosen from the following compounds: a) a nucleotide sequence according to the invention; b) a polypeptide according to the invention; c) a vector according to the invention; d) an antibody according to the invention; and e) a compound capable of being selected by a selection method according to the invention, optionally in combination with a pharmaceutically acceptable vehicle.
  • the term effective quantity is intended to denote a sufficient quantity of the said compound or antibody, or of the polypeptide of the invention, making it possible to modulate the growth of Listeria innocua or monocytogenes 4b or of an associated microorganism.
  • the invention also relates to a pharmaceutical composition according to the invention for the prevention or treatment of an infection by a bacterium belonging to the genus Listeria or by an associated microorganism.
  • the invention further relates to an immunogenic and / or vaccine composition, characterized in that it comprises one or more polypeptides according to the invention and / or one or more hybrid polypeptides according to the invention.
  • the invention also includes the use of a transformed cell according to the invention, for the preparation of a vaccine composition.
  • the invention also relates to a vaccine composition, characterized in that it contains a nucleotide sequence according to the invention, a vector according to the invention and / or a transformed cell according to the invention.
  • the invention also relates to the vaccine compositions according to the invention, for the prevention or treatment of an infection by a bacterium belonging to the genus Listeria or by an associated microorganism.
  • the immunogenic and / or vaccine compositions according to the invention intended for the prevention and / or treatment of infection by Listeria or by an associated microorganism will be chosen from the immunogenic and / or vaccine compositions comprising a polypeptide or one of its fragments corresponding to a protein, or one of its fragments, of the Listeria cell envelope.
  • the vaccine compositions comprising nucleotide sequences will preferably also comprise nucleotide sequences coding for a polypeptide or one of its fragments corresponding to a protein, or one of its fragments, of the cell envelope of Listeria.
  • polypeptides of the invention or their fragments entering into the immunogenic compositions according to the invention can be selected by techniques known to those skilled in the art, for example on the capacity of said polypeptides to stimulate the T cells, which results, for example, in their proliferation or the secretion of interleukins, and which results in the production of antibodies directed against said polypeptides.
  • mice In mice, in which a weight dose of the vaccine composition comparable to the dose used in humans is administered, the antibody reaction is tested by sampling the serum followed by a study of the formation of a complex between the antibodies present in the serum and the antigen of the vaccine composition, according to the usual techniques.
  • said vaccine compositions will preferably be in association with a pharmaceutically acceptable vehicle and, where appropriate, with one or more appropriate immunity adjuvants.
  • This type of vaccination is carried out with a particular plasmid derived from an E. coli plasmid which does not replicate in vivo and which codes only for the vaccinating protein. Animals have been immunized by simply injecting naked plasmid DNA into the muscle. This technique leads to the expression of the vaccine protein in situ and to an immune response of cell type (CTL) and of humoral type (antibody). This double induction of the immune response is one of the main advantages of the vaccination technique with naked DNA.
  • CTL cell type
  • antibody humoral type
  • compositions comprising nucleotide sequences or vectors into which said sequences are inserted, are in particular described in international application No. WO 90/1 1092 and also in international application No. WO 95/1 1307.
  • the nucleotide sequence constituting the vaccine composition according to the invention can be injected into the host after being coupled to compounds which promote the penetration of this polynucleotide inside the cell or its transport to the cell nucleus.
  • the resulting conjugates can be encapsulated in polymer microparticles, as described in international application No. WO 94/27238 (Medisorb Technologies International).
  • the nucleotide sequence preferably DNA
  • the nucleotide sequence is complexed with DEAE-dextran, with nuclear proteins, with lipids or encapsulated in liposomes or even introduced under the form of a gel facilitating its transfection into cells.
  • the polynucleotide or the vector according to the invention can also be in suspension in a buffer solution or be associated with liposomes.
  • such a vaccine will be prepared according to the technique described by Tacson et al. or Huygen et al. in 1996 or according to the technique described by Davis et al. in international application No. WO 95/1 1307.
  • Such a vaccine can also be prepared in the form of a composition containing a vector according to the invention, placed under the control of regulatory elements allowing its expression in humans or animals. It is possible, for example, to use, as a vector for the in vivo expression of the polypeptide antigen of interest, the plasmid pcDNA3 or the plasmid pcDNAl / neo, both marketed by Invitrogen (R & D Systems, Abingdon, United Kingdom). United). Such a vaccine will advantageously comprise, in addition to the recombinant vector, a saline solution, for example a sodium chloride solution.
  • a saline solution for example a sodium chloride solution.
  • pharmaceutically acceptable vehicle is intended to denote a compound or a combination of compounds entering into a pharmaceutical or vaccine composition which does not cause side reactions and which allows for example the facilitation of the administration of the active compound, the increase in its duration of life and / or its efficiency in the organism, increasing its solubility in solution or improving its conservation.
  • pharmaceutically acceptable vehicles are well known and will be adapted by those skilled in the art depending on the nature and the mode of administration of the active compound chosen.
  • these can include suitable immunity adjuvants which are known to those skilled in the art, such as, for example, aluminum hydroxide, a representative of the family of muramyl peptides. as one of the peptide derivatives of N-acetyl-muramyl, a bacterial lysate, or even the incomplete adjuvant of Freund.
  • these compounds will be administered by the systemic route, in particular by the intravenous route, by the intramuscular, intradermal or subcutaneous route, or by the oral route. More preferably, the vaccine composition comprising polypeptides according to the invention will be administered several times, over a period of time, by the intradermal or subcutaneous route.
  • dosages and dosage forms can be determined according to the criteria generally taken into account in establishing a treatment adapted to a patient such as, for example, the patient's age or body weight, the severity of his general condition, tolerance to treatment and side effects observed.
  • the invention comprises the use of a composition according to the invention, for the treatment or prevention of diseases induced or aggravated by the presence of Listeria.
  • the present invention also relates to a genomic DNA library of a bacterium of the genus Listeria, preferably, Listeria innocua or monocytogenes, preferably the strain 4b.
  • the genomic DNA banks described in the present invention cover the genome of Listeria innocua and Listeria monocytogenes 4b respectively.
  • these regions could not be cloned into said library, due to lethality problems in Escherichia coli, these regions can easily be amplified and identified by a person skilled in the art, using oligonucleotides specific for the sequences of the sequences. ends of the different clones which form the contigs.
  • the present invention also relates to methods for the isolation of a polynucleotide of interest present in a strain of Listeria and absent in another strain, which uses at least one DNA library based for example on a plasmid pcDNA2.1 containing the Listeria genome.
  • the method according to the invention for the isolation of a polynucleotide of interest can comprise the following steps: a) isolating at least one polynucleotide contained in a clone of the DNA library of Listeria origin, b) isolating: at least one genomic polynucleotide or cDNA of a listeria, said listeria belonging to a strain different from the strain used for the construction of the DNA library of step a) or, alternatively,
  • step a) at least one polynucleotide contained in a clone of a DNA library prepared from the genome of a Listeria which is different from the Listeria used for the construction of the DNA library of step a); c) hybridizing the polynucleotide of step a) to the polynucleotide of step b); d) selecting the polynucleotides of step a) which have not formed a hybridization complex with the polynucleotides of step b); e) characterize the selected polynucleotide.
  • the polynucleotide of step a) can be prepared by digestion of at least one recombinant clone with an appropriate restriction enzyme, and optionally, the amplification of the resulting polynucleotide insert.
  • the method of the invention allows a person skilled in the art to carry out comparative genomic studies between the different strains or species of the genus
  • Listeria for example between pathogenic strains and their non-pathogenic equivalents.
  • the chromosomal DNA of the strains studied was prepared by a conventional method including treatment with proteinase K and phenol extraction (Jacquet, C, et al., Monellanase K and phenol extraction (Jacquet, C, et al., Monellanase K and phenol extraction (Jacquet, C, et al., Monellanase K and phenol extraction (Jacquet, C,
  • the plasmids were prepared by a semi-automatic preparation method developed in the GMP laboratory (Genomics of Pathogenic Microorganisms of the Institut Pasteur) based on the alkaline lysis method (Birnboim, H. C , Methods Enzymol., 100: 243-255, 1983).
  • the chromosomal inserts were sequenced from their two ends using the T7 and universal primer following the recommendations of the supplier (PE-biosystems). The sequences were determined using automatic sequencers of type 377 and 3700 (PE-Biosystem).
  • the sequences were assembled using the software package developed at the University of Washington, Phred, Phrap and Consed (Ewing, B., et al., Génome Res., 8: 186-194, 1998; Gordon, D ., et al., Genome Res., 8: 195-202, 1998).
  • the finishing of the sequence was carried out using the GMPTB software package (Frangeul, L., et al., Microbiology, 145: 2625-2634, 1999).
  • the finishing step corresponds to the resequencing of the regions where the sequence is insecure and the sequencing of the regions located between the contigs. It was carried out either by sequencing PCR products or by walking on the clones of the bank.
  • the sequences of the oligonucleotides were defined using the consed and Primo software (Gordon, D., et al., 1998; Li, P., et al., Genomics, 40: 476-485, 1997).
  • the identification of the coding phases was carried out using the GMPTB software package. This program combines the results of different methods: (i) identifying open reading phases and sorting them according to their size, (ii) analyzing the probability of being coding using Genemark software (Lukashin, AV, et al., Nucleic Acids Res., 15: 1 107-1 1 15, 1998), (iii) identification of the start of translation (initiation codon and ribosome binding sequence), (iv ) similarity of protein sequence deduced with the protein sequences contained in the sequence banks using the BLASTP software.
  • the chromosomal regions of the strain L. monocytogenes of serotype 4b which are absent from the strains L. monocytogenes EGDe and L. innocua were identified using the Crossmatch / Phrap Package (Phil Green, University of Washington, Seattle, unpublished). This software makes it possible to assemble nucleotide sequences (Phrap) by masking all the sequences or parts of sequence similar to one or more reference sequences (Crossmatch).
  • the reference sequences used were: the complete genome sequence of L. monocytogenes EGD, the complete genome sequence of L. innocua and the sequence of its plasmid.
  • SEQ ID Nos. 1 - 1 1 nucleotide sequences of 10 Contigs and 1 plasmid from the Listeria innocua assembly.
  • SEQ ID Nos. 12 - 689 nucleotide sequences of specific proteins of L. innocua (absent from Z. monocytogenes-EGD).
  • SEQ ID Nos. 690 - 1067 nucleotide sequences of the specific proteins of L. monocytogenes-EGD (absent from L. innocua).
  • SEQ ID Nos. 1068 - 2041 nucleotide sequences of 974 contigs originating from the assembly of Listeria monocytogenes-4b (1,231,537 bases).
  • SEQ ID Nos. 2059-2601 nucleotide sequences of 543 genes specific for Listeria innocua Clipl 1262; with the SEQ ID identifier in the first column, the gene name in the second column, the IPF number in the third column (“Institut Pasteur” identifier number allowing the sequence to be correlated with the sequences in Table V) and in the last column the corresponding annotation.
  • SEQ ID Nos. 2602 - 2871 nucleotide sequences of the 270 genes specific for Listeria monocytogenes EGDe; with the SEQ ID identifier in the first column, the gene name in the second column, the IPF number in the third column (“Institut Pasteur” identifier number allowing the sequence to be correlated with the sequences in Table V) and in the last column the corresponding annotation.

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Abstract

La présente invention concerne notamment une séquence nucléotidique issue de Listeria innocua correspondant à une séquence choisi parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 11 et l'analyse comparative de ce génome avec celui de Listeria monocytogenes.

Description

LISTERIA INNOCUA, GENOME ET APPLICATIONS
L'invention a pour objet un procédé permettant de mettre en évidence les séquences nucléotidiques spécifiques du génome d'une souche de bactérie du genre Listeria, notamment d'une souche de L. innocua ou L. monocytogenes. La présente invention a également pour objet la séquence génomique et des séquences nucléotidiques codant pour des polypeptides de Listeria innocua, tels que des polypeptides d'enveloppe cellulaire, sécrétés ou spécifiques, ou impliqués dans le métabolisme et dans le processus de réplication, ainsi que des vecteurs incluant lesdites séquences et des cellules ou animaux transformés par ces vecteurs. L'invention concerne aussi la comparaison de ces séquences nucléotidiques avec celles codant pour les polypeptides de Listeria monocytogenes, souche EGDe ou L. monocytogenes 4b, ainsi que les séquences nucléotidiques spécifiques de ces souches de Listeria. L'invention concerne également des procédés de détection de ces acides nucléiques ou polypeptides et des kits de diagnostic de contamination par des bactéries du genre Listeria et des kits de typage de souches contaminantes. L'invention vise aussi une méthode de sélection de composés capables de moduler l'infection bactérienne engendrée par d'autres Listeria et un procédé de biosynthèse ou de biodégradation de molécules d'intérêt utilisant lesdites séquences nucléotidiques ou lesdits polypeptides. L'invention comprend enfin des compositions pharmaceutiques, notamment vaccinales, pour la prévention et/ou le traitement d'infections bactériennes, en particulier par Listeria, notamment monocytogenes, et des compositions contenant des anticorps dirigés contre des polypeptides spécifiques de L. innocua ou de L. monocytogenes, souche EGDe ou L. monocytogenes 4b. Dans les infections à Listeria, Listeria monocytogenes est la plus fréquente et la plus dangereuse. Listeria monocytogenes est un pathogène intracellulaire facultatif. Il s'agit de l'agent étiologique de la listériose, une infection liée à la nourriture posant des problèmes de santé publique de plus en plus importants, avec un impact économique important pour l'industrie alimentaire. La listériose est l'infection liée aux aliments la plus léthale (mortalité d'environ 30 %). Listeria monocytogenes possède la propriété inhabituelle d'être capable de traverser trois barrières : la barrière intestinale, la barrière hémato-encéphalique et la barrière placentaire. Les manifestations cliniques de la listériose incluent les méningites, méningo-encéphalites, avortements et septicémies. Cette infection est opportuniste et affecte principalement les femmes enceintes, les bébés, les personnes âgées et les personnes immuno-déprimées en particulier les personnes atteintes du SIDA. Cette maladie affecte également les individus sains et est responsable d'un nombre important d'épidémies en raison de produits alimentaires contaminés. Listeria monocytogenes est également d'une importance vétérinaire avec un risque principal pour les ovins (moutons) et les bovins. Listeria monocytogenes est particulièrement résistante au stress ou aux conditions extrêmes et il est important de rechercher sa présence avec soin non seulement pour des problèmes de sécurité alimentaire mais également pour des problèmes de sécurité environnementale.
Suite à la découverte d'une contamination, le typage de la ou les souches isolées est nécessaire pour identifier l'origine de la contamination. Par ailleurs, lorsqu'une même installation est contaminée par deux événements successifs il est important de montrer avec certitude si ce sont deux contaminations indépendantes ou si une même souche est responsable de ces deux événements. La méthode la plus performante actuellement utilisée, le profil de migration en gel en champs puisé (PFGE) après digestion de l'ADN chromosomique est une méthode très lourde qui ne peut être mise en œuvre de manière systématique. Une méthode alternative, moins performante mais automatisée, le ribotypage, présente un coût, par analyse, élevé qui limite son utilisation.
Il faut aussi souligner que le risque de listériose est très variable en fonction de la souche de Listeria contaminante. A l'extrême, certaines souches pourraient être considérées comme dangereuses et d'autres inoffensives (comme Listeria innocua). Ainsi, alors que des contaminations par les Listeria sont très fréquentes, le nombre de cas décrits est faible. Dans cette perspective, la disponibilité d'un outil permettant d'identifier le risque lié à une contamination (en fonction du type génomique de la souche et du nombre de bactéries par gramme d'aliment) permettrait aux industriels de réagir en fonction de ce risque.
La séquence complète du génome de Listeria monocytogenes a été établie pour la souche EGDe déposée à la CNCM sous le n° 1-2440 le 1 1 avril 2000 et décrite dans la demande de brevet français N° 00 04629 déposée le 1 1 avril 2000. Le génome de cette bactérie est circulaire et comporte environ 3000 kilobases. Son contenu en GC est d'environ 38 %. Les études des facteurs de virulence ont permis l'identification d'un locus de 15 kb qui peut être considéré comme étant un îlot de pathogénicité dans la mesure où il contient la plupart des gènes dont la fonction dans la virulence a été clairement identifiée. La présente invention a ainsi pour objet un procédé permettant de mettre en évidence des séquences nucléotidiques spécifiques du génome d'une souche de bactérie du genre Listeria, notamment spécifiques d'une souche de L. innocua ou L. monocytogenes, telle que la souche L. monocytogenes EGDe ou L. monocytogenes 4b. Un tel procédé selon l'invention peπnet notamment l'identification de séquences spécifiques de :
- L. innocua par rapport à L. monocytogenes, notamment par rapport L. monocytogenes EGDe et/ou L. monocytogenes 4b ;
- L. monocytogenes, notamment L. monocytogenes EGDe ou L. monocytogenes 4b, par rapport à L. innocua ;
- L. monocytogenes EGDe par rapport à L. innocua et/ou L. monocytogenes 4b ; et
- L. monocytogenes 4b par rapport à L. innocua et/ou L. monocytogenes EGDe. Ledit procédé selon l'invention est de préférence caractérisé en ce qu'il comprend au moins les étapes suivantes : a) l'alignement des séquences nucléotidiques de L. monocytogenes, notamment celles de L. monocytogenes EGDe et/ou L. monocytogenes 4b, et de celles de L. innocua selon l'invention ; et b) le traitement des données obtenues par cet alignement pour isoler lesdites séquences spécifiques.
Dans un mode de réalisation préféré, le procédé selon l'invention est caractérisé en ce que les séquences nucléotidiques de L. monocytogenes, notamment celles de L. monocytogenes EGDe et/ou L. monocytogenes 4b sont choisies parmi les séquences nucléotidiques génomiques : - telles que décrites dans la demande de brevet français N° 00 04629 déposée le
1 1 avril 2000 ou dans la demande internationale de brevet PCT/FR 01/01 1 18 déposée le 1 1 avril 2001 pour L. monocytogenes EGDe, notamment la séquence SEQ ID No. 1 du génome complet de L. monocytogenes EGDe ; et
- les séquences SEQ ID Nos.1068 à 2041 ou Nos. 2872 à 3891 pour L. monocytogenes 4b.
Dans un mode de réalisation également préféré, le procédé selon l'invention est caractérisé en ce que les séquences nucléotidiques spécifiques de L. inocua ou L. monocytogenes, notamment celles de L. monocytogenes EGDe et/ou L. monocytogenes 4b, hybrident dans des conditions de forte stringence avec respectivement les séquences nucléotidiques, ou leur séquence complémentaire, de L. inocua ou L. monocytogenes, notamment celles de L. monocytogenes EGDe et/ou L. monocytogenes 4b.
La présente invention concerne les séquences nucléotidiques et polypeptidiques de Listeria innocua et la comparaison des séquences correspondantes avec celles de Listeria monocytogenes souche EGDe et/ou 4b.
L'invention concerne notamment :
- les séquences nucléiques SEQ ID Nos. 12 à 689 (cf. Tableau V) et SEQ ID Nos. 2059 à 2601 (cf. Tableau VI), notamment SEQ ID Nos. 2059 à 2601 , spécifiques de Listeria innocua par rapport à Listeria monocytogenes souche EGDe ; - les séquences nucléiques SEQ ID Nos. 690 à 1067 (cf. Tableau V) et SEQ ID
Nos. 2602 à 2871 (cf. Tableau VII), notamment SEQ ID Nos. 2602 à 2871, spécifiques de Listeria monocytogenes souche EGDe par rapport Listeria innocua ;
- les séquences nucléiques SEQ ID Nos. 3892 à 4025 (cf. Tableau IX) spécifiques de Listeria monocytogenes 4b par rapport à Listeria innocua et Listeria monocytogenes souche EGDe, leurs fragments de longueur suffisante pour conserver leur susdite spécificité, leur séquence complémentaire, amorces ou sondes spécifiques, les peptides codés par ces séquences nucléiques ou anticorps dirigés contre ces peptides, ainsi que notamment leurs utilisations, pour l'identification d'une souche de Listeria, ou pour la distinction entre une souche pathogène ou non pathogène de Listeria dans un échantillon biologique, en particulier à l'aide de procédés ou de kit de diagnostic tels que ci-après présentés ou connus de l'homme de l'art.
L'homme de l'art saura, à partir de ces séquences spécifiques selon l'invention, dessiner les amorces ou sondes, produire les peptides spécifiques ou les anticorps dirigés contre ces peptides nécessaires pour la mise en œuvre de ces procédés de diagnostic ou l'élaboration de kit de diagnostic tels que ci-après présentés ou standards.
Ainsi, c'est un objet de la présente invention que de divulguer la séquence complète du génome de Listeria innocua, en particulier CLIP 1 1262 contenu dans la banque génomique préparée à partir du génome de cette souche et déposée à la CNCM le 2 octobre 2000 sous le numéro 1-2565 ainsi que de tous les gènes et séquences régulatrices non codantes contenus dans ledit génome. La souche CLIP 1 1262 a été isolée d'un produit laitier. Cette souche est conservée au Centre National de Référence des Listeria à l'INSTITUT PASTEUR (centre collaborateur OMS).
La comparaison des séquences complètes des génomes de L. monocytogenes souche EGDe et Listeria innocua, souche CLIP 1 1262, montre qu'environ 86 % de ces génomes sont très fortement conservés (80 à 95 % d'identité ADN). Par contre les 14 % restants sont spécifiques de chaque souche. Pratiquement, une puce représentant l'ensemble des gènes de chaque espèce donnerait un signal positif pour l'ADN des deux souches pour 86 % des sondes et pour 14 % un signal uniquement avec l'ADN d'une des deux souches.
Ces résultats sont en accord avec les données de la littérature sur la diversité des souches de Listeria. Par ailleurs des données récentes du laboratoire sur le séquençage d'une souche épidémique de L. monocytogenes (serotype 4b (CLIP 80459)) confirme cette diversité mais surtout montre que les souches de serotype-4b sont sans doute aussi proches de L. innocua que de la souche de L. monocytogenes de serotype- 1 /2a dont le génome a été séquence. La souche CLIP 80459 est une souche épidémique. Elle est conservée au Centre National de Référence des Listeria de l'INSTITUT PASTEUR
(centre collaborateur OMS). Il faut aussi souligner que la souche d'innocua n'est pas pathogène et par conséquent que les gènes spécifiques de L. monocytogenes sont potentiellement impliqués dans la pathogénicité. Par ailleurs l'analyse du génome de la souche EGDe a permis d'identifier les principaux gènes de compétences, c'est-à-dire les gènes favorisant les transferts de gènes horizontaux. Certaines souches de Listeria doivent par conséquent avoir la capacité à être transformées. Des transferts horizontaux entre souches doivent ainsi être fréquents et expliquer la grande diversité observée entre les isolats.
La souche Listeria monocytogenes serotype 4b est également identifiée dans la présente demande par Listeria monocytogenes 4b et de manière interchangeable.
L'ensemble de ces observations indique que les gènes identifiés comme variables entre L. monocytogenes souche EGDe et L. innocua doivent être représentatifs de la diversité génomique des Listeria.
L'invention concerne également de nouveaux outils pour le typage des souches de Listeria. Ces outils pourraient être du type "puce" à ADN ou d'un autre type. Les caractéristiques nouvelles de ces outils de typage seront les suivantes :
* Rapidité et simplicité d'utilisation ; * Haut pouvoir de discrimination entre les souches ;
* Possibilité de fournir des informations sur le contenu génomique de la souche analysée et de permettre éventuellement de prévoir le risque associé à une contamination par Listeria. La présente invention concerne donc une séquence nucléotidique de Listeria innocua caractérisée en ce qu'elle correspond à une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 11, SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058, notamment parmi SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058.
La présente invention concerne également une séquence nucléotidique issue de Listeria innocua, caractérisée en ce qu'elle est choisie parmi : a) une séquence nucléotidique comportant au moins 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité avec une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1 , SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058, notamment parmi SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058 ; b) une séquence nucléotidique hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1, SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058 ; c) une séquence nucléotidique complémentaire d'une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1, SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058, ou complémentaire d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), ou b), ou une séquence nucléotidique de l'ARN correspondant à l'une des séquences a) ou b) ; d) une séquence nucléotidique d'un fragment représentatif d'une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1 , SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058, ou d'un fragment représentatif d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique comprenant une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique telle que définie en a), b), c), d) ou e) modifiée. De façon plus particulière, la présente invention a également pour objet les séquences nucléotidiques caractérisées en ce qu'elles sont issues de SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1, SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058 et en ce qu'elles codent pour un polypeptide, choisies parmi les séquences SEQ ID No. 12 à SEQ ID No. 689, SEQ ID No. 2053 à SEQ ID No. 2056 et SEQ ID No. 2059 à SEQ ID No. 2601, notamment parmi SEQ ID No. 2059 à SEQ ID No. 2601. La présente invention concerne aussi de façon plus générale les séquences nucléotidiques issues de SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1, SEQ ID No. 2057 et SEQ ID
No. 2058 et codant pour un polypeptide de L. innocua, telles qu'elles peuvent être isolées à partir de SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1 , SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058, notamment à partir de SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058.
De plus, les séquences nucléotidiques, caractérisées en ce qu'elles comprennent une séquence nucléotidique choisie parmi : a) une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide, choisie parmi les séquences SEQ ID No. 12 à SEQ ID No. 689, SEQ ID No. 2053 à SEQ ID No. 2056 et SEQ ID No. 2059 à SEQ ID No. 2601 , notamment parmi SEQ ID No. 2059 à SEQ ID No. 2601 ; b) une séquence nucléotidique comportant au moins 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité avec une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide, choisie parmi les séquences SEQ ID No. 12 à SEQ ID No. 689, SEQ ID No. 2053 à SEQ ID No. 2056 et SEQ ID No. 2059 à SEQ ID No. 2601, notamment parmi SEQ ID No. 2059 à SEQ ID No. 2601 ; c) une séquence nucléotidique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide, choisie parmi les séquences SEQ ID No. 12 à SEQ ID No. 689, SEQ ID No. 2053 à SEQ ID No. 2056 et SEQ ID No. 2059 à SEQ ID No. 2601 , notamment parmi SEQ ID No. 2059 à SEQ ID No. 2601 ; d) une séquence nucléotidique complémentaire ou d'ARN correspondant à une séquence telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique d'un fragment représentatif d'une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence telle que définie en a), b), c), d) ou e) modifiée, sont également des objets de l'invention.
La présente invention concerne également une séquence nucléotidique de Listeria monocytogenes serotype 4b de séquence SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041 et SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 , notamment SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891.
La présente invention concerne également une séquence nucléotidique de Listeria monocytogenes serotype 4b caractérisée en ce qu'elle est choisie parmi : a) une séquence nucléotidique comportant au moins 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité avec SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041 , SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 , notamment avec SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 ; b) une séquence nucléotidique hybridant dans des conditions de forte stringence avec SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041 , SEQ ID No. 2872 à SEQ ID
No. 3891, notamment avec SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 ; c) une séquence nucléotidique complémentaire de SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041 , SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 , notamment de SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 ou complémentaire d'une séquence nucléotidique telle que définie en a) ou b), ou une séquence nucléotidique de l'ARN correspondant à l'une des séquences a) ou b) ; d) une séquence nucléotidique d'un fragment représentatif de SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041, SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891, notamment de SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 ou d'un fragment représentatif d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique comprenant une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique telle que définie en a), b), c), d) ou e) modifiée. De façon plus particulière, la présente invention a également pour objet les séquences nucléotidiques caractérisées en ce qu'elles sont issues de SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041 , SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891, notamment de SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 et en ce qu'elles codent pour un polypeptide, choisies parmi les séquences SEQ ID No. 690 à SEQ ID No. 1067, SEQ ID No. 2049 à SEQ ID No. 2052 et SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871, notamment parmi SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871.
La présente invention concerne aussi de façon plus générale les séquences nucléotidiques issues de SEQ ID No. 1068 à 2041, SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891, notamment de SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 , et codant pour un polypeptide de E monocytogenes, telles qu'elles peuvent être isolées à partir de SΕQ ID No. 690 à 1067, SΕQ ID No. 2049 à SΕQ ID No. 2052 et SΕQ ID No. 2602 à SΕQ ID No. 2871, notamment parmi SΕQ ID No. 2602 à SΕQ ID No. 2871.
De plus, les séquences nucléotidiques, caractérisées en ce qu'elles comprennent une séquence nucléotidique choisie parmi : a) une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide, choisie parmi les séquences SEQ ID No. 690 à SEQ ID No. 1067, SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871 , notamment parmi SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871 ; b) une séquence nucléotidique comportant au moins 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité avec une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide, choisie parmi les séquences SEQ ID No. 690 à SEQ ID No. 1067, SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871, notamment parmi SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871 ; c) une séquence nucléotidique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide, choisie parmi les séquences SEQ ID No. 690 à SEQ ID No. 1067, SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871 , notamment parmi SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871 ; d) une séquence nucléotidique complémentaire ou d'ARN correspondant à une séquence telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique d'un fragment représentatif d'une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence telle que définie en a), b), c), d) ou e) modifiée, sont également des objets de l'invention.
Par acide nucléique, séquence nucléique ou d'acide nucléique, polynucléotide, oligonucléotide, séquence de polynucléotide, séquence nucléotidique, termes qui seront employés indifféremment dans la présente description, on entend désigner un enchaînement précis de nucléotides, modifiés ou non, permettant de définir un fragment ou une région d'un acide nucléique, comportant ou non des nucléotides non naturels, et pouvant correspondre aussi bien à un ADN double brin, un ADN simple brin qu'à des produits de transcription desdits ADNs. Ainsi, les séquences nucléiques selon l'invention englobent également les PNA (Peptid Nucleic Acid).
Il doit être compris que la présente invention ne concerne pas les séquences nucléotidiques dans leur environnement chromosomique naturel, c'est-à-dire à l'état naturel. Il s'agit de séquences qui ont été isolées et/ou purifiées, c'est-à-dire qu'elles ont été prélevées directement ou indirectement, par exemple par copie, leur environnement ayant été au moins partiellement modifié. On entend ainsi également désigner les acides nucléiques obtenus par synthèse chimique.
Par « pourcentage d'identité » entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés au sens de la présente invention, on entend désigner un pourcentage de nucléotides ou de résidus d'acides aminés identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après le meilleur alignement, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences étant réparties au hasard et sur toute leur longueur. On entend désigner par "meilleur alignement" ou "alignement optimal", l'alignement pour lequel le pourcentage d'identité déterminé comme ci-après est le plus élevé. Les comparaisons de séquences entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés sont traditionnellement réalisées en comparant ces séquences après les avoir alignées de manière optimale, ladite comparaison étant réalisée par segment ou par « fenêtre de comparaison » pour identifier et comparer les régions locales de similarité de séquence. L'alignement optimal des séquences pour la comparaison peut être réalisé, outre manuellement, au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Smith et Waterman (1981 , Ad. App. Math. 2:482), au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Neddleman et Wunsch (1970, J. Mol. Biol. 48:443), au moyen de la méthode de recherche de similarité de Pearson et Lipman (1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444), au moyen de logiciels informatiques utilisant ces algorithmes (GAP, BESTFIT, BLAST P, BLAST N, FASTA et TFASTA dans le Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI). Afin d'obtenir l'alignement optimal, on utilise de préférence le programme BLAST, avec la matrice BLOSUM 62. On peut également utiliser les matrices PAM ou PAM250. Le pourcentage d'identité entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés est déterminé en comparant ces deux séquences alignées de manière optimale, la séquence d'acides nucléiques ou d'acides aminés à comparer pouvant comprendre des additions ou des délétions par rapport à la séquence de référence pour un alignement optimal entre ces deux séquences. Le pourcentage d'identité est calculé en déterminant le nombre de positions identiques pour lesquelles le nucleotide ou le résidu d'acide aminé est identique dans les deux séquences, en divisant ce nombre de positions identiques par le nombre total de positions comparées et en multipliant le résultat obtenu par 100 pour obtenir le pourcentage d'identité entre ces deux séquences.
Par séquences nucléiques présentant un pourcentage d'identité d'au moins 75 %, de préférence 80 %, 85 % ou 90 %, de façon plus préférée 95 % voire 98 %, après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les séquences nucléiques présentant, par rapport à la séquence nucléique de référence, certaines modifications comme en particulier une délétion, une troncation, un allongement, une fusion chimérique et/ou une substitution, notamment ponctuelle, et dont la séquence nucléique présente au moins 75 %, de préférence 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 %, d'identité après alignement optimal avec la séquence nucléique de référence. Il s'agit de préférence de séquences dont les séquences complémentaires sont susceptibles de s'hybrider spécifiquement avec les séquences de référence. De préférence, les conditions d'hybridation spécifiques ou de forte stringence seront telles qu'elles assurent au moins 75 %, de préférence 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité après alignement optimal entre l'une des deux séquences et sa séquence complémentaire.
Une hybridation dans des conditions de forte stringence signifie que les conditions de température et de force ionique sont choisies de telle manière qu'elles permettent le maintien de l'hybridation entre deux fragments d'ADN complémentaires. A titre illustratif, des conditions de forte stringence de l'étape d'hybridation aux fins de définir les fragments polynucléotidiques décrits ci-dessus, sont avantageusement les suivantes. L'hybridation ADN-ADN ou ADN-ARN est réalisée en deux étapes : (1) préhybridation à 42°C pendant 3 heures en tampon phosphate (20 mM, pH 7,5) contenant 5 x SSC (1 x SSC correspond à une solution 0,15 M NaCl + 0,015 M citrate de sodium), 50 % de formamide, 7 % de sodium dodécyl sulfate (SDS), 10 x Denhardt's, 5 % de dextran sulfate et 1 % d'ADN de sperme de saumon ; (2) hybridation proprement dite pendant 20 heures à une température dépendant de la taille de la sonde (i.e. : 42°C, pour une sonde de taille > 100 nucléotides) suivie de 2 lavages de 20 minutes à 20°C en 2 x SSC + 2 % SDS, 1 lavage de 20 minutes à 20°C en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS. Le dernier lavage est pratiqué en 0, 1 x SSC + 0,1 % SDS pendant 30 minutes à 60°C pour une sonde de taille > 100 nucléotides. Les conditions d'hybridation de forte stringence décrites ci-dessus pour un polynucléotide de taille définie, peuvent être adaptées par l'homme du métier pour des oligonucléotides de taille plus grande ou plus petite, selon l'enseignement de Sambrook et al. (1989, Molecular cloning : a laboratory manual, 2nd Ed. Cold Spring Harbor).
De plus, par fragment représentatif de séquences selon l'invention, on entend désigner tout fragment nucléotidique présentant au moins 15 nucléotides, de préférence au moins 30, 75, 150, 300 et 450 nucléotides consécutifs de la séquence dont il est issu.
Par fragment représentatif, on entend en particulier une séquence nucléique codant pour un fragment biologiquement actif d'un polypeptide, tel que défini plus loin. Par fragment représentatif, on entend également les séquences intergéniques, et en particulier les séquences nucléotidiques portant les signaux de régulation (promoteurs, terminateurs, voire enhancers, ...).
Parmi lesdits fragments représentatifs, on préfère ceux ayant des séquences nucléotidiques correspondant à des cadres ouverts de lecture, dénommés séquences ORFs (ORF pour « Open Reading Frame »), compris en général entre un codon d'initiation et un codon stop, ou entre deux codons stop, et codant pour des polypeptides, de préférence d'au moins 100 acides aminés, tel que par exemple, sans s'y limiter, les séquences ORFs qui seront décrites par la suite. La numérotation des séquences nucléotidiques ORFs qui sera utilisée par la suite dans la présente description correspond à la numérotation des séquences d'acides aminés des protéines codées par lesdites ORFs.
Les fragments représentatifs selon l'invention peuvent être obtenus par exemple par amplification spécifique telle que la PCR ou après digestion par des enzymes de restriction appropriés de séquences nucléotidiques selon l'invention, cette méthode étant décrite en particulier dans l'ouvrage de Sambrook et al.. Lesdits fragments représentatifs peuvent également être obtenus par synthèse chimique lorsque leur taille n'est pas trop importante, selon des méthodes bien connues de l'homme du métier.
Parmi les séquences contenant des séquences de l'invention, ou des fragments représentatifs, on entend également les séquences qui sont naturellement encadrées par des séquences qui présentent au moins 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité avec les séquences selon l'invention.
Par séquence nucléotidique modifiée, on entend toute séquence nucléotidique obtenue par mutagénèse selon des techniques bien connues de l'homme du métier, et comportant des modifications par rapport aux séquences normales, par exemple des mutations dans les séquences régulatrices et/ou promotrices de l'expression du polypeptide, notamment conduisant à une modification du taux d'expression ou de l'activité dudit polypeptide.
Par séquence nucléotidique modifiée, on entend également toute séquence nucléotidique codant pour un polypeptide modifié tel que défini ci-après.
Les fragments représentatifs selon l'invention peuvent également être des sondes ou amorces, qui peuvent être utilisées dans des procédés de détection, d'identification, de dosage ou d'amplification de séquences nucléiques. Une sonde ou amorce se définit, au sens de l'invention, comme étant un fragment d'acides nucléiques simple brin ou un fragment double brin dénaturé comprenant par exemple de 12 bases à quelques kb, notamment de 15 à quelques centaines de bases, de préférence de 15 à 50 ou 100 bases, et possédant une spécificité d'hybridation dans des conditions déterminées pour former un complexe d'hybridation avec un acide nucléique cible.
Les sondes et amorces selon l'invention peuvent être marquées directement ou indirectement par un composé radioactif ou non radioactif par des méthodes bien connues de l'homme du métier, afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable (brevet FR 78 10975 et bDNA de Chiron EP 225 807 et EP 510 085).
Les séquences non marquées de polynucléotides selon l'invention peuvent être utilisées directement comme sonde ou amorce.
Les séquences sont généralement marquées pour obtenir des séquences utilisables pour de nombreuses applications. Le marquage des amorces ou des sondes selon l'invention est réalisé par des éléments radioactifs ou par des molécules non radioactives.
Parmi les isotopes radioactifs utilisés, on peut citer le 32P, le 33P, le 35S, le 3H ou le l 25I. Les entités non radioactives sont sélectionnées parmi les ligands tels la biotine, l'avidine, la streptavidine, la dioxygénine, les haptènes, les colorants, les agents luminescents tels que les agents radioluminescents, chémoluminescents, bioluminescents, fluorescents, phosphorescents.
Les polynucléotides selon l'invention peuvent ainsi être utilisés comme amorce et/ou sonde dans des procédés mettant en oeuvre notamment la technique de PCR (amplification en chaîne par polymérase) (Rolfs et al., 1991, Berlin : Springer-Verlag). Cette technique nécessite le choix de paires d'amorces oligonucléotidiques encadrant le fragment qui doit être amplifié. On peut, par exemple, se référer à la technique décrite dans le brevet américain U.S. N° 4,683,202. Les fragments amplifiés peuvent être identifiés, par exemple après une électrophorèse en gel d'agarose ou de polyacrylamide, ou après une technique chromatographique comme la filtration sur gel ou la chromatographie échangeuse d'ions, puis séquences. La spécificité de l'amplification peut être contrôlée en utilisant les séquences nucléotidiques de polynucléotides de l'invention comme matrice, des plasmides contenant ces séquences ou encore les produits d'amplification dérivés. Les fragments nucléotidiques amplifiés peuvent être utilisés comme réactifs dans des réactions d'hybridation afin de mettre en évidence la présence, dans un échantillon biologique, d'un acide nucléique cible de séquence complémentaire à celle desdits fragments nucléotidiques amplifiés.
L'invention vise également les acides nucléiques susceptibles d'être obtenus par amplification à l'aide d'amorces selon l'invention. D'autres techniques d'amplification de l'acide nucléique cible peuvent être avantageusement employées comme alternative à la PCR (PCR-like) à l'aide de couple d'amorces de séquences nucléotidiques selon l'invention. Par PCR-like on entend désigner toutes les méthodes mettant en œuvre des reproductions directes ou indirectes des séquences d'acides nucléiques, ou bien dans lesquelles les systèmes de marquage ont été amplifiés, ces techniques sont bien entendu connues. En général, il s'agit de l'amplification de l'ADN par une polymérase ; lorsque l'échantillon d'origine est un ARN il convient préalablement d'effectuer une transcription reverse. Il existe actuellement de très nombreux procédés permettant cette amplification, comme par exemple la technique SDA (Strand Displacement Amplification) ou technique d'amplification à déplacement de brin (Walker et al., 1992, Nucleic Acids Res. 20:1691), la technique TAS (Transcription-based Amplification System) décrite par Kwoh et al. (1989, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86, 1 173), la technique 3SR (Self- Sustained Séquence Replication) décrite par Guatelli et al. (1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:1874), la technique NASBA (Nucleic Acid Séquence Based Amplification) décrite par Kievitis et al. (1991 , J. Virol. Methods, 35, 273), la technique TMA (Transcription Mediated Amplification), la technique LCR (Ligase Chain Reaction) décrite par Landegren et al. (1988, Science 241 , 1077), la technique de RCR (Repair Chain Reaction) décrite par Segev (1992, Kessler C. Springer Verlag, Berlin, New- York, 197-205), la technique CPR (Cycling Probe Reaction) décrite par Duck et al. (1990, Biotechniques, 9, 142), la technique d'amplification à la Q-béta-réplicase décrite par Miele et al. (1983, J. Mol. Biol., 171 , 281). Certaines de ces techniques ont depuis été perfectionnées.
Dans le cas où le polynucléotide cible à détecter est un ARNm, on utilise avantageusement, préalablement à la mise en oeuvre d'une réaction d'amplification à l'aide des amorces selon l'invention ou à la mise en œuvre d'un procédé de détection à l'aide des sondes de l'invention, une enzyme de type transcriptase inverse afin d'obtenir un ADNc à partir de l'ARNm contenu dans l'échantillon biologique. L'ADNc obtenu servira alors de cible pour les amorces ou les sondes mises en oeuvre dans le procédé d'amplification ou de détection selon l'invention. La technique d'hybridation de sondes peut être réalisée de manières diverses (Matthews et al., 1988, Anal. Biochem., 169, 1-25). La méthode la plus générale consiste à immobiliser l'acide nucléique extrait des cellules de différents tissus ou de cellules en culture sur un support (tels que la nitrocellulose, le nylon, le polystyrène) et à incuber, dans des conditions bien définies, l'acide nucléique cible immobilisé avec la sonde. Après l'hybridation, l'excès de sonde est éliminé et les molécules hybrides formées sont détectées par la méthode appropriée (mesure de la radioactivité, de la fluorescence ou de l'activité enzymatique liée à la sonde).
Selon un autre mode de mise en œuvre des sondes nucléiques selon l'invention, ces dernières peuvent être utilisées comme sondes de capture. Dans ce cas, une sonde, dite « sonde de capture », est immobilisée sur un support et sert à capturer par hybridation spécifique l'acide nucléique cible obtenu à partir de l'échantillon biologique à tester et l'acide nucléique cible est ensuite détecté grâce à une seconde sonde, dite « sonde de détection », marquée par un élément facilement détectable. Parmi les fragments d'acides nucléiques intéressants, il faut ainsi citer en particulier les oligonucléotides anti-sens, c'est-à-dire dont la structure assure, par hybridation avec la séquence cible, une inhibition de l'expression du produit correspondant. Il faut également citer les oligonucléotides sens qui, par interaction avec des protéines impliquées dans la régulation de l'expression du produit correspondant, induiront soit une inhibition, soit une activation de cette expression.
De façon préférée, les sondes ou amorces selon l'invention sont immobilisées sur un support, de manière covalente ou non covalente. En particulier, le support peut être une puce à ADN ou un filtre à haute ou moyenne densité, également objets de la présente invention (brevets WO 97/29212, WO 98/27317, WO 97/10365 et WO 92/10588).
On entend désigner par puce à ADN ou filtre haute densité, un support sur lequel sont fixées des séquences d'ADN, chacune d'entre elles pouvant être repérée par sa localisation géographique. Ces puces ou filtres diffèrent principalement par leur taille, le matériau du support, et éventuellement le nombre de séquences d'ADN qui y sont fixées.
On peut fixer les sondes ou amorces selon la première invention sur des supports solides, en particulier les puces à ADN, par différents procédés de fabrication. En particulier, on peut effectuer une synthèse in situ par adressage photochimique ou par jet d'encre. D'autres techniques consistent à effectuer une synthèse ex situ et à fixer les sondes sur le support de la puce à ADN par adressage mécanique, électronique ou par jet d'encre. Ces différents procédés sont bien connus de l'homme du métier.
Une séquence nucléotidique (sonde ou amorce) selon l'invention permet donc la détection et/ou l'amplification de séquences nucléiques spécifiques. En particulier, la détection de cesdites séquences est facilitée lorsque la sonde est fixée sur une puce à ADN, ou à un filtre haute densité.
L'utilisation de puces à ADN ou de filtres à haute densité permet en effet de déterminer l'expression de gènes dans un organisme présentant une séquence génomique proche de L. monocytogenes ou innocua et le typage de la souche en cause. La séquence génomique de L. innocua et les séquences partielles de L. monocytogenes 4b, complétées par l'identification des gènes de ces organismes, telles que présentées dans la présente invention, servent de base à la construction de ces puces à ADN ou filtre.
La préparation de ces filtres ou puces consiste à synthétiser des oligonucléotides, correspondant aux extrémités 5' et 3' des gènes ou à des fragments plus internes pour amplifier des fragments d'une taille adaptée, par exemple comprise environ entre 300 et 800 bases. Ces oligonucléotides sont choisis en utilisant la séquence génomique et ses annotations divulguées par la présente invention. La température d'appariement des ces oligonucléotides aux places correspondantes sur l'ADN doit être approximativement la même pour chaque oligonucleotide. Ceci permet de préparer des fragments d'ADN correspondant à chaque gène par l'utilisation de conditions de PCR appropriées dans un environnement hautement automatisé. Les fragments amplifiés sont ensuite immobilisés sur des filtres ou des supports en verre, silicium ou polymères synthétiques et ces milieux sont utilisés pour l'hybridation. La disponibilité de tels filtres et/ou puces et de la séquence génomique correspondante annotée permet d'étudier l'expression de grands ensembles, voire de la totalité des gènes dans les micro-organismes associés à Listeria innocua et L. monocytogenes 4b, en préparant les ADN complémentaires, et en les hybridant à l'ADN ou aux oligonucléotides immobilisés sur les filtres ou les puces. De même, les filtres et/ou les puces permettent d'étudier la variabilité des souches ou des espèces, en préparant l'ADN de ces organismes et en les hybridant à l'ADN ou aux oligonucléotides immobilisés sur les filtres ou les puces.
Les différences entre les séquences génomiques des différentes souches ou espèces peuvent grandement affecter l'intensité de l'hybridation et, par conséquent, perturber l'interprétation des résultats. Il peut donc être nécessaire d'avoir la séquence précise des gènes de la souche que l'on souhaite étudier. La méthode de détection des gènes décrite plus loin en détail, impliquant la détermination de la séquence de fragments aléatoires d'un génome, et les organisant d'après la séquence du génome complet de L. innocua et L. monocytogenes 4b divulgué dans la présente invention, peut être très utile.
Les séquences nucléotidiques selon l'invention peuvent être utilisées dans des puces à ADN pour effectuer l'analyse de mutations. Cette analyse repose sur la constitution de puces capables d'analyser chaque base d'une séquence nucléotidique selon l'invention. On pourra notamment à cette fin mettre en œuvre les techniques de micro-séquençage sur puce à ADN. Les mutations sont détectées par extension d'amorces immobilisées hybridant à la matrice des séquences analysées, juste en position adjacente de celle du nucleotide muté recherché. Une matrice simple-brin, ARN ou ADN, des séquences à analyser sera avantageusement préparée selon des méthodes classiques, à partir de produits amplifiés selon les techniques de type PCR. Les matrices d'ADN simple brin, ou d'ARN ainsi obtenues sont alors déposées sur la puce à ADN, dans des conditions permettant leur hybridation spécifique aux amorces immobilisées. Une polymérase thermostable, par exemple la Tth ou la Taq ADN polymérase, étend spécifiquement l'extrémité 3' de l'amorce immobilisée avec un analogue de nucleotide marqué complémentaire du nucleotide en position du site variable ; par exemple, un cyclage thermique est réalisé en présence des didéoxyribonucléotides fluorescents. Les conditions expérimentales seront adaptées notamment aux puces employées, aux amorces immobilisées, aux polymérases employées, et au système de marquage choisi. Un avantage du microséquençage, par rapport aux techniques basées sur l'hybridation de sondes, est qu'il permet d'identifier tous les nucléotides variables avec une discrimination optimale dans des conditions de réactions homogènes; utilisé sur des puces à ADN, il permet une résolution et une spécificité optimales pour la détection routinière et industrielle de mutations en multiplex. L'utilisation des filtres à haute densité et/ou des puces permet ainsi d'obtenir des connaissances nouvelles sur la régulation des gènes dans les organismes d'importance industrielle, et en particulier les listeria propagées dans diverses conditions. Elle permet aussi une identification rapide des différences entre les génomes des souches utilisées dans de multiples applications industrielles. En outre, une puce à ADN ou un filtre peut être un outil extrêmement intéressant pour la détermination, la détection et/ou l'identification d'un micro-organisme. Ainsi, on préfère également les puces à ADN selon l'invention qui contiennent en outre au moins une séquence nucléotidique d'un micro-organisme autre que Listeria monocytogenes 4b ou Listeria innocua, immobilisée sur le support de ladite puce. De préférence, le micro-organisme choisi l'est parmi les bactéries du genre Listeria (ci- après désignées comme bactéries associées à L. monocytogenes), ou les variants de Listeria monocytogenes EGD-e.
Une puce à ADN ou un filtre selon l'invention est un élément très utile de certains kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de micro-organismes, en particulier les bactéries appartenant à l'espèce Listeria monocytogenes ou les microorganismes associés, également objets de l'invention.
Par ailleurs, les puces à ADN ou les filtres selon l'invention, contenant des sondes ou amorces spécifiques de Listeria innocua ou monocytogenes, sont des éléments très avantageux de kits ou nécessaires pour la détection et/ou la quantification de l'expression de gènes de Listeria innocua ou monocytogenes (ou de microorganismes associés).
En effet, le contrôle de l'expression des gènes est un point critique pour optimiser la croissance et le rendement d'une souche, soit en permettant l'expression d'un ou plusieurs gènes nouveaux, soit en modifiant l'expression de gènes déjà présents dans la cellule. La présente invention fournit l'ensemble des séquences naturellement actives chez L. innocua permettant l'expression des gènes. Elle permet ainsi la détermination de l'ensemble des séquences exprimées chez L. innocua. Elle fournit également un outil permettant de repérer les gènes dont l'expression suit un schéma donné. Pour réaliser cela, l'ADN de tout ou partie des gènes de L. innocua et monocytogenes peut être amplifié grâce à des amorces selon l'invention, puis fixé à un support comme par exemple le verre ou le nylon ou une puce à ADN, afin de construire un outil permettant de suivre le profil d'expression de ces gènes. Cet outil, constitué de ce support contenant les séquences codantes sert de matrice d'hybridation à un mélange de molécules marquées reflétant les ARN messagers exprimés dans la cellule (en particulier les sondes marquées selon l'invention). En répétant cette expérience à différents instants et en combinant l'ensemble de ces données par un traitement approprié, on obtient alors les profils d'expression de l'ensemble de ces gènes. La connaissance des séquences qui suivent un schéma de régulation donné peut aussi être mise à profit pour rechercher de manière dirigée, par exemple par homologie, d'autres séquences suivant globalement, mais de manière légèrement différente le même schéma de régulation. En complément, il est possible d'isoler chaque séquence de contrôle présente en amont des segments servant de sondes et d'en suivre l'activité à l'aide de moyen approprié comme un gène raporteur (luciférase, β-galactosidase, GFP). Ces séquences isolées peuvent ensuite être modifiées et assemblées par ingénierie métabolique avec des séquences d'intérêt en vue de leur expression optimale.
L'invention concerne également les polypeptides codés par une séquence nucléotidique selon l'invention, de préférence, par un fragment représentatif des séquences précédentes et correspondant à une séquence ORF. En particulier, les polypeptides de Listeria innocua codés par les séquences SEQ ID No. 12 à SEQ ID No. 689, SEQ ID Nos. 2042 et 2043, SEQ ID Nos. 2047 et 2048, SEQ ID Nos. 2053 à 2056 et SEQ ID Nos. 2059 à 2601, notamment par SEQ ID Nos. 2059 à 2601, ou ceux de Listeria monocytogenes EGDe, caractérisés en ce qu'ils sont choisis parmi les polypeptides codés par les séquences SEQ ID No. 690 à SEQ ID No. 1067, SEQ ID No. 2049 à SEQ ID No. 2052 et SEQ ID Nos. 2602 à 2871, notamment parmi SEQ ID Nos. 2602 à 2871 , ou ceux encore de Listeria monocytogenes 4b, caractérisés en ce qu'ils sont choisis parmi les polypeptides codés par les séquences SEQ ID No. 3892 à SEQ ID No. 4025, sont objet de l'invention. L'invention comprend également les polypeptides caractérisés en ce qu'ils comprennent un polypeptide choisi parmi : a) un polypeptide selon l'invention ; b) un polypeptide présentant au moins 80 % de préférence 85 %, 90 %, 95 % et 98 % d'identité avec un polypeptide selon l'invention ; c) un fragment d'au moins 5 acides aminés d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b) ; d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b) ou c) ; et e) un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b), c) ou d) modifié. Les séquences nucléotidiques codant pour les polypeptides décrits précédemment sont également objet de l'invention. Dans la présente description, les termes polypeptides, séquences polypeptidiques, peptides et protéines sont interchangeables. Le terme polypeptide comprend toute séquence d'acides aminés permettant de générer une réponse anticorps. Il doit être compris que l'invention ne concerne pas les polypeptides sous forme naturelle, c'est-à-dire qu'ils ne sont pas pris dans leur environnement naturel. En revanche, elle concerne ceux qui ont pu être isolés ou obtenus par purification à partir de sources naturelles, ou bien obtenus par recombinaison génétique, ou par synthèse chimique, et qu'ils peuvent alors comporter des acides aminés non naturels comme cela sera décrit plus loin. Par polypeptide présentant un certain pourcentage d'identité avec un autre, que l'on désignera également par polypeptide homologue, on entend désigner les polypeptides présentant par rapport aux polypeptides naturels, certaines modifications, en particulier une délétion, addition ou substitution d'au moins un acide aminé, une troncation, un allongement, une solution chimérique et/ou une mutation, ou les polypeptides présentant des modifications post-traductionnelles. Parmi les polypeptides homologues, on préfère ceux dont la séquence d'acides aminés présentent au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % et 98 % d'homologie avec les séquences d'acides aminés des polypeptides selon l'invention. Dans le cas d'une substitution, un ou plusieurs acide(s) aminé(s) consécutifs) ou non consécutifs) sont remplacés par des acides aminés « équivalents ». L'expression « acides aminés équivalents » vise ici à désigner tout acide aminé susceptible d'être substitué à l'un des acides aminés de la structure de base sans cependant modifier essentiellement les activités biologiques des peptides correspondant telles qu'elles seront définies par la suite.
Ces acides aminés équivalents peuvent être déterminés soit en s'appuyant sur leur homologie de structure avec les acides aminés auxquels ils se substituent, soit sur des résultats d'essais comparatifs d'activité biologique entre les différents polypeptides susceptibles d'être effectués.
A titre d'exemple, on mentionne les possibilités de substitution susceptibles d'être effectuées sans qu'il résulte en une modification approfondie de l'activité biologique du polypeptide modifié correspondant. On peut remplacer ainsi la leucine par la valine ou l'isoleucine, l'acide aspartique par l'acide glutamine, la glutamine par l'asparagine, l'arginine par la lysine, etc., les substitutions inverses étant naturellement envisageables dans les mêmes conditions. Les polypeptides homologues correspondent également aux polypeptides codés par les séquences nucléotidiques homologues ou identiques, telles que définies précédemment et comprennent ainsi dans la présente définition des polypeptides mutés ou correspondant à des variations inter ou intra espèces, pouvant exister chez Listeria, et qui correspondent notamment à des troncatures, substitutions, délétions et/ou additions, d'au moins un résidu d'acides aminés.
Il est entendu que l'on calcule le pourcentage d'identité entre deux polypeptides de la même façon qu'entre deux séquences d'acides nucléiques. Ainsi, le pourcentage d'identité entre deux polypeptides est calculé après alignement optimal de ces deux séquences, sur une fenêtre d'homologie maximale. Pour définir ladite fenêtre d'homologie maximale, on peut utiliser les mêmes algorithmes que pour les séquences d'acide nucléique.
Par fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'invention, on entend désigner en particulier un fragment de polypeptide, tel que défini ci-après, présentant au moins une des caractéristiques biologiques des polypeptides selon l'invention, notamment en ce qu'il est capable d'exercer de manière générale une activité même partielle, tel que par exemple :
- une activité enzymatique (métabolique) ou une activité pouvant être impliquée dans la biosynthèse ou la biodégradation de composés organiques ou inorganiques ;
- une activité structurelle (enveloppe cellulaire, molécule chaperonne, ribosome) ;
- une activité de transport (d'énergie, d'ion) ; ou dans la sécrétion de protéine ;
- une activité dans le processus de réplication, amplification, préparation, transcription, traduction ou maturation, notamment de l'ADN, de l'ARN ou des protéines.
Par fragment de polypeptide selon l'invention, on entend désigner un polypeptide comportant au minimum 5 acides aminés, de préférence 10, 15, 25, 50, 100 et 150 acides aminés. Les fragments de polypeptides peuvent correspondre à des fragments isolés ou purifiés naturellement présents dans les souches de Listeria, ou à des fragments qui peuvent être obtenus par clivage dudit polypeptide par une enzyme protéolitique telle que la trypsine ou la chymotrypsine ou la collagénase, par un réactif chimique (bromure de cyanogène, CNBr) ou en plaçant ledit polypeptide dans un environnement très acide (par exemple à pH = 2,5). Des fragments polypeptidiques peuvent également être préparés par synthèse chimique, à partir d'hôtes transformés par un vecteur d'expression selon l'invention qui contiennent un acide nucléique permettant l'expression dudit fragment, et placé sous le contrôle des éléments de régulation et/ou d'expression appropriés.
Par « polypeptide modifié » d'un polypeptide selon l'invention, on entend désigner un polypeptide obtenu par recombinaison génétique ou par synthèse chimique comme décrit plus loin, qui présente au moins une modification par rapport à la séquence normale. Ces modifications peuvent être notamment portées sur des acides aminés nécessaires pour la spécificité ou l'efficacité de l'activité, ou à l'origine de la conformation structurale, de la charge, ou de l'hydrophobicité du polypeptide selon l'invention. On peut ainsi créer des polypeptides d'activité équivalente, augmentée ou diminuée, ou de spécificité équivalente, plus étroite ou plus large. Parmi les polypeptides modifiés, il faut citer les polypeptides dans lesquels jusqu'à cinq acides aminés peuvent être modifiés, tronqués à l'extrémité N ou C-terminale, ou bien délétés, ou ajoutés.
Comme cela est indiqué, les modifications d'un polypeptide ont pour objectif notamment :
- de permettre sa mise en œuvre dans des procédés de biosynthèse ou de biodégradation de composés organiques ou inorganiques,
- de permettre sa mise en œuvre dans des procédés de réplication, d'amplification, de réparation et règle de transcription, de traduction, ou de maturation notamment de l'ADN, l'ARN, ou de protéines,
- de permettre sa sécrétion améliorée, - de modifier sa solubilité, l'efficacité ou la spécificité de son activité, ou encore de faciliter sa purification.
La synthèse chimique présente également l'avantage de pouvoir utiliser des acides aminés non naturels ou des liaisons non peptidiques. Ainsi, il peut être intéressant d'utiliser des acides aminés non naturels, par exemple sous forme D, ou des analogues d'acides aminés, notamment des formes souffrées.
La présente invention fournit la séquence nucléotidique du génome de Listeria innocua et la séquence partielle de Listeria monocytogenes serotype 4b, ainsi que certaines séquences polypeptidiques. D'une manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des acides aminés. De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide d'enveloppe cellulaire ou présent à la surface de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou pour un de ses fragments.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans la machinerie cellulaire.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme intermédiaire central. De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme énergétique.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions de régulation. De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de réplication.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transcription.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de traduction. De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments dans la sensibilité aux médicaments et analogues.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux transposons.
De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide spécifique de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des acides aminés.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide d'enveloppe cellulaire ou de surface de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans la machinerie cellulaire.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme intermédiaire central. Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme énergétique.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions de régulation.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de réplication. Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transcription. Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de traduction.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments dans la sensibilité aux médicaments et analogues.
Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux transposons. Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide spécifique de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses fragments.
Il est important de noter toutefois qu'un organisme vivant est un tout et doit être pris comme tel. Ainsi, afin de pouvoir se développer et exhiber ses propriétés, tout organisme a besoin d'interactions entre les différentes voies métaboliques. Ainsi, la classification énoncée ci-dessus ne doit pas être considérée comme limitative, un gène pouvant être impliqué dans deux voies métaboliques distinctes.
La présente invention a également pour objet les séquences nucléotidiques et/ou de polypeptides selon l'invention, caractérisées en ce que lesdites séquences sont enregistrées sur un support d'enregistrement dont la forme et la nature facilitent la lecture, l'analyse et/ou l'exploitation de ladite ou desdites séquence(s). Ces supports peuvent également contenir d'autres informations extraites de la présente invention, notamment les analogies avec des séquences déjà connues, et/ou des informations concernant les séquences nucléotidiques et/ou de polypeptides d'autres microorganismes afin de faciliter l'analyse comparative et l'exploitation des résultats obtenus. Parmi cesdits supports d'enregistrement, on préfère en particulier les supports lisibles par un ordinateur, tels les supports magnétiques, optiques, électriques ou hybrides, en particulier les disquettes informatiques, les CD-ROM, les serveurs informatiques. De tels supports d'enregistrement sont également objet de l'invention.
Les supports d'enregistrement selon l'invention, avec les informations apportées, sont très utiles pour le choix d'amorces ou de sondes nucléotidiques pour la détermination de gènes dans Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou souches proches de cet organisme. De même, l'utilisation de ces supports pour l'étude du polymorphisme génétique de souches proches de Listeria irmocua ou monocytogenes 4b, en particulier par la détermination des régions de colinéarité, est très utile dans la mesure où ces supports fournissent non seulement la séquence nucléotidique du génome de Listeria innocua ou monocytogenes 4b, mais également l'organisation génomique dans ladite séquence. Ainsi, les utilisations de supports d'enregistrement selon l'invention sont également des objets de l'invention.
L'analyse d'homologie entre différentes séquences s'effectue en effet avantageusement à l'aide de logiciels de comparaison de séquences, tels le logiciel Blast, ou les logiciels de la trousse GCG, décrits précédemment.
L'invention vise également les vecteurs de clonage et/ou d'expression, qui contiennent une séquence nucléotidique selon l'invention.
Les vecteurs selon l'invention comportent de préférence des éléments qui permettent l'expression et/ou la sécrétion des séquences nucléotidiques dans une cellule hôte déterminée.
Le vecteur doit alors comporter un promoteur, des signaux d'initiation et de terminaison de la traduction, ainsi que des régions appropriées de régulation de la transcription. Il doit pouvoir être maintenu de façon stable dans la cellule hôte et peut éventuellement posséder des signaux particuliers qui spécifient la sécrétion de la protéine traduite. Ces différents éléments sont choisis et optimisés par l'homme du métier en fonction de l'hôte cellulaire utilisé. A cet effet, les séquences nucléotidiques selon l'invention peuvent être insérées dans des vecteurs à réplication autonome au sein de l'hôte choisi, ou être des vecteurs intégratifs de l'hôte choisi.
De tels vecteurs sont préparés par des méthodes couramment utilisées par l'homme du métier, et les clones résultant peuvent être introduits dans un hôte approprié par des méthodes standards, telles que la lipofection, l'électroporation, le choc thermique, ou des méthodes chimiques.
Les vecteurs selon l'invention sont par exemple des vecteurs d'origine plasmidique ou virale. Ils sont utiles pour transformer des cellules hôtes afin de cloner ou d'exprimer les séquences nucléotidiques selon l'invention. L'invention comprend également les cellules hôtes transformées par un vecteur selon l'invention.
L'hôte cellulaire peut être choisi parmi des systèmes procaryotes ou eucaryotes, par exemple les cellules bactériennes mais également les cellules de levure ou les cellules animales, en particulier les cellules de mammifères. On peut également utiliser des cellules d'insectes ou des cellules de plantes. Les cellules hôtes préférées selon l'invention sont en particulier les cellules procaryotes, de préférence les bactéries appartenant au genre Listeria, à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b, ou les micro-organismes associés à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b. L'invention concerne également les végétaux et les animaux, excepté l'homme, qui comprennent une cellule transformée selon l'invention. Les cellules transformées selon l'invention sont utilisables dans des procédés de préparation de polypeptides recombinants selon l'invention. Les procédés de préparation d'un polypeptide selon l'invention sous forme recombinante, caractérisés en ce qu'ils mettent en œuvre un vecteur et/ou une cellule transformée par un vecteur selon l'invention sont eux-mêmes compris dans la présente invention. De préférence, on cultive une cellule transformée par un vecteur selon l'invention dans des conditions qui permettent l'expression dudit polypeptide et on récupère ledit peptide recombinant.
Ainsi qu'il a été dit, l'hôte cellulaire peut être choisi parmi des systèmes procaryotes ou eucaryotes. En particulier, il est possible d'identifier des séquences nucléotidiques selon l'invention, facilitant la sécrétion dans un tel système procaryote ou eucaryote. Un vecteur selon l'invention portant une telle séquence peut donc être avantageusement utilisé pour la production de protéines recombinantes, destinées à être sécrétées. En effet, la purification de ces protéines recombinantes d'intérêt sera facilité par le fait qu'elles sont présentent dans le surnageant de la culture cellulaire plutôt qu'à l'intérieur des cellules hôtes.
On peut également préparer les polypeptides selon l'invention par synthèse chimique. Un tel procédé de préparation est également un objet de l'invention. L'homme du métier connaît les procédés de synthèse chimique, par exemple les techniques mettant en œuvre des phases solides (voir notamment Steward et al., 1984, Solid phase peptides synthesis, Pierce Chem. Company, Rockford, 11 1, 2ème éd., (1984)) ou des techniques utilisant des phases solides partielles, par condensation de fragments ou par une synthèse en solution classique. Les polypeptides obtenus par synthèse chimique et pouvant comporter des acides aminés non naturels correspondant sont également compris dans l'invention.
L'invention est en outre relative à des polypeptides hybrides présentant au moins un polypeptide ou un de ses fragments selon l'invention, et une séquence d'un polypeptide susceptible d'induire une réponse immunitaire chez l'homme ou l'animal. Avantageusement, le déterminant antigénique est tel qu'il est susceptible d'induire une réponse humorale et/ou cellulaire.
Un tel déterminant pourra comprendre un polypeptide ou un de ses fragments selon l'invention sous forme glycosylée utilisé en vue d'obtenir des compositions immunogènes susceptibles d'induire la synthèse d'anticorps dirigés contre des épitopes multiples. Lesdits polypeptides ou leurs fragments glycosylés font également partie de l'invention.
Ces molécules hybrides peuvent être constituées en partie d'une molécule porteuse de polypeptides ou de leurs fragments selon l'invention, associée à une partie éventuellement immunogène, en particulier un épitope de la toxine diphtérique, la toxine tétanique, un antigène de surface du virus de l'hépatite B (brevet FR 79 2181 1), l'antigène VP1 du virus de la poliomyélite ou toute autre toxine ou antigène viral ou bactérien.
Les procédés de synthèse des molécules hybrides englobent les méthodes utilisées en génie génétique pour construire des séquences nucléotidiques hybrides codant pour les séquences polypeptidiques recherchées. On pourra, par exemple, se référer avantageusement à la technique d'obtention de gènes codant pour des protéines de fusion décrite par Minton en 1984.
Lesdites séquences nucléotidiques hybrides codant pour un polypeptide hybride ainsi que les polypeptides hybrides selon l'invention caractérisés en ce qu'il s'agit de polypeptides recombinants obtenus par l'expression desdites séquences nucléotidiques hybrides, font également partie de l'invention.
L'invention comprend également les vecteurs caractérisés en ce qu'ils contiennent une desdites séquences nucléotidiques hybrides. Les cellules hôtes transformées par lesdits vecteurs, les animaux transgéniques comprenant une desdites cellules transformées ainsi que les procédés de préparation de polypeptides recombinants utilisant lesdits vecteurs, lesdites cellules transformées et/ou lesdits animaux transgéniques font également partie de l'invention.
Le couplage entre un polypeptide selon l'invention et un polypeptide immunogène, peut être effectué par voie chimique, ou par voie biologique. Ainsi, selon l'invention, il est possible d'introduire un ou plusieurs élément(s) de liaison, notamment des acides aminés pour faciliter les réactions de couplage entre le polypeptide selon l'invention, et le polypeptide immunostimulateur, le couplage covalent de l'antigène immunostimulateur pouvant être réalisé à l'extrémité N ou C-terminale du polypeptide selon l'invention. Les réactifs bifonctionnels permettant ce couplage sont déterminés en fonction de l'extrémité choisie pour réaliser ce couplage, et les techniques de couplage sont bien connues de l'homme du métier.
Les conjugués issus d'un couplage de peptides peuvent être également préparés par recombinaison génétique. Le peptide hybride (conjugué) peut en effet être produit par des techniques d'ADN recombinant, par insertion ou addition à la séquence d'ADN codant pour le polypeptide selon l'invention, d'une séquence codant pour le ou les peptide(s) antigène(s), immunogène(s) ou haptène(s). Ces techniques de préparation de peptides hybrides par recombinaison génétique sont bien connues de l'homme du métier (voir par exemple Makrides, 1996, Microbiological Reviews 60, 512-538). De préférence, ledit polypeptide immunitaire est choisi dans le groupe des peptides contenant les anatoxines, notamment le toxoïde diphtérique ou le toxoïde tétanique, les protéines dérivées du Streptocoque (comme la protéine de liaison à la séralbumine humaine), les protéines membranaires OMPA et les complexes de protéines de membranes externes, les vésicules de membranes externes ou les protéines de chocs thermiques.
Les polypeptides hybrides selon l'invention sont très utiles pour obtenir des anticorps monoclonaux ou polyclonaux, capables de reconnaître spécifiquement les polypeptides selon l'invention. En effet, un polypeptide hybride selon l'invention permet la potentiation de la réponse immunitaire, contre le polypeptide selon l'invention couplé à la molécule immunogène. De tels anticorps monoclonaux ou polyclonaux, leurs fragments, ou les anticorps chimériques, reconnaissant les polypeptides selon l'invention, sont également objets de l'invention.
Les anticorps monoclonaux spécifiques peuvent être obtenus selon la méthode classique de culture d'hybridome décrite par Kôhler et Milstein (1975, Nature 256, 495).
Les anticorps selon l'invention sont par exemple des anticorps chimériques, des anticorps humanisés, des fragments Fab, ou F(ab') . Ils peuvent également se présenter sous forme d'immunoconjugués ou d'anticorps marqués afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable.
Ainsi, les anticorps selon l'invention peuvent être employés dans un procédé pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou à un micro-organisme associé dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a) mise en contact de l'échantillon biologique avec un anticorps selon l'invention ; b) mise en évidence du complexe antigène-anticorps éventuellement foπné. Les anticorps selon la présente invention sont également utilisables afin de détecter une expression d'un gène de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou de micro-organismes associés. En effet, la présence du produit d'expression d'un gène reconnu par un anticorps spécifique dudit produit d'expression peut être détectée par la présence d'un complexe antigène-anticorps formé après la mise en contact de la souche de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou du micro-organisme associé avec un anticorps selon l'invention. La souche bactérienne utilisée peut avoir été « préparée », c'est-à-dire centrifugée, lysée, placée dans un réactif approprié pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique. En particulier, on préfère un procédé de détection de l'expression dans le gène, correspondant à un Western blot, pouvant être effectué après une électrophorèse sur gel de polyacrylamide d'un lysat de la souche bactérienne, en présence ou en l'absence de conditions réductrices (SDS-PAGE). Après migration et séparation des protéines sur le gel de polyacrylamide, on transfère lesdites protéines sur une membrane appropriée (par exemple en nylon) et on détecte la présence de la protéine ou du polypeptide d'intérêt, par mise en contact de ladite membrane avec un anticorps selon l'invention. Ainsi, la présente invention comprend également les kits ou nécessaires pour la mise en œuvre d'un procédé tel que décrit (de détection de l'expression d'un gène de
Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou d'un micro-organisme associé, ou pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un micro-organisme associé), comprenant les éléments suivants : a) un anticorps polyclonal ou monoclonal selon l'invention ; b) éventuellement, les réactifs pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique ; c) éventuellement, les réactifs permettant la mise en évidence des complexes antigène-anticorps produits par la réaction immunologique.
Les polypeptides et les anticorps selon l'invention peuvent avantageusement être immobilisés sur un support, notamment une puce à protéines. Une telle puce à protéines est un objet de l'invention, et peut également contenir au moins un polypeptide d'un micro-organisme autre que Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un anticorps dirigé contre un composé d'un micro-organisme autre que Listeria innocua ou monocytogenes 4b.
Les puces à protéines ou filtres à haute densité contenant des protéines selon l'invention peuvent être construits de la même manière que les puces à ADN selon l'invention. En pratique, on peut effectuer la synthèse des polypeptides directement fixés sur la puce à protéines, ou effectuer une synthèse ex situ suivie d'une étape de fixation sur ladite puce du polypeptide synthétisé. Cette dernière méthode est préférable, lorsque l'on désire fixer des protéines de taille importante sur le support, ces protéines étant avantageusement préparées par génie génétique. Toutefois, si l'on ne désire fixer que des peptides sur le support de ladite puce, il peut être plus intéressant de procéder à la synthèse desdits peptides directement in situ.
Les puces à protéines selon l'invention peuvent être avantageusement utilisées dans des kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries associées à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou à un micro-organisme, ou de façon plus générale dans des kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de micro-organismes. Lorsque l'on fixe les polypeptides selon l'invention sur les puces à ADN, on recherche la présence d'anticorps dans les échantillons testés, la fixation d'un anticorps selon l'invention sur le support de la puce à protéines permettant l'identification de la protéine dont ledit anticorps est spécifique. De préférence, on fixe un anticorps selon l'invention sur le support de la puce à protéines, et on détecte la présence de l'antigène correspondant, spécifique de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou d'un micro-organisme associé.
Une puce à protéines ci-dessus décrite peut être utilisée pour la détection de produits de gènes, pour établir un profil d'expression desdits gènes, en complément d'une puce à ADN selon l'invention.
Les puces à protéines selon l'invention sont également extrêmement utiles pour les expériences de protéomique, qui étudie les interactions entre les différentes protéines d'un micro-organisme donné. De façon simplifiée, on fixe des peptides représentatifs des différentes protéines d'un organisme sur un support. Puis, on met ledit support en contact avec des protéines marquées, et après une étape optionnelle de rinçage, on détecte des interactions entre lesdites protéines marquées et les peptides fixés sur la puce à protéines.
Ainsi, les puces à protéines comprenant une séquence polypeptidique selon l'invention ou un anticorps selon l'invention sont objet de l'invention, ainsi que les kits ou nécessaires les contenant.
La présente invention couvre également un procédé de détection et/ou d'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou à un micro-organisme associé dans un échantillon biologique, qui met en œuvre une séquence nucléotidique selon l'invention.
11 doit être entendu que le teπne échantillon biologique concerne dans la présente invention les échantillons prélevés à partir d'un organisme vivant (en particulier sang, tissus, organes ou autres prélevés à partir d'un mammifère) ou un échantillon contenant du matériel biologique, c'est-à-dire de l'ADN ou de l'ARN. Un tel échantillon biologique comprend aussi les compositions alimentaires contenant des bactéries (par exemple les fromages, les produits laitiers), mais également des compositions alimentaires contenant des levures (bières, pains) ou autres. Le teπne échantillon biologique concerne aussi les bactéries isolées à partir de ces prélèvements ou compositions alimentaires. Le procédé de détection et/ou d'identification mettant en œuvre les séquences nucléotidiques selon l'invention peut être de diverse nature.
On préfère un procédé comportant les étapes suivantes : a) éventuellement, isolement de l'ADN à partir de l'échantillon biologique à analyser, ou obtention d'un ADNc à partir de l'ARN de l'échantillon biologique ; b) amplification spécifique de l'ADN de bactéries appartenant à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou à un micro-organisme associé à l'aide d'au moins une amorce selon l'invention ; c) mise en évidence des produits d'amplification. Ce procédé est basé sur l'amplification spécifique de l'ADN, en particulier par une réaction d'amplification en chaîne.
On préfère également un procédé comprenant les étapes suivantes : a) mise en contact d'une sonde nucléotidique selon l'invention avec un échantillon biologique, l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique ayant, le cas échéant, préalablement été rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou à un micro-organisme associé ; b) mise en évidence de l'hybride éventuellement formé entre la sonde nucléotidique et l'ADN de l'échantillon biologique. Un tel procédé ne doit pas être limité à la détection de la présence de l'ADN contenu dans l'échantillon biologique à tester, il peut être également mis en œuvre pour détecter l'ARN contenu dans ledit échantillon. Ce procédé englobe en particulier les Southern et Northern blot.
Un autre procédé préféré selon l'invention comprend les étapes suivantes : a) mise en contact d'une sonde nucléotidique immobilisée sur un support selon l'invention avec un échantillon biologique, l'acide nucléique de l'échantillon, ayant, le cas échéant, été préalablement rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou à un micro-organisme associé ; b) mise en contact de l'hybride formé entre la sonde nucléotidique immobilisée sur un support et l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique, le cas échéant après élimination de l'ADN de l'échantillon biologique n'ayant pas hybride avec la sonde, avec une sonde nucléotidique marquée selon l'invention ; c) mise en évidence du nouvel hybride formé à l'étape b). Ce procédé est avantageusement utilisé avec une puce à ADN selon l'invention, l'acide nucléique recherché s'hybridant avec une sonde présente à la surface de ladite puce, et étant détecté par l'utilisation d'une sonde marquée. Ce procédé est avantageusement mis en œuvre en combinant une étape préalable d'amplification de l'ADN ou de l'ADN complémentaire obtenu éventuellement par transcription inverse, à l'aide d'amorces selon l'invention.
Ainsi, la présente invention englobe également les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) une sonde nucléotidique selon l'invention ; b) éventuellement, les réactifs nécessaires à la mise en œuvre d'une réaction d'hybridation ; c) éventuellement, au moins une amorce selon l'invention ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.
De même, la présente invention englobe également les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) une sonde nucléotidique, dite sonde de capture, selon l'invention; b) une sonde oligonucléotidique, dite sonde de révélation, selon l'invention ; c) éventuellement, au moins une amorce selon l'invention ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN. Enfin, les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) au moins une amorce selon l'invention ; b) éventuellement, les réactifs nécessaires pour effectuer une réaction d'amplification d'ADN ; c) éventuellement, un composant permettant de vérifier la séquence du fragment amplifié, plus particulièrement une sonde oligonucléotidique selon l'invention, sont également objets de la présente invention.
De préférence, lesdites amorces et/ou sondes et/ou polypeptides et/ou anticorps selon la présente invention utilisés dans les procédés et/ou kits ou nécessaires selon la présente invention sont choisis parmi les amorces et/ou sondes et/ou polypeptides et/ou anticorps spécifiques de l'espèce Listeria innocua ou monocytogenes 4b. De manière préférée, ces éléments sont choisis parmi les séquences nucléotidiques codant pour une protéine sécrétée, parmi les polypeptides sécrétés, ou parmi les anticorps dirigés contre des polypeptides sécrétés de Listeria innocua ou monocytogenes 4b.
La présente invention a également pour objet les souches de Listeria innocua ou monocytogenes 4b et/ou de micro-organismes associés contenant une ou plusieurs mutation(s) dans une séquence nucléotidique selon l'invention, en particulier une séquence ORF, ou leurs éléments régulateurs (en particulier promoteurs).
On préfère, selon la présente invention, les souches de Listeria innocua ou monocytogenes 4b présentant une ou plusieurs mutation(s) dans les séquences nucléotidiques codant pour des polypeptides impliqués dans la machinerie cellulaire, en particulier la sécrétion, le métabolisme intermédiaire central, le métabolisme énergétique, les processus de synthèse des acides aminés, de transcription et de traduction, de synthèse des polypeptides.
Lesdites mutations peuvent mener à une inactivation du gène, ou en particulier lorsqu'elles sont situées dans les éléments régulateurs dudit gène, à une surexpression de celui-ci.
L'invention concerne en outre l'utilisation d'une séquence nucléotidique selon l'invention, d'un polypeptide selon l'invention, d'un anticorps selon l'invention, d'une cellule selon l'invention, et/ou d'un animal transformé selon l'invention, pour la sélection de composé organique ou inorganique capable de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, et/ou de modifier la réplication cellulaire de cellules eucaryotes ou procaryotes ou capables d'induire, d'inhiber ou d'aggraver les pathologies liées à une infection par Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou un de ses micro-organismes associés.
L'invention comprend également une méthode de sélection de composés capables de se lier à un polypeptide ou un de ses fragments selon l'invention, capables de se lier à une séquence nucléotidique selon l'invention, ou capable de reconnaître un anticorps selon la revendication, et/ou capables de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, et/ou de modifier la croissance ou la réplication cellulaire de cellules eucaryotes ou procaryotes, ou capables d'induire, d'inhiber ou d'aggraver chez un organisme animal ou humain les pathologies liées à une infection par Listeria, par exemple par L. monocytogenes 4b, ou un de ses micro-organismes associés, caractérisée en ce qu'elle comprend les étapes suivantes : a) mise en contact dudit composé avec ledit polypeptide, ladite séquence nucléotidique, avec une cellule transformée selon l'invention et/ou administration dudit composé à un animal transformé selon l'invention ; b) détermination de la capacité dudit composé à se lier avec ledit polypeptide ou ladite séquence nucléotidique, ou de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, ou de moduler la croissance ou la réplication cellulaire, ou d'induire, d'inhiber ou d'aggraver chez ledit animal transformé les pathologies liées à une infection par Listeria, par exemple L. monocytogenes 4b ou un de ses microorganismes associés. Les cellules et/ou les animaux transfoπnés selon l'invention, pourront avantageusement servir de modèle et être utilisés dans des procédés pour étudier, identifier et/ou sélectionner des composés susceptibles d'être responsables de pathologies induites ou aggravées par Listeria monocytogenes, ou susceptibles de prévenir et/ou de traiter ces pathologies. En particulier, les cellules hôtes transformées, notamment les bactéries de la famille des Listeria dont la transformation par un vecteur selon l'invention peut par exemple accroître ou inhiber son pouvoir infectieux, ou moduler les pathologies habituellement induites ou aggravées par l'infection, pourront être utilisées pour infecter des animaux dont on suivra l'apparition des pathologies. Ces animaux non transformés, infectés par exemple avec des bactéries Listeria transformées, pourront servir de modèle d'étude. De la même manière, les animaux transformés selon l'invention pourront être utilisés dans des procédés de sélection de composés susceptibles de prévenir et/ou de traiter les maladies dues à Listeria. Lesdits procédés utilisant lesdites cellules transformées et/ou animaux transformés, font partie de l'invention. Les composés susceptibles d'être sélectionnés peuvent être des composés organiques tels que des polypeptides ou hydrates de carbone ou tous autres composés organiques ou inorganiques déjà connus, ou des composés organiques nouveaux élaborés à partir de techniques de modélisation moléculaire et obtenus par synthèse chimique ou biochimique, ces techniques étant connues de l'homme de l'art. Lesdits composés sélectionnés pourront être utilisés pour moduler la croissance et/ou la réplication cellulaire de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou tout autre micro-organisme associé et ainsi pour contrôler l'infection par ces micro-organismes. Lesdits composés selon l'invention pourront également être utilisés pour moduler la croissance et/ou la réplication cellulaire de toutes cellules eucaryotes ou procaryotes, notamment les cellules tumorales et les micro-organismes infectieux, pour lesquelles lesdits composés s'avéreront actifs, les méthodes permettant de déterminer lesdites modulations étant bien connues de l'homme de l'art.
On entend désigner par composé capable de moduler la croissance d'un micro- organisme tout composé permettant d'intervenir, de modifier, de limiter et/ou de réduire le développement, la croissance, la vitesse de prolifération et/ou la viabilité dudit microorganisme.
Cette modulation peut être réalisée par exemple par un agent capable de se lier à une protéine et ainsi d'inhiber ou de potentialiser son activité biologique, ou capable de se lier à une protéine membranaire de la surface extérieure d'un micro-organisme et de bloquer la pénétration dudit micro-organisme dans la cellule hôte ou de favoriser l'action du système immunitaire de l'organisme infecté dirigé à l'encontre dudit microorganisme. Cette modulation peut être également réalisée par un agent capable de se lier à une séquence nucléotidique d'un ADN ou ARN d'un micro-organisme et de bloquer par exemple l'expression d'un polypeptide dont l'activité biologique ou structurelle est nécessaire à la croissance ou à la reproduction dudit micro-organisme.
On entend désigner par micro-organisme associé dans la présente invention, tout micro-organisme dont l'expression de gène peut être modulée, régulée, induite ou inhibée, ou dont la croissance ou la réplication cellulaire peut être également modulée par un composé de l'invention. On entend désigner également par micro-organisme associé dans la présente invention, tout micro-organisme comportant des séquences nucléotidiques ou des polypeptides selon l'invention. Ces micro-organismes peuvent dans certains cas comporter des polypeptides ou des séquences nucléotidiques identiques ou homologues à celles de l'invention et pourront également être détectés et/ou identifiés par les procédés ou kit de détection et/ou d'identification selon l'invention et également servir de cible pour les composés de l'invention. On entend aussi désigner par micro-organisme tout micro-organisme Listeria monocytogenes de tout serotype.
L'invention concerne les composés susceptibles d'être sélectionnés par une méthode de sélection selon l'invention.
L'invention concerne également une composition pharmaceutique comprenant un composé choisi parmi les composés suivants : a) une séquence nucléotidique selon l'invention ; b) un polypeptide selon l'invention ; c) un vecteur selon l'invention ; d) un anticorps selon l'invention ; et e) un composé susceptible d'être sélectionné par une méthode de sélection selon l'invention, éventuellement en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable.
On entend désigner par quantité efficace, une quantité suffisante dudit composé ou anticorps, ou de polypeptide de l'invention, permettant de moduler la croissance de Listeria innocua ou monocytogenes 4b ou d'un micro-organisme associé.
L'invention concerne aussi une composition pharmaceutique selon l'invention pour la prévention ou le traitement d'une infection par une bactérie appartenant au genre Listeria ou par un micro-organisme associé.
L'invention vise en outre une composition immunogène et/ou vaccinale, caractérisée en ce qu'elle comprend un ou plusieurs polypeptides selon l'invention et/ou un ou plusieurs polypeptides hybrides selon l'invention. L'invention comprend aussi l'utilisation d'une cellule transformée selon l'invention, pour la préparation d'une composition vaccinale.
L'invention vise également une composition vaccinale, caractérisée en ce qu'elle contient une séquence nucléotidique selon l'invention, un vecteur selon l'invention et/ou une cellule transformée selon l'invention. L'invention concerne également les compositions vaccinales selon l'invention, pour la prévention ou le traitement d'une infection par une bactérie appartenant au genre Listeria ou par un micro-organisme associé.
De manière préférée, les compositions immunogénes et/ou vaccinales selon l'invention destinées à la prévention et/ou au traitement d'infection par Listeria ou par un micro-organisme associé seront choisies parmi les compositions immunogénes et/ou vaccinales comprenant un polypeptide ou un de ses fragments correspondant à une protéine, ou un de ses fragments, de l'enveloppe cellulaire de Listeria. Les compositions vaccinales comprenant des séquences nucléotidiques comprendront de préférence également des séquences nucléotidiques codant pour un polypeptide ou un de ses fragments correspondant à une protéine, ou un de ses fragments, de l'enveloppe cellulaire de Listeria.
Les polypeptides de l'invention ou leurs fragments entrant dans les compositions immunogénes selon l'invention peuvent être sélectionnés par des techniques connues de l'homme de l'art comme par exemple sur la capacité desdits polypeptides à stimuler les cellules T, qui se traduit par exemple par leur prolifération ou la sécrétion d'interleukines, et qui aboutit à la production d'anticorps dirigés contre lesdits polypeptides.
Chez la souris, chez laquelle une dose pondérale de la composition vaccinale comparable à la dose utilisée chez l'homme est administrée, la réaction anticorps est testée par prélèvement du sérum suivi d'une étude de la formation d'un complexe entre les anticorps présents dans le sérum et l'antigène de la composition vaccinale, selon les techniques usuelles.
Selon l'invention, lesdites compositions vaccinales seront de préférence en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable et, le cas échéant, avec un ou plusieurs adjuvants de l'immunité appropriés.
Aujourd'hui, divers types de vaccins sont disponibles pour protéger l'homme contre des maladies infectieuses : micro-organismes vivants atténués (M. bovis - BCG pour la tuberculose), micro-organismes inactivés (virus de la grippe), des extraits acellulaires (Bordetella pertussis pour la coqueluche), protéines recombinées (antigène de surface du virus de l'hépatite B), des polyosides (pneumocoques). Des vaccins préparés à partir de peptides de synthèse ou de micro-organismes génétiquement modifiés exprimant des antigènes hétérologues sont en cours d'expérimentation. Plus récemment encore, des ADNs plasmidiques recombinés portant des gènes codant pour des antigènes protecteurs ont été proposés comme stratégie vaccinale alternative. Ce type de vaccination est réalisé avec un plasmide particulier dérivant d'un plasmide de E. coli qui ne se réplique pas in vivo et qui code uniquement pour la protéine vaccinante. Des animaux ont été immunisés en injectant simplement l'ADN plasmidique nu dans le muscle. Cette technique conduit à l'expression de la protéine vaccinale in situ et à une réponse immunitaire de type cellulaire (CTL) et de type humoral (anticorps). Cette double induction de la réponse immunitaire est l'un des principaux avantages de la technique de vaccination avec de l'ADN nu.
Les compositions vaccinales comprenant des séquences nucléotidiques ou des vecteurs dans lesquels sont insérées lesdites séquences, sont notamment décrites dans la demande internationale N° WO 90/1 1092 et également dans la demande internationale N° WO 95/1 1307.
La séquence nucléotidique constitutive de la composition vaccinale selon l'invention peut être injectée à l'hôte après avoir été couplée à des composés qui favorisent la pénétration de ce polynucléotide à l'intérieur de la cellule ou son transport jusqu'au noyau cellulaire. Les conjugués résultants peuvent être encapsulés dans des microparticules polymères, comme décrit dans la demande internationale N° WO 94/27238 (Medisorb Technologies International).
Selon un autre mode de réalisation de la composition vaccinale selon l'invention, la séquence nucléotidique, de préférence un ADN, est complexée avec du DEAE-dextran, avec des protéines nucléaires, avec des lipides ou encapsulée dans des liposomes ou encore introduite sous la forme d'un gel facilitant sa transfection dans les cellules. Le polynucléotide ou le vecteur selon l'invention peut aussi être en suspension dans une solution tampon ou être associé à des liposomes. Avantageusement, un tel vaccin sera préparé conformément à la technique décrite par Tacson et al. ou Huygen et al. en 1996 ou encore conformément à la technique décrite par Davis et al. dans la demande internationale N° WO 95/1 1307.
Un tel vaccin peut être également préparé sous la forme d'une composition contenant un vecteur selon l'invention, placée sous le contrôle d'éléments de régulation permettant son expression chez l'homme ou l'animal. On pourra par exemple utiliser, en tant que vecteur d'expression in vivo de l'antigène polypeptidique d'intérêt, le plasmide pcDNA3 ou le plasmide pcDNAl/neo, tous les deux commercialisés par Invitrogen (R & D Systems, Abingdon, Royaume-Uni). Un tel vaccin comprendra avantageusement, outre le vecteur recombinant, une solution saline, par exemple une solution de chlorure de sodium.
On entend désigner par véhicule pharmaceutiquement acceptable, un composé ou une combinaison de composés entrant dans une composition pharmaceutique ou vaccinale ne provoquant pas de réactions secondaires et qui permet par exemple la facilitation de l'administration du composé actif, l'augmentation de sa durée de vie et/ou de son efficacité dans l'organisme, l'augmentation de sa solubilité en solution ou encore l'amélioration de sa conservation. Ces véhicules pharmaceutiquement acceptables sont bien connus et seront adaptés par l'homme de l'art en fonction de la nature et du mode d'administration du composé actif choisi.
En ce qui concerne les formulations vaccinales, celles-ci peuvent comprendre des adjuvants de l'immunité appropriés qui sont connus de l'homme de l'art, comme par exemple l'hydroxyde d'aluminium, un représentant de la famille des muramyl peptides comme un des dérivés peptidiques du N-acétyl-muramyl, un lysat bactérien, ou encore l'adjuvant incomplet de Freund. De préférence, ces composés seront administrés par voie systémique, en particulier par voie intraveineuse, par voie intramusculaire, intradermique ou sous- cutanée, ou par voie orale. De manière plus préférée, la composition vaccinale comprenant des polypeptides selon l'invention, sera administrée à plusieurs reprises, de manière étalée dans le temps, par voie intradermique ou sous-cutanée.
Leurs modes d'administration, posologies et foπnes galéniques optimaux peuvent être déterminés selon les critères généralement pris en compte dans l'établissement d'un traitement adapté à un patient comme par exemple l'âge ou le poids corporel du patient, la gravité de son état général, la tolérance au traitement et les effets secondaires constatés.
Enfin, l'invention comprend l'utilisation d'une composition selon l'invention, pour le traitement ou la prévention de maladies induites ou aggravées par la présence de Listeria.
Par ailleurs, la présente invention a également pour objet une banque d'ADN génomique d'une bactérie du genre Listeria, de manière préférée, Listeria innocua ou monocytogenes, de manière préférée la souche 4b.
Les banques d'ADN génomique décrites dans la présente invention, en particulier la banque Li-shotgun déposée à la CNCM le 2 Octobre 2000 sous le numéro d'ordre n° 1-2565 et la banque Lmb4b-shotgun déposée à la CNCM le 2 Octobre 2000 sous le numéro d'ordre n° 1-2566, recouvrent en effet respectivement le génome de Listeria innocua et Listeria monocytogenes 4b. Toutefois, bien que certaines régions n'aient pas pu être clonées dans ladite banque, en raison de problèmes de létalités chez Escherichia coli, ces régions peuvent facilement être amplifiées et identifiées par l'homme du métier, en utilisant des oligonucléotides spécifiques des séquences des extrémités des différents clones qui forment les contigs.
La présente invention concerne également les méthodes pour l'isolement d'un polynucléotide d'intérêt présent chez une souche de Listeria et absente chez une autre souche, qui utilise au moins une banque d'ADN basée par exemple sur un plasmide pcDNA2.1 contenant le génome de Listeria. La méthode selon l'invention pour l'isolement d'un polynucléotide d'intérêt peut comprendre les étapes suivantes : a) isoler au moins un polynucléotide contenu dans un clone de la banque d'ADN d'origine de Listeria, b) isoler : - au moins un polynucléotide génomique ou ADNc d'une listeria, ladite listeria appartenant à une souche différente de la souche utilisée pour la construction de la banque d'ADN de l'étape a) ou, de façon alternative,
- au moins un polynucléotide contenu dans un clone d'une banque d'ADN préparé à partir du génome d'une Listeria qui est différente de la Listeria utilisée pour la construction de la banque d'ADN de l'étape a) ; c) hybrider le polynucléotide de l'étape a) au polynucléotide de l'étape b) ; d) sélectionner les polynucléotides de l'étape a) qui n'ont pas formé de complexe d'hybridation avec les polynucléotides de l'étape b) ; e) caractériser le polynucléotide sélectionné.
On peut préparer le polynucléotide de l'étape a) par la digestion d'au moins un clone recombinant avec une enzyme de restriction appropriée, et de façon optionnelle, l'amplification de l'insert polynucléotide qui en résulte.
Ainsi, la méthode de l'invention permet à l'homme du métier d'effectuer des études génomiques comparatives entre les différentes souches ou espèces du genre
Listeria, par exemple entre les souches pathogéniques et leurs équivalents non pathogènes.
En particulier, il est possible d'étudier et de déterminer les régions de polymorphisme entre lesdites souches.
EXEMPLES
1. Construction des banques
L'ADN chromosomique des souches étudiées a été préparé par une méthode classique incluant un traitement à la protéinase K et une extraction au phénol (Jacquet, C, et al., Zentralbl Bakteriol., 276:356-365, 1992). Environ 10 ug d'ADN ont été cassés par nébulisation (1 minute sous une pression de 1 bar) (Buchrieser, C, et al., Infect.
Immun., 67:4851 -4861, 1999). Les extrémités des fragments d'ADN ont été rendues franches en faisant agir la DNA-polymerase du bactériophage T4 pendant 15 minutes à
37°C en présence des 4 nucléotides tri-phosphate. L'enzyme a été inactivée par une incubation de 15 mn à 75°C. Des adaptateurs (invitrogen Cat. N° 408-18) ont ensuite été ligaturés à ces extrémités. Après ligature, les fragments d'ADN chromosomiques ayant une taille entre 1000 et 3000 paires de bases ont été purifiés après électrophorèse sur gel d'agarose. Le vecteur utilisé pour la construction de la banque, pcDNA2.1
(Invitrogen), a été digéré par l'enzyme BstXl et purifié par geneclean (BIO-101) après électrophorèse sur gel d'agarose. L'ADN chromosomique et le vecteur purifié ont été ligaturés par action de la ligase du bactériophage T4. Le mélange de ligation a été introduit par transformation dans la souche d'Escherichia coli XL2-blue (Stratagene). Environ 4000 colonies sont obtenues par ul du mélange de ligation. Ce procédé est utilisé pour construire la banque Li-shotgun déposée à la CNCM le 2 Octobre 2000 sous le n° 1-2565 pour la souche Listeria innocua (CLIP 1 1262) et la banque Lm4b-shotgun déposée à la CNCM le 2 Octobre 2000 sous le n° 1-2566 pour la souche Listeria monocytogenes serotype 4b (CLIP 80459).
2. Préparation des plasmides et séquençage Les plasmides ont été préparés par une méthode semi-automatique de préparation développée au laboratoire GMP (Génomique des Micro-organismes Pathogènes de l'Institut Pasteur) basé sur la méthode de lyse alcaline (Birnboim, H. C, Methods Enzymol., 100:243-255, 1983). Les inserts chromosomiques ont été séquences à partir de leurs deux extrémités en utilisant les primer T7 et universel en suivant les recommandations du fournisseur (PE-biosystems). Les séquences ont été déterminées en utilisant des séquenceurs automatiques de type 377 et 3700 (PE-Biosystem).
3. Assemblage des séquences
Les séquences ont été assemblées en utilisant l'ensemble de logiciels développé à l'Université de Washington, Phred, Phrap et Consed (Ewing, B., et al., Génome Res., 8:186-194, 1998 ; Gordon, D., et al., Génome Res., 8: 195-202, 1998). La finition de la séquence a été réalisée en utilisant l'ensemble de logiciel GMPTB (Frangeul, L., et al., Microbiology, 145:2625-2634, 1999). L'étape de finition correspond au reséquençage des régions où la séquence est peu sûr et le séquençage des régions situées entre les contigs. Elle a été réalisée soit en séquençant des produits de PCR soit en marchant sur les clones de la banque. Les séquences des oligonucléotides ont été définies en utilisant les logiciels consed et Primo (Gordon, D., et al., 1998 ; Li, P., et al., Genomics, 40:476- 485, 1997).
4. Annotation des séquences
L'identification des phases codantes (CDS) a été réalisée en utilisant l'ensemble de logiciels GMPTB. Ce programme combine les résultats de différentes méthodes : (i) l'identification de phases ouvertes de lecture et leur tri en fonction de leur taille, (ii) l'analyse de la probabilité d'être codant en utilisant le logiciel Genemark (Lukashin, A. V., et al., Nucleic Acids Res., 15: 1 107-1 1 15, 1998), (iii) l'identification d'un début de traduction (codon d'initiation et séquence de fixation du ribosome), (iv) similarité de la séquence protéique déduite avec les séquences protéiques contenues dans les banques de séquence en utilisant le logiciel BLASTP.
Les fonctions des protéines codées par les phases codantes identifiées ont été prédites par l'analyse des résultats de recherche de similarités dans les banques en utilisant le logiciel BLASTP (Altschul, S. F., et al., Nucleic Acids Research, 25:3389- 402, 1997).
5. Comparaison des génomes a) Identification des CDS spécifiques de la souche de L. monocytogenes EGDe et de la souche de L. innocua L'ensemble des séquences protéiques déduites des phases codantes prédites de chaque génome a été comparé à l'ensemble des séquences protéiques possiblement codées par l'autre génome en utilisant le logiciel BLASTP. Un seuil de 75 % d'identité sur la totalité de la longueur de la protéine a été retenu pour identifier les protéines spécifiques d'un isolât. Cette valeur très élevée a été retenue car elle permet le mieux de discriminer les gènes orthologs des gènes paralogs (Fitch, W. S., Syst. Zool, 19:99-1 13, 1970). Pour les séquences protéiques pour lesquelles la conservation de séquence est élevée (> à 70 %) la conservation des séquences nucléotidiques des gènes sera elle aussi élevée et pourrait donner un signal dans des conditions d'hybridation peu stringente. Il sera nécessaire de tenir compte de cette éventualité dans l'analyse du résultat du test. b) Identification des CDS spécifiques de la souche L. monocytogenes de serotype 4b par rapport à la souche L. monocytogenes EGDe et la souche L. innocua
Les régions chromosomiques de la souche L. monocytogenes de serotype 4b qui sont absentes des souches L. monocytogenes EGDe et L. innocua ont été identifiées en utilisant le Package Crossmatch/Phrap (Phil Green, University of Washington, Seattle, unpublished). Ces logiciels permettent d'assembler des séquences nucléotidiques (Phrap) en masquant toutes les séquences ou parties de séquence similaires à une ou plusieurs séquences de référence (Crossmatch). Les séquences de référence utilisées étaient : la séquence complète du génome de L. monocytogenes EGD, la séquence complète du génome de L. innocua et la séquence de son plasmide. L'identification par Crossmatch des régions qui seront masquées est basée sur la recherche de mots de 1 1 lettres identiques entre la séquence analysée et les séquences de référence et l'extension de ces mots en utilisant les paramètres par défaut du logiciel. Plus d'information sur les logiciels Crossmatch et Phrap sont disponibles sur le site web : http://bozeman.mbt.washington.edu/. 6. Exemples d'annotations
6.1. Gènes spécifique de L. monocytogenes. Il n'y a pas de similarité significative entre la séquence nucléotidique du gène de L. monocytogenes et le génome de L. innocua.
Tableau 1
Figure imgf000047_0001
6.2. Gènes spécifiques de L. innocua. Il n'y a pas de similarité significative entre la séquence nucléotidique du gène de L. innocua et le génome de L. monocytogenes.
Tableau II
Figure imgf000047_0002
6.3. Gènes communs aux deux souches pour lesquels la similarité (identité) des séquences protéiques déduites est inférieur à 75 % et valeur de la similarité au niveau nucléotidique.
Tableau III
Figure imgf000048_0001
6.4. Gènes communs à L. monocytogenes et L. innocua Tableau IV
Figure imgf000048_0002
TABLEAU V : Légendes
SEQ ID Nos. 1 - 1 1 : séquences nucléotidiques de 10 Contigs et 1 plasmide provenant de l'assemblage de Listeria innocua. SEQ ID Nos. 12 - 689 : séquences nucléotidiques des protéines spécifiques de L. innocua (absentes de Z. monocytogenes-EGD).
SEQ ID Nos. 690 - 1067 : séquences nucléotidiques des protéines spécifiques de L. monocytogenes-EGD (absentes de L. innocua).
SEQ ID Nos. 1068 - 2041 : séquences nucléotidiques de 974 contigs provenant de l'assemblage de Listeria monocytogenes-4b (1 231 537 bases).
SED ID Nos. 2042 - 2056 : séquences supplémentaires pour exemples d'annotation. TABLEAU V
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TABLEAU VI : Légendes
SEQ ID Nos. 2059 - 2601 : séquences nucléotidiques de 543 gènes spécifiques de Listeria innocua Clipl 1262 ; avec en première colonne l'identifiant SEQ ID, en seconde colonne le nom du gène, en troisième colonne le numéro d'IPF (N° identifiant « Institut Pasteur » permettant de correler la séquence avec les séquences du tableau V) et en dernière colonne l'annotation correspondante.
TABLEAU VI
SEQID Nom IPFID Fonction
SEQ ID N° 2059 pliOOOl 4106.2 Unknown, similar to insertion séquence ATP binding protein
SEQIDN02060 pli0002 6602.1 Unknown
SEQIDN02061 pli0003 4103.1 Unknown, similar to transposase
SEQIDN02062 pli0004 4102.1 Unknown, similar to DNA methylase
SEQIDN02063 pli0005 4099.1 Unknown
SEQIDN02064 pliOOOό 4098.1 Unknown
SEQIDN02065 pli0007 4097.1 Unknown
SEQIDN02066 pli0008 4095.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQIDN02067 pli0009 4092.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQIDN02068 pliOOlO 4088.1 Unknown
SEQ IDN° 2069 pliOOll 4086.1 Unknown, hypothetical gène
SEQIDN02070 pli0012 4084.1 Transposase
SEQ ID N° 2071 pliOO 13 4081.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2072 pliOO 14 4079.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2073 pliOO 15 4077.1 Unknown, similar to plasmid réplication protein
SEQ ID N° 2074 pliOO 16 6241.1 Unknown, similar to transposase C-terminal part
SEQIDN02075 pli0017 4073.1 Unknown
SEQ IDN° 2076 pli0018 4195.3 transposase (truncated)
SEQIDN02077 pli0019 4194.3 Transposase, truncated
SEQIDN02078 pli0020 4193.1 Unknown, similar to transposase
SEQIDN02079 pli0021 4192.1 Unknown, similar to putative helicase
SEQ ID N° 2080 pli0022 4184.1 Unknown, similar to plasmid réplication protein B
SEQ ID N° 2081 pli0023 4183.1 unknown, similar to plasmid réplication initiation protein
SEQ ID N° 2082 pli0024 4182.1 Unknown, similar to transposase
SEQIDN02083 pli0025 4181.1 Unknown, similar to transposase
SEQ ID N° 2084 pli0026 4179.1 Unknown, similar to gram positive plasmid réplication protein B
SEQIDN02085 pli0027 4178.1 Unknown, similar to helicase
SEQIDN02086 pli0028 6113.2 Transposase
SEQIDN02087 pli0029 6111.1 Unknown, similar to DNA methyltransferase
SEQ ID N° 2088 pli0030 6109.1 Unknown
SEQ ID N° 2089 pli0031 6606.1 Unknown
SEQ ID N° 2090 pli0032 6106.2 Transposase
SEQ ID N0 2091 pli0033 6128.2 Pseudogene, similar to C-tenninal part of arsenite-translocating ATPase
SEQ ID N° 2092 pli0034 6127.1 Unknown, similar to arsenical résistance operon repressor
SEQ ID N° 2093 pli0035 6126.1 unknown, similar to arsenical résistance operon trans-acting repressor ArsD
SEQ ID N° 2094 pli0036 6125.1 Unknown, similar to arsenical résistance operon repressor
SEQ ID N° 2095 pli0037 6124.1 Unknown, similar to arsenical pump-driving ATPase
SEQ ID N° 2096 pli0038 6122.1 unknown, similar to possible arsenic résistance membrane transport protein ArsB
SEQ ID N° 2097 pli0039 6120.1 Unknown, similar to heavy métal membrane efflux protein
SEQ ID N° 2098 pli0040 61 18.1 Unknown, similar to flavoprotein oxidoreductase
SEQ ID N° 2099 pli0041 61 15.1 Unknown, similar to ABC transporter ATP-binding protein
SEQ ID N0 2100 pli0042 6605.1 Similar to transposase, N-terminal part
SEQ ID N0 2101 pli0043 4177.2 Transposase
SEQ ID N0 2102 pli0044 4175.1 Unknown, similar to NADH peroxidase
SEQ ID N0 2103 pli0045 4174.1 Pseudogene, similar to glycine-betaine binding protein (ABC transporter)
SEQ ID N0 2104 pli0046 4170.1 Unknown, hypothetical protein
SEQ ID N0 2105 pli0047 4169.1 Unknown
SEQ ID N0 2106 pli0048 4168.1 Unknown, similar to heavy metal-transporting ATPase
SEQ ID N0 2107 pli0049 4166.1 Transposase
SEQ ID N0 2108 pli0050 4164.1 Unknown, similar to the two components sensor protein kdpD
SEQ ID N0 2109 pli0051 4160.1 Unknown, similar to the two components response regulator KdpE
SEQ ID N0 21 10 pli0052 4158.1 Unknown, similar to potassium-transporting atpase a chain
SEQ ID N0 21 1 1 pli0053 4157.1 Unknown, similar to potassium-transporting atpase b chain
SEQ ID N0 21 12 pli0054 4154.1 Unknown
SEQ ID N0 21 13 pli0055 4153.1 Unknown, similar to potassium-transporting atpase c chain
SEQ ID N0 21 14 pli0056 4150.1 Unknown, similar to resolvase/integrase
SEQ ID N0 21 15 pli0057 4148.1 Unknown, similar to DNA transposition protein
SEQ ID N0 21 16 pli0058 4147.1 Unknown, similar to transposase
SEQ ID N0 21 17 pli0059 4146.1 Unknown, similar to invertase
SEQ ID N0 21 18 pli0060 4145.1 Unknown, similar to cadmium résistance accessory protein
SEQ ID N0 21 19 pli0062 4140.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N0 2120 pli0063 4139.1 Unknown, similar to transposase
SEQIDN02121 pli0064 4138.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQIDN02122 pli0065 4137.1 Unknown
SEQIDN02123 pli0066 4136.1 Unknown
SEQIDN02124 pli0067 4135.1 Unknown, similar to UV-damage repair protein
SEQIDN02125 pli0068 4132.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQIDN02126 pli0069 4130.1 Unknown, similar to plasmid copy control protein repB
SEQIDN02127 pli0070 4128.1 Unknown, similar to plasmid réplication protein
SEQIDN02128 pli0071 4124.1 Unknown, similar to transposase
SEQIDN02129 pli0072 4123.1 Unknown, similar to transposase
SEQIDN02130 pli0073 4122.1 unknown
SEQIDN02131 pli0074 4121.1 Unknown
SEQIDN02132 pli0075 4120.1 Unknown
SEQIDN02133 pli0076 4116.1 Transposase
SEQIDN02134 pli0077 4113.1 Unknown, similar to transposase N-terminal part
SEQIDN02135 pli0078 4112.1 Unknown, similar to enolase (phosphopyruvate hydratase), truncated C-terminal end
SEQIDN02136 pli0079 4111.1 Unknown, similar to Na+/H+ antiporter
SEQIDN02137 pli0080 4107.2 Unknown
SEQIDN02138 Lin0059 4543.1 Unknown
SEQIDN02139 Lin0060 4535.1 unknown
SEQIDN02140 LinOOόl 4533.1 unknown, hypothetical protein
SEQIDN02141 Lin0062 4532.1 unknown, hypothetical protein
SEQIDN02142 Lin0063 4531.1 Unknown, pseudogene
SEQIDN02143 Lin0064 4522.1 unknown
SEQIDN02144 Lin0065 4521.1 unknown
SEQIDN02145 Lin0066 4520.1 Unknwon
SEQIDN02146 Lin0071 4508.1 Unknown, similar to integrase
SEQIDN02147 Lin0072 4506.1 unknown
SEQIDN02148 Lin0073 4503.2 Unknown, similar to a putative repressor protein [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02149 Lin0074 6149.2 unknown, highly similar to gp37 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02150 Lin0075 6148.2 unknown, highly similar to gp37-l [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02151 Lin0076 6544.1 Unknown
SEQIDN02152 Lin0077 6317.1 unknown, identical to gp40 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02153 Lin0079 6145.1 unknown
SEQIDN02154 Lin0080 6144.1 unknown, similar to similar to anti-repressor [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02155 Lin0081 6142.1 unknown, highly similar to gp43 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02156 Lin0082 6453.2 Unknown
SEQIDN02157 Lin0083 6139.1 unknown, highly similar to gp45 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02158 Lin0084 6138.3 unknown, highly similar to gp47 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02159 Lin0085 6136.2 putative recombinase [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02160 Lin0086 3386.1 Unknown, similar to protein gp49
SEQIDN02161 Lin0087 6543.1 Unknown, similar to phage protein
SEQIDN02162 Lin0089 3379.1 unknown, similar to gp51 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02163 Lin0090 3378.1 unknown,
SEQIDN02164 Lin0091 3375.1 unknown, similar to phage proteins
SEQIDN02165 Lin0092 6542.1 Unknown
SEQIDN02166 Lin0093 3374.1 unknown
SEQIDN02167 Lin0094 3373.1 unknown, highly similar to gp55 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02168 Lin0095 3371.1 unknown, highly similar to gp59 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02169 Lin0096 3370.1 unknown
SEQIDN02170 Lin0102 3363.1 unknown
SEQIDN02171 Lin0103 3362.1 unknown
SEQIDN02172 Lin0104 3361.1 unknown, highly similar to putative terminase small subunit [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02173 Lin0109 3354.1 unknown, highly similar to major capsid protein [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02174 LinOllO 6540.1 Protein gp7 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02175 LinOllό 3345.1 unknown, highly similar to gpl3 [Bacteriophage Al 18] (truncated, C-teπninal end)
SEQIDN02176 Lin0120 3333.1 unknown, highly similar to gpl 7 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02177 Lin0121 3330.1 unknown, highly similar to gp 18 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02178 Lin0122 3329.1 unknown, highly similar to gp 19 [Bacteriophage A 118]
SEQIDN02179 Lin0123 3326.1 unknown, similar to gp20 [Bacteriophage Al 18]
SEQIDN02180 Lin0124 3325.1 Unknown
SEQIDN02181 Lin0125 6539.1 Unknown
SEQIDN02182 Lin0128 3320.1 L-alanoyl-D-glutamate peptidase [Bacteriophage A500 from Listeria]
SEQIDN02183 Lin0129 3319.1 Unknown
SEQIDN02184 LinOHO 3291.1 unknown
SEQIDN02185 Lin0141 3290.1 Unknown, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQIDN02186 Lin0142 3283.1 unknown
SEQIDN02187 Lin0148 3273.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQIDN02188 Lin0154 3255.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQIDN02189 Lin0167 3232.1 Unknown
SEQIDN02190 Lin0187 3183.1 Unknwon
SEQIDN02191 Lin0188 3180.1 Unknown
SEQIDN02192 Lin0189 6538.1 Unknown
SEQIDN02193 Lin0197 3160.1 unknown, similar to chloromuconate cycloisomerase ykfB of B. subtilis
SEQIDN02194 Lin0198 3159.1 unknown, P45 related protein
SEQIDN02195 Lin0199 3157.1 unknown, some similarities to probable beta-lactamase
SEQIDN02196 Lin0200 3152.1 Unknown, similar to ABC transporter oligopeptide-binding protein
SEQIDN02197 Lin0201 3148.1 Unknown, similar to dipeptide ABC transporter
SEQIDN02198 Lin0202 3147.1 unknwon, surface anchored protein (LPXTG motif)
SEQIDN02199 Lin0290 1614.1 unknown, intemalin like protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2200 Lin0295 1601.1 Unknown, similar to intemalin proteins
SEQIDN02201 Lin0307 1578.1 unknown, similar to ABC transporters (ATP-binding protein)
SEQ ID N° 2202 Lin0308 1577.1 unknown, similar to hypothetical proteins
SEQ ID N° 2203 Lin0332 1526.1 unknown, similar to putative permeases
SEQ ID N° 2204 Lin0338 1513.1 unknown
SEQ ID N° 2205 Lin0345 1492.1 unknown
SEQ ID N° 2206 Lin0349 1484.1 Unknown
SEQ ID N° 2207 Lin0357 1466.1 Unknown
SEQ ID N° 2208 Lin0372 1442.1 unknown, probable cell surface protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2209 Lin0397 1390.1 unknown
SEQIDN02210 Lin0398 1389.1 unknown
SEQIDN02211 Lin0399 1388.1 unknown
SEQIDN02212 Lin0415 1348.1 unknown, probable cell surface protein (LPXTG motif)
SEQIDN02213 Lin0416 1346.1 Unknown, similar to transcription regulator
SEQIDN02214 Lin0417 1345.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQIDN02215 Lin0418 1344.1 Unknown, similar to ABC transporter, ATP-binding protein
SEQIDN02216 Lin0419 1342.1 Unknown, similar to ABC transporter, ATP-binding protein
SEQIDN02217 Lin0426 1323.1 Unknown
SEQIDN02218 Lin0453 1260.1 unknown
SEQIDN02219 Lin0454 1259.1 unknown, similar to cell wall-associated protein precursor wapA (B. subtilis)
SEQ ID N° 2220 Lin0455 1239.1 unknown
SEQ ID 0 2221 Lin0456 1236.1 unknown
SEQ ID N° 2222 Lin0464 1216.1 Unknown, similar to putative transcription regulator
SEQ ID N° 2223 Lin0465 1215.1 unknown, conserved hypothetical protein, similar to yoaZ B. subtilis
SEQ ID N° 2224 Lin0476 1 191.1 unknown
SEQ ID N° 2225 Lin0477 1 188.1 unknwon
SEQ ID N° 2226 Lin0478 1 186.1 unknown
SEQ ID N° 2227 Lin0479 1 183.1 Unknown
SEQ ID N° 2228 Lin0480 6504.1 Unknown, putative secreted protein
SEQ ID N° 2229 Lin0481 6525.1 pseudogene
SEQ ID N° 2230 Lin0486 1 171.1 unknown, similar to unknown proteins
SEQ ID N0 2231 Lin0510 1 125.1 Unknown
SEQ ID N° 2232 Lin0521 1096.1 Unknown, similar to HsdR type IC restriction subunit
SEQ ID N° 2233 Lin0522 1091.1 Unknown, similar to HsdM type IC modification subunit
SEQ ID N° 2234 Lin0523 1088.1 Unknown, similar to specificity déterminant HsdS
SEQ ID N° 2235 Lin0524 1087.1 Unknown, similar to bacteriophage integrase
SEQ ID N° 2236 Lin0525 1086.1 Unknown, similar to specificity déterminant HsdS
SEQ ID N° 2237 Lin0553 1021.1 Unknown, similar to intemalin protein
SEQ ID N° 2238 Lin0554 1018.1 unknown, probable cell surface protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2239 Lin0557 1012.1 Unknown
SEQ ID N° 2240 Lin0558 1010.1 Unknown, similar to intemalin protein
SEQ ID N0 2241 Lin0559 1007.1 unknown, probable cell surface protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2242 Lin0560 1005.1 Unknown
SEQ ID N° 2243 Lin0561 1004.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2244 Lin0661 815.1 unknown, intemalin like protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2245 Lin0665 805.1 unknown, highly similar to ORFA of Listeria seeligeri, (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2246 Lin0677 781.1 unknown, conserved hypothetical protein
SEQ ID N° 2247 Lin0678 779.1 Unknown
SEQ ID N° 2248 Lin0679 776.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2249 Lin0739 652.1 unknown, intemalin like protein (LPXTG)
SEQ ID N° 2250 Lin0740 648.1 unknown, probable cell surface protein (LPXTG motif)
SEQ ID N0 2251 Lin0746 639.1 Unknown, similar to ABC transporter, ATP-binding protein (truncated, N-terminal part)
SEQ ID N° 2252 Lin0772 589.1 unknown
SEQ ID N° 2253 Lin0801 529.1 unknown, similar to two-component response regulators
SEQ ID N° 2254 Lin0802 528.2 unknown, similar to two-component sensor histidine kinases
SEQ ID N° 2255 Lin0803 526.1 Unknown, surface protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2256 Lin0804 523.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2257 Lin0805 522.1 Unknown, similar to oxidoreductase
SEQ ID N° 2258 Lin0806 521.1 Unknown, similar to transcriptional regulator, MerR family
SEQ ID N° 2259 Lin0822 485.1 Unknown, similar to transport protein (Truncated, N-terminal part)
SEQ ID N° 2260 Lin0823 484.1 Unknown, similar to transport protein (truncated, C-terminal part)
SEQ ID N0 2261 Lin0827 472.1 unknown, similar to transposase
SEQ ID N° 2262 Lin0833 457.1 unknown
SEQ ID N° 2263 Lin0834 455.1 unknown, some similarities to hypothetical proteins
SEQ ID N° 2264 Lin0835 454.1 unknown
SEQ ID N° 2265 Lin0842 440.1 Unknown, similar to amidases
SEQ ID N° 2266 Lin0864 395.1 Unknown, similar to transcription regulator
SEQ ID N° 2267 Lin0865 394.1 unknown, hypothetical protein
SEQ ID N° 2268 Lin0866 392.1 unknown, similar to ABC transporters, ATP-binding protein homologue
SEQ ID N° 2269 Lin0867 391.1 unknown
SEQ ID N° 2270 Lin0868 390.1 unknown
SEQ ID N0 2271 Lin0877 372.1 unknown (truncated, N-terminal part)
SEQ ID N° 2272 Lin0878 371.1 unknown (truncated, C-terminal part)
SEQ ID N° 2273 Lin0903 325.1 Unknown, truncated N-terminal part
SEQ ID N° 2274 Lin0904 324.1 Unknown (truncated, C-terminal end)
SEQ ID N° 2275 Lin0915 302.1 Unknown, similar to phosphotransferase System enzyme IIC (truncated, N-terminal end)
SEQ ID N° 2276 Lin0916 301.1 Unknown, similar to phosphotransferase System enzyme IIC (truncated, C-terminal end)
SEQ ID N° 2277 Lin0940 6518.1 unknown, similar to heat shock protein HtpG (truncated, C-terminal part)
SEQ ID N° 2278 Lin 1056 36.1 unknown
SEQ ID N° 2279 Lin 1064 20.1 unknown, similar to autolysin (amidase)
SEQ ID N° 2280 Linl065 17.3 Unknown
SEQ ID N0 2281 Lin 1066 14.4 unknown, similar to dolichol phosphate mannose synthase
SEQ ID N° 2282 Lin 1067 13.1 unknown
SEQ ID N° 2283 Linl068 12.1 unknown, similar to hypothetical protein 3 (capsulation locus) of Haemophilus influenzae
SEQ ID N° 2284 Lin 1069 9.1 unknown
SEQ ID N° 2285 Lin 1073 3.1 unknown, similar to galactosamine-containing minor teichoic acid biosynthesis protein GgaA
SEQ ID N° 2286 Lin 1074 2.2 Unknown, similar to B. subtilis TagF protein (probable CDPglycerol giycerophosphotransferase)
SEQ ID N° 2287 Linl075 4502.2 unknown, similar to teichoic acid biosynthesis protein B precursor
SEQ ID N° 2288 Linl082 4486.1 unknown
SEQ ID N° 2289 Linl083 4485.1 unknown
SEQ ID N° 2290 Lin 1084 4484.1 Unknown
SEQ ID N0 2291 Lin 1085 4483.1 unknown
SEQ ID N° 2292 Linl086 4482.1 unknown
SEQ ID N° 2293 Lin 1090 4478.1 unknown
SEQ ID N° 2294 Lin 1091 4477.1 unknown
SEQ ID N° 2295 Lin 1099 4460.1 unknown
SEQ ID N° 2296 Lin 1 100 4459.1 unknown
SEQ ID N° 2297 Linl l77 4309.1 unknown
SEQ ID N° 2298 Lin 1204 4232.1 unknown, similar to intemalin proteins (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2299 Linl209 4220.1 unknown
SEQ ID N° 2300 Linl210 4219.1 unknown
SEQ ID N0 2301 Linl21 1 4218.1 unknown
SEQ ID N° 2302 Linl212 4217.1 unknown
SEQ ID N° 2303 Lin 1220 6513.1 Unknown
SEQ ID N° 2304 Linl231 6002.1 Unknown, similar to site-specific recombinase for intégration and excision [bacteriophage phi- 105]
SEQ ID N° 2305 Linl232 6003.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2306 Linl233 6005.1 Unknown, similar to bacteriophage phi- 105 ORF2 protein
SEQ ID N° 2307 Linl234 6006.4 Unknown, similar to immunity repressor [bacteriophage phi- 105]
SEQ ID N° 2308 Linl235 6007.4 Unknown, similar to transcription regulator
SEQ ID N° 2309 Linl236 6189.4 Unknown
SEQ ID N0 2310 Linl237 6512.2 Unknown
SEQ ID N° 231 1 Linl238 651 1.1 Unknown
SEQ ID N0 2312 Linl239 6188.1 Unknown
SEQ ID N0 2313 Lin 1240 6186.1 Unknown
SEQ ID N0 2314 Lin 1241 6185.5 Unknown, similar to bacteriophage protein
SEQ ID N0 2315 Lin 1242 6658.1 unknown, some similarities to phage related proteins
SEQ ID N0 2316 Lin 1243 6659.1 unknown, similar to hypothetical protein 44 - Staphylococcus aureus phage phi PVL
SEQ ID N0 2317 Lin 1244 6660.1 unknown
SEQ ID N0 2318 Lin 1245 6661.1 unknown, similarities Staphylococcus aureus prophage phiPV83
SEQ ID N0 2319 Lin 1246 6662.1 unknown
SEQ ID N° 2320 Lin 1247 6663.1 unknown
SEQ ID N0 2321 Lin 1248 6664.1 unknown, similar to hypothetical protein, Staphylococcus aureus phage phi PVL
SEQ ID N° 2322 Lin 1249 6665.1 unknown
SEQ ID N° 2323 Linl250 6666.1 unknown
SEQ ID N° 2324 Linl251 6667.1 Unknown
SEQ ID N° 2325 Linl252 6668.1 Unknown
SEQ ID N° 2326 Linl253 6669.1 Unknown
SEQ ID N° 2327 Linl254 6670.1 unknown, similar to phage intagrase proteins
SEQ ID N° 2328 Linl255 6671.1 unknown
SEQ ID N° 2329 Linl256 6040.3 Unknown
SEQ ID N° 2330 Linl257 2999.2 Unknown
SEQ ID N0 2331 Linl258 2998.1 Unknown
SEQ ID N° 2332 Linl259 2997.1 Unknown, similar to protein gp66 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2333 Lin 1260 6202.2 unknown, similar to probable antirepressor - Bacillus subtilis phage SPBc2
SEQ ID N° 2334 Lin 1261 561 1.4 Unknown
SEQ ID N0 2335 Lin 1262 5609.3 Unknown
SEQ ID N° 2336 Lin 1263 6588.1 Unknown
SEQ ID N° 2337 Lin 1264 5606.1 Unknown
SEQ ID N° 2338 Lin 1265 5605.1 Unknown
SEQ ID N° 2339 Linl266 5604.1 Unknown, similar to phage protein
SEQ ID N° 2340 Linl267 5602.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX phage protein
SEQ ID N0 2341 Lin 1268 5600.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX phage protein
SEQ ID N° 2342 Lin 1269 5597.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2343 Lin 1270 5593.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX phage protein
SEQ ID N° 2344 Linl271 5590.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX phage protein
SEQ ID N° 2345 Lin 1272 6394.1 unknown
SEQ ID N° 2346 Linl273 5587.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2347 Lin 1274 5586.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX phage protein
SEQ ID N° 2348 Linl275 5584.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX phage protein
SEQ ID N° 2349 Lin 1276 5583.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX phage protein
SEQ ID N° 2350 Lin 1277 5580.1 unknown
SEQ ID N0 2351 Linl278 5579.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX phage protein
SEQ ID N0 2352 Linl279 5577.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX phage protein
SEQ ID N° 2353 Linl280 5576.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX phage protein
SEQ ID N° 2354 Lin 1281 6636.1 Unknown, similar to phage protein (truncated, C-terminal end)
SEQ ID N° 2355 Linl282 5575.1 Unknown, similar to phage proteins
SEQ ID N° 2356 Linl283 5569.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX prophage protein
SEQ ID N° 2357 Linl284 5568.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX prophage protein
SEQ ID N° 2358 Linl285 5567.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX prophage protein
SEQ ID N° 2359 Linl286 5565.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX prophage protein
SEQ ID N° 2360 Linl287 5564.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX prophage protein
SEQ ID N0 2361 Linl288 5561.1 Unknown, similar to a B. subtilis PBSX prophage protein
SEQ ID N° 2362 Lin 1289 5560.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2363 Lin 1290 5558.1 Unknown
SEQ ID N° 2364 Linl291 5556.1 Unknown
SEQ ID N° 2365 Lin 1292 6589.1 Unknown
SEQ ID N° 2366 Linl293 5555.1 Unknown
SEQ ID N° 2367 Linl294 5553.1 Unknown
SEQ ID N° 2368 Lin 1295 5551.1 Unknown, similar to holin
SEQ ID N° 2369 Lin 1296 5550.1 unknown, similar to hypothetical protein - phage SPP 1
SEQ ID N° 2370 Lin 1297 6590.1 Unknown, similar to Portein gp28 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N0 2371 Lin 1298 5546.1 unknown
SEQ ID N0 2372 Lin 1299 5545.1 unknown
SEQ ID N° 2373 Lin 1300 5543.1 unknown
SEQ ID N° 2374 Linl301 5541.1 Unknown
SEQ ID N° 2375 Lin 1302 6591.1 Unknown
SEQ ID N° 2376 Linl328 5484.1 unknown, intemalin like protein (LPXTG motif)
SEQ ID N0 2377 Linl378 6432.2 Unknown, weakly similar to B. subtilis comG operon protein 7 (comGG)
SEQ ID N° 2378 Linl379 2316.2 Unknown, similar to B. subtilis comG operon protein 6
SEQ ID N° 2379 Linl381 2318.1 Unknown, similar to comG operon protein 4 (comGD)
SEQ ID N° 2380 Lin 1450 2451.1 Unknown
SEQ ID N0 2381 Linl451 2455.1 Unknwon
SEQ ID N° 2382 Linl452 2456.1 unknown
SEQ ID N0 2383 Linl618 2777.1 Unknown, similar to a protein encoded by Th916
SEQ ID N° 2384 Linl619 2778.1 Unknown
SEQ ID N° 2385 Lin 1620 2779.1 Unknown, similar to putative iron-sulfur flavoprotein
SEQ ID N0 2386 Lin 1621 2781.1 unknown, similar to ketoacyl reductases
SEQ ID N° 2387 Lin 1622 2783.1 Unknown, similar to transcriptional regulator (MerR family)
SEQ ID N° 2388 Linl623 2785.1 Unknown, similar to site-specific recombinase tnpX - Clostridium perfringens transposon Tn4451 (N terminal part)
SEQ ID N° 2389 Lin 1624 2788.1 unknown, similar to site-specific recombinase tnpX - Clostridium perfringens transposon Tn4451
SEQ ID N° 2390 Linl695 2923.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N0 2391 Lin 1696 2924.1 unknown
SEQ ID N° 2392 Lin 1700 2934.1 Unknown, similar to N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase (N-terminal part) and to L-alanoyl-D- glutamate peptidase (C-terminal part)
SEQ ID N° 2393 Lin 1701 6597.1 Unknown
SEQ ID N° 2394 Lin 1702 6598.1 Unknown similar to holin from bacteriophage
SEQ ID N° 2395 Linl703 2937.1 unknown
SEQ ID N° 2396 Lin 1704 2939.1 Unknown
SEQ ID N° 2397 Lin 1705 2940.1 Unknown
SEQ ID N° 2398 Lin 1706 6599.1 Unknown, similar to protein gp22 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2399 Linl707 2941.1 Unknown
SEQ ID N° 2400 Linl708 2942.1 Unknown
SEQ ID N0 2401 Lin 1709 2943.1 Unknown
SEQ ID N° 2402 Linl710 2944.2 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2403 Linl71 1 2945.2 Unknown
SEQ ID N° 2404 Linl712 2946.2 Unknown
SEQ ID N° 2405 Linl713 2947.1 Unknown
SEQ ID N° 2406 Linl 714 2949.1 Unknown
SEQ ID N° 2407 Linl715 2950.1 Unknown
SEQ ID N° 2408 Linl716 2958.1 Unknown, similar to minor capsid protein 1608 - Lactobacillus phage phi-gle
SEQ ID N° 2409 Linl717 2959.1 Unknown
SEQ ID N0 2410 Linl718 2961.1 unknown
SEQ ID N0 241 1 Linl 719 2964.1 unknown
SEQ ID N0 2412 Lin 1720 2966.1 unknown, weakly similar to hypothetical protein of bacteriophage Félix 01
SEQ ID N0 2413 Lin 1721 2967.1 unknown
SEQ ID N0 2414 Lin 1722 2968.1 unknown
SEQ ID N0 2415 Lin 1723 2969.1 unknown
SEQ ID N0 2416 Lin 1724 2970.1 unknown
SEQ ID N0 2417 Lin 1725 2973.1 unknown
SEQ ID N0 2418 Lin 1726 2975.1 unknown, similar to hypothetical proteins
SEQ ID N0 2419 Lin 1727 2976.1 unknown
SEQ ID N° 2420 Lin 1728 2978.1 unknown, similar to hypothetical proteins
SEQ ID N° 2421 Lin 1729 6600.1 Unknown
SEQ ID N° 2422 Linl730 2981.1 unknown, some similarities to plasmid-related proteins
SEQ ID N° 2423 Lin 1731 2982.1 unknown, some similarities to conserved hypothetical proteins
SEQ ID N° 2424 Linl732 2985.1 unknown, some similarities to phage related proteins
SEQ ID N° 2425 Linl 733 2987.1 unknown, weakly similar to phage related proteins
SEQ ID N° 2426 Lin 1734 2988.1 unknown
SEQ ID N° 2427 Lin 1735 2989.1 Unknown
SEQ ID N° 2428 Linl736 6601.1 Unknown
SEQ ID N° 2429 Linl737 2993.1 unknown, weakly similar to methyltransferases
SEQ ID N° 2430 Linl 738 2995.3 Unknown , similar to a putative antirepressor [Bacteriophage SPBc2]
SEQ ID N° 2431 Linl 739 6045.4 unknown, similar to protein gp66 of Bacteriophage Al 18
SEQ ID N° 2432 Lin 1740 6043.1 unknown, similar to hypothetical protein of Lactobacillus phage phi-gle
SEQ ID N° 2433 Lin 1741 6042.1 unknown, similar to hypothetical protein from phage P2
SEQ ID N° 2434 Lin 1742 6038.1 unknown
SEQ ID N° 2435 Lin 1743 6037.1 unknown, similar to phage intagrase proteins
SEQ ID N° 2436 Lin 1744 6035.1 unknown
SEQ ID N° 2437 Lin 1745 6032.1 unknown
SEQ ID N° 2438 Lin 1746 6574.1 Unknown
SEQ ID N° 2439 Lin 1747 6030.1 unknown
SEQ ID N° 2440 Lin 1748 6029.1 unknown
SEQ ID N0 2441 Lin 1749 6028.1 unknown, similar to hypothetical protein, Staphylococcus aureus phage phi PVL
SEQ ID N° 2442 Linl750 6027.1 unknown
SEQ ID N° 2443 Linl 751 6026.1 unknown
SEQ ID N° 2444 Linl 752 6025.1 unknown, similarities Staphylococcus aureus prophage phiPV83
SEQ ID N° 2445 Lin 1753 6021.1 unknown
SEQ ID N° 2446 Lin 1754 6019.1 unknown, similar to hypothetical protein 44 - Staphylococcus aureus phage phi PVL
SEQ ID N° 2447 Linl755 6018.1 unknown, some similarities to phage related proteins
SEQ ID N° 2448 Linl756 6016.1 unknown, similar to hypothetical protein of Staphylococcus aureus phage phi PVL
SEQ ID N° 2449 Linl 757 6015.1 unknown
SEQ ID N° 2450 Linl758 6575.1 Unknown
SEQ ID N0 2451 Lin 1759 6012.1 unknown
SEQ ID N° 2452 Lin 1760 6009.4 Unknown, similar to protein gp43 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2453 Linl761 6291.1 Unknown, similar to transcription regulator
SEQ ID N° 2454 Lin 1762 5937.2 Unknown, similar to immunity repressor protein - Bacillus phage phi- 105
SEQ ID N° 2455 Linl763 5935.2 Unknown, similar to ORF2 [bacteriophage phi- 105]
SEQ ID N° 2456 Lin 1764 5934.1 Unknown, Listeria prophage protein
SEQ ID N° 2457 Lin 1765 5933.1 Unknown, similar to integrase
SEQ ID N° 2458 Lin 1768 5926.1 unknown, similar to Antigen C
SEQ ID N° 2459 Linlδl l 5313.1 unknown, similar to unknown proteins
SEQ ID N° 2460 Linl812 5315.1 Unknown, similar to excinuclease ABC (subunit A) (truncated, C-terminal end)
SEQ ID N0 2461 Linl 813 5317.1 Unknown, similar to excinuclease ABC subunit A
SEQ ID N° 2462 Linl 814 5319.1 unknown, similar to putative AraC-type regulators
SEQ ID N° 2463 Linl 898 4696.1 Unknown, similar to putative NAD(P)H oxidoreductase
SEQ ID N° 2464 Lin 1899 4697.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2465 Lin 1955 4817.1 unknown
SEQ ID N° 2466 Lin2001 4896.2 Unknown, hypothetical CDS
SEQ ID N° 2467 Lin2100 5275.3 unknown, similar to p60-related proteins
SEQ ID N° 2468 Lin2210 6700.1 Unknown
SEQ ID N° 2469 Lin2281 3752.1 unknown, probable cell surface protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2470 Lin2344 5982.1 Unknown, similar to O6-methylguanine-DNA methyltransferase
SEQ ID N0 2471 Lin2371 4069.2 Unknown, similar to compétence transcription factor ComK, N terminal part
SEQ ID N° 2472 Lin2373 4899.3 Unknown, similar to AbiD phage protein
SEQ ID N° 2473 Lin2374 4066.1 Unknown, similar to N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase (N-terminal part) and to L-alanoyl-D- glutamate peptidase (C-terminal part)
SEQ ID N° 2474 Lin2375 4065.1 unknown, similar to phage related proteins
SEQ ID N° 2475 Lin2376 4062.1 Unknown
SEQ ID N° 2476 Lin2377 6565.1 Unknown
SEQ ID N° 2477 Lin2378 6199.6 Unknown
SEQ ID N° 2478 Lin2379 6046.2 Unknown, similar to protein gp20 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2479 Lin2380 6050.1 Unknown, similar to protein gpl9 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2480 Lin2381 6051.1 Unknown, similar to protein R372 - Lactobacillus phage phi-gle
SEQ ID N0 2481 Lin2382 6052.1 Unknown, similar to gpl7 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2482 Lin2383 6059.1 unknown, similar to hypothetical protein [Lactobacillus casei bacteriophage A2]
SEQ ID N° 2483 Lin2384 6063.1 Unknown
SEQ ID N° 2484 Lin2385 6066.1 Unknown, similar to protein gpl3 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2485 Lin2386 6068.1 Unknown
SEQ ID N° 2486 Lin2387 6070.1 Unknown
SEQ ID N° 2487 Lin2388 6071.1 Unknown
SEQ ID N° 2488 Lin2389 6572.1 Unknown
SEQ ID N° 2489 Lin2390 6075.1 Unknown, similar to main capsid protein Gp34 - Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus phage mv4
SEQ ID N° 2490 Lin2391 6076.1 Unknown
SEQ ID N0 2491 Lin2392 6078.1 Unknown, similar to protein gp4 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2492 Lin2393 6081.1 unknown
SEQ ID N° 2493 Lin2394 6084.1 unknown
SEQ ID N° 2494 Lin2395 6085.1 unknown, some similarities to phage-related terminase small subunit homolog yqaS
SEQ ID N° 2495 Lin2396 6086.1 Unknown
SEQ ID N° 2496 Lin2397 6087.1 unknown, similar to sigma factor-like positive control protein of B. subtilis
SEQ ID N° 2497 Lin2398 6570.1 Unknown, hypothetical gène
SEQ ID N° 2498 Lin2399 6090.1 unknown
SEQ ID N° 2499 Lin2400 6092.1 Unknown, similar to Lactococcus lactis prophage pi3 protein 45
SEQ ID N° 2500 Lin2401 6569.1 Unknown
SEQ ID N0 2501 Lin2402 6093.1 unknown, similar to single-stranded DNA-binding protein
SEQ ID N° 2502 Lin2403 6096.1 unknown
SEQ ID N° 2503 Lin2404 6099.1 unknown
SEQ ID N° 2504 Lin2405 6101.1 unknown
SEQ ID N° 2505 Lin2406 6502.1 Protein gp52 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2506 Lin2407 6104.2 pseudogene
SEQ ID N° 2507 Lin2408 6698.1 Unknown
SEQ ID N° 2508 Lin2409 3995.1 unknown, similar to intrgase proteins
SEQ ID N° 2509 Lin2410 6131.2 unknown, similar to phage related proteins
SEQ ID N0 2510 Lin241 1 6132.1 unknown
SEQ ID N0 251 1 Lin2412 6135.1 unknown, highly similar to gp49 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N0 2512 Lin2413 3387.3 unknown, highly similar to putative recombinase [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N0 2513 Lin2414 5720.2 gp47 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N0 2514 Lin2415 6697.1 Unknown
SEQ ID N0 2515 Lin2418 5715.1 Unknown, similar to anti-repressor
SEQ ID N0 2516 Lin2419 6620.2 Unknown
SEQ ID N0 2517 Lin2420 5710.1 Unknwon, similar to Bacteriophage A 1 18 protein gp40
SEQ ID N0 2518 Lin2421 5709.1 Unknwon
SEQ ID N0 2519 Lin2422 5708.1 Unknown, similar to Bacteriophage Al 18 putative repressor protein
SEQ ID N° 2520 Lin2423 5706.1 Unknown, similar to Bacteriophage Al 18 protein gp34
SEQ ID N0 2521 Lin2425 5704.1 unknown
SEQ ID N° 2522 Lin2454 5645.1 Unknown, similar to 6-phospho-beta-glucosidase
SEQ ID N° 2523 Lin2455 5644.1 Unknown, similar to transcription antiterminator BglG family
SEQ ID N° 2524 Lin2456 5643.1 Unknown, similar to unknown proteins
SEQ ID N° 2525 Lin2457 5642.1 Unknown, similar to PTS System, cellobiose-specific enzyme IIA component
SEQ ID N° 2526 Lin2458 5640.1 Unknown, similar to PTS System, cellobiose-specific enzyme IIB component
SEQ ID N° 2527 Lin2459 5638.1 Unknown, similar to PTS System, cellobiose-specific enzyme IIC component
SEQ ID N° 2528 Lin2487 5052.1 Unknown, similar to unknown proteins
SEQ ID N° 2529 Lin2494 5039.1 unknown, hypothetical protein
SEQ ID N° 2530 Lin2537 4955.1 Unknown, similar to intemalin proteins
SEQ ID N0 2531 Lin2561 6688.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2532 Lin2562 4067.2 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2533 Lin2563 6704.1 Unknown, similar to N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase (N-terminal part) and to L-alanoyl-D- glutamate peptidase (C-terminal part)
SEQ ID N° 2534 Lin2564 4061.3 Unknown
SEQ ID N° 2535 Lin2565 4060.1 Unknown, similar to protein gp20 [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2536 Lin2566 4057.1 Unknown, similar to endopeptidase [bacteriophage ML285]
SEQ ID N° 2537 Lin2567 4054.1 Unknown, similar to Orf53 [bacteriophage bIL285]
SEQ ID N° 2538 Lin2568 4052.1 Unknown, similar to tail protein [bacteriophage bIL285]
SEQ ID N° 2539 Lin2569 6564.1 Unknown, similar to Lactococcus lactis prophage pi2 protein 41
SEQ ID N° 2540 Lin2570 4047.1 Unknown, similar to Orf51 [bacteriophage ML285]
SEQ ID N0 2541 Lin2571 4046.1 Unknown, similar to Orf50 [bacteriophage bIL285]
SEQ ID N° 2542 Lin2572 4044.1 Unknown, similar to Orf49 [bacteriophage bIL285]
SEQ ID N° 2543 Lin2573 4042.1 Unknown, similar to Orf48 [bacteriophage bIL285]
SEQ ID N° 2544 Lin2574 4041.1 Unknown, similar to Orf47 [bacteriophage ML285]
SEQ ID N° 2545 Lin2575 4040.1 Unknown, similar to Orf46 [bacteriophage bIL285]
SEQ ID N° 2546 Lin2576 4039.1 Unknown, similar to capsid protein [bacteriophage bIL285]
SEQ ID N° 2547 Lin2577 4037.1 Unknown, similar to protease [bacteriophage bIL285]
SEQ ID N° 2548 Lin2578 4036.1 Unknown, similar to portai protein [bacteriophage bIL285]
SEQ ID N° 2549 Lin2579 4033.1 Unknown, similar to terminase [bacteriophage bIL285]
SEQ ID N° 2550 Lin2580 4030.1 Unknown, similar to bacteriophage protein
SEQ ID N0 2551 Lin2581 4028.1 Unknown, similar to bacteriophage protein
SEQ ID N° 2552 Lin2582 4026.1 Unknown
SEQ ID N° 2553 Lin2583 4023.1 Unknown
SEQ ID N° 2554 Lin2584 4022.1 Unknown
SEQ ID N° 2555 Lin2585 4021.1 Unknown
SEQ ID N° 2556 Lin2586 4020.1 Unknown, similar to bacteriophage protein
SEQ ID N° 2557 Lin2587 4019.1 Unknown, similar to bacteriophage protein
SEQ ID N° 2558 Lin2588 4016.1 Unknown, similar to bacteriophage protein
SEQ ID N° 2559 Lin2589 4015.1 Unknown, similar to DEAH-family helicase
SEQ ID N° 2560 Lin2590 4013.1 Unknown, similar to bacteriophage protein
SEQ ID N0 2561 Lin2591 4012.1 Unknown, similar to bacteriophage protein
SEQ ID N° 2562 Lin2592 6696.1 Unknown
SEQ ID N° 2563 Lin2593 4008.1 Hypothetical gène
SEQ ID N° 2564 Lin2594 4006.1 Unknown
SEQ ID N° 2565 Lin2595 4005.1 Unknown
SEQ ID N° 2566 Lin2596 4003.1 Unknown
SEQ ID N° 2567 Lin2597 4001.1 Unknown
SEQ ID N° 2568 Lin2598 6559.1 Unknown
SEQ ID N° 2569 Lin2599 3998.1 Unknown
SEQ ID N° 2570 Lin2600 3996.2 unknown
SEQ ID N0 2571 Lin2601 6130.2 Unknown, similar to bacteriophage integrase
SEQ ID N° 2572 Lin2602 3994.2 Unknown, similar to phage protein
SEQ ID N° 2573 Lin2603 3993.1 unknown
SEQ ID N° 2574 Lin2604 3990.1 unknown
SEQ ID N° 2575 Lin2605 6557.1 Unknown
SEQ ID N° 2576 Lin2606 6556.1 Unknown
SEQ ID N0 2577 Lin2607 3989.1 Unknown, similar to a putative repressor protein [Bacteriophage Al 18]
SEQ ID N° 2578 Lin2608 3988.1 Unknwon, similar to protein gp35 from Bacteriophage Al 18
SEQ ID N° 2579 Lin2609 3987.1 Unknown
SEQ ID N° 2580 Lin2610 3985.1 unknown, similar to integrases
SEQ ID N0 2581 Lin2656 3889.1 unknown, similar to late compétence protein comFC
SEQ ID N° 2582 Lin2693 3815.1 Unknown
SEQ ID N° 2583 Lin2703 5735.1 autolysin, amidase
SEQ ID N° 2584 Lin2723 5767.1 Unknwon, conserved hypothetical protein
SEQ ID N0 2585 Lin2724 5773.1 unknown, internalin-like protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2586 Lin2735 6183.3 Unknown
SEQ ID N° 2587 Lin2736 6181.1 Unknown
SEQ ID N° 2588 Lin2741 1716.1 unknown
SEQ ID N° 2589 Lin2742 1717.1 Unknown
SEQ ID N° 2590 Lin2743 1718.1 unknown
SEQ ID N0 2591 Lin2744 1720.1 unknown, similar to hypothetical proteins
SEQ ID N° 2592 Lin2824 6550.1 Unknown, similar to hydrolase (esterase) (truncated, C-terminal end)
SEQ ID N° 2593 Lin2825 1892.1 Unknown, similar to hydrolase (esterase) (truncated, N-terminal end)
SEQ ID N° 2594 Lin2839 1935.1 unknown
SEQ ID N° 2595 Lin2918 2102.1 unknown
SEQ ID N° 2596 Lin2921 6547.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2597 Lin2940 2142.1 unknown, similar to abortive phage résistance mechanism [Lactococcus lactis]
SEQ ID N° 2598 Lin2941 2143.1 unknown
SEQ ID N° 2599 Lin2945 2151.1 unknown
SEQ ID N° 2600 Lin2958 2180.1 Unknown, similar to efflux proteins (truncated, N-terminal end)
SEQ ID N0 2601 Lin2959 2182.1 Unknown, similar to efflux proteins (truncated, N-terminal end)
TABLEAU VII : Légendes
SEQ ID Nos. 2602 - 2871 : séquences nucléotidiques des 270 gènes spécifiques de Listeria monocytogenes EGDe ; avec en première colonne l'identifiant SEQ ID, en seconde colonne le nom du gène, en troisième colonne le numéro d'IPF (N° identifiant « Institut Pasteur » permettant de correler la séquence avec les séquences du tableau V) et en dernière colonne l'annotation correspondante.
-
TABLEAU VII SEQID Nom IPFID Fonction
SEQID N° 2602 lmo0017 587.1 Unknown, similar to Bacillus anthracis CapA protein (polyglutamate capsule biosynthesis) SEQID N° 2603 lmo0036 611.1 Unknown, similar to omithine carbamoyltransferase SEQID N° 2604 lmo0037 613.1 Unknown, similar to amino acid transporter SEQID N° 2605 lmo0038 614.1 Unknown, conserved hypothetical protein SEQID N° 2606 lmo0039 615.1 Unknown, similar to carbamate kinase SEQID N° 2607 lmo0040 616.1 Unknown, conserved hypothetical protein SEQID N° 2608 lmo0041 617.1 Unknown, conserved hypothetical protein, hypothetical regulator SEQID N° 2609 lmo0066 2161.2 Unknwon, similar to toxin components SEQID N°2610 lmo0067 395.2 Unknown, similar to dinitrogenase reductase ADP-ribosylation system SEQID N°2611 lmo0069 392.3 unknown SEQID N°2612 lmo0070 390.3 unknown SEQID N°2613 lmo0071 389.1 unknown SEQID N°2614 lmo0072 4251.1 Unknown, Hypothetical SEQID N°2615 lmo0073 388.1 unknown SEQID N°2616 lmo0074 387.1 Unknown SEQID N°2617 lmo0079 380.1 Unknwon SEQID N°2618 lmo0080 379.1 Unknwon SEQID N°2619 lmo0081 378.1 Unknwon SEQID N° 2620 lmo0082 377.1 Unknwon SEQID N°2621 lmo0083 376.1 Unknown, similar to transcription regulator (merR family) SEQID N° 2622 lmo0084 375.1 Unknwon, similar to oxidoreductases SEQID N° 2623 lmo0106 345.1 Unknown, similar to transcription regulator SEQID N° 2624 lmoOHO 338.1 Unknown, similar to lipase SEQID N° 2625 lmo0140 2401.1 Unknwon SEQID N° 2626 lmo0141 3995.1 unknown SEQID N° 2627 lmo0142 2400.1 unknown SEQID N° 2628 lmo0143 2398.1 unknown SEQID N° 2629 lmo0144 2397.1 Unknown SEQID N° 2630 lmo0145 4247.1 Unknwon, hypothetical protein SEQID N°2631 lmo0146 4246.1 Unknwon, hypothetical protein
SEQIDN02632 lmo0147 2395.1 Unknwon
SEQIDN02633 lmo0148 2394.1 unknown
SEQIDN02634 lmo0149 2393.1
SEQIDN02635 lmo0150 2392.1 unknwon
SEQIDN02636 lmo0151 2391.1 Unknwon
SEQ ID N° 2637 lmo0171 973.1 Unknwon, similar to intemalin proteins, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2638 ImoOl 72 970.1 Unknown, similar to transposase C-terminal part
SEQ ID N° 2639 lmo0173 969.1 Unknown, similar to transposase (N-terminal part)
SEQIDN02640 lmo0174 968.1 Unknown, similar to transposase
SEQIDN02641 prfA 1447.1 listeriolysin positive regulatory protein
SEQ ID N° 2642 plcA 1446.1 phosphatidylinositol-specific phospholipase c
SEQIDN02643 hly 1445.1 listeriolysin O precursor
SEQ ID N° 2644 mpl 1444.1 Zinc metalloproteinase precursor
SEQ ID N° 2645 actA 1442.1 actin-assembly inducing protein precursor
SEQIDN02646 plcB 1439.1 phospholipase C
SEQIDN02647 lmo0206 1438.1 Unknwon
SEQ ID N° 2648 lmo0252 3976.4 Unknown, similar to repressor (penicilinase repressor)
SEQ ID N° 2649 lmo0253 4262.2 Unknown, similar to penicillinase antirepressor
SEQIDN02650 lmo0254 1859.2 Unknown
SEQIDN02651 lmo0255 1858.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2652 lmo0257 1856.2 Unknown, similar to unknown protein
SEQIDN02653 inlG 1842.1 intemalin G
SEQIDN02654 inlH 1840.1 intemalin H
SEQIDN02655 inlE 1838.1 intemalin E
SEQIDN02656 lmo0304 2474.1 Unknown
SEQIDN02657 lmo0310 3811.3 Unknown
SEQIDN02658 lmo0311 2336.3 Unknown
SEQ ID N° 2659 lmo0312 2335.2 Unknown, similar to unknown proteins
SEQIDN02660 lmo0313 2334.1 Unknown, conserved hypothetical protein
SEQ ID N° 2661 lmo0320 2323.1 Unknown, similar to surface protein (peptidoglycan bound, LPXTG motif)
SEQ ID N° 2662 lmo0329 3934.1 Unknown, similar to transposase
SEQ ID N° 2663 lmo0330 3750.2 Unknown, similar to transposase
SEQIDN02664 lmo0332 3754.2 Unknown
SEQ ID N° 2665 lmo0333 2137.2 Unknown, similar to intemalin proteins, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2666 lmo0334 2138.1 unknown
SEQ ID N° 2667 lmo0337 2141.1 Unknown
SEQ ID N° 2668 lmo0338 2142.1 Unknown
SEQ ID N° 2669 lmo0340 4097.1 Unknown
SEQ ID N° 2670 lmo0378 2050.1 Unknown
SEQ ID N0 2671 lmo0379 2049.3 Unknown
SEQ ID N° 2672 lmo0380 1 1 15.3 Unknown
SEQ ID N° 2673 lmo0381 1 1 14.1 Unknown
SEQ ID N° 2674 lmo0409 1074.1 Unknown, similar to intemalin, peptidoglycan bound protein (LPxTG motif)
SEQ ID N° 2675 lmo0419 1572.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2676 inlA 1549.1 Intemalin A
SEQ ID N° 2677 inlB 1547.1 Intemalin B
SEQ ID N° 2678 lmo0438 1538.1 unknown
SEQ ID N° 2679 lmo0440 1625.2 Unknown
SEQ ID N° 2680 lmo0444 1631.1 Unknown, conserved hypothetical protein
SEQ ID N0 2681 lmo0445 1632.1 Unknown, similar to transcription regulator
SEQ ID N° 2682 lmo0446 1634.1 Unknown, similar to penicillin acylase and to conjugated bile acid hydrolase
SEQ ID N° 2683 lmo0447 1635.1 Unknown, similar to glutamate decarboxylase
SEQ ID N° 2684 lmo0448 1636.1 Unknown, similar to amino acid antiporter
SEQ ID N° 2685 lmo0459 1655.1 Unknown, similar to transcription regulator (VirR from Streptococcus pyogenes)
SEQ ID N° 2686 lmo0460 1656.1 Unknown, putative membrane associated lipoprotein
SEQ ID N° 2687 lmo0461 1658.1 Unknown
SEQ ID N° 2688 lmo0462 1659.3 Unknown
SEQ ID N° 2689 lmo0463 1660.3 Unknown
SEQ ID N° 2690 lmo0464 3853.2 Unknown, weakly similar to transposase
SEQ ID N0 2691 lmo0465 3953.1 Hypothetical orf
SEQ ID N° 2692 lmo0466 3905.2 Unknown
SEQ ID N° 2693 lmo0467 3954.2 Unknown
SEQ ID N° 2694 lmo0468 4040.1 Unknown
SEQ ID N° 2695 lmo0469 3337.3 Unknown
SEQ ID N° 2696 lmo0470 3336.3 Unknown, weakly similar to site-specific DNA-methyltransferase
SEQ ID N° 2697 lmo0471 3335.2 Unknown
SEQ ID N° 2698 lmo0472 3334.1 Unknown
SEQ ID N° 2699 lmo0473 3333.1 Unknown
SEQ ID N° 2700 lmo0474 3332.1 Unknown
SEQ ID N0 2701 lmo0475 3331.1 Unknown
SEQ ID N° 2702 lmo0476 3330.2 Unknown, similar to oxetanocin A résistance protein oxrB
SEQ ID N° 2703 lmo0477 3284.1 Unknown, putative secreted protein
SEQ ID N° 2704 lmo0478 3285.1 Unknown, putative secreted protein
SEQ ID N° 2705 lmo0479 3286.1 Unknown, putative secreted protein
SEQ ID N° 2706 lmo0492 1713.1 Unknown, similar to transcriptional regulator (LysR family)
SEQ ID N° 2707 lmo0493 1714.1 Unknown, similar to acylase
SEQ ID N° 2708 lmo0497 1718.2 Unknown, similar to sugar transferase
SEQ ID N° 2709 lmo0525 1037.1 Unknown
SEQ ID N0 2710 lmo0630 1518.1 Unknown, similar to transcription antiterminator BglG family
SEQ ID N0 2711 lmo0631 1519.1 Unknown, similar to PTS System, fructose-specific IIA component
SEQ ID N0 2712 lmo0632 1520.1 Unknown, similar to PTS System, fructose-specific IIC component
SEQ ID N0 2713 lmo0633 1521.1 Unknown, similar to PTS System, fructose-specific IIB component
SEQ ID N0 2714 lmo0634 1523.1 Unknown, similar to an E. coli putative tagatose 6-phosphate kinase
SEQ ID N0 2715 lmo0638 1528.1 Unknown
SEQ ID N0 2716 lmo0726 4124.1 Hypothetical CDS
SEQ ID N0 2717 lmo0733 1176.1 Unknown, similar to transcription regulator
SEQ ID N0 2718 lmo0734 1 175.1 Unknown, similar to transcriptional regulator (Lacl family)
SEQ ID N0 2719 lmo0735 1 174.1 Unknown, similar to Ribulose-5-Phosphate 3-Epimerase
SEQ ID N° 2720 lmo0736 1 173.1 Unknown, similar to ribose 5-phosphate isomerase
SEQ ID N0 2721 lmo0737 1 172.1 Unknown
SEQ ID N° 2722 lmo0738 1 171.1 Unknown, similar to phosphotransferase System (PTS) beta-glucoside-specific enzyme IIABC comp
SEQ ID N° 2723 lmo0739 1 169.1 Unknown, similar to 6-phospho-beta-glucosidase
SEQ ID N° 2724 lmo0746 1 160.1 Unknown, hypothetical
SEQ ID N° 2725 lmo0747 1 159.1 unknown
SEQ ID N° 2726 lmo0748 1 158.1 Unknown
SEQ ID N° 2727 lmo0749 4361.1
SEQ ID N° 2728 lmo0750 1 157.1 Unknown
SEQ ID N° 2729 lmo0751 1 156.1 Unknown
SEQ ID N° 2730 lmo0752 1 155.1 Unknown, weakly similar to a putative haloacetate dehalogenase
SEQ ID N0 2731 lmo0753 1 154.1 unknown, similar to transcription regulator Crp/Fnr family
SEQ ID N0 2732 lmo0754 1 153.2 Unknown, weakly similar to a bile acid 7-alpha dehydratase
SEQ ID N° 2733 lmo0780 1 123.1 Unknown
SEQ ID N° 2734 lmo0801 3477.1 Unknown, similar to intemalin, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQ ID N0 2735 lmo0804 3469.2 Unknown
SEQ ID N° 2736 lmo0805 3929.1 unknown
SEQ ID N° 2737 lmo0826 1261.1 Unknown, similar to transport protein
SEQ ID N° 2738 lmo0827 1259.1 unknown, similar to transposases
SEQ ID N° 2739 lmo0828 1258.1 unknown, similar to transposases
SEQ ID N° 2740 lmo0833 1250.1 Unknown, similar to transcriptional regulator
SEQ ID N0 2741 lmo0834 1249.1 unknown
SEQ ID N° 2742 lmo0835 1248.1 Unknown, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2743 uhpT 1243.1 unknown, highly similar to hexose phosphate transport protein
SEQ ID N° 2744 lmo0842 1235.1 Unknown, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2745 lmo0904 1624.2 Unknown
SEQ ID N° 2746 lmo0933 1586.1 unknown, similar to sugar transferase
SEQ ID N° 2747 lmo0940 1580.1 Unknown
SEQ ID N° 2748 lmol030 3538.3 unknown, similar to transcriptional regulator, Lacl family
SEQ ID N° 2749 lmol031 1398.3 unknown, similar to hypothetical proteins
SEQ ID N° 2750 lmol032 1396.1 unknown, similar to transketolase
SEQ ID N0 2751 lmol033 1394.1 unknown, similar to transketolase
SEQ ID N° 2752 lmol034 1392.1 unknown, similar to glycerol kinase
SEQ ID N° 2753 lmol035 1391.1 unknown, similar to phosphotransferase System (PTS) beta-glucoside-specific enzyme IIABC
SEQ ID N° 2754 lmol036 1390.1 unknown
SEQ ID N° 2755 lmol060 1359.1 unknown, similar to transcription response regulator
SEQ ID N° 2756 lmol061 1358.1 Unknown, similar to two-component sensor histidine kinase
SEQ ID N° 2757 lmol062 1357.1 unknown, similar to ABC transporters (permease protein)
SEQ ID N° 2758 lmol063 1354.1 unknown, similar to ABC transporter (ATP binding protein)
SEQ ID N0 2759 lmol076 3609.1 unknown, similar to autolysin (EC 3.5.1.28) (N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase)
SEQ ID N° 2760 lmol077 3612.1 unknown, similar to teichoic acid biosynthesis protein B
SEQ ID N0 2761 lmol079 3614.3 unknown, similar to B. subtilis YfhO protein
SEQ ID N° 2762 lmol080 2597.3 unknown, similar to B. subtilis minor teichoic acids biosynthesis protein GgaB
SEQ ID N° 2763 lmol081 2598.3 Unknown, similar to glucose- 1 -phosphate thymidyl transferase
SEQ ID N° 2764 lmol082 2599.1 Unknown, similar to dTDP-sugar epimerase
SEQ ID N° 2765 lmol083 2600.1 Unknown, similar to dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
SEQ ID N° 2766 lmol084 2601.1 unknown, similar to DTDP-L-rhamnose synthetase
SEQ ID N° 2767 lmol085 2602.1 unknown, similar to teichoic acid biosynthesis protein B
SEQ ID N° 2768 lmol090 2608.1 unknown, similar to glycosyltransferases
SEQ ID N° 2769 lmol091 2609.1 unknown, similar to glysosyltransferases
SEQ ID N° 2770 lmol097 2618.1 unknown, similar to integrases
SEQ ID N0 2771 lmol098 4147.1 unknown, highly similar to TN916 ORF8
SEQ ID N° 2772 lmol099 2619.1 unknown, similar to a protein encoded by Tn916
SEQ ID N° 2773 cadA 2621.4 cadmium résistance protein
SEQ ID N° 2774 lmol lOl 3973.2 Unknown, similar to lipoprotein signal peptidase
SEQ ID N° 2775 lmol l02 3024.1 unknown, similar to cadmium efflux System accessory proteins
SEQ ID N° 2776 lmol l03 3023.1 unknown, highly similar to TN916 ORF 13
SEQ ID N° 2777 lmol l04 3022.1 unknown, highly similar to TN916 ORF 14 and to L. monocytogenes P60 protein
SEQ ID N° 2778 lmol l05 3020.1 unknown, highly similar to TN916 ORF 15
SEQ ID N° 2779 lmol lOό 3018.1 unknown, highly similar to TN916 ORF 16
SEQ ID N° 2780 lmol l07 3017.1 unknown, highly similar to TN916 ORF 17
SEQ ID N0 2781 lmol l08 3016.1 unknown, highly similar to TN916 ORF 18
SEQ ID N° 2782 lmol l09 4148.1 unknown, highly similar to TN916 ORF 19
SEQ ID N° 2783 lmol l lO 3014.1 unknown, similar to unknown proteins
SEQ ID N° 2784 lmol l l l 3013.1 unknown, highly similar to TN916 ORF20
SEQ ID N° 2785 lmol l l2 3012.1 unknown, highly similar to TN916 ORF21
SEQ ID N° 2786 lmol l l3 301 1.1 unknown, highly similar to TN916 ORF22
SEQ ID N° 2787 lrnol l H 3010.1 unknown, highly similar to TN916 ORF23
SEQ ID N° 2788 lmol l l5 3009.3 unknown, similar to fibrinogen-binding protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2789 lmol l lό 4267.1 unknown, similar to regulatory proteins
SEQ ID N° 2790 lrnol l H 4268.1 unknown
SEQ ID N0 2791 lmol l lδ 4149.2 unknown
SEQ ID N° 2792 lmol l l9 247.3 unknown, similar to methylases
SEQ ID N° 2793 lmol l20 246.1 unknown
SEQ ID N° 2794 lmol l21 245.1 unknown
SEQ ID N° 2795 lmol l25 241.2 unknown
SEQ ID N° 2796 lmol 133 232.1 unknown, similar to B. subtilis YjcS protein
SEQ ID N° 2797 lmol l34 231.1 unknown, similar to regulatory proteins
SEQ ID N° 2798 lmol l35 230.1 unknown
SEQ ID N° 2799 lmol l39 223.1 unknown
SEQ ID N° 2800 lmol l 88 156.1 unknown
SEQ ID N0 2801 lmol247 2296.1 unknown
SEQ ID N° 2802 lmol263 4152.2 unknown, similar to transcriptional regulator
SEQ ID N° 2803 lmol290 1974.3 Unknown, similar to intemalin proteins, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2804 lmol307 1997.1 unknown
SEQ ID N° 2805 lmol413 1778.1 Unknown, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2806 lmol441 1814.1 Unknown, similar to putative peptidoglycan acetylation protein
SEQ ID N° 2807 lmol451 1827.1 Unknown, similar to E. coli LytB protein
SEQ ID N° 2808 lmol477 2928.1 Unknown, similar to oxidoreductase
SEQ ID N° 2809 lmol478 2929.1 Unknown, similar to transcriptional regulator (MerR family)
SEQ ID N0 2810 lmol597 3951.1 Unknown
SEQ ID N0 281 1 lmol648 2130.1 unknown
SEQ ID N0 2812 lmol656 3728.1 unknown
SEQ ID N0 2813 lmo l659 3681.2 unknown
SEQ ID N0 2814 lmo 1666 3418.2 unknown, peptidoglycan linked protein (LPxTG)
SEQ ID N0 2815 lmol 714 3463.2 unknown
SEQ ID N0 2816 inlC 3779.3 intemalin C
SEQ ID N0 2817 lmo 1968 2521.1 unknown, similar to creatinine amidohydrolases
SEQ ID N0 2818 lmo 1969 2522.1 Unknown, similar to 2-keto-3-deoxygluconate-6-phosphate aldolase
SEQ ID N0 2819 lmo 1970 2523.1 Unknown, similar to putative phosphotriesterase related proteins
SEQ ID N° 2820 lmo 1971 2524.1 Unknown, similar to pentitol PTS System enzyme II C component
SEQ ID N0 2821 lmo 1972 4065.1 Unknown, similar to pentitol PTS System enzyme II B component
SEQ ID N° 2822 lmo 1973 2527.1 Unknown, similar to PTS System enzyme II A component
SEQ ID N° 2823 lmo 1974 2528.1 Unknown, similar to transcription regulators, (GntR family)
SEQ ID N° 2824 lmo2026 2504.1 Unknown, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2825 lmo2027 2503.1 Unknown, putative cell surface protein, similar to intemalin proteins
SEQ ID N° 2826 lmo2067 3512.1 Unknown, similar to conjugated bile acid hydrolase
SEQ ID N° 2827 lmo2085 3691.2 Unknown, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2828 lmo2093 4359.1 Unknown
SEQ ID N° 2829 lmo2143 858.1 Unknown, weakly similar to mannose-6-phosphate isomerase
SEQ ID N° 2830 lmo2144 857.1 Unknown, similar to transcription regulator GntR family
SEQ ID N0 2831 sepA 842.1 Unknown
SEQ ID N° 2832 lmo2197 3539.1 Unknown
SEQ ID N° 2833 lmo2228 4342.1 Unknown, similar to unknown protein
SEQ ID N° 2834 lmo2257 2761.1 Unknown, hypothetical CDS
SEQ ID N° 2835 lmo2364 452.1 Hypothetical protein
SEQ ID N° 2836 lmo2387 906.1 Unknown, conserved hypothetical protein
SEQ ID N° 2837 lmo2395 4226.1 Unknown
SEQ ID N° 2838 lmo2407 881.1 unknown
SEQ ID N° 2839 lmo2408 4227.1 Unknown, similar to repressor protein
SEQ ID N° 2840 lmo2409 880.1 Unknown
SEQ ID N0 2841 lmo2410 879.1 Unknown
SEQ ID N° 2842 lmo2420 4358.1 unknown
SEQ ID N° 2843 lmo2443 2215.1 unknown
SEQ ID N° 2844 lmo2470 757.1 Unknown, similar to intemalin proteins
SEQ ID N° 2845 lmo2576 3700.2 Unknwon, peptidoglycan anchored protein (LPXTG motif)
SEQ ID N° 2846 lmo2594 1759.1 Unknown
SEQ ID N° 2847 hno2595 1760.1 Unknown, similar to unknown proteins
SEQ ID N° 2848 lmo2671 49.1 Unknown
SEQ ID N° 2849 lmo2672 51.1 Unknown, weakly similar to transcription regulator
SEQ ID N° 2850 lmo2686 80.1 unknown
SEQ ID N0 2851 lmo2732 270.1 unknown
SEQ ID N° 2852 lmo2733 272.1 Unknown, similar to PTS System, fructose-specific IIABC component
SEQ ID N° 2853 lmo2734 273.1 Unknown, weakly similar to sugar hydrolase
SEQ ID N° 2854 lmo2735 274.1 Unknown, similar to Sucrose phosphorylase
SEQ ID N° 2855 lmo2736 275.1 Unknown, conserved hypothetical protein
SEQ ID N° 2856 lmo2771 710.1 Unknown, similar to beta-glucosidase
SEQ ID N° 2857 lmo2772 71 1.2 Unknown, similar to beta-glucoside-specific enzyme IIABC
SEQ ID N0 2858 lmo2773 712.2 Unknwon, similar to transcription antiterminator
SEQ ID N° 2859 lmo2776 716.1 Unknown
SEQ ID N° 2860 lmo2780 721.1 Unknown, similar to cellobiose PTS enzyme IIA
SEQ ID N0 2861 lmo2781 723.1 Unknown, similar to beta-glucosidase
SEQ ID N° 2862 lmo2782 724.1 Unknown, similar to PTS, cellobiose-specific IIB component
SEQ ID N° 2863 lmo2783 725.1 Unknown, similar to cellobiose phosphotransferase system enzyme IIC
SEQ ID N° 2864 lmo2784 726.1 Unknown, similar to lichenan operon transcription antiterminator licR
SEQ ID N° 2865 bvrC 728.1 Unknown
SEQ ID N° 2866 bvrB 730.1 beta-glucoside-specific phosphotransferase enzyme II ABC component
SEQ ID N° 2867 bvrA 731.2 transcription antiterminator
SEQ ID N° 2868 lmo2807 3431.2 Unknown, hypothetical secreted protein
SEQ ID N° 2869 lmo2809 1067.2 Unknown, hypothetical secreted protein
SEQ ID N° 2870 lmo2821 1050.1 Unknown, similar to intemalin, Unknown, putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif)
SEQ ID N0 2871 lmo2841 1206.1 unknown, weakly similar to sucrose phosphorylase
TABLEAU VIII : Légendes
SEQ ID Nos. 2872 - 3891 : séquences de 1020 Contigs issus de l'assemblage de 13919 séquences de Listeria monocytogenes 4b.
Dans ces séquences, les bases indéterminées sont marquées par un "N". Certains de ces contigs contiennent les 974 anciens contigs de Lm4b SEQ ID Nos. 1068 à 2041 ; avec en première colonne l'identifiant SEQ ID, en seconde colonne le numéro de contig et le ou les numéros des séquences SEQ ID Nos. 1068 à 2041 correspondantes du tableau V.
TABLEAU VIII
SEQ ID N° 2872 Listeria monocytogenes 4b Contigl
SEQ ID N° 2873 Listeria monocytogenes 4b Contig2
SEQ ID N° 2874 Listeria monocytogenes 4b Contig3
SEQ ID N° 2875 Listeria monocytogenes 4b Contig4
SEQ ID N° 2876 Listeria monocytogenes 4b Contig5
Corresponding to the former SEQ ID n° 1069
SEQ ID N° 2877 Listeria monocytogenes 4b Contigό
SEQ ID N° 2878 Listeria monocytogenes 4b Contig7
SEQ ID N° 2879 Listeria monocytogenes 4b Contig8
Corresponding to the former SEQ ID n° 1076
SEQ ID N° 2880 Listeria monocytogenes 4b Contig9
SEQ ID N° 2881 Listeria monocytogenes 4b Contig 10
SEQ ID N° 2882 Listeria monocytogenes 4b Contigl 1
SEQ ID N° 2883 Listeria monocytogenes 4b Contig 12
Corresponding to the former SEQ ID n° 1075
SEQ ID N° 2884 Listeria monocytogenes 4b Contigl 3
SEQ ID N° 2885 Listeria monocytogenes 4b Contigl4
SEQ ID N° 2886 Listeria monocytogenes 4b Contigl 5
SEQ ID N° 2887 Listeria monocytogenes 4b Contigl 6
SEQ ID N° 2888 Listeria monocytogenes 4b Contigl 7
SEQ ID N° 2889 Listeria monocytogenes 4b Contigl 8
SEQ ID N° 2890 Listeria monocytogenes 4b Contig 19
SEQ ID N° 2891 Listeria monocytogenes 4b Contig20
SEQ ID N° 2892 Listeria monocytogenes 4b Contig21
SEQ ID N° 2893 Listeria monocytogenes 4b Contig22
SEQ ID N° 2894 Listeria monocytogenes 4b Contig23
SEQ ID N° 2895 Listeria monocytogenes 4b Contig24
SEQ ID N° 2896 Listeria monocytogenes 4b Contig25
SEQ ID N° 2897 Listeria monocytogenes 4b Contig26
SEQ ID N° 2898 Listeria monocytogenes 4b Contig27
SEQ ID N° 2899 Listeria monocytogenes 4b Contig28
SEQ ID N° 2900 Listeria monocytogenes 4b Contig29
SEQ ID N° 2901 Listeria monocytogenes 4b Contig30
SEQ ID N° 2902 Listeria monocytogenes 4b Contig31
SEQ ID N° 2903 Listeria monocytogenes 4b Contig32
SEQ ID N° 2904 Listeria monocytogenes 4b Contig33
SEQ ID N° 2905 Listeria monocytogenes 4b Contig34 SEQ ID N° 2906 Listeria monocytogenes 4b Contig35
SEQ ID N° 2907 Listeria monocytogenes 4b Contig36
SEQ ID Nc 2908 Listeria monocytogenes 4b Contig37 Corresponding to the former SEQ ID n° 1363
SEQ ID N° 2909 Listeria monocytogenes 4b Contig38
SEQ ID N° 2910 Listeria monocytogenes 4b Contig39
SEQ ID N° 291 1 Listeria monocytogenes 4b Contig40 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 126
SEQ ID N° 2912 Listeria monocytogenes 4b Contig41
SEQ ID N° 2913 Listeria monocytogenes 4b Contig42
SEQ ID N° 2914 Listeria monocytogenes 4b Contig43
SEQ ID N° 2915 Listeria monocytogenes 4b Contig44 Corresponding to the former SEQ ID n° 1096
SEQ ID N° 2916 Listeria monocytogenes 4b Contig45
SEQ ID N° 2917 Listeria monocytogenes 4b Contig46
SEQ ID N° 2918 Listeria monocytogenes 4b Contig47
SEQ ID N° 2919 Listeria monocytogenes 4b Contig48
SEQ ID N° 2920 Listeria monocytogenes 4b Contig49
SEQ ID N° 2921 Listeria monocytogenes 4b Contig50
SEQ ID N° 2922 Listeria monocytogenes 4b Contig51 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 145
SEQ ID N° 2923 Listeria monocytogenes 4b Contig52
SEQ ID N° 2924 Listeria monocytogenes 4b Contig53
SEQ ID N° 2925 Listeria monocytogenes 4b Contig54
SEQ ID N° 2926 Listeria monocytogenes 4b Contig55 Corresponding to the former SEQ ID n° 1209
SEQ ID N° 2927 Listeria monocytogenes 4b Contig56
SEQ ID N° 2928 Listeria monocytogenes 4b Contig57
SEQ ID N° 2929 Listeria monocytogenes 4b Contig58
SEQ ID N° 2930 Listeria monocytogenes 4b Contig59 Corresponding to the former SEQ ID n° 1379
SEQ ID N° 2931 Listeria monocytogenes 4b ContigόO
SEQ ID N° 2932 Listeria monocytogenes 4b Contigό 1
SEQ ID N° 2933 Listeria monocytogenes 4b Contig62
SEQ ID N° 2934 Listeria monocytogenes 4b Contig63
SEQ ID N° 2935 Listeria monocytogenes 4b Contig64 Corresponding to the former SEQ ID n° 1082
SEQ ID N° 2936 Listeria monocytogenes 4b Contig65
SEQ ID N° 2937 Listeria monocytogenes 4b Contig66 Corresponding to the former SEQ ID n° 1345
SEQ ID N° 2938 Listeria monocytogenes 4b Contig67
SEQ ID N° 2939 Listeria monocytogenes 4b Contig68
SEQ ID N° 2940 Listeria monocytogenes 4b Contig69
SEQ ID N° 2941 Listeria monocytogenes 4b Contig70 Corresponding to the former SEQ ID n° 1332
SEQ ID N° 2942 Listeria monocytogenes 4b Contig71
SEQ ID N° 2943 Listeria monocytogenes 4b Contig72
SEQ ID N° 2944 Listeria monocytogenes 4b Contig73
SEQ ID N° 2945 Listeria monocytogenes 4b Contig74
SEQ ID N° 2946 Listeria monocytogenes 4b Contig75 0 00 00 00 00 00 ÙO GO OO OO OO OO OO OO OO OO OO OO OO OO OO OO GO 00 O 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 oo m m m m m m ffl W ffl ffl ffl ffl W W W M W W ffl M ffl t l tτι m m m B tri W B m M W W W W W W W O O O O OOOOOOOOOOOOOOOOO O OO OOOO OO OOOO OOO σ z to v©
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SEQ ID N° 3025 Listeria monocytogenes 4b Contigl 54
SEQ ID N° 3026 Listeria monocytogenes 4b Contigl 55 SEQ ID N° 3027 Listeria monocytogenes 4b Contigl 56 SEQ ID N° 3028 Listeria monocytogenes 4b Contigl 57
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 107 SEQ ID N° 3029 Listeria monocytogenes 4b Contigl 58 SEQ ID N° 3030 Listeria monocytogenes 4b Contigl 59 SEQ ID N° 3031 Listeria monocytogenes 4b Contigl 60
SEQ ID N° 3032 Listeria monocytogenes 4b Contigl 61
Corresponding to the former SEQ ID n° 1485 SEQ ID N° 3033 Listeria monocytogenes 4b Contigl 62
SEQ ID N° 3034 Listeria monocytogenes 4b Contigl 63 SEQ ID N° 3035 Listeria monocytogenes 4b Contig 164 SEQ ID N° 3036 Listeria monocytogenes 4b Contigl 65
Corresponding to the former SEQ ID n° 1538 SEQ ID N° 3037 Listeria monocytogenes 4b Contigl 66
Corresponding to the former SEQ ID n° 1409 SEQ ID N° 3038 Listeria monocytogenes 4b Contig 167
SEQ ID N° 3039 Listeria monocytogenes 4b Contigl 68 SEQ ID N° 3040 Listeria monocytogenes 4b Contigl 69 SEQ ID N° 3041 Listeria monocytogenes 4b Contigl 70
SEQ ID N° 3042 Listeria monocytogenes 4b Contigl 71
Corresponding to the foπΗer SEQ ID n° 1246 SEQ ID N° 3043 Listeria monocytogenes 4b Contigl 72
SEQ ID N° 3044 Listeria monocytogenes 4b Contigl 73 SEQ ID N° 3045 Listeria monocytogenes 4b Contig 174
SEQ ID N° 3046 Listeria monocytogenes 4b Contig 175
Corresponding to the former SEQ ID n° 1445 SEQ ID N° 3047 Listeria monocytogenes 4b Contig 176 SEQ ID N° 3048 Listeria monocytogenes 4b Contig 177 SEQ ID N° 3049 Listeria monocytogenes 4b Contigl 78 SEQ ID N° 3050 Listeria monocytogenes 4b Contig 179
Corresponding to the former SEQ ID n° 1326 SEQ ID N° 3051 Listeria monocytogenes 4b Contig 180
Corresponding to the former SEQ ID n° 1590 SEQ ID N° 3052 Listeria monocytogenes 4b Contigl 81 SEQ ID N° 3053 Listeria monocytogenes 4b Contig 182
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 152 SEQ ID N° 3054 Listeria monocytogenes 4b Contigl 83 SEQ ID N° 3055 Listeria monocytogenes 4b Contigl 84 SEQ ID N° 3056 Listeria monocytogenes 4b Contigl 85 SEQ ID N° 3057 Listeria monocytogenes 4b Contigl 86
Corresponding to the former SEQ ID n° 1550 SEQ ID N° 3058 Listeria monocytogenes 4b Contigl 87 SEQ ID N° 3059 Listeria monocytogenes 4b Contigl 88 SEQ ID N° 3060 Listeria monocytogenes 4b Contigl 89 SEQ ID N° 3061 Listeria monocytogenes 4b Contigl 90
SEQ ID N° 3062 Listeria monocytogenes 4b Contigl 91 SEQ ID N0 3063 Listeria monocytogenes 4b Contig 192
SEQ ID N° 3064 Listeria monocytogenes 4b Contigl 93 SEQ ID N° 3065 Listeria monocytogenes 4b Contigl 94
Corresponding to the former SEQ ID n° 1535 SEQ ID N° 3066 Listeria monocytogenes 4b Contigl 95 SEQ ID N° 3067 Listeria monocytogenes 4b Contigl 96
Corresponding to the former SEQ ID n° 1630 SEQ ID N° 3068 Listeria monocytogenes 4b Contigl 97
SEQ ID N° 3069 Listeria monocytogenes 4b Contig 198
SEQ ID N° 3070 Listeria monocytogenes 4b Contigl 99 SEQ ID N° 3071 Listeria monocytogenes 4b Contig200
SEQ ID N° 3072 Listeria monocytogenes 4b Contig201 SEQ ID N° 3073 Listeria monocytogenes 4b Contig202
Corresponding to the former SEQ ID n° 1436 SEQ ID N° 3074 Listeria monocytogenes 4b Contig203 SEQ ID N° 3075 Listeria monocytogenes 4b Contig204
SEQ ID N° 3076 Listeria monocytogenes 4b Contig205
Corresponding to the former SEQ ID n° 1267 SEQ ID N° 3077 Listeria monocytogenes 4b Contig206
Corresponding to the former SEQ ID n° 1461 SEQ ID N° 3078 Listeria monocytogenes 4b Contig207
SEQ ID N° 3079 Listeria monocytogenes 4b Contig208
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 168 SEQ ID N° 3080 Listeria monocytogenes 4b Contig209 SEQ ID N° 3081 Listeria monocytogenes 4b Contig210
SEQ ID N° 3082 Listeria monocytogenes 4b Contig21 1
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 159 SEQ ID N° 3083 Listeria monocytogenes 4b Contig212
SEQ ID N° 3084 Listeria monocytogenes 4b Contig213 SEQ ID N° 3085 Listeria monocytogenes 4b Contig214
SEQ ID N° 3086 Listeria monocytogenes 4b Contig215 SEQ ID N° 3087 Listeria monocytogenes 4b Contig216
SEQ ID N° 3088 Listeria monocytogenes 4b Contig217
SEQ ID N° 3089 Listeria monocytogenes 4b Contig218
Corresponding to the former SEQ ID n° 1206 SEQ ID N° 3090 Listeria monocytogenes 4b Contig219
Corresponding to the former SEQ ID n° 1618 SEQ ID N° 3091 Listeria monocytogenes 4b Contig220
Corresponding to the former SEQ ID n° 1540 SEQ ID N° 3092 Listeria monocytogenes 4b Contig221
Corresponding to the former SEQ ID n° 1568 SEQ ID N° 3093 Listeria monocytogenes 4b Contig222
Corresponding to the former SEQ ID n° 1084 SEQ ID N° 3094 Listeria monocytogenes 4b Contig223 SEQ ID N° 3095 Listeria monocytogenes 4b Contig224
SEQ ID N° 3096 Listeria monocytogenes 4b Contig225
SEQ ID N° 3097 Listeria monocytogenes 4b Contig226
Corresponding to the former SEQ ID n° 1464
SEQ ID N° 3098 Listeria monocytogenes 4b Contig227
SEQ ID N° 3099 Listeria monocytogenes 4b Contig228 SEQ ID N° 3100 Listeria monocytogenes 4b Contig229 SEQ ID N° 3101 Listeria monocytogenes 4b Contig230 oo oo oo oo oo oo oo oo oo oo oo m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m eπ ert efl eπ en en en M W en en en en en en en en en en en en en M w ed en êd en en en en en en en eπ en en en en
OOOO OO O OO O OOOO OOOOOOO OOOOOO OOOOO OO OO OO
Doσo UO u σo oo σσσσ σσσσσσσ OUOOOO σσσσα oσ σσ σσ z ozozozo z ozo z o z ozo z ozo z ozozozo z ozozozozozozo z ozozozozozo z OzOzOzOzO z OzO z OzO z 0z0 > w > > > > u ω w ω u ω w w ω w w w u ω ω w ω u w w ω > w > w > W ω w ω > >
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Φ oo -J OΛ eyi 4- υ to
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— t- CJ C7\ ^ tO Os t -O W
I H- t^i 0 ~0 00 ^- 1— ,— ~-j ,__.
SEQ ID N° 3141 Listeria monocytogenes 4b Contig270
Corresponding to the former SEQ ID n° 1710 SEQ ID N° 3142 Listeria monocytogenes 4b Contig271
SEQ ID N° 3143 Listeria monocytogenes 4b Contig272
Corresponding to the former SEQ ID n° 1450 SEQ ID N° 3144 Listeria monocytogenes 4b Contig273
Corresponding to the former SEQ ID n° 1472 SEQ ID N° 3145 Listeria monocytogenes 4b Contig274
Corresponding to the former SEQ ID n° 1276 SEQ ID N° 3146 Listeria monocytogenes 4b Contig275 SEQ ID N° 3147 Listeria monocytogenes 4b Contig276 SEQ ID N° 3148 Listeria monocytogenes 4b Contig277
Corresponding to the former SEQ ID n° 1524 SEQ ID N° 3149 Listeria monocytogenes 4b Contig278 SEQ ID N° 3150 Listeria monocytogenes 4b Contig279 SEQ ID N° 3151 Listeria monocytogenes 4b Contig280
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 171 SEQ ID N° 3152 Listeria monocytogenes 4b Contig281
Corresponding to the former SEQ ID n° 1528 SEQ ID N° 3153 Listeria monocytogenes 4b Contig282
SEQ ID N° 3154 Listeria monocytogenes 4b Contig283 SEQ ID N° 3155 Listeria monocytogenes 4b Contig284
Corresponding to the former SEQ ID n° 1570 SEQ ID N° 3156 Listeria monocytogenes 4b Contig285 SEQ ID N° 3157 Listeria monocytogenes 4b Contig286 SEQ ID N° 3158 Listeria monocytogenes 4b Contig287
Corresponding to the former SEQ ID n° 1435 SEQ ID N° 3159 Listeria monocytogenes 4b Contig288 SEQ ID N° 3160 Listeria monocytogenes 4b Contig289
Corresponding to the former SEQ ID n° 1659 SEQ ID N° 3161 Listeria monocytogenes 4b Contig290
SEQ ID N° 3162 Listeria monocytogenes 4b Contig291
SEQ ID N° 3163 Listeria monocytogenes 4b Contig292
SEQ ID N° 3164 Listeria monocytogenes 4b Contig293 SEQ ID N° 3165 Listeria monocytogenes 4b Contig294
SEQ ID N° 3166 Listeria monocytogenes 4b Contig295 SEQ ID N° 3167 Listeria monocytogenes 4b Contig296
SEQ ID N° 3168 Listeria monocytogenes 4b Contig297
Corresponding to the former SEQ ID n° 1500 SEQ ID N° 3169 Listeria monocytogenes 4b Contig298 SEQ ID N° 3170 Listeria monocytogenes 4b Contig299
Corresponding to the former SEQ ID n° 1668 SEQ ID N° 3171 Listeria monocytogenes 4b Contig300
SEQ ID N° 3172 Listeria monocytogenes 4b Contig301
Corresponding to the former SEQ ID n° 1091 SEQ ID N° 3173 Listeria monocytogenes 4b Contig302
SEQ ID N° 3174 Listeria monocytogenes 4b Contig303
Corresponding to the former SEQ ID n° 1338 SEQ ID N° 3175 Listeria monocytogenes 4b Contig304
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 109 o
O
H U α.
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O m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m m oo
SEQ ID N° 321 1 Listeria monocytogenes 4b Contig340
Corresponding to the former SEQ ID n° 1262 SEQ ID N° 3212 Listeria monocytogenes 4b Contig341 SEQ ID N° 3213 Listeria monocytogenes 4b Contig342
SEQ ID N° 3214 Listeria monocytogenes 4b Contig343 SEQ ID N° 3215 Listeria monocytogenes 4b Contig344
Corresponding to the former SEQ ID n° 1662 SEQ ID N° 3216 Listeria monocytogenes 4b Contig345
Corresponding to the former SEQ ID n° 1215 SEQ ID N° 3217 Listeria monocytogenes 4b Contig346
Corresponding to the former SEQ ID n° 1350 SEQ ID N° 3218 Listeria monocytogenes 4b Contig347
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 101
SEQ ID 0 3219 Listeria monocytogenes 4b Contig348
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 162 SEQ ID N° 3220 Listeria monocytogenes 4b Contig349
Corresponding to the former SEQ ID n° 1251 SEQ ID N0 3221 Listeria monocytogenes 4b Contig350
Corresponding to the former SEQ ID n° 1696 S ^.E^Q^ ID N ..° 3 _2. 22 Listeria monocytogenes 4b Contig351
SEQ ID N° 3223 Listeria monocytogenes 4b Contig352
SEQ ID N° 3224 Listeria monocytogenes 4b Contig353 SEQ ID N° 3225 Listeria monocytogenes 4b Contig354
SEQ ID N° 3226 Listeria monocytogenes 4b Contig355 SEQ ID N° 3227 Listeria monocytogenes 4b Contig356
Corresponding to the former SEQ ID n° 1248
SEQ ID N° 3228 Listeria monocytogenes 4b Contig357
Corresponding to the former SEQ ID n° 1849 SEQ ID N° 3229 Listeria monocytogenes 4b Contig358
Corresponding to the former SEQ ID n° 1229 SEQ ID N° 3230 Listeria monocytogenes 4b Contig359
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1858
SEQ ID N0 323 Listeria monocytogenes 4b Contig360
Corresponding to the former SEQ ID n° 1270
„ S„EQ^ . I„D N. .° 3232 Listeria monocytogenes 4b Contig361
SEQ ID N° 3233 Listeria monocytogenes 4b Contig362
Corresponding to the former SEQ ID n° 1862 SEQ ID N° 3234 Listeria monocytogenes 4b Contig363
Corresponding to the former SEQ ID n° 1078 SEQ ID N° 3235 Listeria monocytogenes 4b Contig364
Corresponding to the former SEQ ID n° 1090 SEQ ID N° 3236 Listeria monocytogenes 4b Contig365 SEQ ID N° 3237 Listeria monocytogenes 4b Contig366 SEQ ID N° 3238 Listeria monocytogenes 4b Contig367
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 1 15 SEQ ID N° 3239 Listeria monocytogenes 4b Contig368 SEQ ID N° 3240 Listeria monocytogenes 4b Contig369 SEQ ID N° 3241 Listeria monocytogenes 4b Contig370
Corresponding to the former SEQ ID n° 1741 SEQ ID N° 3242 Listeria monocytogenes 4b Contig371 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 m 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en m en en en en
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Figure imgf000133_0001
Figure imgf000133_0002
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Figure imgf000134_0001
ON ro on to on ro ON to on 42. OJ ON N© oo ro NO 00 O o on 42- OJ 00 N© on OJ ro OJ ro on on OJ oo
Corresponding to the former SEQ ID n° 1665 SEQ ID N° 3306 Listeria monocytogenes 4b Contig435
Corresponding to the former SEQ ID n° 1243 Corresponding to the former SEQ ID n° 1431 SEQ ID N° 3307 Listeria monocytogenes 4b Contig436 SEQ ID N° 3308 Listeria monocytogenes 4b Contig437 SEQ ID N° 3309 Listeria monocytogenes 4b Contig438 SEQ ID N° 3310 Listeria monocytogenes 4b Contig439
Corresponding to the former SEQ ID n° 1615 SEQ ID N° 331 1 Listeria monocytogenes 4b Contig440
Corresponding to the former SEQ ID n° 1074 Corresponding to the former SEQ ID n° 1518 SEQ ID N° 3312 Listeria monocytogenes 4b Contig441
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 1 18 SEQ ID N° 3313 Listeria monocytogenes 4b Contig442
Corresponding to the former SEQ ID n° 1692 SEQ ID N° 3314 Listeria monocytogenes 4b Contig443
Corresponding to the former SEQ ID n° 1255 SEQ ID N° 3315 Listeria monocytogenes 4b Contig444 SEQ ID N° 3316 Listeria monocytogenes 4b Contig445
Corresponding to the former SEQ ID n° 1283 SEQ ID N° 3317 Listeria monocytogenes 4b Contig446
Corresponding to the former SEQ ID n° 1387 SEQ ID N° 3318 Listeria monocytogenes 4b Contig447 SEQ ID N° 3319 Listeria monocytogenes 4b Contig448
Corresponding to the former SEQ ID n° 1953 SEQ ID N° 3320 Listeria monocytogenes 4b Contig449 SEQ ID N° 3321 Listeria monocytogenes 4b Contig450
SEQ ID N° 3322 Listeria monocytogenes 4b Contig451
Corresponding to the former SEQ ID n° 1714 SEQ ID N° 3323 Listeria monocytogenes 4b Contig452
SEQ ID N° 3324 Listeria monocytogenes 4b Contig453 SEQ ID N° 3325 Listeria monocytogenes 4b Contig454
SEQ ID N° 3326 Listeria monocytogenes 4b Contig455 SEQ ID N° 3327 Listeria monocytogenes 4b Contig456
SEQ ID N° 3328 Listeria monocytogenes 4b Contig457 SEQ ID N° 3329 Listeria monocytogenes 4b Contig458
Corresponding to the former SEQ ID n° 1208
SEQ ID N° 3330 Listeria monocytogenes 4b Contig459 Corresponding to the former SEQ ID n° 1403 SEQ ID N0 3331 Listeria monocytogenes 4b Contig460 Corresponding to the former SEQ ID n° 1443 Corresponding to the former SEQ ID n° 1558 SEQ ID N° 3332 Listeria monocytogenes 4b Contig461
Corresponding to the former SEQ ID n° 1323
SEQ ID N0 3333 Listeria monocytogenes 4b Contig462 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 184 - S.^EQ^ I .D^ N . ,° - 3,.3,-3,4. Listeria monocytogenes 4b Contig463
SEQ ID N° 3335 Listeria monocytogenes 4b Contig464 SEQ ID N° 3336 Listeria monocytogenes 4b Contig465 Corresponding to the former SEQ ID n° 1274 SEQ ID N° 3337 Listeria monocytogenes 4b Contig466
Corresponding to the former SEQ ID n° 1815 SEQ ID N° 3338 Listeria monocytogenes 4b Contig467
Corresponding to the former SEQ ID n° 1607 SEQ ID N° 3339 Listeria monocytogenes 4b Contig468
Corresponding to the former SEQ ID n° 1573 SEQ ID N° 3340 Listeria monocytogenes 4b Contig469 SEQ ID N° 3341 Listeria monocytogenes 4b Contig470
Corresponding to the former SEQ ID n° 1737 SEQ ID N° 3342 Listeria monocytogenes 4b Contig471
Corresponding to the former SEQ ID n° 1404 SEQ ID N° 3343 Listeria monocytogenes 4b Contig472
Corresponding to the former SEQ ID n° 1344 SEQ ID N° 3344 Listeria monocytogenes 4b Contig473
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 197
Corresponding to the former SEQ ID n° 1490 SEQ ID N° 3345 Listeria monocytogenes 4b Contig474
SEQ ID N° 3346 Listeria monocytogenes 4b Contig475
Corresponding to the former SEQ ID n° 1346 SEQ ID N° 3347 Listeria monocytogenes 4b Contig476
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 1 12 SEQ ID N° 3348 Listeria monocytogenes 4b Contig477 SEQ ID N° 3349 Listeria monocytogenes 4b Contig478 SEQ ID N° 3350 Listeria monocytogenes 4b Contig479 SEQ ID N° 3351 Listeria monocytogenes 4b Contig480
SEQ ID N° 3352 Listeria monocytogenes 4b Contig481
Corresponding to the former SEQ ID n° 1213 SEQ ID N° 3353 Listeria monocytogenes 4b Contig482
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 124 SEQ ID N° 3354 Listeria monocytogenes 4b Contig483
Corresponding to the former SEQ ID n° 1250 SEQ ID N° 3355 Listeria monocytogenes 4b Contig484 SEQ ID N° 3356 Listeria monocytogenes 4b Contig485
Corresponding to the former SEQ ID n° 1362 SEQ ÏD N° 3357 Listeria monocytogenes 4b Contig486
Corresponding to the former SEQ ID n° 1408 SEQ ID N° 3358 Listeria monocytogenes 4b Contig487
SEQ ID N° 3359 Listeria monocytogenes 4b Contig488
Corresponding to the former SEQ ID n° 1331 SEQ ID N° 3360 Listeria monocytogenes 4b Contig489 SEQ ID N° 3361 Listeria monocytogenes 4b Contig490
Corresponding to the former SEQ ID n° 1596 SEQ ID N° 3362 Listeria monocytogenes 4b Contig491
Corresponding to the former SEQ ID n° 1537 SEQ ID N° 3363 Listeria monocytogenes 4b Contig492
SEQ ID N° 3364 Listeria monocytogenes 4b Contig493
Corresponding to the former SEQ ID n° 1503 SEQ ID N° 3365 Listeria monocytogenes 4b Contig494
Corresponding to the former SEQ ID n° 1915 SEQ ID N° 3366 Listeria monocytogenes 4b Contig495 SEQ ID N° 3367 Listeria monocytogenes 4b Contig496 SEQ ID N° 3368 Listeria monocytogenes 4b Contig497 SEQ ID N° 3369 Listeria monocytogenes 4b Contig498 Corresponding to the former SEQ ID n° 476
SEQ ID N° 3370 Listeria monocytogenes 4b Contig499 Corresponding to the former SEQ ID n° 871
SEQ ID N0 3371 Listeria monocytogenes 4b Contig500 Corresponding to the former SEQ ID n° 071 Corresponding to the former SEQ ID n° 526
SEQ ID N° 3372 Listeria monocytogenes 4b Contig501 Corresponding to the former SEQ ID n° 324
SEQ ID N° 3373 Listeria monocytogenes 4b Contig502 Corresponding to the former SEQ ID n° 709
SEQ ID N° 3374 Listeria monocytogenes 4b Contig503 SEQ ID N° 3375 Listeria monocytogenes 4b Contig504 Corresponding to the former SEQ ID n° 172
SEQ ID N° 3376 Listeria monocytogenes 4b Contig505 SEQ ID N° 3377 Listeria monocytogenes 4b Contig506 Corresponding to the former SEQ ID n° 077
SEQ ID N° 3378 Listeria monocytogenes 4b Contig507 Corresponding to the former SEQ ID n° 329
SEQ ID N° 3379 Listeria monocytogenes 4b Contig508 Corresponding to the former SEQ ID n° 416
SEQ ID N0 3380 Listeria monocytogenes 4b Contig509 Corresponding to the former SEQ ID n° 763
SEQ ID N0 3381 Listeria monocytogenes 4b Contig510 Corresponding to the former SEQ ID n° 916
SEQ ID N° 3382 Listeria monocytogenes 4b Contig51 1 Corresponding to the former SEQ ID n° 285
SEQ ID N0 3383 Listeria monocytogenes 4b Contig512 Corresponding to the former SEQ ID n° 298
SEQ ID N° 3384 Listeria monocytogenes 4b Contig513 SEQ ID N° 3385 Listeria monocytogenes 4b Contig514 Corresponding to the former SEQ ID n° 237
SEQ ID N° 3386 Listeria monocytogenes 4b Contig515 SEQ ID N° 3387 Listeria monocytogenes 4b Contig516 SEQ ID N° 3388 Listeria monocytogenes 4b Contig517 Corresponding to the former SEQ ID n° 658
SEQ ID 0 3389 Listeria monocytogenes 4b Contig518 SEQ ID N° 3390 Listeria monocytogenes 4b Contig519 Corresponding to the former SEQ ID n° 454
SEQ ID N0 3391 Listeria monocytogenes 4b Contig520 Corresponding to the former SEQ ID n° 351
SEQ ID N° 3392 Listeria monocytogenes 4b Contig521 Corresponding to the former SEQ ID n° 148
SEQ ID N° 3393 Listeria monocytogenes 4b Contig522 Corresponding to the former SEQ ID n° 456
SEQ ID N° 3394 Listeria monocytogenes 4b Contig523 Corresponding to the former SEQ ID n° 899 SEQ ID N° 3395 Listeria monocytogenes 4b Contig524 Corresponding to the former SEQ ID n° 847
SEQ ID N° 3396 Listeria monocytogenes 4b Contig525 Corresponding to the former SEQ ID n° 639
SEQ ID N° 3397 Listeria monocytogenes 4b Contig526 Corresponding to the former SEQ ID n° 663
SEQ ID N0 3398 Listeria monocytogenes 4b Contig527 Corresponding to the former SEQ ID n° 093
SEQ ID N0 3399 Listeria monocytogenes 4b Contig528 Corresponding to the former SEQ ID n° 193
SEQ ID N° 3400 Listeria monocytogenes 4b Contig529 Corresponding to the former SEQ ID n° 280
SEQ ID N0 3401 Listeria monocytogenes 4b Contig530 Corresponding to the former SEQ ID n° 143
SEQ ID N° 3402 Listeria monocytogenes 4b Contig531 Corresponding to the former SEQ ID n° 499
SEQ ID N° 3403 Listeria monocytogenes 4b Contig532 Corresponding to the former SEQ ID n° 627
SEQ ID N° 3404 Listeria monocytogenes 4b Contig533 SEQ ID N° 3405 Listeria monocytogenes 4b Contig534 SEQ ID N° 3406 Listeria monocytogenes 4b Contig535 Corresponding to the former SEQ ID n° 133
SEQ ID N° 3407 Listeria monocytogenes 4b Contig536 Corresponding to the former SEQ ID n° 163
SEQ ID N° 3408 Listeria monocytogenes 4b Contig537 Corresponding to the former SEQ ID n° 135
SEQ ID N° 3409 Listeria monocytogenes 4b Contig538 SEQ ID N0 3410 Listeria monocytogenes 4b Contig539 Corresponding to the former SEQ ID n° 838
SEQ ID N0 341 1 Listeria monocytogenes 4b Contig540 Corresponding to the former SEQ ID n° 217
SEQ ID N0 3412 Listeria monocytogenes 4b Contig541 Corresponding to the former SEQ ID n° 297
SEQ ID N0 3413 Listeria monocytogenes 4b Contig542 SEQ ID N0 3414 Listeria monocytogenes 4b Contig543 Corresponding to the former SEQ ID n° 765
SEQ ID N0 3415 Listeria monocytogenes 4b Contig544 Corresponding to the former SEQ ID n° 228
SEQ ID N0 3416 Listeria monocytogenes 4b Contig545 Corresponding to the former SEQ ID n° 638
SEQ ID N0 3417 Listeria monocytogenes 4b Contig546 Corresponding to the former SEQ ID n° 965
SEQ ID N0 3418 Listeria monocytogenes 4b Contig547 Corresponding to the former SEQ ID n° 211
SEQ ID N0 3419 Listeria monocytogenes 4b Contig548 Corresponding to the former SEQ ID n° 327
SEQ ID N° 3420 Listeria monocytogenes 4b Contig549 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 502
SEQ ID N0 3421 Listeria monocytogenes 4b Contig550 Corresponding to the former SEQ ID n° 252 SEQ ID N° 3422 Listeria monocytogenes 4b Contig551
Corresponding to the former SEQ ID n° 1721
SEQ ID N° 3423 Listeria monocytogenes 4b Contig552 Corresponding to the former SEQ ID n° 1349 Corresponding to the former SEQ ID n° 1728
SEQ ID N° 3424 Listeria monocytogenes 4b Contig553
Corresponding to the former SEQ ID n° 1691
SEQ ID N° 3425 Listeria monocytogenes 4b Contig554
Corresponding to the former SEQ ID n° 1227 Corresponding to the former SEQ ID n° 1399
SEQ ID N° 3426 Listeria monocytogenes 4b Contig555
Corresponding to the former SEQ ID n° 1555
SEQ ID N° 3427 Listeria monocytogenes 4b Contig556
SEQ ID N° 3428 Listeria monocytogenes 4b Contig557
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 1 14 Corresponding to the former SEQ ID n° 1366
SEQ ID N° 3429 Listeria monocytogenes 4b Contig558
SEQ ID N° 3430 Listeria monocytogenes 4b Contig559
Corresponding to the former SEQ ÏD n° 1805
SEQ ID N° 343 Listeria monocytogenes 4b Contig560
Corresponding to the former SEQ ID n° 1852 SEQ ^ ID N . .° 3 „432 Listeria monocytogenes 4b Contig561
SEQ ID N° 3433 Listeria monocytogenes 4b Contig562
Corresponding to the former SEQ ID n° 1923 SEQ ID N° 3434 Listeria monocytogenes 4b Contig563
Corresponding to the former SEQ ID n° 1395
SEQ ID N° 3435 Listeria monocytogenes 4b Contig564
Corresponding to the former SEQ ID n° 1561
SEQ ID N° 3436 Listeria monocytogenes 4b Contig565
SEQ ID N° 3437 Listeria monocytogenes 4b Contig566
Corresponding to the former SEQ ID n° 1643
SEQ ID N° 3438 Listeria monocytogenes 4b Contig567 Corresponding to the former SEQ ID n° 1820 SEQ ID N° 3439 Listeria monocytogenes 4b Contig568 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 177 S „E^Q^ ID N ..° 3 -.4.4.0„ Listeria monocytogenes 4b Contig569
SEQ ID N° 3441 Listeria monocytogenes 4b Contig570
Corresponding to the former SEQ ID n° 1501
SEQ ID N° 3442 Listeria monocytogenes 4b Contig571
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 195
SEQ ID N° 3443 Listeria monocytogenes 4b Contig572
Corresponding to the former SEQ ID n° 1556
SEQ ID N° 3444 Listeria monocytogenes 4b Contig573
SEQ ID N° 3445 Listeria monocytogenes 4b Contig574
Corresponding to the former SEQ ID n° 1888
SEQ ID N° 3446 Listeria monocytogenes 4b Contig575
Corresponding to the former SEQ ID n° 1730
SEQ ID N° 3447 Listeria monocytogenes 4b Contig576
Corresponding to the former SEQ ID n° 1629
SEQ ID N° 3448 Listeria monocytogenes 4b Contig577 Corresponding to the former SEQ ID n° 1688 SEQ ID N° 3449 Listeria monocytogenes 4b Contig578
Corresponding to the former SEQ ID n° 1549 SEQ ID N° 3450 Listeria monocytogenes 4b Contig579
Corresponding to the former SEQ ID n° 1673 SEQ ID N° 3451 Listeria monocytogenes 4b Contig580
Corresponding to the fornier SEQ ID n° 1273 SEQ ID N° 3452 Listeria monocytogenes 4b Contig581
Corresponding to the former SEQ ID n° 1415 SEQ ID N° 3453 Listeria monocytogenes 4b Contig582
SEQ ID N° 3454 Listeria monocytogenes 4b Contig583
Corresponding to the former SEQ ID n° 1281 SEQ ID N° 3455 Listeria monocytogenes 4b Contig584
Corresponding to the former SEQ ID n° 1572 SEQ ID N° 3456 Listeria monocytogenes 4b Contig585 SEQ ID N° 3457 Listeria monocytogenes 4b Contig586
Corresponding to the former SEQ ID n° 1949 SEQ ID N° 3458 Listeria monocytogenes 4b Contig587
Corresponding to the former SEQ ID n° 1625 SEQ ID N° 3459 Listeria monocytogenes 4b Contig588 SEQ ID N° 3460 Listeria monocytogenes 4b Contig589
Corresponding to the former SEQ ID n° 1622 SEQ ID N° 3461 Listeria monocytogenes 4b Contig590
Corresponding to the former SEQ ID n° 1086 SEQ ID N° 3462 Listeria monocytogenes 4b Contig591
Corresponding to the former SEQ ID n° 1781 SEQ ID N° 3463 Listeria monocytogenes 4b Contig592
Corresponding to the former SEQ ID n° 1304 SEQ ID N° 3464 Listeria monocytogenes 4b Contig593
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1489 SEQ ID N° 3465 Listeria monocytogenes 4b Contig594
Corresponding to the former SEQ ID n° 1770 SEQ ID N° 3466 Listeria monocytogenes 4b Contig595
Corresponding to the former SEQ ID n° 1377
Corresponding to the former SEQ ID n° 1689 SEQ ID N° 3467 Listeria monocytogenes 4b Contig596
Corresponding to the former SEQ ID n° 1225
Corresponding to the former SEQ ID n° 1759 SEQ ID N° 3468 Listeria monocytogenes 4b Contig597
SEQ ID N° 3469 Listeria monocytogenes 4b Contig598 SEQ ID N° 3470 Listeria monocytogenes 4b Contig599
Corresponding to the former SEQ ID n° 1477 SEQ ID N° 3471 Listeria monocytogenes 4b ContigόOO
Corresponding to the former SEQ ID n° 1903 SEQ ID N° 3472 Listeria monocytogenes 4b Contig601
Corresponding to the former SEQ ID n° 1961 SEQ ID N° 3473 Listeria monocytogenes 4b Contig602
Corresponding to the former SEQ ID n° 1754 SEQ ID N° 3474 Listeria monocytogenes 4b Contig603
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 188 SEQ ID N° 3475 Listeria monocytogenes 4b Contig604 SEQ ID N° 3476 Listeria monocytogenes 4b Contig605
Corresponding to the former SEQ ID n° 1913 SEQ ID N° 3477 Listeria monocytogenes 4b Contig606 SEQ ID N° 3478 Listeria monocytogenes 4b Contig607 SEQ ID N° 3479 Listeria monocytogenes 4b Contig608
Corresponding to the former SEQ ID n° 1439
Corresponding to the former SEQ ID n° 1545 SEQ ID N° 3480 Listeria monocytogenes 4b Contig609
Corresponding to the former SEQ ID n° 1794 SEQ ID N° 3481 Listeria monocytogenes 4b Contigό 10
Corresponding to the former SEQ ID n° 1798 SEQ ID N° 3482 Listeria monocytogenes 4b Contigό 1 1
Corresponding to the former SEQ ID n° 1200 SEQ ID N° 3483 Listeria monocytogenes 4b Contigό 12
Corresponding to the former SEQ ID n° 1808 SEQ ID N° 3484 Listeria monocytogenes 4b Contigό 13
Corresponding to the former SEQ ID n° 1894 SEQ ID N° 3485 Listeria monocytogenes 4b Contigό 14
Corresponding to the former SEQ ID n° 1812 SEQ ID N° 3486 Listeria monocytogenes 4b Contigό 15
Corresponding to the former SEQ ID n° 1205 SEQ ID N° 3487 Listeria monocytogenes 4b Contigό 16 SEQ ID N° 3488 Listeria monocytogenes 4b Contigό 17 SEQ ID N° 3489 Listeria monocytogenes 4b Contigό 18
Corresponding to the former SEQ ID n° 1352 SEQ ID N° 3490 Listeria monocytogenes 4b Contigό 19
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 142
Corresponding to the former SEQ ID n° 1601 SEQ ID N° 3491 Listeria monocytogenes 4b Contig620
Corresponding to the former SEQ ID n° 1575 SEQ ID N° 3492 Listeria monocytogenes 4b Contig621
Corresponding to the former SEQ ID n° 1670 SEQ ID N° 3493 Listeria monocytogenes 4b Contig622
Corresponding to the former SEQ ID n° 1890 SEQ ID N° 3494 Listeria monocytogenes 4b Contig623
Corresponding to the former SEQ ID n° 1333 SEQ ID N° 3495 Listeria monocytogenes 4b Contig624
Corresponding to the former SEQ ID n° 1789 SEQ ID N° 3496 Listeria monocytogenes 4b Contig625
Corresponding to the former SEQ ID n° 1508 SEQ ID N° 3497 Listeria monocytogenes 4b Contig626 SEQ ID N° 3498 Listeria monocytogenes 4b Contig627
Corresponding to the former SEQ ID n° 1775 SEQ ID N° 3499 Listeria monocytogenes 4b Contig628
Corresponding to the former SEQ ID n° 1391 SEQ ID N° 3500 Listeria monocytogenes 4b Contig629
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1657 SEQ ID N° 3501 Listeria monocytogenes 4b Contig630
Corresponding to the former SEQ ID n° 1851 SEQ ID N° 3502 Listeria monocytogenes 4b Contig631
SEQ ID N° 3503 Listeria monocytogenes 4b Contig632
Corresponding to the former SEQ ID n° 171 1
SEQ ID N° 3504 Listeria monocytogenes 4b Contig633
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 169
SEQ ID N° 3505 Listeria monocytogenes 4b Contig634
Corresponding to the former SEQ ID n° 1660
SEQ ID N° 3506 Listeria monocytogenes 4b Contig635
SEQ ID N° 3507 Listeria monocytogenes 4b Contig636
SEQ ID N° 3508 Listeria monocytogenes 4b Contig637
Corresponding to the former SEQ ID n° 1767
SEQ ID N° 3509 Listeria monocytogenes 4b Contig638
SEQ ID N° 3510 Listeria monocytogenes 4b Contig639
SEQ ID N° 351 1 Listeria monocytogenes 4b Contig640
Corresponding to the former SEQ ID n° 1992
SEQ ID N° 3512 Listeria monocytogenes 4b Contig641
Corresponding to the fornier SEQ ID n° 1413 Corresponding to the former SEQ ID n° 1515
SEQ ID N° 3513 Listeria monocytogenes 4b Contig642
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 140 Corresponding to the former SEQ ID n° 1373
SEQ ID N° 3514 Listeria monocytogenes 4b Contig643
Corresponding to the former SEQ ID n° 1498
SEQ ID N° 3515 Listeria monocytogenes 4b Contig644
SEQ ID N° 3516 Listeria monocytogenes 4b Contig645
SEQ ID N° 3517 Listeria monocytogenes 4b Contig646
Corresponding to the former SEQ ID n° 1496
SEQ ID N0 3518 Listeria monocytogenes 4b Contig647 Corresponding to the former SEQ ID n° 1934 SEQ ID N0 3519 Listeria monocytogenes 4b Contig648 Corresponding to the former SEQ ID n° 1650
SEQ ID N° 3520 Listeria monocytogenes 4b Contig649
Corresponding to the former SEQ ID n° 1233 Corresponding to the former SEQ ID n° 1671
SEQ ID N0 3521 Listeria monocytogenes 4b Contig650 Corresponding to the former SEQ ID n° 1950 SEQ ID N° 3522 Listeria monocytogenes 4b Contig651 Corresponding to the fornier SEQ ID n° 1889 SEQ ID N° 3523 Listeria monocytogenes 4b Contig652 Corresponding to the former SEQ ID n° 1922 SEQ ID N° 3524 Listeria monocytogenes 4b Contig653 Corresponding to the former SEQ ID n° 1313 Corresponding to the former SEQ ID n° 1453
SEQ ID N° 3525 Listeria monocytogenes 4b Contig654 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 185 SEQ ID N° 3526 Listeria monocytogenes 4b Contig655 Corresponding to the former SEQ ID n° 1562 SE^Q^ I .D^ N , .° _ 3,-5,,2_.7 , Listeria monocytogenes 4b Contig656
SEQ ID N° 3528 Listeria monocytogenes 4b Contig657
SEQ ID N° 3529 Listeria monocytogenes 4b Contig658 SEQ ID N° 3530 Listeria monocytogenes 4b Contig659 Corresponding to the former SEQ ID n° 348 SEQ ID N0 3531 Listeria monocytogenes 4b ContigόόO Corresponding to the former SEQ ID n° 293 SEQ ID N° 3532 Listeria monocytogenes 4b Contigόόl Corresponding to the former SEQ ID n° 165 Corresponding to the former SEQ ID n° 762
SEQ ID N0 3533 Listeria monocytogenes 4b Contig662 Corresponding to the former SEQ ID n° 640
SEQ ID N° 3534 Listeria monocytogenes 4b Contig663 SEQ ID N0 3535 Listeria monocytogenes 4b Contig664 SEQ ID N0 3536 Listeria monocytogenes 4b Contig665 Corresponding to the former SEQ ID n° 764
SEQ ID N° 3537 Listeria monocytogenes 4b Contigόόό Corresponding to the former SEQ ID n° 543
SEQ ID N0 3538 Listeria monocytogenes 4b Contig667 Corresponding to the former SEQ ID n° 844
SEQ ID N0 3539 Listeria monocytogenes 4b Contig668 Corresponding to the former SEQ ID n° 560
SEQ ID N0 3540 Listeria monocytogenes 4b Contig669 Corresponding to the former SEQ ID n° 744
SEQ ID N0 3541 Listeria monocytogenes 4b Contig670 Corresponding to the former SEQ ID n° 796
SEQ ID N° 3542 Listeria monocytogenes 4b Contig671 Corresponding to the former SEQ ID n° 776
SEQ ID N° 3543 Listeria monocytogenes 4b Contig672 Corresponding to the former SEQ ID n° 897
SEQ ID N° 3544 Listeria monocytogenes 4b Contig673 Corresponding to the former SEQ ID n° 704
SEQ ID N° 3545 Listeria monocytogenes 4b Contig674 Corresponding to the former SEQ ID n° 713
SEQ ID N° 3546 Listeria monocytogenes 4b Contig675 Corresponding to the former SEQ ID n° 295 Corresponding to the former SEQ ID n° 353
SEQ ID N° 3547 Listeria monocytogenes 4b Contig676 Corresponding to the former SEQ ID n° 1303
SEQ ID N° 3548 Listeria monocytogenes 4b Contig677 SEQ ID N° 3549 Listeria monocytogenes 4b Contig678 SEQ ID N° 3550 Listeria monocytogenes 4b Contig679 SEQ ID N0 3551 Listeria monocytogenes 4b Contig680 SEQ ID N0 3552 Listeria monocytogenes 4b Contig681 Corresponding to the former SEQ ID n° 1212 Corresponding to the former SEQ ID n° 1521
SEQ ID N0 3553 Listeria monocytogenes 4b Contig682 SEQ ID N° 3554 Listeria monocytogenes 4b Contig683 Corresponding to the former SEQ ID n° 1694
SEQ ID N° 3555 Listeria monocytogenes 4b Contig684 Corresponding to the former SEQ ID n° 1939
SEQ ID N° 3556 Listeria monocytogenes 4b Contig685 Corresponding to the former SEQ ID n° 1717 SEQ ID N0 3557 Listeria monocytogenes 4b Contig686 Corresponding to the former SEQ ID n° 626 SEQ ID N0 3558 Listeria monocytogenes 4b Contig687 Corresponding to the former SEQ ID n° 585 SEQ ID N° 3559 Listeria monocytogenes 4b Contig688 Corresponding to the former SEQ ID n° 491 SEQ ID N° 3560 Listeria monocytogenes 4b Contig689 Corresponding to the former SEQ ID n° 314 Corresponding to the former SEQ ID n° 481
SEQ ID N0 3561 Listeria monocytogenes 4b Contig690 Corresponding to the former SEQ ID n° 155 SEQ ID N° 3562 Listeria monocytogenes 4b Contig691 Corresponding to the former SEQ ID n° 149 Corresponding to the former SEQ ID n° 747
SEQ ID N° 3563 Listeria monocytogenes 4b Contig692 Corresponding to the former SEQ ID n° 364 SEQ ID N° 3564 Listeria monocytogenes 4b Contig693 Corresponding to the former SEQ ID n° 594 SEQ ID N° 3565 Listeria monocytogenes 4b Contig694 Corresponding to the former SEQ ID n° 398 Corresponding to the former SEQ ID n° 771
SEQ ID N° 3566 Listeria monocytogenes 4b Contig695 Corresponding to the former SEQ ID n° 178 Corresponding to the former SEQ ID n° 684
SEQ ID N° 3567 Listeria monocytogenes 4b Contig696 Corresponding to the former SEQ ID n° 433 Corresponding to the former SEQ ID n° 756
SEQ ID N° 3568 Listeria monocytogenes 4b Contig697 Corresponding to the former SEQ ID n° 774
SEQ ID N° 3569 Listeria monocytogenes 4b Contig698 SEQ ID N° 3570 Listeria monocytogenes 4b Contig699 Corresponding to the former SEQ ID n° 300
SEQ ID N0 3571 Listeria monocytogenes 4b Contig700 SEQ ID N° 3572 Listeria monocytogenes 4b Contig701 Corresponding to the former SEQ ID n° 547
SEQ ID N0 3573 Listeria monocytogenes 4b Contig702 Corresponding to the former SEQ ID n° 788
SEQ ID N° 3574 Listeria monocytogenes 4b Contig703 SEQ ID N0 3575 Listeria monocytogenes 4b Contig704 Corresponding to the former SEQ ID n° 872
SEQ ID N0 3576 Listeria monocytogenes 4b Contig705 Corresponding to the former SEQ ID n° 861
SEQ ID N° 3577 Listeria monocytogenes 4b Contig706 Corresponding to the former SEQ ID n° 932
SEQ ID N0 3578 Listeria monocytogenes 4b Contig707 Corresponding to the former SEQ ID n° 553
SEQ ID N0 3579 Listeria monocytogenes 4b Contig708 Corresponding to the former SEQ ID n° 473
SEQ ID N0 3580 Listeria monocytogenes 4b Contig709 Corresponding to the former SEQ ID n° 328 Corresponding to the former SEQ ID n° 745
SEQ ID N0 3581 Listeria monocytogenes 4b Contig710 Corresponding to the former SEQ ID n° 557 SEQ ID N° 3582 Listeria monocytogenes 4b Contig71 1 Corresponding to the former SEQ ID n° 773 SEQ ID N° 3583 Listeria monocytogenes 4b Contig712 Corresponding to the former SEQ ID n° 444 SEQ ID N° 3584 Listeria monocytogenes 4b Contig713 Corresponding to the former SEQ ID n° 826 SEQ ID N0 3585 Listeria monocytogenes 4b Contig714 Corresponding to the former SEQ ID n° 356 Corresponding to the former SEQ ID n° 612
SEQ ID N° 3586 Listeria monocytogenes 4b Contig715 Corresponding to the former SEQ ID n° 952 SEQ ID N0 3587 Listeria monocytogenes 4b Contig716 Corresponding to the former SEQ ID n° 874 SEQ ID N° 3588 Listeria monocytogenes 4b Contig717 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 095 Corresponding to the former SEQ ID n° 173
SEQ ID N0 3589 Listeria monocytogenes 4b Contig718 Corresponding to the former SEQ ID n° 800 SEQ ID N° 3590 Listeria monocytogenes 4b Contig719 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 320 Corresponding to the former SEQ ID n° 832
SEQ ID N0 3591 Listeria monocytogenes 4b Contig720 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 160 Corresponding to the former SEQ ID n° 641
SEQ ID N° 3592 Listeria monocytogenes 4b Contig721 SEQ ID N° 3593 Listeria monocytogenes 4b Contig722 Corresponding to the former SEQ ID n° 144 Corresponding to the former SEQ ID n° 216
SEQ ID N° 3594 Listeria monocytogenes 4b Contig723 SEQ ID N° 3595 Listeria monocytogenes 4b Contig724 Corresponding to the former SEQ ID n 2026
SEQ ID N° 3596 Listeria monocytogenes 4b Contig725 Corresponding to the former SEQ ID n° 1226 Corresponding to the former SEQ ID n° 1588
SEQ ID N0 3597 Listeria monocytogenes 4b Contig726 Corresponding to the former SEQ ID n° 1804 SEQ ID N° 3598 Listeria monocytogenes 4b Contig727 Corresponding to the former SEQ ID n 1393 SEQ ID N° 3599 Listeria monocytogenes 4b Contig728 Corresponding to the fornier SEQ ID n 223 SEQ ID N° 3600 Listeria monocytogenes 4b Contig729 Corresponding to the former SEQ ID n° 1973 SEQ ID N0 3601 Listeria monocytogenes 4b Contig730 Corresponding to the former SEQ ID n° 1743 SEQ ID N° 3602 Listeria monocytogenes 4b Contig731 Corresponding to the former SEQ ID n° 1860 SEQ ID N° 3603 Listeria monocytogenes 4b Contig732 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1203
SEQ ID N° 3604 Listeria monocytogenes 4b Contig733 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1690 Corresponding to the former SEQ ID n° 1701
SEQ ID N° 3605 Listeria monocytogenes 4b Contig734 Corresponding to the former SEQ ID n° 1525
SEQ ID N° 3606 Listeria monocytogenes 4b Contig735 Corresponding to the former SEQ ID n° 1272
SEQ ID N° 3607 Listeria monocytogenes 4b Contig736 SEQ ID N° 3608 Listeria monocytogenes 4b Contig737 Corresponding to the former SEQ ID n° 1986
SEQ ID N° 3609 Listeria monocytogenes 4b Contig738 Corresponding to the former SEQ ID n° 1799
SEQ ID N0 3610 Listeria monocytogenes 4b Contig739 SEQ ID N0 361 1 Listeria monocytogenes 4b Contig740 Corresponding to the former SEQ ID n° 1070 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1783
SEQ ID N0 3612 Listeria monocytogenes 4b Contig741 SEQ ID N0 3613 Listeria monocytogenes 4b Contig742 SEQ ID N0 3614 Listeria monocytogenes 4b Contig743 Corresponding to the former SEQ ID n° 1437
SEQ ID N0 3615 Listeria monocytogenes 4b Contig744 Corresponding to the former SEQ ID n° 1094 Corresponding to the former SEQ ID n° 1523
SEQ ID N0 3616 Listeria monocytogenes 4b Contig745 Corresponding to the former SEQ ID n° 1929 SEQ ID N0 3617 Listeria monocytogenes 4b Contig746 Corresponding to the former SEQ ID n° 1383 Corresponding to the former SEQ ID n° 1486
SEQ ID N0 3618 Listeria monocytogenes 4b Contig747 SEQ ID N0 3619 Listeria monocytogenes 4b Contig748 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1957
SEQ ID N° 3620 Listeria monocytogenes 4b Contig749 SEQ ID N0 3621 Listeria monocytogenes 4b Contig750 Corresponding to the former SEQ ID n° 1859 Corresponding to the former SEQ ID n° 1963
SEQ ID N° 3622 Listeria monocytogenes 4b Contig751 SEQ ID N° 3623 Listeria monocytogenes 4b Contig752 SEQ ID N° 3624 Listeria monocytogenes 4b Contig753 Corresponding to the former SEQ ID n° 1971
SEQ ID N° 3625 Listeria monocytogenes 4b Contig754 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 189 Corresponding to the former SEQ ID n° 1289 Corresponding to the former SEQ ID n° 1619
SEQ ID N° 3626 Listeria monocytogenes 4b Contig755 SEQ ID N° 3627 Listeria monocytogenes 4b Contig756 Corresponding to the former SEQ ID n° 1883
SEQ ID N° 3628 Listeria monocytogenes 4b Contig757 Corresponding to the former SEQ ID n° 1316 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1460 SEQ ID N° 3629 Listeria monocytogenes 4b Contig758 SEQ ID N0 3630 Listeria monocytogenes 4b Contig759 Corresponding to the former SEQ ID n° 1389
SEQ ID N0 3631 Listeria monocytogenes 4b Contig760 SEQ ID N° 3632 Listeria monocytogenes 4b Contig761 Corresponding to the former SEQ ID n° 1397
SEQ ID N° 3633 Listeria monocytogenes 4b Contig762 Corresponding to the former SEQ ID n° 1261 Corresponding to the former SEQ ID n° 1531
SEQ ID N° 3634 Listeria monocytogenes 4b Contig763 Corresponding to the former SEQ ID n° 1563 SEQ ID N° 3635 Listeria monocytogenes 4b Contig764 Corresponding to the former SEQ ID n° 1945 SEQ ID N0 3636 Listeria monocytogenes 4b Contig765 Corresponding to the former SEQ ID n° 1306 SEQ ID N° 3637 Listeria monocytogenes 4b Contig766 Corresponding to the former SEQ ID n° 1253 SEQ ID N° 3638 Listeria monocytogenes 4b Contig767 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 1 16 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 154
SEQ ID N° 3639 Listeria monocytogenes 4b Contig768 Corresponding to the former SEQ ID n° 1807 SEQ ID N° 3640 Listeria monocytogenes 4b Contig769 Corresponding to the former SEQ ID n° 1580 SEQ ID N0 3641 Listeria monocytogenes 4b Contig770 Corresponding to the former SEQ ID n° 1234 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1951
SEQ ID N° 3642 Listeria monocytogenes 4b Contig771 Corresponding to the former SEQ ID n° 1933 SEQ ID N° 3643 Listeria monocytogenes 4b Contig772 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 186 Corresponding to the former SEQ ID n° 1462
SEQ ID N° 3644 Listeria monocytogenes 4b Contig773 Corresponding to the former SEQ ID n° 1073 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 167 Corresponding to the former SEQ ID n° 1322
SEQ ID N° 3645 Listeria monocytogenes 4b Contig774 Corresponding to the former SEQ ID n° 1686 SEQ ID N° 3646 Listeria monocytogenes 4b Contig775 Corresponding to the former SEQ ID n° 2005 SEQ ID N° 3647 Listeria monocytogenes 4b Contig776 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1385 Corresponding to the former SEQ ID n° 1685
SEQ ID N° 3648 Listeria monocytogenes 4b Contig777 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1277 Corresponding to the former SEQ ID n° 1785
SEQ ID N° 3649 Listeria monocytogenes 4b Contig778 SEQ ID N0 3650 Listeria monocytogenes 4b Contig779 Corresponding to the former SEQ ID n° 1946
SEQ ID N0 3651 Listeria monocytogenes 4b Contig780 Corresponding to the former SEQ ID n° 388 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 732
SEQ ID N° 3652 Listeria monocytogenes 4b Contig781 Corresponding to the former SEQ ID n° 652 Corresponding to the former SEQ ID n° 697
SEQ ID N° 3653 Listeria monocytogenes 4b Contig782 Corresponding to the former SEQ ID n° 244 Corresponding to the former SEQ ID n° 286
SEQ ID N° 3654 Listeria monocytogenes 4b Contig783 Corresponding to the former SEQ ID n° 275 Corresponding to the former SEQ ID n° 421
SEQ ID N° 3655 Listeria monocytogenes 4b Contig784 Corresponding to the former SEQ ID n° 240 SEQ ID N° 3656 Listeria monocytogenes 4b Contig785 Corresponding to the former SEQ ID n° 129 Corresponding to the former SEQ ID n° 384 Corresponding to the former SEQ ID n° 469
SEQ ID N° 3657 Listeria monocytogenes 4b Contig786 Corresponding to the former SEQ ID n° 610 Corresponding to the former SEQ ID n° 857
SEQ ID N° 3658 Listeria monocytogenes 4b Contig787 Corresponding to the former SEQ ID n° 484 SEQ ID N° 3659 Listeria monocytogenes 4b Contig788 Corresponding to the former SEQ ID n° 081 Corresponding to the former SEQ ID n° 117 Corresponding to the former SEQ ID n° 196
SEQ ID N° 3660 Listeria monocytogenes 4b Contig789 Corresponding to the former SEQ ID n° 175 SEQ ID N0 3661 Listeria monocytogenes 4b Contig790 Corresponding to the former SEQ ID n° 727 SEQ ID N° 3662 Listeria monocytogenes 4b Contig791 Corresponding to the former SEQ ID n° 925 SEQ ID N° 3663 Listeria monocytogenes 4b Contig792 Corresponding to the former SEQ ID n° 134 Corresponding to the former SEQ ID n° 157 Corresponding to the tonner SEQ ID n° 779
SEQ ID N° 3664 Listeria monocytogenes 4b Contig793 Corresponding to the former SEQ ID n° 795
SEQ ID N° 3665 Listeria monocytogenes 4b Contig794 Corresponding to the former SEQ ID n° 988
SEQ ID N° 3666 Listeria monocytogenes 4b Contig795 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 616
SEQ ID N° 3667 Listeria monocytogenes 4b Contig796 SEQ ID N° 3668 Listeria monocytogenes 4b Contig797 Corresponding to the former SEQ ID n° 103
SEQ ID N° 3669 Listeria monocytogenes 4b Contig798 Corresponding to the former SEQ ID n° 51 1
SEQ ID N° 3670 Listeria monocytogenes 4b Contig799 Corresponding to the former SEQ ID n° 446
SEQ ID N0 3671 Listeria monocytogenes 4b Contig800 Conesponding to the former SEQ ID n° 1264
Corresponding to the former SEQ ID n° 2017 SEQ ID N° 3672 Listeria monocytogenes 4b Contig801
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 151
Corresponding to the former SEQ ID n° 1577 SEQ ID N° 3673 Listeria monocytogenes 4b Contig802
Corresponding to the former SEQ ID n° 1520
Corresponding to the former SEQ ID n° 1755 SEQ ID N° 3674 Listeria monocytogenes 4b Contig803
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1291
Corresponding to the former SEQ ID n° 1305
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1589 SEQ ID N° 3675 Listeria monocytogenes 4b Contig804
Corresponding to the former SEQ ID n° 1207 SEQ ID N° 3676 Listeria monocytogenes 4b Contig805
Conesponding to the former SEQ ID n° 1987 SEQ ID N° 3677 Listeria monocytogenes 4b Contig806
Conesponding to the former SEQ ID n° 1912 SEQ ID N° 3678 Listeria monocytogenes 4b Contig807
Corresponding to the former SEQ ID n° 1432
Corresponding to the former SEQ ÏD n° 1681 SEQ ID N° 3679 Listeria monocytogenes 4b Contig808
Corresponding to the former SEQ ID n° 1955 SEQ ID N° 3680 Listeria monocytogenes 4b Contig809
Corresponding to the former SEQ ID n° 1382 SEQ ID N° 3681 Listeria monocytogenes 4b Contigδ 10
Corresponding to the former SEQ ID n° 1885 SEQ ID N° 3682 Listeria monocytogenes 4b Contig81 1
SEQ ID N° 3683 Listeria monocytogenes 4b Contig812
Corresponding to the former SEQ ID n° 1451
Corresponding to the former SEQ ID n° 1592 SEQ ID N° 3684 Listeria monocytogenes 4b Contigδ 13
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1402
Corresponding to the former SEQ ID n° 1647
Corresponding to the former SEQ ID n° 1768 SEQ ID N° 3685 Listeria monocytogenes 4b Contig814
Corresponding to the former SEQ ID n° 1522 SEQ ID N° 3686 Listeria monocytogenes 4b Contig815
Corresponding to the former SEQ ID n° 1984 SEQ ID N° 3687 Listeria monocytogenes 4b Contigδ 16
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1335 SEQ ID N° 3688 Listeria monocytogenes 4b Contig817
Corresponding to the former SEQ ID n° 2007 SEQ ID N° 3689 Listeria monocytogenes 4b Contig818
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 121 SEQ ID N° 3690 Listeria monocytogenes 4b Contigδ 19
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 182 SEQ ID N° 3691 Listeria monocytogenes 4b Contig820
Corresponding to the former SEQ ID n° 1554 SEQ ID N° 3692 Listeria monocytogenes 4b Contig821 Conesponding to the former SEQ ID n° 1 153 Conesponding to the former SEQ ID n° 1458
SEQ ID N° 3693 Listeria monocytogenes 4b Contig822 Conesponding to the former SEQ ID n° 254 Corresponding to the former SEQ ID n° 864 SEQ ID N° 3694 Listeria monocytogenes 4b Contig823 Conesponding to the former SEQ ID n° 407 Corresponding to the former SEQ ID n° 736 SEQ ID N° 3695 Listeria monocytogenes 4b Contig824 Conesponding to the former SEQ ID n° 412 Corresponding to the former SEQ ID n° 482 SEQ ID N° 3696 Listeria monocytogenes 4b Contig825 Conesponding to the former SEQ ID n° 360 Conesponding to the former SEQ ID n° 375 Conesponding to the former SEQ ID n° 645
SEQ ID N° 3697 Listeria monocytogenes 4b Contig826 Corresponding to the former SEQ ID n° 164 SEQ ID N° 3698 Listeria monocytogenes 4b Contig827 Corresponding to the former SEQ ID n° 459 Corresponding to the former SEQ ID n° 772
SEQ ID N° 3699 Listeria monocytogenes 4b Contig828 Corresponding to the former SEQ ID n° 334 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 533 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 750
SEQ ID N° 3700 Listeria monocytogenes 4b Contig829 Corresponding to the former SEQ ID n° 586 SEQ ID N0 3701 Listeria monocytogenes 4b Contig830 Corresponding to the former SEQ ID n° 2021 SEQ ID N° 3702 Listeria monocytogenes 4b Contig831 Corresponding to the former SEQ ID n° 374 Corresponding to the former SEQ ID n° 819
SEQ ID N° 3703 Listeria monocytogenes 4b Contig832 Corresponding to the former SEQ ID n° 425 Conesponding to the former SEQ ID n° 598
SEQ ID N° 3704 Listeria monocytogenes 4b Contig833 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 198 Corresponding to the former SEQ ID n° 296
SEQ ID N° 3705 Listeria monocytogenes 4b Contig834 Conesponding to the former SEQ ID n° 893 SEQ ID N° 3706 Listeria monocytogenes 4b Contig835 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 19 Corresponding to the former SEQ ID n° 720
SEQ ID N° 3707 Listeria monocytogenes 4b Contig836 Corresponding to the former SEQ ID n° 457 SEQ ID N° 3708 Listeria monocytogenes 4b Contig837 Corresponding to the former SEQ ID n° 655 Corresponding to the former SEQ ID n° 880
SEQ ID N° 3709 Listeria monocytogenes 4b Contig838 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 19 SEQ ID 0 3710 Listeria monocytogenes 4b Contig839
Figure imgf000151_0001
oo r^ NO o _. CN CN o r^ Tf NO o CN Tf CN CN m ON 00 ON ON oo oo 00 00 NO o 00 f C sr> oo ON sn m T ON s CN SD sr> NO 00 00 r- Tf o CN sn CN oo ON NO ON <N m CN r^ r^ r^ m — ' Tt" 00 -™ "~ CN Tt" - ' ON ON NO 00 Tf 00 — T "* - ' sn CN r^ CN ON ON O m oo CN NO
Figure imgf000151_0002
90 90 D Q Q Q Q Û Û Q Q Q o D g Q Q Q Q o O α O O α O o O O O α O O o O w0 w CΛ w 00 w w w w ω w m P ω LU W W P P o 0 00 00 00 00 00 o m 00 CΛ 00 CΛ 00 CΛ CΛ
Conesponding to the former SEQ ID n° 1705
SEQ ID N0 3728 Listeria monocytogenes 4b Contig857 Corresponding to the former SEQ ID n° 1479 Corresponding to the former SEQ ID n° 1972
SEQ ID N° 3729 Listeria monocytogenes 4b Contig858 Corresponding to the former SEQ ID n° 1307 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1829
SEQ ID N° 3730 Listeria monocytogenes 4b Contig859 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1 123 Corresponding to the former SEQ ID n° 1687
SEQ ID N0 3731 Listeria monocytogenes 4b Contig860 Corresponding to the former SEQ ID n° 1905 SEQ ID N° 3732 Listeria monocytogenes 4b Contig861 Corresponding to the former SEQ ID n° 1579 SEQ ID N° 3733 Listeria monocytogenes 4b Contig862 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1080 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 146
SEQ ID N0 3734 Listeria monocytogenes 4b Contig863 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 1 1 1 Corresponding to the former SEQ ID n° 1514
SEQ ID N0 3735 Listeria monocytogenes 4b Contig864 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 139 Corresponding to the former SEQ ID n° 1602
SEQ ID N° 3736 Listeria monocytogenes 4b Contig865 Corresponding to the former SEQ ID n° 1221 Corresponding to the former SEQ ID n° 2010
SEQ ID N° 3737 Listeria monocytogenes 4b Contig866 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1 174 Corresponding to the former SEQ ID n° 1480 Corresponding to the former SEQ ID n° 1895
SEQ ID N0 3738 Listeria monocytogenes 4b Contig867 Corresponding to the former SEQ ID n° 1780 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1784
SEQ ID N0 3739 Listeria monocytogenes 4b Contig868 Corresponding to the former SEQ ID n° 2009 SEQ ID N° 3740 Listeria monocytogenes 4b Contig869 Conesponding to the former SEQ ID n° 1308 Conesponding to the former SEQ ID n° 1597
SEQ ID N0 3741 Listeria monocytogenes 4b Contig870 Corresponding to the former SEQ ID n° 131 1 Conesponding to the former SEQ ID n° 1315 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 2003
SEQ ID N° 3742 Listeria monocytogenes 4b Contig871 Corresponding to the former SEQ ID n° 1493 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1707 SEQ ID N° 3743 Listeria monocytogenes 4b Contig872 Corresponding to the former SEQ ID n° 1089 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1624 SEQ ID N° 3744 Listeria monocytogenes 4b Contig873 Corresponding to the former SEQ ID n° 1846 SEQ ID N° 3745 Listeria monocytogenes 4b Contig874 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 603 Conesponding to the former SEQ ID n° 921 SEQ ID N° 3746 Listeria monocytogenes 4b Contig875 Corresponding to the former SEQ ID n° 268 Conesponding to the former SEQ ID n° 752 SEQ ID N° 3747 Listeria monocytogenes 4b Contig876 Conesponding to the former SEQ ID n° 336 Conesponding to the former SEQ ID n° 623 SEQ ID N° 3748 Listeria monocytogenes 4b Contig877 Conesponding to the former SEQ ID n° 259 Conesponding to the former SEQ ID n° 551 Corresponding to the former SEQ ID n° 866
SEQ ID N° 3749 Listeria monocytogenes 4b Contig878 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 224 SEQ ID N° 3750 Listeria monocytogenes 4b Contig879 Conesponding to the former SEQ ID n° 418 Conesponding to the former SEQ ID n° 571 Conesponding to the former SEQ ID n° 809
SEQ ID N0 3751 Listeria monocytogenes 4b Contig880 Corresponding to the former SEQ ID n° 420 Conesponding to the former SEQ ID n° 664 SEQ ÏD N° 3752 Listeria monocytogenes 4b Contig881 Corresponding to the former SEQ ID n° 137 Corresponding to the former SEQ ID n° 367 SEQ ID N° 3753 Listeria monocytogenes 4b Contig882 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 222 Conesponding to the former SEQ ID n° 318 Conesponding to the former SEQ ID n° 758
SEQ ID N° 3754 Listeria monocytogenes 4b Contig883 Corresponding to the former SEQ ID n° 978 SEQ ID N° 3755 Listeria monocytogenes 4b Contig884 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 793 Corresponding to the former SEQ ID n° 855
SEQ ID N° 3756 Listeria monocytogenes 4b Contig885 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 236 Conesponding to the former SEQ ID n° 666 Conesponding to the former SEQ ID n° 892
SEQ ID 0 3757 Listeria monocytogenes 4b Contig886 Conesponding to the former SEQ ID n° 466 Conesponding to the former SEQ ID n° 825
SEQ ID N0 3758 Listeria monocytogenes 4b Contig887 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 901 SEQ ID N° 3759 Listeria monocytogenes 4b Contig888 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 761 Conesponding to the former SEQ ID n° 947
SEQ ID N° 3760 Listeria monocytogenes 4b Contig889 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 517 Corresponding to the former SEQ ID n° 943
SEQ ID N0 3761 Listeria monocytogenes 4b Contig890 Conesponding to the former SEQ ID n° 654 Corresponding to the former SEQ ID n° 787
SEQ ID N0 3762 Listeria monocytogenes 4b Contig891 Conesponding to the former SEQ ID n° 427 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 2019
SEQ ID N0 3763 Listeria monocytogenes 4b Contig892 Conesponding to the former SEQ ID n° 441 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 974
SEQ ID N° 3764 Listeria monocytogenes 4b Contig893 Conesponding to the former SEQ ID n° 411 Conesponding to the fonner SEQ ID n° 733
SEQ ID N° 3765 Listeria monocytogenes 4b Contig894 SEQ ID N° 3766 Listeria monocytogenes 4b Contig895 Conesponding to the fonner SEQ ID n° 994
SEQ ID N° 3767 Listeria monocytogenes 4b Contig896 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 552
SEQ ID N° 3768 Listeria monocytogenes 4b Contig897 Conesponding to the former SEQ ID n° 442
SEQ ID N° 3769 Listeria monocytogenes 4b Contig898 Conesponding to the former SEQ ID n° 150 Conesponding to the former SEQ ID n° 937 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 980
SEQ ID N° 3770 Listeria monocytogenes 4b Contig899 Conesponding to the former SEQ ID n° 258 Conesponding to the former SEQ ID n° 816
SEQ ID N0 3771 Listeria monocytogenes 4b Contig900 Conesponding to the former SEQ ID n° 983 SEQ ID N° 3772 Listeria monocytogenes 4b Contig901 Conesponding to the former SEQ ID n° 422 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 726
SEQ ID N0 3773 Listeria monocytogenes 4b Contig902 Conesponding to the former SEQ ÏD n° 410 Conesponding to the former SEQ ID n° 778
SEQ ID N° 3774 Listeria monocytogenes 4b Contig903 Conesponding to the former SEQ ID n° 232 Conesponding to the former SEQ ID n° 487
SEQ ID N° 3775 Listeria monocytogenes 4b Contig904 Conesponding to the former SEQ ID n° 898 SEQ ID N° 3776 Listeria monocytogenes 4b Contig905 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 368 Conesponding to the former SEQ ID n° 985
SEQ ID N° 3777 Listeria monocytogenes 4b Contig906 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 997 SEQ ID N0 3778 Listeria monocytogenes 4b Contig907 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 321 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 542 Conesponding to the former SEQ ID n° 843
SEQ ID N° 3779 Listeria monocytogenes 4b Contig908 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 530 Corresponding to the former SEQ ID n° 667 SEQ ID N° 3780 Listeria monocytogenes 4b Contig909
Corresponding to the former SEQ ID n° 1534 Corresponding to the former SEQ ID n° 1936
SEQ ID N° 3781 Listeria monocytogenes 4b Contig910
Corresponding to the former SEQ ID n° 1567 Conesponding to the former SEQ ID n° 1587 Corresponding to the former SEQ ID n° 1642 Corresponding to the former SEQ ID n° 1674
SEQ ID N° 3782 Listeria monocytogenes 4b Contig91 1
Corresponding to the fonner SEQ ID n° 2000
SEQ ID N° 3783 Listeria monocytogenes 4b Contig912
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1909
SEQ ID N° 3784 Listeria monocytogenes 4b Contig913
Corresponding to the former SEQ ID n° 1 106 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1365 Corresponding to the former SEQ ID n° 1734
SEQ ID N° 3785 Listeria monocytogenes 4b Contig914
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1284 Corresponding to the former SEQ ID n° 1309 Corresponding to the former SEQ ID n° 1613
SEQ ID N° 3786 Listeria monocytogenes 4b Contig915
Corresponding to the former SEQ ID n° 2002
SEQ ID N° 3787 Listeria monocytogenes 4b Contig916
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1271 Corresponding to the former SEQ ID n° 1941
SEQ ID N° 3788 Listeria monocytogenes 4b Contig917
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1 104 Corresponding to the former SEQ ID n° 2030
SEQ ID N° 3789 Listeria monocytogenes 4b Contig918
Corresponding to the former SEQ ID n° 1959
SEQ ID N° 3790 Listeria monocytogenes 4b Contig919
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1266 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 2020
SEQ ID N° 3791 Listeria monocytogenes 4b Contig920
Corresponding to the former SEQ ID n° 1405 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1718 Corresponding to the former SEQ ID n° 1919
SEQ ID N° 3792 Listeria monocytogenes 4b Contig921
Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1908
SEQ ID N° 3793 Listeria monocytogenes 4b Contig922
Corresponding to the former SEQ ID n° 1786
SEQ ID N° 3794 Listeria monocytogenes 4b Contig923
Corresponding to the former SEQ ID n° 1370 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1371 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1372 Corresponding to the former SEQ ID n° 1574
SEQ ID N° 3795 Listeria monocytogenes 4b Contig924
Corresponding to the former SEQ ID n° 1488
SEQ ID N° 3796 Listeria monocytogenes 4b Contig925
Corresponding to the former SEQ ID n° 1532 Conesponding to the fonner SEQ ID n° 2008
SEQ ID N° 3797 Listeria monocytogenes 4b Contig926 Corresponding to the former SEQ ID n° 677 Corresponding to the former SEQ ID n° 906
SEQ ID N° 3798 Listeria monocytogenes 4b Contig927 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 497 Corresponding to the former SEQ ID n° 699 Corresponding to the former SEQ ID n° 700 Corresponding to the former SEQ ID n° 948
SEQ ID N° 3799 Listeria monocytogenes 4b Contig928 Corresponding to the former SEQ ID n° 891 SEQ ID N° 3800 Listeria monocytogenes 4b Contig929 Corresponding to the former SEQ ID n° 633 Corresponding to the former SEQ ID n° 656
SEQ ID N0 3801 Listeria monocytogenes 4b Contig930 Corresponding to the former SEQ ID n° 419 Corresponding to the former SEQ ID n° 494
SEQ ID N0 3802 Listeria monocytogenes 4b Contig931 Corresponding to the former SEQ ID n° 2027 SEQ ID N° 3803 Listeria monocytogenes 4b Contig932 Corresponding to the former SEQ ID n° 814 Corresponding to the former SEQ ID n° 828
SEQ ID N° 3804 Listeria monocytogenes 4b Contig933 Corresponding to the former SEQ ID n° 400 Corresponding to the former SEQ ID n° 628 Corresponding to the former SEQ ID n° 698 SEQ ID N° 3805 Listeria monocytogenes 4b Contig934 Corresponding to the former SEQ ID n° 513 Corresponding to the former SEQ ID n° 695 Corresponding to the former SEQ ID n° 960
SEQ ID N° 3806 Listeria monocytogenes 4b Contig935 Corresponding to the former SEQ ID n° 648 Corresponding to the former SEQ ID n° 2018
SEQ ID N° 3807 Listeria monocytogenes 4b Contig936 Corresponding to the former SEQ ID n° 238 Corresponding to the former SEQ ID n° 636
SEQ ID N° 3808 Listeria monocytogenes 4b Contig937 SEQ ID N° 3809 Listeria monocytogenes 4b Contig938 Corresponding to the former SEQ ID n° 341 Corresponding to the former SEQ ID n° 836 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 848
SEQ ID N0 3810 Listeria monocytogenes 4b Contig939 Corresponding to the former SEQ ID n° 087 Corresponding to the former SEQ ID n° 381 SEQ ID N0 381 1 Listeria monocytogenes 4b Contig940 Corresponding to the former SEQ ID n° 288 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 386 Corresponding to the former SEQ ID n° 881
SEQ ID N0 3812 Listeria monocytogenes 4b Contig941 Corresponding to the former SEQ ID n° 729 Conesponding to the former SEQ ID n° 2014
SEQ ID N0 3813 Listeria monocytogenes 4b Contig942 Corresponding to the former SEQ ID n° 1319 Conesponding to the former SEQ ID n° 1470 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 1904
SEQ ID N0 3814 Listeria monocytogenes 4b Contig943 Conesponding to the former SEQ ID n° 1447 Conesponding to the former SEQ ID n° 1810
SEQ ID N0 3815 Listeria monocytogenes 4b Contig944 Corresponding to the former SEQ ID n° 1999 SEQ ID N0 3816 Listeria monocytogenes 4b Contig945 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 127 Corresponding to the former SEQ ID n° 1504 Corresponding to the former SEQ ID n° 1507 Corresponding to the former SEQ ID n° 1631
SEQ ID N0 3817 Listeria monocytogenes 4b Contig946 Corresponding to the former SEQ ID n° 201 1 SEQ ID N0 3818 Listeria monocytogenes 4b Contig947 Corresponding to the former SEQ ID n° 1475 Conesponding to the former SEQ ID n° 161 1 Conesponding to the former SEQ ID n° 1672
SEQ ID N0 3819 Listeria monocytogenes 4b Contig948 Conesponding to the former SEQ ID n° 1088 Conesponding to the former SEQ ID n° 1539 SEQ ID N° 3820 Listeria monocytogenes 4b Contig949 Corresponding to the former SEQ ID n° 1204 Corresponding to the former SEQ ID n° 1347 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1845
SEQ ID N0 3821 Listeria monocytogenes 4b Contig950 Conesponding to the former SEQ ID n° 1706 Corresponding to the former SEQ ID n° 1869 Corresponding to the former SEQ ID n° 1976
SEQ ID N0 3822 Listeria monocytogenes 4b Contig951 Corresponding to the former SEQ ID n° 1620 SEQ ID N° 3823 Listeria monocytogenes 4b Contig952 Corresponding to the former SEQ ID n° 1886 Corresponding to the former SEQ ID n° 1935
SEQ ID N° 3824 Listeria monocytogenes 4b Contig953 Corresponding to the former SEQ ID n° 1279 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1301 Corresponding to the former SEQ ID n° 1827
SEQ ID N0 3825 Listeria monocytogenes 4b Contig954 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1605 Conesponding to the former SEQ ID n° 1753 Conesponding to the former SEQ ID n° 1792
SEQ ID N° 3826 Listeria monocytogenes 4b Contig955 Corresponding to the former SEQ ID n° 1998 SEQ ID N° 3827 Listeria monocytogenes 4b Contig956 Corresponding to the former SEQ ID n° 1310 Corresponding to the former SEQ ID n° 1632 Corresponding to the former SEQ ID n° 1853
SEQ ID N° 3828 Listeria monocytogenes 4b Contig957 Corresponding to the former SEQ ID n° 1914 Corresponding to the former SEQ ID n° 1968 SEQ ID N° 3829 Listeria monocytogenes 4b Contig958 Corresponding to the foπner SEQ ÏD n° 1569 Corresponding to the former SEQ ID n° 1801 SEQ ID N° 3830 Listeria monocytogenes 4b Contig959 Corresponding to the former SEQ ID n° 1369 Corresponding to the former SEQ ID n° 1931 SEQ ID N0 3831 Listeria monocytogenes 4b Contig960 Corresponding to the former SEQ ID n° 1247 Corresponding to the former SEQ ID n° 1617 Corresponding to the former SEQ ID n° 1731
SEQ ID N° 3832 Listeria monocytogenes 4b Contig961 Conesponding to the former SEQ ID n° 1302 Corresponding to the former SEQ ID n° 1920 Corresponding to the former SEQ ID n° 2012
SEQ ID N0 3833 Listeria monocytogenes 4b Contig962 Corresponding to the former SEQ ID n° 1068 Corresponding to the former SEQ ID n° 1072 Corresponding to the former SEQ ID n° 1635
SEQ ID N° 3834 Listeria monocytogenes 4b Contig963 Corresponding to the former SEQ ID n° 1757 Corresponding to the former SEQ ID n° 2024 SEQ ID N° 3835 Listeria monocytogenes 4b Contig964 Corresponding to the former SEQ ID n° 1509 Corresponding to the fonner SEQ ID n° 1831 SEQ ID N° 3836 Listeria monocytogenes 4b Contig965 Corresponding to the former SEQ ID n° 1097 Corresponding to the former SEQ ID n° 1230 Corresponding to the former SEQ ID n° 1760
SEQ ID N° 3837 Listeria monocytogenes 4b Contig966 Corresponding to the former SEQ ID n° 1343 Corresponding to the former SEQ ID n° 1766 Corresponding to the former SEQ ID n° 1878
SEQ ID N0 3838 Listeria monocytogenes 4b Contig967 Corresponding to the former SEQ ID n° 1593 Corresponding to the former SEQ ID n° 1604 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1979
SEQ ID N° 3839 Listeria monocytogenes 4b Contig968 Corresponding to the former SEQ ID n° 1863 Conesponding to the former SEQ ID n° 1969 SEQ ID N° 3840 Listeria monocytogenes 4b Contig969 Corresponding to the former SEQ ID n° 1339 Conesponding to the former SEQ ID n° 1608 Corresponding to the former SEQ ID n° 1942
SEQ ID N0 3841 Listeria monocytogenes 4b Contig970 Corresponding to the former SEQ ID n° 2038 SEQ ID N° 3842 Listeria monocytogenes 4b Contig971 m 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 en en en en en m en en en en en en en en
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Corresponding to the former SEQ ID n° 1682 Corresponding to the former SEQ ID n° 2031
SEQ ID N° 3857 Listeria monocytogenes 4b Contig986 Corresponding to the former SEQ ID n° 1468 Corresponding to the former SEQ ID n° 1606 Corresponding to the former SEQ ID n° 1930
SEQ ID N° 3858 Listeria monocytogenes 4b Contig987 Corresponding to the former SEQ ID n° 1740 Corresponding to the fonner SEQ ID n° 2034
SEQ ID N° 3859 Listeria monocytogenes 4b Contig988 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 156 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1241 Corresponding to the former SEQ ID n° 1715 Corresponding to the former SEQ ID n° 1958
SEQ ID N° 3860 Listeria monocytogenes 4b Contig989 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 158 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1719 Corresponding to the former SEQ ID n° 2023
SEQ ID N0 3861 Listeria monocytogenes 4b Contig990 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 1 10 Corresponding to the former SEQ ID n° 191 1 Corresponding to the former SEQ ID n° 2022
SEQ ID N° 3862 Listeria monocytogenes 4b Contig991 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 190 Corresponding to the former SEQ ID n° 1735 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1823 Corresponding to the former SEQ ID n° 1824
SEQ ID N° 3863 Listeria monocytogenes 4b Contig992 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1257 Corresponding to the former SEQ ID n° 1907 Corresponding to the former SEQ ID n° 1989
SEQ ID N° 3864 Listeria monocytogenes 4b Contig993 Corresponding to the former SEQ ID n° 1802 Corresponding to the former SEQ ID n° 1803 Corresponding to the fonner SEQ ID n° 1833 Coπ-esponding to the former SEQ ID n° 2016
SEQ ID N0 3865 Listeria monocytogenes 4b Contig994 Corresponding to the former SEQ ID n° 1879 Corresponding to the former SEQ ID n° 1924 Corresponding to the former SEQ ID n° 1977 Corresponding to the former SEQ ID n° 1993
SEQ ID N° 3866 Listeria monocytogenes 4b Contig995 Corresponding to the former SEQ ID n° 1390 Corresponding to the former SEQ ID n° 1834 Corresponding to the former SEQ ID n° 1876
SEQ ID N° 3867 Listeria monocytogenes 4b Contig996 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1 192 Coπ-esponding to the former SEQ ID n° 1591 Corresponding to the former SEQ ID n° 1712
SEQ ID N° 3868 Listeria monocytogenes 4b Contig997 Corresponding to the former SEQ ID n° 1964 Corresponding to the fonner SEQ ID n° 2032
SEQ ID N° 3869 Listeria monocytogenes 4b Contig998 Conesponding to the former SEQ ID n° 1287 Corresponding to the former SEQ ID n° 1430 Conesponding to the former SEQ ID n° 1678 Corresponding to the former SEQ ID n° 1902 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1940
SEQ ID N° 3870 Listeria monocytogenes 4b Contig999 Corresponding to the former SEQ ID n° 1357 Corresponding to the former SEQ ID n° 1646 Conesponding to the former SEQ ID n° 1887 Corresponding to the former SEQ ID n° 1995
SEQ ID N0 3871 Listeria monocytogenes 4b Contig 1000 Corresponding to the former SEQ ID n° 1202 Corresponding to the former SEQ ID n° 1724 Corresponding to the former SEQ ID n° 2036
SEQ ID N0 3872 Listeria monocytogenes 4b Contig 1001 Corresponding to the former SEQ ID n 2039 SEQ ID N° 3873 Listeria monocytogenes 4b Contigl 002 Corresponding to the former SEQ ID n° 113 Corresponding to the former SEQ ID n° 429 Corresponding to the former SEQ ID n° 600 Corresponding to the former SEQ ID n° 956
SEQ ID N° 3874 Listeria monocytogenes 4b Contig 1003 Corresponding to the former SEQ ID n° 214 Corresponding to the former SEQ ID n° 817
SEQ ID N° 3875 Listeria monocytogenes 4b Contigl 004 Corresponding to the foπner SEQ ÏD n° 249 Corresponding to the former SEQ ID n° 378 Corresponding to the former SEQ ID n° 463 Corresponding to the former SEQ ID n° 708 Corresponding to the former SEQ ID n° 749
SEQ ID N° 3876 Listeria monocytogenes 4b Contigl 005 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 544 Corresponding to the former SEQ ID n° 723 Corresponding to the former SEQ ID n° 738 Corresponding to the fonner SEQ ID n° 2015
SEQ ID N° 3877 Listeria monocytogenes 4b Contigl 006 Corresponding to the former SEQ ID n° 516 Conesponding to the former SEQ ID n° 746 Corresponding to the former SEQ ID n° 830
SEQ ID N° 3878 Listeria monocytogenes 4b Contig 1007 Corresponding to the former SEQ ID n° 467 Corresponding to the former SEQ ID n° 806 Conesponding to the foπner SEQ ID n° 811 Corresponding to the former SEQ ID n° 837
SEQ ID N° 3879 Listeria monocytogenes 4b Contig 1008 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 644 Conesponding to the former SEQ ID n° 702 Corresponding to the former SEQ ID n° 1990 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1996
SEQ ID N0 3880 Listeria monocytogenes 4b Contigl 009 Corresponding to the former SEQ ID n° 1565 Corresponding to the former SEQ ID n° 1595 Corresponding to the former SEQ ID n° 1918
SEQ ID N0 3881 Listeria monocytogenes 4b Contigl 010 Corresponding to the former SEQ ID n° 1361 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1478 Corresponding to the former SEQ ID n° 1510 Corresponding to the former SEQ ID n° 2006
SEQ ID N° 3882 Listeria monocytogenes 4b Contigl 01 1 Corresponding to the former SEQ ID n° 1083 Corresponding to the former SEQ ID n° 2037
SEQ ID N0 3883 Listeria monocytogenes 4b Contigl012 Corresponding to the former SEQ ID n° 1769 Corresponding to the former SEQ ID n° 1835 Coπ-esponding to the former SEQ ID n° 1850 Corresponding to the former SEQ ID n° 1867
SEQ ID N° 3884 Listeria monocytogenes 4b Contigl 013 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1982 Corresponding to the former SEQ ID n° 2035
SEQ ID N° 3885 Listeria monocytogenes 4b Contigl 014 Corresponding to the former SEQ ID n° 1529 Corresponding to the former SEQ ID n° 1581 Corresponding to the former SEQ ÏD n° 1739 Corresponding to the former SEQ ID n° 1865 Corresponding to the former SEQ ID n° 1970
SEQ ID N0 3886 Listeria monocytogenes 4b Contig] 015 Conesponding to the former SEQ ID n° 1 170 Corresponding to the former SEQ ID n° 1 180 Corresponding to the former SEQ ID n° 1265 Corresponding to the former SEQ ID n° 1434 Corresponding to the former SEQ ID n° 1536 Corresponding to the former SEQ ID n° 1548 Corresponding to the former SEQ ID n° 1877
SEQ ID N° 3887 Listeria monocytogenes 4b Contigl 016 Corresponding to the former SEQ ID n° 1219 Conesponding to the former SEQ ID n° 1917 Corresponding to the former SEQ ID n° 2040
SEQ ID N0 3888 Listeria monocytogenes 4b Contig 1017 Corresponding to the former SEQ ID n° 1245 Corresponding to the former SEQ ID n° 1821 Conesponding to the former SEQ ID n° 1841 Corresponding to the fonner SEQ ID n° 2004 Corresponding to the former SEQ ID n° 2025
SEQ ID N0 3889 Listeria monocytogenes 4b Contigl 018 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1317 Corresponding to the former SEQ ID n° 1813 Corresponding to the former SEQ ÏD n° 1991 Corresponding to the former SEQ ID n° 2001 Corresponding to the former SEQ ID n° 2029
SEQ ID N° 3890 Listeria monocytogenes 4b Contigl019 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1926 Corresponding to the former SEQ ID n° 2041
SEQ ID N0 3891 Listeria monocytogenes 4b Contig 1020 Corresponding to the foπner SEQ ID n° 1873
TABLEAU IX : Légendes
SEQ ID Nos. 3892-4025 : séquences de 134 Contigs issus de l'assemblage de 13919 séquences de Listeria monocytogenes 4b après soustraction des séquences de L.monocytogenes EGDe et de L. innocua Clipl 1262.
TABLEAU IX
SEQ ID N° 3892 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contigό
SEQ ID N° 3893 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig7
SEQ ID N° 3894 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig8
SEQ ID N° 3895 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig9
SEQ ID N0 3896 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig 10
SEQ ID N° 3897 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contigl 1
SEQ ID N0 3898 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig 12
SEQ ID N° 3899 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig 13
SEQ ID N° 3900 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig 14
SEQ ID N0 3901 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contigl 5
SEQ ID N° 3902 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig 16
SEQ ID N° 3903 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contigl 7
SEQ ID N° 3904 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contigl 8
SEQ ID N° 3905 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig 19
SEQ ID N° 3906 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig20
SEQ ID N° 3907 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig21
SEQ ID N° 3908 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig22
SEQ ID N° 3909 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig23
SEQ ID N0 3910 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig24
SEQ ID N0 391 1 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig25
SEQ ID N0 3912 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig26
SEQ ID N0 3913 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig27
SEQ ID N0 3914 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig28
SEQ ID N0 3915 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig29
SEQ ID N0 3916 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig30
SEQ ID N0 3917 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig31
SEQ ID N0 3918 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig32
SEQ ID N0 3919 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig33
SEQ ID N° 3920 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig34
SEQ ID N0 3921 Listeria monocytogenes 4b spécifique Contig35 mmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmm en enenen en enw en en eπ en rt eπ en en en erterteπ erterten en erten en en en en en en en fnen ertfnw oooooooooooooooooooooooooooooooooooooo σσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσσoσσσσ zzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzz
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SEQ ID N° 4023 Listeria monocytogenes 4b-specifique Contig 137
SEQ ID N° 4024 Listeria monocytogenes 4b-specifique Contigl 38
SEQ ID N° 4025 Listeria monocytogenes 4b-specifique Contig 139

Claims

REVENDICATIONS
1. Procédé d'identification de séquences nucléotidiques spécifiques du génome d'une souche de bactérie du genre Listeria, notamment spécifiques d'une souche de L. innocua ou L. monocytogenes, telle que la souche L. monocytogenes EGDe ou L. monocytogenes 4b.
2. Procédé d'identification de séquences nucléotidiques selon la revendication 1 , caractérisé en ce que l'on identifie les séquences spécifiques de :
- L. innocua par rapport à L. monocytogenes, notamment par rapport L. monocytogenes EGDe et/ou L. monocytogenes 4b ;
- L. monocytogenes, notamment L. monocytogenes EGDe ou L. monocytogenes 4b, par rapport à L. innocua ;
- L. monocytogenes EGDe par rapport à L. innocua et/ou L. monocytogenes 4b ; ou - L. monocytogenes 4b par rapport à L. innocua et/ou L. monocytogenes EGDe.
3. Procédé d'identification de séquences nucléotidiques selon la revendication 1 ou 2, caractérisé en ce qu'il comprend au moins les étapes suivantes : a) l'alignement des séquences nucléotidiques de L. monocytogenes, notamment celles de L. monocytogenes EGDe et/ou L. monocytogenes 4b, et de celles de L. innocua selon les revendications 5 à 8, 10 à 17 et 21 ; et b) le traitement des données obtenues par cet alignement pour isoler lesdites séquences spécifiques.
4. Procédé d'identification de séquences nucléotidiques selon l'une des revendication 1 à 3, caractérisé en ce que les séquences nucléotidiques spécifiques de L. inocua ou L. monocytogenes, notamment celles de L. monocytogenes EGDe et/ou L. monocytogenes 4b, hybrident dans des conditions de forte stringence avec respectivement les séquences nucléotidiques, ou leur séquence complémentaire, de L. inocua ou L. monocytogenes, notamment celles de L. monocytogenes EGDe et/ou L. monocytogenes 4b.
5. Séquence nucléotidique issue de Listeria innocua caractérisée en ce qu'elle correspond à une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1 , SEQ
ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058.
6. Séquence nucléotidique issue de Listeria innocua, caractérisée en ce qu'elle est choisie parmi : a) une séquence nucléotidique comportant au moins 75 % d'identité avec une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1, SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058 ; b) une séquence nucléotidique hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1 , SEQ ID
No. 2057 et SEQ ID No. 2058 ; c) une séquence nucléotidique complémentaire d'une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1 , SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058 ou complémentaire d'une séquence nucléotidique telle que définie en a) ou b), ou une séquence nucléotidique de l'ARN correspondant à l'une des séquences a) ou b) ; d) une séquence nucléotidique d'un fragment représentatif d'une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No. 1 1 , SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058, ou d'un fragment représentatif d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique comprenant une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique telle que définie en a), b), c), d) ou e) modifiée.
7. Séquence nucléotidique selon la revendication 6, caractérisée en ce qu'il s'agit d'une séquence issue d'une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1 à SEQ ID No.
1 1, SEQ ID No. 2057 et SEQ ID No. 2058, et en ce qu'elle code pour un polypeptide, ladite séquence nucléotidique étant choisie de préférence parmi les séquences SEQ ID
No. 12 à SEQ ID No. 689, SEQ ID No. 2053 à SEQ ID No. 2056 et SEQ ID No. 2059 à
SEQ ID No. 2601.
8. Séquence nucléotidique caractérisée en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie paπni : a) une séquence nucléotidique selon la revendication 7 ; b) une séquence nucléotidique comportant au moins 75 % d'identité avec une séquence nucléotidique selon la revendication 7 ; c) une séquence nucléotidique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence nucléotidique selon la revendication 7 ; d) une séquence nucléotidique complémentaire ou d'ARN conespondant à une séquence telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique d'un fragment représentatif d'une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence telle que définie en a), b), c), d) ou e) modifiée.
9. Polypeptide codé par une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 6 à 8.
10. Polypeptide selon la revendication 9, caractérisé en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides codés par une séquence choisi parmi SEQ ID No. 12 à SEQ ID No. 689, SEQ ID No. 2053 à SEQ ID No. 2056 et SEQ ID No. 2059 à SEQ ID No. 2601.
1 1. Polypeptide caractérisé en ce qu'il comprend un polypeptide choisi parmi : a) un polypeptide selon l'une des revendications 9 et 10 ; b) un polypeptide présentant au moins 80 % d'identité avec un polypeptide selon l'une des revendications 9 et 10 ; c) un fragment d'au moins 5 acides aminés d'un polypeptide selon l'une des revendications 9 et 10, ou tel que défini en b) ; d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'une des revendications 9 et 10, ou tel que défini en b) ou c) ; et e) un polypeptide selon l'une des revendications 9 et 10, ou tel que défini en b), c) ou d) modifié.
12. Séquence nucléotidique codant pour un polypeptide selon la revendication
1 1.
13. Séquence nucléotidique codant pour un polypeptide spécifique de L. innocua, caractérisée en ce qu'elle est choisie paπni SEQ ID No. 12 à SEQ ID No. 689 et SEQ ID No. 2059 à SEQ ID No. 2601.
14. Séquence nucléotidique issue de Listeria monocytogenes serotype 4b caractérisée en ce qu'elle correspond à une séquence choisie paπni SEQ ID No. 1068 à
SEQ ID No. 2041 et SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891.
15. Séquence nucléotidique issue de Listeria monocytogenes serotype 4b, caractérisée en ce qu'elle est choisie paπni : a) une séquence nucléotidique comportant au moins 75 % d'identité avec une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041 et SEQ ID No. 2872 à
SEQ ID No. 3891 ; b) une séquence nucléotidique hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence choisie panni SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041 et SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 ; c) une séquence nucléotidique complémentaire d'une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041 et SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891 ou complémentaire d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), ou b), ou une séquence nucléotidique de l'ARN correspondant à l'une des séquences a) ou b) ; d) une séquence nucléotidique d'un fragment représentatif d'une séquence choisie parmi SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041 et SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891, ou d'un fragment représentatif d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique comprenant une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique telle que définie en a), b), c), d) ou e) modifiée.
16. Séquence nucléotidique selon la revendication 15, caractérisée en ce qu'il s'agit d'une séquence issue d'une séquence choisie paπni SEQ ID No. 1068 à SEQ ID No. 2041 et SEQ ID No. 2872 à SEQ ID No. 3891, et en ce qu'elle code pour un polypeptide, ladite séquence nucléotidique étant choisie de préférence parmi les séquences SEQ ID No. 690 à SEQ ID No. 1067 et SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871 et SEQ ID No. 2049 à SEQ ID No. 2052.
17. Séquence nucléotidique, caractérisée en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi : a) une séquence nucléotidique selon la revendication 16 ; b) une séquence nucléotidique comportant au moins 75 % d'identité avec une séquence nucléotidique selon la revendication 16 ; c) une séquence nucléotidique s 'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence nucléotidique selon la revendication 16 ; d) une séquence nucléotidique complémentaire ou d'ARN conespondant à une séquence telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique d'un fragment représentatif d'une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence telle que définie en a), b), c), d) ou e) modifiée.
18. Polypeptide codé par une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 15 à 17.
19. Polypeptide selon la revendication 18, caractérisé en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides codés par une séquence choisi parmi SEQ ID No. 690 à SEQ ID No. 1067, SEQ ID No. 2049 à SEQ ID No. 2052 et SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871.
20. Polypeptide caractérisé en ce qu'il comprend un polypeptide choisi parmi : a) un polypeptide selon l'une des revendications 18 et 19 ; b) un polypeptide présentant au moins 80 % d'identité avec un polypeptide selon l'une des revendications 18 et 19 ; c) un fragment d'au moins 5 acides aminés d'un polypeptide selon l'une des revendications 18 et 19, ou tel que défini en b) ; d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'une des revendications 18 et 19, ou tel que défini en b) ou c) ; et e) un polypeptide selon l'une des revendications 18 et 19 ou tel que défini en b), c) ou d) modifié.
21. Séquence nucléotidique codant pour un polypeptide selon la revendication 20.
22. Séquence nucléotidique codant pour un polypeptide spécifique de L. monocytogenes, caractérisée en ce qu'elle est choisie parmi SEQ ID No. 690 à SEQ ID
No. 1067, SEQ ID No. 2602 à SEQ ID No. 2871 et SEQ ID No. 3892 à SEQ ID No. 4025.
23. Séquence nucléotidique codant pour un polypeptide présentant au moins 87 % d'identité entre L. innocua et L. monocytogenes, caractérisée en ce qu'elle est choisie parmi SEQ ID No. 2049 à SEQ ID No. 2056.
24. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 6 à 8, 12, 13, 15 à 17, 21 à 23, caractérisée en ce qu'elle code pour un polypeptide de L. innocua ou L. monocytogenes ou l'un de ses fragments :
- impliqué dans la biosynthèse des acides aminés dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs ;
- d'enveloppe cellulaire ou situé à la surface de L. innocua ou L. monocytogenes ;
- impliqué dans la machinerie cellulaire ;
- impliqué dans le métabolisme intermédiaire central ;
- impliqué dans le métabolisme énergénique ; - impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides ;
- impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides ;
- impliqué dans les fonctions de régulation ; - impliqué dans le processus de réplication ;
- impliqué dans le processus de transcription ;
- impliqué dans le processus de traduction ;
- impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines ;
- impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques ; - impliqué dans la sensibilité aux médicaments et analogues ; ou
- impliqué dans les fonctions relatives aux transposons.
25. Polypeptide selon l'une des revendications 9 à 1 1, et 17 à 20, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide deE innocua ou L. monocytogenes :
- impliqué dans la biosynthèse des acides aminés dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs;
- d'enveloppe cellulaire ou situé à la surface de L. innocua ou L. monocytogenes ;
- impliqué dans la machinerie cellulaire ;
- impliqué dans le métabolisme intermédiaire central ;
- impliqué dans le métabolisme énergénique ; - impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides ;
- impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides ;
- impliqué dans les fonctions de régulation ;
- impliqué dans le processus de réplication ; - impliqué dans le processus de transcription ;
- impliqué dans le processus de traduction ;
- impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines ;
- impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques ;
- impliqué dans la sensibilité aux médicaments et analogues ; ou - impliqué dans les fonctions relatives aux transposons.
26. Séquence nucléotidique utilisable comme amorce ou comme sonde, caractérisée en ce que ladite séquence est choisie parmi les séquences nucléotidiques selon l'une des revendications 6 à 8, 12 à 17 et 21 à 23.
27. Séquence nucléotidique selon la revendication 26, caractérisée en ce qu'elle est marquée par un composé radioactif ou par un composé non radioactif.
28. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 26 et 27, caractérisée en ce qu'elle est immobilisée sur un support, de manière covalente ou non- covalente.
29. Séquence nucléotidique selon la revendication 28, caractérisée en ce qu'elle est immobilisée sur un support tel qu'un filtre à haute densité ou une puce à ADN.
30. Séquence nucléotidique selon l'une des revendications 27 à 29 pour la détection et/ou l'amplification de séquences nucléiques.
31. Puce à ADN ou filtre, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une séquence nucléotidique selon la revendication 29.
32. Puce à ADN ou filtre selon la revendication 31, caractérisée en ce qu'elle contient en outre au moins une séquence nucléotidique d'un micro-organisme autre que L. innocua ou L. monocytogenes, immobilisée sur le support de ladite puce.
33. Puce à ADN ou filtre selon la revendication 32, caractérisée en ce que le micro-organisme autre est choisi parmi un micro-organisme associé à L. innocua ou L. monocytogenes, une bactérie du genre Listeria, et un variant de L. innocua ou L. monocytogenes.
34. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à ADN ou un filtre selon la revendication 31.
35. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification d'un micro- organisme, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à ADN ou un filtre selon l'une des revendications 32 et 33.
36. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou la quantification de l'expression d'au moins un gène de L. innocua ou L. monocytogenes, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à ADN ou un filtre selon l'une des revendications 32 à 33.
37. Vecteur de clonage, et/ou d'expression, caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 5 à 8, 12,13, 15 à 17 et 21 à 23.
38. Cellule hôte, caractérisée en ce qu'elle est transformée par un vecteur selon la revendication 37.
39. Cellule hôte selon la revendication 38, caractérisée en ce qu'il s'agit d'une bactérie appartenant au genre Listeria.
40. Cellule hôte selon la revendication 39, caractérisée en ce qu'il s'agit d'une bactérie appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes.
41. Végétal ou animal, excepté l'Homme, comprenant une cellule transformée selon l'une des revendications 38 à 40.
42. Procédé de préparation d'un polypeptide, caractérisé en ce que l'on cultive une cellule transformée par un vecteur selon la revendication 37 dans des conditions permettant l'expression dudit polypeptide et que l'on récupère ledit polypeptide recombinant.
43. Polypeptide recombinant susceptible d'être obtenu par un procédé selon la revendication 42.
44. Procédé de préparation d'un polypeptide synthétique selon l'une des revendications 9 à 1 1, 18 à 20 et 25 , caractérisé en ce que l'on effectue une synthèse chimique dudit polypeptide.
45. Polypeptide hybride, caractérisé en ce qu'il comprend au moins la séquence d'un polypeptide selon l'une des revendications 9 à 1 1 , 18 à 20, 25 et 43, et une séquence d'un polypeptide susceptible d'induire une réponse immunitaire chez l'homme ou l'animal.
46. Séquence nucléotidique codant pour un polypeptide hybride selon la revendication 45.
47. Vecteur caractérisé en ce qu'il contient une séquence nucléotidique selon la revendication 46.
48. Anticorps monoclonal ou polyclonal, ses fragments, ou anticorps chimérique, caractérisé en ce qu'il est capable de reconnaître spécifiquement un polypeptide selon l'une des revendications 9 à 1 1, 18 à 20, 25, 43 et 45.
49. Anticorps selon la revendication 48, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un anticorps marqué.
50. Procédé pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes ou à un micro-organisme associé dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a) mise en contact de l'échantillon biologique avec un anticorps selon l'une des revendications 48 et 49; b) mise en évidence du complexe antigène-anticorps éventuellement formé.
51. Procédé pour la détection de l'expression d'un gène de L. innocua ou L. monocytogenes caractérisé en ce que l'on met en contact une souche de L. innocua ou L. monocytogenes, avec un anticorps selon la revendication 74 ou 75 et que l'on détecte le complexe antigène/anticorps éventuellement formé.
52. Kit ou nécessaire pour la mise en œuvre d'un procédé selon la revendication 50 ou 51, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) un anticorps selon l'une des revendications 48 et 49; b) éventuellement, les réactifs pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique ; c) éventuellement, les réactifs permettant la mise en évidence des complexes antigène-anticorps produits par la réaction immunologique.
53. Polypeptide selon l'une des revendications 9 à 1 1 , 18 à 20, 25, 43 et 45, ou anticorps selon l'une des revendications 48 et 49, caractérisé en ce qu'il est immobilisé sur un support, notamment une puce à protéine.
54. Puce à protéine, caractérisée en ce qu'elle contient au moins un polypeptide selon l'une des revendications 9 à 1 1, 18 à 20, 25, 43 et 45, ou au moins un anticorps selon l'une des revendications 48 et 49, immobilisé sur le support de ladite puce.
55. Puce à protéine selon la revendication 54, caractérisée en ce qu'elle contient en outre au moins un polypeptide de micro-organisme autre que L. innocua ou
L. monocytogenes ou au moins un anticorps dirigé contre un composé de micro- organisme autre que L. innocua ou L. monocytogenes, immobilisé sur le support de ladite puce.
56. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à protéine selon l'une des revendications 54 et 55.
57. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification d'un micro- organisme, caractérisé en ce qu'il comprend une puce à protéine selon la revendication 56.
58. Procédé de détection et/ou d'identification de bactéries appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes ou à un micro-organisme associé dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il met en œuvre une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 6 à 8, 12, 13, 15 à 17, 21 à 24, 26 à 30 et 46.
59. Procédé selon la revendication 58, caractérisé en ce qu'il comporte les étapes suivantes : a) éventuellement, isolement de l'ADN à partir de l'échantillon biologique à analyser, ou obtention d'un ADNc à partir de l'ARN de l'échantillon biologique ; b) amplification spécifique de l'ADN de bactéries appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes ou à un micro-organisme associé à l'aide d'au moins une amorce selon l'une des revendications 26 à 30 ; c) mise en évidence des produits d'amplification.
60. Procédé selon la revendication 58, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a) mise en contact d'une sonde nucléotidique selon l'une des revendications 26 à 30, avec un échantillon biologique, l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique ayant, le cas échéant, préalablement été rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions peπnettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes ou à un micro- organisme associé ; b) mise en évidence de l'hybride éventuellement formé entre la sonde nucléotidique et l'acide nucléique de l'échantillon biologique.
61. Procédé selon la revendication 58, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a) mise en contact d'une sonde nucléotidique immobilisée sur un support selon la revendication 28 avec un échantillon biologique, l'acide nucléique de l'échantillon ayant, le cas échéant, été préalablement rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes ou à un microorganisme associé ; b) mise en contact de l'hybride formé entre la sonde nucléotidique immobilisée sur un support et l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique, le cas échéant après élimination de l'acide nucléique de l'échantillon biologique n'ayant pas hybride avec la sonde, avec une sonde nucléotidique marquée selon la revendication 27 ; c) mise en évidence du nouvel hybride formé à l'étape b).
62. Procédé selon la revendication 61 , caractérisé en ce que, préalablement à l'étape a), l'ADN de l'échantillon biologique ou l'ADNc obtenu éventuellement par transcription inverse de l'ARN de l'échantillon, est amplifié à l'aide d'au moins une amorce selon l'une des revendications 26 à 30.
63. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) une sonde nucléotidique selon l'une des revendications 26 à 30 ; b) éventuellement, les réactifs nécessaires à la mise en œuvre d'une réaction d'hybridation ; c) éventuellement, au moins une amorce selon l'une des revendications 26 à 30 ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.
64. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) une sonde nucléotidique, dite sonde de capture, selon la revendication 28 ; b) une sonde oligonucléotidique, dite sonde de révélation, selon la revendication 27 ; c) éventuellement, au moins une amorce selon l'une des revendications 26 à 30 ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.
65. Kit ou nécessaire pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) au moins une amorce selon l'une des revendications 26 à 30 ; b) éventuellement, les réactifs nécessaires pour effectuer une réaction d'amplification d'ADN ; c) éventuellement, un composant permettant de vérifier la séquence du fragment amplifié, plus particulièrement une sonde oligonucléotidique selon l'une des revendications 26 à 30.
66. Procédé selon les revendications 50, 51 et 58 à 62 ou kit ou nécessaire selon les revendications 52, 56, 57 et 63 à 65 pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes, caractérisé en ce que ladite amorce et/ou ladite sonde sont choisies parmi les séquences nucléotidiques selon l'une des revendications 6 à 8, 12, 13, 15 à 17, 21 à 24, 26 à 30 et 46 spécifiques de l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes, en ce que lesdits polypeptides sont choisis parmi les polypeptides selon l'une des revendications 9 à 1 1 , 18 à 20, 25, 43 et 45 spécifiques de l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes et en ce que lesdits anticorps sont choisis paπni les anticorps selon l'une des revendications 48 et 49 dirigés contre les polypeptides choisis parmi les polypeptides selon l'une des revendications 9 à 1 1 , 18 à 20, 25, 43 et 45 spécifiques de l'espèce L. innocua ou L. monocytogenes.
67. Souche de L. innocua ou L. monocytogenes, caractérisée en ce qu'elle contient au moins une mutation dans au moins une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 6 à 8, 12, 13, 15 à 17, 21 à 24.
68. Souche de L. innocua ou L. monocytogenes selon la revendication 67, caractérisée en ce que la mutation mène à une inactivation du gène.
69. Souche de L. innocua ou L. monocytogenes selon la revendication 67, caractérisée en ce que la mutation mène à une surexpression du gène.
70. Utilisation d'une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 6 à 8, 12, 13, 15 à 17, 21 à 24, d'un polypeptide selon l'une des revendications 9 à 1 1, 18 à 20, 25, 43 et 45, d'un anticorps selon l'une des revendications 48 et 49, d'une cellule selon l'une des revendications 38 à 40, et/ou d'un animal transformé selon la revendication 41 pour la sélection de composé organique ou inorganique capable de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, et/ou de modifier la réplication cellulaire de cellules eucaryotes ou procaryotes ou capables d'induire, d'inhiber ou d'aggraver chez un organisme animal ou humain les pathologies liées à une infection par E. monocytogenes ou par un micro-organisme associé.
71. Méthode de sélection de composé capable de se lier à un polypeptide selon l'une des revendications revendications 9 à 1 1 , 18 à 20, 25, 43 et 45, capable de se lier à une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 6 à 8, 12, 13, 15 à 17, 21 à 24, ou capable de reconnaître un anticorps selon l'une des revendications 48 et 49, et/ou capable de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, et/ou de modifier la réplication cellulaire de cellules eucaryotes ou procaryotes, ou capables d'induire, d'inhiber ou d'aggraver chez un organisme animal ou humain les pathologies liées à une infection par L. monocytogenes, caractérisée en ce qu'elle comprend les étapes suivantes : a) mise en contact dudit composé avec ledit polypeptide, ladite séquence nucléotidique, avec une cellule transformée selon l'une des revendications 38 à 40, et/ou administration dudit composé à un animal transfoπné selon la revendication 41 ; b) détermination de la capacité dudit composé à se lier avec ledit polypeptide ou ladite séquence nucléotidique, ou de moduler, de réguler, d'induire ou d'inhiber l'expression de gènes, ou de moduler la croissance ou la réplication cellulaire, ou d'induire, d'inhiber ou d'aggraver chez ledit organisme animal ou humain les pathologies liées à une infection par L. monocytogenes ou par un micro-organisme associé.
72. Composition pharmaceutique comprenant un composé choisi parmi les composés suivants : a) une séquence nucléotidique selon l'une des revendications 6 à 8, 12, 13, 15 à 17, 21 à 24 ; b) un polypeptide selon l'une des revendications 9 à 1 1 , 18 à 20, 25, 43 et 45; c) un vecteur selon la revendication 37 ou 47 ; d) un anticorps selon la revendication 48 ou 49.
73. Composition selon la revendication 72, éventuellement en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable.
74. Composition pharmaceutique selon l'une des revendications 72 et 73 pour la prévention ou le traitement d'une infection par une bactérie appartenant à l'espèce L. monocytogenes ou par un micro-organisme associé.
75. Composition immunogène, caractérisée en ce qu'elle comprend un ou plusieurs polypeptides selon l'une des revendications 9 à 1 1 , 18 à 20, 25, 43, et/ou un ou plusieurs polypeptides hybrides selon la revendication 45.
76. Utilisation d'une cellule selon l'une des revendications 38 à 40, ou d'un vecteur selon l'une des revendications 37 ou 47 pour la préparation d'une composition vaccinale.
77. Composition vaccinale, caractérisée en ce qu'elle contient un polynucléotide selon l'une des revendications 6 à 8, 12, 13, 15 à 17, 21 à 24, un vecteur selon l'une des revendications 37 ou 47, et/ou une cellule selon l'une des revendications 38 à 40.
78. Composition immunogène capable d'induire une réponse immunitaire cellulaire ou humorale pour la prévention ou le traitement d'une infection par bactérie appartenant à l'espèce L. monocytogenes ou par un micro-organisme associé, caractérisée en ce qu'elle comprend une composition immunogène selon l'une des revendications 75 et 77, en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable et, éventuellement un ou plusieurs adjuvants de l'immunité appropriés.
79. Banque génomique d'une bactérie du genre Listeria.
80 Banque d'ADN génomique d'une bactérie du genre Listeria selon la revendication 79, caractérisée en ce que ladite banque d'ADN est clonée dans un plasmide.
81. Banque d'ADN génomique selon la revendication 79 ou 80, caractérisée en ce que ladite bactérie est L. innocua ou L. monocytogenes serotype 4b.
82. Banque selon la revendication 79 ou 80, caractérisée en ce qu'il s'agit de la banque Li-shotgun déposée à la CNCM le 2 Octobre 2000 sous le n° 1-2565.
83. Banque selon la revendication 79 ou 80, caractérisée en ce qu'il s'agit de la banque Lm4b-shotgun déposée à la CNCM le 2 Octobre 2000 sous le n° 1-2566.
84. Banque génomique selon la revendication 79, caractérisée en ce que la bactérie est L. innocua ou L. monocytogenes.
85. Utilisation des banques génomiques selon l'une des revendications 79 à 84 pour isoler des séquences nucléotidiques spécifiques de L. innocua et L. monocytogenes, caractérisée en ce que les séquences nucléotidiques de L. innocua et L. monocytogenes sont alignées et en ce que les données obtenues par cet alignement sont traitées pour isoler lesdites séquences spécifiques.
86. Composition phaπnaceutique selon l'une des revendications 72 à 74, caractérisée en ce qu'elle comprend des anticorps dirigés contre des polypeptides spécifiques de L. innocua ou L. monocytogenes.
87. Procédé d'identification de séquences spécifiques de L. innocua ou L. monocytogenes, caractérisé par l'alignement des séquences nucléotidiques de L. monocytogenes et de celles de L. innocua selon les revendications 5 à 8, 12 à 17 et 21 et le traitement des données obtenues par cet alignement pour isoler lesdites séquences spécifiques.
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